Upload README.md with huggingface_hub
Browse files
README.md
ADDED
|
@@ -0,0 +1,70 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
---
|
| 2 |
+
license: apache-2.0
|
| 3 |
+
tags:
|
| 4 |
+
- medical
|
| 5 |
+
- segmentation
|
| 6 |
+
- monai
|
| 7 |
+
- 3d-unet
|
| 8 |
+
- pytorch
|
| 9 |
+
pipeline_tag: image-segmentation
|
| 10 |
+
---
|
| 11 |
+
|
| 12 |
+
# 3D U-Net для медицинской сегментации
|
| 13 |
+
|
| 14 |
+
Эта модель представляет собой 3D U-Net, обученную на медицинских данных для задач сегментации.
|
| 15 |
+
|
| 16 |
+
## Архитектура модели
|
| 17 |
+
|
| 18 |
+
- **Тип**: 3D U-Net (MONAI)
|
| 19 |
+
- **Входные каналы**: 1
|
| 20 |
+
- **Выходные каналы**: 2 (фон + целевой класс)
|
| 21 |
+
- **Каналы**: (16, 32, 64, 128, 256, 512)
|
| 22 |
+
- **Размер патча**: 256x256x256
|
| 23 |
+
- **Функция потерь**: Dice Loss
|
| 24 |
+
|
| 25 |
+
## Использование
|
| 26 |
+
|
| 27 |
+
```python
|
| 28 |
+
import torch
|
| 29 |
+
from monai.networks.nets import UNet
|
| 30 |
+
from huggingface_hub import hf_hub_download
|
| 31 |
+
|
| 32 |
+
# Загрузка модели
|
| 33 |
+
model = UNet(
|
| 34 |
+
spatial_dims=3,
|
| 35 |
+
in_channels=1,
|
| 36 |
+
out_channels=2,
|
| 37 |
+
channels=(16, 32, 64, 128, 256, 512),
|
| 38 |
+
strides=(2, 2, 2, 2, 2, 2),
|
| 39 |
+
num_res_units=2,
|
| 40 |
+
dropout=0.2
|
| 41 |
+
)
|
| 42 |
+
|
| 43 |
+
# Загрузка весов
|
| 44 |
+
model_path = hf_hub_download(repo_id="your-username/your-model-name", filename="best_metric_model.pth")
|
| 45 |
+
model.load_state_dict(torch.load(model_path, map_location='cpu'))
|
| 46 |
+
model.eval()
|
| 47 |
+
```
|
| 48 |
+
|
| 49 |
+
## Предобработка данных
|
| 50 |
+
|
| 51 |
+
Модель ожидает входные данные в следующем формате:
|
| 52 |
+
- Нормализация интенсивности: [-1000, 4000] -> [0, 1]
|
| 53 |
+
- Размер входа: (1, 256, 256, 256)
|
| 54 |
+
- Тип данных: torch.float32
|
| 55 |
+
|
| 56 |
+
## Обучение
|
| 57 |
+
|
| 58 |
+
Модель была обучена с использованием:
|
| 59 |
+
- Оптимизатор: Adam (lr=1e-4, weight_decay=1e-5)
|
| 60 |
+
- Scheduler: ReduceLROnPlateau
|
| 61 |
+
- Аугментации: случайные отражения, повороты, изменения интенсивности
|
| 62 |
+
- Метрика: Dice Score
|
| 63 |
+
|
| 64 |
+
## Требования
|
| 65 |
+
|
| 66 |
+
```
|
| 67 |
+
torch
|
| 68 |
+
monai
|
| 69 |
+
numpy
|
| 70 |
+
```
|