OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

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PMC11748335	Each column represents data from one peak type in a sample, with colors indicating the significance of enrichment for each GO term in the input gene list.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "column", "represents", "data", "from", "one", "peak", "type", "in", "a", "sample", ",", "with", "colors", "indicating", "the", "significance", "of", "enrichment", "for", "each", "GO", "term", "in", "the", "input", "gene", "list", "." ] } ]
PMC11742231	Generalization to New Cell Lines: In the new cell line test experiment, MGATAF outperforms all baseline models, demonstrating its robustness and generalization capability to unseen cell lines.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Generalization", "to", "New", "Cell", "Lines", ":", "In", "the", "new", "cell", "line", "test", "experiment", ",", "MGATAF", "outperforms", "all", "baseline", "models", ",", "demonstrating", "its", "robustness", "and", "generalization", "capability", "to", "unseen", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC4443654	These range from the three-dimensional arrangement of multi-megabase-scale domains within the nucleus down to the chemical modifications carried by individual nucleosomes and nucleotides at particular loci.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "range", "from", "the", "three-dimensional", "arrangement", "of", "multi-megabase-scale", "domains", "within", "the", "nucleus", "down", "to", "the", "chemical", "modifications", "carried", "by", "individual", "nucleosomes", "and", "nucleotides", "at", "particular", "loci", "." ] } ]
PMC9370419	A Southern blot of the HBV DNA followed using a Roche DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter Kit II.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Southern", "blot", "of", "the", "HBV", "DNA", "followed", "using", "a", "Roche", "DIG", "High", "Prime", "DNA", "Labeling", "and", "Detection", "Starter", "Kit", "II", "." ] } ]
PMC11756514	Each represents proteins from different compartments of the body and employs separate effector mechanisms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "represents", "proteins", "from", "different", "compartments", "of", "the", "body", "and", "employs", "separate", "effector", "mechanisms", "." ] } ]
PMC11188874	We have shown that HDAC6 inhibitors stimulate proteasomes to amplify and expand MHC-I antigen presentation on myeloma cells and promote cytotoxic T-cell responses.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "have", "shown", "that", "HDAC6", "inhibitors", "stimulate", "proteasomes", "to", "amplify", "and", "expand", "MHC-I", "antigen", "presentation", "on", "myeloma", "cells", "and", "promote", "cytotoxic", "T-cell", "responses", "." ] } ]
PMC11763111	Flowchart shows that mice (n = 5) were injected intravenously with 5 × 10 CCRF-CEM-Luc-GFP-B2M cells and 5 × 10 HLA-A2 mismatched alloreactive PBMC cells, followed by 2.5 × 10 CAR-T/PCDH-T cells and 2.5 × 10 NK cells three days later.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Flowchart", "shows", "that", "mice", "(", "n", "=", "5", ")", "were", "injected", "intravenously", "with", "5", "×", "10", "CCRF-CEM-Luc-GFP-B2", "M", "cells", "and", "5", "×", "10", "HLA-A2", "mismatched", "alloreactive", "PBMC", "cells", ",", "followed", "by", "2.5", "×", "10", "CAR-T/PCDH-T", "cells", "and", "2.5", "×", "10", "NK", "cells", "three", "days", "later", "." ] } ]
PMC11706776	GSE129155 contains ChIP-seq data for inducible EWS::FLI1 knockdown in the cell line A673/TR/shEF.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "GSE129155", "contains", "ChIP-seq", "data", "for", "inducible", "EWS::FLI1", "knockdown", "in", "the", "cell", "line", "A673/TR/shEF", "." ] } ]
PMC11792090	Statistical significance was determined by two-way ANOVA (C, I) and one-way ANOVA (F, H). *	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "significance", "was", "determined", "by", "two-way", "ANOVA", "(", "C", ",", "I", ")", "and", "one-way", "ANOVA", "(", "F", ",", "H", ")", ".", "*" ] } ]
PMC5415764	About 40–50% of patients are found with up to 100-fold P-gp overexpression in their tumor tissues compared to the normal tissues.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "About", "40–50", "%", "of", "patients", "are", "found", "with", "up", "to", "100-fold", "P-gp", "overexpression", "in", "their", "tumor", "tissues", "compared", "to", "the", "normal", "tissues", "." ] } ]
PMC9370419	The plates were coated with 50 µg/µL Collagen Type I (Corning 354236) before culturing the HepG2 cells, HepG2.2.15cells, and SBHX21 cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plates", "were", "coated", "with", "50", "µg/µL", "Collagen", "Type", "I", "(", "Corning", "354236", ")", "before", "culturing", "the", "HepG2", "cells", ",", "HepG2.2.15cells", ",", "and", "SBHX21", "cells", "." ] } ]
PMC11127909	N = 3 mice/group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N", "=", "3", "mice/group", "." ] } ]
PMC9516401	IDE is a zinc metalloprotease that expresses ubiquitously.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IDE", "is", "a", "zinc", "metalloprotease", "that", "expresses", "ubiquitously", "." ] } ]
PMC11365427	The levels of ROS in MM cells were detected by a ROS Assay Kit (Beyotime, Shanghai, China) according to the manufacturer's instructions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "levels", "of", "ROS", "in", "MM", "cells", "were", "detected", "by", "a", "ROS", "Assay", "Kit", "(", "Beyotime", ",", "Shanghai", ",", "China", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'s", "instructions", "." ] } ]
PMC11024707	Recent studies showed that mi-RNAs play a role in the pathogenesis of ASD .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recent", "studies", "showed", "that", "mi-RNAs", "play", "a", "role", "in", "the", "pathogenesis", "of", "ASD", "." ] } ]
PMC10698968	On day 4 post-fertilization all unfertilized eggs were discarded.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "day", "4", "post-fertilization", "all", "unfertilized", "eggs", "were", "discarded", "." ] } ]
PMC9429973	Method A showed poor interobserver concordance (ICC=0.105) at low plasma cell densities.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Method", "A", "showed", "poor", "interobserver", "concordance", "(", "ICC=0.105", ")", "at", "low", "plasma", "cell", "densities", "." ] } ]
PMC10452486	However, a critical report of Tran et al. questioned the contention and showed that the mAb W6/32 “actually recognizes an epitope present on isolated non-reduced α-chains of most HLA-B allelic forms”.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "a", "critical", "report", "of", "Tran", "et", "al.", "questioned", "the", "contention", "and", "showed", "that", "the", "mAb", "W6/32", "“", "actually", "recognizes", "an", "epitope", "present", "on", "isolated", "non-reduced", "α-chains", "of", "most", "HLA-B", "allelic", "forms", "”", "." ] } ]
PMC11621493	Changes in lipid classes were calculated based on the sum of all analyzed subspecies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Changes", "in", "lipid", "classes", "were", "calculated", "based", "on", "the", "sum", "of", "all", "analyzed", "subspecies", "." ] } ]
PMC9966931	Fungi were stored in the R&D department of Kimitec Group (Vícar, Almería, Spain) at −80 °C on glycerol (15%).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fungi", "were", "stored", "in", "the", "R&D", "department", "of", "Kimitec", "Group", "(", "Vícar", ",", "Almería", ",", "Spain", ")", "at", "−80", "°", "C", "on", "glycerol", "(", "15", "%", ")", "." ] } ]
PMC11047729	Wogonin is one of a few active compounds found in Scutellaria baicalensis roots.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wogonin", "is", "one", "of", "a", "few", "active", "compounds", "found", "in", "Scutellaria", "baicalensis", "roots", "." ] } ]
PMC11678130	The negative control, H2O, had no impact on the CAM vasculature.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "negative", "control", ",", "H2O", ",", "had", "no", "impact", "on", "the", "CAM", "vasculature", "." ] } ]
PMC10142392	In another study, linear, 3-arm, and 6-arm star-shaped PCL-poly(quaternary ammonium salt) copolymers were synthesized using a combination of ring-opening polymerization and atom transfer polymerization.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "another", "study", ",", "linear", ",", "3-arm", ",", "and", "6-arm", "star-shaped", "PCL-poly(quaternary", "ammonium", "salt", ")", "copolymers", "were", "synthesized", "using", "a", "combination", "of", "ring-opening", "polymerization", "and", "atom", "transfer", "polymerization", "." ] } ]
PMC9143157	The patient suffered from refractory advanced prostate cancer, having multiple metastatic lung nodules and multiple bone metastasis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "patient", "suffered", "from", "refractory", "advanced", "prostate", "cancer", ",", "having", "multiple", "metastatic", "lung", "nodules", "and", "multiple", "bone", "metastasis", "." ] } ]
