question_id
stringlengths 22
31
| question_type
stringclasses 1
value | description
stringlengths 30
130
| content
dict | environment
dict | answer
dict | test
dict | scoring_config
dict |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr1
|
multi_swe_bench
|
Add missing LinearExtrapBnd.c in CactusExamples/SampleBoundary (einsteintoolkit/Cactus#1)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 1,
"issue_title": "Add missing LinearExtrapBnd.c in CactusExamples/SampleBoundary",
"issue_body": "This PR adds the missing source file LinearExtrapBnd.c to complete the CactusExamples/SampleBoundary thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 1,
"title": "Implement the full functionality of SampleBoundary",
"body": "Please implement the full functionality of `SampleBoundary` by finishing the code in `LinearExtrapBnd.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: SampleBoundary\n- Target file: LinearExtrapBnd.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-1",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/CactusExamples/SampleBoundary/src/LinearExtrapBnd.c b/arrangements/CactusExamples/SampleBoundary/src/LinearExtrapBnd.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/CactusExamples/SampleBoundary/src/LinearExtrapBnd.c\n@@ -0,0 +1,246 @@\n+ /*@@\n+ @file LinearExtrapBnd.c\n+ @date 24 Jan 2003\n+ @author David Rideout\n+ @desc\n+ Function which is registered as handling Carsten Gundlach's \n+ \"linear_extrap_one_bndry\" boundary condition\n+ @enddesc\n+ @history\n+ @hdate \n+ @hauthor \n+ @hdesc \n+ @endhistory\n+ @version $Id$\n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+\n+#include \"util_Table.h\"\n+\n+/* the rcs ID and its dummy function to use it */\n+static const char *rcsid = \"$Header$\";\n+CCTK_FILEVERSION(CactusExamples_SampleBoundary_LinearExtrapBnd_c);\n+\n+/* #define DEBUG */\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Local Data Types ***********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* External Routine Prototypes ******************\n+ ********************************************************************/\n+\n+void CCTK_FCALL CCTK_FNAME(Linear_extrap_one_bndry)(int *doBC, const int *lsh, \n+ CCTK_REAL *var_ptr);\n+\n+int BndLinExtrap (const cGH *GH, int num_vars, int *vars, int *faces, \n+ int *widths, int *tables);\n+\n+/********************************************************************\n+ ******************** Scheduled Routines ***********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+\n+/********************************************************************\n+ ******************** External Routines ************************\n+ ********************************************************************/\n+\n+/*@@\n+ @routine BndLinExtrap\n+ @date 24 Jan 2003\n+ @author David Rideout\n+ @desc\n+ Apply linear extrapolation boundary condition to a\n+ group of grid functions given by their indices.\n+ This routine is registered to handle the linear\n+ extrapolation boundary condition.\n+ Can only handle 3D grid functions.\n+\n+ All symmetries are ignored for now -- the symmetry bcs must \n+ overwrite the output of this bc where necessary\n+ @enddesc\n+\n+ @var GH\n+ @vdesc Pointer to CCTK grid hierarchy\n+ @vtype const cGH *\n+ @vio in\n+ @endvar\n+ @var num_vars\n+ @vdesc number of variables passed in through vars[]\n+ @vtype int\n+ @vio in\n+ @endvar\n+ @var var_indices\n+ @vdesc array of variable indicies to which to apply this boundary \n+ condition\n+ @vtype int *\n+ @vio in\n+ @endvar\n+ @var faces\n+ @vdesc array of set of faces to which to apply the bc\n+ @vtype int\n+ @vio in\n+ @endvar\n+ @var widths\n+ @vdesc array of boundary widths for each variable\n+ @vtype int\n+ @vio in\n+ @endvar\n+ @var table_handles\n+ @vdesc array of table handles which hold extra arguments\n+ @vtype int\n+ @vio in\n+ @endvar\n+\n+ @calls CCTK_GroupIndexFromVarI\n+ CCTK_GroupDimI\n+ CCTK_VarTypeI\n+\n+ Linear_extrap_one_bndry\n+ @history\n+ @hdate \n+ @hauthor \n+ @hdesc \n+ @endhistory\n+\n+ @returntype int\n+ @returndesc\n+ each bit of return value indicates a possible error code, as follows:\n+ 0 for success\n+ -1 invalid faces specification\n+ -2 unsupported staggering\n+ -4 boundary width != 1\n+ -8 potentially valid table handle\n+ -16 dimension is not supported\n+ -32 possibly called with a grid scalar\n+ @endreturndesc\n+@@*/\n+\n+int BndLinExtrap (const cGH *GH, int num_vars, int *vars, int *faces, \n+ int *widths, int *tables)\n+{\n+ int i, j, gi, gtype, dim, retval, err;\n+ int doBC[6];\n+ const int *lsh, *bbox;\n+ CCTK_INT symtable;\n+ CCTK_INT symbnd[6];\n+ CCTK_INT is_physical[6];\n+ CCTK_REAL *var_ptr;\n+ cGroupDynamicData group_data;\n+\n+ retval = 0;\n+\n+#ifdef DEBUG\n+ printf(\"calling BndLinExtrap at iter %d\\n\", GH->cctk_iteration);\n+#endif\n+\n+ /* loop through variables, one at a time (since this is all that \n+ Linear_extrap_one_bndry can handle) */\n+ for (i=0; i<num_vars; ++i) {\n+\n+ /* Check to see if faces specification is valid */\n+ if (faces[i] != CCTK_ALL_FACES)\n+ {\n+ CCTK_VWarn(1, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+ \"Faces specification %d for LinExtrap boundary conditions on \"\n+ \"%s is not implemented yet. \"\n+ \"Not applying bc.\", faces[i],\n+ CCTK_VarName(vars[i]));\n+ retval |= 1;\n+ }\n+\n+ /* Check to see if the boundary width might be something other than one */\n+ if (widths[i] != 1)\n+ {\n+ CCTK_VWarn(1, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+ \"LinExtrapBnd does not handle boundary widths other than one.\"\n+ \" Assuming boundary width of one on all faces.\");\n+ retval |= 4;\n+ }\n+\n+ /* Ignore table handles */\n+ if (tables[i] >= 0) \n+ {\n+ CCTK_VWarn (1, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+ \"Possibly valid table handle. LinExtrapBnd ignores \"\n+ \"information stored in tables.\");\n+ retval |= 8;\n+ }\n+\n+ /* Gather some important information about this grid variable */\n+ gi = CCTK_GroupIndexFromVarI(vars[i]);\n+ gtype = CCTK_GroupTypeI(gi);\n+ if (gtype==CCTK_GF)\n+ {\n+ dim = GH->cctk_dim;\n+ bbox = GH->cctk_bbox;\n+ lsh = GH->cctk_lsh;\n+ }\n+ else\n+ {\n+ err = CCTK_GroupDynamicData(GH, gi, &group_data);\n+ if (err)\n+ {\n+ CCTK_VWarn(0, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+ \"Error getting group information for group %s. \"\n+ \"Perhaps it is a grid scalar?\", CCTK_GroupName(gi));\n+ retval |= 32;\n+ }\n+ dim = group_data.dim;\n+ bbox = group_data.bbox;\n+ lsh = group_data.lsh;\n+ }\n+ var_ptr = GH->data[vars[i]][0];\n+#ifdef DEBUG\n+ printf(\"dim=%d bbox[0]=%d lsh[1]=%d\\n\", dim, bbox[0], lsh[1]);\n+ printf(\"var_ptr=%p\\n\", var_ptr);\n+#endif\n+\n+ /* Check dimension */\n+ if (dim != 3)\n+ {\n+ CCTK_VWarn (1, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+ \"Variable dimension of %d not supported. \"\n+\t\t \"Not applying bc.\", dim);\n+ retval |= 16;\n+ }\n+\n+ /* Decide on which faces the bc should be applied */\n+ for (j=0; j<2*dim; ++j)\n+ {\n+ doBC[j] = lsh[j/2] > widths[i]+2 && bbox[j];\n+ }\n+\n+ /* see if we have a physical boundary */\n+ symtable = SymmetryTableHandleForGrid (GH);\n+ if (symtable < 0) CCTK_WARN (0, \"internal error\");\n+ err = Util_TableGetIntArray (symtable, 2 * dim, symbnd, \"symmetry_handle\");\n+ if (err != 2 * dim) CCTK_WARN (0, \"internal error\");\n+ for (j = 0; j < 2 * dim; j++)\n+ {\n+ is_physical[j] = symbnd[j] < 0;\n+ }\n+\n+ /* Only do bc on faces without a symmetry bc */\n+ for (j=0; j<2*dim; ++j)\n+ {\n+ doBC[j] &= is_physical[i];\n+ }\n+\n+ /* Apply the boundary condition */\n+ if( !( retval & ( 1 | 16 ) ) ) /* unless particularly bad errors */\n+ CCTK_FNAME(Linear_extrap_one_bndry)(doBC, lsh, var_ptr);\n+ }\n+\n+ return -retval;\n+}\n+\n+/********************************************************************\n+ ******************** Internal Routines ************************\n+ ********************************************************************/\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Local Routines *************************\n+ ********************************************************************/"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+wavetoyc",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr10
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Marquina.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#10)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 10,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Marquina.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Marquina.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 10,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Marquina.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Marquina.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-10",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Marquina.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Marquina.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Marquina.F90\n@@ -0,0 +1,459 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_Marquina.f90\n+ @date Thu Jan 11 11:03:32 2002\n+ @author Pedro Montero, Toni Font \n+ @desc \n+ Routine to obtain the Marquina Fluxes. Note that this is the \n+ MODIFIED Marquina formula as given by Aloy et.al. \n+ (ApJ Supp 122 (1999) p.151) and not the full Marquina flux \n+ of Donat and Marquina.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+#include \"GRHydro_Macros.h\"\n+#include \"SpaceMask.h\"\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_Marquina.f90 \n+ @date Wed Feb 13 11:03:32 2002\n+ @author Pedro Montero, Toni Font\n+ @desc \n+ Routine to obtain the Marquina Fluxes\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ Based on routines by Toni Font\n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+\n+subroutine GRHydro_Marquina(CCTK_ARGUMENTS)\n+ \n+ implicit none\n+\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+ CCTK_REAL, dimension(5) :: marquinaflux, &\n+ consp,consm_i,fplus,fminus,f_marquina,primp,primm_i\n+ CCTK_REAL :: avg_alp,avg_beta,gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh, &\n+ avg_det,uxxh,uxyh,uxzh,uyyh,uyzh,uzzh,&\n+ tmp_w_lorentzp, tmp_w_lorentzm_i, w_lorentzp,w_lorentzm_i, usendh\n+ integer :: m\n+ integer :: i,j,k\n+ integer :: keytemp\n+ \n+ CCTK_INT :: type_bits, trivial\n+\n+ if(evolve_temper.eq.1.and.reconstruct_temper.eq.1) then\n+ keytemp = 1\n+ else\n+ keytemp = 0\n+ endif\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemX\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemX\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemY\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemY\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemZ\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemZ\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else\n+ !Keep this check in here, it is not checked again later\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+ \n+ f_marquina = 0.d0\n+ \n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i,j,k,consp,consm_i,primp,primm_i,&\n+ !$OMP marquinaflux,avg_beta,avg_alp,gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,&\n+ !$OMP f_marquina,uxxh,uxyh,uxzh,uyyh,uyzh,uzzh,usendh,&\n+ !$OMP tmp_w_lorentzp, tmp_w_lorentzm_i,w_lorentzp,w_lorentzm_i,&\n+ !$OMP fplus,fminus,m,avg_det)\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil\n+\n+!!$ Set the left (p for plus) and right (m_i for minus, i+1) states\n+\n+ consp(1) = densplus(i,j,k) \n+ consp(2) = sxplus(i,j,k)\n+ consp(3) = syplus(i,j,k)\n+ consp(4) = szplus(i,j,k)\n+ consp(5) = tauplus(i,j,k)\n+ \n+ consm_i(1) = densminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ consm_i(2) = sxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ consm_i(3) = syminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ consm_i(4) = szminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ consm_i(5) = tauminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ \n+ primp(1) = rhoplus(i,j,k) \n+ primp(2) = velxplus(i,j,k)\n+ primp(3) = velyplus(i,j,k) \n+ primp(4) = velzplus(i,j,k)\n+ primp(5) = epsplus(i,j,k)\n+ \n+ primm_i(1) = rhominus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ primm_i(2) = velxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ primm_i(3) = velyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ primm_i(4) = velzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ primm_i(5) = epsminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+\n+ marquinaflux = 0.d0\n+ \n+!!$ Set metric terms at interface\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+ avg_beta = 0.5d0 * (betax(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ betax(i,j,k))\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ avg_beta = 0.5d0 * (betay(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ betay(i,j,k))\n+ else\n+ avg_beta = 0.5d0 * (betaz(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ betaz(i,j,k))\n+ end if\n+\n+ avg_alp = 0.5 * (alp(i,j,k) + alp(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset))\n+\n+ gxxh = 0.5d0 * (gxx(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gxx(i,j,k))\n+ gxyh = 0.5d0 * (gxy(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gxy(i,j,k))\n+ gxzh = 0.5d0 * (gxz(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gxz(i,j,k))\n+ gyyh = 0.5d0 * (gyy(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gyy(i,j,k))\n+ gyzh = 0.5d0 * (gyz(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gyz(i,j,k))\n+ gzzh = 0.5d0 * (gzz(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ gzz(i,j,k))\n+\n+!!$ routine to calculate the determinant of the metric\n+\n+ avg_det = SPATIAL_DETERMINANT(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh)\n+ \n+!!$ If the Riemann problem is trivial, just calculate the fluxes from the \n+!!$ left state and skip to the next cell\n+\n+ if (SpaceMask_CheckStateBitsF90(space_mask, i, j, k, type_bits, trivial)) then\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ call num_x_flux(consp(1),consp(2),consp(3),consp(4),consp(5),&\n+ f_marquina(1),f_marquina(2),f_marquina(3),&\n+ f_marquina(4),f_marquina(5),&\n+ velxplus(i,j,k),pressplus(i,j,k),&\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ call num_x_flux(consp(1),consp(3),consp(4),consp(2),consp(5),&\n+ f_marquina(1),f_marquina(3),f_marquina(4),&\n+ f_marquina(2),f_marquina(5),&\n+ velyplus(i,j,k),pressplus(i,j,k),&\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ else\n+ call num_x_flux(consp(1),consp(4),consp(2),consp(3),consp(5),&\n+ f_marquina(1),f_marquina(4),f_marquina(2),&\n+ f_marquina(3),f_marquina(5),&\n+ velzplus(i,j,k),pressplus(i,j,k),&\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ end if\n+ \n+ else !!! The end of this branch is right at the bottom of the routine\n+ \n+ call UpperMetric(uxxh, uxyh, uxzh, uyyh, uyzh, uzzh, &\n+ avg_det,gxxh, gxyh, gxzh, gyyh, gyzh, gzzh)\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+ usendh = uxxh\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ usendh = uyyh\n+ else\n+ usendh = uzzh\n+ end if\n+\n+!!$left state\n+\n+ tmp_w_lorentzp = gxxh*primp(2)*primp(2) + &\n+ gyyh*primp(3)*primp(3) + gzzh*primp(4)*primp(4) + &\n+ 2*gxyh*primp(2)*primp(3) + 2*gxzh*primp(2) *primp(4) + &\n+ 2*gyzh*primp(3)*primp(4)\n+ if (tmp_w_lorentzp .ge. 1.d0) then\n+ w_lorentzp = GRHydro_lorentz_overshoot_cutoff\n+ else\n+ w_lorentzp = 1.d0 / sqrt(1.d0 - tmp_w_lorentzp);\n+ endif\n+\n+\n+!!$right state\n+\n+ tmp_w_lorentzm_i = gxxh*primm_i(2)*primm_i(2) + &\n+ gyyh*primm_i(3)*primm_i(3) + gzzh*primm_i(4)*primm_i(4) + &\n+ 2*gxyh*primm_i(2)*primm_i(3) + &\n+ 2*gxzh*primm_i(2) *primm_i(4)+ &\n+ 2*gyzh*primm_i(3)*primm_i(4)\n+ if (tmp_w_lorentzm_i .ge. 1.d0) then\n+ w_lorentzm_i = GRHydro_lorentz_overshoot_cutoff\n+ else\n+ w_lorentzm_i = 1.d0 / sqrt(1.d0 - tmp_w_lorentzm_i);\n+ endif\n+\n+ \n+!!$eigenvalues and right eigenvectors\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+\n+ if(evolve_temper.eq.0) then\n+ call eigenproblem_marquina(GRHydro_eos_handle,&\n+ primm_i(1),primm_i(2), & \n+ primm_i(3),primm_i(4),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(2),primp(3),primp(4),primp(5), &\n+ gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(2),&\n+ consp(3), consp(4), consp(5),consm_i(1),consm_i(2), &\n+ consm_i(3),consm_i(4),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(2),marquinaflux(3),marquinaflux(4), &\n+ marquinaflux(5))\n+ else\n+ call eigenproblem_marquina_hot(GRHydro_eos_handle,keytemp,&\n+ primm_i(1),primm_i(2), & \n+ primm_i(3),primm_i(4),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(2),primp(3),primp(4),primp(5), &\n+ tempminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),&\n+ tempplus(i,j,k),&\n+ y_e_minus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),y_e_plus(i,j,k),&\n+ gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(2),&\n+ consp(3), consp(4), consp(5),consm_i(1),consm_i(2), &\n+ consm_i(3),consm_i(4),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(2),marquinaflux(3),marquinaflux(4), &\n+ marquinaflux(5))\n+\n+ endif\n+ \n+ else if (flux_direction == 2) then\n+\n+ if(evolve_temper.eq.0) then \n+ call eigenproblem_marquina(GRHydro_eos_handle,&\n+ primm_i(1),primm_i(3), & \n+ primm_i(4),primm_i(2),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(3),primp(4),primp(2),primp(5), &\n+ gyyh,gyzh,gxyh,gzzh,gxzh,gxxh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(3),&\n+ consp(4), consp(2), consp(5),consm_i(1),consm_i(3), &\n+ consm_i(4),consm_i(2),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(3),marquinaflux(4),marquinaflux(2), &\n+ marquinaflux(5))\n+ else\n+ call eigenproblem_marquina_hot(GRHydro_eos_handle,keytemp,&\n+ primm_i(1),primm_i(3), & \n+ primm_i(4),primm_i(2),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(3),primp(4),primp(2),primp(5), &\n+ tempminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),&\n+ tempplus(i,j,k),&\n+ y_e_minus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),y_e_plus(i,j,k),&\n+ gyyh,gyzh,gxyh,gzzh,gxzh,gxxh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(3),&\n+ consp(4), consp(2), consp(5),consm_i(1),consm_i(3), &\n+ consm_i(4),consm_i(2),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(3),marquinaflux(4),marquinaflux(2), &\n+ marquinaflux(5))\n+\n+ endif\n+ \n+ else\n+\n+ if(evolve_temper.eq.0) then\n+ call eigenproblem_marquina(GRHydro_eos_handle,&\n+ primm_i(1),primm_i(4), & \n+ primm_i(2),primm_i(3),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(4),primp(2),primp(3),primp(5), &\n+ gzzh,gxzh,gyzh,gxxh,gxyh,gyyh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(4),&\n+ consp(2), consp(3), consp(5),consm_i(1),consm_i(4), &\n+ consm_i(2),consm_i(3),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(4),marquinaflux(2),marquinaflux(3), &\n+ marquinaflux(5))\n+ else\n+ call eigenproblem_marquina_hot(GRHydro_eos_handle,keytemp,&\n+ primm_i(1),primm_i(4), & \n+ primm_i(2),primm_i(3),primm_i(5),primp(1), &\n+ primp(4),primp(2),primp(3),primp(5), &\n+ tempminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),&\n+ tempplus(i,j,k),&\n+ y_e_minus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),y_e_plus(i,j,k),&\n+ gzzh,gxzh,gyzh,gxxh,gxyh,gyyh, &\n+ usendh,avg_det,avg_alp,avg_beta,consp(1),consp(4),&\n+ consp(2), consp(3), consp(5),consm_i(1),consm_i(4), &\n+ consm_i(2),consm_i(3),consm_i(5),marquinaflux(1), &\n+ marquinaflux(4),marquinaflux(2),marquinaflux(3), &\n+ marquinaflux(5))\n+ endif\n+ end if\n+ \n+ fplus = 0.d0\n+ fminus = 0.d0\n+ \n+!!$calculate the fluxes\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+ \n+ call num_x_flux(consp(1),consp(2),consp(3),consp(4),consp(5), &\n+ fplus(1),fplus(2),fplus(3),fplus(4), &\n+ fplus(5),velxplus(i,j,k),pressplus(i,j,k), &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ call num_x_flux(consm_i(1),consm_i(2),consm_i(3), &\n+ consm_i(4),consm_i(5),fminus(1),fminus(2),fminus(3), &\n+ fminus(4), fminus(5), &\n+ velxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ pressminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ \n+ call num_x_flux(consp(1),consp(3),consp(4),consp(2),consp(5), &\n+ fplus(1),fplus(3),fplus(4),fplus(2), &\n+ fplus(5),velyplus(i,j,k),pressplus(i,j,k), &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ call num_x_flux(consm_i(1),consm_i(3),consm_i(4), &\n+ consm_i(2),consm_i(5),fminus(1),fminus(3),fminus(4), &\n+ fminus(2), fminus(5), &\n+ velyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ pressminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ else\n+ \n+ call num_x_flux(consp(1),consp(4),consp(2),consp(3),consp(5), &\n+ fplus(1),fplus(4),fplus(2),fplus(3), &\n+ fplus(5),velzplus(i,j,k),pressplus(i,j,k),avg_det, &\n+ avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ call num_x_flux(consm_i(1),consm_i(4),consm_i(2), &\n+ consm_i(3),consm_i(5),fminus(1),fminus(4),fminus(2), &\n+ fminus(3), fminus(5), &\n+ velzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ pressminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset), &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta)\n+ \n+ end if\n+ \n+!!$ Marquina flux\n+ \n+ do m = 1,5\n+ \n+ f_marquina(m) = 0.5d0 * (fplus(m) + fminus(m) - marquinaflux(m))\n+ \n+ end do\n+\n+ end if !!! The end of the SpaceMask check for a trivial RP.\n+\n+ densflux(i,j,k) = f_marquina(1)\n+ sxflux(i,j,k) = f_marquina(2)\n+ syflux(i,j,k) = f_marquina(3)\n+ szflux(i,j,k) = f_marquina(4)\n+ tauflux(i,j,k) = f_marquina(5)\n+\n+ enddo\n+ enddo\n+ enddo\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ if (evolve_tracer .ne. 0) then\n+\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i,j,k)\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil\n+\n+ if (densflux(i, j, k) > 0.d0) then\n+\n+ cons_tracerflux(i, j, k,:) = &\n+ tracerplus(i, j, k,:) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+\n+ else\n+\n+ cons_tracerflux(i, j, k,:) = &\n+ tracerminus(i + xoffset, j + yoffset, k + zoffset,:) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+\n+ end if\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ end if\n+\n+ if (evolve_Y_e .ne. 0) then\n+\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i,j,k)\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil\n+\n+ if (densflux(i, j, k) > 0.d0) then\n+\n+ Y_e_con_flux(i, j, k) = &\n+ Y_e_plus(i, j, k) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+\n+ else\n+\n+ Y_e_con_flux(i, j, k) = &\n+ Y_e_minus(i + xoffset, j + yoffset, k + zoffset) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+\n+ end if\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ end if\n+ \n+ return\n+end subroutine GRHydro_Marquina\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr11
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_PPM.h in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#11)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 11,
"issue_title": "Add missing GRHydro_PPM.h in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_PPM.h to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 11,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_PPM.h`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_PPM.h\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-11",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPM.h b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPM.h\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPM.h\n@@ -0,0 +1,56 @@\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+\n+#if 1\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#endif\n+\n+#define MIN(a,b) (((a)<(b))?(a):(b))\n+#define MAX(a,b) (((a)>(b))?(a):(b))\n+\n+static inline void steep(double *x, double *dx, double* dmx, const int i) {\n+ if ( (x[i+1] - x[i]) * (x[i]-x[i-1]) > 0.0 ) {\n+ dmx[i] = copysign(1.0,dx[i]) * MIN(fabs(dx[i]),\n+\t\t\t\t\tMIN(2.0*fabs(x[i]-x[i-1]),\n+\t\t\t\t\t 2.0*fabs(x[i+1]-x[i])));\n+ } else {\n+ dmx[i] = 0.0;\n+ }\n+}\n+\n+static inline double approx_at_cell_interface(double* a, const int i) {\n+ return 7.0/12.0*(a[i]+a[i+1]) - 1.0/12.0*(a[i-1]+a[i+2]);\n+}\n+\n+static inline void monotonize(double* restrict xminus,\n+\t\t\t double* restrict x,\n+\t\t\t double* restrict xplus,\n+\t\t\t const int i) {\n+\n+ if ( !(xplus[i]==x[i] && x[i]==xminus[i]) \n+\t&& ( (xplus[i]-x[i])*(x[i]-xminus[i]) <= 0.0 ) ) \n+ {\n+ xminus[i] = x[i];\n+ xplus[i] = x[i];\n+ } else if( 6.0 * (xplus[i]-xminus[i]) * \n+\t\t(x[i]-0.5*(xplus[i]+xminus[i])) >\n+\t\t(xplus[i]-xminus[i])*(xplus[i]-xminus[i]) )\n+ {\n+ xminus[i] = 3.0*x[i]-2.0*xplus[i]; \n+ } else if( 6.0 * (xplus[i]-xminus[i]) * \n+\t (x[i]-0.5*(xplus[i]+xminus[i])) <\n+\t -(xplus[i]-xminus[i])*(xplus[i]-xminus[i]) ) \n+ {\n+ xplus[i] = 3.0*x[i]-2.0*xminus[i]; \n+ }\n+ \n+ return;\n+}\t \t \n+\n+\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr12
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_LastMoLPostStep.c in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#12)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 12,
"issue_title": "Add missing GRHydro_LastMoLPostStep.c in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_LastMoLPostStep.c to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 12,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_LastMoLPostStep.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_LastMoLPostStep.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-12",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_LastMoLPostStep.c b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_LastMoLPostStep.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_LastMoLPostStep.c\n@@ -0,0 +1,39 @@\n+// GRHydro_LastMoLPostStep.c\n+//\n+// Compute is this is the last MoL PostStep call. Code taken from Christian\n+// Reisswig's rejected MoL changes.\n+//\n+// Roland Haas\n+// Sun Jun 3 17:35:53 PDT 2012\n+\n+#include <stdio.h>\n+#include <string.h>\n+#include <assert.h>\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+void GRHydro_SetLastMoLPostStep(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+\n+ const CCTK_INT *MoL_Intermediate_Step = \n+ CCTK_VarDataPtr(cctkGH,0,\"MoL::MoL_Intermediate_Step\");\n+ if(NULL == MoL_Intermediate_Step)\n+ {\n+ CCTK_WARN(CCTK_WARN_ABORT,\n+ \"Could not get data pointer for MoL::MoL_Intermediate_Step\");\n+ }\n+\n+ // If counter becomes zero, the only thing left to do is to call PostStep!\n+ // NOTE: MoL's counter is uninitialised during initial data setup!\n+ *InLastMoLPostStep = cctk_iteration == 0 || *MoL_Intermediate_Step == 0;\n+}\n+\n+void GRHydro_ClearLastMoLPostStep(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+\n+ *InLastMoLPostStep = 0;\n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr13
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_FluxSplit.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#13)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 13,
"issue_title": "Add missing GRHydro_FluxSplit.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_FluxSplit.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 13,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_FluxSplit.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_FluxSplit.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-13",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_FluxSplit.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_FluxSplit.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_FluxSplit.F90\n@@ -0,0 +1,869 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_FluxSplit.F90\n+ @date Wed Mar 3 22:16:00 2004\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Flux split reconstruction using WENO5.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#include \"GRHydro_Macros.h\"\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_FSAlpha\n+ @date Sun Jan 9 12:25:43 2005\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Compute the maximum characteristic speed over all space\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+\n+subroutine GRHydro_FSAlpha(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ use GRHydro_Eigenproblem\n+\n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ integer :: nx, ny, nz, i, j, k, ierr, max_handle\n+ CCTK_REAL :: uxx, uxy, uxz, uyy, uyz, uzz, sdet, beta\n+ CCTK_REAL, dimension(5) :: lambda\n+ CCTK_REAL :: alpha1_local, alpha2_local, alpha3_local, alpha4_local, &\n+ alpha5_local\n+\n+ nx = cctk_lsh(1)\n+ ny = cctk_lsh(2)\n+ nz = cctk_lsh(3)\n+\n+ fs_alpha1 = 0.d0\n+ fs_alpha2 = 0.d0\n+ fs_alpha3 = 0.d0\n+ fs_alpha4 = 0.d0\n+ fs_alpha5 = 0.d0\n+\n+ alpha1_local = 0.d0\n+ alpha2_local = 0.d0\n+ alpha3_local = 0.d0\n+ alpha4_local = 0.d0\n+ alpha5_local = 0.d0\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+\n+ do k = 1, nz\n+ do j = 1, ny\n+ do i = 1, nx\n+\n+ sdet = sdetg(i,j,k)\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,sdet*sdet,&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+\n+ beta = betax(i,j,k)\n+ \n+ call eigenvalues(GRHydro_eos_handle, &\n+ rho (i,j,k), &\n+ vel (i,j,k,1), &\n+ vel (i,j,k,2), &\n+ vel (i,j,k,3), &\n+ eps (i,j,k), &\n+ w_lorentz(i,j,k), &\n+ lambda , &\n+ gxx (i,j,k), &\n+ gxy (i,j,k), &\n+ gxz (i,j,k), &\n+ gyy (i,j,k), &\n+ gyz (i,j,k), &\n+ gzz (i,j,k), &\n+ uxx , &\n+ alp (i,j,k), &\n+ beta ) \n+\n+ alpha1_local = max(abs(lambda(1)), alpha1_local)\n+ alpha2_local = max(abs(lambda(2)), alpha2_local)\n+ alpha3_local = max(abs(lambda(3)), alpha3_local)\n+ alpha4_local = max(abs(lambda(4)), alpha4_local)\n+ alpha5_local = max(abs(lambda(5)), alpha5_local)\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+\n+ do k = 1, nz\n+ do j = 1, ny\n+ do i = 1, nx\n+\n+ sdet = sdetg(i,j,k)\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,sdet*sdet,&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+\n+ beta = betay(i,j,k)\n+ \n+ call eigenvalues(GRHydro_eos_handle, &\n+ rho (i,j,k), &\n+ vel (i,j,k,1), &\n+ vel (i,j,k,2), &\n+ vel (i,j,k,3), &\n+ eps (i,j,k), &\n+ w_lorentz(i,j,k), &\n+ lambda , &\n+ gyy (i,j,k), &\n+ gyz (i,j,k), &\n+ gxy (i,j,k), &\n+ gzz (i,j,k), &\n+ gxz (i,j,k), &\n+ gxx (i,j,k), &\n+ uyy , &\n+ alp (i,j,k), &\n+ beta ) \n+\n+ alpha1_local = max(abs(lambda(1)), alpha1_local)\n+ alpha2_local = max(abs(lambda(2)), alpha2_local)\n+ alpha3_local = max(abs(lambda(3)), alpha3_local)\n+ alpha4_local = max(abs(lambda(4)), alpha4_local)\n+ alpha5_local = max(abs(lambda(5)), alpha5_local)\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+\n+ do k = 1, nz\n+ do j = 1, ny\n+ do i = 1, nx\n+\n+ sdet = sdetg(i,j,k)\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,sdet*sdet,&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+\n+ beta = betaz(i,j,k)\n+ \n+ call eigenvalues(GRHydro_eos_handle, &\n+ rho (i,j,k), &\n+ vel (i,j,k,1), &\n+ vel (i,j,k,2), &\n+ vel (i,j,k,3), &\n+ eps (i,j,k), &\n+ w_lorentz(i,j,k), &\n+ lambda , &\n+ gzz (i,j,k), &\n+ gxz (i,j,k), &\n+ gyz (i,j,k), &\n+ gxx (i,j,k), &\n+ gxy (i,j,k), &\n+ gyy (i,j,k), &\n+ uzz , &\n+ alp (i,j,k), &\n+ beta ) \n+\n+ alpha1_local = max(abs(lambda(1)), alpha1_local)\n+ alpha2_local = max(abs(lambda(2)), alpha2_local)\n+ alpha3_local = max(abs(lambda(3)), alpha3_local)\n+ alpha4_local = max(abs(lambda(4)), alpha4_local)\n+ alpha5_local = max(abs(lambda(5)), alpha5_local)\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+\n+ else\n+\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+\n+ end if\n+\n+!!$ write(*,*) 'fs_alpha: local',alpha1_local,alpha2_local,alpha3_local,alpha4_local,alpha5_local\n+ \n+ call CCTK_ReductionHandle(max_handle, \"maximum\")\n+\n+ call CCTK_ReduceLocScalar ( ierr, cctkGH, -1, max_handle, &\n+ alpha1_local, fs_alpha1, CCTK_VARIABLE_REAL )\n+ if ( ierr .ne. 0 ) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Reduction of alpha1 failed\")\n+ STOP\n+ end if\n+ call CCTK_ReduceLocScalar ( ierr, cctkGH, -1, max_handle, &\n+ alpha2_local, fs_alpha2, CCTK_VARIABLE_REAL )\n+ if ( ierr .ne. 0 ) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Reduction of alpha2 failed\")\n+ STOP\n+ end if\n+ call CCTK_ReduceLocScalar ( ierr, cctkGH, -1, max_handle, &\n+ alpha3_local, fs_alpha3, CCTK_VARIABLE_REAL )\n+ if ( ierr .ne. 0 ) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Reduction of alpha3 failed\")\n+ STOP\n+ end if\n+ call CCTK_ReduceLocScalar ( ierr, cctkGH, -1, max_handle, &\n+ alpha4_local, fs_alpha4, CCTK_VARIABLE_REAL )\n+ if ( ierr .ne. 0 ) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Reduction of alpha4 failed\")\n+ STOP\n+ end if\n+ call CCTK_ReduceLocScalar ( ierr, cctkGH, -1, max_handle, &\n+ alpha5_local, fs_alpha5, CCTK_VARIABLE_REAL )\n+ if ( ierr .ne. 0 ) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Reduction of alpha5 failed\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+!!$ write(*,*) 'fs_alpha: global',fs_alpha1,fs_alpha2,fs_alpha3,fs_alpha4,fs_alpha5\n+\n+!!$ fs_alpha1 = max(abs(fs_alpha1), &\n+!!$ abs(fs_alpha2), &\n+!!$ abs(fs_alpha3), &\n+!!$ abs(fs_alpha4), &\n+!!$ abs(fs_alpha5) )\n+!!$\n+!!$ fs_alpha2 = max(abs(fs_alpha1), &\n+!!$ abs(fs_alpha2), &\n+!!$ abs(fs_alpha3), &\n+!!$ abs(fs_alpha4), &\n+!!$ abs(fs_alpha5) )\n+!!$\n+!!$ fs_alpha3 = max(abs(fs_alpha1), &\n+!!$ abs(fs_alpha2), &\n+!!$ abs(fs_alpha3), &\n+!!$ abs(fs_alpha4), &\n+!!$ abs(fs_alpha5) )\n+!!$\n+!!$ fs_alpha4 = max(abs(fs_alpha1), &\n+!!$ abs(fs_alpha2), &\n+!!$ abs(fs_alpha3), &\n+!!$ abs(fs_alpha4), &\n+!!$ abs(fs_alpha5) )\n+!!$\n+!!$ fs_alpha5 = max(abs(fs_alpha1), &\n+!!$ abs(fs_alpha2), &\n+!!$ abs(fs_alpha3), &\n+!!$ abs(fs_alpha4), &\n+!!$ abs(fs_alpha5) )\n+\n+!!$ write(*,*) 'fs_alpha: final',fs_alpha1,fs_alpha2,fs_alpha3,fs_alpha4,fs_alpha5\n+ \n+end subroutine GRHydro_FSAlpha\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_SplitFlux\n+ @date Wed Mar 3 22:17:14 2004\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Wrapper routine to split the flux. Synchronization is \n+ unfortunately required afterwards.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+\n+subroutine GRHydro_SplitFlux(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ CCTK_INT, parameter :: izero = 0\n+ integer, parameter :: ik = kind(izero)\n+\n+ integer :: nx, ny, nz, i, j, k\n+\n+ CCTK_REAL, dimension(:), allocatable :: upper, det, dummy\n+ CCTK_REAL :: uxx, uxy, uxz, uyy, uyz, uzz\n+\n+ nx = cctk_lsh(1)\n+ ny = cctk_lsh(2)\n+ nz = cctk_lsh(3)\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ allocate(upper(nx), det(nx), dummy(nx))\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil + 2\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil + 2\n+\n+ dummy = betax(:,j,k)\n+\n+ do i = 1, cctk_lsh(1)\n+ det(i) = sdetg(i,j,k)*sdetg(i,j,k)\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,det(i),&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+ upper(i) = uxx\n+ end do\n+\n+ call GRHydro_SplitFlux_1D(GRHydro_eos_handle, int(nx,ik),&\n+ fs_alpha1, fs_alpha2, fs_alpha3, fs_alpha4, fs_alpha5, &\n+ gxx(:,j,k),gxy(:,j,k),gxz(:,j,k),&\n+ gyy(:,j,k),gyz(:,j,k),gzz(:,j,k),&\n+ upper, det,&\n+ alp(:,j,k),dummy,&\n+ rho(:,j,k),vel(:,j,k,1),vel(:,j,k,2),vel(:,j,k,3),press(:,j,k),&\n+ w_lorentz(:,j,k),eps(:,j,k),&\n+ dens(:,j,k),scon(:,j,k,1),scon(:,j,k,2),scon(:,j,k,3),tau(:,j,k),&\n+ densfplus(:,j,k), sxfplus(:,j,k), syfplus(:,j,k), &\n+ szfplus(:,j,k), taufplus(:,j,k), &\n+ densfminus(:,j,k), sxfminus(:,j,k), syfminus(:,j,k), &\n+ szfminus(:,j,k), taufminus(:,j,k), &\n+ densflux(:,j,k), sxflux(:,j,k), syflux(:,j,k), &\n+ szflux(:,j,k), tauflux(:,j,k)) \n+ end do\n+ end do\n+ deallocate(upper, det, dummy)\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ allocate(upper(ny), det(ny), dummy(ny))\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil + 2\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil + 2\n+\n+ dummy = betay(i,:,k)\n+\n+ do j = 1, cctk_lsh(2)\n+ det(j) = sdetg(i,j,k)**2\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,det(j),&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+ upper(j) = uyy\n+ end do\n+\n+ call GRHydro_SplitFlux_1D(GRHydro_eos_handle, int(ny,ik),&\n+ fs_alpha1, fs_alpha2, fs_alpha3, fs_alpha4, fs_alpha5, &\n+ gyy(i,:,k),gyz(i,:,k),gxy(i,:,k),&\n+ gzz(i,:,k),gxz(i,:,k),gxx(i,:,k),&\n+ upper, det,&\n+ alp(i,:,k),dummy,&\n+ rho(i,:,k),vel(i,:,k,2),vel(i,:,k,3),vel(i,:,k,1),press(i,:,k),&\n+ w_lorentz(i,:,k),eps(i,:,k),&\n+ dens(i,:,k),scon(i,:,k,2),scon(i,:,k,3),scon(i,:,k,1),tau(i,:,k),&\n+ densfplus(i,:,k), syfplus(i,:,k), szfplus(i,:,k), &\n+ sxfplus(i,:,k), taufplus(i,:,k), &\n+ densfminus(i,:,k), syfminus(i,:,k), szfminus(i,:,k), &\n+ sxfminus(i,:,k), taufminus(i,:,k), &\n+ densflux(i,:,k), syflux(i,:,k), szflux(i,:,k), &\n+ sxflux(i,:,k), tauflux(i,:,k))\n+ end do\n+ end do\n+ deallocate(upper, det, dummy)\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ allocate(upper(nz), det(nz), dummy(nz))\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil + 2\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil + 2\n+\n+ dummy = betaz(i,j,:)\n+ \n+ do k = 1, cctk_lsh(3)\n+ det(k) = sdetg(i,j,k)*sdetg(i,j,k)\n+ call UpperMetric(uxx,uxy,uxz,uyy,uyz,uzz,det(k),&\n+ gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),gyy(i,j,k),&\n+ gyz(i,j,k),gzz(i,j,k)) \n+ upper(k) = uzz\n+ end do\n+\n+ call GRHydro_SplitFlux_1D(GRHydro_eos_handle, int(nz,ik),&\n+ fs_alpha1, fs_alpha2, fs_alpha3, fs_alpha4, fs_alpha5, &\n+ gzz(i,j,:),gxz(i,j,:),gyz(i,j,:),&\n+ gxx(i,j,:),gxy(i,j,:),gyy(i,j,:),&\n+ upper, det,&\n+ alp(i,j,:),dummy,&\n+ rho(i,j,:),vel(i,j,:,3),vel(i,j,:,1),vel(i,j,:,2),press(i,j,:),&\n+ w_lorentz(i,j,:),eps(i,j,:),&\n+ dens(i,j,:),scon(i,j,:,3),scon(i,j,:,1),scon(i,j,:,2),tau(i,j,:),&\n+ densfplus(i,j,:), szfplus(i,j,:), sxfplus(i,j,:), &\n+ syfplus(i,j,:), taufplus(i,j,:), &\n+ densfminus(i,j,:), szfminus(i,j,:), sxfminus(i,j,:), &\n+ syfminus(i,j,:), taufminus(i,j,:), &\n+ densflux(i,j,:), szflux(i,j,:), sxflux(i,j,:), &\n+ syflux(i,j,:), tauflux(i,j,:))\n+ end do\n+ end do\n+ deallocate(upper, det, dummy)\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+ return\n+\n+end subroutine GRHydro_SplitFlux\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_SplitFlux_1D\n+ @date Wed Mar 3 22:55:36 2004\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Actually performs the flux splitting. \n+ We really should be doing it on a characteristic basis.\n+\n+ Note the direction rotations on the calling routine.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_SplitFlux_1D(handle, nx, &\n+ alpha1, alpha2, alpha3, alpha4, alpha5, &\n+ gxx, gxy, gxz, gyy, gyz, gzz, u, det, alp, beta, &\n+ rho, velx1, vely1, velz1, press, w_lorentz, eps, &\n+ dens, sx, sy, sz, tau, &\n+ densfplus, sxfplus, syfplus, szfplus, taufplus, &\n+ densfminus, sxfminus, syfminus, szfminus, taufminus, &\n+ densflux, sxflux, syflux, szflux, tauflux)\n+\n+ use GRHydro_Eigenproblem\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ CCTK_INT, parameter :: izero = 0\n+ integer, parameter :: ik = kind(izero)\n+\n+ CCTK_REAL, parameter :: half = 0.5d0\n+\n+ CCTK_INT :: i, nx, handle, ll\n+ CCTK_REAL, dimension(nx) :: gxx, gxy, gxz, gyy, gyz, gzz, &\n+ u, det, alp, beta, &\n+ rho, velx1, vely1, velz1, press, w_lorentz, eps, &\n+ dens, sx, sy, sz, tau, &\n+ densfplus, sxfplus, syfplus, szfplus, taufplus, &\n+ densfminus, sxfminus, syfminus, szfminus, taufminus, &\n+ densflux, sxflux, syflux, szflux, tauflux\n+\n+ CCTK_REAL :: alpha1, alpha2, alpha3, alpha4, alpha5\n+\n+ CCTK_REAL, dimension(:), allocatable :: tmp\n+\n+ CCTK_REAL, dimension(:,:), allocatable :: evals\n+ CCTK_REAL, dimension(:,:,:), allocatable :: levecs, revecs\n+\n+ CCTK_REAL, dimension(:), allocatable :: &\n+ char_v1, char_v2, char_v3, char_v4 ,char_v5, &\n+ char_f1_plus, char_f2_plus, char_f3_plus, &\n+ char_f4_plus ,char_f5_plus, &\n+ char_f1_minus, char_f2_minus, char_f3_minus, &\n+ char_f4_minus ,char_f5_minus, &\n+ char_f1, char_f2, char_f3, &\n+ char_f4 ,char_f5\n+\n+ CCTK_REAL, dimension(5) :: lambda, alpha\n+ CCTK_REAL, dimension(5, 5) :: levec, revec\n+\n+ densfplus = 0.d0\n+ sxfplus = 0.d0\n+ syfplus = 0.d0\n+ szfplus = 0.d0\n+ taufplus = 0.d0\n+ densfminus = 0.d0\n+ sxfminus = 0.d0\n+ syfminus = 0.d0\n+ szfminus = 0.d0\n+ taufminus = 0.d0\n+\n+ allocate(evals(nx, 5), levecs(nx,5,5), revecs(nx,5,5))\n+ allocate(tmp(nx))\n+ allocate(char_v1(nx), char_v2(nx), char_v3(nx), char_v4 (nx),char_v5(nx), &\n+ char_f1_plus(nx), char_f2_plus(nx), char_f3_plus(nx), &\n+ char_f4_plus (nx),char_f5_plus(nx), &\n+ char_f1_minus(nx), char_f2_minus(nx), char_f3_minus(nx), &\n+ char_f4_minus (nx),char_f5_minus(nx), &\n+ char_f1(nx), char_f2(nx), char_f3(nx), &\n+ char_f4 (nx),char_f5(nx))\n+\n+ do i = 1, nx-1\n+\n+!!$ Arithmetic mean\n+\n+!!$ Calculate the maximum eigenvalue and put it here\n+\n+ call eigenproblem_leftright(handle, &\n+ half * (rho (i) + rho (i+1)), &\n+ half * (velx1 (i) + velx1 (i+1)), &\n+ half * (vely1 (i) + vely1 (i+1)), &\n+ half * (velz1 (i) + velz1 (i+1)), &\n+ half * (eps (i) + eps (i+1)), &\n+ half * (w_lorentz(i) + w_lorentz(i+1)), &\n+ half * (gxx (i) + gxx (i+1)), &\n+ half * (gxy (i) + gxy (i+1)), &\n+ half * (gxz (i) + gxz (i+1)), &\n+ half * (gyy (i) + gyy (i+1)), &\n+ half * (gyz (i) + gyz (i+1)), &\n+ half * (gzz (i) + gzz (i+1)), &\n+ half * (u (i) + u (i+1)), &\n+ half * (alp (i) + alp (i+1)), &\n+ half * (beta (i) + beta (i+1)), &\n+ lambda,&\n+ levec,&\n+ revec)\n+\n+ evals(i,:) = lambda\n+ levecs(i,:,:) = levec\n+ revecs(i,:,:) = revec\n+ \n+ end do\n+ \n+ do i = 3, nx - 3\n+\n+ alpha(1) = alpha1\n+ alpha(2) = alpha2\n+ alpha(3) = alpha3\n+ alpha(4) = alpha4\n+ alpha(5) = alpha5\n+ \n+ do ll = i - 2, i + 3\n+\n+!!$ Initialize the pointwise fluxes temporarily into the minus\n+\n+ call num_x_flux(dens(ll), sx(ll), sy(ll), sz(ll), tau(ll), &\n+ densfminus(ll), sxfminus(ll), syfminus(ll), szfminus(ll), &\n+ taufminus(ll), &\n+ velx1(ll), press(ll), det(ll), alp(ll), beta(ll))\n+\n+ densfminus(ll) = densfminus(ll) * alp(ll)\n+ sxfminus(ll) = sxfminus(ll) * alp(ll)\n+ syfminus(ll) = syfminus(ll) * alp(ll)\n+ szfminus(ll) = szfminus(ll) * alp(ll)\n+ taufminus(ll) = taufminus(ll) * alp(ll)\n+\n+ char_v1(ll) = levecs(i,1,1) * dens(ll) + &\n+ levecs(i,1,2) * sx(ll) + &\n+ levecs(i,1,3) * sy(ll) + &\n+ levecs(i,1,4) * sz(ll) + &\n+ levecs(i,1,5) * tau(ll)\n+ char_v2(ll) = levecs(i,2,1) * dens(ll) + &\n+ levecs(i,2,2) * sx(ll) + &\n+ levecs(i,2,3) * sy(ll) + &\n+ levecs(i,2,4) * sz(ll) + &\n+ levecs(i,2,5) * tau(ll)\n+ char_v3(ll) = levecs(i,3,1) * dens(ll) + &\n+ levecs(i,3,2) * sx(ll) + &\n+ levecs(i,3,3) * sy(ll) + &\n+ levecs(i,3,4) * sz(ll) + &\n+ levecs(i,3,5) * tau(ll)\n+ char_v4(ll) = levecs(i,4,1) * dens(ll) + &\n+ levecs(i,4,2) * sx(ll) + &\n+ levecs(i,4,3) * sy(ll) + &\n+ levecs(i,4,4) * sz(ll) + &\n+ levecs(i,4,5) * tau(ll)\n+ char_v5(ll) = levecs(i,5,1) * dens(ll) + &\n+ levecs(i,5,2) * sx(ll) + &\n+ levecs(i,5,3) * sy(ll) + &\n+ levecs(i,5,4) * sz(ll) + &\n+ levecs(i,5,5) * tau(ll)\n+ \n+ char_f1(ll) = levecs(i,1,1) * densfminus(ll) + &\n+ levecs(i,1,2) * sxfminus(ll) + &\n+ levecs(i,1,3) * syfminus(ll) + &\n+ levecs(i,1,4) * szfminus(ll) + &\n+ levecs(i,1,5) * taufminus(ll)\n+ char_f2(ll) = levecs(i,2,1) * densfminus(ll) + &\n+ levecs(i,2,2) * sxfminus(ll) + &\n+ levecs(i,2,3) * syfminus(ll) + &\n+ levecs(i,2,4) * szfminus(ll) + &\n+ levecs(i,2,5) * taufminus(ll)\n+ char_f3(ll) = levecs(i,3,1) * densfminus(ll) + &\n+ levecs(i,3,2) * sxfminus(ll) + &\n+ levecs(i,3,3) * syfminus(ll) + &\n+ levecs(i,3,4) * szfminus(ll) + &\n+ levecs(i,3,5) * taufminus(ll)\n+ char_f4(ll) = levecs(i,4,1) * densfminus(ll) + &\n+ levecs(i,4,2) * sxfminus(ll) + &\n+ levecs(i,4,3) * syfminus(ll) + &\n+ levecs(i,4,4) * szfminus(ll) + &\n+ levecs(i,4,5) * taufminus(ll)\n+ char_f5(ll) = levecs(i,5,1) * densfminus(ll) + &\n+ levecs(i,5,2) * sxfminus(ll) + &\n+ levecs(i,5,3) * syfminus(ll) + &\n+ levecs(i,5,4) * szfminus(ll) + &\n+ levecs(i,5,5) * taufminus(ll) \n+\n+!!$ Calculate the split\n+\n+ char_f1_plus(ll) = 0.5d0 * (char_f1(ll) + alpha(1) * char_v1(ll))\n+ char_f1_minus(ll) = 0.5d0 * (char_f1(ll) - alpha(1) * char_v1(ll))\n+ char_f2_plus(ll) = 0.5d0 * (char_f2(ll) + alpha(2) * char_v2(ll))\n+ char_f2_minus(ll) = 0.5d0 * (char_f2(ll) - alpha(2) * char_v2(ll))\n+ char_f3_plus(ll) = 0.5d0 * (char_f3(ll) + alpha(3) * char_v3(ll))\n+ char_f3_minus(ll) = 0.5d0 * (char_f3(ll) - alpha(3) * char_v3(ll))\n+ char_f4_plus(ll) = 0.5d0 * (char_f4(ll) + alpha(4) * char_v4(ll))\n+ char_f4_minus(ll) = 0.5d0 * (char_f4(ll) - alpha(4) * char_v4(ll))\n+ char_f5_plus(ll) = 0.5d0 * (char_f5(ll) + alpha(5) * char_v5(ll))\n+ char_f5_minus(ll) = 0.5d0 * (char_f5(ll) - alpha(5) * char_v5(ll))\n+\n+ end do\n+\n+!!$ Reconstruct the characteristic split fluxes\n+!!$ After reconstruction, combine to get the characteristic flux\n+\n+ call GRHydro_WENO5_Left(5_ik, char_f1_plus(i-2:i+2), tmp(i-2:i+2))\n+ char_f1(i) = tmp(i)\n+ call GRHydro_WENO5_Right(5_ik, char_f1_minus(i-1:i+3), &\n+ tmp(i-1:i+3))\n+ char_f1(i) = char_f1(i) + tmp(i+1)\n+ \n+ call GRHydro_WENO5_Left(5_ik, char_f2_plus(i-2:i+2), tmp(i-2:i+2))\n+ char_f2(i) = tmp(i)\n+ call GRHydro_WENO5_Right(5_ik, char_f2_minus(i-1:i+3), &\n+ tmp(i-1:i+3))\n+ char_f2(i) = char_f2(i) + tmp(i+1)\n+ \n+ call GRHydro_WENO5_Left(5_ik, char_f3_plus(i-2:i+2), tmp(i-2:i+2))\n+ char_f3(i) = tmp(i)\n+ call GRHydro_WENO5_Right(5_ik, char_f3_minus(i-1:i+3), &\n+ tmp(i-1:i+3))\n+ char_f3(i) = char_f3(i) + tmp(i+1)\n+ \n+ call GRHydro_WENO5_Left(5_ik, char_f4_plus(i-2:i+2), tmp(i-2:i+2))\n+ char_f4(i) = tmp(i)\n+ call GRHydro_WENO5_Right(5_ik, char_f4_minus(i-1:i+3), &\n+ tmp(i-1:i+3))\n+ char_f4(i) = char_f4(i) + tmp(i+1)\n+ \n+ call GRHydro_WENO5_Left(5_ik, char_f5_plus(i-2:i+2), tmp(i-2:i+2))\n+ char_f5(i) = tmp(i)\n+ call GRHydro_WENO5_Right(5_ik, char_f5_minus(i-1:i+3), &\n+ tmp(i-1:i+3))\n+ char_f5(i) = char_f5(i) + tmp(i+1)\n+\n+!!$ Compute physical fluxes\n+ \n+ densflux(i) = &\n+ revecs(i,1,1) * char_f1(i) + revecs(i,2,1) * char_f2(i) + &\n+ revecs(i,3,1) * char_f3(i) + revecs(i,4,1) * char_f4(i) + &\n+ revecs(i,5,1) * char_f5(i)\n+ sxflux(i) = &\n+ revecs(i,1,2) * char_f1(i) + revecs(i,2,2) * char_f2(i) + &\n+ revecs(i,3,2) * char_f3(i) + revecs(i,4,2) * char_f4(i) + &\n+ revecs(i,5,2) * char_f5(i)\n+ syflux(i) = &\n+ revecs(i,1,3) * char_f1(i) + revecs(i,2,3) * char_f2(i) + &\n+ revecs(i,3,3) * char_f3(i) + revecs(i,4,3) * char_f4(i) + &\n+ revecs(i,5,3) * char_f5(i)\n+ szflux(i) = &\n+ revecs(i,1,4) * char_f1(i) + revecs(i,2,4) * char_f2(i) + &\n+ revecs(i,3,4) * char_f3(i) + revecs(i,4,4) * char_f4(i) + &\n+ revecs(i,5,4) * char_f5(i)\n+ tauflux(i) = &\n+ revecs(i,1,5) * char_f1(i) + revecs(i,2,5) * char_f2(i) + &\n+ revecs(i,3,5) * char_f3(i) + revecs(i,4,5) * char_f4(i) + &\n+ revecs(i,5,5) * char_f5(i)\n+\n+!!$ if (abs(i-200) < 5) then\n+!!$ write(*,*) i, 'alpha',alpha1,alpha2,alpha3,alpha4,alpha5\n+!!$ write(*,*) i, 'var',dens(i), sx(i), tau(i)\n+!!$ write(*,*) i, 'f',densflux(i),sxflux(i),tauflux(i)\n+!!$ end if\n+ \n+ end do\n+\n+ deallocate(evals, levecs, revecs, tmp)\n+\n+end subroutine GRHydro_SplitFlux_1D\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_WENO5_Left\n+ @date Wed Mar 3 22:57:54 2004\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Upwind biased WENO5.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_WENO5_Left(nx, v, vminus)\n+\n+ implicit none\n+\n+ CCTK_INT :: i, nx\n+ CCTK_REAL, dimension(nx) :: v, vminus\n+ CCTK_REAL :: one, two, three, four, five, six, seven, &\n+ ten, eleven, twelve, thirteen, &\n+ ThirteenByTwelve, Quarter\n+ parameter (one = 1)\n+ parameter (two = 2)\n+ parameter (three = 3)\n+ parameter (four = 4)\n+ parameter (five = 5)\n+ parameter (six = 6)\n+ parameter (seven = 7)\n+ parameter (ten = 10)\n+ parameter (eleven = 11)\n+ parameter (twelve = 12)\n+ parameter (thirteen = 13)\n+ parameter (ThirteenByTwelve = thirteen / twelve)\n+ parameter (Quarter = one / four)\n+ CCTK_REAL :: d0, d1, d2\n+ parameter (d0 = three / ten)\n+ parameter (d1 = six / ten)\n+ parameter (d2 = one / ten)\n+ CCTK_REAL :: c00,c01,c02,c10,c11,c12,c20,c21,c22\n+ parameter (c00 = two / six)\n+ parameter (c01 = five / six)\n+ parameter (c02 = -one / six)\n+ parameter (c10 = -one / six)\n+ parameter (c11 = five / six)\n+ parameter (c12 = two / six)\n+ parameter (c20 = two / six)\n+ parameter (c21 = -seven / six)\n+ parameter (c22 = eleven / six)\n+\n+ CCTK_REAL :: beta0, beta1, beta2\n+ CCTK_REAL :: epsilon\n+ CCTK_REAL :: alpha0, alpha1, alpha2, alphasum\n+ CCTK_REAL :: w0, w1, w2\n+ CCTK_REAL :: v0plushalf, v1plushalf, v2plushalf\n+\n+ epsilon = 1.d-6\n+\n+ do i = 3, nx-2\n+\n+ beta0 = ThirteenByTwelve * (v(i ) - two * v(i+1) + v(i+2))**2 + &\n+ Quarter * (three * v(i ) - four * v(i+1) + v(i+2))**2\n+ beta1 = ThirteenByTwelve * (v(i-1) - two * v(i ) + v(i+1))**2 + &\n+ Quarter * ( v(i-1) - v(i+1))**2\n+ beta2 = ThirteenByTwelve * (v(i-2) - two * v(i-1) + v(i ))**2 + &\n+ Quarter * ( v(i-2) - four * v(i-1) + three * v(i ))**2\n+ \n+ alpha0 = d0 / (epsilon + beta0)**2\n+ alpha1 = d1 / (epsilon + beta1)**2\n+ alpha2 = d2 / (epsilon + beta2)**2\n+ \n+ alphasum = alpha0 + alpha1 + alpha2\n+ \n+ w0 = alpha0 / alphasum\n+ w1 = alpha1 / alphasum\n+ w2 = alpha2 / alphasum\n+ \n+ v0plushalf = c00 * v(i ) + c01 * v(i+1) + c02 * v(i+2)\n+ v1plushalf = c10 * v(i-1) + c11 * v(i ) + c12 * v(i+1)\n+ v2plushalf = c20 * v(i-2) + c21 * v(i-1) + c22 * v(i )\n+ \n+ vminus(i) = w0 * v0plushalf + &\n+ w1 * v1plushalf + &\n+ w2 * v2plushalf\n+ \n+ end do\n+ \n+end subroutine GRHydro_WENO5_Left\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_WENO5_Right\n+ @date Wed Mar 3 22:58:10 2004\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Downwind biased WENO5.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_WENO5_Right(nx, v, vplus)\n+\n+ implicit none\n+\n+ CCTK_INT :: i, nx\n+ CCTK_REAL, dimension(nx) :: v, vplus\n+ CCTK_REAL :: one, two, three, four, five, six, seven, &\n+ ten, eleven, twelve, thirteen, &\n+ ThirteenByTwelve, Quarter\n+ parameter (one = 1)\n+ parameter (two = 2)\n+ parameter (three = 3)\n+ parameter (four = 4)\n+ parameter (five = 5)\n+ parameter (six = 6)\n+ parameter (seven = 7)\n+ parameter (ten = 10)\n+ parameter (eleven = 11)\n+ parameter (twelve = 12)\n+ parameter (thirteen = 13)\n+ parameter (ThirteenByTwelve = thirteen / twelve)\n+ parameter (Quarter = one / four)\n+ CCTK_REAL :: dtilde0, dtilde1, dtilde2\n+ parameter (dtilde0 = one / ten)\n+ parameter (dtilde1 = six / ten)\n+ parameter (dtilde2 = three / ten)\n+ CCTK_REAL :: ctilde00,ctilde01,ctilde02,ctilde10,ctilde11,&\n+ ctilde12,ctilde20,ctilde21,ctilde22\n+ parameter (ctilde00 = eleven / six)\n+ parameter (ctilde01 = -seven / six)\n+ parameter (ctilde02 = two / six)\n+ parameter (ctilde10 = two / six)\n+ parameter (ctilde11 = five / six)\n+ parameter (ctilde12 = -one / six)\n+ parameter (ctilde20 = -one / six)\n+ parameter (ctilde21 = five / six)\n+ parameter (ctilde22 = two / six)\n+\n+ CCTK_REAL :: betatilde0, betatilde1, betatilde2\n+ CCTK_REAL :: epsilon\n+ CCTK_REAL :: alphatilde0, alphatilde1, alphatilde2, alphatildesum\n+ CCTK_REAL :: wtilde0, wtilde1, wtilde2\n+ CCTK_REAL :: v0minushalf, v1minushalf, v2minushalf\n+\n+ epsilon = 1.d-6\n+\n+ do i = 3, nx-2\n+\n+ betatilde0 = ThirteenByTwelve * (v(i ) - two * v(i+1) + v(i+2))**2 + &\n+ Quarter * (three * v(i ) - four * v(i+1) + v(i+2))**2\n+ betatilde1 = ThirteenByTwelve * (v(i-1) - two * v(i ) + v(i+1))**2 + &\n+ Quarter * ( v(i-1) - v(i+1))**2\n+ betatilde2 = ThirteenByTwelve * (v(i-2) - two * v(i-1) + v(i ))**2 + &\n+ Quarter * ( v(i-2) - four * v(i-1) + three * v(i ))**2\n+ \n+ alphatilde0 = dtilde0 / (epsilon + betatilde0)**2\n+ alphatilde1 = dtilde1 / (epsilon + betatilde1)**2\n+ alphatilde2 = dtilde2 / (epsilon + betatilde2)**2\n+ \n+ alphatildesum = alphatilde0 + alphatilde1 + alphatilde2\n+ \n+ wtilde0 = alphatilde0 / alphatildesum\n+ wtilde1 = alphatilde1 / alphatildesum\n+ wtilde2 = alphatilde2 / alphatildesum\n+ \n+ v0minushalf = ctilde00 * v(i ) + ctilde01 * v(i+1) + ctilde02 * v(i+2)\n+ v1minushalf = ctilde10 * v(i-1) + ctilde11 * v(i ) + ctilde12 * v(i+1)\n+ v2minushalf = ctilde20 * v(i-2) + ctilde21 * v(i-1) + ctilde22 * v(i )\n+ \n+ vplus(i) = wtilde0 * v0minushalf + &\n+ wtilde1 * v1minushalf + &\n+ wtilde2 * v2minushalf\n+ \n+ end do\n+ \n+end subroutine GRHydro_WENO5_Right"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr14
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_HLLEM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#14)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 14,
"issue_title": "Add missing GRHydro_HLLEM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_HLLEM.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 14,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_HLLEM.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_HLLEM.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-14",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_HLLEM.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_HLLEM.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_HLLEM.F90\n@@ -0,0 +1,823 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_HLLEPolyM.F90\n+ @date Aug 30, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke, Pedro Montero, Toni Font\n+ @desc \n+ The HLLE solver. Called from the wrapper function, so works in \n+ all directions.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+ \n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+#include \"GRHydro_Macros.h\"\n+#include \"SpaceMask.h\"\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_HLLEM\n+ @date Aug 30, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke, Pedro Montero, Toni Font\n+ @desc \n+ The HLLE solver. Sufficiently simple that its just one big routine.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ Altered from Cactus 3 routines originally written by Toni Font.\n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_HLLEM(CCTK_ARGUMENTS)\n+ USE GRHydro_EigenproblemM\n+ USE GRHydro_Scalars\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+ \n+ CCTK_INT, parameter :: izero = 0\n+ integer, parameter :: ik = kind(izero)\n+\n+ integer :: i, j, k, m\n+ CCTK_REAL, dimension(8) :: cons_p,cons_m,fplus,fminus,f1,qdiff\n+ CCTK_REAL, dimension(10) :: prim_p, prim_m\n+ CCTK_REAL, dimension(5) :: lamminus,lamplus\n+ CCTK_REAL :: charmin, charmax, charpm,chartop,avg_alp,avg_det, sdet\n+ CCTK_REAL, dimension(3,3) :: gh, uh\n+ CCTK_REAL :: usendh\n+ CCTK_REAL :: rhoenth_p, rhoenth_m\n+ CCTK_REAL, dimension(3) :: avg_beta\n+ CCTK_REAL, dimension(3) :: vtp,vtm,blowp,blowm,Bveclowp,Bveclowm\n+ CCTK_REAL, dimension(3) :: vellowp,vellowm\n+ CCTK_REAL :: ab0p,ab0m,b2p,b2m,bdotvp,bdotvm\n+ CCTK_REAL :: wp,wm,v2p,v2m\n+ CCTK_REAL :: pressstarp,pressstarm\n+\n+ CCTK_REAL :: entropyconsp,entropyconsm,entropyp,entropym,entropyf,entropydiff,entropyfp,entropyfm\n+\n+ CCTK_REAL :: psidcp, psidcm, psidcf, psidcdiff, psidcfp, psidcfm\n+ CCTK_REAL :: charmax_dc, charmin_dc, charpm_dc \n+ \n+ CCTK_INT :: type_bits, trivial\n+ CCTK_REAL :: xtemp\n+\n+ integer :: ix,iy,iz\n+\n+ ! save memory when MP is not used\n+ CCTK_INT :: GRHydro_UseGeneralCoordinates\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: g11, g12, g13, g22, g23, g33\n+ pointer (pg11,g11), (pg12,g12), (pg13,g13), (pg22,g22), (pg23,g23), (pg33,g33)\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: beta1, beta2, beta3\n+ pointer (pbeta1,beta1), (pbeta2,beta2), (pbeta3,beta3)\n+\n+ if (GRHydro_UseGeneralCoordinates(cctkGH).ne.0) then\n+ pg11 = loc(gaa)\n+ pg12 = loc(gab)\n+ pg13 = loc(gac)\n+ pg22 = loc(gbb)\n+ pg23 = loc(gbc)\n+ pg33 = loc(gcc)\n+ pbeta1 = loc(betaa)\n+ pbeta2 = loc(betab)\n+ pbeta3 = loc(betac)\n+ else\n+ pg11 = loc(gxx)\n+ pg12 = loc(gxy)\n+ pg13 = loc(gxz)\n+ pg22 = loc(gyy)\n+ pg23 = loc(gyz)\n+ pg33 = loc(gzz)\n+ pbeta1 = loc(betax)\n+ pbeta2 = loc(betay)\n+ pbeta3 = loc(betaz)\n+ end if\n+#define gxx faulty_gxx\n+#define gxy faulty_gxy\n+#define gxz faulty_gxz\n+#define gyy faulty_gyy\n+#define gyz faulty_gyz\n+#define gzz faulty_gzz\n+#define betax faulty_betax\n+#define betay faulty_betay\n+#define betaz faulty_betaz\n+#define vel faulty_vel\n+#define Bvec faulty_Bvec\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemX\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemX\", &\n+ &\"trivial\")\n+ ix = 1 ; iy = 2 ; iz = 3\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemY\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemY\", &\n+ &\"trivial\")\n+ ix = 2 ; iy = 3 ; iz = 1\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemZ\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemZ\", &\n+ &\"trivial\")\n+ ix = 3 ; iy = 1 ; iz = 2\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+ ! constraint transport needs to be able to average fluxes in the directions\n+ ! other that flux_direction\n+\n+ !$OMP PARALLEL PRIVATE(k,j,i,f1,lamminus,lamplus,cons_p,cons_m,fplus,fminus,qdiff,psidcf,psidcp,psidcm,prim_p,prim_m,&\n+ !$OMP avg_beta,avg_alp,&\n+ !$OMP gh,avg_det,sdet,uh,&\n+ !$OMP vtp,vtm,vellowp,vellowm,Bveclowp,Bveclowm,&\n+ !$OMP bdotvp,bdotvm,b2p,b2m,v2p,v2m,wp,wm,&\n+ !$OMP blowp,blowm,&\n+ !$OMP rhoenth_p,rhoenth_m,ab0p,ab0m,pressstarp,pressstarm,&\n+ !$OMP usendh,psidcdiff,psidcfp,psidcfm,charmin,charmax,chartop,charpm,&\n+ !$OMP charmin_dc,charmax_dc,charpm_dc,m,xtemp,&\n+ !$OMP entropyconsp,entropyconsm,entropyp,entropym,entropyf,entropydiff,entropyfp,entropyfm)\n+ ! avoid compiler warnings\n+ psidcf = 0d0\n+ psidcp = 0.d0\n+ psidcm = 0d0\n+ psidcfp = 0d0\n+ psidcfm = 0d0\n+\n+ entropyf = 0d0\n+ entropyfp = 0d0\n+ entropyfm = 0d0\n+ entropyconsm = 0d0\n+ entropyconsp = 0d0\n+ !$OMP DO\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil + transport_constraints*(1-zoffset)\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil + transport_constraints*(1-yoffset)\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil + transport_constraints*(1-xoffset)\n+ \n+ f1 = 0.d0\n+ lamminus = 0.d0\n+ lamplus = 0.d0\n+ cons_p = 0.d0\n+ cons_m = 0.d0\n+ fplus = 0.d0\n+ fminus = 0.d0\n+ qdiff = 0.d0\n+\n+!!$ Set the left (p for plus) and right (m_i for minus, i+1) states\n+ \n+ cons_p(1) = densplus(i,j,k) \n+ cons_p(2) = sxplus(i,j,k)\n+ cons_p(3) = syplus(i,j,k)\n+ cons_p(4) = szplus(i,j,k)\n+ cons_p(5) = tauplus(i,j,k)\n+ cons_p(6) = Bconsxplus(i,j,k)\n+ cons_p(7) = Bconsyplus(i,j,k)\n+ cons_p(8) = Bconszplus(i,j,k)\n+ \n+ cons_m(1) = densminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ cons_m(2) = sxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ cons_m(3) = syminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ cons_m(4) = szminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ cons_m(5) = tauminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ cons_m(6) = Bconsxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ cons_m(7) = Bconsyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ cons_m(8) = Bconszminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+\n+ prim_p(1) = rhoplus(i,j,k) \n+ prim_p(2) = velxplus(i,j,k)\n+ prim_p(3) = velyplus(i,j,k) \n+ prim_p(4) = velzplus(i,j,k)\n+ prim_p(5) = epsplus(i,j,k)\n+ prim_p(6) = pressplus(i,j,k)\n+ prim_p(7) = w_lorentzplus(i,j,k)\n+ prim_p(8) = Bvecxplus(i,j,k)\n+ prim_p(9) = Bvecyplus(i,j,k) \n+ prim_p(10) = Bveczplus(i,j,k)\n+ \n+ prim_m(1) = rhominus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(2) = velxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(3) = velyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(4) = velzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(5) = epsminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(6) = pressminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(7) = w_lorentzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(8) = Bvecxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(9) = Bvecyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(10)= Bveczminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ \n+ if(clean_divergence.ne.0) then\n+ psidcp = psidcplus(i,j,k)\n+ psidcm = psidcminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ endif\n+\n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropyp = entropyplus(i,j,k)\n+ entropym = entropyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ entropyconsp = entropyconsplus(i,j,k)\n+ entropyconsm = entropyconsminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ endif\n+\n+!!$ Calculate various metric terms here.\n+!!$ Note also need the average of the lapse at the \n+!!$ left and right points.\n+!!$ \n+!!$ In MHD, we need all three shift components regardless of the flux direction\n+\n+ avg_beta(1) = 0.5d0 * (beta1(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta1(i,j,k))\n+ avg_beta(2) = 0.5d0 * (beta2(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta2(i,j,k))\n+ avg_beta(3) = 0.5d0 * (beta3(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta3(i,j,k))\n+\n+ avg_alp = 0.5 * (alp(i,j,k) + alp(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset))\n+ \n+ gh(1,1) = 0.5d0 * (g11(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g11(i,j,k))\n+ gh(1,2) = 0.5d0 * (g12(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g12(i,j,k))\n+ gh(1,3) = 0.5d0 * (g13(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g13(i,j,k))\n+ gh(2,2) = 0.5d0 * (g22(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g22(i,j,k))\n+ gh(2,3) = 0.5d0 * (g23(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g23(i,j,k))\n+ gh(3,3) = 0.5d0 * (g33(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g33(i,j,k))\n+ gh(2,1) = gh(1,2) ; gh(3,1) = gh(1,3) ; gh(3,2) = gh(2,3)\n+\n+ avg_det = SPATIAL_DETERMINANT(gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3))\n+ sdet = sqrt(avg_det)\n+\n+ call UpperMetric(uh(1,1), uh(1,2), uh(1,3), uh(2,2), uh(2,3), uh(3,3), &\n+ avg_det,gh(1,1), gh(1,2), gh(1,3), &\n+ gh(2,2), gh(2,3), gh(3,3))\n+ uh(2,1) = uh(1,2) ; uh(3,1) = uh(1,3) ; uh(3,2) = uh(2,3)\n+ \n+\n+ vtp(1) = prim_p(2)-avg_beta(1)/avg_alp\n+ vtp(2) = prim_p(3)-avg_beta(2)/avg_alp\n+ vtp(3) = prim_p(4)-avg_beta(3)/avg_alp\n+ vtm(1) = prim_m(2)-avg_beta(1)/avg_alp\n+ vtm(2) = prim_m(3)-avg_beta(2)/avg_alp\n+ vtm(3) = prim_m(4)-avg_beta(3)/avg_alp\n+\n+ call calc_vlow_blow(gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3), &\n+ prim_p(2),prim_p(3),prim_p(4),prim_p(8),prim_p(9),prim_p(10), &\n+ vellowp(1),vellowp(2),vellowp(3),Bveclowp(1),Bveclowp(2),Bveclowp(3), &\n+ bdotvp,b2p,v2p,wp,blowp(1),blowp(2),blowp(3))\n+ call calc_vlow_blow(gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3), &\n+ prim_m(2),prim_m(3),prim_m(4),prim_m(8),prim_m(9),prim_m(10), &\n+ vellowm(1),vellowm(2),vellowm(3),Bveclowm(1),Bveclowm(2),Bveclowm(3), &\n+ bdotvm,b2m,v2m,wm,blowm(1),blowm(2),blowm(3))\n+\n+ rhoenth_p = prim_p(1)*(1.d0+prim_p(5))+prim_p(6)\n+ rhoenth_m = prim_m(1)*(1.d0+prim_m(5))+prim_m(6)\n+ \n+ ab0p = wp*bdotvp\n+ ab0m = wm*bdotvm\n+\n+!!$ p^* = p+b^2/2 in Anton et al.\n+ pressstarp = prim_p(6)+0.5d0*b2p\n+ pressstarm = prim_m(6)+0.5d0*b2m \n+\n+\n+!!$ If the Riemann problem is trivial, just calculate the fluxes from the \n+!!$ left state and skip to the next cell\n+ \n+ if (SpaceMask_CheckStateBitsF90(space_mask, i, j, k, type_bits, trivial)) then\n+ \n+!!$ we now pass in the B-field as conserved and flux, the vtilde's instead of v's,\n+!!$ pressstar instead of P, b_i, alp b^0, w, metric determinant, \n+!!$ alp, and beta in the flux dir\n+\n+ call num_x_fluxM(cons_p(1),cons_p(1+ix),cons_p(1+iy),cons_p(1+iz),&\n+ cons_p(5),cons_p(5+ix),cons_p(5+iy),cons_p(5+iz),&\n+ f1(1),f1(1+ix),f1(1+iy),f1(1+iz),f1(5),f1(5+ix),f1(5+iy),&\n+ f1(5+iz),&\n+ vtp(ix),vtp(iy),vtp(iz),pressstarp,blowp(ix),blowp(iy),&\n+ blowp(iz),ab0p,wp, &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ if(clean_divergence.ne.0) then\n+ f1(6)=f1(6) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,1)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(1)/avg_alp\n+ f1(7)=f1(7) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,2)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(2)/avg_alp\n+ f1(8)=f1(8) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,3)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(3)/avg_alp\n+ psidcf = cons_p(5+flux_direction)/sdet-psidcp*avg_beta(flux_direction)/avg_alp\n+ endif\n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropyf = entropyconsp*vtp(flux_direction)\n+ endif\n+ \n+ else !!! The end of this branch is right at the bottom of the routine\n+ \n+ usendh = uh(flux_direction,flux_direction)\n+ \n+!!$ Calculate the jumps in the conserved variables\n+ \n+ qdiff = cons_m - cons_p\n+\n+ if (clean_divergence.ne.0) then\n+ psidcdiff = psidcm - psidcp\n+ endif\n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropydiff = entropyconsm - entropyconsp\n+ endif\n+\n+!!$ Eigenvalues and fluxes either side of the cell interface\n+ \n+ if(evolve_temper.ne.1) then\n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_m(1),prim_m(1+ix),prim_m(1+iy),prim_m(1+iz),prim_m(5),prim_m(6),prim_m(7), &\n+ prim_m(7+ix),prim_m(7+iy),prim_m(7+iz),&\n+ lamminus,gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3),&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_p(1),prim_p(1+ix),prim_p(1+iy),prim_p(1+iz),prim_p(5),prim_p(6),prim_p(7), &\n+ prim_p(7+ix),prim_p(7+iy),prim_p(7+iz),&\n+ lamplus,gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3),&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ else\n+ xtemp = temperature(i,j,k)\n+ call eigenvaluesM_hot(GRHydro_eos_handle,&\n+ int(i,ik),int(j,ik),int(k,ik),&\n+ prim_m(1),prim_m(1+ix),prim_m(1+iy),prim_m(1+iz),prim_m(5),prim_m(6),prim_m(7), &\n+ prim_m(7+ix),prim_m(7+iy),prim_m(7+iz),&\n+ xtemp,y_e_minus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset),&\n+ lamminus,gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3),&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ xtemp = temperature(i,j,k)\n+ call eigenvaluesM_hot(GRHydro_eos_handle,&\n+ int(i,ik),int(j,ik),int(k,ik),&\n+ prim_p(1),prim_p(1+ix),prim_p(1+iy),prim_p(1+iz),prim_p(5),prim_p(6),prim_p(7), &\n+ prim_p(7+ix),prim_p(7+iy),prim_p(7+iz),&\n+ xtemp,y_e_plus(i,j,k),&\n+ lamplus,gh(1,1),gh(1,2),gh(1,3),gh(2,2),gh(2,3),gh(3,3),&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ endif \n+\n+ call num_x_fluxM(cons_p(1),cons_p(1+ix),cons_p(1+iy),cons_p(1+iz),&\n+ cons_p(5),&\n+ cons_p(5+ix),cons_p(5+iy),cons_p(5+iz),&\n+ fplus(1),fplus(1+ix),fplus(1+iy),fplus(1+iz),fplus(5),&\n+ fplus(5+ix),fplus(5+iy),fplus(5+iz),&\n+ vtp(ix),vtp(iy),vtp(iz),pressstarp,blowp(ix),blowp(iy),&\n+ blowp(iz),ab0p,wp, &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+ call num_x_fluxM(cons_m(1),cons_m(1+ix),cons_m(1+iy),cons_m(1+iz),&\n+ cons_m(5),&\n+ cons_m(5+ix),cons_m(5+iy),cons_m(5+iz),&\n+ fminus(1),fminus(1+ix),fminus(1+iy),fminus(1+iz),fminus(5),&\n+ fminus(5+ix),fminus(5+iy),fminus(5+iz),&\n+ vtm(ix),vtm(iy),vtm(iz),pressstarm,blowm(ix),blowm(iy),&\n+ blowm(iz),ab0m,wm, &\n+ avg_det,avg_alp,avg_beta(flux_direction))\n+\n+ if(clean_divergence.ne.0) then\n+ fminus(6)=fminus(6) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,1)*psidcm - cons_m(5+flux_direction)*avg_beta(1)/avg_alp\n+ fminus(7)=fminus(7) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,2)*psidcm - cons_m(5+flux_direction)*avg_beta(2)/avg_alp\n+ fminus(8)=fminus(8) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,3)*psidcm - cons_m(5+flux_direction)*avg_beta(3)/avg_alp\n+ fplus(6)=fplus(6) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,1)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(1)/avg_alp\n+ fplus(7)=fplus(7) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,2)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(2)/avg_alp\n+ fplus(8)=fplus(8) + 1.0d0*sdet*uh(flux_direction,3)*psidcp - cons_p(5+flux_direction)*avg_beta(3)/avg_alp\n+ psidcfp = cons_p(5+flux_direction)/sdet-avg_beta(flux_direction)*psidcp/avg_alp\n+ psidcfm = cons_m(5+flux_direction)/sdet-avg_beta(flux_direction)*psidcm/avg_alp\n+ endif\n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropyfp = entropyconsp*vtp(flux_direction)\n+ entropyfm = entropyconsm*vtm(flux_direction)\n+ endif\n+\n+!!$ Find minimum and maximum wavespeeds\n+ \n+ charmin = min(0.d0, lamplus(1), lamplus(2), lamplus(3), &\n+ lamplus(4),lamplus(5), lamminus(1),lamminus(2),lamminus(3),&\n+ lamminus(4),lamminus(5)) \n+ \n+ charmax = max(0.d0, lamplus(1), lamplus(2), lamplus(3), &\n+ lamplus(4),lamplus(5), lamminus(1),lamminus(2),lamminus(3),&\n+ lamminus(4),lamminus(5))\n+\n+ chartop = max(-charmin,charmax)\n+ \n+ charpm = charmax - charmin\n+\n+!!$ Calculate flux by standard formula\n+ \n+ do m = 1,8 \n+ \n+ qdiff(m) = cons_m(m) - cons_p(m)\n+ \n+ if (HLLE) then\n+ f1(m) = (charmax * fplus(m) - charmin * fminus(m) + &\n+ charmax * charmin * qdiff(m)) / charpm\n+ else if (LLF) then\n+ f1(m) = 0.5d0 * (fplus(m) + fminus(m) - chartop * qdiff(m)) \n+ end if \n+ \n+ end do\n+\n+ if(clean_divergence.ne.0) then\n+\n+ psidcdiff = psidcm - psidcp\n+ select case(whichpsidcspeed)\n+ case(0)\n+ if (HLLE) then\n+ psidcf = (charmax * psidcfp - charmin * psidcfm + &\n+ charmax * charmin * psidcdiff) / charpm\n+ else if (LLF) then\n+ psidcf = 0.5d0 * (psidcfp + psidcfm - chartop * psidcdiff)\n+ end if\n+ case(1)\n+ !!$ Wavespeeds for psidc are +/-c, not Fast Magnetosonic?\n+ !!$ psidcf = 0.5d0 * (1.d0 * psidcfp - (-1.d0) * psidcfm + &\n+ !!$ 1.d0 * (-1.d0) * psidcdiff) \n+\n+ !!$ The fastest speed for psidc comes from the condition\n+ !!$ that the normal vector to the characteristic hypersurface\n+ !!$ be spacelike (Eq. 60 of Anton et al.)\n+\n+ charmax_dc = sqrt(usendh) - avg_beta(flux_direction)/avg_alp\n+ charmin_dc = -1.d0*sqrt(usendh) - avg_beta(flux_direction)/avg_alp\n+ charpm_dc = charmax_dc - charmin_dc\n+\n+ psidcf = (charmax_dc * psidcfp - charmin_dc * psidcfm + &\n+ charmax_dc * charmin_dc * psidcdiff) / charpm_dc\n+\n+ if(decouple_normal_Bfield .ne. 0) then ! same expression for HLLE and LLF\n+ !!$ B^i field decouples from the others and has same propagation\n+ !!$ speed as divergence -null direction, \n+ !!$ \\pm sqrt(g^{xx}} - beta^x/alpha\n+ f1(5+flux_direction) = (charmax_dc * fplus(5+flux_direction) &\n+ - charmin_dc * fminus(5+flux_direction) + &\n+ charmax_dc * charmin_dc * qdiff(5+flux_direction)) / charpm_dc\n+ end if\n+ case(2)\n+ charmax = setcharmax\n+ charmin = setcharmin\n+ if (HLLE) then\n+ psidcf = (charmax * psidcfp - charmin * psidcfm + &\n+ charmax * charmin * psidcdiff) / charpm\n+ else if (LLF) then\n+ chartop = max(-charmin,charmax)\n+ psidcf = 0.5d0 * (psidcfp + psidcfm - chartop * psidcdiff)\n+ end if\n+ end select\n+ endif\n+ \n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropydiff = entropyconsm - entropyconsp\n+ if (HLLE) then\n+ entropyf = (charmax * entropyfp - charmin * entropyfm + &\n+ charmax * charmin * entropydiff) / charpm\n+ else if (LLF) then\n+ entropyf = 0.5d0 * (entropyfp + entropyfm - chartop * entropydiff) \n+ end if \n+ endif\n+ \n+ \n+\n+ end if !!! The end of the SpaceMask check for a trivial RP.\n+ \n+ densflux(i, j, k) = f1(1)\n+ sxflux(i, j, k) = f1(2)\n+ syflux(i, j, k) = f1(3)\n+ szflux(i, j, k) = f1(4)\n+ tauflux(i, j, k) = f1(5)\n+\n+ Bconsxflux(i, j, k) = f1(6)\n+ Bconsyflux(i, j, k) = f1(7)\n+ Bconszflux(i, j, k) = f1(8)\n+\n+ if(clean_divergence.ne.0) then\n+ psidcflux(i,j,k) = psidcf\n+ endif\n+\n+ if(evolve_entropy.ne.0) then\n+ entropyflux(i,j,k) = entropyf\n+ endif\n+\n+ if(evolve_Y_e.ne.0) then\n+ if (densflux(i, j, k) > 0.d0) then\n+ Y_e_con_flux(i, j, k) = &\n+ Y_e_plus(i, j, k) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+ else\n+ Y_e_con_flux(i, j, k) = &\n+ Y_e_minus(i + xoffset, j + yoffset, k + zoffset) * &\n+ densflux(i, j, k)\n+ endif\n+ endif\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END DO\n+ !$OMP END PARALLEL\n+#undef faulty_gxx\n+#undef faulty_gxy\n+#undef faulty_gxz\n+#undef faulty_gyy\n+#undef faulty_gyz\n+#undef faulty_gzz\n+#undef faulty_betax\n+#undef faulty_betay\n+#undef faulty_betaz\n+#undef faulty_vel\n+#undef faulty_Bvec\n+ \n+end subroutine GRHydro_HLLEM\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_HLLE_TracerM\n+ @date Aug 30, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke\n+ @desc \n+ HLLE just for the tracer.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_HLLE_TracerM(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ USE GRHydro_EigenproblemM\n+\n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+ \n+ integer :: i, j, k, m\n+ CCTK_REAL, dimension(number_of_tracers) :: cons_p,cons_m,fplus,fminus,f1\n+ CCTK_REAL, dimension(5) :: lamminus,lamplus\n+ CCTK_REAL, dimension(number_of_tracers) :: qdiff\n+ CCTK_REAL, dimension(7) :: prim_p, prim_m\n+ CCTK_REAL, dimension(3) :: mag_p, mag_m\n+ CCTK_REAL :: charmin, charmax, charpm,avg_alp,avg_det\n+ CCTK_REAL :: gxxh, gxyh, gxzh, gyyh, gyzh, gzzh, uxxh, uxyh, &\n+ uxzh, uyyh, uyzh, uzzh, avg_beta, usendh\n+ CCTK_REAL :: b2p,b2m\n+ \n+ CCTK_INT :: type_bits, trivial\n+\n+ ! save memory when MP is not used\n+ CCTK_INT :: GRHydro_UseGeneralCoordinates\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: g11, g12, g13, g22, g23, g33\n+ pointer (pg11,g11), (pg12,g12), (pg13,g13), (pg22,g22), (pg23,g23), (pg33,g33)\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: beta1, beta2, beta3\n+ pointer (pbeta1,beta1), (pbeta2,beta2), (pbeta3,beta3)\n+\n+ if (GRHydro_UseGeneralCoordinates(cctkGH).ne.0) then\n+ pg11 = loc(gaa)\n+ pg12 = loc(gab)\n+ pg13 = loc(gac)\n+ pg22 = loc(gbb)\n+ pg23 = loc(gbc)\n+ pg33 = loc(gcc)\n+ pbeta1 = loc(betaa)\n+ pbeta2 = loc(betab)\n+ pbeta3 = loc(betac)\n+ else\n+ pg11 = loc(gxx)\n+ pg12 = loc(gxy)\n+ pg13 = loc(gxz)\n+ pg22 = loc(gyy)\n+ pg23 = loc(gyz)\n+ pg33 = loc(gzz)\n+ pbeta1 = loc(betax)\n+ pbeta2 = loc(betay)\n+ pbeta3 = loc(betaz)\n+ end if\n+#define gxx faulty_gxx\n+#define gxy faulty_gxy\n+#define gxz faulty_gxz\n+#define gyy faulty_gyy\n+#define gyz faulty_gyz\n+#define gzz faulty_gzz\n+#define betax faulty_betax\n+#define betay faulty_betay\n+#define betaz faulty_betaz\n+#define vel faulty_vel\n+#define Bvec faulty_Bvec\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemX\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemX\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemY\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemY\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bits, \"Hydro_RiemannProblemZ\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivial, \"Hydro_RiemannProblemZ\", &\n+ &\"trivial\")\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+ do k = GRHydro_stencil, cctk_lsh(3) - GRHydro_stencil\n+ do j = GRHydro_stencil, cctk_lsh(2) - GRHydro_stencil\n+ do i = GRHydro_stencil, cctk_lsh(1) - GRHydro_stencil\n+ \n+ f1 = 0.d0\n+ lamminus = 0.d0\n+ lamplus = 0.d0\n+ cons_p = 0.d0\n+ cons_m = 0.d0\n+ mag_p = 0.d0\n+ mag_m = 0.d0\n+ fplus = 0.d0\n+ fminus = 0.d0\n+ qdiff = 0.d0\n+ \n+!!$ Set the left (p for plus) and right (m_i for minus, i+1) states\n+ \n+ cons_p(:) = cons_tracerplus(i,j,k,:) \n+ cons_m(:) = cons_tracerminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset,:)\n+ \n+ mag_p(1) = Bvecxplus(i,j,k)\n+ mag_p(2) = Bvecyplus(i,j,k)\n+ mag_p(3) = Bveczplus(i,j,k)\n+\n+ mag_m(1) = Bvecxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ mag_m(2) = Bvecyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ mag_m(3) = Bveczminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+\n+ prim_p(1) = rhoplus(i,j,k) \n+ prim_p(2) = velxplus(i,j,k)\n+ prim_p(3) = velyplus(i,j,k) \n+ prim_p(4) = velzplus(i,j,k)\n+ prim_p(5) = epsplus(i,j,k)\n+ prim_p(6) = pressplus(i,j,k)\n+ prim_p(7) = w_lorentzplus(i,j,k)\n+ \n+ prim_m(1) = rhominus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(2) = velxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(3) = velyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(4) = velzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset)\n+ prim_m(5) = epsminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(6) = pressminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ prim_m(7) = w_lorentzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) \n+ \n+!!$ Calculate various metric terms here.\n+!!$ Note also need the average of the lapse at the \n+!!$ left and right points.\n+\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ avg_beta = 0.5d0 * (beta1(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta1(i,j,k))\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ avg_beta = 0.5d0 * (beta2(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta2(i,j,k))\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ avg_beta = 0.5d0 * (beta3(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + &\n+ beta3(i,j,k))\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+ avg_alp = 0.5 * (alp(i,j,k) + alp(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset))\n+ \n+ gxxh = 0.5d0 * (g11(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g11(i,j,k))\n+ gxyh = 0.5d0 * (g12(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g12(i,j,k))\n+ gxzh = 0.5d0 * (g13(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g13(i,j,k))\n+ gyyh = 0.5d0 * (g22(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g22(i,j,k))\n+ gyzh = 0.5d0 * (g23(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g23(i,j,k))\n+ gzzh = 0.5d0 * (g33(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) + g33(i,j,k))\n+\n+ avg_det = SPATIAL_DETERMINANT(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh)\n+\n+ call UpperMetric(uxxh, uxyh, uxzh, uyyh, uyzh, uzzh, &\n+ avg_det,gxxh, gxyh, gxzh, &\n+ gyyh, gyzh, gzzh)\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+ usendh = uxxh\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ usendh = uyyh\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ usendh = uzzh\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+\n+!!$ b^2 = (1-v^2)B^2+(B dot v)^2 \n+ b2p=DOTP2(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,mag_p(1),mag_p(2),mag_p(3))/prim_p(7)**2 + &\n+ (DOTP(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,prim_p(2),prim_p(3),prim_p(4),mag_p(1),mag_p(2),mag_p(3)))**2\n+ b2m=DOTP2(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,mag_m(1),mag_m(2),mag_m(3))/prim_m(7)**2 + &\n+ (DOTP(gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,prim_m(2),prim_m(3),prim_m(4),mag_m(1),mag_m(2),mag_m(3)))**2\n+ \n+!!$ Calculate the jumps in the conserved variables\n+ \n+ qdiff = cons_m - cons_p\n+ \n+!!$ Eigenvalues and fluxes either side of the cell interface\n+ \n+ if (flux_direction == 1) then\n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_m(1),prim_m(2),prim_m(3),prim_m(4),prim_m(5),prim_m(6),prim_m(7), &\n+ mag_m(1),mag_m(2),mag_m(3),&\n+ lamminus,gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta) \n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle, &\n+ prim_p(1),prim_p(2),prim_p(3),prim_p(4),prim_p(5),prim_p(6),prim_p(7), &\n+ mag_p(1),mag_p(2),mag_p(3),&\n+ lamplus,gxxh,gxyh,gxzh,gyyh,gyzh,gzzh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta)\n+ fplus(:) = (velxplus(i,j,k) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerplus(i,j,k,:)\n+ fminus(:) = (velxminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset,:)\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_m(1),prim_m(3),prim_m(4),prim_m(2),prim_m(5),prim_m(6),prim_m(7), &\n+ mag_m(2),mag_m(3),mag_m(1),&\n+ lamminus,gyyh,gyzh,gxyh,gzzh,gxzh,gxxh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta) \n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle, &\n+ prim_p(1),prim_p(3),prim_p(4),prim_p(2),prim_p(5),prim_p(6),prim_p(7), &\n+ mag_p(2),mag_p(3),mag_p(1),&\n+ lamplus,gyyh,gyzh,gxyh,gzzh,gxzh,gxxh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta)\n+ fplus(:) = (velyplus(i,j,k) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerplus(i,j,k,:)\n+ fminus(:) = (velyminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset,:)\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_m(1),prim_m(4),prim_m(2),prim_m(3),prim_m(5),prim_m(6),prim_m(7), &\n+ mag_m(3),mag_m(1),mag_m(2),&\n+ lamminus,gzzh,gxzh,gyzh,gxxh,gxyh,gyyh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta) \n+ call eigenvaluesM(GRHydro_eos_handle,&\n+ prim_p(1),prim_p(4),prim_p(2),prim_p(3),prim_p(5),prim_p(6),prim_p(7), &\n+ mag_p(3),mag_p(1),mag_p(2),&\n+ lamplus,gzzh,gxzh,gyzh,gxxh,gxyh,gyyh,&\n+ usendh,avg_alp,avg_beta)\n+ fplus(:) = (velzplus(i,j,k) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerplus(i,j,k,:)\n+ fminus(:) = (velzminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset) - avg_beta / avg_alp) * &\n+ cons_tracerminus(i+xoffset,j+yoffset,k+zoffset,:)\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+ \n+!!$ Find minimum and maximum wavespeeds\n+ \n+ charmin = min(0.d0, lamplus(1), lamplus(2), lamplus(3), &\n+ lamplus(4),lamplus(5), lamminus(1),lamminus(2),lamminus(3),&\n+ lamminus(4),lamminus(5)) \n+ \n+ charmax = max(0.d0, lamplus(1), lamplus(2), lamplus(3), &\n+ lamplus(4),lamplus(5), lamminus(1),lamminus(2),lamminus(3),&\n+ lamminus(4),lamminus(5))\n+ \n+ charpm = charmax - charmin\n+ \n+!!$ Calculate flux by standard formula\n+ \n+ do m = 1,number_of_tracers\n+ \n+ qdiff(m) = cons_m(m) - cons_p(m)\n+ \n+ f1(m) = (charmax * fplus(m) - charmin * fminus(m) + &\n+ charmax * charmin * qdiff(m)) / charpm\n+ \n+ end do\n+ \n+ cons_tracerflux(i, j, k,:) = f1(:)\n+!!$\n+!!$ if ( ((flux_direction.eq.3).and.(i.eq.4).and.(j.eq.4)).or.&\n+!!$ ((flux_direction.eq.2).and.(i.eq.4).and.(k.eq.4)).or.&\n+!!$ ((flux_direction.eq.1).and.(j.eq.4).and.(k.eq.4))&\n+!!$ ) then\n+!!$ write(*,*) flux_direction, i, j, k, f1(1), cons_m(1), cons_p(1)\n+!!$ end if\n+ \n+ end do\n+ end do\n+end do\n+#undef faulty_gxx\n+#undef faulty_gxy\n+#undef faulty_gxz\n+#undef faulty_gyy\n+#undef faulty_gyz\n+#undef faulty_gzz\n+#undef faulty_betax\n+#undef faulty_betay\n+#undef faulty_betaz\n+#undef faulty_vel\n+#undef faulty_Bvec\n+\n+\n+end subroutine GRHydro_HLLE_TracerM\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr15
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Tmunu.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#15)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 15,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Tmunu.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Tmunu.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 15,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Tmunu.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Tmunu.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-15",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Tmunu.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Tmunu.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Tmunu.F90\n@@ -0,0 +1,159 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_Tmunu.F90\n+ @date Thu Apr 16 19:38:40 2009\n+ @author Ian Hawke\n+ @histpry\n+ Apr. 2009: Luca Baiotti copied and adapted for the Tmunu-thorn mechanism the original include file\n+ @desc \n+ The calculation of the stress energy tensor.\n+ The version used here was worked out by Miguel Alcubierre. I\n+ think it was an extension of the routine from GR3D, written\n+ by Mark Miller.\n+ C version added by Ian Hawke.\n+\n+ Lower components of the stress-energy tensor obtained from\n+ the hydro variables. The components are given by:\n+\n+ T = rho h u u + P g\n+ mu nu mu nu mu nu\n+\n+ where rho is the energy density of the fluid, h the enthalpy\n+ and P the pressure. The enthalpy is given in terms of the\n+ basic variables as:\n+\n+ h = 1 + e + P/rho\n+\n+ with e the internal energy (eps here).\n+\n+ In the expresion for T_{mu,nu} we also have the four-velocity\n+ of the fluid given by (v_i is the 3-velocity field):\n+\n+ i\n+ u = W ( - alpha + v beta )\n+ 0 i\n+\n+ u = W v\n+ i i\n+ i -1/2\n+ with W the Lorentz factor: W = ( 1 - v v )\n+ i\n+\n+ and where alpha and beta are the lapse and shift vector.\n+\n+ Finally, the 4 metric is given by\n+\n+ 2 i\n+ g = - alpha + beta beta\n+ 00 i\n+\n+ g = beta\n+ 0i i\n+\n+\n+ g = gamma (the spatial metric)\n+ ij ij\n+\n+\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#include \"SpaceMask.h\"\n+\n+#define velx(i,j,k) vel(i,j,k,1)\n+#define vely(i,j,k) vel(i,j,k,2)\n+#define velz(i,j,k) vel(i,j,k,3)\n+\n+ subroutine GRHydro_Tmunu(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ CCTK_REAL velxlow, velylow, velzlow\n+ CCTK_REAL betaxlow, betaylow, betazlow, beta2\n+ CCTK_REAL utlow, uxlow, uylow, uzlow\n+ CCTK_REAL rhoenthalpy\n+ CCTK_REAL ut,ux,uy,uz,bst,bsx,bsy,bsz,bs2\n+ CCTK_REAL dampfac\n+ CCTK_INT i,j,k\n+\n+!!$ Damping factor\n+ dampfac = 1.0\n+\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i,j,k,velxlow, velylow, velzlow,&\n+ !$OMP betaxlow, betaylow, betazlow, beta2, utlow, uxlow, uylow, uzlow,&\n+ !$OMP rhoenthalpy, ut,ux,uy,uz,bst,bsx,bsy,bsz,bs2,dampfac)\n+ do k = 1, cctk_lsh(3)\n+ do j = 1, cctk_lsh(2)\n+ do i = 1, cctk_lsh(1)\n+\n+ velxlow = gxx(i,j,k)*velx(i,j,k) + gxy(i,j,k)*vely(i,j,k) + gxz(i,j,k)*velz(i,j,k)\n+ velylow = gxy(i,j,k)*velx(i,j,k) + gyy(i,j,k)*vely(i,j,k) + gyz(i,j,k)*velz(i,j,k)\n+ velzlow = gxz(i,j,k)*velx(i,j,k) + gyz(i,j,k)*vely(i,j,k) + gzz(i,j,k)*velz(i,j,k)\n+\n+!!$ Calculate lower components and square of shift vector.\n+\n+ betaxlow = gxx(i,j,k)*betax(i,j,k) + gxy(i,j,k)*betay(i,j,k) + gxz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ betaylow = gxy(i,j,k)*betax(i,j,k) + gyy(i,j,k)*betay(i,j,k) + gyz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ betazlow = gxz(i,j,k)*betax(i,j,k) + gyz(i,j,k)*betay(i,j,k) + gzz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ \n+ beta2 = betax(i,j,k)*betaxlow + betay(i,j,k)*betaylow + betaz(i,j,k)*betazlow \n+ \n+!!$ Calculate the specific relativistic enthalpy times rho times the\n+!!$ square of the lorentz factor.\n+\n+ rhoenthalpy = w_lorentz(i,j,k)**2*(rho(i,j,k)*(1.0d0 + eps(i,j,k)) + press(i,j,k))\n+\n+!!$ Calculate lower components of 4-velocity (without the Lorent factor).\n+\n+ utlow = (-alp(i,j,k) + velx(i,j,k)*betaxlow + vely(i,j,k)*betaylow + velz(i,j,k)*betazlow)\n+\n+ uxlow = velxlow\n+ uylow = velylow\n+ uzlow = velzlow\n+\n+\n+!!$ Initialize damping factor\n+ dampfac = 1.0\n+!!$ Apply tanh blending for Tmunu.\n+ if ((Tmunu_damping_radius_min .gt. 0) .and. (r(i,j,k) .gt. Tmunu_damping_radius_min)) then\n+ ! 0.5 * (1.0 - tanh(4.0*(x-x0)/sigma0))\n+ if (r(i,j,k) .lt. Tmunu_damping_radius_max) then\n+ dampfac = 0.5d0 * (1.0d0 - tanh((8.0d0*r(i,j,k)-4.0d0*(Tmunu_damping_radius_max+Tmunu_damping_radius_min))/(Tmunu_damping_radius_max-Tmunu_damping_radius_min)))\n+ else\n+ dampfac = 0.0\n+ continue ! no need to add anything to Tmunu at the current point (it's zero anyway!)\n+ endif\n+ else\n+ dampfac = 1.0\n+ endif\n+ \n+!!$ Calculate Tmunu (the lower components!).\n+\n+ eTtt(i,j,k) = eTtt(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*utlow**2 + press(i,j,k)*(beta2 - alp(i,j,k)**2))\n+\n+ eTtx(i,j,k) = eTtx(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*utlow*uxlow + press(i,j,k)*betaxlow)\n+ eTty(i,j,k) = eTty(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*utlow*uylow + press(i,j,k)*betaylow)\n+ eTtz(i,j,k) = eTtz(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*utlow*uzlow + press(i,j,k)*betazlow)\n+\n+ eTxx(i,j,k) = eTxx(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uxlow**2 + press(i,j,k)*gxx(i,j,k))\n+ eTyy(i,j,k) = eTyy(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uylow**2 + press(i,j,k)*gyy(i,j,k))\n+ eTzz(i,j,k) = eTzz(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uzlow**2 + press(i,j,k)*gzz(i,j,k))\n+ \n+ eTxy(i,j,k) = eTxy(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uxlow*uylow + press(i,j,k)*gxy(i,j,k))\n+ eTxz(i,j,k) = eTxz(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uxlow*uzlow + press(i,j,k)*gxz(i,j,k))\n+ eTyz(i,j,k) = eTyz(i,j,k) + dampfac * (rhoenthalpy*uylow*uzlow + press(i,j,k)*gyz(i,j,k))\n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ return\n+ \n+ end subroutine GRHydro_Tmunu"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr16
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_TmunuM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#16)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 16,
"issue_title": "Add missing GRHydro_TmunuM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_TmunuM.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 16,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_TmunuM.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_TmunuM.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-16",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_TmunuM.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_TmunuM.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_TmunuM.F90\n@@ -0,0 +1,167 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_Tmunu.F90\n+ @date Aug 30, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke\n+ @histpry\n+ Apr. 2009: Luca Baiotti copied and adapted for the Tmunu-thorn mechanism the original include file\n+ @desc \n+ The calculation of the stress energy tensor.\n+ The version used here was worked out by Miguel Alcubierre. I\n+ think it was an extension of the routine from GR3D, written\n+ by Mark Miller.\n+ C version added by Ian Hawke.\n+\n+ Lower components of the stress-energy tensor obtained from\n+ the hydro variables. The components are given by:\n+\n+ T = (rho h +b^2) u u + (P+b^2/2) g - b b\n+ mu nu mu nu mu nu mu nu \n+\n+ where rho is the energy density of the fluid, h the enthalpy\n+ and P the pressure. The enthalpy is given in terms of the\n+ basic variables as:\n+\n+ h = 1 + e + P/rho\n+\n+ with e the internal energy (eps here).\n+\n+ In the expresion for T_{mu,nu} we also have the four-velocity\n+ of the fluid given by (v_i is the 3-velocity field):\n+\n+ i\n+ u = W ( - alpha + v beta )\n+ 0 i\n+\n+ u = W v\n+ i i\n+ i -1/2\n+ with W the Lorentz factor: W = ( 1 - v v )\n+ i\n+\n+ and where alpha and beta are the lapse and shift vector.\n+\n+ Finally, the 4 metric is given by\n+\n+ 2 i\n+ g = - alpha + beta beta\n+ 00 i\n+\n+ g = beta\n+ 0i i\n+\n+\n+ g = gamma (the spatial metric)\n+ ij ij\n+\n+\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#include \"SpaceMask.h\"\n+\n+#define velx(i,j,k) vel(i,j,k,1)\n+#define vely(i,j,k) vel(i,j,k,2)\n+#define velz(i,j,k) vel(i,j,k,3)\n+#define Bvecx(i,j,k) Bvec(i,j,k,1)\n+#define Bvecy(i,j,k) Bvec(i,j,k,2)\n+#define Bvecz(i,j,k) Bvec(i,j,k,3)\n+#define bcomx(i,j,k) bcom(i,j,k,1)\n+#define bcomy(i,j,k) bcom(i,j,k,2)\n+#define bcomz(i,j,k) bcom(i,j,k,3)\n+\n+ subroutine GRHydro_TmunuM(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ CCTK_REAL :: velxlow, velylow, velzlow\n+ CCTK_REAL :: betaxlow, betaylow, betazlow, beta2\n+ CCTK_REAL :: Bvecxlow,Bvecylow,Bveczlow\n+ CCTK_REAL :: bdotv,b2,bxlow,bylow,bzlow,btlow,dum1,dum2\n+ CCTK_REAL :: utlow,rhohstarw2,pstar\n+ CCTK_REAL :: bdotbeta,vdotbeta\n+ CCTK_INT :: i,j,k\n+\n+\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i,j,k,velxlow, velylow, velzlow,&\n+ !$OMP Bvecxlow,Bvecylow,Bveczlow, bdotv,dum1,dum2,b2,bxlow,bylow,bzlow,&\n+ !$OMP betaxlow, betaylow, betazlow, beta2, bdotbeta,vdotbeta,utlow, btlow,&\n+ !$OMP rhohstarw2,pstar)\n+\n+ do k = 1, cctk_lsh(3)\n+ do j = 1, cctk_lsh(2)\n+ do i = 1, cctk_lsh(1)\n+\n+ ! need separate dum1, dum2 b/c of Fortrans aliasing rules\n+ call calc_vlow_blow(gxx(i,j,k),gxy(i,j,k),gxz(i,j,k),&\n+ gyy(i,j,k),gyz(i,j,k),gzz(i,j,k), &\n+ velx(i,j,k),vely(i,j,k),velz(i,j,k),Bvecx(i,j,k),Bvecy(i,j,k),Bvecz(i,j,k), &\n+ velxlow,velylow,velzlow,Bvecxlow,Bvecylow,Bveczlow, &\n+ bdotv,b2,dum1,dum2,bxlow,bylow,bzlow)\n+ \n+!!$ Calculate lower components and square of shift vector.\n+ \n+ \n+ betaxlow = gxx(i,j,k)*betax(i,j,k) + gxy(i,j,k)*betay(i,j,k) + gxz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ betaylow = gxy(i,j,k)*betax(i,j,k) + gyy(i,j,k)*betay(i,j,k) + gyz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ betazlow = gxz(i,j,k)*betax(i,j,k) + gyz(i,j,k)*betay(i,j,k) + gzz(i,j,k)*betaz(i,j,k)\n+ beta2 = betax(i,j,k)*betaxlow + betay(i,j,k)*betaylow + betaz(i,j,k)*betazlow \n+ \n+ bdotbeta = betaxlow*Bvecx(i,j,k)+betaylow*Bvecy(i,j,k)+betazlow*Bvecz(i,j,k)\n+ vdotbeta = betaxlow*velx(i,j,k)+betaylow*vely(i,j,k)+betazlow*velz(i,j,k)\n+\n+!!$ u0 low is missing the w_lorentz factor (see below)!!\n+ utlow = -1.d0*alp(i,j,k) + vdotbeta\n+ \n+ btlow = -1.0d0*w_lorentz(i,j,k)*alp(i,j,k)*bdotv + &\n+ bdotbeta/w_lorentz(i,j,k) + w_lorentz(i,j,k)*bdotv*vdotbeta\n+\n+!!$ Calculate the specific relativistic enthalpy times rho + the mag. field contribution times the\n+!!$ square of the lorentz factor.\n+\n+ rhohstarw2 = w_lorentz(i,j,k)**2*(rho(i,j,k)*(1.0d0 + eps(i,j,k)) + press(i,j,k) + b2)\n+ pstar = press(i,j,k)+0.5d0*b2\n+\n+!!$ Calculate lower components of 4-velocity (without the Lorent factor).\n+!!$ uxlow = velxlow\n+!!$ uylow = velylow\n+!!$ uzlow = velzlow\n+\n+!!$ Calculate Tmunu (the lower components!).\n+\n+ eTtt(i,j,k) = eTtt(i,j,k) + rhohstarw2*utlow**2 + pstar*(beta2 - alp(i,j,k)**2) - btlow**2\n+\n+ eTtx(i,j,k) = eTtx(i,j,k) + rhohstarw2*utlow*velxlow + pstar*betaxlow - btlow*bxlow\n+ eTty(i,j,k) = eTty(i,j,k) + rhohstarw2*utlow*velylow + pstar*betaylow - btlow*bylow\n+ eTtz(i,j,k) = eTtz(i,j,k) + rhohstarw2*utlow*velzlow + pstar*betazlow - btlow*bzlow\n+\n+ eTxx(i,j,k) = eTxx(i,j,k) + rhohstarw2*velxlow**2 + pstar*gxx(i,j,k) - bxlow**2\n+ eTyy(i,j,k) = eTyy(i,j,k) + rhohstarw2*velylow**2 + pstar*gyy(i,j,k) - bylow**2\n+ eTzz(i,j,k) = eTzz(i,j,k) + rhohstarw2*velzlow**2 + pstar*gzz(i,j,k) - bzlow**2\n+ \n+ eTxy(i,j,k) = eTxy(i,j,k) + rhohstarw2*velxlow*velylow + pstar*gxy(i,j,k) - bxlow*bylow\n+ eTxz(i,j,k) = eTxz(i,j,k) + rhohstarw2*velxlow*velzlow + pstar*gxz(i,j,k) - bxlow*bzlow\n+ eTyz(i,j,k) = eTyz(i,j,k) + rhohstarw2*velylow*velzlow + pstar*gyz(i,j,k) - bylow*bzlow\n+\n+ if(calculate_bcom .ne. 0) then\n+ bcom_sq(i,j,k) = b2 \n+ bcom0(i,j,k) = w_lorentz(i,j,k)*bdotv/alp(i,j,k)\n+ bcomx(i,j,k) = Bvecx(i,j,k)/w_lorentz(i,j,k) + bcom0(i,j,k)*(alp(i,j,k)*velx(i,j,k)-betax(i,j,k))\n+ bcomy(i,j,k) = Bvecy(i,j,k)/w_lorentz(i,j,k) + bcom0(i,j,k)*(alp(i,j,k)*vely(i,j,k)-betay(i,j,k))\n+ bcomz(i,j,k) = Bvecz(i,j,k)/w_lorentz(i,j,k) + bcom0(i,j,k)*(alp(i,j,k)*velz(i,j,k)-betaz(i,j,k))\n+ endif \n+\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ return\n+ \n+ end subroutine GRHydro_TmunuM"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr17
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Minima.cc in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#17)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 17,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Minima.cc in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Minima.cc to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 17,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Minima.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Minima.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-17",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Minima.cc b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Minima.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Minima.cc\n@@ -0,0 +1,175 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_Minima.cc\n+ @date Tue Aug 29 18:52:10 2006\n+ @author \n+ @desc \n+ Sets up the scalars used for the atmosphere, after initial data.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+\n+//#include \"Carpet/Carpet/src/carpet.hh\"\n+#include \"carpet.hh\"\n+\n+#ifdef HAVE_CARPET\n+using namespace Carpet;\n+#endif\n+\n+#ifdef __cplusplus\n+ extern \"C\" {\n+#endif\n+ \n+ /* Scheduled functions */\n+ void GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final(CCTK_ARGUMENTS);\n+\n+ void GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final_PUGH(CCTK_ARGUMENTS);\n+ \n+#ifdef __cplusplus\n+ } /* extern \"C\" */\n+#endif\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final\n+ @date Tue Aug 29 18:54:05 2006\n+ @author Luca Baiotti\n+ @desc \n+ After initial data, set up the scalar GRHydro_rho_min used for checking the atmosphere.\n+ This is computed taking into account the actual maximum rest-mass density on the grid.\n+ Version for Carpet.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+@@*/\n+\n+void GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+\n+#ifdef HAVE_CARPET\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ CCTK_REAL max_rho;\n+\n+ static int flag = true;\n+ \n+ if (flag) // Actually run this reduction only the first time the routine is called.\n+ {\n+ if (rho_abs_min > 0.0)\n+ {\n+ *GRHydro_rho_min = rho_abs_min;\n+ }\n+ else\n+ { \n+ // Go to global mode\n+\n+ BEGIN_GLOBAL_MODE (cctkGH) {\n+\n+ // Find the global maximum of rho\n+\n+ const int Reduction_Handle = CCTK_ReductionHandle (\"maximum\");\n+ \n+ const CCTK_INT input_array_variable_indices= {CCTK_VarIndex(\"HydroBase::rho\")};\n+ \n+ const int ierr = CCTK_Reduce(cctkGH,\n+ -1, // target processors; -1 -> all\n+ Reduction_Handle,\n+ 1, // number of output variables\n+ CCTK_VARIABLE_REAL,\n+ &max_rho,\n+ 1, // number of variables to be reduced\n+ input_array_variable_indices);\n+ \n+ if (ierr != 0)\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"Failed to compute the global maximum of rho\");\n+ }\n+ \n+ *GRHydro_rho_min = max_rho * rho_rel_min;\n+ \n+ // Go back to local mode\n+ } END_GLOBAL_MODE;\n+ \n+ }\n+ // After this has run once, set the flag so that this does not run again\n+ flag = false;\n+ } // end if (flag)\n+ else\n+ {\n+ return;\n+ }\n+\n+#endif\n+\n+ //Debug stuff\n+ // char warnline;\n+\n+ //CCTK_VInfo (CCTK_THORNSTRING, \"STEP 2: compute rho max; rho min: %13.12e \\n\",*GRHydro_rho_min);\n+\n+ // printf(warnline,\"STEP 2: compute rho max; rho min: %13.12e \\n\",*GRHydro_rho_min);\n+ //CCTK_WARN(1,warnline);\n+\n+ // printf(warnline,\"STEP 3: recompute ID with new atmosphere; rho min: ', GRHydro_rho_min, 'reflev: ',%i), GRHydro_rho_min, GRHydro_reflevel);\n+\n+\n+\n+}\n+\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final_PUGH\n+ @date Tue Aug 29 18:57:42 2006\n+ @author Luca Baiotti\n+ @desc \n+ As above, but for PUGH.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+@@*/\n+\n+void GRHydro_Rho_Minima_Setup_Final_PUGH(CCTK_ARGUMENTS)\n+{ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ CCTK_REAL max_rho;\n+ \n+ if (rho_abs_min > 0.0)\n+ {\n+ *GRHydro_rho_min = rho_abs_min;\n+ }\n+ else\n+ { \n+ // Find the global maximum of rho\n+ \n+ const int Reduction_Handle = CCTK_ReductionHandle(\"maximum\");\n+ \n+ const CCTK_INT input_array_variable_indices={CCTK_VarIndex(\"HydroBase::rho\")};\n+ \n+ const int ierr = CCTK_Reduce(cctkGH,\n+ -1, // target processors; -1 -> all\n+ Reduction_Handle,\n+ 1, // number of output variables \n+ CCTK_VARIABLE_REAL,\n+ &max_rho,\n+ 1, // number of variables to be reduced\n+ input_array_variable_indices);\n+ \n+ if (ierr != 0)\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"Failed to compute the global maximum of rho\");\n+ }\n+ \n+ *GRHydro_rho_min = max_rho * rho_rel_min; \n+ }\n+}\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr18
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Source.cc in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#18)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 18,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Source.cc in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Source.cc to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 18,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Source.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Source.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-18",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Source.cc b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Source.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Source.cc\n@@ -0,0 +1,709 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_Source.cc\n+ @date Nov 29, 2013\n+ @author Christian Reisswig, Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke\n+ @desc \n+ The geometric source terms for the matter evolution\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+\n+\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+#include <cstring>\n+#include <cassert>\n+\n+#define velx vup\n+#define vely (&vup[N])\n+#define velz (&vup[2*N])\n+#define Bvecx Bprim\n+#define Bvecy (&Bprim[N])\n+#define Bvecz (&Bprim[2*N])\n+#define Avecx Avec\n+#define Avecy (&Avec[N])\n+#define Avecz (&Avec[2*N])\n+#define Avecrhsx Avecrhs\n+#define Avecrhsy (&Avecrhs[N])\n+#define Avecrhsz (&Avecrhs[2*N])\n+#define Bconsx Bcons\n+#define Bconsy (&Bcons[N])\n+#define Bconsz (&Bcons[2*N])\n+#define Bconsrhsx Bconsrhs\n+#define Bconsrhsy (&Bconsrhs[N])\n+#define Bconsrhsz (&Bconsrhs[2*N])\n+\n+\n+extern \"C\" CCTK_INT GRHydro_UseGeneralCoordinates(const cGH * cctkGH);\n+\n+template <typename T> static inline T SQR (T const & x) { return x*x; }\n+\n+\n+struct alldiff2 {\n+ static void apply(const cGH* const restrict cctkGH,\n+ CCTK_REAL dvars[][3],\n+ const CCTK_REAL* const restrict * const restrict vars, \n+ const int i, const int j, const int k,\n+ const CCTK_REAL* restrict const ih,\n+ const int nvars)\n+ {\n+ for (int n=0; n < nvars; ++n) {\n+ dvars[n][0] = (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i+1,j,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i-1,j,k)]) * 0.5 * ih[0];\n+ dvars[n][1] = (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j+1,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j-1,k)]) * 0.5 * ih[1];\n+ dvars[n][2] = (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k+1)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k-1)]) * 0.5 * ih[2];\n+ }\n+ }\n+};\n+\n+struct alldiff4 {\n+ static void apply(const cGH* const restrict cctkGH,\n+ CCTK_REAL dvars[][3],\n+ const CCTK_REAL* const restrict * const restrict vars, \n+ const int i, const int j, const int k,\n+ const CCTK_REAL* restrict const ih,\n+ const int nvars)\n+ {\n+ for (int n=0; n < nvars; ++n) {\n+ dvars[n][0] = ( vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i-2,j,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i+2,j,k)]\n+ + 8.0 * (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i+1,j,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i-1,j,k)])) * (1.0 / 12.0) * ih[0];\n+ dvars[n][1] = ( vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j-2,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j+2,k)]\n+ + 8.0 * (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j+1,k)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j-1,k)])) * (1.0 / 12.0) * ih[1];\n+ dvars[n][2] = ( vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k-2)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k+2)]\n+ + 8.0 * (vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k+1)] - vars[n][CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i,j,k-1)])) * (1.0 / 12.0) * ih[2];\n+ }\n+ }\n+};\n+\n+\n+static inline void UpperMetric(CCTK_REAL& restrict uxx,\n+ CCTK_REAL& restrict uxy,\n+ CCTK_REAL& restrict uxz,\n+ CCTK_REAL& restrict uyy,\n+ CCTK_REAL& restrict uyz,\n+ CCTK_REAL& restrict uzz,\n+ const CCTK_REAL det,\n+ const CCTK_REAL gxx,\n+ const CCTK_REAL gxy,\n+ const CCTK_REAL gxz,\n+ const CCTK_REAL gyy,\n+ const CCTK_REAL gyz,\n+ const CCTK_REAL gzz)\n+{\n+ const CCTK_REAL invdet = 1.0 / det;\n+ uxx = (-gyz*gyz + gyy*gzz)*invdet;\n+ uxy = (gxz*gyz - gxy*gzz)*invdet;\n+ uxz = (-gxz*gyy + gxy*gyz)*invdet;\n+ uyy = (-gxz*gxz + gxx*gzz)*invdet;\n+ uyz = (gxy*gxz - gxx*gyz)*invdet;\n+ uzz = (-gxy*gxy + gxx*gyy)*invdet;\n+\n+ return;\n+}\n+\n+\n+template <class alldiff,\n+ bool do_mhd,\n+ bool do_clean_divergence,\n+ bool do_Avec>\n+static void SourceTerms_LL(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ /*\n+ Set up multipatch stuff\n+ */\n+\n+ const CCTK_REAL * restrict vup;\n+ const CCTK_REAL * restrict Bprim;\n+ const CCTK_REAL * restrict g11;\n+ const CCTK_REAL * restrict g12;\n+ const CCTK_REAL * restrict g13;\n+ const CCTK_REAL * restrict g22;\n+ const CCTK_REAL * restrict g23;\n+ const CCTK_REAL * restrict g33;\n+ const CCTK_REAL * restrict k11;\n+ const CCTK_REAL * restrict k12;\n+ const CCTK_REAL * restrict k13;\n+ const CCTK_REAL * restrict k22;\n+ const CCTK_REAL * restrict k23;\n+ const CCTK_REAL * restrict k33;\n+ const CCTK_REAL * restrict beta1;\n+ const CCTK_REAL * restrict beta2;\n+ const CCTK_REAL * restrict beta3;\n+\n+ //Multipatch related pointers\n+ if(GRHydro_UseGeneralCoordinates(cctkGH)) {\n+ vup=lvel;\n+ g11=gaa; g12=gab; g13=gac;\n+ g22=gbb; g23=gbc;\n+ g33=gcc;\n+ k11=kaa; k12=kab; k13=kac;\n+ k22=kbb; k23=kbc;\n+ k33=kcc;\n+ Bprim=lBvec;\n+ beta1 = betaa;\n+ beta2 = betab;\n+ beta3 = betac;\n+ } else {\n+ vup=vel;\n+ g11=gxx; g12=gxy; g13=gxz;\n+ g22=gyy; g23=gyz;\n+ g33=gzz;\n+ k11=kxx; k12=kxy; k13=kxz;\n+ k22=kyy; k23=kyz;\n+ k33=kzz;\n+ Bprim=Bvec;\n+ beta1 = betax;\n+ beta2 = betay;\n+ beta3 = betaz;\n+ }\n+\n+ // TODO: for vectorization we might want to use cctk_ash (have to make sure\n+ // sensible values exist everywhere)\n+ const int nx=cctk_lsh[0];\n+ const int ny=cctk_lsh[1];\n+ const int nz=cctk_lsh[2];\n+\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+\n+ const CCTK_REAL one = 1.00;\n+ const CCTK_REAL two = 2.00;\n+ const CCTK_REAL half = 0.50;\n+ const CCTK_REAL dx = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ \n+ const CCTK_REAL ih[3] = { 1.0/dx, 1.0/dy, 1.0/dz };\n+\n+#pragma omp parallel for\n+ for (int k=GRHydro_stencil; k < nz-GRHydro_stencil; ++k) {\n+ for (int j=GRHydro_stencil; j < ny-GRHydro_stencil; ++j) {\n+ for (int i=GRHydro_stencil; i < nx-GRHydro_stencil; ++i) {\n+ \n+ const int ijk = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH, i, j, k);\n+ \n+ // TODO: these are not needed.\n+ const CCTK_REAL localgxx = g11[ijk];\n+ const CCTK_REAL localgxy = g12[ijk];\n+ const CCTK_REAL localgxz = g13[ijk];\n+ const CCTK_REAL localgyy = g22[ijk];\n+ const CCTK_REAL localgyz = g23[ijk];\n+ const CCTK_REAL localgzz = g33[ijk];\n+\n+ const CCTK_REAL sqrtdet = sdetg[ijk];\n+ const CCTK_REAL invsqrtdet = 1./sqrtdet;\n+ \n+ CCTK_REAL uxx, uxy, uxz, uyy, uyz, uzz;\n+ UpperMetric(uxx, uxy, uxz, uyy, uyz, uzz, sqrtdet*sqrtdet, localgxx,\n+ localgxy, localgxz, localgyy, localgyz, localgzz);\n+ \n+ const CCTK_REAL shiftx = beta1[ijk];\n+ const CCTK_REAL shifty = beta2[ijk];\n+ const CCTK_REAL shiftz = beta3[ijk];\n+\n+ // Derivatives of the lapse, metric and shift\n+\n+ const int nvars = 10;\n+ const CCTK_REAL* const restrict vars[nvars] = { beta1, beta2, beta3, alp,\n+ g11, g12, g13,\n+ g22, g23,\n+ g33 };\n+ CCTK_REAL dvars[nvars][3];\n+ \n+ alldiff::apply(cctkGH, dvars, vars, i, j, k, ih, nvars);\n+ \n+ const CCTK_REAL dx_betax = dvars[0][0];\n+ const CCTK_REAL dx_betay = dvars[1][0];\n+ const CCTK_REAL dx_betaz = dvars[2][0];\n+ \n+ const CCTK_REAL dy_betax = dvars[0][1];\n+ const CCTK_REAL dy_betay = dvars[1][1];\n+ const CCTK_REAL dy_betaz = dvars[2][1];\n+ \n+ const CCTK_REAL dz_betax = dvars[0][2];\n+ const CCTK_REAL dz_betay = dvars[1][2];\n+ const CCTK_REAL dz_betaz = dvars[2][2];\n+ \n+ const CCTK_REAL dx_alp = dvars[3][0];\n+ const CCTK_REAL dy_alp = dvars[3][1];\n+ const CCTK_REAL dz_alp = dvars[3][2];\n+\n+ const CCTK_REAL dx_gxx = dvars[4][0];\n+ const CCTK_REAL dx_gxy = dvars[5][0];\n+ const CCTK_REAL dx_gxz = dvars[6][0];\n+ const CCTK_REAL dx_gyy = dvars[7][0];\n+ const CCTK_REAL dx_gyz = dvars[8][0];\n+ const CCTK_REAL dx_gzz = dvars[9][0];\n+ const CCTK_REAL dy_gxx = dvars[4][1];\n+ const CCTK_REAL dy_gxy = dvars[5][1];\n+ const CCTK_REAL dy_gxz = dvars[6][1];\n+ const CCTK_REAL dy_gyy = dvars[7][1];\n+ const CCTK_REAL dy_gyz = dvars[8][1];\n+ const CCTK_REAL dy_gzz = dvars[9][1];\n+ const CCTK_REAL dz_gxx = dvars[4][2];\n+ const CCTK_REAL dz_gxy = dvars[5][2];\n+ const CCTK_REAL dz_gxz = dvars[6][2];\n+ const CCTK_REAL dz_gyy = dvars[7][2];\n+ const CCTK_REAL dz_gyz = dvars[8][2];\n+ const CCTK_REAL dz_gzz = dvars[9][2];\n+\n+\n+ const CCTK_REAL invalp = 1.0 / alp[ijk];\n+ const CCTK_REAL invalp2 = SQR(invalp);\n+ const CCTK_REAL velxshift = velx[ijk] - shiftx*invalp;\n+ const CCTK_REAL velyshift = vely[ijk] - shifty*invalp;\n+ const CCTK_REAL velzshift = velz[ijk] - shiftz*invalp;\n+\n+ // vel_i = g_ij v^j\n+ // B_i = g_ij B^i\n+\n+ const CCTK_REAL vlowx = g11[ijk]*velx[ijk] + g12[ijk]*vely[ijk] + g13[ijk]*velz[ijk];\n+ const CCTK_REAL vlowy = g12[ijk]*velx[ijk] + g22[ijk]*vely[ijk] + g23[ijk]*velz[ijk];\n+ const CCTK_REAL vlowz = g13[ijk]*velx[ijk] + g23[ijk]*vely[ijk] + g33[ijk]*velz[ijk];\n+ const CCTK_REAL Bvecxlow = do_mhd ? g11[ijk]*Bvecx[ijk] + g12[ijk]*Bvecy[ijk] + g13[ijk]*Bvecz[ijk] : 0;\n+ const CCTK_REAL Bvecylow = do_mhd ? g12[ijk]*Bvecx[ijk] + g22[ijk]*Bvecy[ijk] + g23[ijk]*Bvecz[ijk] : 0;\n+ const CCTK_REAL Bveczlow = do_mhd ? g13[ijk]*Bvecx[ijk] + g23[ijk]*Bvecy[ijk] + g33[ijk]*Bvecz[ijk] : 0;\n+\n+ // B^i v_i (= b^0/u^0)\n+ const CCTK_REAL Bdotv = do_mhd ? vlowx*Bvecx[ijk]+vlowy*Bvecy[ijk]+vlowz*Bvecz[ijk] : 0;\n+\n+ // v^2 = v_i v^i; w=(1-v^2)^{-1/2}\n+\n+ const CCTK_REAL v2 = vlowx*velx[ijk] + vlowy*vely[ijk] + vlowz*velz[ijk];\n+ const CCTK_REAL invw = sqrt(1.0-v2);\n+ const CCTK_REAL w = 1./invw;\n+\n+ // b^2 = B^i B_i / w^2 + (b^0/u^0)^2\n+\n+ const CCTK_REAL b2 = do_mhd ? (Bvecx[ijk]*Bvecxlow+Bvecy[ijk]*Bvecylow+Bvecz[ijk]*Bveczlow)*SQR(invw)+SQR(Bdotv) : 0;\n+\n+ // b_i = B_i/w +w*(B dot v)*v_i\n+ const CCTK_REAL bxlow = do_mhd ? Bvecxlow*invw+w*Bdotv*vlowx : 0;\n+ const CCTK_REAL bylow = do_mhd ? Bvecylow*invw+w*Bdotv*vlowy : 0;\n+ const CCTK_REAL bzlow = do_mhd ? Bveczlow*invw+w*Bdotv*vlowz : 0;\n+\n+\n+ // These are the contravariant components\n+ const CCTK_REAL bt = do_mhd ? w*invalp*Bdotv : 0;\n+ const CCTK_REAL bx = do_mhd ? Bvecx[ijk]*invw+w*Bdotv*velxshift : 0;\n+ const CCTK_REAL by = do_mhd ? Bvecy[ijk]*invw+w*Bdotv*velyshift : 0;\n+ const CCTK_REAL bz = do_mhd ? Bvecz[ijk]*invw+w*Bdotv*velzshift : 0;\n+\n+ // TODO: all of these can be expressed much more easily in terms of the\n+ // conservatives\n+ const CCTK_REAL rhohstarW2 = (rho[ijk]*(one + eps[ijk]) + (press[ijk] + b2)) *\n+ SQR(w);\n+ const CCTK_REAL pstar = press[ijk]+0.50*b2;\n+\n+ // For a change, these are T^{ij}\n+\n+ // TODO: strict IEEE compliance does not let the compiler remove \"+ 0\"\n+ // terms, so we have to do something else here\n+ const CCTK_REAL t00 = (rhohstarW2 - pstar)*invalp2-SQR(bt);\n+ const CCTK_REAL t0x = rhohstarW2*velxshift*invalp +\n+ pstar*shiftx*invalp2-bt*bx;\n+ const CCTK_REAL t0y = rhohstarW2*velyshift*invalp +\n+ pstar*shifty*invalp2-bt*by;\n+ const CCTK_REAL t0z = rhohstarW2*velzshift*invalp +\n+ pstar*shiftz*invalp2-bt*bz;\n+ const CCTK_REAL txx = rhohstarW2*velxshift*velxshift +\n+ pstar*(uxx - shiftx*shiftx*invalp2)-SQR(bx);\n+ const CCTK_REAL txy = rhohstarW2*velxshift*velyshift +\n+ pstar*(uxy - shiftx*shifty*invalp2)-bx*by;\n+ const CCTK_REAL txz = rhohstarW2*velxshift*velzshift +\n+ pstar*(uxz - shiftx*shiftz*invalp2)-bx*bz;\n+ const CCTK_REAL tyy = rhohstarW2*velyshift*velyshift +\n+ pstar*(uyy - shifty*shifty*invalp2)-SQR(by);\n+ const CCTK_REAL tyz = rhohstarW2*velyshift*velzshift +\n+ pstar*(uyz - shifty*shiftz*invalp2)-by*bz;\n+ const CCTK_REAL tzz = rhohstarW2*velzshift*velzshift +\n+ pstar*(uzz - shiftz*shiftz*invalp2)-SQR(bz);\n+\n+// Contract the shift with the extrinsic curvature\n+\n+ const CCTK_REAL shiftshiftk = shiftx*shiftx*k11[ijk] +\n+ shifty*shifty*k22[ijk] +\n+ shiftz*shiftz*k33[ijk] +\n+ two*(shiftx*shifty*k12[ijk] +\n+ shiftx*shiftz*k13[ijk] +\n+ shifty*shiftz*k23[ijk]);\n+\n+ const CCTK_REAL shiftkx = shiftx*k11[ijk] + shifty*k12[ijk] + shiftz*k13[ijk];\n+ const CCTK_REAL shiftky = shiftx*k12[ijk] + shifty*k22[ijk] + shiftz*k23[ijk];\n+ const CCTK_REAL shiftkz = shiftx*k13[ijk] + shifty*k23[ijk] + shiftz*k33[ijk];\n+\n+// Contract the matter terms with the extrinsic curvature\n+\n+ const CCTK_REAL sumTK = txx*k11[ijk] + tyy*k22[ijk] + tzz*k33[ijk]\n+ + two*(txy*k12[ijk] + txz*k13[ijk] + tyz*k23[ijk]);\n+\n+// Update term for tau\n+ \n+ const CCTK_REAL tau_source = t00*\n+ (shiftshiftk - (shiftx*dx_alp + shifty*dy_alp + shiftz*dz_alp) )\n+ + t0x*(-dx_alp + two*shiftkx)\n+ + t0y*(-dy_alp + two*shiftky)\n+ + t0z*(-dz_alp + two*shiftkz)\n+ + sumTK;\n+\n+// The following looks very little like the terms in the\n+// standard papers. Take a look in the ThornGuide to see why\n+// it is really the same thing.\n+\n+// Contract the shift with derivatives of the metric\n+\n+ const CCTK_REAL halfshiftdgx = half*(shiftx*shiftx*dx_gxx +\n+ shifty*shifty*dx_gyy + shiftz*shiftz*dx_gzz) +\n+ shiftx*shifty*dx_gxy + shiftx*shiftz*dx_gxz +\n+ shifty*shiftz*dx_gyz;\n+ const CCTK_REAL halfshiftdgy = half*(shiftx*shiftx*dy_gxx +\n+ shifty*shifty*dy_gyy + shiftz*shiftz*dy_gzz) +\n+ shiftx*shifty*dy_gxy + shiftx*shiftz*dy_gxz +\n+ shifty*shiftz*dy_gyz;\n+ const CCTK_REAL halfshiftdgz = half*(shiftx*shiftx*dz_gxx +\n+ shifty*shifty*dz_gyy + shiftz*shiftz*dz_gzz) +\n+ shiftx*shifty*dz_gxy + shiftx*shiftz*dz_gxz +\n+ shifty*shiftz*dz_gyz;\n+\n+// Contract the matter with derivatives of the metric\n+\n+ const CCTK_REAL halfTdgx = half*(txx*dx_gxx + tyy*dx_gyy + tzz*dx_gzz) +\n+ txy*dx_gxy + txz*dx_gxz + tyz*dx_gyz;\n+ const CCTK_REAL halfTdgy = half*(txx*dy_gxx + tyy*dy_gyy + tzz*dy_gzz) +\n+ txy*dy_gxy + txz*dy_gxz + tyz*dy_gyz;\n+ const CCTK_REAL halfTdgz = half*(txx*dz_gxx + tyy*dz_gyy + tzz*dz_gzz) +\n+ txy*dz_gxy + txz*dz_gxz + tyz*dz_gyz;\n+\n+ \n+ const CCTK_REAL sx_source = t00*\n+ (halfshiftdgx - alp[ijk]*dx_alp) + halfTdgx +\n+ t0x*(shiftx*dx_gxx + shifty*dx_gxy + shiftz*dx_gxz) +\n+ t0y*(shiftx*dx_gxy + shifty*dx_gyy + shiftz*dx_gyz) +\n+ t0z*(shiftx*dx_gxz + shifty*dx_gyz + shiftz*dx_gzz) +\n+ rhohstarW2*invalp*(vlowx*dx_betax + vlowy*dx_betay + vlowz*dx_betaz) -\n+ bt*(bxlow*dx_betax + bylow*dx_betay + bzlow*dx_betaz);\n+ \n+ const CCTK_REAL sy_source = t00*\n+ (halfshiftdgy - alp[ijk]*dy_alp) + halfTdgy +\n+ t0x*(shiftx*dy_gxx + shifty*dy_gxy + shiftz*dy_gxz) +\n+ t0y*(shiftx*dy_gxy + shifty*dy_gyy + shiftz*dy_gyz) +\n+ t0z*(shiftx*dy_gxz + shifty*dy_gyz + shiftz*dy_gzz) +\n+ rhohstarW2*invalp*(vlowx*dy_betax + vlowy*dy_betay + vlowz*dy_betaz) -\n+ bt*(bxlow*dy_betax + bylow*dy_betay + bzlow*dy_betaz);\n+\n+ const CCTK_REAL sz_source = t00*\n+ (halfshiftdgz - alp[ijk]*dz_alp) + halfTdgz +\n+ t0x*(shiftx*dz_gxx + shifty*dz_gxy + shiftz*dz_gxz) +\n+ t0y*(shiftx*dz_gxy + shifty*dz_gyy + shiftz*dz_gyz) +\n+ t0z*(shiftx*dz_gxz + shifty*dz_gyz + shiftz*dz_gzz) +\n+ rhohstarW2*invalp*(vlowx*dz_betax + vlowy*dz_betay + vlowz*dz_betaz) -\n+ bt*(bxlow*dz_betax + bylow*dz_betay + bzlow*dz_betaz);\n+\n+ densrhs[ijk] = 0.0;\n+ srhs[ijk] = alp[ijk]*sqrtdet*sx_source;\n+ srhs[ijk + N] = alp[ijk]*sqrtdet*sy_source;\n+ srhs[ijk + 2*N] = alp[ijk]*sqrtdet*sz_source;\n+ taurhs[ijk] = alp[ijk]*sqrtdet*tau_source;\n+\n+ if (do_Avec) {\n+\n+ // B^i and A^i both live in cell centers currently\n+ const CCTK_REAL Avcx_source = alp[ijk]*sqrtdet*(velyshift*Bvecz[ijk] - velzshift*Bvecy[ijk]);\n+ const CCTK_REAL Avcy_source = alp[ijk]*sqrtdet*(velzshift*Bvecx[ijk] - velxshift*Bvecz[ijk]);\n+ const CCTK_REAL Avcz_source = alp[ijk]*sqrtdet*(velxshift*Bvecy[ijk] - velyshift*Bvecx[ijk]);\n+\n+ Avecrhsx[ijk] = Avcx_source;\n+ Avecrhsy[ijk] = Avcy_source;\n+ Avecrhsz[ijk] = Avcz_source;\n+\n+ }\n+\n+ if(do_clean_divergence) {\n+ \n+ // g^{jk} d_i g_{kj} = d_i (g) / det\n+ const CCTK_REAL dx_det_bydet = uxx*dx_gxx + uyy*dx_gyy + uzz*dx_gzz +\n+ two*(uxy*dx_gxy+uxz*dx_gxz+uyz*dx_gyz);\n+ const CCTK_REAL dy_det_bydet = uxx*dy_gxx + uyy*dy_gyy + uzz*dy_gzz +\n+ two*(uxy*dy_gxy+uxz*dy_gxz+uyz*dy_gyz);\n+ const CCTK_REAL dz_det_bydet = uxx*dz_gxx + uyy*dz_gyy + uzz*dz_gzz +\n+ two*(uxy*dz_gxy+uxz*dz_gxz+uyz*dz_gyz);\n+\n+ // g^{ik} d_k g_{li}\n+ const CCTK_REAL gdg_x = uxx*dx_gxx + uxy*dy_gxx + uxz*dz_gxx +\n+ uxy*dx_gxy + uyy*dy_gxy + uyz*dz_gxy +\n+ uxz*dx_gxz + uyz*dy_gxz + uzz*dz_gxz;\n+\n+ const CCTK_REAL gdg_y = uxx*dx_gxy + uxy*dy_gxy + uxz*dz_gxy +\n+ uxy*dx_gyy + uyy*dy_gyy + uyz*dz_gyy +\n+ uxz*dx_gyz + uyz*dy_gyz + uzz*dz_gyz;\n+\n+ const CCTK_REAL gdg_z = uxx*dx_gxz + uxy*dy_gxz + uxz*dz_gxz +\n+ uxy*dx_gyz + uyy*dy_gyz + uyz*dz_gyz +\n+ uxz*dx_gzz + uyz*dy_gzz + uzz*dz_gzz;\n+\n+ CCTK_REAL bvcx_source, bvcy_source, bvcz_source;\n+ psidcrhs[ijk] = -one * (kap_dc*alp[ijk] + \n+ dx_betax + dy_betay + dz_betaz ) * psidc[ijk] + \n+ Bconsx[ijk] * (dx_alp - half*alp[ijk] * \n+ ( uxx*dx_gxx + uyy*dx_gyy + uzz*dx_gzz + two*uxy*dx_gxy + \n+ two*uxz*dx_gxz + two*uyz*dx_gyz ) )*invsqrtdet + \n+ Bconsy[ijk] * (dy_alp - half*alp[ijk] * \n+ ( uxx*dy_gxx + uyy*dy_gyy + uzz*dy_gzz + two*uxy*dy_gxy + \n+ two*uxz*dy_gxz + two*uyz*dy_gyz ) )*invsqrtdet + \n+ Bconsz[ijk] * (dz_alp - half*alp[ijk] * \n+ ( uxx*dz_gxx + uyy*dz_gyy + uzz*dz_gzz + two*uxy*dz_gxy + \n+ two*uxz*dz_gxz + two*uyz*dz_gyz ) )*invsqrtdet;\n+\n+ bvcx_source = -one * ( Bconsx[ijk]*dx_betax + \n+ Bconsy[ijk]*dy_betax + Bconsz[ijk]*dz_betax ) + \n+ psidc[ijk]*sqrtdet*(( uxx*dx_alp+uxy*dy_alp+uxz*dz_alp ) + \n+ alp[ijk]*(half*( uxx*dx_det_bydet + \n+ uxy*dy_det_bydet + uxz*dz_det_bydet) - \n+ ( uxx*gdg_x + uxy*gdg_y + uxz*gdg_z )));\n+\n+ bvcy_source = -one * ( Bconsx[ijk]*dx_betay + \n+ Bconsy[ijk]*dy_betay + Bconsz[ijk]*dz_betay ) + \n+ psidc[ijk]*sqrtdet*(( uxy*dx_alp+uyy*dy_alp+uyz*dz_alp ) + \n+ alp[ijk]*(half*( uxy*dx_det_bydet + \n+ uyy*dy_det_bydet + uyz*dz_det_bydet ) - \n+ ( uxy*gdg_x + uyy*gdg_y + uyz*gdg_z )));\n+\n+ bvcz_source = -one * ( Bconsx[ijk]*dx_betaz + \n+ Bconsy[ijk]*dy_betaz + Bconsz[ijk]*dz_betaz ) + \n+ psidc[ijk]*sqrtdet*(( uxz*dx_alp+uyz*dy_alp+uzz*dz_alp ) + \n+ alp[ijk]*(half*( uxz*dx_det_bydet + \n+ uyz*dy_det_bydet + uzz*dz_det_bydet ) - \n+ ( uxz*gdg_x + uyz*gdg_y + uzz*gdg_z )));\n+\n+ Bconsrhsx[ijk] = bvcx_source;\n+ Bconsrhsy[ijk] = bvcy_source;\n+ Bconsrhsz[ijk] = bvcz_source;\n+ } // if(do_clean_divergence)\n+\n+ } // for(i\n+ } // for(j\n+ } // for(k\n+\n+#if(0) // poison edges of domain\n+ static int last_iteration_seen = -1;\n+ static int reflevel = -1;\n+ static int mol_substep;\n+ if(last_iteration_seen != cctk_iteration || reflevel != *GRHydro_reflevel) {\n+ last_iteration_seen = cctk_iteration;\n+ reflevel = *GRHydro_reflevel;\n+ mol_substep = 0;\n+ } else {\n+ mol_substep += 1;\n+ }\n+ for(k = 0 ; k < GRHydro_stencil*mol_substep ; ++k) {\n+ for(j = 0 ; j < cctk_ash[1] ; ++j) {\n+ for(i = 0 ; i < cctk_ash[0] ; ++i) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+ for(k = cctk_ash[2]-GRHydro_stencil*mol_substep ; k < cctk_ash[2] ; ++k) {\n+ for(j = 0 ; j < cctk_ash[1] ; ++j) {\n+ for(i = 0 ; i < cctk_ash[0] ; ++i) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+ for(i = 0 ; i < GRHydro_stencil*mol_substep ; ++i) {\n+ for(k = 0 ; k < cctk_ash[2] ; ++k) {\n+ for(j = 0 ; j < cctk_ash[1] ; ++j) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+ for(i = cctk_ash[0]-GRHydro_stencil*mol_substep ; i < cctk_ash[0] ; ++i) {\n+ for(k = 0 ; k < cctk_ash[2] ; ++k) {\n+ for(j = 0 ; j < cctk_ash[1] ; ++j) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+ for(j = 0 ; j < GRHydro_stencil*mol_substep ; ++j) {\n+ for(i = 0 ; i < cctk_ash[0] ; ++i) {\n+ for(k = 0 ; k < cctk_ash[2] ; ++k) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+ for(j = cctk_ash[1]-GRHydro_stencil*mol_substep ; j < cctk_ash[1] ; ++j) {\n+ for(i = 0 ; i < cctk_ash[0] ; ++i) {\n+ for(k = 0 ; k < cctk_ash[2] ; ++k) {\n+ dens[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Scon[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ tau[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ if(do_mhd) {\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,0)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,1)] = -1e100\n+ Bcons[CCTK_VECTGFINDEX3D(i,j,k,2)] = -1e100\n+ }\n+ if(do_clean_divergene)\n+ psidc[CCTK_GFINDEX3D(i,j,k)] = -1e100\n+ }\n+ }\n+ }\n+#endif\n+}\n+\n+extern \"C\" void SourceTerms(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ void (*sources)(CCTK_ARGUMENTS) = NULL;\n+ const bool do_Avec = CCTK_EQUALS(Bvec_evolution_method, \"GRHydro_Avec\");\n+#define T(e,t) (!!(e)==(t))\n+#define T3(t1,t2,t3) \\\n+ (T(*evolve_MHD,t1) && \\\n+ T(clean_divergence,t2) && \\\n+ T(do_Avec,t3))\n+#define SET_SOURCES(df,t1,t2,t3) \\\n+ if(T3(t1,t2,t3)) \\\n+ sources=SourceTerms_LL<df,t1,t2,t3>;\n+ enum do_t {noMHD=0,MHD=1,noDC=0,DC=1,noAVec=0,AVec=1};\n+\n+ // order of arguments:\n+ // do_MHD do_clean_divergence do_Avec\n+ if(sources_spatial_order == 4) {\n+ // no MHD\n+ SET_SOURCES(alldiff4,noMHD,noDC,noAVec)\n+\n+ // not all combinations make sense for MHD, we list the ones that do\n+ SET_SOURCES(alldiff4, MHD,noDC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff4, MHD, DC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff4, MHD, DC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff4, MHD,noDC, AVec)\n+ } else if(sources_spatial_order == 2) {\n+ // no MHD\n+ SET_SOURCES(alldiff2,noMHD,noDC,noAVec)\n+\n+ // not all combinations make sense for MHD, we list the ones that do\n+ SET_SOURCES(alldiff2, MHD,noDC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff2, MHD, DC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff2, MHD, DC,noAVec)\n+ SET_SOURCES(alldiff2, MHD,noDC, AVec)\n+ }\n+\n+ if(sources == NULL) {\n+ CCTK_VError(__LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING, \n+ \"No source terms can be computed for combination \"\n+ \"do_mhd = %d \"\n+ \"do_clean_divergence = %d \"\n+ \"do_Avec = %d sources_spatial_order = %d\",\n+ int(*evolve_MHD),\n+ int(clean_divergence),\n+ int(do_Avec), int(sources_spatial_order));\n+ }\n+\n+ // do some non-time critial operations here to reduce the number of templates \n+ if(transport_constraints) {\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+ // not much need to OpenMP parallelize this since it is pure memory access\n+ // and memset is highly optimized\n+ memset(Evec, 0, sizeof(Evec[0])*3*N);\n+ // I think IEEE requires an all zero byte double to be 0.\n+ assert(Evec[0] == 0.);\n+ }\n+ if(*evolve_Y_e) {\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+ // not much need to OpenMP parallelize this since it is pure memory access\n+ // and memset is highly optimized\n+ memset(Y_e_con_rhs, 0, sizeof(Y_e_con_rhs[0])*N);\n+ // I think IEEE requires an all zero byte double to be 0.\n+ assert(Y_e_con_rhs[0] == 0.);\n+ }\n+ if(number_of_tracers>0) {\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+ // not much need to OpenMP parallelize this since it is pure memory access\n+ // and memset is highly optimized\n+ memset(cons_tracerrhs, 0, sizeof(cons_tracerrhs[0])*number_of_tracers*N);\n+ // I think IEEE requires an all zero byte double to be 0.\n+ assert(cons_tracerrhs[0] == 0.);\n+ }\n+ if(*evolve_entropy) {\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+ // not much need to OpenMP parallelize this since it is pure memory access\n+ // and memset is highly optimized\n+ memset(entropyrhs, 0, sizeof(entropyrhs[0])*N);\n+ // I think IEEE requires an all zero byte double to be 0.\n+ assert(entropyrhs[0] == 0.);\n+ }\n+ if(track_divB) {\n+ const int N = cctk_ash[0]*cctk_ash[1]*cctk_ash[2];\n+ // not much need to OpenMP parallelize this since it is pure memory access\n+ // and memset is highly optimized\n+ memset(divB, 0, sizeof(divB[0])*N);\n+ // I think IEEE requires an all zero byte double to be 0.\n+ assert(divB[0] == 0.);\n+ }\n+\n+ sources(CCTK_PASS_CTOC);\n+}\n+\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr19
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_RiemannSolveAM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#19)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 19,
"issue_title": "Add missing GRHydro_RiemannSolveAM.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_RiemannSolveAM.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 19,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_RiemannSolveAM.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_RiemannSolveAM.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-19",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_RiemannSolveAM.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_RiemannSolveAM.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_RiemannSolveAM.F90\n@@ -0,0 +1,142 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_RiemannSolveAM.F90\n+ @date Sep 1, 2010\n+ @author \n+ @desc \n+ A wrapper routine to call the correct Riemann solver\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#include \"GRHydro_Macros.h\"\n+\n+ /*@@\n+ @routine RiemannSolveAM\n+ @date Sep 1, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Pedro Montero, Ian Hawke\n+ @desc \n+ A wrapper routine to switch between the different Riemann solvers.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine RiemannSolveAM(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"HLLE\").or.CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"LLF\")) then\n+ \n+ call GRHydro_HLLE_AM(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+ if (evolve_tracer .ne. 0) then\n+ \n+!!$ There are no special calls for tracers, which care not one whit about B-fields! \n+!!$ Just call the standard version...\n+ \n+ call GRHydro_HLLE_Tracer(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+ end if\n+ \n+!!$ else if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"Roe\")) then \n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_RoeSolveAM(CCTK_PASS_FTOF)\n+!!$\n+!!$ if (evolve_tracer .ne. 0) then\n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_HLLE_Tracer(CCTK_PASS_FTOF)\n+!!$\n+!!$ end if\n+!!$ \n+!!$ else if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"Marquina\")) then \n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_MarquinaM(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+!!$ Tracers are built directly in to the Marquina solver\n+ \n+ else\n+ \n+ call CCTK_ERROR(\"Roe and Marquina not implemented in MHD yet!!!\")\n+ STOP\n+ \n+ end if\n+ \n+end subroutine RiemannSolveAM\n+\n+ /*@@\n+ @routine RiemannSolvePolytypeAM\n+ @date Sep 1, 2010\n+ @author Joshua Faber, Scott Noble, Bruno Mundim, Ian Hawke\n+ @desc \n+ The same as above, just specializing to polytropic type EOS.\n+ Currently there is no point to this routine right now.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+\n+subroutine RiemannSolvePolytypeAM(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"HLLE\")) then\n+ \n+ call GRHydro_HLLE_AM(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+ if (evolve_tracer .ne. 0) then\n+ \n+!!$ Call the non-MHD version - see above\n+ \n+ call GRHydro_HLLE_Tracer(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+ end if\n+ \n+!!$ else if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"Roe\")) then \n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_RoeSolve(CCTK_PASS_FTOF)\n+!!$\n+!!$ if (evolve_tracer .ne. 0) then\n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_HLLE_Tracer(CCTK_PASS_FTOF)\n+!!$\n+!!$ end if\n+!!$ \n+!!$ else if (CCTK_EQUALS(riemann_solver,\"Marquina\")) then \n+!!$ \n+!!$ call GRHydro_Marquina(CCTK_PASS_FTOF)\n+ \n+!!$ Tracers are built directly in to the Marquina solver\n+ \n+ else\n+ \n+ call CCTK_ERROR(\"Roe and Marquina not implemented in MHD yet!!!\")\n+ STOP\n+\n+ end if\n+ \n+end subroutine RiemannSolvePolytypeAM\n+\n+\n+\n+\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr2
|
multi_swe_bench
|
Add missing WaveMoLRegister.c in CactusExamples/WaveMoL (einsteintoolkit/Cactus#2)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 2,
"issue_title": "Add missing WaveMoLRegister.c in CactusExamples/WaveMoL",
"issue_body": "This PR adds the missing source file WaveMoLRegister.c to complete the CactusExamples/WaveMoL thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 2,
"title": "Implement the full functionality of WaveMoL",
"body": "Please implement the full functionality of `WaveMoL` by finishing the code in `WaveMoLRegister.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: WaveMoL\n- Target file: WaveMoLRegister.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-2",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/CactusExamples/WaveMoL/src/WaveMoLRegister.c b/arrangements/CactusExamples/WaveMoL/src/WaveMoLRegister.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/CactusExamples/WaveMoL/src/WaveMoLRegister.c\n@@ -0,0 +1,93 @@\n+ /*@@\n+ @file WaveMoLRegister.c\n+ @date Fri Nov 9 13:47:07 2001\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ Routine to register the variables with the MoL thorn.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+static const char *rcsid = \"$Header$\";\n+\n+CCTK_FILEVERSION(CactusExamples_WaveMoL_WaveMoLRegister_c)\n+\n+/*\n+#ifndef DEBUG_MOL\n+#define DEBUG_MOL\n+#endif\n+*/\n+\n+void WaveMoL_RegisterVars(CCTK_ARGUMENTS);\n+\n+ /*@@\n+ @routine WaveMoL_RegisterVars\n+ @date Fri Nov 9 13:47:41 2001\n+ @author Ian Hawke\n+ @desc \n+ The registration routine.\n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+void WaveMoL_RegisterVars(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ CCTK_INT ierr = 0, group, rhs, var;\n+\n+ group = CCTK_GroupIndex(\"wavemol::scalarevolvemol_scalar\");\n+ rhs = CCTK_GroupIndex(\"wavemol::scalarrhsmol_scalar\");\n+\n+ if (CCTK_IsFunctionAliased(\"MoLRegisterEvolvedGroup\"))\n+ {\n+ ierr += MoLRegisterEvolvedGroup(group, rhs);\n+ }\n+ else\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"MoL function not aliased\");\n+ ierr++;\n+ }\n+\n+ group = CCTK_GroupIndex(\"wavemol::scalarevolvemol_vector\");\n+ rhs = CCTK_GroupIndex(\"wavemol::scalarrhsmol_vector\");\n+\n+ if (CCTK_IsFunctionAliased(\"MoLRegisterEvolvedGroup\"))\n+ {\n+ ierr += MoLRegisterEvolvedGroup(group, rhs);\n+ }\n+ else\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"MoL function MoLRegisterEvolvedGroup not aliased\");\n+ ierr++;\n+ }\n+\n+ var = CCTK_VarIndex(\"wavemol::energy\");\n+\n+ if (CCTK_IsFunctionAliased(\"MoLRegisterConstrained\"))\n+ {\n+ ierr += MoLRegisterConstrained(var);\n+ }\n+ else\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"MoL function MoLRegisterConstrained not aliased\");\n+ ierr++;\n+ } \n+ \n+ if (ierr) CCTK_WARN(0,\"Problems registering with MoL\");\n+\n+#ifdef DEBUG_MOL\n+ printf(\"If we've got this far, then we've done with wavetoy registration.\\n\");\n+#endif \n+\n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+gaussian",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr20
|
multi_swe_bench
|
Add missing gauge.F in EinsteinInitialData/Exact (einsteintoolkit/Cactus#20)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 20,
"issue_title": "Add missing gauge.F in EinsteinInitialData/Exact",
"issue_body": "This PR adds the missing source file gauge.F to complete the EinsteinInitialData/Exact thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 20,
"title": "Implement the full functionality of Exact",
"body": "Please implement the full functionality of `Exact` by finishing the code in `gauge.F`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Exact\n- Target file: gauge.F\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-20",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/gauge.F b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/gauge.F\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/gauge.F\n@@ -0,0 +1,187 @@\n+C This routine sets the lapse and/or shift by calling a routine\n+C that does it pointwise. Note that it could be easily modified\n+C to set the Bona-Masso variables B_xx etc. \n+C $Header$\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+ subroutine Exact__gauge(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ integer i,j,k\n+ integer nx,ny,nz\n+ logical set_lapse, set_dtlapse, set_shift, set_dtshift\n+\n+ CCTK_REAL tt, xx, yy, zz\n+ CCTK_REAL gxxtmp, gyytmp, gzztmp, \n+ $ gxytmp, gyztmp, gxztmp,\n+ $ hxxtmp, hyytmp, hzztmp, \n+ $ hxytmp, hyztmp, hxztmp,\n+ $ dxgxxtmp, dxgyytmp, dxgzztmp, \n+ $ dxgxytmp, dxgyztmp, dxgxztmp,\n+ $ dygxxtmp, dygyytmp, dygzztmp, \n+ $ dygxytmp, dygyztmp, dygxztmp,\n+ $ dzgxxtmp, dzgyytmp, dzgzztmp, \n+ $ dzgxytmp, dzgyztmp, dzgxztmp,\n+ $ alptmp, dtalptmp, axtmp, aytmp, aztmp, \n+ $ betaxtmp, betaytmp, betaztmp,\n+ $ dtbetaxtmp, dtbetaytmp, dtbetaztmp,\n+ $ bxxtmp, bxytmp, bxztmp, \n+ $ byxtmp, byytmp, byztmp, \n+ $ bzxtmp, bzytmp, bzztmp\n+ CCTK_REAL\n+ $ exact_psi,\n+ $ exact_psix, exact_psiy, exact_psiz,\n+ $ exact_psixx, exact_psiyy, exact_psizz,\n+ $ exact_psixy, exact_psiyz, exact_psixz\n+ LOGICAL is_initial_slice, is_later_slice\n+\n+C are we on the initial slice or some later slice?\n+C n.b. the logical expressions later in this function involving\n+C these flags below would be *so* much nicer if Fortran\n+C grokked C-style conditional expressions... :) :)\n+ is_initial_slice = cctk_iteration .eq. 0\n+ is_later_slice = cctk_iteration .ne. 0\n+\n+C Grid parameters.\n+ nx = cctk_lsh(1)\n+ ny = cctk_lsh(2)\n+ nz = cctk_lsh(3)\n+\n+C This code used to set t = time + dt/2 to get 2nd order accuracy,\n+C but this leads to the initial data being set at the wrong time. :(\n+C In the context of MoL, we want to set variables at the standard Cactus\n+C time (cctk_time), because MoL takes care of calling us at each MoL\n+C iteration, and updating the field variables appropriately.\n+C\n+C Alas, setting at cctk_time probably gives O(dt) errors for non-MoL\n+C evoutions where Exact is used to set stuff at each time step.\n+C Fixing this [unless we just declare all non-MoL stuff obselete :) ]\n+C probably requires cleaning up our (++messy) schedule.ccl , which\n+C is why this remains a bug for now... :( :(\n+\n+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC\n+\n+C\n+C Set lapse and/or shift?\n+C\n+ if ( is_initial_slice ) then\n+ set_lapse = CCTK_Equals(initial_lapse, \"exact\").ne.0\n+ set_shift = CCTK_Equals(initial_shift, \"exact\").ne.0\n+ set_dtlapse = CCTK_Equals(initial_dtlapse, \"exact\").ne.0\n+ set_dtshift = CCTK_Equals(initial_dtshift, \"exact\").ne.0\n+ end if\n+ if ( is_later_slice ) then\n+ set_lapse = CCTK_Equals(lapse_evolution_method, \"exact\").ne.0\n+ set_shift = CCTK_Equals(shift_evolution_method, \"exact\").ne.0\n+ set_dtlapse = CCTK_Equals(dtlapse_evolution_method, \"exact\").ne.0\n+ set_dtshift = CCTK_Equals(dtshift_evolution_method, \"exact\").ne.0\n+ end if\n+\n+ if ( set_lapse .or. set_shift .or. set_dtlapse .or. set_dtshift) then\n+\n+C$omp parallel do private (\n+C$omp$ i, j, k,\n+C$omp$ tt, xx, yy, zz,\n+C$omp$ alptmp, dtalptmp, axtmp, aytmp, aztmp, \n+C$omp$ betaxtmp, betaytmp, betaztmp,\n+C$omp$ dtbetaxtmp, dtbetaytmp, dtbetaztmp,\n+C$omp$ bxxtmp, bxytmp, bxztmp, \n+C$omp$ byxtmp, byytmp, byztmp, \n+C$omp$ bzxtmp, bzytmp, bzztmp,\n+C$omp$ dxgxxtmp, dxgyytmp, dxgzztmp, \n+C$omp$ dxgxytmp, dxgyztmp, dxgxztmp,\n+C$omp$ dygxxtmp, dygyytmp, dygzztmp, \n+C$omp$ dygxytmp, dygyztmp, dygxztmp,\n+C$omp$ dzgxxtmp, dzgyytmp, dzgzztmp, \n+C$omp$ dzgxytmp, dzgyztmp, dzgxztmp,\n+C$omp$ exact_psi,\n+C$omp$ exact_psix, exact_psiy, exact_psiz,\n+C$omp$ exact_psixx, exact_psiyy, exact_psizz,\n+C$omp$ exact_psixy, exact_psiyz, exact_psixz)\n+ do k=1,nz\n+ do j=1,ny\n+ do i=1,nx\n+\n+ tt = cctk_time\n+ xx = x(i,j,k) - cctk_time * shift_add_x\n+ yy = y(i,j,k) - cctk_time * shift_add_y\n+ zz = z(i,j,k) - cctk_time * shift_add_z\n+\n+C Initialize the psi of exact\n+C (also to tell the models about the conformal_state)\n+ if (conformal_state .ne. 0) then\n+ exact_psi = 1.0D0\n+ else\n+ exact_psi = 0.0D0\n+ end if\n+ exact_psix = 0.0D0\n+ exact_psiy = 0.0D0\n+ exact_psiz = 0.0D0\n+ exact_psixx = 0.0D0\n+ exact_psiyy = 0.0D0\n+ exact_psizz = 0.0D0\n+ exact_psixy = 0.0D0\n+ exact_psiyz = 0.0D0\n+ exact_psixz = 0.0D0\n+\n+ call Exact__Bona_Masso_data(\n+ $ decoded_exact_model,\n+ $ xx, yy, zz, tt,\n+ $ gxxtmp, gyytmp, gzztmp, \n+ $ gxytmp, gyztmp, gxztmp,\n+ $ hxxtmp, hyytmp, hzztmp, \n+ $ hxytmp, hyztmp, hxztmp,\n+ $ exact_psi,\n+ $ exact_psix, exact_psiy, exact_psiz,\n+ $ exact_psixx, exact_psiyy, exact_psizz,\n+ $ exact_psixy, exact_psiyz, exact_psixz,\n+ $ dxgxxtmp, dxgyytmp, dxgzztmp, \n+ $ dxgxytmp, dxgyztmp, dxgxztmp,\n+ $ dygxxtmp, dygyytmp, dygzztmp, \n+ $ dygxytmp, dygyztmp, dygxztmp,\n+ $ dzgxxtmp, dzgyytmp, dzgzztmp, \n+ $ dzgxytmp, dzgyztmp, dzgxztmp,\n+ $ alptmp, dtalptmp, axtmp, aytmp, aztmp, \n+ $ betaxtmp, betaytmp, betaztmp,\n+ $ dtbetaxtmp, dtbetaytmp, dtbetaztmp,\n+ $ bxxtmp, bxytmp, bxztmp, \n+ $ byxtmp, byytmp, byztmp, \n+ $ bzxtmp, bzytmp, bzztmp)\n+\n+ if ( set_lapse ) then\n+ alp(i,j,k) = alptmp\n+ end if\n+ if ( set_shift ) then\n+ betax(i,j,k) = betaxtmp + shift_add_x\n+ betay(i,j,k) = betaytmp + shift_add_y\n+ betaz(i,j,k) = betaztmp + shift_add_z\n+ end if\n+ if ( set_dtlapse ) then\n+ dtalp(i,j,k) = dtalptmp\n+ end if\n+ if ( set_dtshift ) then\n+ dtbetax(i,j,k) = dtbetaxtmp\n+ dtbetay(i,j,k) = dtbetaytmp\n+ dtbetaz(i,j,k) = dtbetaztmp\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+\n+CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC\n+\n+ else\n+ call CCTK_WARN(1,'Exact__gauge has been called without doing anything')\n+ end if\n+\n+ return\n+ end"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+Schwarzschild_EF\n+bowl-init",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr21
|
multi_swe_bench
|
Add missing metrics/de_Sitter.F in EinsteinInitialData/Exact (einsteintoolkit/Cactus#21)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 21,
"issue_title": "Add missing metrics/de_Sitter.F in EinsteinInitialData/Exact",
"issue_body": "This PR adds the missing source file metrics/de_Sitter.F to complete the EinsteinInitialData/Exact thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 21,
"title": "Implement the full functionality of Exact",
"body": "Please implement the full functionality of `Exact` by finishing the code in `metrics/de_Sitter.F`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Exact\n- Target file: metrics/de_Sitter.F\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-21",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/de_Sitter.F b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/de_Sitter.F\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/de_Sitter.F\n@@ -0,0 +1,79 @@\n+C Einstein-DeSitter metric spacetime !!!!\n+C It emulates the Robertson-Walker universe\n+C near t=0, with zero pressure, and k=0\n+C See :J.N. Islam, An Introduction to \n+C Mathematical Cosmology, Cambridge, 1992 and \n+C S. Hawking, G.F.R. Ellis, The Large Scale\n+C Structure of space-time, Cambridge, 1973\n+C\n+C Author : D. Vulcanov (Timisoara, Romania)\n+C see ../../README for copyright & licensing info\n+C\n+C $Header$\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+ subroutine Exact__de_Sitter(\n+ $ x, y, z, t,\n+ $ gdtt, gdtx, gdty, gdtz, \n+ $ gdxx, gdyy, gdzz, gdxy, gdyz, gdzx,\n+ $ gutt, gutx, guty, gutz, \n+ $ guxx, guyy, guzz, guxy, guyz, guzx,\n+ $ psi, Tmunu_flag)\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+c input arguments\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, x,)\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, y,)\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, z,)\n+ CCTK_REAL t\n+\n+c output arguments\n+ CCTK_REAL gdtt, gdtx, gdty, gdtz, \n+ $ gdxx, gdyy, gdzz, gdxy, gdyz, gdzx,\n+ $ gutt, gutx, guty, gutz, \n+ $ guxx, guyy, guzz, guxy, guyz, guzx\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, psi,)\n+ LOGICAL Tmunu_flag\n+\n+c local variables\n+ CCTK_REAL arad\n+ CCTK_REAL am\n+\n+C This model has a cosmological constant\n+C ==> it sets the stress-energy tensor in the \"CalcTmunu\" code\n+ Tmunu_flag = .true.\n+\n+ arad = de_Sitter__scale\n+ \n+ am=arad*t**(4.0D0/3.0D0) \n+\n+ gdtt = -1.0D0 \n+ gdtx = 0.0D0 \n+ gdty = 0.0D0\n+ gdtz = 0.0D0\n+ gdxx = am\n+ gdyy = am\n+ gdzz = am\n+ gdxy = 0.d0\n+ gdyz = 0.d0\n+ gdzx = 0.d0\n+\n+ gutt = -1.d0\n+ gutx = 0.d0\n+ guty = 0.d0\n+ gutz = 0.d0\n+ guxx = 1.d0/am\n+ guyy = 1.d0/am\n+ guzz = 1.d0/am\n+ guxy = 0.d0\n+ guyz = 0.d0\n+ guzx = 0.d0\n+\n+\n+ return\n+ end"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+Schwarzschild_EF\n+bowl-init",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr22
|
multi_swe_bench
|
Add missing metrics/Schwarzschild_EF.F in EinsteinInitialData/Exact (einsteintoolkit/Cactus#22)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 22,
"issue_title": "Add missing metrics/Schwarzschild_EF.F in EinsteinInitialData/Exact",
"issue_body": "This PR adds the missing source file metrics/Schwarzschild_EF.F to complete the EinsteinInitialData/Exact thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 22,
"title": "Implement the full functionality of Exact",
"body": "Please implement the full functionality of `Exact` by finishing the code in `metrics/Schwarzschild_EF.F`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Exact\n- Target file: metrics/Schwarzschild_EF.F\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-22",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/Schwarzschild_EF.F b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/Schwarzschild_EF.F\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinInitialData/Exact/src/metrics/Schwarzschild_EF.F\n@@ -0,0 +1,75 @@\n+c Schwarzschild metric in Eddington-Finkelstein coordinates,\n+c as per MTW box 31.2\n+C\n+C Author: unknown\n+C Copyright/License: unknown\n+C\n+c $Header$\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+ subroutine Exact__Schwarzschild_EF(\n+ $ x, y, z, t,\n+ $ gdtt, gdtx, gdty, gdtz, \n+ $ gdxx, gdyy, gdzz, gdxy, gdyz, gdzx,\n+ $ gutt, gutx, guty, gutz, \n+ $ guxx, guyy, guzz, guxy, guyz, guzx,\n+ $ psi, Tmunu_flag)\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+c input arguments\n+ CCTK_REAL x, y, z\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, t,)\n+\n+c output arguments\n+ CCTK_REAL gdtt, gdtx, gdty, gdtz, \n+ $ gdxx, gdyy, gdzz, gdxy, gdyz, gdzx,\n+ $ gutt, gutx, guty, gutz, \n+ $ guxx, guyy, guzz, guxy, guyz, guzx\n+ CCTK_DECLARE(CCTK_REAL, psi,)\n+ LOGICAL Tmunu_flag\n+\n+c local static variables\n+ CCTK_REAL eps, m\n+\n+c local variables\n+ CCTK_REAL r\n+\n+C This is a vacuum spacetime with no cosmological constant\n+ Tmunu_flag = .false.\n+\n+C Get parameters of the exact solution.\n+\n+ eps = Schwarzschild_EF__epsilon\n+ m = Schwarzschild_EF__mass\n+\n+ r = max(sqrt(x**2 + y**2 + z**2), eps)\n+\n+ gdtt = - (1.d0 - 2.d0 * m / r)\n+ gdtx = 2.d0 * m * x / r**2\n+ gdty = 2.d0 * m * y / r**2\n+ gdtz = 2.d0 * m * z / r**2\n+ gdxx = 1.d0 + 2.d0 * m * x**2 / r**3\n+ gdyy = 1.d0 + 2.d0 * m * y**2 / r**3\n+ gdzz = 1.d0 + 2.d0 * m * z**2 / r**3\n+ gdxy = 2.d0 * m * x * y / r**3\n+ gdyz = 2.d0 * m * y * z / r**3\n+ gdzx = 2.d0 * m * z * x / r**3\n+\n+ gutt = - (1.d0 + 2.d0 * m / r)\n+ gutx = 2.d0 * m * x / r**2\n+ guty = 2.d0 * m * y / r**2\n+ gutz = 2.d0 * m * z / r**2\n+ guxx = 1.d0 - 2.d0 * m * x**2 / r**3\n+ guyy = 1.d0 - 2.d0 * m * y**2 / r**3\n+ guzz = 1.d0 - 2.d0 * m * z**2 / r**3\n+ guxy = - 2.d0 * m * x * y / r**3\n+ guyz = - 2.d0 * m * y * z / r**3\n+ guzx = - 2.d0 * m * z * x / r**3\n+\n+ return\n+ end"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+Schwarzschild_EF\n+bowl-init",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr23
|
multi_swe_bench
|
Add missing Misner_standard.c in EinsteinInitialData/IDAnalyticBH (einsteintoolkit/Cactus#23)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 23,
"issue_title": "Add missing Misner_standard.c in EinsteinInitialData/IDAnalyticBH",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Misner_standard.c to complete the EinsteinInitialData/IDAnalyticBH thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 23,
"title": "Implement the full functionality of IDAnalyticBH",
"body": "Please implement the full functionality of `IDAnalyticBH` by finishing the code in `Misner_standard.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: IDAnalyticBH\n- Target file: Misner_standard.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-23",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/Misner_standard.c b/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/Misner_standard.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/Misner_standard.c\n@@ -0,0 +1,284 @@\n+ /*@@\n+ @file Misner_standard.c\n+ @date March 1997\n+ @author Joan Masso\n+ @desc\n+ Set up initial data for two Misner black holes\n+ @enddesc\n+ @history\n+ @hdate Sun Oct 17 11:05:48 1999 @hauthor Tom Goodale\n+ @hdesc Converted to C\n+ @endhistory\n+ @version $Header$\n+ @@*/\n+\n+#include <math.h>\n+#include <string.h>\n+#include <stdlib.h>\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+#include \"IDAnalyticBH.h\"\n+\n+static const char *rcsid = \"$Header$\";\n+\n+CCTK_FILEVERSION(CactusEinstein_IDAnalyticBH_Misner_standard_c)\n+\n+ /*@@\n+ @routine Misner_standard\n+ @date\n+ @author Joan Masso, Ed Seidel\n+ @desc\n+ Initialize the metric with a time symmetrical\n+ black hole spacetime containing\n+ two axially symmetric misner black holes with a\n+ mass/length parameter mu. The mass is computed.\n+ The spacetime line element has the form:\n+ $$ ds^2 = -dt^2 + \\Psi^4 (dx^2+dy^2+dz^2) $$\n+ and only $\\Psi$ differs.\n+ (Conformal factor from Karen Camarda)\n+ @enddesc\n+\n+ @par mu\n+ @pdesc Misner parameter.\n+ @ptype real\n+ @pcomment Values less than 1.8 do not really correspond to two\n+ black holes, as there is an initial single event horizon\n+ surrounding the throats. So, with low values of mu we also\n+ have distorted single black holes.\n+ @endpar\n+\n+ @par nmax\n+ @pdesc Summation limit for the misner series in the 'twobh' case.\n+ @ptype integer\n+ @endpar\n+ @history\n+ @hdate Fri Apr 26 10:04:05 2002 @hauthor Tom Goodale\n+ @hdesc Changed to use new StaticConformal stuff\n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+void Misner_standard(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+ int i, n;\n+ int npoints;\n+ CCTK_REAL *csch, *coth, inv_r1, inv_r2;\n+ CCTK_REAL x_squared, y_squared, xy_squared;\n+ CCTK_REAL inv_r1_cubed, inv_r2_cubed;\n+ CCTK_REAL inv_r1_5, inv_r2_5;\n+ CCTK_REAL inv_psi;\n+ CCTK_INT powfac;\n+ CCTK_REAL adm_mass;\n+ const CCTK_REAL zero = 0.0, one = 1.0, three = 3.0;\n+ int make_conformal_derivs = 0;\n+\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\n+ \"setting up Misner initial data\");\n+\n+ /* Check if we should create and store conformal factor stuff */\n+ if(CCTK_EQUALS(metric_type, \"static conformal\"))\n+ {\n+ if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 1;\n+ make_conformal_derivs = 0;\n+ }\n+ else if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor+derivs\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 2;\n+ make_conformal_derivs = 1;\n+ }\n+ else if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor+derivs+2nd derivs\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 3;\n+ make_conformal_derivs = 1;\n+ }\n+ else\n+ {\n+ CCTK_VWarn(0, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+\"Misner_Standard(): impossible value for conformal_storage=\\\"%s\\\"!\",\n+ conformal_storage); /*NOTREACHED*/\n+ }\n+ } \n+\n+ /* total number of points on this processor */\n+ npoints = cctk_lsh[0] * cctk_lsh[1] * cctk_lsh[2];\n+\n+\n+ /* Initialize so we can accumulate\n+ * -------------------------------\n+ */\n+ if (make_conformal_derivs)\n+ {\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psix);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiz);\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixx);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiyy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiyz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psizz);\n+ }\n+ }\n+\n+ csch = (CCTK_REAL *) malloc (2 * (nmax + 1) * sizeof (CCTK_REAL));\n+ coth = csch + nmax + 1;\n+\n+ /* compute the ADM mass\n+ * --------------------\n+ */\n+ adm_mass = zero;\n+ for(n = 1; n <= nmax; n++)\n+ {\n+ csch[n] = one / sinh(mu*n);\n+ coth[n] = one / tanh(mu*n);\n+ adm_mass += 4.0 * csch[n];\n+ }\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING, \"ADM mass is %f\", (double) adm_mass);\n+\n+\n+ for(i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ psi [i] = one;\n+\n+ x_squared = SQR(x[i]);\n+ y_squared = SQR(y[i]);\n+ xy_squared = x_squared + y_squared;\n+\n+ for(n = nmax; n >= 1; n--)\n+ {\n+ inv_r1 = one / sqrt(xy_squared+SQR(z[i]+coth[n]));\n+ inv_r2 = one / sqrt(xy_squared+SQR(z[i]-coth[n]));\n+\n+ psi[i] += csch[n]*(inv_r1 + inv_r2);\n+\n+ if (make_conformal_derivs)\n+ {\n+ inv_r1_cubed = inv_r1 * inv_r1 * inv_r1;\n+ inv_r2_cubed = inv_r2 * inv_r2 * inv_r2;\n+ inv_r1_5 = inv_r1 * inv_r1 * inv_r1_cubed;\n+ inv_r2_5 = inv_r2 * inv_r2 * inv_r2_cubed;\n+ psix[i] += -x[i] * (inv_r2_cubed + inv_r1_cubed) * csch[n];\n+ psiy[i] += -y[i] * (inv_r2_cubed + inv_r1_cubed) * csch[n];\n+ psiz[i] += (-(z[i]-coth[n])*inv_r2_cubed - (z[i]+coth[n])*inv_r1_cubed) * csch[n];\n+\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ psixx[i] += (three*x_squared*(inv_r1_5 + inv_r2_5)\n+ - inv_r1_cubed - inv_r2_cubed) * csch[n];\n+ psixy[i] += three*x[i]*y[i]*(inv_r1_5 + inv_r2_5) * csch[n];\n+ psixz[i] += (three*x[i]*(z[i] - coth[n])*inv_r2_5\n+ + three*x[i]*(z[i] + coth[n])*inv_r1_5) * csch[n];\n+ psiyy[i] += (three*y_squared*(inv_r1_5 + inv_r2_5)\n+ - inv_r1_cubed - inv_r2_cubed) * csch[n];\n+ psiyz[i] += (three*y[i]*(z[i] - coth[n])*inv_r2_5\n+ + three*y[i]*(z[i] + coth[n])*inv_r1_5) * csch[n];\n+ psizz[i] += (-inv_r2_cubed+three*SQR(z[i] - coth[n])*inv_r2_5\n+ + three*SQR(z[i] + coth[n])*inv_r1_5 - inv_r1_cubed) * csch[n];\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Cactus convention\n+ * -----------------\n+ */\n+ if (make_conformal_derivs)\n+ {\n+ inv_psi = one / psi[i];\n+\n+ psix[i] *= inv_psi;\n+ psiy[i] *= inv_psi;\n+ psiz[i] *= inv_psi;\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ psixx[i] *= inv_psi;\n+ psixy[i] *= inv_psi;\n+ psixz[i] *= inv_psi;\n+ psiyy[i] *= inv_psi;\n+ psiyz[i] *= inv_psi;\n+ psizz[i] *= inv_psi;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Should initialize lapse to Cadez value if possible\n+ * --------------------------------------------------\n+ */\n+\n+ if (CCTK_Equals(initial_lapse,\"cadez\"))\n+ {\n+ CCTK_INFO(\"Initialise with cadez lapse\");\n+\n+ for(i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ xy_squared = SQR(x[i]) + SQR(y[i]);\n+\n+ alp[i] = one;\n+\n+ powfac = 1;\n+\n+ for(n = 1; n <= nmax; n++)\n+ {\n+ inv_r1 = one / sqrt(xy_squared+SQR(z[i]+coth[n]));\n+ inv_r2 = one / sqrt(xy_squared+SQR(z[i]-coth[n]));\n+ powfac = -powfac;\n+\n+ alp[i] += powfac * csch[n] * (inv_r1 + inv_r2);\n+ }\n+\n+ alp[i] /= psi[i];\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Metric depends on conformal state\n+ * ---------------------------------\n+ */\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(metric_type, \"static conformal\"))\n+ {\n+ for(i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ gxx[i] = one;\n+ gyy[i] = one;\n+ gzz[i] = one;\n+ }\n+ }\n+ else\n+ {\n+ for(i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ gxx[i] = psi[i] * psi[i] * psi[i] * psi[i];\n+ gyy[i] = gxx[i];\n+ gzz[i] = gxx[i];\n+ }\n+ }\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, gxy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, gxz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, gyz);\n+\n+ /* Time-symmetric data\n+ * -------------------\n+ */\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxx);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kyy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kyz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kzz);\n+\n+ if (csch)\n+ {\n+ free (csch);\n+ }\n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,3 @@\n+kerr\n+test_bl\n+test_misner",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr24
|
multi_swe_bench
|
Add missing BrillLindquist.c in EinsteinInitialData/IDAnalyticBH (einsteintoolkit/Cactus#24)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 24,
"issue_title": "Add missing BrillLindquist.c in EinsteinInitialData/IDAnalyticBH",
"issue_body": "This PR adds the missing source file BrillLindquist.c to complete the EinsteinInitialData/IDAnalyticBH thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 24,
"title": "Implement the full functionality of IDAnalyticBH",
"body": "Please implement the full functionality of `IDAnalyticBH` by finishing the code in `BrillLindquist.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: IDAnalyticBH\n- Target file: BrillLindquist.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-24",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/BrillLindquist.c b/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/BrillLindquist.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinInitialData/IDAnalyticBH/src/BrillLindquist.c\n@@ -0,0 +1,241 @@\n+ /*@@\n+ @file BrillLindquist.F\n+ @date\n+ @author\n+ @desc\n+ Set up initial data for Brill Lindquist black holes\n+ @enddesc\n+ @version $Header$\n+ @@*/\n+\n+#include <math.h>\n+#include <string.h>\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+#include \"IDAnalyticBH.h\"\n+\n+static const char *rcsid = \"$Header$\";\n+CCTK_FILEVERSION(CactusEinstein_IDAnalyticBH_BrillLindquist_c)\n+\n+#define MAX_HOLES 4\n+\n+ /*@@\n+ @routine BrillLindquist\n+ @date\n+ @author\n+ @desc\n+ Set up initial data for Brill Lindquist black holes\n+ @enddesc\n+ @history\n+ @hdate Fri Apr 26 10:04:05 2002 @hauthor Tom Goodale\n+ @hdesc Changed to use new StaticConformal stuff\n+ @endhistory \n+@@*/\n+void BrillLindquist(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+ int n;\n+ CCTK_REAL hole_mass[MAX_HOLES], hole_x0[MAX_HOLES];\n+ CCTK_REAL hole_y0[MAX_HOLES], hole_z0[MAX_HOLES];\n+ CCTK_REAL tmp1, tmp2, tmp3;\n+ CCTK_REAL xval, yval, zval;\n+ int i, npoints;\n+ int make_conformal_derivs = 0;\n+\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\n+ \"setting up Brill-Lindquist initial data for %d black holes\",\n+ (int)bl_nbh);\n+\n+ /* Check if we should create and store conformal factor stuff */\n+ if(CCTK_EQUALS(metric_type, \"static conformal\"))\n+ {\n+ if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 1;\n+ make_conformal_derivs = 0;\n+ }\n+ else if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor+derivs\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 2;\n+ make_conformal_derivs = 1;\n+ }\n+ else if (CCTK_EQUALS(conformal_storage,\"factor+derivs+2nd derivs\"))\n+ {\n+ *conformal_state = 3;\n+ make_conformal_derivs = 1;\n+ }\n+ else\n+ {\n+ CCTK_VWarn(0, __LINE__, __FILE__, CCTK_THORNSTRING,\n+\"BrillLindquist(): impossible value for conformal_storage=\\\"%s\\\"!\",\n+ conformal_storage); /*NOTREACHED*/\n+ }\n+ }\n+\n+\n+ npoints = cctk_lsh[0] * cctk_lsh[1] * cctk_lsh[2];\n+\n+ /* Put parameters into arrays for following calculations\n+ * -----------------------------------------------------\n+ */\n+ hole_x0[0] = -bl_x0_1;\n+ hole_y0[0] = -bl_y0_1;\n+ hole_z0[0] = -bl_z0_1;\n+ hole_mass[0] = bl_M_1;\n+\n+ hole_x0[1] = -bl_x0_2;\n+ hole_y0[1] = -bl_y0_2;\n+ hole_z0[1] = -bl_z0_2;\n+ hole_mass[1] = bl_M_2;\n+\n+ hole_x0[2] = -bl_x0_3;\n+ hole_y0[2] = -bl_y0_3;\n+ hole_z0[2] = -bl_z0_3;\n+ hole_mass[2] = bl_M_3;\n+\n+ hole_x0[3] = -bl_x0_4;\n+ hole_y0[3] = -bl_y0_4;\n+ hole_z0[3] = -bl_z0_4;\n+ hole_mass[3] = bl_M_4;\n+\n+ \n+ if (make_conformal_derivs == 1)\n+ {\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psix);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiz);\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixx);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psixz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiyy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psiyz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, psizz);\n+ }\n+ }\n+\n+ for (i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ /* Initialize to zero and then use +=\n+ * ----------------------------------\n+ */\n+\n+ psi[i] = 1.0;\n+\n+ xval = x[i];\n+ yval = y[i];\n+ zval = z[i];\n+\n+ for(n = 0; n < bl_nbh; n++)\n+ {\n+\n+ /* Maple Output\n+ * ------------\n+ */\n+\n+ tmp1 = sqrt(SQR(xval+hole_x0[n])\n+ +SQR(yval+hole_y0[n])\n+ +SQR(zval+hole_z0[n])\n+ +SQR(epsilon));\n+\n+ psi[i] += hole_mass[n]/tmp1*0.5;\n+\n+ if (make_conformal_derivs == 1)\n+ {\n+ tmp2 = 1 / (tmp1 * tmp1 * tmp1);\n+ tmp3 = 4 * (3.0 / 8.0) * hole_mass[n] * tmp2 / (tmp1 * tmp1);\n+ tmp2 *= -0.5 * hole_mass[n];\n+\n+ psix[i] += tmp2 * (xval+hole_x0[n]);\n+ psiy[i] += tmp2 * (yval+hole_y0[n]);\n+ psiz[i] += tmp2 * (zval+hole_z0[n]);\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ psixx[i] += tmp3 * SQR(xval+hole_x0[n]) + tmp2;\n+ \n+ psixy[i] += tmp3 * (xval+hole_x0[n]) * (yval+hole_y0[n]);\n+ psixz[i] += tmp3 * (xval+hole_x0[n]) * (zval+hole_z0[n]);\n+ \n+ psiyy[i] += tmp3 * SQR(yval+hole_y0[n]) + tmp2;\n+ psiyz[i] += tmp3 * (yval+hole_y0[n]) * (zval+hole_z0[n]);\n+ \n+ psizz[i] += tmp3 * SQR(zval+hole_z0[n]) + tmp2;\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Cactus conventions\n+ * ------------------\n+ */\n+\n+ if (make_conformal_derivs == 1)\n+ {\n+ for (i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ tmp1 = 1 / psi[i];\n+\n+ psix[i] *= tmp1;\n+ psiy[i] *= tmp1;\n+ psiz[i] *= tmp1;\n+\n+ if(*conformal_state > 2)\n+ {\n+ psixx[i] *= tmp1;\n+ psixy[i] *= tmp1;\n+ psixz[i] *= tmp1;\n+ psiyy[i] *= tmp1;\n+ psiyz[i] *= tmp1;\n+ psizz[i] *= tmp1;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Metric depends on conformal state\n+ * ---------------------------------\n+ */\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(metric_type, \"static conformal\"))\n+ {\n+ for (i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ gxx[i] = 1.0;\n+ gyy[i] = 1.0;\n+ gzz[i] = 1.0;\n+ gxy[i] = 0.0;\n+ gxz[i] = 0.0;\n+ gyz[i] = 0.0;\n+ }\n+ }\n+ else\n+ {\n+ for (i = 0; i < npoints; i++)\n+ {\n+ tmp1 = psi[i] * psi[i];\n+ gxx[i] = tmp1 * tmp1;\n+ gyy[i] = gxx[i];\n+ gzz[i] = gxx[i];\n+ gxy[i] = 0.0;\n+ gxz[i] = 0.0;\n+ gyz[i] = 0.0;\n+ }\n+ }\n+\n+ /* Time-symmetric data\n+ * -------------------\n+ */\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxx);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kxz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kyy);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kyz);\n+ IDAnalyticBH_zero_CCTK_REAL_array(npoints, kzz);\n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,3 @@\n+kerr\n+test_bl\n+test_misner",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr25
|
multi_swe_bench
|
Add missing CarpetParamCheck.cc in Carpet/Carpet (einsteintoolkit/Cactus#25)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 25,
"issue_title": "Add missing CarpetParamCheck.cc in Carpet/Carpet",
"issue_body": "This PR adds the missing source file CarpetParamCheck.cc to complete the Carpet/Carpet thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 25,
"title": "Implement the full functionality of Carpet",
"body": "Please implement the full functionality of `Carpet` by finishing the code in `CarpetParamCheck.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Carpet\n- Target file: CarpetParamCheck.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-25",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/Carpet/Carpet/src/CarpetParamCheck.cc b/arrangements/Carpet/Carpet/src/CarpetParamCheck.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/Carpet/Carpet/src/CarpetParamCheck.cc\n@@ -0,0 +1,127 @@\n+#include <cassert>\n+#include <cstdlib>\n+\n+#include <cctk.h>\n+#include <cctk_Arguments.h>\n+#include <cctk_Parameters.h>\n+\n+#include <carpet.hh>\n+\n+namespace Carpet {\n+\n+using namespace std;\n+\n+/** Ensure that the parameters have legal values.\n+ *\n+ * Note that this checking happens only after most of Carpet has\n+ * already been set up.\n+ */\n+void CarpetParamCheck(CCTK_ARGUMENTS) {\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ if ((CCTK_ParameterQueryTimesSet(\"periodic\", \"Carpet\") and periodic) or\n+ (CCTK_ParameterQueryTimesSet(\"periodic_x\", \"Carpet\") and periodic_x) or\n+ (CCTK_ParameterQueryTimesSet(\"periodic_y\", \"Carpet\") and periodic_y) or\n+ (CCTK_ParameterQueryTimesSet(\"periodic_z\", \"Carpet\") and periodic_z)) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"Some of the parameters \\\"Carpet::periodic*\\\" have been set \"\n+ \"to \\\"yes\\\". These parameters are there for compatibility \"\n+ \"reasons only and must not be used.\");\n+ }\n+\n+ if (adaptive_stepsize and max_refinement_levels > 1) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"Adaptive time step sizes do not work with mesh refinement \"\n+ \"yet. Please use only a single level, and set \"\n+ \"max_refinement_levels=1.\");\n+ }\n+\n+ if (max_refinement_levels > 1) {\n+\n+ // InitBase\n+\n+ enum setup_method_t {\n+ init_error,\n+ init_some_levels,\n+ init_single_level,\n+ init_two_levels,\n+ init_all_levels,\n+ };\n+ setup_method_t setup_method = init_error;\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(initial_data_setup_method, \"init_some_levels\")) {\n+ setup_method = init_some_levels;\n+ } else if (CCTK_EQUALS(initial_data_setup_method, \"init_single_level\")) {\n+ setup_method = init_single_level;\n+ } else if (CCTK_EQUALS(initial_data_setup_method, \"init_two_levels\")) {\n+ setup_method = init_two_levels;\n+ } else if (CCTK_EQUALS(initial_data_setup_method, \"init_all_levels\")) {\n+ setup_method = init_all_levels;\n+ } else {\n+ CCTK_PARAMWARN(\n+ \"Unknown value of parameter InitBase::initial_data_setup_method\");\n+ }\n+\n+ // Carpet\n+\n+ enum init_method_t {\n+ error_timelevel,\n+ each_timelevel, // Initialise each time level\n+ fill_timelevels, // Copy the current to all past timelevels\n+ three_timelevels, // Carpet's 3 timelevel scheme\n+ all_timelevels, // Initial data thorn initialises all timelevels\n+ };\n+ init_method_t init_method = error_timelevel;\n+\n+ if (init_each_timelevel) {\n+ if (init_fill_timelevels) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"Cannot set parameters init_each_timelevel and \"\n+ \"init_fill_timelevels at the same time\");\n+ }\n+ if (init_3_timelevels) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"Cannot set parameters init_each_timelevel and \"\n+ \"init_3_timelevels at the same time\");\n+ }\n+ init_method = each_timelevel;\n+ } else if (init_fill_timelevels) {\n+ if (init_3_timelevels) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"Cannot set parameters init_fill_timelevels and \"\n+ \"init_3_timelevels at the same time\");\n+ }\n+ init_method = fill_timelevels;\n+ } else if (init_3_timelevels) {\n+ init_method = three_timelevels;\n+ } else {\n+ init_method = all_timelevels;\n+ }\n+\n+ switch (init_method) {\n+ case each_timelevel:\n+ if (setup_method != init_single_level) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\n+ \"When you set Carpet::init_each_timelevel=yes, then you must also \"\n+ \"use InitBase::initial_data_setup_method=\\\"init_single_level\\\"\");\n+ }\n+ break;\n+ case fill_timelevels:\n+ // Everything is allowed\n+ break;\n+ case three_timelevels:\n+ // Everything is allowed\n+ break;\n+ case all_timelevels:\n+ if (setup_method != init_all_levels) {\n+ CCTK_PARAMWARN(\"When you set neither Carpet::init_each_timelevel=yes \"\n+ \"nor Carpet::init_fill_timelevels=yes nor \"\n+ \"Carpet::init_3_timelevels=yes, then you must also use \"\n+ \"InitBase::initial_data_setup_method=\\\"init_all_\"\n+ \"levels\\\"\");\n+ }\n+ break;\n+ default:\n+ assert(0);\n+ }\n+\n+ } // if max_refinement_levels > 0\n+}\n+\n+} // namespace Carpet"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+64k2\n+test_restrict_sync",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr26
|
multi_swe_bench
|
Add missing GaugeWave_error.cc in EinsteinExact/GaugeWave (einsteintoolkit/Cactus#26)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 26,
"issue_title": "Add missing GaugeWave_error.cc in EinsteinExact/GaugeWave",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GaugeWave_error.cc to complete the EinsteinExact/GaugeWave thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 26,
"title": "Implement the full functionality of GaugeWave",
"body": "Please implement the full functionality of `GaugeWave` by finishing the code in `GaugeWave_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GaugeWave\n- Target file: GaugeWave_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-26",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/GaugeWave/src/GaugeWave_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/GaugeWave/src/GaugeWave_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/GaugeWave/src/GaugeWave_error.cc\n@@ -0,0 +1,2080 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace GaugeWave {\n+\n+\n+static void GaugeWave_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(GaugeWave_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - ToReal(timeoffset);\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - ToReal(positionx);\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - ToReal(positiony);\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - ToReal(positionz);\n+ \n+ CCTK_REAL txx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*xx0 + xformL01*xx1 + \n+ xformL02*xx2 + xformL03*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL T CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx0;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -T + X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(period));\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ sin(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 - \n+ sin(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp12 + csetemp13 + \n+ csetemp14 + csetemp15)*xformL00 + (csetemp16 + csetemp17 + csetemp18 + \n+ csetemp19)*xformL10 + (csetemp20 + csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23)*xformL20 + (csetemp24 + csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL00 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL10 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL20 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL00 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL10 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL20 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp12 + csetemp13 + \n+ csetemp14 + csetemp15)*xformL01 + (csetemp16 + csetemp17 + csetemp18 + \n+ csetemp19)*xformL11 + (csetemp20 + csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23)*xformL21 + (csetemp24 + csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL01 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL11 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL21 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL01 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL11 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL21 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL02 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL12 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL22 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL02 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL12 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL22 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL03 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL13 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL23 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL00 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL10 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL20 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL30) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL00 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL10 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL20 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL30) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL00 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL10 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL20 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL30) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL00 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL10 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL20 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL01 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL11 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL21 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL31) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL01 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL11 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL21 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL31) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL01 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL11 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL21 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL31) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL01 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL11 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL21 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL01 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL11 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL21 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL31) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL01 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL11 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL21 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL31) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL01 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL11 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL21 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL31) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL01 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL11 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL21 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL01 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL11 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL21 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL31) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL01 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL11 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL21 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL31) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL01 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL11 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL21 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL31) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL01 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL11 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL21 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL01 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL11 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL21 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL31) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL01 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL11 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL21 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL31) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL01 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL11 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL21 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL31) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL01 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL11 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL21 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL01 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL11 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL21 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL31) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL01 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL11 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL21 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL31) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL01 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL11 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL21 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL31) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL01 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL11 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL21 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL01 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL11 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL21 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL31) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL01 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL11 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL21 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL31) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL01 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL11 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL21 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL31) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL01 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL11 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL21 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL01 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL11 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL21 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL31) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL01 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL11 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL21 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL31) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL01 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL11 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL21 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL31) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL01 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL11 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL21 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL01 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL11 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL21 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL31) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL01 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL11 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL21 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL31) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL01 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL11 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL21 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL31) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL01 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL11 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL21 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL12*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL22*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL32*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL12*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL22*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL32*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL12*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL22*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL32*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL12*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL22*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL32*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL12*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL22*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL32*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL12*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL22*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL32*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL12*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL22*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL32*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL12*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL22*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL32*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL13*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL23*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL33*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL13*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL23*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL33*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL13*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL23*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL33*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL13*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL23*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL33*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp220) - gxxL*csetemp221 - gzzL*csetemp222;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp221)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp220)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp222)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu11) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu12 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu12) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu22 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu13) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu23 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu12) - (csetemp225 + csetemp236 + csetemp237)*gu22 - \n+ (csetemp238 + csetemp239 + csetemp240)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu13) - (csetemp225 + csetemp236 + csetemp237)*gu23 - \n+ (csetemp238 + csetemp239 + csetemp240)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp226 + csetemp237 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu11) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu12 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu12) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu22 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu13) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu23 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu12) - (csetemp242 + csetemp253 + csetemp254)*gu22 - \n+ (csetemp255 + csetemp256 + csetemp257)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu13) - (csetemp242 + csetemp253 + csetemp254)*gu23 - \n+ (csetemp255 + csetemp256 + csetemp257)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp243 + csetemp254 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu11) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu12 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu12) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu22 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu13) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu23 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu12) - (csetemp259 + csetemp270 + csetemp271)*gu22 - \n+ (csetemp272 + csetemp273 + csetemp274)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu13) - (csetemp259 + csetemp270 + csetemp271)*gu23 - \n+ (csetemp272 + csetemp273 + csetemp274)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp260 + csetemp271 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu11) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu12 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu12) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu22 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu13) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu23 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu12) - (csetemp276 + csetemp287 + csetemp288)*gu22 - \n+ (csetemp289 + csetemp290 + csetemp291)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu13) - (csetemp276 + csetemp287 + csetemp288)*gu23 - \n+ (csetemp289 + csetemp290 + csetemp291)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp277 + csetemp288 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp292*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(GaugeWave_error);\n+}\n+extern \"C\" void GaugeWave_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering GaugeWave_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % GaugeWave_error_calc_every != GaugeWave_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"GaugeWave::curv_error\",\n+ \"GaugeWave::dtlapse_error\",\n+ \"GaugeWave::dtshift_error\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"GaugeWave::lapse_error\",\n+ \"GaugeWave::metric_error\",\n+ \"GaugeWave::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"GaugeWave_error\", 13, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, GaugeWave_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving GaugeWave_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace GaugeWave"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr27
|
multi_swe_bench
|
Add missing KerrSchild_error.cc in EinsteinExact/KerrSchild (einsteintoolkit/Cactus#27)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 27,
"issue_title": "Add missing KerrSchild_error.cc in EinsteinExact/KerrSchild",
"issue_body": "This PR adds the missing source file KerrSchild_error.cc to complete the EinsteinExact/KerrSchild thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 27,
"title": "Implement the full functionality of KerrSchild",
"body": "Please implement the full functionality of `KerrSchild` by finishing the code in `KerrSchild_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: KerrSchild\n- Target file: KerrSchild_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-27",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_error.cc\n@@ -0,0 +1,2379 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace KerrSchild {\n+\n+\n+static void KerrSchild_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(KerrSchild_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - ToReal(timeoffset);\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - ToReal(positionx);\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - ToReal(positiony);\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - ToReal(positionz);\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(a));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(X);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(Y);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(Z);\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sqrt(INV(2)*(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + csetemp13 + sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ SQR(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13))));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CUB(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = QAD(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ 2*csetemp14*INV(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = Y*ToReal(a);\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*(csetemp10 + \n+ csetemp16))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = X*ToReal(a);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp19;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*(csetemp10 + \n+ csetemp16))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp16*Z*INV(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16))*SQR(csetemp17 + csetemp18)*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*(csetemp20 + csetemp21)*INV((csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*SQR(csetemp10 + csetemp16))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*Z*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*(csetemp10 + \n+ csetemp16))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16))*SQR(csetemp20 + csetemp21)*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*Z*INV((csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*(csetemp10 + \n+ csetemp16))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp13*rXYZ*INV(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,7);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*X*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*Y*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,6);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = QAD(ToReal(a));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*(-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + 5*csetemp13)*csetemp16) - \n+ csetemp23 + 3*csetemp13*csetemp24)*rXYZ*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,9);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CUB(ToReal(a));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(ToReal(a),5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((3*csetemp10 - 3*csetemp11 - csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + csetemp10*((3*csetemp10 + \n+ csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*((csetemp10 + \n+ 3*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y) + X*Y*(-(csetemp15*csetemp26) + \n+ 3*csetemp13*csetemp27 - 3*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,8);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*(((csetemp10 - csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + (-2*csetemp22 + \n+ 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 - csetemp11 + \n+ 2*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 + 2*csetemp10*csetemp14*X*Y) + \n+ ((3*csetemp10 - csetemp11 - 4*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + \n+ 2*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*rXYZ*Z*INV((csetemp10 + \n+ csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-2*csetemp22 + csetemp10*(2*(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28) + \n+ 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + Y*((-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27 - 3*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp14*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*(((csetemp10 - 2*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + (2*csetemp22 - \n+ 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 + 2*csetemp11 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 - 2*csetemp10*csetemp14*X*Y) + \n+ ((3*csetemp10 - 4*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + \n+ 2*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((3*csetemp10 - csetemp11 - 3*csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + csetemp10*((3*csetemp10 - \n+ csetemp11 + csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*((csetemp10 - \n+ csetemp11 + 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y) + X*Y*(csetemp15*csetemp26 - \n+ 3*csetemp13*csetemp27 + 3*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*rXYZ*Z*INV((csetemp10 + \n+ csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-2*csetemp22 + csetemp10*(2*(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28))*Y + \n+ csetemp13*(-3*csetemp27*X + 4*csetemp24*rXYZ*Y) + X*((5*csetemp15 + \n+ (2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + 3*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*X*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*Y*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*csetemp13 - \n+ csetemp15)*(2*csetemp10*csetemp13 - 2*csetemp15 + (-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((6*csetemp10 - 5*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp14 + (-csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ - csetemp16*csetemp26*X*Y) + \n+ X*Y*(-(csetemp15*csetemp26) + 3*csetemp13*csetemp27 - \n+ 5*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*(((-2*csetemp11 - 3*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp12 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + (-3*csetemp22 + \n+ csetemp10*csetemp28 + 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp27 + csetemp10*csetemp14*X*Y) + ((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp23 + \n+ 4*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*rXYZ*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*SQR(csetemp10 + csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ SQR(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)))*((-3*csetemp22 + \n+ csetemp10*((-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ 3*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + \n+ Y*((-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + 3*csetemp13*csetemp27 - \n+ 5*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,10);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(ToReal(a),6);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((csetemp10*(2*(-csetemp10 + 3*csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp23 - csetemp15*(csetemp13*(csetemp12 + csetemp13) - \n+ csetemp10*(csetemp12 + 2*(csetemp11 + csetemp13)) + csetemp24)) - \n+ (-csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 + \n+ 2*csetemp30 + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp31)*Y - 2*csetemp13*((csetemp10 + csetemp11 - \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27*rXYZ*X + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11)*csetemp16*csetemp24*Y) + \n+ X*(csetemp26*(2*csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - 2*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (2*(-3*csetemp10 + 3*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 - 4*csetemp25)*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp14*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((csetemp10*csetemp15*(csetemp13*(csetemp11 + \n+ csetemp13) - csetemp10*(csetemp11 + 2*(csetemp12 + csetemp13)) + \n+ csetemp24) + (-csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp29 - 2*csetemp30 + (csetemp10 - csetemp11 + \n+ 2*csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp31)*X + Y*(-2*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp26*csetemp28 + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11 + csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp27*rXYZ) - \n+ 4*csetemp25*ToReal(a)) + 2*((csetemp10*(csetemp10 - 3*csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp23 + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp12)*csetemp13*csetemp16*csetemp24)*X + \n+ Y*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14*csetemp26 + (-3*csetemp10 - csetemp11 + \n+ 3*csetemp12 + csetemp13)*csetemp22*ToReal(a))))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*rXYZ*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((csetemp10*((2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ 3*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp15 + 2*csetemp23) + 2*(csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp16*csetemp24 - \n+ 3*csetemp29)*X*Y + csetemp13*(4*(-csetemp11 + csetemp12)*csetemp27*rXYZ \n+ - 3*csetemp31*X*Y) + (csetemp11 - csetemp12)*(csetemp26*(-2*(-csetemp10 \n+ + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp14 + 4*csetemp28) + \n+ 4*csetemp22*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-3*csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - 2*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp24*rXYZ - 2*(csetemp25 + csetemp13*csetemp27*X*Y) + \n+ X*Y*(2*csetemp15*csetemp26 + 4*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-((csetemp10 - csetemp11 - 3*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15) + csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + (3*csetemp22 + csetemp10*csetemp28 \n+ - 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 \n+ - csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 - csetemp10*csetemp14*X*Y) + \n+ ((-3*csetemp10 + csetemp11 + 5*csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - \n+ 2*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = QAD(Z);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*INV((csetemp10 + \n+ csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 4*csetemp13)*csetemp22) + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + 3*csetemp24*csetemp32*rXYZ)*X + \n+ Y*(csetemp13*(-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - \n+ 5*csetemp13)*csetemp23*ToReal(a) + 2*(csetemp27*csetemp32 + \n+ csetemp29*ToReal(a))))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp21;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*(((-3*csetemp11 - 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp11 - \n+ 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + (3*csetemp22 - \n+ csetemp10*csetemp28 - 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp27 - csetemp10*csetemp14*X*Y) + ((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp23 + \n+ 4*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*INV(CUB(csetemp10 + csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((6*csetemp10 - 5*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp14 + (-2*csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ + csetemp16*csetemp26*X*Y) + \n+ X*Y*(csetemp15*csetemp26 - 3*csetemp13*csetemp27 + \n+ 5*csetemp23*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*rXYZ*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*SQR(csetemp10 + csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ SQR(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)))*((-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + csetemp10*((2*csetemp10 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) - 3*csetemp13)*csetemp14 + 3*csetemp28)*Y + \n+ 3*(csetemp13*csetemp27*X + csetemp22*Y) - 5*(csetemp13*csetemp24*rXYZ*Y \n+ + csetemp23*X*ToReal(a)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp16*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-((csetemp10 - 3*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15) + csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + (-3*csetemp22 - csetemp10*csetemp28 \n+ + 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((-csetemp10 - csetemp11 \n+ + csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 + csetemp10*csetemp14*X*Y) + \n+ ((-3*csetemp10 + 5*csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - \n+ 2*csetemp29)*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*Z*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + csetemp15)*SQR(csetemp10 + \n+ csetemp16)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*((-3*csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) - 2*(csetemp25 + csetemp15*csetemp26*X*Y) + \n+ csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp24*rXYZ + 2*csetemp27*X*Y) - \n+ 4*csetemp23*X*Y*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*INV((csetemp10 + \n+ csetemp16)*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*(((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 4*csetemp13)*csetemp22 - 2*csetemp25 + \n+ 3*csetemp10*csetemp13*csetemp28)*Y + csetemp13*((-4*csetemp15 + \n+ (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X \n+ + csetemp10*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - \n+ 2*csetemp13)*csetemp14*Y) + csetemp32*(2*csetemp27*X - \n+ 3*csetemp24*rXYZ*Y) + ((csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - \n+ 5*csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29)*X*ToReal(a))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*(-3*csetemp28 + \n+ csetemp10*csetemp13*rXYZ)*X*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*(-3*csetemp28 + \n+ csetemp10*csetemp13*rXYZ)*Y*INV(SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*((2*csetemp10 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) - 5*csetemp13)*csetemp23 + 4*csetemp29 + \n+ csetemp24*csetemp32 + csetemp10*(-3*csetemp13*csetemp15 + \n+ csetemp16*csetemp32))*Z*INV(rXYZ*SQR(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15)*sqrt(4*csetemp10*csetemp13 + SQR(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL00 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL10 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL20 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL00 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL10 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL20 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL00 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL10 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL20 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL01 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL11 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL21 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL01 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL11 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL21 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL01 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL11 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL21 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL02 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL12 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL22 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL02 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL12 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL22 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL03 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL13 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL23 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL00 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL10 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL20 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL30) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL00 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL10 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL20 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL30) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL00 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL10 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL20 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL30) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL00 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL13*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL23*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL33*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL03*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL13*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL23*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL33*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL13*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL23*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL33*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL13*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL23*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL33*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp242) - gxxL*csetemp243 - gzzL*csetemp244;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp243)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp242)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp244)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu11) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu12 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu12) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu22 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu13) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu23 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu12) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu22 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu13) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu23 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp248 + csetemp259 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu11) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu12 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu12) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu22 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu13) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu23 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu12) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu22 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu13) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu23 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp265 + csetemp276 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu11) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu12 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu12) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu22 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu13) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu23 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu12) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu22 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu13) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu23 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp282 + csetemp293 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp302 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp303 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp304 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp305 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu11) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu12 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu12) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu22 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu13) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu23 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp306 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp307 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp308 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp309 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp310 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp311 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp312 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp313 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu12) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu22 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu13) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu23 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp299 + csetemp310 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp314 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp314*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp314*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp314*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp314*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp314*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(KerrSchild_error);\n+}\n+extern \"C\" void KerrSchild_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering KerrSchild_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % KerrSchild_error_calc_every != KerrSchild_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"KerrSchild::curv_error\",\n+ \"KerrSchild::dtlapse_error\",\n+ \"KerrSchild::dtshift_error\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"KerrSchild::lapse_error\",\n+ \"KerrSchild::metric_error\",\n+ \"KerrSchild::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"KerrSchild_error\", 13, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, KerrSchild_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving KerrSchild_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace KerrSchild"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr28
|
multi_swe_bench
|
Add missing KerrSchild_initial.cc in EinsteinExact/KerrSchild (einsteintoolkit/Cactus#28)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 28,
"issue_title": "Add missing KerrSchild_initial.cc in EinsteinExact/KerrSchild",
"issue_body": "This PR adds the missing source file KerrSchild_initial.cc to complete the EinsteinExact/KerrSchild thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 28,
"title": "Implement the full functionality of KerrSchild",
"body": "Please implement the full functionality of `KerrSchild` by finishing the code in `KerrSchild_initial.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: KerrSchild\n- Target file: KerrSchild_initial.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-28",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_initial.cc b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_initial.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_initial.cc\n@@ -0,0 +1,2349 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+namespace KerrSchild {\n+\n+\n+static void KerrSchild_initial_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_time;\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_TIME;\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dx,-1);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dy,-1);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dz,-1);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(KerrSchild_initial,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostx,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boosty,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostz,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(lapsefactor,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*(-1 + \n+ boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostx*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boosty*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostz*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boostx*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddx*(csetemp6 + (-1 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp6 + (-1 + csetemp7 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boosty*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boostx*shiftaddx + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddy*(csetemp7 + (-1 + \n+ csetemp6 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp7 + (-1 + csetemp6 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (shiftaddz*(-1 + csetemp6 \n+ + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)) - boostz*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 \n+ + (-1 + boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + \n+ csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-1 + csetemp6 + csetemp7 \n+ + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - timeoffset;\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - positionx;\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - positiony;\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - positionz;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(X,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Y,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,2);\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.707106781186547524400844362105*pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13 + pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),0.5),0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp19;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp16*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp17 + csetemp18,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*(csetemp20 + csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp20 + csetemp21,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp13*M*rXYZ*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,7);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,6);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*(-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + 5*csetemp13)*csetemp16) - \n+ csetemp23 + 3*csetemp13*csetemp24)*M*rXYZ*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,9);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (-3*a*csetemp23 - csetemp15*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 + 3*csetemp11 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,8);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*(((csetemp10 - \n+ csetemp11 - 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 4*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (-2*csetemp22 + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ - csetemp11 + 2*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 + \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28) + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + \n+ (-3*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp14*M*(((csetemp10 \n+ - 2*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - 4*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (2*csetemp22 - 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ + 2*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 - \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (3*a*csetemp23 + csetemp15*csetemp26 - \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 - csetemp11 + \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((3*a*csetemp23 + \n+ (5*csetemp15 + (2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26)*X + (-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28))*Y + csetemp13*(-3*csetemp27*X + \n+ 4*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*X*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*Y*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*csetemp13 - \n+ csetemp15)*(2*csetemp10*csetemp13 - 2*csetemp15 + (-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp14 + (-csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (-5*a*csetemp23 - \n+ csetemp15*csetemp26 + 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*(((-2*csetemp11 - 3*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp12 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (-3*csetemp22 + csetemp10*csetemp28 + 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*rXYZ*((-3*csetemp22 + csetemp10*((-2*csetemp10 + \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + \n+ 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + (-5*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,10);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,6);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*M*((a*(2*(-3*csetemp10 + 3*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 - 4*csetemp25) + \n+ csetemp26*(2*csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - 2*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28))*X + (csetemp10*(2*(-csetemp10 + 3*csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp23 - csetemp15*(csetemp13*(csetemp12 + csetemp13) - \n+ csetemp10*(csetemp12 + 2*(csetemp11 + csetemp13)) + csetemp24)) - \n+ (-csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 + \n+ 2*csetemp30 + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp31)*Y - 2*csetemp13*((csetemp10 + csetemp11 - \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27*rXYZ*X + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11)*csetemp16*csetemp24*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp14*M*((csetemp10*csetemp15*(csetemp13*(csetemp11 + csetemp13) \n+ - csetemp10*(csetemp11 + 2*(csetemp12 + csetemp13)) + csetemp24) + \n+ (-csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 - \n+ 2*csetemp30 + (csetemp10 - csetemp11 + 2*csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp31)*X + (-4*a*csetemp25 - 2*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp26*csetemp28 + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11 + csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp27*rXYZ))*Y + \n+ 2*((csetemp10*(csetemp10 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + \n+ (csetemp10 - 3*csetemp12)*csetemp13*csetemp16*csetemp24)*X + \n+ (a*(-3*csetemp10 - csetemp11 + 3*csetemp12 + csetemp13)*csetemp22 + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14*csetemp26)*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((csetemp11 - \n+ csetemp12)*(4*a*csetemp22 + csetemp26*(-2*(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp14 + 4*csetemp28)) + \n+ (csetemp10*((2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + 2*csetemp23) + 2*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp16*csetemp24 - 3*csetemp29)*X*Y + \n+ csetemp13*(4*(-csetemp11 + csetemp12)*csetemp27*rXYZ - \n+ 3*csetemp31*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - 2*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + (4*a*csetemp23 + \n+ 2*csetemp15*csetemp26)*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp13*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-((csetemp10 - csetemp11 - 3*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15) + csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ 5*csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (3*csetemp22 + \n+ csetemp10*csetemp28 - 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*((-((-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22) + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + 3*csetemp24*csetemp32*rXYZ)*X + \n+ (a*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + \n+ csetemp13*(-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + 2*(a*csetemp29 + \n+ csetemp27*csetemp32))*Y)*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp21;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*(((-3*csetemp11 - 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp11 - \n+ 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (3*csetemp22 - csetemp10*csetemp28 - 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp14 + (-2*csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (5*a*csetemp23 + \n+ csetemp15*csetemp26 - 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*rXYZ*((-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + \n+ csetemp10*((2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp14 + 3*csetemp28)*Y + 3*(csetemp13*csetemp27*X + \n+ csetemp22*Y) - 5*(a*csetemp23*X + \n+ csetemp13*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*M*((-((csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15) + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + 5*csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (-3*csetemp22 - \n+ csetemp10*csetemp28 + 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) - 4*a*csetemp23*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp15*csetemp26*X*Y) + csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ 2*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*M*(a*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29)*X + \n+ ((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22 - \n+ 2*csetemp25 + 3*csetemp10*csetemp13*csetemp28)*Y + \n+ csetemp13*((-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + csetemp10*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 - 2*csetemp13)*csetemp14*Y) + csetemp32*(2*csetemp27*X - \n+ 3*csetemp24*rXYZ*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*((2*csetemp10 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) - 5*csetemp13)*csetemp23 + 4*csetemp29 + \n+ csetemp24*csetemp32 + csetemp10*(-3*csetemp13*csetemp15 + \n+ csetemp16*csetemp32))*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(rXYZ,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*pow(xformL00,2) + \n+ tg411*pow(xformL10,2) + tg422*pow(xformL20,2) + tg433*pow(xformL30,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL00 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL10 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL20 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL00 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL10 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL20 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL00 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL10 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL20 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL01 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL11 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL21 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL01 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL11 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL21 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL01 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL11 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL21 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL02 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL12 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL22 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL02 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL12 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL22 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL03 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL13 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL23 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL00 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL10 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL20 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL30) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL00 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL10 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL20 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL30) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL00 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL10 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL20 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL30) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL00 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL13*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL23*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL33*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL03*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL13*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL23*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL33*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL13*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL23*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL33*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL13*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL23*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL33*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ gxxL = g411;\n+ \n+ gxyL = g412;\n+ \n+ gxzL = g413;\n+ \n+ gyyL = g422;\n+ \n+ gyzL = g423;\n+ \n+ gzzL = g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gyzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxyL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp242) - gxxL*csetemp243 - gzzL*csetemp244;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(detg,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp243)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp242)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp244)*csetemp245;\n+ \n+ betaxL = betal1*gu11 + betal2*gu12 + betal3*gu13;\n+ \n+ betayL = betal1*gu12 + betal2*gu22 + betal3*gu23;\n+ \n+ betazL = betal1*gu13 + betal2*gu23 + betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ alpL = pow(betasq - g400,0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu11) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu12 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu12) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu22 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu13) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu23 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu12) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu22 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu13) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu23 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp248 + csetemp259 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu11) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu12 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu12) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu22 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu13) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu23 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu12) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu22 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu13) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu23 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp265 + csetemp276 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu11) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu12 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu12) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu22 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu13) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu23 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu12) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu22 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu13) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu23 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp282 + csetemp293 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp302 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp303 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp304 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp305 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu11) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu12 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu12) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu22 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu13) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu23 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp306 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp307 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp308 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp309 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp310 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp311 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp312 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp313 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu12) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu22 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu13) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu23 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp299 + csetemp310 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ dtbetaxL = betal1*dtgu11 + betal2*dtgu12 + betal3*dtgu13 + \n+ dtbetal1*gu11 + dtbetal2*gu12 + dtbetal3*gu13;\n+ \n+ dtbetayL = betal1*dtgu12 + betal2*dtgu22 + betal3*dtgu23 + \n+ dtbetal1*gu12 + dtbetal2*gu22 + dtbetal3*gu23;\n+ \n+ dtbetazL = betal1*dtgu13 + betal2*dtgu23 + betal3*dtgu33 + \n+ dtbetal1*gu13 + dtbetal2*gu23 + dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp314 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(alpL,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(-dg4000 + \n+ dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxxL*dbeta11 \n+ + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + betaxL*dg111 + betayL*dg112 + \n+ betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta12 + \n+ gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + \n+ betaxL*dg121 + betayL*dg122 + betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta13 + \n+ gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg131 + betayL*dg132 + betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxyL*dbeta12 \n+ + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + betaxL*dg221 + betayL*dg222 + \n+ betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxzL*dbeta12 + \n+ gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg231 + betayL*dg232 + betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxzL*dbeta13 \n+ + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + betaxL*dg331 + betayL*dg332 + \n+ betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alp[index] = alpL;\n+ betax[index] = betaxL;\n+ betay[index] = betayL;\n+ betaz[index] = betazL;\n+ dtalp[index] = dtalpL;\n+ dtbetax[index] = dtbetaxL;\n+ dtbetay[index] = dtbetayL;\n+ dtbetaz[index] = dtbetazL;\n+ gxx[index] = gxxL;\n+ gxy[index] = gxyL;\n+ gxz[index] = gxzL;\n+ gyy[index] = gyyL;\n+ gyz[index] = gyzL;\n+ gzz[index] = gzzL;\n+ kxx[index] = kxxL;\n+ kxy[index] = kxyL;\n+ kxz[index] = kxzL;\n+ kyy[index] = kyyL;\n+ kyz[index] = kyzL;\n+ kzz[index] = kzzL;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(KerrSchild_initial);\n+}\n+extern \"C\" void KerrSchild_initial(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering KerrSchild_initial_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % KerrSchild_initial_calc_every != KerrSchild_initial_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"grid::coordinates\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"KerrSchild_initial\", 7, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, KerrSchild_initial_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving KerrSchild_initial_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace KerrSchild"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr29
|
multi_swe_bench
|
Add missing KerrSchild_exact.cc in EinsteinExact/KerrSchild (einsteintoolkit/Cactus#29)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 29,
"issue_title": "Add missing KerrSchild_exact.cc in EinsteinExact/KerrSchild",
"issue_body": "This PR adds the missing source file KerrSchild_exact.cc to complete the EinsteinExact/KerrSchild thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 29,
"title": "Implement the full functionality of KerrSchild",
