Quantitative imaging assay for NF-κB nuclear translocation in primary human macrophages

NF-kappaB nükleer translokasyonun nicel ölçümü, hücresel immünolojide önemli bir araştırma aracıdır. Geliştirilmiş yöntemler, düşük duyarlılık, yüksek maliyet veya hücre hatlarına bağımlılık gibi bir dizi sınırlamaya sahiptir. NF-kappaB'nin transkripsiyonel olarak aktif bileşenlerinin nükleer translokasyonunu ölçmek için yeni görüntüleme yöntemleri kullanılıyor olsa da, bu yöntemler de özel görüntüleme ekipmanına veya görüntü analizi yazılımına ihtiyaç duymaları nedeniyle kısmen sınırlıdır. Burada, hücre immünolojisi araştırmaları için kolayca benimsenebilen ve özel görüntü analizi uzmanlığına veya yüksek maliyetlere ihtiyaç duymadan nicel NF-kappaB rel A nükleer translokasyon algılaması için bir yöntem sunuyoruz. Sunulan yöntem, insan makrofajları LPS ile uyarıldığında NF-kappaB nükleer translokasyonun zaman içindeki ve doz tepkisini göstermekle ve ticari bir NF-kappaB aktivasyon raporçu hücre hattı ile karşılaştırmak suretiyle doğrulanmıştır.


An RNA-sequencing transcriptome and splicing database of glia, neurons, and vascular cells of the cerebral cortex.

Beynin ana hücre sınıfları, gelişim süreçleri, metabolizma, sinyal iletimi ve işlevleri bakımından farklılık gösterir. Bu hücre tiplerinin işlevlerini ve etkileşimlerini daha iyi anlamak için, farenin korteksinden nöronlar, astrositler, oligosit ön hücreleri, yeni oluşan oligositler, mielinize eden oligositler, mikroglia, endotel hücreleri ve perisitler gibi temsilci nüfusları keskin bir şekilde saflaştırdık. Bu sekiz hücre tipi için bir transkriptom veritabanı oluşturmak için RNA dizileme kullandık ve her hücre tipi için alternatif splis olaylarını tespit etmek için hassas bir algoritma uyguladık. Biyoinformatik analizler, her hücre tipi için binlerce yeni hücre tipi zenginleştirilmiş gen ve splis izoforları belirledi ve bu da hücre tanımlama için yeni işaretçiler, genetik manipülasyon için araçlar ve beynin biyolojisi hakkında içgörüler sağlayacak. Örneğin, verilerimiz, nöronların ve astrositlerin benzersiz splis PKM2 geninin, glikolitik enzimi piruvat kinaz kodlayan, glikolitik akışı ve laktat üretimi dinamik olarak düzenlemedeki farklılıklarını açıklamada ipuçları veriyor. Bu veri seti, beynin gelişimi ve işlevini anlamak için güçlü bir yeni kaynak sağlayacak. Bu veri setlerinin yaygın dağıtımını sağlamak için, kullanıcıların transkriptom ve alternatif splis profillerini analiz etmek ve karşılaştırmak için bir platform sunan kullanıcı dostu bir web sitesi (http://web.stanford.edu/group/barres_lab/brain_rnaseq.html) oluşturduk.


C9orf72 repeat expansions cause neurodegeneration in Drosophila through arginine-rich proteins

GGGGCC tekrinin genişlemesi, frontotemporal demans ve amiyotrofik lateral sklerozun en yaygın genetik nedenidir. Temel bir soru, toksisitenin tekrinin kendisi tarafından ve/veya tekrile ilişkili, ATG olmayan çeviri yoluyla üretilen dippeptit tekrar proteinleri tarafından sürüklenip sürüklenmediğidir. Bu soruya cevap vermek için, tekrinin RNA'sı ve dippeptit tekrar proteininin toksisitesini ayırmak için in vitro ve in vivo modeller geliştirdik. Saf tekrilerin, ancak duraklama kodunu kesen "sadece RNA" tekrilerinin Drosophila'da yetişkin başlangıcında nörodejenerasyona neden olduğu görüldü. Bu nedenle, genişlemiş tekriler, dippeptit tekrar proteinleri aracılığıyla nörodejenerasyonu teşvik etti. Bireysel dippeptit tekrar proteinlerin, GGGGCC RNA dizisi olmayan bir dizi ile ifade edilmesi, hem (glikin-arginin) hem de (prolin-arginin) proteinlerin nörodejenerasyona neden olduğu ortaya çıktı. Bu bulgular, hem arginine zengin proteinlerin hem de tekrinin RNA'sının C9orf72 ile ilişkili nörodejenerasyonda rol oynadığı çift toksisite mekanizmasına uygundur.


Targeted nanoparticles containing the proresolving peptide Ac2-26 protect against advanced atherosclerosis in hypercholesterolemic mice

Kronik, çözülmeyen iltihap, gelişmiş aterosklerotik lezyonların klinik ilerlemesinde kritik bir faktördür. Normal iltihap yanıtında, çözülme birkaç agonist tarafından medyasyona tabi tutulur, bunlardan biri de annexin A1 olarak bilinen, glukokortikoid tarafından düzenlenen bir proteindir. Annexin A1'in proresolüsyon etkileri, N-formil peptid reseptörü 2 (FPR2/ALX) aracılığıyla, amino asit 2-26'yı içeren amino terminal bir peptit (Ac2-26) taklit ederek gerçekleşir. Kolajen IV (Col IV) hedefli nanopartiküller (NPs), Ac2-26'yı içeren ve gelişmiş aterosklerozu tedavi etme potansiyeli olan değerlendirildi. Önceden var olan lezyonlara sahip fareli Ldlr−/− farelerine uygulandığında, Col IV-Ac2-26 NPs lezyonlara hedeflendi ve önemli gelişmiş plak özelliklerinde belirgin bir iyileşme sağladı, bunlar arasında lezyonların üzerinde koruyucu kolajen tabakasının artması (bu da lezyon kolajenaz aktivitesinde azalma ile ilişkiliydi), oksidatif stresin baskılanması ve plak nekrozunun azalması yer alıyordu. FPR2/ALX geni myeloid hücrelerde eksik olan farelerde bu iyileşmeler gözlemlenmedi. Bu nedenle, bir çözülme medyasyona tabi tutan peptidin hedefli bir NP'de verilmesi, myeloid hücrelerdeki reseptörünü aktive eder ve gelişmiş aterosklerotik lezyonları istikrara kavuşturur. Bu bulgular, gelişmiş aterosklerozda bozuk iltihap çözülmesinin bir rol oynadığını destekler ve yeni bir tedavi biçimi önerir.


Interleukin-2 gene variation impairs regulatory T cell function and causes autoimmunity

Otoimmün hastalıklar, normal bağışıklık fizyolojisi ve düzenlenmesinde dengesizliklerden kaynaklandığı düşünülür. Burada, fare kromozomu 3'teki (Idd3) otoimmün hastalık duyarlılığı ve direnci alelleri, kritik bağışıklık düzenleyici sitokin olan interleukin-2'nin (IL-2) farklı ifade düzeyleriyle korelasyon gösterdiğimizi gösteriyoruz. Normalde Idd3 ile ilişkili bağışıklık homeostazının istikrarsızlığının yaklaşık iki kat azaltılması olduğunu doğrudan test etmek için, Il2 geninin mühendislik yoluyla tek taraflı ifadesinin azalmasının sadece T hücrelerinden IL-2 üretimini iki kat azalttığını, aynı zamanda Il2'nin doğal olarak oluşan duyarlılık alelleri tarafından gösterilen otoimmün düzenleyici etkilerini taklit ettiğini gösteriyoruz. Hem genetik hem de genetik mekanizmalarla elde edilen azaltılmış IL-2 üretimi, bağışıklık homeostazını korumak için kritik öneme sahip olan CD4+ CD25+ düzenleyici T hücrelerinin işlevinin azalmasıyla ilişkilidir.


GRSF1 Regulates RNA Processing in Mitochondrial RNA Granules

Farklı uzmanlık alanları sitoplazmada ve nükleusta tanımlanmıştır; ancak mitokondriyal matris içindeki bölümlenme hakkında çok az bilgi vardır. GRSF1 (G-zengin sekans faktörü 1), daha önce sitoplazmada lokalize olduğu bildirilen bir RNA bağlayıcı proteindir. Biz, GRSF1'in bir izomorfunun mitokondriyal matris içinde ayrı ayrı odaklarda biriktiğini bulduk. Bu odaklar, yeni oluşan mitokondriyal RNA'dan oluşur ve ayrıca mitokondriyal RNA işleme katılan RNase P adlı bir enzimi de içerir. GRSF1, RNase P ile etkileşime bulunduğu ve hem klasik hem de tRNA içermeyen RNA öncüllerinin işlenmesinde gerekli olduğu bulunmuştur. Eksikliğinde, birincil RNA transkriptlerinin kesimi anormal olur, bu da mitokondriyal proteinlerin ifadesinin azalmasına ve mitokondriyal işlev bozukluğuna yol açar. Bulgularımız, GRSF1 ve RNase P içeren odakların, birincil RNA transkriptlerinin işlenmek üzere birleştiği yerleri temsil ettiğini öne sürmektedir. Bu büyük ribonükleoprotein yapılarını "mitokondriyal RNA granülleri" olarak adlandırdık.


Midlife Serum Cholesterol and Increased Risk of Alzheimer’s and Vascular Dementia Three Decades Later

Amaçlar: Alzheimer hastalığı (AD) ve vasküler demans (VaD) ile orta yaş kolesterol seviyelerinin ilişkisini incelemek; bu, büyük, çok etnik bir kadın ve erkek kohortunda gerçekleştirilmiştir. Yöntemler: Kaiser Permanente Kuzey Kaliforniya Tıbbi Grubu (sağlık hizmeti sağlayıcısı), bu çalışmanın veritabanını oluşturmuştur. 1964-1973 yılları arasında 40-45 yaşlarında ayrıntılı sağlık değerlendirmeleri yapılmış 9.844 katılımcı, 1994 yılında sağlık planının aktif üyeleri olmaya devam etmiştir. AD ve VaD, 1 Ocak 1994 ile 1 Haziran 2007 tarihleri arasında tıbbi kayıtlar aracılığıyla belirlenmiştir. Yaş, eğitim, etnik grup, cinsiyet, orta yaş diyabeti, hipertansiyon, vücut kitle indeksi (BMI) ve geç yaş felci gibi değişkenler için ayarlanmış Cox orantılı risk modellerini kullandık.

Sonuç: Toplamda 469 katılımcı AD'ye ve 127'si VaD'ye sahipti. İyileştirilmiş kolesterol seviyeleri (<200 mg/dl) referans olarak alındığında, AD için sınırda (200-239 mg/dl) ve yüksek (240 mg/dl ve üzeri) kolesterol seviyeleri için hazard oranları (HR) ve 95% güven aralığı (CI) sırasıyla 1,23 (0,97-1,55) ve 1,57 (1,23-2,01)'dir. VaD için sınırda ve yüksek kolesterol seviyeleri için HR ve 95% CI 1,50 (1,01-2,23) ve 1,26 (0,82-1,96)'dir. AD için (kolesterol çeyrekleri, 1. çeyrek referans) daha ileri analizler, kolesterol seviyelerinin 220 mg/dl'den fazla olmasının önemli bir risk faktörü olduğunu göstermiştir: HR 1,31 (1,01-1,71; 3. çeyrek, 221-248 mg/dl) ve 1,58 (1,22-2,06; 4. çeyrek, 249-500


"The contribution of chronic diseases to the prevalence of dependence among older people in Latin America, China and India: a 10/66 Dementia Research Group population-based survey"

Arka plan: Yaşlı nüfusun dünya çapında dramatik bir şekilde artması bekleniyor. Nüfus dinamiklerindeki değişiklikler, büyük ölçüde engelli yaşam yıllarına ve gelecekteki bağımlılığa katkıda bulunan yaşa bağlı kronik hastalıkların yükselişine neden olabilir. Ancak bağımlılık çok daha az araştırılmıştır, ancak engellilikle iç içe bağlantılıdır. Orta gelirli ülkelerdeki yaşlı nüfusta bağımlılığın yaygınlığını ve ilişkili faktörleri araştırdık. Yöntemler: Yedi ülkede (Küba, Venezuela ve Dominik Cumhuriyeti'nde kentsel alanlar, Peru, Meksika, Çin ve Hindistan'da kentsel ve kırsal alanlar) 11 noktada tek aşama çapraz kesitli bir anket gerçekleştirildi. Tüm 65 yaş ve üstü, coğrafi olarak tanımlanmış yakalama alanlarında yaşayanlar katılımcıydı. Toplamda 15.022 röportaj tamamlandı ve her katılımcı için bir bilgilendirici röportaj yapıldı. 10/66 Demans Araştırma Grubu anketinin tam protokolü uygulandı, depresyon, demans, fiziksel engeller ve kendiliğinden rapor edilen tanılar dahil edildi. Bağımlılık, katılımcının bakım ihtiyaçları hakkında bir anahtar bilgilendiricinin yanıtlarına dayalı olarak röportajcı tarafından derecelendirildi. Bağımlılığın yaygınlığını ve altta yatan sağlık durumlarının bağımsız katkısını tahmin ettik. Alanlara özgü yaygınlık oranları meta-analiz edildi ve nüfus atfedilebilir yaygınlık fraksiyonları (PAPF) hesaplandı. Sonuçlar: Bağımlılık, tüm alanlarda yaşla birlikte artıyor ve erkeklerde kadınlara göre daha düşük bir yaygınlığa sahip olma eğilimi vardı. Yaş standartlaştırılmış yaygınlık, tüm alanlarda ABD'den daha düşüktü. Çin'in kırsal bölgesinde dışında, demans, bağımlılığa en büyük bağımsız katkı sağlayan tek faktördü, ortalama PAPF% 34 (aralık % 23-% 59). Diğer önemli katkılar, uzuv hasarı (% 9, % 1-% 46), felç (% 8, % 2-% 17) ve depresyon (% 8, % 1-% 27) idi. Sonuç: Nüfus ve sağlık geçişleri, özellikle orta gelirli ülkelerde (MIC) bağımlılıklı yaşlı nüfusun sayısında büyük ve hızlı artışlara yol açacaktır. Kronik nörolojik ve nöropsikiyatrik


An actomyosin-based barrier inhibits cell mixing at compartmental boundaries in Drosophila embryos

Tıssüleri birbirleriyle karışmayan bölümlere ayırmak, hayvan embriyolarının ve organlarının doğru morfogenezi için esastır. Bölümlendirme hücre sıralamasını açıklamak için birkaç hipotez önerilmiştir, öncelikle farklı yapışma, ancak aynı zamanda sitoskelet veya hücre çoğalmasının düzenlenmesi de önerilmiştir. Bununla birlikte, sınırlarda hücreleri birbirlerinden ayıran moleküler ve hücresel mekanizmalar hala belirsizdir. Burada, erken Drosophila melanogaster embriyolarında, aktomisin tabanlı engellerin komşu bölümlere hücrelerin girmesini engellediğini gösteriyoruz. Analizimiz, özellikle bölümlere bölündüklerinde hücrelerin geçici olarak komşu bölümlere girebileceğini, ancak daha sonra köken bölmelerine geri itileceğini gösteriyor. Sitoskelet bileşenleri aktomisin, bölümlendirme sınırlarında zenginleşir, epidermisin mitotik olarak aktif olduğu zamanlarda kablo benzeri yapılar oluşturur. MyoII (kas dışı myosin II) işlevi engellendiğinde, canlı embriyolarda yerel olarak kabloya kromofor yardımlı lazer inaktivasyonu (CALI) ile, bölünen hücreler artık geri itilmez, bu da bölümlere hücre karışımına yol açar. Bölümlendirme sınırlarında hücreleri sıralamanın birincil mekanizmasının yerel aktomisin kasılabilirlik düzenlemesi, değil farklı yapışma olduğunu öneriyoruz.


