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heurigen
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heurigen-data

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English
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10M<n<100M
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Dataset card Files
xet
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chhzh123 commited on
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f9d68af
·
1 Parent(s): 9620e95

Add protein_sequence

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  1. .gitattributes +6 -0
  2. heurigen-data.py +9 -4
  3. operator_scheduling/README.md +0 -66
  4. operator_scheduling/demo/demo.json +3 -20
  5. operator_scheduling/demo/ewf.json +3 -96
  6. operator_scheduling/demo/hal.json +3 -38
  7. operator_scheduling/demo/horner.json +3 -53
  8. operator_scheduling/demo/motion.json +3 -80
  9. operator_scheduling/eval/arf.json +3 -73
  10. operator_scheduling/eval/collapse.json +3 -154
  11. operator_scheduling/eval/cosine1.json +3 -163
  12. operator_scheduling/eval/cosine2.json +3 -194
  13. operator_scheduling/eval/dag_1000.json +3 -2295
  14. operator_scheduling/eval/dag_1500.json +3 -3682
  15. operator_scheduling/eval/dag_500.json +3 -1845
  16. operator_scheduling/eval/feedback.json +3 -126
  17. operator_scheduling/eval/fir1.json +3 -106
  18. operator_scheduling/eval/fir2.json +3 -98
  19. operator_scheduling/eval/h2v2.json +3 -124
  20. operator_scheduling/eval/idctcol.json +3 -303
  21. operator_scheduling/eval/interpolate.json +3 -233
  22. operator_scheduling/eval/invert.json +3 -712
  23. operator_scheduling/eval/jpeg_fdct.json +3 -326
  24. operator_scheduling/eval/jpeg_idct.json +3 -307
  25. operator_scheduling/eval/matmul.json +3 -244
  26. operator_scheduling/eval/smooth.json +3 -412
  27. operator_scheduling/eval/write.json +3 -221
  28. protein_sequence_design/demo/1a3n.pdb +3 -0
  29. protein_sequence_design/demo/1a4y.pdb +3 -0
  30. protein_sequence_design/demo/1aaj.pdb +3 -0
  31. protein_sequence_design/demo/1aba.pdb +3 -0
  32. protein_sequence_design/demo/1akj.pdb +3 -0
  33. protein_sequence_design/eval/1aps.pdb +3 -0
  34. protein_sequence_design/eval/1brq.pdb +3 -0
  35. protein_sequence_design/eval/1crn.pdb +3 -0
  36. protein_sequence_design/eval/1d66.pdb +3 -0
  37. protein_sequence_design/eval/1fat.pdb +3 -0
  38. protein_sequence_design/eval/1gfl.pdb +3 -0
  39. protein_sequence_design/eval/1hel.pdb +3 -0
  40. protein_sequence_design/eval/1ifb.pdb +3 -0
  41. protein_sequence_design/eval/1lmb.pdb +3 -0
  42. protein_sequence_design/eval/1ubq.pdb +3 -0
  43. protein_sequence_design/eval/2dn2.pdb +3 -0
  44. protein_sequence_design/eval/2gbl.pdb +3 -0
  45. protein_sequence_design/eval/2hbs.pdb +3 -0
  46. protein_sequence_design/eval/2hpr.pdb +3 -0
  47. protein_sequence_design/eval/2ptc.pdb +3 -0
  48. protein_sequence_design/eval/3gft.pdb +3 -0
  49. protein_sequence_design/eval/3rn3.pdb +3 -0
  50. protein_sequence_design/eval/3trx.pdb +3 -0
.gitattributes CHANGED
@@ -57,3 +57,9 @@ saved_model/**/* filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
57
  # Video files - compressed
58
  *.mp4 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
59
  *.webm filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
 
 
 
 
 
 
 