PMC9429973	Summary/Conclusion: Progression/recurrence of chronic lymphocytic leukemia is a factor in the severe course of COVID-19, and, as a result, increases the risk of hospital mortality.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "Progression/recurrence", "of", "chronic", "lymphocytic", "leukemia", "is", "a", "factor", "in", "the", "severe", "course", "of", "COVID-19", ",", "and", ",", "as", "a", "result", ",", "increases", "the", "risk", "of", "hospital", "mortality", "." ] } ]
PMC9429973	Median number of prior lines of treatment was 2 (range 1–3).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "number", "of", "prior", "lines", "of", "treatment", "was", "2", "(", "range", "1–3", ")", "." ] } ]
PMC11627398	The GSE26440 dataset from the GEO database was used to screen differentially expressed genes (DEGs) between control and septic shock samples.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "GSE26440", "dataset", "from", "the", "GEO", "database", "was", "used", "to", "screen", "differentially", "expressed", "genes", "(", "DEGs", ")", "between", "control", "and", "septic", "shock", "samples", "." ] } ]
PMC9545474	Coordination of the metal to the phosphine ligands happens via the phosphorus atom, and this is evidenced by a downfield shift of the phosphorus signal in the P NMR spectra of complexes 4–8 (Figures S3, S6, S9, S12, S16) for the spectra of the five complexes; e. g., from −104.3 ppm (crystalline form) or −96.2 ppm in MeOD solution for the free ligand PTA to −31.56 ppm for complex 4 in CDCl3; from −81.06 ppm for the free ligand DAPTA to −7.84 ppm for complex 5 in CDCl3; from −5.39 ppm in CDCl3 for the free ligand PPh3 to 34.23 ppm for complex 8 in CDCl3; from −8.3 ppm in D2O for the free ligand TPPTS to 38.65 ppm for complex 6 in D2O, as has been previously reported.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Coordination", "of", "the", "metal", "to", "the", "phosphine", "ligands", "happens", "via", "the", "phosphorus", "atom", ",", "and", "this", "is", "evidenced", "by", "a", "downfield", "shift", "of", "the", "phosphorus", "signal", "in", "the", "P", "NMR", "spectra", "of", "complexes", "4–8", "(", "Figures", "S3", ",", "S6", ",", "S9", ",", "S12", ",", "S16", ")", "for", "the", "spectra", "of", "the", "five", "complexes", ";", "e.", "g.", ",", "from", "−104.3", "ppm", "(", "crystalline", "form", ")", "or", "−96.2", "ppm", "in", "MeOD", "solution", "for", "the", "free", "ligand", "PTA", "to", "−31.56", "ppm", "for", "complex", "4", "in", "CDCl3", ";", "from", "−81.06", "ppm", "for", "the", "free", "ligand", "DAPTA", "to", "−7.84", "ppm", "for", "complex", "5", "in", "CDCl3", ";", "from", "−5.39", "ppm", "in", "CDCl3", "for", "the", "free", "ligand", "PPh3", "to", "34.23", "ppm", "for", "complex", "8", "in", "CDCl3", ";", "from", "−8.3", "ppm", "in", "D2O", "for", "the", "free", "ligand", "TPPTS", "to", "38.65", "ppm", "for", "complex", "6", "in", "D2O", ",", "as", "has", "been", "previously", "reported", "." ] } ]
PMC9429973	Pts in the RUX arm achieved a ≥50% reduction in CS dose earlier than pts in the BAT arm, with a median time of 1.9 months (95% CI, 1.4-1.9 months) vs 2.4 months (95% CI, 1.9-2.8 months).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pts", "in", "the", "RUX", "arm", "achieved", "a", "≥50", "%", "reduction", "in", "CS", "dose", "earlier", "than", "pts", "in", "the", "BAT", "arm", ",", "with", "a", "median", "time", "of", "1.9", "months", "(", "95", "%", "CI", ",", "1.4", "-", "1.9", "months", ")", "vs", "2.4", "months", "(", "95", "%", "CI", ",", "1.9", "-", "2.8", "months", ")", "." ] } ]
PMC9509578	Hypoxic conditions are associated with many cancers due to limited oxygen supply, which leads to overexpression of a transcription factor called HIF-1α.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hypoxic", "conditions", "are", "associated", "with", "many", "cancers", "due", "to", "limited", "oxygen", "supply", ",", "which", "leads", "to", "overexpression", "of", "a", "transcription", "factor", "called", "HIF-1α", "." ] } ]
PMC6133382	The enzyme MGAT1 (red box) adds a GlcNAc to the Man5 structure and is required to enable other glycosyltransferases to add monosaccharides, creating hybrid (second from right) and complex (right) glycoforms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enzyme", "MGAT1", "(", "red", "box", ")", "adds", "a", "GlcNAc", "to", "the", "Man5", "structure", "and", "is", "required", "to", "enable", "other", "glycosyltransferases", "to", "add", "monosaccharides", ",", "creating", "hybrid", "(", "second", "from", "right", ")", "and", "complex", "(", "right", ")", "glycoforms", "." ] } ]
PMC11618052	Yield: 0.28 g (72%), white solid, m.p: 177–179 °C, Rf.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yield", ":", "0.28", "g", "(", "72", "%", ")", ",", "white", "solid", ",", "m.p", ":", "177–179", "°", "C", ",", "Rf", "." ] } ]
PMC6901583	The antibodies used in this study were as follows: BRD4 (ab128874), β-actin (ab8226), MMP9 (ab38898), LOX (ab174316), VEGFA (ab52917), p65 (ab16502), p-p65 (ab86299), Lamin A/C (ab108595), and CCL2 (ab9851; Abcam).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "antibodies", "used", "in", "this", "study", "were", "as", "follows", ":", "BRD4", "(", "ab128874", ")", ",", "β-actin", "(", "ab8226", ")", ",", "MMP9", "(", "ab38898", ")", ",", "LOX", "(", "ab174316", ")", ",", "VEGFA", "(", "ab52917", ")", ",", "p65", "(", "ab16502", ")", ",", "p-p65", "(", "ab86299", ")", ",", "Lamin", "A/C", "(", "ab108595", ")", ",", "and", "CCL2", "(", "ab9851", ";", "Abcam", ")", "." ] } ]
PMC10114490	Clustering of genes confirmed an effective downregulation of fibroblast-specific genes in diHLC compared to iHDF-T. Among the genes upregulated in diHLC-T and highly present in PHH, we found those encoded by mtDNA, suggesting a higher content of mitochondria; in fact, hepatocytes are extremely rich in mitochondria .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Clustering", "of", "genes", "confirmed", "an", "effective", "downregulation", "of", "fibroblast-specific", "genes", "in", "diHLC", "compared", "to", "iHDF-T.", "Among", "the", "genes", "upregulated", "in", "diHLC-T", "and", "highly", "present", "in", "PHH", ",", "we", "found", "those", "encoded", "by", "mtDNA", ",", "suggesting", "a", "higher", "content", "of", "mitochondria", ";", "in", "fact", ",", "hepatocytes", "are", "extremely", "rich", "in", "mitochondria", "." ] } ]
PMC11467800	Integrating these information fosters a more comprehensive understanding of cancer development, progression and response to treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Integrating", "these", "information", "fosters", "a", "more", "comprehensive", "understanding", "of", "cancer", "development", ",", "progression", "and", "response", "to", "treatment", "." ] } ]
PMC11592008	We treated all cell lines with two concentrations of talabostat for 24 h and analyzed both cell lysates and supernatants using Western blotting.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "treated", "all", "cell", "lines", "with", "two", "concentrations", "of", "talabostat", "for", "24", "h", "and", "analyzed", "both", "cell", "lysates", "and", "supernatants", "using", "Western", "blotting", "." ] } ]
PMC10728535	This means that these 30 DEGs, consisting of four up‐regulated and 26 down‐regulated genes in cisplatin‐resistant relative to cisplatin‐sensitive OC group play potential roles in drug resistance development in OC.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "means", "that", "these", "30", "DEGs", ",", "consisting", "of", "four", "up‐regulated", "and", "26", "down‐regulated", "genes", "in", "cisplatin‐resistant", "relative", "to", "cisplatin‐sensitive", "OC", "group", "play", "potential", "roles", "in", "drug", "resistance", "development", "in", "OC", "." ] } ]
PMC11755624	It is possible that understanding the complex regulatory network of lncRNAs in psoriasis will introduce novel therapies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "possible", "that", "understanding", "the", "complex", "regulatory", "network", "of", "lncRNAs", "in", "psoriasis", "will", "introduce", "novel", "therapies", "." ] } ]
PMC10502403	In conclusion, αβ-TCR transduction into γδ-T cells showed promising in vitro and in vivo persistence.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "conclusion", ",", "αβ-TCR", "transduction", "into", "γδ-T", "cells", "showed", "promising", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "persistence", "." ] } ]
PMC11764090	In cold temperatures, ICE1 is modified to perform the function of activating CBF3 transcription.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "cold", "temperatures", ",", "ICE1", "is", "modified", "to", "perform", "the", "function", "of", "activating", "CBF3", "transcription", "." ] } ]
PMC10547921	Apoptosis of cancer cells can theoretically be triggered by drugs blocking the BH3 binding domain on Bcl-xL. However, Bcl-xL is critical for platelet survival, and pan-inhibitors of Bcl-xL may produce platelet toxicity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Apoptosis", "of", "cancer", "cells", "can", "theoretically", "be", "triggered", "by", "drugs", "blocking", "the", "BH3", "binding", "domain", "on", "Bcl-xL.", "However", ",", "Bcl-xL", "is", "critical", "for", "platelet", "survival", ",", "and", "pan-inhibitors", "of", "Bcl-xL", "may", "produce", "platelet", "toxicity", "." ] } ]