"body": "Please implement the full functionality of `KerrSchild` by finishing the code in `KerrSchild_exact.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: KerrSchild\n- Target file: KerrSchild_exact.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-29",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_exact.cc b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_exact.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_exact.cc\n@@ -0,0 +1,2396 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+namespace KerrSchild {\n+\n+\n+static void KerrSchild_exact_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_time;\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_TIME;\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dx,-1);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dy,-1);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dz,-1);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(KerrSchild_exact,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpExactL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpExact[index];\n+ CCTK_REAL betaExact1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaExact1[index];\n+ CCTK_REAL betaExact2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaExact2[index];\n+ CCTK_REAL betaExact3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaExact3[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaExact1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaExact1[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaExact2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaExact2[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaExact3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaExact3[index];\n+ CCTK_REAL gExact11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact11[index];\n+ CCTK_REAL gExact12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact12[index];\n+ CCTK_REAL gExact13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact13[index];\n+ CCTK_REAL gExact22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact22[index];\n+ CCTK_REAL gExact23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact23[index];\n+ CCTK_REAL gExact33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gExact33[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostx,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boosty,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostz,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(lapsefactor,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*(-1 + \n+ boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostx*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boosty*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostz*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boostx*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddx*(csetemp6 + (-1 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp6 + (-1 + csetemp7 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boosty*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boostx*shiftaddx + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddy*(csetemp7 + (-1 + \n+ csetemp6 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp7 + (-1 + csetemp6 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (shiftaddz*(-1 + csetemp6 \n+ + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)) - boostz*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 \n+ + (-1 + boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + \n+ csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-1 + csetemp6 + csetemp7 \n+ + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - timeoffset;\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - positionx;\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - positiony;\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - positionz;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(X,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Y,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,2);\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.707106781186547524400844362105*pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13 + pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),0.5),0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp19;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp16*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp17 + csetemp18,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*(csetemp20 + csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp20 + csetemp21,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp13*M*rXYZ*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,7);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,6);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*(-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + 5*csetemp13)*csetemp16) - \n+ csetemp23 + 3*csetemp13*csetemp24)*M*rXYZ*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,9);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (-3*a*csetemp23 - csetemp15*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 + 3*csetemp11 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,8);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*(((csetemp10 - \n+ csetemp11 - 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 4*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (-2*csetemp22 + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ - csetemp11 + 2*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 + \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28) + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + \n+ (-3*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp14*M*(((csetemp10 \n+ - 2*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - 4*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (2*csetemp22 - 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ + 2*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 - \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (3*a*csetemp23 + csetemp15*csetemp26 - \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 - csetemp11 + \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((3*a*csetemp23 + \n+ (5*csetemp15 + (2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26)*X + (-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28))*Y + csetemp13*(-3*csetemp27*X + \n+ 4*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*X*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*Y*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*csetemp13 - \n+ csetemp15)*(2*csetemp10*csetemp13 - 2*csetemp15 + (-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp14 + (-csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (-5*a*csetemp23 - \n+ csetemp15*csetemp26 + 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*(((-2*csetemp11 - 3*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp12 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (-3*csetemp22 + csetemp10*csetemp28 + 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*rXYZ*((-3*csetemp22 + csetemp10*((-2*csetemp10 + \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + \n+ 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + (-5*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,10);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,6);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*M*((a*(2*(-3*csetemp10 + 3*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 - 4*csetemp25) + \n+ csetemp26*(2*csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - 2*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28))*X + (csetemp10*(2*(-csetemp10 + 3*csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp23 - csetemp15*(csetemp13*(csetemp12 + csetemp13) - \n+ csetemp10*(csetemp12 + 2*(csetemp11 + csetemp13)) + csetemp24)) - \n+ (-csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 + \n+ 2*csetemp30 + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp31)*Y - 2*csetemp13*((csetemp10 + csetemp11 - \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27*rXYZ*X + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11)*csetemp16*csetemp24*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp14*M*((csetemp10*csetemp15*(csetemp13*(csetemp11 + csetemp13) \n+ - csetemp10*(csetemp11 + 2*(csetemp12 + csetemp13)) + csetemp24) + \n+ (-csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 - \n+ 2*csetemp30 + (csetemp10 - csetemp11 + 2*csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp31)*X + (-4*a*csetemp25 - 2*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp26*csetemp28 + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11 + csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp27*rXYZ))*Y + \n+ 2*((csetemp10*(csetemp10 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + \n+ (csetemp10 - 3*csetemp12)*csetemp13*csetemp16*csetemp24)*X + \n+ (a*(-3*csetemp10 - csetemp11 + 3*csetemp12 + csetemp13)*csetemp22 + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14*csetemp26)*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((csetemp11 - \n+ csetemp12)*(4*a*csetemp22 + csetemp26*(-2*(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp14 + 4*csetemp28)) + \n+ (csetemp10*((2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + 2*csetemp23) + 2*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp16*csetemp24 - 3*csetemp29)*X*Y + \n+ csetemp13*(4*(-csetemp11 + csetemp12)*csetemp27*rXYZ - \n+ 3*csetemp31*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - 2*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + (4*a*csetemp23 + \n+ 2*csetemp15*csetemp26)*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp13*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-((csetemp10 - csetemp11 - 3*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15) + csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ 5*csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (3*csetemp22 + \n+ csetemp10*csetemp28 - 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*((-((-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22) + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + 3*csetemp24*csetemp32*rXYZ)*X + \n+ (a*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + \n+ csetemp13*(-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + 2*(a*csetemp29 + \n+ csetemp27*csetemp32))*Y)*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp21;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*(((-3*csetemp11 - 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp11 - \n+ 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (3*csetemp22 - csetemp10*csetemp28 - 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp14 + (-2*csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (5*a*csetemp23 + \n+ csetemp15*csetemp26 - 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*rXYZ*((-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + \n+ csetemp10*((2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp14 + 3*csetemp28)*Y + 3*(csetemp13*csetemp27*X + \n+ csetemp22*Y) - 5*(a*csetemp23*X + \n+ csetemp13*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*M*((-((csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15) + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + 5*csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (-3*csetemp22 - \n+ csetemp10*csetemp28 + 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) - 4*a*csetemp23*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp15*csetemp26*X*Y) + csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ 2*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*M*(a*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29)*X + \n+ ((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22 - \n+ 2*csetemp25 + 3*csetemp10*csetemp13*csetemp28)*Y + \n+ csetemp13*((-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + csetemp10*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 - 2*csetemp13)*csetemp14*Y) + csetemp32*(2*csetemp27*X - \n+ 3*csetemp24*rXYZ*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*((2*csetemp10 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) - 5*csetemp13)*csetemp23 + 4*csetemp29 + \n+ csetemp24*csetemp32 + csetemp10*(-3*csetemp13*csetemp15 + \n+ csetemp16*csetemp32))*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(rXYZ,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*pow(xformL00,2) + \n+ tg411*pow(xformL10,2) + tg422*pow(xformL20,2) + tg433*pow(xformL30,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL00 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL10 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL20 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL00 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL10 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL20 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL00 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL10 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL20 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL01 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL11 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL21 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL01 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL11 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL21 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL01 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL11 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL21 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL02 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL12 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL22 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL02 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL12 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL22 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL03 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL13 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL23 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL00 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL10 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL20 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL30) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL00 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL10 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL20 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL30) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL00 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL10 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL20 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL30) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL00 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL13*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL23*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL33*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL03*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL13*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL23*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL33*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL13*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL23*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL33*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL13*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL23*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL33*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ gExact11L = g411;\n+ \n+ gExact12L = g412;\n+ \n+ gExact13L = g413;\n+ \n+ gExact22L = g422;\n+ \n+ gExact23L = g423;\n+ \n+ gExact33L = g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL*gyyL*gzzL;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gyzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxyL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp242 + csetemp243 - \n+ gyyL*csetemp244 - gxxL*csetemp245 - gzzL*csetemp246;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*gExact12L*gExact13L*gExact23L;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ gExact11L*gExact22L*gExact33L;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(detg,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gExact23L,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gExact13L,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gExact12L,2);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp242 + csetemp243 - \n+ gyyL*csetemp244 - gxxL*csetemp245 - \n+ gzzL*csetemp246)*csetemp249*(-(gExact22L*gExact33L) + \n+ csetemp250)*pow(-csetemp247 - csetemp248 + gExact11L*csetemp250 + \n+ gExact22L*csetemp251 + gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gExact13L*gExact23L - \n+ gExact12L*gExact33L)*(csetemp242 + csetemp243 - gyyL*csetemp244 - \n+ gxxL*csetemp245 - gzzL*csetemp246)*csetemp249*pow(csetemp247 + \n+ csetemp248 - gExact11L*csetemp250 - gExact22L*csetemp251 - \n+ gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gExact13L*gExact22L - \n+ gExact12L*gExact23L)*(csetemp242 + csetemp243 - gyyL*csetemp244 - \n+ gxxL*csetemp245 - gzzL*csetemp246)*csetemp249*pow(-csetemp247 - \n+ csetemp248 + gExact11L*csetemp250 + gExact22L*csetemp251 + \n+ gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp242 + csetemp243 - \n+ gyyL*csetemp244 - gxxL*csetemp245 - \n+ gzzL*csetemp246)*csetemp249*(-(gExact11L*gExact33L) + \n+ csetemp251)*pow(-csetemp247 - csetemp248 + gExact11L*csetemp250 + \n+ gExact22L*csetemp251 + gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gExact12L*gExact13L - \n+ gExact11L*gExact23L)*(csetemp242 + csetemp243 - gyyL*csetemp244 - \n+ gxxL*csetemp245 - gzzL*csetemp246)*csetemp249*pow(csetemp247 + \n+ csetemp248 - gExact11L*csetemp250 - gExact22L*csetemp251 - \n+ gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp242 + csetemp243 - \n+ gyyL*csetemp244 - gxxL*csetemp245 - \n+ gzzL*csetemp246)*csetemp249*(-(gExact11L*gExact22L) + \n+ csetemp252)*pow(-csetemp247 - csetemp248 + gExact11L*csetemp250 + \n+ gExact22L*csetemp251 + gExact33L*csetemp252,-1);\n+ \n+ betaExact1L = betal1*gu11 + betal2*gu12 + betal3*gu13;\n+ \n+ betaExact2L = betal1*gu12 + betal2*gu22 + betal3*gu23;\n+ \n+ betaExact3L = betal1*gu13 + betal2*gu23 + betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaExact1L*betal1 + \n+ betaExact2L*betal2 + betaExact3L*betal3;\n+ \n+ alpExactL = pow(betasq - g400,0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp253 + csetemp254 + \n+ csetemp255)*gu11) - (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu12 - \n+ (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp253 + csetemp254 + \n+ csetemp255)*gu12) - (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu22 - \n+ (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp253 + csetemp254 + \n+ csetemp255)*gu13) - (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu23 - \n+ (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp262 + csetemp263 + \n+ csetemp264)*gu12) - (csetemp254 + csetemp265 + csetemp266)*gu22 - \n+ (csetemp267 + csetemp268 + csetemp269)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp262 + csetemp263 + \n+ csetemp264)*gu13) - (csetemp254 + csetemp265 + csetemp266)*gu23 - \n+ (csetemp267 + csetemp268 + csetemp269)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp255 + csetemp266 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp270 + csetemp271 + \n+ csetemp272)*gu11) - (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu12 - \n+ (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp270 + csetemp271 + \n+ csetemp272)*gu12) - (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu22 - \n+ (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp270 + csetemp271 + \n+ csetemp272)*gu13) - (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu23 - \n+ (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp279 + csetemp280 + \n+ csetemp281)*gu12) - (csetemp271 + csetemp282 + csetemp283)*gu22 - \n+ (csetemp284 + csetemp285 + csetemp286)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp279 + csetemp280 + \n+ csetemp281)*gu13) - (csetemp271 + csetemp282 + csetemp283)*gu23 - \n+ (csetemp284 + csetemp285 + csetemp286)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp272 + csetemp283 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp287 + csetemp288 + \n+ csetemp289)*gu11) - (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu12 - \n+ (csetemp293 + csetemp294 + csetemp295)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp287 + csetemp288 + \n+ csetemp289)*gu12) - (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu22 - \n+ (csetemp293 + csetemp294 + csetemp295)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp287 + csetemp288 + \n+ csetemp289)*gu13) - (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu23 - \n+ (csetemp293 + csetemp294 + csetemp295)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp302 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp303 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp296 + csetemp297 + \n+ csetemp298)*gu12) - (csetemp288 + csetemp299 + csetemp300)*gu22 - \n+ (csetemp301 + csetemp302 + csetemp303)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp296 + csetemp297 + \n+ csetemp298)*gu13) - (csetemp288 + csetemp299 + csetemp300)*gu23 - \n+ (csetemp301 + csetemp302 + csetemp303)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp289 + csetemp300 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp304 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp305 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp306 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp307 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp308 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp309 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp310 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp311 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp312 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp304 + csetemp305 + \n+ csetemp306)*gu11) - (csetemp307 + csetemp308 + csetemp309)*gu12 - \n+ (csetemp310 + csetemp311 + csetemp312)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp304 + csetemp305 + \n+ csetemp306)*gu12) - (csetemp307 + csetemp308 + csetemp309)*gu22 - \n+ (csetemp310 + csetemp311 + csetemp312)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp304 + csetemp305 + \n+ csetemp306)*gu13) - (csetemp307 + csetemp308 + csetemp309)*gu23 - \n+ (csetemp310 + csetemp311 + csetemp312)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp313 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp314 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp315 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp316 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp317 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp318 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp319 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp320 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp313 + csetemp314 + \n+ csetemp315)*gu12) - (csetemp305 + csetemp316 + csetemp317)*gu22 - \n+ (csetemp318 + csetemp319 + csetemp320)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp313 + csetemp314 + \n+ csetemp315)*gu13) - (csetemp305 + csetemp316 + csetemp317)*gu23 - \n+ (csetemp318 + csetemp319 + csetemp320)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp306 + csetemp317 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ dtbetaExact1L = betal1*dtgu11 + betal2*dtgu12 + betal3*dtgu13 + \n+ dtbetal1*gu11 + dtbetal2*gu12 + dtbetal3*gu13;\n+ \n+ dtbetaExact2L = betal1*dtgu12 + betal2*dtgu22 + betal3*dtgu23 + \n+ dtbetal1*gu12 + dtbetal2*gu22 + dtbetal3*gu23;\n+ \n+ dtbetaExact3L = betal1*dtgu13 + betal2*dtgu23 + betal3*dtgu33 + \n+ dtbetal1*gu13 + dtbetal2*gu23 + dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaExact1L*betal1 + \n+ dtbetaExact2L*betal2 + dtbetaExact3L*betal3 + betaExact1L*dtbetal1 + \n+ betaExact2L*dtbetal2 + betaExact3L*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp321 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(alpExactL,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalpExactL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp321*(-dg4000 \n+ + dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(2*(gExact11L*dbeta11 + gExact12L*dbeta21 + \n+ gExact13L*dbeta31) + betaExact1L*dg111 + betaExact2L*dg112 + \n+ betaExact3L*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(gExact11L*dbeta12 + gExact22L*dbeta21 + \n+ gExact12L*(dbeta11 + dbeta22) + gExact23L*dbeta31 + gExact13L*dbeta32 + \n+ betaExact1L*dg121 + betaExact2L*dg122 + betaExact3L*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(gExact11L*dbeta13 + gExact23L*dbeta21 + \n+ gExact12L*dbeta23 + gExact33L*dbeta31 + gExact13L*(dbeta11 + dbeta33) + \n+ betaExact1L*dg131 + betaExact2L*dg132 + betaExact3L*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(2*(gExact12L*dbeta12 + gExact22L*dbeta22 + \n+ gExact23L*dbeta32) + betaExact1L*dg221 + betaExact2L*dg222 + \n+ betaExact3L*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(gExact13L*dbeta12 + gExact12L*dbeta13 + \n+ gExact22L*dbeta23 + gExact33L*dbeta32 + gExact23L*(dbeta22 + dbeta33) + \n+ betaExact1L*dg231 + betaExact2L*dg232 + betaExact3L*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kExact33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.5*csetemp321*(2*(gExact13L*dbeta13 + gExact23L*dbeta23 + \n+ gExact33L*dbeta33) + betaExact1L*dg331 + betaExact2L*dg332 + \n+ betaExact3L*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alpExact[index] = alpExactL;\n+ betaExact1[index] = betaExact1L;\n+ betaExact2[index] = betaExact2L;\n+ betaExact3[index] = betaExact3L;\n+ dtalpExact[index] = dtalpExactL;\n+ dtbetaExact1[index] = dtbetaExact1L;\n+ dtbetaExact2[index] = dtbetaExact2L;\n+ dtbetaExact3[index] = dtbetaExact3L;\n+ gExact11[index] = gExact11L;\n+ gExact12[index] = gExact12L;\n+ gExact13[index] = gExact13L;\n+ gExact22[index] = gExact22L;\n+ gExact23[index] = gExact23L;\n+ gExact33[index] = gExact33L;\n+ kExact11[index] = kExact11L;\n+ kExact12[index] = kExact12L;\n+ kExact13[index] = kExact13L;\n+ kExact22[index] = kExact22L;\n+ kExact23[index] = kExact23L;\n+ kExact33[index] = kExact33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(KerrSchild_exact);\n+}\n+extern \"C\" void KerrSchild_exact(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering KerrSchild_exact_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % KerrSchild_exact_calc_every != KerrSchild_exact_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"KerrSchild::curv_exact\",\n+ \"KerrSchild::dtlapse_exact\",\n+ \"KerrSchild::dtshift_exact\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"KerrSchild::lapse_exact\",\n+ \"KerrSchild::metric_exact\",\n+ \"KerrSchild::shift_exact\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"KerrSchild_exact\", 8, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, KerrSchild_exact_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving KerrSchild_exact_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace KerrSchild"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr3
|
multi_swe_bench
|
Add missing Boundary.c in CactusWave/WaveToyExtra (einsteintoolkit/Cactus#3)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 3,
"issue_title": "Add missing Boundary.c in CactusWave/WaveToyExtra",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Boundary.c to complete the CactusWave/WaveToyExtra thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 3,
"title": "Implement the full functionality of WaveToyExtra",
"body": "Please implement the full functionality of `WaveToyExtra` by finishing the code in `Boundary.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: WaveToyExtra\n- Target file: Boundary.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-3",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/CactusWave/WaveToyExtra/src/Boundary.c b/arrangements/CactusWave/WaveToyExtra/src/Boundary.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/CactusWave/WaveToyExtra/src/Boundary.c\n@@ -0,0 +1,106 @@\n+/*@@\n+ @file Boundary.c\n+ @date Friday 18th July 2003\n+ @author Gabrielle Allen\n+ @desc\n+ Use any provided boundary condition with WaveToy\n+ @enddesc\n+ @version $Id$\n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+#include \"util_Table.h\"\n+\n+static const char *rcsid = \"$Header$\";\n+\n+CCTK_FILEVERSION(CactusWave_WaveToyExtra_Boundary_c);\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Local Data Types ***********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Local Routine Prototypes *********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Other Routine Prototypes *********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+void WaveToyExtra_Boundary(CCTK_ARGUMENTS);\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* Local Data *****************************\n+ ********************************************************************/\n+\n+static int handle=-1;\n+\n+/********************************************************************\n+ ********************* External Routines **********************\n+ ********************************************************************/\n+\n+ /*@@\n+ @routine WaveToyC_Boundary\n+ @date Friday 18th July 2003\n+ @author Gabrielle Allen\n+ @desc \n+ Mark wavetoy variables for custom boundary condition\n+ @enddesc \n+ @history \n+ @endhistory \n+@@*/\n+\n+void WaveToyExtra_Boundary(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+\n+ CCTK_INT ierr=0;\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(bound,\"custom\"))\n+ {\n+ if (!CCTK_EQUALS(custom_options,\"\"))\n+ {\n+ if (handle == -1)\n+ {\n+ handle = Util_TableCreateFromString(custom_options);\n+ if (handle < 0)\n+ {\n+ CCTK_VWarn(0,__LINE__,__FILE__,CCTK_THORNSTRING,\n+ \"WaveToyC_Boundaries: Error creating table for \"\n+ \"boundary condition %s\",custom_bound);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ ierr = Boundary_SelectVarForBC(cctkGH, CCTK_ALL_FACES, 1, handle, \n+ \"wavetoy::phi\",custom_bound); \n+ } \n+\n+ if (ierr < 0) \n+ {\n+ CCTK_VWarn(0,__LINE__,__FILE__,CCTK_THORNSTRING,\n+ \"WaveToyC_Boundaries: Error selecting boundary \"\n+ \"condition %s\",bound);\n+ }\n+\n+ return;\n+}\n+\n+\n+ /*@@\n+ @routine WaveToyC_Terminate\n+ @date Friday 18th July 2003\n+ @author Gabrielle Allen\n+ @desc \n+ Tidy up wavetoy\n+ @enddesc \n+ @history \n+ @endhistory \n+@@*/\n+void WaveToyC_Terminate(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ Util_TableDestroy(handle);\n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+test_custom",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr30
|
multi_swe_bench
|
Add missing KerrSchild_always.cc in EinsteinExact/KerrSchild (einsteintoolkit/Cactus#30)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 30,
"issue_title": "Add missing KerrSchild_always.cc in EinsteinExact/KerrSchild",
"issue_body": "This PR adds the missing source file KerrSchild_always.cc to complete the EinsteinExact/KerrSchild thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 30,
"title": "Implement the full functionality of KerrSchild",
"body": "Please implement the full functionality of `KerrSchild` by finishing the code in `KerrSchild_always.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: KerrSchild\n- Target file: KerrSchild_always.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-30",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_always.cc b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_always.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/KerrSchild/src/KerrSchild_always.cc\n@@ -0,0 +1,2349 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+namespace KerrSchild {\n+\n+\n+static void KerrSchild_always_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_time;\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_TIME;\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dx,-1);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dy,-1);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dz,-1);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(KerrSchild_always,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostx,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boosty,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostz,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(lapsefactor,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*(-1 + \n+ boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostx*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boosty*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostz*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boostx*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddx*(csetemp6 + (-1 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp6 + (-1 + csetemp7 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boosty*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boostx*shiftaddx + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddy*(csetemp7 + (-1 + \n+ csetemp6 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp7 + (-1 + csetemp6 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (shiftaddz*(-1 + csetemp6 \n+ + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)) - boostz*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 \n+ + (-1 + boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + \n+ csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-1 + csetemp6 + csetemp7 \n+ + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - timeoffset;\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - positionx;\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - positiony;\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - positionz;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(X,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Y,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,2);\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.707106781186547524400844362105*pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13 + pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),0.5),0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = a*X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp19;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp16*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp17 + csetemp18,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*(csetemp20 + csetemp21)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp14*M*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-2)*pow(csetemp20 + csetemp21,2);\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1)*pow(csetemp10 + \n+ csetemp16,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp13*M*rXYZ*pow(csetemp10*csetemp13 + csetemp15,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,7);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*(3*csetemp10*csetemp13*csetemp14 - \n+ csetemp22)*M*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,6);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*(-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + 5*csetemp13)*csetemp16) - \n+ csetemp23 + 3*csetemp13*csetemp24)*M*rXYZ*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,9);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,3);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (-3*a*csetemp23 - csetemp15*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 + 3*csetemp11 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,8);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*(((csetemp10 - \n+ csetemp11 - 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 4*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (-2*csetemp22 + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ - csetemp11 + 2*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 + \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28) + 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + \n+ (-3*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp14*M*(((csetemp10 \n+ - 2*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15 + (3*csetemp10 - \n+ csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp16)*csetemp26 + a*((3*csetemp10 \n+ - 4*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29) + \n+ (2*csetemp22 - 4*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 \n+ + 2*csetemp11 - csetemp12 - csetemp13)*csetemp27 - \n+ 2*csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*M*((3*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp22 + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*((3*csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp14 + (csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + (3*a*csetemp23 + csetemp15*csetemp26 - \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + csetemp13*((csetemp10 - csetemp11 + \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((3*a*csetemp23 + \n+ (5*csetemp15 + (2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*csetemp26)*X + (-2*csetemp22 + \n+ csetemp10*(2*(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 4*csetemp28))*Y + csetemp13*(-3*csetemp27*X + \n+ 4*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*X*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*(csetemp10*csetemp13*csetemp16 - \n+ csetemp23)*M*Y*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp10*csetemp13 - \n+ csetemp15)*(2*csetemp10*csetemp13 - 2*csetemp15 + (-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + \n+ 3*csetemp13)*csetemp16)*M*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp14 + (-csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (-5*a*csetemp23 - \n+ csetemp15*csetemp26 + 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ - \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*(((-2*csetemp11 - 3*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp12 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (-3*csetemp22 + csetemp10*csetemp28 + 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp17 + \n+ csetemp18)*M*rXYZ*((-3*csetemp22 + csetemp10*((-2*csetemp10 + \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + \n+ 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X + (-5*a*csetemp23 + (-5*csetemp15 + \n+ (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + csetemp12) + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + \n+ 3*csetemp13*csetemp27)*Y)*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,10);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(a,6);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp14*M*((a*(2*(-3*csetemp10 + 3*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 - 4*csetemp25) + \n+ csetemp26*(2*csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - 2*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28))*X + (csetemp10*(2*(-csetemp10 + 3*csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp23 - csetemp15*(csetemp13*(csetemp12 + csetemp13) - \n+ csetemp10*(csetemp12 + 2*(csetemp11 + csetemp13)) + csetemp24)) - \n+ (-csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 + \n+ 2*csetemp30 + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp31)*Y - 2*csetemp13*((csetemp10 + csetemp11 - \n+ 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp27*rXYZ*X + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11)*csetemp16*csetemp24*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp14*M*((csetemp10*csetemp15*(csetemp13*(csetemp11 + csetemp13) \n+ - csetemp10*(csetemp11 + 2*(csetemp12 + csetemp13)) + csetemp24) + \n+ (-csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + csetemp13)*csetemp29 - \n+ 2*csetemp30 + (csetemp10 - csetemp11 + 2*csetemp12 - \n+ csetemp13)*csetemp13*csetemp31)*X + (-4*a*csetemp25 - 2*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp26*csetemp28 + (csetemp10 - \n+ 3*csetemp11 + csetemp12 - csetemp13)*csetemp13*csetemp27*rXYZ))*Y + \n+ 2*((csetemp10*(csetemp10 - 3*csetemp12 - csetemp13)*csetemp23 + \n+ (csetemp10 - 3*csetemp12)*csetemp13*csetemp16*csetemp24)*X + \n+ (a*(-3*csetemp10 - csetemp11 + 3*csetemp12 + csetemp13)*csetemp22 + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14*csetemp26)*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*rXYZ*((csetemp11 - \n+ csetemp12)*(4*a*csetemp22 + csetemp26*(-2*(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp14 + 4*csetemp28)) + \n+ (csetemp10*((2*(csetemp11 + csetemp12) + 3*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + 2*csetemp23) + 2*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*csetemp13)*csetemp16*csetemp24 - 3*csetemp29)*X*Y + \n+ csetemp13*(4*(-csetemp11 + csetemp12)*csetemp27*rXYZ - \n+ 3*csetemp31*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + 4*csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - 2*csetemp11 - csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) + csetemp13*(-csetemp10 - 2*csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + (4*a*csetemp23 + \n+ 2*csetemp15*csetemp26)*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp13*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-((csetemp10 - csetemp11 - 3*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp15) + csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 \n+ + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ 5*csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (3*csetemp22 + \n+ csetemp10*csetemp28 - 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Z,4);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*M*((-((-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22) + 2*csetemp25 + \n+ csetemp10*csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ 2*csetemp13)*csetemp14 - 3*csetemp28) + 3*csetemp24*csetemp32*rXYZ)*X + \n+ (a*(csetemp10 - csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + \n+ csetemp13*(-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + 2*(a*csetemp29 + \n+ csetemp27*csetemp32))*Y)*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -csetemp21;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*(((-3*csetemp11 - 2*csetemp12 + 2*(csetemp10 + \n+ csetemp13))*csetemp15 + csetemp13*(6*csetemp10 - 3*csetemp11 - \n+ 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp16)*csetemp26 + a*((6*csetemp10 - \n+ 7*csetemp11 - 2*(csetemp12 + csetemp13))*csetemp23 + 4*csetemp29) + \n+ (3*csetemp22 - csetemp10*csetemp28 - 5*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + csetemp11 - 2*(csetemp12 + \n+ csetemp13))*csetemp27 - \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp14*(csetemp20 + \n+ csetemp21)*M*((6*csetemp10 - 5*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp22 + 4*csetemp25 + csetemp10*(csetemp13*(6*csetemp10 \n+ - csetemp12 - 2*(csetemp11 + csetemp13))*csetemp14 + (-2*csetemp11 - \n+ csetemp12 + 2*(csetemp10 + csetemp13))*csetemp28) + (5*a*csetemp23 + \n+ csetemp15*csetemp26 - 3*csetemp13*csetemp27)*X*Y + \n+ csetemp13*((2*csetemp10 + 3*csetemp12 - 2*(csetemp11 + \n+ csetemp13))*csetemp24*rXYZ + \n+ csetemp16*csetemp26*X*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-3)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(csetemp19 + \n+ csetemp33)*M*rXYZ*((-5*csetemp15 + (-2*csetemp10 + 2*(csetemp11 + \n+ csetemp12) + csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + \n+ csetemp10*((2*csetemp10 - 2*(csetemp11 + csetemp12) - \n+ 3*csetemp13)*csetemp14 + 3*csetemp28)*Y + 3*(csetemp13*csetemp27*X + \n+ csetemp22*Y) - 5*(a*csetemp23*X + \n+ csetemp13*csetemp24*rXYZ*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*M*((-((csetemp10 \n+ - 3*csetemp11 - csetemp12 + csetemp13)*csetemp15) + \n+ csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26 + a*((-3*csetemp10 + 5*csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*csetemp23 - 2*csetemp29) + (-3*csetemp22 - \n+ csetemp10*csetemp28 + 3*csetemp13*csetemp24*rXYZ)*X*Y + \n+ csetemp13*((-csetemp10 - csetemp11 + csetemp12 + csetemp13)*csetemp27 + \n+ csetemp10*csetemp14*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp16*M*((-3*csetemp10 + csetemp11 + 4*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp22 + csetemp10*(csetemp13*(-3*csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp13)*csetemp14 - (csetemp10 - csetemp11 - 2*csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp28) - 4*a*csetemp23*X*Y - 2*(csetemp25 + \n+ csetemp15*csetemp26*X*Y) + csetemp13*((-csetemp10 + csetemp11 - \n+ 2*csetemp12 + csetemp13)*csetemp24*rXYZ + \n+ 2*csetemp27*X*Y))*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*M*(a*((csetemp10 - \n+ csetemp11 - csetemp12 - 5*csetemp13)*csetemp23 + 2*csetemp29)*X + \n+ ((-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + 4*csetemp13)*csetemp22 - \n+ 2*csetemp25 + 3*csetemp10*csetemp13*csetemp28)*Y + \n+ csetemp13*((-4*csetemp15 + (-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + \n+ csetemp13)*csetemp16)*csetemp26*X + csetemp10*(csetemp10 - csetemp11 - \n+ csetemp12 - 2*csetemp13)*csetemp14*Y) + csetemp32*(2*csetemp27*X - \n+ 3*csetemp24*rXYZ*Y))*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(csetemp10 + csetemp16,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + \n+ pow(-csetemp10 + csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*X*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp13*M*(-3*csetemp28 \n+ + csetemp10*csetemp13*rXYZ)*Y*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*((2*csetemp10 - \n+ 2*(csetemp11 + csetemp12) - 5*csetemp13)*csetemp23 + 4*csetemp29 + \n+ csetemp24*csetemp32 + csetemp10*(-3*csetemp13*csetemp15 + \n+ csetemp16*csetemp32))*M*Z*pow(csetemp10*csetemp13 + \n+ csetemp15,-2)*pow(rXYZ,-1)*pow(4*csetemp10*csetemp13 + pow(-csetemp10 + \n+ csetemp11 + csetemp12 + csetemp13,2),-0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*pow(xformL00,2) + \n+ tg411*pow(xformL10,2) + tg422*pow(xformL20,2) + tg433*pow(xformL30,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL00 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL10 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL20 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL00 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL10 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL20 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL00 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL10 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL20 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36 + csetemp37)*xformL01 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL11 + (csetemp42 + csetemp43 + csetemp44 + \n+ csetemp45)*xformL21 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL01 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL11 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL21 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL01 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL11 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL21 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52 + csetemp53)*xformL02 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL12 + (csetemp58 + csetemp59 + csetemp60 + \n+ csetemp61)*xformL22 + (csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL02 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL12 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL22 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68 + csetemp69)*xformL03 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL13 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL23 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL00 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL10 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL20 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL30) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL00 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL10 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL20 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL30) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL00 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL10 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL20 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL30) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL00 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL20*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL30*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL00*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL10*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL20*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL30*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL10*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL20*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL30*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL10*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL20*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL30*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL11 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL21 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL31) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL11 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL21 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL31) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL01 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL11 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL21 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL31) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL01 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL01 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL11 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL31) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL01 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL11 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL21 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL31) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL21 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL31) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL01 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL11 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL21 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL01 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL01 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL11 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL21 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL31) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL21 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL31) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL01 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL11 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL21 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL01 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL01 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL11 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL21 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL31) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL01 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL11 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL21 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL31) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL01 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL11 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL21 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL11*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL21*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL31*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL01*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL11*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL21*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL31*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL11*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL21*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL31*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL11*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL21*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL31*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL12 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL22 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL32) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL12 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL22 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL32) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL02 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL12 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL22 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL32) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL02 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL02 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL12 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL32) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL02 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL12 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL22 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL32) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL22 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL32) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL02 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL12 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL22 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL02 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL02 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL12 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL22 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL32) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL22 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL32) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL02 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL12 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL22 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL02 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL02 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL12 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL22 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL32) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL02 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL12 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL22 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL32) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL02 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL12 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL22 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL12*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL22*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL32*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL02*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL12*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL22*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL32*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL12*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL22*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL32*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL12*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL22*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL32*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL13*((csetemp86 + \n+ csetemp87 + csetemp88 + csetemp89)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp101 \n+ + csetemp98 + csetemp99)*xformL13 + (csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104 + csetemp105)*xformL23 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL33) + xformL23*((csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92 + csetemp93)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 + csetemp104 \n+ + csetemp105)*xformL13 + (csetemp110 + csetemp111 + csetemp112 + \n+ csetemp113)*xformL23 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL33) + xformL33*((csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL03 + (csetemp106 + csetemp107 + csetemp108 + \n+ csetemp109)*xformL13 + (csetemp114 + csetemp115 + csetemp116 + \n+ csetemp117)*xformL23 + (csetemp118 + csetemp119 + csetemp120 + \n+ csetemp121)*xformL33) + xformL03*((csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL03 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp122 + \n+ csetemp123 + csetemp124 + csetemp125)*xformL03 + (csetemp126 + \n+ csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL13 + (csetemp130 + \n+ csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + \n+ csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL33) + xformL13*((csetemp126 \n+ + csetemp127 + csetemp128 + csetemp129)*xformL03 + (csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL13 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL23 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL33) + xformL23*((csetemp130 \n+ + csetemp131 + csetemp132 + csetemp133)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL23 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL33) + xformL33*((csetemp134 \n+ + csetemp135 + csetemp136 + csetemp137)*xformL03 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL13 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL23 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL03 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33) + xformL13*((csetemp166 \n+ + csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL03 + (csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL13 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL23 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL33) + xformL23*((csetemp170 \n+ + csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL23 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL33) + xformL33*((csetemp174 \n+ + csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL03 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL13 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL23 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL03 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33) + xformL13*((csetemp206 \n+ + csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL03 + (csetemp218 + \n+ csetemp219 + csetemp220 + csetemp221)*xformL13 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL23 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL33) + xformL23*((csetemp210 \n+ + csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL03 + (csetemp222 + \n+ csetemp223 + csetemp224 + csetemp225)*xformL13 + (csetemp230 + \n+ csetemp231 + csetemp232 + csetemp233)*xformL23 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL33) + xformL33*((csetemp214 \n+ + csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL03 + (csetemp226 + \n+ csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*xformL13 + (csetemp234 + \n+ csetemp235 + csetemp236 + csetemp237)*xformL23 + (csetemp238 + \n+ csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ gxxL = g411;\n+ \n+ gxyL = g412;\n+ \n+ gxzL = g413;\n+ \n+ gyyL = g422;\n+ \n+ gyzL = g423;\n+ \n+ gzzL = g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gyzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxyL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp242) - gxxL*csetemp243 - gzzL*csetemp244;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(detg,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp243)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp242)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp245;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp244)*csetemp245;\n+ \n+ betaxL = betal1*gu11 + betal2*gu12 + betal3*gu13;\n+ \n+ betayL = betal1*gu12 + betal2*gu22 + betal3*gu23;\n+ \n+ betazL = betal1*gu13 + betal2*gu23 + betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ alpL = pow(betasq - g400,0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu11) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu12 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu12) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu22 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu13) - (csetemp249 + csetemp250 + csetemp251)*gu23 - \n+ (csetemp252 + csetemp253 + csetemp254)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu12) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu22 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp255 + csetemp256 + \n+ csetemp257)*gu13) - (csetemp247 + csetemp258 + csetemp259)*gu23 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp248 + csetemp259 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu11) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu12 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu12) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu22 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu13) - (csetemp266 + csetemp267 + csetemp268)*gu23 - \n+ (csetemp269 + csetemp270 + csetemp271)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu12) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu22 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp272 + csetemp273 + \n+ csetemp274)*gu13) - (csetemp264 + csetemp275 + csetemp276)*gu23 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp265 + csetemp276 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu11) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu12 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu12) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu22 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu13) - (csetemp283 + csetemp284 + csetemp285)*gu23 - \n+ (csetemp286 + csetemp287 + csetemp288)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu12) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu22 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp289 + csetemp290 + \n+ csetemp291)*gu13) - (csetemp281 + csetemp292 + csetemp293)*gu23 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp282 + csetemp293 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp302 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp303 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp304 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp305 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu11) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu12 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu12) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu22 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu13) - (csetemp300 + csetemp301 + csetemp302)*gu23 - \n+ (csetemp303 + csetemp304 + csetemp305)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp306 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp307 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp308 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp309 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp310 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp311 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp312 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp313 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu12) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu22 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp306 + csetemp307 + \n+ csetemp308)*gu13) - (csetemp298 + csetemp309 + csetemp310)*gu23 - \n+ (csetemp311 + csetemp312 + csetemp313)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp299 + csetemp310 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ dtbetaxL = betal1*dtgu11 + betal2*dtgu12 + betal3*dtgu13 + \n+ dtbetal1*gu11 + dtbetal2*gu12 + dtbetal3*gu13;\n+ \n+ dtbetayL = betal1*dtgu12 + betal2*dtgu22 + betal3*dtgu23 + \n+ dtbetal1*gu12 + dtbetal2*gu22 + dtbetal3*gu23;\n+ \n+ dtbetazL = betal1*dtgu13 + betal2*dtgu23 + betal3*dtgu33 + \n+ dtbetal1*gu13 + dtbetal2*gu23 + dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp314 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(alpL,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(-dg4000 + \n+ dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxxL*dbeta11 \n+ + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + betaxL*dg111 + betayL*dg112 + \n+ betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta12 + \n+ gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + \n+ betaxL*dg121 + betayL*dg122 + betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxxL*dbeta13 + \n+ gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg131 + betayL*dg132 + betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxyL*dbeta12 \n+ + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + betaxL*dg221 + betayL*dg222 + \n+ betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(gxzL*dbeta12 + \n+ gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg231 + betayL*dg232 + betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp314*(2*(gxzL*dbeta13 \n+ + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + betaxL*dg331 + betayL*dg332 + \n+ betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alp[index] = alpL;\n+ betax[index] = betaxL;\n+ betay[index] = betayL;\n+ betaz[index] = betazL;\n+ dtalp[index] = dtalpL;\n+ dtbetax[index] = dtbetaxL;\n+ dtbetay[index] = dtbetayL;\n+ dtbetaz[index] = dtbetazL;\n+ gxx[index] = gxxL;\n+ gxy[index] = gxyL;\n+ gxz[index] = gxzL;\n+ gyy[index] = gyyL;\n+ gyz[index] = gyzL;\n+ gzz[index] = gzzL;\n+ kxx[index] = kxxL;\n+ kxy[index] = kxyL;\n+ kxz[index] = kxzL;\n+ kyy[index] = kyyL;\n+ kyz[index] = kyzL;\n+ kzz[index] = kzzL;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(KerrSchild_always);\n+}\n+extern \"C\" void KerrSchild_always(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering KerrSchild_always_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % KerrSchild_always_calc_every != KerrSchild_always_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"grid::coordinates\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"KerrSchild_always\", 7, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, KerrSchild_always_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving KerrSchild_always_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace KerrSchild"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr31
|
multi_swe_bench
|
Add missing Minkowski_initial.cc in EinsteinExact/Minkowski (einsteintoolkit/Cactus#31)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 31,
"issue_title": "Add missing Minkowski_initial.cc in EinsteinExact/Minkowski",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Minkowski_initial.cc to complete the EinsteinExact/Minkowski thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 31,
"title": "Implement the full functionality of Minkowski",
"body": "Please implement the full functionality of `Minkowski` by finishing the code in `Minkowski_initial.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Minkowski\n- Target file: Minkowski_initial.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-31",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_initial.cc b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_initial.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_initial.cc\n@@ -0,0 +1,2021 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+namespace Minkowski {\n+\n+\n+static void Minkowski_initial_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_time;\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_TIME;\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dx,-1);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dy,-1);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dz,-1);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(Minkowski_initial,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostx,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boosty,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostz,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(lapsefactor,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*(-1 + \n+ boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostx*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boosty*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostz*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boostx*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddx*(csetemp6 + (-1 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp6 + (-1 + csetemp7 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boosty*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boostx*shiftaddx + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddy*(csetemp7 + (-1 + \n+ csetemp6 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp7 + (-1 + csetemp6 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (shiftaddz*(-1 + csetemp6 \n+ + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)) - boostz*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 \n+ + (-1 + boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + \n+ csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-1 + csetemp6 + csetemp7 \n+ + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*pow(xformL00,2) + \n+ tg411*pow(xformL10,2) + tg422*pow(xformL20,2) + tg433*pow(xformL30,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL00 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL10 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL20 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL00 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL10 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL20 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL00 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL10 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL20 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL01 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL11 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL21 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL01 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL11 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL21 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL01 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL11 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL21 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL02 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL12 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL22 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL02 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL12 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL22 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL03 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL13 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL23 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL00 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL10 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL20 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL30) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL00 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL10 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL20 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL30) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL00 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL10 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL20 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL30) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL00 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL13*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL23*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL33*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL13*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL23*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL33*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL13*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL23*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL33*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL13*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL23*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL33*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ gxxL = g411;\n+ \n+ gxyL = g412;\n+ \n+ gxzL = g413;\n+ \n+ gyyL = g422;\n+ \n+ gyzL = g423;\n+ \n+ gzzL = g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gyzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxyL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp218) - gxxL*csetemp219 - gzzL*csetemp220;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(detg,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp219)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp218)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp220)*csetemp221;\n+ \n+ betaxL = betal1*gu11 + betal2*gu12 + betal3*gu13;\n+ \n+ betayL = betal1*gu12 + betal2*gu22 + betal3*gu23;\n+ \n+ betazL = betal1*gu13 + betal2*gu23 + betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ alpL = pow(betasq - g400,0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu11) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu12 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu12) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu22 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu13) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu23 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu12) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu22 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu13) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu23 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp224 + csetemp235 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu11) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu12 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu12) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu22 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu13) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu23 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu12) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu22 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu13) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu23 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp241 + csetemp252 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu11) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu12 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu12) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu22 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu13) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu23 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu12) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu22 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu13) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu23 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp258 + csetemp269 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu11) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu12 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu12) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu22 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu13) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu23 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu12) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu22 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu13) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu23 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp275 + csetemp286 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ dtbetaxL = betal1*dtgu11 + betal2*dtgu12 + betal3*dtgu13 + \n+ dtbetal1*gu11 + dtbetal2*gu12 + dtbetal3*gu13;\n+ \n+ dtbetayL = betal1*dtgu12 + betal2*dtgu22 + betal3*dtgu23 + \n+ dtbetal1*gu12 + dtbetal2*gu22 + dtbetal3*gu23;\n+ \n+ dtbetazL = betal1*dtgu13 + betal2*dtgu23 + betal3*dtgu33 + \n+ dtbetal1*gu13 + dtbetal2*gu23 + dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(alpL,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(-dg4000 + \n+ dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxxL*dbeta11 \n+ + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + betaxL*dg111 + betayL*dg112 + \n+ betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta12 + \n+ gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + \n+ betaxL*dg121 + betayL*dg122 + betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta13 + \n+ gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg131 + betayL*dg132 + betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxyL*dbeta12 \n+ + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + betaxL*dg221 + betayL*dg222 + \n+ betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxzL*dbeta12 + \n+ gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg231 + betayL*dg232 + betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxzL*dbeta13 \n+ + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + betaxL*dg331 + betayL*dg332 + \n+ betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alp[index] = alpL;\n+ betax[index] = betaxL;\n+ betay[index] = betayL;\n+ betaz[index] = betazL;\n+ dtalp[index] = dtalpL;\n+ dtbetax[index] = dtbetaxL;\n+ dtbetay[index] = dtbetayL;\n+ dtbetaz[index] = dtbetazL;\n+ gxx[index] = gxxL;\n+ gxy[index] = gxyL;\n+ gxz[index] = gxzL;\n+ gyy[index] = gyyL;\n+ gyz[index] = gyzL;\n+ gzz[index] = gzzL;\n+ kxx[index] = kxxL;\n+ kxy[index] = kxyL;\n+ kxz[index] = kxzL;\n+ kyy[index] = kyyL;\n+ kyz[index] = kyzL;\n+ kzz[index] = kzzL;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(Minkowski_initial);\n+}\n+extern \"C\" void Minkowski_initial(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering Minkowski_initial_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % Minkowski_initial_calc_every != Minkowski_initial_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"Minkowski_initial\", 6, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, Minkowski_initial_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving Minkowski_initial_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace Minkowski"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr32
|
multi_swe_bench
|
Add missing Minkowski_always.cc in EinsteinExact/Minkowski (einsteintoolkit/Cactus#32)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 32,
"issue_title": "Add missing Minkowski_always.cc in EinsteinExact/Minkowski",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Minkowski_always.cc to complete the EinsteinExact/Minkowski thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 32,
"title": "Implement the full functionality of Minkowski",
"body": "Please implement the full functionality of `Minkowski` by finishing the code in `Minkowski_always.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Minkowski\n- Target file: Minkowski_always.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-32",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_always.cc b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_always.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_always.cc\n@@ -0,0 +1,2021 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+namespace Minkowski {\n+\n+\n+static void Minkowski_always_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_time;\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_ORIGIN_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_TIME;\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(0);\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(1);\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_DELTA_SPACE(2);\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dx,-1);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dy,-1);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(dz,-1);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(Minkowski_always,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(phi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(psi);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(theta);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostx,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boosty,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(boostz,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(lapsefactor,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*(-1 + \n+ boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostx*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boosty*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = boostz*csetemp9*(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boostx*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boosty*shiftaddy + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddx*(csetemp6 + (-1 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp6 + (-1 + csetemp7 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(boosty*(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 + (-1 + boostx*shiftaddx + boostz*shiftaddz)*pow(1 \n+ - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5))) + shiftaddy*(csetemp7 + (-1 + \n+ csetemp6 + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boosty*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp7 + (-1 + csetemp6 \n+ + csetemp8)*(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 \n+ - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (shiftaddz*(-1 + csetemp6 \n+ + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)) - boostz*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 \n+ + (-1 + boostx*shiftaddx + boosty*shiftaddy)*pow(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8,0.5)))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + \n+ csetemp8,-1)*pow(1 + pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boostx*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(boosty*boostz*pow(-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 - pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5),-1));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-1 + csetemp6 + csetemp7 \n+ + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + csetemp7)*pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8,0.5))*pow(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8,-1)*pow(1 + \n+ pow(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8,0.5),-1);\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*pow(xformL00,2) + \n+ tg411*pow(xformL10,2) + tg422*pow(xformL20,2) + tg433*pow(xformL30,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL00 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL10 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL20 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL00 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL10 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL20 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL00 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL10 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL20 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL01 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL11 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL21 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL01 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL11 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL21 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL01 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL11 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL21 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL02 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL12 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL22 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL02 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL12 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL22 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL03 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL13 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL23 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL00 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL10 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL20 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL30) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL00 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL10 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL20 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL30) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL00 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL10 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL20 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL30) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL00 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL13*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL23*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL33*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL13*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL23*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL33*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL13*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL23*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL33*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL13*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL23*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL33*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ gxxL = g411;\n+ \n+ gxyL = g412;\n+ \n+ gxzL = g413;\n+ \n+ gyyL = g422;\n+ \n+ gyzL = g423;\n+ \n+ gzzL = g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gyzL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(gxyL,2);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp218) - gxxL*csetemp219 - gzzL*csetemp220;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(detg,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp219)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp218)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp220)*csetemp221;\n+ \n+ betaxL = betal1*gu11 + betal2*gu12 + betal3*gu13;\n+ \n+ betayL = betal1*gu12 + betal2*gu22 + betal3*gu23;\n+ \n+ betazL = betal1*gu13 + betal2*gu23 + betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ alpL = pow(betasq - g400,0.5);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu11) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu12 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu12) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu22 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu13) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu23 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu12) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu22 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu13) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu23 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp224 + csetemp235 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu11) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu12 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu12) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu22 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu13) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu23 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu12) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu22 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu13) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu23 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp241 + csetemp252 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu11) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu12 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu12) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu22 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu13) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu23 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu12) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu22 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu13) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu23 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp258 + csetemp269 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu11) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu12 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu12) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu22 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu13) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu23 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu12) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu22 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu13) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu23 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp275 + csetemp286 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ dtbetaxL = betal1*dtgu11 + betal2*dtgu12 + betal3*dtgu13 + \n+ dtbetal1*gu11 + dtbetal2*gu12 + dtbetal3*gu13;\n+ \n+ dtbetayL = betal1*dtgu12 + betal2*dtgu22 + betal3*dtgu23 + \n+ dtbetal1*gu12 + dtbetal2*gu22 + dtbetal3*gu23;\n+ \n+ dtbetazL = betal1*dtgu13 + betal2*dtgu23 + betal3*dtgu33 + \n+ dtbetal1*gu13 + dtbetal2*gu23 + dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(alpL,-1);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(-dg4000 + \n+ dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxxL*dbeta11 \n+ + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + betaxL*dg111 + betayL*dg112 + \n+ betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta12 + \n+ gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + \n+ betaxL*dg121 + betayL*dg122 + betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta13 + \n+ gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg131 + betayL*dg132 + betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxyL*dbeta12 \n+ + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + betaxL*dg221 + betayL*dg222 + \n+ betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(gxzL*dbeta12 + \n+ gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + \n+ betaxL*dg231 + betayL*dg232 + betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*csetemp290*(2*(gxzL*dbeta13 \n+ + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + betaxL*dg331 + betayL*dg332 + \n+ betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alp[index] = alpL;\n+ betax[index] = betaxL;\n+ betay[index] = betayL;\n+ betaz[index] = betazL;\n+ dtalp[index] = dtalpL;\n+ dtbetax[index] = dtbetaxL;\n+ dtbetay[index] = dtbetayL;\n+ dtbetaz[index] = dtbetazL;\n+ gxx[index] = gxxL;\n+ gxy[index] = gxyL;\n+ gxz[index] = gxzL;\n+ gyy[index] = gyyL;\n+ gyz[index] = gyzL;\n+ gzz[index] = gzzL;\n+ kxx[index] = kxxL;\n+ kxy[index] = kxyL;\n+ kxz[index] = kxzL;\n+ kyy[index] = kyyL;\n+ kyz[index] = kyzL;\n+ kzz[index] = kzzL;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(Minkowski_always);\n+}\n+extern \"C\" void Minkowski_always(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering Minkowski_always_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % Minkowski_always_calc_every != Minkowski_always_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"Minkowski_always\", 6, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, Minkowski_always_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving Minkowski_always_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace Minkowski"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr33
|
multi_swe_bench
|
Add missing Minkowski_error.cc in EinsteinExact/Minkowski (einsteintoolkit/Cactus#33)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 33,
"issue_title": "Add missing Minkowski_error.cc in EinsteinExact/Minkowski",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Minkowski_error.cc to complete the EinsteinExact/Minkowski thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 33,
"title": "Implement the full functionality of Minkowski",
"body": "Please implement the full functionality of `Minkowski` by finishing the code in `Minkowski_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Minkowski\n- Target file: Minkowski_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-33",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/Minkowski/src/Minkowski_error.cc\n@@ -0,0 +1,2048 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace Minkowski {\n+\n+\n+static void Minkowski_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(Minkowski_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL00 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL10 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL20 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL00 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL10 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL20 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL00 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL10 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL20 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12 + csetemp13)*xformL01 + (csetemp14 + csetemp15 + csetemp16 + \n+ csetemp17)*xformL11 + (csetemp18 + csetemp19 + csetemp20 + \n+ csetemp21)*xformL21 + (csetemp22 + csetemp23 + csetemp24 + \n+ csetemp25)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL01 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL11 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL21 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL01 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL11 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL21 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28 + csetemp29)*xformL02 + (csetemp30 + csetemp31 + csetemp32 + \n+ csetemp33)*xformL12 + (csetemp34 + csetemp35 + csetemp36 + \n+ csetemp37)*xformL22 + (csetemp38 + csetemp39 + csetemp40 + \n+ csetemp41)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL02 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL12 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL22 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44 + csetemp45)*xformL03 + (csetemp46 + csetemp47 + csetemp48 + \n+ csetemp49)*xformL13 + (csetemp50 + csetemp51 + csetemp52 + \n+ csetemp53)*xformL23 + (csetemp54 + csetemp55 + csetemp56 + \n+ csetemp57)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL00 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL10 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL20 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL30) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL00 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL10 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL20 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL30) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL00 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL10 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL20 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL30) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL00 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL10 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL20 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL10*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL20*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL30*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL10*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL20*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL30*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL10*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL20*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL30*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL10*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL20*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL30*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL01 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL11 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL21 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL31) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL01 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL11 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL21 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL31) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL01 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL11 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL21 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL31) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL01 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL11 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL21 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL01 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL11 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL21 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL31) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL01 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL11 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL21 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL31) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL01 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL11 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL21 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL31) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL01 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL11 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL21 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL01 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL11 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL21 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL31) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL01 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL11 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL21 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL31) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL01 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL11 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL21 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL31) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL01 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL11 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL21 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL01 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL11 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL21 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL31) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL01 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL11 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL21 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL31) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL01 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL11 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL21 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL31) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL01 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL11 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL21 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL11*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL21*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL31*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL11*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL21*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL31*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL11*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL21*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL31*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL11*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL21*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL31*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL02 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL12 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL22 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL32) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL02 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL12 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL22 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL32) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL02 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL12 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL22 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL32) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL02 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL12 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL22 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL02 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL12 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL22 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL32) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL02 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL12 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL22 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL32) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL02 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL12 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL22 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL32) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL02 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL12 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL22 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL02 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL12 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL22 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL32) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL02 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL12 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL22 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL32) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL02 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL12 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL22 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL32) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL02 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL12 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL22 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL02 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL12 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL22 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL32) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL02 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL12 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL22 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL32) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL02 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL12 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL22 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL32) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL02 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL12 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL22 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL12*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL22*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL32*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL12*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL22*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL32*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL12*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL22*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL32*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL12*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL22*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL32*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60 + csetemp61)*xformL03 + (csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64 + csetemp65)*xformL13 + (csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL23 + (csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL33) + xformL13*((csetemp62 + csetemp63 + csetemp64 + \n+ csetemp65)*xformL03 + (csetemp74 + csetemp75 + csetemp76 + \n+ csetemp77)*xformL13 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL23 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL33) + xformL23*((csetemp66 + csetemp67 + csetemp68 + \n+ csetemp69)*xformL03 + (csetemp78 + csetemp79 + csetemp80 + \n+ csetemp81)*xformL13 + (csetemp86 + csetemp87 + csetemp88 + \n+ csetemp89)*xformL23 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL33) + xformL33*((csetemp70 + csetemp71 + csetemp72 + \n+ csetemp73)*xformL03 + (csetemp82 + csetemp83 + csetemp84 + \n+ csetemp85)*xformL13 + (csetemp90 + csetemp91 + csetemp92 + \n+ csetemp93)*xformL23 + (csetemp94 + csetemp95 + csetemp96 + \n+ csetemp97)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp98 + csetemp99)*xformL03 + (csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL13 + (csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108 + csetemp109)*xformL23 + (csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112 + csetemp113)*xformL33) + xformL13*((csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104 + csetemp105)*xformL03 + (csetemp114 + csetemp115 + \n+ csetemp116 + csetemp117)*xformL13 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL23 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL33) + xformL23*((csetemp106 + csetemp107 \n+ + csetemp108 + csetemp109)*xformL03 + (csetemp118 + csetemp119 + \n+ csetemp120 + csetemp121)*xformL13 + (csetemp126 + csetemp127 + \n+ csetemp128 + csetemp129)*xformL23 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL33) + xformL33*((csetemp110 + csetemp111 \n+ + csetemp112 + csetemp113)*xformL03 + (csetemp122 + csetemp123 + \n+ csetemp124 + csetemp125)*xformL13 + (csetemp130 + csetemp131 + \n+ csetemp132 + csetemp133)*xformL23 + (csetemp134 + csetemp135 + \n+ csetemp136 + csetemp137)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp138 + \n+ csetemp139 + csetemp140 + csetemp141)*xformL03 + (csetemp142 + \n+ csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL13 + (csetemp146 + \n+ csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL23 + (csetemp150 + \n+ csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL33) + xformL13*((csetemp142 \n+ + csetemp143 + csetemp144 + csetemp145)*xformL03 + (csetemp154 + \n+ csetemp155 + csetemp156 + csetemp157)*xformL13 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL23 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL33) + xformL23*((csetemp146 \n+ + csetemp147 + csetemp148 + csetemp149)*xformL03 + (csetemp158 + \n+ csetemp159 + csetemp160 + csetemp161)*xformL13 + (csetemp166 + \n+ csetemp167 + csetemp168 + csetemp169)*xformL23 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL33) + xformL33*((csetemp150 \n+ + csetemp151 + csetemp152 + csetemp153)*xformL03 + (csetemp162 + \n+ csetemp163 + csetemp164 + csetemp165)*xformL13 + (csetemp170 + \n+ csetemp171 + csetemp172 + csetemp173)*xformL23 + (csetemp174 + \n+ csetemp175 + csetemp176 + csetemp177)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp178 + \n+ csetemp179 + csetemp180 + csetemp181)*xformL03 + (csetemp182 + \n+ csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL13 + (csetemp186 + \n+ csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL23 + (csetemp190 + \n+ csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL33) + xformL13*((csetemp182 \n+ + csetemp183 + csetemp184 + csetemp185)*xformL03 + (csetemp194 + \n+ csetemp195 + csetemp196 + csetemp197)*xformL13 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL23 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL33) + xformL23*((csetemp186 \n+ + csetemp187 + csetemp188 + csetemp189)*xformL03 + (csetemp198 + \n+ csetemp199 + csetemp200 + csetemp201)*xformL13 + (csetemp206 + \n+ csetemp207 + csetemp208 + csetemp209)*xformL23 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL33) + xformL33*((csetemp190 \n+ + csetemp191 + csetemp192 + csetemp193)*xformL03 + (csetemp202 + \n+ csetemp203 + csetemp204 + csetemp205)*xformL13 + (csetemp210 + \n+ csetemp211 + csetemp212 + csetemp213)*xformL23 + (csetemp214 + \n+ csetemp215 + csetemp216 + csetemp217)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp218) - gxxL*csetemp219 - gzzL*csetemp220;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp219)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp218)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp220)*csetemp221;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu11) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu12 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu12) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu22 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp222 + csetemp223 + \n+ csetemp224)*gu13) - (csetemp225 + csetemp226 + csetemp227)*gu23 - \n+ (csetemp228 + csetemp229 + csetemp230)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu12) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu22 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp231 + csetemp232 + \n+ csetemp233)*gu13) - (csetemp223 + csetemp234 + csetemp235)*gu23 - \n+ (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp224 + csetemp235 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu11) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu12 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu12) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu22 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp239 + csetemp240 + \n+ csetemp241)*gu13) - (csetemp242 + csetemp243 + csetemp244)*gu23 - \n+ (csetemp245 + csetemp246 + csetemp247)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu12) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu22 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp248 + csetemp249 + \n+ csetemp250)*gu13) - (csetemp240 + csetemp251 + csetemp252)*gu23 - \n+ (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp241 + csetemp252 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu11) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu12 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu12) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu22 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp256 + csetemp257 + \n+ csetemp258)*gu13) - (csetemp259 + csetemp260 + csetemp261)*gu23 - \n+ (csetemp262 + csetemp263 + csetemp264)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu12) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu22 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp265 + csetemp266 + \n+ csetemp267)*gu13) - (csetemp257 + csetemp268 + csetemp269)*gu23 - \n+ (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp258 + csetemp269 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu11) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu12 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu12) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu22 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp273 + csetemp274 + \n+ csetemp275)*gu13) - (csetemp276 + csetemp277 + csetemp278)*gu23 - \n+ (csetemp279 + csetemp280 + csetemp281)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu12) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu22 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp282 + csetemp283 + \n+ csetemp284)*gu13) - (csetemp274 + csetemp285 + csetemp286)*gu23 - \n+ (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp275 + csetemp286 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp290*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp290*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp290*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp290*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp290*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp290*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(Minkowski_error);\n+}\n+extern \"C\" void Minkowski_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering Minkowski_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % Minkowski_error_calc_every != Minkowski_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"Minkowski::curv_error\",\n+ \"Minkowski::dtlapse_error\",\n+ \"Minkowski::dtshift_error\",\n+ \"Minkowski::lapse_error\",\n+ \"Minkowski::metric_error\",\n+ \"Minkowski::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"Minkowski_error\", 12, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, Minkowski_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving Minkowski_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace Minkowski"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr34
|
multi_swe_bench
|
Add missing ModifiedSchwarzschildBL_error.cc in EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL (einsteintoolkit/Cactus#34)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 34,
"issue_title": "Add missing ModifiedSchwarzschildBL_error.cc in EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL",
"issue_body": "This PR adds the missing source file ModifiedSchwarzschildBL_error.cc to complete the EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 34,
"title": "Implement the full functionality of ModifiedSchwarzschildBL",
"body": "Please implement the full functionality of `ModifiedSchwarzschildBL` by finishing the code in `ModifiedSchwarzschildBL_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ModifiedSchwarzschildBL\n- Target file: ModifiedSchwarzschildBL_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-34",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL/src/ModifiedSchwarzschildBL_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL/src/ModifiedSchwarzschildBL_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/ModifiedSchwarzschildBL/src/ModifiedSchwarzschildBL_error.cc\n@@ -0,0 +1,2153 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace ModifiedSchwarzschildBL {\n+\n+\n+static void ModifiedSchwarzschildBL_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(ModifiedSchwarzschildBL_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - ToReal(timeoffset);\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - ToReal(positionx);\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - ToReal(positiony);\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - ToReal(positionz);\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sqrt(SQR(X) + SQR(Y) + SQR(Z));\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(M));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(M));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(SQR(Pi));\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.00390625*QAD(4 + \n+ csetemp11*(8*fmin(csetemp10,rXYZ) + csetemp12*(csetemp13*(csetemp14 - \n+ csetemp14*cos(4*csetemp12*Pi*fmin(csetemp10,rXYZ))) - \n+ 8*SQR(fmin(csetemp10,rXYZ)))));\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.00390625*QAD(4 + \n+ csetemp11*(8*fmin(csetemp10,rXYZ) + csetemp12*(csetemp13*(csetemp14 - \n+ csetemp14*cos(4*csetemp12*Pi*fmin(csetemp10,rXYZ))) - \n+ 8*SQR(fmin(csetemp10,rXYZ)))));\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.00390625*QAD(4 + \n+ csetemp11*(8*fmin(csetemp10,rXYZ) + csetemp12*(csetemp13*(csetemp14 - \n+ csetemp14*cos(4*csetemp12*Pi*fmin(csetemp10,rXYZ))) - \n+ 8*SQR(fmin(csetemp10,rXYZ)))));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,-6);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*rXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(QAD(ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(Pi,-8);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(Pi);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*X*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*X*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Y*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Y*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Z*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Z*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*X*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*X*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Y*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Y*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Z*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Z*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*X*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*X*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Y*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Y*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = IfThen(ToReal(M) <= \n+ csetemp16,-0.25*csetemp15*Z*CUB(csetemp16 + \n+ ToReal(M))*ToReal(M),-0.25*csetemp15*csetemp17*csetemp18*Z*CUB(csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) \n+ + csetemp19*(-4*csetemp20 + 6*rXYZ*ToReal(M)))*(4*csetemp19*csetemp20 + \n+ csetemp13*SQR(sin(2*csetemp12*Pi*rXYZ)) - \n+ 2*Pi*rXYZ*sin(4*csetemp12*Pi*rXYZ)*ToReal(M)));\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23 + csetemp24)*xformL00 + (csetemp25 + csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28)*xformL10 + (csetemp29 + csetemp30 + csetemp31 + \n+ csetemp32)*xformL20 + (csetemp33 + csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39 + csetemp40)*xformL00 + (csetemp41 + csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44)*xformL10 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL20 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55 + csetemp56)*xformL00 + (csetemp57 + csetemp58 + csetemp59 + \n+ csetemp60)*xformL10 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL20 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23 + csetemp24)*xformL01 + (csetemp25 + csetemp26 + csetemp27 + \n+ csetemp28)*xformL11 + (csetemp29 + csetemp30 + csetemp31 + \n+ csetemp32)*xformL21 + (csetemp33 + csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39 + csetemp40)*xformL01 + (csetemp41 + csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44)*xformL11 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL21 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55 + csetemp56)*xformL01 + (csetemp57 + csetemp58 + csetemp59 + \n+ csetemp60)*xformL11 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL21 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39 + csetemp40)*xformL02 + (csetemp41 + csetemp42 + csetemp43 + \n+ csetemp44)*xformL12 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL22 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55 + csetemp56)*xformL02 + (csetemp57 + csetemp58 + csetemp59 + \n+ csetemp60)*xformL12 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL22 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55 + csetemp56)*xformL03 + (csetemp57 + csetemp58 + csetemp59 + \n+ csetemp60)*xformL13 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL23 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL00 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL10 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL20 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL30) + xformL30*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL00 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL10 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL20 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL30) + xformL00*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL00 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL10 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL20 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL30) + xformL10*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL00 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL10 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL20 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL01 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL11 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL21 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL31) + xformL30*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL01 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL11 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL21 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL31) + xformL00*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL01 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL11 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL21 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL31) + xformL10*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL01 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL11 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL21 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL01 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL11 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL21 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL31) + xformL10*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL01 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL11 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL21 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL31) + xformL20*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL01 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL11 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL21 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL31) + xformL30*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL01 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL11 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL21 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL01 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL11 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL21 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL31) + xformL10*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL01 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL11 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL21 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL31) + xformL20*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL01 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL11 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL21 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL31) + xformL30*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL01 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL11 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL21 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL01 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL11 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL21 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL31) + xformL10*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL01 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL11 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL21 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL31) + xformL20*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL01 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL11 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL21 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL31) + xformL30*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL01 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL11 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL21 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL12 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL22 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL32) + xformL30*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL00*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL02 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL12 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL22 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL32) + xformL10*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL12 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL22 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL02 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL12 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL22 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL32) + xformL10*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL12 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL22 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL32) + xformL20*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL22 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL32) + xformL30*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL02 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL12 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL22 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL32) + xformL10*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL12 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL22 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL32) + xformL20*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL22 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL32) + xformL30*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL02 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL12 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL22 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL32) + xformL10*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL12 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL22 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL32) + xformL20*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL22 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL32) + xformL30*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL13 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL23 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL33) + xformL30*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL00*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL03 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL13 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL23 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL33) + xformL10*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL13 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL23 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL03 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL13 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL23 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL33) + xformL10*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL13 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL23 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL33) + xformL20*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL23 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL33) + xformL30*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL03 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL13 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL23 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL33) + xformL10*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL13 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL23 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL33) + xformL20*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL23 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL33) + xformL30*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL03 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL13 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL23 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL33) + xformL10*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL13 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL23 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL33) + xformL20*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL23 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL33) + xformL30*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL01 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL11 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL21 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL31) + xformL31*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL01 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL11 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL21 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL31) + xformL01*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL01 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL11 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL21 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL31) + xformL11*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL01 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL11 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL21 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL01 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL11 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL21 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL31) + xformL11*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL01 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL11 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL21 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL31) + xformL21*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL01 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL11 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL21 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL31) + xformL31*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL01 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL11 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL21 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL01 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL11 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL21 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL31) + xformL11*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL01 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL11 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL21 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL31) + xformL21*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL01 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL11 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL21 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL31) + xformL31*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL01 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL11 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL21 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL01 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL11 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL21 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL31) + xformL11*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL01 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL11 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL21 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL31) + xformL21*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL01 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL11 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL21 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL31) + xformL31*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL01 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL11 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL21 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL12 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL22 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL32) + xformL31*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL01*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL02 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL12 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL22 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL32) + xformL11*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL12 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL22 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL02 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL12 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL22 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL32) + xformL11*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL12 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL22 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL32) + xformL21*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL22 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL32) + xformL31*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL02 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL12 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL22 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL32) + xformL11*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL12 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL22 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL32) + xformL21*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL22 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL32) + xformL31*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL02 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL12 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL22 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL32) + xformL11*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL12 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL22 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL32) + xformL21*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL22 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL32) + xformL31*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL13 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL23 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL33) + xformL31*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL01*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL03 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL13 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL23 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL33) + xformL11*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL13 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL23 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL03 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL13 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL23 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL33) + xformL11*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL13 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL23 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL33) + xformL21*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL23 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL33) + xformL31*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL03 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL13 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL23 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL33) + xformL11*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL13 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL23 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL33) + xformL21*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL23 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL33) + xformL31*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL03 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL13 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL23 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL33) + xformL11*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL13 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL23 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL33) + xformL21*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL23 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL33) + xformL31*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL22*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL12 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL22 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL32) + xformL32*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL02*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL02 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL12 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL22 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL32) + xformL12*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL12 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL22 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL02 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL12 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL22 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL32) + xformL12*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL12 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL22 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL32) + xformL22*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL22 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL32) + xformL32*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL02 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL12 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL22 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL32) + xformL12*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL12 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL22 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL32) + xformL22*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL22 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL32) + xformL32*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL02 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL12 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL22 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL32) + xformL12*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL12 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL22 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL32) + xformL22*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL22 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL32) + xformL32*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL22*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL13 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL23 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL33) + xformL32*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL02*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL03 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL13 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL23 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL33) + xformL12*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL13 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL23 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL03 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL13 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL23 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL33) + xformL12*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL13 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL23 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL33) + xformL22*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL23 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL33) + xformL32*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL03 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL13 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL23 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL33) + xformL12*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL13 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL23 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL33) + xformL22*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL23 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL33) + xformL32*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL03 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL13 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL23 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL33) + xformL12*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL13 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL23 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL33) + xformL22*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL23 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL33) + xformL32*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL23*((csetemp77 + \n+ csetemp78 + csetemp79 + csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91 + csetemp92)*xformL13 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL23 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL33) + xformL33*((csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 + \n+ csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL03*((csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL03 + (csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL13 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL23 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL33) + xformL13*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL13 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL23 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp109 + \n+ csetemp110 + csetemp111 + csetemp112)*xformL03 + (csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL13 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL23 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL33) + xformL13*((csetemp113 \n+ + csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL13 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL23 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL33) + xformL23*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL23 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL33) + xformL33*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL03 + (csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL13 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL23 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL33) + xformL13*((csetemp153 \n+ + csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL13 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL23 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL33) + xformL23*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL23 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL33) + xformL33*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL03 + (csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL13 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL23 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL33) + xformL13*((csetemp193 \n+ + csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL13 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL23 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL33) + xformL23*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL23 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL33) + xformL33*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp229) - gxxL*csetemp230 - gzzL*csetemp231;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp230)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp229)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp231)*csetemp232;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu11) - (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu12 - \n+ (csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu12) - (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu22 - \n+ (csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu13) - (csetemp236 + csetemp237 + csetemp238)*gu23 - \n+ (csetemp239 + csetemp240 + csetemp241)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp242 + csetemp243 + \n+ csetemp244)*gu12) - (csetemp234 + csetemp245 + csetemp246)*gu22 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp242 + csetemp243 + \n+ csetemp244)*gu13) - (csetemp234 + csetemp245 + csetemp246)*gu23 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp235 + csetemp246 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu11) - (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu12 - \n+ (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu12) - (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu22 - \n+ (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu13) - (csetemp253 + csetemp254 + csetemp255)*gu23 - \n+ (csetemp256 + csetemp257 + csetemp258)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp259 + csetemp260 + \n+ csetemp261)*gu12) - (csetemp251 + csetemp262 + csetemp263)*gu22 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp259 + csetemp260 + \n+ csetemp261)*gu13) - (csetemp251 + csetemp262 + csetemp263)*gu23 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp252 + csetemp263 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu11) - (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu12 - \n+ (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu12) - (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu22 - \n+ (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu13) - (csetemp270 + csetemp271 + csetemp272)*gu23 - \n+ (csetemp273 + csetemp274 + csetemp275)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp276 + csetemp277 + \n+ csetemp278)*gu12) - (csetemp268 + csetemp279 + csetemp280)*gu22 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp276 + csetemp277 + \n+ csetemp278)*gu13) - (csetemp268 + csetemp279 + csetemp280)*gu23 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp269 + csetemp280 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu11) - (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu12 - \n+ (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu12) - (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu22 - \n+ (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu13) - (csetemp287 + csetemp288 + csetemp289)*gu23 - \n+ (csetemp290 + csetemp291 + csetemp292)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp293 + csetemp294 + \n+ csetemp295)*gu12) - (csetemp285 + csetemp296 + csetemp297)*gu22 - \n+ (csetemp298 + csetemp299 + csetemp300)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp293 + csetemp294 + \n+ csetemp295)*gu13) - (csetemp285 + csetemp296 + csetemp297)*gu23 - \n+ (csetemp298 + csetemp299 + csetemp300)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp286 + csetemp297 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp301*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp301*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp301*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp301*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp301*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp301*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp301*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(ModifiedSchwarzschildBL_error);\n+}\n+extern \"C\" void ModifiedSchwarzschildBL_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering ModifiedSchwarzschildBL_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % ModifiedSchwarzschildBL_error_calc_every != ModifiedSchwarzschildBL_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::curv_error\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::dtlapse_error\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::dtshift_error\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::lapse_error\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::metric_error\",\n+ \"ModifiedSchwarzschildBL::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"ModifiedSchwarzschildBL_error\", 13, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, ModifiedSchwarzschildBL_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving ModifiedSchwarzschildBL_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace ModifiedSchwarzschildBL"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr35
|
multi_swe_bench
|
Add missing ShiftedGaugeWave_error.cc in EinsteinExact/ShiftedGaugeWave (einsteintoolkit/Cactus#35)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 35,
"issue_title": "Add missing ShiftedGaugeWave_error.cc in EinsteinExact/ShiftedGaugeWave",
"issue_body": "This PR adds the missing source file ShiftedGaugeWave_error.cc to complete the EinsteinExact/ShiftedGaugeWave thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 35,
"title": "Implement the full functionality of ShiftedGaugeWave",
"body": "Please implement the full functionality of `ShiftedGaugeWave` by finishing the code in `ShiftedGaugeWave_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ShiftedGaugeWave\n- Target file: ShiftedGaugeWave_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-35",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/ShiftedGaugeWave/src/ShiftedGaugeWave_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/ShiftedGaugeWave/src/ShiftedGaugeWave_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/ShiftedGaugeWave/src/ShiftedGaugeWave_error.cc\n@@ -0,0 +1,2083 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace ShiftedGaugeWave {\n+\n+\n+static void ShiftedGaugeWave_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(ShiftedGaugeWave_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - ToReal(timeoffset);\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - ToReal(positionx);\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - ToReal(positiony);\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - ToReal(positionz);\n+ \n+ CCTK_REAL txx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*xx0 + xformL01*xx1 + \n+ xformL02*xx2 + xformL03*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL T CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx0;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -T + X;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(period));\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + \n+ sin(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(sin(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp));\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ sin(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*Pi*cos(2*csetemp10*csetemp11*Pi)*ToReal(amp);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp12 + csetemp13 + \n+ csetemp14 + csetemp15)*xformL00 + (csetemp16 + csetemp17 + csetemp18 + \n+ csetemp19)*xformL10 + (csetemp20 + csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23)*xformL20 + (csetemp24 + csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL00 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL10 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL20 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL00 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL10 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL20 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp12 + csetemp13 + \n+ csetemp14 + csetemp15)*xformL01 + (csetemp16 + csetemp17 + csetemp18 + \n+ csetemp19)*xformL11 + (csetemp20 + csetemp21 + csetemp22 + \n+ csetemp23)*xformL21 + (csetemp24 + csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL01 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL11 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL21 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL01 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL11 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL21 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp28 + csetemp29 + \n+ csetemp30 + csetemp31)*xformL02 + (csetemp32 + csetemp33 + csetemp34 + \n+ csetemp35)*xformL12 + (csetemp36 + csetemp37 + csetemp38 + \n+ csetemp39)*xformL22 + (csetemp40 + csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL02 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL12 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL22 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp44 + csetemp45 + \n+ csetemp46 + csetemp47)*xformL03 + (csetemp48 + csetemp49 + csetemp50 + \n+ csetemp51)*xformL13 + (csetemp52 + csetemp53 + csetemp54 + \n+ csetemp55)*xformL23 + (csetemp56 + csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL00 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL10 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL20 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL30) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL00 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL10 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL20 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL30) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL00 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL10 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL20 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL30) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL00 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL10 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL20 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL01 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL11 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL21 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL31) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL01 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL11 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL21 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL31) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL01 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL11 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL21 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL31) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL01 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL11 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL21 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL01 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL11 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL21 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL31) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL01 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL11 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL21 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL31) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL01 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL11 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL21 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL31) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL01 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL11 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL21 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL01 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL11 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL21 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL31) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL01 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL11 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL21 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL31) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL01 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL11 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL21 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL31) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL01 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL11 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL21 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL01 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL11 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL21 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL31) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL01 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL11 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL21 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL31) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL01 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL11 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL21 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL31) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL01 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL11 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL21 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL10*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL20*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL30*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL10*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL20*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL30*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL10*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL20*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL30*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL10*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL20*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL30*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL01 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL11 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL21 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL31) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL01 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL11 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL21 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL31) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL01 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL11 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL21 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL31) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL01 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL11 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL21 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL01 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL11 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL21 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL31) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL01 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL11 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL21 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL31) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL01 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL11 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL21 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL31) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL01 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL11 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL21 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL01 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL11 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL21 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL31) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL01 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL11 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL21 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL31) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL01 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL11 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL21 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL31) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL01 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL11 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL21 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL01 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL11 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL21 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL31) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL01 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL11 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL21 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL31) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL01 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL11 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL21 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL31) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL01 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL11 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL21 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL11*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL21*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL31*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL11*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL21*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL31*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL11*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL21*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL31*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL11*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL21*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL31*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL02 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL12 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL22 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL32) + xformL12*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL02 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL12 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL22 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL32) + xformL22*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL02 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL12 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL22 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL32) + xformL32*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL02 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL12 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL22 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL02 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL12 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL22 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL32) + xformL12*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL02 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL12 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL22 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL32) + xformL22*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL02 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL12 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL22 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL32) + xformL32*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL02 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL12 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL22 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL02 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL12 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL22 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL32) + xformL12*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL02 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL12 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL22 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL32) + xformL22*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL02 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL12 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL22 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL32) + xformL32*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL02 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL12 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL22 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL02 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL12 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL22 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL32) + xformL12*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL02 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL12 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL22 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL32) + xformL22*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL02 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL12 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL22 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL32) + xformL32*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL02 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL12 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL22 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL12*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL22*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL32*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL12*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL22*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL32*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL12*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL22*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL32*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL12*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL22*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL32*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp60 + \n+ csetemp61 + csetemp62 + csetemp63)*xformL03 + (csetemp64 + csetemp65 + \n+ csetemp66 + csetemp67)*xformL13 + (csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL23 + (csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL33) + xformL13*((csetemp64 + csetemp65 + csetemp66 + \n+ csetemp67)*xformL03 + (csetemp76 + csetemp77 + csetemp78 + \n+ csetemp79)*xformL13 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL23 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL33) + xformL23*((csetemp68 + csetemp69 + csetemp70 + \n+ csetemp71)*xformL03 + (csetemp80 + csetemp81 + csetemp82 + \n+ csetemp83)*xformL13 + (csetemp88 + csetemp89 + csetemp90 + \n+ csetemp91)*xformL23 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL33) + xformL33*((csetemp72 + csetemp73 + csetemp74 + \n+ csetemp75)*xformL03 + (csetemp84 + csetemp85 + csetemp86 + \n+ csetemp87)*xformL13 + (csetemp92 + csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95)*xformL23 + (csetemp96 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp100 + \n+ csetemp101 + csetemp102 + csetemp103)*xformL03 + (csetemp104 + \n+ csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL13 + (csetemp108 + \n+ csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL23 + (csetemp112 + \n+ csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL33) + xformL13*((csetemp104 \n+ + csetemp105 + csetemp106 + csetemp107)*xformL03 + (csetemp116 + \n+ csetemp117 + csetemp118 + csetemp119)*xformL13 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL23 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL33) + xformL23*((csetemp108 \n+ + csetemp109 + csetemp110 + csetemp111)*xformL03 + (csetemp120 + \n+ csetemp121 + csetemp122 + csetemp123)*xformL13 + (csetemp128 + \n+ csetemp129 + csetemp130 + csetemp131)*xformL23 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL33) + xformL33*((csetemp112 \n+ + csetemp113 + csetemp114 + csetemp115)*xformL03 + (csetemp124 + \n+ csetemp125 + csetemp126 + csetemp127)*xformL13 + (csetemp132 + \n+ csetemp133 + csetemp134 + csetemp135)*xformL23 + (csetemp136 + \n+ csetemp137 + csetemp138 + csetemp139)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp140 + \n+ csetemp141 + csetemp142 + csetemp143)*xformL03 + (csetemp144 + \n+ csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL13 + (csetemp148 + \n+ csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL23 + (csetemp152 + \n+ csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL33) + xformL13*((csetemp144 \n+ + csetemp145 + csetemp146 + csetemp147)*xformL03 + (csetemp156 + \n+ csetemp157 + csetemp158 + csetemp159)*xformL13 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL23 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL33) + xformL23*((csetemp148 \n+ + csetemp149 + csetemp150 + csetemp151)*xformL03 + (csetemp160 + \n+ csetemp161 + csetemp162 + csetemp163)*xformL13 + (csetemp168 + \n+ csetemp169 + csetemp170 + csetemp171)*xformL23 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL33) + xformL33*((csetemp152 \n+ + csetemp153 + csetemp154 + csetemp155)*xformL03 + (csetemp164 + \n+ csetemp165 + csetemp166 + csetemp167)*xformL13 + (csetemp172 + \n+ csetemp173 + csetemp174 + csetemp175)*xformL23 + (csetemp176 + \n+ csetemp177 + csetemp178 + csetemp179)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp180 + \n+ csetemp181 + csetemp182 + csetemp183)*xformL03 + (csetemp184 + \n+ csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL13 + (csetemp188 + \n+ csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL23 + (csetemp192 + \n+ csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL33) + xformL13*((csetemp184 \n+ + csetemp185 + csetemp186 + csetemp187)*xformL03 + (csetemp196 + \n+ csetemp197 + csetemp198 + csetemp199)*xformL13 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL23 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL33) + xformL23*((csetemp188 \n+ + csetemp189 + csetemp190 + csetemp191)*xformL03 + (csetemp200 + \n+ csetemp201 + csetemp202 + csetemp203)*xformL13 + (csetemp208 + \n+ csetemp209 + csetemp210 + csetemp211)*xformL23 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL33) + xformL33*((csetemp192 \n+ + csetemp193 + csetemp194 + csetemp195)*xformL03 + (csetemp204 + \n+ csetemp205 + csetemp206 + csetemp207)*xformL13 + (csetemp212 + \n+ csetemp213 + csetemp214 + csetemp215)*xformL23 + (csetemp216 + \n+ csetemp217 + csetemp218 + csetemp219)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp220) - gxxL*csetemp221 - gzzL*csetemp222;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp221)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp220)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp222)*csetemp223;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu11) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu12 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu12) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu22 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp224 + csetemp225 + \n+ csetemp226)*gu13) - (csetemp227 + csetemp228 + csetemp229)*gu23 - \n+ (csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu12) - (csetemp225 + csetemp236 + csetemp237)*gu22 - \n+ (csetemp238 + csetemp239 + csetemp240)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp233 + csetemp234 + \n+ csetemp235)*gu13) - (csetemp225 + csetemp236 + csetemp237)*gu23 - \n+ (csetemp238 + csetemp239 + csetemp240)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp226 + csetemp237 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu11) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu12 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu12) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu22 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp241 + csetemp242 + \n+ csetemp243)*gu13) - (csetemp244 + csetemp245 + csetemp246)*gu23 - \n+ (csetemp247 + csetemp248 + csetemp249)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu12) - (csetemp242 + csetemp253 + csetemp254)*gu22 - \n+ (csetemp255 + csetemp256 + csetemp257)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp250 + csetemp251 + \n+ csetemp252)*gu13) - (csetemp242 + csetemp253 + csetemp254)*gu23 - \n+ (csetemp255 + csetemp256 + csetemp257)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp243 + csetemp254 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu11) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu12 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu12) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu22 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp258 + csetemp259 + \n+ csetemp260)*gu13) - (csetemp261 + csetemp262 + csetemp263)*gu23 - \n+ (csetemp264 + csetemp265 + csetemp266)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu12) - (csetemp259 + csetemp270 + csetemp271)*gu22 - \n+ (csetemp272 + csetemp273 + csetemp274)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp267 + csetemp268 + \n+ csetemp269)*gu13) - (csetemp259 + csetemp270 + csetemp271)*gu23 - \n+ (csetemp272 + csetemp273 + csetemp274)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp260 + csetemp271 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu11) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu12 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu12) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu22 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp275 + csetemp276 + \n+ csetemp277)*gu13) - (csetemp278 + csetemp279 + csetemp280)*gu23 - \n+ (csetemp281 + csetemp282 + csetemp283)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu12) - (csetemp276 + csetemp287 + csetemp288)*gu22 - \n+ (csetemp289 + csetemp290 + csetemp291)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp284 + csetemp285 + \n+ csetemp286)*gu13) - (csetemp276 + csetemp287 + csetemp288)*gu23 - \n+ (csetemp289 + csetemp290 + csetemp291)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp277 + csetemp288 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp292*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp292*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp292*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(ShiftedGaugeWave_error);\n+}\n+extern \"C\" void ShiftedGaugeWave_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering ShiftedGaugeWave_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % ShiftedGaugeWave_error_calc_every != ShiftedGaugeWave_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::curv_error\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::dtlapse_error\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::dtshift_error\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::lapse_error\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::metric_error\",\n+ \"ShiftedGaugeWave::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"ShiftedGaugeWave_error\", 13, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, ShiftedGaugeWave_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving ShiftedGaugeWave_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace ShiftedGaugeWave"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr36
|
multi_swe_bench
|
Add missing Vaidya2_error.cc in EinsteinExact/Vaidya2 (einsteintoolkit/Cactus#36)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 36,
"issue_title": "Add missing Vaidya2_error.cc in EinsteinExact/Vaidya2",
"issue_body": "This PR adds the missing source file Vaidya2_error.cc to complete the EinsteinExact/Vaidya2 thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 36,
"title": "Implement the full functionality of Vaidya2",
"body": "Please implement the full functionality of `Vaidya2` by finishing the code in `Vaidya2_error.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: Vaidya2\n- Target file: Vaidya2_error.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-36",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinExact/Vaidya2/src/Vaidya2_error.cc b/arrangements/EinsteinExact/Vaidya2/src/Vaidya2_error.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinExact/Vaidya2/src/Vaidya2_error.cc\n@@ -0,0 +1,2180 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+\n+/* Define macros used in calculations */\n+#define INITVALUE (42)\n+#define INV(x) ((CCTK_REAL)1.0 / (x))\n+#define SQR(x) ((x) * (x))\n+#define CUB(x) ((x) * SQR(x))\n+#define QAD(x) (SQR(SQR(x)))\n+\n+namespace Vaidya2 {\n+\n+\n+static void Vaidya2_error_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dx);\n+ const CCTK_REAL dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dy);\n+ const CCTK_REAL dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(dz);\n+ const CCTK_REAL khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5;\n+ const CCTK_REAL kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.333333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 0.666666666666666666666666666667;\n+ const CCTK_REAL kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 1.33333333333333333333333333333;\n+ const CCTK_REAL hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dxi;\n+ const CCTK_REAL hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dyi;\n+ const CCTK_REAL hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0.5*dzi;\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3(Vaidya2_error,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2])\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL alpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alp[index];\n+ CCTK_REAL betaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betax[index];\n+ CCTK_REAL betayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betay[index];\n+ CCTK_REAL betazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaz[index];\n+ CCTK_REAL dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalp[index];\n+ CCTK_REAL dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetax[index];\n+ CCTK_REAL dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetay[index];\n+ CCTK_REAL dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaz[index];\n+ CCTK_REAL gxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxx[index];\n+ CCTK_REAL gxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxy[index];\n+ CCTK_REAL gxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxz[index];\n+ CCTK_REAL gyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyy[index];\n+ CCTK_REAL gyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyz[index];\n+ CCTK_REAL gzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzz[index];\n+ CCTK_REAL kxxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxx[index];\n+ CCTK_REAL kxyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxy[index];\n+ CCTK_REAL kxzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxz[index];\n+ CCTK_REAL kyyL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyy[index];\n+ CCTK_REAL kyzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyz[index];\n+ CCTK_REAL kzzL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzz[index];\n+ CCTK_REAL xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = x[index];\n+ CCTK_REAL yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = y[index];\n+ CCTK_REAL zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = z[index];\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL xform1L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cos(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(phi));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp4 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(psi));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1 - \n+ csetemp2*csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp3 + \n+ csetemp0*csetemp2*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp5 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sin(ToReal(theta));\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp4*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ -(csetemp1*csetemp2*csetemp3) - csetemp0*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp0*csetemp1*csetemp2 \n+ - csetemp3*csetemp4;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp1*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp3*csetemp5;\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(csetemp0*csetemp5);\n+ \n+ CCTK_REAL xform1L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp2;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp6 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostx));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp7 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp8 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp9 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(lapsefactor));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostx);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boosty);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp9*INV((-1 + \n+ csetemp6 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 - \n+ csetemp7 - csetemp8))*ToReal(boostz);\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddx) - \n+ ToReal(boostx)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp6 + (-1 + csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*((csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)))*ToReal(shiftaddy) - \n+ ToReal(boosty)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + sqrt(1 - csetemp6 \n+ - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + \n+ ToReal(boostz)*ToReal(shiftaddz))));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boosty));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(csetemp7 + (-1 + csetemp6 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - \n+ csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-(ToReal(boostz)*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + \n+ sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8)*(-1 + \n+ ToReal(boostx)*ToReal(shiftaddx) + ToReal(boosty)*ToReal(shiftaddy)))) \n+ + (-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8))*ToReal(shiftaddz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boostx)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(INV(-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8 - sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8))*ToReal(boosty)*ToReal(boostz));\n+ \n+ CCTK_REAL xform2L33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV((-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7 + csetemp8)*(1 + sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - \n+ csetemp8)))*(-1 + csetemp6 + csetemp7 + csetemp8 + (-1 + csetemp6 + \n+ csetemp7)*sqrt(1 - csetemp6 - csetemp7 - csetemp8));\n+ \n+ CCTK_REAL xformL00 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L00 + \n+ xform1L01*xform2L10 + xform1L02*xform2L20 + xform1L03*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL01 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L01 + \n+ xform1L01*xform2L11 + xform1L02*xform2L21 + xform1L03*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL02 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L02 + \n+ xform1L01*xform2L12 + xform1L02*xform2L22 + xform1L03*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL03 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L00*xform2L03 + \n+ xform1L01*xform2L13 + xform1L02*xform2L23 + xform1L03*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L00 + \n+ xform1L11*xform2L10 + xform1L12*xform2L20 + xform1L13*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L01 + \n+ xform1L11*xform2L11 + xform1L12*xform2L21 + xform1L13*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L02 + \n+ xform1L11*xform2L12 + xform1L12*xform2L22 + xform1L13*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L10*xform2L03 + \n+ xform1L11*xform2L13 + xform1L12*xform2L23 + xform1L13*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L00 + \n+ xform1L21*xform2L10 + xform1L22*xform2L20 + xform1L23*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L01 + \n+ xform1L21*xform2L11 + xform1L22*xform2L21 + xform1L23*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L02 + \n+ xform1L21*xform2L12 + xform1L22*xform2L22 + xform1L23*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L20*xform2L03 + \n+ xform1L21*xform2L13 + xform1L22*xform2L23 + xform1L23*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L00 + \n+ xform1L31*xform2L10 + xform1L32*xform2L20 + xform1L33*xform2L30;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L01 + \n+ xform1L31*xform2L11 + xform1L32*xform2L21 + xform1L33*xform2L31;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L02 + \n+ xform1L31*xform2L12 + xform1L32*xform2L22 + xform1L33*xform2L32;\n+ \n+ CCTK_REAL xformL33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xform1L30*xform2L03 + \n+ xform1L31*xform2L13 + xform1L32*xform2L23 + xform1L33*xform2L33;\n+ \n+ CCTK_REAL xx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = t - ToReal(timeoffset);\n+ \n+ CCTK_REAL xx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xL - ToReal(positionx);\n+ \n+ CCTK_REAL xx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = yL - ToReal(positiony);\n+ \n+ CCTK_REAL xx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = zL - ToReal(positionz);\n+ \n+ CCTK_REAL txx0 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*xx0 + xformL01*xx1 + \n+ xformL02*xx2 + xformL03*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL10*xx0 + xformL11*xx1 + \n+ xformL12*xx2 + xformL13*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*xx0 + xformL21*xx1 + \n+ xformL22*xx2 + xformL23*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL txx3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL30*xx0 + xformL31*xx1 + \n+ xformL32*xx2 + xformL33*xx3;\n+ \n+ CCTK_REAL T CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx0;\n+ \n+ CCTK_REAL X CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx1;\n+ \n+ CCTK_REAL Y CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx2;\n+ \n+ CCTK_REAL Z CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = txx3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp10 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(X);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(Y);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(Z);\n+ \n+ CCTK_REAL rXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sqrt(csetemp10 + csetemp11 + \n+ csetemp12);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(ToReal(M));\n+ \n+ CCTK_REAL mTXYZ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (1 + SQR(tanh(csetemp13*(T + \n+ sqrt(csetemp10 + csetemp11 + csetemp12))*ToReal(dM))))*ToReal(M);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp14 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL tg400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -1 + 2*csetemp14*mTXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp15 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(SQR(rXYZ));\n+ \n+ CCTK_REAL tg401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp15*mTXYZ*X;\n+ \n+ CCTK_REAL tg402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp15*mTXYZ*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp15*mTXYZ*Z;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp16 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(CUB(rXYZ));\n+ \n+ CCTK_REAL tg411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp10*csetemp16*mTXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL tg412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*mTXYZ*X*Y;\n+ \n+ CCTK_REAL tg413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*mTXYZ*X*Z;\n+ \n+ CCTK_REAL tg422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp11*csetemp16*mTXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL tg423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp16*mTXYZ*Y*Z;\n+ \n+ CCTK_REAL tg433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1 + \n+ 2*csetemp12*csetemp16*mTXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp17 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = rXYZ + T;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp14*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4001 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp16*X*(mTXYZ - \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4002 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp16*Y*(mTXYZ - \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4003 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -2*csetemp16*Z*(mTXYZ - \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp15*X*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp18 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(QAD(rXYZ));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp19 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(rXYZ);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp18*(2*(-2*csetemp10 + \n+ csetemp19)*mTXYZ + \n+ 4*csetemp10*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*X*Y*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*X*Z*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp15*Y*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*X*Y*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp18*(2*(-2*csetemp11 + \n+ csetemp19)*mTXYZ + \n+ 4*csetemp11*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*Y*Z*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp15*Z*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*X*Z*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -4*csetemp18*Y*Z*(mTXYZ - \n+ rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = csetemp18*(2*(-2*csetemp12 + \n+ csetemp19)*mTXYZ + \n+ 4*csetemp12*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp10*csetemp16*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp20 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = pow(rXYZ,-5);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CUB(X);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ csetemp20*(mTXYZ*(-6*csetemp21 + 4*csetemp19*X) + \n+ 4*csetemp21*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -3*mTXYZ;\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp10*csetemp20*Y*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp10*csetemp20*Z*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp16*X*Y*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*Y*((-2*csetemp10 \n+ + csetemp11 + csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp10*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*X*((csetemp10 - \n+ 2*csetemp11 + csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp11*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*X*Y*Z*(csetemp22 \n+ + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp16*X*Z*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*Z*((-2*csetemp10 \n+ + csetemp11 + csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp10*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*X*Y*Z*(csetemp22 \n+ + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*X*((csetemp10 + \n+ csetemp11 - 2*csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp12*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp11*csetemp16*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*csetemp20*X*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CUB(Y);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ csetemp20*(mTXYZ*(-6*csetemp23 + 4*csetemp19*Y) + \n+ 4*csetemp23*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp11*csetemp20*Z*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp16*Y*Z*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*X*Y*Z*(csetemp22 \n+ + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*Z*((csetemp10 - \n+ 2*csetemp11 + csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp11*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*csetemp20*Y*((csetemp10 + \n+ csetemp11 - 2*csetemp12)*mTXYZ + \n+ 2*csetemp12*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 4*csetemp12*csetemp16*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp12*csetemp20*X*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ 2*csetemp12*csetemp20*Y*(csetemp22 + \n+ 2*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp24 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = CUB(Z);\n+ \n+ CCTK_REAL tdg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ csetemp20*(mTXYZ*(-6*csetemp24 + 4*csetemp19*Z) + \n+ 4*csetemp24*rXYZ*SQR(INV(cosh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))))*tanh(csetemp13*csetemp17*ToReal(dM))*ToReal(dM));\n+ \n+ CCTK_REAL g400 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*(tg423*xformL20*xformL30 + \n+ xformL00*(tg401*xformL10 + tg402*xformL20 + tg403*xformL30) + \n+ xformL10*(tg412*xformL20 + tg413*xformL30)) + tg400*SQR(xformL00) + \n+ tg411*SQR(xformL10) + tg422*SQR(xformL20) + tg433*SQR(xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp25 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp26 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp27 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp28 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp29 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp30 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp34 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp35 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp36 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp37 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp38 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp39 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp40 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g401 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27 + csetemp28)*xformL00 + (csetemp29 + csetemp30 + csetemp31 + \n+ csetemp32)*xformL10 + (csetemp33 + csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36)*xformL20 + (csetemp37 + csetemp38 + csetemp39 + \n+ csetemp40)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp41 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp42 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp43 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp44 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp45 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp46 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp47 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp48 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp49 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp50 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp51 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp52 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp53 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp54 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp55 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp56 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g402 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43 + csetemp44)*xformL00 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL10 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL20 + (csetemp53 + csetemp54 + csetemp55 + \n+ csetemp56)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp57 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg400*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp58 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp59 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp60 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp61 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg401*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp62 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg411*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp63 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp64 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp65 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg402*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp66 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg412*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp67 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg422*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp68 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp69 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg403*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp70 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg413*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp71 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg423*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp72 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tg433*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL g403 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60)*xformL00 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL10 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL20 + (csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL g411 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp25 + csetemp26 + \n+ csetemp27 + csetemp28)*xformL01 + (csetemp29 + csetemp30 + csetemp31 + \n+ csetemp32)*xformL11 + (csetemp33 + csetemp34 + csetemp35 + \n+ csetemp36)*xformL21 + (csetemp37 + csetemp38 + csetemp39 + \n+ csetemp40)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g412 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43 + csetemp44)*xformL01 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL11 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL21 + (csetemp53 + csetemp54 + csetemp55 + \n+ csetemp56)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g413 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60)*xformL01 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL11 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL21 + (csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL g422 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp41 + csetemp42 + \n+ csetemp43 + csetemp44)*xformL02 + (csetemp45 + csetemp46 + csetemp47 + \n+ csetemp48)*xformL12 + (csetemp49 + csetemp50 + csetemp51 + \n+ csetemp52)*xformL22 + (csetemp53 + csetemp54 + csetemp55 + \n+ csetemp56)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g423 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60)*xformL02 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL12 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL22 + (csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL g433 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (csetemp57 + csetemp58 + \n+ csetemp59 + csetemp60)*xformL03 + (csetemp61 + csetemp62 + csetemp63 + \n+ csetemp64)*xformL13 + (csetemp65 + csetemp66 + csetemp67 + \n+ csetemp68)*xformL23 + (csetemp69 + csetemp70 + csetemp71 + \n+ csetemp72)*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp73 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp74 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp75 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp76 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp77 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp78 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp79 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp80 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp81 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp82 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp83 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp84 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp85 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp86 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp87 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp88 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp89 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp90 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp91 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp92 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp93 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp94 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp95 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp96 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp97 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp98 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp99 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp100 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp101 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp102 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp103 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp104 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp105 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp106 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp107 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp108 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp109 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL00;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL10;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL20;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL30;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4000 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL00 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL10 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL20 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL30) + xformL30*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL00 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL10 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL20 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL30) + xformL00*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL00 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL10 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL20 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL30) + xformL10*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL00 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL10 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL20 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL30);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4010 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL01 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL11 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL21 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL31) + xformL30*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL11 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL21 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL31) + xformL00*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL01 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL11 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL21 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL31) + xformL10*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL01 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL11 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL21 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp114 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp115 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp116 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp117 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp118 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp119 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp124 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp125 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp126 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp127 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp128 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp129 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp134 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp135 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp136 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp137 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp138 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp139 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp140 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp141 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp142 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp143 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp144 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp145 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp146 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp147 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp148 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp149 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL01;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp150 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp151 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL21;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp152 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL31;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4011 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL01 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL11 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL21 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL31) + xformL10*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL01 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL11 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL21 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL31) + xformL20*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL01 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL11 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL21 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL31) + xformL30*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL01 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL11 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL21 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp153 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp154 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp155 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp156 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp157 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp158 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp159 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp160 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp161 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp162 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp163 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp164 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp165 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp166 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp167 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp168 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp169 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp170 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp171 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp172 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp173 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp174 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp175 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp176 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp177 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp178 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp179 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp180 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp181 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp182 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp183 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp184 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp185 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp186 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp187 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp188 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp189 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL02;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp190 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp191 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp192 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL32;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4012 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL01 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL11 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL21 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL31) + xformL10*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL01 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL11 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL21 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL31) + xformL20*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL01 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL11 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL21 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL31) + xformL30*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL01 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL11 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL21 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp193 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4000*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp194 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4001*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp195 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4002*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp196 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4003*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp197 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4010*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp198 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4011*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp199 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4012*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp200 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4013*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp201 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4020*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp202 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4021*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp203 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4022*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp204 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4023*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp205 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4030*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp206 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4031*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp207 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4032*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp208 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4033*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp209 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4110*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp210 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4111*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4112*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4113*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4120*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp214 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4121*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp215 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4122*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp216 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4123*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp217 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4130*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp218 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4131*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp219 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4132*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4133*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4220*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4221*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4222*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp224 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4223*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp225 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4230*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp226 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4231*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp227 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4232*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp228 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4233*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp229 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4330*xformL03;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4331*xformL13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4332*xformL23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = tdg4333*xformL33;\n+ \n+ CCTK_REAL dg4013 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL01 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL11 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL21 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL31) + xformL10*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL01 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL11 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL21 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL31) + xformL20*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL01 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL11 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL21 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL31) + xformL30*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL01 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL11 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL21 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4020 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL30*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL12 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL22 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL32) + xformL00*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL12 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL22 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL32) + xformL10*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL12 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL22 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4021 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL12 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL22 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL32) + xformL10*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL22 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL32) + xformL20*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32) + xformL30*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL02 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL12 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL22 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4022 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL12 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL22 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL32) + xformL10*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL22 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL32) + xformL20*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32) + xformL30*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL02 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL12 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL22 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4023 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL12 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL22 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL32) + xformL10*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL22 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL32) + xformL20*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32) + xformL30*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL02 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL12 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL22 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4030 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL20*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL30*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL13 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL23 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL33) + xformL00*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL13 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL23 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL33) + xformL10*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL13 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL23 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4031 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL13 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL23 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL33) + xformL10*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL23 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL33) + xformL20*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33) + xformL30*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL03 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL13 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL23 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4032 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL13 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL23 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL33) + xformL10*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL23 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL33) + xformL20*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33) + xformL30*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL03 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL13 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL23 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4033 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL00*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL13 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL23 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL33) + xformL10*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL23 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL33) + xformL20*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33) + xformL30*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL03 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL13 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL23 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4110 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL01 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL11 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL21 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL31) + xformL31*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL01 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL11 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL21 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL31) + xformL01*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL01 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL11 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL21 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL31) + xformL11*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL01 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL11 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL21 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL01 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL11 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL21 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL31) + xformL11*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL01 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL11 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL21 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL31) + xformL21*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL01 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL11 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL21 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL31) + xformL31*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL01 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL11 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL21 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL01 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL11 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL21 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL31) + xformL11*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL01 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL11 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL21 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL31) + xformL21*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL01 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL11 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL21 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL31) + xformL31*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL01 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL11 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL21 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL01 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL11 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL21 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL31) + xformL11*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL01 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL11 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL21 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL31) + xformL21*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL01 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL11 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL21 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL31) + xformL31*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL01 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL11 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL21 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL31);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4120 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL31*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL12 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL22 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL32) + xformL01*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL12 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL22 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL32) + xformL11*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL12 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL22 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL12 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL22 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL32) + xformL11*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL22 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL32) + xformL21*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32) + xformL31*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL02 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL12 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL22 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL12 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL22 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL32) + xformL11*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL22 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL32) + xformL21*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32) + xformL31*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL02 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL12 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL22 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL12 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL22 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL32) + xformL11*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL22 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL32) + xformL21*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32) + xformL31*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL02 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL12 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL22 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4130 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL21*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL31*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL13 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL23 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL33) + xformL01*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL13 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL23 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL33) + xformL11*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL13 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL23 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL13 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL23 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL33) + xformL11*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL23 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL33) + xformL21*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33) + xformL31*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL03 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL13 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL23 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL13 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL23 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL33) + xformL11*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL23 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL33) + xformL21*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33) + xformL31*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL03 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL13 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL23 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL01*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL13 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL23 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL33) + xformL11*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL23 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL33) + xformL21*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33) + xformL31*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL03 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL13 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL23 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4220 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL22*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL02 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL12 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL22 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL32) + xformL32*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL02 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL12 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL22 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL32) + xformL02*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL02 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL12 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL22 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL32) + xformL12*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL02 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL12 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL22 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL02 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL12 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL22 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL32) + xformL12*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL02 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL12 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL22 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL32) + xformL22*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL02 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL12 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL22 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL32) + xformL32*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL02 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL12 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL22 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL02 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL12 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL22 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL32) + xformL12*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL02 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL12 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL22 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL32) + xformL22*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL02 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL12 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL22 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL32) + xformL32*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL02 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL12 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL22 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL02 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL12 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL22 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL32) + xformL12*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL02 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL12 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL22 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL32) + xformL22*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL02 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL12 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL22 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL32) + xformL32*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL02 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL12 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL22 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL32);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4230 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL22*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL32*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL13 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL23 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL33) + xformL02*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL13 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL23 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL33) + xformL12*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL13 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL23 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL13 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL23 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL33) + xformL12*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL23 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL33) + xformL22*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33) + xformL32*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL03 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL13 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL23 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL13 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL23 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL33) + xformL12*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL23 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL33) + xformL22*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33) + xformL32*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL03 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL13 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL23 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL02*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL13 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL23 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL33) + xformL12*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL23 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL33) + xformL22*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33) + xformL32*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL03 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL13 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL23 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4330 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL23*((csetemp81 + \n+ csetemp82 + csetemp83 + csetemp84)*xformL03 + (csetemp93 + csetemp94 + \n+ csetemp95 + csetemp96)*xformL13 + (csetemp101 + csetemp102 + csetemp103 \n+ + csetemp104)*xformL23 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL33) + xformL33*((csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL03 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL13 + (csetemp105 + csetemp106 + csetemp107 + \n+ csetemp108)*xformL23 + (csetemp109 + csetemp110 + csetemp111 + \n+ csetemp112)*xformL33) + xformL03*((csetemp73 + csetemp74 + csetemp75 + \n+ csetemp76)*xformL03 + (csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL13 + (csetemp81 + csetemp82 + csetemp83 + \n+ csetemp84)*xformL23 + (csetemp85 + csetemp86 + csetemp87 + \n+ csetemp88)*xformL33) + xformL13*((csetemp77 + csetemp78 + csetemp79 + \n+ csetemp80)*xformL03 + (csetemp89 + csetemp90 + csetemp91 + \n+ csetemp92)*xformL13 + (csetemp93 + csetemp94 + csetemp95 + \n+ csetemp96)*xformL23 + (csetemp100 + csetemp97 + csetemp98 + \n+ csetemp99)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp113 + \n+ csetemp114 + csetemp115 + csetemp116)*xformL03 + (csetemp117 + \n+ csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL13 + (csetemp121 + \n+ csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL23 + (csetemp125 + \n+ csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL33) + xformL13*((csetemp117 \n+ + csetemp118 + csetemp119 + csetemp120)*xformL03 + (csetemp129 + \n+ csetemp130 + csetemp131 + csetemp132)*xformL13 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL23 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL33) + xformL23*((csetemp121 \n+ + csetemp122 + csetemp123 + csetemp124)*xformL03 + (csetemp133 + \n+ csetemp134 + csetemp135 + csetemp136)*xformL13 + (csetemp141 + \n+ csetemp142 + csetemp143 + csetemp144)*xformL23 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL33) + xformL33*((csetemp125 \n+ + csetemp126 + csetemp127 + csetemp128)*xformL03 + (csetemp137 + \n+ csetemp138 + csetemp139 + csetemp140)*xformL13 + (csetemp145 + \n+ csetemp146 + csetemp147 + csetemp148)*xformL23 + (csetemp149 + \n+ csetemp150 + csetemp151 + csetemp152)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp153 + \n+ csetemp154 + csetemp155 + csetemp156)*xformL03 + (csetemp157 + \n+ csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL13 + (csetemp161 + \n+ csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL23 + (csetemp165 + \n+ csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL33) + xformL13*((csetemp157 \n+ + csetemp158 + csetemp159 + csetemp160)*xformL03 + (csetemp169 + \n+ csetemp170 + csetemp171 + csetemp172)*xformL13 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL23 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL33) + xformL23*((csetemp161 \n+ + csetemp162 + csetemp163 + csetemp164)*xformL03 + (csetemp173 + \n+ csetemp174 + csetemp175 + csetemp176)*xformL13 + (csetemp181 + \n+ csetemp182 + csetemp183 + csetemp184)*xformL23 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL33) + xformL33*((csetemp165 \n+ + csetemp166 + csetemp167 + csetemp168)*xformL03 + (csetemp177 + \n+ csetemp178 + csetemp179 + csetemp180)*xformL13 + (csetemp185 + \n+ csetemp186 + csetemp187 + csetemp188)*xformL23 + (csetemp189 + \n+ csetemp190 + csetemp191 + csetemp192)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL dg4333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = xformL03*((csetemp193 + \n+ csetemp194 + csetemp195 + csetemp196)*xformL03 + (csetemp197 + \n+ csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL13 + (csetemp201 + \n+ csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL23 + (csetemp205 + \n+ csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL33) + xformL13*((csetemp197 \n+ + csetemp198 + csetemp199 + csetemp200)*xformL03 + (csetemp209 + \n+ csetemp210 + csetemp211 + csetemp212)*xformL13 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL23 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL33) + xformL23*((csetemp201 \n+ + csetemp202 + csetemp203 + csetemp204)*xformL03 + (csetemp213 + \n+ csetemp214 + csetemp215 + csetemp216)*xformL13 + (csetemp221 + \n+ csetemp222 + csetemp223 + csetemp224)*xformL23 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL33) + xformL33*((csetemp205 \n+ + csetemp206 + csetemp207 + csetemp208)*xformL03 + (csetemp217 + \n+ csetemp218 + csetemp219 + csetemp220)*xformL13 + (csetemp225 + \n+ csetemp226 + csetemp227 + csetemp228)*xformL23 + (csetemp229 + \n+ csetemp230 + csetemp231 + csetemp232)*xformL33);\n+ \n+ CCTK_REAL betal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g401;\n+ \n+ CCTK_REAL betal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g402;\n+ \n+ CCTK_REAL betal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = g403;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxxL - g411;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxyL - g412;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gxzL - g413;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyyL - g422;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gyzL - g423;\n+ \n+ CCTK_REAL gerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = gzzL - g433;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp234 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gyzL);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp235 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = SQR(gxyL);\n+ \n+ CCTK_REAL detg CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 2*gxyL*gxzL*gyzL + \n+ gyyL*(gxxL*gzzL - csetemp233) - gxxL*csetemp234 - gzzL*csetemp235;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp236 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(detg);\n+ \n+ CCTK_REAL gu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gyyL*gzzL - \n+ csetemp234)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL gu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxzL*gyzL - \n+ gxyL*gzzL)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL gu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (-(gxzL*gyyL) + \n+ gxyL*gyzL)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL gu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gzzL - \n+ csetemp233)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL gu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxyL*gxzL - \n+ gxxL*gyzL)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL gu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = (gxxL*gyyL - \n+ csetemp235)*csetemp236;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL - betal1*gu11 - \n+ betal2*gu12 - betal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betayL - betal1*gu12 - \n+ betal2*gu22 - betal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL betaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betazL - betal1*gu13 - \n+ betal2*gu23 - betal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL betasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betaxL*betal1 + betayL*betal2 \n+ + betazL*betal3;\n+ \n+ CCTK_REAL alperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = alpL - sqrt(betasq - g400);\n+ \n+ CCTK_REAL dtg11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4110;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4120;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4130;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4220;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4230;\n+ \n+ CCTK_REAL dtg33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4330;\n+ \n+ CCTK_REAL dg111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4111;\n+ \n+ CCTK_REAL dg112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4112;\n+ \n+ CCTK_REAL dg113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4113;\n+ \n+ CCTK_REAL dg121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4121;\n+ \n+ CCTK_REAL dg122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4122;\n+ \n+ CCTK_REAL dg123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4123;\n+ \n+ CCTK_REAL dg131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4131;\n+ \n+ CCTK_REAL dg132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4132;\n+ \n+ CCTK_REAL dg133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4133;\n+ \n+ CCTK_REAL dg221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4221;\n+ \n+ CCTK_REAL dg222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4222;\n+ \n+ CCTK_REAL dg223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4223;\n+ \n+ CCTK_REAL dg231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4231;\n+ \n+ CCTK_REAL dg232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4232;\n+ \n+ CCTK_REAL dg233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4233;\n+ \n+ CCTK_REAL dg331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4331;\n+ \n+ CCTK_REAL dg332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4332;\n+ \n+ CCTK_REAL dg333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4333;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp237 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp238 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp239 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp240 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp241 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp242 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp243 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp244 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp245 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp237 + csetemp238 + \n+ csetemp239)*gu11) - (csetemp240 + csetemp241 + csetemp242)*gu12 - \n+ (csetemp243 + csetemp244 + csetemp245)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp237 + csetemp238 + \n+ csetemp239)*gu12) - (csetemp240 + csetemp241 + csetemp242)*gu22 - \n+ (csetemp243 + csetemp244 + csetemp245)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp237 + csetemp238 + \n+ csetemp239)*gu13) - (csetemp240 + csetemp241 + csetemp242)*gu23 - \n+ (csetemp243 + csetemp244 + csetemp245)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp246 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg11*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp247 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg12*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp248 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp249 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg22*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp250 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp251 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg13*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp252 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg23*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp253 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtg33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu12) - (csetemp238 + csetemp249 + csetemp250)*gu22 - \n+ (csetemp251 + csetemp252 + csetemp253)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp246 + csetemp247 + \n+ csetemp248)*gu13) - (csetemp238 + csetemp249 + csetemp250)*gu23 - \n+ (csetemp251 + csetemp252 + csetemp253)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtgu33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dtg11*gu13 + \n+ dtg12*gu23 + dtg13*gu33)) - gu23*(dtg12*gu13 + dtg22*gu23 + dtg23*gu33) \n+ - gu33*(csetemp239 + csetemp250 + dtg33*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp254 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp255 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp256 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp257 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp258 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp259 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp260 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp261 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp262 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp254 + csetemp255 + \n+ csetemp256)*gu11) - (csetemp257 + csetemp258 + csetemp259)*gu12 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu121 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp254 + csetemp255 + \n+ csetemp256)*gu12) - (csetemp257 + csetemp258 + csetemp259)*gu22 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu131 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp254 + csetemp255 + \n+ csetemp256)*gu13) - (csetemp257 + csetemp258 + csetemp259)*gu23 - \n+ (csetemp260 + csetemp261 + csetemp262)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp263 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg111*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp264 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg121*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp265 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp266 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg221*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp267 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp268 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg131*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp269 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg231*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp270 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg331*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu221 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu12) - (csetemp255 + csetemp266 + csetemp267)*gu22 - \n+ (csetemp268 + csetemp269 + csetemp270)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu231 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp263 + csetemp264 + \n+ csetemp265)*gu13) - (csetemp255 + csetemp266 + csetemp267)*gu23 - \n+ (csetemp268 + csetemp269 + csetemp270)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu331 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg111*gu13 + \n+ dg121*gu23 + dg131*gu33)) - gu23*(dg121*gu13 + dg221*gu23 + dg231*gu33) \n+ - gu33*(csetemp256 + csetemp267 + dg331*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp271 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp272 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp273 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp274 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp275 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp276 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp277 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp278 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp279 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp271 + csetemp272 + \n+ csetemp273)*gu11) - (csetemp274 + csetemp275 + csetemp276)*gu12 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp271 + csetemp272 + \n+ csetemp273)*gu12) - (csetemp274 + csetemp275 + csetemp276)*gu22 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu132 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp271 + csetemp272 + \n+ csetemp273)*gu13) - (csetemp274 + csetemp275 + csetemp276)*gu23 - \n+ (csetemp277 + csetemp278 + csetemp279)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp280 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg112*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp281 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg122*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp282 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp283 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg222*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp284 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp285 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg132*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp286 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg232*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp287 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg332*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu12) - (csetemp272 + csetemp283 + csetemp284)*gu22 - \n+ (csetemp285 + csetemp286 + csetemp287)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu232 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp280 + csetemp281 + \n+ csetemp282)*gu13) - (csetemp272 + csetemp283 + csetemp284)*gu23 - \n+ (csetemp285 + csetemp286 + csetemp287)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu332 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg112*gu13 + \n+ dg122*gu23 + dg132*gu33)) - gu23*(dg122*gu13 + dg222*gu23 + dg232*gu33) \n+ - gu33*(csetemp273 + csetemp284 + dg332*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp288 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp289 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp290 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp291 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp292 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp293 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp294 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu11;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp295 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp296 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp288 + csetemp289 + \n+ csetemp290)*gu11) - (csetemp291 + csetemp292 + csetemp293)*gu12 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp288 + csetemp289 + \n+ csetemp290)*gu12) - (csetemp291 + csetemp292 + csetemp293)*gu22 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp288 + csetemp289 + \n+ csetemp290)*gu13) - (csetemp291 + csetemp292 + csetemp293)*gu23 - \n+ (csetemp294 + csetemp295 + csetemp296)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp297 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg113*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp298 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg123*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp299 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp300 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg223*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp301 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp302 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg133*gu12;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp303 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg233*gu22;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp304 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg333*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu12) - (csetemp289 + csetemp300 + csetemp301)*gu22 - \n+ (csetemp302 + csetemp303 + csetemp304)*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -((csetemp297 + csetemp298 + \n+ csetemp299)*gu13) - (csetemp289 + csetemp300 + csetemp301)*gu23 - \n+ (csetemp302 + csetemp303 + csetemp304)*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dgu333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = -(gu13*(dg113*gu13 + \n+ dg123*gu23 + dg133*gu33)) - gu23*(dg123*gu13 + dg223*gu23 + dg233*gu33) \n+ - gu33*(csetemp290 + csetemp301 + dg333*gu33);\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4010;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4020;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetal3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4030;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4011;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4012;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4013;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4021;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4022;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4023;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4031;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4032;\n+ \n+ CCTK_REAL dbetal33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dg4033;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr1L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL - betal1*dtgu11 \n+ - betal2*dtgu12 - betal3*dtgu13 - dtbetal1*gu11 - dtbetal2*gu12 - \n+ dtbetal3*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr2L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetayL - betal1*dtgu12 \n+ - betal2*dtgu22 - betal3*dtgu23 - dtbetal1*gu12 - dtbetal2*gu22 - \n+ dtbetal3*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetaerr3L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetazL - betal1*dtgu13 \n+ - betal2*dtgu23 - betal3*dtgu33 - dtbetal1*gu13 - dtbetal2*gu23 - \n+ dtbetal3*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu111 + \n+ betal2*dgu121 + betal3*dgu131 + dbetal11*gu11 + dbetal21*gu12 + \n+ dbetal31*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu121 + \n+ betal2*dgu221 + betal3*dgu231 + dbetal11*gu12 + dbetal21*gu22 + \n+ dbetal31*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu131 + \n+ betal2*dgu231 + betal3*dgu331 + dbetal11*gu13 + dbetal21*gu23 + \n+ dbetal31*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu112 + \n+ betal2*dgu122 + betal3*dgu132 + dbetal12*gu11 + dbetal22*gu12 + \n+ dbetal32*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu122 + \n+ betal2*dgu222 + betal3*dgu232 + dbetal12*gu12 + dbetal22*gu22 + \n+ dbetal32*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu132 + \n+ betal2*dgu232 + betal3*dgu332 + dbetal12*gu13 + dbetal22*gu23 + \n+ dbetal32*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu113 + \n+ betal2*dgu123 + betal3*dgu133 + dbetal13*gu11 + dbetal23*gu12 + \n+ dbetal33*gu13;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu123 + \n+ betal2*dgu223 + betal3*dgu233 + dbetal13*gu12 + dbetal23*gu22 + \n+ dbetal33*gu23;\n+ \n+ CCTK_REAL dbeta33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = betal1*dgu133 + \n+ betal2*dgu233 + betal3*dgu333 + dbetal13*gu13 + dbetal23*gu23 + \n+ dbetal33*gu33;\n+ \n+ CCTK_REAL dtbetasq CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtbetaxL*betal1 + \n+ dtbetayL*betal2 + dtbetazL*betal3 + betaxL*dtbetal1 + betayL*dtbetal2 + \n+ betazL*dtbetal3;\n+ \n+ CCTK_REAL csetemp305 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = INV(alpL);\n+ \n+ CCTK_REAL dtalperrL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = dtalpL + \n+ 0.5*csetemp305*(dg4000 - dtbetasq);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr11L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxxL - \n+ 0.5*csetemp305*(2*(gxxL*dbeta11 + gxyL*dbeta21 + gxzL*dbeta31) + \n+ betaxL*dg111 + betayL*dg112 + betazL*dg113 - dtg11);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr12L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxyL - \n+ 0.5*csetemp305*(gxxL*dbeta12 + gyyL*dbeta21 + gxyL*(dbeta11 + dbeta22) \n+ + gyzL*dbeta31 + gxzL*dbeta32 + betaxL*dg121 + betayL*dg122 + \n+ betazL*dg123 - dtg12);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr13L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kxzL - \n+ 0.5*csetemp305*(gxxL*dbeta13 + gyzL*dbeta21 + gxyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta31 + gxzL*(dbeta11 + dbeta33) + betaxL*dg131 + betayL*dg132 + \n+ betazL*dg133 - dtg13);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr22L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyyL - \n+ 0.5*csetemp305*(2*(gxyL*dbeta12 + gyyL*dbeta22 + gyzL*dbeta32) + \n+ betaxL*dg221 + betayL*dg222 + betazL*dg223 - dtg22);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr23L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kyzL - \n+ 0.5*csetemp305*(gxzL*dbeta12 + gxyL*dbeta13 + gyyL*dbeta23 + \n+ gzzL*dbeta32 + gyzL*(dbeta22 + dbeta33) + betaxL*dg231 + betayL*dg232 + \n+ betazL*dg233 - dtg23);\n+ \n+ CCTK_REAL kerr33L CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kzzL - \n+ 0.5*csetemp305*(2*(gxzL*dbeta13 + gyzL*dbeta23 + gzzL*dbeta33) + \n+ betaxL*dg331 + betayL*dg332 + betazL*dg333 - dtg33);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ alperr[index] = alperrL;\n+ betaerr1[index] = betaerr1L;\n+ betaerr2[index] = betaerr2L;\n+ betaerr3[index] = betaerr3L;\n+ dtalperr[index] = dtalperrL;\n+ dtbetaerr1[index] = dtbetaerr1L;\n+ dtbetaerr2[index] = dtbetaerr2L;\n+ dtbetaerr3[index] = dtbetaerr3L;\n+ gerr11[index] = gerr11L;\n+ gerr12[index] = gerr12L;\n+ gerr13[index] = gerr13L;\n+ gerr22[index] = gerr22L;\n+ gerr23[index] = gerr23L;\n+ gerr33[index] = gerr33L;\n+ kerr11[index] = kerr11L;\n+ kerr12[index] = kerr12L;\n+ kerr13[index] = kerr13L;\n+ kerr22[index] = kerr22L;\n+ kerr23[index] = kerr23L;\n+ kerr33[index] = kerr33L;\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3(Vaidya2_error);\n+}\n+extern \"C\" void Vaidya2_error(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering Vaidya2_error_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % Vaidya2_error_calc_every != Vaidya2_error_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"admbase::curv\",\n+ \"admbase::dtlapse\",\n+ \"admbase::dtshift\",\n+ \"admbase::lapse\",\n+ \"admbase::metric\",\n+ \"admbase::shift\",\n+ \"Vaidya2::curv_error\",\n+ \"Vaidya2::dtlapse_error\",\n+ \"Vaidya2::dtshift_error\",\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"Vaidya2::lapse_error\",\n+ \"Vaidya2::metric_error\",\n+ \"Vaidya2::shift_error\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"Vaidya2_error\", 13, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, Vaidya2_error_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving Vaidya2_error_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace Vaidya2"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+GaugeWave\n+KS-tilted-EE\n+KerrSchild\n+Minkowski\n+ModifiedSchwarzschildBL\n+ShiftedGaugeWave\n+Vaidya2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr37
