acids = [ "A", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "K", "L", "M", "N", "P", "Q", "R", "S", "T", "V", "W", "Y", ] UNCOMMON_RESIDUE_DICT = { "DLY": "LYS", "OTH": "THR", "GHP": "GLY", "YOF": "TYR", "HS9": "HIS", "HVA": "VAL", "C5C": "CYS", "TMD": "THR", "NC1": "SER", "CSR": "CYS", "LYP": "LYS", "PR4": "PRO", "KPI": "LYS", "02K": "ALA", "4AW": "TRP", "MLE": "LEU", "NMM": "ARG", "DNE": "LEU", "NYS": "CYS", "SEE": "SER", "DSG": "ASN", "ALA": "ALA", "CSA": "CYS", "SCH": "CYS", "TQQ": "TRP", "PTM": "TYR", "XPR": "PRO", "VLL": "UNK", "B3Y": "TYR", "PAQ": "TYR", "FME": "MET", "NAL": "ALA", "TYI": "TYR", "OXX": "ASP", "CSS": "CYS", "OCS": "CYS", "193": "UNK", "GLJ": "GLU", "PM3": "PHE", "DTR": "TRP", "MEQ": "GLN", "HSO": "HIS", "TYW": "TYR", "LED": "LEU", "PHL": "PHE", "TDD": "LEU", "MEA": "PHE", "FGA": "GLU", "GGL": "GLU", "PSH": "HIS", "3CF": "PHE", "MSE": "MET", "2SO": "HIS", "B3S": "SER", "PSW": "SEC", "C4R": "CYS", "XCP": "UNK", "LYF": "LYS", "WFP": "PHE", "A8E": "VAL", "0AF": "TRP", "PEC": 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"CZ2": "CYS", "23P": "ALA", "I4G": "GLY", "CMT": "CYS", "LVN": "VAL", "OAS": "SER", "TY2": "TYR", "SCS": "CYS", "PFX": "UNK", "MF3": "UNK", "OBS": "LYS", "GL3": "GLY", "0A9": "PHE", "MVA": "VAL", "B3Q": "UNK", "DOA": "UNK", "MP8": "PRO", "CYR": "CYS", "5PG": "GLY", "ILY": "LYS", "DNW": "ALA", "BCX": "CYS", "AZK": "LYS", "AAR": "ARG", "TRN": "TRP", "NBQ": "TYR", "RVX": "SER", "PSA": "PHE", "Z3E": "THR", "OCY": "CYS", "2ZC": "SER", "N2C": "UNK", "SBD": "SER", "MSA": "GLY", "SET": "SER", "HS8": "HIS", "SMF": "PHE", "HYP": "PRO", "PYX": "CYS", "XPL": "PYL", "DMK": "ASP", "BIF": "PHE", "M3L": "LYS", "CYF": "CYS", "O12": "UNK", "SRZ": "SER", "LAL": "ALA", "2MR": "ARG", "4PH": "PHE", "2LT": "TYR", "LPL": "UNK", "3YM": "TYR", "LRK": "LYS", "FVA": "VAL", "MED": "MET", "ILM": "ILE", "6CL": "LYS", "CXM": "MET", "DHV": "VAL", "PR3": "CYS", "HAR": "ARG", "KWS": "GLY", "SAR": "GLY", "0LF": "PRO", "45F": "PRO", "12A": "A", "CLG": "LYS", "DHI": "HIS", "PTR": "TYR", "DMT": "UNK", "OMT": "MET", "TBG": "VAL", "PLJ": "PRO", "IAM": "ALA", "DBY": "TYR", "CPC": "UNK", "GLZ": "GLY", "4FW": "TRP", "SLZ": "LYS", "HIA": "HIS", "FOE": "CYS", "IYR": "TYR", "KST": "LYS", "B3M": "UNK", "BB6": "CYS", "CYW": "CYS", "MPQ": "GLY", "HHK": "LYS", "HGL": "UNK", "SE7": "ALA", "ELY": "LYS", "TRO": "TRP", "DNP": "ALA", "MK8": "LEU", "200": "PHE", "WVL": "VAL", "LPD": "PRO", "NCB": "ALA", "DDZ": "ALA", "MYK": "LYS", "OLD": "HIS", "DYS": "CYS", "LET": "LYS", "ESB": "TYR", "HR7": "ARG", "DI7": "TYR", "QCS": "CYS", "ASA": "ASP", "CSX": "CYS", "P3Q": "TYR", "OHS": "ASP", "SOY": "SER", "EHP": "PHE", "ZCL": "PHE", "32T": "UNK", "AHB": "ASN", "TRX": "TRP", "0AK": "ASP", "TH5": "THR", "GHG": "GLN", "XW1": "ALA", "23F": "PHE", "1OP": "TYR", "AGT": "CYS", "PYA": "ALA", "2MT": "PRO", "4FB": "PRO", "CSB": "CYS", "TRQ": "TRP", "MDO": "GLY", "CAS": "CYS", "TTQ": "TRP", "T0I": "TYR", "LLY": "LYS", "GVL": "SER", "BPE": "CYS", "0TD": "ASP", "TYY": "TYR", "BH2": "ASP", "D3P": "GLY", "CY4": "CYS", "CHP": "GLY", "DFO": "UNK", 