Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9966931
The structures of the obtained molecules were established based on MS and H NMR analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "structures", "of", "the", "obtained", "molecules", "were", "established", "based", "on", "MS", "and", "H", "NMR", "analysis", "." ] } ]
PMC9429973
C. Roddie, J. Dias, M. O’Reilly, L. Green, M. Vaughan, G. Agliardi, J. Garcia, E. Lewin, M. Lowdell, M. Mitsikakou, E. Charalambous, A. Hotblack, H. Dreau, M. Marzolini, L. Wood, C. Every-Clayton, A. Lal, Y. Ngai, B. Popova, A. Malhi, S. Kunaseelan, V. Spanswick, H. Lowe, L. Ensell, J. Hartley, S. Domning, L. Thorne, H. Hyare, P. Murphy, D. Linch, C. Fox, K. Peggs, K. Cwynarski, M. Pule Research Department of Haematology, University College London, London; Oxford Molecular Diagnostics Centre, University of Oxford, Oxford; Dept.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Roddie", ",", "J.", "Dias", ",", "M.", "O’Reilly", ",", "L.", "Green", ",", "M.", "Vaughan", ",", "G.", "Agliardi", ",", "J.", "Garcia", ",", "E.", "Lewin", ",", "M.", "Lowdell", ",", "M.", "Mitsikakou", ",", "E.", "Charalambous", ",", "A.", "Hotblack", ",", "H.", "Dreau", ",", "M.", "Marzolini", ",", "L.", "Wood", ",", "C.", "Every-Clayton", ",", "A.", "Lal", ",", "Y.", "Ngai", ",", "B.", "Popova", ",", "A.", "Malhi", ",", "S.", "Kunaseelan", ",", "V.", "Spanswick", ",", "H.", "Lowe", ",", "L.", "Ensell", ",", "J.", "Hartley", ",", "S.", "Domning", ",", "L.", "Thorne", ",", "H.", "Hyare", ",", "P.", "Murphy", ",", "D.", "Linch", ",", "C.", "Fox", ",", "K.", "Peggs", ",", "K.", "Cwynarski", ",", "M.", "Pule", "Research", "Department", "of", "Haematology", ",", "University", "College", "London", ",", "London", ";", "Oxford", "Molecular", "Diagnostics", "Centre", ",", "University", "of", "Oxford", ",", "Oxford", ";", "Dept", "." ] } ]
PMC8701144
In addition, 24 h after siRNA transfection, the cells were split, distributed in 12 well dishes and incubated for 24 h before the growth medium was replaced with medium containing increasing amounts (0, 2, 10 and 30%) of Wnt3A-conditioned media (CM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "24", "h", "after", "siRNA", "transfection", ",", "the", "cells", "were", "split", ",", "distributed", "in", "12", "well", "dishes", "and", "incubated", "for", "24", "h", "before", "the", "growth", "medium", "was", "replaced", "with", "medium", "containing", "increasing", "amounts", "(", "0", ",", "2", ",", "10", "and", "30", "%", ")", "of", "Wnt3A-conditioned", "media", "(", "CM", ")", "." ] } ]
PMC9429973
We analyze the data with absolute frequencies, percentages and measures of central tendency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "analyze", "the", "data", "with", "absolute", "frequencies", ",", "percentages", "and", "measures", "of", "central", "tendency", "." ] } ]
PMC11240448
The magnitude of noise was a certain percentage () of the measured value for each analyte, so that the signal to noise ratio was equal to .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "magnitude", "of", "noise", "was", "a", "certain", "percentage", "(", ")", "of", "the", "measured", "value", "for", "each", "analyte", ",", "so", "that", "the", "signal", "to", "noise", "ratio", "was", "equal", "to", "." ] } ]
PMC11509309
Tm treatment induces UPR, resulting in a strong increase in pCHOP::luciferase expression level.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tm", "treatment", "induces", "UPR", ",", "resulting", "in", "a", "strong", "increase", "in", "pCHOP::luciferase", "expression", "level", "." ] } ]
PMC11591038
Despite these lines of correlative evidence in clinics and animal models in vivo, however, direct causative evidence supporting this beneficial mechanism of HIF-1α in AD is still lacking in the literature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "these", "lines", "of", "correlative", "evidence", "in", "clinics", "and", "animal", "models", "in", "vivo", ",", "however", ",", "direct", "causative", "evidence", "supporting", "this", "beneficial", "mechanism", "of", "HIF-1α", "in", "AD", "is", "still", "lacking", "in", "the", "literature", "." ] } ]
PMC11637284
Samples were collected for the P1, SN2, FT, and IP fractions (Fig 4D) and 5x10 (P1, SN2, and FT) or 5x10 (IP) cell equivalents were used for SDS-PAGE and subsequent immunoblot analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Samples", "were", "collected", "for", "the", "P1", ",", "SN2", ",", "FT", ",", "and", "IP", "fractions", "(", "Fig", "4D", ")", "and", "5x10", "(", "P1", ",", "SN2", ",", "and", "FT", ")", "or", "5x10", "(", "IP", ")", "cell", "equivalents", "were", "used", "for", "SDS-PAGE", "and", "subsequent", "immunoblot", "analysis", "." ] } ]
PMC11657695
These mechanisms are dependent (canonical) or independent (non-canonical) of a functional membrane channel .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "mechanisms", "are", "dependent", "(", "canonical", ")", "or", "independent", "(", "non-canonical", ")", "of", "a", "functional", "membrane", "channel", "." ] } ]
PMC11705067
In the present study, we found that ccRCC was highly sensitive to cuproptosis and identified cuproptosis-related genes FDX1 and DLAT as the most prognostic and diagnostic candidates for ccRCC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "present", "study", ",", "we", "found", "that", "ccRCC", "was", "highly", "sensitive", "to", "cuproptosis", "and", "identified", "cuproptosis-related", "genes", "FDX1", "and", "DLAT", "as", "the", "most", "prognostic", "and", "diagnostic", "candidates", "for", "ccRCC", "." ] } ]
PMC6835762
Nanoparticles produced with unmodified PGA and PGA modified with amino acids, carboxyfluorescein and PEG were exposed to six enzymes and the change in size monitored over time by dynamic light scattering.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Nanoparticles", "produced", "with", "unmodified", "PGA", "and", "PGA", "modified", "with", "amino", "acids", ",", "carboxyfluorescein", "and", "PEG", "were", "exposed", "to", "six", "enzymes", "and", "the", "change", "in", "size", "monitored", "over", "time", "by", "dynamic", "light", "scattering", "." ] } ]
PMC11661040
