Datasets:
OTAR3088
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BioData-CellLine_annotated

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PMC10607604
In an initial pilot study, we found a correlation between reduced PTPN13 expression (measured by RT-PCR) and worse prognosis in a historical series of 28 HGSOC samples from patients treated with primary surgery and chemotherapy .
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PMC11394730
RV dramatically decreased lipid production in many cancer cell lines by downregulating FASN .
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PMC11188874
The HDAC1/2 inhibitor romidepsin (FK228/depsipeptide), the pan-HDAC inhibitor vorinostat (suberoylanilide hydroxamic acid) and the HDAC1/3/6/8 inhibitor panobinostat (LBH589) did not significantly increase proteasome activity (Supplementary Fig. S14C).
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PMC11641532
For cell cycle analysis, transfected cells were fixed in ethanol, stained with propidium iodide, and analyzed by flow cytometry to assess cell cycle distribution.
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PMC11750712
1 month = 30.4375 days.
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PMC10854447
The trimethoxy derivative 7l showed the best binding mode and hydrophobic interactions with the surrounding amino acid residues owing to its increased van der Waals volume within the active site relative to the other derivatives (Figure 5C, D).
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PMC10975211
Another benefit is fewer adverse side effects from liver or renal buildup .
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PMC8140214
Cell viability was determined as the ratio of absorbance of treated cells to that of untreated cells that served as a control.
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PMC11743316
Elevated α-ketoglutarate synthesis, triggered by high glutamate dehydrogenase, causes glutamine-derived carbon flow into the TCA cycle and increases anaplerosis and the generation of energy.
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PMC11659921
G, H) Alterations in cell proliferative capacity after inhibition of TNFSF11 in A2780 and HEY cell lines. (
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PMC10957991
Our findings indicated that TRPV4 is expressed at high levels in the stem and progenitor cell populations of the mammary epithelial cells, suggesting that it may also play a role in the lineage specific differentiation in these cell types.
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PMC11766350
Cell pellets were processed by 3 liquid nitrogen/37 °C water bath freeze/thaw cycles.
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PMC8358006
In contrast, there was no correlation for function enrichment between GSD-marked genes and random selected genes (Fig. 2h).
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PMC11562028
Compared with the original Re molecule, the prepared Re-CDs clearly exhibited new strong fluorescent emission and UV absorption, which are supposed to be caused by the cross-linking of the ginsenoside Re molecules under high temperature and high pressure during the hydrothermal reaction.
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PMC11461874
While previous studies have mainly focused on the downstream pathways regulated by DBP, it is largely unknown how the expression level of DBP is regulated posttranslationally.
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PMC10213179
Quantification of abdominal and tumoral radiance efficiency on aptamer-treated mice. (
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PMC11093197
The ENCODE ChIP sequencing dataset revealed that KDM5A could bind to the promoter region of FTβ, and EGFR.
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PMC10048572
Smirnova et al. assessed the stability of IG and TCR gene rearrangements in ALL in adults.
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SynMAPs condensates organize a diverse range of synthetic microtubule-bundled structures across various expression levels.
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PMC9429973
Plasma iron, transferrin saturation and hepcidin were within physiological ranges.
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PMC11535726
Kirschsteiniotheliabulbosapicalis (GZCC 23-0732, holotype) a, b colonies natural substrate c–f conidiophores, conidiogenous cells bearing conidia (red arrows indicate mucilaginous sheaths) g, h conidiophores i–o conidia (red arrows indicate mucilaginous sheaths) p a germinated conidium q upper surface view of culture r lower surface view of culture.
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PMC11615743
All the cell lines used were obtained from the Cell Bank/Stem Cell Bank, Chinese Academy of Sciences (Shanghai, China).
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PMC10728200
Data meets the assumptions of the tests.
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PMC11673128
Blood was diluted at a 1:2 ratio with phosphate-buffered saline (PBS) and separated on Lympholyte-H (Cedarlane, Burlington, ON, Canada), using centrifugation to obtain PBMCs.
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PMC11711663
The concordance index (CI) maintained a stable and high average value of 0.7, demonstrating good predictive accuracy of the prognostic model.
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PMC11489175
USP39 has been shown to be over-expressed in multiple tumor types 102, 103, including ovarian cancer, where it has been reported to be highly expressed in clinical specimens from patients resistant to carboplatin 104.
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PMC11047729
Patensin is a substance derived from Pulsatilla patens var.
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PMC11672881
In 2D model systems, cells are uniformly exposed to oxygen, nutrients, and other biochemical signals, whereas in 3D models, cells experience gradients of these conditions, resulting in cellular layers with different proliferative capacities and drug responses .
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PMC11644761
Aging-related diseases have garnered increasing attention in the scientific community due to the rising global average age.