Clinical algorithms for malaria diagnosis lack utility among people of different age groups.

Malarya tanısı için klinik algoritmaların yararlılığını belirlemek amacıyla bir çalışma gerçekleştirdik. Kilifi Bölgesi, Kenya'da orta düzeyde malarya bulaşımı olan bir bölgede yaşayan insanlarda. Toplamda 1602 kişi, tüm yaş gruplarından katıldı. Smear örnekleri aldık ve ateş öyküsü olan tüm katılımcıların klinik işaretleri ve semptomlarını (uyarılmış veya kendiliğinden) kaydettik. Bir malarya vakası, ateş öyküsü olan ve aynı zamanda parazitemi olan bir kişi olarak tanımlandı. En yüksek duyarlılık ve özgüllük gösteren klinik işaret ve semptomlar (algoritmalar) 5 yaş ve altı, 6-14 yaş ve 15 yaş ve üstü yaş grupları için seçildi. Bu yaş optimize edilmiş türetilmiş algoritmalar, 15 yaş ve altındakilerin yaklaşık %66'sını tespit edebilirken, yetişkinlerde sadece %23'ünü tespit edebildi. Bu algoritmalar, klinikte sunulan tedaviye karar vermek için kullanılsaydı, 5 yaş ve altındaki çocukların %16'sı, 6-14 yaş grubundaki %44'ü ve yetişkinlerin %66'sı, ateş ve parazitemi öyküsü olan ve kanında 5000 parazit/mikrol ve üzeri olan kişiler evde tedavi olmadan gönderilecekti. Bu nedenle, klinik algoritmaların malarya tanısında çok az yararı var gibi görünüyor, daha yaşlı yaş gruplarında bile daha kötü performans gösteriyor, gereksiz anti-malarya kullanımını önlemek, gerçekten ihtiyacı olan 5 yaş altı çocuklara daha fazla ilaç sunuyor.


Large-scale genetic fine mapping and genotype-phenotype associations implicate polymorphism in the IL2RA region in type 1 diabetes

Genom genişlikli ilişkilendirme çalışmaları, hastalıkla ilişkili kromozom bölgelerini belirlemekte. Ancak, ikna edici tekrarlama sonrasında bile, nedenli varyant(lar)ın lokalizasyonu, büyük örnek setlerinde kapsamlı yeniden dizileme, kapsamlı genotipleme ve istatistiksel analizler gerektirmektedir, bu da hedeflenen işlevsel çalışmaları tetikler. Burada, tip 1 diyabet (T1D) ile ilişkilendirme, interleukin 2 reseptörü alfa (IL2RA) gen bölgesi içinde iki bağımsız SNP grubuna, 14 ve 40 kb'lık örtüşen bölgelere, IL2RA 1. intronu ve IL2RA ve RBM17'nin 5' bölgelerine yayılmıştır (odds oranı = 2.04, 95% güven aralığı = 1.70–2.45; P = 1.92 × 10^-28; kontrol sıklığı = 0.635). Ayrıca, IL2RA T1D duyarlılığı genotiplerini, dolaşımdaki biyomarkör, çözünür IL-2RA seviyeleriyle ilişkilendirdik (P = 6.28 × 10^-28), bu da kalıtsal olarak daha düşük bağışıklık tepkisine sahip olmanın T1D'ye yatkınlık gösterdiğini öne sürmektedir.


Maternal obesity epigenetically alters visceral fat progenitor cell properties in male offspring mice.

ÖNEMLİ NOKTALAR Anne obezitesi, yavru yağ dokusu içindeki adipojenik öncül hücre yoğunluğunu azaltır. Obez annelerin yavrularının yağ dokusu genişleme yeteneği sınırlıdır ve yüksek yağlı diyetle zorlandığında yağ dokusunun metabolik disfonksiyonuyla ilişkilidir. Anne obezitesi, zinc finger protein 423'ün (zfp423) promotöründe DNA demetilasyonunu tetikler, bu da yüksek adipojenik kapasiteye sahip öncül hücreleri etkiler. Anne obezitesi, yavru yağ dokusu içindeki adipojenik kapasiteyi etkileyen uzun vadeli etkiler gösterir, böylece gelişimsel programlama etkisini ortaya koyar. ÖZET Anne obezitesi (MO), yavru obezitesi ve metabolik bozuklukları programlar, ancak alttaki mekanizmalar iyi tanımlanmamıştır. Öncü hücreler, yeni adipositlerin kaynağıdır. Bu çalışma, MO'nun yağ dokusundaki adiposit öncüllerini adipojenik farklılasyona ve daha sonra tükenmeye epigenetik olarak yatkın hale getirip getirmediğini test etmeyi amaçlamıştır, bu da pozitif enerji dengesi altında yağ dokusunun plastisitesinin başarısızlığına ve yağ dokusunun metabolik disfonksiyonuna katkıda bulunur. C57BL/6 dişi fareler, 8 hafta boyunca ya kontrol diyetinde (yağ enerjisinin %10'u) ya da yüksek yağlı diyette (yağ enerjisinin %45'i) beslendi. Kontrol (Con) ve obez (OB) annelerin erkek yavruları, 3 aylık yaşa kadar düzenli (Reg) veya obesojenik (Obe) diyetle beslendi. Yavruların weanında, OB yavruları epididimal yağdaki adipojenik transkripsiyon faktörü olan zfp423'ün daha yüksek ifadesine ve Con yavrularına kıyasla zfp423 promotöründeki daha düşük DNA metilasyonuna sahipti, bu da artmış adipojenik farklılasyonla ilişkiliydi. 3 aylık yaşta, OB/Obe yavrularında OB/Reg'e kıyasla %30,9 ± 9,7 daha az öncül yoğunluğu görüldü, bu da yüksek enerji diyetine zorlandığında adiposit sayısının sınırlı genişlemesiyle birlikteydi. Bu fark, OB/


Quality Testing of Artemisinin-Based Antimalarial Drugs in Myanmar.

Artemisin bazlı kombinasyon terapileri, Plasmodium falciparum sıtmasının ön safda tedavi yöntemleridir. Güneydoğu Asya'da sahte ve kalitesiz artemisin bazlı antimalarilerin dolaşımı, sıtma ortadan kaldırma kampanyası için büyük bir sorun olmuştur. Bu duruma güncelleme sağlamak için, Myanmar'ın farklı bölgelerinden özel ilaç mağazalarından 153 artemisin içeren antimalarileri, kolaylık örnekleri olarak satın aldık. Bu ilaçların artemisin türevi içeriği, bu artemisin türevleri için özel dip testleri kullanılarak, nokta bakım cihazları olarak test edildi. Bu örneklerin bir alt kümesi, yüksek performanslı sıvı kromatografisi (HPLC) ile daha fazla test edildi. Bu anket, toplanan ilaçların %35'inden fazlasının oral artesunate ve artemether monoterapiler olduğunu belirledi. Dip testlerle test edildiğinde, tüm örnekler (bir örnek hariç) testleri geçti, bu da tespit edilen artemisin türevi içeriğinin etiketlenen içeriğe yaklaşık olarak karşılık geldiğini gösterdi. Bununla birlikte, bir artesunate enjeksiyon örneği, dip test analizi ve sonraki HPLC analizi tarafından hiçbir aktif madde içermediği bulundu. Oral monoterapilerin devam eden dolaşımı ve ilk kez sahte parenteral artesunate'in tanımlanması, Myanmar'da sıtma ortadan kaldırma aşamasında antimalar ilaç kalitesinin endişe verici bir resmini çiziyor, bu durum düzenleyici otoritelerden daha fazla gözetim hak ediyor.


LINE-1 Retrotransposition Activity in Human Genomes

Çok aktif (yani "sıcak") uzun aralıklı öğe 1 (LINE-1 veya L1) dizileri, insan genomunda retrotranspozisyon aktivitesinin büyük çoğunluğunu oluşturur; ancak insan popülasyonunda sıcak L1'lerin bolluğu büyük ölçüde araştırılmamıştır. Burada, insan genom referans dizisinde bulunmayan 68 tam uzunlukta L1'i tanımlamak için fosmid tabanlı çift uçlu DNA dizileme stratejisi kullandık. Bu L1'lerin çoğunluğu, kültürlü hücre retrotranspozisyon testinde yüksek aktifti. 26 öğenin genotiplenmesi, iki L1'in sadece Afrika'da bulunduğunu ve H952 alt kümesinin İnsan Genom Çeşitliliği Paneli'nden iki öğenin eksik olduğunu ortaya koydu. Bu nedenle, bu sonuçlar, sıcak L1'lerin insan popülasyonunda daha bol olduğu ve devam eden L1 retrotranspozisyonunun bireysel genetik çeşitliliğin önemli bir kaynağı olmaya devam ettiği fikrini desteklemektedir.


Immune cell promotion of metastasis

Metastatik hastalık, kanser kaynaklı ölümlerin ana nedenidir ve immünoterapi ile kemoterapi, ilerlemesini tersine çevirmede sınırlı başarı göstermiştir. Fare modellerinden elde edilen veriler, tümörlere immün baskılayıcı hücrelerin toplanmasının, katil hücreler tarafından gözetlenmeyi engelleyerek metastatik kanser hücrelerini koruduğunu, bu sayede immünoterapinin etkilerini ortadan kaldırdığını ve böylece metastazın oluşmasına neden olduğunu göstermektedir. Ayrıca, çoğu durumda, tümör içine sızan bağışıklık hücreleri, metastazın her adımını teşvik eden hücrelere dönüşür ve bu nedenle yeni tedavi hedefleri oluştururlar. Bu incelemede, tümör içine sızan bağışıklık hücrelerinin metastaz kaskadına nasıl katkıda bulunduğunu açıklıyoruz ve bu hücreleri hedefleyen potansiyel tedavi stratejilerini tartışıyoruz.


PICH: a DNA translocase specially adapted for processing anaphase bridge DNA.

Plk1 etkileşimli kontrol noktası helikaz (PICH) proteini, mitozis sırasında ultrafine anafaz köprüleri (UFB'ler) üzerinde, Bloom sendromu proteini (BLM) de dahil olmak üzere DNA onarımı proteinlerinden oluşan bir kompleksle birlikte lokalize olur. Ancak, PICH'in işlevi veya UFB'lere nasıl rekrut edildiği hakkında çok az bilgi vardır. Mikroakışkanlık, floresan mikroskopisi ve optik tutuculardan oluşan bir kombinasyon kullanarak, anafaz köprüsünün bir in vitro modelinde PICH'in özelliklerini tanımladık. Gösteriyoruz ki, PICH, ATP'ye bağlı protein translokasyonu ve DNA'nın uzamasıyla sonuçlanan çift iplikli DNA'ya inanılmaz derecede yüksek bir bağlanma yeteneğine sahiptir. En çarpıcı şekilde, PICH'in DNA'ya bağlanma afinitesi, mitotik spindelin UFB'ye etkisini taklit eden, gerilme ile DNA'nın uzanmasıyla artar. PICH bağlanması ayrıca, kuvvetle tetiklenen DNA erimesini de azaltır gibi görünüyor. Önerilen bir modelde, PICH, anafaz sırasında gerilen DNA'yı tanır ve stabilleştirir, böylece entegre olmuş kromatitlerin çözülmesini kolaylaştırır.


The Dynamics of Genome-wide DNA Methylation Reprogramming in Mouse Primordial Germ Cells

Genom çapında DNA metilasyon yeniden programlaması, fare ilkel üreme hücrelerinde (PGCs) ve preimplantasyon embriyolarda gerçekleşir, ancak kesin dinamikler ve biyolojik sonuçlar büyük ölçüde bilinmez. Biz, E6.5 epiblast'tan E16.5 PGC'lere kadar anahtar aşamalarda bütün genom bisülfit dizileme (BS-Seq) ve RNA-Seq yaptık. PGC genişlemesi ve göçü sırasında küresel metilasyon kaybı gerçekleşir ve pasif demetilasyonun kanıtları vardır, ancak uzun süreli epigenetik hafıza taşıyan diziler (imprintler, X kromozomundaki CpG adaları, üreme hücresi spesifik genler) sadece PGC'lerin gonadlara girmesiyle demetilasyona uğrar. PGC'lerin transkripsiyonel profili, küresel hipometilasyona rağmen sıkı bir şekilde kontrol edilir, bu da yeniden programlama ve pluripotansının ayrılmaz bir şekilde bağlantılı olduğunu gösterir. Sonuçlarımız, üreme hattındaki pluripotansın epigenetik temel durumunu anlamak için bir çerçeve sağlar.


Major histocompatibility complex associations of ankylosing spondylitis are complex and involve further epistasis with ERAP1

Ankilozan spondilit (AS), Avrupa kökenli 22.647 vaka ve kontrol üzerinde 7.264 MHC SNP'leri genotiplendirilerek incelenen, yüksek oranda kalıtsal ve enflamatuar bir eklem hastalığıdır. HLA-B*27, AS'nin ana genetik risk faktörü olmasına rağmen, hastalığın etyolojisindeki rolü hala belirsizdir. MHC susuzluluk lokuslarının genetik temelini daha iyi anlamak için, HLA proteinlerindeki amino asit kalıntıları ve klasik HLA alelleri dahil olmak üzere, bu SNP'ler, HLA alelleri ve amino asit kalıntıları için imputasyon yaptık ve bunları AS durumu ile ilişkilendirme testleri gerçekleştirdik. Burada, HLA-B*27 alellerinin etkilerine ek olarak, AS'ye karşı duyarlılığı etkileyen diğer birkaç HLA-B alelini gösteriyoruz. HLA-B'deki ilişkili haplotipleri kontrol ettikten sonra, HLA-A, HLA-DPB1 ve HLA-DRB1 lokuslarındaki varyantlarla bağımsız olarak ilişkili olduğumuzu gözlemliyoruz. Ayrıca, HLA-B*27 taşıyıcıları dışında, HLA-B*40:01 taşıyıcıları arasında da rs30187 SNP'nin ilişkili olduğunu gösteriyoruz.


RNA sequencing identifies dysregulation of the human pancreatic islet transcriptome by the saturated fatty acid palmitate.

Pankreas β-hücrelerinin işlev bozukluğu ve ölümü, tip 2 diyabetin (T2D) patogenezinin merkezinde yer alır. Doymuş yağ asitleri β-hücrelerinin başarısızlığına neden olur ve genetik olarak yatkın bireylerde diyabet gelişimine katkıda bulunur. Burada, beş palmitat işlenmiş insan pankreas hazırlamalarında RNA dizileme kullanarak, 1.325 değiştirilmiş geni haritalandırdık. Palmitat, yağ asitleri metabolizmasını ve endoplazmik retikülum (ER) stresini tetikledi. Fonksiyonel çalışmalar, adaptif ER stres sinyal iletiminin yeni aracılarını tanımladı. Palmitat, ubiquitin ve proteasom fonksiyonunu, otofaji ve apoptozu düzenleyen genleri değiştirdi. Otofajik akışın ve lizozom fonksiyonunun inhibisyonu, lipotoksisiteye katkıda bulundu. Palmitat, β-hücrelerinin fenotipini kontrol eden transkripsiyon faktörlerini, PAX4 ve GATA6 gibi, inhibe etti. 59 diyabet adayı geni insan pankreaslarında ifade edildi ve bunlardan 11'i palmitat tarafından değiştirildi. Palmitat, 17 splisleme faktörünün ifade şeklini değiştirdi ve 3.525 transkriptin alternatif splislemesini etkiledi. Değiştirilmiş transkriptler ve genler için Ingenuity Yol Analizi, en çok etkilenen fonksiyonların hücre ölümü ile ilişkili olduğunu doğruladı. Transkripsiyon faktörü bağlanma siteleri için DAVID analizi, PAX4, GATA, ER stres yanıt düzenleyicileri XBP1 ve ATF6'nın rolüne işaret etti. Bu insan pankreas transkriptom çalışması, palmitat ile tetiklenen β-hücre işlev bozukluğu ve ölümünün yeni mekanizmalarını tanımladı. Veriler, metabolik stres ve β-hücre düzeyindeki aday genler arasında bir etkileşim olduğunu göstermektedir.