It has been reported that β-catenin is a transcription factor associated with EMT or metastasis, and plays an important role in various tumors(Lv et al. 2016; Gonzalez and Medici 2014; Zhao et al. 2022; Xue et al. 2024).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "reported", "that", "β-catenin", "is", "a", "transcription", "factor", "associated", "with", "EMT", "or", "metastasis", ",", "and", "plays", "an", "important", "role", "in", "various", "tumors(Lv", "et", "al.", "2016", ";", "Gonzalez", "and", "Medici", "2014", ";", "Zhao", "et", "al.", "2022", ";", "Xue", "et", "al.", "2024", ")", "." ] } ]
PMC11731161
The half-life of XPO1 protein was determined by calculating the mean data of 3 independent replicates.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "half-life", "of", "XPO1", "protein", "was", "determined", "by", "calculating", "the", "mean", "data", "of", "3", "independent", "replicates", "." ] } ]
PMC11781181
Therefore, acquiring an adequate number of patient samples proves challenging, resulting in a significant decrease in sample size for transcriptome and lipidomics analyses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "acquiring", "an", "adequate", "number", "of", "patient", "samples", "proves", "challenging", ",", "resulting", "in", "a", "significant", "decrease", "in", "sample", "size", "for", "transcriptome", "and", "lipidomics", "analyses", "." ] } ]
PMC11365983
The cilia length changes were associated with dysregulated Hh and Pdgfrα signaling, and analyses of embryonic meninges—a source of extrinsic signals that regulate cortical neurogenesis and that strongly expresses Foxc1—directly recapitulated these in vitro results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cilia", "length", "changes", "were", "associated", "with", "dysregulated", "Hh", "and", "Pdgfrα", "signaling", ",", "and", "analyses", "of", "embryonic", "meninges", "—", "a", "source", "of", "extrinsic", "signals", "that", "regulate", "cortical", "neurogenesis", "and", "that", "strongly", "expresses", "Foxc1—directly", "recapitulated", "these", "in", "vitro", "results", "." ] } ]
PMC3675084
To further confirm a caspase-3 independent cell death pathway, we pretreated the cells with a caspase-3 specific and irreversible inhibitor (20 µM Z-DEVD-FMK) or negative control inhibitor (20 µM Z-FA-FMK) 24 hours before the addition of BPR0L075.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "further", "confirm", "a", "caspase-3", "independent", "cell", "death", "pathway", ",", "we", "pretreated", "the", "cells", "with", "a", "caspase-3", "specific", "and", "irreversible", "inhibitor", "(", "20", "µM", "Z-DEVD-FMK", ")", "or", "negative", "control", "inhibitor", "(", "20", "µM", "Z-FA-FMK", ")", "24", "hours", "before", "the", "addition", "of", "BPR0L075", "." ] } ]
PMC11686380
At three years of age, she was referred to our hospital for evaluation of short stature and developmental delay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "three", "years", "of", "age", ",", "she", "was", "referred", "to", "our", "hospital", "for", "evaluation", "of", "short", "stature", "and", "developmental", "delay", "." ] } ]
PMC9429973
Kaplan-Meier analysis was used for analyzing overall survival (OS) and differences between groups were tested for statistical significance using the log-rank test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Kaplan-Meier", "analysis", "was", "used", "for", "analyzing", "overall", "survival", "(", "OS", ")", "and", "differences", "between", "groups", "were", "tested", "for", "statistical", "significance", "using", "the", "log-rank", "test", "." ] } ]
PMC10978090
Interestingly, HIPA became negative from the first TPE, whereas HIPA + PF4 became negative only after the second TPE.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "HIPA", "became", "negative", "from", "the", "first", "TPE", ",", "whereas", "HIPA", "+", "PF4", "became", "negative", "only", "after", "the", "second", "TPE", "." ] } ]
PMC11568601
Osteosarcoma cells (3 × 10 cells/well) were cultured in 6-well plates to approximately 80% confluence, and treated with TGT (40, or 80 mg·mL) for 24 h. The cells that did not receive TGT treatment were set as the control group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Osteosarcoma", "cells", "(", "3", "×", "10", "cells/well", ")", "were", "cultured", "in", "6-well", "plates", "to", "approximately", "80", "%", "confluence", ",", "and", "treated", "with", "TGT", "(", "40", ",", "or", "80", "mg·mL", ")", "for", "24", "h.", "The", "cells", "that", "did", "not", "receive", "TGT", "treatment", "were", "set", "as", "the", "control", "group", "." ] } ]
PMC7215832
DNMT1 acts as a maintenance methylation enzyme for newly synthesized DNA and ensures methylation patterns in newly dividing cells, using already existing hemi-methylation patterns .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DNMT1", "acts", "as", "a", "maintenance", "methylation", "enzyme", "for", "newly", "synthesized", "DNA", "and", "ensures", "methylation", "patterns", "in", "newly", "dividing", "cells", ",", "using", "already", "existing", "hemi-methylation", "patterns", "." ] } ]
PMC9429973
A two-stage cell detection and lineage classification deep learning-based algorithm was developed to automatically identify and differentiate the aforementioned 6 lineage classes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "two-stage", "cell", "detection", "and", "lineage", "classification", "deep", "learning-based", "algorithm", "was", "developed", "to", "automatically", "identify", "and", "differentiate", "the", "aforementioned", "6", "lineage", "classes", "." ] } ]
PMC11543853
To enable the visualization of enterovirus infection by cryo-ET, the cells were infected using a multiplicity of infection of 29 (please see Materials and methods for details).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "enable", "the", "visualization", "of", "enterovirus", "infection", "by", "cryo-ET", ",", "the", "cells", "were", "infected", "using", "a", "multiplicity", "of", "infection", "of", "29", "(", "please", "see", "Materials", "and", "methods", "for", "details", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Median CD22 expression percentage on leukemic blasts was 100% (range 100-100) in NR patients and 100% (range 70-100) in R patients (p=0.177).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "CD22", "expression", "percentage", "on", "leukemic", "blasts", "was", "100", "%", "(", "range", "100", "-", "100", ")", "in", "NR", "patients", "and", "100", "%", "(", "range", "70", "-", "100", ")", "in", "R", "patients", "(", "p=0.177", ")", "." ] } ]
PMC11706776
