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license: mit
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task_categories:
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- table-processing
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+
tags:
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+
- biology
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| 7 |
+
- spatial-transcriptomics
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| 8 |
+
- anndata
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| 9 |
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- single-cell
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| 10 |
+
- mouse-embryo
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| 11 |
+
- cerebellum
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pretty_name: MAGIC-seq and Cerebellum Spatial Transcriptomics Collection
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size_categories:
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- 10GB<n<100GB
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# Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection
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## Dataset Summary
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本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 `.h5ad` (AnnData) 格式,并包含空间坐标信息(`adata.obsm['spatial']`)。
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1. **MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024)**: 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。
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2. **Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024)**: 提供小鼠小脑的多组学空间数据(转录组、蛋白质组、代谢组)。
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## Dataset Structure
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### MAGIC-seq Developmental Atlas
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| 文件名 | 描述 | 空间分辨率 |
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| :--- | :--- | :--- |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5ad` | E17.5 胚胎全身切片 (3.4GB) | 20 µm |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P0_annotation.h5ad` | P0 新生小鼠全身切片 | 20 µm |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P4_annotation.h5ad` | P4 幼鼠全身切片 | 20 µm |
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### Cerebellum Collection
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| 文件名 | 类型 | 描述 |
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| :--- | :--- | :--- |
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| `Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad` | 转录组 | 空间转录组数据 (365MB) |
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| `Cerebellum-PLATO.h5ad` | 蛋白质组 | 空间蛋白质组数据 |
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| `Cerebellum-MALDI-MSI.h5ad` | 代谢组 | 空间代谢组数据 |
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## Usage
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你可以直接通过以下方式在 `h5adViewer` 中加载这些数据。
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### 方法 A: 在网页版直接输入 URL
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复制本仓库中文件的 "resolve" 链接,例如:
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`https://huggingface.co/datasets/你的用户名/仓库名/resolve/main/Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad`
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### 方法 B: 使用 huggingface_hub 下载
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from huggingface_hub import hf_hub_download
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file_path = hf_hub_download(repo_id="你的用户名/仓库名", filename="Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad", repo_type="dataset")
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