SnpEff: Variant analysis

Contents
Summary
Variant rate by chromosome
Variants by type
Number of variants by impact
Number of variants by functional class
Number of variants by annotation
Quality histogram
InDel length histogram
Base variant table
Transition vs transversions (ts/tv)
Allele frequency
Allele Count
Codon change table
Amino acid change table
Chromosome variants plots
Details by gene
Summary

Genome ecoli_k12_mg1655
Date 2026-05-18 08:02
SnpEff version 
SnpEff 5.3a (build 2025-09-02 10:24), by Pablo Cingolani
Command line arguments 
SnpEff  ecoli_k12_mg1655 /225040511/project/Biomni/experiments/bioagent_bench/runs/scale_2000/evolution_20260518_072629/shared_for_ann.vcf
Warnings 312
Errors 0
Number of lines (input file) 264
Number of variants (before filter) 264
Number of non-variants
(i.e. reference equals alternative) 		0
Number of variants processed
(i.e. after filter and non-variants) 		264
Number of known variants
(i.e. non-empty ID) 		0 ( 0% )
Number of multi-allelic VCF entries
(i.e. more than two alleles) 		0
Number of annotations 2,663
Genome total length 4,641,652
Genome effective length 4,641,652
Variant rate 1 variant every 17,582 bases

Variants rate details

Chromosome Length Variants Variants rate
NC_000913.3 4,641,652 264 17,582
Total 4,641,652 264 17,582

Number variants by type

Type Total
SNP 182
MNP 62
INS 10
DEL 5
MIXED 5
INV 0
DUP 0
CNV 0
BND 0
INTERVAL 0
Total 264

Number of effects by impact

Type (alphabetical order)   Count Percent
HIGH   6 0.225%
LOW   100 3.755%
MODERATE   48 1.802%
MODIFIER   2,509 94.217%

Number of effects by functional class

Type (alphabetical order)   Count Percent
MISSENSE   30 27.273%
SILENT   80 72.727%

Missense / Silent ratio: 0.375

Number of annotaitons and region counts

Annotation Region
Type (alphabetical order)   Count Percent
conservative_inframe_insertion   2 0.075%
downstream_gene_variant   1,319 49.419%
frameshift_variant   4 0.15%
intergenic_region   92 3.447%
intragenic_variant   18 0.674%
intron_variant   3 0.112%
missense_variant   50 1.873%
splice_region_variant   2 0.075%
start_lost   1 0.037%
stop_lost   1 0.037%
synonymous_variant   99 3.709%
upstream_gene_variant   1,078 40.39%

Type (alphabetical order)   Count Percent
DOWNSTREAM   1,319 49.531%
EXON   153 5.745%
INTERGENIC   92 3.455%
INTRON   2 0.075%
SPLICE_SITE_REGION   1 0.038%
TRANSCRIPT   18 0.676%
UPSTREAM   1,078 40.481%

Quality: 

	

		
 Min0 

		
 Max3,003 

		
 Mean573.845 

		
 Median259 

		
 Standard deviation662.054 

		
 Values0,2,3,4,8,10,14,18,23,24,25,29,30,31,34,35,36,42,43,44,46,47,48,49,52,53,54,56,58,59,61,62,64,65,66,67,68,70,71,75,76,77,81,82,86,88,92,94,95,97,102,103,104,106,107,108,111,112,118,120,122,124,126,127,128,130,133,135,137,140,142,145,148,151,159,161,162,163,170,171,176,177,179,187,189,196,203,206,215,231,239,241,247,252,259,270,277,296,298,300,304,306,314,315,316,317,319,321,323,329,334,337,344,350,353,363,366,380,381,387,391,410,419,421,440,445,459,474,498,508,522,525,529,546,582,638,647,650,663,686,688,698,712,737,747,769,770,776,780,799,870,876,881,946,957,958,964,994,1001,1009,1012,1015,1049,1063,1110,1138,1141,1142,1148,1163,1171,1174,1196,1197,1247,1258,1285,1288,1289,1387,1411,1443,1445,1467,1473,1497,1521,1537,1543,1549,1572,1583,1597,1617,1651,1658,1699,1721,1729,1738,1750,1752,1787,1799,1823,1828,1829,1899,1904,1909,1945,2020,2032,2059,2104,2147,2185,2354,2468,2693,2727,3003 

		
 Count1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,2,2,1,2,1,2,1,1,3,2,3,1,1,1,2,1,1,3,3,1,3,2,2,3,1,1,2,1,1,1,1,1,2,1,1,1,2,2,2,2,1,3,1,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,2,2,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,2,1,1,2,2,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1
Insertions and deletions length: 

	

		
 Min0 

		
 Max2 

		
 Mean0.733 

		
 Median0 

		
 Standard deviation0.799 

		
 Values0,1,2 

		
 Count7,5,3
Base changes (SNPs)

  A C G T
A 0 14 27 9
C 8 0 5 30
G 28 10 0 5
T 12 29 5 0

Ts/Tv (transitions / transversions)

Note: Only SNPs are used for this statistic.
Note: This Ts/Tv ratio is a 'raw' ratio (ratio of observed events).

