Add files using upload-large-folder tool

xenium_skin_mixed/sample15/log/Abca1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Abca1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	650	0.845266	0.000060	100	false	10	0.007815	0.000298
+1	680	650	0.740073	0.000226	100	false	10	0.000655	0.000314
+2	5552	650	0.871948	0.000859	100	false	10	0.020288	0.001294
+3	3231	650	0.750757	0.000809	100	false	10	0.000961	0.000879
+4	87	650	0.600909	0.000043	100	false	10	0.001950	0.000075
+5	96	650	0.906368	0.000121	100	false	10	0.000415	0.000146
+6	1210	650	0.838396	0.003480	100	false	10	0.007375	0.004373
+7	3	650	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	650	0.967374	0.001552	100	false	10	0.001948	0.001645
+9	332	650	0.790920	0.000153	100	false	10	0.002670	0.000644
+10	82	650	0.506783	0.000049	100	false	10	0.007007	0.001602
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.007815
+0	1	0.006418
+0	2	0.005036
+0	3	0.003713
+0	4	0.002516
+0	5	0.001524
+0	6	0.000803
+0	7	0.000384
+0	8	0.000239
+0	9	0.000298
+1	0	0.000655
+1	1	0.000542
+1	2	0.000460
+1	3	0.000403
+1	4	0.000367
+1	5	0.000344
+1	6	0.000331
+1	7	0.000323
+1	8	0.000318
+1	9	0.000314
+2	0	0.020288
+2	1	0.016180
+2	2	0.012502
+2	3	0.009310
+2	4	0.006664
+2	5	0.004606
+2	6	0.003118
+2	7	0.002120
+2	8	0.001538
+2	9	0.001294
+3	0	0.000961
+3	1	0.000946
+3	2	0.000937
+3	3	0.000927
+3	4	0.000917
+3	5	0.000908
+3	6	0.000900
+3	7	0.000893
+3	8	0.000886
+3	9	0.000879
+4	0	0.001950
+4	1	0.001647
+4	2	0.001354
+4	3	0.001075
+4	4	0.000815
+4	5	0.000580
+4	6	0.000381
+4	7	0.000226
+4	8	0.000123
+4	9	0.000075
+5	0	0.000415
+5	1	0.000353
+5	2	0.000298
+5	3	0.000252
+5	4	0.000215
+5	5	0.000186
+5	6	0.000166
+5	7	0.000154
+5	8	0.000147
+5	9	0.000146
+6	0	0.007375
+6	1	0.006009
+6	2	0.005524
+6	3	0.005453
+6	4	0.005411
+6	5	0.005260
+6	6	0.005019
+6	7	0.004755
+6	8	0.004528
+6	9	0.004373
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.001948
+8	1	0.001824
+8	2	0.001752
+8	3	0.001714
+8	4	0.001693
+8	5	0.001681
+8	6	0.001673
+8	7	0.001667
+8	8	0.001658
+8	9	0.001645
+9	0	0.002670
+9	1	0.002021
+9	2	0.001403
+9	3	0.000870
+9	4	0.000492
+9	5	0.000319
+9	6	0.000335
+9	7	0.000452
+9	8	0.000573
+9	9	0.000644
+10	0	0.007007
+10	1	0.006523
+10	2	0.006011
+10	3	0.005466
+10	4	0.004888
+10	5	0.004275
+10	6	0.003630
+10	7	0.002958
+10	8	0.002274
+10	9	0.001602

xenium_skin_mixed/sample15/log/Abca8a.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Abca8a
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	626	0.587711	0.000023	100	false	10	0.000039	0.000030
+1	680	626	0.570432	0.000127	100	false	10	0.000282	0.000174
+2	5552	626	0.480238	0.000042	100	false	10	0.000889	0.000263
+3	3231	626	0.805855	0.003813	100	false	10	0.005771	0.004219
+4	87	626	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+5	96	626	0.968785	0.000769	100	false	10	0.001405	0.000889
+6	1210	626	0.328909	0.000233	100	false	10	0.000259	0.000235
+7	3	626	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	626	0.886397	0.001188	100	false	10	0.007511	0.001748
+9	332	626	0.955129	0.007227	100	false	10	0.010605	0.006826
+10	82	626	0.400680	0.000002	100	false	10	0.000007	0.000005
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000039
+0	1	0.000038
+0	2	0.000037
+0	3	0.000035
+0	4	0.000034
+0	5	0.000033
+0	6	0.000032
+0	7	0.000031
+0	8	0.000031
+0	9	0.000030
+1	0	0.000282
+1	1	0.000205
+1	2	0.000181
+1	3	0.000199
+1	4	0.000208
+1	5	0.000196
+1	6	0.000180
+1	7	0.000171
+1	8	0.000171
+1	9	0.000174
+2	0	0.000889
+2	1	0.000795
+2	2	0.000708
+2	3	0.000627
+2	4	0.000553
+2	5	0.000484
+2	6	0.000421
+2	7	0.000363
+2	8	0.000311
+2	9	0.000263
+3	0	0.005771
+3	1	0.005383
+3	2	0.005172
+3	3	0.004990
+3	4	0.004801
+3	5	0.004628
+3	6	0.004491
+3	7	0.004388
+3	8	0.004303
+3	9	0.004219
+4	0	0.000000
+4	1	0.000000
+4	2	0.000000
+4	3	0.000000
+4	4	0.000000
+4	5	0.000000
+4	6	0.000000
+4	7	0.000000
+4	8	0.000000
+4	9	0.000000
+5	0	0.001405
+5	1	0.001267
+5	2	0.001174
+5	3	0.001111
+5	4	0.001064
+5	5	0.001023
+5	6	0.000983
+5	7	0.000947
+5	8	0.000916
+5	9	0.000889
+6	0	0.000259
+6	1	0.000253
+6	2	0.000248
+6	3	0.000244
+6	4	0.000241
+6	5	0.000239
+6	6	0.000237
+6	7	0.000236
+6	8	0.000236
+6	9	0.000235
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.007511
+8	1	0.005738
+8	2	0.004211
+8	3	0.003077
+8	4	0.002386
+8	5	0.002041
+8	6	0.001891
+8	7	0.001826
+8	8	0.001786
+8	9	0.001748
+9	0	0.010605
+9	1	0.010027
+9	2	0.009526
+9	3	0.008909
+9	4	0.008433
+9	5	0.008088
+9	6	0.007745
+9	7	0.007387
+9	8	0.007069
+9	9	0.006826
+10	0	0.000007
+10	1	0.000007
+10	2	0.000006
+10	3	0.000006
+10	4	0.000006
+10	5	0.000005
+10	6	0.000005
+10	7	0.000005
+10	8	0.000005
+10	9	0.000005

xenium_skin_mixed/sample15/log/Abhd5.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Abhd5
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	613	0.711020	0.000015	100	false	10	0.000032	0.000017
+1	680	613	0.488681	0.000155	100	false	10	0.001315	0.000226
+2	5552	613	0.916983	0.000263	100	false	10	0.001319	0.000552
+3	3231	613	0.631945	0.000075	100	false	10	0.000163	0.000084
+4	87	613	0.775619	0.000034	100	false	10	0.000288	0.000067
+5	96	613	0.898852	0.000021	100	false	10	0.000025	0.000024
+6	1210	613	0.438563	0.000055	100	false	10	0.000058	0.000056
+7	3	613	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	613	0.960218	0.000097	100	false	10	0.000353	0.000113
+9	332	613	0.809806	0.000032	100	false	10	0.000048	0.000039
+10	82	613	0.823181	0.000004	100	false	10	0.000142	0.000032
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000032
+0	1	0.000021
+0	2	0.000018
+0	3	0.000018
+0	4	0.000020
+0	5	0.000021
+0	6	0.000021
+0	7	0.000019
+0	8	0.000018
+0	9	0.000017
+1	0	0.001315
+1	1	0.001117
+1	2	0.000917
+1	3	0.000723
+1	4	0.000545
+1	5	0.000399
+1	6	0.000295
+1	7	0.000236
+1	8	0.000217
+1	9	0.000226
+2	0	0.001319
+2	1	0.000862
+2	2	0.000581
+2	3	0.000466
+2	4	0.000477
+2	5	0.000547
+2	6	0.000609
+2	7	0.000629
+2	8	0.000604
+2	9	0.000552
+3	0	0.000163
+3	1	0.000144
+3	2	0.000127
+3	3	0.000112
+3	4	0.000100
+3	5	0.000091
+3	6	0.000085
+3	7	0.000083
+3	8	0.000082
+3	9	0.000084
+4	0	0.000288
+4	1	0.000146
+4	2	0.000068
+4	3	0.000045
+4	4	0.000060
+4	5	0.000084
+4	6	0.000097
+4	7	0.000094
+4	8	0.000082
+4	9	0.000067
+5	0	0.000025
+5	1	0.000025
+5	2	0.000025
+5	3	0.000025
+5	4	0.000024
+5	5	0.000024
+5	6	0.000024
+5	7	0.000024
+5	8	0.000024
+5	9	0.000024
+6	0	0.000058
+6	1	0.000058
+6	2	0.000057
+6	3	0.000057
+6	4	0.000057
+6	5	0.000057
+6	6	0.000057
+6	7	0.000057
+6	8	0.000056
+6	9	0.000056
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000353
+8	1	0.000289
+8	2	0.000238
+8	3	0.000198
+8	4	0.000168
+8	5	0.000146
+8	6	0.000131
+8	7	0.000121
+8	8	0.000116
+8	9	0.000113
+9	0	0.000048
+9	1	0.000044
+9	2	0.000041
+9	3	0.000039
+9	4	0.000039
+9	5	0.000039
+9	6	0.000040
+9	7	0.000040
+9	8	0.000040
+9	9	0.000039
+10	0	0.000142
+10	1	0.000091
+10	2	0.000051
+10	3	0.000025
+10	4	0.000012
+10	5	0.000012
+10	6	0.000018
+10	7	0.000025
+10	8	0.000030
+10	9	0.000032

xenium_skin_mixed/sample15/log/Abraxas2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Abraxas2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	630	0.588034	0.000043	100	false	10	0.000239	0.000079
+1	680	630	0.486861	0.000031	100	false	10	0.000163	0.000055
+2	5552	630	0.499510	0.000055	100	false	10	0.000063	0.000060
+3	3231	630	0.528128	0.000048	100	false	10	0.000053	0.000050
+4	87	630	0.369152	0.000035	100	false	10	0.001238	0.000248
+5	96	630	0.876298	0.000026	100	false	10	0.000116	0.000033
+6	1210	630	0.175128	0.000072	100	false	10	0.000579	0.000332
+7	3	630	0.190790	0.000009	100	false	10	0.002705	0.000444
+8	448	630	0.356365	0.000041	100	false	10	0.000051	0.000046
+9	332	630	0.722781	0.000026	100	false	10	0.000032	0.000029
+10	82	630	0.694541	0.000015	100	false	10	0.001375	0.000225
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000239
+0	1	0.000176
+0	2	0.000127
+0	3	0.000092
+0	4	0.000070
+0	5	0.000059
+0	6	0.000059
+0	7	0.000065
+0	8	0.000072
+0	9	0.000079
+1	0	0.000163
+1	1	0.000125
+1	2	0.000090
+1	3	0.000062
+1	4	0.000044
+1	5	0.000038
+1	6	0.000040
+1	7	0.000045
+1	8	0.000051
+1	9	0.000055
+2	0	0.000063
+2	1	0.000061
+2	2	0.000061
+2	3	0.000061
+2	4	0.000061
+2	5	0.000061
+2	6	0.000061
+2	7	0.000061
+2	8	0.000060
+2	9	0.000060
+3	0	0.000053
+3	1	0.000053
+3	2	0.000052
+3	3	0.000052
+3	4	0.000051
+3	5	0.000051
+3	6	0.000051
+3	7	0.000050
+3	8	0.000050
+3	9	0.000050
+4	0	0.001238
+4	1	0.000756
+4	2	0.000385
+4	3	0.000149
+4	4	0.000047
+4	5	0.000049
+4	6	0.000106
+4	7	0.000175
+4	8	0.000225
+4	9	0.000248
+5	0	0.000116
+5	1	0.000096
+5	2	0.000078
+5	3	0.000064
+5	4	0.000053
+5	5	0.000045
+5	6	0.000039
+5	7	0.000036
+5	8	0.000034
+5	9	0.000033
+6	0	0.000579
+6	1	0.000552
+6	2	0.000526
+6	3	0.000499
+6	4	0.000472
+6	5	0.000445
+6	6	0.000417
+6	7	0.000389
+6	8	0.000361
+6	9	0.000332
+7	0	0.002705
+7	1	0.002407
+7	2	0.002035
+7	3	0.001578
+7	4	0.001071
+7	5	0.000592
+7	6	0.000270
+7	7	0.000197
+7	8	0.000306
+7	9	0.000444
+8	0	0.000051
+8	1	0.000050
+8	2	0.000049
+8	3	0.000049
+8	4	0.000048
+8	5	0.000048
+8	6	0.000047
+8	7	0.000047
+8	8	0.000046
+8	9	0.000046
+9	0	0.000032
+9	1	0.000031
+9	2	0.000030
+9	3	0.000030
+9	4	0.000029
+9	5	0.000029
+9	6	0.000029
+9	7	0.000029
+9	8	0.000029
+9	9	0.000029
+10	0	0.001375
+10	1	0.000527
+10	2	0.000265
+10	3	0.000489
+10	4	0.000601
+10	5	0.000480
+10	6	0.000289
+10	7	0.000172
+10	8	0.000168
+10	9	0.000225

xenium_skin_mixed/sample15/log/Acaa2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Acaa2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	637	0.599327	0.000045	100	false	10	0.000111	0.000063
+1	680	637	0.560080	0.000118	100	false	10	0.001834	0.000454
+2	5552	637	0.825156	0.000677	100	false	10	0.003006	0.001510
+3	3231	637	0.701573	0.000173	100	false	10	0.000194	0.000170
+4	87	637	0.000000	0.000039	100	false	10	0.004012	0.000208
+5	96	637	0.925036	0.000047	100	false	10	0.000058	0.000049
+6	1210	637	0.652578	0.000127	100	false	10	0.000374	0.000164
+7	3	637	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	637	0.873475	0.000121	100	false	10	0.000556	0.000174
+9	332	637	0.805948	0.000163	100	false	10	0.000410	0.000222
+10	82	637	0.418455	0.000021	100	false	10	0.000551	0.000122
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000111
+0	1	0.000090
+0	2	0.000103
+0	3	0.000076
+0	4	0.000066
+0	5	0.000077
+0	6	0.000079
+0	7	0.000068
+0	8	0.000060
+0	9	0.000063
+1	0	0.001834
+1	1	0.001286
+1	2	0.000788
+1	3	0.000412
+1	4	0.000235
+1	5	0.000273
+1	6	0.000414
+1	7	0.000515
+1	8	0.000522
+1	9	0.000454
+2	0	0.003006
+2	1	0.002791
+2	2	0.002612
+2	3	0.002442
+2	4	0.002270
+2	5	0.002097
+2	6	0.001931
+2	7	0.001776
+2	8	0.001636
+2	9	0.001510
+3	0	0.000194
+3	1	0.000181
+3	2	0.000178
+3	3	0.000178
+3	4	0.000177
+3	5	0.000175
+3	6	0.000172
+3	7	0.000170
+3	8	0.000170
+3	9	0.000170
+4	0	0.004012
+4	1	0.003653
+4	2	0.003257
+4	3	0.002824
+4	4	0.002359
+4	5	0.001871
+4	6	0.001377
+4	7	0.000905
+4	8	0.000497
+4	9	0.000208
+5	0	0.000058
+5	1	0.000056
+5	2	0.000055
+5	3	0.000054
+5	4	0.000053
+5	5	0.000052
+5	6	0.000052
+5	7	0.000051
+5	8	0.000050
+5	9	0.000049
+6	0	0.000374
+6	1	0.000289
+6	2	0.000224
+6	3	0.000180
+6	4	0.000154
+6	5	0.000143
+6	6	0.000143
+6	7	0.000149
+6	8	0.000157
+6	9	0.000164
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000556
+8	1	0.000411
+8	2	0.000325
+8	3	0.000272
+8	4	0.000231
+8	5	0.000197
+8	6	0.000173
+8	7	0.000164
+8	8	0.000166
+8	9	0.000174
+9	0	0.000410
+9	1	0.000377
+9	2	0.000345
+9	3	0.000315
+9	4	0.000289
+9	5	0.000267
+9	6	0.000251
+9	7	0.000238
+9	8	0.000229
+9	9	0.000222
+10	0	0.000551
+10	1	0.000166
+10	2	0.000131
+10	3	0.000241
+10	4	0.000259
+10	5	0.000194
+10	6	0.000115
+10	7	0.000076
+10	8	0.000089
+10	9	0.000122

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ace2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ace2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	633	0.862834	0.000000	100	false	10	0.000001	0.000000
+1	680	633	0.199376	0.000001	100	false	10	0.000001	0.000001
+2	5552	633	0.948385	0.000254	100	false	10	0.001053	0.000381
+3	3231	633	0.442953	0.000005	100	false	10	0.000009	0.000007
+4	87	633	0.257646	0.000041	100	false	10	0.000497	0.000145
+5	96	633	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+6	1210	633	0.335355	0.000000	100	false	10	0.000000	0.000000
+7	3	633	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	633	0.355314	0.000007	100	false	10	0.000007	0.000007
+9	332	633	0.914931	0.000015	100	false	10	0.000022	0.000018
+10	82	633	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000001
+0	1	0.000001
+0	2	0.000000
+0	3	0.000000
+0	4	0.000000
+0	5	0.000000
+0	6	0.000000
+0	7	0.000000
+0	8	0.000000
+0	9	0.000000
+1	0	0.000001
+1	1	0.000001
+1	2	0.000001
+1	3	0.000001
+1	4	0.000001
+1	5	0.000001
+1	6	0.000001
+1	7	0.000001
+1	8	0.000001
+1	9	0.000001
+2	0	0.001053
+2	1	0.000908
+2	2	0.000775
+2	3	0.000657
+2	4	0.000558
+2	5	0.000482
+2	6	0.000430
+2	7	0.000399
+2	8	0.000386
+2	9	0.000381
+3	0	0.000009
+3	1	0.000008
+3	2	0.000008
+3	3	0.000008
+3	4	0.000007
+3	5	0.000007
+3	6	0.000007
+3	7	0.000007
+3	8	0.000007
+3	9	0.000007
+4	0	0.000497
+4	1	0.000346
+4	2	0.000214
+4	3	0.000117
+4	4	0.000070
+4	5	0.000071
+4	6	0.000099
+4	7	0.000129
+4	8	0.000145
+4	9	0.000145
+5	0	0.000000
+5	1	0.000000
+5	2	0.000000
+5	3	0.000000
+5	4	0.000000
+5	5	0.000000
+5	6	0.000000
+5	7	0.000000
+5	8	0.000000
+5	9	0.000000
+6	0	0.000000
+6	1	0.000000
+6	2	0.000000
+6	3	0.000000
+6	4	0.000000
+6	5	0.000000
+6	6	0.000000
+6	7	0.000000
+6	8	0.000000
+6	9	0.000000
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000007
+8	1	0.000007
+8	2	0.000007
+8	3	0.000007
+8	4	0.000007
+8	5	0.000007
+8	6	0.000007
+8	7	0.000007
+8	8	0.000007
+8	9	0.000007
+9	0	0.000022
+9	1	0.000021
+9	2	0.000020
+9	3	0.000020
+9	4	0.000019
+9	5	0.000019
+9	6	0.000019
+9	7	0.000018
+9	8	0.000018
+9	9	0.000018
+10	0	0.000000
+10	1	0.000000
+10	2	0.000000
+10	3	0.000000
+10	4	0.000000
+10	5	0.000000
+10	6	0.000000
+10	7	0.000000
+10	8	0.000000
+10	9	0.000000

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ackr3.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ackr3
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	609	0.822847	0.000034	100	false	10	0.000230	0.000074
+1	680	609	0.900798	0.000882	100	false	10	0.001873	0.001033
+2	5552	609	0.823933	0.000140	100	false	10	0.000587	0.000222
+3	3231	609	0.679525	0.003234	100	false	10	0.010477	0.004167
+4	87	609	0.518388	0.000026	100	false	10	0.000043	0.000029
+5	96	609	0.936668	0.000027	100	false	10	0.000146	0.000071
+6	1210	609	0.540093	0.000107	100	false	10	0.000150	0.000124
+7	3	609	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	609	0.841837	0.000100	100	false	10	0.000217	0.000114
+9	332	609	0.906983	0.000371	100	false	10	0.001727	0.000617
+10	82	609	0.646839	0.000014	100	false	10	0.000161	0.000031
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000230
+0	1	0.000080
+0	2	0.000083
+0	3	0.000126
+0	4	0.000120
+0	5	0.000086
+0	6	0.000058
+0	7	0.000052
+0	8	0.000063
+0	9	0.000074
+1	0	0.001873
+1	1	0.001635
+1	2	0.001538
+1	3	0.001449
+1	4	0.001344
+1	5	0.001243
+1	6	0.001166
+1	7	0.001114
+1	8	0.001073
+1	9	0.001033
+2	0	0.000587
+2	1	0.000437
+2	2	0.000317
+2	3	0.000233
+2	4	0.000184
+2	5	0.000168
+2	6	0.000176
+2	7	0.000194
+2	8	0.000211
+2	9	0.000222
+3	0	0.010477
+3	1	0.008703
+3	2	0.007194
+3	3	0.005969
+3	4	0.005037
+3	5	0.004400
+3	6	0.004043
+3	7	0.003933
+3	8	0.004004
+3	9	0.004167
+4	0	0.000043
+4	1	0.000032
+4	2	0.000036
+4	3	0.000035
+4	4	0.000031
+4	5	0.000029
+4	6	0.000029
+4	7	0.000030
+4	8	0.000030
+4	9	0.000029
+5	0	0.000146
+5	1	0.000116
+5	2	0.000098
+5	3	0.000090
+5	4	0.000088
+5	5	0.000088
+5	6	0.000086
+5	7	0.000083
+5	8	0.000077
+5	9	0.000071
+6	0	0.000150
+6	1	0.000141
+6	2	0.000133
+6	3	0.000128
+6	4	0.000125
+6	5	0.000124
+6	6	0.000124
+6	7	0.000124
+6	8	0.000124
+6	9	0.000124
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000217
+8	1	0.000174
+8	2	0.000142
+8	3	0.000120
+8	4	0.000108
+8	5	0.000103
+8	6	0.000103
+8	7	0.000107
+8	8	0.000111
+8	9	0.000114
+9	0	0.001727
+9	1	0.001427
+9	2	0.001189
+9	3	0.001016
+9	4	0.000896
+9	5	0.000815
+9	6	0.000759
+9	7	0.000713
+9	8	0.000667
+9	9	0.000617
+10	0	0.000161
+10	1	0.000102
+10	2	0.000061
+10	3	0.000036
+10	4	0.000024
+10	5	0.000021
+10	6	0.000022
+10	7	0.000025
+10	8	0.000028
+10	9	0.000031