The Ratio of Monocytes to Lymphocytes in Peripheral Blood Correlates with Increased Susceptibility to Clinical Malaria in Kenyan Children

ARKA PLAN Plasmodium falciparum sıtması, Sahra Altı Afrika'da hastalık ve ölümün önemli bir nedeni olmaya devam ediyor. Küçük çocuklar hastalığın ağırlığını taşıyor ve olgun çocuklar ve yetişkinler nispeten daha az klinik atak yaşasalar da, asemptomatik P. falciparum enfeksiyonuna karşı hala savunmasızlar. Klinik sıtmaya karşı bağışıklık ile ilişkili ev sahibi faktörlerin daha iyi anlaşılması ve asemptomatik P. falciparum enfeksiyonunu sürdürme yeteneği, hastalığın önleme için geliştirilmiş stratejilere yardımcı olacaktır. YÖNTEM VE BULGULAR Burada, Kenya'daki çocuklarda yıllık çapraz kesit anketlerinin beşinde alınan örneklerde klinik sıtmaya karşı duyarlılığı tahmin etmek için tam farklıyal kan sayımları araştırıyoruz. Kanlı monosit ve lenfosit oranının, anket zamanı periferik kanında ölçüldüğünde, takip sırasında klinik sıtma riskiyle doğrudan ilişkili olduğunu bulduk. Bu ilişki, hücre sayımları ölçülürken asemptomatik P. falciparum enfeksiyonu olan çocuklarda (Hazard Oranı (HR) = 2.7 (95% Güven Aralığı 1.42, 5.01, P = 0.002) belirgin, ancak enfeksiyonu tespit edilemeyenlerde (HR = 1.0 (95% Güven Aralığı 0.74, 1.42, P = 0.9) değil. SONUÇLAR Öneriyoruz ki monosit-lenfosit oranı, rutin tam farklıyal kan sayımlarından kolayca elde edilebilir ve P. falciparum enfeksiyonuna karşı etkili bir bağışıklık tepkisi oluşturma yeteneğini yansıtır.


Dynamic analysis of filopodial interactions during the zippering phase of Drosophila dorsal closure.

Dorsal kapanış, Drosophila embriyonik gelişimin sonlarında gerçekleşen bir epitel füzyon paradigmatıdır ve iki karşıt epitel tabakasının birleşmesiyle orta hat deliklerinin kapanmasına yol açar. Ön kenar epitel hücreleri filopodlar ifade eder ve füzyon, bu filopodların birbirine kenetlenmesine bağlıdır, böylece bağ oluşumunu hazırlar. Karşıt epitel tabakaları moleküler olarak desenlendirildiği için, bu iki tabakayı bu füzyon dikişinde doğru bir şekilde hizalamak için bir mekanizma olmalıdır. Bu sorunu ele almak için, engrailed ve patched genleri kullanılarak her segmentte RFP-Moesin ve GFP-Moesin'in karşılıklı olarak farklı çizgilerde ifade edildiği bir sinek oluşturduk. Engrailed ve patched hücrelerin filopodları arasında karşılıklı etkileşimler gözlemliyoruz. Eşleşen hücrelerin filopodları arasındaki etkileşimler, aralarında bağlar oluşmasına ve bu bağların yanlış hizalanmış epitel tabakalarını hizalamasına neden olur. Filopod eşleşmesi, ventral epitelde lazer yaralarının onarımı sırasında da gerçekleşir ve bu davranış sadece ön kenar hücrelerine özgü değildir. Son olarak, A1-A5 segmentlerinin engrailed bölgesinde gözlemlenen ve bu hücrelerin hücre eşleşmesine katkıda bulunduğuna dair kanıtlar sunarak, patched ifade eden bir hücrenin davranışını karakterize ederiz.


Expression of Versican 3′-Untranslated Region Modulates Endogenous MicroRNA Functions

ARKA Planlı mikroRNA'lar (miRNA'lar), post-transkripsiyonel gen ifadelerini düzenleyen tek iplikli RNA'lardır. Önceki çalışmamızda, versikan 3' UTR'nin, bir transkriptin olmayan parçacığı, miR-199a-3p işlevini antagonize etme yeteneğine sahip olduğunu gösterdik. Bu, matris proteinleri versikan ve fibronektin ifadelerini düzenleyerek, hücre-hücre ve organ bağlanmasını artıran bir sonuç doğurur. Bununla birlikte, bu transkriptin olmayan parçacığın tümör oluşumuna etkisi henüz belirlenmemiştir. YÖNTEM VE BULGULAR Bilgisayarlı tahmin, in vitro ve in vivo deneyleriyle doğrulanarak, versikan 3' UTR'nin hem miR-199a-3p'yi antagonize ettiğini hem de istikrarlı durumunu düşürdüğünü bildiriyoruz. 4T1 farı meme kanseri hücre hattında versikan 3' UTR ifadesinin miR-199a-3p seviyelerini azalttığını bulduk. miRNA aktivitesindeki bu azalma, tümör büyümesindeki farklılıklara neden oldu. Bilgisayarlı analiz, hem miR-199a-3p'nin hem de miR-144'ün bir hücre döngüsü düzenleyicisi olan Rb1'i hedeflediğini gösterdi. Ayrıca, miR-144 ve miR-136, versikan 3' UTR ile etkileşime girdiği bilinenler, PTEN'i hedefledi. In vitro ve in vivo'da Rb1 ve PTEN'in ifadesi sinerjik olarak arttı, bu da 3' UTR'nin miRNA aktivitelerini serbest bırakarak ve PTEN ve Rb1 mRNA'larını çeviri için serbest bırakarak bağlandığını ve düzenlediğini öne sürüyor. Tümör oluşumu deneylerinde, 3' UTR ile transfekte edilen hücreler, kontrol vektörle transfekte edilen hücrelere kıyasla daha küçük tümörler oluşturdu. SONUÇ Çalışmamızın sonuçları, bir 3' UTR parçasının miRNA işlevlerini düzenleyebileceğini gösterdi. Çalışmamız ayrıca, kanser hücrelerindeki miRNA'ların daha fazla parçalanmaya maruz kaldığını, bu parçalanmanın transkriptin olmayan


Prophylactic and therapeutic efficacy of the epitope vaccine CTB-UA against Helicobacter pylori infection in a BALB/c mice model

Helikobakter pylori'nin enzimi ureaz üzerine dayalı epitope aşı, H. pylori enfeksiyonuna karşı önleyici ve terapötik aşılama için umut verici bir seçenek. Önceki çalışmamızda, mukozal adjuvant kolera zehiri B alt birimi (CTB) ve H. pylori ureaz A alt biriminin (UreA) bir epitope'sinden (UreA183-203) oluşan epitope aşı CTB-UA inşa edildi. Bu özel aşı, iyi immünojeniklik ve immünoaktivite gösterdi ve spesifik nötralize edici antikorlar indükleyebildi, bu da H. pylori ureaz enziminin enzimatik aktivitesini etkili bir şekilde inhibe etti. Bu çalışmada, BALB/c fare modeli üzerinde epitope aşı CTB-UA'nın önleyici ve terapötik etkinliği değerlendirildi. Deneysel sonuçlar, CTB-UA'nın ağızdan önleyici veya terapötik aşılama ile ağızdan PBS aşılamasına kıyasla H. pylori kolonizasyonu üzerinde önemli bir azalma sağladığını gösterdi. Sonuçlar ayrıca, koruma ile ilişkili spesifik antijen IgG, IgA ve mukozal sekresyonlu IgA antikor yanıtlarını da ortaya koydu. CTB-UA, H. pylori enfeksiyonunun kontrolü için umut verici bir aşı adayı olabilir.


Spatial co-distribution of neglected tropical diseases in the east African great lakes region: revisiting the justification for integrated control.

AMAÇ: Doğu Afrika'daki Büyük Göller bölgesinde Schistosoma mansoni ve toprak aktarılan parazitler (STH'ler) Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura ve hookworm'un eşzamanlı dağılım desenlerini belirlemek, bu bölgedeki ihmal edilen tropikal hastalık programlarının planlanmasına yardımcı olmak.

YÖNTEM: Uganda, Tanzanya, Kenya ve Burundi'de 404 okulda 28.213 çocukta parazitolojik anketler gerçekleştirildi. Bayesian jeostatik modeller, bu enfeksiyonların çalışma alanındaki dağılımını tahmin etmek için kullanıldı. Tahmin edilen yaygınlık haritaları, eşzamanlı enfeksiyon alanlarını belirlemek için üst üste konuldu.

SONUÇLAR: Büyük Göller bölgesinde, Schistosoma mansoni'nin yaygınlığı %18,1, hookworm'un %50,0, Ascaris lumbricoides'in %6,8 ve Trichuris trichiura'nın %6,8 idi. Hookworm enfeksiyonu yaygınken, Schistosoma mansoni, Ascaris lumbricoides ve Trichuris trichiura odaklıydı. Çoğu alan (yaygınlık %10 veya daha fazla) veya hiperendemik (yaygınlık %50 veya daha fazla) bir veya daha fazla STH için endemikti, ancak Schistosoma mansoni endemik alanları büyük kalıcı su kütlelerine bitişik odaklara sınırlıydı.

SONUÇ: Hookworm'un yaygınlığı nedeniyle, bölge genelinde STH programları gereklidir, ancak verimli schistosomiasis kontrolü sadece yüksek riskli sınırlı alanlara hedeflenmelidir. Bu nedenle, Doğu Afrika'da sadece sınırlı odaklarda schistosomiasis ile STH kontrolü entegrasyonu gösterilmelidir.


Direct conversion of patient fibroblasts demonstrates non-cell autonomous toxicity of astrocytes to motor neurons in familial and sporadic ALS.

Amyotrofik lateral skleroz (ALS), motor nöron dejenerasyonu, felç ve ölüme neden olur. Hastalık modellemesi, hastalık mekanizmalarının belirlenmesi ve tedavi geliştirme acilen gereklidir. Daha önce, postmortem ALS omurilikten elde edilen astrositlerin motor nöron toksisitesini bildirdik. Ancak bu hücreler sadece ölümden sonra alınabilir ve çoğaltılması sınırlıdır. Şimdi, yetişkin insan fibroblastlarını, ALS hastalarının yaşamından alınan indüklenmiş nöral öncül hücrelere dönüştürmek ve daha sonra astrositlere (i-astrositler) farklılaştırmak için hızlı ve yüksek tekrarlanabilirlik sağlayan bir yöntem bildirdik. Ailevi ALS hastalarında süperoksit dismutaz mutasyonu veya kromozom 9'daki C9orf72 genindeki heksanükleotit genişlemesi gibi en sık ALS nedenleri olanlarda motor nöronlara karşı non-hücre özerk toksisite, i-astrositlerin ailevi ALS hastalarından alınanlarla birlikte kokültürde bulunmasıyla tespit edildi. İlginç bir şekilde, sporadik ALS hastalarından alınan i-astrositler, nedenleyici mutasyonlara sahip olanlarla aynı derecede toksiktir, bu da ortak bir mekanizmanın varlığını ima eder. Kolay üretime ve çoğaltmaya olanak tanıyan i-astrositlerin şimdi hızlı hastalık modellemesi ve yüksek verimli ilaç taraması için kullanılabilir olması, astrosit kaynaklı toksisiteyi hafifletmeye yardımcı olacaktır.


Combined Single-Cell Functional and Gene Expression Analysis Resolves Heterogeneity within Stem Cell Populations

Yetişkin hematopoietik kök hücrelerin (HSC) kendiliğinden yenilenme dayanıklılığındaki heterojenlik, HSC işlevinin moleküler çerçevesini anlamamızı zorlaştırıyor. Gen ifadesi çalışmaları, çoklu HSC alt tipleri ve kütlesel HSC popülasyonlarını kirleten kontaminan olmayan HSC'lerden dolayı engellenmiştir. Murin HSC'lerin gen ifadesi programına daha derin bir bakış kazanmak için, tek hücre işlevsel testleri, akış sitometrik indeks sıralaması ve tek hücre gen ifadesi testlerini birleştirdik. Bu veri kümelerinin biyoinformatik entegrasyonu sayesinde, non-HSC'leri HSC'lerden ayırmak için tarafsız bir sıralama stratejisi tasarladık ve zenginleştirilmiş popülasyonda tek hücre nakli deneyleri, RNA-seq verileriyle birleştirildi ve uzun süreli dayanıklı kendiliğinden yenilenme ile ilişkili anahtar moleküller belirlendi. Son olarak, bu yaklaşımın başka bir kök hücre sisteminde tanımlanmış hücre işlevleriyle anahtar molekülleri ilişkilendirmede daha geniş bir uygulanabilirliği olduğunu gösterdik.


Acids: Structures, Properties, and Functions (University Science Books, Sausalito, CA, 2000).

İnsanlar, otoimmün düzenleyici (AIRE) transkripsiyon faktörünün kusurlu bir formunu ifade ettiklerinde çok organlı otoimmün hastalık geliştirirler. AIRE eksikliği olan fareleri kullanarak, bu transkripsiyon faktörünün otoimmünlüğü, timus medulleri epitel hücrelerinde periferik dokulara özgü antijenlerin ektojik ifadesini teşvik ederek düzenlediğini test ettik. Bu hipotez doğru çıktı. Mutant hayvanlar, timus stromal hücrelerinde AIRE'nin yokluğuna bağlı olarak, tanımlanmış bir otoimmün hastalık profili sergilediler. AIRE eksikliği olan timus medulleri epitel hücreleri, periferik antijenleri kodlayan genlerin ektojik transkripsiyonunda spesifik bir azalma gösterdi. Bu bulgular, otoimmünlüğü kontrol etmede timusta dayandırılan "merkezi" toleransın önemini vurgulamaktadır.


Directed Actin Polymerization Is the Driving Force for Epithelial Cell–Cell Adhesion

Epitelyal hücreler, kalsiyum ve aktin polimerizasyonu beklenmedik şekillerde kullanan, kadherin aracılı hücre arası yapışım sürecine katıldıklarını keşfettik. Kalsiyum, filopodları uyarıp, komşu hücrelere nüfuz ettirip gömülmelerini sağlar. E-kadherin kompleksleri filopodların uçlarında kümelenir ve gömülü noktalara sahip iki sıra zıplama perdesini oluşturur. Karşıt hücre yüzeyleri desmosomlar tarafından sıkıştırılırken, vinculin, zyxin, VASP ve Mena, alfa-katenin gerektiren bir mekanizma ile yapışım zıplama perdesine toplanır. Aktin yeniden düzenlenir ve polimerize olur, noktalara tek bir sıra halinde birleşir ve hücre sınırlarını sular. Keratinositlerde ya alfa-katenin sıfır veya VASP/Mena işlevi engellenenlerde, filopodlar gömülür, ancak aktin yeniden düzenlenmesi/polimerizasyonu engellenir ve zarlar sulara geçemez. Birlikte, kalsiyum etkinleştirilmiş filopodların nüfuzu ve VASP/Mena bağımlı aktin yeniden düzenlenmesi/polimerizasyonu içeren dinamik bir hücre arası yapışım mekanizması açığa çıkar.