D Effect of KCNN1 knockdown on SOCE in A-673 cell line stably transduced with shRNA control (shRNA CT) or three shRNA targeting KCNN1 and the relative fluorescence measurement of SOCE induced by TG (N = 26).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", "Effect", "of", "KCNN1", "knockdown", "on", "SOCE", "in", "A-673", "cell", "line", "stably", "transduced", "with", "shRNA", "control", "(", "shRNA", "CT", ")", "or", "three", "shRNA", "targeting", "KCNN1", "and", "the", "relative", "fluorescence", "measurement", "of", "SOCE", "induced", "by", "TG", "(", "N", "=", "26", ")", "." ] } ]
PMC11547972
After subtracting background absorbance and matching with a standard curve, the results were expressed as mean cell number.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "subtracting", "background", "absorbance", "and", "matching", "with", "a", "standard", "curve", ",", "the", "results", "were", "expressed", "as", "mean", "cell", "number", "." ] } ]
PMC9596868
MST-312 and quercetin co-treatment induced 18.7 % apoptosis, which is higher than 9.3 % apoptosis caused by MST-312 or 12.3 % caused by quercetin alone.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MST-312", "and", "quercetin", "co-treatment", "induced", "18.7", "%", "apoptosis", ",", "which", "is", "higher", "than", "9.3", "%", "apoptosis", "caused", "by", "MST-312", "or", "12.3", "%", "caused", "by", "quercetin", "alone", "." ] } ]
PMC11727145
Additionally, the top medium (T) for HaCaT cell seeding with complete medium (Figure 2D,E) demonstrated enhanced MTT stain intensity compared to CnT-PR medium (Figure 2A,B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "the", "top", "medium", "(", "T", ")", "for", "HaCaT", "cell", "seeding", "with", "complete", "medium", "(", "Figure", "2D", ",", "E", ")", "demonstrated", "enhanced", "MTT", "stain", "intensity", "compared", "to", "CnT-PR", "medium", "(", "Figure", "2A", ",", "B", ")", "." ] } ]
PMC11533140
Accordingly, there is an urgent need for the development of PI3K inhibitors with high potency and low toxicity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Accordingly", ",", "there", "is", "an", "urgent", "need", "for", "the", "development", "of", "PI3", "K", "inhibitors", "with", "high", "potency", "and", "low", "toxicity", "." ] } ]
PMC11763111
B The concentration of secreted cytokines in the supernatants of CAR-T cells co-cultured with target cells in a 1:1 ratio for 24 h (n = 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "The", "concentration", "of", "secreted", "cytokines", "in", "the", "supernatants", "of", "CAR-T", "cells", "co-cultured", "with", "target", "cells", "in", "a", "1:1", "ratio", "for", "24", "h", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC11539788
Our results revealed that the levels of phosphorylated AKT, mTOR, and S6K1 were also significantly reduced in RNF19A-overexpressing BCa cells compared with control cells (Fig. 4G-H).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "revealed", "that", "the", "levels", "of", "phosphorylated", "AKT", ",", "mTOR", ",", "and", "S6K1", "were", "also", "significantly", "reduced", "in", "RNF19A-overexpressing", "BCa", "cells", "compared", "with", "control", "cells", "(", "Fig.", "4G-H", ")", "." ] } ]
PMC11661040
Osteosarcoma, the most prevalent primary bone malignancy in children and adolescents, exhibits high heterogeneity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Osteosarcoma", ",", "the", "most", "prevalent", "primary", "bone", "malignancy", "in", "children", "and", "adolescents", ",", "exhibits", "high", "heterogeneity", "." ] } ]
PMC11489351
After lysing the cells, samples were spun at 10,000g for 10 min in a 10 kDa size exclusion tube (EMD Millipore, UFC801024) to remove proteins, with the flow-through retained for further analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "lysing", "the", "cells", ",", "samples", "were", "spun", "at", "10,000", "g", "for", "10", "min", "in", "a", "10", "kDa", "size", "exclusion", "tube", "(", "EMD", "Millipore", ",", "UFC801024", ")", "to", "remove", "proteins", ",", "with", "the", "flow-through", "retained", "for", "further", "analysis", "." ] } ]
PMC10158546
However, findings by others argue against this hypothesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "findings", "by", "others", "argue", "against", "this", "hypothesis", "." ] } ]
PMC10142392
In particular, amphiphilic block copolymers are the most useful, as the final structures can be finely controlled by the synthesis procedure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "particular", ",", "amphiphilic", "block", "copolymers", "are", "the", "most", "useful", ",", "as", "the", "final", "structures", "can", "be", "finely", "controlled", "by", "the", "synthesis", "procedure", "." ] } ]
PMC8336407
Exposure of the cells pretreated with 1.5 mg/mL of extract to different t-BHP doses (100 µM, 150 µM, 200 µM) increased the nitrite production to 40 ± 2.63, 41 ± 0.8, and 42.5 ± 1.94 µM respectively (p < 0.001).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Exposure", "of", "the", "cells", "pretreated", "with", "1.5", "mg/mL", "of", "extract", "to", "different", "t-BHP", "doses", "(", "100", "µM", ",", "150", "µM", ",", "200", "µM", ")", "increased", "the", "nitrite", "production", "to", "40", "±", "2.63", ",", "41", "±", "0.8", ",", "and", "42.5", "±", "1.94", "µM", "respectively", "(", "p", "<", "0.001", ")", "." ] } ]
PMC11459296
Single-cell suspensions were obtained from PB, BM, liver and spleen and used to assess ex vivo the functionality of B cells, CD4+and CD8+ T cells, NK cells and monocytes on cell type-specific activation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Single-cell", "suspensions", "were", "obtained", "from", "PB", ",", "BM", ",", "liver", "and", "spleen", "and", "used", "to", "assess", "ex", "vivo", "the", "functionality", "of", "B", "cells", ",", "CD4+and", "CD8", "+", "T", "cells", ",", "NK", "cells", "and", "monocytes", "on", "cell", "type-specific", "activation", "." ] } ]
PMC11779605
Deconvolution analysis was done using the MCPCounter method to compare samples, cell types, or both.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Deconvolution", "analysis", "was", "done", "using", "the", "MCPCounter", "method", "to", "compare", "samples", ",", "cell", "types", ",", "or", "both", "." ] } ]
PMC11568601
A TGT induced the apoptosis of 143B and MG-63 cells, as determined by a Hoechst staining assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "TGT", "induced", "the", "apoptosis", "of", "143B", "and", "MG-63", "cells", ",", "as", "determined", "by", "a", "Hoechst", "staining", "assay", "." ] } ]
PMC11766350