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"ALC": "ALA", "ASL": "ASP", "CHS": "UNK", "2TL": "THR", "HT7": "TRP", "SGB": "SER", "OPR": "ARG", "B3D": "ASP", "FLT": "TYR", "DGN": "GLN", "4CF": "PHE", "HLU": "LEU", "FZN": "LYS", "C6C": "CYS", "HTI": "CYS", "OMH": "SER", "WLU": "LEU", "23S": "UNK", "U3X": "PHE", "SEB": "SER", "DBZ": "ALA", "BB7": "CYS", "2RA": "ALA", "SCY": "CYS", "6CW": "TRP", "AHP": "ALA", "ARO": "ARG", "RE3": "TRP", "1TQ": "TRP", "VDL": "UNK", "4IN": "TRP", "GFT": "SER", "CPI": "UNK", "LSO": "LYS", "CGA": "GLU", "MLZ": "LYS", "HTR": "TRP", "00C": "CYS", "FAK": "LYS", "PRS": "PRO", "ME0": "MET", "SDP": "SER", "HSL": "SER", "C3Y": "CYS", "823": "ASN", "PHA": "PHE", "LYZ": "LYS", "HTN": "ASN", "LP6": "LYS", "ALV": "ALA", "NVA": "VAL", "CSD": "CYS", "DMH": "ASN", "PG9": "GLY", "PCA": "GLU", "KCX": "LYS", "MDF": "TYR", "TYB": "TYR", "MHL": "LEU", "GNC": "GLN", "NLO": "LEU", "MEN": "ASN", "POM": "PRO", "2HF": "HIS", "CY0": "CYS", "ZYK": "PRO", "R1A": "CYS", "CAF": "CYS", "YCM": "CYS", "ORN": "ALA", "H5M": "PRO", "MLY": 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"AZH": "ALA", "HIQ": "HIS", "ABA": "ASN", "TH6": "THR", "FHL": "LYS", "ZAL": "ALA", "ICY": "CYS", "IZO": "MET", "F2F": "PHE", "VAI": "VAL", "TY5": "TYR", "07O": "CYS", "AA4": "ALA", "RGL": "ARG", "SAC": "SER", "PXU": "PRO", "NFA": "PHE", "LA2": "LYS", "0BN": "PHE", "LYK": "LYS", "FTY": "TYR", "NZH": "HIS", "CSJ": "CYS", "30V": "CYS", "DLE": "LEU", "TLY": "LYS", "L3O": "LEU", "LDH": "LYS", "NEP": "HIS", "ALY": "LYS", "GPL": "LYS", "01W": "UNK", "WRP": "TRP", "MCL": "LYS", "2AS": "UNK", "CSU": "CYS", "SOC": "CYS", "HRG": "ARG", "NMC": "GLY", "TYO": "TYR", "LHC": "UNK", "D11": "THR", "I2M": "ILE", "TTS": "TYR", "FC0": "PHE", "HIC": "HIS", "YPZ": "TYR", "5CS": "CYS", "SEP": "SER", "BBC": "CYS", "3MY": "TYR", "HQA": "ALA", "11Q": "PRO", "AGM": "ARG", "BG1": "SER", "IAS": "ASP", "SBL": "SER", "56A": "HIS", "FTR": "TRP", "DIV": "VAL", "ALO": "THR", "BTK": "LYS", "M3R": "ARG", } blosum62 = { ("W", "F"): 1, ("L", "R"): -2, ("S", "P"): -1, ("V", "T"): 0, ("Q", "Q"): 5, ("N", "A"): -2, ("Z", "Y"): -2, ("W", "R"): -3, ("Q", "A"): -1, ("S", "D"): 0, ("H", "H"): 8, ("S", "H"): -1, ("H", "D"): -1, ("L", "N"): -3, ("W", "A"): -3, ("Y", "M"): -1, ("G", "R"): -2, ("Y", "I"): -1, ("Y", "E"): -2, ("B", "Y"): -3, ("Y", "A"): -2, ("V", "D"): -3, ("B", "S"): 0, ("Y", "Y"): 7, ("G", "N"): 0, ("E", "C"): -4, ("Y", "Q"): -1, ("Z", "Z"): 4, ("V", "A"): 0, ("C", "C"): 9, ("M", "R"): -1, ("V", "E"): -2, ("T", "N"): 