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ackr4.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ackr4
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	611	0.611542	0.000004	100	false	10	0.000051	0.000008
+1	680	611	0.757949	0.000013	100	false	10	0.000179	0.000026
+2	5552	611	0.867916	0.000789	100	false	10	0.002373	0.001176
+3	3231	611	0.735575	0.000477	100	false	10	0.000556	0.000496
+4	87	611	0.781492	0.000037	100	false	10	0.000482	0.000087
+5	96	611	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+6	1210	611	0.752457	0.000009	100	false	10	0.000100	0.000013
+7	3	611	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	611	0.451475	0.000002	100	false	10	0.000004	0.000004
+9	332	611	0.540314	0.000004	100	false	10	0.000013	0.000007
+10	82	611	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000051
+0	1	0.000035
+0	2	0.000023
+0	3	0.000014
+0	4	0.000008
+0	5	0.000005
+0	6	0.000004
+0	7	0.000005
+0	8	0.000006
+0	9	0.000008
+1	0	0.000179
+1	1	0.000144
+1	2	0.000113
+1	3	0.000086
+1	4	0.000064
+1	5	0.000047
+1	6	0.000036
+1	7	0.000029
+1	8	0.000026
+1	9	0.000026
+2	0	0.002373
+2	1	0.001453
+2	2	0.001183
+2	3	0.001397
+2	4	0.001571
+2	5	0.001505
+2	6	0.001330
+2	7	0.001187
+2	8	0.001141
+2	9	0.001176
+3	0	0.000556
+3	1	0.000541
+3	2	0.000530
+3	3	0.000522
+3	4	0.000516
+3	5	0.000512
+3	6	0.000508
+3	7	0.000504
+3	8	0.000500
+3	9	0.000496
+4	0	0.000482
+4	1	0.000366
+4	2	0.000269
+4	3	0.000192
+4	4	0.000135
+4	5	0.000098
+4	6	0.000078
+4	7	0.000072
+4	8	0.000077
+4	9	0.000087
+5	0	0.000000
+5	1	0.000000
+5	2	0.000000
+5	3	0.000000
+5	4	0.000000
+5	5	0.000000
+5	6	0.000000
+5	7	0.000000
+5	8	0.000000
+5	9	0.000000
+6	0	0.000100
+6	1	0.000084
+6	2	0.000069
+6	3	0.000056
+6	4	0.000044
+6	5	0.000034
+6	6	0.000025
+6	7	0.000019
+6	8	0.000015
+6	9	0.000013
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000004
+8	1	0.000004
+8	2	0.000004
+8	3	0.000004
+8	4	0.000004
+8	5	0.000004
+8	6	0.000004
+8	7	0.000004
+8	8	0.000004
+8	9	0.000004
+9	0	0.000013
+9	1	0.000011
+9	2	0.000009
+9	3	0.000008
+9	4	0.000008
+9	5	0.000007
+9	6	0.000007
+9	7	0.000007
+9	8	0.000007
+9	9	0.000007
+10	0	0.000000
+10	1	0.000000
+10	2	0.000000
+10	3	0.000000
+10	4	0.000000
+10	5	0.000000
+10	6	0.000000
+10	7	0.000000
+10	8	0.000000
+10	9	0.000000

xenium_skin_mixed/sample15/log/Acsl1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Acsl1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	644	0.877694	0.000066	100	false	10	0.001936	0.000130
+1	680	644	0.763510	0.001563	100	false	10	0.017305	0.002852
+2	5552	644	0.974688	0.000307	100	false	10	0.001842	0.000566
+3	3231	644	0.376229	0.000537	100	false	10	0.000573	0.000553
+4	87	644	0.346271	0.000039	100	false	10	0.000153	0.000082
+5	96	644	0.928606	0.000811	100	false	10	0.002330	0.000919
+6	1210	644	0.349500	0.000751	100	false	10	0.000774	0.000750
+7	3	644	0.224818	0.000000	100	false	10	0.002794	0.000506
+8	448	644	0.982330	0.004168	100	false	10	0.012807	0.005852
+9	332	644	0.231977	0.000047	100	false	10	0.000247	0.000091
+10	82	644	0.647424	0.000016	100	false	10	0.000561	0.000085
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.001936
+0	1	0.001572
+0	2	0.001249
+0	3	0.000969
+0	4	0.000733
+0	5	0.000539
+0	6	0.000387
+0	7	0.000272
+0	8	0.000188
+0	9	0.000130
+1	0	0.017305
+1	1	0.015021
+1	2	0.012851
+1	3	0.010805
+1	4	0.008908
+1	5	0.007199
+1	6	0.005717
+1	7	0.004492
+1	8	0.003537
+1	9	0.002852
+2	0	0.001842
+2	1	0.001452
+2	2	0.001279
+2	3	0.001172
+2	4	0.001047
+2	5	0.000902
+2	6	0.000765
+2	7	0.000663
+2	8	0.000600
+2	9	0.000566
+3	0	0.000573
+3	1	0.000567
+3	2	0.000563
+3	3	0.000561
+3	4	0.000560
+3	5	0.000559
+3	6	0.000558
+3	7	0.000556
+3	8	0.000555
+3	9	0.000553
+4	0	0.000153
+4	1	0.000147
+4	2	0.000138
+4	3	0.000109
+4	4	0.000106
+4	5	0.000110
+4	6	0.000099
+4	7	0.000085
+4	8	0.000081
+4	9	0.000082
+5	0	0.002330
+5	1	0.001892
+5	2	0.001540
+5	3	0.001273
+5	4	0.001089
+5	5	0.000979
+5	6	0.000926
+5	7	0.000911
+5	8	0.000913
+5	9	0.000919
+6	0	0.000774
+6	1	0.000768
+6	2	0.000765
+6	3	0.000762
+6	4	0.000759
+6	5	0.000757
+6	6	0.000755
+6	7	0.000753
+6	8	0.000752
+6	9	0.000750
+7	0	0.002794
+7	1	0.002639
+7	2	0.002466
+7	3	0.002274
+7	4	0.002059
+7	5	0.001814
+7	6	0.001531
+7	7	0.001205
+7	8	0.000850
+7	9	0.000506
+8	0	0.012807
+8	1	0.009316
+8	2	0.006927
+8	3	0.005629
+8	4	0.005259
+8	5	0.005466
+8	6	0.005839
+8	7	0.006074
+8	8	0.006065
+8	9	0.005852
+9	0	0.000247
+9	1	0.000231
+9	2	0.000215
+9	3	0.000198
+9	4	0.000180
+9	5	0.000162
+9	6	0.000143
+9	7	0.000125
+9	8	0.000107
+9	9	0.000091
+10	0	0.000561
+10	1	0.000488
+10	2	0.000416
+10	3	0.000346
+10	4	0.000280
+10	5	0.000219
+10	6	0.000165
+10	7	0.000123
+10	8	0.000095
+10	9	0.000085

xenium_skin_mixed/sample15/log/Acvr1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Acvr1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	616	0.771902	0.000015	100	false	10	0.000508	0.000059
+1	680	616	0.383694	0.000037	100	false	10	0.000076	0.000044
+2	5552	616	0.658462	0.000058	100	false	10	0.000129	0.000078
+3	3231	616	0.755170	0.000061	100	false	10	0.000125	0.000075
+4	87	616	0.360259	0.000012	100	false	10	0.000014	0.000013
+5	96	616	0.705998	0.000009	100	false	10	0.000010	0.000010
+6	1210	616	0.313660	0.000025	100	false	10	0.000026	0.000026
+7	3	616	0.124892	0.000054	100	false	10	0.000404	0.000028
+8	448	616	0.779650	0.000033	100	false	10	0.000078	0.000044
+9	332	616	0.815064	0.000055	100	false	10	0.000523	0.000098
+10	82	616	0.141359	0.000005	100	false	10	0.000025	0.000012
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000508
+0	1	0.000415
+0	2	0.000327
+0	3	0.000246
+0	4	0.000173
+0	5	0.000114
+0	6	0.000071
+0	7	0.000048
+0	8	0.000045
+0	9	0.000059
+1	0	0.000076
+1	1	0.000069
+1	2	0.000064
+1	3	0.000059
+1	4	0.000054
+1	5	0.000051
+1	6	0.000048
+1	7	0.000046
+1	8	0.000044
+1	9	0.000044
+2	0	0.000129
+2	1	0.000115
+2	2	0.000104
+2	3	0.000095
+2	4	0.000088
+2	5	0.000083
+2	6	0.000079
+2	7	0.000078
+2	8	0.000077
+2	9	0.000078
+3	0	0.000125
+3	1	0.000117
+3	2	0.000109
+3	3	0.000101
+3	4	0.000095
+3	5	0.000089
+3	6	0.000084
+3	7	0.000080
+3	8	0.000077
+3	9	0.000075
+4	0	0.000014
+4	1	0.000014
+4	2	0.000014
+4	3	0.000014
+4	4	0.000014
+4	5	0.000014
+4	6	0.000013
+4	7	0.000013
+4	8	0.000013
+4	9	0.000013
+5	0	0.000010
+5	1	0.000010
+5	2	0.000010
+5	3	0.000010
+5	4	0.000010
+5	5	0.000010
+5	6	0.000010
+5	7	0.000010
+5	8	0.000010
+5	9	0.000010
+6	0	0.000026
+6	1	0.000026
+6	2	0.000026
+6	3	0.000026
+6	4	0.000026
+6	5	0.000026
+6	6	0.000026
+6	7	0.000026
+6	8	0.000026
+6	9	0.000026
+7	0	0.000404
+7	1	0.000223
+7	2	0.000086
+7	3	0.000028
+7	4	0.000051
+7	5	0.000091
+7	6	0.000103
+7	7	0.000087
+7	8	0.000056
+7	9	0.000028
+8	0	0.000078
+8	1	0.000074
+8	2	0.000071
+8	3	0.000067
+8	4	0.000063
+8	5	0.000059
+8	6	0.000055
+8	7	0.000052
+8	8	0.000048
+8	9	0.000044
+9	0	0.000523
+9	1	0.000415
+9	2	0.000324
+9	3	0.000250
+9	4	0.000194
+9	5	0.000154
+9	6	0.000126
+9	7	0.000109
+9	8	0.000100
+9	9	0.000098
+10	0	0.000025
+10	1	0.000024
+10	2	0.000022
+10	3	0.000020
+10	4	0.000018
+10	5	0.000017
+10	6	0.000015
+10	7	0.000014
+10	8	0.000013
+10	9	0.000012

xenium_skin_mixed/sample15/log/Adgre1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Adgre1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	629	0.926868	0.000392	100	false	10	0.030565	0.005738
+1	680	629	0.522197	0.000053	100	false	10	0.000093	0.000067
+2	5552	629	0.612572	0.000021	100	false	10	0.000682	0.000035
+3	3231	629	0.496713	0.000084	100	false	10	0.000126	0.000110
+4	87	629	0.511045	0.000219	100	false	10	0.000316	0.000212
+5	96	629	0.953604	0.000530	100	false	10	0.006403	0.001396
+6	1210	629	0.789870	0.003302	100	false	10	0.021172	0.004109
+7	3	629	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	629	0.604934	0.000032	100	false	10	0.000050	0.000039
+9	332	629	0.626227	0.000016	100	false	10	0.000027	0.000020
+10	82	629	0.627559	0.000160	100	false	10	0.001696	0.000339
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.030565
+0	1	0.023681
+0	2	0.017305
+0	3	0.011700
+0	4	0.007194
+0	5	0.004191
+0	6	0.002951
+0	7	0.003388
+0	8	0.004718
+0	9	0.005738
+1	0	0.000093
+1	1	0.000081
+1	2	0.000074
+1	3	0.000070
+1	4	0.000068
+1	5	0.000068
+1	6	0.000069
+1	7	0.000069
+1	8	0.000068
+1	9	0.000067
+2	0	0.000682
+2	1	0.000588
+2	2	0.000493
+2	3	0.000400
+2	4	0.000311
+2	5	0.000228
+2	6	0.000154
+2	7	0.000095
+2	8	0.000054
+2	9	0.000035
+3	0	0.000126
+3	1	0.000111
+3	2	0.000118
+3	3	0.000119
+3	4	0.000115
+3	5	0.000110
+3	6	0.000109
+3	7	0.000110
+3	8	0.000112
+3	9	0.000110
+4	0	0.000316
+4	1	0.000284
+4	2	0.000319
+4	3	0.000243
+4	4	0.000265
+4	5	0.000253
+4	6	0.000220
+4	7	0.000232
+4	8	0.000235
+4	9	0.000212
+5	0	0.006403
+5	1	0.004675
+5	2	0.003260
+5	3	0.002189
+5	4	0.001469
+5	5	0.001082
+5	6	0.000974
+5	7	0.001056
+5	8	0.001225
+5	9	0.001396
+6	0	0.021172
+6	1	0.017040
+6	2	0.013571
+6	3	0.010736
+6	4	0.008490
+6	5	0.006780
+6	6	0.005545
+6	7	0.004729
+6	8	0.004272
+6	9	0.004109
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000050
+8	1	0.000047
+8	2	0.000045
+8	3	0.000043
+8	4	0.000042
+8	5	0.000041
+8	6	0.000040
+8	7	0.000039
+8	8	0.000039
+8	9	0.000039
+9	0	0.000027
+9	1	0.000025
+9	2	0.000024
+9	3	0.000023
+9	4	0.000023
+9	5	0.000022
+9	6	0.000021
+9	7	0.000021
+9	8	0.000020
+9	9	0.000020
+10	0	0.001696
+10	1	0.000525
+10	2	0.000179
+10	3	0.000582
+10	4	0.000732
+10	5	0.000512
+10	6	0.000253
+10	7	0.000158
+10	8	0.000226
+10	9	0.000339

xenium_skin_mixed/sample15/log/Adipor1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Adipor1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	630	0.477743	0.000111	100	false	10	0.003143	0.000741
+1	680	630	0.764436	0.000333	100	false	10	0.000608	0.000421
+2	5552	630	0.675445	0.001175	100	false	10	0.001407	0.001260
+3	3231	630	0.703441	0.000173	100	false	10	0.000251	0.000205
+4	87	630	0.451908	0.000063	100	false	10	0.008919	0.001850
+5	96	630	0.813735	0.000246	100	false	10	0.000413	0.000279
+6	1210	630	0.523651	0.000343	100	false	10	0.000692	0.000367
+7	3	630	0.257261	0.000269	100	false	10	0.011093	0.004525
+8	448	630	0.660826	0.000100	100	false	10	0.000368	0.000134
+9	332	630	0.750560	0.000164	100	false	10	0.002116	0.000326
+10	82	630	0.431262	0.000075	100	false	10	0.017946	0.000856
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.003143
+0	1	0.002031
+0	2	0.001049
+0	3	0.000390
+0	4	0.000203
+0	5	0.000403
+0	6	0.000687
+0	7	0.000850
+0	8	0.000857
+0	9	0.000741
+1	0	0.000608
+1	1	0.000486
+1	2	0.000487
+1	3	0.000504
+1	4	0.000486
+1	5	0.000452
+1	6	0.000426
+1	7	0.000419
+1	8	0.000422
+1	9	0.000421
+2	0	0.001407
+2	1	0.001338
+2	2	0.001373
+2	3	0.001304
+2	4	0.001277
+2	5	0.001303
+2	6	0.001308
+2	7	0.001279
+2	8	0.001256
+2	9	0.001260
+3	0	0.000251
+3	1	0.000228
+3	2	0.000212
+3	3	0.000203
+3	4	0.000201
+3	5	0.000203
+3	6	0.000207
+3	7	0.000209
+3	8	0.000208
+3	9	0.000205
+4	0	0.008919
+4	1	0.005599
+4	2	0.002707
+4	3	0.000766
+4	4	0.000092
+4	5	0.000421
+4	6	0.001087
+4	7	0.001617
+4	8	0.001866
+4	9	0.001850
+5	0	0.000413
+5	1	0.000351
+5	2	0.000306
+5	3	0.000278
+5	4	0.000266
+5	5	0.000267
+5	6	0.000275
+5	7	0.000282
+5	8	0.000283
+5	9	0.000279
+6	0	0.000692
+6	1	0.000533
+6	2	0.000452
+6	3	0.000444
+6	4	0.000464
+6	5	0.000461
+6	6	0.000431
+6	7	0.000396
+6	8	0.000372
+6	9	0.000367
+7	0	0.011093
+7	1	0.010404
+7	2	0.009727
+7	3	0.009058
+7	4	0.008392
+7	5	0.007723
+7	6	0.007027
+7	7	0.006278
+7	8	0.005455
+7	9	0.004525
+8	0	0.000368
+8	1	0.000337
+8	2	0.000306
+8	3	0.000276
+8	4	0.000245
+8	5	0.000216
+8	6	0.000188
+8	7	0.000164
+8	8	0.000146
+8	9	0.000134
+9	0	0.002116
+9	1	0.001638
+9	2	0.001266
+9	3	0.000973
+9	4	0.000737
+9	5	0.000549
+9	6	0.000408
+9	7	0.000318
+9	8	0.000290
+9	9	0.000326
+10	0	0.017946
+10	1	0.015558
+10	2	0.013123
+10	3	0.010631
+10	4	0.008086
+10	5	0.005558
+10	6	0.003225
+10	7	0.001411
+10	8	0.000555
+10	9	0.000856