PMC11711871	The values are presented as mean ± SEMs, and the data were evaluated via two-way ANOVA and subsequently compared with an unpaired two-tailed t test with Welch’s correction.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "values", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEMs", ",", "and", "the", "data", "were", "evaluated", "via", "two-way", "ANOVA", "and", "subsequently", "compared", "with", "an", "unpaired", "two-tailed", "t", "test", "with", "Welch", "’s", "correction", "." ] } ]
PMC11674146	Then, the level of CLP36 in lymphoma cells was quantified accordingly, where a relatively higher expression was seen in BJAB and RA 1 cells as compared to that in WSU-DLCL2 cells (Figs. 2A–2C, P < 0.01).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "the", "level", "of", "CLP36", "in", "lymphoma", "cells", "was", "quantified", "accordingly", ",", "where", "a", "relatively", "higher", "expression", "was", "seen", "in", "BJAB", "and", "RA", "1", "cells", "as", "compared", "to", "that", "in", "WSU-DLCL2", "cells", "(", "Figs.", "2A–2C", ",", "P", "<", "0.01", ")", "." ] } ]
PMC11585254	Briefly, HEK293 or β-arrestin1 and β-arrestin2 DKO HEK293 cells grown on 10 cm dishes to approximately 70–80% confluency were transiently transfected with 6 μg FLAG-tagged receptor (CXCR5 or phospho-site cluster variants) or empty pcDNA3 vector as background control with 20 μl PEI as we have previously described (Caballero et al., 2019).	[ { "tags": [ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "HEK293", "or", "β-arrestin1", "and", "β-arrestin2", "DKO", "HEK293", "cells", "grown", "on", "10", "cm", "dishes", "to", "approximately", "70–80", "%", "confluency", "were", "transiently", "transfected", "with", "6", "μg", "FLAG-tagged", "receptor", "(", "CXCR5", "or", "phospho-site", "cluster", "variants", ")", "or", "empty", "pcDNA3", "vector", "as", "background", "control", "with", "20", "μl", "PEI", "as", "we", "have", "previously", "described", "(", "Caballero", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC11420784	ΔpldA was generated using the λ-Red recombinase method .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ΔpldA", "was", "generated", "using", "the", "λ-Red", "recombinase", "method", "." ] } ]
PMC10391797	PD-1/PD-L1 antibodies only slightly improved the potency of CAR-T cell therapy (CD123 CAR-T 60.92% ± 2.9087% vs. 65.43% ± 2.1893%, 60.92% ± 2.9087% vs. 67.43% ± 3.4973%; 37.37% ± 3.908% vs. 41.89% ± 5.1568%, 37.37% ± 3.908% vs. 42.84% ± 4.2635%).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PD-1/PD-L1", "antibodies", "only", "slightly", "improved", "the", "potency", "of", "CAR-T", "cell", "therapy", "(", "CD123", "CAR-T", "60.92", "%", "±", "2.9087", "%", "vs.", "65.43", "%", "±", "2.1893", "%", ",", "60.92", "%", "±", "2.9087", "%", "vs.", "67.43", "%", "±", "3.4973", "%", ";", "37.37", "%", "±", "3.908", "%", "vs.", "41.89", "%", "±", "5.1568", "%", ",", "37.37", "%", "±", "3.908", "%", "vs.", "42.84", "%", "±", "4.2635", "%", ")", "." ] } ]
PMC2193049	In agreement with these results, we also found that the proteasome inhibitor lactacystin did not completely abrogate certain proteasomal activities but resulted in an altered degradation of synthetic peptides.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "agreement", "with", "these", "results", ",", "we", "also", "found", "that", "the", "proteasome", "inhibitor", "lactacystin", "did", "not", "completely", "abrogate", "certain", "proteasomal", "activities", "but", "resulted", "in", "an", "altered", "degradation", "of", "synthetic", "peptides", "." ] } ]
PMC9429973	The odds ratios (OR) with their 95% confidence intervals (CI) and p-values were determined by using the SPSS statistical package (version 23.0; SPSS Inc, Chicago, IL, USA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "odds", "ratios", "(", "OR", ")", "with", "their", "95", "%", "confidence", "intervals", "(", "CI", ")", "and", "p-values", "were", "determined", "by", "using", "the", "SPSS", "statistical", "package", "(", "version", "23.0", ";", "SPSS", "Inc", ",", "Chicago", ",", "IL", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11354239	The results of qRT-PCR (Figure 6C) confirmed the very consistent down-regulation of both mRNAs in the responder population of NK cells derived from all three donors, compared to the non-responder population.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "of", "qRT-PCR", "(", "Figure", "6C", ")", "confirmed", "the", "very", "consistent", "down-regulation", "of", "both", "mRNAs", "in", "the", "responder", "population", "of", "NK", "cells", "derived", "from", "all", "three", "donors", ",", "compared", "to", "the", "non-responder", "population", "." ] } ]
PMC11320834	The graphs show the influence of the dose of topotecan and liposomal-based topotecan (I), or olaparib, and liposomal-based olaparib (II) A HEOC, B EOC 1, C EOC 2, D EOC 3, E EOC 4, F Ascites, G OCI-E1p.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "graphs", "show", "the", "influence", "of", "the", "dose", "of", "topotecan", "and", "liposomal-based", "topotecan", "(", "I", ")", ",", "or", "olaparib", ",", "and", "liposomal-based", "olaparib", "(", "II", ")", "A", "HEOC", ",", "B", "EOC", "1", ",", "C", "EOC", "2", ",", "D", "EOC", "3", ",", "E", "EOC", "4", ",", "F", "Ascites", ",", "G", "OCI-E1p", "." ] } ]
PMC11718109	Since available antibodies to VMAT2 are not specific, we immunolabel striatal homogenate isolated from HA-tagged VMAT2 transgenic mice with HA (to label VMAT2) and synaptophysin antibodies in the agarose-embedded synaptosomes (Fig. 8D, E).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "available", "antibodies", "to", "VMAT2", "are", "not", "specific", ",", "we", "immunolabel", "striatal", "homogenate", "isolated", "from", "HA-tagged", "VMAT2", "transgenic", "mice", "with", "HA", "(", "to", "label", "VMAT2", ")", "and", "synaptophysin", "antibodies", "in", "the", "agarose-embedded", "synaptosomes", "(", "Fig.", "8D", ",", "E", ")", "." ] } ]
PMC11361748	We found no difference in the percentage of TUNEL-positive cells 6 h after dual TPA-TPA or TPA-UVB Tx, spaced 24 h apart, in Krt17 null versus WT mouse skin (S2B and S2C Fig), suggesting that the delay in TAR in Krt17 null skin is not due to differences in apoptotic cell death.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "no", "difference", "in", "the", "percentage", "of", "TUNEL-positive", "cells", "6", "h", "after", "dual", "TPA-TPA", "or", "TPA-UVB", "Tx", ",", "spaced", "24", "h", "apart", ",", "in", "Krt17", "null", "versus", "WT", "mouse", "skin", "(", "S2B", "and", "S2C", "Fig", ")", ",", "suggesting", "that", "the", "delay", "in", "TAR", "in", "Krt17", "null", "skin", "is", "not", "due", "to", "differences", "in", "apoptotic", "cell", "death", "." ] } ]
PMC11743316	As a result, scientists have used surface enhancement and nanoparticle technology to increase cisplatin distribution and prevent renal damage .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", ",", "scientists", "have", "used", "surface", "enhancement", "and", "nanoparticle", "technology", "to", "increase", "cisplatin", "distribution", "and", "prevent", "renal", "damage", "." ] } ]
PMC11768927	Their findings demonstrated that co-infection with vaccinia virus significantly increased VSV protein synthesis, even following IFN treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Their", "findings", "demonstrated", "that", "co-infection", "with", "vaccinia", "virus", "significantly", "increased", "VSV", "protein", "synthesis", ",", "even", "following", "IFN", "treatment", "." ] } ]
PMC7841189	These findings suggest that LTBP2 performs an oncogenic or a tumor suppressing function depending on cell type or context.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "suggest", "that", "LTBP2", "performs", "an", "oncogenic", "or", "a", "tumor", "suppressing", "function", "depending", "on", "cell", "type", "or", "context", "." ] } ]
PMC7039683	Brazil mutation refers to a rare mutation reported in a patient with Van der Woude syndrome (Fakhouri et al., 2012).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Brazil", "mutation", "refers", "to", "a", "rare", "mutation", "reported", "in", "a", "patient", "with", "Van", "der", "Woude", "syndrome", "(", "Fakhouri", "et", "al.", ",", "2012", ")", "." ] } ]
PMC6799808	c A549 and A427 cells were treated with GLPT for 24 h at the indicated concentrations, and western blotting was then performed with the indicated antibodies.	[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", "A549", "and", "A427", "cells", "were", "treated", "with", "GLPT", "for", "24", "h", "at", "the", "indicated", "concentrations", ",", "and", "western", "blotting", "was", "then", "performed", "with", "the", "indicated", "antibodies", "." ] } ]