Ribosomal DNA copy number loss and sequence variation in cancer

Ribosomal DNA, insan genomunda kopy sayı açısından en değişken bölgelerden biridir. Hücresel işlev için rDNA'nın önemi göz önüne alındığında, haritalama ve analizle ilişkili zorluklar nedeniyle, kopy sayısının, kararlılığının ve dizisinin genomda nasıl düzenlendiği konusunda neredeyse hiçbir şey bilmiyoruz. İnsan ve fare genomlarında normal ve kanser durumlarında rDNA kopy sayısını ölçmek için hesaplamalı ve damla dijital PCR yaklaşımları uyguladık. Kanser genomlarında kopy sayı ve dizi değişebileceğini bulduk. Karşı sezgisel olarak, insan kanser genomları, küresel kopy sayı ko-değişimiyle birlikte kopy sayısında bir kayıp gösterir. Dizi de kanser genomunda daha değişken olabilir. Düşük kopyalı kanser genomları, mTOR hiperaktifliği için mutasyonel kanıtlara sahiptir. PTEN fosfataz, genom kararlılığı için kritik olan ve mTOR kinaz yolu için negatif bir düzenleyici olan bir tümör baskılayıcısıdır. Şaşırtıcı bir şekilde, ancak insan kanser genomlarıyla tutarlı olarak, bir lösemi modeli için Pten-/- fare hematopoetik kök hücreleri, normal dokuya kıyasla daha düşük rDNA kopy sayısına sahiptir, ancak artan proliferasyon, rRNA üretimi ve protein sentezi vardır. Kopyalar erken kaybolur ve DNA hasarına karşı aşırı duyarlılıkla ilişkilidir. Bu nedenle, kopy kaybı, mTOR etkinliğiyle ilişkili kanserlerde tekrarlanan bir özelliktir. Ribosomal DNA kopy sayısı, DNA hasarı tedavilerine duyarlılık gösterecek kanser olup olmadığını belirlemede basit ve yararlı bir gösterge olabilir.


The association of Red cell distribution width and in-hospital mortality in older adults admitted to the emergency department

ARKA PLAN Çalışmanın amacı, acil servise (AS) kabul edilen yaşlı hastalarda ölüm riskini artıran yüksek kırmızı kan hücresi dağılım genişliği (RDW) hipotezini test etmektir. YÖNTEMLER 2013 Mayıs ve Ekim 2013 tarihleri arasında AS'ye kabul edilen hastaların retrospektif analizini gerçekleştirdik. 65 yaş üstü, herhangi bir tıbbi sorunu olan ve AS'yi ziyaret eden hastaları dahil ettik. Temel RDW değerleri, AS'ye kabul anında ölçüldü. Ana sonuç, tüm nedenlerle hastanede ölüm oranıydı. Çoklu lojistik analiz yapıldı. SONUÇLAR Çalışmaya nihayetinde 1990 hasta dahil edildi. Ortalama yaş 75 yaş (SD 7) idi ve 936 (47%) hasta erkekti. Hastanede ölüm oranı %3.76 (74 hasta) idi. Hayatta kalmayanlarda RDW değerleri, hayatta kalanlara göre daha yüksekti (15.9 ± 2.5 vs. 13.8 ± 1.7, p < 0.001). Çoklu lojistik analiz, diğer kafa karıştırıcı faktörleri ayarladıktan sonra RDW'nin tüm nedenlerle hastanede ölümle ilişkili olduğunu gösterdi. GÖRÜŞ RDW kabul değeri, 65 yaş üstü hastalarda tüm nedenlerle hastanede ölüm için bağımsız bir tahmin faktörüdür. Birkaç kafa karıştırıcı faktörü ayarladıktan sonra, RDW'nin her 1% artışıyla tüm nedenlerle hastanede ölüm oranı %21.8 arttı. SONUÇ Bu sonuçlar, 65 yaş üstü hastalarda hastanede ölümle ilişkili RDW kabul değerini göstermektedir. Bu nedenle, RDW kabul değeri, hastalığın ciddiyetinin bir yer değiştirici işaretçisi olabilir. Dışta doğrulanana kadar bu bulguların klinik karar verme sürecine yardımcı olmak için kullanılmasına karşı uyarıda bulunuyoruz.


Gene regulation by the act of long non-coding RNA transcription

Uzun non-protein kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), fare ve insan transkriptomlarında en büyük transkript sınıfı olarak önerilmektedir. İki önemli soru, tüm lncRNA'ların işlevsel olup olmadığı ve nasıl bir işlev sergileyebileceğidir. Birkaç lncRNA, ürünlerinin işlevi sayesinde işlevsel olduğu gösterilmiştir, ancak bu tek olası eylem şekli değildir. Bu incelememizde, lncRNA transkripsiyon sürecinin, lncRNA ürününe bağımsız olarak, protein kodlayan gen aktivitesini düzenlemedeki rolüne odaklanıyoruz. LncRNA transkripsiyonunun gen susturmasına veya etkinleştirmesine yol açtığı örnekleri tartışıyoruz ve düzenleyici etkiye neden olanın lncRNA ürünü mü yoksa transkripsiyon mu olduğunu belirlemek için stratejiler açıklıyoruz.


Life and death of cardiac stem cells: a paradigm shift in cardiac biology.

Myokit mitozisinin fetüs, yenidoğan, yetişkin ve hipertrofi olmuş kalpte meydana geldiği ve kardiyumda ilkel, farklılaşmamış hücrelerin bir havuzunun bulunduğu gerçeğinin tanınması, kalbin biyolojisi konusunda farklı bir bakış açısı ortaya koymuştur. Yeni paradigma, myosit oluşumunun doğum sonrası yaşamda, yetişkinlikte veya yaşlanmada korunduğunu ve bu durumun organizmanın yaşam süresince kalbin etkileyici bir büyüme rezervi olduğunu göstermektedir. Bu makale, son 20 yılda elde edilen, kardiyumun parankim hücrelerini sürekli olarak değiştirebileceği fikrini destekleyen yenilikçi bilgilerin kapsamlı bir incelemesini sunmaktadır. 1970'lerde, kalp postmitotik bir organ olduğu ve parankim hücrelerini yenileyemeyeceği fikriyle kurulan bu paradigma, son 30 yıldır kardiyoloji alanında temel ve klinik araştırmaları derinlemesine etkilemiştir. Bu paradigmaya göre, kardiyomiyositler hücre hipertrofisi geçirir1,2 ancak alt düzeyde farklılaşmamış myositlerden bir alt grubun hücre döngüsüne girmesi veya ilkel hücrelerin myosit hattına bağlanması yoluyla değiştirilemezler. Kardiyomiyositlerin stresle karşılaştığı tek yanıt hipertrofidir ve/veya ölüm. Bu nedenle, myosit hipertrofisinin moleküler mekanizmalarını ve genetik kontrolünü belirlemek için büyük çaba sarf edilmiştir. Çeşitli sinyal yolları hakkında ayrıntılı bilgi edinilmiş ve hipertrofik myosit büyümesinin biyolojisi konusunda anlayışımız önemli ölçüde ilerlemiştir3. Yeni teknolojilerin tanıtılması, sorular, yaklaşımlar ve deneysel sonuçların yorumlanmasında bilimsel bir devrim yaratmıştır. Ancak, hipertrofinin temel mekanizmalarını anlama konusundaki bu muazzam ilerlemeye rağmen, çok az ...


Paraneoplastic thrombocytosis: the secrets of tumor self-promotion.

Paraneoplastik trombositoz, birçok katı tümörle ilişkili bir durumdur ve sıklıkla daha düşük hayatta kalma ile ilişkilendirilir. Son araştırmalar, plakletler ve tümör hücreleri arasında patogenik geri besleme döngüsünün çalışabileceğini, tümör büyümesi/metastaz ve trombositoz/plaklet aktivasyonu arasındaki karşılıklı etkileşimlerle ilişkili olduğunu öne sürmektedir. Tümörlerin plaklet üretimini ve aktivasyonunu uyarabileceği belirli moleküler yolaklar belirlenmiştir; aktivasyon geçirmiş plakletler, tümör büyümesi ve metastazı teşvik edebilir. Bu bulgular birlikte, terapötik müdahale için heyecan verici yeni hedefler sunmaktadır.


Perceived age as clinically useful biomarker of ageing: cohort study.

# Amaç
Algılanan yaşın, hayatta kalma ve önemli yaşa bağlı fenotiplerle korelasyonunu belirlemek.

# Tasarım
Takip çalışması, 2008 yılının Ocak ayına kadar, o zamana kadar 675 (37%) kişinin öldüğü, ikizlerin hayatta kalması ile ilgili.

# Çalışma Ortamı
Danimarka'da nüfus temelli ikizler kohortu.

# Katılımcılar
20 hemşire, 10 genç erkek ve 11 yaşlı kadın (değerlendiriciler); 1826 yaşları 70 yaş ve üstü ikizler.

# Ana Çıktı Ölçümleri
Değerlendiriciler: ikizlerin fotoğraflarından algılanan yaş.

# İkizler: fiziksel ve bilişsel testler ve yaşlanma moleküler biyomarkeri (leukosit telomer uzunluğu).

# Sonuçlar
Tüm üç değerlendirici grubu için, algılanan yaş, kronolojik yaş, cinsiyet ve yetiştirme ortamı ayarlamalarına rağmen hayatta kalmayla önemli ölçüde ilişkiliydi. Algılanan yaş, fiziksel ve bilişsel işlev için daha fazla ayarlamadan sonra hayatta kalmayla hala önemli ölçüde ilişkiliydi. İkiz çiftinde daha büyük algılanan yaş uyuşmazlığı olan ikizlerin, daha yaşlı görünen ikizin önce ölme olasılığı arttı, yani ikiz çifti içinde algılanan yaş farkı ne kadar büyükse, daha yaşlı görünen ikizin önce ölme olasılığı o kadar yüksekti. İkiz analizleri, hem algılanan yaş hem de hayatta kalma üzerinde etkili olan ortak genetik faktörleri önerdi. Kronolojik yaş ve cinsiyetten arındırılmış algılanan yaş, fiziksel ve bilişsel işlev ile de önemli ölçüde ilişkiliydi ve leukosit telomer uzunluğu ile ilişkiliydi.

# Sonuç
Algılanan yaş, yaygın olarak klinisyenler tarafından bir hastanın genel sağlığı hakkında bir gösterge olarak kullanılan ve 70 yaş ve üstü kişiler arasında hayatta kalmayı tahmin eden ve önemli işlevsel ve moleküler yaşlanma fenotipleriyle korelasyon gösteren sağlam bir yaşlanma biyomarkeri.


Inflammatory Reaction as Determinant of Foreign Body Reaction Is an Early and Susceptible Event after Mesh Implantation

AMAÇ: Yabancı cisim reaksiyonunun belirleyicilerinin kısa ve uzun vadeli kurslarını araştırmak ve bu belirleyicilerin biyokompatibilite tahmincileri olarak ağlar için hayvan modelinde ilişkilendirmek.

MALZEMELER VE YÖNTEMLER: Üç farklı ağ (TVT, UltraPro ve PVDF) koyunlarda implant edildi. Doğal ve plazma kaplı ağlar, (a) intraperitoneal olarak, (b) fasya üst örtü olarak ve (c) kas üst örtü (fasya alt örtü) olarak çift taraflı yerleştirildi. 5 dakika, 20 dakika, 60 dakika ve 120 dakika sonra ağlar histokimyasal olarak araştırıldı; iltihaplı infiltrasyon, makrofaj infiltrasyonu, damar oluşumu, myofibroblast istilası ve bağ dokusu birikimi incelendi. Sonuçlar, 24 ay boyunca uzun vadeli değerlerle ilişkilendirildi.

SONUÇLAR: Makrofaj istilası, kısa vadede %60'a kadar ulaşan en yüksek seviyelere ulaştı ve 24 ay içinde yaklaşık %30'a düştü. İltihaplı infiltrasyon, ilk 2 saat içinde arttı, ardından uzun vadeli takip sırasında istikrarlı kaldı. Myofibroblastlar, bağ dokusu ve CD31+ hücreleri için ilk 120 dakika içinde herhangi bir aktivite tespit edilmedi.

SONUÇ: Yerel iltihaplanma, ağ implantasyonunun ardından erken ve hassas bir olaydır. Önceden plazma kaplama etkisini etkilemez ve implantasyonun konumuna bağlı değildir.


Riesz pyramids for fast phase-based video magnification

Yeni bir kompakt görüntü piramit temsili olan Riesz piramidini sunuyoruz, bu temsili gerçek zamanlı faz tabanlı hareket büyütme için kullanabiliriz. Yeni temsiliimiz, en küçük iki yönlü, oktav bant genişliği karmaşık yönlendirilebilir piramitten bile daha az aşırı tamamlıdır ve mekansal alanda kompakt, verimli doğrusal filtreler kullanılarak uygulanabilir. Bu yeni temsiliyle üretilen hareket büyütülmüş videolar, karmaşık yönlendirilebilir piramitle üretilen videolarla karşılaştırılabilir kalitededir. Faz tabanlı video büyütme ile birlikte kullanıldığında, Riesz piramidi, karmaşık yönlendirilebilir piramidin her yönde değil, sadece baskın yönlendirmesinde görüntü özelliklerine faz kaydırması yapar.


Alpha-Synuclein Induces Lysosomal Rupture and Cathepsin Dependent Reactive Oxygen Species Following Endocytosis

α-sinüklinin düzenlenmesinde bozulma, Parkinson hastalığı patolojisinin kritik bir yönüdür. Son araştırmalar, α-sinüklin agregatlarının hücre kültürlerinde toksik olduğunu ve bu toksisitenin hücreler arasında yayılabileceğini gözlemledi. Ancak, bu toksisiteyi ve yayılımı kontrol eden moleküler mekanizmalar iyi karakterize edilmemiştir. Son zamanlarda, hücre içi girişlerini iç zarların yırtılmasıyla gerçekleştiren virüsler ve bakteriler üzerine yapılan çalışmalar, bu organizmaların zarların yırtılmasını ölçmek için galektin proteinlerinin yeniden dağılımını kullandı. Bu yaklaşımı kullanarak, α-sinüklin agregatlarının nöronal hücre hatlarında lizozomların yırtılmasına neden olabileceğini gösteriyoruz. Bu yırtılma, α-sinüklin agregatlarının hücrelere doğrudan eklenmesiyle veya α-sinüklinin hücreden hücreye aktarılmasıyla tetiklenebilir. Ayrıca, α-sinüklinin lizozomları yırtmasının hedef hücrelerde katepsin B bağımlı olarak reaktif oksijen türlerinin (ROS) artmasına neden olduğunu gözlemliyoruz. Son olarak, α-sinüklin agregatlarının THP-1 hücrelerinde inflammasomun etkinleşmesine neden olabileceğini gözlemliyoruz. Lizozomların yırtılması, mitokondriyal disfonksiyonu ve iltihabı tetiklemesiyle bilinir ve her ikisi de Parkinson hastalığının iyi bilinen yönleridir, bu nedenle bu yönleri Parkinson hastalığının α-sinüklin patolojisinin yayılmasına bağlar.