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PMC10713411
The knockdown of TRIB3 in A498 cells was verified by western blot (Figure 9C).
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PMC11400680
For cell segmentation (Table 4), our method can segment almost all cells across all test sets achieving an IoU ≥0.5.
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PMC10507284
We observed that the cohort with a higher risk score has more deaths (Figure 3D).
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PMC3915447
The magnetization measurements were carried out at room temperature using a vibrating sample magnetometer (VSM, Oxford Instruments, UK), with the magnetic field rage of –1 to +1 Tesla (T).
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PMC11696576
We looked specifically at how it modulated eicosanoid levels in response to stimulation both in whole blood and in isolated peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and checked for off-target effects on AA metabolism in whole blood by also measuring the effect of GK420 on eicosanoid release in the presence of exogenous free AA.Table 2Inhibition of arachidonic acid releaseAA release% InhibEC50 µM (95% CI)GK47067 ± 40.38 (0.25 to 0.58)GK40153 ± 60.63 (0.45 to 0.88)GK42097 ± 140.09 (0.05 to 0.16)GK41971 ± 210.50 (0.31 to 0.78)GK42756 ± 50.67 (0.58 to 0.78)GK40357 ± 120.79 (0.59 to 1.07)GK44088 ± 80.18 (0.11 to 0.30)GK40223 ± 86.7 (4.4 to 10.67)GK43980 ± 100.32 (0.23 to 0.46)GK42812 ± 79.34 (5.72 to 17.07)GK44958 ± 150.78 (0.49 to 1.26)SW982 synoviocytes were stimulated with IL-1β for 4 h in the absence or presence of 0.2, 1 or 5 µM inhibitor.
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PMC7022782
Fluorescence intensity values of ICG-NPs1 did not change during the time, showing an effective stabilization of ICG in the aqueous media when loaded into PECA-NPs.
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PMC11591794
PPI data were retrieved from the STRING database.
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PMC6650823
Kyung Bo Kim and his co-workers have developed a series of peptide epoxyketones bearing a P1′-targeting moiety, of which the most potent Cfz−OH (IC50 = 29.4 nM) showed an IC50 value against H23 cells similar to that of carfilzomib (Cfz, IC50 = 18.3 nM) .
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PMC6222726
Recently, cubebin was proven to induce vasorelaxation via nitric oxide activation without prostacyclin involvement .
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PMC11240052
Dual-luciferase reporter assays were performed to detect the correlation between miR-211-5p and circ_0008285 in SKOV3 cell line (d) and A2780 cell line. (
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PMC11306019
Furthermore, the antagonistic index (AI) values for MM1S and NCI-H929 are 18 and 10, respectively, which are slightly higher than in RPMI-8226 cells (AI = 5) [Note: the AI of polyphenols without antagonistic activity are higher than 300].
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PMC11545737
The absence of a vaccine and the increasing resistance to available antibiotics together with non-mutational and non-hereditary forms of resistance make gonococcal infection an urgent threat .
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PMC11725127
In addition, we reveal an allosteric molecular pocket of the USP2 protein, which can be exploited for the design of targeted inhibitors.
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PMC11297139
Additionally, we conducted spheroid-related assays using cell lines rescued with the PrLD(Y/S) mutant or a mutant with a more restricted number of substitutions, PrLD(Y33/S).
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PMC7171147
Representative images showing matched primary and recurrent tumors with increased CPT1A and COL11A1 expression are shown in Fig. 6b and Fig. S7D.
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PMC11342785
GFP-TPPP droplets were FRAP using confocal microscopy (NIKON A1RS) for a total of 5 min.
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PMC4360730
All ENCODE experimental data, metadata and associated computational analyses are submitted to the ENCODE Data Coordination Center (DCC) for validation, tracking, storage and distribution to community resources and the scientific community.
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PMC11802855
Subsequently, we performed immunohistochemical analysis to detect BCMA and CD138, which allowed us to assess the presence of monoclonal plasma cells in the bone marrow of mice.
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PMC9812014
The EC50 inhibitory concentrations for these alkaloids against this virus were 13.41 ± 1.13 μM, 4.49 ± 0.67 μM, and 6.17 ± 0.50 μM respectively.
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PMC11596967
These peptides incorporate a structure derived from the cyclopeptide antibiotic Gramicidin S, which targets mitochondrial membranes.
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PMC11610461
The blue dots represent the q values of the upper axis enrichment pathways, and the horizontal bars correspond to the gene ratio in the lower axis enrichment terms. (
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Funding: ISCIII-FEDER (PI19/00631); CLS Behring; Catedra UAM-Roche; and Investigator-Initiated Reserach grant (no. IISR-2019-104361) from Baxalta GmbH, a wholly owned subsidiary of Takeda Pharmaceutical Comany Limited.
