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moprd-13540-2-r6 | Remote sensing techniques for automated marine mammals detection: a review of methods and current challenges | Marine mammals are under pressure from multiple threats, such as global climate change, bycatch, and vessel collisions. In this context, more frequent and spatially extensive surveys for abundance and distribution studies are necessary to inform conservation efforts. Marine mammal surveys have been performed visually f... | Reviewer 2. Some of the metrics were renamed, and the rationale for their use is now better explained (lines 432-523). | moprd | 遥感技术用于自动探测海洋哺乳动物：方法综述及当前挑战 | 海洋哺乳动物面临着多重威胁，如全球气候变化、副渔获物和船舶碰撞。在此背景下，为了指导保护工作，更频繁且空间范围更广的丰度和分布研究调查是必要的。海洋哺乳动物的调查已通过陆地、船只和飞机进行目视观察。这些方法可能成本高昂，在偏远地区后勤挑战大，对研究人员存在危险，且可能干扰动物。卫星和无人物流系统（UAS）图像的日益使用有助于解决这些挑战，补充有人调查，并允许更频繁且分布更均匀的调查，特别是在偏远地区。然而，卫星和UAS图像中的手动计数仍然费时费力，但图像分析的自动化提供了有前景的解决方案。本文综述了应用于卫星和UAS图像中检测海洋哺乳动物的自动化方法文献。通过定量比较研究性能，使用评估自动化检测与动物手动计数之间假阳性和假阴性的指标... | 审稿人2：部分指标已被重新命名，并且对其使用理由的说明现在更为清晰（第432-523行）。 | [
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"Is there any idea in the literature to deal with this?"
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"I think the imperfect detection of cetaceans deserves more discussion. This is important, bec... |
f1000-3039 | Framing and understanding the whole aspect of oral sex from social and health perspectives: a narrative review | Historically, oral sex is part of human sexual behaviour even though some consider it taboo, and its expression is deemed inappropriate. Human rights also stand out as technology becomes more sophisticated, leading to its practice disclosure in the 21 st century. The large-scale oral sex discussion in media encourages ... | First, I would like to take this opportunity to say thank you for giving me this chance to review this interesting topic.
In my opinion, I would like to say thank you to the authors who spent time writing this article. However, this is not a review paper, because:
* There is no rationale for this paper. Why did you ... | f1000 | 从社会和健康视角构建和全面理解口交问题：一项叙事性综述 | 历史上，口交是人类性行为的一部分，尽管有些人认为它是一种禁忌，其表达也被认为是不恰当的。随着技术的日益复杂，人权问题也凸显出来，导致其在21世纪的实践被披露。媒体中的大规模口交讨论鼓励人们表达这一行为，并且存在关于其是否正确的反馈。这一切都取决于每个人的价值观。我们发现这种性行为无处不在，不受宗教、文化和种族的影响。
流行文化对这种行为的影响相当大。在音乐、电影和电视节目中都可以看到对口交的暗示。这种行为背后的众多动机包括为了心理福祉而追求性快感。不可否认，这种行为仍然存在争议。它有引发疾病的风险，但据报道也提供了许多益处。
根据我们的理论，口交并非一种跨越界限的新行为。它是一种古老的行为，由于支持它的因素而被凸显出来。这种仍被... | 首先，我想借此机会感谢您给我这次机会来评审这个有趣的话题。
在我看来，我想感谢花费时间撰写这篇文章的作者们。然而，这不是一篇综述论文，因为：
* 这篇论文没有理论基础。为什么进行这次综述？您在寻找什么背景？您是在特定国家还是在全球范围内寻找？
* 方法：您搜索了哪些数据库来获取这些论文？时间范围？国家？等等？
* 综述的主题在背景中讨论得不全面。对我来说，这篇论文非常描述性。它需要更多的批判性思考。
* 结论过于简单。作者应该重述他们的目标/目的以及未来的方向或影响（如果需要的话）。
我认为这篇论文在发表前需要大量修订。我的建议如下：
引言：
作者需要澄清：为什么进行这次综述？您的目标/目的是什么？
定义口交和... | [
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"The topic of the review is not discussed comprehensively in the context.",
"Paragraph No3 (from the top) - page 3/9: The last sentence needs references.",
"Paragraph No4 (from the top) - page 3/9: The first sentence needs r... |
f1000-4694 | The effects of teaching strategies on learning to think critically in primary and secondary schools: an overview of systematic reviews | Background
We conducted an overview of systematic reviews about the effects of teaching strategies that can be used to teach primary and secondary school students to think critically. Our objective was to inform decisions about what teaching strategies to use in resources that we developed to teach critical thinking ... | This an interesting paper with clear objectives and criteria for a systematic review of other reviews on teaching strategies and their effects on learning and critical thinking in education. Despite the lack of some evidence in the reviews that were anaysed, the study contributes to the categorisation of teaching strat... | f1000 | "教学策略对中小学批判性思维学习的影响：系统综述概览" | 背景
我们进行了一项关于教学策略的系统评价概述，这些策略可以用来教授小学生和初中生进行批判性思考。我们的目标是指导我们在开发用于教授中学健康批判性思考的资源时，应使用哪些教学策略。
方法
我们绘制了教学策略系统评价的特征，并总结了与教授学生进行健康批判性思考最相关的评价的发现。我们纳入了评估可能用于小学或中学教授学生进行批判性思考的教学策略的评价，这些评价具有明确选择标准的方法部分，报告了至少一项完成四种基本认知任务（记忆、程序、理解或观点）能力的结果测量，并且发表于1999年之后。
结果
我们纳入了326项系统评价。这些评价评估了多种目的的广泛教学策略。评价的重要局限性包括未考虑不良影响（99%的评价）、未评估纳入研究的偏倚风... | 这是一篇有趣的论文，具有明确的目标和标准，对教育中教学策略及其对学习和批判性思维影响的综述进行了系统回顾。尽管在所分析的综述中缺乏一些证据，该研究仍有助于教学策略的分类，并总结了它们（可能的）对学习的影响。 | [
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"Does the overview account for publication bias, particularly with studies that remain unpublished?",
"Additionally, it would be useful to discuss whether and how the inclusion of grey literature could alter your findings."
]
... |
openreview-033 | Video Diffusion Models - A Survey | Diffusion generative models have recently shown great potential for video generation and editing tasks. This survey provides a systematic overview over relevant aspects of video diffusion models such as applications, architecture, and temporal dynamics. Developments in the field are outlined through paper summaries. Th... | **Summary Of Contributions:**
This survey provides a broad overview of recent advances in video diffusion models, organizing related works into relevant subtask categories. The paper covers several important aspects including applications, architectures, temporal dynamics, and evaluation metrics.
**Strengths And Weakn... | openreview | 视频扩散模型综述 | 扩散生成模型近年来在视频生成和编辑任务中展现出巨大潜力。本综述系统地概述了视频扩散模型的相关方面，如应用、架构和时间动态性。通过论文摘要概述了该领域的发展。综述最后对剩余挑战进行了探讨，并对该领域的未来进行了展望。 | **贡献总结：**
本综述提供了视频扩散模型近期进展的广泛概述，将相关研究按相关子任务类别进行组织。论文涵盖了几个重要方面，包括应用、架构、时间动态性和评估指标。
**优点和缺点：**
优点：
- 论文涵盖了应用分类、模型架构、时间动态性、评估指标，并为希望了解视频扩散领域概览的读者提供了引言。
- 表格1系统概述了先前的工作，图2提供了视频扩散应用的良好分类。
缺点：
- 尽管本综述提供了视频生成模型的广泛概述，但若能提供更详细的结论和见解，社区将从中受益更多。
- 本综述未讨论数据集和性能比较。
- 在时间动态性部分（第4节），在描述不同技术时明确引用关键论文，将更好地突出该领域最具影响力的贡献。此外，包含模型失败的视觉示例... | [
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"This survey provides a broad overview of recent advances in video diffusion models, organizing related works into relevant subtask categories.",
"In the Temporal Dynamics section (Sec 4), explicitly referencing key papers when de... |
f1000-4141 | Tourette syndrome research highlights 2015 | We present selected highlights from research that appeared during 2015 on Tourette syndrome and other tic disorders. Topics include phenomenology, comorbidities, developmental course, genetics, animal models, neuroimaging, electrophysiology, pharmacology, and treatment. We briefly summarize articles whos... | A very comprehensive review of the TS literature in 2015 for which the authors must be thanked. Generally speaking, they provide a brief overview of the main results / points of each paper but do not dwell into interpretations and discussions, which is fine with me; all readers interested can look up the primary articl... | f1000 | 2015年图雷特综合征研究亮点 | 我们呈现了2015年发表的关于图雷特综合症和其他抽动障碍研究的精选亮点。主题包括现象学、共病、发展过程、遗传学、动物模型、神经影像学、电生理学、药理学和治疗。我们简要总结了那些我们认为其结果可能引致新疗法、额外研究或对当前TS模型进行修改的文章。 | 2015年对TS文献的非常全面的综述，作者们为此应受到感谢。总的来说，他们简要概述了每篇论文的主要结果/要点，但没有深入探讨解释和讨论，这对我来说是可以接受的；所有感兴趣的读者可以查阅原始文章。此外，据我所知，没有遗漏相关文章，因为我每周都会收到TS的Pubcrawler提醒。当然，论文的选择是主观的，我惊讶地发现我们团队的一些贡献没有被列出，如下所示，但我把是否详细阐述它们留给作者决定。 | [
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"The choice of papers is subjective, of course, and I was surprised not to find a few of our own group’s contributions, listed below, but I leave it up to the authors to elaborate on them or not."
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f1000-5062 | Pulse fortified whole wheat bread: A review on dough rheology, bread quality, and sensory properties | The increase in the consumption of pulses can perform a key role in preventing protein deficiency among people specifically in developing countries. The fortification of whole wheat bread with pulses is an efficient approach to boost the nutritional profile of bread as protein, starches, dietary fiber, vitamins, minera... | The paper is scientifically sound but a few changes that could be incorporated for the improvement of the manuscript are as follows:
* Page number 4 line number 16 and line number 22: 'protein digestibility improved by inactivating ant nutrient compounds; ant nutrients responsible for off flavour.' It should be anti-... | f1000 | 脉冲强化全麦面包：面团流变学、面包质量及感官特性的综述 | 豆类消费的增加在预防发展中国家人民蛋白质缺乏方面可以发挥关键作用。将豆类强化到全麦面包中是一种提高面包营养价值的高效方法，因为豆类富含蛋白质、淀粉、膳食纤维、维生素、矿物质、抗氧化剂和植物化学物质。为生产出具有良好品质、感官属性和处理特性的面包，确定豆类与全麦面粉的最佳比例是必要的。本综述研究了豆类添加对全麦面团流变学、面包质量和感官特性的影响，特别关注面团的稳定性、弹性、强度和面包体积。还评述了豆类对全麦面包营养价值的提升以及负面影响。识别了豆类强化全谷物面包的研究空白，并推荐了进一步的研究方向。用豆类强化全麦面包生产出了价格适中且营养均衡的面包，适合各阶层人群。较高水平的豆类添加会形成较弱的麸质结构，这对面团的稳定性、强度、弹性... | 该论文在科学上是可靠的，但为了改进手稿，可以纳入以下几点修改：
* 第4页第16行和第22行：“通过灭活抗营养化合物改善了蛋白质消化率；抗营养物导致异味。”应改为抗营养化合物或抗营养物。
* 图2展示了多个参数，如吸水能力、干面筋、蛋白质含量、蛋白质回收率、白蛋白、球蛋白、谷蛋白、醇溶蛋白、赖氨酸等，但文中仅讨论了少数几个。请讨论其他参数。
* 第10页第26行：也允许将10%替换为>20%。请指明一个具体范围。 | [
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"Were any works done on the pulse flour itself to make bread?",
"Are there any works fortified pulses in other types of flours?",
"Any work on the whole wheat flour?"
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"scor... |
f1000-3697 | Avian influenza (H5N1) virus, epidemiology and its effects on backyard poultry in Indonesia: a review | Avian influenza (AI) is a zoonotic viral endemic disease that affects poultry, swine, and mammals, including humans. Highly pathogenic avian influenza (HPAI) is caused by influenza type A virus subtypes H5, and H7 which are naturally carried by a wild bird and often affect domestic poultry. Avian influenza (AI) is a ma... | An interesting review by Rehman et al. However, there are some issues the authors need to address before it could be considered for publication.
* Section introduction lines 1 and 2, Has instead of Had, its instead of their
* Line 6, Remove “Still,”
* Please modify the following sentence, Recommendations for futu... | f1000 | 禽流感（H5N1）病毒、流行病学及其对印度尼西亚后院家禽的影响：综述 | 禽流感（AI）是一种影响家禽、猪和包括人类在内的哺乳动物的动物源性病毒性地方病。高致病性禽流感（HPAI）由A型流感病毒的H5和H7亚型引起，这些病毒自然携带于野生鸟类中，并常影响家禽。禽流感（AI）是全球性问题，给家禽业造成显著经济损失。自2003年以来，广泛传播的H5N1 HPAI在家禽中导致高死亡率，给印度尼西亚家禽业带来巨大经济损失。家禽是农村社区居民减少贫困、促进经济增长的关键收入来源，这种贡献是直接和间接的。此外，在包括印度尼西亚在内的许多发展中国家，农村居民通过后院家禽满足部分食物需求。然而，这一领域受到生物安全风险的严重影响，特别是在印度尼西亚，受HPAI感染的影响。禽流感（AI），特别是H5N1亚型，具有人畜共患意... | 由Rehman等人撰写的一篇有趣的综述。然而，在考虑发表之前，作者需要解决一些问题。
* 引言部分第1和第2行，将“Had”改为“Has”，将“their”改为“its”
* 第6行，删除“Still,”
* 请修改以下句子：关于减少印度尼西亚后院家禽中禽流感（HPAI和LPAI）风险的未来倡议和政策建议。
* 请在首次提及时定义LBMs。
* 该突变与几乎同时在西爪哇、东爪哇、巴厘岛和西努沙登加拉（NTB）发现的H5N1变体非常相似。而不是“它们有一个突变，与几乎同时在西爪哇、东爪哇、巴厘岛和西努沙登加拉（NTB）发现的H5N1变体非常相似。”
* 在流行病学和生命周期部分，第2段中，作者提到“FAO在全球... | [
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"* Section introduction lines 1 and 2, Has instead of Had, its instead of their",
"* Line 6, Remove “Still,”",
"Instead of “They have a mutation that is very similar to the variant of H5N1 found at almost the same time in West and... |
f1000-5310 | The Hertfordshire Cohort Study: an overview | The Hertfordshire Cohort Study is a nationally unique study of men and women born in the English county of Hertfordshire in the early part of the 20 th century. Records that detail their health in infancy and childhood have been preserved, their sociodemographic, lifestyle, medical and biological attributes have been c... | This report provides an overview of the Hertfordshire Cohort Study, one of the most influential of epidemiological studies which provided ground-breaking evidence of early life influences on the development of adult chronic disease and laid the foundation for a huge corpus of scientific work on the developmental origin... | f1000 | 赫特福德郡队列研究：概述 | 赫特福德郡队列研究是一项全国独特的研究，研究对象为20世纪初出生于英格兰赫特福德郡的男性和女性。他们的婴儿期和儿童期健康记录得以保存，其社会人口学、生活方式、医学和生物学特征在成年后进行了表征，并且获取了他们医院使用和死亡率的常规收集数据。本文概述了自20世纪80年代启动以来该研究的情况，包括其方法、发现以及未来的计划。 | 本报告概述了赫特福德郡队列研究，这是最具影响力的流行病学研究之一，提供了关于早期生活对成人慢性病发展影响的突破性证据，并为大量关于健康与疾病发展起源假说的科学工作奠定了基础。最初的回顾性队列研究通过将当代健康结果数据与1911-1930年间在英格兰赫特福德郡收集的健康访视记录相链接而建立。
论文重点介绍了对1931年至1939年间出生的3000名男性和女性年轻队列进行进一步随访检查和数据收集的高度创新策略。其目标是评估宫内和早期产后环境、成人饮食和生活方式、遗传因素在包括骨质疏松症在内的老年慢性病病因学中的相互作用。收集了全面的社会、生物和健康状态变量，并在图2中总结了1998-2018年间进行的研究。另一个极具原创性的发展是现在... | [
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"The review provides a comprehensive summary of key publications in the areas of osteoporosis, osteoarthritis and diet and this study has greatly added to our understanding of the aetiology and natural history of these outcomes."
]
... |
moprd-8311-2-r1 | Systematic review of the application of Machine Learning in the detection and classification of transposable elements | Background. Transposable elements (TEs) constitute the most common repeated sequences in eukaryotic genomes. Recent studies demonstrated their deep impact on species diversity, adaptation to the environment, and diseases. Although there are many conventional bioinformatic algorithms for detecting and classifying TEs, n... | Reviewer 1 (Anonymous) Basic reporting This manuscript seems to be a report, not a review article. The authors should carefully reconsider and revise the structure of the manuscript. For example, the chapters "Search strategy" and "Selection of articles" are lengthily but contain few information. It is not difficult to... | moprd | 机器学习在转座元件检测与分类中应用的系统综述 | 背景。转座元件（TEs）是真核生物基因组中最常见的重复序列。近期研究表明，它们对物种多样性、环境适应性和疾病有着深远的影响。尽管存在许多用于检测和分类TEs的传统生物信息学算法，但没有任何一种算法能在不同类型的TEs上取得可靠的结果。机器学习（ML）和深度学习（DL）技术能够自动从标记或未标记的数据中提取隐藏模式和新型信息，并已被应用于解决多个科学问题。 | ### 审稿人1（匿名）的基本报告
这篇手稿似乎是一篇报告，而不是综述文章。作者应仔细重新考虑并修订手稿的结构。例如，“搜索策略”和“文章选择”这两章篇幅较长但信息量较少。缩短它们而不丢失任何信息并不困难。感谢您的建议。我们修订了结构，并按照“软件工程系统文献综述指南”中提出的方法，合并并缩短了“搜索策略”和“文章选择”部分。
#### 实验设计
无评论
#### 研究发现的可靠性
无评论
#### 对作者的评论
Orozco-Arias等人报告了对35篇论文/报告的系统综述，这些论文/报告通过应用机器学习（ML）方法检测和分类基因组中的转座元件（TEs）。对于每项研究，作者总结了以下四个要点：
1. 与生物信息学方法相比... | [
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"References should be carefully revised."
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"Orozco-Arias et al. reported a systematic review of 35 papers/reports that detected and classified transp... |
f1000-5392 | Recent insights into the implications of metabolism in plasmacytoid dendritic cell innate functions: Potential ways to control these functions | There are more and more data concerning the role of cellular metabolism in innate immune cells, such as macrophages or conventional dendritic cells. However, few data are available currently concerning plasmacytoid dendritic cells (PDC), another type of innate immune cells. These cells are the main type I interferon (I... | This review provides a balanced and comprehensive overview of the latest discoveries about the role of metabolism in plasmacytoid dendritic cell innate functions. This is a very original topic based on recent data supporting the idea that the glycolytic pathway as well as lipid metabolism may modulate the production of... | f1000 | 近期对代谢在浆细胞样树突状细胞固有功能中影响的见解：控制这些功能的潜在途径 | 关于细胞代谢在固有免疫细胞（如巨噬细胞或常规树突状细胞）中的作用，已有越来越多的数据。然而，目前关于浆细胞样树突状细胞（PDC）这一类固有免疫细胞的数据却很少。这些细胞是主要的I型干扰素（IFN）产生细胞，但它们也分泌其他促炎细胞因子（例如，肿瘤坏死因子或白细胞介素[IL]-6）或免疫调节因子（例如，IL-10或转化生长因子-β）。通过这些功能，PDC参与抗菌反应或免疫耐受的维持，并且已被牵涉到几种自身免疫性疾病的病理生理学中，以及肿瘤免疫逃逸机制中。近期数据支持这样的观点：糖酵解途径（或糖酵解），以及脂质代谢（包括胆固醇和脂肪酸代谢）可能影响PDC的一些固有免疫功能，或者可能在Toll样受体（TLR）7/9触发后参与这些功能。TL... | 本综述提供了一个平衡且全面的概述，介绍了关于浆细胞样树突状细胞（pDC）固有功能中代谢作用的最新发现。这是一个非常原创的主题，基于近期数据支持的观点，即糖酵解途径以及脂质代谢可能调节pDC产生I型干扰素（IFN），或在TLR7/9触发后参与此功能。此外，本综述还提供了新的线索，说明这些代谢途径如何在pDC发挥有害作用的病理生理背景下被利用。
本综述全面涵盖了该领域的所有相关文献，并很好地总结了基本概念，但存在一些需要解决的次要问题，如下：
1. 摘要写得清楚，但可以通过省略关于pDC起源差异的部分来缩减文本。
2. 第3页：PRR代表模式（而非病原体）识别受体。
3. 第3页：建议补充以下内容：i）人类pDC通常被识别为CD4+ ... | [
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"This review provides a balanced and comprehensive overview of the latest discoveries about the role of metabolism in plasmacytoid dendritic cell innate functions.",
"This review has a comprehensive view of all relevant literature... |
f1000-2291 | Discovery of continental-scale travelling waves and lagged synchrony in geometrid moth outbreaks prompt a re-evaluation of mountain birch/geometrid studies | The spatio-temporal dynamics of populations of two 9-10 year cyclic-outbreaking geometrids, Operophtera brumata and Epirrita autumnata in mountain birch forests in northern Fennoscandia, have been studied since the 1970´s by a Swedish-Norwegian research team and, during the last decade, by Norwegian and Finnish r... | Population cycles of two species of forest caterpillars, winter moth Operophtera brumata and the autumnal moth Epirrita autumnata have been studied extensively over both spatial and temporal scales in Norway, Sweden and Finland by a number of workers. Two major findings are that the outbreaks of winter moth tend to lag... | f1000 | 大陆尺度迁徙波和滞后同步现象在尺蛾爆发中的发现促使重新评估山地桦树/尺蛾研究 | 自20世纪70年代以来，瑞典-挪威研究团队对北芬诺斯坎迪亚山区桦树林中两种9-10年周期性爆发的尺蛾——Operophtera brumata和Epirrita autumnata的时空动态进行了研究，而在过去十年中，这一研究由挪威和芬兰的研究团队继续进行。挪威团队对一些早期结果提出了质疑。为了检验分歧的基础，本文回顾了挪威团队在2004-2011年间发表的五篇论文。发现这些论文中的结论存在问题，或者数据无法完全解释，因为未考虑到这两种物种爆发时空行为的两个决定性特征。 | 两种森林毛虫——冬季尺蠖Operophtera brumata和秋季尺蠖Epirrita autumnata的种群周期在挪威、瑞典和芬兰已被众多研究者广泛地研究，涵盖了空间和时间尺度。两个主要发现是：冬季尺蠖的爆发倾向于比秋季尺蠖滞后一到两年，且两种物种的种群爆发波从东到西跨越芬诺斯坎底亚，具有十年周期性（Tenow 2013）。多年来，人们一直对周期性物种的同步种群动态及其是否与某些环境线索、广泛范围的扩散或天敌在种群间的移动有关深感兴趣。冬季尺蠖和秋季尺蠖爆发的时间滞后以及爆发波表明，单一环境线索不太可能解释爆发动态。
在此，Tenow重新解读了挪威冬季尺蠖和秋季尺蠖种群爆发的5篇出版物结果，展示了如果考虑两种物种之间的时间滞... | [
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"Given the extensive amount of work on this system it is useful to reevaluate earlier studies in light of more recent findings as is done here."
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"He... |
f1000-5455 | The expanding regulatory universe of p53 in gastrointestinal cancer | Tumor suppresser gene TP53 is one of the most frequently deleted or mutated genes in gastrointestinal cancers. As a transcription factor, p53 regulates a number of important protein coding genes to control cell cycle, cell death, DNA damage/repair, stemness, differentiation and other key cellular functions. In addition... | This article by Fesler et al. is a timely summary of the state of the art of P53 related regulatory mechanisms with specific emphasis on colon cancer. P53 is certainly the most critical node of oncogenesis and progression. With the rapidly advancing information about the importance of non-coding RNA in the field of can... | f1000 | p53在胃肠道癌中的扩展调控领域 | 肿瘤抑制基因TP53是胃肠道癌症中最常被删除或突变的基因之一。作为转录因子，p53调控多种重要的蛋白质编码基因，以控制细胞周期、细胞死亡、DNA损伤/修复、干细胞特性、分化等关键细胞功能。此外，p53还能通过直接结合到这些miRNA的启动子区域，激活多种小非编码microRNA（miRNA）的表达。许多miRNA已被鉴定为通过调控关键效应靶mRNA而具有潜在肿瘤抑制功能。我们对p53调控网络的理解最近扩展到包括长非编码RNA（lncRNA）。与miRNA类似，lncRNA被发现 在癌症生物学中发挥重要作用。随着我们对这些非编码RNA的重要功能及其与p53关系的深入理解，我们正在获得关于细胞在应对各种生长环境变化时的生物学和功能的新颖... | Fesler等人撰写的这篇文章及时总结了P53相关调控机制的研究现状，特别强调了其在结肠癌中的重要性。P53无疑是致癌和进展过程中最关键的节点。随着关于非编码RNA在癌症生物学领域重要性的信息迅速发展，建立一个综合图景以构建调控工作模型至关重要。该综述通过提供两个精心设计的图表，在这方面做得非常出色。总体而言，这是一篇非常及时的关于这一不断演变领域的综述。作者对miRNA和Lnc RNA进行了简要介绍，这一点非常值得赞赏，它将使新接触该领域的读者更容易理解这篇综述。
令人感兴趣的是，作者还展望了该领域的未来方向。总体上，我没有任何重大或必要的建议。然而，我有一个好奇的请求。作者或许可以提供一些见解，探讨是否有方法将基于miRNA的... | [
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"In this review, the authors systematically summarize the interplay between non-coding RNAs and the P53 pathway, with emphasis on how this affects gastrointestinal cancer.",
"References are appropriate."
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f1000-5512 | Proliferative nephritis in childhood-onset systemic lupus erythematosus: current therapeutic approaches and future perspectives | Renal involvement occurs in 50-75% of children with childhood-onset systemic lupus erythematosus (cSLE). Proliferative lupus nephritis (LN) represents the most common pattern of renal involvement in cSLE. Despite aggressive treatment, progression to end stage renal disease can occur in up to 5-10% of children. Over the... | The author has provided a review of proliferative nephritis in childhood SLE, the aim of the review was to concentrate on the pediatric data where available.
Comments:
Introduction
1. References are left out from the introduction; the first 4 paragraphs are making statements essentially without any references.
