diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/README" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/README" index 4aaac7db763977d26740173f64feb2c5e5ace653..17f496f31c898434b74b089528467fc4e0c044d0 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/README" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/README" @@ -1,3 +1,26 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:0a5a962f58bf5ee878c01fb8f15e76b01982a334df8dc9f94d2c313693031915 -size 1110 +This directory contains the Genetic Algorithm Optimization Toolbox for +Matlab 5. + +To use this, if you are local to NCSU and have AFS access to this +directory, simply extend the matlab path using the following command. +You can also place this command in a file called startup.m. Everytime +you start Matlab in the directory containing this file, the path will +always be extended. + +>>path(path,'/afs/eos/service/ie/research/kay_res/GAToolBox/gaot'); + +Otherwise, install the .m files into a directory named gaot and extend +the matlab path to that directory. The compressed tar archive and the +zip file should automatically create the gaot directory for you. + +The companion paper describing this toolbox is included here as +gaotv5.ps. The paper, the three demo files, gademo1.m gademo2.m +gademo3.m, and four example scripts, binaryExample, floatExample, +floatGradExample, and orderbasedExample, should be sufficient +explanation of this toolbox. For any questions, comments, suggestions +send mail to jjoine@eos.ncsu.edu. + +For a list of the files in the tool box get help on gaot. + +Thanks for trying the toolbox. + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/heuristicXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/heuristicXover.m" index 3cfbb2a9f439da642fba97fd19689f368ad01f42..6d0e8cb23160436321b243e885fe3b3d140bdb15 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/heuristicXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/heuristicXover.m" @@ -1,3 +1,68 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:0d0a267b12f820f53aa988581dddcd88aac946612c885a90d7dae65c016be835 -size 2136 +function [c1,c2] = heuristicXover(p1,p2,bounds,Ops) +% Heuristic crossover takes two parents P1,P2 and performs an extrapolation +% along the line formed by the two parents outward in the direction of the +% better parent. +% +% function [c1,c2] = heuristicXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for heuristic crossover, [gen #heurXovers number_of_retries] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +retry=Ops(3); % Number of retries +i=0; +good=0; +b1=bounds(:,1)'; +b2=bounds(:,2)'; +numVar = size(p1,2)-1; +% Determine the best and worst parent +if(p1(numVar+1) > p2(numVar+1)) + bt = p1; + wt = p2; +else + bt = p2; + wt = p1; +end +while i= b1)) + i = retry; + good=1; + else + i = i + 1; + end +end + +% If new child is not feasible just return the new children +if(~good) + c1 = wt; +end + +% Crossover functions return two children therefore return the best +% and the new child created +c2 = bt; + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializega.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializega.m" index 6f35223298801abd73d3a2941aad584f232114bb..8b22f68067013cd05d7b8a25b2e47845445355c5 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializega.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializega.m" @@ -1,3 +1,42 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:1e90c7696637d919c8915c8b70e69dc2c399c2a13e26eaa42a40ec13e5742570 -size 1177 +function [pop] = initializega(num, bounds, evalFN,evalOps,options) + +if nargin<5 + options=[1e-6 1]; +end +if nargin<4 + evalOps=[]; +end + +if any(evalFN<48) + if options(2)==1 %Float GA + estr=['x=pop(i,1); pop(i,xZomeLength)=', evalFN ';']; + else %Binary GA + estr=['x=b2f(pop(i,:),bounds,bits); pop(i,xZomeLength)=', evalFN ';']; + end +else %A .m file + if options(2)==1 %Float GA + estr=['[ pop(i,:) pop(i,xZomeLength)]=' evalFN '(pop(i,:),[0 evalOps]);']; + else %Binary GA + estr=['x=b2f(pop(i,:),bounds,bits);[x v]=' evalFN ... + '(x,[0 evalOps]); pop(i,:)=[f2b(x,bounds,bits) v];']; + end +end + + +numVars = size(bounds,1); %Number of variables +rng = (bounds(:,2)-bounds(:,1))'; %The variable ranges' + +if options(2)==1 %Float GA + xZomeLength = numVars+1; %Length of string is numVar + fit + pop = zeros(num,xZomeLength); %Allocate the new population + pop(:,1:numVars)=(ones(num,1)*rng).*(rand(num,numVars))+... + (ones(num,1)*bounds(:,1)'); +else %Binary GA + bits=calcbits(bounds,options(1)); + xZomeLength = sum(bits)+1; %Length of string is numVar + fit + pop = round(rand(num,sum(bits)+1)); +end + +for i=1:num + eval(estr); +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializeoga.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializeoga.m" index 23bf1df755ebcd7411472d7c5ea4890b33c0bd1d..5c00045242d4ecd33c0ed297b1f49cb4c793d841 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializeoga.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/initializeoga.m" @@ -1,3 +1,42 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:63782fbf1de94314e1f4fa41be61d7ff908f85fe7bc234cb6e5aee91c9a93a27 -size 1561 +function [pop] = initializeoga(num,bounds,evalFN,evalOps,options) +% initializeoga(populationSize, variableBounds,evalFN,evalOps,options) +% initializeoga creates a matrix of random permutations with +% a number of rows equal to the populationSize and a number +% columns equal to the size of the permutation plus 1 for +% the f(x) value which is found by applying the evalFN. +% This initization function is used with an order-based +% representation. +% +% pop - the initial, evaluated, random population +% num - the size of the population, i.e. the number to create +% bounds - the number of permutations in an individual (e.g., number +% of cities in a tsp +% evalFN - the evaluation fn, usually the name of the .m file for evaluation +% evalOps- any options to be passed to the eval function defaults [] +% options- options to the initialize function, ie. [eps float/binary prec] +% where eps is the epsilon value and the second option is 1 for +% orderOps, prec is the precision of the variables defaults [1e-6 1] + +if nargin<5 + options=[1e-6 1]; +end +if nargin<4 + evalOps=[]; +end + +if any(evalFN<48) %Not a .m file + estr=['x=pop(i,:); pop(i,xZomeLength)=', evalFN ';']; +else %A .m file + estr=['[pop(i,:) pop(i,xZomeLength)]=' evalFN '(pop(i,:),[0 evalOps]);']; +end + + +numVars = bounds; %Number of variables + +xZomeLength = numVars+1; %Length of string is numVar + fit +pop = zeros(num,xZomeLength); %Allocate the new population +for i=1:num + pop(i,:)=[randperm(numVars) 0]; + eval(estr); +end + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/inversionMutation.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/inversionMutation.m" index 9fb30addc37397bbdd1502fbdbc87d53d2544d59..3186847409953c1252d5152e9f9261cacd831c6c 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/inversionMutation.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/inversionMutation.m" @@ -1,3 +1,41 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:02b8a29cc7a5966c1e78029cc9ffe75439f90e73ed278141935ffe0cd0f6413e -size 1555 +function [child] = inversionMutation(par,bounds,genInfo,Ops) +% Inversion mutation inverts the bits or permutation between two +% cut points. +% +% function [newSol] = inversionMutation(parent,bounds,Ops) +% parent - the first parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for binaryMutation [gen prob_of_mutation] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +sz = size(par,2)-1; +pos1 = round(rand*sz + 0.5); +pos2 = round(rand*sz + 0.5); +if pos1 ~= pos2 + if pos1 > pos2 + t = pos1; pos1 = pos2; pos2 = t; + end + child = [par(1:pos1-1) fliplr(par(pos1:pos2)) par(pos2+1:(sz+1))]; +else + child = par; +end + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/linerorderXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/linerorderXover.m" index 7c538a947d53921c64e53a58e41eecb28bc85b39..0b58126183682809750226f6dd59cc6e6693a95a 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/linerorderXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/linerorderXover.m" @@ -1,3 +1,48 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:e8a4695770f081996e61a23d241a4b14980e7cf6050cda2420efce09b40efc18 -size 1850 +function [c1,c2]=lox(p1,p2,bounds,genInfo,ops) +% Linearorder crossover takes two parents P1,P2 and performs linear order +% crossover for permutation strings. +% +% function [c1,c2] = linearOrderXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz=size(p1,2)-1; +c1=p1(1:sz);%zeros(1,sz); +c2=p2(1:sz);%zeros(1,sz); +cut1=round(rand*(sz-1)+1.5); +cut2=round(rand*(sz-1)+1.5); +while cut2 == cut1 + cut2 = round(rand*sz + 0.5); +end +if cut1 > cut2 + t = cut1; cut1 = cut2; cut2 = t; +end +for i=cut1:cut2 + c1=strrep(c1,p2(i),-1); + c2=strrep(c2,p1(i),-1); +end +g1=find(c1>-1); +g2=find(c2>-1); +c1=[c1(g1(1:(cut1-1))) p2(cut1:cut2) c1(g1(cut1:end)) p1(end)]; +c2=[c2(g2(1:(cut1-1))) p1(cut1:cut2) c2(g2(cut1:end)) p2(end)]; + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/maxGenTerm.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/maxGenTerm.m" index 42c801d224c1a70398294e72fb2a5fbf71e01f84..3a0b1bfbba1d57bcedc3b5d7b71e8f9aec803a09 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/maxGenTerm.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/maxGenTerm.m" @@ -1,3 +1,31 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:878b9efbeb4297ae5d1dd3c40b71964120bb978fa543f5d6cc5f42700c0014ed -size 1345 +function [done] = maxGenTerm(ops,bPop,endPop) +% function [done] = maxGenTerm(ops,bPop,endPop) +% +% Returns 1, i.e. terminates the GA when the maximal_generation is reached. +% +% ops - a vector of options [current_gen maximum_generation] +% bPop - a matrix of best solutions [generation_found solution_string] +% endPop - the current generation of solutions + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +currentGen = ops(1); +maxGen = ops(2); +done = currentGen >= maxGen; \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/multiNonUnifMutation.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/multiNonUnifMutation.m" index 2bfc45dfa0044aef8a2af3885d907b135438e464..50b10867686579caabc8cb447910c72fcd140cfc 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/multiNonUnifMutation.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/multiNonUnifMutation.m" @@ -1,3 +1,45 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:63cb60366f073527d546094319f0769a62a191bb4568620626638e886fee67af -size 1991 +function [parent] = multiNonUnifMutation(parent,bounds,Ops) +% Multi-Non uniform mutation changes all of the parameters of the parent +% based on a non-uniform probability distribution. This Gaussian +% distribution starts wide, and narrows to a point distribution as the +% current generation approaches the maximum generation. +% +% function [newSol] = multiNonUnifMutate(parent,bounds,Ops) +% parent - the first parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for multiNonUnifMutation +% [gen #MultiNonUnifMutations maxGen b] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +cg=Ops(1); % Current Generation +mg=Ops(3); % Maximum Number of Generations +b=Ops(4); % Shape parameter +df = bounds(:,2) - bounds(:,1); % Range of the variables +numVar = size(parent,2)-1; % Get the number of variables +% Now mutate that point +md = round(rand(1,numVar)); +for i = 1:numVar + if md(i) + parent(i)=parent(i)+delta(cg,mg,bounds(i,2)-parent(i),b); + else + parent(i)=parent(i)-delta(cg,mg,parent(i)-bounds(i,1),b); + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/nonUnifMutation.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/nonUnifMutation.m" index 746befa2e531bb5d3a13670f86652459101e67d4..f135a75c6601904a21681982c17e2ed07cbb1291 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/nonUnifMutation.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/nonUnifMutation.m" @@ -1,3 +1,45 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:d209a69a7dc79798aa290ef18d06a0ce4691a29d15261925eeb00a593789ee57 -size 2190 +function [parent] = nonUnifMutate(parent,bounds,Ops) +% Non uniform mutation changes one of the parameters of the parent +% based on a non-uniform probability distribution. This Gaussian +% distribution starts wide, and narrows to a point distribution as the +% current generation approaches the maximum generation. +% +% function [newSol] = multiNonUnifMutate(parent,bounds,Ops) +% parent - the first parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for nonUnifMutate[gen #NonUnifMutations maxGen b] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +cg=Ops(1); % Current Generation +mg=Ops(3); % Maximum Number of Generations +b=Ops(4); % Shape parameter +df = bounds(:,2) - bounds(:,1); % Range of the variables +numVar = size(parent,2)-1; % Get the number of variables +% Pick a variable to mutate randomly from 1 to number of vars +mPoint = round(rand * (numVar-1)) + 1; +md = round(rand); % Choose a direction of mutation +if md % Mutate towards upper bound + newValue=parent(mPoint)+delta(cg,mg,bounds(mPoint,2)-parent(mPoint),b); +else % Mutate towards lower bound + newValue=parent(mPoint)-delta(cg,mg,parent(mPoint)-bounds(mPoint,1),b); +end +parent(mPoint) = newValue; % Make the child + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/normGeomSelect.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/normGeomSelect.m" index a3cb156c50e6e1ce5d7e29b8a1d40a14900f6a5e..667cd661db04c4afa1795f2db904982b4ac78670 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/normGeomSelect.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/normGeomSelect.m" @@ -1,3 +1,49 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:c55cae033e91816ea78cd174bb245c1fb8719c31a0107d5593594fdf06dfcf8b -size 2308 +function[newPop] = normGeomSelect(oldPop,options) +% NormGeomSelect is a ranking selection function based on the normalized +% geometric distribution. +% +% function[newPop] = normGeomSelect(oldPop,options) +% newPop - the new population selected from the oldPop +% oldPop - the current population +% options - options to normGeomSelect [gen probability_of_selecting_best] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +q=options(2); % Probability of selecting the best +e = size(oldPop,2); % Length of xZome, i.e. numvars+fit +n = size(oldPop,1); % Number of individuals in pop +newPop = zeros(n,e); % Allocate space for return pop +fit = zeros(n,1); % Allocates space for prob of select +x=zeros(n,2); % Sorted list of rank and id +x(:,1) =[n:-1:1]'; % To know what element it was +[y x(:,2)] = sort(oldPop(:,e)); % Get the index after a sort +r = q/(1-(1-q)^n); % Normalize the distribution, q prime +fit(x(:,2))=r*(1-q).^(x(:,1)-1); % Generates Prob of selection +fit = cumsum(fit); % Calculate the cumulative prob. func +rNums=sort(rand(n,1)); % Generate n sorted random numbers +fitIn=1; newIn=1; % Initialize loop control +while newIn<=n % Get n new individuals + if(rNums(newIn)= maxGen) | ((optimal - bestSolVal) <= epsilon); \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderBasedExample.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderBasedExample.m" index 9384dd34f1e15258b66cfc278341b0d0542818b4..b66b39db5b980a417c9ad326a9f5eec064edc451 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderBasedExample.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderBasedExample.m" @@ -1,3 +1,131 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:4ab089b8b735270aa6498c783a6f8b0cc7ea7da1c6baa6127f2ad466113eaab6 -size 2859 +echo on +% This script shows how to use the ga using an order-based representation. +% You should see the demos for +% more information as well. gademo1, gademo2, gademo3 +global distMatrix +% Setting the seed to the same for binary +rand('seed',156789) + +% 6 city problem +t=[ 92.6112 59.0801; 49.1155 50.0000; 12.5000 57.9436; 75.0000 19.3703; + 8.6504 13.7113; 36.8786 92.9628]; +t=100*rand(15,2); +sz=size(t,1); +distMatrix=dists(t,t); + + +% Order-based Representation Crossover Operators +% cyclicXover.m +% erXover.m +% enhancederXover.m +% linerorderXover.m +% orderbasedXover.m +% partmapXover.m +% singleptXover.m +% uniformXover.m + +xFns = 'cyclicXover uniformXover partmapXover orderbasedXover ' +xFns =[xFns,'singleptXover linerorderXover']; +% xFns = [xFns,'enhancederXover linerorderXover'] +% xFns = [xFns,'linerorderXover singleptXover'] +xOpts = [2;2;2;2;2;2];% 2; 2; 2; 2; 2; 2; 2]; + +% Order-based Mutation Operators +% inversionMutation +% adjswapMutation.m +% shiftMutation.m +% swapMutation.m +% threeswapMutation.m + +mFns = 'inversionMutation adjswapMutation shiftMutation swapMutation threeswapMutation'; +mOpts = [2;2;2;2;2]; + +% Termination Operators +termFns = 'maxGenTerm'; +termOps = [100]; % 200 Generations + +% Selection Function +selectFn = 'normGeomSelect'; +selectOps = [0.08]; + +% Evaluation Function +evalFn = 'tspEval'; +evalOps = []; + +type tspEval + +% Bounds on the number of cities in the TSP +bounds = [sz]; + +% GA Options [epsilon float/binar display] +gaOpts=[1e-6 1 1]; + +% Generate an intialize population of size 20 +startPop = initializeoga(80,bounds,'tspEval',[1e-6 1]); + +% Lets run the GA +%Hit a return to continue +pause +[x endPop bestPop trace]=ga(bounds,evalFn,evalOps,startPop,gaOpts,... + termFns,termOps,selectFn,selectOps,xFns,xOpts,mFns,mOpts); + +% x is the best solution found +x +%Hit a return to continue +pause + +% endPop is the ending population +%endPop +%%Hit a return to continue +%pause + +% bestPop is the best solution tracked over generations +bestPop +%Hit a return to continue +pause + +% trace is a trace of the best value and average value of generations +trace + +%Hit a return to continue +pause + +% Plot the best over time +clf +plot(trace(:,1),trace(:,2)); +%Hit a return to continue +pause + +% Add the average to the graph +hold on +plot(trace(:,1),trace(:,3)); +%Hit a return to continue +pause + +figure(2) +clf +A=ones(sz,sz); +A= xor(triu(A),tril(A)); +[xg yg]=gplot(A,t); +clf +plot(xg,yg,'b:','MarkerSize',24); +h=gca; +hold on +ap=x; +plot(t(x(1:sz),1),t(x(1:(sz)),2),'r-') +plot(t([x(1),x(sz)],1),t([x(1),x(sz)],2),'r-') +plot(xg,yg,'b.','MarkerSize',24); + +j=1; +for i=1:sz + str=sprintf('C-%d',j); + if t(i,1)<50 + j=j+1; + text(t(i,1)-7,t(i,2),str); + else + j=j+1; + text(t(i,1)+2,t(i,2),str); + end + end + legend('Path','Best Found Path') +echo off diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderbasedXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderbasedXover.m" index a698a06e9c8dcb4dc2334b271655fcd0165da887..a5a551b41324bf91808cc3dbc5ecb32aa5bfca92 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderbasedXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/orderbasedXover.m" @@ -1,3 +1,42 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:69ba737ee3db67e5ccae7c6f4a83ef02d1e44404b869d91e30ff7d07f91a010f -size 1741 +function [c1,c2]= oox(p1,p2,bounds,Ops) +% Orderbased crossover takes two parents P1,P2 and performs order +% based crossover by Davis. +% +% function [c1,c2] = orderbasedXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz=size(p1,2)-1; +n=floor(sz/2); +cut1 = round(rand*(n-1)+0.5); %Generate random cut point U(1,n/2); +cut2 = round(rand*(sz-cut1-1)+1+cut1); %Generate random cut point U(cut1+1,n-1); +pm1=p1(1:end-1); +pm2=p2(1:end-1); +c1=p1; +c2=p2; +for i=[1:cut1 (cut2+1):sz] + pm1=strrep(pm1,p2(i),-1); + pm2=strrep(pm2,p1(i),-1); +end +c1((cut1+1):cut2)=p2(find(pm2>0)); +c2((cut1+1):cut2)=p1(find(pm1>0)); diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/parse.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/parse.m" index e9f351bc9cbae25567ae437b343e50db9b025c3e..4281e6167b2789aa7b781719b54259d078ea794b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/parse.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/parse.m" @@ -1,3 +1,42 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:4cac9baa65366e9604e3bf061005c8c9c73254320accbad0508aab2e733e3330 -size 1459 +function [x] = parse(inStr) +% parse is a function which takes in a string vector of blank separated text +% and parses out the individual string items into a n item matrix, one row +% for each string. +% +% function [x] = parse(inStr) +% x - the return matrix of strings +% inStr - the blank separated string vector + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +sz=size(inStr); +strLen=sz(2); +x=blanks(strLen); +wordCount=1; +last=0; +for i=1:strLen, + if inStr(i) == ' ' + wordCount = wordCount + 1; + x(wordCount,:)=blanks(strLen); + last=i; + else + x(wordCount,i-last)=inStr(i); + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/partmapXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/partmapXover.m" index f5a62f6c28d77abc904f1e796c49674763f392f1..3c1fbb94978525c2d88e398e6e9beea2723d6d7b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/partmapXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/partmapXover.m" @@ -1,3 +1,53 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:178834d29e099dda975d1fb5e44ff726617dbe7b321a655077393f0215f85643 -size 1921 +function [ch1,ch2] = partmapXover(par1,par2,bounds,Ops) +% Partmap crossover takes two parents P1,P2 and performs a partially +% mapped crossover. +% +% function [c1,c2] = partmapXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz = size(par1,2)-1; +pos1 = round(rand*sz + 0.5); +pos2 = round(rand*sz + 0.5); +while pos2 == pos1 + pos2 = round(rand*sz + 0.5); +end +if pos1 > pos2 + t = pos1; pos1 = pos2; pos2 = t; +end +ss1 = par1(pos1:pos2); ss2 = par2(pos1:pos2); +ch1 = par2; ch2 = par1; +for i = [1:pos1-1 pos2+1:sz] + ch1(i) = par1(i); + j = find(ch1(i) == ss2); + while ~isempty(j) + ch1(i) = ss1(j); + j = find(ch1(i) == ss2); + end + ch2(i) = par2(i); + j = find(ch2(i) == ss1); + while ~isempty(j) + ch2(i) = ss2(j); + j = find(ch2(i) == ss1); + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/plotCorana.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/plotCorana.m" index c1b40f26a4d0853cde5a90afd5fbd762bcbccba1..063e84b3c0a4e272073e71eaf68ff7e053350208 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/plotCorana.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/plotCorana.m" @@ -1,3 +1,26 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:58a0548cb8f709d421a863c970d445fd28a949ffdd9ed4352de52a03c5a7d13d -size 514 +function [z, a] = coranaEval(per) +i=0; +a=-0.9:per:0.9; +sz=size(a,2); +z=zeros(sz,sz); +for x=a + i=i+1; j=0; + for y=a + j=j+1; + z(i,j)=coranaFeval([x y]); + end +end +%Done! + +%First let's look at it in each dimension independently +clg +plot(z(:,1)) %Plot a slice of the function in x max 250.25 +%Notice the range is [250.0-250.25] +pause %Strike any key to continue +clg +plot(z(1,:)) %Plot a slice of the function in y +%Notice the range is [0-250] +pause %Strike any key to continue +mesh(a,a,z); +view(30,60); +grid; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/roulette.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/roulette.m" index 7fcb3c4f4c19d20df586865ad1d7e1d61cc8e1c6..b0cca6fc36c61ed392822becaa8dbf90bf785b08 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/roulette.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/roulette.m" @@ -1,3 +1,30 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:5d1ca5ef24855b92e2008019100f13f5d742a4d1ca80e3ceb09a13d23c4b5a82 -size 861 +function[newPop] = roulette(oldPop,options) +%roulette is the traditional selection function with the probability of +%surviving equal to the fittness of i / sum of the fittness of all individuals +% +%function[newPop] = roulette(oldPop,options) +%newPop - the new population selected from the oldPop +%oldPop - the current population +%options - options [gen] + +%Get the parameters of the population +numVars = size(oldPop,2); +numSols = size(oldPop,1); + +%Generate the relative probabilites of selection +totalFit = sum(oldPop(:,numVars)); +prob=oldPop(:,numVars) / totalFit; +prob=cumsum(prob); + +rNums=sort(rand(numSols,1)); %Generate random numbers + +%Select individuals from the oldPop to the new +fitIn=1;newIn=1; +while newIn<=numSols + if(rNums(newIn) cpos + child = [par(1:cpos-1) par(ppos) par(cpos:ppos-1) par(ppos+1:sz) par(sz+1)]; + else + child = [par(1:ppos-1) par(ppos+1:cpos) par(ppos) par(cpos+1:sz) par(sz+1)]; + end +else + child = par; +end + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/simpleXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/simpleXover.m" index 99b90c933a5c2e6e1760e9f795ba99bf66913c50..692d921bf601846debf84176c04ce92c576b80f0 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/simpleXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/simpleXover.m" @@ -1,3 +1,35 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:8e1a8f55408647cb0302a09462db170ecfe93b45aa63784be6d5fe0aa9a5700f -size 1611 +function [c1,c2] = simpleXover(p1,p2,bounds,Ops) +% Simple crossover takes two parents P1,P2 and performs simple single point +% crossover. +% +% function [c1,c2] = simpleXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +numVar = size(p1,2)-1; % Get the number of variables +% Pick a cut point randomly from 1-number of vars +cPoint = round(rand * (numVar-2)) + 1; + +c1 = [p1(1:cPoint) p2(cPoint+1:numVar+1)]; % Create the children +c2 = [p2(1:cPoint) p1(cPoint+1:numVar+1)]; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/singleptXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/singleptXover.m" index 18dea706138aedcdf48242d061e63027d405a2cf..fe837f89df616221085cf4dd529b3f7bc24ef9f1 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/singleptXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/singleptXover.m" @@ -1,3 +1,39 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:8c991b2e0baf8e5d73ec5ebc25daec74fc69d77559f205a476e369d4e91d6d70 -size 1564 +function [c1,c2]= singlePtX(p1,p2,bounds,Ops) +% function [c1,c2] = singlePtXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz=size(p1,2)-1; +cut = round(rand*(sz-1)+0.5); %Generate random cut point U(1,n-1) +pm1=p1(1:sz); +pm2=p2(1:sz); +c1=p1; +c2=p2; +c1(1:cut)=p1(1:cut); +c2(1:cut)=p2(1:cut); +for i=1:cut + pm1=strrep(pm1,p2(i),-1); + pm2=strrep(pm2,p1(i),-1); +end +c1((cut+1):sz)=p2(find(pm2>0)); +c2((cut+1):sz)=p1(find(pm1>0)); diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/startup.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/startup.m" index 3f4ab22a9f50cc36132ebe10cf16568feb0a435c..fdb41ce4ddaaed9a6317eb0e31adc35a52a21dcb 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/startup.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/startup.m" @@ -1,3 +1,2 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:7a31db6b29276c6ca2dc034bb836520ca19dbf905b4af001a50177a412757e25 -size 49 +path(path,'/afs/eos/info/ie/ie589k_info/GAOT'); 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Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz = size(par,2)-1; +pos1 = round(rand*sz + 0.5); +pos2 = round(rand*sz + 0.5); +if pos1 ~= pos2 + if pos1 > pos2 + t = pos1; pos1 = pos2; pos2 = t; + end + child = [par(1:pos1-1) par(pos2) par(pos1+1:pos2-1) par(pos1) par(pos2+1:(sz+1))]; +else + child = par; +end + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/threeswapMutation.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/threeswapMutation.m" index fe739a6931a8467f84c4844a44ae3774eab6e05d..46e16169cf89ced6dbe5202d3dd7205a5f10460d 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/threeswapMutation.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/threeswapMutation.m" @@ -1,3 +1,36 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:fe7ee1731fcf3603ad649fc3e7056517020950a8229d007f28ee0074a60f51da -size 1397 +function [c] = threeswapMutation(p,bounds,genInfo,Ops) +% Three swap mutation performs a three way swap of three randomly +% chosen genes in a permutation +% +% function [newSol] = threeswapMutation(parent,bounds,Ops) +% parent - the first parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for binaryMutation [gen prob_of_mutation] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz = size(p,2)-1; +j=randperm(sz); +jobs=j(1:3); +c=p; +c(jobs)=c(jobs(randperm(3))); + + + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tournSelect.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tournSelect.m" index cb49fb9afb4a2e4ce6cb5ed9cb81f7a597173603..698c5f418845d564b406983551f474dd8b035f7d 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tournSelect.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tournSelect.m" @@ -1,3 +1,36 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:b113268e09db1dff4a918abc579b177f300ca904954d5132efc9fdab47c57edc -size 1616 +function[newPop] = tournSelect(oldPop,options) +% Performs a tournament selection. +% +% function[newPop] = tournSelect(oldPop,options) +% newPop - the new population selected from the oldPop +% oldPop - the current population +% options - options to normGeomSelect [gen tournament_size] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +tournSize=options(2); % Get the number of tournaments +e = size(oldPop,2); % xZome length +n = size(oldPop,1); % number in Population +newPop = zeros(n,e); % Create the memory for newPop +tourns=floor(rand(tournSize,n)*n)+1; % Schedule of tournaments +% Determine the winner of the tournaments +[c b]=max(reshape(oldPop(tourns,e),tournSize,n)); +newPop=oldPop(diag(tourns(b,:)),:); % Copy the winners in to newPop + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tspEval.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tspEval.m" index 48886d08119e81882db2320f9b67833da5633efc..6d18d1b5a301bde7fdfd1746d3774168402135bc 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tspEval.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/tspEval.m" @@ -1,3 +1,7 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:e3b386c55aa70024d7c70026b0911c69506fdb64604a87cca12d3f94b265201c -size 157 +function [sol,val] = tsp(sol,options) +global distMatrix; +sol; +numvars=size(sol,2)-1; +val = -sum(diag(distMatrix(sol(1:numvars),[sol(2:numvars) sol(1)]))); + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/unifMutation.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/unifMutation.m" index 300cc671d9a529f536991e45a7a36ffe50067b91..0370e22881cc168f36f039c868734b6c647c2e7b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/unifMutation.