However, ‘leaky’ expression of a toxic transgene can still occur .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "‘", "leaky", "’", "expression", "of", "a", "toxic", "transgene", "can", "still", "occur", "." ] } ]
PMC11799620
The blood was collected from normal rats.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "blood", "was", "collected", "from", "normal", "rats", "." ] } ]
PMC11758416
Using a multichannel pipette, add 100 μL of 1X PBS to wells and mix thoroughly to resuspend non-adherent cells including the T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "a", "multichannel", "pipette", ",", "add", "100", "μL", "of", "1X", "PBS", "to", "wells", "and", "mix", "thoroughly", "to", "resuspend", "non-adherent", "cells", "including", "the", "T", "cells", "." ] } ]
PMC11754436
mm + pN represents the miR-362-5p mimetic + pCMV NPEPP group, indicating the overexpression of both miR-362-5p and NPEPPS using miR-362-5p mimetic transfection and pCMV NPEP vector.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "mm", "+", "pN", "represents", "the", "miR-362", "-", "5p", "mimetic", "+", "pCMV", "NPEPP", "group", ",", "indicating", "the", "overexpression", "of", "both", "miR-362", "-", "5p", "and", "NPEPPS", "using", "miR-362", "-", "5p", "mimetic", "transfection", "and", "pCMV", "NPEP", "vector", "." ] } ]
PMC3019555
No change in total RNA levels of HIF-1α, p53, or GAPDH was observed after MTD treatment (Fig. S2 E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No", "change", "in", "total", "RNA", "levels", "of", "HIF-1α", ",", "p53", ",", "or", "GAPDH", "was", "observed", "after", "MTD", "treatment", "(", "Fig.", "S2", "E", ")", "." ] } ]
PMC5941560
Jurkat duplications, long insertions, and long deletions were annotated as pathogenic if they had greater than 90% reciprocal overlap with a pathogenic variant from dbVar.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Jurkat", "duplications", ",", "long", "insertions", ",", "and", "long", "deletions", "were", "annotated", "as", "pathogenic", "if", "they", "had", "greater", "than", "90", "%", "reciprocal", "overlap", "with", "a", "pathogenic", "variant", "from", "dbVar", "." ] } ]
PMC11092418
The expression of various markers in the brain cancer cell lines was accessed by flow cytometry as described previously .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "of", "various", "markers", "in", "the", "brain", "cancer", "cell", "lines", "was", "accessed", "by", "flow", "cytometry", "as", "described", "previously", "." ] } ]
PMC11794588
Notably, lupeol and 2-pentadecanone, 6,10,14-trimethyl are reported for the first time in the genus Cestrum, while β-Amyrin marks its debut from Cestrum aurantiacum.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Notably", ",", "lupeol", "and", "2-pentadecanone", ",", "6,10,14-trimethyl", "are", "reported", "for", "the", "first", "time", "in", "the", "genus", "Cestrum", ",", "while", "β-Amyrin", "marks", "its", "debut", "from", "Cestrum", "aurantiacum", "." ] } ]
PMC9429973
Wholesale acquisition costs were utilized for all drug cost inputs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wholesale", "acquisition", "costs", "were", "utilized", "for", "all", "drug", "cost", "inputs", "." ] } ]
PMC11371747
The other three colon cancer cell lines were much more sensitive to 5FU itself and TS inhibition could be modulated by all three LV formulations, including d-LV, but to a lesser extent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "other", "three", "colon", "cancer", "cell", "lines", "were", "much", "more", "sensitive", "to", "5FU", "itself", "and", "TS", "inhibition", "could", "be", "modulated", "by", "all", "three", "LV", "formulations", ",", "including", "d-LV", ",", "but", "to", "a", "lesser", "extent", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: Assess baseline multi-omics molecular profiles in KarMMa pt tumors to characterize known and novel molecular features and ide-cel outcomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Assess", "baseline", "multi-omics", "molecular", "profiles", "in", "KarMMa", "pt", "tumors", "to", "characterize", "known", "and", "novel", "molecular", "features", "and", "ide-cel", "outcomes", "." ] } ]
PMC11746948
The resulting P-values were adjusted using the Benjamini and Hochberg’s approach for controlling the false discovery rate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "resulting", "P-values", "were", "adjusted", "using", "the", "Benjamini", "and", "Hochberg", "’s", "approach", "for", "controlling", "the", "false", "discovery", "rate", "." ] } ]
PMC11098378
Briefly, GST-IpaH4-3XFlag was cloned into pGEX6P-1 with a 3XFlag peptide followed by the coding sequence for ubiquitin using Gibson Cloning (NEB; S4 Table).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "GST-IpaH4", "-", "3XFlag", "was", "cloned", "into", "pGEX6P-1", "with", "a", "3XFlag", "peptide", "followed", "by", "the", "coding", "sequence", "for", "ubiquitin", "using", "Gibson", "Cloning", "(", "NEB", ";", "S4", "Table", ")", "." ] } ]
PMC9960565
in the dark under a nitrogen atmosphere (Scheme 6).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "in", "the", "dark", "under", "a", "nitrogen", "atmosphere", "(", "Scheme", "6", ")", "." ] } ]
PMC10705095
HRP-conjugated anti-rabbit antibody IgG (#1706515; Bio-Rad Laboratories, Hercules, CA, USA) and HRP-conjugated anti-mouse IgG (#1706516; Bio-Rad Laboratories) were used as the secondary antibody.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HRP-conjugated", "anti-rabbit", "antibody", "IgG", "(", "#", "1706515", ";", "Bio-Rad", "Laboratories", ",", "Hercules", ",", "CA", ",", "USA", ")", "and", "HRP-conjugated", "anti-mouse", "IgG", "(", "#", "1706516", ";", "Bio-Rad", "Laboratories", ")", "were", "used", "as", "the", "secondary", "antibody", "." ] } ]
PMC10914904