2. I... | f1000 | 儿童期发病系统性红斑狼疮中的增殖性肾炎：当前治疗策略与未来展望 | 儿童期发病的系统性红斑狼疮（cSLE）患儿中，50-75%会出现肾脏受累。增殖性狼疮肾炎（LN）是cSLE中最常见的肾脏受累模式。尽管进行了积极治疗，仍有高达5-10%的儿童可能进展为终末期肾病。在过去20年中，儿童LN的治疗取得了巨大进展。在儿童中需要特别考虑疾病和疗法对身心成长和发育的影响。本综述将重点关注治疗增殖性LN的关键临床试验，并在有数据的情况下着重讨论儿科数据。 | 作者对儿童系统性红斑狼疮（SLE）中的增殖性肾炎进行了综述，该综述的目的是集中讨论可获得的儿科数据。
评论：
引言
1. 引言部分遗漏了参考文献；前四段基本上是在没有参考文献的情况下进行陈述。
2. 第三段中引用的由Mok等人进行的研究主要是针对成人的，这一点需要澄清。
3. 第四段第四行：添加“基于少数…”
糖皮质激素
1. 删除第一段第四和第五行中的两个“主要”。
2. 引用关于隔日给药和减少副作用的说法。
3. 由于本文的目的是概述儿童研究，我建议扩展本节中引用的儿科研究。它们已被缩减为一个段落。回顾这些研究中儿科与成人的结果是否有所不同。
硫唑嘌呤
1. 作者未提及在儿童中使用AZA进行的研究——以下是一些参考文献：
... | [
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"References are left out from the introduction; the first 4 paragraphs are making statements essentially without any references.",
"Reference the statement on alternate day dosing and reduced side effects.",
"As the aim of t... |
f1000-5069 | Tale of Two Cities: narrative review of oxygen | The human brain contributes 2% of the body weight yet receives 15% of cardiac output and demands a constant supply of oxygen (O 2 ) and nutrients to meet its metabolic needs. Cerebral autoregulation is responsible for maintaining a constant cerebral blood flow that provides the supply of oxygen and maintains the energy... | The authors should be commended for the nice, well written review. Here are a few small suggestions:
1. Page 3 – I would consider to adopt the Definition of CPP = MAP – ICP or CVP (whichever is highest).
2. Page 5 - Without O2, the ETC would not have a final electron acceptor and the production of ATP would become mu... | f1000 | 双城记：氧气叙事综述 | 人脑仅占体重的2%，却接收了15%的心输出量，并且需要持续供应氧气（O₂）和营养物质以满足其代谢需求。脑自动调节负责维持恒定的脑血流，从而提供氧气供应并保持能量储存能力。我们选取了1975年至2021年间发表的与氧气治疗相关的研究，包括荟萃分析、原创研究、评论、社论和综述文章。在本次叙述性综述中，讨论了氧气对脑组织和脑自动调节的几个重要影响，以及外源性O₂治疗在慢性缺血性脑血管疾病患者中的作用：我们旨在重新审视在病理生理情况下O₂治疗的实用性，无论其是否具有优势。事实上，大量临床和实验证据对急性及恢复期脑缺血中常规氧气治疗的实用性提出了质疑，这一点在神经生理学影像研究中尤为明显。尽管O₂仍是常见临床实践的一部分，但其常规使用的安全性... | 作者应因其撰写得优美且内容充实的综述而受到称赞。以下是一些建议：
1. 第3页——我会考虑采用CPP的定义为CPP = MAP - ICP或CVP（取较高者）。
2. 第5页——没有O2，ETC将没有最终的电子受体，ATP的产生将变得非常低效——在此我会简要提及Pasteur点，即细胞代谢从有氧转为无氧，导致ATP产量降低。每个葡萄糖分子的氧化代谢产生38个ATP。当线粒体中的氧水平降至约1-2 mm Hg（Pasteur点）时，葡萄糖的无氧代谢导致乳酸合成，每葡萄糖仅产生2个ATP。
3. 第5页——将HIPV改为（HPIV）。
4. 第5页——有趣的是，尽管ROS在缺血早期介导神经元损伤，但在后期它介导血管内皮生长因子——你可能... | [
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"It is not an experts review per se, yet the authors organized the different paragraphs accessing several key reference works based on their own experience.",
"The authors started the review emphasizing a general cover on the topic... |
f1000-5395 | A short review on the potential of coffee husk gasification for sustainable energy in Uganda | Agricultural biomass is widely recognized as a clean and renewable energy source, with increasing potential to replace conventional fossil fuels in the energy market. Uganda, like other developing countries, has a high dependency (91%) on wood fuel, leading to environmental degradation. With a coffee production of 233 ... | The review is relevant considering the current energy situation i.e. dwindling of fossil fuel resources and the impact of the same to climate change. Use of sustainable renewable resource which are considered to be carbon neutral is very important.
However, the current generation of coffee husks (only meeting 0.7% of ... | f1000 | 乌干达咖啡壳气化用于可持续能源的潜力简述 | 农业生物质被广泛认为是清洁且可再生的能源，其在能源市场替代传统化石燃料的潜力日益增加。乌干达与其他发展中国家一样，对木燃料的依赖度高达91%，导致环境退化。乌干达每年的咖啡产量为233公吨，相应地产生46.6兆吨的咖啡壳。通过气化将这些咖啡壳转化为合成气，有助于解决现有的能源挑战。本文旨在简要回顾通过气化咖啡壳的能源潜力，以及气化过程如何提高咖啡种植者的能源回收率。先前的研究表明，乌干达每年产生的46.6兆吨咖啡壳，其热值为18.34兆焦耳/千克，能够产生24吉瓦时的能量。这将解决乌干达0.7%的能源问题，同时保护环境。 | 该评论考虑到当前的能源状况，即化石燃料资源的枯竭及其对气候变化的影响，具有重要意义。使用被认为是碳中和的可持续可再生能源非常重要。
然而，当前咖啡壳的产量（仅满足0.7%的能源需求）并不能为可持续能源供应提供保障。尽管论文讨论了乌干达增加咖啡种植面积的计划，但并未讨论这一计划将如何实施以满足乌干达至少20%的能源供应。
具体意见
摘要
1. 第4行，作者指出乌干达生产233公吨咖啡，产生46.6百万吨。这些数字不合理。除非233是以百万吨为单位。
2. 第5行，在“husks”和“from”之间插入“per year”
3. 第13行，咖啡壳提供的0.7%总能源与“可持续能源”的使用不符——作者可能应改为“对能源结构有所贡献”
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"There are some sections with bold and factual statements which needs to be backed by literature.",
"Another example is this sentence from page 4: With the exclusion of biomass, whose energy contribution is significant, the other ... |
moprd-5503-2-r1 | CircRNA: purification, identification, and disease marker potential | Circular RNA (CircRNA) is an endogenous noncoding RNA with covalently closed cyclic structure. It is divided into exonic circRNA, intronic circRNA and exon-intron circRNA, based on their components. CircRNAs are well conserved in sequence and abundantly expressed in a tissue specific manner. They have a high stability ... | Reviewer 2 Basic reporting The manuscript contains many typographic and drafting errors. English must be considerably improved. The manuscript includes sufficient background. It shows clearly the context. The structure of the article is according to the required format by PeerJ. Figures are very illustrative, appropria... | moprd | 环状RNA：纯化、鉴定及疾病标志物潜力 | 环状RNA（CircRNA）是一种具有共价闭合环状结构的内源性非编码RNA。根据其组成成分，可分为外显子环状RNA、内含子环状RNA和外显子-内含子环状RNA。环状RNA在序列上高度保守，并以组织特异性的方式丰富表达。由于其对核酸外切酶的抵抗性，具有较高的稳定性。根据其序列，环状RNA执行多种生物学功能，包括微小RNA海绵活性、调控可变剪接或转录、与RNA结合蛋白相互作用、滚动翻译和假基因衍生物。它们参与多种病理条件的发展，包括心血管疾病、糖尿病、神经疾病和癌症。越来越多的证据表明，环状RNA可能成为新的临床诊断标志物或多种疾病治疗的潜在靶点。在本综述中，我们描述了环状RNA与疾病进展之间的潜在关系，以及环状RNA的方法和数据库。 | 审稿人2
基本报告
手稿中存在许多排版和起草错误。英语水平必须显著提高。手稿包含了足够的背景信息，清晰地展示了研究背景。文章结构符合PeerJ所要求的格式。图表非常具有说明性，标签和描述恰当。
实验设计
综述逻辑性地组织成连贯的子节。然而，“环状RNA在疾病发展和进展中的作用”部分发展不足。该部分唯一的段落难以理解，且信息质量差。
结果的有效性
无评论。
对作者的评论
由徐等人撰写的综述“环状RNA：作为疾病标志物的潜力和研究策略”探讨了一个非常有趣且新颖的主题。在这篇综述中，作者解释了关于环状RNA的相关主题，包括其生物发生、特性和功能。总体而言，这些主题书写正确，并配有适当描述的图像。然而，“环状RNA在疾病发展和进展中... | [
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"The manuscript includes sufficient background."
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"The review entitled “CircRNA: as a disease marker potential and research strategy” by Xu et al. add... |
openreview-346 | From Identifiable Causal Representations to Controllable Counterfactual Generation: A Survey on Causal Generative Modeling | Deep generative models have shown tremendous capability in data density estimation and data generation from finite samples. While these models have shown impressive performance by learning correlations among features in the data, some fundamental shortcomings are their lack of explainability, tendency to induce spuriou... | **Summary Of Contributions:**
The paper provides a thorough review of recent generative models that either focus on causal representation learning (CRL) or controllable counterfactual generation (CCG). The review is preceded by an extended introduction that 1- defines central notions regarding statistical causality, 2-... | openreview | 从可识别的因果表示到可控的反事实生成：因果生成建模综述 | 深度生成模型在数据密度估计和从有限样本中进行数据生成方面展现了巨大的能力。尽管这些模型通过学习数据中特征之间的相关性表现出令人印象深刻的性能，但它们存在一些根本性的不足，如缺乏可解释性、倾向于诱导虚假相关性以及较差的分布外推断能力。为了解决这些挑战，近期的研究提出了向因果生成模型的转变。因果模型为深度生成模型提供了多种有益属性，如分布偏移鲁棒性、公平性和可解释性。结构因果模型（SCMs）描述了数据生成过程，并模拟了系统中变量之间的复杂因果关系和机制。因此，SCMs可以自然地与深度生成模型结合。我们提供了一份关于因果生成建模的技术综述，将其分为因果表示学习和可控反事实生成方法两大类。我们重点关注基本理论、方法论、缺点、数据集和评估指标... | **贡献总结：**
本文对近期专注于因果表示学习（CRL）或可控反事实生成（CCG）的生成模型进行了全面回顾。在回顾之前，有一篇扩展引言，其中1-定义了关于统计因果性的核心概念，2-使读者熟悉生成建模中的各种架构，3-讨论了可识别性和解耦的概念，以及这些概念与因果表示学习的关系。所回顾的方法根据其依赖的架构、对实际数据生成分布及观察变量的主要假设，以及在CRL情况下的可识别性结果进行了考察和制表。文章最后总结了常用的数据集、所回顾方法的重要应用以及开放的研究问题。
**优点和缺点：**
### 优点
- 总体而言，这是一篇信息丰富、全面且文笔出色的综述。
- 技术前言简洁而信息量大，向读者介绍了可识别性和解耦等重要概念的细微差别。... | [
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"Overall this is an informative, thorough, and well-written review.",
"The inclusion of commonly used datasets, important applications, and open questions increase the value of the paper as a reference for the topics in question.",
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f1000-3895 | Vasoactive agents in acute mesenteric ischaemia in critical care. A systematic review | Background : Acute mesenteric ischaemia (AMI) is a surgical emergency which has an associated high mortality. The mainstay of active treatment includes early surgical intervention, with resection of non-viable bowel, and revascularisation of the ischaemic bowel where possible. Due to the physiological insult of A... | I would like to thank the authors for the opportunity to review this paper “Review of Vasoactive agents in acute mesenteric ischaemia in critical care. A systematic review." This is indeed an area where there is paucity of research and this paper certainly demonstrates that. I do however have the following points which... | f1000 | 危重病中急性肠系膜缺血的血管活性药物：系统综述 | 背景：急性肠系膜缺血（AMI）是一种外科急症，其相关死亡率较高。积极治疗的主要手段包括早期外科干预，切除不可存活肠段，并在可能的情况下对缺血肠段进行再血管化。然而，由于AMI的生理损伤，围手术期护理通常涉及重症监护和使用血管活性药物以优化终末器官灌注。目前有多种血管活性药物可供选择，其作用机制和对内脏血流的影响各不相同。然而，关于在这些情况下使用哪种血管活性药物最优的具体指导有限。本系统评价旨在评估比较AMI中血管活性药物的当前证据。
方法：2020年11月5日，对Ovid Medline、Ovid Embase、Cochrane CENTRAL和Cochrane系统评价数据库进行了系统检索，以识别比较AMI中不同血管活性药物对包... | 感谢作者们给我机会审阅这篇论文“危重病中急性肠系膜缺血的血管活性药物综述。一项系统评价”。这确实是一个研究匮乏的领域，这篇论文无疑证明了这一点。然而，在论文被接受并收录于PubMed之前，以下几点需要解决。
* 作者在引言中声明他们的目标是：“本系统评价的主要目的是评估当前比较急性肠系膜缺血（AMI）中血管活性药物死亡率结局的证据”，然而在结果部分他们却表示：“本系统评价旨在识别比较AMI中使用不同血管活性药物死亡率的相关随机对照试验。”作者在摘要结果部分指出没有随机对照试验，这是唯一的结果。作者在搜索中包括了非随机试验和病例报告，但未对结果进行评论，也未对搜索返回的614项研究类型进行叙述。结果部分应描述每种类型研究的数量，例如... | [
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"It may be that they wanted to ensure no studies were missed, but this should be discussed in the paper."
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f1000-5216 | p53 Mutation as Plausible Predictor for Endocrine Resistance Therapy in Luminal Breast Cancer | Endocrine therapy resistance in Luminal Breast Cancer is a significant issue to be tackled, but currently, no specific biomarker could be used to anticipate this event. p53 mutation is widely known as one of Breast Cancer’s most prominent genetic alterations. Its mutation could generate various effects in Estrogen Rece... | In this review the authors summarize our current knowledge on a possible function of p53 in the occurrence of resistance towards endocrine therapy in breast cancer.
The main hypothesis is that p53 might regulate estrogen receptor expression, abundance and signalling. Deregulation or mutation of p53 then causes resistan... | f1000 | p53突变作为腔型乳腺癌内分泌耐药治疗的合理预测因子 | 内分泌治疗耐药在Luminal型乳腺癌中是一个亟待解决的重要问题，但目前尚无特定的生物标志物可以预测这一事件。p53突变被广泛认为是乳腺癌中最显著的遗传改变之一。其突变可能在雌激素受体和孕激素受体的分子作用中产生多种效应，交织在导致内分泌治疗耐药加剧的事件中。因此，将p53突变用作内分泌治疗耐药的预测性生物标志物的可能性是合理的。本综述的目的是探讨p53在雌激素受体和孕激素受体分子作用中的最新知识，从而加剧Luminal型乳腺癌的内分泌治疗耐药，由此我们可以定义将p53作为Luminal型乳腺癌内分泌治疗耐药预测性生物标志物的可能性和局限性。 | 在这篇综述中，作者总结了目前关于p53在乳腺癌内分泌治疗耐药发生中可能功能的认识。主要假设是p53可能调节雌激素受体的表达、丰度和信号传导。p53的失调或突变会导致耐药，因为雌激素受体是内分泌治疗的主要介导者。因此，在抗内分泌耐药的生物标志物研究中应考虑p53。
这是一篇有趣的综述，因为p53突变和丰度尚未被确凿地研究作为抗内分泌耐药的潜在生物标志物。文章也写得细致，并配有插图。
除了本文讨论的机制外，越来越多的证据表明，肿瘤微环境以及非编码RNA也参与内分泌治疗耐药的发展。我建议在此应提及这一点。
作者还指出“雌激素将形成二聚体形式，然后结合到……”。我不确定这是否正确。根据我目前的理解，一个雌激素分子结合到一个受体结合域。... | [
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"The reviewer suggests that the author also provide updates on recently studied potential biomarkers, particularly those associated with breast cancer.",
"Given that the TP53 mutation is associated with a more aggressive disease a... |
openreview-054 | A Survey on Data Selection for Language Models | A major factor in the recent success of large language models is the use of enormous and ever-growing text datasets for unsupervised pre-training. However, naively training a model on all available data may not be optimal (or feasible), as the quality of available text data can vary. Filtering out data can also decreas... | **Summary Of Contributions:**
This paper systematically studies the data selection mechanism in language models across different stages, from pre-training to fine-tuning. It gives a thorough review to understand the techniques of data selection, including data quality, selection mechanism and so on. Generally, it summa... | openreview | 语言模型数据选择综述 | 近期大型语言模型成功的主要因素之一是使用庞大且不断增长的文本数据集进行无监督预训练。然而，盲目地在所有可用数据上训练模型可能并非最优（或可行），因为可用文本数据的质量参差不齐。通过筛选数据，还可以通过减少所需训练量来降低训练模型的碳足迹和财务成本。数据选择方法旨在确定哪些候选数据点应包含在训练数据集中，以及如何从选定的数据点中进行适当抽样。改进数据选择方法的潜力使得该领域的研究量迅速扩大。然而，由于深度学习主要依赖于实证证据，且在大规模数据上的实验成本高昂，很少有组织拥有进行广泛数据选择研究的资源。因此，有关有效数据选择实践的知识集中在少数组织内部，其中许多组织并不公开分享其发现和方法。为缩小这一知识差距，我们对现有关于数据选择方法... | **贡献总结：**
本文系统地研究了语言模型在不同阶段的数据选择机制，从预训练到微调。它对数据选择技术进行了全面的回顾，包括数据质量、选择机制等。总体而言，它总结了许多关于数据选择的发现和方法论，有助于社区更好地选择数据选择方法。
**优点和缺点：**
**优点** 本文系统地、全面地回顾和总结了当前关于数据选择的技术和挑战，并提出了一个分类法来理解数据选择。本文可以系统地加速数据处理的发展，并有助于社区更好地使用数据。**缺点** 作为一个综述论文，我认为本文没有任何缺点。如果作者还能提出一些关于数据选择整体过程（哪些数据集、选择方法等）的建议，并给出一些关于当前数据集情况的统计数据，将会更好。
**请求的修改：**
我认为本... | [
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"The survey covers many novel approaches.",
"- The survey covers a variety of recent approaches in data selection for LMs, from pretraining to task-specific fine-tuning."
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moprd-matsci-17-2-r1 | Review of materials and testing methods for virus filtering performance of face mask and respirator Bhanu Bhakta Neupane | Respiratory protection device such as face mask and respirator minimize the transmission of infectious diseases by providing physical barrier to respiratory virus particles. The level of protection from a face mask and respirator depends on the nature of filter material, size of infectious particle, breathing and envir... | Reviewer 1 C1: In this paper, the authors have presented a review of various materials and testing methods for virus filtration of face masks and respirators. The topic is hot and this article can provide in-depth details on the face masks and respirators. After careful reading, I concluded that the manuscript should b... | moprd | 口罩和呼吸器病毒过滤性能的材料与测试方法综述——Bhanu Bhakta Neupane | 呼吸防护设备，如口罩和呼吸器，通过提供对呼吸道病毒颗粒的物理屏障，最大限度地减少传染病的传播。口罩和呼吸器的防护水平取决于过滤材料的性质、传染性颗粒的大小、呼吸和环境条件、面部密封以及用户的依从性。持续的COVID-19大流行已导致全球外科口罩和呼吸器的短缺。在这种情况下，大量全球人口要么重复使用一次性口罩和呼吸器，要么使用由当地可用材料制成的劣质口罩。与此同时，研究人员正在积极探索具有抗菌、增强电荷保持和调温等新功能的过滤材料，以设计可能更好的口罩。在本研究中，我们回顾了主要在过去十年内发表的关于以下方面的研究论文和指南：a）病毒过滤效率，b）过滤材料类型对过滤效率的影响，c）口罩设计的新兴技术，以及d）去污方法。 | 审稿人1 C1：在本文中，作者对用于口罩和呼吸器病毒过滤的各种材料和测试方法进行了综述。该主题热门，本文能提供关于口罩和呼吸器的深入细节。仔细阅读后，我认为该稿件应予以发表。我建议对稿件进行一处小修改。R1：感谢您认可这篇综述论文的重要性。C2：纤维的表面积和孔隙率是决定口罩透气性和过滤性的重要特征。电纺技术被认为是最适合制备具有所需孔隙率和表面积的纳米纤维膜的技术之一。然而，本文忽略了电纺技术。如果作者能包括一些电纺的实例或最新趋势会更好。我们感谢这一反馈。考虑到综述论文的当前重点，我们在修订稿件的结论部分加入了以下文本：“近年来，由于电纺技术的显著进步，制备具有所需纤维尺寸、表面积、孔隙率和功能性的过滤膜成为可能。预计未来将会有... | [
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"However, the electro‒spinning technique has been ignored in this paper.",
"It would be better if the authors could include some examples/ or recent trends in electro‒spinning."
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"... |
f1000-4497 | Circadian clock regulation of skeletal muscle growth and repair | Accumulating evidence indicates that the circadian clock, a transcriptional/translational feedback circuit that generates ~24-hour oscillations in behavior and physiology, is a key temporal regulatory mechanism involved in many important aspects of muscle physiology. Given the clock as an evolutionarily-conserved time-... | The review article summarizes the current understanding about the molecular circadian network for its role in muscle development and muscle biology. This topic is relatively new but will have significant implications in exercise, metabolism and aging. The manuscript is well-written and easy to read. I fully support its... | f1000 | 昼夜节律钟对骨骼肌生长和修复的调控 | 累积的证据表明，昼夜节律钟是一种转录/翻译反馈回路，产生约24小时的行为和生理振荡，是参与肌肉生理学许多重要方面的关键时间调节机制。鉴于昼夜节律钟作为一种进化上保守的时间保持机制，能够将内部生理与外部环境线索同步，由骨骼肌启动的运动活动使生物体能适应地球的光暗周期，从而确保生物体的生存和适应性。尽管目前对分子钟在预防与年龄相关的肌肉减少症中的作用有所了解，但对将时钟信号传递到维持骨骼肌生长和功能的潜在分子通路的研究才刚刚起步。在本次综述中，将讨论肌肉钟在发育、修复和衰老过程中维持肌肉质量的重要性，以及其对肌肉代谢的贡献。基于我们对组织内在肌肉钟在肌肉生理学关键方面功能的当前理解，针对时钟回路肌生成调节活性的干预可能为预防和治疗肌肉疾... | 该综述文章总结了目前对分子昼夜节律网络在肌肉发育和肌肉生物学中作用的理解。这一主题相对较新，但将对运动、代谢和衰老产生显著影响。手稿撰写良好，易于阅读。我完全支持以其当前格式进行索引。
我有几点小建议，以进一步强化手稿：
1. 预期肌细胞特异性分子时钟控制着肌肉功能重要基因（如MyoD）的昼夜表达。尚不清楚肌细胞内的分子昼夜时钟是否能够直接控制肌肉代谢的关键信号通路。如果作者能对此话题进行详细阐述将非常有益。
2. 当前手稿中缺少关于肌肉昼夜节律时钟调控的问题。我们对肌肉昼夜节律时钟的激素或营养依赖性调控了解多少？肌肉昼夜节律时钟在肥胖、糖尿病和衰老过程中会发生变化吗？这些知识将提升该手稿的可读性。 | [
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"Chapter \"The tissue-intrinsic circadian clock in skeletal muscle\"",
"Consider discussing the role of metabolic feedback on SM clock regulation and function."
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moprd-cs-334-2-r10 | State-of-the-art IoV trust management: A meta-synthesis systematic literature review (SLR) | In the near future, the Internet of Vehicles (IoV) is foreseen to become an inviolable part of smart cities. The integration of vehicular ad hoc networks (VANETs) into the IoV is being driven by the advent of the Internet of Things (IoT) and high-speed communication. | Reviewer 2, concern 8 Please check the sentence of 280-282. Not clear. | moprd | 当前最先进的物联网车辆信任管理：元综合系统文献综述（SLR） | 在不久的将来，车联网（IoV）预计将成为智慧城市不可分割的一部分。物联网（IoT）的出现和高速通信的发展正在推动车载自组织网络（VANETs）与车联网的融合。 | 审稿人2，问题8：请检查第280-282句。表述不清。 | [
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"Reviewer 1, concern 2: Important references are missing and should be added:"
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"Please check the sentence of 280-282.",
"Not clear."
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f1000-4594 | Physical activity in the treatment-resistant depression and non-remitted depression: a systematic review of randomized controlled trials | Background
The objective of this systematic review was to analyze the effects of physical activity (PA) intervention as an adjuvant strategy to pharmacological treatment in people with treatment-resistant depression (TRD) and non-remitted depression (NRD).
Methods
A search strategy was realize... | The authors performed a systematic review to study the effectiveness of exercise or physical activity interventions as an adjunct to pharmacotherapy in treatment-resistant and non-remitted depression. Although the topic is of interest to the scientific community, the article has several major shortcomings that need to ... | f1000 | 难治性抑郁症和非缓解性抑郁症中的身体活动：随机对照试验的系统综述 | 背景
本系统综述的目的是分析体力活动（PA）干预作为药物治疗的辅助策略在治疗抵抗性抑郁症（TRD）和非缓解性抑郁症（NRD）人群中的效果。
方法
从五个数据库进行了检索：PubMed、Cochrane Central Register of Controlled Trials、Scopus、SPORTDiscus和Web of Science。使用物理治疗证据数据库和牛津证据水平对质量评估进行分类。
结果
在10777条记录中，有11项随机对照研究符合纳入标准。本次分析中更为显著的结果是通过PA或运动改善了TRD和NRD的抑郁症状。根据FITT（频率、强度、时间和类型）原则，PA干预存在一定变异性，且除了一篇文章外，其余在质量描... | 作者进行了一项系统综述，以研究运动或体力活动干预作为药物治疗的辅助手段在治疗抵抗性和未缓解抑郁症中的有效性。尽管该主题对科学界感兴趣，但文章存在一些主要缺陷，需要在考虑索引之前予以解决。
总体意见
请澄清含糊的陈述（例如，第3页第3行；第4页，结果参数），并使用清晰简洁的语言（例如，第3页第6行）。
引言
运动或体力活动作为NRD或TRD的辅助治疗的相关性尚未充分展开。作者应解释为什么运动可能是NRD和TRD的良好辅助治疗。他们可以利用现有证据表明运动对MDD有效（例如，Noetel等人，2024年；Morres等人，2019年），来论证它可能对NRD和TRD也有效，但迄今为止尚未进行系统综述。此外，定义体力活动和运动，并详细说... | [
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"The provided citations are confusing."
