| // /* eslint-disable */ | |
| // // import {parseMol2} from "molstar/lib/mol-io/reader/mol2/parser"; | |
| // // import {to_mmCIF} from "molstar/lib/mol-model/structure/export/mmcif"; | |
| // // import {DataBuilder} from "molstar/lib/mol-plugin-state/builder/data"; | |
| // // @ts-ignore | |
| // // import {Viewer} from "molstar/build/viewer/molstar"; | |
| // // var $ = require("jquery"); | |
| // import 'jquery'; | |
| // // import 'expose-loader?$!expose-loader?jQuery!jquery'; | |
| // // require("expose-loader?$!jquery"); | |
| // import * as $3Dmol from '3dmol/build/3Dmol-nojquery.js'; | |
| // // @ts-ignore | |
| // // import * as mol3d from "3dmol/3Dmol/3dmol"; | |
| // // import * as mol3d from "3dmol/3Dmol/parsers"; | |
| // // import * as mol3d from "./3Dmol-nojquery"; | |
| // // declare var molstar; | |
| // // ./build/viewer/molstar.js | |
| // const mol2Txt = `@<TRIPOS>MOLECULE | |
| // ***** | |
| // 83 85 0 0 0 | |
| // SMALL | |
| // GASTEIGER | |
| // @<TRIPOS>ATOM | |
| // 1 O -0.4188 7.2012 0.2074 O.3 1 UNL1 -0.3449 | |
| // 2 C -0.2414 8.5901 -0.0529 C.3 1 UNL1 0.0744 | |
| // 3 C 1.1817 8.7271 -0.5175 C.3 1 UNL1 0.0744 | |
| // 4 O 1.5420 7.4167 -0.9587 O.3 1 UNL1 -0.3449 | |
| // 5 C 0.8410 6.5653 -0.0521 C.3 1 UNL1 0.1867 | |
| // 6 C 0.7343 4.9624 -0.3487 C.ar 1 UNL1 0.0244 | |
| // 7 C 1.8367 3.9810 -0.4669 C.ar 1 UNL1 0.0341 | |
| // 8 C 3.3053 4.0011 -0.4032 C.1 1 UNL1 -0.0653 | |
| // 9 C 4.3648 3.3648 -0.3117 C.1 1 UNL1 -0.0910 | |
| // 10 C 5.5571 2.4160 -0.1903 C.3 1 UNL1 0.0239 | |
| // 11 C 6.7750 3.2937 -0.0208 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 12 C 5.8196 1.2372 -1.2109 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 13 C 5.2756 1.6069 1.0875 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 14 C 1.5557 2.6029 -0.5537 C.ar 1 UNL1 -0.0293 | |
| // 15 C 0.3311 2.0156 -0.5089 C.ar 1 UNL1 0.0418 | |
| // 16 C -0.7830 2.8706 -0.4068 C.ar 1 UNL1 0.0408 | |
| // 17 C -2.0801 2.1791 -0.4254 C.1 1 UNL1 -0.0645 | |
| // 18 C -3.0574 1.4402 -0.4563 C.1 1 UNL1 -0.0910 | |
| // 19 C -4.2807 0.5603 -0.4931 C.3 1 UNL1 0.0239 | |
| // 20 C -4.0754 -0.4558 -1.6307 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 21 C -4.5305 -0.3380 0.7441 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 22 C -5.4923 1.4478 -0.7270 C.3 1 UNL1 -0.0491 | |
| // 23 C -0.5812 4.3239 -0.3399 C.ar 1 UNL1 -0.0360 | |
| // 24 C 0.3617 0.5064 -0.5386 C.1 1 UNL1 -0.0598 | |
| // 25 C 0.5493 -0.7238 -0.5721 C.1 1 UNL1 -0.0609 | |
| // 26 C 0.6944 -2.2195 -0.6071 C.ar 1 UNL1 0.0276 | |
| // 27 C -0.4986 -2.9704 -0.4894 C.ar 1 UNL1 -0.0308 | |
| // 28 C -0.4762 -4.3780 -0.5101 C.ar 1 UNL1 0.0272 | |
| // 29 C -1.6058 -5.2664 -0.3429 C.1 1 UNL1 -0.0662 | |
| // 30 C -2.3641 -6.2059 -0.2252 C.1 1 UNL1 -0.0970 | |
| // 31 C -3.2262 -7.4046 -0.0898 C.3 1 UNL1 0.0092 | |
| // 32 C -2.9907 -8.4825 -1.1781 C.3 1 UNL1 -0.0450 | |
| // 33 C -2.6984 -9.9161 -0.7050 C.3 1 UNL1 -0.0644 | |
| // 34 C 0.7132 -5.0442 -0.6689 C.ar 1 UNL1 -0.0308 | |
| // 35 C 1.9259 -4.3942 -0.7794 C.ar 1 UNL1 0.0272 | |