57
  # Video files - compressed
58
  *.mp4 filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
59
  *.webm filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
60
+ *.json filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
61
+ *.csv filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
62
+ *.pre filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
63
+ *.pdptw filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
64
+ *.pdb filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
65
+ *.blif filter=lfs diff=lfs merge=lfs -text
heurigen-data.py CHANGED
@@ -26,6 +26,9 @@ _BUILDER_CONFIGS = [
26
  HeuriGenConfig(
27
  name="global_routing", description="Netlist global-routing instances"
28
  ),
 
 
 
29
  ]
30
 
31
 
@@ -47,20 +50,22 @@ class HeuriGen(datasets.GeneratorBasedBuilder):
47
  )
48
 
49
  def _split_generators(self, dl_manager):
50
- data_root = os.path.join(os.path.dirname(__file__), self.config.name)
 
51
 
52
  # helper – returns **all** files in that split, no matter how many
53
  def files(pattern):
54
- return sorted(glob.glob(os.path.join(data_root, pattern)))
55
 
 
56
  return [
57
  datasets.SplitGenerator(
58
  name=datasets.Split.TRAIN,
59
- gen_kwargs={"files": files("demo/**/*") or files("demo.*")},
60
  ),
61
  datasets.SplitGenerator(
62
  name=datasets.Split.TEST,
63
- gen_kwargs={"files": files("eval/**/*") or files("eval.*")},
64
  ),
65
  ]
66
 
 
26
  HeuriGenConfig(
27
  name="global_routing", description="Netlist global-routing instances"
28
  ),
29
+ HeuriGenConfig(
30
+ name="protein_sequence_design", description="Protein sequence design instances"
31
+ ),
32
  ]
33
 
34
 
 
50
  )
51
 
52
  def _split_generators(self, dl_manager):
53
+ base = dl_manager.download(self.config.name)
54
+ # data_root = os.path.join(os.path.dirname(__file__), self.config.name)
55
 
56
  # helper – returns **all** files in that split, no matter how many
57
  def files(pattern):
58
+ return sorted(glob.glob(os.path.join(base, pattern)))
59
 
60
+ print(base, files("demo/**/*"))
61
  return [
62
  datasets.SplitGenerator(
63
  name=datasets.Split.TRAIN,
64
+ gen_kwargs={"files": files("demo/**") or files("demo.*")},
65
  ),
66
  datasets.SplitGenerator(
67
  name=datasets.Split.TEST,
68
+ gen_kwargs={"files": files("eval/**") or files("eval.*")},
69
  ),
70
  ]
71
 