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ago2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ago2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	642	0.753830	0.000065	100	false	10	0.000452	0.000149
+1	680	642	0.335865	0.000053	100	false	10	0.000132	0.000057
+2	5552	642	0.727474	0.000087	100	false	10	0.000205	0.000110
+3	3231	642	0.704609	0.000047	100	false	10	0.000048	0.000048
+4	87	642	0.267967	0.000045	100	false	10	0.001224	0.000317
+5	96	642	0.953158	0.000211	100	false	10	0.000614	0.000291
+6	1210	642	0.573463	0.000055	100	false	10	0.000213	0.000088
+7	3	642	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	642	0.690362	0.000040	100	false	10	0.000052	0.000047
+9	332	642	0.735840	0.000030	100	false	10	0.000045	0.000037
+10	82	642	0.606290	0.000031	100	false	10	0.007537	0.001659
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000452
+0	1	0.000314
+0	2	0.000223
+0	3	0.000182
+0	4	0.000180
+0	5	0.000193
+0	6	0.000199
+0	7	0.000192
+0	8	0.000174
+0	9	0.000149
+1	0	0.000132
+1	1	0.000104
+1	2	0.000083
+1	3	0.000069
+1	4	0.000061
+1	5	0.000057
+1	6	0.000055
+1	7	0.000055
+1	8	0.000056
+1	9	0.000057
+2	0	0.000205
+2	1	0.000164
+2	2	0.000133
+2	3	0.000113
+2	4	0.000102
+2	5	0.000099
+2	6	0.000100
+2	7	0.000104
+2	8	0.000107
+2	9	0.000110
+3	0	0.000048
+3	1	0.000048
+3	2	0.000048
+3	3	0.000048
+3	4	0.000048
+3	5	0.000048
+3	6	0.000048
+3	7	0.000048
+3	8	0.000048
+3	9	0.000048
+4	0	0.001224
+4	1	0.000717
+4	2	0.000356
+4	3	0.000158
+4	4	0.000104
+4	5	0.000140
+4	6	0.000209
+4	7	0.000271
+4	8	0.000308
+4	9	0.000317
+5	0	0.000614
+5	1	0.000473
+5	2	0.000371
+5	3	0.000307
+5	4	0.000274
+5	5	0.000264
+5	6	0.000269
+5	7	0.000280
+5	8	0.000288
+5	9	0.000291
+6	0	0.000213
+6	1	0.000158
+6	2	0.000116
+6	3	0.000089
+6	4	0.000078
+6	5	0.000078
+6	6	0.000084
+6	7	0.000090
+6	8	0.000091
+6	9	0.000088
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000052
+8	1	0.000051
+8	2	0.000050
+8	3	0.000049
+8	4	0.000048
+8	5	0.000048
+8	6	0.000048
+8	7	0.000047
+8	8	0.000047
+8	9	0.000047
+9	0	0.000045
+9	1	0.000044
+9	2	0.000043
+9	3	0.000042
+9	4	0.000041
+9	5	0.000040
+9	6	0.000039
+9	7	0.000038
+9	8	0.000038
+9	9	0.000037
+10	0	0.007537
+10	1	0.005184
+10	2	0.002959
+10	3	0.001202
+10	4	0.000319
+10	5	0.000401
+10	6	0.000989
+10	7	0.001505
+10	8	0.001725
+10	9	0.001659

xenium_skin_mixed/sample15/log/Agrn.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Agrn
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	643	0.848699	0.000010	100	false	10	0.000068	0.000014
+1	680	643	0.843452	0.000076	100	false	10	0.000101	0.000086
+2	5552	643	0.929960	0.000445	100	false	10	0.001052	0.000720
+3	3231	643	0.705792	0.000032	100	false	10	0.000180	0.000083
+4	87	643	0.270515	0.000019	100	false	10	0.000082	0.000032
+5	96	643	0.685528	0.000061	100	false	10	0.000144	0.000097
+6	1210	643	0.326695	0.000008	100	false	10	0.000022	0.000015
+7	3	643	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	643	0.506872	0.000037	100	false	10	0.000088	0.000047
+9	332	643	0.907734	0.000169	100	false	10	0.000592	0.000187
+10	82	643	0.290742	0.000008	100	false	10	0.000008	0.000008
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000068
+0	1	0.000057
+0	2	0.000048
+0	3	0.000039
+0	4	0.000032
+0	5	0.000026
+0	6	0.000021
+0	7	0.000018
+0	8	0.000016
+0	9	0.000014
+1	0	0.000101
+1	1	0.000096
+1	2	0.000096
+1	3	0.000094
+1	4	0.000092
+1	5	0.000089
+1	6	0.000088
+1	7	0.000087
+1	8	0.000087
+1	9	0.000086
+2	0	0.001052
+2	1	0.001014
+2	2	0.000927
+2	3	0.000903
+2	4	0.000866
+2	5	0.000823
+2	6	0.000799
+2	7	0.000779
+2	8	0.000749
+2	9	0.000720
+3	0	0.000180
+3	1	0.000167
+3	2	0.000154
+3	3	0.000142
+3	4	0.000131
+3	5	0.000120
+3	6	0.000110
+3	7	0.000100
+3	8	0.000091
+3	9	0.000083
+4	0	0.000082
+4	1	0.000038
+4	2	0.000037
+4	3	0.000048
+4	4	0.000050
+4	5	0.000042
+4	6	0.000034
+4	7	0.000029
+4	8	0.000029
+4	9	0.000032
+5	0	0.000144
+5	1	0.000133
+5	2	0.000124
+5	3	0.000117
+5	4	0.000110
+5	5	0.000105
+5	6	0.000101
+5	7	0.000099
+5	8	0.000097
+5	9	0.000097
+6	0	0.000022
+6	1	0.000021
+6	2	0.000020
+6	3	0.000019
+6	4	0.000018
+6	5	0.000017
+6	6	0.000017
+6	7	0.000016
+6	8	0.000015
+6	9	0.000015
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000088
+8	1	0.000081
+8	2	0.000074
+8	3	0.000068
+8	4	0.000063
+8	5	0.000058
+8	6	0.000054
+8	7	0.000051
+8	8	0.000049
+8	9	0.000047
+9	0	0.000592
+9	1	0.000489
+9	2	0.000402
+9	3	0.000331
+9	4	0.000277
+9	5	0.000237
+9	6	0.000212
+9	7	0.000197
+9	8	0.000190
+9	9	0.000187
+10	0	0.000008
+10	1	0.000008
+10	2	0.000008
+10	3	0.000008
+10	4	0.000008
+10	5	0.000008
+10	6	0.000008
+10	7	0.000008
+10	8	0.000008
+10	9	0.000008

xenium_skin_mixed/sample15/log/Akap9.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Akap9
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	636	0.699932	0.000060	100	false	10	0.002463	0.000535
+1	680	636	0.356874	0.000067	100	false	10	0.000138	0.000072
+2	5552	636	0.739561	0.000131	100	false	10	0.000230	0.000152
+3	3231	636	0.698810	0.000100	100	false	10	0.000160	0.000112
+4	87	636	0.219009	0.000030	100	false	10	0.000581	0.000066
+5	96	636	0.674556	0.000065	100	false	10	0.000119	0.000079
+6	1210	636	0.334413	0.000072	100	false	10	0.000813	0.000103
+7	3	636	0.198804	0.000014	100	false	10	0.000304	0.000045
+8	448	636	0.544531	0.000087	100	false	10	0.000561	0.000110
+9	332	636	0.410216	0.000116	100	false	10	0.001367	0.000264
+10	82	636	0.217147	0.000070	100	false	10	0.000488	0.000118
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.002463
+0	1	0.001436
+0	2	0.000622
+0	3	0.000202
+0	4	0.000201
+0	5	0.000410
+0	6	0.000598
+0	7	0.000676
+0	8	0.000644
+0	9	0.000535
+1	0	0.000138
+1	1	0.000119
+1	2	0.000104
+1	3	0.000093
+1	4	0.000084
+1	5	0.000078
+1	6	0.000074
+1	7	0.000072
+1	8	0.000072
+1	9	0.000072
+2	0	0.000230
+2	1	0.000215
+2	2	0.000202
+2	3	0.000190
+2	4	0.000180
+2	5	0.000171
+2	6	0.000164
+2	7	0.000158
+2	8	0.000154
+2	9	0.000152
+3	0	0.000160
+3	1	0.000140
+3	2	0.000125
+3	3	0.000115
+3	4	0.000110
+3	5	0.000108
+3	6	0.000108
+3	7	0.000109
+3	8	0.000110
+3	9	0.000112
+4	0	0.000581
+4	1	0.000315
+4	2	0.000119
+4	3	0.000044
+4	4	0.000089
+4	5	0.000162
+4	6	0.000186
+4	7	0.000161
+4	8	0.000112
+4	9	0.000066
+5	0	0.000119
+5	1	0.000113
+5	2	0.000106
+5	3	0.000101
+5	4	0.000096
+5	5	0.000092
+5	6	0.000088
+5	7	0.000085
+5	8	0.000082
+5	9	0.000079
+6	0	0.000813
+6	1	0.000725
+6	2	0.000636
+6	3	0.000545
+6	4	0.000454
+6	5	0.000364
+6	6	0.000279
+6	7	0.000203
+6	8	0.000143
+6	9	0.000103
+7	0	0.000304
+7	1	0.000234
+7	2	0.000162
+7	3	0.000096
+7	4	0.000045
+7	5	0.000013
+7	6	0.000005
+7	7	0.000014
+7	8	0.000031
+7	9	0.000045
+8	0	0.000561
+8	1	0.000476
+8	2	0.000397
+8	3	0.000323
+8	4	0.000257
+8	5	0.000198
+8	6	0.000150
+8	7	0.000115
+8	8	0.000101
+8	9	0.000110
+9	0	0.001367
+9	1	0.000849
+9	2	0.000547
+9	3	0.000477
+9	4	0.000528
+9	5	0.000562
+9	6	0.000532
+9	7	0.000451
+9	8	0.000352
+9	9	0.000264
+10	0	0.000488
+10	1	0.000236
+10	2	0.000109
+10	3	0.000096
+10	4	0.000140
+10	5	0.000181
+10	6	0.000194
+10	7	0.000181
+10	8	0.000151
+10	9	0.000118

xenium_skin_mixed/sample15/log/Alox5.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Alox5
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	588	0.333787	0.000677	100	false	10	0.002745	0.000773
+1	680	588	0.288976	0.000004	100	false	10	0.000011	0.000006
+2	5552	588	0.777363	0.000036	100	false	10	0.000050	0.000043
+3	3231	588	0.295047	0.000058	100	false	10	0.000129	0.000076
+4	87	588	0.715728	0.000890	100	false	10	0.120863	0.022877
+5	96	588	0.862616	0.000563	100	false	10	0.001020	0.000588
+6	1210	588	0.676140	0.000478	100	false	10	0.000542	0.000486
+7	3	588	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	588	0.392070	0.000015	100	false	10	0.000015	0.000015
+9	332	588	0.333149	0.000001	100	false	10	0.000002	0.000002
+10	82	588	0.571234	0.000287	100	false	10	0.000663	0.000342
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.002745
+0	1	0.001428
+0	2	0.001019
+0	3	0.001184
+0	4	0.001392
+0	5	0.001431
+0	6	0.001313
+0	7	0.001114
+0	8	0.000911
+0	9	0.000773
+1	0	0.000011
+1	1	0.000010
+1	2	0.000009
+1	3	0.000009
+1	4	0.000008
+1	5	0.000008
+1	6	0.000007
+1	7	0.000007
+1	8	0.000006
+1	9	0.000006
+2	0	0.000050
+2	1	0.000049
+2	2	0.000048
+2	3	0.000047
+2	4	0.000046
+2	5	0.000045
+2	6	0.000044
+2	7	0.000044
+2	8	0.000043
+2	9	0.000043
+3	0	0.000129
+3	1	0.000107
+3	2	0.000088
+3	3	0.000074
+3	4	0.000066
+3	5	0.000066
+3	6	0.000070
+3	7	0.000075
+3	8	0.000077
+3	9	0.000076
+4	0	0.120863
+4	1	0.073568
+4	2	0.035037
+4	3	0.010283
+4	4	0.002256
+4	5	0.007864
+4	6	0.018009
+4	7	0.024947
+4	8	0.026289
+4	9	0.022877
+5	0	0.001020
+5	1	0.000918
+5	2	0.000834
+5	3	0.000765
+5	4	0.000711
+5	5	0.000667
+5	6	0.000634
+5	7	0.000611
+5	8	0.000596
+5	9	0.000588
+6	0	0.000542
+6	1	0.000528
+6	2	0.000516
+6	3	0.000507
+6	4	0.000501
+6	5	0.000496
+6	6	0.000493
+6	7	0.000490
+6	8	0.000488
+6	9	0.000486
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000015
+8	1	0.000015
+8	2	0.000015
+8	3	0.000015
+8	4	0.000015
+8	5	0.000015
+8	6	0.000015
+8	7	0.000015
+8	8	0.000015
+8	9	0.000015
+9	0	0.000002
+9	1	0.000002
+9	2	0.000002
+9	3	0.000002
+9	4	0.000002
+9	5	0.000002
+9	6	0.000002
+9	7	0.000002
+9	8	0.000002
+9	9	0.000002
+10	0	0.000663
+10	1	0.000467
+10	2	0.000369
+10	3	0.000345
+10	4	0.000357
+10	5	0.000376
+10	6	0.000385
+10	7	0.000380
+10	8	0.000364
+10	9	0.000342

xenium_skin_mixed/sample15/log/Amy2a5.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Amy2a5
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	608	0.243009	0.000039	100	false	10	0.001613	0.000360
+1	680	608	0.515620	0.000081	100	false	10	0.000460	0.000182
+2	5552	608	0.479919	0.000079	100	false	10	0.001552	0.000131
+3	3231	608	0.248773	0.000124	100	false	10	0.000159	0.000134
+4	87	608	0.430104	0.000022	100	false	10	0.001337	0.000148
+5	96	608	0.689426	0.000055	100	false	10	0.000167	0.000077
+6	1210	608	0.144599	0.000099	100	false	10	0.000855	0.000236
+7	3	608	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	608	0.620129	0.000080	100	false	10	0.000110	0.000094
+9	332	608	0.618387	0.000043	100	false	10	0.000068	0.000045
+10	82	608	0.279085	0.000015	100	false	10	0.000175	0.000022
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.001613
+0	1	0.001238
+0	2	0.000821
+0	3	0.000423
+0	4	0.000143
+0	5	0.000057
+0	6	0.000126
+0	7	0.000237
+0	8	0.000321
+0	9	0.000360
+1	0	0.000460
+1	1	0.000378
+1	2	0.000298
+1	3	0.000222
+1	4	0.000161
+1	5	0.000126
+1	6	0.000125
+1	7	0.000151
+1	8	0.000176
+1	9	0.000182
+2	0	0.001552
+2	1	0.001396
+2	2	0.001222
+2	3	0.001027
+2	4	0.000819
+2	5	0.000605
+2	6	0.000398
+2	7	0.000227
+2	8	0.000131
+2	9	0.000131
+3	0	0.000159
+3	1	0.000147
+3	2	0.000138
+3	3	0.000133
+3	4	0.000131
+3	5	0.000131
+3	6	0.000132
+3	7	0.000133
+3	8	0.000134
+3	9	0.000134
+4	0	0.001337
+4	1	0.001096
+4	2	0.000855
+4	3	0.000622
+4	4	0.000408
+4	5	0.000228
+4	6	0.000102
+4	7	0.000051
+4	8	0.000076
+4	9	0.000148
+5	0	0.000167
+5	1	0.000127
+5	2	0.000097
+5	3	0.000077
+5	4	0.000068
+5	5	0.000068
+5	6	0.000071
+5	7	0.000076
+5	8	0.000078
+5	9	0.000077
+6	0	0.000855
+6	1	0.000782
+6	2	0.000709
+6	3	0.000635
+6	4	0.000561
+6	5	0.000489
+6	6	0.000418
+6	7	0.000352
+6	8	0.000291
+6	9	0.000236
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000110
+8	1	0.000102
+8	2	0.000098
+8	3	0.000097
+8	4	0.000098
+8	5	0.000098
+8	6	0.000098
+8	7	0.000097
+8	8	0.000096
+8	9	0.000094
+9	0	0.000068
+9	1	0.000062
+9	2	0.000057
+9	3	0.000053
+9	4	0.000050
+9	5	0.000048
+9	6	0.000046
+9	7	0.000046
+9	8	0.000045
+9	9	0.000045
+10	0	0.000175
+10	1	0.000078
+10	2	0.000026
+10	3	0.000032
+10	4	0.000058
+10	5	0.000069
+10	6	0.000063
+10	7	0.000048
+10	8	0.000031
+10	9	0.000022

xenium_skin_mixed/sample15/log/Anln.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Anln
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	661	0.446446	0.000036	100	false	10	0.000078	0.000047
+1	680	661	0.502895	0.000011	100	false	10	0.000017	0.000013
+2	5552	661	0.728864	0.000815	100	false	10	0.001355	0.000920
+3	3231	661	0.387484	0.000014	100	false	10	0.000015	0.000015
+4	87	661	0.523808	0.000014	100	false	10	0.004417	0.000597
+5	96	661	0.908973	0.000006	100	false	10	0.000009	0.000007
+6	1210	661	0.300733	0.000027	100	false	10	0.000037	0.000033
+7	3	661	0.251444	0.000037	100	false	10	0.002435	0.000261
+8	448	661	0.744244	0.000002	100	false	10	0.000004	0.000004
+9	332	661	0.874032	0.000033	100	false	10	0.000121	0.000063
+10	82	661	0.525830	0.000018	100	false	10	0.000066	0.000020
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000078
+0	1	0.000064
+0	2	0.000053
+0	3	0.000047
+0	4	0.000043
+0	5	0.000043
+0	6	0.000044
+0	7	0.000045
+0	8	0.000046
+0	9	0.000047
+1	0	0.000017
+1	1	0.000016
+1	2	0.000016
+1	3	0.000015
+1	4	0.000015
+1	5	0.000014
+1	6	0.000014
+1	7	0.000014
+1	8	0.000013
+1	9	0.000013
+2	0	0.001355
+2	1	0.001088
+2	2	0.000962
+2	3	0.000951
+2	4	0.000995
+2	5	0.001030
+2	6	0.001029
+2	7	0.000998
+2	8	0.000956
+2	9	0.000920
+3	0	0.000015
+3	1	0.000015
+3	2	0.000015
+3	3	0.000015
+3	4	0.000015
+3	5	0.000015
+3	6	0.000015
+3	7	0.000015
+3	8	0.000015
+3	9	0.000015
+4	0	0.004417
+4	1	0.003480
+4	2	0.002399
+4	3	0.001304
+4	4	0.000453
+4	5	0.000064
+4	6	0.000070
+4	7	0.000250
+4	8	0.000446
+4	9	0.000597
+5	0	0.000009
+5	1	0.000009
+5	2	0.000009
+5	3	0.000008
+5	4	0.000008
+5	5	0.000008
+5	6	0.000008
+5	7	0.000008
+5	8	0.000008
+5	9	0.000007
+6	0	0.000037
+6	1	0.000036
+6	2	0.000036
+6	3	0.000035
+6	4	0.000035
+6	5	0.000034
+6	6	0.000034
+6	7	0.000033
+6	8	0.000033
+6	9	0.000033
+7	0	0.002435
+7	1	0.002250
+7	2	0.002054
+7	3	0.001847
+7	4	0.001607
+7	5	0.001341
+7	6	0.001054
+7	7	0.000763
+7	8	0.000488
+7	9	0.000261
+8	0	0.000004
+8	1	0.000004
+8	2	0.000004
+8	3	0.000004
+8	4	0.000004
+8	5	0.000004
+8	6	0.000004
+8	7	0.000004
+8	8	0.000004
+8	9	0.000004
+9	0	0.000121
+9	1	0.000112
+9	2	0.000104
+9	3	0.000097
+9	4	0.000090
+9	5	0.000083
+9	6	0.000077
+9	7	0.000072
+9	8	0.000067
+9	9	0.000063
+10	0	0.000066
+10	1	0.000057
+10	2	0.000049
+10	3	0.000042
+10	4	0.000036
+10	5	0.000030
+10	6	0.000026
+10	7	0.000023
+10	8	0.000021
+10	9	0.000020

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ap2a2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ap2a2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	624	0.762323	0.000349	100	false	10	0.001392	0.000835
+1	680	624	0.408039	0.000150	100	false	10	0.000255	0.000200
+2	5552	624	0.773813	0.000099	100	false	10	0.000151	0.000120
+3	3231	624	0.688161	0.000249	100	false	10	0.000692	0.000386
+4	87	624	0.210795	0.000024	100	false	10	0.000158	0.000049
+5	96	624	0.682802	0.000253	100	false	10	0.000324	0.000266
+6	1210	624	0.824744	0.003432	100	false	10	0.019408	0.006228
+7	3	624	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	624	0.855297	0.000211	100	false	10	0.001496	0.000288
+9	332	624	0.781827	0.000099	100	false	10	0.000145	0.000105
+10	82	624	0.740238	0.000064	100	false	10	0.015470	0.003609
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.001392
+0	1	0.001664
+0	2	0.001244
+0	3	0.000965
+0	4	0.001123
+0	5	0.001072
+0	6	0.000843
+0	7	0.000764
+0	8	0.000837
+0	9	0.000835
+1	0	0.000255
+1	1	0.000254
+1	2	0.000234
+1	3	0.000228
+1	4	0.000226
+1	5	0.000217
+1	6	0.000212
+1	7	0.000211
+1	8	0.000207
+1	9	0.000200
+2	0	0.000151
+2	1	0.000127
+2	2	0.000136
+2	3	0.000136
+2	4	0.000127
+2	5	0.000121
+2	6	0.000122
+2	7	0.000124
+2	8	0.000124
+2	9	0.000120
+3	0	0.000692
+3	1	0.000615
+3	2	0.000537
+3	3	0.000459
+3	4	0.000389
+3	5	0.000348
+3	6	0.000366
+3	7	0.000414
+3	8	0.000417
+3	9	0.000386
+4	0	0.000158
+4	1	0.000085
+4	2	0.000050
+4	3	0.000046
+4	4	0.000058
+4	5	0.000070
+4	6	0.000073
+4	7	0.000068
+4	8	0.000059
+4	9	0.000049
+5	0	0.000324
+5	1	0.000297
+5	2	0.000285
+5	3	0.000286
+5	4	0.000288
+5	5	0.000286
+5	6	0.000281
+5	7	0.000274
+5	8	0.000269
+5	9	0.000266
+6	0	0.019408
+6	1	0.013642
+6	2	0.009435
+6	3	0.006703
+6	4	0.005273
+6	5	0.004868
+6	6	0.005105
+6	7	0.005592
+6	8	0.006022
+6	9	0.006228
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.001496
+8	1	0.001240
+8	2	0.001014
+8	3	0.000820
+8	4	0.000659
+8	5	0.000530
+8	6	0.000432
+8	7	0.000361
+8	8	0.000315
+8	9	0.000288
+9	0	0.000145
+9	1	0.000134
+9	2	0.000125
+9	3	0.000118
+9	4	0.000113
+9	5	0.000109
+9	6	0.000107
+9	7	0.000105
+9	8	0.000105
+9	9	0.000105
+10	0	0.015470
+10	1	0.013002
+10	2	0.010795
+10	3	0.008972
+10	4	0.007533
+10	5	0.006410
+10	6	0.005519
+10	7	0.004786
+10	8	0.004164
+10	9	0.003609

