asd
Browse files- README.md +63 -94
- logs/transcription_20260114_203107.log +10 -0
- pyproject.toml +23 -0
- requirements.txt +3 -0
- results/result_20260114_203245.json +7 -0
- run_demo.py +47 -8
README.md
CHANGED
|
@@ -1,115 +1,84 @@
|
|
| 1 |
# Trans for Doctors - Установка и использование
|
| 2 |
|
| 3 |
-
## Быстрый старт
|
| 4 |
|
| 5 |
-
###
|
| 6 |
-
|
| 7 |
-
#### Предварительные требования:
|
| 8 |
-
- Python 3.13+
|
| 9 |
- Git
|
| 10 |
-
|
| 11 |
-
#### Шаги установки:
|
| 12 |
-
|
| 13 |
-
1. **Установите `uv` (если еще не установлен)**
|
| 14 |
-
```bash
|
| 15 |
-
# На macOS/Linux
|
| 16 |
-
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
|
| 17 |
-
|
| 18 |
-
# На Windows (PowerShell)
|
| 19 |
-
powershell -ExecutionPolicy BypassUser -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
|
| 20 |
-
```
|
| 21 |
-
|
| 22 |
-
2. **Клонируйте репозиторий**
|
| 23 |
-
```bash
|
| 24 |
-
git clone <ваш-репозиторий>
|
| 25 |
-
cd Trans_for_doctors
|
| 26 |
-
```
|
| 27 |
-
|
| 28 |
-
3. **Создайте виртуальное окружение и установите зависимости**
|
| 29 |
-
```bash
|
| 30 |
-
uv venv
|
| 31 |
-
source .venv/bin/activate # На Windows: .venv\Scripts\activate
|
| 32 |
-
uv pip install -r requirements.txt
|
| 33 |
-
```
|
| 34 |
-
|
| 35 |
-
### 2. Скачивание моделей с Hugging Face
|
| 36 |
-
|
| 37 |
-
#### Вариант A: Автоматическое скачивание (встроено в скрипт)
|
| 38 |
-
Скрипт `run_demo.py` автоматически скачает необходимые модели с Hugging Face при первом запуске.
|
| 39 |
-
|
| 40 |
-
#### Вариант B: Ручное скачивание
|
| 41 |
-
|
| 42 |
-
1. **Установите `huggingface-hub`**
|
| 43 |
-
```bash
|
| 44 |
-
uv pip install huggingface-hub
|
| 45 |
-
```
|
| 46 |
-
|
| 47 |
-
2. **Скачайте модель для текстового трансляра**
|
| 48 |
-
```bash
|
| 49 |
-
huggingface-cli download <модель-название> --local-dir ./models/translator
|
| 50 |
-
```
|
| 51 |
-
|
| 52 |
-
3. **Скачайте модель для распознавания речи (Whisper)**
|
| 53 |
-
```bash
|
| 54 |
-
huggingface-cli download openai/whisper-base --local-dir ./models/whisper
|
| 55 |
-
```
|
| 56 |
-
|
| 57 |
-
### 3. Запуск проекта
|
| 58 |
|
| 59 |
```bash
|
| 60 |
-
#
|
| 61 |
-
|
| 62 |
|
| 63 |
-
#
|
| 64 |
-
|
| 65 |
```
|
| 66 |
|
| 67 |
-
|
| 68 |
-
|
| 69 |
-
|
| 70 |
-
|
| 71 |
-
- Папка `models/` - где хранятся скачанные модели (создается автоматически)
|
| 72 |
-
- Конфигурационные файлы (`config.json`, `generation_config.json` и т.д.)