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PMC11653168
Western blot analysis was conducted to investigate the time-dependent effects of Stattic (5 µM) on apoptosis and autophagy markers in two T-ALL cell lines: CCRF-CEM (Fig. 3A) and Jurkat (Fig. 3B).
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PMC10976516
A specific increase in tumor cell death and regression occurred, suggesting that CVB3 is a potent OV for preferential KRAS-mutant lung adenocarcinoma.
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PMC11594074
Compound 3 exhibited a higher docking score (−8.08 ± 0.29 kcal/mol), indicating less affinity to DNMT1.
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PMC9429973
Multivariate Cox regression analysis revealed that age at diagnosis, chemotherapy and radiotherapy were the independent prognostic factors for OS.
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Here, we observed that in naive B cells, MYEOV’s promoter region, when taken as the viewpoint (green box in Figure 2A), interacts with the promoters of CCND1 and a gene located downstream, LTO1 (previously known as ORAVO1).
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PMC11635519
The central panel zoomed in on the conformations sampled by the N-terminal residue (Cys3) of PepA3.
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PMC11806106
In particular, fentanyl and morphine display different receptor interactions and a different binding mode and with this probably also distinct active receptor conformations, which could explain the differences in activation speed.
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Adherent cells were detached by trypsinization and both adherent and suspension cells were harvested by centrifugation.
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Furin is involved in the cleavage of the precursor protein profilaggrin into the monomer filaggrin, and filaggrin plays an important role in keratinocyte differentiation (130).
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PMC6889484
Briefly, during RNA-dependent DNA synthesis of the 3′ direct repeat (the “3” portion of 3G), the RNase H activity of reverse transcriptase degrades the template RNA, which allows the nascent DNA strand to anneal to the cRNA in the 5′ direct repeat (the “3” portion of A3).
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PMC6617630
The DHL with BCL-2 translocation has an aggressive clinical presentation and is hard to treat with conventional chemotherapy .
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PMC10344560
The dialysate culture indicated R glutinis, with no growth of bacteria.
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PMC10850553
We next examined expression of C5ar1 protein in immunohistochemistry to corroborate the results from the comprehensive gene expression profile data.
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PMC11525293
SARS-CoV-2 infection, mediated by the binding of the viral spike (S) protein to the ACE2 receptor in the host cells [1–3], causes the COVID-19 disease.
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PMC6222726
Tomioka et al. synthetized cis (H8′ α) and trans burseran and tested them in a cilia regeneration test in Tetrahymena, that is a useful model for studying the antitubulinic activity of spindle poisons .
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PMC11700247
RT’s immune-modulatory activity involves releasing of danger/damage-associated molecular patterns pathways, activating the innate immune system by interacting with pattern recognition receptors.20, 21, 22 These, in turn, activate the interferon (IFN) response, potentially promoting out-of-RT field antitumor or “abscopal” effects.
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PMC10944868
Summarizing, the total clearance is primarily a combination of hepatic as well as renal clearance and is measured by the proportionality constant CLtot in log(mL/min/kg).
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PMC11596967
While the structure–activity relationships of AOPs have been studied, focusing on how their molecular structure—including MW, aa composition, sequence, secondary structure, and hydrophobicity—affects their antioxidant activity, the underlying mechanisms that define these relationships are not fully understood.
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PMC11078693
Add Annexin V conjugate solution to the cell culture media within the T75 flask.
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PMC8143558
The soapy properties of these plants are attributed to the presence of saponins and their scientific nomenclature arose as a result of this; for example, the genus Saponaria is made up of saponin-rich plants commonly called soapworts .
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PMC9268620
Finally, they were stained with lead citrate for 10 min, washed with double-distilled water, and examined with a transmission electron microscope (Hitachi H-70100 Transmission Electron Microscope, Tokyo, Japan).
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PMC11634027
A,D,G) Wing pouch and hinge regions.
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Here, is set to 4.8[12pt] $$_=concat(_^,_^, ,_^).$$=concathf1,hf2,⋯⋯,hfh.
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PMC4839679
For hypoxia treatment, cells were plated 16 hours before placement in a modular incubator chamber (Billups-Rothenberg, Inc., Del Mar, CA) flushed with a gas mixture of 0.5% O2, 5% CO2 and 94.5% N2 (Indiana Oxygen Company, Indianapolis, IN) at 37˚C for 6 hours.
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PMC10154097
In addition, circSOX4 knockdown resulted in decreased cell behaviors than control and the effects disappeared after miR-218-5p inhibition or YY1 overexpression in these cells, as shown in Figures 5(c) and 5(d).
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PMC8409415
Moreover, CD70 expression following platinum drug administration is an NF‐κB‐mediated pathway that may not be specific to OvCA cells, therefore this finding is crucial as it could be applicable to other malignancies.