xenium_skin_mixed/sample15/log/Ap3b1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Ap3b1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	620	0.432170	0.000075	100	false	10	0.000895	0.000175
+1	680	620	0.401844	0.000117	100	false	10	0.001127	0.000275
+2	5552	620	0.383725	0.000078	100	false	10	0.000512	0.000138
+3	3231	620	0.382932	0.000101	100	false	10	0.000583	0.000279
+4	87	620	0.000000	0.000017	100	false	10	0.000038	0.000030
+5	96	620	0.384214	0.000105	100	false	10	0.000285	0.000102
+6	1210	620	0.268864	0.000181	100	false	10	0.000319	0.000205
+7	3	620	0.000000	0.000000	24	true	10	0.000129	0.000015
+8	448	620	0.490787	0.000064	100	false	10	0.000192	0.000123
+9	332	620	0.638492	0.000056	100	false	10	0.000489	0.000087
+10	82	620	0.151560	0.000077	100	false	10	0.000808	0.000223
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000895
+0	1	0.000381
+0	2	0.000159
+0	3	0.000189
+0	4	0.000297
+0	5	0.000361
+0	6	0.000360
+0	7	0.000309
+0	8	0.000238
+0	9	0.000175
+1	0	0.001127
+1	1	0.000837
+1	2	0.000593
+1	3	0.000412
+1	4	0.000298
+1	5	0.000243
+1	6	0.000229
+1	7	0.000240
+1	8	0.000259
+1	9	0.000275
+2	0	0.000512
+2	1	0.000458
+2	2	0.000406
+2	3	0.000355
+2	4	0.000307
+2	5	0.000262
+2	6	0.000222
+2	7	0.000187
+2	8	0.000159
+2	9	0.000138
+3	0	0.000583
+3	1	0.000540
+3	2	0.000499
+3	3	0.000460
+3	4	0.000424
+3	5	0.000390
+3	6	0.000359
+3	7	0.000330
+3	8	0.000303
+3	9	0.000279
+4	0	0.000038
+4	1	0.000045
+4	2	0.000035
+4	3	0.000035
+4	4	0.000037
+4	5	0.000034
+4	6	0.000031
+4	7	0.000031
+4	8	0.000032
+4	9	0.000030
+5	0	0.000285
+5	1	0.000243
+5	2	0.000207
+5	3	0.000177
+5	4	0.000154
+5	5	0.000135
+5	6	0.000121
+5	7	0.000112
+5	8	0.000105
+5	9	0.000102
+6	0	0.000319
+6	1	0.000289
+6	2	0.000267
+6	3	0.000252
+6	4	0.000241
+6	5	0.000233
+6	6	0.000226
+6	7	0.000219
+6	8	0.000212
+6	9	0.000205
+7	0	0.000129
+7	1	0.000116
+7	2	0.000103
+7	3	0.000089
+7	4	0.000075
+7	5	0.000060
+7	6	0.000046
+7	7	0.000034
+7	8	0.000023
+7	9	0.000015
+8	0	0.000192
+8	1	0.000183
+8	2	0.000174
+8	3	0.000166
+8	4	0.000158
+8	5	0.000151
+8	6	0.000143
+8	7	0.000137
+8	8	0.000130
+8	9	0.000123
+9	0	0.000489
+9	1	0.000421
+9	2	0.000355
+9	3	0.000291
+9	4	0.000232
+9	5	0.000182
+9	6	0.000141
+9	7	0.000113
+9	8	0.000095
+9	9	0.000087
+10	0	0.000808
+10	1	0.000667
+10	2	0.000511
+10	3	0.000345
+10	4	0.000192
+10	5	0.000099
+10	6	0.000115
+10	7	0.000198
+10	8	0.000240
+10	9	0.000223

xenium_skin_mixed/sample15/log/Apaf1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Apaf1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	602	0.773324	0.000103	100	false	10	0.000326	0.000159
+1	680	602	0.812954	0.000084	100	false	10	0.000380	0.000135
+2	5552	602	0.588325	0.000023	100	false	10	0.000040	0.000029
+3	3231	602	0.726626	0.000162	100	false	10	0.000370	0.000208
+4	87	602	0.183929	0.000006	100	false	10	0.000113	0.000021
+5	96	602	0.836534	0.000103	100	false	10	0.000274	0.000133
+6	1210	602	0.745861	0.000096	100	false	10	0.000780	0.000176
+7	3	602	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	602	0.809802	0.000042	100	false	10	0.000065	0.000049
+9	332	602	0.276543	0.000033	100	false	10	0.000046	0.000036
+10	82	602	0.427719	0.000048	100	false	10	0.001204	0.000274
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000326
+0	1	0.000239
+0	2	0.000211
+0	3	0.000211
+0	4	0.000215
+0	5	0.000211
+0	6	0.000200
+0	7	0.000186
+0	8	0.000171
+0	9	0.000159
+1	0	0.000380
+1	1	0.000343
+1	2	0.000306
+1	3	0.000273
+1	4	0.000244
+1	5	0.000219
+1	6	0.000196
+1	7	0.000174
+1	8	0.000153
+1	9	0.000135
+2	0	0.000040
+2	1	0.000032
+2	2	0.000030
+2	3	0.000031
+2	4	0.000032
+2	5	0.000032
+2	6	0.000032
+2	7	0.000031
+2	8	0.000030
+2	9	0.000029
+3	0	0.000370
+3	1	0.000300
+3	2	0.000245
+3	3	0.000208
+3	4	0.000188
+3	5	0.000184
+3	6	0.000189
+3	7	0.000197
+3	8	0.000205
+3	9	0.000208
+4	0	0.000113
+4	1	0.000085
+4	2	0.000058
+4	3	0.000035
+4	4	0.000019
+4	5	0.000010
+4	6	0.000008
+4	7	0.000011
+4	8	0.000016
+4	9	0.000021
+5	0	0.000274
+5	1	0.000243
+5	2	0.000217
+5	3	0.000196
+5	4	0.000178
+5	5	0.000163
+5	6	0.000152
+5	7	0.000144
+5	8	0.000138
+5	9	0.000133
+6	0	0.000780
+6	1	0.000688
+6	2	0.000601
+6	3	0.000518
+6	4	0.000441
+6	5	0.000370
+6	6	0.000308
+6	7	0.000255
+6	8	0.000211
+6	9	0.000176
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000065
+8	1	0.000059
+8	2	0.000054
+8	3	0.000051
+8	4	0.000049
+8	5	0.000048
+8	6	0.000048
+8	7	0.000048
+8	8	0.000049
+8	9	0.000049
+9	0	0.000046
+9	1	0.000042
+9	2	0.000038
+9	3	0.000036
+9	4	0.000034
+9	5	0.000034
+9	6	0.000034
+9	7	0.000035
+9	8	0.000035
+9	9	0.000036
+10	0	0.001204
+10	1	0.000880
+10	2	0.000583
+10	3	0.000332
+10	4	0.000156
+10	5	0.000086
+10	6	0.000126
+10	7	0.000215
+10	8	0.000274
+10	9	0.000274

xenium_skin_mixed/sample15/log/Apc.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Apc
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	669	0.505006	0.000068	100	false	10	0.004448	0.001737
+1	680	669	0.727057	0.000163	100	false	10	0.000479	0.000219
+2	5552	669	0.747312	0.000076	100	false	10	0.000300	0.000106
+3	3231	669	0.577338	0.000052	100	false	10	0.000056	0.000055
+4	87	669	0.132652	0.000039	100	false	10	0.001744	0.000302
+5	96	669	0.948917	0.000014	100	false	10	0.000032	0.000021
+6	1210	669	0.701223	0.000059	100	false	10	0.000145	0.000068
+7	3	669	0.229179	0.000000	100	false	10	0.000253	0.000005
+8	448	669	0.794831	0.000064	100	false	10	0.000101	0.000068
+9	332	669	0.720957	0.000080	100	false	10	0.000108	0.000085
+10	82	669	0.489223	0.000028	100	false	10	0.000970	0.000082
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.004448
+0	1	0.004160
+0	2	0.003873
+0	3	0.003587
+0	4	0.003300
+0	5	0.003007
+0	6	0.002708
+0	7	0.002397
+0	8	0.002074
+0	9	0.001737
+1	0	0.000479
+1	1	0.000406
+1	2	0.000349
+1	3	0.000306
+1	4	0.000276
+1	5	0.000256
+1	6	0.000243
+1	7	0.000234
+1	8	0.000227
+1	9	0.000219
+2	0	0.000300
+2	1	0.000230
+2	2	0.000175
+2	3	0.000134
+2	4	0.000108
+2	5	0.000095
+2	6	0.000091
+2	7	0.000094
+2	8	0.000100
+2	9	0.000106
+3	0	0.000056
+3	1	0.000055
+3	2	0.000055
+3	3	0.000055
+3	4	0.000055
+3	5	0.000055
+3	6	0.000055
+3	7	0.000055
+3	8	0.000055
+3	9	0.000055
+4	0	0.001744
+4	1	0.000991
+4	2	0.000414
+4	3	0.000102
+4	4	0.000083
+4	5	0.000250
+4	6	0.000412
+4	7	0.000467
+4	8	0.000414
+4	9	0.000302
+5	0	0.000032
+5	1	0.000030
+5	2	0.000029
+5	3	0.000027
+5	4	0.000026
+5	5	0.000025
+5	6	0.000024
+5	7	0.000023
+5	8	0.000022
+5	9	0.000021
+6	0	0.000145
+6	1	0.000124
+6	2	0.000106
+6	3	0.000091
+6	4	0.000080
+6	5	0.000073
+6	6	0.000069
+6	7	0.000067
+6	8	0.000067
+6	9	0.000068
+7	0	0.000253
+7	1	0.000227
+7	2	0.000196
+7	3	0.000160
+7	4	0.000120
+7	5	0.000079
+7	6	0.000042
+7	7	0.000017
+7	8	0.000005
+7	9	0.000005
+8	0	0.000101
+8	1	0.000093
+8	2	0.000087
+8	3	0.000081
+8	4	0.000077
+8	5	0.000073
+8	6	0.000071
+8	7	0.000069
+8	8	0.000069
+8	9	0.000068
+9	0	0.000108
+9	1	0.000101
+9	2	0.000096
+9	3	0.000091
+9	4	0.000088
+9	5	0.000086
+9	6	0.000085
+9	7	0.000084
+9	8	0.000084
+9	9	0.000085
+10	0	0.000970
+10	1	0.000574
+10	2	0.000237
+10	3	0.000066
+10	4	0.000121
+10	5	0.000245
+10	6	0.000283
+10	7	0.000236
+10	8	0.000153
+10	9	0.000082

xenium_skin_mixed/sample15/log/Apip.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Apip
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	593	0.254407	0.000029	100	false	10	0.000037	0.000030
+1	680	593	0.289543	0.000033	100	false	10	0.000090	0.000054
+2	5552	593	0.587788	0.000017	100	false	10	0.000042	0.000019
+3	3231	593	0.575973	0.000031	100	false	10	0.000035	0.000034
+4	87	593	0.172089	0.000006	100	false	10	0.000168	0.000020
+5	96	593	0.776393	0.000031	100	false	10	0.000050	0.000041
+6	1210	593	0.391849	0.000045	100	false	10	0.000178	0.000106
+7	3	593	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	593	0.825394	0.000068	100	false	10	0.000558	0.000141
+9	332	593	0.833496	0.000013	100	false	10	0.000024	0.000020
+10	82	593	0.240327	0.000017	100	false	10	0.000204	0.000022
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000037
+0	1	0.000032
+0	2	0.000031
+0	3	0.000031
+0	4	0.000032
+0	5	0.000032
+0	6	0.000032
+0	7	0.000031
+0	8	0.000031
+0	9	0.000030
+1	0	0.000090
+1	1	0.000081
+1	2	0.000074
+1	3	0.000068
+1	4	0.000064
+1	5	0.000061
+1	6	0.000059
+1	7	0.000058
+1	8	0.000056
+1	9	0.000054
+2	0	0.000042
+2	1	0.000038
+2	2	0.000034
+2	3	0.000030
+2	4	0.000027
+2	5	0.000025
+2	6	0.000023
+2	7	0.000021
+2	8	0.000020
+2	9	0.000019
+3	0	0.000035
+3	1	0.000035
+3	2	0.000034
+3	3	0.000034
+3	4	0.000034
+3	5	0.000034
+3	6	0.000034
+3	7	0.000034
+3	8	0.000034
+3	9	0.000034
+4	0	0.000168
+4	1	0.000074
+4	2	0.000018
+4	3	0.000010
+4	4	0.000028
+4	5	0.000045
+4	6	0.000051
+4	7	0.000045
+4	8	0.000033
+4	9	0.000020
+5	0	0.000050
+5	1	0.000046
+5	2	0.000043
+5	3	0.000042
+5	4	0.000041
+5	5	0.000041
+5	6	0.000041
+5	7	0.000041
+5	8	0.000041
+5	9	0.000041
+6	0	0.000178
+6	1	0.000169
+6	2	0.000161
+6	3	0.000153
+6	4	0.000146
+6	5	0.000138
+6	6	0.000130
+6	7	0.000122
+6	8	0.000114
+6	9	0.000106
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000558
+8	1	0.000496
+8	2	0.000436
+8	3	0.000378
+8	4	0.000325
+8	5	0.000275
+8	6	0.000232
+8	7	0.000194
+8	8	0.000164
+8	9	0.000141
+9	0	0.000024
+9	1	0.000023
+9	2	0.000023
+9	3	0.000022
+9	4	0.000022
+9	5	0.000021
+9	6	0.000021
+9	7	0.000020
+9	8	0.000020
+9	9	0.000020
+10	0	0.000204
+10	1	0.000083
+10	2	0.000027
+10	3	0.000037
+10	4	0.000066
+10	5	0.000078
+10	6	0.000070
+10	7	0.000052
+10	8	0.000033
+10	9	0.000022

xenium_skin_mixed/sample15/log/Arf2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Arf2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	622	0.716050	0.000036	100	false	10	0.002111	0.000088
+1	680	622	0.495755	0.000095	100	false	10	0.000380	0.000128
+2	5552	622	0.470201	0.000015	100	false	10	0.000020	0.000017
+3	3231	622	0.738458	0.000036	100	false	10	0.000089	0.000043
+4	87	622	0.216334	0.000028	100	false	10	0.000898	0.000195
+5	96	622	0.916985	0.000014	100	false	10	0.000032	0.000024
+6	1210	622	0.695824	0.000070	100	false	10	0.000093	0.000075
+7	3	622	0.202069	0.000001	100	false	10	0.000270	0.000019
+8	448	622	0.763401	0.000072	100	false	10	0.000105	0.000084
+9	332	622	0.637539	0.000032	100	false	10	0.000062	0.000041
+10	82	622	0.770210	0.000019	100	false	10	0.002120	0.000271
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.002111
+0	1	0.001922
+0	2	0.001729
+0	3	0.001520
+0	4	0.001288
+0	5	0.001028
+0	6	0.000744
+0	7	0.000455
+0	8	0.000211
+0	9	0.000088
+1	0	0.000380
+1	1	0.000322
+1	2	0.000271
+1	3	0.000227
+1	4	0.000192
+1	5	0.000164
+1	6	0.000144
+1	7	0.000131
+1	8	0.000126
+1	9	0.000128
+2	0	0.000020
+2	1	0.000019
+2	2	0.000018
+2	3	0.000018
+2	4	0.000018
+2	5	0.000017
+2	6	0.000017
+2	7	0.000017
+2	8	0.000017
+2	9	0.000017
+3	0	0.000089
+3	1	0.000080
+3	2	0.000072
+3	3	0.000065
+3	4	0.000059
+3	5	0.000054
+3	6	0.000050
+3	7	0.000047
+3	8	0.000045
+3	9	0.000043
+4	0	0.000898
+4	1	0.000623
+4	2	0.000349
+4	3	0.000129
+4	4	0.000036
+4	5	0.000084
+4	6	0.000177
+4	7	0.000232
+4	8	0.000234
+4	9	0.000195
+5	0	0.000032
+5	1	0.000031
+5	2	0.000030
+5	3	0.000029
+5	4	0.000028
+5	5	0.000027
+5	6	0.000027
+5	7	0.000026
+5	8	0.000025
+5	9	0.000024
+6	0	0.000093
+6	1	0.000085
+6	2	0.000079
+6	3	0.000076
+6	4	0.000075
+6	5	0.000074
+6	6	0.000075
+6	7	0.000075
+6	8	0.000075
+6	9	0.000075
+7	0	0.000270
+7	1	0.000218
+7	2	0.000164
+7	3	0.000112
+7	4	0.000065
+7	5	0.000029
+7	6	0.000008
+7	7	0.000002
+7	8	0.000008
+7	9	0.000019
+8	0	0.000105
+8	1	0.000094
+8	2	0.000090
+8	3	0.000088
+8	4	0.000087
+8	5	0.000087
+8	6	0.000088
+8	7	0.000087
+8	8	0.000086
+8	9	0.000084
+9	0	0.000062
+9	1	0.000053
+9	2	0.000046
+9	3	0.000043
+9	4	0.000041
+9	5	0.000040
+9	6	0.000040
+9	7	0.000041
+9	8	0.000041
+9	9	0.000041
+10	0	0.002120
+10	1	0.001440
+10	2	0.000806
+10	3	0.000328
+10	4	0.000182
+10	5	0.000378
+10	6	0.000565
+10	7	0.000568
+10	8	0.000436
+10	9	0.000271

xenium_skin_mixed/sample15/log/Arhgap17.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Arhgap17
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	619	0.677262	0.000031	100	false	10	0.000229	0.000058
+1	680	619	0.536864	0.000073	100	false	10	0.000246	0.000127
+2	5552	619	0.668438	0.000037	100	false	10	0.000094	0.000050
+3	3231	619	0.452281	0.000031	100	false	10	0.000034	0.000034
+4	87	619	0.498580	0.000014	100	false	10	0.001153	0.000220
+5	96	619	0.182201	0.000041	100	false	10	0.000132	0.000057
+6	1210	619	0.680273	0.000088	100	false	10	0.000365	0.000110
+7	3	619	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	619	0.795647	0.000017	100	false	10	0.000037	0.000026
+9	332	619	0.744558	0.000029	100	false	10	0.000039	0.000035
+10	82	619	0.430849	0.000029	100	false	10	0.000050	0.000035
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000229
+0	1	0.000170
+0	2	0.000122
+0	3	0.000085
+0	4	0.000060
+0	5	0.000047
+0	6	0.000043
+0	7	0.000045
+0	8	0.000051
+0	9	0.000058
+1	0	0.000246
+1	1	0.000174
+1	2	0.000130
+1	3	0.000114
+1	4	0.000116
+1	5	0.000127
+1	6	0.000135
+1	7	0.000138
+1	8	0.000134
+1	9	0.000127
+2	0	0.000094
+2	1	0.000075
+2	2	0.000062
+2	3	0.000054
+2	4	0.000051
+2	5	0.000051
+2	6	0.000051
+2	7	0.000052
+2	8	0.000051
+2	9	0.000050
+3	0	0.000034
+3	1	0.000034
+3	2	0.000034
+3	3	0.000034
+3	4	0.000034
+3	5	0.000034
+3	6	0.000034
+3	7	0.000034
+3	8	0.000034
+3	9	0.000034
+4	0	0.001153
+4	1	0.001023
+4	2	0.000898
+4	3	0.000781
+4	4	0.000669
+4	5	0.000565
+4	6	0.000467
+4	7	0.000376
+4	8	0.000293
+4	9	0.000220
+5	0	0.000132
+5	1	0.000121
+5	2	0.000110
+5	3	0.000100
+5	4	0.000090
+5	5	0.000081
+5	6	0.000074
+5	7	0.000067
+5	8	0.000061
+5	9	0.000057
+6	0	0.000365
+6	1	0.000308
+6	2	0.000259
+6	3	0.000218
+6	4	0.000185
+6	5	0.000159
+6	6	0.000139
+6	7	0.000125
+6	8	0.000116
+6	9	0.000110
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000037
+8	1	0.000036
+8	2	0.000034
+8	3	0.000032
+8	4	0.000031
+8	5	0.000030
+8	6	0.000029
+8	7	0.000028
+8	8	0.000027
+8	9	0.000026
+9	0	0.000039
+9	1	0.000038
+9	2	0.000037
+9	3	0.000036
+9	4	0.000035
+9	5	0.000035
+9	6	0.000035
+9	7	0.000035
+9	8	0.000035
+9	9	0.000035
+10	0	0.000050
+10	1	0.000034
+10	2	0.000040
+10	3	0.000041
+10	4	0.000037
+10	5	0.000034
+10	6	0.000034
+10	7	0.000035
+10	8	0.000036
+10	9	0.000035

xenium_skin_mixed/sample15/log/Arhgap35.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Arhgap35
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	639	0.619625	0.000014	100	false	10	0.000123	0.000031
+1	680	639	0.489368	0.000055	100	false	10	0.000613	0.000096
+2	5552	639	0.822961	0.000081	100	false	10	0.000491	0.000139
+3	3231	639	0.792627	0.000065	100	false	10	0.000123	0.000079
+4	87	639	0.493472	0.000015	100	false	10	0.000062	0.000020
+5	96	639	0.875215	0.000051	100	false	10	0.000175	0.000066
+6	1210	639	0.286222	0.000034	100	false	10	0.000045	0.000037
+7	3	639	0.247185	0.000125	100	false	10	0.000177	0.000067
+8	448	639	0.847767	0.000054	100	false	10	0.000099	0.000067
+9	332	639	0.797181	0.000091	100	false	10	0.000554	0.000134
+10	82	639	0.396063	0.000017	100	false	10	0.000084	0.000031
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000123
+0	1	0.000080
+0	2	0.000051
+0	3	0.000034
+0	4	0.000025
+0	5	0.000022
+0	6	0.000023
+0	7	0.000025
+0	8	0.000028
+0	9	0.000031
+1	0	0.000613
+1	1	0.000483
+1	2	0.000360
+1	3	0.000257
+1	4	0.000183
+1	5	0.000136
+1	6	0.000111
+1	7	0.000100
+1	8	0.000096
+1	9	0.000096
+2	0	0.000491
+2	1	0.000379
+2	2	0.000283
+2	3	0.000206
+2	4	0.000152
+2	5	0.000120
+2	6	0.000109
+2	7	0.000113
+2	8	0.000125
+2	9	0.000139
+3	0	0.000123
+3	1	0.000103
+3	2	0.000088
+3	3	0.000078
+3	4	0.000073
+3	5	0.000072
+3	6	0.000074
+3	7	0.000076
+3	8	0.000078
+3	9	0.000079
+4	0	0.000062
+4	1	0.000029
+4	2	0.000022
+4	3	0.000028
+4	4	0.000033
+4	5	0.000034
+4	6	0.000031
+4	7	0.000026
+4	8	0.000022
+4	9	0.000020
+5	0	0.000175
+5	1	0.000156
+5	2	0.000138
+5	3	0.000123
+5	4	0.000108
+5	5	0.000096
+5	6	0.000086
+5	7	0.000077
+5	8	0.000071
+5	9	0.000066
+6	0	0.000045
+6	1	0.000044
+6	2	0.000042
+6	3	0.000041
+6	4	0.000040
+6	5	0.000039
+6	6	0.000038
+6	7	0.000038
+6	8	0.000037
+6	9	0.000037
+7	0	0.000177
+7	1	0.000144
+7	2	0.000136
+7	3	0.000128
+7	4	0.000114
+7	5	0.000099
+7	6	0.000088
+7	7	0.000080
+7	8	0.000074
+7	9	0.000067
+8	0	0.000099
+8	1	0.000088
+8	2	0.000081
+8	3	0.000075
+8	4	0.000071
+8	5	0.000068
+8	6	0.000067
+8	7	0.000067
+8	8	0.000067
+8	9	0.000067
+9	0	0.000554
+9	1	0.000476
+9	2	0.000405
+9	3	0.000341
+9	4	0.000285
+9	5	0.000238
+9	6	0.000200
+9	7	0.000170
+9	8	0.000149
+9	9	0.000134
+10	0	0.000084
+10	1	0.000056
+10	2	0.000036
+10	3	0.000025
+10	4	0.000021
+10	5	0.000022
+10	6	0.000025
+10	7	0.000029
+10	8	0.000031
+10	9	0.000031

