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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 373 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
14
+ 5 P000 1 MET C C 0.000000 22.0110 0
15
+ 6 P000 1 MET O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 ILE N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 ILE H H 0.000000 25.0080 0
18
+ 9 P000 2 ILE CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 ILE CB A1I 0.000000 57.1160 0
20
+ 11 P000 2 ILE C C 0.000000 22.0110 0
21
+ 12 P000 2 ILE O O 0.000000 25.9990 0
22
+ 13 P000 3 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
23
+ 14 P000 3 VAL H H 0.000000 25.0080 0
24
+ 15 P000 3 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
25
+ 16 P000 3 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
26
+ 17 P000 3 VAL C C 0.000000 22.0110 0
27
+ 18 P000 3 VAL O O 0.000000 25.9990 0
28
+ 19 P000 4 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
29
+ 20 P000 4 LEU H H 0.000000 25.0080 0
30
+ 21 P000 4 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
31
+ 22 P000 4 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
32
+ 23 P000 4 LEU C C 0.000000 22.0110 0
33
+ 24 P000 4 LEU O O 0.000000 25.9990 0
34
+ 25 P000 5 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
35
+ 26 P000 5 GLY H H 0.000000 25.0080 0
36
+ 27 P000 5 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
37
+ 28 P000 5 GLY C C 0.000000 22.0110 0
38
+ 29 P000 5 GLY O O 0.000000 25.9990 0
39
+ 30 P000 6 TRP N NH1 0.000000 24.0070 0
40
+ 31 P000 6 TRP H H 0.000000 25.0080 0
41
+ 32 P000 6 TRP CA C1E 0.000000 23.0190 0
42
+ 33 P000 6 TRP CB A1W 0.000000 26.0380 0
43
+ 34 P000 6 TRP CC P1W 0.000000 28.0340 0
44
+ 35 P000 6 TRP CD A2W 0.000000 24.0220 0
45
+ 36 P000 6 TRP CE A3W 0.000000 26.0380 0
46
+ 37 P000 6 TRP CF A4W 0.000000 26.0380 0
47
+ 38 P000 6 TRP C C 0.000000 22.0110 0
48
+ 39 P000 6 TRP O O 0.000000 25.9990 0
49
+ 40 P000 7 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
50
+ 41 P000 7 MET H H 0.000000 25.0080 0
51
+ 42 P000 7 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
52
+ 43 P000 7 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
53
+ 44 P000 7 MET C C 0.000000 22.0110 0
54
+ 45 P000 7 MET O O 0.000000 25.9990 0
55
+ 46 P000 8 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
56
+ 47 P000 8 PHE H H 0.000000 25.0080 0
57
+ 48 P000 8 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
58
+ 49 P000 8 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
59
+ 50 P000 8 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
60
+ 51 P000 8 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
61
+ 52 P000 8 PHE C C 0.000000 22.0110 0
62
+ 53 P000 8 PHE O O 0.000000 25.9990 0
63
+ 54 P000 9 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
64
+ 55 P000 9 PHE H H 0.000000 25.0080 0
65
+ 56 P000 9 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
66
+ 57 P000 9 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
67
+ 58 P000 9 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
68
+ 59 P000 9 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
69
+ 60 P000 9 PHE C C 0.000000 22.0110 0
70
+ 61 P000 9 PHE O O 0.000000 25.9990 0
71
+ 62 P000 10 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
72
+ 63 P000 10 VAL H H 0.000000 25.0080 0
73
+ 64 P000 10 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
74
+ 65 P000 10 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
75
+ 66 P000 10 VAL C C 0.000000 22.0110 0
76
+ 67 P000 10 VAL O O 0.000000 25.9990 0
77
+ 68 P000 11 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
78
+ 69 P000 11 GLY H H 0.000000 25.0080 0
79
+ 70 P000 11 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
80
+ 71 P000 11 GLY C C 0.000000 22.0110 0
81
+ 72 P000 11 GLY O O 0.000000 25.9990 0
82
+ 73 P000 12 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
83
+ 74 P000 12 LEU H H 0.000000 25.0080 0
84
+ 75 P000 12 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 77 P000 12 LEU C C 0.000000 22.0110 0
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90
+ 81 P000 13 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
91
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92
+ 83 P000 13 VAL C C 0.000000 22.0110 0
93
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94
+ 85 P000 14 CYS N NH1 0.000000 24.0070 0
95
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96
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97
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98
+ 89 P000 14 CYS C C 0.000000 22.0110 0
99
+ 90 P000 14 CYS O O 0.000000 25.9990 0
100
+ 91 P000 15 TYR N NH1 0.000000 24.0070 0
101
+ 92 P000 15 TYR H H 0.000000 25.0080 0
102
+ 93 P000 15 TYR CA C1E 0.000000 23.0190 0
103
+ 94 P000 15 TYR CB A1Y 0.000000 39.0570 0
104
+ 95 P000 15 TYR CC A2Y 0.000000 26.0380 0
105
+ 96 P000 15 TYR CD P1Y 0.000000 42.0370 0
106
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108
+ 99 P000 16 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
109
+ 100 P000 16 MET H H 0.000000 25.0080 0
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+ 101 P000 16 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
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112
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114
+ 105 P000 17 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
115
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116
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117
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119
+ 110 P000 18 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
120
+ 111 P000 18 THR H H 0.000000 25.0080 0
121
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122
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123
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125
+ 116 P000 19 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
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129
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131
+ 122 P000 19 PHE C C 0.000000 22.0110 0
132
+ 123 P000 19 PHE O O 0.000000 25.9990 0
133
+ 124 P000 20 PRO N N 0.000000 24.0070 0
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138
+ 129 P000 21 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
139
+ 130 P000 21 GLU H H 0.000000 25.0080 0
140
+ 131 P000 21 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
141
+ 132 P000 21 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
142
+ 133 P000 21 GLU C C 0.000000 22.0110 0
143
+ 134 P000 21 GLU O O 0.000000 25.9990 0
144
+ 135 P000 22 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
145
+ 136 P000 22 LEU H H 0.000000 25.0080 0
146
+ 137 P000 22 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
147
+ 138 P000 22 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
148
+ 139 P000 22 LEU C C 0.000000 22.0110 0
149
+ 140 P000 22 LEU O O 0.000000 25.9990 0
150
+ 141 P000 23 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
151
+ 142 P000 23 MET H H 0.000000 25.0080 0
152
+ 143 P000 23 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
153
+ 144 P000 23 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
154
+ 145 P000 23 MET C C 0.000000 22.0110 0
155
+ 146 P000 23 MET O O 0.000000 25.9990 0
156
+ 147 P000 24 PRO N N 0.000000 24.0070 0
157
+ 148 P000 24 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
158
+ 149 P000 24 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
159
+ 150 P000 24 PRO C C 0.000000 22.0110 0
160
+ 151 P000 24 PRO O O 0.000000 25.9990 0
161
+ 152 P000 25 PRO N N 0.000000 24.0070 0
162
+ 153 P000 25 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
163
+ 154 P000 25 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
164
+ 155 P000 25 PRO C C 0.000000 22.0110 0
165
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166
+ 157 P000 26 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
167
+ 158 P000 26 THR H H 0.000000 25.0080 0
168
+ 159 P000 26 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
169
+ 160 P000 26 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
170
+ 161 P000 26 THR C C 0.000000 22.0110 0
171
+ 162 P000 26 THR O O 0.000000 25.9990 0
172
+ 163 P000 27 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
173
+ 164 P000 27 LEU H H 0.000000 25.0080 0
174
+ 165 P000 27 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
175
+ 166 P000 27 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
176
+ 167 P000 27 LEU C C 0.000000 22.0110 0
177
+ 168 P000 27 LEU O O 0.000000 25.9990 0
178
+ 169 P000 28 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
179
+ 170 P000 28 LYS H H 0.000000 25.0080 0
180
+ 171 P000 28 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
181
+ 172 P000 28 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
182
+ 173 P000 28 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
183
+ 174 P000 28 LYS C C 0.000000 22.0110 0
184
+ 175 P000 28 LYS O O 0.000000 25.9990 0
185
+ 176 P000 29 TRP N NH1 0.000000 24.0070 0
186
+ 177 P000 29 TRP H H 0.000000 25.0080 0
187
+ 178 P000 29 TRP CA C1E 0.000000 23.0190 0
188
+ 179 P000 29 TRP CB A1W 0.000000 26.0380 0
189
+ 180 P000 29 TRP CC P1W 0.000000 28.0340 0
190
+ 181 P000 29 TRP CD A2W 0.000000 24.0220 0
191
+ 182 P000 29 TRP CE A3W 0.000000 26.0380 0
192
+ 183 P000 29 TRP CF A4W 0.000000 26.0380 0
193
+ 184 P000 29 TRP C C 0.000000 22.0110 0
194
+ 185 P000 29 TRP O O 0.000000 25.9990 0
195
+ 186 P000 30 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
196
+ 187 P000 30 GLN H H 0.000000 25.0080 0
197
+ 188 P000 30 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
198
+ 189 P000 30 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
199
+ 190 P000 30 GLN C C 0.000000 22.0110 0
200
+ 191 P000 30 GLN O O 0.000000 25.9990 0
201
+ 192 P000 31 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
202