|
multi_swe_bench
|
Add missing RegisterSymmetries.cc in McLachlan/ML_BSSN (einsteintoolkit/Cactus#37)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 37,
"issue_title": "Add missing RegisterSymmetries.cc in McLachlan/ML_BSSN",
"issue_body": "This PR adds the missing source file RegisterSymmetries.cc to complete the McLachlan/ML_BSSN thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 37,
"title": "Implement the full functionality of ML_BSSN",
"body": "Please implement the full functionality of `ML_BSSN` by finishing the code in `RegisterSymmetries.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ML_BSSN\n- Target file: RegisterSymmetries.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-37",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/McLachlan/ML_BSSN/src/RegisterSymmetries.cc b/arrangements/McLachlan/ML_BSSN/src/RegisterSymmetries.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/McLachlan/ML_BSSN/src/RegisterSymmetries.cc\n@@ -0,0 +1,187 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Symmetry.h\"\n+\n+extern \"C\" void ML_BSSN_RegisterSymmetries(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* array holding symmetry definitions */\n+ int sym[3];\n+ \n+ /* Register symmetries of grid functions */\n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::phi\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt11\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt12\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt13\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt22\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt23\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::gt33\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::Xt1\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::Xt2\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::Xt3\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::trK\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At11\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At12\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At13\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At22\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At23\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::At33\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::alpha\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::A\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::beta1\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::beta2\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::beta3\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::B1\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::B2\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::B3\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::H\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::M1\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::M2\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::M3\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::cS\");\n+ \n+ sym[0] = -1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::cXt1\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = -1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::cXt2\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = -1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::cXt3\");\n+ \n+ sym[0] = 1;\n+ sym[1] = 1;\n+ sym[2] = 1;\n+ SetCartSymVN(cctkGH, sym, \"ML_BSSN::cA\");\n+ \n+}"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,6 @@\n+ML_BSSN_EE_sgw3d\n+ML_BSSN_EE_sgw3d_rhs\n+ML_BSSN_NewRad\n+ML_BSSN_sgw3d_harmonic\n+ML_BSSN_sgw3d_harmonic_phi\n+ML_BSSN_sgw3d_rhs",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr38
|
multi_swe_bench
|
Add missing ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc in McLachlan/ML_CCZ4 (einsteintoolkit/Cactus#38)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 38,
"issue_title": "Add missing ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc in McLachlan/ML_CCZ4",
"issue_body": "This PR adds the missing source file ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc to complete the McLachlan/ML_CCZ4 thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 38,
"title": "Implement the full functionality of ML_CCZ4",
"body": "Please implement the full functionality of `ML_CCZ4` by finishing the code in `ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ML_CCZ4\n- Target file: ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-38",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/McLachlan/ML_CCZ4/src/ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc b/arrangements/McLachlan/ML_CCZ4/src/ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/McLachlan/ML_CCZ4/src/ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar.cc\n@@ -0,0 +1,352 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+#include \"vectors.h\"\n+\n+namespace ML_CCZ4 {\n+\n+extern \"C\" void ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_SelectBCs(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (cctk_iteration % ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_calc_every != ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_calc_offset)\n+ return;\n+ CCTK_INT ierr CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ ierr = Boundary_SelectGroupForBC(cctkGH, CCTK_ALL_FACES, GetBoundaryWidth(cctkGH), -1 /* no table */, \"ADMBase::dtlapse\",\"flat\");\n+ if (ierr < 0)\n+ CCTK_WARN(CCTK_WARN_ALERT, \"Failed to register flat BC for ADMBase::dtlapse.\");\n+ ierr = Boundary_SelectGroupForBC(cctkGH, CCTK_ALL_FACES, GetBoundaryWidth(cctkGH), -1 /* no table */, \"ADMBase::dtshift\",\"flat\");\n+ if (ierr < 0)\n+ CCTK_WARN(CCTK_WARN_ALERT, \"Failed to register flat BC for ADMBase::dtshift.\");\n+ return;\n+}\n+\n+static void ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL_VEC t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL_VEC dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0.5);\n+ const CCTK_REAL_VEC kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.333333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.666666666666666666666666666667);\n+ const CCTK_REAL_VEC kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(1.33333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dxi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dyi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dzi,ToReal(0.5));\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1024dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0009765625),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1024dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0009765625),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1024dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0009765625),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o120dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o120dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o120dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1680dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000595238095238095238095238095238),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1680dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000595238095238095238095238095238),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o1680dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000595238095238095238095238095238),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o180dx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00555555555555555555555555555556),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o180dy2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00555555555555555555555555555556),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o180dz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00555555555555555555555555555556),kmul(dz,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o24dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0416666666666666666666666666667),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o24dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0416666666666666666666666666667),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o24dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0416666666666666666666666666667),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o2dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.5),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o2dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.5),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o2dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.5),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o3600dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000277777777777777777777777777778),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o3600dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000277777777777777777777777777778),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o3600dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000277777777777777777777777777778),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o4dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.25),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o5040dx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000198412698412698412698412698413),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o5040dy2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000198412698412698412698412698413),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o5040dz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.000198412698412698412698412698413),kmul(dz,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o560dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00178571428571428571428571428571),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o560dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00178571428571428571428571428571),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o560dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00178571428571428571428571428571),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o60dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0166666666666666666666666666667),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o60dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0166666666666666666666666666667),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o60dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0166666666666666666666666666667),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o64dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.015625),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o64dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.015625),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o64dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.015625),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o6dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.166666666666666666666666666667),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o6dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.166666666666666666666666666667),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o6dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.166666666666666666666666666667),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o705600dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1.41723356009070294784580498866e-6),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o705600dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1.41723356009070294784580498866e-6),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o705600dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1.41723356009070294784580498866e-6),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o840dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00119047619047619047619047619048),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o840dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00119047619047619047619047619048),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o840dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00119047619047619047619047619048),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1odx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1ody2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1odz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),kmul(dz,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o120dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o120dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o120dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dy2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dz,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o16dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0625),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o16dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0625),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o16dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0625),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o256dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00390625),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o256dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00390625),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o256dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.00390625),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o2dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.5),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o2dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.5),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o2dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.5),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o4dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.25),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o4dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.25),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o4dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.25),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o60dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0166666666666666666666666666667),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o60dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0166666666666666666666666666667),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o60dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0166666666666666666666666666667),dz);\n+ /* Jacobian variable pointers */\n+ const bool usejacobian1 = (!CCTK_IsFunctionAliased(\"MultiPatch_GetMap\") || MultiPatch_GetMap(cctkGH) != jacobian_identity_map)\n+ && strlen(jacobian_group) > 0;\n+ const bool usejacobian = assume_use_jacobian>=0 ? assume_use_jacobian : usejacobian1;\n+ if (usejacobian && (strlen(jacobian_derivative_group) == 0))\n+ {\n+ CCTK_WARN(CCTK_WARN_ALERT, \"GenericFD::jacobian_group and GenericFD::jacobian_derivative_group must both be set to valid group names\");\n+ }\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict jacobian_ptrs[9];\n+ if (usejacobian) GroupDataPointers(cctkGH, jacobian_group,\n+ 9, jacobian_ptrs);\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict const J11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[0] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[1] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[2] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[3] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[4] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[5] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[6] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[7] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const J33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_ptrs[8] : 0;\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict jacobian_determinant_ptrs[1] CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED;\n+ if (usejacobian && strlen(jacobian_determinant_group) > 0) GroupDataPointers(cctkGH, jacobian_determinant_group,\n+ 1, jacobian_determinant_ptrs);\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict const detJ CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_determinant_ptrs[0] : 0;\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict jacobian_inverse_ptrs[9] CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED;\n+ if (usejacobian && strlen(jacobian_inverse_group) > 0) GroupDataPointers(cctkGH, jacobian_inverse_group,\n+ 9, jacobian_inverse_ptrs);\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ11 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[0] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ12 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[1] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ13 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[2] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ21 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[3] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ22 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[4] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ23 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[5] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ31 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[6] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ32 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[7] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const iJ33 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_inverse_ptrs[8] : 0;\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict jacobian_derivative_ptrs[18] CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED;\n+ if (usejacobian) GroupDataPointers(cctkGH, jacobian_derivative_group,\n+ 18, jacobian_derivative_ptrs);\n+ \n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ111 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[0] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ112 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[1] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ113 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[2] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ122 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[3] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ123 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[4] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ133 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[5] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ211 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[6] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ212 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[7] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ213 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[8] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ222 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[9] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ223 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[10] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ233 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[11] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ311 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[12] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ312 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[13] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ313 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[14] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ322 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[15] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ323 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[16] : 0;\n+ const CCTK_REAL* restrict const dJ333 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = usejacobian ? jacobian_derivative_ptrs[17] : 0;\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3STR(ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2],\n+ vecimin,vecimax, CCTK_REAL_VEC_SIZE)\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ \n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ \n+ switch (fdOrder)\n+ {\n+ case 2:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 4:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 6:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 8:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ default:\n+ CCTK_BUILTIN_UNREACHABLE();\n+ }\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL_VEC dtalpL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0);\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC dtbetaxL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0);\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC dtbetayL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0);\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC dtbetazL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0);\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ vec_store_partial_prepare(i,vecimin,vecimax);\n+ vec_store_nta_partial(dtalp[index],dtalpL);\n+ vec_store_nta_partial(dtbetax[index],dtbetaxL);\n+ vec_store_nta_partial(dtbetay[index],dtbetayL);\n+ vec_store_nta_partial(dtbetaz[index],dtbetazL);\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3STR(ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar);\n+}\n+extern \"C\" void ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_calc_every != ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"ADMBase::dtlapse\",\n+ \"ADMBase::dtshift\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar\", 2, groups);\n+ \n+ switch (fdOrder)\n+ {\n+ case 2:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 4:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 6:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ \n+ case 8:\n+ {\n+ break;\n+ }\n+ default:\n+ CCTK_BUILTIN_UNREACHABLE();\n+ }\n+ \n+ LoopOverBoundary(cctkGH, ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving ML_CCZ4_ADMBaseBoundaryScalar_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace ML_CCZ4"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+ML_CCZ4_sgw3d\n+ML_CCZ4_sgw3d_rhs",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr39
|
multi_swe_bench
|
Add missing WT_Energy.cc in McLachlan/ML_WaveToy (einsteintoolkit/Cactus#39)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 39,
"issue_title": "Add missing WT_Energy.cc in McLachlan/ML_WaveToy",
"issue_body": "This PR adds the missing source file WT_Energy.cc to complete the McLachlan/ML_WaveToy thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 39,
"title": "Implement the full functionality of ML_WaveToy",
"body": "Please implement the full functionality of `ML_WaveToy` by finishing the code in `WT_Energy.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ML_WaveToy\n- Target file: WT_Energy.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-39",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Energy.cc b/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Energy.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Energy.cc\n@@ -0,0 +1,161 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+#include \"vectors.h\"\n+\n+namespace ML_WaveToy {\n+\n+extern \"C\" void WT_Energy_SelectBCs(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (cctk_iteration % WT_Energy_calc_every != WT_Energy_calc_offset)\n+ return;\n+ CCTK_INT ierr CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 0;\n+ ierr = Boundary_SelectGroupForBC(cctkGH, CCTK_ALL_FACES, GetBoundaryWidth(cctkGH), -1 /* no table */, \"ML_WaveToy::WT_eps\",\"flat\");\n+ if (ierr < 0)\n+ CCTK_WARN(CCTK_WARN_ALERT, \"Failed to register flat BC for ML_WaveToy::WT_eps.\");\n+ return;\n+}\n+\n+static void WT_Energy_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL_VEC t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL_VEC dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0.5);\n+ const CCTK_REAL_VEC kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.333333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.666666666666666666666666666667);\n+ const CCTK_REAL_VEC kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(1.33333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dxi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dyi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dzi,ToReal(0.5));\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dy2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dz,dz));\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3STR(WT_Energy,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2],\n+ vecimin,vecimax, CCTK_REAL_VEC_SIZE)\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC rhoL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = vec_load(rho[index]);\n+ CCTK_REAL_VEC uL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = vec_load(u[index]);\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ const CCTK_REAL_VEC PDstandardNth1u CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = PDstandardNth1(&u[index]);\n+ const CCTK_REAL_VEC PDstandardNth2u CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = PDstandardNth2(&u[index]);\n+ const CCTK_REAL_VEC PDstandardNth3u CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = PDstandardNth3(&u[index]);\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL_VEC epsL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(kmadd(rhoL,rhoL,kmadd(PDstandardNth1u,PDstandardNth1u,kmadd(PDstandardNth2u,PDstandardNth2u,kmul(PDstandardNth3u,PDstandardNth3u)))),ToReal(0.5));\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ vec_store_partial_prepare(i,vecimin,vecimax);\n+ vec_store_nta_partial(eps[index],epsL);\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3STR(WT_Energy);\n+}\n+extern \"C\" void WT_Energy(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering WT_Energy_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % WT_Energy_calc_every != WT_Energy_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"ML_WaveToy::WT_eps\",\n+ \"ML_WaveToy::WT_rho\",\n+ \"ML_WaveToy::WT_u\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"WT_Energy\", 3, groups);\n+ \n+ EnsureStencilFits(cctkGH, \"WT_Energy\", 2, 2, 2);\n+ \n+ LoopOverInterior(cctkGH, WT_Energy_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving WT_Energy_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace ML_WaveToy"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,3 @@\n+gaussian-RK4\n+gaussian-RK45\n+gaussian-RK45-adaptive",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr4
|
multi_swe_bench
|
Add missing WaveToy.F90 in CactusWave/WaveToyFreeF90 (einsteintoolkit/Cactus#4)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 4,
"issue_title": "Add missing WaveToy.F90 in CactusWave/WaveToyFreeF90",
"issue_body": "This PR adds the missing source file WaveToy.F90 to complete the CactusWave/WaveToyFreeF90 thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 4,
"title": "Implement the full functionality of WaveToyFreeF90",
"body": "Please implement the full functionality of `WaveToyFreeF90` by finishing the code in `WaveToy.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: WaveToyFreeF90\n- Target file: WaveToy.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-4",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/CactusWave/WaveToyFreeF90/src/WaveToy.F90 b/arrangements/CactusWave/WaveToyFreeF90/src/WaveToy.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/CactusWave/WaveToyFreeF90/src/WaveToy.F90\n@@ -0,0 +1,151 @@\n+ /*@@\n+ @file WaveToy.F90\n+ @date \n+ @author Tom Goodale\n+ @desc \n+ Evolution routines for the wave equation solver\n+ @enddesc \n+ @version $Header$\n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+\n+ /*@@\n+ @routine WaveToyFreeF90_Evolution\n+ @date \n+ @author Tom Goodale\n+ @desc \n+ Evolution for the wave equation\n+ @enddesc \n+ @calls CCTK_SyncGroup, wavetoy_boundaries\n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine WaveToyFreeF90_Evolution(CCTK_ARGUMENTS)\n+ \n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ \n+ ! Declare local variables\n+ INTEGER :: i,j,k\n+ INTEGER :: istart, jstart, kstart, iend, jend, kend\n+\n+ CCTK_REAL :: dx,dy,dz,dt\n+ CCTK_REAL :: dx2,dy2,dz2,dt2\n+ CCTK_REAL :: dx2i,dy2i,dz2i\n+\n+ CCTK_REAL :: factor\n+ \n+ ! Set up shorthands\n+ ! -----------------\n+ dx = CCTK_DELTA_SPACE(1)\n+ dy = CCTK_DELTA_SPACE(2)\n+ dz = CCTK_DELTA_SPACE(3)\n+ dt = CCTK_DELTA_TIME\n+\n+ dx2 = dx*dx\n+ dy2 = dy*dy\n+ dz2 = dz*dz\n+ dt2 = dt*dt\n+\n+ dx2i = 1.0/dx2\n+ dy2i = 1.0/dy2\n+ dz2i = 1.0/dz2\n+\n+ istart = 2\n+ jstart = 2\n+ kstart = 2\n+ \n+ iend = cctk_lsh(1)-1\n+ jend = cctk_lsh(2)-1\n+ kend = cctk_lsh(3)-1\n+\n+ factor = 2*(1 - (dt2)*(dx2i + dy2i + dz2i))\n+ \n+ ! Do the evolution\n+ ! ----------------\n+ do k = kstart, kend\n+ do j = jstart, jend\n+ do i = istart, iend\n+ \n+ phi(i,j,k) = factor*phi_p(i,j,k) - &\n+ phi_p_p(i,j,k) + (dt2) * &\n+ ((phi_p(i+1,j,k)+phi_p(i-1,j,k))*dx2i &\n+ +(phi_p(i,j+1,k)+phi_p(i,j-1,k))*dy2i &\n+ +(phi_p(i,j,k+1)+phi_p(i,j,k-1))*dz2i)\n+ \n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ \n+end subroutine WaveToyFreeF90_Evolution\n+\n+\n+ /*@@\n+ @routine WaveToyFortran_Boundaries\n+ @date \n+ @author Tom Goodale\n+ @desc \n+ Boundary conditions for the wave equation\n+ @enddesc \n+ @calls CartSymGH,FlatBC,RadiativeBC \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine WaveToyFreeF90_Boundaries(CCTK_ARGUMENTS)\n+ \n+ implicit none\n+ \n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ CCTK_INT, parameter :: izero = 0\n+ integer, parameter :: ik = kind(izero)\n+\n+! Local declarations\n+ CCTK_INT :: ierr\n+\n+ CHARACTER (len=100) :: boundary\n+ INTEGER :: length\n+\n+ ierr = 0\n+ \n+! The \"bound\" parameter needs to be converted into a Fortran string.\n+ call CCTK_FortranString(length,bound,boundary)\n+\n+! Apply the outer boundary conditions\n+! -----------------------------------\n+! Note: In each of the following calls to Boundary_SelectVarForBC,\n+! default arguments are used, so an invalid table handle of -1 can\n+! be passed\n+\n+ if (CCTK_EQUALS(bound,\"flat\") .or. CCTK_EQUALS(bound,\"static\") .or. &\n+ CCTK_EQUALS(bound,\"radiation\") .or. CCTK_EQUALS(bound,\"robin\") .or. &\n+ CCTK_EQUALS(bound,\"none\") ) then\n+ ierr = Boundary_SelectVarForBC(cctkGH, int(CCTK_ALL_FACES,ik), 1_ik, -1_ik, &\n+ \"wavetoy::phi\", boundary)\n+ else if (CCTK_EQUALS(bound,\"zero\")) then\n+ ierr = Boundary_SelectVarForBC(cctkGH, int(CCTK_ALL_FACES,ik), 1_ik, -1_ik, &\n+ \"wavetoy::phi\", \"Scalar\")\n+ end if\n+\n+ if (ierr < 0) then\n+ call CCTK_WARN(0,\"WaveToyFreeF90_Boundaries: Error selecting boundary condition\")\n+ end if\n+ \n+end subroutine WaveToyFreeF90_Boundaries"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+test_rad",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr40
|
multi_swe_bench
|
Add missing WT_Standing.cc in McLachlan/ML_WaveToy (einsteintoolkit/Cactus#40)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 40,
"issue_title": "Add missing WT_Standing.cc in McLachlan/ML_WaveToy",
"issue_body": "This PR adds the missing source file WT_Standing.cc to complete the McLachlan/ML_WaveToy thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 40,
"title": "Implement the full functionality of ML_WaveToy",
"body": "Please implement the full functionality of `ML_WaveToy` by finishing the code in `WT_Standing.cc`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: ML_WaveToy\n- Target file: WT_Standing.cc\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-40",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Standing.cc b/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Standing.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/McLachlan/ML_WaveToy/src/WT_Standing.cc\n@@ -0,0 +1,155 @@\n+/* File produced by Kranc */\n+\n+#define KRANC_C\n+\n+#include <algorithm>\n+#include <assert.h>\n+#include <math.h>\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <string.h>\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"Kranc.hh\"\n+#include \"Differencing.h\"\n+#include \"loopcontrol.h\"\n+#include \"vectors.h\"\n+\n+namespace ML_WaveToy {\n+\n+\n+static void WT_Standing_Body(const cGH* restrict const cctkGH, const int dir, const int face, const CCTK_REAL normal[3], const CCTK_REAL tangentA[3], const CCTK_REAL tangentB[3], const int imin[3], const int imax[3], const int n_subblock_gfs, CCTK_REAL* restrict const subblock_gfs[])\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ /* Include user-supplied include files */\n+ /* Initialise finite differencing variables */\n+ const ptrdiff_t di CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = 1;\n+ const ptrdiff_t dj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,1,0) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t dk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,1) - CCTK_GFINDEX3D(cctkGH,0,0,0);\n+ const ptrdiff_t cdi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * di;\n+ const ptrdiff_t cdj CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dj;\n+ const ptrdiff_t cdk CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = sizeof(CCTK_REAL) * dk;\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[0];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[1];\n+ const ptrdiff_t cctkLbnd3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = cctk_lbnd[2];\n+ const CCTK_REAL_VEC t CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(cctk_time);\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace1 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC cctkOriginSpace3 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_ORIGIN_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dt CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_TIME);\n+ const CCTK_REAL_VEC dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(0));\n+ const CCTK_REAL_VEC dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(1));\n+ const CCTK_REAL_VEC dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(CCTK_DELTA_SPACE(2));\n+ const CCTK_REAL_VEC dxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC dyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC dzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(1),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC khalf CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = ToReal(0.5);\n+ const CCTK_REAL_VEC kthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.333333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC ktwothird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(0.666666666666666666666666666667);\n+ const CCTK_REAL_VEC kfourthird CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(1.33333333333333333333333333333);\n+ const CCTK_REAL_VEC hdxi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dxi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdyi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dyi,ToReal(0.5));\n+ const CCTK_REAL_VEC hdzi CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(dzi,ToReal(0.5));\n+ /* Initialize predefined quantities */\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dx CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dx);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dy);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o12dz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.0833333333333333333333333333333),dz);\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdy CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dxdz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dx,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC p1o144dydz CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(0.00694444444444444444444444444444),kmul(dy,dz));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dx2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dx,dx));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dy2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dy,dy));\n+ const CCTK_REAL_VEC pm1o12dz2 CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = kdiv(ToReal(-0.0833333333333333333333333333333),kmul(dz,dz));\n+ /* Assign local copies of arrays functions */\n+ \n+ \n+ /* Calculate temporaries and arrays functions */\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ /* Loop over the grid points */\n+ const int imin0=imin[0];\n+ const int imin1=imin[1];\n+ const int imin2=imin[2];\n+ const int imax0=imax[0];\n+ const int imax1=imax[1];\n+ const int imax2=imax[2];\n+ #pragma omp parallel\n+ CCTK_LOOP3STR(WT_Standing,\n+ i,j,k, imin0,imin1,imin2, imax0,imax1,imax2,\n+ cctk_ash[0],cctk_ash[1],cctk_ash[2],\n+ vecimin,vecimax, CCTK_REAL_VEC_SIZE)\n+ {\n+ const ptrdiff_t index CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = di*i + dj*j + dk*k;\n+ /* Assign local copies of grid functions */\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC xL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = vec_load(x[index]);\n+ CCTK_REAL_VEC yL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = vec_load(y[index]);\n+ CCTK_REAL_VEC zL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = vec_load(z[index]);\n+ \n+ /* Include user supplied include files */\n+ /* Precompute derivatives */\n+ /* Calculate temporaries and grid functions */\n+ CCTK_REAL_VEC kvec CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ ToReal(3.14159265358979323846264338328*pow(width,-1));\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC omega CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(kpow(kmul(kvec,kvec),0.5),ToReal(1.73205080756887729352744634151));\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC uL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kmul(kmul(kcos(kmul(xL,kvec)),kmul(kcos(kmul(yL,kvec)),kmul(kcos(kmul(zL,kvec)),kcos(kmul(omega,t))))),ToReal(amplitude));\n+ \n+ CCTK_REAL_VEC rhoL CCTK_ATTRIBUTE_UNUSED = \n+ kneg(kmul(kmul(omega,kmul(kcos(kmul(xL,kvec)),kmul(kcos(kmul(yL,kvec)),kmul(kcos(kmul(zL,kvec)),ksin(kmul(omega,t)))))),ToReal(amplitude)));\n+ /* Copy local copies back to grid functions */\n+ vec_store_partial_prepare(i,vecimin,vecimax);\n+ vec_store_nta_partial(rho[index],rhoL);\n+ vec_store_nta_partial(u[index],uL);\n+ }\n+ CCTK_ENDLOOP3STR(WT_Standing);\n+}\n+extern \"C\" void WT_Standing(CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS;\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS;\n+ \n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Entering WT_Standing_Body\");\n+ }\n+ if (cctk_iteration % WT_Standing_calc_every != WT_Standing_calc_offset)\n+ {\n+ return;\n+ }\n+ \n+ const char* const groups[] = {\n+ \"grid::coordinates\",\n+ \"ML_WaveToy::WT_rho\",\n+ \"ML_WaveToy::WT_u\"};\n+ AssertGroupStorage(cctkGH, \"WT_Standing\", 3, groups);\n+ \n+ \n+ LoopOverEverything(cctkGH, WT_Standing_Body);\n+ if (verbose > 1)\n+ {\n+ CCTK_VInfo(CCTK_THORNSTRING,\"Leaving WT_Standing_Body\");\n+ }\n+}\n+\n+} // namespace ML_WaveToy"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,3 @@\n+gaussian-RK4\n+gaussian-RK45\n+gaussian-RK45-adaptive",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr5
|
multi_swe_bench
|
Add missing AHFinder_dis.F in EinsteinAnalysis/AHFinder (einsteintoolkit/Cactus#5)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 5,
"issue_title": "Add missing AHFinder_dis.F in EinsteinAnalysis/AHFinder",
"issue_body": "This PR adds the missing source file AHFinder_dis.F to complete the EinsteinAnalysis/AHFinder thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 5,
"title": "Implement the full functionality of AHFinder",
"body": "Please implement the full functionality of `AHFinder` by finishing the code in `AHFinder_dis.F`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: AHFinder\n- Target file: AHFinder_dis.F\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-5",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_dis.F b/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_dis.F\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_dis.F\n@@ -0,0 +1,618 @@\n+/*@@\n+ @file AHFinder_dis.F\n+ @date September 2001\n+ @author Miguel Alcubierre\n+ @desc\n+ Routine to calculate proper distances between horizons.\n+ @enddesc\n+@@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+ subroutine AHFinder_dis(CCTK_ARGUMENTS)\n+\n+ use AHFinder_dat\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ integer i,l,m\n+ integer np,npoints,vindex,ierror\n+ integer param_table_handle,interp_handle,coord_system_handle\n+ character(30) options_string\n+ character(128) operator\n+ CCTK_INT nchars\n+\n+ CCTK_POINTER, dimension(3) :: interp_coords\n+ CCTK_INT, dimension(6) :: in_array_indices\n+ CCTK_POINTER, dimension(6) :: out_arrays\n+ CCTK_INT, dimension(6) :: out_array_type_codes\n+\n+ CCTK_REAL LEGEN\n+ CCTK_REAL zero,half,one,two,pi\n+ CCTK_REAL x12,y12,z12,r12,rho12\n+ CCTK_REAL phi,cost,sint,cosp,sinp\n+ CCTK_REAL x1,y1,z1,r1\n+ CCTK_REAL x2,y2,z2,r2\n+ CCTK_REAL ddx,ddy,ddz,d12\n+ CCTK_REAL aux,cosa,sina,factor\n+\n+ CCTK_REAL, allocatable, dimension(:) :: xa,ya,za\n+ CCTK_REAL, allocatable, dimension(:) :: txx,tyy,tzz,txy,txz,tyz\n+\n+ character(200) disf\n+ logical disf_exists\n+\n+! **************************\n+! *** DEFINE NUMBERS ***\n+! **************************\n+\n+ zero = 0.0D0\n+ half = 0.5D0\n+ one = 1.0D0\n+ two = 2.0D0\n+\n+ pi = acos(-one)\n+\n+ factor = one\n+\n+\n+! ****************************************\n+! *** FIND LINE CONNECTING CENTERS ***\n+! ****************************************\n+\n+! For the moment, horizons 1 and 2 only.\n+\n+ write(*,*)\n+ write(*,*) 'Integrating distances between horizons 1 and 2 ...'\n+\n+ x1 = ahf_xc_1\n+ y1 = ahf_yc_1\n+ z1 = ahf_zc_1\n+\n+ x2 = ahf_xc_2\n+ y2 = ahf_yc_2\n+ z2 = ahf_zc_2\n+\n+! Find line connecting centers.\n+\n+! Neither horizon exists.\n+\n+ if ((.not.status_old_1).and.(.not.status_old_2)) then\n+\n+ write(*,*)\n+ write(*,*) 'Neither horizon 1 nor horizon 2 exist,'\n+ write(*,*) 'giving up.'\n+ write(*,*)\n+\n+ d12 = zero\n+ goto 100\n+\n+! Just horizon 1 exists.\n+\n+ else if (status_old_1.and.(.not.status_old_2)) then\n+\n+ write(*,*)\n+ write(*,*) 'Only horizon 1 exists.'\n+ write(*,*)\n+\n+! Check symmetries.\n+\n+ if (CCTK_Equals(domain,\"octant\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Octant symmetry: calculating twice'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 1 to origin.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = zero\n+ y2 = zero\n+ z2 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(domain,\"quadrant\").eq.1) then\n+\n+ if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"x\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, x direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 1 to x axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = x1\n+ y2 = zero\n+ z2 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"y\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, y direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 1 to y axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = zero\n+ y2 = y1\n+ z2 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"z\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, z direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 1 to z axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = zero\n+ y2 = zero\n+ z2 = z1\n+\n+ end if\n+\n+ else if (CCTK_Equals(domain,\"bitant\").eq.1) then\n+\n+ if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"xy\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, xy plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 1 to xy plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = x1\n+ y2 = y1\n+ z2 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"xz\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, xz plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 1 to xz plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = x1\n+ y2 = zero\n+ z2 = z1\n+\n+ else if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"yz\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, yz plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 1 to yz plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x2 = zero\n+ y2 = y1\n+ z2 = z1\n+\n+ end if\n+\n+ else\n+\n+ write(*,*) 'No grid symmetries: no distance to calculate,'\n+ write(*,*) 'giving up.'\n+\n+ d12 = zero\n+ goto 100\n+\n+ end if\n+\n+! Just horizon 2 exists.\n+\n+ else if (status_old_2.and.(.not.status_old_1)) then\n+\n+ write(*,*)\n+ write(*,*) 'Only horizon 2 exists.'\n+ write(*,*)\n+\n+! Check symmetries.\n+\n+ if (CCTK_Equals(domain,\"octant\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Octant symmetry: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 2 to origin.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = zero\n+ y1 = zero\n+ z1 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(domain,\"quadrant\").eq.1) then\n+\n+ if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"x\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, x direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 2 to x axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = x2\n+ y1 = zero\n+ z1 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"y\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, y direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 2 to y axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = zero\n+ y1 = y2\n+ z1 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(quadrant_direction,\"z\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Quadrant symmetry, z direction: calculating'\n+ write(*,*) 'twice the distance from horizon 2 to z axis.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = zero\n+ y1 = zero\n+ z1 = z2\n+\n+ end if\n+\n+ else if (CCTK_Equals(domain,\"bitant\").eq.1) then\n+\n+ if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"xy\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, xy plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 2 to xy plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = x2\n+ y1 = y2\n+ z1 = zero\n+\n+ else if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"xz\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, xz plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 2 to xz plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = x2\n+ y1 = zero\n+ z1 = z2\n+\n+ else if (CCTK_Equals(bitant_plane,\"yz\").eq.1) then\n+\n+ write(*,*) 'Bitant symmetry, yz plane: calculating twice'\n+ write(*,*) 'the distance from horizon 2 to yz plane.'\n+\n+ factor = two\n+\n+ x1 = zero\n+ y1 = y2\n+ z1 = z2\n+\n+ end if\n+\n+ else\n+\n+ write(*,*) 'No grid symmetries: no distance to calculate.'\n+ write(*,*) 'giving up.'\n+\n+ d12 = zero\n+ goto 100\n+\n+ end if\n+\n+ end if\n+\n+! Find connecting line.\n+\n+ x12 = x2 - x1\n+ y12 = y2 - y1\n+ z12 = z2 - z1\n+\n+ rho12 = sqrt(x12**2 + y12**2)\n+ r12 = sqrt(x12**2 + y12**2 + z12**2)\n+\n+\n+! ***********************************************************\n+! *** FIND LOCATION OF HORIZONS ALONG CONNECTING LINE ***\n+! ***********************************************************\n+\n+! Find angles for horizon 1.\n+\n+ if (r12.ne.zero) then\n+ cost = z12/r12\n+ else\n+ write(*,*)\n+ write(*,*) 'Coordinate distance is zero,'\n+ write(*,*) 'giving up.'\n+ write(*,*)\n+ d12 = zero\n+ goto 100\n+ end if\n+\n+ sint = sqrt(one - cost**2)\n+\n+ if (y12.ne.zero) then\n+ phi = atan2(y12,x12)\n+ else\n+ phi = zero\n+ end if\n+\n+ sinp = sin(phi)\n+ cosp = cos(phi)\n+\n+! Find point in horizon 1.\n+\n+ if (status_old_1) then\n+\n+ r1 = c0(0)\n+\n+ do l=1+stepz,lmax,1+stepz\n+ r1 = r1 + c0(l)*LEGEN(l,0,cost)\n+ end do\n+\n+ if (nonaxi) then\n+ do m=1,lmax\n+ aux = dble(m)*phi\n+ sina = sin(aux)\n+ cosa = cos(aux)\n+ do l=m,lmax\n+ aux = LEGEN(l,m,cost)\n+ r1 = r1 + aux*cc(l,m)*cosa\n+ if (.not.refy) then\n+ r1 = r1 + aux*cs(l,m)*sina\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end if\n+\n+ x1 = x1 + r1*sint*cosp\n+ y1 = y1 + r1*sint*sinp\n+ z1 = z1 + r1*cost\n+\n+ end if\n+\n+! Find angles for horizon 2.\n+\n+ cost = -cost\n+ sint = +sint\n+\n+ cosp = -cosp\n+ sinp = -sinp\n+\n+ phi = phi + pi\n+\n+! Find point in horizon 2.\n+\n+ if (status_old_2) then\n+\n+ r2 = c0(0)\n+\n+ do l=1+stepz,lmax,1+stepz\n+ r2 = r2 + c0(l)*LEGEN(l,0,cost)\n+ end do\n+\n+ if (nonaxi) then\n+ do m=1,lmax\n+ aux = dble(m)*phi\n+ sina = sin(aux)\n+ cosa = cos(aux)\n+ do l=m,lmax\n+ aux = LEGEN(l,m,cost)\n+ r2 = r2 + aux*cc(l,m)*cosa\n+ if (.not.refy) then\n+ r2 = r2 + aux*cs(l,m)*sina\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end if\n+\n+ x2 = x2 + r2*sint*cosp\n+ y2 = y2 + r2*sint*sinp\n+ z2 = z2 + r2*cost\n+\n+ end if\n+\n+\n+! **************************************\n+! *** ALLOCATE MEMORY FOR ARRAYS ***\n+! **************************************\n+\n+ aux = sqrt((x1-x2)**2 + (y1-y2)**2 + (z1-z2)**2)/dx\n+\n+ np = int(aux)\n+\n+ if (myproc.eq.0) then\n+\n+ allocate(xa(0:np))\n+ allocate(ya(0:np))\n+ allocate(za(0:np))\n+\n+ allocate(txx(0:np))\n+ allocate(tyy(0:np))\n+ allocate(tzz(0:np))\n+ allocate(txy(0:np))\n+ allocate(txz(0:np))\n+ allocate(tyz(0:np))\n+\n+ else\n+\n+ allocate(xa(1))\n+ allocate(ya(1))\n+ allocate(za(1))\n+\n+ allocate(txx(1))\n+ allocate(tyy(1))\n+ allocate(tzz(1))\n+ allocate(txy(1))\n+ allocate(txz(1))\n+ allocate(tyz(1))\n+\n+ end if\n+\n+\n+! *************************************\n+! *** FIND INTERPOLATING POINTS ***\n+! *************************************\n+\n+ if (myproc.eq.0) then\n+\n+ npoints = np + 1\n+\n+ do i=0,np\n+\n+ aux = dble(i)/dble(np)\n+\n+ xa(i) = x1 + aux*(x2-x1)\n+ ya(i) = y1 + aux*(y2-y1)\n+ za(i) = z1 + aux*(z2-z1)\n+\n+ end do\n+\n+ else\n+\n+ npoints = 1\n+\n+ xa = half*(x1 + x2)\n+ ya = half*(y1 + y2)\n+ za = half*(z1 + z2)\n+\n+ end if\n+\n+\n+! ******************************\n+! *** INTERPOLATE METRIC ***\n+! ******************************\n+\n+! parameter, local interpolator, and coordinate system handle.\n+ param_table_handle = -1\n+ interp_handle = -1\n+ coord_system_handle = -1\n+\n+ options_string = \"order = \" // char(ichar('0') + interpolation_order)\n+ call Util_TableCreateFromString (param_table_handle, options_string)\n+ if (param_table_handle .lt. 0) then\n+ call CCTK_WARN(0,\"Cannot create parameter table for interpolator\")\n+ endif\n+\n+ call CCTK_FortranString (nchars, interpolation_operator, operator)\n+ call CCTK_InterpHandle (interp_handle, operator)\n+ if (interp_handle.lt.0) then\n+ call CCTK_WARN(0,\"Cannot get handle for interpolation ! Forgot to activate an implementation providing interpolation operators ??\")\n+ endif\n+\n+ call CCTK_CoordSystemHandle (coord_system_handle, \"cart3d\")\n+ if (coord_system_handle .lt. 0) then\n+ call CCTK_WARN(0,\"Cannot get handle for cart3d coordinate system ! Forgot to activate an implementation providing coordinates ??\")\n+ endif\n+\n+\n+! fill in the input/output arrays for the interpolator\n+ interp_coords(1) = CCTK_PointerTo(xa)\n+ interp_coords(2) = CCTK_PointerTo(ya)\n+ interp_coords(3) = CCTK_PointerTo(za)\n+\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gxx\")\n+ in_array_indices(1) = vindex\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gyy\")\n+ in_array_indices(2) = vindex\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gzz\")\n+ in_array_indices(3) = vindex\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gxy\")\n+ in_array_indices(4) = vindex\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gxz\")\n+ in_array_indices(5) = vindex\n+ call CCTK_VarIndex (vindex, \"admbase::gyz\")\n+ in_array_indices(6) = vindex\n+\n+ out_arrays(1) = CCTK_PointerTo(txx)\n+ out_arrays(2) = CCTK_PointerTo(tyy)\n+ out_arrays(3) = CCTK_PointerTo(tzz)\n+ out_arrays(4) = CCTK_PointerTo(txy)\n+ out_arrays(5) = CCTK_PointerTo(txz)\n+ out_arrays(6) = CCTK_PointerTo(tyz)\n+\n+ out_array_type_codes = CCTK_VARIABLE_REAL\n+\n+\n+! Interpolation.\n+\n+ call CCTK_InterpGridArrays (ierror, cctkGH, 3, interp_handle,\n+ . param_table_handle, coord_system_handle,\n+ . npoints, CCTK_VARIABLE_REAL, interp_coords,\n+ . 6, in_array_indices,\n+ . 6, out_array_type_codes, out_arrays)\n+ if (ierror < 0) then\n+ call CCTK_WARN (1, \"interpolator call returned an error code\");\n+ endif\n+\n+! release parameter table\n+ call Util_TableDestroy (ierror, param_table_handle)\n+\n+\n+! ******************************\n+! *** INTEGRATE DISTANCE ***\n+! ******************************\n+\n+ ddx = (x2-x1)/dble(np)\n+ ddy = (y2-y1)/dble(np)\n+ ddz = (z2-z1)/dble(np)\n+\n+ if (myproc.eq.0) then\n+\n+! Integrate using trapezoidal rule.\n+\n+ d12 = zero\n+\n+ do i=1,np\n+\n+ d12 = d12 + half\n+ . *(sqrt(txx(i-1)*ddx**2 + tyy(i-1)*ddy**2 + tzz(i-1)*ddz**2\n+ . + two*(txy(i-1)*ddx*ddy + txz(i-1)*ddx*ddz + tyz(i-1)*ddy*ddz))\n+ . + sqrt(txx(i )*ddx**2 + tyy(i )*ddy**2 + tzz(i )*ddz**2\n+ . + two*(txy(i )*ddx*ddy + txz(i )*ddx*ddz + tyz(i )*ddy*ddz)))\n+\n+ end do\n+\n+ end if\n+\n+ d12 = factor*d12\n+\n+\n+! *****************************\n+! *** DEALLOCATE MEMORY ***\n+! *****************************\n+\n+ deallocate(xa,ya,za)\n+ deallocate(txx,tyy,tzz,txy,txz,tyz)\n+\n+\n+! ******************\n+! *** OUTPUT ***\n+! ******************\n+\n+ 100 continue\n+\n+ disf = filestr(1:nfile) // \"/ahf_d12\" // \".tl\"\n+ if (myproc.eq.0) then\n+ inquire(file=disf, exist=disf_exists)\n+ if (disf_exists) then\n+ open(11,file=disf,form='formatted',status='old', position='append')\n+ else\n+ open(11,file=disf,form='formatted',status='replace')\n+ write(11,\"(A18)\") '\" Horizon distance'\n+ end if\n+ write(11,\"(2ES14.6)\") cctk_time,d12\n+ close(11)\n+ end if\n+\n+\n+! ***************\n+! *** END ***\n+! ***************\n+\n+ end subroutine AHFinder_dis"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+test_AHF_2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr6
|
multi_swe_bench
|
Add missing AHFinder_calcsigma.F in EinsteinAnalysis/AHFinder (einsteintoolkit/Cactus#6)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 6,
"issue_title": "Add missing AHFinder_calcsigma.F in EinsteinAnalysis/AHFinder",
"issue_body": "This PR adds the missing source file AHFinder_calcsigma.F to complete the EinsteinAnalysis/AHFinder thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 6,
"title": "Implement the full functionality of AHFinder",
"body": "Please implement the full functionality of `AHFinder` by finishing the code in `AHFinder_calcsigma.F`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: AHFinder\n- Target file: AHFinder_calcsigma.F\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-6",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_calcsigma.F b/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_calcsigma.F\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinAnalysis/AHFinder/src/AHFinder_calcsigma.F\n@@ -0,0 +1,312 @@\n+/*@@\n+ @file AHFinder_calcsigma.F\n+ @date July 1999\n+ @author Lars Nerger\n+ @desc \n+ Calculate weight sigma for Nakamura flow\n+ @enddesc \n+@@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+\n+ subroutine AHFinder_calcsigma(CCTK_ARGUMENTS,xp,yp,zp,gupij,sigma)\n+\n+ use AHFinder_dat\n+\n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+ integer nmax\n+ integer l,m\n+ integer indx1,indx2\n+ integer indx,idir,jdir\n+ \n+ CCTK_REAL zero, sigma\n+ CCTK_REAL ni(3),si(3),supi(3),pij(3,3)\n+ CCTK_REAL ylmi((lmax+1)**2,3)\n+ CCTK_REAL alm((lmax+1)**2)\n+ CCTK_REAL xp,yp,zp,er,sum\n+ CCTK_REAL rho,costheta,sintheta,sinthetal(-1:lmax),prod\n+ CCTK_REAL zlm0(0:lmax,0:lmax),zlm1(0:lmax,0:lmax)\n+ CCTK_REAL cosphi,sinphi,cosmphi(0:lmax),sinmphi(0:lmax)\n+ CCTK_REAL thetax,thetay,thetaz\n+ CCTK_REAL phix,phiy\n+ CCTK_REAL c1,c2,c3,metnorm\n+ CCTK_REAL fi(3)\n+ CCTK_REAL gupij(3,3)\n+\n+! Description of variables\n+!\n+! sigma Weight of Nakamura Flow\n+\n+\n+! **************************\n+! *** DEFINE NUMBERS ***\n+! **************************\n+\n+ zero = 0.0D0\n+ nmax = (lmax+1)**2\n+\n+! ******************************************************\n+! *** Calculate gradient of Y_lm(x,y,z) ***\n+! *** Adopted from thorn_SpectralAHF by Gundlach ***\n+! ******************************************************\n+ \n+\n+! Initialize arrays\n+ ylmi = zero\n+ zlm0 = zero\n+ zlm1 = zero\n+ ni = zero\n+ si = zero\n+ supi = zero\n+ pij = zero\n+ alm = zero\n+ sinthetal = zero\n+ cosmphi = zero\n+ sinmphi = zero\n+\n+\n+! Calculate quantities in spherical coordinates.\n+ er = sqrt(xp**2 + yp**2 + zp**2)\n+ if (er .eq. 0.d0) then\n+ call CCTK_WARN(0,'r=0 in AHFinder_calcsigma')\n+ end if\n+ \n+C ********PATCH******************************************\n+C Keep away from the z-axis, artificially.\n+ if (xp**2 + yp**2 .lt. 1.d-16) then\n+C write(6,*) 'patch on axis in ylmder2'\n+ xp = 0.d0\n+ yp = 1.d-8\n+ end if\n+\n+C Polar angle theta.\n+ rho = sqrt(xp**2 + yp**2)\n+ costheta = zp / er\n+ sintheta = rho / er\n+C Array sinthetal(l) contains [sin(theta)]^l\n+ sinthetal(-1) = 0.d0\n+ sinthetal(0) = 1.d0\n+ sinthetal(1) = sintheta\n+ do l=2,lmax\n+ sinthetal(l) = sinthetal(l-1) * sinthetal(1)\n+ end do\n+\n+C zlm0 is Y_lm stripped of exp(i m phi) and multiplied by sqrt(4pi).\n+C zlm1 and zlm2 are the first and second derivative of zlm0 \n+C with respect to theta. l=0 and m=l are treated separately.\n+C We only need zlm0,1,2 for positive m.\n+C Treat l=0 separately:\n+ zlm0(0,0) = 1.d0\n+ zlm1(0,0) = 0.d0\n+\n+C Other l>0.\n+ prod = 1.d0\n+ do l=1,lmax\n+\n+C Initialize m = l:\n+C c1 = sqrt(2l+1) * sqrt(2l!) / 2^l / l! \n+C Y_ll = c1 * sin(theta)^l \n+C Y_llp = c1 * l * sin(theta)^(l-1) * costheta\n+ m = l\n+ prod = - prod * sqrt(dble(2*l-1) / dble(2*l)) \n+ c1 = sqrt(dble(2*l+1)) * prod\n+ zlm0(l,m) = c1 * sinthetal(l)\n+ zlm1(l,m) = c1 * dble(l) * sinthetal(l-1) * costheta\n+\n+C Recursion relations for the other m:\n+C c2 = sqrt[(2l+1)(2l-1)/(l^2-m^2)]\n+C c3 = sqrt[((l-1)^2-m^2)(2l=1)/(l^2-m^2)/(2l-3)]\n+C Y_lm = c2 Y_l-1,m cos(theta) + c3 Y_l-2,m\n+C Y_lmp = c2 Y_l-1,mp cos(theta) + c2 Y_l-1,m + c3 Y_l-2,mp\n+ m = l-1\n+ c2 = sqrt(dble((2*l+1)*(2*l-1)) \n+ $ / dble(l**2-m**2)) \n+ zlm0(l,m) = c2 * zlm0(l-1,m) * costheta\n+ zlm1(l,m) = c2 * (zlm1(l-1,m) * costheta \n+ $ - zlm0(l-1,m) * sintheta) \n+\n+ do m=0,l-2\n+ c2 = sqrt(dble((2*l+1)*(2*l-1)) \n+ $ / dble(l**2-m**2)) \n+ c3 =sqrt(dble((2*l+1)*((l-1)**2-m**2))\n+ $ / dble((l**2 - m**2)*(2*l-3))) \n+ zlm0(l,m) = c2 * zlm0(l-1,m) * costheta \n+ $ - c3 * zlm0(l-2,m)\n+ zlm1(l,m) = c2 * (zlm1(l-1,m) * costheta \n+ $ - zlm0(l-1,m) * sintheta)\n+ $ - c3 * zlm1(l-2,m)\n+ end do\n+ end do\n+\n+\n+ if (rho .ne. 0.d0) then\n+C Azimuth angle phi is defined.\n+ cosphi = xp / rho\n+ sinphi = yp / rho\n+C First and second derivatives of theta.\n+ thetax = costheta * cosphi / er\n+ thetay = costheta * sinphi / er\n+ thetaz = - sintheta / er\n+C First and second derivatives of phi, the angle in the xy-plane.\n+ phix = - sinphi / rho\n+ phiy = cosphi / rho\n+C Put together arrays of basis functions in the xy plane.\n+C The sqrt(2) factor is needed in going from the basis exp(+/-imphi)\n+C to the basis cos/sin(mphi).\n+ cosmphi(0) = 1.d0\n+ sinmphi(0) = 1.d0\n+ cosmphi(1) = sqrt(2.d0) * cosphi\n+ sinmphi(1) = sqrt(2.d0) * sinphi\n+ do m=2,lmax\n+ cosmphi(m) = cosmphi(m-1) * cosphi - sinmphi(m-1) * sinphi\n+ sinmphi(m) = cosmphi(m-1) * sinphi + sinmphi(m-1) * cosphi\n+ end do\n+ else\n+C See above for a patch that avoids ever getting here.\n+ call CCTK_WARN(0,'ylmder2 cannot handle axis')\n+C For x = y = 0 the following are not defined.\n+! cosphi = 7.d77\n+! sinphi = 7.d77\n+! thetax = 7.d77\n+! thetay = 7.d77\n+! phix = 7.d77\n+! phiy = 7.d77\n+! cosmphi = 7.d77\n+! sinmphi = 7.d77\n+C Only these are defined.\n+ thetaz = 0.d0\n+ cosmphi(0) = 1.d0\n+ sinmphi(0) = 1.d0\n+ end if\n+\n+C Assemble the Y_lm from zlm0 and the basis of functions of phi.\n+C Assemble the Y_lm,i and Y_lm,ij in the corresponding manner.\n+ do l=0,lmax\n+ do m=0,l\n+C These are the values of indx corresponding to (l,m) and (l,-m).\n+ indx1 = l**2 + 1 + l + m\n+ indx2 = l**2 + 1 + l - m\n+C Ylm,x\n+ ylmi(indx1,1) = thetax * zlm1(l,m) * cosmphi(m)\n+ $ - dble(m) * phix * zlm0(l,m) * sinmphi(m)\n+ ylmi(indx2,1) = thetax * zlm1(l,m) * sinmphi(m) \n+ $ + dble(m) * phix * zlm0(l,m) * cosmphi(m)\n+C Ylm,y\n+ ylmi(indx1,2) = thetay * zlm1(l,m) * cosmphi(m)\n+ $ - dble(m) * phiy * zlm0(l,m) * sinmphi(m)\n+ ylmi(indx2,2) = thetay * zlm1(l,m) * sinmphi(m) \n+ $ + dble(m) * phiy * zlm0(l,m) * cosmphi(m)\n+C Ylm,z\n+ ylmi(indx1,3) = thetaz * zlm1(l,m) * cosmphi(m)\n+ ylmi(indx2,3) = thetaz * zlm1(l,m) * sinmphi(m)\n+ end do\n+ end do\n+\n+ \n+! ********************************\n+! *** First derivatives of r ***\n+! ********************************\n+ \n+ ni(1) = xp / er\n+ ni(2) = yp / er\n+ ni(3) = zp / er\n+\n+\n+! *************************************************************\n+! *** compress c0, cc and cs into alm with single index ***\n+! *************************************************************\n+\n+ do l=0, lmax\n+ alm(l**2+l+1) = c0(l)\n+ do m=1,lmax\n+ alm(l**2+l+1+m) = cc(l,m)\n+ alm(l**2+l+1-m) = cs(l,m)\n+ end do\n+ end do\n+\n+\n+! *******************************************************************\n+! *** Assemble derivatives of f. Recall f = r - h(theta,phi): ***\n+! *******************************************************************\n+\n+C Derivatives of r...\n+C r,i = n_i and r,ij = (delta_ij - n_i n_j) / r = n_ij\n+ do idir=1,3\n+ fi(idir) = ni(idir)\n+ end do\n+C ...and derivatives of -h.\n+ do indx=1,nmax\n+ do idir=1,3\n+ fi(idir) = fi(idir) - alm(indx) * ylmi(indx,idir)\n+ end do\n+ end do\n+\n+\n+! *************************************************************\n+! *** Assemble normal vector s on surfaces of constant f ***\n+! *** with indices down. That is, normal with respect ***\n+! *** to the physical metric g_ij. ***\n+! *************************************************************\n+\n+ metnorm = 0.d0\n+ do idir=1,3\n+ do jdir=1,3\n+ metnorm = metnorm + fi(idir) * fi(jdir) \n+ $ * gupij(idir,jdir)\n+ end do\n+ end do\n+ metnorm = sqrt(metnorm)\n+ do idir=1,3\n+ si(idir) = fi(idir) / metnorm\n+ end do\n+\n+C Now with indices up, raised by g^ij.\n+ do idir=1,3\n+ supi(idir) = 0.d0\n+ do jdir=1,3\n+ supi(idir) = supi(idir) \n+ $ + gupij(idir,jdir) * si(jdir) \n+ end do\n+ end do\n+\n+! *******************************************************\n+! *** Assemble projection operator with indices up ***\n+! *** p^ij = g^ij - s^i s^j ***\n+! *******************************************************\n+\n+ do idir=1,3\n+ do jdir=1,3\n+ pij(idir,jdir) = gupij(idir,jdir)\n+ $ - supi(idir) * supi(jdir)\n+ end do\n+ end do\n+\n+\n+! *************************************************\n+! *** Calculate weight sigma ***\n+! *** 2 * r^2 / (p^ij (delta_ij - n_i n_j)) ***\n+! *************************************************\n+\n+ sum = 0.d0\n+ do idir=1,3\n+ sum = sum + pij(idir,idir)\n+ do jdir=1,3\n+ sum = sum \n+ $ - pij(idir,jdir) * ni(idir) * ni(jdir)\n+ end do\n+ end do\n+ sigma = 2.d0 * er**2 / sum\n+\n+\n+! ***************\n+! *** END ***\n+! ***************\n+\n+ end subroutine AHFinder_calcsigma\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+test_AHF_2",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr7
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Jacobian_state.c in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#7)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 7,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Jacobian_state.c in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Jacobian_state.c to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 7,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Jacobian_state.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Jacobian_state.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-7",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Jacobian_state.c b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Jacobian_state.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Jacobian_state.c\n@@ -0,0 +1,49 @@\n+#include <assert.h>\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+\n+\n+\n+\n+/**\n+ Checks states for Jacobians\n+*/\n+void\n+GRHydro_check_Jacobian_state (CCTK_ARGUMENTS)\n+{\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+\n+ static CCTK_INT idxJacobian_state = -1, idxiJacobian_state = -1;\n+\n+ if (!CCTK_IsImplementationActive(\"Coordinates\"))\n+ return; /* Multipatch infrastructure not active */\n+\n+ if (idxJacobian_state == -1)\n+ {\n+ idxJacobian_state = CCTK_VarIndex(\"Coordinates::jacobian_state\");\n+ assert(idxJacobian_state >= 0);\n+ }\n+\n+ if (idxiJacobian_state == -1)\n+ {\n+ idxiJacobian_state = CCTK_VarIndex(\"Coordinates::inverse_jacobian_state\");\n+ assert(idxiJacobian_state >= 0);\n+ }\n+\n+ if (*(CCTK_INT *)CCTK_VarDataPtrI(cctkGH, 0, idxJacobian_state) == 0)\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"GRHydro requires storage for Jacobians. Please tell your Coordinates implementation to store the Jacobians!\");\n+ }\n+ \n+ if (*(CCTK_INT *)CCTK_VarDataPtrI(cctkGH, 0, idxiJacobian_state) == 0)\n+ {\n+ CCTK_WARN(0, \"GRHydro requires storage for inverse Jacobians. Please tell your Coordinates implementation to store the inverse Jacobians!\");\n+ }\n+ \n+}\n+\n+\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr8
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#8)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 8,
"issue_title": "Add missing GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90 in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90 to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 8,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-8",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90 b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_PPMReconstruct_drv_opt.F90\n@@ -0,0 +1,209 @@\n+ /*@@\n+ @file GRHydro_PPMReconstruct_drv.F90\n+ @date Tue Jul 19 13:22:03 EDT 2011\n+ @author Bruno C. Mundim, Joshua Faber, Christian D. Ott\n+ @desc \n+ Driver routine to perform the PPM reconstructions.\n+ @enddesc \n+ @@*/\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+#include \"cctk_Arguments.h\"\n+#include \"cctk_Parameters.h\"\n+#include \"cctk_Functions.h\"\n+\n+#include \"SpaceMask.h\"\n+\n+#define velx(i,j,k) vup(i,j,k,1)\n+#define vely(i,j,k) vup(i,j,k,2)\n+#define velz(i,j,k) vup(i,j,k,3)\n+#define sx(i,j,k) scon(i,j,k,1)\n+#define sy(i,j,k) scon(i,j,k,2)\n+#define sz(i,j,k) scon(i,j,k,3)\n+\n+\n+ /*@@\n+ @routine GRHydro_PPMReconstruct_drv\n+ @date Tue Jul 19 13:24:34 EDT 2011\n+ @author Luca Baiotti, Ian Hawke, Bruno C. Mundim, Joshua Faber, Christian D. Ott\n+ @desc \n+ A driver routine to do PPM reconstructions. \n+ @enddesc \n+ @calls \n+ @calledby \n+ @history \n+ \n+ @endhistory \n+\n+@@*/\n+\n+subroutine GRHydro_PPMReconstruct_drv(CCTK_ARGUMENTS)\n+ \n+ implicit none\n+\n+ DECLARE_CCTK_ARGUMENTS\n+ DECLARE_CCTK_PARAMETERS\n+ DECLARE_CCTK_FUNCTIONS\n+\n+ integer :: nx, ny, nz, i, j, k\n+\n+ logical, dimension(:,:,:), allocatable :: trivial_rp\n+\n+ CCTK_INT :: type_bitsx, trivialx, not_trivialx, &\n+ &type_bitsy, trivialy, not_trivialy, &\n+ &type_bitsz, trivialz, not_trivialz\n+\n+ CCTK_INT :: ierr\n+\n+ ! save memory when MP is not used\n+ CCTK_INT :: GRHydro_UseGeneralCoordinates\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: g11, g12, g13, g22, g23, g33\n+ pointer (pg11,g11), (pg12,g12), (pg13,g13), (pg22,g22), (pg23,g23), (pg33,g33)\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3) :: beta1, beta2, beta3\n+ pointer (pbeta1,beta1), (pbeta2,beta2), (pbeta3,beta3)\n+ CCTK_REAL, DIMENSION(cctk_ash1,cctk_ash2,cctk_ash3,3) :: vup\n+ pointer (pvup,vup)\n+\n+ logical :: apply_enhanced_ppm\n+\n+ if (GRHydro_UseGeneralCoordinates(cctkGH).ne.0) then\n+ pg11 = loc(gaa)\n+ pg12 = loc(gab)\n+ pg13 = loc(gac)\n+ pg22 = loc(gbb)\n+ pg23 = loc(gbc)\n+ pg33 = loc(gcc)\n+ pbeta1 = loc(betaa)\n+ pbeta2 = loc(betab)\n+ pbeta3 = loc(betac)\n+ pvup = loc(lvel)\n+ else\n+ pg11 = loc(gxx)\n+ pg12 = loc(gxy)\n+ pg13 = loc(gxz)\n+ pg22 = loc(gyy)\n+ pg23 = loc(gyz)\n+ pg33 = loc(gzz)\n+ pbeta1 = loc(betax)\n+ pbeta2 = loc(betay)\n+ pbeta3 = loc(betaz)\n+ pvup = loc(vel)\n+ end if\n+\n+ allocate(trivial_rp(cctk_ash(1),cctk_ash(2),cctk_ash(3)),STAT=ierr)\n+ if (ierr .ne. 0) then\n+ call CCTK_ERROR(\"Allocation problems with trivial_rp\")\n+ STOP\n+ end if\n+ \n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bitsx, \"Hydro_RiemannProblemX\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivialx, \"Hydro_RiemannProblemX\", &\n+ &\"trivial\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(not_trivialx, \"Hydro_RiemannProblemX\", &\n+ &\"not_trivial\")\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bitsy, \"Hydro_RiemannProblemY\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivialy, \"Hydro_RiemannProblemY\", &\n+ &\"trivial\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(not_trivialy, \"Hydro_RiemannProblemY\", &\n+ &\"not_trivial\")\n+ call SpaceMask_GetTypeBits(type_bitsz, \"Hydro_RiemannProblemZ\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(trivialz, \"Hydro_RiemannProblemZ\", &\n+ &\"trivial\")\n+ call SpaceMask_GetStateBits(not_trivialz, \"Hydro_RiemannProblemZ\", &\n+ &\"not_trivial\")\n+\n+ nx = cctk_lsh(1)\n+ ny = cctk_lsh(2)\n+ nz = cctk_lsh(3)\n+\n+ ! if use_enhanced_ppm, allow old PPM on one level\n+ if (GRHydro_oppm_reflevel .eq. (-1) .or. &\n+ GRHydro_reflevel .ne. GRHydro_oppm_reflevel) then\n+ apply_enhanced_ppm = use_enhanced_ppm .ne. 0\n+ else\n+ apply_enhanced_ppm = .false.\n+ end if\n+\n+\n+\n+!!$ PPM starts:\n+ if (flux_direction == 1) then\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i, j, k)\n+ do k = GRHydro_stencil, nz - GRHydro_stencil + 1\n+ do j = GRHydro_stencil, ny - GRHydro_stencil + 1\n+\n+ trivial_rp(:,j,k) = .false.\n+ call PPMtyc(nx,CCTK_DELTA_SPACE(1),rho(:,j,k),velx(:,j,k),&\n+ vely(:,j,k),velz(:,j,k),eps(:,j,k),temperature(:,j,k),Y_e(:,j,k),&\n+ press(:,j,k),rhominus(:,j,k),&\n+ velxminus(:,j,k),velyminus(:,j,k),velzminus(:,j,k),&\n+ epsminus(:,j,k),tempminus(:,j,k), y_e_minus(:,j,k),&\n+ rhoplus(:,j,k),&\n+ velxplus(:,j,k),velyplus(:,j,k),velzplus(:,j,k),&\n+ epsplus(:,j,k),tempplus(:,j,k),y_e_plus(:,j,k))\n+ do i = 1, nx\n+ if (trivial_rp(i,j,k)) then\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, i, j, k, type_bitsx, trivialx)\n+ else\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, i, j, k, type_bitsx, not_trivialx)\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+ else if (flux_direction == 2) then\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i, j, k)\n+ do k = GRHydro_stencil, nz - GRHydro_stencil + 1\n+ do j = GRHydro_stencil, nx - GRHydro_stencil + 1\n+ trivial_rp(j,:,k) = .false.\n+ call PPMtyc(ny,CCTK_DELTA_SPACE(2),rho(j,:,k),&\n+ vely(j,:,k),velz(j,:,k),velx(j,:,k),&\n+ eps(j,:,k),temperature(j,:,k),Y_e(j,:,k), &\n+ press(j,:,k),rhominus(j,:,k),&\n+ velyminus(j,:,k),velzminus(j,:,k),velxminus(j,:,k),&\n+ epsminus(j,:,k),tempminus(j,:,k), y_e_minus(j,:,k),rhoplus(j,:,k),&\n+ velyplus(j,:,k),velzplus(j,:,k),velxplus(j,:,k),&\n+ epsplus(j,:,k),tempplus(j,:,k),y_e_plus(j,:,k))\n+ do i = 1, ny\n+ if (trivial_rp(j,i,k)) then\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, j, i, k, type_bitsy, trivialy)\n+ else\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, j, i, k, type_bitsy, not_trivialy)\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+\n+ else if (flux_direction == 3) then\n+ !$OMP PARALLEL DO PRIVATE(i, j, k)\n+ do k = GRHydro_stencil, ny - GRHydro_stencil + 1\n+ do j = GRHydro_stencil, nx - GRHydro_stencil + 1\n+ trivial_rp(j,k,:) = .false.\n+ call PPMtyc(nz,CCTK_DELTA_SPACE(3),rho(j,k,:),&\n+ velz(j,k,:),velx(j,k,:),vely(j,k,:),&\n+ eps(j,k,:),temperature(j,k,:),Y_e(j,k,:), press(j,k,:),rhominus(j,k,:),&\n+ velzminus(j,k,:),velxminus(j,k,:),velyminus(j,k,:),&\n+ epsminus(j,k,:),tempminus(j,k,:),y_e_minus(j,k,:),rhoplus(j,k,:),&\n+ velzplus(j,k,:),velxplus(j,k,:),velyplus(j,k,:),&\n+ epsplus(j,k,:),tempplus(j,k,:),y_e_plus(j,k,:))\n+ do i = 1, nz\n+ if (trivial_rp(j,k,i)) then\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, j, k, i, type_bitsz, trivialz)\n+ else\n+ SpaceMask_SetStateBitsF90(space_mask, j, k, i, type_bitsz, not_trivialz)\n+ end if\n+ end do\n+ end do\n+ end do\n+ !$OMP END PARALLEL DO\n+ else\n+ call CCTK_ERROR(\"Flux direction not x,y,z\")\n+ STOP\n+ end if\n+!!$ PPM ends.\n+\n+ deallocate(trivial_rp)\n+\n+end subroutine GRHydro_PPMReconstruct_drv\n+"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_einsteintoolkit_Cactus_pr9
|
multi_swe_bench
|
Add missing GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c in EinsteinEvolve/GRHydro (einsteintoolkit/Cactus#9)
|
{
"org": "einsteintoolkit",
"repo": "Cactus",
"pr_number": 9,
"issue_title": "Add missing GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c in EinsteinEvolve/GRHydro",
"issue_body": "This PR adds the missing source file GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c to complete the EinsteinEvolve/GRHydro thorn implementation.",
"base_commit": "HEAD",
"resolved_issues": [
{
"number": 9,
"title": "Implement the full functionality of GRHydro",
"body": "Please implement the full functionality of `GRHydro` by finishing the code in `GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c`.\n\n## Thorn Information:\n- Name: GRHydro\n- Target file: GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c\n\n## Interface Definition in interface.ccl:\n\n## Schedule Definition in schedule.ccl:\n\n## Parameters Definition in param.ccl:\n\n## Configuration Definition in configuration.ccl:\n\n## Documentation Context in readme.md and doc/documentation.tex\n\n## Related Code Context in src folder\n\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/einsteintoolkit_m_cactus:pr-9",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/arrangements/EinsteinEvolve/GRHydro/src/GRHydro_Con2PrimM_polytype_pt.c\n@@ -0,0 +1,840 @@\n+/***********************************************************************************\n+ Copyright 2006 Scott C. Noble, Charles F. Gammie, Jonathan C. McKinney, \n+ and Luca Del Zanna.\n+\n+ PVS_GRMHD\n+\n+ This file was derived from PVS_GRMHD. The authors of PVS_GRMHD include \n+ Scott C. Noble, Charles F. Gammie, Jonathan C. McKinney, and Luca Del Zanna.\n+ PVS_GRMHD is available under the GPL from:\n+ http://rainman.astro.uiuc.edu/codelib/ \n+\n+ You are morally obligated to cite the following paper in his/her \n+ scientific literature that results from use of this file:\n+\n+ [1] Noble, S. C., Gammie, C. F., McKinney, J. C., \\& Del Zanna, L. \\ 2006, \n+ Astrophysical Journal, 641, 626.\n+\n+ PVS_GRMHD is free software; you can redistribute it and/or modify\n+ it under the terms of the GNU General Public License as published by\n+ the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or\n+ (at your option) any later version.\n+\n+ PVS_GRMHD is distributed in the hope that it will be useful,\n+ but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\n+ MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the\n+ GNU General Public License for more details.\n+\n+ You should have received a copy of the GNU General Public License\n+ along with PVS_GRMHD; if not, write to the Free Software\n+ Foundation, Inc., 51 Franklin St, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301 USA\n+\n+ If the user has any questions, please direct them to Scott C. Noble at \n+ scn@astro.rit.edu . \n+\n+***********************************************************************************/\n+\n+\n+\n+#include <stdio.h>\n+#include <stdlib.h>\n+#include <stdarg.h>\n+#include <string.h>\n+#include <math.h>\n+#include <float.h>\n+#include <complex.h>\n+\n+#include \"cctk.h\"\n+\n+/* Set this to be 1 if you want debug output */\n+#define DEBUG_CON2PRIMM (0)\n+\n+\n+/* Adiabatic index used for the state equation */\n+\n+#define MAX_NEWT_ITER (30) /* Max. # of Newton-Raphson iterations for find_root_2D(); */\n+#define NEWT_TOL (1.0e-10) /* Min. of tolerance allowed for Newton-Raphson iterations */\n+#define MIN_NEWT_TOL (1.0e-10) /* Max. of tolerance allowed for Newton-Raphson iterations */\n+#define EXTRA_NEWT_ITER (2)\n+\n+#define NEWT_TOL2 (1.0e-15) /* TOL of new 1D^*_{v^2} gnr2 method */\n+#define MIN_NEWT_TOL2 (1.0e-10) /* TOL of new 1D^*_{v^2} gnr2 method */\n+\n+#define W_TOO_BIG (1.e20) /* \\gamma^2 (\\rho_0 + u + p) is assumed\n+ to always be smaller than this. This\n+ is used to detect solver failures */\n+\n+#define FAIL_VAL (1.e30) /* Generic value to which we set variables when a problem arises */\n+\n+/**************************************************\n+ The following functions assume a Gamma-law EOS:\n+***************************************************/\n+\n+/* Local Globals */\n+struct LocGlob {\n+ CCTK_REAL Bsq,QdotBsq,Qtsq,D;\n+ CCTK_REAL W_for_gnr2, rho_for_gnr2, W_for_gnr2_old, rho_for_gnr2_old;\n+ CCTK_REAL t4,t7,t24,two_Bsq,t300,t400,s200,s100;\n+} ;\n+\n+\n+// Declarations: \n+static CCTK_INT oned_newton_raphson( CCTK_REAL x[], CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, struct LocGlob *lgp,\n+ void (*funcd) (CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], \n+ CCTK_REAL [], CCTK_REAL [][1], \n+ CCTK_REAL *, CCTK_REAL *, CCTK_INT, CCTK_REAL, \n+ struct LocGlob *lgp) );\n+\n+static void func_W( CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], CCTK_REAL [][1], \n+ CCTK_REAL *f, CCTK_REAL *df, CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, \n+ struct LocGlob * lgp);\n+\n+static CCTK_INT gnr2( CCTK_REAL x[], CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, struct LocGlob *lgp,\n+ void (*funcd) (CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], \n+ CCTK_REAL [][1],CCTK_REAL *,CCTK_REAL *,CCTK_INT, CCTK_REAL,\n+ struct LocGlob *lgp) );\n+\n+static void func_rho(CCTK_REAL x[], CCTK_REAL dx[], CCTK_REAL resid[], \n+ CCTK_REAL jac[][1], CCTK_REAL *f, CCTK_REAL *df, CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, \n+ struct LocGlob *lgp);\n+\n+void CCTK_FCALL CCTK_FNAME(GRHydro_Con2PrimM_Polytype_pt) (\n+ CCTK_INT *handle, CCTK_REAL *gamma_eos, \n+ CCTK_REAL *dens_in, \n+ CCTK_REAL *sx_in, CCTK_REAL *sy_in, CCTK_REAL *sz_in, \n+ CCTK_REAL *sc_in, \n+ CCTK_REAL *Bconsx_in, CCTK_REAL *Bconsy_in, CCTK_REAL *Bconsz_in, \n+ CCTK_REAL *rho, \n+ CCTK_REAL *velx, CCTK_REAL *vely, CCTK_REAL *velz,\n+ CCTK_REAL *epsilon, CCTK_REAL *pressure,\n+ CCTK_REAL *Bx, CCTK_REAL *By, CCTK_REAL *Bz, \n+ CCTK_REAL *bsq,\n+ CCTK_REAL *w_lorentz, \n+ CCTK_REAL *gxx, CCTK_REAL *gxy, CCTK_REAL *gxz, \n+ CCTK_REAL *gyy, CCTK_REAL *gyz, CCTK_REAL *gzz, \n+ CCTK_REAL *uxx, CCTK_REAL *uxy, CCTK_REAL *uxz,\n+ CCTK_REAL *uyy, CCTK_REAL *uyz, CCTK_REAL *uzz,\n+ CCTK_REAL *det,\n+ CCTK_INT *epsnegative,\n+ CCTK_REAL *retval);\n+\n+/**********************************************************************/\n+/**********************************************************************************\n+\n+ Con2PrimM_Polytype_pt():\n+ -----------------------------\n+\n+ -- Attempts an inversion from GRMHD conserved variables to primitive variables assuming a guess.\n+\n+ -- Uses the 2D method of Noble et al. (2006): \n+ -- Solves for two independent variables (W,v^2) via a 2D\n+ Newton-Raphson method \n+ -- Can be used (in principle) with a general equation of state. \n+\n+ -- Minimizes two residual functions using a homemade Newton-Raphson routine. \n+ -- It is homemade so that it can catch exceptions and handle them correctly, plus it is \n+ optimized for this particular problem. \n+\n+ -- Note that the notation used herein is that of Noble et al. (2006) except for the argument \n+ list. \n+\n+\n+INPUT: (using GRHydro variable defintions)\n+\n+ s[x,y,z] = scons[0,1,2] = \\alpha \\sqrt(\\gamma) T^0_i \n+ dens = as defined in GRHydro and are assumed to be densitized (i.e. with sqrt(\\gamma)) \n+ dens = D = \\sqrt(\\gamma) W \\rho \n+ sc_in = K D, where K is the polytropic constant\n+ g[x,y,z][x,y,x] = spatial metric corresponding to \\gamma \n+ u[x,y,z][x,y,z] = inverse of the spatial metric, g[x,y,z][x,y,x]\n+ det = sqrt(\\gamma)\n+ B[x,y,z] = Bvec[0,1,2] \n+ bsq = b^\\mu b_\\mu \n+\n+ epsnegative = (integer)\n+ = 0 if rho and epsilon are positive\n+ != 0 otherwise \n+\n+\n+ -- (users should set B[x,y,z] = 0 for hydrodynamic runs) \n+\n+\n+OUTPUT: (using GRHydro variable defintions)\n+ rho, eps = as defined in GRHydro, primitive variables\n+ vel[x,y,z] = as defined in GRHydro, primitive variables\n+\n+\n+RETURN VALUE: of retval = (i*100 + j) where \n+ i = 0 -> Newton-Raphson solver either was not called (yet or not used) \n+ or returned successfully;\n+ 1 -> Newton-Raphson solver did not converge to a solution with the \n+ given tolerances;\n+ 2 -> Newton-Raphson procedure encountered a numerical divergence \n+ (occurrence of \"nan\" or \"+/-inf\" ;\n+ \n+ j = 0 -> success \n+ 1 -> failure: some sort of failure in Newton-Raphson; \n+ 2 -> failure: unphysical vsq = v^2 value at initial guess;\n+ 3 -> failure: W<0 or W>W_TOO_BIG\n+ 4 -> failure: v^2 > 1 \n+ ( used to be 5 -> failure: rho,uu <= 0 but now sets epsnegative to non-zero )\n+\n+**********************************************************************************/\n+void CCTK_FCALL CCTK_FNAME(GRHydro_Con2PrimM_Polytype_pt) ( \n+ CCTK_INT *handle, CCTK_REAL *gamma_eos, \n+ CCTK_REAL *dens_in, \n+ CCTK_REAL *sx_in, CCTK_REAL *sy_in, CCTK_REAL *sz_in, \n+ CCTK_REAL *sc_in,\n+ CCTK_REAL *Bconsx_in, CCTK_REAL *Bconsy_in, CCTK_REAL *Bconsz_in, \n+ CCTK_REAL *rho, \n+ CCTK_REAL *velx, CCTK_REAL *vely, CCTK_REAL *velz,\n+ CCTK_REAL *epsilon, CCTK_REAL *pressure,\n+ CCTK_REAL *Bx, CCTK_REAL *By, CCTK_REAL *Bz, \n+ CCTK_REAL *bsq,\n+ CCTK_REAL *w_lorentz, \n+ CCTK_REAL *gxx, CCTK_REAL *gxy, CCTK_REAL *gxz, \n+ CCTK_REAL *gyy, CCTK_REAL *gyz, CCTK_REAL *gzz, \n+ CCTK_REAL *uxx, CCTK_REAL *uxy, CCTK_REAL *uxz,\n+ CCTK_REAL *uyy, CCTK_REAL *uyz, CCTK_REAL *uzz,\n+ CCTK_REAL *sdet,\n+ CCTK_INT *epsnegative,\n+ CCTK_REAL *retval)\n+\n+{\n+ CCTK_REAL x_1d[1];\n+ CCTK_REAL sx, sy, sz;\n+ CCTK_REAL usx, usy, usz;\n+ CCTK_REAL dens, gammaeos;\n+ CCTK_REAL QdotB,utsq,gamma_sq;\n+ CCTK_REAL rho0,u,p,w,gammasq,gamma,W_last,W,vsq;\n+ CCTK_REAL g_o_WBsq, QdB_o_W;\n+ CCTK_REAL rho_g, x_rho[1];\n+ CCTK_REAL sqrt_detg = *sdet;\n+ CCTK_REAL inv_sqrt_detg = 1./sqrt_detg; \n+ CCTK_REAL t2, rho_gm1;\n+ CCTK_INT i_increase,ntries ;\n+\n+ struct LocGlob lg;\n+\n+\n+ /* Assume ok initially: */\n+ *retval = 0.;\n+ *epsnegative = 0; \n+\n+ gammaeos = *gamma_eos;\n+\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+ fprintf(stdout,\" *dens = %26.16e \\n\", *dens_in );\n+ fprintf(stdout,\" *sx = %26.16e \\n\", *sx_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *sy = %26.16e \\n\", *sy_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *sz = %26.16e \\n\", *sz_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *Sc = %26.16e \\n\", *sc_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *Bconsx = %26.16e \\n\", *Bconsx_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *Bconsy = %26.16e \\n\", *Bconsy_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *Bconsz = %26.16e \\n\", *Bconsz_in ); \n+ fprintf(stdout,\" *rho = %26.16e \\n\", *rho ); \n+ fprintf(stdout,\" *velx = %26.16e \\n\", *velx ); \n+ fprintf(stdout,\" *vely = %26.16e \\n\", *vely ); \n+ fprintf(stdout,\" *velz = %26.16e \\n\", *velz ); \n+ fprintf(stdout,\" *epsilon = %26.16e \\n\", *epsilon );\n+ fprintf(stdout,\" *pressure = %26.16e \\n\", *pressure );\n+ fprintf(stdout,\" *Bx = %26.16e \\n\", *Bx ); \n+ fprintf(stdout,\" *By = %26.16e \\n\", *By ); \n+ fprintf(stdout,\" *Bz = %26.16e \\n\", *Bz ); \n+ fprintf(stdout,\" *bsq = %26.16e \\n\", *bsq ); \n+ fprintf(stdout,\" *w_lorentz = %26.16e \\n\", *w_lorentz );\n+ fprintf(stdout,\" *gxx = %26.16e \\n\", *gxx ); \n+ fprintf(stdout,\" *gxy = %26.16e \\n\", *gxy ); \n+ fprintf(stdout,\" *gxz = %26.16e \\n\", *gxz ); \n+ fprintf(stdout,\" *gyy = %26.16e \\n\", *gyy ); \n+ fprintf(stdout,\" *gyz = %26.16e \\n\", *gyz ); \n+ fprintf(stdout,\" *gzz = %26.16e \\n\", *gzz ); \n+ fprintf(stdout,\" *uxx = %26.16e \\n\", *uxx ); \n+ fprintf(stdout,\" *uxy = %26.16e \\n\", *uxy ); \n+ fprintf(stdout,\" *uxz = %26.16e \\n\", *uxz ); \n+ fprintf(stdout,\" *uyy = %26.16e \\n\", *uyy ); \n+ fprintf(stdout,\" *uyz = %26.16e \\n\", *uyz ); \n+ fprintf(stdout,\" *uzz = %26.16e \\n\", *uzz ); \n+ fprintf(stdout,\" *sdet = %26.16e \\n\", *sdet ); \n+ fprintf(stdout,\" *epsnegative = %10d \\n\", *epsnegative );\n+ fprintf(stdout,\" *retval = %26.16e \\n\", *retval );\n+ fflush(stdout);\n+#endif\n+\n+ /* First undensitize all conserved variables : */\n+ sx = ( *sx_in) * inv_sqrt_detg;\n+ sy = ( *sy_in) * inv_sqrt_detg;\n+ sz = ( *sz_in) * inv_sqrt_detg;\n+ dens = (*dens_in) * inv_sqrt_detg;\n+\n+ usx = (*uxx)*sx + (*uxy)*sy + (*uxz)*sz;\n+ usy = (*uxy)*sx + (*uyy)*sy + (*uyz)*sz;\n+ usz = (*uxz)*sx + (*uyz)*sy + (*uzz)*sz;\n+\n+ *Bx = (*Bconsx_in) * inv_sqrt_detg; \n+ *By = (*Bconsy_in) * inv_sqrt_detg; \n+ *Bz = (*Bconsz_in) * inv_sqrt_detg; \n+\n+ // Calculate various scalars (Q.B, Q^2, etc) from the conserved variables:\n+ \n+ lg.Bsq = \n+ (*gxx) * (*Bx) * (*Bx) + \n+ (*gyy) * (*By) * (*By) + \n+ (*gzz) * (*Bz) * (*Bz) + \n+ 2*( \n+ (*gxy) * (*Bx) * (*By) +\n+ (*gxz) * (*Bx) * (*Bz) +\n+ (*gyz) * (*By) * (*Bz) );\n+ \n+ QdotB = (sx * (*Bx) + sy * (*By) + sz * (*Bz)) ;\n+ lg.QdotBsq = QdotB*QdotB ;\n+\n+ lg.Qtsq = (usx * sx + usy * sy + usz * sz) ;\n+\n+ lg.D = dens;\n+\n+ t2 = lg.D*lg.D;\n+ lg.t4 = lg.QdotBsq*t2;\n+ lg.t7 = lg.Bsq*lg.Bsq;\n+ lg.t24 = 1/t2;\n+ lg.two_Bsq = lg.Bsq + lg.Bsq;\n+ lg.t300 = lg.QdotBsq*lg.Bsq*t2;\n+ lg.t400 = lg.Qtsq*t2;\n+\n+ lg.s200 = lg.D*gammaeos*(*sc_in);\n+ CCTK_REAL g_o_gm1 = (gammaeos/(gammaeos-1.));\n+ lg.s100 = g_o_gm1*(*sc_in);\n+\n+ /* calculate W from last timestep and use for guess */\n+ vsq = \n+ (*gxx) * (*velx) * (*velx) + \n+ (*gyy) * (*vely) * (*vely) + \n+ (*gzz) * (*velz) * (*velz) + \n+ 2*( \n+ (*gxy) * (*velx) * (*vely) +\n+ (*gxz) * (*velx) * (*velz) +\n+ (*gyz) * (*vely) * (*velz) );\n+\n+ if( (vsq < 0.) && (fabs(vsq) < 1.0e-13) ) { \n+ vsq = fabs(vsq);\n+ }\n+ if(vsq < 0. || vsq > 1. ) {\n+ *retval = 2.;\n+ return;\n+ }\n+\n+ gammasq = 1. / (1. - vsq);\n+ gamma = sqrt(gammasq);\n+ \n+ // Always calculate rho from D and gamma so that using D in EOS remains consistent\n+ // i.e. you don't get positive values for dP/d(vsq) . \n+ rho0 = lg.D / gamma ;\n+ CCTK_REAL gm1 = gammaeos-1.;\n+ rho_gm1 = pow(rho0,gm1);\n+ p = (*sc_in) * rho_gm1 / gamma; \n+ u = p / gm1;\n+ w = rho0 + u + p ;\n+\n+ W_last = w*gammasq ;\n+\n+\n+ // Make sure that W is large enough so that v^2 < 1 : \n+ i_increase = 0;\n+ while( (( W_last*W_last*W_last * ( W_last + 2.*lg.Bsq ) \n+ - lg.QdotBsq*(2.*W_last + lg.Bsq) ) <= W_last*W_last*(lg.Qtsq-lg.Bsq*lg.Bsq))\n+ && (i_increase < 10) ) {\n+ W_last *= 10.;\n+ i_increase++;\n+ }\n+\n+ lg.W_for_gnr2 = lg.W_for_gnr2_old = W_last;\n+ lg.rho_for_gnr2 = lg.rho_for_gnr2_old = rho0;\n+\n+ // Calculate W: \n+ x_1d[0] = W_last;\n+\n+ *retval = 1.0*oned_newton_raphson( x_1d, 1, gammaeos, &lg, func_W ) ; \n+\n+ W = x_1d[0];\n+ \n+ /* Problem with solver, so return denoting error before doing anything further */\n+ if( ((*retval) != 0.) || (W == FAIL_VAL) ) {\n+ *retval = *retval*100.+1.;\n+ return;\n+ }\n+ else{\n+ if(W <= 0. || W > W_TOO_BIG) {\n+ *retval = 3.;\n+ return;\n+ }\n+ }\n+\n+ rho_g = x_rho[0] = lg.rho_for_gnr2; \n+\n+ ntries = 0;\n+ while ( (*retval = gnr2( x_rho, 1, gammaeos, &lg, func_rho)) && ( ntries++ < 10 ) ) { \n+ rho_g *= 10.;\n+ x_rho[0] = rho_g;\n+ }\n+\n+ lg.rho_for_gnr2 = x_rho[0];\n+\n+ if( (*retval != 0) ) {\n+ *retval = 10;\n+ return;\n+ }\n+\n+ // Calculate v^2 : \n+ rho0 = lg.rho_for_gnr2;\n+ rho_gm1 = pow(rho0,gm1);\n+\n+ utsq = (lg.D-rho0)*(lg.D+rho0)/(rho0*rho0);\n+\n+ gamma_sq = 1.+utsq;\n+ gamma = sqrt(gamma_sq);\n+\n+ // Calculate v^2:\n+ if( vsq >= 1. ) {\n+ *retval = 4.;\n+ return;\n+ }\n+\n+ // Recover the primitive variables from the scalars and conserved variables:\n+ \n+ w = W / gamma_sq;\n+ \n+ // printf(\"doublecheck - S, rho, gamma: %e %e %e\\n\",*sc_in, rho_gm1,gamma);\n+\n+ p = (*sc_in) * inv_sqrt_detg * rho_gm1 / gamma;\n+\n+ u = p / gm1;\n+\n+ // User may want to handle this case differently, e.g. do NOT return upon \n+ // a negative rho/u, calculate v^i so that rho/u can be floored by other routine:\n+ if( (rho0 <= 0.) || (u <= 0.) ) { \n+ *epsnegative = 1; \n+ return;\n+ }\n+\n+ *rho = rho0;\n+ *epsilon = u / rho0;\n+ *w_lorentz = gamma; \n+ *pressure = p ; \n+\n+ g_o_WBsq = 1./(W+lg.Bsq);\n+ QdB_o_W = QdotB / W; \n+ *bsq = lg.Bsq * (1.-vsq) + QdB_o_W*QdB_o_W;\n+\n+ *velx = g_o_WBsq * ( usx + QdB_o_W*(*Bx) ) ;\n+ *vely = g_o_WBsq * ( usy + QdB_o_W*(*By) ) ;\n+ *velz = g_o_WBsq * ( usz + QdB_o_W*(*Bz) ) ;\n+\n+\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+ fprintf(stdout,\"rho = %26.16e \\n\",*rho );\n+ fprintf(stdout,\"epsilon = %26.16e \\n\",*epsilon );\n+ fprintf(stdout,\"pressure = %26.16e \\n\",*pressure );\n+ fprintf(stdout,\"w_lorentz = %26.16e \\n\",*w_lorentz);\n+ fprintf(stdout,\"bsq = %26.16e \\n\",*bsq );\n+ fprintf(stdout,\"velx = %26.16e \\n\",*velx );\n+ fprintf(stdout,\"vely = %26.16e \\n\",*vely );\n+ fprintf(stdout,\"velz = %26.16e \\n\",*velz );\n+ fprintf(stdout,\"gam = %26.16e \\n\",gammaeos );\n+ fflush(stdout);\n+#endif\n+\n+ /* done! */\n+ return;\n+\n+}\n+\n+\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+/********************************************************************\n+\n+ validate_x(): \n+ \n+ -- makes sure that x[0,1] have physical values, based upon \n+ their definitions:\n+ \n+*********************************************************************/\n+\n+static void validate_x(CCTK_REAL x[2], CCTK_REAL x0[2] ) \n+{\n+ \n+ const CCTK_REAL dv = 1.e-15;\n+\n+ /* Always take the absolute value of x[0] and check to see if it's too big: */ \n+ x[0] = fabs(x[0]);\n+ x[0] = (x[0] > W_TOO_BIG) ? x0[0] : x[0];\n+ \n+ x[1] = (x[1] < 0.) ? 0. : x[1]; /* if it's too small */\n+ x[1] = (x[1] > 1.) ? (1. - dv) : x[1]; /* if it's too big */\n+\n+ return;\n+\n+}\n+#endif\n+\n+/************************************************************\n+\n+ oned_newton_raphson(): \n+\n+ -- performs Newton-Rapshon method on an 2d system.\n+\n+ -- inspired in part by Num. Rec.'s routine newt();\n+\n+*****************************************************************/\n+static CCTK_INT oned_newton_raphson( CCTK_REAL x[], CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, struct LocGlob *lgp,\n+ void (*funcd) (CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], \n+ CCTK_REAL [][1], CCTK_REAL *, \n+ CCTK_REAL *, CCTK_INT, CCTK_REAL, struct LocGlob *) )\n+{\n+ CCTK_REAL f, df, dx[1], x_old[1], resid[1], \n+ jac[1][1];\n+ CCTK_REAL errx, x_orig[1];\n+ CCTK_INT n_iter, i_extra, doing_extra;\n+\n+ CCTK_INT keep_iterating;\n+\n+\n+ // Initialize various parameters and variables:\n+ errx = 1. ; \n+ df = f = 1.;\n+ i_extra = doing_extra = 0;\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) x_old[id] = x_orig[id] = x[id] ;\n+ x_old[0] = x_orig[0] = x[0] ;\n+\n+ n_iter = 0;\n+\n+\n+ /* Start the Newton-Raphson iterations : */\n+ keep_iterating = 1;\n+ while( keep_iterating ) { \n+\n+ (*funcd) (x, dx, resid, jac, &f, &df, n, gammaeos, lgp); /* returns with new dx, f, df */\n+\n+ /* Save old values before calculating the new: */\n+ errx = 0.;\n+\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) { x_old[id] = x[id] ; }\n+ x_old[0] = x[0] ;\n+\n+ /* don't use line search : */\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) { x[id] += dx[id] ; }\n+ x[0] += dx[0] ;\n+\n+// //METHOD specific:\n+// i_increase = 0;\n+// while( (( x[0]*x[0]*x[0] * ( x[0] + 2.*lgp->Bsq ) - \n+// lgp->QdotBsq*(2.*x[0] + lgp->Bsq) ) <= x[0]*x[0]*(lgp->Qtsq-lgp->Bsq*lgp->Bsq))\n+// && (i_increase < 10) ) {\n+// x[0] -= (1.*i_increase) * dx[0] / 10. ;\n+// i_increase++;\n+// }\n+\n+ /****************************************/\n+ /* Calculate the convergence criterion */\n+ /****************************************/\n+\n+ /* For the new criterion, always look at error in \"W\" : */\n+ // METHOD specific:\n+ errx = (x[0]==0.) ? fabs(dx[0]) : fabs(dx[0]/x[0]);\n+\n+\n+ /****************************************/\n+ /* Make sure that the new x[] is physical : */\n+ /****************************************/\n+ x[0] = fabs(x[0]);\n+\n+\n+ /*****************************************************************************/\n+ /* If we've reached the tolerance level, then just do a few extra iterations */\n+ /* before stopping */\n+ /*****************************************************************************/\n+ \n+ if( (fabs(errx) <= NEWT_TOL) && (doing_extra == 0) && (EXTRA_NEWT_ITER > 0) ) {\n+ doing_extra = 1;\n+ }\n+\n+ if( doing_extra == 1 ) i_extra++ ;\n+\n+ if( ((fabs(errx) <= NEWT_TOL)&&(doing_extra == 0)) || \n+ (i_extra > EXTRA_NEWT_ITER) || (n_iter >= (MAX_NEWT_ITER-1)) ) {\n+ keep_iterating = 0;\n+ }\n+\n+ n_iter++;\n+\n+ } // END of while(keep_iterating)\n+\n+\n+ /* Check for bad untrapped divergences : */\n+ if( (!finite(f)) || (!finite(df)) || (!finite(x[0])) ) {\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+ fprintf(stderr,\"\\ngnr not finite, f,df,x_o,x,W_o,W,rho_o,rho = %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e \\n\",\n+ f,df,x[0],x_old[0],lgp->W_for_gnr2_old,lgp->W_for_gnr2,lgp->rho_for_gnr2_old,lgp->rho_for_gnr2); fflush(stderr); \n+#endif\n+ return(2);\n+ }\n+\n+ if( fabs(errx) <= NEWT_TOL ){\n+ return(0);\n+ }\n+ else if( (fabs(errx) <= MIN_NEWT_TOL) && (fabs(errx) > NEWT_TOL) ){\n+ return(0);\n+ }\n+ else {\n+ return(1);\n+ } \n+\n+ \n+\n+}\n+\n+\n+/**********************************************************************/\n+/*********************************************************************************\n+ func_W()\n+\n+ -- calculates the residuals, and Newton step for general_newton_raphson();\n+ -- for this method, x=W here;\n+\n+ Arguments:\n+ x = current value of independent var's (on input & output);\n+ dx = Newton-Raphson step (on output);\n+ resid = residuals based on x (on output);\n+ jac = Jacobian matrix based on x (on output);\n+ f = resid.resid/2 (on output)\n+ df = -2*f; (on output)\n+ n = dimension of x[];\n+ *********************************************************************************/\n+static void func_W(CCTK_REAL x[], CCTK_REAL dx[], CCTK_REAL resid[], \n+ CCTK_REAL jac[][1], CCTK_REAL *f, CCTK_REAL *df, CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, \n+ struct LocGlob *lgp)\n+{\n+ CCTK_INT retval, ntries;\n+ CCTK_REAL W, x_rho[1], rho, rho_g ;\n+ CCTK_REAL t15, t200,t1000, drho_dW, rho_gm1 ;\n+ \n+ W = x[0];\n+ lgp->W_for_gnr2_old = lgp->W_for_gnr2;\n+ lgp->W_for_gnr2 = W;\n+\n+ // get rho from NR:\n+ rho_g = x_rho[0] = lgp->rho_for_gnr2;\n+ \n+ ntries = 0;\n+ while ( (retval = gnr2( x_rho, 1, gammaeos, lgp, func_rho)) && ( ntries++ < 10 ) ) { \n+ rho_g *= 10.;\n+ x_rho[0] = rho_g;\n+ }\n+\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+ if( x_rho[0] <= 0. ) { \n+ fprintf(stderr,\"gnr2 neg rho = %d ,rho_n,rho,rho_o,W,W_o = %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e \\n\", retval, x_rho[0], lgp->rho_for_gnr2, lgp->rho_for_gnr2_old, x[0], lgp->W_for_gnr2_old);\n+ fflush(stderr);\n+ }\n+ \n+ if( retval ) { \n+ fprintf(stderr,\"gnr2 retval = %d ,rho_n,rho,rho_o,W,W_o = %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e \\n\", retval, x_rho[0], lgp->rho_for_gnr2, lgp->rho_for_gnr2_old, x[0], lgp->W_for_gnr2_old);\n+ fflush(stderr);\n+ }\n+#endif \n+\n+ lgp->rho_for_gnr2_old = lgp->rho_for_gnr2; \n+ rho = lgp->rho_for_gnr2 = x_rho[0];\n+\n+ CCTK_REAL gm1 = gammaeos-1.;\n+\n+ rho_gm1 = pow(rho,gm1);\n+ drho_dW = -rho*rho/( -rho_gm1*lgp->s200 + W*rho);\n+\n+ t15 = -(lgp->D-rho)*(lgp->D+rho); // t6-t2\n+ t200 = W + lgp->two_Bsq;\n+ t1000 = rho*drho_dW;\n+ resid[0] = (lgp->t300+(lgp->t4+lgp->t4+(lgp->t400+t15*(lgp->t7+(t200)*W))*W)*W)*lgp->t24;\n+ jac[0][0] = 2*(lgp->t4+(lgp->t400+t15*lgp->t7+(3.0*t15*lgp->Bsq+lgp->t7*t1000+(t15+t15+t1000*(t200))*W)*W)*W)*lgp->t24;\n+\n+ dx[0] = -resid[0]/jac[0][0];\n+\n+ *df = - resid[0]*resid[0];\n+ *f = -0.5*(*df);\n+\n+\n+// fprintf(stdout,\"QdotBsq = %28.18e ; \\n\",lgp->QdotBsq );\n+// fprintf(stdout,\"Sc = %28.18e ; \\n\",Sc );\n+// fprintf(stdout,\"Bsq = %28.18e ; \\n\",lgp->Bsq );\n+// fprintf(stdout,\"Qtsq = %28.18e ; \\n\",lgp->Qtsq );\n+// fprintf(stdout,\"Dc = %28.18e ; \\n\",lgp->D );\n+// fprintf(stdout,\"drhodW = %28.18e ; \\n\",drho_dW );\n+// fprintf(stdout,\"W = %28.18e ; \\n\",W );\n+// fprintf(stdout,\"rho = %28.18e ; \\n\",rho );\n+// fprintf(stdout,\"resid_W = %28.18e ; \\n\",resid[0] );\n+// fprintf(stdout,\"jac_W = %28.18e ; \\n\",jac[0][0]);\n+// fprintf(stdout,\"deriv1 %g %g %g %g \\n\",W,resid[0],jac[0][0],dx[0]);\n+\n+ return;\n+\n+}\n+\n+\n+/***********************************************************/\n+/********************************************************************** \n+\n+ gnr2()\n+\n+ -- used to calculate rho from W\n+\n+*****************************************************************/\n+static CCTK_INT gnr2( CCTK_REAL x[], CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, struct LocGlob *lgp,\n+ void (*funcd) (CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], CCTK_REAL [], \n+ CCTK_REAL [][1],CCTK_REAL *,CCTK_REAL *,CCTK_INT,CCTK_REAL, struct LocGlob *lgp) )\n+{\n+ CCTK_REAL f, df, dx[1], x_old[1], resid[1], \n+ jac[1][1];\n+ CCTK_REAL errx, x_orig[1];\n+ CCTK_INT n_iter, i_extra, doing_extra;\n+ \n+\n+ CCTK_INT keep_iterating;\n+\n+\n+ // Initialize various parameters and variables:\n+ errx = 1. ; \n+ df = f = 1.;\n+ i_extra = doing_extra = 0;\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) x_old[id] = x_orig[id] = x[id] ;\n+ x_old[0] = x_orig[0] = x[0] ;\n+\n+ n_iter = 0;\n+\n+\n+ /* Start the Newton-Raphson iterations : */\n+ keep_iterating = 1;\n+ while( keep_iterating ) { \n+\n+ (*funcd) (x, dx, resid, jac, &f, &df, n,gammaeos, lgp); /* returns with new dx, f, df */\n+\n+ /* Save old values before calculating the new: */\n+ //-fast errx = 0.;\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) { x_old[id] = x[id] ; }\n+ x_old[0] = x[0] ; \n+\n+ /* Make the newton step: */\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) { x[id] += dx[id] ; }\n+ x[0] += dx[0] ;\n+\n+ /* Calculate the convergence criterion */\n+ //-fast for( id = 0; id < n ; id++) { errx += (x[id]==0.) ? fabs(dx[id]) : fabs(dx[id]/x[id]); }\n+ //-fast errx /= 1.*n;\n+ errx = (x[0]==0.) ? fabs(dx[0]) : fabs(dx[0]/x[0]); \n+\n+ /* Make sure that the new x[] is physical : */\n+ // METHOD specific:\n+ x[0] = fabs(x[0]);\n+\n+\n+ /* If we've reached the tolerance level, then just do a few extra iterations */\n+ /* before stopping */\n+ if( (fabs(errx) <= NEWT_TOL2) && (doing_extra == 0) && (EXTRA_NEWT_ITER > 0) ) {\n+ doing_extra = 0;\n+ }\n+\n+ if( doing_extra == 1 ) i_extra++ ;\n+\n+ // See if we've done the extra iterations, or have done too many iterations:\n+ if( ((fabs(errx) <= NEWT_TOL2)&&(doing_extra == 0)) || \n+ (i_extra > EXTRA_NEWT_ITER) || (n_iter >= (MAX_NEWT_ITER-1)) ) {\n+ keep_iterating = 0;\n+ }\n+\n+ n_iter++;\n+\n+ } \n+\n+\n+ /* Check for bad untrapped divergences : */\n+ if( (!finite(f)) || (!finite(df)) || (!finite(x[0])) ) {\n+#if(DEBUG_CON2PRIMM)\n+ fprintf(stderr,\"\\ngnr2 not finite, f,df,x_o,x,W_o,W,rho_o,rho = %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e %26.20e \\n\",\n+ f,df,x[0],x_old[0],lgp->W_for_gnr2_old,lgp->W_for_gnr2,lgp->rho_for_gnr2_old,lgp->rho_for_gnr2); fflush(stderr); \n+#endif\n+ return(2);\n+ }\n+ \n+ // Return in different ways depending on whether a solution was found:\n+ if( fabs(errx) <= NEWT_TOL ){\n+ return(0);\n+ }\n+ else if( (fabs(errx) <= MIN_NEWT_TOL) && (fabs(errx) > NEWT_TOL) ){\n+ return(0);\n+ }\n+ else {\n+ return(1);\n+ } \n+\n+ \n+\n+}\n+\n+/*********************************************************************************\n+ func_rho():\n+\n+ -- residual/jacobian routine to calculate rho from W via the polytrope:\n+\n+ W = ( 1 + GAMMA * K_atm * rho^(GAMMA-1)/(GAMMA-1) ) D^2 / rho\n+\n+ Arguments:\n+ x = current value of independent var's (on input & output);\n+ dx = Newton-Raphson step (on output);\n+ resid = residuals based on x (on output);\n+ jac = Jacobian matrix based on x (on output);\n+ f = resid.resid/2 (on output)\n+ df = -2*f; (on output)\n+ n = dimension of x[];\n+ *********************************************************************************/\n+// for the isentropic version: eq. (27)\n+static void func_rho(CCTK_REAL x[], CCTK_REAL dx[], CCTK_REAL resid[], \n+ CCTK_REAL jac[][1], CCTK_REAL *f, CCTK_REAL *df, CCTK_INT n, CCTK_REAL gammaeos, \n+ struct LocGlob *lgp)\n+{\n+\n+ CCTK_REAL rho, W;\n+ CCTK_REAL t40,t14;\n+ \n+ CCTK_REAL gm1 = gammaeos-1.;\n+\n+ rho = x[0];\n+ W = lgp->W_for_gnr2;\n+\n+ t40 = pow(rho,gm1);\n+\n+ resid[0] = (rho*W+(-t40*lgp->s100-lgp->D)*lgp->D);\n+ t14 = t40/rho; // rho^(g-2)\n+ jac[0][0] = -t14*lgp->s200 + W;\n+ // drho_dW = -rho/jac[0][0];\n+\n+ dx[0] = -resid[0]/jac[0][0];\n+ *df = - resid[0]*resid[0];\n+ *f = -0.5*(*df);\n+\n+ // fprintf(stdout,\"deriv3 %g %g %g %g %g \\n\",rho,W,resid[0],jac[0][0],dx[0]);\n+// fprintf(stdout,\"Dc := %28.18e ; \\n\",lgp->D);\n+// fprintf(stdout,\"Sc := %28.18e ; \\n\",Sc);\n+// fprintf(stdout,\"rho := %28.18e ; \\n\",rho);\n+// fprintf(stdout,\"W := %28.18e ; \\n\",W);\n+// fprintf(stdout,\"resid_rho := %28.18e ; \\n\",resid[0] );\n+// fprintf(stdout,\"jac_rho := %28.18e ; \\n\",jac[0][0] );\n+\n+ return;\n+\n+}\n+\n+\n+/****************************************************************************** \n+ END \n+ ******************************************************************************/\n+\n+\n+#undef DEBUG_CON2PRIMM"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/all_tests.txt b/all_tests.txt\nnew file mode 100644\nindex 0000000..0000000\n--- /dev/null\n+++ b/all_tests.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+GRHydro_test_shock\n+GRHydro_test_shock_mp5\n+GRHydro_test_shock_ppm\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML\n+GRHydro_test_tov_ppm_ML_disable_internal_excision\n+GRHydro_test_tov_ppm_no_trp_ML\n+test_one_hybrid\n+tov_carpetevolutionmask\n+tov_carpetevolutionmask2\n+tov_slowsector",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3313
|
multi_swe_bench
|
Fixed error using AMOEBA 2018 with RNA (openmm/openmm#3313)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3313,
"issue_title": "Fixed error using AMOEBA 2018 with RNA",
"issue_body": "Fixes #3305.",
"base_commit": "edee11b60102306298e1bca39fe5989c2ddc9a91",
"resolved_issues": [
{
"number": 3305,
"title": "AMOEBA RNA forcefield cannot match bonding arrangement in PDB",
"body": "Hi @peastman,\r\n\r\nGreat job finishing the 2018 AMOEBA, and I also just wanted to say thanks a million for including the nucleic acids in there.\r\n\r\nI'm running into this error with the following inputs:\r\n\r\nValueError: No template found for residue 1 (RU5). The set of atoms matches RU5, but the bonds are different. Perhaps the chain is missing a terminal group?\r\n\r\nThis one was built using the sequence command in LEAP. I've also had the same error when I use NAB and then loadpdb in LEAP to make an input PDB. The chain should not be missing a terminal group, because the 5' end does indeed have the 5' uracil cap on this end (resname RU5).\r\n\r\n[rna_ext.pdb.zip](https://github.com/openmm/openmm/files/7437108/rna_ext.pdb.zip)\r\n\r\nBy the way, I'm using\r\n`forcefield = ForceField('amoeba2018.xml')`\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3313",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/devtools/forcefield-scripts/residuesFinal.xml b/devtools/forcefield-scripts/residuesFinal.xml\nindex 7fb0398466..80b8e3e3a0 100644\n--- a/devtools/forcefield-scripts/residuesFinal.xml\n+++ b/devtools/forcefield-scripts/residuesFinal.xml\n@@ -2030,7 +2030,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O2P\"/>\n@@ -2100,7 +2100,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n@@ -2170,7 +2170,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n <Bond from=\"O5'\" to=\"C5'\"/>\n@@ -2236,7 +2236,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n@@ -2304,7 +2304,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O2P\"/>\n@@ -2369,7 +2369,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n@@ -2434,7 +2434,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n <Bond from=\"O5'\" to=\"C5'\"/>\n@@ -2495,7 +2495,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n@@ -2563,7 +2563,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O2P\"/>\n@@ -2635,7 +2635,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n@@ -2707,7 +2707,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n <Bond from=\"O5'\" to=\"C5'\"/>\n@@ -2775,7 +2775,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n@@ -2843,7 +2843,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O2P\"/>\n@@ -2906,7 +2906,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"P\" to=\"O1P\"/>\n@@ -2969,7 +2969,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\n <Bond from=\"O5'\" to=\"C5'\"/>\n@@ -3028,7 +3028,7 @@\n <Atom name=\"C2'\" tinkerLookupName=\"C2*\"/>\n <Atom name=\"H2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n <Atom name=\"O2'\" tinkerLookupName=\"O2*\"/>\n- <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"H2*\"/>\n+ <Atom name=\"HO2'\" tinkerLookupName=\"HO*\"/>\n <Atom name=\"O3'\" tinkerLookupName=\"O3*\"/>\n <Atom name=\"H3T\" tinkerLookupName=\"H3T\"/>\n <Bond from=\"H5T\" to=\"O5'\"/>\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018.xml b/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018.xml\nindex 38b4f038e9..0951b06807 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018.xml\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018.xml\n@@ -1,7 +1,7 @@\n <ForceField>\n <Info>\n <Source>amoebabio18.prm</Source>\n- <DateGenerated>2021-11-02</DateGenerated>\n+ <DateGenerated>2021-11-04</DateGenerated>\n <Reference>Yue Shi, Zhen Xia, Jiajing Zhang, Robert Best, Chuanjie Wu, Jay W. Ponder, and Pengyu Ren. Polarizable Atomic Multipole-Based AMOEBA Force Field for Proteins. Journal of Chemical Theory and Computation, 9(9):4046–4063, 2013.</Reference>\n <Reference>Changsheng Zhang, Chao Lu, Zhifeng Jing, Chuanjie Wu, Jean-Philip Piquemal, Jay W Ponder, and Pengyu Ren. AMOEBA Polarizable Atomic Multipole Force Field for Nucleic Acids. Journal of Chemical Theory and Computation, 14(4):2084-2108, 2018.</Reference>\n </Info>\n@@ -4325,7 +4325,7 @@\n <Atom name=\"H61\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H62\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"258\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"257\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"256\" />\n <Atom name=\"N6\" type=\"253\" />\n@@ -4398,7 +4398,7 @@\n <Atom name=\"H61\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H62\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"258\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"257\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"256\" />\n <Atom name=\"N6\" type=\"253\" />\n@@ -4471,7 +4471,7 @@\n <Atom name=\"H61\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H62\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"258\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"257\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"256\" />\n <Atom name=\"N6\" type=\"253\" />\n@@ -4539,7 +4539,7 @@\n <Atom name=\"H61\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H62\" type=\"260\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"258\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"257\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"256\" />\n <Atom name=\"N6\" type=\"253\" />\n@@ -4604,7 +4604,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"271\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"261\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"268\" />\n <Atom name=\"N4\" type=\"264\" />\n@@ -4672,7 +4672,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"271\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"261\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"268\" />\n <Atom name=\"N4\" type=\"264\" />\n@@ -4740,7 +4740,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"271\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"261\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"268\" />\n <Atom name=\"N4\" type=\"264\" />\n@@ -4803,7 +4803,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"271\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"261\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"268\" />\n <Atom name=\"N4\" type=\"264\" />\n@@ -4865,7 +4865,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"286\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"277\" />\n <Atom name=\"N2\" type=\"278\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"283\" />\n@@ -4940,7 +4940,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"286\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"277\" />\n <Atom name=\"N2\" type=\"278\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"283\" />\n@@ -5015,7 +5015,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"286\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"277\" />\n <Atom name=\"N2\" type=\"278\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"283\" />\n@@ -5085,7 +5085,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H8\" type=\"286\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"277\" />\n <Atom name=\"N2\" type=\"278\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"283\" />\n@@ -5151,7 +5151,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"310\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"304\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"303\" />\n <Atom name=\"O1P\" type=\"344\" />\n@@ -5217,7 +5217,7 @@\n <Atom name=\"H5'\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"310\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"304\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"303\" />\n <Atom name=\"O1P\" type=\"344\" />\n@@ -5283,7 +5283,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"310\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"304\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"303\" />\n <Atom name=\"O2\" type=\"308\" />\n@@ -5344,7 +5344,7 @@\n <Atom name=\"H5''\" type=\"325\" />\n <Atom name=\"H5T\" type=\"327\" />\n <Atom name=\"H6\" type=\"310\" />\n- <Atom name=\"HO2'\" type=\"317\" />\n+ <Atom name=\"HO2'\" type=\"321\" />\n <Atom name=\"N1\" type=\"304\" />\n <Atom name=\"N3\" type=\"303\" />\n <Atom name=\"O2\" type=\"308\" />\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018_gk.xml b/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018_gk.xml\nindex 9c1a5e23ea..8c65b3b865 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018_gk.xml\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/amoeba2018_gk.xml\n@@ -1,7 +1,7 @@\n <ForceField>\n <Info>\n <Source>amoebabio18.prm</Source>\n- <DateGenerated>2021-11-02</DateGenerated>\n+ <DateGenerated>2021-11-04</DateGenerated>\n <Reference>Yue Shi, Zhen Xia, Jiajing Zhang, Robert Best, Chuanjie Wu, Jay W. Ponder, and Pengyu Ren. Polarizable Atomic Multipole-Based AMOEBA Force Field for Proteins. Journal of Chemical Theory and Computation, 9(9):4046–4063, 2013.</Reference>\n <Reference>Rae A. Corrigan, Guowei Qi, Andrew C. Thiel, Jack R. Lynn, Brandon D. Walker, Thomas L. Casavant, Louis Lagardere, Jean-Philip Piquemal, Jay W. Ponder, Pengyu Ren, and Michael J. Schnieders. Implicit Solvents for the Polarizable Atomic Multipole AMOEBA Force Field. Journal of Chemical Theory and Computation, 17(4):2323-2341, 2021.</Reference>\n </Info>\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex a7e07c15f9..690d51f43e 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -1345,23 +1345,23 @@ def test_Amoeba18BPTI(self):\n self.assertAlmostEqual(-1323.5640-225.3660, energies['AmoebaMultipoleForce'], 2)\n self.assertAlmostEqual(-258.9676, sum(list(energies.values())), 2)\n \n- def test_Amoeba18DNA(self):\n- \"\"\"Test that AMOEBA18 computes energies correctly for DNA.\"\"\"\n- energies = self.computeAmoeba18Energies('systems/dna.pdb')\n+ def test_Amoeba18Nucleic(self):\n+ \"\"\"Test that AMOEBA18 computes energies correctly for DNA and RNA.\"\"\"\n+ energies = self.computeAmoeba18Energies('systems/nucleic.pdb')\n \n # Compare to values computed with Tinker.\n \n- self.assertAlmostEqual(688.7794, energies['AmoebaBond'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(430.5887, energies['AmoebaAngle']+energies['AmoebaInPlaneAngle'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(10.5715, energies['AmoebaOutOfPlaneBend'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(0.7773, energies['AmoebaStretchBend'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(77.0482, energies['PeriodicTorsionForce'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(56.5654, energies['AmoebaPiTorsion'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(-0.5457, energies['AmoebaStretchTorsion'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(-1.6044, energies['AmoebaAngleTorsion'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(106.4062, energies['AmoebaVdwForce'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(90.5715-73.6051, energies['AmoebaMultipoleForce'], 4)\n- self.assertAlmostEqual(1385.5529, sum(list(energies.values())), 4)\n+ self.assertAlmostEqual(749.6953, energies['AmoebaBond'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(579.9971, energies['AmoebaAngle']+energies['AmoebaInPlaneAngle'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(10.6630, energies['AmoebaOutOfPlaneBend'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(5.2225, energies['AmoebaStretchBend'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(166.7233, energies['PeriodicTorsionForce'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(57.2066, energies['AmoebaPiTorsion'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(-4.2538, energies['AmoebaStretchTorsion'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(-5.0402, energies['AmoebaAngleTorsion'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(187.1103, energies['AmoebaVdwForce'], 4)\n+ self.assertAlmostEqual(1635.1289-236.1484, energies['AmoebaMultipoleForce'], 3)\n+ self.assertAlmostEqual(3146.3046, sum(list(energies.values())), 3)\n \n if __name__ == '__main__':\n unittest.main()\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/dna.pdb b/wrappers/python/tests/systems/dna.pdb\ndeleted file mode 100644\nindex 0b8e11681b..0000000000\n--- a/wrappers/python/tests/systems/dna.pdb\n+++ /dev/null\n@@ -1,355 +0,0 @@\n-REMARK 1 PDBFIXER FROM: 1A1F.pdb\n-REMARK 1 CREATED WITH OPENMM 7.6, 2021-10-20\n-CRYST1 43.000 55.900 128.400 90.00 90.00 90.00 P 1 1 \n-ATOM 1 O5' DA B 1 12.630 25.479 39.440 1.00 0.00 O \n-ATOM 2 HO5' DA B 1 11.964 26.391 39.073 1.00 0.00 H \n-ATOM 3 C5' DA B 1 13.937 25.610 38.876 1.00 0.00 C \n-ATOM 4 H5' DA B 1 13.847 25.555 37.684 1.00 0.00 H \n-ATOM 5 H5'' DA B 1 14.320 26.719 39.098 1.00 0.00 H \n-ATOM 6 C4' DA B 1 14.887 24.556 39.393 1.00 0.00 C \n-ATOM 7 H4' DA B 1 15.954 24.787 38.908 1.00 0.00 H \n-ATOM 8 O4' DA B 1 15.100 24.749 40.813 1.00 0.00 O \n-ATOM 9 C3' DA B 1 14.387 23.120 39.235 1.00 0.00 C \n-ATOM 10 H3' DA B 1 13.785 23.006 38.210 1.00 0.00 H \n-ATOM 11 O3' DA B 1 15.483 22.256 38.923 1.00 0.00 O \n-ATOM 12 C2' DA B 1 13.819 22.795 40.604 1.00 0.00 C \n-ATOM 13 H2' DA B 1 13.713 21.844 41.301 1.00 0.00 H \n-ATOM 14 H2'' DA B 1 12.674 22.887 40.274 1.00 0.00 H \n-ATOM 15 C1' DA B 1 14.742 23.573 41.522 1.00 0.00 C \n-ATOM 16 H1' DA B 1 15.848 23.231 41.807 1.00 0.00 H \n-ATOM 17 N9 DA B 1 14.136 23.979 42.789 1.00 0.00 N \n-ATOM 18 C8 DA B 1 14.571 23.668 44.053 1.00 0.00 C \n-ATOM 19 H8 DA B 1 15.664 23.489 44.485 1.00 0.00 H \n-ATOM 20 N7 DA B 1 13.823 24.162 45.006 1.00 0.00 N \n-ATOM 21 C5 DA B 1 12.827 24.850 44.330 1.00 0.00 C \n-ATOM 22 C6 DA B 1 11.720 25.593 44.773 1.00 0.00 C \n-ATOM 23 N6 DA B 1 11.417 25.776 46.062 1.00 0.00 N \n-ATOM 24 H61 DA B 1 12.028 26.574 46.696 1.00 0.00 H \n-ATOM 25 H62 DA B 1 10.394 25.442 46.564 1.00 0.00 H \n-ATOM 26 N1 DA B 1 10.922 26.154 43.837 1.00 0.00 N \n-ATOM 27 C2 DA B 1 11.225 25.969 42.547 1.00 0.00 C \n-ATOM 28 H2 DA B 1 10.436 26.545 41.871 1.00 0.00 H \n-ATOM 29 N3 DA B 1 12.236 25.291 42.006 1.00 0.00 N \n-ATOM 30 C4 DA B 1 13.008 24.748 42.962 1.00 0.00 C \n-ATOM 31 P DG B 2 15.226 20.682 38.734 1.00 0.00 P \n-ATOM 32 OP1 DG B 2 16.366 20.118 37.964 1.00 0.00 O \n-ATOM 33 OP2 DG B 2 13.841 20.501 38.232 1.00 0.00 O \n-ATOM 34 O5' DG B 2 15.303 20.113 40.220 1.00 0.00 O \n-ATOM 35 C5' DG B 2 16.564 20.044 40.908 1.00 0.00 C \n-ATOM 36 H5' DG B 2 17.381 19.597 40.156 1.00 0.00 H \n-ATOM 37 H5'' DG B 2 17.086 21.063 41.251 1.00 0.00 H \n-ATOM 38 C4' DG B 2 16.468 19.107 42.089 1.00 0.00 C \n-ATOM 39 H4' DG B 2 17.563 18.934 42.535 1.00 0.00 H \n-ATOM 40 O4' DG B 2 15.772 19.742 43.187 1.00 0.00 O \n-ATOM 41 C3' DG B 2 15.724 17.801 41.812 1.00 0.00 C \n-ATOM 42 H3' DG B 2 15.943 17.448 40.693 1.00 0.00 H \n-ATOM 43 O3' DG B 2 16.404 16.721 42.454 1.00 0.00 O \n-ATOM 44 C2' DG B 2 14.356 18.037 42.428 1.00 0.00 C \n-ATOM 45 H2' DG B 2 13.519 17.374 42.946 1.00 0.00 H \n-ATOM 46 H2'' DG B 2 13.741 18.042 41.408 1.00 0.00 H \n-ATOM 47 C1' DG B 2 14.687 18.932 43.612 1.00 0.00 C \n-ATOM 48 H1' DG B 2 15.209 18.469 44.578 1.00 0.00 H \n-ATOM 49 N9 DG B 2 13.611 19.821 44.041 1.00 0.00 N \n-ATOM 50 C8 DG B 2 12.734 20.510 43.240 1.00 0.00 C \n-ATOM 51 H8 DG B 2 12.123 20.172 42.277 1.00 0.00 H \n-ATOM 52 N7 DG B 2 11.901 21.254 43.916 1.00 0.00 N \n-ATOM 53 C5 DG B 2 12.245 21.037 45.242 1.00 0.00 C \n-ATOM 54 C6 DG B 2 11.694 21.577 46.434 1.00 0.00 C \n-ATOM 55 O6 DG B 2 10.765 22.385 46.558 1.00 0.00 O \n-ATOM 56 N1 DG B 2 12.343 21.088 47.565 1.00 0.00 N \n-ATOM 57 H1 DG B 2 12.034 21.627 48.579 1.00 0.00 H \n-ATOM 58 C2 DG B 2 13.385 20.195 47.550 1.00 0.00 C \n-ATOM 59 N2 DG B 2 13.880 19.840 48.746 1.00 0.00 N \n-ATOM 60 H21 DG B 2 13.601 18.971 49.506 1.00 0.00 H \n-ATOM 61 H22 DG B 2 14.797 20.478 49.156 1.00 0.00 H \n-ATOM 62 N3 DG B 2 13.907 19.685 46.447 1.00 0.00 N \n-ATOM 63 C4 DG B 2 13.293 20.148 45.338 1.00 0.00 C \n-ATOM 64 P DC B 3 15.864 15.221 42.273 1.00 0.00 P \n-ATOM 65 OP1 DC B 3 17.025 14.295 42.340 1.00 0.00 O \n-ATOM 66 OP2 DC B 3 14.972 15.195 41.084 1.00 0.00 O \n-ATOM 67 O5' DC B 3 14.974 15.005 43.572 1.00 0.00 O \n-ATOM 68 C5' DC B 3 15.560 15.108 44.879 1.00 0.00 C \n-ATOM 69 H5' DC B 3 16.337 14.196 44.900 1.00 0.00 H \n-ATOM 70 H5'' DC B 3 16.263 16.031 45.163 1.00 0.00 H \n-ATOM 71 C4' DC B 3 14.517 14.859 45.942 1.00 0.00 C \n-ATOM 72 H4' DC B 3 15.122 14.737 46.965 1.00 0.00 H \n-ATOM 73 O4' DC B 3 13.696 16.033 46.161 1.00 0.00 O \n-ATOM 74 C3' DC B 3 13.548 13.717 45.633 1.00 0.00 C \n-ATOM 75 H3' DC B 3 13.922 12.887 44.864 1.00 0.00 H \n-ATOM 76 O3' DC B 3 13.288 12.999 46.834 1.00 0.00 O \n-ATOM 77 C2' DC B 3 12.277 14.444 45.236 1.00 0.00 C \n-ATOM 78 H2' DC B 3 12.390 14.463 44.045 1.00 0.00 H \n-ATOM 79 H2'' DC B 3 11.213 13.901 45.256 1.00 0.00 H \n-ATOM 80 C1' DC B 3 12.347 15.607 46.198 1.00 0.00 C \n-ATOM 81 H1' DC B 3 12.304 15.359 47.361 1.00 0.00 H \n-ATOM 82 N1 DC B 3 11.482 16.758 45.904 1.00 0.00 N \n-ATOM 83 C2 DC B 3 11.098 17.584 46.962 1.00 0.00 C \n-ATOM 84 O2 DC B 3 11.548 17.354 48.096 1.00 0.00 O \n-ATOM 85 N3 DC B 3 10.253 18.611 46.727 1.00 0.00 N \n-ATOM 86 C4 DC B 3 9.802 18.833 45.491 1.00 0.00 C \n-ATOM 87 N4 DC B 3 8.947 19.842 45.313 1.00 0.00 N \n-ATOM 88 H41 DC B 3 8.547 20.581 46.157 1.00 0.00 H \n-ATOM 89 H42 DC B 3 8.161 19.901 44.421 1.00 0.00 H \n-ATOM 90 C5 DC B 3 10.202 18.026 44.386 1.00 0.00 C \n-ATOM 91 H5 DC B 3 9.521 18.038 43.410 1.00 0.00 H \n-ATOM 92 C6 DC B 3 11.038 17.009 44.636 1.00 0.00 C \n-ATOM 93 H6 DC B 3 10.939 16.341 43.660 1.00 0.00 H \n-ATOM 94 P DG B 4 13.014 11.424 46.779 1.00 0.00 P \n-ATOM 95 OP1 DG B 4 14.232 10.763 46.245 1.00 0.00 O \n-ATOM 96 OP2 DG B 4 11.710 11.208 46.113 1.00 0.00 O \n-ATOM 97 O5' DG B 4 12.864 11.047 48.316 1.00 0.00 O \n-ATOM 98 C5' DG B 4 13.816 11.527 49.282 1.00 0.00 C \n-ATOM 99 H5' DG B 4 14.467 10.534 49.439 1.00 0.00 H \n-ATOM 100 H5'' DG B 4 14.678 12.307 49.007 1.00 0.00 H \n-ATOM 101 C4' DG B 4 13.106 11.987 50.532 1.00 0.00 C \n-ATOM 102 H4' DG B 4 13.920 12.259 51.363 1.00 0.00 H \n-ATOM 103 O4' DG B 4 12.426 13.246 50.296 1.00 0.00 O \n-ATOM 104 C3' DG B 4 12.042 11.016 51.035 1.00 0.00 C \n-ATOM 105 H3' DG B 4 12.311 9.908 50.684 1.00 0.00 H \n-ATOM 106 O3' DG B 4 12.112 10.908 52.455 1.00 0.00 O \n-ATOM 107 C2' DG B 4 10.737 11.650 50.588 1.00 0.00 C \n-ATOM 108 H2' DG B 4 9.745 11.499 51.222 1.00 0.00 H \n-ATOM 109 H2'' DG B 4 10.508 11.040 49.590 1.00 0.00 H \n-ATOM 110 C1' DG B 4 11.051 13.136 50.637 1.00 0.00 C \n-ATOM 111 H1' DG B 4 11.118 13.759 51.653 1.00 0.00 H \n-ATOM 112 N9 DG B 4 10.288 13.945 49.690 1.00 0.00 N \n-ATOM 113 C8 DG B 4 10.397 13.932 48.320 1.00 0.00 C \n-ATOM 114 H8 DG B 4 10.700 12.998 47.669 1.00 0.00 H \n-ATOM 115 N7 DG B 4 9.590 14.772 47.733 1.00 0.00 N \n-ATOM 116 C5 DG B 4 8.902 15.376 48.777 1.00 0.00 C \n-ATOM 117 C6 DG B 4 7.893 16.376 48.755 1.00 0.00 C \n-ATOM 118 O6 DG B 4 7.390 16.944 47.780 1.00 0.00 O \n-ATOM 119 N1 DG B 4 7.466 16.699 50.038 1.00 0.00 N \n-ATOM 120 H1 DG B 4 6.826 17.700 50.082 1.00 0.00 H \n-ATOM 121 C2 DG B 4 7.948 16.135 51.194 1.00 0.00 C \n-ATOM 122 N2 DG B 4 7.403 16.579 52.334 1.00 0.00 N \n-ATOM 123 H21 DG B 4 6.624 16.199 53.146 1.00 0.00 H \n-ATOM 124 H22 DG B 4 7.866 17.602 52.732 1.00 0.00 H \n-ATOM 125 N3 DG B 4 8.891 15.207 51.230 1.00 0.00 N \n-ATOM 126 C4 DG B 4 9.320 14.875 49.992 1.00 0.00 C \n-ATOM 127 P DT B 5 11.265 9.771 53.202 1.00 0.00 P \n-ATOM 128 OP1 DT B 5 11.788 9.633 54.588 1.00 0.00 O \n-ATOM 129 OP2 DT B 5 11.213 8.581 52.315 1.00 0.00 O \n-ATOM 130 O5' DT B 5 9.810 10.411 53.273 1.00 0.00 O \n-ATOM 131 C5' DT B 5 9.586 11.626 54.005 1.00 0.00 C \n-ATOM 132 H5' DT B 5 10.246 12.621 53.958 1.00 0.00 H \n-ATOM 133 H5'' DT B 5 9.837 11.252 55.117 1.00 0.00 H \n-ATOM 134 C4' DT B 5 8.119 11.985 53.982 1.00 0.00 C \n-ATOM 135 H4' DT B 5 7.928 12.699 54.920 1.00 0.00 H \n-ATOM 136 O4' DT B 5 7.780 12.784 52.821 1.00 0.00 O \n-ATOM 137 C3' DT B 5 7.175 10.781 53.962 1.00 0.00 C \n-ATOM 138 H3' DT B 5 7.620 9.765 54.404 1.00 0.00 H \n-ATOM 139 O3' DT B 5 6.090 11.008 54.854 1.00 0.00 O \n-ATOM 140 C2' DT B 5 6.651 10.774 52.536 1.00 0.00 C \n-ATOM 141 H2' DT B 5 5.668 10.207 52.178 1.00 0.00 H \n-ATOM 142 H2'' DT B 5 7.419 9.961 52.113 1.00 0.00 H \n-ATOM 143 C1' DT B 5 6.585 12.263 52.269 1.00 0.00 C \n-ATOM 144 H1' DT B 5 5.746 12.801 52.923 1.00 0.00 H \n-ATOM 145 N1 DT B 5 6.498 12.678 50.855 1.00 0.00 N \n-ATOM 146 C2 DT B 5 5.745 13.797 50.569 1.00 0.00 C \n-ATOM 147 O2 DT B 5 5.193 14.468 51.427 1.00 0.00 O \n-ATOM 148 N3 DT B 5 5.666 14.108 49.237 1.00 0.00 N \n-ATOM 149 H3 DT B 5 4.888 14.950 48.918 1.00 0.00 H \n-ATOM 150 C4 DT B 5 6.256 13.434 48.185 1.00 0.00 C \n-ATOM 151 O4 DT B 5 6.085 13.827 47.035 1.00 0.00 O \n-ATOM 152 C5 DT B 5 7.048 12.282 48.559 1.00 0.00 C \n-ATOM 153 C7 DT B 5 7.738 11.499 47.487 1.00 0.00 C \n-ATOM 154 H71 DT B 5 7.935 10.333 47.683 1.00 0.00 H \n-ATOM 155 H72 DT B 5 8.688 11.872 46.862 1.00 0.00 H \n-ATOM 156 H73 DT B 5 6.874 11.333 46.672 1.00 0.00 H \n-ATOM 157 C6 DT B 5 7.128 11.966 49.859 1.00 0.00 C \n-ATOM 158 H6 DT B 5 7.250 10.793 49.960 1.00 0.00 H \n-ATOM 159 P DG B 6 5.237 9.765 55.398 1.00 0.00 P \n-ATOM 160 OP1 DG B 6 5.824 9.352 56.698 1.00 0.00 O \n-ATOM 161 OP2 DG B 6 5.098 8.771 54.303 1.00 0.00 O \n-ATOM 162 O5' DG B 6 3.808 10.404 55.671 1.00 0.00 O \n-ATOM 163 C5' DG B 6 3.681 11.632 56.401 1.00 0.00 C \n-ATOM 164 H5' DG B 6 3.707 11.294 57.554 1.00 0.00 H \n-ATOM 165 H5'' DG B 6 4.575 12.423 56.380 1.00 0.00 H \n-ATOM 166 C4' DG B 6 2.372 12.298 56.056 1.00 0.00 C \n-ATOM 167 H4' DG B 6 2.192 13.200 56.815 1.00 0.00 H \n-ATOM 168 O4' DG B 6 2.476 12.952 54.766 1.00 0.00 O \n-ATOM 169 C3' DG B 6 1.216 11.306 55.946 1.00 0.00 C \n-ATOM 170 H3' DG B 6 1.380 10.322 56.602 1.00 0.00 H \n-ATOM 171 O3' DG B 6 0.041 11.808 56.580 1.00 0.00 O \n-ATOM 172 C2' DG B 6 1.008 11.156 54.450 1.00 0.00 C \n-ATOM 173 H2' DG B 6 -0.074 10.848 54.091 1.00 0.00 H \n-ATOM 174 H2'' DG B 6 1.628 10.170 54.208 1.00 0.00 H \n-ATOM 175 C1' DG B 6 1.450 12.498 53.898 1.00 0.00 C \n-ATOM 176 H1' DG B 6 0.746 13.460 53.933 1.00 0.00 H \n-ATOM 177 N9 DG B 6 2.008 12.399 52.553 1.00 0.00 N \n-ATOM 178 C8 DG B 6 3.086 11.641 52.165 1.00 0.00 C \n-ATOM 179 H8 DG B 6 3.275 10.500 52.415 1.00 0.00 H \n-ATOM 180 N7 DG B 6 3.331 11.711 50.885 1.00 0.00 N \n-ATOM 181 C5 DG B 6 2.365 12.577 50.396 1.00 0.00 C \n-ATOM 182 C6 DG B 6 2.124 13.030 49.071 1.00 0.00 C \n-ATOM 183 O6 DG B 6 2.734 12.739 48.035 1.00 0.00 O \n-ATOM 184 N1 DG B 6 1.043 13.905 49.018 1.00 0.00 N \n-ATOM 185 H1 DG B 6 1.060 14.502 47.990 1.00 0.00 H \n-ATOM 186 C2 DG B 6 0.291 14.296 50.099 1.00 0.00 C \n-ATOM 187 N2 DG B 6 -0.705 15.160 49.843 1.00 0.00 N \n-ATOM 188 H21 DG B 6 -1.586 15.476 50.576 1.00 0.00 H \n-ATOM 189 H22 DG B 6 -0.532 16.124 49.164 1.00 0.00 H \n-ATOM 190 N3 DG B 6 0.500 13.876 51.338 1.00 0.00 N \n-ATOM 191 C4 DG B 6 1.545 13.022 51.412 1.00 0.00 C \n-ATOM 192 P DG B 7 -1.292 10.912 56.593 1.00 0.00 P \n-ATOM 193 OP1 DG B 7 -1.938 11.043 57.924 1.00 0.00 O \n-ATOM 194 OP2 DG B 7 -0.944 9.562 56.073 1.00 0.00 O \n-ATOM 195 O5' DG B 7 -2.205 11.644 55.520 1.00 0.00 O \n-ATOM 196 C5' DG B 7 -2.381 13.065 55.580 1.00 0.00 C \n-ATOM 197 H5' DG B 7 -2.843 13.278 56.665 1.00 0.00 H \n-ATOM 198 H5'' DG B 7 -1.445 13.806 55.543 1.00 0.00 H \n-ATOM 199 C4' DG B 7 -3.371 13.512 54.533 1.00 0.00 C \n-ATOM 200 H4' DG B 7 -3.635 14.661 54.725 1.00 0.00 H \n-ATOM 201 O4' DG B 7 -2.752 13.517 53.224 1.00 0.00 O \n-ATOM 202 C3' DG B 7 -4.600 12.614 54.425 1.00 0.00 C \n-ATOM 203 H3' DG B 7 -4.864 12.050 55.442 1.00 0.00 H \n-ATOM 204 O3' DG B 7 -5.761 13.425 54.250 1.00 0.00 O \n-ATOM 205 C2' DG B 7 -4.320 11.780 53.185 1.00 0.00 C \n-ATOM 206 H2' DG B 7 -5.174 11.039 52.810 1.00 0.00 H \n-ATOM 207 H2'' DG B 7 -3.641 10.879 53.582 1.00 0.00 H \n-ATOM 208 C1' DG B 7 -3.527 12.748 52.321 1.00 0.00 C \n-ATOM 209 H1' DG B 7 -4.068 13.642 51.750 1.00 0.00 H \n-ATOM 210 N9 DG B 7 -2.614 12.128 51.364 1.00 0.00 N \n-ATOM 211 C8 DG B 7 -1.592 11.253 51.642 1.00 0.00 C \n-ATOM 212 H8 DG B 7 -1.578 10.228 52.242 1.00 0.00 H \n-ATOM 213 N7 DG B 7 -0.936 10.878 50.578 1.00 0.00 N \n-ATOM 214 C5 DG B 7 -1.561 11.543 49.532 1.00 0.00 C \n-ATOM 215 C6 DG B 7 -1.288 11.534 48.137 1.00 0.00 C \n-ATOM 216 O6 DG B 7 -0.405 10.917 47.528 1.00 0.00 O \n-ATOM 217 N1 DG B 7 -2.170 12.347 47.435 1.00 0.00 N \n-ATOM 218 H1 DG B 7 -1.721 12.605 46.365 1.00 0.00 H \n-ATOM 219 C2 DG B 7 -3.184 13.079 48.001 1.00 0.00 C \n-ATOM 220 N2 DG B 7 -3.933 13.798 47.152 1.00 0.00 N \n-ATOM 221 H21 DG B 7 -3.920 13.900 45.967 1.00 0.00 H \n-ATOM 222 H22 DG B 7 -4.449 14.789 47.563 1.00 0.00 H \n-ATOM 223 N3 DG B 7 -3.447 13.103 49.299 1.00 0.00 N \n-ATOM 224 C4 DG B 7 -2.604 12.317 50.000 1.00 0.00 C \n-ATOM 225 P DG B 8 -7.216 12.809 54.530 1.00 0.00 P \n-ATOM 226 OP1 DG B 8 -7.817 13.525 55.680 1.00 0.00 O \n-ATOM 227 OP2 DG B 8 -7.079 11.329 54.572 1.00 0.00 O \n-ATOM 228 O5' DG B 8 -8.012 13.201 53.209 1.00 0.00 O \n-ATOM 229 C5' DG B 8 -7.333 13.192 51.948 1.00 0.00 C \n-ATOM 230 H5' DG B 8 -6.799 14.262 52.013 1.00 0.00 H \n-ATOM 231 H5'' DG B 8 -6.645 12.277 51.662 1.00 0.00 H \n-ATOM 232 C4' DG B 8 -8.283 13.522 50.823 1.00 0.00 C \n-ATOM 233 H4' DG B 8 -8.616 14.669 50.800 1.00 0.00 H \n-ATOM 234 O4' DG B 8 -7.552 13.316 49.595 1.00 0.00 O \n-ATOM 235 C3' DG B 8 -9.485 12.592 50.727 1.00 0.00 C \n-ATOM 236 H3' DG B 8 -10.052 12.410 51.761 1.00 0.00 H \n-ATOM 237 O3' DG B 8 -10.560 13.263 50.065 1.00 0.00 O \n-ATOM 238 C2' DG B 8 -8.956 11.434 49.904 1.00 0.00 C \n-ATOM 239 H2' DG B 8 -9.636 10.571 49.440 1.00 0.00 H \n-ATOM 240 H2'' DG B 8 -8.640 10.717 50.812 1.00 0.00 H \n-ATOM 241 C1' DG B 8 -7.933 12.089 48.986 1.00 0.00 C \n-ATOM 242 H1' DG B 8 -8.111 12.573 47.915 1.00 0.00 H \n-ATOM 243 N9 DG B 8 -6.725 11.288 48.835 1.00 0.00 N \n-ATOM 244 C8 DG B 8 -6.007 10.683 49.838 1.00 0.00 C \n-ATOM 245 H8 DG B 8 -6.343 9.912 50.682 1.00 0.00 H \n-ATOM 246 N7 DG B 8 -4.963 10.035 49.403 1.00 0.00 N \n-ATOM 247 C5 DG B 8 -4.995 10.221 48.027 1.00 0.00 C \n-ATOM 248 C6 DG B 8 -4.117 9.755 47.019 1.00 0.00 C \n-ATOM 249 O6 DG B 8 -3.098 9.063 47.143 1.00 0.00 O \n-ATOM 250 N1 DG B 8 -4.523 10.171 45.755 1.00 0.00 N \n-ATOM 251 H1 DG B 8 -3.672 10.053 44.933 1.00 0.00 H \n-ATOM 252 C2 DG B 8 -5.631 10.940 45.497 1.00 0.00 C \n-ATOM 253 N2 DG B 8 -5.863 11.231 44.211 1.00 0.00 N \n-ATOM 254 H21 DG B 8 -6.205 12.333 43.914 1.00 0.00 H \n-ATOM 255 H22 DG B 8 -5.647 10.649 43.196 1.00 0.00 H \n-ATOM 256 N3 DG B 8 -6.455 11.386 46.429 1.00 0.00 N \n-ATOM 257 C4 DG B 8 -6.079 10.990 47.663 1.00 0.00 C \n-ATOM 258 P DA B 9 -11.751 12.405 49.416 1.00 0.00 P \n-ATOM 259 OP1 DA B 9 -12.764 13.349 48.874 1.00 0.00 O \n-ATOM 260 OP2 DA B 9 -12.158 11.384 50.414 1.00 0.00 O \n-ATOM 261 O5' DA B 9 -11.057 11.661 48.193 1.00 0.00 O \n-ATOM 262 C5' DA B 9 -10.733 12.374 46.988 1.00 0.00 C \n-ATOM 263 H5' DA B 9 -11.719 13.021 46.773 1.00 0.00 H \n-ATOM 264 H5'' DA B 9 -9.956 13.272 46.838 1.00 0.00 H \n-ATOM 265 C4' DA B 9 -10.690 11.427 45.813 1.00 0.00 C \n-ATOM 266 H4' DA B 9 -10.665 12.076 44.812 1.00 0.00 H \n-ATOM 267 O4' DA B 9 -9.442 10.691 45.798 1.00 0.00 O \n-ATOM 268 C3' DA B 9 -11.808 10.383 45.788 1.00 0.00 C \n-ATOM 269 H3' DA B 9 -12.847 10.675 46.296 1.00 0.00 H \n-ATOM 270 O3' DA B 9 -12.346 10.271 44.468 1.00 0.00 O \n-ATOM 271 C2' DA B 9 -11.110 9.102 46.215 1.00 0.00 C \n-ATOM 272 H2' DA B 9 -11.460 9.018 47.357 1.00 0.00 H \n-ATOM 273 H2'' DA B 9 -11.417 7.980 45.948 1.00 0.00 H \n-ATOM 274 C1' DA B 9 -9.699 9.298 45.690 1.00 0.00 C \n-ATOM 275 H1' DA B 9 -9.382 9.150 44.555 1.00 0.00 H \n-ATOM 276 N9 DA B 9 -8.668 8.591 46.453 1.00 0.00 N \n-ATOM 277 C8 DA B 9 -8.651 8.323 47.800 1.00 0.00 C \n-ATOM 278 H8 DA B 9 -9.441 7.999 48.630 1.00 0.00 H \n-ATOM 279 N7 DA B 9 -7.583 7.674 48.197 1.00 0.00 N \n-ATOM 280 C5 DA B 9 -6.847 7.499 47.035 1.00 0.00 C \n-ATOM 281 C6 DA B 9 -5.604 6.887 46.779 1.00 0.00 C \n-ATOM 282 N6 DA B 9 -4.854 6.309 47.723 1.00 0.00 N \n-ATOM 283 H61 DA B 9 -5.162 5.894 48.793 1.00 0.00 H \n-ATOM 284 H62 DA B 9 -3.700 6.080 47.543 1.00 0.00 H \n-ATOM 285 N1 DA B 9 -5.151 6.885 45.507 1.00 0.00 N \n-ATOM 286 C2 DA B 9 -5.902 7.464 44.560 1.00 0.00 C \n-ATOM 287 H2 DA B 9 -5.380 7.375 43.495 1.00 0.00 H \n-ATOM 288 N3 DA B 9 -7.081 8.073 44.673 1.00 0.00 N \n-ATOM 289 C4 DA B 9 -7.504 8.058 45.950 1.00 0.00 C \n-ATOM 290 P DC B 10 -13.178 8.962 44.054 1.00 0.00 P \n-ATOM 291 OP1 DC B 10 -14.144 9.344 42.993 1.00 0.00 O \n-ATOM 292 OP2 DC B 10 -13.671 8.310 45.292 1.00 0.00 O \n-ATOM 293 O5' DC B 10 -12.063 8.033 43.404 1.00 0.00 O \n-ATOM 294 C5' DC B 10 -11.099 8.599 42.500 1.00 0.00 C \n-ATOM 295 H5' DC B 10 -10.454 9.603 42.575 1.00 0.00 H \n-ATOM 296 H5'' DC B 10 -11.833 8.980 41.630 1.00 0.00 H \n-ATOM 297 C4' DC B 10 -10.275 7.511 41.855 1.00 0.00 C \n-ATOM 298 H4' DC B 10 -9.635 7.997 40.971 1.00 0.00 H \n-ATOM 299 O4' DC B 10 -9.267 7.016 42.769 1.00 0.00 O \n-ATOM 300 C3' DC B 10 -11.076 6.292 41.394 1.00 0.00 C \n-ATOM 301 H3' DC B 10 -12.235 6.507 41.222 1.00 0.00 H \n-ATOM 302 O3' DC B 10 -10.619 5.884 40.105 1.00 0.00 O \n-ATOM 303 C2' DC B 10 -10.736 5.236 42.431 1.00 0.00 C \n-ATOM 304 H2' DC B 10 -10.767 4.142 41.962 1.00 0.00 H \n-ATOM 305 H2'' DC B 10 -11.689 5.163 43.148 1.00 0.00 H \n-ATOM 306 C1' DC B 10 -9.305 5.601 42.777 1.00 0.00 C \n-ATOM 307 H1' DC B 10 -8.548 5.359 41.889 1.00 0.00 H \n-ATOM 308 N1 DC B 10 -8.831 5.138 44.090 1.00 0.00 N \n-ATOM 309 C2 DC B 10 -7.597 4.482 44.160 1.00 0.00 C \n-ATOM 310 O2 DC B 10 -6.943 4.320 43.119 1.00 0.00 O \n-ATOM 311 N3 DC B 10 -7.149 4.039 45.356 1.00 0.00 N \n-ATOM 312 C4 DC B 10 -7.880 4.232 46.454 1.00 0.00 C \n-ATOM 313 N4 DC B 10 -7.398 3.774 47.611 1.00 0.00 N \n-ATOM 314 H41 DC B 10 -6.352 3.206 47.664 1.00 0.00 H \n-ATOM 315 H42 DC B 10 -7.862 3.801 48.707 1.00 0.00 H \n-ATOM 316 C5 DC B 10 -9.139 4.903 46.415 1.00 0.00 C \n-ATOM 317 H5 DC B 10 -9.862 4.756 47.349 1.00 0.00 H \n-ATOM 318 C6 DC B 10 -9.572 5.337 45.222 1.00 0.00 C \n-ATOM 319 H6 DC B 10 -10.752 5.405 45.349 1.00 0.00 H \n-ATOM 320 P DC B 11 -11.594 5.053 39.141 1.00 0.00 P \n-ATOM 321 OP1 DC B 11 -11.628 5.743 37.831 1.00 0.00 O \n-ATOM 322 OP2 DC B 11 -12.865 4.793 39.870 1.00 0.00 O \n-ATOM 323 O5' DC B 11 -10.825 3.671 38.964 1.00 0.00 O \n-ATOM 324 C5' DC B 11 -9.528 3.640 38.348 1.00 0.00 C \n-ATOM 325 H5' DC B 11 -9.805 3.864 37.210 1.00 0.00 H \n-ATOM 326 H5'' DC B 11 -8.750 4.530 38.539 1.00 0.00 H \n-ATOM 327 C4' DC B 11 -8.879 2.291 38.548 1.00 0.00 C \n-ATOM 328 H4' DC B 11 -7.859 2.416 37.937 1.00 0.00 H \n-ATOM 329 O4' DC B 11 -8.352 2.162 39.892 1.00 0.00 O \n-ATOM 330 C3' DC B 11 -9.799 1.087 38.334 1.00 0.00 C \n-ATOM 331 H3' DC B 11 -10.720 1.074 37.577 1.00 0.00 H \n-ATOM 332 O3' DC B 11 -9.042 0.047 37.715 1.00 0.00 O \n-ATOM 333 HO3' DC B 11 -7.920 0.397 37.606 1.00 0.00 H \n-ATOM 334 C2' DC B 11 -10.109 0.639 39.752 1.00 0.00 C \n-ATOM 335 H2' DC B 11 -11.208 1.047 39.943 1.00 0.00 H \n-ATOM 336 H2'' DC B 11 -10.299 -0.541 39.788 1.00 0.00 H \n-ATOM 337 C1' DC B 11 -8.783 0.923 40.428 1.00 0.00 C \n-ATOM 338 H1' DC B 11 -7.981 0.080 40.161 1.00 0.00 H \n-ATOM 339 N1 DC B 11 -8.798 1.033 41.897 1.00 0.00 N \n-ATOM 340 C2 DC B 11 -7.693 0.559 42.606 1.00 0.00 C \n-ATOM 341 O2 DC B 11 -6.735 0.093 41.973 1.00 0.00 O \n-ATOM 342 N3 DC B 11 -7.693 0.620 43.956 1.00 0.00 N \n-ATOM 343 C4 DC B 11 -8.740 1.138 44.599 1.00 0.00 C \n-ATOM 344 N4 DC B 11 -8.699 1.168 45.935 1.00 0.00 N \n-ATOM 345 H41 DC B 11 -8.686 1.621 47.028 1.00 0.00 H \n-ATOM 346 H42 DC B 11 -8.923 0.018 46.156 1.00 0.00 H \n-ATOM 347 C5 DC B 11 -9.876 1.644 43.902 1.00 0.00 C \n-ATOM 348 H5 DC B 11 -10.872 1.636 44.553 1.00 0.00 H \n-ATOM 349 C6 DC B 11 -9.864 1.573 42.562 1.00 0.00 C \n-ATOM 350 H6 DC B 11 -10.995 1.384 42.247 1.00 0.00 H \n-TER 351 DC B 11\n-END\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/nucleic.pdb b/wrappers/python/tests/systems/nucleic.pdb\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..bef54675ca\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/nucleic.pdb\n@@ -0,0 +1,772 @@\n+REMARK 1 CREATED WITH OPENMM 7.6, 2021-11-04\n+CRYST1 43.000 55.900 128.400 90.00 90.00 90.00 P 1 1 \n+ATOM 1 O5' DA A 1 12.630 25.479 39.440 1.00 0.00 O \n+ATOM 2 HO5' DA A 1 11.964 26.391 39.073 1.00 0.00 H \n+ATOM 3 C5' DA A 1 13.937 25.610 38.876 1.00 0.00 C \n+ATOM 4 H5' DA A 1 13.847 25.555 37.684 1.00 0.00 H \n+ATOM 5 H5'' DA A 1 14.320 26.719 39.098 1.00 0.00 H \n+ATOM 6 C4' DA A 1 14.887 24.556 39.393 1.00 0.00 C \n+ATOM 7 H4' DA A 1 15.954 24.787 38.908 1.00 0.00 H \n+ATOM 8 O4' DA A 1 15.100 24.749 40.813 1.00 0.00 O \n+ATOM 9 C3' DA A 1 14.387 23.120 39.235 1.00 0.00 C \n+ATOM 10 H3' DA A 1 13.785 23.006 38.210 1.00 0.00 H \n+ATOM 11 O3' DA A 1 15.483 22.256 38.923 1.00 0.00 O \n+ATOM 12 C2' DA A 1 13.819 22.795 40.604 1.00 0.00 C \n+ATOM 13 H2' DA A 1 13.713 21.844 41.301 1.00 0.00 H \n+ATOM 14 H2'' DA A 1 12.674 22.887 40.274 1.00 0.00 H \n+ATOM 15 C1' DA A 1 14.742 23.573 41.522 1.00 0.00 C \n+ATOM 16 H1' DA A 1 15.848 23.231 41.807 1.00 0.00 H \n+ATOM 17 N9 DA A 1 14.136 23.979 42.789 1.00 0.00 N \n+ATOM 18 C8 DA A 1 14.571 23.668 44.053 1.00 0.00 C \n+ATOM 19 H8 DA A 1 15.664 23.489 44.485 1.00 0.00 H \n+ATOM 20 N7 DA A 1 13.823 24.162 45.006 1.00 0.00 N \n+ATOM 21 C5 DA A 1 12.827 24.850 44.330 1.00 0.00 C \n+ATOM 22 C6 DA A 1 11.720 25.593 44.773 1.00 0.00 C \n+ATOM 23 N6 DA A 1 11.417 25.776 46.062 1.00 0.00 N \n+ATOM 24 H61 DA A 1 12.028 26.574 46.696 1.00 0.00 H \n+ATOM 25 H62 DA A 1 10.394 25.442 46.564 1.00 0.00 H \n+ATOM 26 N1 DA A 1 10.922 26.154 43.837 1.00 0.00 N \n+ATOM 27 C2 DA A 1 11.225 25.969 42.547 1.00 0.00 C \n+ATOM 28 H2 DA A 1 10.436 26.545 41.871 1.00 0.00 H \n+ATOM 29 N3 DA A 1 12.236 25.291 42.006 1.00 0.00 N \n+ATOM 30 C4 DA A 1 13.008 24.748 42.962 1.00 0.00 C \n+ATOM 31 P DG A 2 15.226 20.682 38.734 1.00 0.00 P \n+ATOM 32 OP1 DG A 2 16.366 20.118 37.964 1.00 0.00 O \n+ATOM 33 OP2 DG A 2 13.841 20.501 38.232 1.00 0.00 O \n+ATOM 34 O5' DG A 2 15.303 20.113 40.220 1.00 0.00 O \n+ATOM 35 C5' DG A 2 16.564 20.044 40.908 1.00 0.00 C \n+ATOM 36 H5' DG A 2 17.381 19.597 40.156 1.00 0.00 H \n+ATOM 37 H5'' DG A 2 17.086 21.063 41.251 1.00 0.00 H \n+ATOM 38 C4' DG A 2 16.468 19.107 42.089 1.00 0.00 C \n+ATOM 39 H4' DG A 2 17.563 18.934 42.535 1.00 0.00 H \n+ATOM 40 O4' DG A 2 15.772 19.742 43.187 1.00 0.00 O \n+ATOM 41 C3' DG A 2 15.724 17.801 41.812 1.00 0.00 C \n+ATOM 42 H3' DG A 2 15.943 17.448 40.693 1.00 0.00 H \n+ATOM 43 O3' DG A 2 16.404 16.721 42.454 1.00 0.00 O \n+ATOM 44 C2' DG A 2 14.356 18.037 42.428 1.00 0.00 C \n+ATOM 45 H2' DG A 2 13.519 17.374 42.946 1.00 0.00 H \n+ATOM 46 H2'' DG A 2 13.741 18.042 41.408 1.00 0.00 H \n+ATOM 47 C1' DG A 2 14.687 18.932 43.612 1.00 0.00 C \n+ATOM 48 H1' DG A 2 15.209 18.469 44.578 1.00 0.00 H \n+ATOM 49 N9 DG A 2 13.611 19.821 44.041 1.00 0.00 N \n+ATOM 50 C8 DG A 2 12.734 20.510 43.240 1.00 0.00 C \n+ATOM 51 H8 DG A 2 12.123 20.172 42.277 1.00 0.00 H \n+ATOM 52 N7 DG A 2 11.901 21.254 43.916 1.00 0.00 N \n+ATOM 53 C5 DG A 2 12.245 21.037 45.242 1.00 0.00 C \n+ATOM 54 C6 DG A 2 11.694 21.577 46.434 1.00 0.00 C \n+ATOM 55 O6 DG A 2 10.765 22.385 46.558 1.00 0.00 O \n+ATOM 56 N1 DG A 2 12.343 21.088 47.565 1.00 0.00 N \n+ATOM 57 H1 DG A 2 12.034 21.627 48.579 1.00 0.00 H \n+ATOM 58 C2 DG A 2 13.385 20.195 47.550 1.00 0.00 C \n+ATOM 59 N2 DG A 2 13.880 19.840 48.746 1.00 0.00 N \n+ATOM 60 H21 DG A 2 13.601 18.971 49.506 1.00 0.00 H \n+ATOM 61 H22 DG A 2 14.797 20.478 49.156 1.00 0.00 H \n+ATOM 62 N3 DG A 2 13.907 19.685 46.447 1.00 0.00 N \n+ATOM 63 C4 DG A 2 13.293 20.148 45.338 1.00 0.00 C \n+ATOM 64 P DC A 3 15.864 15.221 42.273 1.00 0.00 P \n+ATOM 65 OP1 DC A 3 17.025 14.295 42.340 1.00 0.00 O \n+ATOM 66 OP2 DC A 3 14.972 15.195 41.084 1.00 0.00 O \n+ATOM 67 O5' DC A 3 14.974 15.005 43.572 1.00 0.00 O \n+ATOM 68 C5' DC A 3 15.560 15.108 44.879 1.00 0.00 C \n+ATOM 69 H5' DC A 3 16.337 14.196 44.900 1.00 0.00 H \n+ATOM 70 H5'' DC A 3 16.263 16.031 45.163 1.00 0.00 H \n+ATOM 71 C4' DC A 3 14.517 14.859 45.942 1.00 0.00 C \n+ATOM 72 H4' DC A 3 15.122 14.737 46.965 1.00 0.00 H \n+ATOM 73 O4' DC A 3 13.696 16.033 46.161 1.00 0.00 O \n+ATOM 74 C3' DC A 3 13.548 13.717 45.633 1.00 0.00 C \n+ATOM 75 H3' DC A 3 13.922 12.887 44.864 1.00 0.00 H \n+ATOM 76 O3' DC A 3 13.288 12.999 46.834 1.00 0.00 O \n+ATOM 77 C2' DC A 3 12.277 14.444 45.236 1.00 0.00 C \n+ATOM 78 H2' DC A 3 12.390 14.463 44.045 1.00 0.00 H \n+ATOM 79 H2'' DC A 3 11.213 13.901 45.256 1.00 0.00 H \n+ATOM 80 C1' DC A 3 12.347 15.607 46.198 1.00 0.00 C \n+ATOM 81 H1' DC A 3 12.304 15.359 47.361 1.00 0.00 H \n+ATOM 82 N1 DC A 3 11.482 16.758 45.904 1.00 0.00 N \n+ATOM 83 C2 DC A 3 11.098 17.584 46.962 1.00 0.00 C \n+ATOM 84 O2 DC A 3 11.548 17.354 48.096 1.00 0.00 O \n+ATOM 85 N3 DC A 3 10.253 18.611 46.727 1.00 0.00 N \n+ATOM 86 C4 DC A 3 9.802 18.833 45.491 1.00 0.00 C \n+ATOM 87 N4 DC A 3 8.947 19.842 45.313 1.00 0.00 N \n+ATOM 88 H41 DC A 3 8.547 20.581 46.157 1.00 0.00 H \n+ATOM 89 H42 DC A 3 8.161 19.901 44.421 1.00 0.00 H \n+ATOM 90 C5 DC A 3 10.202 18.026 44.386 1.00 0.00 C \n+ATOM 91 H5 DC A 3 9.521 18.038 43.410 1.00 0.00 H \n+ATOM 92 C6 DC A 3 11.038 17.009 44.636 1.00 0.00 C \n+ATOM 93 H6 DC A 3 10.939 16.341 43.660 1.00 0.00 H \n+ATOM 94 P DG A 4 13.014 11.424 46.779 1.00 0.00 P \n+ATOM 95 OP1 DG A 4 14.232 10.763 46.245 1.00 0.00 O \n+ATOM 96 OP2 DG A 4 11.710 11.208 46.113 1.00 0.00 O \n+ATOM 97 O5' DG A 4 12.864 11.047 48.316 1.00 0.00 O \n+ATOM 98 C5' DG A 4 13.816 11.527 49.282 1.00 0.00 C \n+ATOM 99 H5' DG A 4 14.467 10.534 49.439 1.00 0.00 H \n+ATOM 100 H5'' DG A 4 14.678 12.307 49.007 1.00 0.00 H \n+ATOM 101 C4' DG A 4 13.106 11.987 50.532 1.00 0.00 C \n+ATOM 102 H4' DG A 4 13.920 12.259 51.363 1.00 0.00 H \n+ATOM 103 O4' DG A 4 12.426 13.246 50.296 1.00 0.00 O \n+ATOM 104 C3' DG A 4 12.042 11.016 51.035 1.00 0.00 C \n+ATOM 105 H3' DG A 4 12.311 9.908 50.684 1.00 0.00 H \n+ATOM 106 O3' DG A 4 12.112 10.908 52.455 1.00 0.00 O \n+ATOM 107 C2' DG A 4 10.737 11.650 50.588 1.00 0.00 C \n+ATOM 108 H2' DG A 4 9.745 11.499 51.222 1.00 0.00 H \n+ATOM 109 H2'' DG A 4 10.508 11.040 49.590 1.00 0.00 H \n+ATOM 110 C1' DG A 4 11.051 13.136 50.637 1.00 0.00 C \n+ATOM 111 H1' DG A 4 11.118 13.759 51.653 1.00 0.00 H \n+ATOM 112 N9 DG A 4 10.288 13.945 49.690 1.00 0.00 N \n+ATOM 113 C8 DG A 4 10.397 13.932 48.320 1.00 0.00 C \n+ATOM 114 H8 DG A 4 10.700 12.998 47.669 1.00 0.00 H \n+ATOM 115 N7 DG A 4 9.590 14.772 47.733 1.00 0.00 N \n+ATOM 116 C5 DG A 4 8.902 15.376 48.777 1.00 0.00 C \n+ATOM 117 C6 DG A 4 7.893 16.376 48.755 1.00 0.00 C \n+ATOM 118 O6 DG A 4 7.390 16.944 47.780 1.00 0.00 O \n+ATOM 119 N1 DG A 4 7.466 16.699 50.038 1.00 0.00 N \n+ATOM 120 H1 DG A 4 6.826 17.700 50.082 1.00 0.00 H \n+ATOM 121 C2 DG A 4 7.948 16.135 51.194 1.00 0.00 C \n+ATOM 122 N2 DG A 4 7.403 16.579 52.334 1.00 0.00 N \n+ATOM 123 H21 DG A 4 6.624 16.199 53.146 1.00 0.00 H \n+ATOM 124 H22 DG A 4 7.866 17.602 52.732 1.00 0.00 H \n+ATOM 125 N3 DG A 4 8.891 15.207 51.230 1.00 0.00 N \n+ATOM 126 C4 DG A 4 9.320 14.875 49.992 1.00 0.00 C \n+ATOM 127 P DT A 5 11.265 9.771 53.202 1.00 0.00 P \n+ATOM 128 OP1 DT A 5 11.788 9.633 54.588 1.00 0.00 O \n+ATOM 129 OP2 DT A 5 11.213 8.581 52.315 1.00 0.00 O \n+ATOM 130 O5' DT A 5 9.810 10.411 53.273 1.00 0.00 O \n+ATOM 131 C5' DT A 5 9.586 11.626 54.005 1.00 0.00 C \n+ATOM 132 H5' DT A 5 10.246 12.621 53.958 1.00 0.00 H \n+ATOM 133 H5'' DT A 5 9.837 11.252 55.117 1.00 0.00 H \n+ATOM 134 C4' DT A 5 8.119 11.985 53.982 1.00 0.00 C \n+ATOM 135 H4' DT A 5 7.928 12.699 54.920 1.00 0.00 H \n+ATOM 136 O4' DT A 5 7.780 12.784 52.821 1.00 0.00 O \n+ATOM 137 C3' DT A 5 7.175 10.781 53.962 1.00 0.00 C \n+ATOM 138 H3' DT A 5 7.620 9.765 54.404 1.00 0.00 H \n+ATOM 139 O3' DT A 5 6.090 11.008 54.854 1.00 0.00 O \n+ATOM 140 C2' DT A 5 6.651 10.774 52.536 1.00 0.00 C \n+ATOM 141 H2' DT A 5 5.668 10.207 52.178 1.00 0.00 H \n+ATOM 142 H2'' DT A 5 7.419 9.961 52.113 1.00 0.00 H \n+ATOM 143 C1' DT A 5 6.585 12.263 52.269 1.00 0.00 C \n+ATOM 144 H1' DT A 5 5.746 12.801 52.923 1.00 0.00 H \n+ATOM 145 N1 DT A 5 6.498 12.678 50.855 1.00 0.00 N \n+ATOM 146 C2 DT A 5 5.745 13.797 50.569 1.00 0.00 C \n+ATOM 147 O2 DT A 5 5.193 14.468 51.427 1.00 0.00 O \n+ATOM 148 N3 DT A 5 5.666 14.108 49.237 1.00 0.00 N \n+ATOM 149 H3 DT A 5 4.888 14.950 48.918 1.00 0.00 H \n+ATOM 150 C4 DT A 5 6.256 13.434 48.185 1.00 0.00 C \n+ATOM 151 O4 DT A 5 6.085 13.827 47.035 1.00 0.00 O \n+ATOM 152 C5 DT A 5 7.048 12.282 48.559 1.00 0.00 C \n+ATOM 153 C7 DT A 5 7.738 11.499 47.487 1.00 0.00 C \n+ATOM 154 H71 DT A 5 7.935 10.333 47.683 1.00 0.00 H \n+ATOM 155 H72 DT A 5 8.688 11.872 46.862 1.00 0.00 H \n+ATOM 156 H73 DT A 5 6.874 11.333 46.672 1.00 0.00 H \n+ATOM 157 C6 DT A 5 7.128 11.966 49.859 1.00 0.00 C \n+ATOM 158 H6 DT A 5 7.250 10.793 49.960 1.00 0.00 H \n+ATOM 159 P DG A 6 5.237 9.765 55.398 1.00 0.00 P \n+ATOM 160 OP1 DG A 6 5.824 9.352 56.698 1.00 0.00 O \n+ATOM 161 OP2 DG A 6 5.098 8.771 54.303 1.00 0.00 O \n+ATOM 162 O5' DG A 6 3.808 10.404 55.671 1.00 0.00 O \n+ATOM 163 C5' DG A 6 3.681 11.632 56.401 1.00 0.00 C \n+ATOM 164 H5' DG A 6 3.707 11.294 57.554 1.00 0.00 H \n+ATOM 165 H5'' DG A 6 4.575 12.423 56.380 1.00 0.00 H \n+ATOM 166 C4' DG A 6 2.372 12.298 56.056 1.00 0.00 C \n+ATOM 167 H4' DG A 6 2.192 13.200 56.815 1.00 0.00 H \n+ATOM 168 O4' DG A 6 2.476 12.952 54.766 1.00 0.00 O \n+ATOM 169 C3' DG A 6 1.216 11.306 55.946 1.00 0.00 C \n+ATOM 170 H3' DG A 6 1.380 10.322 56.602 1.00 0.00 H \n+ATOM 171 O3' DG A 6 0.041 11.808 56.580 1.00 0.00 O \n+ATOM 172 C2' DG A 6 1.008 11.156 54.450 1.00 0.00 C \n+ATOM 173 H2' DG A 6 -0.074 10.848 54.091 1.00 0.00 H \n+ATOM 174 H2'' DG A 6 1.628 10.170 54.208 1.00 0.00 H \n+ATOM 175 C1' DG A 6 1.450 12.498 53.898 1.00 0.00 C \n+ATOM 176 H1' DG A 6 0.746 13.460 53.933 1.00 0.00 H \n+ATOM 177 N9 DG A 6 2.008 12.399 52.553 1.00 0.00 N \n+ATOM 178 C8 DG A 6 3.086 11.641 52.165 1.00 0.00 C \n+ATOM 179 H8 DG A 6 3.275 10.500 52.415 1.00 0.00 H \n+ATOM 180 N7 DG A 6 3.331 11.711 50.885 1.00 0.00 N \n+ATOM 181 C5 DG A 6 2.365 12.577 50.396 1.00 0.00 C \n+ATOM 182 C6 DG A 6 2.124 13.030 49.071 1.00 0.00 C \n+ATOM 183 O6 DG A 6 2.734 12.739 48.035 1.00 0.00 O \n+ATOM 184 N1 DG A 6 1.043 13.905 49.018 1.00 0.00 N \n+ATOM 185 H1 DG A 6 1.060 14.502 47.990 1.00 0.00 H \n+ATOM 186 C2 DG A 6 0.291 14.296 50.099 1.00 0.00 C \n+ATOM 187 N2 DG A 6 -0.705 15.160 49.843 1.00 0.00 N \n+ATOM 188 H21 DG A 6 -1.586 15.476 50.576 1.00 0.00 H \n+ATOM 189 H22 DG A 6 -0.532 16.124 49.164 1.00 0.00 H \n+ATOM 190 N3 DG A 6 0.500 13.876 51.338 1.00 0.00 N \n+ATOM 191 C4 DG A 6 1.545 13.022 51.412 1.00 0.00 C \n+ATOM 192 P DG A 7 -1.292 10.912 56.593 1.00 0.00 P \n+ATOM 193 OP1 DG A 7 -1.938 11.043 57.924 1.00 0.00 O \n+ATOM 194 OP2 DG A 7 -0.944 9.562 56.073 1.00 0.00 O \n+ATOM 195 O5' DG A 7 -2.205 11.644 55.520 1.00 0.00 O \n+ATOM 196 C5' DG A 7 -2.381 13.065 55.580 1.00 0.00 C \n+ATOM 197 H5' DG A 7 -2.843 13.278 56.665 1.00 0.00 H \n+ATOM 198 H5'' DG A 7 -1.445 13.806 55.543 1.00 0.00 H \n+ATOM 199 C4' DG A 7 -3.371 13.512 54.533 1.00 0.00 C \n+ATOM 200 H4' DG A 7 -3.635 14.661 54.725 1.00 0.00 H \n+ATOM 201 O4' DG A 7 -2.752 13.517 53.224 1.00 0.00 O \n+ATOM 202 C3' DG A 7 -4.600 12.614 54.425 1.00 0.00 C \n+ATOM 203 H3' DG A 7 -4.864 12.050 55.442 1.00 0.00 H \n+ATOM 204 O3' DG A 7 -5.761 13.425 54.250 1.00 0.00 O \n+ATOM 205 C2' DG A 7 -4.320 11.780 53.185 1.00 0.00 C \n+ATOM 206 H2' DG A 7 -5.174 11.039 52.810 1.00 0.00 H \n+ATOM 207 H2'' DG A 7 -3.641 10.879 53.582 1.00 0.00 H \n+ATOM 208 C1' DG A 7 -3.527 12.748 52.321 1.00 0.00 C \n+ATOM 209 H1' DG A 7 -4.068 13.642 51.750 1.00 0.00 H \n+ATOM 210 N9 DG A 7 -2.614 12.128 51.364 1.00 0.00 N \n+ATOM 211 C8 DG A 7 -1.592 11.253 51.642 1.00 0.00 C \n+ATOM 212 H8 DG A 7 -1.578 10.228 52.242 1.00 0.00 H \n+ATOM 213 N7 DG A 7 -0.936 10.878 50.578 1.00 0.00 N \n+ATOM 214 C5 DG A 7 -1.561 11.543 49.532 1.00 0.00 C \n+ATOM 215 C6 DG A 7 -1.288 11.534 48.137 1.00 0.00 C \n+ATOM 216 O6 DG A 7 -0.405 10.917 47.528 1.00 0.00 O \n+ATOM 217 N1 DG A 7 -2.170 12.347 47.435 1.00 0.00 N \n+ATOM 218 H1 DG A 7 -1.721 12.605 46.365 1.00 0.00 H \n+ATOM 219 C2 DG A 7 -3.184 13.079 48.001 1.00 0.00 C \n+ATOM 220 N2 DG A 7 -3.933 13.798 47.152 1.00 0.00 N \n+ATOM 221 H21 DG A 7 -3.920 13.900 45.967 1.00 0.00 H \n+ATOM 222 H22 DG A 7 -4.449 14.789 47.563 1.00 0.00 H \n+ATOM 223 N3 DG A 7 -3.447 13.103 49.299 1.00 0.00 N \n+ATOM 224 C4 DG A 7 -2.604 12.317 50.000 1.00 0.00 C \n+ATOM 225 P DG A 8 -7.216 12.809 54.530 1.00 0.00 P \n+ATOM 226 OP1 DG A 8 -7.817 13.525 55.680 1.00 0.00 O \n+ATOM 227 OP2 DG A 8 -7.079 11.329 54.572 1.00 0.00 O \n+ATOM 228 O5' DG A 8 -8.012 13.201 53.209 1.00 0.00 O \n+ATOM 229 C5' DG A 8 -7.333 13.192 51.948 1.00 0.00 C \n+ATOM 230 H5' DG A 8 -6.799 14.262 52.013 1.00 0.00 H \n+ATOM 231 H5'' DG A 8 -6.645 12.277 51.662 1.00 0.00 H \n+ATOM 232 C4' DG A 8 -8.283 13.522 50.823 1.00 0.00 C \n+ATOM 233 H4' DG A 8 -8.616 14.669 50.800 1.00 0.00 H \n+ATOM 234 O4' DG A 8 -7.552 13.316 49.595 1.00 0.00 O \n+ATOM 235 C3' DG A 8 -9.485 12.592 50.727 1.00 0.00 C \n+ATOM 236 H3' DG A 8 -10.052 12.410 51.761 1.00 0.00 H \n+ATOM 237 O3' DG A 8 -10.560 13.263 50.065 1.00 0.00 O \n+ATOM 238 C2' DG A 8 -8.956 11.434 49.904 1.00 0.00 C \n+ATOM 239 H2' DG A 8 -9.636 10.571 49.440 1.00 0.00 H \n+ATOM 240 H2'' DG A 8 -8.640 10.717 50.812 1.00 0.00 H \n+ATOM 241 C1' DG A 8 -7.933 12.089 48.986 1.00 0.00 C \n+ATOM 242 H1' DG A 8 -8.111 12.573 47.915 1.00 0.00 H \n+ATOM 243 N9 DG A 8 -6.725 11.288 48.835 1.00 0.00 N \n+ATOM 244 C8 DG A 8 -6.007 10.683 49.838 1.00 0.00 C \n+ATOM 245 H8 DG A 8 -6.343 9.912 50.682 1.00 0.00 H \n+ATOM 246 N7 DG A 8 -4.963 10.035 49.403 1.00 0.00 N \n+ATOM 247 C5 DG A 8 -4.995 10.221 48.027 1.00 0.00 C \n+ATOM 248 C6 DG A 8 -4.117 9.755 47.019 1.00 0.00 C \n+ATOM 249 O6 DG A 8 -3.098 9.063 47.143 1.00 0.00 O \n+ATOM 250 N1 DG A 8 -4.523 10.171 45.755 1.00 0.00 N \n+ATOM 251 H1 DG A 8 -3.672 10.053 44.933 1.00 0.00 H \n+ATOM 252 C2 DG A 8 -5.631 10.940 45.497 1.00 0.00 C \n+ATOM 253 N2 DG A 8 -5.863 11.231 44.211 1.00 0.00 N \n+ATOM 254 H21 DG A 8 -6.205 12.333 43.914 1.00 0.00 H \n+ATOM 255 H22 DG A 8 -5.647 10.649 43.196 1.00 0.00 H \n+ATOM 256 N3 DG A 8 -6.455 11.386 46.429 1.00 0.00 N \n+ATOM 257 C4 DG A 8 -6.079 10.990 47.663 1.00 0.00 C \n+ATOM 258 P DA A 9 -11.751 12.405 49.416 1.00 0.00 P \n+ATOM 259 OP1 DA A 9 -12.764 13.349 48.874 1.00 0.00 O \n+ATOM 260 OP2 DA A 9 -12.158 11.384 50.414 1.00 0.00 O \n+ATOM 261 O5' DA A 9 -11.057 11.661 48.193 1.00 0.00 O \n+ATOM 262 C5' DA A 9 -10.733 12.374 46.988 1.00 0.00 C \n+ATOM 263 H5' DA A 9 -11.719 13.021 46.773 1.00 0.00 H \n+ATOM 264 H5'' DA A 9 -9.956 13.272 46.838 1.00 0.00 H \n+ATOM 265 C4' DA A 9 -10.690 11.427 45.813 1.00 0.00 C \n+ATOM 266 H4' DA A 9 -10.665 12.076 44.812 1.00 0.00 H \n+ATOM 267 O4' DA A 9 -9.442 10.691 45.798 1.00 0.00 O \n+ATOM 268 C3' DA A 9 -11.808 10.383 45.788 1.00 0.00 C \n+ATOM 269 H3' DA A 9 -12.847 10.675 46.296 1.00 0.00 H \n+ATOM 270 O3' DA A 9 -12.346 10.271 44.468 1.00 0.00 O \n+ATOM 271 C2' DA A 9 -11.110 9.102 46.215 1.00 0.00 C \n+ATOM 272 H2' DA A 9 -11.460 9.018 47.357 1.00 0.00 H \n+ATOM 273 H2'' DA A 9 -11.417 7.980 45.948 1.00 0.00 H \n+ATOM 274 C1' DA A 9 -9.699 9.298 45.690 1.00 0.00 C \n+ATOM 275 H1' DA A 9 -9.382 9.150 44.555 1.00 0.00 H \n+ATOM 276 N9 DA A 9 -8.668 8.591 46.453 1.00 0.00 N \n+ATOM 277 C8 DA A 9 -8.651 8.323 47.800 1.00 0.00 C \n+ATOM 278 H8 DA A 9 -9.441 7.999 48.630 1.00 0.00 H \n+ATOM 279 N7 DA A 9 -7.583 7.674 48.197 1.00 0.00 N \n+ATOM 280 C5 DA A 9 -6.847 7.499 47.035 1.00 0.00 C \n+ATOM 281 C6 DA A 9 -5.604 6.887 46.779 1.00 0.00 C \n+ATOM 282 N6 DA A 9 -4.854 6.309 47.723 1.00 0.00 N \n+ATOM 283 H61 DA A 9 -5.162 5.894 48.793 1.00 0.00 H \n+ATOM 284 H62 DA A 9 -3.700 6.080 47.543 1.00 0.00 H \n+ATOM 285 N1 DA A 9 -5.151 6.885 45.507 1.00 0.00 N \n+ATOM 286 C2 DA A 9 -5.902 7.464 44.560 1.00 0.00 C \n+ATOM 287 H2 DA A 9 -5.380 7.375 43.495 1.00 0.00 H \n+ATOM 288 N3 DA A 9 -7.081 8.073 44.673 1.00 0.00 N \n+ATOM 289 C4 DA A 9 -7.504 8.058 45.950 1.00 0.00 C \n+ATOM 290 P DC A 10 -13.178 8.962 44.054 1.00 0.00 P \n+ATOM 291 OP1 DC A 10 -14.144 9.344 42.993 1.00 0.00 O \n+ATOM 292 OP2 DC A 10 -13.671 8.310 45.292 1.00 0.00 O \n+ATOM 293 O5' DC A 10 -12.063 8.033 43.404 1.00 0.00 O \n+ATOM 294 C5' DC A 10 -11.099 8.599 42.500 1.00 0.00 C \n+ATOM 295 H5' DC A 10 -10.454 9.603 42.575 1.00 0.00 H \n+ATOM 296 H5'' DC A 10 -11.833 8.980 41.630 1.00 0.00 H \n+ATOM 297 C4' DC A 10 -10.275 7.511 41.855 1.00 0.00 C \n+ATOM 298 H4' DC A 10 -9.635 7.997 40.971 1.00 0.00 H \n+ATOM 299 O4' DC A 10 -9.267 7.016 42.769 1.00 0.00 O \n+ATOM 300 C3' DC A 10 -11.076 6.292 41.394 1.00 0.00 C \n+ATOM 301 H3' DC A 10 -12.235 6.507 41.222 1.00 0.00 H \n+ATOM 302 O3' DC A 10 -10.619 5.884 40.105 1.00 0.00 O \n+ATOM 303 C2' DC A 10 -10.736 5.236 42.431 1.00 0.00 C \n+ATOM 304 H2' DC A 10 -10.767 4.142 41.962 1.00 0.00 H \n+ATOM 305 H2'' DC A 10 -11.689 5.163 43.148 1.00 0.00 H \n+ATOM 306 C1' DC A 10 -9.305 5.601 42.777 1.00 0.00 C \n+ATOM 307 H1' DC A 10 -8.548 5.359 41.889 1.00 0.00 H \n+ATOM 308 N1 DC A 10 -8.831 5.138 44.090 1.00 0.00 N \n+ATOM 309 C2 DC A 10 -7.597 4.482 44.160 1.00 0.00 C \n+ATOM 310 O2 DC A 10 -6.943 4.320 43.119 1.00 0.00 O \n+ATOM 311 N3 DC A 10 -7.149 4.039 45.356 1.00 0.00 N \n+ATOM 312 C4 DC A 10 -7.880 4.232 46.454 1.00 0.00 C \n+ATOM 313 N4 DC A 10 -7.398 3.774 47.611 1.00 0.00 N \n+ATOM 314 H41 DC A 10 -6.352 3.206 47.664 1.00 0.00 H \n+ATOM 315 H42 DC A 10 -7.862 3.801 48.707 1.00 0.00 H \n+ATOM 316 C5 DC A 10 -9.139 4.903 46.415 1.00 0.00 C \n+ATOM 317 H5 DC A 10 -9.862 4.756 47.349 1.00 0.00 H \n+ATOM 318 C6 DC A 10 -9.572 5.337 45.222 1.00 0.00 C \n+ATOM 319 H6 DC A 10 -10.752 5.405 45.349 1.00 0.00 H \n+ATOM 320 P DC A 11 -11.594 5.053 39.141 1.00 0.00 P \n+ATOM 321 OP1 DC A 11 -11.628 5.743 37.831 1.00 0.00 O \n+ATOM 322 OP2 DC A 11 -12.865 4.793 39.870 1.00 0.00 O \n+ATOM 323 O5' DC A 11 -10.825 3.671 38.964 1.00 0.00 O \n+ATOM 324 C5' DC A 11 -9.528 3.640 38.348 1.00 0.00 C \n+ATOM 325 H5' DC A 11 -9.805 3.864 37.210 1.00 0.00 H \n+ATOM 326 H5'' DC A 11 -8.750 4.530 38.539 1.00 0.00 H \n+ATOM 327 C4' DC A 11 -8.879 2.291 38.548 1.00 0.00 C \n+ATOM 328 H4' DC A 11 -7.859 2.416 37.937 1.00 0.00 H \n+ATOM 329 O4' DC A 11 -8.352 2.162 39.892 1.00 0.00 O \n+ATOM 330 C3' DC A 11 -9.799 1.087 38.334 1.00 0.00 C \n+ATOM 331 H3' DC A 11 -10.720 1.074 37.577 1.00 0.00 H \n+ATOM 332 O3' DC A 11 -9.042 0.047 37.715 1.00 0.00 O \n+ATOM 333 HO3' DC A 11 -7.920 0.397 37.606 1.00 0.00 H \n+ATOM 334 C2' DC A 11 -10.109 0.639 39.752 1.00 0.00 C \n+ATOM 335 H2' DC A 11 -11.208 1.047 39.943 1.00 0.00 H \n+ATOM 336 H2'' DC A 11 -10.299 -0.541 39.788 1.00 0.00 H \n+ATOM 337 C1' DC A 11 -8.783 0.923 40.428 1.00 0.00 C \n+ATOM 338 H1' DC A 11 -7.981 0.080 40.161 1.00 0.00 H \n+ATOM 339 N1 DC A 11 -8.798 1.033 41.897 1.00 0.00 N \n+ATOM 340 C2 DC A 11 -7.693 0.559 42.606 1.00 0.00 C \n+ATOM 341 O2 DC A 11 -6.735 0.093 41.973 1.00 0.00 O \n+ATOM 342 N3 DC A 11 -7.693 0.620 43.956 1.00 0.00 N \n+ATOM 343 C4 DC A 11 -8.740 1.138 44.599 1.00 0.00 C \n+ATOM 344 N4 DC A 11 -8.699 1.168 45.935 1.00 0.00 N \n+ATOM 345 H41 DC A 11 -8.686 1.621 47.028 1.00 0.00 H \n+ATOM 346 H42 DC A 11 -8.923 0.018 46.156 1.00 0.00 H \n+ATOM 347 C5 DC A 11 -9.876 1.644 43.902 1.00 0.00 C \n+ATOM 348 H5 DC A 11 -10.872 1.636 44.553 1.00 0.00 H \n+ATOM 349 C6 DC A 11 -9.864 1.573 42.562 1.00 0.00 C \n+ATOM 350 H6 DC A 11 -10.995 1.384 42.247 1.00 0.00 H \n+TER 351 DC A 11\n+ATOM 352 O5' G B 1 24.371 15.337 2.193 1.00 0.00 O \n+ATOM 353 C5' G B 1 24.362 16.433 3.084 1.00 0.00 C \n+ATOM 354 C4' G B 1 23.527 16.108 4.331 1.00 0.00 C \n+ATOM 355 O4' G B 1 24.084 15.023 5.056 1.00 0.00 O \n+ATOM 356 C3' G B 1 23.490 17.271 5.325 1.00 0.00 C \n+ATOM 357 O3' G B 1 22.580 18.295 4.943 1.00 0.00 O \n+ATOM 358 C2' G B 1 23.081 16.532 6.599 1.00 0.00 C \n+ATOM 359 O2' G B 1 21.694 16.258 6.626 1.00 0.00 O \n+ATOM 360 C1' G B 1 23.852 15.214 6.447 1.00 0.00 C \n+ATOM 361 N9 G B 1 25.133 15.289 7.196 1.00 0.00 N \n+ATOM 362 C8 G B 1 26.410 15.497 6.733 1.00 0.00 C \n+ATOM 363 N7 G B 1 27.323 15.509 7.663 1.00 0.00 N \n+ATOM 364 C5 G B 1 26.607 15.303 8.837 1.00 0.00 C \n+ATOM 365 C6 G B 1 27.062 15.203 10.195 1.00 0.00 C \n+ATOM 366 O6 G B 1 28.216 15.272 10.607 1.00 0.00 O \n+ATOM 367 N1 G B 1 26.017 15.000 11.107 1.00 0.00 N \n+ATOM 368 C2 G B 1 24.675 14.911 10.749 1.00 0.00 C \n+ATOM 369 N2 G B 1 23.793 14.709 11.736 1.00 0.00 N \n+ATOM 370 N3 G B 1 24.252 14.999 9.469 1.00 0.00 N \n+ATOM 371 C4 G B 1 25.260 15.190 8.562 1.00 0.00 C \n+ATOM 372 H5' G B 1 23.931 17.296 2.573 1.00 0.00 H \n+ATOM 373 H5'' G B 1 25.389 16.667 3.369 1.00 0.00 H \n+ATOM 374 H4' G B 1 22.508 15.845 4.037 1.00 0.00 H \n+ATOM 375 H3' G B 1 24.506 17.662 5.438 1.00 0.00 H \n+ATOM 376 H2' G B 1 23.357 17.088 7.494 1.00 0.00 H \n+ATOM 377 HO2' G B 1 21.485 15.842 7.466 1.00 0.00 H \n+ATOM 378 H1' G B 1 23.272 14.372 6.832 1.00 0.00 H \n+ATOM 379 H8 G B 1 26.644 15.637 5.687 1.00 0.00 H \n+ATOM 380 H1 G B 1 26.268 14.920 12.082 1.00 0.00 H \n+ATOM 381 H21 G B 1 24.111 14.641 12.692 1.00 0.00 H \n+ATOM 382 H22 G B 1 22.810 14.624 11.524 1.00 0.00 H \n+ATOM 383 HO5' G B 1 24.826 14.606 2.617 1.00 0.00 H \n+ATOM 384 P C B 2 22.609 19.773 5.610 1.00 0.00 P \n+ATOM 385 OP1 C B 2 21.498 20.558 5.026 1.00 0.00 O \n+ATOM 386 OP2 C B 2 23.993 20.289 5.512 1.00 0.00 O \n+ATOM 387 O5' C B 2 22.288 19.524 7.177 1.00 0.00 O \n+ATOM 388 C5' C B 2 20.980 19.280 7.671 1.00 0.00 C \n+ATOM 389 C4' C B 2 21.026 19.078 9.194 1.00 0.00 C \n+ATOM 390 O4' C B 2 21.890 18.018 9.576 1.00 0.00 O \n+ATOM 391 C3' C B 2 21.546 20.305 9.943 1.00 0.00 C \n+ATOM 392 O3' C B 2 20.567 21.334 10.008 1.00 0.00 O \n+ATOM 393 C2' C B 2 21.895 19.675 11.293 1.00 0.00 C \n+ATOM 394 O2' C B 2 20.745 19.558 12.111 1.00 0.00 O \n+ATOM 395 C1' C B 2 22.405 18.282 10.879 1.00 0.00 C \n+ATOM 396 N1 C B 2 23.904 18.244 10.922 1.00 0.00 N \n+ATOM 397 C2 C B 2 24.530 17.967 12.153 1.00 0.00 C \n+ATOM 398 O2 C B 2 23.870 17.719 13.162 1.00 0.00 O \n+ATOM 399 N3 C B 2 25.899 17.981 12.212 1.00 0.00 N \n+ATOM 400 C4 C B 2 26.647 18.271 11.128 1.00 0.00 C \n+ATOM 401 N4 C B 2 27.981 18.286 11.246 1.00 0.00 N \n+ATOM 402 C5 C B 2 26.029 18.584 9.861 1.00 0.00 C \n+ATOM 403 C6 C B 2 24.671 18.561 9.813 1.00 0.00 C \n+ATOM 404 H5' C B 2 20.545 18.397 7.203 1.00 0.00 H \n+ATOM 405 H5'' C B 2 20.338 20.135 7.453 1.00 0.00 H \n+ATOM 406 H4' C B 2 20.021 18.837 9.549 1.00 0.00 H \n+ATOM 407 H3' C B 2 22.460 20.662 9.464 1.00 0.00 H \n+ATOM 408 H2' C B 2 22.647 20.260 11.823 1.00 0.00 H \n+ATOM 409 HO2' C B 2 20.407 20.440 12.280 1.00 0.00 H \n+ATOM 410 H1' C B 2 21.996 17.513 11.539 1.00 0.00 H \n+ATOM 411 H41 C B 2 28.410 18.076 12.136 1.00 0.00 H \n+ATOM 412 H42 C B 2 28.559 18.505 10.448 1.00 0.00 H \n+ATOM 413 H5 C B 2 26.590 18.834 8.971 1.00 0.00 H \n+ATOM 414 H6 C B 2 24.192 18.813 8.880 1.00 0.00 H \n+ATOM 415 P G B 3 20.911 22.823 10.541 1.00 0.00 P \n+ATOM 416 OP1 G B 3 19.671 23.628 10.486 1.00 0.00 O \n+ATOM 417 OP2 G B 3 22.123 23.293 9.832 1.00 0.00 O \n+ATOM 418 O5' G B 3 21.277 22.574 12.097 1.00 0.00 O \n+ATOM 419 C5' G B 3 22.212 23.386 12.786 1.00 0.00 C \n+ATOM 420 C4' G B 3 22.446 22.840 14.202 1.00 0.00 C \n+ATOM 421 O4' G B 3 22.886 21.488 14.171 1.00 0.00 O \n+ATOM 422 C3' G B 3 23.534 23.632 14.938 1.00 0.00 C \n+ATOM 423 O3' G B 3 23.021 24.777 15.607 1.00 0.00 O \n+ATOM 424 C2' G B 3 24.057 22.573 15.905 1.00 0.00 C \n+ATOM 425 O2' G B 3 23.177 22.395 17.000 1.00 0.00 O \n+ATOM 426 C1' G B 3 24.022 21.328 15.009 1.00 0.00 C \n+ATOM 427 N9 G B 3 25.264 21.217 14.197 1.00 0.00 N \n+ATOM 428 C8 G B 3 25.441 21.325 12.837 1.00 0.00 C \n+ATOM 429 N7 G B 3 26.668 21.143 12.437 1.00 0.00 N \n+ATOM 430 C5 G B 3 27.367 20.889 13.609 1.00 0.00 C \n+ATOM 431 C6 G B 3 28.757 20.602 13.814 1.00 0.00 C \n+ATOM 432 O6 G B 3 29.634 20.476 12.963 1.00 0.00 O \n+ATOM 433 N1 G B 3 29.090 20.458 15.168 1.00 0.00 N \n+ATOM 434 C2 G B 3 28.176 20.560 16.212 1.00 0.00 C \n+ATOM 435 N2 G B 3 28.640 20.378 17.455 1.00 0.00 N \n+ATOM 436 N3 G B 3 26.863 20.804 16.012 1.00 0.00 N \n+ATOM 437 C4 G B 3 26.520 20.961 14.696 1.00 0.00 C \n+ATOM 438 H5' G B 3 21.837 24.410 12.854 1.00 0.00 H \n+ATOM 439 H5'' G B 3 23.163 23.395 12.249 1.00 0.00 H \n+ATOM 440 H4' G B 3 21.514 22.873 14.771 1.00 0.00 H \n+ATOM 441 H3' G B 3 24.327 23.891 14.231 1.00 0.00 H \n+ATOM 442 H2' G B 3 25.052 22.813 16.275 1.00 0.00 H \n+ATOM 443 HO2' G B 3 23.062 23.243 17.435 1.00 0.00 H \n+ATOM 444 H1' G B 3 23.917 20.417 15.602 1.00 0.00 H \n+ATOM 445 H8 G B 3 24.640 21.537 12.146 1.00 0.00 H \n+ATOM 446 H1 G B 3 30.054 20.254 15.384 1.00 0.00 H \n+ATOM 447 H21 G B 3 29.623 20.200 17.609 1.00 0.00 H \n+ATOM 448 H22 G B 3 28.007 20.425 18.240 1.00 0.00 H \n+ATOM 449 P U B 4 23.875 26.145 15.764 1.00 0.00 P \n+ATOM 450 OP1 U B 4 23.161 27.025 16.718 1.00 0.00 O \n+ATOM 451 OP2 U B 4 24.185 26.643 14.406 1.00 0.00 O \n+ATOM 452 O5' U B 4 25.266 25.676 16.444 1.00 0.00 O \n+ATOM 453 C5' U B 4 25.380 25.350 17.820 1.00 0.00 C \n+ATOM 454 C4' U B 4 26.827 24.947 18.146 1.00 0.00 C \n+ATOM 455 O4' U B 4 27.229 23.790 17.430 1.00 0.00 O \n+ATOM 456 C3' U B 4 27.864 26.013 17.784 1.00 0.00 C \n+ATOM 457 O3' U B 4 27.879 27.098 18.700 1.00 0.00 O \n+ATOM 458 C2' U B 4 29.138 25.170 17.799 1.00 0.00 C \n+ATOM 459 O2' U B 4 29.599 24.934 19.117 1.00 0.00 O \n+ATOM 460 C1' U B 4 28.633 23.853 17.188 1.00 0.00 C \n+ATOM 461 N1 U B 4 28.984 23.781 15.735 1.00 0.00 N \n+ATOM 462 C2 U B 4 30.314 23.464 15.415 1.00 0.00 C \n+ATOM 463 O2 U B 4 31.175 23.262 16.269 1.00 0.00 O \n+ATOM 464 N3 U B 4 30.632 23.399 14.058 1.00 0.00 N \n+ATOM 465 C4 U B 4 29.761 23.676 13.005 1.00 0.00 C \n+ATOM 466 O4 U B 4 30.154 23.604 11.843 1.00 0.00 O \n+ATOM 467 C5 U B 4 28.412 24.038 13.420 1.00 0.00 C \n+ATOM 468 C6 U B 4 28.070 24.077 14.736 1.00 0.00 C \n+ATOM 469 H5' U B 4 24.712 24.526 18.076 1.00 0.00 H \n+ATOM 470 H5'' U B 4 25.116 26.218 18.429 1.00 0.00 H \n+ATOM 471 H4' U B 4 26.890 24.722 19.213 1.00 0.00 H \n+ATOM 472 H3' U B 4 27.679 26.361 16.765 1.00 0.00 H \n+ATOM 473 H2' U B 4 29.937 25.635 17.221 1.00 0.00 H \n+ATOM 474 HO2' U B 4 28.901 24.506 19.617 1.00 0.00 H \n+ATOM 475 H1' U B 4 29.085 23.004 17.706 1.00 0.00 H \n+ATOM 476 H3 U B 4 31.581 23.152 13.818 1.00 0.00 H \n+ATOM 477 H5 U B 4 27.670 24.272 12.671 1.00 0.00 H \n+ATOM 478 H6 U B 4 27.057 24.348 14.991 1.00 0.00 H \n+ATOM 479 P U B 5 28.617 28.500 18.363 1.00 0.00 P \n+ATOM 480 OP1 U B 5 28.435 29.402 19.523 1.00 0.00 O \n+ATOM 481 OP2 U B 5 28.169 28.943 17.023 1.00 0.00 O \n+ATOM 482 O5' U B 5 30.185 28.116 18.252 1.00 0.00 O \n+ATOM 483 C5' U B 5 31.018 27.936 19.388 1.00 0.00 C \n+ATOM 484 C4' U B 5 32.476 27.728 18.949 1.00 0.00 C \n+ATOM 485 O4' U B 5 32.665 26.552 18.182 1.00 0.00 O \n+ATOM 486 C3' U B 5 32.990 28.851 18.048 1.00 0.00 C \n+ATOM 487 O3' U B 5 33.195 30.051 18.779 1.00 0.00 O \n+ATOM 488 C2' U B 5 34.254 28.202 17.485 1.00 0.00 C \n+ATOM 489 O2' U B 5 35.344 28.318 18.382 1.00 0.00 O \n+ATOM 490 C1' U B 5 33.817 26.727 17.357 1.00 0.00 C \n+ATOM 491 N1 U B 5 33.536 26.371 15.929 1.00 0.00 N \n+ATOM 492 C2 U B 5 34.599 25.884 15.148 1.00 0.00 C \n+ATOM 493 O2 U B 5 35.741 25.743 15.576 1.00 0.00 O \n+ATOM 494 N3 U B 5 34.300 25.554 13.826 1.00 0.00 N \n+ATOM 495 C4 U B 5 33.053 25.683 13.215 1.00 0.00 C \n+ATOM 496 O4 U B 5 32.895 25.322 12.051 1.00 0.00 O \n+ATOM 497 C5 U B 5 32.025 26.261 14.068 1.00 0.00 C \n+ATOM 498 C6 U B 5 32.287 26.576 15.365 1.00 0.00 C \n+ATOM 499 H5' U B 5 30.687 27.084 19.982 1.00 0.00 H \n+ATOM 500 H5'' U B 5 30.982 28.829 20.015 1.00 0.00 H \n+ATOM 501 H4' U B 5 33.102 27.655 19.842 1.00 0.00 H \n+ATOM 502 H3' U B 5 32.281 29.004 17.230 1.00 0.00 H \n+ATOM 503 H2' U B 5 34.536 28.650 16.533 1.00 0.00 H \n+ATOM 504 HO2' U B 5 35.094 27.933 19.225 1.00 0.00 H \n+ATOM 505 H1' U B 5 34.589 26.069 17.762 1.00 0.00 H \n+ATOM 506 H3 U B 5 35.052 25.179 13.265 1.00 0.00 H \n+ATOM 507 H5 U B 5 31.036 26.433 13.668 1.00 0.00 H \n+ATOM 508 H6 U B 5 31.492 27.004 15.958 1.00 0.00 H \n+ATOM 509 P A B 6 33.293 31.500 18.064 1.00 0.00 P \n+ATOM 510 OP1 A B 6 33.368 32.525 19.129 1.00 0.00 O \n+ATOM 511 OP2 A B 6 32.228 31.588 17.038 1.00 0.00 O \n+ATOM 512 O5' A B 6 34.720 31.461 17.315 1.00 0.00 O \n+ATOM 513 C5' A B 6 35.117 32.486 16.418 1.00 0.00 C \n+ATOM 514 C4' A B 6 36.563 32.266 15.954 1.00 0.00 C \n+ATOM 515 O4' A B 6 37.471 32.340 17.040 1.00 0.00 O \n+ATOM 516 C3' A B 6 36.805 30.900 15.308 1.00 0.00 C \n+ATOM 517 O3' A B 6 36.327 30.854 13.969 1.00 0.00 O \n+ATOM 518 C2' A B 6 38.328 30.818 15.421 1.00 0.00 C \n+ATOM 519 O2' A B 6 38.965 31.560 14.396 1.00 0.00 O \n+ATOM 520 C1' A B 6 38.583 31.492 16.779 1.00 0.00 C \n+ATOM 521 N9 A B 6 38.750 30.489 17.865 1.00 0.00 N \n+ATOM 522 C8 A B 6 37.915 30.187 18.917 1.00 0.00 C \n+ATOM 523 N7 A B 6 38.413 29.341 19.776 1.00 0.00 N \n+ATOM 524 C5 A B 6 39.670 29.045 19.261 1.00 0.00 C \n+ATOM 525 C6 A B 6 40.746 28.230 19.711 1.00 0.00 C \n+ATOM 526 N6 A B 6 40.719 27.551 20.867 1.00 0.00 N \n+ATOM 527 N1 A B 6 41.862 28.141 18.943 1.00 0.00 N \n+ATOM 528 C2 A B 6 41.916 28.830 17.796 1.00 0.00 C \n+ATOM 529 N3 A B 6 40.986 29.645 17.281 1.00 0.00 N \n+ATOM 530 C4 A B 6 39.870 29.715 18.072 1.00 0.00 C \n+ATOM 531 H5' A B 6 35.050 33.461 16.905 1.00 0.00 H \n+ATOM 532 H5'' A B 6 34.462 32.484 15.544 1.00 0.00 H \n+ATOM 533 H4' A B 6 36.824 33.057 15.247 1.00 0.00 H \n+ATOM 534 H3' A B 6 36.359 30.119 15.928 1.00 0.00 H \n+ATOM 535 H2' A B 6 38.682 29.789 15.390 1.00 0.00 H \n+ATOM 536 HO2' A B 6 38.676 32.474 14.451 1.00 0.00 H \n+ATOM 537 H1' A B 6 39.487 32.105 16.744 1.00 0.00 H \n+ATOM 538 H8 A B 6 36.936 30.627 19.042 1.00 0.00 H \n+ATOM 539 H61 A B 6 41.514 26.992 21.139 1.00 0.00 H \n+ATOM 540 H62 A B 6 39.905 27.597 21.463 1.00 0.00 H \n+ATOM 541 H2 A B 6 42.825 28.725 17.221 1.00 0.00 H \n+ATOM 542 P A B 7 35.941 29.467 13.226 1.00 0.00 P \n+ATOM 543 OP1 A B 7 35.750 29.757 11.788 1.00 0.00 O \n+ATOM 544 OP2 A B 7 34.846 28.828 13.989 1.00 0.00 O \n+ATOM 545 O5' A B 7 37.262 28.550 13.393 1.00 0.00 O \n+ATOM 546 C5' A B 7 38.395 28.670 12.547 1.00 0.00 C \n+ATOM 547 C4' A B 7 39.479 27.664 12.965 1.00 0.00 C \n+ATOM 548 O4' A B 7 40.026 27.952 14.242 1.00 0.00 O \n+ATOM 549 C3' A B 7 38.964 26.227 13.057 1.00 0.00 C \n+ATOM 550 O3' A B 7 38.790 25.657 11.766 1.00 0.00 O \n+ATOM 551 C2' A B 7 40.080 25.596 13.890 1.00 0.00 C \n+ATOM 552 O2' A B 7 41.213 25.314 13.089 1.00 0.00 O \n+ATOM 553 C1' A B 7 40.405 26.735 14.874 1.00 0.00 C \n+ATOM 554 N9 A B 7 39.646 26.558 16.142 1.00 0.00 N \n+ATOM 555 C8 A B 7 38.370 26.963 16.459 1.00 0.00 C \n+ATOM 556 N7 A B 7 37.946 26.560 17.624 1.00 0.00 N \n+ATOM 557 C5 A B 7 39.021 25.845 18.137 1.00 0.00 C \n+ATOM 558 C6 A B 7 39.236 25.146 19.356 1.00 0.00 C \n+ATOM 559 N6 A B 7 38.301 25.035 20.310 1.00 0.00 N \n+ATOM 560 N1 A B 7 40.447 24.572 19.574 1.00 0.00 N \n+ATOM 561 C2 A B 7 41.390 24.670 18.628 1.00 0.00 C \n+ATOM 562 N3 A B 7 41.301 25.277 17.438 1.00 0.00 N \n+ATOM 563 C4 A B 7 40.075 25.857 17.246 1.00 0.00 C \n+ATOM 564 H5' A B 7 38.805 29.680 12.586 1.00 0.00 H \n+ATOM 565 H5'' A B 7 38.104 28.452 11.518 1.00 0.00 H \n+ATOM 566 H4' A B 7 40.296 27.711 12.240 1.00 0.00 H \n+ATOM 567 H3' A B 7 38.037 26.203 13.635 1.00 0.00 H \n+ATOM 568 H2' A B 7 39.755 24.682 14.389 1.00 0.00 H \n+ATOM 569 HO2' A B 7 40.942 24.723 12.383 1.00 0.00 H \n+ATOM 570 H1' A B 7 41.474 26.768 15.098 1.00 0.00 H \n+ATOM 571 H8 A B 7 37.754 27.551 15.796 1.00 0.00 H \n+ATOM 572 H61 A B 7 38.508 24.528 21.158 1.00 0.00 H \n+ATOM 573 H62 A B 7 37.391 25.453 20.180 1.00 0.00 H \n+ATOM 574 H2 A B 7 42.334 24.193 18.848 1.00 0.00 H \n+ATOM 575 P G B 8 37.741 24.459 11.478 1.00 0.00 P \n+ATOM 576 OP1 G B 8 37.880 24.049 10.062 1.00 0.00 O \n+ATOM 577 OP2 G B 8 36.415 24.868 11.990 1.00 0.00 O \n+ATOM 578 O5' G B 8 38.286 23.260 12.410 1.00 0.00 O \n+ATOM 579 C5' G B 8 39.492 22.567 12.142 1.00 0.00 C \n+ATOM 580 C4' G B 8 39.202 21.065 12.006 1.00 0.00 C \n+ATOM 581 O4' G B 8 38.339 20.882 10.896 1.00 0.00 O \n+ATOM 582 C3' G B 8 40.443 20.200 11.742 1.00 0.00 C \n+ATOM 583 O3' G B 8 41.113 19.711 12.903 1.00 0.00 O \n+ATOM 584 C2' G B 8 39.819 19.026 10.979 1.00 0.00 C \n+ATOM 585 O2' G B 8 39.284 18.061 11.871 1.00 0.00 O \n+ATOM 586 C1' G B 8 38.660 19.682 10.217 1.00 0.00 C \n+ATOM 587 N9 G B 8 38.998 19.967 8.798 1.00 0.00 N \n+ATOM 588 C8 G B 8 39.435 21.135 8.216 1.00 0.00 C \n+ATOM 589 N7 G B 8 39.517 21.088 6.915 1.00 0.00 N \n+ATOM 590 C5 G B 8 39.121 19.793 6.599 1.00 0.00 C \n+ATOM 591 C6 G B 8 38.982 19.150 5.322 1.00 0.00 C \n+ATOM 592 O6 G B 8 39.167 19.636 4.208 1.00 0.00 O \n+ATOM 593 N1 G B 8 38.578 17.809 5.424 1.00 0.00 N \n+ATOM 594 C2 G B 8 38.322 17.164 6.632 1.00 0.00 C \n+ATOM 595 N2 G B 8 37.957 15.875 6.571 1.00 0.00 N \n+ATOM 596 N3 G B 8 38.429 17.782 7.830 1.00 0.00 N \n+ATOM 597 C4 G B 8 38.831 19.089 7.750 1.00 0.00 C \n+ATOM 598 H5' G B 8 40.148 22.757 12.983 1.00 0.00 H \n+ATOM 599 H5'' G B 8 39.995 22.925 11.241 1.00 0.00 H \n+ATOM 600 H4' G B 8 38.695 20.684 12.893 1.00 0.00 H \n+ATOM 601 H3' G B 8 41.135 20.726 11.081 1.00 0.00 H \n+ATOM 602 H2' G B 8 40.544 18.539 10.322 1.00 0.00 H \n+ATOM 603 HO2' G B 8 38.655 18.498 12.451 1.00 0.00 H \n+ATOM 604 H1' G B 8 37.774 19.044 10.234 1.00 0.00 H \n+ATOM 605 H8 G B 8 39.671 22.027 8.781 1.00 0.00 H \n+ATOM 606 H1 G B 8 38.460 17.294 4.562 1.00 0.00 H \n+ATOM 607 H21 G B 8 37.877 15.413 5.677 1.00 0.00 H \n+ATOM 608 H22 G B 8 37.768 15.361 7.420 1.00 0.00 H \n+ATOM 609 P U B 9 41.808 20.651 14.025 1.00 0.00 P \n+ATOM 610 OP1 U B 9 42.437 21.810 13.351 1.00 0.00 O \n+ATOM 611 OP2 U B 9 42.634 19.775 14.887 1.00 0.00 O \n+ATOM 612 O5' U B 9 40.553 21.174 14.913 1.00 0.00 O \n+ATOM 613 C5' U B 9 40.744 21.985 16.062 1.00 0.00 C \n+ATOM 614 C4' U B 9 39.448 22.187 16.866 1.00 0.00 C \n+ATOM 615 O4' U B 9 38.501 23.038 16.238 1.00 0.00 O \n+ATOM 616 C3' U B 9 38.654 20.914 17.154 1.00 0.00 C \n+ATOM 617 O3' U B 9 39.302 20.032 18.062 1.00 0.00 O \n+ATOM 618 C2' U B 9 37.371 21.541 17.704 1.00 0.00 C \n+ATOM 619 O2' U B 9 37.510 21.925 19.061 1.00 0.00 O \n+ATOM 620 C1' U B 9 37.219 22.795 16.826 1.00 0.00 C \n+ATOM 621 N1 U B 9 36.138 22.583 15.812 1.00 0.00 N \n+ATOM 622 C2 U B 9 34.807 22.838 16.188 1.00 0.00 C \n+ATOM 623 O2 U B 9 34.482 23.186 17.322 1.00 0.00 O \n+ATOM 624 N3 U B 9 33.842 22.680 15.191 1.00 0.00 N \n+ATOM 625 C4 U B 9 34.082 22.257 13.883 1.00 0.00 C \n+ATOM 626 O4 U B 9 33.163 22.203 13.069 1.00 0.00 O \n+ATOM 627 C5 U B 9 35.467 21.899 13.615 1.00 0.00 C \n+ATOM 628 C6 U B 9 36.425 22.066 14.564 1.00 0.00 C \n+ATOM 629 H5' U B 9 41.145 22.958 15.768 1.00 0.00 H \n+ATOM 630 H5'' U B 9 41.466 21.502 16.726 1.00 0.00 H \n+ATOM 631 H4' U B 9 39.730 22.646 17.812 1.00 0.00 H \n+ATOM 632 H3' U B 9 38.441 20.412 16.208 1.00 0.00 H \n+ATOM 633 H2' U B 9 36.531 20.858 17.607 1.00 0.00 H \n+ATOM 634 HO2' U B 9 38.226 22.560 19.135 1.00 0.00 H \n+ATOM 635 H1' U B 9 36.976 23.669 17.438 1.00 0.00 H \n+ATOM 636 H3 U B 9 32.887 22.895 15.437 1.00 0.00 H \n+ATOM 637 H5 U B 9 35.739 21.500 12.648 1.00 0.00 H \n+ATOM 638 H6 U B 9 37.438 21.780 14.339 1.00 0.00 H \n+ATOM 639 P C B 10 38.822 18.494 18.264 1.00 0.00 P \n+ATOM 640 OP1 C B 10 39.707 17.868 19.271 1.00 0.00 O \n+ATOM 641 OP2 C B 10 38.692 17.876 16.925 1.00 0.00 O \n+ATOM 642 O5' C B 10 37.336 18.613 18.897 1.00 0.00 O \n+ATOM 643 C5' C B 10 37.103 18.918 20.263 1.00 0.00 C \n+ATOM 644 C4' C B 10 35.609 19.191 20.498 1.00 0.00 C \n+ATOM 645 O4' C B 10 35.138 20.238 19.662 1.00 0.00 O \n+ATOM 646 C3' C B 10 34.687 18.008 20.197 1.00 0.00 C \n+ATOM 647 O3' C B 10 34.731 16.996 21.195 1.00 0.00 O \n+ATOM 648 C2' C B 10 33.348 18.745 20.108 1.00 0.00 C \n+ATOM 649 O2' C B 10 32.828 19.037 21.392 1.00 0.00 O \n+ATOM 650 C1' C B 10 33.751 20.053 19.407 1.00 0.00 C \n+ATOM 651 N1 C B 10 33.439 19.972 17.942 1.00 0.00 N \n+ATOM 652 C2 C B 10 32.189 20.444 17.500 1.00 0.00 C \n+ATOM 653 O2 C B 10 31.414 21.016 18.265 1.00 0.00 O \n+ATOM 654 N3 C B 10 31.838 20.243 16.192 1.00 0.00 N \n+ATOM 655 C4 C B 10 32.652 19.604 15.330 1.00 0.00 C \n+ATOM 656 N4 C B 10 32.231 19.404 14.074 1.00 0.00 N \n+ATOM 657 C5 C B 10 33.943 19.118 15.754 1.00 0.00 C \n+ATOM 658 C6 C B 10 34.282 19.320 17.055 1.00 0.00 C \n+ATOM 659 H5' C B 10 37.671 19.802 20.558 1.00 0.00 H \n+ATOM 660 H5'' C B 10 37.417 18.079 20.888 1.00 0.00 H \n+ATOM 661 H4' C B 10 35.470 19.497 21.538 1.00 0.00 H \n+ATOM 662 H3' C B 10 34.947 17.592 19.223 1.00 0.00 H \n+ATOM 663 H2' C B 10 32.609 18.177 19.548 1.00 0.00 H \n+ATOM 664 HO2' C B 10 31.971 19.457 21.285 1.00 0.00 H \n+ATOM 665 H1' C B 10 33.241 20.906 19.860 1.00 0.00 H \n+ATOM 666 H41 C B 10 31.322 19.742 13.791 1.00 0.00 H \n+ATOM 667 H42 C B 10 32.817 18.916 13.412 1.00 0.00 H \n+ATOM 668 H5 C B 10 34.630 18.602 15.097 1.00 0.00 H \n+ATOM 669 H6 C B 10 35.232 18.941 17.393 1.00 0.00 H \n+ATOM 670 P G B 11 34.148 15.503 20.943 1.00 0.00 P \n+ATOM 671 OP1 G B 11 34.362 14.715 22.178 1.00 0.00 O \n+ATOM 672 OP2 G B 11 34.694 15.006 19.660 1.00 0.00 O \n+ATOM 673 O5' G B 11 32.556 15.720 20.749 1.00 0.00 O \n+ATOM 674 C5' G B 11 31.684 15.976 21.838 1.00 0.00 C \n+ATOM 675 C4' G B 11 30.265 16.257 21.325 1.00 0.00 C \n+ATOM 676 O4' G B 11 30.232 17.335 20.402 1.00 0.00 O \n+ATOM 677 C3' G B 11 29.631 15.081 20.578 1.00 0.00 C \n+ATOM 678 O3' G B 11 29.211 14.038 21.448 1.00 0.00 O \n+ATOM 679 C2' G B 11 28.483 15.809 19.877 1.00 0.00 C \n+ATOM 680 O2' G B 11 27.401 16.061 20.754 1.00 0.00 O \n+ATOM 681 C1' G B 11 29.157 17.134 19.490 1.00 0.00 C \n+ATOM 682 N9 G B 11 29.631 17.078 18.081 1.00 0.00 N \n+ATOM 683 C8 G B 11 30.889 16.841 17.577 1.00 0.00 C \n+ATOM 684 N7 G B 11 30.966 16.891 16.276 1.00 0.00 N \n+ATOM 685 C5 G B 11 29.664 17.157 15.873 1.00 0.00 C \n+ATOM 686 C6 G B 11 29.113 17.321 14.558 1.00 0.00 C \n+ATOM 687 O6 G B 11 29.711 17.301 13.485 1.00 0.00 O \n+ATOM 688 N1 G B 11 27.726 17.525 14.567 1.00 0.00 N \n+ATOM 689 C2 G B 11 26.953 17.568 15.724 1.00 0.00 C \n+ATOM 690 N2 G B 11 25.640 17.786 15.577 1.00 0.00 N \n+ATOM 691 N3 G B 11 27.477 17.425 16.961 1.00 0.00 N \n+ATOM 692 C4 G B 11 28.831 17.226 16.972 1.00 0.00 C \n+ATOM 693 H5' G B 11 32.029 16.837 22.412 1.00 0.00 H \n+ATOM 694 H5'' G B 11 31.653 15.109 22.501 1.00 0.00 H \n+ATOM 695 H4' G B 11 29.639 16.523 22.181 1.00 0.00 H \n+ATOM 696 H3' G B 11 30.340 14.714 19.832 1.00 0.00 H \n+ATOM 697 H2' G B 11 28.120 15.255 19.015 1.00 0.00 H \n+ATOM 698 HO2' G B 11 27.722 16.561 21.508 1.00 0.00 H \n+ATOM 699 H1' G B 11 28.458 17.968 19.584 1.00 0.00 H \n+ATOM 700 H8 G B 11 31.747 16.627 18.194 1.00 0.00 H \n+ATOM 701 H1 G B 11 27.270 17.646 13.674 1.00 0.00 H \n+ATOM 702 H21 G B 11 25.243 17.898 14.655 1.00 0.00 H \n+ATOM 703 H22 G B 11 25.045 17.837 16.392 1.00 0.00 H \n+ATOM 704 P C B 12 28.881 12.543 20.914 1.00 0.00 P \n+ATOM 705 OP1 C B 12 28.454 11.728 22.075 1.00 0.00 O \n+ATOM 706 OP2 C B 12 30.022 12.089 20.088 1.00 0.00 O \n+ATOM 707 O5' C B 12 27.608 12.738 19.935 1.00 0.00 O \n+ATOM 708 C5' C B 12 26.291 12.932 20.423 1.00 0.00 C \n+ATOM 709 C4' C B 12 25.326 13.215 19.263 1.00 0.00 C \n+ATOM 710 O4' C B 12 25.708 14.357 18.509 1.00 0.00 O \n+ATOM 711 C3' C B 12 25.231 12.089 18.231 1.00 0.00 C \n+ATOM 712 O3' C B 12 24.504 10.960 18.699 1.00 0.00 O \n+ATOM 713 C2' C B 12 24.544 12.844 17.092 1.00 0.00 C \n+ATOM 714 O2' C B 12 23.156 13.007 17.325 1.00 0.00 O \n+ATOM 715 C1' C B 12 25.255 14.206 17.165 1.00 0.00 C \n+ATOM 716 N1 C B 12 26.365 14.251 16.156 1.00 0.00 N \n+ATOM 717 C2 C B 12 26.032 14.566 14.825 1.00 0.00 C \n+ATOM 718 O2 C B 12 24.880 14.860 14.509 1.00 0.00 O \n+ATOM 719 N3 C B 12 27.020 14.537 13.877 1.00 0.00 N \n+ATOM 720 C4 C B 12 28.287 14.201 14.188 1.00 0.00 C \n+ATOM 721 N4 C B 12 29.206 14.180 13.214 1.00 0.00 N \n+ATOM 722 C5 C B 12 28.651 13.852 15.541 1.00 0.00 C \n+ATOM 723 C6 C B 12 27.663 13.887 16.475 1.00 0.00 C \n+ATOM 724 H5' C B 12 26.261 13.770 21.121 1.00 0.00 H \n+ATOM 725 H5'' C B 12 25.958 12.034 20.946 1.00 0.00 H \n+ATOM 726 H4' C B 12 24.337 13.403 19.688 1.00 0.00 H \n+ATOM 727 H3' C B 12 26.241 11.803 17.927 1.00 0.00 H \n+ATOM 728 H2' C B 12 24.678 12.346 16.135 1.00 0.00 H \n+ATOM 729 HO2' C B 12 23.032 13.482 18.149 1.00 0.00 H \n+ATOM 730 H1' C B 12 24.552 15.020 16.974 1.00 0.00 H \n+ATOM 731 H41 C B 12 28.939 14.422 12.271 1.00 0.00 H \n+ATOM 732 H42 C B 12 30.161 13.924 13.420 1.00 0.00 H \n+ATOM 733 H5 C B 12 29.652 13.568 15.833 1.00 0.00 H \n+ATOM 734 H6 C B 12 27.913 13.601 17.483 1.00 0.00 H \n+ATOM 735 P A B 13 24.617 9.505 17.991 1.00 0.00 P \n+ATOM 736 OP1 A B 13 23.729 8.574 18.722 1.00 0.00 O \n+ATOM 737 OP2 A B 13 26.053 9.176 17.847 1.00 0.00 O \n+ATOM 738 O5' A B 13 24.011 9.727 16.505 1.00 0.00 O \n+ATOM 739 C5' A B 13 22.618 9.831 16.259 1.00 0.00 C \n+ATOM 740 C4' A B 13 22.353 10.100 14.770 1.00 0.00 C \n+ATOM 741 O4' A B 13 22.975 11.293 14.318 1.00 0.00 O \n+ATOM 742 C3' A B 13 22.866 9.004 13.833 1.00 0.00 C \n+ATOM 743 O3' A B 13 22.049 7.849 13.828 1.00 0.00 O \n+ATOM 744 C2' A B 13 22.852 9.752 12.501 1.00 0.00 C \n+ATOM 745 O2' A B 13 21.541 9.813 11.966 1.00 0.00 O \n+ATOM 746 C1' A B 13 23.306 11.156 12.939 1.00 0.00 C \n+ATOM 747 N9 A B 13 24.770 11.324 12.721 1.00 0.00 N \n+ATOM 748 C8 A B 13 25.812 11.222 13.614 1.00 0.00 C \n+ATOM 749 N7 A B 13 26.992 11.419 13.094 1.00 0.00 N \n+ATOM 750 C5 A B 13 26.729 11.651 11.749 1.00 0.00 C \n+ATOM 751 C6 A B 13 27.554 11.913 10.621 1.00 0.00 C \n+ATOM 752 N6 A B 13 28.886 12.042 10.700 1.00 0.00 N \n+ATOM 753 N1 A B 13 26.971 12.038 9.402 1.00 0.00 N \n+ATOM 754 C2 A B 13 25.641 11.923 9.304 1.00 0.00 C \n+ATOM 755 N3 A B 13 24.760 11.697 10.287 1.00 0.00 N \n+ATOM 756 C4 A B 13 25.372 11.569 11.507 1.00 0.00 C \n+ATOM 757 H5' A B 13 22.187 10.642 16.848 1.00 0.00 H \n+ATOM 758 H5'' A B 13 22.122 8.899 16.539 1.00 0.00 H \n+ATOM 759 H4' A B 13 21.275 10.211 14.627 1.00 0.00 H \n+ATOM 760 H3' A B 13 23.892 8.730 14.086 1.00 0.00 H \n+ATOM 761 HO3' A B 13 22.384 7.243 13.163 1.00 0.00 H \n+ATOM 762 H2' A B 13 23.515 9.289 11.768 1.00 0.00 H \n+ATOM 763 HO2' A B 13 21.228 8.915 11.831 1.00 0.00 H \n+ATOM 764 H1' A B 13 22.781 11.928 12.372 1.00 0.00 H \n+ATOM 765 H8 A B 13 25.680 10.991 14.660 1.00 0.00 H \n+ATOM 766 H61 A B 13 29.421 12.237 9.867 1.00 0.00 H \n+ATOM 767 H62 A B 13 29.353 11.956 11.592 1.00 0.00 H \n+ATOM 768 H2 A B 13 25.226 12.032 8.313 1.00 0.00 H \n+TER 769 A B 13\n+END\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3324
|
multi_swe_bench
|
NBFIX is applied correctly to 1-4 interactions (openmm/openmm#3324)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3324,
"issue_title": "NBFIX is applied correctly to 1-4 interactions",
"issue_body": "Fixes #3257.",
"base_commit": "892839b89419465d52fb6c4f084b6a3888021311",
"resolved_issues": [
{
"number": 3257,
"title": "Incorrect non-bonded energy with CHARMM FF",