| // 36 C 2.9929 -5.3968 -0.9450 C.1 1 UNL1 -0.0662 | |
| // 37 C 3.4411 -6.5318 -1.0892 C.1 1 UNL1 -0.0970 | |
| // 38 C 3.5365 -8.0207 -1.2819 C.3 1 UNL1 0.0092 | |
| // 39 C 3.6940 -8.8454 0.0250 C.3 1 UNL1 -0.0450 | |
| // 40 C 3.2532 -10.3143 -0.1522 C.3 1 UNL1 -0.0644 | |
| // 41 C 1.9425 -2.9537 -0.7394 C.ar 1 UNL1 -0.0308 | |
| // 42 H -0.4429 9.2380 0.8384 H 1 UNL1 0.0584 | |
| // 43 H -0.9375 8.9503 -0.8523 H 1 UNL1 0.0584 | |
| // 44 H 1.8110 9.0593 0.3469 H 1 UNL1 0.0584 | |
| // 45 H 1.2874 9.5371 -1.2841 H 1 UNL1 0.0584 | |
| // 46 H 1.4128 6.5920 0.8989 H 1 UNL1 0.0965 | |
| // 47 H 6.9669 3.8557 -0.9552 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 48 H 7.6611 2.6920 0.2553 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 49 H 6.5632 4.0130 0.8001 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 50 H 6.0907 1.5651 -2.2295 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 51 H 4.9817 0.5062 -1.2822 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 52 H 6.6990 0.6157 -0.8634 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 53 H 5.0446 2.2892 1.9245 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 54 H 6.1602 0.9939 1.3749 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 55 H 4.4120 0.9161 0.9450 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 56 H 2.3618 1.8843 -0.6409 H 1 UNL1 0.0642 | |
| // 57 H -3.1993 -1.1094 -1.4286 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 58 H -3.9134 0.0675 -2.5925 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 59 H -4.9705 -1.1095 -1.7432 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 60 H -3.6906 -1.0343 0.9391 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 61 H -5.4424 -0.9703 0.5698 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 62 H -4.7349 0.2620 1.6499 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 63 H -5.3090 2.0962 -1.6084 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 64 H -5.6642 2.0862 0.1638 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 65 H -6.3951 0.8321 -0.9153 H 1 UNL1 0.0244 | |
| // 66 H -1.4524 4.9606 -0.2429 H 1 UNL1 0.0635 | |
| // 67 H -1.4380 -2.4550 -0.3696 H 1 UNL1 0.0642 | |
| // 68 H -4.2849 -7.1036 -0.0314 H 1 UNL1 0.0397 | |
| // 69 H -2.8743 -7.8985 0.8441 H 1 UNL1 0.0397 | |
| // 70 H -2.1692 -8.1782 -1.8560 H 1 UNL1 0.0272 | |
| // 71 H -3.9451 -8.5454 -1.7421 H 1 UNL1 0.0272 | |
| // 72 H -1.7160 -9.9709 -0.1943 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 73 H -2.6560 -10.5967 -1.5889 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 74 H -3.4913 -10.2932 -0.0289 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 75 H 0.6877 -6.1318 -0.6947 H 1 UNL1 0.0642 | |
| // 76 H 4.4327 -8.2851 -1.8793 H 1 UNL1 0.0397 | |
| // 77 H 2.5540 -8.3401 -1.6880 H 1 UNL1 0.0397 | |
| // 78 H 3.0596 -8.4233 0.8306 H 1 UNL1 0.0272 | |
| // 79 H 4.7551 -8.8415 0.3525 H 1 UNL1 0.0272 | |
| // 80 H 2.1734 -10.3678 -0.4188 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 81 H 3.3841 -10.8855 0.7954 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 82 H 3.8386 -10.8202 -0.9453 H 1 UNL1 0.0230 | |