+ 193 P000 31 GLU H H 0.000000 25.0080 0
203
+ 194 P000 31 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
204
+ 195 P000 31 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
205
+ 196 P000 31 GLU C C 0.000000 22.0110 0
206
+ 197 P000 31 GLU O O 0.000000 25.9990 0
207
+ 198 P000 32 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
208
+ 199 P000 32 ARG H H 0.000000 25.0080 0
209
+ 200 P000 32 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
210
+ 201 P000 32 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
211
+ 202 P000 32 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
212
+ 203 P000 32 ARG C C 0.000000 22.0110 0
213
+ 204 P000 32 ARG O O 0.000000 25.9990 0
214
+ 205 P000 33 TRP N NH1 0.000000 24.0070 0
215
+ 206 P000 33 TRP H H 0.000000 25.0080 0
216
+ 207 P000 33 TRP CA C1E 0.000000 23.0190 0
217
+ 208 P000 33 TRP CB A1W 0.000000 26.0380 0
218
+ 209 P000 33 TRP CC P1W 0.000000 28.0340 0
219
+ 210 P000 33 TRP CD A2W 0.000000 24.0220 0
220
+ 211 P000 33 TRP CE A3W 0.000000 26.0380 0
221
+ 212 P000 33 TRP CF A4W 0.000000 26.0380 0
222
+ 213 P000 33 TRP C C 0.000000 22.0110 0
223
+ 214 P000 33 TRP O O 0.000000 25.9990 0
224
+ 215 P000 34 PRO N N 0.000000 24.0070 0
225
+ 216 P000 34 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
226
+ 217 P000 34 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
227
+ 218 P000 34 PRO C C 0.000000 22.0110 0
228
+ 219 P000 34 PRO O O 0.000000 25.9990 0
229
+ 220 P000 35 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
230
+ 221 P000 35 VAL H H 0.000000 25.0080 0
231
+ 222 P000 35 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
232
+ 223 P000 35 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
233
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234
+ 225 P000 35 VAL O O 0.000000 25.9990 0
235
+ 226 P000 36 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
236
+ 227 P000 36 GLN H H 0.000000 25.0080 0
237
+ 228 P000 36 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
238
+ 229 P000 36 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
239
+ 230 P000 36 GLN C C 0.000000 22.0110 0
240
+ 231 P000 36 GLN O O 0.000000 25.9990 0
241
+ 232 P000 37 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
242
+ 233 P000 37 GLU H H 0.000000 25.0080 0
243
+ 234 P000 37 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
244
+ 235 P000 37 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
245
+ 236 P000 37 GLU C C 0.000000 22.0110 0
246
+ 237 P000 37 GLU O O 0.000000 25.9990 0
247
+ 238 P000 38 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
248
+ 239 P000 38 SER H H 0.000000 25.0080 0
249
+ 240 P000 38 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
250
+ 241 P000 38 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
251
+ 242 P000 38 SER C C 0.000000 22.0110 0
252
+ 243 P000 38 SER O O 0.000000 25.9990 0
253
+ 244 P000 39 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
254
+ 245 P000 39 LYS H H 0.000000 25.0080 0
255
+ 246 P000 39 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 247 P000 39 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
257
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258
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 211 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
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13
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23
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134
+ 125 P000 20 HIS CD P2H 0.000000 28.0340 0
135
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136
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137
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149
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221
+
222
+ 216 !NBOND: bonds
223
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224
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225
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249
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259
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260
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270
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276
+ 206 207 208 210 208 209 210 211
277
+
278
+ 273 !NTHETA: angles
279
+ 1 3 5 2 1 3 3 5 6
280
+ 3 5 7 5 7 8 5 7 9
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283
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289
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323
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325
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326
+ 108 110 112 109 108 110 110 112 113
327
+ 110 112 114 112 114 115 112 114 116
328
+ 112 110 111 113 112 114 114 116 118
329
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330
+ 118 120 121 118 120 122 118 116 117
331
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334
+ 126 122 123 127 126 128 128 130 132
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+ 129 128 130 130 132 133 130 132 134
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+ 132 134 135 132 134 136 132 130 131
337
+ 133 132 134 134 136 140 135 134 136
338
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339
+ 136 137 139 140 142 143 140 142 144
340
+ 140 136 137 141 140 142 142 144 146
341
+ 143 142 144 144 146 147 144 146 148
342
+ 146 148 149 146 148 150 146 144 145
343
+ 147 146 148 148 150 151 149 148 150
344
+ 150 151 152 150 151 153 151 153 154
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+ 207 206 208 208 210 211 210 208 209
370
+
371
+ 331 !NPHI: dihedrals
372
+ 1 3 5 7 1 3 5 6
373
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451
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470
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+ 199 198 200 202 199 198 200 201
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+ 206 208 210 211 207 206 208 210
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+ 209 208 210 211
538
+
539
+ 92 !NIMPHI: impropers
540
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557
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558
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+ 97 95 99 98 100 99 102 101
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+ 112 114 116 118 114 116 118 120
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+ 132 134 136 140 134 136 140 142
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648
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 251 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
14
+ 5 P000 1 MET C C 0.000000 22.0110 0
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+ 6 P000 1 MET O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 GLN H H 0.000000 25.0080 0
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+ 9 P000 2 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
20
+ 11 P000 2 GLN C C 0.000000 22.0110 0
21
+ 12 P000 2 GLN O O 0.000000 25.9990 0
22
+ 13 P000 3 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
23
+ 14 P000 3 GLY H H 0.000000 25.0080 0
24
+ 15 P000 3 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
25
+ 16 P000 3 GLY C C 0.000000 22.0110 0
26
+ 17 P000 3 GLY O O 0.000000 25.9990 0
27
+ 18 P000 4 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
28
+ 19 P000 4 GLU H H 0.000000 25.0080 0
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+ 20 P000 4 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 21 P000 4 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
31
+ 22 P000 4 GLU C C 0.000000 22.0110 0
32
+ 23 P000 4 GLU O O 0.000000 25.9990 0
33
+ 24 P000 5 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
34
+ 25 P000 5 GLU H H 0.000000 25.0080 0
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+ 26 P000 5 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 27 P000 5 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
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38
+ 29 P000 5 GLU O O 0.000000 25.9990 0
39
+ 30 P000 6 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
40
+ 31 P000 6 SER H H 0.000000 25.0080 0
41
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45
+ 36 P000 7 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
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48
+ 39 P000 7 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
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+ 41 P000 7 LEU O O 0.000000 25.9990 0
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+ 42 P000 8 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
52
+ 43 P000 8 ARG H H 0.000000 25.0080 0
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57
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59
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70
+ 61 P000 11 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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76
+ 67 P000 12 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
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79
+ 70 P000 12 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
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92
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+
262
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288
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+
328
+ 325 !NTHETA: angles
329
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330
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+
439
+ 397 !NPHI: dihedrals
440
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503
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+ 100 99 101 103 100 99 101 102
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+ 246 248 250 251 247 246 248 250
638
+ 249 248 250 251
639
+
640
+ 121 !NIMPHI: impropers
641
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642
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643