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"The relevance of exercise or physical activity as an add-on therapy for NRD or TRD is not well developed. T... |
f1000-5036 | Gene editing in dermatology: Harnessing CRISPR for the treatment of cutaneous disease | The discovery of the Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPR) system has revolutionized gene editing research. Through the repurposing of programmable RNA-guided CRISPR-associated (Cas) nucleases, CRISPR-based genome editing systems allow for the precise modification of specific sites in the h... | In this review article, Baker and Hayden discuss the role of CRISPR technology in genome editing for dermatological diseases. Overall, the manuscript is well-written with clear and unambiguous language. The article highlights the studies that use CRISPR-Cas 9 approach for gene editing in various cutaneous diseases and ... | f1000 | 皮肤病学中的基因编辑：利用CRISPR治疗皮肤疾病 | 成簇规律性间隔短回文重复序列（CRISPR）系统的发现彻底改变了基因编辑研究。通过重新利用可编程的RNA引导的CRISPR相关（Cas）核酸酶，基于CRISPR的基因组编辑系统允许对人类基因组中的特定位点进行精确修饰，并激发了研究和治疗遗传性和获得性人类疾病的新方法。在此，我们回顾了CRISPR技术如何刺激皮肤病学研究的重大进展。我们讨论了CRISPR在皮肤疾病基因组编辑中的作用，并重点介绍了使用CRISPR-Cas技术治疗遗传性皮肤病、皮肤病毒和细菌以及黑色素瘤的研究。此外，我们还探讨了当前CRISPR技术的关键局限性，包括这些局限性对基于CRISPR的疗法广泛应用的挑战。 | 在这篇综述文章中，Baker和Hayden讨论了CRISPR技术在皮肤疾病基因组编辑中的角色。总体而言，该手稿语言清晰、明确，写作质量高。文章突出了使用CRISPR-Cas9方法在各种皮肤疾病中进行基因编辑的研究，并通过指出使用该技术的优点和局限性，提供了平衡的评估。然而，以下建议可以进一步提升文章质量：
第4页 - 由于EB可由多个基因的突变引起，且同一患者中可能存在多个突变，因此纠正单一突变的策略可能无法完全逆转疾病。这些仅纠正单一突变的研究在临床上的转化情况如何？是否有使用CRISPR同时纠正多个突变的尝试？
第7页 - 由于低免疫原性，iPSCs在某些方面是细胞疗法的有吸引力的工具。然而，这些细胞存在一些安全风险。它们在... | [
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"What are the new techniques being applied to overcome this?",
"In your discussion of strategies to improve the specificity of Cas9, include the possibility of using several modifications of Cas9 like high-fidelity Cas9 (eSpCas9),... |
f1000-5174 | A brief exploration of artificial intelligence in dental healthcare: a narrative review | Artificial intelligence is a computer system which can replicate human behavior and largely supports human actions and interpretation, but not replace human responses. Over the past few decades, the field of artificial intelligence (AI) has experienced phenomenal development and expansion. We are surrounded by several ... | The manuscript is very well researched & adequately referenced. It accurately depicts the findings of 59 papers that have been written on Artificial Intelligence (AI) and draws inference from the same. It underlines the use of AI for dental professionals to better facilitate their grasp on the same as applicable to the... | f1000 | 口腔健康护理中人工智能的简要探索：叙事性综述 | 人工智能是一种能够复制人类行为并在很大程度上支持人类行动和解释的计算机系统，但不能替代人类的反应。在过去几十年里，人工智能（AI）领域经历了非凡的发展和扩展。我们被众多AI实例所包围。AI在牙科的不同分支中都有应用。通过使用Google Scholar和PubMed进行电子搜索，共59篇论文被用于撰写这篇叙述性综述。人工智能可以利用成像领域的尖端技术，用于诊断、决策、治疗规划、口腔疾病的早期检测和预防，以及最终的结果预测。它展示了牙科医生如何在临床案例的各个阶段将其作为一种有用的工具。随着全人工智能技术、牙科辅助和牙科教学工具的进步，AI在牙科的未来前景似乎非常出色。为了帮助牙科专业人士更好地掌握AI作为提高工作效率的工具，需要进行... | 该手稿研究深入且参考文献充足。它准确描述了关于人工智能（AI）的59篇论文的发现，并从中得出推论。文章强调了AI在牙科专业人士中的应用，以更好地促进他们掌握AI在牙科领域的当前应用及未来改进。 | [
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"dime... |
openreview-092 | A Survey of Temporal Credit Assignment in Deep Reinforcement Learning | The Credit Assignment Problem (CAP) refers to the longstanding challenge of Reinforcement Learning agents to associate actions with their long-term consequences. Solving the CAP is a crucial step towards the successful deployment of RL in the real world since most decision problems provide feedback that is noisy, delay... | **Summary Of Contributions:**
The paper surveys approaches to the credit assignment problem (CAP) in Deep RL and proposes a unifying framework. Three lines of research in CAP are described: (a) action influence quantification, (b) learning of action influence, and (c) evaluation. Challenges and open problems in the fie... | openreview | 深度强化学习中时间信用分配综述 | 信用分配问题（CAP）指的是强化学习代理将行动与其长期后果相关联的长期挑战。解决CAP是实现强化学习在现实世界中成功部署的关键步骤，因为大多数决策问题提供的反馈是噪声的、延迟的，并且几乎不提供或完全不提供关于原因的信息。这些条件使得难以区分偶然结果与由知情决策导致的结果。然而，信用的数学本质以及CAP仍然未被充分理解和定义。在这篇综述中，我们回顾了深度强化学习中时间信用分配（CA）的最新研究进展。我们提出了一种统一的信用形式化方法，使得可以对最先进算法进行公平比较，并提高我们对各种方法之间权衡的理解。我们将CAP表述为从有限经验中学习行动对结果影响的问题。我们讨论了延迟效应、稀释和缺乏行动影响所带来的挑战，并分析了现有方法如何旨在解... | **贡献总结：**
本文综述了深度强化学习（Deep RL）中信用分配问题（CAP）的方法，并提出了一个统一的框架。文中描述了CAP研究的三个方向：（a）动作影响量化，（b）动作影响学习，以及（c）评估。同时，指出了该领域的挑战和开放性问题，并提出了未来的研究方向。
**优点与缺点：**
优点：
* 本文综述了广泛的内容。
* 提出了基本问题，并提出了CAP的统一视角。这对研究人员和进入RL领域的人来说都非常有用。
* 本文提供了思考的素材，识别了当前最先进技术中的差距，并将其组织成一系列挑战。
缺点：
* 本文存在一些误导性的技术错误，例如：
* $Z_t$定义中的求和（在公式(1)上方）应遍历$k$。
* 在公式(8... | [
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"The paper surveys a broad spectrum of material."
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"Some information is duplicated, and the text, while often easy to read, is quite verbose.",
"Th... |
f1000-5257 | Impact of Climate Change on Human Lactation: Biological, Socioeconomic, and Public Health Implications | Global climate change poses significant challenges to human health and nutrition, particularly affecting lactating individuals and their infants. This review examines the impact of climate change on lactation, focusing on physiological, socioeconomic, and public health implications. Rising temperatures and heat stress ... | The narrative review comprehensively covers up-to-date articles, giving clarity and a deep understanding of the topic.
The facts brought by the authors are correct, and there is a need for an hour. Evidence-based citations adequately support these statements. The article is written in appropriate language. The conclusi... | f1000 | 气候变化对人类哺乳的影响：生物学、社会经济和公共卫生意义 | 全球气候变化对人类健康和营养构成了重大挑战，尤其是对哺乳期个体及其婴儿的影响。本文综述了气候变化对哺乳的影响，重点关注生理、社会经济和公共卫生方面的意义。气温上升和热应激会减少乳汁产量并改变乳汁成分，而营养不良和水资源短缺则加剧了这些影响。脆弱人群面临更高的风险，突显了制定针对性缓解策略的必要性。建议包括加强营养支持、保障水资源供应、减少环境毒素暴露，并将哺乳考虑纳入气候政策。通过采用社会-生态学视角，本文强调了在变暖的世界中支持哺乳期个体的整体方法的重要性。未来研究应探讨气候压力源与哺乳之间的复杂相互作用，以制定有效的公共卫生干预措施。 | 该叙述性综述全面涵盖了最新的文献，提供了对该主题的清晰和深入理解。作者所提供的事实是正确的，且具有迫切需求。基于证据的引用充分支持了这些陈述。文章使用了恰当的语言撰写。结论与当前的研究背景相符。这将有助于制定支持母婴母乳喂养的政策。 | [
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"1. Condense the background to a brief overview with updated citations on breastfeeding.",
"2. Cut the section on the physiology of breastfeeding – as this not necessary and is part of most textbooks on lactation",
"3. Methods – mor... |
f1000-2828 | Hypnotic drug risks of mortality, infection, depression, and cancer: but lack of benefit | This is a review of hypnotic drug risks and benefits. Almost every month, new information appears about the risks of hypnotics (sleeping pills). The most important risks of hypnotics include excess mortality (especially overdose deaths, quiet deaths at night, and suicides), infections, cancer, depression, automobile cr... | This report is important and over due, and most likely would not be published in a journal that accepts advertising from pharmaceutical companies. The author is careful NOT to confuse association with causation. References are complete and up-to-date. | f1000 | 催眠药物对死亡率、感染、抑郁和癌症的风险：但缺乏益处 | 这是一篇关于催眠药物风险与益处的综述。几乎每个月都会有关于催眠药物（安眠药）风险的新信息出现。催眠药物最重要的风险包括过量死亡（尤其是药物过量死亡、夜间静默死亡和自杀）、感染、癌症、抑郁、汽车事故、跌倒、其他意外以及催眠药物戒断性失眠。短期使用一至两个处方与长期使用相比，每剂的风险甚至更大。催眠药物通常在没有批准的适应症情况下被开具，最常见的是存在特定的禁忌症，但即使有适应症，其益处也微乎其微或根本没有。推荐剂量客观上对睡眠的改善几乎没有，白天表现往往变得更差（而不是更好），并且在广告中常常错误地宣传其普遍的健康益处。诸如失眠的认知行为治疗和昼夜节律障碍的明亮光治疗等疗法，为失眠提供了更安全、更有效的替代方法。 | 该报告至关重要且逾期已久，很可能不会发表在接收制药公司广告的期刊上。作者谨慎地避免将关联性与因果性混淆。参考文献完整且最新。 | [
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"References are complete and up-to-date."
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"This report is important and over due, and most likely would not be published in a journal that accepts adv... |
f1000-1398 | The protective effectiveness of control interventions for malaria prevention: a systematic review of the literature | Background : Thanks to a considerable increase in funding, malaria control interventions (MCI) whose efficacy had been demonstrated by controlled trials have been largely scaled up during the last decade. Nevertheless, it was not systematically investigated whether this efficacy had been preserved once deployed on... | This is an important piece of work that examines the effectiveness of malaria control interventions in programmatic, non-research settings. Whilst such studies do not deliver the same quality of evidence as randomised trials, they provide important insights, and their sheer volume provides an understanding that we do n... | f1000 | 控制干预措施预防疟疾的保护效果：文献的系统综述 | 背景：得益于资金的显著增加，过去十年间，经对照试验证明有效的疟疾控制干预措施（MCI）已大规模推广。然而，这些干预措施在实地部署后是否仍保持其有效性并未得到系统性的调查。因此，我们通过文献检索，评估了MCI的效能与效果之间的差异，并努力测量其保护效果（PE）。
方法：在PubMed数据库中搜索与疟疾、预防控制干预措施以及允许测量对抗寄生虫血症或临床结局的PE的研究设计相关的关键词参考文献。
结果：我们的搜索检索到1423篇参考文献，其中162篇文章被纳入综述。2000年之前的出版物较少，之后则显著增加。蚊帐是研究最多的MCI（82.1%）。最常用的研究设计是横断面研究（65.4%）。三分之二（67.3%）的研究在区级或以下层面进... | 这是一项重要的研究工作，探讨了疟疾控制干预措施在项目性、非研究环境中的有效性。尽管这类研究提供的证据质量不如随机试验，但它们提供了重要的见解，并且其庞大的数量为我们提供了从效力试验中无法获得的理解。这对于像室内滞留喷洒（IRS）这样的干预措施尤为重要，这类措施拥有大量关于有效性的项目性证据，但缺乏证明其影响的随机试验。将这一系列工作汇总并在本文中进行系统综合确实是一项伟大的成就。
纳入本综述的研究由于其本质上的复杂性，容易受到偏倚和混杂因素的影响。因此，在解读这些研究时需要谨慎，并参考现有的试验证据（如果存在的话）。这一点在本综述中已基本做到。
或许可以更多地讨论除年龄以外的混杂因素调整，并且在讨论中提及存在发表偏倚（对非显著发... | [
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"I have only one major issue, which is that their literature search stopped in 2015.",
"For a paper submitted in November 2017, this is not really acceptable.",
"Given that the analysis of the data is limited, an additional ... |
f1000-5088 | Oleogel-based drug delivery for the treatment of periodontitis: current strategies and future perspectives | Periodontitis is the chronic inflammation of tooth-supporting tissues that leads to loss of tooth support if untreated. Conventional therapy for periodontitis (mechanical removal of microbial biofilm and oral hygiene enforcement) is augmented by anti-microbial and anti-inflammatory drugs. These drugs are frequently del... | The manuscript is well formulated, and structured with comprehensive information on the topic, as the non-invasive and non-surgical periodontal treatments are the need of the hour. The present manuscript will definitely help future researchers in gathering the cumulative information on local drug delivery systems from ... | f1000 | 基于油凝胶的药物递送系统用于治疗牙周炎：当前策略与未来展望 | 牙周炎是牙齿支持组织的慢性炎症，如果不治疗，会导致牙齿支持丧失。牙周炎的传统治疗（机械去除微生物生物膜和加强口腔卫生）通过抗菌和抗炎药物进行增强。这些药物通常局部应用于牙周袋中，以实现最大效率和最小副作用。本文讨论了油凝胶在牙周药物递送中的潜力，并进一步探讨了油凝胶基药物递送系统在牙科中的未来应用前景。基于油凝胶的局部药物递送系统相较于其他系统具有多项优势。优越的机械性能（硬度和压缩性）、黏膜粘附性、剪切稀化、触变性、控释药物以及能够包载水不溶性药物，明确区分并突显了油凝胶作为牙周局部药物递送系统的潜力。大凝胶可以结合水凝胶和油凝胶的特性，为药物递送提供更有前景的选项。然而，关于油凝胶作为牙周局部药物递送剂的证据有限。需要进一步研究... | 该手稿撰写得当，结构合理，涵盖了关于非侵入性和非手术性牙周治疗这一主题的全面信息，这正是当前所需。现有手稿无疑将帮助未来研究人员仅通过一篇文章便能收集到关于局部药物递送系统的累积信息。 | [
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"The manuscript is well formulated, and structured with comprehensive information on the topic, as the non-invasive and non-surgical periodontal treatments are the need of the hour."
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"s... |
moprd-11026-2-r7 | Assessment of activities of daily living in patients post COVID-19: a systematic review | Background: Coronavirus disease has provoked much discussion since its first appearance. Despite it being widely studied all over the world, little is known about the impact of the disease on functional ability related to performing activities of daily living (ADL) in patients post COVID-19 infection. | Reviewer 2 2. In page 13 line 1-2, the reference should be inserted regarding on the statement of 'In COVID-19 patients, delirium was found to be prevalent and was associated with poor functional outcomes.' Thank you for the suggestion. We added the reference at the end of the statement | moprd | "COVID-19后患者日常生活活动评估：系统综述" | 背景：自冠状病毒病首次出现以来，引发了大量讨论。尽管该病在全球范围内得到了广泛研究，但关于该病对感染后COVID-19患者进行日常生活活动（ADL）相关功能能力的影响仍知之甚少。 | 审稿人2 2. 在第13页第1-2行，关于“在COVID-19患者中，谵妄被发现较为普遍，并与不良功能结局相关”的陈述应插入参考文献。感谢您的建议。我们已在陈述末尾添加了参考文献。 | [
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"In page 13 line 1-2, the reference should be inserted regarding on the statement of 'In COVID-19 patients, delirium was found to be prevalent and was associated with poor functional outcomes.'"
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f1000-4777 | Cardiovascular, carcinogenic and reproductive effects of nicotine exposure: A narrative review of the scientific literature | The emergence of new tobacco heating products and electronic nicotine delivery systems (ENDS) is changing the way humans are exposed to nicotine. The purpose of this narrative review is to provide a broad overview of published scientific literature with respect to the effects of nicotine on three key health-related are... | This is a comprehensive review of the most prominent and widely discussed biological effects of nicotine that could be relevant for users of new nicotine products, in particular, electronic cigarettes and tobacco heating systems. The article is well balanced, covering the relevant literature, and urgently needed to dis... | f1000 | 心血管、致癌及生殖效应：尼古丁暴露科学文献的叙述性综述 | 新型烟草加热产品和电子尼古丁递送系统（ENDS）的出现正在改变人类接触尼古丁的方式。本叙述性综述的目的是提供关于尼古丁对三个关键健康相关领域影响的已发表科学文献的广泛概述：1）心血管风险，2）致癌作用，3）生殖结果。这些领域已知对香烟烟雾的影响特别敏感，此外，尼古丁被认为在疾病发病机制中发挥作用。急性毒性也将被讨论。
截至2019年2月的文献表明，在没有潜在心血管病理的消费者中，尼古丁暴露并未增加心血管风险。科学共识认为尼古丁不是直接的或完全的致癌物，然而，尚需确定它是否在人类癌症的传播和转移中起某种作用。这些癌症进展途径已在体外模型和转基因啮齿动物体内模型中提出，但尚未在人类癌症病例中得到证实。
需要进一步研究以确定尼古丁是否... | 这是一篇关于尼古丁最显著且广泛讨论的生物效应的综合性综述，这些效应可能与新型尼古丁产品用户相关，特别是电子烟和烟草加热系统用户。文章平衡性好，涵盖了相关文献，且迫切需要区分尼古丁效应与烟草烟雾已确立的有害效应。我强烈推荐对该论文进行索引，但作者可能希望解决以下问题以进一步提高其工作的影响力。
总体
1. 关于描述吸食（无论是否含尼古丁）潜在后果的出版物新闻稿，往往通过将临床研究中的人类数据与暴露于蒸汽的啮齿动物和体外数据混合，使媒体代表、政策制定者和公众感到困惑。我赞赏作者努力清晰区分这些类别，它们在消费者相关性上存在很大差异。尽管当前论文多次描述了动物和人类研究之间的差异，但我发现缺少几段明确讨论啮齿动物结果在尼古丁生物学方面惊... | [
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"This is a comprehensive review of the most prominent and widely discussed biological effects of nicotine that could be relevant for users of new nicotine products, in particular, electronic cigarettes and tobacco heating systems.",
... |
f1000-5473 | Neuronal activity-regulated gene transcription: how are distant synaptic signals conveyed to the nucleus? | Synaptic activity can trigger gene expression programs that are required for the stable change of neuronal properties, a process that is essential for learning and memory. Currently, it is still unclear how the stimulation of dendritic synapses can be coupled to transcription in the nucleus in a timely way given that l... | This is a concise, well-written review on synapse to nucleus signaling that does an exemplary job not only of reviewing what experiments have been done in this field but also laying out what data are required to more fully address each of the models proposed. | f1000 | 神经元活动调控的基因转录：远端突触信号是如何传递到细胞核的？ | 突触活动可以触发基因表达程序，这些程序对于神经元特性的稳定变化是必需的，这一过程对于学习和记忆至关重要。目前，尚不清楚树突突触的刺激如何能够及时地与细胞核中的转录相耦合，鉴于这两个细胞区室之间可能存在较大距离。尽管已经提出了几种机制来解释突触与细胞核之间的长距离通讯，但这些模型可能的共存性及其在生理条件下的相关性仍不明确。一种模型认为，突触激活触发了位于突触后位点的某些转录调节因子向细胞核的转位，这些因子作为突触-核信使发挥作用。另一种假说认为，突触活动启动了传播性的再生性细胞内钙波，这些钙波通过树突传播到细胞核，从而调节核转录 machinery。还有人提出，细胞体膜上电压门控钙通道的膜去极化足以增加细胞内钙浓度并激活转录，而无需... | 这是一篇关于突触到细胞核信号传导的简洁且文笔出色的综述，不仅出色地回顾了该领域已进行的实验，还清晰地阐述了为更全面地解决所提出的每个模型所需的数据。 | [
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"This is a concise, well-written review on synapse to nucleus signaling that does an exemplary job not only of reviewing what experiments have been done in this field but also laying out what data are required to more fully address each ... |
f1000-3380 | Simulation framework for connected vehicles: a scoping review | Background: V2V (Vehicle-to-Vehicle) is a booming research field with a diverse set of services and applications. Most researchers rely on vehicular simulation tools to model traffic and road conditions and evaluate the performance of network protocols. We conducted a scoping review to consider simulators that have bee... | The article attempts to produce a guidance into the most appropriate simulators for V2V, and in general V2X communications. This effort is a good effort and in the right direction in terms of what is witnessed of V2X developments under cooperative driving. However, the authors can benefit from the following comments:
... | f1000 | 连接车辆仿真框架：范围综述 | 背景：V2V（车对车）是一个蓬勃发展的研究领域，拥有多样化的服务和应用。大多数研究人员依赖车辆仿真工具来模拟交通和道路条件，并评估网络协议的性能。我们进行了一项范围审查，以考虑文献中报道的基于成功实施V2V系统、教程、文档、示例和/或讨论组的仿真器。
方法：信息有限的仿真器未包括在内。选定的仿真器将逐一描述，并根据其需求和特性进行比较，即起源、交通模型、可扩展性和交通特性。此次范围审查根据系统评价和荟萃分析的首选报告项目扩展版（PRISMA-ScR）进行报告。审查仅考虑2015年后完成的英文发表的研究（期刊和会议论文）。此外，三名评审员启动了数据提取阶段，以从已发表的论文中检索信息。
结果：大多数仿真器可以通过根据预定义场景建模... | 文章试图为V2V以及广义上的V2X通信提供最合适模拟器的指导。这一努力是积极的，并且在合作驾驶下所见证的V2X发展方面是正确的方向。然而，作者可以从以下评论中受益：
1. 为V2V或V2X应用分配最合适的模拟器，并进行深入的相关分析，分析与不同场景和协议的关联。
2. 对特定已发表文章或共享共同目标的文章组中使用的模拟器进行对比分析，以及使用此类模拟器所获得的益处和发展程度。
3. 更详细的讨论以及更全面结论和建议将大大提升文章的质量。 | [
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"This effort is a good effort and in the right direction in terms of what is witnessed of V2X developments under cooperative driving.",
"However, the authors can benefit from the following comments:",
"1. Assigning the most appro... |
f1000-5409 | Echocardiography in the evaluation of athletes | Echocardiography is currently a widely available imaging technique that can provide useful data in the field of sports cardiology particularly in two areas: pre-participation screening and analysis of the cardiac adaptation induced by exercise. The application of pre-participation screening and especially, the type and... | This review summarizes some important aspects of echocardiography as a screening tool for the screening of athletes and should therefore be of interest for sports physicians and cardiologists. The potential advantages of this method and the technical aspects are well described.
I would nevertheless recommend to mentio... | f1000 | 运动员评估中的超声心动图 | 超声心动图是目前广泛应用的成像技术，能够在运动心脏病学领域提供有用的数据，尤其是在两个领域：赛前筛查和运动诱导的心脏适应性分析。赛前筛查的应用，尤其是所用诊断测试的类型和数量，仍然存在争议。然而，超声心动图在与运动员适应的协议下，相较于心电图显示出更高的敏感性和特异性，重点关注排除猝死原因和该人群中最常见的疾病。是否增加超声心动图的实际成本仍是一个争议话题，但根据运动类型，如果将其作为一线检查手段，可能会具有成本效益。关于评估运动员训练的心脏适应性，超声心动图在鉴别可导致猝死的疾病的诊断中已被证明是有用的，分析内容包括左心室（肥厚型心肌病、扩张型心肌病、左心室非致密化）和右心室（致心律失常性右心室心肌病）。本文旨在回顾当前知识及其在... | 本综述总结了超声心动图作为运动员筛查工具的一些重要方面，因此应引起运动医生和心脏病学家的兴趣。该方法的潜在优势和技术方面得到了很好的描述。
然而，我也建议提及潜在问题，主要是过度诊断和误诊，这对运动员的职业生涯和额外成本有重要影响。为了防止过度诊断和误诊，对运动心脏病学家的强化培训似乎至关重要。
此外，由于该领域的研究通常集中在年轻、竞技运动员身上，我建议讨论超声心动图对年长、非竞技、休闲运动员的潜在价值。
我建议在稍作修改后进行索引。 | [
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"Right and left atrial dimensions1-3 (and function3, 4), aortic dimension5, 6 (and stiffness5, 7) or pulmonary dimensions and function8 were not focused in this initial article of the sports cardiology channel because it is problematic ... |
f1000-5330 | Role of microsatellites in genetic analysis of Bombyx mori silkworm: a review | In the genome of Bombyx mori Linnaeus (1758), the microsatellites, or simple sequence repeats (SSR), feature among their particular characteristics a high adenine and thymine (A/T) content, low number of repeats, low frequency, and a grouping in "families" with similar flanking regions. Such characteristics m... | I do believe that the review should be useful for readers, it considers the state of the art on the role of microsatellitesfor the genetic analysis of Bombyx mori silkworm. The most recent citation dates from 2018; therefore, I suggest authors to search for more recent articles on other Lepidoptera of agronomic importa... | f1000 | 家蚕（Bombyx mori）遗传分析中微卫星的作用：综述 | 在家蚕（Bombyx mori Linnaeus, 1758）的基因组中，微卫星或简单序列重复（SSR）具有一些特定特征，包括高腺嘌呤和胸腺嘧啶（A/T）含量、低重复次数、低频率，以及与相似侧翼区域聚集形成“家族”。这些特征可能是多种因素复杂相互作用的结果，这些因素限制了SSR位点的大小和分散性——例如它们与转座子的高度关联性——导致该分类群中适合作为分子标记的微卫星相对稀少。然而，由于高度多态性，群体和细胞系中遗传图谱的确定并未受到影响，多样性和遗传结构及关系的分析也未受影响。不过，合适微卫星的稀缺限制了它们在遗传作图中的应用，仅限于初步确定与耐热性、抗病毒性、色素模式、身体发育以及茧、皮层、蛹和丝纤维重量相关的基因或数量性状位点... | 我相信这篇综述对读者是有益的，它探讨了微卫星在桑蚕（Bombyx mori）遗传分析中的最新研究进展。最新的引用文献来自2018年；因此，我建议作者查找更多关于其他具有农业重要性鳞翅目昆虫的最新文章。这些害虫的种群是否倾向于具有与桑蚕相同的遗传结构？请进行比较。 | [
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"The authors have scripted the manuscript properly and covered the appropriate and relevant literature necessary for understanding the characteristics of microsatellite and the evolutionary events associated with it in Bombyx mori genome.",
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moprd-4849-2-r1 | A survey on sleep assessment methods | Purpose. A literature review is presented that aims to summarize and compare current methods to evaluate sleep. | Reviewer 1 (Anonymous) Comments for the Author Thank you very much for your positive and valuable review. We really appreciate your suggestions. All your comments have been considered in this new version. Abstract 1) Lines 44-45. Authors wrote that “Objective methods such as actigraphy present a sensibility higher than... | moprd | 睡眠评估方法综述 | 目的。本文呈现了一篇文献综述，旨在总结和比较当前评估睡眠的方法。 | 审稿人1（匿名）对作者的评论
非常感谢您积极且有价值的评审意见。我们非常重视您的建议。所有您的评论都已在此次新版本中予以考虑。
摘要
1) 第44-45行。作者写道“如活动记录仪等客观方法具有高于90%的敏感性。”在此，他们也可以指出活动记录仪的特异性相较于敏感性较低，这是此类技术的一个局限性。正确。已修改。我们接受您的建议；-）（已将其添加到摘要中）。
2) 第46行。作者写道“如患者对其睡眠的感知”。请在“his”之前或之后添加“her”。已解决。实际上，这个问题在论文中出现了四次。所有“his”的出现都已替换为“they”或交替使用“her or his”或“his or her”。
引言
1) 第56-57行。作者写道... | [
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"Is there any reference supporting such sentence?",
"Authors could revise the works on the Mini Sleep Questionnaire (e.g., Falavigna et al., 2011; Natale et al., 2014), a self-assessment tool of both sleep and wake originally prop... |
f1000-3729 | An exploration of the use of accessory dwelling units for senior housing in Honolulu | The island of Oahu (Honolulu County, Hawai’i) is facing a shortage of housing for its growing senior population. The construction of accessory dwelling units (ADUs), or small, second homes built on the same lot. for senior housing may be a possible solution. A qualitative document review was utilized to examine the exi... | The manuscript has the objective to examine the existing cost reduction in Honolulu for those wishing to build an accessory dwelling unit on their properties for the purposes of senior housing.