Mechanistic Fracture Criteria For The Failure Of Human Cortical Bone

İnsan kemikteki kırılmanın mekanik bir anlayışı, yaş ve hastalıkla ilişkili kırılma riskini tahmin etmek için kritik öneme sahiptir. Geniş kapsamlı çalışmalara rağmen, mikro yapının kemikteki başarısızlığı nasıl etkilediğini açıklayan mekanik bir çerçeve eksik. Metal ve seramik malzemeler için yerel başarısızlık kriterlerini içeren mikromekanik modeller geliştirilmesine rağmen, biyolojik malzemeler için bu tür modellerin sayısı azdır. Aslında, kemikteki kırılmanın yerel gerilme kontrolü altında olduğu yaygın olarak kabul edilen görüşe destek sağlayacak hiçbir kanıt yoktur, örneğin, metalik malzemelerde çekme kırılmasında olduğu gibi. Bu çalışmada, bu kanıtı, kemikte kritik başarısızlık olaylarının doğasını aydınlatmak için tasarlanmış yeni bir dizi deney aracılığıyla sunuyoruz. Yayılan çatlağın kemik mikro yapısıyla nasıl etkileşime girdiğini inceliyoruz ve kırılmanın mekanik bir anlayışını sağlıyoruz, ayrıca özelliklerin yönlere göre nasıl değiştiğini tanımlıyoruz. İnsan kabuklu kemikteki kırılmanın gerilme kontrolüyle tutarlı olduğu bulundu ve mikro yapının etkisi birkaç güçlendirme mekanizması terimleriyle açıklanabilir. Bu mekanizmaların göreceli önemini tahmin ediyoruz, örneğin, kırılmamış bağ köprüleme.


Inhibition of limb regeneration in the axolotl after treatment of the skin with actinomycin D.

Bu deneyde, aktinomisin D, uzuv regenerasyonu sırasında yar derisinin alttaki dokular üzerindeki etkisini araştırmak için kullanıldı. Axolotl ön uzuvlarında, dirsekten omuza kadar deri çıkarıldı. Sağ uzuvların derisi, 0,6% sodyum klorürde 5,0 veya 10,0 μg/ml aktinomisin D'ye üç saat boyunca batırıldı. Kontroller için, sol uzuvların derisi aynı süre boyunca 0,6% sodyum klorürde batırıldı. Her parça deri, ortotopik olarak yeniden dikildi ve her iki uzuv da tedavi edilmiş derinin yakınında dirsekten kesildi. İlk iyileşme döneminden sonra, kontrol uzuvları normal olarak regenerasyon gösterdi. Sadece biraz daha soluk bir renk dışında, aktinomisin ile tedavi edilmiş deriye sahip uzuvlar, hem makroskobik hem de histolojik olarak kontrol uzuvlarından ayırt edilemezdi, amputasyonun ilk haftasında. Kontrol uzuvları erken blastemalar oluştururken, deneysel uzuvlarda gözle görülür bir regenerasyon kanıtı yoktu, ancak histolojik olarak bazı dediferenlasyon meydana geliyordu. Normalde kontrol regeneratlarında üç ila dört parmak, blastemaların ortaya çıkmasından önce görülüyordu. 35-40 gün içinde, deneysel uzuvların çoğunda blastemalar ortaya çıkmıştı. Bu blastemalar çok hızlı bir şekilde gelişti ve kısa bir süre içinde birçokları kontrol uzuvlarına yakın gelişim düzeylerine ulaştı. Aktinomisin D, apikal epidermal kapın oluşumunu geçici olarak baskılar ve daha sonra dediferente olmuş hücrelerin bir blastema haline gelmesi için bir araya gelmesini engeller. Etki geçtikten sonra, bir apikal kap oluşur ve dediferente olmuş hücreler hızla bir blastema haline gelir ve farklılaşmaya başlar.


Retinoic acid-related orphan receptors α and γ: key regulators of lipid/glucose metabolism, inflammation, and insulin sensitivity

Retinoik asit ile ilişkili yetim reseptörler RORα ve RORγ, lipid/glukoz homeostazı ve çeşitli bağışıklık fonksiyonlarında düzenleyici bir rol oynar ve metabolik sendrom ile birkaç enflamatuar hastalığın gelişimiyle ilişkilendirilmiştir. RORα eksikliği olan fareler, yaşa ve diyetle ilişkili obezite, karaciğer steatozu ve insülin direncinden korunur. RORα eksikliği olan farelerde karaciğer steatozuna karşı direnç, birkaç lipit sentezi, taşıma ve depolama düzenleyen genin azaltılmış ifadesine bağlıdır. Adipoz dokuya ilişkili enflamasyon, insülin direncinin gelişmesinde kritik bir rol oynar ve RORα eksikliği olan farelerde, M1 makrofajların azaltılmış infiltrasyonu ve birçok proenflamatuar genin azalmış ifadesiyle önemli ölçüde azalır. RORγ eksikliği de, RORα eksikliği mekanizmasından farklı görünen bir yolla diyetle ilişkili insülin direncine karşı koruma sağlar. Son araştırmalar, ROR'ların, metabolik genlerin düzenlenmesinde ve metabolik sendromda önemli bir bağlantı sağladığını göstermiştir. Ligand bağımlı transkripsiyon faktörleri olarak, ROR'lar obezite ve ilişkili metabolik hastalıkların tedavisinde, karaciğer steatozu, adipoz dokuya ilişkili enflamasyon ve insülin direnci de dahil olmak üzere yeni hedefler sunabilir.


ERS/ESTS clinical guidelines on fitness for radical therapy in lung cancer patients (surgery and chemo-radiotherapy).

Avrupa Solunum Derneği (ERS) ve Avrupa Göğüs Cerrahisi Derneği (ESTS), akciğer kanseri hastalarının işlevsel değerlendirmesi üzerine çok disiplinli uzmanların işbirliği için bir platform sağladı. Bu işbirliği, cerrahi ve kemoterapi için uygunluk konusunda klinisyenlere net ve güncel kılavuzlar hazırlamak ve öneriler geliştirmek amacıyla gerçekleşti. Konu, farklı başlıklara ayrıldı ve her bir başlık en az iki uzmana atandı. Yazarlar, kendi stratejilerine göre literatürü araştırdı, ancak merkezi bir literatür incelemesi yapılmadı. Her bir konu için uzmanlar tarafından yazılan taslak raporlar, tüm uzman paneli tarafından incelendi, tartışıldı ve oylandı. Her bir öneriyi destekleyen kanıtlar özetlendi ve İskoç İnterdisipliner Kılavuzlar Ağı Değerlendirme Grubu tarafından açıklanan şekilde derecelendirildi. Fonksiyonel bir algoritma aracılığıyla akciğer reseksiyon adaylarının risk stratifikasyonu için klinik uygulama kılavuzları oluşturuldu ve geliştirildi. Bu kılavuzlar, kardiyolojik değerlendirme, 1 saniyelik zorlamalı solunum hacmi, sistematik karbondioksit akciğer difüzyon kapasitesi ve egzersiz testlerine vurgu yapıyor. Akciğer reseksiyonu için bilimsel kanıtlar daha sağlam olmasına rağmen, kemoterapi ve radyoterapi öncesi herhangi bir spesifik test, kesme değeri veya algoritma önermek için yeterli veri bulunamadığından, bu konuda öneride bulunamadık. Akciğer kanseri hastalarının yönetimi için çok disiplinli ekipler tarafından uzmanlaşmış ortamlarda bakım öneriyoruz.


The Ran GTPase regulates mitotic spindle assembly

Ran, hücre döngüsünün interfaz aşamasında nükleer taşıma için belirgin bir rol oynayan bol miktarda bulunan bir nükleer GTPazdır, ancak mitotik düzenlemede daha az iyi anlaşılan roller de vardır. Ran'ın nükleotit bağlama durumu, bir GTPaz aktivatör proteini olan RanGAP1 ve bir guanin nükleotit değiştirme faktörü olan RCC1 tarafından düzenlenir. Ran ayrıca bir guanin nükleotit ayrışma inhibitörü olan RanBP1 ile etkileşime girer. RanBP1, GTP bağlı Ran'a yüksek bir bağlılık gösterir ve RanGAP1 için bir kofaktör olarak işlev görür, bu da Ran'da GAP tarafından medyasyonda GTP hidrolizinin hızını yaklaşık on kat artırır. RanBP1 seviyeleri hücre döngüsünün boyunca dalgalanır ve artan RanBP1 konsantrasyonları, memelilerde ve Xenopus yumurta ekstraktlarında mitozis süresini uzatır (görüşmelerimizde bulunan). Artan RanBP1 konsantrasyonlarının mitozisi nasıl bozduğunu inceledik. Bulgularımız, dış kaynaklı RanBP1'in eklenmesiyle Xenopus yumurta ekstraktlarında spindle montajının dramatik şekilde bozulduğunu göstermektedir. Sunulan kanıtlar, Ran'ın spindle montajındaki rolünün nükleer taşıma bağımsız olduğunu ve muhtemelen mikrotübül dinamiklerinde değişiklikler yoluyla medyalandığını göstermektedir.


A summary of the effects of antihypertensive medications on measured blood pressure.

## Arka Plan
Aile verileri üzerine epidemiyolojik analiz, antihipertansif ilaçların etkilerinden sıklıkla etkilenir. Burada, kan basıncını (BP) düşüren ilaçların etkilerini araştıran birçok klinik denemenin özeti sunulmaktadır.

## Yöntemler
PubMed'den incelenen 137 tek ilaçlı terapi ve 28 kombinasyon ilaçlı terapi içeren 11.739 katılımcı ile toplam 137 klinik deneme vardı. Altı ana antihipertansif ilaç sınıfı/grubu, etnik kökenlere göre kategorize edildi: angiotensin dönüştürücü enzim (ACE) inhibitörleri, alfa1 blokerleri, kardiyoselektif beta blokerleri (beta1 blokerleri), kalsiyum kanal blokerleri, tiyazid ve tiyazid benzeri diüretikler ve döngü diüretikler.

## Sonuçlar
Oturma veya uzanma pozisyonu ile kan basıncı ölçümleri için etnik gruplar birleştirildiğinde, tek ilaçlı ACE inhibitör tedavisi, sistolik ve diastolik kan basıncını 12,5/9,5 mm Hg düşürdü; alfa1 blokerleri 15,5/11,7 mm Hg; beta1 blokerleri 14,8/12,2 mm Hg; kalsiyum kanal blokerleri 15,3/10,5 mm Hg; tiyazid diüretikleri 15,3/9,8 mm Hg; ve döngü diüretikler 15,8/8,2 mm Hg. Bununla birlikte, ACE inhibitörleri, alfa1 blokerleri ve beta1 blokerleri, Afrika Amerikalılar arasında, Afrika Amerikalılar dışında olanlara kıyasla daha az etkiliydi, kalsiyum kanal blokerleri, tiyazid diüretikleri ve döngü diüretikler ise Afrika Amerikalılar arasında, Afrika Amerikalılar dışında olanlara kıyasla daha etkiliydi. Etnik gruplar birleştirildiğinde, iki ilaçlı kombinasyon tedavisi için ikinci ilacın kan basıncını düşürme etkisi, tek ilaçlı tedavi etkisine kıyasla sistolik kan basıncında %84 ve diastolik kan basıncında %65 idi.

## Sonuç
Burada rapor edilen kan basıncını düşüren etkiler, antihipertansif ilaç kullanım


Stem Cells and Early Lineage Development

Son zamanlarda, çeşitli kaynaklardan, yeniden programlanmış yetişkin somatik hücreler de dahil olmak üzere çoklu potansiyelli kök hücre hatlarının elde edilmesi, bu farklı çoklu potansiyelli durumların gelişimsel eşdeğerliği sorusunu gündeme getiriyor. En az iki farklı durum, blastositteki epiblast öncüllerini ve daha sonra gastrulasyona giren embriyodaki çoklu potansiyelli öncülleri temsil ediyor. Farklı çoklu potansiyelli hatların başlangıçtaki gelişimsel durumunu anlamak, terapötik olarak ilgili hücre türlerine farklılaşma için başlangıç koşullarını tanımlamak açısından kritik öneme sahiptir.


Divergent clonal evolution of castration resistant neuroendocrine prostate cancer

Prostat kanseri tedavisinde androjen reseptörü (AR) yönlendirilen terapiye karşı giderek daha fazla tanınan bir direnç mekanizması, epitel plastikliği içerir, burada tümör hücreleri düşük ila yok AR ifadesi gösterir ve sıklıkla nöroendokrin özellikler taşır. Bu 'alternatif' tedavi direnci hücre durumunun etiolojisi ve moleküler temeli tam olarak anlaşılmamıştır. Burada, hastalardan metastatik biyopsi verilerini analiz ederek, kastrasyon direnci tümörleri ve histolojik olarak prostat adenokarsinomu (CRPC-Adeno) olarak karakterize edilen nöroendokrin prostat kanseri (CRPC-NE) arasında önemli genomik bir örtüşme gözlemledik; biyopsi örneklerinin aynı bireyler üzerinde zaman noktaları, en tutarlı modelin farklı klonal evrimle ilişkili olduğunu göstermektedir. Genom geniş DNA metilasyon analizi, CRPC-NE tümörleri ve CRPC-Adeno arasında belirgin epigenetik farklılıklar ortaya koydu ve ayrıca klinik olarak AR bağımsızlığı özelliklerine sahip CRPC-Adeno örneklerini CRPC-NE olarak belirledi, bu da epigenetik düzenleyicilerin bu tedavi direnci durumunun indüklenmesinde ve/veya korunmasında rol oynayabileceğini düşündürmektedir. Bu çalışma, ileri prostat kanseri tedavisinde direnç mekanizması olarak alternatif, 'AR duyarsız' bir hücre durumunun farklı klonal evrimle ortaya çıktığını desteklemektedir.


S-phase-promoting cyclin-dependent kinases prevent re-replication by inhibiting the transition of replication origins to a pre-replicative state

ARKA PLAN DNA replikasyonu ve mitoz, kinaz komplekslerinin etkinleşmesiyle tetiklenir, her biri bir siklin ve bir siklin-bağımlı kinaz (Cdk) içerir. S aşamasının (replikasyon) veya M aşamasının (mitoz) gerçekleşip gerçekleşmeyeceğini belirleyen Cdks'in farklı sınıflarla siklinlere bağlanması mümkün görünüyordu. Son zamanlarda, mayalı maya Saccharomyces cerevisiae'de (S. cerevisiae) bireysel B tipi siklinlerin (CLB1-CLB6 genleri tarafından kodlananlar) hem süreçlerde işlevlere sahip olabileceği keşfedildi, bu da bu fikre şüphe düşürüyor.

Sonuçlarımız:

S. cerevisiae'de C1b1-C1b4 genleri eksikliği olan mayalar, DNA replikasyonunu bir kez gerçekleştirir ancak mitoz aşamasına giremezler. SIM1 ve SIM2 (SEC72 ile aynıdır) genlerinde izole ettiğimiz iki mutasyon, bu hücrelerin ekstra bir DNA replikasyon turunu mitoz olmadan gerçekleştirmesine izin verir. S aşamasını teşvik eden Clb5 kinaz, ebeveyn mayanın G2 aşama durağında aktif kalır, ancak sim mutantlarında hızla aktivitesi azalır. CLB5 geninin artan ifadesi, yeniden replikasyonu önler. Bu nedenle, G1 aşamasındaki hücrelerde DNA replikasyonunu teşvik eden bir B tipi siklin-kinaz, G2 aşamasındaki hücrelerde yeniden replikasyonu önleyebilir. C1b kinazlarının inaktivasyonu, spesifik C1b-Cdk1 inhibitörü p40SIC1'in ifadesiyle, G2/M aşamasını nocodazol ile engelleyen hücrelerde replikasyon başlangıç noktalarında prereplikatif bir duruma neden olur. C1b-Cdk1 kinazlarının yeniden etkinleştirilmesi, ikinci bir DNA replikasyon turunu tetikler.