|
| 73 |
-
- `medical_terms.txt` - медицинская терминология
|
| 74 |
-
- `vocab.json`, `merges.txt` - файлы токенайзера
|
| 75 |
-
|
| 76 |
-
## Необходимые пакеты
|
| 77 |
-
|
| 78 |
-
- **transformers** - работа с трансформер моделями
|
| 79 |
-
- **accelerate** - оптимизация при работе с GPU
|
| 80 |
-
- **librosa** - обработка аудио
|
| 81 |
-
- **soundfile** - сохранение аудио файлов
|
| 82 |
-
- **huggingface_hub** - скачивание моделей с Hugging Face
|
| 83 |
-
- **numpy** - численные вычисления
|
| 84 |
-
|
| 85 |
-
## Альтернатива: PIP вместо UV
|
| 86 |
|
| 87 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 88 |
|
|
|
|
|
|
|
| 89 |
```bash
|
| 90 |
-
|
| 91 |
-
|
| 92 |
-
|
| 93 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 94 |
```
|
| 95 |
|
| 96 |
-
|
| 97 |
-
|
| 98 |
-
### Проблема: "Model not found on Hugging Face"
|
| 99 |
-
**Решение:** Проверьте интернет соединение и убедитесь, что вы вошли в свой аккаунт:
|
| 100 |
```bash
|
| 101 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 102 |
```
|
| 103 |
|
| 104 |
-
|
| 105 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 106 |
```bash
|
| 107 |
-
|
|
|
|
|
|
|
| 108 |
python run_demo.py
|
| 109 |
```
|
| 110 |
|
| 111 |
-
|
| 112 |
-
|
| 113 |
-
|
| 114 |
-
chmod -R 755 ./
|
| 115 |
-
```
|
|
|
|
| 1 |
# Trans for Doctors - Установка и использование
|
| 2 |
|
| 3 |
+
## Быстрый старт (UV)
|
| 4 |
|
| 5 |
+
### Предварительные требования
|
| 6 |
+
- Python 3.13+ (torch GPU колеса требуют совместимую версию)
|
|
|
|
|
|
|
| 7 |
- Git
|
| 8 |
+
- Установленный менеджер uv
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 9 |
|
| 10 |
```bash
|
| 11 |
+
# macOS/Linux
|
| 12 |
+
curl -LsSf https://astral.sh/uv/install.sh | sh
|
| 13 |
|
| 14 |
+
# Windows (PowerShell)
|
| 15 |
+
powershell -ExecutionPolicy BypassUser -c "irm https://astral.sh/uv/install.ps1 | iex"
|
| 16 |
```
|
| 17 |
|
| 18 |
+
### Установка
|
| 19 |
+
```bash
|
| 20 |
+
git clone <ваш-репозиторий>
|
| 21 |
+
cd Trans_for_doctors
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 22 |
|
| 23 |
+
# uv сам создаст .venv и установит зависимости из pyproject.toml
|
| 24 |
+
uv sync
|
| 25 |
+
source .venv/bin/activate # Windows: .venv\Scripts\activate
|
| 26 |
+
```
|
| 27 |
|
| 28 |
+
### Подготовка CUDA (опционально)
|
| 29 |
+
uv sync ставит базовый torch. Для GPU поставьте колесо под свою версию CUDA 13.0:
|
| 30 |
```bash
|
| 31 |
+
# CUDA 13.0 (cu130)
|
| 32 |
+
uv pip install --upgrade \
|
| 33 |
+
--index-url https://download.pytorch.org/whl/cu130 \
|
| 34 |
+
torch torchvision torchaudio
|
| 35 |
+
```
|
| 36 |
+
Проверка GPU:
|
| 37 |
+
```bash
|
| 38 |
+
uv run python - <<'PY'
|
| 39 |
+
import torch
|
| 40 |
+
print(torch.cuda.is_available())
|
| 41 |
+
print(torch.cuda.device_name(0) if torch.cuda.is_available() else "cpu")
|
| 42 |
+
PY
|
| 43 |
```
|
| 44 |
|
| 45 |
+
### Запуск
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 46 |
```bash
|
| 47 |
+
uv run python run_demo.py \
|
| 48 |
+
--device auto \
|
| 49 |
+
--dtype float32 \
|
| 50 |
+
--medical-prompt medical_terms.txt \
|
| 51 |
+
--audio test_sound_ru.wav
|
| 52 |
```
|
| 53 |
|
| 54 |
+
- --device auto выберет CUDA если доступно, иначе CPU.