"body": "I conducted a single point energy comparison between CHARMM and OpenMM with a simple test system containing a single cholesterol molecule ([test_chl1.tar.gz](https://github.com/openmm/openmm/files/7220567/test_chl1.tar.gz)).\r\n\r\n(unit: kcal/mol) | CHARMM | OpenMM\r\n-- | -- | --\r\nBond | 3.4090 | 3.4089\r\nAngle | 16.2683 | 16.2683\r\nUrey-Bradly | 2.3382 | 2.3382\r\nDihedral | 16.8157 | 16.8156\r\nImproper | 0.0000 | 0.0000\r\nvdW 1-4 | 6.5306 | 6.1477\r\nvdW | -3.4140 | -3.4140\r\nvdW Total | 3.1166 | 2.7337\r\nElec. 1-4 | -44.0315 | -\r\nElec. | -15.1082 | -\r\nElec. Total | -59.1397 | -46.7842\r\n\r\nAs shown above, while bonded energies are identical between CHARMM and OpenMM, non-bonded energies are different.\r\nThe energy difference in vdW 1-4 came from the NBFIX, i.e. if NBFIX parameter is available for a certain 1-4 atom type pair, the corresponding NBFIX parameter should be used.\r\nHowever, this doesn't seem to be implemented in `createSystem` function in `CharmmPsfFile` class.\r\n\r\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/779400a1e3fdc988e84fa7aed760ac95d81c179c/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py#L1383-L1390\r\n\r\nFor electrostatic interaction, I have no idea what is causing the difference.\r\n\r\nCould you please check this case?\r\n\r\nFor non-bonded interaction, I used the hard-truncation with 12 Å cut-off without PBC (CutoffNonPeriodic).\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3324",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py b/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\nindex 3f07245326..254f3454c6 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\n@@ -1387,8 +1387,13 @@ def _is_bond_in_water(bond):\n atom1 = self.atom_list[ia1]\n atom4 = self.atom_list[ia4]\n charge_prod = (atom1.charge * atom4.charge) * params.e14fac\n- epsilon = sqrt(abs(atom1.type.epsilon_14 * atom4.type.epsilon_14)) * ene_conv\n- sigma = (atom1.type.rmin_14 + atom4.type.rmin_14) * (length_conv * sigma_scale)\n+ try:\n+ rij, wdij, rij14, wdij14 = atom1.type.nbfix[atom4.type.name]\n+ epsilon = wdij14*ene_conv\n+ sigma = rij14*length_conv*sigma_scale\n+ except KeyError:\n+ epsilon = sqrt(abs(atom1.type.epsilon_14 * atom4.type.epsilon_14)) * ene_conv\n+ sigma = (atom1.type.rmin_14 + atom4.type.rmin_14) * (length_conv * sigma_scale)\n force.addException(ia1, ia4, charge_prod, sigma, epsilon)\n \n # Add excluded atoms\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py b/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\nindex a7f5a16c78..10f4c2c59d 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\n@@ -150,6 +150,30 @@ def test_NBFIX(self):\n ene = state.getPotentialEnergy().value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n self.assertAlmostEqual(ene, 15559.71602, delta=0.05)\n \n+ def test_NBFIX14(self):\n+ \"\"\"Tests CHARMM systems with NBFIX modifications to 1-4 interactions\"\"\"\n+ warnings.filterwarnings('ignore', category=CharmmPSFWarning)\n+ psf = CharmmPsfFile('systems/chl1.psf')\n+ crd = CharmmCrdFile('systems/chl1.crd')\n+ params = CharmmParameterSet('systems/par_all36_lipid.prm', 'systems/par_all36_cgenff.prm', 'systems/toppar_all36_lipid_cholesterol.str')\n+\n+ # Turn off charges so we only test the Lennard-Jones energies\n+ for a in psf.atom_list:\n+ a.charge = 0.0\n+\n+ # Compute the Lennard-Jones energy\n+ system = psf.createSystem(params, nonbondedMethod=CutoffNonPeriodic, nonbondedCutoff=12*angstroms)\n+ for i, f in enumerate(system.getForces()):\n+ if isinstance(f, NonbondedForce) or isinstance(f, CustomNonbondedForce):\n+ f.setForceGroup(1)\n+ else:\n+ f.setForceGroup(0)\n+ context = Context(system, VerletIntegrator(2*femtoseconds), Platform.getPlatformByName('Reference'))\n+ context.setPositions(crd.positions)\n+ state = context.getState(getEnergy=True, groups={1})\n+ energy = state.getPotentialEnergy().value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n+ self.assertAlmostEqual(energy, 3.1166, delta=1e-4)\n+\n def test_NBThole(self):\n \"\"\"Tests CHARMM system with NBTHole\"\"\"\n warnings.filterwarnings('ignore', category=CharmmPSFWarning)\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/chl1.crd b/wrappers/python/tests/systems/chl1.crd\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..75133c37f2\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/chl1.crd\n@@ -0,0 +1,79 @@\n+* GENERATED BY CHARMM-GUI (HTTP://WWW.CHARMM-GUI.ORG) V2.0 ON APR, 20. 2017. JOB\n+* GET A DIFFERENT CONFORMATION FOR LIPIDS PENETRATING PROTEIN / CHOL\n+* DATE: 9/22/21 15:13: 3 CREATED BY USER: jlee\n+*\n+ 74 EXT\n+ 1 1 CHL1 C3 2.0758430000 1.4287490000 -0.0024380000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 2 1 CHL1 H3 1.7789920000 1.9075100000 -0.9655430000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 3 1 CHL1 O3 3.4901020000 1.4114150000 0.0741910000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 4 1 CHL1 H3' 3.6956580000 0.9624930000 0.8967140000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 5 1 CHL1 C4 1.5114820000 2.2413810000 1.1750860000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 6 1 CHL1 H4A 1.9148670000 3.2768030000 1.0908510000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 7 1 CHL1 H4B 1.9116520000 1.8253500000 2.1234900000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 8 1 CHL1 C5 -0.0042430000 2.2232410000 1.2047520000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 9 1 CHL1 C6 -0.7185500000 3.3605640000 1.1867230000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 10 1 CHL1 H6 -0.1961740000 4.3287470000 1.1811170000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 11 1 CHL1 C7 -2.2182720000 3.4093590000 1.2529030000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 12 1 CHL1 H7A -2.6174250000 3.6976270000 0.2559360000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 13 1 CHL1 H7B -2.5510300000 4.1816550000 1.9801080000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 14 1 CHL1 C8 -2.8493790000 2.0493740000 1.6586470000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 15 1 CHL1 H8 -2.6976970000 1.9177710000 2.7522240000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 16 1 CHL1 C14 -4.3402020000 2.0530670000 1.3479140000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 17 1 CHL1 H14 -4.4174730000 2.1586370000 0.2344860000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 18 1 CHL1 C15 -5.1864690000 3.2052640000 1.9147900000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 19 1 CHL1 H15A -5.0243010000 4.1528850000 1.3633690000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 20 1 CHL1 H15B -4.9339520000 3.3605530000 2.9859010000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 21 1 CHL1 C16 -6.6269070000 2.6905440000 1.7787000000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 22 1 CHL1 H16A -7.1958500000 3.2680330000 1.0215770000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 23 1 CHL1 H16B -7.1376360000 2.7834600000 2.7609420000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 24 1 CHL1 C17 -6.5372270000 1.1878570000 1.3493380000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 25 1 CHL1 H17 -6.6019490000 1.1763380000 0.2350740000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 26 1 CHL1 C13 -5.0880620000 0.7643510000 1.6898470000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 27 1 CHL1 C18 -5.0064860000 0.4701080000 3.2112890000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 28 1 CHL1 H18A -5.4771980000 1.2760610000 3.8078890000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 29 1 CHL1 H18B -3.9571470000 0.3656950000 3.5470390000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 30 1 CHL1 H18C -5.5253140000 -0.4812360000 3.4456420000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 31 1 CHL1 C12 -4.4501040000 -0.3574190000 0.8429720000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 32 1 CHL1 H12A -4.6174580000 -0.1329160000 -0.2328530000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 33 1 CHL1 H12B -4.9071470000 -1.3405780000 1.0619880000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 34 1 CHL1 C11 -2.9326770000 -0.4609040000 1.1008090000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 35 1 CHL1 H11A -2.5100440000 -1.2251340000 0.4155920000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 36 1 CHL1 H11B -2.8003630000 -0.8324760000 2.1373400000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 37 1 CHL1 C9 -2.1768110000 0.8895300000 0.9143010000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 38 1 CHL1 H9 -2.2977970000 1.1402610000 -0.1695780000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 39 1 CHL1 C10 -0.6446230000 0.8183080000 1.1682710000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 40 1 CHL1 C19 -0.3877040000 0.1475000000 2.5441910000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 41 1 CHL1 H19A -0.9335740000 0.6777980000 3.3513270000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 42 1 CHL1 H19B 0.6897940000 0.1400840000 2.8025550000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 43 1 CHL1 H19C -0.7162580000 -0.9108240000 2.5315180000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 44 1 CHL1 C1 0.0140190000 -0.0227780000 0.0327100000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 45 1 CHL1 H1A -0.3316670000 0.3767310000 -0.9472730000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 46 1 CHL1 H1B -0.3334130000 -1.0747520000 0.1067690000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 47 1 CHL1 C2 1.5521950000 -0.0100270000 0.0330650000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 48 1 CHL1 H2A 1.9243040000 -0.5230830000 0.9458070000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 49 1 CHL1 H2B 1.9346080000 -0.5653680000 -0.8513700000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 50 1 CHL1 C20 -7.7246780000 0.3593490000 1.8737490000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 51 1 CHL1 H20 -7.7090080000 0.3716970000 2.9880740000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 52 1 CHL1 C21 -7.6153060000 -1.1076400000 1.4054310000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 53 1 CHL1 H21A -6.7567890000 -1.6098270000 1.8911100000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 54 1 CHL1 H21B -7.4954750000 -1.1568730000 0.3031920000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 55 1 CHL1 H21C -8.5172290000 -1.6860490000 1.6875930000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 56 1 CHL1 C22 -9.0849100000 0.9697470000 1.4326760000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 57 1 CHL1 H22A -9.1561990000 0.9304830000 0.3238230000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 58 1 CHL1 H22B -9.1287420000 2.0387760000 1.7346150000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 59 1 CHL1 C23 -10.3258450000 0.2922230000 2.0422060000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 60 1 CHL1 H23A -10.2114010000 0.2526360000 3.1483210000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 61 1 CHL1 H23B -10.4034320000 -0.7498490000 1.6668930000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 62 1 CHL1 C24 -11.6240990000 1.0427750000 1.7005560000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 63 1 CHL1 H24A -11.7579260000 1.0650290000 0.5968610000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 64 1 CHL1 H24B -11.5215770000 2.0951660000 2.0485660000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 65 1 CHL1 C25 -12.8929290000 0.4444570000 2.3453720000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 66 1 CHL1 H25 -12.7160890000 0.3730380000 3.4453480000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 67 1 CHL1 C26 -14.0995530000 1.3709480000 2.1214960000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 68 1 CHL1 H26A -14.3073370000 1.4755350000 1.0355250000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 69 1 CHL1 H26B -13.8988040000 2.3788300000 2.5421330000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 70 1 CHL1 H26C -15.0033380000 0.9555930000 2.6153310000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 71 1 CHL1 C27 -13.2063260000 -0.9657240000 1.8173800000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 72 1 CHL1 H27A -12.3832270000 -1.6705450000 2.0552520000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 73 1 CHL1 H27B -13.3457700000 -0.9412980000 0.7159300000 CHL1 1 0.0000000000\n+ 74 1 CHL1 H27C -14.1385570000 -1.3514600000 2.2815630000 CHL1 1 0.0000000000\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/chl1.psf b/wrappers/python/tests/systems/chl1.psf\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..7ffc881336\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/chl1.psf\n@@ -0,0 +1,341 @@\n+PSF EXT CMAP CHEQ XPLOR\n+\n+ 3 !NTITLE\n+* GENERATED BY CHARMM-GUI (HTTP://WWW.CHARMM-GUI.ORG) V2.0 ON APR, 20. 2017. JOB\n+* GET A DIFFERENT CONFORMATION FOR LIPIDS PENETRATING PROTEIN / CHOL \n+* DATE: 9/22/21 15:13: 3 CREATED BY USER: jlee \n+\n+ 74 !NATOM\n+ 1 CHL1 1 CHL1 C3 CRL1 0.140000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 2 CHL1 1 CHL1 H3 HGA1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 3 CHL1 1 CHL1 O3 OHL -0.660000 15.9994 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 4 CHL1 1 CHL1 H3' HOL 0.430000 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 5 CHL1 1 CHL1 C4 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 6 CHL1 1 CHL1 H4A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 7 CHL1 1 CHL1 H4B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 8 CHL1 1 CHL1 C5 CEL1 0.00000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 9 CHL1 1 CHL1 C6 CEL1 -0.150000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 10 CHL1 1 CHL1 H6 HEL1 0.150000 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 11 CHL1 1 CHL1 C7 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 12 CHL1 1 CHL1 H7A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 13 CHL1 1 CHL1 H7B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 14 CHL1 1 CHL1 C8 CRL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 15 CHL1 1 CHL1 H8 HGA1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 16 CHL1 1 CHL1 C14 CRL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 17 CHL1 1 CHL1 H14 HGA1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 18 CHL1 1 CHL1 C15 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 19 CHL1 1 CHL1 H15A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 20 CHL1 1 CHL1 H15B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 21 CHL1 1 CHL1 C16 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 22 CHL1 1 CHL1 H16A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 23 CHL1 1 CHL1 H16B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 24 CHL1 1 CHL1 C17 CRL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 25 CHL1 1 CHL1 H17 HGA1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 26 CHL1 1 CHL1 C13 CRL1 0.00000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 27 CHL1 1 CHL1 C18 CTL3 -0.270000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 28 CHL1 1 CHL1 H18A HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 29 CHL1 1 CHL1 H18B HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 30 CHL1 1 CHL1 H18C HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 31 CHL1 1 CHL1 C12 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 32 CHL1 1 CHL1 H12A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 33 CHL1 1 CHL1 H12B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 34 CHL1 1 CHL1 C11 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 35 CHL1 1 CHL1 H11A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 36 CHL1 1 CHL1 H11B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 37 CHL1 1 CHL1 C9 CRL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 38 CHL1 1 CHL1 H9 HGA1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 39 CHL1 1 CHL1 C10 CRL1 0.00000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 40 CHL1 1 CHL1 C19 CTL3 -0.270000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 41 CHL1 1 CHL1 H19A HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 42 CHL1 1 CHL1 H19B HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 43 CHL1 1 CHL1 H19C HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 44 CHL1 1 CHL1 C1 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 45 CHL1 1 CHL1 H1A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 46 CHL1 1 CHL1 H1B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 47 CHL1 1 CHL1 C2 CRL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 48 CHL1 1 CHL1 H2A HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 49 CHL1 1 CHL1 H2B HGA2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 50 CHL1 1 CHL1 C20 CTL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 51 CHL1 1 CHL1 H20 HAL1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 52 CHL1 1 CHL1 C21 CTL3 -0.270000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 53 CHL1 1 CHL1 H21A HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 54 CHL1 1 CHL1 H21B HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 55 CHL1 1 CHL1 H21C HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 56 CHL1 1 CHL1 C22 CTL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 57 CHL1 1 CHL1 H22A HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 58 CHL1 1 CHL1 H22B HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 59 CHL1 1 CHL1 C23 CTL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 60 CHL1 1 CHL1 H23A HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 61 CHL1 1 CHL1 H23B HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 62 CHL1 1 CHL1 C24 CTL2 -0.180000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 63 CHL1 1 CHL1 H24A HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 64 CHL1 1 CHL1 H24B HAL2 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 65 CHL1 1 CHL1 C25 CTL1 -0.900000E-01 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 66 CHL1 1 CHL1 H25 HAL1 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 67 CHL1 1 CHL1 C26 CTL3 -0.270000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 68 CHL1 1 CHL1 H26A HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 69 CHL1 1 CHL1 H26B HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 70 CHL1 1 CHL1 H26C HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 71 CHL1 1 CHL1 C27 CTL3 -0.270000 12.0110 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 72 CHL1 1 CHL1 H27A HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 73 CHL1 1 CHL1 H27B HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+ 74 CHL1 1 CHL1 H27C HAL3 0.900000E-01 1.00800 0 0.00000 -0.301140E-02\n+\n+ 77 !NBOND: bonds\n+ 1 3 1 2 3 4 1 47\n+ 47 48 47 49 47 44 44 45\n+ 44 46 1 5 5 6 5 7\n+ 5 8 8 39 39 44 39 40\n+ 40 41 40 42 40 43 8 9\n+ 9 10 9 11 11 12 11 13\n+ 11 14 14 15 14 37 37 38\n+ 37 39 14 16 16 17 16 26\n+ 26 31 31 32 31 33 31 34\n+ 34 35 34 36 34 37 26 27\n+ 27 28 27 29 27 30 16 18\n+ 18 19 18 20 18 21 21 22\n+ 21 23 21 24 24 25 24 26\n+ 24 50 50 51 50 52 52 53\n+ 52 54 52 55 50 56 56 57\n+ 56 58 56 59 59 60 59 61\n+ 59 62 62 63 62 64 62 65\n+ 65 66 65 67 67 68 67 69\n+ 67 70 65 71 71 72 71 73\n+ 71 74\n+\n+ 157 !NTHETA: angles\n+ 2 1 3 2 1 5 2 1 47\n+ 3 1 5 3 1 47 5 1 47\n+ 1 3 4 1 5 6 1 5 7\n+ 1 5 8 6 5 7 6 5 8\n+ 7 5 8 5 8 9 5 8 39\n+ 9 8 39 8 9 10 8 9 11\n+ 10 9 11 9 11 12 9 11 13\n+ 9 11 14 12 11 13 12 11 14\n+ 13 11 14 11 14 15 11 14 16\n+ 11 14 37 15 14 16 15 14 37\n+ 16 14 37 14 16 17 14 16 18\n+ 14 16 26 17 16 18 17 16 26\n+ 18 16 26 16 18 19 16 18 20\n+ 16 18 21 19 18 20 19 18 21\n+ 20 18 21 18 21 22 18 21 23\n+ 18 21 24 22 21 23 22 21 24\n+ 23 21 24 21 24 25 21 24 26\n+ 21 24 50 25 24 26 25 24 50\n+ 26 24 50 16 26 24 16 26 27\n+ 16 26 31 24 26 27 24 26 31\n+ 27 26 31 26 27 28 26 27 29\n+ 26 27 30 28 27 29 28 27 30\n+ 29 27 30 26 31 32 26 31 33\n+ 26 31 34 32 31 33 32 31 34\n+ 33 31 34 31 34 35 31 34 36\n+ 31 34 37 35 34 36 35 34 37\n+ 36 34 37 14 37 34 14 37 38\n+ 14 37 39 34 37 38 34 37 39\n+ 38 37 39 8 39 37 8 39 40\n+ 8 39 44 37 39 40 37 39 44\n+ 40 39 44 39 40 41 39 40 42\n+ 39 40 43 41 40 42 41 40 43\n+ 42 40 43 39 44 45 39 44 46\n+ 39 44 47 45 44 46 45 44 47\n+ 46 44 47 1 47 44 1 47 48\n+ 1 47 49 44 47 48 44 47 49\n+ 48 47 49 24 50 51 24 50 52\n+ 24 50 56 51 50 52 51 50 56\n+ 52 50 56 50 52 53 50 52 54\n+ 50 52 55 53 52 54 53 52 55\n+ 54 52 55 50 56 57 50 56 58\n+ 50 56 59 57 56 58 57 56 59\n+ 58 56 59 56 59 60 56 59 61\n+ 56 59 62 60 59 61 60 59 62\n+ 61 59 62 59 62 63 59 62 64\n+ 59 62 65 63 62 64 63 62 65\n+ 64 62 65 62 65 66 62 65 67\n+ 62 65 71 66 65 67 66 65 71\n+ 67 65 71 65 67 68 65 67 69\n+ 65 67 70 68 67 69 68 67 70\n+ 69 67 70 65 71 72 65 71 73\n+ 65 71 74 72 71 73 72 71 74\n+ 73 71 74\n+\n+ 259 !NPHI: dihedrals\n+ 1 5 8 9 1 5 8 39\n+ 1 47 44 39 1 47 44 45\n+ 1 47 44 46 2 1 3 4\n+ 2 1 5 6 2 1 5 7\n+ 2 1 5 8 2 1 47 44\n+ 2 1 47 48 2 1 47 49\n+ 3 1 5 6 3 1 5 7\n+ 3 1 5 8 3 1 47 44\n+ 3 1 47 48 3 1 47 49\n+ 4 3 1 5 4 3 1 47\n+ 5 1 47 44 5 1 47 48\n+ 5 1 47 49 5 8 9 10\n+ 5 8 9 11 5 8 39 37\n+ 5 8 39 40 5 8 39 44\n+ 6 5 1 47 6 5 8 9\n+ 6 5 8 39 7 5 1 47\n+ 7 5 8 9 7 5 8 39\n+ 8 5 1 47 8 9 11 12\n+ 8 9 11 13 8 9 11 14\n+ 8 39 37 14 8 39 37 34\n+ 8 39 37 38 8 39 40 41\n+ 8 39 40 42 8 39 40 43\n+ 8 39 44 45 8 39 44 46\n+ 8 39 44 47 9 8 39 37\n+ 9 8 39 40 9 8 39 44\n+ 9 11 14 15 9 11 14 16\n+ 9 11 14 37 10 9 8 39\n+ 10 9 11 12 10 9 11 13\n+ 10 9 11 14 11 9 8 39\n+ 11 14 16 17 11 14 16 18\n+ 11 14 16 26 11 14 37 34\n+ 11 14 37 38 11 14 37 39\n+ 12 11 14 15 12 11 14 16\n+ 12 11 14 37 13 11 14 15\n+ 13 11 14 16 13 11 14 37\n+ 14 16 18 19 14 16 18 20\n+ 14 16 18 21 14 16 26 24\n+ 14 16 26 27 14 16 26 31\n+ 14 37 34 31 14 37 34 35\n+ 14 37 34 36 14 37 39 40\n+ 14 37 39 44 15 14 16 17\n+ 15 14 16 18 15 14 16 26\n+ 15 14 37 34 15 14 37 38\n+ 15 14 37 39 16 14 37 34\n+ 16 14 37 38 16 14 37 39\n+ 16 18 21 22 16 18 21 23\n+ 16 18 21 24 16 26 24 21\n+ 16 26 24 25 16 26 24 50\n+ 16 26 27 28 16 26 27 29\n+ 16 26 27 30 16 26 31 32\n+ 16 26 31 33 16 26 31 34\n+ 17 16 14 37 17 16 18 19\n+ 17 16 18 20 17 16 18 21\n+ 17 16 26 24 17 16 26 27\n+ 17 16 26 31 18 16 14 37\n+ 18 16 26 24 18 16 26 27\n+ 18 16 26 31 18 21 24 25\n+ 18 21 24 26 18 21 24 50\n+ 19 18 16 26 19 18 21 22\n+ 19 18 21 23 19 18 21 24\n+ 20 18 16 26 20 18 21 22\n+ 20 18 21 23 20 18 21 24\n+ 21 18 16 26 21 24 26 27\n+ 21 24 26 31 21 24 50 51\n+ 21 24 50 52 21 24 50 56\n+ 22 21 24 25 22 21 24 26\n+ 22 21 24 50 23 21 24 25\n+ 23 21 24 26 23 21 24 50\n+ 24 26 27 28 24 26 27 29\n+ 24 26 27 30 24 26 31 32\n+ 24 26 31 33 24 26 31 34\n+ 24 50 52 53 24 50 52 54\n+ 24 50 52 55 24 50 56 57\n+ 24 50 56 58 24 50 56 59\n+ 25 24 26 27 25 24 26 31\n+ 25 24 50 51 25 24 50 52\n+ 25 24 50 56 26 16 14 37\n+ 26 24 50 51 26 24 50 52\n+ 26 24 50 56 26 31 34 35\n+ 26 31 34 36 26 31 34 37\n+ 27 26 24 50 27 26 31 32\n+ 27 26 31 33 27 26 31 34\n+ 28 27 26 31 29 27 26 31\n+ 30 27 26 31 31 26 24 50\n+ 31 34 37 38 31 34 37 39\n+ 32 31 34 35 32 31 34 36\n+ 32 31 34 37 33 31 34 35\n+ 33 31 34 36 33 31 34 37\n+ 34 37 39 40 34 37 39 44\n+ 35 34 37 38 35 34 37 39\n+ 36 34 37 38 36 34 37 39\n+ 37 39 40 41 37 39 40 42\n+ 37 39 40 43 37 39 44 45\n+ 37 39 44 46 37 39 44 47\n+ 38 37 39 40 38 37 39 44\n+ 39 44 47 48 39 44 47 49\n+ 40 39 44 45 40 39 44 46\n+ 40 39 44 47 41 40 39 44\n+ 42 40 39 44 43 40 39 44\n+ 45 44 47 48 45 44 47 49\n+ 46 44 47 48 46 44 47 49\n+ 50 56 59 60 50 56 59 61\n+ 50 56 59 62 51 50 52 53\n+ 51 50 52 54 51 50 52 55\n+ 51 50 56 57 51 50 56 58\n+ 51 50 56 59 52 50 56 57\n+ 52 50 56 58 52 50 56 59\n+ 53 52 50 56 54 52 50 56\n+ 55 52 50 56 56 59 62 63\n+ 56 59 62 64 56 59 62 65\n+ 57 56 59 60 57 56 59 61\n+ 57 56 59 62 58 56 59 60\n+ 58 56 59 61 58 56 59 62\n+ 59 62 65 66 59 62 65 67\n+ 59 62 65 71 60 59 62 63\n+ 60 59 62 64 60 59 62 65\n+ 61 59 62 63 61 59 62 64\n+ 61 59 62 65 62 65 67 68\n+ 62 65 67 69 62 65 67 70\n+ 62 65 71 72 62 65 71 73\n+ 62 65 71 74 63 62 65 66\n+ 63 62 65 67 63 62 65 71\n+ 64 62 65 66 64 62 65 67\n+ 64 62 65 71 66 65 67 68\n+ 66 65 67 69 66 65 67 70\n+ 66 65 71 72 66 65 71 73\n+ 66 65 71 74 67 65 71 72\n+ 67 65 71 73 67 65 71 74\n+ 68 67 65 71 69 67 65 71\n+ 70 67 65 71\n+\n+ 0 !NIMPHI: impropers\n+\n+\n+ 0 !NDON: donors\n+\n+\n+ 0 !NACC: acceptors\n+\n+\n+ 0 !NNB\n+\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0\n+\n+ 26 0 !NGRP NST2\n+ 0 1 0 4 1 0 7 1 0\n+ 10 1 0 13 1 0 15 1 0\n+ 17 1 0 20 1 0 23 1 0\n+ 25 0 0 26 1 0 30 1 0\n+ 33 1 0 36 1 0 38 0 0\n+ 39 1 0 43 1 0 46 1 0\n+ 49 1 0 51 1 0 55 1 0\n+ 58 1 0 61 1 0 64 1 0\n+ 66 1 0 70 1 0\n+\n+ 1 !MOLNT\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1 1 1 1 1 1 1\n+ 1 1\n+\n+ 0 0 !NUMLP NUMLPH\n+\n+ 0 !NCRTERM: cross-terms\n+\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/par_all36_lipid.prm b/wrappers/python/tests/systems/par_all36_lipid.prm\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..411e7645af\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/par_all36_lipid.prm\n@@ -0,0 +1,532 @@\n+* \\\\\\\\\\\\\\ CHARMM36 All-Hydrogen Lipid Parameter File ///////\n+* All comments and questions should be submitted to the\n+* parameter forum at the CHARMM website: www.charmm.org\n+*\n+\n+!references\n+!\n+!Jeffery B. Klauda, Richard M. Venable, J. Alfredo Freites, Joseph\n+!W. O'Connor, Douglas J. Tobias, Carlos Mondragon-Ramirez, Igor\n+!Vorobyov, Alexander D. MacKerell, Jr. and Richard W. Pastor \"Update of\n+!the CHARMM All-Atom Additive Force Field for Lipids: Validation on Six\n+!Lipid Types\" J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7843\n+!\n+! PUFA Modifications\n+!Jeffery B. Klauda, Viviana Monje, Taehoon Kim, and Wonpil Im. \"Improving\n+!the CHARMM Force Field for Polyunsaturated Fatty Acid Chains\" J. Phys. Chem. B.\n+!2012 ASAP http://dx.doi.org/10.1021/jp304056p\n+\n+ATOMS\n+MASS -1 HL 1.00800 ! polar H (equivalent to protein H)\n+MASS -1 HCL 1.00800 ! charged H for PE (equivalent to protein HC)\n+MASS -1 HOL 1.00800 ! Nucleic acid phosphate hydroxyl proton\n+MASS -1 HAL1 1.00800 ! alphatic proton\n+MASS -1 HAL2 1.00800 ! alphatic proton\n+MASS -1 HAL3 1.00800 ! alphatic proton\n+MASS -1 HEL1 1.00800 ! for alkene; RHC=CR\n+MASS -1 HEL2 1.00800 ! for alkene; H2C=CR\n+MASS -1 HBL 1.00800 ! POPS SER backbone H\n+MASS -1 CL 12.01100 ! carbonyl C (acetic acid/methyl acetate)\n+MASS -1 CTL1 12.01100 ! sp3 carbon with 1 H (-CH1-)\n+MASS -1 CTL2 12.01100 ! carbon of methylene group (-CH2-)\n+MASS -1 CTL3 12.01100 ! carbon of methyl group (-CH3)\n+MASS -1 CTL5 12.01100 ! carbon of methyl group (-CH3) for tetramethylammonium\n+MASS -1 CEL1 12.01100 ! for alkene; RHC=CR\n+MASS -1 CEL2 12.01100 ! for alkene; H2C=CR\n+MASS -1 CCL 12.01100 ! for POPS\n+MASS -1 NTL 14.00700 ! ammonium nitrogen\n+MASS -1 NH3L 14.00700 ! nitrogen phosphatidylethanolamine\n+MASS -1 OBL 15.99940 ! acetic acid carboxyl oxygen (e. to protein OB)\n+MASS -1 OCL 15.99940 ! acetate oxygen\n+MASS -1 OSL 15.99940 ! ester oxygen\n+MASS -1 O2L 15.99940 ! Nucleic acid =O in phosphate or sulfate\n+MASS -1 OHL 15.99940 ! Nucleic acid phosphate hydroxyl oxygen\n+MASS -1 OSLP 15.99940 ! Phosphate oxygen, to avoid conflict with methylacetate type O\n+MASS -1 PL 30.97400 ! phosphorus\n+MASS -1 SL 32.06000 ! Sulfate sulfur\n+MASS -1 CRL1 12.01100 ! sp3 carbon with 1 H on a ring (-CH1-) for sterols\n+MASS -1 CRL2 12.01100 ! carbon of methylene group on a ring (-CH2-) for sterols\n+\n+BONDS\n+!\n+!V(bond) = Kb(b - b0)**2\n+!\n+!Kb: kcal/mole/A**2\n+!b0: A\n+!\n+!atom type Kb b0\n+!\n+CTL3 CL 200.0 1.522 ! methyl acetate\n+CTL2 CL 200.0 1.522 ! methyl acetate\n+CTL1 CL 200.0 1.522 ! methyl acetate\n+CTL1 CCL 200.0 1.522 ! for POPS\n+OBL CL 750.0 1.220 ! methyl acetate\n+OCL CL 525.0 1.260 ! acetate, protein\n+OCL CCL 525.0 1.260 ! for POPS\n+OSL CL 150.0 1.334 ! methyl acetate\n+OSLP CL 150.0 1.334 ! methyl acetate\n+OHL CL 230.0 1.40 ! methyl acetate\n+HOL OHL 545.0 0.960 ! acetic acid\n+CTL1 HAL1 309.00 1.111 ! alkanes, 3/92\n+CTL1 HBL 330.00 1.080 ! for POPS\n+CTL2 HAL2 309.00 1.111 ! alkanes, 4/98\n+CTL3 HAL3 322.00 1.111 ! alkanes, 4/98\n+CTL3 OSL 340.0 1.43 ! phosphate\n+CTL2 OSL 340.0 1.43 ! phosphate\n+CTL1 OSL 340.0 1.43 ! phosphate\n+CTL3 OSLP 340.0 1.43 !\n+CTL2 OSLP 340.0 1.43 !\n+CTL1 OSLP 340.0 1.43 !\n+OSL PL 270.0 1.60 ! phosphate\n+OSLP PL 270.0 1.60 !\n+O2L PL 580.0 1.48 ! phosphate\n+OHL PL 237.0 1.59 ! phosphate\n+NH3L HCL 410.0 1.04 ! ethanolamine\n+NH3L CTL1 200.0 1.48 ! for POPS\n+NH3L CTL2 261.0 1.51 ! ethanolamine\n+NTL CTL2 215.00 1.51 ! tetramethylammonium\n+NTL CTL5 215.00 1.51 ! tetramethylammonium\n+CTL5 HL 300.00 1.08 ! tetramethylammonium\n+CTL2 HL 300.00 1.08 ! tetramethylammonium\n+CTL1 CTL1 222.500 1.500 ! alkanes, 3/92\n+CTL1 CTL2 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CTL1 CTL3 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CTL2 CTL2 222.500 1.530 ! alkanes, 3/92\n+CTL2 CTL3 222.500 1.528 ! alkanes, 3/92\n+CTL3 CTL3 222.500 1.530 ! alkanes, 3/92\n+OHL CTL1 428.0 1.420 ! glycerol\n+OHL CTL2 428.0 1.420 ! glycerol\n+OHL CTL3 428.0 1.420 ! glycerol\n+SL O2L 540.0 1.448 ! methylsulfate\n+SL OSL 250.0 1.575 ! methylsulfate\n+CEL2 CEL2 510.000 1.330 ! ethene yin,adm jr., 12/95\n+HEL2 CEL2 365.000 1.100 ! propene; from ethene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL3 383.000 1.504 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CEL2 500.000 1.342 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 360.500 1.100 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL2 365.000 1.502 ! butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CEL1 440.000 1.340 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+\n+ANGLES\n+!\n+!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2\n+!\n+!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2\n+!\n+!Ktheta: kcal/mole/rad**2\n+!Theta0: degrees\n+!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)\n+!S0: A\n+!\n+!atom types Ktheta Theta0 Kub S0\n+!\n+!\n+OBL CL CTL3 70.0 125.0 20.0 2.442 ! methyl acetate\n+OBL CL CTL2 70.0 125.0 20.0 2.442 ! methyl acetate\n+OBL CL CTL1 70.0 125.0 20.0 2.442 ! methyl acetate\n+OSL CL OBL 90.0 125.9 160.0 2.2576 ! acetic acid\n+CL OSL CTL1 40.0 109.6 30.0 2.2651 ! methyl acetate\n+CL OSL CTL2 40.0 109.6 30.0 2.2651 ! methyl acetate\n+CL OSL CTL3 40.0 109.6 30.0 2.2651 ! methyl acetate\n+HAL2 CTL2 CL 33.00 109.50 30.00 2.163 ! methyl acetate\n+HAL3 CTL3 CL 33.00 109.50 30.00 2.163 ! methyl acetate\n+CTL2 CTL2 CL 52.0 108.00 ! alkane\n+CTL2 CTL1 CCL 52.0 108.00 ! for POPS\n+CTL3 CTL2 CL 52.0 108.00 ! alkane\n+OSL CL CTL3 55.0 109.0 20.00 2.3260 ! methyl acetate\n+OSL CL CTL2 55.0 109.0 20.00 2.3260 ! methyl acetate\n+OSL CL CTL1 55.0 109.0 20.00 2.3260 ! methyl acetate\n+OHL CL OBL 50.0 123.0 210.0 2.2620 ! acetic acid\n+OCL CL CTL2 40.0 118.0 50.0 2.3880 ! acetate\n+OCL CL CTL3 40.0 118.0 50.0 2.3880 ! acetate\n+OCL CL OCL 100.0 124.0 70.0 2.2250 ! acetate\n+OCL CCL OCL 100.0 124.0 70.0 2.2250 ! for POPS\n+OCL CCL CTL1 40.0 118.0 50.0 2.3880 ! for POPS\n+OHL CL CTL3 55.0 110.50 ! acetic acid\n+OHL CL CTL2 55.0 110.50 ! acetic acid\n+HOL OHL CL 55.0 115.0 ! acetic acid\n+OSL CTL1 CTL1 75.700 110.10 ! acetic acid, PIP\n+OSL CTL1 CTL2 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSL CTL1 CTL3 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSL CTL2 CTL1 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSL CTL2 CTL2 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSL CTL2 CTL3 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSLP CTL1 CTL1 75.700 110.10 ! acetic acid, PIP\n+OSLP CTL1 CTL2 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSLP CTL1 CTL3 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSLP CTL2 CTL1 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSLP CTL2 CTL2 75.700 110.10 ! acetic acid\n+OSLP CTL2 CTL3 75.700 110.10 ! acetic acid\n+HAL2 CTL2 HAL2 35.500 109.00 5.40 1.80200 ! alkane, 3/92\n+HAL3 CTL3 HAL3 35.500 108.40 5.40 1.80200 ! alkane, 3/92\n+HAL1 CTL1 OSL 60.0 109.5 ! phosphate\n+HAL2 CTL2 OSL 60.0 109.5 ! phosphate\n+HAL3 CTL3 OSL 60.0 109.5 ! phosphate\n+HAL1 CTL1 OSLP 60.0 109.5 ! phosphate\n+HAL2 CTL2 OSLP 60.0 109.5 ! phosphate\n+HAL3 CTL3 OSLP 60.0 109.5 ! phosphate\n+CTL1 OSL PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate, PIP\n+CTL2 OSL PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate\n+CTL3 OSL PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate\n+CTL1 OSLP PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate, PIP\n+CTL2 OSLP PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate\n+CTL3 OSLP PL 20.0 120.0 35.0 2.33 ! phosphate\n+HOL OHL PL 30.0 115.0 40.0 2.30 ! phosphate\n+OSL PL OSL 80.0 104.3 ! phosphate\n+OSL PL O2L 98.9 111.6 ! phosphate\n+OSL PL OHL 48.1 108.0 ! phosphate\n+OSLP PL OSLP 80.0 104.3 ! phosphate\n+OSLP PL O2L 98.9 111.6 ! phosphate\n+OSLP PL OHL 48.1 108.0 ! phosphate\n+O2L PL O2L 120.0 120.0 ! phosphate\n+O2L PL OHL 98.9 108.23 ! phosphate\n+NTL CTL2 HL 40.0 109.5 27. 2.13 ! tetramethylammonium\n+NTL CTL5 HL 40.0 109.5 27. 2.13 ! tetramethylammonium\n+HL CTL2 HL 24.0 109.50 28. 1.767 ! tetramethylammonium\n+HL CTL5 HL 24.0 109.50 28. 1.767 ! tetramethylammonium\n+CTL2 NTL CTL2 60.0 109.5 26. 2.466 ! tetraethylammonium, from CTL5 NTL CTL2\n+CTL5 NTL CTL2 60.0 109.5 26. 2.466 ! tetramethylammonium\n+CTL5 NTL CTL5 60.0 109.5 26. 2.466 ! tetramethylammonium\n+HL CTL2 CTL2 33.430 110.10 22.53 2.179 ! alkane\n+HL CTL2 CTL3 33.430 110.10 22.53 2.179 ! alkane\n+HAL1 CTL1 CTL1 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+HAL1 CTL1 CTL2 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+HAL1 CTL1 CTL3 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+HAL2 CTL2 CTL1 26.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HAL2 CTL2 CTL2 26.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HAL2 CTL2 CTL3 34.600 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HAL3 CTL3 CTL1 33.430 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HAL3 CTL3 CTL2 34.600 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HAL3 CTL3 CTL3 37.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HBL CTL1 CCL 50.000 109.50 ! for POPS\n+HBL CTL1 CTL2 35.000 111.00 ! for POPS\n+NTL CTL2 CTL2 67.7 115.00 ! tetramethylammonium\n+NTL CTL2 CTL3 67.7 115.00 ! tetramethylammonium\n+HCL NH3L CTL2 33.0 109.50 4.00 2.056 ! ethanolamine\n+HCL NH3L CTL1 30.0 109.50 20.00 2.074 ! for POPS\n+HCL NH3L HCL 41.0 109.50 ! ethanolamine\n+NH3L CTL2 CTL2 67.7 110.00 ! ethanolamine\n+NH3L CTL2 HAL2 45.0 107.50 35.00 2.0836 ! ethanolamine\n+CTL1 CTL1 CTL1 53.350 111.00 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+NH3L CTL1 CCL 43.7 110.00 ! for POPS\n+NH3L CTL1 CTL2 67.7 110.00 ! for POPS\n+NH3L CTL1 HBL 51.5 107.50 ! for POPS\n+CTL1 CTL1 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL1 CTL1 CTL3 53.350 108.50 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+CTL1 CTL2 CTL1 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL1 CTL2 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL1 CTL2 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL2 CTL1 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL2 CTL1 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CTL2 CTL2 CTL2 58.350 113.60 11.16 2.561 ! alkane, 3/92\n+CTL2 CTL2 CTL3 58.000 115.00 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+CTL3 CTL1 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+HOL OHL CTL1 57.500 106.00 ! glycerol\n+HOL OHL CTL2 57.500 106.00 ! glycerol\n+HOL OHL CTL3 57.500 106.00 ! glycerol\n+OHL CTL1 CTL1 75.700 110.10 ! glycerol, PIP\n+OHL CTL1 CTL2 75.700 110.10 ! glycerol\n+OHL CTL2 CTL1 75.700 110.10 ! glycerol\n+OHL CTL2 CTL2 75.700 110.10 ! glycerol\n+OHL CTL2 CTL3 75.700 110.10 ! glycerol\n+OHL CTL1 HAL1 45.900 108.89 ! glycerol\n+OHL CTL2 HAL2 45.900 108.89 ! glycerol\n+OHL CTL3 HAL3 45.900 108.89 ! glycerol\n+O2L SL O2L 130.0 109.47 35.0 2.45 ! methylsulfate\n+O2L SL OSL 85.0 98.0 ! methylsulfate\n+CTL2 OSL SL 15.0 109.0 27.00 1.90 ! methylsulfate\n+CTL3 OSL SL 15.0 109.0 27.00 1.90 ! methylsulfate\n+CEL1 CEL1 CTL2 48.00 123.50 ! from 2-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CEL1 CTL3 48.00 123.50 ! 2-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CTL2 48.00 126.00 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CTL3 47.00 125.20 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CEL1 52.00 119.50 ! 2-butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CEL2 42.00 118.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL2 40.00 116.00 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL3 22.00 117.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL2 CEL2 CEL1 45.00 120.50 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL2 CEL2 CEL2 55.50 120.50 ! ethene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL2 CEL2 HEL2 19.00 119.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL2 CTL2 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL2 CTL3 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HAL2 CTL2 CEL1 45.00 111.50 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HAL3 CTL3 CEL1 42.00 111.50 ! 2-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL2 CEL1 30.0 114.0 ! 1,4-dipentene, adm jr., 2/00\n+ \n+DIHEDRALS\n+!\n+!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))\n+!\n+!Kchi: kcal/mole\n+!n: multiplicity\n+!delta: degrees\n+!\n+!atom types Kchi n delta\n+!\n+X CTL1 OHL X 0.14 3 0.00 ! glycerol\n+X CTL2 OHL X 0.14 3 0.00 ! glycerol\n+X CTL3 OHL X 0.14 3 0.00 ! glycerol\n+OCL CCL CTL1 NH3L 3.20 2 180.00 ! for POPS\n+OBL CL CTL2 HAL2 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OBL CL CTL3 HAL3 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OSL CL CTL2 HAL2 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OSL CL CTL3 HAL3 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OSLP CL CTL2 HAL2 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OSLP CL CTL3 HAL3 0.00 6 180.00 ! acetic acid\n+OBL CL OSL CTL1 0.965 1 180.00 ! methyl acetate\n+OBL CL OSL CTL1 3.85 2 180.00 ! methyl acetate\n+OBL CL OSL CTL2 0.965 1 180.00 ! methyl acetate\n+OBL CL OSL CTL2 3.85 2 180.00 ! methyl acetate\n+OBL CL OSL CTL3 0.965 1 180.00 ! methyl acetate\n+OBL CL OSL CTL3 3.85 2 180.00 ! methyl acetate\n+X CL OSL X 2.05 2 180.00 ! methyl acetate\n+X CTL2 CL X 0.05 6 180.00 ! methyl acetate\n+X CTL3 CL X 0.05 6 180.00 ! methyl acetate\n+X CL OHL X 2.05 2 180.00 ! acetic acid\n+X CTL1 CCL X 0.05 6 180.00 ! for POPS\n+HAL2 CTL2 CL OHL 0.00 6 180.00\n+HAL3 CTL3 CL OHL 0.00 6 180.00\n+PL OSLP CTL2 CTL1 0.407 2 0.00 ! Phos-gly, 8/05\n+PL OSLP CTL2 CTL1 0.241 1 180.00 ! Phos-gly, 8/05\n+PL OSLP CTL2 CTL2 0.407 2 0.00 ! Phos-gly, 8/05\n+PL OSLP CTL2 CTL2 0.241 1 180.00 ! Phos-gly, 8/05\n+OSL PL OSL CTL1 1.20 1 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSL PL OSL CTL1 0.10 2 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSL PL OSL CTL1 0.10 3 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSLP PL OSLP CTL1 1.20 1 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSLP PL OSLP CTL1 0.10 2 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSLP PL OSLP CTL1 0.10 3 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+OSLP PL OSLP CTL2 1.20 1 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OSLP PL OSLP CTL2 0.10 2 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OSLP PL OSLP CTL2 0.10 3 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+O2L PL OSLP CTL2 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+O2L PL OSL CTL2 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OSLP PL OSLP CTL3 1.20 1 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OSLP PL OSLP CTL3 0.10 2 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OSLP PL OSLP CTL3 0.10 3 180.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+O2L PL OSLP CTL1 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+O2L PL OSL CTL1 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr., PIP\n+O2L PL OSLP CTL3 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+O2L PL OSL CTL3 0.10 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+OHL PL OSL CTL1 0.95 2 0.00 ! terminal phosphate, PIP\n+OHL PL OSL CTL1 0.50 3 0.00 ! terminal phosphate, PIP\n+OHL PL OSL CTL2 0.95 2 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSL CTL2 0.50 3 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSL CTL3 0.95 2 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSL CTL3 0.50 3 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSLP CTL2 0.95 2 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSLP CTL2 0.50 3 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSLP CTL3 0.95 2 0.00 ! terminal phosphate\n+OHL PL OSLP CTL3 0.50 3 0.00 ! terminal phosphate\n+X OHL PL X 0.30 3 0.00 ! terminal phosphate\n+X CTL1 OSL X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+X CTL2 OSL X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+X CTL3 OSL X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+X CTL1 OSLP X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+X CTL2 OSLP X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+X CTL3 OSLP X 0.00 3 0.00 ! phosphate, new NA, 4/98, adm jr.\n+CTL1 CTL2 CL OSL -0.15 1 180.00 ! methyl propionate, 12/92\n+CTL1 CTL2 CL OSL 0.53 2 180.00 ! methyl propionate, 12/92\n+CTL2 CTL2 CL OSL 0.000 6 0.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CL OSL 0.030 3 180.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CL OSL 0.432 2 180.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CL OSL 0.332 1 0.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CL OSL 0.000 6 0.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CL OSL 0.030 3 180.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CL OSL 0.432 2 180.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CL OSL 0.332 1 0.00 ! glycerol & propl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CTL2 CL 0.000 5 180.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CTL2 CL 0.317 3 180.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CTL2 CL 0.557 2 0.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL3 CTL2 CTL2 CL 0.753 1 0.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CTL2 CL 0.000 5 180.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CTL2 CL 0.317 3 180.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CTL2 CL 0.557 2 0.00 ! propyl ester, 6/07\n+CTL2 CTL2 CTL2 CL 0.753 1 0.00 ! propyl ester, 6/07\n+OSL CTL2 CTL1 OSL -0.429 4 60.00 ! glycerol, 8/08\n+OSL CTL2 CTL1 OSL 0.614 3 0.00 ! glycerol, 8/08 \n+OSL CTL2 CTL1 OSL -0.115 2 60.00 ! glycerol, 8/08 \n+OSL CTL2 CTL1 OSL 0.703 1 180.00 ! glycerol, 8/08 \n+OSLP CTL2 CTL1 OSL 0.000 4 0.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL1 OSL 0.607 3 180.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL1 OSL 0.254 2 60.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL1 OSL 2.016 1 180.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL2 OSL 0.000 4 0.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL2 OSL 0.607 3 180.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL2 OSL 0.254 2 60.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+OSLP CTL2 CTL2 OSL 2.016 1 180.00 ! Fit to QM, theta2, 07/08 jbk\n+CTL3 CTL1 CTL2 OSL 0.000 3 0.00 ! glycerol, theta3\n+CTL2 CTL1 CTL2 OSL 0.000 3 0.00 ! glycerol, theta3\n+CTL3 CTL2 CTL2 OSL 0.000 3 0.00 ! glycerol, theta3\n+CTL2 CTL2 CTL2 OSL 0.000 3 0.00 ! glycerol, theta3\n+CL OSL CTL1 CTL2 0.000 4 0.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL2 0.150 3 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL2 1.453 2 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL2 0.837 1 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL3 0.000 4 0.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL3 0.150 3 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL3 1.453 2 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL1 CTL3 0.837 1 180.00 ! glycerol, beta1 6/07\n+CL OSL CTL2 CTL1 0.267 3 180.00 ! glycerol, gamma1 6/07 \n+CL OSL CTL2 CTL1 0.173 2 0.00 ! glycerol, gamma1 6/07 \n+CL OSL CTL2 CTL1 0.781 1 180.00 ! glycerol, gamma1 6/07\n+X CTL2 NTL X 0.26 3 0.00 ! tetramethylammonium\n+X CTL5 NTL X 0.23 3 0.00 ! tetramethylammonium\n+X CTL1 NH3L X 0.10 3 0.00 ! for POPS\n+X CTL2 NH3L X 0.10 3 0.00 ! ethanolamine\n+NH3L CTL2 CTL2 OHL 0.7 1 180.00 ! ethanolamine\n+NH3L CTL2 CTL2 OSLP 0.7 1 180.00 ! ethanolamine\n+NTL CTL2 CTL2 OHL 4.3 1 180.00 ! choline, 12/92\n+NTL CTL2 CTL2 OHL -0.4 3 180.00 ! choline, 12/92\n+NTL CTL2 CTL2 OSLP 3.3 1 180.00 ! choline, 12/92\n+NTL CTL2 CTL2 OSLP -0.4 3 180.00 ! choline, 12/92\n+X CTL1 CTL1 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CTL1 CTL2 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CTL1 CTL3 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CTL2 CTL2 X 0.1900 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+X CTL2 CTL3 X 0.1600 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+X CTL3 CTL3 X 0.1525 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+!alkane CCCC dihedrals based on pentane, heptane and hexane vdz/vqz/ccsd(t) QM data\n+CTL3 CTL2 CTL2 CTL3 0.060 2 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL3 CTL2 CTL2 CTL3 0.035 5 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL3 0.162 2 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL3 0.047 3 180.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL3 0.105 4 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL3 0.177 5 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL2 0.101 2 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL2 0.142 3 180.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL2 0.074 4 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+CTL2 CTL2 CTL2 CTL2 0.097 5 0.00 ! alkane, 7/08, jbk\n+HAL3 CTL3 OSL SL 0.00 3 0.00 ! methylsulfate\n+CTL2 OSL SL O2L 0.00 3 0.00 ! methylsulfate\n+CTL3 OSL SL O2L 0.00 3 0.00 ! methylsulfate\n+HEL1 CEL1 CEL1 HEL1 1.0000 2 180.00 ! 2-butene, adm jr., 8/98 update\n+CTL3 CEL1 CEL1 HEL1 1.0000 2 180.00 ! 2-butene, adm jr., 8/98 update\n+X CEL1 CEL1 X 0.4500 1 180.00 ! 2-butene, adm jr., 4/04\n+X CEL1 CEL1 X 8.5000 2 180.00 !\n+X CEL2 CEL2 X 4.9000 2 180.00 ! ethene, yin,adm jr., 12/95\n+CTL2 CEL1 CEL2 HEL2 5.2000 2 180.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+CTL3 CEL1 CEL2 HEL2 5.2000 2 180.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CEL2 HEL2 5.2000 2 180.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+!alkene update, 2004,2009\n+CEL1 CEL1 CTL2 HAL2 0.3000 3 180.00 !2-butene, adm jr., 4/04\n+CEL1 CEL1 CTL3 HAL3 0.3000 3 180.00 !2-butene, adm jr., 4/04\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.9000 1 180.00 !2-pentene and 3-heptene\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.2000 2 180.00 !2-pentene and 3-heptene\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.9100 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09, end fix jbk\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.1800 2 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.1700 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL2 0.9100 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL2 0.1800 2 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL2 0.1700 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CL 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09, add jbk for DHA\n+CEL1 CTL2 CTL2 CL 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09, add jbk for DHA\n+CEL1 CTL2 CTL2 CL 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09, add jbk for DHA\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL3 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL3 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL1 CTL2 CTL2 CTL3 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09\n+CEL2 CEL1 CTL2 CTL2 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 CTL2 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 CTL3 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 CTL3 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 HAL2 0.1200 3 0.00 ! 1-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CTL3 HAL3 0.0500 3 180.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL2 CTL2 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL2 CTL3 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL2 HAL2 0.0000 3 0.00 ! butene, adm jr., 2/00 update\n+HEL1 CEL1 CTL3 HAL3 0.0000 3 0.00 ! butene, adm jr., 2/00 update\n+! 1,4-dipentene, adm jr., 2/00\n+CEL2 CEL1 CTL2 CEL1 1.200 1 180.00 !1,4-dipentene\n+CEL2 CEL1 CTL2 CEL1 0.400 2 180.00 !1,4-dipentene\n+CEL2 CEL1 CTL2 CEL1 1.300 3 180.00 !1,4-dipentene\n+CEL1 CTL2 CEL1 HEL1 0.000 2 0.00 !1,4-dipentene\n+CEL1 CTL2 CEL1 HEL1 0.000 3 0.00 !1,4-dipentene\n+! 2,5-diheptene, jbk., 9/2010\n+! for CIS double bonds in polyunsaturated lipids (default)\n+CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.850 1 180.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.300 2 180.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.260 3 0.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.096 4 0.00 !2,5-diheptane\n+! for TRANS double bonds in polyunsaturated lipids\n+! uncomment following 4 lines and comment previous 4 lines to use\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 1.200 1 180.00 !2,5-diheptane\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.200 2 180.00 !2,5-diheptane\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 1.200 3 180.00 !2,5-diheptane\n+!CEL1 CEL1 CTL2 CEL1 0.100 4 180.00 !2,5-diheptane\n+\n+!\n+IMPROPER\n+!\n+!V(improper) = Kpsi(psi - psi0)**2\n+!\n+!Kpsi: kcal/mole/rad**2\n+!psi0: degrees\n+!note that the second column of numbers (0) is ignored\n+!\n+!atom types Kpsi psi0\n+!\n+OBL X X CL 100.00 0 0.00 ! acetic acid\n+HEL2 HEL2 CEL2 CEL2 3.00 0 0.00 ! ethene, yin,adm jr., 12/95\n+OCL X X CL 96.00 0 0.00 ! acetate\n+OCL X X CCL 96.00 0 0.00 ! for POPS\n+\n+\n+NONBONDED nbxmod 5 atom cdiel fshift vatom vdistance vfswitch -\n+cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5\n+!\n+!V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6]\n+!\n+!epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j)\n+!Rmin/2: A, Rmin,i,j = Rmin/2,i + Rmin/2,j\n+!\n+!atom ignored epsilon Rmin/2 ignored eps,1-4 Rmin/2,1-4\n+!\n+HOL 0.0 -0.046 0.2245\n+HAL1 0.0 -0.022 1.3200 ! alkane, 3/92\n+HAL2 0.0 -0.028 1.3400 ! alkane, yin and mackerell, 4/98\n+HAL3 0.0 -0.024 1.3400 ! alkane, yin and mackerell, 4/98\n+HBL 0.0 -0.022 1.3200 ! for POPS\n+HCL 0.0 -0.046 0.2245 ! ethanolamine\n+HL 0.0 -0.046 0.7 ! polar H on NC4+\n+HEL1 0.0 -0.031 1.25 ! alkene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL2 0.0 -0.026 1.26 ! alkene, yin,adm jr., 12/95\n+!\n+CL 0.0 -0.0700 2.00 ! methyl acetate update \n+CCL 0.0 -0.0700 2.00 ! for POPS\n+CTL1 0.0 -0.0200 2.275 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 3/92\n+CTL2 0.0 -0.0560 2.010 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 4/98, yin, adm jr.\n+CTL3 0.0 -0.0780 2.040 0.0 -0.01 1.9 ! alkane, 4/98, yin, adm jr.\n+CTL5 0.0 -0.0800 2.06 0.0 -0.01 1.9 ! old CTL3\n+ ! maintained for tetramethylammonium\n+CEL1 0.0 -0.068 2.09 ! alkene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 0.0 -0.064 2.08 ! alkene, yin,adm jr., 12/95\n+CRL1 0.0 -0.0360 2.010 0.0 -0.01 1.9 ! CGAFF, jbk add for cholesterol\n+CRL2 0.0 -0.0600 2.020 0.0 -0.01 1.9 ! CPEN, cyclopentane, 8/06 viv (jbk add)\n+\n+!\n+OBL 0.0 -0.12 1.70 0.0 -0.12 1.4\n+OCL 0.0 -0.12 1.70\n+O2L 0.0 -0.12 1.70\n+OHL 0.0 -0.1521 1.77\n+OSL 0.0 -0.1000 1.6500 !viv dec06 ether parameter\n+OSLP 0.0 -0.1000 1.6500 !viv dec06 ether parameter\n+!\n+NH3L 0.0 -0.20 1.85 ! ethanolamine\n+NTL 0.0 -0.20 1.85 ! as all other nitogens\n+!\n+SL 0.0 -0.47 2.1 ! methylsulfate\n+PL 0.0 -0.585 2.15 ! ADM Jr.\n+\n+NBFIX\n+! Emin Rmin\n+! (kcal/mol) (A)\n+!\n+\n+HBOND CUTHB 0.5 ! If you want to do hbond analysis (only), then use\n+ ! READ PARAM APPEND CARD\n+ ! to append hbond parameters from the file: par_hbond.inp\n+\n+END\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/toppar_all36_lipid_cholesterol.str b/wrappers/python/tests/systems/toppar_all36_lipid_cholesterol.str\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..9a9f99d862\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/toppar_all36_lipid_cholesterol.str\n@@ -0,0 +1,5060 @@\n+* Toppar stream file for cholesterol. Stream following reading of\n+* top_all36_lipid.rtf\n+* par_all36_lipid.rtf\n+* top_all36_cgenff.rtf\n+* and par_all36_cgenff.prm\n+*\n+\n+!topology and parameters are included for two cholesterol models. the\n+!model may be selected by setting variable chol_model to 1 or 2, as \n+!specified below\n+!\n+\n+set chol_model 1 !2 for original Suits et al. model\n+\n+!\n+!1) Revised model of Lim et al. This contains a number of NBFIXes that\n+!makes it unsuitable for ANTON (set chol_model 1)\n+!\n+!2) Original model of Suits et al., which is used on ANTON as well as\n+!being suitable for other systems (set chol_model 2 (or anything but 1....))\n+!\n+!references\n+!\n+!Lim, J.B., Rogaski, B. and Klauda, J.B.. \"Update of the Cholesterol Force Field \n+!Parameters in CHARMM\" 116: 203-210 (2012).\n+!\n+!Suits, F., Pitman, M., MacKerell, A.D., Jr., Feller, S.E. \"Molecular Level \n+!Organization of Saturated and Polyunsaturated Fatty Acids in a \n+!Phosphatidylcholine Bilayer Containing Cholesterol\" Biochemistry,\n+!43(49):15318-28, 2004\n+!\n+\n+!test \"append\"\n+set nat ?NATC\n+set app\n+!We're exploiting what is arguably a bug in the parser. On the left hand side,\n+!the quotes have priority, so NAT is correctly substituted. On the right hand\n+!side, the ? has priority and NATC\" (sic) is not a valid substitution...\n+if \"@NAT\" ne \"?NATC\" if @nat ne 0 set app append\n+\n+if chol_model eq 1 then\n+\n+! reference\n+! Lim, J.B., Rogaski, B. and Klauda, J.B.. \"Update of the Cholesterol Force Field \n+! Parameters in CHARMM\" 116: 203-210 (2012).\n+!\n+\n+read rtf card @app\n+* Topology for cholesterol \n+*\n+31 1\n+\n+RESI CHL1 0.00 !cholesterol v. 2(name to avoid conflict with choline)\n+! by Joseph Lim, based on DEC2\n+! atoms names correspond to the correct cholesterol nomenclature\n+GROUP\n+ATOM C3 CRL1 0.14\n+ATOM H3 HGA1 0.09\n+ATOM O3 OHL -0.66\n+ATOM H3' HOL 0.43\n+GROUP\n+ATOM C4 CRL2 -0.18\n+ATOM H4A HGA2 0.09\n+ATOM H4B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C5 CEL1 0.00\n+ATOM C6 CEL1 -0.15\n+ATOM H6 HEL1 0.15\n+GROUP\n+ATOM C7 CRL2 -0.18\n+ATOM H7A HGA2 0.09\n+ATOM H7B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C8 CRL1 -0.09\n+ATOM H8 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C14 CRL1 -0.09\n+ATOM H14 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C15 CRL2 -0.18\n+ATOM H15A HGA2 0.09\n+ATOM H15B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C16 CRL2 -0.18\n+ATOM H16A HGA2 0.09\n+ATOM H16B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C17 CRL1 -0.09\n+ATOM H17 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C13 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !methyl at c13\n+ATOM H18A HAL3 0.09\n+ATOM H18B HAL3 0.09\n+ATOM H18C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C12 CRL2 -0.18\n+ATOM H12A HGA2 0.09\n+ATOM H12B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CRL2 -0.18\n+ATOM H11A HGA2 0.09\n+ATOM H11B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C9 CRL1 -0.09\n+ATOM H9 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C10 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 !methyl at c10\n+ATOM H19A HAL3 0.09\n+ATOM H19B HAL3 0.09\n+ATOM H19C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL2 -0.18\n+ATOM H1A HGA2 0.09\n+ATOM H1B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C2 CRL2 -0.18\n+ATOM H2A HGA2 0.09\n+ATOM H2B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C20 CTL1 -0.09\n+ATOM H20 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C21 CTL3 -0.27\n+ATOM H21A HAL3 0.09\n+ATOM H21B HAL3 0.09\n+ATOM H21C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C22 CTL2 -0.18\n+ATOM H22A HAL2 0.09\n+ATOM H22B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C23 CTL2 -0.18\n+ATOM H23A HAL2 0.09\n+ATOM H23B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C24 CTL2 -0.18 !beyond this nomenclature may not be correct\n+ATOM H24A HAL2 0.09\n+ATOM H24B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !c25\n+ATOM H25 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c26\n+ATOM H26A HAL3 0.09\n+ATOM H26B HAL3 0.09\n+ATOM H26C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c27\n+ATOM H27A HAL3 0.09\n+ATOM H27B HAL3 0.09\n+ATOM H27C HAL3 0.09\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24A C24 H24B\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+!ICs based on CHARMM optimized structure\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5383 110.44 55.92 110.66 1.5367\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5367 110.66 120.28 109.14 1.4158\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4158 109.14 118.92 109.40 1.1155\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5311 109.14 -58.51 105.39 0.9593\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5311 110.66 -55.96 111.70 1.5156\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5156 111.70 121.99 109.16 1.1099\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1099 109.16 115.03 107.34 1.1142\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5367 111.70 54.04 115.09 1.5304\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5304 115.09 -177.32 121.28 1.3432\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5156 121.28 -178.39 123.88 1.5018\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5018 123.88 177.19 119.54 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3432 123.88 14.50 112.36 1.5506\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5506 112.36 122.18 110.84 1.1114\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1114 110.84 118.17 109.17 1.1124\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5018 112.36 -165.89 110.02 1.5202\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5202 110.02 121.07 110.84 1.5327\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5327 110.84 119.34 108.18 1.1123\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5506 110.02 179.73 115.21 1.5247\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5247 115.21 126.69 117.86 1.5382\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5247 115.21 -116.05 105.83 1.1205\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5202 117.86 -163.10 103.40 1.5360\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5360 103.40 117.45 109.62 1.1113\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1113 109.62 121.32 111.94 1.1082\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5382 103.40 7.85 106.79 1.5620\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5620 106.79 118.96 109.25 1.1107\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1107 109.25 120.76 111.65 1.1090\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5401 104.94 132.02 112.36 1.5633\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5401 104.94 -111.76 106.42 1.1153\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5401 100.27 122.68 106.98 1.5408\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5408 106.98 122.91 110.83 1.5518\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5247 110.83 60.33 111.48 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.48 119.80 110.01 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.48 -121.00 111.71 1.1067\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5247 106.98 56.78 111.10 1.5422\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5422 111.10 121.37 111.21 1.1067\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1067 111.21 118.82 108.68 1.1119\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5593 113.54 121.67 107.06 1.1093\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1093 107.06 115.98 108.75 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5531 112.73 -114.54 104.68 1.1185\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5531 111.91 -120.04 108.03 1.5524\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5524 108.03 -119.87 109.26 1.5579\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5304 108.03 -172.88 110.67 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.67 118.48 111.77 1.1080\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.67 -120.66 110.97 1.1095\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5383 114.55 122.42 109.26 1.1104\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5383 114.55 -120.71 108.29 1.1134\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5383 110.44 121.16 109.41 1.1119\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1119 109.41 118.30 109.70 1.1112\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5620 112.36 55.21 110.55 1.5476\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5476 110.55 125.88 113.32 1.5349\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5349 113.32 118.87 107.27 1.1157\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5633 113.32 64.90 110.93 1.1077\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1077 110.93 -121.00 110.41 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1077 110.93 118.40 111.29 1.1085\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5633 110.55 -174.59 115.12 1.5394\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5394 115.12 120.23 109.35 1.1116\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1116 109.35 117.13 108.75 1.1121\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5476 115.12 172.50 112.25 1.5377\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5377 112.25 121.13 109.69 1.1108\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1108 109.69 118.14 108.99 1.1129\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5394 112.25 -176.23 114.06 1.5418\n+IC C25 C23 *C24 H24A 1.5418 114.06 120.56 108.44 1.1132\n+IC H24A C23 *C24 H24B 1.1132 108.44 117.11 109.39 1.1121\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5377 114.06 174.26 111.24 1.5378\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5378 111.24 119.63 112.86 1.5381\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5378 111.24 -119.50 108.47 1.1151\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5418 111.24 -178.53 110.52 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1105 110.52 120.00 110.36 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1105 110.52 -120.09 110.33 1.1106\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5418 112.86 -178.28 110.40 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1105 110.40 119.95 110.31 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1105 110.40 -119.82 110.77 1.1097\n+\n+RESI CHNS 0.00 !cholesterol with sidechain beyond c18(c20) omitted\n+! atoms names after the comments correspond to the\n+! correct cholesterol nomenclature\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL1 0.14 !C3\n+ATOM H1 HGA1 0.09\n+ATOM O1 OHL -0.66\n+ATOM HO1 HOL 0.43\n+\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 !c4\n+ATOM H2 HGA2 0.09\n+ATOM H2' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C3 CEL1 0.00 !c5\n+ATOM C4 CEL1 -0.15 !c6\n+ATOM H4 HEL1 0.15\n+\n+ATOM C5 CRL2 -0.18 !c7\n+ATOM H5 HGA2 0.09\n+ATOM H5' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C6 CRL1 -0.09 !c8\n+ATOM H6 HGA1 0.09\n+\n+ATOM C7 CRL1 -0.09 !c14\n+ATOM H7 HGA1 0.09\n+\n+ATOM C8 CRL2 -0.18 !c15\n+ATOM H8 HGA2 0.09\n+ATOM H8' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C9 CRL2 -0.18 !c16\n+ATOM H9 HGA2 0.09\n+ATOM H9' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C10 CRL1 -0.09 !c17\n+ATOM H10 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CRL1 0.00 ! c14\n+\n+ATOM Cc11 CTL3 -0.27 !c18, methyl at c13\n+ATOM H111 HAL3 0.09\n+ATOM H112 HAL3 0.09\n+ATOM H113 HAL3 0.09\n+\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 !c12\n+ATOM H12 HGA2 0.09\n+ATOM H12' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C13 CRL2 -0.18 !c11\n+ATOM H13 HGA2 0.09\n+ATOM H13' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 !c9\n+ATOM H14 HGA1 0.09\n+\n+ATOM C15 CRL1 0.00 !c10\n+\n+ATOM CC15 CTL3 -0.27 !c19, methyl at c10\n+ATOM H151 HAL3 0.09\n+ATOM H152 HAL3 0.09\n+ATOM H153 HAL3 0.09\n+\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 !c1\n+ATOM H16 HGA2 0.09\n+ATOM H16' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C17 CRL2 -0.18 !c2\n+ATOM H17 HGA2 0.09\n+ATOM H17' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !c20\n+ATOM H181 HAL3 0.09\n+ATOM H182 HAL3 0.09\n+ATOM H183 HAL3 0.09\n+\n+BOND C1 O1 C1 H1 C1 C2\n+BOND O1 HO1\n+BOND C2 C3 C2 H2 C2 H2'\n+DOUBLE C3 C4\n+BOND C4 C5 C4 H4\n+BOND C5 C6 C5 H5 C5 H5'\n+BOND C6 C7 C6 H6\n+BOND C7 C8 C7 H7\n+BOND C8 C9 C8 H8 C8 H8'\n+BOND C9 C10 C9 H9 C9 H9'\n+BOND C10 C18 C10 C11 C10 H10\n+BOND C11 CC11 C11 C7 C11 C12\n+BOND CC11 H111 CC11 H112 CC11 H113\n+BOND C12 C13 C12 H12 C12 H12'\n+BOND C13 C14 C13 H13 C13 H13'\n+BOND C14 C15 C14 C6 C14 H14\n+BOND C15 C16 C15 C3 C15 CC15\n+BOND CC15 H151 CC15 H152 CC15 H153\n+BOND C16 C17 C16 H16 C16 H16'\n+BOND C17 C1 C17 H17 C17 H17'\n+BOND C18 H181 C18 H182 C18 H183\n+\n+!DONO HO1 O1\n+!ACCE O1\n+\n+IC O1 C1 C2 C3 1.4158 109.24 -176.17 111.80 1.5153\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5368 111.80 -123.48 121.41 1.3430\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5153 121.41 -178.76 123.84 1.5019\n+IC C3 C4 C5 C6 1.3430 123.84 14.64 112.44 1.5504\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5019 112.44 -166.16 109.90 1.5192\n+IC C5 C6 C7 C8 1.5504 109.90 -54.73 118.74 1.5447\n+IC C6 C7 C8 C9 1.5192 118.74 -161.90 103.72 1.5418\n+IC C7 C8 C9 C10 1.5447 103.72 5.69 105.45 1.5530\n+IC C8 C9 C10 C11 1.5418 105.45 21.50 105.85 1.5300\n+IC C9 C10 C11 C12 1.5530 105.85 -155.90 116.00 1.5351\n+IC C7 C12 *C11 CC11 1.5194 108.58 -123.00 111.88 1.5530\n+IC C10 C11 C12 C13 1.5300 116.00 167.75 110.42 1.5414\n+IC C10 C11 C7 C8 1.5300 99.46 43.93 105.86 1.5447\n+IC C11 C12 C13 C14 1.5351 110.42 -52.28 113.50 1.5626\n+IC CC11 C11 C12 C13 1.5530 111.88 -66.16 110.42 1.5414\n+IC CC11 C11 C7 C8 1.5530 111.12 -70.96 105.86 1.5447\n+IC C12 C13 C14 C15 1.5414 113.50 179.43 114.52 1.5524\n+IC C13 C14 C15 CC15 1.5626 114.52 -50.80 109.07 1.5522\n+IC C13 C14 C15 C16 1.5626 114.52 69.29 108.64 1.5574\n+IC C13 C14 C6 C7 1.5626 113.16 -48.42 109.31 1.5192\n+IC CC15 C15 C16 C17 1.5522 110.15 -68.75 114.54 1.5383\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5524 108.64 171.83 114.54 1.5383\n+IC C14 C15 C3 C4 1.5524 111.86 7.71 123.46 1.3430\n+IC C15 C16 C17 C1 1.5574 114.54 -54.68 110.51 1.5312\n+IC C11 C9 *C10 C18 1.5300 105.85 126.88 114.22 1.5413\n+IC O1 C2 *C1 H1 1.4158 109.24 -119.02 109.53 1.1156\n+IC C2 C1 O1 HO1 1.5368 109.24 62.69 105.39 0.9593\n+IC C3 C1 *C2 H2 1.5153 111.80 121.88 109.11 1.1100\n+IC C3 C1 *C2 H2' 1.5153 111.80 -123.05 107.36 1.1142\n+IC C5 C3 *C4 H4 1.5019 123.84 177.13 119.55 1.1001\n+IC C6 C4 *C5 H5 1.5504 112.44 122.17 110.88 1.1114\n+IC C6 C4 *C5 H5' 1.5504 112.44 -119.69 109.16 1.1124\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5192 109.90 -119.58 108.19 1.1122\n+IC C8 C6 *C7 H7 1.5447 118.74 117.73 105.77 1.1205\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5418 103.72 117.51 109.61 1.1108\n+IC C9 C7 *C8 H8' 1.5418 103.72 -121.25 111.67 1.1078\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5530 105.45 118.45 109.64 1.1105\n+IC C10 C8 *C9 H9' 1.5530 105.45 -120.18 112.16 1.1085\n+IC C18 C9 *C10 H10 1.5413 114.22 119.69 107.07 1.1162\n+IC C7 C11 CC11 H111 1.5194 111.12 -178.60 110.01 1.1092\n+IC H111 C11 *CC1 H112 1.1092 110.01 118.82 111.63 1.1068\n+IC H111 C11 *CC1 H113 1.1092 110.01 -120.26 111.66 1.1075\n+IC C13 C11 *C12 H12 1.5414 110.42 122.09 109.96 1.1102\n+IC C13 C11 *C12 H12' 1.5414 110.42 -119.49 108.88 1.1120\n+IC C14 C12 *C13 H13 1.5626 113.50 121.59 107.14 1.1091\n+IC C14 C12 *C13 H13' 1.5626 113.50 -122.38 108.79 1.1098\n+IC C13 C6 *C14 H14 1.5626 113.16 113.80 104.59 1.1184\n+IC C3 C15 CC15 H151 1.5435 107.81 -172.81 110.68 1.1082\n+IC H151 C15 *CC1 H152 1.1082 110.68 118.52 111.71 1.1081\n+IC H151 C15 *CC1 H153 1.1082 110.68 -120.68 110.98 1.1094\n+IC C17 C15 *C16 H16 1.5383 114.54 122.43 109.27 1.1104\n+IC C17 C15 *C16 H16' 1.5383 114.54 -120.70 108.26 1.1134\n+IC C16 C1 *C17 H17 1.5383 110.51 121.12 109.37 1.1120\n+IC C16 C1 *C17 H17' 1.5383 110.51 -120.62 109.70 1.1111\n+!use hbuild for c18 hydrogens\n+\n+RESI CHM1 0.00 !cholesterol analog with only rings 1 and 2\n+ !and the position 19 methyl\n+! atoms names after the comments correspond to the\n+! correct cholesterol nomenclature\n+!\n+!ring 1\n+!\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL1 0.14 !C3\n+ATOM H1 HGA1 0.09\n+ATOM O1 OHL -0.66\n+ATOM HO1 HOL 0.43\n+\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 !c4\n+ATOM H2 HGA2 0.09\n+ATOM H2' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C3 CEL1 0.00 !c5\n+\n+ATOM C15 CRL1 0.00 !c10\n+\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 !c1\n+ATOM H16 HGA2 0.09\n+ATOM H16' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C17 CRL2 -0.18 !c2\n+ATOM H17 HGA2 0.09\n+ATOM H17' HGA2 0.09\n+\n+ATOM CC15 CTL3 -0.27 !c19, methyl at c10\n+ATOM H151 HAL3 0.09\n+ATOM H152 HAL3 0.09\n+ATOM H153 HAL3 0.09\n+\n+!ring 2\n+\n+ATOM C4 CEL1 -0.15 !c6\n+ATOM H4 HEL1 0.15\n+\n+ATOM C5 CRL2 -0.18 !c7\n+ATOM H5 HGA2 0.09\n+ATOM H5' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C6 CRL2 -0.18 !c8\n+ATOM H6 HGA2 0.09\n+ATOM H6' HGA2 0.09\n+\n+ATOM C14 CRL2 -0.18 !c9\n+ATOM H14 HGA2 0.09\n+ATOM H14' HGA2 0.09\n+\n+\n+BOND C1 C2 C2 C3 C3 C15 C15 C16 C16 C17 C17 C1\n+BOND C1 O1 O1 HO1 C1 H1\n+BOND C2 H2 C2 H2'\n+BOND C15 CC15 CC15 H151 CC15 H152 CC15 H153\n+BOND C16 H16 C16 H16'\n+BOND C17 H17 C17 H17'\n+DOUB C3 C4\n+BOND C4 C5 C5 C6 C6 C14 C14 C15\n+BOND C4 H4\n+BOND C5 H5 C5 H5'\n+BOND C6 H6 C6 H6'\n+BOND C14 H14 C14 H14'\n+\n+IC C1 C2 C3 C15 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C3 C15 C16 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C1 C2 C3 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C17 *C1 O1 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C17 *C1 H1 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C1 O1 HO1 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C1 *C2 H2 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C1 *C2 H2' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C1 C2 C3 C4 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C3 C4 C5 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C4 C5 C6 0.0000 0.00 15.00 0.00 0.0000\n+IC C4 C5 C6 C14 0.0000 0.00 -45.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C3 *C15 CC15 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C15 *C16 H16 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C15 *C16 H16' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C16 C1 *C17 H17 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C16 C1 *C17 H17' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C15 CC15 H151 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC H151 C15 *CC15 H152 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC H151 C15 *CC15 H153 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C5 C3 *C4 H4 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C4 *C5 H5 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C4 *C5 H5' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C5 *C6 H6 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C5 *C6 H6' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C15 *C14 H14 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C15 *C14 H14' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+\n+RESI ERG 0.0 ! Ergosterol\n+! Based off CHL1, Brent Rogaski (3/12)\n+\n+GROUP !\n+ATOM C3 CRL1 0.14 !\n+ATOM O3 OHL -0.66 !\n+ATOM H3' HOL 0.43 !\n+ATOM H3 HGA1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CEL1 -0.15 ! C25\n+ATOM C8 CEL1 0.00 ! |\n+ATOM H7 HEL1 0.15 ! | H28C\n+GROUP ! | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28--H28B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H28A\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! C23--H23\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |!\n+GROUP ! |! (trans)\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |!\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22--C22\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ /\n+GROUP ! | \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\\\\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\\\\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7--H7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ /\n+GROUP ! H2A / \\ /\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ----- /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! H3'--O3\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CEL1 -0.15 !\n+ATOM C23 CEL1 -0.15 !\n+ATOM H22 HEL1 0.15 !\n+ATOM H23 HEL1 0.15 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H28A HAL3 0.09 !\n+ATOM H28B HAL3 0.09 !\n+ATOM H28C HAL3 0.09 !\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7\n+DOUBLE C7 C8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22\n+DOUBLE C22 C23\n+BOND C23 H23\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 H28C\n+\n+!ICs based on CHARMM optimized structure updated 3-2012 BJR\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5384 111.29 120.53 109.15 1.4152\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4152 109.15 118.43 109.07 1.1161\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.534 109.15 -59.53 105.21 0.9594\n+IC C2 C3 C4 C5 1.534 111.29 -55.64 110.68 1.5147\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5147 110.68 -122.49 107.48 1.114\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.114 107.48 -115.4 109.39 1.1091\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5384 110.68 54.27 115.86 1.5508\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5508 115.86 -176.59 122.84 1.3509\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5147 122.84 175.21 124.45 1.3514\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.3514 124.45 -178.72 117.51 1.0999\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3509 124.45 -2.28 123.72 1.349\n+IC C8 C6 *C7 H7 1.349 123.72 -177.09 118.27 1.0989\n+IC C6 C7 C8 C14 1.3514 123.72 -174.8 125.77 1.5158\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5158 125.77 176.26 121.16 1.534\n+IC C7 C8 C14 C13 1.349 125.77 -127.21 114.84 1.527\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.527 114.84 128.62 120.79 1.5474\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.527 114.84 -114.65 104.93 1.1181\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5158 120.79 -164.56 103.93 1.5364\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5364 103.93 -121.65 111.8 1.1083\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1083 111.8 -121.53 110.09 1.1118\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5474 103.93 8.48 106.75 1.5641\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5641 106.75 -120.41 111.79 1.1095\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1095 111.79 -120.41 109.03 1.1113\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5483 105.1 131.23 112.64 1.5382\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5483 105.1 -111.42 106.08 1.1169\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5483 100.83 123.37 107.03 1.5453\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5453 107.03 121.68 110 1.5503\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.527 110 64.09 111.53 1.1074\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1074 111.53 -120.53 111.19 1.1083\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1074 111.53 120 110.03 1.1088\n+IC C14 C13 C12 C11 1.527 107.03 56.14 111.71 1.5474\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5474 111.71 -120.3 108.81 1.1114\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1114 108.81 -118.79 110.91 1.1064\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5641 114.35 -121.47 108.03 1.1115\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1115 108.03 -116.16 107.02 1.1107\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5774 115.61 -115.28 104.59 1.1141\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5774 113.62 -120.34 106.21 1.554\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.554 106.21 -117.85 108.65 1.5564\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5508 106.21 63.88 110.62 1.1106\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1106 110.62 -120.12 112.1 1.1066\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1106 110.62 121.49 111.12 1.1081\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5411 114.47 -120.26 108.38 1.1136\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5411 114.47 123.02 108.74 1.1111\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5411 110.88 -121.14 109.65 1.1104\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1104 109.65 -117.79 109.12 1.1121\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5641 112.64 51.77 111.66 1.5187\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5187 111.66 119.38 111.66 1.5443\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5443 111.66 119.6 109.11 1.1139\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5382 111.66 69.91 110.37 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.37 -121 111.06 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.37 117.94 111.09 1.1119\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5382 111.66 -127.81 124.83 1.3444\n+IC C23 C20 *C22 H22 1.3444 124.83 -179.53 115.68 1.1005\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5187 124.83 -179.44 124.94 1.5151\n+IC C24 C22 *C23 H23 1.5151 124.94 178.9 119.39 1.1007\n+IC C22 C23 C24 C25 1.3444 124.94 74.2 112.31 1.5348\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5348 112.31 125.07 109.12 1.5491\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5491 109.12 116.8 108.77 1.1162\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5151 112.31 66.3 112.54 1.5424\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5424 112.54 124.63 110.25 1.5415\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5424 112.54 -118.78 107.84 1.1178\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5348 112.54 66.53 111.05 1.1092\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1092 111.05 -121.38 111.05 1.1097\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1092 111.05 119.06 109.67 1.1108\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5348 110.25 52.82 110.63 1.11\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.11 110.63 -121 111.09 1.1092\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.11 110.63 119.67 109.85 1.1108\n+IC C23 C24 C28 H28A 1.5151 109.12 59.12 110.24 1.1113\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1113 110.24 -120.08 111.67 1.1097\n+IC H28A C24 *C28 H28C 1.1113 110.24 118.88 111.07 1.1085\n+\n+RESI SITO 0.0 ! beta-Sitosterol\n+GROUP !\n+ATOM C3 CRL1 0.14 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.09 !\n+ATOM O3 OHL -0.66 !\n+ATOM H3' HOL 0.43 !\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! H3'--O3\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL) \n+IC C1 C2 C3 C4 1.5425 109.98 58.15 109.78 1.5363\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5614 110.14 115.63 112.44 1.4052\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4052 112.44 121.91 109.94 1.1110\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5481 112.44 16.69 111.55 0.9600\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5481 110.14 -57.11 113.38 1.4781\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.4781 113.38 116.30 100.70 1.1110\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1110 100.70 121.05 113.53 1.1110\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5614 113.38 47.05 115.71 1.6032\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.6032 115.71 -175.59 121.48 1.3118\n+IC C4 C5 C6 C7 1.4781 121.48 179.72 126.06 1.5250\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5250 126.06 177.70 114.72 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3118 126.06 6.14 113.57 1.5411\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5411 113.57 124.57 109.39 1.1110\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1110 109.39 112.27 105.47 1.1110\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5250 113.57 -156.98 108.82 1.5247\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5247 108.82 121.65 111.80 1.5528\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5528 111.80 118.34 106.77 1.1110\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5411 108.82 -179.93 114.78 1.5511\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5511 114.78 127.01 117.29 1.5049\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5511 114.78 -121.80 106.97 1.1110\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5247 117.29 -164.40 105.99 1.5740\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5740 105.99 125.51 110.98 1.1110\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1110 110.98 118.15 112.47 1.1110\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5049 105.99 8.40 101.13 1.5604\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5604 101.13 120.24 112.66 1.1110\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1110 112.66 122.80 114.92 1.1110\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5408 110.40 135.55 112.19 1.5585\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5408 110.40 -111.30 108.54 1.1110\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5408 96.21 126.93 108.95 1.5449\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5449 108.95 125.67 112.03 1.5959\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5511 112.03 59.86 105.90 1.1110\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1110 105.90 121.44 112.98 1.1110\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1110 105.90 -115.49 113.78 1.1110\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5511 108.95 55.50 108.69 1.5667\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5667 108.69 120.36 114.84 1.1110\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1110 114.84 134.32 111.99 1.1110\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5661 113.29 123.44 111.09 1.1110\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1110 111.09 119.55 108.81 1.1110\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5596 114.24 -123.22 105.85 1.1110\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5596 108.96 -119.21 103.05 1.5822\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5822 103.05 -120.22 113.87 1.5719\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.6032 103.05 -167.91 105.17 1.1110\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1110 105.17 117.83 110.02 1.1110\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1110 105.17 -113.41 116.87 1.1110\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5748 111.85 122.31 112.41 1.1110\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5748 111.85 -115.17 108.89 1.1110\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5748 111.28 108.57 114.79 1.1110\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1110 114.79 130.06 115.45 1.1110\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5604 112.19 63.09 110.55 1.5457\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5457 110.55 117.76 114.29 1.5454\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5454 114.29 123.20 112.25 1.1110\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5585 114.29 63.46 102.59 1.1110\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1110 102.59 -104.97 108.57 1.1110\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1110 102.59 124.57 117.48 1.1110\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5585 110.55 -154.15 120.40 1.4799\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.4799 120.40 128.99 110.01 1.1110\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1110 110.01 106.96 103.91 1.1110\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5457 120.40 179.97 118.23 1.5226\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5226 118.23 117.35 116.59 1.1110\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1110 116.59 109.14 105.33 1.1110\n+IC C22 C23 C24 C25 1.4799 118.23 -141.10 108.01 1.5402\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5402 108.01 -126.79 109.69 1.5069\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5069 109.69 -120.24 107.94 1.1110\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5226 108.01 -53.24 113.42 1.5913\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5913 113.42 126.06 111.29 1.5764\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5913 113.42 -117.89 114.16 1.1110\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5402 113.42 9.38 108.77 1.1110\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1110 108.77 118.59 114.62 1.1110\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1110 108.77 -121.37 111.02 1.1110\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5402 111.29 -51.12 116.25 1.1110\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1110 116.25 136.82 114.66 1.1110\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1110 116.25 -118.20 104.68 1.1110\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5226 109.69 176.49 114.11 1.5039\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5039 114.11 -122.70 109.66 1.1110\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1110 109.66 -121.24 113.74 1.1110\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5069 114.11 151.34 109.11 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1110 109.11 -111.49 108.42 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1110 109.11 130.25 116.78 1.1110\n+\n+\n+RESI STIG 0.0 ! Stigmasterol\n+GROUP !\n+ATOM C3 CRL1 0.14 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.09 !\n+ATOM O3 OHL -0.66 !\n+ATOM H3' HOL 0.43 !\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! C23--H23\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! ||\n+GROUP ! || (trans)\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! ||\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22--C22\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! H3'--O3\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CEL1 -0.15 !\n+ATOM C23 CEL1 -0.15 !\n+ATOM H22 HEL1 0.15 !\n+ATOM H23 HEL1 0.15 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22\n+DOUBLE C22 C23\n+BOND C23 H23\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL) \n+IC C1 C2 C3 C4 1.5374 109.66 53.63 111.70 1.5357\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.4600 116.45 124.37 115.09 1.4138\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4138 115.09 111.63 103.06 1.1110\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5011 115.09 12.45 103.88 0.9600\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5011 116.45 -48.20 113.63 1.5551\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5551 113.63 -124.55 114.65 1.1110\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1110 114.65 -121.73 109.77 1.1110\n+IC C3 C4 C5 C10 1.4600 113.63 47.69 111.85 1.5760\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5760 111.85 -176.22 127.17 1.3458\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5551 127.17 -173.81 128.86 1.4452\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.4452 128.86 -179.80 115.00 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3458 128.86 1.75 111.43 1.5827\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5827 111.43 127.40 111.35 1.1110\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1110 111.35 117.59 105.43 1.1110\n+IC C6 C7 C8 C14 1.4452 111.43 -157.15 111.37 1.5222\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5222 111.37 126.86 115.77 1.5005\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5005 115.77 116.26 103.10 1.1110\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5827 111.37 -174.43 116.65 1.5236\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5236 116.65 133.34 122.31 1.5523\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5236 116.65 -111.52 101.68 1.1110\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5222 122.31 -166.78 102.64 1.5553\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5553 102.64 -122.90 109.69 1.1110\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1110 109.69 -119.53 111.74 1.1110\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5523 102.64 5.54 107.73 1.5892\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5892 107.73 -125.75 115.88 1.1110\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1110 115.88 -117.35 103.73 1.1110\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5251 103.03 137.81 115.32 1.4998\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5251 103.03 -106.00 101.80 1.1110\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5251 102.84 118.75 106.60 1.4784\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.4784 106.60 125.19 108.76 1.5467\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5236 108.76 -168.94 111.63 1.1110\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1110 111.63 -119.95 115.77 1.1110\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1110 111.63 118.51 113.11 1.1110\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5236 106.60 56.04 113.05 1.5836\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5836 113.05 -121.48 105.21 1.1110\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1110 105.21 -122.79 112.66 1.1110\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5522 111.03 -120.32 104.78 1.1110\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1110 104.78 -114.59 109.24 1.1110\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5345 116.11 -111.52 94.43 1.1110\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5345 111.76 -117.35 111.31 1.5484\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5484 111.31 -124.33 109.05 1.5749\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5760 111.31 -161.99 108.74 1.1110\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1110 108.74 -131.18 115.95 1.1110\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1110 108.74 113.77 105.26 1.1110\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5252 110.50 -118.40 108.36 1.1110\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5252 110.50 119.03 105.91 1.1110\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5252 111.08 -117.58 111.07 1.1110\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1110 111.07 -118.37 108.64 1.1110\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5892 115.32 28.71 113.92 1.4966\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.4966 113.92 126.49 112.68 1.4791\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.4791 112.68 123.18 109.73 1.1110\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.4998 112.68 -168.75 107.07 1.1110\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1110 107.07 124.22 115.92 1.1110\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1110 107.07 -113.90 111.07 1.1110\n+IC C17 C20 C22 C23 1.4998 113.92 -111.53 123.11 1.3675\n+IC C23 C20 *C22 H22 1.3675 123.11 169.63 115.56 1.1000\n+IC C20 C22 C23 C24 1.4966 123.11 165.09 127.56 1.5687\n+IC C24 C22 *C23 H23 1.5687 127.56 -171.50 119.49 1.1000\n+IC C22 C23 C24 C25 1.3675 127.56 -109.85 110.86 1.4914\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.4914 110.86 -116.70 112.32 1.5935\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5935 112.32 -120.62 111.47 1.1110\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5687 110.86 -43.82 113.65 1.5159\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5159 113.65 127.06 109.33 1.5890\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5159 113.65 -120.79 103.04 1.1110\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.4914 113.65 -173.69 108.07 1.1110\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1110 108.07 -121.53 112.72 1.1110\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1110 108.07 111.96 112.42 1.1110\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.4914 109.33 -75.83 116.02 1.1110\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1110 116.02 -127.41 112.98 1.1110\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1110 116.02 125.01 102.34 1.1110\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5687 112.32 -64.65 114.58 1.5403\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5403 114.58 -111.09 99.41 1.1110\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1110 99.41 -111.25 120.66 1.1110\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5935 114.58 -171.60 114.68 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1110 114.68 -118.84 111.22 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1110 114.68 124.20 111.33 1.1110\n+\n+\n+RESI CHSD -1.00 ! Cholesteryl HemiSuccinate (deprotonated) Y01\n+! based on CHL1 / LAU / LPPC\n+GROUP\n+ATOM C3 CRL1 0.17! LPPC\n+ATOM H3 HGA1 0.09! LPPC\n+ATOM O3 OSL -0.49! LPPC\n+ATOM C4' CL 0.90! LPPC\n+ATOM O2' OBL -0.63! LPPC\n+ATOM C5' CTL2 -0.22! LPPC\n+ATOM H5A' HAL2 0.09! LPPC\n+ATOM H5B' HAL2 0.09! LPPC\n+GROUP\n+ATOM O3' OCL -0.76! LAU\n+ATOM O4' OCL -0.76! LAU\n+ATOM C7' CL 0.62! LAU\n+ATOM C6' CTL2 -0.28! LAU\n+ATOM H6A' HAL2 0.09! LAU\n+ATOM H6B' HAL2 0.09! LAU\n+GROUP\n+ATOM C4 CRL2 -0.18\n+ATOM H4A HGA2 0.09\n+ATOM H4B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C5 CEL1 0.00\n+ATOM C6 CEL1 -0.15\n+ATOM H6 HEL1 0.15\n+GROUP\n+ATOM C7 CRL2 -0.18\n+ATOM H7A HGA2 0.09\n+ATOM H7B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C8 CRL1 -0.09\n+ATOM H8 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C14 CRL1 -0.09\n+ATOM H14 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C15 CRL2 -0.18\n+ATOM H15A HGA2 0.09\n+ATOM H15B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C16 CRL2 -0.18\n+ATOM H16A HGA2 0.09\n+ATOM H16B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C17 CRL1 -0.09\n+ATOM H17 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C13 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !methyl at c13\n+ATOM H18A HAL3 0.09\n+ATOM H18B HAL3 0.09\n+ATOM H18C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C12 CRL2 -0.18\n+ATOM H12A HGA2 0.09\n+ATOM H12B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CRL2 -0.18\n+ATOM H11A HGA2 0.09\n+ATOM H11B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C9 CRL1 -0.09\n+ATOM H9 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C10 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 !methyl at c10\n+ATOM H19A HAL3 0.09\n+ATOM H19B HAL3 0.09\n+ATOM H19C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL2 -0.18\n+ATOM H1A HGA2 0.09\n+ATOM H1B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C2 CRL2 -0.18\n+ATOM H2A HGA2 0.09\n+ATOM H2B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C20 CTL1 -0.09\n+ATOM H20 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C21 CTL3 -0.27\n+ATOM H21A HAL3 0.09\n+ATOM H21B HAL3 0.09\n+ATOM H21C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C22 CTL2 -0.18\n+ATOM H22A HAL2 0.09\n+ATOM H22B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C23 CTL2 -0.18\n+ATOM H23A HAL2 0.09\n+ATOM H23B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C24 CTL2 -0.18 !beyond this nomenclature may not be correct\n+ATOM H24A HAL2 0.09\n+ATOM H24B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !c25\n+ATOM H25 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c26\n+ATOM H26A HAL3 0.09\n+ATOM H26B HAL3 0.09\n+ATOM H26C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c27\n+ATOM H27A HAL3 0.09\n+ATOM H27B HAL3 0.09\n+ATOM H27C HAL3 0.09\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 C4'\n+BOND C4' O2' C4' C5' C5' H5A'\n+BOND C5' H5B' C5' C6'\n+BOND C6' H6A' C6' H6B' C6' C7'\n+BOND C7' O3'\n+DOUBLE C7' O4'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24A C24 H24B\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+\n+!ICs based on CHARMM optimized structure\n+\n+IC C6' O3' *C7' O4' 1.5288 108.67 -179.80 126.24 1.2203\n+IC O3' C7' C6' C5' 1.3189 108.67 -167.94 112.47 1.5443\n+IC C5' C7' *C6' H6A' 1.5443 112.47 -121.71 107.41 1.1092\n+IC H6A' C7' *C6' H6B' 1.1092 107.41 -116.85 107.91 1.1098\n+IC C7' C6' C5' C4' 1.5288 112.47 179.46 112.33 1.5340\n+IC C3 O3 C4' C5' 1.4362 114.22 -174.70 108.67 1.5288\n+IC C5' O3 *C4' O2' 1.5288 108.67 -179.80 126.24 1.2203\n+IC O3 C4' C5' C6' 1.3189 108.67 -167.94 112.47 1.5443\n+IC C6' C4' *C5' H5A' 1.5443 112.47 -121.71 107.41 1.1092\n+IC H5A' C4' *C5' H5B' 1.1092 107.41 -116.85 107.91 1.1098\n+IC C2 C3 O3 C4' 1.5380 109.70 -60.00 109.60 1.3340\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5383 110.44 55.92 110.66 1.5367\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5367 110.66 120.28 109.14 1.4158\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4158 109.14 118.92 109.40 1.1155\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5311 110.66 -55.96 111.70 1.5156\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5156 111.70 121.99 109.16 1.1099\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1099 109.16 115.03 107.34 1.1142\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5367 111.70 54.04 115.09 1.5304\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5304 115.09 -177.32 121.28 1.3432\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5156 121.28 -178.39 123.88 1.5018\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5018 123.88 177.19 119.54 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3432 123.88 14.50 112.36 1.5506\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5506 112.36 122.18 110.84 1.1114\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1114 110.84 118.17 109.17 1.1124\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5018 112.36 -165.89 110.02 1.5202\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5202 110.02 121.07 110.84 1.5327\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5327 110.84 119.34 108.18 1.1123\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5506 110.02 179.73 115.21 1.5247\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5247 115.21 126.69 117.86 1.5382\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5247 115.21 -116.05 105.83 1.1205\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5202 117.86 -163.10 103.40 1.5360\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5360 103.40 117.45 109.62 1.1113\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1113 109.62 121.32 111.94 1.1082\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5382 103.40 7.85 106.79 1.5620\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5620 106.79 118.96 109.25 1.1107\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1107 109.25 120.76 111.65 1.1090\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5401 104.94 132.02 112.36 1.5633\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5401 104.94 -111.76 106.42 1.1153\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5401 100.27 122.68 106.98 1.5408\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5408 106.98 122.91 110.83 1.5518\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5247 110.83 60.33 111.48 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.48 119.80 110.01 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.48 -121.00 111.71 1.1067\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5247 106.98 56.78 111.10 1.5422\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5422 111.10 121.37 111.21 1.1067\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1067 111.21 118.82 108.68 1.1119\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5593 113.54 121.67 107.06 1.1093\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1093 107.06 115.98 108.75 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5531 112.73 -114.54 104.68 1.1185\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5531 111.91 -120.04 108.03 1.5524\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5524 108.03 -119.87 109.26 1.5579\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5304 108.03 -172.88 110.67 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.67 118.48 111.77 1.1080\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.67 -120.66 110.97 1.1095\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5383 114.55 122.42 109.26 1.1104\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5383 114.55 -120.71 108.29 1.1134\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5383 110.44 121.16 109.41 1.1119\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1119 109.41 118.30 109.70 1.1112\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5620 112.36 55.21 110.55 1.5476\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5476 110.55 125.88 113.32 1.5349\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5349 113.32 118.87 107.27 1.1157\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5633 113.32 64.90 110.93 1.1077\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1077 110.93 -121.00 110.41 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1077 110.93 118.40 111.29 1.1085\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5633 110.55 -174.59 115.12 1.5394\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5394 115.12 120.23 109.35 1.1116\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1116 109.35 117.13 108.75 1.1121\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5476 115.12 172.50 112.25 1.5377\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5377 112.25 121.13 109.69 1.1108\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1108 109.69 118.14 108.99 1.1129\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5394 112.25 -176.23 114.06 1.5418\n+IC C25 C23 *C24 H24A 1.5418 114.06 120.56 108.44 1.1132\n+IC H24A C23 *C24 H24B 1.1132 108.44 117.11 109.39 1.1121\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5377 114.06 174.26 111.24 1.5378\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5378 111.24 119.63 112.86 1.5381\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5378 111.24 -119.50 108.47 1.1151\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5418 111.24 -178.53 110.52 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1105 110.52 120.00 110.36 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1105 110.52 -120.09 110.33 1.1106\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5418 112.86 -178.28 110.40 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1105 110.40 119.95 110.31 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1105 110.40 -119.82 110.77 1.1097\n+\n+\n+RESI CHSP 0.00 ! Cholesteryl HemiSuccinate (protonated) Y01\n+! based on CHL1 / LAUP / LPPC\n+GROUP\n+ATOM C3 CRL1 0.17! LPPC\n+ATOM H3 HGA1 0.09! LPPC\n+ATOM O3 OSL -0.49! LPPC\n+ATOM C4' CL 0.90! LPPC\n+ATOM O2' OBL -0.63! LPPC\n+ATOM C5' CTL2 -0.22! LPPC\n+ATOM H5A' HAL2 0.09! LPPC\n+ATOM H5B' HAL2 0.09! LPPC\n+GROUP\n+ATOM H31' HOL 0.44! LAUP\n+ATOM O3' OHL -0.61! LAUP\n+ATOM O4' OBL -0.55! LAUP\n+ATOM C7' CL 0.75! LAUP\n+ATOM C6' CTL2 -0.21! LAUP\n+ATOM H6A' HAL2 0.09! LAUP\n+ATOM H6B' HAL2 0.09! LAUP\n+GROUP\n+ATOM C4 CRL2 -0.18\n+ATOM H4A HGA2 0.09\n+ATOM H4B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C5 CEL1 0.00\n+ATOM C6 CEL1 -0.15\n+ATOM H6 HEL1 0.15\n+GROUP\n+ATOM C7 CRL2 -0.18\n+ATOM H7A HGA2 0.09\n+ATOM H7B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C8 CRL1 -0.09\n+ATOM H8 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C14 CRL1 -0.09\n+ATOM H14 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C15 CRL2 -0.18\n+ATOM H15A HGA2 0.09\n+ATOM H15B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C16 CRL2 -0.18\n+ATOM H16A HGA2 0.09\n+ATOM H16B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C17 CRL1 -0.09\n+ATOM H17 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C13 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !methyl at c13\n+ATOM H18A HAL3 0.09\n+ATOM H18B HAL3 0.09\n+ATOM H18C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C12 CRL2 -0.18\n+ATOM H12A HGA2 0.09\n+ATOM H12B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CRL2 -0.18\n+ATOM H11A HGA2 0.09\n+ATOM H11B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C9 CRL1 -0.09\n+ATOM H9 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C10 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 !methyl at c10\n+ATOM H19A HAL3 0.09\n+ATOM H19B HAL3 0.09\n+ATOM H19C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL2 -0.18\n+ATOM H1A HGA2 0.09\n+ATOM H1B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C2 CRL2 -0.18\n+ATOM H2A HGA2 0.09\n+ATOM H2B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C20 CTL1 -0.09\n+ATOM H20 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C21 CTL3 -0.27\n+ATOM H21A HAL3 0.09\n+ATOM H21B HAL3 0.09\n+ATOM H21C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C22 CTL2 -0.18\n+ATOM H22A HAL2 0.09\n+ATOM H22B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C23 CTL2 -0.18\n+ATOM H23A HAL2 0.09\n+ATOM H23B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C24 CTL2 -0.18 !beyond this nomenclature may not be correct\n+ATOM H24A HAL2 0.09\n+ATOM H24B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !c25\n+ATOM H25 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c26\n+ATOM H26A HAL3 0.09\n+ATOM H26B HAL3 0.09\n+ATOM H26C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c27\n+ATOM H27A HAL3 0.09\n+ATOM H27B HAL3 0.09\n+ATOM H27C HAL3 0.09\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 C4'\n+BOND C4' O2' C4' C5' C5' H5A'\n+BOND C5' H5B' C5' C6'\n+BOND C6' H6A' C6' H6B' C6' C7'\n+BOND C7' O3' O3' H31'\n+DOUBLE C7' O4'\n+\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24A C24 H24B\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+\n+!ICs based on CHARMM optimized structure\n+\n+IC H31' O3' C7' C6' 0.9561 107.32 175.23 112.43 1.5243\n+IC C6' O3' *C7' O4' 1.5288 108.67 -179.80 126.24 1.2203\n+IC O3' C7' C6' C5' 1.3189 108.67 -167.94 112.47 1.5443\n+IC C5' C7' *C6' H6A' 1.5443 112.47 -121.71 107.41 1.1092\n+IC H6A' C7' *C6' H6B' 1.1092 107.41 -116.85 107.91 1.1098\n+IC C7' C6' C5' C4' 1.5288 112.47 179.46 112.33 1.5340\n+IC C3 O3 C4' C5' 1.4362 114.22 -174.70 108.67 1.5288\n+IC C5' O3 *C4' O2' 1.5288 108.67 -179.80 126.24 1.2203\n+IC O3 C4' C5' C6' 1.3189 108.67 -167.94 112.47 1.5443\n+IC C6' C4' *C5' H5A' 1.5443 112.47 -121.71 107.41 1.1092\n+IC H5A' C4' *C5' H5B' 1.1092 107.41 -116.85 107.91 1.1098\n+IC C2 C3 O3 C4' 1.5380 109.70 -60.00 109.60 1.3340\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5383 110.44 55.92 110.66 1.5367\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5367 110.66 120.28 109.14 1.4158\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4158 109.14 118.92 109.40 1.1155\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5311 110.66 -55.96 111.70 1.5156\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5156 111.70 121.99 109.16 1.1099\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1099 109.16 115.03 107.34 1.1142\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5367 111.70 54.04 115.09 1.5304\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5304 115.09 -177.32 121.28 1.3432\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5156 121.28 -178.39 123.88 1.5018\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5018 123.88 177.19 119.54 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3432 123.88 14.50 112.36 1.5506\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5506 112.36 122.18 110.84 1.1114\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1114 110.84 118.17 109.17 1.1124\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5018 112.36 -165.89 110.02 1.5202\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5202 110.02 121.07 110.84 1.5327\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5327 110.84 119.34 108.18 1.1123\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5506 110.02 179.73 115.21 1.5247\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5247 115.21 126.69 117.86 1.5382\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5247 115.21 -116.05 105.83 1.1205\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5202 117.86 -163.10 103.40 1.5360\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5360 103.40 117.45 109.62 1.1113\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1113 109.62 121.32 111.94 1.1082\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5382 103.40 7.85 106.79 1.5620\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5620 106.79 118.96 109.25 1.1107\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1107 109.25 120.76 111.65 1.1090\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5401 104.94 132.02 112.36 1.5633\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5401 104.94 -111.76 106.42 1.1153\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5401 100.27 122.68 106.98 1.5408\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5408 106.98 122.91 110.83 1.5518\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5247 110.83 60.33 111.48 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.48 119.80 110.01 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.48 -121.00 111.71 1.1067\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5247 106.98 56.78 111.10 1.5422\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5422 111.10 121.37 111.21 1.1067\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1067 111.21 118.82 108.68 1.1119\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5593 113.54 121.67 107.06 1.1093\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1093 107.06 115.98 108.75 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5531 112.73 -114.54 104.68 1.1185\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5531 111.91 -120.04 108.03 1.5524\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5524 108.03 -119.87 109.26 1.5579\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5304 108.03 -172.88 110.67 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.67 118.48 111.77 1.1080\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.67 -120.66 110.97 1.1095\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5383 114.55 122.42 109.26 1.1104\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5383 114.55 -120.71 108.29 1.1134\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5383 110.44 121.16 109.41 1.1119\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1119 109.41 118.30 109.70 1.1112\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5620 112.36 55.21 110.55 1.5476\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5476 110.55 125.88 113.32 1.5349\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5349 113.32 118.87 107.27 1.1157\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5633 113.32 64.90 110.93 1.1077\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1077 110.93 -121.00 110.41 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1077 110.93 118.40 111.29 1.1085\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5633 110.55 -174.59 115.12 1.5394\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5394 115.12 120.23 109.35 1.1116\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1116 109.35 117.13 108.75 1.1121\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5476 115.12 172.50 112.25 1.5377\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5377 112.25 121.13 109.69 1.1108\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1108 109.69 118.14 108.99 1.1129\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5394 112.25 -176.23 114.06 1.5418\n+IC C25 C23 *C24 H24A 1.5418 114.06 120.56 108.44 1.1132\n+IC H24A C23 *C24 H24B 1.1132 108.44 117.11 109.39 1.1121\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5377 114.06 174.26 111.24 1.5378\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5378 111.24 119.63 112.86 1.5381\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5378 111.24 -119.50 108.47 1.1151\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5418 111.24 -178.53 110.52 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1105 110.52 120.00 110.36 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1105 110.52 -120.09 110.33 1.1106\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5418 112.86 -178.28 110.40 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1105 110.40 119.95 110.31 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1105 110.40 -119.82 110.77 1.1097\n+\n+RESI LANO 0.00 ! Lanosterol\n+GROUP\n+ATOM C3 CRL1 0.14\n+ATOM H3 HGA1 0.09\n+ATOM O3 OHL -0.66\n+ATOM H3' HOL 0.43\n+GROUP\n+ATOM C4 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !methyl at c4\n+ATOM H29A HAL3 0.09\n+ATOM H29B HAL3 0.09\n+ATOM H29C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C30 CTL3 -0.27 !methyl at c4\n+ATOM H30A HAL3 0.09\n+ATOM H30B HAL3 0.09\n+ATOM H30C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C5 CRL1 -0.09\n+ATOM H5 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C6 CRL2 -0.18\n+ATOM H6A HGA2 0.09\n+ATOM H6B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C7 CRL2 -0.18\n+ATOM H7A HGA2 0.09\n+ATOM H7B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C8 CEL1 0.00\n+ATOM C9 CEL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C14 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C28 CTL3 -0.27 !methyl at c14\n+ATOM H28A HAL3 0.09\n+ATOM H28B HAL3 0.09\n+ATOM H28C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C15 CRL2 -0.18\n+ATOM H15A HGA2 0.09\n+ATOM H15B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C16 CRL2 -0.18\n+ATOM H16A HGA2 0.09\n+ATOM H16B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C17 CRL1 -0.09\n+ATOM H17 HGA1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C13 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !methyl at c13\n+ATOM H18A HAL3 0.09\n+ATOM H18B HAL3 0.09\n+ATOM H18C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C12 CRL2 -0.18\n+ATOM H12A HGA2 0.09\n+ATOM H12B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CRL2 -0.18\n+ATOM H11A HGA2 0.09\n+ATOM H11B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C10 CRL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 !methyl at c10\n+ATOM H19A HAL3 0.09\n+ATOM H19B HAL3 0.09\n+ATOM H19C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C1 CRL2 -0.18\n+ATOM H1A HGA2 0.09\n+ATOM H1B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C2 CRL2 -0.18\n+ATOM H2A HGA2 0.09\n+ATOM H2B HGA2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C20 CTL1 -0.09\n+ATOM H20 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C21 CTL3 -0.27\n+ATOM H21A HAL3 0.09\n+ATOM H21B HAL3 0.09\n+ATOM H21C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C22 CTL2 -0.18\n+ATOM H22A HAL2 0.09\n+ATOM H22B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C23 CTL2 -0.18\n+ATOM H23A HAL2 0.09\n+ATOM H23B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C24 CEL1 -0.15 !\n+ATOM H24 HEL1 0.15\n+ATOM C25 CEL1 0.00 !\n+GROUP\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c26\n+ATOM H26A HAL3 0.09\n+ATOM H26B HAL3 0.09\n+ATOM H26C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c27\n+ATOM H27A HAL3 0.09\n+ATOM H27B HAL3 0.09\n+ATOM H27C HAL3 0.09\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 C29 C4 C30\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+BOND C30 H30A C30 H30B C30 H30C\n+\n+BOND C4 C5 C5 H5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6A C6 H6B\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8\n+BOND C8 C9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 C28\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 H28C\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24\n+BOND C24 C25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+\n+!ICs based on CHARMM optimized structure\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5379 111.57 54.94 113.88 1.5375\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5375 113.88 124.95 108.35 1.4221\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4221 108.35 115.85 107.07 1.1163\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5364 108.35 -78.03 104.42 0.9596\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5364 113.88 -48.68 110.10 1.5534\n+IC C5 C3 *C4 C29 1.5534 110.10 126.59 111.49 1.5499\n+IC C3 C4 C29 H29A 1.5375 111.49 72.78 109.77 1.1105\n+IC H29A C4 *C29 H29B 1.1105 109.77 118.19 110.64 1.1087\n+IC H29A C4 *C29 H29C 1.1105 109.77 -119.77 112.38 1.1039\n+IC C29 C3 *C4 C30 1.5499 111.49 117.06 105.83 1.5533\n+IC C3 C4 C30 H30A 1.5375 105.83 65.64 111.02 1.1092\n+IC H30A C4 *C30 H30B 1.1092 111.02 121.58 111.29 1.1074\n+IC H30A C4 *C30 H30C 1.1092 111.02 -119.55 110.02 1.1105\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5375 110.10 47.71 117.55 1.5578\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5578 117.55 135.37 115.98 1.5495\n+IC C10 C4 *C5 H5 1.5578 117.55 -112.46 101.79 1.1235\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5534 115.98 159.48 110.48 1.5425\n+IC C7 C5 *C6 H6A 1.5425 110.48 121.56 109.92 1.1094\n+IC H6A C5 *C6 H6B 1.1094 109.92 118.61 112.09 1.1081\n+IC C5 C6 C7 C8 1.5495 110.48 40.00 113.33 1.5129\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5129 113.33 123.72 107.31 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 107.31 115.30 108.11 1.1120\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5425 113.33 168.47 113.96 1.5320\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5320 113.96 -176.29 123.74 1.3578\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5129 113.96 -151.16 111.70 1.5558\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5558 111.70 121.57 121.82 1.5430\n+IC C13 C8 *C14 C28 1.5558 111.70 -120.53 102.26 1.5639\n+IC C8 C14 C28 H28A 1.5320 102.26 176.95 111.99 1.1058\n+IC H18A C14 *C28 H28B 4.3458 17.73 131.76 110.21 1.1106\n+IC H18A C14 *C28 H28C 4.3458 17.73 -108.28 112.43 1.1087\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5320 121.82 -162.77 104.00 1.5424\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5424 104.00 117.70 110.32 1.1104\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1104 110.32 120.99 112.08 1.1078\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5430 104.00 15.22 107.48 1.5685\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5685 107.48 120.39 108.90 1.1101\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1101 108.90 119.90 111.12 1.1094\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5488 103.63 131.30 112.17 1.5433\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5488 103.63 -113.06 107.76 1.1134\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5488 102.40 127.71 108.69 1.5431\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5431 108.69 119.81 110.37 1.5636\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5558 110.37 67.11 112.25 1.1066\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1066 112.25 119.91 109.88 1.1084\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1066 112.25 -121.16 112.10 1.1061\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5558 108.69 57.87 111.32 1.5581\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5581 111.32 120.29 111.50 1.1058\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1058 111.50 117.75 109.86 1.1085\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5259 116.57 121.72 106.51 1.1119\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1119 106.51 113.60 106.03 1.1118\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5533 109.14 -114.53 112.75 1.5545\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5545 112.75 -121.59 108.73 1.5515\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5578 112.75 177.89 110.86 1.1098\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1098 110.86 117.91 112.01 1.1010\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1098 110.86 -120.32 111.90 1.1086\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5379 112.65 120.84 110.22 1.1115\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5379 112.65 -120.41 109.05 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5379 111.57 120.49 108.71 1.1130\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1130 108.71 117.09 109.90 1.1096\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5685 112.17 56.23 112.11 1.5563\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5563 112.11 122.82 110.68 1.5441\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5441 110.68 119.37 109.01 1.1139\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5433 110.68 70.20 110.84 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.84 -121.32 110.48 1.1100\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.84 118.50 111.04 1.1082\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5433 112.11 -164.95 113.97 1.5453\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5453 113.97 120.13 109.69 1.1114\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1114 109.69 117.10 108.55 1.1121\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5563 113.97 174.98 111.64 1.5118\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5118 111.64 124.29 109.27 1.1092\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1092 109.27 115.37 108.03 1.1128\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5453 111.64 114.63 128.18 1.3474\n+IC C25 C23 *C24 H24 1.3474 128.18 -178.90 114.13 1.0997\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5118 128.18 179.89 122.29 1.5066\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5066 122.29 179.78 126.47 1.5078\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.3474 122.29 -120.36 110.66 1.1110\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1110 110.66 120.41 112.86 1.1122\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1110 110.66 -119.16 110.66 1.1110\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.3474 126.47 119.17 110.52 1.1108\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1108 110.52 118.75 110.50 1.1108\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1108 110.52 -120.76 113.53 1.1099\n+\n+RESI CAMP 0.000 ! Campesterol\n+GROU\n+ATOM C3 CRL1 0.140 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+ATOM O3 OHL -0.660 !\n+ATOM H3' HOL 0.430 !\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B\n+GROUP ! | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----H28C\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H28A\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC-2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H28A HAL3 0.09 !\n+ATOM H28B HAL3 0.09 !\n+ATOM H28C HAL3 0.09 !\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 H28C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5364 111.21 56.01 109.65 1.5453\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5453 109.65 120.63 107.90 1.4244\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4244 107.90 119.54 108.27 1.1147\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5311 109.14 -58.51 105.39 0.9593\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5352 109.65 -55.22 112.54 1.5177\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5177 112.54 121.67 107.81 1.1109\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1109 107.81 115.07 108.81 1.1104\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5453 112.54 53.05 115.33 1.5436\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5436 115.33 -176.36 121.38 1.3429\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5177 121.38 -178.30 123.98 1.5022\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5022 123.98 176.41 119.63 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3429 123.98 12.76 112.90 1.5529\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5529 112.90 121.60 110.51 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.51 117.85 109.10 1.1119\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5022 112.90 -164.66 109.96 1.5225\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5225 109.96 121.09 110.99 1.5329\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5329 110.99 119.49 107.78 1.1119\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5529 109.96 179.79 115.56 1.5288\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5288 115.56 126.99 117.68 1.5373\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5288 115.56 -116.28 105.71 1.1211\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5225 117.68 -164.42 103.33 1.5351\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5351 103.33 117.45 109.56 1.1115\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1115 109.56 121.35 112.27 1.1084\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5373 103.33 9.31 107.09 1.5659\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5659 107.09 119.55 108.96 1.1109\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1109 108.96 120.21 111.43 1.1093\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5480 104.85 131.64 112.13 1.5396\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5480 104.85 -111.79 106.40 1.1160\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5480 100.31 123.21 106.74 1.5437\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5437 106.74 122.37 110.70 1.5519\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5288 110.70 61.58 111.56 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.56 120.16 110.24 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.56 -120.80 111.44 1.1066\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5288 106.74 56.34 111.32 1.5434\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5434 111.32 121.18 111.42 1.1063\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1063 111.42 118.88 108.78 1.1116\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5594 113.54 121.81 107.21 1.1091\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1091 107.21 115.85 108.56 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5551 112.75 -114.70 104.69 1.1190\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5551 111.95 -119.97 107.70 1.5521\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5521 107.70 -119.60 109.10 1.5574\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5436 107.70 -172.87 110.72 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.72 118.54 111.72 1.1083\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.72 -120.67 110.92 1.1094\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5364 114.67 122.15 109.18 1.1106\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5364 114.67 -120.90 108.59 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5364 111.21 121.57 109.25 1.1116\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1116 109.25 117.37 108.87 1.1116\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5659 112.13 55.85 111.76 1.5544\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5544 111.76 123.13 110.93 1.5438\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5438 110.93 119.03 108.69 1.1145\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5396 110.93 67.25 110.85 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.85 -121.42 110.50 1.1099\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.85 118.26 110.94 1.1084\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5396 111.76 -169.24 114.25 1.5414\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5414 114.25 119.27 109.91 1.1112\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1112 109.91 117.52 108.59 1.1107\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5544 114.25 172.63 113.31 1.5490\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5490 113.31 121.75 109.89 1.1097\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1097 109.89 117.18 107.56 1.1109\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5414 113.31 -167.66 114.95 1.5287\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5287 114.95 -124.07 111.77 1.5454\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5454 111.77 -117.26 107.38 1.1166\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5490 114.95 -51.50 112.04 1.5418\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5418 112.04 123.99 109.40 1.5419\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5418 112.04 -119.29 108.05 1.1160\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5287 112.04 -57.05 111.33 1.1092\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1092 111.33 121.22 110.82 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1092 111.33 -119.73 109.79 1.1105\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5287 109.40 -65.02 110.99 1.1090\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1090 110.99 120.78 110.60 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1090 110.99 -119.50 110.05 1.1102\n+IC C23 C24 C28 H28C 1.5490 111.77 178.60 110.60 1.1100\n+IC H28C C24 *C28 H28A 1.1100 110.60 -120.57 110.78 1.1093\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1093 110.78 -119.84 110.51 1.1095\n+\n+RESI GSTIG 0.000 ! Stigmasteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 !\n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.050 !\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2O6 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO6 HCP1 0.420 !\n+!\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! C23--H23\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! ||\n+GROUP ! || (trans)\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! ||\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22--C22\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC--2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CEL1 -0.15 !\n+ATOM C23 CEL1 -0.15 !\n+ATOM H22 HEL1 0.15 !\n+ATOM H23 HEL1 0.15 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6 2O6 2HO6 \n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22\n+DOUBLE C22 C23\n+BOND C23 H23\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4082 106.55 119.82 109.38 1.1124\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4082 111.67 116.36 107.22 1.5152\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4316 111.13 -118.01 108.36 1.1176\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4316 112.03 -123.93 109.74 1.5153\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4263 111.23 117.89 108.32 1.1182\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4263 111.54 123.92 110.00 1.5134\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4206 110.56 -118.31 108.24 1.1173\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4206 110.99 -122.82 110.21 1.5217\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5138 108.18 117.54 109.57 1.1172\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5138 113.09 120.32 108.94 1.4400\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4280 109.26 -117.67 107.74 1.1143\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4280 111.28 -121.27 110.07 1.1133\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4340 107.22 60.85 109.74 1.5153\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5152 109.74 -55.80 110.00 1.5134\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5153 110.00 53.07 110.21 1.5217\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5134 110.21 -55.99 108.94 1.4400\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5217 108.94 64.09 111.80 1.4340\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4400 111.80 -66.20 107.22 1.5152\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5217 113.09 -178.92 111.28 1.4280\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5152 112.03 60.11 108.29 0.9659\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5153 111.54 -46.33 106.80 0.9670\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5134 110.99 47.37 106.95 0.9668\n+IC 2C5 2C6 2O6 2HO6 1.5138 111.28 -61.50 108.65 0.9633\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4340 111.67 -54.33 137.34 3.7661\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4082 137.34 156.70 21.08 1.5371\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5371 111.22 56.43 109.37 1.5455\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5455 109.37 120.69 108.04 1.4253\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4253 108.04 119.55 108.37 1.1147\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5350 109.37 -55.81 112.53 1.5176\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5176 112.53 -123.22 108.97 1.1099\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1099 108.97 -115.13 107.75 1.1108\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5455 112.53 53.12 115.40 1.5438\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5438 115.40 -176.28 121.26 1.3429\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5176 121.26 -178.31 123.98 1.5025\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5025 123.98 176.40 119.63 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3429 123.98 12.38 112.89 1.5527\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5527 112.89 121.53 110.45 1.1115\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1115 110.45 117.84 109.10 1.1115\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5025 112.89 -164.85 110.03 1.5227\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5227 110.03 121.39 110.94 1.5337\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5337 110.94 119.38 107.63 1.1118\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5527 110.03 179.54 115.32 1.5275\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5275 115.32 126.70 117.67 1.5386\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5275 115.32 -116.33 105.81 1.1209\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5227 117.67 -163.04 103.62 1.5358\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5358 103.62 -121.30 112.12 1.1083\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1083 112.12 -121.27 109.56 1.1113\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5386 103.62 8.04 106.92 1.5662\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5662 106.92 -120.24 111.60 1.1092\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1092 111.60 -120.18 108.88 1.1109\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5478 104.79 130.71 112.66 1.5387\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5478 104.79 -111.64 106.17 1.1167\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5478 100.43 123.51 107.00 1.5418\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5418 107.00 122.03 110.81 1.5518\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5275 110.81 -177.29 109.98 1.1094\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1094 109.98 -120.23 111.53 1.1079\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1094 109.98 118.88 111.60 1.1063\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5275 107.00 56.66 111.18 1.5441\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5441 111.18 -120.09 108.92 1.1115\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1115 108.92 -118.98 110.96 1.1067\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5603 113.67 -122.37 108.57 1.1100\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1100 108.57 -115.76 107.19 1.1089\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5560 112.59 -114.63 104.65 1.1190\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5560 111.79 -119.90 107.64 1.5524\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5524 107.64 -119.57 109.25 1.5578\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5438 107.64 -173.05 110.73 1.1081\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1081 110.73 -120.63 110.96 1.1093\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1081 110.73 118.61 111.72 1.1085\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5371 114.81 -120.93 108.55 1.1130\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5371 114.81 122.15 109.09 1.1107\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5371 111.22 -120.96 108.79 1.1118\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1118 108.79 -117.39 109.29 1.1116\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5662 112.66 48.93 111.40 1.5180\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5180 111.40 120.24 111.36 1.5450\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5450 111.36 119.42 109.26 1.1133\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5387 111.36 -171.73 111.02 1.1117\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1117 111.02 120.92 111.09 1.1102\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1117 111.02 -118.18 110.39 1.1071\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5387 111.40 -118.47 123.96 1.3455\n+IC C23 C20 *C22 H22 1.3455 123.96 179.62 116.24 1.1000\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5180 123.96 179.75 126.04 1.5179\n+IC C24 C22 *C23 H23 1.5179 126.04 179.50 118.88 1.0997\n+IC C22 C23 C24 C25 1.3455 126.04 -110.01 113.50 1.5322\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5322 113.50 -125.82 109.81 1.5529\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5529 109.81 -115.87 109.35 1.1169\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5179 113.50 -56.22 112.16 1.5433\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5433 112.16 124.15 109.87 1.5414\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5433 112.16 -118.83 107.75 1.1161\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5322 112.16 -177.11 109.78 1.1106\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1106 109.78 -119.05 110.91 1.1096\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1106 109.78 119.65 111.18 1.1090\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5322 109.87 -64.62 110.65 1.1094\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1094 110.65 -119.49 110.05 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1094 110.65 120.55 110.58 1.1100\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5179 109.81 -65.13 113.73 1.5348\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5348 113.73 -120.35 107.89 1.1136\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1136 107.89 -116.65 110.07 1.1121\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5529 113.73 -178.57 110.40 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1110 110.40 -119.92 110.93 1.1108\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1110 110.40 119.92 110.42 1.1109\n+\n+RESI GSITO 0.000 ! Sitosteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.050\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090\n+ATOM 2O6 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO6 HCP1 0.420\n+ ! \n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC-2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6 2O6 2HO6 \n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4086 106.58 119.78 109.70 1.1127\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4086 111.50 116.31 107.24 1.5145\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4309 111.16 -118.10 108.26 1.1178\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4309 111.83 -123.96 109.91 1.5160\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4264 111.26 117.90 108.28 1.1180\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4264 111.39 124.02 110.24 1.5140\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4206 110.57 -118.28 108.31 1.1169\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4206 111.09 -122.77 110.01 1.5205\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5136 108.21 117.45 109.71 1.1170\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5136 113.45 120.27 108.47 1.4393\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4279 109.33 -117.59 107.84 1.1144\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4279 111.19 -121.35 110.14 1.1132\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4337 107.24 59.91 109.91 1.5160\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5145 109.91 -55.07 110.24 1.5140\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5160 110.24 53.20 110.01 1.5205\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5140 110.01 -56.74 108.47 1.4393\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5205 108.47 65.03 111.89 1.4337\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4393 111.89 -66.32 107.24 1.5145\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5205 113.45 -179.58 111.19 1.4279\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5145 111.83 57.17 108.21 0.9664\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5160 111.39 -46.46 106.75 0.9668\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5140 111.09 48.02 106.84 0.9668\n+IC 2C5 2C6 2O6 2HO6 1.5136 111.19 -61.09 108.59 0.9641\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4337 111.50 -50.94 135.49 3.7640\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4086 135.49 153.50 21.51 1.5370\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5370 110.69 58.03 109.37 1.5438\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5438 109.37 120.84 108.43 1.4242\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4242 108.43 119.65 108.03 1.1150\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5346 109.37 -57.91 111.47 1.5170\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5170 111.47 121.54 108.05 1.1109\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1109 108.05 115.31 109.17 1.1101\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5438 111.47 54.17 115.36 1.5443\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5443 115.36 -175.94 121.16 1.3423\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5170 121.16 -179.24 124.02 1.5009\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5009 124.02 176.94 119.62 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3423 124.02 12.78 113.03 1.5521\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5521 113.03 121.71 110.54 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.54 117.75 108.96 1.1120\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5009 113.03 -163.53 109.73 1.5222\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5222 109.73 120.73 111.37 1.5329\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5329 111.37 119.62 107.82 1.1119\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5521 109.73 -179.43 115.72 1.5283\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5283 115.72 127.34 117.83 1.5374\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5283 115.72 -116.17 105.54 1.1214\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5222 117.83 -165.39 103.20 1.5349\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5349 103.20 117.56 109.64 1.1113\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1113 109.64 121.37 112.24 1.1083\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5374 103.20 9.72 107.00 1.5661\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5661 107.00 119.65 109.17 1.1107\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1107 109.17 120.30 111.32 1.1096\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5485 104.97 131.98 112.00 1.5386\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5485 104.97 -111.67 106.39 1.1162\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5485 100.03 123.06 106.97 1.5441\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5441 106.97 122.35 110.64 1.5517\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5283 110.64 61.74 111.64 1.1075\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1075 111.64 120.19 110.30 1.1084\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1075 111.64 -120.87 111.30 1.1069\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5283 106.97 55.20 111.51 1.5439\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5439 111.51 121.23 111.14 1.1070\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1070 111.14 118.82 108.77 1.1116\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5592 113.50 121.62 107.29 1.1094\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1094 107.29 116.00 108.61 1.1099\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5554 113.11 -114.76 104.73 1.1188\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5554 111.93 -119.86 107.51 1.5512\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5512 107.51 -119.45 109.51 1.5588\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5443 107.51 -173.24 110.71 1.1083\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1083 110.71 118.50 111.65 1.1085\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1083 110.71 -120.67 110.86 1.1094\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5370 114.77 122.47 109.21 1.1105\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5370 114.77 -120.63 108.52 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5370 110.69 121.34 109.33 1.1116\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1116 109.33 117.64 109.00 1.1114\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5661 112.00 58.66 111.73 1.5542\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5542 111.73 122.55 111.07 1.5436\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5436 111.07 119.26 108.60 1.1144\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5386 111.07 67.86 110.94 1.1070\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1070 110.94 -121.27 110.40 1.1100\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1070 110.94 118.68 110.85 1.1086\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5386 111.73 -163.83 114.17 1.5426\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5426 114.17 119.51 110.42 1.1113\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1113 110.42 117.00 108.07 1.1100\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5542 114.17 -178.59 113.43 1.5532\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5532 113.43 121.74 110.70 1.1096\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1096 110.70 116.73 106.96 1.1100\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5426 113.43 -156.26 113.80 1.5315\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5315 113.80 -128.11 110.23 1.5545\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5545 110.23 -115.05 106.66 1.1168\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5532 113.80 -53.81 111.63 1.5412\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5412 111.63 124.26 110.09 1.5431\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5412 111.63 -119.14 108.49 1.1146\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5315 111.63 -56.68 110.96 1.1089\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1089 110.96 121.13 110.95 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1089 110.96 -119.50 109.85 1.1108\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5315 110.09 -65.94 111.26 1.1086\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1086 111.26 120.86 110.57 1.1102\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1086 111.26 -119.47 109.95 1.1105\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5532 110.23 -167.78 114.60 1.5345\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5345 114.60 -123.72 109.46 1.1108\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1108 109.46 -116.03 108.33 1.1120\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5545 114.60 172.32 110.15 1.1115\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1115 110.15 -119.54 110.35 1.1109\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1115 110.15 119.71 111.31 1.1100\n+\n+RESI GCAMP 0.000 ! Campesteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.050\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090\n+ATOM 2O6 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO6 HCP1 0.420\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B\n+GROUP ! | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----H28C\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H28A\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC-2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H28A HAL3 0.09 !\n+ATOM H28B HAL3 0.09 !\n+ATOM H28C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6 2O6 2HO6 \n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 H28C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4081 105.94 119.70 109.70 1.1126\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4081 111.59 115.71 107.43 1.5153\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4311 111.09 -117.96 108.21 1.1180\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4311 111.92 -124.07 110.09 1.5154\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4265 111.26 117.96 108.34 1.1180\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4265 111.37 123.92 110.13 1.5136\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4207 110.62 -118.26 108.28 1.1169\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4207 111.06 -122.85 110.07 1.5215\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5134 108.13 117.49 109.70 1.1170\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5134 113.26 120.21 108.72 1.4397\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4290 109.32 -117.58 107.85 1.1139\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4290 111.28 -121.36 110.08 1.1132\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4333 107.43 59.78 110.09 1.5154\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5153 110.09 -55.03 110.13 1.5136\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5154 110.13 53.14 110.07 1.5215\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5136 110.07 -56.65 108.72 1.4397\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5215 108.72 64.59 111.89 1.4333\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4397 111.89 -65.79 107.43 1.5153\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5215 113.26 -179.49 111.28 1.4290\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5153 111.92 58.40 108.23 0.9665\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5154 111.37 -45.84 106.80 0.9671\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5136 111.06 47.66 106.88 0.9667\n+IC 2C5 2C6 2O6 2HO6 1.5134 111.28 -61.57 108.71 0.9628\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4333 111.59 -53.54 137.42 3.7630\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4081 137.42 154.47 21.06 1.5364\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5364 111.21 56.01 109.65 1.5453\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5453 109.65 120.63 107.90 1.4244\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4244 107.90 119.54 108.27 1.1147\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5352 109.65 -55.22 112.54 1.5177\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5177 112.54 121.67 107.81 1.1109\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1109 107.81 115.07 108.81 1.1104\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5453 112.54 53.05 115.33 1.5436\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5436 115.33 -176.36 121.38 1.3429\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5177 121.38 -178.30 123.98 1.5022\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5022 123.98 176.41 119.63 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3429 123.98 12.76 112.90 1.5529\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5529 112.90 121.60 110.51 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.51 117.85 109.10 1.1119\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5022 112.90 -164.66 109.96 1.5225\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5225 109.96 121.09 110.99 1.5329\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5329 110.99 119.49 107.78 1.1119\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5529 109.96 179.79 115.56 1.5288\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5288 115.56 126.99 117.68 1.5373\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5288 115.56 -116.28 105.71 1.1211\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5225 117.68 -164.42 103.33 1.5351\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5351 103.33 117.45 109.56 1.1115\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1115 109.56 121.35 112.27 1.1084\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5373 103.33 9.31 107.09 1.5659\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5659 107.09 119.55 108.96 1.1109\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1109 108.96 120.21 111.43 1.1093\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5480 104.85 131.64 112.13 1.5396\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5480 104.85 -111.79 106.40 1.1160\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5480 100.31 123.21 106.74 1.5437\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5437 106.74 122.37 110.70 1.5519\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5288 110.70 61.58 111.56 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.56 120.16 110.24 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.56 -120.80 111.44 1.1066\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5288 106.74 56.34 111.32 1.5434\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5434 111.32 121.18 111.42 1.1063\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1063 111.42 118.88 108.78 1.1116\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5594 113.54 121.81 107.21 1.1091\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1091 107.21 115.85 108.56 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5551 112.75 -114.70 104.69 1.1190\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5551 111.95 -119.97 107.70 1.5521\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5521 107.70 -119.60 109.10 1.5574\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5436 107.70 -172.87 110.72 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.72 118.54 111.72 1.1083\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.72 -120.67 110.92 1.1094\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5364 114.67 122.15 109.18 1.1106\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5364 114.67 -120.90 108.59 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5364 111.21 121.57 109.25 1.1116\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1116 109.25 117.37 108.87 1.1116\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5659 112.13 55.85 111.76 1.5544\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5544 111.76 123.13 110.93 1.5438\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5438 110.93 119.03 108.69 1.1145\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5396 110.93 67.25 110.85 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.85 -121.42 110.50 1.1099\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.85 118.26 110.94 1.1084\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5396 111.76 -169.24 114.25 1.5414\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5414 114.25 119.27 109.91 1.1112\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1112 109.91 117.52 108.59 1.1107\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5544 114.25 172.63 113.31 1.5490\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5490 113.31 121.75 109.89 1.1097\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1097 109.89 117.18 107.56 1.1109\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5414 113.31 -167.66 114.95 1.5287\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5287 114.95 -124.07 111.77 1.5454\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5454 111.77 -117.26 107.38 1.1166\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5490 114.95 -51.50 112.04 1.5418\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5418 112.04 123.99 109.40 1.5419\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5418 112.04 -119.29 108.05 1.1160\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5287 112.04 -57.05 111.33 1.1092\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1092 111.33 121.22 110.82 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1092 111.33 -119.73 109.79 1.1105\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5287 109.40 -65.02 110.99 1.1090\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1090 110.99 120.78 110.60 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1090 110.99 -119.50 110.05 1.1102\n+IC C23 C24 C28 H28C 1.5490 111.77 178.60 110.60 1.1100\n+IC H28C C24 *C28 H28A 1.1100 110.60 -120.57 110.78 1.1093\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1093 110.78 -119.84 110.51 1.1095\n+\n+RESI PGSTIG 0.000 ! 16:0 palmitoyl stigmasteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 !\n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.080 !\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2O6 OSL -0.490 !\n+ATOM 3C1 CL 0.90 ! O1=C1\n+ATOM 3O1 OBL -0.63 ! |\n+ATOM 3C2 CTL2 -0.22 ! H2A-C2-H2B\n+ATOM 3H2A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H2B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C3 CTL2 -0.18 ! H3A-C3-H3B\n+ATOM 3H3A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H3B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C4 CTL2 -0.18 ! H4A-C4-H4B\n+ATOM 3H4A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H4B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C5 CTL2 -0.18 ! H5A-C5-H5B\n+ATOM 3H5A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H5B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C6 CTL2 -0.18 ! H6A-C6-H6B\n+ATOM 3H6A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H6B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C7 CTL2 -0.18 ! H7A-C7-H7B\n+ATOM 3H7A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H7B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C8 CTL2 -0.18 ! H8A-C8-H8B\n+ATOM 3H8A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H8B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C9 CTL2 -0.18 ! H9A-C9-H9B\n+ATOM 3H9A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H9B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C10 CTL2 -0.18 ! H10A-C10-H10B\n+ATOM 3H10A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H10B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C11 CTL2 -0.18 ! H11A-C11-H11B\n+ATOM 3H11A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H11B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C12 CTL2 -0.18 ! H12A-C12-H12B\n+ATOM 3H12A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H12B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C13 CTL2 -0.18 ! H13A-C13-H13B\n+ATOM 3H13A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H13B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C14 CTL2 -0.18 ! H14A-C14-H14B\n+ATOM 3H14A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H14B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C15 CTL2 -0.18 ! H15A-C15-H15B\n+ATOM 3H15A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H15B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C16 CTL3 -0.27 ! H16A-C16-H16B\n+ATOM 3H16A HAL3 0.09 ! |\n+ATOM 3H16B HAL3 0.09 ! H16C\n+ATOM 3H16C HAL3 0.09 !\n+!\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! C23--H23\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! ||\n+GROUP ! || (trans)\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! ||\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22--C22\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC--2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CEL1 -0.15 !\n+ATOM C23 CEL1 -0.15 !\n+ATOM H22 HEL1 0.15 !\n+ATOM H23 HEL1 0.15 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6\n+\n+BOND 2O6 3C1\n+DOUBLE 3C1 3O1\n+BOND 3C1 3C2 3C2 3H2A 3C2 3H2B\n+BOND 3C2 3C3 3C3 3H3A 3C3 3H3B\n+BOND 3C3 3C4 3C4 3H4A 3C4 3H4B\n+BOND 3C4 3C5 3C5 3H5A 3C5 3H5B\n+BOND 3C5 3C6 3C6 3H6A 3C6 3H6B\n+BOND 3C6 3C7 3C7 3H7A 3C7 3H7B\n+BOND 3C7 3C8 3C8 3H8A 3C8 3H8B\n+BOND 3C8 3C9 3C9 3H9A 3C9 3H9B\n+BOND 3C9 3C10 3C10 3H10A 3C10 3H10B\n+BOND 3C10 3C11 3C11 3H11A 3C11 3H11B\n+BOND 3C11 3C12 3C12 3H12A 3C12 3H12B\n+BOND 3C12 3C13 3C13 3H13A 3C13 3H13B\n+BOND 3C13 3C14 3C14 3H14A 3C14 3H14B\n+BOND 3C14 3C15 3C15 3H15A 3C15 3H15B\n+BOND 3C15 3C16 3C16 3H16A 3C16 3H16B 3C16 3H16C\n+IMPR 3C1 3O1 2O6 3C2\n+\n+ACCEPTOR 3O1 3C1\n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22\n+DOUBLE C22 C23\n+BOND C23 H23\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4070 105.51 119.72 109.69 1.1123\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4070 111.52 115.44 107.92 1.5151\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4317 111.11 -118.00 108.21 1.1179\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4317 111.90 -124.08 110.10 1.5140\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4260 111.34 118.16 108.45 1.1181\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4260 111.45 123.76 109.66 1.5121\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4208 110.69 -118.19 108.39 1.1168\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4208 111.10 -122.93 110.02 1.5221\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5204 109.34 119.13 109.37 1.1149\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5204 112.28 120.94 108.48 1.4381\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4296 107.83 -119.18 106.46 1.1162\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4296 113.19 -119.17 107.79 1.1143\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4341 107.92 59.36 110.10 1.5140\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5151 110.10 -55.34 109.66 1.5121\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5140 109.66 54.35 110.02 1.5221\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5121 110.02 -57.76 108.48 1.4381\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5221 108.48 64.37 111.84 1.4341\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4381 111.84 -65.02 107.92 1.5151\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5221 112.28 175.35 113.19 1.4296\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5151 111.90 57.82 108.03 0.9662\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5140 111.45 -45.78 106.67 0.9676\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5121 111.10 44.70 106.77 0.9663\n+IC 2C5 2C6 2O6 3C1 1.5204 113.19 76.33 115.99 1.3285\n+IC 2C6 2O6 3C1 3C2 1.4296 115.99 168.17 108.74 1.5289\n+IC 3C2 2O6 *3C1 3O1 1.5289 108.74 -178.93 125.84 1.2161\n+IC 2O6 3C1 3C2 3C3 1.3285 108.74 -174.20 112.61 1.5456\n+IC 3C3 3C1 *3C2 3H2A 1.5456 112.61 -122.93 108.80 1.1082\n+IC 3H2A 3C1 *3C2 3H2B 1.1082 108.80 -117.08 106.96 1.1108\n+IC 3C1 3C2 3C3 3C4 1.5289 112.61 162.24 112.17 1.5345\n+IC 3C4 3C2 *3C3 3H3A 1.5345 112.17 -119.22 109.83 1.1157\n+IC 3H3A 3C2 *3C3 3H3B 1.1157 109.83 -117.99 109.97 1.1128\n+IC 3C2 3C3 3C4 3C5 1.5456 112.17 -179.25 112.67 1.5351\n+IC 3C5 3C3 *3C4 3H4A 1.5351 112.67 -122.27 109.87 1.1125\n+IC 3H4A 3C3 *3C4 3H4B 1.1125 109.87 -117.43 108.48 1.1139\n+IC 3C3 3C4 3C5 3C6 1.5345 112.67 169.13 112.61 1.5351\n+IC 3C6 3C4 *3C5 3H5A 1.5351 112.61 -120.43 109.05 1.1139\n+IC 3H5A 3C4 *3C5 3H5B 1.1139 109.05 -117.45 109.25 1.1127\n+IC 3C4 3C5 3C6 3C7 1.5351 112.61 177.74 112.78 1.5350\n+IC 3C7 3C5 *3C6 3H6A 1.5350 112.78 -121.68 109.50 1.1129\n+IC 3H6A 3C5 *3C6 3H6B 1.1129 109.50 -117.40 108.70 1.1136\n+IC 3C5 3C6 3C7 3C8 1.5351 112.78 173.60 112.61 1.5350\n+IC 3C8 3C6 *3C7 3H7A 1.5350 112.61 -120.95 109.29 1.1132\n+IC 3H7A 3C6 *3C7 3H7B 1.1132 109.29 -117.44 109.00 1.1129\n+IC 3C6 3C7 3C8 3C9 1.5350 112.61 175.59 112.78 1.5351\n+IC 3C9 3C7 *3C8 3H8A 1.5351 112.78 -121.18 109.23 1.1131\n+IC 3H8A 3C7 *3C8 3H8B 1.1131 109.23 -117.39 108.90 1.1134\n+IC 3C7 3C8 3C9 3C10 1.5350 112.78 175.58 112.59 1.5350\n+IC 3C10 3C8 *3C9 3H9A 1.5350 112.59 -121.18 109.34 1.1129\n+IC 3H9A 3C8 *3C9 3H9B 1.1129 109.34 -117.49 108.89 1.1134\n+IC 3C8 3C9 3C10 3C11 1.5351 112.59 174.67 112.82 1.5349\n+IC 3C11 3C9 *3C10 3H10A 1.5349 112.82 -120.94 109.04 1.1130\n+IC 3H10A 3C9 *3C10 3H10B 1.1130 109.04 -117.37 109.07 1.1132\n+IC 3C9 3C10 3C11 3C12 1.5350 112.82 178.04 112.62 1.5351\n+IC 3C12 3C10 *3C11 3H11A 1.5351 112.62 -121.42 109.32 1.1127\n+IC 3H11A 3C10 *3C11 3H11B 1.1127 109.32 -117.44 108.87 1.1134\n+IC 3C10 3C11 3C12 3C13 1.5349 112.62 175.31 112.74 1.5351\n+IC 3C13 3C11 *3C12 3H12A 1.5351 112.74 -121.00 109.01 1.1132\n+IC 3H12A 3C11 *3C12 3H12B 1.1132 109.01 -117.37 109.08 1.1132\n+IC 3C11 3C12 3C13 3C14 1.5351 112.74 178.87 112.67 1.5352\n+IC 3C14 3C12 *3C13 3H13A 1.5352 112.67 -121.43 109.23 1.1131\n+IC 3H13A 3C12 *3C13 3H13B 1.1131 109.23 -117.44 108.94 1.1133\n+IC 3C12 3C13 3C14 3C15 1.5351 112.67 177.62 112.73 1.5344\n+IC 3C15 3C13 *3C14 3H14A 1.5344 112.73 -121.25 109.16 1.1132\n+IC 3H14A 3C13 *3C14 3H14B 1.1132 109.16 -117.37 109.06 1.1130\n+IC 3C13 3C14 3C15 3C16 1.5352 112.73 178.91 113.43 1.5311\n+IC 3C16 3C14 *3C15 3H15A 1.5311 113.43 -121.72 108.80 1.1140\n+IC 3H15A 3C14 *3C15 3H15B 1.1140 108.80 -116.66 108.67 1.1140\n+IC 3C14 3C15 3C16 3H16A 1.5344 113.43 -60.59 110.45 1.1112\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16B 1.1112 110.45 119.92 110.52 1.1113\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16C 1.1112 110.45 -120.01 110.58 1.1113\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4341 111.52 -58.57 137.88 3.7616\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4070 137.88 148.30 20.85 1.5363\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5363 111.64 53.88 109.99 1.5466\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5466 109.99 120.13 107.64 1.4231\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4231 107.64 119.62 108.48 1.1152\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5358 109.99 -52.92 113.26 1.5166\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5166 113.26 -123.63 108.64 1.1106\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1106 108.64 -114.62 107.62 1.1110\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5466 113.26 52.77 115.14 1.5424\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5424 115.14 -176.92 121.62 1.3440\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5166 121.62 -177.48 123.88 1.5022\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5022 123.88 175.80 119.57 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3440 123.88 13.70 112.62 1.5531\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5531 112.62 121.40 110.50 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.50 118.00 109.30 1.1119\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5022 112.62 -166.25 110.18 1.5223\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5223 110.18 121.35 110.81 1.5336\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5336 110.81 119.30 107.68 1.1120\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5531 110.18 179.36 115.31 1.5278\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5278 115.31 126.70 117.81 1.5386\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5278 115.31 -116.32 105.79 1.1209\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5223 117.81 -163.74 103.51 1.5362\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5362 103.51 -121.31 112.17 1.1081\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1081 112.17 -121.25 109.52 1.1113\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5386 103.51 8.84 106.86 1.5661\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5661 106.86 -120.14 111.60 1.1091\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1091 111.60 -120.24 109.10 1.1108\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5463 104.94 130.88 112.39 1.5376\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5463 104.94 -111.37 106.30 1.1170\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5463 100.37 123.13 107.01 1.5422\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5422 107.01 122.37 110.81 1.5519\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5278 110.81 -177.73 110.07 1.1091\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1091 110.07 -120.22 111.55 1.1078\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1091 110.07 118.96 111.51 1.1066\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5278 107.01 56.76 111.14 1.5425\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5425 111.14 -120.01 108.92 1.1115\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1115 108.92 -118.96 111.14 1.1067\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5600 113.63 -122.42 108.67 1.1100\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1100 108.67 -115.70 106.98 1.1089\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5544 112.52 -114.71 104.69 1.1189\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5544 112.13 -120.07 107.95 1.5527\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5527 107.95 -119.58 108.51 1.5566\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5424 107.95 -171.93 110.70 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.70 -120.71 110.87 1.1093\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.70 118.45 111.89 1.1079\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5363 114.50 -121.05 108.71 1.1131\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5363 114.50 121.97 109.21 1.1105\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5363 111.64 -121.05 108.81 1.1116\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1116 108.81 -117.12 109.12 1.1117\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5661 112.39 54.65 110.67 1.5169\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5169 110.67 119.46 111.85 1.5448\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5448 111.85 119.83 109.23 1.1139\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5376 111.85 -171.81 111.01 1.1117\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1117 111.01 120.98 111.05 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1117 111.01 -118.11 110.36 1.1076\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5376 110.67 -119.13 124.91 1.3446\n+IC C23 C20 *C22 H22 1.3446 124.91 -179.67 115.68 1.1000\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5169 124.91 -179.45 125.15 1.5185\n+IC C24 C22 *C23 H23 1.5185 125.15 178.91 119.26 1.0998\n+IC C22 C23 C24 C25 1.3446 125.15 -111.62 113.74 1.5319\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5319 113.74 -126.60 110.00 1.5529\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5529 110.00 -115.52 109.15 1.1174\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5185 113.74 -58.25 112.17 1.5428\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5428 112.17 124.22 109.77 1.5418\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5428 112.17 -118.79 107.74 1.1162\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5319 112.17 -177.41 109.77 1.1107\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1107 109.77 -119.16 110.94 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1107 109.77 119.54 111.12 1.1090\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5319 109.77 -65.62 110.65 1.1097\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1097 110.65 -119.54 110.12 1.1104\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1097 110.65 120.48 110.56 1.1101\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5185 110.00 -64.69 113.69 1.5352\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5352 113.69 -120.28 107.85 1.1136\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1136 107.85 -116.73 110.11 1.1119\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5529 113.69 -176.68 110.44 1.1111\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1111 110.44 -119.95 110.88 1.1109\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1111 110.44 119.93 110.43 1.1109\n+\n+RESI PGSITO 0.000 ! 16:0 palmitoyl sitosteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.080 !\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2O6 OSL -0.490 !\n+ATOM 3C1 CL 0.90 ! O1=C1\n+ATOM 3O1 OBL -0.63 ! |\n+ATOM 3C2 CTL2 -0.22 ! H2A-C2-H2B\n+ATOM 3H2A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H2B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C3 CTL2 -0.18 ! H3A-C3-H3B\n+ATOM 3H3A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H3B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C4 CTL2 -0.18 ! H4A-C4-H4B\n+ATOM 3H4A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H4B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C5 CTL2 -0.18 ! H5A-C5-H5B\n+ATOM 3H5A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H5B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C6 CTL2 -0.18 ! H6A-C6-H6B\n+ATOM 3H6A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H6B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C7 CTL2 -0.18 ! H7A-C7-H7B\n+ATOM 3H7A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H7B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C8 CTL2 -0.18 ! H8A-C8-H8B\n+ATOM 3H8A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H8B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C9 CTL2 -0.18 ! H9A-C9-H9B\n+ATOM 3H9A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H9B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C10 CTL2 -0.18 ! H10A-C10-H10B\n+ATOM 3H10A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H10B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C11 CTL2 -0.18 ! H11A-C11-H11B\n+ATOM 3H11A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H11B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C12 CTL2 -0.18 ! H12A-C12-H12B\n+ATOM 3H12A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H12B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C13 CTL2 -0.18 ! H13A-C13-H13B\n+ATOM 3H13A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H13B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C14 CTL2 -0.18 ! H14A-C14-H14B\n+ATOM 3H14A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H14B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C15 CTL2 -0.18 ! H15A-C15-H15B\n+ATOM 3H15A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H15B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C16 CTL3 -0.27 ! H16A-C16-H16B\n+ATOM 3H16A HAL3 0.09 ! |\n+ATOM 3H16B HAL3 0.09 ! H16C\n+ATOM 3H16C HAL3 0.09 !\n+!\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B H29A\n+GROUP ! | | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----C29--H29B\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | | |\n+GROUP ! | H28A H29C\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC-2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H28A HAL2 0.09 !\n+ATOM H28B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C29 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H29A HAL3 0.09 !\n+ATOM H29B HAL3 0.09 !\n+ATOM H29C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6\n+\n+BOND 2O6 3C1\n+DOUBLE 3C1 3O1\n+BOND 3C1 3C2 3C2 3H2A 3C2 3H2B\n+BOND 3C2 3C3 3C3 3H3A 3C3 3H3B\n+BOND 3C3 3C4 3C4 3H4A 3C4 3H4B\n+BOND 3C4 3C5 3C5 3H5A 3C5 3H5B\n+BOND 3C5 3C6 3C6 3H6A 3C6 3H6B\n+BOND 3C6 3C7 3C7 3H7A 3C7 3H7B\n+BOND 3C7 3C8 3C8 3H8A 3C8 3H8B\n+BOND 3C8 3C9 3C9 3H9A 3C9 3H9B\n+BOND 3C9 3C10 3C10 3H10A 3C10 3H10B\n+BOND 3C10 3C11 3C11 3H11A 3C11 3H11B\n+BOND 3C11 3C12 3C12 3H12A 3C12 3H12B\n+BOND 3C12 3C13 3C13 3H13A 3C13 3H13B\n+BOND 3C13 3C14 3C14 3H14A 3C14 3H14B\n+BOND 3C14 3C15 3C15 3H15A 3C15 3H15B\n+BOND 3C15 3C16 3C16 3H16A 3C16 3H16B 3C16 3H16C\n+IMPR 3C1 3O1 2O6 3C2\n+\n+ACCEPTOR 3O1 3C1\n+\n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 C29\n+BOND C29 H29A C29 H29B C29 H29C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4070 105.81 119.72 109.60 1.1125\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4070 111.47 115.62 107.66 1.5154\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4313 111.09 -117.94 108.24 1.1179\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4313 111.99 -124.11 110.06 1.5144\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4264 111.34 118.09 108.42 1.1181\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4264 111.39 123.80 109.78 1.5125\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4202 110.64 -118.25 108.42 1.1168\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4202 111.14 -122.82 109.91 1.5212\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5197 109.10 118.96 109.44 1.1151\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5197 112.58 120.77 108.37 1.4374\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4297 107.88 -119.65 106.57 1.1164\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4297 112.49 -118.91 107.95 1.1139\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4333 107.66 59.42 110.06 1.5144\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5154 110.06 -55.28 109.78 1.5125\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5144 109.78 54.21 109.91 1.5212\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5125 109.91 -57.77 108.37 1.4374\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5212 108.37 64.85 111.87 1.4333\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4374 111.87 -65.45 107.66 1.5154\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5212 112.58 172.99 112.49 1.4297\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5154 111.99 58.58 108.11 0.9659\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5144 111.39 -44.89 106.70 0.9672\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5125 111.14 43.78 106.68 0.9669\n+IC 2C5 2C6 2O6 3C1 1.5197 112.49 75.08 115.94 1.3273\n+IC 2C6 2O6 3C1 3C2 1.4297 115.94 174.68 108.93 1.5278\n+IC 3C2 2O6 *3C1 3O1 1.5278 108.93 -179.43 125.81 1.2167\n+IC 2O6 3C1 3C2 3C3 1.3273 108.93 -168.58 111.94 1.5442\n+IC 3C3 3C1 *3C2 3H2A 1.5442 111.94 -122.09 108.47 1.1087\n+IC 3H2A 3C1 *3C2 3H2B 1.1087 108.47 -117.52 107.61 1.1104\n+IC 3C1 3C2 3C3 3C4 1.5278 111.94 169.88 112.48 1.5342\n+IC 3C4 3C2 *3C3 3H3A 1.5342 112.48 -119.79 109.42 1.1156\n+IC 3H3A 3C2 *3C3 3H3B 1.1156 109.42 -117.68 110.02 1.1133\n+IC 3C2 3C3 3C4 3C5 1.5442 112.48 -176.10 112.20 1.5344\n+IC 3C5 3C3 *3C4 3H4A 1.5344 112.20 -122.07 109.86 1.1126\n+IC 3H4A 3C3 *3C4 3H4B 1.1126 109.86 -117.74 108.79 1.1139\n+IC 3C3 3C4 3C5 3C6 1.5342 112.20 173.24 113.00 1.5345\n+IC 3C6 3C4 *3C5 3H5A 1.5345 113.00 -120.45 108.72 1.1139\n+IC 3H5A 3C4 *3C5 3H5B 1.1139 108.72 -117.24 109.46 1.1127\n+IC 3C4 3C5 3C6 3C7 1.5344 113.00 -177.05 112.13 1.5345\n+IC 3C7 3C5 *3C6 3H6A 1.5345 112.13 -121.87 109.57 1.1125\n+IC 3H6A 3C5 *3C6 3H6B 1.1125 109.57 -117.59 108.80 1.1135\n+IC 3C5 3C6 3C7 3C8 1.5345 112.13 175.51 113.20 1.5347\n+IC 3C8 3C6 *3C7 3H7A 1.5347 113.20 -120.76 108.75 1.1140\n+IC 3H7A 3C6 *3C7 3H7B 1.1140 108.75 -117.23 109.27 1.1131\n+IC 3C6 3C7 3C8 3C9 1.5345 113.20 -178.12 111.94 1.5346\n+IC 3C9 3C7 *3C8 3H8A 1.5346 111.94 -121.55 109.49 1.1127\n+IC 3H8A 3C7 *3C8 3H8B 1.1127 109.49 -117.77 109.01 1.1134\n+IC 3C7 3C8 3C9 3C10 1.5347 111.94 177.31 113.34 1.5348\n+IC 3C10 3C8 *3C9 3H9A 1.5348 113.34 -121.08 108.79 1.1137\n+IC 3H9A 3C8 *3C9 3H9B 1.1137 108.79 -117.08 109.06 1.1131\n+IC 3C8 3C9 3C10 3C11 1.5346 113.34 -178.87 112.02 1.5349\n+IC 3C11 3C9 *3C10 3H10A 1.5349 112.02 -121.40 109.40 1.1128\n+IC 3H10A 3C9 *3C10 3H10B 1.1128 109.40 -117.77 109.14 1.1132\n+IC 3C9 3C10 3C11 3C12 1.5348 112.02 178.47 113.20 1.5347\n+IC 3C12 3C10 *3C11 3H11A 1.5347 113.20 -121.18 108.84 1.1134\n+IC 3H11A 3C10 *3C11 3H11B 1.1134 108.84 -117.12 109.01 1.1132\n+IC 3C10 3C11 3C12 3C13 1.5349 113.20 -178.92 112.25 1.5352\n+IC 3C13 3C11 *3C12 3H12A 1.5352 112.25 -121.38 109.25 1.1131\n+IC 3H12A 3C11 *3C12 3H12B 1.1131 109.25 -117.66 109.08 1.1134\n+IC 3C11 3C12 3C13 3C14 1.5347 112.25 178.84 112.96 1.5349\n+IC 3C14 3C12 *3C13 3H13A 1.5349 112.96 -121.19 108.91 1.1134\n+IC 3H13A 3C12 *3C13 3H13B 1.1134 108.91 -117.25 109.10 1.1132\n+IC 3C12 3C13 3C14 3C15 1.5352 112.96 -178.81 112.53 1.5344\n+IC 3C15 3C13 *3C14 3H14A 1.5344 112.53 -121.36 109.23 1.1132\n+IC 3H14A 3C13 *3C14 3H14B 1.1132 109.23 -117.58 109.09 1.1133\n+IC 3C13 3C14 3C15 3C16 1.5349 112.53 179.43 113.47 1.5310\n+IC 3C16 3C14 *3C15 3H15A 1.5310 113.47 -121.62 108.63 1.1142\n+IC 3H15A 3C14 *3C15 3H15B 1.1142 108.63 -116.64 108.71 1.1141\n+IC 3C14 3C15 3C16 3H16A 1.5344 113.47 -59.78 110.45 1.1113\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16B 1.1113 110.45 119.91 110.50 1.1112\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16C 1.1113 110.45 -120.03 110.56 1.1113\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4333 111.47 -56.82 138.18 3.7631\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4070 138.18 150.75 20.82 1.5366\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5366 111.68 53.51 110.11 1.5469\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5469 110.11 120.38 107.62 1.4243\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4243 107.62 119.55 108.35 1.1151\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5360 110.11 -52.38 113.44 1.5173\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5173 113.44 121.83 107.62 1.1109\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1109 107.62 114.64 108.54 1.1105\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5469 113.44 52.48 115.10 1.5423\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5423 115.10 -177.00 121.69 1.3441\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5173 121.69 -177.24 123.89 1.5031\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5031 123.89 175.60 119.56 1.1000\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3441 123.89 13.77 112.52 1.5533\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5533 112.52 121.29 110.46 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.46 118.07 109.40 1.1118\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5031 112.52 -166.81 110.39 1.5235\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5235 110.39 121.62 110.68 1.5338\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5338 110.68 119.12 107.55 1.1120\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5533 110.39 179.46 115.24 1.5287\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5287 115.24 126.54 117.76 1.5379\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5287 115.24 -116.42 105.87 1.1207\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5235 117.76 -163.46 103.54 1.5363\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5363 103.54 117.44 109.48 1.1114\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1114 109.48 121.17 112.16 1.1082\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5379 103.54 9.19 107.08 1.5654\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5654 107.08 119.52 108.96 1.1109\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1109 108.96 120.23 111.51 1.1093\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5479 104.84 131.32 112.33 1.5406\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5479 104.84 -111.89 106.37 1.1158\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5479 100.67 123.24 106.54 1.5435\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5435 106.54 122.40 110.59 1.5525\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5287 110.59 61.71 111.51 1.1078\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1078 111.51 120.22 110.30 1.1084\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1078 111.51 -120.75 111.57 1.1063\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5287 106.54 57.44 111.18 1.5422\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5422 111.18 121.09 111.61 1.1059\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1059 111.61 118.97 108.79 1.1117\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5595 113.64 121.98 106.91 1.1088\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1088 106.91 115.64 108.67 1.1101\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5547 112.47 -114.74 104.68 1.1189\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5547 112.09 -120.10 108.02 1.5527\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5527 108.02 -119.50 108.47 1.5564\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5423 108.02 -171.69 110.68 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.68 118.43 111.92 1.1079\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.68 -120.69 110.92 1.1090\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5366 114.44 121.86 109.18 1.1106\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5366 114.44 -121.13 108.71 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5366 111.68 121.80 109.08 1.1117\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1117 109.08 117.07 108.80 1.1116\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5654 112.33 55.34 112.12 1.5548\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5548 112.12 123.31 110.74 1.5442\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5442 110.74 118.89 108.76 1.1146\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5406 110.74 67.79 110.76 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.76 -121.40 110.53 1.1099\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.76 118.14 111.11 1.1080\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5406 112.12 -170.54 113.96 1.5435\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5435 113.96 119.39 109.86 1.1113\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1113 109.86 117.53 108.32 1.1103\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5548 113.96 171.46 114.28 1.5546\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5546 114.28 121.88 109.84 1.1098\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1098 109.84 116.68 107.07 1.1102\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5435 114.28 -164.43 113.46 1.5329\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5329 113.46 -128.19 110.60 1.5543\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5543 110.60 -115.07 106.74 1.1167\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5546 113.46 -54.75 111.67 1.5414\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5414 111.67 124.43 110.19 1.5427\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5414 111.67 -119.16 108.65 1.1145\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5329 111.67 -56.94 110.89 1.1094\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1094 110.89 121.11 110.97 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1094 110.89 -119.62 109.85 1.1106\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5329 110.19 -66.78 111.34 1.1085\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1085 111.34 121.06 110.46 1.1103\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1085 111.34 -119.41 109.85 1.1106\n+IC C23 C24 C28 C29 1.5546 110.60 -172.53 114.81 1.5350\n+IC C29 C24 *C28 H28A 1.5350 114.81 -123.73 109.33 1.1111\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1111 109.33 -116.20 108.22 1.1121\n+IC C24 C28 C29 H29A 1.5543 114.81 172.56 110.17 1.1113\n+IC H29A C28 *C29 H29B 1.1113 110.17 -119.71 110.53 1.1110\n+IC H29A C28 *C29 H29C 1.1113 110.17 119.51 111.23 1.1100\n+\n+RESI PGCAMP 0.000 ! 16:0 palmitoyl campesteryl glucoside\n+GROU ! BGLC\n+ATOM 2C1 CC3162 0.290 !\n+ATOM 2H1 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O1 OC301 -0.360 !\n+ATOM 2C5 CC3163 0.110 !\n+ATOM 2H5 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O5 OC3C61 -0.400 !\n+ATOM C3 CRL1 0.090 ! \n+ATOM H3 HGA1 0.090 !\n+GROU !\n+ATOM 2C2 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H2 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O2 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO2 HCP1 0.420 !\n+GROU !\n+ATOM 2C3 CC3161 0.140 !\n+ATOM 2H3 HCA1 0.090 !\n+ATOM 2O3 OC311 -0.650 !\n+ATOM 2HO3 HCP1 0.420 !\n+GROU\n+ATOM 2C4 CC3161 0.140\n+ATOM 2H4 HCA1 0.090\n+ATOM 2O4 OC311 -0.650\n+ATOM 2HO4 HCP1 0.420\n+GROU\n+ATOM 2C6 CC321 0.080 !\n+ATOM 2H61 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2H62 HCA2 0.090 !\n+ATOM 2O6 OSL -0.490 !\n+ATOM 3C1 CL 0.90 ! O1=C1\n+ATOM 3O1 OBL -0.63 ! |\n+ATOM 3C2 CTL2 -0.22 ! H2A-C2-H2B\n+ATOM 3H2A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H2B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C3 CTL2 -0.18 ! H3A-C3-H3B\n+ATOM 3H3A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H3B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C4 CTL2 -0.18 ! H4A-C4-H4B\n+ATOM 3H4A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H4B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C5 CTL2 -0.18 ! H5A-C5-H5B\n+ATOM 3H5A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H5B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C6 CTL2 -0.18 ! H6A-C6-H6B\n+ATOM 3H6A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H6B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C7 CTL2 -0.18 ! H7A-C7-H7B\n+ATOM 3H7A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H7B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C8 CTL2 -0.18 ! H8A-C8-H8B\n+ATOM 3H8A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H8B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C9 CTL2 -0.18 ! H9A-C9-H9B\n+ATOM 3H9A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H9B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C10 CTL2 -0.18 ! H10A-C10-H10B\n+ATOM 3H10A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H10B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C11 CTL2 -0.18 ! H11A-C11-H11B\n+ATOM 3H11A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H11B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C12 CTL2 -0.18 ! H12A-C12-H12B\n+ATOM 3H12A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H12B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C13 CTL2 -0.18 ! H13A-C13-H13B\n+ATOM 3H13A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H13B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C14 CTL2 -0.18 ! H14A-C14-H14B\n+ATOM 3H14A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H14B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C15 CTL2 -0.18 ! H15A-C15-H15B\n+ATOM 3H15A HAL2 0.09 ! |\n+ATOM 3H15B HAL2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM 3C16 CTL3 -0.27 ! H16A-C16-H16B\n+ATOM 3H16A HAL3 0.09 ! |\n+ATOM 3H16B HAL3 0.09 ! H16C\n+ATOM 3H16C HAL3 0.09 !\n+!\n+GROUP !\n+ATOM C4 CRL2 -0.18 ! H26B H26C H27C H27B\n+ATOM H4A HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+ATOM H4B HGA2 0.09 ! C26 C27\n+GROUP ! / \\ / \\\n+ATOM C5 CEL1 0.00 ! H26A \\ H25 / H27A\n+ATOM C6 CEL1 -0.15 ! \\ | /\n+ATOM H6 HEL1 0.15 ! \\ | /\n+GROUP ! \\|/\n+ATOM C7 CRL2 -0.18 ! C25\n+ATOM H7A HGA2 0.09 ! |\n+ATOM H7B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C8 CRL1 -0.09 ! | \n+ATOM H8 HGA1 0.09 ! | H28B\n+GROUP ! | |\n+ATOM C14 CRL1 -0.09 ! H24--C24-----C28-----H28C\n+ATOM H14 HGA1 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H28A\n+ATOM C15 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H15A HGA2 0.09 ! H23A--C23--H23B\n+ATOM H15B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! |\n+ATOM C16 CRL2 -0.18 ! |\n+ATOM H16A HGA2 0.09 ! H22A--C22--H22B\n+ATOM H16B HGA2 0.09 ! |\n+GROUP ! H21A |\n+ATOM C17 CRL1 -0.09 ! | |\n+ATOM H17 HGA1 0.09 ! H21B--C21-----C20--H20\n+GROUP ! | |\n+ATOM C13 CRL1 0.00 ! H21C |\n+GROUP ! |\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 ! H18C |\n+ATOM H18A HAL3 0.09 ! | | H16B\n+ATOM H18B HAL3 0.09 ! H18B--C18 | |\n+ATOM H18C HAL3 0.09 ! / \\ C17-----C16--H16A\n+GROUP ! H18A \\ |\\ |\n+ATOM C12 CRL2 -0.18 ! \\ | H17 |\n+ATOM H12A HGA2 0.09 ! H12B \\ | | H15B\n+ATOM H12B HGA2 0.09 ! \\ \\| |/\n+GROUP ! H12A--C12-----C13 C15--H15A\n+ATOM C11 CRL2 -0.18 ! / \\ /\n+ATOM H11A HGA2 0.09 ! H11B / \\ /\n+ATOM H11B HGA2 0.09 ! \\ / \\ /\n+GROUP ! H11A--C11 C14--H14\n+ATOM C9 CRL1 -0.09 ! \\ /\n+ATOM H9 HGA1 0.09 ! H19C \\ H8 /\n+GROUP ! | \\ \\ /\n+ATOM C10 CRL1 0.00 ! H19A-C19-H19B C9------C8\n+GROUP ! \\ / \\ \\\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 ! H1B \\ / H9 \\ H7A\n+ATOM H19A HAL3 0.09 ! | \\ / \\ /\n+ATOM H19B HAL3 0.09 ! H1A--C1------C10 C7\n+ATOM H19C HAL3 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2A / \\ / H7B\n+ATOM C1 CRL2 -0.18 ! \\ / \\ ------ /\n+ATOM H1A HGA2 0.09 ! C2 C5------C6\n+ATOM H1B HGA2 0.09 ! / \\ / \\\n+GROUP ! H2B \\ / H6\n+ATOM C2 CRL2 -0.18 ! \\ /\n+ATOM H2A HGA2 0.09 ! H3--C3------C4--H4A\n+ATOM H2B HGA2 0.09 ! | |\n+GROUP ! | H4B\n+ATOM C20 CTL1 -0.09 ! |\n+ATOM H20 HAL1 0.09 ! BGLC-2O1\n+GROUP !\n+ATOM C21 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H21A HAL3 0.09 !\n+ATOM H21B HAL3 0.09 !\n+ATOM H21C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C22 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H22A HAL2 0.09 !\n+ATOM H22B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C23 CTL2 -0.18 !\n+ATOM H23A HAL2 0.09 !\n+ATOM H23B HAL2 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C24 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H24 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !\n+ATOM H25 HAL1 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H26A HAL3 0.09 !\n+ATOM H26B HAL3 0.09 !\n+ATOM H26C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H27A HAL3 0.09 !\n+ATOM H27B HAL3 0.09 !\n+ATOM H27C HAL3 0.09 !\n+GROUP !\n+ATOM C28 CTL3 -0.27 !\n+ATOM H28A HAL3 0.09 !\n+ATOM H28B HAL3 0.09 !\n+ATOM H28C HAL3 0.09 !\n+\n+!\n+BOND 2C1 2O1 2C1 2H1\n+BOND 2C1 2O5 2C1 2C2\n+BOND 2C2 2H2 2C2 2O2 2O2 2HO2 2C2 2C3 \n+BOND 2C3 2H3 2C3 2O3 2O3 2HO3 2C3 2C4 \n+BOND 2C4 2H4 2C4 2O4 2O4 2HO4 2C4 2C5 \n+BOND 2C5 2H5 2C5 2O5 2C5 2C6 \n+BOND 2C6 2H61 2C6 2H62 2C6 2O6\n+\n+BOND 2O6 3C1\n+DOUBLE 3C1 3O1\n+BOND 3C1 3C2 3C2 3H2A 3C2 3H2B\n+BOND 3C2 3C3 3C3 3H3A 3C3 3H3B\n+BOND 3C3 3C4 3C4 3H4A 3C4 3H4B\n+BOND 3C4 3C5 3C5 3H5A 3C5 3H5B\n+BOND 3C5 3C6 3C6 3H6A 3C6 3H6B\n+BOND 3C6 3C7 3C7 3H7A 3C7 3H7B\n+BOND 3C7 3C8 3C8 3H8A 3C8 3H8B\n+BOND 3C8 3C9 3C9 3H9A 3C9 3H9B\n+BOND 3C9 3C10 3C10 3H10A 3C10 3H10B\n+BOND 3C10 3C11 3C11 3H11A 3C11 3H11B\n+BOND 3C11 3C12 3C12 3H12A 3C12 3H12B\n+BOND 3C12 3C13 3C13 3H13A 3C13 3H13B\n+BOND 3C13 3C14 3C14 3H14A 3C14 3H14B\n+BOND 3C14 3C15 3C15 3H15A 3C15 3H15B\n+BOND 3C15 3C16 3C16 3H16A 3C16 3H16B 3C16 3H16C\n+IMPR 3C1 3O1 2O6 3C2\n+\n+ACCEPTOR 3O1 3C1\n+!\n+BOND C3 2O1 C3 H3\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10\n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6\n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24 C24 C28\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+BOND C28 H28A C28 H28B C28 H28C\n+\n+!IC table by CHARMM ic generate\n+! I J K L R(I(J/K)) T(I(JK/KJ)) PHI T(JKL) R(KL)\n+IC 2O1 2C2 *2C1 2H1 1.4081 105.94 119.70 109.70 1.1126\n+IC 2O1 2O5 *2C1 2C2 1.4081 111.59 115.71 107.43 1.5153\n+IC 2O2 2C3 *2C2 2H2 1.4311 111.09 -117.96 108.21 1.1180\n+IC 2O2 2C1 *2C2 2C3 1.4311 111.92 -124.07 110.09 1.5154\n+IC 2O3 2C4 *2C3 2H3 1.4265 111.26 117.96 108.34 1.1180\n+IC 2O3 2C2 *2C3 2C4 1.4265 111.37 123.92 110.13 1.5136\n+IC 2O4 2C5 *2C4 2H4 1.4207 110.62 -118.26 108.28 1.1169\n+IC 2O4 2C3 *2C4 2C5 1.4207 111.06 -122.85 110.07 1.5215\n+IC 2C6 2O5 *2C5 2H5 1.5134 108.13 117.49 109.70 1.1170\n+IC 2C6 2C4 *2C5 2O5 1.5134 113.26 120.21 108.72 1.4397\n+IC 2O6 2H62 *2C6 2H61 1.4290 109.32 -117.58 107.85 1.1139\n+IC 2O6 2C5 *2C6 2H62 1.4290 111.28 -121.36 110.08 1.1132\n+IC 2O5 2C1 2C2 2C3 1.4333 107.43 59.78 110.09 1.5154\n+IC 2C1 2C2 2C3 2C4 1.5153 110.09 -55.03 110.13 1.5136\n+IC 2C2 2C3 2C4 2C5 1.5154 110.13 53.14 110.07 1.5215\n+IC 2C3 2C4 2C5 2O5 1.5136 110.07 -56.65 108.72 1.4397\n+IC 2C4 2C5 2O5 2C1 1.5215 108.72 64.59 111.89 1.4333\n+IC 2C5 2O5 2C1 2C2 1.4397 111.89 -65.79 107.43 1.5153\n+IC 2C4 2C5 2C6 2O6 1.5215 113.26 -179.49 111.28 1.4290\n+IC 2C1 2C2 2O2 2HO2 1.5153 111.92 58.40 108.23 0.9665\n+IC 2C2 2C3 2O3 2HO3 1.5154 111.37 -45.84 106.80 0.9671\n+IC 2C3 2C4 2O4 2HO4 1.5136 111.06 47.66 106.88 0.9667\n+IC 2C5 2C6 2O6 3C1 1.5204 113.19 76.33 115.99 1.3285\n+IC 2C6 2O6 3C1 3C2 1.4296 115.99 168.17 108.74 1.5289\n+IC 3C2 2O6 *3C1 3O1 1.5289 108.74 -178.93 125.84 1.2161\n+IC 2O6 3C1 3C2 3C3 1.3285 108.74 -174.20 112.61 1.5456\n+IC 3C3 3C1 *3C2 3H2A 1.5456 112.61 -122.93 108.80 1.1082\n+IC 3H2A 3C1 *3C2 3H2B 1.1082 108.80 -117.08 106.96 1.1108\n+IC 3C1 3C2 3C3 3C4 1.5289 112.61 162.24 112.17 1.5345\n+IC 3C4 3C2 *3C3 3H3A 1.5345 112.17 -119.22 109.83 1.1157\n+IC 3H3A 3C2 *3C3 3H3B 1.1157 109.83 -117.99 109.97 1.1128\n+IC 3C2 3C3 3C4 3C5 1.5456 112.17 -179.25 112.67 1.5351\n+IC 3C5 3C3 *3C4 3H4A 1.5351 112.67 -122.27 109.87 1.1125\n+IC 3H4A 3C3 *3C4 3H4B 1.1125 109.87 -117.43 108.48 1.1139\n+IC 3C3 3C4 3C5 3C6 1.5345 112.67 169.13 112.61 1.5351\n+IC 3C6 3C4 *3C5 3H5A 1.5351 112.61 -120.43 109.05 1.1139\n+IC 3H5A 3C4 *3C5 3H5B 1.1139 109.05 -117.45 109.25 1.1127\n+IC 3C4 3C5 3C6 3C7 1.5351 112.61 177.74 112.78 1.5350\n+IC 3C7 3C5 *3C6 3H6A 1.5350 112.78 -121.68 109.50 1.1129\n+IC 3H6A 3C5 *3C6 3H6B 1.1129 109.50 -117.40 108.70 1.1136\n+IC 3C5 3C6 3C7 3C8 1.5351 112.78 173.60 112.61 1.5350\n+IC 3C8 3C6 *3C7 3H7A 1.5350 112.61 -120.95 109.29 1.1132\n+IC 3H7A 3C6 *3C7 3H7B 1.1132 109.29 -117.44 109.00 1.1129\n+IC 3C6 3C7 3C8 3C9 1.5350 112.61 175.59 112.78 1.5351\n+IC 3C9 3C7 *3C8 3H8A 1.5351 112.78 -121.18 109.23 1.1131\n+IC 3H8A 3C7 *3C8 3H8B 1.1131 109.23 -117.39 108.90 1.1134\n+IC 3C7 3C8 3C9 3C10 1.5350 112.78 175.58 112.59 1.5350\n+IC 3C10 3C8 *3C9 3H9A 1.5350 112.59 -121.18 109.34 1.1129\n+IC 3H9A 3C8 *3C9 3H9B 1.1129 109.34 -117.49 108.89 1.1134\n+IC 3C8 3C9 3C10 3C11 1.5351 112.59 174.67 112.82 1.5349\n+IC 3C11 3C9 *3C10 3H10A 1.5349 112.82 -120.94 109.04 1.1130\n+IC 3H10A 3C9 *3C10 3H10B 1.1130 109.04 -117.37 109.07 1.1132\n+IC 3C9 3C10 3C11 3C12 1.5350 112.82 178.04 112.62 1.5351\n+IC 3C12 3C10 *3C11 3H11A 1.5351 112.62 -121.42 109.32 1.1127\n+IC 3H11A 3C10 *3C11 3H11B 1.1127 109.32 -117.44 108.87 1.1134\n+IC 3C10 3C11 3C12 3C13 1.5349 112.62 175.31 112.74 1.5351\n+IC 3C13 3C11 *3C12 3H12A 1.5351 112.74 -121.00 109.01 1.1132\n+IC 3H12A 3C11 *3C12 3H12B 1.1132 109.01 -117.37 109.08 1.1132\n+IC 3C11 3C12 3C13 3C14 1.5351 112.74 178.87 112.67 1.5352\n+IC 3C14 3C12 *3C13 3H13A 1.5352 112.67 -121.43 109.23 1.1131\n+IC 3H13A 3C12 *3C13 3H13B 1.1131 109.23 -117.44 108.94 1.1133\n+IC 3C12 3C13 3C14 3C15 1.5351 112.67 177.62 112.73 1.5344\n+IC 3C15 3C13 *3C14 3H14A 1.5344 112.73 -121.25 109.16 1.1132\n+IC 3H14A 3C13 *3C14 3H14B 1.1132 109.16 -117.37 109.06 1.1130\n+IC 3C13 3C14 3C15 3C16 1.5352 112.73 178.91 113.43 1.5311\n+IC 3C16 3C14 *3C15 3H15A 1.5311 113.43 -121.72 108.80 1.1140\n+IC 3H15A 3C14 *3C15 3H15B 1.1140 108.80 -116.66 108.67 1.1140\n+IC 3C14 3C15 3C16 3H16A 1.5344 113.43 -60.59 110.45 1.1112\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16B 1.1112 110.45 119.92 110.52 1.1113\n+IC 3H16A 3C15 *3C16 3H16C 1.1112 110.45 -120.01 110.58 1.1113\n+IC 2O5 2C1 2O1 C1 1.4341 111.52 -58.57 137.88 3.7616\n+IC 2C1 2O1 C1 C2 1.4070 137.88 148.30 20.85 1.5363\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5364 111.21 56.01 109.65 1.5453\n+IC C4 C2 *C3 2O1 1.5453 109.65 120.63 107.90 1.4244\n+IC 2O1 C2 *C3 H3 1.4244 107.90 119.54 108.27 1.1147\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5352 109.65 -55.22 112.54 1.5177\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5177 112.54 121.67 107.81 1.1109\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1109 107.81 115.07 108.81 1.1104\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5453 112.54 53.05 115.33 1.5436\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5436 115.33 -176.36 121.38 1.3429\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5177 121.38 -178.30 123.98 1.5022\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5022 123.98 176.41 119.63 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3429 123.98 12.76 112.90 1.5529\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5529 112.90 121.60 110.51 1.1117\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1117 110.51 117.85 109.10 1.1119\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5022 112.90 -164.66 109.96 1.5225\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5225 109.96 121.09 110.99 1.5329\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5329 110.99 119.49 107.78 1.1119\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5529 109.96 179.79 115.56 1.5288\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5288 115.56 126.99 117.68 1.5373\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5288 115.56 -116.28 105.71 1.1211\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5225 117.68 -164.42 103.33 1.5351\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5351 103.33 117.45 109.56 1.1115\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1115 109.56 121.35 112.27 1.1084\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5373 103.33 9.31 107.09 1.5659\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5659 107.09 119.55 108.96 1.1109\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1109 108.96 120.21 111.43 1.1093\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5480 104.85 131.64 112.13 1.5396\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5480 104.85 -111.79 106.40 1.1160\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5480 100.31 123.21 106.74 1.5437\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5437 106.74 122.37 110.70 1.5519\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5288 110.70 61.58 111.56 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.56 120.16 110.24 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.56 -120.80 111.44 1.1066\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5288 106.74 56.34 111.32 1.5434\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5434 111.32 121.18 111.42 1.1063\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1063 111.42 118.88 108.78 1.1116\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5594 113.54 121.81 107.21 1.1091\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1091 107.21 115.85 108.56 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5551 112.75 -114.70 104.69 1.1190\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5551 111.95 -119.97 107.70 1.5521\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5521 107.70 -119.60 109.10 1.5574\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5436 107.70 -172.87 110.72 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.72 118.54 111.72 1.1083\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.72 -120.67 110.92 1.1094\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5364 114.67 122.15 109.18 1.1106\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5364 114.67 -120.90 108.59 1.1131\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5364 111.21 121.57 109.25 1.1116\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1116 109.25 117.37 108.87 1.1116\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5659 112.13 55.85 111.76 1.5544\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5544 111.76 123.13 110.93 1.5438\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5438 110.93 119.03 108.69 1.1145\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5396 110.93 67.25 110.85 1.1067\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1067 110.85 -121.42 110.50 1.1099\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1067 110.85 118.26 110.94 1.1084\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5396 111.76 -169.24 114.25 1.5414\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5414 114.25 119.27 109.91 1.1112\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1112 109.91 117.52 108.59 1.1107\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5544 114.25 172.63 113.31 1.5490\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5490 113.31 121.75 109.89 1.1097\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1097 109.89 117.18 107.56 1.1109\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5414 113.31 -167.66 114.95 1.5287\n+IC C25 C23 *C24 C28 1.5287 114.95 -124.07 111.77 1.5454\n+IC C28 C23 *C24 H24 1.5454 111.77 -117.26 107.38 1.1166\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5490 114.95 -51.50 112.04 1.5418\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5418 112.04 123.99 109.40 1.5419\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5418 112.04 -119.29 108.05 1.1160\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5287 112.04 -57.05 111.33 1.1092\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1092 111.33 121.22 110.82 1.1095\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1092 111.33 -119.73 109.79 1.1105\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5287 109.40 -65.02 110.99 1.1090\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1090 110.99 120.78 110.60 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1090 110.99 -119.50 110.05 1.1102\n+IC C23 C24 C28 H28C 1.5490 111.77 178.60 110.60 1.1100\n+IC H28C C24 *C28 H28A 1.1100 110.60 -120.57 110.78 1.1093\n+IC H28A C24 *C28 H28B 1.1093 110.78 -119.84 110.51 1.1095\n+\n+end\n+\n+read param card flex @app\n+* cholesterol parameters\n+*\n+\n+BONDS\n+!\n+!V(bond) = Kb(b - b0)**2\n+!\n+!Kb: kcal/mole/A**2\n+!b0: A\n+!\n+!atom type Kb b0\n+!\n+! added from par_all35_lipid_jbl.prm by jbl\n+CEL1 CTL1 240.000 1.502 ! from CEL1 CTL2: sR12cc (c8-c39)\n+! added for new mixing rule for decalin/heptane by jbl\n+! CRL1 equivalent to CTL1, HGA1 equivalent to HAL1, etc. (jbl)\n+CTL1 CRL1 222.500 1.500 ! alkanes, 3/92\n+CRL1 CRL1 222.500 1.500 ! alkanes, 3/92\n+CRL1 CTL2 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CRL1 CRL2 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CTL1 CRL2 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CRL2 CRL2 222.500 1.530 ! alkanes, 3/92\n+CTL2 CRL2 222.500 1.530 ! alkanes, 3/92\n+CRL1 HGA1 309.00 1.111 ! alkanes, 3/92\n+CRL2 HGA2 309.00 1.111 ! alkanes, 4/98\n+OHL CRL1 428.0 1.420 ! glycerol\n+CRL1 CTL3 222.500 1.538 ! alkanes, 3/92\n+CEL1 CRL2 365.000 1.502 ! butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CRL1 240.000 1.502 ! from CEL1 CTL2: sR12cc (c8-c39)\n+! Added for ergosterol (bjr 3/12)\n+! CEL1 CTL1 240.000 1.502 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+! for CHSD; added by Seonghoon, Im lab.\n+CRL1 OSL 340.00 1.430 ! From CG311 OG302\n+! for steryl glycoside\n+CRL1 OC301 360.00 1.4150 ! from CG311 OG301\n+\n+ANGLES\n+!\n+!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2\n+!\n+!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2\n+!\n+!Ktheta: kcal/mole/rad**2\n+!Theta0: degrees\n+!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)\n+!S0: A\n+!\n+!atom types Ktheta Theta0 Kub S0\n+!\n+!\n+! Added from par_al35_lipid.prm by jbl\n+\n+CTL1 CTL2 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !all CEL1 containing terms will\n+CTL1 CEL1 CTL2 50.00 113.00 !guess FC, eq. angle to yield 360 deg sum\n+CEL1 CEL1 CTL1 48.00 123.50 ! from CEL1 CEL1 CTL1\n+CTL1 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL3 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL2 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !involve the dR1 and dR2 terms\n+OHL CTL1 CTL3 75.700 110.10 ! glycerol\n+! added for new mixing rule for decalin/heptane by jbl\n+! CRL1 equivalent to CTL1, HGA1 equivalent to HAL1, etc. (jbl)\n+HOL OHL CRL1 57.500 106.00 ! glycerol\n+OHL CRL1 CRL2 75.700 110.10 ! glycerol\n+OHL CRL1 HGA1 45.900 108.89 ! glycerol\n+HAL3 CTL3 CRL1 33.430 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+CRL1 CRL1 CTL3 53.350 108.50 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+CRL2 CRL1 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+HEL1 CEL1 CRL2 40.00 116.00 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HGA2 CRL2 CEL1 45.00 111.50 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HAL2 CRL2 CEL1 45.00 111.50 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+HGA2 CTL2 CEL1 45.00 111.50 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CRL1 CRL2 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !all CEL1 containing terms will\n+CEL1 CEL1 CRL2 48.00 123.50 ! from 2-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CEL1 CRL1 48.00 123.50 ! from CEL1 CEL1 CTL1\n+CRL1 CRL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL1 CRL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CRL1 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL3 CRL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CRL2 CRL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !involve the dR1 and dR2 terms\n+CTL2 CRL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !involve the dR1 and dR2 terms\n+CRL2 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !involve the dR1 and dR2 terms\n+CRL2 CRL1 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CRL2 CRL1 CRL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+HGA1 CRL1 CTL2 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+HGA1 CRL1 CRL2 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+CRL1 CRL1 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CRL1 CRL1 CRL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CRL1 CTL2 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+HAL2 CTL2 CRL1 26.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HGA2 CRL2 CRL1 26.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+CRL1 CTL2 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CRL1 CRL2 CRL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CRL1 CEL1 CRL2 50.00 113.00 !guess FC, eq. angle to yield 360 deg sum\n+CRL1 CRL1 CRL1 53.350 111.00 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+CTL1 CRL1 CRL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+HGA1 CRL1 CTL1 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+HGA1 CRL1 CRL1 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+CTL1 CRL1 CRL1 53.350 111.00 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+HAL1 CTL1 CRL1 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+CRL1 CTL1 CTL3 53.350 108.50 8.00 2.561 ! alkane, 3/92\n+CRL1 CTL1 CTL2 58.350 113.50 11.16 2.561 ! glycerol\n+CEL2 CEL1 CRL2 48.00 126.00 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CRL2 CRL2 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CTL2 CRL2 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CRL2 CTL2 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CRL2 CTL3 32.00 112.20 ! 1-butene; from propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL1 CRL2 CEL1 30.0 114.0 ! 1,4-dipentene, adm jr., 2/00\n+CTL1 CRL2 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !all CEL1 containing terms will\n+CRL1 CTL2 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !all CEL1 containing terms will\n+CTL1 CEL1 CRL2 50.00 113.00 !guess FC, eq. angle to yield 360 deg sum\n+CRL1 CEL1 CTL2 50.00 113.00 !guess FC, eq. angle to yield 360 deg sum\n+HGA2 CRL2 HGA2 35.500 109.00 5.40 1.80200 ! alkane, 3/92\n+HGA2 CRL2 CRL2 26.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 4/98\n+HGA1 CRL1 CTL3 34.500 110.10 22.53 2.179 ! alkane, 3/92\n+CRL2 CRL2 CRL2 58.350 113.60 11.16 2.561 ! alkane, 3/92\n+!Angles appended for ergosterol (bjr)\n+CEL1 CEL1 CEL1 48.00 123.50 ! From CEL1 CEL1 CTL1\n+CRL1 CEL1 CRL1 50.00 113.00 ! From CTL1 CEL1 CTL2\n+CEL1 CRL1 HGA1 45.00 111.50 ! From HAL2 CTL2 CEL1\n+HEL1 CEL1 CTL1 40.00 116.00 ! From HAL2 CTL2 CEL1\n+CTL1 CEL1 CTL1 50.00 113.00 !guess from CTL1 CEL1 CTL2\n+CEL1 CTL1 HAL1 45.00 111.50 !guess from HAL2 CTL2 CEL1\n+! for CHSD; added by Seonghoon, Im lab.\n+HGA1 CRL1 OSL 60.00 109.50 ! From OG302 CG311 HGA1\n+OSL CRL1 CRL2 115.00 109.70 ! From CG321 CG311 OG302\n+CRL1 OSL CL 40.00 109.60 30.00 2.2651 ! From CG2O2 OG302 CG311\n+! for Lanosterol\n+CTL3 CRL1 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! CTL3 CTL1 CTL3 or CG331 CG301 CG331\n+CTL3 CEL1 CTL3 58.350 113.50 11.16 2.561 ! CTL3 CTL1 CTL3 or CG331 CG301 CG331\n+! for steryl glycoside\n+CC3162 OC301 CRL1 95.00 109.70 ! from CG321 OG301 CG321\n+OC301 CRL1 HGA1 60.00 109.50 ! from OG301 CG311 HGA1 \n+OC301 CRL1 CRL2 115.00 109.70 ! from CG321 CG311 OG302\n+\n+DIHEDRALS\n+!\n+!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))\n+!\n+!Kchi: kcal/mole\n+!n: multiplicity\n+!delta: degrees\n+!\n+!atom types Kchi n delta\n+!\n+! added for new mixing rule for decalin/heptane by jbl\n+! CRL1 equivalent to CTL1, HGA1 equivalent to HAL1, etc. (jbl)\n+CRL1 CRL1 CTL1 CTL2 0.000 3 0.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL3 0.1218 3 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL3 0.2175 2 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL3 0.2398 1 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL2 0.1218 3 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL2 0.2175 2 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CTL1 CTL2 CTL2 0.2398 1 180.00 ! 6/10, jbk\n+CRL1 CRL2 CEL1 CRL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL1 CRL2 CEL1 CRL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL1 CTL2 CEL1 CRL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL1 CRL2 CEL1 CTL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL1 CTL2 CEL1 CRL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL1 CRL2 CEL1 CTL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL1 CTL2 CEL1 CTL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+X CRL1 OHL X 0.14 3 0.00 ! glycerol\n+X CRL2 OHL X 0.14 3 0.00 ! glycerol\n+CRL2 CEL1 CRL1 CRL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CRL1 CRL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CRL2 CEL1 CTL1 CRL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CRL2 CEL1 CRL1 CTL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CTL1 CRL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CRL1 CTL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CRL2 CEL1 CTL1 CTL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CRL1 CTL3 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CRL2 CEL1 CTL1 CTL3 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CRL2 CEL1 CRL1 CRL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL2 CEL1 CRL1 CTL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL2 CEL1 CTL1 CRL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL2 CEL1 CRL1 CRL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CRL2 CEL1 CTL1 CTL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL2 CEL1 CRL1 CTL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL2 CEL1 CTL1 CRL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CEL1 CEL1 CRL2 HGA2 0.3000 3 180.00 !2-butene, adm jr., 4/04\n+CEL1 CEL1 CRL2 HAL2 0.3000 3 180.00 !2-butene, adm jr., 4/04\n+CEL1 CEL1 CTL2 HGA2 0.3000 3 180.00 !2-butene, adm jr., 4/04\n+CEL1 CEL1 CRL2 CRL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL2 CRL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CTL2 CRL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL2 CRL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL1 CRL2 0.5000 1 180.0 ! bR12, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL1 CRL2 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CTL1 CRL2 0.5000 1 180.0 ! bR12, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL1 CRL2 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL2 0.5000 1 180.0 ! bR12, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL2 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL3 0.5000 1 180.0 ! bR13, rCH3, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL3 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL3 0.9000 1 180.00 !2-pentene and 3-heptene\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL3 0.2000 2 180.00 !2-pentene and 3-heptene\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL3 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL3 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL3 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL3 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL3 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL3 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL3 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL3 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL3 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CEL1 1.000 1 180.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CRL2 CEL1 0.100 2 0.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CRL2 CEL1 0.300 3 180.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CRL2 CEL1 0.200 4 0.00 !2,5-diheptane\n+CEL1 CEL1 CRL1 CRL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL1 CRL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CTL1 CRL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL1 CRL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CRL1 CTL1 1.3000 3 180.0 !\n+CEL1 CEL1 CRL2 CRL2 0.9100 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CRL2 0.1800 2 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CRL2 0.1700 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL2 0.9100 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL2 0.1800 2 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CRL2 CTL2 0.1700 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CTL2 CRL2 0.9100 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CTL2 CRL2 0.1800 2 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CEL1 CTL2 CRL2 0.1700 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda, 6/18)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CRL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CRL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CRL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CTL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CTL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CTL2 CRL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CTL2 CRL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CTL2 CRL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CRL2 CTL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CRL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CRL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CRL2 CTL2 CRL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CRL2 0.1400 1 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CRL2 0.1700 2 0.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+CEL1 CTL2 CRL2 CRL2 0.0500 3 180.0 !2-hexene, adm jr., 11/09 (from jbklauda)\n+X CRL1 CTL1 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CRL1 CRL1 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CRL1 CTL2 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CRL1 CRL2 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CTL1 CRL2 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CRL1 CTL3 X 0.200 3 0.00 ! alkane, 3/92\n+X CTL2 CRL2 X 0.1900 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+X CRL2 CRL2 X 0.1900 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+X CRL2 CTL3 X 0.1600 3 0.00 ! alkane, 4/98, yin and mackerell\n+CRL2 CEL1 CRL1 CTL3 0.00 3 180.0 ! bR12\n+X CRL1 NH3L X 0.1000 3 0.00 ! for POPS\n+HEL1 CEL1 CRL2 CRL1 0.00 3 0.0 ! wC9H, HEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+HEL1 CEL1 CTL2 CRL1 0.00 3 0.0 ! wC9H, HEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+HEL1 CEL1 CRL2 CTL1 0.00 3 0.0 ! wC9H, HEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+HEL1 CEL1 CRL2 CTL2 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CTL2 CRL2 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CRL2 CTL3 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+HEL1 CEL1 CRL2 HGA2 0.0000 3 0.00 ! butene, adm jr., 2/00 update\n+HEL1 CEL1 CTL2 HGA2 0.0000 3 0.00 ! butene, adm jr., 2/00 update\n+HEL1 CEL1 CRL2 HAL2 0.0000 3 0.00 ! butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL1 CRL2 CEL1 HEL1 0.000 2 0.00 !1,4-dipentene\n+CEL1 CRL2 CEL1 HEL1 0.000 3 0.00 !1,4-dipentene\n+CRL2 CEL1 CEL2 HEL2 5.2000 2 180.00 ! propene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CRL2 CRL2 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 CRL2 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 CRL2 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CTL2 CRL2 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 CTL2 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 CTL2 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 CTL3 0.5000 1 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 CTL3 1.3000 3 180.00 ! 1-butene, adm jr., 2/00 update\n+CEL2 CEL1 CRL2 HGA2 0.1200 3 0.00 ! 1-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CTL2 HGA2 0.1200 3 0.00 ! 1-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CRL2 HAL2 0.1200 3 0.00 ! 1-butene, yin,adm jr., 12/95\n+CEL2 CEL1 CRL2 CEL1 1.200 1 180.00 !1,4-dipentene\n+CEL2 CEL1 CRL2 CEL1 0.400 2 180.00 !1,4-dipentene\n+CEL2 CEL1 CRL2 CEL1 1.300 3 180.00 !1,4-dipentene\n+HGA2 CRL2 CEL1 CRL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HAL2 CRL2 CEL1 CRL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HGA2 CTL2 CEL1 CRL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HGA2 CRL2 CEL1 CTL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HGA2 CTL2 CEL1 CTL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HAL2 CRL2 CEL1 CTL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HAL2 CTL2 CEL1 CRL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+HEL1 CEL1 CRL2 CRL2 0.1200 3 0.00 ! butene, yin,adm jr., 12/95\n+!Dihedrals appended for ergosterol (bjr)\n+CEL1 CEL1 CTL1 HAL1 0.3000 3 180.00 ! From 2-butene\n+CEL1 CEL1 CRL1 HGA1 0.3000 3 180.00 ! From CEL1 CEL1 CRL2 HGA2\n+X CEL1 CTL1 X 0.000 3 180.00 ! from br12\n+HAL2 CTL2 CEL1 CTL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL1 1.3000 3 180.0 !\n+CTL1 CTL2 CEL1 CTL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+X CEL1 CRL1 X 0.000 3 180.00 ! from br12\n+! for CHSD; added by Seonghoon, Im lab.\n+HGA1 CRL1 OSL CL 0.0000 3 0.00 ! From HGA1 CG311 OG302 CG2O2\n+CL OSL CRL1 CRL2 0.7000 1 180.00 ! From CG321 CG311 OG302 CG2O2\n+! for Lanosterol\n+CRL2 CRL2 CEL1 CRL1 0.5000 1 180.0 ! bR12, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL3 CEL1 CTL3 HAL3 0.1600 3 0.00 ! CG331 CG301 CG331 HGA3\n+! for steryl glycoside\n+CC3162 OC301 CRL1 HGA1 0.2840 3 0.00 ! from HGA1 CG311 OG301 CG331 \n+CC3162 OC301 CRL1 CRL2 0.4000 1 0.00 ! from CG331 CG311 OG301 CG331\n+CC3162 OC301 CRL1 CRL2 0.4900 3 0.00 ! from CG331 CG311 OG301 CG331\n+HCA1 CC3162 OC301 CRL1 0.2840 3 0.00 ! from HGA1 CG311 OG301 CG331\n+OC3C61 CC3162 OC301 CRL1 0.5100 1 0.00 ! from OG301 CG301 OG301 CG331\n+OC3C61 CC3162 OC301 CRL1 0.6700 2 0.00 ! from OG301 CG301 OG301 CG331\n+OC3C61 CC3162 OC301 CRL1 0.2600 3 0.00 ! from OG301 CG301 OG301 CG331\n+CC3161 CC3162 OC301 CRL1 0.4000 1 0.00 ! from CG331 CG311 OG301 CG331 \n+CC3161 CC3162 OC301 CRL1 0.4900 3 0.00 ! from CG331 CG311 OG301 CG331 \n+\n+NONBONDED nbxmod 5 atom cdiel fshift vatom vdistance vfswitch -\n+cutnb 14.0 ctofnb 12.0 ctonnb 10.0 eps 1.0 e14fac 1.0 wmin 1.5\n+!\n+!V(Lennard-Jones) = Eps,i,j[(Rmin,i,j/ri,j)**12 - 2(Rmin,i,j/ri,j)**6]\n+!\n+!epsilon: kcal/mole, Eps,i,j = sqrt(eps,i * eps,j)\n+!Rmin/2: A, Rmin,i,j = Rmin/2,i + Rmin/2,j\n+!\n+!atom ignored epsilon Rmin/2 ignored eps,1-4 Rmin/2,1-4\n+!\n+! added for new mixing rule for decalin and heptane by jbl\n+\n+NBFIX\n+! Emin Rmin\n+! (kcal/mol) (A)\n+!\n+! added for new mixing rule for decalin/heptane by jbl\n+CRL1 HAL2 -0.0321 3.3500\n+HGA1 HAL2 -0.0359 2.6800\n+CRL2 HAL2 -0.0415 3.3600\n+HGA2 HAL2 -0.0317 2.6800\n+CRL1 HAL1 -0.0293 3.3500\n+HGA1 HAL1 -0.0329 2.6800\n+CRL2 HAL1 -0.0379 3.3600\n+HGA2 HAL1 -0.0289 2.6800\n+CRL1 CTL1 -0.0275 4.0100\n+HGA1 CTL1 -0.0308 3.3400\n+CRL2 CTL1 -0.0355 4.0200\n+HGA2 CTL1 -0.0271 3.3400\n+\n+end\n+\n+return\n+\n+endif\n+\n+! Original model of Suits et al., which is used on ANTON as well as\n+!being suitable for other systems (set chol_model 2 (or anything but 1....))\n+!\n+!Suits, F., Pitman, M., MacKerell, A.D., Jr., Feller, S.E. \"Molecular Level \n+!Organization of Saturated and Polyunsaturated Fatty Acids in a \n+!Phosphatidylcholine Bilayer Containing Cholesterol\" Biochemistry,\n+!43(49):15318-28, 2004\n+!\n+\n+read rtf card @app\n+* cholesterol residues\n+*\n+36 1\n+\n+RESI CHL1 0.00 !cholesterol (name to avoid conflict with choline)\n+! atoms names correspond to the correct cholesterol nomenclature\n+GROUP\n+ATOM C3 CTL1 0.14 \n+ATOM H3 HAL1 0.09\n+ATOM O3 OHL -0.66\n+ATOM H3' HOL 0.43\n+GROUP\n+ATOM C4 CTL2 -0.18 \n+ATOM H4A HAL2 0.09\n+ATOM H4B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C5 CEL1 0.00\n+ATOM C6 CEL1 -0.15\n+ATOM H6 HEL1 0.15\n+GROUP\n+ATOM C7 CTL2 -0.18\n+ATOM H7A HAL2 0.09\n+ATOM H7B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C8 CTL1 -0.09\n+ATOM H8 HAL1 0.09 \n+GROUP\n+ATOM C14 CTL1 -0.09\n+ATOM H14 HAL1 0.09 \n+GROUP\n+ATOM C15 CTL2 -0.18\n+ATOM H15A HAL2 0.09\n+ATOM H15B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C16 CTL2 -0.18\n+ATOM H16A HAL2 0.09\n+ATOM H16B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C17 CTL1 -0.09\n+ATOM H17 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C13 CTL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !methyl at c13\n+ATOM H18A HAL3 0.09\n+ATOM H18B HAL3 0.09\n+ATOM H18C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C12 CTL2 -0.18\n+ATOM H12A HAL2 0.09\n+ATOM H12B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C11 CTL2 -0.18\n+ATOM H11A HAL2 0.09\n+ATOM H11B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C9 CTL1 -0.09\n+ATOM H9 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C10 CTL1 0.00\n+GROUP\n+ATOM C19 CTL3 -0.27 !methyl at c10\n+ATOM H19A HAL3 0.09\n+ATOM H19B HAL3 0.09\n+ATOM H19C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C1 CTL2 -0.18\n+ATOM H1A HAL2 0.09\n+ATOM H1B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C2 CTL2 -0.18\n+ATOM H2A HAL2 0.09\n+ATOM H2B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C20 CTL2 -0.09\n+ATOM H20 HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C21 CTL3 -0.27\n+ATOM H21A HAL3 0.09\n+ATOM H21B HAL3 0.09\n+ATOM H21C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C22 CTL2 -0.18\n+ATOM H22A HAL2 0.09\n+ATOM H22B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C23 CTL2 -0.18\n+ATOM H23A HAL2 0.09\n+ATOM H23B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C24 CTL2 -0.18 !beyond this nomenclature may not be correct\n+ATOM H24A HAL2 0.09\n+ATOM H24B HAL2 0.09\n+GROUP\n+ATOM C25 CTL1 -0.09 !c25\n+ATOM H25 HAL1 0.09\n+GROUP\n+ATOM C26 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c26\n+ATOM H26A HAL3 0.09\n+ATOM H26B HAL3 0.09\n+ATOM H26C HAL3 0.09\n+GROUP\n+ATOM C27 CTL3 -0.27 !terminal methyl, c27\n+ATOM H27A HAL3 0.09\n+ATOM H27B HAL3 0.09\n+ATOM H27C HAL3 0.09\n+\n+BOND C3 O3 C3 H3 O3 H3'\n+BOND C3 C2 C2 H2A C2 H2B\n+BOND C2 C1 C1 H1A C1 H1B\n+BOND C3 C4 C4 H4A C4 H4B\n+BOND C4 C5\n+BOND C5 C10 \n+BOND C10 C1\n+BOND C10 C19 C19 H19A C19 H19B C19 H19C\n+DOUBLE C5 C6 \n+BOND C6 H6\n+BOND C6 C7 C7 H7A C7 H7B\n+BOND C7 C8 C8 H8\n+BOND C8 C9 C9 H9\n+BOND C9 C10\n+BOND C8 C14 C14 H14\n+BOND C14 C13\n+BOND C13 C12 C12 H12A C12 H12B\n+BOND C12 C11 C11 H11A C11 H11B\n+BOND C11 C9\n+BOND C13 C18 C18 H18A C18 H18B C18 H18C\n+BOND C14 C15 C15 H15A C15 H15B\n+BOND C15 C16 C16 H16A C16 H16B\n+BOND C16 C17 C17 H17\n+BOND C17 C13\n+BOND C17 C20 C20 H20\n+BOND C20 C21 C21 H21A C21 H21B C21 H21C\n+BOND C20 C22 C22 H22A C22 H22B\n+BOND C22 C23 C23 H23A C23 H23B\n+BOND C23 C24 C24 H24A C24 H24B\n+BOND C24 C25 C25 H25\n+BOND C25 C26 C26 H26A C26 H26B C26 H26C\n+BOND C25 C27 C27 H27A C27 H27B C27 H27C\n+!ICs based on CHARMM optimized structure\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5383 110.44 55.92 110.66 1.5367\n+IC C4 C2 *C3 O3 1.5367 110.66 120.28 109.14 1.4158\n+IC O3 C2 *C3 H3 1.4158 109.14 118.92 109.40 1.1155\n+IC C2 C3 O3 H3' 1.5311 109.14 -58.51 105.39 0.9593\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5311 110.66 -55.96 111.70 1.5156\n+IC C5 C3 *C4 H4A 1.5156 111.70 121.99 109.16 1.1099\n+IC H4A C3 *C4 H4B 1.1099 109.16 115.03 107.34 1.1142\n+IC C3 C4 C5 C10 1.5367 111.70 54.04 115.09 1.5304\n+IC C10 C4 *C5 C6 1.5304 115.09 -177.32 121.28 1.3432\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5156 121.28 -178.39 123.88 1.5018\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5018 123.88 177.19 119.54 1.1001\n+IC C5 C6 C7 C8 1.3432 123.88 14.50 112.36 1.5506\n+IC C8 C6 *C7 H7A 1.5506 112.36 122.18 110.84 1.1114\n+IC H7A C6 *C7 H7B 1.1114 110.84 118.17 109.17 1.1124\n+IC C6 C7 C8 C14 1.5018 112.36 -165.89 110.02 1.5202\n+IC C14 C7 *C8 C9 1.5202 110.02 121.07 110.84 1.5327\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5327 110.84 119.34 108.18 1.1123\n+IC C7 C8 C14 C13 1.5506 110.02 179.73 115.21 1.5247\n+IC C13 C8 *C14 C15 1.5247 115.21 126.69 117.86 1.5382\n+IC C13 C8 *C14 H14 1.5247 115.21 -116.05 105.83 1.1205\n+IC C8 C14 C15 C16 1.5202 117.86 -163.10 103.40 1.5360\n+IC C16 C14 *C15 H15A 1.5360 103.40 117.45 109.62 1.1113\n+IC H15A C14 *C15 H15B 1.1113 109.62 121.32 111.94 1.1082\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5382 103.40 7.85 106.79 1.5620\n+IC C17 C15 *C16 H16A 1.5620 106.79 118.96 109.25 1.1107\n+IC H16A C15 *C16 H16B 1.1107 109.25 120.76 111.65 1.1090\n+IC C13 C16 *C17 C20 1.5401 104.94 132.02 112.36 1.5633\n+IC C13 C16 *C17 H17 1.5401 104.94 -111.76 106.42 1.1153\n+IC C17 C14 *C13 C12 1.5401 100.27 122.68 106.98 1.5408\n+IC C12 C14 *C13 C18 1.5408 106.98 122.91 110.83 1.5518\n+IC C14 C13 C18 H18A 1.5247 110.83 60.33 111.48 1.1077\n+IC H18A C13 *C18 H18B 1.1077 111.48 119.80 110.01 1.1086\n+IC H18A C13 *C18 H18C 1.1077 111.48 -121.00 111.71 1.1067\n+IC C14 C13 C12 C11 1.5247 106.98 56.78 111.10 1.5422\n+IC C11 C13 *C12 H12A 1.5422 111.10 121.37 111.21 1.1067\n+IC H12A C13 *C12 H12B 1.1067 111.21 118.82 108.68 1.1119\n+IC C9 C12 *C11 H11A 1.5593 113.54 121.67 107.06 1.1093\n+IC H11A C12 *C11 H11B 1.1093 107.06 115.98 108.75 1.1100\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5531 112.73 -114.54 104.68 1.1185\n+IC C9 C5 *C10 C19 1.5531 111.91 -120.04 108.03 1.5524\n+IC C19 C5 *C10 C1 1.5524 108.03 -119.87 109.26 1.5579\n+IC C5 C10 C19 H19A 1.5304 108.03 -172.88 110.67 1.1082\n+IC H19A C10 *C19 H19B 1.1082 110.67 118.48 111.77 1.1080\n+IC H19A C10 *C19 H19C 1.1082 110.67 -120.66 110.97 1.1095\n+IC C2 C10 *C1 H1A 1.5383 114.55 122.42 109.26 1.1104\n+IC C2 C10 *C1 H1B 1.5383 114.55 -120.71 108.29 1.1134\n+IC C1 C3 *C2 H2A 1.5383 110.44 121.16 109.41 1.1119\n+IC H2A C3 *C2 H2B 1.1119 109.41 118.30 109.70 1.1112\n+IC C16 C17 C20 C22 1.5620 112.36 55.21 110.55 1.5476\n+IC C22 C17 *C20 C21 1.5476 110.55 125.88 113.32 1.5349\n+IC C21 C17 *C20 H20 1.5349 113.32 118.87 107.27 1.1157\n+IC C17 C20 C21 H21A 1.5633 113.32 64.90 110.93 1.1077\n+IC H21A C20 *C21 H21B 1.1077 110.93 -121.00 110.41 1.1104\n+IC H21A C20 *C21 H21C 1.1077 110.93 118.40 111.29 1.1085\n+IC C17 C20 C22 C23 1.5633 110.55 -174.59 115.12 1.5394\n+IC C23 C20 *C22 H22A 1.5394 115.12 120.23 109.35 1.1116\n+IC H22A C20 *C22 H22B 1.1116 109.35 117.13 108.75 1.1121\n+IC C20 C22 C23 C24 1.5476 115.12 172.50 112.25 1.5377\n+IC C24 C22 *C23 H23A 1.5377 112.25 121.13 109.69 1.1108\n+IC H23A C22 *C23 H23B 1.1108 109.69 118.14 108.99 1.1129\n+IC C22 C23 C24 C25 1.5394 112.25 -176.23 114.06 1.5418\n+IC C25 C23 *C24 H24A 1.5418 114.06 120.56 108.44 1.1132\n+IC H24A C23 *C24 H24B 1.1132 108.44 117.11 109.39 1.1121\n+IC C23 C24 C25 C26 1.5377 114.06 174.26 111.24 1.5378\n+IC C26 C24 *C25 C27 1.5378 111.24 119.63 112.86 1.5381\n+IC C26 C24 *C25 H25 1.5378 111.24 -119.50 108.47 1.1151\n+IC C24 C25 C26 H26A 1.5418 111.24 -178.53 110.52 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26B 1.1105 110.52 120.00 110.36 1.1105\n+IC H26A C25 *C26 H26C 1.1105 110.52 -120.09 110.33 1.1106\n+IC C24 C25 C27 H27A 1.5418 112.86 -178.28 110.40 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27B 1.1105 110.40 119.95 110.31 1.1105\n+IC H27A C25 *C27 H27C 1.1105 110.40 -119.82 110.77 1.1097\n+\n+RESI CHNS 0.00 !cholesterol with sidechain beyond c18(c20) omitted\n+! atoms names after the comments correspond to the\n+! correct cholesterol nomenclature\n+GROUP\n+ATOM C1 CTL1 0.14 !c3\n+ATOM H1 HAL1 0.09\n+ATOM O1 OHL -0.66\n+ATOM HO1 HOL 0.43\n+\n+ATOM C2 CTL2 -0.18 !c4\n+ATOM H2 HAL2 0.09\n+ATOM H2' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C3 CEL1 0.00 !c5\n+ATOM C4 CEL1 -0.15 !c6\n+ATOM H4 HEL1 0.15\n+\n+ATOM C5 CTL2 -0.18 !c7\n+ATOM H5 HAL2 0.09\n+ATOM H5' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C6 CTL1 -0.09 !c8\n+ATOM H6 HAL1 0.09 \n+\n+ATOM C7 CTL1 -0.09 !c14\n+ATOM H7 HAL1 0.09 \n+\n+ATOM C8 CTL2 -0.18 !c15\n+ATOM H8 HAL2 0.09\n+ATOM H8' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C9 CTL2 -0.18 !c16\n+ATOM H9 HAL2 0.09\n+ATOM H9' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C10 CTL1 -0.09 !c17\n+ATOM H10 HAL1 0.09\n+\n+ATOM C11 CTL1 0.00 !c13\n+\n+ATOM CC11 CTL3 -0.27 !c18, methyl at c13\n+ATOM H111 HAL3 0.09\n+ATOM H112 HAL3 0.09\n+ATOM H113 HAL3 0.09\n+\n+ATOM C12 CTL2 -0.18 !c12\n+ATOM H12 HAL2 0.09\n+ATOM H12' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C13 CTL2 -0.18 !c11\n+ATOM H13 HAL2 0.09\n+ATOM H13' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C14 CTL1 -0.09 !c9\n+ATOM H14 HAL1 0.09\n+\n+ATOM C15 CTL1 0.00 !c10\n+\n+ATOM CC15 CTL3 -0.27 !c19, methyl at c10\n+ATOM H151 HAL3 0.09\n+ATOM H152 HAL3 0.09\n+ATOM H153 HAL3 0.09\n+\n+ATOM C16 CTL2 -0.18 !c1\n+ATOM H16 HAL2 0.09\n+ATOM H16' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C17 CTL2 -0.18 !c2\n+ATOM H17 HAL2 0.09\n+ATOM H17' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C18 CTL3 -0.27 !c20\n+ATOM H181 HAL3 0.09\n+ATOM H182 HAL3 0.09\n+ATOM H183 HAL3 0.09\n+\n+BOND C1 O1 C1 H1 C1 C2\n+BOND O1 HO1\n+BOND C2 C3 C2 H2 C2 H2'\n+DOUBLE C3 C4\n+BOND C4 C5 C4 H4\n+BOND C5 C6 C5 H5 C5 H5'\n+BOND C6 C7 C6 H6\n+BOND C7 C8 C7 H7\n+BOND C8 C9 C8 H8 C8 H8'\n+BOND C9 C10 C9 H9 C9 H9'\n+BOND C10 C18 C10 C11 C10 H10\n+BOND C11 CC11 C11 C7 C11 C12\n+BOND CC11 H111 CC11 H112 CC11 H113\n+BOND C12 C13 C12 H12 C12 H12'\n+BOND C13 C14 C13 H13 C13 H13'\n+BOND C14 C15 C14 C6 C14 H14\n+BOND C15 C16 C15 C3 C15 CC15\n+BOND CC15 H151 CC15 H152 CC15 H153\n+BOND C16 C17 C16 H16 C16 H16'\n+BOND C17 C1 C17 H17 C17 H17'\n+BOND C18 H181 C18 H182 C18 H183\n+\n+!DONO HO1 O1\n+!ACCE O1\n+\n+IC O1 C1 C2 C3 1.4158 109.24 -176.17 111.80 1.5153\n+IC C1 C2 C3 C4 1.5368 111.80 -123.48 121.41 1.3430\n+IC C2 C3 C4 C5 1.5153 121.41 -178.76 123.84 1.5019\n+IC C3 C4 C5 C6 1.3430 123.84 14.64 112.44 1.5504\n+IC C4 C5 C6 C7 1.5019 112.44 -166.16 109.90 1.5192\n+IC C5 C6 C7 C8 1.5504 109.90 -54.73 118.74 1.5447\n+IC C6 C7 C8 C9 1.5192 118.74 -161.90 103.72 1.5418\n+IC C7 C8 C9 C10 1.5447 103.72 5.69 105.45 1.5530\n+IC C8 C9 C10 C11 1.5418 105.45 21.50 105.85 1.5300\n+IC C9 C10 C11 C12 1.5530 105.85 -155.90 116.00 1.5351\n+IC C7 C12 *C11 CC11 1.5194 108.58 -123.00 111.88 1.5530\n+IC C10 C11 C12 C13 1.5300 116.00 167.75 110.42 1.5414\n+IC C10 C11 C7 C8 1.5300 99.46 43.93 105.86 1.5447\n+IC C11 C12 C13 C14 1.5351 110.42 -52.28 113.50 1.5626\n+IC CC11 C11 C12 C13 1.5530 111.88 -66.16 110.42 1.5414\n+IC CC11 C11 C7 C8 1.5530 111.12 -70.96 105.86 1.5447\n+IC C12 C13 C14 C15 1.5414 113.50 179.43 114.52 1.5524\n+IC C13 C14 C15 CC15 1.5626 114.52 -50.80 109.07 1.5522\n+IC C13 C14 C15 C16 1.5626 114.52 69.29 108.64 1.5574\n+IC C13 C14 C6 C7 1.5626 113.16 -48.42 109.31 1.5192\n+IC CC15 C15 C16 C17 1.5522 110.15 -68.75 114.54 1.5383\n+IC C14 C15 C16 C17 1.5524 108.64 171.83 114.54 1.5383\n+IC C14 C15 C3 C4 1.5524 111.86 7.71 123.46 1.3430\n+IC C15 C16 C17 C1 1.5574 114.54 -54.68 110.51 1.5312\n+IC C11 C9 *C10 C18 1.5300 105.85 126.88 114.22 1.5413\n+IC O1 C2 *C1 H1 1.4158 109.24 -119.02 109.53 1.1156\n+IC C2 C1 O1 HO1 1.5368 109.24 62.69 105.39 0.9593\n+IC C3 C1 *C2 H2 1.5153 111.80 121.88 109.11 1.1100\n+IC C3 C1 *C2 H2' 1.5153 111.80 -123.05 107.36 1.1142\n+IC C5 C3 *C4 H4 1.5019 123.84 177.13 119.55 1.1001\n+IC C6 C4 *C5 H5 1.5504 112.44 122.17 110.88 1.1114\n+IC C6 C4 *C5 H5' 1.5504 112.44 -119.69 109.16 1.1124\n+IC C7 C5 *C6 H6 1.5192 109.90 -119.58 108.19 1.1122\n+IC C8 C6 *C7 H7 1.5447 118.74 117.73 105.77 1.1205\n+IC C9 C7 *C8 H8 1.5418 103.72 117.51 109.61 1.1108\n+IC C9 C7 *C8 H8' 1.5418 103.72 -121.25 111.67 1.1078\n+IC C10 C8 *C9 H9 1.5530 105.45 118.45 109.64 1.1105\n+IC C10 C8 *C9 H9' 1.5530 105.45 -120.18 112.16 1.1085\n+IC C18 C9 *C10 H10 1.5413 114.22 119.69 107.07 1.1162\n+IC C7 C11 CC11 H111 1.5194 111.12 -178.60 110.01 1.1092\n+IC H111 C11 *CC1 H112 1.1092 110.01 118.82 111.63 1.1068\n+IC H111 C11 *CC1 H113 1.1092 110.01 -120.26 111.66 1.1075\n+IC C13 C11 *C12 H12 1.5414 110.42 122.09 109.96 1.1102\n+IC C13 C11 *C12 H12' 1.5414 110.42 -119.49 108.88 1.1120\n+IC C14 C12 *C13 H13 1.5626 113.50 121.59 107.14 1.1091\n+IC C14 C12 *C13 H13' 1.5626 113.50 -122.38 108.79 1.1098\n+IC C13 C6 *C14 H14 1.5626 113.16 113.80 104.59 1.1184\n+IC C3 C15 CC15 H151 1.5435 107.81 -172.81 110.68 1.1082\n+IC H151 C15 *CC1 H152 1.1082 110.68 118.52 111.71 1.1081\n+IC H151 C15 *CC1 H153 1.1082 110.68 -120.68 110.98 1.1094\n+IC C17 C15 *C16 H16 1.5383 114.54 122.43 109.27 1.1104\n+IC C17 C15 *C16 H16' 1.5383 114.54 -120.70 108.26 1.1134\n+IC C16 C1 *C17 H17 1.5383 110.51 121.12 109.37 1.1120\n+IC C16 C1 *C17 H17' 1.5383 110.51 -120.62 109.70 1.1111\n+!use hbuild for c18 hydrogens\n+\n+RESI CHM1 0.00 !cholesterol analog with only rings 1 and 2\n+ !and the position 19 methyl\n+! atoms names after the comments correspond to the\n+! correct cholesterol nomenclature\n+!\n+!ring 1\n+!\n+GROUP\n+ATOM C1 CTL1 0.14 !c3\n+ATOM H1 HAL1 0.09\n+ATOM O1 OHL -0.66\n+ATOM HO1 HOL 0.43\n+\n+ATOM C2 CTL2 -0.18 !c4\n+ATOM H2 HAL2 0.09\n+ATOM H2' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C3 CEL1 0.00 !c5\n+\n+ATOM C15 CTL1 0.00 !c10\n+\n+ATOM C16 CTL2 -0.18 !c1\n+ATOM H16 HAL2 0.09\n+ATOM H16' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C17 CTL2 -0.18 !c2\n+ATOM H17 HAL2 0.09\n+ATOM H17' HAL2 0.09\n+\n+ATOM CC15 CTL3 -0.27 !c19, methyl at c10\n+ATOM H151 HAL3 0.09\n+ATOM H152 HAL3 0.09\n+ATOM H153 HAL3 0.09\n+\n+!ring 2\n+ATOM C4 CEL1 -0.15 !c6\n+ATOM H4 HEL1 0.15\n+\n+ATOM C5 CTL2 -0.18 !c7\n+ATOM H5 HAL2 0.09\n+ATOM H5' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C6 CTL2 -0.18 !c8\n+ATOM H6 HAL2 0.09 \n+ATOM H6' HAL2 0.09\n+\n+ATOM C14 CTL2 -0.18 !c9\n+ATOM H14 HAL2 0.09\n+ATOM H14' HAL2 0.09\n+\n+BOND C1 C2 C2 C3 C3 C15 C15 C16 C16 C17 C17 C1\n+BOND C1 O1 O1 HO1 C1 H1\n+BOND C2 H2 C2 H2'\n+BOND C15 CC15 CC15 H151 CC15 H152 CC15 H153\n+BOND C16 H16 C16 H16'\n+BOND C17 H17 C17 H17'\n+DOUB C3 C4\n+BOND C4 C5 C5 C6 C6 C14 C14 C15\n+BOND C4 H4\n+BOND C5 H5 C5 H5'\n+BOND C6 H6 C6 H6'\n+BOND C14 H14 C14 H14'\n+\n+IC C1 C2 C3 C15 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C3 C15 C16 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C1 C2 C3 0.0000 0.00 0.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C17 *C1 O1 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C17 *C1 H1 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C1 O1 HO1 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C1 *C2 H2 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C1 *C2 H2' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C1 C2 C3 C4 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C2 C3 C4 C5 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C4 C5 C6 0.0000 0.00 15.00 0.00 0.0000\n+IC C4 C5 C6 C14 0.0000 0.00 -45.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C3 *C15 CC15 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C15 *C16 H16 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C17 C15 *C16 H16' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C16 C1 *C17 H17 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C16 C1 *C17 H17' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C3 C15 CC15 H151 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC H151 C15 *CC15 H152 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC H151 C15 *CC15 H153 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C5 C3 *C4 H4 0.0000 0.00 180.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C4 *C5 H5 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C4 *C5 H5' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C5 *C6 H6 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C14 C5 *C6 H6' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C15 *C14 H14 0.0000 0.00 120.00 0.00 0.0000\n+IC C6 C15 *C14 H14' 0.0000 0.00 -120.00 0.00 0.0000\n+\n+end\n+\n+read para card flex @app\n+* cholesterol parameters\n+*\n+\n+BONDS\n+!\n+!V(bond) = Kb(b - b0)**2\n+!\n+!Kb: kcal/mole/A**2\n+!b0: A\n+!\n+!atom type Kb b0\n+CEL1 CTL1 240.000 1.502 ! from CEL1 CTL2: sR12cc (c8-c39)\n+!\n+\n+ANGLES\n+!\n+!V(angle) = Ktheta(Theta - Theta0)**2\n+!\n+!V(Urey-Bradley) = Kub(S - S0)**2\n+!\n+!Ktheta: kcal/mole/rad**2\n+!Theta0: degrees\n+!Kub: kcal/mole/A**2 (Urey-Bradley)\n+!S0: A\n+!\n+!atom types Ktheta Theta0 Kub S0\n+CTL1 CTL2 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !all CEL1 containing terms will\n+CTL2 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2 !involve the dR1 and dR2 terms\n+CTL1 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL3 CTL1 CEL1 32.00 112.20 !from CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL1 CEL1 CTL2 50.00 113.00 !guess FC, eq. angle to yield 360 deg sum \n+CEL1 CEL1 CTL1 48.00 123.50 ! from CEL1 CEL1 CTL1 \n+!\n+DIHEDRALS\n+!\n+!V(dihedral) = Kchi(1 + cos(n(chi) - delta))\n+!\n+!Kchi: kcal/mole\n+!n: multiplicity\n+!delta: degrees\n+!\n+!atom types Kchi n delta\n+CTL1 CTL2 CEL1 CTL1 0.30 3 180.0 ! torR1\n+CTL2 CEL1 CTL1 CTL1 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CTL1 CTL3 0.00 3 180.0 ! bR12\n+CTL2 CEL1 CTL1 CTL2 0.30 3 180.0 ! torR1\n+HAL2 CTL2 CEL1 CTL1 0.0300 3 0.0 ! CH2 wag and twist, from CEL1 CEL1 CTL2 HAL2\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL2 CTL1 1.3000 3 180.0 ! \n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL1 0.5000 1 180.0 ! torR2, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL1 1.3000 3 180.0 ! \n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL2 0.5000 1 180.0 ! bR12, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL2 1.3000 3 180.0 ! \n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL3 0.5000 1 180.0 ! bR13, rCH3, CEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CEL1 CEL1 CTL1 CTL3 1.3000 3 180.0 !\n+HEL1 CEL1 CTL2 CTL1 0.00 3 0.0 ! wC9H, HEL1 CEL1 CTL2 CTL2\n+CTL2 CTL1 OHL HOL 0.9 1 0.00 ! hydroxyl mp2/6-31g* surface\n+CTL2 CTL1 OHL HOL 0.3 3 0.00 ! possible conflict with protein\n+\n+end\n+\n+return\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr1468
|
multi_swe_bench
|
CMake: improve HDF5 support (AMReX-Codes/amrex#1468)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 1468,
"issue_title": "CMake: improve HDF5 support",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nFix #1463\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] are described in the proposed changes to the AMReX documentation, if appropriate\r\n",
"base_commit": "c0710a2bc4725aa8e7cab57690b27c73285436ae",
"resolved_issues": [
{
"number": 1463,
"title": "Build Question - Lib folders",
"body": "Hello there, I'm trying to build AMReX with the following libraries and versions:\r\n```\r\n1) gcc/9.1.1\r\n4) cmake/3.16.7\r\n2) mpich/3.3.1\r\n3) petsc/3.11.3\r\n5) hdf5/1.10.5\r\n```\r\nI'm on tag `20.10`, created a `build` folder and using the following options with cmake:\r\n```\r\n-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/apps/amrex/20.10-mpich-3.3.1-petsc-3.11.3-hdf5-1.10.5\r\n-DDIM=3 \r\n-DENABLE_FORTRAN=yes \r\n-DENABLE_FORTRAN_INTERFACES=yes \r\n-DENABLE_MPI=yes \r\n-DENABLE_HYPRE=yes \r\n-DENABLE_HDF5=yes \r\n-DENABLE_PETSC=yes\r\n```\r\n\r\nHow can I set the paths for those libraries I want to use? I coudn't find in the docs flags to set the path of the libraries ...\r\nNone of my libs are instaled in the system path, allways in `/opt/apps`.\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-1468",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake b/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\nindex 52ad1ff27ce..82193da3c2f 100644\n--- a/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\n+++ b/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\n@@ -3,13 +3,19 @@\n #\n if (ENABLE_HDF5)\n set(HDF5_PREFER_PARALLEL TRUE)\n- find_package(HDF5 1.10.4 REQUIRED COMPONENTS CXX)\n+ find_package(HDF5 1.10.4 REQUIRED)\n if (NOT HDF5_IS_PARALLEL)\n message(FATAL_ERROR \"\\nHDF5 library does not support parallel I/O\")\n+ endif ()\n+\n+ if (TARGET hdf5::hdf5) # CMake >= 3.19\n+ target_link_libraries(amrex PUBLIC hdf5::hdf5)\n+ else () # CMake < 3.19 -- Remove when minimum cmake version is bumped up\n+ target_include_directories(amrex PUBLIC ${HDF5_INCLUDE_DIRS})\n+ target_compile_definitions(amrex PUBLIC ${HDF5_DEFINITIONS})\n+ target_link_libraries(amrex PUBLIC ${HDF5_LIBRARIES})\n endif ()\n- target_include_directories(amrex PUBLIC ${HDF5_CXX_INCLUDE_DIRS})\n- target_compile_definitions(amrex PUBLIC ${HDF5_CXX_DEFINES})\n- target_link_libraries(amrex PUBLIC ${HDF5_CXX_LIBRARIES})\n+\n endif ()\n \n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/CMakeLists.txt b/Tests/CMakeLists.txt\nindex 29cd7d32e83..f97a625c78c 100644\n--- a/Tests/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/CMakeLists.txt\n@@ -7,6 +7,10 @@ if (ENABLE_PARTICLES)\n list(APPEND AMREX_TESTS_SUBDIRS Particles)\n endif ()\n \n+if (ENABLE_HDF5)\n+ list(APPEND AMREX_TESTS_SUBDIRS HDF5Benchmark)\n+endif ()\n+\n list(TRANSFORM AMREX_TESTS_SUBDIRS PREPEND \"${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/\")\n \n #\ndiff --git a/Tests/HDF5Benchmark/CMakeLists.txt b/Tests/HDF5Benchmark/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..718a622058a\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HDF5Benchmark/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,12 @@\n+# This tests requires particle support\n+if (NOT ENABLE_PARTICLES)\n+ return()\n+endif ()\n+\n+set(_sources main.cpp)\n+set(_input_files inputs )\n+\n+setup_test(_sources _input_files)\n+\n+unset(_sources)\n+unset(_input_files)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr1842
|
multi_swe_bench
|
Feature/non local parallel copy (AMReX-Codes/amrex#1842)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 1842,
"issue_title": "Feature/non local parallel copy",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nThis PR introduces \"Multiblock\" capabilities to AMReX.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nMultiblock refers to having multiple distinct computational domains, known as blocks, that have some relation to each other.\r\nThis PR proposes a generic NonLocalBC::ParallelCopy that performs copies between two FabArrays that might live on different blocks. The ParallelCopy respects\r\n\r\n - An index mapping such as already present in NonLocalBC (DTOS)\r\n - A projection function that will be called on either sender or receiver side to perform actions like e.g. swapping two components or changing the sign of velocity components\r\n \r\nThe proposed usage is\r\n\r\n```cpp\r\nNonLocalBC::ParallelCopy(dest, destbox, src, scomp, dcomp, ncomp, ngrow, index_mapping, fab_projection);\r\n```\r\n\r\n## Notes\r\n\r\n- In the current implementation, `DTOS` needs to be a map between index spaces where inverse images of boxes are boxes again.\r\n- The name `NonLocalBC::ParallelCopy` is confusing if it does something else than `amrex::ParallelCopy`. Alternatives?\r\n- Parts of the implementation might be shared with other places in AMReX, such as in communication procedures of FabArray. But this is out of scope.\r\n- In addition to `SwapComponents`, a more generic `PermuteComponents` is useful.\r\n- The test is not commented yet.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n\r\nThe following tasks need to be done:\r\n- [x] Define CPOs for dispatching packing and unpacking of communication buffers\r\n- [x] Implement the first version without interpolation\r\n- [x] Provide a test case to prove correct index mapping, projection and communication behaviour \r\n- [ ] Write a tutorial with an example of using at least two blocks in a simple simulation\r\n- [x] Improve type documentation and requirements\r\n\r\n**The advection example produces the following result**\r\n\r\n<p align=\"center\">\r\n<img src=\"https://media.giphy.com/media/W5AKaJHUQqLbdyHO6O/giphy.gif\"/>\r\n</p>\r\n<p align=\"center\">Figure 1. A test run of the multi block advection test case. It was initiated with 4 MPI Ranks. It shows a surface plot of a scalar component and arrow glyphs of an advected vector.</p>",
"base_commit": "6ec00666843dcc0ae794358c872dd92e30a3cd34",
"resolved_issues": [
{
"number": 1,
"title": "Add a hook so that an AmrLevel can force a post-timestep regrid",
"body": "The motivation for this change is that sometimes, during the course of a coarse\r\ntimestep, the timestep will found to be unstable due to a lack of resolution. In\r\nthis case the coarse level may want to signal that more resolution is required\r\nimmediately (as opposed to waiting for a future regrid), because even a single\r\nunstable step may cause significant harm to the integrity of the simulation. An\r\nexample is a spurious numerical detonation caused by insufficient resolution in\r\na thermonuclear burning region. If this numerically-seeded detonation is detected\r\nat the end of a timestep, more levels can be added immediately so that the fine\r\nlevels can improve the situation and quench the detonation (since they will\r\noverwrite the coarse data at the end of the timestep).\r\n\r\nEach AmrLevel now has a member variable post_step_regrid. To trigger a regrid\r\nat the end of a step, but before any fine timesteps would be taken, they only need\r\nto set this variable to one. At the beginning of every timestep, it will be reset to 0."
