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+ license: mit
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+ task_categories:
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+ - table-processing
5
+ tags:
6
+ - biology
7
+ - spatial-transcriptomics
8
+ - anndata
9
+ - single-cell
10
+ - mouse-embryo
11
+ - cerebellum
12
+ pretty_name: MAGIC-seq and Cerebellum Spatial Transcriptomics Collection
13
+ size_categories:
14
+ - 10GB<n<100GB
15
+ ---
16
+
17
+ # Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection
18
+
19
+ ## Dataset Summary
20
+ 本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 `.h5ad` (AnnData) 格式,并包含空间坐标信息(`adata.obsm['spatial']`)。
21
+
22
+ 1. **MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024)**: 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。
23
+ 2. **Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024)**: 提供小鼠小脑的多组学空间数据(转录组、蛋白质组、代谢组)。
24
+
25
+ ## Dataset Structure
26
+
27
+ ### MAGIC-seq Developmental Atlas
28
+ | 文件名 | 描述 | 空间分辨率 |
29
+ | :--- | :--- | :--- |
30
+ | `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5ad` | E17.5 胚胎全身切片 (3.4GB) | 20 µm |
31
+ | `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P0_annotation.h5ad` | P0 新生小鼠全身切片 | 20 µm |
32
+ | `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P4_annotation.h5ad` | P4 幼鼠全身切片 | 20 µm |
33
+
34
+ ### Cerebellum Collection
35
+ | 文件名 | 类型 | 描述 |
36
+ | :--- | :--- | :--- |
37
+ | `Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad` | 转录组 | 空间转录组数据 (365MB) |
38
+ | `Cerebellum-PLATO.h5ad` | 蛋白质组 | 空间蛋白质组数据 |
39
+ | `Cerebellum-MALDI-MSI.h5ad` | 代谢组 | 空间代谢组数据 |
40
+
41
+ ## Usage
42
+ 你可以直接通过以下方式在 `h5adViewer` 中加载这些数据。
43
+
44
+ ### 方法 A: 在网页版直接输入 URL
45
+ 复制本仓库中文件的 "resolve" 链接,例如:
46
+ `https://huggingface.co/datasets/你的用户名/仓库名/resolve/main/Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad`
47
+
48
+ ### 方法 B: 使用 huggingface_hub 下载
49
+ from huggingface_hub import hf_hub_download
50
+ file_path = hf_hub_download(repo_id="你的用户名/仓库名", filename="Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad", repo_type="dataset")