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/unifMutation.m" @@ -1,3 +1,34 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:3ca545491a6958c1d656d6cdeb72b1ac1dce8f79cf6e99db8fc1a0c7ae90d536 -size 1648 +function [parent] = uniformMutate(parent,bounds,Ops) +% Uniform mutation changes one of the parameters of the parent +% based on a uniform probability distribution. +% +% function [newSol] = multiNonUnifMutate(parent,bounds,Ops) +% parent - the first parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options for uniformMutation [gen #UnifMutations] + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. + +df = bounds(:,2) - bounds(:,1); % Range of the variables +numVar = size(parent,2)-1; % Get the number of variables +% Pick a variable to mutate randomly from 1-number of vars +mPoint = round(rand * (numVar-1)) + 1; +newValue = bounds(mPoint,1)+rand * df(mPoint); % Now mutate that point +parent(mPoint) = newValue; % Make the child diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/uniformXover.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/uniformXover.m" index 0e8673e174bde073f9034da6a790c23d389ff6d0..2ee12c925f643d34c25cf66caebdc0bd616ee547 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/uniformXover.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\345\267\245\345\205\267\347\256\261/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\2612/\351\201\227\344\274\240\345\267\245\345\205\267\347\256\261/uniformXover.m" @@ -1,3 +1,55 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:c27145aa2615b9bcaf5b21c1cc69d90a265ac44e104e4c0d0353b67c27e7b455 -size 1823 +function [ch1,ch2,t] = uniformxover(par1,par2,bounds,Ops) +% Uniform crossover takes two parents P1,P2 and performs uniform +% crossover on a permuation string. +% +% function [c1,c2] = linearOrderXover(p1,p2,bounds,Ops) +% p1 - the first parent ( [solution string function value] ) +% p2 - the second parent ( [solution string function value] ) +% bounds - the bounds matrix for the solution space +% Ops - Options matrix for simple crossover [gen #SimpXovers]. + +% Binary and Real-Valued Simulation Evolution for Matlab +% Copyright (C) 1996 C.R. Houck, J.A. Joines, M.G. Kay +% +% C.R. Houck, J.Joines, and M.Kay. A genetic algorithm for function +% optimization: A Matlab implementation. ACM Transactions on Mathmatical +% Software, Submitted 1996. +% +% This program is free software; you can redistribute it and/or modify +% it under the terms of the GNU General Public License as published by +% the Free Software Foundation; either version 1, or (at your option) +% any later version. +% +% This program is distributed in the hope that it will be useful, +% but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of +% MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the +% GNU General Public License for more details. A copy of the GNU +% General Public License can be obtained from the +% Free Software Foundation, Inc., 675 Mass Ave, Cambridge, MA 02139, USA. +sz = size(par1,2)-1; +ch1 = par1; +ch2 = par2; +t = round(rand(1,sz)); +szt = sum(t); +idx = 1:sz; +idxt = idx(logical(t)); +plst = idxt; +for i = 1:szt + plst(i) = find(par2 == par1(idxt(i))); +end +plst = sort(plst); +for i = 1:szt + ch1(idxt(i)) = par2(plst(i)); +end +szt = sz - szt; +idxt = idx(~t); +plst = idxt; +for i = 1:szt + plst(i) = find(par1 == par2(idxt(i))); +end +plst = sort(plst); +for i = 1:szt + ch2(idxt(i)) = par1(plst(i)); +end + + diff --git 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/TSP\351\227\256\351\242\230\346\261\202\350\247\243/\345\237\272\344\272\216Matlab\347\232\204\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263TSP\351\227\256\351\242\230\347\232\204\346\212\245\345\221\212.txt" index be93b8ce93149c87582452d7c40666603ecfa862..5d750aeb86a471b50003212e5f5a69393c9bf51d 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/TSP\351\227\256\351\242\230\346\261\202\350\247\243/\345\237\272\344\272\216Matlab\347\232\204\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263TSP\351\227\256\351\242\230\347\232\204\346\212\245\345\221\212.txt" +++ 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-oid sha256:5fbac372e478779091bd7d3e055125ade49599c2cf583edcaf7ba9ba854eb3ad -size 18582 +----------------------- Page 1----------------------- + + 基于Matlabçš„é—传算法解决TSP问题 + 基于Matlabçš„é—传算法解决TSP问题 + 报告题目：基基于于MMaattllaabbçš„çš„é—é—传传算算法法解解决决TTSSPP问问题题 + +说明： +说明： +说说明明：：该文包括了基于Matlabçš„é—传算法解决TSP问题的 + +基本说明，并在文åŽé™„录了实现该算法的所有æºä»£ç ã€‚此代 + +ç ç»è¿‡æœ¬äººçš„è¿è¡Œï¼Œæ²¡æœ‰å‘现错误，结果比较接近ç†è®ºæœ€ä¼˜ + +值，虽然最优路径图有点交å‰ã€‚ + + 因为本人æ‰ç–学浅，本报告åŠæºä»£ç çš„编译耗费了本人 + +较多的时间与精力，特收å–下载积分，还请è§è°…。若有什么 + +问题，å¯ä»¥ç§ä¿¡ï¼Œæˆ‘们共åŒæŽ¢è®¨è¿™ä¸€é—®é¢˜ã€‚ + + 希望能对需è¦è¿™æ–¹é¢çš„çŸ¥è¯†çš„äººæœ‰æ‰€å¸®åŠ©ï¼ + +----------------------- Page 2----------------------- + +1. +1.é—®é¢˜ä»‹ç» +11.. + + 旅行商问题(Traveling Salesman Problem，简称TSP)是一个ç»å…¸çš„组åˆä¼˜ +化问题。它å¯ä»¥æ述为：一个商å“推销员è¦åŽ»è‹¥å¹²ä¸ªåŸŽå¸‚推销商å“，从一个城市 +出å‘，需è¦ç»è¿‡æ‰€æœ‰åŸŽå¸‚åŽï¼Œå›žåˆ°å‡ºå‘地，应如何选择行进路线，以使总行程最 +短。从图论的角度看，该问题实质是在一个带æƒå®Œå…¨æ— å‘图中。找一个æƒå€¼æœ€å° +çš„Hemilton回路。其数学æ述为：设有一个城市集åˆå…¶ä¸­æ¯å¯¹åŸŽå¸‚之间的è·ç¦» +d c,c ∈R+ ，求一对ç»è¿‡C中æ¯ä¸ªåŸŽå¸‚一次的路线 c ,c ,⋯c 使 + ( i j) ( Π1 Π2 Πn) + + n−1 + + min d c ,c +d c ,c + ∑ ( Πi Π i+1 ) ( Πn Π ) + ( ) 1 + i=1 + + 其中Π ,Π ,⋯Π 是1，2⋯n 的一个置æ¢ã€‚ + 1 2 n ( ) + +2. +2.é—传算法 +22.. + +2.1é—ä¼ ç®—æ³•åŸºæœ¬åŽŸç† +2.1é—ä¼ ç®—æ³•åŸºæœ¬åŽŸç† +22..11é—é—传传算算法法基基本本原原ç†ç† + + é—传算法是由美国J.Holland教授于1975年在他的专著《自然界和人工系 +统的适应性》中首先æ出的，它是一类借鉴生物界自然选择和自然é—ä¼ æœºåˆ¶çš„éš +机化æœç´¢ç®—法。 + é—传算法模拟自然选择和自然é—传过程中å‘生的ç¹æ®–ã€äº¤å‰å’ŒåŸºå› çªå˜çŽ° +象，在æ¯æ¬¡è¿­ä»£ä¸­éƒ½ä¿ç•™ä¸€ç»„候选解，并按æŸç§æŒ‡æ ‡ä»Žè§£ç¾¤ä¸­é€‰å–较优的个体， +利用é—ä¼ ç®—å­(选择ã€äº¤å‰å’Œå˜å¼‚)对这些个体进行组åˆï¼Œäº§ç”Ÿæ–°ä¸€ä»£çš„候选解群， +é‡å¤æ­¤è¿‡ç¨‹ï¼Œç›´åˆ°æ»¡è¶³æŸç§æ”¶æ•›æŒ‡æ ‡ä¸ºæ­¢ã€‚ + é—传算法，在本质上是一ç§ä¸ä¾èµ–具体问题的直接æœç´¢æ–¹æ³•ï¼Œæ˜¯ä¸€ç§æ±‚解问 +题的高效并行全局æœç´¢æ–¹æ³•ã€‚é—传算法在模å¼è¯†åˆ«ã€ç¥žç»ç½‘络ã€å›¾åƒå¤„ç†ã€æœºå™¨ +学习ã€å·¥ä¸šä¼˜åŒ–控制ã€è‡ªé€‚应控制ã€è´Ÿè½½å¹³è¡¡ã€ç”µç£ç³»ç»Ÿè®¾è®¡ã€ç”Ÿç‰©ç§‘å­¦ã€ç¤¾ä¼š +科学等方é¢éƒ½å¾—到了应用。在人工智能研究中，现在人们认为“é—传算法ã€è‡ªé€‚ +应系统ã€ç»†èƒžè‡ªåŠ¨æŽ§åˆ¶ã€æ··æ²Œç†è®ºä¸Žäººå·¥æ™ºèƒ½ä¸€æ ·ï¼Œéƒ½æ˜¯å¯¹ä»ŠåŽå年的计算技术 +有é‡å¤§å½±å“的关键技术â€ã€‚ + +2.2é—传算法的æµç¨‹ +2.2é—传算法的æµç¨‹ +22..22é—é—传传算算法法的的æµæµç¨‹ç¨‹ + + 标准的é—传算法包括群体的åˆå§‹åŒ–，选择，交å‰ï¼Œå˜å¼‚æ“作。æµç¨‹å›¾å¦‚图1 +所示，其主è¦æ­¥éª¤å¯æ述如下： + （1）éšæœºäº§ç”Ÿä¸€ç»„åˆå§‹ä¸ªä½“æž„æˆçš„åˆå§‹ç§ç¾¤ï¼Œå¹¶è¯„ä»·æ¯ä¸€ä¸ªä¸ªä½“的适é…值。 + （2）判断算法的收敛准则是å¦æ»¡è¶³ã€‚若满足输出æœç´¢ç»“果；å¦åˆ™æ‰§è¡Œä»¥ä¸‹ +步骤。 + +----------------------- Page 3----------------------- + + （3）根æ®é€‚é…值大å°ä»¥ä¸€å®šæ–¹å¼æ‰§è¡Œé€‰æ‹©æ“作。 + （4）按交å‰æ¦‚率Pc执行交å‰æ“作。 + （5）按å˜å¼‚概率Pm执行å˜å¼‚æ“作。 + 6 2 + （ ）返回步骤（ ）。 + + 图 1 é—传算法æµç¨‹å›¾ + +3.TSP +3.TSP +33..TTSSPP问题的é—传算法设计与实现 + +3.1TSP 问题的图论æè¿° +3.1TSP 问题的图论æè¿° +33..11TTSSPP问问题题的的图图论论ææè¿°è¿° + + 求最短路径问题，用图论术语æ述如下：在图G(V,A)中，V表示顶点集åˆï¼Œ + +V=(v1,v2,…,vn)对G中的æŸä¸€è¾¹(v,v )，相应的有一个数d(v,v )，如果Gä¸­ä¸ + i j i j + +存在边(v,v )，则令d(v,v )无穷大，如果把d(v,v )认为是边(v,v )的长度， + i j i j i j i j + +则通路的长度定义为组æˆè·¯çš„å„æ¡è¾¹çš„长度总和。顶点v,v 之间是å¦æœ‰è¾¹ç›¸è¿žï¼Œ + i j + +由邻接矩阵æ¥å†³å®šã€‚ + +----------------------- Page 4----------------------- + + A v e G A=[ ] + 邻接矩阵 ：对一个具有 个顶点， æ¡è¾¹çš„图 的邻接矩阵 a 是一 + ij + + v×v =1 =0 vi vj +个 阶方阵，其中a ，表示vå’Œv 邻接，a 表示 å’Œ ä¸ç›¸é‚»æŽ¥ï¼ˆæˆ– + ij i j ij + +i=j）。 + +3.2读å–txt 文件 +3.2读å–txt 文件 +33..22读读å–å–ttxxtt文文件件 + + 标准的测试文件一般都是存储 n*2 çš„ txt 文件，为此本人编译了一个 +readfile.m的程åºï¼Œæ–¹ä¾¿äº†ä¸åŒæ–‡ä»¶çš„使用。此程åºè¿”回的是城市的å标矩阵pop +和城市的è·ç¦»çŸ©é˜µdista。 + +3.3åˆå§‹ç§ç¾¤ +3.3åˆå§‹ç§ç¾¤ +33..33åˆåˆå§‹å§‹ç§ç§ç¾¤ç¾¤ + + 对于n个城市的问题，æ¯ä¸ªä¸ªä½“å³æ¯ä¸ªè§£çš„长度为n ，用sè¡Œ, t列的pop矩阵 +表示åˆå§‹ç¾¤ä½“，s表示åˆå§‹ç¾¤ä½“的个数，t为n+1，矩阵的æ¯ä¸€è¡Œçš„å‰n个元素表示 +城市编ç ï¼Œæœ€åŽä¸€ä¸ªå…ƒç´ è¡¨ç¤ºè¿™ä¸€è·¯å¾„的长度。这一算法通过start.m程åºå®žçŽ°ã€‚ + +3.3适应度 +3.3适应度 +33..33适适应应度度 + + TSP + 在 的求解中，å¯ä»¥ç›´æŽ¥ç”¨è·ç¦»æ€»å’Œä½œä¸ºé€‚应度函数。个体的路径长度越 + pop +å°ï¼Œæ‰€å¾—个体优越，以 矩阵的æ¯ä¸€è¡Œæœ€åŽä¸€ä¸ªå…ƒç´ ä½œä¸ºä¸ªä½“适应值。求适应 +值的qiujuli.m 程åºï¼Œè§é™„录。 + +3.4选择 +3.4选择 +33..44选选择择 + + 选择就是从群体中选择优胜个体ã€æ·˜æ±°åŠ£è´¨ä¸ªä½“çš„æ“作，它是建立在群体中 +个体适应度评估基础上。这里采用方法是最优ä¿å­˜æ–¹æ³•ã€‚ + 算法就是首先将群体中适应度最大的k个个体直接替æ¢é€‚应度最å°çš„k个个 +体。程åºä¸ºselect.m，è§é™„录。 + +3.5交 +3.5交 +33..55äº¤äº¤å‰ + + å—贪婪算法的å¯å‘, 本文设计一ç§æœ‰ç›®çš„使适应值上å‡çš„交å‰ç®—å­ã€‚已知两 +个父代a1(m11,m12,m13,...,m1n),a2(m21,m22,m23,...,m2n)，算法产生åŽä»£a1’ +å’Œa2’的过程如下： + (1) éšæœºäº§ç”Ÿä¸€ä¸ªåŸŽå¸‚d作为交å‰èµ·ç‚¹, 把d作为a1’和a2’的起始点 + (2) 分别从a1å’Œa2中找出dçš„å³åŸŽå¸‚dr1å’Œdr2,并计算(d,dr1)å’Œ(d,dr2)çš„ +è·ç¦»j1å’Œj2。 + (3) 如果j1j2,则把dr2作为a1'的第二个点，从a1å’Œa2中删除d，并且把当 +å‰ç‚¹æ”¹ä¸ºdr2。 + (5) 若此时p1å’Œp2的个数为1，结æŸï¼Œå¦åˆ™å›žåˆ°ç¬¬äºŒæ­¥ç»§ç»­æ‰§è¡Œã€‚ + åŒç†ï¼ŒæŠŠç¬¬äºŒæ­¥ä¸­çš„å³åŸŽå¸‚改æˆå·¦åŸŽå¸‚dle1å’Œdle2，通过计算(d,d1e1)å’Œ +(d,d1e2) çš„è·ç¦»å¹¶æ¯”较大å°æ¥ç¡®å®šå­ä»£a2'。为程åºcross.m，è§é™„录。 + +3.6å˜å¼‚ +3.6å˜å¼‚ +33..66å˜å˜å¼‚异 + + å˜å¼‚æ“作是以å˜å¼‚概率Pm对群体中个体串æŸäº›åŸºå› ä½ä¸Šçš„基因值作å˜åŠ¨ï¼Œè‹¥ +å˜å¼‚åŽå­ä»£çš„适应度值更加优异，则ä¿ç•™å­ä»£æŸ“色体，å¦åˆ™ï¼Œä»ä¿ç•™çˆ¶ä»£æŸ“色体。 +这里采用的方法是倒置å˜å¼‚法。 + å‡è®¾å½“å‰ä¸ªä½“X为（1 3 7 4 8 0 5 9 6 2）。如果Pm>rand，那么éšæœºé€‰æ‹© +æ¥è‡ªåŒä¸€ä¸ªä½“的两个点mutatepoint(1)å’Œmutatepoint(2)，比如说3å’Œ7，倒置P1 +å’ŒP之间的部分，产生下é¢çš„å­ä½“X'为(1 3 7 5 0 8 4 9 6 2)。为mutate.m程åºï¼Œ +è§é™„录。 + +4. +4. +44..è¯•éªŒä¸Žç»“æžœåˆ†æž + + 试验采用TSPLib标准库的eil51，eil76，eil101作为测试实例。æ¯ä¸ªå®žä¾‹åˆ† +别测试五次，求出平å‡å€¼å’Œæœ€ä¼˜å€¼ä½œä¸ºæ¯”较ä¾æ®ã€‚ + 问题 求解次数 最优ç†è®º 最优解 最差解 å¹³å‡å€¼ + 解 + eil51 5 426 432.3981 445.9899 441.2703 + eil76 5 538 561.5283 576.1645 570.2783 + eil101 5 629 678.3685 699.7653 693.5415 + 下é¢ç»™å‡ºäº”次è¿è¡Œä¸­çš„最优路径图： + + 图1 eil51最优路径图 图2 eil76最优路径图 + +----------------------- Page 6----------------------- + + 图3 eil101最优路径图 + + 从图中å¯ä»¥çœ‹å‡ºï¼Œæ‰€èŽ·å¾—路线都有交å‰ï¼Œæ˜Žæ˜¾ä¸æ˜¯æœ€ä¼˜è·¯å¾„。对于51个城市 +å’Œ76个城市æ¥è¯´ï¼Œéƒ½åªæœ‰ä¸€ä¸ªäº¤å‰ï¼Œè€Œå¯¹äºŽ101个城市æ¥è¯´ï¼Œäº¤å‰æ¯”较多，求得 +最优路径的结果也ä¸æ˜¯å¤ªç†æƒ³ã€‚ + 从å‚数设置æ¥è¯´ï¼Œå¯¹äºŽ51个城市和76个城市，å‚数：群体总数s=400ï¼Œäº¤å‰ +概率Pc=0.9，å˜å¼‚概率Pm=0.2，最大迭代次数C=100。对于ä¸æ–­è°ƒæ•´è¯•éªŒå‚数中 +å¯ä»¥å¾—出，最大迭代次数越多，结果比较接近ç†è®ºæœ€ä¼˜è§£ã€‚ + 对于101个城市，å‚数：群体总数s=500，交å‰æ¦‚率Pc=0.9，å˜å¼‚概率Pm=0.1， +最大迭代次数C=200。对于ä¸æ–­è°ƒæ•´è¯•éªŒå‚数中å¯ä»¥å¾—出，对于较大数目的城市 +数，å˜å¼‚概率å°ä¸€äº›ï¼Œå¾—到结果也会相应好一些。 + +5. +5. +55..结语 + + 本文è¿ç”¨Matlab软件，利用é—传算法解决了å°è§„模的TSP问题。文章首先介 +ç»äº†TSP问题，并给出TSP问题的数学定义，然åŽä»‹ç»äº†é—传算法的原ç†ä»¥åŠç®—法 +的基本过程，最åŽé€šè¿‡å¯¹æ ‡å‡†TSPLib中的51ã€76å’Œ101个城市分别进行了测试， +æ ¹æ®è¯•éªŒå¯¹å‚数进行分æžã€‚本文程åºè§£å†³å°è§„模的TSP问题还å¯ä»¥ï¼Œéšç€åŸŽå¸‚æ•° +目的增大，计算精度有所下é™ï¼Œè®¡ç®—时间增长很快，效率较低较快，这也是下一 +步需è¦æ”¹è¿›çš„地方。 + +6. +6. +66..附录 + +%此为主程åºä»£ç ï¼Œå°†ä¸‹é¢å„个程åºåˆ†åˆ«ä¿å­˜åœ¨åŒä¸€æ–‡ä»¶ä¸‹è¿è¡Œï¼Œå³å¯å¾—出比较% + +好的解，åªæ˜¯ä¼šæœ‰ç‚¹äº¤å‰ï¼Œä½†æ˜¯æœ€å°è·¯å¾„值很接近最优ç†è®ºå€¼ +function ga + +----------------------- Page 7----------------------- + +s=500;%群体中个体数目 +k=100;%选择优化个数 +Pc=0.9;%交å‰æ¦‚率 +Pm=0.1;%å˜å¼‚概率 +C=200;%最大循环次数 +[M,dista]=readfile('tsp76.txt');%读å–城市å标文件 +[Ncities,b]=size(M); +t=Ncities+1; +farm=start(s,t); %éšæœºåˆå§‹åŒ–ç§ç¾¤ +farm=qiujuli(farm,dista);%求出ç§ç¾¤çš„适应度 +counter=0; +while counter<=C + counter=counter+1; + farm=select(farm,k);%选择 + if(Pc>rand) + farm=cross(farm,dista);%äº¤å‰ + end + if(Pm>rand) + farm=mutate(farm,dista);%å˜å¼‚ + end +end +[a,b]=size(farm); %求出总路径中的最å°å€¼ +A=zeros(1,a); +for i=1:a + A(1,i)=farm(i,b); +end +shortest_path=min(A)%最短路径值 +[c,d]=find(A==shortest_path); +e=c(1);%画出最短路径图 +for i=1:Ncities + plot(M(i,1),M(i,2),'ro');%‘ro’å¯æ”¹ + hold on +end + +for i=1:t-2 + plot_ga(farm(e,1),farm(e,t-1),M); + plot_ga(farm(e,i),farm(e,i+1),M); +end + +----------------------------------------------------- +---------------------------------------------------- +%读å–城市å标的txt文件，格å¼ä¸ºn*2çš„å标，n为城市数目，%filename为文件 + +å，返回n*2çš„åæ ‡pop，以åŠåŸŽå¸‚è·ç¦»çŸ©é˜µ%city_distance，为n*n + +----------------------- Page 8----------------------- + +function [pop,city_distance]=readfile(filename) +fid=fopen(filename,'r'); +pop=fscanf(fid,'%d',[2 inf]); +pop=pop'; +[a,b]=size(pop); +city_distance=zeros(a,a); +for i=1:a + for j=i:a + city_distance(i,j)=sqrt((pop(i,1)-pop(j,1))^2+(pop(i,2)-pop + +(j,2))^2); + city_distance(j,i)=city_distance(i,j); + end +end +fclose(fid) + +--------------------------------------------------------------------- +-------------------------------------------------- +%生æˆs*t列的ç§ç¾¤ï¼Œå…¶ä¸­æ¯ä¸€è¡Œçš„å‰t-1个数为1到t-1çš„éšæœºä¸é‡å¤æŽ’列，用于 +%显示éšæœºè¡Œèµ°çš„路径，最åŽä¸€åˆ—记录这样走的总è·ç¦»ï¼Œä¸€èˆ¬t等于城市数目+1， +%s为åˆå§‹è®¾ç½®çš„群体中个体数目 +function pop=start(s,t) +pop=zeros(s,t); +for i=1:s +pop(i,1:t-1)=randperm(t-1); +end + +--------------------------------------------------------------------- +- + + ç¼–ç ï¼Œç”Ÿæˆ 个å°äºŽ 的整数数组 +function [a]=bianma(k,u) % k u +a=zeros(1,k); +aa=0:u-1; +for i=1:k + point=round(rand*(u-i))+1; + a(i)=aa(point); + aa(point)=[]; +end + +================================================================ + +-------------------------------------------------- + +----------------------- Page 9----------------------- + +%该算法主è¦å®žçŽ°pop矩阵中最åŽä¸€åˆ—的值，å³æ€»è·ç¦» +function [pop]=qiujuli(pop,D) %D为城市的è·ç¦»çŸ©é˜µï¼Œpop为ç§ç¾¤ +[s,t]=size(pop); +for i=1:s + dd=0; + for j=1:t-2 + dd=D(pop(i,j),pop(i,j+1))+dd; + end + dd=dd+D(pop(i,1),pop(i,t-1)); %dd为æ¯ä¸ªè®¿é城市路径 +çš„ + +适应度 + pop(i,t)=dd; %存储适应度 +end + +--------------------------------------------------------------------- +- + +-------------------------------------------------- +%该算法是将群体中适应度最大的k个个体直接替æ¢é€‚应度最å°çš„k个%个体 +function [pop]=select(pop,k) +[s,t]=size(pop); +m11=(pop(:,t)); +m11=m11'; +mmax=zeros(1,k); +mmin=zeros(1,k); +num=1; +while num2 %判断是å¦ç»§ç»­ + l=find(x1==c1); + h=find(x2==c2); + if l==t+1-j + lr=1; + else + lr=l+1; + end + if h==1 + hle=t+1-j; + else + hle=h-1; + end + q=find(y1==c1); + z=find(y2==c2); + if q==t+1-j + qr=1; + else qr=q+1; + end + if z==1 + zle=t+1-j; + else zle=z-1; + end + if D(c1,x1(lr))......... +%******************²ÎÊý¼°²ÎÊý˵Ã÷****************** +%-------nCity£º³ÇÊÐÊýÁ¿£¬²ÎÊýÈ¡Öµ·¶Î§£¬>2 ÕûÊý£» +%-------xyCity£º³ÇÊжþά×ø±ê£¬±¾ÀýÓɼÆËã»úËæ»ú²úÉú£¬·¶Î§(0,1)£¬¼Ù¶¨Æðʼ³ÇÊÐΪµÚnCity¸ö³ÇÊУ» +%-------dCity£º³ÇÊмä¾àÀë¾ØÕ󣬱¾Àý¿¼ÂdzÇÊмäÍù·µ¾àÀëÏàµÈ£¬ÇÒ¶¨Òå¾àÀëΪŷ¼¸ÀïµÂ·¶Êý£» +%-------nPopulation£ºÖÖȺ¸öÌåÊýÁ¿£» +%-------Population£ºÖÖȺ£¬nPopulation*(nCity-1)¾ØÕó£¬Ã¿ÐÐÓÉ{1,2,...,nCity-1}ijһ¸öÈ«ÅÅÁй¹³É£» +%-------generation£ºËã·¨ÖÕÖ¹Ìõ¼þÒ»£¬µü´ú´úÊý£» +%-------nR£ºËã·¨ÖÕÖ¹Ìõ¼þ¶þ£¬×î¶Ì·¾¶ÖµÁ¬ÐønR´ú²»±ä£» +%-------R£º×î¶Ì·¾¶£» +%-------Rlength£º×î¶Ì·¾¶³¤¶È¡£ +%-------Shock£ºµ±×îÓŸöÌå±£³ÖÒ»¶ÎʱÆÚ²»±äºó£¬²úÉúÕðµ´ +function [R,Rlength]=GA_TSP(xyCity,dCity,Population,nPopulation,pCrossover,percent,pMutation,generation,nR,rr,rangeCity,rR,moffspring,record,pi,Shock,maxShock) +%10¸ö³ÇÊÐ×ø±ê +%xyCity=[0.4 0.4439;0.2439 0.1463;0.1707 0.2293;0.2293 0.761;0.5171 0.9414; + % 0.8732 0.6536;0.6878 0.5219;0.8488 0.3609;0.6683 0.2536;0.6195 0.2634]; +%10 cities d'=2.691 +%-------------------------------------------------------------------------- +%30¸ö³ÇÊÐ×ø±ê +xyCity=[25 62;7 64;2 99;68 58;71 44]; +xyCity=[41 94;37 84;54 67;25 62;7 64;2 99;68 58;71 44;54 62;83 69;64 60;18 54;22 60; + 83 46;91 38;25 38;24 42;58 69;71 71;74 78;87 76;18 40;13 40;82 7;62 32;58 35;45 21;41 26;44 35;4 50]; +%30 cities d'=423.741 by D B Fogel +%-------------------------------------------------------------------------- +%50¸ö³ÇÊÐ×ø±ê +%xyCity=[31 32;32 39;40 30;37 69;27 68;37 52;38 46;31 62;30 48;21 47;25 55;16 57; +%17 63;42 41;17 33;25 32;5 64;8 52;12 42;7 38;5 25; 10 77;45 35;42 57;32 22; +%27 23;56 37;52 41;49 49;58 48;57 58;39 10;46 10;59 15;51 21;48 28;52 33; +%58 27;61 33;62 63;20 26;5 6;13 13;21 10;30 15;36 16;62 42;63 69;52 64;43 67]; +%50 cities d'=427.855 by D B Fogel +%-------------------------------------------------------------------------- +%75¸ö³ÇÊÐ×ø±ê +%xyCity=[48 21;52 26;55 50;50 50;41 46;51 42;55 45;38 33;33 34;45 35;40 37;50 30; +%55 34;54 38;26 13;15 5;21 48;29 39;33 44;15 19;16 19;12 17;50 40;22 53;21 36; +%20 30;26 29;40 20;36 26;62 48;67 41;62 35;65 27;62 24;55 20;35 51;30 50; +%45 42;21 45;36 6;6 25;11 28;26 59;30 60;22 22;27 24;30 20;35 16;54 10;50 15; +%44 13;35 60;40 60;40 66;31 76;47 66;50 70;57 72;55 65;2 38;7 43;9 56;15 56; +%10 70;17 64;55 57;62 57;70 64;64 4;59 5;50 4;60 15;66 14;66 8;43 26]; +%75cities d'=549.18 by D B Fogel +figure(1) +axis([0 10 0 10]) +grid on +scatter(xyCity(:,1),xyCity(:,2),'x') +grid on +nCity=size(xyCity,1); +for i=1:nCity %¼ÆËã³ÇÊмä¾àÀ룬¼ÙÉè¾àÀëΪŷ¼¸ÀïµÂ·¶Êý + for j=1:nCity + dCity(i,j)=((xyCity(i,1)-xyCity(j,1))^2+(xyCity(i,2)-xyCity(j,2))^2)^0.5; + end +end %¼ÆËã³ÇÊмä¾àÀ룬¼ÙÉè¾àÀëΪŷ¼¸ÀïµÂ·¶Êý +xyCity; %ÏÔʾ³ÇÊÐ×ø±ê +dCity ; %ÏÔʾ³ÇÊоàÀë¾ØÕó +%³õʼÖÖȺ +nPopulation=50;%ÖÖȺ¸öÌåÊýÁ¿ +for i=1:nPopulation + Population(i,:)=randperm(nCity-1); %²úÉúËæ»ú¸öÌå +end +%Population %ÏÔʾ³õʼÖÖȺ +%Ìí¼Ó»æͼ±íʾ +pCrossover=0.85; +percent=0.6; +pMutation=0.01; +nRemain=40; +pi(1)=0.7; %Ñ¡Ôñ²Ù×÷×îÓŸöÌå±»±£»¤¸ÅÂÊ +pi(2)=0.7; %½»²æ²Ù×÷×îÓŸöÌå±»±£»¤¸ÅÂÊ +pi(3)=0.6; %Í»±ä²Ù×÷×îÓŸöÌå±»±£»¤¸ÅÂÊ +maxShock=0.05; %×î´óÍ»±ä¸ÅÂÊ +Shock=0; +rr=0; +Rlength=0; +counter1=0; +counter2=0; +R=zeros(1,nCity-1); + %% Ñ¡Ôñ +[newPopulation,R,Rlength,counter2,rr]=select(Population,nPopulation,nCity,dCity,Rlength,R,counter2,pi,nRemain); +R0=R; +R0=R; +record(1,:)=R; +rR(1)=Rlength; +Rlength0=Rlength; +figure(2) +subplot(1,3,1) +draw(xyCity,R,nCity) +generation=1000;%×î¶àµü´ú´ÎÊý +nR=50;%×î¶Ì·¾¶Á¬Ðø±£³Ö²»±ä´úÊý +while counter1',num2str(R(i))]; +end +disp(p) \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/TSP\351\227\256\351\242\230\346\261\202\350\247\243/\350\207\252\345\210\233\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243TSP\346\223\215\344\275\234/PathLength.m" 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sha256:362230ebfeb1275e54333fad3d1cfd1e7c2f6ac7eebef563121f8ac8af481c1e -size 530 +%% ½ø»¯Äæתº¯Êý +%ÊäÈë +%SelCh ±»Ñ¡ÔñµÄ¸öÌå +%D ¸ö³ÇÊеľàÀë¾ØÕó +%Êä³ö +%SelCh ½ø»¯ÄæתºóµÄ¸öÌå +function SelCh=Reverse(SelCh,D) +[row,col]=size(SelCh); +ObjV=PathLength(D,SelCh); %¼ÆËã·¾¶³¤¶È +SelCh1=SelCh; +for i=1:row + r1=randsrc(1,1,[1:col]); + r2=randsrc(1,1,[1:col]); + mininverse=min([r1 r2]); + maxinverse=max([r1 r2]); + SelCh1(i,mininverse:maxinverse)=SelCh1(i,maxinverse:-1:mininverse); +end +ObjV1=PathLength(D,SelCh1); %¼ÆËã·¾¶³¤¶È +index=ObjV1q(j-1)&r<=q(j) + t(k,:)=t1(j,:); + end + end +end +-------------------------------------------------- +function [g]=grefenstette(t) +[m,n]=size(t); +for k=1:m + t0=1:n; + for i=1:n + for j=1:length(t0) + if t(k,i)==t0(j) + g(k,i)=j; + t0(j)=[]; + break + end + end + end +end +------------------------------------------- +function [g]=crossover(g,pc,cxops) +[m,n]=size(g); +ran=rand(1,m); +r=cxops; +[x,ru]=find(ran=2 + for k=1:2:length(ru)-1 + 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912 +function ret=Select(individuals,sizepop) +% ÂÖÅ̶ÄÑ¡Ôñ +% individuals input : ÖÖȺÐÅÏ¢ +% sizepop input : ÖÖȺ¹æÄ£ +% ret output : Ñ¡ÔñºóµÃµ½µÄÖÖȺ + +excellence=individuals.excellence; +pselect=excellence./sum(excellence); +% ÊÂʵÉÏ pselect = excellence£» + +index=[]; +for i=1:sizepop % תsizepop´ÎÂÖÅÌ + pick=rand; + while pick==0 + pick=rand; + end + for j=1:sizepop + pick=pick-pselect(j); + if pick<0 + index=[index j]; + break; % Ñ°ÕÒÂäÈëµÄÇø¼ä£¬´Ë´ÎתÂÖÅÌÑ¡ÖÐÁËȾɫÌåj + end + end +end +% ×¢Ò⣺ÔÚתsizepop´ÎÂÖÅ̵Ĺý³ÌÖУ¬ÓпÉÄÜ»áÖظ´Ñ¡ÔñijЩȾɫÌå + +individuals.chrom=individuals.chrom(index,:); +individuals.fitness=individuals.fitness(index); +individuals.concentration=individuals.concentration(index); +individuals.excellence=individuals.excellence(index); +ret=individuals; + +end + \ No newline at end of file diff --git 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-size 1669 +function rets=bestselect(individuals,m,n) +% ³õʼ»¯¼ÇÒä¿â,ÒÀ¾Ýexcellence£¬½«ÈºÌåÖиßÊÊÓ¦¶ÈµÍÏàËƶȵÄoverbest¸ö¸öÌå´æÈë¼ÇÒä¿â +% m input ¿¹ÌåÊý +% n input ¼ÇÒä¿â¸öÌåÊý\¸¸´úȺ¹æÄ£ +% individuals input ¿¹ÌåȺ +% bestindividuals output ¼ÇÒä¿â\¸¸´úȺ + +% ¾«Ó¢±£Áô²ßÂÔ£¬½«fitness×îºÃµÄs¸ö¸öÌåÏÈ´æÆðÀ´£¬±ÜÃâÒòÆäŨ¶È¸ß¶ø±»ÌÔÌ­ +s=3; +rets=struct('fitness',zeros(1,n), 'concentration',zeros(1,n),'excellence',zeros(1,n),'chrom',[]); +[fitness,index] = sort(individuals.fitness); +for i=1:s + rets.fitness(i) = individuals.fitness(index(i)); + rets.concentration(i) = individuals.concentration(index(i)); + rets.excellence(i) = individuals.excellence(index(i)); + rets.chrom(i,:) = individuals.chrom(index(i),:); +end + +% Ê£Óàm-s¸ö¸öÌå +leftindividuals=struct('fitness',zeros(1,m-s), 'concentration',zeros(1,m-s),'excellence',zeros(1,m-s),'chrom',[]); +for k=1:m-s + leftindividuals.fitness(k) = individuals.fitness(index(k+s)); + leftindividuals.concentration(k) = individuals.concentration(index(k+s)); 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-size 1102 +function newindividuals = incorporate(individuals,sizepop,bestindividuals,overbest) +% ½«¼ÇÒä¿âÖп¹Ìå¼ÓÈ룬ÐγÉÐÂÖÖȺ +% individuals input ¿¹ÌåȺ +% sizepop input ¿¹ÌåÊý +% bestindividuals input ¼ÇÒä¿â +% overbest input ¼ÇÒä¿âÈÝÁ¿ + +m = sizepop+overbest; +newindividuals = struct('fitness',zeros(1,m), 'concentration',zeros(1,m),'excellence',zeros(1,m),'chrom',[]); + +% ÒÅ´«²Ù×÷µÃµ½µÄ¿¹Ìå +for i=1:sizepop + newindividuals.fitness(i) = individuals.fitness(i); + newindividuals.concentration(i) = individuals.concentration(i); + newindividuals.excellence(i) = individuals.excellence(i); + newindividuals.chrom(i,:) = individuals.chrom(i,:); +end +% ¼ÇÒä¿âÖп¹Ìå +for i=sizepop+1:m + newindividuals.fitness(i) = bestindividuals.fitness(i-sizepop); + newindividuals.concentration(i) = bestindividuals.concentration(i-sizepop); + newindividuals.excellence(i) = bestindividuals.excellence(i-sizepop); + newindividuals.chrom(i,:) = bestindividuals.chrom(i-sizepop,:); +end + +end + + + diff --git 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\347\211\251\346\265\201\351\200\211\345\235\200/\345\205\215\347\226\253\347\256\227\346\263\225\347\250\213\345\272\217\345\256\236\347\216\260/main.m" index 39f24ab2324529f19c7bfa514a691038d2b6cdc7..8917d156d9b7d8da6ce7f08ba210ee31984fa118 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\347\211\251\346\265\201\351\200\211\345\235\200/\345\205\215\347\226\253\347\256\227\346\263\225\347\250\213\345\272\217\345\256\236\347\216\260/main.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\347\211\251\346\265\201\351\200\211\345\235\200/\345\205\215\347\226\253\347\256\227\346\263\225\347\250\213\345\272\217\345\256\236\347\216\260/main.m" @@ -1,3 +1,107 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:908443b80eb2232282101e31032ce9cae77deef9b1efb22def1799a213fed4c4 -size 3908 +%% ÃâÒßÓÅ»¯Ëã·¨ÔÚÎïÁ÷ÅäËÍÖÐÐÄÑ¡Ö·ÖеÄÓ¦Óà +%% Çå¿Õ»·¾³ +clc +clear + +%% Ëã·¨»ù±¾²ÎÊý +sizepop=50; % ÖÖȺ¹æÄ£ +overbest=10; % ¼ÇÒä¿âÈÝÁ¿ +MAXGEN=100; % µü´ú´ÎÊý +pcross=0.5; % ½»²æ¸ÅÂÊ +pmutation=0.4; % ±äÒì¸ÅÂÊ +ps=0.95; % ¶àÑùÐÔÆÀ¼Û²ÎÊý +length=6; % ÅäËÍÖÐÐÄÊý +M=sizepop+overbest; + +%% step1 ʶ±ð¿¹Ô­,½«ÖÖȺÐÅÏ¢¶¨ÒåΪһ¸ö½á¹¹Ìå +individuals = struct('fitness',zeros(1,M), 'concentration',zeros(1,M),'excellence',zeros(1,M),'chrom',[]); +%% step2 ²úÉú³õʼ¿¹ÌåȺ +individuals.chrom = popinit(M,length); +trace=[]; %¼Ç¼ÿ´ú×î¸öÌåÓÅÊÊÓ¦¶ÈºÍƽ¾ùÊÊÓ¦¶È + +%% µü´úÑ°ÓÅ +for iii=1:MAXGEN + + %% step3 ¿¹ÌåȺ¶àÑùÐÔÆÀ¼Û + for i=1:M + individuals.fitness(i) = fitness(individuals.chrom(i,:)); % ¿¹ÌåÓ뿹ԭÇ׺ͶÈ(ÊÊÓ¦¶ÈÖµ£©¼ÆËã + individuals.concentration(i) = concentration(i,M,individuals); % ¿¹ÌåŨ¶È¼ÆËã + end + % ×ÛºÏÇ׺ͶȺÍŨ¶ÈÆÀ¼Û¿¹ÌåÓÅÐã³Ì¶È£¬µÃ³ö·±Ö³¸ÅÂÊ + individuals.excellence = excellence(individuals,M,ps); + + % ¼Ç¼µ±´ú×î¼Ñ¸öÌåºÍÖÖȺƽ¾ùÊÊÓ¦¶È + [best,index] = min(individuals.fitness); % ÕÒ³ö×îÓÅÊÊÓ¦¶È + bestchrom = individuals.chrom(index,:); % ÕÒ³ö×îÓŸöÌå + average = mean(individuals.fitness); % ¼ÆËãƽ¾ùÊÊÓ¦¶È + trace = [trace;best,average]; % ¼Ç¼ + + %% step4 ¸ù¾Ýexcellence£¬Ðγɸ¸´úȺ£¬¸üмÇÒä¿â£¨¼ÓÈ뾫Ӣ±£Áô²ßÂÔ£¬¿ÉÓÉs¿ØÖÆ£© + bestindividuals = bestselect(individuals,M,overbest); % ¸üмÇÒä¿â + individuals = bestselect(individuals,M,sizepop); % Ðγɸ¸´úȺ + + %% step5 Ñ¡Ôñ£¬½»²æ£¬±äÒì²Ù×÷£¬ÔÙ¼ÓÈë¼ÇÒä¿âÖп¹Ì壬²úÉúÐÂÖÖȺ + individuals = Select(individuals,sizepop); % Ñ¡Ôñ + individuals.chrom = Cross(pcross,individuals.chrom,sizepop,length); % ½»²æ + individuals.chrom = Mutation(pmutation,individuals.chrom,sizepop,length); % ±äÒì + individuals = incorporate(individuals,sizepop,bestindividuals,overbest); % ¼ÓÈë¼ÇÒä¿âÖп¹Ìå + +end + +%% »­³öÃâÒßËã·¨ÊÕÁ²ÇúÏß +figure(1) +plot(trace(:,1)); +hold on +plot(trace(:,2),'--'); +legend('×îÓÅÊÊÓ¦¶ÈÖµ','ƽ¾ùÊÊÓ¦¶ÈÖµ') +title('ÃâÒßËã·¨ÊÕÁ²ÇúÏß','fontsize',12) +xlabel('µü´ú´ÎÊý','fontsize',12) +ylabel('ÊÊÓ¦¶ÈÖµ','fontsize',12) + +%% »­³öÅäËÍÖÐÐÄѡַͼ +%³ÇÊÐ×ø±ê +city_coordinate=[1304,2312;3639,1315;4177,2244;3712,1399;3488,1535;3326,1556;3238,1229;4196,1044;4312,790;4386,570; + 3007,1970;2562,1756;2788,1491;2381,1676;1332,695;3715,1678;3918,2179;4061,2370;3780,2212;3676,2578; + 4029,2838;4263,2931;3429,1908;3507,2376;3394,2643;3439,3201;2935,3240;3140,3550;2545,2357;2778,2826;2370,2975]; +carge=[20,90,90,60,70,70,40,90,90,70,60,40,40,40,20,80,90,70,100,50,50,50,80,70,80,40,40,60,70,50,30]; +%ÕÒ³ö×î½üÅäË͵ã +for i=1:31 + distance(i,:)=dist(city_coordinate(i,:),city_coordinate(bestchrom,:)'); +end +%city_coordinate=[1.25,1.25;8.75,0.75;0.5,4.75;5.75,5;3,6.5;7.25,7.75]; +%»õÎïÁ¿ +%carge=[3,5,4,7,6,11]; + +%ÕÒ³ö×î½üÅäË͵ã +%for i=1:31 + % distance(i,:)=dist(city_coordinate(i,:),city_coordinate(bestchrom,:)'); +%end +[a,b]=min(distance'); + +index=cell(1,length); + +for i=1:length +%¼ÆËã¸÷¸öÅÉË͵ãµÄµØÖ· +index{i}=find(b==i); +end +figure(2) +title('×îÓŹ滮ÅÉËÍ·Ïß') +cargox=city_coordinate(bestchrom,1); +cargoy=city_coordinate(bestchrom,2); +plot(cargox,cargoy,'rs','LineWidth',2,... + 'MarkerEdgeColor','r',... + 'MarkerFaceColor','b',... + 'MarkerSize',20) +hold on + +plot(city_coordinate(:,1),city_coordinate(:,2),'o','LineWidth',2,... + 'MarkerEdgeColor','k',... + 'MarkerFaceColor','g',... + 'MarkerSize',10) + +for i=1:31 + x=[city_coordinate(i,1),city_coordinate(bestchrom(b(i)),1)]; + y=[city_coordinate(i,2),city_coordinate(bestchrom(b(i)),2)]; + plot(x,y,'c');hold on +end + diff --git 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+[bestindividual,bestfit,bestrestriction,nopos]=best(chrom,fitvalue,restriction); +[NIND,NVAR]=size(chrom); +pos=l; +for i=l:NIND + if restriction(pos,l)>restriction(i,l) + pos=i; + end + if(restriction(pos,l)==restriction(i,1))&(fitvalue(pos,l)fitvalue(i,l)) + nopos=i; + end +end diff --git 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restriction]=calfitvalue(objvalue,chrom,Cmax,m,n,l,A,M,D,P) +global gen; +[NIND,NVAR]=size(chrom); +chrom1=chrom(:,1:n); +chrom2=chrom(:,(n+l):(n+m*n)); +chrom3=chrom(:,(n+m*n+1):(n+m*n+n*l)); +restriction=zeros(NIND,1); +r=zeros(NIND,m); +s=zeros(NIND,n); +t=zeros(NIND,1); +u=zeros(NIND,2); +p=zeros(NIND,n); +for i=l:NIND + for i=l:m + r(i,j)=A(j)-sum((chrom2(i,j:m:m*n)),2); + if r(i,j)<0 + restriction(i,l)=restriction(i,l)+1; + end +end +for j=1:l + t(i,j)=sum((chrom3(i,j:l:n*l)),2)-D(j); + if t(i,j)<0 + restriction(i,l)=restriction(i,l)+1; + end +end +for j=l:n + s(i,j)=chrom1(i,j)*M(j)-sum(chrom2(i,(m*(j-1)+2):(m*j),2)); + p(i,j)=abs(sum(chrom3(i,(l*(j-1)+1):(l*j)),2)-sum(chrom2(i,(m*(j-1)+l):(m*j)),2)); + if s(i,j)<0 + restriction(i,1)=restriotion(i,l)+l; + end + if p(i,j)>=1e-3 + restriction(i,l)=restriction(i,l)+l; + end +end + u(i,l)=P-sum(chrom1(i,:),2); + if u(i,1)<0 + restriction(i,l)=restriction(i,l)+l; +end + u(i,2)=sum(chrom1(i,:),2)-l; + if u(i,2)<0 + restriction(i,l)=restriction(i,l)+l; + end +if(objvalue(i,1)=l)&(sum(chroml(i,:),2)<=P) + break + end + end +end + sumx=zeros(NIND,5); + sumy=zeros(NIND,5); +for i=l:NIND + for j=l:5 +if chrom1(i,j)==0 + chrom2(i,(2*(j-l)+l):(2*j))=0; + chrom3(i,(8*(j-l)+l):(8*j))=0; +else + while chrom1(i,j)==1 + chrom2(i,(2*(j-1)+l):(2*j))=rand(1,2).*min(A,[M(j),M(j)]); + sumx(i,j)=sum(chrom2(i,(2*(j-l)+l):(2*j)),2); + chrom3(i,(8*(j-1)+l):(8*j))=rand(l,8).*(rep(M(j),[1 l])); + sumy(i,j)=sum(chrom3(i,(8*(j-l)+l):(8*j)),2); + chrom3(i,(8*(j-l)+l):(8*j))=(sumx(i,j)/sumy(i,j))*chrom3(i,(8*(j-l)+l):(8*j)); + if sumx(i,j)<=1.0*M(j) + break + end + end + end + end +end +Chrom=[chrom1 chrom2 chrom3]; +[objvalue]=calobjvalue(chrom,m,n,l,a,c,v,f); +[fitvalue,restriction]=calfitvalue(objvalue,chrom,Cmax,m,n,l,A,M,D,P); +[bestindividual,bestfit,bestrestriction,nopos]=best(chrom,fitvalue,restrietion); +gen= 0; +while genbestrestriction1 + bestindividual=bestindividual1; + bestfit=bestfit1; + 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sha256:e0a5dec9709b6d5c6ebafa3f4a452d455710626114c4add503b1968c4c62a22a -size 1168 +% CRTBASE.m - Create base vector +% +% This function creates a vector containing the base of the loci +% in a chromosome. +% +% Syntax: BaseVec = crtbase(Lind, Base) +% +% Input Parameters: +% +% Lind - A scalar or vector containing the lengths +% of the alleles. Sum(Lind) is the length of +% the corresponding chromosome. +% +% Base - A scalar or vector containing the base of +% the loci contained in the Alleles. +% +% Output Parameters: +% +% BaseVec - A vector whose elements correspond to the base +% of the loci of the associated chromosome structure. + +% Author: Andrew Chipperfield +% Date: 19-Jan-94 + +function BaseVec = crtbase(Lind, Base) + +[ml LenL] = size(Lind) ; +if nargin < 2 + Base = 2 * ones(LenL,1) ; % default to base 2 +end +[mb LenB] = size(Base) ; + +% check parameter consistency +if ml > 1 | mb > 1 + error( 'Lind or Base is not a vector') ; +elseif (LenL > 1 & LenB > 1 & LenL ~= LenB) | (LenL == 1 & LenB > 1 ) + error( 'Vector dimensions must agree' ) ; +elseif LenB == 1 & LenL > 1 + Base = Base * ones(LenL,1) ; + +end + +BaseVec = [] ; +for i = 1:LenL + BaseVec = [BaseVec, Base(i)*ones(Lind(i),1)']; +end + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTBP.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTBP.M" index 1df58c568d8e56b8058936ef7eca1bdb08e4766c..ed9188cb90f28358ad8a0a86660709e61cb63fa9 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTBP.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTBP.M" @@ -1,3 +1,72 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:894b8535d97486a598d8143bcf8fef1d72907caff3870db4955f7a996518a5d2 -size 2187 +% CRTP.m - Create an initial population +% +% This function creates a binary population of given size and structure. +% +% Syntax: [Chrom Lind BaseV] = crtbp(Nind, Lind, Base) +% +% Input Parameters: +% +% Nind - Either a scalar containing the number of individuals +% in the new population or a row vector of length two +% containing the number of individuals and their length. +% +% Lind - A scalar containing the length of the individual +% chromosomes. +% +% Base - A scalar containing the base of the chromosome +% elements or a row vector containing the base(s) +% of the loci of the chromosomes. +% +% Output Parameters: +% +% Chrom - A matrix containing the random valued chromosomes +% row wise. +% +% Lind - A scalar containing the length of the chromosome. +% +% BaseV - A row vector containing the base of the +% chromosome loci. + +% Author: Andrew Chipperfield +% Date: 19-Jan-94 + +function [Chrom, Lind, BaseV] = crtbp(Nind, Lind, Base) +nargs = nargin ; + +% Check parameter consistency + +if nargs >= 1, [mN, nN] = size(Nind) ; end +if nargs >= 2, [mL, nL] = size(Lind) ; end +if nargs == 3, [mB, nB] = size(Base) ; end + +if nN == 2 + if (nargs == 1) + Lind = Nind(2) ; Nind = Nind(1) ; BaseV = crtbase(Lind) ; + elseif (nargs == 2 & nL == 1) + BaseV = crtbase(Nind(2),Lind) ; Lind = Nind(2) ; Nind = Nind(1) ; + elseif (nargs == 2 & nL > 1) + if Lind ~= length(Lind), error('Lind and Base disagree'); end + BaseV = Lind ; Lind = Nind(2) ; Nind = Nind(1) ; + end +elseif nN == 1 + if nargs == 2 + if nL == 1, BaseV = crtbase(Lind) ; + else, BaseV = Lind ; Lind = nL ; end + elseif nargs == 3 + if nB == 1, BaseV = crtbase(Lind,Base) ; + elseif nB ~= Lind, error('Lind and Base disagree') ; + else BaseV = Base ; end + end +else + error('Input parameters inconsistent') ; +end + +% Create a structure of random chromosomes in row wise order, dimensions +% Nind by Lind. The base of each chromosomes loci is given by the value +% of the corresponding element of the row vector base. + +Chrom = floor(rand(Nind,Lind).*BaseV(ones(Nind,1),:)) ; + + +% End of file + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTRP.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTRP.M" index 806adf2a21f3d6f8762cf198c70ad4e0936638f4..8ddb36b34404a9c7cff7c8682f08bbc60fa9ce91 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTRP.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/CRTRP.M" @@ -1,3 +1,53 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:900cb8e84a5ad67fa6798ce0ae0b4a45b9bef93b5cad9a8119c108ecadfd1b36 -size 2091 +% CRTRP.M (CReaTe an initial (Real-value) Population) +% +% This function creates a population of given size of random real-values. +% +% Syntax: Chrom = crtrp(Nind,FieldDR); +% +% Input parameters: +% Nind - A scalar containing the number of individuals in the new +% population. +% +% FieldDR - A matrix of size 2 by number of variables describing the +% boundaries of each variable. It has the following structure: +% [lower_bound; (vector with lower bound for each veriable) +% upper_bound] (vector with upper bound for each veriable) +% [lower_bound_var_1 lower_bound_var_2 ... lower_bound_var_Nvar; +% upper_bound_var_1 upper_bound_var_2 ... upper_bound_var_Nvar] +% example - each individuals consists of 4 variables: +% FieldDR = [-100 -50 -30 -20; % lower bound +% 100 50 30 20] % upper bound +% +% Output parameter: +% Chrom - A matrix containing the random valued individuals of the +% new population of size Nind by number of variables. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 23.11.93 file created +% 25.02.94 clean up, check parameter consistency + + +function Chrom = crtrp(Nind,FieldDR); + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('parameter FieldDR missing'); end + if nargin > 2, nargin = 2; end + + [mN, nN] = size(Nind); + [mF, Nvar] = size(FieldDR); + + if (mN ~= 1 & nN ~= 1), error('Nind has to be a scalar'); end + if mF ~= 2, error('FieldDR must be a matrix with 2 rows'); end + +% Compute Matrix with Range of variables and Matrix with Lower value + Range = rep((FieldDR(2,:)-FieldDR(1,:)),[Nind 1]); + Lower = rep(FieldDR(1,:), [Nind 1]); + +% Create initial population +% Each row contains one individual, the values of each variable uniformly +% distributed between lower and upper bound (given by FieldDR) + Chrom = rand(Nind,Nvar) .* Range + Lower; + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/FCMfun.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/FCMfun.m" index 102a5f49f517f4e8190ac88b69300a44c33a5f86..2061000a2506967d2c6a3a605e6534f521f9a401 100644 --- 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MIGRATE.M" index 3aba7a1a0b52f47c0362456fbab46ce78ae5af9f..d5d122be6acc1030714d00d400456363c00a060d 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MIGRATE.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MIGRATE.M" @@ -1,3 +1,149 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:8294ef22c9e4017f0b8f14ca16d39e04ff6a922b813b78f5bb7c3034d2efeeb3 -size 7205 +% MIGRATE.M (MIGRATion of individuals between subpopulations) +% +% This function performs migration of individuals. +% +% Syntax: [Chrom, ObjV] = migrate(Chrom, SUBPOP, MigOpt, ObjV) +% +% Input parameters: +% Chrom - Matrix containing the individuals of the current +% population. Each row corresponds to one individual. +% SUBPOP - Number of subpopulations +% MigOpt - (optional) Vector containing migration parameters +% MigOpt(1): MIGR - Rate of individuals to be migrated per +% subpopulation (% of subpopulation) +% if omitted or NaN, 0.2 (20%) is assumed +% MigOpt(2): Select - number indicating the selection method +% of replacing individuals +% 0 - uniform selection +% 1 - fitness-based selection (replace worst +% individuals) +% if omitted or NaN, 0 is assumed +% MigOpt(3): Structure - number indicating the structure +% of the subpopulations for migration +% 0 - net structure (unconstrained migration) +% 1 - neighbourhood structure +% 2 - ring structure +% if omitted or NaN, 0 is assumed +% ObjV - (optional) Column vector containing the objective values +% of the individuals in the current population, needed for +% fitness-based migration, this saves the +% recalculation of objective values for population. +% +% Output parameters: +% Chrom - Matrix containing the individuals of the current +% population after migration. +% ObjV - if ObjV is input parameter, than column vector containing +% the objective values of the individuals of the current +% generation after migration. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 16.02.94 file created +% 18.02.94 comments at the beginning added +% exchange of ObjV too +% 25.02.94 clean up +% 26.02.94 ObjV optional input parameter +% Select and Structure added, parameter reordered +% 17.03.94 renamed to migrate.m, more parameter checks + +function [Chrom, ObjV] = migrate(Chrom, SUBPOP, MigOpt, ObjV); + + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('Input parameter SUBPOP missing'); end + if (nargout == 2 & nargin < 4), error('Input parameter ObjV missing'); end + + [Nind, Nvar] = size(Chrom); + if length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + if SUBPOP == 1, return; end + if (Nind/SUBPOP) ~= fix(Nind/SUBPOP), error('Chrom and SUBPOP disagree'); end + NIND = Nind/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + + if nargin > 3, + [mO, nO] = size(ObjV); + if nO ~= 1, error('ObjV must be a column vector'); end + if Nind ~= mO, error('Chrom and ObjV disagree'); end + IsObjV = 1; + else IsObjV = 0; ObjV = []; + end + + if nargin < 3, MIGR = 0.2; Select = 0; Structure = 0; end + if nargin > 2, + if isempty(MigOpt), MIGR = 0.2; Select = 0; Structure = 0; + elseif isnan(MigOpt), MIGR = 0.2; Select = 0; Structure = 0; + else + MIGR = NaN; Select = NaN; Structure = NaN; + if length(MigOpt) > 3, error('Parameter MigOpt is too long'); end + if length(MigOpt) >= 1, MIGR = MigOpt(1); end + if length(MigOpt) >= 2, Select = MigOpt(2); end + if length(MigOpt) >= 3, Structure = MigOpt(3); end + if isnan(MIGR), MIGR =0.2; end + if isnan(Select), Select = 0; end + if isnan(Structure), Structure = 0; end + end + end + + if (MIGR < 0 | MIGR > 1), error('Parameter for migration rate must be a scalar in [0 1]'); end + if (Select ~= 0 & Select ~= 1), error('Parameter for selection method must be 0 or 1'); end + if (Structure < 0 | Structure > 2), error ('Parameter for structure must be 0, 1 or 2'); end + if (Select == 1 & IsObjV == 0), error('ObjV for fitness-based migration needed');end + + if MIGR == 0, return; end + MigTeil = max(floor(NIND * MIGR), 1); % Number of individuals to migrate + +% Perform migration between subpopulations --> create a matrix for migration +% in every subpopulation from best individuals of the other subpopulations + + % Clear storing matrices + ChromMigAll = []; + if IsObjV == 1, ObjVAll = []; end + + % Create matrix with best/uniform individuals of all subpopulations + for irun = 1:SUBPOP + % sort ObjV of actual subpopulation + if Select == 1, % fitness-based selection + [Dummy, IndMigSo]=sort(ObjV((irun-1)*NIND+1:irun*NIND)); + else % if Select == 0 % uniform selection + [Dummy, IndMigSo]=sort(rand(NIND, 1)); + end + % take MigTeil (best) individuals, copy individuals and objective values + IndMigTeil=IndMigSo(1:MigTeil)+(irun-1)*NIND; + ChromMigAll = [ChromMigAll; Chrom(IndMigTeil,:)]; + if IsObjV == 1, ObjVAll = [ObjVAll; ObjV(IndMigTeil,:)]; end + end + + % perform migration + for irun = 1:SUBPOP + ChromMig = ChromMigAll; + if IsObjV == 1, ObjVMig = ObjVAll; end + if Structure == 1, % neighbourhood + % select individuals of neighbourhood subpopulations for ChromMig and ObjVMig + popnum = [SUBPOP 1:SUBPOP 1]; + ins1 = popnum(irun); ins2 = popnum(irun + 2); + InsRows = [(ins1-1)*MigTeil+1:ins1*MigTeil (ins2-1)*MigTeil+1:ins2*MigTeil]; + ChromMig = ChromMig(InsRows,:); + if IsObjV == 1, ObjVMig = ObjVMig(InsRows,:); end + elseif Structure == 2, % ring + % select individuals of actual-1 subpopulation for ChromMig and ObjVMig + popnum = [SUBPOP 1:SUBPOP 1]; + ins1 = popnum(irun); + InsRows = (ins1-1)*MigTeil+1:ins1*MigTeil; + ChromMig = ChromMig(InsRows,:); + if IsObjV == 1, ObjVMig = ObjVMig(InsRows,:); end + else % if Structure == 0, % complete net + % delete individuals of actual subpopulation from ChromMig and ObjVMig + DelRows = (irun-1)*MigTeil+1:irun*MigTeil; + ChromMig(DelRows,:) = []; + if IsObjV == 1, ObjVMig(DelRows,:) = []; end + end + % Create an index from a sorted vector with random numbers + [Dummy,IndMigRa]=sort(rand(size(ChromMig,1),1)); + % Take MigTeil numbers from the random vector + IndMigN=IndMigRa((1:MigTeil)'); + % copy MigTeil individuals into Chrom and ObjV + Chrom((1:MigTeil)+(irun-1)*NIND,:) = ChromMig(IndMigN,:); + if IsObjV == 1, ObjV((1:MigTeil)+(irun-1)*NIND,:) = ObjVMig(IndMigN,:); end + end + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MPGA.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MPGA.M" index 153850ca22ef86f5213b076f928a242deebe4615..47dc198b9e94f9974b5571ba40f963522f8fd54b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MPGA.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MPGA.M" @@ -1,3 +1,119 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:3be3ef407462f6d47ada9326340791bb891df5a4e5cecd7e783b01e9b693b195 -size 4019 +% mpga multi population genetic algorithm +% +% This script implements the Multi Population Genetic Algorithm. +% A real-valued representation of the individuals is used. +% + +% Author: Andrew Chipperfield +% History: 30-Mar-94 file created + +NVAR = 20; % No. of decision variables (control steps) +RANGE = [0;200]; % Bounds on decision variables + +% Set field descriptor + FieldD = rep(RANGE,[1,NVAR]); + +% Define GA Parameters + GGAP = .8; % Generation gap, how many new individuals are created + XOVR = 1; % Crossover rate + MUTR = 1/NVAR; % Mutation rate depending on NVAR + MAXGEN = 1200; % Maximum number of generations + TERMEXACT = 1e-4; % Value for termination if minimum reached + INSR = .9; % Insertion rate, how many of the offspring are inserted + SUBPOP = 8; % Number of subpopulations + MIGR = 0.2; % Migration rate between subpopulations + MIGGEN = 20; % Number of generations between migration + NIND = 20; % Number of individuals per subpopulation + +% Specify other routines as strings + SEL_F = 'sus'; % Name of selection function + XOV_F = 'recdis'; % Name of recombination function for individuals + MUT_F = 'mutbga'; % Name of mutation function + OBJ_F = 'objharv'; % Name of function for objective values + + +% Get value of minimum, defined in objective function + GlobalMin = feval(OBJ_F,[],3); + +% Get title of objective function, defined in objective function + FigTitle = [feval(OBJ_F,[],2) ' (' int2str(SUBPOP) ':' int2str(MAXGEN) ') ']; + +% Clear Best and storing matrix + % Initialise Matrix for storing best results + Best = NaN * ones(MAXGEN,3); + Best(:,3) = zeros(size(Best,1),1); + % Matrix for storing best individuals + IndAll = []; + +% Create real population + Chrom = crtrp(SUBPOP*NIND,FieldD); + +% reset count variables + gen = 0; + +% Calculate objective function for population + ObjV = feval(OBJ_F,Chrom); + % count number of objective function evaluations + Best(gen+1,3) = Best(gen+1,3) + NIND; + +% Generational loop + while gen < MAXGEN, + + % Save the best and average objective values and the best individual + [Best(gen+1,1),ix] = min(ObjV); + Best(gen+1,2) = mean(ObjV); + IndAll = [IndAll; Chrom(ix,:)]; + + % Fitness assignment to whole population + FitnV = ranking(ObjV,2 ,SUBPOP); + + % Select individuals from population + SelCh = select(SEL_F, Chrom, FitnV, GGAP, SUBPOP); + + % Recombine selected individuals + SelCh=recombin(XOV_F, SelCh, XOVR, SUBPOP); + + % Mutate offspring + SelCh=mutate(MUT_F, SelCh, FieldD, [MUTR], SUBPOP); + + % Calculate objective function for offsprings + ObjVOff = feval(OBJ_F,SelCh); + Best(gen+1,3) = Best(gen+1,3) + size(SelCh,1); + + % Insert best offspring in population replacing worst parents + [Chrom, ObjV] = reins(Chrom, SelCh, SUBPOP, [1 INSR], ObjV, ObjVOff); + + gen=gen+1; + + % Plot some results, rename title of figure for graphic output + if ((rem(gen,20) == 1) | (rem(gen,MAXGEN) == 0)), + set(gcf,'Name',[FigTitle ' in ' int2str(gen)]); + resplot(Chrom(1:2:size(Chrom,1),:),... + IndAll(max(1,gen-39):size(IndAll,1),:),... + [ObjV; GlobalMin], Best(max(1,gen-19):gen,[1 2]), gen); + end + + + % migrate individuals between subpopulations + if (rem(gen,MIGGEN) == 0) + [Chrom, ObjV] = migrate(Chrom, SUBPOP, [MIGR, 1, 0], ObjV); + end + + end + + +% Results + % add number of objective function evaluations + Results = cumsum(Best(1:gen,3)); + % number of function evaluation, mean and best results + Results = [Results Best(1:gen,2) Best(1:gen,1)]; + +% Plot Results and show best individuals => optimum + figure('Name',['Results of ' FigTitle]); + subplot(2,1,1), plot(Results(:,1),Results(:,2),'-',Results(:,1),Results(:,3),':'); + subplot(2,1,2), plot(IndAll(gen-4:gen,:)'); + + +% End of script + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUT.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUT.M" index 97670ab6d17e49a1cfc8ba383a6a22e2feebff1b..07e58149d6e75735021811ebf20a833c50bc081e 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUT.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUT.M" @@ -1,3 +1,54 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:f5deb82096f3db334fb30159caacc236ae351eeb99cac69a4b214ed2f88d4d80 -size 1609 +% MUT.m +% +% This function takes the representation of the current population, +% mutates each element with given probability and returns the resulting +% population. +% +% Syntax: NewChrom = mut(OldChrom,Pm,BaseV) +% +% Input parameters: +% +% OldChrom - A matrix containing the chromosomes of the +% current population. Each row corresponds to +% an individuals string representation. +% +% Pm - Mutation probability (scalar). Default value +% of Pm = 0.7/Lind, where Lind is the chromosome +% length is assumed if omitted. +% +% BaseV - Optional row vector of the same length as the +% chromosome structure defining the base of the +% individual elements of the chromosome. Binary +% representation is assumed if omitted. +% +% Output parameter: +% +% NewChrom - A Matrix containing a mutated version of +% OldChrom. +% + +% Author: Andrew Chipperfield +% Date: 25-Jan-94 + +function NewChrom = mut(OldChrom,Pm,BaseV) + +% get population size (Nind) and chromosome length (Lind) +[Nind, Lind] = size(OldChrom) ; + +% check input parameters +if nargin < 2, Pm = 0.7/Lind ; end +if isnan(Pm), Pm = 0.7/Lind; end + +if (nargin < 3), BaseV = crtbase(Lind); end +if (isnan(BaseV)), BaseV = crtbase(Lind); end +if (isempty(BaseV)), BaseV = crtbase(Lind); end + +if (nargin == 3) & (Lind ~= length(BaseV)) + error('OldChrom and BaseV are incompatible'), end + +% create mutation mask matrix +BaseM = BaseV(ones(Nind,1),:) ; + +% perform mutation on chromosome structure +NewChrom = rem(OldChrom+(rand(Nind,Lind) 4, + if isempty(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif isnan(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + end + + if (Nind/SUBPOP) ~= fix(Nind/SUBPOP), error('OldChrom and SUBPOP disagree'); end + Nind = Nind/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + +% Select individuals of one subpopulation and call low level function + NewChrom = []; + for irun = 1:SUBPOP, + ChromSub = OldChrom((irun-1)*Nind+1:irun*Nind,:); + if IsDiscret == 1, NewChromSub = feval(MUT_F, ChromSub, MutOpt, FieldDR); + elseif IsDiscret == 0, NewChromSub = feval(MUT_F, ChromSub, FieldDR, MutOpt); end + NewChrom=[NewChrom; NewChromSub]; + end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUTBGA.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUTBGA.M" index e3bf6ec246c1647f5beb2c6df4510a94d17c8062..bf50a83f63d79bbcc154faf9d29b30d0e5e425c9 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUTBGA.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/MUTBGA.M" @@ -1,3 +1,113 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:b9fe17257bc5a3c5ee901553861c8a13ca51711984d5e24a9dc8d76b391ddf53 -size 4943 +% MUTBGA.M (real-value MUTation like Breeder Genetic Algorithm) +% +% This function takes a matrix OldChrom containing the real +% representation of the individuals in the current population, +% mutates the individuals with probability MutR and returns +% the resulting population. +% +% This function implements the mutation operator of the Breeder Genetic +% Algorithm. (Muehlenbein et. al.) +% +% Syntax: NewChrom = mutbga(OldChrom, FieldDR, MutOpt) +% +% Input parameter: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual. +% FieldDR - Matrix describing the boundaries of each variable. +% MutOpt - (optional) Vector containing mutation rate and shrink value +% MutOpt(1): MutR - number containing the mutation rate - +% probability for mutation of a variable +% if omitted or NaN, MutR = 1/variables per individual +% is assumed +% MutOpt(2): MutShrink - (optional) number for shrinking the +% mutation range in the range [0 1], possibility to +% shrink the range of the mutation depending on, +% for instance actual generation. +% if omitted or NaN, MutShrink = 1 is assumed +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mutation in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 23.11.93 file created +% 24.11.93 function optimised (for,for-loop to for-loop) +% mutation rate included +% style improved +% 06.12.93 change of function name +% check of boundaries after mutation out of loop +% 16.12.93 NewMutMat and OldMutMat included for compability +% 16.02.94 preparation for multi-subpopulations at once +% 25.02.94 NewMutMat and OldMutMat removed (now in mutran10.m) +% clean up +% change of function name in mutbga.m +% 03.03.94 Lower and Upper directly used (less memory) +% 19.03.94 multipopulation support removed +% more parameter checks +% 27.03.94 Delta exact calculated, for loop saved + + +function NewChrom = mutbga(OldChrom, FieldDR, MutOpt); + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('Not enough input parameter'); end + + % Identify the population size (Nind) and the number of variables (Nvar) + [Nind,Nvar] = size(OldChrom); + + [mF, nF] = size(FieldDR); + if mF ~= 2, error('FieldDR must be a matrix with 2 rows'); end + if Nvar ~= nF, error('FieldDR and OldChrom disagree'); end + + if nargin < 3, MutR = 1/Nvar; MutShrink = 1; + elseif isempty(MutOpt), MutR = 1/Nvar; MutShrink = 1; + elseif isnan(MutOpt), MutR = 1/Nvar; MutShrink = 1; + else + if length(MutOpt) == 1, MutR = MutOpt; MutShrink = 1; + elseif length(MutOpt) == 2, MutR = MutOpt(1); MutShrink = MutOpt(2); + else, error(' Too many parameter in MutOpt'); end + end + + if isempty(MutR), MutR = 1/Nvar; + elseif isnan(MutR), MutR = 1/Nvar; + elseif length(MutR) ~= 1, error('Parameter for mutation rate must be a scalar'); + elseif (MutR < 0 | MutR > 1), error('Parameter for mutation rate must be a scalar in [0, 1]'); end + + if isempty(MutShrink), MutShrink = 1; + elseif isnan(MutShrink), MutShrink = 1; + elseif length(MutShrink) ~= 1, error('Parameter for shrinking mutation range must be a scalar'); + elseif (MutShrink < 0 | MutShrink > 1), + error('Parameter for shrinking mutation range must be a scalar in [0, 1]'); + end + +% the variables are mutated with probability MutR +% NewChrom = OldChrom (+ or -) * Range * MutShrink * Delta +% Range = 0.5 * (upperbound - lowerbound) +% Delta = Sum(Alpha_i * 2^-i) from 0 to ACCUR; Alpha_i = rand(ACCUR,1) < 1/ACCUR + +% Matrix with range values for every variable + Range = rep(0.5 * MutShrink *(FieldDR(2,:)-FieldDR(1,:)),[Nind 1]); + +% zeros and ones for mutate or not this variable, together with Range + Range = Range .* (rand(Nind,Nvar) < MutR); + +% compute, if + or - sign + Range = Range .* (1 - 2 * (rand(Nind,Nvar) < 0.5)); + +% used for later computing, here only ones computed + ACCUR = 20; + Vect = 2 .^ (-(0:(ACCUR-1))'); + Delta = (rand(Nind,ACCUR) < 1/ACCUR) * Vect; + Delta = rep(Delta, [1 Nvar]); + +% perform mutation + NewChrom = OldChrom + Range .* Delta; + +% Ensure variables boundaries, compare with lower and upper boundaries + NewChrom = max(rep(FieldDR(1,:),[Nind 1]), NewChrom); + NewChrom = min(rep(FieldDR(2,:),[Nind 1]), NewChrom); + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJFUN1.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJFUN1.M" index da49989d1cd5d7f0468836d7b6aea9481f11973d..73dc9b465d7290d94ef8252f96fd1694bda1cc0f 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJFUN1.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJFUN1.M" @@ -1,3 +1,71 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:95863e65c0113af3f1400e6d4fbb0c3d376e840e9330202a38bf19551bb6ea9e -size 2629 +% OBJFUN1.M (OBJective function for De Jong's FUNction 1) +% +% This function implements the De Jong function 1. +% +% Syntax: ObjVal = objfun1(Chrom,switch) +% +% Input parameters: +% Chrom - Matrix containing the chromosomes of the current +% population. Each row corresponds to one individual's +% string representation. +% if Chrom == [], then special values will be returned +% switch - if Chrom == [] and +% switch == 1 (or []) return boundaries +% switch == 2 return title +% switch == 3 return value of global minimum +% +% Output parameters: +% ObjVal - Column vector containing the objective values of the +% individuals in the current population. +% if called with Chrom == [], then ObjVal contains +% switch == 1, matrix with the boundaries of the function +% switch == 2, text for the title of the graphic output +% switch == 3, value of global minimum +% + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 26.11.93 file created +% 27.11.93 text of title and switch added +% 30.11.93 show Dim in figure title +% 16.12.93 switch == 3, return value of global minimum +% 01.03.94 name changed in obj* + +function ObjVal = objfun1(Chrom,switch); + +% Dimension of objective function + Dim = 20; + +% Compute population parameters + [Nind,Nvar] = size(Chrom); + +% Check size of Chrom and do the appropriate thing + % if Chrom is [], then define size of boundary-matrix and values + if Nind == 0 + % return text of title for graphic output + if switch == 2 + ObjVal = ['DE JONG function 1-' int2str(Dim)]; + % return value of global minimum + elseif switch == 3 + ObjVal = 0; + % define size of boundary-matrix and values + else + % lower and upper bound, identical for all n variables + ObjVal = 100*[-5.12; 5.12]; + ObjVal = ObjVal(1:2,ones(Dim,1)); + end + % if Dim variables, compute values of function + elseif Nvar == Dim + % function 1, sum of xi^2 for i = 1:Dim (Dim=30) + % n = Dim, -5.12 <= xi <= 5.12 + % global minimum at (xi)=(0) ; fmin=0 + ObjVal = sum((Chrom .* Chrom)')'; + % ObjVal = diag(Chrom * Chrom'); % both lines produce the same + % otherwise error, wrong format of Chrom + else + error('size of matrix Chrom is not correct for function evaluation'); + end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJHARV.M" 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0a06fbddb9b0e6fca015f108a6138388f066a0c5..d056d7b3f9e7aa0e74085dfa58d2070ec0d9ccbd 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJHARV.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/OBJHARV.M" @@ -1,3 +1,78 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:a6208b888f3af5f91cd4717815f2702f3eba5edc0e9ef1fd36a98ae33d1ea36f -size 2559 +% OBJHARV.M (OBJective function for HARVest problem) +% +% This function implements the HARVEST PROBLEM. +% +% Syntax: ObjVal = objharv(Chrom,switch) +% +% Input parameters: +% Chrom - Matrix containing the chromosomes of the current +% population. Each row corresponds to one individual's +% string representation. +% if Chrom == [], then special values will be returned +% switch - if Chrom == [] and +% switch == 1 (or []) return boundaries +% switch == 2 return title +% switch == 3 return value of global minimum +% +% Output parameters: +% ObjVal - Column vector containing the objective values of the +% individuals in the current population. +% if called with Chrom == [], then ObjVal contains +% switch == 1, matrix with the boundaries of the function +% switch == 2, text for the title of the graphic output +% switch == 3, value of global minimum +% + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 18.02.94 file created (copy of vallinq.m) +% 01.03.94 name changed in obj* + +function ObjVal = objharv(Chrom,switch); + +% global gen; + +% Dimension of objective function + Dim = 20; + +% values from MICHALEWICZ + a = 1.1; + x0 = 100; + xend = x0; + XENDWEIGHT = 0.4/(Dim^0.6); + +% Compute population parameters + [Nind,Nvar] = size(Chrom); + +% Check size of Chrom and do the appropriate thing + % if Chrom is [], then define size of boundary-matrix and values + if Nind == 0 + % return text of title for graphic output + if switch == 2 + ObjVal = ['HARVEST PROBLEM-' int2str(Dim)]; + % return value of global minimum + elseif switch == 3 + ObjVal = -sqrt(x0*(a^Dim-1)^2/(a^(Dim-1)*(a-1))); + % define size of boundary-matrix and values + else + % lower and upper bound, identical for all n variables + ObjVal1 = [0; 10*Dim]; + ObjVal = rep(ObjVal1,[1 Dim]); + end + % if Dim variables, compute values of function + elseif Nvar == Dim + ObjVal = zeros(Nind,1); + X = rep(x0,[Nind 1]); + for irun = 1:Nvar, + X = a*X - Chrom(:,irun); + end + X; + ObjVal = -(sum(sqrt(Chrom)')' - XENDWEIGHT * abs(X-x0)); + % otherwise error, wrong format of Chrom + else + error('size of matrix Chrom is not correct for function evaluation'); + end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/ObjFun.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/ObjFun.m" index 43447259f2b3c53c8192ce90824eec3d6dea2d03..5b2f3b6957cd077c3749dcce6b100c40d84e0b0b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/ObjFun.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/ObjFun.m" @@ -1,3 +1,20 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:d0e1542010e4a3edff199a36fb2503d7b8d17aedb4e117e2bb6f38424f350204 -size 527 +function [Jb,center,U]=ObjFun(X,cn,V,options); +%% ¼ÆËãÖÖȺÖÐÿ¸ö¸öÌåµÄÄ¿±êÖµ +% ÊäÈë +% X£ºÑù±¾Êý¾Ý +% cn£º¾ÛÀàÊý +% V£ºËùÓеijõʼ¾ÛÀàÖÐÐľØÕó +% options£ºÉèÖÃÃÝÖ¸Êý£¬×î´óµü´ú´ÎÊý£¬Ä¿±êº¯ÊýµÄÖÕÖ¹ÈÝÏÞ +% Êä³ö +% Jb£º¸÷¸öÌåµÄÄ¿±êÊä³ö +% center£ºÓÅ»¯ºóµÄ¸÷¸öÌåµÄ¾ÛÀàÖÐÐÄ +% U£º¸÷Ñù±¾µÄÏàËÆ·ÖÀà¾ØÕó +[sizepop,m]=size(V); +ch=m/cn; +Jb=zeros(sizepop,1); +center=cell(sizepop,1); +U=cell(sizepop,1); +for i=1:sizepop + v=reshape(V(i,:),cn,ch); + [Jb(i),center{i},U{i}]=FCMfun(X,cn,v,options); +end \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RANKING.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RANKING.M" index f816ea7d86d2051fb07ab800e0903630ded9bb70..af9127e20152816091ae4a8e88188e14a42bef1b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RANKING.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RANKING.M" @@ -1,3 +1,125 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:90523e59f9863d00812e95c0952b04e2064d7e08ca14dfa3830770cf580bb0bb -size 4709 +% RANKING.M (RANK-based fitness assignment) +% +% This function performs ranking of individuals. +% +% Syntax: FitnV = ranking(ObjV, RFun, SUBPOP) +% +% This function ranks individuals represented by their associated +% cost, to be *minimized*, and returns a column vector FitnV +% containing the corresponding individual fitnesses. For multiple +% subpopulations the ranking is performed separately for each +% subpopulation. +% +% Input parameters: +% ObjV - Column vector containing the objective values of the +% individuals in the current population (cost values). +% RFun - (optional) If RFun is a scalar in [1, 2] linear ranking is +% assumed and the scalar indicates the selective pressure. +% If RFun is a 2 element vector: +% RFun(1): SP - scalar indicating the selective pressure +% RFun(2): RM - ranking method +% RM = 0: linear ranking +% RM = 1: non-linear ranking +% If RFun is a vector with length(Rfun) > 2 it contains +% the fitness to be assigned to each rank. It should have +% the same length as ObjV. Usually RFun is monotonously +% increasing. +% If RFun is omitted or NaN, linear ranking +% and a selective pressure of 2 are assumed. +% SUBPOP - (optional) Number of subpopulations +% if omitted or NaN, 1 subpopulation is assumed +% +% Output parameters: +% FitnV - Column vector containing the fitness values of the +% individuals in the current population. +% + +% Author: Hartmut Pohlheim (Carlos Fonseca) +% History: 01.03.94 non-linear ranking +% 10.03.94 multiple populations + +function FitnV = ranking(ObjV, RFun, SUBPOP); + +% Identify the vector size (Nind) + [Nind,ans] = size(ObjV); + + if nargin < 2, RFun = []; end + if nargin > 1, if isnan(RFun), RFun = []; end, end + if prod(size(RFun)) == 2, + if RFun(2) == 1, NonLin = 1; + elseif RFun(2) == 0, NonLin = 0; + else error('Parameter for ranking method must be 0 or 1'); end + RFun = RFun(1); + if isnan(RFun), RFun = 2; end + elseif prod(size(RFun)) > 2, + if prod(size(RFun)) ~= Nind, error('ObjV and RFun disagree'); end + end + + if nargin < 3, SUBPOP = 1; end + if nargin > 2, + if isempty(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif isnan(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + end + + if (Nind/SUBPOP) ~= fix(Nind/SUBPOP), error('ObjV and SUBPOP disagree'); end + Nind = Nind/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + +% Check ranking function and use default values if necessary + if isempty(RFun), + % linear ranking with selective pressure 2 + RFun = 2*[0:Nind-1]'/(Nind-1); + elseif prod(size(RFun)) == 1 + if NonLin == 1, + % non-linear ranking + if RFun(1) < 1, error('Selective pressure must be greater than 1'); + elseif RFun(1) > Nind-2, error('Selective pressure too big'); end + Root1 = roots([RFun(1)-Nind [RFun(1)*ones(1,Nind-1)]]); + RFun = (abs(Root1(1)) * ones(Nind,1)) .