xenium_skin_mixed/sample15/log/Arhgef3.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Arhgef3
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	689	0.727553	0.000031	100	false	10	0.000115	0.000056
+1	680	689	0.773274	0.000174	100	false	10	0.002185	0.000316
+2	5552	689	0.938801	0.000054	100	false	10	0.000725	0.000257
+3	3231	689	0.627132	0.000085	100	false	10	0.000183	0.000119
+4	87	689	0.665278	0.000013	100	false	10	0.000193	0.000020
+5	96	689	0.727774	0.000043	100	false	10	0.000173	0.000065
+6	1210	689	0.890587	0.000555	100	false	10	0.001135	0.000667
+7	3	689	0.275639	0.000121	100	false	10	0.000357	0.000083
+8	448	689	0.846939	0.000030	100	false	10	0.000059	0.000041
+9	332	689	0.890030	0.000032	100	false	10	0.000536	0.000128
+10	82	689	0.660882	0.000052	100	false	10	0.003626	0.000815
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000115
+0	1	0.000050
+0	2	0.000060
+0	3	0.000076
+0	4	0.000073
+0	5	0.000059
+0	6	0.000047
+0	7	0.000045
+0	8	0.000050
+0	9	0.000056
+1	0	0.002185
+1	1	0.001783
+1	2	0.001427
+1	3	0.001126
+1	4	0.000883
+1	5	0.000691
+1	6	0.000542
+1	7	0.000431
+1	8	0.000356
+1	9	0.000316
+2	0	0.000725
+2	1	0.000564
+2	2	0.000425
+2	3	0.000315
+2	4	0.000244
+2	5	0.000214
+2	6	0.000217
+2	7	0.000235
+2	8	0.000252
+2	9	0.000257
+3	0	0.000183
+3	1	0.000159
+3	2	0.000139
+3	3	0.000124
+3	4	0.000115
+3	5	0.000111
+3	6	0.000113
+3	7	0.000116
+3	8	0.000119
+3	9	0.000119
+4	0	0.000193
+4	1	0.000145
+4	2	0.000104
+4	3	0.000071
+4	4	0.000045
+4	5	0.000027
+4	6	0.000017
+4	7	0.000014
+4	8	0.000015
+4	9	0.000020
+5	0	0.000173
+5	1	0.000117
+5	2	0.000081
+5	3	0.000066
+5	4	0.000069
+5	5	0.000077
+5	6	0.000082
+5	7	0.000080
+5	8	0.000073
+5	9	0.000065
+6	0	0.001135
+6	1	0.000943
+6	2	0.000814
+6	3	0.000736
+6	4	0.000697
+6	5	0.000683
+6	6	0.000681
+6	7	0.000680
+6	8	0.000677
+6	9	0.000667
+7	0	0.000357
+7	1	0.000239
+7	2	0.000164
+7	3	0.000139
+7	4	0.000140
+7	5	0.000141
+7	6	0.000134
+7	7	0.000119
+7	8	0.000101
+7	9	0.000083
+8	0	0.000059
+8	1	0.000056
+8	2	0.000053
+8	3	0.000051
+8	4	0.000049
+8	5	0.000047
+8	6	0.000045
+8	7	0.000044
+8	8	0.000042
+8	9	0.000041
+9	0	0.000536
+9	1	0.000449
+9	2	0.000360
+9	3	0.000272
+9	4	0.000190
+9	5	0.000122
+9	6	0.000082
+9	7	0.000075
+9	8	0.000098
+9	9	0.000128
+10	0	0.003626
+10	1	0.002676
+10	2	0.001674
+10	3	0.000751
+10	4	0.000163
+10	5	0.000131
+10	6	0.000455
+10	7	0.000745
+10	8	0.000861
+10	9	0.000815

xenium_skin_mixed/sample15/log/Arl13b.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Arl13b
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	591	0.548357	0.000040	100	false	10	0.002269	0.000478
+1	680	591	0.531943	0.000088	100	false	10	0.000102	0.000090
+2	5552	591	0.820196	0.000185	100	false	10	0.000307	0.000239
+3	3231	591	0.510603	0.000166	100	false	10	0.000209	0.000167
+4	87	591	0.156170	0.000049	100	false	10	0.000279	0.000074
+5	96	591	0.753114	0.000053	100	false	10	0.000496	0.000214
+6	1210	591	0.332629	0.000051	100	false	10	0.000327	0.000074
+7	3	591	0.000000	0.000000	26	true	10	0.000010	0.000000
+8	448	591	0.679106	0.000071	100	false	10	0.000136	0.000087
+9	332	591	0.647296	0.000052	100	false	10	0.000127	0.000075
+10	82	591	0.228347	0.000021	100	false	10	0.000242	0.000032
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.002269
+0	1	0.002010
+0	2	0.001742
+0	3	0.001477
+0	4	0.001228
+0	5	0.001010
+0	6	0.000830
+0	7	0.000685
+0	8	0.000570
+0	9	0.000478
+1	0	0.000102
+1	1	0.000099
+1	2	0.000097
+1	3	0.000096
+1	4	0.000094
+1	5	0.000093
+1	6	0.000092
+1	7	0.000091
+1	8	0.000091
+1	9	0.000090
+2	0	0.000307
+2	1	0.000255
+2	2	0.000283
+2	3	0.000274
+2	4	0.000252
+2	5	0.000245
+2	6	0.000254
+2	7	0.000257
+2	8	0.000250
+2	9	0.000239
+3	0	0.000209
+3	1	0.000195
+3	2	0.000185
+3	3	0.000178
+3	4	0.000173
+3	5	0.000170
+3	6	0.000168
+3	7	0.000167
+3	8	0.000167
+3	9	0.000167
+4	0	0.000279
+4	1	0.000077
+4	2	0.000071
+4	3	0.000128
+4	4	0.000145
+4	5	0.000121
+4	6	0.000083
+4	7	0.000058
+4	8	0.000057
+4	9	0.000074
+5	0	0.000496
+5	1	0.000462
+5	2	0.000430
+5	3	0.000399
+5	4	0.000367
+5	5	0.000337
+5	6	0.000307
+5	7	0.000277
+5	8	0.000246
+5	9	0.000214
+6	0	0.000327
+6	1	0.000249
+6	2	0.000181
+6	3	0.000127
+6	4	0.000089
+6	5	0.000068
+6	6	0.000060
+6	7	0.000061
+6	8	0.000067
+6	9	0.000074
+7	0	0.000010
+7	1	0.000003
+7	2	0.000001
+7	3	0.000002
+7	4	0.000003
+7	5	0.000003
+7	6	0.000002
+7	7	0.000001
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000136
+8	1	0.000125
+8	2	0.000116
+8	3	0.000108
+8	4	0.000101
+8	5	0.000096
+8	6	0.000092
+8	7	0.000089
+8	8	0.000088
+8	9	0.000087
+9	0	0.000127
+9	1	0.000119
+9	2	0.000112
+9	3	0.000105
+9	4	0.000098
+9	5	0.000093
+9	6	0.000087
+9	7	0.000083
+9	8	0.000078
+9	9	0.000075
+10	0	0.000242
+10	1	0.000125
+10	2	0.000048
+10	3	0.000025
+10	4	0.000046
+10	5	0.000074
+10	6	0.000080
+10	7	0.000068
+10	8	0.000048
+10	9	0.000032

xenium_skin_mixed/sample15/log/Asap1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Asap1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	650	0.731733	0.000339	100	false	10	0.046171	0.017456
+1	680	650	0.740609	0.000135	100	false	10	0.002395	0.000463
+2	5552	650	0.885157	0.000095	100	false	10	0.000305	0.000167
+3	3231	650	0.776099	0.000426	100	false	10	0.000635	0.000480
+4	87	650	0.249994	0.000062	100	false	10	0.000720	0.000134
+5	96	650	0.866564	0.000148	100	false	10	0.000213	0.000163
+6	1210	650	0.832421	0.000196	100	false	10	0.000382	0.000243
+7	3	650	0.255480	0.000046	100	false	10	0.000633	0.000116
+8	448	650	0.928781	0.000104	100	false	10	0.000407	0.000150
+9	332	650	0.771800	0.000038	100	false	10	0.000083	0.000053
+10	82	650	0.441142	0.000053	100	false	10	0.003182	0.000645
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.046171
+0	1	0.043387
+0	2	0.040547
+0	3	0.037636
+0	4	0.034623
+0	5	0.031486
+0	6	0.028198
+0	7	0.024743
+0	8	0.021132
+0	9	0.017456
+1	0	0.002395
+1	1	0.001633
+1	2	0.000941
+1	3	0.000427
+1	4	0.000221
+1	5	0.000346
+1	6	0.000574
+1	7	0.000672
+1	8	0.000612
+1	9	0.000463
+2	0	0.000305
+2	1	0.000219
+2	2	0.000174
+2	3	0.000159
+2	4	0.000162
+2	5	0.000169
+2	6	0.000175
+2	7	0.000176
+2	8	0.000173
+2	9	0.000167
+3	0	0.000635
+3	1	0.000566
+3	2	0.000513
+3	3	0.000478
+3	4	0.000459
+3	5	0.000456
+3	6	0.000461
+3	7	0.000470
+3	8	0.000477
+3	9	0.000480
+4	0	0.000720
+4	1	0.000197
+4	2	0.000129
+4	3	0.000278
+4	4	0.000336
+4	5	0.000271
+4	6	0.000165
+4	7	0.000094
+4	8	0.000091
+4	9	0.000134
+5	0	0.000213
+5	1	0.000204
+5	2	0.000197
+5	3	0.000191
+5	4	0.000184
+5	5	0.000179
+5	6	0.000174
+5	7	0.000170
+5	8	0.000167
+5	9	0.000163
+6	0	0.000382
+6	1	0.000300
+6	2	0.000251
+6	3	0.000229
+6	4	0.000227
+6	5	0.000234
+6	6	0.000244
+6	7	0.000249
+6	8	0.000248
+6	9	0.000243
+7	0	0.000633
+7	1	0.000426
+7	2	0.000249
+7	3	0.000125
+7	4	0.000063
+7	5	0.000054
+7	6	0.000074
+7	7	0.000100
+7	8	0.000115
+7	9	0.000116
+8	0	0.000407
+8	1	0.000361
+8	2	0.000319
+8	3	0.000281
+8	4	0.000248
+8	5	0.000220
+8	6	0.000196
+8	7	0.000177
+8	8	0.000161
+8	9	0.000150
+9	0	0.000083
+9	1	0.000076
+9	2	0.000070
+9	3	0.000064
+9	4	0.000060
+9	5	0.000057
+9	6	0.000055
+9	7	0.000054
+9	8	0.000053
+9	9	0.000053
+10	0	0.003182
+10	1	0.001852
+10	2	0.000874
+10	3	0.000307
+10	4	0.000118
+10	5	0.000179
+10	6	0.000341
+10	7	0.000500
+10	8	0.000606
+10	9	0.000645

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atf6b.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atf6b
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	643	0.519702	0.000065	100	false	10	0.000509	0.000193
+1	680	643	0.579572	0.000073	100	false	10	0.001429	0.000336
+2	5552	643	0.833629	0.000121	100	false	10	0.000165	0.000148
+3	3231	643	0.690855	0.000062	100	false	10	0.000067	0.000065
+4	87	643	0.148867	0.000036	100	false	10	0.015881	0.006661
+5	96	643	0.571386	0.000087	100	false	10	0.000148	0.000093
+6	1210	643	0.712360	0.000102	100	false	10	0.000104	0.000101
+7	3	643	0.216960	0.000033	100	false	10	0.002601	0.000118
+8	448	643	0.589355	0.000039	100	false	10	0.000054	0.000046
+9	332	643	0.806445	0.000047	100	false	10	0.000076	0.000068
+10	82	643	0.680410	0.000041	100	false	10	0.000742	0.000066
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000509
+0	1	0.000343
+0	2	0.000423
+0	3	0.000366
+0	4	0.000279
+0	5	0.000259
+0	6	0.000283
+0	7	0.000275
+0	8	0.000231
+0	9	0.000193
+1	0	0.001429
+1	1	0.001088
+1	2	0.000762
+1	3	0.000477
+1	4	0.000268
+1	5	0.000178
+1	6	0.000211
+1	7	0.000298
+1	8	0.000349
+1	9	0.000336
+2	0	0.000165
+2	1	0.000165
+2	2	0.000161
+2	3	0.000157
+2	4	0.000156
+2	5	0.000155
+2	6	0.000152
+2	7	0.000150
+2	8	0.000149
+2	9	0.000148
+3	0	0.000067
+3	1	0.000066
+3	2	0.000065
+3	3	0.000064
+3	4	0.000064
+3	5	0.000065
+3	6	0.000065
+3	7	0.000065
+3	8	0.000065
+3	9	0.000065
+4	0	0.015881
+4	1	0.015490
+4	2	0.015015
+4	3	0.014429
+4	4	0.013701
+4	5	0.012795
+4	6	0.011669
+4	7	0.010283
+4	8	0.008612
+4	9	0.006661
+5	0	0.000148
+5	1	0.000132
+5	2	0.000118
+5	3	0.000107
+5	4	0.000099
+5	5	0.000094
+5	6	0.000092
+5	7	0.000091
+5	8	0.000092
+5	9	0.000093
+6	0	0.000104
+6	1	0.000103
+6	2	0.000103
+6	3	0.000102
+6	4	0.000102
+6	5	0.000101
+6	6	0.000101
+6	7	0.000101
+6	8	0.000101
+6	9	0.000101
+7	0	0.002601
+7	1	0.002090
+7	2	0.001581
+7	3	0.001110
+7	4	0.000691
+7	5	0.000356
+7	6	0.000132
+7	7	0.000034
+7	8	0.000042
+7	9	0.000118
+8	0	0.000054
+8	1	0.000051
+8	2	0.000052
+8	3	0.000051
+8	4	0.000049
+8	5	0.000048
+8	6	0.000048
+8	7	0.000048
+8	8	0.000047
+8	9	0.000046
+9	0	0.000076
+9	1	0.000074
+9	2	0.000073
+9	3	0.000073
+9	4	0.000072
+9	5	0.000071
+9	6	0.000070
+9	7	0.000070
+9	8	0.000069
+9	9	0.000068
+10	0	0.000742
+10	1	0.000527
+10	2	0.000361
+10	3	0.000241
+10	4	0.000159
+10	5	0.000106
+10	6	0.000076
+10	7	0.000062
+10	8	0.000060
+10	9	0.000066

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atg13.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atg13
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	594	0.608720	0.000035	100	false	10	0.000749	0.000134
+1	680	594	0.230896	0.000050	100	false	10	0.000142	0.000060
+2	5552	594	0.818063	0.000595	100	false	10	0.017594	0.001316
+3	3231	594	0.459589	0.000094	100	false	10	0.000095	0.000094
+4	87	594	0.000000	0.000030	100	false	10	0.003419	0.000687
+5	96	594	0.625489	0.000065	100	false	10	0.000069	0.000063
+6	1210	594	0.636129	0.000053	100	false	10	0.000073	0.000058
+7	3	594	0.125123	0.000000	100	false	10	0.000065	0.000020
+8	448	594	0.311845	0.000092	100	false	10	0.000444	0.000131
+9	332	594	0.863705	0.000130	100	false	10	0.000375	0.000220
+10	82	594	0.281288	0.000045	100	false	10	0.000305	0.000068
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000749
+0	1	0.000662
+0	2	0.000578
+0	3	0.000497
+0	4	0.000421
+0	5	0.000351
+0	6	0.000288
+0	7	0.000230
+0	8	0.000178
+0	9	0.000134
+1	0	0.000142
+1	1	0.000127
+1	2	0.000113
+1	3	0.000101
+1	4	0.000090
+1	5	0.000080
+1	6	0.000073
+1	7	0.000067
+1	8	0.000063
+1	9	0.000060
+2	0	0.017594
+2	1	0.014912
+2	2	0.012316
+2	3	0.009874
+2	4	0.007650
+2	5	0.005690
+2	6	0.004044
+2	7	0.002756
+2	8	0.001853
+2	9	0.001316
+3	0	0.000095
+3	1	0.000095
+3	2	0.000094
+3	3	0.000094
+3	4	0.000094
+3	5	0.000094
+3	6	0.000094
+3	7	0.000094
+3	8	0.000094
+3	9	0.000094
+4	0	0.003419
+4	1	0.002636
+4	2	0.001831
+4	3	0.001073
+4	4	0.000463
+4	5	0.000119
+4	6	0.000102
+4	7	0.000308
+4	8	0.000543
+4	9	0.000687
+5	0	0.000069
+5	1	0.000068
+5	2	0.000067
+5	3	0.000066
+5	4	0.000066
+5	5	0.000065
+5	6	0.000065
+5	7	0.000064
+5	8	0.000064
+5	9	0.000063
+6	0	0.000073
+6	1	0.000070
+6	2	0.000068
+6	3	0.000065
+6	4	0.000063
+6	5	0.000062
+6	6	0.000061
+6	7	0.000060
+6	8	0.000059
+6	9	0.000058
+7	0	0.000065
+7	1	0.000047
+7	2	0.000033
+7	3	0.000024
+7	4	0.000022
+7	5	0.000023
+7	6	0.000025
+7	7	0.000025
+7	8	0.000023
+7	9	0.000020
+8	0	0.000444
+8	1	0.000374
+8	2	0.000312
+8	3	0.000257
+8	4	0.000211
+8	5	0.000175
+8	6	0.000150
+8	7	0.000135
+8	8	0.000129
+8	9	0.000131
+9	0	0.000375
+9	1	0.000328
+9	2	0.000291
+9	3	0.000264
+9	4	0.000245
+9	5	0.000233
+9	6	0.000226
+9	7	0.000223
+9	8	0.000221
+9	9	0.000220
+10	0	0.000305
+10	1	0.000238
+10	2	0.000180
+10	3	0.000135
+10	4	0.000102
+10	5	0.000080
+10	6	0.000069
+10	7	0.000065
+10	8	0.000065
+10	9	0.000068

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atg7.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atg7
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	616	0.591127	0.000048	100	false	10	0.000816	0.000086
+1	680	616	0.674054	0.000069	100	false	10	0.001246	0.000146
+2	5552	616	0.642022	0.000110	100	false	10	0.000140	0.000121
+3	3231	616	0.651691	0.000110	100	false	10	0.000116	0.000114
+4	87	616	0.361345	0.000012	100	false	10	0.000026	0.000016
+5	96	616	0.690354	0.000176	100	false	10	0.000471	0.000189
+6	1210	616	0.647590	0.000182	100	false	10	0.000287	0.000210
+7	3	616	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	616	0.753086	0.000047	100	false	10	0.000143	0.000082
+9	332	616	0.490366	0.000033	100	false	10	0.000111	0.000055
+10	82	616	0.659491	0.000045	100	false	10	0.001361	0.000296
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000816
+0	1	0.000607
+0	2	0.000426
+0	3	0.000281
+0	4	0.000174
+0	5	0.000105
+0	6	0.000069
+0	7	0.000060
+0	8	0.000068
+0	9	0.000086
+1	0	0.001246
+1	1	0.001030
+1	2	0.000817
+1	3	0.000615
+1	4	0.000435
+1	5	0.000290
+1	6	0.000190
+1	7	0.000138
+1	8	0.000129
+1	9	0.000146
+2	0	0.000140
+2	1	0.000135
+2	2	0.000131
+2	3	0.000129
+2	4	0.000127
+2	5	0.000126
+2	6	0.000125
+2	7	0.000124
+2	8	0.000123
+2	9	0.000121
+3	0	0.000116
+3	1	0.000116
+3	2	0.000116
+3	3	0.000115
+3	4	0.000115
+3	5	0.000115
+3	6	0.000115
+3	7	0.000114
+3	8	0.000114
+3	9	0.000114
+4	0	0.000026
+4	1	0.000015
+4	2	0.000019
+4	3	0.000020
+4	4	0.000018
+4	5	0.000015
+4	6	0.000015
+4	7	0.000016
+4	8	0.000017
+4	9	0.000016
+5	0	0.000471
+5	1	0.000422
+5	2	0.000375
+5	3	0.000332
+5	4	0.000294
+5	5	0.000261
+5	6	0.000234
+5	7	0.000214
+5	8	0.000199
+5	9	0.000189
+6	0	0.000287
+6	1	0.000262
+6	2	0.000242
+6	3	0.000227
+6	4	0.000218
+6	5	0.000214
+6	6	0.000212
+6	7	0.000211
+6	8	0.000211
+6	9	0.000210
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000143
+8	1	0.000118
+8	2	0.000099
+8	3	0.000086
+8	4	0.000079
+8	5	0.000078
+8	6	0.000079
+8	7	0.000082
+8	8	0.000083
+8	9	0.000082
+9	0	0.000111
+9	1	0.000105
+9	2	0.000100
+9	3	0.000093
+9	4	0.000087
+9	5	0.000080
+9	6	0.000073
+9	7	0.000066
+9	8	0.000060
+9	9	0.000055
+10	0	0.001361
+10	1	0.001149
+10	2	0.000928
+10	3	0.000700
+10	4	0.000473
+10	5	0.000266
+10	6	0.000122
+10	7	0.000096
+10	8	0.000194
+10	9	0.000296