The study can be considered just a preliminary review which highlights the factors to be considered when assessing the opport... | f1000 | 檀香山附属住宅单元用于老年人住房的探索研究 | 欧胡岛（檀香山郡，夏威夷）正面临其不断增长的老年人口住房短缺的问题。建设附属住宅单元（ADUs），即在同一个地块上建造的小型第二住宅，可能是解决老年人住房问题的一个可行方案。本研究采用定性文献综述方法，考察了檀香山现有ADU建设成本减免政策，以服务于那些希望在其房产上建造ADU用于老年人住房的业主。通过搜索发现了若干出版物和文章。从这些文章中，浮现出四个主要主题：税收减免、融资选择、绿色建筑和公用设施共享。这些主题引出了对每个主题的二级文献综述和分析。 | 该手稿的目标是考察檀香山现有成本降低情况，针对那些希望在其房产上建造附属住宅单元以用于老年人住房的人士。
这项研究可以被视为一项初步审查，它突出了在评估与附属住宅单元相关项目的机会时需要考虑的因素。
该研究的一个宝贵方面是，它试图对在考虑与创建附属住宅单元相关的解决方案时需要考虑的因素进行经济评估，以及税收减免如何刺激此类解决方案的创建。
然而，该研究存在一些关键问题。首先，与审查的文献来源范围有限有关，没有考虑到关于该国其他地区或其他国家的来源。同样，对这一主题的文献进行审查也是必要的，甚至需要分析国家和国际层面的类似经验。
另一个限制在于评估所采用的视角：成本和收益也应结合数字技术（例如远程医疗、远程监控、智能家居）的创... | [
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"The first is related to the limited field of documentary sources examined, without having considered sources regarding other areas of the country or other countries.",
"Similarly, a review of the literature on the topic would be ... |
f1000-3334 | The use of guest speakers in higher education and implications for pharmaceutical teaching: a systematic review of literature | Background
The purpose of this paper was to systematically review the current literature on the use of guest speakers in higher education teaching and evaluate the implications of the findings for teaching in pharmaceutical teaching.
Methods
A comprehensive search of different academic databas... | The topic is interesting and suitable for higher education in developing countries.
Some parts of the manuscript should be improved:
1. In the introduction section, the author should add the research gaps as the rationale for conducting the systematic review.
2. In the methods section, the author should specify the inc... | f1000 | 高等教育中嘉宾演讲者的使用及其对药学教学的启示：文献的系统综述 | 背景
本文旨在系统回顾当前关于客座讲师在高等教育教学中的应用文献，并评估这些发现对药学教学的启示。
方法
对多个学术数据库进行了全面搜索，查找关于客座讲师在高等教育教学中应用的文献，符合纳入标准的文章被纳入分析。本次系统综述共使用了15篇文章。
结果
使用客座讲师具有关键性益处，包括促进更好的学习效果、良好的职业准备、积极的学习成果，并创造一个学习者有机会通过客座讲师的经验感知真实世界情境的环境，从而更好地为就业市场做准备。随着客座讲师在高等教育学习中的角色日益重要，研究人员一直在致力于制定标准和最佳实践，以提高客座讲师在学习中的有效性。在药学教学中使用客座讲师可以通过让学生更好地了解他们将面临的职业情境，从而提升积极的健康成果... | 主题有趣，适合发展中国家的高等教育。
手稿的某些部分需要改进：
1. 在引言部分，作者应添加研究空白作为进行系统综述的依据。
2. 在方法部分，作者应明确所选文献的纳入标准，与选定的研究设计相关，并进行文献的批判性综述。
3. 在结果部分的表格中，作者应提及判断使用客座讲师是否对学生、客座讲师和机构有益的标准。
4. 讨论部分、结论部分和摘要应依据修订后的结果进行。
祝好运 | [
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"The paper has a good method for writing the SLR by using PRISMA. However, it needs more detailed elaboration of the bibliometric results of analysis. It requires further in-depth explanations."
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f1000-111 | Ten considerations for open peer review | Open peer review (OPR), as with other elements of open science and open research, is on the rise. It aims to bring greater transparency and participation to formal and informal peer review processes. But what is meant by `open peer review', and what advantages and disadvantages does it have over standard forms of revie... | This is an nice introductory article to a reader who wishes to learn about open peer review. Authors introduce the main concepts and lay down ten items to be considered when dealing with open peer review. It will be useful to early stage researchers and general readership new to the issue.
This is not a research articl... | f1000 | 开放同行评审的十个考量因素 | 开放同行评审（OPR），与其他开放科学和开放研究元素一样，正在兴起。它旨在为正式和非正式的同行评审过程带来更大的透明度和参与度。但“开放同行评审”意味着什么，它相较于标准评审形式有哪些优势和劣势？作者或评审者如何对待OPR？你应该注意哪些陷阱和机会？在这里，我们提出了关于OPR的十个考虑因素，基于与作者、评审者、编辑、出版商和图书馆员的讨论，并提供一个实用、手把手的问题介绍。我们涵盖了基本原理并总结了最佳实践，指出了如何利用OPR为所有利益相关者和更广泛的研究社区实现最佳价值和互利共赢。 | 这是一篇很好的入门文章，适合希望了解开放同行评审的读者。作者介绍了主要概念，并列举了在处理开放同行评审时应考虑的十个事项。这对早期研究人员和初次接触该议题的普通读者将非常有用。
这不是一篇研究文章，而是对现有文献的非系统性回顾，并包含了来自该领域经验丰富的研究人员和专业人士的建议。
在我看来，这篇文章可以不经修订直接索引。
小问题：
* 第4页右下角说“Thing 8” - 应该是“Item 8”（？） | [
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"At the end the cite my article in the JRSM, but they would do better to cite my article in Breast Cancer Research1, which is more up to date and contains more data."
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"... |
f1000-4458 | Effectiveness of acute L-arginine supplementation on physical performance in strength training: a systematic review and meta-analysis | Background: The oral administration of L-arginine has been related to improved physical performance due to a likely reduction in muscle fatigue, resulting from the vasodilator effect of nitric oxide on skeletal muscle. However, there is no precise and quantitative analysis of the information in the literature. Th... | In the current paper, the authors proposed to assess the effectiveness of the acute ingestion of L-arginine on muscle strength and other related to muscle performance. I found some serious limitations in the current version of the paper.
Major comments:
How can we trust the conclusions of a meta-analysis based on 3 s... | f1000 | 急性L-精氨酸补充对力量训练中身体表现的有效性：系统综述与荟萃分析 | 背景：口服L-精氨酸被认为能通过一氧化氮对骨骼肌的血管舒张作用，可能减少肌肉疲劳，从而改善体能表现。然而，文献中缺乏精确和定量的分析。本研究的主要目的是通过系统综述和荟萃分析评估L-精氨酸补充剂对力量训练体能表现的有效性。我们假设L-精氨酸补充剂能提高表现能力和力量训练相关的效果。
方法：研究时间段为2010年至2020年。纳入标准为设计良好的人类实验文章，仅包含L-精氨酸补充剂（无其他附加化合物），测试L-精氨酸补充剂对与力量训练相关的运动表现的影响；安慰剂或对照组实验条件相同；以及近十年内的出版物（截至2020年12月31日）。纳入了三项研究，这些研究在无氧性能测试中比较了L-精氨酸补充剂与安慰剂的效果。排除了与其他补充剂联合... | 在当前论文中，作者提出评估急性摄入L-精氨酸对肌肉力量及其他与肌肉性能相关指标的有效性。我发现当前版本的论文存在一些严重局限性。
主要意见：
我们如何能信任基于3项研究和30名受试者的荟萃分析的结论？这一点应在讨论中明确。我注意到作者已将此作为局限性提及，但未讨论这一局限性的严重程度。
作者应能证明将不同肌肉群（即上肢和下肢）及变量仅用一个指标进行荟萃分析的合理性。
请注意，异质性I²统计基于Cochran’s Q，其受研究数量影响极大。若研究数量过少（例如n=3），I²可能较低。因此，我不确定当前论文中这一统计结果的可信度。
请提供每个数据库的详细检索策略，以便读者在需要时能正确复现您的检索。
请描述在筛选1075篇参... | [
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"In my opinion, It's too hard to get strong conclusions, with only three articles included.",
"In fact, the same authors stated in the conclusion \"However, this study should not be considered exhaustive and further research will ... |
moprd-13664-3-r1 | Effectiveness of physical activity on immunity markers and quality of life in cancer patient: A systematic review | Background: Cancer is a huge group of diseases that can affect various body parts of humans but also has a psychological, societal, and economic impact. Physical activity can improve the quality of life (QOL) and immunity, while moderately-intensity exercise can reduce the probability of this lethal disease. The curren... | Reviewer 2 (Anonymous) Basic reporting I see a lot of improvement in this area. Some suggestions: Line 26: cancer does not only affect the body, but also has a psychological, societal and economic impact. | moprd | "体力活动对癌症患者免疫标志物和生活质量的有效性：系统综述" | 背景：癌症是一大类疾病，可影响人体的多个部位，同时还会产生心理、社会和经济影响。体育活动可以改善生活质量（QOL）和免疫力，而中等强度的运动可以降低这种致命疾病的概率。当前研究旨在确定体育活动对癌症患者的免疫标志物和生活质量的影响，并评估癌症相关疲劳（CRF）及其与体育活动的关联。 | 审稿人2（匿名）基本报告在这一领域我看到很多改进。一些建议：第26行：癌症不仅影响身体，还对其心理、社会和经济产生影响。 | [
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"The authors investigated few databases.",
"It is mandatory to investigate Web of Science and EMBASE."
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"The conclusion for such an important stud... |
openreview-314 | Video Diffusion Models: A Survey | Diffusion generative models have recently become a powerful technique for creating and modifying high-quality, coherent video content. This survey provides a comprehensive overview of the critical components of diffusion models for video generation, including their applications, architectural design, and temporal dynam... | **Summary Of Contributions:**
The paper presents a survey of recent advances in diffusion models in the video domain. It covers, e.g., model architectures, different application areas, and how to handle temporal dynamics in video streams. The survey is very up-to-date in the sense that a majority of the covered papers ... | openreview | 视频扩散模型：综述 | 扩散生成模型最近已成为创建和修改高质量、连贯视频内容的强大技术。本综述全面概述了视频生成扩散模型的关键组成部分，包括其应用、架构设计和时态动力学建模。论文首先讨论了核心原理和数学公式，然后探讨了各种架构选择和维持时态一致性的方法。提出了应用分类法，根据输入模态（如文本提示、图像、视频和音频信号）对模型进行分类。讨论了文本到视频生成的进展，以说明当前方法的最新能力和局限性。此外，综述总结了近期在训练和评估实践中的发展，包括使用多样化的视频和图像数据集以及采用各种评估指标来评估模型性能。综述最后考察了当前面临的挑战，如生成更长的视频和管理计算成本，并提供了对领域未来潜在方向的见解。通过整合最新研究和进展，本综述旨在为研究和应用视频扩散模... | **贡献总结：**
本文综述了视频领域中扩散模型的最新进展。涵盖了例如模型架构、不同的应用领域以及如何处理视频流中的时间动态等内容。该综述非常及时，因为所涵盖的大部分论文来自2022-2024年，这对于快速发展的领域来说非常重要。综述为初入该领域的人提供了良好的最新进展概览，即合理的分类和良好的主题划分。每篇论文的贡献都进行了简要总结，但仍突出了每篇论文的主要重要性。
**优点和缺点：**
**优点** + 总体上写作良好，易于阅读。 + 及时综述，为希望了解最新进展的人提供了该领域的良好概览。 + 更新的参考文献列表，涵盖了最近几年（2022-2024）。 + 总体结构良好，但需要进行一些必要的调整（见下文）。
**缺点** -... | [
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"Up-to-date reference list that covers the most recent years (2022-2024)."
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"Section 11 (Video Diffusion Models for Intelligent Decision Making) feels... |
f1000-5441 | A dynamic architecture of life | In recent decades, a profound conceptual transformation has occurred comprising different areas of biological research, leading to a novel understanding of life processes as much more dynamic and changeable. Discoveries in plants and animals, as well as novel experimental approaches, have prompted the research communit... | This report summarises the key points of a recent meeting bringing together scientists working on diverse biological systems linked mainly by their approach to understanding the dynamic aspects of biological states. The report highlights the importance of reversibility of differentiation states and cellular responses t... | f1000 | 生命的动态架构 | 在近几十年中，生物学研究的不同领域发生了一场深刻的概念性转变，导致了对生命过程的新理解，认为其远比以往所认为的更为动态和可变。植物和动物领域的发现，以及新颖的实验方法，促使研究界重新审视既定的概念和范式。这一发展被视为契机，促成了2014年5月在罗马的林琴科学院（Academia Nazionale dei Lincei）举办的一场研讨会。会上，表观遗传学、再生、神经可塑性和计算生物学领域的专家们，利用不同的动植物模型，展示了他们对生命动态架构重要方面的见解，这一架构涵盖了生物体的所有组织层次。他们的工作表明，生命的动态特性贯穿于生物体存在的全过程，不仅使动植物能够在发育过程中精细调整其对特定环境需求的响应，而且是其持续具备这种能力... | 本报告总结了最近一次会议的关键要点，该会议汇集了研究多种生物系统的科学家，这些系统主要通过其理解生物状态动态方面的方法而联系在一起。报告强调了分化状态的逆转性和细胞对外部刺激的反应的重要性，以及这在适应性进化背景下的重要性。显然，仍有许多未解之谜，历史学家的观点指出，需要更多的实验工作来制定将所描述系统联系起来的普遍原理。此类会议对于抽象出这些原理具有巨大价值，应予以鼓励。在会议中纳入历史学家是一种创新方法，可以进一步发展，以便对思想随时间演变的进行真正深入的分析。 | [
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"The report highlights the importance of reversibility of differentiation states and cellular responses to external stimuli as well as the importance of this in the context of adaptive evolution.",
"Meetings such as these are of great v... |
moprd-7314-2-r1 | Mitochondrial DNA in human identification: a review | Mitochondrial DNA (mtDNA) presents several characteristics useful for forensic studies, especially related to the lack of recombination, to a high copy number, and to matrilineal inheritance. mtDNA typing based on sequences of the control region or full genomic sequences analysis is used to analyze a variety of forensi... | Reviewer 1 There are some points that should be revised: Introduction Lines 33, 39: it's not very clear the difference between "medico-legal purposes" and "forensic purposes". Please explain why you used both terms. Since Forensic purposes include the Medico legal issues we removed all mention to “medico-legal purposes... | moprd | 人类识别中的线粒体DNA：综述 | 线粒体DNA（mtDNA）具有多个对法医学研究有用的特性，尤其是与其缺乏重组、高拷贝数以及母系遗传相关。基于控制区序列或全基因组序列分析的mtDNA分型，用于分析各种法医学样本，如古老骨骼、牙齿和毛发，以及其他DNA含量低的生物样本。 | 审稿人1：有一些需要修改的点：
引言
第33、39行：关于“医学法律目的”和“法医目的”之间的区别不太清楚。请解释为什么使用这两个术语。由于法医目的包括医学法律问题，我们已删除所有提及“医学法律目的”的内容。
第41行：参考文献1-4与线粒体DNA分型指南相关，似乎在此处引言中不太相关。我建议提及其他关于线粒体DNA在法医学中应用的综述。同意审稿人的意见，我们删除了参考文献1-4，仅保留一个支持引言第一段且为本文主要起点的参考文献：“Budowle B, Allard MW, Wilson MR, Chakraborty R. FORENSICS AND MITOCHONDRIAL DNA: Applications, Debat... | [
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"Reference number 10 isn't Andrews et al. Please correct."
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"I suggest that you improve the introduction to better explain that mtDNA data cannot be ... |
openreview-193 | A Survey of Lottery Ticket Hypothesis | The Lottery Ticket Hypothesis (LTH) states that a dense neural network model contains a highly sparse subnetwork (i.e., winning tickets) that can achieve even better performance than the original model when trained in isolation. While LTH has been proved both empirically and theoretically in many works, there still are... | **Summary Of Contributions:**
This survey provides a comprehensive introduction of lottery ticket hypothesis, which refers to the existence of a subnetwork of much smaller size in a large network with comparable (or even better) performance. The paper defines clearly on the lottery ticket hypothesis and introduces diff... | openreview | 彩票假设综述 | 彩票假说（Lottery Ticket Hypothesis, LTH）指出，一个密集的神经网络模型中包含一个高度稀疏的子网络（即“中奖票”），当单独训练时，该子网络能够实现比原始模型更好的性能。尽管LTH已经在许多工作中得到了实证和理论上的证明，但仍存在一些待解决的问题，如效率和可扩展性。此外，缺乏开源框架和共识的实验设置对LTH的未来研究构成了挑战。我们首次从不同角度审视了以往关于LTH的研究和探讨。我们还讨论了现有工作中的问题，并列出了进一步探索的潜在方向。本综述深入探讨了LTH的现状。 | **贡献总结：**
本综述全面介绍了彩票假说，即在一个大型网络中存在一个规模小得多的子网络，其性能相当（甚至更优）。论文清晰地定义了彩票假说，并介绍了围绕该假说的不同研究方向，包括理论、与网络架构的相关性、寻找中奖彩票的算法，以及与更广泛概念的关联。
**优点与不足：**
我认为作者在总结彩票假说的不同方面上付出了巨大努力。论文组织良好，易于读者理解。表1对领域内研究人员或新入门的研究者尤为有帮助，其中列出了现有工作的信息及代码。我对引言和理论部分有一些评论，具体见“请求的更改”部分。由于我的背景限制，无法对彩票假说的所有方面进行全面的评审。我相信其他评审者会提供有价值的意见。
**请求的更改：**
将彩票假说的讨论分为第2页的... | [
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"I am wondering what are the inner connections between these topics and are there particular reasons to consider these 8 topics instead of potentially others?",
"What is approximating ReLU networks referring to and how does it connects... |
f1000-2705 | Perspectives on automated composition of workflows in the life sciences | Scientific data analyses often combine several computational tools in automated pipelines, or workflows. Thousands of such workflows have been used in the life sciences, though their composition has remained a cumbersome manual process due to a lack of standards for annotation, assembly, and implementation. Recent tech... | This paper presents a summary of the discussions and findings from a Lorentz Center workshop organized in March 2020, with the focus on automated workflow development in the life sciences.
Overall, the paper is well written and presents a community view on the current state-of-the-art, challenges, and perspectives for... | f1000 | 生命科学中工作流自动组合的视角 | 科学数据分析通常将多个计算工具结合在自动化管道或工作流中。在生命科学中已经使用了数千个这样的工作流，但由于缺乏注释、组装和实施的标准，它们的组成仍然是一个繁琐的手动过程。最近的技术进步使得自动化工作流组成的长期愿景重新成为焦点。
本文总结了最近在洛伦兹中心举办的关于生命科学中自动化工作流组成的研讨会。我们回顾了以往自动化组成过程的倡议，并讨论了当前的技术现状和未来前景。我们首先绘制了科学工作流开发生命周期的“大图景”，然后概述和讨论了当前用于语义领域建模、工作流开发自动化和工作流评估的方法、技术和实践。最后，我们制定了一个个人和社区行动路线图，以在未来几年内实现自动化工作流开发的愿景。
研讨会的一个核心成果是对工作流生命周期的一... | 本文总结了2020年3月举办的洛伦兹中心研讨会上的讨论和发现，重点关注生命科学领域的自动化工作流开发。
总体而言，本文撰写质量高，呈现了社区对当前技术水平、挑战和研究前景的见解。文章的另一重要贡献是提出了科学工作流生命周期的示意图，包括六个主要阶段，每个阶段都有其相关的产物。尽管本文的目标并非综述现有技术，但仍提供了适量的背景信息。
不足之处在于，文章可以更清晰地阐述每个上述阶段的固有属性，并围绕这些属性组织讨论。
具体意见：
* 建议作者识别文中描述的工具集的共有属性。当前文本提及了单个工具的功能，但未明确讨论它们的共同点和特异性。
* “工作流基准”的定义不明确。在某些部分，它们被视为验证工作流结构和数据的“参考工作流”，... | [
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"This is overall a well written paper, which, scope-wise, is framed by the discussions of the workshop rather than being an exhaustive state-of-the-art paper on semantic workflow development techniques.",
"The paper often cites mu... |
openreview-280 | In-context Learning with Retrieved Demonstrations for Language Models: A Survey | Large language models have demonstrated remarkable few-shot in-context learning (ICL) capabilities, adapting to new tasks with few-shots demonstrations. However, the efficacy of ICL is highly dependent on the selection of these demonstrations. Recent developments have introduced retrieval-based in-context learning (Ret... | **Summary Of Contributions:**
This paper summarizes how to retrieve examples for in-context learning. It starts by reviewing in-context learning and demonstration retrieval, summarizing the main approaches in retrieval algorithms, and what tasks one would apply this framework to in practice.
**Strengths And Weaknesses... | openreview | 《基于检索演示的语言模型在上下文学习中的研究综述》 | 大型语言模型已展现出卓越的少样本上下文学习（ICL）能力，能够通过少量示例适应新任务。然而，ICL的效能高度依赖于这些示例的选择。近期发展引入了基于检索的上下文学习（RetICL），该方法动态检索针对每个输入查询定制的示例。这种方法利用现有数据库和检索系统，提升了效率和可扩展性，同时减轻了手动示例选择中固有的偏见。鉴于RetICL的显著成果和日益增长的兴趣，我们对该领域进行了全面综述。我们的回顾包括：ICL示例检索模型的设计选择、检索训练流程、推理策略以及RetICL的当前应用。最后，我们探讨了这一新兴技术的未来发展方向。 | **贡献总结：**
本文总结了如何检索用于上下文学习的示例。首先回顾了上下文学习和示例检索，概括了检索算法的主要方法，以及在实际中应用该框架的任务。
**优点和缺点：**
优点 - 论文内容相当全面，涵盖了该领域的许多论文 - 论文组织良好，读者可以轻松找到他们感兴趣的重要方面
缺点 - 我认为综述性论文最有帮助的是它们能够综合该领域的观点并考虑不同工作之间的联系。本文对所有的贡献进行了很好的总结，但我并没有感觉到对所有工作之间的相互作用有了更深入的理解。这在第5.3节等部分有所涉及，但在我看来，这一点可以更加突出。 - 我认为本文对于希望了解上下文示例检索方法的实践者来说是有用的。但对于该群体之外的社区，从当前手稿中汇总的方法总... | [
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"Strengths - The paper is quite comprehensive, covering a lot of papers within this space - The paper is well organized, allowing for a reader to look at what aspects are important to them",
"2. The following works might help cont... |
f1000-5295 | Mechanisms Behind the Pharmacological Application of Biochanin-A: A review | This review was aimed at summarizing the cellular and molecular mechanisms behind the various pharmacological actions of biochanin-A. Many studies have been reported claiming its application in cancers, metabolic disorders, airway hyperresponsiveness, cardiac disorders, neurological disorders, etc. With regard to hormo... | I have gone through the article entitled 'Mechanisms behind the pharmacological application of biochanin-A'. It was written well however, the authors need to address the following comments and need additions in a few places.
1. On page no. 3, biochanin shows therapeutic actions in various cancers, need to mention abou... | f1000 | "生物chanin-A药理学应用的机制：综述" | 本综述旨在总结生物chanin-A各种药理作用背后的细胞和分子机制。许多研究报道了其在癌症、代谢紊乱、气道高反应性、心脏疾病、神经系统疾病等领域的应用。对于激素依赖性癌症如乳腺癌、前列腺癌以及其他恶性肿瘤如胰腺癌、结肠癌、肺癌、骨肉瘤、胶质瘤等治疗选择有限的疾病，生物chanin-A在抑制癌症发展方面显示出令人满意的结果。生物chanin-A在治疗神经系统疾病、糖尿病、高脂血症和其他慢性疾病/紊乱中也显示出治疗益处。异黄酮因其高效调节人体生理功能而被认为是非凡的。生物chanin-A是存在于大豆（Glycine max）、红三叶草（Trifolium pratense）和苜蓿芽等中的主要异黄酮之一，已被证实具有调节多种疾病中关键细胞... | 我已经阅读了题为《生物chanin-A药理应用的机制》的文章。文章写得很好，但作者需要解决以下评论，并在一些地方进行补充。
1. 在第3页，生物chanin显示出对多种癌症的治疗作用，需要提及多发性骨髓瘤，因为生物chanin-A显示出抗-MM活性，并在血液癌部分或适当的地方进行描述。
2. 在第3页，作者写道：“在乳腺癌发展过程中，正常的信号通路被中断，刺激耐药性生长，无细胞死亡，并逐渐侵袭邻近组织。富含大豆的饮食在控制激素依赖性癌症方面最近受到了广泛关注。”这在大多数实体癌中也可能发生，是否有特定原因只提及乳腺癌？
3. 在第5页，作者写道：“生物chanin-A在雌激素受体（ER）阳性的乳腺癌细胞系中，如三阴性乳腺癌细胞MDA... | [
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"On page no. 9, it's written that \"biochanin-A exhibits neuroprotective effect\" and gave references for cancer studies, please give references for neuroprotective not for neuro cancer.",
"Few of the references are not suitable, ... |
f1000-4092 | Polymorphism studies and candidate genes associated with litter size traits in Indonesian goats. a systematic review | Background : Litter size (LS) is a significant, challenging, and economical aspect of the goat industry in Indonesia. It is influenced by several different factors and genes; consequently, identifying potential genes and loci associated with litter size has become a genetic problem. Several genetic indicators have been... | The manuscript entitled "Polymorphism studies and candidate genes associated with litter size traits in Indonesian goats" needs major revision.
Authors reviewed performed investigations on polymorphism and candidate genes associated with litter size traits in Indonesian goats, but there are some deficiency, especially ... | f1000 | 印尼山羊产仔数性状的多态性研究及相关候选基因：系统综述 | 背景：产仔数（LS）是印度尼西亚山羊产业中一个重要、具有挑战性且经济相关的方面。它受多种不同因素和基因的影响；因此，识别与产仔数相关的潜在基因和位点已成为一个遗传学问题。已发现几种遗传指标与山羊的产仔数相关。这促使有必要讨论印度尼西亚山羊中与产仔数相关的候选基因。
方法：通过系统综述，使用了关键的数据库，包括ResearchGate、Google Scholar、PubMed、Google搜索引擎和Science Direct。排除标准如下：非英文发表的文章、会议论文、简讯论文以及与动物无关的论文。在审查了42篇出版物的摘要后，选择了剩余的17项研究进行全文评估。在对出版物进行综合评估后，又排除了8项不符合纳入标准的研究。
结果... | **审稿意见内容翻译：**
标题为“印度尼西亚山羊产仔数性状相关的多态性研究与候选基因”的稿件需要重大修改。
作者回顾了关于印度尼西亚山羊产仔数性状相关的多态性和候选基因的研究，但存在一些不足，特别是在标题、研究目的、材料与方法以及结论部分。请参考附在稿件审阅文件中的评论。
1. 标题：
* 稿件的标题容易引起误解。
* 建议按以下方式重写：
+ 对印度尼西亚山羊产仔数性状相关的多态性和候选基因研究的回顾。
2. 摘要-背景：
* 请在背景部分的末尾添加您的研究目的。
3. 摘要-结果：
* 哪些标记？这句话不清楚。请重写并补充完整。
* 哪种类型？您指的是什么，这句话不清楚。请重写... | [
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"For this you can use below sentences and references:",
"Moreover, the study of breeds, using molecular techniques is very important and useful for their characterizing (Mohammadi et al., 2009; Mohammadabadi, 2021)."