^ [(0:Nind-1)']; + RFun = RFun / sum(RFun) * Nind; + else + % linear ranking with SP between 1 and 2 + if (RFun(1) < 1 | RFun(1) > 2), + error('Selective pressure for linear ranking must be between 1 and 2'); + end + RFun = 2-RFun + 2*(RFun-1)*[0:Nind-1]'/(Nind-1); + end + end; + + FitnV = []; + +% loop over all subpopulations +for irun = 1:SUBPOP, + % Copy objective values of actual subpopulation + ObjVSub = ObjV((irun-1)*Nind+1:irun*Nind); + % Sort does not handle NaN values as required. So, find those... + NaNix = isnan(ObjVSub); + Validix = find(~NaNix); + % ... and sort only numeric values (smaller is better). + [ans,ix] = sort(-ObjVSub(Validix)); + + % Now build indexing vector assuming NaN are worse than numbers, + % (including Inf!)... + ix = [find(NaNix) ; Validix(ix)]; + % ... and obtain a sorted version of ObjV + Sorted = ObjVSub(ix); + + % Assign fitness according to RFun. + i = 1; + FitnVSub = zeros(Nind,1); + for j = [find(Sorted(1:Nind-1) ~= Sorted(2:Nind)); Nind]', + FitnVSub(i:j) = sum(RFun(i:j)) * ones(j-i+1,1) / (j-i+1); + i =j+1; + end + + % Finally, return unsorted vector. + [ans,uix] = sort(ix); + FitnVSub = FitnVSub(uix); + + % Add FitnVSub to FitnV + FitnV = [FitnV; FitnVSub]; +end + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECDIS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECDIS.M" index 06de83a8ed1662c5b1bbdb70d2676354f073e28b..0c6ed8a67af00986661aa95b81d94f9a04ead856 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECDIS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECDIS.M" @@ -1,3 +1,52 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:3509a126379548e879abb7f9eec4abb67786958f23516a46bc0ea71a44354d0d -size 1825 +% RECDIS.M (RECombination DIScrete) +% +% This function performs discret recombination between pairs of individuals +% and returns the new individuals after mating. +% +% Syntax: NewChrom = recdis(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real-values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. (not used, only for compatibility) +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 23.11.93 file created +% 24.11.93 style improved +% 06.12.93 change of name of function +% 25.02.94 clean up +% 19.03.94 multipopulation support removed + +function NewChrom = recdis(OldChrom, XOVR); + +% Identify the population size (Nind) and the number of variables (Nvar) + [Nind,Nvar] = size(OldChrom); + +% Identify the number of matings + Xops = floor(Nind/2); + +% which parent gives the value + Mask1 = (rand(Xops,Nvar)<0.5); + Mask2 = (rand(Xops,Nvar)<0.5); + +% Performs crossover + odd = 1:2:Nind-1; + even= 2:2:Nind; + NewChrom(odd,:) = (OldChrom(odd,:).* Mask1) + (OldChrom(even,:).*(~Mask1)); + NewChrom(even,:) = (OldChrom(odd,:).* Mask2) + (OldChrom(even,:).*(~Mask2)); + +% If the number of individuals is odd, the last individual cannot be mated +% but must be included in the new population + if rem(Nind,2), NewChrom(Nind,:)=OldChrom(Nind,:); end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECINT.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECINT.M" index 7d9aafbbf73a550417eb34b56486dbe19edacb92..cac6d76a3d5f4a48ca82601e2b13d4d1e2bf3e0e 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECINT.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECINT.M" @@ -1,3 +1,55 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:f28039ff4addb00e9527bb5c81eb6c73fdf542b9ebe15a9b929cca771cf5cd0b -size 1895 +% RECINT.M (RECombination extended INTermediate) +% +% This function performs extended intermediate recombination between +% pairs of individuals and returns the new individuals after mating. +% +% Syntax: NewChrom = recint(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one +% individual +% XOVR - Probability of crossover occurring between pairs +% of individuals. (not used, only for compatibility) +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 25.11.93 file created +% 06.12.93 change of name of function +% 25.02.94 clean up +% 19.03.94 multipopulation support removed + +function NewChrom = recint(OldChrom, XOVR); + +% Identify the population size (Nind) and the number of variables (Nvar) + [Nind,Nvar] = size(OldChrom); + +% Identify the number of matings + Xops = floor(Nind/2); + +% Performs recombination + odd = 1:2:Nind-1; + even= 2:2:Nind; + + % position of value of offspring compared to parents + Alpha = -0.25 + 1.5 * rand(Xops,Nvar); + + % recombination + NewChrom(odd,:) = OldChrom(odd,:) + Alpha .* (OldChrom(even,:) - OldChrom(odd,:)); + + % the same ones more for second half of offspring + Alpha = -0.25 + 1.5 * rand(Xops,Nvar); + NewChrom(even,:) = OldChrom(odd,:) + Alpha .* (OldChrom(even,:) - OldChrom(odd,:)); + +% If the number of individuals is odd, the last individual cannot be mated +% but must be included in the new population + if rem(Nind,2), NewChrom(Nind,:)=OldChrom(Nind,:); end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECLIN.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECLIN.M" index 721f62b4d5ded537ccf9c9369e09975bc92db245..d76084444d778b795004e0f8042442dd8a5e8654 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECLIN.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECLIN.M" @@ -1,3 +1,57 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:34f0a46f19e514e77b173b8841a91e686cef0a5f864c3dff6725cb4ab59ff861 -size 1953 +% RECLIN.M (RECombination extended LINe) +% +% This function performs extended line recombination between +% pairs of individuals and returns the new individuals after mating. +% +% Syntax: NewChrom = reclin(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one +% individual +% XOVR - Probability of crossover occurring between pairs +% of individuals. (not used, only for compatibility) +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 26.11.93 file created +% 06.12.93 change of name of function +% 25.02.94 clean up +% 19.03.94 multipopulation support removed + +function NewChrom = reclin(OldChrom, XOVR); + +% Identify the population size (Nind) and the number of variables (Nvar) + [Nind,Nvar] = size(OldChrom); + +% Identify the number of matings + Xops = floor(Nind/2); + +% Performs recombination + odd = 1:2:Nind-1; + even= 2:2:Nind; + + % position of value of offspring compared to parents + Alpha = -0.25 + 1.5 * rand(Xops,1); + Alpha = Alpha(1:Xops,ones(Nvar,1)); + + % recombination + NewChrom(odd,:) = OldChrom(odd,:) + Alpha .* (OldChrom(even,:) - OldChrom(odd,:)); + + % the same ones more for second half of offspring + Alpha = -0.25 + 1.5 * rand(Xops,1); + Alpha = Alpha(1:Xops,ones(Nvar,1)); + NewChrom(even,:) = OldChrom(odd,:) + Alpha .* (OldChrom(even,:) - OldChrom(odd,:)); + +% If the number of individuals is odd, the last individual cannot be mated +% but must be included in the new population + if rem(Nind,2), NewChrom(Nind,:)=OldChrom(Nind,:); end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECMUT.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECMUT.M" index a2447ff5122359772a59db31f3b7cce1c1f6d574..12642cb9125aafaa9729e24def4504d0ace42335 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECMUT.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECMUT.M" @@ -1,3 +1,118 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:1dba80855d9d825d038f939d30b7cddb249dc460ae0b449d0cf6cb9f6a4bc738 -size 4852 +% RECLIN.M (line RECombination with MUTation features) +% +% This function performs line recombination with mutation features between +% pairs of individuals and returns the new individuals after mating. +% +% Syntax: NewChrom = recmut(OldChrom, FieldDR, MutOpt) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% FieldDR - Matrix describing the boundaries of each variable. +% MutOpt - (optional) Vector containing recombination rate and shrink value +% MutOpt(1): MutR - number containing the recombination rate - +% probability for recombine a pair of parents +% if omitted or NaN, MutOpt(1) = 1 is assumed +% MutOpt(2): MutShrink - (optional) number for shrinking the +% recombination range in the range [0 1], possibility to +% shrink the range of the recombination depending on, +% for instance actual generation. +% if omitted or NaN, MutOpt(2) = 1 is assumed +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 27.03.94 file created + +function NewChrom = recmut(OldChrom, FieldDR, MutOpt); + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('Not enough input parameter'); end + + % Identify the population size (Nind) and the number of variables (Nvar) + [Nind,Nvar] = size(OldChrom); + + [mF, nF] = size(FieldDR); + if mF ~= 2, error('FieldDR must be a matrix with 2 rows'); end + if Nvar ~= nF, error('FieldDR and OldChrom disagree'); end + + if nargin < 3, MutR = 1; MutShrink = 1; + elseif isempty(MutOpt), MutR = 1; MutShrink = 1; + elseif isnan(MutOpt), MutR = 1; MutShrink = 1; + else + if length(MutOpt) == 1, MutR = MutOpt; MutShrink = 1; + elseif length(MutOpt) == 2, MutR = MutOpt(1); MutShrink = MutOpt(2); + else, error(' Too many parameter in MutOpt'); end + end + + if isempty(MutR), MutR = 1; + elseif isnan(MutR), MutR = 1; + elseif length(MutR) ~= 1, error('Parameter for recombination rate must be a scalar'); + elseif (MutR < 0 | MutR > 1), error('Parameter for recombination rate must be a scalar in [0, 1]'); end + + if isempty(MutShrink), MutShrink = 1; + elseif isnan(MutShrink), MutShrink = 1; + elseif length(MutShrink) ~= 1, error('Parameter for shrinking recombination range must be a scalar'); + elseif (MutShrink < 0 | MutShrink > 1), + error('Parameter for shrinking recombination range must be a scalar in [0, 1]'); + end + +% Identify the number of matings + Xops = floor(Nind/2); + +% NewChrom = OldChrom (+ or -) * Range * MutShrink * Delta * ChromDiff +% - with probability 0.9, + with probability 0.1 +% Range = 0.5 * (upperbound - lowerbound), given by FieldDR +% Delta = Sum(Alpha_i * 2^-i) from 0 to ACCUR; Alpha_i = rand(ACCUR,1) < 1/ACCUR +% ChromDiff = (individual1 - individual2) / Distance between individuals + +% Matrix with range values for every variable + Range = rep(0.5 * MutShrink *(FieldDR(2,:)-FieldDR(1,:)),[Xops 1]); + +% zeros and ones for recombine or not this variable, together with Range + if MutR < 1, Range = Range .* rep((rand(Xops,1) < MutR), [1 Nvar]); end + +% compute, if + or - sign + Range = Range .* (1 - 2 * (rand(Xops,Nvar) < 0.9)); + +% compute distance between mating pairs + NormO = zeros(Xops,1); + for irun = 1:Xops, + NormO(irun) = max(realmin,abs(norm(OldChrom(2*irun,:)) - norm(OldChrom(2*irun-1,:)))); + end + +% compute difference between variables divided by distance + ChromDiff = zeros(Xops,Nvar); + for irun = 1:Xops + ChromDiff(irun,:) = diff([OldChrom(2*irun-1,:); OldChrom(2*irun,:)]) / NormO(irun); + end + +% compute delta value for all individuals + ACCUR = 20; + Vect = 2 .^ (-(0:(ACCUR-1))'); + Delta = (rand(Xops,ACCUR) < 1/ACCUR) * Vect; + Delta = rep(Delta, [1 Nvar]); + +% Performs recombination + odd = 1:2:Nind-1; + even= 2:2:Nind; + + % recombination + NewChrom(odd,:) = OldChrom(odd,:) + Range .* Delta .* (ChromDiff); + NewChrom(even,:) = OldChrom(even,:) + Range .* Delta .* (-ChromDiff); + +% If the number of individuals is odd, the last individual cannot be mated +% but must be included in the new population + if rem(Nind,2), NewChrom(Nind,:)=OldChrom(Nind,:); end + +% Ensure variables boundaries, compare with lower and upper boundaries + NewChrom = max(rep(FieldDR(1,:),[Nind 1]), NewChrom); + NewChrom = min(rep(FieldDR(2,:),[Nind 1]), NewChrom); + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECOMBIN.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECOMBIN.M" index 760a482ee729bee15d30775766209361a64cdb54..9c47af9e83f9ddb26eb58828fef7ac404ac25760 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECOMBIN.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RECOMBIN.M" @@ -1,3 +1,69 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:1beb08befa03089753f61e6daa8117587823cc59d2e0949e5f78fc4cfa2db767 -size 2438 +% RECOMBIN.M (RECOMBINation high-level function) +% +% This function performs recombination between pairs of individuals +% and returns the new individuals after mating. The function handles +% multiple populations and calls the low-level recombination function +% for the actual recombination process. +% +% Syntax: NewChrom = recombin(REC_F, OldChrom, RecOpt, SUBPOP) +% +% Input parameters: +% REC_F - String containing the name of the recombination or +% crossover function +% Chrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% RecOpt - (optional) Scalar containing the probability of +% recombination/crossover occurring between pairs +% of individuals. +% if omitted or NaN, 1 is assumed +% SUBPOP - (optional) Number of subpopulations +% if omitted or NaN, 1 subpopulation is assumed +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after recombination in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 18.03.94 file created + + +function NewChrom = recombin(REC_F, Chrom, RecOpt, SUBPOP); + + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('Not enough input parameter'); end + + % Identify the population size (Nind) + [Nind,Nvar] = size(Chrom); + + if nargin < 4, SUBPOP = 1; end + if nargin > 3, + if isempty(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif isnan(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + end + + if (Nind/SUBPOP) ~= fix(Nind/SUBPOP), error('Chrom and SUBPOP disagree'); end + Nind = Nind/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + + if nargin < 3, RecOpt = 0.7; end + if nargin > 2, + if isempty(RecOpt), RecOpt = 0.7; + elseif isnan(RecOpt), RecOpt = 0.7; + elseif length(RecOpt) ~= 1, error('RecOpt must be a scalar'); + elseif (RecOpt < 0 | RecOpt > 1), error('RecOpt must be a scalar in [0, 1]'); end + end + + +% Select individuals of one subpopulation and call low level function + NewChrom = []; + for irun = 1:SUBPOP, + ChromSub = Chrom((irun-1)*Nind+1:irun*Nind,:); + NewChromSub = feval(REC_F, ChromSub, RecOpt); + NewChrom=[NewChrom; NewChromSub]; + end + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REINS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REINS.M" index fc150a058d9411f715e8b425ec400e966f0836c8..87074fbe810db520bc05b7978065adcac19f7af9 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REINS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REINS.M" @@ -1,3 +1,123 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:3f260e5b26029fd5b658901251e50c7c6c66ec858682f07c14ad986a44fda98d -size 5574 +% REINS.M (RE-INSertion of offspring in population replacing parents) +% +% This function reinserts offspring in the population. +% +% Syntax: [Chrom, ObjVCh] = reins(Chrom, SelCh, SUBPOP, InsOpt, ObjVCh, ObjVSel) +% +% Input parameters: +% Chrom - Matrix containing the individuals (parents) of the current +% population. Each row corresponds to one individual. +% SelCh - Matrix containing the offspring of the current +% population. Each row corresponds to one individual. +% SUBPOP - (optional) Number of subpopulations +% if omitted or NaN, 1 subpopulation is assumed +% InsOpt - (optional) Vector containing the insertion method parameters +% ExOpt(1): Select - number indicating kind of insertion +% 0 - uniform insertion +% 1 - fitness-based insertion +% if omitted or NaN, 0 is assumed +% ExOpt(2): INSR - Rate of offspring to be inserted per +% subpopulation (% of subpopulation) +% if omitted or NaN, 1.0 (100%) is assumed +% ObjVCh - (optional) Column vector containing the objective values +% of the individuals (parents - Chrom) in the current +% population, needed for fitness-based insertion +% saves recalculation of objective values for population +% ObjVSel - (optional) Column vector containing the objective values +% of the offspring (SelCh) in the current population, needed for +% partial insertion of offspring, +% saves recalculation of objective values for population +% +% Output parameters: +% Chrom - Matrix containing the individuals of the current +% population after reinsertion. +% ObjVCh - if ObjVCh and ObjVSel are input parameter, than column +% vector containing the objective values of the individuals +% of the current generation after reinsertion. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 10.03.94 file created +% 19.03.94 parameter checking improved + +function [Chrom, ObjVCh] = reins(Chrom, SelCh, SUBPOP, InsOpt, ObjVCh, ObjVSel); + + +% Check parameter consistency + if nargin < 2, error('Not enough input parameter'); end + if (nargout == 2 & nargin < 6), error('Input parameter missing: ObjVCh and/or ObjVSel'); end + + [NindP, NvarP] = size(Chrom); + [NindO, NvarO] = size(SelCh); + + if nargin == 2, SUBPOP = 1; end + if nargin > 2, + if isempty(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif isnan(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + end + + if (NindP/SUBPOP) ~= fix(NindP/SUBPOP), error('Chrom and SUBPOP disagree'); end + if (NindO/SUBPOP) ~= fix(NindO/SUBPOP), error('SelCh and SUBPOP disagree'); end + NIND = NindP/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + NSEL = NindO/SUBPOP; % Compute number of offspring per subpopulation + + IsObjVCh = 0; IsObjVSel = 0; + if nargin > 4, + [mO, nO] = size(ObjVCh); + if nO ~= 1, error('ObjVCh must be a column vector'); end + if NindP ~= mO, error('Chrom and ObjVCh disagree'); end + IsObjVCh = 1; + end + if nargin > 5, + [mO, nO] = size(ObjVSel); + if nO ~= 1, error('ObjVSel must be a column vector'); end + if NindO ~= mO, error('SelCh and ObjVSel disagree'); end + IsObjVSel = 1; + end + + if nargin < 4, INSR = 1.0; Select = 0; end + if nargin >= 4, + if isempty(InsOpt), INSR = 1.0; Select = 0; + elseif isnan(InsOpt), INSR = 1.0; Select = 0; + else + INSR = NaN; Select = NaN; + if (length(InsOpt) > 2), error('Parameter InsOpt too long'); end + if (length(InsOpt) >= 1), Select = InsOpt(1); end + if (length(InsOpt) >= 2), INSR = InsOpt(2); end + if isnan(Select), Select = 0; end + if isnan(INSR), INSR =1.0; end + end + end + + if (INSR < 0 | INSR > 1), error('Parameter for insertion rate must be a scalar in [0, 1]'); end + if (INSR < 1 & IsObjVSel ~= 1), error('For selection of offspring ObjVSel is needed'); end + if (Select ~= 0 & Select ~= 1), error('Parameter for selection method must be 0 or 1'); end + if (Select == 1 & IsObjVCh == 0), error('ObjVCh for fitness-based exchange needed'); end + + if INSR == 0, return; end + NIns = min(max(floor(INSR*NSEL+.5),1),NIND); % Number of offspring to insert + +% perform insertion for each subpopulation + for irun = 1:SUBPOP, + % Calculate positions in old subpopulation, where offspring are inserted + if Select == 1, % fitness-based reinsertion + [Dummy, ChIx] = sort(-ObjVCh((irun-1)*NIND+1:irun*NIND)); + else % uniform reinsertion + [Dummy, ChIx] = sort(rand(NIND,1)); + end + PopIx = ChIx((1:NIns)')+ (irun-1)*NIND; + % Calculate position of Nins-% best offspring + if (NIns < NSEL), % select best offspring + [Dummy,OffIx] = sort(ObjVSel((irun-1)*NSEL+1:irun*NSEL)); + else + OffIx = (1:NIns)'; + end + SelIx = OffIx((1:NIns)')+(irun-1)*NSEL; + % Insert offspring in subpopulation -> new subpopulation + Chrom(PopIx,:) = SelCh(SelIx,:); + if (IsObjVCh == 1 & IsObjVSel == 1), ObjVCh(PopIx) = ObjVSel(SelIx); end + end + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REP.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REP.M" index ba187d520acfadd5aa12492f6861b2f74094cff6..9255c007f35ec19293b0a3abbeed12f5e6829db1 100644 --- 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/REP.M" @@ -1,3 +1,46 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:78ec47d1d557452415eae600d8b8bfb01621fc1a319e1f8c8e62d45b887ef7c7 -size 1208 +% REP.m Replicate a matrix +% +% This function replicates a matrix in both dimensions. +% +% Syntax: MatOut = rep(MatIn,REPN); +% +% Input parameters: +% MatIn - Input Matrix (before replicating) +% +% REPN - Vector of 2 numbers, how many replications in each dimension +% REPN(1): replicate vertically +% REPN(2): replicate horizontally +% +% Example: +% +% MatIn = [1 2 3] +% REPN = [1 2]: MatOut = [1 2 3 1 2 3] +% REPN = [2 1]: MatOut = [1 2 3; +% 1 2 3] +% REPN = [3 2]: MatOut = [1 2 3 1 2 3; +% 1 2 3 1 2 3; +% 1 2 3 1 2 3] +% +% Output parameter: +% MatOut - Output Matrix (after replicating) +% + +% Author: Carlos Fonseca & Hartmut Pohlheim +% History: 14.02.94 file created + + +function MatOut = rep(MatIn,REPN) + +% Get size of input matrix + [N_D,N_L] = size(MatIn); + +% Calculate + Ind_D = rem(0:REPN(1)*N_D-1,N_D) + 1; + Ind_L = rem(0:REPN(2)*N_L-1,N_L) + 1; + +% Create output matrix + MatOut = MatIn(Ind_D,Ind_L); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RESPLOT.M" 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dd669edea0aa1ce64db0c9e5e2ad3c1feb6fc9a1..f7ee499f07fed7997d04dc353d0e5662081c9a3b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RESPLOT.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RESPLOT.M" @@ -1,3 +1,56 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:f1c65ba1bd79521d9bd0ce65a2a5381bed89e3e767071ca11c95dd781c637622 -size 2080 +% RESPLOT.M (RESult PLOTing) +% +% This function plots some results during computation. +% +% Syntax: resplot(Chrom,IndAll,ObjV,Best,gen) +% +% Input parameters: +% Chrom - Matrix containing the chromosomes of the current +% population. Each line corresponds to one individual. +% IndAll - Matrix containing the best individual (variables) of each +% generation. Each line corresponds to one individual. +% ObjV - Vector containing objective values of the current +% generation +% Best - Matrix containing the best and average Objective values of +% each generation, [best value per generation,average value +% per generation] +% gen - Scalar containing the number of the current generation +% +% Output parameter: +% no output parameter + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 27.11.93 file created +% 29.11.93 decision, if plot or not deleted +% yscale not log +% 15.12.93 MutMatrix as parameter and plot added +% 16.03.94 function cleaned, MutMatrix removed, IndAll added + +function resplot(Chrom,IndAll,ObjV,Best,gen); + + % plot of best and mean value per generation + subplot(2,2,1), plot(Best); + title('Best and mean objective value'); + xlabel('generation'), ylabel('objective value'); + + % plot of best individuals in all generations + subplot(2,2,2), plot(IndAll); + title(['Best individuals']); + xlabel('generation'), ylabel('value of variable'); + + % plot of variables of all individuals in current generation + subplot(2,2,3), plot(Chrom'); + title(['All individuals in gen ',num2str(gen)]); + xlabel('number of variable'), ylabel('value of variable'); + + % plot of all objective values in current generation + subplot(2,2,4), plot(ObjV,'y.'); + title(['All objective values']); + xlabel('number of individual'), ylabel('objective value'); + + drawnow; + + +% End of function + + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RWS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RWS.M" index cf4492cf5a6688a9b9ec9c0c9480172a101cdd56..f6d5c146d5cea92cee0d560fac2cfadb4397d9c4 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RWS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/RWS.M" @@ -1,3 +1,31 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:1b6fe643ae24bb2a32e135ec0f2d88a2b0b62fa7261b19b427315020161ce7e2 -size 1090 +% RWS.m - Roulette Wheel Selection +% +% Syntax: +% NewChrIx = rws(FitnV, Nsel) +% +% This function selects a given number of individuals Nsel from a +% population. FitnV is a column vector containing the fitness +% values of the individuals in the population. +% +% The function returns another column vector containing the +% indexes of the new generation of chromosomes relative to the +% original population matrix, shuffled. The new population, ready +% for mating, can be obtained by calculating +% OldChrom(NewChrIx, :). + +% Author: Carlos Fonseca, Updated: Andrew Chipperfield +% Date: 04/10/93, Date: 27-Jan-94 + +function NewChrIx = rws(FitnV,Nsel); + +% Identify the population size (Nind) +[Nind,ans] = size(FitnV); + +% Perform Stochastic Sampling with Replacement +cumfit = cumsum(FitnV); +trials = cumfit(Nind) .* rand(Nsel, 1); +Mf = cumfit(:, ones(1, Nsel)); +Mt = trials(:, ones(1, Nind))'; +[NewChrIx, ans] = find(Mt < Mf & ... + [ zeros(1, Nsel); Mf(1:Nind-1, :) ] <= Mt); + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SAGAFcmMain.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SAGAFcmMain.m" index 59db129d26d86e1c552da8a3d2c1b77c1edc0c9d..3bc9c7c5e896f2ee2074403a5eda2125ecb34875 100644 --- 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sha256:9f0e8b3efa3a49376e9789ac4e1fddc39a9a6306c0cbc1edb9da18c962ffe6be -size 2855 +%% 2¡¢ÒÅ´«Ä£ÄâÓÅ»¯³õʼ¾ÛÀàÖÐÐÄ +clc +clear all +close all +load X +m=size(X,2);% Ñù±¾ÌØÕ÷άÊý +% ÖÐÐĵ㷶Χ[lb;ub] +lb=min(X); +ub=max(X); +%% Ä£ºýC¾ùÖµ¾ÛÀà²ÎÊý +% ÉèÖÃÃÝÖ¸ÊýΪ3£¬×î´óµü´ú´ÎÊýΪ20£¬Ä¿±êº¯ÊýµÄÖÕÖ¹ÈÝÏÞΪ1e-6 +options=[3,20,1e-6]; +% Àà±ðÊýcn +cn=4; +%% Ä£ÄâÍË»ðËã·¨²ÎÊý +q =0.8; % ÀäȴϵÊý +T0=100; % ³õʼÎÂ¶È +Tend=99.999; % ÖÕÖ¹ÎÂ¶È +%% ¶¨ÒåÒÅ´«Ëã·¨²ÎÊý +sizepop=10; %¸öÌåÊýÄ¿(Numbe of individuals) +MAXGEN=100; %×î´óÒÅ´«´úÊý(Maximum number of generations) +NVAR=m*cn; %±äÁ¿µÄάÊý +PRECI=10; %±äÁ¿µÄ¶þ½øÖÆλÊý(Precision of variables) +pc=0.7; +pm=0.01; +trace=zeros(NVAR+1,MAXGEN); +%½¨Á¢ÇøÓòÃèÊöÆ÷(Build field descriptor) +FieldD=[rep([PRECI],[1,NVAR]);rep([lb;ub],[1,cn]);rep([1;0;1;1],[1,NVAR])]; +Chrom=crtbp(sizepop, NVAR*PRECI); % ´´½¨³õʼÖÖȺ +V=bs2rv(Chrom, FieldD); +ObjV=ObjFun(X,cn,V,options); %¼ÆËã³õʼÖÖȺ¸öÌåµÄÄ¿±êº¯ÊýÖµ +T=T0; +while T>Tend + gen=0; %´ú¼ÆÊýÆ÷ + while gennewObjV(i) + ObjV(i)=newObjV(i); 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+plot(center(:,1),center(:,2),'v') +hold off diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SCALING.M" 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63238cf32b4aa039a9d27dbcc84843a125aea408..fe854dacc550cd57add8e1c9d7ce5d752c347a69 100644 --- 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SCALING.M" @@ -1,3 +1,52 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:9f95050c5b2cedddd9606d27edcf0515f83f9b2fec85a1090d30180e24b0a09b -size 1270 +% SCALING.m - linear fitness scaling +% +% This function implements a linear fitness scaling algorithm as described +% by Goldberg in "Genetic Algorithms in Search, Optimization and Machine +% Learning", Addison Wesley, 1989. It use is not recommended when fitness +% functions produce negative results as the scaling will become unreliable. +% It is included in this version of the GA Toolbox only for the sake of +% completeness. +% +% Syntax: FitnV = scaling(ObjV, Smul) +% +% Input parameters: +% +% Objv - A vector containing the values of individuals +% fitness. +% +% Smul - Optional scaling parameter (default 2). +% +% Output parameters: +% +% FitnV - A vector containing the individual fitnesses +% for the current population. +% +% + +% Author: Andrew Chipperfield +% Date: 24-Feb-94 + + +function FitnV = scaling( ObjV, Smul ) + +if nargin == 1 + Smul = 2 ; +end + +[Nind, Nobj] = size( ObjV ) ; +Oave = sum( ObjV ) / Nind ; +Omin = min( ObjV ) ; +Omax = max( ObjV ) ; + +if (Omin > ( Smul * Oave - Omax ) / ( Smul - 1.0 )) + delta = Omax - Oave + a = ( Smul - 1.0 ) * Oave / delta + b = Oave * ( Omax - Smul * Oave ) / delta +else + delta = Oave - Omin ; + a = Oave / delta ; + b = -Omin * Oave / delta ; +end + +FitnV = ObjV.*a + b ; + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SELECT.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SELECT.M" index 0c07bdf5a26a41687e8ba64a5b74b82505c28917..627fb50670a6f88d991badf5802655b60849f39a 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SELECT.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SELECT.M" @@ -1,3 +1,69 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:93e9c1b839da6ecb637ea9004d21115ecb1084036ee1372172393ad8da6588be -size 2401 +% SELECT.M (universal SELECTion) +% +% This function performs universal selection. The function handles +% multiple populations and calls the low level selection function +% for the actual selection process. + +% +% Syntax: SelCh = select(SEL_F, Chrom, FitnV, GGAP, SUBPOP) +% +% Input parameters: +% SEL_F - Name of the selection function +% Chrom - Matrix containing the individuals (parents) of the current +% population. Each row corresponds to one individual. +% FitnV - Column vector containing the fitness values of the +% individuals in the population. +% GGAP - (optional) Rate of individuals to be selected +% if omitted 1.0 is assumed +% SUBPOP - (optional) Number of subpopulations +% if omitted 1 subpopulation is assumed +% +% Output parameters: +% SelCh - Matrix containing the selected individuals. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 10.03.94 file created + +function SelCh = select(SEL_F, Chrom, FitnV, GGAP, SUBPOP); + +% Check parameter consistency + if nargin < 3, error('Not enough input parameter'); end + + % Identify the population size (Nind) + [NindCh,Nvar] = size(Chrom); + [NindF,VarF] = size(FitnV); + if NindCh ~= NindF, error('Chrom and FitnV disagree'); end + if VarF ~= 1, error('FitnV must be a column vector'); end + + if nargin < 5, SUBPOP = 1; end + if nargin > 4, + if isempty(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif isnan(SUBPOP), SUBPOP = 1; + elseif length(SUBPOP) ~= 1, error('SUBPOP must be a scalar'); end + end + + if (NindCh/SUBPOP) ~= fix(NindCh/SUBPOP), error('Chrom and SUBPOP disagree'); end + Nind = NindCh/SUBPOP; % Compute number of individuals per subpopulation + + if nargin < 4, GGAP = 1; end + if nargin > 3, + if isempty(GGAP), GGAP = 1; + elseif isnan(GGAP), GGAP = 1; + elseif length(GGAP) ~= 1, error('GGAP must be a scalar'); + elseif (GGAP < 0), error('GGAP must be a scalar bigger than 0'); end + end + +% Compute number of new individuals (to select) + NSel=max(floor(Nind*GGAP+.5),2); + +% Select individuals from population + SelCh = []; + for irun = 1:SUBPOP, + FitnVSub = FitnV((irun-1)*Nind+1:irun*Nind); + ChrIx=feval(SEL_F, FitnVSub, NSel)+(irun-1)*Nind; + SelCh=[SelCh; Chrom(ChrIx,:)]; + end + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SGA.