Under normal physiological conditions, the 5ʹ-PPP termini of vtRNAs can be converted to 5ʹ-monophosphates (5ʹ-P) by the cellular triphosphatase dual-specificity phosphatase 11 (DUSP11), reducing their ability to trigger an innate immune response via RIG-I. However, during physiological stress events such as viral infections, DUSP11 can downregulate RIG-I expression, leading to an increase in the concentration of RNA species with 5ʹ-PPP groups at their terminal ends, thereby allowing recognition by RNA sensors and induction of the IFN response .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Under", "normal", "physiological", "conditions", ",", "the", "5ʹ-PPP", "termini", "of", "vtRNAs", "can", "be", "converted", "to", "5ʹ-monophosphates", "(", "5ʹ-P", ")", "by", "the", "cellular", "triphosphatase", "dual-specificity", "phosphatase", "11", "(", "DUSP11", ")", ",", "reducing", "their", "ability", "to", "trigger", "an", "innate", "immune", "response", "via", "RIG-I.", "However", ",", "during", "physiological", "stress", "events", "such", "as", "viral", "infections", ",", "DUSP11", "can", "downregulate", "RIG-I", "expression", ",", "leading", "to", "an", "increase", "in", "the", "concentration", "of", "RNA", "species", "with", "5ʹ-PPP", "groups", "at", "their", "terminal", "ends", ",", "thereby", "allowing", "recognition", "by", "RNA", "sensors", "and", "induction", "of", "the", "IFN", "response", "." ] } ]
PMC11637276
Box and whisker plots represent 5–95 percentile, + represents the mean, dots are <5% and >95%; N = 3 independent experiments. ****
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Box", "and", "whisker", "plots", "represent", "5–95", "percentile", ",", "+", "represents", "the", "mean", ",", "dots", "are", "<", "5", "%", "and", ">", "95", "%", ";", "N", "=", "3", "independent", "experiments", ".", "*", "*", "*", "*" ] } ]
PMC11188874
Multiple myeloma is characterized by the clonal proliferation of malignant plasma cells in the bone marrow microenvironment, monoclonal protein in the blood and/or urine, and associated organ dysfunction (1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multiple", "myeloma", "is", "characterized", "by", "the", "clonal", "proliferation", "of", "malignant", "plasma", "cells", "in", "the", "bone", "marrow", "microenvironment", ",", "monoclonal", "protein", "in", "the", "blood", "and/or", "urine", ",", "and", "associated", "organ", "dysfunction", "(", "1", ")", "." ] } ]
PMC9596868
A-D) Percentage cell viability relative to untreated control in PA-1, A2780 OVCAR3 and OSE cells, respectively, treated with quercetin. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A-D", ")", "Percentage", "cell", "viability", "relative", "to", "untreated", "control", "in", "PA-1", ",", "A2780", "OVCAR3", "and", "OSE", "cells", ",", "respectively", ",", "treated", "with", "quercetin", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Results: Significant dysregulation was identified across multiple proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Significant", "dysregulation", "was", "identified", "across", "multiple", "proteins", "." ] } ]
PMC11746942
Conversely, S1PR3 expression was downregulated after anti-psoriasis treatment (Fig. 2E), indicating the important role of S1PR3 expression in the progression of psoriasis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Conversely", ",", "S1PR3", "expression", "was", "downregulated", "after", "anti-psoriasis", "treatment", "(", "Fig.", "2E", ")", ",", "indicating", "the", "important", "role", "of", "S1PR3", "expression", "in", "the", "progression", "of", "psoriasis", "." ] } ]
PMC9516401
C. colocynthis fruits were authenticated by an expert botanist.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "colocynthis", "fruits", "were", "authenticated", "by", "an", "expert", "botanist", "." ] } ]
PMC11763764
SORL1 overexpression also inhibited carboplatin-induced apoptosis, which was demonstrated by the significantly reduced caspase-3 activity in the carboplatin-treated cells overexpressing SORL1 in comparison to the control cells treated with carboplatin (Figure 1H).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SORL1", "overexpression", "also", "inhibited", "carboplatin-induced", "apoptosis", ",", "which", "was", "demonstrated", "by", "the", "significantly", "reduced", "caspase-3", "activity", "in", "the", "carboplatin-treated", "cells", "overexpressing", "SORL1", "in", "comparison", "to", "the", "control", "cells", "treated", "with", "carboplatin", "(", "Figure", "1H", ")", "." ] } ]
PMC11650848
There is abundant evidence linking FA intake and protection in the first trimester of pregnancy against NTDs such as spina bifida and anencephaly .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "is", "abundant", "evidence", "linking", "FA", "intake", "and", "protection", "in", "the", "first", "trimester", "of", "pregnancy", "against", "NTDs", "such", "as", "spina", "bifida", "and", "anencephaly", "." ] } ]
PMC9429973
High-dose cyclophosphamide (50 mg/kg/day on days 3 and 5), cyclosporine, and MMF were used for GVHD prophylaxis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "High-dose", "cyclophosphamide", "(", "50", "mg/kg/day", "on", "days", "3", "and", "5", ")", ",", "cyclosporine", ",", "and", "MMF", "were", "used", "for", "GVHD", "prophylaxis", "." ] } ]
PMC9429973
While previous studies by ourselves and others demonstrated a BCL2 mutation (Blombery et al., 2019 Cancer Disc) or MCL1 amplification (Guièze et al., 2019 Cancer Cell) confer resistance in patient samples, it is clear that these only account for a fraction of tumour cells at disease progression and are not present in all leukaemias.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "previous", "studies", "by", "ourselves", "and", "others", "demonstrated", "a", "BCL2", "mutation", "(", "Blombery", "et", "al.", ",", "2019", "Cancer", "Disc", ")", "or", "MCL1", "amplification", "(", "Guièze", "et", "al.", ",", "2019", "Cancer", "Cell", ")", "confer", "resistance", "in", "patient", "samples", ",", "it", "is", "clear", "that", "these", "only", "account", "for", "a", "fraction", "of", "tumour", "cells", "at", "disease", "progression", "and", "are", "not", "present", "in", "all", "leukaemias", "." ] } ]
PMC9325715
The obtained results indicate that MIB is a fast and simple tool for the prediction of metal-binding sites.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "obtained", "results", "indicate", "that", "MIB", "is", "a", "fast", "and", "simple", "tool", "for", "the", "prediction", "of", "metal-binding", "sites", "." ] } ]
PMC9429973
Overall, long-term ravulizumab treatment was associated with a low incidence of death and few patients died owing to infection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "long-term", "ravulizumab", "treatment", "was", "associated", "with", "a", "low", "incidence", "of", "death", "and", "few", "patients", "died", "owing", "to", "infection", "." ] } ]
PMC6934009
For the detection of ROS generation in A427 cells, 2',7'-dichlorofluorescein-diacetate (DCFH-DA) was used.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "detection", "of", "ROS", "generation", "in", "A427", "cells", ",", "2',7'-dichlorofluorescein-diacetate", "(", "DCFH-DA", ")", "was", "used", "." ] } ]