]
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... |
f1000-4530 | The imperative to find the courage to redesign the biomedical research enterprise | Medical research aims to improve health for everyone. While its advances are undeniable, the pace and cost of the progress are not optimal. For example, independent analyses concluded that at least half of the published biomedical research findings are irreproducible, and most scientific papers are never read... | This is an interesting and valuable article which looks at the current problems in the health and medical research systematic such as (lack of) reproducibility, accessibility, and relevance. Importantly, the paper considers the research enterprise as a system - of researchers, funders, publishers etc., with varying inc... | f1000 | 重设计生物医药研究体系的勇气之必要 | 医学研究的目的是改善每个人的健康状况。尽管其进步不可否认，但进展的速度和成本并非最优。例如，独立分析得出结论，至少有一半已发表的生物医学研究成果无法重现，而且大多数科学论文从未被阅读或引用。本文全面审视生物医学研究，将其视为一个激励系统，这些激励塑造了科学家、管理者、出版商和资助者的行为，并对医学进步产生不利影响。我们识别了通过改变研究成果的传播和评估方式来改变和改进这些激励的机会，并推荐透明、数据驱动的方法来衡量方法论严谨性、可重现性以及科学发现的社会价值。抓住这些机会将最大化我们对生物医学研究的投资，并优化其对人类健康的价值，同时增加科学工作者的自由、创造力和满意度。 | 这是一篇有趣且具有价值的文章，探讨了当前健康和医学研究系统中的问题，如（缺乏）可重复性、可获取性和相关性。重要的是，该论文将研究事业视为一个系统——包括研究人员、资助者、出版商等，各自有不同的激励和动机——并在系统层面探讨了潜在的解决方案。图1清晰地展示了研究系统内各要素和参与者之间的不良对齐情况。本文蕴含了许多好想法的种子。然而，在实施所提出的指标和解决方案之前，需要进行大量的元研究——以便进行详细的开发和测试。
我有几点修改建议供考虑：
1. 除了曼哈顿项目和阿波罗任务示例之外，鉴于当前的疫情，有必要提及CEPI疫苗合作——流行病防范创新联盟（CEPI），该联盟于2017年在达沃斯启动，没有它我们不会有现在的疫苗——CEPI。... | [
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"Alongside the Manhattan project an Apollo mission examples, given the current pandemic it would be useful to mention the CEPI vaccine collaboration"
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f1000-5375 | Group B Streptococcus vaccine development: present status and future considerations, with emphasis on perspectives for low and middle income countries | Globally, group B Streptococcus (GBS) remains the leading cause of sepsis and meningitis in young infants, with its greatest burden in the first 90 days of life. Intrapartum antibiotic prophylaxis (IAP) for women at risk of transmitting GBS to their newborns has been effective in reducing, but not eliminating, the youn... | This is an excellent review article summarizing the status of GBS vaccine development for global use. This manuscript, in a logical and practical way, lays out the case for further development and testing of a GBS vaccine to be given to mothers primarily for the protection of their neonates.
The burden of maternal and... | f1000 | B族链球菌疫苗研发：现状与未来考量，重点关注低收入和中等收入国家的前景 | 全球范围内，B族链球菌（GBS）仍然是新生儿败血症和脑膜炎的主要致病原因，其最大负担出现在出生后的前90天内。对于有将GBS传给新生儿风险的妇女，产时抗生素预防（IAP）在许多高收入国家已有效减少了新生儿GBS疾病的负担，但并未完全消除。然而，在许多低收入和中等收入国家（LMIC）的环境中，识别有风险的妇女和实施IAP非常困难，对于家庭分娩更是不可能。通过孕妇接种GBS疫苗，通过胎盘抗体转移至胎儿体内，为保护新生儿免受GBS疾病侵害提供了另一种途径。这种预防新生儿GBS疾病的方法目前正在开发中，并即将进入后期临床试验评估阶段。
本文综述了该疾病的自然史、全球疾病负担估计、不同环境下的诊断和现有控制措施、疫苗的生物合理性包括以往的支... | 这是一篇优秀的综述文章，总结了全球范围内GBS疫苗开发的现状。该手稿以逻辑性和实践性的方式，阐述了进一步开发和测试GBS疫苗的必要性，该疫苗主要提供给母亲，以保护其新生儿。
文章全面讨论了母婴疾病的负担，并突显了在许多资源有限地区流行病学数据的匮乏。这是确定GBS对低收入和中等收入国家新生儿发病率和死亡率贡献的关键数据，而这些国家最有可能从候选疫苗中受益。
文章提供了先前GBS疫苗试验及其结果的详尽列表和讨论。更为有用的是对GBS疫苗试验未来挑战的讨论，包括对潜在试验终点的回顾、任何母婴疫苗接种计划的挑战，以及潜在的伦理和监管障碍。 | [
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"This is an excellent review article summarizing the status of GBS vaccine development for global use.",
"There is an excellent list and discussion of previous GBS vaccine trials and outcomes."
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moprd-5503-4-r1 | A comprehensive review of circRNA: from purification and identification to disease marker potential | Circular RNA (circRNA) is an endogenous noncoding RNA with a covalently closed cyclic structure. Based on their components, circRNAs are divided into exonic circRNAs, intronic circRNAs and exon-intron circRNAs. CircRNAs have well-conserved sequences and often have high stability due to their resistance to exonucleases.... | Reviewer 1 (Tom Hill) Basic reporting In the presented manuscript, Xu et al present a review of what is currently known about circular RNA (circRNA), including their biogenesis, function and future directions for their use. While the review is of great interest, the authors have addressed many of the previous commends ... | moprd | 环状RNA综合综述：从纯化与鉴定到疾病标志物潜力 | 环状RNA（circRNA）是一种具有共价闭合环状结构的内源性非编码RNA。根据其组成成分，circRNA可分为外显子circRNA、内含子circRNA和外显子-内含子circRNA。circRNA具有高度保守的序列，并且由于其对抗外切酶的特性，通常具有较高的稳定性。根据其序列的不同，circRNA参与多种生物学功能，包括微小RNA海绵活性、调控可变剪接或转录、与RNA结合蛋白相互作用以及滚环翻译，并且是假基因的衍生物。circRNA参与多种病理状态的发展，如心血管疾病、糖尿病、神经性疾病和癌症。越来越多的证据表明，circRNA可能是许多疾病新的潜在临床诊断标志物或治疗靶点。 | 审稿人1（Tom Hill）基本报告
在所提交的稿件中，徐等人对目前关于环状RNA（circRNA）的知识进行了综述，包括它们的生物发生、功能以及未来应用方向。尽管这篇综述非常有趣，作者们已经回应了许多之前的评论，并且综述提供了大量关于circRNA的信息，但稿件在写作方面仍有改进空间。主要问题是，作者们在全文中提出了许多未引用文献支持的论断，可能需要重新阅读并插入正确或缺失的引用？非常感谢您的建议。我们已经通读全文并补充了缺失的引用。主要集中在对第5节和第6节的修改。此外，正如下方评论所述，许多章节的结构混乱，句子表达不佳。我认为整篇稿件都需要非常仔细地重读和重写，以明确每句话的含义，并确保英语表达比目前更清晰。
实验设计 无... | [
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"Primarily, the authors make many claims throughout the manuscript not backed up by citations, maybe a further reread is required to insert correct or missing citations?",
"As a review paper, the authors do not make any novel find... |
f1000-5219 | Machine learning algorithms: their applications in plant omics and agronomic traits’ improvement | Agronomic traits of plants especially those of economic or aesthetic importance are threatened by climatic and environmental factors such as climate change, biotic, and abiotic stresses. These threats are now being mitigated through the analyses of omics data like genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics, an... | The review paper prepared by Isewon et al. tried to summarize how machine learning models applied to agriculture. This manuscript is not well-structured, many sentences are unclear for me. There are many review papers on this topic in different particular focuses, I did not see the novelty this general review paper con... | f1000 | 机器学习算法：在植物组学和农艺性状改良中的应用 | 植物的农艺性状，尤其是那些具有经济或美学重要性的性状，正受到气候变化、生物和非生物胁迫等气候和环境因素的影响。这些威胁目前正通过基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学和表型组学等组学数据的分析得到缓解。高通量组学技术的出现导致了植物组学数据的激增。植物研究需要新颖的分析范式，以高效地提取和利用大量植物组学数据，从而有效改善植物性状。机器学习算法非常适合于对大型非结构化、异构数据集进行综合分析和计算。本研究概述了用于改善植物农艺性状的组学方法及关键的精选植物基因组数据源。此外，我们总结了在植物组学研究中所使用的机器学习算法及软件工具/编程包。最后，我们讨论了机器学习算法在改善经济重要植物农艺性状方面的应用进展。广泛应用机器学习将推进... | 由Isewon等人准备的综述论文试图总结机器学习模型在农业中的应用情况。该手稿结构不佳，许多句子对我来说不够清晰。关于这一主题已有许多不同特定焦点的综述论文，我并未看到这篇综合性综述论文对此主题的贡献有何新颖之处。
1. 在引言部分最好先说明为什么我们需要在农业中使用机器学习模型，而不是用近一半的手稿来总结数据集。
2. 表格1需要更好地组织，以包含物种和组学数据。此外，当我点击某些链接时，它们无法工作，需要仔细检查更新。标题是关于植物基因组数据库的，但有些数据并非基因组数据，而是蛋白质组数据，例如。
3. 如果作者不仅总结基因组数据库，还总结包含多种组学数据的数据库，将更有帮助。
4. 仅给出许多组学数据的定义并不太有用。如果能展... | [
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"Many statements need reference paper to support.",
"The title is for plant genomics database, while some are not for genome but for proteomic data, for instance.",
"It would be more helpful that the authors summarize the da... |
f1000-5437 | Non-invasive imaging to monitor lupus nephritis and neuropsychiatric systemic lupus erythematosus | Systemic lupus erythematosus (SLE) is an autoimmune disease that can affect multiple different organs, including the kidneys and central nervous system (CNS). Conventional radiological examinations in SLE patients include volumetric/ anatomical computed tomography (CT), magnetic resonance imaging (MRI) and ultrasound (... | This well-written review article by Thurman and Serkova focuses on the utility and the potential of non-invasive imaging techniques to monitor two common yet severe manifestations of systemic lupus erythematosus (SLE), lupus nephritis (LN) and neuro-psychiatric SLE (NPSLE). The authors summarize the clinical challenges... | f1000 | 无创成像监测狼疮肾炎和神经精神系统性红斑狼疮 | 系统性红斑狼疮（SLE）是一种可影响多个不同器官的自身免疫性疾病，包括肾脏和中枢神经系统（CNS）。SLE患者的常规放射学检查包括容积/解剖计算机断层扫描（CT）、磁共振成像（MRI）和超声（US）。然而，由于疾病的复杂性，这些检查手段的效用有限。此外，标准CT和MRI对比剂在肾功能受损的患者中是禁忌的。目前，正在开发各种放射学方法，以改善SLE患者的疾病特征描述，超越简单的解剖学终点。已开发出生理性无对比剂MRI协议，用于评估狼疮肾炎（LN）患者的组织氧合、肾小球滤过、肾脏灌注、间质扩散和炎症驱动的纤维化。对于神经系统症状，血管大小成像（VSI，一种利用T2弛豫铁氧化纳米颗粒的MRI方法）显示出作为诊断工具的潜力。分子成像探针（主... | 这篇由瑟曼和塞尔科娃撰写的综述文章文笔流畅，重点探讨了非侵入性成像技术监测系统性红斑狼疮（SLE）两种常见且严重的表现——狼疮肾炎（LN）和神经精神狼疮（NPSLE）的实用性和潜力。作者总结了SLE不可预测病程带来的临床挑战，解释了在LN和NPSLE中需要更好疾病活动生物标志物的必要性，批判性地回顾了传统放射影像学的实用性和局限性，并讨论了分子成像在监测LN和NPSLE方面的前景。
需考虑的次要问题：
1. 在介绍狼疮肾炎（第3页）时，仅简要提及了WHO分类。更多细节将有助于读者定位并提供在下一段落讨论“增殖性LN”时的背景。
2. 第4页，在讨论与LN相关的特定自身抗体时，作者可以考虑引用非常近期的研究，指出IgG2自身抗体针对... | [
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"Page 4, when discussing particular autoAbs associated with LN, the authors may consider referencing very recent studies identifying IgG2 autoAbs to alpha-enolase or annexin AI are a major component of immune deposits in kidney biopsies... |
f1000-1506 | Considerations related to vaping as a possible gateway into cigarette smoking: an analytical review | Background: Compared to cigarette smoking, e-cigarette use is likely to present a reduced risk of smoking-related disease (SRD). However, several studies have shown that vaping predicts smoking initiation and might provide a gateway into smoking for those who otherwise would never have smoked. This paper considers vari... | This ambitious paper by Lee and colleagues seems to have several aims, and I fear that the paper suffers from including them all, rather than separating them out into two or more focused manuscripts.
The authors provide a review of the literature discussing what is currently known about the association between use of ... | f1000 | 关于电子烟作为可能进入香烟吸烟的途径的考量：一项分析性综述 | 背景：与吸烟相比，使用电子烟可能降低吸烟相关疾病（SRD）的风险。然而，多项研究表明，吸电子烟预示着吸烟的开始，并可能为那些本来永远不会吸烟的人提供进入吸烟的途径。本文探讨了青少年中网关问题的各个方面。
方法：在此，我们回顾了研究网关效应的15项研究，考察了它们在多大程度上解释了与青少年吸烟开始相关的混杂因素。我们估计了遗漏或错误分类一个混杂因素可能会如何偏置吸电子烟与吸烟开始之间的关联。我们评估了任何真正的网关效应可能如何影响吸烟流行率，并从全国性调查中考察了青少年吸烟和电子烟使用的趋势。
结果：报告显著网关效应的研究中调整的吸烟预测因素列表并不全面，很少考虑内化/外化障碍、结果预期、学校表现、焦虑、父母吸烟和同伴态度。此外，... | 李及其同事的这篇雄心勃勃的论文似乎有几个目标，我担心论文因包含所有这些目标而受到影响，而不是将其拆分为两篇或更多篇专注的文稿。
作者对文献进行了综述，讨论了目前关于使用燃烧型烟草产品和电子烟草产品之间关联的了解，他们基于看似非正式的定性趋势分析评估了电子产品作为吸烟入门途径的可能性，并就残余或未控制的混杂因素可能解释或部分解释文献中已注意到的关联进行了重要讨论。他们还提供了一系列模拟的数据。这些模拟展示了在预测电子烟草产品对人群造成的伤害或益处时，各种烟草使用模式之间的相互依赖性。
论文基于文献部分的最重要的观点是：a) 预测和观察到的吸烟流行率随时间的变化差异，这应减少对当前存在大规模吸烟入门效应的担忧；b) 错误分类和未控制... | [
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"I fear that the paper suffers from including them all, rather than separating them out into two or more focused manuscripts.",
"The key findings from the simulations are a bit harder to uncover, due to a lack of detail in the methods ... |
f1000-5414 | Fenofibrate in cancer: mechanisms involved in anticancer activity | Objective: To review the mechanisms of anti-cancer activity of fenofibrate (FF) and other Peroxisome Proliferator Activator Receptor α (PPARα) agonists based on evidences reported in the published literature. Methods: We extensively reviewed the literature concerning FF as an off target anti-cancer drug. Co... | This article provides a comprehensive and comprehensible summary of the research on potential anti-cancer activities of fenofibrate. The author thoroughly describes the available data on the possible mechanisms of fenofibrate effect on cancer cells, however he could have concentrated more on the compilation of these da... | f1000 | 非诺贝特在癌症中的作用：抗肿瘤活性的相关机制 | **摘要**
**目的**：基于已发表文献中的证据，综述非诺贝特（FF）及其他过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARα）激动剂的抗癌活性机制。
**方法**：我们广泛回顾了关于FF作为非靶向抗癌药物的文献，并探讨了有关相互矛盾发现的争议。
**结果**：抗癌活性的主要机制是通过下调血管内皮生长因子（VEGF）、血管内皮生长因子受体（VEGFR）和缺氧诱导因子-1α（HIF-1α），抑制内皮细胞迁移，上调内皮抑素和血栓粘合素-1的抗血管生成作用，但还有许多其他贡献机制，如凋亡和细胞周期阻滞，下调核因子κB（NF-κB）和蛋白激酶B（Akt），以及通过损害线粒体功能降低细胞能量。生长抑制与下调磷酸肌醇3激酶（PI3K）/Akt轴和... | 本文提供了对非诺贝特潜在抗癌活性的研究全面且易懂的综述。作者详细描述了关于非诺贝特对癌细胞可能作用机制的可获得数据，然而他本可以更多地集中在这些数据的汇编上，以强调其科学价值。例如，我建议增加一个更深入的结论性总结，关于非诺贝特对癌细胞/正常（基质）细胞在体内/体外直接/间接影响的总结。此外，由于非诺贝特的系统性耐受性，其在晚期癌症的姑息治疗/转移预防中的应用可能性可以更深入地讨论。请注意，参考文献82应移至表8，因为它显示的是细胞粘附的增强而非“抗粘附”效应。第11页和第13页的参考文献82中第一作者的名字有误。 | [
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"Moreover, due to the systemic tolerability of fenofibrate, a possibility of its application in palliative treatment/metastasis prevention of advanced cancers could be more thoroughly discussed."
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f1000-3027 | Methods used to meta-analyse results from interrupted time series studies: A methodological systematic review protocol | Background: Systematic reviews are used to inform healthcare decision making. In reviews that aim to examine the effects of organisational, policy change or public health interventions, or exposures, evidence from interrupted time series (ITS) studies may be included. A core component of many systematic reviews is meta... | This article is a protocol for a systematic review that aims to describe the meta-analysis methods (and some of the systematic review methods) used in systematic reviews that include interrupted time series (ITS) studies.
The protocol is thorough and well written. A comprehensive search of the literature will be under... | f1000 | 用于元分析中断时间序列研究结果的方法：一项方法学系统综述协议 | 背景：系统评价用于指导医疗决策。在旨在考察组织、政策变革或公共卫生干预措施，或暴露影响的评价中，可能会包含中断时间序列（ITS）研究的证据。许多系统评价的核心组成部分是荟萃分析，即跨研究的统计合成。目前缺乏指导选择荟萃分析方法以合并ITS研究结果的标准，且尚无研究考察实践中使用的荟萃分析方法。因此，本研究旨在描述一组ITS研究评价中当前使用的荟萃分析方法。
方法：我们将从八个涵盖多个学科（公共卫生、心理学、教育、经济）的电子数据库中，识别出100篇最新发表（2000年1月1日至2019年10月11日）包含ITS研究荟萃分析的评价。研究选择将由两位作者独立进行。数据提取将由一位作者完成，并对随机抽取的评价由两位作者进行。从符合条件的... | 本文是一篇系统综述的方案，旨在描述包含中断时间序列（ITS）研究的系统综述中使用的元分析方法（以及一些系统综述方法）。
该方案详尽且文笔良好。将进行全面文献检索，以识别健康、公共卫生、心理学、教育和经济干预的综述。综述有明确的纳入标准，待提取的数据描述清晰，计划进行的分析也是如此。
我有几点小建议。在摘要中，最好说明如何选择这100篇综述（例如：“我们将识别最多100篇最近发表的综述”）。你也可以补充说明你将考察用于评估ITS研究偏倚/方法学质量的工具（有人可能会认为这更多地关注系统综述方法而非元分析方法）。
你还可以通过补充数据提取项目摘要来澄清，你将考察综述作者对ITS研究的定义。我推测你也会提取是否有ITS研究包含对照组... | [
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"A comprehensive search of the literature will be undertaken to identify reviews of health, public health, psychology, education and economic interventions.",
"The protocol is thorough and well written."
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"dimensi... |
f1000-345 | It’s the network, stupid: a population’s sexual network connectivity determines its STI prevalence | There is little consensus as to why sexually transmitted infections (STIs), including HIV and bacterial vaginosis (BV) are more prevalent in some populations than others. Using a broad definition of sexual network connectivity that includes both structural and conductivity-related factors, we argue that the available e... | I agree with the earlier comments by Ann Jolly, and am adding only a few minor additional comments here, meant for clarification.
Legend of Figure 2: Please clarify or rephrase 'if one conditions on this variable.'
Page 5, section(b), left column: 'generally high-quality longitudinal data on HIV prevalence around the... | f1000 | “关键在于网络，傻瓜：人群的性网络连通性决定了其性传播感染率” | 关于为何包括HIV和细菌性阴道病（BV）在内的性传播感染（STIs）在某些人群中比其他人群更为普遍，目前尚缺乏共识。采用一个广泛的性网络连通性定义，该定义包括结构和传导相关因素，我们认为现有证据表明，传统STIs、HIV和BV的高流行可以通过这些人群拥有更连通的性网络来简洁地解释。正反馈机制，即BV和各种STIs增强其他STIs的传播，进而进一步加剧了BV、HIV和其他STIs的传播。我们回顾了支持这一假设的证据，并在最后提出了可以进一步验证该假设的研究设计，以及这一假设对STIs预防和管理的启示。 | 我同意安·乔利之前的评论，并在此仅添加一些旨在澄清的额外小评论。
图2图例：请澄清或改写“如果对这个变量进行条件化处理”。
第5页，(b)部分，左栏：“全球范围内通常高质量的HIV患病率纵向数据”：我认为这些患病率调查并非真正的纵向数据（通常指队列数据，即对一组已识别的个体进行追踪，以获取个体层面的发病率），而是周期性的（在类似的人群中进行，但个体有一定更替）。请在此处改写——并在文章后文的类似实例中也进行改写。 | [
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"Page 5 - you state that “Peak high prevalence HIV is based generally of high quality longitudinal data”.",
"Please justify and provide references."
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... |
f1000-4582 | (Semi)automated approaches to data extraction for systematic reviews and meta-analyses in social sciences: A living review | Background
An abundance of rapidly accumulating scientific evidence presents novel opportunities for researchers and practitioners alike, yet such advantages are often overshadowed by resource demands associated with finding and aggregating a continually expanding body of scientific information. Data extraction a... | Overall, this paper is an excellent review of automated data-extraction methods for the purposes of synthetic reviews and meta-analysis. To my knowledge, there is no such review in the literature, and yet given the rise in AI-based technologies, there is a rising need for researchers to have a single resource identifyi... | f1000 | 社会科学中系统综述和元分析的（半）自动化数据提取方法：一项动态综述 | 背景
大量迅速积累的科学证据为研究人员和从业者提供了新的机会，然而，这些优势往往被与寻找和汇总不断扩展的科学信息体相关的资源需求所掩盖。与证据综合相关的数据提取活动被认为是耗时过长，以至于严重限制了研究的实用性。在社会科学各学科中，使用自动化技术进行及时准确的知识综合可以增强研究转化价值，更好地为关键政策制定提供信息，并扩展当前对人际互动、组织和系统的理解。围绕自动化的持续发展主要集中在基于证据的医学研究上，而关于在临床研究社区之外应用的工具和技术的证据有限。本研究的目的是通过综合当前社会科学感兴趣的关键数据元素提取技术的应用趋势，扩展自动化知识库。
方法
我们报告了支持社会科学系统评价和元分析的自动化数据提取技术的动态系统评价的... | 总体而言，这篇论文是对自动化数据提取方法在综合评论和元分析目的方面的优秀综述。据我所知，文献中尚无此类综述，然而鉴于基于人工智能技术的兴起，研究人员迫切需要一份单一的资源来识别这些提取方法。这篇综述很好地总结了现有工具的类型，但可以进一步将这些工具与反映进行元分析时通常必须完成的清单更紧密地联系起来（例如，识别文献、提取样本量和效应量、必要时转换效应量、将效应量编码为变量、相关调节变量、相关信度系数、处理缺失数据）。这将使读者更好地了解哪些内容被自动化，并服务于他们的目的（例如，可以将“模型架构和组件”部分的内容填充到清单/框架中，使用这些人工智能工具/功能）。此外，虽然记录人类与自动化系统在何时以及如何进行比较当然是有用的，但所报... | [
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"Consider including more social science databases to ensure comprehensive coverage.",
"Did you include the Social Science Citation Index (within WoS)?"
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f1000-3535 | Turning up the heat on COVID-19: heat as a therapeutic intervention | Enveloped viruses such as SAR-CoV-2 are sensitive to heat and are destroyed by temperatures tolerable to humans. All mammals use fever to deal with infections and heat has been used throughout human history in the form of hot springs, saunas, hammams, steam-rooms, sweat-lodges, steam inhalations, hot mud and poultices ... | This is a timely, interesting, and generally well-written article summarizing many of the positive benefits of thermal therapies, provided in the context of potential therapies for patients with COVID-19. In general, the authors cover a wide range of literature related to applications (local/regional, whole body, topic... | f1000 | "加热对抗COVID-19：热作为一种治疗干预手段" | 包膜病毒如SARS-CoV-2对热敏感，并在人类可耐受的温度下被破坏。所有哺乳动物都使用发热来应对感染，而在人类历史上，热一直以温泉、桑拿、土耳其浴、蒸汽房、汗屋、蒸汽吸入、热泥和膏药等形式被用于预防和治疗呼吸道感染，并增强健康和福祉。本文综述了使用热治疗和预防病毒感染的证据，并讨论了潜在的细胞、生理和心理机制。在感染的初始阶段，将热应用于上呼吸道可以通过支持粘液纤毛清除和抑制或灭活病毒初次寄居的位置来支持免疫系统第一道防线。通过吸入含有抗病毒、化痰和抗焦虑特性的精油蒸汽，这一效果可能进一步增强。全身加热可以通过模拟发热和激活先天和后天免疫防御以及建立生理韧性来进一步支持免疫系统的第二道防线。热疗还通过集中注意力于积极行动、增强放松... | 这是一篇及时、有趣且总体上写得很好的文章，总结了热疗的许多积极益处，特别是在针对COVID-19患者的潜在疗法背景下。总体而言，作者涵盖了与升高温度应用（局部/区域性、全身性、局部应用）相关的广泛文献。我的评论仅涉及文章的组织结构、一些参考文献以及更好地区分发热和过热之间的差异。热疗很可能属于过热治疗。尽管发热包含热元素，但发热和过热代表非常不同的生理状况。
例如，第3页右栏第2段中的陈述：“发热在应对感染方面有多种作用，包括直接抑制病原体，刺激先天性和适应性免疫系统以及激活……”。尽管作者在此处提供了一篇综述文章作为参考，但大部分文献涉及的是过热而非实际的感染性发热，这一差异需要更好地突出。人们不会通过发热来治疗。此外，还有其他... | [
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"In general, the authors cover a wide range of literature related to applications (local/regional, whole body, topical) of elevated temperature.",
"While the authors provide a review article as a reference here, most of this liter... |
f1000-5372 | Autophagy and airway fibrosis: Is there a link? | In the past decade, an emerging process named “autophagy” has generated intense interest in many chronic lung diseases. Tissue remodeling and fibrosis is a common feature of many airway diseases, and current therapies do not prevent or reverse these structural changes. Autophagy has evolved as a conserved process for b... | Summary –
The current manuscript has reviewed the literature on relationship between autophagy and airway fibrosis in chronic lung disease, especially asthma and COPD. This topic is of great interest and very little work has been done to understand the underlying mechanisms. I think this article is a timely reminder a... | f1000 | 自噬与气道纤维化：是否存在关联？ | 在过去十年中，一种名为“自噬”的新兴过程在许多慢性肺部疾病中引起了强烈兴趣。组织重塑和纤维化是许多气道疾病的共同特征，而当前的治疗方法并不能预防或逆转这些结构变化。自噬已经演变为一种保守的过程，用于大量降解和回收细胞质成分，以维持基本的细胞内稳态和细胞内健康细胞器的数量。此外，自噬作为一种细胞生存机制，也可以由化学和物理应激诱导。越来越多的证据表明，自噬在重要的细胞过程中发挥着关键作用，包括组织重塑。本综述将讨论一些在理解这一基本过程在气道纤维化中的作用方面的最新进展，重点讨论气道重塑，以及如何将自噬作为哮喘和慢性阻塞性肺疾病中气道重塑的靶点。 | 摘要 –
当前手稿回顾了慢性肺部疾病，尤其是哮喘和慢性阻塞性肺病（COPD）中自噬与气道纤维化关系的文献。这一主题极具研究价值，且关于其潜在机制的研究非常少。我认为这篇文章是一个及时的提醒，并将激发对该领域的研究，这是非常必要的。总体而言，这是一篇呈现良好的文章，但我有一些建议，可以增强对所讨论疾病的可读性和理解。
主要意见 –
1. 在作者深入探讨自噬在哮喘/重塑中的作用之前，我认为他们首先需要添加一个关于气道重塑和自噬的独立部分。
2. 请列出迄今为止在哮喘中描述的气道重塑变化，然后讨论哪些可能与自噬相关。
3. 我认为作者需要添加参考文献，如果有关于哮喘中成纤维细胞群体的研究，以支持纤维化的论点，或建议作为未来的研究工作。... | [
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"2. Please list the airway remodeling changes described in asthma so far and then discuss which might be related to autophagy.",
"3. I think authors need to add a reference if there is any work done on fibroblast populations in as... |
f1000-4657 | The rise of pathogen genomics in Africa | The routine genomic surveillance of pathogens in diverse geographical settings and equitable data sharing are critical to inform effective infection control and therapeutic development. The coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic highlighted the importance of routine genomic surveillance of severe acute respirator... | The authors discuss an important issue regarding the significant threat that new pathogens pose to humanity. Specifically, the article addresses the situation in the African continent and the need for a Pan-African developed early surveillance system.