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SGA.M" index a4af7ee703999c688081450150f035bb8c700c88..f01cd948dda399b04bca0504e66130f036e4f77a 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SGA.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SGA.M" @@ -1,3 +1,69 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:ed469760636b72242f946ec8e3a852688c48ba5f6059ae2835a4fff3bda61b56 -size 2143 +% sga +% +% This script implements the Simple Genetic Algorithm described +% in the examples section of the GA Toolbox manual. +% + +% Author: Andrew Chipperfield +% History: 23-Mar-94 file created + + +NIND = 40; % Number of individuals per subpopulations +MAXGEN = 300; % maximum Number of generations +GGAP = .9; % Generation gap, how many new individuals are created +NVAR = 20; % Generation gap, how many new individuals are created +PRECI = 20; % Precision of binary representation + +% Build field descriptor + FieldD = [rep([PRECI],[1, NVAR]); rep([-512;512],[1, NVAR]);... + rep([1; 0; 1 ;1], [1, NVAR])]; + +% Initialise population + Chrom = crtbp(NIND, NVAR*PRECI); + +% Reset counters + Best = NaN*ones(MAXGEN,1); % best in current population + gen = 0; % generational counter + +% Evaluate initial population + ObjV = objfun1(bs2rv(Chrom,FieldD)); + +% Track best individual and display convergence + Best(gen+1) = min(ObjV); + plot(log10(Best),'ro');xlabel('generation'); ylabel('log10(f(x))'); + text(0.5,0.95,['Best = ', num2str(Best(gen+1))],'Units','normalized'); + drawnow; + + +% Generational loop + while gen < MAXGEN, + + % Assign fitness-value to entire population + FitnV = ranking(ObjV); + + % Select individuals for breeding + SelCh = select('sus', Chrom, FitnV, GGAP); + + % Recombine selected individuals (crossover) + SelCh = recombin('xovsp',SelCh,0.7); + + % Perform mutation on offspring + SelCh = mut(SelCh); + + % Evaluate offspring, call objective function + ObjVSel = objfun1(bs2rv(SelCh,FieldD)); + + % Reinsert offspring into current population + [Chrom ObjV]=reins(Chrom,SelCh,1,1,ObjV,ObjVSel); + + % Increment generational counter + gen = gen+1; + + % Update display and record current best individual + Best(gen+1) = min(ObjV); + plot(log10(Best),'ro'); xlabel('generation'); ylabel('log10(f(x))'); + text(0.5,0.95,['Best = ', num2str(Best(gen+1))],'Units','normalized'); + drawnow; + end +% End of GA + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SUS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/SUS.M" index c2c69374c32708ede202103d0a783a53d3c7d5f2..89f38577421926d597bc7ed205077935033220ad 100644 --- 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sha256:2b10ad5906524d4e218787b0fb5d1f3c52c24cc66dc847d05fd714d0f0b01d9a -size 1319 +% SUS.M (Stochastic Universal Sampling) +% +% This function performs selection with STOCHASTIC UNIVERSAL SAMPLING. +% +% Syntax: NewChrIx = sus(FitnV, Nsel) +% +% Input parameters: +% FitnV - Column vector containing the fitness values of the +% individuals in the population. +% Nsel - number of individuals to be selected +% +% Output parameters: +% NewChrIx - column vector containing the indexes of the selected +% individuals relative to the original population, shuffled. +% The new population, ready for mating, can be obtained +% by calculating OldChrom(NewChrIx,:). + +% Author: Hartmut Pohlheim (Carlos Fonseca) +% History: 12.12.93 file created +% 22.02.94 clean up, comments + + +function NewChrIx = sus(FitnV,Nsel); + +% Identify the population size (Nind) + [Nind,ans] = size(FitnV); + +% Perform stochastic universal sampling + cumfit = cumsum(FitnV); + trials = cumfit(Nind) / Nsel * (rand + (0:Nsel-1)'); + Mf = cumfit(:, ones(1, Nsel)); + Mt = trials(:, ones(1, Nind))'; + [NewChrIx, ans] = find(Mt < Mf & [ zeros(1, Nsel); Mf(1:Nind-1, :) ] <= Mt); + +% Shuffle new population + [ans, shuf] = sort(rand(Nsel, 1)); + NewChrIx = NewChrIx(shuf); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git 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Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovdp(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 2, 0); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVDPRS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVDPRS.M" index 902f4f6c09a3473197b746d4714c397960859a6b..e65331226383389f327e7b596f6db1aca13058dd 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVDPRS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVDPRS.M" @@ -1,3 +1,32 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:9e38f004605377c6c745681434ae98682be231ea910b71894507753f334c8e54 -size 1090 +% XOVDPRS.M (CROSSOVer Double-Point with Reduced Surrogate) +% +% This function performs double-point 'reduced surrogate' crossover between +% pairs of individuals and returns the current generation after mating. +% +% Syntax: NewChrom = xovdprs(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovdprs(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low-level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 2, 1); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVMP.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVMP.M" index 0125c287895f7b43b938db33b4691ad377c536d9..1b49416566cdb5b2088b055891d1a34ac22609d3 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVMP.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVMP.M" @@ -1,3 +1,84 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:492c5255f6c08d5cd3a89d284b09cbbe072271fcb15b44833df2758df7dc7425 -size 2795 +% XOVMP.m Multi-point crossover +% +% Syntax: NewChrom = xovmp(OldChrom, Px, Npt, Rs) +% +% This function takes a matrix OldChrom containing the binary +% representation of the individuals in the current population, +% applies crossover to consecutive pairs of individuals with +% probability Px and returns the resulting population. +% +% Npt indicates how many crossover points to use (1 or 2, zero +% indicates shuffle crossover). +% Rs indicates whether or not to force the production of +% offspring different from their parents. +% + +% Author: Carlos Fonseca, Updated: Andrew Chipperfield +% Date: 28/09/93, Date: 27-Jan-94 + +function NewChrom = xovmp(OldChrom, Px, Npt, Rs); + +% Identify the population size (Nind) and the chromosome length (Lind) +[Nind,Lind] = size(OldChrom); + +if Lind < 2, NewChrom = OldChrom; return; end + +if nargin < 4, Rs = 0; end +if nargin < 3, Npt = 0; Rs = 0; end +if nargin < 2, Px = 0.7; Npt = 0; Rs = 0; end +if isnan(Px), Px = 0.7; end +if isnan(Npt), Npt = 0; end +if isnan(Rs), Rs = 0; end +if isempty(Px), Px = 0.7; end +if isempty(Npt), Npt = 0; end +if isempty(Rs), Rs = 0; end + +Xops = floor(Nind/2); +DoCross = rand(Xops,1) < Px; +odd = 1:2:Nind-1; +even = 2:2:Nind; + +% Compute the effective length of each chromosome pair +Mask = ~Rs | (OldChrom(odd, :) ~= OldChrom(even, :)); +Mask = cumsum(Mask')'; + +% Compute cross sites for each pair of individuals, according to their +% effective length and Px (two equal cross sites mean no crossover) +xsites(:, 1) = Mask(:, Lind); +if Npt >= 2, + xsites(:, 1) = ceil(xsites(:, 1) .* rand(Xops, 1)); +end +xsites(:,2) = rem(xsites + ceil((Mask(:, Lind)-1) .* rand(Xops, 1)) ... + .* DoCross - 1 , Mask(:, Lind) )+1; + +% Express cross sites in terms of a 0-1 mask +Mask = (xsites(:,ones(1,Lind)) < Mask) == ... + (xsites(:,2*ones(1,Lind)) < Mask); + +if ~Npt, + shuff = rand(Lind,Xops); + [ans,shuff] = sort(shuff); + for i=1:Xops + OldChrom(odd(i),:)=OldChrom(odd(i),shuff(:,i)); + OldChrom(even(i),:)=OldChrom(even(i),shuff(:,i)); + end +end + +% Perform crossover +NewChrom(odd,:) = (OldChrom(odd,:).* Mask) + (OldChrom(even,:).*(~Mask)); +NewChrom(even,:) = (OldChrom(odd,:).*(~Mask)) + (OldChrom(even,:).*Mask); + +% If the number of individuals is odd, the last individual cannot be mated +% but must be included in the new population +if rem(Nind,2), + NewChrom(Nind,:)=OldChrom(Nind,:); +end + +if ~Npt, + [ans,unshuff] = sort(shuff); + for i=1:Xops + NewChrom(odd(i),:)=NewChrom(odd(i),unshuff(:,i)); + NewChrom(even(i),:)=NewChrom(even(i),unshuff(:,i)); + end +end + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSH.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSH.M" index 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"b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSH.M" @@ -1,3 +1,32 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:fba081244535a69f8765c25d7dc572af5fdc23be033333c847981673ec02a2a4 -size 1032 +% XOVSH.M (CROSSOVer SHuffle) +% +% This function performs shuffle crossover between pairs of +% individuals and returns the current generation after mating. +% +% Syntax: NewChrom = xovsh(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovsh(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 0, 0); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSHRS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSHRS.M" index a9c8be0baeda8668ede638f71df18ef5db466e73..4ceea7550e2f8ccb2cd1c560cc31fcc130bd40ae 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSHRS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSHRS.M" @@ -1,3 +1,32 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:05e39153994c1cd4415d9c9412e1f5a2d7298171fdf2501fbd053f3bd3749894 -size 1080 +% XOVSHRS.M (CROSSOVer SHuffle with Reduced Surrogate) +% +% This function performs shuffle 'reduced surrogate' crossover between +% pairs of individuals and returns the current generation after mating. +% +% Syntax: NewChrom = xovshrs(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovshrs(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 0, 1); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSP.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSP.M" index c4ae37ba22b78fec3557b99d4b8080ba05904a9f..b5f029eccfc239ae1d6a578552568dca6dc1687a 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSP.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSP.M" @@ -1,3 +1,32 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:83492d75f6a1da8f4624cff6a540a7844f89ccdd99d046251a2cf80cae2e2245 -size 1043 +% XOVSP.M (CROSSOVer Single-Point) +% +% This function performs single-point crossover between pairs of +% individuals and returns the current generation after mating. +% +% Syntax: NewChrom = xovsp(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovsp(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 1, 0); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSPRS.M" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSPRS.M" index 7305f1eb57cfc9186cc2151720fe0e20251af26d..0809b4dc4cd913f9cd7b516869a85e74ee4d17a7 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSPRS.M" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\350\201\232\347\261\273\345\210\206\346\236\220\351\227\256\351\242\230/\351\201\227\344\274\240\345\222\214\346\250\241\346\213\237\351\200\200\347\201\253\347\232\204\350\201\232\347\261\273\347\250\213\345\272\217/XOVSPRS.M" @@ -1,3 +1,32 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:1fd4438f59f1e79d28ca7949a48dd466fc29300d0a969728af9657bea8809c26 -size 1090 +% XOVSPRS.M (CROSSOVer Single-Point with Reduced Surrogate) +% +% This function performs single-point 'reduced surrogate' crossover between +% pairs of individuals and returns the current generation after mating. +% +% Syntax: NewChrom = xovsprs(OldChrom, XOVR) +% +% Input parameters: +% OldChrom - Matrix containing the chromosomes of the old +% population. Each line corresponds to one individual +% (in any form, not necessarily real-values). +% XOVR - Probability of recombination occurring between pairs +% of individuals. +% +% Output parameter: +% NewChrom - Matrix containing the chromosomes of the population +% after mating, ready to be mutated and/or evaluated, +% in the same format as OldChrom. + +% Author: Hartmut Pohlheim +% History: 28.03.94 file created + +function NewChrom = xovsprs(OldChrom, XOVR); + +if nargin < 2, XOVR = NaN; end + +% call low-level function with appropriate parameters + NewChrom = xovmp(OldChrom, XOVR, 1, 1); + + +% End of function + \ No newline at end of file diff --git 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9:10:02 +¼õС×ÖÌå Ôö´ó×ÖÌå + +±¾³ÌÐòÊÕ¼¯ÓÚÍøÂ磬±¾È˲¢Î´½øÐйýÔËÐУ¬ÈçÓÐÎÊÌâÇëÓë×÷ÕßÁªÏµ£¬ÈçÓÐÇÖȨÇë¸æÖ® + +ÒÅ´«Ëã·¨³ÌÐò: + ˵Ã÷: fga.m ΪÒÅ´«Ëã·¨µÄÖ÷³ÌÐò; ²ÉÓöþ½øÖÆGray±àÂë,²ÉÓûùÓÚÂÖÅ̶ķ¨µÄ·ÇÏßÐÔÅÅÃûÑ¡Ôñ, ¾ùÔȽ»²æ,±äÒì²Ù×÷,¶øÇÒ»¹ÒýÈëÁ˵¹Î»²Ù×÷! + +function [BestPop,Trace]=fga(FUN,LB,UB,eranum,popsize,pCross,pMutation,pInversion,options) +% [BestPop,Trace]=fmaxga(FUN,LB,UB,eranum,popsize,pcross,pmutation) +% Finds a maximum of a function of several variables. +% fmaxga solves problems of the form: +% max F(X) subject to: LB <= X <= UB +% BestPop - ×îÓŵÄȺÌ弴Ϊ×îÓŵÄȾɫÌåȺ +% Trace - ×î¼ÑȾɫÌåËù¶ÔÓ¦µÄÄ¿±êº¯ÊýÖµ +% FUN - Ä¿±êº¯Êý +% LB - ×Ô±äÁ¿ÏÂÏÞ +% UB - ×Ô±äÁ¿ÉÏÏÞ +% eranum - ÖÖȺµÄ´úÊý,È¡100--1000(ĬÈÏ200) +% popsize - ÿһ´úÖÖȺµÄ¹æÄ££»´Ë¿ÉÈ¡50--200(ĬÈÏ100) +% pcross - ½»²æ¸ÅÂÊ,Ò»°ãÈ¡0.5--0.85Ö®¼ä½ÏºÃ(ĬÈÏ0.8) +% pmutation - ³õʼ±äÒì¸ÅÂÊ,Ò»°ãÈ¡0.05-0.2Ö®¼ä½ÏºÃ(ĬÈÏ0.1) +% pInversion - µ¹Î»¸ÅÂÊ,Ò»°ãÈ¡0.05£­0.3Ö®¼ä½ÏºÃ(ĬÈÏ0.2) +% options - 1*2¾ØÕó,options(1)=0¶þ½øÖƱàÂë(ĬÈÏ0),option(1)~=0Ê®½øÖƱà +%Âë,option(2)É趨Çó½â¾«¶È(ĬÈÏ1e-4) +% +% ------------------------------------------------------------------------ + +T1=clock; +if nargin<3, error('FMAXGA requires at least three input arguments'); end +if nargin==3, eranum=200;popsize=100;pCross=0.8;pMutation=0.1;pInversion=0.15;options=[0 1e-4];end +if nargin==4, popsize=100;pCross=0.8;pMutation=0.1;pInversion=0.15;options=[0 1e-4];end +if nargin==5, pCross=0.8;pMutation=0.1;pInversion=0.15;options=[0 1e-4];end +if nargin==6, pMutation=0.1;pInversion=0.15;options=[0 1e-4];end +if nargin==7, pInversion=0.15;options=[0 1e-4];end +if find((LB-UB)>0) + error('Êý¾ÝÊäÈë´íÎó,ÇëÖØÐÂÊäÈë(LB1ʱ,b(i)=mod(a(i-1)+a(i),2) + %ÆäÖÐÔ­¶þ½øÖÆ´®:a(1)a(2)...a(n),Gray´®:b(1)b(2)...b(n) + initpop(i,:)=pop(1:end-1); +end +initpop(popsize,:)=ones(1,len);%The whole one encoding individual + + + + +%½âÂë + +function [fval] = b2f(bval,bounds,bits) +% fval - ±íÕ÷¸÷±äÁ¿µÄÊ®½øÖÆÊý +% bval - ±íÕ÷¸÷±äÁ¿µÄ¶þ½øÖƱàÂë´® +% bounds - ¸÷±äÁ¿µÄÈ¡Öµ·¶Î§ +% bits - ¸÷±äÁ¿µÄ¶þ½øÖƱàÂ볤¶È +scale=(bounds(:,2)-bounds(:,1))'./(2.^bits-1); %The range of the variables +numV=size(bounds,1); +cs=[0 cumsum(bits)]; +for i=1:numV + a=bval((cs(i)+1):cs(i+1)); + fval(i)=sum(2.^(size(a,2)-1:-1:0).*a)*scale(i)+bounds(i,1); +end + + + + +%Ñ¡Ôñ²Ù×÷ +%²ÉÓûùÓÚÂÖÅ̶ķ¨µÄ·ÇÏßÐÔÅÅÃûÑ¡Ôñ +%¸÷¸öÌå³ÉÔ±°´ÊÊÓ¦Öµ´Ó´óµ½Ð¡·ÖÅäÑ¡Ôñ¸ÅÂÊ£º +%P(i)=(q/1-(1-q)^n)*(1-q)^i, ÆäÖÐ P(0)>P(1)>...>P(n), sum(P(i))=1 + +function [selectpop]=NonlinearRankSelect(FUN,pop,bounds,bits) +global m n +selectpop=zeros(m,n); +fit=zeros(m,1); +for i=1:m + fit(i)=feval(FUN(1,:),(b2f(pop(i,:),bounds,bits)));%ÒÔº¯ÊýֵΪÊÊÓ¦Öµ×öÅÅÃûÒÀ¾Ý +end +selectprob=fit/sum(fit);%¼ÆËã¸÷¸öÌåÏà¶ÔÊÊÓ¦¶È(0,1) +q=max(selectprob);%Ñ¡Ôñ×îÓŵĸÅÂÊ +x=zeros(m,2); +x(:,1)=[m:-1:1]'; +[y x(:,2)]=sort(selectprob); +r=q/(1-(1-q)^m);%±ê×¼·Ö²¼»ùÖµ +newfit(x(:,2))=r*(1-q).^(x(:,1)-1);%Éú³ÉÑ¡Ôñ¸ÅÂÊ +newfit=cumsum(newfit);%¼ÆËã¸÷Ñ¡Ôñ¸ÅÂÊÖ®ºÍ +rNums=sort(rand(m,1)); +fitIn=1;newIn=1; +while newIn<=m + if rNums(newIn)=pCross); +len=length(y1); +if len>2&mod(len,2)==1%Èç¹ûÓÃÀ´½øÐн»²æµÄȾɫÌåµÄÌõÊýΪÆæÊý£¬½«Æäµ÷ÕûΪżÊý + y2(length(y2)+1)=y1(len); + y1(len)=[]; +end +if length(y1)>=2 + for i=0:2:length(y1)-2 + if opts==0 + [NewPop(y1(i+1),:),NewPop(y1(i+2),:)]=EqualCrossOver(OldPop(y1(i+1),:),OldPop(y1(i+2),:)); + else + [NewPop(y1(i+1),:),NewPop(y1(i+2),:)]=MultiPointCross(OldPop(y1(i+1),:),OldPop(y1(i+2),:)); + end + end +end +NewPop(y2,:)=OldPop(y2,:); + +%²ÉÓþùÔȽ»²æ +function [children1,children2]=EqualCrossOver(parent1,parent2) + +global n children1 children2 +hidecode=round(rand(1,n));%Ëæ»úÉú³ÉÑÚÂë +crossposition=find(hidecode==1); +holdposition=find(hidecode==0); +children1(crossposition)=parent1(crossposition);%ÑÚÂëΪ1£¬¸¸1Ϊ×Ó1Ìṩ»ùÒò +children1(holdposition)=parent2(holdposition);%ÑÚÂëΪ0£¬¸¸2Ϊ×Ó1Ìṩ»ùÒò +children2(crossposition)=parent2(crossposition);%ÑÚÂëΪ1£¬¸¸2Ϊ×Ó2Ìṩ»ùÒò +children2(holdposition)=parent1(holdposition);%ÑÚÂëΪ0£¬¸¸1Ϊ×Ó2Ìṩ»ùÒò + +%²ÉÓöàµã½»²æ£¬½»²æµãÊýÓɱäÁ¿Êý¾ö¶¨ + +function [Children1,Children2]=MultiPointCross(Parent1,Parent2) + +global n Children1 Children2 VarNum +Children1=Parent1; +Children2=Parent2; +Points=sort(unidrnd(n,1,2*VarNum)); +for i=1:VarNum + Children1(Points(2*i-1):Points(2*i))=Parent2(Points(2*i-1):Points(2*i)); + Children2(Points(2*i-1):Points(2*i))=Parent1(Points(2*i-1):Points(2*i)); +end + + + + +%±äÒì²Ù×÷ +function [NewPop]=Mutation(OldPop,pMutation,VarNum) + +global m n NewPop +r=rand(1,m); +position=find(r<=pMutation); +len=length(position); +if len>=1 + for i=1:len + k=unidrnd(n,1,VarNum); %ÉèÖñäÒìµãÊý£¬Ò»°ãÉèÖÃ1µã + for j=1:length(k) + if OldPop(position(i),k(j))==1 + OldPop(position(i),k(j))=0; + else + OldPop(position(i),k(j))=1; + end + end + end +end +NewPop=OldPop; + + + + +%µ¹Î»²Ù×÷ + +function [NewPop]=Inversion(OldPop,pInversion) + +global m n NewPop +NewPop=OldPop; +r=rand(1,m); +PopIn=find(r<=pInversion); +len=length(PopIn); +if len>=1 + for i=1:len + d=sort(unidrnd(n,1,2)); + if d(1)~=1&d(2)~=n + NewPop(PopIn(i),1:d(1)-1)=OldPop(PopIn(i),1:d(1)-1); + NewPop(PopIn(i),d(1):d(2))=OldPop(PopIn(i),d(2):-1:d(1)); + NewPop(PopIn(i),d(2)+1:n)=OldPop(PopIn(i),d(2)+1:n); + end + end +end + +[±¾ÈÕ£º1 ±¾ÖÜ£º1 ±¾Ô£º1 ×ÜÊý£º13 ] [·µ»ØÉÏÒ»Ò³] [´ò Ó¡] +ÉÏһƪÎÄÕ£ºMatlabÖÐÉñ¾­ÍøÂçÄ£Ð͵Ļ¥Ïàת»¯ +ÏÂһƪÎÄÕ£ºÒÅ´«Ëã·¨½â¾ö TSP ÎÊÌ⣨¸½matlabÔ´³ÌÐò£© +ÎÄÕÂÆÀÂÛ £¨ÆÀÂÛÄÚÈÝÖ»´ú±íÍøÓѹ۵㣬Óë±¾Õ¾Á¢³¡Î޹أ¡£© diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263 TSP \351\227\256\351\242\230.txt" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263 TSP \351\227\256\351\242\230.txt" index 52b418168bcaff74d3a22fde7e1f0a3a7a8ccc5d..652e69fb33e3bc83339eb211e44246e8ecece295 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263 TSP \351\227\256\351\242\230.txt" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\347\232\204\344\270\200\344\272\233\345\272\224\347\224\250\344\272\216\347\274\226\347\250\213\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225\350\247\243\345\206\263 TSP \351\227\256\351\242\230.txt" @@ -1,3 +1,259 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:365635e679a735c858baf795b05df00f1262d18cc3e82cf1cf18ba7998abe05c -size 9094 +ÒÅ´«Ëã·¨½â¾ö TSP ÎÊÌ⣨¸½matlabÔ´³ÌÐò£© +×÷ÕߣºKINGTT À´Ô´£º×ªÔØ ·¢²¼Ê±¼ä£º2008-7-17 9:11:53 +¼õС×ÖÌå Ôö´ó×ÖÌå + +ÒÑÖªn¸ö³ÇÊÐÖ®¼äµÄÏ໥¾àÀ룬ÏÖÓÐÒ»¸öÍÆÏúÔ±±ØÐë±é·ÃÕân¸ö³ÇÊУ¬²¢ÇÒÿ¸ö³ÇÊÐ +Ö»ÄÜ·ÃÎÊÒ»´Î£¬×îºóÓÖ±ØÐë·µ»Ø³ö·¢³ÇÊС£ÈçºÎ°²ÅÅËû¶ÔÕâЩ³ÇÊеķÃÎÊ´ÎÐò£¬¿ÉʹÆä +ÂÃÐзÏßµÄ×ܳ¤¶È×î¶Ì£¿ + ÓÃͼÂÛµÄÊõÓïÀ´Ëµ£¬¼ÙÉèÓÐÒ»¸öͼg=(v,e)£¬ÆäÖÐvÊǶ¥µã¼¯£¬eÊDZ߼¯£¬Éèd=(dij) +ÊÇÓɶ¥µãiºÍ¶¥µãjÖ®¼äµÄ¾àÀëËù×é³ÉµÄ¾àÀë¾ØÕó£¬ÂÃÐÐÉÌÎÊÌâ¾ÍÊÇÇó³öÒ»Ìõͨ¹ýËùÓж¥ +µãÇÒÿ¸ö¶¥µãֻͨ¹ýÒ»´ÎµÄ¾ßÓÐ×î¶Ì¾àÀëµÄ»Ø·¡£ + Õâ¸öÎÊÌâ¿É·ÖΪ¶Ô³ÆÂÃÐÐÉÌÎÊÌâ(dij=dji,,ÈÎÒâi,j=1,2,3£¬¡­,n)ºÍ·Ç¶Ô³ÆÂÃÐÐÉÌ +ÎÊÌâ(dij¡Ùdji,,ÈÎÒâi,j=1,2,3£¬¡­,n)¡£ + Èô¶ÔÓÚ³ÇÊÐv={v1,v2,v3,¡­,vn}µÄÒ»¸ö·ÃÎÊ˳ÐòΪt=(t1,t2,t3,¡­,ti,¡­,tn),ÆäÖÐ +ti¡Êv(i=1,2,3,¡­,n)£¬ÇÒ¼Çtn+1= t1£¬ÔòÂÃÐÐÉÌÎÊÌâµÄÊýѧģÐÍΪ£º + min l=¦Òd(t(i),t(i+1)) £¨i=1,¡­,n£© + ÂÃÐÐÉÌÎÊÌâÊÇÒ»¸öµäÐ͵Ä×éºÏÓÅ»¯ÎÊÌ⣬²¢ÇÒÊÇÒ»¸önpÄÑÎÊÌ⣬Æä¿ÉÄܵÄ·¾¶ÊýÄ¿ +Óë³ÇÊÐÊýÄ¿nÊdzÉÖ¸ÊýÐÍÔö³¤µÄ£¬ËùÒÔÒ»°ãºÜÄѾ«È·µØÇó³öÆä×îÓŽ⣬±¾ÎIJÉÓÃÒÅ´«Ëã·¨ +ÇóÆä½üËƽ⡣ + ÒÅ´«Ëã·¨£º +³õʼ»¯¹ý³Ì£ºÓÃv1,v2,v3,¡­,vn´ú±íËùÑ¡n¸ö³ÇÊС£¶¨ÒåÕûÊýpop-size×÷ΪȾɫÌåµÄ¸öÊý +£¬²¢ÇÒËæ»ú²úÉúpop-size¸ö³õʼȾɫÌ壬ÿ¸öȾɫÌåΪ1µ½18µÄÕûÊý×é³ÉµÄËæ»úÐòÁС£ +ÊÊÓ¦¶ÈfµÄ¼ÆË㣺¶ÔÖÖȺÖеÄÿ¸öȾɫÌåvi£¬¼ÆËãÆäÊÊÓ¦¶È£¬f=¦Òd(t(i),t(i+1)). +ÆÀ¼Ûº¯Êýeval(vi)£ºÓÃÀ´¶ÔÖÖȺÖеÄÿ¸öȾɫÌåviÉ趨һ¸ö¸ÅÂÊ£¬ÒÔʹ¸ÃȾɫÌ屻ѡÖÐ +µÄ¿ÉÄÜÐÔÓëÆäÖÖȺÖÐÆäËüȾɫÌåµÄÊÊÓ¦ÐԳɱÈÀý£¬¼Èͨ¹ýÂÖÅ̶ģ¬ÊÊÓ¦ÐÔÇ¿µÄȾɫÌå±» +Ñ¡Ôñ²úÉúºǫ́µÄ»ú»áÒª´ó£¬Éèalpha¡Ê(0,1)£¬±¾ÎĶ¨Òå»ùÓÚÐòµÄÆÀ¼Ûº¯ÊýΪeval(vi)=al +pha*(1-alpha).^(i-1) ¡£[Ëæ»ú¹æ»®ÓëÄ£ºý¹æ»®] +Ñ¡Ôñ¹ý³Ì£ºÑ¡Ôñ¹ý³ÌÊÇÒÔÐýת¶ÄÂÖpop-size´ÎΪ»ù´¡£¬Ã¿´ÎÐýת¶¼ÎªÐµÄÖÖȺѡÔñÒ»¸ö +ȾɫÌå¡£¶ÄÂÖÊÇ°´Ã¿¸öȾɫÌåµÄÊÊÓ¦¶È½øÐÐÑ¡ÔñȾɫÌåµÄ¡£ + step1 ¡¢¶Ôÿ¸öȾɫÌåvi,¼ÆËãÀۼƸÅÂÊqi£¬q0=0;qi=¦Òeval(vj) j=1,¡­,i;i=1, +¡­pop-size. + step2¡¢´ÓÇø¼ä(0,pop-size)ÖвúÉúÒ»¸öËæ»úÊýr£» + step3¡¢Èôqi-1 step4¡¢Öظ´step2ºÍstep3¹²pop-size´Î£¬ÕâÑù¿ÉÒԵõ½pop-size¸ö¸´ÖƵÄȾɫÌå¡£ +grefenstette±àÂ룺ÓÉÓÚ³£¹æµÄ½»²æÔËËãºÍ±äÒìÔËËã»áʹÖÖȺÖвúÉúһЩÎÞʵ¼ÊÒâÒåµÄ +ȾɫÌ壬±¾ÎIJÉÓÃgrefenstette±àÂ롶ÒÅ´«Ëã·¨Ô­Àí¼°Ó¦Óá·¿ÉÒÔ±ÜÃâÕâÖÖÇé¿öµÄ³öÏÖ +¡£ËùνµÄgrefenstette±àÂë¾ÍÊÇÓÃËùÑ¡¶ÓÔ±ÔÚδѡ£¨²»º¬ÌÔÌ­£©¶ÓÔ±ÖеÄλÖã¬È磺 + 8 15 2 16 10 7 4 3 11 14 6 12 9 5 18 13 17 1 + ¶ÔÓ¦£º + 8 14 2 13 8 6 3 2 5 7 3 4 3 2 4 2 2 1¡£ +½»²æ¹ý³Ì£º±¾ÎIJÉÓó£¹æµ¥µã½»²æ¡£ÎªÈ·¶¨½»²æ²Ù×÷µÄ¸¸´ú£¬´Óµ½pop-sizeÖظ´ÒÔϹý +³Ì£º´Ó[0£¬1]ÖвúÉúÒ»¸öËæ»úÊýr£¬Èç¹ûr ½«ËùÑ¡µÄ¸¸´úÁ½Á½×é¶Ó£¬Ëæ»ú²úÉúÒ»¸öλÖýøÐн»²æ£¬È磺 + 8 14 2 13 8 6 3 2 5 7 3 4 3 2 4 2 2 1 + 6 12 3 5 6 8 5 6 3 1 8 5 6 3 3 2 1 1 +½»²æºóΪ£º + 8 14 2 13 8 6 3 2 5 1 8 5 6 3 3 2 1 1 + 6 12 3 5 6 8 5 6 3 7 3 4 3 2 4 2 2 1 +±äÒì¹ý³Ì£º±¾ÎIJÉÓþùÔȶàµã±äÒì¡£ÀàËƽ»²æ²Ù×÷ÖÐÑ¡Ôñ¸¸´úµÄ¹ý³Ì£¬ÔÚr Ñ¡Ôñ¶à¸öȾɫÌåvi×÷Ϊ¸¸´ú¡£¶Ôÿһ¸öÑ¡ÔñµÄ¸¸´ú£¬Ëæ»úÑ¡Ôñ¶à¸öλÖã¬Ê¹ÆäÔÚÿλÖà +°´¾ùÔȱäÒ죨¸Ã±äÒìµãxkµÄÈ¡Öµ·¶Î§Îª[ukmin,ukmax],²úÉúÒ»¸ö[0£¬1]ÖÐËæ»úÊýr£¬¸Ãµã +±äÒìΪx'k=ukmin+r(ukmax-ukmin)£©²Ù×÷¡£È磺 + 8 14 2 13 8 6 3 2 5 7 3 4 3 2 4 2 2 1 + ±äÒìºó£º + 8 14 2 13 10 6 3 2 2 7 3 4 5 2 4 1 2 1 +·´grefenstette±àÂ룺½»²æºÍ±äÒ춼ÊÇÔÚgrefenstette±àÂëÖ®ºó½øÐеģ¬ÎªÁËÑ­»·²Ù×÷ +ºÍ·µ»Ø×îÖÕ½á¹û£¬±ØÐëÄægrefenstette±àÂë¹ý³Ì£¬½«±àÂë»Ö¸´µ½×ÔÈ»±àÂë¡£ +Ñ­»·²Ù×÷£ºÅжÏÊÇ·ñÂú×ãÉ趨µÄ´øÊýxzome£¬·ñ£¬ÔòÌøÈëÊÊÓ¦¶ÈfµÄ¼ÆË㣻ÊÇ£¬½áÊøÒÅ´« +²Ù×÷£¬Ìø³ö¡£ +matlab ´úÂë + + +distTSP.txt +0 6 18 4 8 +7 0 17 3 7 +4 4 0 4 5 +20 19 24 0 22 +8 8 16 6 0 +%GATSP.m +function gatsp1() +clear; +load distTSP.txt; +distance=distTSP; +N=5; +ngen=100; +ngpool=10; +%ngen=input('# of generations to evolve = '); +%ngpool=input('# of chromosoms in the gene pool = '); % size of genepool +gpool=zeros(ngpool,N+1); % gene pool +for i=1:ngpool, % intialize gene pool +gpool(i,:)=[1 randomize([2:N]')' 1]; +for j=1:i-1 +while gpool(i,:)==gpool(j,:) + gpool(i,:)=[1 randomize([2:N]')' 1]; + end + end + end + +costmin=100000; + tourmin=zeros(1,N); + cost=zeros(1,ngpool); +increase=1;resultincrease=1; + for i=1:ngpool, + cost(i)=sum(diag(distance(gpool(i,:)',rshift(gpool(i,:))'))); + end +% record current best solution +[costmin,idx]=min(cost); +tourmin=gpool(idx,:); +disp([num2str(increase) 'minmum trip length = ' num2str(costmin)]) + +costminold2=200000;costminold1=150000;resultcost=100000; +tourminold2=zeros(1,N); +tourminold1=zeros(1,N); +resulttour=zeros(1,N); +while (abs(costminold2-costminold1) ;100)&(abs(costminold1-costmin) ;100)&(increase ;500) + +costminold2=costminold1; tourminold2=tourminold1; +costminold1=costmin;tourminold1=tourmin; +increase=increase+1; +if resultcost>costmin + resultcost=costmin; + resulttour=tourmin; + resultincrease=increase-1; + end +for i=1:ngpool, + cost(i)=sum(diag(distance(gpool(i,:)',rshift(gpool(i,:))'))); +end +% record current best solution +[costmin,idx]=min(cost); +tourmin=gpool(idx,:); +%============== +% copy gens in th gpool according to the probility ratio +% >1.1 copy twice +% >=0.9 copy once +% ;0.9 remove +[csort,ridx]=sort(cost); +% sort from small to big. +csum=sum(csort); +caverage=csum/ngpool; +cprobilities=caverage./csort; +copynumbers=0;removenumbers=0; +for i=1:ngpool, + if cprobilities(i) >1.1 + copynumbers=copynumbers+1; + end + if cprobilities(i) <0.9 + removenumbers=removenumbers+1; + end + end + copygpool=min(copynumbers,removenumbers); + for i=1:copygpool + for j=ngpool:-1:2*i+2 gpool(j,:)=gpool(j-1,:); + end + gpool(2*i+1,:)=gpool(i,:); + end + if copygpool==0 + gpool(ngpool,:)=gpool(1,:); + end +%========= +%when genaration is more than 50,or the patterns in a couple are too close,do mutation +for i=1:ngpool/2 + % +sameidx=[gpool(2*i-1,:)==gpool(2*i,:)]; +diffidx=find(sameidx==0); + if length(diffidx)<=2 + gpool(2*i,:)=[1 randomize([2:12]')' 1]; + end + end +%=========== +%cross gens in couples + for i=1:ngpool/2 + [gpool(2*i-1,:),gpool(2*i,:)]=crossgens(gpool(2*i-1,:),gpool(2*i,:)); + end + + for i=1:ngpool, + cost(i)=sum(diag(distance(gpool(i,:)',rshift(gpool(i,:))'))); + end +% record current best solution +[costmin,idx]=min(cost); +tourmin=gpool(idx,:); +disp([num2str(increase) 'minmum trip length = ' num2str(costmin)]) +end + +disp(['cost function evaluation: ' int2str(increase) ' times!']) +disp(['n:' int2str(resultincrease)]) +disp(['minmum trip length = ' num2str(resultcost)]) +disp('optimum tour = ') +disp(num2str(resulttour)) +%==================================================== +function B=randomize(A,rowcol) +% Usage: B=randomize(A,rowcol) +% randomize row orders or column orders of A matrix +% rowcol: if =0 or omitted, row order (default) +% if = 1, column order + +rand('state',sum(100*clock)) +if nargin == 1, + rowcol=0; +end + if rowcol==0, + [m,n]=size(A); + p=rand(m,1); + [p1,I]=sort(p); + B=A(I,:); +elseif rowcol==1, + Ap=A'; + [m,n]=size(Ap); + p=rand(m,1); + [p1,I]=sort(p); + B=Ap(I,:)'; +end +%===================================================== +function y=rshift(x,dir) +% Usage: y=rshift(x,dir) +% rotate x vector to right (down) by 1 if dir = 0 (default) +% or rotate x to left (up) by 1 if dir = 1 +if nargin ;2, dir=0; end +[m,n]=size(x); +if m>1, +if n == 1, + col=1; +elseif n>1, + error('x must be a vector! break'); +end % x is a column vectorelseif m == 1, +if n == 1, y=x; +return +elseif n>1, + col=0; % x is a row vector endend +if dir==1, % rotate left or up + if col==0, % row vector, rotate left + y = [x(2:n) x(1)]; + elseif col==1, + y = [x(2:n); x(1)]; % rotate up +end + elseif dir==0, % default rotate right or down + if col==0, + y = [x(n) x(1:n-1)]; + elseif col==1 % column vector + y = [x(n); x(1:n-1)]; + end + end +%================================================== +function [L1,L2]=crossgens(X1,X2) +% Usage:[L1,L2]=crossgens(X1,X2) +s=randomize([2:12]')'; +n1=min(s(1),s(11));n2=max(s(1),s(11)); +X3=X1;X4=X2; +for i=n1:n2, + for j=1:13, + if X2(i)==X3(j), + X3(j)=0; + end + if X1(i)==X4(j), X4(j)=0; + end + end + end + j=13;k=13; + for i=12:-1:2, + if X3(i)~=0, + j=j-1; + t=X3(j);X3(j)=X3(i);X3(i)=t; + end + if X4(i)~=0, + k=k-1; + t=X4(k);X4(k)=X4(i);X4(i)=t; + end + end + for i=n1:n2 + X3(2+i-n1)=X2(i); + X4(2+i-n1)=X1(i); + end +L1=X3;L2=X4; +%======================= diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/COPYRIGHT.txt" 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Box 721508 + San Diego, CA 92129 + +Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. All rights +reserved except where otherwise noted. This software is offered on an +"AS IS" basis. The copyright holder(s) provide no warranty, expressed +or implied, that the software will function properly or that it will be +free of errors. This software may be freely copied and distributed for +research and educational purposes only, provided that the above +copyright notice appear in all copies. A license is needed for +commercial sale or use, in whole or in part, from Frost Concepts. +Users of the software agree to acknowledge the copyright holder(s). + + +Simulated Annealing Tools Software. + + * Individual or group academic research (non-commercial gain) or Purchase Evaluation: + Freely distributed. + + * Individual or departmental non-academic use without redistribution or "service bureau" application: + $400 for current version. Updates to current version at no additional cost. + + * Unlimited commercial or "service bureau" use by individual or site: + $2000 for current version. Updates to current version at no additional cost. + + Make payment to: + + Frost Concepts + P.O. 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Box 721508 + San Diego, CA 92172 + +Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. All rights +reserved except where otherwise noted. This software is offered on an +"AS IS" basis. The copyright holder(s) provide no warranty, expressed +or implied, that the software will function properly or that it will be +free of errors. This software may be freely copied and distributed for +research and educational purposes only, provided that the above +copyright notice appear in all copies. A license is needed for +commercial sale or use, in whole or in part, from Frost Concepts. +Users of the software agree to acknowledge the copyright holder(s). + + +Simulated Annealing Tools Software. + + * Individual or group academic research (non-commercial gain) or Purchase Evaluation: + Freely distributed. + + * Individual or departmental non-academic use without redistribution or "service bureau" application: + $400 for current version. Updates to current version at no additional cost. + + * Unlimited commercial or "service bureau" use by individual or site: + $2000 for current version. Updates to current version at no additional cost. + + Make payment to: + + Frost Concepts + P.O. Box 721508 + San Diego, CA 92172 + +"Simulated Annealing Tools Software", "SA Tools", and "satools" are trademarks of Frost Concepts. + + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/anneal.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/anneal.m" index eeda465edd44c7b27ea78fdc82a459f2ed824b2a..fac95c5e8a56fbf52a8f91440b044d1c7e62336d 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/anneal.