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PMC11394730
In addition to its prevention action, it can potentially be considered a therapeutic agent that can target and tackle cancer cells without harming normal cells, overcoming the biggest obstacle in classical pharmacological treatments of cancer .
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PMC10114490
Bioconductor DESeq2 package for the R software was used for further analysis.
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PMC9429973
Median ABR (IQR) for all bleeds was 2.00 (4.10) in the pivotal study and 0.48 (1.46) during the extension (Table).
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PMC11788920
The RNAs were extracted from the gel slice by soaking it overnight in elution buffer and then collecting the RNAs via ethanol precipitation, as previously described.
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PMC11705862
Each group was compared to the untreated group (first bar) to determine the statistical significance (A) Western blots showing the impact of glucose and glucolipotoxicity treatment (induced by with glucose and palmitic acid for 48 h) on IRIS-1 protein expression, and (B) the effect of gluco-lipo-toxicity in combination with pro-inflammatory cytokines (TNF-α, IFN-ɣ) on IRIS-1 expression, in neuroblastoma cell line (SH-SY5Y) to induce conditions mimicking AD and T2D.
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PMC11420784
Combined with the work of the Mysorekar group, the process by which UPEC interferes with autophagy during early and late stages of infection has been mostly illustrated.
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PMC10178190
Our data show that CM derived from tumor-activated MSCs were more potent in conferring platinum chemoresistance than were CMs derived from MSC grown as a monolayer (Figure 1).
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PMC9429973
This report aims to characterize the MM population in our registry treated with ASCT.
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PMC11754784
Cell membrane receptors perform important biological functions by participating in various biological processes like cell cycle, proliferation, communication, and migration, and thus are considered as valuable targets for regulating physiological and pathological states.
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From the inside out, the first ring arranges differential proteins clockwise according to their P values from smallest to largest.
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PMC11806106
The agonist-induced activation was normalized to the maximal activation (mean ± SEM, n = 5 of independent transfections measured in triplets) and plotted as concentration-response curve for dynorphine A in (B) (EC50: 219 nM).
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PMC6114978
This was validated quantitatively in 3 cell lines (SKLMS1, A204, and SJCRH30) in part (B).
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PMC11757230
In other LL cell lines, isolation from cADSCs resulted in the loss of cell death induction or cell cycle arrest, leading to recovered proliferation.
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PMC10547921
STING agonists are widely used in a variety of research fields.
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PMC11525028
These results indicated that NAT10 may be a promising therapeutic target for osteosarcoma and could serve as a prognostic marker in osteosarcoma.
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PMC9429973
MDS is driven by genetic and epigenetic lesions in the hematopoietic clone itself, but also by changes in the bone marrow microenvironment.
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PMC11026382
The DHFR saturation mutagenesis library was constructed as four sublibraries in the pTet-Duet selection vector (see above for selection vector details).
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PMC9429973
The median outpatient follow-up of 12 days and the median number of Day Hospital visits was 5.
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PMC9386809
382 mg (86% yield); brown solid mp 204–206 °C; H NMR (400 MHz, DMSO-d6): δ 3.95 (s, 5H, CH), 4.10 (t, 2H, J = 1.6 Hz, CH), 4.23 (t, 2H, J = 1.5 Hz, CH), 5.63 (s, 1H, CH), 6.84 (t, 2H, J = 7.7 Hz, Ar), 6.98 (t, 2H, J = 7.7 Hz, Ar), 7.18 (s, 2H, CH=C), 7.29 (d, 2H, J = 7.9 Hz, Ar), 7.43 (d, 2H, J = 7.9 Hz, Ar), 10.79 (s, 2H, NH); C NMR (100 MHz, DMSO-d6): δ 34.4, 67.1, 68.8, 94.0, 111.8, 118.3, 119.6, 119.8, 120.9, 123.2, 127.2, 136.7.
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PMC8584666
In this study, the function of GPI-80 in tumor cells is thought to induce the release of sGPI-80 and the activation of NF-κB. Because cancer-induced chronic inflammation is known to suppress the immune response , GPI-80 expression may induce chronic inflammation and reduce survival.
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PMC11470999
G and H) Representative hematoxylin and eosin (H&E) staining images of brain and lung metastatic lesions in mice from (C) and (D).
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PMC11599565
Within approximately one week, organoids were recovered from the domes via enzymatic dissociation using a cocktail containing 1 mg/mL of Collagenase I, Collagenase II, Dispase I and Hyaluronidase (Thermo Fischer Scientific, MA, USA) dissolved in DMEM/F12.
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PMC11628904
An issue facing burn wound care providers is the lack of consensus on the best course of pre‐hospitalisation care for burn injuries. , ,
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