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-1842",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Base/AMReX_Extension.H b/Src/Base/AMReX_Extension.H\nindex 40e2da188bc..96253c1437b 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_Extension.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_Extension.H\n@@ -151,7 +151,8 @@\n #define AMREX_FALLTHROUGH ((void)0)\n #endif\n \n-#if !defined(AMREX_NO_NODISCARD) && defined(__has_cpp_attribute) && __has_cpp_attribute(nodiscard)\n+// CI uses -Werror -Wc++17-extentsion, thus we need to add the __cplusplus clause\n+#if !defined(AMREX_NO_NODISCARD) && defined(__has_cpp_attribute) && __has_cpp_attribute(nodiscard) && __cplusplus >= 201603L\n # define AMREX_NODISCARD [[nodiscard]]\n #elif !defined(AMREX_NO_NODISCARD) && (defined(__GNUC__) || defined(__clang__))\n # define AMREX_NODISCARD __attribute__ ((warn_unused_result))\n@@ -159,6 +160,18 @@\n # define AMREX_NODISCARD\n #endif\n \n+// Note: following compilers support [[no_unique_address]]\n+// - Clang >= 9.0\n+// - GCC >= 9.0\n+// - MSVC >= 19.26\n+// Using no unique address makes empty base class optimization for multiple policies much easier\n+#if !defined(AMREX_NO_NO_UNIQUE_ADDRESS) && defined(__has_cpp_attribute) && __has_cpp_attribute(no_unique_address) && __cpluspus >= 201803L\n+# define AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS [[no_unique_address]]\n+# define AMREX_HAS_NO_UNIQUE_ADDRESS 1\n+#else\n+# define AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS\n+#endif\n+\n #endif /* !BL_LANG_FORT */\n \n #endif\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.H b/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.H\nindex e1c24bb7a72..b58dcb351ed 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.H\n@@ -1,11 +1,979 @@\n #ifndef AMREX_NONLOCAL_BC_H_\n #define AMREX_NONLOCAL_BC_H_\n #include <AMReX_Config.H>\n-\n+#include <AMReX_TypeTraits.H>\n #include <AMReX_FabArray.H>\n \n namespace amrex { namespace NonLocalBC {\n \n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [concept.IndexMapping]\n+//\n+\n+//! \\brief Return type of an InverseImage class member function.\n+template <typename T, typename... Args>\n+using Inverse_t = decltype(std::declval<T>().Inverse(std::declval<Args>()...));\n+\n+//! \\brief Type trait that tests if T has an InverseImage class member function.\n+template <typename T>\n+struct HasInverseMemFn : IsDetectedExact<Dim3, Inverse_t, T, Dim3> {};\n+\n+//! \\brief Tests if a given type IndexMap is usable as an index mapping between two index based\n+//! coordinate systems.\n+template <class IndexMap>\n+struct IsIndexMapping\n+ : Conjunction<IsCallableR<Dim3, IndexMap&, const Dim3&>, \n+ HasInverseMemFn<const IndexMap&>> {};\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [IndexMapping.MultiBlockIndexMapping]\n+//\n+\n+//! \\brief This struct describes an affine index transformation for two coordinate systems.\n+//!\n+//! This DTOS is used to map indices from one block to another. It respects a permutation of\n+//! (x,y,z) coordinates, an offset and a change in orientation.\n+struct MultiBlockIndexMapping {\n+ //! \\brief This vector needs to be a valid permutation\n+ IntVect permutation{AMREX_D_DECL(0, 1, 2)};\n+ //! \\brief The offset in the source index space.\n+ IntVect offset{AMREX_D_DECL(0, 0, 0)};\n+ //! \\brief A vector of 1 and -1 describing the orientation in each component.\n+ IntVect sign{AMREX_D_DECL(1, 1, 1)};\n+\n+ //! \\brief Applies this mapping on the index from destination space and returns an index in the\n+ //! source space.\n+ //!\n+ //! \\param[in] i The index that lives in the destination space.\n+ //!\n+ //! \\return Returns an index in the source space that is given by this affine transformation.\n+ AMREX_GPU_HOST_DEVICE Dim3 operator()(Dim3 i) const noexcept {\n+ int iv[3]{i.x, i.y, i.z};\n+ int iv_new[3]{};\n+ for (int d = 0; d < AMREX_SPACEDIM; ++d) {\n+ iv_new[d] = sign[d] * (iv[permutation[d]] - offset[d]);\n+ }\n+ return {iv_new[0], iv_new[1], iv_new[2]};\n+ }\n+\n+ //! \\brief The inverse function is given by rearringing all above terms.\n+ //!\n+ //! \\param[in] i The index that lives in the source space.\n+ //!\n+ //! \\return Returns an index in the destination space that is given by this affine\n+ //! transformation.\n+ AMREX_GPU_HOST_DEVICE Dim3 Inverse(Dim3 i) const noexcept {\n+ int iv_new[3]{i.x, i.y, i.z};\n+ int iv[3]{};\n+ for (int d = 0; d < AMREX_SPACEDIM; ++d) {\n+ AMREX_ASSERT(sign[d] == 1 || sign[d] == -1);\n+ iv[permutation[d]] = iv_new[d] * sign[d] + offset[d];\n+ }\n+ return {iv[0], iv[1], iv[2]};\n+ }\n+\n+ IndexType operator()(IndexType it) const noexcept {\n+ return IndexType{IntVect{AMREX_D_DECL(it[permutation[0]], it[permutation[1]], it[permutation[2]])}};\n+ }\n+\n+ IndexType Inverse(IndexType it) const noexcept {\n+ IntVect inverse_permutation;\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {\n+ inverse_permutation[permutation[i]] = i;\n+ }\n+ return IndexType{IntVect{AMREX_D_DECL(it[inverse_permutation[0]], it[inverse_permutation[1]], it[inverse_permutation[2]])}};\n+ }\n+};\n+\n+//! \\brief Applies the Dim3 to Dim3 mapping onto IntVects.\n+//!\n+//! This is used to map indices from the dest index space into the source index space.\n+//!\n+//! IntVect is being embedded in Dim3 by trailing zeros.\n+//! Dim3 is being projected to IntVect by dopping z for AMREX_SPACEDIM = 2 or z and y components\n+//! for AMREX_SPACEDIM = 1.\n+//!\n+//! \\param[in] iv The IntVect that lives in the destination index space.\n+//!\n+//! \\return Returns IntVect{dtos(Dim3{iv})}\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>::value, IntVect> \n+Apply(DTOS dtos, const IntVect& iv) \n+{\n+ Dim3 i = dtos(iv.dim3());\n+ return IntVect{AMREX_D_DECL(i.x, i.y, i.z)};\n+}\n+\n+//! \\brief Applies the Dim3 to Dim3 mapping onto Boxes but does not change the index type.\n+//!\n+//! This function assumes monotonicity of dtos in each component.\n+//!\n+//! \\param[in] box The box that lives the destination index space\n+//!\n+//! \\return Returns the smallest Box in the source index space that contains images of\n+//! Apply(dtos, box.smallEnd()) and Apply(dtos, box.bigEnd()).\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>::value && !IsCallableR<IndexType, DTOS, IndexType>::value, Box> \n+Image(DTOS dtos, const Box& box) \n+{\n+ IntVect mapped_smallEnd = Apply(dtos, box.smallEnd());\n+ IntVect mapped_bigEnd = Apply(dtos, box.bigEnd());\n+ IntVect smallEnd;\n+ IntVect bigEnd;\n+ for (int d = 0; d < AMREX_SPACEDIM; ++d) {\n+ smallEnd[d] = std::min(mapped_smallEnd[d], mapped_bigEnd[d]);\n+ bigEnd[d] = std::max(mapped_smallEnd[d], mapped_bigEnd[d]);\n+ }\n+ return Box{smallEnd, bigEnd, box.ixType()};\n+}\n+\n+//! \\brief Applies the Dim3 to Dim3 mapping onto Boxes and maps the index type.\n+//!\n+//! This function assumes monotonicity of dtos in each component.\n+//!\n+//! \\param[in] box The box that lives the destination index space\n+//!\n+//! \\return Returns the smallest Box in the source index space that contains images of\n+//! Apply(dtos, box.smallEnd()) and Apply(dtos, box.bigEnd()).\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>::value && IsCallableR<IndexType, DTOS, IndexType>::value, Box> \n+Image(DTOS dtos, const Box& box) \n+{\n+ // \"Forget\" the index type mapping and invoke Image without changing the index type.\n+ Box srcbox = Image([&dtos](Dim3 i) { return dtos(i); }, box);\n+ // Fix the index type of the resulting box\n+ srcbox.setType(dtos(box.ixType()));\n+ return srcbox;\n+}\n+\n+//! \\brief Applies the Dim3 to Dim3 invserse mapping onto IntVects.\n+//!\n+//! This is used to map indices from the src index space into the dest index space.\n+//!\n+//! IntVect is being embedded in Dim3 by trailing zeros.\n+//! Dim3 is being projected to IntVect by dopping z for AMREX_SPACEDIM = 2 or z and y components\n+//! for AMREX_SPACEDIM = 1.\n+//!\n+//! \\param[in] iv The IntVect that lives in the src index space.\n+//!\n+//! \\return Returns IntVect{dtos.Inverse(Dim3{iv})}\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<HasInverseMemFn<DTOS>::value, IntVect> \n+ApplyInverse(DTOS dtos, const IntVect& iv) \n+{\n+ return Apply([&dtos](Dim3 i) { return dtos.Inverse(i); }, iv);\n+}\n+\n+//! \\brief Applies the inverse Dim3 to Dim3 mapping onto Boxes without changing the index type.\n+//!\n+//! This function assumes monotonicity in each component.\n+//!\n+//! \\param[in] box The box that lives the source index space\n+//!\n+//! \\return Returns the smallest Box in the destination index space that contains images of\n+//! ApplyInverse(box.smallEnd()) and ApplyInverse(box.bigEnd()).\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<HasInverseMemFn<DTOS>::value && !IsCallableR<IndexType, DTOS, IndexType>::value, Box> \n+InverseImage(DTOS dtos, const Box& box) \n+{\n+ return Image([&dtos](Dim3 i) { return dtos.Inverse(i); }, box);\n+}\n+\n+//! \\brief Applies the inverse Dim3 to Dim3 mapping onto Boxes\n+//!\n+//! This function assumes monotonicity in each component.\n+//!\n+//! \\param[in] box The box that lives the source index space\n+//!\n+//! \\return Returns the smallest Box in the destination index space that contains images of\n+//! ApplyInverse(box.smallEnd()) and ApplyInverse(box.bigEnd()).\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<HasInverseMemFn<DTOS>::value && IsCallableR<IndexType, DTOS, IndexType>::value, Box> \n+InverseImage(DTOS dtos, const Box& box) \n+{\n+ return Image([&dtos](auto&& i) { return dtos.Inverse(i); }, box);\n+}\n+\n+//! \\brief This is the index mapping based on the DTOS MultiBlockDestToSrc.\n+static_assert(IsIndexMapping<MultiBlockIndexMapping>(),\n+ \"MultiBlockIndexMapping is expected to satisfy IndexMapping\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [class.MultiBlockCommMetaData]\n+//\n+\n+//! \\brief This class stores data dependencies for an inter-block communication.\n+//!\n+//! In communication between two blocks one might need to do an index\n+//! transformation from one block to antoher.\n+struct MultiBlockCommMetaData : FabArrayBase::CommMetaData {\n+ //! \\name Constructors\n+\n+ //! \\brief Build global meta data by calling the define() member function.\n+ //!\n+ //! \\see MultiBlockCommMetaData::define\n+ template <typename DTOS, \n+ typename = EnableIf_t<IsIndexMapping<DTOS>::value>>\n+ MultiBlockCommMetaData(const FabArrayBase& dst, const Box& dstbox, const FabArrayBase& src,\n+ const IntVect& ngrow, DTOS dtos);\n+\n+ //! \\brief Build global meta data by calling the define() member function.\n+ //!\n+ //! \\see MultiBlockCommMetaData::define\n+ template <typename DTOS, \n+ typename = EnableIf_t<IsIndexMapping<DTOS>::value>>\n+ MultiBlockCommMetaData(const BoxArray& dstba, const DistributionMapping& dstdm,\n+ const Box& dstbox, const BoxArray& srcba,\n+ const DistributionMapping& srcdm, const IntVect& ngrow, DTOS dtos);\n+\n+ //! \\name Manipulators\n+\n+ //! \\brief Build global meta data that is being used to identify send and recv\n+ //! dependencies in communication routines.\n+ //!\n+ //! This call is quadratic in the number of boxes, i.e. it is in\n+ //! O(dstba.size() * srcba.size()). Therefore, it might be wise to cache the\n+ //! construction of this object to minimize its computation.\n+ //!\n+ //! \\tparam DTOS This parameter needs to satisfy IsIndexMapping and HasInverseImage.\n+ //!\n+ //! \\param[in] dstba The destination box array.\n+ //! \n+ //! \\param[in] dstdm The destination distribution mapping.\n+ //!\n+ //! \\param[in] dstbox The box that will be filled and that lives in the destination space.\n+ //!\n+ //! \\param[in] srcba The source box array.\n+ //!\n+ //! \\param[in] srcdm The source distribution mapping.\n+ //!\n+ //! \\param[in] ngrow The number of ghost cells that shall be considered when filling data.\n+ //!\n+ //! \\param[in] dtos The dest to source index mapping that has an inverse image.\n+ //!\n+ //! \\return Nothing.\n+ template <typename DTOS>\n+ EnableIf_t<IsIndexMapping<DTOS>::value>\n+ define(const BoxArray& dstba, const DistributionMapping& dstdm, const Box& dstbox,\n+ const BoxArray& srcba, const DistributionMapping& srcdm, const IntVect& ngrow,\n+ DTOS dtos);\n+};\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [concept.FabProjection]\n+//\n+\n+//! \\brief This type trait tests if a type P is a projetion for FAB.\n+template <typename P, typename FAB>\n+struct IsFabProjection\n+ : IsCallableR<typename FAB::value_type, P, Array4<const typename FAB::value_type>, Dim3, int> \n+{};\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [FabProjection.Identity]\n+// [IndexMapping.Identity]\n+\n+//! \\brief This class acts as a default no-op operator.\n+//!\n+//! This class satisfies IndexMapping and FabProjection.\n+struct Identity {\n+ //! The identity function for Dim3\n+ constexpr Dim3 operator()(Dim3 i) const noexcept { return i; }\n+ //! The identity function for Dim3\n+ constexpr Dim3 Inverse(Dim3 i) const noexcept { return i; }\n+\n+ //! \\return Returns array(i.x,i.y,i.z,comp)\n+ template <typename T>\n+ constexpr T operator()(Array4<const T> array, Dim3 i, int comp = 0) const\n+ noexcept(noexcept(array(i.x, i.y, i.z, comp))) {\n+ return array(i.x, i.y, i.z, comp);\n+ }\n+\n+ //! The identity for int\n+ constexpr int operator()(int i) const noexcept { return i; }\n+};\n+static constexpr Identity identity{};\n+\n+static_assert(sizeof(Identity) == 1, \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_default_constructible<Identity>::value, \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_copy_assignable<Identity>::value, \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_copy_constructible<Identity>::value, \"\");\n+static_assert(IsIndexMapping<Identity>(), \"\");\n+static_assert(IsFabProjection<Identity, FArrayBox>(), \"\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [FabProjection.MapComponents]\n+\n+//! \\brief This class takes a projection and a component map and combines them to form a new\n+//! projection.\n+//!\n+//! We use this to apply a permutations on components FABs.\n+//!\n+//! \\see SwapComponents\n+template <typename Base, typename Map = Identity> struct MapComponents {\n+ static_assert(IsCallable<Base, Array4<const Real>, Dim3, int>::value,\n+ \"Base needs to be a callable function: (Array4<const T>, Dim3, i) -> auto.\");\n+\n+ static_assert(IsCallableR<int, Map, int>::value,\n+ \"Map needs to be a callable function: int -> int.\");\n+\n+ AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS Base base;\n+ AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS Map map;\n+\n+ template <typename T,\n+ typename = EnableIf_t<IsCallable<Base, Array4<const T>, Dim3, int>::value>,\n+ typename = EnableIf_t<IsCallableR<int, Map, int>::value>>\n+ constexpr decltype(auto) operator()(Array4<const T> array, Dim3 i, int comp) const\n+ noexcept(noexcept(base(array, i, map(comp)))) {\n+ return base(array, i, map(comp));\n+ }\n+};\n+\n+#ifdef AMREX_HAS_NO_UNIQUE_ADDRESS\n+static_assert(sizeof(MapComponents<Identity, Identity>) == 1, \"\");\n+#endif\n+static_assert(std::is_trivially_copy_assignable<MapComponents<Identity>>(), \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_copy_constructible<MapComponents<Identity>>(), \"\");\n+static_assert(IsFabProjection<MapComponents<Identity>, FArrayBox>(), \"\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [FabProjection.MapComponents.SwapComponents]\n+\n+//! \\brief This is a permutation where only two components are swapped.\n+//!\n+//! This class is used with MapComponents to define fab projections that swap components on FABs,\n+//! e.g. for velocity components. The template arguments I, J should be greater or equal to -1. The\n+//! value -1 indicates run-time values and increase the object size of this function object.\n+template <int I, int J> struct SwapComponents { \n+ static_assert(I >= 0 && J >= 0, \"I >= 0 && J >= 0\");\n+\n+ //! \\brief Swaps indices I and J.\n+ //!\n+ //! \\return If i == I then return J. If i == J then return I. Otherwise returns i.\n+ constexpr int operator()(int i) const noexcept {\n+ const int map[2] = {I, J};\n+ return i == I || i == J ? map[std::size_t(i == I)] : i;\n+ }\n+};\n+\n+template <int I> struct SwapComponents<I, -1> {\n+ static_assert(I >= 0, \"I >= 0\");\n+\n+ int J;\n+ constexpr int operator()(int i) const noexcept {\n+ const int map[2] = {I, J};\n+ return i == I || i == J ? map[std::size_t(i == I)] : i;\n+ }\n+};\n+\n+template <int J> struct SwapComponents<-1, J> {\n+ static_assert(J >= 0, \"J >= 0\");\n+ \n+ int I;\n+ constexpr int operator()(int i) const noexcept {\n+ const int map[2] = {I, J};\n+ return i == I || i == J ? map[std::size_t(i == I)] : i;\n+ }\n+};\n+\n+template <> struct SwapComponents<-1, -1> {\n+ int I;\n+ int J;\n+ constexpr int operator()(int i) const noexcept {\n+ const int map[2] = {I, J};\n+ return i == I || i == J ? map[std::size_t(i == I)] : i;\n+ }\n+};\n+\n+using DynamicSwapComponents = SwapComponents<-1, -1>;\n+\n+template <int I, int J> static constexpr SwapComponents<I, J> swap_indices{};\n+\n+static_assert(sizeof(SwapComponents<0, 1>) == 1, \"\");\n+static_assert(sizeof(DynamicSwapComponents) == 2 * sizeof(int), \"\");\n+static_assert(sizeof(SwapComponents<0, -1>) == sizeof(int), \"\");\n+static_assert(sizeof(SwapComponents<-1, 1>) == sizeof(int), \"\");\n+#ifdef AMREX_HAS_NO_UNIQUE_ADDRESS\n+static_assert(sizeof(MapComponents<Identity, SwapComponents<0, 1>>) == sizeof(SwapComponents<0, 1>), \"\");\n+#endif\n+static_assert(std::is_trivially_default_constructible<MapComponents<Identity, SwapComponents<0, 1>>>(), \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_copy_assignable<MapComponents<Identity, SwapComponents<0, 1>>>(), \"\");\n+static_assert(std::is_trivially_copy_constructible<MapComponents<Identity, SwapComponents<0, 1>>>(), \"\");\n+static_assert(IsFabProjection<MapComponents<Identity, SwapComponents<0, 1>>, FArrayBox>(), \"\");\n+\n+static_assert(swap_indices<0, 1>(0) == 1, \"\");\n+static_assert(swap_indices<0, 1>(1) == 0, \"\");\n+static_assert(swap_indices<0, 1>(2) == 2, \"\");\n+static_assert(DynamicSwapComponents{0, 1}(0) == 1, \"\");\n+static_assert(DynamicSwapComponents{0, 1}(1) == 0, \"\");\n+static_assert(DynamicSwapComponents{0, 1}(2) == 2, \"\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [class.CommData]\n+// [class.CommHandler]\n+\n+//! \\brief This class holds data buffers for either immediate MPI send or recv calls.\n+//!\n+//! The data buffers need to be kept alive until all MPI_Request have been completed.\n+//! All member variables are resized a corresponding call to PrepareCommBuffers and \n+//! the data transactions are initiated either by calls to PostRecvs or PostSends.\n+struct CommData {\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ //! \\brief Holds 'em all in one data pointer.\n+ TheFaArenaPointer the_data = nullptr;\n+ //! \\brief Stores MPI ranks. For recvs it is the 'from' rank and for sends it is the 'to' rank.\n+ Vector<int> rank{};\n+ //! \\brief Pointers to the_data that can be used for each single data transaction.\n+ Vector<char*> data{};\n+ //! \\brief All offsets of data in the_data.\n+ Vector<std::size_t> offset{};\n+ //! \\brief The size in bytes for each data transaction.\n+ Vector<std::size_t> size{};\n+ //! \\brief The associated MPI_Request for each data transaction.\n+ Vector<MPI_Request> request{};\n+ //! \\brief For each request the corresponding MPI_status, used for debugging.\n+ Vector<MPI_Status> stats{};\n+ //! \\brief For each requst the copy comm tags for the corresponding data FABs. \n+ Vector<const FabArrayBase::CopyComTagsContainer*> cctc{};\n+#endif\n+};\n+\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+//! \\brief Fill all class member variables of comm but the request and the stats vector.\n+void PrepareCommBuffers(CommData& comm, const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers& cctc,\n+ int n_components, std::size_t object_size, std::size_t align);\n+\n+//! \\brief Initiate all recvieves with MPI_Irecv calls associated with tag mpi_tag. \n+void PostRecvs(CommData& comm, int mpi_tag);\n+\n+//! \\brief Initiate all sends with MPI_Isend calls associated with tag mpi_tag. \n+void PostSends(CommData& comm, int mpi_tag);\n+#endif\n+\n+\n+//! \\brief This class stores both recv and send buffers with an associated MPI tag.\n+//!\n+//! This handler stores data for a whole ParallelCopy MPI transaction.\n+struct CommHandler {\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ int mpi_tag{};\n+ CommData recv{};\n+ CommData send{};\n+#endif\n+};\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [concept.DataPacking]\n+//\n+template <typename... Args>\n+using PrepareSendBuffers_t = decltype(PrepareSendBuffers(std::declval<Args>()...));\n+\n+template <typename... Args>\n+using PrepareRecvBuffers_t = decltype(PrepareRecvBuffers(std::declval<Args>()...));\n+\n+template <typename... Args>\n+using PackSendBuffers_t = decltype(PackSendBuffers(std::declval<Args>()...));\n+\n+template <typename... Args>\n+using UnpackRecvBuffers_t = decltype(UnpackRecvBuffers(std::declval<Args>()...));\n+\n+template <typename... Args>\n+using LocalCopy_t = decltype(LocalCopy(std::declval<Args>()...));\n+\n+//! \\brief This type trait tests if a given type DP satisfies the DataPacking concept for type FAB.\n+template <typename DP, typename FAB>\n+struct IsDataPacking : \n+ Conjunction<\n+ IsDetected<LocalCopy_t, DP&, FabArray<FAB>&, const FabArray<FAB>&, const FabArrayBase::CopyComTagsContainer&>\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ ,IsDetected<PrepareSendBuffers_t, DP&, FabArray<FAB>&, const FabArray<FAB>&, CommData&, const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers&>,\n+ IsDetected<PrepareRecvBuffers_t, DP&, FabArray<FAB>&, const FabArray<FAB>&, CommData&, const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers&>,\n+ IsDetected<PackSendBuffers_t, DP&, const FabArray<FAB>&, CommData&>,\n+ IsDetected<UnpackRecvBuffers_t, DP&, FabArray<FAB>&, CommData&>\n+#endif\n+ > {};\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [DataPacking.PackComponents]\n+//\n+// PackComponents is the simplest data packing policy.\n+// This provides us with sane default behaviour that we can use when defining new \n+// data packing policies.\n+\n+//! \\brief Contains information about which components take part of the data transaction.\n+struct PackComponents {\n+ int dest_component{0};\n+ int src_component{0};\n+ int n_components{0};\n+};\n+\n+//! \\brief Dispatch local copies to the default behaviour that knows no DTOS nor projection.\n+template <typename FAB>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+LocalCopy (const PackComponents& components, FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src,\n+ const FabArrayBase::CopyComTagsContainer& local_tags) {\n+#ifdef AMREX_USE_GPU\n+ if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n+ local_copy_gpu(dest, src, components.dest_component, components.src_component,\n+ components.n_components, local_tags);\n+ } else\n+#endif\n+ {\n+ local_copy_cpu(dest, src, components.dest_component, components.src_component,\n+ components.n_components, local_tags);\n+ }\n+}\n+\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+//! \\brief Calls PrepareComBuffers.\n+template <typename FAB>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+PrepareSendBuffers (const PackComponents& components, FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src,\n+ CommData& comm, const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers& cctc) {\n+ using T = typename FAB::value_type;\n+ ignore_unused(dest, src);\n+ PrepareCommBuffers(comm, cctc, components.n_components, sizeof(T), alignof(T));\n+}\n+\n+//! \\brief Calls PrepareComBuffers.\n+template <typename FAB>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+PrepareRecvBuffers (const PackComponents& components, FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, \n+ CommData& comm, const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers& cctc) {\n+ using T = typename FAB::value_type;\n+ ignore_unused(dest, src);\n+ PrepareCommBuffers(comm, cctc, components.n_components, sizeof(T), alignof(T));\n+}\n+\n+//! \\brief Serializes FAB data without any knowledge of a DTOS nor a projection.\n+template <typename FAB>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+PackSendBuffers (const PackComponents& components, const FabArray<FAB>& src, CommData& send) {\n+#ifdef AMREX_USE_GPU\n+ if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n+ FabArray<FAB>::pack_send_buffer_gpu(src, components.src_component, components.n_components,\n+ send.data, send.size, send.cctc);\n+ } else\n+#endif // AMREX_USE_GPU\n+ {\n+ FabArray<FAB>::pack_send_buffer_cpu(src, components.src_component, components.n_components,\n+ send.data, send.size, send.cctc);\n+ }\n+}\n+\n+//! \\brief De-serializes FAB data without any knowledge of a DTOS nor a projection.\n+template <typename FAB>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+UnpackRecvBuffers (const PackComponents& components, FabArray<FAB>& dest, const CommData& recv) {\n+#ifdef AMREX_USE_GPU\n+ if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n+ unpack_recv_buffer_gpu(dest, components.dest_component, components.n_components, recv.data,\n+ recv.size, recv.cctc);\n+ } else\n+#endif // AMREX_USE_GPU\n+ {\n+ unpack_recv_buffer_cpu(dest, components.dest_component, components.n_components, recv.data,\n+ recv.size, recv.cctc);\n+ }\n+}\n+#endif // AMREX_USE_MPI\n+\n+static_assert(IsDataPacking<PackComponents, FArrayBox>(),\n+ \"PackComponents is expected to satisfy the concept DataPacking.\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [DataPacking.ApplyDtosAndProjectionOnReciever]\n+//\n+//! \\brief This class specializes behaviour on local copies and unpacking recieve buffers.\n+//!\n+//! It takes a DTOS and FabProjection to apply them on the reciever side. \n+template <typename DTOS = Identity, typename FabProj = Identity>\n+struct ApplyDtosAndProjectionOnReciever : PackComponents {\n+ constexpr ApplyDtosAndProjectionOnReciever() = default;\n+ constexpr ApplyDtosAndProjectionOnReciever(const PackComponents& components, DTOS dtos_ = DTOS{}, FabProj proj_ = FabProj{})\n+ : PackComponents(components), dtos(std::move(dtos_)), proj(std::move(proj_)) {}\n+\n+ AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS DTOS dtos;\n+ AMREX_NO_UNIQUE_ADDRESS FabProj proj;\n+\n+ static_assert(IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>(), \"DTOS needs to be a callable: Dim3 -> Dim3\");\n+ static_assert(IsFabProjection<FabProj, FArrayBox>(), \"FabProj needs to be at least a projection on FArrayBox.\");\n+};\n+\n+//! \\brief Do local copies of FABs using DTOS and projection.\n+template <typename FAB, typename DTOS, typename FabProj>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+LocalCopy (const ApplyDtosAndProjectionOnReciever<DTOS, FabProj>& packing, FabArray<FAB>& dest,\n+ const FabArray<FAB>& src, const FabArrayBase::CopyComTagsContainer& local_tags) {\n+ static_assert(IsFabProjection<FabProj, FAB>(), \"FabProj needs to be a projection for given FAB type.\");\n+#ifdef AMREX_USE_GPU\n+ if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n+ local_copy_gpu(dest, src, packing.dest_component, packing.src_component,\n+ packing.n_components, local_tags, packing.dtos, packing.proj);\n+ } else\n+#endif\n+ {\n+ local_copy_cpu(dest, src, packing.dest_component, packing.src_component,\n+ packing.n_components, local_tags, packing.dtos, packing.proj);\n+ }\n+}\n+\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+//! \\brief Copy from recieved data in the buffer to destination FABs using DTOS and projection.\n+template <typename FAB, typename DTOS, typename FabProj>\n+amrex::EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>\n+UnpackRecvBuffers (const ApplyDtosAndProjectionOnReciever<DTOS, FabProj>& packing,\n+ FabArray<FAB>& dest, const CommData& recv) {\n+ // If FAB is not FArrayBox we have not checked for the correct types yet.\n+ static_assert(IsFabProjection<FabProj, FAB>(), \"FabProj needs to be a projection for given FAB type.\");\n+#ifdef AMREX_USE_GPU\n+ if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n+ unpack_recv_buffer_gpu(dest, packing.dest_component, packing.n_components, recv.data,\n+ recv.size, recv.cctc, packing.dtos, packing.proj);\n+ } else\n+#endif // AMREX_USE_GPU\n+ {\n+ unpack_recv_buffer_cpu(dest, packing.dest_component, packing.n_components, recv.data,\n+ recv.size, recv.cctc, packing.dtos, packing.proj);\n+ }\n+}\n+#endif // AMREX_USE_MPI\n+\n+static_assert(IsDataPacking<ApplyDtosAndProjectionOnReciever<>, FArrayBox>(),\n+ \"ApplyDtosAndProjectionOnReciever<> is expected to satisfy the DataPacking concept.\");\n+\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [ParallelCopy_nowait]\n+\n+static constexpr struct NoLocalCopy {} no_local_copy{};\n+static constexpr struct DoLocalCopy {} do_local_copy{};\n+\n+//! Initiate recv and send calls for MPI and immediately return without doing any work.\n+//!\n+//! DataPacking is a customization point object to control the behaviour of packing and unpacking\n+//! send or recv data buffers. It is used to perform interpolation or data transformations on either\n+//! sender or reciever side.\n+//!\n+//! This function performs a data packing on sender side and we expect a call to Parallel_finish\n+//! that performs data unpacking on the reciever side.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled and copied from.\n+//!\n+//! \\param[in] data_packing A CPO that controls behaviour of preparing buffers and packing the\n+//! source data into the send buffers.\n+//!\n+//! \\return Returns a CommHandler object that owns context and memory buffers for the whole life\n+//! time of the MPI transaction.\n+template <typename FAB, typename DataPacking, \n+ typename = EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>,\n+ typename = EnableIf_t<IsDataPacking<DataPacking, FAB>::value>>\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+AMREX_NODISCARD CommHandler \n+ParallelCopy_nowait (NoLocalCopy, FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src,\n+ const FabArrayBase::CommMetaData& cmd, const DataPacking& data_packing) {\n+ CommHandler handler{};\n+ if (ParallelContext::NProcsSub() == 1) {\n+ return handler;\n+ }\n+ //\n+ // Do this before prematurely exiting if running in parallel.\n+ // Otherwise sequence numbers will not match across MPI processes.\n+ //\n+ handler.mpi_tag = ParallelDescriptor::SeqNum();\n+\n+ const int N_rcvs = cmd.m_RcvTags ? cmd.m_RcvTags->size() : 0;\n+ if (N_rcvs > 0) {\n+ PrepareRecvBuffers(data_packing, dest, src, handler.recv, *cmd.m_RcvTags);\n+ PostRecvs(handler.recv, handler.mpi_tag);\n+ }\n+\n+ const int N_snds = cmd.m_SndTags ? cmd.m_SndTags->size() : 0;\n+ if (N_snds > 0) {\n+ PrepareSendBuffers(data_packing, dest, src, handler.send, *cmd.m_SndTags);\n+ PackSendBuffers(data_packing, src, handler.send);\n+ PostSends(handler.send, handler.mpi_tag);\n+ }\n+ return handler;\n+}\n+#else\n+CommHandler ParallelCopy_nowait (NoLocalCopy, FabArray<FAB>&, const FabArray<FAB>&,\n+ const FabArrayBase::CommMetaData&, const DataPacking&) {\n+ return CommHandler{};\n+}\n+#endif\n+\n+//! Initiate recv and send calls for MPI and return after doing local work.\n+//!\n+//! DataPacking is a customization point object to control the behaviour of packing and unpacking\n+//! send or recv data buffers. It is used to perform interpolation or data transformations on either\n+//! sender or reciever side.\n+//!\n+//! This function performs a data packing on sender side and we expect a call to Parallel_finish\n+//! that performs data unpacking on the reciever side.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled and copied from.\n+//!\n+//! \\param[in] data_packing A CPO that controls behaviour of preparing buffers and packing the\n+//! source data into the send buffers.\n+//!\n+//! \\return Returns a CommHandler object that owns context and memory buffers for the whole life\n+//! time of the MPI transaction.\n+template <typename FAB, typename DataPacking, \n+ typename = EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>::value>,\n+ typename = EnableIf_t<IsDataPacking<DataPacking, FAB>::value>>\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+AMREX_NODISCARD \n+#endif\n+CommHandler \n+ParallelCopy_nowait (FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src,\n+ const FabArrayBase::CommMetaData& cmd, const DataPacking& data_packing) {\n+ CommHandler comm = ParallelCopy_nowait(no_local_copy, dest, src, cmd, data_packing);\n+ // Eagerly do the local work and hope for some overlap with communication\n+ if (cmd.m_LocTags && cmd.m_LocTags->size() > 0) {\n+ LocalCopy(data_packing, dest, src, *cmd.m_LocTags);\n+ }\n+ return comm;\n+}\n+////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+// [ParallelCopy_finish]\n+\n+//! Blockingly wait for all communication to be done and fill the local FABs with recieved data.\n+//!\n+//! This function overload performs no local copies, i.e. from this MPI process to itself.\n+//! It will block the current thread until all MPI recv and send requests are done and\n+//! calls the DataPacking object to unpack the recieved buffers.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] handler This object holds all data buffers that need to be kept alive as long as\n+//! the data transaction is not done.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled.\n+//!\n+//! \\param[in] data_packing A CPO that controls behaviour of unpacking the recieved buffer to the\n+//! destination FabArray.\n+//!\n+//! \\returns Nothing.\n+template <typename FAB, typename DataPacking>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsDataPacking<DataPacking, FAB>()>\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ParallelCopy_finish (FabArray<FAB>& dest, CommHandler handler,\n+ const FabArrayBase::CommMetaData& cmd, const DataPacking& data_packing) {\n+ // If any FabArray is empty we have nothing to do.\n+ if (dest.size() == 0) {\n+ return;\n+ }\n+ // Return if nothing do\n+ if (ParallelContext::NProcsSub() == 1) {\n+ return;\n+ }\n+ // Unpack recieves\n+ const int N_rcvs = cmd.m_RcvTags ? cmd.m_RcvTags->size() : 0;\n+ if (N_rcvs > 0) {\n+ ParallelDescriptor::Waitall(handler.recv.request, handler.recv.stats);\n+#ifdef AMREX_D_DEBUG\n+ if (!CheckRcvStats(stats, handler.recv_size, handler.mpi_tag)) {\n+ amrex::Abort(\"NonLocalPC::ParallelCopy_finish failed with wrong message size\");\n+ }\n+#endif\n+ UnpackRecvBuffers(data_packing, dest, handler.recv);\n+ }\n+\n+ // Wait for all sends to be done\n+ const int N_snds = cmd.m_SndTags ? cmd.m_SndTags->size() : 0;\n+ if (N_snds > 0) {\n+ ParallelDescriptor::Waitall(handler.send.request, handler.send.stats);\n+ }\n+}\n+#else\n+ParallelCopy_finish (FabArray<FAB>&, CommHandler, const FabArrayBase::CommMetaData&, const DataPacking&) {}\n+#endif\n+\n+//! Blockingly wait for all communication to be done and fill the local FABs with recieved data.\n+//!\n+//! This function overload performs local copies, i.e. from this MPI process to itself.\n+//! It will block the current thread until all MPI recv and send requests are done and\n+//! calls the DataPacking object to unpack the recieved buffers.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to get the data for the local copies from.\n+//!\n+//! \\param[in] handler This object holds all data buffers that need to be kept alive as long as\n+//! the data transaction is not done.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled.\n+//!\n+//! \\param[in] data_packing A CPO that controls behaviour of unpacking the recieved data.\n+//!\n+//! \\returns Nothing.\n+template <typename FAB, typename DataPacking>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsDataPacking<DataPacking, FAB>()>\n+ParallelCopy_finish (DoLocalCopy, FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, CommHandler handler,\n+ const FabArrayBase::CommMetaData& cmd, const DataPacking& data_packing) {\n+ // Eagerly do the local work and hope for some overlap with communication\n+ if (cmd.m_LocTags && cmd.m_LocTags->size() > 0) {\n+ LocalCopy(data_packing, dest, src, *cmd.m_LocTags);\n+ }\n+ ParallelCopy_finish(dest, std::move(handler), cmd, data_packing);\n+}\n+\n+//! \\brief Call ParallelCopy_nowait followed by ParallelCopy_finish, strong typed version.\n+//!\n+//! This function overload uses an already cached CommMetaData. This CommMetaData needs to be\n+//! compatible with the specified DTOS and projection, otherwise undefined behaviour occurs.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled and copied from.\n+//!\n+//! \\param[in] srccomp The first component in src that will be copied to dest.\n+//!\n+//! \\param[in] destcomp The first component in dest that will get written by src.\n+//!\n+//! \\param[in] ncomp The number of successive components that will be copied.\n+//!\n+//! \\param[in] dtos An index mapping that maps indices from destination space to source space\n+//! and from source space to destination space.\n+//!\n+//! \\param[in] proj A transformation function that might change the data when it is being copied.\n+//!\n+//! \\return Nothing.\n+template <typename FAB, typename DTOS = Identity, typename Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n+ParallelCopy (FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, const FabArrayBase::CommMetaData& cmd,\n+ SrcComp srccomp, DestComp destcomp, NumComps numcomp, DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{}) {\n+ PackComponents components{};\n+ components.dest_component = destcomp.i;\n+ components.src_component = srccomp.i;\n+ components.n_components = numcomp.n;\n+ ApplyDtosAndProjectionOnReciever<DTOS, Proj> packing{components, std::move(dtos), std::move(proj)};\n+ CommHandler handler = ParallelCopy_nowait(dest, src, cmd, packing);\n+ ParallelCopy_finish(dest, std::move(handler), cmd, packing);\n+}\n+\n+//! \\brief Call ParallelCopy_nowait followed by ParallelCopy_finish.\n+//!\n+//! This function overload uses an already cached CommMetaData. This CommMetaData needs to be\n+//! compatible with the specified DTOS and projection, otherwise undefined behaviour occurs.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] cmd The communication meta data object holds spatial information about FAB\n+//! boxes that need to be filled and copied from.\n+//!\n+//! \\param[in] srccomp The first component in src that will be copied to dest.\n+//!\n+//! \\param[in] destcomp The first component in dest that will get written by src.\n+//!\n+//! \\param[in] ncomp The number of successive components that will be copied.\n+//!\n+//! \\param[in] dtos An index mapping that maps indices from destination space to source space\n+//! and from source space to destination space.\n+//!\n+//! \\param[in] proj A transformation function that might change the data when it is being copied.\n+//!\n+//! \\return Nothing.\n+template <typename FAB, typename DTOS = Identity, typename Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n+ParallelCopy (FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, const FabArrayBase::CommMetaData& cmd,\n+ int srccomp, int destcomp, int numcomp, DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{}) {\n+ ParallelCopy(dest, src, cmd, SrcComp(srccomp), DestComp(destcomp), NumComps(numcomp), std::move(dtos), std::move(proj));\n+}\n+\n+//! \\brief Call ParallelCopy_nowait followed by ParallelCopy_finish, strong typed version.\n+//!\n+//! This function constructs a new MultiCommMetaData from the given DTOS, destbox and ngrow. \n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] destbox The index box in the destination space that will be filled by data from \n+//! src. The source box that describes the dependencies will be computed by \n+//! the specified DTOS.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] srccomp The first component in src that will be copied to dest.\n+//!\n+//! \\param[in] destcomp The first component in dest that will get written by src.\n+//!\n+//! \\param[in] ncomp The number of successive components that will be copied.\n+//!\n+//! \\param[in] ngrow The amount of ghost cells that will be taking into consideration.\n+//! Note, even if destbox contains indices outside the domain we need to \n+//! specify an appropiate ngrow that covers the amound of ghost cells that\n+//! we want to copy. \n+//!\n+//! \\param[in] dtos An index mapping that maps indices from destination space to source space\n+//! and from source space to destination space.\n+//!\n+//! \\param[in] proj A transformation function that might change the data when it is being copied.\n+//!\n+//! \\return Returns the CommMetaData object that can be cached for future calls to ParallelCopy.\n+template <typename FAB, typename DTOS = Identity, typename Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsIndexMapping<DTOS>() && IsFabProjection<Proj, FAB>(),\n+MultiBlockCommMetaData>\n+ParallelCopy (FabArray<FAB>& dest, const Box& destbox, const FabArray<FAB>& src, SrcComp srccomp,\n+ DestComp destcomp, NumComps numcomp, const IntVect& ngrow, DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{}) {\n+ MultiBlockCommMetaData cmd(dest, destbox, src, ngrow, dtos);\n+ ParallelCopy(dest, src, cmd, srccomp, destcomp, numcomp, std::move(dtos), std::move(proj));\n+ return cmd;\n+}\n+\n+//! \\brief Call ParallelCopy_nowait followed by ParallelCopy_finish.\n+//!\n+//! This function constructs a new MultiCommMetaData from the given DTOS, destbox and ngrow. \n+//!\n+//! \\param[out] dest The Multifab that is going to be filled with recieved data.\n+//!\n+//! \\param[in] destbox The index box in the destination space that will be filled by data from \n+//! src. The source box that describes the dependencies will be computed by \n+//! the specified DTOS.\n+//!\n+//! \\param[in] src The Multifab that is used to fill the send buffers.\n+//!\n+//! \\param[in] srccomp The first component in src that will be copied to dest.\n+//!\n+//! \\param[in] destcomp The first component in dest that will get written by src.\n+//!\n+//! \\param[in] ncomp The number of successive components that will be copied.\n+//!\n+//! \\param[in] ngrow The amount of ghost cells that will be taking into consideration.\n+//! Note, even if destbox contains indices outside the domain we need to \n+//! specify an appropiate ngrow that covers the amound of ghost cells that\n+//! we want to copy. \n+//!\n+//! \\param[in] dtos An index mapping that maps indices from destination space to source space\n+//! and from source space to destination space.\n+//!\n+//! \\param[in] proj A transformation function that might change the data when it is being copied.\n+//!\n+//! \\return Returns the CommMetaData object that can be cached for future calls to ParallelCopy.\n+template <typename FAB, typename DTOS = Identity, typename Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsIndexMapping<DTOS>() && IsFabProjection<Proj, FAB>(),\n+MultiBlockCommMetaData>\n+ParallelCopy (FabArray<FAB>& dest, const Box& destbox, const FabArray<FAB>& src, int srccomp,\n+ int destcomp, int numcomp, const IntVect& ngrow, DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{}) {\n+ return ParallelCopy(dest, destbox, src, SrcComp(srccomp), DestComp(destcomp), NumComps(numcomp), ngrow, std::move(dtos), std::move(proj));\n+}\n+\n // Rotate90 fills the lo-x and lo-y boundary regions by rotating the data\n // around (x=0,y=0) by 90 degrees in either direction. It also fills the\n // corner of lo-x and lo-y boundary region by rotating the data by 180\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.cpp b/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..78d97bca584\n--- /dev/null\n+++ b/Src/Base/AMReX_NonLocalBC.cpp\n@@ -0,0 +1,110 @@\n+#include \"AMReX_NonLocalBC.H\"\n+\n+namespace amrex {\n+namespace NonLocalBC {\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+// Note, this is copied and modified from PrepareSendBuffers and PostRcvs\n+void PrepareCommBuffers(CommData& comm, \n+ const FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers& cctc, int n_components,\n+ std::size_t object_size, std::size_t align)\n+{\n+ comm.data.clear();\n+ comm.size.clear();\n+ comm.rank.clear();\n+ comm.request.clear();\n+ comm.offset.clear();\n+ comm.cctc.clear();\n+ comm.stats.clear();\n+\n+ const int N_comms = cctc.size();\n+ if (N_comms == 0) return;\n+ // reserve for upcominf push_backs\n+ comm.data.reserve(N_comms);\n+ comm.size.reserve(N_comms);\n+ comm.rank.reserve(N_comms);\n+ comm.request.reserve(N_comms);\n+ comm.offset.reserve(N_comms);\n+ comm.cctc.reserve(N_comms);\n+ // resize to provide buffer for later\n+ comm.stats.resize(N_comms);\n+\n+ std::size_t total_volume = 0;\n+ for (const auto& kv : cctc)\n+ {\n+ std::size_t nbytes = 0;\n+ for (auto const& cct : kv.second)\n+ {\n+ // Note: Does this hold for all FAB types? \n+ // This nBytes() implementation is currently also assumed in unpack_recv_buffers\n+ nbytes += cct.sbox.numPts() * object_size * n_components;\n+ }\n+\n+ std::size_t acd = ParallelDescriptor::alignof_comm_data(nbytes);\n+ nbytes = amrex::aligned_size(acd, nbytes); // so that nbytes are aligned\n+\n+ // Also need to align the offset properly\n+ total_volume = amrex::aligned_size(std::max(align, acd), total_volume);\n+\n+ comm.offset.push_back(total_volume);\n+ comm.data.push_back(nullptr);\n+ comm.size.push_back(nbytes);\n+ comm.rank.push_back(kv.first);\n+ comm.request.push_back(MPI_REQUEST_NULL);\n+ comm.cctc.push_back(&kv.second);\n+\n+ total_volume += nbytes;\n+ }\n+\n+ if (total_volume == 0)\n+ {\n+ comm.the_data.reset();\n+ }\n+ else\n+ {\n+ comm.the_data.reset(static_cast<char*>(amrex::The_FA_Arena()->alloc(total_volume)));\n+ for (int i = 0; i < N_comms; ++i) {\n+ comm.data[i] = comm.the_data.get() + comm.offset[i];\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+void PostRecvs(CommData& recv, int mpi_tag) {\n+ AMREX_ASSERT(recv.data.size() == recv.offset.size());\n+ AMREX_ASSERT(recv.data.size() == recv.size.size());\n+ AMREX_ASSERT(recv.data.size() == recv.rank.size());\n+ AMREX_ASSERT(recv.data.size() == recv.request.size());\n+ MPI_Comm comm = ParallelContext::CommunicatorSub();\n+ for (int i = 0; i < recv.data.size(); ++i) {\n+ if (recv.size[i] > 0) {\n+ const int rank = ParallelContext::global_to_local_rank(recv.rank[i]);\n+ AMREX_ASSERT(recv.data[i] != nullptr);\n+ recv.request[i] =\n+ ParallelDescriptor::Arecv(recv.data[i], recv.size[i], rank, mpi_tag, comm).req();\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+void PostSends(CommData& send, int mpi_tag) {\n+ const int n_sends = send.data.size();\n+ AMREX_ASSERT(n_sends == send.size.size());\n+ AMREX_ASSERT(n_sends == send.rank.size());\n+ AMREX_ASSERT(n_sends == send.request.size());\n+ MPI_Comm comm = ParallelContext::CommunicatorSub();\n+ for (int j = 0; j < n_sends; ++j) {\n+ if (send.size[j] > 0) {\n+ const int rank = ParallelContext::global_to_local_rank(send.rank[j]);\n+ AMREX_ASSERT(send.data[j] != nullptr);\n+ send.request[j] =\n+ ParallelDescriptor::Asend(send.data[j], send.size[j], rank, mpi_tag, comm).req();\n+ }\n+ }\n+}\n+#endif\n+\n+template MultiBlockCommMetaData ParallelCopy(FabArray<FArrayBox>& dest, const Box& destbox,\n+ const FabArray<FArrayBox>& src, int destcomp,\n+ int srccomp, int numcomp, const IntVect& ngrow,\n+ MultiBlockIndexMapping, Identity);\n+\n+} // namespace NonLocalBC\n+} // namespace amrex\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_NonLocalBCImpl.H b/Src/Base/AMReX_NonLocalBCImpl.H\nindex 8fde837f27c..36869ceba58 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_NonLocalBCImpl.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_NonLocalBCImpl.H\n@@ -1,9 +1,13 @@\n+#ifndef AMREX_NONLOCAL_BC_H_\n+#include \"AMReX_NonLocalBC.H\"\n+#endif\n+\n #ifndef AMREX_NONLOCAL_BC_IMPL_H_\n #define AMREX_NONLOCAL_BC_IMPL_H_\n #include <AMReX_Config.H>\n+#include <AMReX_TypeTraits.H>\n \n namespace amrex { namespace NonLocalBC {\n-\n struct Rotate90ClockWise {\n AMREX_GPU_HOST_DEVICE\n IntVect operator() (IntVect const& iv) const noexcept {\n@@ -155,37 +159,63 @@ struct PolarFn2 { // for the x-y corners\n }\n };\n \n-template <class FAB, class DTOS>\n-void\n-local_copy_cpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData const& cmd,\n- DTOS dtos)\n-{\n- auto const& LocTags = *(cmd.m_LocTags);\n- int N_locs = LocTags.size();\n+//! \\brief Perform the local copies from src to dest without doing any MPI communication.\n+//!\n+//! This function assumes that all destination and source boxes stored in the local copy comm tags\n+//! are related by the DTOS. If this is not the case the behaviour will at best be caught as an\n+//! assertion.\n+//!\n+//! \\param[out] dest The destination FabArray that will be filled with data.\n+//!\n+//! \\param[in] src The source FabArray where data will be taken from.\n+//!\n+//! \\param[in] dcomp The first component at the destination.\n+//!\n+//! \\param[in] scomp The first component at the srouce.\n+//!\n+//! \\param[in] ncomp The number of components that will be copied.\n+//!\n+//! \\param[in] local_tags The vector of copy com tags that describes each local copy\n+//! transaction.\n+//!\n+//! \\param[in] dtos The dest to source index mapping that will be used in the copy function.\n+//!\n+//! \\param[in] proj A FAB projection that might transform the data.\n+//!\n+//! \\return Nothing.\n+template <class FAB, class DTOS = Identity, class Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n+local_copy_cpu (FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, int dcomp, int scomp, int ncomp,\n+ FabArrayBase::CopyComTagsContainer const& local_tags, DTOS dtos = DTOS{},\n+ Proj proj = Proj{}) noexcept {\n+ const int N_locs = local_tags.size();\n if (N_locs == 0) return;\n #ifdef AMREX_USE_OMP\n #pragma omp parallel for\n #endif\n for (int itag = 0; itag < N_locs; ++itag) {\n- const auto& tag = LocTags[itag];\n- auto const& sfab = mf.const_array(tag.srcIndex);\n- auto const& dfab = mf.array (tag.dstIndex);\n+ const auto& tag = local_tags[itag];\n+ auto const& sfab = src.const_array(tag.srcIndex);\n+ auto const& dfab = dest.array (tag.dstIndex);\n amrex::LoopConcurrentOnCpu(tag.dbox, ncomp, [=] (int i, int j, int k, int n) noexcept\n {\n auto const si = dtos(Dim3{i,j,k});\n- dfab(i,j,k,scomp+n) = sfab(si.x,si.y,si.z,scomp+n);\n+ dfab(i,j,k,dcomp+n) = proj(sfab,si,scomp+n);\n });\n }\n }\n \n-template <class FAB, class DTOS>\n-void\n-unpack_recv_buffer_cpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp,\n- Vector<char*> const& recv_data,\n+//! \\brief Unpack the recieved data into the local FABs.\n+//!\n+//! This function assumes that all destination and source boxes stored in the local copy comm tags\n+//! are related by the DTOS. If this is not the case the behaviour will at best be caught as an\n+//! assertion.\n+template <class FAB, class DTOS = Identity, class Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n+unpack_recv_buffer_cpu (FabArray<FAB>& mf, int dcomp, int ncomp, Vector<char*> const& recv_data,\n Vector<std::size_t> const& recv_size,\n Vector<FabArrayBase::CopyComTagsContainer const*> const& recv_cctc,\n- DTOS dtos)\n-{\n+ DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{}) noexcept {\n amrex::ignore_unused(recv_size);\n \n const int N_rcvs = recv_cctc.size();\n@@ -201,10 +231,9 @@ unpack_recv_buffer_cpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp,\n for (auto const& tag : cctc) {\n auto const& dfab = mf.array(tag.dstIndex);\n auto const& sfab = amrex::makeArray4((T const*)(dptr), tag.sbox, ncomp);\n- amrex::LoopConcurrentOnCpu(tag.dbox, ncomp, [=] (int i, int j, int k, int n) noexcept\n- {\n- auto const si = dtos(Dim3{i,j,k});\n- dfab(i,j,k,scomp+n) = sfab(si.x,si.y,si.z,n);\n+ amrex::LoopConcurrentOnCpu(tag.dbox, ncomp, [=](int i, int j, int k, int n) noexcept {\n+ auto const si = dtos(Dim3{i, j, k});\n+ dfab(i, j, k, dcomp + n) = proj(sfab, si, n);\n });\n dptr += tag.sbox.numPts() * ncomp * sizeof(T);\n AMREX_ASSERT(dptr <= recv_data[ircv] + recv_size[ircv]);\n@@ -223,38 +252,36 @@ struct Array4Array4Box {\n Box const& box () const noexcept { return dbox; }\n };\n \n-template <class FAB, class DTOS>\n-void\n-local_copy_gpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData const& cmd,\n- DTOS dtos)\n-{\n- auto const& LocTags = *(cmd.m_LocTags);\n- int N_locs = LocTags.size();\n+template <class FAB, class DTOS = Identity, class Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n+local_copy_gpu (FabArray<FAB>& dest, const FabArray<FAB>& src, int dcomp, int scomp, int ncomp,\n+ FabArrayBase::CopyComTagsContainer const& local_tags, DTOS dtos = DTOS{},\n+ Proj proj = Proj{}) noexcept {\n+ int N_locs = local_tags.size();\n if (N_locs == 0) return;\n \n using T = typename FAB::value_type;\n Vector<Array4Array4Box<T> > loc_copy_tags;\n loc_copy_tags.reserve(N_locs);\n- for (int itag = 0; itag < N_locs; ++itag) {\n- const auto& tag = LocTags[itag];\n- loc_copy_tags.push_back({mf.array(tag.dstIndex), mf.const_array(tag.srcIndex), tag.dbox});\n+ for (auto const& tag : local_tags) {\n+ loc_copy_tags.push_back({dest.array(tag.dstIndex), src.const_array(tag.srcIndex), tag.dbox});\n }\n \n ParallelFor(loc_copy_tags, ncomp, [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i, int j, int k, int n,\n Array4Array4Box<T> const& tag) noexcept\n {\n auto const si = dtos(Dim3{i,j,k});\n- tag.dfab(i,j,k,scomp+n) = tag.sfab(si.x,si.y,si.z,scomp+n);\n+ tag.dfab(i,j,k,dcomp+n) = proj(tag.sfab, si, scomp+n);\n });\n }\n \n-template <class FAB, class DTOS>\n-void\n+template <class FAB, class DTOS = Identity, class Proj = Identity>\n+EnableIf_t<IsBaseFab<FAB>() && IsCallableR<Dim3, DTOS, Dim3>() && IsFabProjection<Proj, FAB>()>\n unpack_recv_buffer_gpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp,\n Vector<char*> const& recv_data,\n Vector<std::size_t> const& recv_size,\n Vector<FabArrayBase::CopyComTagsContainer const*> const& recv_cctc,\n- DTOS dtos)\n+ DTOS dtos = DTOS{}, Proj proj = Proj{})\n {\n amrex::ignore_unused(recv_size);\n \n@@ -299,7 +326,7 @@ unpack_recv_buffer_gpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp,\n Array4Array4Box<T> const& tag) noexcept\n {\n auto const si = dtos(Dim3{i,j,k});\n- tag.dfab(i,j,k,scomp+n) = tag.sfab(si.x,si.y,si.z,n);\n+ tag.dfab(i,j,k,scomp+n) = proj(tag.sfab, si ,n);\n });\n \n // There is Gpu::synchronize in ParalleFor above\n@@ -310,23 +337,70 @@ unpack_recv_buffer_gpu (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp,\n }\n #endif\n \n-struct CommHandler\n-{\n-#ifdef AMREX_USE_MPI\n- int mpi_tag;\n- TheFaArenaPointer the_recv_data = nullptr;\n- TheFaArenaPointer the_send_data = nullptr;\n- //\n- Vector<int> recv_from;\n- Vector<char*> recv_data;\n- Vector<std::size_t> recv_size;\n- Vector<MPI_Request> recv_reqs;\n- //\n- Vector<MPI_Request> send_reqs;\n-#endif\n-};\n+template <typename DTOS, typename>\n+MultiBlockCommMetaData::MultiBlockCommMetaData (const FabArrayBase& dst, const Box& dstbox, const FabArrayBase& src,\n+ const IntVect& ngrow, DTOS dtos)\n+ : MultiBlockCommMetaData(dst.boxArray(), dst.DistributionMap(), dstbox, src.boxArray(),\n+ src.DistributionMap(), ngrow, dtos) {}\n+\n+template <typename DTOS, typename>\n+MultiBlockCommMetaData::MultiBlockCommMetaData (const BoxArray& dstba, const DistributionMapping& dstdm,\n+ const Box& dstbox, const BoxArray& srcba,\n+ const DistributionMapping& srcdm, const IntVect& ngrow, DTOS dtos) {\n+ define(dstba, dstdm, dstbox, srcba, srcdm, ngrow, dtos);\n+}\n+\n+template <typename DTOS>\n+EnableIf_t<IsIndexMapping<DTOS>::value>\n+MultiBlockCommMetaData::define (const BoxArray& dstba, const DistributionMapping& dstdm, const Box& dstbox,\n+ const BoxArray& srcba, const DistributionMapping& srcdm, const IntVect& ngrow, \n+ DTOS dtos) {\n+ m_LocTags = std::make_unique<FabArrayBase::CopyComTagsContainer>();\n+ m_SndTags = std::make_unique<FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers>();\n+ m_RcvTags = std::make_unique<FabArrayBase::MapOfCopyComTagContainers>();\n+ const int myproc = ParallelDescriptor::MyProc();\n+ for (int i = 0, N = dstba.size(); i < N; ++i) {\n+ const int dest_owner = dstdm[i];\n+ const Box partial_dstbox = grow(dstba[i], ngrow) & dstbox;\n+ if (partial_dstbox.isEmpty()) {\n+ continue;\n+ }\n+ const Box partial_dstbox_mapped_in_src = Image(dtos, partial_dstbox).setType(srcba.ixType());\n+ enum { not_first_only = 0, first_only = 1 };\n+ std::vector<std::pair<int, Box>> boxes_from_src =\n+ srcba.intersections(partial_dstbox_mapped_in_src, not_first_only, ngrow);\n+ for (std::pair<int, Box> counted_box : boxes_from_src) {\n+ const int k = counted_box.first;\n+ const Box src_box = counted_box.second;\n+ AMREX_ASSERT(k < srcba.size());\n+ const int src_owner = srcdm[k];\n+ if (dest_owner == myproc || src_owner == myproc) {\n+ if (src_owner == dest_owner) {\n+ const BoxList tilelist(src_box, FabArrayBase::comm_tile_size);\n+ for (const Box& tilebox : tilelist) {\n+ const Box inverse_image = InverseImage(dtos, tilebox).setType(dstba.ixType());\n+ if ((inverse_image & partial_dstbox).ok()) {\n+ m_LocTags->emplace_back(inverse_image, tilebox, i, k);\n+ }\n+ }\n+ } else {\n+ const Box inverse_image = InverseImage(dtos, src_box).setType(dstba.ixType());\n+ if ((inverse_image & partial_dstbox).ok()) {\n+ FabArrayBase::CopyComTagsContainer& copy_tags =\n+ (src_owner == myproc) ? (*m_SndTags)[dest_owner]\n+ : (*m_RcvTags)[src_owner];\n+ copy_tags.emplace_back(inverse_image, src_box, i, k);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+}\n \n template <class FAB, class DTOS>\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+AMREX_NODISCARD\n+#endif\n CommHandler\n Comm_nowait (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData const& cmd,\n DTOS dtos)\n@@ -339,11 +413,11 @@ Comm_nowait (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData\n if (N_locs == 0) return CommHandler{};\n #ifdef AMREX_USE_GPU\n if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n- local_copy_gpu(mf, scomp, ncomp, cmd, dtos);\n+ local_copy_gpu(mf, mf, scomp, scomp, ncomp, *cmd.m_LocTags, dtos);\n } else\n #endif\n {\n- local_copy_cpu(mf, scomp, ncomp, cmd, dtos);\n+ local_copy_cpu(mf, mf, scomp, scomp, ncomp, *cmd.m_LocTags, dtos);\n }\n return CommHandler{};\n }\n@@ -368,42 +442,38 @@ Comm_nowait (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData\n handler.mpi_tag = SeqNum;\n \n if (N_rcvs > 0) {\n- handler.the_recv_data = mf.PostRcvs(*cmd.m_RcvTags, handler.recv_data, handler.recv_size,\n- handler.recv_from, handler.recv_reqs, ncomp, SeqNum);\n+ handler.recv.the_data = mf.PostRcvs(*cmd.m_RcvTags, handler.recv.data, handler.recv.size,\n+ handler.recv.rank, handler.recv.request, ncomp, SeqNum);\n }\n \n- if (N_snds > 0)\n- {\n- Vector<std::size_t> send_size;\n- Vector<int> send_rank;\n- Vector<char*> send_data;\n- Vector<const FabArrayBase::CopyComTagsContainer*> send_cctc;\n- handler.the_send_data = mf.PrepareSendBuffers(*cmd.m_SndTags, send_data,\n- send_size, send_rank, handler.send_reqs, send_cctc, ncomp);\n+ if (N_snds > 0) {\n+ handler.send.the_data =\n+ mf.PrepareSendBuffers(*cmd.m_SndTags, handler.send.data, handler.send.size,\n+ handler.send.rank, handler.send.request, handler.send.cctc, ncomp);\n \n #ifdef AMREX_USE_GPU\n if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n- FabArray<FAB>::pack_send_buffer_gpu(mf, scomp, ncomp, send_data,\n- send_size, send_cctc);\n+ FabArray<FAB>::pack_send_buffer_gpu(mf, scomp, ncomp, handler.send.data,\n+ handler.send.size, handler.send.cctc);\n } else\n #endif\n {\n- FabArray<FAB>::pack_send_buffer_cpu(mf, scomp, ncomp, send_data,\n- send_size, send_cctc);\n+ FabArray<FAB>::pack_send_buffer_cpu(mf, scomp, ncomp, handler.send.data,\n+ handler.send.size, handler.send.cctc);\n }\n \n- FabArray<FAB>::PostSnds(send_data, send_size, send_rank, handler.send_reqs, SeqNum);\n+ FabArray<FAB>::PostSnds(handler.send.data, handler.send.size, handler.send.rank, handler.send.request, SeqNum);\n }\n \n if (N_locs > 0)\n {\n #ifdef AMREX_USE_GPU\n if (Gpu::inLaunchRegion()) {\n- local_copy_gpu(mf, scomp, ncomp, cmd, dtos);\n+ local_copy_gpu(mf, mf, scomp, scomp, ncomp, *cmd.m_LocTags, dtos);\n } else\n #endif\n {\n- local_copy_cpu(mf, scomp, ncomp, cmd, dtos);\n+ local_copy_cpu(mf, mf, scomp, scomp, ncomp, *cmd.m_LocTags, dtos);\n }\n }\n \n@@ -422,16 +492,15 @@ Comm_finish (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData\n const int N_rcvs = cmd.m_RcvTags->size();\n if (N_rcvs > 0)\n {\n- Vector<const FabArrayBase::CopyComTagsContainer*> recv_cctc(N_rcvs,nullptr);\n+ handler.recv.cctc.resize(N_rcvs, nullptr);\n for (int k = 0; k < N_rcvs; ++k) {\n- auto const& cctc = cmd.m_RcvTags->at(handler.recv_from[k]);\n- recv_cctc[k] = &cctc;\n+ auto const& cctc = cmd.m_RcvTags->at(handler.recv.rank[k]);\n+ handler.recv.cctc[k] = &cctc;\n }\n-\n- Vector<MPI_Status> stats(N_rcvs);\n- ParallelDescriptor::Waitall(handler.recv_reqs, stats);\n+ handler.recv.stats.resize(handler.recv.request.size());\n+ ParallelDescriptor::Waitall(handler.recv.request, handler.recv.stats);\n #ifdef AMREX_D_DEBUG\n- if (!CheckRcvStats(stats, handler.recv_size, handler.mpi_tag)) {\n+ if (!CheckRcvStats(stats, handler.recv.size, handler.mpi_tag)) {\n amrex::Abort(\"NonLocalBC::Comm_finish failed with wrong message size\");\n }\n #endif\n@@ -439,20 +508,20 @@ Comm_finish (FabArray<FAB>& mf, int scomp, int ncomp, FabArrayBase::CommMetaData\n #ifdef AMREX_USE_GPU\n if (Gpu::inLaunchRegion())\n {\n- unpack_recv_buffer_gpu(mf, scomp, ncomp, handler.recv_data,\n- handler.recv_size, recv_cctc, dtos);\n+ unpack_recv_buffer_gpu(mf, scomp, ncomp, handler.recv.data,\n+ handler.recv.size, handler.recv.cctc, dtos);\n } else\n #endif\n {\n- unpack_recv_buffer_cpu(mf, scomp, ncomp, handler.recv_data,\n- handler.recv_size, recv_cctc, dtos);\n+ unpack_recv_buffer_cpu(mf, scomp, ncomp, handler.recv.data,\n+ handler.recv.size, handler.recv.cctc, dtos);\n }\n }\n \n const int N_snds = cmd.m_SndTags->size();\n if (N_snds > 0) {\n- Vector<MPI_Status> stats(handler.send_reqs.size());\n- ParallelDescriptor::Waitall(handler.send_reqs, stats);\n+ handler.send.stats.resize(handler.send.request.size());\n+ ParallelDescriptor::Waitall(handler.send.request, handler.send.stats);\n }\n }\n #endif\n@@ -573,6 +642,10 @@ FillPolar (FabArray<FAB>& mf, Box const& domain)\n FillPolar(mf, 0, mf.nComp(), mf.nGrowVect(), domain);\n }\n \n+extern template MultiBlockCommMetaData ParallelCopy(FabArray<FArrayBox>& dest, const Box& destbox,\n+ const FabArray<FArrayBox>& src, int destcomp,\n+ int srccomp, int numcomp, const IntVect& ngrow,\n+ MultiBlockIndexMapping, Identity);\n }}\n \n #endif\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_TypeTraits.H b/Src/Base/AMReX_TypeTraits.H\nindex 2fac1690ca4..1b1468bb503 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_TypeTraits.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_TypeTraits.H\n@@ -39,16 +39,6 @@ namespace amrex\n template <bool B, class T = void>\n using EnableIf_t = typename std::enable_if<B,T>::type;\n \n-\n- template <class T, class Enable = void>\n- struct IsStoreAtomic : std::false_type {};\n- //\n- template <class T>\n- struct IsStoreAtomic<T, typename std::enable_if <\n- std::is_arithmetic<T>::value\n- && sizeof(T) <= 8 >::type >\n- : std::true_type {};\n-\n template <class T, class Enable = void>\n struct HasAtomicAdd : std::false_type {};\n template <> struct HasAtomicAdd<int> : std::true_type {};\n@@ -124,6 +114,122 @@ namespace amrex\n {\n static constexpr bool value = std::is_same<T,U1>::value && Same<T,Us...>::value;\n };\n+\n+ ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+ // [traits.IsDetected]\n+ //\n+ // We use IsDetected as a SFINAE tool to test for valid expressions.\n+ //\n+ // is_detected was proposed to C++ but is surpassed by concepts.\n+ //\n+ // The implementation is taken from \n+ //\n+ // https://en.cppreference.com/w/cpp/experimental/is_detected\n+ \n+ namespace detail {\n+ template <class...> using Void_t = void;\n+\n+ struct Nonesuch {\n+ Nonesuch() = delete;\n+ ~Nonesuch() = delete;\n+ Nonesuch(Nonesuch const&) = delete;\n+ void operator=(Nonesuch const&) = delete;\n+ };\n+\n+ template <class Default, class AlwaysVoid, template <class...> class Op,\n+ class... Args>\n+ struct Detector {\n+ using value_t = std::false_type;\n+ using type = Default;\n+ };\n+\n+ template <class Default, template <class...> class Op, class... Args>\n+ struct Detector<Default, Void_t<Op<Args...>>, Op, Args...> {\n+ using value_t = std::true_type;\n+ using type = Op<Args...>;\n+ };\n+ }\n+\n+ template <template <class...> class Op, class... Args>\n+ using IsDetected = typename detail::Detector<detail::Nonesuch, void, Op, Args...>::value_t;\n+\n+ template <template <class...> class Op, class... Args>\n+ using Detected_t = typename detail::Detector<detail::Nonesuch, void, Op, Args...>::type;\n+\n+ template <class Default, template <class...> class Op, class... Args>\n+ using DetectedOr = typename detail::Detector<Default, void, Op, Args...>::type;\n+\n+ template <class Expected, template <typename...> class Op, class... Args>\n+ using IsDetectedExact = std::is_same<Expected, Detected_t<Op, Args...>>;\n+\n+ ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+ // [traits.IsCallable]\n+\n+ namespace detail {\n+ template <typename T, typename... Args>\n+ using call_result_t = decltype(std::declval<T>()(std::declval<Args>()...));\n+ }\n+\n+ //! \\brief Test if a given type T is callable with arguments of type Args...\n+ //!\n+ //! This type trait is different from std::is_invocable since it only cares for the call syntax\n+ //! f(args...) and disregards pointers to class methods and such.\n+ //!\n+ //! For consistency we use IsCallable over is_invocable since AMReX relies on call syntax\n+ //! everywhere else. Using an equivalent function to std::invoke would increase call stacks in\n+ //! debug mode, add more template instantiations and will obfuscate lots of generic code that\n+ //! takes functions.\n+ template <typename T, typename... Args>\n+ struct IsCallable : IsDetected<detail::call_result_t, T, Args...> {};\n+\n+ //! \\brief Test if a given type T is callable with arguments of type Args...\n+ //!\n+ //! \\see IsCallable\n+ template <typename R, typename T, typename... Args>\n+ struct IsCallableR : IsDetectedExact<R, detail::call_result_t, T, Args...> {};\n+\n+ ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\n+ // [traits.Conjunction]\n+ // [traits.Disjunction]\n+ // [traits.Negation]\n+\n+\n+ //! Logical traits let us combine multiple type requirements in one EnableIf_t clause. \n+ #if defined(__cpp_lib_logical_traits)\n+ template <typename... Args> using Conjunction = std::conjunction<Args...>;\n+ template <typename... Args> using Disjunction = std::disjunction<Args...>;\n+ template <typename... Args> using Negation = std::negation<Args...>;\n+ #elif defined(__cpp_lib_experimental_logical_traits)\n+ template <typename... Args> using Conjunction = std::experimental::conjunction<Args...>;\n+ template <typename... Args> using Disjunction = std::experimental::disjunction<Args...>;\n+ template <typename... Args> using Negation = std::experimental::negation<Args...>;\n+ #else\n+ template <class...> struct Conjunction : std::true_type {};\n+ template <class B1> struct Conjunction<B1> : B1 {};\n+ template <class B1, class... Bn>\n+ struct Conjunction<B1, Bn...>\n+ : std::conditional_t<bool(B1::value), Conjunction<Bn...>, B1> {};\n+\n+ template <class...> struct Disjunction : std::false_type {};\n+ template <class B1> struct Disjunction<B1> : B1 {};\n+ template <class B1, class... Bn>\n+ struct Disjunction<B1, Bn...>\n+ : std::conditional_t<bool(B1::value), B1, Disjunction<Bn...>> {};\n+\n+ template <class Bool>\n+ using Negation = std::integral_constant<bool, !bool(Bool::value)>;\n+ #endif\n+\n+ // Move this down, because doxygen can not parse anything below IsStoreAtomic\n+ template <class T, class Enable = void>\n+ struct IsStoreAtomic : std::false_type {};\n+ //\n+ template <class T>\n+ struct IsStoreAtomic<T, typename std::enable_if <\n+ std::is_arithmetic<T>::value\n+ && sizeof(T) <= 8 >::type >\n+ : std::true_type {};\n+\n }\n \n #endif\ndiff --git a/Src/Base/CMakeLists.txt b/Src/Base/CMakeLists.txt\nindex 70851dbc274..136902d0ec6 100644\n--- a/Src/Base/CMakeLists.txt\n+++ b/Src/Base/CMakeLists.txt\n@@ -170,6 +170,7 @@ target_sources( amrex\n AMReX_FilND_C.cpp\n # Non-Local BC\n AMReX_NonLocalBC.H\n+ AMReX_NonLocalBC.cpp\n AMReX_NonLocalBCImpl.H\n # Plotfile ----------------------------------------------------------------\n AMReX_PlotFileUtil.cpp\ndiff --git a/Src/Base/Make.package b/Src/Base/Make.package\nindex 5640cbc7a7f..ad73072213a 100644\n--- a/Src/Base/Make.package\n+++ b/Src/Base/Make.package\n@@ -180,6 +180,7 @@ C$(AMREX_BASE)_headers += AMReX_FilND_C.H\n # Non-Local BC\n #\n C$(AMREX_BASE)_headers += AMReX_NonLocalBC.H AMReX_NonLocalBCImpl.H\n+C$(AMREX_BASE)_sources += AMReX_NonLocalBC.cpp\n \n #\n # Plotfile\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/CMakeLists.txt b/Tests/CMakeLists.txt\nindex 2c515d96e6e..fee31c13603 100644\n--- a/Tests/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/CMakeLists.txt\n@@ -1,7 +1,7 @@\n #\n # List of subdirectories to search for CMakeLists.\n #\n-set( AMREX_TESTS_SUBDIRS AsyncOut )\n+set( AMREX_TESTS_SUBDIRS AsyncOut MultiBlock )\n \n if (AMReX_PARTICLES)\n list(APPEND AMREX_TESTS_SUBDIRS Particles)\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt b/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..ac043eefd8d\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+set(_sources main.cpp)\n+set(_input_files )\n+\n+setup_test(_sources _input_files)\n+\n+unset(_sources)\n+unset(_input_files)\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/GNUmakefile b/Tests/MultiBlock/Advection/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..5417f2b6cd7\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,22 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+DEBUG\t= FALSE\n+#DEBUG\t= TRUE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gcc\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+USE_OMP = FALSE\n+USE_CUDA = FALSE\n+USE_HIP = FALSE\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Boundary/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/AmrCore/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/Make.package b/Tests/MultiBlock/Advection/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..6b4b865e8fc\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp b/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..13a31428fcf\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp\n@@ -0,0 +1,297 @@\n+\n+#include \"AMReX_NonLocalBC.H\"\n+\n+#include \"AMReX.H\"\n+#include \"AMReX_AmrCore.H\"\n+#include \"AMReX_MultiFab.H\"\n+\n+#include \"AMReX_PlotFileUtil.H\"\n+\n+void MyMain();\n+\n+int main(int argc, char** argv) {\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ MPI_Init(&argc, &argv);\n+#endif\n+ // Let me throw exceptions for triggering my debugger\n+ amrex::Initialize(MPI_COMM_WORLD, std::cout, std::cerr, [](const char* msg) { throw std::runtime_error(msg); });\n+ MyMain();\n+ amrex::Finalize();\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ MPI_Finalize();\n+#endif\n+}\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+enum idirs { ix, iy };\n+enum num_components { three_components = 3 };\n+\n+static constexpr IntVect e_x = IntVect::TheDimensionVector(ix);\n+static constexpr IntVect e_y = IntVect::TheDimensionVector(iy);\n+class AdvectionAmrCore : public AmrCore {\n+ \n+ public:\n+ AdvectionAmrCore(Direction vel, Geometry const& level_0_geom,\n+ AmrInfo const& amr_info = AmrInfo())\n+ : AmrCore(level_0_geom, amr_info), velocity{vel} {\n+ AmrCore::InitFromScratch(0.0);\n+ InitData(); // CUDA does not allow extended lambdas in ctors.\n+ }\n+\n+ void InitData() {\n+ const auto problo = Geom(0).ProbLoArray();\n+ const auto dx = Geom(0).CellSizeArray();\n+#ifdef AMREX_USE_OMP\n+#pragma omp parallel if (Gpu::notInLaunchRegion())\n+#endif\n+ for (MFIter mfi(mass,TilingIfNotGPU()); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ Array4<Real> m = mass.array(mfi);\n+ Array4<Real> vx = mass.array(mfi, 1);\n+ Array4<Real> vy = mass.array(mfi, 2);\n+ amrex::ParallelFor(mfi.tilebox(), [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i, int j, int k) {\n+ Real x[] = {AMREX_D_DECL(problo[0] + (0.5+i)*dx[0],\n+ problo[1] + (0.5+j)*dx[1],\n+ problo[2] + (0.5+k)*dx[2])};\n+ const double r2 = AMREX_D_TERM(x[0] * x[0], + x[1] * x[1], + x[2] * x[2]);\n+ constexpr double R = 0.1 * 0.1;\n+ m(i, j, k) = r2 < R ? 1.0 : 0.0;\n+ vx(i, j, k) = r2 < R ? 1.0 : 0.0;\n+ vy(i, j, k) = 0.0;\n+ });\n+ }\n+ }\n+\n+ void AdvanceInTime(double dt) {\n+ // Do first order accurate godunov splitting\n+ for (int d = 0; d < AMREX_SPACEDIM; ++d) {\n+ DoOperatorSplitStep(dt, static_cast<Direction>(d));\n+ }\n+ }\n+\n+ void DoOperatorSplitStep(double dt, Direction dir) {\n+ // Perform first order accurate upwinding with velocity 1 in the stored direction.\n+ const double dx = Geom(0).CellSize(0);\n+ const double a_dt_over_dx = dt / dx * (velocity == dir);\n+ if (dir == Direction::x) {\n+#ifdef AMREX_USE_OMP\n+#pragma omp parallel if (Gpu::notInLaunchRegion())\n+#endif\n+ for (MFIter mfi(mass); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ Array4<Real> m = mass.array(mfi);\n+ Array4<Real> next = mass_next.array(mfi);\n+ ParallelFor(mfi.growntilebox(e_y), int(three_components),\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i, int j, int k, int n) {\n+ next(i, j, k, n) = m(i, j, k, n) - a_dt_over_dx * (m(i, j, k, n) - m(i - 1, j, k, n));\n+ });\n+ }\n+ } else if (dir == Direction::y) {\n+#ifdef AMREX_USE_OMP\n+#pragma omp parallel if (Gpu::notInLaunchRegion())\n+#endif\n+ for (MFIter mfi(mass); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ Array4<Real> m = mass.array(mfi);\n+ Array4<Real> next = mass_next.array(mfi);\n+ ParallelFor(mfi.growntilebox(ix), int(three_components),\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i, int j, int k, int n) {\n+ next(i, j, k, n) = m(i, j, k, n) - a_dt_over_dx * (m(i, j, k, n) - m(i, j - 1, k, n));\n+ });\n+ }\n+ }\n+ std::swap(mass, mass_next);\n+ }\n+\n+ MultiFab mass{};\n+ MultiFab mass_next{};\n+ Direction velocity{};\n+\n+ private:\n+ void ErrorEst(int /*level*/, ::amrex::TagBoxArray& /*tags*/, double /*time_point*/,\n+ int /* ngrow */) override {\n+ throw std::runtime_error(\"For simplicity, this example supports only one level.\");\n+ }\n+\n+ void\n+ MakeNewLevelFromScratch(int level, double, const ::amrex::BoxArray& box_array,\n+ const ::amrex::DistributionMapping& distribution_mapping) override {\n+ if (level > 0) {\n+ throw std::runtime_error(\"For simplicity, this example supports only one level.\");\n+ }\n+ const IntVect ngrow{AMREX_D_DECL(1, 1, 0)};\n+ mass.define(box_array, distribution_mapping, three_components, ngrow);\n+ mass_next.define(box_array, distribution_mapping, three_components, ngrow);\n+ }\n+\n+ void MakeNewLevelFromCoarse(int /*level*/, double /*time_point*/, const ::amrex::BoxArray&,\n+ const ::amrex::DistributionMapping&) override {\n+ throw std::runtime_error(\"For simplicity, this example supports only one level.\");\n+ }\n+\n+ void RemakeLevel(int /*level*/, double /*time_point*/, const ::amrex::BoxArray&,\n+ const ::amrex::DistributionMapping&) override {\n+ throw std::runtime_error(\"For simplicity, this example supports only one level.\");\n+ }\n+\n+ void ClearLevel(int level) override {\n+ if (level > 0) {\n+ throw std::runtime_error(\"For simplicity, this example supports only one level.\");\n+ }\n+ mass.clear();\n+ }\n+};\n+\n+using namespace NonLocalBC;\n+struct OnesidedMultiBlockBoundaryFn {\n+ AdvectionAmrCore* dest;\n+ const AdvectionAmrCore* src;\n+ MultiBlockIndexMapping dtos;\n+ Box boundary_to_fill;\n+ std::unique_ptr<MultiBlockCommMetaData> cmd{};\n+ FabArrayBase::BDKey cached_dest_bd_key{};\n+ FabArrayBase::BDKey cached_src_bd_key{};\n+ ApplyDtosAndProjectionOnReciever<MultiBlockIndexMapping,\n+ MapComponents<Identity, SwapComponents<1, 2>>>\n+ packing{PackComponents{0, 0, three_components}, dtos};\n+\n+ AMREX_NODISCARD CommHandler FillBoundary_nowait() {\n+ if (!cmd || cached_dest_bd_key != dest->mass.getBDKey() || cached_src_bd_key != src->mass.getBDKey()) {\n+ cmd = std::make_unique<MultiBlockCommMetaData>(dest->mass, boundary_to_fill, src->mass, dest->mass.nGrowVect(), dtos);\n+ cached_dest_bd_key = dest->mass.getBDKey();\n+ cached_src_bd_key = src->mass.getBDKey();\n+ }\n+ \n+ return ParallelCopy_nowait(no_local_copy, dest->mass, src->mass, *cmd, packing);\n+ }\n+\n+ void FillBoundary_do_local_copy() const {\n+ AMREX_ASSERT(cmd && cached_dest_bd_key == dest->mass.getBDKey() && cached_src_bd_key == src->mass.getBDKey());\n+ if (cmd->m_LocTags && cmd->m_LocTags->size() > 0) {\n+ LocalCopy(packing, dest->mass, src->mass, *cmd->m_LocTags);\n+ }\n+ }\n+\n+ void FillBoundary_finish(CommHandler handler) const {\n+ ParallelCopy_finish(dest->mass, std::move(handler), *cmd, packing);\n+ }\n+};\n+\n+struct FillBoundaryFn {\n+ std::vector<OnesidedMultiBlockBoundaryFn> boundaries;\n+\n+ void operator()(AdvectionAmrCore& core_x, AdvectionAmrCore& core_y) {\n+ enum { coarsest_level = 0 };\n+ core_x.mass.FillBoundary(core_x.Geom(coarsest_level).periodicity());\n+ core_y.mass.FillBoundary(core_y.Geom(coarsest_level).periodicity());\n+ std::vector<CommHandler> comms;\n+ for (auto& boundary : boundaries) {\n+ comms.push_back(boundary.FillBoundary_nowait());\n+ }\n+ for (auto& boundary : boundaries) {\n+ boundary.FillBoundary_do_local_copy();\n+ }\n+ const std::size_t n_boundaries = boundaries.size();\n+ for (std::size_t i = 0; i < n_boundaries; ++i) {\n+ boundaries[i].FillBoundary_finish(std::move(comms[i]));\n+ }\n+ AMREX_ASSERT(!core_x.mass.contains_nan());\n+ }\n+};\n+\n+void WritePlotfiles(const AdvectionAmrCore& core_x, const AdvectionAmrCore& core_y, double time_point, int step)\n+{\n+ static const Vector<std::string> varnames{\"Mass\", \"Vector_X\", \"Vector_Y\"};\n+ int nlevels = 1;\n+ std::array<char, 256> x_pbuffer{};\n+ std::array<char, 256> y_pbuffer{};\n+ snprintf(x_pbuffer.data(), x_pbuffer.size(), \"MultiBlock/core_x/plt%04d\", step);\n+ snprintf(y_pbuffer.data(), y_pbuffer.size(), \"MultiBlock/core_y/plt%04d\", step);\n+\n+ {\n+ Vector<const MultiFab*> mf{&core_x.mass};\n+ Vector<Geometry> geoms{core_x.Geom(0)};\n+ Vector<int> level_steps{step};\n+ Vector<IntVect> ref_ratio{};\n+ std::string plotfilename{x_pbuffer.data()};\n+ WriteMultiLevelPlotfile(plotfilename, nlevels, mf, varnames, geoms, time_point, level_steps, ref_ratio);\n+ }\n+ {\n+ Vector<const MultiFab*> mf{&core_y.mass};\n+ Vector<Geometry> geoms{core_y.Geom(0)};\n+ Vector<int> level_steps{step};\n+ Vector<IntVect> ref_ratio{};\n+ std::string plotfilename{y_pbuffer.data()};\n+ WriteMultiLevelPlotfile(plotfilename, nlevels, mf, varnames, geoms, time_point, level_steps, ref_ratio);\n+ }\n+}\n+\n+void MyMain() {\n+ Box domain(IntVect{}, IntVect{AMREX_D_DECL(63, 63, 0)});\n+ RealBox real_box1{{AMREX_D_DECL(-0.5, -0.3, 0.0)}, {AMREX_D_DECL(0.5, 0.7, 1.0)}};\n+ RealBox real_box2{{AMREX_D_DECL(+0.55, -0.3, 0.0)}, {AMREX_D_DECL(1.55, 0.7, 1.0)}};\n+\n+ Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic1{0, 1};\n+ Geometry geom1{domain, real_box1, CoordSys::cartesian, is_periodic1};\n+\n+ Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic2{1, 0};\n+ Geometry geom2{domain, real_box2, CoordSys::cartesian, is_periodic2};\n+\n+ AmrInfo amr_info{};\n+#if AMREX_SPACEDIM > 2\n+ amr_info.blocking_factor[0][2] = 1;\n+#endif\n+\n+ AdvectionAmrCore core_x(Direction::x, geom1, amr_info);\n+ AdvectionAmrCore core_y(Direction::y, geom2, amr_info);\n+\n+ std::vector<OnesidedMultiBlockBoundaryFn> multi_block_boundaries{};\n+ { // Fill right boundary of core_x with lower mirror data of core_y\n+ NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos{};\n+ dtos.permutation = IntVect{AMREX_D_DECL(1, 0, 2)};\n+ dtos.offset = (domain.bigEnd(iy) + 1) * e_y + domain.bigEnd(ix) * e_x;\n+ dtos.sign = IntVect{AMREX_D_DECL(-1, 1, 1)};\n+ Box right_boundary_to_fill_in_x = grow(shift(Box{domain.bigEnd(ix) * e_x, domain.bigEnd()}, e_x), e_y);\n+ multi_block_boundaries.push_back({&core_x, &core_y, dtos, right_boundary_to_fill_in_x});\n+ } { // Fill lower boundary of core_y with right mirror data of core_x\n+ NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos{};\n+ dtos.permutation = IntVect{AMREX_D_DECL(1, 0, 2)};\n+ dtos.offset = domain.bigEnd(iy) * e_y - (domain.bigEnd(ix) + 1) * e_x;\n+ dtos.sign = IntVect{AMREX_D_DECL(1, -1, 1)};\n+ Box lower_boundary_to_fill_in_y = grow(shift(Box{domain.smallEnd(), domain.bigEnd() - domain.bigEnd(iy) * e_y}, -e_y), e_x);\n+ multi_block_boundaries.push_back({&core_y, &core_x, dtos, lower_boundary_to_fill_in_y});\n+ } { // Fill left boundary of core_x with upper mirror data of core_y\n+ NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos{};\n+ dtos.permutation = IntVect{AMREX_D_DECL(1, 0, 2)};\n+ dtos.offset = -(domain.bigEnd(iy) + 1) * e_y;\n+ Box left_boundary_to_fill_in_x = grow(shift(Box{domain.smallEnd(), domain.bigEnd() - domain.bigEnd(ix) * e_x}, -e_x), e_y);\n+ multi_block_boundaries.push_back({&core_x, &core_y, dtos, left_boundary_to_fill_in_x});\n+ } { // Fill upper boundary of core_y with left mirror data of core_x\n+ NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos{};\n+ dtos.permutation = IntVect{AMREX_D_DECL(1, 0, 2)};\n+ dtos.offset = (domain.bigEnd(ix) + 1) * e_x;\n+ Box upper_boundary_to_fill_in_y = grow(shift(Box{domain.bigEnd(iy) * e_y, domain.bigEnd()}, e_y), e_x);\n+ multi_block_boundaries.push_back({&core_y, &core_x, dtos, upper_boundary_to_fill_in_y});\n+ }\n+\n+ FillBoundaryFn FillBoundary{std::move(multi_block_boundaries)};\n+\n+ int step = 1;\n+ const double min_dx1_dy2 = std::min(geom1.CellSize(0), geom2.CellSize(1));\n+ const double cfl = 1.0;\n+ const double dt = cfl * min_dx1_dy2;\n+ const double final_time = 4.0;\n+ double time_point = 0.0;\n+\n+ WritePlotfiles(core_x, core_y, time_point, step);\n+ while (time_point < final_time) {\n+ FillBoundary(core_x, core_y);\n+\n+ core_x.AdvanceInTime(dt);\n+ core_y.AdvanceInTime(dt);\n+\n+ amrex::Print() << \"Step #\" << step << \", Time Point = \" << time_point << '\\n';\n+\n+ time_point += dt;\n+ step += 1; \n+ WritePlotfiles(core_x, core_y, time_point, step);\n+ }\n+}\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt b/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..ac043eefd8d\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+set(_sources main.cpp)\n+set(_input_files )\n+\n+setup_test(_sources _input_files)\n+\n+unset(_sources)\n+unset(_input_files)\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/GNUmakefile b/Tests/MultiBlock/IndexType/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..a2198614ac9\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,20 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+DEBUG\t= FALSE\n+#DEBUG\t= TRUE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gcc\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+USE_OMP = FALSE\n+USE_CUDA = FALSE\n+USE_HIP = FALSE\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/Make.package b/Tests/MultiBlock/IndexType/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..6b4b865e8fc\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp b/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..3cfe48a4e41\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp\n@@ -0,0 +1,157 @@\n+#include \"AMReX_NonLocalBC.H\"\n+\n+#include \"AMReX.H\"\n+#include \"AMReX_iMultiFab.H\"\n+\n+int MyMain();\n+\n+int main(int argc, char** argv) {\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ MPI_Init(&argc, &argv);\n+#endif\n+ // Let me throw exceptions for triggering my debugger\n+ amrex::Initialize(MPI_COMM_WORLD, std::cout, std::cerr, [](const char* msg) { throw std::runtime_error(msg); });\n+ int ret = MyMain();\n+ amrex::Finalize();\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n+ MPI_Finalize();\n+#endif\n+ return ret;\n+}\n+\n+amrex::iMultiFab InitializeMultiFab(const amrex::Box& domain)\n+{\n+ amrex::BoxArray ba(domain);\n+ // do some work across MPI ranks.\n+ ba.maxSize(8);\n+ amrex::DistributionMapping dm(ba);\n+ amrex::iMultiFab mf(ba, dm, 1, 0);\n+ const int nx = domain.length(0);\n+ const int ny = domain.length(1);\n+ for (amrex::MFIter mfi(mf); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ auto array = mf.array(mfi);\n+ ParallelFor(mfi.tilebox(), [=](int i, int j, int k) \n+ {\n+ array(i,j,k) = i + j*nx + k*nx*ny;\n+ });\n+ }\n+ return mf;\n+}\n+\n+bool ParallelCopyWithItselfIsCorrect(amrex::iMultiFab& mf, const amrex::Box& domain) {\n+ const amrex::IntVect e_x = amrex::IntVect::TheDimensionVector(0);\n+ const amrex::Box source_box{domain.smallEnd(), domain.bigEnd() - domain.bigEnd(0) * e_x, domain.ixType()};\n+ const amrex::Box dest_box{domain.smallEnd() + domain.bigEnd(0) * e_x, domain.bigEnd(), domain.ixType()};\n+ amrex::NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos;\n+ dtos.offset = dest_box.smallEnd() - source_box.smallEnd();\n+ amrex::NonLocalBC::ParallelCopy(mf, dest_box, mf, 0, 0, 1, amrex::IntVect{0}, dtos);\n+ const int nx = domain.length(0);\n+ const int ny = domain.length(1);\n+ int fails = 0;\n+ for (amrex::MFIter mfi(mf); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ const amrex::Box section = dest_box & mfi.tilebox();\n+ if (section.isEmpty()) continue; \n+ auto array = mf.const_array(mfi);\n+ amrex::LoopOnCpu(section, [&](int i, int j, int k)\n+ {\n+ amrex::Dim3 si = dtos(amrex::Dim3{i,j,k});\n+ int value = si.x + si.y*nx + si.z*nx*ny;\n+ AMREX_ASSERT(array(i,j,k) == value);\n+ });\n+ }\n+ return fails == 0;\n+}\n+\n+int GetFaceDir(amrex::IndexType iv)\n+{\n+ static_assert(sizeof(amrex::IndexType) == sizeof(unsigned int), \"IndexType is not punnable to unsigned int\");\n+ unsigned int value{0};\n+ std::memcpy(&value, &iv, sizeof(unsigned int));\n+ return ((value & 0b001) + (value & 0b010) + (value & 0b100)) >> 1;\n+}\n+\n+amrex::Box GetFaceBoundary(const amrex::Box& domain, amrex::Orientation::Side side)\n+{\n+ int dir = GetFaceDir(domain.ixType());\n+ const amrex::IntVect face_normal = amrex::IntVect::TheDimensionVector(dir);\n+ amrex::Box box{};\n+ AMREX_ASSERT(side == amrex::Orientation::Side::low || side == amrex::Orientation::Side::high);\n+ if (side == amrex::Orientation::Side::low) {\n+ box = amrex::Box{domain.smallEnd(), domain.bigEnd() - domain.bigEnd(dir) * face_normal, domain.ixType()};\n+ } else {\n+ box = amrex::Box{domain.smallEnd() + domain.bigEnd(dir) * face_normal, domain.bigEnd(), domain.ixType()};\n+ }\n+ return box;\n+}\n+\n+bool ParallelCopyFaceToFace(amrex::iMultiFab& dest, const amrex::Box& domain_dest, amrex::Orientation::Side dest_side,\n+ const amrex::iMultiFab& src, const amrex::Box& domain_src, amrex::Orientation::Side src_side)\n+{\n+ int sdir = GetFaceDir(domain_src.ixType());\n+ int ddir = GetFaceDir(domain_dest.ixType());\n+ const amrex::Box src_box = GetFaceBoundary(domain_src, src_side);\n+ const amrex::Box dest_box = GetFaceBoundary(domain_dest, dest_side);\n+ \n+ // Default construction is identity\n+ amrex::NonLocalBC::MultiBlockIndexMapping dtos{};\n+ // Change permutation to get a correct mapping between index types\n+ std::swap(dtos.permutation[sdir], dtos.permutation[ddir]);\n+ // Map smallest destination box index as an index in the source space\n+ const amrex::IntVect dest_smallEnd_in_src = amrex::NonLocalBC::Apply(dtos, dest_box.smallEnd());\n+ // Compute the offset to get the proper shift in the source space\n+ dtos.offset = dest_smallEnd_in_src - src_box.smallEnd();\n+ // Sanity-Check that the correct box is being mapped\n+ // Note, this checks index types, too!\n+ AMREX_ASSERT(amrex::NonLocalBC::Image(dtos, dest_box) == src_box);\n+\n+ amrex::NonLocalBC::ParallelCopy(dest, dest_box, src, 0, 0, 1, amrex::IntVect{0}, dtos);\n+ int fails = 0;\n+ const int nx = domain_src.length(0);\n+ const int ny = domain_src.length(1);\n+ for (amrex::MFIter mfi(dest); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ const amrex::Box section = dest_box & mfi.tilebox();\n+ if (section.isEmpty()) continue; \n+ auto darray = dest.const_array(mfi);\n+ auto sarray = src.const_array(mfi);\n+ amrex::LoopOnCpu(section, [&](int i, int j, int k)\n+ {\n+ amrex::Dim3 si = dtos(amrex::Dim3{i,j,k});\n+ AMREX_ASSERT(darray(i,j,k) == si.x + si.y*nx + si.z*nx*ny);\n+ });\n+ }\n+ return fails == 0;\n+}\n+\n+int MyMain()\n+{\n+ using namespace amrex;\n+ Box domain{IntVect{}, IntVect{AMREX_D_DECL(31, 31, 31)}};\n+ // Loop over all index types\n+ for (int i = 0; i < AMREX_D_TERM(2,*2,*2); ++i) {\n+ const auto ix = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b001));\n+ const auto iy = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b010));\n+ const auto iz = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b100));\n+ IndexType itype{AMREX_D_DECL(ix, iy, iz)};\n+ Box converted_domain = convert(domain, itype);\n+ iMultiFab mf = InitializeMultiFab(converted_domain);\n+ ParallelCopyWithItselfIsCorrect(mf, converted_domain);\n+ }\n+ // Loop over all combinations of face orientations\n+ const IntVect AMREX_D_DECL(e_x = IntVect::TheDimensionVector(0), e_y = IntVect::TheDimensionVector(1), e_z = IntVect::TheDimensionVector(2));\n+ IndexType dirs[AMREX_SPACEDIM] = {AMREX_D_DECL(IndexType(e_x), IndexType(e_y), IndexType(e_z))};\n+ Orientation::Side sides[2] = {Orientation::low, Orientation::high};\n+ for (int ii = 0; ii < 2*AMREX_SPACEDIM; ++ii) {\n+ int i = ii / 2;\n+ Orientation::Side iside = sides[ii % 2];\n+ for (int jj = 0; jj < 2*AMREX_SPACEDIM; ++jj) {\n+ int j = jj / 2;\n+ Orientation::Side jside = sides[j % 2];\n+ Box converted_domain_x = convert(domain, dirs[i]);\n+ iMultiFab dest = InitializeMultiFab(converted_domain_x);\n+ Box converted_domain_y = convert(domain, dirs[j]);\n+ const iMultiFab src = InitializeMultiFab(converted_domain_y);\n+ ParallelCopyFaceToFace(dest, converted_domain_x, iside, src, converted_domain_y, jside);\n+ }\n+ }\n+ return 0;\n+}\n\\ No newline at end of file\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr2084
|
multi_swe_bench
|
Fix some macro issues in CMake Fortran build (AMReX-Codes/amrex#2084)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 2084,
"issue_title": "Fix some macro issues in CMake Fortran build",
"issue_body": "Include AMReX_Config.H in Fortran files that need preprocessing. Do not\r\npass those definitions already defined in AMReX_Config.H to the Fortran\r\ncompiler in the cmake build. This fixes the warnings about redefined macros.\r\n\r\nFix #2071\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] are described in the proposed changes to the AMReX documentation, if appropriate\r\n",
"base_commit": "5fd8671f9a9e7b319b03faae03c1fdfa371626f5",
"resolved_issues": [
{
"number": 2071,
"title": "CMake: Fortran+MPI Warning",
"body": "It looks like we are still adding `BL_USE_MPI` to the compiler defines in CMake, but I think we should just rely on the one set in `AMReX_Config.H`:\r\n \r\n```\r\n... Src/Boundary/AMReX_lo_bctypes_mod.F90 ...\r\nAMReX_Config.H:17:0:\r\n\r\n 17 | #define BL_USE_MPI\r\n | \r\nWarning: \"BL_USE_MPI\" redefined\r\n<command-line>:5:0:\r\n\r\nnote: this is the location of the previous definition\r\n```\r\n\r\ncc @kngott"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-2084",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_2D.F90 b/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_2D.F90\nindex 8e93e495f70..042f47e96b9 100644\n--- a/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_2D.F90\n+++ b/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_2D.F90\n@@ -331,7 +331,7 @@ subroutine AMREX_PROTECT_INTERP (fine, fine_l1,fine_l2,fine_h1,fine_h2, fblo, fb\n integer icase\n \n if (MAX(lratiox,lratioy).gt.rMAX) then\n-#ifdef AMREX_DEBUG\n+#if 0\n print *,'rMAX in INTERP_2D::AMREX_PROTECT_INTERP must be >= ',MAX(lratiox,lratioy)\n #endif\n call bl_abort(\"rMAX in INTERP_2D\")\n@@ -551,7 +551,7 @@ subroutine AMREX_PROTECT_INTERP (fine, fine_l1,fine_l2,fine_h1,fine_h2, fblo, fb\n enddo\n enddo\n \n-#ifdef AMREX_DEBUG\n+#if 0\n if (abs(crseTotnew - crseTot)/cvol .gt. 1.e-8) then\n print *,' '\n print *,'BLEW CONSERVATION with ICASE = ',icase\ndiff --git a/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_3D.F90 b/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_3D.F90\nindex 4c2bd45aaee..1d65d565e51 100644\n--- a/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_3D.F90\n+++ b/Src/AmrCore/AMReX_INTERP_3D.F90\n@@ -437,7 +437,7 @@ subroutine AMREX_PROTECT_INTERP (fine, fine_l1,fine_l2,fine_l3,fine_h1,fine_h2,f\n enddo\n enddo\n \n-#ifdef AMREX_DEBUG\n+#if 0\n if (abs(sum_fine_new - sum_fine_old) .gt. 1.e-8) then\n print *,' '\n print *, &\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\nindex 45b7f6c1da1..873f67f5941 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n ! -----------------------------------------------------------\n !> This routine is intended to be a generic fill function\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\nindex 0cf06563328..89ef77d8384 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n #ifndef AMREX_XSDK\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\nindex 4e7f3256451..8e94c80e6b9 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n #ifndef AMREX_XSDK\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_acc_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_acc_mod.F90\nindex fc4a66b3cb8..bec212ac5be 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_acc_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_acc_mod.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_acc_module\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\nindex f46bdb70b2f..f3d3d941d2a 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_filcc_module\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_fort_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_fort_mod.F90\nindex 13228a36655..b175bbba0d9 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_fort_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_fort_mod.F90\n@@ -1,3 +1,5 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module amrex_fort_module\n \n use iso_c_binding, only : c_char, c_short, c_int, c_long, c_long_long, c_float, c_double, c_size_t, c_ptr\n@@ -7,7 +9,7 @@ module amrex_fort_module\n integer, parameter :: bl_spacedim = AMREX_SPACEDIM\n integer, parameter :: amrex_spacedim = AMREX_SPACEDIM\n \n-#ifdef BL_USE_FLOAT\n+#ifdef AMREX_USE_FLOAT\n integer, parameter :: amrex_real = c_float\n ! We could/should use Fortran 2008 c_sizeof here.\n integer (kind=c_size_t), parameter :: amrex_real_size = 4_c_size_t\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_omp_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_omp_mod.F90\nindex e6af10b5e0f..398308d9de5 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_omp_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_omp_mod.F90\n@@ -1,14 +1,12 @@\n-#ifdef BL_USE_OMP\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n+#ifdef AMREX_USE_OMP\n \n module amrex_omp_module\n \n implicit none\n \n-#ifdef AMREX_USE_OMP\n integer, parameter :: amrex_omp_support = (_OPENMP)\n-#else\n- integer, parameter :: amrex_omp_support = 0 ! Should this be allowed??\n-#endif\n \n integer, external :: omp_get_num_threads\n integer, external :: omp_get_max_threads\ndiff --git a/Src/Boundary/AMReX_LO_UTIL.F90 b/Src/Boundary/AMReX_LO_UTIL.F90\nindex 12fe914157f..082eb9d69a5 100644\n--- a/Src/Boundary/AMReX_LO_UTIL.F90\n+++ b/Src/Boundary/AMReX_LO_UTIL.F90\n@@ -37,7 +37,7 @@ subroutine polyInterpCoeff(xInt, x, N, c)\n num = num*(xInt - x(i))\n den = den*(x(j) - x(i))\n end do\n-#ifdef AMREX_DEBUG\n+#if 0\n if (den .eq. zero) STOP 'polyInterpCoeff::invalid data'\n #endif\n c(j) = num/den\ndiff --git a/Src/EB/AMReX_ebcellflag_mod.F90 b/Src/EB/AMReX_ebcellflag_mod.F90\nindex b5c18daba7a..99763fea144 100644\n--- a/Src/EB/AMReX_ebcellflag_mod.F90\n+++ b/Src/EB/AMReX_ebcellflag_mod.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_ebcellflag_module\n use amrex_fort_module, only : amrex_real\ndiff --git a/Src/F_Interfaces/AmrCore/AMReX_fillpatch_mod.F90 b/Src/F_Interfaces/AmrCore/AMReX_fillpatch_mod.F90\nindex 294f86e4fa6..f6410f9122a 100644\n--- a/Src/F_Interfaces/AmrCore/AMReX_fillpatch_mod.F90\n+++ b/Src/F_Interfaces/AmrCore/AMReX_fillpatch_mod.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_fillpatch_module\n \ndiff --git a/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_fab_mod.F90 b/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_fab_mod.F90\nindex 80a2fa70aee..d36e8f4ea87 100644\n--- a/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_fab_mod.F90\n+++ b/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_fab_mod.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_fab_module\n \ndiff --git a/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_parallel_mod.F90 b/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_parallel_mod.F90\nindex f40fcd418bd..00fcc275c89 100644\n--- a/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_parallel_mod.F90\n+++ b/Src/F_Interfaces/Base/AMReX_parallel_mod.F90\n@@ -1,7 +1,9 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module amrex_parallel_module\n \n use iso_c_binding\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n use amrex_fi_mpi\n use amrex_mpi_reduce_int_module, only : amrex_mpi_reduce_int, amrex_mpi_allreduce_int\n use amrex_mpi_reduce_real_module, only : amrex_mpi_reduce_real, amrex_mpi_allreduce_real\n@@ -24,7 +26,7 @@ module amrex_parallel_module\n public :: amrex_parallel_reduce_max\n public :: amrex_parallel_reduce_min\n \n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer, public :: amrex_mpi_real = MPI_DATATYPE_NULL\n integer :: m_nprocs = -1\n integer :: m_myproc = -1\n@@ -62,7 +64,7 @@ module amrex_parallel_module\n \n subroutine amrex_parallel_init (comm)\n integer, intent(in), optional :: comm\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: ierr\n logical :: flag\n call MPI_Initialized(flag, ierr)\n@@ -99,7 +101,7 @@ subroutine amrex_parallel_init (comm)\n end subroutine amrex_parallel_init\n \n subroutine amrex_parallel_finalize ()\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: ierr\n call MPI_Comm_Free(m_comm, ierr)\n m_comm = MPI_COMM_NULL\n@@ -131,7 +133,7 @@ end function amrex_parallel_nprocs\n subroutine amrex_parallel_reduce_sum_is (i, rank)\n integer, intent(inout) :: i\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp, ierr\n tmp = i\n if (present(rank)) then\n@@ -146,7 +148,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_sum_iv (i, n, rank)\n integer, intent(inout) :: i(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp(n), ierr\n tmp = i(1:n)\n if (present(rank)) then\n@@ -160,7 +162,7 @@ end subroutine amrex_parallel_reduce_sum_iv\n subroutine amrex_parallel_reduce_sum_rs (r, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp\n integer :: ierr\n tmp = r\n@@ -176,7 +178,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_sum_rv (r, n, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp(n)\n integer :: ierr\n tmp = r(1:n)\n@@ -191,7 +193,7 @@ end subroutine amrex_parallel_reduce_sum_rv\n subroutine amrex_parallel_reduce_max_is (i, rank)\n integer, intent(inout) :: i\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp, ierr\n tmp = i\n if (present(rank)) then\n@@ -206,7 +208,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_max_iv (i, n, rank)\n integer, intent(inout) :: i(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp(n), ierr\n tmp = i(1:n)\n if (present(rank)) then\n@@ -220,7 +222,7 @@ end subroutine amrex_parallel_reduce_max_iv\n subroutine amrex_parallel_reduce_max_rs (r, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp\n integer :: ierr\n tmp = r\n@@ -236,7 +238,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_max_rv (r, n, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp(n)\n integer :: ierr\n tmp = r(1:n)\n@@ -251,7 +253,7 @@ end subroutine amrex_parallel_reduce_max_rv\n subroutine amrex_parallel_reduce_min_is (i, rank)\n integer, intent(inout) :: i\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp, ierr\n tmp = i\n if (present(rank)) then\n@@ -266,7 +268,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_min_iv (i, n, rank)\n integer, intent(inout) :: i(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n integer :: tmp(n), ierr\n tmp = i(1:n)\n if (present(rank)) then\n@@ -280,7 +282,7 @@ end subroutine amrex_parallel_reduce_min_iv\n subroutine amrex_parallel_reduce_min_rs (r, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp\n integer :: ierr\n tmp = r\n@@ -296,7 +298,7 @@ subroutine amrex_parallel_reduce_min_rv (r, n, rank)\n real(amrex_real), intent(inout) :: r(*)\n integer, intent(in) :: n\n integer, intent(in), optional :: rank\n-#ifdef BL_USE_MPI\n+#ifdef AMREX_USE_MPI\n real(amrex_real) :: tmp(n)\n integer :: ierr\n tmp = r(1:n)\ndiff --git a/Src/F_Interfaces/Particle/AMReX_particlecontainer_mod.F90 b/Src/F_Interfaces/Particle/AMReX_particlecontainer_mod.F90\nindex fba25144fe7..bdb4c9a2310 100644\n--- a/Src/F_Interfaces/Particle/AMReX_particlecontainer_mod.F90\n+++ b/Src/F_Interfaces/Particle/AMReX_particlecontainer_mod.F90\n@@ -16,8 +16,8 @@ module amrex_particlecontainer_module\n public :: amrex_get_particle_cpu, amrex_set_particle_cpu\n \n type, bind(C), public :: amrex_particle\n- real(amrex_particle_real) :: pos(AMREX_SPACEDIM) !< Position\n- real(amrex_particle_real) :: vel(AMREX_SPACEDIM) !< Particle velocity\n+ real(amrex_particle_real) :: pos(amrex_spacedim) !< Position\n+ real(amrex_particle_real) :: vel(amrex_spacedim) !< Particle velocity\n integer(c_int), private :: id\n integer(c_int), private :: cpu\n end type amrex_particle\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp_nd.F90 b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp_nd.F90\nindex 8f01872a8a1..e97546117dd 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp_nd.F90\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp_nd.F90\n@@ -1,3 +1,4 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n \n module amrex_mllinop_nd_module\n \ndiff --git a/Tools/CMake/AMReXSetDefines.cmake b/Tools/CMake/AMReXSetDefines.cmake\nindex 8825b7aa25e..5cd193533b0 100644\n--- a/Tools/CMake/AMReXSetDefines.cmake\n+++ b/Tools/CMake/AMReXSetDefines.cmake\n@@ -70,23 +70,14 @@ add_amrex_define( AMREX_USE_ASSERTION NO_LEGACY IF AMReX_ASSERTIONS )\n # Bound checking\n add_amrex_define( AMREX_BOUND_CHECK NO_LEGACY IF AMReX_BOUND_CHECK )\n \n-#\n-# Fortran-specific defines: BL_LANG_FORT and AMREX_LANG_FORT\n-#\n if (AMReX_FORTRAN)\n \n- # These defines are needed only by AMReX source files\n+ # Fortran-specific defines, BL_LANG_FORT and AMREX_LANG_FORT do not get\n+ # stored in AMReX_Config.H\n target_compile_definitions( amrex PRIVATE\n- $<$<COMPILE_LANGUAGE:Fortran>:AMREX_SPACEDIM=${AMReX_SPACEDIM}>\n $<$<COMPILE_LANGUAGE:Fortran>:BL_LANG_FORT AMREX_LANG_FORT>\n )\n \n- if (AMReX_MPI)\n- target_compile_definitions( amrex PRIVATE\n- $<$<COMPILE_LANGUAGE:Fortran>:BL_USE_MPI>\n- )\n- endif()\n-\n #\n # Fortran/C mangling scheme\n #\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/compute_dt_mod.F90 b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/compute_dt_mod.F90\nindex 3c1c63188ac..90fb5a97b9f 100644\n--- a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/compute_dt_mod.F90\n+++ b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/compute_dt_mod.F90\n@@ -1,3 +1,5 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module compute_dt_module\n \n use amrex_amr_module\ndiff --git a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/evolve_mod.F90 b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/evolve_mod.F90\nindex 6b7b0df1af5..7c7260a227f 100644\n--- a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/evolve_mod.F90\n+++ b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/evolve_mod.F90\n@@ -1,3 +1,5 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module evolve_module\n \n use amrex_amr_module\ndiff --git a/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/compute_dt_mod.F90 b/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/compute_dt_mod.F90\nindex 623e33be7a1..e9ea23010b2 100644\n--- a/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/compute_dt_mod.F90\n+++ b/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/compute_dt_mod.F90\n@@ -1,3 +1,5 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module compute_dt_module\n \n use amrex_amr_module\ndiff --git a/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/evolve_mod.F90 b/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/evolve_mod.F90\nindex e2a449c4a0d..15670fa6719 100644\n--- a/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/evolve_mod.F90\n+++ b/Tests/FortranInterface/Advection_octree_F/Source/evolve_mod.F90\n@@ -1,3 +1,5 @@\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n module evolve_module\n \n use amrex_amr_module\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr2475
|
multi_swe_bench
|
CI: Run 2D and 1D Tests (AMReX-Codes/amrex#2475)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 2475,
"issue_title": "CI: Run 2D and 1D Tests",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nRun tests also for 2D and 1D builds of AMReX.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nRelated to 2D issues with `DenseBin` in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/2550\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "96ba8b11befcd5361fdf70b58a9fb6e6eb5776ca",
"resolved_issues": [
{
"number": 2,
"title": "Physical Boundary Conditions - Fortran",
"body": "I cannot find any example fortran code that uses the amrex_physbc fortran interface to supply boundary conditions. The current examples in Tuturials/*_CF use periodic bcs. I did notice that in some of the _C tutorials, an f77 file was present which provided a `filcc` routine. To impose boundary conditions, should I customize the filcc routines or is there a better way utilizing amrex_physbc?"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-2475",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/.github/workflows/gcc.yml b/.github/workflows/gcc.yml\nindex 9ea1ca69516..244b8192a76 100644\n--- a/.github/workflows/gcc.yml\n+++ b/.github/workflows/gcc.yml\n@@ -40,8 +40,8 @@ jobs:\n ctest --output-on-failure\n \n # Build libamrex and all tests\n- tests_build:\n- name: GNU@7.5 C++14 Debug Fortran [tests]\n+ tests_build_3D:\n+ name: GNU@7.5 C++14 3D Debug Fortran [tests]\n runs-on: ubuntu-18.04\n env: {CXXFLAGS: \"-fno-operator-names -Werror -Wall -Wextra -Wpedantic -Wnull-dereference -Wfloat-conversion -Wshadow -Woverloaded-virtual -O1\"}\n # It's too slow with -O0\n@@ -51,18 +51,65 @@ jobs:\n run: .github/workflows/dependencies/dependencies.sh\n - name: Build & Install\n run: |\n- mkdir build\n- cd build\n- cmake .. \\\n+ cmake -S . -B build \\\n -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug \\\n -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \\\n -DAMReX_EB=ON \\\n -DAMReX_ENABLE_TESTS=ON \\\n -DAMReX_FORTRAN=ON \\\n- -DAMReX_PARTICLES=ON\n- make -j 2\n+ -DAMReX_PARTICLES=ON \\\n+ -DAMReX_SPACEDIM=3\n+ cmake --build build -j 2\n \n- ctest --output-on-failure\n+ ctest --test-dir build --output-on-failure\n+\n+ tests_build_2D:\n+ name: GNU@7.5 C++14 2D Debug Fortran [tests]\n+ runs-on: ubuntu-18.04\n+ env: {CXXFLAGS: \"-fno-operator-names -Wall -Wextra -Wpedantic -Wnull-dereference -Wfloat-conversion -Wshadow -Woverloaded-virtual -O1\"}\n+ # -Werror temporarily skipped until we have functional testing established\n+ # It's too slow with -O0\n+ steps:\n+ - uses: actions/checkout@v2\n+ - name: Dependencies\n+ run: .github/workflows/dependencies/dependencies.sh\n+ - name: Build & Install\n+ run: |\n+ cmake -S . -B build \\\n+ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug \\\n+ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \\\n+ -DAMReX_EB=ON \\\n+ -DAMReX_ENABLE_TESTS=ON \\\n+ -DAMReX_FORTRAN=ON \\\n+ -DAMReX_PARTICLES=ON \\\n+ -DAMReX_SPACEDIM=2\n+ cmake --build build -j 2\n+\n+ ctest --test-dir build --output-on-failure\n+\n+ tests_build_1D:\n+ name: GNU@7.5 C++14 1D Debug Fortran [tests]\n+ runs-on: ubuntu-18.04\n+ env: {CXXFLAGS: \"-fno-operator-names -Wall -Wextra -Wpedantic -Wnull-dereference -Wfloat-conversion -Wshadow -Woverloaded-virtual -O1\"}\n+ # -Werror temporarily skipped until we have functional testing established\n+ # It's too slow with -O0\n+ steps:\n+ - uses: actions/checkout@v2\n+ - name: Dependencies\n+ run: .github/workflows/dependencies/dependencies.sh\n+ - name: Build & Install\n+ run: |\n+ cmake -S . -B build \\\n+ -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug \\\n+ -DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \\\n+ -DAMReX_EB=ON \\\n+ -DAMReX_ENABLE_TESTS=ON \\\n+ -DAMReX_FORTRAN=ON \\\n+ -DAMReX_PARTICLES=ON \\\n+ -DAMReX_SPACEDIM=1\n+ cmake --build build -j 2\n+\n+ ctest --test-dir build --output-on-failure\n \n # Build libamrex and all tests\n tests_cxx20:\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleInterpolators.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleInterpolators.H\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..f241ac3ff1e\n--- /dev/null\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleInterpolators.H\n@@ -0,0 +1,127 @@\n+#ifndef AMREX_PARTICLEINTERPOLATORS_H_\n+#define AMREX_PARTICLEINTERPOLATORS_H_\n+#include <AMReX_Config.H>\n+\n+#include <AMReX_IntVect.H>\n+#include <AMReX_Gpu.H>\n+#include <AMReX_Print.H>\n+\n+namespace amrex\n+{\n+namespace ParticleInterpolator\n+{\n+\n+template <class Derived, class WeightType>\n+struct Base\n+{\n+ int index[3];\n+ WeightType* w;\n+\n+ template <typename P, typename V, typename F>\n+ AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ void ParticleToMesh (const P& p,\n+ amrex::Array4<V> const& arr,\n+ int src_comp, int dst_comp, int num_comps, F&& f)\n+ {\n+ static constexpr int stencil_width = Derived::stencil_width;\n+ for (int ic=0; ic < num_comps; ++ic) {\n+ for (int kk = 0; kk <= Derived::nz; ++kk) {\n+ for (int jj = 0; jj <= Derived::ny; ++jj) {\n+ for (int ii = 0; ii <= Derived::nx; ++ii) {\n+ const auto pval = f(p, src_comp+ic);\n+ const auto val = w[0*stencil_width+ii] *\n+ w[1*stencil_width+jj] *\n+ w[2*stencil_width+kk] * pval;\n+ Gpu::Atomic::AddNoRet(&arr(index[0]+ii, index[1]+jj, index[2]+kk, ic+dst_comp), val);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ template <typename P, typename V, typename F, typename G>\n+ AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ void MeshToParticle (P& p,\n+ amrex::Array4<const V> const& arr,\n+ int src_comp, int dst_comp, int num_comps, F&& f, G&& g)\n+ {\n+ static constexpr int stencil_width = Derived::stencil_width;\n+ for (int ic=0; ic < num_comps; ++ic) {\n+ for (int kk = 0; kk <= Derived::nz; ++kk) {\n+ for (int jj = 0; jj <= Derived::ny; ++jj) {\n+ for (int ii = 0; ii <= Derived::nx; ++ii) {\n+ const auto mval = f(arr,index[0]+ii,index[1]+jj,index[2]+kk,src_comp+ic);\n+ const auto val = w[0*stencil_width+ii] *\n+ w[1*stencil_width+jj] *\n+ w[2*stencil_width+kk] * mval;\n+ g(p, ic + dst_comp, val);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+ }\n+};\n+\n+struct Nearest : public Base<Nearest, int>\n+{\n+ static constexpr int stencil_width = 1;\n+ int weights[3*stencil_width];\n+\n+ static constexpr int nx = (AMREX_SPACEDIM >= 1) ? stencil_width - 1 : 0;\n+ static constexpr int ny = (AMREX_SPACEDIM >= 2) ? stencil_width - 1 : 0;\n+ static constexpr int nz = (AMREX_SPACEDIM >= 3) ? stencil_width - 1 : 0;\n+\n+ template <typename P>\n+ AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ Nearest (const P& p,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& plo,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& dxi)\n+ {\n+ w = &weights[0];\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {\n+ amrex::Real l = (p.pos(i) - plo[i]) * dxi[i] + 0.5;\n+ index[i] = static_cast<int>(amrex::Math::floor(l));\n+ w[i] = 1;\n+ }\n+ for (int i = AMREX_SPACEDIM; i < 3; ++i) {\n+ index[i] = 0;\n+ w[i] = 1;\n+ }\n+ }\n+};\n+\n+struct Linear : public Base<Linear, amrex::Real>\n+{\n+ static constexpr int stencil_width = 2;\n+\n+ static constexpr int nx = (AMREX_SPACEDIM >= 1) ? stencil_width - 1 : 0;\n+ static constexpr int ny = (AMREX_SPACEDIM >= 2) ? stencil_width - 1 : 0;\n+ static constexpr int nz = (AMREX_SPACEDIM >= 3) ? stencil_width - 1 : 0;\n+\n+ amrex::Real weights[3*stencil_width];\n+\n+ template <typename P>\n+ AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ Linear (const P& p,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& plo,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& dxi)\n+ {\n+ w = &weights[0];\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {\n+ amrex::Real l = (p.pos(i) - plo[i]) * dxi[i] + 0.5;\n+ index[i] = static_cast<int>(amrex::Math::floor(l)) - 1;\n+ amrex::Real lint = l - (index[i] + 1);\n+ w[stencil_width*i + 0] = 1.-lint;\n+ w[stencil_width*i + 1] = lint;\n+ }\n+ for (int i = AMREX_SPACEDIM; i < 3; ++i) {\n+ index[i] = 0;\n+ w[stencil_width*i + 0] = 1.;\n+ w[stencil_width*i + 1] = 0.;\n+ }\n+ }\n+};\n+}\n+}\n+\n+#endif // include guard\ndiff --git a/Src/Particle/CMakeLists.txt b/Src/Particle/CMakeLists.txt\nindex 7b0efb39d4e..980fdb178ab 100644\n--- a/Src/Particle/CMakeLists.txt\n+++ b/Src/Particle/CMakeLists.txt\n@@ -34,6 +34,7 @@ target_sources( amrex\n AMReX_ParticleBufferMap.cpp\n AMReX_ParticleCommunication.H\n AMReX_ParticleCommunication.cpp\n+ AMReX_ParticleInterpolators.H\n AMReX_ParticleReduce.H\n AMReX_ParticleMesh.H\n AMReX_ParticleLocator.H\ndiff --git a/Src/Particle/Make.package b/Src/Particle/Make.package\nindex f693b923492..efb65679118 100644\n--- a/Src/Particle/Make.package\n+++ b/Src/Particle/Make.package\n@@ -14,6 +14,7 @@ C$(AMREX_PARTICLE)_headers += AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n C$(AMREX_PARTICLE)_headers += AMReX_ParticleContainerBase.H\n C$(AMREX_PARTICLE)_sources += AMReX_ParticleContainerBase.cpp\n C$(AMREX_PARTICLE)_headers += AMReX_ParticleArray.H\n+C$(AMREX_PARTICLE)_headers += AMReX_ParticleInterpolators.H\n \n VPATH_LOCATIONS += $(AMREX_HOME)/Src/Particle\n INCLUDE_LOCATIONS += $(AMREX_HOME)/Src/Particle\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/AsyncOut/multifab/main.cpp b/Tests/AsyncOut/multifab/main.cpp\nindex b9b30f297de..d1331d85862 100644\n--- a/Tests/AsyncOut/multifab/main.cpp\n+++ b/Tests/AsyncOut/multifab/main.cpp\n@@ -53,8 +53,12 @@ void main_main ()\n else if (n_boxes_per_rank != 0)\n {\n n_cell_3d[0] = (max_grid_size) - 1;\n+#if AMREX_SPACEDIM >= 2\n n_cell_3d[1] = (max_grid_size * n_boxes_per_rank) - 1;\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM == 3\n n_cell_3d[2] = (max_grid_size * ParallelDescriptor::NProcs()) - 1;\n+#endif\n }\n }\n \ndiff --git a/Tests/LinearSolvers/NodalPoisson/CMakeLists.txt b/Tests/LinearSolvers/NodalPoisson/CMakeLists.txt\nindex f4dadd89154..58b88bfea00 100644\n--- a/Tests/LinearSolvers/NodalPoisson/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/LinearSolvers/NodalPoisson/CMakeLists.txt\n@@ -1,3 +1,7 @@\n+if(AMReX_SPACEDIM EQUAL 1)\n+ return()\n+endif()\n+\n set(_sources main.cpp MyTest.cpp MyTest.H MyTestPlotfile.cpp)\n \n set(_input_files inputs-ci)\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt b/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt\nindex ac043eefd8d..cc4890639be 100644\n--- a/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/CMakeLists.txt\n@@ -1,3 +1,7 @@\n+if(AMReX_SPACEDIM EQUAL 1)\n+ return()\n+endif()\n+\n set(_sources main.cpp)\n set(_input_files )\n \ndiff --git a/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp b/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp\nindex c9167a69545..8b5555b2c75 100644\n--- a/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp\n+++ b/Tests/MultiBlock/Advection/main.cpp\n@@ -87,7 +87,9 @@ class AdvectionAmrCore : public AmrCore {\n next(i, j, k, n) = m(i, j, k, n) - a_dt_over_dx * (m(i, j, k, n) - m(i - 1, j, k, n));\n });\n }\n- } else if (dir == Direction::y) {\n+ }\n+#if (AMREX_SPACEDIM >= 2)\n+ else if (dir == Direction::y) {\n #ifdef AMREX_USE_OMP\n #pragma omp parallel if (Gpu::notInLaunchRegion())\n #endif\n@@ -100,6 +102,7 @@ class AdvectionAmrCore : public AmrCore {\n });\n }\n }\n+#endif\n std::swap(mass, mass_next);\n }\n \n@@ -231,10 +234,10 @@ void MyMain() {\n RealBox real_box1{{AMREX_D_DECL(-0.5, -0.3, 0.0)}, {AMREX_D_DECL(0.5, 0.7, 1.0)}};\n RealBox real_box2{{AMREX_D_DECL(+0.55, -0.3, 0.0)}, {AMREX_D_DECL(1.55, 0.7, 1.0)}};\n \n- Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic1{0, 1};\n+ Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic1{AMREX_D_DECL(0, 1, 0)};\n Geometry geom1{domain, real_box1, CoordSys::cartesian, is_periodic1};\n \n- Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic2{1, 0};\n+ Array<int, AMREX_SPACEDIM> is_periodic2{AMREX_D_DECL(1, 0, 0)};\n Geometry geom2{domain, real_box2, CoordSys::cartesian, is_periodic2};\n \n AmrInfo amr_info{};\n@@ -243,7 +246,11 @@ void MyMain() {\n #endif\n \n AdvectionAmrCore core_x(Direction::x, geom1, amr_info);\n+#if AMREX_SPACEDIM > 2\n AdvectionAmrCore core_y(Direction::y, geom2, amr_info);\n+#else // too hack-ish?\n+ AdvectionAmrCore core_y(Direction::x, geom2, amr_info);\n+#endif\n \n std::vector<OnesidedMultiBlockBoundaryFn> multi_block_boundaries{};\n { // Fill right boundary of core_x with lower mirror data of core_y\ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt b/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt\nindex ac043eefd8d..cc4890639be 100644\n--- a/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/CMakeLists.txt\n@@ -1,3 +1,7 @@\n+if(AMReX_SPACEDIM EQUAL 1)\n+ return()\n+endif()\n+\n set(_sources main.cpp)\n set(_input_files )\n \ndiff --git a/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp b/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp\nindex ad7a78a8cdb..39a99acbc67 100644\n--- a/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp\n+++ b/Tests/MultiBlock/IndexType/main.cpp\n@@ -135,9 +135,9 @@ int MyMain()\n Box domain{IntVect{}, IntVect{AMREX_D_DECL(31, 31, 31)}};\n // Loop over all index types\n for (int i = 0; i < AMREX_D_TERM(2,*2,*2); ++i) {\n- const auto ix = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b001));\n- const auto iy = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b010));\n- const auto iz = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b100));\n+ AMREX_D_TERM(const auto ix = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b001));,\n+ const auto iy = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b010));,\n+ const auto iz = static_cast<IndexType::CellIndex>(static_cast<bool>(i & 0b100));)\n IndexType itype{AMREX_D_DECL(ix, iy, iz)};\n Box converted_domain = convert(domain, itype);\n iMultiFab mf = InitializeMultiFab(converted_domain);\ndiff --git a/Tests/Particles/AssignDensity/main.cpp b/Tests/Particles/AssignDensity/main.cpp\nindex b08693828be..4b0e6635e22 100644\n--- a/Tests/Particles/AssignDensity/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/AssignDensity/main.cpp\n@@ -67,7 +67,7 @@ void test_assign_density(TestParams& parms)\n \n MyParticleContainer::ParticleInitData pdata = {{mass, AMREX_D_DECL(1.0, 2.0, 3.0)}, {}, {}, {}};\n myPC.InitRandom(num_particles, iseed, pdata, serialize);\n- myPC.AssignCellDensitySingleLevel(0, partMF, 0, 4, 0);\n+ myPC.AssignCellDensitySingleLevel(0, partMF, 0, 1 + AMREX_SPACEDIM, 0);\n \n // myPC.AssignDensitySingleLevel(0, partMF, 0, 4, 0);\n \n@@ -76,7 +76,7 @@ void test_assign_density(TestParams& parms)\n MultiFab::Copy(density, partMF, 0, 0, 1, 0);\n \n WriteSingleLevelPlotfile(\"plt00000\", partMF,\n- {\"density\", \"vx\", \"vy\", \"vz\"},\n+ {\"density\", AMREX_D_DECL(\"vx\", \"vy\", \"vz\")},\n geom, 0.0, 0);\n \n myPC.Checkpoint(\"plt00000\", \"particle0\");\ndiff --git a/Tests/Particles/AsyncIO/main.cpp b/Tests/Particles/AsyncIO/main.cpp\nindex 98b430e245d..ce484e7b773 100644\n--- a/Tests/Particles/AsyncIO/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/AsyncIO/main.cpp\n@@ -238,7 +238,7 @@ void test_async_io(TestParams& parms)\n MyParticleContainer myPC(geom, dmap, ba, rr);\n myPC.SetVerbose(false);\n \n- myPC.InitParticles(IntVect(2, 2, 2));\n+ myPC.InitParticles(IntVect(AMREX_D_DECL(2, 2, 2)));\n \n for (int step = 0; step < 4000; ++step)\n {\ndiff --git a/Tests/Particles/GhostsAndVirtuals/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/GhostsAndVirtuals/CMakeLists.txt\nindex 4c24bb40f68..6cd0bc5c84d 100644\n--- a/Tests/Particles/GhostsAndVirtuals/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/Particles/GhostsAndVirtuals/CMakeLists.txt\n@@ -1,3 +1,7 @@\n+if ( NOT (AMReX_SPACEDIM EQUAL 3) )\n+ return ()\n+endif ()\n+\n set(_sources main.cpp)\n set(_input_files inputs particle_file.init fixed_grids.init)\n \ndiff --git a/Tests/Particles/InitFromAscii/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/InitFromAscii/CMakeLists.txt\nindex 0615dcae5db..3f63911ef1f 100644\n--- a/Tests/Particles/InitFromAscii/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/Particles/InitFromAscii/CMakeLists.txt\n@@ -1,3 +1,7 @@\n+if ( NOT (AMReX_SPACEDIM EQUAL 3) )\n+ return ()\n+endif ()\n+\n set(_sources main.cpp)\n set(_input_files inputs )\n \ndiff --git a/Tests/Particles/NeighborParticles/CheckPair.H b/Tests/Particles/NeighborParticles/CheckPair.H\nindex 8018e9c49e9..e51e239a167 100644\n--- a/Tests/Particles/NeighborParticles/CheckPair.H\n+++ b/Tests/Particles/NeighborParticles/CheckPair.H\n@@ -2,6 +2,7 @@\n #define MD_K_H_\n \n #include \"Constants.H\"\n+#include <AMReX_SPACE.H>\n \n struct CheckPair\n {\n@@ -9,10 +10,10 @@ struct CheckPair\n AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n bool operator()(const P& p1, const P& p2) const\n {\n- amrex::Real d0 = (p1.pos(0) - p2.pos(0));\n- amrex::Real d1 = (p1.pos(1) - p2.pos(1));\n- amrex::Real d2 = (p1.pos(2) - p2.pos(2));\n- amrex::Real dsquared = d0*d0 + d1*d1 + d2*d2;\n+ AMREX_D_TERM(amrex::Real d0 = (p1.pos(0) - p2.pos(0));,\n+ amrex::Real d1 = (p1.pos(1) - p2.pos(1));,\n+ amrex::Real d2 = (p1.pos(2) - p2.pos(2));)\n+ amrex::Real dsquared = AMREX_D_TERM(d0*d0, + d1*d1, + d2*d2);\n return (dsquared <= 25.0*Params::cutoff*Params::cutoff);\n }\n };\ndiff --git a/Tests/Particles/NeighborParticles/MDParticleContainer.cpp b/Tests/Particles/NeighborParticles/MDParticleContainer.cpp\nindex b275e3327ef..b934f664f4e 100644\n--- a/Tests/Particles/NeighborParticles/MDParticleContainer.cpp\n+++ b/Tests/Particles/NeighborParticles/MDParticleContainer.cpp\n@@ -2,6 +2,7 @@\n #include \"Constants.H\"\n \n #include \"CheckPair.H\"\n+#include <AMReX_SPACE.H>\n \n using namespace amrex;\n \n@@ -10,16 +11,24 @@ namespace\n void get_position_unit_cell(Real* r, const IntVect& nppc, int i_part)\n {\n int nx = nppc[0];\n+#if AMREX_SPACEDIM >= 2\n int ny = nppc[1];\n+#else\n+ int ny = 1;\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM == 3\n int nz = nppc[2];\n+#else\n+ int nz = 1;\n+#endif\n \n- int ix_part = i_part/(ny * nz);\n- int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;\n- int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;\n+ AMREX_D_TERM(int ix_part = i_part/(ny * nz);,\n+ int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;,\n+ int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;)\n \n- r[0] = (0.5+ix_part)/nx;\n- r[1] = (0.5+iy_part)/ny;\n- r[2] = (0.5+iz_part)/nz;\n+ AMREX_D_TERM(r[0] = (0.5+ix_part)/nx;,\n+ r[1] = (0.5+iy_part)/ny;,\n+ r[2] = (0.5+iz_part)/nz;)\n }\n \n void get_gaussian_random_momentum(Real* u, Real u_mean, Real u_std) {\n@@ -61,7 +70,7 @@ InitParticles(const IntVect& a_num_particles_per_cell,\n \n for (IntVect iv = tile_box.smallEnd(); iv <= tile_box.bigEnd(); tile_box.next(iv)) {\n for (int i_part=0; i_part<num_ppc;i_part++) {\n- Real r[3];\n+ Real r[AMREX_SPACEDIM];\n Real v[3];\n \n get_position_unit_cell(r, a_num_particles_per_cell, i_part);\n@@ -69,16 +78,16 @@ InitParticles(const IntVect& a_num_particles_per_cell,\n get_gaussian_random_momentum(v, a_thermal_momentum_mean,\n a_thermal_momentum_std);\n \n- ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);\n- ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);\n- ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);\n+ AMREX_D_TERM(ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);,\n+ ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);,\n+ ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);)\n \n ParticleType p;\n p.id() = ParticleType::NextID();\n p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n- p.pos(0) = x;\n- p.pos(1) = y;\n- p.pos(2) = z;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) = x;,\n+ p.pos(1) = y;,\n+ p.pos(2) = z;)\n \n p.rdata(PIdx::vx) = static_cast<ParticleReal> (v[0]);\n p.rdata(PIdx::vy) = static_cast<ParticleReal> (v[1]);\n@@ -165,11 +174,11 @@ std::pair<Real, Real> MDParticleContainer::minAndMaxDistance()\n \n for (const auto& p2 : nbor_data.getNeighbors(i))\n {\n- Real dx = p1.pos(0) - p2.pos(0);\n- Real dy = p1.pos(1) - p2.pos(1);\n- Real dz = p1.pos(2) - p2.pos(2);\n+ AMREX_D_TERM(Real dx = p1.pos(0) - p2.pos(0);,\n+ Real dy = p1.pos(1) - p2.pos(1);,\n+ Real dz = p1.pos(2) - p2.pos(2);)\n \n- Real r2 = dx*dx + dy*dy + dz*dz;\n+ Real r2 = AMREX_D_TERM(dx*dx, + dy*dy, + dz*dz);\n r2 = amrex::max(r2, Params::min_r*Params::min_r);\n Real r = sqrt(r2);\n \n@@ -211,9 +220,9 @@ void MDParticleContainer::moveParticles(amrex::ParticleReal dx)\n AMREX_FOR_1D ( np, i,\n {\n ParticleType& p = pstruct[i];\n- p.pos(0) += dx;\n- p.pos(1) += dx;\n- p.pos(2) += dx;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) += dx;,\n+ p.pos(1) += dx;,\n+ p.pos(2) += dx;)\n });\n }\n }\n@@ -314,11 +323,11 @@ void MDParticleContainer::checkNeighborList()\n if ( i == j ) continue;\n \n ParticleType& p2 = h_pstruct[j];\n- Real dx = p1.pos(0) - p2.pos(0);\n- Real dy = p1.pos(1) - p2.pos(1);\n- Real dz = p1.pos(2) - p2.pos(2);\n+ AMREX_D_TERM(Real dx = p1.pos(0) - p2.pos(0);,\n+ Real dy = p1.pos(1) - p2.pos(1);,\n+ Real dz = p1.pos(2) - p2.pos(2);)\n \n- Real r2 = dx*dx + dy*dy + dz*dz;\n+ Real r2 = AMREX_D_TERM(dx*dx, + dy*dy, + dz*dz);\n \n Real cutoff_sq = 25.0*Params::cutoff*Params::cutoff;\n \ndiff --git a/Tests/Particles/ParallelContext/main.cpp b/Tests/Particles/ParallelContext/main.cpp\nindex a23b9195771..311c39a3bab 100644\n--- a/Tests/Particles/ParallelContext/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParallelContext/main.cpp\n@@ -15,25 +15,25 @@ int num_runtime_int = 0;\n \n void get_position_unit_cell(Real* r, const IntVect& nppc, int i_part)\n {\n- int nx = nppc[0];\n-#if AMREX_SPACEDIM > 1\n- int ny = nppc[1];\n+ int nx = nppc[0];\n+#if AMREX_SPACEDIM >= 2\n+ int ny = nppc[1];\n #else\n- int ny = 1;\n+ int ny = 1;\n #endif\n-#if AMREX_SPACEDIM > 2\n- int nz = nppc[2];\n+#if AMREX_SPACEDIM == 3\n+ int nz = nppc[2];\n #else\n- int nz = 1;\n+ int nz = 1;\n #endif\n \n- int ix_part = i_part/(ny * nz);\n- int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;\n- int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;\n+ AMREX_D_TERM(int ix_part = i_part/(ny * nz);,\n+ int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;,\n+ int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;)\n \n- r[0] = (0.5+ix_part)/nx;\n- r[1] = (0.5+iy_part)/ny;\n- r[2] = (0.5+iz_part)/nz;\n+ AMREX_D_TERM(r[0] = (0.5+ix_part)/nx;,\n+ r[1] = (0.5+iy_part)/ny;,\n+ r[2] = (0.5+iz_part)/nz;)\n }\n \n class TestParticleContainer\n@@ -92,7 +92,7 @@ class TestParticleContainer\n for (IntVect iv = tile_box.smallEnd(); iv <= tile_box.bigEnd(); tile_box.next(iv))\n {\n for (int i_part=0; i_part<num_ppc;i_part++) {\n- Real r[3];\n+ Real r[AMREX_SPACEDIM];\n get_position_unit_cell(r, a_num_particles_per_cell, i_part);\n \n ParticleType p;\n@@ -322,8 +322,6 @@ void testParallelContext ()\n {\n BL_PROFILE(\"testParallelContext\");\n \n- AMREX_ALWAYS_ASSERT(AMREX_SPACEDIM == 3);\n-\n // we always make two subcommunicators.\n // one takes the left half of the domain in direction 0, the other the right.\n int rank_n = ParallelContext::NProcsSub();\ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleIterator/main.cpp b/Tests/Particles/ParticleIterator/main.cpp\nindex 0c544de7935..d635d11ab13 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleIterator/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParticleIterator/main.cpp\n@@ -25,8 +25,8 @@ int main(int argc, char* argv[])\n real_box.setHi(n,1.0);\n }\n \n- IntVect domain_lo(0 , 0, 0);\n- IntVect domain_hi(ncell-1, ncell-1, ncell-1);\n+ IntVect domain_lo(AMREX_D_DECL(0 , 0, 0));\n+ IntVect domain_hi(AMREX_D_DECL(ncell-1, ncell-1, ncell-1));\n \n const Box domain(domain_lo, domain_hi);\n \ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleMesh/main.cpp b/Tests/Particles/ParticleMesh/main.cpp\nindex a6fb6094ff5..3e3a3c5045a 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleMesh/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParticleMesh/main.cpp\n@@ -6,6 +6,7 @@\n #include \"AMReX_Particles.H\"\n #include \"AMReX_PlotFileUtil.H\"\n #include <AMReX_ParticleMesh.H>\n+#include <AMReX_ParticleInterpolators.H>\n \n using namespace amrex;\n \n@@ -22,7 +23,7 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n {\n \n RealBox real_box;\n- for (int n = 0; n < BL_SPACEDIM; n++) {\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; n++) {\n real_box.setLo(n, 0.0);\n real_box.setHi(n, 1.0);\n }\n@@ -32,8 +33,8 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n const Box domain(domain_lo, domain_hi);\n \n // This sets the boundary conditions to be doubly or triply periodic\n- int is_per[BL_SPACEDIM];\n- for (int i = 0; i < BL_SPACEDIM; i++)\n+ int is_per[AMREX_SPACEDIM];\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++)\n is_per[i] = 1;\n Geometry geom(domain, &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n \n@@ -45,13 +46,13 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n \n DistributionMapping dmap(ba);\n \n- MultiFab partMF(ba, dmap, 1 + BL_SPACEDIM, 1);\n+ MultiFab partMF(ba, dmap, 1 + AMREX_SPACEDIM, 1);\n partMF.setVal(0.0);\n \n- iMultiFab partiMF(ba, dmap, 1 + BL_SPACEDIM, 1);\n+ iMultiFab partiMF(ba, dmap, 1 + AMREX_SPACEDIM, 1);\n partiMF.setVal(0);\n \n- typedef ParticleContainer<1 + 2*BL_SPACEDIM, 1> MyParticleContainer;\n+ typedef ParticleContainer<1 + 2*AMREX_SPACEDIM, 1> MyParticleContainer;\n MyParticleContainer myPC(geom, dmap, ba);\n myPC.SetVerbose(false);\n \n@@ -66,83 +67,63 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n MyParticleContainer::ParticleInitData pdata = {{mass, AMREX_D_DECL(1.0, 2.0, 3.0), AMREX_D_DECL(0.0, 0.0, 0.0)}, {},{},{}};\n myPC.InitRandom(num_particles, iseed, pdata, serialize);\n \n- int nc = 1 + BL_SPACEDIM;\n+ int nc = 1 + AMREX_SPACEDIM;\n const auto plo = geom.ProbLoArray();\n const auto dxi = geom.InvCellSizeArray();\n amrex::ParticleToMesh(myPC, partMF, 0,\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& p,\n amrex::Array4<amrex::Real> const& rho)\n {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n-\n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n-\n- amrex::Real xint = lx - i;\n- amrex::Real yint = ly - j;\n- amrex::Real zint = lz - k;\n-\n- amrex::Real sx[] = {1.-xint, xint};\n- amrex::Real sy[] = {1.-yint, yint};\n- amrex::Real sz[] = {1.-zint, zint};\n-\n- for (int kk = 0; kk <= 1; ++kk) {\n- for (int jj = 0; jj <= 1; ++jj) {\n- for (int ii = 0; ii <= 1; ++ii) {\n- amrex::Gpu::Atomic::AddNoRet(&rho(i+ii-1, j+jj-1, k+kk-1, 0),\n- sx[ii]*sy[jj]*sz[kk]*p.rdata(0));\n- }\n- }\n- }\n-\n- for (int comp=1; comp < nc; ++comp) {\n- for (int kk = 0; kk <= 1; ++kk) {\n- for (int jj = 0; jj <= 1; ++jj) {\n- for (int ii = 0; ii <= 1; ++ii) {\n- amrex::Gpu::Atomic::AddNoRet(&rho(i+ii-1, j+jj-1, k+kk-1, comp),\n- sx[ii]*sy[jj]*sz[kk]*p.rdata(0)*p.rdata(comp));\n- }\n- }\n- }\n- }\n+ ParticleInterpolator::Linear interp(p, plo, dxi);\n+\n+ interp.ParticleToMesh(p, rho, 0, 0, 1,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& part, int comp)\n+ {\n+ return part.rdata(comp); // no weighting\n+ });\n+\n+ interp.ParticleToMesh(p, rho, 1, 1, AMREX_SPACEDIM,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& part, int comp)\n+ {\n+ return part.rdata(0) * p.rdata(comp); // mass weight these comps\n+ });\n });\n \n- MultiFab acceleration(ba, dmap, BL_SPACEDIM, 1);\n+ amrex::ParticleToMesh(myPC, partMF, 0,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& p,\n+ amrex::Array4<amrex::Real> const& rho)\n+ {\n+ ParticleInterpolator::Nearest interp(p, plo, dxi);\n+\n+ interp.ParticleToMesh(p, rho, 0, 0, 1,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& /*p*/,\n+ int /*comp*/)\n+ {\n+ return 1.0; // no weighting\n+ });\n+ });\n+\n+ MultiFab acceleration(ba, dmap, AMREX_SPACEDIM, 1);\n acceleration.setVal(5.0);\n \n- nc = BL_SPACEDIM;\n+ nc = AMREX_SPACEDIM;\n amrex::MeshToParticle(myPC, acceleration, 0,\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (MyParticleContainer::ParticleType& p,\n amrex::Array4<const amrex::Real> const& acc)\n {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n-\n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n-\n- amrex::Real xint = lx - i;\n- amrex::Real yint = ly - j;\n- amrex::Real zint = lz - k;\n-\n- amrex::Real sx[] = {1.-xint, xint};\n- amrex::Real sy[] = {1.-yint, yint};\n- amrex::Real sz[] = {1.-zint, zint};\n-\n- for (int comp=0; comp < nc; ++comp) {\n- for (int kk = 0; kk <= 1; ++kk) {\n- for (int jj = 0; jj <= 1; ++jj) {\n- for (int ii = 0; ii <= 1; ++ii) {\n- p.rdata(4+comp) += static_cast<ParticleReal> (sx[ii]*sy[jj]*sz[kk]*acc(i+ii-1,j+jj-1,k+kk-1,comp));\n- }\n- }\n- }\n- }\n+ ParticleInterpolator::Linear interp(p, plo, dxi);\n+\n+ interp.MeshToParticle(p, acc, 0, 0, nc,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (amrex::Array4<const amrex::Real> const& arr,\n+ int i, int j, int k, int comp)\n+ {\n+ return arr(i, j, k, comp); // no weighting\n+ },\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (MyParticleContainer::ParticleType& part,\n+ int comp, amrex::Real val)\n+ {\n+ part.rdata(comp) += val;\n+ });\n });\n \n // now also try the iMultiFab versions\n@@ -150,34 +131,36 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& p,\n amrex::Array4<int> const& count)\n {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n-\n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n+ ParticleInterpolator::Nearest interp(p, plo, dxi);\n \n- amrex::Gpu::Atomic::AddNoRet(&count(i, j, k), 1);\n+ interp.ParticleToMesh(p, count, 0, 0, 1,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& /*p*/, int /*comp*/) -> int\n+ {\n+ return 1; // just count the particles per cell\n+ });\n });\n \n amrex::MeshToParticle(myPC, partiMF, 0,\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (MyParticleContainer::ParticleType& p,\n amrex::Array4<const int> const& count)\n {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n-\n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n-\n- p.idata(0) = count(i, j, k);\n+ ParticleInterpolator::Nearest interp(p, plo, dxi);\n+\n+ interp.MeshToParticle(p, count, 0, 0, 1,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (amrex::Array4<const int> const& arr,\n+ int i, int j, int k, int comp)\n+ {\n+ return arr(i, j, k, comp); // no weighting\n+ },\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (MyParticleContainer::ParticleType& part,\n+ int comp, int val)\n+ {\n+ part.idata(comp) = val;\n+ });\n });\n \n WriteSingleLevelPlotfile(\"plot\", partMF,\n- {\"density\", \"vx\", \"vy\", \"vz\"},\n+ {\"density\", AMREX_D_DECL(\"vx\", \"vy\", \"vz\")},\n geom, 0.0, 0);\n \n myPC.Checkpoint(\"plot\", \"particle0\");\ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/main.cpp b/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/main.cpp\nindex d77c8786966..f52c2899706 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/main.cpp\n@@ -95,31 +95,14 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& plo,\n amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& dxi) noexcept\n {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n-\n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n-\n- amrex::Real xint = lx - i;\n- amrex::Real yint = ly - j;\n- amrex::Real zint = lz - k;\n-\n- amrex::Real sx[] = {1.-xint, xint};\n- amrex::Real sy[] = {1.-yint, yint};\n- amrex::Real sz[] = {1.-zint, zint};\n-\n- for (int kk = 0; kk <= 1; ++kk) {\n- for (int jj = 0; jj <= 1; ++jj) {\n- for (int ii = 0; ii <= 1; ++ii) {\n- amrex::Gpu::Atomic::AddNoRet(&rho(i+ii-1, j+jj-1, k+kk-1, 0),\n- sx[ii]*sy[jj]*sz[kk]*p.rdata(0));\n- }\n- }\n- }\n- });\n+ ParticleInterpolator::Linear interp(p, plo, dxi);\n+\n+ interp.ParticleToMesh(p, rho, 0, 0, 1,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& part, int comp)\n+ {\n+ return part.rdata(comp); // no weighting\n+ });\n+ });\n \n //\n // Here we provide an example of another way to call ParticleToMesh\n@@ -128,8 +111,8 @@ void testParticleMesh (TestParams& parms)\n int start_mesh_comp = 0;\n int num_comp = 1;\n \n- ParticleToMesh(myPC,GetVecOfPtrs(density2),0,parms.nlevs-1,\n- TrilinearDeposition{start_part_comp,start_mesh_comp,num_comp});\n+ amrex::ParticleToMesh(myPC,GetVecOfPtrs(density2),0,parms.nlevs-1,\n+ TrilinearDeposition{start_part_comp,start_mesh_comp,num_comp});\n \n //\n // Now write the output from each into separate plotfiles for comparison\ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/trilinear_deposition_K.H b/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/trilinear_deposition_K.H\nindex 47f1e5049fb..fba78c9fc3e 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/trilinear_deposition_K.H\n+++ b/Tests/Particles/ParticleMeshMultiLevel/trilinear_deposition_K.H\n@@ -4,46 +4,26 @@\n #include <AMReX_MultiFabUtil.H>\n #include <AMReX_Particles.H>\n #include <AMReX_AmrParticles.H>\n+#include <AMReX_ParticleInterpolators.H>\n \n struct TrilinearDeposition\n {\n- int start_part_comp;\n- int start_mesh_comp;\n- int num_comp;\n+ int start_part_comp;\n+ int start_mesh_comp;\n+ int num_comp;\n \n- AMREX_GPU_DEVICE\n- void operator()\n- (const MyParticleContainer::ParticleType& p,\n- amrex::Array4<amrex::Real> const& rho,\n- amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& plo,\n- amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& dxi) const noexcept\n- {\n- amrex::Real lx = (p.pos(0) - plo[0]) * dxi[0] + 0.5;\n- amrex::Real ly = (p.pos(1) - plo[1]) * dxi[1] + 0.5;\n- amrex::Real lz = (p.pos(2) - plo[2]) * dxi[2] + 0.5;\n+ AMREX_GPU_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ void operator() (const MyParticleContainer::ParticleType& p,\n+ amrex::Array4<amrex::Real> const& rho,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& plo,\n+ amrex::GpuArray<amrex::Real,AMREX_SPACEDIM> const& dxi) const noexcept\n+ {\n+ amrex::ParticleInterpolator::Linear interp(p, plo, dxi);\n \n- int i = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lx));\n- int j = static_cast<int>(amrex::Math::floor(ly));\n- int k = static_cast<int>(amrex::Math::floor(lz));\n-\n- amrex::Real xint = lx - i;\n- amrex::Real yint = ly - j;\n- amrex::Real zint = lz - k;\n-\n- amrex::Real sx[] = {1.-xint, xint};\n- amrex::Real sy[] = {1.-yint, yint};\n- amrex::Real sz[] = {1.-zint, zint};\n-\n- for (int kk = 0; kk <= 1; ++kk) {\n- for (int jj = 0; jj <= 1; ++jj) {\n- for (int ii = 0; ii <= 1; ++ii) {\n- for (int icomp = 0; icomp < num_comp; icomp++)\n- {\n- amrex::Gpu::Atomic::AddNoRet(&rho(i+ii-1, j+jj-1, k+kk-1, start_mesh_comp+icomp),\n- sx[ii]*sy[jj]*sz[kk]*p.rdata(start_part_comp+icomp));\n- }\n- }\n- }\n- }\n- }\n+ interp.ParticleToMesh(p, rho, start_part_comp, start_mesh_comp, num_comp,\n+ [=] AMREX_GPU_DEVICE (const MyParticleContainer::ParticleType& part, int comp)\n+ {\n+ return part.rdata(comp); // no weighting\n+ });\n+ }\n };\ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleReduce/main.cpp b/Tests/Particles/ParticleReduce/main.cpp\nindex cdecf985430..382c9191804 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleReduce/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParticleReduce/main.cpp\n@@ -3,6 +3,8 @@\n #include <AMReX_MultiFab.H>\n #include <AMReX_Particles.H>\n \n+#include <cmath>\n+\n using namespace amrex;\n \n static constexpr int NSR = 4;\n@@ -12,17 +14,25 @@ static constexpr int NAI = 1;\n \n void get_position_unit_cell(Real* r, const IntVect& nppc, int i_part)\n {\n- int nx = nppc[0];\n- int ny = nppc[1];\n- int nz = nppc[2];\n-\n- int ix_part = i_part/(ny * nz);\n- int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;\n- int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;\n-\n- r[0] = (0.5+ix_part)/nx;\n- r[1] = (0.5+iy_part)/ny;\n- r[2] = (0.5+iz_part)/nz;\n+ int nx = nppc[0];\n+#if AMREX_SPACEDIM >= 2\n+ int ny = nppc[1];\n+#else\n+ int ny = 1;\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM == 3\n+ int nz = nppc[2];\n+#else\n+ int nz = 1;\n+#endif\n+\n+ AMREX_D_TERM(int ix_part = i_part/(ny * nz);,\n+ int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;,\n+ int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;)\n+\n+ AMREX_D_TERM(r[0] = (0.5+ix_part)/nx;,\n+ r[1] = (0.5+iy_part)/ny;,\n+ r[2] = (0.5+iz_part)/nz;)\n }\n \n class TestParticleContainer\n@@ -58,19 +68,19 @@ class TestParticleContainer\n for (IntVect iv = tile_box.smallEnd(); iv <= tile_box.bigEnd(); tile_box.next(iv))\n {\n for (int i_part=0; i_part<num_ppc;i_part++) {\n- Real r[3];\n+ Real r[AMREX_SPACEDIM];\n get_position_unit_cell(r, a_num_particles_per_cell, i_part);\n \n- ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);\n- ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);\n- ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);\n+ AMREX_D_TERM(ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);,\n+ ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);,\n+ ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);)\n \n ParticleType p;\n p.id() = ParticleType::NextID();\n p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n- p.pos(0) = x;\n- p.pos(1) = y;\n- p.pos(2) = z;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) = x;,\n+ p.pos(1) = y;,\n+ p.pos(2) = z;)\n \n for (int i = 0; i < NSR; ++i) p.rdata(i) = i;\n for (int i = 0; i < NSI; ++i) p.idata(i) = i;\n@@ -225,7 +235,7 @@ void testReduce ()\n return {a, b, c};\n }, reduce_ops);\n \n- AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::get<0>(r) == 16777216.0);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::get<0>(r) == amrex::Real(std::pow(256, AMREX_SPACEDIM)));\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::get<1>(r) == 2.0);\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::get<2>(r) == 1);\n }\ndiff --git a/Tests/Particles/ParticleTransformations/main.cpp b/Tests/Particles/ParticleTransformations/main.cpp\nindex 0931165200f..e60a6762f93 100644\n--- a/Tests/Particles/ParticleTransformations/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/ParticleTransformations/main.cpp\n@@ -12,17 +12,25 @@ static constexpr int NAI = 2;\n \n void get_position_unit_cell(Real* r, const IntVect& nppc, int i_part)\n {\n- int nx = nppc[0];\n- int ny = nppc[1];\n- int nz = nppc[2];\n-\n- int ix_part = i_part/(ny * nz);\n- int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;\n- int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;\n-\n- r[0] = (0.5+ix_part)/nx;\n- r[1] = (0.5+iy_part)/ny;\n- r[2] = (0.5+iz_part)/nz;\n+ int nx = nppc[0];\n+#if AMREX_SPACEDIM >= 2\n+ int ny = nppc[1];\n+#else\n+ int ny = 1;\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM == 3\n+ int nz = nppc[2];\n+#else\n+ int nz = 1;\n+#endif\n+\n+ AMREX_D_TERM(int ix_part = i_part/(ny * nz);,\n+ int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;,\n+ int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;)\n+\n+ AMREX_D_TERM(r[0] = (0.5+ix_part)/nx;,\n+ r[1] = (0.5+iy_part)/ny;,\n+ r[2] = (0.5+iz_part)/nz;)\n }\n \n class TestParticleContainer\n@@ -64,16 +72,16 @@ class TestParticleContainer\n Real r[3];\n get_position_unit_cell(r, a_num_particles_per_cell, i_part);\n \n- ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);\n- ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);\n- ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);\n+ AMREX_D_TERM(ParticleReal x = static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]);,\n+ ParticleReal y = static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]);,\n+ ParticleReal z = static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]);)\n \n ParticleType p;\n p.id() = ParticleType::NextID();\n p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n- p.pos(0) = x;\n- p.pos(1) = y;\n- p.pos(2) = z;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) = x;,\n+ p.pos(1) = y;,\n+ p.pos(2) = z;)\n \n for (int i = 0; i < NSR; ++i) p.rdata(i) = i;\n for (int i = 0; i < NSI; ++i) p.idata(i) = i;\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr2583
|
multi_swe_bench
|
Update locations for tutorials and minor formatting. (AMReX-Codes/amrex#2583)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 2583,
"issue_title": "Update locations for tutorials and minor formatting.",
"issue_body": "## Summary\r\nUpdate remaining locations for tutorials referenced in the docs. \r\n\r\n## Additional background\r\nFollow up to #2576\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [x] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "e3b1468b8f16d11eebf4b10cca32829c78fb5d35",
"resolved_issues": [
{
"number": 2576,
"title": "Update locations from `amrex/Tutorials`",
"body": "## Summary\r\nMany tutorials are listed as residing at `amrex/Tutorials/...`. They have been updated to their new\r\nlocation at `amrex-tutorials/ExampleCodes/...`.\r\n\r\n## Additional background\r\nThe updated locations cause straightforward changes to the Catalyst and Libsim tutorials in Visualizations.rst (line 901 and 927). I made these changes but I did not retest the tutorials. I'll put this on my list, and update if any changes are necessary. \r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [x] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-2583",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/Fortran.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/Fortran.rst\nindex cd613bd6d85..ddfcd755d54 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/Fortran.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/Fortran.rst\n@@ -384,7 +384,7 @@ interfaces:\n character(c_char), intent(in), value :: tagval, clearval\n end subroutine amrex_error_est_proc\n \n-``Tutorials/Amr/Advection_F/Source/my_amr_mod.F90`` shows an\n+``amrex-tutorials/ExampleCodes/FortranInterface/Advection_F/Source/my_amr_mod.F90`` shows an\n example of the setup process. The user provided\n :fortran:`procedure(amrex_error_est_proc)` has a tags argument that\n is of type :fortran:`c_ptr` and its value is a pointer to a\n@@ -400,7 +400,7 @@ The module :fortran:`amrex_fillpatch_module` provides interface to\n C++ functions :cpp:`FillPatchSinglelevel` and :cpp:`FillPatchTwoLevels`. To use\n it, the application code needs to provide procedures for interpolation and\n filling physical boundaries. See\n-``Tutorials/Amr/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90`` for an example.\n+``amrex-tutorials/ExampleCodes/FortranInterface/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90`` for an example.\n \n Module :fortran:`amrex_fluxregister_module` provides interface to\n :cpp:`FluxRegister` (see the section on :ref:`sec:amrcore:fluxreg`). Its usage\n@@ -418,7 +418,7 @@ between levels. Therefore, grids in AMReX in general cannot be represented by\n trees. Nevertheless, octree type grids are supported via Fortran interface,\n because grids are more general than octree grids. A tutorial example using\n amrex_octree_module ( ``amrex/Src/F_Interfaces/Octree/AMReX_octree_mod.f90``) is\n-available at ``amrex-tutorials/Amr/Advection_octree_F/``. Procedures\n+available at ``amrex-tutorials/ExampleCodes/FortranInterface/Advection_F/Advection_octree_F/``. Procedures\n :fortran:`amrex_octree_init` and :fortran:`amrex_octree_finalize` must be\n called as follows,\n \ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/GPU.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/GPU.rst\nindex 37bd255073f..7c8863c2c3c 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/GPU.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/GPU.rst\n@@ -158,8 +158,8 @@ For example, ``COMP=pgi`` alone will compile C/C++ codes with NVCC/GCC\n and Fortran codes with PGI, and link with PGI. Using ``COMP=pgi`` and\n ``NVCC_HOST_COMP=pgi`` will compile C/C++ codes with PGI and NVCC/PGI.\n \n-You can use ``Tutorials/Basic/HelloWorld_C`` to test your programming\n-environment. For example, building with:\n+You can use ``amrex-tutorials/ExampleCodes/Basic/HelloWorld_C/``\n+to test your programming environment. For example, building with:\n \n .. highlight:: console\n \ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/GettingStarted.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/GettingStarted.rst\nindex 05af8292561..ba819cb2c99 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/GettingStarted.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/GettingStarted.rst\n@@ -48,13 +48,13 @@ AMReX.H). All AMReX C++ functions are in the :cpp:`amrex` namespace.\n Building the Code\n -----------------\n \n-You build the code in the ``amrex-tutorials/Tutorials/Basic/HelloWorld_C/`` directory.\n+You build the code in the ``amrex-tutorials/ExampleCodes/Basic/HelloWorld_C/`` directory.\n Typing ``make`` will start the compilation process and result in an executable\n named ``main3d.gnu.DEBUG.ex``. The name shows that the GNU compiler with debug\n options set by AMReX is used. It also shows that the executable is built for\n 3D. Although this simple example code is dimension independent, dimensionality\n does matter for all non-trivial examples. The build process can be adjusted by\n-modifying the ``amrex-tutorials/Tutorials/Basic/HelloWorld_C/GNUmakefile`` file. More\n+modifying the ``amrex-tutorials/ExampleCodes/Basic/HelloWorld_C/GNUmakefile`` file. More\n details on how to build AMReX can be found in :ref:`Chap:BuildingAMReX`.\n \n Running the Code\ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/LinearSolvers.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/LinearSolvers.rst\nindex a68336a200a..6a08c0dc5a7 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/LinearSolvers.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/LinearSolvers.rst\n@@ -676,23 +676,23 @@ An example (implemented in the ``MultiComponent`` tutorial) might be:\n .. _fig::refluxfreecoarsefine:\n \n .. figure:: ./LinearSolvers/refluxfreecoarsefine.png\n- :height: 2cm\n- :align: center\n+ :height: 4cm\n+ :align: center\n \n- : Reflux-free coarse-fine boundary update.\n- Level 2 ghost nodes (small dark blue) are interpolated from coarse boundary.\n- Level 1 ghost nodes are updated during the relaxation along with all the other interior fine nodes.\n- Coarse nodes (large blue) on the coarse/fine boundary are updated by restricting with interior nodes\n- and the first level of ghost nodes.\n- Coarse nodes underneath level 2 ghost nodes are not updated.\n- The remaining coarse nodes are updates by restriction.\n+ Reflux-free coarse-fine boundary update.\n+ Level 2 ghost nodes (small dark blue) are interpolated from coarse boundary.\n+ Level 1 ghost nodes are updated during the relaxation along with all the other interior fine nodes.\n+ Coarse nodes (large blue) on the coarse/fine boundary are updated by restricting with interior nodes\n+ and the first level of ghost nodes.\n+ Coarse nodes underneath level 2 ghost nodes are not updated.\n+ The remaining coarse nodes are updates by restriction.\n \n The MC nodal operator can inherit from the ``MCNodeLinOp`` class.\n ``Fapply``, ``Fsmooth``, and ``Fflux`` must update level 1 ghost nodes that are inside the domain.\n `interpolation` and `restriction` can be implemented as usual.\n `reflux` is a straightforward restriction from fine to coarse, using level 1 ghost nodes for restriction as described above.\n \n- See ``Tutorials/LinearSolvers/MultiComponent`` for a complete working example.\n+See ``amrex-tutorials/ExampleCodes/LinearSolvers/MultiComponent`` for a complete working example.\n \n .. solver reuse\n \ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/Visualization.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/Visualization.rst\nindex 6de66a045f4..27a058ae5d0 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/Visualization.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/Visualization.rst\n@@ -426,7 +426,7 @@ we will assume a single vector has been stored as three separate variables,\n by its magnitude. To do this, look under the Scale heading, select the\n vector value as the Scale Array and select Scale by Magnitude.\n \n- Two adjust the number and location of vectors displayed, one may alter the\n+ To adjust the number and location of vectors displayed, one may alter the\n settings under the Masking heading.\n \n .. figure:: ./Visualization/ParaView_vectorfield.png\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/Testing.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/Testing.rst\nindex 573ed9a3aa8..b7e32c9477b 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/Testing.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/Testing.rst\n@@ -13,7 +13,7 @@ quickly on every commit. For more extensive testing, we rely on the nightly regr\n Nightly Regression Testing\n ==========================\n \n-Each night, we automically run a suite of tests, both on AMReX itself, and on a most of the major\n+Each night, we automatically run a suite of tests, both on AMReX itself, and on a most of the major\n application codes that use it as a framework. We use an in-house test runner script to manage this\n operation, originally developed by Michael Zingale for the Castro code, and later expanded to other\n application codes as well. The results for each night are collected and stored on a web page; see\n@@ -23,13 +23,15 @@ Running the test suite locally\n ==============================\n \n The test suite is mostly used internally by AMReX developers. However,\n-f you are making a pull request to AMReX, it can be useful to run the test suite\n-on your local machine, to reduce the liklihood that your changes break some existing functionality.\n-To run the test suite on locally, you must first obtain a copy of the test runner source, available\n+if you are making a pull request to AMReX, it can be useful to run the test suite\n+on your local machine to reduce the liklihood that your changes break some existing functionality.\n+To run the test suite locally, you must first obtain a copy of the test runner source, available\n on Github here: https://github.com/AMReX-Codes/regression_testing. The test runner requires Python\n-version 2.7 or greater.\n+version 2.7 or greater. Additional information on the test suite software can be found at,\n+https://amrex-codes.github.io/regression_testing/.\n \n-Next, you need a configuration file that defines which tests to run, which amrex repository to test,\n+After obtaining the code, you will need a configuration file that defines which tests to run, which\n+amrex repository to test,\n which branch to use, etc. A sample configuration file for AMReX is distributed with the amrex source\n code at :cpp:`amrex/Tools/RegressionTesting/AMReX-tests.ini`. You will need to modify a few of the entries\n to, for example, point the test runner to the clone of amrex on your local machine. Entries you will\n@@ -56,24 +58,24 @@ The test runner is a Python script and can be invoked like so:\n \n ::\n \n- python regtest.py <options> AMReX-Tests.ini\n+ python regtest.py <options> AMReX-tests.ini\n \n Before you can use it, you must first generate a set of \"benchmarks\" - i.e. known \"good\" answers to the\n tests that will be run. If you are testing a pull request, you can generate these by running the script\n-with the a recent version of the :cpp:`development` branch of AMReX. You can generate the benchmarks like so:\n+with a recent version of the :cpp:`development` branch of AMReX. You can generate the benchmarks like so:\n \n ::\n \n- python regtest.py --make_benchmarks 'generating initial benchmarks' AMReX-Tests.ini\n+ python regtest.py --make_benchmarks 'generating initial benchmarks' AMReX-tests.ini\n \n-Once that is finished, you can switch over to the branch you want to test in :cpp:`AMReX-Tests.ini`, and then\n+Once that is finished, you can switch over to the branch you want to test in :cpp:`AMReX-tests.ini`, and then\n re-run the script without the :cpp:`--make_benchmarks` option:\n \n ::\n \n- python regtest.py --make_benchmarks 'generating initial benchmarks' AMReX-Tests.ini\n+ python regtest.py --make_benchmarks 'generating initial benchmarks' AMReX-tests.ini\n \n-The script will generate a set of html pages in the directory specified in your :cpp:`AMReX-Tests.ini`\n+The script will generate a set of html pages in the directory specified in your :cpp:`AMReX-tests.ini`\n file that you can examine using the browser of your choice.\n \n For a complete set of script options, run\n@@ -86,25 +88,25 @@ A particularly useful option lets you run just a subset of the complete test sui\n \n ::\n \n- python regtest.py --single_test <TestName> AMReX-Tests.ini\n+ python regtest.py --single_test <TestName> AMReX-tests.ini\n \n To run an enumerated list of tests, do:\n \n ::\n \n- python regtest.py --tests '<TestName1> <TestName2> <TestName3>' AMReX-Tests.ini\n+ python regtest.py --tests '<TestName1> <TestName2> <TestName3>' AMReX-tests.ini\n \n \n Adding a new test\n =================\n \n-New tests can be added to the suite by modifying the :cpp:`AMReX-Tests.ini` file. The easiest thing to\n+New tests can be added to the suite by modifying the :cpp:`AMReX-tests.ini` file. The easiest thing to\n do is start from an existing test and modify it. For example, this entry:\n \n ::\n \n [MLMG_FI_PoisCom]\n- buildDir = Tutorials/LinearSolvers/ABecLaplacian_F\n+ buildDir = Tests/LinearSolvers/ABecLaplacian_F\n inputFile = inputs-rt-poisson-com\n dim = 3\n restartTest = 0\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr2813
|
multi_swe_bench
|
CMake: 3.17+ (AMReX-Codes/amrex#2813)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 2813,
"issue_title": "CMake: 3.17+",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nWe are using `find_package(CUDAToolkit ...)` now, which is only supported in CMake 3.17+.\r\nFollow-up to #2757\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nTechnically, we want to go to 3.20+ soon as well, so that we can drop the old CUDA code paths that we used to forward device flags and CUDA architectures.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "8a1c76c0af8961db3168d577898a6d0edaa55891",
"resolved_issues": [
{
"number": 2757,
"title": "CUDA On Cray: More Robust w/o Wrapper",
"body": "## Summary\r\n\r\nSearching for `curand` explicitly (required by default by AMReX) makes HPE/Cray builds more robust when we build w/o compiler wrappers, e.g., if files are distributed in a non-standard layout.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nhttps://gitlab.kitware.com/cmake/cmake/-/merge_requests/7247\r\n\r\nCompile error on Perlmutter with `g++` and `nvcc` as compilers was:\r\n```\r\n from /global/homes/a/ahuebl/src/amrex/Src/Base/AMReX_Utility.cpp:4:\r\n/global/homes/a/ahuebl/src/amrex/Src/Base/AMReX_RandomEngine.H:14:10: fatal error: curand.h: No such file or directory\r\n 14 | #include <curand.h>\r\n | ^~~~~~~~~~\r\n```\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-2813",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/CMakeLists.txt b/CMakeLists.txt\nindex f957b2ef5b9..773058369f7 100644\n--- a/CMakeLists.txt\n+++ b/CMakeLists.txt\n@@ -1,4 +1,4 @@\n-cmake_minimum_required(VERSION 3.14)\n+cmake_minimum_required(VERSION 3.17)\n \n #\n # Allow for MSVC Runtime library controls\ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX.rst\nindex f5b8b263a4e..7b3273bf874 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX.rst\n@@ -728,7 +728,7 @@ You can tell CMake to look for the AMReX library in non-standard paths by settin\n ``AMReX_ROOT`` to point to the AMReX installation directory or by adding\n ``-DAMReX_ROOT=<path/to/amrex/installation/directory>`` to the ``cmake`` invocation.\n More details on ``find_package`` can be found\n-`here <https://cmake.org/cmake/help/v3.14/command/find_package.html>`_.\n+`here <https://cmake.org/cmake/help/v3.17/command/find_package.html>`_.\n \n .. _sec:build:windows:\n \ndiff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX_Chapter.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX_Chapter.rst\nindex a6b246ee155..dd61bb254d3 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX_Chapter.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/BuildingAMReX_Chapter.rst\n@@ -23,7 +23,7 @@ Fortran compiler that supports the Fortran 2003 standard, and a C\n compiler that supports the C99 standard. Prerequisites for building\n with GNU Make include Python (>= 2.7, including 3) and standard tools\n available in any Unix-like environments (e.g., Perl and sed). For\n-building with CMake, the minimal requirement is version 3.14.\n+building with CMake, the minimal requirement is version 3.17.\n \n Please note that we fully support AMReX for Linux systems in general and on the\n DOE supercomputers (e.g. Cori, Summit) in particular. Many of our users do build\ndiff --git a/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake b/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\nindex e8be52dc173..24dd8df11d2 100644\n--- a/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\n+++ b/Tools/CMake/AMReXThirdPartyLibraries.cmake\n@@ -82,7 +82,14 @@ if (AMReX_HYPRE)\n find_package(HYPRE 2.20.0 REQUIRED)\n if(AMReX_CUDA)\n find_package(CUDAToolkit REQUIRED)\n+\n+ # mandatory CUDA dependencies: cuSPARSE, cuRAND\n target_link_libraries(amrex PUBLIC CUDA::cusparse CUDA::curand)\n+\n+ # nvToolsExt: if tiny profiler or base profiler are on.\n+ if (AMReX_TINY_PROFILE OR AMReX_BASE_PROFILE)\n+ target_link_libraries(amrex PUBLIC CUDA::nvToolsExt)\n+ endif ()\n endif()\n target_link_libraries( amrex PUBLIC HYPRE )\n endif ()\ndiff --git a/Tools/CMake/AMReX_Config.cmake b/Tools/CMake/AMReX_Config.cmake\nindex 22429ce2651..6ed841cfd59 100644\n--- a/Tools/CMake/AMReX_Config.cmake\n+++ b/Tools/CMake/AMReX_Config.cmake\n@@ -49,7 +49,7 @@ function (configure_amrex)\n target_compile_features(amrex PUBLIC $<IF:$<STREQUAL:$<PLATFORM_ID>,Windows>,cxx_std_17,cxx_std_14>)\n endif ()\n \n- if (AMReX_CUDA AND (CMAKE_VERSION VERSION_GREATER_EQUAL 3.17) )\n+ if (AMReX_CUDA)\n set_target_properties(amrex PROPERTIES CUDA_EXTENSIONS OFF)\n # minimum: C++14 on Linux, C++17 on Windows\n target_compile_features(amrex PUBLIC $<IF:$<STREQUAL:$<PLATFORM_ID>,Windows>,cuda_std_17,cuda_std_14>)\n@@ -132,8 +132,9 @@ function (configure_amrex)\n endif ()\n \n #\n- # Add manually nvToolsExt if tiny profiler or base profiler are on.n\n+ # Add manually nvToolsExt if tiny profiler or base profiler are on.\n # CMake >= 3.17 provides the module FindCUDAToolkit to do this natively.\n+ # TODO: Modernize me, now that we require CMake 3.17+.\n #\n if (AMReX_TINY_PROFILE OR AMReX_BASE_PROFILE )\n find_library(LIBNVTOOLSEXT nvToolsExt PATHS ${CMAKE_CUDA_IMPLICIT_LINK_DIRECTORIES})\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/CMakeTestInstall/CMakeLists.txt b/Tests/CMakeTestInstall/CMakeLists.txt\nindex 382d1911e5a..fdac1442cac 100644\n--- a/Tests/CMakeTestInstall/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/CMakeTestInstall/CMakeLists.txt\n@@ -3,7 +3,7 @@\n # building and running the code\n # in Tests/Amr/Advection_AmrCore/\n #\n-cmake_minimum_required(VERSION 3.14)\n+cmake_minimum_required(VERSION 3.17)\n \n project(amrex-test-install)\n \ndiff --git a/Tests/SpackSmokeTest/CMakeLists.txt b/Tests/SpackSmokeTest/CMakeLists.txt\nindex 4b1780f2534..4882f5bbd25 100644\n--- a/Tests/SpackSmokeTest/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/SpackSmokeTest/CMakeLists.txt\n@@ -6,7 +6,7 @@\n # against a currently installed version of AMReX. The resulting\n # executable can then be ran to test functionality.\n \n-cmake_minimum_required(VERSION 3.14)\n+cmake_minimum_required(VERSION 3.17)\n \n project(amrex-test-install)\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3142
|
multi_swe_bench
|
Fix nl test (AMReX-Codes/amrex#3142)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3142,
"issue_title": "Fix nl test",
"issue_body": "This fixes a bug introduced in PR #3060 related to building neighbor lists between particles of different types. I also made it so that CI tests would have caught this bug. \r\n\r\nCloses #3127 \r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "0c444b898f8abc1f1f7dd81cb06e2b29faabb935",
"resolved_issues": [
{
"number": 3060,
"title": "Polydisperse neighbor search algorithm",
"body": "## Summary\r\nNew functionality for building the particle neighbor list with multiple grids. The multi-grid approach can provide significant speed up with polydisperse particle-laden flows.\r\n\r\n## Additional background\r\nAlgorithm based upon: \r\nShire, T., Hanley, K.J. & Stratford, K. DEM simulations of polydisperse media: efficient contact detection applied to investigate the quasi-static limit. Comp. Part. Mech. 8, 653–663 (2021). https://doi.org/10.1007/s40571-020-00361-2\r\n\r\n## Checklist\r\n1. Verify correctness with standard single-grid (SG) neighbor search (MFiX regtests).\r\n2. Test speed with SG neighbor search (Perlmutter w/ canonical sim)\r\n3. Verify new multi-grid (MG) gives same results as SG (new polydisperse test)\r\n4. Document speed up of MG vs SG for polydisperse test\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
},
{
"number": 3127,
"title": "Tests/Particles/NeighborList compilation error",
"body": "```\r\n../../..//Src/Particle/AMReX_NeighborList.H(310): error: a value of type \"amrex::Particle<0, 1> *\" cannot be assigned to an entity of type \"amrex::Particle<0, 0> *\"\r\n detected during:\r\n instantiation of \"void amrex::NeighborList<ParticleType>::build(SrcTile &, TargetTile &, CheckPair &&, const amrex::Gpu::DeviceVector<int> &, const amrex::Gpu::D\r\neviceVector<amrex::GpuArray<amrex::Real, 3U>> &, const amrex::Gpu::DeviceVector<amrex::GpuArray<amrex::Real, 3U>> &, const amrex::Gpu::DeviceVector<amrex::Dim3> &, const amr\r\nex::Gpu::DeviceVector<amrex::Dim3> &, int, int, int *) [with ParticleType=amrex::Particle<0, 0>, SrcTile=const amrex::ParticleTile<0, 0, 0, 0, amrex::DefaultAllocator>, Targ\r\netTile=amrex::ParticleTile<0, 1, 0, 0, amrex::DefaultAllocator>, CheckPair=CheckPair]\" \r\n../../..//Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H(833): here\r\n instantiation of \"void amrex::NeighborParticleContainer<NStructReal, NStructInt, NArrayReal, NArrayInt>::buildNeighborList(CheckPair &&, OtherPCType &, amrex::Ve\r\nctor<std::map<std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>, std::less<std::pair<int, int>>, std::allocator<std::pair<const std::pair<int, int>, amrex:\r\n:NeighborList<OtherPCType::ParticleType>>>>, std::allocator<std::map<std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>, std::less<std::pair<int, int>>, std\r\n::allocator<std::pair<const std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>>>>>> &, __nv_bool) [with NStructReal=0, NStructInt=0, NArrayReal=0, NArrayInt\r\n=0, CheckPair=CheckPair, OtherPCType=PCType2]\" \r\nmain.cpp(131): here\r\n\r\n../../..//Src/Particle/AMReX_NeighborList.H(331): error: no instance of overloaded function \"amrex::DenseBins<T>::build [with T=amrex::Particle<0, 0>]\" matches the argument \r\nlist\r\n argument types are: (const size_t, amrex::Particle<0, 1> *const, int, amrex::BinMapper)\r\n object type is: amrex::DenseBins<amrex::Particle<0, 0>>\r\n detected during:\r\n instantiation of \"void amrex::NeighborList<ParticleType>::build(SrcTile &, TargetTile &, CheckPair &&, const amrex::Gpu::DeviceVector<int> &, const amrex::Gpu::D\r\neviceVector<amrex::GpuArray<amrex::Real, 3U>> &, const amrex::Gpu::DeviceVector<amrex::GpuArray<amrex::Real, 3U>> &, const amrex::Gpu::DeviceVector<amrex::Dim3> &, const amr\r\nex::Gpu::DeviceVector<amrex::Dim3> &, int, int, int *) [with ParticleType=amrex::Particle<0, 0>, SrcTile=const amrex::ParticleTile<0, 0, 0, 0, amrex::DefaultAllocator>, Targ\r\netTile=amrex::ParticleTile<0, 1, 0, 0, amrex::DefaultAllocator>, CheckPair=CheckPair]\" \r\n../../..//Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H(833): here\r\n instantiation of \"void amrex::NeighborParticleContainer<NStructReal, NStructInt, NArrayReal, NArrayInt>::buildNeighborList(CheckPair &&, OtherPCType &, amrex::Ve\r\nctor<std::map<std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>, std::less<std::pair<int, int>>, std::allocator<std::pair<const std::pair<int, int>, amrex:\r\n:NeighborList<OtherPCType::ParticleType>>>>, std::allocator<std::map<std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>, std::less<std::pair<int, int>>, std\r\n::allocator<std::pair<const std::pair<int, int>, amrex::NeighborList<OtherPCType::ParticleType>>>>>> &, __nv_bool) [with NStructReal=0, NStructInt=0, NArrayReal=0, NArrayInt\r\n=0, CheckPair=CheckPair, OtherPCType=PCType2]\" \r\nmain.cpp(131): here\r\n```"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3142",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H b/Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H\nindex 696553aaa47..ed2e1844725 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_NeighborParticlesI.H\n@@ -828,9 +828,9 @@ buildNeighborList (CheckPair&& check_pair, OtherPCType& other,\n dxi_v.push_back(geom.InvCellSizeArray());\n plo_v.push_back(geom.ProbLoArray());\n \n- m_neighbor_list[lev][index].build(ptile, other_ptile,\n- std::forward<CheckPair>(check_pair),\n- off_bins_v, dxi_v, plo_v, lo_v, hi_v, ng);\n+ neighbor_lists[lev][index].build(ptile, other_ptile,\n+ std::forward<CheckPair>(check_pair),\n+ off_bins_v, dxi_v, plo_v, lo_v, hi_v, ng);\n }\n }\n }\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/NeighborList/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/NeighborList/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..226771586b5\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/NeighborList/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+set(_sources main.cpp)\n+set(_input_files inputs)\n+\n+setup_test(_sources _input_files)\n+\n+unset(_sources)\n+unset(_input_files)\ndiff --git a/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp b/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\nindex 3b06653b9f9..b7860d7f2a3 100644\n--- a/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\n@@ -65,9 +65,9 @@ void addParticles (PCType1& pc1, PCType2& pc2)\n auto& ptile1 = pc1.DefineAndReturnParticleTile(0, 0, 0);\n {\n PType1 p;\n- p.pos(0) = 12.0;\n- p.pos(1) = 12.0;\n- p.pos(2) = 12.0;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) = 12.0;,\n+ p.pos(1) = 12.0;,\n+ p.pos(2) = 12.0;)\n p.id() = PType1::NextID();\n p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n ptile1.push_back(p);\n@@ -76,9 +76,9 @@ void addParticles (PCType1& pc1, PCType2& pc2)\n auto& ptile2 = pc2.DefineAndReturnParticleTile(0, 0, 0);\n {\n PType2 p;\n- p.pos(0) = 12.0;\n- p.pos(1) = 13.0;\n- p.pos(2) = 12.0;\n+ AMREX_D_TERM(p.pos(0) = 12.0;,\n+ p.pos(1) = 13.0;,\n+ p.pos(2) = 12.0;)\n p.id() = PType2::NextID();\n p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n p.idata(0) = 1;\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3325
|
multi_swe_bench
|
Port InitRandom for pure SoA (AMReX-Codes/amrex#3325)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3325,
"issue_title": "Port InitRandom for pure SoA",
"issue_body": "This is useful for porting and testing other features, like Checkpoint / Restart. I've also added a test.\r\n\r\nFollow-up to #2878.\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "b625d63c8bf18ccaec51ea2c942b306d10b4971c",
"resolved_issues": [
{
"number": 2878,
"title": "Support SoA-Only Particles",
"body": "## Summary\r\n\r\nFurther updates of #2853 where @atmyers and @ax3l can also push to.\r\n\r\n## Upgrade Guide for C++ API Changes\r\n\r\nThese PRs show changes to keep using the *old layout*:\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3848\r\n- example in HiPACE++: https://github.com/Hi-PACE/hipace/pull/921\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/342\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/119\r\n\r\nThese PRs show changes to *use the new layout* (pure SoA):\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3850\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/348\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/124\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3325",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\nindex 60a20c0e835..28427de32fb 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\n@@ -1046,17 +1046,13 @@ InitRandom (Long icount,\n \n for (Long j = 0; j < icount; j++)\n {\n- ParticleType p;\n+ Particle<0, 0> ptest;\n \n for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n- p.pos(i) = pos[j*AMREX_SPACEDIM + i];\n+ ptest.pos(i) = pos[j*AMREX_SPACEDIM + i];\n }\n \n- for (int i = 0; i < NStructReal; i++) {\n- p.rdata(i) = static_cast<ParticleReal>(pdata.real_struct_data[i]);\n- }\n-\n- if (!Where(p, pld)) {\n+ if (!Where(ptest, pld)) {\n amrex::Abort(\"ParticleContainer::InitRandom(): invalid particle\");\n }\n \n@@ -1067,27 +1063,58 @@ InitRandom (Long icount,\n \n if (who == MyProc) {\n \n- // We own it. Add it at the appropriate level.\n- p.id() = ParticleType::NextID();\n- p.cpu() = MyProc;\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ ParticleType p;\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n+ p.pos(i) = pos[j*AMREX_SPACEDIM + i];\n+ }\n \n- for (int i = 0; i < NStructInt; i++) {\n- p.idata(i) = pdata.int_struct_data[i];\n- }\n+ // We own it. Add it at the appropriate level.\n+ p.id() = ParticleType::NextID();\n+ p.cpu() = MyProc;\n \n- // add the struct\n- host_particles[pld.m_lev][ind].push_back(p);\n+ for (int i = 0; i < NStructInt; i++) {\n+ p.idata(i) = pdata.int_struct_data[i];\n+ }\n \n- // add the real...\n- for (int i = 0; i < NArrayReal; i++) {\n- host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n- }\n+ for (int i = 0; i < NStructReal; i++) {\n+ p.rdata(i) = static_cast<ParticleReal>(pdata.real_struct_data[i]);\n+ }\n \n- // ... and int array data\n- for (int i = 0; i < NArrayInt; i++) {\n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ // add the struct\n+ host_particles[pld.m_lev][ind].push_back(p);\n+\n+ // add the real...\n+ for (int i = 0; i < NArrayReal; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n+ }\n+\n+ // ... and int array data\n+ for (int i = 0; i < NArrayInt; i++) {\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ }\n+ } else {\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pos[j*AMREX_SPACEDIM+i]);\n+ }\n+\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ParticleType::NextID());\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(MyProc);\n+\n+ host_particles[pld.m_lev][ind];\n+\n+ // add the real...\n+ for (int i = AMREX_SPACEDIM; i < NArrayReal; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n+ }\n+\n+ // ... and int array data\n+ for (int i = 2; i < NArrayInt; i++) {\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ }\n }\n- }\n+ }\n }\n \n for (int host_lev = 0; host_lev < static_cast<int>(host_particles.size()); ++host_lev)\n@@ -1099,11 +1126,20 @@ InitRandom (Long icount,\n \n auto& dst_tile = GetParticles(host_lev)[std::make_pair(grid,tile)];\n auto old_size = dst_tile.GetArrayOfStructs().size();\n- auto new_size = old_size + src_tile.size();\n+ auto new_size = old_size;\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ new_size += src_tile.size();\n+ } else {\n+ new_size += host_real_attribs[host_lev][std::make_pair(grid,tile)][0].size();\n+ }\n dst_tile.resize(new_size);\n \n- Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n- dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n+ dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ }\n \n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n@@ -1148,7 +1184,7 @@ InitRandom (Long icount,\n host_int_attribs.resize(finestLevel()+1);\n \n for (Long icnt = 0; icnt < M; icnt++) {\n- ParticleType p;\n+ Particle<0, 0> ptest;\n for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n do {\n r = amrex::Random();\n@@ -1156,42 +1192,71 @@ InitRandom (Long icount,\n }\n while (static_cast<ParticleReal>(x) < static_cast<ParticleReal>(xlo[i]) || static_cast<ParticleReal>(x) >= static_cast<ParticleReal>(xhi[i]));\n \n- p.pos(i) = static_cast<ParticleReal>(x);\n+ ptest.pos(i) = static_cast<ParticleReal>(x);\n \n- AMREX_ASSERT(p.pos(i) < geom.ProbHi(i));\n+ AMREX_ASSERT(ptest.pos(i) < geom.ProbHi(i));\n }\n \n- for (int i = 0; i < NStructReal; i++) {\n- p.rdata(i) = static_cast<ParticleReal>(pdata.real_struct_data[i]);\n- }\n-\n- // the int struct data\n- p.id() = ParticleType::NextID();\n- p.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n-\n- for (int i = 0; i < NStructInt; i++) {\n- p.idata(i) = pdata.int_struct_data[i];\n- }\n+ ptest.id() = ParticleType::NextID();\n+ ptest.cpu() = ParallelDescriptor::MyProc();\n \n // locate the particle\n- if (!Where(p, pld))\n+ if (!Where(ptest, pld))\n {\n amrex::Abort(\"ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt>::InitRandom(): invalid particle\");\n }\n AMREX_ASSERT(pld.m_lev >= 0 && pld.m_lev <= finestLevel());\n std::pair<int, int> ind(pld.m_grid, pld.m_tile);\n \n- // add the struct\n- host_particles[pld.m_lev][ind].push_back(p);\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ ParticleType p;\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n+ p.pos(i) = ptest.pos(i);;\n+ }\n \n- // add the real...\n- for (int i = 0; i < NArrayReal; i++) {\n- host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n- }\n+ p.id() = ptest.id();\n+ p.cpu() = ptest.cpu();\n \n- // ... and int array data\n- for (int i = 0; i < NArrayInt; i++) {\n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ for (int i = 0; i < NStructReal; i++) {\n+ p.rdata(i) = static_cast<ParticleReal>(pdata.real_struct_data[i]);\n+ }\n+\n+ for (int i = 0; i < NStructInt; i++) {\n+ p.idata(i) = pdata.int_struct_data[i];\n+ }\n+\n+ // add the struct\n+ host_particles[pld.m_lev][ind].push_back(p);\n+\n+ // add the real...\n+ for (int i = 0; i < NArrayReal; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n+ }\n+\n+ // ... and int array data\n+ for (int i = 0; i < NArrayInt; i++) {\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ }\n+ } else {\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(ptest.pos(i));\n+ }\n+\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ptest.id());\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(ptest.cpu());\n+\n+ host_particles[pld.m_lev][ind];\n+\n+ // add the real...\n+ for (int i = AMREX_SPACEDIM; i < NArrayReal; i++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(static_cast<ParticleReal>(pdata.real_array_data[i]));\n+ }\n+\n+ // ... and int array data\n+ for (int i = 2; i < NArrayInt; i++) {\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pdata.int_array_data[i]);\n+ }\n }\n }\n \n@@ -1204,11 +1269,20 @@ InitRandom (Long icount,\n \n auto& dst_tile = GetParticles(host_lev)[std::make_pair(grid,tile)];\n auto old_size = dst_tile.GetArrayOfStructs().size();\n- auto new_size = old_size + src_tile.size();\n+ auto new_size = old_size;\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ new_size += src_tile.size();\n+ } else {\n+ new_size += host_real_attribs[host_lev][std::make_pair(grid,tile)][0].size();\n+ }\n dst_tile.resize(new_size);\n \n- Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n- dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n+ dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ }\n \n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/InitRandom/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/InitRandom/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..c032392c5df\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/InitRandom/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,14 @@\n+# This tests requires particle support\n+if (NOT AMReX_PARTICLES)\n+ return()\n+endif ()\n+\n+foreach(D IN LISTS AMReX_SPACEDIM)\n+ set(_sources main.cpp)\n+ set(_input_files inputs )\n+\n+ setup_test(${D} _sources _input_files)\n+\n+ unset(_sources)\n+ unset(_input_files)\n+endforeach()\ndiff --git a/Tests/Particles/InitRandom/GNUmakefile b/Tests/Particles/InitRandom/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..b3510b88d2e\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/InitRandom/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,31 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+# DEBUG\t= TRUE\n+DEBUG\t= FALSE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gnu\n+\n+PRECISION = DOUBLE\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+MPI_THREAD_MULTIPLE = FALSE\n+\n+USE_OMP = FALSE\n+\n+TINY_PROFILE = TRUE\n+\n+USE_PARTICLES = TRUE\n+\n+###################################################\n+\n+EBASE = main\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Particle/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/Particles/InitRandom/Make.package b/Tests/Particles/InitRandom/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..6b4b865e8fc\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/InitRandom/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\ndiff --git a/Tests/Particles/InitRandom/inputs b/Tests/Particles/InitRandom/inputs\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..59b4212ed5b\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/InitRandom/inputs\n@@ -0,0 +1,13 @@\n+# Domain size\n+ncells = 64\n+\n+# Maximum allowable size of each subdomain in the problem domain;\n+# this is used to decompose the domain for parallel calculations.\n+max_grid_size = 8\n+\n+# Number of levels\n+nlevs = 1\n+\n+# Number of particles per cell\n+nppc = 2\n+\ndiff --git a/Tests/Particles/InitRandom/main.cpp b/Tests/Particles/InitRandom/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..c3c9f730b53\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/InitRandom/main.cpp\n@@ -0,0 +1,187 @@\n+#include <AMReX.H>\n+#include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_PlotFileUtil.H>\n+#include <AMReX_Particles.H>\n+\n+#include <cstdio>\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+void set_grids_nested (Vector<Box>& domains,\n+ Vector<BoxArray>& grids,\n+ Vector<IntVect>& ref_ratio);\n+void test ();\n+void testSOA ();\n+\n+int main(int argc, char* argv[])\n+{\n+ amrex::Initialize(argc,argv);\n+ test();\n+ testSOA();\n+ amrex::Finalize();\n+}\n+\n+void testSOA ()\n+{\n+ int ncells, max_grid_size, nlevs, nppc;\n+\n+ ParmParse pp;\n+ pp.get(\"ncells\", ncells);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", max_grid_size);\n+ pp.get(\"nlevs\", nlevs);\n+ pp.get(\"nppc\", nppc);\n+\n+ Vector<Box> domains;\n+ Vector<BoxArray> ba;\n+ Vector<IntVect> ref_ratio;\n+\n+ set_grids_nested(domains, ba, ref_ratio);\n+\n+ RealBox real_box;\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; n++) {\n+ real_box.setLo(n, 0.0);\n+ real_box.setHi(n, 1.0);\n+ }\n+\n+ // This sets the boundary conditions to be doubly or triply periodic\n+ int is_per[] = {AMREX_D_DECL(1,1,1)};\n+\n+ // This defines a Geometry object for each level\n+ Vector<Geometry> geom(nlevs);\n+ geom[0].define(domains[0], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++) {\n+ geom[lev].define(domains[lev], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ }\n+\n+ Vector<DistributionMapping> dmap(nlevs);\n+\n+ for (int lev = 0; lev < nlevs; lev++) {\n+ dmap[lev] = DistributionMapping{ba[lev]};\n+ }\n+\n+ // Add some particles\n+ constexpr int NReal = 12;\n+ constexpr int NInt = 4;\n+\n+ typedef ParticleContainerPureSoA<NReal, NInt> MyPC;\n+ MyPC myPC(geom, dmap, ba, ref_ratio);\n+ myPC.SetVerbose(false);\n+\n+ int num_particles = nppc * AMREX_D_TERM(ncells, * ncells, * ncells);\n+ bool serialize = false;\n+ int iseed = 451;\n+ MyPC::ParticleInitData pdata = {{}, {},\n+ {1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0, 10.0, 11.0, 12.0, 13.0},\n+ {5, 14, 15, 16}};\n+\n+ myPC.InitRandom(num_particles, iseed, pdata, serialize);\n+ amrex::Print() << \"Generated \" << myPC.TotalNumberOfParticles() << \" particles. \\n\";\n+}\n+\n+void test ()\n+{\n+ int ncells, max_grid_size, nlevs, nppc;\n+\n+ ParmParse pp;\n+ pp.get(\"ncells\", ncells);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", max_grid_size);\n+ pp.get(\"nlevs\", nlevs);\n+ pp.get(\"nppc\", nppc);\n+\n+ Vector<Box> domains;\n+ Vector<BoxArray> ba;\n+ Vector<IntVect> ref_ratio;\n+\n+ set_grids_nested(domains, ba, ref_ratio);\n+\n+ RealBox real_box;\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; n++) {\n+ real_box.setLo(n, 0.0);\n+ real_box.setHi(n, 1.0);\n+ }\n+\n+ // This sets the boundary conditions to be doubly or triply periodic\n+ int is_per[] = {AMREX_D_DECL(1,1,1)};\n+\n+ // This defines a Geometry object for each level\n+ Vector<Geometry> geom(nlevs);\n+ geom[0].define(domains[0], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++) {\n+ geom[lev].define(domains[lev], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ }\n+\n+ Vector<DistributionMapping> dmap(nlevs);\n+\n+ for (int lev = 0; lev < nlevs; lev++) {\n+ dmap[lev] = DistributionMapping{ba[lev]};\n+ }\n+\n+ // Add some particles\n+ constexpr int NStructReal = 4;\n+ constexpr int NStructInt = 1;\n+ constexpr int NArrayReal = 8;\n+ constexpr int NArrayInt = 3;\n+\n+ typedef ParticleContainer<NStructReal, NStructInt, NArrayReal, NArrayInt> MyPC;\n+ MyPC myPC(geom, dmap, ba, ref_ratio);\n+ myPC.SetVerbose(false);\n+\n+ int num_particles = nppc * AMREX_D_TERM(ncells, * ncells, * ncells);\n+ bool serialize = false;\n+ int iseed = 451;\n+ MyPC::ParticleInitData pdata = {{1.0, 2.0, 3.0, 4.0},\n+ {5},\n+ {6.0, 7.0, 8.0, 9.0, 10.0, 11.0, 12.0, 13.0},\n+ {14, 15, 16}};\n+\n+ myPC.InitRandom(num_particles, iseed, pdata, serialize);\n+ amrex::Print() << \"Generated \" << myPC.TotalNumberOfParticles() << \" particles. \\n\";\n+}\n+\n+void set_grids_nested (Vector<Box>& domains,\n+ Vector<BoxArray>& grids,\n+ Vector<IntVect>& ref_ratio)\n+{\n+ int ncells, max_grid_size, nlevs;\n+\n+ ParmParse pp;\n+ pp.get(\"ncells\", ncells);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", max_grid_size);\n+ pp.get(\"nlevs\", nlevs);\n+\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(nlevs < 2); // relax this later\n+\n+ IntVect domain_lo(AMREX_D_DECL(0, 0, 0));\n+ IntVect domain_hi(AMREX_D_DECL(ncells-1, ncells-1, ncells-1));\n+\n+ domains.resize(nlevs);\n+ domains[0].setSmall(domain_lo);\n+ domains[0].setBig(domain_hi);\n+\n+ ref_ratio.resize(nlevs-1);\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++)\n+ ref_ratio[lev-1] = IntVect(AMREX_D_DECL(2, 2, 2));\n+\n+ grids.resize(nlevs);\n+ grids[0].define(domains[0]);\n+\n+ // Now we make the refined level be the center eighth of the domain\n+ if (nlevs > 1) {\n+ int n_fine = ncells*ref_ratio[0][0];\n+ IntVect refined_lo(AMREX_D_DECL(n_fine/4,n_fine/4,n_fine/4));\n+ IntVect refined_hi(AMREX_D_DECL(3*n_fine/4-1,3*n_fine/4-1,3*n_fine/4-1));\n+\n+ // Build a box for the level 1 domain\n+ Box refined_patch(refined_lo, refined_hi);\n+ grids[1].define(refined_patch);\n+ }\n+\n+ // break the BoxArrays at both levels into max_grid_size^3 boxes\n+ for (int lev = 0; lev < nlevs; lev++) {\n+ grids[lev].maxSize(max_grid_size);\n+ }\n+\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++) {\n+ domains[lev] = amrex::refine(domains[lev-1], ref_ratio[lev-1]);\n+ }\n+}\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3332
|
multi_swe_bench
|
Implement Checkpoint, Restart, and Plotfile for pure SOA (AMReX-Codes/amrex#3332)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3332,
"issue_title": "Implement Checkpoint, Restart, and Plotfile for pure SOA",
"issue_body": "Follow-up to #2878.\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "07f87b0a9047a4306a056f60d71d6d49388a3497",
"resolved_issues": [
{
"number": 2878,
"title": "Support SoA-Only Particles",
"body": "## Summary\r\n\r\nFurther updates of #2853 where @atmyers and @ax3l can also push to.\r\n\r\n## Upgrade Guide for C++ API Changes\r\n\r\nThese PRs show changes to keep using the *old layout*:\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3848\r\n- example in HiPACE++: https://github.com/Hi-PACE/hipace/pull/921\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/342\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/119\r\n\r\nThese PRs show changes to *use the new layout* (pure SoA):\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3850\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/348\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/124\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3332",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\nindex abffbefc860..3e6a6113fc8 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n@@ -1346,7 +1346,8 @@ protected:\n * \\param lev_max\n * \\param local_grid\n */\n- bool EnforcePeriodicWhere (ParticleType& prt, ParticleLocData& pld,\n+ template <typename P>\n+ bool EnforcePeriodicWhere (P& prt, ParticleLocData& pld,\n int lev_min = 0, int lev_max = -1, int local_grid=-1) const;\n \n public:\n@@ -1378,7 +1379,8 @@ private:\n void RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n int lev_min = 0, int lev_max = 0, int nGrow = 0, int local=0);\n \n- void locateParticle (ParticleType& p, ParticleLocData& pld,\n+ template <typename P>\n+ void locateParticle (P& p, ParticleLocData& pld,\n int lev_min, int lev_max, int nGrow, int local_grid=-1) const;\n \n void Initialize ();\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\nindex 9a5007f86ec..034bc50cd6f 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n@@ -164,9 +164,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>\n \n template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n template<class> class Allocator>\n+template <typename P>\n bool\n ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>\n-::EnforcePeriodicWhere (ParticleType& p,\n+::EnforcePeriodicWhere (P& p,\n ParticleLocData& pld,\n int lev_min,\n int lev_max,\n@@ -312,8 +313,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>::resizeDa\n \n template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n template<class> class Allocator>\n+template <typename P>\n void\n-ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>::locateParticle (ParticleType& p, ParticleLocData& pld,\n+ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>::locateParticle (P& p, ParticleLocData& pld,\n int lev_min, int lev_max, int nGrow, int local_grid) const\n {\n bool success;\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\nindex a9849ca8a3c..cfc55dfd550 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n@@ -919,7 +919,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>\n int* iptr = istuff.dataPtr();\n RTYPE* rptr = rstuff.dataPtr();\n \n- ParticleType p;\n+ Particle<NStructReal, NStructInt> ptemp;\n ParticleLocData pld;\n \n Vector<std::map<std::pair<int, int>, Gpu::HostVector<ParticleType> > > host_particles;\n@@ -937,41 +937,43 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>\n host_int_attribs.resize(finest_level_in_file+1);\n \n for (int i = 0; i < cnt; i++) {\n- if (convert_ids) {\n+ // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n+ // for backwards compatibility with readers\n+ if (!ParticleType::is_soa_particle && convert_ids) {\n std::int32_t xi, yi;\n std::uint32_t xu, yu;\n xi = iptr[0];\n yi = iptr[1];\n std::memcpy(&xu, &xi, sizeof(xi));\n std::memcpy(&yu, &yi, sizeof(yi));\n- p.m_idcpu = ((std::uint64_t)xu) << 32 | yu;\n+ ptemp.m_idcpu = ((std::uint64_t)xu) << 32 | yu;\n } else {\n- p.id() = iptr[0];\n- p.cpu() = iptr[1];\n+ ptemp.id() = iptr[0];\n+ ptemp.cpu() = iptr[1];\n }\n iptr += 2;\n \n for (int j = 0; j < NStructInt; j++)\n {\n- p.idata(j) = *iptr;\n+ ptemp.idata(j) = *iptr;\n ++iptr;\n }\n \n- AMREX_ASSERT(p.id() > 0);\n+ AMREX_ASSERT(ptemp.id() > 0);\n \n- AMREX_D_TERM(p.pos(0) = ParticleReal(rptr[0]);,\n- p.pos(1) = ParticleReal(rptr[1]);,\n- p.pos(2) = ParticleReal(rptr[2]););\n+ AMREX_D_TERM(ptemp.pos(0) = ParticleReal(rptr[0]);,\n+ ptemp.pos(1) = ParticleReal(rptr[1]);,\n+ ptemp.pos(2) = ParticleReal(rptr[2]););\n \n rptr += AMREX_SPACEDIM;\n \n for (int j = 0; j < NStructReal; j++)\n {\n- p.rdata(j) = ParticleReal(*rptr);\n+ ptemp.rdata(j) = ParticleReal(*rptr);\n ++rptr;\n }\n \n- locateParticle(p, pld, 0, finestLevel(), 0);\n+ locateParticle(ptemp, pld, 0, finestLevel(), 0);\n \n std::pair<int, int> ind(grd, pld.m_tile);\n \n@@ -979,35 +981,69 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator>\n host_int_attribs[lev][ind].resize(NumIntComps());\n \n // add the struct\n- host_particles[lev][ind].push_back(p);\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ host_particles[lev][ind].push_back(ptemp);\n \n- // add the real...\n- for (int icomp = 0; icomp < NumRealComps(); icomp++) {\n- host_real_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*rptr);\n- ++rptr;\n- }\n+ // add the real...\n+ for (int icomp = 0; icomp < NumRealComps(); icomp++) {\n+ host_real_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*rptr);\n+ ++rptr;\n+ }\n \n- // ... and int array data\n- for (int icomp = 0; icomp < NumIntComps(); icomp++) {\n- host_int_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*iptr);\n- ++iptr;\n+ // ... and int array data\n+ for (int icomp = 0; icomp < NumIntComps(); icomp++) {\n+ host_int_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*iptr);\n+ ++iptr;\n+ }\n+ } else {\n+ host_particles[lev][ind];\n+\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) {\n+ host_real_attribs[pld.m_lev][ind][j].push_back(ptemp.pos(j));\n+ }\n+\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ptemp.id());\n+ host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(ptemp.cpu());\n+\n+ // read all other SoA\n+ // add the real...\n+ for (int icomp = AMREX_SPACEDIM; icomp < NumRealComps(); icomp++) {\n+ host_real_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*rptr);\n+ ++rptr;\n+ }\n+\n+ // ... and int array data\n+ for (int icomp = 2; icomp < NumIntComps(); icomp++) {\n+ host_int_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*iptr);\n+ ++iptr;\n+ }\n }\n }\n \n for (int host_lev = 0; host_lev < static_cast<int>(host_particles.size()); ++host_lev)\n- {\n+ {\n for (auto& kv : host_particles[host_lev]) {\n auto grid = kv.first.first;\n auto tile = kv.first.second;\n const auto& src_tile = kv.second;\n \n auto& dst_tile = DefineAndReturnParticleTile(host_lev, grid, tile);\n- auto old_size = dst_tile.GetArrayOfStructs().size();\n- auto new_size = old_size + src_tile.size();\n+ auto old_size = dst_tile.size();\n+ auto new_size = old_size;\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ new_size += src_tile.size();\n+ } else {\n+ new_size += host_real_attribs[host_lev][std::make_pair(grid,tile)][0].size();\n+ }\n dst_tile.resize(new_size);\n \n- Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n- dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n+ dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ }\n \n for (int i = 0; i < NumRealComps(); ++i) {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\nindex 9f1fe712c64..3b5ee15fdb0 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n@@ -226,6 +226,9 @@ struct ParticleTileData\n {\n AMREX_ASSERT(index < m_size);\n SuperParticleType sp;\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {sp.pos(i) = m_rdata[i][index];}\n+ sp.id() = m_idata[0][index];\n+ sp.cpu() = m_idata[1][index];\n for (int i = 0; i < NAR; ++i)\n sp.rdata(i) = m_rdata[i][index];\n for (int i = 0; i < NAI; ++i)\n@@ -595,6 +598,9 @@ struct ConstParticleTileData\n {\n AMREX_ASSERT(index < m_size);\n SuperParticleType sp;\n+ for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {sp.pos(i) = m_rdata[i][index];}\n+ sp.id() = m_idata[0][index];\n+ sp.cpu() = m_idata[1][index];\n for (int i = 0; i < NAR; ++i)\n sp.rdata(i) = m_rdata[i][index];\n for (int i = 0; i < NAI; ++i)\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\nindex 7767972998d..f182eb2b3e8 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n@@ -13,7 +13,7 @@ struct KeepValidFilter\n AMREX_GPU_HOST_DEVICE\n int operator() (const SrcData& src, int i) const noexcept\n {\n- return (src.m_aos[i].id() > 0);\n+ return (src.id(i) > 0);\n }\n };\n \n@@ -197,7 +197,7 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n for (int i = 0; i < tiles.size(); i++) {\n const auto& ptile = pc.ParticlesAt(lev, grid, tiles[i]);\n const auto& pflags = particle_io_flags[lev].at(std::make_pair(grid, tiles[i]));\n- int np_tile = ptile.GetArrayOfStructs().numParticles();\n+ int np_tile = ptile.numParticles();\n typename PC::IntVector offsets(np_tile);\n int num_copies = Scan::ExclusiveSum(np_tile, pflags.begin(), offsets.begin(), Scan::retSum);\n \n@@ -283,44 +283,70 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n const Long rChunkSize = AMREX_SPACEDIM + num_output_real;\n rdata.resize(np*rChunkSize);\n \n- int* iptr = idata.dataPtr();\n+ int* iptr = idata.dataPtr();\n ParticleReal* rptr = rdata.dataPtr();\n for (unsigned i = 0; i < tiles.size(); i++) {\n const auto& ptile = pc.ParticlesAt(lev, grid, tiles[i]);\n const auto& pflags = particle_io_flags[lev].at(std::make_pair(grid, tiles[i]));\n- for (int pindex = 0; pindex < ptile.GetArrayOfStructs().numParticles(); ++pindex) {\n- const auto& aos = ptile.GetArrayOfStructs();\n- const auto& p = aos[pindex];\n+ for (int pindex = 0; pindex < ptile.numParticles(); ++pindex) {\n if (pflags[pindex]) {\n- packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n- iptr += 2;\n-\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = p.pos(j);\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n+ const auto& soa = ptile.GetStructOfArrays();\n \n- for (int j = 0; j < PC::NStructInt; j++) {\n- if (write_int_comp[j]) {\n- *iptr = p.idata(j);\n- ++iptr;\n+ // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n+ // for backwards compatibility with readers\n+ if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ const auto& aos = ptile.GetArrayOfStructs();\n+ const auto& p = aos[pindex];\n+\n+ // Int: id, cpu\n+ packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n+ iptr += 2;\n+\n+ // Real: positions\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = p.pos(j);\n+ rptr += AMREX_SPACEDIM;\n+\n+ // extra AoS Int components\n+ for (int j = 0; j < PC::NStructInt; j++) {\n+ if (write_int_comp[j]) {\n+ *iptr = p.idata(j);\n+ ++iptr;\n+ }\n+ }\n+ // extra AoS Real components\n+ for (int j = 0; j < PC::NStructReal; j++) {\n+ if (write_real_comp[j]) {\n+ *rptr = p.rdata(j);\n+ ++rptr;\n+ }\n }\n }\n+ else {\n+ amrex::ignore_unused(is_checkpoint);\n+ // Int: id, cpu\n+ *iptr = soa.GetIntData(0)[pindex];\n+ iptr += 1;\n+ *iptr = soa.GetIntData(1)[pindex];\n+ iptr += 1;\n+\n+ // Real: position\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = soa.GetRealData(j)[pindex];\n+ rptr += AMREX_SPACEDIM;\n+ }\n \n- const auto& soa = ptile.GetStructOfArrays();\n- for (int j = 0; j < pc.NumIntComps(); j++) {\n+ // extra SoA int data\n+ const int int_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? 2 : 0; // pure SoA: skip id, cpu\n+ for (int j = int_start_offset; j < pc.NumIntComps(); j++) {\n if (write_int_comp[PC::NStructInt+j]) {\n *iptr = soa.GetIntData(j)[pindex];\n ++iptr;\n }\n }\n \n- for (int j = 0; j < PC::NStructReal; j++) {\n- if (write_real_comp[j]) {\n- *rptr = p.rdata(j);\n- ++rptr;\n- }\n- }\n-\n- for (int j = 0; j < pc.NumRealComps(); j++) {\n+ // extra SoA Real components\n+ const int real_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: skip positions\n+ for (int j = real_start_offset; j < pc.NumRealComps(); j++) {\n if (write_real_comp[PC::NStructReal+j]) {\n *rptr = (ParticleReal) soa.GetRealData(j)[pindex];\n ++rptr;\n@@ -647,8 +673,7 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n {\n int gid = pti.index();\n const auto& ptile = pc.ParticlesAt(lev, pti);\n- const auto& aos = ptile.GetArrayOfStructs();\n- const auto pstruct = aos().dataPtr();\n+ const auto& ptd = ptile.getConstParticleTileData();\n const int np = ptile.numParticles();\n \n ReduceOps<ReduceOpSum> reduce_op;\n@@ -658,7 +683,7 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n reduce_op.eval(np, reduce_data,\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i) -> ReduceTuple\n {\n- return (pstruct[i].id() > 0) ? 1 : 0;\n+ return (ptd.id(i) > 0) ? 1 : 0;\n });\n \n int np_valid = amrex::get<0>(reduce_data.value(reduce_op));\n@@ -938,30 +963,43 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n for (unsigned i = 0; i < tile_map[grid].size(); i++) {\n auto ptile_index = std::make_pair(grid, tile_map[grid][i]);\n const auto& pbox = (*myptiles)[lev][ptile_index];\n- for (int pindex = 0;\n- pindex < pbox.GetArrayOfStructs().numParticles(); ++pindex)\n+ const auto ptd = pbox.getConstParticleTileData();\n+ for (int pindex = 0; pindex < pbox.numParticles(); ++pindex)\n {\n- const auto& aos = pbox.GetArrayOfStructs();\n- const auto& p = aos[pindex];\n+ const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n \n+ const auto& p = make_particle<typename PC::ConstParticleType>{}(ptd, pindex);\n if (p.id() <= 0) continue;\n \n- // always write these\n- particle_detail::packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n- iptr += 2;\n-\n- // optionally write these\n- for (int j = 0; j < NStructInt; j++)\n+ // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n+ // for backwards compatibility with readers\n+ if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n {\n- if (write_int_comp[j])\n+ // Ints: id, cpu\n+ particle_detail::packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n+ iptr += 2;\n+\n+ // extra AoS Int components\n+ for (int j = 0; j < NStructInt; j++)\n {\n- *iptr = p.idata(j);\n- ++iptr;\n+ if (write_int_comp[j])\n+ {\n+ *iptr = p.idata(j);\n+ ++iptr;\n+ }\n }\n }\n+ else {\n+ // Ints: id, cpu\n+ *iptr = soa.GetIntData(0)[pindex];\n+ iptr += 1;\n+ *iptr = soa.GetIntData(1)[pindex];\n+ iptr += 1;\n+ }\n \n- const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n- for (int j = 0; j < nic; j++)\n+ // extra SoA Ints\n+ const int int_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? 2 : 0; // pure SoA: skip id, cpu\n+ for (int j = int_start_offset; j < nic; j++)\n {\n if (write_int_comp[NStructInt+j])\n {\n@@ -987,30 +1025,40 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n for (unsigned i = 0; i < tile_map[grid].size(); i++) {\n auto ptile_index = std::make_pair(grid, tile_map[grid][i]);\n const auto& pbox = (*myptiles)[lev][ptile_index];\n+ const auto ptd = pbox.getConstParticleTileData();\n for (int pindex = 0;\n- pindex < pbox.GetArrayOfStructs().numParticles(); ++pindex)\n+ pindex < pbox.numParticles(); ++pindex)\n {\n- const auto& aos = pbox.GetArrayOfStructs();\n- const auto& p = aos[pindex];\n+ const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n+ const auto& p = make_particle<typename PC::ConstParticleType>{}(ptd, pindex);\n \n if (p.id() <= 0) continue;\n \n- // always write these\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = p.pos(j);\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n-\n- // optionally write these\n- for (int j = 0; j < NStructReal; j++)\n+ if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n {\n- if (write_real_comp[j])\n+ // Real: position\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = p.pos(j);\n+ rptr += AMREX_SPACEDIM;\n+\n+ // extra AoS real\n+ for (int j = 0; j < NStructReal; j++)\n {\n- *rptr = p.rdata(j);\n- ++rptr;\n+ if (write_real_comp[j])\n+ {\n+ *rptr = p.rdata(j);\n+ ++rptr;\n+ }\n }\n }\n+ else {\n+ // Real: position\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) rptr[j] = soa.GetRealData(j)[pindex];\n+ rptr += AMREX_SPACEDIM;\n+ }\n \n- const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n- for (int j = 0; j < nrc; j++)\n+ // extra SoA real\n+ const int real_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: positions\n+ for (int j = real_start_offset; j < nrc; j++)\n {\n if (write_real_comp[NStructReal+j])\n {\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..087d3ad4998\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,14 @@\n+# This tests requires particle support\n+if (NOT AMReX_PARTICLES)\n+ return()\n+endif ()\n+\n+foreach(D IN LISTS AMReX_SPACEDIM)\n+ set(_sources main.cpp)\n+ set(_input_files inputs)\n+\n+ setup_test(${D} _sources _input_files)\n+\n+ unset(_sources)\n+ unset(_input_files)\n+endforeach()\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/GNUmakefile b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..b3510b88d2e\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,31 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+# DEBUG\t= TRUE\n+DEBUG\t= FALSE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gnu\n+\n+PRECISION = DOUBLE\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+MPI_THREAD_MULTIPLE = FALSE\n+\n+USE_OMP = FALSE\n+\n+TINY_PROFILE = TRUE\n+\n+USE_PARTICLES = TRUE\n+\n+###################################################\n+\n+EBASE = main\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Particle/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/Make.package b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..6b4b865e8fc\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/inputs b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/inputs\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..81855c5947d\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/inputs\n@@ -0,0 +1,26 @@\n+# Domain size\n+ncells = 64\n+\n+# Maximum allowable size of each subdomain in the problem domain;\n+# this is used to decompose the domain for parallel calculations.\n+max_grid_size = 8\n+\n+# Number of levels\n+nlevs = 1\n+\n+# Number of components in the multifabs\n+ncomp = 6\n+\n+# Number of particles per cell\n+nppc = 2\n+\n+# Number of plot files to write\n+nplotfile = 1\n+\n+# Number of plot files to write\n+nparticlefile = 1\n+\n+# Whether to check the correctness of Checkpoint / Restart\n+restart_check = 1\n+\n+directory=.\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..b6ccc365964\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp\n@@ -0,0 +1,245 @@\n+#include <AMReX.H>\n+#include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_PlotFileUtil.H>\n+#include <AMReX_Particles.H>\n+\n+#include <cstdio>\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+void set_grids_nested (Vector<Box>& domains,\n+ Vector<BoxArray>& grids,\n+ Vector<IntVect>& ref_ratio);\n+void test ();\n+\n+int main(int argc, char* argv[])\n+{\n+ amrex::Initialize(argc,argv);\n+ test();\n+ amrex::Finalize();\n+}\n+\n+void test ()\n+{\n+ const int nghost = 0;\n+ int ncells, max_grid_size, ncomp, nlevs, nppc;\n+ int restart_check = 0, nplotfile = 1, nparticlefile = 1;\n+ std::string directory;\n+\n+ ParmParse pp;\n+ pp.get(\"ncells\", ncells);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", max_grid_size);\n+ pp.get(\"ncomp\", ncomp);\n+ pp.get(\"nlevs\", nlevs);\n+ pp.get(\"nppc\", nppc);\n+ pp.query(\"nplotfile\", nplotfile);\n+ pp.query(\"nparticlefile\", nparticlefile);\n+ pp.query(\"restart_check\", restart_check);\n+ pp.query(\"directory\", directory);\n+\n+ if (!directory.empty() && directory.back() != '/') {\n+ // Include separator if one was not provided\n+ directory += \"/\";\n+ }\n+\n+ Vector<Box> domains;\n+ Vector<BoxArray> ba;\n+ Vector<IntVect> ref_ratio;\n+\n+ set_grids_nested(domains, ba, ref_ratio);\n+\n+ RealBox real_box;\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; n++) {\n+ real_box.setLo(n, 0.0);\n+ real_box.setHi(n, 1.0);\n+ }\n+\n+ // This sets the boundary conditions to be doubly or triply periodic\n+ int is_per[] = {AMREX_D_DECL(1,1,1)};\n+\n+ // This defines a Geometry object for each level\n+ Vector<Geometry> geom(nlevs);\n+ geom[0].define(domains[0], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++) {\n+ geom[lev].define(domains[lev], &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ }\n+\n+ Vector<DistributionMapping> dmap(nlevs);\n+\n+ // write some mesh data too, because tools like yt expect them to be there\n+ Vector<std::unique_ptr<MultiFab> > mf(nlevs);\n+ for (int lev = 0; lev < nlevs; lev++) {\n+ dmap[lev] = DistributionMapping{ba[lev]};\n+ mf[lev] = std::make_unique<MultiFab>(ba[lev], dmap[lev], ncomp, nghost);\n+ mf[lev]->setVal(lev);\n+ }\n+\n+ // these don't really matter, make something up\n+ const Real time = 0.0;\n+\n+ Vector<std::string> varnames;\n+ for (int i = 0; i < ncomp; ++i)\n+ {\n+ varnames.push_back(\"component_\" + std::to_string(i));\n+ }\n+\n+ Vector<int> level_steps(nlevs, 0);\n+\n+ char fname[512];\n+ for (int ts = 0; ts < nplotfile; ts++) {\n+ std::snprintf(fname, sizeof fname, \"%splt%05d\", directory.c_str(), ts);\n+\n+ amrex::Print() << \"Writing plot file [\" << fname << \"] ...\" << std::endl;\n+\n+ WriteMultiLevelPlotfile(fname, nlevs, amrex::GetVecOfConstPtrs(mf),\n+ varnames, geom, time, level_steps, ref_ratio);\n+\n+ amrex::Print() << \" done \\n\";\n+ }\n+\n+ // Add some particles\n+ constexpr int NReal = 12;\n+ constexpr int NInt = 4;\n+\n+ typedef ParticleContainerPureSoA<NReal, NInt> MyPC;\n+ MyPC myPC(geom, dmap, ba, ref_ratio);\n+ myPC.SetVerbose(false);\n+\n+ int num_particles = nppc * AMREX_D_TERM(ncells, * ncells, * ncells);\n+ bool serialize = false;\n+ int iseed = 451;\n+ MyPC::ParticleInitData pdata = {{}, {},\n+ {1.0, 2.0, 3.0, 4.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0, 10.0, 11.0, 12.0, 13.0},\n+ {5, 14, 15, 16}};\n+\n+ if (nparticlefile > 0) {\n+ amrex::Print() << \"Init particles ...\" << std::endl;\n+\n+ myPC.InitRandom(num_particles, iseed, pdata, serialize);\n+\n+ amrex::Print() << \" done \\n\";\n+\n+ Vector<std::string> particle_realnames;\n+ for (int i = 0; i < NReal; ++i)\n+ particle_realnames.push_back(\"particle_real_component_\" + std::to_string(i));\n+\n+ Vector<std::string> particle_intnames;\n+ for (int i = 0; i < NInt; ++i)\n+ particle_intnames.push_back(\"particle_int_component_\" + std::to_string(i));\n+\n+ for (int ts = 0; ts < nparticlefile; ts++) {\n+ std::snprintf(fname, sizeof fname, \"%splt%05d\", directory.c_str(), ts);\n+\n+ amrex::Print() << \"Writing particle file [\" << fname << \"] ...\" << std::endl;\n+\n+ myPC.Checkpoint(fname, \"particle0\", false, particle_realnames, particle_intnames);\n+\n+ amrex::Print() << \" done \\n\";\n+ }\n+ }\n+\n+ AsyncOut::Finish();\n+ ParallelDescriptor::Barrier();\n+\n+ char directory_path[512];\n+ if (restart_check && nparticlefile > 0)\n+ {\n+ MyPC newPC(geom, dmap, ba, ref_ratio);\n+ std::snprintf(directory_path, sizeof directory_path, \"%s%s\", directory.c_str(), \"plt00000\");\n+ newPC.Restart(directory_path, \"particle0\");\n+\n+ using PType = typename MyPC::SuperParticleType;\n+\n+ for (int icomp=0; icomp<NReal; ++icomp)\n+ {\n+ amrex::Print() << \"working on comp \" << icomp << \"\\n\";\n+ auto sm_new = amrex::ReduceSum(newPC,\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ {\n+ return p.rdata(icomp);\n+ });\n+\n+ auto sm_old = amrex::ReduceSum(myPC,\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ {\n+ return p.rdata(icomp);\n+ });\n+\n+ ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_new);\n+ ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_old);\n+\n+ amrex::Print() << sm_old << \" \" << sm_new << \"\\n\";\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(sm_old == sm_new);\n+ }\n+\n+ for (int icomp=0; icomp<NInt; ++icomp)\n+ {\n+ amrex::Print() << \"working on comp \" << icomp << \"\\n\";\n+ auto sm_new = amrex::ReduceSum(newPC,\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ {\n+ return p.idata(icomp);\n+ });\n+\n+ auto sm_old = amrex::ReduceSum(myPC,\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ {\n+ return p.idata(icomp);\n+ });\n+\n+ ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_new);\n+ ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_old);\n+\n+ amrex::Print() << sm_old << \" \" << sm_new << \"\\n\";\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(sm_old == sm_new);\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+void set_grids_nested (Vector<Box>& domains,\n+ Vector<BoxArray>& grids,\n+ Vector<IntVect>& ref_ratio)\n+{\n+ int ncells, max_grid_size, nlevs;\n+\n+ ParmParse pp;\n+ pp.get(\"ncells\", ncells);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", max_grid_size);\n+ pp.get(\"nlevs\", nlevs);\n+\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(nlevs < 2); // relax this later\n+\n+ IntVect domain_lo(AMREX_D_DECL(0, 0, 0));\n+ IntVect domain_hi(AMREX_D_DECL(ncells-1, ncells-1, ncells-1));\n+\n+ domains.resize(nlevs);\n+ domains[0].setSmall(domain_lo);\n+ domains[0].setBig(domain_hi);\n+\n+ ref_ratio.resize(nlevs-1);\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++)\n+ ref_ratio[lev-1] = IntVect(AMREX_D_DECL(2, 2, 2));\n+\n+ grids.resize(nlevs);\n+ grids[0].define(domains[0]);\n+\n+ // Now we make the refined level be the center eighth of the domain\n+ if (nlevs > 1) {\n+ int n_fine = ncells*ref_ratio[0][0];\n+ IntVect refined_lo(AMREX_D_DECL(n_fine/4,n_fine/4,n_fine/4));\n+ IntVect refined_hi(AMREX_D_DECL(3*n_fine/4-1,3*n_fine/4-1,3*n_fine/4-1));\n+\n+ // Build a box for the level 1 domain\n+ Box refined_patch(refined_lo, refined_hi);\n+ grids[1].define(refined_patch);\n+ }\n+\n+ // break the BoxArrays at both levels into max_grid_size^3 boxes\n+ for (int lev = 0; lev < nlevs; lev++) {\n+ grids[lev].maxSize(max_grid_size);\n+ }\n+\n+ for (int lev = 1; lev < nlevs; lev++) {\n+ domains[lev] = amrex::refine(domains[lev-1], ref_ratio[lev-1]);\n+ }\n+}\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..087d3ad4998\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,14 @@\n+# This tests requires particle support\n+if (NOT AMReX_PARTICLES)\n+ return()\n+endif ()\n+\n+foreach(D IN LISTS AMReX_SPACEDIM)\n+ set(_sources main.cpp)\n+ set(_input_files inputs)\n+\n+ setup_test(${D} _sources _input_files)\n+\n+ unset(_sources)\n+ unset(_input_files)\n+endforeach()\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/GNUmakefile b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/GNUmakefile\nnew file mode 120000\nindex 00000000000..402f7774f22\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+../CheckpointRestartSOA/GNUmakefile\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/Make.package b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/Make.package\nnew file mode 120000\nindex 00000000000..6fb6dc981b7\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+../CheckpointRestartSOA/Make.package\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/inputs b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/inputs\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..8efbea33ad4\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/inputs\n@@ -0,0 +1,28 @@\n+# Domain size\n+ncells = 64\n+\n+# Maximum allowable size of each subdomain in the problem domain;\n+# this is used to decompose the domain for parallel calculations.\n+max_grid_size = 8\n+\n+# Number of levels\n+nlevs = 1\n+\n+# Number of components in the multifabs\n+ncomp = 6\n+\n+# Number of particles per cell\n+nppc = 2\n+\n+# Number of plot files to write\n+nplotfile = 1\n+\n+# Number of plot files to write\n+nparticlefile = 1\n+\n+# Whether to check the correctness of Checkpoint / Restart\n+restart_check = 1\n+\n+directory=.\n+\n+amrex.async_out=1\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/main.cpp b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/main.cpp\nnew file mode 120000\nindex 00000000000..36e9ca62484\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA_AsyncIO/main.cpp\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+../CheckpointRestartSOA/main.cpp\n\\ No newline at end of file\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3350