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645
+ 20 18 22 21 22 20 24 23
646
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+ 28 26 30 29 30 28 32 31
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649
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653
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655
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656
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659
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661
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6
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8
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+ 23 P000 4 CYS CB P1C 0.000000 47.0950 0
33
+ 24 P000 4 CYS C C 0.000000 22.0110 0
34
+ 25 P000 4 CYS O O 0.000000 25.9990 0
35
+ 26 P000 5 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
36
+ 27 P000 5 GLN H H 0.000000 25.0080 0
37
+ 28 P000 5 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
38
+ 29 P000 5 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
39
+ 30 P000 5 GLN C C 0.000000 22.0110 0
40
+ 31 P000 5 GLN O O 0.000000 25.9990 0
41
+ 32 P000 6 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
42
+ 33 P000 6 GLY H H 0.000000 25.0080 0
43
+ 34 P000 6 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
44
+ 35 P000 6 GLY C C 0.000000 22.0110 0
45
+ 36 P000 6 GLY O O 0.000000 25.9990 0
46
+ 37 P000 7 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
47
+ 38 P000 7 VAL H H 0.000000 25.0080 0
48
+ 39 P000 7 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
49
+ 40 P000 7 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
50
+ 41 P000 7 VAL C C 0.000000 22.0110 0
51
+ 42 P000 7 VAL O O 0.000000 25.9990 0
52
+ 43 P000 8 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
53
+ 44 P000 8 SER H H 0.000000 25.0080 0
54
+ 45 P000 8 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
55
+ 46 P000 8 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
56
+ 47 P000 8 SER C C 0.000000 22.0110 0
57
+ 48 P000 8 SER O O 0.000000 25.9990 0
58
+ 49 P000 9 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
59
+ 50 P000 9 GLN H H 0.000000 25.0080 0
60
+ 51 P000 9 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
61
+ 52 P000 9 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
62
+ 53 P000 9 GLN C C 0.000000 22.0110 0
63
+ 54 P000 9 GLN O O 0.000000 25.9990 0
64
+ 55 P000 10 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
65
+ 56 P000 10 VAL H H 0.000000 25.0080 0
66
+ 57 P000 10 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
67
+ 58 P000 10 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
68
+ 59 P000 10 VAL C C 0.000000 22.0110 0
69
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70
+ 61 P000 11 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
71
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+ 63 P000 11 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 64 P000 11 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
74
+ 65 P000 11 ALA C C 0.000000 22.0110 0
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+ 67 P000 12 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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80
+ 71 P000 12 VAL C C 0.000000 22.0110 0
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+ 73 P000 13 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 75 P000 13 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
85
+ 76 P000 13 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
86
+ 77 P000 13 VAL C C 0.000000 22.0110 0
87
+ 78 P000 13 VAL O O 0.000000 25.9990 0
88
+ 79 P000 14 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
89
+ 80 P000 14 LEU H H 0.000000 25.0080 0
90
+ 81 P000 14 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
91
+ 82 P000 14 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
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+ 83 P000 14 LEU C C 0.000000 22.0110 0
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94
+ 85 P000 15 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
95
+ 86 P000 15 LEU H H 0.000000 25.0080 0
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97
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98
+ 89 P000 15 LEU C C 0.000000 22.0110 0
99
+ 90 P000 15 LEU O O 0.000000 25.9990 0
100
+ 91 P000 16 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
101
+ 92 P000 16 MET H H 0.000000 25.0080 0
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+ 93 P000 16 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
103
+ 94 P000 16 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
104
+ 95 P000 16 MET C C 0.000000 22.0110 0
105
+ 96 P000 16 MET O O 0.000000 25.9990 0
106
+ 97 P000 17 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
107
+ 98 P000 17 PHE H H 0.000000 25.0080 0
108
+ 99 P000 17 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
109
+ 100 P000 17 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
110
+ 101 P000 17 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
111
+ 102 P000 17 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
112
+ 103 P000 17 PHE C C 0.000000 22.0110 0
113
+ 104 P000 17 PHE O O 0.000000 25.9990 0
114
+ 105 P000 18 PRO N N 0.000000 24.0070 0
115
+ 106 P000 18 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
116
+ 107 P000 18 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
117
+ 108 P000 18 PRO C C 0.000000 22.0110 0
118
+ 109 P000 18 PRO O O 0.000000 25.9990 0
119
+ 110 P000 19 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
120
+ 111 P000 19 LYS H H 0.000000 25.0080 0
121
+ 112 P000 19 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
122
+ 113 P000 19 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
123
+ 114 P000 19 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
124
+ 115 P000 19 LYS C C 0.000000 22.0110 0
125
+ 116 P000 19 LYS O O 0.000000 25.9990 0
126
+ 117 P000 20 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
127
+ 118 P000 20 GLU H H 0.000000 25.0080 0
128
+ 119 P000 20 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
129
+ 120 P000 20 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
130
+ 121 P000 20 GLU C C 0.000000 22.0110 0
131
+ 122 P000 20 GLU O O 0.000000 25.9990 0
132
+ 123 P000 21 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
133
+ 124 P000 21 LYS H H 0.000000 25.0080 0
134
+ 125 P000 21 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
135
+ 126 P000 21 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
136
+ 127 P000 21 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
137
+ 128 P000 21 LYS C C 0.000000 22.0110 0
138
+ 129 P000 21 LYS O O 0.000000 25.9990 0
139
+ 130 P000 22 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
140
+ 131 P000 22 GLU H H 0.000000 25.0080 0
141
+ 132 P000 22 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
142
+ 133 P000 22 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
143
+ 134 P000 22 GLU C C 0.000000 22.0110 0
144
+ 135 P000 22 GLU O O 0.000000 25.9990 0
145
+ 136 P000 23 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
146
+ 137 P000 23 ALA H H 0.000000 25.0080 0
147
+ 138 P000 23 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
148
+ 139 P000 23 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
149
+ 140 P000 23 ALA C C 0.000000 22.0110 0
150
+ 141 P000 23 ALA O O 0.000000 25.9990 0
151
+ 142 P000 24 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
152
+ 143 P000 24 PHE H H 0.000000 25.0080 0
153
+ 144 P000 24 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
154
+ 145 P000 24 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
155
+ 146 P000 24 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
156
+ 147 P000 24 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
157
+ 148 P000 24 PHE C C 0.000000 22.0110 0
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+ 149 P000 24 PHE O O 0.000000 25.9990 0
159
+ 150 P000 25 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
160
+ 151 P000 25 LEU H H 0.000000 25.0080 0
161
+ 152 P000 25 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
162
+ 153 P000 25 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
163
+ 154 P000 25 LEU C C 0.000000 22.0110 0
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+ 155 P000 25 LEU O O 0.000000 25.9990 0
165
+ 156 P000 26 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
166
+ 157 P000 26 ALA H H 0.000000 25.0080 0
167
+ 158 P000 26 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
168
+ 159 P000 26 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
169
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171
+ 162 P000 27 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
172
+ 163 P000 27 LEU H H 0.000000 25.0080 0
173
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175
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177
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189
+ 180 P000 30 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
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199
+ 190 P000 31 LEU C C 0.000000 22.0110 0
200
+ 191 P000 31 LEU O O 0.000000 25.9990 0
201
+ 192 P000 32 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
202
+ 193 P000 32 THR H H 0.000000 25.0080 0
203
+ 194 P000 32 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
204
+ 195 P000 32 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
205
+ 196 P000 32 THR C C 0.000000 22.0110 0
206
+ 197 P000 32 THR O O 0.000000 25.9990 0
207
+ 198 P000 33 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
208
+ 199 P000 33 SER H H 0.000000 25.0080 0
209
+ 200 P000 33 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
210
+ 201 P000 33 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
211
+ 202 P000 33 SER C C 0.000000 22.0110 0
212
+ 203 P000 33 SER O O 0.000000 25.9990 0
213