PMC11347429	It does not have any known function in the host response to infections (GeneCards).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "does", "not", "have", "any", "known", "function", "in", "the", "host", "response", "to", "infections", "(", "GeneCards", ")", "." ] } ]
PMC9429973	The final model included 1-point for any of the following: erythrocytes >6.45 × 10/L, platelets >350 × 10/L, and neutrophils >6.2 × 10/L. Patients with a score of 0 were considered low-risk; all others were classified as high-risk.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "final", "model", "included", "1-point", "for", "any", "of", "the", "following", ":", "erythrocytes", ">", "6.45", "×", "10/L", ",", "platelets", ">", "350", "×", "10/L", ",", "and", "neutrophils", ">", "6.2", "×", "10/L.", "Patients", "with", "a", "score", "of", "0", "were", "considered", "low-risk", ";", "all", "others", "were", "classified", "as", "high-risk", "." ] } ]
PMC11507371	In the non-malignant HaCaT cells, the clusters of untreated control and argon treatment were almost congruent.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "non-malignant", "HaCaT", "cells", ",", "the", "clusters", "of", "untreated", "control", "and", "argon", "treatment", "were", "almost", "congruent", "." ] } ]
PMC11687663	With the second highest death rate among all cancers, HCC is ranks as the fifth universal cancer among other cancers .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "the", "second", "highest", "death", "rate", "among", "all", "cancers", ",", "HCC", "is", "ranks", "as", "the", "fifth", "universal", "cancer", "among", "other", "cancers", "." ] } ]
PMC9031474	Additionally, several semi-synthetic derivatives were obtained from polygodial to increase its cytotoxic activity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "several", "semi-synthetic", "derivatives", "were", "obtained", "from", "polygodial", "to", "increase", "its", "cytotoxic", "activity", "." ] } ]
PMC9622879	When using an HVAC system, the indoor temperature in each time slot of a day must be guaranteed in a comfortable temperature range at each home in the community.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "When", "using", "an", "HVAC", "system", ",", "the", "indoor", "temperature", "in", "each", "time", "slot", "of", "a", "day", "must", "be", "guaranteed", "in", "a", "comfortable", "temperature", "range", "at", "each", "home", "in", "the", "community", "." ] } ]
PMC4816271	Anti-GD2 mAb therapy is associated with peripheral neurotoxicity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anti-GD2", "mAb", "therapy", "is", "associated", "with", "peripheral", "neurotoxicity", "." ] } ]
PMC9429973	More than 100 cases have been described, the severity of anemia varies considerably.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "than", "100", "cases", "have", "been", "described", ",", "the", "severity", "of", "anemia", "varies", "considerably", "." ] } ]
PMC10777969	In this particular scenario, LDH activity was observed to have a larger effect for FCP23 (Figure 4C, 23.8 ± 2.9 at IC20 and 62 ± 5.4 at IC50 vs. 5.6 ± 1.7 and 15.9 ± 4.8).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "particular", "scenario", ",", "LDH", "activity", "was", "observed", "to", "have", "a", "larger", "effect", "for", "FCP23", "(", "Figure", "4C", ",", "23.8", "±", "2.9", "at", "IC20", "and", "62", "±", "5.4", "at", "IC50", "vs.", "5.6", "±", "1.7", "and", "15.9", "±", "4.8", ")", "." ] } ]
PMC9712534	Sequence comparison of the N-terminal regions of yeast TOP2 (NCBI Reference Sequence: NP_014311.3) and human TOP2B (NCBI Reference Sequence: NP_001059.2).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequence", "comparison", "of", "the", "N-terminal", "regions", "of", "yeast", "TOP2", "(", "NCBI", "Reference", "Sequence", ":", "NP_014311.3", ")", "and", "human", "TOP2B", "(", "NCBI", "Reference", "Sequence", ":", "NP_001059.2", ")", "." ] } ]
PMC11612508	Like in our study, Kun Fang and his team developed doxorubicin-loaded magnetic PLGA microspheres (DOX-MMS) for cancer therapy.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Like", "in", "our", "study", ",", "Kun", "Fang", "and", "his", "team", "developed", "doxorubicin-loaded", "magnetic", "PLGA", "microspheres", "(", "DOX-MMS", ")", "for", "cancer", "therapy", "." ] } ]
PMC9429973	Aims: Register fertility outcomes of male and female adult ALL long-term survivors.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Register", "fertility", "outcomes", "of", "male", "and", "female", "adult", "ALL", "long-term", "survivors", "." ] } ]
PMC11286266	Equal volumes of clarified and normalised cell lysates were incubated with 15–20 μl GFP-Trap Agarose (ChromoTek) for overnight at 4°C with rotation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Equal", "volumes", "of", "clarified", "and", "normalised", "cell", "lysates", "were", "incubated", "with", "15–20", "μl", "GFP-Trap", "Agarose", "(", "ChromoTek", ")", "for", "overnight", "at", "4", "°", "C", "with", "rotation", "." ] } ]
PMC9429973	Our findings can be instrumental to both improved stratification of response and discovery of novel targeted therapeutics for MPN patients.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "findings", "can", "be", "instrumental", "to", "both", "improved", "stratification", "of", "response", "and", "discovery", "of", "novel", "targeted", "therapeutics", "for", "MPN", "patients", "." ] } ]
PMC11583010	Differential binding was confirmed on primary TNBC sample and human skin in a different laboratory (Supplementary Fig. S2).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differential", "binding", "was", "confirmed", "on", "primary", "TNBC", "sample", "and", "human", "skin", "in", "a", "different", "laboratory", "(", "Supplementary", "Fig.", "S2", ")", "." ] } ]
PMC11694066	Strikingly, dose–response survival assays of JN1 and JN1-RNaseH1 cells exposed to various PARPi or ATRi monotherapies showed that RNase H1 overexpression conferred resistance to these inhibitors, supporting a role for R-loops in driving PARPi and ATRi sensitivity in DSRCT cells (Fig. 5F–I; Supplementary Fig. S16).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Strikingly", ",", "dose", "–", "response", "survival", "assays", "of", "JN1", "and", "JN1-RNaseH1", "cells", "exposed", "to", "various", "PARPi", "or", "ATRi", "monotherapies", "showed", "that", "RNase", "H1", "overexpression", "conferred", "resistance", "to", "these", "inhibitors", ",", "supporting", "a", "role", "for", "R-loops", "in", "driving", "PARPi", "and", "ATRi", "sensitivity", "in", "DSRCT", "cells", "(", "Fig.", "5F", "–", "I", ";", "Supplementary", "Fig.", "S16", ")", "." ] } ]
PMC9429973	The median follow up was 129 months.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "median", "follow", "up", "was", "129", "months", "." ] } ]
PMC7351993	Finally, the microfluidic chip was obtained by packaging the microchannel and the cover layer by anodic bonding.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "the", "microfluidic", "chip", "was", "obtained", "by", "packaging", "the", "microchannel", "and", "the", "cover", "layer", "by", "anodic", "bonding", "." ] } ]
PMC7602170	On the one hand, activated S6K phosphorylates ribosomal protein S6 (rpS6), which in turn stimulates translation again.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "one", "hand", ",", "activated", "S6", "K", "phosphorylates", "ribosomal", "protein", "S6", "(", "rpS6", ")", ",", "which", "in", "turn", "stimulates", "translation", "again", "." ] } ]
PMC11247842	The genomic relationship matrix (GRM) was constructed using markers from the 50 k chip or imputed HD genotypes .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "genomic", "relationship", "matrix", "(", "GRM", ")", "was", "constructed", "using", "markers", "from", "the", "50", "k", "chip", "or", "imputed", "HD", "genotypes", "." ] } ]
PMC7154001	For example, metabolite A was detected at 20–58.9% for 120 mg/m, 10.2–50% for 200 mg/m, 8.7–76.2% for 300 mg/m, 8.2–85.9% for 420 mg/m, and 5.1–44.4% for 540 mg/m2.36 Such broad range of metabolite levels in plasma observed in patients receiving the same dose might be due to inter-individual variability metabolizing enzyme(s) responsible for JM216 metabolism in each patient.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "metabolite", "A", "was", "detected", "at", "20–58.9", "%", "for", "120", "mg/m", ",", "10.2–50", "%", "for", "200", "mg/m", ",", "8.7–76.2", "%", "for", "300", "mg/m", ",", "8.2–85.9", "%", "for", "420", "mg/m", ",", "and", "5.1–44.4", "%", "for", "540", "mg/m2.36", "Such", "broad", "range", "of", "metabolite", "levels", "in", "plasma", "observed", "in", "patients", "receiving", "the", "same", "dose", "might", "be", "due", "to", "inter-individual", "variability", "metabolizing", "enzyme(s", ")", "responsible", "for", "JM216", "metabolism", "in", "each", "patient", "." ] } ]
PMC11409031	N = 3/group. ***	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N", "=", "3/group", ".", "", "", "*" ] } ]