0, ("P", "P"): 7, ("V", "I"): 3, ("V", "S"): -2, ("Z", "P"): -1, ("V", "M"): 1, ("T", "F"): -2, ("V", "Q"): -2, ("K", "K"): 5, ("P", "D"): -1, ("I", "H"): -3, ("I", "D"): -3, ("T", "R"): -1, ("P", "L"): -3, ("K", "G"): -2, ("M", "N"): -2, ("P", "H"): -2, ("F", "Q"): -3, ("Z", "G"): -2, ("X", "L"): -1, ("T", "M"): -1, ("Z", "C"): -3, ("X", "H"): -1, ("D", "R"): -2, ("B", "W"): -4, ("X", "D"): -1, ("Z", "K"): 1, ("F", "A"): -2, ("Z", "W"): -3, ("F", "E"): -3, ("D", "N"): 1, ("B", "K"): 0, ("X", "X"): -1, ("F", "I"): 0, ("B", "G"): -1, ("X", "T"): 0, ("F", "M"): 0, ("B", "C"): -3, ("Z", "I"): -3, ("Z", "V"): -2, ("S", "S"): 4, ("L", "Q"): -2, ("W", "E"): -3, ("Q", "R"): 1, ("N", "N"): 6, ("W", "M"): -1, ("Q", "C"): -3, ("W", "I"): -3, ("S", "C"): -1, ("L", "A"): -1, ("S", "G"): 0, ("L", "E"): -3, ("W", "Q"): -2, ("H", "G"): -2, ("S", "K"): 0, ("Q", "N"): 0, ("N", "R"): 0, ("H", "C"): -3, ("Y", "N"): -2, ("G", "Q"): -2, ("Y", "F"): 3, ("C", "A"): 0, ("V", "L"): 1, ("G", "E"): -2, ("G", "A"): 0, ("K", "R"): 2, ("E", "D"): 2, ("Y", "R"): -2, ("M", "Q"): 0, ("T", "I"): -1, ("C", "D"): -3, ("V", "F"): -1, ("T", "A"): 0, ("T", "P"): -1, ("B", "P"): -2, ("T", "E"): -1, ("V", "N"): -3, ("P", "G"): -2, ("M", "A"): -1, ("K", "H"): -1, ("V", "R"): -3, ("P", "C"): -3, ("M", "E"): -2, ("K", "L"): -2, ("V", "V"): 4, ("M", "I"): 1, ("T", "Q"): -1, ("I", "G"): -4, ("P", "K"): -1, ("M", "M"): 5, ("K", "D"): -1, ("I", "C"): -1, ("Z", "D"): 1, ("F", "R"): -3, ("X", "K"): -1, ("Q", "D"): 0, ("X", "G"): -1, ("Z", "L"): -3, ("X", "C"): -2, ("Z", "H"): 0, ("B", "L"): -4, ("B", "H"): 0, ("F", "F"): 6, ("X", "W"): -2, ("B", "D"): 4, ("D", "A"): -2, ("S", "L"): -2, ("X", "S"): 0, ("F", "N"): -3, ("S", "R"): -1, ("W", "D"): -4, ("V", "Y"): -1, ("W", "L"): -2, ("H", "R"): 0, ("W", "H"): -2, ("H", "N"): 1, ("W", "T"): -2, ("T", "T"): 5, ("S", "F"): -2, ("W", "P"): -4, ("L", "D"): -4, ("B", "I"): -3, ("L", "H"): -3, ("S", "N"): 1, ("B", "T"): -1, ("L", "L"): 4, ("Y", "K"): -2, ("E", "Q"): 2, ("Y", "G"): -3, ("Z", "S"): 0, ("Y", "C"): -2, ("G", "D"): -1, ("B", "V"): -3, ("E", "A"): -1, ("Y", "W"): 2, ("E", "E"): 5, ("Y", "S"): -2, ("C", "N"): -3, ("V", "C"): -1, ("T", "H"): -2, ("P", "R"): -2, ("V", "G"): -3, ("T", "L"): -1, ("V", "K"): -2, ("K", "Q"): 1, ("R", "A"): -1, ("I", "R"): -3, ("T", "D"): -1, ("P", "F"): -4, ("I", "N"): -3, ("K", "I"): -3, ("M", "D"): -3, ("V", "W"): -3, ("W", "W"): 11, ("M", "H"): -2, ("P", "N"): -2, ("K", "A"): -1, ("M", "L"): 2, ("K", "E"): 1, ("Z", "E"): 4, ("X", "N"): -1, ("Z", "A"): -1, ("Z", "M"): -1, ("X", "F"): -1, ("K", "C"): -3, ("B", "Q"): 0, ("X", "B"): -1, ("B", "M"): -3, ("F", "C"): -2, ("Z", "Q"): 3, ("X", "Z"): -1, ("F", "G"): -3, ("B", "E"): 1, ("X", "V"): -1, ("F", "K"): -3, ("B", "A"): -2, ("X", "R"): -1, ("D", "D"): 