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atn1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atn1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	633	0.531064	0.000043	100	false	10	0.000244	0.000060
+1	680	633	0.485746	0.000106	100	false	10	0.000341	0.000137
+2	5552	633	0.800887	0.000101	100	false	10	0.001103	0.000209
+3	3231	633	0.838567	0.000152	100	false	10	0.000175	0.000157
+4	87	633	0.100311	0.000026	100	false	10	0.000119	0.000057
+5	96	633	0.977275	0.000050	100	false	10	0.000379	0.000133
+6	1210	633	0.604372	0.000059	100	false	10	0.000073	0.000065
+7	3	633	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	633	0.862136	0.000125	100	false	10	0.000211	0.000141
+9	332	633	0.854952	0.000138	100	false	10	0.000859	0.000251
+10	82	633	0.567560	0.000051	100	false	10	0.005510	0.000171
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000244
+0	1	0.000114
+0	2	0.000067
+0	3	0.000081
+0	4	0.000107
+0	5	0.000117
+0	6	0.000109
+0	7	0.000091
+0	8	0.000072
+0	9	0.000060
+1	0	0.000341
+1	1	0.000224
+1	2	0.000170
+1	3	0.000174
+1	4	0.000195
+1	5	0.000196
+1	6	0.000178
+1	7	0.000156
+1	8	0.000141
+1	9	0.000137
+2	0	0.001103
+2	1	0.000894
+2	2	0.000715
+2	3	0.000568
+2	4	0.000452
+2	5	0.000364
+2	6	0.000301
+2	7	0.000258
+2	8	0.000228
+2	9	0.000209
+3	0	0.000175
+3	1	0.000165
+3	2	0.000161
+3	3	0.000161
+3	4	0.000162
+3	5	0.000162
+3	6	0.000162
+3	7	0.000160
+3	8	0.000159
+3	9	0.000157
+4	0	0.000119
+4	1	0.000057
+4	2	0.000070
+4	3	0.000083
+4	4	0.000072
+4	5	0.000055
+4	6	0.000047
+4	7	0.000050
+4	8	0.000056
+4	9	0.000057
+5	0	0.000379
+5	1	0.000320
+5	2	0.000264
+5	3	0.000213
+5	4	0.000170
+5	5	0.000137
+5	6	0.000118
+5	7	0.000115
+5	8	0.000122
+5	9	0.000133
+6	0	0.000073
+6	1	0.000069
+6	2	0.000066
+6	3	0.000065
+6	4	0.000064
+6	5	0.000064
+6	6	0.000064
+6	7	0.000064
+6	8	0.000064
+6	9	0.000065
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000211
+8	1	0.000198
+8	2	0.000187
+8	3	0.000177
+8	4	0.000169
+8	5	0.000161
+8	6	0.000155
+8	7	0.000149
+8	8	0.000145
+8	9	0.000141
+9	0	0.000859
+9	1	0.000748
+9	2	0.000649
+9	3	0.000562
+9	4	0.000485
+9	5	0.000419
+9	6	0.000363
+9	7	0.000316
+9	8	0.000279
+9	9	0.000251
+10	0	0.005510
+10	1	0.004774
+10	2	0.004034
+10	3	0.003303
+10	4	0.002605
+10	5	0.001948
+10	6	0.001351
+10	7	0.000835
+10	8	0.000429
+10	9	0.000171

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atp2a3.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atp2a3
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	628	0.706902	0.000130	100	false	10	0.001509	0.000309
+1	680	628	0.887377	0.002060	100	false	10	0.060348	0.003760
+2	5552	628	0.638222	0.000044	100	false	10	0.000262	0.000090
+3	3231	628	0.457840	0.000054	100	false	10	0.000106	0.000065
+4	87	628	0.792807	0.000057	100	false	10	0.004869	0.000704
+5	96	628	0.923678	0.000651	100	false	10	0.002673	0.000910
+6	1210	628	0.650015	0.000139	100	false	10	0.000164	0.000151
+7	3	628	0.000000	0.000000	26	true	10	0.000463	0.000070
+8	448	628	0.919082	0.000490	100	false	10	0.001064	0.000474
+9	332	628	0.802713	0.000004	100	false	10	0.000023	0.000015
+10	82	628	0.353900	0.000519	100	false	10	0.060361	0.006864
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.001509
+0	1	0.001055
+0	2	0.000681
+0	3	0.000411
+0	4	0.000252
+0	5	0.000188
+0	6	0.000189
+0	7	0.000223
+0	8	0.000268
+0	9	0.000309
+1	0	0.060348
+1	1	0.051296
+1	2	0.042640
+1	3	0.034467
+1	4	0.026891
+1	5	0.020055
+1	6	0.014148
+1	7	0.009367
+1	8	0.005882
+1	9	0.003760
+2	0	0.000262
+2	1	0.000178
+2	2	0.000116
+2	3	0.000078
+2	4	0.000060
+2	5	0.000059
+2	6	0.000066
+2	7	0.000076
+2	8	0.000085
+2	9	0.000090
+3	0	0.000106
+3	1	0.000088
+3	2	0.000073
+3	3	0.000063
+3	4	0.000058
+3	5	0.000057
+3	6	0.000059
+3	7	0.000062
+3	8	0.000064
+3	9	0.000065
+4	0	0.004869
+4	1	0.002639
+4	2	0.001069
+4	3	0.000299
+4	4	0.000303
+4	5	0.000748
+4	6	0.001133
+4	7	0.001213
+4	8	0.001023
+4	9	0.000704
+5	0	0.002673
+5	1	0.001789
+5	2	0.001191
+5	3	0.000885
+5	4	0.000822
+5	5	0.000896
+5	6	0.000985
+5	7	0.001021
+5	8	0.000988
+5	9	0.000910
+6	0	0.000164
+6	1	0.000159
+6	2	0.000156
+6	3	0.000155
+6	4	0.000155
+6	5	0.000155
+6	6	0.000154
+6	7	0.000153
+6	8	0.000152
+6	9	0.000151
+7	0	0.000463
+7	1	0.000137
+7	2	0.000108
+7	3	0.000148
+7	4	0.000116
+7	5	0.000049
+7	6	0.000007
+7	7	0.000013
+7	8	0.000047
+7	9	0.000070
+8	0	0.001064
+8	1	0.000895
+8	2	0.000778
+8	3	0.000698
+8	4	0.000638
+8	5	0.000588
+8	6	0.000544
+8	7	0.000509
+8	8	0.000485
+8	9	0.000474
+9	0	0.000023
+9	1	0.000022
+9	2	0.000021
+9	3	0.000020
+9	4	0.000019
+9	5	0.000018
+9	6	0.000017
+9	7	0.000017
+9	8	0.000016
+9	9	0.000015
+10	0	0.060361
+10	1	0.045195
+10	2	0.030649
+10	3	0.017850
+10	4	0.008154
+10	5	0.002381
+10	6	0.000649
+10	7	0.001956
+10	8	0.004523
+10	9	0.006864

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atp5o.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atp5o
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	654	0.767555	0.000111	100	false	10	0.002752	0.000173
+1	680	654	0.408371	0.000173	100	false	10	0.003585	0.001019
+2	5552	654	0.831799	0.000575	100	false	10	0.012167	0.002879
+3	3231	654	0.624484	0.000199	100	false	10	0.000264	0.000243
+4	87	654	0.418070	0.000082	100	false	10	0.000784	0.000222
+5	96	654	0.761480	0.000123	100	false	10	0.001620	0.000427
+6	1210	654	0.748567	0.000507	100	false	10	0.000942	0.000562
+7	3	654	0.162026	0.000002	100	false	10	0.004120	0.000723
+8	448	654	0.831346	0.000200	100	false	10	0.001769	0.000512
+9	332	654	0.726478	0.000126	100	false	10	0.000167	0.000135
+10	82	654	0.462366	0.000113	100	false	10	0.004479	0.000383
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.002752
+0	1	0.000784
+0	2	0.000175
+0	3	0.000554
+0	4	0.000983
+0	5	0.001035
+0	6	0.000795
+0	7	0.000465
+0	8	0.000225
+0	9	0.000173
+1	0	0.003585
+1	1	0.003144
+1	2	0.002745
+1	3	0.002390
+1	4	0.002079
+1	5	0.001806
+1	6	0.001568
+1	7	0.001360
+1	8	0.001178
+1	9	0.001019
+2	0	0.012167
+2	1	0.008668
+2	2	0.005844
+2	3	0.003682
+2	4	0.002190
+2	5	0.001414
+2	6	0.001366
+2	7	0.001874
+2	8	0.002505
+2	9	0.002879
+3	0	0.000264
+3	1	0.000265
+3	2	0.000258
+3	3	0.000254
+3	4	0.000254
+3	5	0.000252
+3	6	0.000248
+3	7	0.000245
+3	8	0.000244
+3	9	0.000243
+4	0	0.000784
+4	1	0.000206
+4	2	0.000367
+4	3	0.000460
+4	4	0.000325
+4	5	0.000170
+4	6	0.000130
+4	7	0.000190
+4	8	0.000242
+4	9	0.000222
+5	0	0.001620
+5	1	0.001455
+5	2	0.001297
+5	3	0.001148
+5	4	0.001006
+5	5	0.000872
+5	6	0.000745
+5	7	0.000627
+5	8	0.000519
+5	9	0.000427
+6	0	0.000942
+6	1	0.000833
+6	2	0.000768
+6	3	0.000722
+6	4	0.000678
+6	5	0.000636
+6	6	0.000601
+6	7	0.000578
+6	8	0.000567
+6	9	0.000562
+7	0	0.004120
+7	1	0.003283
+7	2	0.002317
+7	3	0.001389
+7	4	0.000592
+7	5	0.000126
+7	6	0.000070
+7	7	0.000292
+7	8	0.000558
+7	9	0.000723
+8	0	0.001769
+8	1	0.001431
+8	2	0.001112
+8	3	0.000825
+8	4	0.000592
+8	5	0.000438
+8	6	0.000380
+8	7	0.000408
+8	8	0.000471
+8	9	0.000512
+9	0	0.000167
+9	1	0.000158
+9	2	0.000158
+9	3	0.000152
+9	4	0.000146
+9	5	0.000143
+9	6	0.000143
+9	7	0.000141
+9	8	0.000138
+9	9	0.000135
+10	0	0.004479
+10	1	0.001830
+10	2	0.000511
+10	3	0.000660
+10	4	0.001286
+10	5	0.001574
+10	6	0.001439
+10	7	0.001059
+10	8	0.000648
+10	9	0.000383

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atp6v1b2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atp6v1b2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	626	0.597389	0.000543	100	false	10	0.009461	0.002255
+1	680	626	0.534259	0.000177	100	false	10	0.000282	0.000204
+2	5552	626	0.923570	0.000548	100	false	10	0.010245	0.002143
+3	3231	626	0.634926	0.000388	100	false	10	0.000580	0.000407
+4	87	626	0.185573	0.000088	100	false	10	0.004760	0.001001
+5	96	626	0.802046	0.000287	100	false	10	0.000967	0.000318
+6	1210	626	0.734727	0.002796	100	false	10	0.005570	0.002833
+7	3	626	0.128217	0.000669	100	false	10	0.010128	0.001623
+8	448	626	0.837101	0.000180	100	false	10	0.000612	0.000239
+9	332	626	0.828212	0.000111	100	false	10	0.000693	0.000154
+10	82	626	0.589903	0.000074	100	false	10	0.002288	0.000414
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.009461
+0	1	0.004796
+0	2	0.001966
+0	3	0.000767
+0	4	0.000663
+0	5	0.001075
+0	6	0.001592
+0	7	0.001998
+0	8	0.002219
+0	9	0.002255
+1	0	0.000282
+1	1	0.000242
+1	2	0.000214
+1	3	0.000198
+1	4	0.000192
+1	5	0.000193
+1	6	0.000197
+1	7	0.000201
+1	8	0.000203
+1	9	0.000204
+2	0	0.010245
+2	1	0.008525
+2	2	0.007014
+2	3	0.005717
+2	4	0.004633
+2	5	0.003759
+2	6	0.003090
+2	7	0.002613
+2	8	0.002307
+2	9	0.002143
+3	0	0.000580
+3	1	0.000531
+3	2	0.000514
+3	3	0.000488
+3	4	0.000460
+3	5	0.000440
+3	6	0.000430
+3	7	0.000423
+3	8	0.000415
+3	9	0.000407
+4	0	0.004760
+4	1	0.003325
+4	2	0.002065
+4	3	0.001066
+4	4	0.000418
+4	5	0.000191
+4	6	0.000331
+4	7	0.000636
+4	8	0.000892
+4	9	0.001001
+5	0	0.000967
+5	1	0.000851
+5	2	0.000741
+5	3	0.000642
+5	4	0.000553
+5	5	0.000479
+5	6	0.000419
+5	7	0.000374
+5	8	0.000341
+5	9	0.000318
+6	0	0.005570
+6	1	0.004765
+6	2	0.004094
+6	3	0.003553
+6	4	0.003157
+6	5	0.002907
+6	6	0.002786
+6	7	0.002762
+6	8	0.002791
+6	9	0.002833
+7	0	0.010128
+7	1	0.006446
+7	2	0.003539
+7	3	0.001618
+7	4	0.000760
+7	5	0.000745
+7	6	0.001127
+7	7	0.001506
+7	8	0.001690
+7	9	0.001623
+8	0	0.000612
+8	1	0.000451
+8	2	0.000326
+8	3	0.000254
+8	4	0.000240
+8	5	0.000261
+8	6	0.000280
+8	7	0.000280
+8	8	0.000263
+8	9	0.000239
+9	0	0.000693
+9	1	0.000595
+9	2	0.000502
+9	3	0.000416
+9	4	0.000340
+9	5	0.000274
+9	6	0.000222
+9	7	0.000184
+9	8	0.000161
+9	9	0.000154
+10	0	0.002288
+10	1	0.001386
+10	2	0.000901
+10	3	0.000838
+10	4	0.000955
+10	5	0.000993
+10	6	0.000894
+10	7	0.000716
+10	8	0.000537
+10	9	0.000414

xenium_skin_mixed/sample15/log/Atrx.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Atrx
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	623	0.351777	0.000088	100	false	10	0.003636	0.000395
+1	680	623	0.579456	0.000123	100	false	10	0.000321	0.000140
+2	5552	623	0.822914	0.000100	100	false	10	0.000589	0.000330
+3	3231	623	0.564088	0.000137	100	false	10	0.000250	0.000162
+4	87	623	0.200045	0.000049	100	false	10	0.002335	0.000503
+5	96	623	0.846102	0.000103	100	false	10	0.000179	0.000107
+6	1210	623	0.512327	0.000096	100	false	10	0.000153	0.000104
+7	3	623	0.269467	0.000004	100	false	10	0.002841	0.000474
+8	448	623	0.793323	0.000169	100	false	10	0.000214	0.000188
+9	332	623	0.806304	0.000070	100	false	10	0.000118	0.000078
+10	82	623	0.263164	0.000071	100	false	10	0.007032	0.000646
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.003636
+0	1	0.003030
+0	2	0.002409
+0	3	0.001800
+0	4	0.001245
+0	5	0.000795
+0	6	0.000488
+0	7	0.000340
+0	8	0.000326
+0	9	0.000395
+1	0	0.000321
+1	1	0.000246
+1	2	0.000192
+1	3	0.000163
+1	4	0.000156
+1	5	0.000160
+1	6	0.000162
+1	7	0.000159
+1	8	0.000150
+1	9	0.000140
+2	0	0.000589
+2	1	0.000462
+2	2	0.000371
+2	3	0.000317
+2	4	0.000301
+2	5	0.000314
+2	6	0.000337
+2	7	0.000349
+2	8	0.000345
+2	9	0.000330
+3	0	0.000250
+3	1	0.000215
+3	2	0.000187
+3	3	0.000166
+3	4	0.000153
+3	5	0.000149
+3	6	0.000150
+3	7	0.000156
+3	8	0.000160
+3	9	0.000162
+4	0	0.002335
+4	1	0.001523
+4	2	0.000822
+4	3	0.000326
+4	4	0.000101
+4	5	0.000143
+4	6	0.000327
+4	7	0.000488
+4	8	0.000547
+4	9	0.000503
+5	0	0.000179
+5	1	0.000157
+5	2	0.000141
+5	3	0.000128
+5	4	0.000119
+5	5	0.000113
+5	6	0.000109
+5	7	0.000108
+5	8	0.000107
+5	9	0.000107
+6	0	0.000153
+6	1	0.000118
+6	2	0.000103
+6	3	0.000105
+6	4	0.000112
+6	5	0.000116
+6	6	0.000116
+6	7	0.000113
+6	8	0.000108
+6	9	0.000104
+7	0	0.002841
+7	1	0.002546
+7	2	0.002185
+7	3	0.001738
+7	4	0.001191
+7	5	0.000603
+7	6	0.000139
+7	7	0.000013
+7	8	0.000228
+7	9	0.000474
+8	0	0.000214
+8	1	0.000210
+8	2	0.000206
+8	3	0.000203
+8	4	0.000200
+8	5	0.000197
+8	6	0.000195
+8	7	0.000192
+8	8	0.000190
+8	9	0.000188
+9	0	0.000118
+9	1	0.000103
+9	2	0.000091
+9	3	0.000083
+9	4	0.000078
+9	5	0.000075
+9	6	0.000075
+9	7	0.000076
+9	8	0.000077
+9	9	0.000078
+10	0	0.007032
+10	1	0.005966
+10	2	0.004813
+10	3	0.003598
+10	4	0.002384
+10	5	0.001288
+10	6	0.000488
+10	7	0.000146
+10	8	0.000271
+10	9	0.000646

xenium_skin_mixed/sample15/log/Azi2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Azi2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	640	0.404372	0.000053	100	false	10	0.000619	0.000167
+1	680	640	0.586283	0.000122	100	false	10	0.000330	0.000177
+2	5552	640	0.690479	0.000097	100	false	10	0.000321	0.000143
+3	3231	640	0.762377	0.000101	100	false	10	0.000128	0.000109
+4	87	640	0.544155	0.000048	100	false	10	0.000872	0.000099
+5	96	640	0.666089	0.000213	100	false	10	0.001232	0.000310
+6	1210	640	0.414635	0.000161	100	false	10	0.000248	0.000186
+7	3	640	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	640	0.700650	0.000150	100	false	10	0.001464	0.000431
+9	332	640	0.697109	0.000081	100	false	10	0.000338	0.000121
+10	82	640	0.664224	0.000124	100	false	10	0.003503	0.000907
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000619
+0	1	0.000319
+0	2	0.000164
+0	3	0.000141
+0	4	0.000185
+0	5	0.000229
+0	6	0.000247
+0	7	0.000237
+0	8	0.000206
+0	9	0.000167
+1	0	0.000330
+1	1	0.000243
+1	2	0.000186
+1	3	0.000157
+1	4	0.000152
+1	5	0.000161
+1	6	0.000173
+1	7	0.000180
+1	8	0.000182
+1	9	0.000177
+2	0	0.000321
+2	1	0.000250
+2	2	0.000193
+2	3	0.000150
+2	4	0.000125
+2	5	0.000114
+2	6	0.000117
+2	7	0.000126
+2	8	0.000136
+2	9	0.000143
+3	0	0.000128
+3	1	0.000123
+3	2	0.000119
+3	3	0.000116
+3	4	0.000113
+3	5	0.000111
+3	6	0.000110
+3	7	0.000109
+3	8	0.000109
+3	9	0.000109
+4	0	0.000872
+4	1	0.000360
+4	2	0.000113
+4	3	0.000105
+4	4	0.000210
+4	5	0.000290
+4	6	0.000294
+4	7	0.000240
+4	8	0.000164
+4	9	0.000099
+5	0	0.001232
+5	1	0.000692
+5	2	0.000371
+5	3	0.000327
+5	4	0.000441
+5	5	0.000525
+5	6	0.000526
+5	7	0.000465
+5	8	0.000381
+5	9	0.000310
+6	0	0.000248
+6	1	0.000207
+6	2	0.000191
+6	3	0.000197
+6	4	0.000206
+6	5	0.000206
+6	6	0.000199
+6	7	0.000191
+6	8	0.000186
+6	9	0.000186
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.001464
+8	1	0.001098
+8	2	0.000787
+8	3	0.000548
+8	4	0.000392
+8	5	0.000323
+8	6	0.000328
+8	7	0.000372
+8	8	0.000415
+8	9	0.000431
+9	0	0.000338
+9	1	0.000188
+9	2	0.000118
+9	3	0.000117
+9	4	0.000144
+9	5	0.000164
+9	6	0.000168
+9	7	0.000159
+9	8	0.000141
+9	9	0.000121
+10	0	0.003503
+10	1	0.002924
+10	2	0.002370
+10	3	0.001836
+10	4	0.001326
+10	5	0.000873
+10	6	0.000549
+10	7	0.000463
+10	8	0.000665
+10	9	0.000907