|
multi_swe_bench
|
Ascent: SoA Particle Support (AMReX-Codes/amrex#3350)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3350,
"issue_title": "Ascent: SoA Particle Support",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nAdd support for pure SoA layouted particle containers for Ascent.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nFollow-up to #2878.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "c51e0a3071f3f1d2a11b6c339bff58d4ba5e30e8",
"resolved_issues": [
{
"number": 2878,
"title": "Support SoA-Only Particles",
"body": "## Summary\r\n\r\nFurther updates of #2853 where @atmyers and @ax3l can also push to.\r\n\r\n## Upgrade Guide for C++ API Changes\r\n\r\nThese PRs show changes to keep using the *old layout*:\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3848\r\n- example in HiPACE++: https://github.com/Hi-PACE/hipace/pull/921\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/342\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/119\r\n\r\nThese PRs show changes to *use the new layout* (pure SoA):\r\n- example in WarpX: https://github.com/ECP-WarpX/WarpX/pull/3850\r\n- example in ImpactX: https://github.com/ECP-WarpX/impactx/pull/348\r\n- example in pyAMReX: https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/124\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3350",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint.H b/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint.H\nindex 6d23bcf07ed..9ac8eb31fd0 100644\n--- a/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint.H\n+++ b/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint.H\n@@ -96,9 +96,8 @@ namespace amrex\n // coordset and fields used to represent the passed particle container.\n // This allows you to use unique names to wrap multiple particle containers\n // into a single blueprint tree.\n- template <int NStructReal, int NStructInt, int NArrayReal, int NArrayInt>\n- void ParticleContainerToBlueprint (const ParticleContainer<NStructReal,\n- NStructInt,\n+ template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt>\n+ void ParticleContainerToBlueprint (const ParticleContainer_impl<ParticleType,\n NArrayReal,\n NArrayInt> &pc,\n const Vector<std::string> &real_comp_names,\ndiff --git a/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint_ParticlesI.H b/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint_ParticlesI.H\nindex f2d7d1ed2da..e4186ba247b 100644\n--- a/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint_ParticlesI.H\n+++ b/Src/Extern/Conduit/AMReX_Conduit_Blueprint_ParticlesI.H\n@@ -20,10 +20,9 @@ namespace amrex\n // Note:\n // This is a helper function, it's not part of the AMReX Blueprint Interface.\n //---------------------------------------------------------------------------//\n-template <int NStructReal, int NStructInt, int NArrayReal, int NArrayInt>\n+template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt>\n void\n-ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n- NStructInt>,\n+ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<ParticleType,\n NArrayReal,\n NArrayInt> &ptile,\n const Vector<std::string> &real_comp_names,\n@@ -31,15 +30,11 @@ ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n conduit::Node &res,\n const std::string &topology_name)\n {\n- int num_particles = ptile.GetArrayOfStructs().size();\n- int struct_size = sizeof(Particle<NStructReal, NStructInt>);\n+ int num_particles = ptile.size();\n \n // knowing the above, we can zero copy the x,y,z positions + id, cpu\n // and any user fields in the AOS\n \n- // get the first particle's struct\n- const auto &pstruct = ptile.GetArrayOfStructs();\n-\n // setup a blueprint description for the particle mesh\n // create a coordinate set\n std::string coordset_name = topology_name + \"_coords\";\n@@ -63,29 +58,56 @@ ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n //----------------------------------//\n // point locations from from aos\n //----------------------------------//\n+ char* pbuf = nullptr;\n \n- const char* pbuf_const = reinterpret_cast<const char*>(pstruct.data());\n- char* pbuf = const_cast<char*>(pbuf_const);\n+ if constexpr(ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ amrex::ignore_unused(pbuf);\n \n- ParticleReal* xp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n- n_coords[\"values/x\"].set_external(xp,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ const auto &soa = ptile.GetStructOfArrays();\n+\n+ // for soa entries, we can use standard strides,\n+ // since these are contiguous arrays\n+\n+ n_coords[\"values/x\"].set_external(const_cast<ParticleReal*>(&soa.GetRealData(0)[0]),\n+ num_particles);\n #if AMREX_SPACEDIM > 1\n- ParticleReal* yp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n- n_coords[\"values/y\"].set_external(yp,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ n_coords[\"values/y\"].set_external(const_cast<ParticleReal*>(&soa.GetRealData(1)[0]),\n+ num_particles);\n #endif\n #if AMREX_SPACEDIM > 2\n- ParticleReal* zp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n- n_coords[\"values/z\"].set_external(zp,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ n_coords[\"values/z\"].set_external(const_cast<ParticleReal*>(&soa.GetRealData(2)[0]),\n+ num_particles);\n+#endif\n+ } else\n+ {\n+ // get the first particle's struct\n+ const auto &pstruct = ptile.GetArrayOfStructs();\n+ const int struct_size = sizeof(ParticleType);\n+\n+ const char* pbuf_const = reinterpret_cast<const char*>(pstruct.data());\n+ pbuf = const_cast<char*>(pbuf_const);\n+\n+ ParticleReal* xp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n+ n_coords[\"values/x\"].set_external(xp,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+#if AMREX_SPACEDIM > 1\n+ ParticleReal* yp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n+ n_coords[\"values/y\"].set_external(yp,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM > 2\n+ ParticleReal* zp = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n+ n_coords[\"values/z\"].set_external(zp,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n #endif\n+ }\n \n // fields\n conduit::Node &n_fields = res[\"fields\"];\n@@ -95,20 +117,26 @@ ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n // -----------------------------\n \n int vname_real_idx = 0;\n- // struct real fields, the first set are always the particle positions\n- // which we wrap above\n- for (int i = 0; i < NStructReal; i++)\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n {\n- ParticleReal* val = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n- conduit::Node &n_f = n_fields[real_comp_names.at(vname_real_idx)];\n- n_f[\"topology\"] = topology_name;\n- n_f[\"association\"] = \"element\";\n- n_f[\"values\"].set_external(val,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ constexpr int struct_size = sizeof(ParticleType);\n+ constexpr int NStructReal = ParticleType::NReal;\n \n- vname_real_idx++;\n+ // struct real fields, the first set are always the particle positions\n+ // which we wrap above\n+ for (int i = 0; i < NStructReal; i++)\n+ {\n+ ParticleReal* val = reinterpret_cast<ParticleReal*>(pbuf); pbuf += sizeof(ParticleReal);\n+ conduit::Node &n_f = n_fields[real_comp_names.at(vname_real_idx)];\n+ n_f[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f[\"values\"].set_external(val,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+\n+ vname_real_idx++;\n+ }\n }\n \n //----------------------------------//\n@@ -116,44 +144,77 @@ ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n // (id, cpu)\n //----------------------------------//\n \n- // id is the first int entry\n- int* id = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n- conduit::Node &n_f_id = n_fields[topology_name + \"_id\"];\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n+ {\n+ const int struct_size = sizeof(ParticleType);\n+\n+ // id is the first int entry\n+ int* id = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n+ conduit::Node &n_f_id = n_fields[topology_name + \"_id\"];\n+\n+ n_f_id[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f_id[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f_id[\"values\"].set_external(id,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+\n+ // cpu is the second int entry\n+ int* cpu = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n+ conduit::Node &n_f_cpu = n_fields[topology_name + \"_cpu\"];\n+\n+ n_f_cpu[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f_cpu[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f_cpu[\"values\"].set_external(cpu,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+ } else {\n+ const auto &soa = ptile.GetStructOfArrays();\n+\n+ // for soa entries, we can use standard strides,\n+ // since these are contiguous arrays\n \n- n_f_id[\"topology\"] = topology_name;\n- n_f_id[\"association\"] = \"element\";\n- n_f_id[\"values\"].set_external(id,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ // id is the first int entry\n+ conduit::Node &n_f_id = n_fields[topology_name + \"_id\"];\n \n- // cpu is the second int entry\n- int* cpu = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n- conduit::Node &n_f_cpu = n_fields[topology_name + \"_cpu\"];\n+ n_f_id[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f_id[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f_id[\"values\"].set_external(const_cast<int*>(&soa.GetIntData(0)[0]),\n+ num_particles);\n \n- n_f_cpu[\"topology\"] = topology_name;\n- n_f_cpu[\"association\"] = \"element\";\n- n_f_cpu[\"values\"].set_external(cpu,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n+ // cpu is the second int entry\n+ conduit::Node &n_f_cpu = n_fields[topology_name + \"_cpu\"];\n+\n+ n_f_cpu[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f_cpu[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f_cpu[\"values\"].set_external(const_cast<int*>(&soa.GetIntData(0)[0]),\n+ num_particles);\n+\n+ }\n \n // --------------------------------\n // user defined, integer aos fields\n // --------------------------------\n \n int vname_int_idx = 0;\n- for (int i = 0; i < NStructInt; i++)\n+ if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle)\n {\n- int* val = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n- conduit::Node &n_f = n_fields[int_comp_names.at(vname_int_idx)];\n- n_f[\"topology\"] = topology_name;\n- n_f[\"association\"] = \"element\";\n- n_f[\"values\"].set_external(val,\n- num_particles,\n- 0,\n- struct_size);\n- vname_int_idx++;\n+ constexpr int struct_size = sizeof(ParticleType);\n+ constexpr int NStructInt = ParticleType::NInt;\n+\n+ for (int i = 0; i < NStructInt; i++)\n+ {\n+ int* val = reinterpret_cast<int*>(pbuf); pbuf += sizeof(int);\n+ conduit::Node &n_f = n_fields[int_comp_names.at(vname_int_idx)];\n+ n_f[\"topology\"] = topology_name;\n+ n_f[\"association\"] = \"element\";\n+ n_f[\"values\"].set_external(val,\n+ num_particles,\n+ 0,\n+ struct_size);\n+ vname_int_idx++;\n+ }\n }\n \n // -------------------------\n@@ -193,10 +254,9 @@ ParticleTileToBlueprint(const ParticleTile<amrex::Particle<NStructReal,\n //---------------------------------------------------------------------------//\n // Converts a AMReX Particle Container into a Conduit Mesh Blueprint Hierarchy.\n //---------------------------------------------------------------------------//\n-template <int NStructReal, int NStructInt, int NArrayReal, int NArrayInt>\n+template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt>\n void\n-ParticleContainerToBlueprint(const ParticleContainer<NStructReal,\n- NStructInt,\n+ParticleContainerToBlueprint(const ParticleContainer_impl<ParticleType,\n NArrayReal,\n NArrayInt> &pc,\n const Vector<std::string> &real_comp_names,\n@@ -209,8 +269,13 @@ ParticleContainerToBlueprint(const ParticleContainer<NStructReal,\n // validate varnames, which are used to provide field names\n // for user defined aos and soa values.\n \n- BL_ASSERT(real_comp_names.size() == (NStructReal + NArrayReal) );\n- BL_ASSERT(int_comp_names.size() == (NStructInt + NArrayInt) );\n+ if constexpr(ParticleType::is_soa_particle) {\n+ BL_ASSERT(real_comp_names.size() == NArrayReal);\n+ BL_ASSERT(int_comp_names.size() == NArrayInt);\n+ } else {\n+ BL_ASSERT(real_comp_names.size() == (ParticleType::NReal + NArrayReal) );\n+ BL_ASSERT(int_comp_names.size() == (ParticleType::NInt + NArrayInt) );\n+ }\n \n int num_levels = pc.maxLevel() + 1;\n int num_domains = 0;\n@@ -224,7 +289,7 @@ ParticleContainerToBlueprint(const ParticleContainer<NStructReal,\n int rank = ParallelDescriptor::MyProc();\n int nprocs = ParallelDescriptor::NProcs();\n \n- using MyParConstIter = ParConstIter<NStructReal, NStructInt, NArrayReal, NArrayInt>;\n+ using MyParConstIter = ParConstIter_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt>;\n \n //\n // blueprint expects unique ids for each domain published\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..82216a02af8\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,13 @@\n+if ( NOT AMReX_ASCENT )\n+ return ()\n+endif ()\n+\n+foreach(D IN LISTS AMReX_SPACEDIM)\n+ set(_sources main.cpp)\n+ set(_input_files inputs.rt )\n+\n+ setup_test(${D} _sources _input_files NTASKS 2)\n+\n+ unset(_sources)\n+ unset(_input_files)\n+endforeach()\ndiff --git a/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/GNUmakefile b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..660e4a13f22\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,24 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+DEBUG\t= FALSE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gcc\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+USE_OMP = FALSE\n+USE_CUDA = FALSE\n+\n+TINY_PROFILE = TRUE\n+USE_PARTICLES = TRUE\n+USE_ASCENT = TRUE\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Particle/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Extern/Conduit/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/inputs.rt b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/inputs.rt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..e34fda14923\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/inputs.rt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+ascent.size = (32, 64, 64)\n+ascent.max_grid_size = 32\n+ascent.is_periodic = 1\n+ascent.num_ppc = 1\n+ascent.nlevs = 1\n+\n+ascent.num_runtime_real = 0\n+ascent.num_runtime_int = 0\n+\n+particles.do_tiling = 1\ndiff --git a/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/main.cpp b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..46e2af98422\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/Ascent_Insitu_SOA/main.cpp\n@@ -0,0 +1,306 @@\n+#include <AMReX.H>\n+#include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_Particles.H>\n+\n+#if !defined(AMREX_PARTICLES) || !defined(AMREX_USE_CONDUIT)\n+#error Incompatible AMReX library configuration! This tutorial requires AMREX_PARTICLES and AMREX_USE_CONDUIT\n+#endif\n+\n+#include <AMReX_Conduit_Blueprint.H>\n+\n+#include <ascent.hpp>\n+\n+#include <string>\n+\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+static constexpr int NR = 7;\n+static constexpr int NI = 4;\n+\n+int num_runtime_real = 0;\n+int num_runtime_int = 0;\n+\n+bool remove_negative = true;\n+\n+void get_position_unit_cell (Real* r, const IntVect& nppc, int i_part)\n+{\n+ int nx = nppc[0];\n+#if AMREX_SPACEDIM > 1\n+ int ny = nppc[1];\n+#else\n+ int ny = 1;\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM > 2\n+ int nz = nppc[2];\n+#else\n+ int nz = 1;\n+#endif\n+\n+ int ix_part = i_part/(ny * nz);\n+ int iy_part = (i_part % (ny * nz)) % ny;\n+ int iz_part = (i_part % (ny * nz)) / ny;\n+\n+ r[0] = (0.5+ix_part)/nx;\n+ r[1] = (0.5+iy_part)/ny;\n+ r[2] = (0.5+iz_part)/nz;\n+}\n+\n+class TestParticleContainer\n+ : public amrex::ParticleContainerPureSoA<NR, NI>\n+{\n+\n+public:\n+\n+ TestParticleContainer (const Vector<amrex::Geometry> & a_geom,\n+ const Vector<amrex::DistributionMapping> & a_dmap,\n+ const Vector<amrex::BoxArray> & a_ba,\n+ const Vector<amrex::IntVect> & a_rr)\n+ : amrex::ParticleContainerPureSoA<NR, NI>(a_geom, a_dmap, a_ba, a_rr)\n+ {\n+ for (int i = 0; i < num_runtime_real; ++i)\n+ {\n+ AddRealComp(true);\n+ }\n+ for (int i = 0; i < num_runtime_int; ++i)\n+ {\n+ AddIntComp(true);\n+ }\n+ }\n+\n+ void InitParticles (const amrex::IntVect& a_num_particles_per_cell)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"InitParticles\");\n+\n+ const int lev = 0; // only add particles on level 0\n+ const Real* dx = Geom(lev).CellSize();\n+ const Real* plo = Geom(lev).ProbLo();\n+\n+ const int num_ppc = AMREX_D_TERM( a_num_particles_per_cell[0],\n+ *a_num_particles_per_cell[1],\n+ *a_num_particles_per_cell[2]);\n+\n+ for(MFIter mfi = MakeMFIter(lev); mfi.isValid(); ++mfi)\n+ {\n+ const Box& tile_box = mfi.tilebox();\n+\n+ std::array<Gpu::HostVector<ParticleReal>, NR> host_real;\n+ std::array<Gpu::HostVector<int>, NI> host_int;\n+\n+ std::vector<Gpu::HostVector<ParticleReal> > host_runtime_real(NumRuntimeRealComps());\n+ std::vector<Gpu::HostVector<int> > host_runtime_int(NumRuntimeIntComps());\n+\n+ for (IntVect iv = tile_box.smallEnd(); iv <= tile_box.bigEnd(); tile_box.next(iv))\n+ {\n+ for (int i_part=0; i_part<num_ppc;i_part++) {\n+ Real r[3];\n+ get_position_unit_cell(r, a_num_particles_per_cell, i_part);\n+\n+ amrex::Long id = ParticleType::NextID();\n+\n+ host_int[0].push_back(static_cast<int>(id));\n+ host_int[1].push_back(ParallelDescriptor::MyProc());\n+ host_real[0].push_back(static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]));\n+#if AMREX_SPACEDIM > 1\n+ host_real[1].push_back(static_cast<ParticleReal> (plo[1] + (iv[1] + r[1])*dx[1]));\n+#endif\n+#if AMREX_SPACEDIM > 2\n+ host_real[2].push_back(static_cast<ParticleReal> (plo[2] + (iv[2] + r[2])*dx[2]));\n+#endif\n+\n+ for (int i = AMREX_SPACEDIM; i < NR; ++i)\n+ host_real[i].push_back(static_cast<ParticleReal>(id));\n+ for (int i = 2; i < NI; ++i)\n+ host_int[i].push_back(static_cast<int>(id));\n+ for (int i = 0; i < NumRuntimeRealComps(); ++i)\n+ host_runtime_real[i].push_back(static_cast<ParticleReal>(id));\n+ for (int i = 0; i < NumRuntimeIntComps(); ++i)\n+ host_runtime_int[i].push_back(static_cast<int>(id));\n+ }\n+ }\n+\n+ auto& particle_tile = DefineAndReturnParticleTile(lev, mfi.index(), mfi.LocalTileIndex());\n+ auto old_size = particle_tile.size();\n+ auto new_size = old_size + host_real[0].size();\n+ particle_tile.resize(new_size);\n+\n+ auto& soa = particle_tile.GetStructOfArrays();\n+ for (int i = 0; i < NR; ++i)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_real[i].begin(),\n+ host_real[i].end(),\n+ soa.GetRealData(i).begin() + old_size);\n+ }\n+\n+ for (int i = 0; i < NI; ++i)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_int[i].begin(),\n+ host_int[i].end(),\n+ soa.GetIntData(i).begin() + old_size);\n+ }\n+ for (int i = 0; i < NumRuntimeRealComps(); ++i)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_runtime_real[i].begin(),\n+ host_runtime_real[i].end(),\n+ soa.GetRealData(NR+i).begin() + old_size);\n+ }\n+\n+ for (int i = 0; i < NumRuntimeIntComps(); ++i)\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_runtime_int[i].begin(),\n+ host_runtime_int[i].end(),\n+ soa.GetIntData(NI+i).begin() + old_size);\n+ }\n+\n+ Gpu::streamSynchronize();\n+ }\n+\n+ Redistribute();\n+ }\n+};\n+\n+struct TestParams\n+{\n+ IntVect size;\n+ int max_grid_size;\n+ int num_ppc;\n+ int is_periodic;\n+ int nlevs;\n+};\n+\n+void testAscent ();\n+\n+int main (int argc, char* argv[])\n+{\n+ amrex::Initialize(argc,argv);\n+\n+ amrex::Print() << \"Running redistribute test \\n\";\n+ testAscent();\n+\n+ amrex::Finalize();\n+}\n+\n+void get_test_params (TestParams& params, const std::string& prefix)\n+{\n+ ParmParse pp(prefix);\n+ pp.get(\"size\", params.size);\n+ pp.get(\"max_grid_size\", params.max_grid_size);\n+ pp.get(\"num_ppc\", params.num_ppc);\n+ pp.get(\"is_periodic\", params.is_periodic);\n+ pp.get(\"nlevs\", params.nlevs);\n+ pp.query(\"num_runtime_real\", num_runtime_real);\n+ pp.query(\"num_runtime_int\", num_runtime_int);\n+}\n+\n+void testAscent ()\n+{\n+ BL_PROFILE(\"testAscent\");\n+ TestParams params;\n+ get_test_params(params, \"ascent\");\n+\n+ int is_per[BL_SPACEDIM];\n+ for (int & d : is_per)\n+ d = params.is_periodic;\n+\n+ Vector<IntVect> rr(params.nlevs-1);\n+ for (int lev = 1; lev < params.nlevs; lev++)\n+ rr[lev-1] = IntVect(AMREX_D_DECL(2,2,2));\n+\n+ RealBox real_box;\n+ for (int n = 0; n < BL_SPACEDIM; n++)\n+ {\n+ real_box.setLo(n, 0.0);\n+ real_box.setHi(n, params.size[n]);\n+ }\n+\n+ IntVect domain_lo(AMREX_D_DECL(0, 0, 0));\n+ IntVect domain_hi(AMREX_D_DECL(params.size[0]-1,params.size[1]-1,params.size[2]-1));\n+ const Box base_domain(domain_lo, domain_hi);\n+\n+ Vector<Geometry> geom(params.nlevs);\n+ geom[0].define(base_domain, &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ for (int lev = 1; lev < params.nlevs; lev++) {\n+ geom[lev].define(amrex::refine(geom[lev-1].Domain(), rr[lev-1]),\n+ &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ }\n+\n+ Vector<BoxArray> ba(params.nlevs);\n+ Vector<DistributionMapping> dm(params.nlevs);\n+ auto lo = IntVect(AMREX_D_DECL(0, 0, 0));\n+ IntVect size = params.size;\n+ for (int lev = 0; lev < params.nlevs; ++lev)\n+ {\n+ ba[lev].define(Box(lo, lo+params.size-1));\n+ ba[lev].maxSize(params.max_grid_size);\n+ dm[lev].define(ba[lev]);\n+ lo += size/2;\n+ size *= 2;\n+ }\n+\n+ TestParticleContainer pc(geom, dm, ba, rr);\n+\n+ int npc = params.num_ppc;\n+ auto nppc = IntVect(AMREX_D_DECL(npc, npc, npc));\n+\n+ amrex::Print() << \"About to initialize particles \\n\";\n+\n+ pc.InitParticles(nppc);\n+\n+ {\n+ conduit::Node bp_mesh;\n+ /* TODO\n+ amrex::MultiLevelToBlueprint(\n+ nlev,\n+ amrex::GetVecOfConstPtrs(mf),\n+ varnames,\n+ geom,\n+ time,\n+ iteration,\n+ warpx.refRatio(),\n+ bp_mesh\n+ );\n+ */\n+\n+ // wrap pc for current species into a blueprint topology\n+ std::string const prefix = \"particle\";\n+ Vector<std::string> particle_varnames;\n+ for (int i = 0; i < pc.NumRealComps(); ++i) {\n+ particle_varnames.push_back(prefix + \"_real_\" + std::to_string(i));\n+ }\n+ Vector<std::string> particle_int_varnames;\n+ for (int i = 0; i < pc.NumIntComps(); ++i) {\n+ particle_int_varnames.push_back(prefix + \"_int_\" + std::to_string(i));\n+ }\n+\n+ amrex::ParticleContainerToBlueprint(pc,\n+ particle_varnames,\n+ particle_int_varnames,\n+ bp_mesh,\n+ prefix);\n+ // publish\n+ ascent::Ascent ascent;\n+ conduit::Node opts;\n+ opts[\"exceptions\"] = \"catch\";\n+ opts[\"mpi_comm\"] = MPI_Comm_c2f(ParallelDescriptor::Communicator());\n+ ascent.open(opts);\n+ ascent.publish(bp_mesh);\n+\n+ // If you want to save blueprint HDF5 files w/o using an Ascent\n+ // extract, you can call the following AMReX helper:\n+ // const auto step = istep[0];\n+ // amrex::WriteBlueprintFiles(bp_mesh, \"bp_export\", step, \"hdf5\");\n+\n+ // render\n+ conduit::Node actions;\n+ ascent.execute(actions);\n+ ascent.close();\n+ }\n+\n+ // the way this test is set up, if we make it here we pass\n+ amrex::Print() << \"pass \\n\";\n+}\n+\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3581
|
multi_swe_bench
|
BCType::ext_dir_cc (AMReX-Codes/amrex#3581)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3581,
"issue_title": "BCType::ext_dir_cc",
"issue_body": "Add a new BC type `BCType::ext_dir_cc` to address the issue in #3580. For cell conservation interpolation, the boundary location for `BCType::ext_dir` is on the domain face. Applications assuming boundary location at cell centers can now use `BCType::ext_dir_cc`.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "fd2dfa282a30c497b692398cc0db9b18e6c4de85",
"resolved_issues": [
{
"number": 3580,
"title": "Location of ext_dir",
"body": "I just looked more carefully into this. When we need to fill a fine cell from spatial interpolation and it is near the physical boundary, we may need to use the physical boundary conditions stored in coarse level ghost cells to compute slopes. The BC type bug does not affect how ghost cells outside physical boundary are filled, because it calls a user provided function that does not use the BC type we set. For Flash-X, this function is `gr_fillPhysicalBC`. What the BC type bug affects is how slopes are computed. See https://github.com/AMReX-Codes/amrex/blob/87556458d867cb9cb2f148b4bcfc920c67bc918a/Src/AmrCore/AMReX_MFInterp_C.H#L13 for an example. You may wonder whether we treat `ext_dir` and `hoextrap` differently. This is because historically BoxLib codes assumed that the boundary location of `ext_dir` and `hoextrap` is exactly on the face, not half cell outside. So this is actually a known defect for codes that assume the location is at half cell outside. Maybe we should introduce a new type called `ext_dir_cc`. So I assume some Flash-X tests have `ext_dir` BC. If so, in the interpolation function, it was treated as being at cell centered before that bug fix and now as being on the domain face.\r\n\r\n_Originally posted by @WeiqunZhang in https://github.com/AMReX-Codes/amrex/discussions/3578#discussioncomment-7190999_"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3581",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Docs/sphinx_documentation/source/Basics.rst b/Docs/sphinx_documentation/source/Basics.rst\nindex fd2d12ee0b8..1227b5f7b71 100644\n--- a/Docs/sphinx_documentation/source/Basics.rst\n+++ b/Docs/sphinx_documentation/source/Basics.rst\n@@ -2537,12 +2537,27 @@ The basic idea behind physical boundary conditions is as follows:\n \n ext_dir\n \"External Dirichlet\". It is the user's responsibility to write a routine\n- to fill ghost cells (more details below).\n+ to fill ghost cells (more details below). The boundary location\n+ is on the domain face even when the data inside the domain are\n+ cell-centered.\n+\n+ ext_dir_cc\n+ \"External Dirichlet\". It is the user's responsibility to write a routine\n+ to fill ghost cells (more details below). The boundary location\n+ is at the cell center of ghost cells outside the domain.\n \n foextrap\n \"First Order Extrapolation\"\n First order extrapolation from last cell in interior.\n \n+ hoextrap\n+ \"High Order Extrapolation\". The boundary location is on the domain\n+ face even when the data inside the domain are cell-centered.\n+\n+ hoextrapcc\n+ \"High Order Extrapolation\" The boundary location is at the cell\n+ center of ghost cells outside the domain.\n+\n reflect_even\n Reflection from interior cells with sign\n unchanged, :math:`q(-i) = q(i)`.\ndiff --git a/Src/Amr/AMReX_StateDescriptor.cpp b/Src/Amr/AMReX_StateDescriptor.cpp\nindex 161090d1a7f..4f1e3c3fe1b 100644\n--- a/Src/Amr/AMReX_StateDescriptor.cpp\n+++ b/Src/Amr/AMReX_StateDescriptor.cpp\n@@ -19,7 +19,7 @@ StateDescriptor::bf_thread_safety (const int* /*lo*/,const int* /*hi*/,\n if (!bf_ext_dir_threadsafe) {\n bool has_ext_dir = false;\n for (int i=0; i<2*AMREX_SPACEDIM*ng && !has_ext_dir; ++i) {\n- has_ext_dir = bc[i]==BCType::ext_dir;\n+ has_ext_dir = ((bc[i]==BCType::ext_dir) || (bc[i]==BCType::ext_dir_cc));\n }\n if (has_ext_dir) { thread_safe = false; }\n }\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_BCUtil.H b/Src/Base/AMReX_BCUtil.H\nindex dd4e814610c..3ebc53a0576 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_BCUtil.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_BCUtil.H\n@@ -9,11 +9,12 @@\n namespace amrex\n {\n // This is for filling cell-centered data outside physical domain\n- // (excluding periodic boundaries). It only fills\n- // BCType::foextrap, BCType::hoextrap, BCType::reflect_even, and\n- // BCType::reflect::odd. It does not fill BCType::ext_dir (i.e.,\n- // external Dirichlet). If you have BCType::ext_dir, you can\n- // copy, paste and rename this function, and then modify it.\n+ // (excluding periodic boundaries). It only fills BCType::foextrap,\n+ // BCType::hoextrap, BCType::hoextrapcc, BCType::reflect_even, and\n+ // BCType::reflect::odd. It does not fill BCType::ext_dir and\n+ // BCType::ext_dir_cc (i.e., external Dirichlet). If you have\n+ // BCType::ext_dir or BCType::ext_dir_cc, you can copy, paste and rename\n+ // this function, and then modify it.\n void FillDomainBoundary (MultiFab& phi, const Geometry& geom, const Vector<BCRec>& bc);\n }\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_BCUtil.cpp b/Src/Base/AMReX_BCUtil.cpp\nindex c0a645ba05c..dc5b4f4f10c 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_BCUtil.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX_BCUtil.cpp\n@@ -15,7 +15,7 @@ void dummy_cpu_fill_extdir (Box const& /*bx*/, Array4<Real> const& /*dest*/,\n const BCRec* /*bcr*/, const int /*bcomp*/,\n const int /*orig_comp*/)\n {\n- // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir) if there are\n+ // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir or BCType::ext_dir_cc) if there are\n }\n \n struct dummy_gpu_fill_extdir\n@@ -27,7 +27,7 @@ struct dummy_gpu_fill_extdir\n const BCRec* /*bcr*/, const int /*bcomp*/,\n const int /*orig_comp*/) const\n {\n- // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir) if there are\n+ // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir or BCType::ext_dir_cc) if there are\n }\n };\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_BC_TYPES.H b/Src/Base/AMReX_BC_TYPES.H\nindex 872ac1eff5d..00fadd5e6d0 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_BC_TYPES.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_BC_TYPES.H\n@@ -44,10 +44,8 @@ SYMMETRY | Un REFLECT_ODD | REFLECT_EVEN | REFLECT_EVEN |\n \n \n INT_DIR : data taken from other grids or interpolated\n-EXT_DIR : data specified on EDGE (FACE) of bndry for the linear solvers\n- for application codes, the location of the EXT_DIR data will\n- depend on how they do reconstruction, and may be edge or\n- cell-centered.\n+EXT_DIR : data specified on EDGE (FACE)\n+EXT_DIR_CC : data specified at cell center\n HOEXTRAP : higher order extrapolation to EDGE of bndry\n HOEXTRAPCC : linear extrapolation to CELL of bndry\n FOEXTRAP : first order extrapolation from last cell in interior\n@@ -74,6 +72,7 @@ enum mathematicalBndryTypes : int {\n ext_dir = 3,\n hoextrap = 4,\n hoextrapcc = 5,\n+ ext_dir_cc = 6,\n user_1 = 1001,\n user_2 = 1002,\n user_3 = 1003\n@@ -94,6 +93,7 @@ enum mathematicalBndryTypes : int {\n #define EXT_DIR 3\n #define HOEXTRAP 4\n #define HOEXTRAPCC 5\n+#define EXT_DIR_CC 6\n \n #define Interior 0\n #define Inflow 1\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\nindex 873f67f5941..76e90a8d7a1 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_1D.F90\n@@ -14,7 +14,7 @@\n !! corner of q array\n !! \\param bc => array of boundary flags bc(SPACEDIM,lo:hi)\n !!\n-!! NOTE: all corner as well as edge data is filled if not EXT_DIR\n+!! NOTE: all corner as well as edge data is filled if not EXT_DIR/EXT_DIR_CC\n ! -----------------------------------------------------------\n \n #ifndef AMREX_XSDK\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\nindex 89ef77d8384..c2ca8f7ddaf 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_2D.F90\n@@ -16,7 +16,7 @@\n !! corner of q array\n !! \\param bc => array of boundary flags bc(SPACEDIM,lo:hi)\n !!\n-!! NOTE: all corner as well as edge data is filled if not EXT_DIR\n+!! NOTE: all corner as well as edge data is filled if not EXT_DIR/EXT_DIR_CC\n ! -----------------------------------------------------------\n \n subroutine filcc(q,q_l1,q_l2,q_h1,q_h2,domlo,domhi,dx,xlo,bc)\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90 b/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\nindex aa3fec74ab0..59ce83d469d 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_FILCC_3D.F90\n@@ -6,7 +6,7 @@\n !> This routine is intended to be a generic fill function\n !! for cell centered data. It knows how to exrapolate,\n !! and reflect data and can be used to supplement problem\n-!! specific fill functions (ie. EXT_DIR).\n+!! specific fill functions (ie. EXT_DIR/EXT_DIR_CC).\n !!\n !! \\param q <= array to fill\n !! \\param q_l1,q_l2,q_l3,q_h1,q_h2,q_h3 => index extent of q array\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_FilCC_C.cpp b/Src/Base/AMReX_FilCC_C.cpp\nindex 7cdba486957..e2d8c6129fd 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FilCC_C.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX_FilCC_C.cpp\n@@ -41,7 +41,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n if (lo.x < ilo) {\n const int imin = lo.x;\n const int imax = ilo-1;\n- if (bc.lo(0) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.lo(0) == BCType::ext_dir || bc.lo(0) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.lo(0) == BCType::foextrap) {\n for (int k = lo.z; k <= hi.z; ++k) {\n@@ -88,7 +88,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n const int imin = ihi+1;\n const int imax = hi.x;\n \n- if (bc.hi(0) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.hi(0) == BCType::ext_dir || bc.hi(0) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.hi(0) == BCType::foextrap) {\n for (int k = lo.z; k <= hi.z; ++k) {\n@@ -136,7 +136,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n if (lo.y < jlo) {\n const int jmin = lo.y;\n const int jmax = jlo-1;\n- if (bc.lo(1) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.lo(1) == BCType::ext_dir || bc.lo(1) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.lo(1) == BCType::foextrap) {\n for (int k = lo.z; k <= hi.z; ++k) {\n@@ -182,7 +182,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n if (hi.y > jhi) {\n const int jmin = jhi+1;\n const int jmax = hi.y;\n- if (bc.hi(1) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.hi(1) == BCType::ext_dir || bc.hi(1) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.hi(1) == BCType::foextrap) {\n for (int k = lo.z; k <= hi.z; ++k) {\n@@ -231,7 +231,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n if (lo.z < klo) {\n const int kmin = lo.z;\n const int kmax = klo-1;\n- if (bc.lo(2) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.lo(2) == BCType::ext_dir || bc.lo(2) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.lo(2) == BCType::foextrap) {\n for (int k = kmin; k <= kmax; ++k) {\n@@ -277,7 +277,7 @@ void fab_filcc (Box const& bx, Array4<Real> const& qn, int ncomp,\n if (hi.z > khi) {\n const int kmin = khi+1;\n const int kmax = hi.z;\n- if (bc.hi(2) == BCType::ext_dir) {\n+ if (bc.hi(2) == BCType::ext_dir || bc.hi(2) == BCType::ext_dir_cc) {\n // Do nothing.\n } else if (bc.hi(2) == BCType::foextrap) {\n for (int k = kmin; k <= kmax; ++k) {\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_bc_types.fi b/Src/Base/AMReX_bc_types.fi\nindex 2f3340ccfc4..d929b589b3d 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_bc_types.fi\n+++ b/Src/Base/AMReX_bc_types.fi\n@@ -17,3 +17,5 @@\n PARAMETER (HOEXTRAP=4)\n INTEGER HOEXTRAPCC\n PARAMETER (HOEXTRAPCC=5)\n+ INTEGER EXT_DIR_CC\n+ PARAMETER (EXT_DIR_CC=6)\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_bc_types_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_bc_types_mod.F90\nindex c1c6f237ba8..5b8c58c255a 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_bc_types_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_bc_types_mod.F90\n@@ -15,6 +15,7 @@ module amrex_bc_types_module\n integer, parameter, public :: amrex_bc_ext_dir = 3\n integer, parameter, public :: amrex_bc_hoextrap = 4\n integer, parameter, public :: amrex_bc_hoextrapcc = 5\n+ integer, parameter, public :: amrex_bc_ext_dir_cc = 6\n integer, parameter, public :: amrex_bc_user_1 = 1001\n integer, parameter, public :: amrex_bc_user_2 = 1002\n integer, parameter, public :: amrex_bc_user_3 = 1003\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90 b/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\nindex c1a2b2951f4..1cca9b84090 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\n+++ b/Src/Base/AMReX_filcc_mod.F90\n@@ -165,7 +165,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n imin = lo(1)\n imax = ilo-1\n \n- if (bc(1,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(1,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(1,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n@@ -237,7 +237,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n imin = ihi+1\n imax = hi(1)\n \n- if (bc(1,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(1,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(1,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n@@ -311,7 +311,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n jmin = lo(2)\n jmax = jlo-1\n \n- if (bc(2,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(2,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(2,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n@@ -383,7 +383,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n jmin = jhi+1\n jmax = hi(2)\n \n- if (bc(2,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(2,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(2,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n@@ -461,7 +461,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n kmin = lo(3)\n kmax = klo-1\n \n- if (bc(3,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(3,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(3,1,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n@@ -533,7 +533,7 @@ subroutine amrex_filccn(lo, hi, q, q_lo, q_hi, ncomp, domlo, domhi, dx, xlo, bc)\n kmin = khi+1\n kmax = hi(3)\n \n- if (bc(3,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir) then\n+ if (bc(3,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir .or. bc(3,2,n) .eq. amrex_bc_ext_dir_cc) then\n \n ! Do nothing.\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90 b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90\nindex f337de6e7ff..c79f2aa7b9a 100644\n--- a/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90\n+++ b/Tests/FortranInterface/Advection_F/Source/fillpatch_mod.F90\n@@ -90,7 +90,7 @@ subroutine fill_physbc (pmf, scomp, ncomp, time, pgeom) bind(c)\n geom%get_physical_location(plo), & ! physical location of lower left corner\n lo_bc, hi_bc) ! bc types for each component\n \n- ! amrex_filcc doesn't fill EXT_DIR (see amrex_bc_types_module for a list of bc types\n+ ! amrex_filcc doesn't fill EXT_DIR/EXT_DIR_CC (see amrex_bc_types_module for a list of bc types\n ! In that case, the user needs to fill it.\n end if\n end do\ndiff --git a/Tests/GPU/CNS/Source/CNS_bcfill.cpp b/Tests/GPU/CNS/Source/CNS_bcfill.cpp\nindex 1c787e29a96..a75c7ebce88 100644\n--- a/Tests/GPU/CNS/Source/CNS_bcfill.cpp\n+++ b/Tests/GPU/CNS/Source/CNS_bcfill.cpp\n@@ -14,7 +14,7 @@ struct CnsFillExtDir\n const BCRec* /*bcr*/, const int /*bcomp*/,\n const int /*orig_comp*/) const\n {\n- // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir)\n+ // do something for external Dirichlet (BCType::ext_dir/BCType::ext_dir_cc)\n }\n };\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr3585
|
multi_swe_bench
|
Pure SoA Particle: Separate Array for IdCPU (AMReX-Codes/amrex#3585)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 3585,
"issue_title": "Pure SoA Particle: Separate Array for IdCPU",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nThis addresses a regression we see when moving to pure SoA particles:\r\n- slightly slower read/write to Ids when needed, e.g., for sorting\r\n- issues going up to the full 64bit range\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nOnce finished, this will close #3569.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "edb4c25027efbbc465c88d453441dcd7115d8651",
"resolved_issues": [
{
"number": 3569,
"title": "Pure SoA Particles: cpuid as Separate Array",
"body": "For pure SoA particles, we noticed slight regressions in kernels that depend on ID operatins, e.g., for sorting, etc.\r\nThere reason for that lies in the now required double-load of two int32 arrays (cpu and ids) instead of a single load of a int64 array (cpuid) in AoS.\r\n\r\nAs a discussed solution to this with @atmyers, we should add a third default array to SoA particles:\r\n- 64bit cpuid (new)\r\n- Real (default: SPACEDIM members for positions)\r\n- int (default: no members)\r\n\r\ncc @AlexanderSinn "
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-3585",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\nindex b845d130d5c..9dd1d39b953 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n@@ -18,10 +18,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n if (h_redistribute_int_comp[i]) {++num_int_comm_comps;}\n }\n \n- if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n- particle_size = sizeof(ParticleType);\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ particle_size = sizeof(uint64_t); // idcpu\n } else {\n- particle_size = 0;\n+ particle_size = sizeof(ParticleType);\n }\n superparticle_size = particle_size +\n num_real_comm_comps*sizeof(ParticleReal) + num_int_comm_comps*sizeof(int);\n@@ -1095,7 +1095,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n const size_t np_total = np + ptile.numNeighborParticles();\n \n if (memEfficientSort) {\n- if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n+ if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n static_assert(sizeof(ParticleType)%4 == 0 && sizeof(uint32_t) == 4);\n using tmp_t = std::conditional_t<sizeof(ParticleType)%8 == 0,\n uint64_t, uint32_t>;\n@@ -1530,7 +1530,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n unsigned npart = ptile_ptrs[pmap_it]->numParticles();\n ParticleLocData pld;\n \n- if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle){\n+ if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle){\n \n if (npart != 0) {\n Long last = npart - 1;\n@@ -1647,7 +1647,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n }\n }\n \n- } else{ // soa particle\n+ } else { // soa particle\n \n auto particle_tile = ptile_ptrs[pmap_it];\n if (npart != 0) {\n@@ -1663,6 +1663,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n }\n \n if (p.id() < 0){\n+ soa.GetIdCPUData()[pindex] = soa.GetIdCPUData()[last];\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); comp++) {\n soa.GetRealData(comp)[pindex] = soa.GetRealData(comp)[last];\n }\n@@ -1679,6 +1680,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n particlePostLocate(p, pld, lev);\n \n if (p.id() < 0) {\n+ soa.GetIdCPUData()[pindex] = soa.GetIdCPUData()[last];\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); comp++) {\n soa.GetRealData(comp)[pindex] = soa.GetRealData(comp)[last];\n }\n@@ -1696,6 +1698,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n // We own it but must shift it to another place.\n auto index = std::make_pair(pld.m_grid, pld.m_tile);\n AMREX_ASSERT(soa_local[pld.m_lev][index].size() == num_threads);\n+ {\n+ auto& arr = soa_local[pld.m_lev][index][thread_num].GetIdCPUData();\n+ arr.push_back(soa.GetIdCPUData()[pindex]);\n+ }\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); ++comp) {\n RealVector& arr = soa_local[pld.m_lev][index][thread_num].GetRealData(comp);\n arr.push_back(soa.GetRealData(comp)[pindex]);\n@@ -1715,6 +1721,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n particles_to_send.resize(new_size);\n \n char* dst = &particles_to_send[old_size];\n+ {\n+ std::memcpy(dst, &soa.GetIdCPUData()[pindex], sizeof(uint64_t));\n+ dst += sizeof(uint64_t);\n+ }\n int array_comp_start = AMREX_SPACEDIM + NStructReal;\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); comp++) {\n if (h_redistribute_real_comp[array_comp_start + comp]) {\n@@ -1733,6 +1743,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n }\n \n if (p.id() < 0){\n+ soa.GetIdCPUData()[pindex] = soa.GetIdCPUData()[last];\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); comp++) {\n soa.GetRealData(comp)[pindex] = soa.GetRealData(comp)[last];\n }\n@@ -1747,6 +1758,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n ++pindex;\n }\n \n+ {\n+ auto& iddata = soa.GetIdCPUData();\n+ iddata.erase(iddata.begin() + last + 1, iddata.begin() + npart);\n+ }\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); comp++) {\n RealVector& rdata = soa.GetRealData(comp);\n rdata.erase(rdata.begin() + last + 1, rdata.begin() + npart);\n@@ -1828,6 +1843,12 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n auto& soa = ptile.GetStructOfArrays();\n auto& soa_tmp = soa_local[lev][index];\n for (int i = 0; i < num_threads; ++i) {\n+ {\n+ auto& arr = soa.GetIdCPUData();\n+ auto& tmp = soa_tmp[i].GetIdCPUData();\n+ arr.insert(arr.end(), tmp.begin(), tmp.end());\n+ tmp.erase(tmp.begin(), tmp.end());\n+ }\n for (int comp = 0; comp < NumRealComps(); ++comp) {\n RealVector& arr = soa.GetRealData(comp);\n RealVector& tmp = soa_tmp[i].GetRealData(comp);\n@@ -2045,20 +2066,16 @@ RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n \n Particle<NStructReal, NStructInt> p;\n \n- if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n- std::memcpy(&p, pbuf, sizeof(ParticleType));\n- } else {\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ std::memcpy(&p.m_idcpu, pbuf, sizeof(uint64_t));\n+\n ParticleReal pos[AMREX_SPACEDIM];\n- std::memcpy(&pos[0], pbuf, AMREX_SPACEDIM*sizeof(ParticleReal));\n+ std::memcpy(&pos[0], pbuf + sizeof(uint64_t), AMREX_SPACEDIM*sizeof(ParticleReal));\n AMREX_D_TERM(p.pos(0) = pos[0];,\n p.pos(1) = pos[1];,\n p.pos(2) = pos[2]);\n-\n- int idcpu[2];\n- std::memcpy(&idcpu[0], pbuf + NumRealComps()*sizeof(ParticleReal), 2*sizeof(int));\n-\n- p.id() = idcpu[0];\n- p.cpu() = idcpu[1];\n+ } else {\n+ std::memcpy(&p, pbuf, sizeof(ParticleType));\n }\n \n bool success = Where(p, pld, lev_min, lev_max, 0);\n@@ -2097,7 +2114,12 @@ RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n rcv_tile[ipart])];\n char* pbuf = ((char*) &recvdata[offset]) + j*superparticle_size;\n \n- if constexpr(! ParticleType::is_soa_particle) {\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ uint64_t idcpudata;\n+ std::memcpy(&idcpudata, pbuf, sizeof(uint64_t));\n+ pbuf += sizeof(uint64_t);\n+ ptile.GetStructOfArrays().GetIdCPUData().push_back(idcpudata);\n+ } else {\n ParticleType p;\n std::memcpy(&p, pbuf, sizeof(ParticleType));\n pbuf += sizeof(ParticleType);\n@@ -2146,6 +2168,10 @@ RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n host_int_attribs.reserve(15);\n host_int_attribs.resize(finestLevel()+1);\n \n+ Vector<std::map<std::pair<int, int>, Gpu::HostVector<uint64_t> > > host_idcpu;\n+ host_idcpu.reserve(15);\n+ host_idcpu.resize(finestLevel()+1);\n+\n ipart = 0;\n for (int i = 0; i < nrcvs; ++i)\n {\n@@ -2159,7 +2185,15 @@ RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n \n char* pbuf = ((char*) &recvdata[offset]) + j*superparticle_size;\n \n- if constexpr(! ParticleType::is_soa_particle) {\n+ host_real_attribs[lev][ind].resize(NumRealComps());\n+ host_int_attribs[lev][ind].resize(NumIntComps());\n+\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ uint64_t idcpudata;\n+ std::memcpy(&idcpudata, pbuf, sizeof(uint64_t));\n+ pbuf += sizeof(uint64_t);\n+ host_idcpu[lev][ind].push_back(idcpudata);\n+ } else {\n ParticleType p;\n std::memcpy(&p, pbuf, sizeof(ParticleType));\n pbuf += sizeof(ParticleType);\n@@ -2210,7 +2244,12 @@ RedistributeMPI (std::map<int, Vector<char> >& not_ours,\n auto new_size = old_size + src_tile.size();\n dst_tile.resize(new_size);\n \n- if constexpr(! ParticleType::is_soa_particle) {\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].begin(),\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].end(),\n+ dst_tile.GetStructOfArrays().GetIdCPUData().begin() + old_size);\n+ } else {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n src_tile.begin(), src_tile.end(),\n dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\nindex ea24b1e5f81..8b2c7389c89 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n@@ -964,6 +964,10 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n host_int_attribs.reserve(15);\n host_int_attribs.resize(finest_level_in_file+1);\n \n+ Vector<std::map<std::pair<int, int>, Gpu::HostVector<uint64_t> > > host_idcpu;\n+ host_idcpu.reserve(15);\n+ host_idcpu.resize(finestLevel()+1);\n+\n for (int i = 0; i < cnt; i++) {\n // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n // for backwards compatibility with readers\n@@ -1031,8 +1035,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n host_real_attribs[pld.m_lev][ind][j].push_back(ptemp.pos(j));\n }\n \n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ptemp.id());\n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(ptemp.cpu());\n+ host_idcpu[pld.m_lev][ind].push_back(ptemp.m_idcpu);\n \n // read all other SoA\n // add the real...\n@@ -1042,7 +1045,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n }\n \n // ... and int array data\n- for (int icomp = 2; icomp < NumIntComps(); icomp++) {\n+ for (int icomp = 0; icomp < NumIntComps(); icomp++) {\n host_int_attribs[lev][ind][icomp].push_back(*iptr);\n ++iptr;\n }\n@@ -1071,6 +1074,11 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ } else {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].begin(),\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].end(),\n+ dst_tile.GetStructOfArrays().GetIdCPUData().begin() + old_size);\n }\n \n for (int i = 0; i < NumRealComps(); ++i) { // NOLINT(readability-misleading-indentation)\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\nindex d2568d5d70e..75316dec746 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleInit.H\n@@ -1062,6 +1062,10 @@ InitRandom (Long icount,\n host_int_attribs.reserve(15);\n host_int_attribs.resize(finestLevel()+1);\n \n+ Vector<std::map<std::pair<int, int>, Gpu::HostVector<uint64_t> > > host_idcpu;\n+ host_idcpu.reserve(15);\n+ host_idcpu.resize(finestLevel()+1);\n+\n for (Long j = 0; j < icount; j++)\n {\n Particle<0, 0> ptest;\n@@ -1117,8 +1121,9 @@ InitRandom (Long icount,\n host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(pos[j*AMREX_SPACEDIM+i]);\n }\n \n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ParticleType::NextID());\n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(MyProc);\n+ host_idcpu[pld.m_lev][ind].push_back(0);\n+ ParticleIDWrapper(host_idcpu[pld.m_lev][ind].back()) = ParticleType::NextID();\n+ ParticleCPUWrapper(host_idcpu[pld.m_lev][ind].back()) = ParallelDescriptor::MyProc();\n \n host_particles[pld.m_lev][ind];\n \n@@ -1157,6 +1162,11 @@ InitRandom (Long icount,\n {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ } else {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].begin(),\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].end(),\n+ dst_tile.GetStructOfArrays().GetIdCPUData().begin() + old_size);\n }\n \n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) { // NOLINT(readability-misleading-indentation)\n@@ -1201,6 +1211,10 @@ InitRandom (Long icount,\n host_int_attribs.reserve(15);\n host_int_attribs.resize(finestLevel()+1);\n \n+ Vector<std::map<std::pair<int, int>, Gpu::HostVector<uint64_t> > > host_idcpu;\n+ host_idcpu.reserve(15);\n+ host_idcpu.resize(finestLevel()+1);\n+\n for (Long icnt = 0; icnt < M; icnt++) {\n Particle<0, 0> ptest;\n for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; i++) {\n@@ -1261,8 +1275,9 @@ InitRandom (Long icount,\n host_real_attribs[pld.m_lev][ind][i].push_back(ptest.pos(i));\n }\n \n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][0].push_back(ptest.id());\n- host_int_attribs[pld.m_lev][ind][1].push_back(ptest.cpu());\n+ host_idcpu[pld.m_lev][ind].push_back(0);\n+ ParticleIDWrapper(host_idcpu[pld.m_lev][ind].back()) = ParticleType::NextID();\n+ ParticleCPUWrapper(host_idcpu[pld.m_lev][ind].back()) = ParallelDescriptor::MyProc();\n \n host_particles[pld.m_lev][ind];\n \n@@ -1300,6 +1315,11 @@ InitRandom (Long icount,\n {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice, src_tile.begin(), src_tile.end(),\n dst_tile.GetArrayOfStructs().begin() + old_size);\n+ } else {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].begin(),\n+ host_idcpu[host_lev][std::make_pair(grid,tile)].end(),\n+ dst_tile.GetStructOfArrays().GetIdCPUData().begin() + old_size);\n }\n \n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) { // NOLINT(readability-misleading-indentation)\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\nindex e35af847ec4..2b60b37d304 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n@@ -43,6 +43,7 @@ struct ParticleTileData\n \n ParticleType* AMREX_RESTRICT m_aos;\n \n+ uint64_t* m_idcpu;\n GpuArray<ParticleReal*, NAR> m_rdata;\n GpuArray<int*, NAI> m_idata;\n \n@@ -67,7 +68,7 @@ struct ParticleTileData\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].id();\n } else {\n- return this->m_idata[0][index];\n+ return ParticleIDWrapper(this->m_idcpu[index]);\n }\n }\n \n@@ -77,7 +78,17 @@ struct ParticleTileData\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].cpu();\n } else {\n- return this->m_idata[1][index];\n+ return ParticleCPUWrapper(this->m_idcpu[index]);\n+ }\n+ }\n+\n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ decltype(auto) idcpu (const int index) const &\n+ {\n+ if constexpr(ParticleType::is_soa_particle) {\n+ return this->m_idcpu[index];\n+ } else {\n+ amrex::Abort(\"not implemented\");\n }\n }\n \n@@ -112,6 +123,9 @@ struct ParticleTileData\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n memcpy(dst, m_aos + src_index, sizeof(ParticleType));\n dst += sizeof(ParticleType);\n+ } else {\n+ memcpy(dst, m_idcpu + src_index, sizeof(uint64_t));\n+ dst += sizeof(uint64_t);\n }\n int array_start_index = AMREX_SPACEDIM + NStructReal;\n for (int i = 0; i < NAR; ++i)\n@@ -160,6 +174,9 @@ struct ParticleTileData\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n memcpy(m_aos + dst_index, src, sizeof(ParticleType));\n src += sizeof(ParticleType);\n+ } else {\n+ memcpy(m_idcpu + dst_index, src, sizeof(uint64_t));\n+ src += sizeof(uint64_t);\n }\n int array_start_index = AMREX_SPACEDIM + NStructReal;\n for (int i = 0; i < NAR; ++i)\n@@ -231,9 +248,8 @@ struct ParticleTileData\n {\n AMREX_ASSERT(index < m_size);\n SuperParticleType sp;\n+ sp.m_idcpu = m_idcpu[index];\n for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {sp.pos(i) = m_rdata[i][index];}\n- sp.id() = m_idata[0][index];\n- sp.cpu() = m_idata[1][index];\n for (int i = 0; i < NAR; ++i) {\n sp.rdata(i) = m_rdata[i][index];\n }\n@@ -270,6 +286,7 @@ struct ParticleTileData\n AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n void setSuperParticle (const SuperParticleType& sp, int index) const noexcept\n {\n+ m_idcpu[index] = sp.m_idcpu;\n for (int i = 0; i < NAR; ++i) {\n m_rdata[i][index] = sp.rdata(i);\n }\n@@ -303,10 +320,10 @@ struct ConstSoAParticle : SoAParticleBase\n //functions to get id and cpu in the SOA data\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- int cpu () const { return this->m_constparticle_tile_data.m_idata[1][m_index]; }\n+ ConstParticleCPUWrapper cpu () const { return this->m_constparticle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- int id () const { return this->m_constparticle_tile_data.m_idata[0][m_index]; }\n+ ConstParticleIDWrapper id () const { return this->m_constparticle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n //functions to get positions of the particle in the SOA data\n \n@@ -366,16 +383,22 @@ struct SoAParticle : SoAParticleBase\n //functions to get id and cpu in the SOA data\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- int& cpu () & { return this->m_particle_tile_data.m_idata[1][m_index]; }\n+ ParticleCPUWrapper cpu () & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n+\n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ ParticleIDWrapper id () & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- int& id () & { return this->m_particle_tile_data.m_idata[0][m_index]; }\n+ uint64_t& idcpu () & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- const int& cpu () const & { return this->m_particle_tile_data.m_idata[1][m_index]; }\n+ ConstParticleCPUWrapper cpu () const & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- const int& id () const & { return this->m_particle_tile_data.m_idata[0][m_index]; }\n+ ConstParticleIDWrapper id () const & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n+\n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ const uint64_t& idcpu () const & { return this->m_particle_tile_data.m_idcpu[m_index]; }\n \n //functions to get positions of the particle in the SOA data\n \n@@ -477,6 +500,7 @@ struct ConstParticleTileData\n Long m_size;\n const ParticleType* AMREX_RESTRICT m_aos;\n \n+ const uint64_t* m_idcpu;\n GpuArray<const ParticleReal*, NArrayReal> m_rdata;\n GpuArray<const int*, NArrayInt > m_idata;\n \n@@ -496,7 +520,7 @@ struct ConstParticleTileData\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].id();\n } else {\n- return this->m_idata[0][index];\n+ return ConstParticleIDWrapper(this->m_idcpu[index]);\n }\n }\n \n@@ -506,7 +530,17 @@ struct ConstParticleTileData\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].cpu();\n } else {\n- return this->m_idata[1][index];\n+ return ConstParticleCPUWrapper(this->m_idcpu[index]);\n+ }\n+ }\n+\n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ decltype(auto) idcpu (const int index) const &\n+ {\n+ if constexpr(ParticleType::is_soa_particle) {\n+ return this->m_idcpu[index];\n+ } else {\n+ amrex::Abort(\"not implemented\");\n }\n }\n \n@@ -546,6 +580,9 @@ struct ConstParticleTileData\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n memcpy(dst, m_aos + src_index, sizeof(ParticleType));\n dst += sizeof(ParticleType);\n+ } else {\n+ memcpy(dst, m_idcpu + src_index, sizeof(uint64_t));\n+ dst += sizeof(uint64_t);\n }\n int array_start_index = AMREX_SPACEDIM + NStructReal;\n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i)\n@@ -622,8 +659,7 @@ struct ConstParticleTileData\n AMREX_ASSERT(index < m_size);\n SuperParticleType sp;\n for (int i = 0; i < AMREX_SPACEDIM; ++i) {sp.pos(i) = m_rdata[i][index];}\n- sp.id() = m_idata[0][index];\n- sp.cpu() = m_idata[1][index];\n+ sp.m_idcpu = m_idcpu[index];\n for (int i = 0; i < NAR; ++i) {\n sp.rdata(i) = m_rdata[i][index];\n }\n@@ -663,7 +699,10 @@ struct ParticleTile\n ArrayOfStructs<ParticleType, Allocator>>::type;\n //using ParticleVector = typename AoS::ParticleVector;\n \n- using SoA = StructOfArrays<NArrayReal, NArrayInt, Allocator>;\n+ using SoA = typename std::conditional<\n+ ParticleType::is_soa_particle,\n+ StructOfArrays<NArrayReal, NArrayInt, Allocator, true>,\n+ StructOfArrays<NArrayReal, NArrayInt, Allocator, false>>::type;\n using RealVector = typename SoA::RealVector;\n using IntVector = typename SoA::IntVector;\n using StorageParticleType = typename ParticleType::StorageParticleType;\n@@ -688,7 +727,7 @@ struct ParticleTile\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n return m_aos_tile[index].id();\n } else {\n- return m_soa_tile.GetIntData(0)[index];\n+ return ParticleIDWrapper(m_soa_tile.GetIdCPUData()[index]);\n }\n }\n \n@@ -697,7 +736,7 @@ struct ParticleTile\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n return m_aos_tile[index].id();\n } else {\n- return m_soa_tile.GetIntData(0)[index];\n+ return ConstParticleIDWrapper(m_soa_tile.GetIdCPUData()[index]);\n }\n }\n \n@@ -706,7 +745,7 @@ struct ParticleTile\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n return m_aos_tile[index].cpu();\n } else {\n- return m_soa_tile.GetIntData(1)[index];\n+ return ParticleCPUWrapper(m_soa_tile.GetIdCPUData()[index]);\n }\n }\n \n@@ -715,7 +754,7 @@ struct ParticleTile\n if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n return m_aos_tile[index].cpu();\n } else {\n- return m_soa_tile.GetIntData(1)[index];\n+ return ConstParticleCPUWrapper(m_soa_tile.GetIdCPUData()[index]);\n }\n }\n \n@@ -873,7 +912,9 @@ struct ParticleTile\n }\n \n m_soa_tile.resize(np+1);\n-\n+ if constexpr (!ParticleType::is_soa_particle) {\n+ m_soa_tile.GetIdCPUData()[np] = sp.m_idcpu;\n+ }\n auto& arr_rdata = m_soa_tile.GetRealData();\n auto& arr_idata = m_soa_tile.GetIntData();\n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) {\n@@ -1092,6 +1133,11 @@ struct ParticleTile\n } else {\n ptd.m_aos = nullptr;\n }\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ ptd.m_idcpu = m_soa_tile.GetIdCPUData().dataPtr();\n+ } else {\n+ ptd.m_idcpu = nullptr;\n+ }\n if constexpr(NArrayReal > 0) {\n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) {\n ptd.m_rdata[i] = m_soa_tile.GetRealData(i).dataPtr();\n@@ -1157,6 +1203,11 @@ struct ParticleTile\n } else {\n ptd.m_aos = nullptr;\n }\n+ if constexpr (ParticleType::is_soa_particle) {\n+ ptd.m_idcpu = m_soa_tile.GetIdCPUData().dataPtr();\n+ } else {\n+ ptd.m_idcpu = nullptr;\n+ }\n if constexpr(NArrayReal > 0) {\n for (int i = 0; i < NArrayReal; ++i) {\n ptd.m_rdata[i] = m_soa_tile.GetRealData(i).dataPtr();\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleTransformation.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleTransformation.H\nindex 28ccfa84a97..aa737455ce6 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleTransformation.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleTransformation.H\n@@ -35,7 +35,11 @@ void copyParticle (const ParticleTileData<T_ParticleType, NAR, NAI>& dst,\n AMREX_ASSERT(dst.m_num_runtime_real == src.m_num_runtime_real);\n AMREX_ASSERT(dst.m_num_runtime_int == src.m_num_runtime_int );\n \n- dst.m_aos[dst_i] = src.m_aos[src_i];\n+ if constexpr(!T_ParticleType::is_soa_particle) {\n+ dst.m_aos[dst_i] = src.m_aos[src_i];\n+ } else {\n+ dst.m_idcpu[dst_i] = src.m_idcpu[src_i];\n+ }\n if constexpr(NAR > 0) {\n for (int j = 0; j < NAR; ++j) {\n dst.m_rdata[j][dst_i] = src.m_rdata[j][src_i];\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H b/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\nindex 0ef3b8ae869..6cd498e20a2 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\n@@ -11,9 +11,11 @@\n namespace amrex {\n \n template <int NReal, int NInt,\n- template<class> class Allocator=DefaultAllocator>\n+ template<class> class Allocator=DefaultAllocator,\n+ bool use64BitIdCpu=false>\n struct StructOfArrays {\n \n+ using IdCPU = amrex::PODVector<uint64_t, Allocator<uint64_t> >;\n using RealVector = amrex::PODVector<ParticleReal, Allocator<ParticleReal> >;\n using IntVector = amrex::PODVector<int, Allocator<int> >;\n \n@@ -28,9 +30,12 @@ struct StructOfArrays {\n \n [[nodiscard]] int NumIntComps () const noexcept { return NInt + m_runtime_idata.size(); }\n \n+ [[nodiscard]] IdCPU& GetIdCPUData () { return m_idcpu; }\n [[nodiscard]] std::array<RealVector, NReal>& GetRealData () { return m_rdata; }\n [[nodiscard]] std::array< IntVector, NInt>& GetIntData () { return m_idata; }\n \n+ /** Get access to the particle id/cpu Arrays */\n+ [[nodiscard]] const IdCPU& GetIdCPUData () const { return m_idcpu; }\n /** Get access to the particle Real Arrays (only compile-time components) */\n [[nodiscard]] const std::array<RealVector, NReal>& GetRealData () const { return m_rdata; }\n /** Get access to the particle Int Arrays (only compile-time components) */\n@@ -119,7 +124,9 @@ struct StructOfArrays {\n */\n [[nodiscard]] std::size_t size () const\n {\n- if constexpr (NReal > 0) {\n+ if constexpr (use64BitIdCpu == true) {\n+ return m_idcpu.size();\n+ } else if constexpr (NReal > 0) {\n return m_rdata[0].size();\n } else if constexpr (NInt > 0) {\n return m_idata[0].size();\n@@ -175,6 +182,9 @@ struct StructOfArrays {\n \n void resize (size_t count)\n {\n+ if constexpr (use64BitIdCpu == true) {\n+ m_idcpu.resize(count);\n+ }\n if constexpr (NReal > 0) {\n for (int i = 0; i < NReal; ++i) { m_rdata[i].resize(count); }\n }\n@@ -185,6 +195,15 @@ struct StructOfArrays {\n for (int i = 0; i < int(m_runtime_idata.size()); ++i) { m_runtime_idata[i].resize(count); }\n }\n \n+ [[nodiscard]] IdCPU* idcpuarray () {\n+ if constexpr (use64BitIdCpu == true) {\n+ return m_idcpu.dataPtr();\n+ } else {\n+ return nullptr;\n+ }\n+\n+ }\n+\n [[nodiscard]] GpuArray<ParticleReal*, NReal> realarray ()\n {\n GpuArray<Real*, NReal> arr;\n@@ -208,6 +227,7 @@ struct StructOfArrays {\n int m_num_neighbor_particles{0};\n \n private:\n+ IdCPU m_idcpu;\n std::array<RealVector, NReal> m_rdata;\n std::array< IntVector, NInt> m_idata;\n \ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\nindex 31ca7f8df6a..d3cafc5be58 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n@@ -338,9 +338,10 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n else {\n amrex::ignore_unused(is_checkpoint);\n // Int: id, cpu\n- *iptr = soa.GetIntData(0)[pindex];\n+ uint64_t idcpu = soa.GetIdCPUData()[pindex];\n+ *iptr = (int) ParticleIDWrapper(idcpu);\n iptr += 1;\n- *iptr = soa.GetIntData(1)[pindex];\n+ *iptr = (int) ParticleCPUWrapper(idcpu);\n iptr += 1;\n \n // Real: position\n@@ -348,8 +349,8 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n rptr += AMREX_SPACEDIM;\n }\n \n- // extra SoA int data\n- const int int_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? 2 : 0; // pure SoA: skip id, cpu\n+ // SoA int data\n+ const int int_start_offset = 0;\n for (int j = int_start_offset; j < pc.NumIntComps(); j++) {\n if (write_int_comp[PC::NStructInt+j]) {\n *iptr = soa.GetIntData(j)[pindex];\n@@ -1021,14 +1022,15 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n }\n else {\n // Ints: id, cpu\n- *iptr = soa.GetIntData(0)[pindex];\n+ uint64_t idcpu = soa.GetIdCPUData()[pindex];\n+ *iptr = (int) ParticleIDWrapper(idcpu);\n iptr += 1;\n- *iptr = soa.GetIntData(1)[pindex];\n+ *iptr = (int) ParticleCPUWrapper(idcpu);\n iptr += 1;\n }\n \n // extra SoA Ints\n- const int int_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? 2 : 0; // pure SoA: skip id, cpu\n+ const int int_start_offset = 0;\n for (int j = int_start_offset; j < nic; j++)\n {\n if (write_int_comp[NStructInt+j])\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/RedistributeSOA/main.cpp b/Tests/Particles/RedistributeSOA/main.cpp\nindex 94715b7d6aa..62da81def81 100644\n--- a/Tests/Particles/RedistributeSOA/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/RedistributeSOA/main.cpp\n@@ -92,6 +92,7 @@ class TestParticleContainer\n {\n const Box& tile_box = mfi.tilebox();\n \n+ Gpu::HostVector<uint64_t> host_idcpu;\n std::array<Gpu::HostVector<ParticleReal>, NR> host_real;\n std::array<Gpu::HostVector<int>, NI> host_int;\n \n@@ -106,6 +107,10 @@ class TestParticleContainer\n \n amrex::Long id = ParticleType::NextID();\n \n+ host_idcpu.push_back(0);\n+ ParticleIDWrapper(host_idcpu.back()) = id;\n+ ParticleCPUWrapper(host_idcpu.back()) = ParallelDescriptor::MyProc();\n+\n host_int[0].push_back(static_cast<int>(id));\n host_int[1].push_back(ParallelDescriptor::MyProc());\n host_real[0].push_back(static_cast<ParticleReal> (plo[0] + (iv[0] + r[0])*dx[0]));\n@@ -137,6 +142,13 @@ class TestParticleContainer\n particle_tile.resize(new_size);\n \n auto& soa = particle_tile.GetStructOfArrays();\n+ {\n+ Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n+ host_idcpu.begin(),\n+ host_idcpu.end(),\n+ soa.GetIdCPUData().begin() + old_size);\n+\n+ }\n for (int i = 0; i < NR; ++i)\n {\n Gpu::copyAsync(Gpu::hostToDevice,\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr388
|
multi_swe_bench
|
Bunch of changes to support MLMG performance analysis and tuning (AMReX-Codes/amrex#388)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 388,
"issue_title": "Bunch of changes to support MLMG performance analysis and tuning",
"issue_body": "",
"base_commit": "839bba4a149a1fb74de7ad3c861aad2737586720",
"resolved_issues": [
{
"number": 393,
"title": "Weiqun/perf",
"body": "some minor changes\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-388",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Base/AMReX.cpp b/Src/Base/AMReX.cpp\nindex d42c0cca2d4..ec0a2f92e94 100644\n--- a/Src/Base/AMReX.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX.cpp\n@@ -20,6 +20,8 @@\n \n #include <AMReX_Gpu.H>\n \n+#include <AMReX_Machine.H>\n+\n #ifdef AMREX_USE_EB\n #include <AMReX_EB2.H>\n #endif\n@@ -533,6 +535,7 @@ amrex::Initialize (int& argc, char**& argv, bool build_parm_parse,\n #endif\n BL_PROFILE_INITPARAMS();\n #endif\n+ machine::Initialize();\n \n if (double(std::numeric_limits<long>::max()) < 9.e18)\n {\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.H b/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.H\nindex 7e399dab103..b7c7f38ed15 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.H\n@@ -156,7 +156,9 @@ class DistributionMapping\n static DistributionMapping makeRoundRobin (const MultiFab& weight);\n static DistributionMapping makeSFC (const MultiFab& weight, bool sort=true);\n \n- static std::vector<std::vector<int> > makeSFC (const BoxArray& ba);\n+ // if use_box_vol is true, weight boxes by their volume in Distribute\n+ // otherwise, all boxes will be treated with equal weight\n+ static std::vector<std::vector<int> > makeSFC (const BoxArray& ba, bool use_box_vol=true);\n \n private:\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.cpp b/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.cpp\nindex 009f265a004..29a2fe32e55 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX_DistributionMapping.cpp\n@@ -24,6 +24,10 @@\n #include <cstring>\n #include <iomanip>\n \n+namespace {\n+int flag_verbose_mapper;\n+}\n+\n namespace amrex {\n \n bool initialized = false;\n@@ -111,14 +115,16 @@ DistributionMapping::Initialize ()\n sfc_threshold = 0;\n max_efficiency = 0.9;\n node_size = 0;\n+ flag_verbose_mapper = 0;\n \n ParmParse pp(\"DistributionMapping\");\n \n- pp.query(\"v\" , verbose);\n- pp.query(\"verbose\", verbose);\n- pp.query(\"efficiency\", max_efficiency);\n- pp.query(\"sfc_threshold\", sfc_threshold);\n- pp.query(\"node_size\", node_size);\n+ pp.query(\"v\" , verbose);\n+ pp.query(\"verbose\", verbose);\n+ pp.query(\"efficiency\", max_efficiency);\n+ pp.query(\"sfc_threshold\", sfc_threshold);\n+ pp.query(\"node_size\", node_size);\n+ pp.query(\"verbose_mapper\", flag_verbose_mapper);\n \n std::string theStrategy;\n \n@@ -192,21 +198,10 @@ DistributionMapping::LeastUsedCPUs (int nprocs,\n BL_PROFILE(\"DistributionMapping::LeastUsedCPUs()\");\n \n AMREX_ASSERT(nprocs <= ParallelContext::NProcsSub());\n- Vector<long> bytes(ParallelContext::NProcsSub());\n \n+ Vector<long> bytes(ParallelContext::NProcsSub());\n long thisbyte = amrex::TotalBytesAllocatedInFabs()/1024;\n-\n- BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(long), BLProfiler::BeforeCall(),\n- BLProfiler::NoTag());\n- MPI_Allgather(&thisbyte,\n- 1,\n- ParallelDescriptor::Mpi_typemap<long>::type(),\n- bytes.dataPtr(),\n- 1,\n- ParallelDescriptor::Mpi_typemap<long>::type(),\n- ParallelContext::CommunicatorSub());\n- BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(long), BLProfiler::AfterCall(),\n- BLProfiler::NoTag());\n+ ParallelAllGather::AllGather(thisbyte, bytes.dataPtr(), ParallelContext::CommunicatorSub());\n \n std::vector<LIpair> LIpairV;\n \n@@ -225,6 +220,13 @@ DistributionMapping::LeastUsedCPUs (int nprocs,\n {\n result[i] = LIpairV[i].second;\n }\n+\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"LeastUsedCPUs:\" << std::endl;\n+ for (const auto &p : LIpairV) {\n+ Print() << \" Rank \" << p.second << \" contains \" << p.first << std::endl;\n+ }\n+ }\n #else\n for (int i(0); i < nprocs; ++i)\n {\n@@ -244,21 +246,9 @@ DistributionMapping::LeastUsedTeams (Vector<int> & rteam,\n \n AMREX_ALWAYS_ASSERT(ParallelContext::CommunicatorSub() == ParallelDescriptor::Communicator());\n \n- Vector<long> bytes(ParallelDescriptor::NProcs());\n-\n+ Vector<long> bytes(ParallelContext::NProcsSub());\n long thisbyte = amrex::TotalBytesAllocatedInFabs()/1024;\n-\n- BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(long), BLProfiler::BeforeCall(),\n- BLProfiler::NoTag());\n- MPI_Allgather(&thisbyte,\n- 1,\n- ParallelDescriptor::Mpi_typemap<long>::type(),\n- bytes.dataPtr(),\n- 1,\n- ParallelDescriptor::Mpi_typemap<long>::type(),\n- ParallelDescriptor::Communicator());\n- BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(long), BLProfiler::AfterCall(),\n- BLProfiler::NoTag());\n+ ParallelAllGather::AllGather(thisbyte, bytes.dataPtr(), ParallelContext::CommunicatorSub());\n \n std::vector<LIpair> LIpairV;\n std::vector<LIpair> LIworker;\n@@ -397,6 +387,10 @@ DistributionMapping::RoundRobinDoIt (int nboxes,\n int /* nprocs */,\n std::vector<LIpair>* LIpairV)\n {\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"DM: RoundRobinDoIt called...\" << std::endl;\n+ }\n+\n int nprocs = ParallelContext::NProcsSub();\n \n // If team is not use, we are going to treat it as a special case in which\n@@ -435,6 +429,10 @@ DistributionMapping::RoundRobinDoIt (int nboxes,\n \t int wid = (w[tid]++) % nworkers;\n \t int rank = tid*nworkers + wrkerord[tid][wid];\n \t m_ref->m_pmap[(*LIpairV)[i].second] = ParallelContext::local_to_global_rank(rank);\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \" Mapping box \" << (*LIpairV)[i].second << \" of size \"\n+ << (*LIpairV)[i].first << \" to rank \" << rank << std::endl;\n+ }\n \t}\n }\n else\n@@ -445,6 +443,9 @@ DistributionMapping::RoundRobinDoIt (int nboxes,\n \t int wid = (w[tid]++) % nworkers;\n \t int rank = tid*nworkers + wrkerord[tid][wid];\n \t m_ref->m_pmap[i] = ParallelContext::local_to_global_rank(rank);\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \" Mapping box \" << i << \" to rank \" << rank << std::endl;\n+ }\n \t}\n }\n }\n@@ -721,6 +722,10 @@ DistributionMapping::KnapSackDoIt (const std::vector<long>& wgts,\n bool do_full_knapsack,\n \t\t\t\t int nmax)\n {\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"DM: KnapSackDoIt called...\" << std::endl;\n+ }\n+\n BL_PROFILE(\"DistributionMapping::KnapSackDoIt()\");\n \n int nprocs = ParallelContext::NProcsSub();\n@@ -741,6 +746,15 @@ DistributionMapping::KnapSackDoIt (const std::vector<long>& wgts,\n \n knapsack(wgts,nteams,vec,efficiency,do_full_knapsack,nmax);\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ for (int i = 0; i < vec.size(); ++i) {\n+ Print() << \" Bucket \" << i << \" contains boxes:\" << std::endl;\n+ for (int j = 0; j < vec[i].size(); ++j) {\n+ Print() << \" \" << vec[i][j] << std::endl;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n BL_ASSERT(static_cast<int>(vec.size()) == nteams);\n \n std::vector<LIpair> LIpairV;\n@@ -761,6 +775,12 @@ DistributionMapping::KnapSackDoIt (const std::vector<long>& wgts,\n \n Sort(LIpairV, true);\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ for (const auto &p : LIpairV) {\n+ Print() << \" Bucket \" << p.second << \" total weight: \" << p.first << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n Vector<int> ord;\n Vector<Vector<int> > wrkerord;\n \n@@ -783,6 +803,10 @@ DistributionMapping::KnapSackDoIt (const std::vector<long>& wgts,\n \tconst std::vector<int>& vi = vec[idx];\n \tconst int N = vi.size();\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \" Mapping bucket \" << idx << \" to rank \" << tid << std::endl;\n+ }\n+\n \tif (nteams == nprocs) {\n \t for (int j = 0; j < N; ++j)\n \t {\n@@ -917,6 +941,21 @@ Distribute (const std::vector<SFCToken>& tokens,\n std::vector< std::vector<int> >& v)\n \n {\n+ BL_PROFILE(\"DistributionMapping::Distribute()\");\n+\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"Distribute:\" << std::endl;\n+ Print() << \" volpercpu: \" << volpercpu << std::endl;\n+ Print() << \" Sorted SFC Tokens:\" << std::endl;\n+ int idx = 0;\n+ for (const auto &t : tokens) {\n+ Print() << \" \" << idx++ << \": \"\n+ << t.m_box << \": \"\n+ << t.m_idx << \": \"\n+ << t.m_vol << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n BL_ASSERT(static_cast<int>(v.size()) == nprocs);\n \n int K = 0;\n@@ -949,6 +988,26 @@ Distribute (const std::vector<SFCToken>& tokens,\n }\n }\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"Distributed SFC Tokens:\" << std::endl;\n+ int idx = 0;\n+ for (int i = 0; i < nprocs; ++i) {\n+ Print() << \" Rank/Team \" << i << \":\" << std::endl;\n+ Real rank_vol = 0;\n+ for (const auto &box : v[i]) {\n+ const auto &t = tokens[idx];\n+ BL_ASSERT(box == t.m_box);\n+ Print() << \" \" << idx << \": \"\n+ << t.m_box << \": \"\n+ << t.m_idx << \": \"\n+ << t.m_vol << std::endl;\n+ rank_vol += t.m_vol;\n+ idx++;\n+ }\n+ Print() << \" Total Rank Vol: \" << rank_vol << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n #ifdef AMREX_DEBUG\n int cnt = 0;\n for (int i = 0; i < nprocs; ++i) {\n@@ -964,6 +1023,10 @@ DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt (const BoxArray& boxes,\n int /* nprocs */,\n bool sort)\n {\n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"DM: SFCProcessorMapDoIt called...\" << std::endl;\n+ }\n+\n BL_PROFILE(\"DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt()\");\n \n int nprocs = ParallelContext::NProcsSub();\n@@ -984,6 +1047,11 @@ DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt (const BoxArray& boxes,\n }\n #endif\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \" (nprocs, nteams, nworkers) = (\"\n+ << nprocs << \", \" << nteams << \", \" << nworkers << \")\\n\";\n+ }\n+\n std::vector<SFCToken> tokens;\n \n const int N = boxes.size();\n@@ -1048,6 +1116,12 @@ DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt (const BoxArray& boxes,\n \n if (sort) Sort(LIpairV, true);\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ for (const auto &p : LIpairV) {\n+ Print() << \" Bucket \" << p.second << \" contains \" << p.first << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n // LIpairV has a size of nteams and LIpairV[] is pair whose first is weight\n // and second is an index into vec. LIpairV is sorted by weight such that\n // LIpairV is the heaviest.\n@@ -1086,6 +1160,10 @@ DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt (const BoxArray& boxes,\n const std::vector<int>& vi = vec[ivec]; // this vector contains boxes assigned to this team\n \tconst int Nbx = vi.size(); // # of boxes assigned to this team\n \n+ if (flag_verbose_mapper) {\n+ Print() << \"Mapping bucket \" << LIpairV[i].second << \" to rank \" << ord[i] << std::endl;\n+ }\n+\n \tif (nteams == nprocs) { // In this case, team id is process id.\n \t for (int j = 0; j < Nbx; ++j)\n \t {\n@@ -1136,7 +1214,7 @@ DistributionMapping::SFCProcessorMapDoIt (const BoxArray& boxes,\n \t}\n }\n \n- if (verbose && ParallelDescriptor::IOProcessor())\n+ if (verbose)\n {\n Real sum_wgt = 0, max_wgt = 0;\n for (int i = 0; i < nteams; ++i)\n@@ -1398,7 +1476,7 @@ DistributionMapping::makeSFC (const MultiFab& weight, bool sort)\n }\n \n std::vector<std::vector<int> >\n-DistributionMapping::makeSFC (const BoxArray& ba)\n+DistributionMapping::makeSFC (const BoxArray& ba, bool use_box_vol)\n {\n std::vector<SFCToken> tokens;\n \n@@ -1408,10 +1486,13 @@ DistributionMapping::makeSFC (const BoxArray& ba)\n \n int maxijk = 0;\n \n+ Real vol_sum = 0;\n for (int i = 0; i < N; ++i)\n {\n \tconst Box& bx = ba[i];\n- tokens.push_back(SFCToken(i,bx.smallEnd(),1.0));\n+ const auto & bx_vol = (use_box_vol ? bx.volume() : 1);\n+ tokens.push_back(SFCToken(i,bx.smallEnd(),bx_vol));\n+ vol_sum += bx_vol;\n \n const SFCToken& token = tokens.back();\n \n@@ -1433,7 +1514,8 @@ DistributionMapping::makeSFC (const BoxArray& ba)\n std::sort(tokens.begin(), tokens.end(), SFCToken::Compare());\n \n const int nprocs = ParallelContext::NProcsSub();\n- Real volper = static_cast<Real>(N)/static_cast<Real>(nprocs);\n+ Real volper;\n+ volper = vol_sum / nprocs;\n \n std::vector< std::vector<int> > r(nprocs);\n Distribute(tokens, nprocs, volper, r);\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_Machine.H b/Src/Base/AMReX_Machine.H\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..b20817128fd\n--- /dev/null\n+++ b/Src/Base/AMReX_Machine.H\n@@ -0,0 +1,18 @@\n+#ifndef AMREX_MACHINE_H\n+#define AMREX_MACHINE_H\n+\n+#include <AMReX_Vector.H>\n+\n+namespace amrex {\n+namespace machine {\n+\n+void Initialize (); // called in amrex::Initialize()\n+void Finalize ();\n+\n+// find the best topologically close neighborhood of ranks\n+// returns a vector of global or local rank IDs based on flag_local_ranks\n+Vector<int> find_best_nbh (int rank_n, bool flag_local_ranks = false);\n+\n+}}\n+\n+#endif\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_Machine.cpp b/Src/Base/AMReX_Machine.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..f2dfac9edc6\n--- /dev/null\n+++ b/Src/Base/AMReX_Machine.cpp\n@@ -0,0 +1,586 @@\n+#include <string>\n+#include <vector>\n+#include <array>\n+#include <fstream>\n+#include <cassert>\n+#include <sstream>\n+#include <map>\n+#include <unordered_map>\n+\n+#include <AMReX_Print.H>\n+#include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_ParallelReduce.H>\n+#include <AMReX_Utility.H>\n+#include <AMReX_Machine.H>\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+namespace {\n+\n+struct DoubleInt {\n+ double d;\n+ int i;\n+};\n+\n+using Coord = Array<int, 4>;\n+\n+// returns coordinate in an index space with no switches\n+// for dragonfly network\n+Coord read_df_node_coord (const std::string & name)\n+{\n+ int cabx, caby, cab_chas, slot, node;\n+ {\n+ std::ifstream ifs {\"/proc/cray_xt/cname\"};\n+ if (!ifs) {\n+ // not on a cray\n+ return Coord {0,0,0,0}; // initializer_list\n+ }\n+ char t0, t1, t2, t3, t4;\n+ ifs >> t0 >> cabx >> t1 >> caby >> t2 >> cab_chas >> t3 >> slot >> t4 >> node;\n+ assert(t0 == 'c' && t1 == '-' && t2 == 'c' && t3 == 's' && t4 == 'n');\n+ }\n+\n+ int group = 0;\n+ if (name == \"edison\") {\n+ group = cabx / 2 + caby * 4; // 2 cabinets per group, 4 groups per row\n+ if (group > 12) { group--; } // nominal \"group 12\" is missing\n+ } else if (name == \"cori\") {\n+ group = cabx / 2 + caby * 6; // 2 cabinets per group, 6 groups per row\n+ } else {\n+ Print() << \"Could not determine group!\";\n+ std::abort();\n+ }\n+ int chas = cab_chas + 3*(cabx & 1); // 2 cabinets per group (6 chassis per group)\n+\n+ return Coord {node, slot, chas, group};\n+}\n+\n+std::string get_mpi_processor_name ()\n+{\n+ std::string result;\n+#if BL_USE_MPI\n+ int len;\n+ char name[MPI_MAX_PROCESSOR_NAME];\n+ MPI_Get_processor_name(name, &len);\n+ result = std::string(name);\n+#endif\n+ return result;\n+}\n+\n+// assumes groups are in 4x16x6 configuration\n+int df_coord_to_id (const Coord & c)\n+{\n+ return c[0] + 4 * (c[1] + 16 * (c[2] + 6 * c[3]));\n+}\n+\n+// assumes groups are in 4x16x6 configuration\n+Coord df_id_to_coord (int id)\n+{\n+ int node = id % 4; id /= 4;\n+ int slot = id % 16; id /= 16;\n+ int chas = id % 6; id /= 6;\n+ int group = id;\n+ return Coord {node, slot, chas, group};\n+}\n+\n+template <class T, size_t N>\n+std::string to_str(const Array<T, N> & a)\n+{\n+ std::ostringstream oss;\n+ oss << \"(\";\n+ bool first = true;\n+ for (int i = 0; i < N; ++i) {\n+ if (!first) oss << \",\";\n+ oss << a[i];\n+ first = false;\n+ }\n+ oss << \")\";\n+ return oss.str();\n+}\n+\n+template <class T>\n+std::string to_str(const Vector<T> & v)\n+{\n+ std::ostringstream oss;\n+ oss << \"(\";\n+ bool first = true;\n+ for (int i = 0; i < v.size(); ++i) {\n+ if (!first) oss << \",\";\n+ oss << v[i];\n+ first = false;\n+ }\n+ oss << \")\";\n+ return oss.str();\n+}\n+\n+Vector<int> get_subgroup_ranks ()\n+{\n+ int rank_n = ParallelContext::NProcsSub();\n+ Vector<int> lranks(rank_n);\n+ for (int i = 0; i < rank_n; ++i) {\n+ lranks[i] = i;\n+ }\n+\n+ Vector<int> granks(rank_n);\n+ ParallelContext::local_to_global_rank(granks.data(), lranks.data(), rank_n);\n+ return granks;\n+}\n+\n+int pair_n (int x) {\n+ return x*(x-1)/2;\n+}\n+\n+int df_dist (const Coord & a, const Coord & b)\n+{\n+ if (a[3] != b[3]) {\n+ // large penalty for traversing across groups\n+ return 20;\n+ } else {\n+ // same group\n+ int slot_diff = (a[1] != b[1] ? 1 : 0);\n+ int chas_diff = (a[2] != b[2] ? 1 : 0);\n+ if (slot_diff + chas_diff == 0 && a[0] == b[0]) {\n+ // same node\n+ return 0;\n+ } else {\n+ // add 2 for first and last node-to-switch hops\n+ return 2 + slot_diff + chas_diff;\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+Coord id_to_coord (int id)\n+{\n+ // TODO: implement support for other types of networks\n+ return df_id_to_coord(id);\n+}\n+\n+int dist (const Coord & a, const Coord & b)\n+{\n+ // TODO: implement support for other types of networks\n+ return df_dist(a, b);\n+}\n+\n+struct Candidate\n+{\n+ int id;\n+ Coord coord;\n+ // how many ranks on this node\n+ int rank_n = 0;\n+ // sum of pairwise rank distances from the candidate node to already chosen nodes\n+ int sum_dist = 0;\n+\n+ Candidate () = default;\n+ Candidate (int i) : id(i), coord(id_to_coord(id)) {}\n+};\n+\n+class NeighborhoodCache\n+{\n+ public:\n+ void add (uint64_t key, Vector<int> val) {\n+ AMREX_ASSERT(cache.count(key) == 0);\n+ cache[key] = std::move(val);\n+ }\n+ bool get (uint64_t key, Vector<int> & val) {\n+ bool result = cache.count(key) > 0;\n+ if (result) {\n+ val = cache.at(key);\n+ }\n+ return result;\n+ }\n+\n+ // result is dependent on both the current set of ranks\n+ // and the size of the neighborhood desired\n+ uint64_t hash (const Vector<int> & cur_ranks, int nbh_rank_n) {\n+ auto result = hash_vector(cur_ranks);\n+ hash_combine(result, nbh_rank_n);\n+ return result;\n+ }\n+\n+ private:\n+ std::unordered_map<uint64_t, Vector<int>> cache;\n+};\n+\n+class Machine\n+{\n+ public:\n+ Machine () {\n+ get_params();\n+ get_machine_envs();\n+ node_ids = get_node_ids();\n+ }\n+\n+ // find a compact neighborhood of size rank_n in the current ParallelContext subgroup\n+ Vector<int> find_best_nbh (int nbh_rank_n, bool flag_local_ranks)\n+ {\n+#ifdef BL_USE_MPI\n+ BL_PROFILE(\"Machine::find_best_nbh()\");\n+\n+ auto sg_g_ranks = get_subgroup_ranks();\n+ auto sg_rank_n = sg_g_ranks.size();\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"Machine::find_best_nbh(): called for \" << nbh_rank_n\n+ << \" of \" << sg_rank_n << \" ranks\" << std::endl;\n+ }\n+\n+ Vector<int> result;\n+ auto key = nbh_cache.hash(sg_g_ranks, nbh_rank_n);\n+ if (nbh_cache.get(key, result)) {\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"Machine::find_best_nbh(): found neighborhood in cache\" << std::endl;\n+ }\n+ } else {\n+ // get node IDs of current subgroup\n+ Vector<int> sg_node_ids(sg_rank_n);\n+ std::unordered_map<int, std::vector<int>> node_ranks;\n+ for (int i = 0; i < sg_rank_n; ++i) {\n+ AMREX_ASSERT(sg_g_ranks[i] >= 0 && sg_g_ranks[i] < node_ids.size());\n+ sg_node_ids[i] = node_ids[sg_g_ranks[i]];\n+ if (flag_local_ranks) {\n+ node_ranks[sg_node_ids[i]].push_back(i);\n+ } else {\n+ node_ranks[sg_node_ids[i]].push_back(sg_g_ranks[i]);\n+ }\n+ }\n+\n+ if (flag_very_verbose) {\n+ Print() << \"SubRank: GloRank: Node ID: Node Coord:\" << std::endl;\n+ for (int i = 0; i < sg_rank_n; ++i) {\n+ Print() << \" \" << i << \": \" << sg_g_ranks[i] << \": \" << sg_node_ids[i]\n+ << \": \" << to_str(id_to_coord(sg_node_ids[i])) << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n+ Vector<int> local_nbh;\n+ double score;\n+ auto rank_me = ParallelContext::MyProcSub();\n+ tie(local_nbh, score) = search_local_nbh(rank_me, sg_node_ids, nbh_rank_n);\n+\n+ if (flag_verbose) {\n+ Vector<int> base_nbh;\n+ double base_score;\n+ tie(base_nbh, base_score) = baseline_score(sg_node_ids, nbh_rank_n);\n+\n+ Print() << \"Baseline neighborhood: \" << to_str(base_nbh) << \", score = \" << base_score << std::endl;\n+ Print() << \"Rank 0's neighborhood: \" << to_str(local_nbh) << \", score = \" << score << std::endl;\n+ }\n+\n+ // determine the best neighborhood among ranks\n+ DoubleInt my_score_with_id {score, rank_me}, min_score_with_id;\n+ MPI_Allreduce(&my_score_with_id, &min_score_with_id, 1, MPI_DOUBLE_INT, MPI_MINLOC, ParallelContext::CommunicatorSub());\n+ double winner_score = min_score_with_id.d;\n+ int winner_rank = min_score_with_id.i;\n+\n+ // broadcast the best hood from winner rank to everyone\n+ int local_nbh_size = local_nbh.size();\n+ MPI_Bcast(&local_nbh_size, 1, MPI_INT, winner_rank, ParallelContext::CommunicatorSub());\n+ local_nbh.resize(local_nbh_size);\n+ MPI_Bcast(local_nbh.data(), local_nbh.size(), MPI_INT, winner_rank, ParallelContext::CommunicatorSub()); \n+\n+ std::sort(local_nbh.begin(), local_nbh.end());\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"Winning neighborhood: \" << winner_rank << \": \" << to_str(local_nbh)\n+ << \", score = \" << winner_score << std::endl;\n+ }\n+\n+ result.reserve(nbh_rank_n);\n+ for (int i = 0; i < local_nbh.size(); ++i) {\n+ for (auto rank : node_ranks.at(local_nbh[i])) {\n+ if (result.size() < nbh_rank_n) {\n+ result.push_back(rank);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ nbh_cache.add(key, result);\n+ }\n+\n+ if (flag_very_verbose) {\n+ Print() << \"Ranks in neighborhood: \" << to_str(result) << std::endl;\n+ }\n+\n+ return result;\n+#else\n+ return Vector<int>(nbh_rank_n, 0);\n+#endif\n+ }\n+\n+ private:\n+\n+ std::string hostname;\n+ std::string nersc_host;\n+ std::string partition;\n+ std::string node_list;\n+ std::string topo_addr;\n+\n+ int flag_verbose = 0;\n+ int flag_very_verbose = 0;\n+ bool flag_nersc_df;\n+ int my_node_id;\n+ Vector<int> node_ids;\n+\n+ NeighborhoodCache nbh_cache;\n+\n+ void get_params ()\n+ {\n+ ParmParse pp(\"machine\");\n+ pp.query(\"verbose\", flag_verbose);\n+ pp.query(\"very_verbose\", flag_very_verbose);\n+ }\n+\n+ std::string get_env_str (std::string env_key)\n+ {\n+ std::string result;\n+ auto val_c_str = std::getenv(env_key.c_str());\n+ if (val_c_str) {\n+ result = std::string(val_c_str);\n+ }\n+ return result;\n+ }\n+\n+ void get_machine_envs ()\n+ {\n+ hostname = get_env_str(\"HOSTNAME\");\n+ nersc_host = get_env_str(\"NERSC_HOST\");\n+ flag_nersc_df = (nersc_host == \"edison\" ||\n+ nersc_host == \"cori\" ||\n+ nersc_host == \"saul\");\n+\n+ if (flag_nersc_df) {\n+ partition = get_env_str(\"SLURM_JOB_PARTITION\");\n+ node_list = get_env_str(\"SLURM_NODELIST\");\n+ topo_addr = get_env_str(\"SLURM_TOPOLOGY_ADDR\");\n+\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"HOSTNAME = \" << hostname << std::endl;\n+ Print() << \"NERSC_HOST = \" << nersc_host << std::endl;\n+ Print() << \"SLURM_JOB_PARTITION = \" << partition << std::endl;\n+ Print() << \"SLURM_NODELIST = \" << node_list << std::endl;\n+ Print() << \"SLURM_TOPOLOGY_ADDR = \" << topo_addr << std::endl;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ // get this rank's machine node ID\n+ int get_my_node_id ()\n+ {\n+ int result = -1;\n+ if (flag_nersc_df) {\n+ std::string tag = \"nid\";\n+ auto pos = topo_addr.find(tag);\n+ if (pos != std::string::npos) {\n+ result = stoi(topo_addr.substr(pos + tag.size())); // assumes format \".*nid(\\d+)\"\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"Got node ID from SLURM_TOPOLOGY_ADDR: \" << result << std::endl;\n+ }\n+#if BL_USE_MPI\n+ } else {\n+ auto mpi_proc_name = get_mpi_processor_name();\n+ Print() << \"MPI_Get_processor_name: \" << mpi_proc_name << std::endl;\n+ pos = mpi_proc_name.find(tag);\n+ if (pos != std::string::npos) {\n+ result = stoi(mpi_proc_name.substr(pos + tag.size())); // assumes format \".*nid(\\d+)\"\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \"Got node ID from MPI_Get_processor_name(): \" << result << std::endl;\n+ }\n+ }\n+#endif\n+ }\n+\n+ // check result\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(result != -1);\n+#ifndef NDEBUG\n+ auto coord = read_df_node_coord(nersc_host);\n+ int id_from_coord = df_coord_to_id(coord);\n+ AMREX_ASSERT(id_from_coord == result);\n+#endif\n+ } else {\n+ result = 0;\n+ }\n+\n+ return result;\n+ }\n+\n+ // get all node IDs in this job, indexed by job rank\n+ // this is collective over ALL ranks in the job\n+ Vector<int> get_node_ids ()\n+ {\n+ int node_id = -1;\n+ Vector<int> ids(ParallelDescriptor::NProcs(), 0);\n+#ifdef BL_USE_MPI\n+ node_id = get_my_node_id();\n+ ParallelAllGather::AllGather(node_id, ids.data(), ParallelContext::CommunicatorAll());\n+#endif\n+ if (flag_verbose) {\n+ std::map<int, Vector<int>> node_ranks;\n+ for (int i = 0; i < ids.size(); ++i) {\n+ node_ranks[ids[i]].push_back(i);\n+ }\n+ Print() << \"Node ID: Node Coord: Ranks:\" << std::endl;\n+ for (const auto & p : node_ranks) {\n+ Print() << \" \" << p.first << \": \" << to_str(id_to_coord(p.first))\n+ << \": \" << to_str(p.second) << std::endl;\n+ }\n+ }\n+ return ids;\n+ }\n+\n+ // do a local search starting at current node\n+ std::pair<Vector<int>, double>\n+ baseline_score(const Vector<int> & sg_node_ids, int nbh_rank_n)\n+ {\n+ AMREX_ASSERT(sg_node_ids.size() > 0 && nbh_rank_n > 0 &&\n+ nbh_rank_n <= sg_node_ids.size());\n+\n+ // construct map of node candidates to select\n+ std::map<int, Candidate> cand_map;\n+ for (int i = 0; i < nbh_rank_n; ++i) {\n+ auto node_id = sg_node_ids[i];\n+ if (cand_map.count(node_id) == 0) {\n+ cand_map[node_id] = Candidate(node_id);\n+ }\n+ cand_map.at(node_id).rank_n++;\n+ }\n+\n+ Vector<int> result(cand_map.size());\n+ Vector<Candidate> candidates(cand_map.size());\n+ int idx = 0;\n+ for (auto & p : cand_map) {\n+ result[idx] = p.second.id;\n+ candidates[idx++] = std::move(p.second);\n+ }\n+\n+ int sum_dist = 0;\n+ for (int j = 1; j < candidates.size(); ++j) {\n+ const auto & b = candidates[j];\n+ for (int i = 0; i < j; ++i) {\n+ const auto & a = candidates[i];\n+ auto pair_dist = dist(a.coord, b.coord);\n+ // multiply distance by number of rank pairs across the two nodes\n+ sum_dist += pair_dist * (a.rank_n * b.rank_n);\n+ if (flag_very_verbose) {\n+ Print() << \" Distance from \" << a.id\n+ << \" to \" << b.id\n+ << \": \" << pair_dist << std::endl;\n+ }\n+ }\n+ }\n+ double score = (nbh_rank_n > 1) ? (static_cast<double>(sum_dist) / pair_n(nbh_rank_n)) : 0;\n+ return std::make_pair(std::move(result), score);\n+ }\n+\n+ // do a local search starting at current node\n+ std::pair<Vector<int>, double>\n+ search_local_nbh(int rank_me, const Vector<int> & sg_node_ids, int nbh_rank_n)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"Machine::search_local_nbh()\");\n+\n+ Print() << \"Machine::search_local_nbh() called ...\" << std::endl;\n+\n+ Vector<int> result;\n+\n+ // construct map of node candidates to select\n+ std::map<int, Candidate> candidates;\n+ for (auto node_id : sg_node_ids) {\n+ if (candidates.count(node_id) == 0) {\n+ candidates[node_id] = Candidate(node_id);\n+ }\n+ candidates.at(node_id).rank_n++;\n+ }\n+\n+ if (flag_very_verbose) {\n+ Print() << \" Candidates:\" << std::endl;\n+ for (const auto & p : candidates) {\n+ const auto & cand = p.second;\n+ Print() << \" \" << cand.id << \" : \" << to_str(cand.coord)\n+ << \": \" << cand.rank_n << \" ranks\" << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n+ AMREX_ASSERT(rank_me >= 0 && rank_me < sg_node_ids.size());\n+ Candidate cur_node = std::move(candidates.at(sg_node_ids[rank_me]));\n+ candidates.erase(cur_node.id);\n+\n+ // add source_node\n+ result.push_back(cur_node.id);\n+ int total_rank_n = cur_node.rank_n;\n+ int total_pairs_dist = 0;\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \" Added \" << cur_node.id\n+ << \": \" << to_str(cur_node.coord)\n+ << \", ranks: \" << cur_node.rank_n\n+ << \", total ranks: \" << total_rank_n\n+ << \", avg dist: \" << 0 << std::endl;\n+ }\n+ if (total_rank_n >= nbh_rank_n) {\n+ return {std::move(result), 0};\n+ }\n+\n+ double min_avg_dist;\n+ while (total_rank_n < nbh_rank_n)\n+ {\n+ min_avg_dist = std::numeric_limits<double>::max();\n+ Candidate * next_node = nullptr;\n+ // update candidates with their pairwise rank distances to cur_node\n+ for (auto & p : candidates) {\n+ Candidate & cand_node = p.second;\n+ auto cand_dist = dist(cand_node.coord, cur_node.coord);\n+ // multiply distance by number of rank pairs across the two nodes\n+ cand_node.sum_dist += cand_dist * (cand_node.rank_n * cur_node.rank_n);\n+ double avg_dist = static_cast<double>(cand_node.sum_dist + total_pairs_dist) /\n+ pair_n(cand_node.rank_n + total_rank_n);\n+ if (flag_very_verbose) {\n+ Print() << \" Distance from \" << cand_node.id\n+ << \" to \" << cur_node.id\n+ << \": \" << cand_dist\n+ << \", candidate avg: \" << avg_dist << std::endl;\n+ }\n+ // keep track of what should be the next node to add\n+ if (avg_dist < min_avg_dist) {\n+ next_node = &cand_node;\n+ min_avg_dist = avg_dist;\n+ }\n+ }\n+ cur_node = std::move(*next_node);\n+ next_node = nullptr;\n+ candidates.erase(cur_node.id);\n+\n+ // add cur_node to result\n+ result.push_back(cur_node.id);\n+ total_rank_n += cur_node.rank_n;\n+ total_pairs_dist += cur_node.sum_dist;\n+\n+ if (flag_verbose) {\n+ Print() << \" Added \" << cur_node.id\n+ << \": \" << to_str(cur_node.coord)\n+ << \", ranks: \" << cur_node.rank_n\n+ << \", total ranks: \" << total_rank_n\n+ << \", avg dist: \" << min_avg_dist << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n+ return std::make_pair(std::move(result), min_avg_dist);\n+ }\n+};\n+\n+std::unique_ptr<Machine> the_machine;\n+\n+}\n+\n+namespace amrex {\n+namespace machine {\n+\n+void Initialize () {\n+ the_machine.reset(new Machine());\n+ amrex::ExecOnFinalize(machine::Finalize);\n+}\n+\n+void Finalize () {\n+ the_machine.reset();\n+}\n+\n+Vector<int> find_best_nbh (int rank_n, bool flag_local_ranks) {\n+ AMREX_ASSERT(the_machine);\n+ return the_machine->find_best_nbh(rank_n, flag_local_ranks);\n+}\n+\n+}}\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_MultiFabUtil.cpp b/Src/Base/AMReX_MultiFabUtil.cpp\nindex 295a1bc0b2a..a11d65457f4 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_MultiFabUtil.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX_MultiFabUtil.cpp\n@@ -238,6 +238,7 @@ namespace amrex\n \t\t const Geometry& fgeom, const Geometry& cgeom,\n int scomp, int ncomp, const IntVect& ratio)\n {\n+ BL_PROFILE(\"amrex::average_down_w_geom\");\n \n if (S_fine.is_nodal() || S_crse.is_nodal())\n {\n@@ -337,6 +338,7 @@ namespace amrex\n void average_down (const MultiFab& S_fine, MultiFab& S_crse,\n int scomp, int ncomp, const IntVect& ratio)\n {\n+ BL_PROFILE(\"amrex::average_down\");\n AMREX_ASSERT(S_crse.nComp() == S_fine.nComp());\n AMREX_ASSERT((S_crse.is_cell_centered() && S_fine.is_cell_centered()) ||\n (S_crse.is_nodal() && S_fine.is_nodal()));\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_ParallelContext.H b/Src/Base/AMReX_ParallelContext.H\nindex c71fc0d82b6..c9f7f59de23 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_ParallelContext.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_ParallelContext.H\n@@ -58,6 +58,8 @@ inline int NProcsAll () { return frames[0].NProcs(); }\n inline int MyProcAll () { return frames[0].MyProc(); }\n // IO rank in world communicator\n inline int IOProcessorNumberAll () { return frames[0].IOProc(); }\n+// Am IO processor for world communicator?\n+inline bool IOProcessorAll () { return MyProcAll() == IOProcessorNumberAll(); }\n // Pointer to ofstream\n inline std::ofstream * OFSPtrAll () { return frames[0].get_ofs_ptr(); }\n \n@@ -71,6 +73,8 @@ inline int NProcsSub () { return frames.back().NProcs(); }\n inline int MyProcSub () { return frames.back().MyProc(); }\n // IO sub-rank in current frame\n inline int IOProcessorNumberSub () { return frames.back().IOProc(); }\n+// Am IO processor for current frame?\n+inline bool IOProcessorSub () { return MyProcSub() == IOProcessorNumberSub(); }\n // Pointer to ofstream\n inline std::ofstream * OFSPtrSub () { return frames.back().get_ofs_ptr(); }\n \ndiff --git a/Src/Base/AMReX_ParallelReduce.H b/Src/Base/AMReX_ParallelReduce.H\nindex 0776f5875a1..5ae621bf060 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_ParallelReduce.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_ParallelReduce.H\n@@ -36,9 +36,11 @@ namespace detail {\n auto mpi_op = mpi_ops[static_cast<int>(op)];\n Vector<T> tmp(v, v+cnt);\n if (root == -1) {\n+ // TODO: add BL_COMM_PROFILE commands\n MPI_Allreduce(tmp.data(), v, cnt, ParallelDescriptor::Mpi_typemap<T>::type(),\n mpi_op, comm);\n } else {\n+ // TODO: add BL_COMM_PROFILE commands\n MPI_Reduce(tmp.data(), v, cnt, ParallelDescriptor::Mpi_typemap<T>::type(),\n mpi_op, root, comm);\n }\n@@ -65,9 +67,15 @@ namespace detail {\n {\n auto mpi_type = ParallelDescriptor::Mpi_typemap<T>::type();\n if (root == -1) {\n+ // TODO: check these BL_COMM_PROFILE commands\n+ BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(T), BLProfiler::BeforeCall(),\n+ BLProfiler::NoTag());\n // const_cast for MPI-2\n MPI_Allgather(const_cast<T*>(v), cnt, mpi_type, vs, cnt, mpi_type, comm);\n+ BL_COMM_PROFILE(BLProfiler::Allgather, sizeof(T), BLProfiler::AfterCall(),\n+ BLProfiler::NoTag());\n } else {\n+ // TODO: add BL_COMM_PROFILE commands\n MPI_Gather(const_cast<T*>(v), cnt, mpi_type, vs, cnt, mpi_type, root, comm);\n }\n }\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_Utility.H b/Src/Base/AMReX_Utility.H\nindex ba09a6cc17f..7d259f51159 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_Utility.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_Utility.H\n@@ -318,6 +318,9 @@ namespace amrex\n std::chrono::steady_clock>::type;\n double second ();\n \n+ template<typename T> void hash_combine (uint64_t & seed, const T & val);\n+ template<typename T> uint64_t hash_vector (const Vector<T> & vec, uint64_t seed = 0xDEADBEEFDEADBEEF);\n+\n template <class T>\n AMREX_GPU_HOST_DEVICE\n AMREX_INLINE const T& min (const T& a, const T& b)\n@@ -447,4 +450,47 @@ extern \"C\" {\n void amrex_free (void* p);\n }\n \n+// hash combiner borrowed from Boost\n+/*\n+Boost Software License - Version 1.0 - August 17th, 2003\n+\n+Permission is hereby granted, free of charge, to any person or organization\n+obtaining a copy of the software and accompanying documentation covered by\n+this license (the \"Software\") to use, reproduce, display, distribute,\n+execute, and transmit the Software, and to prepare derivative works of the\n+Software, and to permit third-parties to whom the Software is furnished to\n+do so, all subject to the following:\n+\n+The copyright notices in the Software and this entire statement, including\n+the above license grant, this restriction and the following disclaimer,\n+must be included in all copies of the Software, in whole or in part, and\n+all derivative works of the Software, unless such copies or derivative\n+works are solely in the form of machine-executable object code generated by\n+a source language processor.\n+\n+THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR\n+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,\n+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE, TITLE AND NON-INFRINGEMENT. IN NO EVENT\n+SHALL THE COPYRIGHT HOLDERS OR ANYONE DISTRIBUTING THE SOFTWARE BE LIABLE\n+FOR ANY DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, TORT OR OTHERWISE,\n+ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER\n+DEALINGS IN THE SOFTWARE.\n+*/\n+template<typename T>\n+void\n+amrex::hash_combine (uint64_t & seed, const T & val)\n+{\n+ seed ^= std::hash<T>()(val) + 0x9e3779b9 + (seed<<6) + (seed>>2);\n+}\n+\n+template<typename T>\n+uint64_t\n+amrex::hash_vector (const Vector<T> & vec, uint64_t seed)\n+{\n+ for (const auto & x: vec) {\n+ hash_combine(seed, x);\n+ }\n+ return seed;\n+}\n+\n #endif /*BL_UTILITY_H*/\ndiff --git a/Src/Base/CMakeLists.txt b/Src/Base/CMakeLists.txt\nindex 7a24d131f45..694bf0fa394 100644\n--- a/Src/Base/CMakeLists.txt\n+++ b/Src/Base/CMakeLists.txt\n@@ -128,6 +128,8 @@ add_sources( AMReX_io_mod.F90 )\n \n add_sources( AMReX_BLProfiler.cpp AMReX_BLBackTrace.cpp )\n \n+# Machine model\n+add_sources ( AMReX_Machine.H AMReX_Machine.cpp )\n \n # LAZY mode not supported in CMake yet\n # ifeq ($(LAZY),TRUE)\ndiff --git a/Src/Base/Make.package b/Src/Base/Make.package\nindex 361adffbb65..cf512bb2a0e 100644\n--- a/Src/Base/Make.package\n+++ b/Src/Base/Make.package\n@@ -211,6 +211,9 @@ ifeq ($(TINY_PROFILE),TRUE)\n C$(AMREX_BASE)_sources += AMReX_TinyProfiler.cpp\n endif\n \n+# Machine model\n+CEXE_headers += AMReX_Machine.H\n+CEXE_sources += AMReX_Machine.cpp\n \n VPATH_LOCATIONS += $(AMREX_HOME)/Src/Base\n INCLUDE_LOCATIONS += $(AMREX_HOME)/Src/Base\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCGSolver.cpp b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCGSolver.cpp\nindex ef74c5c1807..29b85ee7187 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCGSolver.cpp\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCGSolver.cpp\n@@ -80,7 +80,7 @@ MLCGSolver::solve_bicgstab (MultiFab& sol,\n Real eps_rel,\n Real eps_abs)\n {\n- BL_PROFILE_REGION(\"MLCGSolver::bicgstab\");\n+ BL_PROFILE(\"MLCGSolver::bicgstab\");\n \n const int nghost = sol.nGrow(), ncomp = sol.nComp();\n \n@@ -192,7 +192,9 @@ MLCGSolver::solve_bicgstab (MultiFab& sol,\n //\n Real tvals[2] = { dotxy(t,t,true), dotxy(t,s,true) };\n \n+ BL_PROFILE_VAR(\"MLCGSolver::ParallelAllReduce\", blp_par);\n ParallelAllReduce::Sum(tvals,2,Lp.BottomCommunicator());\n+ BL_PROFILE_VAR_STOP(blp_par);\n \n if ( tvals[0] )\n \t{\n@@ -260,7 +262,7 @@ MLCGSolver::solve_cg (MultiFab& sol,\n Real eps_rel,\n Real eps_abs)\n {\n- BL_PROFILE_REGION(\"MLCGSolver::cg\");\n+ BL_PROFILE(\"MLCGSolver::cg\");\n \n const int nghost = sol.nGrow(), ncomp = sol.nComp();\n \n@@ -390,7 +392,11 @@ MLCGSolver::solve_cg (MultiFab& sol,\n Real\n MLCGSolver::dotxy (const MultiFab& r, const MultiFab& z, bool local)\n {\n- return Lp.xdoty(amrlev, mglev, r, z, local);\n+ BL_PROFILE_VAR_NS(\"MLCGSolver::ParallelAllReduce\", blp_par);\n+ if (!local) { BL_PROFILE_VAR_START(blp_par); }\n+ Real result = Lp.xdoty(amrlev, mglev, r, z, local);\n+ if (!local) { BL_PROFILE_VAR_STOP(blp_par); }\n+ return result;\n }\n \n Real\n@@ -402,6 +408,7 @@ MLCGSolver::norm_inf (const MultiFab& res, bool local)\n result = std::max(result,res.norm0(n,0,true));\n \n if (!local) {\n+ BL_PROFILE(\"MLCGSolver::ParallelAllReduce\");\n ParallelAllReduce::Max(result, Lp.BottomCommunicator());\n }\n return result;\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.H b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.H\nindex 360aaf5a344..02824fe284a 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.H\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.H\n@@ -34,6 +34,62 @@ public:\n }\n virtual void update () override;\n \n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ struct Counters\n+ {\n+ size_t smooth_n = 0;\n+ size_t smooth_cell_n = 0;\n+ size_t apply_n = 0;\n+ size_t apply_cell_n = 0;\n+ size_t restrict_n = 0;\n+ size_t restrict_cell_n = 0;\n+ size_t interp_n = 0;\n+ size_t interp_cell_n = 0;\n+\n+ void reset () {\n+ smooth_n = 0;\n+ smooth_cell_n = 0;\n+ apply_n = 0;\n+ apply_cell_n = 0;\n+ restrict_n = 0;\n+ restrict_cell_n = 0;\n+ interp_n = 0;\n+ interp_cell_n = 0;\n+ }\n+\n+ void smooth (const MultiFab & mf) {\n+ smooth_n++;\n+ smooth_cell_n += mf.boxArray().numPts();\n+ }\n+ void apply (const MultiFab & mf) {\n+ apply_n++;\n+ apply_cell_n += mf.boxArray().numPts();\n+ }\n+ void restrict (const MultiFab & mf) {\n+ restrict_n++;\n+ restrict_cell_n += mf.boxArray().numPts();\n+ }\n+ void interpolate (const MultiFab & mf) {\n+ interp_n++;\n+ interp_cell_n += mf.boxArray().numPts();\n+ }\n+\n+ void print () {\n+ Print() << ParallelContext::MyProcSub() << \": perf: MLCellLinOp::smooth() called \" << smooth_n\n+ << \" times on \" << smooth_cell_n << \" cells total\" << std::endl;\n+ Print() << ParallelContext::MyProcSub() << \": perf: MLCellLinOp::apply() called \" << apply_n\n+ << \" times on \" << apply_cell_n << \" cells total\" << std::endl;\n+ Print() << ParallelContext::MyProcSub() << \": perf: MLCellLinOp::restriction() called \" << restrict_n\n+ << \" times on \" << restrict_cell_n << \" cells total\" << std::endl;\n+ Print() << ParallelContext::MyProcSub() << \": perf: MLCellLinOp::interpolation() called \" << interp_n\n+ << \" times on \" << interp_cell_n << \" cells total\" << std::endl;\n+ }\n+ };\n+\n+ // software counters for performance analysis\n+ static Counters perf_counters;\n+#endif\n+\n protected:\n \n virtual bool isCrossStencil () const { return true; }\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.cpp b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.cpp\nindex d47e7de0870..385e032ef3f 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.cpp\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLCellLinOp.cpp\n@@ -296,12 +296,18 @@ void\n MLCellLinOp::restriction (int, int, MultiFab& crse, MultiFab& fine) const\n {\n const int ncomp = getNComp();\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ perf_counters.restrict(crse);\n+#endif\n amrex::average_down(fine, crse, 0, ncomp, 2);\n }\n \n void\n MLCellLinOp::interpolation (int amrlev, int fmglev, MultiFab& fine, const MultiFab& crse) const\n {\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ perf_counters.interpolate(fine);\n+#endif\n #ifdef _OPENMP\n #pragma omp parallel\n #endif\n@@ -336,6 +342,9 @@ MLCellLinOp::apply (int amrlev, int mglev, MultiFab& out, MultiFab& in, BCMode b\n {\n BL_PROFILE(\"MLCellLinOp::apply()\");\n applyBC(amrlev, mglev, in, bc_mode, s_mode, bndry);\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ perf_counters.apply(out);\n+#endif\n Fapply(amrlev, mglev, out, in);\n }\n \n@@ -348,6 +357,9 @@ MLCellLinOp::smooth (int amrlev, int mglev, MultiFab& sol, const MultiFab& rhs,\n {\n applyBC(amrlev, mglev, sol, BCMode::Homogeneous, StateMode::Solution,\n nullptr, skip_fillboundary);\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ perf_counters.smooth(sol);\n+#endif\n Fsmooth(amrlev, mglev, sol, rhs, redblack);\n skip_fillboundary = false;\n }\n@@ -843,4 +855,9 @@ MLCellLinOp::update ()\n if (MLLinOp::needsUpdate()) MLLinOp::update();\n }\n \n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+// perf_counters\n+MLCellLinOp::Counters MLCellLinOp::perf_counters;\n+#endif\n+\n }\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.H b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.H\nindex 32749de0505..52a87c675f5 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.H\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.H\n@@ -56,6 +56,9 @@ public:\n \n enum struct Location { FaceCenter, FaceCentroid, CellCenter, CellCentroid };\n \n+ static void Initialize ();\n+ static void Finalize ();\n+\n MLLinOp ();\n virtual ~MLLinOp ();\n \n@@ -279,6 +282,7 @@ private:\n static void makeConsolidatedDMap (const Vector<BoxArray>& ba, Vector<DistributionMapping>& dm,\n int ratio, int strategy);\n MPI_Comm makeSubCommunicator (const DistributionMapping& dm);\n+ void remapNeighborhoods (Vector<DistributionMapping> & dms);\n };\n \n }\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.cpp b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.cpp\nindex 1a08ce6caef..131ef7b8b29 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.cpp\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLLinOp.cpp\n@@ -1,8 +1,13 @@\n \n #include <cmath>\n #include <algorithm>\n+#include <unordered_map>\n+#include <set>\n+#include <AMReX_Utility.H>\n #include <AMReX_MLLinOp.H>\n+#include <AMReX_MLCellLinOp.H>\n #include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_Machine.H>\n \n #ifdef AMREX_USE_EB\n #include <AMReX_EB2.H>\n@@ -21,9 +26,95 @@ constexpr int MLLinOp::mg_box_min_width;\n \n namespace {\n // experimental features\n- bool initialized = false;\n+ bool initialized = false; // track initialization of static state\n+ int consolidation_threshold = -1;\n int consolidation_ratio = 2;\n int consolidation_strategy = 3;\n+\n+ int flag_verbose_linop = 0;\n+ int flag_comm_cache = 0;\n+ int flag_use_mota = 0;\n+ int remap_nbh_lb = 1;\n+\n+#ifdef BL_USE_MPI\n+ class CommCache\n+ {\n+ public:\n+ CommCache () = default;\n+ CommCache (const CommCache&) = delete;\n+ CommCache (CommCache&&) = delete;\n+ void operator= (const CommCache&) = delete;\n+ void operator= (CommCache&&) = delete;\n+\n+ ~CommCache () {\n+ for (auto & p : cache) {\n+ if (p.second != MPI_COMM_NULL) {\n+ MPI_Comm_free(&p.second);\n+ }\n+ }\n+ }\n+ void add (size_t key, MPI_Comm comm) {\n+ AMREX_ASSERT(cache.count(key) == 0);\n+ cache[key] = comm;\n+ }\n+ bool get (size_t key, MPI_Comm &comm) {\n+ bool result = cache.count(key) > 0;\n+ if (result) {\n+ comm = cache.at(key);\n+ }\n+ return result;\n+ }\n+\n+ private:\n+ std::unordered_map<size_t, MPI_Comm> cache;\n+ };\n+\n+ std::unique_ptr<CommCache> comm_cache;\n+#endif\n+\n+ Vector<int> get_subgroup_ranks ()\n+ {\n+ int rank_n = ParallelContext::NProcsSub();\n+ Vector<int> lranks(rank_n);\n+ for (int i = 0; i < rank_n; ++i) {\n+ lranks[i] = i;\n+ }\n+\n+ Vector<int> granks(rank_n);\n+ ParallelContext::local_to_global_rank(granks.data(), lranks.data(), rank_n);\n+ return granks;\n+ }\n+}\n+\n+// static member function\n+void MLLinOp::Initialize ()\n+{\n+ ParmParse pp(\"mg\");\n+ pp.query(\"consolidation_threshold\", consolidation_threshold);\n+ pp.query(\"consolidation_ratio\", consolidation_ratio);\n+ pp.query(\"consolidation_strategy\", consolidation_strategy);\n+ pp.query(\"verbose_linop\", flag_verbose_linop);\n+ pp.query(\"comm_cache\", flag_comm_cache);\n+ pp.query(\"mota\", flag_use_mota);\n+ pp.query(\"remap_nbh_lb\", remap_nbh_lb);\n+\n+#ifdef BL_USE_MPI\n+ comm_cache.reset(new CommCache());\n+#endif\n+ amrex::ExecOnFinalize(MLLinOp::Finalize);\n+ initialized = true;\n+}\n+\n+// static member function\n+void MLLinOp::Finalize ()\n+{\n+ initialized = false;\n+#ifdef BL_USE_MPI\n+ comm_cache.reset();\n+#endif\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ MLCellLinOp::perf_counters.reset();\n+#endif\n }\n \n MLLinOp::MLLinOp () {}\n@@ -40,10 +131,7 @@ MLLinOp::define (const Vector<Geometry>& a_geom,\n BL_PROFILE(\"MLLinOp::define()\");\n \n if (!initialized) {\n-\tParmParse pp(\"mg\");\n-\tpp.query(\"consolidation_ratio\", consolidation_ratio);\n-\tpp.query(\"consolidation_strategy\", consolidation_strategy);\n-\tinitialized = true;\n+ Initialize();\n }\n \n info = a_info;\n@@ -158,6 +246,7 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n \n bool agged = false;\n bool coned = false;\n+ int agg_lev, con_lev;\n \n if (info.do_agglomeration && aggable)\n {\n@@ -237,6 +326,7 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n \n m_dmap[0].push_back(DistributionMapping());\n agged = true;\n+ agg_lev = last_coarsenableto_lev;\n }\n \n m_num_mg_levels[0] = m_grids[0].size();\n@@ -245,12 +335,14 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n else\n {\n int rr = mg_coarsen_ratio;\n- Real avg_npts, threshold_npts;\n+ Real avg_npts;\n if (info.do_consolidation) {\n avg_npts = static_cast<Real>(a_grids[0].d_numPts()) / static_cast<Real>(ParallelContext::NProcsSub());\n- threshold_npts = static_cast<Real>(AMREX_D_TERM(info.con_grid_size,\n- *info.con_grid_size,\n- *info.con_grid_size));\n+ if (consolidation_threshold == -1) {\n+ consolidation_threshold = static_cast<Real>(AMREX_D_TERM(info.con_grid_size,\n+ *info.con_grid_size,\n+ *info.con_grid_size));\n+ }\n }\n while (m_num_mg_levels[0] < info.max_coarsening_level + 1\n and a_geom[0].Domain().coarsenable(rr)\n@@ -263,9 +355,10 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n \n if (info.do_consolidation)\n {\n- if (avg_npts/(AMREX_D_TERM(rr,*rr,*rr)) < 0.999*threshold_npts)\n+ if (avg_npts/(AMREX_D_TERM(rr,*rr,*rr)) < 0.999*consolidation_threshold)\n {\n coned = true;\n+ con_lev = m_dmap[0].size();\n m_dmap[0].push_back(DistributionMapping());\n }\n else\n@@ -292,6 +385,11 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n makeConsolidatedDMap(m_grids[0], m_dmap[0], consolidation_ratio, consolidation_strategy);\n }\n \n+ if (flag_use_mota && (agged || coned))\n+ {\n+ remapNeighborhoods(m_dmap[0]);\n+ }\n+\n if (info.do_agglomeration || info.do_consolidation)\n {\n m_bottom_comm = makeSubCommunicator(m_dmap[0].back());\n@@ -304,6 +402,19 @@ MLLinOp::defineGrids (const Vector<Geometry>& a_geom,\n m_do_agglomeration = agged;\n m_do_consolidation = coned;\n \n+ if (flag_verbose_linop) {\n+ if (agged) {\n+ Print() << \"MLLinOp::defineGrids(): agglomerated AMR level 0 starting at MG level \"\n+ << agg_lev << \" of \" << m_num_mg_levels[0] << std::endl;\n+ } else if (coned) {\n+ Print() << \"MLLinOp::defineGrids(): consolidated AMR level 0 starting at MG level \"\n+ << con_lev << \" of \" << m_num_mg_levels[0]\n+ << \" (ratio = \" << consolidation_ratio << \")\" << std::endl;\n+ } else {\n+ Print() << \"MLLinOp::defineGrids(): no agglomeration or consolidation of AMR level 0\" << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n for (int amrlev = 0; amrlev < m_num_amr_levels; ++amrlev)\n {\n for (int mglev = 1; mglev < m_num_mg_levels[amrlev]; ++mglev)\n@@ -377,30 +488,59 @@ MLLinOp::makeSubCommunicator (const DistributionMapping& dm)\n BL_PROFILE(\"MLLinOp::makeSubCommunicator()\");\n \n #ifdef BL_USE_MPI\n- MPI_Comm newcomm;\n- MPI_Group defgrp, newgrp;\n-\n- MPI_Comm_group(m_default_comm, &defgrp);\n \n Vector<int> newgrp_ranks = dm.ProcessorMap();\n std::sort(newgrp_ranks.begin(), newgrp_ranks.end());\n auto last = std::unique(newgrp_ranks.begin(), newgrp_ranks.end());\n newgrp_ranks.erase(last, newgrp_ranks.end());\n \n- if (ParallelContext::CommunicatorSub() == ParallelDescriptor::Communicator()) {\n- MPI_Group_incl(defgrp, newgrp_ranks.size(), newgrp_ranks.data(), &newgrp);\n- } else {\n- Vector<int> local_newgrp_ranks(newgrp_ranks.size());\n- ParallelContext::global_to_local_rank(local_newgrp_ranks.data(),\n- newgrp_ranks.data(), newgrp_ranks.size());\n- MPI_Group_incl(defgrp, local_newgrp_ranks.size(), local_newgrp_ranks.data(), &newgrp);\n+ if (flag_verbose_linop) {\n+ Print() << \"MLLinOp::makeSubCommunicator(): called for \" << newgrp_ranks.size() << \" ranks\" << std::endl;\n }\n \n- MPI_Comm_create(m_default_comm, newgrp, &newcomm); \n- m_raii_comm.reset(new CommContainer(newcomm));\n+ MPI_Comm newcomm;\n+ bool cache_hit = false;\n+ uint64_t key = 0;\n+ if (flag_comm_cache) {\n+ AMREX_ASSERT(comm_cache);\n+ key = hash_vector(newgrp_ranks, hash_vector(get_subgroup_ranks()));\n+ cache_hit = comm_cache->get(key, newcomm);\n+ if (cache_hit && flag_verbose_linop) {\n+ Print() << \"MLLinOp::makeSubCommunicator(): found subcomm in cache\" << std::endl;\n+ }\n+ }\n+\n+ if (!flag_comm_cache || !cache_hit) {\n+ MPI_Group defgrp, newgrp;\n+ MPI_Comm_group(m_default_comm, &defgrp);\n+ if (ParallelContext::CommunicatorSub() == ParallelDescriptor::Communicator()) {\n+ MPI_Group_incl(defgrp, newgrp_ranks.size(), newgrp_ranks.data(), &newgrp);\n+ } else {\n+ Vector<int> local_newgrp_ranks(newgrp_ranks.size());\n+ ParallelContext::global_to_local_rank(local_newgrp_ranks.data(),\n+ newgrp_ranks.data(), newgrp_ranks.size());\n+ MPI_Group_incl(defgrp, local_newgrp_ranks.size(), local_newgrp_ranks.data(), &newgrp);\n+ }\n+\n+ if (flag_verbose_linop) {\n+ Print() << \"MLLinOp::makeSubCommunicator(): MPI_Comm_create: (\";\n+ for (auto rank : newgrp_ranks) {\n+ Print() << rank << \",\";\n+ }\n+ Print() << \"\\b)\" << std::endl;\n+ }\n+\n+ MPI_Comm_create(m_default_comm, newgrp, &newcomm);\n+\n+ if (flag_comm_cache) {\n+ comm_cache->add(key, newcomm);\n+ } else {\n+ m_raii_comm.reset(new CommContainer(newcomm));\n+ }\n \n- MPI_Group_free(&defgrp);\n- MPI_Group_free(&newgrp);\n+ MPI_Group_free(&defgrp);\n+ MPI_Group_free(&newgrp);\n+ }\n \n return newcomm;\n #else\n@@ -490,6 +630,44 @@ MLLinOp::makeConsolidatedDMap (const Vector<BoxArray>& ba, Vector<DistributionMa\n }\n }\n \n+void\n+MLLinOp::remapNeighborhoods (Vector<DistributionMapping> & dms)\n+{\n+ BL_PROFILE(\"MLLinOp::remapNeighborhoods()\");\n+\n+ if (flag_verbose_linop) {\n+ Print() << \"Remapping ranks to neighborhoods ...\" << std::endl;\n+ }\n+\n+ for (int j = 1; j < dms.size(); ++j)\n+ {\n+ const Vector<int> & pmap = dms[j].ProcessorMap();\n+ std::set<int> g_ranks_set(pmap.begin(), pmap.end());\n+ auto lev_rank_n = g_ranks_set.size();\n+ if (lev_rank_n >= remap_nbh_lb && lev_rank_n < ParallelContext::NProcsSub())\n+ {\n+ // find best neighborhood with lev_rank_n ranks\n+ auto nbh_g_ranks = machine::find_best_nbh(lev_rank_n);\n+ AMREX_ASSERT(nbh_g_ranks.size() == lev_rank_n);\n+\n+ // construct mapping from original global rank to neighborhood global rank\n+ int idx = 0;\n+ std::unordered_map<int, int> rank_mapping;\n+ for (auto orig_g_rank : g_ranks_set) {\n+ AMREX_ASSERT(idx < nbh_g_ranks.size());\n+ rank_mapping[orig_g_rank] = nbh_g_ranks[idx++];\n+ }\n+\n+ // remap and create new DM\n+ Vector<int> nbh_pmap(pmap.size());\n+ for (int i = 0; i < pmap.size(); ++i) {\n+ nbh_pmap[i] = rank_mapping.at(pmap[i]);\n+ }\n+ dms[j] = DistributionMapping(std::move(nbh_pmap));\n+ }\n+ }\n+}\n+\n #ifdef AMREX_USE_PETSC\n std::unique_ptr<PETScABecLap>\n MLLinOp::makePETSc () const\ndiff --git a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLMG.cpp b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLMG.cpp\nindex 55a791a650f..dfaff5d0e6b 100644\n--- a/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLMG.cpp\n+++ b/Src/LinearSolvers/MLMG/AMReX_MLMG.cpp\n@@ -53,7 +53,6 @@ Real\n MLMG::solve (const Vector<MultiFab*>& a_sol, const Vector<MultiFab const*>& a_rhs,\n Real a_tol_rel, Real a_tol_abs)\n {\n- BL_PROFILE_REGION(\"MLMG::solve()\");\n BL_PROFILE(\"MLMG::solve()\");\n \n if (bottom_solver == BottomSolver::hypre) {\n@@ -357,21 +356,38 @@ MLMG::miniCycle (int amrlev)\n mgVcycle(amrlev, mglev);\n }\n \n+namespace {\n+\n+void make_str_helper (std::ostringstream & oss) { }\n+\n+template <class T, class... Ts>\n+void make_str_helper (std::ostringstream & oss, T x, Ts... xs) {\n+ oss << x;\n+ make_str_helper(oss, xs...);\n+}\n+\n+template <class... Ts>\n+std::string make_str (Ts... xs) {\n+ std::ostringstream oss;\n+ make_str_helper(oss, xs...);\n+ return oss.str();\n+}\n+\n+}\n+\n // in : Residual (res) \n // out : Correction (cor) from bottom to this function's local top\n void\n MLMG::mgVcycle (int amrlev, int mglev_top)\n {\n BL_PROFILE(\"MLMG::mgVcycle()\");\n- BL_PROFILE_VAR_NS(\"MLMG::mgVcycle_up\", blp_up);\n- BL_PROFILE_VAR_NS(\"MLMG::mgVcycle_bottom\", blp_bottom);\n- BL_PROFILE_VAR_NS(\"MLMG::mgVcycle_down\", blp_down);\n \n const int mglev_bottom = linop.NMGLevels(amrlev) - 1;\n \n- BL_PROFILE_VAR_START(blp_down);\n for (int mglev = mglev_top; mglev < mglev_bottom; ++mglev)\n {\n+ std::string blp_mgv_down_lev_str = make_str(\"MLMG::mgVcycle_down::\", mglev);\n+ BL_PROFILE_VAR(blp_mgv_down_lev_str, blp_mgv_down_lev);\n \n if (verbose >= 4)\n {\n@@ -402,9 +418,8 @@ MLMG::mgVcycle (int amrlev, int mglev_top)\n linop.restriction(amrlev, mglev+1, res[amrlev][mglev+1], rescor[amrlev][mglev]);\n \n }\n- BL_PROFILE_VAR_STOP(blp_down);\n \n- BL_PROFILE_VAR_START(blp_bottom);\n+ BL_PROFILE_VAR(\"MLMG::mgVcycle_bottom\", blp_bottom);\n if (amrlev == 0)\n {\n if (verbose >= 4)\n@@ -447,9 +462,10 @@ MLMG::mgVcycle (int amrlev, int mglev_top)\n }\n BL_PROFILE_VAR_STOP(blp_bottom);\n \n- BL_PROFILE_VAR_START(blp_up);\n for (int mglev = mglev_bottom-1; mglev >= mglev_top; --mglev)\n {\n+ std::string blp_mgv_up_lev_str = make_str(\"MLMG::mgVcycle_up::\", mglev);\n+ BL_PROFILE_VAR(blp_mgv_up_lev_str, blp_mgv_up_lev);\n // cor_fine += I(cor_crse)\n addInterpCorrection(amrlev, mglev);\n if (verbose >= 4)\n@@ -470,7 +486,6 @@ MLMG::mgVcycle (int amrlev, int mglev_top)\n << \" UP: Norm after smooth \" << norm << \"\\n\";\n }\n }\n- BL_PROFILE_VAR_STOP(blp_up);\n }\n \n // FMG cycle on the coarsest AMR level.\n@@ -1461,7 +1476,6 @@ MLMG::computeVolInv ()\n \n if (linop.isCellCentered())\n { \n- Real temp1, temp2; \n volinv.resize(namrlevs);\n for (int amrlev = 0; amrlev < namrlevs; ++amrlev) {\n volinv[amrlev].resize(linop.NMGLevels(amrlev));\n@@ -1491,6 +1505,7 @@ MLMG::computeVolInv ()\n f(0,mgbottom);\n \n #ifdef AMREX_USE_EB\n+ Real temp1, temp2;\n if (rhs[0].hasEBFabFactory())\n {\n ParallelAllReduce::Sum<Real>({volinv[0][0], volinv[0][mgbottom]},\ndiff --git a/Tools/Backtrace/parse_bt.py b/Tools/Backtrace/parse_bt.py\nindex c1fb8a5cbd3..cdc64323820 100755\n--- a/Tools/Backtrace/parse_bt.py\n+++ b/Tools/Backtrace/parse_bt.py\n@@ -16,10 +16,25 @@\n lines = f.readlines()\n \n for l in lines:\n- m = re.match(\"\\s*(\\d+): \\[(0x[\\dabcdef]+)\\]\", l)\n+\n+ matched = False\n+\n+ # gnu compiler\n+ m = re.match(\"\\s*(\\d+): .*\\(\\+(0x[\\dabcdef]+)\\)\", l)\n if m:\n+ matched = True\n frame = m.group(1)\n addr = m.group(2)\n+\n+ # intel compiler\n+ if not matched:\n+ m = re.match(\"\\s*(\\d+): \\[(0x[\\dabcdef]+)\\]\", l)\n+ if m:\n+ matched = True\n+ frame = m.group(1)\n+ addr = m.group(2)\n+\n+ if matched:\n cmd = \"addr2line -Cfie %s %s\" % (exe_file, addr)\n info = subprocess.check_output(shlex.split(cmd)).decode(\"utf-8\")\n print(\"%s: %s\" % (frame, info))\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/LinearSolvers/MLMG/GNUmakefile b/Tests/LinearSolvers/MLMG/GNUmakefile\nindex 4a12a62bd49..eed6d56a155 100644\n--- a/Tests/LinearSolvers/MLMG/GNUmakefile\n+++ b/Tests/LinearSolvers/MLMG/GNUmakefile\n@@ -1,19 +1,20 @@\n AMREX_HOME ?= ../../../\n \n-DEBUG\t= FALSE\n-#DEBUG\t= TRUE\n+DEBUG\t?= FALSE\n+DIM\t?= 3\n+COMP ?= gnu\n \n-DIM\t= 3\n-\n-COMP = gnu\n-\n-USE_MPI = TRUE\n-#USE_OMP = TRUE\n-USE_OMP = FALSE\n+USE_MPI ?= TRUE\n+USE_OMP ?= FALSE\n \n USE_HYPRE = FALSE\n \n-TINY_PROFILE = TRUE\n+TINY_PROFILE ?= TRUE\n+PROFILE ?= FALSE\n+COMM_PROFILE ?= FALSE\n+TRACE_PROFILE ?= FALSE\n+\n+DEFINES += -DAMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n \n include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n \ndiff --git a/Tests/LinearSolvers/MLMG/inputs b/Tests/LinearSolvers/MLMG/inputs\nindex a56526e83e6..3a69b9628bd 100644\n--- a/Tests/LinearSolvers/MLMG/inputs\n+++ b/Tests/LinearSolvers/MLMG/inputs\n@@ -26,3 +26,10 @@ max_fmg_iter = 0 # # of F-cycles before switching to V. To do pure V-cycle,\n linop_maxorder = 2\n agglomeration = 1 # Do agglomeration on AMR Level 0?\n consolidation = 1 # Do consolidation?\n+\n+mg.verbose_linop = 1\n+mg.comm_cache = 1\n+mg.consolidation_ratio = 2\n+mg.mota = 0\n+mg.remap_nbh_lb = 1\n+machine.verbose = 1\ndiff --git a/Tests/LinearSolvers/MLMG/main.cpp b/Tests/LinearSolvers/MLMG/main.cpp\nindex bf4d8d6cbf5..e0a5e6f97de 100644\n--- a/Tests/LinearSolvers/MLMG/main.cpp\n+++ b/Tests/LinearSolvers/MLMG/main.cpp\n@@ -2,6 +2,12 @@\n #include <AMReX.H>\n #include <AMReX_ParmParse.H>\n #include <AMReX_MultiFab.H>\n+#include <AMReX_Machine.H>\n+\n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+// need for perf counters\n+#include <AMReX_MLCellLinOp.H>\n+#endif\n \n #include <prob_par.H>\n \n@@ -70,6 +76,10 @@ int main (int argc, char* argv[])\n \n solve_with_mlmg (geom, ref_ratio, soln, alpha, beta, rhs, exact);\n \n+#ifdef AMREX_SOFT_PERF_COUNTERS\n+ MLCellLinOp::perf_counters.print();\n+#endif\n+\n write_plotfile (geom, ref_ratio, soln, exact, alpha, beta, rhs);\n }\n \ndiff --git a/Tests/LinearSolvers/MLMG/solve_with_mlmg.cpp b/Tests/LinearSolvers/MLMG/solve_with_mlmg.cpp\nindex 6aaf6b4564c..187c60237e4 100644\n--- a/Tests/LinearSolvers/MLMG/solve_with_mlmg.cpp\n+++ b/Tests/LinearSolvers/MLMG/solve_with_mlmg.cpp\n@@ -28,6 +28,9 @@ void solve_with_mlmg(const Vector<Geometry>& geom, int ref_ratio,\n Vector<MultiFab>& rhs, const Vector<MultiFab>& exact) {\n BL_PROFILE(\"solve_with_mlmg\");\n \n+ Real tol_rel = 1.e-10;\n+ Real tol_abs = 0.0;\n+\n {\n ParmParse pp;\n pp.query(\"composite_solve\", composite_solve);\n@@ -41,6 +44,8 @@ void solve_with_mlmg(const Vector<Geometry>& geom, int ref_ratio,\n pp.query(\"agglomeration\", agglomeration);\n pp.query(\"consolidation\", consolidation);\n pp.query(\"use_hypre\", use_hypre);\n+ pp.query(\"tol_rel\", tol_rel);\n+ pp.query(\"tol_abs\", tol_abs);\n }\n \n LPInfo info;\n@@ -48,9 +53,6 @@ void solve_with_mlmg(const Vector<Geometry>& geom, int ref_ratio,\n info.setConsolidation(consolidation);\n info.setMaxCoarseningLevel(max_coarsening_level);\n \n- const Real tol_rel = 1.e-10;\n- const Real tol_abs = 0.0;\n-\n const int nlevels = geom.size();\n \n if (composite_solve) {\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr4144
|
multi_swe_bench
|
Fix ParmParse::query_enum_case_insensitive (AMReX-Codes/amrex#4144)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 4144,
"issue_title": "Fix ParmParse::query_enum_case_insensitive",
"issue_body": "Since #4143, we can no longer cast the position of the found string in the vector of all names to obtain its enum value, because the enum values can now have duplicates.\r\n",
"base_commit": "d57292886315f57362865616b3f2380ea8e2ed78",
"resolved_issues": [
{
"number": 4143,
"title": "AMREX_ENUM: Add more capabilites",
"body": "Add support for `=`. For example,\r\n\r\n```c++\r\n AMREX_ENUM(MyColor,\r\n red,\r\n chi=red,\r\n green,\r\n blue,\r\n Default = green);\r\n```\r\nThe underlying values are then\r\n```c++\r\n { red = 0,\r\n chi = 0,\r\n green = 1,\r\n blue = 2,\r\n Default = 1}\r\n```\r\nWe can then have\r\n```c++\r\n assert(amrex::getEnum<MyColor2>(\"red\") == MyColor2::red);\r\n assert(amrex::getEnum<MyColor2>(\"chi\") == MyColor2::chi);\r\n assert(amrex::getEnum<MyColor2>(\"green\") == MyColor2::green);\r\n assert(amrex::getEnum<MyColor2>(\"blue\") == MyColor2::blue);\r\n assert(amrex::getEnum<MyColor2>(\"Default\") == MyColor2::Default);\r\n```\r\nBecause of there are duplicated values, using value to get name string will return the first matched string. Currently, I don't see a way to fix it. But, since `MyColor::red == MyColor::chi` is true, it's also not outrageously wrong.\r\n```c++\r\n assert(amrex::getEnumNameString(MyColor2::red) == \"red\");\r\n assert(amrex::getEnumNameString(MyColor2::chi) == \"red\");\r\n assert(amrex::getEnumNameString(MyColor2::green) == \"green\");\r\n assert(amrex::getEnumNameString(MyColor2::blue) == \"blue\");\r\n assert(amrex::getEnumNameString(MyColor2::Default) == \"green\");\r\n```\r\nP.S. Chi means red in Chinese. https://en.wikipedia.org/wiki/Radical_155\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-4144",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Base/AMReX_Enum.H b/Src/Base/AMReX_Enum.H\nindex 2bb503d4113..b94e30d396e 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_Enum.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_Enum.H\n@@ -67,6 +67,26 @@ namespace amrex\n }\n }\n \n+ template <typename T, typename ET = amrex_enum_traits<T>,\n+ std::enable_if_t<ET::value,int> = 0>\n+ T getEnumCaseInsensitive (std::string_view const& s)\n+ {\n+ auto const& kv = getEnumNameValuePairs<T>();\n+ std::string ls = amrex::toLower(std::string(s));\n+ auto it = std::find_if(kv.begin(), kv.end(),\n+ [&] (auto const& x) -> bool\n+ { return amrex::toLower(x.first) == ls; });\n+ if (it != kv.end()) {\n+ return it->second;\n+ } else {\n+ std::string error_msg(\"amrex::getEnumCaseInsensitive: Unknown enum: \");\n+ error_msg.append(s).append(\" in AMREX_ENUM(\").append(ET::class_name)\n+ .append(\", \").append(ET::enum_names).append(\").\");\n+ throw std::runtime_error(error_msg);\n+ return T();\n+ }\n+ }\n+\n template <typename T, typename ET = amrex_enum_traits<T>,\n std::enable_if_t<ET::value,int> = 0>\n std::string getEnumNameString (T const& v)\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_ParmParse.H b/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\nindex 63c0c45431a..42e62a05ab3 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\n@@ -1329,19 +1329,14 @@ public:\n std::string s;\n int exist = this->query(name, s, ival);\n if (exist) {\n- s = amrex::toLower(s);\n- auto const& enum_names = amrex::getEnumNameStrings<T>();\n- auto found = std::find_if(enum_names.begin(), enum_names.end(),\n- [&] (std::string const& ename) {\n- return amrex::toLower(ename) == s;\n- });\n- if (found != enum_names.end()) {\n- ref = static_cast<T>(std::distance(enum_names.begin(), found));\n- } else {\n- std::string msg(\"query_enum_case_insensitive(\\\"\");\n- msg.append(name).append(\"\\\",\").append(amrex::getEnumClassName<T>())\n- .append(\"&) failed.\");\n- throw std::runtime_error(msg);\n+ try {\n+ ref = amrex::getEnumCaseInsensitive<T>(s);\n+ } catch (...) {\n+ if (amrex::Verbose() > 0) {\n+ amrex::Print() << \"amrex::ParmParse::query_enum_case_insensitive (input name: \"\n+ << this->prefixedName(name) << \"):\\n\";\n+ }\n+ throw;\n }\n }\n return exist;\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Enum/main.cpp b/Tests/Enum/main.cpp\nindex 69ed91adc27..b0647836e49 100644\n--- a/Tests/Enum/main.cpp\n+++ b/Tests/Enum/main.cpp\n@@ -129,6 +129,11 @@ int main (int argc, char* argv[])\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::getEnum<MyColor2>(\"green\") == MyColor2::green);\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::getEnum<MyColor2>(\"blue\") == MyColor2::blue);\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(amrex::getEnum<MyColor2>(\"Default\") == MyColor2::Default);\n+\n+ auto my_blue = MyColor2::Default;\n+ ParmParse pp;\n+ pp.query_enum_case_insensitive(\"color5\", my_blue);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(my_blue == MyColor2::blue);\n }\n \n amrex::Finalize();\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr4163
|
multi_swe_bench
|
Named SoA Support (AMReX-Codes/amrex#4163)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 4163,
"issue_title": "Named SoA Support",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nAdd support to optionally name SoA Real and Int components, both for compile-time and runtime components.\r\n\r\n- [x] define and defaults\r\n- [x] single tile `Get*Data(std::string)`\r\n- [x] refactor out default name generation for reuse, finalize defaults in `AddReal/IntComp`\r\n- [x] test\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nClose #3614 \r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "1bfdb84c124a6feb6b19df976b6e7ceb4e6c016e",
"resolved_issues": [
{
"number": 3614,
"title": "Named Particle SoA Components",
"body": "X-ref:\r\n- https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/220\r\n- https://github.com/AMReX-Codes/pyamrex/pull/88\r\n\r\nIt would be nice if AMReX supported the functionality to name particle attributes (as strings). In WarpX, we added this as `NamedParticleContainer`, but as a mainstream implementation we could avoid deriving yet another class type (because if we do, we will again have additional compile-time to bind that custom type in pyAMReX), and instead could just extend the particle classes with these runtime details."
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-4163",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\nindex 03a2254a10e..4b347d283b8 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n@@ -60,6 +60,7 @@\n #include <memory>\n #include <numeric>\n #include <random>\n+#include <string>\n #include <tuple>\n #include <type_traits>\n #include <utility>\n@@ -1144,7 +1145,8 @@ public:\n */\n ParticleTileType& DefineAndReturnParticleTile (int lev, int grid, int tile)\n {\n- m_particles[lev][std::make_pair(grid, tile)].define(NumRuntimeRealComps(), NumRuntimeIntComps());\n+ m_particles[lev][std::make_pair(grid, tile)].define(NumRuntimeRealComps(), NumRuntimeIntComps(), &m_soa_rdata_names, &m_soa_idata_names);\n+\n return ParticlesAt(lev, grid, tile);\n }\n \n@@ -1247,10 +1249,10 @@ public:\n \n Long superParticleSize() const { return superparticle_size; }\n \n- template <typename T,\n- std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool>,int> = 0>\n- void AddRealComp (T communicate=true)\n+ void AddRealComp (std::string const & name, int communicate=1)\n {\n+ m_soa_rdata_names.push_back(name);\n+\n m_runtime_comps_defined = true;\n m_num_runtime_real++;\n h_redistribute_real_comp.push_back(communicate);\n@@ -1270,10 +1272,15 @@ public:\n }\n }\n \n- template <typename T,\n- std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool>,int> = 0>\n- void AddIntComp (T communicate=true)\n+ void AddRealComp (int communicate=1)\n {\n+ AddRealComp(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(NArrayReal+m_num_runtime_real), communicate);\n+ }\n+\n+ void AddIntComp (std::string const & name, int communicate=1)\n+ {\n+ m_soa_idata_names.push_back(name);\n+\n m_runtime_comps_defined = true;\n m_num_runtime_int++;\n h_redistribute_int_comp.push_back(communicate);\n@@ -1293,6 +1300,11 @@ public:\n }\n }\n \n+ void AddIntComp (int communicate=1)\n+ {\n+ AddIntComp(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(NArrayInt+m_num_runtime_int), communicate);\n+ }\n+\n int NumRuntimeRealComps () const { return m_num_runtime_real; }\n int NumRuntimeIntComps () const { return m_num_runtime_int; }\n \n@@ -1403,6 +1415,15 @@ public:\n #include \"AMReX_ParticlesHDF5.H\"\n #endif\n \n+ /** Overwrite the default names for the compile-time SoA components */\n+ void SetSoACompileTimeNames (std::vector<std::string> const & rdata_name, std::vector<std::string> const & idata_name);\n+\n+ /** Get the names for the real SoA components **/\n+ std::vector<std::string> GetRealSoANames () const {return m_soa_rdata_names;}\n+\n+ /** Get the names for the int SoA components **/\n+ std::vector<std::string> GetIntSoANames () const {return m_soa_idata_names;}\n+\n protected:\n \n template <class RTYPE>\n@@ -1435,6 +1456,10 @@ private:\n size_t particle_size, superparticle_size;\n int num_real_comm_comps, num_int_comm_comps;\n Vector<ParticleLevel> m_particles;\n+\n+ // names of both compile-time and runtime Real and Int SoA data\n+ std::vector<std::string> m_soa_rdata_names;\n+ std::vector<std::string> m_soa_idata_names;\n };\n \n template <int T_NStructReal, int T_NStructInt, int T_NArrayReal, int T_NArrayInt, template<class> class Allocator, class CellAssignor>\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\nindex 74e65b792f0..718405f1e66 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n@@ -1,6 +1,10 @@\n-#include <type_traits>\n #include <AMReX_MakeParticle.H>\n \n+#include <string>\n+#include <type_traits>\n+#include <vector>\n+\n+\n template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n template<class> class Allocator, class CellAssignor>\n void\n@@ -60,10 +64,40 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n pp.query(\"do_unlink\", doUnlink);\n pp.queryAdd(\"do_mem_efficient_sort\", memEfficientSort);\n \n+ // add default names for SoA Real and Int compile-time arguments\n+ for (int i=0; i<NArrayReal; ++i)\n+ {\n+ m_soa_rdata_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n+ }\n+ for (int i=0; i<NArrayInt; ++i)\n+ {\n+ m_soa_idata_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n+ }\n+\n initialized = true;\n }\n }\n \n+template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n+ template<class> class Allocator, class CellAssignor>\n+void\n+ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssignor> :: SetSoACompileTimeNames (\n+ std::vector<std::string> const & rdata_name, std::vector<std::string> const & idata_name\n+)\n+{\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(rdata_name.size() == NArrayReal, \"rdata_name must be equal to NArrayReal\");\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(idata_name.size() == NArrayInt, \"idata_name must be equal to NArrayInt\");\n+\n+ for (int i=0; i<NArrayReal; ++i)\n+ {\n+ m_soa_rdata_names.at(i) = rdata_name.at(i);\n+ }\n+ for (int i=0; i<NArrayInt; ++i)\n+ {\n+ m_soa_idata_names.at(i) = idata_name.at(i);\n+ }\n+}\n+\n template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n template<class> class Allocator, class CellAssignor>\n template <typename P, typename Assignor>\n@@ -1161,7 +1195,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n }\n } else {\n ParticleTileType ptile_tmp;\n- ptile_tmp.define(m_num_runtime_real, m_num_runtime_int);\n+ ptile_tmp.define(m_num_runtime_real, m_num_runtime_int, &m_soa_rdata_names, &m_soa_idata_names);\n ptile_tmp.resize(np_total);\n // copy re-ordered particles\n gatherParticles(ptile_tmp, ptile, np, permutations);\n@@ -1498,7 +1532,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n tmp_local[lev][index].resize(num_threads);\n soa_local[lev][index].resize(num_threads);\n for (int t = 0; t < num_threads; ++t) {\n- soa_local[lev][index][t].define(m_num_runtime_real, m_num_runtime_int);\n+ soa_local[lev][index][t].define(m_num_runtime_real, m_num_runtime_int, &m_soa_rdata_names, &m_soa_idata_names);\n }\n }\n }\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\nindex 01ab0ded869..601b7417d18 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleIO.H\n@@ -51,20 +51,18 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n {\n Vector<int> write_real_comp;\n Vector<std::string> tmp_real_comp_names;\n- int nrc = ParticleType::is_soa_particle ? NStructReal + NumRealComps() - AMREX_SPACEDIM : NStructReal + NumRealComps();\n \n- for (int i = 0; i < nrc; ++i )\n+ int first_rcomp = ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+ for (int i = first_rcomp; i < NStructReal + NumRealComps(); ++i )\n {\n write_real_comp.push_back(1);\n if (real_comp_names.empty())\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"real_comp\" << i;\n- tmp_real_comp_names.push_back(ss.str());\n+ tmp_real_comp_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n }\n else\n {\n- tmp_real_comp_names.push_back(real_comp_names[i]);\n+ tmp_real_comp_names.push_back(real_comp_names[i-first_rcomp]);\n }\n }\n \n@@ -75,9 +73,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n write_int_comp.push_back(1);\n if (int_comp_names.empty())\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- tmp_int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ tmp_int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n else\n {\n@@ -98,14 +94,12 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n {\n Vector<int> write_real_comp;\n Vector<std::string> real_comp_names;\n- int nrc = ParticleType::is_soa_particle ? NStructReal + NumRealComps() - AMREX_SPACEDIM : NStructReal + NumRealComps();\n \n- for (int i = 0; i < nrc; ++i )\n+ int first_rcomp = ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+ for (int i = first_rcomp; i < NStructReal + NumRealComps(); ++i )\n {\n write_real_comp.push_back(1);\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"real_comp\" << i;\n- real_comp_names.push_back(ss.str());\n+ real_comp_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n }\n \n Vector<int> write_int_comp;\n@@ -113,9 +107,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n write_int_comp.push_back(1);\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n@@ -182,9 +174,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n Vector<std::string> int_comp_names;\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name,\n@@ -211,20 +201,16 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n AMREX_ASSERT(write_int_comp.size() == NStructInt + NArrayInt );\n \n Vector<std::string> real_comp_names;\n- int nrc = ParticleType::is_soa_particle ? NStructReal + NumRealComps() - AMREX_SPACEDIM : NStructReal + NumRealComps();\n- for (int i = 0; i < nrc; ++i )\n+ int first_rcomp = ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+ for (int i = first_rcomp; i < NStructReal + NumRealComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"real_comp\" << i;\n- real_comp_names.push_back(ss.str());\n+ real_comp_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n }\n \n Vector<std::string> int_comp_names;\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n@@ -259,14 +245,12 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n {\n Vector<int> write_real_comp;\n Vector<std::string> real_comp_names;\n- int nrc = ParticleType::is_soa_particle ? NStructReal + NumRealComps() - AMREX_SPACEDIM : NStructReal + NumRealComps();\n \n- for (int i = 0; i < nrc; ++i )\n+ int first_rcomp = ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+ for (int i = first_rcomp; i < NStructReal + NumRealComps(); ++i )\n {\n write_real_comp.push_back(1);\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"real_comp\" << i;\n- real_comp_names.push_back(ss.str());\n+ real_comp_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n }\n \n Vector<int> write_int_comp;\n@@ -274,9 +258,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n write_int_comp.push_back(1);\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n@@ -345,9 +327,7 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n Vector<std::string> int_comp_names;\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name,\n@@ -374,20 +354,16 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n AMREX_ASSERT(write_int_comp.size() == NStructInt + NumIntComps() );\n \n Vector<std::string> real_comp_names;\n- int nrc = ParticleType::is_soa_particle ? NStructReal + NumRealComps() - AMREX_SPACEDIM : NStructReal + NumRealComps();\n- for (int i = 0; i < nrc; ++i )\n+ int first_rcomp = ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+ for (int i = first_rcomp; i < NStructReal + NumRealComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"real_comp\" << i;\n- real_comp_names.push_back(ss.str());\n+ real_comp_names.push_back(getDefaultCompNameReal<ParticleType>(i));\n }\n \n Vector<std::string> int_comp_names;\n for (int i = 0; i < NStructInt + NumIntComps(); ++i )\n {\n- std::stringstream ss;\n- ss << \"int_comp\" << i;\n- int_comp_names.push_back(ss.str());\n+ int_comp_names.push_back(getDefaultCompNameInt<ParticleType>(i));\n }\n \n WriteBinaryParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\nindex a645330e04a..7546ff8a216 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n@@ -11,7 +11,10 @@\n #include <AMReX_RealVect.H>\n \n #include <array>\n+#include <string>\n #include <type_traits>\n+#include <vector>\n+\n \n namespace amrex {\n \n@@ -730,10 +733,15 @@ struct ParticleTile\n ParticleTile& operator= (ParticleTile &&) noexcept = default;\n #endif\n \n- void define (int a_num_runtime_real, int a_num_runtime_int)\n+ void define (\n+ int a_num_runtime_real,\n+ int a_num_runtime_int,\n+ std::vector<std::string>* soa_rdata_names=nullptr,\n+ std::vector<std::string>* soa_idata_names=nullptr\n+ )\n {\n m_defined = true;\n- GetStructOfArrays().define(a_num_runtime_real, a_num_runtime_int);\n+ GetStructOfArrays().define(a_num_runtime_real, a_num_runtime_int, soa_rdata_names, soa_idata_names);\n m_runtime_r_ptrs.resize(a_num_runtime_real);\n m_runtime_i_ptrs.resize(a_num_runtime_int);\n m_runtime_r_cptrs.resize(a_num_runtime_real);\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleUtil.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleUtil.H\nindex b09f1d3583f..f6f2506ec7f 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleUtil.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleUtil.H\n@@ -883,6 +883,26 @@ void PermutationForDeposition (Gpu::DeviceVector<index_type>& perm, index_type n\n });\n }\n \n+template <typename P>\n+std::string getDefaultCompNameReal (const int i) {\n+ int first_r_name = 0;\n+ if constexpr (P::is_soa_particle) {\n+ if (i < AMREX_SPACEDIM) {\n+ constexpr int x_in_ascii = 120;\n+ std::string const name{char(x_in_ascii+i)};\n+ return name;\n+ }\n+ first_r_name = AMREX_SPACEDIM;\n+ }\n+ std::string const name{(\"real_comp\" + std::to_string(i-first_r_name))};\n+ return name;\n+}\n+\n+template <typename P>\n+std::string getDefaultCompNameInt (const int i) {\n+ std::string const name{(\"int_comp\" + std::to_string(i))};\n+ return name;\n+}\n \n #ifdef AMREX_USE_HDF5_ASYNC\n void async_vol_es_wait_particle();\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H b/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\nindex 4de35e085ca..201cf340dc1 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_StructOfArrays.H\n@@ -6,7 +6,11 @@\n #include <AMReX_Vector.H>\n #include <AMReX_GpuContainers.H>\n \n+#include <algorithm>\n #include <array>\n+#include <string>\n+#include <vector>\n+\n \n namespace amrex {\n \n@@ -19,11 +23,18 @@ struct StructOfArrays {\n using RealVector = amrex::PODVector<ParticleReal, Allocator<ParticleReal> >;\n using IntVector = amrex::PODVector<int, Allocator<int> >;\n \n- void define (int a_num_runtime_real, int a_num_runtime_int)\n+ void define (\n+ int a_num_runtime_real,\n+ int a_num_runtime_int,\n+ std::vector<std::string>* soa_rdata_names=nullptr,\n+ std::vector<std::string>* soa_idata_names=nullptr\n+ )\n {\n m_defined = true;\n m_runtime_rdata.resize(a_num_runtime_real);\n m_runtime_idata.resize(a_num_runtime_int );\n+ m_rdata_names = soa_rdata_names;\n+ m_idata_names = soa_idata_names;\n }\n \n [[nodiscard]] int NumRealComps () const noexcept { return NReal + m_runtime_rdata.size(); }\n@@ -79,6 +90,32 @@ struct StructOfArrays {\n }\n }\n \n+ /** Get access to a particle Real component Array (compile-time and runtime component)\n+ *\n+ * @param name named component component with 0...NReal-1 compile-time and NReal... runtime arguments\n+ */\n+ [[nodiscard]] RealVector& GetRealData (std::string const & name) {\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(m_rdata_names != nullptr, \"SoA Real names were not defined.\");\n+ auto const pos = std::find(m_rdata_names->begin(), m_rdata_names->end(), name);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(pos != m_rdata_names->end(), \"Soa Real name='\" + name + \"' was not found components\");\n+\n+ int const index = std::distance(m_rdata_names->begin(), pos);\n+ return GetRealData(index);\n+ }\n+\n+ /** Get access to a particle Real component Array (compile-time and runtime component)\n+ *\n+ * @param name named component component with 0...NReal-1 compile-time and NReal... runtime arguments\n+ */\n+ [[nodiscard]] const RealVector& GetRealData (std::string const & name) const {\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(m_rdata_names != nullptr, \"SoA Real names were not defined.\");\n+ auto const pos = std::find(m_rdata_names->begin(), m_rdata_names->end(), name);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(pos != m_rdata_names->end(), \"Soa Real name='\" + name + \"' was not found components\");\n+\n+ int const index = std::distance(m_rdata_names->begin(), pos);\n+ return GetRealData(index);\n+ }\n+\n /** Get access to a particle Int component Array (compile-time and runtime component)\n *\n * @param index component with 0...NInt-1 compile-time and NInt... runtime arguments\n@@ -118,6 +155,34 @@ struct StructOfArrays {\n }\n }\n \n+ /** Get access to a particle Int component Array (compile-time and runtime component)\n+ *\n+ * @param index component with 0...NInt-1 compile-time and NInt... runtime arguments\n+ * @return\n+ */\n+ [[nodiscard]] IntVector& GetIntData (std::string const & name) {\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(m_idata_names != nullptr, \"SoA Int names were not defined.\");\n+ auto const pos = std::find(m_idata_names->begin(), m_idata_names->end(), name);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(pos != m_idata_names->end(), \"Soa Int name='\" + name + \"' was not found components\");\n+\n+ int const index = std::distance(m_idata_names->begin(), pos);\n+ return GetIntData(index);\n+ }\n+\n+ /** Get access to a particle Int component Array (compile-time and runtime component)\n+ *\n+ * @param index component with 0...NInt-1 compile-time and NInt... runtime arguments\n+ * @return\n+ */\n+ [[nodiscard]] const IntVector& GetIntData (std::string const & name) const {\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(m_idata_names != nullptr, \"SoA Int names were not defined.\");\n+ auto const pos = std::find(m_idata_names->begin(), m_idata_names->end(), name);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(pos != m_idata_names->end(), \"Soa Int name='\" + name + \"' was not found components\");\n+\n+ int const index = std::distance(m_idata_names->begin(), pos);\n+ return GetIntData(index);\n+ }\n+\n /**\n * \\brief Returns the total number of particles (real and neighbor)\n *\n@@ -226,13 +291,20 @@ struct StructOfArrays {\n int m_num_neighbor_particles{0};\n \n private:\n+ // compile-time data\n IdCPU m_idcpu;\n std::array<RealVector, NReal> m_rdata;\n std::array< IntVector, NInt> m_idata;\n \n+ // runtime data\n std::vector<RealVector> m_runtime_rdata;\n std::vector<IntVector > m_runtime_idata;\n \n+ // names of both compile-time and runtime Real and Int data\n+ std::vector<std::string>* m_rdata_names = nullptr;\n+ std::vector<std::string>* m_idata_names = nullptr;\n+\n+ //! whether the runtime components are sized correctly\n bool m_defined{false};\n };\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/NamedSoAComponents/CMakeLists.txt b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/CMakeLists.txt\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..e14ddd68975\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/CMakeLists.txt\n@@ -0,0 +1,10 @@\n+foreach(D IN LISTS AMReX_SPACEDIM)\n+ set(_sources main.cpp)\n+ #set(_input_files)\n+ #set(_input_files inputs)\n+\n+ setup_test(${D} _sources _input_files NTHREADS 2)\n+\n+ unset(_sources)\n+ unset(_input_files)\n+endforeach()\ndiff --git a/Tests/Particles/NamedSoAComponents/GNUmakefile b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..9f49d3ec029\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,22 @@\n+AMREX_HOME = ../../../\n+\n+DEBUG\t= FALSE\n+\n+DIM\t= 3\n+\n+COMP = gcc\n+\n+USE_MPI = TRUE\n+USE_OMP = FALSE\n+USE_CUDA = FALSE\n+\n+#TINY_PROFILE = TRUE\n+USE_PARTICLES = TRUE\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include ./Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Particle/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/Particles/NamedSoAComponents/Make.package b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..6b4b865e8fc\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/Make.package\n@@ -0,0 +1,1 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\ndiff --git a/Tests/Particles/NamedSoAComponents/main.cpp b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..39b6a70ff52\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/Particles/NamedSoAComponents/main.cpp\n@@ -0,0 +1,139 @@\n+#include <AMReX.H>\n+#include <AMReX_Particle.H>\n+#include <AMReX_ParticleContainer.H>\n+#include <AMReX_ParticleTile.H>\n+#include <AMReX_ParIter.H>\n+#include <AMReX_REAL.H>\n+#include <AMReX_Vector.H>\n+#include <AMReX_GpuContainers.H>\n+\n+#include <array>\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+void addParticles ()\n+{\n+ using PC = ParticleContainerPureSoA<AMREX_SPACEDIM+1, 2>;\n+ int is_per[AMREX_SPACEDIM];\n+ for (int & d : is_per) {\n+ d = 1;\n+ }\n+\n+ RealBox real_box;\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; n++)\n+ {\n+ real_box.setLo(n, 0.0);\n+ real_box.setHi(n, 100.0);\n+ }\n+\n+ IntVect domain_lo(AMREX_D_DECL(0, 0, 0));\n+ IntVect domain_hi(AMREX_D_DECL(127, 127, 127));\n+ const Box base_domain(domain_lo, domain_hi);\n+\n+ Geometry geom(base_domain, &real_box, CoordSys::cartesian, is_per);\n+ BoxArray ba(base_domain);\n+ ba.maxSize(64);\n+\n+ DistributionMapping dm(ba);\n+\n+ PC pc(geom, dm, ba);\n+\n+ amrex::Print() << \"Original Real SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetRealSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ amrex::Print() << \"Original Int SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetIntSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ amrex::Print() << \"Adding runtime comps. \\n\";\n+ pc.AddRealComp(\"real_comp1\");\n+ pc.AddRealComp(); // without name - should be real_comp2\n+ pc.AddIntComp(); // without name - should be int_comp0\n+\n+ amrex::Print() << \"New Real SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetRealSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ amrex::Print() << \"New Int SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetIntSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ amrex::Print() << \"Reset compile-time SoA names \\n\";\n+ pc.SetSoACompileTimeNames({AMREX_D_DECL(\"x\", \"y\", \"z\"), \"w\"}, {\"i1\", \"i2\"});\n+\n+ amrex::Print() << \"New Real SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetRealSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ amrex::Print() << \"New Int SoA component names are: \";\n+ for (auto& n : pc.GetIntSoANames()) {\n+ amrex::Print() << n << \", \";\n+ }\n+ amrex::Print() << \"\\n\";\n+\n+ int const NArrayReal = PC::NArrayReal;\n+ int const NArrayInt = PC::NArrayInt;\n+ using ParticleType = typename PC::ParticleType;\n+\n+ const int add_num_particles = 5;\n+ auto& ptile1 = pc.DefineAndReturnParticleTile(0, 0, 0);\n+ ptile1.resize(add_num_particles);\n+\n+ for (int i = 0; i < add_num_particles; ++i)\n+ {\n+ for (int d = 0; d < AMREX_SPACEDIM; d++) {\n+ ptile1.pos(i, d) = 12.0;\n+ }\n+ ptile1.getParticleTileData().rdata(AMREX_SPACEDIM)[i] = 1.2; // w\n+\n+ ptile1.push_back_int(0, int(ParticleType::NextID()));\n+ ptile1.push_back_int(1, amrex::ParallelDescriptor::MyProc());\n+ }\n+\n+ int lev=0;\n+ using MyParIter = ParIter_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt>;\n+ for (MyParIter pti(pc, lev); pti.isValid(); ++pti) {\n+ auto& soa = pti.GetStructOfArrays();\n+ AMREX_D_TERM(\n+ auto *xp = soa.GetRealData(\"x\").data();,\n+ auto *yp = soa.GetRealData(\"y\").data();,\n+ auto *zp = soa.GetRealData(\"z\").data();\n+ );\n+ auto *wp = soa.GetRealData(\"w\").data();\n+\n+ const int np = pti.numParticles();\n+ ParallelFor( np, [=] AMREX_GPU_DEVICE (long ip)\n+ {\n+ AMREX_D_TERM(\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(xp[ip] == 12_prt,\n+ \"pos attribute expected to be 12\");,\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(yp[ip] == 12_prt,\n+ \"pos attribute expected to be 12\");,\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(zp[ip] == 12_prt,\n+ \"pos attribute expected to be 12\");\n+ );\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT_WITH_MESSAGE(wp[ip] == 1.2_prt,\n+ \"pos attribute expected to be 1.2\");\n+ });\n+ }\n+}\n+\n+int main (int argc, char* argv[])\n+ {\n+ amrex::Initialize(argc,argv);\n+ {\n+ addParticles();\n+ }\n+ amrex::Finalize();\n+ }\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr4526
|
multi_swe_bench
|
Reduce use of SuperParticle (AMReX-Codes/amrex#4526)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 4526,
"issue_title": "Reduce use of SuperParticle",
"issue_body": "## Summary\r\n\r\nIn preparation of #4404, this PR reduces the reliance of SuperParticle. The issue with getSuperParticle is that the compiler is instructed to read in all the data of the particle into registers even if most of it is not needed. Additionally, runtime data is not accessible through SuperParticle.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nThe previous version of packIOData with RunOnGpu had a bug when some particles were invalid.\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [x] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "449ff2f7a8f2497c3364d1c8439a8a04ebe170fa",
"resolved_issues": [
{
"number": 4404,
"title": "[WIP] Add simpler version of ParticleTile using 2D array",
"body": "## Summary\r\n\r\nThis PR aims to explore adding a simpler version of ParticleTile #3570 \r\n\r\nIt already assumes that a tile only has runtime components and always has a polymorphic arena allocator as described in #4380. To avoid the array of pointer style of the current particle tile, here a 2D array over particle ids and component ids is used. As a simplification both AoS and SoA members have been removed as well as all the push_back functions.\r\n\r\nPerformance test with HiPACE++:\r\n\r\ndev, ParticleContainerPureSoA<11, 1>\r\n```\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.44 ... 21.44 ... 21.44\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.42 ... 21.42 ... 21.42\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.4 ... 21.4 ... 21.4\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.43 ... 21.43 ... 21.43\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.39 ... 21.39 ... 21.39\r\n```\r\nParticleContainerPureSoA<0, 0> using only runtime components\r\n```\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.93 ... 21.93 ... 21.93\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 22.05 ... 22.05 ... 22.05\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.95 ... 21.95 ... 21.95\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.96 ... 21.96 ... 21.96\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.94 ... 21.94 ... 21.94\r\n\r\n```\r\nthis PR, ParticleContainerPureSoA2<amrex::Real, int>\r\n```\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.4 ... 21.4 ... 21.4\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.38 ... 21.38 ... 21.38\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.4 ... 21.4 ... 21.4\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.44 ... 21.44 ... 21.44\r\nTinyProfiler total time across processes [min...avg...max]: 21.38 ... 21.38 ... 21.38\r\n```\r\n\r\n\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\nParticleReal and int are replaced with template types to make implementing the const versions easier and to allow for more flexibility in the future (use double and float in the same application, use double2 or float4, use 64 bit int etc).\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [ ] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-4526",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/.github/workflows/gcc.yml b/.github/workflows/gcc.yml\nindex 3249c6eacd5..0e19117ded1 100644\n--- a/.github/workflows/gcc.yml\n+++ b/.github/workflows/gcc.yml\n@@ -376,7 +376,7 @@ jobs:\n # /home/runner/work/amrex/amrex/Src/Base/AMReX_IntVect.H:194:92: error: array subscript -1 is below array bounds of ‘int [3]’ [-Werror=array-bounds]\n # int& operator[] (int i) noexcept { BL_ASSERT(i>=0 && i < AMREX_SPACEDIM); return vect[i]; }\n #\n- env: {CXXFLAGS: \"-fno-operator-names -Werror -Wall -Wextra -Wpedantic -Wnull-dereference -Wfloat-conversion -Wshadow -Woverloaded-virtual -Wunreachable-code -Wnon-virtual-dtor -Wlogical-op -Wmisleading-indentation -Wduplicated-cond -Wduplicated-branches -Wmissing-include-dirs -Wno-array-bounds\"}\n+ env: {CXXFLAGS: \"-fno-operator-names -Werror -Wall -Wextra -Wpedantic -Wfloat-conversion -Wshadow -Woverloaded-virtual -Wunreachable-code -Wnon-virtual-dtor -Wlogical-op -Wmisleading-indentation -Wduplicated-cond -Wduplicated-branches -Wmissing-include-dirs -Wno-array-bounds\"}\n run: |\n export CCACHE_COMPRESS=1\n export CCACHE_COMPRESSLEVEL=10\ndiff --git a/Src/Extern/HDF5/AMReX_ParticleHDF5.H b/Src/Extern/HDF5/AMReX_ParticleHDF5.H\nindex 29747ea9d76..b51e3638fb5 100644\n--- a/Src/Extern/HDF5/AMReX_ParticleHDF5.H\n+++ b/Src/Extern/HDF5/AMReX_ParticleHDF5.H\n@@ -66,9 +66,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n WriteHDF5ParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n tmp_real_comp_names, tmp_int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p) -> int\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i) -> int\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n }, true);\n }\n \n@@ -102,9 +102,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n WriteHDF5ParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p) -> int\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i) -> int\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \n@@ -138,9 +138,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n WriteHDF5ParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p)\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i)\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \n@@ -166,9 +166,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p)\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i)\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \n@@ -200,9 +200,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ParticleType& p)\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i)\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \n@@ -238,9 +238,9 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n WriteHDF5ParticleData(dir, name, write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p)\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i)\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \n@@ -261,9 +261,9 @@ WritePlotFileHDF5 (const std::string& dir, const std::string& name,\n write_real_comp, write_int_comp,\n real_comp_names, int_comp_names,\n compression,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const SuperParticleType& p)\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, int i)\n {\n- return p.id() > 0;\n+ return ptd.id(i) > 0;\n });\n }\n \ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_Particle.H b/Src/Particle/AMReX_Particle.H\nindex 51303ae4161..098fdfb7b7a 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_Particle.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_Particle.H\n@@ -337,6 +337,7 @@ struct alignas(sizeof(double)) Particle\n \n //! The floating point type used for the particles.\n using RealType = ParticleReal;\n+ using IntType = int;\n \n static Long the_next_id;\n \n@@ -366,6 +367,12 @@ struct alignas(sizeof(double)) Particle\n #endif\n }\n \n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ uint64_t& idcpu () & { return this->m_idcpu; }\n+\n+ [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n+ const uint64_t& idcpu () const & { return this->m_idcpu; }\n+\n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n RealVect pos () const & {return RealVect(AMREX_D_DECL(this->m_pos[0], this->m_pos[1], this->m_pos[2]));}\n \ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\nindex 449b1c85409..3baafe1d34e 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n@@ -185,6 +185,8 @@ public:\n //! A single level worth of particles is indexed (grid id, tile id)\n //! for both SoA and AoS data.\n using ParticleLevel = std::map<std::pair<int, int>, ParticleTileType>;\n+ using PTDType = typename ParticleTileType::ParticleTileDataType;\n+ using ConstPTDType = typename ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n using AoS = typename ParticleTileType::AoS;\n using SoA = typename ParticleTileType::SoA;\n \ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\nindex 7b200bedb75..1d90fde2c76 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n@@ -954,42 +954,47 @@ ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssig\n auto dst = virts.getParticleTileData();\n ParallelFor(bx, [=] AMREX_GPU_DEVICE(int i, int j, int k)\n {\n- if(imf_arr(i,j,k,0)!=0)\n- {\n- SuperParticleType p;\n- p.cpu() = 0;\n- p.id() = LongParticleIds::VirtualParticleID;\n-\n- //Set rdata(0) first so we can normalize the weighted fields\n- p.rdata(0) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM));\n- //Set pos with the normalized weighted field\n- for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; ++n)\n- {\n- p.pos(n) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,n) / p.rdata(0));\n- }\n- //Set rdata(n>0) with the normalized weighted field for NStructReal\n- for (int n = 1; n < NStructReal; ++n)\n- {\n- p.rdata(n) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM+n) / p.rdata(0));\n- }\n- //Set rdata(n>0) with the normalized weighted field for NArrayReal\n- for (int n = 0; n < NArrayReal; ++n)\n- {\n- p.rdata(NStructReal+n) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM+NStructReal+n));\n- }\n- //Set idata with the \"first\" particles idata field for NStructInt\n- for (int n = 0; n < NStructInt; ++n)\n- {\n- p.idata(n) = imf_arr(i,j,k,1+n);\n- }\n- //Set idata with the \"first\" particles idata field for NArrayInt\n- for (int n = 0; n < NArrayInt; ++n)\n- {\n- p.idata(NStructInt+n) = imf_arr(i,j,k,1+NStructInt+n);\n- }\n- //Set the new particle in dst tile\n- dst.setSuperParticle(p, last_offset+offsets_ptr[((i-imf_arr.begin.x)+(j-imf_arr.begin.y)*imf_arr.jstride+(k-imf_arr.begin.z)*imf_arr.kstride)]);\n- }\n+ if(imf_arr(i,j,k,0)!=0)\n+ {\n+ const auto idx = last_offset + offsets_ptr[\n+ ((i-imf_arr.begin.x)\n+ +(j-imf_arr.begin.y)*imf_arr.jstride\n+ +(k-imf_arr.begin.z)*imf_arr.kstride)\n+ ];\n+\n+ dst.cpu(idx) = 0;\n+ dst.id(idx) = LongParticleIds::VirtualParticleID;\n+\n+ auto& p = dst[idx];\n+ //Set rdata(0) first so we can normalize the weighted fields\n+ //Note that this does not work for soa PC\n+ p.rdata(0) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM));;\n+ //Set pos with the normalized weighted field\n+ for (int n = 0; n < AMREX_SPACEDIM; ++n)\n+ {\n+ p.pos(n) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,n) / p.rdata(0));\n+ }\n+ //Set rdata(n>0) with the normalized weighted field for NStructReal\n+ for (int n = 1; n < NStructReal; ++n)\n+ {\n+ p.rdata(n) = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM+n) / p.rdata(0));\n+ }\n+ //Set rdata(n>0) with the normalized weighted field for NArrayReal\n+ for (int n = 0; n < NArrayReal; ++n)\n+ {\n+ dst.rdata(n)[idx] = static_cast<ParticleReal>(partData(i,j,k,AMREX_SPACEDIM+NStructReal+n));\n+ }\n+ //Set idata with the \"first\" particles idata field for NStructInt\n+ for (int n = 0; n < NStructInt; ++n)\n+ {\n+ p.idata(n) = imf_arr(i,j,k,1+n);\n+ }\n+ //Set idata with the \"first\" particles idata field for NArrayInt\n+ for (int n = 0; n < NArrayInt; ++n)\n+ {\n+ dst.idata(n)[idx] = imf_arr(i,j,k,1+NStructInt+n);\n+ }\n+ }\n \n });\n last_offset+=next_offset;\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleReduce.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleReduce.H\nindex db2bb6ea3e2..50002e29327 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleReduce.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleReduce.H\n@@ -66,18 +66,18 @@ auto call_f (F const& f,\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto sm = amrex::ReduceSum(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceSum (PC const& pc, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceSum(pc, 0, pc.finestLevel(), std::forward<F>(f));\n }\n@@ -114,18 +114,18 @@ ReduceSum (PC const& pc, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto sm = amrex::ReduceSum(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceSum (PC const& pc, int lev, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceSum(pc, lev, lev, std::forward<F>(f));\n }\n@@ -163,20 +163,20 @@ ReduceSum (PC const& pc, int lev, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto sm = amrex::ReduceSum(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceSum (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n- using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()));\n+ using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()));\n value_type sm = 0;\n \n #ifdef AMREX_USE_GPU\n@@ -266,18 +266,18 @@ ReduceSum (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mx = amrex::ReduceMax(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMax (PC const& pc, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceMax(pc, 0, pc.finestLevel(), std::forward<F>(f));\n }\n@@ -314,18 +314,18 @@ ReduceMax (PC const& pc, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mx = amrex::ReduceMax(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMax (PC const& pc, int lev, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceMax(pc, lev, lev, std::forward<F>(f));\n }\n@@ -363,20 +363,20 @@ ReduceMax (PC const& pc, int lev, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mx = amrex::ReduceMax(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMax (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n- using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()));\n+ using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()));\n constexpr value_type value_lowest = std::numeric_limits<value_type>::lowest();\n value_type r = value_lowest;\n \n@@ -467,18 +467,18 @@ ReduceMax (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mn = amrex::ReduceMin(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMin (PC const& pc, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceMin(pc, 0, pc.finestLevel(), std::forward<F>(f));\n }\n@@ -515,18 +515,18 @@ ReduceMin (PC const& pc, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mn = amrex::ReduceMin(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMin (PC const& pc, int lev, F&& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n return ReduceMin(pc, lev, lev, std::forward<F>(f));\n }\n@@ -564,20 +564,20 @@ ReduceMin (PC const& pc, int lev, F&& f)\n * return p.idata(0);\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto mn = amrex::ReduceMin(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> ParticleReal\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].rdata(0);\n+ * return ptd.rdata(0)[i];\n * });\n *\n */\n template <class PC, class F, std::enable_if_t<IsParticleContainer<PC>::value, int> foo = 0>\n auto\n ReduceMin (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n- -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()))\n+ -> decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()))\n {\n- using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType(), int()));\n+ using value_type = decltype(particle_detail::call_f(f, typename PC::ConstPTDType(), int()));\n constexpr value_type value_max = std::numeric_limits<value_type>::max();\n value_type r = value_max;\n \n@@ -668,11 +668,11 @@ ReduceMin (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n * return p.id() > 0;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalAnd(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() > 0;\n+ * return ptd.id(i) > 0;\n * });\n *\n */\n@@ -715,11 +715,11 @@ ReduceLogicalAnd (PC const& pc, F&& f)\n * return p.id() > 0;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalAnd(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() > 0;\n+ * return ptd.id(i) > 0;\n * });\n *\n */\n@@ -763,11 +763,11 @@ ReduceLogicalAnd (PC const& pc, int lev, F&& f)\n * return p.id() > 0;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalAnd(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() > 0;\n+ * return ptd.id(i) > 0;\n * });\n *\n */\n@@ -864,11 +864,11 @@ ReduceLogicalAnd (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n * return p.id() < 1;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalOr(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() < 1;\n+ * return ptd.id(i) < 1;\n * });\n *\n */\n@@ -911,11 +911,11 @@ ReduceLogicalOr (PC const& pc, F&& f)\n * return p.id() < 1;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalOr(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() < 1;\n+ * return ptd.id(i) < 1;\n * });\n *\n */\n@@ -959,11 +959,11 @@ ReduceLogicalOr (PC const& pc, int lev, F&& f)\n * return p.id() < 1;\n * });\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * auto rv = amrex::ReduceLogicalOr(pc,\n- * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) -> bool\n+ * [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> bool\n * {\n- * return ptd.m_aos[i].id() < 1;\n+ * return ptd.id(i) < 1;\n * });\n *\n */\n@@ -1078,15 +1078,15 @@ ReduceLogicalOr (PC const& pc, int lev_min, int lev_max, F const& f)\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * amrex::ReduceOps<ReduceOpSum, ReduceOpMin, ReduceOpMax> reduce_ops;\n * auto r = amrex::ParticleReduce<ReduceData<amrex::Real, amrex::Real,int>> (\n- * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) noexcept\n+ * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) noexcept\n * -> amrex::GpuTuple<amrex::Real,amrex::Real,int>\n * {\n- * const amrex::Real a = ptd.m_aos[i].rdata(1);\n- * const amrex::Real b = ptd.m_aos[i].rdata(2);\n- * const int c = ptd.m_aos[i].idata(1);\n+ * const amrex::Real a = ptd.rdata(1)[i];\n+ * const amrex::Real b = ptd.rdata(2)[i];\n+ * const int c = ptd.idata(1)[i];\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\n@@ -1148,15 +1148,15 @@ ParticleReduce (PC const& pc, F&& f, ReduceOps& reduce_ops)\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * amrex::ReduceOps<ReduceOpSum, ReduceOpMin, ReduceOpMax> reduce_ops;\n * auto r = amrex::ParticleReduce<ReduceData<amrex::Real, amrex::Real,int>> (\n- * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) noexcept\n+ * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) noexcept\n * -> amrex::GpuTuple<amrex::Real,amrex::Real,int>\n * {\n- * const amrex::Real a = ptd.m_aos[i].rdata(1);\n- * const amrex::Real b = ptd.m_aos[i].rdata(2);\n- * const int c = ptd.m_aos[i].idata(1);\n+ * const amrex::Real a = ptd.rdata(1)[i];\n+ * const amrex::Real b = ptd.rdata(2)[i];\n+ * const int c = ptd.idata(1)[i];\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\n@@ -1219,15 +1219,15 @@ ParticleReduce (PC const& pc, int lev, F&& f, ReduceOps& reduce_ops)\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\n- * using PTDType = typename PC::ParticleTileType::ConstParticleTileDataType;\n+ * using ConstPTDType = typename PC::ConstPTDType;\n * amrex::ReduceOps<ReduceOpSum, ReduceOpMin, ReduceOpMax> reduce_ops;\n * auto r = amrex::ParticleReduce<ReduceData<amrex::Real, amrex::Real,int>> (\n- * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const PTDType& ptd, const int i) noexcept\n+ * pc, [=] AMREX_GPU_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) noexcept\n * -> amrex::GpuTuple<amrex::Real,amrex::Real,int>\n * {\n- * const amrex::Real a = ptd.m_aos[i].rdata(1);\n- * const amrex::Real b = ptd.m_aos[i].rdata(2);\n- * const int c = ptd.m_aos[i].idata(1);\n+ * const amrex::Real a = ptd.rdata(1)[i];\n+ * const amrex::Real b = ptd.rdata(2)[i];\n+ * const int c = ptd.idata(1)[i];\n * return {a, b, c};\n * }, reduce_ops);\n *\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\nindex 80f7705e266..d7ba7a1f136 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleTile.H\n@@ -36,6 +36,8 @@ struct ParticleTileData\n using ParticleType = T_ParticleType;\n using ParticleRefType = T_ParticleType&;\n using Self = ParticleTileData<ParticleType, NAR, NAI>;\n+ using RealType = ParticleReal;\n+ using IntType = int;\n \n static constexpr int NStructReal = ParticleType::NReal;\n static constexpr int NStructInt = ParticleType::NInt;\n@@ -60,7 +62,7 @@ struct ParticleTileData\n int* AMREX_RESTRICT * AMREX_RESTRICT m_runtime_idata;\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- ParticleReal& pos (const int dir, const int index) const &\n+ decltype(auto) pos (const int dir, const int index) const &\n {\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].pos(dir);\n@@ -95,7 +97,7 @@ struct ParticleTileData\n if constexpr(ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_idcpu[index];\n } else {\n- amrex::Abort(\"not implemented\");\n+ return this->m_aos[index].idcpu();\n }\n }\n \n@@ -329,6 +331,7 @@ struct alignas(sizeof(double)) ConstSoAParticle : SoAParticleBase\n static constexpr bool is_constsoa_particle = true;\n \n using RealType = ParticleReal;\n+ using IntType = int;\n \n AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n ConstSoAParticle (ConstPTD const& ptd, long i) : // Note: should this be int instead?\n@@ -374,7 +377,7 @@ struct alignas(sizeof(double)) ConstSoAParticle : SoAParticleBase\n \n private :\n \n- static_assert(std::is_trivially_copyable<ParticleTileData<SoAParticleBase, NArrayReal, NArrayInt>>(), \"ParticleTileData is not trivially copyable\");\n+ static_assert(std::is_trivially_copyable<ConstPTD>(), \"ParticleTileData is not trivially copyable\");\n \n ConstPTD m_constparticle_tile_data;\n int m_index;\n@@ -392,6 +395,7 @@ struct alignas(sizeof(double)) SoAParticle : SoAParticleBase\n \n using ConstType = ConstSoAParticle<T_NArrayReal, T_NArrayInt>;\n using RealType = ParticleReal;\n+ using IntType = int;\n \n AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n SoAParticle (PTD const& ptd, long i) : // Note: should this be int instead?\n@@ -456,7 +460,7 @@ struct alignas(sizeof(double)) SoAParticle : SoAParticleBase\n \n private :\n \n- static_assert(std::is_trivially_copyable<ParticleTileData<SoAParticleBase, NArrayReal, NArrayInt>>(), \"ParticleTileData is not trivially copyable\");\n+ static_assert(std::is_trivially_copyable<PTD>(), \"ParticleTileData is not trivially copyable\");\n \n PTD m_particle_tile_data;\n int m_index;\n@@ -511,6 +515,8 @@ struct ConstParticleTileData\n static constexpr int NAI = NArrayInt;\n using ParticleType = T_ParticleType;\n using ParticleRefType = T_ParticleType const&;\n+ using RealType = ParticleReal;\n+ using IntType = int;\n \n static constexpr int NStructReal = ParticleType::NReal;\n static constexpr int NStructInt = ParticleType::NInt;\n@@ -530,7 +536,7 @@ struct ConstParticleTileData\n GpuArray<const int*, NArrayInt > m_idata;\n \n [[nodiscard]] AMREX_GPU_HOST_DEVICE AMREX_FORCE_INLINE\n- const ParticleReal& pos (const int dir, const int index) const &\n+ decltype(auto) pos (const int dir, const int index) const &\n {\n if constexpr(!ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_aos[index].pos(dir);\n@@ -565,7 +571,7 @@ struct ConstParticleTileData\n if constexpr(ParticleType::is_soa_particle) {\n return this->m_idcpu[index];\n } else {\n- amrex::Abort(\"not implemented\");\n+ return this->m_aos[index].idcpu();\n }\n }\n \ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\nindex 3c03efe076b..4a5117a1d29 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_WriteBinaryParticleData.H\n@@ -47,8 +47,12 @@ fillFlags (Container<int, Allocator>& pflags, const PTile& ptile, F const& f)\n amrex::ignore_unused(flag_ptr, f, engine);\n if constexpr (IsCallable<F,decltype(p),RandomEngine>::value) {\n flag_ptr[k] = f(p,engine);\n- } else {\n+ } else if constexpr (IsCallable<F,decltype(p)>::value) {\n flag_ptr[k] = f(p);\n+ } else if constexpr (IsCallable<F,decltype(ptd),int,RandomEngine>::value) {\n+ flag_ptr[k] = f(ptd,k,engine);\n+ } else {\n+ flag_ptr[k] = f(ptd,k);\n }\n });\n }\n@@ -68,8 +72,12 @@ fillFlags (Container<int, Allocator>& pflags, const PTile& ptile, F const& f)\n const auto p = ptd.getSuperParticle(k);\n if constexpr (IsCallable<F,decltype(p),RandomEngine>::value) {\n flag_ptr[k] = f(p,getInvalidRandomEngine());\n- } else {\n+ } else if constexpr (IsCallable<F,decltype(p)>::value) {\n flag_ptr[k] = f(p);\n+ } else if constexpr (IsCallable<F,decltype(ptd),int,RandomEngine>::value) {\n+ flag_ptr[k] = f(ptd,k,getInvalidRandomEngine());\n+ } else {\n+ flag_ptr[k] = f(ptd,k);\n }\n }\n }\n@@ -150,22 +158,98 @@ countFlags (const Container<int,Allocator>& pflags)\n return nparticles;\n }\n \n-template <typename P, typename I>\n+template <typename I>\n AMREX_GPU_HOST_DEVICE\n-void packParticleIDs (I* idata, const P& p, bool is_checkpoint) noexcept\n+void packParticleIDs (I* idata, const std::uint64_t idcpu, bool is_checkpoint) noexcept\n {\n if (is_checkpoint) {\n std::int32_t xi, yi;\n std::uint32_t xu, yu;\n- xu = (std::uint32_t)((p.m_idcpu & 0xFFFFFFFF00000000LL) >> 32);\n- yu = (std::uint32_t)( p.m_idcpu & 0xFFFFFFFFLL);\n+ xu = (std::uint32_t)((idcpu & 0xFFFFFFFF00000000LL) >> 32);\n+ yu = (std::uint32_t)( idcpu & 0xFFFFFFFFLL);\n amrex::Gpu::memcpy(&xi, &xu, sizeof(xu));\n amrex::Gpu::memcpy(&yi, &yu, sizeof(yu));\n idata[0] = xi;\n idata[1] = yi;\n } else {\n- idata[0] = p.id();\n- idata[1] = p.cpu();\n+ idata[0] = ConstParticleIDWrapper{idcpu};\n+ idata[1] = ConstParticleCPUWrapper{idcpu};\n+ }\n+}\n+\n+template<class PTD>\n+AMREX_GPU_HOST_DEVICE void\n+rPackParticleData (const PTD& ptd, int idx, typename PTD::RealType * rdata_ptr,\n+ const int * write_real_comp)\n+{\n+ std::size_t rout_index = 0;\n+\n+ for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; ++j) {\n+ rdata_ptr[rout_index] = ptd.pos(j, idx);\n+ rout_index++;\n+ }\n+\n+ if constexpr (!PTD::ParticleType::is_soa_particle) {\n+ const auto& p = ptd[idx];\n+\n+ for (int j = 0; j < PTD::ParticleType::NReal; ++j) {\n+ if (write_real_comp[j]) {\n+ rdata_ptr[rout_index] = p.rdata(j);\n+ rout_index++;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ constexpr int real_start_offset = PTD::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0;\n+\n+ for (int j = real_start_offset; j < PTD::NAR; ++j) {\n+ if (write_real_comp[PTD::ParticleType::NReal + j - real_start_offset]) {\n+ rdata_ptr[rout_index] = ptd.rdata(j)[idx];\n+ rout_index++;\n+ }\n+ }\n+\n+ for (int j = 0; j < ptd.m_num_runtime_real; ++j) {\n+ if (write_real_comp[PTD::ParticleType::NReal + PTD::NAR + j - real_start_offset]) {\n+ rdata_ptr[rout_index] = ptd.m_runtime_rdata[j][idx];\n+ rout_index++;\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+template<class PTD>\n+AMREX_GPU_HOST_DEVICE void\n+iPackParticleData (const PTD& ptd, int idx, typename PTD::IntType * idata_ptr,\n+ const int * write_int_comp, bool is_checkpoint)\n+{\n+ std::size_t iout_index = 0;\n+\n+ packParticleIDs(&idata_ptr[iout_index], ptd.idcpu(idx), is_checkpoint);\n+ iout_index += 2;\n+\n+ if constexpr (!PTD::ParticleType::is_soa_particle) {\n+ const auto& p = ptd[idx];\n+\n+ for (int j = 0; j < PTD::ParticleType::NInt; ++j) {\n+ if (write_int_comp[j]) {\n+ idata_ptr[iout_index] = p.idata(j);\n+ iout_index++;\n+ }\n+ }\n+ }\n+\n+ for (int j = 0; j < PTD::NAI; ++j) {\n+ if (write_int_comp[PTD::ParticleType::NInt + j]) {\n+ idata_ptr[iout_index] = ptd.idata(j)[idx];\n+ iout_index++;\n+ }\n+ }\n+\n+ for (int j = 0; j < ptd.m_num_runtime_int; ++j) {\n+ if (write_int_comp[PTD::ParticleType::NInt + PTD::NAI + j]) {\n+ idata_ptr[iout_index] = ptd.m_runtime_idata[j][idx];\n+ iout_index++;\n+ }\n }\n }\n \n@@ -214,58 +298,22 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n typename PC::RealVector rdata_d(num_copies*rChunkSize);\n \n const auto flag_ptr = pflags.data();\n+ const auto offset_ptr = offsets.data();\n \n auto idata_d_ptr = idata_d.data();\n auto rdata_d_ptr = rdata_d.data();\n \n const auto& ptd = ptile.getConstParticleTileData();\n- amrex::ParallelFor(num_copies,\n+ amrex::ParallelFor(ptile.numParticles(),\n [=] AMREX_GPU_DEVICE (int pindex) noexcept\n {\n- // might be worth using shared memory here\n- const auto p = ptd.getSuperParticle(pindex);\n-\n if (flag_ptr[pindex]) {\n- std::size_t iout_index = pindex*iChunkSize;\n- packParticleIDs(&idata_d_ptr[iout_index], p, is_checkpoint);\n- iout_index += 2;\n-\n- std::size_t rout_index = pindex*rChunkSize;\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) {\n- rdata_d_ptr[rout_index] = p.pos(j);\n- rout_index++;\n- }\n-\n- for (int j = 0; j < PC::SuperParticleType::NInt; j++) {\n- if (write_int_comp_d_ptr[j]) {\n- idata_d_ptr[iout_index] = p.idata(j);\n- iout_index++;\n- }\n- }\n+ const int out_indx = offset_ptr[pindex];\n+ iPackParticleData(ptd, pindex, idata_d_ptr + out_indx * iChunkSize,\n+ write_int_comp_d_ptr, is_checkpoint);\n \n- for (int j = 0; j < ptd.m_num_runtime_int; j++) {\n- if (write_int_comp_d_ptr[PC::SuperParticleType::NInt + j]) {\n- idata_d_ptr[iout_index] = ptd.m_runtime_idata[j][pindex];\n- iout_index++;\n- }\n- }\n-\n- // extra SoA Real components\n- const int real_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: skip positions\n- for (int j = real_start_offset; j < PC::SuperParticleType::NReal; j++) {\n- const int write_comp_index = j-real_start_offset;\n- if (write_real_comp_d_ptr[write_comp_index]) {\n- rdata_d_ptr[rout_index] = p.rdata(j);\n- rout_index++;\n- }\n- }\n-\n- for (int j = 0; j < ptd.m_num_runtime_real; j++) {\n- if (write_real_comp_d_ptr[PC::SuperParticleType::NReal+j-real_start_offset]) {\n- rdata_d_ptr[rout_index] = ptd.m_runtime_rdata[j][pindex];\n- rout_index++;\n- }\n- }\n+ rPackParticleData(ptd, pindex, rdata_d_ptr + out_indx * rChunkSize,\n+ write_real_comp_d_ptr);\n }\n });\n \n@@ -307,84 +355,17 @@ packIOData (Vector<int>& idata, Vector<ParticleReal>& rdata, const PC& pc, int l\n for (int tile : tiles) {\n const auto& ptile = pc.ParticlesAt(lev, grid, tile);\n const auto& pflags = particle_io_flags[lev].at(std::make_pair(grid, tile));\n+ const auto& ptd = ptile.getConstParticleTileData();\n+\n for (int pindex = 0; pindex < ptile.numParticles(); ++pindex) {\n if (pflags[pindex]) {\n- const auto& soa = ptile.GetStructOfArrays();\n-\n- // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n- // for backwards compatibility with readers\n- if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n- {\n- const auto& aos = ptile.GetArrayOfStructs();\n- const auto& p = aos[pindex];\n-\n- // Int: id, cpu\n- packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n- iptr += 2;\n-\n- // Real: positions\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) { rptr[j] = p.pos(j); }\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n-\n- // extra AoS Int components\n- for (int j = 0; j < PC::NStructInt; j++) {\n- if (write_int_comp[j]) {\n- *iptr = p.idata(j);\n- ++iptr;\n- }\n- }\n- // extra AoS Real components\n- for (int j = 0; j < PC::NStructReal; j++) {\n- if (write_real_comp[j]) {\n- *rptr = p.rdata(j);\n- ++rptr;\n- }\n- }\n- }\n- else {\n- uint64_t idcpu = soa.GetIdCPUData()[pindex];\n- if (is_checkpoint) {\n- std::int32_t xi, yi;\n- std::uint32_t xu, yu;\n- xu = (std::uint32_t)((idcpu & 0xFFFFFFFF00000000LL) >> 32);\n- yu = (std::uint32_t)( idcpu & 0xFFFFFFFFLL);\n- std::memcpy(&xi, &xu, sizeof(xu));\n- std::memcpy(&yi, &yu, sizeof(yu));\n- *iptr = xi;\n- iptr += 1;\n- *iptr = yi;\n- iptr += 1;\n- } else {\n- // Int: id, cpu\n- *iptr = (int) ParticleIDWrapper(idcpu);\n- iptr += 1;\n- *iptr = (int) ParticleCPUWrapper(idcpu);\n- iptr += 1;\n- }\n-\n- // Real: position\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) { rptr[j] = soa.GetRealData(j)[pindex]; }\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n- }\n+ iPackParticleData(ptd, pindex, iptr,\n+ write_int_comp.dataPtr(), is_checkpoint);\n+ iptr += iChunkSize;\n \n- // SoA int data\n- const int int_start_offset = 0;\n- for (int j = int_start_offset; j < pc.NumIntComps(); j++) {\n- if (write_int_comp[PC::NStructInt+j]) {\n- *iptr = soa.GetIntData(j)[pindex];\n- ++iptr;\n- }\n- }\n-\n- // extra SoA Real components\n- const int real_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: skip positions\n- for (int j = real_start_offset; j < pc.NumRealComps(); j++) {\n- const int write_comp_index = PC::NStructReal+j-real_start_offset;\n- if (write_real_comp[write_comp_index]) {\n- *rptr = (ParticleReal) soa.GetRealData(j)[pindex];\n- ++rptr;\n- }\n- }\n+ rPackParticleData(ptd, pindex, rptr,\n+ write_real_comp.dataPtr());\n+ rptr += rChunkSize;\n }\n }\n }\n@@ -875,7 +856,6 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n dms.push_back(pc.ParticleDistributionMap(lev));\n }\n \n- int nrc = pc.NumRealComps();\n int nic = pc.NumIntComps();\n int rnames_size = (int) real_comp_names.size();\n \n@@ -1028,62 +1008,11 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n const auto& ptd = pbox.getConstParticleTileData();\n for (int pindex = 0; pindex < pbox.numParticles(); ++pindex)\n {\n- const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n-\n- make_particle<typename PC::ConstParticleType> mp{};\n- const auto& p = mp(ptd, pindex);\n- if (p.id() <= 0) { continue; }\n-\n- // note: for pure SoA particle layouts, we do write the id, cpu and positions as a struct\n- // for backwards compatibility with readers\n- if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n- {\n- // Ints: id, cpu\n- particle_detail::packParticleIDs(iptr, p, is_checkpoint);\n- iptr += 2;\n-\n- // extra AoS Int components\n- for (int j = 0; j < NStructInt; j++)\n- {\n- if (write_int_comp[j])\n- {\n- *iptr = p.idata(j);\n- ++iptr;\n- }\n- }\n- }\n- else {\n- uint64_t idcpu = soa.GetIdCPUData()[pindex];\n- if (is_checkpoint) {\n- std::int32_t xi, yi;\n- std::uint32_t xu, yu;\n- xu = (std::uint32_t)((idcpu & 0xFFFFFFFF00000000LL) >> 32);\n- yu = (std::uint32_t)( idcpu & 0xFFFFFFFFLL);\n- std::memcpy(&xi, &xu, sizeof(xu));\n- std::memcpy(&yi, &yu, sizeof(yu));\n- *iptr = xi;\n- iptr += 1;\n- *iptr = yi;\n- iptr += 1;\n- } else {\n- // Int: id, cpu\n- *iptr = (int) ParticleIDWrapper(idcpu);\n- iptr += 1;\n- *iptr = (int) ParticleCPUWrapper(idcpu);\n- iptr += 1;\n- }\n- }\n+ if (ptd.id(pindex) <= 0) { continue; }\n \n- // extra SoA Ints\n- const int int_start_offset = 0;\n- for (int j = int_start_offset; j < nic; j++)\n- {\n- if (write_int_comp[NStructInt+j])\n- {\n- *iptr = soa.GetIntData(j)[pindex];\n- ++iptr;\n- }\n- }\n+ particle_detail::iPackParticleData(ptd, pindex, iptr,\n+ write_int_comp.dataPtr(), is_checkpoint);\n+ iptr += iChunkSize;\n }\n }\n \n@@ -1104,49 +1033,13 @@ void WriteBinaryParticleDataAsync (PC const& pc,\n auto ptile_index = std::make_pair(grid, tile_map[grid][i]);\n const auto& pbox = (*myptiles)[lev][ptile_index];\n const auto& ptd = pbox.getConstParticleTileData();\n- for (int pindex = 0;\n- pindex < pbox.numParticles(); ++pindex)\n+ for (int pindex = 0; pindex < pbox.numParticles(); ++pindex)\n {\n- const auto& soa = pbox.GetStructOfArrays();\n- make_particle<typename PC::ConstParticleType> mp{};\n- const auto& p = mp(ptd, pindex);\n-\n- if (p.id() <= 0) { continue; }\n-\n- if constexpr(!PC::ParticleType::is_soa_particle)\n- {\n- // Real: position\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) { rptr[j] = p.pos(j); }\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n-\n- // extra AoS real\n- for (int j = 0; j < NStructReal; j++)\n- {\n- if (write_real_comp[j])\n- {\n- *rptr = p.rdata(j);\n- ++rptr;\n- }\n- }\n- }\n- else {\n- // Real: position\n- for (int j = 0; j < AMREX_SPACEDIM; j++) { rptr[j] = soa.GetRealData(j)[pindex]; }\n- rptr += AMREX_SPACEDIM;\n- }\n+ if (ptd.id(pindex) <= 0) { continue; }\n \n- // extra SoA real\n- const int real_start_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: positions\n- for (int j = real_start_offset; j < nrc; j++)\n- {\n- const int write_comp_offset = PC::ParticleType::is_soa_particle ? AMREX_SPACEDIM : 0; // pure SoA: skip positions\n- const int write_comp_index = PC::NStructReal+j-write_comp_offset;\n- if (write_real_comp[write_comp_index])\n- {\n- *rptr = (typename PC::ParticleType::RealType) soa.GetRealData(j)[pindex];\n- ++rptr;\n- }\n- }\n+ particle_detail::rPackParticleData(ptd, pindex, rptr,\n+ write_real_comp.dataPtr());\n+ rptr += rChunkSize;\n }\n }\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp\nindex e3c544516e2..af2ce0f7a0b 100644\n--- a/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/CheckpointRestartSOA/main.cpp\n@@ -150,21 +150,21 @@ void test ()\n std::snprintf(directory_path, sizeof directory_path, \"%s%s\", directory.c_str(), \"plt00000\");\n newPC.Restart(directory_path, \"particle0\");\n \n- using PType = typename MyPC::SuperParticleType;\n+ using ConstPTDType = typename MyPC::ConstPTDType;\n \n for (int icomp=0; icomp<NReal; ++icomp)\n {\n amrex::Print() << \"working on comp \" << icomp << \"\\n\";\n auto sm_new = amrex::ReduceSum(newPC,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> Real\n {\n- return p.rdata(icomp);\n+ return ptd.rdata(icomp)[i];\n });\n \n auto sm_old = amrex::ReduceSum(myPC,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> Real\n {\n- return p.rdata(icomp);\n+ return ptd.rdata(icomp)[i];\n });\n \n ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_new);\n@@ -178,15 +178,15 @@ void test ()\n {\n amrex::Print() << \"working on comp \" << icomp << \"\\n\";\n auto sm_new = amrex::ReduceSum(newPC,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> Real\n {\n- return p.idata(icomp);\n+ return ptd.idata(icomp)[i];\n });\n \n auto sm_old = amrex::ReduceSum(myPC,\n- [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const PType& p) -> Real\n+ [=] AMREX_GPU_HOST_DEVICE (const ConstPTDType& ptd, const int i) -> Real\n {\n- return p.idata(icomp);\n+ return ptd.idata(icomp)[i];\n });\n \n ParallelDescriptor::ReduceRealSum(sm_new);\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr4552
|
multi_swe_bench
|
ParmParse: Add parser support for bool (AMReX-Codes/amrex#4552)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 4552,
"issue_title": "ParmParse: Add parser support for bool",
"issue_body": "Close #4535 ",
"base_commit": "f7f98c8023177cf969aba9e17899d1200b4b4ac2",
"resolved_issues": [
{
"number": 4535,
"title": "`bool` support in `queryAddWithParser`",
"body": "Currently, `ParmParse::queryAddWithParser` does not support `bool` types. It would be very useful and consistent if added / completed for this."