The authors accurately describe the use of NGS technologies and the... | f1000 | 病原体基因组学在非洲的兴起 | 在不同地理环境下对病原体进行常规基因组监测以及公平的数据共享对于指导有效的感染控制和治疗开发至关重要。2019年冠状病毒病（COVID-19）大流行凸显了常规基因组监测严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）以检测新兴关注变异株的重要性。然而，大多数高收入国家对超过0.5%的COVID-19病例进行了测序，而低收入和中等收入国家则不然。到2022年底，世界上许多国家已设法建立病原体基因组监测能力。值得注意的是，当前5个SARS-CoV-2关注变异株中的2个——Beta和Omicron，是通过非洲科学家领导的积极测序活动首先在非洲发现的。为了在此大流行之外维持此类基础设施和专业知识，其他地方性病原体应利用这一投资。因此，各... | 作者讨论了一个关于新病原体对人类构成重大威胁的重要问题。具体而言，文章探讨了非洲大陆的形势以及建立泛非开发的早期监测系统的必要性。
作者准确地描述了下一代测序（NGS）技术的应用，以及高通量计算系统和高速互联网在共享和分析常见序列数据中的必要性。
然而，文章缺乏对在泛非层面执行这些任务所需的具备生物信息学能力的研究人员临界数量的更详细讨论。文章应提及并讨论一些现有的教育倡议（例如，AI4D Africa、H3Abionet、EANBiT、大学项目等），以及培养更多非洲科学家使用人工智能、高性能计算系统、NGS测序和生物信息学分析的迫切需求。
国际合作依赖于伦理和法律在不同国家法律体系中的整合。文章若能讨论在考虑此类合作中的伦理... | [
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"The search term “Pathogen [All Fields] AND Country [All Fields]” on the SRA webpage (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/) as describe on page 9 delivers pathogens from all countries, not just Africa?"
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moprd-4576-2-r1 | Herbarium specimens can reveal impacts of climate change on plant phenology; a review of methods and applications | Studies in plant phenology have provided some of the best evidence for large-scale responses to recent climate change. Over the last decade, more than thirty studies have used herbarium specimens to analyze changes in flowering phenology over time, although studies from tropical environments are thus far generally lack... | Reviewer 1 (Qianqian Ma) “The authors need to briefly introduce how the phenology data (such as mean flowering day of year or first flowering day of year) are obtained from the herbarium specimens. Are they the dates when herbarium specimens were collected? This is important information for readers who are unfamiliar w... | moprd | 植物标本可以揭示气候变化对植物物候的影响；方法与应用综述 | 植物物候学的研究为近年来对气候变化的 largescale 响应提供了最佳证据之一。在过去十年中，已有三十多项研究利用植物标本馆的标本分析了随时间推移的开花物候变化，尽管热带环境的研究目前普遍缺乏。在这篇综述中，我们总结了迄今为止所采用的方法和应用。植物的生殖物候主要通过对两个汇总统计量进行分析：年度平均开花日和年度首次开花日，但年度平均开花日已被证明是一个更稳健的统计量。为了检验开花、温度和时间之间的关联，已应用了两种类型的回归模型：开花日对年份的回归和开花日对温度的回归。大多数研究通过计算开花日前三个月的平均温度来分析温度的影响。平均而言，已发表的研究使用了每个物种55份植物标本馆的标本以表征随时间推移的物候变化，但在许多情况下... | 审稿人1（马倩倩）：“作者需要简要介绍如何从植物标本馆标本中获取物候数据（如年均开花日或年首次开花日）。这些数据是植物标本馆标本采集的日期吗？这对于不熟悉这类数据的读者来说是非常重要的信息。”该信息现在已在第88-99行提供。“许多研究表明，从植物标本馆标本数据中得出的推论与实地观察结果相当。使用植物标本馆标本而非实地观察的优势和劣势是什么，尤其是在未来实地观察记录更多的情况下？植物标本馆标本是否提供了实地观察之外的额外数据？请简要讨论。”我们已在第388-394行添加了这些问题的讨论。“温度对年份的回归”并不能代表物候的变化。请重新措辞这句话。我们删除了温度对年份的回归以及关于回归类型的冗余内容（第54-56行）。“但在某些情况下... | [
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"please provide the reference for Carl Linnaeus’s study of phenology.",
"please provide the original reference for “Charles Morren who introduced the term around 1850”."
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f1000-5003 | Approaches for containerized scientific workflows in cloud environments with applications in life science | Containers are gaining popularity in life science research as they provide a solution for encompassing dependencies of provisioned tools, simplify software installations for end users and offer a form of isolation between processes. Scientific workflows are ideal for chaining containers into data analysis pipelines to ... | The paper provides a review of approaches for using containers in scientific workflows in clouds, with the particular focus on life-science applications. The topic is timely and relevant for the computational life science research community, as workflow systems and container technologies are state of the art approaches... | f1000 | 云环境中容器化科学工作流的方法及其在生命科学中的应用 | 容器在生命科学研究中的普及正在增加，因为它们为包含预置工具的依赖项提供了解决方案，简化了最终用户的软件安装，并在进程之间提供了一种隔离形式。科学工作流非常适合将容器链接到数据分析管道中，以帮助创建可复现的分析。在本文中，我们回顾了在云环境中部署时，工作流工具Nextflow、Galaxy、Pachyderm、Argo、Kubeflow、Luigi和SciPipe中实现的多种使用容器的方法。特别关注的是工作流工具与Kubernetes容器编排框架的交互。 | 该论文综述了在云环境中使用容器进行科学工作流的方法，特别关注生命科学应用。这一主题对于计算生命科学研究社区来说是及时且相关的，因为工作流系统和容器技术是当前最先进的方法，并且仍在积极发展中。论文简要介绍了云计算、容器和工作流管理系统（WMS）。随后，简要描述了Nextflow、Galaxy、Pachyderm、Argo、Kubeflow、Luigi和SciPipe系统中如何支持容器。从描述中我们可以了解到，所有系统都使用Kubernetes来管理容器，以及WMS与Kubernetes集成的主要特点。论文总体上写得很好，质量较高，但有几处值得改进。
* 总的来说，论文提供了一个很好的高层介绍和解决方案概览，但我期望有更严格和系统的描述... | [
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"however, is a copy of the documentation from here, which is provided without a reference."
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"In general, the paper provides a nice high-level introd... |
f1000-1587 | Prayers for Sickness: What do people pray for and how do they deal with unanswered prayer? | Background
This paper focuses upon prayer for sickness. What do individuals suffering from illness, their families and the wider community pray for? How do they deal with unanswered prayer? Do they pray for cure, to guide medical professionals or to cope with their sickness? What rationalisations do they proffer f... | This research report shares secondary findings from a quarterly online survey of Evangelical Christians that inform about what their perspectives are regarding unanswered prayers for health (presumably physical and psychological).
* The strength of this reporting is in the very rich bookends: the review of literature ... | f1000 | 疾病祈祷：人们为何祈祷以及如何应对未获回应的祈祷？ | 背景
本文关注于疾病祈祷。患病个体、他们的家人以及更广泛社区的人们为哪些方面祈祷？他们如何应对未获回应的祈祷？他们是祈祷治愈、指引医疗专业人员还是应对疾病？对于未获回应的祈祷，他们提出了哪些合理化解释？
方法
基于批判性文献综述，并利用二十一世紀福音派研究计划的二手数据，数据显示，至少在英国和美国等全球北方国家，祈祷指引医疗专业人员和应对疾病的祈祷比祈祷治愈更为常见。但为何那些相信奇迹的人不向上帝祈求神迹治愈？此外，未获回应的祈祷可能与基督教对上帝全能全爱的看法相冲突。
结果
受访者使用多种神正论合理化解释来化解这一冲突。
结论
结果在认知失调理论、习得性无助、保持与神圣关系的需求，以及管理失望风险和减少相应情感痛苦的愿望等方... | 本研究报告分享了针对福音派基督徒进行的季度在线调查的次级发现，这些发现揭示了他们对未获回应的健康祈祷（推测包括身体和心理方面）的看法。
* 该报告的强项在于其丰富的首尾部分：通过文献和理论的回顾来引出发现，以及讨论部分。这些清楚地表明作者对这一主题非常熟悉且思考深刻——确实，这是一个相关且极具趣味性和帮助性的主题。
* 我唯一的抱怨，且这是一个严重的抱怨，是方法部分描述不足。请更多地告诉我们调查是如何进行的以及在哪里进行的。实证指标是否经过验证且可靠？定性数据是如何生成和分析的？是否有理论框架指导该分析？是否采取了任何措施以确保定性数据/发现的可靠性？
* 反思：这篇文章让我想起，21世纪的牧师是心理学家。科学似乎正在超越神学... | [
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"The blueprint vs warfare worldviews were helpful to cite.",
"Carl Jung's thinking about God enveloping evil/darkness is pertinent to the blueprint thinking."
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"rea... |
openreview-232 | A Survey of Multi-agent Reinforcement Learning from Game Theoretical Perspective | Following the remarkable success of the AlphaGO series, 2019 was a booming year that witnessed significant advances in multi-agent reinforcement learning (MARL) techniques. MARL corresponds to the learning problem in a multi-agent system in which multiple agents learn simultaneously. It is an interdisciplinary domain w... | **Summary Of Contributions:**
The authors present a review of (mostly) recent multi-agent reinforcement learning (MARL) literature, and game theoretical approches to such multi-agent problems, attempting at providing a fresh & game-theory centric view of MARL.
**Strengths And Weaknesses:**
Let me first start by mentio... | openreview | 从博弈论视角对多智能体强化学习的综述 | 继AlphaGO系列取得显著成功之后，2019年成为多智能体强化学习（MARL）技术取得重大进展的繁荣年份。MARL对应于多智能体系统中多个智能体同时学习的难题。它是一个具有悠久历史的跨学科领域，涵盖博弈论、机器学习、随机控制、心理学和优化。尽管MARL在解决现实世界游戏方面取得了相当大的实证成功，但文献中缺乏一个自包含的概述，详细阐述现代MARL方法的博弈论基础并总结近期进展。事实上，大多数现有综述已过时，并未完全涵盖2010年以来的最新发展。在本研究中，我们提供了一部关于MARL的专著，涵盖了基础知识和研究前沿的最新进展。本综述分为两部分。从第1节到第4节，我们介绍了MARL的自包含基础知识，包括问题表述、基本解决方案和现有挑战... | **贡献总结：**
作者对（主要是）近年来的多智能体强化学习（MARL）文献以及针对此类多智能体问题的博弈论方法进行了综述，试图提供一个新颖且以博弈论为中心的MARL视角。
**优点与不足：**
首先，我要提到的是，我赞赏作者尝试做我们领域中似乎很少有研究者愿意做的事情：撰写关于快速演变、庞大研究领域的详细、全面的综述。我们需要更多这样的综述，并且它们需要非常高质量，以帮助我们从arxiv的噪音中筛选出有价值的内容。总体而言，我发现这篇综述对于回顾应用于智能体学习的理论博弈论的基本和最新证明非常有帮助，并且与该领域的基础文献相比，阅读起来相当不错。然而，我认为手稿在成为作者期望的作品之前还需要一些改进。总结如下：
### 优点
... | [
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"Only handful of papers on DOTA in the litearature (and IIRC not many at all on MARL!),"
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"We need more of these, and we need them to be of very high ... |
f1000-5396 | MicroRNAs in the development and neoplasia of the mammary gland | Study on the role of microRNAs (miRs) as regulators of gene expression through posttranscriptional gene silencing is currently gaining much interest,due to their wide involvement in different physiological processes. Understanding mammary gland development, lactation, and neoplasia in relation to miRs is essential. miR... | The review entitled "MicroRNAs in the development and neoplasia of the mammary gland" has briefly presented recent studies in the relevant studies in mammary gland microRNAs field. This kind of review is very good for scientists to update their knowledge without reading informative reviews. However, minor comments are ... | f1000 | 乳腺发育与肿瘤发生中的微小RNA | 对微RNA（miRs）作为基因表达调控因子通过转录后基因沉默作用的研究目前正受到广泛关注，这是由于它们在不同生理过程中的广泛参与。理解miRs与乳腺发育、泌乳和肿瘤形成之间的关系至关重要。对不同物种在不同发育阶段的乳腺进行miR表达谱分析显示，它们在发育过程中扮演着关键调控者的角色。例如，miR-126、miR-150和miR-145已被证实参与泌乳期间的脂质代谢。此外，泌乳激素影响miR表达，如牛乳腺上皮细胞中miR-148a的过表达可增强泌乳。同样，miR-29家族通过调节其启动子的DNA甲基化来调控与泌乳相关的基因表达。除了在发育、泌乳和退化中的作用外，miRs还负责乳腺癌的发展。雌激素（E2）信号通路紊乱是乳腺癌的主要原因之... | 标题为“MicroRNAs在乳腺发育和肿瘤形成中的作用”的综述简要介绍了乳腺微RNA领域相关研究的最新进展。这类综述对于科学家更新知识而不必阅读信息量大的综述非常有帮助。然而，为了使综述适合索引，以下是一些小建议：
引言：
* 需要更多信息来理解微RNA在乳腺中的作用机制。
乳腺中的miRs：
* 除了Alsaweed等人的研究，Modepalli等人（2014，BMC Genomics）提供了证据表明乳腺是牛奶中微RNA的主要来源。因此，牛奶中的微RNA不应被视为如所述的营养物质，所以最好不要使用“它们是否仅仅是简单的营养物质”。
* 关于牛奶微RNA的例子很重要，因为乳腺合成并分泌牛奶。
控制泌乳的miRs：
... | [
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"The review entitled \"MicroRNAs in the development and neoplasia of the mammary gland\" has briefly presented recent studies in the relevant studies in mammary gland microRNAs field"
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f1000-3308 | Bibliometric Analysis of Islamic Crowdfunding: A Literature Review of Its Journey | Background
The potential of Islamic crowdfunding to encourage the development of Islamic fintech globally, even in countries with non-Muslim majority populations, needs to be examined in a literature study on this issue. More extensive research is needed regarding the factors that most reliably predict the success... | Are sufficient details of the methods and analysis provided to allow replication by others?
The methods section lacks the detail necessary for replication, the authors do not specify:
* The search terms used beyond the keyword "Islamic crowdfunding."
* The inclusion and exclusion criteria for selecting articles.
... | f1000 | 伊斯兰众筹文献计量分析：其发展历程的文献综述 | 背景
伊斯兰众筹在全球范围内，甚至在非穆斯林人口占多数的国家，鼓励伊斯兰金融科技发展的潜力需要通过对此问题的文献研究进行探讨。关于最可靠预测伊斯兰众筹成功的因素，如遵守伊斯兰众筹法律、可持续性以及伊斯兰金融的潜力，需要更广泛的研究。本文描述了关于伊斯兰众筹领域已发表文献的全面和系统的文献综述（SLR）。这项研究旨在促进对伊斯兰众筹的更好理解，为从业者提供有用信息，并刺激该领域的进一步研究，以提高伊斯兰众筹的成功率。
方法
我们回顾了选定的论文，以识别伊斯兰众筹中的差距和重要问题，为未来的研究者提供指导。本文的综述基于从2013年至2022年间在Scopus数据库中使用关键词“Islamic crowdfunding”检索到的704... | 是否提供了足够的方法和分析细节以供他人复制？
方法部分缺乏必要的细节以供复制，作者未具体说明：
* 除了关键词“Islamic crowdfunding”之外使用的搜索词。
* 选择文章的纳入和排除标准。
* 除了Scopus之外使用的特定数据库或来源。
* 从文章中提取和分析数据的方法。
统计分析及其解释是否恰当？
本文未呈现任何统计分析。这是一篇文献综述，使用描述性统计（例如，计数和百分比）来总结伊斯兰众筹文献的特征（例如，出版年份、来源类型、语言）。然而，它未使用推论统计来检验假设或对所包含研究之外的情况进行概括。
综述中呈现的结果是否充分支持了所得出的结论？
部分支持。存在一些未得到支持或过度延伸的结论：
... | [
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"Obviously, this article is not a LSR, because the authors do not provide the updated data and recent studies."
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"The methods section lacks the detail... |
f1000-3008 | Evidence-based Clinical Decision Support Systems for the prediction and detection of three disease states in critical care: A systematic literature review | Background: Clinical decision support (CDS) systems have emerged as tools providing intelligent decision making to address challenges of critical care. CDS systems can be based on existing guidelines or best practices; and can also utilize machine learning to provide a diagnosis, recommendation, or therapy course.
M... | The review summarizes the utilization of clinical decision support (CDS) systems in three selected states in critical care – shock/hemodynamic (in-)stability; respiratory distress/failure; and infection/sepsis. The background of the study has a strong rationale.
The study comprised the results from primary sources, de... | f1000 | 基于证据的临床决策支持系统在重症监护中预测和检测三种疾病状态的系统文献综述 | 背景：临床决策支持（CDS）系统已成为提供智能决策工具，以应对重症监护挑战的工具。CDS系统可以基于现有指南或最佳实践，也可以利用机器学习提供诊断、建议或治疗过程。
方法：本研究旨在识别基于证据的研究设计和结果测量，以确定临床决策支持系统在重症监护环境中检测和预测血流动力学不稳定、呼吸窘迫和感染的临床有效性。系统检索了PubMed、ClinicalTrials.gov和Cochrane系统评价数据库，以识别2013年至2018年间以英文发表的初级研究。纳入在美国、加拿大、英国、德国和法国进行且每臂超过10名参与者的研究。
结果：在血流动力学不稳定的研究中，预测和管理败血症休克是最受研究的主题，其次是早期预测心力衰竭。对于呼吸窘迫... | 该综述总结了临床决策支持（CDS）系统在三个选定危重病状态中的运用——休克/血流动力学（不）稳定性；呼吸窘迫/衰竭；以及感染/败血症。研究的背景具有很强的合理性。
该研究包括来自主要来源的结果，描述了用于检测和提醒临床医生这些状况存在的模型/算法，以及为预测个体患者状态恶化而开发的模型/算法，这些恶化导致了选定的状况。
系统综述按照PRISMA指南进行，并呈现了研究结果。表1中明确列出了所寻求数据的变量（PICOS）。
具体评论：
* 我发现对读者和该领域未来研究特别有益的是表2，其中展示了用于训练算法的收集数据。
* 在表4（休克研究的测量结果）、表8（呼吸窘迫/衰竭研究的测量结果）和表11（感染/败血症研究的测量结... | [
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"The methodology for the systematic review is solid and comprehensive.",
"They review and report on study designs, outcomes and methods employed in CDS in the scientific literature as well as in study databases (like Clinicaltrials... |
moprd-11165-3-r1 | Transfection types, methods, and strategies: A technical review | Transfection is a modern and powerful method used to insert foreign nucleic acids into eukaryotic cells. The ability to modify host cells' genetic content enables the broad application of this process in studying normal cellular processes, disease molecular mechanism, and gene therapeutic effect. In this review, we sum... | Reviewer 1 (Anonymous) Basic reporting Since the previous revision, the review by Chong at el has been significantly improved. The review is now easier to read, most of the previous remarks have been taken into account. Certain important clarifications have been added. Nevertheless, the article still has some space for... | moprd | 转染类型、方法与策略：技术综述 | 转染是一种现代且强大的方法，用于将外源核酸插入真核细胞中。修改宿主细胞遗传内容的能力使得这一过程在研究正常细胞过程、疾病分子机制以及基因治疗效果方面具有广泛的应用。在这篇综述中，我们总结并比较了来自各种已报道文献的研究结果，涉及不同转染方法的特性、优势和局限性，转染核酸的类型，转染控制，以及评估转染效率的方法。鉴于可供选择的方法众多，我们希望这篇综述能够帮助研究人员，尤其是那些刚进入该领域的研究人员，在决定适合其实验目标的转染方案或策略时做出明智的选择。 | 审稿人1（匿名）基本报告 自上次修订以来，Chong等人进行的综述已显著改进。现在的综述更易阅读，大部分之前的意见已得到考虑。添加了一些重要的澄清内容。然而，文章仍有改进空间。作为主要意见，我建议作者再次核对综述中使用的所有关键术语，确保它们在文中被清晰且明确地引入和解释（尤其是在文本其他部分引用之前）。例如，在第54-62行中，仍存在“载体”和“递送载体”这两个术语的“混合”，这对领域新人来说可能非常混淆。作者感谢审稿人1的建设性反馈和意见。次要意见包括：第36行：CRISPR-Cas9技术不被归类为转染策略。 | [
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"dimension": "Comprehensiveness",
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"The review cites recent publications representing a wide range of opinions in the field.",
"The references are selected based on a stringent and unbiased criteria, the sources are adequately cited.",
"The review is definitel... |
f1000-1842 | Pharmacy students' empathy and its determinants: a systematic review | Background : Empathy in the context of healthcare is an immersion experience to comprehend patients' viewpoints, feelings, and emotions, without passing judgment, to ensure they receive the necessary treatment to feel comfortable. Empathy for others must be possessed by healthcare professionals and healthcare students ... | This manuscript is quite complete in providing the detail of a comprehensive review which allow replication by others.
The finding from systematic review of Pharmacy students' empathy and its determinants could be generalized to other contexts.
The finding of this study could be generalize to other context so that th... | f1000 | 药学学生同理心及其影响因素：系统综述 | 背景：在医疗保健背景下，共情是一种沉浸式体验，旨在理解患者的观点、感受和情绪，而不加评判，以确保他们获得必要的治疗以感到舒适。医疗保健专业人员和作为医疗保健专业人员候选人的医学生，包括药学学生，必须具备对他人的共情能力。本研究旨在识别和评估与药学学生共情相关的决定因素。
方法：首次搜索使用了三个电子数据库。我们采用了同行评审的原创论文，全文必须评估与药学学生共情相关的决定因素，且仅关注作为医疗保健专业人员候选人的药学学生（第一至第四年）。我们利用乔安娜·布里格斯研究所批判性评估清单来观察已发表文献的质量并减少偏倚。
结果：本次综述考察了14篇报告与药学学生共情相关决定因素的论文。9项研究评估了性别与共情水平之间的关联，7项研究报... | 该手稿在提供全面综述的细节方面相当完整，允许他人进行复制。
对药学学生同理心及其决定因素的系统综述结果可以推广到其他情境。
该研究的发现可以推广到其他情境，以便对在健康科学研究中测量和发展同理心感兴趣的其他研究人员可以从中学习。研究结果的结论清晰且对药学学生教学中同理心的发展有用，这些学生将成为医疗团队的重要组成部分。 | [
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"The objectives of the study are listed as answering two questions, the first being: 1) How is empathy measured?",
"The title and background place most of the emphasis on determinants of empathy.",
"Additionally, inclusion criteria ... |
openreview-020 | Preserving Privacy in Large Language Models: A Survey on Current Threats and Solutions | Large Language Models (LLMs) represent a significant advancement in artificial intelligence, finding applications across various domains. However, their reliance on massive internet-sourced datasets for training brings notable privacy issues, which are exacerbated in critical domains (e.g., healthcare). Moreover, certa... | **Summary Of Contributions:**
This survey considers the problem of preserving privacy in large language models (LLMs) and presents existing privacy threats associated with LLMs, countermeasures, and tools for implementing them. The presentation of existing privacy attacks covers training data extraction, membership inf... | openreview | 大型语言模型中的隐私保护：当前威胁与解决方案综述 | 大型语言模型（LLMs）代表了人工智能的重大进步，广泛应用于各个领域。然而，它们依赖于大规模互联网来源数据集进行训练，带来了显著的隐私问题，这在关键领域（如医疗保健）中尤为严重。此外，某些特定应用场景可能需要在这些模型的私有数据上进行微调。本综述批判性地考察了与LLMs相关的隐私威胁，强调这些模型可能记忆并无意中泄露敏感信息的潜在风险。我们通过回顾对LLMs的隐私攻击来探讨当前威胁，并提出了在整个学习管道中整合隐私机制的全面解决方案。这些解决方案包括从匿名化训练数据集到在训练或推理过程中实施差分隐私，以及训练后的机器遗忘。我们对现有文献的全面回顾突出了持续存在的挑战、可用工具以及未来在LLMs中保护隐私的方向。这项工作旨在通过提供对... | **贡献总结：**
本综述探讨了在大型语言模型（LLMs）中保护隐私的问题，并介绍了与LLMs相关的现有隐私威胁、对策以及实施这些对策的工具。现有隐私攻击的介绍包括训练数据提取、成员推断和模型反转攻击。解决方案涵盖了隐私保护数据发布（基于k-匿名和差分隐私）、模型级别的差分隐私（使用差分隐私进行预训练、公共预训练+使用差分隐私进行私有微调等）、联邦学习和机器遗忘。最后，对现有工具的介绍涵盖了用于隐私保护数据发布、差分隐私和联邦学习的开源库。
**优点和缺点：**
## 优点 - 该综述专注于LLMs中的隐私问题，这是一个重要的研究方向 - 组织结构简单，易于理解 ## 缺点 - 论文有时在理解核心内容不重要的方面提供了过多细节（例... | [
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"dimension": "Comprehensiveness",
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"Provide some references for the definition of PII. I would suggest the NIST and GDPR definitions",
"The current presentation of threats focuses only on the LLM, ignoring privacy threats from user perspectives (i.e., input privacy... |
f1000-3338 | Impact of haptic simulator in prosthodontics training during preclinic dental education: a systematic review protocol | Background
Prosthodontics significantly impacts oral health-related quality of life, especially oral comfort, functions, aesthetics, and overall well-being. This discipline is grounded in a solid academic and evidence-based understanding of fundamental principles for managing dental diseases and aims to restore the h... | As technology advances, the use of digital teaching methods, such as haptic simulators, in preclinical oral skills training is growing rapidly. This systematic review aims to provide robust evidence on the effectiveness of haptic simulators in prosthodontic training during preclinical dental education, thereby assistin... | f1000 | 口腔预临床教育中触觉模拟器在修复学培训中的影响：系统综述方案 | 背景
修复学对口腔健康相关生活质量有显著影响，尤其是口腔舒适度、功能、美观和整体福祉。该学科基于对管理牙科疾病基本原理的坚实学术和循证理解，旨在恢复牙齿和支撑组织的健康，并补偿缺失的牙齿。随着数字牙科的兴起，牙科教育正在迅速发展，尤其是在修复学领域。整合增强现实模拟和触觉反馈显著推进了这一转型。本系统综述协议旨在确定触觉模拟器在牙科教育前临床修复学培训中的有效性。
方法
将采用详尽的搜索策略，探索PubMed、Scopus、EBSCO、Web of Science和Cochrane Central以选择相关研究，从而增强综述发现的稳健性。使用布尔运算符（AND, OR）组合MeSH术语和相关关键词。通过标题和摘要筛选，识别符合资格... | 随着技术的进步，数字教学方法（如触觉模拟器）在临床前口腔技能培训中的应用正在迅速增长。本系统评价旨在提供关于触觉模拟器在临床前牙科教育中修复学培训有效性的有力证据，从而帮助牙科教育者优化其教学策略。
系统评价方案定义明确，大体上与PRISMA相一致。
以下是对作者的一些建议：
1. 在引言中，作者提到了虚拟现实（VR）、增强现实（AR）和混合现实（MR），但搜索术语并未包含MR。我想了解这三种技术之间的相互作用以及排除MR的依据。
2. 搜索策略部分：请列出您打算咨询的所有数据库。
3. 数据提取部分：建议提取更多细节，例如干预应用的时长。
4. 数据分析与综合部分：定量分析是否指元分析？如果是，请描述评估异质性的方法、模型选择原则... | [
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"Compare the Study with Previously Published article , Some research you can read to compare - [Ref 1] and [Ref 2]."