6, ("W", "G"): -2, ("Z", "F"): -3, ("S", "Q"): 0, ("W", "C"): -2, ("W", "K"): -3, ("H", "Q"): 0, ("L", "C"): -1, ("W", "N"): -4, ("S", "A"): 1, ("L", "G"): -4, ("W", "S"): -3, ("S", "E"): 0, ("H", "E"): 0, ("S", "I"): -2, ("H", "A"): -2, ("S", "M"): -1, ("Y", "L"): -1, ("Y", "H"): 2, ("Y", "D"): -3, ("E", "R"): 0, ("X", "P"): -2, ("G", "G"): 6, ("G", "C"): -3, ("E", "N"): 0, ("Y", "T"): -2, ("Y", "P"): -3, ("T", "K"): -1, ("A", "A"): 4, ("P", "Q"): -1, ("T", "C"): -1, ("V", "H"): -3, ("T", "G"): -2, ("I", "Q"): -3, ("Z", "T"): -1, ("C", "R"): -3, ("V", "P"): -2, ("P", "E"): -1, ("M", "C"): -1, ("K", "N"): 0, ("I", "I"): 4, ("P", "A"): -1, ("M", "G"): -3, ("T", "S"): 1, ("I", "E"): -3, ("P", "M"): -2, ("M", "K"): -1, ("I", "A"): -1, ("P", "I"): -3, ("R", "R"): 5, ("X", "M"): -1, ("L", "I"): 2, ("X", "I"): -1, ("Z", "B"): 1, ("X", "E"): -1, ("Z", "N"): 0, ("X", "A"): 0, ("B", "R"): -1, ("B", "N"): 3, ("F", "D"): -3, ("X", "Y"): -1, ("Z", "R"): 0, ("F", "H"): -1, ("B", "F"): -3, ("F", "L"): 0, ("X", "Q"): -1, ("B", "B"): 4, } classes = { 1: "Mainly Alpha", 2: "Mainly Beta", 3: "Alpha Beta", 4: "Few Structures/Special", } architectures = { "1.10": "Orthogonal Bundle", "1.20": "Up-down Bundle", "1.25": "Alpha Horseshoe", "1.40": "Alpha solenoid", "1.50": "Alpha/alpha barrel", "2.10": "Ribbon", "2.20": "Single Sheet", "2.30": "Roll", "2.40": "Beta Barrel", "2.50": "Clam", "2.60": "Sandwich", "2.70": "Distorted Sandwich", "2.80": "Trefoil", "2.90": "Orthogonal Prism", "2.100": "Aligned Prism", "2.102": "3-layer Sandwich", "2.105": "3 Propeller", "2.110": "4 Propeller", "2.115": "5 Propeller", "2.120": "6 Propeller", "2.130": "7 Propeller", "2.140": "8 Propeller", "2.150": "2 Solenoid", "2.160": "3 Solenoid", "2.170": "Beta Complex", "2.180": "Shell", "3.10": "Roll", "3.15": "Super Roll", "3.20": "Alpha-Beta Barrel", "3.30": "2-Layer Sandwich", "3.40": "3-Layer(aba) Sandwich", "3.50": "3-Layer(bba) Sandwich", "3.55": "3-Layer(bab) Sandwich", "3.60": "4-Layer Sandwich", "3.65": "Alpha-beta prism", "3.70": "Box", "3.75": "5-stranded Propeller", "3.80": "Alpha-Beta Horseshoe", "3.90": "Alpha-Beta Complex", "3.100": "Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2", "4.10": "Irregular", "6.10": "Helix non-globular", "6.20": "Other non-globular", } # move into .txt file, no need for a special function for ts50. ts50 = [ "1AHSA", "1BVYF", "1PDOA", "2VA0A", "3IEYB", "2XR6A", "3II2A", "1OR4A", "2QDLA", "3NZMA", "3VJZA", "1ETEA", "2A2LA", "2FVVA", "3L4RA", "1LPBA", "3NNGA", "2CVIA", "3GKNA", "2J49A", "3FHKA", "3PIVA", "3LQCA", "3GFSA", "3E8MA", "1DX5I", "3NY7A", "3K7PA", "2CAYA", "1I8NA", "1V7MV", "1H4AX", "3T5GB", "3Q4OA", "3A4RA", "2I39A", "3AQGA", "3EJFA", "3NBKA", "4GCNA", "2XDGA", "3GWIA", "3HKLA", "3SO6A", "3ON9A", "4DKCA", "2GU3A", "2XCJA", "1Y1LA", "1MR1C", ]