|
| 55 |
+
- Для GPU: --device cuda --dtype float32
|
| 56 |
+
- Для CPU: --device cpu --dtype float32.
|
| 57 |
+
|
| 58 |
+
## Структура проекта
|
| 59 |
+
- run_demo.py — основной скрипт
|
| 60 |
+
- pyproject.toml — зависимости для uv
|
| 61 |
+
- requirements.txt — совместимость для pip
|
| 62 |
+
- Конфиги модели (config.json, generation_config.json, tokenizer_config.json и т.д.)
|
| 63 |
+
- medical_terms.txt — медицинская терминология
|
| 64 |
+
- Логи и результаты — папки logs/ и results/
|
| 65 |
+
|
| 66 |
+
## CLI параметры
|
| 67 |
+
- --audio — путь к аудиофайлу (по умолчанию test_sound_ru.wav)
|
| 68 |
+
- --medical-prompt — путь к файлу терминов
|
| 69 |
+
- --language — код языка (по умолчанию ru)
|
| 70 |
+
- --device — auto | cuda | cpu
|
| 71 |
+
- --dtype — auto | float32 | float16 | bfloat16
|
| 72 |
+
|
| 73 |
+
## Альтернатива: pip без uv
|
| 74 |
```bash
|
| 75 |
+
python -m venv venv
|
| 76 |
+
source venv/bin/activate # Windows: venv\Scripts\activate
|
| 77 |
+
pip install -r requirements.txt
|
| 78 |
python run_demo.py
|
| 79 |
```
|
| 80 |
|
| 81 |
+
## Решение проблем
|
| 82 |
+
- Модель не скачивается: проверьте сеть и выполните huggingface-cli login.
|
| 83 |
+
- CUDA OOM: запустите на CPU (--device cpu) или используйте float16 на меньшей карте.
|
| 84 |
+
- Нет прав записи: убедитесь, что у вас есть права на каталог (chmod -R 755 ./).
|
|
|
logs/transcription_20260114_203107.log
ADDED
|
@@ -0,0 +1,10 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
2026-01-14 20:31:07,487 - whisper_demo - INFO - Starting Whisper transcription demo
|
| 2 |
+
2026-01-14 20:31:07,488 - whisper_demo - INFO - Audio file: /home/robot/Documents/novaya_vetka/5415689602587464150.wav
|
| 3 |
+
2026-01-14 20:31:08,118 - whisper_demo - INFO - Audio loaded successfully, sample rate: 16000
|
| 4 |
+
2026-01-14 20:31:08,119 - whisper_demo - INFO - Inference device: cpu
|
| 5 |
+
2026-01-14 20:31:08,119 - whisper_demo - INFO - torch dtype: torch.float32
|
| 6 |
+
2026-01-14 20:31:08,119 - whisper_demo - INFO - Loading model from /home/robot/Documents/novaya_vetka/Trans_for_doctors
|
| 7 |
+
2026-01-14 20:31:08,485 - whisper_demo - INFO - Language: ru
|
| 8 |
+
2026-01-14 20:31:08,485 - whisper_demo - INFO - Starting transcription...