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"This systematic review aims to ... |
f1000-3555 | Occupational therapy productions in times of pandemic: a systematic review of occupational therapeutic actions against the new coronavirus (COVID-19) epidemic | Background: In March 2020, the World Health Organization classified infection and contagion of coronavirus disease 2019 (COVID-19) as a worldwide pandemic. Since then, health professionals have been tirelessly researching the symptoms and consequences of this disease in people's daily lives. Occupational therapists hav... | I applaud for the authors' efforts in conducting such an important topic regarding the effectiveness of occupational therapy during the era of COVID-19 pandemic. In general, the systematic review is well written and followed by the standard (i.e., the PRISMA guideline). The Results section is meaningful and have clear ... | f1000 | 大流行时期的职业治疗实践：针对新型冠状病毒（COVID-19）疫情的职业治疗行动的系统综述 | 背景：2020年3月，世界卫生组织将2019冠状病毒病（COVID-19）的感染和传播归类为全球大流行。自那时起，卫生专业人员一直在不懈地研究这种疾病对人们日常生活的症状和后果。职业治疗师也被动员起来，实施有效行动，以确保个人和群体的功能性和生活质量。本文旨在调查大流行期间职业治疗的可利用资源，从而支持和丰富这一时期的职业实践。
方法：对技术说明、与COVID-19患者工作的指南、临床试验以及关于COVID-19大流行期间职业治疗实践的反思和辩论等材料进行了搜索。纳入了英文、葡萄牙文和西班牙文的文章。搜索在虚拟健康图书馆（VHL）、谷歌学术、拉丁美洲和加勒比健康科学文献（LILACS）、科学电子图书馆在线（SCIELO）数据库、医... | 我对作者在COVID-19大流行期间进行关于职业治疗有效性的这一重要主题的研究努力表示赞赏。总体而言，这篇系统综述写得很好，遵循了标准（即PRISMA指南）。结果部分内容丰富，信息清晰，展示了综合结果。然而，我认为这篇系统综述可以通过我提出的三个小建议进行改进：
1. 在引言部分，我希望作者能提到职业治疗可以应用于人类日常生活的不同方面，包括他们的睡眠（Fan & Drumheller, 20211）。这可以加强进行这项有意义的系统综述的合理性。
2. 我建议将标题从“新冠病毒（COVID-19）流行”改为“COVID-19大流行”。鉴于COVID-19已在全球范围内传播，流行一词无法反映COVID-19严重程度的真实情况。
3. ... | [
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"In the Introduction, I would like the authors to mention that occupational therapy can be applied to different aspects of human daily livings, including their sleep (Fan & Drumheller, 20211).",
"This can strengthen the rationale ... |
moprd-7394-2-r5 | Pollen report:Quantitative review of pollen crude protein concentrations offered by beepollinated flowers in agricultural and non-agricultural landscapes | To ease nutritional stress on managed as well as native bee populations in agricultural habitats, agro-environmental protection schemes aim to provide alternative nutritional resources for bee populations during times of need. However, such efforts have so far focused on quantity (supply of flowering plants) and timing... | Reviewer 2 for his critical reading of the manuscript and we have incorporated most of the suggestions to the best of our abilities. In case of the figures we have included the actual data points to figure two only. After looking at Figure 1 in more detail we felt that the overall quality distribution was well covered ... | moprd | 花粉报告：农业和非农业景观中蜜蜂授粉花朵提供的花粉粗蛋白浓度的定量综述 | 为了缓解农业生境中人工饲养和野生蜜蜂种群的营养压力，农业环境保护计划旨在在蜜蜂需求时期为其提供替代性营养资源。然而，此类努力迄今为止主要集中在数量（开花植物供应）和时机（花朵稀缺期）上，而忽略了两种主要与蜜蜂相关的花源性资源（花粉和花蜜）的质量。作为解决这一问题的第一步，我们编制了一个地理明确的数据库，重点关注花粉粗蛋白浓度，这是传统上与蜜蜂花粉质量相关的一项测量指标。我们试图为蜜蜂在全球农业生境中田间（作物和杂草种类）和田间外（野生）可收集的蛋白质水平提供一个稳健的基线。利用这一数据集，我们识别出在粗蛋白浓度方面为蜜蜂提供次优花粉资源的作物，并建议潜在的植物属作为蛋白质的替代资源。这些信息可供科学家、监管机构、养蜂人、非政府组织和... | 感谢审稿人2对稿件的批判性阅读，我们已经尽最大努力采纳了大部分建议。在图件方面，我们仅在图二中包含了实际数据点。在更详细地查看图1后，我们觉得简单箱线图已经很好地覆盖了整体质量分布，因为在这种情况下异常值的影响较小。
实验设计
从根本上说，这是一份对全球花粉蛋白含量有趣数据集的有效汇编和再分析。只要作者能够解决一般评论部分中概述的统计问题，任何由这些修正分析支持的发现都将是有根据的。
发现的合理性
尽管有上述优点，但我认为目前的统计分析需要修订，尚不足以支持作者的结论。我在评审的一般评论部分详细说明了这些问题。我们已经大幅改变了分析方法，见下文。
对作者的意见
这篇手稿对农业和野生景观中花粉蛋白含量进行了宝贵的分析。作者收集了... | [
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"I have suggested some additional references which might be included in my general comments below."
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f1000-2607 | Tourette Syndrome research highlights 2014 | About 200 journal articles reported research on Tourette syndrome and other tic disorders in 2014. Here we briefly summarize a few of the reports that seemed most important or interesting, ranging from animal models to human studies. Readers can comment on our choices or provide their own favorites using the tools on t... | The authors summarize papers, which they felt were notable or might inspire further research.
Strengths of the manuscript: the paper provides a well-written, informative and succinct summary of progress in a wide range of research areas concerning TS.
Weaknesses: the paper reports on research highlights 2014 and it sh... | f1000 | 2014年图雷特综合征研究亮点 | 2014年，约有200篇期刊文章报道了关于图雷特综合症和其他抽动障碍的研究。在此，我们简要总结了几篇看似最重要或最有趣的报告，内容涵盖从动物模型到人类研究的各个方面。读者可以通过在线文章的工具对我们的选择进行评论或提供他们自己的偏好。 | ### 翻译内容
**作者总结了他们认为值得注意或可能激发进一步研究的论文。**
**手稿的优点：** 该论文对涉及TS的广泛研究领域中的进展提供了文笔流畅、信息丰富且简洁的总结。
**缺点：** 该论文报告了2014年的研究亮点，因此应在每个部分明确说明为何这项特定工作对领域重要，但并非总是如此（见下述评论）。我觉得在没有阅读原文的情况下，并非所有部分都完全清晰；因此，我有几点小建议（见下述）。
**总体评论：** 一些在2014年之前发表的论文被引用了（例如组氨酸发现），而其他一些则没有（例如增强的认知控制）。
**具体评论：**
**遗传线索：**
a) 包含对诊断预测的精确度如何，b) 哪个SNP在多重测试校正后... | [
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"It may be interesting to point out that the temporal pattern of activation differs from animal models (Bronfeld et al., 2013)."
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"It may be interest... |
f1000-3872 | Play and dance therapy: a review of theories, techniques and didactic methodologies for the motor recovery of children with disabilities | Background: This research is aimed at analysing the effectiveness of play activities and dance-therapy programmes in improving the psycho-physical condition and increasing the well-being of individuals with disabilities.
Methods: Online search engines (e.g., EBSCOhost, PubMed, the American Journal of Dance) were con... | This manuscript is a systematic review on the effects of play and dance therapy on psycho-physical condition and well-being in children with disabilities. While reviewing the manuscript, several areas where improvements could enhance the overall quality and impact of the work were noted:
1. The rationale for conductin... | f1000 | 儿童残疾运动康复的玩耍与舞蹈治疗：理论、技术和教学方法的综述 | 背景：本研究旨在分析游戏活动和舞蹈治疗项目在改善残疾人身心状况和提升其福祉方面的有效性。
方法：通过在线搜索引擎（如EBSCOhost、PubMed、《美国舞蹈杂志》）使用“身体残疾”、“音乐舞蹈”或“儿童”等参数进行搜索，并排除2010年之前发表的协议。分析了11项干预协议。这些协议涉及针对14岁以下残疾主体的游戏和舞蹈治疗课程。
结果：研究发现，在游戏活动结束时，肌肉激活度提高，与家庭成员的沟通质量也有所改善。在舞蹈治疗协议方面，报告显示，在残疾儿童中，一般协调性、平衡能力得到改善，不良行为减少。
结论：随着身体表现的提高，受试者的福祉状态也得到提升，这强调了身心之间的紧密联系。对于未来的研究，建议在个体研究中增加参与者的数量，... | 这篇手稿是对游戏和舞蹈治疗对残疾儿童心理生理状况和福祉影响的研究系统综述。在审阅手稿时，发现了一些可以改进的方面，以提升工作的整体质量和影响力：
1. 对开展这一领域系统综述的依据可以阐述得更清晰。讨论此主题的任何先前综述将有助于界定你的贡献。
2. 考虑以PICO格式构建你的研究问题，并为诸如“生活环境”等术语提供明确的操作定义，以增强清晰度和精确性。在研究问题中明确界定你的目标人群。
3. 提供一个全面的搜索策略，以确保文献综述过程的透明度和可重复性。这可以作为一个附录呈现。
4. 遵循PRISMA指南对于系统综述至关重要。确保你的手稿明确引用这些指南，并在其方法和报告中遵循它们。
5. 修订流程图以符合PRISMA标准，提供研... | [
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"Present a comprehensive search strategy to ensure transparency and replicability in your literature review process.",
"Enhance the comprehensiveness of your data extraction process to ensure that all relevant information is captu... |
moprd-13180-2-r1 | How beavers affect riverine aquatic macroinvertebrates: A review | Background. As ecosystem engineers, the construction of dams by beavers alters stream habitat physically and biologically, making them a species of interest for habitat restoration. Beaver-created habitat changes affect a wide range of aquatic invertebrate species. However, despite numerous studies of how beaver-induce... | Reviewer 1 (Petri Nummi) Richness and other biodiversity Here you could consider mentioning an experimental study from Finland (Nummi 1989) which shows the shift in invertebrate community in a creek section upon a damming imitating beaver, both in the littoral and creek bed as well as showing the change in number of em... | moprd | 海狸对河流水生大型无脊椎动物的影响：综述 | 背景。作为生态系统工程师，海狸通过建造水坝在物理和生物上改变了溪流生境，使其成为生境恢复中感兴趣的种类。海狸创造的生境变化影响广泛的淡水无脊椎动物种类。然而，尽管已有众多研究探讨了海狸引发的变化如何影响淡水大型无脊椎动物群落，但尚未对这些研究效应的共识进行评估。 | ### 审稿人1（Petri Nummi）的评论
**丰富度及其他生物多样性**
在此处，您可以考虑提及芬兰的一项实验研究（Nummi 1989），该研究展示了在模拟海狸筑坝的情况下，溪流段的无脊椎动物群落在沿岸和溪床上的变化，以及羽化昆虫数量的变化。该研究还展示了在淹没初期，大量有机陆地物质（如树叶）流入水中的情况。尽管这项研究很有趣，但我们并未包括安装海狸坝模拟物的实例。很少有研究比较模拟坝与自然海狸坝，且这些研究均未涉及水生无脊椎动物（仅涉及水文学、水温、沉积物动态和植物）。当有更多关于这些海狸模拟的数据时，再进行讨论。然而，由于模拟与恢复潜力相关，我们已修改第349-352行（研究空白部分），以包括模拟坝：“拥有众多实例... | [
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"Here you could consider mentioning an experimental study from Finland (Nummi 1989) which shows the shift in invertebrate community in a creek section upon a damming imitating beaver, both in the littoral and creek bed as well as showin... |
f1000-1950 | Recommendations for connecting molecular sequence and biodiversity research infrastructures through ELIXIR | Threats to global biodiversity are increasingly recognised by scientists and the public as a critical challenge. Molecular sequencing technologies offer means to catalogue, explore, and monitor the richness and biogeography of life on Earth. However, exploiting their full potential requires tools that connect biodivers... | The opinion article by Waterhouse et al. "Recommendations for connecting molecular sequence and biodiversity research infrastructures through ELIXIR" goes through a number of use cases on how biodiversity information from DNA sequencing data can be integrated into biodiversity platforms and also highlights challenges r... | f1000 | 通过ELIXIR连接分子序列和生物多样性研究基础设施的建议 | 全球生物多样性的威胁正日益被科学家和公众视为一个重大挑战。分子测序技术提供了对地球生命丰富性和生物地理学进行编目、探索和监测的手段。然而，要充分利用其潜力，需要连接生物多样性基础设施和资源的工具。作为开发服务和解决方案以帮助整合和协调欧洲生命科学资源的研究基础设施，ELIXIR是一个关键参与者。为了识别机遇、突出重点并辅助战略思考，本文综述了分子技术如何帮助理解生物多样性的方法。我们详细列举了示例用例，以突出DNA测序在以下方面的作用：解决分类学问题；增加对海洋生物多样性的了解；帮助理解农业与生物多样性之间的关键联系；在生态研究中发挥重要作用。结合国家生物多样性计划的示例，这些用例展示了进展所在，同时也突出了常见挑战和未来提升连接分... | Waterhouse等人撰写的观点文章《通过ELIXIR连接分子序列和生物多样性研究基础设施的建议》探讨了如何将来自DNA测序数据的生物多样性信息整合到生物多样性平台中的多个用例，并强调了与此相关的挑战。在文章末尾，作者如标题所承诺的，提供了一些建议，关于应资助哪些类型的基础设施倡议，以帮助生物多样性领域克服这些挑战。
这篇文章有许多优点，作者准确指出了将分子数据与生物多样性平台整合的几个陷阱。同时，它还就克服障碍的项目/倡议提供了一些具体建议。但文章篇幅极长——28页——有时难以阅读。例如，我花了五次尝试才理解这句话的意思：“我们对分子技术帮助理解生物多样性的方法进行的调查，旨在识别机会和优先事项，以辅助战略思考”。接下来的句子... | [
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"I've divided my comments as follows: 1) clarifications of detail (minor) in regard to some of the referenced initiatives, 2) a few major initiatives that are highly relevant but not referenced, 3) suggestions to make the text clearer a... |
f1000-3635 | Medicinal properties of | Background: The objective of this review was to evaluate the medicinal potential of Morus alba leaves on the control of type 2 diabetes mellitus (DM2). The research question was: what is the therapeutic potential of Morus alba leaves for the control of DM2?
Methods: This systematic review was based on the Preferred ... | The study carries out a detailed analysis of the selected articles. The information search criteria are adequate and the results are correctly analyzed. However, it is recommended to be more explicit in the limitations of the study in question. It cannot be said that it effectively constitutes an effective treatment al... | f1000 | 药用特性 | 背景：本综述的目的是评估桑叶在控制2型糖尿病（DM2）中的药用潜力。研究问题是：桑叶对控制DM2的治疗潜力是什么？
方法：本系统综述基于系统综述和荟萃分析的首选报告项目（PRISMA）指南。纳入的研究从Scopus、Pubmed、ScienceDirect、Scielo和Google Scholar中提取；时间为2015年1月至2021年7月。关键词为MeSH和DeCS：Morus alba、桑树、降血糖药。纳入标准包括：在大鼠中给予桑叶提取物的研究；包括脂血症和血糖维度的研究；包括空腹血糖、餐后血糖、糖化血红蛋白、甘油三酯、低密度脂蛋白、总胆固醇和胰岛素抵抗等指标的研究。排除标准：桑叶与其他植物共同给药的研究；使用桑树其他部位的研... | 该研究对所选文章进行了详细分析。信息搜索标准适当，结果分析正确。然而，建议更明确地指出所讨论研究的局限性。当所选研究仅在 rats 中进行时，不能断言其有效构成一种有效的治疗替代方案。我认为这些建议旨在扩大在人类中的临床研究。 | [
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"The study carries out a detailed analysis of the selected articles."
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"The information search criteria are adequate and the results are correctly ana... |
f1000-2927 | An overview of preventive and control strategies for common mental health disorders during infectious disease epidemics | Background: The emergence of the COVID-19 pandemic has affected people’s mental health owing to different factors. The primary objective of this review was to systematically summarize available literature on the range of interventions for common mental health disorders during an infectious disease outbreak, specificall... | I consider this article as a non-systematic literature review as this article did not follow all steps of a systematic review.
I would like the authors to clarify what they meant by 'overview'? Overviews could be done either using the principles and methods of systematic review or it could be done in a non-systematic ... | f1000 | 传染病流行期间常见心理健康障碍的预防和控制策略概述 | 背景：COVID-19大流行的出现由于不同因素影响了人们的心理健康。本综述的主要目标是系统地总结在传染病爆发期间，特别是针对COVID-19大流行，常见心理健康障碍的干预措施的相关文献。
方法：我们检索了PubMed、PsychInfo、Scopus、Web of Science、CINAHL、EPPI mapper和Google Scholar，以识别自2010年1月以来的英文文献。我们纳入了科学研究文献和灰色文献，提取信息并按主题进行总结。
结果：识别了影响世界大部分地区人群的常见心理健康障碍及其相关因素。我们将干预措施主题分类如下：提供准确及时的信息并确保日常必需品的充足供应；发展正念和韧性，以恢复在压力管理中的自给自足和... | 我认为这篇文章属于非系统性的文献综述，因为它没有遵循系统性综述的所有步骤。
我希望作者能澄清他们所指的“概述”是什么意思？概述可以通过使用系统性综述的原则和方法来进行，也可以通过非系统性文献综述的方式来提供对主题的概述。这一点在方法部分并不明确。作者可以为他们的方法提供合理性解释。
除此之外，文章为政策和实践提供了有用的建议。 | [
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"1. Lacks references"
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"Otherwise, the article provides useful recommendations for policy and practice."
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f1000-3935 | Protein nano-cages: Novel carriers for optimized targeted remedy | Since 1980, when the idea of drug-delivery was proposed, various drug-carriers have been developed, including DNA, proteins, liposomes and several other polymer cages, consisting of many well established natural and synthetic nano-particles. All these drug-carriers can self-assemble in the body and can be manipulated f... | The authors present an interesting overview of protein nanocage-based drug delivery systems, which gives the reader a taster of the interesting properties of this class of nanoscale drug delivery system. The review is on the whole well written, but in need of a little editing of the text (examples of the edits are list... | f1000 | 蛋白质纳米笼：优化靶向治疗的新型载体 | 自1980年药物递送概念提出以来，已开发出多种药物载体，包括DNA、蛋白质、脂质体以及其他几种聚合物笼，这些载体由许多已确立的天然和合成纳米颗粒组成。所有这些药物载体都能够在体内自组装，并可被操控以更安全地递送到目标组织。根据定义，纳米级药物递送系统包括任何形式的固态胶体结构（无论是笼状还是颗粒状），其尺寸范围在10纳米至100纳米之间。如今，优化这些纳米药物载体已成为许多研究中心的课题。研究人员正试图提高载体的溶解度和负载能力，并希望增加药物递送货物在目标组织中的半衰期。近年来的努力导致新型蛋白质纳米笼的引入，这些纳米笼由多个蛋白质亚基组成，能够在超精细和精确的格式内自组装。自其引入以来，这些有前景的结构展现出许多独特特性，包括低... | 作者们提供了一个关于基于蛋白质纳米笼的药物递送系统的有趣概述，使读者对该类纳米级药物递送系统的有趣特性有了初步了解。总体而言，这篇综述写得不错，但文本需要稍作编辑（以下列出了编辑示例）。
综述文章若能添加图表，将大大有助于以视觉方式向读者解释主题。请确保图表具有适当的引用和出版商的文本（通常是类似这样的内容：“此图像经出版商许可从XXX复制”）。
请将标题“Protein nano-cages: Novel carriers for optimized targeted remedy”改为“Protein nanocages: Novel carriers for optimized targeted remedy”。
“药物... | [
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"The authors present an interesting overview of protein nanocage-based drug delivery systems, which gives the reader a taster of the interesting properties of this class of nanoscale drug delivery system.",
"The review is on the wh... |
moprd-12598-2-r2 | Wearable technology to inform the prediction and diagnosis of cardiorespiratory events: a scoping review | Background. The need for health systems that allow for continuous monitoring and early adverse event detection in individuals outside of the acute care setting has been highlighted by the global rise in chronic cardiorespiratory diseases and the recent COVID-19 pandemic. Currently, it is unclear what type of evidence e... | Reviewer 2’s concerns regarding relevant studies not being missed. All of | moprd | 可穿戴技术用于预测和诊断心肺事件：一项范围综述 | 背景。全球慢性心肺疾病增加和近期COVID-19大流行突显了在急性护理环境之外对能够进行持续监测和早期不良事件检测的健康系统的需求。目前，尚不清楚关于使用从市售腕带和纺织可穿戴设备收集的生理数据来辅助临床决策的证据类型。因此，本综述的目的是系统地梳理和总结有关这些可穿戴设备在临床决策中使用情况的科学文献，并识别知识空白以指导进一步研究。 | 审稿人2关于未遗漏相关研究的担忧。所有 | [
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"Study reports no respiratory studies, which seems incorrect.",
"\"To date, studies employing wearables to facilitate clinical decisions have largely focused upon the cardiovascular domain.\" This does not seem like a conclusion since ... |
f1000-5263 | The emergence of a modern paradigm for urban health | The importance of urban health in achieving global and planetary health goals is increasingly recognized. Cities offer important opportunities to improve health while also presenting significant challenges. As our understanding of and evidence for the importance of determinants of health beyond health care have grown, ... | The paper is a competent and useful summary of some of the developments in urban health. In this review, I highlight gaps and concerns to give the authors an opportunity to consider these points.
The review feels curiously dated with more emphasis on the developments of the first 30 years and less on the last 10 years... | f1000 | 现代城市健康范式的兴起 | 城市健康在实现全球和行星健康目标中的重要性日益得到认可。城市提供了改善健康的重要机会，同时也带来了显著挑战。随着我们对医疗保健之外的健康决定因素的重要性的理解和证据的不断增长，跨学科和部门界限并涉及多个城市决策利益相关者的城市健康政策和行动的需求变得更加明确。当前的城市健康实践建立在数十年的概念和操作性工作之上。本文追溯了近年来通过研究、政策和实践的城市健康范式的演变。我们认为，尽管城市健康作为一个范式已被证明具有实用价值，并在概念和实践上为有效的城市健康治理不断演变，但仍存在重大挑战，尤其是与在复杂的城市动态中实施改善健康所需的系统方法相关的问题。 | 该论文是对城市健康领域一些发展成果的胜任且有价值的总结。在此评论中，我指出了一些空白和关注点，以供作者考虑这些内容。
这篇综述给人一种奇怪过时的感觉，更多地强调了前30年的发展，而对过去10年的关注较少。在75篇参考文献中，只有30篇是在过去10年内发表的。由于已有其他人撰写了关于早期年份的内容，我希望能更多地关注近期的发展。
一些可以给予更多关注的问题包括：
1. 商业和政治决定因素健康框架的出现。这些内容仅在文中简要提及，但在我看来，它们对城市居民的健康构成了存在性和深远威胁，值得更多关注。更广泛地说，对城市政治经济学文献及其对健康影响的总结将是有价值的。
2. 在全球范围内以及在城市中，民主面临的挑战对人口健康和健康公平构... | [
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"The review feels curiously dated with more emphasis on the developments of the first 30 years and less on the last 10 years.",
"Of the 75 references, only 30 were published in the last 10 years.",
"Since others have written... |
f1000-2457 | Post-stroke fatigue: a scoping review | Background : Post-stroke fatigue (PSF) is one of the most common and frustrating outcomes of stroke. It has a high prevalence and it can persist for many years after stroke. PSF itself contributes to a wider range of undesirable outcomes that affect all aspects of daily life. The aim of this review was to identify and ... | Thank you for the invitation to review this interesting scoping review, focussing on an important area of current research highly relevant to multiple aspects of life after stroke- that of Post-Stroke Fatigue, PSF.
The current review updates the work of Hinkle et al. 2016, and the rationale for doing so is clearly sta... | f1000 | 卒中后疲劳：一项范围综述 | 背景：卒中后疲劳（PSF）是卒中后最常见且令人沮丧的后果之一。其患病率较高，且可能在卒中后持续多年。PSF本身会导致一系列不良后果，影响日常生活的各个方面。本综述的目的是识别和总结关于PSF的最新研究，以更新证据基础。
方法：我们对现有综述（Hinkle等，2017）进行了更新，系统检索了CINAHL、MEDLINE、PsycINFO和PubMed，涵盖2016年3月1日至检索日期（2020年1月19日）之间的新研究。我们纳入了干预性和观察性研究，以及原始综述中未涵盖的临床实践指南。在EndNote中去除重复文献后，两名评审员在Rayyan中筛选检索结果，并将符合条件全文的数据提取到Excel表格中。最后，我们使用RobotRev... | 感谢邀请我审阅这篇有趣的范围综述，该综述聚焦于当前研究的一个重要领域，即与中风后生活多个方面高度相关的中风后疲劳（PSF）。
当前综述更新了Hinkle等人2016年的工作，作者团队明确阐述了进行更新的理由。自2016年以来，该综述进一步生成了24项研究（包括PSF在内的六套指南），进一步展示了该领域工作的日益增长的动力。所陈述的目标较为泛泛，但在作为近期证据总结的范围综述中，这是可以接受的。该综述得出需要在这一领域进行进一步研究的结论并不令人意外，作者们根据综述的发现提出了未来研究的特征的相关建议。
综述撰写清晰，所使用的方法和随之产生的发现报告透明，且对细节给予了极大的关注。搜索策略可通过嵌入的链接获取。本文做出了非常有用的... | [
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"It is unsurprising that this review concludes that further research in this area is required, and the authors make relevant suggestions as to the characteristics of future research that are clearly based on the findings of this review.",
... |
f1000-5422 | Advanced and Conventional Magnetic Resonance Imaging in Neuropsychiatric Lupus | Neuropsychiatric lupus is a major diagnostic challenge, and a main cause of morbidity and mortality in patients with systemic lupus erythematosus (SLE). Magnetic resonance imaging (MRI) is, by far, the main tool for assessing the brain in this disease. Conventional and advanced MRI techniques are used to help establish... | Sarbu et al. review the utility of MRI imaging in neuropsychiatric lupus (NPL) both what is available today in routine care and for research purposes and what might become useful in clinical care in the future. In NPL clinicians are interested in three major questions. First, is there evidence of NPL at any time in the... | f1000 | 神经精神狼疮的高级和常规磁共振成像 | 神经精神狼疮是系统性红斑狼疮（SLE）患者诊断中的主要挑战，也是导致其发病率和死亡率的主要原因。迄今为止，磁共振成像（MRI）是评估该病脑部情况的主要工具。常规和先进的MRI技术被用于帮助确立诊断、排除其他诊断，并且最近还用于监测疾病的进展。本综述探讨了SLE的神经影像学发现，包括新MRI方法方面的最新进展。 | Sarbu等人回顾了MRI成像在神经精神狼疮（NPL）中的实用性，包括目前常规护理和研究目的中可用的技术，以及未来可能在临床护理中变得有用的技术。在NPL中，临床医生关注三个主要问题。首先，过去任何时候是否有NPL的证据；其次，当前是否有活动性NPL的证据；第三，是否可以展示NPL随时间的变化，无论是否经过治疗。
关于第一个问题，Sarbu等人回顾了皮质、皮质下和脊髓区域的常规MRI发现。然而，形态学变化的性质是非特异性的，许多变化可能与高血压、淀粉样变性、阿尔茨海默病等相兼容，因此可能对临床医生没有帮助。即使是测量脑体积和成分的先进技术（并非普遍可用）也并非SLE特异性。
关于第二个问题，Sarbu等人回顾了磁共振波谱（MRS... | [
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"This review is well written and give us a comprehensive updating on magnetic resonance imaging in NPSLE.",
"This is essentially true, but they could quote the recent contribution by Bortoluzzi et al. (2015), dealing with the devel... |
f1000-2530 | Clinical Outcomes of Polyetheretherketone (PEEK) Hybrid Prosthesis in All-on-Four Rehabilitation: A Systematic Review Protocol | Background
The “all-on-four” concept represents a significant advancement in dental implantology. particularly beneficial in cases of extensive jaw bone loss where invasive bone regeneration procedures are typically required. However, the successful implementation of this technique necessitates meticulous... | The report contains minor issues regarding the clarity of its English language. Editing is required to improve the flow and enhance the understandability of the sentences.
