#!/bin/bash
#SBATCH --time=16:00:00
#SBATCH --mem=256G
#SBATCH --cpus-per-task=4
#SBATCH --gpus-per-node=h100:1

# Argument parsing
while [[ $# -gt 0 ]]; do
  case "$1" in
    --input_dir)
      INPUT_DIR="$2"
      shift 2
      ;;
    --output_dir)
      OUTPUT_DIR="$2"
      shift 2
      ;;
    *)
      echo "❌ Unknown option: $1"
      exit 1
      ;;
  esac
done

# Run job
module load apptainer
apptainer run --nv -B "${INPUT_DIR}:/input_dir" -B "${OUTPUT_DIR}:/output_dir" miracl_ace_container.sif miracl flow ace --single /input_dir --sa_output_folder /output_dir --sa_model_type unet --rca_orient_code ARI --sa_resolution 3.5 3.5 4.0 --ctn_down 10 --rca_voxel_size 25 --ctn_channame Signal --sa_batch_size 2