+ 204 P000 34 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
214
+ 205 P000 34 LYS H H 0.000000 25.0080 0
215
+ 206 P000 34 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
216
+ 207 P000 34 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
217
+ 208 P000 34 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
218
+ 209 P000 34 LYS C C 0.000000 22.0110 0
219
+ 210 P000 34 LYS O O 0.000000 25.9990 0
220
+ 211 P000 35 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
221
+ 212 P000 35 ASN H H 0.000000 25.0080 0
222
+ 213 P000 35 ASN CA C1E 0.000000 23.0190 0
223
+ 214 P000 35 ASN CB P5N 0.000000 58.0600 0
224
+ 215 P000 35 ASN C C 0.000000 22.0110 0
225
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226
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299
+ 290 P000 49 HIS N NH1 0.000000 24.0070 0
300
+ 291 P000 49 HIS H H 0.000000 25.0080 0
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+ 298 P000 50 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 323 P000 54 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 376 P000 63 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
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392
+ 383 P000 64 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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398
+ 389 P000 65 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
399
+ 390 P000 65 ASP H H 0.000000 25.0080 0
400
+ 391 P000 65 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
401
+ 392 P000 65 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
402
+ 393 P000 65 ASP C C 0.000000 22.0110 0
403
+ 394 P000 65 ASP O O 0.000000 25.9990 0
404
+ 395 P000 66 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
405
+ 396 P000 66 ARG H H 0.000000 25.0080 0
406
+ 397 P000 66 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
407
+ 398 P000 66 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
408
+ 399 P000 66 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
409
+ 400 P000 66 ARG C C 0.000000 22.0110 0
410
+ 401 P000 66 ARG O O 0.000000 25.9990 0
411
+ 402 P000 67 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
412
+ 403 P000 67 GLY H H 0.000000 25.0080 0
413
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414
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779
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780
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1139
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1140
+
1141
+ 217 !NIMPHI: impropers
1142
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1143
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1224
+ 342 341 344 343 344 342 346 345
1225
+ 346 344 348 347 348 346 350 349
1226
+ 350 348 352 351 352 350 354 353
1227
+ 354 352 356 355 356 354 358 357
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+ 362 360 364 363 364 362 366 365
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+ 366 364 368 367 368 366 370 369
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+ 370 368 372 371 372 370 374 373
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+ 374 372 376 375 376 374 378 377
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1335
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1356
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1359
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1360
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1361
+ 288 290 292 296 290 292 296 298
1362
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1363
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1364
+ 309 311 313 315 311 313 315 317
1365
+ 315 317 319 321 317 319 321 323
1366
+ 321 323 325 327 323 325 327 329
1367
+ 327 329 331 333 329 331 333 335
1368
+ 333 335 337 339 335 337 339 341
1369
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1370
+ 350 352 354 356 352 354 356 358
1371
+ 356 358 360 362 358 360 362 364
1372
+ 362 364 366 368 364 366 368 370
1373
+ 368 370 372 374 370 372 374 376
1374
+ 374 376 378 381 376 378 381 383
1375
+ 381 383 385 387 383 385 387 389
1376
+ 387 389 391 393 389 391 393 395
1377
+ 393 395 397 400 395 397 400 402
1378
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1379
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1380
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1381
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1382
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1383
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1384
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 189 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
14
+ 5 P000 1 MET C C 0.000000 22.0110 0
15
+ 6 P000 1 MET O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 LEU H H 0.000000 25.0080 0
18
+ 9 P000 2 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
20
+ 11 P000 2 LEU C C 0.000000 22.0110 0
21
+ 12 P000 2 LEU O O 0.000000 25.9990 0
22
+ 13 P000 3 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
23
+ 14 P000 3 GLN H H 0.000000 25.0080 0
24
+ 15 P000 3 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
25
+ 16 P000 3 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
26
+ 17 P000 3 GLN C C 0.000000 22.0110 0
27
+ 18 P000 3 GLN O O 0.000000 25.9990 0
28
+ 19 P000 4 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
29
+ 20 P000 4 ARG H H 0.000000 25.0080 0
30
+ 21 P000 4 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
31
+ 22 P000 4 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
32
+ 23 P000 4 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
33
+ 24 P000 4 ARG C C 0.000000 22.0110 0
34
+ 25 P000 4 ARG O O 0.000000 25.9990 0
35
+ 26 P000 5 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
36
+ 27 P000 5 SER H H 0.000000 25.0080 0
37
+ 28 P000 5 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
38
+ 29 P000 5 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
39
+ 30 P000 5 SER C C 0.000000 22.0110 0
40
+ 31 P000 5 SER O O 0.000000 25.9990 0
41
+ 32 P000 6 PRO N N 0.000000 24.0070 0
42
+ 33 P000 6 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
43
+ 34 P000 6 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
44
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45
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246
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247
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248
+ 186 188 186 187 188 189
249
+
250
+ 243 !NTHETA: angles
251
+ 1 3 5 2 1 3 3 5 6
252
+ 3 5 7 5 7 8 5 7 9
253
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255
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332
+
333
+ 293 !NPHI: dihedrals
334
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465
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+ 184 186 188 189 185 184 186 188
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481
+
482
+ 89 !NIMPHI: impropers
483
+ 3 1 5 4 5 3 7 6
484
+ 7 5 9 8 9 7 11 10
485
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486
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487
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488
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490
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491
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492
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495
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499
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500
+ 73 71 75 74 75 73 77 76
501
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+ 81 79 83 82 83 81 85 84
503
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+ 132 130 134 133 134 132 136 135
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+ 142 141 144 143 144 142 145 146
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565
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567
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578
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583
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 351 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
14
+ 5 P000 1 MET C C 0.000000 22.0110 0
15
+ 6 P000 1 MET O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 LYS H H 0.000000 25.0080 0
18
+ 9 P000 2 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 LYS CB A3K 0.000000 42.0810 0
20
+ 11 P000 2 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
21
+ 12 P000 2 LYS C C 0.000000 22.0110 0
22
+ 13 P000 2 LYS O O 0.000000 25.9990 0
23
+ 14 P000 3 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
24
+ 15 P000 3 VAL H H 0.000000 25.0080 0
25
+ 16 P000 3 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
26
+ 17 P000 3 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
27
+ 18 P000 3 VAL C C 0.000000 22.0110 0
28
+ 19 P000 3 VAL O O 0.000000 25.9990 0
29
+ 20 P000 4 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
30
+ 21 P000 4 VAL H H 0.000000 25.0080 0
31
+ 22 P000 4 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
32
+ 23 P000 4 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
33
+ 24 P000 4 VAL C C 0.000000 22.0110 0
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+ 25 P000 4 VAL O O 0.000000 25.9990 0
35
+ 26 P000 5 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
36
+ 27 P000 5 ASP H H 0.000000 25.0080 0
37
+ 28 P000 5 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
38
+ 29 P000 5 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
39
+ 30 P000 5 ASP C C 0.000000 22.0110 0
40
+ 31 P000 5 ASP O O 0.000000 25.9990 0
41
+ 32 P000 6 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
42
+ 33 P000 6 MET H H 0.000000 25.0080 0
43
+ 34 P000 6 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
44
+ 35 P000 6 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
45
+ 36 P000 6 MET C C 0.000000 22.0110 0
46
+ 37 P000 6 MET O O 0.000000 25.9990 0
47