Sonuç:

Öneriyoruz ki, S aşamasını teşvik eden siklin B-Cdk kompleksleri, S, G2 ve M aşamalarda replikasyon başlangıç noktalarının prereplikatif bir duruma geçmesini engelleyerek yeniden replikasyonu önler. Bu model, başlangıçların sadece bir kez S aşamasının gerçekleşmesi ve S aşamasının önceki M aşamasının tamamlanmasına


E-cadherin engagement stimulates proliferation via Rac1

E-kadherin, tümör büyümesinin baskılanması ve kültürde hücre çoğalmasının inhibisyonu ile ilişkilendirilmiştir. Normal rat kidney-52E (NRK-52E) veya MCF-10A epitel hücrelerinin konforundan kademeli olarak azaltılan tohumlama yoğunluğunu gözlemledik, bu da hücrelerin büyüme durağından gerçekten serbest kaldığını gösterdi. Beklenmedik bir şekilde, hücrelerin komşu hücrelerden izole edildiği şekilde tohumlama yoğunluğunu daha da azaltmak, çoğalmanın azalmasına neden oldu. Mikro mühendislikli alt yüzeyler kullanılarak yapılan deneyler, E-kadherin etkileşiminin orta tohumlama yoğunluklarında çoğalmanın zirvesini uyardığını, yüksek yoğunluklarda çoğalma durağının ise E-kadherin ile ilişkili olmadığını, ancak alt yüzeyle yayılma konusunda hücrelerin kalabalığa bağlı olarak azalmasıyla sonuçlandığını gösterdi. Rac1 aktivitesi, özellikle orta tohumlama yoğunluklarında E-kadherin etkileşimi tarafından tetiklendi ve cadherin tarafından uyarılan çoğalma, p120-katenin tarafından kontrol edilen Rac1 aktivitesinin düzenlenmesine bağlıydı. Bu bulgular, E-kadherinin çoğalmanın düzenlenmesindeki uyarıcı rolünü ortaya koymaktadır ve hücre-hücre temasının farklı ortamlarda epitel hücre çoğalmasını tetikleyebileceği veya inhibe edebileceği basit bir mekanizma tanımlamaktadır.


Structure of Actin-related protein 8 and its contribution to nucleosome binding

Nükleer aktin-ilişkili proteinler (Arps), kromatin yeniden düzenleyicilerinin birkaç alt birimidir, ancak bu komplekslerdeki moleküler işlevleri net değildir. INO80 kompleksinin alt birimi Arp8'in ATP bağlı formunun kristal yapısını rapor ediyoruz. İnsan Arp8, korunmuş aktin katlamasında birkaç ekleme içerir, bu da polimerize edememesinin nedenini açıklar. En dikkat çekici şekilde, bir ekleme aktif site yarığına sarılır ve alan mimarisini sabitlemiş gibi görünür, aktif site aktin ile paylaşılan özellikler ise tümosterik kontrol edilen ATPaz aktivitesini ima eder. Nukleozomlar ve histon kompleksleri ile nicel bağlanma çalışmaları, Arp8 ve INO80'in Arp8-Arp4-aktin-HSA alt kompleksinin, H3-H4 tetramerleri ve H2A-H2B dimerleri yerine nucleozomları ve H3-H4 (2) serbest formlarını tercih ettiğini gösterir, bu da Arp8'in bir nucleozom tanıma modülü olarak işlev gördüğünü ima eder. Buna karşılık, Arp4, (çözülme) montaj ara ürünlerine bağlanarak yeniden düzenleyicilere hizmet edebilir, serbest (H3-H4)(2) yerine nucleozomları ve H2A-H2B dimerlerini tercih eder.


Regulation of β-Adrenergic Receptor Signaling by S-Nitrosylation of G-Protein-Coupled Receptor Kinase 2

Beta-adrenerjik reseptörler (beta-AR'ler), prototipik G protein bağlı reseptörler (GPCRs), birçok fizyolojik işlemin düzenlenmesinde kritik bir rol oynar. GPCR kinazları (GRKs), G protein sinyalizasyonunu sınırlar ve reseptörleri içe alma için hedefler. Nitrik oksit (NO) ve/veya S-nitrosotiyol (SNO'lar), canlılarda beta-AR sinyalizasyonunun kaybını önleyebilir, ancak moleküler ayrıntılar bilinmemektedir. Burada, farelerde SNO'ların beta-AR ifadesini artırdığını ve agonist tarafından uyaran reseptörün indirgenmesini önlediğini gösteriyoruz; ve hücrelerde, SNO'lar GRK2 tarafından beta-AR fosforlamasını azaltır ve daha sonra reseptöre beta-arrestin'in rekrut edilmesini engeller, bu da reseptörün duyarsızlaşmasının ve içe alınmasının azaltılmasına yol açar. Hem hücrelerde hem de dokularda, GRK2, SNO'lar ve NO sintazları tarafından S-nitrosil edilir ve birden fazla GPCR'nin agonistlerle uyaranı takiben GRK2 S-nitrosilasyonu artar. GRK2'nin Cys340'sı, S-nitrosilasyon tarafından inhibe edilen ana nokta olarak belirlenmiştir. Çalışmalarımız, GPCR sinyalizasyonunun düzenlenmesinde merkezi bir moleküler mekanizma ortaya koymaktadır.


Electroporation enables the efficient mRNA delivery into the mouse zygotes and facilitates CRISPR/Cas9-based genome editing

Son zamanlarda CRISPR/Cas9 sisteminin kullanımı, mutlu fareler üretmek için gereken süreyi dramatik olarak azalttı, ancak zaman alan mikro enjekte etme adımı hala yüksek verimli genetik analiz için uygulamasını engelliyor. Burada, CRISPR/Cas9 sisteminin RNA'larını zigotlara elektroporasyon yoluyla enjekte ederek basit, yüksek verimli ve büyük ölçekli bir genom düzenleme yöntemi geliştirdik. Bu yöntemi kullanarak, tek iplikli deoksiribonükleotit (ssODN) ile farı embriyolarında knock-in gerçekleştirdik. Bu yöntem, farelerde büyük ölçekli genetik analizi kolaylaştırıyor.


Summary

Genetik hastalıklar Hutchinson-Gilford progeria sendromu (HGPS) ve kısıtlayıcı dermopati (RD), lamin A olgunlaşma yolundaki kusurlardan dolayı farnesil edilmiş prelamin A birikimi nedeniyle ortaya çıkar. Bu iki hastalık da hızlandırılmış yaşlanma belirtilerini sergileyebilir. Farnesil edilmiş prelamin A birikiminin bu hızlandırılmış yaşlanma fenotiplerine nasıl yol açtığına dair mekanizma anlaşılmamıştır. Burada, HGPS ve RD fibroblastlarında genetik bütünlükte bir bozulma nedeniyle DNA hasar kontrol noktalarının sürekli olarak etkinleştirildiğini gösteren kanıtları sunuyoruz. Bu hasta hücrelerinde kontrol noktası kinazları Ataxia-telangiectasia-değiştirilmiş (ATM) ve ATR'nin (ATM ve Rad3 ilişkili) inaktivasyonu erken replikasyon tutukunu kısmen aşabilir. Hasta hücrelerine protein farnesil transferaz inhibitörü (FTI) ile tedavi uygulanması, DNA çift iplikli kırıkların ve hasar kontrol sinyallerinin azalmasına yol açmadı, ancak tedavi, bu progeroid sendromların çekirdeklerinin anormal şekillerini önemli ölçüde tersine çevirdi. Bu, DNA hasar birikimi ve anormal çekirdek morfolojisinin bu progeroid sendromlarda prelamin A birikiminden kaynaklanan bağımsız fenotipler olduğunu gösterir. DNA hasar birikimi HGPS'nin semptomlarında önemli bir katkıda bulunması nedeniyle, sonuçlarımız HGPS'nin yalnızca FTİ'lerle tedavi edilebileceği ihtimalini sorgulamaktadır.


The Buccaneer software for automated model building. 1. Tracing protein chains.

Bir protein zincirinin deneysel elektron yoğunluk haritalarında otomatik izlenmesine yönelik yeni bir teknik açıklanmaktadır. Teknik, olası C(alfa) pozisyonlarını belirlemek için yönlendirilmiş elektron yoğunluğu olasılığı hedef fonksiyonunun tekrarlı uygulamasına dayanmaktadır. Bu fonksiyon, haritada birkaç vaat eden 'tohum' pozisyonlarının konumlandırılmasında ve bu başlangıç C(alfa) pozisyonlarını uzanmış zincir parçalarına dönüştürmede uygulanır. Zincir parçalarını bir başlangıç zincire izlemek için teknikler tartışılmaktadır.


Expression profile of genes modulated by Aloe emodin in human U87 glioblastoma cells.

Glioblastoma, gliomaların en agresif ve kötü huylu formu, çeşitli kemoterapötik ajanlara dirençli gibi görünüyor. Bu nedenle, glioblastoma gelişimi ve ilerlemesinde rol oynayan belirli moleküler yolları hedefleyen yaklaşımlar yoğun bir şekilde araştırılmaktadır. Aloe emodin, kanser hücrelerinde birkaç genin ifadelerini düzenlediği düşünülmektedir. Amacımız, mikroarray teknolojisi kullanarak insan U87 glioblastoma hücre hattında Aloe emodin tedavisinin gen ifadesi profillerine olan terapötik etkisini anlamaktı. Gen ifadesi analizi, 58.6 μg/ml konsantrasyonda 24 saat tedavi edildikten sonra 28.869 genin 8.226'sında gen değişiklikleri tespit etti. Bu toplamın 34'ü, p<0.05 düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı değişiklikler (1.07 ile 1.87 kat) gösterdi. Sonuçlar, Aloe emodin tedavisine yanıt olarak 22 genin ifadelerinin arttığını ve 12 genin ifadelerinin azaldığını ortaya koydu. Bu genler, biyolojik işlevlerine göre birkaç kümeye ayrıldı, U87 hücrelerinde apoptoz (programlı hücre ölümü) ve dokusal yeniden şekillendirme indüklenmesini ortaya koydu (p<0.01). Apoptik kümeden birkaç genin, örneğin SHARPIN, BCAP31, FIS1, RAC1 ve TGM2'nin ifade düzeylerinde önemli değişiklikler, nicel gerçek zamanlı PCR (qRT-PCR) ile doğrulandı. Bu sonuçlar, Aloe emodin tedavisine dayalı kanser terapisi için moleküler hedefleri keşfetmek amacıyla daha ileri çalışmalara rehberlik edebilir.


The miniature genome of a carnivorous plant Genlisea aurea contains a low number of genes and short non-coding sequences

ARKA PLAN Genlisea aurea (Lentibulariaceae), Lentibulariaceae ailesinden bir etçil bitki, olağandışı küçük bir genom boyutuna sahiptir - 63.6 Mb - daha yüksek bitkiler arasında bilinen en küçüklerden biridir. Genlisea'nın genom boyutları ve filojeni hakkındaki veriler, bu durumun cins içinde türetilmiş bir durum olduğunu göstermektedir. Bu nedenle, G. aurea, genom küçülme evrimsel mekanizmalarını incelemek için mükemmel bir model organizmadır.

SONUÇLAR Burada, G. aurea genomu hakkında sıralama ve de novo taslak montajını rapor ediyoruz. Montaj, toplam 43.4 Mb uzunluğunda 10.687 kontigden oluşur ve 17.755 tam ve kısmi protein kodlayan geni içerir. Mimulus guttatus genomu ile karşılaştırması, özellikle çekirdek Lamiales klanının bir temsilcisi olan bu genler arasındaki çarpıcı farklılıkları ortaya koymaktadır.

SONUÇ Genom küçülmesi karmaşık bir süreçti ve gen kaybı ile iç gen bölgelerinin ve aralıklarının uzunluklarının azalmasını içeriyordu, ancak iç gen kaybı yoktu. Gen kaybı, çok genli ailelere ait genler için daha sık görülür, bu da genom boyutunu azaltmak için genetik fazlalığın önemli bir ön koşul olduğunu göstermektedir.


Abnormal Spine Morphology and Enhanced LTP in LIMK-1 Knockout Mice

In vitro araştırmaları, LIM kinaz ailesinin cofilin fosforlamasını ve aktin dinamiklerini düzenlemedeki rolünü gösterir. Ayrıca, LIMK-1'in anormal ifadesi, Williams sendromu ile ilişkilidir, bu da zihinsel bir bozukluktur ve görsel-uzamsal bilişte derin eksikliklere sahiptir. Bununla birlikte, bu kinaz ailesinin in vivo işlevi hala belirsizdir. LIMK-1 knockout fareleri kullanarak, LIMK-1'in in vivo cofilin ve aktin sitoplazmik düzenlemedeki önemli rolünü kanıtlıyoruz. Ayrıca, knockout farelerinde, şekil bozukluğu ve sinaptik işlevde önemli anormallikler gösterdiğimizi gösteriyoruz, bunlara artmış hipokampal uzun süreli potansiyel dahil. Knockout fareleri ayrıca korkuya yönelik değiştirilmiş tepkiler ve mekansal öğrenme gösterdi. Bu sonuçlar, LIMK-1'in dendritik spine morfogenezi ve beyin işlevinde kritik bir rol oynadığını göstermektedir.


Wdr5 Mediates Self-Renewal and Reprogramming via the Embryonic Stem Cell Core Transcriptional Network

Embriyonik kök (ES) hücre transkripsiyonel ve kromatin değiştirme ağları, kendini yenileme bakımının kritik unsurlarıdır. Ancak, bu ağların işlevsel etkileşimlerinin olup olmadığı ve bu etkileşimlere neyin aracılık ettiği hala belirsizdir. Burada, memelilerin Trithorax (trxG) kompleksinin çekirdek üyesi olan WD tekrar etki alanı 5 (Wdr5) ile undiferense edilmiş durumun pozitif korelasyonunu ve ES hücre kendini yenileme düzenleyicisi olduğunu gösteriyoruz. Wdr5'in H3K4 metilasyonunun "etkileyici" olduğunu ve pluripotanslık transkripsiyon faktörü Oct4 ile etkileşim kurduğunu kanıtlıyoruz. Genom geniş protein lokalizasyonu ve transkriptom analizleri, Oct4 ve Wdr5 arasında örtüşen gen düzenleyici işlevleri olduğunu gösteriyor. Oct4-Sox2-Nanog devreleri ve trxG, anahtar kendini yenileme düzenleyicilerinin transkripsiyonunu etkinleştirmede işbirliği yapar ve ayrıca Wdr5 ifadesi, indüklenmiş pluripotanslık kök (iPS) hücrelerinin verimli oluşumunu gerektirir. Önerilen entegre model, belirli trxG üyelerinin transkripsiyonel ve epigenetik kontrolü aracılığıyla ES hücre kendini yenileme ve somatik hücre yeniden programlamanın bakımını içerir.


Neurons derived from reprogrammed fibroblasts functionally integrate into the fetal brain and improve symptoms of rats with Parkinson's disease.