| // 83 H 2.8852 -2.4294 -0.8252 H 1 UNL1 0.0642 | |
| // @<TRIPOS>BOND | |
| // 1 1 2 1 | |
| // 2 2 3 1 | |
| // 3 3 4 1 | |
| // 4 4 5 1 | |
| // 5 1 5 1 | |
| // 6 5 6 1 | |
| // 7 6 7 ar | |
| // 8 7 8 1 | |
| // 9 8 9 3 | |
| // 10 9 10 1 | |
| // 11 10 11 1 | |
| // 12 10 12 1 | |
| // 13 10 13 1 | |
| // 14 7 14 ar | |
| // 15 14 15 ar | |
| // 16 15 16 ar | |
| // 17 16 17 1 | |
| // 18 17 18 3 | |
| // 19 18 19 1 | |
| // 20 19 20 1 | |
| // 21 19 21 1 | |
| // 22 19 22 1 | |
| // 23 16 23 ar | |
| // 24 6 23 ar | |
| // 25 15 24 1 | |
| // 26 24 25 3 | |
| // 27 25 26 1 | |
| // 28 26 27 ar | |
| // 29 27 28 ar | |
| // 30 28 29 1 | |
| // 31 29 30 3 | |
| // 32 30 31 1 | |
| // 33 31 32 1 | |
| // 34 32 33 1 | |
| // 35 28 34 ar | |
| // 36 34 35 ar | |
| // 37 35 36 1 | |
| // 38 36 37 3 | |
| // 39 37 38 1 | |
| // 40 38 39 1 | |
| // 41 39 40 1 | |
| // 42 35 41 ar | |
| // 43 26 41 ar | |
| // 44 2 42 1 | |
| // 45 2 43 1 | |
| // 46 3 44 1 | |
| // 47 3 45 1 | |
| // 48 5 46 1 | |
| // 49 11 47 1 | |
| // 50 11 48 1 | |
| // 51 11 49 1 | |
| // 52 12 50 1 | |
| // 53 12 51 1 | |
| // 54 12 52 1 | |
| // 55 13 53 1 | |
| // 56 13 54 1 | |
| // 57 13 55 1 | |
| // 58 14 56 1 | |
| // 59 20 57 1 | |
| // 60 20 58 1 | |
| // 61 20 59 1 | |
| // 62 21 60 1 | |
| // 63 21 61 1 | |
| // 64 21 62 1 | |
| // 65 22 63 1 | |
| // 66 22 64 1 | |
| // 67 22 65 1 | |
| // 68 23 66 1 | |
| // 69 27 67 1 | |
| // 70 31 68 1 | |
| // 71 31 69 1 | |
| // 72 32 70 1 | |
| // 73 32 71 1 | |
| // 74 33 72 1 | |
| // 75 33 73 1 | |
| // 76 33 74 1 | |
| // 77 34 75 1 | |
| // 78 38 76 1 | |
| // 79 38 77 1 | |
| // 80 39 78 1 | |
| // 81 39 79 1 | |
| // 82 40 80 1 | |
| // 83 40 81 1 | |
| // 84 40 82 1 | |
| // 85 41 83 1 | |
| // `; | |
| // export function test() { | |
| // let mol2 = $3Dmol.Parsers.MOL2(mol2Txt, { | |
| // keepHs: true, | |
| // }); | |
| // // var viewer = new molstar.Viewer('app2', { | |
| // // layoutIsExpanded: false, | |
| // // layoutShowControls: false, | |
| // // layoutShowRemoteState: false, | |
| // // layoutShowSequence: false, | |
| // // layoutShowLog: false, | |
| // // layoutShowLeftPanel: false, | |
| // // viewportShowExpand: false, | |
| // // viewportShowSelectionMode: false, | |
| // // viewportShowAnimation: false, | |
| // // viewportShowControls: false, | |
| // // viewportShowSettings: false, | |
| // // pdbProvider: 'rcsb', | |
| // // emdbProvider: 'rcsb', | |
| // // }); | |
| // // viewer.loadStructureFromData(mol2Txt, 'mol2'); | |
| // // let btns = document.querySelectorAll(".msp-btn"); | |
| // // for (let btn of btns) { | |
| // // (btn as HTMLElement).style.display = "none"; | |
| // // } | |
| // // // @ts-ignore | |
| // // window.viewerObj = viewer; | |
| // // return | |
| // // viewer.loadPdb('7bv2'); | |
| // // viewer.loadEmdb('EMD-30210', { detail: 6 }); | |
| // // return; | |
| // // const task = parseMol2(mol2Txt, "nanokind").run().then((out) => { | |
| // // // @ts-ignore | |
| // // for (const structure of out.result.structures) { | |
| // // } | |
| // // }); | |
| // } |