README.md

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license: cc0-1.0
task_categories:
  - feature-extraction
tags:
  - biology
  - genomics
  - ChIP-seq
  - epigenomics
  - vectorized
  - embeddings
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# ENCODE ChIP-seq Vetorizado

Saída do pipeline de vetorização do [fabricioslv/encode-chip-seq-subset](https://huggingface.co/datasets/fabricioslv/encode-chip-seq-subset).

## 3 estratégias

### Stage 1 — Bins fixos (10kb)
Matriz densa `(n_bins × n_tracks)` por cromossomo. Formato: `.npz`.

### Stage 2 — Peak detection (5σ) + embeddings
Picos detectados por threshold estatístico. Embedding de 9 features por pico.
Formato: `peaks.tsv` + `embeddings.npz`.

### Stage 3 — Janelas sliding (10kb, stride 5kb) + DL tensors
Tensores normalizados (z-score) prontos para CNN/Transformer. Formato: `.h5`.

## Parâmetros
- Bin size: 10000 bp
- Peak threshold: 5.0σ
- Window: 10000 bp, stride: 5000 bp
- Sub-sampling: 100 pontos por janela (Stage 3)
- Device: cpu