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/anneal.m" @@ -1,3 +1,429 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:474c265ee1af87894322fc89f00c0168e4b96552c388755bdf3794e57881cfcc -size 16965 +function [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = anneal( ... + verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule, q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) +% MAIN DRIVER and HELP file supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% Get the book: http://www.frostconcepts.com/books/ebsa/ +% +% [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = anneal( ... +% verbose, ... +% newstate, X, ... +% cost, moveclass, ... +% walkers, ... +% acceptrule, q, ... +% schedule, P, ... +% equilibrate, C, maxsteps, ... +% Tinit, r, ... +% Tfinal, f, maxtemps, ... +% v, bins, e) +% +% verbose = prints status information when true (1). +% newstate = (handle to) user-defined method +% W0 = newstate(X) where +% X = user-defined problem domain or other data, +% behaviorally static. +% W0 = an initial user-defined state. +% Book chapter 2. +% X = user-defined problem domain or other data, behaviorally static. +% Book chapter 2. +% cost = (handle to) user-defined objective method (function) +% Ew = cost(X,W) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% Ew = energy corresponding to W +% Book chapter 9. +% moveclass = (handle to) user-defined method, +% W = moveclass(X,W,Ea,T) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% Ea = average energy at current temperature. +% T = current temperature +% Book chapters 2.2 and 10.2. +% walkers = number of walkers. Must be positive integer. +% walkers = 1 implies barebones annealing +% walkers > 4 suggested for ensemble methods +% Book chapters 4 and 7. +% acceptrule = (handle to) SA Tools or user-defined method +% a = acceptrule(dE,T,q) where +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = any data required by the acceptrule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% SA Tools supplied methods are: +% metropolis +% szu +% tsallis +% threshold +% franz +% Book chapter 11. +% q = any data required by the acceptrule. +% Book chapter 11. +% schedule = (handle to) SA Tools or user-defined temperature update +% nextT = schedule(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) where +% Ea = average energy at current temperature. +% Estd = standard deviation of energies +% dEtgt = difference between present and previous target mean energy +% walkers = number of walkers. Must be positive integer. +% T = current temperature +% i = # of current temperature +% (i.e., 1st temperature is 1, 2nd is 2, etc.) +% P = any data required by schedule +% nextT = next temperature +% SA Tools supplied methods are: +% geman +% geometric +% hartley +% berkeley +% thermospeedHC +% thermospeedR +% retrospect +% Book chapter 13. +% P = any data required by schedule. +% equilibrate = (handle to) SA Tools method, or user-defined method, +% or a non-function_handle type (e.g., 0). If a function handle is +% supplied, then the temperature will not change (i.e., schedule will +% not be called) until equilibrate returns false (0). Otherwise, the +% moveclass will be executed maxsteps times between each +% temperature change. Method signature: +% b = equilibrate(Ea0,Ea,Ew,walkers,T,step,maxsteps,C) where +% Ea0 = average energy at the beginning of the metropolis walk +% Ea = current average energy +% Ew = current energies corresponding to W (size walkers) +% walkers = the number of walkers in the simulation +% T = the current temperature +% step = the current number of steps taken in the walk +% maxsteps = an upper limit on the number of steps in the walk +% C = any behaviorally constant data required by the method +% b = 0 if the temperature may change, otherwise 1. +% SA Tools supplied methods are: +% hoffmann (wait-for-a-fluctuation) +% Book chapter 13. +% C = any data required by equilibrate. +% maxsteps = maximum number of times to attempt equilibration (call moveclass at fixed T). +% Book chapter 13. +% Tinit = initial temperature (Inf ok) -- or (handle to) SA Tools method, +% or user-defined method. If method handle is not present, then the +% initial temperature will be T0 = Tinit. Otherwise, the method will +% calculate T0. All moves made during this method must be accepted. +% Method signature: +% [T0,W,Ew,Ev,steps] = Tinit(r, walkers, newstate, X, cost, moveclass) +% INPUTS: +% r = behaviorially constant data required by Tinit (if any) +% walkers, newstate, X, cost, moveclass: defined above +% OUTPUTS: +% T0 = initial temperature +% steps = # of steps taken by each walker during Tinit +% Ev = energy (cost) history at T (infinite for Tinit) +% i = arbitrary index +% Ev(i,1) = step # +% Ev(i,2) = walker # +% Ev(i,3) = an energy visited during T +% Ev(i,4) = energy attempted from Ev(i,1:3) during T +% W,Ew: defined below +% SA Tools supplied methods are: +% TinitT0 +% TinitAccept +% TinitWhite +% Book section 13.1. +% r = behaviorially constant data required by Tinit (if any) +% Book section 13.1. +% Tfinal = final temperature (-Inf ok) or (handle to) SA Tools method, +% or user-defined method. If method handle is not present, then the +% simulation will end when T drops below the value of Tfinal. +% Otherwise, the method will calculate a logical value which when +% true (equal to 1) will stop the simulation. +% Method signature: +% b = Tfinal(W,Ew,t,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,f) +% INPUTS: +% W = cell array of current states (size walkers) +% Ew = energies associated with W +% t = current temperature step index; i.e., current T = Tt(t). +% Tt = temperature history of simulation (so far) +% Et = mean energy history +% Etarget = target mean energy history +% ert = relaxation time history +% Kt = equilibrium step history +% Ebsft = Ebsf history +% f = behaviorally constant data required by Tfinal method +% OUTPUT: +% b = true (equal to 1) when final temperature iteration has been reached +% SA Tools supplied methods are: +% TfinalNstep +% Book section 13.1. +% f = behaviorally constant data required by Tfinal method +% Book section 13.1. +% maxtemps = maximum number of temperature iterations. +% Book chapter 13. +% v = thermodynamic speed. +% Effects thermospeed schedules. +% Typically 0 < v < 1. 0 ok for non-thermospeed schedules. +% Book chapter 13. +% bins = # of bins to use in estimation of M, e, rho, and Ebin each temperature step. +% If bins <= 0, then M, e, rho, and Ebin will not be calculated +% and the user-supplied constant value of e will be used each step. +% If bins > 0, then the supplied value of e will be ignored and +% the TM method will be called to calculate M, e, rho, and Ebin. +% Book section 12.2.1. +% e = estimate of relaxation time. See bins, above. +% Book section 12.2.1. +% +% RETURN VALUES: +% W = cell array of final state(s) of size 'walkers' +% Ew = array of final energies corresponding to W +% Wbsf = array of best-so-far states of size 'walkers' +% Ebsf = array of best-so-far energies +% Tt(i) = temperature at temperature step i-1 +% NOTE: matlab does not permit indicies less than 1, +% so step 0 is at i=1, etc. +% Et(i) = average energy at Tt(i) +% Etarget(i) = target mean energy at Tt(i), calculated with v. +% ert(i) = estimated relaxation time at Tt(i), calculated with bins. +% Kt(i) = number of equilibration steps taken at Tt(i) +% Ebsft(i) = best-so-far energy at Tt(i) +% Eh = energy and temperature history +% i = 1, 1+(steps*walkers), etc. +% Eh(i,1) = index t of temperature step +% Eh(i,2) = T corresponding to t +% Eh(i,3) = equilibrium step #j at T +% Eh(i,4) = walker #k +% Eh(i,5) = energy E visited by walker k at step j during T +% Eh(i,6) = energy E' attempted from E by walker k at step j during T +% M = final Transition Matrix (see book section 12.2.1). +% rho = final estimate of equilibrium density of states +% Ebin = energy bin centroids, min, and max +% Ebin(1,:) are bin centroids. Ebin(1,b) is the centroid for rho(b). +% Ebin(2,:) are bin lower bounds +% Ebin(3,:) are bin upper bounds +% +% Example uses of this driver can be found in the examples/ directory. +% +% e.g., +% +% rand('state',sum(100*clock)) ; +% [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = anneal( ... +% 1, ... +% 12, ... +% @mystate, mydomain, ... +% @mycost, @myneighbor, ... +% @metropolis, [], ... +% @thermospeed, 0, ... +% @hoffman, 0.75, 20, ... +% @TinitWhite, [1.7, 3], ... +% 1, 0, 50, ... +% 0.3, 10, 0) ; +% +error(nargchk(21,21,nargin)) ; +% +% Check for valid input +% +if ~isa(newstate, 'function_handle') + error('No function handle supplied for newstate') ; +end +classX = class(X) ; +sizeX = size(X) ; +if ~isa(cost, 'function_handle') + error('No function handle supplied for cost') ; +end +if walkers < 1 + error('Number of walkers must be positive') ; +end +if ~isa(acceptrule, 'function_handle') + error('No function handle supplied for acceptrule') ; +end +classQ = class(q) ; +sizeQ = size(q) ; +if ~isa(schedule, 'function_handle') + error('No function handle supplied for schedule') ; +end +classP = class(P) ; +sizeP = size(P) ; +if isa(equilibrate, 'function_handle') + hasEquilibrate = 1 ; +else + hasEquilibrate = 0 ; +end +classC = class(C) ; +sizeC = size(C) ; +if maxsteps < 1 + error('maxsteps must be positive') ; +end +if isa(Tinit, 'function_handle') + hasTinitMethod = 1 ; +else + if ~isa(Tinit, 'numeric') + error('No numeric value or function handle supplied for Tinit') ; + end + hasTinitMethod = 0 ; +end +if ~isa(r, 'numeric') + error('No numeric value supplied for r') ; +end +if isa(Tfinal, 'function_handle') + hasTfinalMethod = 1 ; +else + if ~isa(Tfinal, 'numeric') + error('No numeric value or function handle supplied for Tfinal') ; + end + hasTfinalMethod = 0 ; +end +if ~isa(f, 'numeric') + error('No numeric value supplied for f') ; +end +if maxtemps < 1 + error('maxtemps must be positive') ; +end +if ~isa(v, 'numeric') + error('No numeric value supplied for v') ; +end +if ~isa(bins, 'numeric') + error('No numeric value supplied for bins') ; +end +if ~isa(e, 'numeric') + error('No numeric value supplied for e') ; +end +% +% +if verbose + newline = sprintf('\n') ; + tab = sprintf('\t') ; + [vnum, vdate] = satoolsversion ; + disp(['SA Tools anneal. Version ', vnum, ', Last update ', vdate, '.', newline]) ; + disp([tab, 'newstate = ', func2str(newstate)]) ; + disp([tab, 'X is ', classX, ' of size ', num2str(sizeX)]) ; + disp([tab, 'cost = ', func2str(cost)]) ; + disp([tab, 'moveclass = ', func2str(moveclass)]) ; + disp([tab, 'walkers = ', num2str(walkers)]) ; + disp([tab, 'acceptrule = ', func2str(acceptrule)]) ; + disp([tab, 'q = ', num2str(q)]) ; + disp([tab, 'schedule = ', func2str(schedule)]) ; + disp([tab, 'P = ', num2str(P)]) ; + if hasEquilibrate + disp([tab, 'equilibrate = ', func2str(equilibrate)]) ; + else + disp([tab, 'equilibrate = (none)']) ; + end + disp([tab, 'C = ', num2str(C)]) ; + disp([tab, 'maxsteps = ', num2str(maxsteps)]) ; + if hasTinitMethod + disp([tab, 'Tinit = ', func2str(Tinit)]) ; + else + disp([tab, 'Tinit = ', num2str(Tinit)]) ; + end + disp([tab, 'r = ', num2str(r)]) ; + if hasTfinalMethod + disp([tab, 'Tfinal = ', func2str(Tfinal)]) ; + else + disp([tab, 'Tfinal = ', num2str(Tfinal)]) ; + end + disp([tab, 'f = ', num2str(f)]) ; + disp([tab, 'maxtemps = ', num2str(maxtemps)]) ; + disp([tab, 'v = ', num2str(v)]) ; + disp([tab, 'bins = ', num2str(bins)]) ; + disp([tab, 'e = ', num2str(e), newline]) ; +end +% +% Perform temperature initialization (temperature step 0). +% +if hasTinitMethod + [T,W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Ev,steps] = feval(Tinit,r, walkers, newstate, X, cost, moveclass) ; +else + [T,W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Ev,steps] = TinitT0(Tinit, walkers, newstate, X, cost, moveclass) ; +end +% +% Initialize counters, histories, etc. +% Note: Matlab matrix indicies run from 1 to whatever. +% Consequently, temperature steps 0 to maxsteps are +% internally indexed from 1 to maxsteps+1. +% +Eh = historyupdate([],Ev,0,Inf) ; +j = 1 ; +Tt(j) = Inf ; +Et(j) = Ea ; +Etarget(j) = Ea ; +ert(j) = 0 ; +Kt(j) = steps ; +Ebsft(j) = min(Ebsf) ; +% +if verbose + disp(sprintf('%8s %10s %10s %10s %10s %10s %10s %10s %12s','t','T','','Etarget', 'Estd','e','steps','Ebsf')) ; + disp(sprintf('%8d %10.3g %10.3g %10.3g %10.3g %10.3g %10d %12.5g', ... + round(j-1),Tt(j), Et(j), Etarget(j), std(Ew), ert(j), round(Kt(j)), Ebsft(j))) ; +end +% +% Iterature through the temperature steps +% +for i=1:maxtemps + clear Ev ; + % + % Go take an equilibrium walk + % + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Estd,Ev,steps] = metropoliswalk( ... + verbose, ... + Ea, T, ... + walkers, W, X, cost, moveclass, ... + acceptrule, q, ... + hasEquilibrate, equilibrate, C, maxsteps, ... + Wbsf, Ebsf) ; + % + % Record what happenned + % + j = i+1 ; + Tt(j) = T ; + Et(j) = Ea ; + Etarget(j) = Ea - (v*Estd) ; % update the target on-the-fly + Kt(j) = steps ; + Ebsft(j) = min(Ebsf) ; + Eh = historyupdate(Eh,Ev,i,T) ; % update the history array + % + % Compute the density of states and relaxation time + % + if bins <= 0 % unless turned off + M = [] ; + rho = [] ; + Ebin = [] ; + else + [M, e, rho, Ebin] = TM(Eh,bins) ; + end + ert(j) = e ; % record the relaxation time + % + if verbose + disp(sprintf('%8d %10.3g %10.3g %10.3g %10.3g %10.3g %10d %12.5g', ... + round(j-1),Tt(j), Et(j), Etarget(j), Estd, ert(j), round(Kt(j)), Ebsft(j))) ; + end + % + % Perform the temperature update. Halt if some stopping criteria reached. + % + dEtgt = Etarget(j) - Etarget(j-1) ; + T = feval(schedule,Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,i,P) ; + if hasTfinalMethod + if feval(Tfinal,W,Ew,j,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,f) + if verbose + disp(tab) ; + disp([tab,'Stop criteria met for "',func2str(Tfinal),'"']) ; + end + break ; + end + elseif T < Tfinal + if verbose + disp(tab) ; + disp([tab,'Tfinal (',num2str(Tfinal),') surpassed at T = ',num2str(T)]) ; + end + break ; + end +end +if verbose + disp(tab) ; +end +% +% Return data to caller. +% diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/berkeley.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/berkeley.m" index 7549391b843282a3efdc17e55f06a9a5dc692e7c..bf0a335c071c3240616bc16bbd645c81ddab229a 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/berkeley.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/berkeley.m" @@ -1,3 +1,31 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:b38a57b4a3a4b2427406987049be0131b9d7923d0b9bbf865572f2f78f27d8bf -size 1079 +function T = berkeley(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) +% Berkeley temperature update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% T = berkeley(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) ; +% +% Ea = (not used) average energy. +% Estd = standard deviation of energies +% walkers = number of walkers +% dEtgt = (not used) difference between present and previous target mean energy +% v = (not used) thermodynamic speed. +% e = (not used) estimate of relaxation time. +% T = current temperature. +% t = (not used) temperature step #. +% P = positive constant < 1. +% +if (P <= 0) | (1 <= P) + error(sprintf('berkeley method requires 0 < P < 1 (was: %g)',P)) ; +end +if T > 0 + if Estd > 0 + dT = -P*(T*T)/Estd ; + else + dT = T ; % force algorithm into next if statement + end + if T <= abs(dT) + dT = -P*T ; % when dT out of range, use recommended geometric approximation + end + T = T + dT ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEh.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEh.m" index 045c986b770939acd5146c74f5d95e46548eb7b6..906094b8ee184e3ecf3e8da41bf273f1158c9efc 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEh.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEh.m" @@ -1,3 +1,27 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:379b7e4ab972043c688c6a06f0dfddeede02918b4db3012962bfddd8375b3c75 -size 1025 +function dispEh(Eh) +% Eh matrix display method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% dispEh(Eh) +% +% Eh = energy and temperature history +% i = 1, 1+(steps*walkers), etc. +% Eh(i,1) = index t of temperature step +% Eh(i,2) = T corresponding to t +% Eh(i,3) = equilibrium step #j at T +% Eh(i,4) = walker #k +% Eh(i,5) = energy E visited by walker k at step j during T +% Eh(i,6) = energy E' attempted from E by walker k at step j during T +% + newline = sprintf('\n') ; + tab = sprintf('\t') ; + sizeEh = size(Eh) ; + m = sizeEh(1) ; + disp(sprintf('%12s %12s %12s %12s %12s %12s','t','T','step','walker','E','E"')) ; + for i=1:m + disp(sprintf('%12d %12.5g %12d %12d %12.5g %12.5g', ... + round(Eh(i,1)),Eh(i,2),round(Eh(i,3)),round(Eh(i,4)),Eh(i,5),Eh(i,6))) ; + end + disp([tab]) ; + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEt.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEt.m" index f73eb15020cfb9514f914ff5f24a772126463008..a0c15158c4c450a4f9d73effd10fcfd8a5541bdc 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEt.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispEt.m" @@ -1,3 +1,25 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:17cc3ea07673c8a066ad296cede271d78ab3bb58d33e8c1285ea2f8709026376 -size 938 +function dispEt(Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft) +% Et data display method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% dispEt(Tt,Et,Etarget,Kt,Ebsft) +% +% Tt(i) = temperature at temperature step i-1 +% Et(i) = average energy at Tt(i) +% Etarget(i) = target average energy for Tt(i+1) +% ert(i) = estimate of relaxation time at Tt(i) +% Kt(i) = number of equilibration steps taken at Tt(i) +% Ebsft(i) = best-so-far energy at Tt(i) +% +newline = sprintf('\n') ; +tab = sprintf('\t') ; +sizeTt = size(Tt) ; +m = sizeTt(2) ; +disp(sprintf('%8s %12s %12s %12s %12s %12s %12s %12s','t','T','','Etarget','e','steps','Ebsf')) ; +for i=1:m + disp(sprintf('%8d %12.5g %12.5g %12.5g %12.5g %12d %12.5g', ... + round(i-1),Tt(i), Et(i), Etarget(i), ert(i), round(Kt(i)), Ebsft(i))) ; +end +disp([tab]) ; + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispMat.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispMat.m" index 23f632b0ef875b9caa97479092a916b5ec7506ce..b4d514e2f29ddaa02638c51b446c47ce72a588a8 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispMat.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/dispMat.m" @@ -1,3 +1,24 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:a039db731b4ff573ed0eb678a8f42a9f31f1e520df3e4ed819b685d566601d00 -size 629 +function dispMat(M,name,form) +% Matrix data display method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% dispMat(M,name,form) +% +% M = 2D matrix +% name = text label to display; e.g., 'M' +% form = numeric print format; e.g, '%4.2f'. See help format. +% +tab = sprintf('\t') ; +label = sprintf('%s =',name) ; +if nargin == 2 + form = '%5.2f' ; +end +f = sprintf(' %s',form) ; +disp([tab]) ; +disp([tab,label]) ; +n = size(M,1) ; +for i=1:n + disp([tab,sprintf(f,M(i,:))]) ; +end +disp([tab]) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/ensembleInit.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/ensembleInit.m" index 27a80e7ca538402ec0fc4ee4bd3f2fc4b6392bd1..b4103b2a0c0dc279233779607bbe395d03a5a03b 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/ensembleInit.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/ensembleInit.m" @@ -1,3 +1,34 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:fdbaf14c1f7ced86332972b6c753062009b0022224bcf0cabe9600d938effc94 -size 1461 +function [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea] = ensembleInit(walkers, newstate, X, cost) +% Ensemble initialization method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea] = ensembleInit(walkers, newstate, X, cost) ; +% +% INPUTS: +% walkers = number of walkers. Must be positive integer. +% newstate = (handle to) user-defined method +% W0 = newstate(X) where +% X = user-defined problem domain or other data, +% behaviorally static. +% W0 = an initial user-defined state. +% X = user-defined problem domain or other data, behaviorally static. +% cost = (handle to) user-defined objective method (function) +% Ew = cost(X,W) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% OUTPUTS: +% W = cell array of user-defined state(s) from 'newstate'. +% Ew = current energies corresponding to W (size walkers) +% Wbsf = array of best-so-far states of size 'walkers' +% Ebsf = array of best-so-far energies +% Ea = average ensemble energy +% +W = cell(walkers,1) ; +for j=1:walkers + W{j} = feval(newstate,X) ; + Ew(j) = feval(cost,X,W{j}) ; + Wbsf{j} = W{j} ; + Ebsf(j) = Ew(j) ; +end +Ea = mean(Ew) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/README.txt" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/README.txt" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..8897c14333461e05ac77b684a9ab33dde88064f2 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/README.txt" @@ -0,0 +1,20 @@ +For explanation of these toy examples, see + + P. Salamon, P. Sibani, and R. Frost. + Facts, Conjectures, and Improvements for Simulated Annealing. + SIAM Monographs on Mathematical Modeling and Computation. + ISBN 0-89871-508-3. + + Chapter 2: Six Simulated Annealing Problems. + +To learn more about how to use these examples with SA Tools, try + + >> help anneal + +or see the file + + satools/satools.pdf + +or visit + + http://www.frostconcepts.com/software diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_cost.m" index 48692ad53819ba34d8206a208e8871f63065289d..53f2bdbc6f91690851949128b9fccf269b53070f 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_cost.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_cost.m" @@ -1,3 +1,27 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:56d83d5077a151cdda0b2586e75f4f802e3f987eb5308f7edf42df654988a5e8 -size 713 +function c = cluster_cost(X,W) +% c = cluster_cost(X,W) +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% c = cluster_cost(X,W) ; +% +% X = [N,a,b,g,rho] +% N = number of molecules +% a = Lennard-Jones coefficient +% b = Lennard-Jones coefficient +% g = compression factor used in perturb +% rho = (b/a)^(1/6) two-particle 1d solution +% W = N 3D points. +% c = total energy of LJ pair potentials +% +N = X(1) ; +a = X(2) ; +b = X(3) ; +c = 0 ; +for j=2:N + for i=1:(j-1) + m = norm(W(j,:) - W(i,:)) ; + f = (-a/(m^6)) + (b/(m^12)) ; + c = c + f ; + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_init.m" index 31e168f64dbaa91faaf6490a671a6de2711a0010..d3e5bc699aed8c68943491d9787a0ee08f571690 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_init.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_init.m" @@ -1,3 +1,34 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:34f6d0da4d1812aac04a73f8d3fe800379818376067c2803a72be8e3a18c18c1 -size 1021 +function X = cluster_init(N,a,b,g) +% X = cluster_init(N,a,b,g) ; +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% X = cluster_init ; +% X = cluster_init(N) ; +% X = cluster_init(N,a,b) ; +% X = cluster_init(N,a,b,g) ; +% +% X = [N,a,b,g,rho] +% N = number of molecules +% a = Lennard-Jones coefficient +% b = Lennard-Jones coefficient +% g = compression factor used in perturb +% rho = (b/a)^(1/6) two-particle 1d solution +% +% Sets and stores parameters for Lennard-Jones simulation. +% a and b must be positive scalars. +% g must be a positive scalar, typically < 1. +% Execute without arguments to determine default values. +% +if nargin < 4 % set default values of parameters as needed + g = .97 ; + if nargin < 3 + a = 4 ; + b = 3 ; + if nargin < 1 + N = 7 ; + end + end +end +rho = (b/a)^(1/6) ; % compute for later use +X = [N,a,b,g,rho] ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_new.m" index fe83d2a55c9e7a2c15d47f2f425abe9eedd8ad00..0f45621b4c7b28454d26209d26f34be3d7e94c07 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_new.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_new.m" @@ -1,3 +1,30 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:7c342fbdd39cf61aa2cb5c593e146b298cf3f0f7831e4c6ceb056bc8b83a6c9c -size 859 +function W = cluster_new(X) +% W = cluster_new(X) +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = cluster_new(X) ; +% +% X = [N,a,b,g,rho] +% N = number of molecules +% a = Lennard-Jones coefficient +% b = Lennard-Jones coefficient +% g = compression factor used in perturb +% rho = (b/a)^(1/6) two-particle 1d solution +% W = N 3D points. +% +% Creates an initial configuration of molecules +% based on values stored in X (see clusterparams). +% Calls stillinger3Dpoints(...). +% +N = X(1) ; +rho = X(5) ; +rmax = (sqrt(3)/2)*(N^(1/3))*rho ; +for n=1:N + q = n / N ; + theta = q*2*pi ; + phi = (pi/2) + (q*pi) ; + r = q*rmax ; + [W(n,1),W(n,2),W(n,3)] = sph2cart(theta,phi,r) ; +end +[W,o] = stillinger3Dpoints(W,N,rho) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_perturb.m" index 99572a203deb8f149bf7dacb57f18c1fa98e82b4..fb3a92e163320972e781d11554d0488b8bbdcbc7 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_perturb.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/cluster_perturb.m" @@ -1,3 +1,30 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:17c754e583452090f1abcf3a7e7c1d69eb72876ed3bafebd5713beaa46ef89fb -size 967 +function Wnew = cluster_perturb(X,W,Ea,T) +% Wnew = cluster_perturb(X,W) +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Wnew = cluster_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = [N,a,b,g,rho] +% N = number of molecules +% a = Lennard-Jones coefficient +% b = Lennard-Jones coefficient +% g = compression factor used in perturb +% rho = (b/a)^(1/6) two-particle 1d solution +% W = N 3D points. +% Wnew = perturbed copy of W +% Ea = (not used) average energy. +% T = (not used) current temperature. +% +% Perturbs a cluster either (random choice) by +% compression or expansion. The latter is +% acheived by the satools method "stillinger3Dpoints". +% +N = X(1) ; +g = X(4) ; +rho = X(5) ; +if rand < 0.5 % to compress or expand, that is the question! + Wnew = g*W ; +else + Wnew = stillinger3Dpoints(W,N,rho) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterdistances.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterdistances.m" index 995071c2197ce3557c84f5c6441ad3f2d0eeb5a2..c12ab92d69a9df62c7a8f0be37b0d4e4ae4c9252 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterdistances.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterdistances.m" @@ -1,3 +1,19 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:48655141626b84aa66c03f41bc79e725ac22a5f56917fe3f06e736166d5a4dd1 -size 467 +function S = clusterdistances(W,N) +% S = clusterdistances(W,N) +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% S = clusterdistances(W,N) ; +% +% W = N 3D points; W(1:N,1:3) +% N = number of points +% S = point-to-point distances +% +k = 1 ; +for j=1:(N-1) + for i=(j+1):N + S(k) = norm(W(j,1:3) - W(i,1:3)) ; + k = k + 1; + end + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterplot.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterplot.m" index a71bb603eafcbc06bb5760d1ef30127e069d55d6..b8e75d2416245cf68501a3928c3752f258e7d7c7 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterplot.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/clusterplot.m" @@ -1,3 +1,13 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:eaf6c539e1c1cd96c172f010eb4020771b1fc2f9719323e62dfe4b8eb076e8ad -size 364 +function h = clusterplot(W) +% h = clusterplot(W) +% Method for chemcluster example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% h = clusterplot(W) ; +% +% W = N 3D points. +% N = number of molecules +% +% Produces a scatter plot of a cluster state. +% +scatter3(W(:,1),W(:,2),W(:,3),'filled') ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/test_all.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/test_all.m" index 96b699e8c00004d15d4719de3d65db75f3f509db..37e3f991ceeee664cf3ceeadd07c38108f53e02f 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/test_all.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/test_all.m" @@ -1,3 +1,113 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:b43891d60e986c7bfad0f4d0af03273d57c27119ec5cccbdf4191e746890aa2c -size 3737 +function test_all +% tests SA Tools annealing methods for chemcluster. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',61) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @cluster_new ; +X = cluster_init ; +cost = @cluster_cost ; +moveclass = @cluster_perturb ; +% +scheds = 7 ; +sched = [@geman, @geometric, @hartley, @berkeley, @thermospeedHC, @thermospeedR, @retrospect] ; +schedP = { 50 0.9 0.005 0.1 0 0 [100, 10, 1] } ; +schedT0 = [ Inf, 1000, Inf, 100, 100, 100, 1000] ; +schedTf = [ 0, 500, -Inf, 0, 1, 2.9, 0] ; +schedV = [ 0, 0, 0, 0, 0.2, 0.2, 0] ; +tempsteps = [ 10, 10, 10, 10, 10, 15, 4] ; +% +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +equils = 2 ; +equilib = {0 @hoffmann} ; +equilibC = [0, 2.5] ; +equilsteps = [5, 10] ; +% +t0methods = 2 ; +t0method = [@TinitWhite, @TinitAccept] ; +t0r = { [0.5, 10] [0.5, 10]} ; +% +tfmethods = 1 ; +tfmethod = [@TfinalNstop] ; +tff = {[4, 1e-3]} ; +% +amethods = 5 ; +acceptmethod = [@metropolis, @szu, @tsallis, @threshold, @franz] ; +q = [0, 0, 4, 0, 4] ; +% +walkertests = 2 ; +walkertest = [1, 5] ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +for s=1:scheds +% for s=4:4 +% + for eq=1:equils + % for eq=1:1 +% + for m=0:t0methods + % for m=0:0 + if m == 0 + T0initmethod = schedT0(s) ; + T0initconst = 0 ; + else + T0initmethod = t0method(m) ; + T0initconst = t0r{m} ; + end +% + for am = 1:amethods + % for am = 2:2 +% + for walkerc = 1:walkertests + % for walkerc = 2:2 +% + for z=0:tfmethods + % for z=1:1 + if z == 0 + Tfinalmethod = schedTf(s) ; + Tfinalconst = 0 ; + else + Tfinalmethod = tfmethod(z) ; + Tfinalconst = tff{z} ; + end +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkertest(walkerc), ... + acceptmethod(am),q(am), ... + sched(s), schedP{s}, ... + equilib{eq}, equilibC(eq), equilsteps(eq), ... + T0initmethod, T0initconst, ... + Tfinalmethod, Tfinalconst, tempsteps(s), ... + schedV(s), bins, e) ; +% +% dispEh(Eh) ; +% dispEt(Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft) ; + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% + end +% + end +% + end +% +% + clear W Ew Wbsf Ebsf Tt Et Etarget ert Kt Ebsft Eh M rho Ebin ; +% + end + end +end +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/try_me.m" index 6d6a7229bc3b69ce2f453a2a1a4346c47959df32..8b3c92a34f07da20a3e42b12271aa6ad84ba9ee5 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/try_me.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/chemcluster/try_me.m" @@ -1,3 +1,59 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:939c9fc1a2c5a9b40e91bdf9e9f96b8a060beca5f0d43525406f50b2e7ad881e -size 1684 +function try_me +% Example SA Tools annealing for chemcluster. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',sum(100*clock)) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @cluster_new ; +X = cluster_init(13) ; +cost = @cluster_cost ; +moveclass = @cluster_perturb ; +% +walkers = 16 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +% schedule = @thermospeedHC ; +schedule = @thermospeedR ; +P = 0 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 1.75 ; +maxsteps = 32 ; +Tinit = @TinitAccept ; +r = [0.75, 32] ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 10 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; + dispMat(Ebsf,'Ebsf') ; + % [Y,I] = min(Ebsf) ; + % Wmin = W{I} ; + % clusterplot(Wmin) ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_cost.m" index 511981be5efbe015d561fb07c6c4d3d89761e54f..6329d1abe037169c6aa037c5369873549281d886 100644 --- "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_cost.m" +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_cost.m" @@ -1,3 +1,36 @@ -version https://git-lfs.github.com/spec/v1 -oid sha256:f79da2aa487a0ea5a992015128221d8fc28849b662b426680b2eedd01c7b6bdf -size 724 +function E = bipart_cost(X,W) +% E = bipart_cost(X,W) +% Method for graphbipart example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% E = bipart_cost(X,W) ; +% +% X = {N, A} +% N = # of vertices. +% A = Adjacency matrix. +% W = vector of +1, -1 partition of length N +% E = energy corresponding to W +% +N = X{1} ; +A = X{2} ; +% +% count number of edges between partitions +% +B = 0 ; +for i=1:(N-1) + for j=i+1:N + B = B + ( A(i,j) * (1 - W(i)*W(j)) ) ; + end +end +B = 0.5*B ; +% +% Compute the "balance" of the 2 partitions and make it a penalty +% +S = 0 ; +for i=1:N + S = S + W(i) ; +end +S = abs(S) ; +% +% +E = B + S ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_init.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5f2a4fa1a2d74c975c74fa882437b11c9f8e3119 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_init.m" @@ -0,0 +1,64 @@ +function X = bipart_init(N) +% X = bipart_init(N) +% Method for graphbipart example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% X = bipart_init(N) ; +% +% N = # of vertices. must be positive integer. +% X = {N, A} +% N = # of vertices. +% A = Adjacency matrix +% +N = floor(N) ; +if N < 1 + error(sprintf('N must be positive. was: %g', N)) ; +end +% +% A graph will be created as follows: +% 1. produce a simple cycle of N verticies +% 2. create additional edges between verticies on the cycle +% 3. the same graph will be created every time for each N. +% +% Create the cycle: +% +C = 1:N ; +S = rand('state') ; % save the current state of the random number generator +rand('state',17) ; % use this fixed state instead +for k=1:N + i = 1 + floor(rand*N) ; + j = 1 + floor(rand*N) ; + tmp = C(i) ; + C(i) = C(j) ; + C(j) = tmp ; +end +rand('state',S) ; % return to previous random number sequence +C(N+1) = C(1) ; +% +% Record the cycle in an adjacency matrix (math, not CS variety). +% +A(1:N,1:N) = 0 ; +for k=1:N + i = C(k) ; + j = C(k+1) ; + A(i,j) = 1 ; + A(j,i) = 1 ; +end +% +% Create additional edges and store in adjacency matrix +% +S = rand('state') ; % save the current state of the random number generator +rand('state',71+N) ; % use this fixed state instead +for k=1:N + i = 1 + floor(rand*N) ; + j = 1 + floor(rand*N) ; + if i ~= j + from = C(i) ; + to = C(j) ; + A(from,to) = 1 ; + A(to,from) = 1 ; + end +end +rand('state',S) ; % return to previous random number sequence +% +X = {N A} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_new.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..0d078acc5440abbbacbc0fafa1f38c040ce6d4d5 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_new.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function W = bipart_new(X) +% W = W = bipart_new(X) +% Method for graphbipart example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = bipart_new(X) ; +% +% X = {N, A} +% N = # of vertices. +% A = Adjacency matrix. +% W = new vector of random +1, -1 partition of length N +% +for i=1:X{1} + if rand < 0.5 + W(i) = -1 ; + else + W(i) = +1 ; + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_perturb.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..01d69b548b0277441740990f2b1ef18917aad288 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/bipart_perturb.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function W = bipart_perturb(X,W,Ea,T) +% W = bipart_perturb(X,W,Ea,T) +% Method for graphbipart example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = bipart_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = {N, A} +% N = # of vertices. +% A = Adjacency matrix. +% W = vector of +1, -1 partition of length N +% Ea = (not used) average energy at current temperature. +% T = (not used) current temperature +% +% Flips the sign of a random element of W. +% +n = X{1} ; +i = 1 + floor(n*rand) ; +W(i) = -W(i) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/try_me.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1dc21627bc7863e6f753922a0f57cc1267188bc4 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/graphbipart/try_me.m" @@ -0,0 +1,55 @@ +function try_me +% Example SA Tools annealing for graphbipart. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',721508) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @bipart_new ; +X = bipart_init(24) ; +cost = @bipart_cost ; +moveclass = @bipart_perturb ; +% +walkers = 16 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +schedule = @thermospeedHC ; +% schedule = @thermospeedR ; +P = 0 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 0.75 ; +maxsteps = 48 ; +Tinit = @TinitAccept ; +r = [0.9, 48] ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 12 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_cost.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..56a8e2721acb11c20efd23b45fa960e30126191f --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_cost.m" @@ -0,0 +1,70 @@ +function Ew = sequence_cost(X,W) +% Ew = sequence_cost(X,W) +% Method for proteinfold example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Ew = sequence_cost(X,W) ; +% +% X = {N, S SN E} +% N = length of sequence. +% S = vector of letters representing sequence. +% SN = vector of indicies representing sequence, isomorphic to S. +% E = interaction energies. E(SN(i),SN(j)) is the interaction energy of i, j. +% +% W = {edge position} : a valid lattice sequence. +% edge = N-1 edge directions; e.g., edge(i) = [1, 0, 0] +% position = N sequence element 3D lattice positions; e.g., position(1) = [0, 0, 0] +% +% Ew = energy corresponding to W +% +N = X{1} ; +SN = X{3} ; +E = X{4} ; +P = W{2} ; +% +% augment the position matrix to contain position numbers +for i=1:N + P(i,4) = i ; +end +% +% find all interacting lattice neighbors and store in LE +% +k = 0 ; +P = sortrows(P, [1 2]) ; +for i=1:(N-1) + if (P(i,1) == P(i+1,1)) & (P(i,2) == P(i+1,2)) + if (abs(P(i,3) - P(i+1,3)) == 1) & (abs(P(i,4) - P(i+1,4)) ~= 1) + k = k + 1 ; + LE(k,1) = P(i,4) ; + LE(k,2) = P(i+1,4) ; + end + end +end +P = sortrows(P, [1 3]) ; +for i=1:(N-1) + if (P(i,1) == P(i+1,1)) & (P(i,3) == P(i+1,3)) + if (abs(P(i,2) - P(i+1,2)) == 1) & (abs(P(i,4) - P(i+1,4)) ~= 1) + k = k + 1 ; + LE(k,1) = P(i,4) ; + LE(k,2) = P(i+1,4) ; + end + end +end +P = sortrows(P, [2 3]) ; +for i=1:(N-1) + if (P(i,2) == P(i+1,2)) & (P(i,3) == P(i+1,3)) + if (abs(P(i,1) - P(i+1,1)) == 1) & (abs(P(i,4) - P(i+1,4)) ~= 1) + k = k + 1 ; + LE(k,1) = P(i,4) ; + LE(k,2) = P(i+1,4) ; + end + end +end +% +% add up the interaction energies +% +Ew = 0 ; +for i=1:k + Ew = Ew + E( SN(LE(i,1)) , SN(LE(i,2)) ) ; +end + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_init.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..efcb5edc2ab4bf2e1f4f183847829e8106dbfb10 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_init.m" @@ -0,0 +1,56 @@ +function X = sequence_init(N) +% X = sequence_init(N) +% Method for proteinfold example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% X = sequence_init(N) ; +% +% N = length of sequence. must be integer >= 7. +% X = {N, S SN E} +% N = length of sequence. +% S = vector of letters representing sequence. +% SN = vector of indicies representing sequence, isomorphic to S. +% E = interaction energies. E(SN(i),SN(j)) is the interaction energy of i, j. +% +% Initializes a 2-letter sequence S of length N. +% Produces an integer representation SN of S. +% A in S is 1 in SN +% B in S is 2 in SN +% Produces matrix E of interaction energies. +% +% For each N, the same S, SN, and E are produced. +% +Nin = N ; +N = floor(Nin) ; +if N < 7 + error(sprintf('N must be >= 7. was: %g', Nin)) ; +end +% +% Initialize the core sequence of 7. Identical to example in book. +% +S = [ 'B', 'A', 'A', 'B', 'B', 'A', 'B' ] ; +SN = [ 2, 1, 1, 2, 2, 1, 2 ] ; +% +% If requested N was larger, add more to sequence +% +savestate = rand('state') ; % save the current state of the random number generator +rand('state',2112212) ; % use this state instead +for i=8:N + if rand < 0.5 + S(i) = 'A' ; + SN(i) = 1 ; + else + S(i) = 'B' ; + SN(i) = 2 ; + end +end +rand('state',savestate) ; % return to previous random number state +% +% Set the interaction matrix. Same as in book. +% +E(1,1) = 1 ; +E(1,2) = -2 ; +E(2,1) = E(1,2) ; +E(2,2) = 2 ; +% +X = {N S SN E} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_new.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..d5feabc11a1f908f30ed021e3667a70121a44693 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_new.m" @@ -0,0 +1,28 @@ +function W = sequence_new(X) +% W = sequence_new(X) +% Method for proteinfold example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = sequence_new(X) ; +% +% X = {N, S SN E} +% N = length of sequence. +% S = vector of letters representing sequence. +% SN = vector of indicies representing sequence, isomorphic to S. +% E = interaction energies. E(SN(i),SN(j)) is the interaction energy of i, j. +% +% W = {edge position} : an unfolded lattice sequence based on X. +% edge = N-1 edge directions; e.g., edge(i) = [1, 0, 0] +% position = N sequence element 3D lattice positions; e.g., position(1) = [0, 0, 0] +% +% Instantiates the sequence of letters stored in X as a 3D lattice sequence. +% Every realization produced by this routine has identical geometry: a straight line +% beginning at the origin and continuing out along the x-axis ( [1,0,0] axis ). +% +N = X{1} ; +position(1,:) = [0, 0, 0] ; +for i=1:(N-1) + edge(i,:) = [1, 0, 0] ; + position(i+1,:) = position(i,:) + edge(i,:) ; +end +W = {edge position} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_perturb.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..3b7f5bcb338ec6571ef1b511e5c476aec5cbc6b1 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/sequence_perturb.m" @@ -0,0 +1,64 @@ +function W = sequence_perturb(X,W,Ea,T) +% W = sequence_perturb(X,W,Ea,T) +% Method for proteinfold example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = sequence_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = {N, S SN E} +% N = length of sequence. +% S = vector of letters representing sequence. +% SN = vector of indicies representing sequence, isomorphic to S. +% E = interaction energies. E(SN(i),SN(j)) is the interaction energy of i, j. +% +% W = {edge position} : a valid lattice sequence. +% edge = N-1 edge directions; e.g., edge(i) = [1, 0, 0] +% position = N sequence element 3D lattice positions; e.g., position(1) = [0, 0, 0] +% +% Ea = (not used) current average energy +% T = (not used) current temperature +% +% Picks an edge between two verticies in the lattice sequence and changes its +% direction, keeping the remaining part of the sequence attached and intact. +% The result is a non-axial rotation of the sequence about the starting +% vertex of the edge. +% Checks to make sure the new path is not self-intersecting. +% +N = X{1} ; +G = W{1} ; +P = W{2} ; +% +% Assume new edge will not be valid +% +notvalid = 1 ; +while notvalid + q = ceil((N-1)*rand) ; % pick an edge + Gq = G(q,:) ; % save it, in case the new one is not valid + c = ceil(3*rand) ; % pick a lattice axis for the new edge + if rand < 0.5 % pick a lattice direction along the axis + v = -1 ; + else + v = 1 ; + end + for i=1:(c-1) % initialize the new coordinate + G(q,i) = 0 ; + end + G(q,c) = v ; + for i=(c+1):3 + G(q,i) = 0 ; + end + for i=1:(N-1) % create a list of vertex coordinates + P(i+1,:) = P(i,:) + G(i,:) ; + end + notvalid = 0 ; + PS = sortrows(P) ; % sort the list of coordinates + for i=1:(N-1) % look for duplications + if PS(i,:) == PS(i+1,:) % if the new edge is invalid, put back the old one. + notvalid = 1 ; + G(q,:) = Gq ; + break ; + end + end +end % loop until valid edge is found +% +W = {G P} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/try_me.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..5a518f028d4cb6913b172a61995c9a3e8d2cf0d3 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/proteinfold/try_me.m" @@ -0,0 +1,61 @@ +function try_me +% Example SA Tools annealing for proteinfold. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',7315118063) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @sequence_new ; +X = sequence_init(7) ; +cost = @sequence_cost ; +moveclass = @sequence_perturb ; +% +walkers = 16 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +schedule = @hartley ; +P = 0.01 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 1.25 ; +maxsteps = 8 ; +Tinit = @TinitT0 ; +r = 10000 ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 10 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +% dispMat(Ebsf,'Ebsf','%6.2f') ; +% Sequence = X{2} +% [Emin, Eminloc] = min(Ebsf) +% W = Wbsf{Eminloc} ; +% Edges = W{1} +% Positions = W{2} +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/README.txt" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/README.txt" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..538eea2f11c7b4518c7436b843607971d46e3bc4 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/README.txt" @@ -0,0 +1,19 @@ +README for seismicdecon example supplied with SA Tools. + +try_me.m = example driver + +decon_init.m = produces a new problem and exposes solution + +decon_new.m = creates a trial solution +decon_perturb.m = creates a neighbor of an existing trial solution +decon_cost.m = computes 'energy' (fitness) of trial solution +modelsignal.m = creates signal (time series) associated with trial solution + +modelparts.m = utility +eventparts.m = utility + +eventplot.m = plots time series associated with problem +modelplot.m = plots time series associated with trial solution + + +See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_cost.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..394f8bea5433cb56fcf575b738943e392d171f71 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_cost.m" @@ -0,0 +1,27 @@ +function c = decon_cost(X,W) +% c = decon_cost(X,W) +% Method for seismicdecon example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% c = decon_cost(X,W) ; +% +% X = {K L t f g} +% K = length of alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% W = {alpha tau K} +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% c = goodness of fit between W and X +% +% Calls modelsignal(...) to compute a signal s from alpha and tau given in W. +% Computes cost using infinity norm: +% c = max(abs(g - s)) +% +[K,L,t,f,g] = eventparts(X) ; +[alpha,tau,K] = modelparts(W) ; +s = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) ; +c = max(abs(g - s)) ; \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_init.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2d4805ad82567330d03f05098738e0bc7444e781 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_init.m" @@ -0,0 +1,61 @@ +function [X,M,noise] = decon_init(alpha,tau,noise) +% [X,M,noise] = decon_init(alpha,tau,noise) +% Method for seismicdecon example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [X,M,noise] = decon_init ; +% [X,M,noise] = decon_init(noise) ; +% [X,M,noise] = decon_init(alpha,tau) ; +% [X,M,noise] = decon_init(alpha,tau,noise) ; +% +% X = {K L t f g} +% K = length of alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% M = {alpha tau K} (True Model) +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% noise = scalar noise factor +% +% Initializes parameters of a toy seismic deconvolution problem. +% A real problem would read in the signals t, f, and g from source files. +% Here, the simple model coefficients alpha and tau are supplied (default) +% or input by the user and used to generate g from an internally supplied f. +% Consequently, the alpha and tau are the solution to this toy problem. +% +% If supplied: +% alpha and tau must be vectors of the same length and contain non-negative values. +% noise must be a non-negative scalar, typically < 1. +% +% Execute without arguments to determine default values. +% +if (nargin ~= 1) & (nargin ~= 3) + noise = 0.1 ; +end +if (nargin ~= 2) & (nargin ~= 3) + alpha = [ .1, .4, .3, .1, .14, .13, .11, .04, .03, .01 ] ; + tau = [ 200, 210, 220, 240, 450, 460, 490, 880, 890, 900 ] ; +end +L = 129 ; +N = (1:L) ; +t = (N-1) / 100.0 ; +for n = N, + f(n) = 4*exp(-0.5*t(n))*sin(t(n)) ; +end +alphasize = size(alpha) ; +K = alphasize(2) ; +I = 1:K ; +noisemax = noise*mean(f) ; +noisebias = 0.5 * noisemax ; +g = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) ; +S = rand('state') ; +rand('state',54845) ; +for n = N, + g(n) = g(n) + (noisemax*((rand*.2)+.9)*sin(t(n)*t(n)*t(n))) - noisebias ; +end ; +rand('state',S) ; +X = {K L t f g} ; +M = {alpha tau K} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_new.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2bc214b1bb817a359fa2751d005476fb44d43eee --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_new.m" @@ -0,0 +1,29 @@ +function W = decon_new(X) +% W = decon_new(X) +% Method for seismicdecon example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = decon_new(X) ; +% +% X = {K L t f g} +% K = length of alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% W = {alpha tau K} +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% +% Creates a trial solution {alpha tau} for the problem parameters given in X. +% The same solution is created for each value of K. +% +K = X{1} ; +I = 1:K ; +for i=I, + alpha(i) = 1/log(i+1) ; +end +alpha = alpha / sum(alpha) ; +tau = (1000/K)*I ; +W = {alpha tau K} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_perturb.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..fad57fd605dc50603524b4bd79f2405c2eda2a14 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/decon_perturb.m" @@ -0,0 +1,40 @@ +function Wnew = decon_perturb(X,W,Ea,T) +% Mnew = decon_perturb(X,W) +% Method for seismicdecon example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Mnew = decon_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = (not used) problem definition +% W = {alpha tau K} +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% Ea = (not used) average energy. +% T = (not used) current temperature. +% +% Perturbs a random element of alpha or tau (not both). +% Checks to make sure perturbation is within reasonable bounds. +% +[alpha,tau,K] = modelparts(W) ; +choice = rand ; +element = ceil(rand*K) ; +amount = rand ; +if choice < .5 + % perturb alpha + alpha(element) = (0.5 + rand)*alpha(element) ; + if alpha(element) < 0 + alpha(element) = 0 ; + elseif alpha(element) > 1 + alpha(element) = 1 ; + end +else + % perturb tau + tau(element) = ceil((0.5 + rand)*tau(element)) ; + if tau(element) < 0 + tau(element) = 0 ; + elseif tau(element) > 2000 + tau(element) = 2000 ; + end +end +Wnew = {alpha tau K} ; \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/eventparts.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/eventparts.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..e41cf2b13e6029731a084ad1631e9b8d98a72f18 --- /dev/null +++ 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= {K L t f g} +% K = length of alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% +% Convenience utility. +% +K = X{1} ; +L = X{2} ; +t = X{3} ; +f = X{4} ; +g = X{5} ; \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/eventplot.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/eventplot.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..cda3961463922cca107d4987f08ea94874cc1b55 --- /dev/null +++ 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alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% h = handle to plot +% +% plots time series associated with problem +% +t = X{3} ; +f = X{4} ; +g = X{5} ; +h = plot(t,f,'b') ; +hold on ; +plot(t,g,'r') ; +hold off ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/modelparts.m" 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+% W = {alpha tau K} +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% +% Convenience utility. +% +alpha = W{1} ; +tau = W{2} ; +K = W{3} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/modelplot.m" 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of alpha, tau vectors +% L = length of source and detected signals +% t = time vector +% f = source signal +% g = detected signal +% W = {alpha tau K} +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% h = handle to plot +% +% plots time series associated with trial solution +% +[K,L,t,f,g] = eventparts(X) ; +[alpha,tau,K] = modelparts(W) ; +s = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) ; +h = plot(t,s,'k') ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/modelsignal.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/modelsignal.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..f313c1ab144bd80a1c36a5e28a68c96d22972774 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/modelsignal.m" @@ -0,0 +1,25 @@ +function s = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) +% s = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) +% Method for seismicdecon example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% s = modelsignal(f,L,alpha,tau,K) ; +% +% f = source signal +% L = length of source signal +% alpha = attenuation values +% tau = translation values +% K = length of alpha, tau vectors +% +% Computes a signal s from the input model parameters. +% +for n = 1:L, + s(n) = 0 ; + for i = 1:K, + k = n - tau(i) ; + if k > 0 + s(n) = s(n) + (alpha(i)*f(k)) ; + end + end ; +end ; + diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/try_me.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..01896cf7cff24546dccc7476c24020c6410243d4 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/seismicdecon/try_me.m" @@ -0,0 +1,55 @@ +function try_me +% Example SA Tools annealing for seismicdecon. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',1023) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @decon_new ; +[X,TrueModel,noise] = decon_init ; +cost = @decon_cost ; +moveclass = @decon_perturb ; +% +walkers = 12 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +% schedule = @thermospeedHC ; +schedule = @thermospeedR ; +P = 0 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 0.75 ; +maxsteps = 16 ; +Tinit = @TinitAccept ; +r = [0.99, 12] ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 10 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/Jcoord.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/Jcoord.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..3bcc59b826566ff30a604b910ae7497ea3f5fe64 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/Jcoord.m" @@ -0,0 +1,21 @@ +function j = Jcoord(w,d,h,width,depth,height) +% j = Jcoord(w,d,h) +% Method for spinglass example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% j = Jcoord(w,d,h,width,depth,height) ; +% +% w,d,h = coordinates in lattice L. Assumed positive. +% width,depth,height = size of lattice dimensions. +% j = index in coupling matrix J +% +% (1,1,1) = 1 +% (1,1,h) = h +% (1,2,1) = (2-1)*height + 1 +% (1,d,h) = (d-1)*height + h +% (2,1,1) = depth*height + 1 +% (2,1,h) = depth*height + h +% (2,d,h) = depth*height + (d-1)*height + h +% (w,d,h) = (w-1)*depth*height + (d-1)*height + h +% +j = ((w-1)*depth*height) + ((d-1)*height) + h ; \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_cost.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..52c2fabeebf59039fc7e3d8bcdb57a43f7898cf0 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_cost.m" @@ -0,0 +1,23 @@ +function E = spin_cost(X,W) +% E = spin_cost(X,W) +% Method for spinglass example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% E = spin_cost(X,W) ; +% +% X = {n, J} +% n = size of coupling matrix, n = width*depth*height +% J = restricted range coupling matrix +% W = vector of +1, -1 spins of length n +% E = energy corresponding to W +% +% E is sum of J(i,j)*W(i)*W(j) +% +n = X{1} ; +J = X{2} ; +E = 0 ; +for i=1:(n-1) + for j=i+1:n + E = E + (J(i,j)*W(i)*W(j)) ; + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_init.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..7564ba48acf1e31e51286dcadca3d07e4f617ca9 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_init.m" @@ -0,0 +1,78 @@ +function [X,L] = spin_init(width, depth, height) +% [X,L] = spin_init(width, depth, height) +% Method for spinglass example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [X,L] = spin_init(width, depth, height) ; +% +% width, height, depth = dimensions of 3D lattice. +% must be positive integers. +% X = {n, J} +% n = size of coupling matrix, n = width*depth*height +% J = restricted range coupling matrix +% L = lattice from which coupling coupling matrix is derived +% +% Generates X and L from lattice size parameters. +% Any particular triplet of input values will always produce the same lattice. +% e.g., new_coupling(3,4,5) always produces the same X and L. +% +width = floor(width) ; +depth = floor(depth) ; +height = floor(height) ; +if (width < 1) | (depth < 1) | (height < 1) + error(sprintf('width, depth, and height must be positive. was: %g %g %g', width, depth, height)) ; +end +% +% Create lattice +% +S = rand('state') ; % save the state of the random number generator +rand('state',102302) ; % set rand to this state +L(1:width,1:depth,1:height) = 0 ; +n = width*depth*height ; +k = (3*n) / 4 ; % lattice "population" +for i=1:k + w = floor(rand*width) + 1 ; + d = floor(rand*depth) + 1 ; + h = floor(rand*height) + 1 ; + L(w,d,h) = L(w,d,h) + 1 ; +end +% +% O.K., now create coupling matrix +% +J(1:n,1:n) = 0 ; +for w=1:width + for d=1:depth + for h=1:height + if L(w,d,h) > 0 + j = Jcoord(w,d,h,width,depth,height) ; + amin = max(1,w-1) ; + amax = min(width,w+1) ; + bmin = max(1,d-1) ; + bmax = min(depth,d+1) ; + cmin = max(1,h-1) ; + cmax = min(height,h+1) ; + for a=amin:amax + for b=bmin:bmax + for c=cmin:cmax + if (a ~= w) | (b ~= d) | (c ~= h) + i = Jcoord(a,b,c,width,depth,height) ; + J(i,j) = J(i,j) + L(w,d,h) ; + end + end + end + end + end + end + end +end +% +% Finally, set magnitudes of J to a random fraction of the number of inputs +% +for i=1:n + for j=1:n + J(i,j) = J(i,j)* rand ; + end +end +% +rand('state',S) ; % reset rand to original state +X = {n, J} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_new.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c6e0e14992877f73a09b678a04d4dc80894f2927 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_new.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function W = spin_new(X) +% W = spin_new(X) +% Method for spinglass example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = spin_new(X) ; +% +% X = {n, J} +% n = size of coupling matrix, n = width*depth*height +% J = normalized restricted range coupling matrix +% W = new vector of random +1, -1 spins of length n +% +for i=1:X{1} + if rand < 0.5 + W(i) = -1 ; + else + W(i) = +1 ; + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_perturb.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..867c250d5133b269486f53806fc89de04a0c30b8 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/spin_perturb.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function W = spin_perturb(X,W,Ea,T) +% W = spin_perturb(X,W,Ea,T) +% Method for spinglass example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = spin_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = {n, J} +% n = size of coupling matrix, n = width*depth*height +% J = restricted range coupling matrix +% W = vector of +1, -1 spins of length n +% Ea = (not used) average energy at current temperature. +% T = (not used) current temperature +% +% Changes sign of random element of W +% +n = X{1} ; +i = 1 + floor(n*rand) ; +W(i) = -W(i) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/try_me.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..1b0bc5473511649ab73384594cec281b498524af --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/spinglass/try_me.m" @@ -0,0 +1,59 @@ +function try_me +% Example SA Tools annealing for spinglass. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',721508) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @spin_new ; +[X, L] = spin_init(3,5,4) ; +cost = @spin_cost ; +moveclass = @spin_perturb ; +% +walkers = 16 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +schedule = @thermospeedHC ; +% schedule = @thermospeedR ; +P = 0 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 1 ; +maxsteps = 16 ; +Tinit = @TinitWhite ; +r = [3, 16] ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 10 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; + dispMat(Ebsf,'Ebsf') ; + % [Y, I] = min(Ebsf) ; + % Wmin = W{I} ; + % dispMat(Wmin,'Wmin') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_cost.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_cost.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..15195fa0cd7aa7ba733d0a69530c0cc7809e3d3b --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_cost.m" @@ -0,0 +1,21 @@ +function Ew = route_cost(X,W) +% Ew = route_cost(X,W) +% Method for tsp example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Ew = route_cost(X,W) ; +% +% X = {N, D} +% N = # of cities. +% D = distance matrix. D(i,j) = distance from city i to j. +% W = a route, a permutation of the indicies 1:N +% +% Ew = energy corresponding to W. +% Computed by summing the distances along the route. +% +N = X{1} ; +D = X{2} ; +Ew = D(W(N),W(1)) ; +for i=1:(N-1) + Ew = Ew + D(W(i),W(i+1)) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_init.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_init.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..26be176c0a21435238d210f3a6814c349cfad224 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_init.m" @@ -0,0 +1,37 @@ +function X = route_init(N) +% X = route_init(N) +% Method for tsp example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% X = route_init(N) ; +% +% N = # of cities. must be > 3. +% X = {N, D} +% N = # of cities. +% D = distance matrix. D(i,j) = distance from city i to j. +% +% Generates a distance matrix for N cities in toy TSP problem. +% In a real problem, the distances are problem-specific and might be read from a file. +% Values in this matrix are skewed towards the max and min. +% Each N will always generate the same distance matrix. +% +Nin = N ; +N = floor(Nin) ; +if N < 4 + error(sprintf('N must be > 3. was: %g', Nin)) ; +end +% +enatural = exp(1) ; +MaxDistance = 420 ; +S = rand('state') ; +rand('state',731511) ; +for i=1:N + for j=i:N + x = (2*pi)*(1 - (2*rand)) ; + D(i,j) = ceil(MaxDistance*(.5+(.5*tanh(x/enatural)))) ; + D(j,i) = D(i,j) ; + end +end +rand('state',S) ; +% +X = {N D} ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_new.