Introduction Section:
* It is unclear whether only in vivo studies will be included, as outcomes cannot be effectively investigated through in vi... | f1000 | 全四重建中聚醚醚酮（PEEK）混合假体的临床结局：系统评价方案 | 背景
“全口四颗植体”概念代表了牙科植入学的重要进步，特别是在广泛性颌骨丧失的情况下，这种技术尤为有益，因为此类情况下通常需要侵入性的骨再生手术。然而，成功实施这一技术需要细致规划，涉及植体选择、材料和假体设计。近年来，聚醚醚酮（PEEK）在牙科领域的引入，尤其是在全口四颗植体假体中的应用，引发了关于其临床效力和与钛和氧化锆等传统材料相比的生物力学和生物学优势的问题。尽管已有一些研究比较了PEEK与其他材料，但系统评价其效力的研究较为稀缺。本系统评价方案旨在评估PEEK作为牙科植入学中全口四颗植体方法潜在替代方案的可行性。
方法
本系统评价方案将遵循《Cochrane干预措施系统评价手册》并与Cochrane干预评价方法学期望（M... | 报告在英语语言的清晰度方面存在一些小问题。需要进行编辑以改善句子流畅性并提高可理解性。
引言部分：
* 不清楚是否仅包括体内研究，因为体外研究无法有效调查结果。
* 引言的前几句话应聚焦于植入牙科或用于CAD/CAM制造的可用牙科材料，而不是3D打印制造。
* 没有必要提及PEKK，因为它不会被包含在综述中。此外，缩写应在全称介绍后使用。
* 应在此简要提及材料的组成及其相关性质。
* PMMA主要是一种临时材料，因此将其与PEEK进行比较有些不恰当。相反，应突出钛和钴铬，因为它们被认为是金标准。提及氧化锆和PEEK对临床结果的优点。
目标（主要目标）：
* 您是否考虑过包括基础金属？
* 每个结果将... | [
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"Have you considered including base metals? * How will each outcome be measured, and will aesthetic success be evaluated?"
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"It is unclear whether only in ... |
openreview-365 | Self-Supervised Visual Representation Learning for Medical Image Analysis: A Comprehensive Survey | Deep learning has developed as a great tool for many computer vision or natural language processing tasks. However, supervised deep learning algorithms require a large amount of labelled data to achieve satisfactory performance. Self-supervised learning, a subcategory of unsupervised learning, circumvents the issue of ... | **Summary Of Contributions:**
This paper presents a literature review of self-supervised learning methods for medical image analysis. Compared to other reviews, the authors argue that their work provides more detailed analysis of the included papers and a better categorization of studies. They provide a review of the m... | openreview | 自监督视觉表征学习在医学图像分析中的应用：综述 | 深度学习已发展成为许多计算机视觉或自然语言处理任务的强大工具。然而，监督式深度学习算法需要大量标记数据才能达到令人满意的性能。自监督学习作为无监督学习的一个子类别，通过从数据中学习表示而无需标记样例，规避了大量数据需求的问题。在过去几年中，自监督学习已被应用于各种任务，并在多个任务中实现了与监督式方法相当或超越的性能。然而，进展如此迅速，以至于缺乏对这些发展的全面记录。在本研究中，我们试图对这些方法进行综述，并展示自监督学习范式是如何逐年演变的。此外，我们还对应用于医学图像分析的自监督方法进行了详尽的综述。进一步地，我们还广泛汇编了不同研究中使用的数据集细节，并提供了一些在图像和视频数据集上具有显著成果的性能指标。 | **贡献总结：**
本文对医学图像分析中的自监督学习方法进行了文献综述。与其他综述相比，作者认为他们的工作对所包含的论文进行了更详细的分析，并对研究进行了更好的分类。他们回顾了现有研究中的方法以及使用的数据集和基准。
**优点和缺点：**
优点：
- 作者提供了一个很好的方法分类通用框架。
- 对每一个包含的方法，他们都提供了其方法论的描述。
- 他们还总结了现有研究考虑的数据集和基准。
- 他们还总结了不同SSL框架在基准数据集上的性能。
缺点：
- 综述文章过长。前22页（几乎）都在讨论不同的SSL方法。从第23页开始才讨论医学成像的应用。
- 此外，从非医学研究到医学导向研究的过渡显得突兀。在讨论数据集和基准时，以及讨论不... | [
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"Some recent papers used SSL for 2D visualisation -- e.g. https://arxiv.org/abs/2402.14566, based on https://openreview.net/forum?id=nI2HmVA0hvt. This could be added as another use-case of SSL approaches."
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f1000-4387 | Re-examining physician-scientist training through the prism of the discovery-invention cycle | The training of physician-scientists lies at the heart of future medical research. In this commentary, we apply Narayanamurti and Odumosu’s framework of the “discovery-invention cycle” to analyze the structure and outcomes of the integrated MD/PhD program. We argue that the linear model of “bench-to-bedside” research, ... | The paper opens two discussions. One is about the value of programs specifically designed to train physician/scientists, i.e. MD/PhD, with discussion of approaches to determine whether the programs achieve desired goals, while admitting that the goal of having a continuum of basic science and clinical research has not ... | f1000 | 通过发现-发明周期棱镜重新审视医师科学家培训 | 医师科学家培训是未来医学研究的核心。在这篇评论中，我们应用纳拉亚穆尔蒂和奥杜莫苏的“发现-发明循环”框架，分析整合型MD/PhD项目的结构和成果。我们认为，“从实验室到病床”研究的线性模型，在当前的MD/PhD培训中也有所体现，需要不断重新评估，以充分利用临床医学中涌现的丰富机会。除了像现有研究那样衡量客观的职业成果外，我们还建议使用定性和定量技术对研究人员的努力进行详细刻画，以了解双学位培训是否得到了有效利用。例如，我们提出将机器学习和数据科学应用于生物医学文献和匿名临床数据的语料库，可能会让我们看到是否存在由MD/PhD培训独特赋能的客观“研究特征”。最后，我们提出了几个塑造医师科学家培训的假设，其相对优点可以通过上述技术进行评... | 该论文开启了两个讨论。第一个讨论是关于专门设计用于培养医生/科学家（即MD/PhD）项目的价值，讨论了确定这些项目是否实现预期目标的方法，同时承认基础科学与临床研究连续体的目标尚未实现。
第二个讨论是如何优化医生/科学家的培训，假设例如MD/PhD项目已经采取了实现研究连续体目标的措施，并讨论了双学位可能在其他领域具有价值的方面。颇具讽刺意味的是，正如他们所论证的，MD/PhD的基础科学和临床培训并未很好地整合，本文评论的两个部分亦是如此。
值得探讨的问题包括，他们提议收集的数据如何用于指导MD/PhD项目的重新设计，以确定这些项目是否实现了其目标。他们假设在项目重新设计中存在不足，但没有数据支持这一点，或者至少这一点未能清晰阐... | [
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"Questions that would be interesting to address include how the data they propose to collect determining whether the MD/PhD programs are achieving their goals would be used to inform redesign of the programs."
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f1000-4490 | Effects of evidence-based clinical practice guidelines for COVID-19 in health care quality improvements. A third systematic review. | Background
Historically, Evidence-Based Clinical Practice Guidelines were thought to primarily enhance healthcare consistency and quality. However, this claim requires conclusive confirmation. We employed the Donabedian model encompassing three dimensions, patient outcomes, process, and structure, to evaluate the ... | The authors made a systematic review including randomized controlled trials evaluating the impact of evidence based guidelines on the management of COVID. All the items involved in a consistent systematic review were present. I suggest to state clearly that there is no meta-analysis. The expected conclusions tell us th... | f1000 | 基于证据的COVID-19临床实践指南对医疗质量改进的影响：第三次系统综述 | 背景
历史上，基于证据的临床实践指南（EB-CPGs）被认为主要能提升医疗保健的一致性和质量。然而，这一主张需要确凿的证实。我们采用了涵盖三个维度（患者结局、过程和结构）的Donabedian模型来评估EB-CPGs的使用及其潜在的医疗服务改进。这代表了我们系列研究中针对重要病理学的第三次系统综述。总体目标是评估EB-CPGs在提升护理质量方面的有效性。
方法
遵循Cochrane手册的方法学，由于纳入研究存在显著异质性，我们进行了描述性分析。检索范围从2019年至2023年5月，涵盖EMBASE、PubMed、OVID、Cochrane Central RCT及灰色文献数据库。语言方面未设限制。我们仅选择了随机对照试验（RCTs... | 作者进行了一项系统综述，包括评估基于证据的指南对COVID管理影响的随机对照试验。一致系统综述所涉及的所有项目均存在。我建议明确指出没有进行荟萃分析。预期的结论告诉我们，全球卫生援助过程基于证据的弱点，或至少是在这一过程中缺乏指南重要性的证据。 | [
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"The expected conclusions tell us the weakness of the world health assistencial process evidence based, or at least the absence of evidence of guidelines importance in this process."
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f1000-5043 | Contribution of BCR-ABL molecular variants and leukemic stem cells in response and resistance to tyrosine kinase inhibitors: a review | Chronic myeloid leukemia (CML) is a myeloproliferative neoplasm generated by reciprocal chromosomal translocation, t (9; 22) (q34; q11) in the transformed hematopoietic stem cell. Tyrosine kinase inhibitors (TKIs) target the mature proliferating BCR-ABL cells, the major CML driver, and increase overall and disease-free... | The review is about chronic myeloid leukemia (CML) connections with stem cells. First, the BCR-ABL gene locus is mentioned in the chromosome and then proteins are described. During the treatment of CML, TKI has been changed. TKI mainly target the BCR-ABL genes. The CML stem cells are some subpopulations of CML cells an... | f1000 | BCR-ABL分子变异和白血病干细胞在酪氨酸激酶抑制剂响应和耐药中的贡献：综述 | 慢性髓性白血病（CML）是一种由转化造血干细胞中相互染色体易位t（9；22）（q34；q11）产生的骨髓增生性肿瘤。酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）靶向成熟的增殖性BCR-ABL细胞，这是CML的主要驱动因素，并提高总体和无病生存率。然而，突变克隆，无论是预先存在的还是由于治疗引起的，会对TKIs产生耐药性。BCR-ABL1癌蛋白激活多种分子通路，包括RAS/RAF/MEK/ERK通路、JAK2/STAT通路和PI3K/AKT/mTOR通路。在TKI耐药的CML患者中，这些通路的激活使它们成为新的靶点。此外，一小部分CML细胞，即白血病干细胞（LSCs），在TKI治疗期间持续存在，并在患者体内维持疾病。LSCs在骨髓微环境中的植入和mi... | 该评论主要讨论慢性髓系白血病（CML）与干细胞之间的关联。首先，提到了染色体中的BCR-ABL基因位点，随后描述了相关蛋白质。在CML的治疗过程中，酪氨酸激酶抑制剂（TKI）已经发生了变化。TKI主要针对BCR-ABL基因。CML干细胞是CML细胞的一些亚群，在患者的诊断和治疗过程中可以在组织中找到。因此，CML的介绍非常到位。此外，大部分图表清晰。作者已经根据审稿人的建议进行了修改。然而，稿件可以通过以下几点进行提升：
1. 在引言部分，建议作者添加关于其他伴有BCR-ABL易位的白血病类型的信息。
2. 图2对我来说不够清晰。我会用一张表格来替换它，以明确各种突变及其对TKI的反应。
3. 我建议对文章进行英文修订。 | [
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"In the introduction, the author is recommended to add information regarding other types of Leukemias with BCR-ABL translocation."
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"The author should start t... |
f1000-4602 | Multiple institutions’ research findings using the National Mesothelioma Virtual Bank | Mesothelioma remains an under-researched cancerous disease due to the lack of high-quality patient samples and clinical information especially outcomes and asbestos exposure data. The National Mesothelioma Virtual Bank (NMVB) is a biobank in which mesothelioma annotated biospecimens can be made widely available to the ... | The National Mesothelioma Virtual Bank (NMVB) is led by the collaborative effort of the Departments of Biomedical Informatics and Pathology at the University of Pittsburgh, and is funded by a grant from the National Institute of Occupational Health and Safety of the Centers for Disease Control and Prevention. The autho... | f1000 | "利用国家间皮瘤虚拟库的多机构研究成果" | 间皮瘤由于缺乏高质量的患者样本和临床信息，尤其是预后和石棉暴露数据，仍然是一种研究不足的癌症。国家间皮瘤虚拟银行（NMVB）是一个生物样本库，其中注释的间皮瘤生物样本可以向研究界广泛提供。在这里，我们总结了20篇利用NMVB样本进行新型生物标志物和治疗发现的显著研究成果。结果显示，NMVB资源的使用分散在多种基础科学主题中，包括但不限于生物标志物、异常基因表达和潜在治疗靶点。阳性生物标志物包括几种miRNA和抗体、HMGB1、ATG5、PIAS3、广谱角蛋白和GATA3。发生突变或高/低水平表达的基因包括BAP1（该疾病中重要的人类控制基因），以及各种细胞因子和检查点抑制剂TM4SF1、PKM2、ARHGDIA、COBLL1、WT1... | ### 国家间皮瘤虚拟银行（NMVB）研究综述
国家间皮瘤虚拟银行（NMVB）由匹兹堡大学生物医学信息学和病理学系的协作努力领导，并得到了美国疾病控制与预防中心国家职业健康与安全研究所的资助。作者表示，本综述的目的是总结20篇包含NMVB样本的研究论文。
这项工作具有潜在的兴趣，因为它分析了一个旨在汇编大量间皮瘤样本的努力成果，间皮瘤是一种罕见疾病，这对科学界有益。然而，手稿需要大量修订，并建议增加一位具有深厚生物学理解的科学家作为共同作者，以补充其他作者的生物信息学技能。
#### 主要问题：
**总体评论：**
1. **研究重点**：本文旨在总结生物标志物和治疗发现研究。如果能够指出选择研究的策略，将有助于读者理解。实... | [
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"The authors state that the aim is to summarize in this review research from 20 publications that included NMVB samples."
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"English should be more rea... |
f1000-2395 | Role of health system strengthening (HSS) in reducing neonatal mortality in Bangladesh: A document review | Background: The majority of neonatal deaths occur in low- and middle-income countries like Bangladesh. This study explored the role of health system strengthening (HSS) in reducing neonatal mortality.
Methods: The document review was the method to conduct this study. The secondary data, including the reports a... | This study provides information on the Role of health system strengthening (HSS) in reducing neonatal mortality in Bangladesh: A document review. The topic of this manuscript fits the journal's scope. The manuscript can be indexed once the following issues are addressed:
1. Introduction: Rephrase the following sentenc... | f1000 | 孟加拉国卫生系统强化（HSS）在降低新生儿死亡率中的作用：文献综述 | 背景：大多数新生儿死亡发生在像孟加拉国这样的低收入和中等收入国家。本研究探讨了加强卫生系统（HSS）在减少新生儿死亡率中的作用。
方法：本研究采用文献回顾法。通过审查包括报告和协议在内的二手数据，以发现HSS干预在减少新生儿死亡方面的成功、挑战和改进空间。分析采用描述性方法。
结果：发现孟加拉国已采纳国家新生儿健康战略，包括新生儿健康政策和新生儿健康服务交付策略。基于证据的新生儿护理倡议涵盖了基本新生儿护理、新生儿护理中氯己定的应用、产后护理在减少儿童死亡中的作用、出生窒息的管理、使用产前皮质类固醇（ACS）预防与早产相关的并发症以及袋鼠式护理。
结论：在孟加拉国，加强卫生系统并提高新生儿护理质量对于城乡设施减少新生儿死亡率至关重要... | 本研究提供了关于加强卫生系统（HSS）在孟加拉国降低新生儿死亡率中的作用：文献综述的信息。该手稿的主题符合期刊的范围。一旦解决以下问题，手稿可以进行索引：
1. 引言：重述以下句子“仍然存在一些差距，导致我们未能达到预期目标，强调加强卫生系统是弥补这些差距的最终解决方案。”
2. 研究方法不明确。需要改进。应包括：合格标准，每类文献的审查数量，排除和纳入的文献，本研究使用文献综述方法的理由。
3. 添加对表2中呈现结果的总结。此外，该表包含一些不必要的文献。它没有根据研究目标呈现具体发现。我期望此处呈现的关键发现能报告新生儿死亡率和HSS，如Massawe等人所述。
4. 讨论产前皮质类固醇的作用。
5. 添加本研究的局限性。 | [
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"The discussion seems to be more of only a summary of the results - what are the strengths and limitation of the research, what are areas for future research, there needs to be more consideration of the existing literature as well."
... |
f1000-3315 | Factors contributing to persistent shoulder pain after arthroscopic rotator cuff repair: Protocol for a scoping review | Introduction
Rotator cuff (RC) tears are the most common and disabling musculoskeletal ailments among patients with shoulder pain. Although most individuals show improvement in function and pain following arthroscopic rotator cuff repair (ARCR), a subgroup of patients continue to suffer from persistent shoulder pain ... | The aims and methodology of this scoping review has been well presented.
I only have one comment:
The authors could consider conducting quality assessment for all the papers included in the review. This will add value to interpreting findings from the studies and evaluating any mixed results from multiple studies. | f1000 | 关节镜下肩袖修复术后持续性肩痛的影响因素：范围综述的方案 | 引言
肩袖（RC）撕裂是肩痛患者中最常见且致残的肌肉骨骼疾病。尽管大多数患者在关节镜下肩袖修复术（ARCR）后功能和疼痛有所改善，但仍有部分患者在手术后持续遭受肩部疼痛。识别这些因素对于规划术前管理以改善患者预后至关重要。
目的
本范围综述旨在识别导致ARCR手术后个体持续疼痛的生物因素、心理因素和健康社会决定因素。
纳入标准
所有前瞻性和回顾性纵向研究，报告ARCR手术后三个月或更长时间持续疼痛的风险因素，将被考虑纳入本范围综述。
方法
我们的综述将遵循乔安娜·布里格斯研究所（JBI）的范围综述方法学。将在四个电子数据库PubMed、CINAHL、Embase和Scopus中搜索英文文献。通过已纳入研究的引文分析可以找到额外... | 该范围综述的目标和方法已得到很好的呈现。
我只有一条评论：
作者可以考虑对综述中包含的所有论文进行质量评估。这将有助于解释研究中的发现，并评估来自多项研究的混合结果。 | [
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"Why are pharmacological and non pharmacological studies providing interventions for pain relief not considered in this review",
"Referencing needs correction"
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"... |
moprd-9049-3-r1 | A systematic review of the direct and indirect effects of herbivory on plant reproduction mediated by pollination | Background. Plant reproduction is influenced by the net outcome of plant-herbivore and plant-pollinator interactions. While both herbivore impacts and pollinator impacts on plant reproduction have been widely studied, few studies examine them in concert. | Reviewer 1 (Anonymous) Basic reporting This version of the ms includes most suggestion proposed, now it is adequate for publication. Experimental design This version of the review contains better curated information. Validity of the findings This version of the ms includes suggestion proposed; now it is sufficient for ... | moprd | "对植食性动物通过授粉对植物繁殖直接和间接影响的系统综述" | 背景。植物繁殖受植物-食草动物和植物-传粉者相互作用净结果的影响。尽管食草动物对植物繁殖的影响和传粉者对植物繁殖的影响都已得到广泛研究，但很少有研究将它们结合起来进行考察。 | 审稿人1（匿名）基本报告此版本的稿件包含了大多数提出的建议，现在已符合发表要求。实验设计此版本的评审包含了更精心筛选的信息。研究结果的有效性此版本的稿件包含了提出的建议；现在已足够发表。对作者的意见不适用。 | [
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"I feel like I need to know a little more about your exclusion criteria, since there are a few citations I can think of that seem to measure direct effects of herbivory on pollination that aren’t included in your review."
]
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{... |
openreview-009 | Deep Generative Models through the Lens of the Manifold Hypothesis: A Survey and New Connections | In recent years there has been increased interest in understanding the interplay between deep generative models (DGMs) and the manifold hypothesis. Research in this area focuses on understanding the reasons why commonly-used DGMs succeed or fail at learning distributions supported on unknown low-dimensional manifolds, ... | **Summary Of Contributions:**
This manuscript provides a survey of the modern deep generative models from the perspective of the manifold hypothesis. Namely, the paper assumes that the target data distribution lies on a low-dimensional manifold embedded in a high-dimensional ambient space. Furthermore, this low-dimensi... | openreview | 通过流形假设视角审视深度生成模型：综述与新联系 | 近年来，人们越来越关注理解深度生成模型（DGMs）与流形假设之间的相互作用。该领域的研究重点在于理解常用DGMs在学习未知低维流形上支撑的分布时成功或失败的原因，以及开发专门设计用于处理流形支撑数据的新模型。这种流形视角不仅清晰地解释了为什么某些DGMs（例如扩散模型和某些生成对抗网络）在样本生成方面 empirically 超越其他模型（例如基于似然的模型，如变分自编码器、正则化流或基于能量的模型），还为设计性能更优的DGMs提供了指导。我们首次通过这一视角对DGMs进行了综述，并在过程中做出了两项新颖的贡献。首先，我们正式证明了在高环境维度下，似然的数值不稳定性在建模低内在维度数据时是不可避免的。随后，我们展示了在自编码器学习到... | **贡献总结：**
本文从流形假设的角度对现代深度生成模型进行了综述。具体而言，论文假设目标数据分布位于嵌入在高维环境空间中的低维流形上。此外，这个低维流形在解析上是未知的（尽管论文简要提到了数据流形在解析上已知的生成模型，例如球面上的数据），但它是隐含给出的，即可以从数据的经验分布中恢复。在流形视角下，论文将所有现有的生成模型分为两类：一类假设数据流形的维度与环境空间的维度相匹配（流形无感知），另一类假设流形的维度远小于环境空间的维度（流形感知）。论文严格地综述了主要现有方法（据我所知涵盖了所有实用方法），根据提出的二分法对它们进行分类，并指出了潜在问题。对于流形无感知模型，作者考虑了生成建模的常规方法（变分自编码器、正则化流、基... | [
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"It is well-written, the presented results are technically sound, and the literature review is extensive.",
"The paper goes rigorously over the major existing approaches (to the best of my knowledge over all practical approaches), ... |
f1000-3677 | Emerging threats and vaccination strategies of H9N2 viruses in poultry in Indonesia: A review | Avian influenza virus subtype H9N2 was first documented in Indonesia in 2017. It has become prevalent in chickens in many provinces of Indonesia as a result of reassortment in live bird markets. Low pathogenic avian influenza subtype H9N2 virus-infected poultry provides a new direction for the influenza virus. Accordin... | I have gone through the review article. The author did wonderfully well as the facts and figures were aptly captured with most categorical statements backed up with appropriate citations.
The author did well in:
1. Capturing the history and the first documentation of the H9N2 Avian Influenza in Indonesia.
2. Noting ... | f1000 | 印尼家禽H9N2病毒的新兴威胁与疫苗接种策略：综述 | 2017年，印尼首次记录到H9N2亚型禽流感病毒。由于活禽市场的重配，该病毒已在印尼多个省份的鸡群中流行。低致病性H9N2亚型禽流感病毒感染的家禽为流感病毒提供了新的发展方向。根据最新研究，印尼的H9N2病毒可能通过抗原漂移发展成新的基因型，对家禽和公共卫生构成重大威胁。最新的跨物种传播证据表明，下一次人类大流行的变异株可能是H9N2亚型禽流感病毒。为达到有效防控，需对印尼的H9N2病毒进行操控和消除，持续监测病毒突变，并及时更新疫苗。本综述应调查/评估/报告印尼新识别的H9N2病毒的发展与演变及其疫苗接种策略。 | 我已经阅读了这篇综述文章。作者做得非常出色，事实和数据被恰当地捕捉，大多数分类陈述都有适当的引用支持。
作者在以下方面做得很好：
1. 捕捉了H9N2禽流感在印度尼西亚的历史和首次记录。
2. 注意到病原体当前表现出的低致病性及其在不久的将来可能变为高致病性的前景。这也是一个很好的进展。
3. 值得注意的是，作者很好地阐述了抗原漂移和动物传人的前景。
4. 虽然仅通过历史解释了香港和韩国基因型；作者仍能全面突出印度尼西亚目前在家禽业中H9N2的高分布情况。
5. 同样值得注意的是，作者强调了传统养禽方法如何促进了H9N2禽流感在印度尼西亚的地方性流行。管理不善和湿货及活禽市场的销售被很好地引用为禽流感传播的促成因素。
6. 作者能... | [
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"The author did wonderfully well as the facts and figures were aptly captured with most categorical statements backed up with appropriate citations.",
"Noting the fact that the contemporary low pathogenic nature exhibited by the ethiolo... |
f1000-5019 | Novel antifungal agents in clinical trials | Invasive fungal diseases due to resistant yeasts and molds are an important and increasing public health threat, likely due to a growing population of immunosuppressed hosts, increases in antifungal resistance, and improvements in laboratory diagnostics. The significant morbidity and mortality associated with the... | The study by Jacobs et al. summarizes the antifungal drugs in clinical trials. The corresponding author is experienced, the study is well written, and when looked alone, it seems perfect.
However, I think the following points need to be considered by the authors:
* Please be consistent in the use of units. In some c... | f1000 | 临床试验中的新型抗真菌药物 | 耐药酵母和霉菌引起的侵袭性真菌病是一个重要且日益增长的公共卫生威胁，这可能是由于免疫抑制宿主群体的增加、抗真菌耐药性的上升以及实验室诊断技术的改进所致。这些病原体相关的显著发病率和死亡率凸显了对新型安全有效治疗药物的迫切需求。本综述重点介绍了处于临床开发阶段的具有前景的实验性抗真菌药物：fosmanogepix、ibrexafungerp、rezafungin、包封两性霉素B、oteseconazole（VT-1161）、VT-1598、PC945和olorofim。我们讨论了三个新型抗真菌类药物中的三个首类药物成员，以及由于药代动力学和药效学特性改善而在现有抗真菌类药物中具有更好安全性和耐受性特征的新药。 | 雅各布斯等人进行的研究总结了临床试验中的抗真菌药物。通讯作者经验丰富，研究撰写得当，单独来看似乎完美无瑕。
然而，我认为以下几点需要作者考虑：
* 请在单位使用上保持一致。在某些情况下，单位与数字相连（例如35mg/L），而在其他情况下则用空格分隔（例如35 mg/L）。请在全文中数字与单位之间添加一个空格。
* 依我之见，结论需要修改，因为目前的表述形式更像研究目的而非结论。 | [
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"This is a well-written and comprehensive paper summarizing recent data on novel antifungal agents in clinical development.",
"4. “Fosmanogepix also has activity against fungi in the order Mucorales (MIC ranges of 1 to 8 µg/mL)”: ... |
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