|
| 9 |
+
2026-01-14 20:32:45,659 - whisper_demo - INFO - Transcription completed successfully
|
| 10 |
+
2026-01-14 20:32:45,661 - whisper_demo - INFO - Result saved to /home/robot/Documents/novaya_vetka/Trans_for_doctors/results/result_20260114_203245.json
|
pyproject.toml
ADDED
|
@@ -0,0 +1,23 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
[project]
|
| 2 |
+
name = "trans-for-doctors"
|
| 3 |
+
version = "0.1.0"
|
| 4 |
+
description = "Whisper-based transcription demo with optional medical prompts"
|
| 5 |
+
readme = "README.md"
|
| 6 |
+
requires-python = ">=3.13,<3.14"
|
| 7 |
+
dependencies = [
|
| 8 |
+
"transformers>=4.44.0",
|
| 9 |
+
"torch>=2.3.0",
|
| 10 |
+
"torchvision>=0.18.1",
|
| 11 |
+
"torchaudio>=2.3.1",
|
| 12 |
+
"accelerate>=0.33.0",
|
| 13 |
+
"librosa>=0.10.2",
|
| 14 |
+
"soundfile>=0.12.1",
|
| 15 |
+
"huggingface_hub>=0.23.4",
|
| 16 |
+
"numpy>=1.26.4",
|
| 17 |
+
"wget>=3.2",
|
| 18 |
+
]
|
| 19 |
+
|
| 20 |
+
[build-system]
|
| 21 |
+
requires = ["hatchling"]
|
| 22 |
+
build-backend = "hatchling.build"
|
| 23 |
+
|
requirements.txt
CHANGED
|
@@ -1,4 +1,7 @@
|
|
| 1 |
transformers>=4.44.0
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 2 |
accelerate>=0.33.0
|
| 3 |
librosa>=0.10.2
|
| 4 |
soundfile>=0.12.1
|
|
|
|
| 1 |
transformers>=4.44.0
|
| 2 |
+
torch>=2.3.0
|
| 3 |
+
torchvision>=0.18.1
|
| 4 |
+
torchaudio>=2.3.1
|
| 5 |
accelerate>=0.33.0
|
| 6 |
librosa>=0.10.2
|
| 7 |
soundfile>=0.12.1
|
results/result_20260114_203245.json
ADDED
|
@@ -0,0 +1,7 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
{
|
| 2 |
+
"timestamp": "2026-01-14T20:32:45.660736",
|
| 3 |
+
"audio_file": "5415689602587464150.wav",
|
| 4 |
+
"language": "ru",
|
| 5 |
+
"medical_prompt_used": false,
|
| 6 |
+
"transcription": " На серии МР-томограмм, выполненных в двух проекциях, лордоз сохранен просвет позвоночного канала на уровне L3 позвонка 1,6 сантиметров, высота межпозвонкового диска L5-S1 и интенсивность сигнала от него и диска L4-L5-BOTO2 снижены, высота и интенсивность сигнала от остальных межпозвонковых дисков исследованной зоны сохранены. Определяется дорзальная медиально-парамедиальная грыжа диска по типу протрузии L4 и L5 размером 0,5 см, умеренно деформирующая прилежащий отдел латурального мешка, распространяющийся в оба мешково-звонковых отверстия с их сужением большей степени правого и левого. На уровне Л5-С1 определяется дарзальная левосторонняя медиально-парамедиальная грыжа по типу экструзии размером до 1,0 сантиметров компримирующий прилежащий отдел дурального мешка, распространяющийся в левое межпозвонковое отверстие с его сужением и компрессией левого нервного корешка.Кровые и костные разрастания L4-С1, дефекты шморны L5-С1."
|
| 7 |
+
}
|
run_demo.py
CHANGED
|
@@ -110,6 +110,8 @@ def main() -> None:
|
|
| 110 |
parser.add_argument("--audio", type=str, default=str(AUDIO_FILE), help="Path to audio file")
|
| 111 |
parser.add_argument("--medical-prompt", type=str, help="Path to medical terms file (e.g., medical_terms.txt)")
|
| 112 |
parser.add_argument("--language", type=str, default="ru", help="Language code (default: ru)")
|
|
|
|
|
|
|
| 113 |
args = parser.parse_args()
|
| 114 |
|
| 115 |
audio_path = Path(args.audio)
|
|
@@ -121,19 +123,56 @@ def main() -> None:
|
|
| 121 |
except Exception as e:
|
| 122 |
logger.error(f"Failed to load audio file: {e}")
|
| 123 |
raise