operator_scheduling/README.md DELETED
@@ -1,66 +0,0 @@
1
- # Operator Scheduling
2
-
3
- ## Background
4
-
5
- High-level synthesis (HLS) is an important stage in electronic design automation (EDA), aimed at translating a high-level program specification (e.g., written in C/C++ or SystemC) into a cycle-accurate hardware implementation. After the program is parsed and analyzed, it is typically transformed into an intermediate representation known as a Control Data Flow Graph (CDFG). This graph captures the operations (e.g., arithmetic, memory accesses) and their control/data dependencies. The CDFG can further be processed into a Directed Acyclic Graph (DAG) to facilitate scheduling and optimization.
6
-
7
- One of the core challenges in HLS is operator scheduling, which determines the exact control step (or cycle) at which each operation is executed, while satisfying data dependencies and resource constraints. Efficient scheduling plays a critical role in optimizing design quality in terms of performance, area, and power.
8
-
9
- ## Formalization
10
-
11
- Consider a CDFG with $n$ operation nodes $o_i$, where $i \in O = \{1, 2, \ldots, n\}$, and a precedence relation $\prec$ on $O$ that captures operation dependencies. Each operation $o_i$ is associated with a cycle delay $d_i \in \mathbb{Z}^+$ and a resource type $r_i \in R = \{1, 2, \ldots, k\}$. Let $T = \{0, 1, 2, \ldots, L\}$ represent the set of control steps (c-steps), and define a schedule as an $n$-tuple $s = (t_1, t_2, \ldots, t_n)$, where $t_i \in T$ denotes the start time (c-step) of operation $o_i$.
12
-
13
- A schedule $s$ is feasible if it satisfies all data dependencies:
14
- $\forall i, j \in O: i \prec j \Rightarrow t_i + d_i \leq t_j$.
15
- Let $S$ denote the set of all feasible schedules. For a given schedule $s$, let $N_r(t)$ be the number of operations that use resource $r$ in control step $t$, and define the total usage of resource $r$ as $N_r = \sum_{t \in T} N_r(t)$.
16
-
17
- Given a bound $G_r$ on the number of available instances for each resource type $r \in R$, the operator scheduling problem is to find a feasible schedule $s \in S$ that minimizes the overall latency $L$, defined as
18
- $\min_{s \in S} \max_{i \in O} (t_i + d_i)$,
19
- subject to the resource constraints
20
- $\forall r \in R, t \in T: N_r(t) \leq G_r$.
21
-
22
- ## Input Format
23
- The input is provided in JSON format with the following structure:
24
-
25
- ```json
26
- {
27
- "name": "input",
28
- "delay": {
29
- "mul": 3,
30
- "sub": 1
31
- },
32
- "resource": {
33
- "mul": 2,
34
- "sub": 1
35
- },
36
- "nodes": [
37
- ["n1", "mul"],
38
- ["n2", "mul"],
39
- ["n3", "sub"]
40
- ],
41
- "edges": [
42
- ["n1", "n3", "lhs"],
43
- ["n2", "n3", "rhs"]
44
- ]
45
- }
46
- ```
47
-
48
- Where:
49
- - `name`: Name of the input graph
50
- - `delay`: Maps each resource type to its execution delay in cycles
51
- - `resource`: Maps each resource type to the number of available functional units
52
- - `nodes`: List of nodes, where each node is represented as `[node_id, resource_type]`
53
- - `edges`: List of edges, where each edge is represented as `[source_node, target_node, edge_name]`
54
-
55
- ## Output Format
56
- The output should provide the execution schedule of the program, indicating the start cycle of each operation. For example, the following output means that `n1` and `n2` start at cycle 0, while `n3` starts at cycle 3:
57
- ```
58
- n1:0
59
- n2:0
60
- n3:3
61
- ```
62
-
63
- ## References
64
- 1. Jason Cong, Zhiru Zhang, "An Efficient and Versatile Scheduling Algorithm Based on SDC Formulation", Design Automation Conference (DAC), 2006.
65
- 2. Minghua Shen, Hongzheng Chen, Nong Xiao, "Entropy-Directed Scheduling for FPGA High-Level Synthesis", IEEE Transactions on Computer Aided Design of Integrated Circuits & Systems (TCAD), 2020.
66
- 3. https://web.ece.ucsb.edu/EXPRESS/benchmark/
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
operator_scheduling/demo/demo.json CHANGED
@@ -1,20 +1,3 @@
1
- {
2
- "name": "input",
3
- "delay": {
4
- "mul": 3,
5
- "sub": 1
6
- },
7
- "resource": {
8
- "mul": 2,
9
- "sub": 1
10
- },
11
- "nodes": [
12
- ["n1", "mul"],
13
- ["n2", "mul"],
14
- ["n3", "sub"]
15
- ],
16
- "edges": [
17
- ["n1", "n3", "lhs"],
18
- ["n2", "n3", "rhs"]
19
- ]
20
- }
 
