Hugging Face's logo

Datasets:
graph-transformers
/
afdb_e_coli

Dataset card Files
xet
Community
alex-hh commited on
Commit
54096c0
·
verified ·
1 Parent(s): 599424d

Upload dataset

Browse files
Files changed (2) hide show
  1. README.md +313 -4
  2. array/train-00000-of-00001.parquet +2 -2
README.md CHANGED
@@ -7,18 +7,327 @@ dataset_info:
7
  - name: structure
8
  dtype:
9
  protein_atom_array_feature:
10
- with_b_factor: true
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
11
  all_atoms_present: true
12
  coords_dtype: float16
13
  b_factor_is_plddt: true
14
  b_factor_dtype: float16
15
  chain_id: A
 
16
  splits:
17
  - name: train
18
- num_bytes: 219068945.0
19
  num_examples: 8726
20
- download_size: 119716417
21
- dataset_size: 219068945.0
22
  - config_name: default
23
  features:
24
  - name: name
 
7
  - name: structure
8
  dtype:
9
  protein_atom_array_feature:
10
+ residue_dictionary:
11
+ residue_names:
12
+ - ALA
13
+ - ARG
14
+ - ASN
15
+ - ASP
16
+ - CYS
17
+ - GLN
18
+ - GLU
19
+ - GLY
20
+ - HIS
21
+ - ILE
22
+ - LEU
23
+ - LYS
24
+ - MET
25
+ - PHE
26
+ - PRO
27
+ - SER
28
+ - THR
29
+ - TRP
30
+ - TYR
31
+ - VAL
32
+ - UNK
33
+ residue_types:
34
+ - A
35
+ - R
36
+ - N
37
+ - D
38
+ - C
39
+ - Q
40
+ - E
41
+ - G
42
+ - H
43
+ - I
44
+ - L
45
+ - K
46
+ - M
47
+ - F
48
+ - P
49
+ - S
50
+ - T
51
+ - W
52
+ - Y
53
+ - V
54
+ - X
55
+ atom_types:
56
+ - N
57
+ - CA
58
+ - C
59
+ - CB
60
+ - O
61
+ - CG
62
+ - CG1
63
+ - CG2
64
+ - OG
65
+ - OG1
66
+ - SG
67
+ - CD
68
+ - CD1
69
+ - CD2
70
+ - ND1
71
+ - ND2
72
+ - OD1
73
+ - OD2
74
+ - SD
75
+ - CE
76
+ - CE1
77
+ - CE2
78
+ - CE3
79
+ - NE
80
+ - NE1
81
+ - NE2
82
+ - OE1
83
+ - OE2
84
+ - CH2
85
+ - NH1
86
+ - NH2
87
+ - OH
88
+ - CZ
89
+ - CZ2
90
+ - CZ3
91
+ - NZ
92
+ - OXT
93
+ residue_atoms:
94
+ ALA:
95
+ - N
96
+ - CA
97
+ - C
98
+ - O
99
+ - CB
100
+ ARG:
101
+ - N
102
+ - CA
103
+ - C
104
+ - O
105
+ - CB
106
+ - CG
107
+ - CD
108
+ - NE
109
+ - CZ
110
+ - NH1
111
+ - NH2
112
+ ASP:
113
+ - N
114
+ - CA
115
+ - C
116
+ - O
117
+ - CB
118
+ - CG
119
+ - OD1
120
+ - OD2
121
+ ASN:
122
+ - N
123
+ - CA
124
+ - C
125
+ - O
126
+ - CB
127
+ - CG
128
+ - OD1
129
+ - ND2
130
+ CYS:
131
+ - N
132
+ - CA
133
+ - C
134
+ - O
135
+ - CB
136
+ - SG
137
+ SEC:
138
+ - N
139
+ - CA
140
+ - C
141
+ - O
142
+ - CB
143
+ - SE
144
+ GLU:
145
+ - N
146
+ - CA
147
+ - C
148
+ - O
149
+ - CB
150
+ - CG
151
+ - CD
152
+ - OE1
153
+ - OE2
154
+ GLN:
155
+ - N
156
+ - CA
157
+ - C
158
+ - O
159
+ - CB
160
+ - CG
161
+ - CD
162