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-4552",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Base/AMReX_ParmParse.H b/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\nindex 0e2aa7d37f3..c7ec4728b6d 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_ParmParse.H\n@@ -1108,6 +1108,7 @@ public:\n * scalar. The return value indicates whether it's found. Note that\n * queryWithParser will be used recursively for unresolved symbols.\n */\n+ int queryWithParser (const char* name, bool& ref) const;\n int queryWithParser (const char* name, int& ref) const;\n int queryWithParser (const char* name, long& ref) const;\n int queryWithParser (const char* name, long long& ref) const;\n@@ -1120,12 +1121,14 @@ public:\n * symbols. If the number of elements in the input does not equal to\n * `nvals`, it's a runtime error.\n */\n+ int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, bool* ref) const;\n int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, int* ref) const;\n int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, long* ref) const;\n int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, long long* ref) const;\n int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, float* ref) const;\n int queryarrWithParser (const char* name, int nvals, double* ref) const;\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1146,7 +1149,8 @@ public:\n * scalar. If not, the value in `ref` will be added to the ParmParse\n * database. The return value indicates whether it's found.\n */\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1165,7 +1169,8 @@ public:\n * to parse the entire list of empty space separated values as a single\n * scalar. If not, it's a runtime error.\n */\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1183,7 +1188,8 @@ public:\n * error. If the number of elements does not equal to `nvals`, it's also\n * a runtime error.\n */\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1201,7 +1207,8 @@ public:\n * error. If the number of elements does not equal to `nvals`, it's also\n * a runtime error.\n */\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1219,7 +1226,8 @@ public:\n *\n * For unknown symbols, ParmParse database will be queried.\n */\n- template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,int> ||\n+ template <typename T, std::enable_if_t<std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\ndiff --git a/Src/Base/AMReX_ParmParse.cpp b/Src/Base/AMReX_ParmParse.cpp\nindex 7a41f187bc2..098ad89c9a7 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_ParmParse.cpp\n+++ b/Src/Base/AMReX_ParmParse.cpp\n@@ -718,7 +718,8 @@ squeryval (const ParmParse::Table& table,\n bool ok = is(valname, ref);\n if ( !ok )\n {\n- if constexpr (std::is_same_v<T,int> ||\n+ if constexpr (std::is_same_v<T,bool> ||\n+ std::is_same_v<T,int> ||\n std::is_same_v<T,long> ||\n std::is_same_v<T,long long> ||\n std::is_same_v<T,float> ||\n@@ -1011,14 +1012,16 @@ bool squeryWithParser (const ParmParse::Table& table,\n const std::string& name,\n T& ref);\n \n-template <typename T, typename PARSER_t = std::conditional_t<std::is_integral_v<T>,\n+template <typename T, typename PARSER_t = std::conditional_t<std::is_integral_v<T>\n+ && !std::is_same_v<bool,T>,\n IParser, Parser>>\n PARSER_t\n pp_make_parser (std::string const& func, Vector<std::string> const& vars,\n ParmParse::Table const& table, std::string const& parser_prefix,\n bool use_querywithparser)\n {\n- using value_t = std::conditional_t<std::is_integral_v<T>, long long, double>;\n+ using value_t = std::conditional_t<std::is_integral_v<T> && !std::is_same_v<bool,T>,\n+ long long, double>;\n \n std::vector<std::string> prefixes;\n prefixes.reserve(3);\n@@ -2048,6 +2051,12 @@ bool squeryarrWithParser (const ParmParse::Table& table,\n }\n }\n \n+int\n+ParmParse::queryWithParser (const char* name, bool& ref) const\n+{\n+ return squeryWithParser(*m_table,m_parser_prefix,prefixedName(name),ref);\n+}\n+\n int\n ParmParse::queryWithParser (const char* name, int& ref) const\n {\n@@ -2078,6 +2087,12 @@ ParmParse::queryWithParser (const char* name, double& ref) const\n return squeryWithParser(*m_table,m_parser_prefix,prefixedName(name),ref);\n }\n \n+int\n+ParmParse::queryarrWithParser (const char* name, int nvals, bool* ref) const\n+{\n+ return squeryarrWithParser(*m_table,m_parser_prefix,prefixedName(name),nvals,ref);\n+}\n+\n int\n ParmParse::queryarrWithParser (const char* name, int nvals, int* ref) const\n {\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/ParmParse/inputs b/Tests/ParmParse/inputs\nindex c7b5af019b7..d109fa5579a 100644\n--- a/Tests/ParmParse/inputs\n+++ b/Tests/ParmParse/inputs\n@@ -63,6 +63,11 @@ ny = nx\n \n do_this = 1\n \n+# query bool with parser\n+my_value = 10\n+my_threshold = 3\n+my_bool_flag = \"(my_threshold < my_value) and (my_value < 100)\"\n+\n # queryline and getline\n my_string_line = a b c\n \ndiff --git a/Tests/ParmParse/main.cpp b/Tests/ParmParse/main.cpp\nindex a367b1acaaa..1752d7f4833 100644\n--- a/Tests/ParmParse/main.cpp\n+++ b/Tests/ParmParse/main.cpp\n@@ -143,6 +143,14 @@ int main(int argc, char* argv[])\n pp.queryAsDouble(\"do_that\", o_do_that);\n AMREX_ALWAYS_ASSERT(!o_do_that.has_value());\n }\n+ {\n+ ParmParse pp;\n+ bool my_bool_flag_1 = false;\n+ bool my_bool_flag_2 = false;\n+ pp.queryAddWithParser(\"my_bool_flag\", my_bool_flag_1);\n+ pp.query(\"my_bool_flag\", my_bool_flag_2);\n+ AMREX_ALWAYS_ASSERT(my_bool_flag_1 && my_bool_flag_2);\n+ }\n {\n ParmParse pp;\n std::string line;\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr4629
|
multi_swe_bench
|
Adding support to memory collection of Particles and MultiFabs within a grid (AMReX-Codes/amrex#4629)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 4629,
"issue_title": "Adding support to memory collection of Particles and MultiFabs within a grid",
"issue_body": "## Summary\r\nThis PR adds functions to return memory usage from `Particles` and `FabArray`/`MultiFabs` within a grid/box. The main goal is to use this information for load balancing. We aim to consider the memory allocated to a worker as a factor in the load-balancing algorithms for AMReX, so there is a need to capture specific grid/box memory information.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n",
"base_commit": "5dc1d96afb6cdb24ff71b6978edcdb80eb04a2a3",
"resolved_issues": [
{
"number": 4629,
"title": "Adding support to memory collection of Particles and MultiFabs within a grid",
"body": "## Summary\r\nThis PR adds functions to return memory usage from `Particles` and `FabArray`/`MultiFabs` within a grid/box. The main goal is to use this information for load balancing. We aim to consider the memory allocated to a worker as a factor in the load-balancing algorithms for AMReX, so there is a need to capture specific grid/box memory information.\r\n\r\n## Additional background\r\n\r\n## Checklist\r\n\r\nThe proposed changes:\r\n- [ ] fix a bug or incorrect behavior in AMReX\r\n- [x] add new capabilities to AMReX\r\n- [ ] changes answers in the test suite to more than roundoff level\r\n- [ ] are likely to significantly affect the results of downstream AMReX users\r\n- [ ] include documentation in the code and/or rst files, if appropriate\r\n"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-4629",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/Base/AMReX_FabArray.H b/Src/Base/AMReX_FabArray.H\nindex 3588a8f0714..a47a9278f34 100644\n--- a/Src/Base/AMReX_FabArray.H\n+++ b/Src/Base/AMReX_FabArray.H\n@@ -817,6 +817,10 @@ public:\n template <class F=FAB, std::enable_if_t<IsBaseFab<F>::value,int> = 0>\n void setDomainBndry (value_type val, int strt_comp, int ncomp, const Geometry& geom);\n \n+ //! Get capacity of the FabArray\n+ template <typename I, class F=FAB, std::enable_if_t<IsBaseFab<F>::value && std::is_integral_v<I> && (sizeof(I) >= sizeof(Long)), int> = 0>\n+ void capacityOfFabs (LayoutData<I>& mem) const;\n+\n /**\n * \\brief Returns the sum of component \"comp\"\n *\n@@ -2506,6 +2510,17 @@ FabArray<FAB>::setDomainBndry (value_type val,\n }\n }\n \n+\n+template <class FAB>\n+template <typename I, class F, std::enable_if_t<IsBaseFab<F>::value && std::is_integral_v<I> && (sizeof(I) >= sizeof(Long)), int> FOO>\n+void\n+FabArray<FAB>::capacityOfFabs (LayoutData<I>& mem) const {\n+ AMREX_ASSERT(amrex::isMFIterSafe(*this, mem));\n+ for (MFIter mfi(*this, MFItInfo{}.DisableDeviceSync()); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ mem[mfi] += static_cast<I>((*this)[mfi].nBytesOwned());\n+ }\n+}\n+\n template <class FAB>\n template <class F, std::enable_if_t<IsBaseFab<F>::value,int> FOO>\n typename F::value_type\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParIter.H b/Src/Particle/AMReX_ParIter.H\nindex 39e5d1a9eda..459ff31757a 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParIter.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParIter.H\n@@ -93,6 +93,8 @@ public:\n \n [[nodiscard]] int numNeighborParticles () const { return GetParticleTile().numNeighborParticles(); }\n \n+ [[nodiscard]] Long capacity () const { return GetParticleTile().capacity(); }\n+\n [[nodiscard]] int GetLevel () const { return m_level; }\n \n [[nodiscard]] std::pair<int, int> GetPairIndex () const { return std::make_pair(this->index(), this->LocalTileIndex()); }\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\nindex a6a05b28702..2397a7d4823 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainer.H\n@@ -578,6 +578,12 @@ public:\n \n Vector<Long> NumberOfParticlesInGrid (int level, bool only_valid = true, bool only_local = false) const;\n \n+ /**\n+ * \\brief Return capacity of memory for particles at specific grid\n+ */\n+ template <typename I, std::enable_if_t<std::is_integral_v<I> && (sizeof(I) >= sizeof(Long)), int> = 0>\n+ void CapacityOfParticlesInGrid (LayoutData<I>& mem, int lev) const;\n+\n /**\n * \\brief Returns # of particles at all levels\n *\ndiff --git a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\nindex 5927b0be7d0..aac96dad877 100644\n--- a/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n+++ b/Src/Particle/AMReX_ParticleContainerI.H\n@@ -586,6 +586,25 @@ Long ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, Cell\n return nparticles;\n }\n \n+template <typename ParticleType, int NArrayReal, int NArrayInt,\n+ template<class> class Allocator, class CellAssignor>\n+template <typename I, std::enable_if_t<std::is_integral_v<I> && (sizeof(I) >= sizeof(Long)), int> FOO>\n+void\n+ParticleContainer_impl<ParticleType, NArrayReal, NArrayInt, Allocator, CellAssignor>::CapacityOfParticlesInGrid (LayoutData<I>& mem, int lev) const\n+{\n+ AMREX_ASSERT(lev >= 0 && lev < int(m_particles.size()));\n+\n+ AMREX_ASSERT(BoxArray::SameRefs(mem.boxArray(), ParticleBoxArray(lev)) &&\n+ mem.DistributionMap() == ParticleDistributionMap(lev));\n+\n+ [[maybe_unused]] Gpu::NoSyncRegion no_sync{};\n+ for (ParConstIterType pti(*this, lev); pti.isValid(); ++pti)\n+ {\n+ int gid = pti.index();\n+ mem[gid] += static_cast<I>(pti.capacity());\n+ }\n+}\n+\n //\n // This includes both valid and invalid particles since invalid particles still take up space.\n //\ndiff --git a/build_docs.sh b/build_docs.sh\nindex 774238037f7..33e3df7ae64 100755\n--- a/build_docs.sh\n+++ b/build_docs.sh\n@@ -7,6 +7,7 @@ cd Docs/Doxygen\n doxygen doxygen.conf &> doxygen.out\n if grep -q \"warning:\" doxygen.out; then\n echo \"Doxygen warnings detected! Failing...\"\n+ cat doxygen.out\n exit 1\n fi\n cd ../..\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/CMakeLists.txt b/Tests/CMakeLists.txt\nindex 5e0877e6c24..3db6cccbf8d 100644\n--- a/Tests/CMakeLists.txt\n+++ b/Tests/CMakeLists.txt\n@@ -125,9 +125,9 @@ else()\n #\n # List of subdirectories to search for CMakeLists.\n #\n- set( AMREX_TESTS_SUBDIRS Amr AsyncOut CallNoinline CLZ CommType CTOParFor DeviceGlobal Enum\n- MultiBlock MultiPeriod ParmParse Parser Parser2 ParserUserFn Reinit\n- RoundoffDomain SmallMatrix)\n+ set( AMREX_TESTS_SUBDIRS Amr AsyncOut CallNoinline CLZ CommType CTOParFor DeviceGlobal\n+ Enum HeatEquation MultiBlock MultiPeriod ParmParse Parser\n+ Parser2 ParserUserFn Reinit RoundoffDomain SmallMatrix)\n \n if (AMReX_PARTICLES)\n list(APPEND AMREX_TESTS_SUBDIRS Particles)\ndiff --git a/Tests/HeatEquation/GNUmakefile b/Tests/HeatEquation/GNUmakefile\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..3edbf32b70b\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HeatEquation/GNUmakefile\n@@ -0,0 +1,21 @@\n+# AMREX_HOME defines the directory in which we will find all the AMReX code.\n+AMREX_HOME ?= ../../../../amrex\n+\n+USE_ASSERTION = TRUE\n+\n+DEBUG = FALSE\n+USE_MPI = FALSE\n+USE_OMP = FALSE\n+PRECISION\t = FLOAT\n+COMP = gnu\n+DIM = 3\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.defs\n+\n+include Make.package\n+# VPATH_LOCATIONS += ../Source\n+# INCLUDE_LOCATIONS += ../Source\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Src/Base/Make.package\n+\n+include $(AMREX_HOME)/Tools/GNUMake/Make.rules\ndiff --git a/Tests/HeatEquation/Make.package b/Tests/HeatEquation/Make.package\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..fa194a35db8\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HeatEquation/Make.package\n@@ -0,0 +1,2 @@\n+CEXE_sources += main.cpp\n+CEXE_headers += myfunc.H\ndiff --git a/Tests/HeatEquation/inputs b/Tests/HeatEquation/inputs\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..af7ab2d4a3b\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HeatEquation/inputs\n@@ -0,0 +1,7 @@\n+n_cell = 32\n+max_grid_size = 16\n+\n+nsteps = 1000\n+plot_int = 0\n+\n+dt = 1.e-5\ndiff --git a/Tests/HeatEquation/main.cpp b/Tests/HeatEquation/main.cpp\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..eb7850889f5\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HeatEquation/main.cpp\n@@ -0,0 +1,208 @@\n+#include <AMReX_PlotFileUtil.H>\n+#include <AMReX_ParmParse.H>\n+#include <AMReX_MultiFabUtil.H>\n+// #include <AMReX.H>\n+// #include <AMReX_FabArray.H>\n+\n+#include \"myfunc.H\"\n+\n+using namespace amrex;\n+\n+int main (int argc, char* argv[])\n+{\n+ amrex::Initialize(argc,argv);\n+\n+ main_main();\n+\n+ amrex::Finalize();\n+ return 0;\n+}\n+\n+void main_main ()\n+{\n+\n+ // **********************************\n+ // SIMULATION PARAMETERS\n+\n+ // number of cells on each side of the domain\n+ int n_cell;\n+\n+ // size of each box (or grid)\n+ int max_grid_size;\n+\n+ // total steps in simulation\n+ int nsteps;\n+\n+ // how often to write a plotfile\n+ int plot_int;\n+\n+ // time step\n+ Real dt;\n+\n+ // inputs parameters\n+ {\n+ // ParmParse is way of reading inputs from the inputs file\n+ // pp.get means we require the inputs file to have it\n+ // pp.query means we optionally need the inputs file to have it - but we must supply a default here\n+ ParmParse pp;\n+\n+ // We need to get n_cell from the inputs file - this is the number of cells on each side of\n+ // a square (or cubic) domain.\n+ pp.get(\"n_cell\",n_cell);\n+\n+ // The domain is broken into boxes of size max_grid_size\n+ pp.get(\"max_grid_size\",max_grid_size);\n+\n+ // Default nsteps to 10, allow us to set it to something else in the inputs file\n+ nsteps = 10;\n+ pp.query(\"nsteps\",nsteps);\n+\n+ // Default plot_int to -1, allow us to set it to something else in the inputs file\n+ // If plot_int < 0 then no plot files will be written\n+ plot_int = -1;\n+ pp.query(\"plot_int\",plot_int);\n+\n+ // time step\n+ pp.get(\"dt\",dt);\n+ }\n+\n+ // **********************************\n+ // SIMULATION SETUP\n+\n+ // make BoxArray and Geometry\n+ // ba will contain a list of boxes that cover the domain\n+ // geom contains information such as the physical domain size,\n+ // number of points in the domain, and periodicity\n+ BoxArray ba;\n+ Geometry geom;\n+\n+ // AMREX_D_DECL means \"do the first X of these, where X is the dimensionality of the simulation\"\n+ IntVect dom_lo(AMREX_D_DECL( 0, 0, 0));\n+ IntVect dom_hi(AMREX_D_DECL(n_cell-1, n_cell-1, n_cell-1));\n+\n+ // Make a single box that is the entire domain\n+ Box domain(dom_lo, dom_hi);\n+\n+ // Initialize the boxarray \"ba\" from the single box \"domain\"\n+ ba.define(domain);\n+\n+ // Break up boxarray \"ba\" into chunks no larger than \"max_grid_size\" along a direction\n+ ba.maxSize(max_grid_size);\n+\n+ // This defines the physical box, [0,1] in each direction.\n+ RealBox real_box({AMREX_D_DECL( 0., 0., 0.)},\n+ {AMREX_D_DECL( 1., 1., 1.)});\n+\n+ // periodic in all direction\n+ Array<int,AMREX_SPACEDIM> is_periodic{AMREX_D_DECL(1,1,1)};\n+\n+ // This defines a Geometry object\n+ geom.define(domain, real_box, CoordSys::cartesian, is_periodic);\n+\n+ // extract dx from the geometry object\n+ GpuArray<Real,AMREX_SPACEDIM> dx = geom.CellSizeArray();\n+\n+ // Nghost = number of ghost cells for each array\n+ int Nghost = 1;\n+\n+ // Ncomp = number of components for each array\n+ int Ncomp = 1;\n+\n+ // How Boxes are distributed among MPI processes\n+ DistributionMapping dm(ba);\n+\n+ // we allocate two phi multifabs; one will store the old state, the other the new.\n+ MultiFab phi_old(ba, dm, Ncomp, Nghost);\n+ MultiFab phi_new(ba, dm, Ncomp, Nghost);\n+\n+ // time = starting time in the simulation\n+ Real time = 0.0;\n+\n+ // **********************************\n+ // INITIALIZE DATA\n+\n+ // loop over boxes\n+ for (MFIter mfi(phi_old); mfi.isValid(); ++mfi)\n+ {\n+ const Box& bx = mfi.validbox();\n+\n+ const Array4<Real>& phiOld = phi_old.array(mfi);\n+\n+ // set phi = 1 + e^(-(r-0.5)^2)\n+ amrex::ParallelFor(bx, [=] AMREX_GPU_DEVICE(int i, int j, int k)\n+ {\n+ Real x = (i+0.5) * dx[0];\n+ Real y = (j+0.5) * dx[1];\n+#if (AMREX_SPACEDIM == 2)\n+ Real rsquared = ((x-0.5)*(x-0.5)+(y-0.5)*(y-0.5))/0.01;\n+#elif (AMREX_SPACEDIM == 3)\n+ Real z= (k+0.5) * dx[2];\n+ Real rsquared = ((x-0.5)*(x-0.5)+(y-0.5)*(y-0.5)+(z-0.5)*(z-0.5))/0.01;\n+#endif\n+ phiOld(i,j,k) = 1. + std::exp(-rsquared);\n+ });\n+ }\n+\n+ // Write a plotfile of the initial data if plot_int > 0\n+ if (plot_int > 0)\n+ {\n+ int step = 0;\n+ const std::string& pltfile = amrex::Concatenate(\"plt\",step,5);\n+ WriteSingleLevelPlotfile(pltfile, phi_old, {\"phi\"}, geom, time, 0);\n+ }\n+\n+ for (int step = 1; step <= nsteps; ++step)\n+ {\n+ // fill periodic ghost cells\n+ phi_old.FillBoundary(geom.periodicity());\n+\n+ // new_phi = old_phi + dt * Laplacian(old_phi)\n+ // loop over boxes\n+ for ( MFIter mfi(phi_old); mfi.isValid(); ++mfi )\n+ {\n+ const Box& bx = mfi.validbox();\n+\n+ const Array4<Real>& phiOld = phi_old.array(mfi);\n+ const Array4<Real>& phiNew = phi_new.array(mfi);\n+\n+ // advance the data by dt\n+ amrex::ParallelFor(bx, [=] AMREX_GPU_DEVICE (int i, int j, int k)\n+ {\n+ phiNew(i,j,k) = phiOld(i,j,k) + dt *\n+ ( (phiOld(i+1,j,k) - 2.*phiOld(i,j,k) + phiOld(i-1,j,k)) / (dx[0]*dx[0])\n+ +(phiOld(i,j+1,k) - 2.*phiOld(i,j,k) + phiOld(i,j-1,k)) / (dx[1]*dx[1])\n+#if (AMREX_SPACEDIM == 3)\n+ +(phiOld(i,j,k+1) - 2.*phiOld(i,j,k) + phiOld(i,j,k-1)) / (dx[2]*dx[2])\n+#endif\n+ );\n+ });\n+ }\n+\n+ // update time\n+ time = time + dt;\n+\n+ // copy new solution into old solution\n+ MultiFab::Copy(phi_old, phi_new, 0, 0, 1, 0);\n+\n+ // Tell the I/O Processor to write out which step we're doing\n+ amrex::Print() << \"Advanced step \" << step << \"\\n\";\n+\n+ // Write a plotfile of the current data (plot_int was defined in the inputs file)\n+ if (plot_int > 0 && step%plot_int == 0)\n+ {\n+ const std::string& pltfile = amrex::Concatenate(\"plt\",step,5);\n+ WriteSingleLevelPlotfile(pltfile, phi_new, {\"phi\"}, geom, time, step);\n+ }\n+ }\n+\n+ // Testing capacity function\n+ amrex::LayoutData<std::size_t> mem(ba, dm);\n+ phi_old.capacityOfFabs(mem);\n+ phi_new.capacityOfFabs(mem);\n+\n+ long total_bytes = 0;\n+ for (amrex::MFIter mfi(mem); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ amrex::Print() << \"Box \" << mfi.index() << \" uses \"\n+ << mem[mfi] << \" bytes\\n\";\n+ }\n+}\ndiff --git a/Tests/HeatEquation/myfunc.H b/Tests/HeatEquation/myfunc.H\nnew file mode 100644\nindex 00000000000..0f828c4e180\n--- /dev/null\n+++ b/Tests/HeatEquation/myfunc.H\n@@ -0,0 +1,6 @@\n+#ifndef MYFUNC_H_\n+#define MYFUNC_H_\n+\n+void main_main ();\n+\n+#endif\ndiff --git a/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp b/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\nindex 359f784d538..ec3f680e997 100644\n--- a/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\n+++ b/Tests/Particles/NeighborList/main.cpp\n@@ -138,4 +138,13 @@ void testNeighborList ()\n auto& nlist2 = neighbors_type_2[0][std::make_pair(gid, tid)];\n nlist2.print();\n }\n+\n+ LayoutData<std::size_t> mem(ba, dm);\n+ pc1.CapacityOfParticlesInGrid(mem, 0);\n+\n+ Vector<Long> particles_in_grid = pc1.NumberOfParticlesInGrid(0, false,true);\n+ for (amrex::MFIter mfi(mem); mfi.isValid(); ++mfi) {\n+ amrex::Print() << \"Box \" << mfi.index() << \" uses \"\n+ << mem[mfi] << \" bytes and have \" << particles_in_grid[mfi.LocalIndex()] << \" particles\\n\";\n+ }\n }\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_AMReX-Codes_amrex_pr78
|
multi_swe_bench
|
trying to get bug fixes for DivergenceOp into weiqun/eb branch (AMReX-Codes/amrex#78)
|
{
"org": "AMReX-Codes",
"repo": "amrex",
"pr_number": 78,
"issue_title": "trying to get bug fixes for DivergenceOp into weiqun/eb branch",
"issue_body": "",
"base_commit": "2e92a6c52bd15ea82ac3364c2da5adb5ca887e6e",
"resolved_issues": [
{
"number": 77,
"title": "getting some bug fixes over to development branch",
"body": ""
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/amrex-codes_m_amrex:pr-78",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_AMREBMultiGrid.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_AMREBMultiGrid.H\nindex cc806d29845..c2cc7c4b086 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_AMREBMultiGrid.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_AMREBMultiGrid.H\n@@ -71,6 +71,22 @@ namespace amrex\n AMRLevelOp<T>* a_finerOp) = 0;\n \n ///\n+ /**\n+ a_residual = a_rhs - L^nf(a_phi, a_phiCoarse)\n+ assume no finer AMR level\n+ */\n+ virtual void AMRResidualNF(T& a_residual, const T& a_phi, const T& a_phiCoarse,\n+ const T& a_rhs, bool a_homogeneousBC) = 0;\n+\n+ ///\n+ /**\n+ a_residual = a_rhs - L(a_phiFine, a_phi)\n+ assume no coarser AMR level\n+ */\n+ virtual void AMRResidualNC(T& a_residual, const T& a_phiFine, const T& a_phi,\n+ const T& a_rhs, bool a_homogeneousBC,\n+ AMRLevelOp<T>* a_finerOp) = 0;\n+ ///\n /**\n Apply the AMR operator, including coarse-fine matching\n */\n@@ -165,7 +181,7 @@ namespace amrex\n virtual void define(const Box & a_coarseDomain,\n AMRLevelOpFactory<T> & a_factory,\n shared_ptr<LinearSolver<T> > & a_bottomSolver,\n- std::vector<int> & a_refRat,\n+ const std::vector<int> & a_refRat,\n bool a_enableLevelSolves,\n int a_numLevels);\n \n@@ -322,9 +338,9 @@ namespace amrex\n std::vector<T*> m_residual;\n std::vector<T*> m_resC;\n \n- NoOpSolver<T> m_nosolve;\n+ shared_ptr<LinearSolver<T> > m_nosolve;\n \n- LinearSolver<T>* m_bottomSolver;\n+ shared_ptr<LinearSolver<T> > m_bottomSolver;\n \n std::vector<char> m_hasInitBeenCalled;\n \n@@ -841,18 +857,6 @@ namespace amrex\n // clean const out\n }\n \n- // For solvers with accuracy higher than 2nd order\n- // consistency between levels has to be explicitly enforced.\n- // Qinghai Zhang\n- if (m_op[0]->orderOfAccuracy()>2)\n- {\n- for (int ilev=l_max; ilev>l_base; ilev--)\n- {\n- m_op[ilev]->enforceCFConsistency(*a_phi[ilev-1], *a_phi[ilev]);\n- }\n- }\n- //------end enforcing consistency.\n-\n //recompute residual\n rnorm = computeAMRResidual(uberResidual, a_phi, a_rhs, l_max, l_base, a_forceHomogeneous, true);\n iter++;\n@@ -993,7 +997,7 @@ namespace amrex\n m_mg[ilev]->m_post = m_post;\n m_mg[ilev]->m_bottom = m_bottom;\n }\n- m_mg[ilev]->m_bottomSolver = &m_nosolve;\n+ m_mg[ilev]->m_bottomSolver = m_nosolve;\n }\n \n m_mg[l_base]->setBottomSolver(m_bottomSolver);\n@@ -1011,7 +1015,7 @@ namespace amrex\n void AMREBMultiGrid<T>::define(const Box& a_coarseDomain,\n AMRLevelOpFactory<T>& a_factory,\n shared_ptr<LinearSolver<T> > & a_bottomSolver,\n- vector<int> & a_refRat,\n+ const vector<int> & a_refRat,\n bool a_enableLevelSolves,\n int a_maxAMRLevels)\n {\n@@ -1022,7 +1026,7 @@ namespace amrex\n m_op.resize( a_maxAMRLevels, NULL);\n m_mg.resize( a_maxAMRLevels, NULL);\n m_hasInitBeenCalled.resize(a_maxAMRLevels, 'f');\n-\n+ m_nosolve = shared_ptr<LinearSolver<T> >(static_cast<LinearSolver<T>*>(new NoOpSolver<T>));\n m_correction.resize( a_maxAMRLevels, NULL);\n m_residual. resize( a_maxAMRLevels, NULL);\n m_resC. resize( a_maxAMRLevels, NULL);\n@@ -1043,7 +1047,7 @@ namespace amrex\n }\n if((i==0) || (refToCoarser > 2) || a_enableLevelSolves)\n {\n- m_mg[i]->define(a_factory, &m_nosolve, current, m_maxDepth, m_op[i]);\n+ m_mg[i]->define(a_factory, m_nosolve, current, m_maxDepth);\n }\n \n // Only do this if it will be used (avoiding a reference to invalid\n@@ -1065,7 +1069,7 @@ namespace amrex\n {\n for (int level = l_base; level <= l_max; level++)\n {\n- m_op[level]->assignLocal(*m_residual[level], *a_uberResidual[level]);\n+ m_op[level]->assign(*m_residual[level], *a_uberResidual[level]);\n m_op[level]->setToZero(*m_correction[level]);\n }\n }\n@@ -1099,11 +1103,10 @@ namespace amrex\n true);\n \n // Compute the restriction of the residual to the coarser level resC.\n- m_op[ilev]->AMRRestrictS(*(m_resC[ilev]),\n- *(m_residual[ilev]),\n- *(m_correction[ilev]),\n- *(m_correction[ilev-1]),\n- *(a_uberCorrection[ilev]));\n+ m_op[ilev]->AMRRestrict(*(m_resC[ilev]),\n+ *(m_residual[ilev]),\n+ *(m_correction[ilev]),\n+ *(m_correction[ilev-1]));\n \n // Overwrite residual on the valid region of the next coarser level\n // with coarsened residual from this level\n@@ -1119,8 +1122,7 @@ namespace amrex\n //================= Upsweep ======================\n //increment the correction with coarser version\n //m_op[ilev]->AMRProlong(*(m_correction[ilev]), *(m_correction[ilev-1]));\n- m_op[ilev]->AMRProlongS(*(m_correction[ilev]), *(m_correction[ilev-1]),\n- *m_resC[ilev]);\n+ m_op[ilev]->AMRProlong(*(m_correction[ilev]), *(m_correction[ilev-1]));\n //recompute residual\n m_op[ilev]->AMRUpdateResidual(*(m_residual[ilev]), *(m_correction[ilev]), *(m_correction[ilev-1]));\n \n@@ -1132,7 +1134,7 @@ namespace amrex\n //correct the correction with the correction to the correction\n m_op[ilev]->incr(*(m_correction[ilev]), dCorr, 1.0);\n \n- m_op[ilev]->assignLocal(*(a_uberCorrection[ilev]), *(m_correction[ilev]));\n+ m_op[ilev]->assign(*(a_uberCorrection[ilev]), *(m_correction[ilev]));\n }\n }\n \ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_ConductivityBaseEBBC.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_ConductivityBaseEBBC.H\nindex 3f572055f5c..a29ab9f11ab 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_ConductivityBaseEBBC.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_ConductivityBaseEBBC.H\n@@ -152,7 +152,7 @@ namespace amrex\n ///\n /**\n */\n- virtual ConductivityBaseEBBC* new_object_ptr();\n+ virtual ConductivityBaseEBBC* new_object_ptr() = 0;\n \n ///\n void\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H\nindex 191a6c87cdb..5137b25e6a8 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H\n@@ -25,13 +25,11 @@ namespace amrex\n {\n \n public:\n- DirichletConductivityDomainBC()\n- {\n- }\n+ DirichletConductivityDomainBC();\n+\n+\n+ virtual ~DirichletConductivityDomainBC();\n \n- virtual ~DirichletConductivityDomainBC()\n- {\n- }\n \n ///\n virtual void \n@@ -59,13 +57,6 @@ namespace amrex\n const Side::LoHiSide& a_side,\n const bool& a_useHomogeneous);\n \n- ///\n- virtual void \n- fillPhiGhost(FArrayBox& a_phi,\n- const Box& a_valid,\n- const Box& a_domain,\n- Real a_dx,\n- bool a_homogeneous);\n private:\n };\n \ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.cpp\nindex af5d42c2ef3..979f1c62f25 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityDomainBC.cpp\n@@ -14,13 +14,21 @@\n \n namespace amrex\n {\n+/*****/\n+ DirichletConductivityDomainBC::\n+ DirichletConductivityDomainBC()\n+ {\n+ }\n+/*****/\n+ DirichletConductivityDomainBC::\n+ ~DirichletConductivityDomainBC()\n+ {\n+ }\n /*****/\n void \n DirichletConductivityDomainBC::\n fillPhiGhost(FArrayBox& a_phi,\n const Box& a_valid,\n- const Box& a_domain,\n- Real a_dx,\n bool a_homogeneous)\n {\n Box grownBox = a_valid;\n@@ -34,14 +42,14 @@ namespace amrex\n choppedBox.grow(idir,-1);\n Box toRegion = EBArith::adjCellBox(choppedBox, idir, sit(), 1);\n \n- if(!a_domain.contains(toRegion))\n+ if(!m_eblg.getDomain().contains(toRegion))\n {\n for (BoxIterator bit(toRegion); bit.ok(); ++bit)\n {\n const IntVect& iv = bit();\n //fake vof just to get the location\n VolIndex vof(iv, 0);\n- RealVect loc = EBArith::getVoFLocation(vof, a_dx, RealVect::Zero);\n+ RealVect loc = EBArith::getVoFLocation(vof, m_dx, RealVect::Zero);\n int isign = sign(sit());\n IntVect ivneigh = iv - isign*BASISV(idir);\n Real value = bcvaluefunc(loc, idir, sit());\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityEBBC.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityEBBC.H\nindex 4a6bed111a0..c249e2fd40b 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityEBBC.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_DirichletConductivityEBBC.H\n@@ -113,7 +113,14 @@ namespace amrex\n }\n \n ///\n- virtual ~DirichletConductivityEBBCFactory();\n+ virtual ~DirichletConductivityEBBCFactory()\n+ {\n+ }\n+\n+ void setOrder(int a_order)\n+ {\n+ m_order = a_order;\n+ }\n \n ///\n virtual ConductivityBaseEBBC* new_object_ptr()\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.H\nindex 84c46b9ce2c..9e639560719 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.H\n@@ -346,8 +346,7 @@ namespace amrex\n virtual void AMRRestrict(FabArray<EBCellFAB>& a_resCoarse,\n const FabArray<EBCellFAB>& a_residual,\n const FabArray<EBCellFAB>& a_correction,\n- const FabArray<EBCellFAB>& a_coarseCorrection, \n- bool a_skip_res = false );\n+ const FabArray<EBCellFAB>& a_coarseCorrection);\n \n ///\n /** a_correction += I[2h->h](a_coarseCorrection) */\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.cpp\nindex 681d6597750..013b50a0aa8 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOp.cpp\n@@ -11,6 +11,7 @@\n \n #include \"AMReX_EBConductivityOp.H\"\n #include \"AMReX_EBEllipticFort_F.H\"\n+#include \"AMReX_IrregFABFactory.H\"\n namespace amrex\n {\n \n@@ -345,31 +346,29 @@ namespace amrex\n m_domainBC->setCoef(m_eblg, fakeBeta , m_dx, RealVect::Zero, m_bcoef);\n m_ebBC->setCoef( m_eblg, fakeBeta , m_dx, RealVect::Zero, m_bcoef);\n \n- Real dxScale = 1.0/m_dx;\n-\n LayoutData<BaseIVFAB<VoFStencil> >* fluxStencil = m_ebBC->getFluxStencil(0);\n-\n- m_vofIterIrreg.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache\n- m_vofIterMulti.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache\n- m_alphaDiagWeight.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM());\n- m_betaDiagWeight.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM());\n+ IrregFABFactory irregFact(m_eblg.getEBISL());\n+ m_vofIterIrreg.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache\n+ m_vofIterMulti.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache\n+ m_alphaDiagWeight.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), 1, 0, MFInfo(), irregFact);\n+ m_betaDiagWeight.define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), 1, 0, MFInfo(), irregFact);\n Box sideBoxLo[SpaceDim];\n Box sideBoxHi[SpaceDim];\n for (int idir = 0; idir < SpaceDim; idir++)\n {\n- Box domainBox = m_eblg.getDomain().domainBox();\n+ Box domainBox = m_eblg.getDomain();\n sideBoxLo[idir] = adjCellLo(domainBox, idir, 1);\n sideBoxLo[idir].shift(idir, 1);\n sideBoxHi[idir] = adjCellHi(domainBox, idir, 1);\n sideBoxHi[idir].shift(idir, -1);\n- m_vofIterDomLo[idir].define( m_eblg.getDBL()); // vofiterator cache for domain lo\n- m_vofIterDomHi[idir].define( m_eblg.getDBL()); // vofiterator cache for domain hi\n+ m_vofIterDomLo[idir].define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache for domain lo\n+ m_vofIterDomHi[idir].define( m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); // vofiterator cache for domain hi\n }\n EBArith::getMultiColors(m_colors);\n \n EBCellFactory fact(m_eblg.getEBISL()); \n- FabArray<EBCellFAB> phiProxy(m_eblg.getDBL(), , m_eblg.getDM(), SpaceDim, m_ghostPhi, MFInfo(), fact);\n- FabArray<EBCellFAB> rhsProxy(m_eblg.getDBL(), , m_eblg.getDM(), SpaceDim, m_ghostRHS, MFInfo(), fact);\n+ FabArray<EBCellFAB> phiProxy(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), SpaceDim, m_ghostPhi, MFInfo(), fact);\n+ FabArray<EBCellFAB> rhsProxy(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), SpaceDim, m_ghostRHS, MFInfo(), fact);\n \n for(MFIter mfi(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); mfi.isValid(); ++mfi)\n {\n@@ -381,8 +380,6 @@ namespace amrex\n IntVectSet multiIVS = ebisBox.getMultiCells(curBox);\n \n //cache the vofIterators\n- m_alphaDiagWeight[mfi].define(irregIVS,ebgraph, 1);\n- m_betaDiagWeight [mfi].define(irregIVS,ebgraph, 1);\n m_vofIterIrreg [mfi].define(irregIVS,ebgraph);\n m_vofIterMulti [mfi].define(multiIVS,ebgraph);\n \n@@ -397,7 +394,7 @@ namespace amrex\n }\n \n VoFIterator & vofit = m_vofIterIrreg[mfi];\n- const vector<VolIndex>& vofvec = vofit.getvector();\n+ const vector<VolIndex>& vofvec = vofit.getVector();\n vector<VoFStencil> stenvec(vofvec.size());\n \n // cast from VolIndex to BaseIndex\n@@ -407,7 +404,7 @@ namespace amrex\n \n for(int ivec = 0; ivec < vofvec.size(); ivec++)\n {\n- const VolIndex& vof = vofvec[ivec];\n+ VolIndex & vof = (VolIndex &)(vofvec[ivec]);\n VoFStencil& vofsten = stenvec[ivec];\n \n //bcoef is included here in the flux consistent\n@@ -483,7 +480,7 @@ namespace amrex\n if (m_hasFine)\n {\n int ncomp = 1;\n- m_fastFR.define(m_eblgFine, m_eblg, m_refToFine, ncomp, s_forceNoEBCF);\n+ m_fastFR.define(m_eblgFine, m_eblg, m_refToFine, ncomp);\n }\n \n }\n@@ -511,7 +508,7 @@ namespace amrex\n const FabArray<EBCellFAB>& a_rhs)\n {\n BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::preCond\");\n- EBLevelDataOps::assign(a_lhs, a_rhs);\n+ EBLevelDataOps::assign(a_lhs, a_rhs, 1.0);\n EBLevelDataOps::scale(a_lhs, m_relCoef);\n \n relax(a_lhs, a_rhs, 40);\n@@ -530,12 +527,11 @@ namespace amrex\n {\n if(a_homogeneousCFBC)\n {\n- m_cfInterp->coarseFineInterpH(phi, 0, 0, 1);\n+ m_cfInterp.coarseFineInterpH(phi, 0, 0, 1);\n }\n else\n {\n- m_cfInterp->coarseFineInterp(phi, *a_phiCoar, 0, 0, 1);\n- // dumpEBLevelGhost(&phi);\n+ m_cfInterp.coarseFineInterp(phi, *a_phiCoar, 0, 0, 1);\n }\n }\n applyOp(a_lhs, a_phi, a_homogeneousPhysBC);\n@@ -551,14 +547,13 @@ namespace amrex\n FabArray<EBCellFAB>& phi = (FabArray<EBCellFAB>&) a_phi;\n {\n BL_PROFILE(\"ghostcell fills\");\n- fillPhiGhost(a_phi, a_homogeneous);\n+ fillPhiGhost(phi, a_homogeneous);\n }\n \n {\n BL_PROFILE(\"applying op without bcs\");\n- for(MFIter mfi(m_eblg.getDBL(); mfi.getDM()); mfi.isValid(); ++mfi)\n+ for(MFIter mfi(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); mfi.isValid(); ++mfi)\n {\n-\n applyOpRegular( a_lhs[mfi], a_phi[mfi], a_homogeneous, mfi);\n applyOpIrregular(a_lhs[mfi], a_phi[mfi], a_homogeneous, mfi);\n }\n@@ -570,7 +565,7 @@ namespace amrex\n fillPhiGhost(const FabArray<EBCellFAB>& a_phi, bool a_homog) const\n {\n BL_PROFILE(\"nwoebco::fillghostLD\");\n- for(MFIter mfi(m_eblg.getDBL(); mfi.getDM()); mfi.isValid(); ++mfi)\n+ for(MFIter mfi(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM()); mfi.isValid(); ++mfi)\n {\n fillPhiGhost(a_phi[mfi], mfi, a_homog);\n }\n@@ -587,7 +582,7 @@ namespace amrex\n EBCellFAB& phi = (EBCellFAB&) a_phi;\n ConductivityBaseDomainBC* condbc = dynamic_cast<ConductivityBaseDomainBC*>(&(*m_domainBC));\n Box grid = m_eblg.getDBL()[a_datInd];\n- Box domBox = m_eblg.getDomain().domainBox();\n+ Box domBox = m_eblg.getDomain();\n if(condbc == NULL)\n {\n amrex::Error(\"dynamic cast failed\");\n@@ -595,7 +590,7 @@ namespace amrex\n if (!m_turnOffBCs)\n {\n FArrayBox& fab = phi.getFArrayBox();\n- condbc->fillPhiGhost(fab, grid, domBox, m_dx, a_homog);\n+ condbc->fillPhiGhost(fab, grid, a_homog);\n }\n else\n {\n@@ -663,9 +658,8 @@ namespace amrex\n if (!a_homogeneous)\n {\n const Real factor = m_beta/m_dx;\n- m_ebBC->applyEBFlux(a_lhs, a_phi, m_vofIterIrreg[a_datInd], (*m_eblg.getCFIVS()),\n- a_datInd, RealVect::Zero, vectDx, factor,\n- a_homogeneous, 0.0);\n+ m_ebBC->applyEBFlux(a_lhs, a_phi, m_vofIterIrreg[a_datInd].getVector(), \n+ a_datInd, factor, a_homogeneous);\n }\n \n for (int idir = 0; idir < SpaceDim; idir++)\n@@ -675,9 +669,8 @@ namespace amrex\n {\n Real flux;\n const VolIndex& vof = m_vofIterDomLo[idir][a_datInd]();\n- m_domainBC->getFaceFlux(flux,vof,comp,a_phi,\n- RealVect::Zero,vectDx,idir,Side::Lo, a_datInd, 0.0,\n- a_homogeneous);\n+ m_domainBC->getFaceFlux(flux,vof, a_datInd, a_phi,\n+ idir,Side::Lo, a_homogeneous);\n \n //area gets multiplied in by bc operator\n a_lhs(vof,comp) -= flux*m_beta/m_dx;\n@@ -686,9 +679,8 @@ namespace amrex\n {\n Real flux;\n const VolIndex& vof = m_vofIterDomHi[idir][a_datInd]();\n- m_domainBC->getFaceFlux(flux,vof,comp,a_phi,\n- RealVect::Zero,vectDx,idir,Side::Hi,a_datInd,0.0,\n- a_homogeneous);\n+ m_domainBC->getFaceFlux(flux,vof, a_datInd, a_phi,\n+ idir,Side::Hi, a_homogeneous);\n \n //area gets multiplied in by bc operator\n a_lhs(vof,comp) += flux*m_beta/m_dx;\n@@ -724,7 +716,7 @@ namespace amrex\n EBLevelGrid eblgCoFi;\n coarsen(eblgCoFi, m_eblg, a_refRat);\n \n- EBCellFactory ebcellfactCoFi(elgCoFi.getEBISL());\n+ EBCellFactory ebcellfactCoFi(eblgCoFi.getEBISL());\n a_lhs.define(eblgCoFi.getDBL(), eblgCoFi.getDM(), ncomp, ghost, MFInfo(), ebcellfactCoFi);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n@@ -734,7 +726,7 @@ namespace amrex\n const FabArray<EBCellFAB>& a_rhs)\n {\n BL_PROFILE(\"ebco::assign\");\n- EBLevelDataOps::assign(a_lhs,a_rhs);\n+ EBLevelDataOps::assign(a_lhs,a_rhs, 1.0);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n Real\n@@ -791,7 +783,6 @@ namespace amrex\n \n maxNorm = localMaxNorm(a_rhs);\n \n- CH_START(t1);\n #ifdef BL_USE_MPI\n Real tmp = 1.;\n int result = MPI_Allreduce(&maxNorm, &tmp, 1, MPI_CH_REAL,\n@@ -804,7 +795,6 @@ namespace amrex\n #endif\n // Real volume=1.;\n // EBLevelDataOps::gatherBroadCast(maxNorm, volume, 0);\n- CH_STOP(t1);\n \n return maxNorm;\n }\n@@ -824,7 +814,7 @@ namespace amrex\n setToZero(FabArray<EBCellFAB>& a_lhs)\n {\n BL_PROFILE(\"ebco::setToZero\");\n- EBLevelDataOps::setToZero(a_lhs);\n+ EBLevelDataOps::setVal(a_lhs, 0.0);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n void\n@@ -855,9 +845,9 @@ namespace amrex\n int a_iterations)\n {\n BL_PROFILE(\"nwoebco::relax\");\n- BL_ASSERT(a_phi.isDefined());\n- BL_ASSERT(a_rhs.isDefined());\n- BL_ASSERT(a_phi.nGrow() >= IntVect::Unit);\n+ BL_ASSERT(a_phi.nGrow() == m_ghostPhi);\n+ BL_ASSERT(a_rhs.nGrow() == m_ghostRHS);\n+ BL_ASSERT(a_phi.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(a_phi.nComp() == a_rhs.nComp());\n \n // do first red, then black passes\n@@ -867,12 +857,10 @@ namespace amrex\n {\n //after this lphi = L(phi)\n //this call contains bcs and exchange\n- if ((icolor == 0) || (!s_doLazyRelax))\n- {\n- BL_PROFILE(\"ghostfill and homogcfinterp\");\n- fillPhiGhost(a_phi, true);\n- homogeneousCFInterp(a_phi);\n- }\n+ BL_PROFILE(\"ghostfill and homogcfinterp\");\n+ fillPhiGhost(a_phi, true);\n+ homogeneousCFInterp(a_phi);\n+\n gsrbColor(a_phi, a_rhs, m_colors[icolor]);\n }\n }\n@@ -886,7 +874,7 @@ namespace amrex\n BL_PROFILE(\"nwoebco::homog_cfinterp\");\n if (m_hasCoar)\n {\n- m_cfInterp->coarseFineInterpH(a_phif, 0, 0, 1);\n+ m_cfInterp.coarseFineInterpH(a_phif, 0, 0, 1);\n }\n }\n \n@@ -972,23 +960,16 @@ namespace amrex\n bool homogeneous = true;\n \n EBCellFactory ebcellfactTL(m_eblg.getEBISL());\n- IntVect ghostVec = a_rhsThisLevel.nGrow();\n+ int ghost = a_rhsThisLevel.nGrow();\n \n- resThisLevel.define(m_eblg.getDBL(), 1, ghostVec, ebcellfactTL);\n+ resThisLevel.define(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), 1, ghost, MFInfo(), ebcellfactTL);\n \n // Get the residual on the fine grid\n residual(resThisLevel,a_phiThisLevel,a_rhsThisLevel,homogeneous);\n \n // now use our nifty averaging operator\n- Interval variables(0, 0);\n- if (m_layoutChanged)\n- {\n- m_ebAverageMG.average(a_resCoar, resThisLevel, variables);\n- }\n- else\n- {\n- m_ebAverageMG.averageMG(a_resCoar, resThisLevel, variables);\n- }\n+ m_ebAverageMG.average(a_resCoar, resThisLevel, 0, 0, 1);\n+\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n void EBConductivityOp::\n@@ -996,15 +977,7 @@ namespace amrex\n const FabArray<EBCellFAB>& a_correctCoar)\n {\n BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::prolongIncrement\");\n- Interval vars(0, 0);\n- if (m_layoutChanged)\n- {\n- m_ebInterpMG.pwcInterp(a_phiThisLevel, a_correctCoar, vars);\n- }\n- else\n- {\n- m_ebInterpMG.pwcInterpMG(a_phiThisLevel, a_correctCoar, vars);\n- }\n+ m_ebInterpMG.interpolate(a_phiThisLevel, a_correctCoar, 0, 0, 1);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n int EBConductivityOp::\n@@ -1028,25 +1001,19 @@ namespace amrex\n bool a_homogeneousPhysBC,\n AMRLevelOp<FabArray<EBCellFAB> >* a_finerOp)\n {\n- BL_PROFILERS(\"EBConductivityOp::AMRResidual\");\n- BL_PROFILER(\"AMROperator\", t1);\n- BL_PROFILER(\"axby\", t2);\n+ BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::AMRResidual\");\n BL_ASSERT(a_residual.nGrow() == m_ghostRHS);\n BL_ASSERT(a_rhs.nGrow() == m_ghostRHS);\n BL_ASSERT(a_residual.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(a_phi.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(a_rhs.nComp() == 1);\n \n- CH_START(t1);\n AMROperator(a_residual, a_phiFine, a_phi, a_phiCoar,\n a_homogeneousPhysBC, a_finerOp);\n- CH_STOP(t1);\n \n //multiply by -1 so a_residual now holds -L(phi)\n //add in rhs so a_residual = rhs - L(phi)\n- CH_START(t2);\n axby(a_residual,a_residual,a_rhs,-1.0, 1.0);\n- CH_STOP(t2);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n void EBConductivityOp::\n@@ -1057,27 +1024,20 @@ namespace amrex\n bool a_homogeneousPhysBC,\n AMRLevelOp<FabArray<EBCellFAB> >* a_finerOp)\n {\n- BL_PROFILERS(\"EBConductivityOp::AMROperator\");\n- BL_PROFILER(\"applyOp\", t1);\n- BL_PROFILER(\"reflux\", t2);\n+ BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::AMROperator\");\n BL_ASSERT(a_LofPhi.nGrow() == m_ghostRHS);\n BL_ASSERT(a_LofPhi.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(a_phi.nComp() == 1);\n \n //apply the operator between this and the next coarser level.\n- CH_START(t1);\n applyOp(a_LofPhi, a_phi, &a_phiCoar, a_homogeneousPhysBC, false);\n- CH_STOP(t1);\n+\n \n //now reflux to enforce flux-matching from finer levels\n if (m_hasFine)\n {\n BL_ASSERT(a_finerOp != NULL);\n- CH_START(t2);\n-\n reflux(a_LofPhi, a_phiFine, a_phi, a_finerOp);\n-\n- CH_STOP(t2);\n }\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n@@ -1088,29 +1048,17 @@ namespace amrex\n const FabArray<EBCellFAB>& a_phi,\n AMRLevelOp<FabArray<EBCellFAB> >* a_finerOp)\n {\n- BL_PROFILERS(\"EBConductivityOp::fastReflux\");\n- BL_PROFILER(\"setToZero\",t2);\n- BL_PROFILER(\"incrementCoar\",t3);\n- BL_PROFILER(\"incrementFine\",t4);\n- BL_PROFILER(\"reflux_from_reg\",t5);\n- Interval interv(0,0);\n-\n- CH_START(t2);\n+ BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::reflux\");\n+\n m_fastFR.setToZero();\n- CH_STOP(t2);\n- CH_START(t3);\n+\n incrementFRCoar(m_fastFR, a_phiFine, a_phi);\n- CH_STOP(t3);\n \n- CH_START(t4);\n incrementFRFine(m_fastFR, a_phiFine, a_phi, a_finerOp);\n- CH_STOP(t4);\n- CH_START(t5);\n \n- Real scale = 1.0/m_dx;\n- m_fastFR.reflux(a_residual, interv, scale);\n \n- CH_STOP(t5);\n+ Real scale = 1.0/m_dx;\n+ m_fastFR.reflux(a_residual, scale, 0, 0, 1);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n void\n@@ -1203,13 +1151,13 @@ namespace amrex\n BL_ASSERT(a_phi.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(m_hasFine);\n int ncomp = 1;\n- Interval interv(0,0);\n+\n EBConductivityOp& finerEBAMROp = (EBConductivityOp& )(*a_finerOp);\n \n //ghost cells of phiFine need to be filled\n FabArray<EBCellFAB>& phiFine = (FabArray<EBCellFAB>&) a_phiFine;\n- finerEBAMROp.m_cfInterp->coarseFineInterp(phiFine, a_phi, 0, 0, 1);\n- phiFine.exchange(finerEBAMROp.m_exchangeCopier);\n+ finerEBAMROp.m_cfInterp.coarseFineInterp(phiFine, a_phi, 0, 0, 1);\n+ phiFine.FillBoundary();\n \n for(MFIter mfi_f(m_eblgFine.getDBL(), m_eblgFine.getDM()); mfi_f.isValid(); ++mfi_f)\n {\n@@ -1220,7 +1168,8 @@ namespace amrex\n {\n for (SideIterator sit; sit.ok(); sit.next())\n {\n- Box fabBox = adjCellBox(boxFine, idir, sit(), 1);\n+ Box fabBox=EBArith::adjCellBox(boxFine, idir, sit(), 1);\n+\n fabBox.shift(idir, -sign(sit()));\n \n Box ghostedBox = fabBox;\n@@ -1313,14 +1262,12 @@ namespace amrex\n AMRRestrict(FabArray<EBCellFAB>& a_resCoar,\n const FabArray<EBCellFAB>& a_residual,\n const FabArray<EBCellFAB>& a_correction,\n- const FabArray<EBCellFAB>& a_coarCorrection, \n- bool a_skip_res )\n+ const FabArray<EBCellFAB>& a_coarCorrection)\n {\n BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::AMRRestrict\");\n BL_ASSERT(a_residual.nGrow() == m_ghostRHS);\n BL_ASSERT(a_correction.nGrow() == m_ghostPhi);\n BL_ASSERT(a_coarCorrection.nGrow() == m_ghostPhi);\n- BL_ASSERT(!a_skip_res);\n \n BL_ASSERT(a_residual.nComp() == 1);\n BL_ASSERT(a_resCoar.nComp() == 1);\n@@ -1331,9 +1278,9 @@ namespace amrex\n bool homogeneousCF = false;\n \n EBCellFactory ebcellfactTL(m_eblg.getEBISL());\n- IntVect ghostVec = a_residual.nGrow();\n+ int ghostVec = a_residual.nGrow();\n \n- resThisLevel.define(m_eblg.getDBL(), 1, ghostVec, ebcellfactTL);\n+ resThisLevel.define(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), 1, ghostVec, MFInfo(), ebcellfactTL);\n EBLevelDataOps::setVal(resThisLevel, 0.0);\n \n //API says that we must average(a_residual - L(correction, coarCorrection))\n@@ -1342,8 +1289,7 @@ namespace amrex\n scale(resThisLevel,-1.0);\n \n //use our nifty averaging operator\n- Interval variables(0, 0);\n- m_ebAverage.average(a_resCoar, resThisLevel, variables);\n+ m_ebAverage.average(a_resCoar, resThisLevel, 0, 0, 1);\n \n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n@@ -1369,8 +1315,7 @@ namespace amrex\n {\n BL_PROFILE(\"EBConductivityOp::AMRProlong\");\n //use cached interpolation object\n- Interval variables(0, 0);\n- m_ebInterp.pwcInterp(a_correction, a_coarCorrection, variables);\n+ m_ebInterp.interpolate(a_correction, a_coarCorrection, 0, 0, 1);\n }\n //-------------------------------------------------------------------------------\n void\n@@ -1389,9 +1334,9 @@ namespace amrex\n bool homogeneousCF = false;\n \n EBCellFactory ebcellfactTL(m_eblg.getEBISL());\n- IntVect ghostVec = a_residual.nGrow();\n+ int ghostVec = a_residual.nGrow();\n \n- lcorr.define(m_eblg.getDBL(), 1, ghostVec, ebcellfactTL);\n+ lcorr.define(m_eblg.getDBL(), m_eblg.getDM(), 1, ghostVec, MFInfo(), ebcellfactTL);\n \n applyOp(lcorr, a_correction, &a_coarCorrection, homogeneousPhys, homogeneousCF);\n \ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.H\nindex 49b502cdbd7..068c167cc62 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.H\n@@ -45,8 +45,8 @@ namespace amrex\n const vector<int> & a_refRatio,\n const shared_ptr<ConductivityBaseDomainBCFactory> & a_domainBCFactory,\n const shared_ptr<ConductivityBaseEBBCFactory> & a_ebBcFactory,\n- const IntVect & a_ghostCellsPhi,\n- const IntVect & a_ghostCellsRhs,\n+ const int & a_ghostCellsPhi,\n+ const int & a_ghostCellsRhs,\n int a_numLevels = -1);\n \n \n@@ -70,6 +70,8 @@ namespace amrex\n const int& a_depth,\n const bool a_amrLevelOp);\n \n+ static int s_testRef;\n+ static int s_maxBoxSize;\n protected:\n \n vector<EBLevelGrid> m_eblgs;\n@@ -89,6 +91,7 @@ namespace amrex\n int m_ghostCellsRhs;\n int m_numLevels;\n vector<Real> m_dx;\n+\n private:\n ///weak construction bad\n EBConductivityOpFactory();\n@@ -98,7 +101,6 @@ namespace amrex\n \n //copy constructor and operator= disallowed for all the usual reasons\n void operator=(const EBConductivityOpFactory& a_opin);\n-\n-\n+ };\n }\n #endif\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.cpp\nindex 936ba556ccb..4da37e251e2 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBConductivityOpFactory.cpp\n@@ -13,6 +13,7 @@\n #include \"AMReX_EBArith.H\"\n #include \"AMReX_EBConductivityOpFactory.H\"\n #include \"AMReX_EBCoarseAverage.H\"\n+#include \"AMReX_ParmParse.H\"\n \n namespace amrex\n {\n@@ -22,12 +23,12 @@ namespace amrex\n \n //-----------------------------------------------------------------------\n void\n- nwoebcoCoarsenStuff(LevelData<EBCellFAB> & a_acoefCoar,\n- LevelData<EBFluxFAB> & a_bcoefCoar,\n+ nwoebcoCoarsenStuff(FabArray<EBCellFAB> & a_acoefCoar,\n+ FabArray<EBFluxFAB> & a_bcoefCoar,\n const EBLevelGrid & a_eblgFine,\n const EBLevelGrid & a_eblgCoar,\n- const LevelData<EBCellFAB> & a_acoefFine,\n- const LevelData<EBFluxFAB> & a_bcoefFine,\n+ const FabArray<EBCellFAB> & a_acoefFine,\n+ const FabArray<EBFluxFAB> & a_bcoefFine,\n const int & a_refToDepth)\n {\n BL_ASSERT(a_refToDepth > 0);\n@@ -37,8 +38,8 @@ namespace amrex\n \n if (a_refToDepth == 1)\n {\n- a_acoefCoar.copy(a_acoefFine 0, 0, 1, 0, 0);\n- a_bcoefCoar.copy(a_bcoefCoar 0, 0, 1, 0, 0);\n+ a_acoefCoar.copy(a_acoefFine, 0, 0, 1, 0, 0);\n+ a_bcoefCoar.copy(a_bcoefCoar, 0, 0, 1, 0, 0);\n }\n else\n {\n@@ -52,7 +53,6 @@ namespace amrex\n //amrex::Warning(\"might want to figure out what harmonic averaging is in this context\");\n averageOp.average( a_acoefCoar , a_acoefFine , 0, 0, 1);\n averageOp.average( a_bcoefCoar , a_bcoefFine , 0, 0, 1);\n- averageOp.average( a_bcoefCoarIrreg, a_bcoefFineIrreg, 0, 0, 1);\n }\n }\n //-----------------------------------------------------------------------\n@@ -60,43 +60,22 @@ namespace amrex\n {\n }\n //-----------------------------------------------------------------------\n- int\n EBConductivityOpFactory::\n- refToFiner(const ProblemDomain& a_domain) const\n- {\n- int retval = -1;\n- bool found = false;\n- for (int ilev = 0; ilev < m_eblgs.size(); ilev++)\n- {\n- if (m_eblgs[ilev].getDomain() == a_domain)\n- {\n- retval = m_refRatio[ilev];\n- found = true;\n- }\n- }\n- if (!found)\n- {\n- amrex::Error(\"Domain not found in AMR hierarchy\");\n- }\n- return retval;\n- }\n- //-----------------------------------------------------------------------\n- EBConductivityOpFactory::\n- EBConductivityOpFactory(onst vector<EBLevelGrid>& a_eblgs,\n- const Real& a_alpha,\n- const Real& a_beta,\n- const vector<RefCountedPtr<LevelData<EBCellFAB> > >& a_acoef,\n- const vector<RefCountedPtr<LevelData<EBFluxFAB> > >& a_bcoef,\n- const Real& a_dxCoarse,\n- const vector<int>& a_refRatio,\n- const RefCountedPtr<ConductivityBaseDomainBCFactory>& a_domainBCFactory,\n- const RefCountedPtr<ConductivityBaseEBBCFactory> & a_ebBCFactory,\n- const int & a_ghostCellsPhi,\n- const int & a_ghostCellsRhs,\n+ EBConductivityOpFactory(const vector<EBLevelGrid>& a_eblgs,\n+ const Real& a_alpha,\n+ const Real& a_beta,\n+ const vector<shared_ptr<FabArray<EBCellFAB> > >& a_acoef,\n+ const vector<shared_ptr<FabArray<EBFluxFAB> > >& a_bcoef,\n+ const Real& a_dxCoarse,\n+ const vector<int>& a_refRatio,\n+ const shared_ptr<ConductivityBaseDomainBCFactory>& a_domainBCFactory,\n+ const shared_ptr<ConductivityBaseEBBCFactory> & a_ebBCFactory,\n+ const int & a_ghostCellsPhi,\n+ const int & a_ghostCellsRhs,\n int a_numLevels)\n {\n BL_ASSERT(a_eblgs.size() <= a_refRatio.size());\n- m_dataBased = false;\n+\n m_ghostCellsRhs = a_ghostCellsRhs;\n m_ghostCellsPhi = a_ghostCellsPhi;\n m_acoef = a_acoef;\n@@ -134,9 +113,9 @@ namespace amrex\n //-----------------------------------------------------------------------\n EBConductivityOp*\n EBConductivityOpFactory::\n- MGnewOp(const ProblemDomain& a_domainFine,\n- int a_depth,\n- bool a_homoOnly)\n+ MGnewOp(const Box& a_domainFine,\n+ int a_depth,\n+ bool a_homoOnly)\n {\n ParmParse pp;\n bool turn_off_mg = false;\n@@ -151,9 +130,9 @@ namespace amrex\n int ref=-1;\n bool found = false;\n \n- RefCountedPtr<LevelData<EBCellFAB> > acoef;\n- RefCountedPtr<LevelData<EBFluxFAB> > bcoef;\n- RefCountedPtr<LevelData<BaseIVFAB<Real> > > bcoefIrreg;\n+ shared_ptr<FabArray<EBCellFAB> > acoef;\n+ shared_ptr<FabArray<EBFluxFAB> > bcoef;\n+ shared_ptr<FabArray<BaseIVFAB<Real> > > bcoefIrreg;\n \n for (int ilev = 0; ilev < m_numLevels && !found; ilev++)\n {\n@@ -177,7 +156,7 @@ namespace amrex\n //-----------------------------------------------------------------------\n EBConductivityOp*\n EBConductivityOpFactory::\n- createOperator(const int& a_amrlevel,\n+ createOperator(const int& a_amrLevel,\n const int& a_depth,\n const bool a_amrLevelOp)\n {\n@@ -196,17 +175,17 @@ namespace amrex\n \n if(a_amrLevelOp)\n {\n- eblg = m_eblgs[a_amrlevel];\n+ eblg = m_eblgs[a_amrLevel];\n if(a_amrLevel > 0)\n {\n- eblgCoar = m_eblgs[a_amrlevel-1];\n- refToCoar = m_refRatio[a_amrlevel-1]\n+ eblgCoar = m_eblgs[a_amrLevel-1];\n+ refToCoar = m_refRatio[a_amrLevel-1];\n hasCoarser = true;\n }\n if(a_amrLevel < (m_numLevels - 1))\n {\n- eblgFine = m_eblgs[a_amrlevel+1];\n- refToFine = m_refRatio[a_amrlevel]\n+ eblgFine = m_eblgs[a_amrLevel+1];\n+ refToFine = m_refRatio[a_amrLevel];\n hasFiner = true;\n }\n }\n@@ -215,11 +194,11 @@ namespace amrex\n //check to see if we are able to create an EBLG at this depth. If not, return NULL\n if(a_depth == 0)\n {\n- eblg = m_eblgs[a_amrlevel];\n+ eblg = m_eblgs[a_amrLevel];\n }\n else\n {\n- bool coarsenable = EBArith::createCoarserEBLG(eblg, m_eblgs[a_amrlevel], refRatMG, s_testRef, s_maxBoxSize);\n+ bool coarsenable = EBArith::createCoarserEBLG(eblg, m_eblgs[a_amrLevel], refRatMG, s_testRef, s_maxBoxSize);\n if(!coarsenable)\n {\n return NULL;\n@@ -228,26 +207,27 @@ namespace amrex\n }\n \n //now see if there is a coarser MG level\n+ EBLevelGrid eblgCoarMG;\n bool hasCoarMG = EBArith::createCoarserEBLG(eblgCoarMG , eblg, 2, s_testRef, s_maxBoxSize);\n- Real dxMGLevel = m_dx[a_amrlevel]*refRatMG;\n+ Real dxMGLevel = m_dx[a_amrLevel]*refRatMG;\n Real dxCoar = -1.0;\n- if (a_amrlevel > 0)\n+ if (a_amrLevel > 0)\n {\n- dxCoar = m_dx[a_amrlevel-1];\n+ dxCoar = m_dx[a_amrLevel-1];\n }\n \n shared_ptr<ConductivityBaseDomainBC> domainBC(m_domainBCFactory->create());\n- shared_ptr<ConductivityBaseEBBC> ebBC(m_ebbcFactory->create());\n+ shared_ptr<ConductivityBaseEBBC> ebBC( m_ebBCFactory->create());\n shared_ptr<FabArray<EBCellFAB> > acoef;\n shared_ptr<FabArray<EBFluxFAB> > bcoef;\n \n //get coefficients\n- nwoebcoCoarsenStuff(acoef,\n- bcoef,\n- m_eblgs[a_amrlevel],\n+ nwoebcoCoarsenStuff(*acoef,\n+ *bcoef,\n+ m_eblgs[a_amrLevel],\n eblg,\n- m_acoef[a_amrlevel],\n- m_bcoef[a_amrlevel],\n+ *m_acoef[a_amrLevel],\n+ *m_bcoef[a_amrLevel],\n refRatMG);\n \n \n@@ -270,13 +250,14 @@ namespace amrex\n acoef,\n bcoef,\n m_ghostCellsPhi,\n- m_ghostCellsRHS);\n- } \n-\n+ m_ghostCellsRhs);\n+ return newOp;\n+ } \n+ \n //-----------------------------------------------------------------------\n EBConductivityOp*\n EBConductivityOpFactory::\n- AMRnewOp(const ProblemDomain& a_domainFine)\n+ AMRnewOp(const Box& a_domainFine)\n {\n //figure out which level we are at.\n int ref=-1;\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.H\nindex 0e3f977646a..e0ac5d5fde5 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.H\n@@ -14,7 +14,7 @@\n \n #include \"AMReX_FabArray.H\"\n #include \"AMReX_LinearSolver.H\"\n-#include \"AMReX_MultiGrid.H\"\n+#include \"AMReX_EBMultiGrid.H\"\n #include \"AMReX_EBCellFAB.H\"\n \n namespace amrex\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.cpp\nindex e8f427080f2..86729c70c6f 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_EBSimpleSolver.cpp\n@@ -55,7 +55,7 @@ namespace amrex\n void EBSimpleSolver::solve(FabArray<EBCellFAB>& a_phi,\n const FabArray<EBCellFAB>& a_rhs)\n {\n- CH_assert(m_isDefined);\n+ BL_ASSERT(m_isDefined);\n \n m_operator->relax(a_phi,a_rhs,m_numSmooths);\n }\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H\nindex 5cd7e40d52d..541e0ca7cf1 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H\n@@ -21,16 +21,12 @@ namespace amrex\n /**\n Class to do Dirichlet boundary conditions on the domain for the conductivity operator.\n */\n-class NeumannConductivityDomainBC: public ConductivityBaseDomainBC\n-{\n-public:\n- NeumannConductivityDomainBC()\n- {\n- }\n+ class NeumannConductivityDomainBC: public ConductivityBaseDomainBC\n+ {\n+ public:\n+ NeumannConductivityDomainBC();\n \n- virtual ~NeumannConductivityDomainBC()\n- {\n- }\n+ virtual ~NeumannConductivityDomainBC();\n \n ///\n virtual void \n@@ -58,36 +54,28 @@ public:\n const Side::LoHiSide& a_side,\n const bool& a_useHomogeneous);\n \n- ///\n- virtual void \n- fillPhiGhost(FArrayBox& a_phi,\n- const Box& a_valid,\n- const Box& a_domain,\n- Real a_dx,\n- bool a_homogeneous);\n-\n-private:\n+ private:\n \n \n-};\n+ };\n \n-class NeumannConductivityDomainBCFactory: public ConductivityBaseDomainBCFactory\n-{\n-public:\n- NeumannConductivityDomainBCFactory()\n- {\n- }\n+ class NeumannConductivityDomainBCFactory: public ConductivityBaseDomainBCFactory\n+ {\n+ public:\n+ NeumannConductivityDomainBCFactory()\n+ {\n+ }\n \n- virtual ~NeumannConductivityDomainBCFactory()\n- {\n- }\n+ virtual ~NeumannConductivityDomainBCFactory()\n+ {\n+ }\n \n- ConductivityBaseDomainBC* new_object_ptr()\n- {\n+ ConductivityBaseDomainBC* new_object_ptr()\n+ {\n NeumannConductivityDomainBC* newBC = new NeumannConductivityDomainBC();\n return static_cast<ConductivityBaseDomainBC*>(newBC);\n- }\n+ }\n \n-};\n+ };\n }\n #endif\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.cpp\nindex 1d1d4b668a9..b5e74737e95 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_NeumannConductivityDomainBC.cpp\n@@ -13,12 +13,20 @@\n #include \"AMReX_EBArith.H\"\n namespace amrex\n {\n+ NeumannConductivityDomainBC::\n+ NeumannConductivityDomainBC()\n+ {\n+ }\n+\n+ NeumannConductivityDomainBC::\n+ ~NeumannConductivityDomainBC()\n+ {\n+ }\n+\n void \n NeumannConductivityDomainBC::\n fillPhiGhost(FArrayBox& a_phi,\n const Box& a_valid,\n- const Box& a_domain,\n- Real a_dx,\n bool a_homogeneous)\n {\n Box grownBox = a_valid;\n@@ -32,19 +40,19 @@ namespace amrex\n choppedBox.grow(idir,-1);\n Box toRegion = EBArith::adjCellBox(choppedBox, idir, sit(), 1);\n \n- if(!a_domain.contains(toRegion))\n+ if(!m_eblg.getDomain().contains(toRegion))\n {\n for (BoxIterator bit(toRegion); bit.ok(); ++bit)\n {\n const IntVect& iv = bit();\n //fake vof just to get the location\n VolIndex vof(iv, 0);\n- RealVect loc = EBArith::getVoFLocation(vof, a_dx, RealVect::Zero);\n+ RealVect loc = EBArith::getVoFLocation(vof, m_dx, RealVect::Zero);\n int isign = sign(sit());\n IntVect ivneigh = iv - isign*BASISV(idir);\n Real value = bcvaluefunc(loc, idir, sit());\n if(a_homogeneous) value = 0;\n- a_phi(iv, 0) = a_phi(ivneigh, 0) + a_dx*value;\n+ a_phi(iv, 0) = a_phi(ivneigh, 0) + m_dx*value;\n }\n }\n } \ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_VCAggStencil.cpp b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_VCAggStencil.cpp\nindex af81732784f..34756b9e94d 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/AMReX_VCAggStencil.cpp\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/AMReX_VCAggStencil.cpp\n@@ -1,36 +1,36 @@\n-#ifdef CH_LANG_CC\n /*\n- * _______ __\n- * / ___/ / ___ __ _ / / ___\n- * / /__/ _ \\/ _ \\/ V \\/ _ \\/ _ \\\n- * \\___/_//_/\\___/_/_/_/_.__/\\___/\n- * Please refer to Copyright.txt, in Chombo's root directory.\n+ * {_ {__ {__{_______ {__ {__\n+ * {_ __ {_ {__ {___{__ {__ {__ {__ \n+ * {_ {__ {__ {__ { {__{__ {__ {__ {__ {__ \n+ * {__ {__ {__ {__ {__{_ {__ {_ {__ {__ \n+ * {______ {__ {__ {_ {__{__ {__ {_____ {__ {__ {__ \n+ * {__ {__ {__ {__{__ {__ {_ {__ {__ \n+ * {__ {__{__ {__{__ {__ {____ {__ {__\n+ *\n */\n-#endif\n \n+#include \"AMReX_VCAggStencil.H\"\n \n-#include \"VCAggStencil.H\"\n-\n-#include \"NamespaceHeader.H\"\n-\n-/**************/\n-VCAggStencil::\n-VCAggStencil(const Vector<RefCountedPtr<BaseIndex> > & a_dstVoFs,\n- const Vector<RefCountedPtr<BaseStencil> > & a_vofStencil,\n- const EBCellFAB & a_phiData,\n- const EBCellFAB & a_rhsData,\n- const EBCellFAB & a_relCoef,\n- const BaseIVFAB<Real> & a_alphaWt,\n- const int & a_ncomp)\n- :AggStencil<EBCellFAB, EBCellFAB>(a_dstVoFs, a_vofStencil, a_phiData, a_rhsData)\n+namespace amrex\n {\n- CH_TIME(\"VCAggSten.constructor\");\n-\n- m_phiAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n- m_relAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n- m_alpAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n- m_iv.resize(a_dstVoFs.size());\n- for (int idst = 0; idst < a_dstVoFs.size(); idst++)\n+/**************/\n+ VCAggStencil::\n+ VCAggStencil(const vector<shared_ptr<BaseIndex> > & a_dstVoFs,\n+ const vector<shared_ptr<BaseStencil> > & a_vofStencil,\n+ const EBCellFAB & a_phiData,\n+ const EBCellFAB & a_rhsData,\n+ const EBCellFAB & a_relCoef,\n+ const BaseIVFAB<Real> & a_alphaWt,\n+ const int & a_ncomp)\n+ :AggStencil<EBCellFAB, EBCellFAB>(a_dstVoFs, a_vofStencil, a_phiData, a_rhsData)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"VCAggSten.constructor\");\n+\n+ m_phiAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n+ m_relAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n+ m_alpAccess.resize(a_dstVoFs.size());\n+ m_iv.resize(a_dstVoFs.size());\n+ for (int idst = 0; idst < a_dstVoFs.size(); idst++)\n {\n const BaseIndex& dstVoF = *a_dstVoFs[idst];\n m_phiAccess[idst].dataID = a_phiData.dataType(dstVoF);\n@@ -42,193 +42,189 @@ VCAggStencil(const Vector<RefCountedPtr<BaseIndex> > & a_dstVoFs,\n \n VolIndex* vofPtr = dynamic_cast<VolIndex*>(&(*a_dstVoFs[idst]));\n if(vofPtr == NULL)\n- {\n- MayDay::Error(\"dynamic cast error--VCAggStencil just handles VolIndicies\");\n- }\n+ {\n+ amrex::Error(\"dynamic cast error--VCAggStencil just handles VolIndicies\");\n+ }\n m_iv[idst] = vofPtr->gridIndex();\n }\n- m_cachePhi.resize( m_ebstencil.size(), Vector<Real>(a_ncomp, 0.));\n-}\n+ m_cachePhi.resize( m_ebstencil.size(), vector<Real>(a_ncomp, 0.));\n+ }\n /************/\n-void\n-VCAggStencil::\n-cachePhi(const EBCellFAB& a_phi) const\n-{\n- CH_TIME(\"VCAggStencil::cachePhi\");\n- Vector<const Real*> dataPtrsPhi(a_phi.numDataTypes());\n- for (int ivar = 0; ivar < a_phi.nComp(); ivar++)\n+ void\n+ VCAggStencil::\n+ cachePhi(const EBCellFAB& a_phi) const\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"VCAggStencil::cachePhi\");\n+ vector<const Real*> dataPtrsPhi(a_phi.numDataTypes());\n+ for (int ivar = 0; ivar < a_phi.nComp(); ivar++)\n {\n for (int ivec = 0; ivec < dataPtrsPhi.size(); ivec++)\n- {\n- dataPtrsPhi[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, ivar);\n- }\n+ {\n+ dataPtrsPhi[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, ivar);\n+ }\n \n for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n- {\n- const Real* phiPtr = dataPtrsPhi[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n- m_cachePhi[idst][ivar] = *phiPtr;\n- }\n+ {\n+ const Real* phiPtr = dataPtrsPhi[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n+ m_cachePhi[idst][ivar] = *phiPtr;\n+ }\n }\n-}\n+ }\n /**************/\n-void\n-VCAggStencil::\n-uncachePhi(EBCellFAB& a_phi) const\n-{\n- CH_TIME(\"VCAggSten::uncache\");\n- Vector<Real*> dataPtrsPhi(a_phi.numDataTypes());\n- for (int ivar = 0; ivar < a_phi.nComp(); ivar++)\n+ void\n+ VCAggStencil::\n+ uncachePhi(EBCellFAB& a_phi) const\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"VCAggSten::uncache\");\n+ vector<Real*> dataPtrsPhi(a_phi.numDataTypes());\n+ for (int ivar = 0; ivar < a_phi.nComp(); ivar++)\n {\n for (int ivec = 0; ivec < dataPtrsPhi.size(); ivec++)\n- {\n- dataPtrsPhi[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, ivar);\n- }\n+ {\n+ dataPtrsPhi[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, ivar);\n+ }\n \n for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n- {\n- Real* phiPtr = dataPtrsPhi[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n- *phiPtr = m_cachePhi[idst][ivar];\n- }\n+ {\n+ Real* phiPtr = dataPtrsPhi[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n+ *phiPtr = m_cachePhi[idst][ivar];\n+ }\n }\n-}\n+ }\n /**************/\n-void \n-VCAggStencil::\n-relax(EBCellFAB & a_phi,\n- const EBCellFAB & a_rhs,\n- const EBCellFAB & a_relCoef,\n- const BaseIVFAB<Real> & a_alphaWt,\n- const Real & a_alpha,\n- const Real & a_beta,\n- const int & a_varDest,\n- const IntVect & a_color)\n-{\n- CH_TIME(\"VCAggSten::relax\");\n- const int numtyperhs = a_rhs.numDataTypes();\n- const int numtypephi = a_phi.numDataTypes();\n- const int numtyperel = a_relCoef.numDataTypes();\n- const int numtypealp = a_alphaWt.numDataTypes();\n+ void \n+ VCAggStencil::\n+ relax(EBCellFAB & a_phi,\n+ const EBCellFAB & a_rhs,\n+ const EBCellFAB & a_relCoef,\n+ const BaseIVFAB<Real> & a_alphaWt,\n+ const Real & a_alpha,\n+ const Real & a_beta,\n+ const int & a_varDest,\n+ const IntVect & a_color)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"VCAggSten::relax\");\n+ const int numtyperhs = a_rhs.numDataTypes();\n+ const int numtypephi = a_phi.numDataTypes();\n+ const int numtyperel = a_relCoef.numDataTypes();\n+ const int numtypealp = a_alphaWt.numDataTypes();\n \n- Vector<const Real*> dataPtrsRhs(numtyperhs);\n- Vector<const Real*> dataPtrsRel(numtyperel);\n- Vector<const Real*> dataPtrsAlp(numtypealp);\n- //phi is the source (what the stencil gets applied to)\n- //and the destination (where the answer goes). For the \n- //source, we need the variable to be zero because the stencil\n- //variable is taken into account in aggstencil\n- Vector<const Real*> dataPtrsSrc(numtypephi);\n- Vector<Real*> dataPtrsDst(numtypephi);\n- int varDst = a_varDest;\n- int varSrc = 0; //stencil variable taken into account in aggstencil\n- for (int ivec = 0; ivec < numtyperhs; ivec++)\n+ vector<const Real*> dataPtrsRhs(numtyperhs);\n+ vector<const Real*> dataPtrsRel(numtyperel);\n+ vector<const Real*> dataPtrsAlp(numtypealp);\n+ //phi is the source (what the stencil gets applied to)\n+ //and the destination (where the answer goes). For the \n+ //source, we need the variable to be zero because the stencil\n+ //variable is taken into account in aggstencil\n+ vector<const Real*> dataPtrsSrc(numtypephi);\n+ vector<Real*> dataPtrsDst(numtypephi);\n+ int varDst = a_varDest;\n+ int varSrc = 0; //stencil variable taken into account in aggstencil\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtyperhs; ivec++)\n {\n //rhs has the same variable number as destination (in this case phi)\n dataPtrsRhs[ivec] = a_rhs.dataPtr(ivec, varDst);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypealp; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypealp; ivec++)\n {\n //alphaweight has the same variable number as destination (in this case phi)\n dataPtrsAlp[ivec] = a_alphaWt.dataPtr(ivec, varDst);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n {\n dataPtrsSrc[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, varSrc);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n {\n dataPtrsDst[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, varDst);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n {\n //relaxation coeff has the same variable number as as destination (in this case phi)\n dataPtrsRel[ivec] = a_relCoef.dataPtr(ivec, varDst);\n }\n \n- for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n+ for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n {\n const IntVect& iv = m_iv[idst];\n bool doThisVoF = true;\n for (int idir = 0; idir < SpaceDim; idir++)\n+ {\n+ if (iv[idir] % 2 != a_color[idir])\n {\n- if (iv[idir] % 2 != a_color[idir])\n- {\n- doThisVoF = false;\n- break;\n- }\n+ doThisVoF = false;\n+ break;\n }\n+ }\n if(doThisVoF)\n+ {\n+ const Real* rhsiPtr = dataPtrsRhs[m_dstAccess[idst].dataID] + m_dstAccess[idst].offset;\n+ const Real& rhsi = *rhsiPtr;\n+ const Real* relcoPtr = dataPtrsRel[m_relAccess[idst].dataID] + m_relAccess[idst].offset;\n+ const Real& relco = *relcoPtr;\n+ const Real* alpWtPtr = dataPtrsAlp[m_alpAccess[idst].dataID] + m_alpAccess[idst].offset;\n+ const Real& alphaWeight = *alpWtPtr;\n+\n+\n+ const stencil_t& ebstencil = m_ebstencil[idst];\n+ Real lphi = 0;\n+ for (int isten = 0; isten < ebstencil.size(); isten++)\n {\n- const Real* rhsiPtr = dataPtrsRhs[m_dstAccess[idst].dataID] + m_dstAccess[idst].offset;\n- const Real& rhsi = *rhsiPtr;\n- const Real* relcoPtr = dataPtrsRel[m_relAccess[idst].dataID] + m_relAccess[idst].offset;\n- const Real& relco = *relcoPtr;\n- const Real* alpWtPtr = dataPtrsAlp[m_alpAccess[idst].dataID] + m_alpAccess[idst].offset;\n- const Real& alphaWeight = *alpWtPtr;\n-\n-\n- const stencil_t& ebstencil = m_ebstencil[idst];\n- Real lphi = 0;\n- for (int isten = 0; isten < ebstencil.size(); isten++)\n- {\n- const Real& weight = ebstencil[isten].second;\n- const long& offset = ebstencil[isten].first.offset;\n- const int & dataID = ebstencil[isten].first.dataID;\n- const Real& phiVal = *(dataPtrsSrc[dataID] + offset);\n- lphi += phiVal*weight;\n- }\n- Real* phiiPtr = dataPtrsDst[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n- Real& phii = *phiiPtr;\n- //multiply by beta and add in identity term\n- lphi = a_beta*lphi + a_alpha*alphaWeight*phii;\n-\n- phii = phii + relco*(rhsi - lphi);\n- ch_flops()+=ebstencil.size()*2+5;\n+ const Real& weight = ebstencil[isten].second;\n+ const long& offset = ebstencil[isten].first.offset;\n+ const int & dataID = ebstencil[isten].first.dataID;\n+ const Real& phiVal = *(dataPtrsSrc[dataID] + offset);\n+ lphi += phiVal*weight;\n }\n+ Real* phiiPtr = dataPtrsDst[m_phiAccess[idst].dataID] + m_phiAccess[idst].offset;\n+ Real& phii = *phiiPtr;\n+ //multiply by beta and add in identity term\n+ lphi = a_beta*lphi + a_alpha*alphaWeight*phii;\n+\n+ phii = phii + relco*(rhsi - lphi);\n+ }\n }\n- //the /ncolor is because this does one color at a time\n- int ncolor = D_TERM(2, *2, *2);\n- //ch_flops()+=(9*m_ebstencil.size())/ncolor;\n-}\n+ }\n \n \n \n /**************/\n-void \n-VCAggStencil::\n-apply(EBCellFAB & a_lph,\n- const EBCellFAB & a_phi,\n- const BaseIVFAB<Real> & a_alp, //alphaDiagWeight\n- const Real & a_alpha,\n- const Real & a_beta,\n- const int & a_varDest,\n- const bool & a_incrementOnly)\n-{\n- CH_TIME(\"VCAggSten::apply\");\n- //this makes lphi = divf\n- AggStencil<EBCellFAB,EBCellFAB>::apply(a_lph, a_phi, a_varDest, a_incrementOnly);\n-\n- const int numtypelph = a_lph.numDataTypes();\n- const int numtypephi = a_phi.numDataTypes();\n- const int numtypealp = a_alp.numDataTypes();\n+ void \n+ VCAggStencil::\n+ apply(EBCellFAB & a_lph,\n+ const EBCellFAB & a_phi,\n+ const BaseIVFAB<Real> & a_alp, //alphaDiagWeight\n+ const Real & a_alpha,\n+ const Real & a_beta,\n+ const int & a_varDest,\n+ const bool & a_incrementOnly)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"VCAggSten::apply\");\n+ //this makes lphi = divf\n+ AggStencil<EBCellFAB,EBCellFAB>::apply(a_lph, a_phi, a_varDest, a_incrementOnly);\n+\n+ const int numtypelph = a_lph.numDataTypes();\n+ const int numtypephi = a_phi.numDataTypes();\n+ const int numtypealp = a_alp.numDataTypes();\n \n- Vector< Real*> dataPtrsLph(numtypelph);\n- Vector<const Real*> dataPtrsPhi(numtypephi);\n- Vector<const Real*> dataPtrsAlp(numtypealp);\n- //no stencils here so everything is on the same var\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypelph; ivec++)\n+ vector< Real*> dataPtrsLph(numtypelph);\n+ vector<const Real*> dataPtrsPhi(numtypephi);\n+ vector<const Real*> dataPtrsAlp(numtypealp);\n+ //no stencils here so everything is on the same var\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypelph; ivec++)\n {\n dataPtrsLph[ivec] = a_lph.dataPtr(ivec, a_varDest);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypealp; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypealp; ivec++)\n {\n dataPtrsAlp[ivec] = a_alp.dataPtr(ivec, a_varDest);\n }\n- for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n+ for (int ivec = 0; ivec < numtypephi; ivec++)\n {\n dataPtrsPhi[ivec] = a_phi.dataPtr(ivec, a_varDest);\n }\n \n- for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n+ for (int idst = 0; idst < m_ebstencil.size(); idst++)\n {\n Real* lphiPtr = dataPtrsLph[m_dstAccess[idst].dataID] + m_dstAccess[idst].offset;\n Real& lphi = *lphiPtr;\n@@ -239,7 +235,6 @@ apply(EBCellFAB & a_lph,\n //multiply by beta and add in identity term\n lphi = a_beta*lphi + a_alpha*alphaWeight*phii;\n }\n- ch_flops()+=m_ebstencil.size()*6;\n+ }\n }\n \n-#include \"NamespaceFooter.H\"\ndiff --git a/Src/EBAMRElliptic/Make.package b/Src/EBAMRElliptic/Make.package\nindex 13779f33317..261a40a3ff3 100644\n--- a/Src/EBAMRElliptic/Make.package\n+++ b/Src/EBAMRElliptic/Make.package\n@@ -9,13 +9,14 @@ C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_ConductivityBaseDomainBC.H AMReX_N\n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_DirichletConductivityEBBC.H AMReX_ConductivityBaseEBBC.H\t \n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H \n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_EBConductivityOpFactory.H AMReX_EBConductivityOp.H \n+C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_EBSimpleSolver.H AMReX_ConductivityBaseEBBC.H AMReX_VCAggStencil.H\n \n \n \n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_sources += AMReX_DirichletConductivityDomainBC.cpp AMReX_NeumannConductivityEBBC.cpp \n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_sources += AMReX_DirichletConductivityEBBC.cpp\t AMReX_NeumannConductivityDomainBC.cpp \n C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_sources += AMReX_EBConductivityOp.cpp\t\t AMReX_EBConductivityOpFactory.cpp \n-\n+C$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_sources += AMReX_EBSimpleSolver.cpp AMReX_VCAggStencil.cpp\n F90$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_headers += AMReX_EBEllipticFort_F.H\n F90$(EBAMRELLIPTIC_BASE)_sources += AMReX_EBEllipticFort.F90\n \ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.H b/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.H\nindex 809abad23b9..8c3589d13f1 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.H\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.H\n@@ -64,10 +64,11 @@ namespace amrex\n const Real & a_dx,\n const int & a_numComp,\n const int & a_ghostCellsInData,\n+ bool a_multiplyFluxByArea = true,\n int a_redistRad = 1)\n {\n \n- define(a_eblg, a_dx, a_numComp, a_ghostCellsInData, a_redistRad);\n+ define(a_eblg, a_dx, a_numComp, a_ghostCellsInData, a_multiplyFluxByArea, a_redistRad);\n }\n \n ///\n@@ -78,6 +79,7 @@ namespace amrex\n const Real & a_dx,\n const int & a_numComp,\n const int & a_ghostCellsInData,\n+ bool a_multiplyFluxByArea = true,\n int a_redistRad = 1);\n \n \n@@ -134,7 +136,7 @@ namespace amrex\n FabArray<IrregFAB> m_massDiff;\n \n EBLevelRedist m_eblevelRedist;\n-\n+ bool m_multiplyFluxByArea;\n EBNormalizeByVolumeFraction m_normalizor;\n int m_nComp;\n Real m_dx;\ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.cpp b/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.cpp\nindex 2d18fa1cb0f..08b68a4d832 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.cpp\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_DivergenceOp.cpp\n@@ -33,10 +33,12 @@ namespace amrex\n const Real & a_dx,\n const int & a_nComp,\n const int & a_ghostCellsInData,\n+ bool a_multiplyFluxByArea,\n int a_redistRad)\n {\n m_isDefined = true;\n m_eblg = a_eblg;\n+ m_multiplyFluxByArea = a_multiplyFluxByArea;\n m_dx = a_dx;\n m_nComp = a_nComp;\n m_dataGhost = a_ghostCellsInData;\n@@ -127,7 +129,14 @@ namespace amrex\n IntVectSet cfivs;//empty--see comment above\n FaceStencil interpSten = EBArith::getInterpStencil(faces[iface], cfivs, ebis, domain);\n Real areaFrac = ebis.areaFrac(faces[iface]);\n- interpSten *= (isign*areaFrac/m_dx);\n+ if(m_multiplyFluxByArea)\n+ {\n+ interpSten *= (isign*areaFrac/m_dx);\n+ }\n+ else\n+ {\n+ interpSten *= 1.0/(m_dx*m_dx);\n+ }\n dirStencil += interpSten;\n }\n }\n@@ -147,6 +156,7 @@ namespace amrex\n int isrc, int idst, int inco,\n bool a_trustRegDivF)\n {\n+/**/\n BL_ASSERT(isDefined());\n BL_ASSERT(a_flux.nGrow() == m_dataGhost);\n BL_ASSERT(a_divF.nGrow() == m_dataGhost);\n@@ -156,7 +166,11 @@ namespace amrex\n EBCellFAB & divF = m_kappaDivergence[mfi];\n const EBFluxFAB & flux = a_flux[mfi];\n \n- if(!a_trustRegDivF)\n+ if(a_trustRegDivF)\n+ {\n+ divF.copy(a_divF[mfi]);\n+ }\n+ else\n {\n BaseFab<Real> & regDivF = divF.getSingleValuedFAB();\n vector<const BaseFab<Real>*> regFlux(3, &(flux[0].getSingleValuedFAB()));\n@@ -166,12 +180,16 @@ namespace amrex\n }\n const Box& grid = m_eblg.getDBL()[mfi];\n \n+ int multiplyByArea = 0;\n+ if(m_multiplyFluxByArea) multiplyByArea = 1;\n+\n //first do everything as if it has no eb.\n ebfnd_divflux(BL_TO_FORTRAN_FAB(regDivF),\n BL_TO_FORTRAN_FAB((*regFlux[0])),\n BL_TO_FORTRAN_FAB((*regFlux[1])),\n BL_TO_FORTRAN_FAB((*regFlux[2])),\n BL_TO_FORTRAN_BOX(grid),\n+ &multiplyByArea,\n &m_dx, &isrc, &idst, &inco);\n }\n //turn off increment only for bndry flux. This sets the initial divergence at \n@@ -211,6 +229,7 @@ namespace amrex\n m_eblevelRedist.increment(m_massDiff[mfi], mfi, idst, inco);\n }\n m_eblevelRedist.redistribute(a_divF, idst, inco);\n+/**/\n }\n /************************************/\n }\ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND.F90 b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND.F90\nindex 7709111f3ae..9fbf1670ff0 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND.F90\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND.F90\n@@ -583,14 +583,14 @@ subroutine ebfnd_divflux( &\n fluxfa1, fluxfa1_lo, fluxfa1_hi, fluxfa1_nco, &\n fluxfa2, fluxfa2_lo, fluxfa2_hi, fluxfa2_nco, &\n gridlo,gridhi, &\n- dx, isrc, idst, ncomp) &\n+ multbyarea, dx, isrc, idst, ncomp) &\n bind(C, name=\"ebfnd_divflux\")\n \n use amrex_fort_module, only : amrex_spacedim, c_real=>amrex_real\n \n implicit none\n \n- integer :: iif,jjf,kkf, ncomp, ivar, ivardivf, ivarflux\n+ integer :: iif,jjf,kkf, ncomp, ivar, ivardivf, ivarflux, multbyarea\n integer :: fluxfa0_nco\n integer :: fluxfa1_nco\n integer :: fluxfa2_nco\n@@ -602,12 +602,18 @@ subroutine ebfnd_divflux( &\n integer :: gridlo(0:2), gridhi(0:2)\n \n real(c_real) :: dx, xterm, yterm, zterm\n- real(c_real) :: fhix, flox\n+ real(c_real) :: fhix, flox, denom\n real(c_real) :: divflux(divflux_lo(0):divflux_hi(0),divflux_lo(1):divflux_hi(1),divflux_lo(2):divflux_hi(2), 0:divflux_nco-1)\n real(c_real) :: fluxfa0(fluxfa0_lo(0):fluxfa0_hi(0),fluxfa0_lo(1):fluxfa0_hi(1),fluxfa0_lo(2):fluxfa0_hi(2), 0:fluxfa0_nco-1)\n real(c_real) :: fluxfa1(fluxfa1_lo(0):fluxfa1_hi(0),fluxfa1_lo(1):fluxfa1_hi(1),fluxfa1_lo(2):fluxfa1_hi(2), 0:fluxfa1_nco-1)\n real(c_real) :: fluxfa2(fluxfa2_lo(0):fluxfa2_hi(0),fluxfa2_lo(1):fluxfa2_hi(1),fluxfa2_lo(2):fluxfa2_hi(2), 0:fluxfa2_nco-1)\n \n+ if(multbyarea .eq. 1) then\n+ denom = one/dx\n+ else\n+ denom = one/dx/dx\n+ endif\n+\n do ivar = 0, ncomp-1\n ivarflux = isrc + ivar\n ivardivf = idst + ivar\n@@ -624,7 +630,7 @@ subroutine ebfnd_divflux( &\n #if BL_SPACEDIM==3\n zterm = fluxfa2(iif , jjf , kkf+1, ivarflux) - fluxfa2(iif, jjf, kkf, ivarflux) \n #endif\n- divflux(iif, jjf, kkf, ivardivf) = (xterm + yterm + zterm)/dx\n+ divflux(iif, jjf, kkf, ivardivf) = (xterm + yterm + zterm)/denom\n \n \n enddo\ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND_F.H b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND_F.H\nindex 583a89f128e..bda3e614a6c 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND_F.H\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBFortND_F.H\n@@ -53,7 +53,7 @@\n const amrex::Real* flx0, const int* flx0lo, const int* flx0hi, const int* incoflx0,\n const amrex::Real* flx1, const int* flx1lo, const int* flx1hi, const int* incoflx1,\n const amrex::Real* flx2, const int* flx2lo, const int* flx2hi, const int* incoflx2,\n- const int* gridlo, const int* gridhi, \n+ const int* gridlo, const int* gridhi, const int* multibyarea,\n const amrex::Real* dx, const int* isrc, const int* idst, const int* ncomp);\n \n \ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.H b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.H\nindex 70efbec1824..fd82555598a 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.H\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.H\n@@ -131,6 +131,13 @@ namespace amrex\n const Real& a_scale);\n \n \n+ ///\n+ /**\n+ */\n+ static void scale(FabArray<EBCellFAB> & a_lhs,\n+ const FabArray<EBCellFAB> & a_scale);\n+\n+\n ///\n /**\n If comp < 0, set all components\ndiff --git a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.cpp b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.cpp\nindex e637d3a5706..d9d7c51c9a7 100644\n--- a/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.cpp\n+++ b/Src/EBAMRTools/AMReX_EBLevelDataOps.cpp\n@@ -451,6 +451,19 @@ namespace amrex\n a_result[mfi] *= a_value;\n }\n }\n+\n+ //-----------------------------------------------------------------------\n+ void \n+ EBLevelDataOps::\n+ scale(FabArray<EBCellFAB> & a_result,\n+ const FabArray<EBCellFAB> & a_value)\n+ {\n+ BL_PROFILE(\"EBLevelDataOps::scale_2\");\n+ for(MFIter mfi(a_result); mfi.isValid(); ++mfi)\n+ {\n+ a_result[mfi] *= a_value[mfi];\n+ }\n+ }\n //-----------------------------------------------------------------------\n void \n EBLevelDataOps::\ndiff --git a/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.H b/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.H\nindex 7f308e7af3f..2a76b6febd1 100644\n--- a/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.H\n+++ b/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.H\n@@ -367,6 +367,11 @@ namespace amrex\n {\n return m_multiIVS;\n }\n+ \n+ Box getFullRegion() const\n+ {\n+ return m_fullRegion;\n+ }\n private:\n \n ///for serialization\n@@ -374,7 +379,10 @@ namespace amrex\n \n ///box over which this graph is defined\n Box m_region;\n- \n+\n+ ///box NOT intersected with domain\n+ Box m_fullRegion;\n+\n ///computational domain at this level of refinement\n Box m_domain;\n \n@@ -483,6 +491,13 @@ namespace amrex\n {\n return m_implem->numVoFs(a_iv);\n }\n+\n+ ///\n+ Box getFullRegion() const\n+ {\n+ return m_implem->getFullRegion();\n+ }\n+\n ///\n /**\n Return true if every cell in the EBGraph is a regular cell.\n@@ -794,12 +809,15 @@ namespace amrex\n \n ///\n /**\n- This resizes the BaseFab to cover getRegion\n+ This resizes the BaseFab to cover the input region\n 1 = regular\n 0 = irregular\n -1 = covered\n+\n+ 2 outside the domain\n */\n- void fillIntMask(BaseFab<int>& a_mask) const;\n+ void fillIntMask(BaseFab<int>& a_mask,\n+ const Box & a_subbox) const;\n \n \n ///\ndiff --git a/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.cpp b/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.cpp\nindex 55f3f6c58f0..fba85b1861b 100644\n--- a/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.cpp\n+++ b/Src/GeometryShop/AMReX_EBGraph.cpp\n@@ -402,6 +402,7 @@ namespace amrex\n \n m_tag = AllRegular;\n m_region = a_region;\n+ m_fullRegion = a_region;\n m_irregIVS = IntVectSet();\n m_multiIVS = IntVectSet();\n m_mask.clear();\n@@ -753,11 +754,16 @@ namespace amrex\n m_implem->fillMask(a_mask);\n }\n /*******************************/\n- void EBGraph::fillIntMask(BaseFab<int>& a_mask) const\n+ void EBGraph::fillIntMask(BaseFab<int>& a_mask,\n+ const Box & a_subbox) const\n {\n- Box interiorRegion = getRegion();\n+ Box fullRegion = getFullRegion();\n+ fullRegion &= a_subbox;\n+ Box interiorRegion = fullRegion;\n interiorRegion &= getDomain();\n- a_mask.resize(interiorRegion, 1);\n+\n+ a_mask.resize(fullRegion, 1);\n+ a_mask.setVal(2);\n for(BoxIterator boxit(interiorRegion); boxit.ok(); ++boxit)\n {\n const IntVect& iv = boxit();\n@@ -1649,7 +1655,7 @@ namespace amrex\n retval += incrval;\n \n m_domain.linearOut(buf);\n- incrval = m_region.linearSize();\n+ incrval = m_domain.linearSize();\n buf += incrval;\n retval += incrval;\n \n@@ -1712,7 +1718,7 @@ namespace amrex\n retval += incrval;\n \n m_domain.linearIn(buf);\n- incrval = m_region.linearSize();\n+ incrval = m_domain.linearSize();\n buf += incrval;\n retval += incrval;\n \ndiff --git a/Tools/Postprocessing/F_Src/GNUmakefile b/Tools/Postprocessing/F_Src/GNUmakefile\nindex efde7008d77..0e669ec2f55 100644\n--- a/Tools/Postprocessing/F_Src/GNUmakefile\n+++ b/Tools/Postprocessing/F_Src/GNUmakefile\n@@ -99,8 +99,12 @@ programs += plt_compare_diff_grids.f90\n #programs += fcoarsen\n #programs += fwritecontents2d\n \n-all: $(pnames)\n+ifeq ($(DO_ALL), TRUE)\n+ ptmp := $(wildcard f*.f90)\n+ programs := $(basename $(ptmp))\n+endif\n \n+all: $(pnames)\n \n # probin stuff\n ifdef NEED_EOS_NETWORK\ndiff --git a/Tools/Postprocessing/F_Src/fdump.f90 b/Tools/Postprocessing/F_Src/fdump.f90\nindex d401cd10be5..de5bbe8a96c 100644\n--- a/Tools/Postprocessing/F_Src/fdump.f90\n+++ b/Tools/Postprocessing/F_Src/fdump.f90\n@@ -9,7 +9,7 @@ program fdump\n use bl_IO_module\n use plotfile_module\n use multifab_module\n- use util_module\n+ use box_util_module\n \n implicit none\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/Tests/EBAMRElliptic/exec/cond.inputs b/Tests/EBAMRElliptic/exec/cond.inputs\nindex e0ade9bd292..b35cd1de5cc 100644\n--- a/Tests/EBAMRElliptic/exec/cond.inputs\n+++ b/Tests/EBAMRElliptic/exec/cond.inputs\n@@ -18,3 +18,6 @@ fill_ratio = 0.7\n buffer_size = 2\n \n which_geom = 5\n+\n+num_smooth = 4\n+num_smooth_bottom = 27\ndiff --git a/Tests/EBAMRElliptic/exec/conductivitySolve.cpp b/Tests/EBAMRElliptic/exec/conductivitySolve.cpp\nindex e26d5240420..48d17ac5139 100644\n--- a/Tests/EBAMRElliptic/exec/conductivitySolve.cpp\n+++ b/Tests/EBAMRElliptic/exec/conductivitySolve.cpp\n@@ -21,12 +21,14 @@\n #include \"AMReX_SphereIF.H\"\n #include \"AMReX_EBDebugDump.H\"\n #include \"AMReX_MeshRefine.H\"\n-#include \"AMReX_EBConducivityOp.H\"\n-#include \"AMReX_EBConducivityOpFactory.H\"\n-#include \"AMReX_DirichletConductivityEBBCFactory.H\"\n-#include \"AMReX_DirichletConductivityDomainBCFactory.H\"\n-#include \"AMReX_NeumannConductivityEBBCFactory.H\"\n-#include \"AMReX_NeumannConductivityDomainBCFactory.H\"\n+#include \"AMReX_EBConductivityOp.H\"\n+#include \"AMReX_EBConductivityOpFactory.H\"\n+#include \"AMReX_DirichletConductivityEBBC.H\"\n+#include \"AMReX_DirichletConductivityDomainBC.H\"\n+#include \"AMReX_NeumannConductivityEBBC.H\"\n+#include \"AMReX_NeumannConductivityDomainBC.H\"\n+#include \"AMReX_EBSimpleSolver.H\"\n+#include \"AMReX_LinearSolver.H\"\n \n namespace amrex\n {\n@@ -151,14 +153,14 @@ namespace amrex\n amrex::Error(\"unknown domain_bc_type\");\n }\n \n- if(ebbc_bc_type == 0)\n+ if(eb_bc_type == 0)\n {\n pout() << \"neumann eb bcs\" << endl;\n NeumannConductivityEBBCFactory* neumptr = (new NeumannConductivityEBBCFactory());\n neumptr->setValue(0.);\n ebBCFact = shared_ptr<ConductivityBaseEBBCFactory>(static_cast<ConductivityBaseEBBCFactory*>(neumptr));\n }\n- else if(domain_bc_type == 1)\n+ else if(eb_bc_type == 1)\n {\n int order_ebbc;\n pp.get(\"order_ebbc\", order_ebbc);\n@@ -180,6 +182,11 @@ namespace amrex\n vector<shared_ptr<FabArray<EBFluxFAB> > > bcoef(numLevels);\n for(int ilev = 0; ilev < numLevels; ilev++)\n {\n+ const BoxArray & ba = a_veblg[ilev].getDBL();\n+ const DistributionMapping& dm = a_veblg[ilev].getDM();\n+ EBCellFactory cellfact(a_veblg[ilev].getEBISL());\n+ EBFluxFactory fluxfact(a_veblg[ilev].getEBISL());\n+\n acoef[ilev] = shared_ptr<FabArray<EBCellFAB> >(new FabArray<EBCellFAB>(ba, dm, 1, 0, MFInfo(), cellfact));\n bcoef[ilev] = shared_ptr<FabArray<EBFluxFAB> >(new FabArray<EBFluxFAB>(ba, dm, 1, 0, MFInfo(), fluxfact));\n \n@@ -189,7 +196,15 @@ namespace amrex\n \n EBConductivityOpFactory factory(a_veblg, alpha, beta, acoef, bcoef, a_params.coarsestDx, a_params.refRatio,\n domainBCFact, ebBCFact, a_nghost, a_nghost);\n- a_solver.define(a_params.coarsestDomain, factory, bottomSolverPtr, a_params.refRatio, enableLevelSolves, numLevels);\n+\n+ EBSimpleSolver* simple = new EBSimpleSolver();\n+ int num_smooth_bottom = 10;\n+ pp.query(\"num_smooth_bottom\", num_smooth_bottom);\n+ simple->setNumSmooths(num_smooth_bottom);\n+ shared_ptr<LinearSolver<FabArray<EBCellFAB> > > bottomSolverPtr(static_cast<LinearSolver<FabArray<EBCellFAB> > *>(simple));\n+\n+ AMRLevelOpFactory<FabArray<EBCellFAB> >* factptr = static_cast<AMRLevelOpFactory<FabArray<EBCellFAB> >* >(&factory);\n+ a_solver.define(a_params.coarsestDomain,*factptr, bottomSolverPtr, a_params.refRatio, enableLevelSolves, numLevels);\n }\n //----------------\n int conjuctionJunction()\n@@ -228,7 +243,7 @@ namespace amrex\n \n solver.solve(phi, rhs, lbase, lmax);\n \n- writeEBPlotFile(string(\"phi.ebplt\"), phi);\n+// writeEBPlotFile(string(\"phi.ebplt\"), phi);\n \n return 0;\n }\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3416
|
multi_swe_bench
|
Support prmtop files created by chamber (openmm/openmm#3416)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3416,
"issue_title": "Support prmtop files created by chamber",
"issue_body": "Implements #3225.",
"base_commit": "f2cdf70afc3ec4f4f0a4fc3aa5ca4761fc994cf1",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Support prmtop files created by chamber",
"body": "Currently, prmtop files created using the CHAMBER tool are not supported in the software, which prevents users from utilizing these files for simulations. This limitation can be inconvenient for users who rely on CHAMBER-generated prmtop files as part of their workflows.\n\nThe expected behavior is that the software should support prmtop files created by CHAMBER, allowing users to load these files, create systems, and perform simulations without encountering errors. This enhancement would improve compatibility and provide a more seamless experience for users working with CHAMBER-generated files.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3416",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\nindex c8021ddb0e..5c6d280da3 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n@@ -6,7 +6,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n Contributors:\n \n@@ -220,10 +220,6 @@ def createSystem(self, nonbondedMethod=ff.NoCutoff, nonbondedCutoff=1.0*u.nanome\n System\n the newly created System\n \"\"\"\n- if self._prmtop.chamber:\n- raise ValueError(\"CHAMBER-style topology file detected. CHAMBER \"\n- \"topologies are not supported -- use the native \"\n- \"CHARMM files directly.\")\n methodMap = {ff.NoCutoff:'NoCutoff',\n ff.CutoffNonPeriodic:'CutoffNonPeriodic',\n ff.CutoffPeriodic:'CutoffPeriodic',\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\nindex 677cdb77c0..77a2f4d4bf 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n@@ -12,7 +12,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012-2014 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n Authors: Randall J. Radmer, John D. Chodera, Peter Eastman\n Contributors: Christoph Klein, Michael R. Shirts, Jason Swails, Kye Won Wang\n \n@@ -42,7 +42,7 @@\n \n import os\n import re\n-from math import ceil, cos, sin, asin, sqrt\n+from math import ceil, cos, sin, asin, sqrt, pi\n import warnings\n \n try:\n@@ -128,10 +128,6 @@ def __init__(self, inFilename):\n tag, self._prmtopVersion = line.rstrip().split(None, 1)\n elif line.startswith('%FLAG'):\n tag, flag = line.rstrip().split(None, 1)\n- if flag == 'CTITLE':\n- raise TypeError('CHAMBER-style topology files are not supported here. '\n- 'Consider using the CHARMM files directly with CharmmPsfFile '\n- 'or ParmEd (where CHAMBER topologies are supported)')\n self._flags.append(flag)\n self._raw_data[flag] = []\n elif line.startswith('%FORMAT'):\n@@ -139,8 +135,12 @@ def __init__(self, inFilename):\n index0=format.index('(')\n index1=format.index(')')\n format = format[index0+1:index1]\n- m = FORMAT_RE_PATTERN.search(format)\n- self._raw_format[self._flags[-1]] = (format, m.group(1), m.group(2), int(m.group(3)), m.group(4))\n+ try:\n+ m = FORMAT_RE_PATTERN.search(format)\n+ self._raw_format[self._flags[-1]] = (format, m.group(1), m.group(2), int(m.group(3)), m.group(4))\n+ except:\n+ # We couldn't parse the format, so just treat the whole line as a single string.\n+ self._raw_format[self._flags[-1]] = (format, 1, 'a', 80, '')\n elif line.startswith('%COMMENT'):\n continue\n elif self._flags \\\n@@ -429,6 +429,30 @@ def getAngles(self):\n float(angleEquil[iType])))\n return self._angleList\n \n+ def getUreyBradleys(self):\n+ \"\"\"Return list of atom pairs, K, and Rmin for each Urey-Bradley term\"\"\"\n+ try:\n+ return self._ureyBradleyList\n+ except AttributeError:\n+ pass\n+ self._ureyBradleyList = []\n+ if 'CHARMM_UREY_BRADLEY' in self._raw_data:\n+ ureyBradleyPointers = self._raw_data[\"CHARMM_UREY_BRADLEY\"]\n+ forceConstant = self._raw_data[\"CHARMM_UREY_BRADLEY_FORCE_CONSTANT\"]\n+ equilValue = self._raw_data[\"CHARMM_UREY_BRADLEY_EQUIL_VALUE\"]\n+ forceConstConversionFactor = (units.kilocalorie_per_mole/(units.angstrom*units.angstrom)).conversion_factor_to(units.kilojoule_per_mole/(units.nanometer*units.nanometer))\n+ lengthConversionFactor = units.angstrom.conversion_factor_to(units.nanometer)\n+ for ii in range(0, len(ureyBradleyPointers), 3):\n+ if int(ureyBradleyPointers[ii]) < 0 or int(ureyBradleyPointers[ii+1]) < 0:\n+ raise Exception(\"Found negative Urey-Bradley atom pointers %s\"\n+ % ((ureyBradleyPointers[ii], ureyBradleyPointers[ii+1])))\n+ iType = int(ureyBradleyPointers[ii+2])-1\n+ self._ureyBradleyList.append((int(ureyBradleyPointers[ii])-1,\n+ int(ureyBradleyPointers[ii+1])-1,\n+ float(forceConstant[iType])*forceConstConversionFactor,\n+ float(equilValue[iType])*lengthConversionFactor))\n+ return self._ureyBradleyList\n+\n def getDihedrals(self):\n \"\"\"Return list of atom quads, K, phase and periodicity for each dihedral angle\"\"\"\n try:\n@@ -459,14 +483,45 @@ def getDihedrals(self):\n int(0.5+float(periodicity[iType]))))\n return self._dihedralList\n \n+ def getImpropers(self):\n+ \"\"\"Return list of atom quads, K, and phase for each improper torsion\"\"\"\n+ try:\n+ return self._improperList\n+ except AttributeError:\n+ pass\n+ self._improperList = []\n+ if 'CHARMM_IMPROPERS' in self._raw_data:\n+ forceConstant = self._raw_data[\"CHARMM_IMPROPER_FORCE_CONSTANT\"]\n+ phase = self._raw_data[\"CHARMM_IMPROPER_PHASE\"]\n+ improperPointers = self._raw_data[\"CHARMM_IMPROPERS\"]\n+ forceConstConversionFactor = (units.kilocalorie_per_mole).conversion_factor_to(units.kilojoule_per_mole)\n+ for ii in range(0,len(improperPointers),5):\n+ if int(improperPointers[ii])<0 or int(improperPointers[ii+1])<0:\n+ raise Exception(\"Found negative improper atom pointers %s\"\n+ % ((improperPointers[ii],\n+ improperPointers[ii+1],\n+ improperPointers[ii+2],\n+ improperPointers[ii+3]),))\n+ iType = int(improperPointers[ii+4])-1\n+ self._improperList.append((int(improperPointers[ii])-1,\n+ int(improperPointers[ii+1])-1,\n+ abs(int(improperPointers[ii+2]))-1,\n+ abs(int(improperPointers[ii+3]))-1,\n+ float(forceConstant[iType])*forceConstConversionFactor,\n+ float(phase[iType])))\n+ return self._improperList\n+\n def getNumMaps(self):\n \"\"\"Return number of CMAPs. Return 0 if CMAP does not exist\"\"\"\n try:\n return self._numCMAP\n except AttributeError:\n pass\n- if \"CMAP_COUNT\" in self._raw_data.keys():\n- self._numCMAP=int(self._raw_data[\"CMAP_COUNT\"][1])\n+ flag = 'CMAP_COUNT'\n+ if flag not in self._raw_data and self.chamber:\n+ flag = 'CHARMM_CMAP_COUNT'\n+ if flag in self._raw_data:\n+ self._numCMAP = int(self._raw_data[flag][1])\n return self._numCMAP\n return 0\n \n@@ -476,14 +531,19 @@ def getCMAPResolutions(self):\n return self._cmapResolution\n except AttributeError:\n pass\n- if \"CMAP_RESOLUTION\" in self._raw_data.keys():\n- self._cmapResolution=self._raw_data[\"CMAP_RESOLUTION\"]\n+ flag = 'CMAP_RESOLUTION'\n+ if flag not in self._raw_data and self.chamber:\n+ flag = 'CHARMM_CMAP_RESOLUTION'\n+ if flag in self._raw_data:\n+ self._cmapResolution=self._raw_data[flag]\n return self._cmapResolution\n return 0\n \n def getCMAPParameters(self, index):\n \"\"\"Return list of CMAP energy values\"\"\"\n- flag=\"CMAP_PARAMETER_{:02d}\".format(index)\n+ flag = \"CMAP_PARAMETER_{:02d}\".format(index)\n+ if flag not in self._raw_data and self.chamber:\n+ flag = \"CHARMM_CMAP_PARAMETER_{:02d}\".format(index)\n return [float(pointer) for pointer in self._raw_data[flag]]\n \n def getCMAPDihedrals(self):\n@@ -492,7 +552,10 @@ def getCMAPDihedrals(self):\n return self._cmapList\n except AttributeError:\n pass\n- cmapPointers = self._raw_data[\"CMAP_INDEX\"]\n+ flag = 'CMAP_INDEX'\n+ if flag not in self._raw_data and self.chamber:\n+ flag = 'CHARMM_CMAP_INDEX'\n+ cmapPointers = self._raw_data[flag]\n self._cmapList=[]\n forceConstConversionFactor = (units.kilocalorie_per_mole).conversion_factor_to(units.kilojoule_per_mole)\n for ii in range(0,len(cmapPointers),6):\n@@ -521,68 +584,45 @@ def get14Interactions(self):\n +self._raw_data[\"DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN\"]\n returnList=[]\n charges=self.getCharges()\n- try:\n- nonbondTerms = self.getNonbondTerms()\n- except NbfixPresent:\n- # We need to do the unit conversions here, since getNonbondTerms\n- # never finished and it has unit conversions in there\n- length_conv = units.angstrom.conversion_factor_to(units.nanometers)\n- ene_conv = units.kilocalories_per_mole.conversion_factor_to(\n- units.kilojoules_per_mole)\n+ length_conv = units.angstrom.conversion_factor_to(units.nanometers)\n+ ene_conv = units.kilocalories_per_mole.conversion_factor_to(\n+ units.kilojoules_per_mole)\n+ if self.chamber:\n+ parm_acoef = [float(x) for x in self._raw_data['LENNARD_JONES_14_ACOEF']]\n+ parm_bcoef = [float(x) for x in self._raw_data['LENNARD_JONES_14_BCOEF']]\n+ else:\n parm_acoef = [float(x) for x in self._raw_data['LENNARD_JONES_ACOEF']]\n parm_bcoef = [float(x) for x in self._raw_data['LENNARD_JONES_BCOEF']]\n- nbidx = [int(x) for x in self._raw_data['NONBONDED_PARM_INDEX']]\n- numTypes = self.getNumTypes()\n- atomTypeIndexes=self._getAtomTypeIndexes()\n- for ii in range(0, len(dihedralPointers), 5):\n- if int(dihedralPointers[ii+2])>0 and int(dihedralPointers[ii+3])>0:\n- iAtom = int(dihedralPointers[ii])//3\n- lAtom = int(dihedralPointers[ii+3])//3\n- iidx = int(dihedralPointers[ii+4]) - 1\n- chargeProd = charges[iAtom]*charges[lAtom]\n- typ1 = atomTypeIndexes[iAtom] - 1\n- typ2 = atomTypeIndexes[lAtom] - 1\n- idx = nbidx[numTypes*typ1+typ2] - 1\n- if idx < 0: continue\n- a = parm_acoef[idx]\n- b = parm_bcoef[idx]\n- try:\n- epsilon = b * b / (4 * a) * ene_conv\n- rMin = (2 * a / b) ** (1/6.0) * length_conv\n- except ZeroDivisionError:\n- rMin = 1\n- epsilon = 0\n- try:\n- iScee = float(self._raw_data['SCEE_SCALE_FACTOR'][iidx])\n- except KeyError:\n- iScee = 1.2\n- try:\n- iScnb = float(self._raw_data['SCNB_SCALE_FACTOR'][iidx])\n- except KeyError:\n- iScnb = 2.0\n- returnList.append((iAtom, lAtom, chargeProd, rMin, epsilon, iScee, iScnb))\n- else:\n- # This block gets hit if NbfixPresent is _not_ caught\n- for ii in range(0,len(dihedralPointers),5):\n- if int(dihedralPointers[ii+2])>0 and int(dihedralPointers[ii+3])>0:\n- iAtom = int(dihedralPointers[ii])//3\n- lAtom = int(dihedralPointers[ii+3])//3\n- iidx = int(dihedralPointers[ii+4]) - 1\n- chargeProd = charges[iAtom]*charges[lAtom]\n- (rVdwI, epsilonI) = nonbondTerms[iAtom]\n- (rVdwL, epsilonL) = nonbondTerms[lAtom]\n- rMin = (rVdwI+rVdwL)\n- epsilon = sqrt(epsilonI*epsilonL)\n- try:\n- iScee = float(self._raw_data[\"SCEE_SCALE_FACTOR\"][iidx])\n- except KeyError:\n- iScee = 1.2\n- try:\n- iScnb = float(self._raw_data[\"SCNB_SCALE_FACTOR\"][iidx])\n- except KeyError:\n- iScnb = 2.0\n-\n- returnList.append((iAtom, lAtom, chargeProd, rMin, epsilon, iScee, iScnb))\n+ nbidx = [int(x) for x in self._raw_data['NONBONDED_PARM_INDEX']]\n+ numTypes = self.getNumTypes()\n+ atomTypeIndexes=self._getAtomTypeIndexes()\n+ for ii in range(0, len(dihedralPointers), 5):\n+ if int(dihedralPointers[ii+2])>0 and int(dihedralPointers[ii+3])>0:\n+ iAtom = int(dihedralPointers[ii])//3\n+ lAtom = int(dihedralPointers[ii+3])//3\n+ iidx = int(dihedralPointers[ii+4]) - 1\n+ chargeProd = charges[iAtom]*charges[lAtom]\n+ typ1 = atomTypeIndexes[iAtom] - 1\n+ typ2 = atomTypeIndexes[lAtom] - 1\n+ idx = nbidx[numTypes*typ1+typ2] - 1\n+ if idx < 0: continue\n+ a = parm_acoef[idx]\n+ b = parm_bcoef[idx]\n+ try:\n+ epsilon = b * b / (4 * a) * ene_conv\n+ rMin = (2 * a / b) ** (1/6.0) * length_conv\n+ except ZeroDivisionError:\n+ rMin = 1\n+ epsilon = 0\n+ try:\n+ iScee = float(self._raw_data['SCEE_SCALE_FACTOR'][iidx])\n+ except KeyError:\n+ iScee = 1.0 if self.chamber else 1.2\n+ try:\n+ iScnb = float(self._raw_data['SCNB_SCALE_FACTOR'][iidx])\n+ except KeyError:\n+ iScnb = 1.0 if self.chamber else 2.0\n+ returnList.append((iAtom, lAtom, chargeProd, rMin, epsilon, iScee, iScnb))\n return returnList\n \n def getExcludedAtoms(self):\n@@ -750,6 +790,15 @@ def readAmberSystem(topology, prmtop_filename=None, prmtop_loader=None, shake=No\n for (iAtom, jAtom, k, rMin) in prmtop.getBondsNoH():\n force.addBond(iAtom, jAtom, rMin, 2*k)\n system.addForce(force)\n+ \n+ # Add Urey-Bradley terms.\n+ if len(prmtop.getUreyBradleys()) > 0:\n+ if verbose: print(\"Adding Urey-Bradley terms...\")\n+ force = mm.HarmonicBondForce()\n+ force.setName('UreyBradleyForce')\n+ for (iAtom, jAtom, k, rMin) in prmtop.getUreyBradleys():\n+ force.addBond(iAtom, jAtom, rMin, 2*k)\n+ system.addForce(force)\n \n # Add harmonic angles.\n if verbose: print(\"Adding angles...\")\n@@ -796,6 +845,17 @@ def readAmberSystem(topology, prmtop_filename=None, prmtop_loader=None, shake=No\n force.addTorsion(iAtom, jAtom, kAtom, lAtom, periodicity, phase, forceConstant)\n system.addForce(force)\n \n+ # Add impropers.\n+ if len(prmtop.getImpropers()) > 0:\n+ if verbose: print(\"Adding impropers...\")\n+ force = mm.CustomTorsionForce(f'k*min(dtheta, 2*{pi}-dtheta)^2; dtheta = abs(theta-theta0)')\n+ force.addPerTorsionParameter('k')\n+ force.addPerTorsionParameter('theta0')\n+ force.setName('ImproperTorsionForce')\n+ for (iAtom, jAtom, kAtom, lAtom, forceConstant, phase) in prmtop.getImpropers():\n+ force.addTorsion(iAtom, jAtom, kAtom, lAtom, (forceConstant, phase))\n+ system.addForce(force)\n+\n # Add CMAP info.\n ## Get mapSize and Resolutions\n numMap = prmtop.getNumMaps()\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\nindex 1461e2a272..4473a2d86b 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n@@ -367,15 +367,31 @@ def test_with_dcd_reporter(self):\n os.remove(fname)\n \n def testChamber(self):\n- \"\"\" Tests that Chamber prmtops fail with proper error message \"\"\"\n- self.assertRaises(TypeError, lambda: AmberPrmtopFile('systems/ala3_solv.parm7'))\n- try:\n- parm = AmberPrmtopFile('systems/ala3_solv.parm7')\n- # Should not make it past here\n- self.assertTrue(False)\n- except TypeError as e:\n- # Make sure it says something about chamber\n- self.assertTrue('chamber' in str(e).lower())\n+ \"\"\"Test a prmtop file created with Chamber.\"\"\"\n+ prmtop = AmberPrmtopFile('systems/ala3_solv.parm7')\n+ crd = CharmmCrdFile('systems/ala3_solv.crd')\n+ system = prmtop.createSystem()\n+ for i,f in enumerate(system.getForces()):\n+ f.setForceGroup(i)\n+ integrator = VerletIntegrator(0.001)\n+ context = Context(system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n+ context.setPositions(crd.positions)\n+ \n+ # Compare to energies computed with pytraj.energy_decomposition()\n+ \n+ energy = context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy().value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n+ self.assertAlmostEqual(energy, -7806.981602, delta=5e-4*abs(energy))\n+ components = {}\n+ for i,f in enumerate(system.getForces()):\n+ components[f.getName()] = context.getState(getEnergy=True, groups={i}).getPotentialEnergy().value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n+ self.assertAlmostEqual(components['HarmonicBondForce'], 1.13242125)\n+ self.assertAlmostEqual(components['HarmonicAngleForce'], 1.06880188)\n+ self.assertAlmostEqual(components['UreyBradleyForce'], 0.06142407)\n+ self.assertAlmostEqual(components['PeriodicTorsionForce'], 7.81143025)\n+ self.assertAlmostEqual(components['ImproperTorsionForce'], 2.66453526e-14, delta=1e-6)\n+ self.assertAlmostEqual(components['CMAPTorsionForce'], 0.12679003)\n+ self.assertAlmostEqual(components['CustomNonbondedForce'], 909.28136359)\n+ self.assertAlmostEqual(components['NonbondedForce'], -9007.16903192+277.35152722+3.35367163, delta=5e-4*abs(components['NonbondedForce']))\n \n def testGBneckRadii(self):\n \"\"\" Tests that GBneck radii limits are correctly enforced \"\"\"\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3480
|
multi_swe_bench
|
Added option for box shape when building solvent boxes (openmm/openmm#3480)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3480,
"issue_title": "Added option for box shape when building solvent boxes",
"issue_body": "Fixes #3124.",
"base_commit": "952d3402d12dda9931a0af2dce24fd9875e9b730",
"resolved_issues": [
{
"number": 3124,
"title": "Add truncated octahedral solvation option for Modeller.addSolvent()",
"body": "It turns out that it's quite difficult to automate solvation within a truncated octahedron.\r\n\r\nCould we add an option to `Modeller.addSolvent()` that would allow the user to select between standard box shapes?\r\n\r\ncc : @glass-w, who can provide more information on use cases.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3480",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\nindex 0920053d26..47ee5d9787 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n@@ -6,7 +6,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012-2021 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n Contributors:\n \n@@ -48,7 +48,7 @@\n import sys\n import xml.etree.ElementTree as etree\n from copy import deepcopy\n-from math import ceil, floor\n+from math import ceil, floor, sqrt\n from collections import defaultdict\n \n class Modeller(object):\n@@ -375,8 +375,8 @@ def _addIons(self, forcefield, numWaters, replaceableMols, ionCutoff=0.05*nanome\n self.topology = modeller.topology\n self.positions = modeller.positions\n \n- def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, padding=None, numAdded=None, positiveIon='Na+', negativeIon='Cl-', ionicStrength=0*molar, neutralize=True):\n- \"\"\"Add solvent (both water and ions) to the model to fill a rectangular box.\n+ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, padding=None, numAdded=None, boxShape='cube', positiveIon='Na+', negativeIon='Cl-', ionicStrength=0*molar, neutralize=True):\n+ \"\"\"Add solvent (both water and ions) to the model to fill a periodic box.\n \n The algorithm works as follows:\n \n@@ -390,12 +390,18 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n \n 1. You can explicitly give the vectors defining the periodic box to use.\n 2. Alternatively, for a rectangular box you can simply give the dimensions of the unit cell.\n- 3. You can give a padding distance. The largest dimension of the solute (along the x, y, or z axis) is determined, and a cubic\n- box of size (largest dimension)+2*padding is used.\n- 4. You can specify the total number of molecules (both waters and ions) to add. A cubic box is then created whose size is\n+ 3. You can give a padding distance. A bounding sphere containing the solute is determined, and the box size is\n+ set to (sphere radius)+(padding). This guarantees no atom in the solute will come closer than the padding\n+ distance to any atom of another periodic copy.\n+ 4. You can specify the total number of molecules (both waters and ions) to add. A box is then created whose size is\n just large enough hold the specified amount of solvent.\n 5. Finally, if none of the above options is specified, the existing Topology's box vectors are used.\n \n+ When specifying either a padding distance or a number of molecules, you can specify a shape for the periodic box:\n+ cubic, rhombic dodecahedron, or truncated octahedron. Using a non-rectangular box allows the same distance\n+ between periodic copies to be achieved with a smaller box. The most compact option is a rhombic dodecahedron,\n+ for which the box volume is 70.7% the volume of a cubic box with the same amount of padding.\n+\n Parameters\n ----------\n forcefield : ForceField\n@@ -410,6 +416,9 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n the padding distance to use\n numAdded : int=None\n the total number of molecules (waters and ions) to add\n+ boxShape: str='cube'\n+ the box shape to use. Allowed values are 'cube', 'dodecahedron', and 'octahedron'. If padding and numAdded\n+ are both None, this is ignored.\n positiveIon : string='Na+'\n the type of positive ion to add. Allowed values are 'Cs+', 'K+', 'Li+', 'Na+', and 'Rb+'\n negativeIon : string='Cl-'\n@@ -449,7 +458,7 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n if numAdded is not None:\n # Select a padding distance which is guaranteed to give more than the specified number of molecules.\n \n- padding = 1.1*(numAdded/((len(pdbResidues)/pdbBoxSize[0]**3)*8))**(1.0/3.0)\n+ padding = 2.2*(numAdded/((len(pdbResidues)/pdbBoxSize[0]**3)*8))**(1.0/3.0)\n if padding < 0.5:\n padding = 0.5 # Ensure we have enough when adding very small numbers of molecules\n if boxVectors is not None:\n@@ -466,12 +475,23 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n if is_quantity(padding):\n padding = padding.value_in_unit(nanometer)\n if len(self.positions) == 0:\n- maxSize = 0\n+ radius = 0\n+ else:\n+ positions = self.positions.value_in_unit(nanometer)\n+ minRange = Vec3(*(min((pos[i] for pos in positions)) for i in range(3)))\n+ maxRange = Vec3(*(max((pos[i] for pos in positions)) for i in range(3)))\n+ center = 0.5*(minRange+maxRange)\n+ radius = max(unit.norm(center-pos) for pos in positions)\n+ width = 2*radius+padding\n+ box = width*Vec3(1, 1, 1)\n+ if boxShape == 'cube':\n+ vectors = (Vec3(width, 0, 0), Vec3(0, width, 0), Vec3(0, 0, width))\n+ elif boxShape == 'dodecahedron':\n+ vectors = (Vec3(width, 0, 0), Vec3(0, width, 0), Vec3(0.5, 0.5, 0.5*sqrt(2))*width)\n+ elif boxShape == 'octahedron':\n+ vectors = (Vec3(width, 0, 0), Vec3(1/3, 2*sqrt(2)/3, 0)*width, Vec3(-1/3, sqrt(2)/3, sqrt(6)/3)*width)\n else:\n- maxSize = max(max((pos[i] for pos in self.positions))-min((pos[i] for pos in self.positions)) for i in range(3))\n- maxSize = maxSize.value_in_unit(nanometer)\n- box = (maxSize+2*padding)*Vec3(1, 1, 1)\n- vectors = (Vec3(maxSize+2*padding, 0, 0), Vec3(0, maxSize+2*padding, 0), Vec3(0, 0, maxSize+2*padding))\n+ raise ValueError(f'Illegal box shape: {boxShape}')\n else:\n box = self.topology.getUnitCellDimensions().value_in_unit(nanometer)\n vectors = self.topology.getPeriodicBoxVectors().value_in_unit(nanometer)\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestModeller.py b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\nindex ec65574f11..467ee8083a 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n@@ -1,7 +1,5 @@\n from collections import defaultdict\n import unittest\n-import math\n-import sys\n \n from validateModeller import *\n from openmm.app import *\n@@ -333,7 +331,6 @@ def test_addSolventPeriodicBox(self):\n self.assertVecAlmostEqual(dim3[2]/nanometers, Vec3(0, 0, 5.5))\n \n # Second way of passing in the periodic box vectors: with the boxSize parameter to addSolvent()\n- topology_start = self.pdb.topology\n modeller = Modeller(topology_start, self.positions)\n modeller.deleteWater()\n modeller.addSolvent(self.forcefield, boxSize = Vec3(3.6, 4.6, 5.6)*nanometers)\n@@ -345,7 +342,6 @@ def test_addSolventPeriodicBox(self):\n self.assertVecAlmostEqual(dim3[2]/nanometers, Vec3(0, 0, 5.6))\n \n # Third way of passing in the periodic box vectors: with the boxVectors parameter to addSolvent()\n- topology_start = self.pdb.topology\n modeller = Modeller(topology_start, self.positions)\n modeller.deleteWater()\n modeller.addSolvent(self.forcefield, boxVectors = (Vec3(3.4, 0, 0), Vec3(0.5, 4.4, 0), Vec3(-1.0, -1.5, 5.4))*nanometers)\n@@ -357,25 +353,43 @@ def test_addSolventPeriodicBox(self):\n self.assertVecAlmostEqual(dim3[2]/nanometers, Vec3(-1.0, -1.5, 5.4))\n \n # Fourth way of passing in the periodic box vectors: pass a 'padding' value to addSolvent()\n- topology_start = self.pdb.topology\n modeller = Modeller(topology_start, self.positions)\n modeller.deleteWater()\n modeller.addSolvent(self.forcefield, padding = 1.0*nanometers)\n topology_after = modeller.getTopology()\n dim3 = topology_after.getPeriodicBoxVectors()\n \n- self.assertVecAlmostEqual(dim3[0]/nanometers, Vec3(2.8802, 0, 0))\n- self.assertVecAlmostEqual(dim3[1]/nanometers, Vec3(0, 2.8802, 0))\n- self.assertVecAlmostEqual(dim3[2]/nanometers, Vec3(0, 0, 2.8802))\n+ self.assertVecAlmostEqual(dim3[0]/nanometers, Vec3(1.924363, 0, 0))\n+ self.assertVecAlmostEqual(dim3[1]/nanometers, Vec3(0, 1.924363, 0))\n+ self.assertVecAlmostEqual(dim3[2]/nanometers, Vec3(0, 0, 1.924363))\n \n # Fifth way: specify a number of molecules to add instead of a box size\n- topology_start = self.pdb.topology\n modeller = Modeller(topology_start, self.positions)\n modeller.deleteWater()\n numInitial = len(list(modeller.topology.residues()))\n modeller.addSolvent(self.forcefield, numAdded=1000)\n self.assertEqual(numInitial+1000, len(list(modeller.topology.residues())))\n \n+ def test_addSolventBoxShape(self):\n+ \"\"\"Test the addSolvent() method; test the different box shapes.\"\"\"\n+ modeller = Modeller(self.pdb.topology, self.positions)\n+ modeller.deleteWater()\n+ modeller.addSolvent(self.forcefield, padding=1.0*nanometers, boxShape='cube')\n+ cubeVectors = modeller.getTopology().getPeriodicBoxVectors()\n+ modeller = Modeller(self.pdb.topology, self.positions)\n+ modeller.deleteWater()\n+ modeller.addSolvent(self.forcefield, padding=1.0*nanometers, boxShape='dodecahedron')\n+ dodecVectors = modeller.getTopology().getPeriodicBoxVectors()\n+ modeller = Modeller(self.pdb.topology, self.positions)\n+ modeller.deleteWater()\n+ modeller.addSolvent(self.forcefield, padding=1.0*nanometers, boxShape='octahedron')\n+ octVectors = modeller.getTopology().getPeriodicBoxVectors()\n+ cubeVolume = cubeVectors[0][0]*cubeVectors[1][1]*cubeVectors[2][2]/(nanometers**3)\n+ dodecVolume = dodecVectors[0][0]*dodecVectors[1][1]*dodecVectors[2][2]/(nanometers**3)\n+ octVolume = octVectors[0][0]*octVectors[1][1]*octVectors[2][2]/(nanometers**3)\n+ self.assertAlmostEqual(0.707, dodecVolume/cubeVolume, places=3)\n+ self.assertAlmostEqual(0.770, octVolume/cubeVolume, places=3)\n+\n def test_addSolventNeutralSolvent(self):\n \"\"\" Test the addSolvent() method; test adding ions to neutral solvent. \"\"\"\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3493
|
multi_swe_bench
|
Ensure bond lengths are set before creating forces that depend on them (openmm/openmm#3493)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3493,
"issue_title": "Ensure bond lengths are set before creating forces that depend on them",
"issue_body": "Fixes #3487.",
"base_commit": "a7e6f0a906c5c4dd544f134eceb177cfea7b637b",
"resolved_issues": [
{
"number": 3487,
"title": "Switching the order of forcefield.xml files causes simulation to crash",
"body": "Hi @peastman,\r\n\r\nI have a rather strange bug happening for me. I have (finally) tracked it down to a switching of the strings when defining the forcefield. For example, if I specify:\r\n`forcefield = ForceField(\"amoeba2018.xml\", \"formamide.xml\")`\r\nthe simulation will run for a bit, then crash. However, If I switch the order of those and instead use:\r\n`forcefield = ForceField(\"formamide.xml\", \"amoeba2018.xml\")`\r\nthe simulation works as expected.\r\n\r\n\r\nI am using OpenMM built from source at the current point on master.\r\n\r\nHere are some test files (reference platform) that reproduce the error:\r\n\r\n[fails_nve.py.txt](https://github.com/openmm/openmm/files/8150049/fails_nve.py.txt)\r\n[formamide.xml.txt](https://github.com/openmm/openmm/files/8150050/formamide.xml.txt)\r\n[system.pdb.txt](https://github.com/openmm/openmm/files/8150051/system.pdb.txt)\r\n[works_nve.py.txt](https://github.com/openmm/openmm/files/8150052/works_nve.py.txt)\r\n\r\nBelow are the output from the various platforms. Usually it seems like the energy terms spike massively just before it crashes, but I don't understand why the order of the .xml files would do this.\r\n\r\nThanks,\r\n\r\nGareth\r\n\r\n\r\n### Reference:\r\n`#\"Step\",\"Potential Energy (kJ/mole)\",\"Kinetic Energy (kJ/mole)\",\"Total Energy (kJ/mole)\",\"Temperature (K)\",\"Box Volume (nm^3)\",\"Density (g/mL)\"`\r\n...\r\n`100,-53.494514506154964,27.039465172753232,-26.455049333401732,433.6133540563737,1.030301,0.07259270846536811\r\n110,-27.236485666785786,3.3086763563983093,-23.927809310387477,53.05897299442808,1.030301,0.07259270846536811\r\nSegmentation fault (core dumped)`\r\n### OpenCL:\r\n`100,-53.23412222478068,26.82700063288212,-26.40712159189856,430.2062059799246,1.030301,0.07259270846536811\r\n110,-32.92316336247599,6.56602069735527,-26.35714266512072,105.29476967069344,1.030301,0.07259270846536811\r\n120,1.4365499225153265e+23,31547775385600.0,1.4365499228308042e+23,505910032264674.25,1.030301,0.07259270846536811\r\n130,9.812762097322067e+28,904854700294144.0,9.812762097322157e+28,1.4510534103447568e+16,1.030301,0.07259270846536811\r\n140,1.4205908385270204e+31,3358057606152192.0,1.4205908385270207e+31,5.385086622147509e+16,1.030301,0.07259270846536811\r\n150,2.933014196877673e+32,6956549875433472.0,2.933014196877673e+32,1.1155741819874218e+17,1.030301,0.07259270846536811`\r\n\r\n`Traceback (most recent call last):\r\n File \"/lustre/rcghead1/users/c3162723/testing/ommTesting/newParamTests/formamide_version_testing/single_molecule/nve/opencl/./fails_nve.py\", line 32, in <module>\r\n simulation.step(600000)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/simulation.py\", line 141, in step\r\n self._simulate(endStep=self.currentStep+steps)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/simulation.py\", line 210, in _simulate\r\n self.integrator.step(stepsToGo)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/openmm.py\", line 11636, in step\r\n return _openmm.VerletIntegrator_step(self, steps)\r\nopenmm.OpenMMException: clWaitForEvents`\r\n\r\n### CUDA:\r\n`90,-40.2270726642338,13.860071877017617,-26.367000787216185,222.26446476138204,1.030301,0.07259270846536811\r\n100,-53.23090262028849,26.823644541203976,-26.407258079084514,430.15238663994205,1.030301,0.07259270846536811\r\n110,-32.94177145573771,6.584286147728562,-26.357485308009146,105.58768016833501,1.030301,0.07259270846536811\r\n120,6.239121191292798e+23,33425676472320.0,6.239121191627055e+23,536024643762955.44,1.030301,0.07259270846536811\r\n130,4.826764310943093e+28,645174452781056.0,4.826764310943157e+28,1.0346220113250622e+16,1.030301,0.07259270846536811\r\n140,7.7064977143566e+30,2938203698364416.0,7.706497714356603e+30,4.711795711967144e+16,1.030301,0.07259270846536811`\r\n\r\n\r\n`Traceback (most recent call last):\r\n File \"/lustre/rcghead1/users/c3162723/testing/ommTesting/newParamTests/formamide_version_testing/single_molecule/nve/cuda/./fails_nve.py\", line 32, in <module>\r\n simulation.step(600000)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/simulation.py\", line 141, in step\r\n self._simulate(endStep=self.currentStep+steps)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/simulation.py\", line 243, in _simulate\r\n self._generate_reports(unwrapped, False)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/simulation.py\", line 263, in _generate_reports\r\n reporter.report(self, state)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/statedatareporter.py\", line 206, in report\r\n self._checkForErrors(simulation, state)\r\n File \"/home/c3162723/software/src/my_openmm_fork/install/gnu8dev/28Feb22/pythonInstall/lib/python3.9/site-packages/openmm/app/statedatareporter.py\", line 361, in _checkForErrors\r\n raise ValueError('Energy is NaN')\r\nValueError: Energy is NaN`\r\n\r\n### CPU:\r\n`80,-32.70232472144512,6.305932946930092,-26.39639177451503,101.12392083583997,1.030301,0.07259270846536811\r\n90,-43.12688017527704,16.725968222782672,-26.400911952494365,268.2228784698495,1.030301,0.07259270846536811\r\n100,-53.494514506154964,27.039465172753232,-26.455049333401732,433.6133540563737,1.030301,0.07259270846536811\r\n110,-27.236485666785786,3.3086763563983093,-23.927809310387477,53.05897299442808,1.030301,0.07259270846536811\r\nSegmentation fault (core dumped)`\r\n\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3493",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\nindex 19c69a6735..897678a878 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n@@ -2057,6 +2057,11 @@ def parseElement(element, ff):\n generator.registerAngle(angle.attrib)\n \n def createForce(self, sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, args):\n+ pass\n+\n+ def postprocessSystem(self, sys, data, args):\n+ # We need to wait until after all bonds have been added so their lengths will be set correctly.\n+\n existing = [f for f in sys.getForces() if type(f) == mm.HarmonicAngleForce]\n if len(existing) == 0:\n force = mm.HarmonicAngleForce()\n@@ -3733,8 +3738,11 @@ def parseElement(element, forceField):\n #=============================================================================================\n \n def createForce(self, sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, args):\n+ self._nonbondedMethod = nonbondedMethod\n+ self._nonbondedCutoff = nonbondedCutoff\n \n- # get force\n+ def postprocessSystem(self, sys, data, args):\n+ # We need to wait until after all bonds have been added so their lengths will be set correctly.\n \n energy = \"\"\"k*(theta^2 + %s*theta^3 + %s*theta^4 + %s*theta^5 + %s*theta^6);\n theta = %.15g*pointangle(x2, y2, z2, x4, y4, z4, projx, projy, projz);\n@@ -3857,12 +3865,12 @@ def addBond(particles):\n \n for force in self.forceField._forces:\n if (force.__class__.__name__ == 'AmoebaAngleGenerator'):\n- force.createForcePostOpBendAngle(sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, angles, args)\n- force.createForcePostOpBendInPlaneAngle(sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, angles, args)\n+ force.createForcePostOpBendAngle(sys, data, self._nonbondedMethod, self._nonbondedCutoff, angles, args)\n+ force.createForcePostOpBendInPlaneAngle(sys, data, self._nonbondedMethod, self._nonbondedCutoff, angles, args)\n \n for force in self.forceField._forces:\n if (force.__class__.__name__ == 'AmoebaStretchBendGenerator'):\n- force.createForcePostAmoebaBondForce(sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, angles, args)\n+ force.createForcePostAmoebaBondForce(sys, data, self._nonbondedMethod, self._nonbondedCutoff, angles, args)\n \n parsers[\"AmoebaOutOfPlaneBendForce\"] = AmoebaOutOfPlaneBendGenerator.parseElement\n \n@@ -4672,7 +4680,6 @@ def createForcePostAmoebaBondForce(self, sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCu\n k1, k2 = self.k1[i], self.k2[i]\n else:\n k1, k2 = self.k2[i], self.k1[i]\n- \n force.addBond((angle[0], angle[1], angle[2]), (bondAB, bondCB, angleDict['idealAngle']/radian, k1, k2))\n \n break\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex f78445af2f..a0f83b909b 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -1020,7 +1020,7 @@ def test_ImpropersOrdering(self):\n system1 = ff1.createSystem(pdb.topology)\n system2 = ff2.createSystem(pdb.topology)\n \n- imp1 = system1.getForce(2).getTorsionParameters(158)\n+ imp1 = system1.getForce(1).getTorsionParameters(158)\n imp2 = system2.getForce(0).getTorsionParameters(158)\n \n system1_indexes = [imp1[0], imp1[1], imp1[2], imp1[3]]\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3506
|
multi_swe_bench
|
Do not add constraints involving extra particles (openmm/openmm#3506)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3506,
"issue_title": "Do not add constraints involving extra particles",
"issue_body": "Fixes #3499.",
"base_commit": "434d7afb1266da6d0b5fcd190593c470a0954c51",
"resolved_issues": [
{
"number": 3499,
"title": "TIP4P waters not compatible with AllBonds?",
"body": "Hi All,\r\n\r\nI'm attempting to run a system with TIP4Pew waters using the \"AllBond\" constraint option, but I get the following error:\r\n```\r\nopenmm.OpenMMException: A constraint cannot involve a massless particle\r\n```\r\nI'm assuming this is because of the virtual site on the water molecules.\r\n\r\nHere is the script I'm using:\r\n```\r\nimport simtk.openmm.app as app\r\nimport simtk.openmm as mm\r\nimport simtk.unit as unit\r\nfrom sys import stdout\r\n\r\nimport numpy as np\r\n\r\nprmtop = app.AmberPrmtopFile('tryp_ben.prmtop')\r\ninpcrd = app.AmberInpcrdFile('tryp_ben.inpcrd')\r\nsystem = prmtop.createSystem(nonbondedMethod=app.PME, nonbondedCutoff=1*unit.nanometer,\r\n constraints=app.AllBonds)\r\n\r\nnum_steps = 10000\r\ntime_step = 0.002\r\n\r\ninput_file = \"tryp_ben_new.pdb\"\r\n\r\nmypdb = app.PDBFile(input_file)\r\n\r\nintegrator = mm.LangevinIntegrator(298.15*unit.kelvin, 1/unit.picosecond, time_step*unit.picoseconds)\r\nplatform = mm.Platform.getPlatformByName('CUDA')\r\nproperties = {'CudaDeviceIndex': '0', 'CudaPrecision': 'mixed'}\r\nsimulation = app.Simulation(prmtop.topology, system, integrator, platform, properties)\r\nsimulation.context.setPositions(mypdb.positions)\r\nsimulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\r\nsimulation.minimizeEnergy()\r\nsimulation.context.setVelocitiesToTemperature(298.15 * unit.kelvin)\r\n```\r\n\r\nI've attached the files one can use to recreate this error.\r\n[tryp_ben.prmtop.zip](https://github.com/openmm/openmm/files/8181237/tryp_ben.prmtop.zip)\r\n[tryp_ben.inpcrd.zip](https://github.com/openmm/openmm/files/8181238/tryp_ben.inpcrd.zip)\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3506",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\nindex 26832fe589..e36152a962 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n@@ -768,15 +768,18 @@ def readAmberSystem(topology, prmtop_filename=None, prmtop_loader=None, shake=No\n \n # Add constraints.\n isWater = [prmtop.getResidueLabel(i) in ('WAT', 'HOH', 'TP4', 'TP5', 'T4E') for i in range(prmtop.getNumAtoms())]\n+ isEP = [a.element is None for a in topology.atoms()]\n if shake in ('h-bonds', 'all-bonds', 'h-angles'):\n for (iAtom, jAtom, k, rMin) in prmtop.getBondsWithH():\n- system.addConstraint(iAtom, jAtom, rMin)\n+ if not (isEP[iAtom] or isEP[jAtom]):\n+ system.addConstraint(iAtom, jAtom, rMin)\n if shake in ('all-bonds', 'h-angles'):\n for (iAtom, jAtom, k, rMin) in prmtop.getBondsNoH():\n- system.addConstraint(iAtom, jAtom, rMin)\n+ if not (isEP[iAtom] or isEP[jAtom]):\n+ system.addConstraint(iAtom, jAtom, rMin)\n if rigidWater and shake is None:\n for (iAtom, jAtom, k, rMin) in prmtop.getBondsWithH():\n- if isWater[iAtom] and isWater[jAtom]:\n+ if isWater[iAtom] and isWater[jAtom] and not (isEP[iAtom] or isEP[jAtom]):\n system.addConstraint(iAtom, jAtom, rMin)\n \n # Add harmonic bonds.\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\nindex 4473a2d86b..b107e9dede 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n@@ -448,5 +448,14 @@ def testAmberCMAP(self):\n OpenMM_CMAP_E = simulation.context.getState(getEnergy=True, groups=1<<i).getPotentialEnergy().value_in_unit(kilojoules_per_mole)/conversion\n self.assertAlmostEqual(OpenMM_CMAP_E, sander_CMAP_E, places=4)\n \n+ def testEPConstraints(self):\n+ \"\"\"Test different types of constraints when using extra particles\"\"\"\n+ prmtop = AmberPrmtopFile('systems/peptide_with_tip4p.prmtop')\n+ for constraints in (HBonds, AllBonds):\n+ system = prmtop.createSystem(constraints=constraints)\n+ integrator = VerletIntegrator(0.001*picoseconds)\n+ # If a constraint was added to a massless particle, this will throw an exception.\n+ context = Context(system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n+\n if __name__ == '__main__':\n unittest.main()\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.inpcrd b/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.inpcrd\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..99127dab38\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.inpcrd\n@@ -0,0 +1,46 @@\n+default_name\n+ 85\n+ 6.1027258 9.4114116 5.1039335 6.5815895 10.1277022 5.6290157\n+ 6.6678073 9.1230379 4.3177487 5.2086444 9.7657205 4.7621357\n+ 5.8010133 8.2419298 5.9556322 5.2338195 8.5904194 6.8193516\n+ 4.9060379 7.2614871 5.1978254 5.2290030 7.1815685 4.1573041\n+ 4.9489259 6.2745706 5.6619402 3.4965842 7.8237994 5.2678187\n+ 3.3776621 8.9780360 4.7980651 2.6472232 7.1669020 5.8997283\n+ 7.0376422 7.5370608 6.4781338 7.9157036 7.1622066 5.7047041\n+ 7.0652775 7.3158858 7.7952036 6.3169315 7.6633401 8.3789911\n+ 8.0764491 6.4982978 8.4537730 9.0634999 6.8670277 8.1688606\n+ 7.9197212 6.6666247 9.9695324 8.6690479 6.0648171 10.4845540\n+ 8.0657682 7.7128438 10.2415669 6.9244697 6.3515483 10.2875817\n+ 7.9931502 5.0209894 8.0274701 9.0297108 4.4106384 7.7836349\n+ 6.9039267 4.4598555 7.9317597 4.8638450 11.1831355 9.8736302\n+ 4.1346516 10.5621898 9.8644378 4.8794334 11.5468847 8.9890396\n+ 4.7726236 11.1496591 9.7590789 2.6329636 2.9920417 7.3605727\n+ 2.8338815 2.3735456 6.6584157 3.4695441 3.4182530 7.5500773\n+ 2.7657541 2.9679551 7.2948118 11.6032547 4.2363825 3.6652327\n+ 11.0489985 4.5413440 2.9475194 11.9080957 3.3741621 3.3823900\n+ 11.5709231 4.1649390 3.5372464 2.6699140 9.6787405 9.4896712\n+ 2.7570939 9.4003152 8.5789176 2.7420827 8.8695924 9.9959596\n+ 2.6901212 9.5395278 9.4380524 4.2027790 3.2218855 3.8639297\n+ 3.7166501 3.1773864 3.0401503 5.0820834 2.9173323 3.6390697\n+ 4.2524311 3.1769782 3.7295794 0.5083146 4.1661638 6.2786993\n+ 1.2617567 3.6970865 6.6372025 0.8431777 4.5870678 5.4874468\n+ 0.6474560 4.1596318 6.2235450 5.4377311 1.1104254 9.6028083\n+ 5.7316024 1.7256555 8.9303498 4.4874126 1.2190194 9.6268500\n+ 5.3534380 1.2030977 9.5200769 12.5431809 8.9055182 5.2286458\n+ 11.6760008 9.0337082 4.8468081 12.3913378 8.3331541 5.9810074\n+ 12.4132771 8.8479552 5.2760220 10.2580286 10.2519211 7.1265204\n+ 10.2459042 10.2237519 6.1698049 10.7147126 11.0667847 7.3358240\n+ 10.3146089 10.3527584 7.0310610 3.0018903 7.5970825 11.3670397\n+ 2.8021272 6.7560910 10.9540893 2.7438148 7.4819565 12.2820359\n+ 2.9430006 7.4746080 11.4306793 6.9630906 12.5058599 7.3124894\n+ 6.0324019 12.6912046 7.4397686 7.3972580 13.3452184 7.4595676\n+ 6.8995820 12.6364993 7.3478448 2.2680782 5.1300381 10.2420328\n+ 1.8500766 5.0630853 11.1004605 1.5463903 5.2949704 9.6353352\n+ 2.1225859 5.1422855 10.2745597 11.0871036 7.0226771 2.3181943\n+ 10.9127438 7.6505629 1.6181586 10.4907008 7.2778323 3.0231798\n+ 10.9883767 7.1353536 2.3196085 8.9439794 4.4033560 2.5175984\n+ 8.7517218 4.6458555 1.6110875 8.3729800 3.6546287 2.6915467\n+ 8.8458299 4.3392611 2.4235532 11.9946982 8.0588113 7.7954434\n+ 12.4305976 8.4597111 8.5478050 11.2851347 8.6646517 7.5790687\n+ 11.9594798 8.1878177 7.8647399\n+ 13.0633205 13.0633205 13.0633205 109.4712190 109.4712190 109.4712190\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.prmtop b/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.prmtop\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..8d01f9df13\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/peptide_with_tip4p.prmtop\n@@ -0,0 +1,431 @@\n+%VERSION VERSION_STAMP = V0001.000 DATE = 03/14/22 14:16:58 \n+%FLAG TITLE \n+%FORMAT(20a4) \n+default_name \n+%FLAG POINTERS \n+%FORMAT(10I8) \n+ 85 11 56 28 25 17 41 40 0 0\n+ 228 17 28 17 40 19 30 25 16 1\n+ 0 0 0 0 0 0 0 2 14 0\n+ 15\n+%FLAG ATOM_NAME \n+%FORMAT(20a4) \n+N H1 H2 H3 CA HA CB HB2 HB3 CG OD1 OD2 C O N H CA HA CB HB1 \n+HB2 HB3 C O OXT O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 \n+EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 \n+EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 EPW O H1 H2 \n+EPW O H1 H2 EPW \n+%FLAG CHARGE \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.42498386E+00 4.00890600E+00 4.00890600E+00 4.00890600E+00 5.32091160E-01\n+ 2.07916443E+00 -4.28224050E-01 -3.07956870E-01 -3.07956870E-01 1.49313526E+01\n+ -1.47309073E+01 -1.47309073E+01 1.02427548E+01 -1.07311125E+01 -6.96274083E+00\n+ 4.88539863E+00 -3.18343581E+00 1.94431941E+00 -3.81392739E+00 1.39218372E+00\n+ 1.39218372E+00 1.39218372E+00 1.40876601E+01 -1.46780627E+01 -1.46780627E+01\n+ 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00\n+ 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00\n+ 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00\n+ -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01\n+ 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00\n+ 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00\n+ 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00\n+ -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01\n+ 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00\n+ 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00\n+ 9.55249411E+00 -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00\n+ -1.91049882E+01 0.00000000E+00 9.55249411E+00 9.55249411E+00 -1.91049882E+01\n+%FLAG ATOMIC_NUMBER \n+%FORMAT(10I8) \n+ 7 1 1 1 6 1 6 1 1 6\n+ 8 8 6 8 7 1 6 1 6 1\n+ 1 1 6 8 8 8 1 1 0 8\n+ 1 1 0 8 1 1 0 8 1 1\n+ 0 8 1 1 0 8 1 1 0 8\n+ 1 1 0 8 1 1 0 8 1 1\n+ 0 8 1 1 0 8 1 1 0 8\n+ 1 1 0 8 1 1 0 8 1 1\n+ 0 8 1 1 0\n+%FLAG MASS \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.40100000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 1.00800000E+00 1.20100000E+01\n+ 1.00800000E+00 1.20100000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 1.20100000E+01\n+ 1.60000000E+01 1.60000000E+01 1.20100000E+01 1.60000000E+01 1.40100000E+01\n+ 1.00800000E+00 1.20100000E+01 1.00800000E+00 1.20100000E+01 1.00800000E+00\n+ 1.00800000E+00 1.00800000E+00 1.20100000E+01 1.60000000E+01 1.60000000E+01\n+ 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01\n+ 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00\n+ 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00\n+ 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00\n+ 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01\n+ 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00\n+ 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00\n+ 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00\n+ 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01\n+ 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00\n+ 1.00800000E+00 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00\n+ 0.00000000E+00 1.60000000E+01 1.00800000E+00 1.00800000E+00 0.00000000E+00\n+%FLAG ATOM_TYPE_INDEX \n+%FORMAT(10I8) \n+ 1 2 2 2 3 4 3 5 5 6\n+ 7 7 6 7 1 2 3 8 3 5\n+ 5 5 6 7 7 9 10 10 11 9\n+ 10 10 11 9 10 10 11 9 10 10\n+ 11 9 10 10 11 9 10 10 11 9\n+ 10 10 11 9 10 10 11 9 10 10\n+ 11 9 10 10 11 9 10 10 11 9\n+ 10 10 11 9 10 10 11 9 10 10\n+ 11 9 10 10 11\n+%FLAG NUMBER_EXCLUDED_ATOMS \n+%FORMAT(10I8) \n+ 12 6 5 4 12 7 8 5 4 3\n+ 1 1 7 3 10 4 8 7 6 3\n+ 2 1 2 1 1 3 2 1 1 3\n+ 2 1 1 3 2 1 1 3 2 1\n+ 1 3 2 1 1 3 2 1 1 3\n+ 2 1 1 3 2 1 1 3 2 1\n+ 1 3 2 1 1 3 2 1 1 3\n+ 2 1 1 3 2 1 1 3 2 1\n+ 1 3 2 1 1\n+%FLAG NONBONDED_PARM_INDEX \n+%FORMAT(10I8) \n+ 1 2 4 7 11 16 22 29 37 46\n+ 56 2 3 5 8 12 17 23 30 38\n+ 47 57 4 5 6 9 13 18 24 31\n+ 39 48 58 7 8 9 10 14 19 25\n+ 32 40 49 59 11 12 13 14 15 20\n+ 26 33 41 50 60 16 17 18 19 20\n+ 21 27 34 42 51 61 22 23 24 25\n+ 26 27 28 35 43 52 62 29 30 31\n+ 32 33 34 35 36 44 53 63 37 38\n+ 39 40 41 42 43 44 45 -1 64 46\n+ 47 48 49 50 51 52 53 -1 55 65\n+ 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65\n+ 66\n+%FLAG RESIDUE_LABEL \n+%FORMAT(20a4) \n+ASP ALA WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT WAT \n+%FLAG RESIDUE_POINTER \n+%FORMAT(10I8) \n+ 1 15 26 30 34 38 42 46 50 54\n+ 58 62 66 70 74 78 82\n+%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 5.70000000E+02 4.90000000E+02 6.56000000E+02 3.40000000E+02 3.17000000E+02\n+ 3.40000000E+02 3.10000000E+02 3.17000000E+02 4.34000000E+02 3.67000000E+02\n+ 6.56000000E+02 3.40000000E+02 3.40000000E+02 3.10000000E+02 4.34000000E+02\n+ 3.37000000E+02 5.53000000E+02 5.53000000E+02 5.53000000E+02\n+%FLAG BOND_EQUIL_VALUE \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.22900000E+00 1.33500000E+00 1.25000000E+00 1.09000000E+00 1.52200000E+00\n+ 1.09000000E+00 1.52600000E+00 1.52200000E+00 1.01000000E+00 1.47100000E+00\n+ 1.25000000E+00 1.09000000E+00 1.09000000E+00 1.52600000E+00 1.01000000E+00\n+ 1.44900000E+00 9.57200000E-01 1.51360000E+00 1.25000000E-01\n+%FLAG ANGLE_FORCE_CONSTANT \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 8.00000000E+01 5.00000000E+01 5.00000000E+01 8.00000000E+01 5.00000000E+01\n+ 3.50000000E+01 6.30000000E+01 7.00000000E+01 5.00000000E+01 5.00000000E+01\n+ 5.00000000E+01 6.30000000E+01 8.00000000E+01 7.00000000E+01 5.00000000E+01\n+ 3.50000000E+01 5.00000000E+01 8.00000000E+01 8.00000000E+01 8.00000000E+01\n+ 3.50000000E+01 6.30000000E+01 5.00000000E+01 5.00000000E+01 5.00000000E+01\n+ 7.00000000E+01 5.00000000E+01 5.00000000E+01 8.00000000E+01 6.30000000E+01\n+%FLAG ANGLE_EQUIL_VALUE \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 2.14501057E+00 2.09439600E+00 2.12755727E+00 2.19911580E+00 1.91113635E+00\n+ 1.91113635E+00 1.93906163E+00 2.04203610E+00 1.91113635E+00 1.91113635E+00\n+ 1.91113635E+00 1.93906163E+00 2.10137732E+00 2.03505478E+00 1.91113635E+00\n+ 1.91113635E+00 1.91113635E+00 1.94080696E+00 1.94080696E+00 2.19911580E+00\n+ 1.91113635E+00 1.93906163E+00 1.91113635E+00 1.91113635E+00 1.91113635E+00\n+ 2.04203610E+00 2.06018753E+00 1.91113635E+00 1.91462701E+00 1.92160833E+00\n+%FLAG DIHEDRAL_FORCE_CONSTANT \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 2.00000000E+00 2.50000000E+00 0.00000000E+00 1.80000000E+00 8.00000000E-01\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 2.70000000E-01 4.20000000E-01 4.24000000E-01\n+ 4.59000000E-01 5.80000000E-02 1.54000000E-01 1.55555556E-01 2.00000000E-01\n+ 2.00000000E-01 4.00000000E-01 7.69000000E-01 0.00000000E+00 3.10000000E-02\n+ 2.15400000E+00 6.47000000E-01 8.90000000E-02 1.05000000E+01 1.10000000E+00\n+%FLAG DIHEDRAL_PERIODICITY \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 3.00000000E+00\n+ 4.00000000E+00 1.00000000E+00 2.00000000E+00 3.00000000E+00 1.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 3.00000000E+00 4.00000000E+00 3.00000000E+00 1.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 3.00000000E+00 2.00000000E+00 3.00000000E+00 4.00000000E+00\n+ 1.00000000E+00 2.00000000E+00 4.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00\n+%FLAG DIHEDRAL_PHASE \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 0.00000000E+00 3.14159400E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 3.14159400E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 3.14159400E+00 0.00000000E+00 3.14159400E+00\n+ 3.14159400E+00 3.14159400E+00 0.00000000E+00 3.14159400E+00 3.14159400E+00\n+%FLAG SCEE_SCALE_FACTOR \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+%FLAG SCNB_SCALE_FACTOR \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00\n+ 2.00000000E+00 2.00000000E+00 2.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+%FLAG SOLTY \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG LENNARD_JONES_ACOEF \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 9.44293233E+05 2.12601181E+03 1.39982777E-01 9.95480466E+05 2.56678134E+03\n+ 1.04308023E+06 2.01791425E+04 9.14716912E+00 2.27401052E+04 2.01823541E+02\n+ 8.96776989E+04 1.07193646E+02 9.71708117E+04 1.41077189E+03 7.51607703E+03\n+ 8.82619071E+05 2.27577561E+03 9.24822270E+05 2.01619733E+04 8.61541883E+04\n+ 8.19971662E+05 6.06829342E+05 1.02595236E+03 6.47841731E+05 1.12780457E+04\n+ 5.44261042E+04 5.74393458E+05 3.79876399E+05 6.20665997E+04 5.94667300E+01\n+ 6.78771368E+04 8.79040886E+02 4.98586848E+03 6.01816484E+04 3.69471530E+04\n+ 3.25969625E+03 7.87979792E+05 1.63574730E+03 8.33694635E+05 1.61827331E+04\n+ 7.36215582E+04 7.39175513E+05 5.02600786E+05 5.06742043E+04 6.56136207E+05\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG LENNARD_JONES_BCOEF \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 8.01323529E+02 2.09604198E+01 9.37598976E-02 7.36907417E+02 2.06278363E+01\n+ 6.75612247E+02 6.45756063E+01 7.57919667E-01 6.13981767E+01 3.56012899E+00\n+ 1.36131731E+02 2.59456373E+00 1.26919150E+02 9.41257003E+00 2.17257828E+01\n+ 6.53361429E+02 1.82891803E+01 5.99015525E+02 5.44372326E+01 1.12529845E+02\n+ 5.31102864E+02 6.77220874E+02 1.53505284E+01 6.26720080E+02 5.08951803E+01\n+ 1.11805549E+02 5.55666448E+02 5.64885984E+02 1.13252061E+02 1.93248820E+00\n+ 1.06076943E+02 7.42992380E+00 1.76949863E+01 9.40505980E+01 9.21192136E+01\n+ 1.43076527E+01 7.24069102E+02 1.81862545E+01 6.67064884E+02 5.72019842E+01\n+ 1.22007818E+02 5.91437209E+02 6.09644486E+02 1.01222865E+02 6.53563058E+02\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00 0.00000000E+00\n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG BONDS_INC_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 18 21 4 18 24 4 12 15 6 0\n+ 3 9 0 6 9 0 9 9 54 57\n+ 12 54 60 12 54 63 12 48 51 13\n+ 42 45 15 78 75 17 81 75 17 81\n+ 78 18 90 87 17 93 87 17 93 90\n+ 18 102 99 17 105 99 17 105 102 18\n+ 114 111 17 117 111 17 117 114 18 126\n+ 123 17 129 123 17 129 126 18 138 135\n+ 17 141 135 17 141 138 18 150 147 17\n+ 153 147 17 153 150 18 162 159 17 165\n+ 159 17 165 162 18 174 171 17 177 171\n+ 17 177 174 18 186 183 17 189 183 17\n+ 189 186 18 198 195 17 201 195 17 201\n+ 198 18 210 207 17 213 207 17 213 210\n+ 18 222 219 17 225 219 17 225 222 18\n+ 234 231 17 237 231 17 237 234 18 246\n+ 243 17 249 243 17 249 246 18\n+%FLAG BONDS_WITHOUT_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 36 39 1 36 42 2 27 30 3 27\n+ 33 3 18 27 5 12 18 7 12 36\n+ 8 0 12 10 66 69 11 66 72 11\n+ 48 54 14 48 66 8 42 48 16 84\n+ 75 19 96 87 19 108 99 19 120 111\n+ 19 132 123 19 144 135 19 156 147 19\n+ 168 159 19 180 171 19 192 183 19 204\n+ 195 19 216 207 19 228 219 19 240 231\n+ 19 252 243 19\n+%FLAG ANGLES_INC_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 36 42 45 2 24 18 27 5 21 18\n+ 24 6 21 18 27 5 15 12 18 9\n+ 15 12 36 10 12 18 21 11 12 18\n+ 24 11 9 0 12 15 6 0 9 16\n+ 6 0 12 15 3 0 6 16 3 0\n+ 9 16 3 0 12 15 0 12 15 17\n+ 60 54 63 21 57 54 60 21 57 54\n+ 63 21 51 48 54 23 51 48 66 24\n+ 48 54 57 25 48 54 60 25 48 54\n+ 63 25 45 42 48 27 42 48 51 28\n+%FLAG ANGLES_WITHOUT_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 39 36 42 1 36 42 48 3 30 27\n+ 33 4 18 12 36 7 18 27 30 8\n+ 18 27 33 8 12 18 27 12 12 36\n+ 39 13 12 36 42 14 0 12 18 18\n+ 0 12 36 19 69 66 72 20 54 48\n+ 66 22 48 66 69 26 48 66 72 26\n+ 42 48 54 29 42 48 66 30\n+%FLAG DIHEDRALS_INC_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 39 36 42 45 1 39 36 -42 45 2\n+ 36 42 48 51 3 24 18 12 36 14\n+ 24 18 27 30 3 24 18 27 33 3\n+ 21 18 12 36 14 21 18 27 30 3\n+ 21 18 27 33 3 15 12 18 21 14\n+ 15 12 18 24 14 15 12 18 27 14\n+ 15 12 36 39 3 15 12 36 42 3\n+ 12 36 42 45 2 9 0 12 15 14\n+ 9 0 12 18 14 9 0 12 36 14\n+ 6 0 12 15 14 6 0 12 18 14\n+ 6 0 12 36 14 3 0 12 15 14\n+ 3 0 12 18 14 3 0 12 36 14\n+ 0 12 18 21 14 0 12 18 24 14\n+ 63 54 48 66 14 60 54 48 66 14\n+ 57 54 48 66 14 51 48 54 57 14\n+ 51 48 54 60 14 51 48 54 63 14\n+ 51 48 66 69 3 51 48 66 72 3\n+ 45 42 48 51 3 45 42 48 54 3\n+ 45 42 48 66 3 42 48 54 57 14\n+ 42 48 54 60 14 42 48 54 63 14\n+ 36 48 -42 -45 25\n+%FLAG DIHEDRALS_WITHOUT_HYDROGEN \n+%FORMAT(10I8) \n+ 39 36 42 48 2 36 42 48 54 1\n+ 36 42 -48 54 4 36 42 -48 54 5\n+ 36 42 -48 54 6 36 42 48 66 7\n+ 36 42 -48 66 8 36 42 -48 66 9\n+ 36 42 -48 66 6 27 18 12 36 10\n+ 27 18 -12 36 11 27 18 -12 36 12\n+ 27 18 -12 36 13 18 12 36 39 3\n+ 18 12 36 42 15 18 12 -36 42 16\n+ 18 12 -36 42 17 18 12 -36 42 6\n+ 12 18 27 30 7 12 18 -27 30 18\n+ 12 18 -27 30 19 12 18 -27 30 20\n+ 12 18 27 33 7 12 18 -27 33 18\n+ 12 18 -27 33 19 12 18 -27 33 20\n+ 12 36 42 48 2 0 12 18 27 21\n+ 0 12 -18 27 22 0 12 -18 27 12\n+ 0 12 -18 27 23 0 12 36 39 3\n+ 0 12 36 42 3 54 48 66 69 3\n+ 54 48 66 72 3 42 48 66 69 3\n+ 42 48 66 72 3 12 42 -36 -39 24\n+ 18 30 -27 -33 24 48 69 -66 -72 24\n+%FLAG EXCLUDED_ATOMS_LIST \n+%FORMAT(10I8) \n+ 2 3 4 5 6 7 8 9 10 13\n+ 14 15 3 4 5 6 7 13 4 5\n+ 6 7 13 5 6 7 13 6 7 8\n+ 9 10 11 12 13 14 15 16 17 7\n+ 8 9 10 13 14 15 8 9 10 11\n+ 12 13 14 15 9 10 11 12 13 10\n+ 11 12 13 11 12 13 12 0 14 15\n+ 16 17 18 19 23 15 16 17 16 17\n+ 18 19 20 21 22 23 24 25 17 18\n+ 19 23 18 19 20 21 22 23 24 25\n+ 19 20 21 22 23 24 25 20 21 22\n+ 23 24 25 21 22 23 22 23 23 24\n+ 25 25 0 27 28 29 28 29 29 0\n+ 31 32 33 32 33 33 0 35 36 37\n+ 36 37 37 0 39 40 41 40 41 41\n+ 0 43 44 45 44 45 45 0 47 48\n+ 49 48 49 49 0 51 52 53 52 53\n+ 53 0 55 56 57 56 57 57 0 59\n+ 60 61 60 61 61 0 63 64 65 64\n+ 65 65 0 67 68 69 68 69 69 0\n+ 71 72 73 72 73 73 0 75 76 77\n+ 76 77 77 0 79 80 81 80 81 81\n+ 0 83 84 85 84 85 85 0\n+%FLAG HBOND_ACOEF \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG HBOND_BCOEF \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG HBCUT \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 0.00000000E+00\n+%FLAG AMBER_ATOM_TYPE \n+%FORMAT(20a4) \n+N3 H H H CX HP 2C HC HC CO O2 O2 C O N H CX H1 CT HC \n+HC HC C O2 O2 OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW \n+EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW \n+EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW EP OW HW HW \n+EP OW HW HW EP \n+%FLAG TREE_CHAIN_CLASSIFICATION \n+%FORMAT(20a4) \n+BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA BLA \n+BLA BLA BLA BLA BLA M S E E M S E E M S E E M S E \n+E M S E E M S E E M S E E M S E E M S E \n+E M S E E M S E E M S E E M S E E M S E \n+E M S E E \n+%FLAG JOIN_ARRAY \n+%FORMAT(10I8) \n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0\n+%FLAG IROTAT \n+%FORMAT(10I8) \n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0\n+ 0 0 0 0 0\n+%FLAG SOLVENT_POINTERS \n+%FORMAT(3I8) \n+ 2 16 2\n+%FLAG ATOMS_PER_MOLECULE \n+%FORMAT(10I8) \n+ 25 4 4 4 4 4 4 4 4 4\n+ 4 4 4 4 4 4\n+%FLAG BOX_DIMENSIONS \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.09471219E+02 1.30633205E+01 1.30633205E+01 1.30633205E+01\n+%FLAG RADIUS_SET \n+%FORMAT(1a80) \n+H(N)-modified Bondi radii (mbondi2) \n+%FLAG RADII \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 1.55000000E+00 1.30000000E+00 1.30000000E+00 1.30000000E+00 1.70000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.70000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.70000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.70000000E+00 1.50000000E+00 1.55000000E+00\n+ 1.30000000E+00 1.70000000E+00 1.20000000E+00 1.70000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.70000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.20000000E+00 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00\n+ 1.50000000E+00 1.50000000E+00 1.20000000E+00 1.20000000E+00 1.50000000E+00\n+%FLAG SCREEN \n+%FORMAT(5E16.8) \n+ 7.90000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 7.20000000E-01\n+ 8.50000000E-01 7.20000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 7.20000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 7.20000000E-01 8.50000000E-01 7.90000000E-01\n+ 8.50000000E-01 7.20000000E-01 8.50000000E-01 7.20000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 7.20000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.50000000E-01 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01\n+ 8.00000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.50000000E-01 8.00000000E-01\n+%FLAG IPOL \n+%FORMAT(1I8) \n+ 0\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3508
|
multi_swe_bench
|
Max Drude distance defaults to 0.02 nm (openmm/openmm#3508)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3508,
"issue_title": "Max Drude distance defaults to 0.02 nm",
"issue_body": "This is part of #2513.",
"base_commit": "a76c2de14b5a1ab604e95a5c4197e5a586e3000d",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Max Drude distance defaults to 0.02 nm",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:**\nThe default maximum distance a Drude particle can move from its parent particle is not explicitly defined, leading to potential confusion for users. Previously, the default value was set to 0, which disabled the hard wall constraint. This lack of clarity could result in unintended behavior or instability in simulations that rely on Drude integrators.\n\n**Expected Behavior:**\nThe default maximum distance for Drude particles should be explicitly defined as 0.02 nm. This ensures that the hard wall constraint is enabled by default, improving simulation stability and providing a clear, consistent behavior for users. Users should be able to override this default value if needed, but the system should default to the defined constraint for better usability and reliability.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3508",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeIntegrator.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeIntegrator.h\nindex 2fc0a95a28..628dcfd38f 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeIntegrator.h\n@@ -9,7 +9,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2021 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2022 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -72,12 +72,12 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeIntegrator : public Integrator {\n void setDrudeTemperature(double temp);\n /**\n * Get the maximum distance a Drude particle can ever move from its parent particle, measured in nm. This is implemented\n- * with a hard wall constraint. If this distance is set to 0 (the default), the hard wall constraint is omitted.\n+ * with a hard wall constraint. The default value is 0.02. If this distance is set to 0, the hard wall constraint is omitted.\n */\n double getMaxDrudeDistance() const;\n /**\n * Set the maximum distance a Drude particle can ever move from its parent particle, measured in nm. This is implemented\n- * with a hard wall constraint. If this distance is set to 0 (the default), the hard wall constraint is omitted.\n+ * with a hard wall constraint. The default value is 0.02. If this distance is set to 0, the hard wall constraint is omitted.\n */\n void setMaxDrudeDistance(double distance);\n /**\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\nindex 8c5083b798..8f39c6e075 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\n@@ -47,7 +47,7 @@ namespace OpenMM {\n *\n * This integrator can optionally set an upper limit on how far any Drude particle is ever allowed to\n * get from its parent particle. This can sometimes help to improve stability. The limit is enforced\n- * with a hard wall constraint.\n+ * with a hard wall constraint. By default the limit is set to 0.02 nm.\n * \n * This Integrator requires the System to include a DrudeForce, which it uses to identify the Drude\n * particles.\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\nindex 087eef7136..475b3378fc 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\n@@ -45,6 +45,10 @@ namespace OpenMM {\n * A second thermostat, typically with a much lower temperature, is applied to the relative internal\n * displacement of each pair.\n *\n+ * This integrator can optionally set an upper limit on how far any Drude particle is ever allowed to\n+ * get from its parent particle. This can sometimes help to improve stability. The limit is enforced\n+ * with a hard wall constraint. By default the limit is set to 0.02 nm.\n+ *\n * This Integrator requires the System to include a DrudeForce, which it uses to identify the Drude\n * particles.\n */\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\nindex 6e48cf5327..793f65c593 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\n@@ -52,7 +52,7 @@ DrudeLangevinIntegrator::DrudeLangevinIntegrator(double temperature, double fric\n setFriction(frictionCoeff);\n setDrudeTemperature(drudeTemperature);\n setDrudeFriction(drudeFrictionCoeff);\n- setMaxDrudeDistance(0);\n+ setMaxDrudeDistance(0.02);\n setStepSize(stepSize);\n setConstraintTolerance(1e-5);\n setRandomNumberSeed(0);\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\nindex 911bd504c1..6a2943a374 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n@@ -54,10 +54,8 @@ namespace OpenMM {\n DrudeNoseHooverIntegrator::DrudeNoseHooverIntegrator(double temperature, double collisionFrequency, \n double drudeTemperature, double drudeCollisionFrequency,\n double stepSize, int chainLength, int numMTS, int numYoshidaSuzuki) :\n- NoseHooverIntegrator(stepSize),\n- drudeTemperature(drudeTemperature)\n-{\n- setMaxDrudeDistance(0);\n+ NoseHooverIntegrator(stepSize), drudeTemperature(drudeTemperature) {\n+ setMaxDrudeDistance(0.02);\n hasSubsystemThermostats_ = false;\n addSubsystemThermostat(std::vector<int>(), std::vector<std::pair<int, int>>(), temperature,\n collisionFrequency, drudeTemperature, drudeCollisionFrequency,\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeSCFIntegrator.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeSCFIntegrator.cpp\nindex 92cb0454ea..04c751b870 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeSCFIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeSCFIntegrator.cpp\n@@ -48,6 +48,7 @@ DrudeSCFIntegrator::DrudeSCFIntegrator(double stepSize) : DrudeIntegrator(stepSi\n setStepSize(stepSize);\n setMinimizationErrorTolerance(0.1);\n setConstraintTolerance(1e-5);\n+ setMaxDrudeDistance(0.0);\n }\n \n void DrudeSCFIntegrator::initialize(ContextImpl& contextRef) {\n@@ -64,6 +65,8 @@ void DrudeSCFIntegrator::initialize(ContextImpl& contextRef) {\n }\n if (force == NULL)\n throw OpenMMException(\"The System does not contain a DrudeForce\");\n+ if (getMaxDrudeDistance() != 0.0)\n+ throw OpenMMException(\"DrudeSCFIntegrator does not currently support setting max Drude distance\");\n context = &contextRef;\n owner = &contextRef.getOwner();\n kernel = context->getPlatform().createKernel(IntegrateDrudeSCFStepKernel::Name(), contextRef);\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\nindex 6c404754c8..5522bcc452 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n@@ -1051,7 +1051,7 @@ def testDrudeLangevinIntegrator(self):\n self.assertEqual(integrator.getStepSize(), 0.1*femtosecond)\n integrator.setStepSize(0.0005)\n self.assertEqual(integrator.getStepSize(), 0.0005*picosecond)\n- self.assertEqual(integrator.getMaxDrudeDistance(), 0*nanometer)\n+ self.assertEqual(integrator.getMaxDrudeDistance(), 0.02*nanometer)\n integrator.setMaxDrudeDistance(0.05)\n self.assertEqual(integrator.getMaxDrudeDistance(), 0.05*nanometer)\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3512
|
multi_swe_bench
|
computeDrudeTemperature (openmm/openmm#3512)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3512,
"issue_title": "computeDrudeTemperature",
"issue_body": "Adds a convenience function to compute the instantaneous Drude temperature in the `DrudeNoseHooverIntegrator` and `DrudeLangevinIntegrator`.\r\n\r\n",
"base_commit": "f5eea2199fa16bbda8f2e6d622328f1c87871f40",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "computeDrudeTemperature",
"body": "### Issue Description\n\n#### Problem\nCurrently, there is no direct way to compute the instantaneous temperature of the Drude system in simulations that involve Drude particle pairs. This temperature, which reflects the kinetic energy of the internal motion of Drude pairs, is critical for monitoring and validating the behavior of simulations, particularly when using integrators designed for systems with Drude particles. Without this functionality, users must rely on indirect or manual calculations, which can be cumbersome and error-prone.\n\n#### Expected Behavior\nThe software should provide a convenient method to compute the instantaneous Drude temperature directly during simulations. This value should be readily accessible and accurately reflect the internal kinetic energy of Drude pairs, allowing users to verify that the Drude temperature remains close to the prescribed value. This functionality would enhance usability and improve the ability to monitor simulation performance and stability.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3512",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\nindex 8f39c6e075..5b26adcfbc 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeLangevinIntegrator.h\n@@ -126,6 +126,12 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeLangevinIntegrator : public DrudeIntegrator {\n * getTemperature().\n */\n double computeSystemTemperature();\n+ /**\n+ * Compute the instantaneous temperature of the Drude system, measured in Kelvin.\n+ * This is calculated based on the kinetic energy of the internal motion of Drude pairs\n+ * and should remain close to the prescribed Drude temperature.\n+ */\n+ double computeDrudeTemperature();\n protected:\n /**\n * This will be called by the Context when it is created. It informs the Integrator\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\nindex 475b3378fc..7bc87a8738 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\n@@ -106,6 +106,12 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeNoseHooverIntegrator : public NoseHooverIntegrato\n * getTemperature().\n */\n double computeSystemTemperature();\n+ /**\n+ * Compute the instantaneous temperature of the Drude system, measured in Kelvin.\n+ * This is calculated based on the kinetic energy of the internal motion of Drude pairs\n+ * and should remain close to the prescribed Drude temperature.\n+ */ \n+ double computeDrudeTemperature();\n protected:\n /**\n * Return a list of velocities normally distributed around a target temperature, with the Drude\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeHelpers.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeHelpers.cpp\nindex da5823bf02..b3eb941cf0 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeHelpers.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeHelpers.cpp\n@@ -127,12 +127,16 @@ vector<Vec3> assignDrudeVelocities(const System &system, double temperature, dou\n return velocities;\n }\n \n-double computeSystemTemperatureFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities) {\n+\n+/**\n+ * Computes the instantaneous temperatures of the system and the internal Drude motion and returns a pair (T_system, T_drude)\n+ */\n+pair<double, double> computeTemperaturesFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities) {\n vector<int> normalParticles;\n vector<pair<int, int> > pairParticles;\n findParticlesAndPairs(system, normalParticles, pairParticles);\n- double energy = 0.0;\n- int dof = 0;\n+ double energy = 0.0, drudeEnergy = 0;\n+ int dof = 0, drudeDof = 0;\n \n // Kinetic energy and degrees of freedom from normal particles.\n \n@@ -151,10 +155,14 @@ double computeSystemTemperatureFromVelocities(const System& system, const vector\n int p2 = pair.second;\n double mass1 = system.getParticleMass(p1);\n double mass2 = system.getParticleMass(p2);\n+\tdouble reducedMass = (mass1*mass2)/(mass1+mass2);\n if (mass1 != 0 || mass2 != 0) {\n Vec3 momentum = mass1*velocities[p1] + mass2*velocities[p2];\n energy += momentum.dot(momentum)/(mass1+mass2);\n- dof += 3;\n+\t Vec3 drudeVelocity = velocities[p1] - velocities[p2];\n+ drudeEnergy += reducedMass*drudeVelocity.dot(drudeVelocity);\n+\t dof += 3;\n+\t drudeDof += 3;\n }\n }\n \n@@ -176,7 +184,10 @@ double computeSystemTemperatureFromVelocities(const System& system, const vector\n break;\n }\n energy *= 0.5;\n- return 2*energy/(dof*BOLTZ);\n+ drudeEnergy *= 0.5;\n+ if (drudeDof == 0)\n+ drudeDof = 1; // so that the drude temperature is reported as 0\n+ return make_pair<double, double>(2*energy/(dof*BOLTZ), 2*drudeEnergy/(drudeDof*BOLTZ));\n }\n \n }\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\nindex 793f65c593..8665fe3653 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeLangevinIntegrator.cpp\n@@ -42,9 +42,10 @@\n using namespace OpenMM;\n using std::string;\n using std::vector;\n+using std::pair;\n \n namespace OpenMM {\n- double computeSystemTemperatureFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities);\n+\tpair<double, double> computeTemperaturesFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities);\n }\n \n DrudeLangevinIntegrator::DrudeLangevinIntegrator(double temperature, double frictionCoeff, double drudeTemperature, double drudeFrictionCoeff, double stepSize) : DrudeIntegrator(stepSize) {\n@@ -126,5 +127,15 @@ double DrudeLangevinIntegrator::computeSystemTemperature() {\n context->calcForcesAndEnergy(true, false, getIntegrationForceGroups());\n vector<Vec3> velocities;\n context->computeShiftedVelocities(getVelocityTimeOffset(), velocities);\n- return computeSystemTemperatureFromVelocities(context->getSystem(), velocities);\n+ return computeTemperaturesFromVelocities(context->getSystem(), velocities).first;\n }\n+\n+double DrudeLangevinIntegrator::computeDrudeTemperature() {\n+ if (context == NULL)\n+ throw OpenMMException(\"This Integrator is not bound to a context!\"); \n+ context->calcForcesAndEnergy(true, false, getIntegrationForceGroups());\n+ vector<Vec3> velocities;\n+ context->computeShiftedVelocities(getVelocityTimeOffset(), velocities);\n+ return computeTemperaturesFromVelocities(context->getSystem(), velocities).second;\n+} \n+\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\nindex 6a2943a374..feae183c70 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n@@ -30,6 +30,7 @@\n * -------------------------------------------------------------------------- */\n \n #include \"openmm/DrudeNoseHooverIntegrator.h\"\n+#include \"SimTKOpenMMRealType.h\"\n #include \"openmm/Context.h\"\n #include \"openmm/OpenMMException.h\"\n #include \"openmm/internal/ContextImpl.h\"\n@@ -45,12 +46,14 @@\n using namespace OpenMM;\n using std::string;\n using std::vector;\n+using std::pair;\n \n namespace OpenMM {\n extern std::vector<Vec3> assignDrudeVelocities(const System &system, double temperature, double drudeTemperature, int randomSeed);\n- double computeSystemTemperatureFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities);\n+ pair<double, double> computeTemperaturesFromVelocities(const System& system, const vector<Vec3>& velocities);\n }\n \n+\n DrudeNoseHooverIntegrator::DrudeNoseHooverIntegrator(double temperature, double collisionFrequency, \n double drudeTemperature, double drudeCollisionFrequency,\n double stepSize, int chainLength, int numMTS, int numYoshidaSuzuki) :\n@@ -151,8 +154,20 @@ double DrudeNoseHooverIntegrator::computeSystemTemperature() {\n context->calcForcesAndEnergy(true, false, getIntegrationForceGroups());\n vector<Vec3> velocities;\n context->computeShiftedVelocities(getVelocityTimeOffset(), velocities);\n- return computeSystemTemperatureFromVelocities(context->getSystem(), velocities);\n+ return computeTemperaturesFromVelocities(context->getSystem(), velocities).first;\n+}\n+\n+double DrudeNoseHooverIntegrator::computeDrudeTemperature() {\n+ if (context == NULL)\n+ throw OpenMMException(\"This Integrator is not bound to a context!\"); \n+ double kE = computeDrudeKineticEnergy();\n+ size_t num_dofs = 0;\n+ for (const auto &nhc: noseHooverChains){\n+ num_dofs += 3 * nhc.getThermostatedPairs().size();\n+ }\n+ return kE/(0.5 * num_dofs * BOLTZ);\n }\n+\n std::vector<Vec3> DrudeNoseHooverIntegrator::getVelocitiesForTemperature(const System &system, double temperature,\n int randomSeedIn) const {\n return assignDrudeVelocities(system, temperature, drudeTemperature, randomSeedIn);\ndiff --git a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\nindex 702bd3d328..b88b1c24cd 100755\n--- a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n+++ b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n@@ -226,6 +226,7 @@\n (\"*\", \"getGlobalParameterDefaultValue\") : (None, ()),\n (\"*\", \"getPermutationMode\") : (None, ()),\n (\"*\", \"computeSystemTemperature\") : (\"unit.kelvin\", ()),\n+(\"*\", \"computeDrudeTemperature\") : (\"unit.kelvin\", ()),\n (\"LocalCoordinatesSite\", \"getOriginWeights\") : (None, ()),\n (\"LocalCoordinatesSite\", \"getXWeights\") : (None, ()),\n (\"LocalCoordinatesSite\", \"getYWeights\") : (None, ()),\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/plugins/drude/tests/TestDrudeLangevinIntegrator.h b/plugins/drude/tests/TestDrudeLangevinIntegrator.h\nindex be88c24c8e..964624ee0b 100644\n--- a/plugins/drude/tests/TestDrudeLangevinIntegrator.h\n+++ b/plugins/drude/tests/TestDrudeLangevinIntegrator.h\n@@ -84,7 +84,9 @@ void testSinglePair() {\n Vec3 velCM = vel[0]*(mass1/totalMass) + vel[1]*(mass2/totalMass);\n keCM += 0.5*totalMass*velCM.dot(velCM);\n Vec3 velInternal = vel[0]-vel[1];\n- keInternal += 0.5*reducedMass*velInternal.dot(velInternal);\n+ double _keInternal = 0.5*reducedMass*velInternal.dot(velInternal);\n+ keInternal += _keInternal;\n+\tASSERT_EQUAL_TOL(integ.computeDrudeTemperature(), _keInternal/(3*0.5*BOLTZ), 1e-6);\n Vec3 delta = state.getPositions()[0]-state.getPositions()[1];\n double distance = sqrt(delta.dot(delta));\n ASSERT(distance <= maxDistance*(1+1e-6));\ndiff --git a/plugins/drude/tests/TestDrudeNoseHoover.h b/plugins/drude/tests/TestDrudeNoseHoover.h\nindex dba51a2258..af7a2a8d44 100644\n--- a/plugins/drude/tests/TestDrudeNoseHoover.h\n+++ b/plugins/drude/tests/TestDrudeNoseHoover.h\n@@ -167,6 +167,7 @@ void testWaterBox() {\n double drudeKE = integ.computeDrudeKineticEnergy();\n double temp = KE/(0.5*numStandardDof*BOLTZ);\n double drudeTemp = drudeKE/(0.5*numDrudeDof*BOLTZ);\n+\tASSERT_EQUAL_TOL(drudeTemp, integ.computeDrudeTemperature(), 1e-6);\n meanTemp = (i*meanTemp + temp)/(i+1);\n meanDrudeTemp = (i*meanDrudeTemp + drudeTemp)/(i+1);\n double heatBathEnergy = integ.computeHeatBathEnergy();\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3522
|
multi_swe_bench
|
Use hex for large atom and residue IDs in PDB files (openmm/openmm#3522)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3522,
"issue_title": "Use hex for large atom and residue IDs in PDB files",
"issue_body": "Fixes #3501. This is the format used by VMD. When an atom ID passes 99999 or a residue ID passes 9999, it switches to hex.\r\n\r\ncc @billswope @swails",
"base_commit": "7c42ef5eaf4b9920f49333862a45e08a93c21656",
"resolved_issues": [
{
"number": 3501,
"title": "What to do about pdb files when residue index goes above 9999",
"body": "I am not sure this is a bug fix or a feature I am asking for, but here goes. \r\n\r\nNow that we are using pdb files to hold systems of protein+ligands+water+ions the number of water molecules is often greater than 9999. Common practice is to give each water molecule a unique residue id in the pdb file, but the field is only 4 characters wide in the format. I have seen pdb files produced by Maestro switch after residue id 9999 to a base 36 numbering system, using characters 0-9 and A-Z. The next index after 9999 is A000 then A001 ..... This may work within the suite of Schrodinger programs but openmm chokes on this. I noticed, however, that openmm does seem to take hexidecimal values in this field, so I can convert the Maestro pdb files to work with openmm. The problem is that when I WRITE out a pdb file from within openmm, it does not convert to hexidecimal. In fact, after residue id 9999, it stays in a decimal mode, but goes back to 0, and starts over again with residue id 0, 1, etc. This leaves multiple water molecules with the same residue id, and/or an ion and a water molecule with the same residue id. Consequently, the pdb file that was written out by openmm can't then be read back into openmm. There are probably a bunch of ways to handle this. You could increment the chain id when you start the sequence over again, or something like that. Is there a way to handle this so that the pdb file openmm writes out after reading one in is consistent with what it just read? Right now, it seems broken if you can't read in a pdb file that was written out by the same code. \n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3522",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\nindex 2e26462546..3711ee2bfb 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\n@@ -164,10 +164,10 @@ def _load(self, input_stream):\n if command == \"ATOM \" or command == \"HETATM\":\n self._add_atom(Atom(pdb_line, self, self.extraParticleIdentifier))\n elif command == \"CONECT\":\n- atoms = [int(pdb_line[6:11])]\n+ atoms = [_parse_atom_index(pdb_line[6:11])]\n for pos in (11,16,21,26):\n try:\n- atoms.append(int(pdb_line[pos:pos+5]))\n+ atoms.append(_parse_atom_index(pdb_line[pos:pos+5]))\n except:\n pass\n self._current_model.connects.append(atoms)\n@@ -208,11 +208,9 @@ def _load(self, input_stream):\n self._finalize()\n \n def _reset_atom_numbers(self):\n- self._atom_numbers_are_hex = False\n self._next_atom_number = 1\n \n def _reset_residue_numbers(self):\n- self._residue_numbers_are_hex = False\n self._next_residue_number = 1\n \n def write(self, output_stream=sys.stdout):\n@@ -726,18 +724,11 @@ def __init__(self, pdb_line, pdbstructure=None, extraParticleIdentifier='EP'):\n self.is_final_residue_in_chain = False\n # Start parsing fields from pdb line\n self.record_name = pdb_line[0:6].strip()\n- if pdbstructure is not None and pdbstructure._atom_numbers_are_hex:\n- self.serial_number = int(pdb_line[6:11], 16)\n- else:\n- try:\n- self.serial_number = int(pdb_line[6:11])\n- except:\n- try:\n- self.serial_number = int(pdb_line[6:11], 16)\n- pdbstructure._atom_numbers_are_hex = True\n- except:\n- # Just give it the next number in sequence.\n- self.serial_number = pdbstructure._next_atom_number\n+ try:\n+ self.serial_number = _parse_atom_index(pdb_line[6:11])\n+ except:\n+ # Just give it the next number in sequence.\n+ self.serial_number = pdbstructure._next_atom_number\n self.name_with_spaces = pdb_line[12:16]\n alternate_location_indicator = pdb_line[16]\n \n@@ -753,31 +744,27 @@ def __init__(self, pdb_line, pdbstructure=None, extraParticleIdentifier='EP'):\n self.residue_name = self.residue_name_with_spaces.strip()\n \n self.chain_id = pdb_line[21]\n- if pdbstructure is not None and pdbstructure._residue_numbers_are_hex:\n- self.residue_number = int(pdb_line[22:26], 16)\n- else:\n+ try:\n+ self.residue_number = int(pdb_line[22:26])\n+ except:\n try:\n- self.residue_number = int(pdb_line[22:26])\n+ self.residue_number = int(pdb_line[22:26], 16) - 0xA000 + 10000\n except:\n- try:\n- self.residue_number = int(pdb_line[22:26], 16)\n- pdbstructure._residue_numbers_are_hex = True\n- except:\n- # When VMD runs out of hex values it starts filling the residue ID field with ****.\n- # Look at the most recent atoms to figure out whether this is a new residue or not.\n- if pdbstructure._current_model is None or pdbstructure._current_model._current_chain is None or pdbstructure._current_model._current_chain._current_residue is None:\n- # This is the first residue in the model.\n+ # When VMD runs out of hex values it starts filling the residue ID field with ****.\n+ # Look at the most recent atoms to figure out whether this is a new residue or not.\n+ if pdbstructure._current_model is None or pdbstructure._current_model._current_chain is None or pdbstructure._current_model._current_chain._current_residue is None:\n+ # This is the first residue in the model.\n+ self.residue_number = pdbstructure._next_residue_number\n+ else:\n+ currentRes = pdbstructure._current_model._current_chain._current_residue\n+ if currentRes.name_with_spaces != self.residue_name_with_spaces:\n+ # The residue name has changed.\n+ self.residue_number = pdbstructure._next_residue_number\n+ elif self.name_with_spaces in currentRes.atoms_by_name:\n+ # There is already an atom with this name.\n self.residue_number = pdbstructure._next_residue_number\n else:\n- currentRes = pdbstructure._current_model._current_chain._current_residue\n- if currentRes.name_with_spaces != self.residue_name_with_spaces:\n- # The residue name has changed.\n- self.residue_number = pdbstructure._next_residue_number\n- elif self.name_with_spaces in currentRes.atoms_by_name:\n- # There is already an atom with this name.\n- self.residue_number = pdbstructure._next_residue_number\n- else:\n- self.residue_number = currentRes.number\n+ self.residue_number = currentRes.number\n self.insertion_code = pdb_line[26]\n # coordinates, occupancy, and temperature factor belong in Atom.Location object\n x = float(pdb_line[30:38])\n@@ -986,6 +973,13 @@ def __str__(self):\n return str(self.position)\n \n \n+def _parse_atom_index(index):\n+ \"\"\"Parse the string containing an atom index, which might be either decimal or hex.\"\"\"\n+ try:\n+ return int(index)\n+ except:\n+ return int(index, 16) - 0xA0000 + 100000\n+\n # run module directly for testing\n if __name__=='__main__':\n # Test the examples in the docstrings\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py b/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\nindex 99c41776a7..81a1cf1403 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\n@@ -363,7 +363,7 @@ def writeModel(topology, positions, file=sys.stdout, modelIndex=None, keepIds=Fa\n if keepIds and len(res.id) < 5:\n resId = res.id\n else:\n- resId = \"%4d\" % ((resIndex+1)%10000)\n+ resId = _formatIndex(resIndex+1, 4)\n if len(res.insertionCode) == 1:\n resIC = res.insertionCode\n else:\n@@ -384,8 +384,8 @@ def writeModel(topology, positions, file=sys.stdout, modelIndex=None, keepIds=Fa\n else:\n atomName = atom.name\n coords = positions[posIndex]\n- line = \"%s%5d %-4s %3s %s%4s%1s %s%s%s 1.00 0.00 %2s \" % (\n- recordName, atomIndex%100000, atomName, resName, chainName, resId, resIC, _format_83(coords[0]),\n+ line = \"%s%5s %-4s %3s %s%4s%1s %s%s%s 1.00 0.00 %2s \" % (\n+ recordName, _formatIndex(atomIndex, 5), atomName, resName, chainName, resId, resIC, _format_83(coords[0]),\n _format_83(coords[1]), _format_83(coords[2]), symbol)\n if len(line) != 80:\n raise ValueError('Fixed width overflow detected')\n@@ -393,7 +393,7 @@ def writeModel(topology, positions, file=sys.stdout, modelIndex=None, keepIds=Fa\n posIndex += 1\n atomIndex += 1\n if resIndex == len(residues)-1:\n- print(\"TER %5d %3s %s%4s\" % (atomIndex, resName, chainName, resId), file=file)\n+ print(\"TER %5s %3s %s%4s\" % (_formatIndex(atomIndex, 5), resName, chainName, resId), file=file)\n atomIndex += 1\n if modelIndex is not None:\n print(\"ENDMDL\", file=file)\n@@ -450,11 +450,11 @@ def writeFooter(topology, file=sys.stdout):\n for index1 in sorted(atomBonds):\n bonded = atomBonds[index1]\n while len(bonded) > 4:\n- print(\"CONECT%5d%5d%5d%5d\" % (index1, bonded[0], bonded[1], bonded[2]), file=file)\n+ print(\"CONECT%5s%5s%5s%5s\" % (_formatIndex(index1, 5), _formatIndex(bonded[0], 5), _formatIndex(bonded[1], 5), _formatIndex(bonded[2], 5)), file=file)\n del bonded[:4]\n- line = \"CONECT%5d\" % index1\n+ line = \"CONECT%5s\" % _formatIndex(index1, 5)\n for index2 in bonded:\n- line = \"%s%5d\" % (line, index2)\n+ line = \"%s%5s\" % (line, _formatIndex(index2, 5))\n print(line, file=file)\n print(\"END\", file=file)\n \n@@ -470,3 +470,14 @@ def _format_83(f):\n return ('%8.3f' % f)[:8]\n raise ValueError('coordinate \"%s\" could not be represented '\n 'in a width-8 field' % f)\n+\n+def _formatIndex(index, places):\n+ \"\"\"Create a string representation of an atom or residue index. If the value is larger than can fit\n+ in the available space, switch to hex.\n+ \"\"\"\n+ if index < 10**places:\n+ format = f'%{places}d'\n+ return format % index\n+ format = f'%{places}X'\n+ shiftedIndex = (index - 10**places + 10*16**(places-1)) % (16**places)\n+ return format % shiftedIndex\n\\ No newline at end of file\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py b/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\nindex 5da9f09a63..efa197a26c 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\n@@ -94,6 +94,45 @@ def test_AltLocs(self):\n self.assertEqual(19, len(pdb.positions))\n self.assertEqual('ILE', list(pdb.topology.residues())[0].name)\n \n+ def test_LargeFile(self):\n+ \"\"\"Write and read a file with more than 100,000 atoms\"\"\"\n+ topology = Topology()\n+ chain = topology.addChain('A')\n+ for i in range(20000):\n+ res = topology.addResidue('MOL', chain)\n+ atoms = []\n+ for j in range(6):\n+ atoms.append(topology.addAtom(f'AT{j}', elem.carbon, res))\n+ for j in range(5):\n+ topology.addBond(atoms[j], atoms[j+1])\n+ positions = [Vec3(0, 0, 0)]*topology.getNumAtoms()\n+\n+ # The model has 20,000 residues and 120,000 atoms.\n+\n+ output = StringIO()\n+ PDBFile.writeFile(topology, positions, output)\n+ input = StringIO(output.getvalue())\n+ pdb = PDBFile(input)\n+ output.close()\n+ input.close()\n+ self.assertEqual(len(positions), len(pdb.positions))\n+ self.assertEqual(topology.getNumAtoms(), pdb.topology.getNumAtoms())\n+ self.assertEqual(topology.getNumResidues(), pdb.topology.getNumResidues())\n+ self.assertEqual(topology.getNumChains(), pdb.topology.getNumChains())\n+ self.assertEqual(topology.getNumBonds(), pdb.topology.getNumBonds())\n+ for atom in pdb.topology.atoms():\n+ self.assertEqual(str(atom.index+1), atom.id)\n+ for res in pdb.topology.residues():\n+ self.assertEqual(str(res.index+1), res.id)\n+\n+ # Make sure the CONECT records were interpreted correctly.\n+\n+ bonds = set()\n+ for atom1, atom2 in topology.bonds():\n+ bonds.add(tuple(sorted((atom1.index, atom2.index))))\n+ for atom1, atom2 in pdb.topology.bonds():\n+ assert tuple(sorted((atom1.index, atom2.index))) in bonds\n+\n def assertVecAlmostEqual(self, p1, p2, tol=1e-7):\n unit = p1.unit\n p1 = p1.value_in_unit(unit)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3614
|
multi_swe_bench
|
Added temperature adjustment to MC barostat for simulated tempering (openmm/openmm#3614)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3614,
"issue_title": "Added temperature adjustment to MC barostat for simulated tempering",
"issue_body": "The title more or less explains it all:\r\nThis pull request allows simulated tempering to be run in isobaric ensembles using Monte Carlo barostats by adjusting the temperature of the barostat.\r\n\r\nfixes #3612",
"base_commit": "c3c8ec55e87f515e37151b346a7535e5e9c6b99b",
"resolved_issues": [
{
"number": 3612,
"title": "Simulated tempering in the isothermal-isobaric ensemble",
"body": "Hi OpenMM-devs,\r\n\r\nI am attempting to run simulated tempering in the isothermal-isobaric ensemble, however upon inspection of the code it appears to me it only works in the canonical ensemble or non-MC volume regulated simulations?\r\n\r\nI was wondering, could one run with a Monte Carlo barostat by addition of the following code?\r\n```python\r\n# Select the initial temperature.\r\n\r\nself.currentTemperature = 0\r\nself.simulation.integrator.setTemperature(self.temperatures[self.currentTemperature])\r\nfor force in self.simulation.system.getForces():\r\n if force.getName() == 'MonteCarloBarostat':\r\n force.setDefaultTemperature(self.temperatures[self.currentTemperature])\r\n```\r\nand\r\n```python\r\n# Select this temperature.\r\nself._hasMadeTransition = True\r\nself.currentTemperature = j\r\nself.simulation.integrator.setTemperature(self.temperatures[j])\r\nfor force in self.simulation.system.getForces():\r\n if force.getName() == 'MonteCarloBarostat':\r\n force.setDefaultTemperature(self.temperatures[self.currentTemperature])\r\n```\r\nLooking forward hearing from you and hoping to get even more hands-on with OpenMM in the future.\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3614",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py b/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\nindex 57158241aa..1451b69b91 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\n@@ -160,6 +160,9 @@ def __init__(self, simulation, temperatures=None, numTemperatures=None, minTempe\n \n self.currentTemperature = 0\n self.simulation.integrator.setTemperature(self.temperatures[self.currentTemperature])\n+ for param in self.simulation.context.getParameters():\n+ if 'MonteCarloTemperature' in param:\n+ self.simulation.context.setParameter(param, self.temperatures[self.currentTemperature])\n \n # Add a reporter to the simulation which will handle the updates and reports.\n \n@@ -230,6 +233,9 @@ def _attemptTemperatureChange(self, state):\n self._hasMadeTransition = True\n self.currentTemperature = j\n self.simulation.integrator.setTemperature(self.temperatures[j])\n+ for param in self.simulation.context.getParameters():\n+ if 'MonteCarloTemperature' in param:\n+ self.simulation.context.setParameter(param, self.temperatures[self.currentTemperature])\n if self._updateWeights:\n # Update the weight factors.\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestSimulatedTempering.py b/wrappers/python/tests/TestSimulatedTempering.py\nindex 82d7c95284..716bab91b1 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestSimulatedTempering.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestSimulatedTempering.py\n@@ -52,4 +52,49 @@ def testHarmonicOscillator(self):\n assert 0.97 < meanDist < 1.03\n meanEnergy = sum([0.5*1000*(r-1)**2 for r in d])/n\n expectedEnergy = (0.5*MOLAR_GAS_CONSTANT_R*t).value_in_unit(kilojoules_per_mole)\n- self.assertAlmostEqual(expectedEnergy, meanEnergy, delta=expectedEnergy*0.3)\n\\ No newline at end of file\n+ self.assertAlmostEqual(expectedEnergy, meanEnergy, delta=expectedEnergy*0.3)\n+\n+\n+ def testHarmonicOscillatorNPT(self):\n+ \"\"\"Test running simulated tempering on a harmonic oscillator with a Monte Carlo barostat.\"\"\"\n+ system = System()\n+ system.addParticle(1.0)\n+ system.addParticle(1.0)\n+ force = HarmonicBondForce()\n+ force.addBond(0, 1, 1.0, 1000.0)\n+ system.addForce(force)\n+ mcbarostat = MonteCarloBarostat(1*bar, 100*kelvin, 2)\n+ system.addForce(mcbarostat)\n+ force.setUsesPeriodicBoundaryConditions(True)\n+ integrator = LangevinIntegrator(100*kelvin, 10/picosecond, 0.001*picosecond)\n+ topology = Topology()\n+ chain = topology.addChain()\n+ residue = topology.addResidue('H2', chain)\n+ topology.addAtom('H1', element.hydrogen, residue)\n+ topology.addAtom('H2', element.hydrogen, residue)\n+ simulation = Simulation(topology, system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n+ simulation.context.setPositions([Vec3(0, 0, 0), Vec3(1, 0, 0)])\n+\n+ # Check the temperature is correct before creating the simulated tempering simulation\n+ \n+ self.assertEqual(100*kelvin, integrator.getTemperature())\n+ self.assertEqual(100*kelvin, simulation.context.getParameter('MonteCarloTemperature')*kelvin)\n+\n+ st = SimulatedTempering(simulation, numTemperatures=10, minTemperature=200*kelvin, maxTemperature=400*kelvin, tempChangeInterval=4, reportInterval=10000)\n+\n+ # Check the temperatures of the integrator and barostat are set to the value of minTemperature\n+\n+ self.assertEqual(10, len(st.temperatures))\n+ self.assertEqual(200*kelvin, st.temperatures[0])\n+ self.assertEqual(400*kelvin, st.temperatures[-1])\n+ self.assertEqual(200*kelvin, integrator.getTemperature())\n+ self.assertEqual(200*kelvin, simulation.context.getParameter('MonteCarloTemperature')*kelvin)\n+\n+ # Let the simulation run and assert at every step T(mcbarostat) == T(integrator) == T(tempering)\n+\n+ for i in range(1000):\n+ st.step(2)\n+ self.assertEqual(st.temperatures[st.currentTemperature], integrator.getTemperature())\n+ self.assertEqual(st.temperatures[st.currentTemperature], simulation.context.getParameter('MonteCarloTemperature')*kelvin)\n+\n+\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3711
|
multi_swe_bench
|
CustomCVForce avoids breaking up molecules (openmm/openmm#3711)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3711,
"issue_title": "CustomCVForce avoids breaking up molecules",
"issue_body": "This might or might not be the fix for https://github.com/openmm/openmm-ml/issues/36. Each Force object reports what atoms it creates bonds between, so all the atoms in a molecule are translated together when applying periodic boundary conditions. CustomCVForce did not propagate the bond specifications from the Forces it contained.\r\n\r\nThis only applied to output when calling `getState()` with `enforcePeriodicBox=true`. There's a different mechanism used to identify molecules when internally translating positions to preserve accuracy. That mechanism was handled correctly, so it never broke up molecules during normal integration. It only happened when returning output from `getState()`.\r\n\r\ncc @dominicrufa",
"base_commit": "a39fa14acbb8eb00fb2dcb8f4e6ba0bc9b2564a9",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "CustomCVForce avoids breaking up molecules",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:** \nWhen using `CustomCVForce` in simulations with periodic boundary conditions, molecules may be incorrectly split across boundaries when retrieving the system state via the `getState()` method with `enforcePeriodicBox=true`. This occurs because `CustomCVForce` does not propagate bond information from the forces it contains, which is necessary to ensure that all atoms within a molecule are translated together during boundary enforcement. Although this issue does not affect the accuracy of position translations during integration, it results in incorrect output for the system state under certain conditions.\n\n**Expected Behavior:** \nWhen `getState()` is called with `enforcePeriodicBox=true`, molecules should remain intact and their constituent atoms should be translated together across periodic boundaries. This behavior should align with the correct handling of molecule integrity during normal integration.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3711",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCVForceImpl.h b/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCVForceImpl.h\nindex c0372114d6..01e69a8b45 100644\n--- a/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCVForceImpl.h\n+++ b/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCVForceImpl.h\n@@ -9,7 +9,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2017 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2022 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -62,6 +62,7 @@ class OPENMM_EXPORT CustomCVForceImpl : public ForceImpl {\n double calcForcesAndEnergy(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy, int groups);\n std::map<std::string, double> getDefaultParameters();\n std::vector<std::string> getKernelNames();\n+ std::vector<std::pair<int, int> > getBondedParticles() const;\n void getCollectiveVariableValues(ContextImpl& context, std::vector<double>& values);\n Context& getInnerContext();\n void updateParametersInContext(ContextImpl& context);\ndiff --git a/openmmapi/src/CustomCVForceImpl.cpp b/openmmapi/src/CustomCVForceImpl.cpp\nindex 31c6930830..d980c0625d 100644\n--- a/openmmapi/src/CustomCVForceImpl.cpp\n+++ b/openmmapi/src/CustomCVForceImpl.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2017 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2022 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -91,6 +91,16 @@ vector<string> CustomCVForceImpl::getKernelNames() {\n return names;\n }\n \n+vector<pair<int, int> > CustomCVForceImpl::getBondedParticles() const {\n+ vector<pair<int, int> > bonds;\n+ const ContextImpl& innerContextImpl = getContextImpl(*innerContext);\n+ for (auto& impl : innerContextImpl.getForceImpls()) {\n+ for (auto& bond : impl->getBondedParticles())\n+ bonds.push_back(bond);\n+ }\n+ return bonds;\n+}\n+\n map<string, double> CustomCVForceImpl::getDefaultParameters() {\n map<string, double> parameters;\n parameters.insert(innerContext->getParameters().begin(), innerContext->getParameters().end());\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/tests/TestCustomCVForce.h b/tests/TestCustomCVForce.h\nindex 33cc8457d6..f4bd380f96 100644\n--- a/tests/TestCustomCVForce.h\n+++ b/tests/TestCustomCVForce.h\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2017 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2017-2022 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -38,9 +38,11 @@\n #include \"openmm/CustomCVForce.h\"\n #include \"openmm/CustomExternalForce.h\"\n #include \"openmm/CustomNonbondedForce.h\"\n+#include \"openmm/HarmonicBondForce.h\"\n #include \"openmm/System.h\"\n #include \"openmm/VerletIntegrator.h\"\n #include \"sfmt/SFMT.h\"\n+#include <algorithm>\n #include <iostream>\n #include <vector>\n \n@@ -234,6 +236,38 @@ void testReordering() {\n ASSERT_EQUAL_VEC(delta*2/r, state.getForces()[10], 1e-5);\n }\n \n+void testMolecules() {\n+ // Verify that CustomCVForce correctly propagates information about molecules\n+ // from the forces it contains.\n+ \n+ System system;\n+ for (int i = 0; i < 5; i++)\n+ system.addParticle(1.0);\n+ CustomCVForce* cv = new CustomCVForce(\"x+y\");\n+ system.addForce(cv);\n+ HarmonicBondForce* bonds1 = new HarmonicBondForce();\n+ bonds1->addBond(0, 1, 1.0, 1.0);\n+ bonds1->addBond(2, 3, 1.0, 1.0);\n+ cv->addCollectiveVariable(\"x\", bonds1);\n+ HarmonicBondForce* bonds2 = new HarmonicBondForce();\n+ bonds2->addBond(1, 2, 1.0, 1.0);\n+ cv->addCollectiveVariable(\"y\", bonds2);\n+ VerletIntegrator integrator(0.01);\n+ Context context(system, integrator, platform);\n+ vector<vector<int> > molecules = context.getMolecules();\n+ ASSERT_EQUAL(2, molecules.size());\n+ for (auto& mol : molecules) {\n+ if (mol.size() == 1) {\n+ ASSERT_EQUAL(4, mol[0]);\n+ }\n+ else {\n+ ASSERT_EQUAL(4, mol.size());\n+ for (int i = 0; i < 4; i++)\n+ ASSERT(find(mol.begin(), mol.end(), i) != mol.end());\n+ }\n+ }\n+}\n+\n void runPlatformTests();\n \n int main(int argc, char* argv[]) {\n@@ -243,6 +277,7 @@ int main(int argc, char* argv[]) {\n testEnergyParameterDerivatives();\n testTabulatedFunction();\n testReordering();\n+ testMolecules();\n runPlatformTests();\n }\n catch(const exception& e) {\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3760
|
multi_swe_bench
|
Add SWM4-NDP water to modeller.addSolvent() (openmm/openmm#3760)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3760,
"issue_title": "Add SWM4-NDP water to modeller.addSolvent()",
"issue_body": "Hi all,\r\n\r\nI opened issue #3415 earlier this year regarding the inability to load a pdb of a protein and then use OpenMM to solvate the system with this water for use with polarizable force fields like the CHARMM Drude family. The current solution is to solvate with another force field and tip3p water, load the polarizable force field, and add the extra particles.\r\n\r\nThis could be confusing to newer users (me) and also has some weird consequences. For example, as discussed at the end of #3415, I was attempting to simulate a tripeptide glycine isoleucine glycine with charged N and neutral C termini. Since I had to solvate the tripeptide with a different force field (CHARMM36m), the neutral C terminus atom naming in the C36m is different than for Drude, leading to the following after trying to load parameters for the Drude force field for the solvated system.\r\n\r\n`ValueError: No template found for residue 3 (GLY). The set of atoms is similar to SER, but it is missing 12 atoms.`\r\n\r\nThis simple fix should simplify this process and help avoid unnecessary steps, like manual modifications of pdbs between preparation steps, for users to easily utilize the force fields available in the suite. Here is what I did:\r\n\r\n1. Loaded the cubic box with 3 nm edge of tip3p water included in openmm/wrappers/python/openmm/app/data and converted it to swm4-ndp with the following:\r\n\r\n````\r\npdb = PDBFile(\"./tip3p.pdb\") #tip3p box pdb file included with OpenMM\r\n\r\nmodeller = Modeller(pdb.topology, pdb.positions)\r\nforcefield = ForceField(\"charmm_polar_2019.xml\")\r\nmodeller.addExtraParticles(forcefield) #convert tip3p water to swm4-ndp water in box\r\n````\r\n\r\n2. Ran a production simulation (after energy minimzation) for 20 ns at 300K with a time step of 0.5 fs and tracked various properties to test for equilibration. The temperature does vary between 298 and ~315K which might indicate my time step was still slightly too large. But everything looks ok otherwise:\r\n\r\n\r\n\r\n3. Add a pdb of this box to OpenMM: openmm/wrappers/python/openmm/app/data/swm4ndp.pdb which will be called by `modeller.addSolvent()`\r\n\r\n4. Added the option for this water model to be called by `addSolvent` and edited the comments at the beginning of the function\r\n\r\n````\r\nelif model == 'swm4ndp':\r\n waterRadius = 0.318395*vdwRadiusPerSigma\r\n````\r\nWhere the sigma value of 0.318395 was taken from Table 1 of Lamoureux Jour. Phys. Chem. Let. 2006, the paper introducing this water model.\r\n\r\n5. Installed my fork from source on a fresh install of Ubuntu 22.04 and solvated the same GIG tripeptide in a cubic box with 5 nm edges using the following:\r\n\r\n```\r\nmodeller = Modeller(pdb.topology, pdb.positions)\r\nforcefield = ForceField('charmm_polar_2019.xml')\r\nmodeller.addExtraParticles(forcefield)\r\nmodeller.addSolvent(forcefield, boxSize=Vec3(5, 5, 5)*nanometers, neutralize=True, negativeIon='Cl-', positiveIon='Na+', model='swm4ndp')\r\n```\r\n\r\nHere is the pdb of the sovlated (not minimized) structure: [solvated-fixed.pdb.txt](https://github.com/openmm/openmm/files/9465055/solvated-fixed.pdb.txt). It started minimizing the energy but I was testing on a virtual machine where GPU passthrough is not available. So, I did not run a long production simulation with these changes as the CPU platform on a 1 CPU VM would take a looong time. \r\n\r\nI did not write any automated tests for this change and the New Feature Checklist appears to be blank (https://github.com/openmm/openmm/wiki/Checklist-when-adding-a-new-feature). I would be happy to write some tests if needed. I understand this is a micro change for a pull request but I'm happy to write some tests for this or make other changes if needed. Thanks for reading.\r\n\r\nBrian\r\n\r\n",