PMC11578343
Fluorescent and brightfield images of Latrunculin‐A (Lat‐A)‐treated (top) and untreated control (bottom) MCF‐7 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Fluorescent", "and", "brightfield", "images", "of", "Latrunculin‐A", "(Lat‐A)‐treated", "(", "top", ")", "and", "untreated", "control", "(", "bottom", ")", "MCF‐7", "cells", "." ] } ]
PMC9813422
However, both the integrated and episomal HPV genomes appear to be implicated in invasive cervical cancer (5).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "both", "the", "integrated", "and", "episomal", "HPV", "genomes", "appear", "to", "be", "implicated", "in", "invasive", "cervical", "cancer", "(", "5", ")", "." ] } ]
PMC11082662
A,B) Cell scratch assay assessing the migration of SK-OV-3 and HEY cells following SMPDL3B knockdown (200 µm). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "B", ")", "Cell", "scratch", "assay", "assessing", "the", "migration", "of", "SK-OV-3", "and", "HEY", "cells", "following", "SMPDL3B", "knockdown", "(", "200", "µm", ")", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Using an algorithm that included diagnosis codes, immunoglobulin G (IgG) serum levels and presence of key infections/treatments, eligible patients were stratified into two cohorts: those with SID (SID cohort) and those without SID (no-SID cohort).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "an", "algorithm", "that", "included", "diagnosis", "codes", ",", "immunoglobulin", "G", "(", "IgG", ")", "serum", "levels", "and", "presence", "of", "key", "infections/treatments", ",", "eligible", "patients", "were", "stratified", "into", "two", "cohorts", ":", "those", "with", "SID", "(", "SID", "cohort", ")", "and", "those", "without", "SID", "(", "no-SID", "cohort", ")", "." ] } ]
PMC2614415
Aurora-A staining of TMA core of ovarian carcinoma with adjuvant chemotherapy (20×).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aurora-A", "staining", "of", "TMA", "core", "of", "ovarian", "carcinoma", "with", "adjuvant", "chemotherapy", "(", "20", "×", ")", "." ] } ]
PMC11306331
Statistical test: Mann–Whitney U test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "test", ":", "Mann", "–", "Whitney", "U", "test", "." ] } ]
PMC9429973
T. Facon, S. K. Kumar, T. Plesner, P. Moreau, N. Bahlis, H. Goldschmidt, M. O’Dwyer, A. Perrot, C. P. Venner, K. Weisel, J. R. Mace, N. Raje, M. Tiab, M. Macro, L. Frenzel, X. Leleu, H. Pei, F. Borgsten, S. Z. Usmani University of Lille, CHU Lille, Service des Maladies du Sang, Lille, France; Department of Hematology, Mayo Clinic Rochester, Rochester, MN, United States of America; Vejle Hospital and University of Southern Denmark, Vejle, Denmark; Hematology Department, University Hospital Hôtel-Dieu, Nantes, France; Arnie Charbonneau Cancer Research Institute, University of Calgary, Calgary, AB, Canada; University Hospital Heidelberg, Internal Medicine V and National Center for Tumor Diseases (NCT), Heidelberg, Germany; Department of Medicine/Haematology, NUI, Galway, Ireland; CHU de Toulouse, IUCT-O, Université de Toulouse, UPS, Service d’Hématologie, Toulouse, France; Cross Cancer Institute, University of Alberta, Edmonton, AB, Canada; Department of Oncology, Hematology and Bone Marrow Transplantation with Section of Pneumology, University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany; Florida Cancer Specialists, St. Petersburg, FL; Center for Multiple Myeloma, Massachusetts General Hospital Cancer Center, Boston, MA, United States of America; CHD Vendée, La Roche sur Yon; Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Caen, Caen; Department of Clinical Haematology, Hopital Necker-Enfants Malades, Paris; CHU Poitiers, Hôpital la Milétrie, Poitiers, France; Janssen Research & Development, LLC, Titusville, NJ, United States of America; Janssen-Cilag, Birkerød, Denmark; Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, United States of America Background: In the phase 3 MAIA study, adding daratumumab (DARA) to lenalidomide and dexamethasone (Rd) improved progression-free survival (primary endpoint), overall survival, duration of response, and patient-reported outcomes (PROs) in transplant-ineligible patients with newly diagnosed multiple myeloma (NDMM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "T.", "Facon", ",", "S.", "K.", "Kumar", ",", "T.", "Plesner", ",", "P.", "Moreau", ",", "N.", "Bahlis", ",", "H.", "Goldschmidt", ",", "M.", "O’Dwyer", ",", "A.", "Perrot", ",", "C.", "P.", "Venner", ",", "K.", "Weisel", ",", "J.", "R.", "Mace", ",", "N.", "Raje", ",", "M.", "Tiab", ",", "M.", "Macro", ",", "L.", "Frenzel", ",", "X.", "Leleu", ",", "H.", "Pei", ",", "F.", "Borgsten", ",", "S.", "Z.", "Usmani", "University", "of", "Lille", ",", "CHU", "Lille", ",", "Service", "des", "Maladies", "du", "Sang", ",", "Lille", ",", "France", ";", "Department", "of", "Hematology", ",", "Mayo", "Clinic", "Rochester", ",", "Rochester", ",", "MN", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Vejle", "Hospital", "and", "University", "of", "Southern", "Denmark", ",", "Vejle", ",", "Denmark", ";", "Hematology", "Department", ",", "University", "Hospital", "Hôtel-Dieu", ",", "Nantes", ",", "France", ";", "Arnie", "Charbonneau", "Cancer", "Research", "Institute", ",", "University", "of", "Calgary", ",", "Calgary", ",", "AB", ",", "Canada", ";", "University", "Hospital", "Heidelberg", ",", "Internal", "Medicine", "V", "and", "National", "Center", "for", "Tumor", "Diseases", "(", "NCT", ")", ",", "Heidelberg", ",", "Germany", ";", "Department", "of", "Medicine/Haematology", ",", "NUI", ",", "Galway", ",", "Ireland", ";", "CHU", "de", "Toulouse", ",", "IUCT-O", ",", "Université", "de", "Toulouse", ",", "UPS", ",", "Service", "d’Hématologie", ",", "Toulouse", ",", "France", ";", "Cross", "Cancer", "Institute", ",", "University", "of", "Alberta", ",", "Edmonton", ",", "AB", ",", "Canada", ";", "Department", "of", "Oncology", ",", "Hematology", "and", "Bone", "Marrow", "Transplantation", "with", "Section", "of", "Pneumology", ",", "University", "Medical", "Center", "Hamburg-Eppendorf", ",", "Hamburg", ",", "Germany", ";", "Florida", "Cancer", "Specialists", ",", "St.", "Petersburg", ",", "FL", ";", "Center", "for", "Multiple", "Myeloma", ",", "Massachusetts", "General", "Hospital", "Cancer", "Center", ",", "Boston", ",", "MA", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "CHD", "Vendée", ",", "La", "Roche", "sur", "Yon", ";", "Centre", "Hospitalier", "Universitaire", "(", "CHU", ")", "de", "Caen", ",", "Caen", ";", "Department", "of", "Clinical", "Haematology", ",", "Hopital", "Necker-Enfants", "Malades", ",", "Paris", ";", "CHU", "Poitiers", ",", "Hôpital", "la", "Milétrie", ",", "Poitiers", ",", "France", ";", "Janssen", "Research", "&", "Development", ",", "LLC", ",", "Titusville", ",", "NJ", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Janssen-Cilag", ",", "Birkerød", ",", "Denmark", ";", "Memorial", "Sloan", "Kettering", "Cancer", "Center", ",", "New", "York", ",", "NY", ",", "United", "States", "of", "America", "Background", ":", "In", "the", "phase", "3", "MAIA", "study", ",", "adding", "daratumumab", "(", "DARA", ")", "to", "lenalidomide", "and", "dexamethasone", "(", "Rd", ")", "improved", "progression-free", "survival", "(", "primary", "endpoint", ")", ",", "overall", "survival", ",", "duration", "of", "response", ",", "and", "patient-reported", "outcomes", "(", "PROs", ")", "in", "transplant-ineligible", "patients", "with", "newly", "diagnosed", "multiple", "myeloma", "(", "NDMM", ")", "." ] } ]
PMC10253973
Patel et al. performed an investigation with ruthenium complexes to inhibit P. falciparum calcium-dependent protein kinase 2 (PfCDPK2), which was shown to be crucial in the development of male gametes .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patel", "et", "al.", "performed", "an", "investigation", "with", "ruthenium", "complexes", "to", "inhibit", "P.", "falciparum", "calcium-dependent", "protein", "kinase", "2", "(", "PfCDPK2", ")", ",", "which", "was", "shown", "to", "be", "crucial", "in", "the", "development", "of", "male", "gametes", "." ] } ]
PMC11357960
The above evidence suggested that dysregulated SUMOylation might lead to decrease the number of various lymphocyte subsets in a similar degree.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "above", "evidence", "suggested", "that", "dysregulated", "SUMOylation", "might", "lead", "to", "decrease", "the", "number", "of", "various", "lymphocyte", "subsets", "in", "a", "similar", "degree", "." ] } ]
PMC9918897
Thus, the effect of alcohol as a carrier matrix of XN has not been investigated previously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "effect", "of", "alcohol", "as", "a", "carrier", "matrix", "of", "XN", "has", "not", "been", "investigated", "previously", "." ] } ]
PMC11704135
Pyrimidine derivatives have demonstrated significant anti-tumor activity through various mechanisms, making them promising candidates for the development of anticancer drugs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pyrimidine", "derivatives", "have", "demonstrated", "significant", "anti-tumor", "activity", "through", "various", "mechanisms", ",", "making", "them", "promising", "candidates", "for", "the", "development", "of", "anticancer", "drugs", "." ] } ]
PMC11700165
Anti-p-SLP-76 antibody was used for the detection of phosphorylated SLP-76. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anti-p-SLP-76", "antibody", "was", "used", "for", "the", "detection", "of", "phosphorylated", "SLP-76", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Safety and efficacy data support the evaluation of mitapivat in children with PK deficiency who are regularly transfused.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Safety", "and", "efficacy", "data", "support", "the", "evaluation", "of", "mitapivat", "in", "children", "with", "PK", "deficiency", "who", "are", "regularly", "transfused", "." ] } ]
PMC9429973
Mutations in FLT3, such as ITD mutations, not only constitutively activate this receptor, but also prevent its correct processing in the endoplasmic reticulum.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mutations", "in", "FLT3", ",", "such", "as", "ITD", "mutations", ",", "not", "only", "constitutively", "activate", "this", "receptor", ",", "but", "also", "prevent", "its", "correct", "processing", "in", "the", "endoplasmic", "reticulum", "." ] } ]
PMC7642379
Increased cell surface stiffness has been reported for HEK293 cells in suspension compared to adherent state as a result of up-regulation and re-organization of the actin cytoskeleton.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increased", "cell", "surface", "stiffness", "has", "been", "reported", "for", "HEK293", "cells", "in", "suspension", "compared", "to", "adherent", "state", "as", "a", "result", "of", "up-regulation", "and", "re-organization", "of", "the", "actin", "cytoskeleton", "." ] } ]
PMC11476666
Natural bioactive substances have been used for cancer prevention, and, in particular, resveratrol (RSV), a stilbene-based compound with wide biological properties, has been proposed for chemoprevention.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Natural", "bioactive", "substances", "have", "been", "used", "for", "cancer", "prevention", ",", "and", ",", "in", "particular", ",", "resveratrol", "(", "RSV", ")", ",", "a", "stilbene-based", "compound", "with", "wide", "biological", "properties", ",", "has", "been", "proposed", "for", "chemoprevention", "." ] } ]
PMC11286266
To investigate the impact of CRT depletion on ATF6α cleavage, CRT was depleted in 2K cells 3xFLAG-mGL-ATF6α by CRISPR/Cas9 gene editing (UK2991).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "investigate", "the", "impact", "of", "CRT", "depletion", "on", "ATF6α", "cleavage", ",", "CRT", "was", "depleted", "in", "2", "K", "cells", "3xFLAG-mGL-ATF6α", "by", "CRISPR/Cas9", "gene", "editing", "(", "UK2991", ")", "." ] } ]
PMC8873393
E Hierarchical clustering and PCA analysis of RNA-seq data from untreated and UV-irradiated MRC5_VA cells to separate all the samples into two groups.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", "Hierarchical", "clustering", "and", "PCA", "analysis", "of", "RNA-seq", "data", "from", "untreated", "and", "UV-irradiated", "MRC5_VA", "cells", "to", "separate", "all", "the", "samples", "into", "two", "groups", "." ] } ]
PMC11682525
The enhanced resilience to hypoxic conditions, improved resistance to oxidative stress, and modulation of key genes observed in this study underscore the potential of hypoxic preconditioning as a crucial component in future cell therapy approaches.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enhanced", "resilience", "to", "hypoxic", "conditions", ",", "improved", "resistance", "to", "oxidative", "stress", ",", "and", "modulation", "of", "key", "genes", "observed", "in", "this", "study", "underscore", "the", "potential", "of", "hypoxic", "preconditioning", "as", "a", "crucial", "component", "in", "future", "cell", "therapy", "approaches", "." ] } ]