+ 38 P000 7 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
48
+ 39 P000 7 PHE H H 0.000000 25.0080 0
49
+ 40 P000 7 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
50
+ 41 P000 7 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
51
+ 42 P000 7 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
52
+ 43 P000 7 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
53
+ 44 P000 7 PHE C C 0.000000 22.0110 0
54
+ 45 P000 7 PHE O O 0.000000 25.9990 0
55
+ 46 P000 8 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
56
+ 47 P000 8 ARG H H 0.000000 25.0080 0
57
+ 48 P000 8 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
58
+ 49 P000 8 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
59
+ 50 P000 8 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
60
+ 51 P000 8 ARG C C 0.000000 22.0110 0
61
+ 52 P000 8 ARG O O 0.000000 25.9990 0
62
+ 53 P000 9 CYS N NH1 0.000000 24.0070 0
63
+ 54 P000 9 CYS H H 0.000000 25.0080 0
64
+ 55 P000 9 CYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
65
+ 56 P000 9 CYS CB P1C 0.000000 47.0950 0
66
+ 57 P000 9 CYS C C 0.000000 22.0110 0
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+ 58 P000 9 CYS O O 0.000000 25.9990 0
68
+ 59 P000 10 CYS N NH1 0.000000 24.0070 0
69
+ 60 P000 10 CYS H H 0.000000 25.0080 0
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+ 61 P000 10 CYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
71
+ 62 P000 10 CYS CB P1C 0.000000 47.0950 0
72
+ 63 P000 10 CYS C C 0.000000 22.0110 0
73
+ 64 P000 10 CYS O O 0.000000 25.9990 0
74
+ 65 P000 11 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 66 P000 11 LEU H H 0.000000 25.0080 0
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+ 67 P000 11 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 70 P000 11 LEU O O 0.000000 25.9990 0
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+ 71 P000 12 PRO N N 0.000000 24.0070 0
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+ 72 P000 12 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 73 P000 12 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
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+ 74 P000 12 PRO C C 0.000000 22.0110 0
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85
+ 76 P000 13 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
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89
+ 80 P000 13 ALA C C 0.000000 22.0110 0
90
+ 81 P000 13 ALA O O 0.000000 25.9990 0
91
+ 82 P000 14 CYS N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 83 P000 14 CYS H H 0.000000 25.0080 0
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+ 84 P000 14 CYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 85 P000 14 CYS CB P1C 0.000000 47.0950 0
95
+ 86 P000 14 CYS C C 0.000000 22.0110 0
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+ 87 P000 14 CYS O O 0.000000 25.9990 0
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+ 88 P000 15 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 89 P000 15 ALA H H 0.000000 25.0080 0
99
+ 90 P000 15 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
100
+ 91 P000 15 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
101
+ 92 P000 15 ALA C C 0.000000 22.0110 0
102
+ 93 P000 15 ALA O O 0.000000 25.9990 0
103
+ 94 P000 16 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 95 P000 16 VAL H H 0.000000 25.0080 0
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+ 96 P000 16 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
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109
+ 100 P000 17 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
110
+ 101 P000 17 ASN H H 0.000000 25.0080 0
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+ 103 P000 17 ASN CB P5N 0.000000 58.0600 0
113
+ 104 P000 17 ASN C C 0.000000 22.0110 0
114
+ 105 P000 17 ASN O O 0.000000 25.9990 0
115
+ 106 P000 18 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
116
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120
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+ 121 P000 20 CYS N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 123 P000 20 CYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
133
+ 124 P000 20 CYS CB P1C 0.000000 47.0950 0
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+ 125 P000 20 CYS C C 0.000000 22.0110 0
135
+ 126 P000 20 CYS O O 0.000000 25.9990 0
136
+ 127 P000 21 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
137
+ 128 P000 21 LEU H H 0.000000 25.0080 0
138
+ 129 P000 21 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
139
+ 130 P000 21 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
140
+ 131 P000 21 LEU C C 0.000000 22.0110 0
141
+ 132 P000 21 LEU O O 0.000000 25.9990 0
142
+ 133 P000 22 HIS N NH1 0.000000 24.0070 0
143
+ 134 P000 22 HIS H H 0.000000 25.0080 0
144
+ 135 P000 22 HIS CA C1E 0.000000 23.0190 0
145
+ 136 P000 22 HIS CB A4H 0.000000 26.0380 0
146
+ 137 P000 22 HIS CC P1H 0.000000 27.0260 0
147
+ 138 P000 22 HIS CD P2H 0.000000 28.0340 0
148
+ 139 P000 22 HIS C C 0.000000 22.0110 0
149
+ 140 P000 22 HIS O O 0.000000 25.9990 0
150
+ 141 P000 23 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
151
+ 142 P000 23 GLU H H 0.000000 25.0080 0
152
+ 143 P000 23 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
153
+ 144 P000 23 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
154
+ 145 P000 23 GLU C C 0.000000 22.0110 0
155
+ 146 P000 23 GLU O O 0.000000 25.9990 0
156
+ 147 P000 24 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
157
+ 148 P000 24 LEU H H 0.000000 25.0080 0
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+ 149 P000 24 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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161
+ 152 P000 24 LEU O O 0.000000 25.9990 0
162
+ 153 P000 25 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
163
+ 154 P000 25 VAL H H 0.000000 25.0080 0
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168
+ 159 P000 26 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
169
+ 160 P000 26 LYS H H 0.000000 25.0080 0
170
+ 161 P000 26 LYS CA C1E 0.000000 23.0190 0
171
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172
+ 163 P000 26 LYS CC QDK 1.000000 31.0580 0
173
+ 164 P000 26 LYS C C 0.000000 22.0110 0
174
+ 165 P000 26 LYS O O 0.000000 25.9990 0
175
+ 166 P000 27 HIS N NH1 0.000000 24.0070 0
176
+ 167 P000 27 HIS H H 0.000000 25.0080 0
177
+ 168 P000 27 HIS CA C1E 0.000000 23.0190 0
178
+ 169 P000 27 HIS CB A4H 0.000000 26.0380 0
179
+ 170 P000 27 HIS CC P1H 0.000000 27.0260 0
180
+ 171 P000 27 HIS CD P2H 0.000000 28.0340 0
181
+ 172 P000 27 HIS C C 0.000000 22.0110 0
182
+ 173 P000 27 HIS O O 0.000000 25.9990 0
183
+ 174 P000 28 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
184
+ 175 P000 28 GLU H H 0.000000 25.0080 0
185
+ 176 P000 28 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
186
+ 177 P000 28 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
187
+ 178 P000 28 GLU C C 0.000000 22.0110 0
188
+ 179 P000 28 GLU O O 0.000000 25.9990 0
189
+ 180 P000 29 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
190
+ 181 P000 29 GLU H H 0.000000 25.0080 0
191
+ 182 P000 29 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
192
+ 183 P000 29 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
193
+ 184 P000 29 GLU C C 0.000000 22.0110 0
194
+ 185 P000 29 GLU O O 0.000000 25.9990 0
195
+ 186 P000 30 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
196
+ 187 P000 30 ASN H H 0.000000 25.0080 0
197
+ 188 P000 30 ASN CA C1E 0.000000 23.0190 0
198
+ 189 P000 30 ASN CB P5N 0.000000 58.0600 0
199
+ 190 P000 30 ASN C C 0.000000 22.0110 0
200
+ 191 P000 30 ASN O O 0.000000 25.9990 0
201
+ 192 P000 31 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
202
+ 193 P000 31 ARG H H 0.000000 25.0080 0
203
+ 194 P000 31 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
204
+ 195 P000 31 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
205
+ 196 P000 31 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
206
+ 197 P000 31 ARG C C 0.000000 22.0110 0
207
+ 198 P000 31 ARG O O 0.000000 25.9990 0
208
+ 199 P000 32 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
209
+ 200 P000 32 LEU H H 0.000000 25.0080 0
210
+ 201 P000 32 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
211
+ 202 P000 32 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
212
+ 203 P000 32 LEU C C 0.000000 22.0110 0
213
+ 204 P000 32 LEU O O 0.000000 25.9990 0
214
+ 205 P000 33 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
215
+ 206 P000 33 VAL H H 0.000000 25.0080 0
216
+ 207 P000 33 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
217
+ 208 P000 33 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
218
+ 209 P000 33 VAL C C 0.000000 22.0110 0
219
+ 210 P000 33 VAL O O 0.000000 25.9990 0
220
+ 211 P000 34 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
221
+ 212 P000 34 PHE H H 0.000000 25.0080 0
222
+ 213 P000 34 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
223
+ 214 P000 34 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
224
+ 215 P000 34 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
225
+ 216 P000 34 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
226
+ 217 P000 34 PHE C C 0.000000 22.0110 0
227
+ 218 P000 34 PHE O O 0.000000 25.9990 0
228
+ 219 P000 35 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
229
+ 220 P000 35 GLU H H 0.000000 25.0080 0
230
+ 221 P000 35 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
231
+ 222 P000 35 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
232
+ 223 P000 35 GLU C C 0.000000 22.0110 0
233
+ 224 P000 35 GLU O O 0.000000 25.9990 0
234
+ 225 P000 36 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
235
+ 226 P000 36 ASP H H 0.000000 25.0080 0
236
+ 227 P000 36 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
237
