scripts/run_cbct.sh

#!/usr/bin/env bash
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#  纯 CBCT 推理脚本 (无需 GT 标注) —— 从一批 CBCT 得到 3D 牙齿+根管重建
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#  流程: 一批 CBCT (DICOM 或 image_from_dicom.nii.gz)
#           -> image-only 预处理 (preprocess_cbct)
#           -> Stage1 自动定位 + Stage2 隐式重建 (infer, predicted 模式)
#           -> 可视化 / nifti
#  不做评测、不画 GT (没有真值)。
#
#  用法:      bash scripts/run_cbct.sh
#  强制重跑:   FORCE=1 bash scripts/run_cbct.sh
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set -e

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#  ↓↓↓ 只需改这几行 ↓↓↓
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# (1) 存放这批 CBCT 的文件夹。脚本递归找每个子文件夹的 image_from_dicom.nii.gz;
#     每个子文件夹当作一个 case,文件夹名=case 名 (需以数字开头,如 001、036-)。
#     ★ 换数据时改这里 ★
RAW_DIR="$HOME/autodl-tmp/toothcanal/data/raw/36-40"

# (2) 项目根目录 (含 configs/ 和 toothcanal/ 包)。一般不用改。
PROJECT_DIR="$HOME/autodl-tmp/toothcanal"

# (3) 用哪个配置。默认纯 CBCT 专用配置 (proc_dir/out_dir 独立,不覆盖带 GT 的数据)。
CFG="configs/cbct_only.yaml"

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#  ↑↑↑ 以上是需要改的;以下一般不用动 ↑↑↑
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cd "$PROJECT_DIR"

PROC=$(python -c "import yaml;print(yaml.safe_load(open('$CFG'))['paths']['proc_dir'])")
OUT=$(python -c "import yaml;print(yaml.safe_load(open('$CFG'))['paths']['out_dir'])")

if [[ ! -f "$CFG" || ! -f "toothcanal/infer.py" ]]; then
    echo "!! 找不到 $CFG 或 toothcanal/infer.py —— 你可能不在项目根目录 ($PROJECT_DIR)"
    exit 1
fi

mkdir -p "$OUT"
if [[ ! -f "$OUT/stage1.pt" || ! -f "$OUT/stage2.pt" ]]; then
    echo "[cbct] 拷贝 stage1.pt / stage2.pt 到 $OUT"
    cp "$PROJECT_DIR/outputs/stage1.pt" "$PROJECT_DIR/outputs/stage2.pt" "$OUT/"
fi

FORCE_FLAG=""
if [[ "${FORCE:-0}" == "1" ]]; then
    echo "[cbct] FORCE=1 -> 清空 $PROC 与 $OUT/meshes $OUT/viz $OUT/nifti"
    rm -rf "$PROC" "$OUT/meshes" "$OUT/viz" "$OUT/nifti" "$OUT/nifti.zip"
    FORCE_FLAG="--force"
fi
mkdir -p "$PROC"

echo "[1/3] image-only 预处理  (扫描: $RAW_DIR)"
python -m toothcanal.preprocess_cbct --config "$CFG" --raw "$RAW_DIR" $FORCE_FLAG

python - << PYEOF
import numpy as np, glob, os
fs = sorted(glob.glob(os.path.join("$PROC", "*.npz")))
print(f"[check] {len(fs)} 个 image-only npz:")
for p in fs:
    d = np.load(p); print("   ", os.path.basename(p), "shape", tuple(d["image"].shape), "n_instances", int(d["n_instances"]))
if not fs:
    raise SystemExit("!! 没生成 npz —— 检查 RAW_DIR 里是否有 image_from_dicom.nii.gz,或文件夹名是否以数字开头")
PYEOF

echo "[2/3] 预测重建 (predicted 模式, 纯 CBCT 驱动)"
python -m toothcanal.infer --config "$CFG"

echo "[3/3] 可视化 (只出 _pred, 无 GT 对比图)"
python -m toothcanal.visualize --config "$CFG" --all
# 需要体素标签 (ITK-SNAP 查看) 就取消下一行注释:
# python -m toothcanal.export_nifti --config "$CFG"

echo ""
echo "==================== 完成 ===================="
echo " 网格:   $OUT/meshes/*.stl        (牙 *_tooth.stl / 根管 *_canal.stl)"
echo " 可视化: $OUT/viz/*_pred.png|.glb"
echo " 说明:   纯 CBCT 推理,无 GT,故无指标 / 无 compare 对比图"
echo "==============================================="