# XCell / X-Atlas Orion 发布说明

本目录收录 Xaira Therapeutics `X-Atlas/Orion` 的两个人源 CRISPRi
Perturb-seq 训练单元。HCT116 与 HEK293T 的实验背景、batch anchor 和 scVI
空间不同，因此始终分别保存、分别建模，不把细胞跨文件混合。

| 训练单元 | 细胞 | Non-Targeting reference | perturbed | gene condition | GEM batch | 基因 |
| --- | ---: | ---: | ---: | ---: | ---: | ---: |
| HCT116, day 7 | 3,409,169 | 165,777 | 3,243,392 | 18,293 | 109 | 38,584 |
| HEK293T, day 7 | 4,534,299 | 218,838 | 4,315,461 | 18,311 | 223 | 38,584 |
| **合计** | **7,943,468** | **384,615** | **7,558,853** | **36,604（逐单元求和）** | **332** | — |

| 训练单元 | control centers | perturbed centers | paired | unmatched | 整体压缩 |
| --- | ---: | ---: | ---: | ---: | ---: |
| HCT116, day 7 | 869 | 25,921 | 25,921 | 0 | 127.25× |
| HEK293T, day 7 | 1,700 | 31,665 | 31,665 | 0 | 135.90× |
| **合计** | **2,569** | **57,586** | **57,586** | **0** | **132.05×** |

最终单细胞文件位于 `model_ready/genepert/`。其 `layers["counts"]` 是作者
发布的 raw UMI count，`X` 是逐细胞 CP10K 后 natural `log1p`。`var_names` 在
文件内唯一：官方 gene symbol 优先，来源缺失symbol的12,962个feature以Ensembl
gene ID回退；30维per-file scVI表征位于 `obsm["X_scVI"]`。

供配对训练直接使用的 HVG5000 多中心文件位于 Stage 1 的统一目录：

- `modeling/control_centers/XCell/genepert/`
- `modeling/perturbed_centers/XCell/genepert/`

perturbed center 通过 `paired_control_index` 指向同一训练单元 control 文件的
零基行号。不同 H5AD 的 scVI latent 不共享坐标系，不能跨 HCT116/HEK293T
重新按 latent 距离配对。

## 数据边界

- 只纳入作者 `pass_guide_filter == 1` 的细胞。
- `gene_target == "Non-Targeting"` 是直接来自作者字段的唯一 reference 规则，
  不是由条件名正则推测。
- perturbed condition 与 `target_gene_symbol` 均为作者发布的官方 gene symbol。
- effect cell 的 `target_gene_symbol_status="official_source_gene_symbol"`；这表示
  来源字段是官方symbol，但使用具体基座模型时仍须检查其是否存在于模型vocab。
- `sample` 保存为 `batch_id`；它代表 GEM batch，不被冒充为 biological
  replicate。每个 batch 均验证有 Non-Targeting anchor。
- 两个单元均为 day 7、MOI 0.1；该实验 context 已写入 H5AD 和总 manifest。
- 原始来源许可为 CC BY-NC-SA 4.0；再发布和商用边界必须遵循原许可。

完整转换、断点恢复、scVI、聚类、异质性与 OT 规则见
[PROCESSING.md](PROCESSING.md)。训练选择和所有文件的权威统计分别以
`../manifest/TRAINING_UNITS.tsv`、`../manifest/SCVI_RUNS.tsv` 与
`../modeling/manifest/MODELING_UNITS.tsv` 为准。