README_zh.md

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license: CC0-1.0

tags:
  - pdb
  - protein
language:
  - en
  - zh
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  <strong>
    <span style="font-size: 30px;">ProteinMPNN Dataset</span>
  </strong>
</p>


## 数据集描述

ProteinMPNN 训练样例数据集是面向蛋白质序列设计任务的 PDB 派生结构数据。数据目录为 `pdb_2021aug02_sample`，包含结构索引表、验证和测试 cluster 划分文件，以及按 PDB/chain 组织的 `.pt` 结构张量文件。

## 数据集支持的任务

本资源用于 `OneScience/ProteinMPNN` 模型的训练数据加载验证、调试训练流程和最小数据预检。模型推理通常不需要这个训练数据集。

## 数据集的格式和结构

| 路径 | 说明 |
|---|---|
| `pdb_2021aug02_sample/list.csv` | chain 索引，表头为 `CHAINID,DEPOSITION,RESOLUTION,HASH,CLUSTER,SEQUENCE` |
| `pdb_2021aug02_sample/valid_clusters.txt` | 验证集 cluster 列表 |
| `pdb_2021aug02_sample/test_clusters.txt` | 测试集 cluster 列表 |
| `pdb_2021aug02_sample/pdb/` | PDB 派生 `.pt` 结构张量文件，当前样例包含 870 个 `.pt` 文件 |

每个链文件通常包含氨基酸序列、原子坐标、mask、温度因子和占有率等字段。

## 数据集使用方式

### 文件与下载

```bash
hf download --dataset OneScience-Sugon/proteinmpnn --local-dir ./proteinmpnn_dataset
```

训练调试需要另行准备模型仓库：

```bash
hf download --model OneScience-Sugon/ProteinMPNN
```

### 数据放置与验证

推荐把下载目录作为数据根目录：

```bash
export DATA_ROOT=/path/to/proteinmpnn_dataset
python tools/validate_dataset.py --data-root .
```

ProteinMPNN 训练脚本示例：

```bash
python train/training.py --path_for_training_data "$DATA_ROOT/pdb_2021aug02_sample" --debug true
```

训练脚本属于兼容模型仓库，不在本数据集仓库内提供。

## OneScience 官方信息

| 平台 | OneScience 主仓库 | Skills 仓库 |
|---|---|---|
| Gitee |  https://gitee.com/onescience-ai/onescience | https://gitee.com/onescience-ai/oneskills |
| GitHub | https://github.com/onescience-ai/OneScience | https://github.com/onescience-ai/oneskills |

## 限制与许可证
本数据集为从 wwPDB/PDB biological assemblies 整理转换而来的数据，适用 CC0-1.0许可协议。

## 限制与许可证

本资源是样例规模数据集，不代表完整 PDB 训练集，主要用于 ProteinMPNN 数据加载、训练调试和流程预检。使用时请引用 ProteinMPNN 相关论文、上游项目和原始 PDB 数据来源，并遵守 ModelScope 平台规则。