+ 228 P000 36 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
238
+ 229 P000 36 ASP C C 0.000000 22.0110 0
239
+ 230 P000 36 ASP O O 0.000000 25.9990 0
240
+ 231 P000 37 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
241
+ 232 P000 37 SER H H 0.000000 25.0080 0
242
+ 233 P000 37 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
243
+ 234 P000 37 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
244
+ 235 P000 37 SER C C 0.000000 22.0110 0
245
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+
362
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443
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453
+
454
+ 455 !NTHETA: angles
455
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608
+ 560 !NPHI: dihedrals
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+
890
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891
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Data/DP00113r011/DP00113r011.psf ADDED
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 461 !NATOM
10
+ 1 P000 1 MET N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 MET H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 MET CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 MET CB A5M 0.000000 75.1490 0
14
+ 5 P000 1 MET C C 0.000000 22.0110 0
15
+ 6 P000 1 MET O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 SER H H 0.000000 25.0080 0
18
+ 9 P000 2 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
20
+ 11 P000 2 SER C C 0.000000 22.0110 0
21
+ 12 P000 2 SER O O 0.000000 25.9990 0
22
+ 13 P000 3 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
23
+ 14 P000 3 SER H H 0.000000 25.0080 0
24
+ 15 P000 3 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
25
+ 16 P000 3 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
26
+ 17 P000 3 SER C C 0.000000 22.0110 0
27
+ 18 P000 3 SER O O 0.000000 25.9990 0
28
+ 19 P000 4 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
29
+ 20 P000 4 SER H H 0.000000 25.0080 0
30
+ 21 P000 4 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
31
+ 22 P000 4 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
32
+ 23 P000 4 SER C C 0.000000 22.0110 0
33
+ 24 P000 4 SER O O 0.000000 25.9990 0
34
+ 25 P000 5 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
35
+ 26 P000 5 THR H H 0.000000 25.0080 0
36
+ 27 P000 5 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
37
+ 28 P000 5 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
38
+ 29 P000 5 THR C C 0.000000 22.0110 0
39
+ 30 P000 5 THR O O 0.000000 25.9990 0
40
+ 31 P000 6 PRO N N 0.000000 24.0070 0
41
+ 32 P000 6 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
42
+ 33 P000 6 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
43
+ 34 P000 6 PRO C C 0.000000 22.0110 0
44
+ 35 P000 6 PRO O O 0.000000 25.9990 0
45
+ 36 P000 7 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
46
+ 37 P000 7 PHE H H 0.000000 25.0080 0
47
+ 38 P000 7 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
48
+ 39 P000 7 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
49
+ 40 P000 7 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
50
+ 41 P000 7 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
51
+ 42 P000 7 PHE C C 0.000000 22.0110 0
52
+ 43 P000 7 PHE O O 0.000000 25.9990 0
53
+ 44 P000 8 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
54
+ 45 P000 8 ASP H H 0.000000 25.0080 0
55
+ 46 P000 8 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
56
+ 47 P000 8 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
57
+ 48 P000 8 ASP C C 0.000000 22.0110 0
58
+ 49 P000 8 ASP O O 0.000000 25.9990 0
59
+ 50 P000 9 PRO N N 0.000000 24.0070 0
60
+ 51 P000 9 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
61
+ 52 P000 9 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
62
+ 53 P000 9 PRO C C 0.000000 22.0110 0
63
+ 54 P000 9 PRO O O 0.000000 25.9990 0
64
+ 55 P000 10 TYR N NH1 0.000000 24.0070 0
65
+ 56 P000 10 TYR H H 0.000000 25.0080 0
66
+ 57 P000 10 TYR CA C1E 0.000000 23.0190 0
67
+ 58 P000 10 TYR CB A1Y 0.000000 39.0570 0
68
+ 59 P000 10 TYR CC A2Y 0.000000 26.0380 0
69
+ 60 P000 10 TYR CD P1Y 0.000000 42.0370 0
70
+ 61 P000 10 TYR C C 0.000000 22.0110 0
71
+ 62 P000 10 TYR O O 0.000000 25.9990 0
72
+ 63 P000 11 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
73
+ 64 P000 11 ALA H H 0.000000 25.0080 0
74
+ 65 P000 11 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
75
+ 66 P000 11 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
76
+ 67 P000 11 ALA C C 0.000000 22.0110 0
77
+ 68 P000 11 ALA O O 0.000000 25.9990 0
78
+ 69 P000 12 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
79
+ 70 P000 12 LEU H H 0.000000 25.0080 0
80
+ 71 P000 12 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
81
+ 72 P000 12 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
82
+ 73 P000 12 LEU C C 0.000000 22.0110 0
83
+ 74 P000 12 LEU O O 0.000000 25.9990 0
84
+ 75 P000 13 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
85
+ 76 P000 13 SER H H 0.000000 25.0080 0
86
+ 77 P000 13 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
87
+ 78 P000 13 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
88
+ 79 P000 13 SER C C 0.000000 22.0110 0
89
+ 80 P000 13 SER O O 0.000000 25.9990 0
90
+ 81 P000 14 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
91
+ 82 P000 14 GLU H H 0.000000 25.0080 0
92
+ 83 P000 14 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
93
+ 84 P000 14 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
94
+ 85 P000 14 GLU C C 0.000000 22.0110 0
95
+ 86 P000 14 GLU O O 0.000000 25.9990 0
96
+ 87 P000 15 HIS N NH1 0.000000 24.0070 0
97
+ 88 P000 15 HIS H H 0.000000 25.0080 0
98
+ 89 P000 15 HIS CA C1E 0.000000 23.0190 0
99
+ 90 P000 15 HIS CB A4H 0.000000 26.0380 0
100
+ 91 P000 15 HIS CC P1H 0.000000 27.0260 0
101
+ 92 P000 15 HIS CD P2H 0.000000 28.0340 0
102
+ 93 P000 15 HIS C C 0.000000 22.0110 0
103
+ 94 P000 15 HIS O O 0.000000 25.9990 0
104
+ 95 P000 16 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
105
+ 96 P000 16 ASP H H 0.000000 25.0080 0
106
+ 97 P000 16 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
107
+ 98 P000 16 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
108
+ 99 P000 16 ASP C C 0.000000 22.0110 0
109
+ 100 P000 16 ASP O O 0.000000 25.9990 0
110
+ 101 P000 17 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
111
+ 102 P000 17 GLU H H 0.000000 25.0080 0
112
+ 103 P000 17 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
113
+ 104 P000 17 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
114
+ 105 P000 17 GLU C C 0.000000 22.0110 0
115
+ 106 P000 17 GLU O O 0.000000 25.9990 0
116
+ 107 P000 18 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
117
+ 108 P000 18 GLU H H 0.000000 25.0080 0
118
+ 109 P000 18 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
119
+ 110 P000 18 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
120
+ 111 P000 18 GLU C C 0.000000 22.0110 0
121
+ 112 P000 18 GLU O O 0.000000 25.9990 0
122
+ 113 P000 19 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
123
+ 114 P000 19 ARG H H 0.000000 25.0080 0
124
+ 115 P000 19 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
125
+ 116 P000 19 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
126
+ 117 P000 19 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
127
+ 118 P000 19 ARG C C 0.000000 22.0110 0
128
+ 119 P000 19 ARG O O 0.000000 25.9990 0
129
+ 120 P000 20 PRO N N 0.000000 24.0070 0
130
+ 121 P000 20 PRO CA C1E 0.000000 23.0190 0
131
+ 122 P000 20 PRO CB A2P 0.000000 42.0810 0
132
+ 123 P000 20 PRO C C 0.000000 22.0110 0
133
+ 124 P000 20 PRO O O 0.000000 25.9990 0
134
+ 125 P000 21 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
135
+ 126 P000 21 GLN H H 0.000000 25.0080 0
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+ 155 P000 26 LYS N NH1 0.000000 24.0070 0
165
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171
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+ 252 P000 42 ILE N NH1 0.000000 24.0070 0
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267
+ 258 P000 43 MET N NH1 0.000000 24.0070 0
268
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+ 271 P000 45 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
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284
+ 275 P000 45 ASP C C 0.000000 22.0110 0
285
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286
+ 277 P000 46 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
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289
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293
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302
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304
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311
+ 302 P000 50 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 304 P000 50 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
314
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315
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316
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317
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319
+ 310 P000 51 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
320
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321
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1
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2
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4
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5
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6
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7
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8
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9
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+
274
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297
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298
