| """ | |
| This module contains methods for the RUST tool | |
| These are general purpose functions that are used in the RUST tool | |
| """ | |
| import sys | |
| def stop_err(msg): | |
| sys.stderr.write("%s\n" % msg) | |
| sys.exit() | |
| def mean_value(input_list): | |
| if len(input_list) == 0: | |
| return 0 | |
| else: | |
| return sum(map(float, input_list)) / len(input_list) | |
| def translate_dna(sequence): | |
| codontable = { | |
| "ATA": "I", | |
| "ATC": "I", | |
| "ATT": "I", | |
| "ATG": "M", | |
| "ACA": "T", | |
| "ACC": "T", | |
| "ACG": "T", | |
| "ACT": "T", | |
| "AAC": "N", | |
| "AAT": "N", | |
| "AAA": "K", | |
| "AAG": "K", | |
| "AGC": "S", | |
| "AGT": "S", | |
| "AGA": "R", | |
| "AGG": "R", | |
| "CTA": "L", | |
| "CTC": "L", | |
| "CTG": "L", | |
| "CTT": "L", | |
| "CCA": "P", | |
| "CCC": "P", | |
| "CCG": "P", | |
| "CCT": "P", | |
| "CAC": "H", | |
| "CAT": "H", | |
| "CAA": "Q", | |
| "CAG": "Q", | |
| "CGA": "R", | |
| "CGC": "R", | |
| "CGG": "R", | |
| "CGT": "R", | |
| "GTA": "V", | |
| "GTC": "V", | |
| "GTG": "V", | |
| "GTT": "V", | |
| "GCA": "A", | |
| "GCC": "A", | |
| "GCG": "A", | |
| "GCT": "A", | |
| "GAC": "D", | |
| "GAT": "D", | |
| "GAA": "E", | |
| "GAG": "E", | |
| "GGA": "G", | |
| "GGC": "G", | |
| "GGG": "G", | |
| "GGT": "G", | |
| "TCA": "S", | |
| "TCC": "S", | |
| "TCG": "S", | |
| "TCT": "S", | |
| "TTC": "F", | |
| "TTT": "F", | |
| "TTA": "L", | |
| "TTG": "L", | |
| "TAC": "Y", | |
| "TAT": "Y", | |
| "TAA": "*", | |
| "TAG": "*", | |
| "TGC": "C", | |
| "TGT": "C", | |
| "TGA": "*", | |
| "TGG": "W", | |
| } | |
| proteinsequence = "" | |
| for n in range(0, len(sequence), 3): | |
| try: | |
| proteinsequence += codontable[sequence[n : n + 3]] | |
| except: | |
| proteinsequence += "X" | |
| return proteinsequence | |