PMC11718031	The most abundant glycans were G0F (64.4%–88.4%), Man5 (2.4%–5.6%), G1F (3.5%–17.6%), and G0F-GN (0.6%–9.6%).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "abundant", "glycans", "were", "G0F", "(", "64.4%–88.4", "%", ")", ",", "Man5", "(", "2.4%–5.6", "%", ")", ",", "G1F", "(", "3.5%–17.6", "%", ")", ",", "and", "G0F-GN", "(", "0.6%–9.6", "%", ")", "." ] } ]
PMC10965315	The late apoptosis and necrosis were significantly increased dose dependently.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "late", "apoptosis", "and", "necrosis", "were", "significantly", "increased", "dose", "dependently", "." ] } ]
PMC11594806	Pre-incubating adenosine (ADO) for 48 h prior to cisplatin (CDDP) treatment significantly enhanced CDDP-induced cytotoxicity and increased apoptosis synergistically.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pre-incubating", "adenosine", "(", "ADO", ")", "for", "48", "h", "prior", "to", "cisplatin", "(", "CDDP", ")", "treatment", "significantly", "enhanced", "CDDP-induced", "cytotoxicity", "and", "increased", "apoptosis", "synergistically", "." ] } ]
PMC8357004	The TSA had a more significant effect in comparison to 5-Aza-CdR. Furthermore, maximal apoptosis and up-regulation were observed with combined treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "TSA", "had", "a", "more", "significant", "effect", "in", "comparison", "to", "5-Aza-CdR.", "Furthermore", ",", "maximal", "apoptosis", "and", "up-regulation", "were", "observed", "with", "combined", "treatment", "." ] } ]
PMC11742670	In this phase, the anticancer studies of the selected agents by the proposed AI model are conducted to validate the DRY LAB results of AI.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "phase", ",", "the", "anticancer", "studies", "of", "the", "selected", "agents", "by", "the", "proposed", "AI", "model", "are", "conducted", "to", "validate", "the", "DRY", "LAB", "results", "of", "AI", "." ] } ]
PMC11310713	Attenuation of mammary gland hyperplasia by GTB-based HRT. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Attenuation", "of", "mammary", "gland", "hyperplasia", "by", "GTB-based", "HRT", ".", "(" ] } ]
PMC10243817	TGF-βR3 has previously been reported to be expressed on myoblasts, rat bronchiolar and alveolar epithelium, fibroblasts, macrophages, and dendritic cells (29, 39–42).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TGF-βR3", "has", "previously", "been", "reported", "to", "be", "expressed", "on", "myoblasts", ",", "rat", "bronchiolar", "and", "alveolar", "epithelium", ",", "fibroblasts", ",", "macrophages", ",", "and", "dendritic", "cells", "(", "29", ",", "39–42", ")", "." ] } ]
PMC11637276	As NHE1 is a well-established regulator of macropinocytosis (S12A Fig) , we hypothesised that p38 might control cancer cell migration through the modulation of NHE1-dependent ECM macropinocytosis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "NHE1", "is", "a", "well-established", "regulator", "of", "macropinocytosis", "(", "S12A", "Fig", ")", ",", "we", "hypothesised", "that", "p38", "might", "control", "cancer", "cell", "migration", "through", "the", "modulation", "of", "NHE1-dependent", "ECM", "macropinocytosis", "." ] } ]
PMC9429973	Sixty patients died: 49 (82%) due to lymphoma, 1 due to toxicity, 3 due to transplant related mortality, 7 due to other causes.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sixty", "patients", "died", ":", "49", "(", "82", "%", ")", "due", "to", "lymphoma", ",", "1", "due", "to", "toxicity", ",", "3", "due", "to", "transplant", "related", "mortality", ",", "7", "due", "to", "other", "causes", "." ] } ]
PMC9429973	For high-risk and low-risk patients, overall survival, progression-free survival, incidence of relapse, and relapse-free mortality were not significantly different between the 2 periods.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "high-risk", "and", "low-risk", "patients", ",", "overall", "survival", ",", "progression-free", "survival", ",", "incidence", "of", "relapse", ",", "and", "relapse-free", "mortality", "were", "not", "significantly", "different", "between", "the", "2", "periods", "." ] } ]
PMC9844987	To test if flexibility in core promoter usage within a promoter may cause mutational robustness, we first performed local eQTL analysis on promoters (within 25 kb).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "test", "if", "flexibility", "in", "core", "promoter", "usage", "within", "a", "promoter", "may", "cause", "mutational", "robustness", ",", "we", "first", "performed", "local", "eQTL", "analysis", "on", "promoters", "(", "within", "25", "kb", ")", "." ] } ]
PMC7757104	The colony formation capacity of ACRP cells transfected with the ASO anti-OPNc was analyzed, and the results demonstrated that OPNc knockdown reduced the colony formation capacity in ACRP cells compared with that of the control group, but the difference was not statistically significant (Fig. 2F).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "colony", "formation", "capacity", "of", "ACRP", "cells", "transfected", "with", "the", "ASO", "anti-OPNc", "was", "analyzed", ",", "and", "the", "results", "demonstrated", "that", "OPNc", "knockdown", "reduced", "the", "colony", "formation", "capacity", "in", "ACRP", "cells", "compared", "with", "that", "of", "the", "control", "group", ",", "but", "the", "difference", "was", "not", "statistically", "significant", "(", "Fig.", "2F", ")", "." ] } ]
PMC10419319	Here, 5 × 10 of A2780 cells and 2.5 × 10 of SNU-8 were seeded into 6-well plates and maintained in a 37 °C incubator overnight.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", ",", "5", "×", "10", "of", "A2780", "cells", "and", "2.5", "×", "10", "of", "SNU-8", "were", "seeded", "into", "6-well", "plates", "and", "maintained", "in", "a", "37", "°", "C", "incubator", "overnight", "." ] } ]
PMC3019555	Our data showing miRNA enrichment to P-bodies suggested that the 3′ UTR of HIF-1α plays an important role in its translational regulation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "data", "showing", "miRNA", "enrichment", "to", "P-bodies", "suggested", "that", "the", "3′", "UTR", "of", "HIF-1α", "plays", "an", "important", "role", "in", "its", "translational", "regulation", "." ] } ]
PMC11489175	Conversely, in cancer cells, PKM2 functions as a dimeric enzyme inducing the “Warburg effect”.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Conversely", ",", "in", "cancer", "cells", ",", "PKM2", "functions", "as", "a", "dimeric", "enzyme", "inducing", "the", "“", "Warburg", "effect", "”", "." ] } ]
PMC11767793	As suggested by the absorbance in the UV range (Figure 4), some of the PEI ligand could be present as a leftover from the synthesis or released from the Au-PEI@NIST NPs after these treatments, yet with an inconsequential effect on the NP cytotoxic activity (Figure 5).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "suggested", "by", "the", "absorbance", "in", "the", "UV", "range", "(", "Figure", "4", ")", ",", "some", "of", "the", "PEI", "ligand", "could", "be", "present", "as", "a", "leftover", "from", "the", "synthesis", "or", "released", "from", "the", "Au-PEI@NIST", "NPs", "after", "these", "treatments", ",", "yet", "with", "an", "inconsequential", "effect", "on", "the", "NP", "cytotoxic", "activity", "(", "Figure", "5", ")", "." ] } ]
PMC11736898	Inhibition of CYP24A1 activity reduced profibrotic gene expression in keloid-derived keratinocytes.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Inhibition", "of", "CYP24A1", "activity", "reduced", "profibrotic", "gene", "expression", "in", "keloid-derived", "keratinocytes", "." ] } ]
PMC10452486	Davies and his team have extensively studied the role of covalent crosslinking within or between polypeptide HCs of different proteins.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Davies", "and", "his", "team", "have", "extensively", "studied", "the", "role", "of", "covalent", "crosslinking", "within", "or", "between", "polypeptide", "HCs", "of", "different", "proteins", "." ] } ]
PMC10047551	AZA can upregulate PD-L1 mRNA and protein expression, at least in some NSCLC cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AZA", "can", "upregulate", "PD-L1", "mRNA", "and", "protein", "expression", ",", "at", "least", "in", "some", "NSCLC", "cells", "." ] } ]
PMC11348300	PRESTO signal displayed as HS in a xenograft ovarian tumor in a murine model at a resting state. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PRESTO", "signal", "displayed", "as", "HS", "in", "a", "xenograft", "ovarian", "tumor", "in", "a", "murine", "model", "at", "a", "resting", "state", ".", "(" ] } ]
PMC9429973	With a median follow up of 14 months, BCL2 G101V and D103Y mutations were detected in 8.5% (6/71) and 9.9% (7/71) of the patients, respectively, with 90% (9/10) of them experiencing relapse during the follow-up period.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "a", "median", "follow", "up", "of", "14", "months", ",", "BCL2", "G101V", "and", "D103Y", "mutations", "were", "detected", "in", "8.5", "%", "(", "6/71", ")", "and", "9.9", "%", "(", "7/71", ")", "of", "the", "patients", ",", "respectively", ",", "with", "90", "%", "(", "9/10", ")", "of", "them", "experiencing", "relapse", "during", "the", "follow-up", "period", "." ] } ]