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 124 |
|
| 125 |
# Load processor to access prompt tokenization
|
| 126 |
logger.info(f"Loading model from {MODEL_PATH}")
|
| 127 |
processor = AutoProcessor.from_pretrained(str(MODEL_PATH))
|
| 128 |
|
| 129 |
-
|
| 130 |
-
task
|
| 131 |
-
model
|
| 132 |
-
tokenizer
|
| 133 |
-
feature_extractor
|
| 134 |
-
|
| 135 |
-
|
| 136 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 137 |
|
| 138 |
# Prepare generation kwargs
|
| 139 |
generate_kwargs = {
|
|
|
|
| 110 |
parser.add_argument("--audio", type=str, default=str(AUDIO_FILE), help="Path to audio file")
|
| 111 |
parser.add_argument("--medical-prompt", type=str, help="Path to medical terms file (e.g., medical_terms.txt)")
|
| 112 |
parser.add_argument("--language", type=str, default="ru", help="Language code (default: ru)")
|
| 113 |
+
parser.add_argument("--device", choices=["auto", "cuda", "cpu"], default="auto", help="Inference device (auto prefers CUDA if available)")
|
| 114 |
+
parser.add_argument("--dtype", choices=["auto", "float32", "float16", "bfloat16"], default="float32", help="Torch dtype (default float32; use float16 only if desired)")
|
| 115 |
args = parser.parse_args()
|
| 116 |
|
| 117 |
audio_path = Path(args.audio)
|
|
|
|
| 123 |
except Exception as e:
|
| 124 |
logger.error(f"Failed to load audio file: {e}")
|
| 125 |
raise
|
| 126 |
+
|
| 127 |
+
# Resolve device and dtype
|
| 128 |
+
device_choice = args.device
|
| 129 |
+
if device_choice == "cuda" and not torch.cuda.is_available():
|
| 130 |
+
logger.warning("CUDA requested but not available; falling back to CPU")
|
| 131 |
+
device_choice = "cpu"
|
| 132 |
+
|
| 133 |
+
if device_choice == "auto":
|
| 134 |
+
torch_device = torch.device("cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu")
|
| 135 |
+
device_map = "auto" if torch_device.type == "cuda" else None
|
| 136 |
+
elif device_choice == "cuda":
|
| 137 |
+
torch_device = torch.device("cuda")
|
| 138 |
+
device_map = None
|
| 139 |
+
else:
|
| 140 |
+
torch_device = torch.device("cpu")
|
| 141 |
+
device_map = None
|
| 142 |
+
|
| 143 |
+
if args.dtype == "auto":
|
| 144 |
+
torch_dtype = torch.float32
|
| 145 |
+
else:
|
| 146 |
+
dtype_map = {
|
| 147 |
+
"float32": torch.float32,
|
| 148 |
+
"float16": torch.float16,
|
| 149 |
+
"bfloat16": torch.bfloat16,
|
| 150 |
+
}
|
| 151 |
+
torch_dtype = dtype_map[args.dtype]
|
| 152 |
+
|
| 153 |
+
logger.info(f"Inference device: {torch_device}")
|
| 154 |
+
logger.info(f"torch dtype: {torch_dtype}")
|
| 155 |
+
if device_map:
|
| 156 |
+
logger.info(f"Using device_map: {device_map}")
|
| 157 |
|
| 158 |
# Load processor to access prompt tokenization
|
| 159 |
logger.info(f"Loading model from {MODEL_PATH}")
|
| 160 |
processor = AutoProcessor.from_pretrained(str(MODEL_PATH))
|
| 161 |
|
| 162 |
+
pipeline_kwargs = {
|
| 163 |
+
"task": "automatic-speech-recognition",
|
| 164 |
+
"model": str(MODEL_PATH),
|
| 165 |
+
"tokenizer": processor.tokenizer,
|
| 166 |
+
"feature_extractor": processor.feature_extractor,
|
| 167 |
+
"torch_dtype": torch_dtype,
|
| 168 |
+
}
|
| 169 |
+
|
| 170 |
+
if device_map:
|
| 171 |
+
pipeline_kwargs["device_map"] = device_map
|
| 172 |
+
else:
|
| 173 |
+
pipeline_kwargs["device"] = torch_device
|
| 174 |
+
|
| 175 |
+
asr = pipeline(**pipeline_kwargs)
|
| 176 |
|
| 177 |
# Prepare generation kwargs
|
| 178 |
generate_kwargs = {
|