+ - OE1
163
+ - NE2
164
+ GLY:
165
+ - N
166
+ - CA
167
+ - C
168
+ - O
169
+ HIS:
170
+ - N
171
+ - CA
172
+ - C
173
+ - O
174
+ - CB
175
+ - CG
176
+ - ND1
177
+ - CE1
178
+ - NE2
179
+ - CD2
180
+ ILE:
181
+ - N
182
+ - CA
183
+ - C
184
+ - O
185
+ - CB
186
+ - CG1
187
+ - CG2
188
+ - CD1
189
+ LEU:
190
+ - N
191
+ - CA
192
+ - C
193
+ - O
194
+ - CB
195
+ - CG
196
+ - CD1
197
+ - CD2
198
+ LYS:
199
+ - N
200
+ - CA
201
+ - C
202
+ - O
203
+ - CB
204
+ - CG
205
+ - CD
206
+ - CE
207
+ - NZ
208
+ MET:
209
+ - N
210
+ - CA
211
+ - C
212
+ - O
213
+ - CB
214
+ - CG
215
+ - SD
216
+ - CE
217
+ MSE:
218
+ - N
219
+ - CA
220
+ - C
221
+ - O
222
+ - CB
223
+ - CG
224
+ - SE
225
+ - CE
226
+ PHE:
227
+ - N
228
+ - CA
229
+ - C
230
+ - O
231
+ - CB
232
+ - CG
233
+ - CD1
234
+ - CD2
235
+ - CE1
236
+ - CE2
237
+ - CZ
238
+ PRO:
239
+ - N
240
+ - CA
241
+ - C
242
+ - O
243
+ - CB
244
+ - CG
245
+ - CD
246
+ SER:
247
+ - N
248
+ - CA
249
+ - C
250
+ - O
251
+ - CB
252
+ - OG
253
+ THR:
254
+ - N
255
+ - CA
256
+ - C
257
+ - O
258
+ - CB
259
+ - OG1
260
+ - CG2
261
+ TRP:
262
+ - N
263
+ - CA
264
+ - C
265
+ - O
266
+ - CB
267
+ - CG
268
+ - CD1
269
+ - NE1
270
+ - CE2
271
+ - CD2
272
+ - CE3
273
+ - CZ2
274
+ - CZ3
275
+ - CH2
276
+ TYR:
277
+ - N
278
+ - CA
279
+ - C
280
+ - O
281
+ - CB
282
+ - CG
283
+ - CD1
284
+ - CD2
285
+ - CE1
286
+ - CE2
287
+ - CZ
288
+ - OH
289
+ VAL:
290
+ - N
291
+ - CA
292
+ - C
293
+ - O
294
+ - CB
295
+ - CG1
296
+ - CG2
297
+ UNK:
298
+ - N
299
+ - CA
300
+ - C
301
+ - O
302
+ backbone_atoms:
303
+ - N
304
+ - CA
305
+ - C
306
+ - O
307
+ unknown_residue_name: UNK
308
+ conversions:
309
+ - residue: MSE
310
+ to_residue: MET
311
+ atom_swaps:
312
+ - - SE
313
+ - SD
314
+ - residue: SEC
315
+ to_residue: CYS
316
+ atom_swaps:
317
+ - - SE
318
+ - SG
319
  all_atoms_present: true
320
  coords_dtype: float16
321
  b_factor_is_plddt: true
322
  b_factor_dtype: float16
323
  chain_id: A
324
+ with_b_factor: true
325
  splits:
326
  - name: train
327
+ num_bytes: 237409191.0
328
  num_examples: 8726
329
+ download_size: 123017394
330
+ dataset_size: 237409191.0
331
  - config_name: default
332
  features:
333
  - name: name
array/train-00000-of-00001.parquet CHANGED
@@ -1,3 +1,3 @@
1
  version https://git-lfs.github.com/spec/v1
2
- oid sha256:43595ec2babf2acd6267353931bce6a9e27f94991702bca9f8f3910169e29e03
3
- size 119716417
 
1
  version https://git-lfs.github.com/spec/v1
2
+ oid sha256:68928797f07b49789ebe9eeabd657b3f6e5cbe8e0452ad446e57a1678c1d2d7b
3
+ size 123017394