PMC4695073
To investigate whether XPA expression serves as a prognostic marker in NPC patients treated with chemoradiotherapy containing platinum-based regimens, we performed univariate and multivariable Cox regression analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "investigate", "whether", "XPA", "expression", "serves", "as", "a", "prognostic", "marker", "in", "NPC", "patients", "treated", "with", "chemoradiotherapy", "containing", "platinum-based", "regimens", ",", "we", "performed", "univariate", "and", "multivariable", "Cox", "regression", "analysis", "." ] } ]
PMC11612794
Error bars show the mean ± SD; p-values were calculated by one-way ANOVA (F (2,27) = 102.4; p < 0.0001) followed by Tukey’s test.(E) Immunoprecipitation using anti-FLAG antibody in AID-based CENP-T conditional knockdown GFP-Dsn1/CENP-C cells expressing 3xFLAG-CENP-T, 3xFLAG-CENP-T, or 3xFLAG-CENP-T. Cells were cultured with IAA for 12 h and nocodazole was added for last 10 h before immunoprecipitation experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Error", "bars", "show", "the", "mean", "±", "SD", ";", "p-values", "were", "calculated", "by", "one-way", "ANOVA", "(", "F", "(", "2,27", ")", "=", "102.4", ";", "p", "<", "0.0001", ")", "followed", "by", "Tukey", "’s", "test.(E", ")", "Immunoprecipitation", "using", "anti-FLAG", "antibody", "in", "AID-based", "CENP-T", "conditional", "knockdown", "GFP-Dsn1/CENP-C", "cells", "expressing", "3xFLAG-CENP-T", ",", "3xFLAG-CENP-T", ",", "or", "3xFLAG-CENP-T.", "Cells", "were", "cultured", "with", "IAA", "for", "12", "h", "and", "nocodazole", "was", "added", "for", "last", "10", "h", "before", "immunoprecipitation", "experiments", "." ] } ]
PMC11792888
Afterward, different concentrations from the most active fractions were applied (15.1, 31.25, 62.5, 125, 250, 500, 1000 µg/mL) to A549 cells and treated for 72 h at 37°C, 5% CO2 and the effect was observed through the MTT assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Afterward", ",", "different", "concentrations", "from", "the", "most", "active", "fractions", "were", "applied", "(", "15.1", ",", "31.25", ",", "62.5", ",", "125", ",", "250", ",", "500", ",", "1000", "µg/mL", ")", "to", "A549", "cells", "and", "treated", "for", "72", "h", "at", "37", "°", "C", ",", "5", "%", "CO2", "and", "the", "effect", "was", "observed", "through", "the", "MTT", "assay", "." ] } ]
PMC11635519
Most representative cluster extracted from the MD simulation of PepA bound to GLPR1 was superimposed over the experimental structure of GLP-1 bound to the receptor. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "representative", "cluster", "extracted", "from", "the", "MD", "simulation", "of", "PepA", "bound", "to", "GLPR1", "was", "superimposed", "over", "the", "experimental", "structure", "of", "GLP-1", "bound", "to", "the", "receptor", ".", "(" ] } ]
PMC11658074
p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001, n.s.,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", ",", "*", "*", "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0.001", ",", "n.s", ".", "," ] } ]
PMC11599565
The cell was then transferred into a microcentrifuge tube, and stored on ice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cell", "was", "then", "transferred", "into", "a", "microcentrifuge", "tube", ",", "and", "stored", "on", "ice", "." ] } ]
PMC11718274
Table 2Induction of apoptosis in the untreated control cells and cells treated with doxorubicin and Y2O3NPs different concentrations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Table", "2Induction", "of", "apoptosis", "in", "the", "untreated", "control", "cells", "and", "cells", "treated", "with", "doxorubicin", "and", "Y2O3NPs", "different", "concentrations", "." ] } ]
PMC10958426
Considering that most genes have two copies in mammalian cells while their expression levels vary greatly, thus the copy number of DNA should not be a strong factor affecting the difference of gene expression in normal cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Considering", "that", "most", "genes", "have", "two", "copies", "in", "mammalian", "cells", "while", "their", "expression", "levels", "vary", "greatly", ",", "thus", "the", "copy", "number", "of", "DNA", "should", "not", "be", "a", "strong", "factor", "affecting", "the", "difference", "of", "gene", "expression", "in", "normal", "cells", "." ] } ]
PMC11534377
In the bottom left panel, cells treated with 5-Aza exhibit reduced migration, indicative of decreased invasiveness.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "bottom", "left", "panel", ",", "cells", "treated", "with", "5-Aza", "exhibit", "reduced", "migration", ",", "indicative", "of", "decreased", "invasiveness", "." ] } ]
PMC11435360
We then tested the efficacy of propargylglycine alone or in combination with gemcitabine (conventional chemotherapy) in an intravesical murine model of bladder cancer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "then", "tested", "the", "efficacy", "of", "propargylglycine", "alone", "or", "in", "combination", "with", "gemcitabine", "(", "conventional", "chemotherapy", ")", "in", "an", "intravesical", "murine", "model", "of", "bladder", "cancer", "." ] } ]
PMC11697065
The heatmap was plotted based on VST-transformed or log2 transformed data being Z-scored i.e. by dividing row mean with SD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "heatmap", "was", "plotted", "based", "on", "VST-transformed", "or", "log2", "transformed", "data", "being", "Z-scored", "i.e.", "by", "dividing", "row", "mean", "with", "SD", "." ] } ]
PMC11803149
However, they exhibit decreased ability to develop a central memory phenotype.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "they", "exhibit", "decreased", "ability", "to", "develop", "a", "central", "memory", "phenotype", "." ] } ]
PMC9684669
The dose-response curve for doxorubicin as monotherapy was nearly comparable to the dose-response curve for doxorubicin in conjunction with the H1R-specific inhibitor fexofenadine (39) ( Figure 3A ).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dose-response", "curve", "for", "doxorubicin", "as", "monotherapy", "was", "nearly", "comparable", "to", "the", "dose-response", "curve", "for", "doxorubicin", "in", "conjunction", "with", "the", "H1R-specific", "inhibitor", "fexofenadine", "(", "39", ")", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]