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_new.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..12381b083d0ae85bfbc7f72a7630f799dc0237e1 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_new.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function W = route_new(X) +% W = route_new(X) +% Method for tsp example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = route_new(X) ; +% +% X = {N, D} +% N = # of cities. +% D = distance matrix. D(i,j) = distance from city i to j. +% W = new route, a permutation of the indicies 1:N +% +N = X{1} ; +for i=1:N + A(i,1) = rand ; + A(i,2) = i ; +end +B = sortrows(A) ; +W = B(:,2) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_perturb.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_perturb.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..f4a4a1a0bed3fbac79e71084ffffd1ccc13a09ae --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/route_perturb.m" @@ -0,0 +1,44 @@ +function W = route_perturb(X,W,Ea,T) +% W = route_perturb(X,W,Ea,T) +% Method for tsp example supplied with SA Tools. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% W = route_perturb(X,W,Ea,T) ; +% +% X = {N, D} +% N = # of cities. +% D = distance matrix. D(i,j) = distance from city i to j. +% W = a route, a permutation of the indicies 1:N +% Ea = (not used) current average energy +% T = (not used) current temperature +% +% Chooses two cities along route and then reverses path between those points. +% Circular boundary conditions are used if the 1st city is "past" the second +% in the route. +% N must be greater than 3. +% +N = X{1} ; +if N < 4 + error(sprintf('N must be greater than 3. was: %g', N)) ; +end +% +% +Wold = W ; +% +a = ceil(N*rand) ; +d = 0 ; +while d < 3 + b = ceil(N*rand) ; + if a < b + d = b - a ; + else + d = (N - a) + b ; + end +end +L = d - 1 ; +% +for m=1:L + i = mod(((a + m) - 1),12) + 1 ; + k = mod(((b - m) - 1),12) + 1 ; + W(i) = Wold(k) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/try_me.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/try_me.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..784bf7056e78a9f3177b72428413cffa3daca37c --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/examples/tsp/try_me.m" @@ -0,0 +1,63 @@ +function try_me +% Example SA Tools annealing for tsp. +% +% NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations. +% +% +rand('state',721508) ; +% +verbose = 1 ; +% +newstate = @route_new ; +X = route_init(12) ; +cost = @route_cost ; +moveclass = @route_perturb ; +% +walkers = 16 ; +acceptrule = @metropolis ; +q = 0 ; +schedule = @thermospeedHC ; +% schedule = @thermospeedR ; +P = 0 ; +equilibrate = @hoffmann ; +C = 1 ; +maxsteps = 256 ; +Tinit = @TinitWhite ; +r = [2, 16] ; +Tfinal = @TfinalNstop ; +f = [4, 1e-3] ; +maxtemps = 20 ; +v = 0.2 ; +bins = 10 ; +e = Inf ; +% +disp(['--------------------------------start--------------------------------']) ; +disp(['NOTE: These are tests. Values should not be taken as recommendations.']) ; +% +% + [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Tt,Et,Etarget,ert,Kt,Ebsft,Eh,M,rho,Ebin] = ... + anneal(verbose, ... + newstate, X, ... + cost, moveclass, ... + walkers, ... + acceptrule,q, ... + schedule, P, ... + equilibrate, C, maxsteps, ... + Tinit, r, ... + Tfinal, f, maxtemps, ... + v, bins, e) ; +% + dispMat(rho,'rho','%6.2f') ; + dispMat(Ebin,'Ebin','%6.2f') ; + N = X{1} ; + D = X{2} ; + for i=1:N + BSF(:,i) = Wbsf{i} ; + end + D + BSF + dispMat(Ebsf,'Ebsf','%6.2f') ; +% plotBins(Ebin,rho,'E','rho','equilibrium density of states') ; +% dispEh(Eh) ; +% +disp(['---------------------------------end---------------------------------']) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/franz.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/franz.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..3e2c50bdbd220e53f5ac2384a2d4bbafd4e61b4f --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/franz.m" @@ -0,0 +1,28 @@ +function a = franz(dE,T,q) +% Franz acceptance method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% a = franz(dE,T,q) ; +% +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = the "q" parameter of the franz acceptance rule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% +a = 0 ; +if dE <= 0 % accept non-uphill moves + a = 1 ; +elseif (q == 1) | (q == 2) % avoid division by 0 + a = 1 ; +else + if T > 0 % ignore 0 or negative temperatures + D = ((1 - q)/(2 - q))*(dE/T) ; + if D <= 1 + if rand < (1 - D)^(1/(1-q)) + a = 1 ; + end + end + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geman.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geman.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..ceb88f07c7a87c51a0a922ca5ae10e771fa76ea9 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geman.m" @@ -0,0 +1,27 @@ +function T = geman(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) +% Geman temperature update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% T = geman(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) ; +% +% Ea = (not used) average energy. +% Estd = (not used) standard deviation of energies +% walkers = (not used) number of walkers +% dEtgt = (not used) difference between present and previous target mean energy +% v = (not used) thermodynamic speed. +% e = (not used) estimate of relaxation time. +% T = (not used) current temperature. +% t = temperature step #. +% P = positive constant +% +% if T > 0 +% T = P / log(t+1) ; +% end +% +if P <= 0 + error(sprintf('geman method requires 0 < P (was: %g)',P)) ; +end +if T > 0 + T = P / log(t+1) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geometric.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geometric.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c4b0df59fb179f8e82ce2882f27095575f5b9880 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/geometric.m" @@ -0,0 +1,23 @@ +function T = geometric(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) +% Geometric temperature update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% T = geometric(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) ; +% +% Ea = (not used) average energy. +% Estd = (not used) standard deviation of energies +% walkers = (not used) number of walkers +% dEtgt = (not used) difference between present and previous target mean energy +% v = (not used) thermodynamic speed. +% e = (not used) estimate of relaxation time. +% T = current temperature. +% t = (not used) temperature step #. +% P = constant: 0 < P <= 1. +% +if (P <= 0) | (1 < P) + error(sprintf('geometric method requires 0 < P <= 1 (was: %g)',P)) ; +end +if T > 0 + T = T*P ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hartley.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hartley.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..8a5725f15fc86797b062aac4e93b6bb94bec4cfe --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hartley.m" @@ -0,0 +1,23 @@ +function T = hartley(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) +% Hartley temperature update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% T = hartley(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) ; +% +% Ea = (not used) average energy. +% Estd = (not used) standard deviation of energies +% walkers = (not used) number of walkers +% dEtgt = (not used) difference between present and previous target mean energy +% v = (not used) thermodynamic speed. +% e = (not used) estimate of relaxation time. +% T = current temperature. +% t = (not used) temperature step #. +% P = small positive scalar constant 0 < P < 1; e.g., 0.01 +% +if (P <= 0) | (1 <= P) + error(sprintf('hartley method requires 0 < P < 1 (was: %g)',P)) ; +end +if T > 0 + T = 1 / ((1/T) + P) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/historyupdate.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/historyupdate.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..91e6f4a094ca86103c1c93902483d998ac20a658 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/historyupdate.m" @@ -0,0 +1,38 @@ +function Eh = historyupdate(Eh,Ev,t,T) +% Temperature & Energy history update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Eh = historyupdate(Eh,Ev,t,T) +% INPUT: +% Eh = previous Eh array +% Ev = energy (cost) history at T +% i = arbitrary index +% Ev(i,1) = step # +% Ev(i,2) = walker # +% Ev(i,3) = an energy visited during T +% Ev(i,4) = energy attempted from Ev(i,1:3) during T +% t = index of current temperature step +% T = current temperature +% OUTPUT: +% Eh = energy and temperature history +% i = 1, ..., 1+(steps*walkers), etc. +% Eh(i,1) = index t of temperature step +% Eh(i,2) = T corresponding to t +% Eh(i,3) = equilibrium step #j at T +% Eh(i,4) = walker #k +% Eh(i,5) = energy E visited by walker k at step j during T +% Eh(i,6) = energy E' attempted from E by walker k at step j during T +% +sizeEh = size(Eh) ; +sizeEv = size(Ev) ; +m = sizeEh(1) ; +n = sizeEv(1) ; +clear sizeEh sizeEv ; +for i=1:n + m = m + 1 ; + Eh(m,1) = t ; + Eh(m,2) = T ; + Eh(m,3:6) = Ev(i,1:4) ; +end + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hoffmann.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hoffmann.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..7b10385f6355170e478efef7e1075946f2b1c1f7 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/hoffmann.m" @@ -0,0 +1,36 @@ +function b = hoffmann(Ea0,Ea,Ew,walkers,T,step,maxsteps,C) +% Equilibration method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% b = hoffmann(Ea0,Ea,Ew,walkers,T,step,maxsteps,C) +% +% INPUT: +% Ea0 = average energy at the beginning of the metropolis walk +% Ea = current average energy +% Ew = current energies corresponding to W (size walkers) +% walkers = the number of walkers in the simulation +% T = the current temperature +% step = the current number of steps taken in the walk +% maxsteps = an upper limit on the number of steps in the walk +% C = problem dependent positive scalar constant +% OUTPUT: +% b = 0 if the temperature may change, otherwise 1. +% +% b will be 0 whenever: +% 1. the number of equalibrium steps has reached or exceeded maxsteps +% 2. the change in average energy DE satisfies +% DE < C * std(Ew) / sqrt(walkers) +% In other words, a fraction (C / sqrt(walkers)) of the +% standard deviation of energies exceeds the change in average energy. +% +if C <= 0 + error(sprintf('hoffmann method requires 0 < C (was: %g)',C)) ; +end +if step >= maxsteps + b = 0 ; +else + DE = abs(Ea - Ea0) ; + Crit = (C*std(Ew))/sqrt(walkers) ; + b = (DE < Crit) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropolis.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropolis.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..2882b53c7ec7c26088480ad49ae9b2888303b9fd --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropolis.m" @@ -0,0 +1,21 @@ +function a = metropolis(dE,T,q) +% Metropolis acceptance method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% a = metropolis(dE,T,q) ; +% +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = (not used) any data required by the acceptrule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% +a = 0 ; +if (dE <= 0) + a = 1 ; +else + if rand < exp(-dE/T) + a = 1 ; + end +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropoliswalk.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropoliswalk.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..6d44a08efc8b648512ed3b633b30a001ee3c8405 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/metropoliswalk.m" @@ -0,0 +1,123 @@ +function [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Estd,Ev,steps] = metropoliswalk( ... + verbose, ... + Ea, T, ... + walkers, W, X, cost, moveclass, ... + acceptrule, q, ... + hasEquilibrate, equilibrate, C, maxsteps, ... + Wbsf, Ebsf) +% Metropolis search (at constant temperature) algorithm supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Estd,Ev,steps] = metropoliswalk( ... +% verbose, Ea, T, W, X, cost, moveclass, acceptrule, q, maxsteps, Wbsf, Ebsf) ; +% +% INPUT VALUES: +% verbose = prints status information when true (1). +% Ea = average energy. +% T = current temperature. +% walkers = number of walkers. Must be positive integer. +% W = cell array of user-defined state(s) returned from newstate or moveclass. +% X = user-defined problem domain or other data, behaviorally static. +% cost = (handle to) user-defined objective method (function) +% Ew = cost(X,W) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% moveclass = (handle to) user-defined method, +% W = moveclass(X,W,Ea,T) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% Ea = average energy at current temperature. +% T = current temperature +% acceptrule = (handle to) SA Tools or user-defined method +% a = acceptrule(dE,T,q) where +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = any data required by the acceptrule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% SA Tools supplied methods are: +% metropolis +% szu +% tsallis +% threshold +% franz +% q = any data required by the acceptrule. +% hasEquilibrate = true (1) when equilibrate is function handle, otherwise false (0). +% equilibrate = (handle to) SA Tools method, or user-defined method, +% or a non-function_handle type (e.g., 0). If a function handle is +% supplied, then the temperature will not change (i.e., schedule will +% not be called) until equilibrate returns false (0). Otherwise, the +% moveclass will be executed maxsteps times between each +% temperature change. Method signature: +% c = equilibrate(Ea0,Ea,Ew,walkers,T,step,maxsteps,C) where +% Ea0 = average energy at the beginning of the metropolis walk +% Ea = current average energy +% Ew = current energies corresponding to W (size walkers) +% walkers = the number of walkers in the simulation +% T = the current temperature +% step = the current number of steps taken in the walk +% maxsteps = an upper limit on the number of steps in the walk +% C = any behaviorally constant data required by the method +% c = 0 if the temperature may change, otherwise 1. +% SA Tools supplied methods are: +% hoffmann (wait-for-a-fluctuation) +% Book chapter 13. +% C = any data required by equilibrate. +% maxsteps = number of times to call nextstate. +% Wbsf = cell array of best-so-far user-defined state(s). +% Ebsf = array of Wbsf energy(ies). +% +% OUTPUT VALUES: +% (several input arguments are also output with updated values). +% Ew = array of energy(ies) of user-defined state. +% Ea = average energy during walk. +% Estd = standard deviation of energies during walk. +% Ev = energy (cost) history at T +% i = arbitrary index +% Ev(i,1) = step # +% Ev(i,2) = walker # +% Ev(i,3) = an energy visited during T +% Ev(i,4) = energy attempted from Ev(i,1:3) during T +% steps = actual number of steps taken by each walker. +% +Ev(1,1:4) = 0 ; +Ew(1:walkers) = Inf ; +i = 1 ; +k = 1 ; +walking = 1 ; +Ea0 = Ea ; +E = [] ; +% +% take a metropolis walk +% +while walking + for j=1:walkers + [W{j},Ew(j),Evisit,Etrial] = nextstate(Ea,T,W{j},X,cost,moveclass,acceptrule,q) ; + Ev(i,1) = k ; + Ev(i,2) = j ; + Ev(i,3) = Evisit ; + Ev(i,4) = Etrial ; + if Ew(j) < Ebsf(j) + Wbsf{j} = W{j} ; + Ebsf(j) = Ew(j) ; + end + i = i + 1 ; + end + % + % update metrics + % + E = cat(2,E,Ew) ; + Ea = mean(E) ; + Estd = std(E) ; + % + % test for equilibration + % + if hasEquilibrate + walking = feval(equilibrate,Ea0,Ea,Ew,walkers,T,k,maxsteps,C) ; + else + walking = (k < maxsteps) ; + end + k = k + 1 ; +end +steps = k - 1 ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/mktemplate.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/mktemplate.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..f8da204d22d892e9e4c059172663e7400b32cd2b --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/mktemplate.m" @@ -0,0 +1,108 @@ +function mktemplate(problemname) +% Automated file generation supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% mktemplate(problemname) +% +% problemname = name of new user directory and problem functions +% +% This function will create a directory, 'problemname' and place in it 5 m-files: +% +% problemname_init +% problemname_new +% problemname_cost +% problemname_perturb +% try_me +% +% which comply with the satools method signatures. The four files +% problemname_* +% are functional, but only in the sense that X and W are null and +% the cost function returns a random number. The mktemplate function +% is a convenience tool from which the user can fill in their particular +% problem definition. +% +% After execution, the new directory will be the users current directory. +% +if nargin ~= 1 + help mktemplate ; + error('problemname is a required argument') ; +end +if length(problemname) < 1 + help mktemplate ; + error('problemname was empty!') ; +end +% +newline = sprintf('\n') ; +tab = sprintf('\t') ; +% +srcpath = which('mktemplate') ; +srcdir = strrep(srcpath,'\mktemplate.m','') ; % PC +sep = '\' ; +if strcmp(srcpath,srcdir) + srcdir = strrep(srcpath, '/mktemplate.m','') ; % Unix + sep = '/' ; + if strcmp(srcpath,srcdir) + srcdir = strrep(srcpath, ':mktemplate.m','') ; % Mac + sep = ':' ; + if strcmp(srcpath,srcdir) + error(sprintf('Cannot decipher directory separator in path %s',srcpath)) ; + end + end +end +% +thisdir = pwd ; +if strcmp(thisdir,srcdir) + disp([newline,tab,'Warning: creating in SA Tools source directory.']) ; + disp([tab,'Directory might be lost in future software upgrade.',newline]) ; +end +% +[status, msg] = mkdir(problemname) ; +if status ~= 1 + error(msg) ; +end +cd(problemname) ; +% +srcnames = strcat(... + {srcdir, srcdir, srcdir, srcdir, srcdir}, ... + {sep, sep, sep, sep, sep }, ... + {'template_cost.txt', ... + 'template_init.txt', ... + 'template_new.txt', ... + 'template_perturb.txt', ... + 'template_try_me.txt'} ... + ) ; +% +cvtname = strrep(problemname,' ','_') ; +while 1 ~= strcmp(cvtname,problemname) ; + problemname = cvtname ; + cvtname = strrep(problemname,' ','_') ; +end +problemname = cvtname ; +newnames = strcat(... + {problemname, problemname, problemname, problemname}, ... + {'_cost.m', '_init.m', '_new.m', '_perturb.m'} ... + ) ; +newnames{5} = 'try_me.m' ; +% +srcstr = 'PROBLEMNAME' ; +for i=1:5 + [finp, msg] = fopen(srcnames{i},'rt') ; + if finp == -1 + error(msg) ; + end + [fout, msg] = fopen(newnames{i},'wt') ; + if fout == -1 + error(msg) ; + end + % + txtline = fgets(finp) ; + while txtline ~= -1 + txtline = strrep(txtline,srcstr,problemname) ; + fprintf(fout,'%s',txtline) ; + txtline = fgets(finp) ; + end + % + fclose(finp) ; + fclose(fout) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/nextstate.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/nextstate.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..746eaffa9916de433f344fe371dd20cd10b5a6aa --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/nextstate.m" @@ -0,0 +1,41 @@ +function [W,Ew,Evisit,Etrial] = nextstate(Ea,T,W,X,cost,moveclass,acceptrule,q) +% State-update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [W,Ew,Evisit,Eattempt] = nextstate(Ea,T,W,neighbor,X,energy) ; +% +% Ea = average energy. +% T = current temperature. +% W = user-defined state. +% X = user-defined problem domain or other data. +% cost = (handle to) user-defined cost evaluation method, takes X and W as arguments. +% moveclass = (handle to) user-defined neighbor generation method, +% takes X, W, Ea, and T as arguments. +% acceptrule = (handle to) SA Tools or user-defined method +% a = acceptrule(dE,T,q) where +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = any data required by the acceptrule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% SA Tools supplied methods are: +% metropolis +% szu +% tsallis +% threshold +% franz +% q = any data required by the acceptrule. +% Ew = energy of user defined state. +% Evisit = cost of incoming W. +% Etrial = cost of neighbor state. +% +Ew = feval(cost,X,W) ; +Evisit = Ew ; +Wtrial = feval(moveclass,X,W,Ea,T) ; +Etrial = feval(cost,X,Wtrial) ; +dE = Etrial - Ew ; +if feval(acceptrule,dE,T,q) + W = Wtrial ; + Ew = Etrial ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/plotBins.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/plotBins.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..93d5d77eada99a53e8e07ad768a35dfa0abdaf07 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/plotBins.m" @@ -0,0 +1,47 @@ +function plotBins(Xbin,Y,xstr,ystr,tstr) +% Binned data plot method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% plotBins(Xbin,Y,xstr,ystr,tstr) +% +% Xbin = bin centroids, min, and max +% Xbin(1,:) are bin centroids. Xbin(1,b) is the centroid for Y(b). +% Xbin(2,:) are bin lower bounds +% Xbin(3,:) are bin upper bounds +% Y = frequency, or relative frequency, etc. +% Y is the same size as Xbin(1,:) +% Y is assumed to contain non-negative values. +% xstr = Xbin axis label +% ystr = Y axis label +% tstr = plot title +% +[rows, bins] = size(Xbin) ; +% +Xbinmin = Xbin(2,1) ; +Xbinmax = Xbin(1,bins) ; % instead of Xbin(3,bins) +Xbinrange = Xbinmax - Xbinmin ; +pad = 0.05*Xbinrange ; +xmin = Xbinmin - pad ; +xmax = Xbinmax + pad ; +ymin = 0 ; +ymax = 1.1*max(Y) ; +% +Sx(1) = Xbinmin ; +Sx(2:(bins+1)) = Xbin(2,:) ; +Sx(bins+2) = Xbin(3,bins) ; +Sx(bins+3) = Xbin(3,bins) ; +Sy(1) = 0 ; +Sy(2:(bins+1)) = Y ; +Sy(bins+2) = Y(bins) ; +Sy(bins+3) = 0 ; +% +axis([xmin xmax ymin ymax]) ; +hold on ; +title(tstr) ; +xlabel(xstr) ; +ylabel(ystr) ; +bar(Xbin(1,:),Y) ; +stairs(Sx,Sy,'r') ; +hold off ; + \ No newline at end of file diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/randomwalk.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/randomwalk.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..c90cbcf1dc46574deac839090a510ccc6ff0d44c --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/randomwalk.m" @@ -0,0 +1,61 @@ +function [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Ev] = randomwalk(steps, walkers, newstate, X, cost, moveclass) +% Random walk method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea,Ev] = randomwalk(steps, walkers, newstate, X, cost, moveclass) ; +% +% INPUTS: +% steps = the number of random steps to talk +% walkers = number of walkers. Must be positive integer. +% newstate = (handle to) user-defined method +% W0 = newstate(X) where +% X = user-defined problem domain or other data, +% behaviorally static. +% W0 = an initial user-defined state. +% X = user-defined problem domain or other data, behaviorally static. +% cost = (handle to) user-defined objective method (function) +% Ew = cost(X,W) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% moveclass = (handle to) user-defined method, +% W = moveclass(X,W,Ea,T) where +% X = user-defined problem domain or other data. +% W = a user-defined state from 'newstate' or 'moveclass'. +% Ea = average energy at current temperature. +% T = current temperature (will be infinite in Tinit) +% OUTPUTS: +% W = cell array of user-defined state(s) from 'newstate' or 'moveclass'. +% Ew = current energies corresponding to W (size walkers) +% Ev = energy (cost) history at T (T is Inf in random walk) +% i = arbitrary index +% Ev(i,1) = step # +% Ev(i,2) = walker # +% Ev(i,3) = an energy visited during T +% Ev(i,4) = energy attempted from Ev(i,1:3) during T +% Wbsf = cell array of best-so-far states of size 'walkers' +% Ebsf = array of best-so-far energies +% Ea = average energy +% +% Calls ensembleInit(...) and then performs random walk accepting all moves. +% +[W,Ew,Wbsf,Ebsf,Ea] = ensembleInit(walkers, newstate, X, cost) ; +i = 1 ; +E = Ew ; +for k=1:steps + for j=1:walkers + Ev(i,1) = i ; + Ev(i,2) = j ; + Ev(i,3) = Ew(j) ; + W{j} = feval(moveclass,X,W{j},Ea,Inf) ; + Ew(j) = feval(cost,X,W{j}) ; + if Ew(j) < Ebsf + Wbsf{j} = W{j} ; + Ebsf(j) = Ew(j) ; + end + Ev(i,4) = Ew(j) ; + i = i + 1 ; + end + E = cat(2,E,Ew) ; +end +Ea = mean(E) ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/retrospect.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/retrospect.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..f4c7eee2404c15b1415ebcea64946ea9564bf252 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/retrospect.m" @@ -0,0 +1,34 @@ +function T = retrospect(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) +% Retrospective temperature update method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% T = retrospect(Ea,Estd,walkers,dEtgt,v,e,T,t,P) ; +% +% Ea = (not used) average energy. +% Estd = (not used) standard deviation of energies +% walkers = (not used) number of walkers +% dEtgt = (not used) difference between present and previous target mean energy +% v = (not used) thermodynamic speed. +% e = (not used) estimate of relaxation time. +% T = (not used) current temperature. +% t = temperature step #. +% P = array containing temperature schedule; i.e., T(t+1) = P(t). +% +% If you want temperature schedule +% Tt = [1000, 100, 10, 1] +% then set +% schedule = @retrospect +% Tinit = 1000 +% P = [100, 10, 1] +% maxtemps = 4 +% +% If maxtemps exceeds the number of elements in P then the final temperature +% will be repeated. +% +n = numel(P) ; +if t > n + T = P(n) ; +else + T = P(t) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satools.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satools.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..50f4e2d018e4ae36453b52f661fa1815830949f7 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satools.m" @@ -0,0 +1,21 @@ +% COPYRIGHT file. Type 'help anneal' for information. +% +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% Get the book: http://www.frostconcepts.com/books/ebsa/ +% +% Copyright +% +% Richard Frost +% Frost Concepts +% P.O. Box 721508 +% San Diego, CA 92172 +% +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. All rights +% reserved except where otherwise noted. This software is offered on an +% "AS IS" basis. The copyright holder(s) provide no warranty, expressed +% or implied, that the software will function properly or that it will be +% free of errors. This software may be freely copied and distributed for +% research and educational purposes only, provided that the above +% copyright notice appear in all copies. A license is needed for +% commercial sale or use, in whole or in part, from Frost Concepts. +% Users of the software agree to acknowledge the copyright holder(s). diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satoolsversion.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satoolsversion.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..55e61e8aaffeadc1e1d7f6fc24d5ebf085328357 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/satoolsversion.m" @@ -0,0 +1,12 @@ +function [vnum, vdate] = satoolsversion +% Returns version string for SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% [vnum, vdate] = satoolsversion ; +% +% vnum = version number, as a string +% vdate = version date, as a string +% +vnum = '1.03' ; +vdate = '10/27/2002' ; diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/stillinger3Dpoints.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/stillinger3Dpoints.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..50d562e2d7254410def88e10e7ea833b8e941832 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/stillinger3Dpoints.m" @@ -0,0 +1,51 @@ +function [Cnew,overlapped] = stillinger3Dpoints(C,N,u) +% Stillinger 3D point cluster algorithm supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% Cnew = stillinger3Dpoints(C,N,u) ; +% +% C = N 3D points; C(1:N,1:3) +% N = number of points +% u = approximate optimal separation +% Cnew = perturbed copy of C +% overlapped = equals 1 if C contained points separated by less than u, 0 otherwise +% +% If no overlapped points are found then the relative positions of the points +% will not change. +% +% Regardless of whether overlap is found, the centroid of the cluster will be +% computed and then all points will be linearly translated so that the centroid +% is at the origin. +% +overlapped = 0 ; +for j=1:N + p(j,1:3) = 0 ; + for i=1:(j-1) + s = C(j,1:3) - C(i,1:3) ; + d = norm(s) ; + if d < u + overlapped = 1 ; + dd = ((u - d) / 2)*(.9 + (rand*.2)) ; + p(j,1:3) = p(j,1:3) + ((dd/d)*s(1:3)) ; + end + end + for i=(j+1):N + s = C(j,1:3) - C(i,1:3) ; + d = norm(s) ; + if d < u + overlapped = 1 ; + dd = ((u - d) / 2)*(.9 + (rand*.2)) ; + p(j,1:3) = p(j,1:3) + ((dd/d)*s(1:3)) ; + end + end +end +b(1:3) = 0 ; +for j=1:N + Cnew(j,1:3) = C(j,1:3) + p(j,1:3) ; + b(1:3) = b(1:3) + Cnew(j,1:3) ; +end +b = (b/N) ; +for j=1:N + Cnew(j,1:3) = Cnew(j,1:3) - b(1:3) ; +end diff --git "a/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/szu.m" "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/szu.m" new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..d4742e07745ee1fa95e7d720b99aa47803c7d471 --- /dev/null +++ "b/matlab\346\225\260\345\255\246\345\273\272\346\250\241\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\347\256\227\346\263\225@\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\357\274\210\347\256\227\346\263\225\347\256\200\344\273\213+\347\274\226\347\250\213\346\212\200\345\267\247+\345\267\245\345\205\267\347\256\261+\345\272\224\347\224\250\345\244\247\345\205\250\357\274\211\357\274\210\345\220\253\346\272\220\344\273\243\347\240\201\357\274\211/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225/\351\201\227\344\274\240\351\200\200\347\201\253\347\256\227\346\263\225\345\267\245\345\205\267\347\256\261\357\274\210\344\272\214\357\274\211/szu.m" @@ -0,0 +1,19 @@ +function a = szu(dE,T,q) +% Szu-Hartley "fast annealing" acceptance method supplied with SA Tools. +% Copyright (c) 2002, by Richard Frost and Frost Concepts. +% See http://www.frostconcepts.com/software for information on SA Tools. +% +% a = szu(dE,T,q) ; +% +% dE = the difference in cost between a trial state and +% the current state: dE = Wtrial - W +% T = the current temperature +% q = (not used) any data required by the acceptrule +% a = 0 if trial is rejected, otherwise 1. +% +a = 0 ; +if T > 0 + if rand < (1 / (1 + exp(dE/T))) + a = 1 ; + end +end