+ 54 53 55 55 57 61 56 55 57
299
+ 57 61 62 57 61 63 57 58 59
300
+ 57 58 60 61 63 64 61 63 65
301
+ 61 57 58 62 61 63 63 65 67
302
+ 64 63 65 65 67 68 65 67 69
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+ 130 132 133 130 132 134 132 134 135
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+ 202 200 201 203 202 204 204 206 207
363
+ 205 204 206 206 207 208
364
+
365
+ 323 !NPHI: dihedrals
366
+ 1 3 5 7 1 3 5 6
367
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219
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+
274
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+ 201 200 202 203 202 204 207 208
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+
533
+ 97 !NIMPHI: impropers
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 203 !NATOM
10
+ 1 P000 1 GLY N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 GLY H H 0.000000 25.0080 0
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+ 3 P000 1 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
13
+ 4 P000 1 GLY C C 0.000000 22.0110 0
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+ 5 P000 1 GLY O O 0.000000 25.9990 0
15
+ 6 P000 2 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
16
+ 7 P000 2 GLY H H 0.000000 25.0080 0
17
+ 8 P000 2 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
18
+ 9 P000 2 GLY C C 0.000000 22.0110 0
19
+ 10 P000 2 GLY O O 0.000000 25.9990 0
20
+ 11 P000 3 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
21
+ 12 P000 3 ALA H H 0.000000 25.0080 0
22
+ 13 P000 3 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
23
+ 14 P000 3 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
24
+ 15 P000 3 ALA C C 0.000000 22.0110 0
25
+ 16 P000 3 ALA O O 0.000000 25.9990 0
26
+ 17 P000 4 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
27
+ 18 P000 4 GLY H H 0.000000 25.0080 0
28
+ 19 P000 4 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
29
+ 20 P000 4 GLY C C 0.000000 22.0110 0
30
+ 21 P000 4 GLY O O 0.000000 25.9990 0
31
+ 22 P000 5 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
32
+ 23 P000 5 ASN H H 0.000000 25.0080 0
33
+ 24 P000 5 ASN CA C1E 0.000000 23.0190 0
34
+ 25 P000 5 ASN CB P5N 0.000000 58.0600 0
35
+ 26 P000 5 ASN C C 0.000000 22.0110 0
36
+ 27 P000 5 ASN O O 0.000000 25.9990 0
37
+ 28 P000 6 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
38
+ 29 P000 6 ASP H H 0.000000 25.0080 0
39
+ 30 P000 6 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
40
+ 31 P000 6 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
41
+ 32 P000 6 ASP C C 0.000000 22.0110 0
42
+ 33 P000 6 ASP O O 0.000000 25.9990 0
43
+ 34 P000 7 TRP N NH1 0.000000 24.0070 0
44
+ 35 P000 7 TRP H H 0.000000 25.0080 0
45
+ 36 P000 7 TRP CA C1E 0.000000 23.0190 0
46
+ 37 P000 7 TRP CB A1W 0.000000 26.0380 0
47
+ 38 P000 7 TRP CC P1W 0.000000 28.0340 0
48
+ 39 P000 7 TRP CD A2W 0.000000 24.0220 0
49
+ 40 P000 7 TRP CE A3W 0.000000 26.0380 0
50
+ 41 P000 7 TRP CF A4W 0.000000 26.0380 0
51
+ 42 P000 7 TRP C C 0.000000 22.0110 0
52
+ 43 P000 7 TRP O O 0.000000 25.9990 0
53
+ 44 P000 8 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
54
+ 45 P000 8 PHE H H 0.000000 25.0080 0
55
+ 46 P000 8 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
56
+ 47 P000 8 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
57
+ 48 P000 8 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
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+ 49 P000 8 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
59
+ 50 P000 8 PHE C C 0.000000 22.0110 0
60
+ 51 P000 8 PHE O O 0.000000 25.9990 0
61
+ 52 P000 9 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
62
+ 53 P000 9 GLY H H 0.000000 25.0080 0
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+ 54 P000 9 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
64
+ 55 P000 9 GLY C C 0.000000 22.0110 0
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+ 56 P000 9 GLY O O 0.000000 25.9990 0
66
+ 57 P000 10 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 58 P000 10 GLN H H 0.000000 25.0080 0
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+ 60 P000 10 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
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+ 61 P000 10 GLN C C 0.000000 22.0110 0
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+ 62 P000 10 GLN O O 0.000000 25.9990 0
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+ 63 P000 11 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
73
+ 64 P000 11 THR H H 0.000000 25.0080 0
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+ 65 P000 11 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 66 P000 11 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
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+ 70 P000 12 GLN H H 0.000000 25.0080 0
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81
+ 72 P000 12 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
82
+ 73 P000 12 GLN C C 0.000000 22.0110 0
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+ 74 P000 12 GLN O O 0.000000 25.9990 0
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+ 75 P000 13 ALA N NH1 0.000000 24.0070 0
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89
+ 80 P000 13 ALA O O 0.000000 25.9990 0
90
+ 81 P000 14 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
91
+ 82 P000 14 ARG H H 0.000000 25.0080 0
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+ 83 P000 14 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
93
+ 84 P000 14 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
94
+ 85 P000 14 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
95
+ 86 P000 14 ARG C C 0.000000 22.0110 0
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+ 87 P000 14 ARG O O 0.000000 25.9990 0
97
+ 88 P000 15 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
98
+ 89 P000 15 GLU H H 0.000000 25.0080 0
99
+ 90 P000 15 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
100
+ 91 P000 15 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
101
+ 92 P000 15 GLU C C 0.000000 22.0110 0
102
+ 93 P000 15 GLU O O 0.000000 25.9990 0
103
+ 94 P000 16 HIS N NH1 0.000000 24.0070 0
104
+ 95 P000 16 HIS H H 0.000000 25.0080 0
105
+ 96 P000 16 HIS CA C1E 0.000000 23.0190 0
106
+ 97 P000 16 HIS CB A4H 0.000000 26.0380 0
107
+ 98 P000 16 HIS CC P1H 0.000000 27.0260 0
108
+ 99 P000 16 HIS CD P2H 0.000000 28.0340 0
109
+ 100 P000 16 HIS C C 0.000000 22.0110 0
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+ 101 P000 16 HIS O O 0.000000 25.9990 0
111
+ 102 P000 17 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
112
+ 103 P000 17 ASP H H 0.000000 25.0080 0
113
+ 104 P000 17 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
114
+ 105 P000 17 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
115
+ 106 P000 17 ASP C C 0.000000 22.0110 0
116
+ 107 P000 17 ASP O O 0.000000 25.9990 0
117
+ 108 P000 18 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
118
+ 109 P000 18 VAL H H 0.000000 25.0080 0
119
+ 110 P000 18 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
120
+ 111 P000 18 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
121
+ 112 P000 18 VAL C C 0.000000 22.0110 0
122
+ 113 P000 18 VAL O O 0.000000 25.9990 0
123
+ 114 P000 19 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
124
+ 115 P000 19 LEU H H 0.000000 25.0080 0
125
+ 116 P000 19 LEU CA C1E 0.000000 23.0190 0
126
+ 117 P000 19 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
127
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128
+ 119 P000 19 LEU O O 0.000000 25.9990 0
129
+ 120 P000 20 ARG N NH1 0.000000 24.0070 0
130
+ 121 P000 20 ARG H H 0.000000 25.0080 0
131
+ 122 P000 20 ARG CA C1E 0.000000 23.0190 0
132
+ 123 P000 20 ARG CB A3R 0.000000 42.0810 0
133
+ 124 P000 20 ARG CC QDR 1.000000 59.0720 0
134
+ 125 P000 20 ARG C C 0.000000 22.0110 0
135
+ 126 P000 20 ARG O O 0.000000 25.9990 0
136
+ 127 P000 21 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
137
+ 128 P000 21 GLY H H 0.000000 25.0080 0
138
+ 129 P000 21 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
139
+ 130 P000 21 GLY C C 0.000000 22.0110 0
140
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141
+ 132 P000 22 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
142
+ 133 P000 22 GLY H H 0.000000 25.0080 0
143
+ 134 P000 22 GLY CA C2E 0.000000 24.0270 0
144
+ 135 P000 22 GLY C C 0.000000 22.0110 0
145
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146
+ 137 P000 23 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
147
+ 138 P000 23 ASP H H 0.000000 25.0080 0
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+ 139 P000 23 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
149
+ 140 P000 23 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
150
+ 141 P000 23 ASP C C 0.000000 22.0110 0
151
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152
+ 143 P000 24 GLY N NH1 0.000000 24.0070 0
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156
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157
+ 148 P000 25 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
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161
+ 152 P000 25 VAL C C 0.000000 22.0110 0
162
+ 153 P000 25 VAL O O 0.000000 25.9990 0
163
+ 154 P000 26 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
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166
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167
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169
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173
+ 164 P000 27 THR C C 0.000000 22.0110 0
174
+ 165 P000 27 THR O O 0.000000 25.9990 0
175
+ 166 P000 28 VAL N NH1 0.000000 24.0070 0
176
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177
+ 168 P000 28 VAL CA C1E 0.000000 23.0190 0
178
+ 169 P000 28 VAL CB A2V 0.000000 43.0890 0
179
