model/utils/general.py

_aa_dict = {
    'A': '0',
    'C': '1',
    'D': '2',
    'E': '3',
    'F': '4',
    'G': '5',
    'H': '6',
    'I': '7',
    'K': '8',
    'L': '9',
    'M': '10',
    'N': '11',
    'P': '12',
    'Q': '13',
    'R': '14',
    'S': '15',
    'T': '16',
    'V': '17',
    'W': '18',
    'Y': '19'
}

_aa_1_3_dict = {
    'A': 'ALA',
    'C': 'CYS',
    'D': 'ASP',
    'E': 'GLU',
    'F': 'PHE',
    'G': 'GLY',
    'H': 'HIS',
    'I': 'ILE',
    'K': 'LYS',
    'L': 'LEU',
    'M': 'MET',
    'N': 'ASN',
    'P': 'PRO',
    'Q': 'GLN',
    'R': 'ARG',
    'S': 'SER',
    'T': 'THR',
    'V': 'VAL',
    'W': 'TRP',
    'Y': 'TYR',
    '-': 'GAP'
}


def exists(x):
    return x is not None


def default(
    val,
    d,
):
    return val if exists(val) else d