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bach1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bach1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	641	0.621357	0.000147	100	false	10	0.006953	0.001525
+1	680	641	0.386412	0.000054	100	false	10	0.000381	0.000109
+2	5552	641	0.820313	0.000329	100	false	10	0.002193	0.000676
+3	3231	641	0.404842	0.000136	100	false	10	0.000194	0.000166
+4	87	641	0.638915	0.000032	100	false	10	0.000284	0.000080
+5	96	641	0.927426	0.000096	100	false	10	0.000210	0.000133
+6	1210	641	0.794866	0.000256	100	false	10	0.001000	0.000299
+7	3	641	0.182174	0.000085	100	false	10	0.001536	0.000192
+8	448	641	0.620780	0.000134	100	false	10	0.000597	0.000145
+9	332	641	0.928042	0.000359	100	false	10	0.000650	0.000407
+10	82	641	0.489847	0.000078	100	false	10	0.004256	0.000885
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.006953
+0	1	0.005133
+0	2	0.003408
+0	3	0.001894
+0	4	0.000781
+0	5	0.000268
+0	6	0.000416
+0	7	0.000943
+0	8	0.001389
+0	9	0.001525
+1	0	0.000381
+1	1	0.000272
+1	2	0.000174
+1	3	0.000105
+1	4	0.000073
+1	5	0.000068
+1	6	0.000077
+1	7	0.000090
+1	8	0.000101
+1	9	0.000109
+2	0	0.002193
+2	1	0.001435
+2	2	0.000900
+2	3	0.000575
+2	4	0.000429
+2	5	0.000414
+2	6	0.000476
+2	7	0.000563
+2	8	0.000636
+2	9	0.000676
+3	0	0.000194
+3	1	0.000187
+3	2	0.000184
+3	3	0.000181
+3	4	0.000179
+3	5	0.000176
+3	6	0.000173
+3	7	0.000170
+3	8	0.000168
+3	9	0.000166
+4	0	0.000284
+4	1	0.000159
+4	2	0.000089
+4	3	0.000066
+4	4	0.000075
+4	5	0.000095
+4	6	0.000107
+4	7	0.000107
+4	8	0.000096
+4	9	0.000080
+5	0	0.000210
+5	1	0.000182
+5	2	0.000161
+5	3	0.000145
+5	4	0.000136
+5	5	0.000133
+5	6	0.000132
+5	7	0.000133
+5	8	0.000133
+5	9	0.000133
+6	0	0.001000
+6	1	0.000856
+6	2	0.000729
+6	3	0.000621
+6	4	0.000530
+6	5	0.000455
+6	6	0.000396
+6	7	0.000352
+6	8	0.000320
+6	9	0.000299
+7	0	0.001536
+7	1	0.000848
+7	2	0.000329
+7	3	0.000058
+7	4	0.000046
+7	5	0.000185
+7	6	0.000315
+7	7	0.000345
+7	8	0.000291
+7	9	0.000192
+8	0	0.000597
+8	1	0.000520
+8	2	0.000444
+8	3	0.000371
+8	4	0.000303
+8	5	0.000241
+8	6	0.000190
+8	7	0.000155
+8	8	0.000140
+8	9	0.000145
+9	0	0.000650
+9	1	0.000484
+9	2	0.000509
+9	3	0.000516
+9	4	0.000470
+9	5	0.000421
+9	6	0.000404
+9	7	0.000411
+9	8	0.000417
+9	9	0.000407
+10	0	0.004256
+10	1	0.002892
+10	2	0.001696
+10	3	0.000787
+10	4	0.000268
+10	5	0.000149
+10	6	0.000309
+10	7	0.000563
+10	8	0.000776
+10	9	0.000885

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bap1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bap1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	640	0.423885	0.000012	100	false	10	0.000115	0.000043
+1	680	640	0.498487	0.000038	100	false	10	0.000064	0.000052
+2	5552	640	0.642043	0.000043	100	false	10	0.000053	0.000046
+3	3231	640	0.509807	0.000046	100	false	10	0.000108	0.000070
+4	87	640	0.000000	0.000015	100	false	10	0.000458	0.000026
+5	96	640	0.847570	0.000006	100	false	10	0.000009	0.000008
+6	1210	640	0.331936	0.000047	100	false	10	0.000047	0.000047
+7	3	640	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	640	0.368227	0.000047	100	false	10	0.000086	0.000056
+9	332	640	0.614468	0.000037	100	false	10	0.000039	0.000038
+10	82	640	0.478863	0.000055	100	false	10	0.000286	0.000063
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000115
+0	1	0.000106
+0	2	0.000097
+0	3	0.000088
+0	4	0.000080
+0	5	0.000072
+0	6	0.000064
+0	7	0.000056
+0	8	0.000050
+0	9	0.000043
+1	0	0.000064
+1	1	0.000061
+1	2	0.000060
+1	3	0.000059
+1	4	0.000057
+1	5	0.000056
+1	6	0.000055
+1	7	0.000054
+1	8	0.000053
+1	9	0.000052
+2	0	0.000053
+2	1	0.000049
+2	2	0.000046
+2	3	0.000045
+2	4	0.000045
+2	5	0.000046
+2	6	0.000046
+2	7	0.000046
+2	8	0.000046
+2	9	0.000046
+3	0	0.000108
+3	1	0.000102
+3	2	0.000097
+3	3	0.000092
+3	4	0.000087
+3	5	0.000083
+3	6	0.000079
+3	7	0.000076
+3	8	0.000073
+3	9	0.000070
+4	0	0.000458
+4	1	0.000377
+4	2	0.000295
+4	3	0.000217
+4	4	0.000146
+4	5	0.000088
+4	6	0.000047
+4	7	0.000025
+4	8	0.000019
+4	9	0.000026
+5	0	0.000009
+5	1	0.000009
+5	2	0.000009
+5	3	0.000009
+5	4	0.000008
+5	5	0.000008
+5	6	0.000008
+5	7	0.000008
+5	8	0.000008
+5	9	0.000008
+6	0	0.000047
+6	1	0.000047
+6	2	0.000047
+6	3	0.000047
+6	4	0.000047
+6	5	0.000047
+6	6	0.000047
+6	7	0.000047
+6	8	0.000047
+6	9	0.000047
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000086
+8	1	0.000073
+8	2	0.000067
+8	3	0.000065
+8	4	0.000064
+8	5	0.000063
+8	6	0.000061
+8	7	0.000059
+8	8	0.000057
+8	9	0.000056
+9	0	0.000039
+9	1	0.000039
+9	2	0.000039
+9	3	0.000039
+9	4	0.000039
+9	5	0.000038
+9	6	0.000038
+9	7	0.000038
+9	8	0.000038
+9	9	0.000038
+10	0	0.000286
+10	1	0.000231
+10	2	0.000184
+10	3	0.000147
+10	4	0.000118
+10	5	0.000097
+10	6	0.000081
+10	7	0.000071
+10	8	0.000065
+10	9	0.000063

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bcam.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bcam
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	627	0.230359	0.000014	100	false	10	0.000025	0.000014
+1	680	627	0.912798	0.001811	100	false	10	0.010826	0.002676
+2	5552	627	0.943921	0.002632	100	false	10	0.075170	0.021415
+3	3231	627	0.610965	0.000232	100	false	10	0.000578	0.000293
+4	87	627	0.696034	0.000216	100	false	10	0.001154	0.000403
+5	96	627	0.953781	0.000112	100	false	10	0.001551	0.000402
+6	1210	627	0.746569	0.000085	100	false	10	0.000169	0.000122
+7	3	627	0.177478	0.000038	100	false	10	0.000161	0.000028
+8	448	627	0.913713	0.002322	100	false	10	0.021613	0.006998
+9	332	627	0.974496	0.000685	100	false	10	0.004842	0.000994
+10	82	627	0.505774	0.000003	100	false	10	0.000111	0.000011
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000025
+0	1	0.000022
+0	2	0.000020
+0	3	0.000017
+0	4	0.000016
+0	5	0.000015
+0	6	0.000014
+0	7	0.000014
+0	8	0.000014
+0	9	0.000014
+1	0	0.010826
+1	1	0.008523
+1	2	0.006940
+1	3	0.005868
+1	4	0.005077
+1	5	0.004423
+1	6	0.003848
+1	7	0.003351
+1	8	0.002952
+1	9	0.002676
+2	0	0.075170
+2	1	0.058641
+2	2	0.045651
+2	3	0.035997
+2	4	0.029308
+2	5	0.025124
+2	6	0.022914
+2	7	0.022019
+2	8	0.021713
+2	9	0.021415
+3	0	0.000578
+3	1	0.000471
+3	2	0.000386
+3	3	0.000325
+3	4	0.000287
+3	5	0.000270
+3	6	0.000267
+3	7	0.000274
+3	8	0.000284
+3	9	0.000293
+4	0	0.001154
+4	1	0.000659
+4	2	0.000388
+4	3	0.000283
+4	4	0.000287
+4	5	0.000347
+4	6	0.000409
+4	7	0.000438
+4	8	0.000432
+4	9	0.000403
+5	0	0.001551
+5	1	0.001071
+5	2	0.000692
+5	3	0.000448
+5	4	0.000349
+5	5	0.000359
+5	6	0.000403
+5	7	0.000429
+5	8	0.000425
+5	9	0.000402
+6	0	0.000169
+6	1	0.000156
+6	2	0.000146
+6	3	0.000138
+6	4	0.000131
+6	5	0.000127
+6	6	0.000124
+6	7	0.000123
+6	8	0.000122
+6	9	0.000122
+7	0	0.000161
+7	1	0.000106
+7	2	0.000062
+7	3	0.000032
+7	4	0.000015
+7	5	0.000010
+7	6	0.000014
+7	7	0.000021
+7	8	0.000026
+7	9	0.000028
+8	0	0.021613
+8	1	0.015873
+8	2	0.011086
+8	3	0.007513
+8	4	0.005445
+8	5	0.004996
+8	6	0.005774
+8	7	0.006819
+8	8	0.007294
+8	9	0.006998
+9	0	0.004842
+9	1	0.004174
+9	2	0.003567
+9	3	0.003005
+9	4	0.002496
+9	5	0.002048
+9	6	0.001661
+9	7	0.001344
+9	8	0.001114
+9	9	0.000994
+10	0	0.000111
+10	1	0.000052
+10	2	0.000018
+10	3	0.000012
+10	4	0.000025
+10	5	0.000035
+10	6	0.000034
+10	7	0.000026
+10	8	0.000016
+10	9	0.000011

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bcl2l11.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bcl2l11
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	662	0.645678	0.000030	100	false	10	0.000215	0.000067
+1	680	662	0.376044	0.000037	100	false	10	0.000052	0.000040
+2	5552	662	0.703430	0.000059	100	false	10	0.000362	0.000151
+3	3231	662	0.520096	0.000026	100	false	10	0.000053	0.000032
+4	87	662	0.646805	0.000002	100	false	10	0.000002	0.000002
+5	96	662	0.582248	0.000029	100	false	10	0.000051	0.000039
+6	1210	662	0.719397	0.000038	100	false	10	0.000066	0.000043
+7	3	662	0.150258	0.000000	100	false	10	0.000102	0.000007
+8	448	662	0.495837	0.000005	100	false	10	0.000007	0.000007
+9	332	662	0.661106	0.000033	100	false	10	0.000049	0.000045
+10	82	662	0.502459	0.000033	100	false	10	0.000942	0.000034
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000215
+0	1	0.000136
+0	2	0.000078
+0	3	0.000043
+0	4	0.000032
+0	5	0.000037
+0	6	0.000049
+0	7	0.000060
+0	8	0.000066
+0	9	0.000067
+1	0	0.000052
+1	1	0.000050
+1	2	0.000048
+1	3	0.000047
+1	4	0.000045
+1	5	0.000044
+1	6	0.000043
+1	7	0.000042
+1	8	0.000041
+1	9	0.000040
+2	0	0.000362
+2	1	0.000290
+2	2	0.000234
+2	3	0.000194
+2	4	0.000169
+2	5	0.000155
+2	6	0.000149
+2	7	0.000148
+2	8	0.000149
+2	9	0.000151
+3	0	0.000053
+3	1	0.000050
+3	2	0.000048
+3	3	0.000045
+3	4	0.000043
+3	5	0.000040
+3	6	0.000038
+3	7	0.000036
+3	8	0.000034
+3	9	0.000032
+4	0	0.000002
+4	1	0.000002
+4	2	0.000002
+4	3	0.000002
+4	4	0.000002
+4	5	0.000002
+4	6	0.000002
+4	7	0.000002
+4	8	0.000002
+4	9	0.000002
+5	0	0.000051
+5	1	0.000049
+5	2	0.000046
+5	3	0.000044
+5	4	0.000042
+5	5	0.000041
+5	6	0.000040
+5	7	0.000040
+5	8	0.000039
+5	9	0.000039
+6	0	0.000066
+6	1	0.000062
+6	2	0.000058
+6	3	0.000055
+6	4	0.000052
+6	5	0.000049
+6	6	0.000047
+6	7	0.000045
+6	8	0.000044
+6	9	0.000043
+7	0	0.000102
+7	1	0.000052
+7	2	0.000025
+7	3	0.000017
+7	4	0.000020
+7	5	0.000024
+7	6	0.000024
+7	7	0.000020
+7	8	0.000014
+7	9	0.000007
+8	0	0.000007
+8	1	0.000007
+8	2	0.000007
+8	3	0.000007
+8	4	0.000007
+8	5	0.000007
+8	6	0.000007
+8	7	0.000007
+8	8	0.000007
+8	9	0.000007
+9	0	0.000049
+9	1	0.000048
+9	2	0.000048
+9	3	0.000047
+9	4	0.000047
+9	5	0.000046
+9	6	0.000046
+9	7	0.000045
+9	8	0.000045
+9	9	0.000045
+10	0	0.000942
+10	1	0.000755
+10	2	0.000573
+10	3	0.000407
+10	4	0.000269
+10	5	0.000164
+10	6	0.000095
+10	7	0.000055
+10	8	0.000037
+10	9	0.000034

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bcl7b.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bcl7b
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	649	0.776837	0.000094	100	false	10	0.001965	0.000384
+1	680	649	0.561448	0.000091	100	false	10	0.001191	0.000242
+2	5552	649	0.530474	0.000085	100	false	10	0.000118	0.000093
+3	3231	649	0.725669	0.000114	100	false	10	0.000136	0.000127
+4	87	649	0.534016	0.000044	100	false	10	0.000319	0.000094
+5	96	649	0.937657	0.000045	100	false	10	0.000211	0.000102
+6	1210	649	0.629111	0.000132	100	false	10	0.000167	0.000141
+7	3	649	0.202895	0.000012	100	false	10	0.000244	0.000034
+8	448	649	0.692708	0.000198	100	false	10	0.000986	0.000346
+9	332	649	0.757890	0.000103	100	false	10	0.000195	0.000115
+10	82	649	0.468904	0.000039	100	false	10	0.000749	0.000078
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.001965
+0	1	0.001499
+0	2	0.001077
+0	3	0.000720
+0	4	0.000446
+0	5	0.000274
+0	6	0.000208
+0	7	0.000232
+0	8	0.000306
+0	9	0.000384
+1	0	0.001191
+1	1	0.000929
+1	2	0.000684
+1	3	0.000465
+1	4	0.000287
+1	5	0.000164
+1	6	0.000109
+1	7	0.000123
+1	8	0.000181
+1	9	0.000242
+2	0	0.000118
+2	1	0.000103
+2	2	0.000096
+2	3	0.000095
+2	4	0.000097
+2	5	0.000099
+2	6	0.000099
+2	7	0.000097
+2	8	0.000095
+2	9	0.000093
+3	0	0.000136
+3	1	0.000134
+3	2	0.000132
+3	3	0.000131
+3	4	0.000130
+3	5	0.000129
+3	6	0.000129
+3	7	0.000128
+3	8	0.000127
+3	9	0.000127
+4	0	0.000319
+4	1	0.000149
+4	2	0.000085
+4	3	0.000131
+4	4	0.000164
+4	5	0.000137
+4	6	0.000096
+4	7	0.000077
+4	8	0.000081
+4	9	0.000094
+5	0	0.000211
+5	1	0.000176
+5	2	0.000152
+5	3	0.000137
+5	4	0.000129
+5	5	0.000125
+5	6	0.000121
+5	7	0.000116
+5	8	0.000109
+5	9	0.000102
+6	0	0.000167
+6	1	0.000155
+6	2	0.000147
+6	3	0.000142
+6	4	0.000140
+6	5	0.000139
+6	6	0.000140
+6	7	0.000140
+6	8	0.000141
+6	9	0.000141
+7	0	0.000244
+7	1	0.000196
+7	2	0.000099
+7	3	0.000046
+7	4	0.000040
+7	5	0.000029
+7	6	0.000019
+7	7	0.000025
+7	8	0.000035
+7	9	0.000034
+8	0	0.000986
+8	1	0.000666
+8	2	0.000450
+8	3	0.000349
+8	4	0.000341
+8	5	0.000373
+8	6	0.000400
+8	7	0.000403
+8	8	0.000382
+8	9	0.000346
+9	0	0.000195
+9	1	0.000169
+9	2	0.000150
+9	3	0.000137
+9	4	0.000127
+9	5	0.000121
+9	6	0.000118
+9	7	0.000116
+9	8	0.000115
+9	9	0.000115
+10	0	0.000749
+10	1	0.000636
+10	2	0.000529
+10	3	0.000429
+10	4	0.000340
+10	5	0.000263
+10	6	0.000199
+10	7	0.000147
+10	8	0.000107
+10	9	0.000078

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bclaf1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bclaf1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	639	0.698162	0.000100	100	false	10	0.000395	0.000134
+1	680	639	0.341603	0.000135	100	false	10	0.000903	0.000252
+2	5552	639	0.848609	0.000150	100	false	10	0.000462	0.000243
+3	3231	639	0.693458	0.000161	100	false	10	0.000328	0.000180
+4	87	639	0.595765	0.000059	100	false	10	0.016463	0.002732
+5	96	639	0.946250	0.000088	100	false	10	0.000432	0.000143
+6	1210	639	0.522699	0.000132	100	false	10	0.000187	0.000147
+7	3	639	0.141132	0.000000	100	false	10	0.000045	0.000008
+8	448	639	0.668441	0.000169	100	false	10	0.000330	0.000185
+9	332	639	0.803405	0.000080	100	false	10	0.000365	0.000125
+10	82	639	0.525604	0.000145	100	false	10	0.000351	0.000156
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000395
+0	1	0.000209
+0	2	0.000314
+0	3	0.000259
+0	4	0.000172
+0	5	0.000159
+0	6	0.000196
+0	7	0.000199
+0	8	0.000163
+0	9	0.000134
+1	0	0.000903
+1	1	0.000567
+1	2	0.000323
+1	3	0.000205
+1	4	0.000213
+1	5	0.000280
+1	6	0.000329
+1	7	0.000334
+1	8	0.000301
+1	9	0.000252
+2	0	0.000462
+2	1	0.000358
+2	2	0.000304
+2	3	0.000283
+2	4	0.000280
+2	5	0.000281
+2	6	0.000277
+2	7	0.000267
+2	8	0.000255
+2	9	0.000243
+3	0	0.000328
+3	1	0.000303
+3	2	0.000279
+3	3	0.000258
+3	4	0.000239
+3	5	0.000223
+3	6	0.000209
+3	7	0.000197
+3	8	0.000187
+3	9	0.000180
+4	0	0.016463
+4	1	0.012244
+4	2	0.008124
+4	3	0.004459
+4	4	0.001700
+4	5	0.000260
+4	6	0.000202
+4	7	0.001035
+4	8	0.002035
+4	9	0.002732
+5	0	0.000432
+5	1	0.000332
+5	2	0.000257
+5	3	0.000216
+5	4	0.000203
+5	5	0.000200
+5	6	0.000193
+5	7	0.000179
+5	8	0.000160
+5	9	0.000143
+6	0	0.000187
+6	1	0.000175
+6	2	0.000168
+6	3	0.000163
+6	4	0.000160
+6	5	0.000158
+6	6	0.000155
+6	7	0.000152
+6	8	0.000149
+6	9	0.000147
+7	0	0.000045
+7	1	0.000025
+7	2	0.000010
+7	3	0.000003
+7	4	0.000001
+7	5	0.000003
+7	6	0.000006
+7	7	0.000008
+7	8	0.000009
+7	9	0.000008
+8	0	0.000330
+8	1	0.000264
+8	2	0.000220
+8	3	0.000201
+8	4	0.000198
+8	5	0.000201
+8	6	0.000202
+8	7	0.000198
+8	8	0.000192
+8	9	0.000185
+9	0	0.000365
+9	1	0.000301
+9	2	0.000246
+9	3	0.000201
+9	4	0.000167
+9	5	0.000143
+9	6	0.000128
+9	7	0.000122
+9	8	0.000122
+9	9	0.000125
+10	0	0.000351
+10	1	0.000231
+10	2	0.000179
+10	3	0.000179
+10	4	0.000199
+10	5	0.000211
+10	6	0.000205
+10	7	0.000188
+10	8	0.000170
+10	9	0.000156