Transitions 228
Transversions 136
Ts/Tv ratio 1.6765

All variants: 

Sample ,unknown,Total
Transitions ,228,228
Transversions ,136,136
Ts/Tv ,1.676,1.676

Only known variants (i.e. the ones having a non-empty ID field): 

No results available (empty input?)
Allele frequency


Min100
Max100
Mean100
Median100
Standard deviation0
Values100
Count264

Allele Count


Min2
Max2
Mean2
Median2
Standard deviation0
Values2
Count264

Hom/Het per sample 




Sample_names , unknown
Reference , 0
Het , 0
Hom , 264
Missing , 0

Codon changes

How to read this table:
- Rows are reference codons and columns are changed codons. E.g. Row 'AAA' column 'TAA' indicates how many 'AAA' codons have been replaced by 'TAA' codons.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - AAA AAC AAG AAT ACA ACC ACG ACT AGA AGC AGT ATA ATC ATG ATT CAA CAC CAG CAT CCA CCC CCG CCT CGA CGC CGG CGT CTA CTC CTG CTT GAA GAC GAG GAT GCA GCC GCG GCT GGA GGC GGG GGT GTA GTC GTG GTT TAC TAT TCA TCC TCG TCT TGA TGC TGG TTA TTC TTG TTT
-   1 1       1                         1   1                 2             1                                 1   1        
AAA 1 1 1                                                                                                                    
AAC 1       1           1                                                                                                    
AAG   2                                 1                                         1                                          
AAT     1                 1                           1                   1                                                  
ACA               2                                                                                     1                    
ACC           1     5         1                                               1                 1                       1    
ACG           1                                                                                         1                    
ACT             2                                                                                                            
AGA   1                                               1                                                                      
AGC                 1     3                                                                                                  
AGT                     2                                                                                                    
ATA   1                                                     1                                                                
ATC             1               2 2                                                                                          
ATG               1             1                               2                                                            
ATT                         3 2                                                                   1               1          
CAA                                     2 1                 1                                                                
CAC                                     1             1                                                                      
CAG       1                         2                                   1                                                    
CAT                                                                                                                          
CCA                                             1 1                                                                          
CCC                                             1                                                                            
CCG                                         2     2                                       1                                  
CCT                                         1 1 1                               1                                            
CGA                                                     1 1                                                                  
CGC                                   1               1   4                                                                  
CGG                                                 1 1                                                                      
CGT                             1         1           4                                                                      
CTA                                                             1                                                     1   1  
CTC                           1         1                       1 2                                                          
CTG                             1                       1         1                                                       4  
CTT                                                             2                                                     1     1
GAA                                                                 1   5 1                                                  
GAC                                                                       2                                                  
GAG       1                                                         3                     1                                  
GAT                                                                 1 1                           1                          
GCA                                                                           1 2 1                                          
GCC 1                                                                           3           1 1           1   1              
GCG                                                                         3 2   1                                          
GCT                 1                             1                           3 3                 1                          
GGA                                                                 1                       1                                
GGC                     1                                                     1     1     2                                  
GGG 1                                                                                   1       1                   1        
GGT       1                                                                           3 3                                    
GTA                                                                                             1 2                          
GTC 1                         1                                                                 1 1                          
GTG                                                             2           1                 1                              
GTT                                                                                           1 3                            
TAC                                                                                                                          
TAT                                                                       1                         2                        
TCA                                                                                                                          
TCC                                                                                                     2   1                
TCG                                                                                                     2     1              
TCT                                                                                                                       1  
TGA                                                 1                                                                        
TGC                                                                                                 1                        
TGG                                                                                                                          
TTA                                                             1 1                                     1                 3  
TTC                                                                                                                         1
TTG                             1                   1           3                                                            
TTT                               1                                                                                     1    

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                   1          
- 1   2 1           1   1 2   1 1       1   1  
?                                              
A   1   19                       1     2 1 3    
C                                             1
D           3 1                           1    
E           1 9   1     1                      
F               2     1                        
G   1   1     1   10     1             1   2 1  
H                                 1 1          
I         1           7 1 1 2           1 1    
K   1   1               3     1   1            
L               1     1   22 2     1 2 1        
M                         2 1           1      
N   1       1                 2     1 2        
P       1         1             10              
Q             1     1   1 1       4            
R                   2   1   1       14          
S                         1           11 1      
T       1       1     1               2 11 1    
V     1 1             1   2               10    
W                                              
Y           1                                 2

Variants by chromosome

		

		NC_000913.3, Position,0,100000,200000,300000,400000,500000,600000,700000,800000,900000,1000000,1100000,1200000,1300000,1400000,1500000,1600000,1700000,1800000,1900000,2000000,2100000,2200000,2300000,2400000,2500000,2600000,2700000,2800000,2900000,3000000,3100000,3200000,3300000,3400000,3500000,3600000,3700000,3800000,3900000,4000000,4100000,4200000,4300000,4400000,4500000,4600000
NC_000913.3,Count,9,16,6,2,2,4,8,9,3,2,2,8,4,0,4,5,2,2,4,1,14,14,1,5,3,3,0,6,11,2,0,4,7,2,6,4,7,4,15,21,10,7,2,2,13,6,2
Details by gene

Here you can find a tab-separated table.