PMC11748335

Each column represents data from one peak type in a sample, with colors indicating the significance of enrichment for each GO term in the input gene list.

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PMC11742231

Generalization to New Cell Lines: In the new cell line test experiment, MGATAF outperforms all baseline models, demonstrating its robustness and generalization capability to unseen cell lines.

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PMC4443654

These range from the three-dimensional arrangement of multi-megabase-scale domains within the nucleus down to the chemical modifications carried by individual nucleosomes and nucleotides at particular loci.

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PMC9370419

A Southern blot of the HBV DNA followed using a Roche DIG High Prime DNA Labeling and Detection Starter Kit II.

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PMC11756514

Each represents proteins from different compartments of the body and employs separate effector mechanisms.

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PMC11188874

We have shown that HDAC6 inhibitors stimulate proteasomes to amplify and expand MHC-I antigen presentation on myeloma cells and promote cytotoxic T-cell responses.

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PMC11763111

Flowchart shows that mice (n = 5) were injected intravenously with 5 × 10 CCRF-CEM-Luc-GFP-B2M cells and 5 × 10 HLA-A2 mismatched alloreactive PBMC cells, followed by 2.5 × 10 CAR-T/PCDH-T cells and 2.5 × 10 NK cells three days later.

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PMC11706776

GSE129155 contains ChIP-seq data for inducible EWS::FLI1 knockdown in the cell line A673/TR/shEF.