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bcr.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bcr
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	635	0.536696	0.000010	100	false	10	0.000024	0.000011
+1	680	635	0.952553	0.000320	100	false	10	0.006274	0.000594
+2	5552	635	0.908520	0.000225	100	false	10	0.002675	0.000415
+3	3231	635	0.433706	0.000055	100	false	10	0.000056	0.000056
+4	87	635	0.543409	0.000043	100	false	10	0.000546	0.000059
+5	96	635	0.872551	0.000139	100	false	10	0.000466	0.000170
+6	1210	635	0.226309	0.000026	100	false	10	0.000027	0.000026
+7	3	635	0.195351	0.000000	100	false	10	0.000027	0.000008
+8	448	635	0.818103	0.000055	100	false	10	0.000103	0.000072
+9	332	635	0.765514	0.000067	100	false	10	0.000126	0.000089
+10	82	635	0.149086	0.000027	100	false	10	0.000583	0.000164
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000024
+0	1	0.000021
+0	2	0.000019
+0	3	0.000017
+0	4	0.000016
+0	5	0.000014
+0	6	0.000013
+0	7	0.000012
+0	8	0.000012
+0	9	0.000011
+1	0	0.006274
+1	1	0.005058
+1	2	0.004009
+1	3	0.003132
+1	4	0.002414
+1	5	0.001837
+1	6	0.001381
+1	7	0.001031
+1	8	0.000773
+1	9	0.000594
+2	0	0.002675
+2	1	0.002199
+2	2	0.001776
+2	3	0.001409
+2	4	0.001100
+2	5	0.000849
+2	6	0.000656
+2	7	0.000522
+2	8	0.000443
+2	9	0.000415
+3	0	0.000056
+3	1	0.000056
+3	2	0.000056
+3	3	0.000056
+3	4	0.000056
+3	5	0.000056
+3	6	0.000056
+3	7	0.000056
+3	8	0.000056
+3	9	0.000056
+4	0	0.000546
+4	1	0.000374
+4	2	0.000248
+4	3	0.000163
+4	4	0.000109
+4	5	0.000076
+4	6	0.000059
+4	7	0.000052
+4	8	0.000053
+4	9	0.000059
+5	0	0.000466
+5	1	0.000421
+5	2	0.000378
+5	3	0.000336
+5	4	0.000296
+5	5	0.000259
+5	6	0.000227
+5	7	0.000201
+5	8	0.000182
+5	9	0.000170
+6	0	0.000027
+6	1	0.000027
+6	2	0.000027
+6	3	0.000027
+6	4	0.000027
+6	5	0.000027
+6	6	0.000027
+6	7	0.000026
+6	8	0.000026
+6	9	0.000026
+7	0	0.000027
+7	1	0.000017
+7	2	0.000010
+7	3	0.000006
+7	4	0.000006
+7	5	0.000006
+7	6	0.000008
+7	7	0.000008
+7	8	0.000008
+7	9	0.000008
+8	0	0.000103
+8	1	0.000097
+8	2	0.000092
+8	3	0.000088
+8	4	0.000084
+8	5	0.000081
+8	6	0.000078
+8	7	0.000076
+8	8	0.000074
+8	9	0.000072
+9	0	0.000126
+9	1	0.000137
+9	2	0.000112
+9	3	0.000103
+9	4	0.000107
+9	5	0.000100
+9	6	0.000090
+9	7	0.000088
+9	8	0.000091
+9	9	0.000089
+10	0	0.000583
+10	1	0.000484
+10	2	0.000380
+10	3	0.000277
+10	4	0.000185
+10	5	0.000116
+10	6	0.000086
+10	7	0.000099
+10	8	0.000135
+10	9	0.000164

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bex3.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bex3
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	640	0.756070	0.000042	100	false	10	0.000060	0.000045
+1	680	640	0.457905	0.000038	100	false	10	0.000180	0.000062
+2	5552	640	0.890807	0.000107	100	false	10	0.000382	0.000206
+3	3231	640	0.736981	0.000051	100	false	10	0.000120	0.000068
+4	87	640	0.281510	0.000016	100	false	10	0.000059	0.000025
+5	96	640	0.876519	0.000028	100	false	10	0.000029	0.000026
+6	1210	640	0.671344	0.000054	100	false	10	0.000245	0.000070
+7	3	640	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	640	0.941383	0.000035	100	false	10	0.000135	0.000049
+9	332	640	0.648189	0.000026	100	false	10	0.000029	0.000028
+10	82	640	0.176836	0.000033	100	false	10	0.000237	0.000040
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000060
+0	1	0.000049
+0	2	0.000047
+0	3	0.000049
+0	4	0.000050
+0	5	0.000050
+0	6	0.000048
+0	7	0.000047
+0	8	0.000046
+0	9	0.000045
+1	0	0.000180
+1	1	0.000157
+1	2	0.000133
+1	3	0.000110
+1	4	0.000088
+1	5	0.000069
+1	6	0.000054
+1	7	0.000048
+1	8	0.000051
+1	9	0.000062
+2	0	0.000382
+2	1	0.000294
+2	2	0.000238
+2	3	0.000211
+2	4	0.000204
+2	5	0.000209
+2	6	0.000216
+2	7	0.000218
+2	8	0.000214
+2	9	0.000206
+3	0	0.000120
+3	1	0.000110
+3	2	0.000102
+3	3	0.000095
+3	4	0.000088
+3	5	0.000083
+3	6	0.000078
+3	7	0.000074
+3	8	0.000071
+3	9	0.000068
+4	0	0.000059
+4	1	0.000030
+4	2	0.000040
+4	3	0.000041
+4	4	0.000032
+4	5	0.000025
+4	6	0.000025
+4	7	0.000028
+4	8	0.000028
+4	9	0.000025
+5	0	0.000029
+5	1	0.000028
+5	2	0.000028
+5	3	0.000027
+5	4	0.000027
+5	5	0.000026
+5	6	0.000026
+5	7	0.000026
+5	8	0.000026
+5	9	0.000026
+6	0	0.000245
+6	1	0.000141
+6	2	0.000101
+6	3	0.000112
+6	4	0.000127
+6	5	0.000125
+6	6	0.000108
+6	7	0.000088
+6	8	0.000074
+6	9	0.000070
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000135
+8	1	0.000101
+8	2	0.000075
+8	3	0.000059
+8	4	0.000049
+8	5	0.000045
+8	6	0.000044
+8	7	0.000045
+8	8	0.000047
+8	9	0.000049
+9	0	0.000029
+9	1	0.000029
+9	2	0.000029
+9	3	0.000029
+9	4	0.000029
+9	5	0.000028
+9	6	0.000028
+9	7	0.000028
+9	8	0.000028
+9	9	0.000028
+10	0	0.000237
+10	1	0.000186
+10	2	0.000141
+10	3	0.000104
+10	4	0.000076
+10	5	0.000056
+10	6	0.000045
+10	7	0.000039
+10	8	0.000039
+10	9	0.000040

xenium_skin_mixed/sample15/log/Birc3.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Birc3
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	611	0.939218	0.000177	100	false	10	0.000317	0.000238
+1	680	611	0.533772	0.000046	100	false	10	0.000112	0.000070
+2	5552	611	0.405884	0.000049	100	false	10	0.000068	0.000055
+3	3231	611	0.530873	0.000081	100	false	10	0.000184	0.000107
+4	87	611	0.234496	0.000015	100	false	10	0.000485	0.000074
+5	96	611	0.874632	0.000066	100	false	10	0.000155	0.000102
+6	1210	611	0.538800	0.000135	100	false	10	0.000160	0.000135
+7	3	611	0.000000	0.000000	13	true	10	0.000097	0.000019
+8	448	611	0.764597	0.000034	100	false	10	0.000035	0.000034
+9	332	611	0.551810	0.000038	100	false	10	0.000101	0.000059
+10	82	611	0.357673	0.000087	100	false	10	0.012141	0.000543
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000317
+0	1	0.000451
+0	2	0.000288
+0	3	0.000263
+0	4	0.000322
+0	5	0.000282
+0	6	0.000220
+0	7	0.000221
+0	8	0.000248
+0	9	0.000238
+1	0	0.000112
+1	1	0.000105
+1	2	0.000099
+1	3	0.000093
+1	4	0.000088
+1	5	0.000083
+1	6	0.000079
+1	7	0.000076
+1	8	0.000073
+1	9	0.000070
+2	0	0.000068
+2	1	0.000061
+2	2	0.000057
+2	3	0.000054
+2	4	0.000054
+2	5	0.000054
+2	6	0.000054
+2	7	0.000055
+2	8	0.000055
+2	9	0.000055
+3	0	0.000184
+3	1	0.000170
+3	2	0.000158
+3	3	0.000147
+3	4	0.000137
+3	5	0.000129
+3	6	0.000122
+3	7	0.000116
+3	8	0.000111
+3	9	0.000107
+4	0	0.000485
+4	1	0.000247
+4	2	0.000085
+4	3	0.000024
+4	4	0.000048
+4	5	0.000100
+4	6	0.000132
+4	7	0.000132
+4	8	0.000108
+4	9	0.000074
+5	0	0.000155
+5	1	0.000126
+5	2	0.000123
+5	3	0.000126
+5	4	0.000125
+5	5	0.000120
+5	6	0.000113
+5	7	0.000107
+5	8	0.000104
+5	9	0.000102
+6	0	0.000160
+6	1	0.000155
+6	2	0.000151
+6	3	0.000148
+6	4	0.000145
+6	5	0.000142
+6	6	0.000140
+6	7	0.000138
+6	8	0.000136
+6	9	0.000135
+7	0	0.000097
+7	1	0.000076
+7	2	0.000058
+7	3	0.000042
+7	4	0.000030
+7	5	0.000022
+7	6	0.000017
+7	7	0.000016
+7	8	0.000017
+7	9	0.000019
+8	0	0.000035
+8	1	0.000035
+8	2	0.000035
+8	3	0.000034
+8	4	0.000034
+8	5	0.000034
+8	6	0.000034
+8	7	0.000034
+8	8	0.000034
+8	9	0.000034
+9	0	0.000101
+9	1	0.000096
+9	2	0.000091
+9	3	0.000086
+9	4	0.000081
+9	5	0.000077
+9	6	0.000072
+9	7	0.000068
+9	8	0.000064
+9	9	0.000059
+10	0	0.012141
+10	1	0.010159
+10	2	0.008086
+10	3	0.006026
+10	4	0.004138
+10	5	0.002586
+10	6	0.001482
+10	7	0.000831
+10	8	0.000554
+10	9	0.000543

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bmp1.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bmp1
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	629	0.959988	0.000141	100	false	10	0.000613	0.000377
+1	680	629	0.767921	0.000885	100	false	10	0.015576	0.004145
+2	5552	629	0.809521	0.000474	100	false	10	0.000823	0.000527
+3	3231	629	0.909769	0.003950	100	false	10	0.008605	0.005234
+4	87	629	0.411226	0.000023	100	false	10	0.000206	0.000031
+5	96	629	0.958138	0.000295	100	false	10	0.001204	0.000575
+6	1210	629	0.770406	0.001369	100	false	10	0.002723	0.001408
+7	3	629	0.000000	0.000000	100	false	10	0.000047	0.000011
+8	448	629	0.932007	0.000880	100	false	10	0.008920	0.003461
+9	332	629	0.964368	0.002255	100	false	10	0.009198	0.003024
+10	82	629	0.939932	0.000078	100	false	10	0.018112	0.001383
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000613
+0	1	0.000822
+0	2	0.000498
+0	3	0.000517
+0	4	0.000559
+0	5	0.000460
+0	6	0.000360
+0	7	0.000357
+0	8	0.000396
+0	9	0.000377
+1	0	0.015576
+1	1	0.010228
+1	2	0.005813
+1	3	0.002908
+1	4	0.001778
+1	5	0.002029
+1	6	0.002878
+1	7	0.003678
+1	8	0.004118
+1	9	0.004145
+2	0	0.000823
+2	1	0.000676
+2	2	0.000609
+2	3	0.000584
+2	4	0.000569
+2	5	0.000554
+2	6	0.000538
+2	7	0.000528
+2	8	0.000524
+2	9	0.000527
+3	0	0.008605
+3	1	0.006973
+3	2	0.005925
+3	3	0.005400
+3	4	0.005254
+3	5	0.005301
+3	6	0.005382
+3	7	0.005411
+3	8	0.005358
+3	9	0.005234
+4	0	0.000206
+4	1	0.000170
+4	2	0.000138
+4	3	0.000111
+4	4	0.000089
+4	5	0.000071
+4	6	0.000056
+4	7	0.000045
+4	8	0.000036
+4	9	0.000031
+5	0	0.001204
+5	1	0.000981
+5	2	0.000829
+5	3	0.000736
+5	4	0.000683
+5	5	0.000656
+5	6	0.000640
+5	7	0.000623
+5	8	0.000602
+5	9	0.000575
+6	0	0.002723
+6	1	0.001901
+6	2	0.001511
+6	3	0.001464
+6	4	0.001574
+6	5	0.001654
+6	6	0.001641
+6	7	0.001563
+6	8	0.001472
+6	9	0.001408
+7	0	0.000047
+7	1	0.000028
+7	2	0.000015
+7	3	0.000009
+7	4	0.000009
+7	5	0.000012
+7	6	0.000014
+7	7	0.000015
+7	8	0.000013
+7	9	0.000011
+8	0	0.008920
+8	1	0.005636
+8	2	0.004346
+8	3	0.004299
+8	4	0.004492
+8	5	0.004471
+8	6	0.004247
+8	7	0.003952
+8	8	0.003681
+8	9	0.003461
+9	0	0.009198
+9	1	0.007360
+9	2	0.005750
+9	3	0.004738
+9	4	0.004660
+9	5	0.004896
+9	6	0.004655
+9	7	0.004035
+9	8	0.003405
+9	9	0.003024
+10	0	0.018112
+10	1	0.014488
+10	2	0.011098
+10	3	0.008009
+10	4	0.005301
+10	5	0.003098
+10	6	0.001559
+10	7	0.000814
+10	8	0.000840
+10	9	0.001383

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bmpr2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bmpr2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	630	0.560994	0.000110	100	false	10	0.000911	0.000177
+1	680	630	0.661053	0.001062	100	false	10	0.004986	0.002130
+2	5552	630	0.846459	0.000740	100	false	10	0.002048	0.000956
+3	3231	630	0.880704	0.000296	100	false	10	0.000466	0.000331
+4	87	630	0.437511	0.000076	100	false	10	0.015527	0.000393
+5	96	630	0.974128	0.000372	100	false	10	0.004512	0.001097
+6	1210	630	0.333767	0.000261	100	false	10	0.001877	0.000420
+7	3	630	0.189714	0.000010	100	false	10	0.000112	0.000019
+8	448	630	0.867938	0.000302	100	false	10	0.004356	0.000794
+9	332	630	0.884672	0.000299	100	false	10	0.001169	0.000406
+10	82	630	0.657611	0.000036	100	false	10	0.005726	0.003091
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000911
+0	1	0.000421
+0	2	0.000186
+0	3	0.000170
+0	4	0.000259
+0	5	0.000332
+0	6	0.000344
+0	7	0.000303
+0	8	0.000238
+0	9	0.000177
+1	0	0.004986
+1	1	0.003084
+1	2	0.002092
+1	3	0.001802
+1	4	0.001896
+1	5	0.002097
+1	6	0.002248
+1	7	0.002299
+1	8	0.002250
+1	9	0.002130
+2	0	0.002048
+2	1	0.001391
+2	2	0.001023
+2	3	0.000927
+2	4	0.001017
+2	5	0.001142
+2	6	0.001189
+2	7	0.001146
+2	8	0.001053
+2	9	0.000956
+3	0	0.000466
+3	1	0.000395
+3	2	0.000359
+3	3	0.000352
+3	4	0.000359
+3	5	0.000364
+3	6	0.000362
+3	7	0.000353
+3	8	0.000342
+3	9	0.000331
+4	0	0.015527
+4	1	0.012924
+4	2	0.010221
+4	3	0.007528
+4	4	0.005020
+4	5	0.002894
+4	6	0.001341
+4	7	0.000470
+4	8	0.000218
+4	9	0.000393
+5	0	0.004512
+5	1	0.003425
+5	2	0.002491
+5	3	0.001748
+5	4	0.001236
+5	5	0.000976
+5	6	0.000921
+5	7	0.000973
+5	8	0.001050
+5	9	0.001097
+6	0	0.001877
+6	1	0.001590
+6	2	0.001326
+6	3	0.001086
+6	4	0.000877
+6	5	0.000702
+6	6	0.000566
+6	7	0.000474
+6	8	0.000427
+6	9	0.000420
+7	0	0.000112
+7	1	0.000097
+7	2	0.000083
+7	3	0.000069
+7	4	0.000058
+7	5	0.000049
+7	6	0.000039
+7	7	0.000031
+7	8	0.000024
+7	9	0.000019
+8	0	0.004356
+8	1	0.003389
+8	2	0.002467
+8	3	0.001673
+8	4	0.001123
+8	5	0.000871
+8	6	0.000817
+8	7	0.000828
+8	8	0.000830
+8	9	0.000794
+9	0	0.001169
+9	1	0.000959
+9	2	0.000787
+9	3	0.000651
+9	4	0.000547
+9	5	0.000473
+9	6	0.000425
+9	7	0.000401
+9	8	0.000396
+9	9	0.000406
+10	0	0.005726
+10	1	0.005403
+10	2	0.005088
+10	3	0.004780
+10	4	0.004480
+10	5	0.004187
+10	6	0.003903
+10	7	0.003626
+10	8	0.003355
+10	9	0.003091

xenium_skin_mixed/sample15/log/Bnc2.log

@@ -0,0 +1,135 @@
+format	spacetravlr_training_log	v1
+gene	Bnc2
+seed_only	false
+per_cell_cnn_export	true
+cnn_epochs_config	10
+learning_rate	0.0002
+lasso_n_iter_max	100
+lasso_tol	0.0001
+
+# summary: cluster_id, n_cells, n_modulators, lasso_r2, lasso_train_mse, lasso_fista_iters, lasso_converged, cnn_epochs_ran, cnn_mse_first, cnn_mse_last
+cluster_id	n_cells	n_modulators	lasso_r2	lasso_train_mse	lasso_fista_iters	lasso_converged	cnn_epochs_ran	cnn_mse_first	cnn_mse_last
+0	219	650	0.796169	0.000009	100	false	10	0.000014	0.000014
+1	680	650	0.690343	0.000012	100	false	10	0.000103	0.000023
+2	5552	650	0.952614	0.000115	100	false	10	0.001123	0.000387
+3	3231	650	0.750449	0.000071	100	false	10	0.000116	0.000073
+4	87	650	0.536292	0.000003	100	false	10	0.000053	0.000022
+5	96	650	0.971584	0.000009	100	false	10	0.000019	0.000015
+6	1210	650	0.367386	0.000017	100	false	10	0.000017	0.000017
+7	3	650	0.000000	0.000000	1	true	10	0.000000	0.000000
+8	448	650	0.892972	0.000039	100	false	10	0.000259	0.000063
+9	332	650	0.984129	0.000195	100	false	10	0.001745	0.000490
+10	82	650	0.741813	0.000000	100	false	10	0.000046	0.000002
+
+# cnn_mse_by_epoch: cluster_id, epoch, train_mse
+cluster_id	epoch	train_mse
+0	0	0.000014
+0	1	0.000014
+0	2	0.000014
+0	3	0.000014
+0	4	0.000014
+0	5	0.000014
+0	6	0.000014
+0	7	0.000014
+0	8	0.000014
+0	9	0.000014
+1	0	0.000103
+1	1	0.000076
+1	2	0.000053
+1	3	0.000035
+1	4	0.000023
+1	5	0.000017
+1	6	0.000016
+1	7	0.000017
+1	8	0.000020
+1	9	0.000023
+2	0	0.001123
+2	1	0.000870
+2	2	0.000668
+2	3	0.000520
+2	4	0.000423
+2	5	0.000371
+2	6	0.000353
+2	7	0.000359
+2	8	0.000375
+2	9	0.000387
+3	0	0.000116
+3	1	0.000105
+3	2	0.000096
+3	3	0.000088
+3	4	0.000082
+3	5	0.000078
+3	6	0.000075
+3	7	0.000074
+3	8	0.000073
+3	9	0.000073
+4	0	0.000053
+4	1	0.000048
+4	2	0.000044
+4	3	0.000040
+4	4	0.000037
+4	5	0.000033
+4	6	0.000030
+4	7	0.000027
+4	8	0.000025
+4	9	0.000022
+5	0	0.000019
+5	1	0.000018
+5	2	0.000017
+5	3	0.000017
+5	4	0.000016
+5	5	0.000016
+5	6	0.000016
+5	7	0.000015
+5	8	0.000015
+5	9	0.000015
+6	0	0.000017
+6	1	0.000017
+6	2	0.000017
+6	3	0.000017
+6	4	0.000017
+6	5	0.000017
+6	6	0.000017
+6	7	0.000017
+6	8	0.000017
+6	9	0.000017
+7	0	0.000000
+7	1	0.000000
+7	2	0.000000
+7	3	0.000000
+7	4	0.000000
+7	5	0.000000
+7	6	0.000000
+7	7	0.000000
+7	8	0.000000
+7	9	0.000000
+8	0	0.000259
+8	1	0.000207
+8	2	0.000163
+8	3	0.000126
+8	4	0.000098
+8	5	0.000078
+8	6	0.000066
+8	7	0.000061
+8	8	0.000060
+8	9	0.000063
+9	0	0.001745
+9	1	0.001170
+9	2	0.000724
+9	3	0.000437
+9	4	0.000310
+9	5	0.000305
+9	6	0.000364
+9	7	0.000433
+9	8	0.000479
+9	9	0.000490
+10	0	0.000046
+10	1	0.000037
+10	2	0.000028
+10	3	0.000020
+10	4	0.000014
+10	5	0.000010
+10	6	0.000007
+10	7	0.000004
+10	8	0.000003
+10	9	0.000002