1
+ version https://git-lfs.github.com/spec/v1
2
+ oid sha256:93ca4b9c63ab3b446f77c71da75897b06b702b563d5aacbbb61c49348f5556a7
3
+ size 256
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
operator_scheduling/demo/ewf.json CHANGED
@@ -1,96 +1,3 @@
1
- {
2
- "name": "ewf",
3
- "delay": {
4
- "MUL": 2,
5
- "ADD": 1
6
- },
7
- "resource": {
8
- "MUL": 1,
9
- "ADD": 2
10
- },
11
- "nodes": [
12
- ["ADD_1", "ADD"],
13
- ["ADD_2", "ADD"],
14
- ["ADD_3", "ADD"],
15
- ["ADD_4", "ADD"],
16
- ["ADD_5", "ADD"],
17
- ["MUL_6", "MUL"],
18
- ["MUL_7", "MUL"],
19
- ["ADD_8", "ADD"],
20
- ["ADD_9", "ADD"],
21
- ["ADD_10", "ADD"],
22
- ["ADD_11", "ADD"],
23
- ["ADD_12", "ADD"],
24
- ["MUL_13", "MUL"],
25
- ["ADD_14", "ADD"],
26
- ["MUL_15", "MUL"],
27
- ["ADD_16", "ADD"],
28
- ["ADD_17", "ADD"],
29
- ["ADD_18", "ADD"],
30
- ["ADD_19", "ADD"],
31
- ["ADD_20", "ADD"],
32
- ["ADD_21", "ADD"],
33
- ["MUL_22", "MUL"],
34
- ["ADD_23", "ADD"],
35
- ["ADD_24", "ADD"],
36
- ["MUL_25", "MUL"],
37
- ["ADD_26", "ADD"],
38
- ["MUL_27", "MUL"],
39
- ["MUL_28", "MUL"],
40
- ["ADD_29", "ADD"],
41
- ["ADD_30", "ADD"],
42
- ["ADD_31", "ADD"],
43
- ["ADD_32", "ADD"],
44
- ["ADD_33", "ADD"],
45
- ["ADD_34", "ADD"]
46
- ],
47
- "edges": [
48
- ["ADD_1", "ADD_3", "0"],
49
- ["ADD_1", "ADD_16", "1"],
50
- ["ADD_1", "ADD_18", "2"],
51
- ["ADD_2", "ADD_5", "3"],
52
- ["ADD_2", "ADD_9", "4"],
53
- ["ADD_2", "ADD_12", "5"],
54
- ["ADD_3", "ADD_4", "6"],
55
- ["ADD_3", "ADD_8", "7"],
56
- ["ADD_3", "ADD_10", "8"],
57
- ["ADD_4", "ADD_5", "9"],
58
- ["ADD_5", "MUL_6", "10"],
59
- ["ADD_5", "MUL_7", "11"],
60
- ["ADD_5", "ADD_11", "12"],
61
- ["MUL_6", "ADD_8", "13"],
62
- ["MUL_7", "ADD_9", "14"],
63
- ["ADD_8", "ADD_10", "15"],
64
- ["ADD_8", "ADD_11", "16"],
65
- ["ADD_8", "ADD_19", "17"],
66
- ["ADD_9", "ADD_12", "18"],
67
- ["ADD_9", "ADD_14", "19"],
68
- ["ADD_9", "ADD_20", "20"],
69
- ["ADD_10", "MUL_13", "21"],
70
- ["ADD_11", "ADD_14", "22"],
71
- ["ADD_12", "MUL_15", "23"],
72
- ["MUL_13", "ADD_16", "24"],
73
- ["MUL_15", "ADD_17", "25"],
74
- ["ADD_16", "ADD_18", "26"],
75
- ["ADD_16", "ADD_19", "27"],
76
- ["ADD_16", "ADD_30", "28"],
77
- ["ADD_17", "ADD_20", "29"],
78
- ["ADD_17", "ADD_21", "30"],
79
- ["ADD_17", "ADD_29", "31"],
80
- ["ADD_18", "MUL_22", "32"],
81
- ["ADD_19", "ADD_23", "33"],
82
- ["ADD_20", "ADD_24", "34"],
83
- ["ADD_21", "MUL_25", "35"],
84
- ["MUL_22", "ADD_26", "36"],
85
- ["ADD_23", "MUL_27", "37"],
86
- ["ADD_23", "ADD_33", "38"],
87
- ["ADD_24", "MUL_28", "39"],
88
- ["ADD_24", "ADD_34", "40"],
89
- ["MUL_25", "ADD_29", "41"],
90
- ["ADD_26", "ADD_30", "42"],
91
- ["MUL_27", "ADD_31", "43"],
92
- ["MUL_28", "ADD_32", "44"],
93
- ["ADD_31", "ADD_33", "45"],
94
- ["ADD_32", "ADD_34", "46"]
95
- ]
96
- }
 