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PMC11792090

Statistical significance was determined by two-way ANOVA (C, I) and one-way ANOVA (F, H). *

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PMC5415764

About 40–50% of patients are found with up to 100-fold P-gp overexpression in their tumor tissues compared to the normal tissues.

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PMC9370419

The plates were coated with 50 µg/µL Collagen Type I (Corning 354236) before culturing the HepG2 cells, HepG2.2.15cells, and SBHX21 cells.

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PMC11127909

N = 3 mice/group.

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PMC9516401

IDE is a zinc metalloprotease that expresses ubiquitously.

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PMC11365427

The levels of ROS in MM cells were detected by a ROS Assay Kit (Beyotime, Shanghai, China) according to the manufacturer's instructions.

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PMC11024707

Recent studies showed that mi-RNAs play a role in the pathogenesis of ASD .

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On day 4 post-fertilization all unfertilized eggs were discarded.

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Method A showed poor interobserver concordance (ICC=0.105) at low plasma cell densities.

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PMC10452486

However, a critical report of Tran et al. questioned the contention and showed that the mAb W6/32 “actually recognizes an epitope present on isolated non-reduced α-chains of most HLA-B allelic forms”.

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PMC11621493

Changes in lipid classes were calculated based on the sum of all analyzed subspecies.

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PMC9966931

Fungi were stored in the R&D department of Kimitec Group (Vícar, Almería, Spain) at −80 °C on glycerol (15%).

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PMC11047729

Wogonin is one of a few active compounds found in Scutellaria baicalensis roots.

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PMC11678130

The negative control, H2O, had no impact on the CAM vasculature.

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PMC10142392

In another study, linear, 3-arm, and 6-arm star-shaped PCL-poly(quaternary ammonium salt) copolymers were synthesized using a combination of ring-opening polymerization and atom transfer polymerization.

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PMC9143157

The patient suffered from refractory advanced prostate cancer, having multiple metastatic lung nodules and multiple bone metastasis.

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PMC9429973

Summary/Conclusion: Progression/recurrence of chronic lymphocytic leukemia is a factor in the severe course of COVID-19, and, as a result, increases the risk of hospital mortality.

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PMC9429973

Median number of prior lines of treatment was 2 (range 1–3).

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PMC11627398

The GSE26440 dataset from the GEO database was used to screen differentially expressed genes (DEGs) between control and septic shock samples.

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PMC9545474

Coordination of the metal to the phosphine ligands happens via the phosphorus atom, and this is evidenced by a downfield shift of the phosphorus signal in the P NMR spectra of complexes 4–8 (Figures S3, S6, S9, S12, S16) for the spectra of the five complexes; e. g., from −104.3 ppm (crystalline form) or −96.2 ppm in MeOD solution for the free ligand PTA to −31.56 ppm for complex 4 in CDCl3; from −81.06 ppm for the free ligand DAPTA to −7.84 ppm for complex 5 in CDCl3; from −5.39 ppm in CDCl3 for the free ligand PPh3 to 34.23 ppm for complex 8 in CDCl3; from −8.3 ppm in D2O for the free ligand TPPTS to 38.65 ppm for complex 6 in D2O, as has been previously reported.

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PMC9429973

Pts in the RUX arm achieved a ≥50% reduction in CS dose earlier than pts in the BAT arm, with a median time of 1.9 months (95% CI, 1.4-1.9 months) vs 2.4 months (95% CI, 1.9-2.8 months).

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PMC9509578

Hypoxic conditions are associated with many cancers due to limited oxygen supply, which leads to overexpression of a transcription factor called HIF-1α.

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PMC6133382

The enzyme MGAT1 (red box) adds a GlcNAc to the Man5 structure and is required to enable other glycosyltransferases to add monosaccharides, creating hybrid (second from right) and complex (right) glycoforms.

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PMC11618052

Yield: 0.28 g (72%), white solid, m.p: 177–179 °C, Rf.

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PMC6901583

The antibodies used in this study were as follows: BRD4 (ab128874), β-actin (ab8226), MMP9 (ab38898), LOX (ab174316), VEGFA (ab52917), p65 (ab16502), p-p65 (ab86299), Lamin A/C (ab108595), and CCL2 (ab9851; Abcam).

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PMC10114490

Clustering of genes confirmed an effective downregulation of fibroblast-specific genes in diHLC compared to iHDF-T. Among the genes upregulated in diHLC-T and highly present in PHH, we found those encoded by mtDNA, suggesting a higher content of mitochondria; in fact, hepatocytes are extremely rich in mitochondria .

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PMC11467800

Integrating these information fosters a more comprehensive understanding of cancer development, progression and response to treatment.

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PMC11592008

We treated all cell lines with two concentrations of talabostat for 24 h and analyzed both cell lysates and supernatants using Western blotting.

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PMC10728535

This means that these 30 DEGs, consisting of four up‐regulated and 26 down‐regulated genes in cisplatin‐resistant relative to cisplatin‐sensitive OC group play potential roles in drug resistance development in OC.

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PMC11755624

It is possible that understanding the complex regulatory network of lncRNAs in psoriasis will introduce novel therapies.

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PMC10502403

In conclusion, αβ-TCR transduction into γδ-T cells showed promising in vitro and in vivo persistence.

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PMC11764090

In cold temperatures, ICE1 is modified to perform the function of activating CBF3 transcription.

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PMC10547921

Apoptosis of cancer cells can theoretically be triggered by drugs blocking the BH3 binding domain on Bcl-xL. However, Bcl-xL is critical for platelet survival, and pan-inhibitors of Bcl-xL may produce platelet toxicity.

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PMC11711871

The values are presented as mean ± SEMs, and the data were evaluated via two-way ANOVA and subsequently compared with an unpaired two-tailed t test with Welch’s correction.

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PMC11674146

Then, the level of CLP36 in lymphoma cells was quantified accordingly, where a relatively higher expression was seen in BJAB and RA 1 cells as compared to that in WSU-DLCL2 cells (Figs. 2A–2C, P < 0.01).

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PMC11585254

Briefly, HEK293 or β-arrestin1 and β-arrestin2 DKO HEK293 cells grown on 10 cm dishes to approximately 70–80% confluency were transiently transfected with 6 μg FLAG-tagged receptor (CXCR5 or phospho-site cluster variants) or empty pcDNA3 vector as background control with 20 μl PEI as we have previously described (Caballero et al., 2019).

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PMC11420784

ΔpldA was generated using the λ-Red recombinase method .

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PMC10391797

PD-1/PD-L1 antibodies only slightly improved the potency of CAR-T cell therapy (CD123 CAR-T 60.92% ± 2.9087% vs. 65.43% ± 2.1893%, 60.92% ± 2.9087% vs. 67.43% ± 3.4973%; 37.37% ± 3.908% vs. 41.89% ± 5.1568%, 37.37% ± 3.908% vs. 42.84% ± 4.2635%).

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PMC2193049

In agreement with these results, we also found that the proteasome inhibitor lactacystin did not completely abrogate certain proteasomal activities but resulted in an altered degradation of synthetic peptides.

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PMC9429973

The odds ratios (OR) with their 95% confidence intervals (CI) and p-values were determined by using the SPSS statistical package (version 23.0; SPSS Inc, Chicago, IL, USA).

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PMC11354239

The results of qRT-PCR (Figure 6C) confirmed the very consistent down-regulation of both mRNAs in the responder population of NK cells derived from all three donors, compared to the non-responder population.

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PMC11320834

The graphs show the influence of the dose of topotecan and liposomal-based topotecan (I), or olaparib, and liposomal-based olaparib (II) A HEOC, B EOC 1, C EOC 2, D EOC 3, E EOC 4, F Ascites, G OCI-E1p.

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PMC11718109

Since available antibodies to VMAT2 are not specific, we immunolabel striatal homogenate isolated from HA-tagged VMAT2 transgenic mice with HA (to label VMAT2) and synaptophysin antibodies in the agarose-embedded synaptosomes (Fig. 8D, E).