+ 170 P000 28 VAL C C 0.000000 22.0110 0
180
+ 171 P000 28 VAL O O 0.000000 25.9990 0
181
+ 172 P000 29 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
182
+ 173 P000 29 ASP H H 0.000000 25.0080 0
183
+ 174 P000 29 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
184
+ 175 P000 29 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
185
+ 176 P000 29 ASP C C 0.000000 22.0110 0
186
+ 177 P000 29 ASP O O 0.000000 25.9990 0
187
+ 178 P000 30 TYR N NH1 0.000000 24.0070 0
188
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+ 180 P000 30 TYR CA C1E 0.000000 23.0190 0
190
+ 181 P000 30 TYR CB A1Y 0.000000 39.0570 0
191
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192
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193
+ 184 P000 30 TYR C C 0.000000 22.0110 0
194
+ 185 P000 30 TYR O O 0.000000 25.9990 0
195
+ 186 P000 31 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
196
+ 187 P000 31 SER H H 0.000000 25.0080 0
197
+ 188 P000 31 SER CA C1E 0.000000 23.0190 0
198
+ 189 P000 31 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
199
+ 190 P000 31 SER C C 0.000000 22.0110 0
200
+ 191 P000 31 SER O O 0.000000 25.9990 0
201
+ 192 P000 32 GLN N NH1 0.000000 24.0070 0
202
+ 193 P000 32 GLN H H 0.000000 25.0080 0
203
+ 194 P000 32 GLN CA C1E 0.000000 23.0190 0
204
+ 195 P000 32 GLN CB P4Q 0.000000 72.0870 0
205
+ 196 P000 32 GLN C C 0.000000 22.0110 0
206
+ 197 P000 32 GLN O O 0.000000 25.9990 0
207
+ 198 P000 33 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
208
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+
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359
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+
521
+ 92 !NIMPHI: impropers
522
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+
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Data/DP00605r009_3/DP00605r009_3.psf ADDED
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1
+ PSF CMAP
2
+
3
+ 4 !NTITLE
4
+ REMARKS original generated structure x-plor psf file
5
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_RNA_mix.inp
6
+ REMARKS topology /home/sbarethiya_umass_edu/.conda/envs/new_hyres/lib/python3.10/site-packages/HyresBuilder/forcefield/top_hyres_mix.inp
7
+ REMARKS segment P000 { first none; last none; auto none dihedrals }
8
+
9
+ 232 !NATOM
10
+ 1 P000 1 ALA N NH1 1.000000 24.0070 0
11
+ 2 P000 1 ALA H H 0.000000 25.0080 0
12
+ 3 P000 1 ALA CA C1E 0.000000 23.0190 0
13
+ 4 P000 1 ALA CB C3E 0.000000 25.0350 0
14
+ 5 P000 1 ALA C C 0.000000 22.0110 0
15
+ 6 P000 1 ALA O O 0.000000 25.9990 0
16
+ 7 P000 2 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
17
+ 8 P000 2 THR H H 0.000000 25.0080 0
18
+ 9 P000 2 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
19
+ 10 P000 2 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
20
+ 11 P000 2 THR C C 0.000000 22.0110 0
21
+ 12 P000 2 THR O O 0.000000 25.9990 0
22
+ 13 P000 3 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
23
+ 14 P000 3 ASP H H 0.000000 25.0080 0
24
+ 15 P000 3 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
25
+ 16 P000 3 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
26
+ 17 P000 3 ASP C C 0.000000 22.0110 0
27
+ 18 P000 3 ASP O O 0.000000 25.9990 0
28
+ 19 P000 4 TYR N NH1 0.000000 24.0070 0
29
+ 20 P000 4 TYR H H 0.000000 25.0080 0
30
+ 21 P000 4 TYR CA C1E 0.000000 23.0190 0
31
+ 22 P000 4 TYR CB A1Y 0.000000 39.0570 0
32
+ 23 P000 4 TYR CC A2Y 0.000000 26.0380 0
33
+ 24 P000 4 TYR CD P1Y 0.000000 42.0370 0
34
+ 25 P000 4 TYR C C 0.000000 22.0110 0
35
+ 26 P000 4 TYR O O 0.000000 25.9990 0
36
+ 27 P000 5 TYR N NH1 0.000000 24.0070 0
37
+ 28 P000 5 TYR H H 0.000000 25.0080 0
38
+ 29 P000 5 TYR CA C1E 0.000000 23.0190 0
39
+ 30 P000 5 TYR CB A1Y 0.000000 39.0570 0
40
+ 31 P000 5 TYR CC A2Y 0.000000 26.0380 0
41
+ 32 P000 5 TYR CD P1Y 0.000000 42.0370 0
42
+ 33 P000 5 TYR C C 0.000000 22.0110 0
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44
+ 35 P000 6 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
45
+ 36 P000 6 ASP H H 0.000000 25.0080 0
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47
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48
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49
+ 40 P000 6 ASP O O 0.000000 25.9990 0
50
+ 41 P000 7 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
51
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53
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+ 55 P000 9 ASN N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 56 P000 9 ASN H H 0.000000 25.0080 0
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+ 58 P000 9 ASN CB P5N 0.000000 58.0600 0
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+ 61 P000 10 LEU N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 64 P000 10 LEU CB A1L 0.000000 57.1160 0
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+ 72 P000 11 ASN O O 0.000000 25.9990 0
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93
+ 84 P000 14 LEU H H 0.000000 25.0080 0
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+ 89 P000 15 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
99
+ 90 P000 15 GLU H H 0.000000 25.0080 0
100
+ 91 P000 15 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 92 P000 15 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
102
+ 93 P000 15 GLU C C 0.000000 22.0110 0
103
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104
+ 95 P000 16 TRP N NH1 0.000000 24.0070 0
105
+ 96 P000 16 TRP H H 0.000000 25.0080 0
106
+ 97 P000 16 TRP CA C1E 0.000000 23.0190 0
107
+ 98 P000 16 TRP CB A1W 0.000000 26.0380 0
108
+ 99 P000 16 TRP CC P1W 0.000000 28.0340 0
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110
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112
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113
+ 104 P000 16 TRP O O 0.000000 25.9990 0
114
+ 105 P000 17 GLU N NH1 0.000000 24.0070 0
115
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+ 111 P000 18 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
121
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124
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125
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129
+ 120 P000 19 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
130
+ 121 P000 19 GLU C C 0.000000 22.0110 0
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+ 122 P000 19 GLU O O 0.000000 25.9990 0
132
+ 123 P000 20 PHE N NH1 0.000000 24.0070 0
133
+ 124 P000 20 PHE H H 0.000000 25.0080 0
134
+ 125 P000 20 PHE CA C1E 0.000000 23.0190 0
135
+ 126 P000 20 PHE CB A1F 0.000000 39.0570 0
136
+ 127 P000 20 PHE CC A2F 0.000000 26.0380 0
137
+ 128 P000 20 PHE CD A3F 0.000000 26.0380 0
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+ 129 P000 20 PHE C C 0.000000 22.0110 0
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+ 130 P000 20 PHE O O 0.000000 25.9990 0
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+ 131 P000 21 THR N NH1 0.000000 24.0070 0
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+ 132 P000 21 THR H H 0.000000 25.0080 0
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+ 133 P000 21 THR CA C1E 0.000000 23.0190 0
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+ 134 P000 21 THR CB P1T 0.000000 45.0610 0
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+ 137 P000 22 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
147
+ 138 P000 22 ASP H H 0.000000 25.0080 0
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+ 139 P000 22 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
149
+ 140 P000 22 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
150
+ 141 P000 22 ASP C C 0.000000 22.0110 0
151
+ 142 P000 22 ASP O O 0.000000 25.9990 0
152
+ 143 P000 23 ASP N NH1 0.000000 24.0070 0
153
+ 144 P000 23 ASP H H 0.000000 25.0080 0
154
+ 145 P000 23 ASP CA C1E 0.000000 23.0190 0
155
+ 146 P000 23 ASP CB QAD -1.000000 58.0360 0
156
+ 147 P000 23 ASP C C 0.000000 22.0110 0
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159
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160
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161
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162
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+ 154 P000 24 GLU O O 0.000000 25.9990 0
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165
+ 156 P000 25 GLU H H 0.000000 25.0080 0
166
+ 157 P000 25 GLU CA C1E 0.000000 23.0190 0
167
+ 158 P000 25 GLU CB QAE -1.000000 72.0630 0
168
+ 159 P000 25 GLU C C 0.000000 22.0110 0
169
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170
+ 161 P000 26 SER N NH1 0.000000 24.0070 0
171
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+ 170 P000 27 SER CB P1S 0.000000 31.0340 0
180
+ 171 P000 27 SER C C 0.000000 22.0110 0
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242
+
243
+ 239 !NBOND: bonds
244
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303
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304
+
305
+ 300 !NTHETA: angles
306
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307
+ 3 5 7 5 7 8 5 7 9
308
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370
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371
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405
+ 228 227 229 229 231 232 231 229 230
406
+
407
+ 365 !NPHI: dihedrals
408
+ 1 3 5 7 1 3 5 6
409
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410
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583
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584
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589
+ 227 229 231 232 228 227 229 231
590
+ 230 229 231 232
591
+
592
+ 108 !NIMPHI: impropers
593
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594
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+ 29 27 33 30 33 29 35 34
600
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721
+