Uzun vadeli hedef, nükleer transfer veya alternatif yeniden programlama yaklaşımları yoluyla hastaya özgü bağışçı hücreler oluşturmak ve böylece bağışıklık reddini önlemektir, bu da mevcut nakil tıbbında önemli bir komplikasyondur. Son zamanlarda, Oct4, Sox2, Klf4 ve c-Myc'nin dört transkripsiyon faktörünün fareli fibroblastlarda çoklu potansiyeli indüklediği gösterilmiştir. Bununla birlikte, indüklenmiş çoklu potansiyeli hücreler (iPS) için nöral hücre değiştirme stratejilerinde terapötik potansiyeli araştırılmamıştı. Burada, iPS hücrelerinin kültür ortamında nöral öncül hücrelere verimli bir şekilde farklılaşabileceğini gösteriyoruz. Fetal farenin beynine nakledildiğinde, hücreler çeşitli beyin bölgelerine göç eder ve glia ve nöronlara, glikozergik, GABAergik ve katikolaminergik alt türlere dönüşür. Elektrofizyolojik kayıtlar ve morfolojik analizler, nakledilen nöronların olgun nöral aktiviteye sahip olduğunu ve ev sahibi beyin içinde işlevsel olarak entegre olduğunu göstermiştir. Ayrıca, iPS hücreleri, yetişkin beynine nakledildiğinde Parkinson hastalığı modelindeki davranışın iyileşmesine yardımcı olabilen orta beyin karakterine sahip dopamin nöronlarına indirgenmiştir. Nakledilen hücrelerden oluşan tümör oluşumunu en aza indirmek için, kontamine eden çoklu potansiyeli hücreleri ve taahhüt edilmiş nöral hücreleri floresan aktif hücre sıralaması ile ayırdık. Sonuçlarımız, doğrudan yeniden programlanmış fibroblastların hayvan modelinde nöral hücre değiştirme için terapötik potansiyeli olduğunu göstermektedir.


Responses of primate frontal cortex neurons during natural vocal communication.

Primatların ön korteksinin sesli iletişimdeki rolü ve dilin evrimindeki önemi, tartışmalı bir geçmişe sahiptir. Kanıtlar, seslilaştırma işlenmesinin ventrolateral ön korteks nöronlarında meydana geldiğini göstermektedir, ancak sesli-motor aktivite, öncelikle alt korteksli olduğu ve insanlardan farklı bir nöral mimariye işaret ettiği varsayılmıştır. Doğal sesli iletişim sırasında nöral aktiviteye dair doğrudan kanıtlar sınırlıdır, çünkü önceki çalışmalar, sandalyede kısıtlanmış hayvanlarda gerçekleştirilmiştir. Burada, serbest hareket eden marmosetlerin doğal bir sesli davranışa, antiphonal çağrı olarak bilinen bir davranışa dahil olurken, ön ve ön motor korteksin tek tek nöronlarının aktivitesini kaydettik. Amacımız, marmoset ön korteksindeki nöronların, aktif ve doğal iletişim bağlamında sesli sinyal işleme ve/veya sesli motor üretimi sırasında yanıtlar sergileyip sergilemediğini test etmekti. Sesli üretim sırasında tek tek nöron aktivitesinde motorla ilgili değişiklikler gözlemledik, ancak bu doğal davranış sırasında seslilaştırma işleme için nispeten zayıf duyusal yanıtlar. Sesli-motor yanıtlar, her seslilaştırma pulsunun zamanlamasına bağlı olarak, çağrı üretimine hem öncesinde hem de sırasında meydana geldi. nispeten zayıf duyusal yanıtlara rağmen, bir nüfus sınıflandırıcısı, antiphonal bir yanıt uyandıran seslilaştırma uyaranlarına maruz kalan nöral aktiviteyi, bu uyaranlara maruz kalmayanlardan ayırt edebildi. Bu bulgular, doğal iletişimde non-insan primat ön korteks nöronlarının rolüne dair ipuçları vermektedir ve bu alanlardaki işlevsel katkıları daha açık bir şekilde test etmek için önemli bir temel sağlamaktadır.


Salt-inducible kinase 2 links transcriptional coactivator p300 phosphorylation to the prevention of ChREBP-dependent hepatic steatosis in mice.

Şişmanlık ve tip 2 diyabet, karaciğerde lipogenez artışıyla ilişkilidir. Bu, hepatositlerde yağ birikimine yol açan, karaciğer steatozu olarak bilinen bir duruma neden olur, bu da alkol olmayan yağlı karaciğer hastalığı (NAFLD) türünün en yaygın nedenidir, Amerika Birleşik Devletleri'nde karaciğer disfonksiyonunun en yaygın nedenidir. Glikozla uyarılan karbonhidrat yanıtı öğesi bağlama proteini (ChREBP), glikoliz ve lipojenik genlerin transkripsiyonel aktivatörü olarak ortaya çıkmış ve farelerde karaciğer steatozunun gelişmesinde önemli bir rol oynamıştır. Ancak, transkripsiyonel aktivitesini artıran moleküler mekanizmalar büyük ölçüde bilinmemektedir. Bu çalışmada, histon asetiltransferaz (HAT) koaktivatörü p300 ve serin/treonin kinaz tuzlu indüklenebilir kinaz 2 (SIK2) olarak bilinen ChREBP aktivitesinin ana üst akış düzenleyicilerini tanımladık. Kültürlenmiş fareli hepatositlerde, glikozla uyarılan p300'ün ChREBP'yi Lys672'de asetillediğini ve hedef gen promotörlerine bağlanmasını artırarak transkripsiyonel aktivitesini artırdığını gösterdik. SIK2, p300 HAT aktivitesini doğrudan serin 89'da fosforileleyerek p300'ün asetil transferaz aktivitesini inhibe etti, bu da karaciğer hücrelerinde ve SIK2'yi aşırı ifade eden farelerde ChREBP tarafından medyasyona tabi tutulan lipojenizi azalttı. Ayrıca, karaciğer spesifik SIK2'nin indirgenmesi ve p300'ün aşırı ifade edilmesi karaciğer steatozu, insülin direnci ve iltihaplanmaya neden oldu, bu fenotipler SIK2/p300'ün birlikte aşırı ifade edilmesiyle tersine çevrildi. Son olarak, tip 2 diyabet ve obezite farası modellerinde, düşük SIK2 aktivitesi p300 HAT aktivitesinin artmasıyla, ChREBP'nin hiperasetilasyonu ve karaciğer steatozu ile ilişkilendirildi. Bulgularımız, karaciğer p300 aktivitesinin inhibisyonunun obez


A Role for NuSAP in Linking Microtubules to Mitotic Chromosomes

Mikrotübül (MT) bazlı bir makine olan spindle aparatı, mitoz ve mayoz sırasında kromozomlara bağlanır ve onları ayırır. Kromatin etrafında spindle'in kendiliğinden oluşması, MT'lerin toplanması, kromozomlara bağlanması ve bipolar bir diziye düzenlenmesiyle ilgilidir. Spindle'in kendiliğinden oluşmasını düzenleyen bir faktör de RanGTP'dir. RanGTP, kromatin üzerinde üretilir ve TPX2, NuMA ve NuSAP gibi, Ran tarafından düzenlenen çözünür spindle faktörlerini etkinleştirir. Spindle faktörlerinin MT'leri kromozomlara nasıl yönlendirdiği ve bağladığı, önemli açık sorulardır. Son zamanlarda, nukleol ve spindle ilişkili protein (NuSAP), merkezi spindle bölgesinde zenginleşen ve MT istikrarı ve bükülmesi için önemli bir protein olarak tanımlanmıştır. Burada, biyokimyasal yeniden yapılandırma yoluyla, NuSAP'ın izole kromatin ve DNA'ya etkili bir şekilde bağlandığını ve bu yakınlıkta yüksek konsantrasyonlarda MT'leri doğrudan üretebileceğini ve tutabileceğini gösteriyoruz. Ayrıca verilerimiz, NuSAP-kromatin etkileşiminin Ran düzenlemesi altında olduğunu ve Importin alfa (Impalpha) ve Imp7 tarafından bastırılabileceğini ortaya koyuyor. Spindle'in kendiliğinden oluşması sırasında, MT üretimini kromozomlara hedeflemek için, NuSAP gibi MT bağlayıcı ajanların doğrudan kromatin üzerinde immobilize olmasının kritik olduğunu öneriyoruz.


Molecular features of cellular reprogramming and development

Somatik hücreler ontogeni boyunca uzmanlaşmış işlevlere giderek daha fazla kısıtlanırlar, ancak deneysel olarak diğer hücre tiplerini, hatta tam embriyonik potansiyele sahip olanları oluşturabilirler. Erken nükleer yeniden programlama yöntemleri, örneğin somatik hücre nükleer transferi (SCNT) ve hücre füzyonu, hücre kimliğini düzenleyen programların hassas ayrıştırılması konusunda önemli teknik engeller oluşturdu. Ancak, belirli bir transkripsiyon faktörü kümesinin ektopik ifadeyle yeniden programlanmasının keşfi, doğrudan yeniden programlama olarak bilinir, hücre belirleme ve farklılaşma moleküler özelliklerini ortaya çıkarmak, hücre tipi istikrarını ve çoklu potansiyeli incelemek için uygulanabilir bir platform sağladı. Bu makalede, doğrudan yeniden programlama kullanılarak yapılan çalışmalarla, gelişimsel geçişler sırasında hücre kimliğinin kontrolü ve korunması üzerine tartışıyoruz, özellikle transkripsiyonel ve epigenetik düzenlemeye vurgu yapıyoruz.


Small molecule modifiers of circadian clocks

Günlük çevresel değişikliklere yanıt olarak hayati fizyolojik ve davranışsal süreçlerin 24 saatlik salınımlarını düzenleyen sirkadiyen saatler vardır. Bu saatler, sabit koşullarda olağanüstü hassas olsa da, yeniden ayarlama sinyallerine karşı son derece duyarlıdır. Çekirdek osilatörün moleküler bileşimi büyük ölçüde belirlenmiş olsa da, son araştırmalar saatleri değiştiren/molekülleri üzerine giderek daha fazla odaklanmıştır. Özellikle, intrinsik veya ekstrinsik olan küçük molekül değiştiricileri, temel saat biyolojisi anlayışında güçlü araçlar olarak ortaya çıkarken, saatle ilişkili hastalıklar için potansiyel tedavi ajanları geliştirmek için de kullanılmaktadır. Bu incelemede, sirkadiyen saatlerin periyodu, fazı veya amplitüdünü değiştirebilen sentetik bileşiklere odaklanacağız, özellikle de memelilerin saatine. Bu küçük molekül değiştiricilerini hem temel hem de çeviri araştırmasında nasıl kullanabileceğimizi tartışacağız.


NVP-BEZ235, a dual PI3K/mTOR inhibitor, prevents PI3K signaling and inhibits the growth of cancer cells with activating PI3K mutations.

Fosfatidilinositol-3-kinaz (PI3K) yolu düzenlenmesinde insan kanserinde yaygın bir olaydır, ya da tümör baskılayıcı fosfataz ve tensin homologu kromozom 10'dan silinmesiyle veya p110-alfa'nın etkinleştirici mutasyonlarıyla. Bu sıcak nokta mutasyonları enzimin onkogenik aktivitesine neden olur ve trastuzumab adlı anti-HER2 antikoruna karşı terapi direncine katkıda bulunur. Bu nedenle, PI3K yolu kanser terapisi için çekici bir hedeftir. NVP-BEZ235 adlı, hem PI3K'nin hem de aşağı akışlı mTOR'un (mammalian hedefi rapamisin) çift inhibitörü üzerine çalışmıştık. NVP-BEZ235, meme kanseri hücrelerinde aşağı akışlı aktörler Akt, ribozomal protein S6 ve 4EBP1'in etkinleşmesini inhibe etti. NVP-BEZ235'in antiproliferatif aktivitesi, farklı köken ve mutasyon durumuna sahip 21 kanser hücre hattında bulunan tümör hücreleri üzerinde, allosterik seçici mTOR kompleksi inhibitörü everolimus'a kıyasla daha üstündü. Açıklanan mTOR inhibisyonu nedeniyle Akt'in etkinleşmesi, NVP-BEZ235'in daha yüksek dozlarında engellendi. NVP-BEZ235, p110-alfa'nın onkogenik mutasyonları E545K ve H1047R tarafından neden olan PI3K/mTOR yolunun aşırı etkinleşmesini tersine çevirdi ve trastuzumab'a dirençli BT474 hücrelerinde, bu mutasyonlar dışsal olarak ifade edildiğinde, proliferasyonu inhibe etti. Trastuzumab dirençli BT474 H1047R meme kanseri xenograftlarında, NVP-BEZ235 PI3K sinyalleşmesini inhibe etti ve güçlü antitumor aktivitesi gösterdi. Tedavi gören hayvanlarda, farmakolojik olarak aktif dozlarda deride PI3K sinyalleşmesinin tamamen inhibe edildiği görüldü, bu da derinin farmakodinamik çalışmalar için yardımcı doku olabileceğini düşündürmektedir. Özetle, NVP-BEZ235 PI3K/mTOR eksenini inhib


Pharmacokinetic, pharmacodynamic, and pharmacogenetic determinants of osteonecrosis in children with acute lymphoblastic leukemia.

Osteonekroz, akut lenfositik lösemi tedavisinin şiddetli bir kortikosteroid indüklenmiş komplikasyonudur. Çocukları (n = 364), bel ve diz eklemlerinde manyetik rezonans görüntülemesi ile prospektif olarak taramıştık, semptomlara bakılmaksızın; herhangi (1-4 derece) osteonekrozun toplam oluşma oranı, semptomatik (2-4 derece) osteonekrozun oluşma oranına kıyasla %71,8'e karşı %17,6'dı. Yaş, ırk, cinsiyet, akut lenfositik lösemi tedavi grubu, vücut kütlesi, serum lipidleri, albumin ve kortizol seviyeleri, dexamethason farmakokinetiği ve genom genişliği germline genetik polimorfizmleri ile semptomatik osteonekrozun ilişkili olup olmadığını araştırdık. 10 yaşın üzerindeki yaş (odds oranı = 4,85; %95 güven aralığı = 2,5-9,2; P = .00001) ve daha yoğun tedavi (odds oranı = 2,5; %95 güven aralığı = 1,2-4,9; P = .011) risk faktörleriydi ve tüm analizlerde katsayılara dahil edildi. Düşük albumin (P = .05) ve yüksek kolesterol (P = .02) semptomatik osteonekrozla ilişkiliydi ve şiddetli (3 veya 4 derece) osteonekroz, kötü dexamethason atılımı ile bağlantılıydı (P = .0005). Klinik özelliklere göre ayarlamalar yapıldıktan sonra, ACP1'in (örneğin, rs12714403, P = 1,9 × 10(-6), odds oranı = 5,6; %95 güven aralığı = 2,7-11,3) polimorfizmleri, lipid seviyelerini ve osteoblast farklılaşmasını düzenleyen, osteonekroz riskini ve düşük albumin ve yüksek kolesterol ile ilişkiliydi. Genel olarak, daha yaşlı yaş, düşük albumin, yüksek lipid seviyeleri ve dexamethason maruziyeti osteonekrozla ilişkiliydi ve bu faktörler genetik varyasyonla bağlantılı olabilir.