1
+ version https://git-lfs.github.com/spec/v1
2
+ oid sha256:324243ae5d7b8900fe2366c696f396c1beffcdff3713670c870f7d42dc5be1f0
3
+ size 2383
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
operator_scheduling/demo/hal.json CHANGED
@@ -1,38 +1,3 @@
1
- {
2
- "name": "hal1",
3
- "delay": {
4
- "mul": 2,
5
- "sub": 1,
6
- "add": 1,
7
- "les": 1
8
- },
9
- "resource": {
10
- "mul": 2,
11
- "sub": 1,
12
- "add": 1,
13
- "les": 1
14
- },
15
- "nodes": [
16
- ["1", "mul"],
17
- ["2", "mul"],
18
- ["3", "mul"],
19
- ["4", "sub"],
20
- ["5", "sub"],
21
- ["6", "mul"],
22
- ["7", "mul"],
23
- ["8", "mul"],
24
- ["9", "add"],
25
- ["10", "add"],
26
- ["11", "les"]
27
- ],
28
- "edges": [
29
- ["1", "3", "16"],
30
- ["2", "3", "14"],
31
- ["3", "4", "20"],
32
- ["4", "5", "24"],
33
- ["6", "7", "17"],
34
- ["7", "5", "22"],
35
- ["8", "9", "15"],
36
- ["10", "11", "18"]
37
- ]
38
- }
 
1
+ version https://git-lfs.github.com/spec/v1
2
+ oid sha256:95c67695c5d69d658d8c905e758c55c0ae5154ff995d52366d210d9d54d81514
3
+ size 582
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
operator_scheduling/demo/horner.json CHANGED
@@ -1,53 +1,3 @@
1
- {
2
- "name": "horner_bezier_surf_dfg__12",
3
- "delay": {
4
- "MUL": 2,
5
- "ADD": 1,
6
- "LOD": 1,
7
- "STR": 1
8
- },
9
- "resource": {
10
- "MUL": 1,
11
- "ADD": 1,
12
- "LOD": 1,
13
- "STR": 1
14
- },
15
- "nodes": [
16
- ["MUL_0", "MUL"],
17
- ["ADD_1", "ADD"],
18
- ["MUL_2", "MUL"],
19
- ["ADD_5", "ADD"],
20
- ["LOD_6", "LOD"],
21
- ["MUL_8", "MUL"],
22
- ["MUL_10", "MUL"],
23
- ["MUL_11", "MUL"],
24
- ["ADD_14", "ADD"],
25
- ["LOD_15", "LOD"],
26
- ["MUL_17", "MUL"],
27
- ["ADD_18", "ADD"],
28
- ["MUL_19", "MUL"],
29
- ["ADD_20", "ADD"],
30
- ["MUL_21", "MUL"],
31
- ["ADD_24", "ADD"],
32
- ["STR_25", "STR"],
33
- ["ADD_29", "ADD"]
34
- ],
35
- "edges": [
36
- ["MUL_0", "ADD_1", "0"],
37
- ["ADD_1", "MUL_2", "1"],
38
- ["MUL_2", "ADD_5", "2"],
39
- ["ADD_5", "LOD_6", "3"],
40
- ["LOD_6", "MUL_8", "4"],
41
- ["MUL_8", "ADD_18", "5"],
42
- ["MUL_10", "MUL_17", "6"],
43
- ["MUL_11", "ADD_14", "7"],
44
- ["ADD_14", "LOD_15", "8"],
45
- ["LOD_15", "MUL_17", "9"],
46
- ["MUL_17", "ADD_18", "10"],
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154
- }
 
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- "nodes": [
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