README.md

---
license: other
task_categories:
- image-classification
tags:
- histopathology
- whole-slide-imaging
- pathology
- TCGA
- oncotree
pretty_name: TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Part 2
---

# TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Account 2 (Part 2/2)

Phần 2 của dataset TCGA-OT, tách sang tài khoản HuggingFace thứ hai sau khi Account 1
(tuna2004/TCGA_OncoTree) đầy dung lượng giữa chừng.

## progress.json TRUNG TÂM

File `progress.json` trong repo này là **nguồn chân lý duy nhất** cho TOÀN BỘ 11.186 slide
của TCGA-OT — không chỉ riêng phần upload bởi Account 2. Format:

```json
{"uploaded": {"<slide_id>": "<repo_id chứa file .svs đó>", ...},
  "missing_uuid": {"<slide_id>": null, ...}}
```

Khi merge 2 phần lại (clone cả 2 repo, gộp `svs/` bằng symlink), dùng đúng field `repo_id`
trong `progress.json` này để biết mỗi `.svs` cần symlink từ repo nào.

## Thống kê (tính đến lần chạy gần nhất)

| Chỉ số | Số lượng |
|---|---|
| Tổng số slide trong splits gốc | {n_total} |
| Đã tải & upload thành công (tổng) | {n_uploaded} |
| — trong đó thuộc Account 1 ({REPO_ID_1}) | {n_from_acc1} |
| — trong đó thuộc Account 2 ({REPO_ID_2}) | {n_from_acc2} |
| Không tìm được UUID trên GDC | {n_missing} |
| Còn lại chưa xử lý | {n_total - n_uploaded - n_missing} |

## Nguồn dữ liệu

Ảnh WSI gốc từ **TCGA** qua **NCI GDC** (open-access, `data_format=SVS`,
`experimental_strategy=Diagnostic Slide`).

Nhãn/splits từ repo **mahmoodlab/TITAN**:
> Ding, T., Wagner, S.J., Song, A.H., Chen, R.J., et al.
> "Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology", *Nature Medicine*, 2025.
> DOI: 10.1038/s41591-025-03982-3

## License

- Nhãn/splits: theo license repo TITAN gốc (CC-BY-NC-ND).
- Ảnh WSI: theo GDC Data Use Policy (open-access, phi thương mại).