Prevention of Rectal SHIV Transmission in Macaques by Daily or Intermittent Prophylaxis with Emtricitabine and Tenofovir

ARKA PLANDA Etkili bir aşı olmaması nedeniyle HIV küresel olarak yayılmaya devam etmektedir, bu da virüsün yayılmasını sınırlamak için yeni stratejilere ihtiyaç duyulduğunu vurgulamaktadır. Antiretroviral ilaçlarla önlem öncesi tedavi (PrEP), yüksek etkili ve ekonomik olarak uygun PrEP modları belirlenirse etkili bir müdahale stratejisi olabileceğini kanıtlayabilir. Biz, insan bulaşımını yakından taklit eden bir maymun modelinde artan antiviral aktiviteye sahip günlük ve aralıklı PrEP rejimlerini değerlendirdik. YÖNTEM VE BULGULAR Bir tekrarlı bulaşım maymun modeli kullandık ve 14 haftada bir rektal virüs zorlamaları yaptık. Üç ilaç tedavisi, her biri farklı altı maymun grubuna günde bir kez verildi. Grup 1, insan dozuna eşdeğer emtricitabine (FTC) altından subkütan olarak tedavi edildi, grup 2, insan dozuna eşdeğer hem FTC hem de tenofovir disoproxil fumarat (TDF) ağız yoluyla aldı ve grup 3, FTC'nin insan dozuna benzer ve tenofovir'in daha yüksek bir dozunu altından subkütan olarak alan benzer bir doz aldı. Bir dördüncü grupta, altı maymun (grup 4), her haftaki virüs zorlamasından önce ve sonra 2 saatlik bir aralıkla grup 3'e benzer bir PrEP rejimi aralıklı olarak aldı. Sonuçlar, herhangi bir ilaç tedavisi almayan 18 kontrol maymunun sonuçlarıyla karşılaştırıldı. Grup 1 ve 2'de tedavi edilen maymunların enfeksiyon riski, tedavi almayan maymunlara göre 3,8 ve 7,8 kat daha düşüktü (p = 0,02 ve p = 0,008, sırasıyla). Grup 3'teki altı maymun tamamen korunmuştu. Kırılma enfeksiyonları, akut viremiyi azalttı; iki hayvanın ilaç direnci görüldü. Grup 4'teki altı maymun, aralıklı PrEP aldığında tamamen korunmuştu. SONUÇLAR Bu model, tek ilaçlarla günlük PrEP'nin koruyucu olabileceğini, ancak koruma düzeyini artırmak için antiretroviral ilaçların bir kombinasyonunun gerekebileceğini öne sürmektedir. Kısa ama güçlü aralıklı PrEP, bu SHIV


Direct-coupling analysis of residue co-evolution captures native contacts across many protein families

Homolog proteinlerin üç boyutlu yapılarındaki benzerlik, bu proteinlerin dizilerindeki değişkenliğe güçlü kısıtlamalar getirir. Uzun zamandır, bu değişkenlikten kaynaklanan amino asit kompozisyonlarının farklı dizin pozisyonlarındaki korelasyonlarının, proteinlerin üçlü yapısındaki iç mekansal temasları tahmin etmek için kullanılabilir olduğu öne sürülmüştür. Bu çıkarım için kritik öneme sahip olan, doğrudan ve dolaylı korelasyonları ayırt etme yeteneğidir, bu da son zamanlarda tanıtılan Doğrudan Bağlantı Analizi (DCA) (Weigt ve ark. (2009) Proc Natl Acad Sci 106:67) ile gerçekleştirilmiştir. Burada, DCA'nın hesaplama verimliliğini artıran bir uygulaması geliştirdik, bu da sadece dizisel bilgilere dayanarak, protein alanlarının büyük bir sayısı için temas tahmininin doğruluğunu değerlendirmemize olanak tanır. DCA, çoğu incelenen protein alanı için, temas haritasının genel yapısını tekrarlayan büyük sayıda doğru tahmin edilen temaslar sağlar. Ayrıca, analizimiz, örneğin alternatif protein konformasyonlarından, ligand tarafından aracılık edilen rezidü bağlantıları ve protein oligomerlerindeki inter-alan etkileşimleri gibi, iç alan rezidü bağlantıları ötesindeki açık sinyalleri yakalar. Bulgularımız, DCA tarafından tahmin edilen temasların, alternatif protein konformasyonlarının tahmin edilmesinde, protein komplekslerinin oluşmasında ve hatta yeni protein alan yapılarının de novo tahmininde güvenilir bir rehber olarak kullanılabileceğini öne sürmektedir, bu da genom dizileme alanındaki ilerlemeler sayesinde hızla artan sayıda homolog diziye sahip olduğu sürece.


Variation in antibiotic prescribing and its impact on recovery in patients with acute cough in primary care: prospective study in 13 countries.

## Amaç
Akut öksürük için antibiyotik reçete etme çeşitliliğini karşıt Avrupa ortamlarında tanımlamak ve iyileşme üzerindeki etkisini incelemek.

## Çalışma Tasarımı
14 farklı Avrupa ülkesindeki 13 birincil bakım araştırma ağından klinisyenlerin semptomları kayıt altına alması ve yönetimi içeren kesitsel gözlem çalışması. Hastalar 28 gün boyunca hasta günlükleriyle takip edildi.

## Çalışma Ayarı
Birincil bakım.

## Katılımcılar
Yeni veya kötüleşen öksürük veya alt solunum yolu enfeksiyonu klinik sunumu olan yetişkinler.

## Ana Çıktı Ölçümleri
Klinisyenler tarafından reçete edilen antibiyotikler ve semptom şiddetinin zaman içindeki toplam puanları.

## Sonuçlar
3402 hasta işe alındı (klinisyenlerin katılımcıların %99'u (3368) için vaka rapor formu tamamladığı ve katılımcıların %80'i (2714) semptom günlüğü döndürdüğü). Sunumda ortalama semptom şiddet puanları İspanya ve İtalya'daki ağlar için 19 (0 ile 100 arasında ölçek) iken İsveç'teki ağda 38'di. Ağlara göre antibiyotik reçete etme oranları %20 ile neredeyse %90 (genel olarak %53) arasında değişti. Amoksisilin genel olarak en yaygın reçete edilen antibiyotikti, ancak bu Norveç ağında %3 ile 83% arasında değişti. Fluoroquinolonlar üç ağda hiç reçete edilmedi, ancak Milano ağında %18'inde reçete edildi. Klinik sunum ve demografik faktörlere göre ayarlamadan sonra, antibiyotik reçete etme oranlarında önemli farklılıklar kaldı; Norveç (%0.18, %0.11 ile %0.30 güven aralığı) ve Slovakya (11.2, %6.20 ile %20.27) ile genel ortalamaya (reçete oranı: %0.53) kıyasla. İyileşme oranı, klinik sunum dikkate alındığında, antibiyotik reçete edilen ve edilmeyen hastalarda benzer oldu (-0.01, P<0.01).

## Sonuçları
Klinik sunumdaki çeşitlilik,


Dorsomorphin, a Selective Small Molecule Inhibitor of BMP Signaling, Promotes Cardiomyogenesis in Embryonic Stem Cells

ARKA PLAN Pluripotent embriyosal kök hücreler (ES hücreler), tüm vücuttaki dokuları oluşturma kapasitesine sahip olmalarından dolayı yenilikçi bir hücre kaynağı olarak büyük vaat taşıyorlar. Ancak, pluripotent kök hücrelerin linye belirlemedeki temel mekanizmaları büyük ölçüde bilinmiyor ve istenen hücre türlerinin yeterli miktar elde edilmesi hala zorlu bir meydan okuma. Özellikle kemik morfogenetik protein (BMP) sinyalleme yolunu düzenleyen küçük moleküller, in vitro linye belirlemeyi incelemek ve kök hücrelerin belirli hücre türlerine yönlendirilmesini sağlamak için umut verici araçlar olarak hizmet edebilirler. YÖNTEM/ ANA BULGULAR Mouse ES hücrelerinde kardiyak farklılaşmayı indüklemek için seçici bir küçük molekül BMP sinyalleme inhibitörü olan dorsomorfin'in kullanımını açıklıyoruz. Kardiyak indükleme çok sağlam, kardiyak kasları kendiliğinden atmaya başlayan hücrelerin verimliliğini en az 20 kat artırıyor. Dorsomorfin, endojen BMP antagonist Noggin'e kıyasla, ES hücre farklılaşmasının ilk 24 saatinde kardiyak gelişimi güçlü bir şekilde indükler. Farklılaşan ES hücrelerinde yapılan nicel-PCR analizleri, erken kritik aşamada BMP sinyalleminin farmakolojik inhibisyonunun kardiyak hücre hattının gelişimini teşvik ettiğini, ancak endotel, düz kas ve kan hücrelerinin farklılaşmasını azalttığını göstermektedir. SONUÇLAR/ ÖNEMİ ES hücre farklılaşmasının ilk aşamalarında seçici bir küçük molekül BMP inhibitörünün uygulanması, ilkel pluripotent hücrelerin kardiyak hücre hattına farklılaşmasını önemli ölçüde teşvik eder, muhtemelen diğer mezodermal hatların aleyhine. Geliştirme yollarını düzenleyen küçük moleküller gibi dorsomorfin, kök hücre araştırması ve yenileyici tıp için çok yönlü farmakolojik araçlar haline gelebilir.


Cineradiography of Monkey Lip-Smacking Reveals Putative Precursors of Speech Dynamics

Konuşmanın temel bir özelliği, 5 Hz'lik stereotipik ritmi. Bir teori, bu ritmin atalarındaki primatlarda ritmik yüz hareketlerinin modifikasyonu yoluyla evrimleştiğini öne sürüyor. Eğer hipotez herhangi bir geçerliliğe sahipse, o zaman karşılaştırmalı bir yaklaşım bazı ışık tutabilir. Bu fikri test etmek için, cineradiografi (röntgen filmleri) kullanarak maymunların dudak çiğnemesi (ritmik bir yüz ifadesi) ile çiğneme arasındaki iç dinamikleri karakterize etmek ve nicel olarak ölçmek için uyguladık. Önceki insan çalışmaları, konuşma hareketlerinin çiğneme hareketlerinden daha hızlı olduğunu ve iki davranış arasındaki vokal trakt yapıları arasındaki işlevsel koordinasyonun farklı olduğunu göstermiştir. Eğer ritmik konuşma, atalarındaki ritmik bir yüz hareketinden evrimleştiyse, o zaman bir hipotez, maymunların dudak çiğnemesi ile çiğneme arasındaki farklılıkların da bu farklılıkları göstereceği yönündedir. Bulgularımız, dudak, dil ve hiyoidin, dudak çiğnemesinde 5 Hz'lik konuşma ritmiyle hareket ettiğini, ancak çiğneme sırasında böyle olmadığını ortaya koydu. En önemlisi, bu yapılar arasındaki işlevsel koordinasyonun her davranış için farklı olduğu görüldü. Bu veriler, insan konuşma ritminin atalarındaki primatların ritmik yüz ifadelerinden evrimleştiği fikrine deneysel destek sağlamaktadır.


Interneuronal DISC1 regulates NRG1-ErbB4 signalling and excitatory-inhibitory synapse formation in the mature cortex.

Neuregulin-1 (NRG1) ve reseptörü ErbB4, nörogelişimdeki çeşitli süreçleri etkiler, ancak olgun beyinlerde bu sinyalleşmenin düzenleyici mekanizmaları iyi anlaşılmamıştır. DISC1, birçok hücresel süreci arabuluyan çok işlevli bir sarkoz proteinidir. Burada, olgun korteks interneuronlarında NRG1-ErbB4 sinyalleşimi arasında işlevsel bir ilişki sunduğumuzu bildiriyoruz. Hücre tipi spesifik gen modülasyonu in vitro ve in vivo, dahil bir mutant DISC1 fare modeli kullanarak, DISC1'in NRG1 tarafından tetiklenen ErbB4 aktivitesini ve sinyalleşimini engellediğini gösteriyoruz. Bu etki, muhtemelen ErbB4'ün PSD95'e bağlanma rekabetçi inhibisyonuna aracılık ederek gerçekleşiyor. Son olarak, interneuronal DISC1'in, NRG1-ErbB4 tarafından medyasi edilen fenotipleri, hızlı ateşli interneuron-piramidal nöron devrelerinde etkilediğini gösteriyoruz. Post-mortem beyin analizleri ve bazı genetik çalışmalar, interneuron defisitlerini ve DISC1, NRG1 ve ErbB4 genlerinin şizofreni ile ilişkisini bildirmiştir. Sonuçlarımız, bu defisitlere katkıda bulunabilecek NRG1-ErbB4 sinyalleşimi ile DISC1 arasındaki çapraz konuşmanın bir mekanizmasını öneriyor.


The Proto-Oncogene c-maf Is Responsible for Tissue-Specific Expression of Interleukin-4

Moleküler baz, CD4+ T yardımcı 1 (Th1) ve T yardımcı 2 (Th2) alt kümelerin karakteristik sitotoksin ifadesini açıklamaya devam ediyor. Burada, proto-oncogen c-maf, bir temel bölge/leucine fermantasyon transkripsiyon faktörü, dokuya özgü IL-4 ifadesini kontrol ettiğini bildiriyoruz. c-Maf, Th2 klonlarında ifade edilir, ancak Th1 klonlarında ifade edilmez ve normal ön hücre farklılaşmasında Th2 ancak Th1 hattı değilken tetiklenir. c-Maf, Th2 ancak Th1 klonlarından çıkarılan ekstraktler tarafından ayak izlenen yakın IL-4 promotöründeki bir c-Maf yanıt öğesine (MARE) bağlanır. Ektopik c-Maf ifadesi, Th1 hücrelerinde, B hücrelerinde ve non-lenfositik hücrelerde IL-4 promotörünü aktive eder, bu işlev MARE'ye ve Th2'ye özgü ayak izine haritaya çıkar. Ayrıca, c-Maf, B hücrelerinde endojen IL-4 üretimini başlatmak için nükleer faktör aktif T hücreleri (NF-ATp) ile sinerji içinde çalışır. c-Maf manipülasyonu, insan hastalığında Th alt küme oranlarını değiştirebilir.


hClock gene expression in human colorectal carcinoma.

Bu çalışmada, insan Saat (hSaat) geninin, sirkadiyen gen ailesinin çekirdeğini oluşturan geninin, kolon kanserlerinde (KK) ifadesindeki değişiklikleri araştırmayı ve olası etkilerini tartışmayı amaçladık. Önceki çalışmalar, sirkadiyen ritimlerin bozulmasının, kolon kanserlerinin başlatılması ve gelişmesinde katkıda bulunan iç faktörlerden biri olduğunu ortaya koymuştur. Bununla birlikte, KK ile ilişkili sirkadiyen genlerin alttaki moleküler değişiklikleri araştırılmamıştır. 30 KK vakasında hSaat proteini ve gen ifadesini immifluoresans ve nicel polimeraz zincir reaksiyonu (qPCR) analizleri yapıldı. hSaat proteini, 30 KK hastasından alınan tüm örneklerde ifade edildi. İnsan KK dokularında, eşleşen kanserli dokulara kıyasla daha yüksek hSaat ifadesi gözlemlendi. hSaat ifadesi, kötü farklılaşmış veya ileri aşama Dukes dereceli tümörlerde ve lenf düğümü metastazının olduğu 64,3% tümör vakalarında anlamlı olarak daha yüksekti. hSaat geni, tüm örneklerde ifade edildi. İnsan KK vakalarında, eşleşen kanserli dokulara kıyasla anlamlı olarak daha yüksek hSaat ifadesi bulundu. İnsan KK'larda hSaat gen ifadesi ve proteini arasında güçlü pozitif bir doğrusal korelasyon vardı. Ayrıca, insan KK'larda hSaat gen ifadesi ve ARNT, HIF-1α ve VEGF ifadesi arasında güçlü pozitif bir doğrusal korelasyon bulundu. hSaat ve Bak, Bax, Bid, TNF reseptörü I (TNFR I) ve TNFR II arasında anlamlı bir korelasyon bulunmadı. Sirkadiyen gen hSaat, insan kolon mukozasında kararlı bir şekilde ifade edildi ve alt saat kontrollü genlerin ifadesini düzenlemede önemliydi. hSaat, HIF-1α/ARNT ile etkileşime girip VEGF'i aktive ederek tümör angiogenezi ve metastazını uyarabiliyor olabilir.