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PMC11361748

We found no difference in the percentage of TUNEL-positive cells 6 h after dual TPA-TPA or TPA-UVB Tx, spaced 24 h apart, in Krt17 null versus WT mouse skin (S2B and S2C Fig), suggesting that the delay in TAR in Krt17 null skin is not due to differences in apoptotic cell death.

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PMC11743316

As a result, scientists have used surface enhancement and nanoparticle technology to increase cisplatin distribution and prevent renal damage .

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PMC11768927

Their findings demonstrated that co-infection with vaccinia virus significantly increased VSV protein synthesis, even following IFN treatment.

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PMC7841189

These findings suggest that LTBP2 performs an oncogenic or a tumor suppressing function depending on cell type or context.

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PMC7039683

Brazil mutation refers to a rare mutation reported in a patient with Van der Woude syndrome (Fakhouri et al., 2012).

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PMC6799808

c A549 and A427 cells were treated with GLPT for 24 h at the indicated concentrations, and western blotting was then performed with the indicated antibodies.

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PMC11347429

It does not have any known function in the host response to infections (GeneCards).

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PMC9429973

The final model included 1-point for any of the following: erythrocytes >6.45 × 10/L, platelets >350 × 10/L, and neutrophils >6.2 × 10/L. Patients with a score of 0 were considered low-risk; all others were classified as high-risk.

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PMC11507371

In the non-malignant HaCaT cells, the clusters of untreated control and argon treatment were almost congruent.

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PMC11687663

With the second highest death rate among all cancers, HCC is ranks as the fifth universal cancer among other cancers .

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PMC9031474

Additionally, several semi-synthetic derivatives were obtained from polygodial to increase its cytotoxic activity.

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PMC9622879

When using an HVAC system, the indoor temperature in each time slot of a day must be guaranteed in a comfortable temperature range at each home in the community.

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PMC4816271

Anti-GD2 mAb therapy is associated with peripheral neurotoxicity.

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PMC9429973

More than 100 cases have been described, the severity of anemia varies considerably.

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In this particular scenario, LDH activity was observed to have a larger effect for FCP23 (Figure 4C, 23.8 ± 2.9 at IC20 and 62 ± 5.4 at IC50 vs. 5.6 ± 1.7 and 15.9 ± 4.8).

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PMC9712534

Sequence comparison of the N-terminal regions of yeast TOP2 (NCBI Reference Sequence: NP_014311.3) and human TOP2B (NCBI Reference Sequence: NP_001059.2).

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PMC11612508

Like in our study, Kun Fang and his team developed doxorubicin-loaded magnetic PLGA microspheres (DOX-MMS) for cancer therapy.

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PMC9429973

Aims: Register fertility outcomes of male and female adult ALL long-term survivors.

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PMC11286266

Equal volumes of clarified and normalised cell lysates were incubated with 15–20 μl GFP-Trap Agarose (ChromoTek) for overnight at 4°C with rotation.

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PMC9429973

Our findings can be instrumental to both improved stratification of response and discovery of novel targeted therapeutics for MPN patients.

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PMC11583010

Differential binding was confirmed on primary TNBC sample and human skin in a different laboratory (Supplementary Fig. S2).

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PMC11694066

Strikingly, dose–response survival assays of JN1 and JN1-RNaseH1 cells exposed to various PARPi or ATRi monotherapies showed that RNase H1 overexpression conferred resistance to these inhibitors, supporting a role for R-loops in driving PARPi and ATRi sensitivity in DSRCT cells (Fig. 5F–I; Supplementary Fig. S16).

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PMC9429973

The median follow up was 129 months.

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PMC7351993

Finally, the microfluidic chip was obtained by packaging the microchannel and the cover layer by anodic bonding.

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PMC7602170

On the one hand, activated S6K phosphorylates ribosomal protein S6 (rpS6), which in turn stimulates translation again.

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PMC11247842

The genomic relationship matrix (GRM) was constructed using markers from the 50 k chip or imputed HD genotypes .

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PMC7154001

For example, metabolite A was detected at 20–58.9% for 120 mg/m, 10.2–50% for 200 mg/m, 8.7–76.2% for 300 mg/m, 8.2–85.9% for 420 mg/m, and 5.1–44.4% for 540 mg/m2.36 Such broad range of metabolite levels in plasma observed in patients receiving the same dose might be due to inter-individual variability metabolizing enzyme(s) responsible for JM216 metabolism in each patient.

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PMC11409031

N = 3/group. ***

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The most abundant glycans were G0F (64.4%–88.4%), Man5 (2.4%–5.6%), G1F (3.5%–17.6%), and G0F-GN (0.6%–9.6%).

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PMC10965315

The late apoptosis and necrosis were significantly increased dose dependently.

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Pre-incubating adenosine (ADO) for 48 h prior to cisplatin (CDDP) treatment significantly enhanced CDDP-induced cytotoxicity and increased apoptosis synergistically.

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PMC8357004

The TSA had a more significant effect in comparison to 5-Aza-CdR. Furthermore, maximal apoptosis and up-regulation were observed with combined treatment.

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PMC11742670

In this phase, the anticancer studies of the selected agents by the proposed AI model are conducted to validate the DRY LAB results of AI.

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PMC11310713

Attenuation of mammary gland hyperplasia by GTB-based HRT. (

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PMC10243817

TGF-βR3 has previously been reported to be expressed on myoblasts, rat bronchiolar and alveolar epithelium, fibroblasts, macrophages, and dendritic cells (29, 39–42).

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PMC11637276

As NHE1 is a well-established regulator of macropinocytosis (S12A Fig) , we hypothesised that p38 might control cancer cell migration through the modulation of NHE1-dependent ECM macropinocytosis.

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PMC9429973

Sixty patients died: 49 (82%) due to lymphoma, 1 due to toxicity, 3 due to transplant related mortality, 7 due to other causes.

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PMC9429973

For high-risk and low-risk patients, overall survival, progression-free survival, incidence of relapse, and relapse-free mortality were not significantly different between the 2 periods.

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PMC9844987

To test if flexibility in core promoter usage within a promoter may cause mutational robustness, we first performed local eQTL analysis on promoters (within 25 kb).

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PMC7757104

The colony formation capacity of ACRP cells transfected with the ASO anti-OPNc was analyzed, and the results demonstrated that OPNc knockdown reduced the colony formation capacity in ACRP cells compared with that of the control group, but the difference was not statistically significant (Fig. 2F).

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PMC10419319

Here, 5 × 10 of A2780 cells and 2.5 × 10 of SNU-8 were seeded into 6-well plates and maintained in a 37 °C incubator overnight.

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PMC3019555

Our data showing miRNA enrichment to P-bodies suggested that the 3′ UTR of HIF-1α plays an important role in its translational regulation.

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PMC11489175

Conversely, in cancer cells, PKM2 functions as a dimeric enzyme inducing the “Warburg effect”.

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PMC11767793

As suggested by the absorbance in the UV range (Figure 4), some of the PEI ligand could be present as a leftover from the synthesis or released from the Au-PEI@NIST NPs after these treatments, yet with an inconsequential effect on the NP cytotoxic activity (Figure 5).

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PMC11736898

Inhibition of CYP24A1 activity reduced profibrotic gene expression in keloid-derived keratinocytes.

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PMC10452486

Davies and his team have extensively studied the role of covalent crosslinking within or between polypeptide HCs of different proteins.

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PMC10047551

AZA can upregulate PD-L1 mRNA and protein expression, at least in some NSCLC cells .

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PMC11348300

PRESTO signal displayed as HS in a xenograft ovarian tumor in a murine model at a resting state. (

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PMC9429973

With a median follow up of 14 months, BCL2 G101V and D103Y mutations were detected in 8.5% (6/71) and 9.9% (7/71) of the patients, respectively, with 90% (9/10) of them experiencing relapse during the follow-up period.

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