"base_commit": "0e104b49b534abd57de4f0cb9c752eee9881c3b3",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Add SWM4-NDP water to modeller.addSolvent()",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:**\nCurrently, OpenMM does not support the direct addition of SWM4-NDP water models when solvating a system using the `addSolvent` method. This limitation creates challenges for users working with polarizable force fields, such as the CHARMM Drude family, as they must use alternative workflows. These workflows often involve solvating with a different water model (e.g., TIP3P) and then converting it to SWM4-NDP, which can lead to errors and inconsistencies. For example, discrepancies in atom naming conventions between force fields can result in parameter loading failures or require manual intervention to modify PDB files, which is error-prone and time-consuming.\n\n**Expected Behavior:**\nUsers should be able to directly solvate systems with the SWM4-NDP water model using the `addSolvent` method. This would streamline the workflow for simulations involving polarizable force fields, eliminate the need for intermediate steps or manual modifications, and reduce the likelihood of errors. The process should be as straightforward as using other supported water models, ensuring consistency and ease of use for both new and experienced users.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3760",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/swm4ndp.pdb b/wrappers/python/openmm/app/data/swm4ndp.pdb\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..c3e683130d\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/swm4ndp.pdb\n@@ -0,0 +1,4479 @@\n+REMARK 1 CREATED WITH OPENMM 7.6, 2022-08-30\n+CRYST1 30.000 30.000 30.000 90.00 90.00 90.00 P 1 1 \n+HETATM 1 O HOH A 1 4.440 13.334 13.676 1.00 0.00 O \n+HETATM 2 H1 HOH A 1 4.127 14.060 14.216 1.00 0.00 H \n+HETATM 3 H2 HOH A 1 4.456 12.583 14.269 1.00 0.00 H \n+HETATM 4 DOH2 HOH A 1 4.435 13.344 13.571 1.00 0.00 EP \n+HETATM 5 OM HOH A 1 4.379 13.329 13.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 6 O HOH A 2 18.660 16.482 3.730 1.00 0.00 O \n+HETATM 7 H1 HOH A 2 18.430 15.667 4.176 1.00 0.00 H \n+HETATM 8 H2 HOH A 2 17.928 16.644 3.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 9 DOH2 HOH A 2 18.715 16.525 3.732 1.00 0.00 EP \n+HETATM 10 OM HOH A 2 18.463 16.348 3.699 1.00 0.00 EP \n+HETATM 11 O HOH A 3 21.747 5.493 30.092 1.00 0.00 O \n+HETATM 12 H1 HOH A 3 21.275 4.722 30.407 1.00 0.00 H \n+HETATM 13 H2 HOH A 3 21.061 6.084 29.782 1.00 0.00 H \n+HETATM 14 DOH2 HOH A 3 21.838 5.505 30.115 1.00 0.00 EP \n+HETATM 15 OM HOH A 3 21.509 5.456 30.093 1.00 0.00 EP \n+HETATM 16 O HOH A 4 7.217 27.281 3.571 1.00 0.00 O \n+HETATM 17 H1 HOH A 4 6.463 26.990 4.083 1.00 0.00 H \n+HETATM 18 H2 HOH A 4 7.427 28.146 3.923 1.00 0.00 H \n+HETATM 19 DOH2 HOH A 4 7.259 27.223 3.500 1.00 0.00 EP \n+HETATM 20 OM HOH A 4 7.105 27.399 3.748 1.00 0.00 EP \n+HETATM 21 O HOH A 5 20.199 0.828 21.371 1.00 0.00 O \n+HETATM 22 H1 HOH A 5 20.563 0.333 20.636 1.00 0.00 H \n+HETATM 23 H2 HOH A 5 20.317 1.746 21.123 1.00 0.00 H \n+HETATM 24 DOH2 HOH A 5 20.152 0.820 21.463 1.00 0.00 EP \n+HETATM 25 OM HOH A 5 20.298 0.915 21.169 1.00 0.00 EP \n+HETATM 26 O HOH A 6 6.959 18.529 22.057 1.00 0.00 O \n+HETATM 27 H1 HOH A 6 6.268 19.068 22.441 1.00 0.00 H \n+HETATM 28 H2 HOH A 6 7.687 19.134 21.918 1.00 0.00 H \n+HETATM 29 DOH2 HOH A 6 6.968 18.416 22.052 1.00 0.00 EP \n+HETATM 30 OM HOH A 6 6.966 18.764 22.107 1.00 0.00 EP \n+HETATM 31 O HOH A 7 11.940 11.887 12.121 1.00 0.00 O \n+HETATM 32 H1 HOH A 7 11.501 11.039 12.058 1.00 0.00 H \n+HETATM 33 H2 HOH A 7 12.870 11.672 12.187 1.00 0.00 H \n+HETATM 34 DOH2 HOH A 7 11.912 11.972 12.100 1.00 0.00 EP \n+HETATM 35 OM HOH A 7 12.041 11.669 12.121 1.00 0.00 EP \n+HETATM 36 O HOH A 8 5.950 6.525 8.199 1.00 0.00 O \n+HETATM 37 H1 HOH A 8 5.390 5.785 7.964 1.00 0.00 H \n+HETATM 38 H2 HOH A 8 6.338 6.805 7.370 1.00 0.00 H \n+HETATM 39 DOH2 HOH A 8 5.983 6.558 8.285 1.00 0.00 EP \n+HETATM 40 OM HOH A 8 5.915 6.430 7.981 1.00 0.00 EP \n+HETATM 41 O HOH A 9 14.734 17.175 15.428 1.00 0.00 O \n+HETATM 42 H1 HOH A 9 13.938 16.932 14.955 1.00 0.00 H \n+HETATM 43 H2 HOH A 9 15.314 17.530 14.754 1.00 0.00 H \n+HETATM 44 DOH2 HOH A 9 14.741 17.171 15.533 1.00 0.00 EP \n+HETATM 45 OM HOH A 9 14.690 17.198 15.193 1.00 0.00 EP \n+HETATM 46 O HOH A 10 0.920 15.039 7.938 1.00 0.00 O \n+HETATM 47 H1 HOH A 10 0.038 15.370 7.771 1.00 0.00 H \n+HETATM 48 H2 HOH A 10 0.861 14.100 7.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 49 DOH2 HOH A 10 1.013 15.099 7.928 1.00 0.00 EP \n+HETATM 50 OM HOH A 10 0.727 14.914 7.868 1.00 0.00 EP \n+HETATM 51 O HOH A 11 18.806 18.032 9.683 1.00 0.00 O \n+HETATM 52 H1 HOH A 11 18.225 17.613 10.318 1.00 0.00 H \n+HETATM 53 H2 HOH A 11 18.215 18.469 9.070 1.00 0.00 H \n+HETATM 54 DOH2 HOH A 11 18.883 18.053 9.679 1.00 0.00 EP \n+HETATM 55 OM HOH A 11 18.566 18.036 9.688 1.00 0.00 EP \n+HETATM 56 O HOH A 12 8.918 8.809 16.976 1.00 0.00 O \n+HETATM 57 H1 HOH A 12 8.616 8.116 17.563 1.00 0.00 H \n+HETATM 58 H2 HOH A 12 9.235 8.346 16.200 1.00 0.00 H \n+HETATM 59 DOH2 HOH A 12 8.921 8.885 17.003 1.00 0.00 EP \n+HETATM 60 OM HOH A 12 8.921 8.572 16.937 1.00 0.00 EP \n+HETATM 61 O HOH A 13 11.231 11.218 5.926 1.00 0.00 O \n+HETATM 62 H1 HOH A 13 10.748 11.651 6.629 1.00 0.00 H \n+HETATM 63 H2 HOH A 13 11.893 10.694 6.377 1.00 0.00 H \n+HETATM 64 DOH2 HOH A 13 11.214 11.213 5.854 1.00 0.00 EP \n+HETATM 65 OM HOH A 13 11.268 11.199 6.162 1.00 0.00 EP \n+HETATM 66 O HOH A 14 17.582 15.618 18.242 1.00 0.00 O \n+HETATM 67 H1 HOH A 14 17.992 15.667 19.106 1.00 0.00 H \n+HETATM 68 H2 HOH A 14 18.316 15.603 17.629 1.00 0.00 H \n+HETATM 69 DOH2 HOH A 14 17.476 15.643 18.211 1.00 0.00 EP \n+HETATM 70 OM HOH A 14 17.817 15.625 18.294 1.00 0.00 EP \n+HETATM 71 O HOH A 15 21.873 9.972 6.346 1.00 0.00 O \n+HETATM 72 H1 HOH A 15 22.164 9.680 5.482 1.00 0.00 H \n+HETATM 73 H2 HOH A 15 22.653 10.361 6.743 1.00 0.00 H \n+HETATM 74 DOH2 HOH A 15 21.780 9.966 6.384 1.00 0.00 EP \n+HETATM 75 OM HOH A 15 22.093 9.992 6.250 1.00 0.00 EP \n+HETATM 76 O HOH A 16 5.728 14.085 8.748 1.00 0.00 O \n+HETATM 77 H1 HOH A 16 5.643 14.205 9.694 1.00 0.00 H \n+HETATM 78 H2 HOH A 16 5.043 14.639 8.373 1.00 0.00 H \n+HETATM 79 DOH2 HOH A 16 5.774 14.021 8.691 1.00 0.00 EP \n+HETATM 80 OM HOH A 16 5.570 14.223 8.865 1.00 0.00 EP \n+HETATM 81 O HOH A 17 31.082 18.893 15.268 1.00 0.00 O \n+HETATM 82 H1 HOH A 17 30.408 19.512 15.549 1.00 0.00 H \n+HETATM 83 H2 HOH A 17 31.098 18.973 14.314 1.00 0.00 H \n+HETATM 84 DOH2 HOH A 17 31.143 18.830 15.326 1.00 0.00 EP \n+HETATM 85 OM HOH A 17 30.947 19.037 15.130 1.00 0.00 EP \n+HETATM 86 O HOH A 18 2.631 7.138 28.639 1.00 0.00 O \n+HETATM 87 H1 HOH A 18 3.380 7.377 29.185 1.00 0.00 H \n+HETATM 88 H2 HOH A 18 2.947 7.238 27.741 1.00 0.00 H \n+HETATM 89 DOH2 HOH A 18 2.557 7.068 28.676 1.00 0.00 EP \n+HETATM 90 OM HOH A 18 2.850 7.208 28.567 1.00 0.00 EP \n+HETATM 91 O HOH A 19 13.334 25.046 14.804 1.00 0.00 O \n+HETATM 92 H1 HOH A 19 14.220 24.834 15.098 1.00 0.00 H \n+HETATM 93 H2 HOH A 19 13.314 24.772 13.887 1.00 0.00 H \n+HETATM 94 DOH2 HOH A 19 13.282 25.109 14.857 1.00 0.00 EP \n+HETATM 95 OM HOH A 19 13.512 24.946 14.676 1.00 0.00 EP \n+HETATM 96 O HOH A 20 27.943 5.183 6.062 1.00 0.00 O \n+HETATM 97 H1 HOH A 20 27.258 5.685 5.620 1.00 0.00 H \n+HETATM 98 H2 HOH A 20 28.059 4.404 5.517 1.00 0.00 H \n+HETATM 99 DOH2 HOH A 20 27.975 5.217 6.183 1.00 0.00 EP \n+HETATM 100 OM HOH A 20 27.826 5.126 5.859 1.00 0.00 EP \n+HETATM 101 O HOH A 21 18.315 22.234 1.838 1.00 0.00 O \n+HETATM 102 H1 HOH A 21 17.653 22.786 1.420 1.00 0.00 H \n+HETATM 103 H2 HOH A 21 18.668 21.702 1.125 1.00 0.00 H \n+HETATM 104 DOH2 HOH A 21 18.343 22.221 1.922 1.00 0.00 EP \n+HETATM 105 OM HOH A 21 18.252 22.238 1.606 1.00 0.00 EP \n+HETATM 106 O HOH A 22 10.958 15.988 6.191 1.00 0.00 O \n+HETATM 107 H1 HOH A 22 11.532 16.636 6.601 1.00 0.00 H \n+HETATM 108 H2 HOH A 22 10.075 16.256 6.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 109 DOH2 HOH A 22 10.956 15.955 6.137 1.00 0.00 EP \n+HETATM 110 OM HOH A 22 10.895 16.176 6.327 1.00 0.00 EP \n+HETATM 111 O HOH A 23 18.763 4.683 25.308 1.00 0.00 O \n+HETATM 112 H1 HOH A 23 18.565 4.086 26.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 113 H2 HOH A 23 18.482 4.213 24.523 1.00 0.00 H \n+HETATM 114 DOH2 HOH A 23 18.818 4.732 25.306 1.00 0.00 EP \n+HETATM 115 OM HOH A 23 18.665 4.464 25.295 1.00 0.00 EP \n+HETATM 116 O HOH A 24 27.970 8.937 15.976 1.00 0.00 O \n+HETATM 117 H1 HOH A 24 27.069 8.959 15.652 1.00 0.00 H \n+HETATM 118 H2 HOH A 24 27.886 9.027 16.925 1.00 0.00 H \n+HETATM 119 DOH2 HOH A 24 28.056 8.915 15.902 1.00 0.00 EP \n+HETATM 120 OM HOH A 24 27.768 8.960 16.104 1.00 0.00 EP \n+HETATM 121 O HOH A 25 1.775 20.976 4.472 1.00 0.00 O \n+HETATM 122 H1 HOH A 25 2.669 21.263 4.287 1.00 0.00 H \n+HETATM 123 H2 HOH A 25 1.880 20.163 4.966 1.00 0.00 H \n+HETATM 124 DOH2 HOH A 25 1.703 21.022 4.476 1.00 0.00 EP \n+HETATM 125 OM HOH A 25 1.980 20.868 4.535 1.00 0.00 EP \n+HETATM 126 O HOH A 26 17.499 14.176 10.701 1.00 0.00 O \n+HETATM 127 H1 HOH A 26 16.823 14.140 10.025 1.00 0.00 H \n+HETATM 128 H2 HOH A 26 17.527 13.289 11.060 1.00 0.00 H \n+HETATM 129 DOH2 HOH A 26 17.570 14.267 10.739 1.00 0.00 EP \n+HETATM 130 OM HOH A 26 17.366 13.986 10.636 1.00 0.00 EP \n+HETATM 131 O HOH A 27 9.707 24.747 30.761 1.00 0.00 O \n+HETATM 132 H1 HOH A 27 9.212 25.108 30.025 1.00 0.00 H \n+HETATM 133 H2 HOH A 27 10.407 25.382 30.913 1.00 0.00 H \n+HETATM 134 DOH2 HOH A 27 9.666 24.695 30.837 1.00 0.00 EP \n+HETATM 135 OM HOH A 27 9.749 24.952 30.641 1.00 0.00 EP \n+HETATM 136 O HOH A 28 13.185 14.834 0.407 1.00 0.00 O \n+HETATM 137 H1 HOH A 28 12.756 14.187 -0.153 1.00 0.00 H \n+HETATM 138 H2 HOH A 28 13.002 15.674 -0.013 1.00 0.00 H \n+HETATM 139 DOH2 HOH A 28 13.250 14.836 0.481 1.00 0.00 EP \n+HETATM 140 OM HOH A 28 13.059 14.873 0.206 1.00 0.00 EP \n+HETATM 141 O HOH A 29 16.528 21.749 12.965 1.00 0.00 O \n+HETATM 142 H1 HOH A 29 16.994 22.513 12.625 1.00 0.00 H \n+HETATM 143 H2 HOH A 29 17.219 21.120 13.173 1.00 0.00 H \n+HETATM 144 DOH2 HOH A 29 16.452 21.711 13.003 1.00 0.00 EP \n+HETATM 145 OM HOH A 29 16.765 21.777 12.938 1.00 0.00 EP \n+HETATM 146 O HOH A 30 4.222 28.957 26.103 1.00 0.00 O \n+HETATM 147 H1 HOH A 30 4.749 28.200 25.846 1.00 0.00 H \n+HETATM 148 H2 HOH A 30 3.880 29.303 25.279 1.00 0.00 H \n+HETATM 149 DOH2 HOH A 30 4.207 28.981 26.210 1.00 0.00 EP \n+HETATM 150 OM HOH A 30 4.260 28.873 25.881 1.00 0.00 EP \n+HETATM 151 O HOH A 31 11.481 23.550 8.563 1.00 0.00 O \n+HETATM 152 H1 HOH A 31 11.164 24.337 8.120 1.00 0.00 H \n+HETATM 153 H2 HOH A 31 12.338 23.383 8.170 1.00 0.00 H \n+HETATM 154 DOH2 HOH A 31 11.450 23.487 8.605 1.00 0.00 EP \n+HETATM 155 OM HOH A 31 11.592 23.677 8.391 1.00 0.00 EP \n+HETATM 156 O HOH A 32 15.259 27.074 2.186 1.00 0.00 O \n+HETATM 157 H1 HOH A 32 15.305 27.116 1.231 1.00 0.00 H \n+HETATM 158 H2 HOH A 32 15.353 26.143 2.390 1.00 0.00 H \n+HETATM 159 DOH2 HOH A 32 15.249 27.128 2.231 1.00 0.00 EP \n+HETATM 160 OM HOH A 32 15.288 26.891 2.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 161 O HOH A 33 1.121 7.458 5.486 1.00 0.00 O \n+HETATM 162 H1 HOH A 33 1.063 6.600 5.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 163 H2 HOH A 33 2.050 7.560 5.695 1.00 0.00 H \n+HETATM 164 DOH2 HOH A 33 1.047 7.516 5.528 1.00 0.00 EP \n+HETATM 165 OM HOH A 33 1.300 7.303 5.442 1.00 0.00 EP \n+HETATM 166 O HOH A 34 4.629 1.285 16.620 1.00 0.00 O \n+HETATM 167 H1 HOH A 34 3.729 1.576 16.474 1.00 0.00 H \n+HETATM 168 H2 HOH A 34 4.996 1.188 15.742 1.00 0.00 H \n+HETATM 169 DOH2 HOH A 34 4.681 1.290 16.683 1.00 0.00 EP \n+HETATM 170 OM HOH A 34 4.520 1.325 16.410 1.00 0.00 EP \n+HETATM 171 O HOH A 35 17.081 14.171 28.259 1.00 0.00 O \n+HETATM 172 H1 HOH A 35 17.969 13.881 28.470 1.00 0.00 H \n+HETATM 173 H2 HOH A 35 17.167 14.608 27.411 1.00 0.00 H \n+HETATM 174 DOH2 HOH A 35 17.000 14.145 28.328 1.00 0.00 EP \n+HETATM 175 OM HOH A 35 17.281 14.201 28.128 1.00 0.00 EP \n+HETATM 176 O HOH A 36 11.776 1.941 18.646 1.00 0.00 O \n+HETATM 177 H1 HOH A 36 11.744 2.878 18.840 1.00 0.00 H \n+HETATM 178 H2 HOH A 36 12.434 1.594 19.248 1.00 0.00 H \n+HETATM 179 DOH2 HOH A 36 11.716 1.890 18.590 1.00 0.00 EP \n+HETATM 180 OM HOH A 36 11.904 2.062 18.810 1.00 0.00 EP \n+HETATM 181 O HOH A 37 14.862 0.459 8.336 1.00 0.00 O \n+HETATM 182 H1 HOH A 37 15.224 1.183 7.826 1.00 0.00 H \n+HETATM 183 H2 HOH A 37 14.689 -0.226 7.690 1.00 0.00 H \n+HETATM 184 DOH2 HOH A 37 14.827 0.458 8.414 1.00 0.00 EP \n+HETATM 185 OM HOH A 37 14.901 0.467 8.098 1.00 0.00 EP \n+HETATM 186 O HOH A 38 14.853 14.259 12.849 1.00 0.00 O \n+HETATM 187 H1 HOH A 38 14.117 14.172 13.454 1.00 0.00 H \n+HETATM 188 H2 HOH A 38 14.525 14.828 12.152 1.00 0.00 H \n+HETATM 189 DOH2 HOH A 38 14.879 14.208 12.851 1.00 0.00 EP \n+HETATM 190 OM HOH A 38 14.635 14.358 12.830 1.00 0.00 EP \n+HETATM 191 O HOH A 39 6.908 27.438 9.440 1.00 0.00 O \n+HETATM 192 H1 HOH A 39 7.392 28.112 9.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 193 H2 HOH A 39 6.682 27.848 8.606 1.00 0.00 H \n+HETATM 194 DOH2 HOH A 39 6.860 27.368 9.464 1.00 0.00 EP \n+HETATM 195 OM HOH A 39 6.961 27.660 9.367 1.00 0.00 EP \n+HETATM 196 O HOH A 40 11.652 8.994 26.647 1.00 0.00 O \n+HETATM 197 H1 HOH A 40 11.692 9.509 25.842 1.00 0.00 H \n+HETATM 198 H2 HOH A 40 12.400 9.297 27.163 1.00 0.00 H \n+HETATM 199 DOH2 HOH A 40 11.604 8.922 26.657 1.00 0.00 EP \n+HETATM 200 OM HOH A 40 11.814 9.162 26.588 1.00 0.00 EP \n+HETATM 201 O HOH A 41 28.469 16.046 7.423 1.00 0.00 O \n+HETATM 202 H1 HOH A 41 27.975 16.142 6.609 1.00 0.00 H \n+HETATM 203 H2 HOH A 41 28.384 16.894 7.857 1.00 0.00 H \n+HETATM 204 DOH2 HOH A 41 28.546 15.984 7.448 1.00 0.00 EP \n+HETATM 205 OM HOH A 41 28.350 16.239 7.345 1.00 0.00 EP \n+HETATM 206 O HOH A 42 8.983 6.796 3.992 1.00 0.00 O \n+HETATM 207 H1 HOH A 42 9.361 7.544 3.530 1.00 0.00 H \n+HETATM 208 H2 HOH A 42 8.249 7.164 4.485 1.00 0.00 H \n+HETATM 209 DOH2 HOH A 42 8.983 6.737 3.982 1.00 0.00 EP \n+HETATM 210 OM HOH A 42 8.910 7.025 3.998 1.00 0.00 EP \n+HETATM 211 O HOH A 43 23.767 10.015 17.461 1.00 0.00 O \n+HETATM 212 H1 HOH A 43 24.246 9.263 17.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 213 H2 HOH A 43 23.658 9.821 18.392 1.00 0.00 H \n+HETATM 214 DOH2 HOH A 43 23.737 10.075 17.386 1.00 0.00 EP \n+HETATM 215 OM HOH A 43 23.843 9.821 17.581 1.00 0.00 EP \n+HETATM 216 O HOH A 44 8.025 13.944 7.237 1.00 0.00 O \n+HETATM 217 H1 HOH A 44 7.251 13.890 7.797 1.00 0.00 H \n+HETATM 218 H2 HOH A 44 8.622 13.283 7.588 1.00 0.00 H \n+HETATM 219 DOH2 HOH A 44 8.030 14.007 7.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 220 OM HOH A 44 7.989 13.797 7.424 1.00 0.00 EP \n+HETATM 221 O HOH A 45 8.853 3.299 12.379 1.00 0.00 O \n+HETATM 222 H1 HOH A 45 9.510 3.777 11.873 1.00 0.00 H \n+HETATM 223 H2 HOH A 45 8.557 3.925 13.039 1.00 0.00 H \n+HETATM 224 DOH2 HOH A 45 8.791 3.198 12.380 1.00 0.00 EP \n+HETATM 225 OM HOH A 45 8.927 3.525 12.411 1.00 0.00 EP \n+HETATM 226 O HOH A 46 15.578 14.057 8.794 1.00 0.00 O \n+HETATM 227 H1 HOH A 46 15.101 14.859 8.583 1.00 0.00 H \n+HETATM 228 H2 HOH A 46 14.929 13.360 8.699 1.00 0.00 H \n+HETATM 229 DOH2 HOH A 46 15.690 14.041 8.825 1.00 0.00 EP \n+HETATM 230 OM HOH A 46 15.347 14.078 8.731 1.00 0.00 EP \n+HETATM 231 O HOH A 47 7.694 17.589 13.381 1.00 0.00 O \n+HETATM 232 H1 HOH A 47 7.072 18.209 13.762 1.00 0.00 H \n+HETATM 233 H2 HOH A 47 7.414 16.735 13.712 1.00 0.00 H \n+HETATM 234 DOH2 HOH A 47 7.767 17.600 13.354 1.00 0.00 EP \n+HETATM 235 OM HOH A 47 7.509 17.541 13.527 1.00 0.00 EP \n+HETATM 236 O HOH A 48 22.078 4.192 3.193 1.00 0.00 O \n+HETATM 237 H1 HOH A 48 21.599 3.825 2.450 1.00 0.00 H \n+HETATM 238 H2 HOH A 48 22.033 5.139 3.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 239 DOH2 HOH A 48 22.110 4.157 3.282 1.00 0.00 EP \n+HETATM 240 OM HOH A 48 21.970 4.311 3.014 1.00 0.00 EP \n+HETATM 241 O HOH A 49 20.973 20.039 14.875 1.00 0.00 O \n+HETATM 242 H1 HOH A 49 21.023 20.579 15.663 1.00 0.00 H \n+HETATM 243 H2 HOH A 49 21.531 20.489 14.240 1.00 0.00 H \n+HETATM 244 DOH2 HOH A 49 20.919 19.965 14.840 1.00 0.00 EP \n+HETATM 245 OM HOH A 49 21.098 20.242 14.906 1.00 0.00 EP \n+HETATM 246 O HOH A 50 7.461 7.129 29.663 1.00 0.00 O \n+HETATM 247 H1 HOH A 50 7.918 6.561 30.284 1.00 0.00 H \n+HETATM 248 H2 HOH A 50 8.158 7.503 29.124 1.00 0.00 H \n+HETATM 249 DOH2 HOH A 50 7.358 7.126 29.640 1.00 0.00 EP \n+HETATM 250 OM HOH A 50 7.698 7.089 29.680 1.00 0.00 EP \n+HETATM 251 O HOH A 51 10.460 25.855 27.383 1.00 0.00 O \n+HETATM 252 H1 HOH A 51 10.384 26.456 26.642 1.00 0.00 H \n+HETATM 253 H2 HOH A 51 9.724 26.081 27.952 1.00 0.00 H \n+HETATM 254 DOH2 HOH A 51 10.497 25.781 27.403 1.00 0.00 EP \n+HETATM 255 OM HOH A 51 10.293 26.025 27.348 1.00 0.00 EP \n+HETATM 256 O HOH A 52 11.899 26.241 1.550 1.00 0.00 O \n+HETATM 257 H1 HOH A 52 11.716 27.042 2.041 1.00 0.00 H \n+HETATM 258 H2 HOH A 52 12.196 25.616 2.212 1.00 0.00 H \n+HETATM 259 DOH2 HOH A 52 11.869 26.203 1.456 1.00 0.00 EP \n+HETATM 260 OM HOH A 52 11.923 26.277 1.787 1.00 0.00 EP \n+HETATM 261 O HOH A 53 4.674 3.023 12.161 1.00 0.00 O \n+HETATM 262 H1 HOH A 53 3.783 3.277 11.917 1.00 0.00 H \n+HETATM 263 H2 HOH A 53 5.084 3.837 12.452 1.00 0.00 H \n+HETATM 264 DOH2 HOH A 53 4.749 2.929 12.172 1.00 0.00 EP \n+HETATM 265 OM HOH A 53 4.575 3.242 12.171 1.00 0.00 EP \n+HETATM 266 O HOH A 54 13.628 12.727 26.674 1.00 0.00 O \n+HETATM 267 H1 HOH A 54 13.613 12.098 25.953 1.00 0.00 H \n+HETATM 268 H2 HOH A 54 14.384 12.470 27.202 1.00 0.00 H \n+HETATM 269 DOH2 HOH A 54 13.544 12.824 26.723 1.00 0.00 EP \n+HETATM 270 OM HOH A 54 13.780 12.546 26.635 1.00 0.00 EP \n+HETATM 271 O HOH A 55 11.577 20.482 12.888 1.00 0.00 O \n+HETATM 272 H1 HOH A 55 11.481 21.256 12.333 1.00 0.00 H \n+HETATM 273 H2 HOH A 55 12.521 20.401 13.025 1.00 0.00 H \n+HETATM 274 DOH2 HOH A 55 11.520 20.434 12.945 1.00 0.00 EP \n+HETATM 275 OM HOH A 55 11.751 20.624 12.802 1.00 0.00 EP \n+HETATM 276 O HOH A 56 15.691 4.566 23.929 1.00 0.00 O \n+HETATM 277 H1 HOH A 56 16.275 5.153 23.448 1.00 0.00 H \n+HETATM 278 H2 HOH A 56 15.558 3.824 23.340 1.00 0.00 H \n+HETATM 279 DOH2 HOH A 56 15.669 4.571 24.006 1.00 0.00 EP \n+HETATM 280 OM HOH A 56 15.783 4.535 23.710 1.00 0.00 EP \n+HETATM 281 O HOH A 57 14.845 19.447 7.354 1.00 0.00 O \n+HETATM 282 H1 HOH A 57 14.111 18.925 7.679 1.00 0.00 H \n+HETATM 283 H2 HOH A 57 14.451 20.047 6.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 284 DOH2 HOH A 57 14.950 19.420 7.381 1.00 0.00 EP \n+HETATM 285 OM HOH A 57 14.614 19.463 7.291 1.00 0.00 EP \n+HETATM 286 O HOH A 58 3.666 12.887 5.441 1.00 0.00 O \n+HETATM 287 H1 HOH A 58 3.749 12.533 6.326 1.00 0.00 H \n+HETATM 288 H2 HOH A 58 2.942 13.511 5.500 1.00 0.00 H \n+HETATM 289 DOH2 HOH A 58 3.714 12.905 5.383 1.00 0.00 EP \n+HETATM 290 OM HOH A 58 3.535 12.943 5.635 1.00 0.00 EP \n+HETATM 291 O HOH A 59 11.830 4.700 19.081 1.00 0.00 O \n+HETATM 292 H1 HOH A 59 12.167 4.929 18.214 1.00 0.00 H \n+HETATM 293 H2 HOH A 59 12.138 5.404 19.652 1.00 0.00 H \n+HETATM 294 DOH2 HOH A 59 11.766 4.621 19.064 1.00 0.00 EP \n+HETATM 295 OM HOH A 59 11.962 4.891 19.020 1.00 0.00 EP \n+HETATM 296 O HOH A 60 3.288 24.044 5.220 1.00 0.00 O \n+HETATM 297 H1 HOH A 60 3.157 23.834 6.145 1.00 0.00 H \n+HETATM 298 H2 HOH A 60 3.681 23.255 4.848 1.00 0.00 H \n+HETATM 299 DOH2 HOH A 60 3.302 24.120 5.175 1.00 0.00 EP \n+HETATM 300 OM HOH A 60 3.342 23.839 5.333 1.00 0.00 EP \n+HETATM 301 O HOH A 61 9.086 6.492 12.366 1.00 0.00 O \n+HETATM 302 H1 HOH A 61 8.285 6.436 11.845 1.00 0.00 H \n+HETATM 303 H2 HOH A 61 9.715 5.943 11.899 1.00 0.00 H \n+HETATM 304 DOH2 HOH A 61 9.100 6.523 12.439 1.00 0.00 EP \n+HETATM 305 OM HOH A 61 9.051 6.368 12.163 1.00 0.00 EP \n+HETATM 306 O HOH A 62 5.941 19.492 14.546 1.00 0.00 O \n+HETATM 307 H1 HOH A 62 5.237 19.423 15.191 1.00 0.00 H \n+HETATM 308 H2 HOH A 62 6.511 20.183 14.885 1.00 0.00 H \n+HETATM 309 DOH2 HOH A 62 5.944 19.463 14.453 1.00 0.00 EP \n+HETATM 310 OM HOH A 62 5.914 19.620 14.748 1.00 0.00 EP \n+HETATM 311 O HOH A 63 12.809 4.939 12.705 1.00 0.00 O \n+HETATM 312 H1 HOH A 63 13.444 4.294 12.394 1.00 0.00 H \n+HETATM 313 H2 HOH A 63 12.601 4.660 13.596 1.00 0.00 H \n+HETATM 314 DOH2 HOH A 63 12.745 5.006 12.643 1.00 0.00 EP \n+HETATM 315 OM HOH A 63 12.897 4.749 12.824 1.00 0.00 EP \n+HETATM 316 O HOH A 64 10.773 15.600 11.285 1.00 0.00 O \n+HETATM 317 H1 HOH A 64 9.879 15.267 11.209 1.00 0.00 H \n+HETATM 318 H2 HOH A 64 10.685 16.412 11.785 1.00 0.00 H \n+HETATM 319 DOH2 HOH A 64 10.861 15.551 11.239 1.00 0.00 EP \n+HETATM 320 OM HOH A 64 10.572 15.698 11.372 1.00 0.00 EP \n+HETATM 321 O HOH A 65 11.930 8.319 9.469 1.00 0.00 O \n+HETATM 322 H1 HOH A 65 12.063 8.049 10.378 1.00 0.00 H \n+HETATM 323 H2 HOH A 65 11.075 8.749 9.469 1.00 0.00 H \n+HETATM 324 DOH2 HOH A 65 12.010 8.341 9.405 1.00 0.00 EP \n+HETATM 325 OM HOH A 65 11.782 8.352 9.655 1.00 0.00 EP \n+HETATM 326 O HOH A 66 7.177 28.247 0.860 1.00 0.00 O \n+HETATM 327 H1 HOH A 66 6.458 27.707 0.534 1.00 0.00 H \n+HETATM 328 H2 HOH A 66 7.320 27.943 1.756 1.00 0.00 H \n+HETATM 329 DOH2 HOH A 66 7.224 28.320 0.819 1.00 0.00 EP \n+HETATM 330 OM HOH A 66 7.059 28.074 0.977 1.00 0.00 EP \n+HETATM 331 O HOH A 67 15.590 18.757 3.473 1.00 0.00 O \n+HETATM 332 H1 HOH A 67 16.017 18.203 2.820 1.00 0.00 H \n+HETATM 333 H2 HOH A 67 15.730 18.301 4.303 1.00 0.00 H \n+HETATM 334 DOH2 HOH A 67 15.532 18.850 3.458 1.00 0.00 EP \n+HETATM 335 OM HOH A 67 15.706 18.550 3.509 1.00 0.00 EP \n+HETATM 336 O HOH A 68 5.934 1.107 3.140 1.00 0.00 O \n+HETATM 337 H1 HOH A 68 6.693 0.718 3.575 1.00 0.00 H \n+HETATM 338 H2 HOH A 68 6.082 2.051 3.196 1.00 0.00 H \n+HETATM 339 DOH2 HOH A 68 5.861 1.075 3.155 1.00 0.00 EP \n+HETATM 340 OM HOH A 68 6.120 1.221 3.241 1.00 0.00 EP \n+HETATM 341 O HOH A 69 9.510 9.001 6.458 1.00 0.00 O \n+HETATM 342 H1 HOH A 69 9.664 8.975 7.403 1.00 0.00 H \n+HETATM 343 H2 HOH A 69 10.022 9.750 6.153 1.00 0.00 H \n+HETATM 344 DOH2 HOH A 69 9.447 8.961 6.434 1.00 0.00 EP \n+HETATM 345 OM HOH A 69 9.647 9.149 6.589 1.00 0.00 EP \n+HETATM 346 O HOH A 70 10.950 17.962 16.067 1.00 0.00 O \n+HETATM 347 H1 HOH A 70 11.627 17.550 15.530 1.00 0.00 H \n+HETATM 348 H2 HOH A 70 10.211 17.355 16.029 1.00 0.00 H \n+HETATM 349 DOH2 HOH A 70 10.966 18.040 16.118 1.00 0.00 EP \n+HETATM 350 OM HOH A 70 10.937 17.753 15.949 1.00 0.00 EP \n+HETATM 351 O HOH A 71 9.475 9.675 9.615 1.00 0.00 O \n+HETATM 352 H1 HOH A 71 9.759 9.718 10.528 1.00 0.00 H \n+HETATM 353 H2 HOH A 71 8.591 9.311 9.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 354 DOH2 HOH A 71 9.543 9.699 9.542 1.00 0.00 EP \n+HETATM 355 OM HOH A 71 9.352 9.609 9.810 1.00 0.00 EP \n+HETATM 356 O HOH A 72 8.955 23.235 5.100 1.00 0.00 O \n+HETATM 357 H1 HOH A 72 9.325 22.677 5.785 1.00 0.00 H \n+HETATM 358 H2 HOH A 72 9.581 23.175 4.378 1.00 0.00 H \n+HETATM 359 DOH2 HOH A 72 8.856 23.255 5.091 1.00 0.00 EP \n+HETATM 360 OM HOH A 72 9.159 23.108 5.093 1.00 0.00 EP \n+HETATM 361 O HOH A 73 12.020 1.995 6.466 1.00 0.00 O \n+HETATM 362 H1 HOH A 73 12.146 1.892 7.409 1.00 0.00 H \n+HETATM 363 H2 HOH A 73 12.338 1.174 6.090 1.00 0.00 H \n+HETATM 364 DOH2 HOH A 73 11.983 2.065 6.422 1.00 0.00 EP \n+HETATM 365 OM HOH A 73 12.111 1.806 6.582 1.00 0.00 EP \n+HETATM 366 O HOH A 74 2.020 9.965 15.690 1.00 0.00 O \n+HETATM 367 H1 HOH A 74 1.188 10.146 15.253 1.00 0.00 H \n+HETATM 368 H2 HOH A 74 1.775 9.495 16.487 1.00 0.00 H \n+HETATM 369 DOH2 HOH A 74 2.109 9.965 15.622 1.00 0.00 EP \n+HETATM 370 OM HOH A 74 1.799 9.906 15.764 1.00 0.00 EP \n+HETATM 371 O HOH A 75 4.340 5.187 18.681 1.00 0.00 O \n+HETATM 372 H1 HOH A 75 5.011 4.642 18.270 1.00 0.00 H \n+HETATM 373 H2 HOH A 75 3.511 4.806 18.390 1.00 0.00 H \n+HETATM 374 DOH2 HOH A 75 4.359 5.285 18.746 1.00 0.00 EP \n+HETATM 375 OM HOH A 75 4.308 4.997 18.537 1.00 0.00 EP \n+HETATM 376 O HOH A 76 7.088 5.415 10.508 1.00 0.00 O \n+HETATM 377 H1 HOH A 76 6.626 5.896 9.822 1.00 0.00 H \n+HETATM 378 H2 HOH A 76 7.702 4.853 10.036 1.00 0.00 H \n+HETATM 379 DOH2 HOH A 76 7.061 5.427 10.625 1.00 0.00 EP \n+HETATM 380 OM HOH A 76 7.119 5.398 10.271 1.00 0.00 EP \n+HETATM 381 O HOH A 77 4.584 4.024 7.616 1.00 0.00 O \n+HETATM 382 H1 HOH A 77 4.141 3.377 8.164 1.00 0.00 H \n+HETATM 383 H2 HOH A 77 5.366 3.574 7.297 1.00 0.00 H \n+HETATM 384 DOH2 HOH A 77 4.572 4.067 7.594 1.00 0.00 EP \n+HETATM 385 OM HOH A 77 4.654 3.799 7.663 1.00 0.00 EP \n+HETATM 386 O HOH A 78 17.735 11.525 11.409 1.00 0.00 O \n+HETATM 387 H1 HOH A 78 18.424 11.441 10.749 1.00 0.00 H \n+HETATM 388 H2 HOH A 78 16.959 11.146 10.996 1.00 0.00 H \n+HETATM 389 DOH2 HOH A 78 17.745 11.585 11.488 1.00 0.00 EP \n+HETATM 390 OM HOH A 78 17.717 11.430 11.189 1.00 0.00 EP \n+HETATM 391 O HOH A 79 11.870 3.193 2.712 1.00 0.00 O \n+HETATM 392 H1 HOH A 79 12.016 3.810 1.995 1.00 0.00 H \n+HETATM 393 H2 HOH A 79 12.272 3.611 3.474 1.00 0.00 H \n+HETATM 394 DOH2 HOH A 79 11.834 3.079 2.701 1.00 0.00 EP \n+HETATM 395 OM HOH A 79 11.982 3.405 2.722 1.00 0.00 EP \n+HETATM 396 O HOH A 80 23.186 18.936 26.039 1.00 0.00 O \n+HETATM 397 H1 HOH A 80 22.486 19.242 26.615 1.00 0.00 H \n+HETATM 398 H2 HOH A 80 23.881 19.586 26.138 1.00 0.00 H \n+HETATM 399 DOH2 HOH A 80 23.194 18.850 25.981 1.00 0.00 EP \n+HETATM 400 OM HOH A 80 23.185 19.132 26.177 1.00 0.00 EP \n+HETATM 401 O HOH A 81 3.891 9.747 19.014 1.00 0.00 O \n+HETATM 402 H1 HOH A 81 4.504 9.064 18.742 1.00 0.00 H \n+HETATM 403 H2 HOH A 81 4.295 10.563 18.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 404 DOH2 HOH A 81 3.843 9.729 19.059 1.00 0.00 EP \n+HETATM 405 OM HOH A 81 4.100 9.774 18.898 1.00 0.00 EP \n+HETATM 406 O HOH A 82 13.659 10.211 2.971 1.00 0.00 O \n+HETATM 407 H1 HOH A 82 13.804 9.338 2.607 1.00 0.00 H \n+HETATM 408 H2 HOH A 82 14.538 10.544 3.153 1.00 0.00 H \n+HETATM 409 DOH2 HOH A 82 13.588 10.259 2.982 1.00 0.00 EP \n+HETATM 410 OM HOH A 82 13.869 10.100 2.934 1.00 0.00 EP \n+HETATM 411 O HOH A 83 10.799 11.912 0.807 1.00 0.00 O \n+HETATM 412 H1 HOH A 83 11.279 12.434 0.165 1.00 0.00 H \n+HETATM 413 H2 HOH A 83 11.151 12.187 1.654 1.00 0.00 H \n+HETATM 414 DOH2 HOH A 83 10.748 11.844 0.769 1.00 0.00 EP \n+HETATM 415 OM HOH A 83 10.970 12.075 0.849 1.00 0.00 EP \n+HETATM 416 O HOH A 84 6.128 29.204 7.425 1.00 0.00 O \n+HETATM 417 H1 HOH A 84 5.705 29.760 8.080 1.00 0.00 H \n+HETATM 418 H2 HOH A 84 6.929 29.674 7.193 1.00 0.00 H \n+HETATM 419 DOH2 HOH A 84 6.089 29.124 7.411 1.00 0.00 EP \n+HETATM 420 OM HOH A 84 6.205 29.415 7.512 1.00 0.00 EP \n+HETATM 421 O HOH A 85 15.791 5.654 9.690 1.00 0.00 O \n+HETATM 422 H1 HOH A 85 15.817 5.545 10.641 1.00 0.00 H \n+HETATM 423 H2 HOH A 85 16.680 5.918 9.454 1.00 0.00 H \n+HETATM 424 DOH2 HOH A 85 15.710 5.683 9.623 1.00 0.00 EP \n+HETATM 425 OM HOH A 85 15.979 5.686 9.837 1.00 0.00 EP \n+HETATM 426 O HOH A 86 15.688 20.338 9.990 1.00 0.00 O \n+HETATM 427 H1 HOH A 86 15.612 20.192 9.047 1.00 0.00 H \n+HETATM 428 H2 HOH A 86 14.990 19.806 10.372 1.00 0.00 H \n+HETATM 429 DOH2 HOH A 86 15.725 20.403 10.020 1.00 0.00 EP \n+HETATM 430 OM HOH A 86 15.529 20.199 9.875 1.00 0.00 EP \n+HETATM 431 O HOH A 87 18.551 19.888 13.634 1.00 0.00 O \n+HETATM 432 H1 HOH A 87 19.410 19.885 14.055 1.00 0.00 H \n+HETATM 433 H2 HOH A 87 18.735 20.069 12.712 1.00 0.00 H \n+HETATM 434 DOH2 HOH A 87 18.439 19.884 13.658 1.00 0.00 EP \n+HETATM 435 OM HOH A 87 18.765 19.924 13.531 1.00 0.00 EP \n+HETATM 436 O HOH A 88 7.010 15.006 14.501 1.00 0.00 O \n+HETATM 437 H1 HOH A 88 6.393 14.746 15.185 1.00 0.00 H \n+HETATM 438 H2 HOH A 88 7.166 14.205 14.001 1.00 0.00 H \n+HETATM 439 DOH2 HOH A 88 7.073 15.082 14.507 1.00 0.00 EP \n+HETATM 440 OM HOH A 88 6.916 14.789 14.539 1.00 0.00 EP \n+HETATM 441 O HOH A 89 22.098 11.812 9.097 1.00 0.00 O \n+HETATM 442 H1 HOH A 89 22.090 12.745 8.883 1.00 0.00 H \n+HETATM 443 H2 HOH A 89 22.841 11.460 8.606 1.00 0.00 H \n+HETATM 444 DOH2 HOH A 89 22.024 11.784 9.170 1.00 0.00 EP \n+HETATM 445 OM HOH A 89 22.249 11.931 8.952 1.00 0.00 EP \n+HETATM 446 O HOH A 90 0.850 2.387 12.933 1.00 0.00 O \n+HETATM 447 H1 HOH A 90 1.099 1.627 12.407 1.00 0.00 H \n+HETATM 448 H2 HOH A 90 1.271 3.128 12.497 1.00 0.00 H \n+HETATM 449 DOH2 HOH A 90 0.811 2.368 12.998 1.00 0.00 EP \n+HETATM 450 OM HOH A 90 0.987 2.383 12.736 1.00 0.00 EP \n+HETATM 451 O HOH A 91 9.160 13.036 20.545 1.00 0.00 O \n+HETATM 452 H1 HOH A 91 9.521 12.152 20.615 1.00 0.00 H \n+HETATM 453 H2 HOH A 91 9.489 13.363 19.707 1.00 0.00 H \n+HETATM 454 DOH2 HOH A 91 9.114 13.072 20.581 1.00 0.00 EP \n+HETATM 455 OM HOH A 91 9.302 12.922 20.387 1.00 0.00 EP \n+HETATM 456 O HOH A 92 6.076 10.457 28.499 1.00 0.00 O \n+HETATM 457 H1 HOH A 92 6.912 10.837 28.768 1.00 0.00 H \n+HETATM 458 H2 HOH A 92 5.562 10.412 29.305 1.00 0.00 H \n+HETATM 459 DOH2 HOH A 92 6.049 10.416 28.387 1.00 0.00 EP \n+HETATM 460 OM HOH A 92 6.142 10.526 28.719 1.00 0.00 EP \n+HETATM 461 O HOH A 93 12.473 13.552 14.392 1.00 0.00 O \n+HETATM 462 H1 HOH A 93 12.076 13.209 13.591 1.00 0.00 H \n+HETATM 463 H2 HOH A 93 12.900 12.794 14.791 1.00 0.00 H \n+HETATM 464 DOH2 HOH A 93 12.489 13.635 14.413 1.00 0.00 EP \n+HETATM 465 OM HOH A 93 12.479 13.326 14.310 1.00 0.00 EP \n+HETATM 466 O HOH A 94 10.090 8.984 2.580 1.00 0.00 O \n+HETATM 467 H1 HOH A 94 10.621 8.924 1.786 1.00 0.00 H \n+HETATM 468 H2 HOH A 94 10.639 9.464 3.200 1.00 0.00 H \n+HETATM 469 DOH2 HOH A 94 10.013 8.966 2.606 1.00 0.00 EP \n+HETATM 470 OM HOH A 94 10.311 9.070 2.544 1.00 0.00 EP \n+HETATM 471 O HOH A 95 5.017 15.587 23.383 1.00 0.00 O \n+HETATM 472 H1 HOH A 95 4.559 16.182 22.790 1.00 0.00 H \n+HETATM 473 H2 HOH A 95 5.427 16.161 24.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 474 DOH2 HOH A 95 5.027 15.498 23.380 1.00 0.00 EP \n+HETATM 475 OM HOH A 95 5.007 15.827 23.394 1.00 0.00 EP \n+HETATM 476 O HOH A 96 3.398 15.895 14.479 1.00 0.00 O \n+HETATM 477 H1 HOH A 96 4.056 16.487 14.842 1.00 0.00 H \n+HETATM 478 H2 HOH A 96 2.647 15.980 15.066 1.00 0.00 H \n+HETATM 479 DOH2 HOH A 96 3.417 15.857 14.412 1.00 0.00 EP \n+HETATM 480 OM HOH A 96 3.379 16.034 14.674 1.00 0.00 EP \n+HETATM 481 O HOH A 97 9.976 1.565 8.983 1.00 0.00 O \n+HETATM 482 H1 HOH A 97 10.904 1.477 9.200 1.00 0.00 H \n+HETATM 483 H2 HOH A 97 9.535 0.939 9.557 1.00 0.00 H \n+HETATM 484 DOH2 HOH A 97 9.905 1.599 8.915 1.00 0.00 EP \n+HETATM 485 OM HOH A 97 10.076 1.419 9.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 486 O HOH A 98 13.057 9.667 7.329 1.00 0.00 O \n+HETATM 487 H1 HOH A 98 13.775 9.153 6.958 1.00 0.00 H \n+HETATM 488 H2 HOH A 98 12.718 9.126 8.042 1.00 0.00 H \n+HETATM 489 DOH2 HOH A 98 13.020 9.766 7.313 1.00 0.00 EP \n+HETATM 490 OM HOH A 98 13.135 9.451 7.399 1.00 0.00 EP \n+HETATM 491 O HOH A 99 20.195 14.624 11.125 1.00 0.00 O \n+HETATM 492 H1 HOH A 99 20.157 15.210 11.880 1.00 0.00 H \n+HETATM 493 H2 HOH A 99 19.278 14.466 10.898 1.00 0.00 H \n+HETATM 494 DOH2 HOH A 99 20.270 14.572 11.095 1.00 0.00 EP \n+HETATM 495 OM HOH A 99 19.999 14.712 11.233 1.00 0.00 EP \n+HETATM 496 O HOH A 100 18.093 10.567 27.227 1.00 0.00 O \n+HETATM 497 H1 HOH A 100 18.115 10.237 26.328 1.00 0.00 H \n+HETATM 498 H2 HOH A 100 18.989 10.858 27.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 499 DOH2 HOH A 100 18.005 10.579 27.311 1.00 0.00 EP \n+HETATM 500 OM HOH A 100 18.281 10.559 27.078 1.00 0.00 EP \n+HETATM 501 O HOH A 101 5.414 11.986 18.191 1.00 0.00 O \n+HETATM 502 H1 HOH A 101 5.835 11.345 17.618 1.00 0.00 H \n+HETATM 503 H2 HOH A 101 5.302 12.762 17.643 1.00 0.00 H \n+HETATM 504 DOH2 HOH A 101 5.397 11.960 18.269 1.00 0.00 EP \n+HETATM 505 OM HOH A 101 5.477 12.013 17.961 1.00 0.00 EP \n+HETATM 506 O HOH A 102 3.980 6.371 21.160 1.00 0.00 O \n+HETATM 507 H1 HOH A 102 4.138 5.933 20.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 508 H2 HOH A 102 4.141 7.297 20.980 1.00 0.00 H \n+HETATM 509 DOH2 HOH A 102 3.969 6.351 21.255 1.00 0.00 EP \n+HETATM 510 OM HOH A 102 4.045 6.471 20.951 1.00 0.00 EP \n+HETATM 511 O HOH A 103 16.953 9.063 20.784 1.00 0.00 O \n+HETATM 512 H1 HOH A 103 16.161 8.865 20.284 1.00 0.00 H \n+HETATM 513 H2 HOH A 103 16.740 8.806 21.681 1.00 0.00 H \n+HETATM 514 DOH2 HOH A 103 17.048 9.124 20.758 1.00 0.00 EP \n+HETATM 515 OM HOH A 103 16.747 8.970 20.865 1.00 0.00 EP \n+HETATM 516 O HOH A 104 17.022 1.186 17.073 1.00 0.00 O \n+HETATM 517 H1 HOH A 104 16.985 1.978 17.609 1.00 0.00 H \n+HETATM 518 H2 HOH A 104 16.375 0.600 17.468 1.00 0.00 H \n+HETATM 519 DOH2 HOH A 104 17.094 1.161 17.005 1.00 0.00 EP \n+HETATM 520 OM HOH A 104 16.882 1.228 17.264 1.00 0.00 EP \n+HETATM 521 O HOH A 105 4.776 25.062 12.747 1.00 0.00 O \n+HETATM 522 H1 HOH A 105 5.635 25.361 13.046 1.00 0.00 H \n+HETATM 523 H2 HOH A 105 4.241 25.855 12.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 524 DOH2 HOH A 105 4.737 24.972 12.704 1.00 0.00 EP \n+HETATM 525 OM HOH A 105 4.843 25.286 12.803 1.00 0.00 EP \n+HETATM 526 O HOH A 106 5.384 14.606 11.412 1.00 0.00 O \n+HETATM 527 H1 HOH A 106 4.611 15.169 11.373 1.00 0.00 H \n+HETATM 528 H2 HOH A 106 5.226 14.033 12.162 1.00 0.00 H \n+HETATM 529 DOH2 HOH A 106 5.471 14.601 11.328 1.00 0.00 EP \n+HETATM 530 OM HOH A 106 5.193 14.604 11.558 1.00 0.00 EP \n+HETATM 531 O HOH A 107 13.901 16.116 8.034 1.00 0.00 O \n+HETATM 532 H1 HOH A 107 14.015 15.758 7.153 1.00 0.00 H \n+HETATM 533 H2 HOH A 107 13.305 16.855 7.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 534 DOH2 HOH A 107 13.945 16.072 8.124 1.00 0.00 EP \n+HETATM 535 OM HOH A 107 13.802 16.194 7.829 1.00 0.00 EP \n+HETATM 536 O HOH A 108 8.706 4.049 8.741 1.00 0.00 O \n+HETATM 537 H1 HOH A 108 9.189 4.588 8.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 538 H2 HOH A 108 9.220 3.245 8.812 1.00 0.00 H \n+HETATM 539 DOH2 HOH A 108 8.622 4.059 8.757 1.00 0.00 EP \n+HETATM 540 OM HOH A 108 8.911 3.994 8.627 1.00 0.00 EP \n+HETATM 541 O HOH A 109 9.714 30.093 18.826 1.00 0.00 O \n+HETATM 542 H1 HOH A 109 9.929 29.280 18.370 1.00 0.00 H \n+HETATM 543 H2 HOH A 109 10.478 30.653 18.691 1.00 0.00 H \n+HETATM 544 DOH2 HOH A 109 9.637 30.129 18.886 1.00 0.00 EP \n+HETATM 545 OM HOH A 109 9.915 30.041 18.705 1.00 0.00 EP \n+HETATM 546 O HOH A 110 6.094 25.775 16.074 1.00 0.00 O \n+HETATM 547 H1 HOH A 110 5.181 26.057 16.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 548 H2 HOH A 110 6.435 25.926 15.193 1.00 0.00 H \n+HETATM 549 DOH2 HOH A 110 6.139 25.744 16.140 1.00 0.00 EP \n+HETATM 550 OM HOH A 110 5.977 25.864 15.884 1.00 0.00 EP \n+HETATM 551 O HOH A 111 3.645 7.865 6.388 1.00 0.00 O \n+HETATM 552 H1 HOH A 111 3.493 7.990 7.324 1.00 0.00 H \n+HETATM 553 H2 HOH A 111 4.203 8.600 6.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 554 DOH2 HOH A 111 3.590 7.806 6.330 1.00 0.00 EP \n+HETATM 555 OM HOH A 111 3.728 8.041 6.528 1.00 0.00 EP \n+HETATM 556 O HOH A 112 20.506 8.204 17.806 1.00 0.00 O \n+HETATM 557 H1 HOH A 112 20.255 8.527 18.671 1.00 0.00 H \n+HETATM 558 H2 HOH A 112 20.759 8.989 17.320 1.00 0.00 H \n+HETATM 559 DOH2 HOH A 112 20.498 8.136 17.757 1.00 0.00 EP \n+HETATM 560 OM HOH A 112 20.506 8.431 17.884 1.00 0.00 EP \n+HETATM 561 O HOH A 113 3.672 29.122 14.499 1.00 0.00 O \n+HETATM 562 H1 HOH A 113 3.584 28.619 13.689 1.00 0.00 H \n+HETATM 563 H2 HOH A 113 4.315 29.801 14.290 1.00 0.00 H \n+HETATM 564 DOH2 HOH A 113 3.625 29.090 14.580 1.00 0.00 EP \n+HETATM 565 OM HOH A 113 3.786 29.158 14.290 1.00 0.00 EP \n+HETATM 566 O HOH A 114 7.448 15.768 0.591 1.00 0.00 O \n+HETATM 567 H1 HOH A 114 7.501 14.968 1.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 568 H2 HOH A 114 8.360 16.023 0.450 1.00 0.00 H \n+HETATM 569 DOH2 HOH A 114 7.381 15.795 0.578 1.00 0.00 EP \n+HETATM 570 OM HOH A 114 7.646 15.656 0.670 1.00 0.00 EP \n+HETATM 571 O HOH A 115 9.651 2.998 5.403 1.00 0.00 O \n+HETATM 572 H1 HOH A 115 10.440 2.637 5.807 1.00 0.00 H \n+HETATM 573 H2 HOH A 115 9.580 2.542 4.564 1.00 0.00 H \n+HETATM 574 DOH2 HOH A 115 9.592 3.073 5.452 1.00 0.00 EP \n+HETATM 575 OM HOH A 115 9.798 2.830 5.314 1.00 0.00 EP \n+HETATM 576 O HOH A 116 9.054 16.080 15.954 1.00 0.00 O \n+HETATM 577 H1 HOH A 116 9.217 15.450 16.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 578 H2 HOH A 116 8.376 15.671 15.416 1.00 0.00 H \n+HETATM 579 DOH2 HOH A 116 9.095 16.170 15.968 1.00 0.00 EP \n+HETATM 580 OM HOH A 116 8.949 15.867 15.987 1.00 0.00 EP \n+HETATM 581 O HOH A 117 24.437 10.980 22.981 1.00 0.00 O \n+HETATM 582 H1 HOH A 117 24.382 10.275 23.627 1.00 0.00 H \n+HETATM 583 H2 HOH A 117 23.564 11.017 22.591 1.00 0.00 H \n+HETATM 584 DOH2 HOH A 117 24.515 11.016 22.950 1.00 0.00 EP \n+HETATM 585 OM HOH A 117 24.246 10.843 23.033 1.00 0.00 EP \n+HETATM 586 O HOH A 118 12.748 6.818 20.573 1.00 0.00 O \n+HETATM 587 H1 HOH A 118 13.356 7.450 20.188 1.00 0.00 H \n+HETATM 588 H2 HOH A 118 12.713 7.054 21.500 1.00 0.00 H \n+HETATM 589 DOH2 HOH A 118 12.662 6.757 20.522 1.00 0.00 EP \n+HETATM 590 OM HOH A 118 12.866 6.996 20.684 1.00 0.00 EP \n+HETATM 591 O HOH A 119 13.869 9.633 28.368 1.00 0.00 O \n+HETATM 592 H1 HOH A 119 14.467 8.886 28.365 1.00 0.00 H \n+HETATM 593 H2 HOH A 119 14.440 10.399 28.307 1.00 0.00 H \n+HETATM 594 DOH2 HOH A 119 13.780 9.616 28.374 1.00 0.00 EP \n+HETATM 595 OM HOH A 119 14.109 9.637 28.355 1.00 0.00 EP \n+HETATM 596 O HOH A 120 15.774 7.059 27.984 1.00 0.00 O \n+HETATM 597 H1 HOH A 120 15.947 6.929 28.917 1.00 0.00 H \n+HETATM 598 H2 HOH A 120 15.493 6.200 27.670 1.00 0.00 H \n+HETATM 599 DOH2 HOH A 120 15.779 7.123 27.901 1.00 0.00 EP \n+HETATM 600 OM HOH A 120 15.752 6.856 28.111 1.00 0.00 EP \n+HETATM 601 O HOH A 121 19.531 16.626 7.088 1.00 0.00 O \n+HETATM 602 H1 HOH A 121 19.355 17.389 6.537 1.00 0.00 H \n+HETATM 603 H2 HOH A 121 19.102 16.826 7.919 1.00 0.00 H \n+HETATM 604 DOH2 HOH A 121 19.570 16.569 7.088 1.00 0.00 EP \n+HETATM 605 OM HOH A 121 19.407 16.824 7.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 606 O HOH A 122 24.586 15.263 9.125 1.00 0.00 O \n+HETATM 607 H1 HOH A 122 24.995 14.759 9.829 1.00 0.00 H \n+HETATM 608 H2 HOH A 122 24.953 14.893 8.321 1.00 0.00 H \n+HETATM 609 DOH2 HOH A 122 24.519 15.337 9.137 1.00 0.00 EP \n+HETATM 610 OM HOH A 122 24.745 15.084 9.104 1.00 0.00 EP \n+HETATM 611 O HOH A 123 5.786 10.753 12.494 1.00 0.00 O \n+HETATM 612 H1 HOH A 123 5.316 10.872 13.319 1.00 0.00 H \n+HETATM 613 H2 HOH A 123 6.470 11.422 12.509 1.00 0.00 H \n+HETATM 614 DOH2 HOH A 123 5.755 10.687 12.440 1.00 0.00 EP \n+HETATM 615 OM HOH A 123 5.830 10.915 12.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 616 O HOH A 124 28.262 1.983 13.972 1.00 0.00 O \n+HETATM 617 H1 HOH A 124 28.412 2.099 14.910 1.00 0.00 H \n+HETATM 618 H2 HOH A 124 29.100 2.203 13.566 1.00 0.00 H \n+HETATM 619 DOH2 HOH A 124 28.170 1.927 13.921 1.00 0.00 EP \n+HETATM 620 OM HOH A 124 28.465 2.052 14.081 1.00 0.00 EP \n+HETATM 621 O HOH A 125 15.102 7.776 13.355 1.00 0.00 O \n+HETATM 622 H1 HOH A 125 15.415 6.957 12.971 1.00 0.00 H \n+HETATM 623 H2 HOH A 125 15.896 8.222 13.649 1.00 0.00 H \n+HETATM 624 DOH2 HOH A 125 15.009 7.776 13.378 1.00 0.00 EP \n+HETATM 625 OM HOH A 125 15.329 7.700 13.336 1.00 0.00 EP \n+HETATM 626 O HOH A 126 14.157 26.732 11.008 1.00 0.00 O \n+HETATM 627 H1 HOH A 126 13.855 25.924 11.422 1.00 0.00 H \n+HETATM 628 H2 HOH A 126 13.373 27.103 10.604 1.00 0.00 H \n+HETATM 629 DOH2 HOH A 126 14.215 26.739 10.969 1.00 0.00 EP \n+HETATM 630 OM HOH A 126 13.934 26.643 11.010 1.00 0.00 EP \n+HETATM 631 O HOH A 127 0.992 17.796 29.157 1.00 0.00 O \n+HETATM 632 H1 HOH A 127 1.481 17.937 29.967 1.00 0.00 H \n+HETATM 633 H2 HOH A 127 1.551 17.219 28.637 1.00 0.00 H \n+HETATM 634 DOH2 HOH A 127 0.882 17.825 29.135 1.00 0.00 EP \n+HETATM 635 OM HOH A 127 1.207 17.707 29.216 1.00 0.00 EP \n+HETATM 636 O HOH A 128 2.491 13.100 11.767 1.00 0.00 O \n+HETATM 637 H1 HOH A 128 3.153 13.090 12.459 1.00 0.00 H \n+HETATM 638 H2 HOH A 128 2.465 14.011 11.473 1.00 0.00 H \n+HETATM 639 DOH2 HOH A 128 2.443 13.028 11.741 1.00 0.00 EP \n+HETATM 640 OM HOH A 128 2.621 13.285 11.848 1.00 0.00 EP \n+HETATM 641 O HOH A 129 3.766 10.890 10.489 1.00 0.00 O \n+HETATM 642 H1 HOH A 129 3.235 11.600 10.848 1.00 0.00 H \n+HETATM 643 H2 HOH A 129 4.477 10.779 11.120 1.00 0.00 H \n+HETATM 644 DOH2 HOH A 129 3.755 10.848 10.394 1.00 0.00 EP \n+HETATM 645 OM HOH A 129 3.803 11.013 10.692 1.00 0.00 EP \n+HETATM 646 O HOH A 130 2.844 2.343 9.212 1.00 0.00 O \n+HETATM 647 H1 HOH A 130 2.168 3.020 9.200 1.00 0.00 H \n+HETATM 648 H2 HOH A 130 2.358 1.518 9.226 1.00 0.00 H \n+HETATM 649 DOH2 HOH A 130 2.960 2.340 9.199 1.00 0.00 EP \n+HETATM 650 OM HOH A 130 2.606 2.312 9.213 1.00 0.00 EP \n+HETATM 651 O HOH A 131 2.998 15.945 11.675 1.00 0.00 O \n+HETATM 652 H1 HOH A 131 3.071 16.005 12.628 1.00 0.00 H \n+HETATM 653 H2 HOH A 131 3.021 16.854 11.376 1.00 0.00 H \n+HETATM 654 DOH2 HOH A 131 3.031 15.872 11.638 1.00 0.00 EP \n+HETATM 655 OM HOH A 131 3.018 16.144 11.809 1.00 0.00 EP \n+HETATM 656 O HOH A 132 12.528 14.417 17.232 1.00 0.00 O \n+HETATM 657 H1 HOH A 132 12.365 14.183 16.318 1.00 0.00 H \n+HETATM 658 H2 HOH A 132 13.462 14.621 17.265 1.00 0.00 H \n+HETATM 659 DOH2 HOH A 132 12.458 14.390 17.292 1.00 0.00 EP \n+HETATM 660 OM HOH A 132 12.686 14.411 17.051 1.00 0.00 EP \n+HETATM 661 O HOH A 133 15.754 11.789 28.050 1.00 0.00 O \n+HETATM 662 H1 HOH A 133 16.489 11.307 27.672 1.00 0.00 H \n+HETATM 663 H2 HOH A 133 16.109 12.656 28.245 1.00 0.00 H \n+HETATM 664 DOH2 HOH A 133 15.644 11.775 28.036 1.00 0.00 EP \n+HETATM 665 OM HOH A 133 15.977 11.868 28.012 1.00 0.00 EP \n+HETATM 666 O HOH A 134 10.015 15.107 3.745 1.00 0.00 O \n+HETATM 667 H1 HOH A 134 10.448 15.305 4.575 1.00 0.00 H \n+HETATM 668 H2 HOH A 134 10.089 15.915 3.236 1.00 0.00 H \n+HETATM 669 DOH2 HOH A 134 9.944 15.052 3.743 1.00 0.00 EP \n+HETATM 670 OM HOH A 134 10.119 15.313 3.811 1.00 0.00 EP \n+HETATM 671 O HOH A 135 7.098 17.596 17.377 1.00 0.00 O \n+HETATM 672 H1 HOH A 135 6.961 16.807 17.901 1.00 0.00 H \n+HETATM 673 H2 HOH A 135 7.789 17.357 16.759 1.00 0.00 H \n+HETATM 674 DOH2 HOH A 135 7.084 17.667 17.393 1.00 0.00 EP \n+HETATM 675 OM HOH A 135 7.212 17.385 17.358 1.00 0.00 EP \n+HETATM 676 O HOH A 136 8.395 1.118 14.016 1.00 0.00 O \n+HETATM 677 H1 HOH A 136 8.620 1.841 13.431 1.00 0.00 H \n+HETATM 678 H2 HOH A 136 9.018 1.192 14.739 1.00 0.00 H \n+HETATM 679 DOH2 HOH A 136 8.321 1.058 14.004 1.00 0.00 EP \n+HETATM 680 OM HOH A 136 8.569 1.281 14.044 1.00 0.00 EP \n+HETATM 681 O HOH A 137 12.586 24.409 3.529 1.00 0.00 O \n+HETATM 682 H1 HOH A 137 11.965 23.719 3.296 1.00 0.00 H \n+HETATM 683 H2 HOH A 137 13.445 24.033 3.336 1.00 0.00 H \n+HETATM 684 DOH2 HOH A 137 12.579 24.486 3.548 1.00 0.00 EP \n+HETATM 685 OM HOH A 137 12.635 24.190 3.442 1.00 0.00 EP \n+HETATM 686 O HOH A 138 3.931 28.350 6.037 1.00 0.00 O \n+HETATM 687 H1 HOH A 138 3.811 29.055 5.401 1.00 0.00 H \n+HETATM 688 H2 HOH A 138 4.698 28.613 6.546 1.00 0.00 H \n+HETATM 689 DOH2 HOH A 138 3.890 28.276 6.042 1.00 0.00 EP \n+HETATM 690 OM HOH A 138 4.064 28.549 6.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 691 O HOH A 139 1.298 22.091 17.342 1.00 0.00 O \n+HETATM 692 H1 HOH A 139 2.143 22.201 16.907 1.00 0.00 H \n+HETATM 693 H2 HOH A 139 1.192 22.885 17.865 1.00 0.00 H \n+HETATM 694 DOH2 HOH A 139 1.235 22.038 17.313 1.00 0.00 EP \n+HETATM 695 OM HOH A 139 1.450 22.276 17.360 1.00 0.00 EP \n+HETATM 696 O HOH A 140 19.198 9.368 6.835 1.00 0.00 O \n+HETATM 697 H1 HOH A 140 20.115 9.593 6.678 1.00 0.00 H \n+HETATM 698 H2 HOH A 140 19.164 8.417 6.736 1.00 0.00 H \n+HETATM 699 DOH2 HOH A 140 19.113 9.424 6.814 1.00 0.00 EP \n+HETATM 700 OM HOH A 140 19.379 9.219 6.783 1.00 0.00 EP \n+HETATM 701 O HOH A 141 5.299 14.980 4.631 1.00 0.00 O \n+HETATM 702 H1 HOH A 141 6.190 14.635 4.570 1.00 0.00 H \n+HETATM 703 H2 HOH A 141 4.775 14.240 4.938 1.00 0.00 H \n+HETATM 704 DOH2 HOH A 141 5.260 15.018 4.577 1.00 0.00 EP \n+HETATM 705 OM HOH A 141 5.374 14.757 4.681 1.00 0.00 EP \n+HETATM 706 O HOH A 142 16.017 11.439 3.764 1.00 0.00 O \n+HETATM 707 H1 HOH A 142 16.869 11.119 4.062 1.00 0.00 H \n+HETATM 708 H2 HOH A 142 15.620 11.826 4.544 1.00 0.00 H \n+HETATM 709 DOH2 HOH A 142 15.971 11.437 3.668 1.00 0.00 EP \n+HETATM 710 OM HOH A 142 16.110 11.453 3.985 1.00 0.00 EP \n+HETATM 711 O HOH A 143 13.540 15.919 10.837 1.00 0.00 O \n+HETATM 712 H1 HOH A 143 12.601 15.770 10.950 1.00 0.00 H \n+HETATM 713 H2 HOH A 143 13.673 15.896 9.889 1.00 0.00 H \n+HETATM 714 DOH2 HOH A 143 13.578 15.947 10.884 1.00 0.00 EP \n+HETATM 715 OM HOH A 143 13.375 15.884 10.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 716 O HOH A 144 6.306 9.808 16.711 1.00 0.00 O \n+HETATM 717 H1 HOH A 144 7.252 9.662 16.706 1.00 0.00 H \n+HETATM 718 H2 HOH A 144 5.950 9.057 17.186 1.00 0.00 H \n+HETATM 719 DOH2 HOH A 144 6.244 9.893 16.688 1.00 0.00 EP \n+HETATM 720 OM HOH A 144 6.427 9.624 16.807 1.00 0.00 EP \n+HETATM 721 O HOH A 145 9.202 20.115 21.805 1.00 0.00 O \n+HETATM 722 H1 HOH A 145 9.825 19.408 21.638 1.00 0.00 H \n+HETATM 723 H2 HOH A 145 9.648 20.685 22.431 1.00 0.00 H \n+HETATM 724 DOH2 HOH A 145 9.141 20.119 21.761 1.00 0.00 EP \n+HETATM 725 OM HOH A 145 9.421 20.087 21.899 1.00 0.00 EP \n+HETATM 726 O HOH A 146 8.675 20.569 2.232 1.00 0.00 O \n+HETATM 727 H1 HOH A 146 8.836 19.975 2.966 1.00 0.00 H \n+HETATM 728 H2 HOH A 146 7.967 21.137 2.535 1.00 0.00 H \n+HETATM 729 DOH2 HOH A 146 8.713 20.569 2.188 1.00 0.00 EP \n+HETATM 730 OM HOH A 146 8.563 20.564 2.445 1.00 0.00 EP \n+HETATM 731 O HOH A 147 12.983 -0.359 5.347 1.00 0.00 O \n+HETATM 732 H1 HOH A 147 13.245 -0.994 6.014 1.00 0.00 H \n+HETATM 733 H2 HOH A 147 13.702 -0.363 4.715 1.00 0.00 H \n+HETATM 734 DOH2 HOH A 147 12.919 -0.313 5.353 1.00 0.00 EP \n+HETATM 735 OM HOH A 147 13.184 -0.490 5.354 1.00 0.00 EP \n+HETATM 736 O HOH A 148 8.564 17.388 9.529 1.00 0.00 O \n+HETATM 737 H1 HOH A 148 9.427 17.785 9.643 1.00 0.00 H \n+HETATM 738 H2 HOH A 148 7.962 17.994 9.962 1.00 0.00 H \n+HETATM 739 DOH2 HOH A 148 8.538 17.323 9.495 1.00 0.00 EP \n+HETATM 740 OM HOH A 148 8.618 17.594 9.641 1.00 0.00 EP \n+HETATM 741 O HOH A 149 11.779 9.372 0.272 1.00 0.00 O \n+HETATM 742 H1 HOH A 149 11.438 10.258 0.399 1.00 0.00 H \n+HETATM 743 H2 HOH A 149 12.508 9.480 -0.338 1.00 0.00 H \n+HETATM 744 DOH2 HOH A 149 11.733 9.290 0.304 1.00 0.00 EP \n+HETATM 745 OM HOH A 149 11.859 9.576 0.173 1.00 0.00 EP \n+HETATM 746 O HOH A 150 14.217 20.921 19.585 1.00 0.00 O \n+HETATM 747 H1 HOH A 150 13.545 20.591 20.182 1.00 0.00 H \n+HETATM 748 H2 HOH A 150 14.268 20.261 18.893 1.00 0.00 H \n+HETATM 749 DOH2 HOH A 150 14.291 20.966 19.621 1.00 0.00 EP \n+HETATM 750 OM HOH A 150 14.090 20.718 19.566 1.00 0.00 EP \n+HETATM 751 O HOH A 151 8.074 14.960 10.890 1.00 0.00 O \n+HETATM 752 H1 HOH A 151 7.133 14.917 11.059 1.00 0.00 H \n+HETATM 753 H2 HOH A 151 8.184 15.733 10.336 1.00 0.00 H \n+HETATM 754 DOH2 HOH A 151 8.144 14.913 10.932 1.00 0.00 EP \n+HETATM 755 OM HOH A 151 7.904 15.110 10.811 1.00 0.00 EP \n+HETATM 756 O HOH A 152 25.476 15.509 15.787 1.00 0.00 O \n+HETATM 757 H1 HOH A 152 26.243 15.704 15.249 1.00 0.00 H \n+HETATM 758 H2 HOH A 152 25.766 14.813 16.376 1.00 0.00 H \n+HETATM 759 DOH2 HOH A 152 25.410 15.549 15.755 1.00 0.00 EP \n+HETATM 760 OM HOH A 152 25.693 15.406 15.797 1.00 0.00 EP \n+HETATM 761 O HOH A 153 14.426 4.987 7.415 1.00 0.00 O \n+HETATM 762 H1 HOH A 153 14.845 4.157 7.187 1.00 0.00 H \n+HETATM 763 H2 HOH A 153 14.824 5.235 8.250 1.00 0.00 H \n+HETATM 764 DOH2 HOH A 153 14.354 5.018 7.376 1.00 0.00 EP \n+HETATM 765 OM HOH A 153 14.593 4.868 7.540 1.00 0.00 EP \n+HETATM 766 O HOH A 154 15.038 18.183 29.149 1.00 0.00 O \n+HETATM 767 H1 HOH A 154 14.950 19.087 28.846 1.00 0.00 H \n+HETATM 768 H2 HOH A 154 15.968 18.086 29.350 1.00 0.00 H \n+HETATM 769 DOH2 HOH A 154 14.958 18.100 29.095 1.00 0.00 EP \n+HETATM 770 OM HOH A 154 15.211 18.349 29.128 1.00 0.00 EP \n+HETATM 771 O HOH A 155 15.213 15.005 17.043 1.00 0.00 O \n+HETATM 772 H1 HOH A 155 15.096 15.773 16.484 1.00 0.00 H \n+HETATM 773 H2 HOH A 155 16.032 15.171 17.511 1.00 0.00 H \n+HETATM 774 DOH2 HOH A 155 15.141 14.930 17.039 1.00 0.00 EP \n+HETATM 775 OM HOH A 155 15.357 15.197 17.024 1.00 0.00 EP \n+HETATM 776 O HOH A 156 7.964 13.047 27.502 1.00 0.00 O \n+HETATM 777 H1 HOH A 156 8.030 12.496 28.282 1.00 0.00 H \n+HETATM 778 H2 HOH A 156 8.624 13.728 27.633 1.00 0.00 H \n+HETATM 779 DOH2 HOH A 156 7.889 13.048 27.407 1.00 0.00 EP \n+HETATM 780 OM HOH A 156 8.113 13.074 27.689 1.00 0.00 EP \n+HETATM 781 O HOH A 157 17.853 18.272 29.478 1.00 0.00 O \n+HETATM 782 H1 HOH A 157 18.427 17.543 29.243 1.00 0.00 H \n+HETATM 783 H2 HOH A 157 18.442 19.021 29.572 1.00 0.00 H \n+HETATM 784 DOH2 HOH A 157 17.765 18.247 29.526 1.00 0.00 EP \n+HETATM 785 OM HOH A 157 18.092 18.276 29.449 1.00 0.00 EP \n+HETATM 786 O HOH A 158 27.641 13.372 13.074 1.00 0.00 O \n+HETATM 787 H1 HOH A 158 27.287 12.727 13.687 1.00 0.00 H \n+HETATM 788 H2 HOH A 158 28.438 12.966 12.732 1.00 0.00 H \n+HETATM 789 DOH2 HOH A 158 27.591 13.447 13.068 1.00 0.00 EP \n+HETATM 790 OM HOH A 158 27.732 13.156 13.130 1.00 0.00 EP \n+HETATM 791 O HOH A 159 19.444 11.248 9.390 1.00 0.00 O \n+HETATM 792 H1 HOH A 159 20.376 11.430 9.266 1.00 0.00 H \n+HETATM 793 H2 HOH A 159 19.005 11.793 8.737 1.00 0.00 H \n+HETATM 794 DOH2 HOH A 159 19.385 11.207 9.480 1.00 0.00 EP \n+HETATM 795 OM HOH A 159 19.545 11.397 9.231 1.00 0.00 EP \n+HETATM 796 O HOH A 160 13.592 12.208 8.381 1.00 0.00 O \n+HETATM 797 H1 HOH A 160 12.825 12.573 8.822 1.00 0.00 H \n+HETATM 798 H2 HOH A 160 13.352 11.301 8.190 1.00 0.00 H \n+HETATM 799 DOH2 HOH A 160 13.675 12.260 8.331 1.00 0.00 EP \n+HETATM 800 OM HOH A 160 13.386 12.097 8.432 1.00 0.00 EP \n+HETATM 801 O HOH A 161 5.077 0.808 9.343 1.00 0.00 O \n+HETATM 802 H1 HOH A 161 5.752 1.201 9.895 1.00 0.00 H \n+HETATM 803 H2 HOH A 161 4.361 1.443 9.349 1.00 0.00 H \n+HETATM 804 DOH2 HOH A 161 5.081 0.696 9.303 1.00 0.00 EP \n+HETATM 805 OM HOH A 161 5.068 1.019 9.457 1.00 0.00 EP \n+HETATM 806 O HOH A 162 3.670 15.575 7.690 1.00 0.00 O \n+HETATM 807 H1 HOH A 162 3.682 15.634 6.735 1.00 0.00 H \n+HETATM 808 H2 HOH A 162 2.761 15.369 7.906 1.00 0.00 H \n+HETATM 809 DOH2 HOH A 162 3.753 15.589 7.746 1.00 0.00 EP \n+HETATM 810 OM HOH A 162 3.486 15.545 7.539 1.00 0.00 EP \n+HETATM 811 O HOH A 163 13.658 10.884 14.951 1.00 0.00 O \n+HETATM 812 H1 HOH A 163 14.287 11.346 15.506 1.00 0.00 H \n+HETATM 813 H2 HOH A 163 14.027 10.943 14.070 1.00 0.00 H \n+HETATM 814 DOH2 HOH A 163 13.560 10.849 14.982 1.00 0.00 EP \n+HETATM 815 OM HOH A 163 13.863 10.991 14.884 1.00 0.00 EP \n+HETATM 816 O HOH A 164 29.262 6.782 14.858 1.00 0.00 O \n+HETATM 817 H1 HOH A 164 28.733 6.565 14.091 1.00 0.00 H \n+HETATM 818 H2 HOH A 164 28.813 7.528 15.256 1.00 0.00 H \n+HETATM 819 DOH2 HOH A 164 29.363 6.744 14.902 1.00 0.00 EP \n+HETATM 820 OM HOH A 164 29.061 6.891 14.782 1.00 0.00 EP \n+HETATM 821 O HOH A 165 6.413 12.358 20.805 1.00 0.00 O \n+HETATM 822 H1 HOH A 165 6.058 12.341 19.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 823 H2 HOH A 165 7.326 12.624 20.693 1.00 0.00 H \n+HETATM 824 DOH2 HOH A 165 6.363 12.325 20.904 1.00 0.00 EP \n+HETATM 825 OM HOH A 165 6.527 12.409 20.600 1.00 0.00 EP \n+HETATM 826 O HOH A 166 2.272 2.500 15.438 1.00 0.00 O \n+HETATM 827 H1 HOH A 166 1.673 2.468 14.691 1.00 0.00 H \n+HETATM 828 H2 HOH A 166 2.922 3.160 15.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 829 DOH2 HOH A 166 2.272 2.462 15.523 1.00 0.00 EP \n+HETATM 830 OM HOH A 166 2.282 2.629 15.235 1.00 0.00 EP \n+HETATM 831 O HOH A 167 20.477 0.945 14.392 1.00 0.00 O \n+HETATM 832 H1 HOH A 167 21.417 0.761 14.379 1.00 0.00 H \n+HETATM 833 H2 HOH A 167 20.419 1.879 14.593 1.00 0.00 H \n+HETATM 834 DOH2 HOH A 167 20.416 0.894 14.402 1.00 0.00 EP \n+HETATM 835 OM HOH A 167 20.658 1.099 14.431 1.00 0.00 EP \n+HETATM 836 O HOH A 168 12.867 17.670 3.522 1.00 0.00 O \n+HETATM 837 H1 HOH A 168 13.029 16.727 3.474 1.00 0.00 H \n+HETATM 838 H2 HOH A 168 13.736 18.066 3.461 1.00 0.00 H \n+HETATM 839 DOH2 HOH A 168 12.791 17.686 3.506 1.00 0.00 EP \n+HETATM 840 OM HOH A 168 13.079 17.558 3.500 1.00 0.00 EP \n+HETATM 841 O HOH A 169 11.581 13.344 9.885 1.00 0.00 O \n+HETATM 842 H1 HOH A 169 11.708 12.823 10.678 1.00 0.00 H \n+HETATM 843 H2 HOH A 169 11.347 14.215 10.204 1.00 0.00 H \n+HETATM 844 DOH2 HOH A 169 11.583 13.291 9.789 1.00 0.00 EP \n+HETATM 845 OM HOH A 169 11.559 13.416 10.113 1.00 0.00 EP \n+HETATM 846 O HOH A 170 5.041 17.230 1.013 1.00 0.00 O \n+HETATM 847 H1 HOH A 170 5.958 16.972 1.105 1.00 0.00 H \n+HETATM 848 H2 HOH A 170 4.799 16.946 0.131 1.00 0.00 H \n+HETATM 849 DOH2 HOH A 170 4.969 17.223 1.074 1.00 0.00 EP \n+HETATM 850 OM HOH A 170 5.179 17.119 0.851 1.00 0.00 EP \n+HETATM 851 O HOH A 171 6.916 1.846 11.123 1.00 0.00 O \n+HETATM 852 H1 HOH A 171 7.622 2.379 11.489 1.00 0.00 H \n+HETATM 853 H2 HOH A 171 6.115 2.237 11.473 1.00 0.00 H \n+HETATM 854 DOH2 HOH A 171 6.910 1.758 11.061 1.00 0.00 EP \n+HETATM 855 OM HOH A 171 6.896 2.035 11.270 1.00 0.00 EP \n+HETATM 856 O HOH A 172 14.685 8.121 9.684 1.00 0.00 O \n+HETATM 857 H1 HOH A 172 13.740 8.040 9.559 1.00 0.00 H \n+HETATM 858 H2 HOH A 172 15.006 7.219 9.678 1.00 0.00 H \n+HETATM 859 DOH2 HOH A 172 14.718 8.207 9.698 1.00 0.00 EP \n+HETATM 860 OM HOH A 172 14.557 7.919 9.657 1.00 0.00 EP \n+HETATM 861 O HOH A 173 13.659 16.378 20.282 1.00 0.00 O \n+HETATM 862 H1 HOH A 173 13.004 16.795 19.722 1.00 0.00 H \n+HETATM 863 H2 HOH A 173 14.496 16.721 19.968 1.00 0.00 H \n+HETATM 864 DOH2 HOH A 173 13.653 16.371 20.369 1.00 0.00 EP \n+HETATM 865 OM HOH A 173 13.696 16.534 20.103 1.00 0.00 EP \n+HETATM 866 O HOH A 174 17.830 13.918 14.832 1.00 0.00 O \n+HETATM 867 H1 HOH A 174 17.085 14.333 14.397 1.00 0.00 H \n+HETATM 868 H2 HOH A 174 18.297 14.642 15.251 1.00 0.00 H \n+HETATM 869 DOH2 HOH A 174 17.848 13.855 14.817 1.00 0.00 EP \n+HETATM 870 OM HOH A 174 17.773 14.152 14.829 1.00 0.00 EP \n+HETATM 871 O HOH A 175 17.727 4.563 -0.256 1.00 0.00 O \n+HETATM 872 H1 HOH A 175 17.274 5.381 -0.053 1.00 0.00 H \n+HETATM 873 H2 HOH A 175 17.314 3.913 0.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 874 DOH2 HOH A 175 17.762 4.529 -0.324 1.00 0.00 EP \n+HETATM 875 OM HOH A 175 17.550 4.597 -0.098 1.00 0.00 EP \n+HETATM 876 O HOH A 176 6.262 11.656 3.923 1.00 0.00 O \n+HETATM 877 H1 HOH A 176 5.467 11.975 3.495 1.00 0.00 H \n+HETATM 878 H2 HOH A 176 6.763 12.448 4.120 1.00 0.00 H \n+HETATM 879 DOH2 HOH A 176 6.278 11.567 3.930 1.00 0.00 EP \n+HETATM 880 OM HOH A 176 6.202 11.884 3.875 1.00 0.00 EP \n+HETATM 881 O HOH A 177 20.085 12.557 17.341 1.00 0.00 O \n+HETATM 882 H1 HOH A 177 20.451 11.731 17.023 1.00 0.00 H \n+HETATM 883 H2 HOH A 177 20.595 13.233 16.894 1.00 0.00 H \n+HETATM 884 DOH2 HOH A 177 20.053 12.558 17.406 1.00 0.00 EP \n+HETATM 885 OM HOH A 177 20.265 12.526 17.184 1.00 0.00 EP \n+HETATM 886 O HOH A 178 15.662 10.549 10.033 1.00 0.00 O \n+HETATM 887 H1 HOH A 178 15.321 9.654 10.029 1.00 0.00 H \n+HETATM 888 H2 HOH A 178 16.015 10.676 9.152 1.00 0.00 H \n+HETATM 889 DOH2 HOH A 178 15.691 10.625 10.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 890 OM HOH A 178 15.665 10.391 9.852 1.00 0.00 EP \n+HETATM 891 O HOH A 179 11.897 12.231 3.386 1.00 0.00 O \n+HETATM 892 H1 HOH A 179 11.476 11.969 4.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 893 H2 HOH A 179 12.518 11.527 3.199 1.00 0.00 H \n+HETATM 894 DOH2 HOH A 179 11.887 12.291 3.339 1.00 0.00 EP \n+HETATM 895 OM HOH A 179 11.938 12.033 3.516 1.00 0.00 EP \n+HETATM 896 O HOH A 180 10.404 17.798 12.852 1.00 0.00 O \n+HETATM 897 H1 HOH A 180 9.467 17.796 13.047 1.00 0.00 H \n+HETATM 898 H2 HOH A 180 10.635 18.725 12.793 1.00 0.00 H \n+HETATM 899 DOH2 HOH A 180 10.482 17.703 12.836 1.00 0.00 EP \n+HETATM 900 OM HOH A 180 10.259 17.988 12.880 1.00 0.00 EP \n+HETATM 901 O HOH A 181 16.889 21.246 15.727 1.00 0.00 O \n+HETATM 902 H1 HOH A 181 17.592 20.676 15.417 1.00 0.00 H \n+HETATM 903 H2 HOH A 181 16.543 21.654 14.933 1.00 0.00 H \n+HETATM 904 DOH2 HOH A 181 16.894 21.281 15.787 1.00 0.00 EP \n+HETATM 905 OM HOH A 181 16.962 21.213 15.501 1.00 0.00 EP \n+HETATM 906 O HOH A 182 7.121 3.237 6.653 1.00 0.00 O \n+HETATM 907 H1 HOH A 182 7.530 3.535 7.466 1.00 0.00 H \n+HETATM 908 H2 HOH A 182 7.819 3.291 6.000 1.00 0.00 H \n+HETATM 909 DOH2 HOH A 182 7.070 3.187 6.665 1.00 0.00 EP \n+HETATM 910 OM HOH A 182 7.348 3.309 6.686 1.00 0.00 EP \n+HETATM 911 O HOH A 183 18.293 9.801 24.573 1.00 0.00 O \n+HETATM 912 H1 HOH A 183 17.652 9.241 24.135 1.00 0.00 H \n+HETATM 913 H2 HOH A 183 19.138 9.514 24.228 1.00 0.00 H \n+HETATM 914 DOH2 HOH A 183 18.258 9.870 24.642 1.00 0.00 EP \n+HETATM 915 OM HOH A 183 18.335 9.627 24.413 1.00 0.00 EP \n+HETATM 916 O HOH A 184 20.380 16.697 1.523 1.00 0.00 O \n+HETATM 917 H1 HOH A 184 20.801 17.551 1.618 1.00 0.00 H \n+HETATM 918 H2 HOH A 184 19.883 16.583 2.333 1.00 0.00 H \n+HETATM 919 DOH2 HOH A 184 20.354 16.660 1.428 1.00 0.00 EP \n+HETATM 920 OM HOH A 184 20.364 16.849 1.709 1.00 0.00 EP \n+HETATM 921 O HOH A 185 26.859 13.244 16.911 1.00 0.00 O \n+HETATM 922 H1 HOH A 185 26.938 12.803 17.757 1.00 0.00 H \n+HETATM 923 H2 HOH A 185 26.191 12.745 16.442 1.00 0.00 H \n+HETATM 924 DOH2 HOH A 185 26.895 13.334 16.881 1.00 0.00 EP \n+HETATM 925 OM HOH A 185 26.738 13.051 16.988 1.00 0.00 EP \n+HETATM 926 O HOH A 186 28.541 11.409 9.895 1.00 0.00 O \n+HETATM 927 H1 HOH A 186 29.010 11.690 10.680 1.00 0.00 H \n+HETATM 928 H2 HOH A 186 29.024 11.808 9.171 1.00 0.00 H \n+HETATM 929 DOH2 HOH A 186 28.482 11.367 9.886 1.00 0.00 EP \n+HETATM 930 OM HOH A 186 28.736 11.548 9.907 1.00 0.00 EP \n+HETATM 931 O HOH A 187 15.846 26.775 8.833 1.00 0.00 O \n+HETATM 932 H1 HOH A 187 15.373 26.802 9.664 1.00 0.00 H \n+HETATM 933 H2 HOH A 187 15.984 25.842 8.666 1.00 0.00 H \n+HETATM 934 DOH2 HOH A 187 15.837 26.852 8.731 1.00 0.00 EP \n+HETATM 935 OM HOH A 187 15.777 26.589 8.969 1.00 0.00 EP \n+HETATM 936 O HOH A 188 6.949 8.640 9.748 1.00 0.00 O \n+HETATM 937 H1 HOH A 188 6.416 8.669 10.542 1.00 0.00 H \n+HETATM 938 H2 HOH A 188 6.543 7.959 9.211 1.00 0.00 H \n+HETATM 939 DOH2 HOH A 188 7.020 8.676 9.747 1.00 0.00 EP \n+HETATM 940 OM HOH A 188 6.756 8.506 9.801 1.00 0.00 EP \n+HETATM 941 O HOH A 189 18.453 10.578 4.501 1.00 0.00 O \n+HETATM 942 H1 HOH A 189 19.228 11.133 4.409 1.00 0.00 H \n+HETATM 943 H2 HOH A 189 18.598 10.098 5.316 1.00 0.00 H \n+HETATM 944 DOH2 HOH A 189 18.372 10.593 4.464 1.00 0.00 EP \n+HETATM 945 OM HOH A 189 18.642 10.593 4.649 1.00 0.00 EP \n+HETATM 946 O HOH A 190 14.605 11.490 12.391 1.00 0.00 O \n+HETATM 947 H1 HOH A 190 14.869 12.407 12.462 1.00 0.00 H \n+HETATM 948 H2 HOH A 190 14.990 11.193 11.566 1.00 0.00 H \n+HETATM 949 DOH2 HOH A 190 14.511 11.467 12.449 1.00 0.00 EP \n+HETATM 950 OM HOH A 190 14.738 11.617 12.236 1.00 0.00 EP \n+HETATM 951 O HOH A 191 6.292 19.759 10.122 1.00 0.00 O \n+HETATM 952 H1 HOH A 191 5.701 19.938 10.854 1.00 0.00 H \n+HETATM 953 H2 HOH A 191 5.820 19.125 9.582 1.00 0.00 H \n+HETATM 954 DOH2 HOH A 191 6.387 19.806 10.111 1.00 0.00 EP \n+HETATM 955 OM HOH A 191 6.074 19.666 10.161 1.00 0.00 EP \n+HETATM 956 O HOH A 192 10.728 4.729 11.010 1.00 0.00 O \n+HETATM 957 H1 HOH A 192 11.075 4.819 10.123 1.00 0.00 H \n+HETATM 958 H2 HOH A 192 11.498 4.783 11.576 1.00 0.00 H \n+HETATM 959 DOH2 HOH A 192 10.626 4.723 11.079 1.00 0.00 EP \n+HETATM 960 OM HOH A 192 10.957 4.758 10.944 1.00 0.00 EP \n+HETATM 961 O HOH A 193 8.007 22.589 12.513 1.00 0.00 O \n+HETATM 962 H1 HOH A 193 8.522 23.380 12.355 1.00 0.00 H \n+HETATM 963 H2 HOH A 193 7.115 22.829 12.258 1.00 0.00 H \n+HETATM 964 DOH2 HOH A 193 8.014 22.523 12.541 1.00 0.00 EP \n+HETATM 965 OM HOH A 193 7.930 22.801 12.428 1.00 0.00 EP \n+HETATM 966 O HOH A 194 7.795 13.817 4.540 1.00 0.00 O \n+HETATM 967 H1 HOH A 194 8.576 14.248 4.194 1.00 0.00 H \n+HETATM 968 H2 HOH A 194 7.911 13.835 5.490 1.00 0.00 H \n+HETATM 969 DOH2 HOH A 194 7.688 13.782 4.505 1.00 0.00 EP \n+HETATM 970 OM HOH A 194 7.979 13.909 4.664 1.00 0.00 EP \n+HETATM 971 O HOH A 195 8.850 20.312 11.022 1.00 0.00 O \n+HETATM 972 H1 HOH A 195 7.976 20.099 10.694 1.00 0.00 H \n+HETATM 973 H2 HOH A 195 8.714 21.068 11.594 1.00 0.00 H \n+HETATM 974 DOH2 HOH A 195 8.918 20.271 10.994 1.00 0.00 EP \n+HETATM 975 OM HOH A 195 8.643 20.423 11.072 1.00 0.00 EP \n+HETATM 976 O HOH A 196 8.118 29.773 4.419 1.00 0.00 O \n+HETATM 977 H1 HOH A 196 8.739 30.334 3.956 1.00 0.00 H \n+HETATM 978 H2 HOH A 196 8.176 30.054 5.333 1.00 0.00 H \n+HETATM 979 DOH2 HOH A 196 8.049 29.721 4.382 1.00 0.00 EP \n+HETATM 980 OM HOH A 196 8.257 29.946 4.512 1.00 0.00 EP \n+HETATM 981 O HOH A 197 4.330 28.268 9.991 1.00 0.00 O \n+HETATM 982 H1 HOH A 197 5.185 27.853 9.876 1.00 0.00 H \n+HETATM 983 H2 HOH A 197 4.480 29.189 9.780 1.00 0.00 H \n+HETATM 984 DOH2 HOH A 197 4.246 28.201 10.037 1.00 0.00 EP \n+HETATM 985 OM HOH A 197 4.536 28.372 9.924 1.00 0.00 EP \n+HETATM 986 O HOH A 198 18.879 6.705 6.431 1.00 0.00 O \n+HETATM 987 H1 HOH A 198 19.670 6.233 6.169 1.00 0.00 H \n+HETATM 988 H2 HOH A 198 18.342 6.734 5.639 1.00 0.00 H \n+HETATM 989 DOH2 HOH A 198 18.868 6.765 6.521 1.00 0.00 EP \n+HETATM 990 OM HOH A 198 18.931 6.614 6.215 1.00 0.00 EP \n+HETATM 991 O HOH A 199 23.952 7.092 8.424 1.00 0.00 O \n+HETATM 992 H1 HOH A 199 24.077 6.143 8.428 1.00 0.00 H \n+HETATM 993 H2 HOH A 199 24.668 7.426 7.884 1.00 0.00 H \n+HETATM 994 DOH2 HOH A 199 23.878 7.156 8.498 1.00 0.00 EP \n+HETATM 995 OM HOH A 199 24.124 6.966 8.314 1.00 0.00 EP \n+HETATM 996 O HOH A 200 9.853 12.070 8.205 1.00 0.00 O \n+HETATM 997 H1 HOH A 200 10.455 12.556 8.769 1.00 0.00 H \n+HETATM 998 H2 HOH A 200 9.681 11.258 8.681 1.00 0.00 H \n+HETATM 999 DOH2 HOH A 200 9.831 12.096 8.124 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1000 OM HOH A 200 9.941 12.003 8.419 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1001 O HOH A 201 17.776 11.691 20.780 1.00 0.00 O \n+HETATM 1002 H1 HOH A 201 17.464 10.789 20.853 1.00 0.00 H \n+HETATM 1003 H2 HOH A 201 17.073 12.219 21.160 1.00 0.00 H \n+HETATM 1004 DOH2 HOH A 201 17.848 11.708 20.752 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1005 OM HOH A 201 17.568 11.614 20.873 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1006 O HOH A 202 16.933 3.465 18.597 1.00 0.00 O \n+HETATM 1007 H1 HOH A 202 17.149 4.302 18.185 1.00 0.00 H \n+HETATM 1008 H2 HOH A 202 16.446 3.705 19.385 1.00 0.00 H \n+HETATM 1009 DOH2 HOH A 202 16.935 3.398 18.572 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1010 OM HOH A 202 16.877 3.686 18.674 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1011 O HOH A 203 12.387 7.708 23.132 1.00 0.00 O \n+HETATM 1012 H1 HOH A 203 12.522 7.246 23.959 1.00 0.00 H \n+HETATM 1013 H2 HOH A 203 12.165 8.603 23.389 1.00 0.00 H \n+HETATM 1014 DOH2 HOH A 203 12.392 7.675 23.060 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1015 OM HOH A 203 12.369 7.797 23.354 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1016 O HOH A 204 17.852 8.652 17.049 1.00 0.00 O \n+HETATM 1017 H1 HOH A 204 17.652 9.538 17.351 1.00 0.00 H \n+HETATM 1018 H2 HOH A 204 18.777 8.529 17.261 1.00 0.00 H \n+HETATM 1019 DOH2 HOH A 204 17.824 8.589 16.992 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1020 OM HOH A 204 18.000 8.809 17.154 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1021 O HOH A 205 7.560 10.140 2.024 1.00 0.00 O \n+HETATM 1022 H1 HOH A 205 8.379 9.715 2.276 1.00 0.00 H \n+HETATM 1023 H2 HOH A 205 7.274 10.599 2.814 1.00 0.00 H \n+HETATM 1024 DOH2 HOH A 205 7.512 10.171 1.937 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1025 OM HOH A 205 7.669 10.147 2.238 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1026 O HOH A 206 7.260 9.370 26.276 1.00 0.00 O \n+HETATM 1027 H1 HOH A 206 6.769 9.660 27.045 1.00 0.00 H \n+HETATM 1028 H2 HOH A 206 7.399 10.167 25.764 1.00 0.00 H \n+HETATM 1029 DOH2 HOH A 206 7.312 9.269 26.279 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1030 OM HOH A 206 7.188 9.593 26.329 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1031 O HOH A 207 13.071 9.049 17.017 1.00 0.00 O \n+HETATM 1032 H1 HOH A 207 12.338 9.452 17.482 1.00 0.00 H \n+HETATM 1033 H2 HOH A 207 13.327 9.700 16.363 1.00 0.00 H \n+HETATM 1034 DOH2 HOH A 207 13.110 8.983 17.031 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1035 OM HOH A 207 12.973 9.265 16.978 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1036 O HOH A 208 27.466 13.007 6.241 1.00 0.00 O \n+HETATM 1037 H1 HOH A 208 26.669 13.515 6.393 1.00 0.00 H \n+HETATM 1038 H2 HOH A 208 28.145 13.475 6.729 1.00 0.00 H \n+HETATM 1039 DOH2 HOH A 208 27.489 12.947 6.191 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1040 OM HOH A 208 27.442 13.207 6.372 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1041 O HOH A 209 4.894 10.140 21.553 1.00 0.00 O \n+HETATM 1042 H1 HOH A 209 4.472 9.991 20.707 1.00 0.00 H \n+HETATM 1043 H2 HOH A 209 5.451 10.906 21.411 1.00 0.00 H \n+HETATM 1044 DOH2 HOH A 209 4.882 10.089 21.617 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1045 OM HOH A 209 4.922 10.266 21.350 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1046 O HOH A 210 15.782 13.033 22.087 1.00 0.00 O \n+HETATM 1047 H1 HOH A 210 15.896 13.963 22.282 1.00 0.00 H \n+HETATM 1048 H2 HOH A 210 15.983 12.589 22.911 1.00 0.00 H \n+HETATM 1049 DOH2 HOH A 210 15.781 12.970 21.993 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1050 OM HOH A 210 15.847 13.132 22.296 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1051 O HOH A 211 5.222 6.218 4.611 1.00 0.00 O \n+HETATM 1052 H1 HOH A 211 5.975 6.720 4.922 1.00 0.00 H \n+HETATM 1053 H2 HOH A 211 4.499 6.497 5.173 1.00 0.00 H \n+HETATM 1054 DOH2 HOH A 211 5.208 6.174 4.529 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1055 OM HOH A 211 5.228 6.378 4.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1056 O HOH A 212 22.049 20.704 21.745 1.00 0.00 O \n+HETATM 1057 H1 HOH A 212 21.945 21.608 21.447 1.00 0.00 H \n+HETATM 1058 H2 HOH A 212 21.399 20.211 21.244 1.00 0.00 H \n+HETATM 1059 DOH2 HOH A 212 22.100 20.678 21.786 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1060 OM HOH A 212 21.894 20.789 21.581 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1061 O HOH A 213 16.412 11.906 24.445 1.00 0.00 O \n+HETATM 1062 H1 HOH A 213 17.115 11.258 24.503 1.00 0.00 H \n+HETATM 1063 H2 HOH A 213 15.620 11.422 24.676 1.00 0.00 H \n+HETATM 1064 DOH2 HOH A 213 16.398 11.954 24.385 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1065 OM HOH A 213 16.394 11.674 24.504 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1066 O HOH A 214 20.156 12.650 21.930 1.00 0.00 O \n+HETATM 1067 H1 HOH A 214 19.298 12.383 21.600 1.00 0.00 H \n+HETATM 1068 H2 HOH A 214 20.631 12.944 21.152 1.00 0.00 H \n+HETATM 1069 DOH2 HOH A 214 20.225 12.604 21.999 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1070 OM HOH A 214 20.078 12.656 21.703 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1071 O HOH A 215 23.835 11.743 2.647 1.00 0.00 O \n+HETATM 1072 H1 HOH A 215 23.129 12.384 2.564 1.00 0.00 H \n+HETATM 1073 H2 HOH A 215 24.441 12.134 3.276 1.00 0.00 H \n+HETATM 1074 DOH2 HOH A 215 23.848 11.691 2.623 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1075 OM HOH A 215 23.814 11.955 2.759 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1076 O HOH A 216 7.817 25.844 23.912 1.00 0.00 O \n+HETATM 1077 H1 HOH A 216 8.522 26.006 23.284 1.00 0.00 H \n+HETATM 1078 H2 HOH A 216 7.030 25.761 23.374 1.00 0.00 H \n+HETATM 1079 DOH2 HOH A 216 7.819 25.805 24.006 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1080 OM HOH A 216 7.800 25.860 23.673 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1081 O HOH A 217 18.561 16.054 20.748 1.00 0.00 O \n+HETATM 1082 H1 HOH A 217 19.480 16.165 20.992 1.00 0.00 H \n+HETATM 1083 H2 HOH A 217 18.082 16.614 21.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 1084 DOH2 HOH A 217 18.533 16.027 20.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1085 OM HOH A 217 18.651 16.191 20.924 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1086 O HOH A 218 16.276 15.489 23.314 1.00 0.00 O \n+HETATM 1087 H1 HOH A 218 16.752 16.280 23.061 1.00 0.00 H \n+HETATM 1088 H2 HOH A 218 16.634 15.258 24.172 1.00 0.00 H \n+HETATM 1089 DOH2 HOH A 218 16.189 15.465 23.273 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1090 OM HOH A 218 16.447 15.604 23.438 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1091 O HOH A 219 20.665 17.779 17.617 1.00 0.00 O \n+HETATM 1092 H1 HOH A 219 21.457 18.296 17.469 1.00 0.00 H \n+HETATM 1093 H2 HOH A 219 20.948 17.068 18.193 1.00 0.00 H \n+HETATM 1094 DOH2 HOH A 219 20.616 17.767 17.578 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1095 OM HOH A 219 20.885 17.739 17.705 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1096 O HOH A 220 17.509 8.833 14.317 1.00 0.00 O \n+HETATM 1097 H1 HOH A 220 17.807 9.737 14.212 1.00 0.00 H \n+HETATM 1098 H2 HOH A 220 17.583 8.664 15.256 1.00 0.00 H \n+HETATM 1099 DOH2 HOH A 220 17.491 8.768 14.249 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1100 OM HOH A 220 17.586 8.984 14.488 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1101 O HOH A 221 16.886 4.474 3.393 1.00 0.00 O \n+HETATM 1102 H1 HOH A 221 17.393 3.714 3.679 1.00 0.00 H \n+HETATM 1103 H2 HOH A 221 16.412 4.169 2.620 1.00 0.00 H \n+HETATM 1104 DOH2 HOH A 221 16.887 4.563 3.430 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1105 OM HOH A 221 16.893 4.256 3.293 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1106 O HOH A 222 12.051 12.772 23.141 1.00 0.00 O \n+HETATM 1107 H1 HOH A 222 12.349 12.923 22.244 1.00 0.00 H \n+HETATM 1108 H2 HOH A 222 11.986 13.647 23.523 1.00 0.00 H \n+HETATM 1109 DOH2 HOH A 222 12.034 12.702 23.171 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1110 OM HOH A 222 12.098 12.982 23.036 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1111 O HOH A 223 9.620 5.107 16.069 1.00 0.00 O \n+HETATM 1112 H1 HOH A 223 8.850 4.801 15.589 1.00 0.00 H \n+HETATM 1113 H2 HOH A 223 9.418 4.925 16.987 1.00 0.00 H \n+HETATM 1114 DOH2 HOH A 223 9.715 5.159 16.023 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1115 OM HOH A 223 9.421 5.007 16.159 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1116 O HOH A 224 10.587 9.506 12.150 1.00 0.00 O \n+HETATM 1117 H1 HOH A 224 11.244 8.811 12.119 1.00 0.00 H \n+HETATM 1118 H2 HOH A 224 10.527 9.737 13.077 1.00 0.00 H \n+HETATM 1119 DOH2 HOH A 224 10.573 9.577 12.079 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1120 OM HOH A 224 10.710 9.411 12.334 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1121 O HOH A 225 11.537 10.260 24.041 1.00 0.00 O \n+HETATM 1122 H1 HOH A 225 11.711 11.138 23.704 1.00 0.00 H \n+HETATM 1123 H2 HOH A 225 10.604 10.120 23.877 1.00 0.00 H \n+HETATM 1124 DOH2 HOH A 225 11.629 10.187 24.097 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1125 OM HOH A 225 11.381 10.411 23.938 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1126 O HOH A 226 29.360 6.472 2.639 1.00 0.00 O \n+HETATM 1127 H1 HOH A 226 29.689 5.990 3.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 1128 H2 HOH A 226 30.037 6.357 1.971 1.00 0.00 H \n+HETATM 1129 DOH2 HOH A 226 29.258 6.533 2.620 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1130 OM HOH A 226 29.566 6.349 2.658 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1131 O HOH A 227 12.619 6.535 25.694 1.00 0.00 O \n+HETATM 1132 H1 HOH A 227 12.105 7.226 26.111 1.00 0.00 H \n+HETATM 1133 H2 HOH A 227 11.973 5.873 25.446 1.00 0.00 H \n+HETATM 1134 DOH2 HOH A 227 12.726 6.555 25.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1135 OM HOH A 227 12.381 6.541 25.728 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1136 O HOH A 228 21.619 9.427 29.639 1.00 0.00 O \n+HETATM 1137 H1 HOH A 228 22.481 9.110 29.908 1.00 0.00 H \n+HETATM 1138 H2 HOH A 228 21.104 8.633 29.497 1.00 0.00 H \n+HETATM 1139 DOH2 HOH A 228 21.577 9.493 29.648 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1140 OM HOH A 228 21.690 9.199 29.665 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1141 O HOH A 229 17.787 5.825 17.338 1.00 0.00 O \n+HETATM 1142 H1 HOH A 229 18.703 5.668 17.565 1.00 0.00 H \n+HETATM 1143 H2 HOH A 229 17.714 6.778 17.278 1.00 0.00 H \n+HETATM 1144 DOH2 HOH A 229 17.731 5.755 17.328 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1145 OM HOH A 229 17.960 5.988 17.372 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1146 O HOH A 230 15.817 19.255 25.194 1.00 0.00 O \n+HETATM 1147 H1 HOH A 230 15.625 18.478 25.719 1.00 0.00 H \n+HETATM 1148 H2 HOH A 230 16.765 19.231 25.065 1.00 0.00 H \n+HETATM 1149 DOH2 HOH A 230 15.730 19.279 25.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1150 OM HOH A 230 15.972 19.091 25.275 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1151 O HOH A 231 12.058 17.912 18.587 1.00 0.00 O \n+HETATM 1152 H1 HOH A 231 11.531 17.902 17.788 1.00 0.00 H \n+HETATM 1153 H2 HOH A 231 12.877 18.335 18.329 1.00 0.00 H \n+HETATM 1154 DOH2 HOH A 231 12.048 17.874 18.688 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1155 OM HOH A 231 12.118 17.997 18.370 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1156 O HOH A 232 20.970 10.414 13.588 1.00 0.00 O \n+HETATM 1157 H1 HOH A 232 20.062 10.643 13.784 1.00 0.00 H \n+HETATM 1158 H2 HOH A 232 21.245 11.057 12.934 1.00 0.00 H \n+HETATM 1159 DOH2 HOH A 232 21.043 10.349 13.663 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1160 OM HOH A 232 20.840 10.593 13.494 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1161 O HOH A 233 4.022 12.484 25.462 1.00 0.00 O \n+HETATM 1162 H1 HOH A 233 4.546 12.474 24.661 1.00 0.00 H \n+HETATM 1163 H2 HOH A 233 4.098 11.596 25.810 1.00 0.00 H \n+HETATM 1164 DOH2 HOH A 233 4.007 12.561 25.513 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1165 OM HOH A 233 4.145 12.300 25.369 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1166 O HOH A 234 14.446 29.769 27.671 1.00 0.00 O \n+HETATM 1167 H1 HOH A 234 15.226 30.229 27.361 1.00 0.00 H \n+HETATM 1168 H2 HOH A 234 14.006 30.400 28.240 1.00 0.00 H \n+HETATM 1169 DOH2 HOH A 234 14.413 29.699 27.658 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1170 OM HOH A 234 14.516 29.993 27.724 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1171 O HOH A 235 6.067 23.087 0.371 1.00 0.00 O \n+HETATM 1172 H1 HOH A 235 6.501 23.782 0.866 1.00 0.00 H \n+HETATM 1173 H2 HOH A 235 6.723 22.796 -0.262 1.00 0.00 H \n+HETATM 1174 DOH2 HOH A 235 6.004 23.065 0.367 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1175 OM HOH A 235 6.291 23.170 0.343 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1176 O HOH A 236 2.591 18.519 1.327 1.00 0.00 O \n+HETATM 1177 H1 HOH A 236 2.725 19.336 0.846 1.00 0.00 H \n+HETATM 1178 H2 HOH A 236 3.446 18.091 1.317 1.00 0.00 H \n+HETATM 1179 DOH2 HOH A 236 2.518 18.469 1.344 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1180 OM HOH A 236 2.794 18.599 1.227 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1181 O HOH A 237 5.521 7.679 18.326 1.00 0.00 O \n+HETATM 1182 H1 HOH A 237 6.422 7.471 18.571 1.00 0.00 H \n+HETATM 1183 H2 HOH A 237 5.059 6.842 18.379 1.00 0.00 H \n+HETATM 1184 DOH2 HOH A 237 5.482 7.790 18.306 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1185 OM HOH A 237 5.611 7.465 18.387 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1186 O HOH A 238 5.821 6.056 23.284 1.00 0.00 O \n+HETATM 1187 H1 HOH A 238 5.881 5.153 23.596 1.00 0.00 H \n+HETATM 1188 H2 HOH A 238 5.174 6.024 22.579 1.00 0.00 H \n+HETATM 1189 DOH2 HOH A 238 5.876 6.147 23.313 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1190 OM HOH A 238 5.701 5.864 23.203 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1191 O HOH A 239 3.841 12.279 2.630 1.00 0.00 O \n+HETATM 1192 H1 HOH A 239 3.470 12.292 3.513 1.00 0.00 H \n+HETATM 1193 H2 HOH A 239 3.849 13.197 2.360 1.00 0.00 H \n+HETATM 1194 DOH2 HOH A 239 3.913 12.209 2.600 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1195 OM HOH A 239 3.766 12.470 2.756 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1196 O HOH A 240 12.107 2.460 26.104 1.00 0.00 O \n+HETATM 1197 H1 HOH A 240 11.689 2.490 26.965 1.00 0.00 H \n+HETATM 1198 H2 HOH A 240 11.756 3.220 25.640 1.00 0.00 H \n+HETATM 1199 DOH2 HOH A 240 12.167 2.360 26.062 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1200 OM HOH A 240 11.949 2.622 26.185 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1201 O HOH A 241 4.128 10.034 26.635 1.00 0.00 O \n+HETATM 1202 H1 HOH A 241 4.097 9.086 26.505 1.00 0.00 H \n+HETATM 1203 H2 HOH A 241 4.799 10.163 27.306 1.00 0.00 H \n+HETATM 1204 DOH2 HOH A 241 4.070 10.107 26.578 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1205 OM HOH A 241 4.259 9.866 26.746 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1206 O HOH A 242 20.155 3.639 14.956 1.00 0.00 O \n+HETATM 1207 H1 HOH A 242 20.791 4.345 14.840 1.00 0.00 H \n+HETATM 1208 H2 HOH A 242 19.432 3.868 14.372 1.00 0.00 H \n+HETATM 1209 DOH2 HOH A 242 20.172 3.567 14.982 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1210 OM HOH A 242 20.137 3.831 14.812 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1211 O HOH A 243 8.950 29.942 21.516 1.00 0.00 O \n+HETATM 1212 H1 HOH A 243 9.694 30.429 21.870 1.00 0.00 H \n+HETATM 1213 H2 HOH A 243 9.125 29.886 20.577 1.00 0.00 H \n+HETATM 1214 DOH2 HOH A 243 8.890 29.925 21.569 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1215 OM HOH A 243 9.138 30.030 21.396 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1216 O HOH A 244 10.163 16.891 26.059 1.00 0.00 O \n+HETATM 1217 H1 HOH A 244 10.549 16.324 25.392 1.00 0.00 H \n+HETATM 1218 H2 HOH A 244 10.476 17.768 25.838 1.00 0.00 H \n+HETATM 1219 DOH2 HOH A 244 10.095 16.851 26.146 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1220 OM HOH A 244 10.306 16.955 25.877 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1221 O HOH A 245 6.018 6.033 27.530 1.00 0.00 O \n+HETATM 1222 H1 HOH A 245 6.586 6.293 26.804 1.00 0.00 H \n+HETATM 1223 H2 HOH A 245 6.458 6.369 28.311 1.00 0.00 H \n+HETATM 1224 DOH2 HOH A 245 5.946 5.968 27.500 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1225 OM HOH A 245 6.225 6.155 27.541 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1226 O HOH A 246 8.923 10.041 23.555 1.00 0.00 O \n+HETATM 1227 H1 HOH A 246 8.492 10.715 24.080 1.00 0.00 H \n+HETATM 1228 H2 HOH A 246 8.213 9.458 23.284 1.00 0.00 H \n+HETATM 1229 DOH2 HOH A 246 9.045 10.051 23.517 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1230 OM HOH A 246 8.689 10.060 23.607 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1231 O HOH A 247 2.677 8.636 13.382 1.00 0.00 O \n+HETATM 1232 H1 HOH A 247 2.466 9.099 14.192 1.00 0.00 H \n+HETATM 1233 H2 HOH A 247 1.855 8.624 12.891 1.00 0.00 H \n+HETATM 1234 DOH2 HOH A 247 2.740 8.566 13.378 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1235 OM HOH A 247 2.465 8.728 13.447 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1236 O HOH A 248 9.614 1.659 3.057 1.00 0.00 O \n+HETATM 1237 H1 HOH A 248 9.154 1.493 2.234 1.00 0.00 H \n+HETATM 1238 H2 HOH A 248 10.394 2.150 2.800 1.00 0.00 H \n+HETATM 1239 DOH2 HOH A 248 9.577 1.636 3.159 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1240 OM HOH A 248 9.680 1.726 2.835 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1241 O HOH A 249 15.879 25.266 25.661 1.00 0.00 O \n+HETATM 1242 H1 HOH A 249 15.181 24.875 25.135 1.00 0.00 H \n+HETATM 1243 H2 HOH A 249 16.583 25.437 25.035 1.00 0.00 H \n+HETATM 1244 DOH2 HOH A 249 15.891 25.294 25.774 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1245 OM HOH A 249 15.880 25.221 25.424 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1246 O HOH A 250 7.491 6.762 25.434 1.00 0.00 O \n+HETATM 1247 H1 HOH A 250 6.957 6.596 24.657 1.00 0.00 H \n+HETATM 1248 H2 HOH A 250 7.415 7.705 25.580 1.00 0.00 H \n+HETATM 1249 DOH2 HOH A 250 7.486 6.697 25.523 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1250 OM HOH A 250 7.366 6.921 25.305 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1251 O HOH A 251 14.071 10.510 25.037 1.00 0.00 O \n+HETATM 1252 H1 HOH A 251 13.245 10.348 24.581 1.00 0.00 H \n+HETATM 1253 H2 HOH A 251 14.421 9.637 25.216 1.00 0.00 H \n+HETATM 1254 DOH2 HOH A 251 14.099 10.594 25.061 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1255 OM HOH A 251 13.974 10.298 24.980 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1256 O HOH A 252 24.776 5.866 17.200 1.00 0.00 O \n+HETATM 1257 H1 HOH A 252 23.830 5.923 17.065 1.00 0.00 H \n+HETATM 1258 H2 HOH A 252 25.146 5.885 16.317 1.00 0.00 H \n+HETATM 1259 DOH2 HOH A 252 24.832 5.824 17.296 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1260 OM HOH A 252 24.658 5.881 16.991 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1261 O HOH A 253 4.510 10.952 14.980 1.00 0.00 O \n+HETATM 1262 H1 HOH A 253 3.660 10.604 15.252 1.00 0.00 H \n+HETATM 1263 H2 HOH A 253 5.137 10.551 15.581 1.00 0.00 H \n+HETATM 1264 DOH2 HOH A 253 4.534 11.023 14.889 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1265 OM HOH A 253 4.464 10.798 15.159 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1266 O HOH A 254 15.946 17.620 19.232 1.00 0.00 O \n+HETATM 1267 H1 HOH A 254 15.502 18.083 18.522 1.00 0.00 H \n+HETATM 1268 H2 HOH A 254 16.503 16.979 18.790 1.00 0.00 H \n+HETATM 1269 DOH2 HOH A 254 15.915 17.644 19.311 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1270 OM HOH A 254 15.969 17.583 18.996 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1271 O HOH A 255 11.368 1.123 22.363 1.00 0.00 O \n+HETATM 1272 H1 HOH A 255 11.792 1.349 23.191 1.00 0.00 H \n+HETATM 1273 H2 HOH A 255 12.075 1.145 21.717 1.00 0.00 H \n+HETATM 1274 DOH2 HOH A 255 11.289 1.091 22.368 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1275 OM HOH A 255 11.600 1.174 22.400 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1276 O HOH A 256 4.652 2.079 22.753 1.00 0.00 O \n+HETATM 1277 H1 HOH A 256 5.182 2.610 23.348 1.00 0.00 H \n+HETATM 1278 H2 HOH A 256 3.955 2.667 22.462 1.00 0.00 H \n+HETATM 1279 DOH2 HOH A 256 4.658 1.989 22.737 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1280 OM HOH A 256 4.618 2.308 22.815 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1281 O HOH A 257 8.325 16.671 6.819 1.00 0.00 O \n+HETATM 1282 H1 HOH A 257 8.175 15.727 6.872 1.00 0.00 H \n+HETATM 1283 H2 HOH A 257 8.359 16.960 7.731 1.00 0.00 H \n+HETATM 1284 DOH2 HOH A 257 8.374 16.716 6.746 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1285 OM HOH A 257 8.301 16.537 7.017 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1286 O HOH A 258 9.819 15.001 27.995 1.00 0.00 O \n+HETATM 1287 H1 HOH A 258 9.963 15.653 27.309 1.00 0.00 H \n+HETATM 1288 H2 HOH A 258 9.813 15.506 28.808 1.00 0.00 H \n+HETATM 1289 DOH2 HOH A 258 9.813 14.909 27.992 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1290 OM HOH A 258 9.847 15.239 28.021 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1291 O HOH A 259 2.226 0.723 29.294 1.00 0.00 O \n+HETATM 1292 H1 HOH A 259 2.986 1.090 28.842 1.00 0.00 H \n+HETATM 1293 H2 HOH A 259 1.510 1.323 29.086 1.00 0.00 H \n+HETATM 1294 DOH2 HOH A 259 2.223 0.615 29.335 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1295 OM HOH A 259 2.235 0.922 29.159 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1296 O HOH A 260 12.236 12.538 19.294 1.00 0.00 O \n+HETATM 1297 H1 HOH A 260 11.867 11.763 18.872 1.00 0.00 H \n+HETATM 1298 H2 HOH A 260 12.395 13.150 18.574 1.00 0.00 H \n+HETATM 1299 DOH2 HOH A 260 12.268 12.522 19.343 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1300 OM HOH A 260 12.193 12.505 19.060 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1301 O HOH A 261 3.434 28.299 28.653 1.00 0.00 O \n+HETATM 1302 H1 HOH A 261 3.746 28.486 27.767 1.00 0.00 H \n+HETATM 1303 H2 HOH A 261 3.054 29.125 28.953 1.00 0.00 H \n+HETATM 1304 DOH2 HOH A 261 3.423 28.209 28.702 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1305 OM HOH A 261 3.420 28.507 28.533 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1306 O HOH A 262 8.704 19.042 29.779 1.00 0.00 O \n+HETATM 1307 H1 HOH A 262 9.068 18.246 30.166 1.00 0.00 H \n+HETATM 1308 H2 HOH A 262 8.594 19.640 30.519 1.00 0.00 H \n+HETATM 1309 DOH2 HOH A 262 8.735 19.027 29.699 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1310 OM HOH A 262 8.756 19.001 30.010 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1311 O HOH A 263 10.882 4.621 24.920 1.00 0.00 O \n+HETATM 1312 H1 HOH A 263 10.229 4.700 25.615 1.00 0.00 H \n+HETATM 1313 H2 HOH A 263 10.414 4.203 24.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 1314 DOH2 HOH A 263 10.990 4.634 24.953 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1315 OM HOH A 263 10.652 4.551 24.914 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1316 O HOH A 264 8.300 11.495 29.748 1.00 0.00 O \n+HETATM 1317 H1 HOH A 264 9.215 11.640 29.989 1.00 0.00 H \n+HETATM 1318 H2 HOH A 264 7.923 11.039 30.501 1.00 0.00 H \n+HETATM 1319 DOH2 HOH A 264 8.235 11.523 29.642 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1320 OM HOH A 264 8.410 11.431 29.952 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1321 O HOH A 265 6.862 8.533 22.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 1322 H1 HOH A 265 6.492 7.668 22.919 1.00 0.00 H \n+HETATM 1323 H2 HOH A 265 6.133 9.037 22.382 1.00 0.00 H \n+HETATM 1324 DOH2 HOH A 265 6.942 8.574 22.770 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1325 OM HOH A 265 6.637 8.459 22.706 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1326 O HOH A 266 6.338 2.298 29.550 1.00 0.00 O \n+HETATM 1327 H1 HOH A 266 5.730 2.796 30.096 1.00 0.00 H \n+HETATM 1328 H2 HOH A 266 5.776 1.799 28.957 1.00 0.00 H \n+HETATM 1329 DOH2 HOH A 266 6.471 2.290 29.546 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1330 OM HOH A 266 6.098 2.298 29.541 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1331 O HOH A 267 28.999 0.260 27.469 1.00 0.00 O \n+HETATM 1332 H1 HOH A 267 29.342 0.985 27.991 1.00 0.00 H \n+HETATM 1333 H2 HOH A 267 29.691 0.071 26.836 1.00 0.00 H \n+HETATM 1334 DOH2 HOH A 267 28.903 0.217 27.479 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1335 OM HOH A 267 29.211 0.370 27.446 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1336 O HOH A 268 18.598 3.331 22.743 1.00 0.00 O \n+HETATM 1337 H1 HOH A 268 18.256 2.437 22.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 1338 H2 HOH A 268 19.308 3.332 22.101 1.00 0.00 H \n+HETATM 1339 DOH2 HOH A 268 18.568 3.419 22.778 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1340 OM HOH A 268 18.674 3.148 22.607 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1341 O HOH A 269 13.055 14.853 3.165 1.00 0.00 O \n+HETATM 1342 H1 HOH A 269 13.205 14.864 2.220 1.00 0.00 H \n+HETATM 1343 H2 HOH A 269 12.512 14.078 3.312 1.00 0.00 H \n+HETATM 1344 DOH2 HOH A 269 13.093 14.924 3.241 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1345 OM HOH A 269 12.975 14.696 3.001 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1346 O HOH A 270 14.313 1.337 24.847 1.00 0.00 O \n+HETATM 1347 H1 HOH A 270 15.034 1.279 25.474 1.00 0.00 H \n+HETATM 1348 H2 HOH A 270 13.603 1.752 25.337 1.00 0.00 H \n+HETATM 1349 DOH2 HOH A 270 14.323 1.304 24.741 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1350 OM HOH A 270 14.316 1.410 25.076 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1351 O HOH A 271 9.809 10.274 20.962 1.00 0.00 O \n+HETATM 1352 H1 HOH A 271 9.867 9.326 20.838 1.00 0.00 H \n+HETATM 1353 H2 HOH A 271 9.544 10.380 21.876 1.00 0.00 H \n+HETATM 1354 DOH2 HOH A 271 9.829 10.338 20.879 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1355 OM HOH A 271 9.767 10.101 21.124 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1356 O HOH A 272 8.208 16.617 23.647 1.00 0.00 O \n+HETATM 1357 H1 HOH A 272 8.413 17.005 24.498 1.00 0.00 H \n+HETATM 1358 H2 HOH A 272 7.757 17.313 23.169 1.00 0.00 H \n+HETATM 1359 DOH2 HOH A 272 8.252 16.562 23.613 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1360 OM HOH A 272 8.158 16.839 23.724 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1361 O HOH A 273 7.083 7.905 5.831 1.00 0.00 O \n+HETATM 1362 H1 HOH A 273 6.466 8.636 5.874 1.00 0.00 H \n+HETATM 1363 H2 HOH A 273 7.923 8.285 6.090 1.00 0.00 H \n+HETATM 1364 DOH2 HOH A 273 7.058 7.809 5.794 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1365 OM HOH A 273 7.129 8.133 5.893 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1366 O HOH A 274 30.358 8.294 11.995 1.00 0.00 O \n+HETATM 1367 H1 HOH A 274 30.728 7.655 11.386 1.00 0.00 H \n+HETATM 1368 H2 HOH A 274 29.492 8.492 11.638 1.00 0.00 H \n+HETATM 1369 DOH2 HOH A 274 30.413 8.341 12.088 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1370 OM HOH A 274 30.256 8.204 11.797 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1371 O HOH A 275 20.513 9.590 2.178 1.00 0.00 O \n+HETATM 1372 H1 HOH A 275 21.234 9.668 2.803 1.00 0.00 H \n+HETATM 1373 H2 HOH A 275 20.938 9.591 1.321 1.00 0.00 H \n+HETATM 1374 DOH2 HOH A 275 20.439 9.584 2.184 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1375 OM HOH A 275 20.748 9.606 2.130 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1376 O HOH A 276 5.078 19.093 6.130 1.00 0.00 O \n+HETATM 1377 H1 HOH A 276 5.080 20.022 6.362 1.00 0.00 H \n+HETATM 1378 H2 HOH A 276 5.457 19.065 5.251 1.00 0.00 H \n+HETATM 1379 DOH2 HOH A 276 5.021 19.031 6.194 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1380 OM HOH A 276 5.157 19.278 5.997 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1381 O HOH A 277 0.981 28.854 0.866 1.00 0.00 O \n+HETATM 1382 H1 HOH A 277 1.417 29.513 0.327 1.00 0.00 H \n+HETATM 1383 H2 HOH A 277 1.152 28.026 0.417 1.00 0.00 H \n+HETATM 1384 DOH2 HOH A 277 0.947 28.845 0.973 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1385 OM HOH A 277 1.106 28.819 0.663 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1386 O HOH A 278 7.350 4.226 14.875 1.00 0.00 O \n+HETATM 1387 H1 HOH A 278 6.770 4.693 14.274 1.00 0.00 H \n+HETATM 1388 H2 HOH A 278 6.813 4.064 15.650 1.00 0.00 H \n+HETATM 1389 DOH2 HOH A 278 7.437 4.231 14.873 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1390 OM HOH A 278 7.121 4.288 14.911 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1391 O HOH A 279 14.948 7.974 25.570 1.00 0.00 O \n+HETATM 1392 H1 HOH A 279 14.156 7.438 25.539 1.00 0.00 H \n+HETATM 1393 H2 HOH A 279 15.351 7.758 26.411 1.00 0.00 H \n+HETATM 1394 DOH2 HOH A 279 14.969 8.045 25.496 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1395 OM HOH A 279 14.868 7.820 25.736 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1396 O HOH A 280 15.948 17.363 5.737 1.00 0.00 O \n+HETATM 1397 H1 HOH A 280 15.398 16.580 5.719 1.00 0.00 H \n+HETATM 1398 H2 HOH A 280 15.515 17.946 6.360 1.00 0.00 H \n+HETATM 1399 DOH2 HOH A 280 15.959 17.409 5.675 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1400 OM HOH A 280 15.746 17.322 5.861 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1401 O HOH A 281 1.603 9.978 25.500 1.00 0.00 O \n+HETATM 1402 H1 HOH A 281 2.445 10.121 25.932 1.00 0.00 H \n+HETATM 1403 H2 HOH A 281 1.785 10.109 24.569 1.00 0.00 H \n+HETATM 1404 DOH2 HOH A 281 1.536 9.922 25.553 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1405 OM HOH A 281 1.813 10.034 25.398 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1406 O HOH A 282 15.913 0.145 13.130 1.00 0.00 O \n+HETATM 1407 H1 HOH A 282 16.648 -0.390 13.431 1.00 0.00 H \n+HETATM 1408 H2 HOH A 282 16.049 0.996 13.546 1.00 0.00 H \n+HETATM 1409 DOH2 HOH A 282 15.844 0.133 13.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1410 OM HOH A 282 16.092 0.210 13.277 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1411 O HOH A 283 24.631 19.800 21.510 1.00 0.00 O \n+HETATM 1412 H1 HOH A 283 24.699 18.979 21.998 1.00 0.00 H \n+HETATM 1413 H2 HOH A 283 23.715 20.061 21.607 1.00 0.00 H \n+HETATM 1414 DOH2 HOH A 283 24.691 19.873 21.481 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1415 OM HOH A 283 24.457 19.685 21.630 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1416 O HOH A 284 13.566 18.729 10.967 1.00 0.00 O \n+HETATM 1417 H1 HOH A 284 13.707 19.064 11.853 1.00 0.00 H \n+HETATM 1418 H2 HOH A 284 13.655 17.779 11.053 1.00 0.00 H \n+HETATM 1419 DOH2 HOH A 284 13.558 18.773 10.927 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1420 OM HOH A 284 13.613 18.603 11.166 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1421 O HOH A 285 4.716 3.786 26.890 1.00 0.00 O \n+HETATM 1422 H1 HOH A 285 3.914 3.906 27.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 1423 H2 HOH A 285 5.270 4.526 27.138 1.00 0.00 H \n+HETATM 1424 DOH2 HOH A 285 4.742 3.706 26.829 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1425 OM HOH A 285 4.665 3.962 27.045 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1426 O HOH A 286 5.750 12.964 23.378 1.00 0.00 O \n+HETATM 1427 H1 HOH A 286 5.489 13.885 23.358 1.00 0.00 H \n+HETATM 1428 H2 HOH A 286 5.943 12.750 22.465 1.00 0.00 H \n+HETATM 1429 DOH2 HOH A 286 5.755 12.911 23.474 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1430 OM HOH A 286 5.736 13.109 23.187 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1431 O HOH A 287 21.075 1.512 23.952 1.00 0.00 O \n+HETATM 1432 H1 HOH A 287 20.717 1.138 23.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 1433 H2 HOH A 287 20.637 1.033 24.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 1434 DOH2 HOH A 287 21.148 1.571 23.956 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1435 OM HOH A 287 20.912 1.337 23.931 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1436 O HOH A 288 15.125 23.033 10.366 1.00 0.00 O \n+HETATM 1437 H1 HOH A 288 15.529 23.439 9.599 1.00 0.00 H \n+HETATM 1438 H2 HOH A 288 15.344 22.104 10.289 1.00 0.00 H \n+HETATM 1439 DOH2 HOH A 288 15.065 23.080 10.442 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1440 OM HOH A 288 15.253 22.926 10.193 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1441 O HOH A 289 15.309 12.250 16.503 1.00 0.00 O \n+HETATM 1442 H1 HOH A 289 15.299 13.187 16.696 1.00 0.00 H \n+HETATM 1443 H2 HOH A 289 16.074 11.916 16.973 1.00 0.00 H \n+HETATM 1444 DOH2 HOH A 289 15.234 12.196 16.438 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1445 OM HOH A 289 15.464 12.374 16.639 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1446 O HOH A 290 22.128 17.422 24.015 1.00 0.00 O \n+HETATM 1447 H1 HOH A 290 21.918 16.656 24.549 1.00 0.00 H \n+HETATM 1448 H2 HOH A 290 22.421 18.080 24.645 1.00 0.00 H \n+HETATM 1449 DOH2 HOH A 290 22.149 17.417 23.912 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1450 OM HOH A 290 22.145 17.400 24.254 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1451 O HOH A 291 10.153 16.597 0.259 1.00 0.00 O \n+HETATM 1452 H1 HOH A 291 10.997 16.772 -0.157 1.00 0.00 H \n+HETATM 1453 H2 HOH A 291 10.251 16.931 1.151 1.00 0.00 H \n+HETATM 1454 DOH2 HOH A 291 10.061 16.566 0.203 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1455 OM HOH A 291 10.346 16.701 0.357 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1456 O HOH A 292 10.413 27.758 25.219 1.00 0.00 O \n+HETATM 1457 H1 HOH A 292 10.799 27.705 24.345 1.00 0.00 H \n+HETATM 1458 H2 HOH A 292 10.904 28.454 25.656 1.00 0.00 H \n+HETATM 1459 DOH2 HOH A 292 10.360 27.728 25.244 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1460 OM HOH A 292 10.593 27.890 25.129 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1461 O HOH A 293 7.607 11.813 25.074 1.00 0.00 O \n+HETATM 1462 H1 HOH A 293 6.950 12.293 24.568 1.00 0.00 H \n+HETATM 1463 H2 HOH A 293 7.722 12.332 25.869 1.00 0.00 H \n+HETATM 1464 DOH2 HOH A 293 7.647 11.701 25.052 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1465 OM HOH A 293 7.496 12.018 25.133 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1466 O HOH A 294 -0.146 8.553 20.296 1.00 0.00 O \n+HETATM 1467 H1 HOH A 294 -0.256 7.682 20.680 1.00 0.00 H \n+HETATM 1468 H2 HOH A 294 -0.436 9.155 20.981 1.00 0.00 H \n+HETATM 1469 DOH2 HOH A 294 -0.136 8.574 20.175 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1470 OM HOH A 294 -0.228 8.498 20.516 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1471 O HOH A 295 10.800 10.228 18.398 1.00 0.00 O \n+HETATM 1472 H1 HOH A 295 10.136 9.714 17.938 1.00 0.00 H \n+HETATM 1473 H2 HOH A 295 10.475 10.291 19.296 1.00 0.00 H \n+HETATM 1474 DOH2 HOH A 295 10.860 10.283 18.355 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1475 OM HOH A 295 10.597 10.136 18.488 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1476 O HOH A 296 13.366 20.913 0.420 1.00 0.00 O \n+HETATM 1477 H1 HOH A 296 12.573 20.513 0.063 1.00 0.00 H \n+HETATM 1478 H2 HOH A 296 13.968 20.955 -0.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 1479 DOH2 HOH A 296 13.386 20.920 0.503 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1480 OM HOH A 296 13.327 20.840 0.194 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1481 O HOH A 297 10.927 10.154 14.782 1.00 0.00 O \n+HETATM 1482 H1 HOH A 297 11.876 10.264 14.842 1.00 0.00 H \n+HETATM 1483 H2 HOH A 297 10.784 9.220 14.935 1.00 0.00 H \n+HETATM 1484 DOH2 HOH A 297 10.877 10.198 14.749 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1485 OM HOH A 297 11.092 9.985 14.826 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1486 O HOH A 298 3.709 7.332 26.139 1.00 0.00 O \n+HETATM 1487 H1 HOH A 298 4.464 6.751 26.228 1.00 0.00 H \n+HETATM 1488 H2 HOH A 298 3.463 7.266 25.216 1.00 0.00 H \n+HETATM 1489 DOH2 HOH A 298 3.684 7.383 26.217 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1490 OM HOH A 298 3.813 7.199 25.968 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1491 O HOH A 299 19.978 16.344 13.264 1.00 0.00 O \n+HETATM 1492 H1 HOH A 299 20.789 16.844 13.353 1.00 0.00 H \n+HETATM 1493 H2 HOH A 299 19.743 16.106 14.161 1.00 0.00 H \n+HETATM 1494 DOH2 HOH A 299 19.924 16.311 13.175 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1495 OM HOH A 299 20.096 16.398 13.466 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1496 O HOH A 300 0.805 14.275 29.154 1.00 0.00 O \n+HETATM 1497 H1 HOH A 300 1.368 14.893 28.688 1.00 0.00 H \n+HETATM 1498 H2 HOH A 300 0.903 14.509 30.077 1.00 0.00 H \n+HETATM 1499 DOH2 HOH A 300 0.721 14.231 29.104 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1500 OM HOH A 300 0.941 14.450 29.248 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1501 O HOH A 301 11.863 13.222 28.680 1.00 0.00 O \n+HETATM 1502 H1 HOH A 301 11.174 13.776 28.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 1503 H2 HOH A 301 12.430 13.020 27.935 1.00 0.00 H \n+HETATM 1504 DOH2 HOH A 301 11.876 13.226 28.794 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1505 OM HOH A 301 11.838 13.294 28.452 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1506 O HOH A 302 29.520 0.818 18.596 1.00 0.00 O \n+HETATM 1507 H1 HOH A 302 29.192 -0.002 18.966 1.00 0.00 H \n+HETATM 1508 H2 HOH A 302 29.381 1.465 19.287 1.00 0.00 H \n+HETATM 1509 DOH2 HOH A 302 29.522 0.848 18.521 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1510 OM HOH A 302 29.424 0.782 18.814 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1511 O HOH A 303 17.528 17.808 22.651 1.00 0.00 O \n+HETATM 1512 H1 HOH A 303 16.998 18.501 22.257 1.00 0.00 H \n+HETATM 1513 H2 HOH A 303 17.892 18.205 23.443 1.00 0.00 H \n+HETATM 1514 DOH2 HOH A 303 17.516 17.704 22.617 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1515 OM HOH A 303 17.494 18.031 22.733 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1516 O HOH A 304 28.270 11.595 1.306 1.00 0.00 O \n+HETATM 1517 H1 HOH A 304 28.249 12.164 2.076 1.00 0.00 H \n+HETATM 1518 H2 HOH A 304 28.479 10.728 1.654 1.00 0.00 H \n+HETATM 1519 DOH2 HOH A 304 28.238 11.603 1.204 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1520 OM HOH A 304 28.309 11.534 1.536 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1521 O HOH A 305 15.729 3.196 1.233 1.00 0.00 O \n+HETATM 1522 H1 HOH A 305 16.046 2.316 1.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 1523 H2 HOH A 305 15.241 3.461 0.454 1.00 0.00 H \n+HETATM 1524 DOH2 HOH A 305 15.776 3.234 1.276 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1525 OM HOH A 305 15.694 3.070 1.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1526 O HOH A 306 1.166 2.694 24.192 1.00 0.00 O \n+HETATM 1527 H1 HOH A 306 0.722 2.031 23.663 1.00 0.00 H \n+HETATM 1528 H2 HOH A 306 1.746 3.143 23.577 1.00 0.00 H \n+HETATM 1529 DOH2 HOH A 306 1.122 2.747 24.270 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1530 OM HOH A 306 1.194 2.650 23.958 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1531 O HOH A 307 14.344 19.024 17.405 1.00 0.00 O \n+HETATM 1532 H1 HOH A 307 14.009 19.767 16.903 1.00 0.00 H \n+HETATM 1533 H2 HOH A 307 14.485 18.338 16.753 1.00 0.00 H \n+HETATM 1534 DOH2 HOH A 307 14.341 19.003 17.521 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1535 OM HOH A 307 14.304 19.036 17.168 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1536 O HOH A 308 9.988 7.502 14.804 1.00 0.00 O \n+HETATM 1537 H1 HOH A 308 9.973 6.677 15.289 1.00 0.00 H \n+HETATM 1538 H2 HOH A 308 9.643 7.279 13.939 1.00 0.00 H \n+HETATM 1539 DOH2 HOH A 308 9.997 7.602 14.863 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1540 OM HOH A 308 9.914 7.287 14.726 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1541 O HOH A 309 15.113 28.315 20.707 1.00 0.00 O \n+HETATM 1542 H1 HOH A 309 14.778 27.432 20.552 1.00 0.00 H \n+HETATM 1543 H2 HOH A 309 14.848 28.518 21.604 1.00 0.00 H \n+HETATM 1544 DOH2 HOH A 309 15.146 28.364 20.639 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1545 OM HOH A 309 14.990 28.175 20.859 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1546 O HOH A 310 14.755 4.883 26.474 1.00 0.00 O \n+HETATM 1547 H1 HOH A 310 13.983 5.405 26.258 1.00 0.00 H \n+HETATM 1548 H2 HOH A 310 15.178 4.719 25.631 1.00 0.00 H \n+HETATM 1549 DOH2 HOH A 310 14.766 4.879 26.585 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1550 OM HOH A 310 14.683 4.957 26.257 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1551 O HOH A 311 17.687 30.706 22.568 1.00 0.00 O \n+HETATM 1552 H1 HOH A 311 18.523 30.537 22.133 1.00 0.00 H \n+HETATM 1553 H2 HOH A 311 17.524 29.918 23.088 1.00 0.00 H \n+HETATM 1554 DOH2 HOH A 311 17.644 30.800 22.566 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1555 OM HOH A 311 17.825 30.509 22.585 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1556 O HOH A 312 9.230 8.175 27.766 1.00 0.00 O \n+HETATM 1557 H1 HOH A 312 8.561 8.568 27.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 1558 H2 HOH A 312 10.060 8.478 27.397 1.00 0.00 H \n+HETATM 1559 DOH2 HOH A 312 9.218 8.112 27.851 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1560 OM HOH A 312 9.263 8.318 27.575 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1561 O HOH A 313 8.119 7.015 18.905 1.00 0.00 O \n+HETATM 1562 H1 HOH A 313 8.368 6.104 18.749 1.00 0.00 H \n+HETATM 1563 H2 HOH A 313 8.700 7.307 19.607 1.00 0.00 H \n+HETATM 1564 DOH2 HOH A 313 8.057 7.080 18.840 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1565 OM HOH A 313 8.289 6.888 19.017 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1566 O HOH A 314 16.568 30.411 5.448 1.00 0.00 O \n+HETATM 1567 H1 HOH A 314 16.833 29.612 5.904 1.00 0.00 H \n+HETATM 1568 H2 HOH A 314 15.987 30.108 4.751 1.00 0.00 H \n+HETATM 1569 DOH2 HOH A 314 16.601 30.509 5.461 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1570 OM HOH A 314 16.503 30.185 5.399 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1571 O HOH A 315 9.752 26.493 4.669 1.00 0.00 O \n+HETATM 1572 H1 HOH A 315 8.882 26.626 4.293 1.00 0.00 H \n+HETATM 1573 H2 HOH A 315 10.315 27.106 4.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 1574 DOH2 HOH A 315 9.766 26.457 4.744 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1575 OM HOH A 315 9.689 26.646 4.495 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1576 O HOH A 316 18.327 29.269 28.152 1.00 0.00 O \n+HETATM 1577 H1 HOH A 316 17.926 28.422 27.960 1.00 0.00 H \n+HETATM 1578 H2 HOH A 316 18.698 29.166 29.029 1.00 0.00 H \n+HETATM 1579 DOH2 HOH A 316 18.331 29.345 28.065 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1580 OM HOH A 316 18.321 29.074 28.293 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1581 O HOH A 317 1.442 6.642 10.043 1.00 0.00 O \n+HETATM 1582 H1 HOH A 317 0.840 6.476 9.318 1.00 0.00 H \n+HETATM 1583 H2 HOH A 317 2.037 7.316 9.713 1.00 0.00 H \n+HETATM 1584 DOH2 HOH A 317 1.431 6.625 10.125 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1585 OM HOH A 317 1.440 6.746 9.827 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1586 O HOH A 318 11.419 22.489 20.657 1.00 0.00 O \n+HETATM 1587 H1 HOH A 318 11.838 21.660 20.889 1.00 0.00 H \n+HETATM 1588 H2 HOH A 318 10.693 22.239 20.085 1.00 0.00 H \n+HETATM 1589 DOH2 HOH A 318 11.425 22.563 20.735 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1590 OM HOH A 318 11.356 22.268 20.587 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1591 O HOH A 319 10.530 25.754 7.181 1.00 0.00 O \n+HETATM 1592 H1 HOH A 319 10.288 26.548 7.658 1.00 0.00 H \n+HETATM 1593 H2 HOH A 319 10.188 25.893 6.297 1.00 0.00 H \n+HETATM 1594 DOH2 HOH A 319 10.617 25.687 7.212 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1595 OM HOH A 319 10.410 25.945 7.097 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1596 O HOH A 320 3.234 18.536 10.668 1.00 0.00 O \n+HETATM 1597 H1 HOH A 320 3.711 19.160 11.215 1.00 0.00 H \n+HETATM 1598 H2 HOH A 320 3.824 18.360 9.935 1.00 0.00 H \n+HETATM 1599 DOH2 HOH A 320 3.150 18.479 10.694 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1600 OM HOH A 320 3.453 18.628 10.630 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1601 O HOH A 321 14.375 15.113 5.546 1.00 0.00 O \n+HETATM 1602 H1 HOH A 321 14.551 14.183 5.688 1.00 0.00 H \n+HETATM 1603 H2 HOH A 321 13.889 15.143 4.722 1.00 0.00 H \n+HETATM 1604 DOH2 HOH A 321 14.403 15.201 5.627 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1605 OM HOH A 321 14.312 14.928 5.406 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1606 O HOH A 322 2.199 4.536 11.883 1.00 0.00 O \n+HETATM 1607 H1 HOH A 322 1.933 5.126 11.178 1.00 0.00 H \n+HETATM 1608 H2 HOH A 322 2.136 5.066 12.677 1.00 0.00 H \n+HETATM 1609 DOH2 HOH A 322 2.209 4.439 11.896 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1610 OM HOH A 322 2.132 4.766 11.901 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1611 O HOH A 323 9.720 28.261 8.210 1.00 0.00 O \n+HETATM 1612 H1 HOH A 323 9.548 28.741 7.400 1.00 0.00 H \n+HETATM 1613 H2 HOH A 323 9.211 28.724 8.876 1.00 0.00 H \n+HETATM 1614 DOH2 HOH A 323 9.791 28.202 8.221 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1615 OM HOH A 323 9.580 28.454 8.181 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1616 O HOH A 324 12.462 20.050 21.477 1.00 0.00 O \n+HETATM 1617 H1 HOH A 324 11.882 19.309 21.304 1.00 0.00 H \n+HETATM 1618 H2 HOH A 324 12.891 19.831 22.304 1.00 0.00 H \n+HETATM 1619 DOH2 HOH A 324 12.485 20.139 21.407 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1620 OM HOH A 324 12.431 19.853 21.611 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1621 O HOH A 325 27.606 26.292 12.265 1.00 0.00 O \n+HETATM 1622 H1 HOH A 325 27.737 26.811 13.059 1.00 0.00 H \n+HETATM 1623 H2 HOH A 325 26.673 26.380 12.073 1.00 0.00 H \n+HETATM 1624 DOH2 HOH A 325 27.656 26.229 12.192 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1625 OM HOH A 325 27.441 26.417 12.389 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1626 O HOH A 326 14.159 6.113 2.333 1.00 0.00 O \n+HETATM 1627 H1 HOH A 326 13.486 5.675 1.814 1.00 0.00 H \n+HETATM 1628 H2 HOH A 326 14.325 5.517 3.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 1629 DOH2 HOH A 326 14.216 6.151 2.301 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1630 OM HOH A 326 14.055 5.901 2.377 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1631 O HOH A 327 5.814 29.443 18.424 1.00 0.00 O \n+HETATM 1632 H1 HOH A 327 5.906 29.885 19.268 1.00 0.00 H \n+HETATM 1633 H2 HOH A 327 5.417 30.101 17.852 1.00 0.00 H \n+HETATM 1634 DOH2 HOH A 327 5.821 29.331 18.407 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1635 OM HOH A 327 5.751 29.669 18.479 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1636 O HOH A 328 10.853 19.775 5.802 1.00 0.00 O \n+HETATM 1637 H1 HOH A 328 10.137 19.320 5.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 1638 H2 HOH A 328 10.421 20.450 6.326 1.00 0.00 H \n+HETATM 1639 DOH2 HOH A 328 10.945 19.752 5.824 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1640 OM HOH A 328 10.617 19.820 5.819 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1641 O HOH A 329 13.027 4.187 5.023 1.00 0.00 O \n+HETATM 1642 H1 HOH A 329 13.472 4.720 5.682 1.00 0.00 H \n+HETATM 1643 H2 HOH A 329 12.696 3.432 5.509 1.00 0.00 H \n+HETATM 1644 DOH2 HOH A 329 13.011 4.185 4.949 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1645 OM HOH A 329 13.050 4.142 5.258 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1646 O HOH A 330 3.429 24.949 19.704 1.00 0.00 O \n+HETATM 1647 H1 HOH A 330 4.231 24.437 19.603 1.00 0.00 H \n+HETATM 1648 H2 HOH A 330 3.663 25.825 19.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 1649 DOH2 HOH A 330 3.337 24.905 19.741 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1650 OM HOH A 330 3.641 25.024 19.620 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1651 O HOH A 331 -0.475 22.444 4.943 1.00 0.00 O \n+HETATM 1652 H1 HOH A 331 0.317 21.941 4.755 1.00 0.00 H \n+HETATM 1653 H2 HOH A 331 -1.191 21.823 4.809 1.00 0.00 H \n+HETATM 1654 DOH2 HOH A 331 -0.498 22.529 4.979 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1655 OM HOH A 331 -0.460 22.214 4.877 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1656 O HOH A 332 15.714 24.755 5.544 1.00 0.00 O \n+HETATM 1657 H1 HOH A 332 15.554 24.304 4.715 1.00 0.00 H \n+HETATM 1658 H2 HOH A 332 14.864 25.124 5.784 1.00 0.00 H \n+HETATM 1659 DOH2 HOH A 332 15.803 24.769 5.604 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1660 OM HOH A 332 15.507 24.738 5.423 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1661 O HOH A 333 14.328 20.130 13.318 1.00 0.00 O \n+HETATM 1662 H1 HOH A 333 14.933 20.837 13.097 1.00 0.00 H \n+HETATM 1663 H2 HOH A 333 14.893 19.382 13.510 1.00 0.00 H \n+HETATM 1664 DOH2 HOH A 333 14.218 20.126 13.315 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1665 OM HOH A 333 14.568 20.121 13.312 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1666 O HOH A 334 18.178 21.348 21.388 1.00 0.00 O \n+HETATM 1667 H1 HOH A 334 17.848 22.097 21.884 1.00 0.00 H \n+HETATM 1668 H2 HOH A 334 17.432 20.751 21.330 1.00 0.00 H \n+HETATM 1669 DOH2 HOH A 334 18.267 21.332 21.316 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1670 OM HOH A 334 17.957 21.379 21.478 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1671 O HOH A 335 12.315 24.785 21.835 1.00 0.00 O \n+HETATM 1672 H1 HOH A 335 12.047 23.981 21.390 1.00 0.00 H \n+HETATM 1673 H2 HOH A 335 12.930 25.201 21.231 1.00 0.00 H \n+HETATM 1674 DOH2 HOH A 335 12.301 24.803 21.897 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1675 OM HOH A 335 12.386 24.705 21.620 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1676 O HOH A 336 3.798 22.105 16.019 1.00 0.00 O \n+HETATM 1677 H1 HOH A 336 4.612 22.426 16.408 1.00 0.00 H \n+HETATM 1678 H2 HOH A 336 3.861 21.152 16.082 1.00 0.00 H \n+HETATM 1679 DOH2 HOH A 336 3.738 22.136 15.975 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1680 OM HOH A 336 3.978 21.976 16.112 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1681 O HOH A 337 5.043 21.669 6.913 1.00 0.00 O \n+HETATM 1682 H1 HOH A 337 5.818 21.894 7.428 1.00 0.00 H \n+HETATM 1683 H2 HOH A 337 4.344 22.210 7.281 1.00 0.00 H \n+HETATM 1684 DOH2 HOH A 337 5.035 21.591 6.820 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1685 OM HOH A 337 5.059 21.826 7.094 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1686 O HOH A 338 30.586 22.131 29.723 1.00 0.00 O \n+HETATM 1687 H1 HOH A 338 30.097 22.570 30.419 1.00 0.00 H \n+HETATM 1688 H2 HOH A 338 30.053 21.369 29.499 1.00 0.00 H \n+HETATM 1689 DOH2 HOH A 338 30.669 22.163 29.675 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1690 OM HOH A 338 30.376 22.065 29.820 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1691 O HOH A 339 17.226 28.070 6.807 1.00 0.00 O \n+HETATM 1692 H1 HOH A 339 16.721 27.609 7.477 1.00 0.00 H \n+HETATM 1693 H2 HOH A 339 17.629 27.374 6.288 1.00 0.00 H \n+HETATM 1694 DOH2 HOH A 339 17.243 28.160 6.815 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1695 OM HOH A 339 17.205 27.833 6.838 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1696 O HOH A 340 2.362 18.604 5.862 1.00 0.00 O \n+HETATM 1697 H1 HOH A 340 2.015 18.426 6.736 1.00 0.00 H \n+HETATM 1698 H2 HOH A 340 3.301 18.733 5.998 1.00 0.00 H \n+HETATM 1699 DOH2 HOH A 340 2.318 18.612 5.766 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1700 OM HOH A 340 2.483 18.594 6.069 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1701 O HOH A 341 13.968 27.857 7.250 1.00 0.00 O \n+HETATM 1702 H1 HOH A 341 14.668 27.514 7.805 1.00 0.00 H \n+HETATM 1703 H2 HOH A 341 13.654 27.095 6.762 1.00 0.00 H \n+HETATM 1704 DOH2 HOH A 341 13.923 27.950 7.251 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1705 OM HOH A 341 14.047 27.631 7.264 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1706 O HOH A 342 25.025 24.640 13.608 1.00 0.00 O \n+HETATM 1707 H1 HOH A 342 25.592 23.935 13.293 1.00 0.00 H \n+HETATM 1708 H2 HOH A 342 24.932 25.226 12.858 1.00 0.00 H \n+HETATM 1709 DOH2 HOH A 342 24.982 24.660 13.693 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1710 OM HOH A 342 25.122 24.615 13.390 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1711 O HOH A 343 6.072 18.861 3.533 1.00 0.00 O \n+HETATM 1712 H1 HOH A 343 5.834 19.482 2.844 1.00 0.00 H \n+HETATM 1713 H2 HOH A 343 5.621 18.051 3.293 1.00 0.00 H \n+HETATM 1714 DOH2 HOH A 343 6.122 18.846 3.628 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1715 OM HOH A 343 5.931 18.822 3.342 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1716 O HOH A 344 5.276 26.585 29.920 1.00 0.00 O \n+HETATM 1717 H1 HOH A 344 4.678 27.135 29.415 1.00 0.00 H \n+HETATM 1718 H2 HOH A 344 4.795 26.382 30.723 1.00 0.00 H \n+HETATM 1719 DOH2 HOH A 344 5.378 26.605 29.923 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1720 OM HOH A 344 5.055 26.656 29.981 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1721 O HOH A 345 16.101 19.617 21.088 1.00 0.00 O \n+HETATM 1722 H1 HOH A 345 16.111 18.859 20.503 1.00 0.00 H \n+HETATM 1723 H2 HOH A 345 15.458 20.210 20.699 1.00 0.00 H \n+HETATM 1724 DOH2 HOH A 345 16.181 19.635 21.152 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1725 OM HOH A 345 15.971 19.583 20.888 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1726 O HOH A 346 6.966 22.540 3.384 1.00 0.00 O \n+HETATM 1727 H1 HOH A 346 6.980 23.335 2.850 1.00 0.00 H \n+HETATM 1728 H2 HOH A 346 7.594 22.711 4.085 1.00 0.00 H \n+HETATM 1729 DOH2 HOH A 346 6.928 22.471 3.367 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1730 OM HOH A 346 7.098 22.738 3.418 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1731 O HOH A 347 10.348 22.799 17.170 1.00 0.00 O \n+HETATM 1732 H1 HOH A 347 9.952 22.408 17.949 1.00 0.00 H \n+HETATM 1733 H2 HOH A 347 10.427 22.074 16.551 1.00 0.00 H \n+HETATM 1734 DOH2 HOH A 347 10.373 22.882 17.146 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1735 OM HOH A 347 10.283 22.570 17.203 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1736 O HOH A 348 16.068 24.713 13.689 1.00 0.00 O \n+HETATM 1737 H1 HOH A 348 16.806 24.503 13.116 1.00 0.00 H \n+HETATM 1738 H2 HOH A 348 15.293 24.557 13.148 1.00 0.00 H \n+HETATM 1739 DOH2 HOH A 348 16.065 24.729 13.783 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1740 OM HOH A 348 16.061 24.638 13.460 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1741 O HOH A 349 9.834 5.452 6.526 1.00 0.00 O \n+HETATM 1742 H1 HOH A 349 9.737 6.113 5.841 1.00 0.00 H \n+HETATM 1743 H2 HOH A 349 9.772 4.616 6.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 1744 DOH2 HOH A 349 9.854 5.444 6.621 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1745 OM HOH A 349 9.801 5.416 6.291 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1746 O HOH A 350 4.646 20.278 12.247 1.00 0.00 O \n+HETATM 1747 H1 HOH A 350 4.197 21.071 12.539 1.00 0.00 H \n+HETATM 1748 H2 HOH A 350 5.102 19.960 13.026 1.00 0.00 H \n+HETATM 1749 DOH2 HOH A 350 4.650 20.222 12.137 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1750 OM HOH A 350 4.647 20.375 12.466 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1751 O HOH A 351 3.948 15.024 2.265 1.00 0.00 O \n+HETATM 1752 H1 HOH A 351 4.296 15.769 1.776 1.00 0.00 H \n+HETATM 1753 H2 HOH A 351 4.396 15.061 3.110 1.00 0.00 H \n+HETATM 1754 DOH2 HOH A 351 3.885 14.957 2.243 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1755 OM HOH A 351 4.111 15.184 2.338 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1756 O HOH A 352 4.890 17.918 8.576 1.00 0.00 O \n+HETATM 1757 H1 HOH A 352 4.975 18.336 7.719 1.00 0.00 H \n+HETATM 1758 H2 HOH A 352 4.527 17.052 8.385 1.00 0.00 H \n+HETATM 1759 DOH2 HOH A 352 4.889 17.978 8.684 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1760 OM HOH A 352 4.833 17.826 8.361 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1761 O HOH A 353 11.799 29.662 14.096 1.00 0.00 O \n+HETATM 1762 H1 HOH A 353 12.437 29.070 14.494 1.00 0.00 H \n+HETATM 1763 H2 HOH A 353 11.704 30.374 14.729 1.00 0.00 H \n+HETATM 1764 DOH2 HOH A 353 11.780 29.656 13.977 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1765 OM HOH A 353 11.911 29.687 14.307 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1766 O HOH A 354 10.730 29.642 0.979 1.00 0.00 O \n+HETATM 1767 H1 HOH A 354 10.782 29.256 0.104 1.00 0.00 H \n+HETATM 1768 H2 HOH A 354 9.901 30.120 0.982 1.00 0.00 H \n+HETATM 1769 DOH2 HOH A 354 10.813 29.644 1.083 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1770 OM HOH A 354 10.571 29.661 0.800 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1771 O HOH A 355 9.858 14.288 18.000 1.00 0.00 O \n+HETATM 1772 H1 HOH A 355 9.757 13.524 17.433 1.00 0.00 H \n+HETATM 1773 H2 HOH A 355 10.788 14.510 17.940 1.00 0.00 H \n+HETATM 1774 DOH2 HOH A 355 9.774 14.331 18.036 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1775 OM HOH A 355 10.028 14.177 17.871 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1776 O HOH A 356 7.020 24.754 6.399 1.00 0.00 O \n+HETATM 1777 H1 HOH A 356 7.665 24.295 5.860 1.00 0.00 H \n+HETATM 1778 H2 HOH A 356 6.439 25.179 5.768 1.00 0.00 H \n+HETATM 1779 DOH2 HOH A 356 7.005 24.755 6.487 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1780 OM HOH A 356 7.033 24.747 6.159 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1781 O HOH A 357 1.404 17.405 3.600 1.00 0.00 O \n+HETATM 1782 H1 HOH A 357 1.761 17.889 4.346 1.00 0.00 H \n+HETATM 1783 H2 HOH A 357 1.757 17.854 2.832 1.00 0.00 H \n+HETATM 1784 DOH2 HOH A 357 1.348 17.339 3.612 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1785 OM HOH A 357 1.550 17.597 3.596 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1786 O HOH A 358 7.142 26.209 13.566 1.00 0.00 O \n+HETATM 1787 H1 HOH A 358 7.054 27.135 13.343 1.00 0.00 H \n+HETATM 1788 H2 HOH A 358 8.052 26.115 13.846 1.00 0.00 H \n+HETATM 1789 DOH2 HOH A 358 7.057 26.142 13.592 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1790 OM HOH A 358 7.311 26.380 13.578 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1791 O HOH A 359 9.561 24.815 12.016 1.00 0.00 O \n+HETATM 1792 H1 HOH A 359 9.709 25.369 12.782 1.00 0.00 H \n+HETATM 1793 H2 HOH A 359 9.234 25.414 11.345 1.00 0.00 H \n+HETATM 1794 DOH2 HOH A 359 9.563 24.713 12.002 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1795 OM HOH A 359 9.524 25.051 12.036 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1796 O HOH A 360 12.580 1.314 9.526 1.00 0.00 O \n+HETATM 1797 H1 HOH A 360 13.376 1.014 9.086 1.00 0.00 H \n+HETATM 1798 H2 HOH A 360 12.742 1.148 10.454 1.00 0.00 H \n+HETATM 1799 DOH2 HOH A 360 12.479 1.338 9.477 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1800 OM HOH A 360 12.776 1.219 9.626 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1801 O HOH A 361 10.375 22.849 2.690 1.00 0.00 O \n+HETATM 1802 H1 HOH A 361 9.960 22.022 2.446 1.00 0.00 H \n+HETATM 1803 H2 HOH A 361 10.100 23.466 2.011 1.00 0.00 H \n+HETATM 1804 DOH2 HOH A 361 10.406 22.875 2.767 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1805 OM HOH A 361 10.234 22.806 2.501 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1806 O HOH A 362 1.193 15.079 1.750 1.00 0.00 O \n+HETATM 1807 H1 HOH A 362 0.919 15.822 2.287 1.00 0.00 H \n+HETATM 1808 H2 HOH A 362 2.119 14.958 1.963 1.00 0.00 H \n+HETATM 1809 DOH2 HOH A 362 1.164 15.053 1.681 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1810 OM HOH A 362 1.327 15.207 1.904 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1811 O HOH A 363 16.344 24.142 8.180 1.00 0.00 O \n+HETATM 1812 H1 HOH A 363 16.311 24.275 7.233 1.00 0.00 H \n+HETATM 1813 H2 HOH A 363 17.275 24.188 8.397 1.00 0.00 H \n+HETATM 1814 DOH2 HOH A 363 16.289 24.163 8.249 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1815 OM HOH A 363 16.528 24.178 8.030 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1816 O HOH A 364 7.246 15.021 18.556 1.00 0.00 O \n+HETATM 1817 H1 HOH A 364 7.107 15.316 19.456 1.00 0.00 H \n+HETATM 1818 H2 HOH A 364 8.181 14.824 18.510 1.00 0.00 H \n+HETATM 1819 DOH2 HOH A 364 7.185 15.032 18.470 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1820 OM HOH A 364 7.409 15.041 18.731 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1821 O HOH A 365 4.322 24.353 10.068 1.00 0.00 O \n+HETATM 1822 H1 HOH A 365 4.414 24.503 11.009 1.00 0.00 H \n+HETATM 1823 H2 HOH A 365 5.207 24.462 9.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 1824 DOH2 HOH A 365 4.239 24.349 9.998 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1825 OM HOH A 365 4.522 24.406 10.190 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1826 O HOH A 366 11.276 22.794 11.309 1.00 0.00 O \n+HETATM 1827 H1 HOH A 366 11.373 22.923 10.366 1.00 0.00 H \n+HETATM 1828 H2 HOH A 366 10.640 23.457 11.578 1.00 0.00 H \n+HETATM 1829 DOH2 HOH A 366 11.328 22.756 11.373 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1830 OM HOH A 366 11.165 22.956 11.171 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1831 O HOH A 367 3.571 22.630 13.311 1.00 0.00 O \n+HETATM 1832 H1 HOH A 367 3.968 23.486 13.148 1.00 0.00 H \n+HETATM 1833 H2 HOH A 367 3.633 22.513 14.259 1.00 0.00 H \n+HETATM 1834 DOH2 HOH A 367 3.537 22.574 13.261 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1835 OM HOH A 367 3.665 22.782 13.472 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1836 O HOH A 368 20.700 3.137 1.090 1.00 0.00 O \n+HETATM 1837 H1 HOH A 368 21.282 2.472 0.721 1.00 0.00 H \n+HETATM 1838 H2 HOH A 368 19.833 2.732 1.075 1.00 0.00 H \n+HETATM 1839 DOH2 HOH A 368 20.758 3.231 1.127 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1840 OM HOH A 368 20.641 2.917 1.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1841 O HOH A 369 28.917 2.787 20.440 1.00 0.00 O \n+HETATM 1842 H1 HOH A 369 28.149 2.841 21.009 1.00 0.00 H \n+HETATM 1843 H2 HOH A 369 28.874 3.579 19.904 1.00 0.00 H \n+HETATM 1844 DOH2 HOH A 369 28.965 2.712 20.437 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1845 OM HOH A 369 28.751 2.961 20.447 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1846 O HOH A 370 18.707 28.898 8.971 1.00 0.00 O \n+HETATM 1847 H1 HOH A 370 18.017 29.169 9.576 1.00 0.00 H \n+HETATM 1848 H2 HOH A 370 18.247 28.704 8.154 1.00 0.00 H \n+HETATM 1849 DOH2 HOH A 370 18.812 28.898 8.971 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1850 OM HOH A 370 18.471 28.914 8.927 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1851 O HOH A 371 1.132 -0.316 25.775 1.00 0.00 O \n+HETATM 1852 H1 HOH A 371 1.765 -0.036 25.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 1853 H2 HOH A 371 1.608 -0.950 26.311 1.00 0.00 H \n+HETATM 1854 DOH2 HOH A 371 1.026 -0.322 25.793 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1855 OM HOH A 371 1.359 -0.388 25.749 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1856 O HOH A 372 1.255 16.304 16.159 1.00 0.00 O \n+HETATM 1857 H1 HOH A 372 0.385 15.937 16.317 1.00 0.00 H \n+HETATM 1858 H2 HOH A 372 1.089 17.210 15.897 1.00 0.00 H \n+HETATM 1859 DOH2 HOH A 372 1.360 16.274 16.165 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1860 OM HOH A 372 1.043 16.415 16.138 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1861 O HOH A 373 6.833 24.718 9.087 1.00 0.00 O \n+HETATM 1862 H1 HOH A 373 6.874 25.647 9.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 1863 H2 HOH A 373 6.891 24.701 8.131 1.00 0.00 H \n+HETATM 1864 DOH2 HOH A 373 6.781 24.642 9.144 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1865 OM HOH A 373 6.853 24.905 8.937 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1866 O HOH A 374 11.450 1.748 15.817 1.00 0.00 O \n+HETATM 1867 H1 HOH A 374 11.588 1.702 16.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 1868 H2 HOH A 374 11.781 2.611 15.568 1.00 0.00 H \n+HETATM 1869 DOH2 HOH A 374 11.433 1.679 15.758 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1870 OM HOH A 374 11.546 1.916 15.960 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1871 O HOH A 375 11.061 19.294 25.237 1.00 0.00 O \n+HETATM 1872 H1 HOH A 375 11.842 19.201 24.690 1.00 0.00 H \n+HETATM 1873 H2 HOH A 375 11.277 20.001 25.845 1.00 0.00 H \n+HETATM 1874 DOH2 HOH A 375 10.975 19.224 25.251 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1875 OM HOH A 375 11.265 19.420 25.249 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1876 O HOH A 376 3.677 18.761 18.883 1.00 0.00 O \n+HETATM 1877 H1 HOH A 376 2.878 18.725 19.409 1.00 0.00 H \n+HETATM 1878 H2 HOH A 376 4.207 19.441 19.299 1.00 0.00 H \n+HETATM 1879 DOH2 HOH A 376 3.688 18.709 18.800 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1880 OM HOH A 376 3.622 18.893 19.076 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1881 O HOH A 377 25.363 9.218 15.081 1.00 0.00 O \n+HETATM 1882 H1 HOH A 377 25.256 10.159 15.218 1.00 0.00 H \n+HETATM 1883 H2 HOH A 377 24.496 8.913 14.816 1.00 0.00 H \n+HETATM 1884 DOH2 HOH A 377 25.443 9.202 15.078 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1885 OM HOH A 377 25.163 9.349 15.055 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1886 O HOH A 378 3.040 23.291 7.921 1.00 0.00 O \n+HETATM 1887 H1 HOH A 378 3.469 23.626 8.709 1.00 0.00 H \n+HETATM 1888 H2 HOH A 378 2.104 23.387 8.098 1.00 0.00 H \n+HETATM 1889 DOH2 HOH A 378 3.097 23.266 7.834 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1890 OM HOH A 378 2.936 23.380 8.119 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1891 O HOH A 379 15.577 23.317 19.802 1.00 0.00 O \n+HETATM 1892 H1 HOH A 379 16.218 23.263 19.092 1.00 0.00 H \n+HETATM 1893 H2 HOH A 379 15.074 22.506 19.733 1.00 0.00 H \n+HETATM 1894 DOH2 HOH A 379 15.566 23.393 19.877 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1895 OM HOH A 379 15.605 23.140 19.642 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1896 O HOH A 380 7.231 21.972 8.613 1.00 0.00 O \n+HETATM 1897 H1 HOH A 380 7.060 22.816 9.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 1898 H2 HOH A 380 6.907 21.325 9.239 1.00 0.00 H \n+HETATM 1899 DOH2 HOH A 380 7.243 21.964 8.547 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1900 OM HOH A 380 7.130 22.012 8.827 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1901 O HOH A 381 12.850 25.678 28.970 1.00 0.00 O \n+HETATM 1902 H1 HOH A 381 12.506 25.851 29.846 1.00 0.00 H \n+HETATM 1903 H2 HOH A 381 12.087 25.739 28.396 1.00 0.00 H \n+HETATM 1904 DOH2 HOH A 381 12.953 25.678 28.948 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1905 OM HOH A 381 12.623 25.726 29.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1906 O HOH A 382 12.161 27.979 9.464 1.00 0.00 O \n+HETATM 1907 H1 HOH A 382 11.306 28.067 9.045 1.00 0.00 H \n+HETATM 1908 H2 HOH A 382 12.790 28.057 8.746 1.00 0.00 H \n+HETATM 1909 DOH2 HOH A 382 12.181 27.962 9.544 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1910 OM HOH A 382 12.115 28.013 9.231 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1911 O HOH A 383 11.099 25.323 16.445 1.00 0.00 O \n+HETATM 1912 H1 HOH A 383 11.907 25.187 15.950 1.00 0.00 H \n+HETATM 1913 H2 HOH A 383 10.833 24.444 16.716 1.00 0.00 H \n+HETATM 1914 DOH2 HOH A 383 11.042 25.426 16.428 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1915 OM HOH A 383 11.210 25.115 16.399 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1916 O HOH A 384 10.293 17.667 2.689 1.00 0.00 O \n+HETATM 1917 H1 HOH A 384 9.724 17.916 3.417 1.00 0.00 H \n+HETATM 1918 H2 HOH A 384 11.181 17.770 3.031 1.00 0.00 H \n+HETATM 1919 DOH2 HOH A 384 10.264 17.590 2.597 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1920 OM HOH A 384 10.358 17.740 2.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1921 O HOH A 385 12.964 0.828 1.938 1.00 0.00 O \n+HETATM 1922 H1 HOH A 385 12.189 0.359 1.631 1.00 0.00 H \n+HETATM 1923 H2 HOH A 385 12.627 1.664 2.261 1.00 0.00 H \n+HETATM 1924 DOH2 HOH A 385 13.033 0.805 1.919 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1925 OM HOH A 385 12.736 0.903 1.941 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1926 O HOH A 386 3.608 0.418 4.272 1.00 0.00 O \n+HETATM 1927 H1 HOH A 386 4.436 0.601 3.829 1.00 0.00 H \n+HETATM 1928 H2 HOH A 386 3.402 1.228 4.740 1.00 0.00 H \n+HETATM 1929 DOH2 HOH A 386 3.554 0.290 4.280 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1930 OM HOH A 386 3.735 0.622 4.277 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1931 O HOH A 387 9.717 21.762 7.320 1.00 0.00 O \n+HETATM 1932 H1 HOH A 387 8.874 21.801 7.772 1.00 0.00 H \n+HETATM 1933 H2 HOH A 387 10.292 22.327 7.836 1.00 0.00 H \n+HETATM 1934 DOH2 HOH A 387 9.737 21.731 7.227 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1935 OM HOH A 387 9.662 21.886 7.519 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1936 O HOH A 388 28.660 24.685 10.449 1.00 0.00 O \n+HETATM 1937 H1 HOH A 388 27.930 24.116 10.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 1938 H2 HOH A 388 28.305 25.251 11.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 1939 DOH2 HOH A 388 28.750 24.697 10.386 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1940 OM HOH A 388 28.437 24.684 10.540 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1941 O HOH A 389 9.968 15.399 21.963 1.00 0.00 O \n+HETATM 1942 H1 HOH A 389 9.232 15.722 22.482 1.00 0.00 H \n+HETATM 1943 H2 HOH A 389 9.648 14.586 21.572 1.00 0.00 H \n+HETATM 1944 DOH2 HOH A 389 10.050 15.446 21.988 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1945 OM HOH A 389 9.752 15.299 21.990 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1946 O HOH A 390 7.769 21.565 15.122 1.00 0.00 O \n+HETATM 1947 H1 HOH A 390 8.631 21.239 15.381 1.00 0.00 H \n+HETATM 1948 H2 HOH A 390 7.897 21.901 14.235 1.00 0.00 H \n+HETATM 1949 DOH2 HOH A 390 7.701 21.558 15.154 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1950 OM HOH A 390 7.972 21.567 14.993 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1951 O HOH A 391 25.747 26.088 8.945 1.00 0.00 O \n+HETATM 1952 H1 HOH A 391 24.912 26.082 8.477 1.00 0.00 H \n+HETATM 1953 H2 HOH A 391 26.403 26.224 8.262 1.00 0.00 H \n+HETATM 1954 DOH2 HOH A 391 25.743 26.040 9.056 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1955 OM HOH A 391 25.710 26.115 8.709 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1956 O HOH A 392 24.804 20.998 19.019 1.00 0.00 O \n+HETATM 1957 H1 HOH A 392 25.606 20.744 18.562 1.00 0.00 H \n+HETATM 1958 H2 HOH A 392 24.885 20.598 19.885 1.00 0.00 H \n+HETATM 1959 DOH2 HOH A 392 24.719 21.010 18.956 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1960 OM HOH A 392 24.985 20.864 19.102 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1961 O HOH A 393 8.248 19.357 25.167 1.00 0.00 O \n+HETATM 1962 H1 HOH A 393 8.094 18.874 25.979 1.00 0.00 H \n+HETATM 1963 H2 HOH A 393 9.201 19.407 25.095 1.00 0.00 H \n+HETATM 1964 DOH2 HOH A 393 8.194 19.398 25.161 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1965 OM HOH A 393 8.412 19.268 25.319 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1966 O HOH A 394 13.425 0.635 12.105 1.00 0.00 O \n+HETATM 1967 H1 HOH A 394 14.274 0.340 12.432 1.00 0.00 H \n+HETATM 1968 H2 HOH A 394 12.802 0.371 12.782 1.00 0.00 H \n+HETATM 1969 DOH2 HOH A 394 13.419 0.714 12.029 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1970 OM HOH A 394 13.471 0.520 12.311 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1971 O HOH A 395 29.573 27.227 9.440 1.00 0.00 O \n+HETATM 1972 H1 HOH A 395 29.149 26.408 9.697 1.00 0.00 H \n+HETATM 1973 H2 HOH A 395 30.508 27.062 9.560 1.00 0.00 H \n+HETATM 1974 DOH2 HOH A 395 29.544 27.299 9.440 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1975 OM HOH A 395 29.678 27.025 9.518 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1976 O HOH A 396 13.022 25.629 5.987 1.00 0.00 O \n+HETATM 1977 H1 HOH A 396 12.183 25.644 6.448 1.00 0.00 H \n+HETATM 1978 H2 HOH A 396 12.807 25.314 5.109 1.00 0.00 H \n+HETATM 1979 DOH2 HOH A 396 13.109 25.673 6.024 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1980 OM HOH A 396 12.806 25.567 5.901 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1981 O HOH A 397 13.567 24.138 12.191 1.00 0.00 O \n+HETATM 1982 H1 HOH A 397 12.727 23.723 11.996 1.00 0.00 H \n+HETATM 1983 H2 HOH A 397 14.172 23.768 11.548 1.00 0.00 H \n+HETATM 1984 DOH2 HOH A 397 13.586 24.220 12.276 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1985 OM HOH A 397 13.519 23.977 12.019 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1986 O HOH A 398 8.281 23.268 24.708 1.00 0.00 O \n+HETATM 1987 H1 HOH A 398 8.964 22.945 24.121 1.00 0.00 H \n+HETATM 1988 H2 HOH A 398 8.137 24.174 24.436 1.00 0.00 H \n+HETATM 1989 DOH2 HOH A 398 8.257 23.221 24.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1990 OM HOH A 398 8.391 23.388 24.532 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1991 O HOH A 399 28.540 28.556 19.946 1.00 0.00 O \n+HETATM 1992 H1 HOH A 399 29.012 28.321 20.745 1.00 0.00 H \n+HETATM 1993 H2 HOH A 399 27.627 28.634 20.222 1.00 0.00 H \n+HETATM 1994 DOH2 HOH A 399 28.576 28.549 19.865 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1995 OM HOH A 399 28.450 28.524 20.167 1.00 0.00 EP \n+HETATM 1996 O HOH A 400 7.853 2.090 19.103 1.00 0.00 O \n+HETATM 1997 H1 HOH A 400 8.468 1.376 18.935 1.00 0.00 H \n+HETATM 1998 H2 HOH A 400 7.232 1.729 19.735 1.00 0.00 H \n+HETATM 1999 DOH2 HOH A 400 7.855 2.195 19.054 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2000 OM HOH A 400 7.852 1.870 19.198 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2001 O HOH A 401 16.839 12.257 1.301 1.00 0.00 O \n+HETATM 2002 H1 HOH A 401 16.522 13.151 1.170 1.00 0.00 H \n+HETATM 2003 H2 HOH A 401 16.477 11.996 2.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 2004 DOH2 HOH A 401 16.918 12.216 1.260 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2005 OM HOH A 401 16.700 12.387 1.448 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2006 O HOH A 402 11.623 15.535 24.125 1.00 0.00 O \n+HETATM 2007 H1 HOH A 402 12.408 15.928 23.743 1.00 0.00 H \n+HETATM 2008 H2 HOH A 402 11.008 15.467 23.394 1.00 0.00 H \n+HETATM 2009 DOH2 HOH A 402 11.611 15.518 24.232 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2010 OM HOH A 402 11.658 15.602 23.896 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2011 O HOH A 403 14.403 12.386 5.803 1.00 0.00 O \n+HETATM 2012 H1 HOH A 403 14.181 12.324 6.732 1.00 0.00 H \n+HETATM 2013 H2 HOH A 403 13.585 12.186 5.347 1.00 0.00 H \n+HETATM 2014 DOH2 HOH A 403 14.454 12.427 5.752 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2015 OM HOH A 403 14.190 12.332 5.900 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2016 O HOH A 404 10.928 18.939 9.869 1.00 0.00 O \n+HETATM 2017 H1 HOH A 404 10.306 19.521 10.306 1.00 0.00 H \n+HETATM 2018 H2 HOH A 404 11.727 19.005 10.391 1.00 0.00 H \n+HETATM 2019 DOH2 HOH A 404 10.926 18.877 9.793 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2020 OM HOH A 404 10.964 19.072 10.066 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2021 O HOH A 405 19.610 14.039 6.101 1.00 0.00 O \n+HETATM 2022 H1 HOH A 405 19.653 14.917 6.481 1.00 0.00 H \n+HETATM 2023 H2 HOH A 405 18.978 13.573 6.647 1.00 0.00 H \n+HETATM 2024 DOH2 HOH A 405 19.654 13.994 6.036 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2025 OM HOH A 405 19.489 14.124 6.291 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2026 O HOH A 406 7.082 28.850 13.013 1.00 0.00 O \n+HETATM 2027 H1 HOH A 406 7.699 29.503 13.343 1.00 0.00 H \n+HETATM 2028 H2 HOH A 406 6.225 29.269 13.090 1.00 0.00 H \n+HETATM 2029 DOH2 HOH A 406 7.077 28.767 13.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2030 OM HOH A 406 7.032 29.070 13.096 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2031 O HOH A 407 9.852 23.216 26.979 1.00 0.00 O \n+HETATM 2032 H1 HOH A 407 9.293 23.252 26.203 1.00 0.00 H \n+HETATM 2033 H2 HOH A 407 10.108 24.125 27.132 1.00 0.00 H \n+HETATM 2034 DOH2 HOH A 407 9.875 23.133 27.016 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2035 OM HOH A 407 9.790 23.410 26.851 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2036 O HOH A 408 27.548 -0.288 12.652 1.00 0.00 O \n+HETATM 2037 H1 HOH A 408 27.631 -0.972 13.316 1.00 0.00 H \n+HETATM 2038 H2 HOH A 408 27.761 0.523 13.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 2039 DOH2 HOH A 408 27.514 -0.299 12.548 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2040 OM HOH A 408 27.609 -0.262 12.883 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2041 O HOH A 409 12.236 18.203 7.598 1.00 0.00 O \n+HETATM 2042 H1 HOH A 409 11.736 18.428 8.383 1.00 0.00 H \n+HETATM 2043 H2 HOH A 409 11.848 18.737 6.905 1.00 0.00 H \n+HETATM 2044 DOH2 HOH A 409 12.322 18.118 7.597 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2045 OM HOH A 409 12.054 18.359 7.617 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2046 O HOH A 410 24.135 18.917 12.086 1.00 0.00 O \n+HETATM 2047 H1 HOH A 410 24.896 18.552 12.538 1.00 0.00 H \n+HETATM 2048 H2 HOH A 410 24.145 18.502 11.224 1.00 0.00 H \n+HETATM 2049 DOH2 HOH A 410 24.065 18.957 12.137 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2050 OM HOH A 410 24.293 18.757 12.002 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2051 O HOH A 411 1.655 29.732 16.274 1.00 0.00 O \n+HETATM 2052 H1 HOH A 411 1.483 30.668 16.176 1.00 0.00 H \n+HETATM 2053 H2 HOH A 411 2.387 29.559 15.682 1.00 0.00 H \n+HETATM 2054 DOH2 HOH A 411 1.618 29.677 16.311 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2055 OM HOH A 411 1.770 29.889 16.132 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2056 O HOH A 412 7.037 20.222 18.264 1.00 0.00 O \n+HETATM 2057 H1 HOH A 412 7.028 19.310 17.976 1.00 0.00 H \n+HETATM 2058 H2 HOH A 412 6.374 20.263 18.953 1.00 0.00 H \n+HETATM 2059 DOH2 HOH A 412 7.099 20.279 18.276 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2060 OM HOH A 412 6.899 20.043 18.346 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2061 O HOH A 413 25.448 14.871 0.946 1.00 0.00 O \n+HETATM 2062 H1 HOH A 413 25.215 14.000 0.625 1.00 0.00 H \n+HETATM 2063 H2 HOH A 413 24.910 15.470 0.428 1.00 0.00 H \n+HETATM 2064 DOH2 HOH A 413 25.497 14.921 1.028 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2065 OM HOH A 413 25.290 14.815 0.774 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2066 O HOH A 414 18.962 27.361 3.083 1.00 0.00 O \n+HETATM 2067 H1 HOH A 414 19.864 27.558 3.338 1.00 0.00 H \n+HETATM 2068 H2 HOH A 414 18.594 26.902 3.837 1.00 0.00 H \n+HETATM 2069 DOH2 HOH A 414 18.944 27.363 2.989 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2070 OM HOH A 414 19.071 27.307 3.290 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2071 O HOH A 415 8.223 5.101 1.923 1.00 0.00 O \n+HETATM 2072 H1 HOH A 415 8.592 5.607 2.648 1.00 0.00 H \n+HETATM 2073 H2 HOH A 415 7.455 4.670 2.298 1.00 0.00 H \n+HETATM 2074 DOH2 HOH A 415 8.239 5.093 1.818 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2075 OM HOH A 415 8.141 5.116 2.149 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2076 O HOH A 416 11.275 28.374 3.323 1.00 0.00 O \n+HETATM 2077 H1 HOH A 416 11.791 28.929 3.908 1.00 0.00 H \n+HETATM 2078 H2 HOH A 416 11.074 28.936 2.575 1.00 0.00 H \n+HETATM 2079 DOH2 HOH A 416 11.253 28.288 3.328 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2080 OM HOH A 416 11.339 28.603 3.290 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2081 O HOH A 417 5.778 23.456 19.635 1.00 0.00 O \n+HETATM 2082 H1 HOH A 417 5.938 23.272 18.710 1.00 0.00 H \n+HETATM 2083 H2 HOH A 417 6.485 24.051 19.886 1.00 0.00 H \n+HETATM 2084 DOH2 HOH A 417 5.701 23.441 19.671 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2085 OM HOH A 417 5.956 23.541 19.497 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2086 O HOH A 418 10.613 28.970 11.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 2087 H1 HOH A 418 11.329 28.724 11.159 1.00 0.00 H \n+HETATM 2088 H2 HOH A 418 11.046 29.243 12.552 1.00 0.00 H \n+HETATM 2089 DOH2 HOH A 418 10.530 28.981 11.707 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2090 OM HOH A 418 10.849 28.976 11.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2091 O HOH A 419 17.168 22.298 27.849 1.00 0.00 O \n+HETATM 2092 H1 HOH A 419 16.638 23.087 27.961 1.00 0.00 H \n+HETATM 2093 H2 HOH A 419 17.718 22.484 27.088 1.00 0.00 H \n+HETATM 2094 DOH2 HOH A 419 17.125 22.242 27.869 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2095 OM HOH A 419 17.172 22.498 27.716 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2096 O HOH A 420 1.369 28.407 7.132 1.00 0.00 O \n+HETATM 2097 H1 HOH A 420 2.243 28.275 6.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 2098 H2 HOH A 420 1.105 27.539 7.439 1.00 0.00 H \n+HETATM 2099 DOH2 HOH A 420 1.320 28.484 7.160 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2100 OM HOH A 420 1.494 28.202 7.119 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2101 O HOH A 421 26.669 22.677 12.512 1.00 0.00 O \n+HETATM 2102 H1 HOH A 421 26.476 23.033 11.645 1.00 0.00 H \n+HETATM 2103 H2 HOH A 421 26.752 21.734 12.372 1.00 0.00 H \n+HETATM 2104 DOH2 HOH A 421 26.680 22.729 12.593 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2105 OM HOH A 421 26.647 22.557 12.306 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2106 O HOH A 422 19.747 26.901 13.921 1.00 0.00 O \n+HETATM 2107 H1 HOH A 422 20.087 26.997 14.811 1.00 0.00 H \n+HETATM 2108 H2 HOH A 422 20.019 26.022 13.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 2109 DOH2 HOH A 422 19.696 26.968 13.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2110 OM HOH A 422 19.873 26.740 14.049 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2111 O HOH A 423 2.431 26.371 9.387 1.00 0.00 O \n+HETATM 2112 H1 HOH A 423 3.018 27.114 9.527 1.00 0.00 H \n+HETATM 2113 H2 HOH A 423 2.999 25.603 9.436 1.00 0.00 H \n+HETATM 2114 DOH2 HOH A 423 2.339 26.370 9.432 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2115 OM HOH A 423 2.668 26.366 9.426 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2116 O HOH A 424 1.615 26.488 -0.440 1.00 0.00 O \n+HETATM 2117 H1 HOH A 424 2.309 27.030 -0.816 1.00 0.00 H \n+HETATM 2118 H2 HOH A 424 1.686 25.653 -0.902 1.00 0.00 H \n+HETATM 2119 DOH2 HOH A 424 1.529 26.531 -0.386 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2120 OM HOH A 424 1.772 26.428 -0.612 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2121 O HOH A 425 30.074 27.493 15.914 1.00 0.00 O \n+HETATM 2122 H1 HOH A 425 30.623 26.883 15.421 1.00 0.00 H \n+HETATM 2123 H2 HOH A 425 30.624 28.266 16.038 1.00 0.00 H \n+HETATM 2124 DOH2 HOH A 425 29.985 27.472 15.941 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2125 OM HOH A 425 30.299 27.526 15.838 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2126 O HOH A 426 21.880 14.519 8.830 1.00 0.00 O \n+HETATM 2127 H1 HOH A 426 21.371 14.639 9.632 1.00 0.00 H \n+HETATM 2128 H2 HOH A 426 22.746 14.870 9.040 1.00 0.00 H \n+HETATM 2129 DOH2 HOH A 426 21.883 14.457 8.807 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2130 OM HOH A 426 21.953 14.616 9.038 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2131 O HOH A 427 1.142 19.132 12.527 1.00 0.00 O \n+HETATM 2132 H1 HOH A 427 0.614 19.814 12.111 1.00 0.00 H \n+HETATM 2133 H2 HOH A 427 1.779 18.881 11.858 1.00 0.00 H \n+HETATM 2134 DOH2 HOH A 427 1.145 19.114 12.601 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2135 OM HOH A 427 1.164 19.221 12.304 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2136 O HOH A 428 4.029 27.372 18.504 1.00 0.00 O \n+HETATM 2137 H1 HOH A 428 3.857 27.161 17.587 1.00 0.00 H \n+HETATM 2138 H2 HOH A 428 4.709 28.044 18.473 1.00 0.00 H \n+HETATM 2139 DOH2 HOH A 428 3.982 27.348 18.560 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2140 OM HOH A 428 4.133 27.466 18.310 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2141 O HOH A 429 13.321 20.968 15.872 1.00 0.00 O \n+HETATM 2142 H1 HOH A 429 12.367 20.949 15.803 1.00 0.00 H \n+HETATM 2143 H2 HOH A 429 13.630 20.736 14.996 1.00 0.00 H \n+HETATM 2144 DOH2 HOH A 429 13.355 20.924 15.925 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2145 OM HOH A 429 13.189 20.916 15.678 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2146 O HOH A 430 13.412 20.964 5.648 1.00 0.00 O \n+HETATM 2147 H1 HOH A 430 13.674 21.090 4.736 1.00 0.00 H \n+HETATM 2148 H2 HOH A 430 12.546 20.559 5.595 1.00 0.00 H \n+HETATM 2149 DOH2 HOH A 430 13.464 20.938 5.716 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2150 OM HOH A 430 13.288 20.907 5.450 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2151 O HOH A 431 3.730 6.470 2.271 1.00 0.00 O \n+HETATM 2152 H1 HOH A 431 4.229 6.925 1.593 1.00 0.00 H \n+HETATM 2153 H2 HOH A 431 4.322 6.438 3.023 1.00 0.00 H \n+HETATM 2154 DOH2 HOH A 431 3.649 6.448 2.244 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2155 OM HOH A 431 3.954 6.557 2.286 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2156 O HOH A 432 16.373 24.004 0.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 2157 H1 HOH A 432 17.068 24.662 0.750 1.00 0.00 H \n+HETATM 2158 H2 HOH A 432 15.976 24.082 -0.123 1.00 0.00 H \n+HETATM 2159 DOH2 HOH A 432 16.354 23.945 0.842 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2160 OM HOH A 432 16.434 24.155 0.568 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2161 O HOH A 433 7.648 22.095 28.343 1.00 0.00 O \n+HETATM 2162 H1 HOH A 433 7.201 21.790 27.553 1.00 0.00 H \n+HETATM 2163 H2 HOH A 433 8.464 22.481 28.023 1.00 0.00 H \n+HETATM 2164 DOH2 HOH A 433 7.612 22.111 28.402 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2165 OM HOH A 433 7.724 22.112 28.115 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2166 O HOH A 434 17.732 12.711 7.682 1.00 0.00 O \n+HETATM 2167 H1 HOH A 434 17.295 11.884 7.478 1.00 0.00 H \n+HETATM 2168 H2 HOH A 434 17.046 13.258 8.063 1.00 0.00 H \n+HETATM 2169 DOH2 HOH A 434 17.819 12.721 7.680 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2170 OM HOH A 434 17.502 12.653 7.718 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2171 O HOH A 435 0.549 2.974 6.438 1.00 0.00 O \n+HETATM 2172 H1 HOH A 435 0.200 2.083 6.456 1.00 0.00 H \n+HETATM 2173 H2 HOH A 435 0.600 3.230 7.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 2174 DOH2 HOH A 435 0.603 3.025 6.362 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2175 OM HOH A 435 0.488 2.844 6.631 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2176 O HOH A 436 14.979 20.717 28.146 1.00 0.00 O \n+HETATM 2177 H1 HOH A 436 14.546 20.810 27.297 1.00 0.00 H \n+HETATM 2178 H2 HOH A 436 15.792 21.215 28.057 1.00 0.00 H \n+HETATM 2179 DOH2 HOH A 436 14.930 20.651 28.219 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2180 OM HOH A 436 15.057 20.838 27.954 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2181 O HOH A 437 20.017 0.385 26.312 1.00 0.00 O \n+HETATM 2182 H1 HOH A 437 19.357 0.044 26.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 2183 H2 HOH A 437 20.418 1.115 26.782 1.00 0.00 H \n+HETATM 2184 DOH2 HOH A 437 20.058 0.348 26.249 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2185 OM HOH A 437 19.964 0.465 26.532 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2186 O HOH A 438 27.609 22.938 21.997 1.00 0.00 O \n+HETATM 2187 H1 HOH A 438 27.409 23.870 22.083 1.00 0.00 H \n+HETATM 2188 H2 HOH A 438 28.015 22.858 21.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 2189 DOH2 HOH A 438 27.598 22.873 22.090 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2190 OM HOH A 438 27.651 23.113 21.838 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2191 O HOH A 439 9.101 4.924 26.852 1.00 0.00 O \n+HETATM 2192 H1 HOH A 439 8.794 4.744 27.740 1.00 0.00 H \n+HETATM 2193 H2 HOH A 439 8.486 5.574 26.512 1.00 0.00 H \n+HETATM 2194 DOH2 HOH A 439 9.172 4.901 26.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2195 OM HOH A 439 8.912 5.020 26.964 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2196 O HOH A 440 4.565 1.161 27.783 1.00 0.00 O \n+HETATM 2197 H1 HOH A 440 4.633 1.960 27.259 1.00 0.00 H \n+HETATM 2198 H2 HOH A 440 4.552 0.453 27.139 1.00 0.00 H \n+HETATM 2199 DOH2 HOH A 440 4.560 1.173 27.867 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2200 OM HOH A 440 4.576 1.180 27.543 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2201 O HOH A 441 12.857 21.699 24.549 1.00 0.00 O \n+HETATM 2202 H1 HOH A 441 12.514 21.577 25.434 1.00 0.00 H \n+HETATM 2203 H2 HOH A 441 13.120 20.821 24.271 1.00 0.00 H \n+HETATM 2204 DOH2 HOH A 441 12.847 21.767 24.499 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2205 OM HOH A 441 12.841 21.494 24.674 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2206 O HOH A 442 3.855 26.314 2.302 1.00 0.00 O \n+HETATM 2207 H1 HOH A 442 4.395 26.136 3.072 1.00 0.00 H \n+HETATM 2208 H2 HOH A 442 3.278 27.028 2.573 1.00 0.00 H \n+HETATM 2209 DOH2 HOH A 442 3.863 26.277 2.240 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2210 OM HOH A 442 3.848 26.424 2.515 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2211 O HOH A 443 9.818 26.346 14.258 1.00 0.00 O \n+HETATM 2212 H1 HOH A 443 10.221 26.010 15.059 1.00 0.00 H \n+HETATM 2213 H2 HOH A 443 10.110 27.256 14.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 2214 DOH2 HOH A 443 9.752 26.303 14.176 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2215 OM HOH A 443 9.960 26.464 14.412 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2216 O HOH A 444 23.168 29.500 16.746 1.00 0.00 O \n+HETATM 2217 H1 HOH A 444 23.261 28.551 16.663 1.00 0.00 H \n+HETATM 2218 H2 HOH A 444 23.061 29.811 15.847 1.00 0.00 H \n+HETATM 2219 DOH2 HOH A 444 23.192 29.558 16.797 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2220 OM HOH A 444 23.165 29.369 16.545 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2221 O HOH A 445 16.543 23.563 22.378 1.00 0.00 O \n+HETATM 2222 H1 HOH A 445 16.205 23.561 21.483 1.00 0.00 H \n+HETATM 2223 H2 HOH A 445 15.764 23.641 22.929 1.00 0.00 H \n+HETATM 2224 DOH2 HOH A 445 16.616 23.573 22.398 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2225 OM HOH A 445 16.314 23.579 22.308 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2226 O HOH A 446 6.702 16.042 20.986 1.00 0.00 O \n+HETATM 2227 H1 HOH A 446 6.296 15.586 21.723 1.00 0.00 H \n+HETATM 2228 H2 HOH A 446 6.845 16.933 21.304 1.00 0.00 H \n+HETATM 2229 DOH2 HOH A 446 6.714 16.004 20.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2230 OM HOH A 446 6.648 16.131 21.202 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2231 O HOH A 447 16.227 28.089 15.892 1.00 0.00 O \n+HETATM 2232 H1 HOH A 447 16.059 28.633 16.661 1.00 0.00 H \n+HETATM 2233 H2 HOH A 447 16.905 28.561 15.408 1.00 0.00 H \n+HETATM 2234 DOH2 HOH A 447 16.183 28.011 15.881 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2235 OM HOH A 447 16.332 28.297 15.950 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2236 O HOH A 448 14.137 24.031 23.855 1.00 0.00 O \n+HETATM 2237 H1 HOH A 448 13.730 23.210 24.131 1.00 0.00 H \n+HETATM 2238 H2 HOH A 448 13.517 24.407 23.230 1.00 0.00 H \n+HETATM 2239 DOH2 HOH A 448 14.225 24.059 23.878 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2240 OM HOH A 448 13.926 23.940 23.783 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2241 O HOH A 449 13.800 16.543 22.948 1.00 0.00 O \n+HETATM 2242 H1 HOH A 449 14.652 16.145 23.128 1.00 0.00 H \n+HETATM 2243 H2 HOH A 449 13.706 16.489 21.997 1.00 0.00 H \n+HETATM 2244 DOH2 HOH A 449 13.715 16.590 23.029 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2245 OM HOH A 449 13.956 16.450 22.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2246 O HOH A 450 13.522 19.099 23.864 1.00 0.00 O \n+HETATM 2247 H1 HOH A 450 13.551 18.199 23.537 1.00 0.00 H \n+HETATM 2248 H2 HOH A 450 14.366 19.224 24.297 1.00 0.00 H \n+HETATM 2249 DOH2 HOH A 450 13.418 19.194 23.849 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2250 OM HOH A 450 13.701 18.940 23.886 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2251 O HOH A 451 5.335 20.562 1.499 1.00 0.00 O \n+HETATM 2252 H1 HOH A 451 4.522 20.500 0.997 1.00 0.00 H \n+HETATM 2253 H2 HOH A 451 5.705 21.410 1.253 1.00 0.00 H \n+HETATM 2254 DOH2 HOH A 451 5.367 20.504 1.568 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2255 OM HOH A 451 5.244 20.723 1.346 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2256 O HOH A 452 4.388 23.670 28.251 1.00 0.00 O \n+HETATM 2257 H1 HOH A 452 4.353 22.793 27.869 1.00 0.00 H \n+HETATM 2258 H2 HOH A 452 4.910 23.565 29.047 1.00 0.00 H \n+HETATM 2259 DOH2 HOH A 452 4.313 23.748 28.210 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2260 OM HOH A 452 4.488 23.469 28.336 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2261 O HOH A 453 23.189 25.863 27.120 1.00 0.00 O \n+HETATM 2262 H1 HOH A 453 23.573 26.059 26.265 1.00 0.00 H \n+HETATM 2263 H2 HOH A 453 22.521 26.538 27.242 1.00 0.00 H \n+HETATM 2264 DOH2 HOH A 453 23.196 25.808 27.165 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2265 OM HOH A 453 23.131 26.042 26.970 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2266 O HOH A 454 21.441 28.127 27.184 1.00 0.00 O \n+HETATM 2267 H1 HOH A 454 20.934 28.821 26.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 2268 H2 HOH A 454 22.229 28.567 27.505 1.00 0.00 H \n+HETATM 2269 DOH2 HOH A 454 21.421 28.038 27.205 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2270 OM HOH A 454 21.499 28.359 27.163 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2271 O HOH A 455 14.233 25.723 20.022 1.00 0.00 O \n+HETATM 2272 H1 HOH A 455 13.769 25.772 19.186 1.00 0.00 H \n+HETATM 2273 H2 HOH A 455 14.748 24.919 19.964 1.00 0.00 H \n+HETATM 2274 DOH2 HOH A 455 14.205 25.776 20.073 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2275 OM HOH A 455 14.243 25.568 19.838 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2276 O HOH A 456 11.984 29.709 26.323 1.00 0.00 O \n+HETATM 2277 H1 HOH A 456 11.939 30.656 26.191 1.00 0.00 H \n+HETATM 2278 H2 HOH A 456 12.853 29.560 26.696 1.00 0.00 H \n+HETATM 2279 DOH2 HOH A 456 11.904 29.640 26.331 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2280 OM HOH A 456 12.153 29.873 26.372 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2281 O HOH A 457 5.658 25.551 22.265 1.00 0.00 O \n+HETATM 2282 H1 HOH A 457 6.241 25.557 21.506 1.00 0.00 H \n+HETATM 2283 H2 HOH A 457 5.136 24.755 22.161 1.00 0.00 H \n+HETATM 2284 DOH2 HOH A 457 5.690 25.565 22.321 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2285 OM HOH A 457 5.670 25.389 22.088 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2286 O HOH A 458 8.057 1.817 24.974 1.00 0.00 O \n+HETATM 2287 H1 HOH A 458 8.042 0.904 24.686 1.00 0.00 H \n+HETATM 2288 H2 HOH A 458 8.202 1.769 25.919 1.00 0.00 H \n+HETATM 2289 DOH2 HOH A 458 8.036 1.911 24.911 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2290 OM HOH A 458 8.084 1.620 25.109 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2291 O HOH A 459 4.218 21.162 27.219 1.00 0.00 O \n+HETATM 2292 H1 HOH A 459 3.530 21.017 26.569 1.00 0.00 H \n+HETATM 2293 H2 HOH A 459 5.028 21.186 26.709 1.00 0.00 H \n+HETATM 2294 DOH2 HOH A 459 4.203 21.210 27.313 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2295 OM HOH A 459 4.243 21.137 26.981 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2296 O HOH A 460 24.698 17.547 22.995 1.00 0.00 O \n+HETATM 2297 H1 HOH A 460 25.067 16.671 22.886 1.00 0.00 H \n+HETATM 2298 H2 HOH A 460 23.799 17.395 23.286 1.00 0.00 H \n+HETATM 2299 DOH2 HOH A 460 24.735 17.653 22.985 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2300 OM HOH A 460 24.590 17.336 23.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2301 O HOH A 461 11.297 19.582 29.055 1.00 0.00 O \n+HETATM 2302 H1 HOH A 461 10.371 19.454 29.258 1.00 0.00 H \n+HETATM 2303 H2 HOH A 461 11.648 18.695 28.967 1.00 0.00 H \n+HETATM 2304 DOH2 HOH A 461 11.350 19.652 29.030 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2305 OM HOH A 461 11.179 19.374 29.079 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2306 O HOH A 462 10.502 20.618 15.421 1.00 0.00 O \n+HETATM 2307 H1 HOH A 462 10.608 19.720 15.736 1.00 0.00 H \n+HETATM 2308 H2 HOH A 462 10.785 20.586 14.507 1.00 0.00 H \n+HETATM 2309 DOH2 HOH A 462 10.491 20.697 15.469 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2310 OM HOH A 462 10.582 20.427 15.298 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2311 O HOH A 463 7.885 17.825 27.403 1.00 0.00 O \n+HETATM 2312 H1 HOH A 463 8.125 18.323 28.185 1.00 0.00 H \n+HETATM 2313 H2 HOH A 463 8.697 17.399 27.131 1.00 0.00 H \n+HETATM 2314 DOH2 HOH A 463 7.834 17.837 27.320 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2315 OM HOH A 463 8.101 17.840 27.508 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2316 O HOH A 464 14.952 27.487 29.219 1.00 0.00 O \n+HETATM 2317 H1 HOH A 464 14.216 26.891 29.079 1.00 0.00 H \n+HETATM 2318 H2 HOH A 464 14.721 28.273 28.724 1.00 0.00 H \n+HETATM 2319 DOH2 HOH A 464 15.022 27.466 29.232 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2320 OM HOH A 464 14.753 27.526 29.089 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2321 O HOH A 465 14.400 28.971 23.320 1.00 0.00 O \n+HETATM 2322 H1 HOH A 465 15.270 28.685 23.601 1.00 0.00 H \n+HETATM 2323 H2 HOH A 465 14.253 29.790 23.793 1.00 0.00 H \n+HETATM 2324 DOH2 HOH A 465 14.358 28.934 23.242 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2325 OM HOH A 465 14.548 29.080 23.474 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2326 O HOH A 466 7.888 25.725 28.891 1.00 0.00 O \n+HETATM 2327 H1 HOH A 466 7.110 25.896 29.422 1.00 0.00 H \n+HETATM 2328 H2 HOH A 466 7.613 25.917 27.995 1.00 0.00 H \n+HETATM 2329 DOH2 HOH A 466 7.977 25.711 28.924 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2330 OM HOH A 466 7.672 25.799 28.816 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2331 O HOH A 467 17.656 25.796 23.641 1.00 0.00 O \n+HETATM 2332 H1 HOH A 467 18.580 25.949 23.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 2333 H2 HOH A 467 17.410 25.059 23.082 1.00 0.00 H \n+HETATM 2334 DOH2 HOH A 467 17.594 25.855 23.714 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2335 OM HOH A 467 17.795 25.676 23.486 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2336 O HOH A 468 16.847 25.429 16.193 1.00 0.00 O \n+HETATM 2337 H1 HOH A 468 16.661 25.125 15.305 1.00 0.00 H \n+HETATM 2338 H2 HOH A 468 16.618 26.359 16.182 1.00 0.00 H \n+HETATM 2339 DOH2 HOH A 468 16.897 25.365 16.284 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2340 OM HOH A 468 16.762 25.558 16.009 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2341 O HOH A 469 -0.007 25.141 23.130 1.00 0.00 O \n+HETATM 2342 H1 HOH A 469 -0.148 24.260 23.478 1.00 0.00 H \n+HETATM 2343 H2 HOH A 469 0.916 25.324 23.308 1.00 0.00 H \n+HETATM 2344 DOH2 HOH A 469 -0.085 25.222 23.086 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2345 OM HOH A 469 0.153 24.998 23.238 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2346 O HOH A 470 7.309 24.936 2.044 1.00 0.00 O \n+HETATM 2347 H1 HOH A 470 8.197 24.891 1.690 1.00 0.00 H \n+HETATM 2348 H2 HOH A 470 7.290 25.755 2.541 1.00 0.00 H \n+HETATM 2349 DOH2 HOH A 470 7.252 24.852 2.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2350 OM HOH A 470 7.487 25.095 2.073 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2351 O HOH A 471 26.903 3.014 22.325 1.00 0.00 O \n+HETATM 2352 H1 HOH A 471 26.960 2.107 22.626 1.00 0.00 H \n+HETATM 2353 H2 HOH A 471 27.515 3.492 22.885 1.00 0.00 H \n+HETATM 2354 DOH2 HOH A 471 26.911 3.030 22.267 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2355 OM HOH A 471 27.040 2.926 22.502 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2356 O HOH A 472 5.841 16.927 25.751 1.00 0.00 O \n+HETATM 2357 H1 HOH A 472 5.813 16.011 26.028 1.00 0.00 H \n+HETATM 2358 H2 HOH A 472 6.479 17.335 26.337 1.00 0.00 H \n+HETATM 2359 DOH2 HOH A 472 5.774 16.960 25.672 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2360 OM HOH A 472 5.966 16.822 25.928 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2361 O HOH A 473 9.485 3.239 23.058 1.00 0.00 O \n+HETATM 2362 H1 HOH A 473 8.949 2.769 23.697 1.00 0.00 H \n+HETATM 2363 H2 HOH A 473 10.031 2.561 22.659 1.00 0.00 H \n+HETATM 2364 DOH2 HOH A 473 9.529 3.289 23.083 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2365 OM HOH A 473 9.487 3.003 23.107 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2366 O HOH A 474 10.562 28.733 28.467 1.00 0.00 O \n+HETATM 2367 H1 HOH A 474 9.639 28.754 28.213 1.00 0.00 H \n+HETATM 2368 H2 HOH A 474 11.026 29.105 27.718 1.00 0.00 H \n+HETATM 2369 DOH2 HOH A 474 10.579 28.740 28.548 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2370 OM HOH A 474 10.468 28.814 28.262 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2371 O HOH A 475 7.812 12.788 12.732 1.00 0.00 O \n+HETATM 2372 H1 HOH A 475 8.049 13.417 12.051 1.00 0.00 H \n+HETATM 2373 H2 HOH A 475 8.645 12.403 13.004 1.00 0.00 H \n+HETATM 2374 DOH2 HOH A 475 7.762 12.772 12.760 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2375 OM HOH A 475 8.031 12.838 12.648 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2376 O HOH A 476 4.422 21.778 4.274 1.00 0.00 O \n+HETATM 2377 H1 HOH A 476 5.228 21.935 3.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 2378 H2 HOH A 476 4.710 21.691 5.183 1.00 0.00 H \n+HETATM 2379 DOH2 HOH A 476 4.325 21.813 4.283 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2380 OM HOH A 476 4.647 21.792 4.359 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2381 O HOH A 477 1.761 24.390 2.754 1.00 0.00 O \n+HETATM 2382 H1 HOH A 477 2.438 24.935 2.354 1.00 0.00 H \n+HETATM 2383 H2 HOH A 477 2.130 24.128 3.598 1.00 0.00 H \n+HETATM 2384 DOH2 HOH A 477 1.670 24.411 2.750 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2385 OM HOH A 477 1.976 24.448 2.845 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2386 O HOH A 478 1.648 21.290 22.605 1.00 0.00 O \n+HETATM 2387 H1 HOH A 478 2.160 20.574 22.229 1.00 0.00 H \n+HETATM 2388 H2 HOH A 478 2.135 22.081 22.370 1.00 0.00 H \n+HETATM 2389 DOH2 HOH A 478 1.566 21.279 22.651 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2390 OM HOH A 478 1.853 21.305 22.480 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2391 O HOH A 479 7.630 25.515 20.309 1.00 0.00 O \n+HETATM 2392 H1 HOH A 479 7.642 26.132 19.576 1.00 0.00 H \n+HETATM 2393 H2 HOH A 479 8.397 25.750 20.832 1.00 0.00 H \n+HETATM 2394 DOH2 HOH A 479 7.552 25.463 20.336 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2395 OM HOH A 479 7.790 25.690 20.266 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2396 O HOH A 480 10.649 2.461 28.449 1.00 0.00 O \n+HETATM 2397 H1 HOH A 480 9.896 1.955 28.145 1.00 0.00 H \n+HETATM 2398 H2 HOH A 480 10.269 3.249 28.838 1.00 0.00 H \n+HETATM 2399 DOH2 HOH A 480 10.764 2.432 28.424 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2400 OM HOH A 480 10.417 2.519 28.467 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2401 O HOH A 481 11.766 21.283 26.979 1.00 0.00 O \n+HETATM 2402 H1 HOH A 481 11.085 21.953 27.041 1.00 0.00 H \n+HETATM 2403 H2 HOH A 481 11.644 20.743 27.760 1.00 0.00 H \n+HETATM 2404 DOH2 HOH A 481 11.808 21.243 26.861 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2405 OM HOH A 481 11.601 21.310 27.152 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2406 O HOH A 482 21.574 25.522 19.122 1.00 0.00 O \n+HETATM 2407 H1 HOH A 482 20.750 25.467 18.638 1.00 0.00 H \n+HETATM 2408 H2 HOH A 482 21.570 24.752 19.690 1.00 0.00 H \n+HETATM 2409 DOH2 HOH A 482 21.582 25.578 19.160 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2410 OM HOH A 482 21.405 25.353 19.139 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2411 O HOH A 483 1.464 26.090 26.297 1.00 0.00 O \n+HETATM 2412 H1 HOH A 483 0.550 26.374 26.289 1.00 0.00 H \n+HETATM 2413 H2 HOH A 483 1.488 25.376 26.933 1.00 0.00 H \n+HETATM 2414 DOH2 HOH A 483 1.552 26.109 26.229 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2415 OM HOH A 483 1.281 26.002 26.426 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2416 O HOH A 484 26.643 23.400 3.379 1.00 0.00 O \n+HETATM 2417 H1 HOH A 484 27.478 23.397 2.910 1.00 0.00 H \n+HETATM 2418 H2 HOH A 484 26.086 23.990 2.873 1.00 0.00 H \n+HETATM 2419 DOH2 HOH A 484 26.601 23.364 3.474 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2420 OM HOH A 484 26.700 23.520 3.179 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2421 O HOH A 485 11.648 28.299 22.733 1.00 0.00 O \n+HETATM 2422 H1 HOH A 485 12.588 28.315 22.913 1.00 0.00 H \n+HETATM 2423 H2 HOH A 485 11.421 29.214 22.564 1.00 0.00 H \n+HETATM 2424 DOH2 HOH A 485 11.585 28.248 22.751 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2425 OM HOH A 485 11.795 28.490 22.735 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2426 O HOH A 486 8.170 29.233 24.156 1.00 0.00 O \n+HETATM 2427 H1 HOH A 486 8.848 28.673 24.534 1.00 0.00 H \n+HETATM 2428 H2 HOH A 486 8.404 29.302 23.231 1.00 0.00 H \n+HETATM 2429 DOH2 HOH A 486 8.150 29.302 24.183 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2430 OM HOH A 486 8.357 29.132 24.044 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2431 O HOH A 487 15.326 2.135 22.435 1.00 0.00 O \n+HETATM 2432 H1 HOH A 487 14.925 1.864 23.261 1.00 0.00 H \n+HETATM 2433 H2 HOH A 487 16.160 1.665 22.408 1.00 0.00 H \n+HETATM 2434 DOH2 HOH A 487 15.288 2.168 22.393 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2435 OM HOH A 487 15.415 1.983 22.599 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2436 O HOH A 488 9.203 21.433 19.339 1.00 0.00 O \n+HETATM 2437 H1 HOH A 488 8.464 21.067 18.853 1.00 0.00 H \n+HETATM 2438 H2 HOH A 488 9.170 20.996 20.191 1.00 0.00 H \n+HETATM 2439 DOH2 HOH A 488 9.292 21.505 19.318 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2440 OM HOH A 488 9.045 21.268 19.414 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2441 O HOH A 489 19.977 19.411 20.515 1.00 0.00 O \n+HETATM 2442 H1 HOH A 489 19.763 19.221 19.602 1.00 0.00 H \n+HETATM 2443 H2 HOH A 489 19.316 20.047 20.789 1.00 0.00 H \n+HETATM 2444 DOH2 HOH A 489 20.057 19.389 20.561 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2445 OM HOH A 489 19.797 19.503 20.384 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2446 O HOH A 490 14.308 3.893 28.955 1.00 0.00 O \n+HETATM 2447 H1 HOH A 490 13.923 3.022 28.864 1.00 0.00 H \n+HETATM 2448 H2 HOH A 490 14.497 4.168 28.058 1.00 0.00 H \n+HETATM 2449 DOH2 HOH A 490 14.299 3.918 29.047 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2450 OM HOH A 490 14.267 3.771 28.753 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2451 O HOH A 491 17.345 15.635 25.954 1.00 0.00 O \n+HETATM 2452 H1 HOH A 491 18.128 16.169 26.086 1.00 0.00 H \n+HETATM 2453 H2 HOH A 491 16.617 16.214 26.182 1.00 0.00 H \n+HETATM 2454 DOH2 HOH A 491 17.332 15.578 25.959 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2455 OM HOH A 491 17.356 15.863 26.028 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2456 O HOH A 492 13.539 1.000 20.613 1.00 0.00 O \n+HETATM 2457 H1 HOH A 492 14.192 1.462 21.139 1.00 0.00 H \n+HETATM 2458 H2 HOH A 492 13.946 0.158 20.409 1.00 0.00 H \n+HETATM 2459 DOH2 HOH A 492 13.446 1.020 20.603 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2460 OM HOH A 492 13.756 0.922 20.679 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2461 O HOH A 493 8.260 1.324 27.688 1.00 0.00 O \n+HETATM 2462 H1 HOH A 493 7.669 1.732 28.321 1.00 0.00 H \n+HETATM 2463 H2 HOH A 493 8.112 0.384 27.794 1.00 0.00 H \n+HETATM 2464 DOH2 HOH A 493 8.317 1.371 27.641 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2465 OM HOH A 493 8.109 1.215 27.839 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2466 O HOH A 494 10.439 22.262 23.224 1.00 0.00 O \n+HETATM 2467 H1 HOH A 494 10.717 22.477 22.334 1.00 0.00 H \n+HETATM 2468 H2 HOH A 494 11.256 22.117 23.702 1.00 0.00 H \n+HETATM 2469 DOH2 HOH A 494 10.361 22.244 23.243 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2470 OM HOH A 494 10.663 22.276 23.140 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2471 O HOH A 495 18.005 8.405 1.935 1.00 0.00 O \n+HETATM 2472 H1 HOH A 495 18.821 8.801 2.243 1.00 0.00 H \n+HETATM 2473 H2 HOH A 495 17.726 8.964 1.210 1.00 0.00 H \n+HETATM 2474 DOH2 HOH A 495 17.958 8.314 1.952 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2475 OM HOH A 495 18.115 8.601 1.849 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2476 O HOH A 496 15.100 17.048 26.695 1.00 0.00 O \n+HETATM 2477 H1 HOH A 496 15.067 17.401 27.584 1.00 0.00 H \n+HETATM 2478 H2 HOH A 496 14.345 16.461 26.642 1.00 0.00 H \n+HETATM 2479 DOH2 HOH A 496 15.170 17.069 26.635 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2480 OM HOH A 496 14.938 17.000 26.866 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2481 O HOH A 497 6.995 26.580 26.462 1.00 0.00 O \n+HETATM 2482 H1 HOH A 497 6.077 26.311 26.455 1.00 0.00 H \n+HETATM 2483 H2 HOH A 497 7.323 26.339 25.595 1.00 0.00 H \n+HETATM 2484 DOH2 HOH A 497 7.045 26.618 26.564 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2485 OM HOH A 497 6.874 26.475 26.282 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2486 O HOH A 498 14.214 21.049 2.991 1.00 0.00 O \n+HETATM 2487 H1 HOH A 498 13.877 20.996 2.097 1.00 0.00 H \n+HETATM 2488 H2 HOH A 498 14.698 20.232 3.113 1.00 0.00 H \n+HETATM 2489 DOH2 HOH A 498 14.223 21.130 3.069 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2490 OM HOH A 498 14.244 20.870 2.833 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2491 O HOH A 499 7.434 27.218 18.069 1.00 0.00 O \n+HETATM 2492 H1 HOH A 499 6.974 26.703 17.406 1.00 0.00 H \n+HETATM 2493 H2 HOH A 499 6.899 28.005 18.175 1.00 0.00 H \n+HETATM 2494 DOH2 HOH A 499 7.519 27.192 18.110 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2495 OM HOH A 499 7.230 27.274 17.955 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2496 O HOH A 500 25.362 3.126 25.221 1.00 0.00 O \n+HETATM 2497 H1 HOH A 500 24.872 2.601 24.587 1.00 0.00 H \n+HETATM 2498 H2 HOH A 500 25.805 2.482 25.773 1.00 0.00 H \n+HETATM 2499 DOH2 HOH A 500 25.339 3.217 25.246 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2500 OM HOH A 500 25.352 2.886 25.204 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2501 O HOH A 501 14.935 29.520 3.425 1.00 0.00 O \n+HETATM 2502 H1 HOH A 501 15.052 28.658 3.026 1.00 0.00 H \n+HETATM 2503 H2 HOH A 501 14.368 29.992 2.816 1.00 0.00 H \n+HETATM 2504 DOH2 HOH A 501 14.942 29.556 3.534 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2505 OM HOH A 501 14.843 29.440 3.218 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2506 O HOH A 502 8.224 0.788 0.901 1.00 0.00 O \n+HETATM 2507 H1 HOH A 502 7.799 -0.069 0.886 1.00 0.00 H \n+HETATM 2508 H2 HOH A 502 7.593 1.376 0.485 1.00 0.00 H \n+HETATM 2509 DOH2 HOH A 502 8.332 0.804 0.958 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2510 OM HOH A 502 8.007 0.733 0.813 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2511 O HOH A 503 8.423 29.612 10.293 1.00 0.00 O \n+HETATM 2512 H1 HOH A 503 9.095 29.433 10.952 1.00 0.00 H \n+HETATM 2513 H2 HOH A 503 7.881 30.298 10.683 1.00 0.00 H \n+HETATM 2514 DOH2 HOH A 503 8.434 29.571 10.201 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2515 OM HOH A 503 8.450 29.716 10.508 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2516 O HOH A 504 12.423 16.452 14.188 1.00 0.00 O \n+HETATM 2517 H1 HOH A 504 12.255 15.510 14.217 1.00 0.00 H \n+HETATM 2518 H2 HOH A 504 11.703 16.807 13.667 1.00 0.00 H \n+HETATM 2519 DOH2 HOH A 504 12.483 16.498 14.253 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2520 OM HOH A 504 12.241 16.331 14.087 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2521 O HOH A 505 7.825 28.684 28.033 1.00 0.00 O \n+HETATM 2522 H1 HOH A 505 7.522 27.962 27.483 1.00 0.00 H \n+HETATM 2523 H2 HOH A 505 7.653 28.391 28.928 1.00 0.00 H \n+HETATM 2524 DOH2 HOH A 505 7.891 28.769 28.025 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2525 OM HOH A 505 7.728 28.476 28.104 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2526 O HOH A 506 12.929 15.370 26.617 1.00 0.00 O \n+HETATM 2527 H1 HOH A 506 13.214 14.457 26.661 1.00 0.00 H \n+HETATM 2528 H2 HOH A 506 12.442 15.431 25.795 1.00 0.00 H \n+HETATM 2529 DOH2 HOH A 506 12.962 15.461 26.678 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2530 OM HOH A 506 12.888 15.195 26.457 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2531 O HOH A 507 6.232 0.731 20.859 1.00 0.00 O \n+HETATM 2532 H1 HOH A 507 5.666 1.136 21.516 1.00 0.00 H \n+HETATM 2533 H2 HOH A 507 6.994 0.428 21.353 1.00 0.00 H \n+HETATM 2534 DOH2 HOH A 507 6.252 0.733 20.757 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2535 OM HOH A 507 6.272 0.752 21.095 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2536 O HOH A 508 15.226 8.012 6.320 1.00 0.00 O \n+HETATM 2537 H1 HOH A 508 15.816 7.758 5.611 1.00 0.00 H \n+HETATM 2538 H2 HOH A 508 15.028 7.192 6.773 1.00 0.00 H \n+HETATM 2539 DOH2 HOH A 508 15.203 8.090 6.362 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2540 OM HOH A 508 15.306 7.792 6.267 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2541 O HOH A 509 11.775 5.034 8.473 1.00 0.00 O \n+HETATM 2542 H1 HOH A 509 12.647 5.001 8.079 1.00 0.00 H \n+HETATM 2543 H2 HOH A 509 11.196 5.286 7.754 1.00 0.00 H \n+HETATM 2544 DOH2 HOH A 509 11.745 5.018 8.551 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2545 OM HOH A 509 11.835 5.079 8.245 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2546 O HOH A 510 10.932 6.860 29.523 1.00 0.00 O \n+HETATM 2547 H1 HOH A 510 11.246 7.709 29.832 1.00 0.00 H \n+HETATM 2548 H2 HOH A 510 10.286 7.073 28.849 1.00 0.00 H \n+HETATM 2549 DOH2 HOH A 510 10.968 6.785 29.554 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2550 OM HOH A 510 10.864 7.078 29.448 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2551 O HOH A 511 25.282 14.675 6.412 1.00 0.00 O \n+HETATM 2552 H1 HOH A 511 24.561 14.562 5.792 1.00 0.00 H \n+HETATM 2553 H2 HOH A 511 25.823 15.365 6.028 1.00 0.00 H \n+HETATM 2554 DOH2 HOH A 511 25.317 14.632 6.469 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2555 OM HOH A 511 25.245 14.793 6.206 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2556 O HOH A 512 19.300 7.339 12.803 1.00 0.00 O \n+HETATM 2557 H1 HOH A 512 19.333 7.770 11.949 1.00 0.00 H \n+HETATM 2558 H2 HOH A 512 18.648 7.836 13.298 1.00 0.00 H \n+HETATM 2559 DOH2 HOH A 512 19.352 7.231 12.841 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2560 OM HOH A 512 19.173 7.529 12.729 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2561 O HOH A 513 29.307 13.309 19.886 1.00 0.00 O \n+HETATM 2562 H1 HOH A 513 29.027 14.199 19.674 1.00 0.00 H \n+HETATM 2563 H2 HOH A 513 28.568 12.757 19.628 1.00 0.00 H \n+HETATM 2564 DOH2 HOH A 513 29.358 13.290 19.923 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2565 OM HOH A 513 29.098 13.378 19.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2566 O HOH A 514 22.886 8.575 14.258 1.00 0.00 O \n+HETATM 2567 H1 HOH A 514 22.218 9.199 13.974 1.00 0.00 H \n+HETATM 2568 H2 HOH A 514 22.438 7.728 14.259 1.00 0.00 H \n+HETATM 2569 DOH2 HOH A 514 22.975 8.590 14.290 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2570 OM HOH A 514 22.657 8.529 14.200 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2571 O HOH A 515 27.306 4.437 10.733 1.00 0.00 O \n+HETATM 2572 H1 HOH A 515 27.118 4.995 9.978 1.00 0.00 H \n+HETATM 2573 H2 HOH A 515 27.692 3.646 10.356 1.00 0.00 H \n+HETATM 2574 DOH2 HOH A 515 27.268 4.457 10.820 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2575 OM HOH A 515 27.346 4.389 10.501 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2576 O HOH A 516 23.653 7.867 11.010 1.00 0.00 O \n+HETATM 2577 H1 HOH A 516 22.843 8.375 10.976 1.00 0.00 H \n+HETATM 2578 H2 HOH A 516 23.824 7.626 10.099 1.00 0.00 H \n+HETATM 2579 DOH2 HOH A 516 23.683 7.846 11.076 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2580 OM HOH A 516 23.522 7.922 10.816 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2581 O HOH A 517 23.918 1.085 10.314 1.00 0.00 O \n+HETATM 2582 H1 HOH A 517 23.016 1.129 10.632 1.00 0.00 H \n+HETATM 2583 H2 HOH A 517 23.915 0.364 9.683 1.00 0.00 H \n+HETATM 2584 DOH2 HOH A 517 23.971 1.096 10.367 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2585 OM HOH A 517 23.732 0.946 10.250 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2586 O HOH A 518 22.128 22.310 29.846 1.00 0.00 O \n+HETATM 2587 H1 HOH A 518 22.589 21.893 30.574 1.00 0.00 H \n+HETATM 2588 H2 HOH A 518 22.755 22.293 29.123 1.00 0.00 H \n+HETATM 2589 DOH2 HOH A 518 22.082 22.328 29.864 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2590 OM HOH A 518 22.351 22.221 29.847 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2591 O HOH A 519 0.407 6.220 17.284 1.00 0.00 O \n+HETATM 2592 H1 HOH A 519 0.812 7.058 17.508 1.00 0.00 H \n+HETATM 2593 H2 HOH A 519 0.040 6.357 16.411 1.00 0.00 H \n+HETATM 2594 DOH2 HOH A 519 0.398 6.135 17.339 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2595 OM HOH A 519 0.415 6.420 17.151 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2596 O HOH A 520 19.567 12.218 1.564 1.00 0.00 O \n+HETATM 2597 H1 HOH A 520 18.610 12.211 1.546 1.00 0.00 H \n+HETATM 2598 H2 HOH A 520 19.809 11.329 1.823 1.00 0.00 H \n+HETATM 2599 DOH2 HOH A 520 19.626 12.286 1.521 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2600 OM HOH A 520 19.420 12.034 1.613 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2601 O HOH A 521 18.751 4.682 12.676 1.00 0.00 O \n+HETATM 2602 H1 HOH A 521 19.386 4.369 12.031 1.00 0.00 H \n+HETATM 2603 H2 HOH A 521 18.930 5.619 12.754 1.00 0.00 H \n+HETATM 2604 DOH2 HOH A 521 18.696 4.650 12.712 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2605 OM HOH A 521 18.918 4.810 12.559 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2606 O HOH A 522 28.454 22.999 14.564 1.00 0.00 O \n+HETATM 2607 H1 HOH A 522 27.808 22.963 13.859 1.00 0.00 H \n+HETATM 2608 H2 HOH A 522 29.299 23.002 14.115 1.00 0.00 H \n+HETATM 2609 DOH2 HOH A 522 28.426 22.962 14.659 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2610 OM HOH A 522 28.495 22.992 14.328 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2611 O HOH A 523 27.972 3.030 4.342 1.00 0.00 O \n+HETATM 2612 H1 HOH A 523 28.605 2.339 4.149 1.00 0.00 H \n+HETATM 2613 H2 HOH A 523 27.319 2.959 3.646 1.00 0.00 H \n+HETATM 2614 DOH2 HOH A 523 27.958 3.075 4.447 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2615 OM HOH A 523 27.968 2.874 4.160 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2616 O HOH A 524 16.221 6.729 0.636 1.00 0.00 O \n+HETATM 2617 H1 HOH A 524 15.511 6.490 1.232 1.00 0.00 H \n+HETATM 2618 H2 HOH A 524 16.822 7.245 1.173 1.00 0.00 H \n+HETATM 2619 DOH2 HOH A 524 16.246 6.703 0.523 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2620 OM HOH A 524 16.199 6.786 0.868 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2621 O HOH A 525 19.705 17.052 26.590 1.00 0.00 O \n+HETATM 2622 H1 HOH A 525 20.407 16.508 26.232 1.00 0.00 H \n+HETATM 2623 H2 HOH A 525 19.616 16.762 27.498 1.00 0.00 H \n+HETATM 2624 DOH2 HOH A 525 19.640 17.128 26.538 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2625 OM HOH A 525 19.831 16.881 26.703 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2626 O HOH A 526 25.920 5.547 14.709 1.00 0.00 O \n+HETATM 2627 H1 HOH A 526 26.493 5.908 14.034 1.00 0.00 H \n+HETATM 2628 H2 HOH A 526 26.013 4.598 14.621 1.00 0.00 H \n+HETATM 2629 DOH2 HOH A 526 25.882 5.559 14.774 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2630 OM HOH A 526 26.057 5.426 14.553 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2631 O HOH A 527 25.883 6.457 4.758 1.00 0.00 O \n+HETATM 2632 H1 HOH A 527 25.159 5.851 4.914 1.00 0.00 H \n+HETATM 2633 H2 HOH A 527 26.095 6.345 3.831 1.00 0.00 H \n+HETATM 2634 DOH2 HOH A 527 25.945 6.490 4.850 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2635 OM HOH A 527 25.778 6.310 4.600 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2636 O HOH A 528 0.763 22.818 13.139 1.00 0.00 O \n+HETATM 2637 H1 HOH A 528 0.412 22.202 12.496 1.00 0.00 H \n+HETATM 2638 H2 HOH A 528 1.709 22.669 13.122 1.00 0.00 H \n+HETATM 2639 DOH2 HOH A 528 0.706 22.861 13.198 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2640 OM HOH A 528 0.885 22.661 13.003 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2641 O HOH A 529 14.409 11.297 20.435 1.00 0.00 O \n+HETATM 2642 H1 HOH A 529 13.693 11.807 20.055 1.00 0.00 H \n+HETATM 2643 H2 HOH A 529 14.875 11.917 20.995 1.00 0.00 H \n+HETATM 2644 DOH2 HOH A 529 14.414 11.207 20.409 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2645 OM HOH A 529 14.358 11.529 20.472 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2646 O HOH A 530 18.875 24.239 9.334 1.00 0.00 O \n+HETATM 2647 H1 HOH A 530 19.439 24.973 9.092 1.00 0.00 H \n+HETATM 2648 H2 HOH A 530 19.207 23.502 8.821 1.00 0.00 H \n+HETATM 2649 DOH2 HOH A 530 18.803 24.234 9.364 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2650 OM HOH A 530 19.059 24.238 9.179 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2651 O HOH A 531 17.076 7.040 4.296 1.00 0.00 O \n+HETATM 2652 H1 HOH A 531 17.356 7.549 3.536 1.00 0.00 H \n+HETATM 2653 H2 HOH A 531 16.988 6.145 3.967 1.00 0.00 H \n+HETATM 2654 DOH2 HOH A 531 17.079 7.066 4.386 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2655 OM HOH A 531 17.115 6.961 4.073 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2656 O HOH A 532 6.152 3.470 17.390 1.00 0.00 O \n+HETATM 2657 H1 HOH A 532 6.803 3.072 17.969 1.00 0.00 H \n+HETATM 2658 H2 HOH A 532 5.574 2.747 17.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 2659 DOH2 HOH A 532 6.137 3.538 17.370 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2660 OM HOH A 532 6.167 3.240 17.459 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2661 O HOH A 533 25.339 5.875 19.907 1.00 0.00 O \n+HETATM 2662 H1 HOH A 533 26.177 5.421 19.989 1.00 0.00 H \n+HETATM 2663 H2 HOH A 533 25.164 5.888 18.966 1.00 0.00 H \n+HETATM 2664 DOH2 HOH A 533 25.302 5.930 19.971 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2665 OM HOH A 533 25.475 5.785 19.731 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2666 O HOH A 534 10.074 7.536 20.796 1.00 0.00 O \n+HETATM 2667 H1 HOH A 534 10.986 7.285 20.651 1.00 0.00 H \n+HETATM 2668 H2 HOH A 534 9.894 7.275 21.699 1.00 0.00 H \n+HETATM 2669 DOH2 HOH A 534 10.011 7.590 20.753 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2670 OM HOH A 534 10.224 7.431 20.952 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2671 O HOH A 535 5.280 8.039 12.812 1.00 0.00 O \n+HETATM 2672 H1 HOH A 535 4.351 8.168 13.004 1.00 0.00 H \n+HETATM 2673 H2 HOH A 535 5.635 8.925 12.739 1.00 0.00 H \n+HETATM 2674 DOH2 HOH A 535 5.317 7.949 12.805 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2675 OM HOH A 535 5.162 8.247 12.836 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2676 O HOH A 536 29.617 0.926 3.617 1.00 0.00 O \n+HETATM 2677 H1 HOH A 536 30.278 1.271 3.017 1.00 0.00 H \n+HETATM 2678 H2 HOH A 536 29.337 0.102 3.218 1.00 0.00 H \n+HETATM 2679 DOH2 HOH A 536 29.590 0.967 3.691 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2680 OM HOH A 536 29.695 0.828 3.412 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2681 O HOH A 537 18.434 11.378 14.013 1.00 0.00 O \n+HETATM 2682 H1 HOH A 537 18.174 11.485 13.098 1.00 0.00 H \n+HETATM 2683 H2 HOH A 537 18.247 12.225 14.417 1.00 0.00 H \n+HETATM 2684 DOH2 HOH A 537 18.480 11.275 14.029 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2685 OM HOH A 537 18.342 11.574 13.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2686 O HOH A 538 23.800 17.094 18.765 1.00 0.00 O \n+HETATM 2687 H1 HOH A 538 23.523 17.935 18.401 1.00 0.00 H \n+HETATM 2688 H2 HOH A 538 22.985 16.613 18.906 1.00 0.00 H \n+HETATM 2689 DOH2 HOH A 538 23.864 17.060 18.787 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2690 OM HOH A 538 23.576 17.168 18.720 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2691 O HOH A 539 1.196 25.770 11.722 1.00 0.00 O \n+HETATM 2692 H1 HOH A 539 1.606 25.897 10.866 1.00 0.00 H \n+HETATM 2693 H2 HOH A 539 0.425 25.233 11.540 1.00 0.00 H \n+HETATM 2694 DOH2 HOH A 539 1.241 25.809 11.808 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2695 OM HOH A 539 1.122 25.686 11.509 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2696 O HOH A 540 0.729 3.592 1.938 1.00 0.00 O \n+HETATM 2697 H1 HOH A 540 1.058 4.393 1.531 1.00 0.00 H \n+HETATM 2698 H2 HOH A 540 -0.137 3.465 1.551 1.00 0.00 H \n+HETATM 2699 DOH2 HOH A 540 0.751 3.575 2.004 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2700 OM HOH A 540 0.619 3.730 1.775 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2701 O HOH A 541 25.713 23.807 5.916 1.00 0.00 O \n+HETATM 2702 H1 HOH A 541 26.108 23.225 6.565 1.00 0.00 H \n+HETATM 2703 H2 HOH A 541 26.182 23.613 5.104 1.00 0.00 H \n+HETATM 2704 DOH2 HOH A 541 25.637 23.871 5.910 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2705 OM HOH A 541 25.890 23.648 5.883 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2706 O HOH A 542 20.784 12.048 4.682 1.00 0.00 O \n+HETATM 2707 H1 HOH A 542 21.144 11.470 5.355 1.00 0.00 H \n+HETATM 2708 H2 HOH A 542 20.375 12.761 5.172 1.00 0.00 H \n+HETATM 2709 DOH2 HOH A 542 20.758 12.013 4.643 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2710 OM HOH A 542 20.774 12.076 4.921 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2711 O HOH A 543 18.501 6.979 27.056 1.00 0.00 O \n+HETATM 2712 H1 HOH A 543 17.564 7.012 27.249 1.00 0.00 H \n+HETATM 2713 H2 HOH A 543 18.588 6.280 26.408 1.00 0.00 H \n+HETATM 2714 DOH2 HOH A 543 18.544 6.998 27.117 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2715 OM HOH A 543 18.327 6.842 26.963 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2716 O HOH A 544 24.802 11.893 15.695 1.00 0.00 O \n+HETATM 2717 H1 HOH A 544 24.312 11.418 16.366 1.00 0.00 H \n+HETATM 2718 H2 HOH A 544 24.131 12.243 15.110 1.00 0.00 H \n+HETATM 2719 DOH2 HOH A 544 24.889 11.886 15.701 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2720 OM HOH A 544 24.564 11.868 15.713 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2721 O HOH A 545 1.998 15.151 5.280 1.00 0.00 O \n+HETATM 2722 H1 HOH A 545 1.759 15.854 4.677 1.00 0.00 H \n+HETATM 2723 H2 HOH A 545 1.464 15.310 6.059 1.00 0.00 H \n+HETATM 2724 DOH2 HOH A 545 2.046 15.103 5.298 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2725 OM HOH A 545 1.840 15.327 5.316 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2726 O HOH A 546 26.435 3.745 17.725 1.00 0.00 O \n+HETATM 2727 H1 HOH A 546 25.828 4.459 17.527 1.00 0.00 H \n+HETATM 2728 H2 HOH A 546 25.919 2.949 17.600 1.00 0.00 H \n+HETATM 2729 DOH2 HOH A 546 26.542 3.760 17.742 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2730 OM HOH A 546 26.205 3.728 17.659 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2731 O HOH A 547 21.696 19.096 1.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 2732 H1 HOH A 547 22.561 18.689 1.696 1.00 0.00 H \n+HETATM 2733 H2 HOH A 547 21.852 19.944 2.158 1.00 0.00 H \n+HETATM 2734 DOH2 HOH A 547 21.606 19.055 1.693 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2735 OM HOH A 547 21.905 19.186 1.819 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2736 O HOH A 548 19.812 7.334 29.415 1.00 0.00 O \n+HETATM 2737 H1 HOH A 548 19.371 7.207 28.575 1.00 0.00 H \n+HETATM 2738 H2 HOH A 548 19.118 7.617 30.010 1.00 0.00 H \n+HETATM 2739 DOH2 HOH A 548 19.910 7.332 29.451 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2740 OM HOH A 548 19.579 7.366 29.365 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2741 O HOH A 549 29.533 24.893 6.085 1.00 0.00 O \n+HETATM 2742 H1 HOH A 549 29.859 25.476 5.399 1.00 0.00 H \n+HETATM 2743 H2 HOH A 549 29.481 24.034 5.665 1.00 0.00 H \n+HETATM 2744 DOH2 HOH A 549 29.499 24.923 6.189 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2745 OM HOH A 549 29.589 24.836 5.858 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2746 O HOH A 550 20.814 0.596 8.788 1.00 0.00 O \n+HETATM 2747 H1 HOH A 550 20.983 0.819 9.704 1.00 0.00 H \n+HETATM 2748 H2 HOH A 550 20.080 -0.018 8.823 1.00 0.00 H \n+HETATM 2749 DOH2 HOH A 550 20.873 0.648 8.693 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2750 OM HOH A 550 20.698 0.515 8.983 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2751 O HOH A 551 24.037 4.501 28.907 1.00 0.00 O \n+HETATM 2752 H1 HOH A 551 23.689 4.413 28.020 1.00 0.00 H \n+HETATM 2753 H2 HOH A 551 23.312 4.867 29.414 1.00 0.00 H \n+HETATM 2754 DOH2 HOH A 551 24.137 4.460 28.933 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2755 OM HOH A 551 23.817 4.558 28.829 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2756 O HOH A 552 27.201 0.234 22.973 1.00 0.00 O \n+HETATM 2757 H1 HOH A 552 26.800 -0.358 22.338 1.00 0.00 H \n+HETATM 2758 H2 HOH A 552 27.611 -0.345 23.616 1.00 0.00 H \n+HETATM 2759 DOH2 HOH A 552 27.239 0.313 22.958 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2760 OM HOH A 552 27.203 -0.006 22.975 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2761 O HOH A 553 26.958 20.034 11.805 1.00 0.00 O \n+HETATM 2762 H1 HOH A 553 26.177 20.028 11.251 1.00 0.00 H \n+HETATM 2763 H2 HOH A 553 26.771 19.392 12.490 1.00 0.00 H \n+HETATM 2764 DOH2 HOH A 553 27.013 20.114 11.796 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2765 OM HOH A 553 26.759 19.901 11.832 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2766 O HOH A 554 23.079 5.367 12.126 1.00 0.00 O \n+HETATM 2767 H1 HOH A 554 23.432 6.183 11.771 1.00 0.00 H \n+HETATM 2768 H2 HOH A 554 23.800 4.742 12.051 1.00 0.00 H \n+HETATM 2769 DOH2 HOH A 554 22.972 5.355 12.157 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2770 OM HOH A 554 23.300 5.406 12.037 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2771 O HOH A 555 24.725 0.747 19.779 1.00 0.00 O \n+HETATM 2772 H1 HOH A 555 24.912 1.110 18.913 1.00 0.00 H \n+HETATM 2773 H2 HOH A 555 24.345 1.477 20.268 1.00 0.00 H \n+HETATM 2774 DOH2 HOH A 555 24.751 0.679 19.807 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2775 OM HOH A 555 24.685 0.971 19.702 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2776 O HOH A 556 22.742 24.248 15.043 1.00 0.00 O \n+HETATM 2777 H1 HOH A 556 23.010 23.723 15.797 1.00 0.00 H \n+HETATM 2778 H2 HOH A 556 23.536 24.334 14.516 1.00 0.00 H \n+HETATM 2779 DOH2 HOH A 556 22.683 24.301 15.034 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2780 OM HOH A 556 22.960 24.158 15.090 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2781 O HOH A 557 26.422 8.050 23.731 1.00 0.00 O \n+HETATM 2782 H1 HOH A 557 26.533 7.191 24.138 1.00 0.00 H \n+HETATM 2783 H2 HOH A 557 27.092 8.598 24.140 1.00 0.00 H \n+HETATM 2784 DOH2 HOH A 557 26.351 8.078 23.690 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2785 OM HOH A 557 26.582 7.986 23.898 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2786 O HOH A 558 -0.076 12.098 12.219 1.00 0.00 O \n+HETATM 2787 H1 HOH A 558 -0.020 11.427 12.900 1.00 0.00 H \n+HETATM 2788 H2 HOH A 558 0.826 12.395 12.100 1.00 0.00 H \n+HETATM 2789 DOH2 HOH A 558 -0.169 12.122 12.178 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2790 OM HOH A 558 0.120 12.021 12.334 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2791 O HOH A 559 25.663 19.579 8.266 1.00 0.00 O \n+HETATM 2792 H1 HOH A 559 25.068 18.996 8.738 1.00 0.00 H \n+HETATM 2793 H2 HOH A 559 26.516 19.147 8.321 1.00 0.00 H \n+HETATM 2794 DOH2 HOH A 559 25.651 19.681 8.223 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2795 OM HOH A 559 25.716 19.371 8.374 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2796 O HOH A 560 16.655 10.184 7.433 1.00 0.00 O \n+HETATM 2797 H1 HOH A 560 16.107 9.479 7.085 1.00 0.00 H \n+HETATM 2798 H2 HOH A 560 17.552 9.884 7.288 1.00 0.00 H \n+HETATM 2799 DOH2 HOH A 560 16.644 10.272 7.485 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2800 OM HOH A 560 16.726 9.978 7.332 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2801 O HOH A 561 18.227 25.913 5.389 1.00 0.00 O \n+HETATM 2802 H1 HOH A 561 18.890 25.261 5.615 1.00 0.00 H \n+HETATM 2803 H2 HOH A 561 17.398 25.434 5.424 1.00 0.00 H \n+HETATM 2804 DOH2 HOH A 561 18.224 26.002 5.374 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2805 OM HOH A 561 18.193 25.681 5.443 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2806 O HOH A 562 5.022 26.115 4.875 1.00 0.00 O \n+HETATM 2807 H1 HOH A 562 4.588 26.858 5.296 1.00 0.00 H \n+HETATM 2808 H2 HOH A 562 4.416 25.384 4.996 1.00 0.00 H \n+HETATM 2809 DOH2 HOH A 562 5.110 26.123 4.820 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2810 OM HOH A 562 4.809 26.117 4.986 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2811 O HOH A 563 23.299 23.268 10.493 1.00 0.00 O \n+HETATM 2812 H1 HOH A 563 22.851 24.101 10.638 1.00 0.00 H \n+HETATM 2813 H2 HOH A 563 22.607 22.609 10.554 1.00 0.00 H \n+HETATM 2814 DOH2 HOH A 563 23.403 23.269 10.473 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2815 OM HOH A 563 23.065 23.304 10.535 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2816 O HOH A 564 25.660 26.443 15.652 1.00 0.00 O \n+HETATM 2817 H1 HOH A 564 25.507 25.770 14.989 1.00 0.00 H \n+HETATM 2818 H2 HOH A 564 24.784 26.710 15.930 1.00 0.00 H \n+HETATM 2819 DOH2 HOH A 564 25.731 26.487 15.640 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2820 OM HOH A 564 25.449 26.360 15.573 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2821 O HOH A 565 -0.055 6.130 7.686 1.00 0.00 O \n+HETATM 2822 H1 HOH A 565 -0.787 5.788 7.172 1.00 0.00 H \n+HETATM 2823 H2 HOH A 565 0.459 6.642 7.061 1.00 0.00 H \n+HETATM 2824 DOH2 HOH A 565 -0.013 6.092 7.782 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2825 OM HOH A 565 -0.100 6.165 7.452 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2826 O HOH A 566 5.516 1.114 13.983 1.00 0.00 O \n+HETATM 2827 H1 HOH A 566 6.468 1.218 14.009 1.00 0.00 H \n+HETATM 2828 H2 HOH A 566 5.219 1.784 13.367 1.00 0.00 H \n+HETATM 2829 DOH2 HOH A 566 5.457 1.037 14.040 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2830 OM HOH A 566 5.650 1.273 13.862 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2831 O HOH A 567 20.738 11.283 27.743 1.00 0.00 O \n+HETATM 2832 H1 HOH A 567 21.056 10.677 28.412 1.00 0.00 H \n+HETATM 2833 H2 HOH A 567 21.385 11.225 27.040 1.00 0.00 H \n+HETATM 2834 DOH2 HOH A 567 20.641 11.341 27.760 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2835 OM HOH A 567 20.936 11.147 27.736 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2836 O HOH A 568 12.349 4.853 0.649 1.00 0.00 O \n+HETATM 2837 H1 HOH A 568 11.834 5.528 0.207 1.00 0.00 H \n+HETATM 2838 H2 HOH A 568 13.013 4.599 0.008 1.00 0.00 H \n+HETATM 2839 DOH2 HOH A 568 12.362 4.819 0.755 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2840 OM HOH A 568 12.379 4.939 0.427 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2841 O HOH A 569 24.982 1.546 17.010 1.00 0.00 O \n+HETATM 2842 H1 HOH A 569 25.149 1.760 16.092 1.00 0.00 H \n+HETATM 2843 H2 HOH A 569 24.379 0.803 16.978 1.00 0.00 H \n+HETATM 2844 DOH2 HOH A 569 25.021 1.599 17.084 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2845 OM HOH A 569 24.893 1.437 16.815 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2846 O HOH A 570 9.092 4.487 18.665 1.00 0.00 O \n+HETATM 2847 H1 HOH A 570 10.001 4.442 18.962 1.00 0.00 H \n+HETATM 2848 H2 HOH A 570 8.720 3.638 18.903 1.00 0.00 H \n+HETATM 2849 DOH2 HOH A 570 9.068 4.573 18.598 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2850 OM HOH A 570 9.202 4.304 18.775 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2851 O HOH A 571 27.632 6.584 27.350 1.00 0.00 O \n+HETATM 2852 H1 HOH A 571 28.331 7.211 27.162 1.00 0.00 H \n+HETATM 2853 H2 HOH A 571 27.332 6.294 26.489 1.00 0.00 H \n+HETATM 2854 DOH2 HOH A 571 27.611 6.554 27.417 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2855 OM HOH A 571 27.714 6.653 27.135 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2856 O HOH A 572 21.322 1.391 11.363 1.00 0.00 O \n+HETATM 2857 H1 HOH A 572 20.965 1.124 12.209 1.00 0.00 H \n+HETATM 2858 H2 HOH A 572 21.132 2.328 11.307 1.00 0.00 H \n+HETATM 2859 DOH2 HOH A 572 21.362 1.346 11.285 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2860 OM HOH A 572 21.209 1.529 11.525 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2861 O HOH A 573 22.054 6.199 16.758 1.00 0.00 O \n+HETATM 2862 H1 HOH A 573 21.530 6.902 17.141 1.00 0.00 H \n+HETATM 2863 H2 HOH A 573 21.835 6.214 15.827 1.00 0.00 H \n+HETATM 2864 DOH2 HOH A 573 22.103 6.138 16.799 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2865 OM HOH A 573 21.902 6.346 16.646 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2866 O HOH A 574 17.433 9.917 29.831 1.00 0.00 O \n+HETATM 2867 H1 HOH A 574 17.191 10.771 30.188 1.00 0.00 H \n+HETATM 2868 H2 HOH A 574 17.667 10.095 28.920 1.00 0.00 H \n+HETATM 2869 DOH2 HOH A 574 17.448 9.846 29.900 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2870 OM HOH A 574 17.432 10.129 29.717 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2871 O HOH A 575 28.224 2.298 9.300 1.00 0.00 O \n+HETATM 2872 H1 HOH A 575 28.317 1.386 9.578 1.00 0.00 H \n+HETATM 2873 H2 HOH A 575 27.802 2.246 8.443 1.00 0.00 H \n+HETATM 2874 DOH2 HOH A 575 28.259 2.389 9.345 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2875 OM HOH A 575 28.157 2.100 9.181 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2876 O HOH A 576 3.706 19.316 16.173 1.00 0.00 O \n+HETATM 2877 H1 HOH A 576 2.805 19.159 15.891 1.00 0.00 H \n+HETATM 2878 H2 HOH A 576 3.708 19.098 17.105 1.00 0.00 H \n+HETATM 2879 DOH2 HOH A 576 3.778 19.371 16.123 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2880 OM HOH A 576 3.522 19.239 16.306 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2881 O HOH A 577 21.495 15.743 19.259 1.00 0.00 O \n+HETATM 2882 H1 HOH A 577 21.381 16.151 20.118 1.00 0.00 H \n+HETATM 2883 H2 HOH A 577 21.506 14.803 19.440 1.00 0.00 H \n+HETATM 2884 DOH2 HOH A 577 21.527 15.818 19.179 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2885 OM HOH A 577 21.474 15.634 19.473 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2886 O HOH A 578 24.258 13.094 18.902 1.00 0.00 O \n+HETATM 2887 H1 HOH A 578 24.905 12.390 18.952 1.00 0.00 H \n+HETATM 2888 H2 HOH A 578 24.711 13.861 19.251 1.00 0.00 H \n+HETATM 2889 DOH2 HOH A 578 24.178 13.085 18.897 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2890 OM HOH A 578 24.484 13.107 18.984 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2891 O HOH A 579 2.643 3.881 22.132 1.00 0.00 O \n+HETATM 2892 H1 HOH A 579 2.487 3.365 21.341 1.00 0.00 H \n+HETATM 2893 H2 HOH A 579 2.990 4.713 21.812 1.00 0.00 H \n+HETATM 2894 DOH2 HOH A 579 2.658 3.842 22.211 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2895 OM HOH A 579 2.683 3.946 21.904 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2896 O HOH A 580 29.503 22.506 23.944 1.00 0.00 O \n+HETATM 2897 H1 HOH A 580 30.220 22.026 23.529 1.00 0.00 H \n+HETATM 2898 H2 HOH A 580 28.813 22.528 23.281 1.00 0.00 H \n+HETATM 2899 DOH2 HOH A 580 29.502 22.561 24.006 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2900 OM HOH A 580 29.508 22.412 23.723 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2901 O HOH A 581 22.768 30.186 6.960 1.00 0.00 O \n+HETATM 2902 H1 HOH A 581 22.056 30.432 7.550 1.00 0.00 H \n+HETATM 2903 H2 HOH A 581 23.359 29.661 7.500 1.00 0.00 H \n+HETATM 2904 DOH2 HOH A 581 22.781 30.201 6.872 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2905 OM HOH A 581 22.743 30.129 7.192 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2906 O HOH A 582 30.481 9.528 7.542 1.00 0.00 O \n+HETATM 2907 H1 HOH A 582 29.530 9.509 7.650 1.00 0.00 H \n+HETATM 2908 H2 HOH A 582 30.644 9.013 6.753 1.00 0.00 H \n+HETATM 2909 DOH2 HOH A 582 30.533 9.565 7.581 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2910 OM HOH A 582 30.319 9.419 7.403 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2911 O HOH A 583 12.575 7.626 12.076 1.00 0.00 O \n+HETATM 2912 H1 HOH A 583 13.428 7.901 12.412 1.00 0.00 H \n+HETATM 2913 H2 HOH A 583 12.538 6.687 12.255 1.00 0.00 H \n+HETATM 2914 DOH2 HOH A 583 12.493 7.697 12.014 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2915 OM HOH A 583 12.743 7.490 12.182 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2916 O HOH A 584 21.609 12.326 11.747 1.00 0.00 O \n+HETATM 2917 H1 HOH A 584 21.081 13.107 11.585 1.00 0.00 H \n+HETATM 2918 H2 HOH A 584 21.868 12.026 10.876 1.00 0.00 H \n+HETATM 2919 DOH2 HOH A 584 21.638 12.282 11.863 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2920 OM HOH A 584 21.554 12.424 11.535 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2921 O HOH A 585 27.617 9.117 18.790 1.00 0.00 O \n+HETATM 2922 H1 HOH A 585 28.455 8.934 19.216 1.00 0.00 H \n+HETATM 2923 H2 HOH A 585 26.959 8.874 19.441 1.00 0.00 H \n+HETATM 2924 DOH2 HOH A 585 27.605 9.173 18.717 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2925 OM HOH A 585 27.654 9.030 19.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2926 O HOH A 586 25.646 21.987 29.601 1.00 0.00 O \n+HETATM 2927 H1 HOH A 586 24.954 22.053 28.943 1.00 0.00 H \n+HETATM 2928 H2 HOH A 586 26.289 22.646 29.340 1.00 0.00 H \n+HETATM 2929 DOH2 HOH A 586 25.647 21.931 29.667 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2930 OM HOH A 586 25.636 22.136 29.413 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2931 O HOH A 587 2.809 8.786 8.952 1.00 0.00 O \n+HETATM 2932 H1 HOH A 587 3.146 9.482 9.516 1.00 0.00 H \n+HETATM 2933 H2 HOH A 587 2.017 9.155 8.562 1.00 0.00 H \n+HETATM 2934 DOH2 HOH A 587 2.813 8.705 8.934 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2935 OM HOH A 587 2.716 9.004 8.988 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2936 O HOH A 588 1.454 8.715 18.115 1.00 0.00 O \n+HETATM 2937 H1 HOH A 588 2.278 9.051 18.470 1.00 0.00 H \n+HETATM 2938 H2 HOH A 588 0.853 8.720 18.860 1.00 0.00 H \n+HETATM 2939 DOH2 HOH A 588 1.447 8.686 18.019 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2940 OM HOH A 588 1.500 8.785 18.341 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2941 O HOH A 589 27.663 6.401 12.646 1.00 0.00 O \n+HETATM 2942 H1 HOH A 589 27.582 5.672 12.032 1.00 0.00 H \n+HETATM 2943 H2 HOH A 589 27.741 7.176 12.090 1.00 0.00 H \n+HETATM 2944 DOH2 HOH A 589 27.668 6.399 12.748 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2945 OM HOH A 589 27.662 6.411 12.406 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2946 O HOH A 590 5.880 4.004 2.949 1.00 0.00 O \n+HETATM 2947 H1 HOH A 590 5.576 4.677 3.557 1.00 0.00 H \n+HETATM 2948 H2 HOH A 590 5.245 4.023 2.233 1.00 0.00 H \n+HETATM 2949 DOH2 HOH A 590 5.948 3.970 2.936 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2950 OM HOH A 590 5.687 4.146 2.927 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2951 O HOH A 591 20.416 3.009 7.544 1.00 0.00 O \n+HETATM 2952 H1 HOH A 591 20.626 2.162 7.936 1.00 0.00 H \n+HETATM 2953 H2 HOH A 591 19.547 3.221 7.883 1.00 0.00 H \n+HETATM 2954 DOH2 HOH A 591 20.461 3.056 7.457 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2955 OM HOH A 591 20.281 2.879 7.694 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2956 O HOH A 592 16.577 29.774 10.485 1.00 0.00 O \n+HETATM 2957 H1 HOH A 592 16.187 29.783 11.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 2958 H2 HOH A 592 15.849 29.972 9.896 1.00 0.00 H \n+HETATM 2959 DOH2 HOH A 592 16.658 29.797 10.464 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2960 OM HOH A 592 16.348 29.817 10.544 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2961 O HOH A 593 5.330 9.989 5.937 1.00 0.00 O \n+HETATM 2962 H1 HOH A 593 5.086 10.597 6.635 1.00 0.00 H \n+HETATM 2963 H2 HOH A 593 5.632 10.551 5.224 1.00 0.00 H \n+HETATM 2964 DOH2 HOH A 593 5.333 9.868 5.939 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2965 OM HOH A 593 5.342 10.229 5.934 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2966 O HOH A 594 20.520 27.529 20.623 1.00 0.00 O \n+HETATM 2967 H1 HOH A 594 20.910 26.809 20.127 1.00 0.00 H \n+HETATM 2968 H2 HOH A 594 20.743 28.313 20.122 1.00 0.00 H \n+HETATM 2969 DOH2 HOH A 594 20.458 27.506 20.709 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2970 OM HOH A 594 20.646 27.542 20.419 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2971 O HOH A 595 25.979 28.613 20.962 1.00 0.00 O \n+HETATM 2972 H1 HOH A 595 25.530 27.830 20.646 1.00 0.00 H \n+HETATM 2973 H2 HOH A 595 25.525 29.339 20.536 1.00 0.00 H \n+HETATM 2974 DOH2 HOH A 595 26.075 28.620 20.999 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2975 OM HOH A 595 25.794 28.601 20.810 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2976 O HOH A 596 15.918 14.813 0.620 1.00 0.00 O \n+HETATM 2977 H1 HOH A 596 14.966 14.780 0.526 1.00 0.00 H \n+HETATM 2978 H2 HOH A 596 16.252 14.640 -0.260 1.00 0.00 H \n+HETATM 2979 DOH2 HOH A 596 15.962 14.829 0.682 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2980 OM HOH A 596 15.791 14.771 0.420 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2981 O HOH A 597 21.621 8.368 8.732 1.00 0.00 O \n+HETATM 2982 H1 HOH A 597 22.420 7.854 8.614 1.00 0.00 H \n+HETATM 2983 H2 HOH A 597 21.584 8.933 7.960 1.00 0.00 H \n+HETATM 2984 DOH2 HOH A 597 21.552 8.375 8.803 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2985 OM HOH A 597 21.778 8.379 8.549 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2986 O HOH A 598 24.221 10.813 7.601 1.00 0.00 O \n+HETATM 2987 H1 HOH A 598 24.795 11.299 8.192 1.00 0.00 H \n+HETATM 2988 H2 HOH A 598 24.694 10.000 7.422 1.00 0.00 H \n+HETATM 2989 DOH2 HOH A 598 24.113 10.815 7.585 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2990 OM HOH A 598 24.436 10.746 7.685 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2991 O HOH A 599 20.390 27.542 16.563 1.00 0.00 O \n+HETATM 2992 H1 HOH A 599 20.039 28.414 16.743 1.00 0.00 H \n+HETATM 2993 H2 HOH A 599 19.874 26.956 17.118 1.00 0.00 H \n+HETATM 2994 DOH2 HOH A 599 20.463 27.509 16.499 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2995 OM HOH A 599 20.212 27.601 16.714 1.00 0.00 EP \n+HETATM 2996 O HOH A 600 18.140 23.859 12.076 1.00 0.00 O \n+HETATM 2997 H1 HOH A 600 18.292 24.004 11.143 1.00 0.00 H \n+HETATM 2998 H2 HOH A 600 18.990 24.023 12.486 1.00 0.00 H \n+HETATM 2999 DOH2 HOH A 600 18.044 23.832 12.133 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3000 OM HOH A 600 18.346 23.922 11.969 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3001 O HOH A 601 27.928 8.880 11.050 1.00 0.00 O \n+HETATM 3002 H1 HOH A 601 27.108 9.080 11.503 1.00 0.00 H \n+HETATM 3003 H2 HOH A 601 28.115 9.664 10.535 1.00 0.00 H \n+HETATM 3004 DOH2 HOH A 601 28.014 8.810 11.087 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3005 OM HOH A 601 27.798 9.082 11.037 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3006 O HOH A 602 24.083 8.638 0.572 1.00 0.00 O \n+HETATM 3007 H1 HOH A 602 24.885 9.119 0.368 1.00 0.00 H \n+HETATM 3008 H2 HOH A 602 24.355 7.720 0.601 1.00 0.00 H \n+HETATM 3009 DOH2 HOH A 602 24.011 8.648 0.562 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3010 OM HOH A 602 24.304 8.548 0.536 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3011 O HOH A 603 27.919 18.495 20.095 1.00 0.00 O \n+HETATM 3012 H1 HOH A 603 27.078 18.783 20.451 1.00 0.00 H \n+HETATM 3013 H2 HOH A 603 28.526 19.202 20.314 1.00 0.00 H \n+HETATM 3014 DOH2 HOH A 603 27.922 18.416 20.071 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3015 OM HOH A 603 27.871 18.699 20.213 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3016 O HOH A 604 21.258 5.324 6.222 1.00 0.00 O \n+HETATM 3017 H1 HOH A 604 21.072 4.533 6.727 1.00 0.00 H \n+HETATM 3018 H2 HOH A 604 22.184 5.250 5.991 1.00 0.00 H \n+HETATM 3019 DOH2 HOH A 604 21.199 5.365 6.208 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3020 OM HOH A 604 21.410 5.147 6.278 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3021 O HOH A 605 3.802 17.152 21.508 1.00 0.00 O \n+HETATM 3022 H1 HOH A 605 3.046 17.673 21.237 1.00 0.00 H \n+HETATM 3023 H2 HOH A 605 4.450 17.293 20.818 1.00 0.00 H \n+HETATM 3024 DOH2 HOH A 605 3.826 17.080 21.558 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3025 OM HOH A 605 3.780 17.288 21.311 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3026 O HOH A 606 23.358 26.200 7.708 1.00 0.00 O \n+HETATM 3027 H1 HOH A 606 22.734 26.705 7.186 1.00 0.00 H \n+HETATM 3028 H2 HOH A 606 23.182 25.289 7.476 1.00 0.00 H \n+HETATM 3029 DOH2 HOH A 606 23.450 26.244 7.776 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3030 OM HOH A 606 23.194 26.117 7.554 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3031 O HOH A 607 14.588 3.087 11.778 1.00 0.00 O \n+HETATM 3032 H1 HOH A 607 15.424 2.847 11.379 1.00 0.00 H \n+HETATM 3033 H2 HOH A 607 14.126 2.255 11.886 1.00 0.00 H \n+HETATM 3034 DOH2 HOH A 607 14.569 3.188 11.822 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3035 OM HOH A 607 14.665 2.867 11.718 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3036 O HOH A 608 1.862 6.132 14.138 1.00 0.00 O \n+HETATM 3037 H1 HOH A 608 0.957 6.305 14.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 3038 H2 HOH A 608 2.211 6.991 13.901 1.00 0.00 H \n+HETATM 3039 DOH2 HOH A 608 1.925 6.048 14.115 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3040 OM HOH A 608 1.748 6.344 14.142 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3041 O HOH A 609 1.428 17.896 8.391 1.00 0.00 O \n+HETATM 3042 H1 HOH A 609 1.864 18.082 9.223 1.00 0.00 H \n+HETATM 3043 H2 HOH A 609 1.300 16.948 8.394 1.00 0.00 H \n+HETATM 3044 DOH2 HOH A 609 1.440 17.921 8.337 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3045 OM HOH A 609 1.491 17.740 8.562 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3046 O HOH A 610 10.786 17.971 21.048 1.00 0.00 O \n+HETATM 3047 H1 HOH A 610 11.137 17.875 20.163 1.00 0.00 H \n+HETATM 3048 H2 HOH A 610 10.581 17.078 21.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 3049 DOH2 HOH A 610 10.796 18.082 21.094 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3050 OM HOH A 610 10.816 17.768 20.923 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3051 O HOH A 611 25.439 14.063 11.486 1.00 0.00 O \n+HETATM 3052 H1 HOH A 611 24.880 14.559 12.084 1.00 0.00 H \n+HETATM 3053 H2 HOH A 611 26.227 13.874 11.996 1.00 0.00 H \n+HETATM 3054 DOH2 HOH A 611 25.426 14.044 11.390 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3055 OM HOH A 611 25.486 14.126 11.713 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3056 O HOH A 612 27.724 27.802 14.542 1.00 0.00 O \n+HETATM 3057 H1 HOH A 612 27.013 27.376 15.021 1.00 0.00 H \n+HETATM 3058 H2 HOH A 612 28.491 27.695 15.106 1.00 0.00 H \n+HETATM 3059 DOH2 HOH A 612 27.724 27.833 14.419 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3060 OM HOH A 612 27.735 27.692 14.756 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3061 O HOH A 613 24.504 2.399 6.736 1.00 0.00 O \n+HETATM 3062 H1 HOH A 613 23.966 1.608 6.765 1.00 0.00 H \n+HETATM 3063 H2 HOH A 613 25.405 2.079 6.772 1.00 0.00 H \n+HETATM 3064 DOH2 HOH A 613 24.477 2.496 6.736 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3065 OM HOH A 613 24.578 2.171 6.749 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3066 O HOH A 614 19.564 15.823 16.024 1.00 0.00 O \n+HETATM 3067 H1 HOH A 614 20.331 15.251 16.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 3068 H2 HOH A 614 19.846 16.632 16.452 1.00 0.00 H \n+HETATM 3069 DOH2 HOH A 614 19.492 15.795 15.976 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3070 OM HOH A 614 19.779 15.872 16.120 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3071 O HOH A 615 28.228 13.279 3.532 1.00 0.00 O \n+HETATM 3072 H1 HOH A 615 27.923 13.183 4.435 1.00 0.00 H \n+HETATM 3073 H2 HOH A 615 28.266 14.225 3.391 1.00 0.00 H \n+HETATM 3074 DOH2 HOH A 615 28.261 13.227 3.482 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3075 OM HOH A 615 28.173 13.453 3.688 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3076 O HOH A 616 5.359 14.469 16.735 1.00 0.00 O \n+HETATM 3077 H1 HOH A 616 6.071 14.655 17.347 1.00 0.00 H \n+HETATM 3078 H2 HOH A 616 4.621 14.984 17.062 1.00 0.00 H \n+HETATM 3079 DOH2 HOH A 616 5.376 14.422 16.675 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3080 OM HOH A 616 5.354 14.613 16.927 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3081 O HOH A 617 22.434 14.444 29.605 1.00 0.00 O \n+HETATM 3082 H1 HOH A 617 22.876 15.288 29.514 1.00 0.00 H \n+HETATM 3083 H2 HOH A 617 21.600 14.559 29.150 1.00 0.00 H \n+HETATM 3084 DOH2 HOH A 617 22.459 14.369 29.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3085 OM HOH A 617 22.354 14.640 29.493 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3086 O HOH A 618 24.458 4.417 8.647 1.00 0.00 O \n+HETATM 3087 H1 HOH A 618 24.432 3.728 7.983 1.00 0.00 H \n+HETATM 3088 H2 HOH A 618 25.356 4.746 8.617 1.00 0.00 H \n+HETATM 3089 DOH2 HOH A 618 24.426 4.479 8.659 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3090 OM HOH A 618 24.637 4.343 8.505 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3091 O HOH A 619 27.756 16.390 1.220 1.00 0.00 O \n+HETATM 3092 H1 HOH A 619 26.959 15.860 1.201 1.00 0.00 H \n+HETATM 3093 H2 HOH A 619 28.152 16.258 0.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 3094 DOH2 HOH A 619 27.774 16.457 1.247 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3095 OM HOH A 619 27.674 16.254 1.040 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3096 O HOH A 620 21.413 6.178 14.104 1.00 0.00 O \n+HETATM 3097 H1 HOH A 620 20.670 6.576 13.652 1.00 0.00 H \n+HETATM 3098 H2 HOH A 620 21.977 5.854 13.402 1.00 0.00 H \n+HETATM 3099 DOH2 HOH A 620 21.447 6.184 14.207 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3100 OM HOH A 620 21.376 6.193 13.867 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3101 O HOH A 621 5.002 10.410 0.992 1.00 0.00 O \n+HETATM 3102 H1 HOH A 621 4.539 11.037 1.549 1.00 0.00 H \n+HETATM 3103 H2 HOH A 621 5.864 10.319 1.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 3104 DOH2 HOH A 621 5.007 10.345 0.893 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3105 OM HOH A 621 5.084 10.520 1.190 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3106 O HOH A 622 17.668 16.620 11.791 1.00 0.00 O \n+HETATM 3107 H1 HOH A 622 17.545 15.744 11.425 1.00 0.00 H \n+HETATM 3108 H2 HOH A 622 18.482 16.559 12.291 1.00 0.00 H \n+HETATM 3109 DOH2 HOH A 622 17.630 16.705 11.782 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3110 OM HOH A 622 17.810 16.428 11.819 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3111 O HOH A 623 25.788 12.114 9.436 1.00 0.00 O \n+HETATM 3112 H1 HOH A 623 25.573 12.690 10.170 1.00 0.00 H \n+HETATM 3113 H2 HOH A 623 26.678 11.813 9.620 1.00 0.00 H \n+HETATM 3114 DOH2 HOH A 623 25.740 12.087 9.371 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3115 OM HOH A 623 25.927 12.170 9.625 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3116 O HOH A 624 26.865 5.832 8.447 1.00 0.00 O \n+HETATM 3117 H1 HOH A 624 26.591 6.717 8.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 3118 H2 HOH A 624 27.265 5.479 7.652 1.00 0.00 H \n+HETATM 3119 DOH2 HOH A 624 26.832 5.771 8.527 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3120 OM HOH A 624 26.891 5.941 8.234 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3121 O HOH A 625 23.996 8.861 24.738 1.00 0.00 O \n+HETATM 3122 H1 HOH A 625 23.411 8.156 24.460 1.00 0.00 H \n+HETATM 3123 H2 HOH A 625 24.866 8.574 24.460 1.00 0.00 H \n+HETATM 3124 DOH2 HOH A 625 23.970 8.968 24.750 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3125 OM HOH A 625 24.054 8.657 24.624 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3126 O HOH A 626 16.837 17.127 1.731 1.00 0.00 O \n+HETATM 3127 H1 HOH A 626 16.511 16.302 1.371 1.00 0.00 H \n+HETATM 3128 H2 HOH A 626 17.262 17.560 0.991 1.00 0.00 H \n+HETATM 3129 DOH2 HOH A 626 16.831 17.165 1.830 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3130 OM HOH A 626 16.857 17.046 1.505 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3131 O HOH A 627 21.608 13.040 19.609 1.00 0.00 O \n+HETATM 3132 H1 HOH A 627 22.522 12.954 19.340 1.00 0.00 H \n+HETATM 3133 H2 HOH A 627 21.104 12.784 18.836 1.00 0.00 H \n+HETATM 3134 DOH2 HOH A 627 21.565 13.100 19.669 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3135 OM HOH A 627 21.692 12.970 19.395 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3136 O HOH A 628 23.233 0.470 14.129 1.00 0.00 O \n+HETATM 3137 H1 HOH A 628 23.612 -0.185 13.543 1.00 0.00 H \n+HETATM 3138 H2 HOH A 628 23.925 1.122 14.239 1.00 0.00 H \n+HETATM 3139 DOH2 HOH A 628 23.152 0.464 14.186 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3140 OM HOH A 628 23.453 0.469 14.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3141 O HOH A 629 8.580 18.453 4.676 1.00 0.00 O \n+HETATM 3142 H1 HOH A 629 8.482 17.820 5.387 1.00 0.00 H \n+HETATM 3143 H2 HOH A 629 7.690 18.588 4.350 1.00 0.00 H \n+HETATM 3144 DOH2 HOH A 629 8.681 18.484 4.622 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3145 OM HOH A 629 8.377 18.351 4.755 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3146 O HOH A 630 0.622 12.014 4.456 1.00 0.00 O \n+HETATM 3147 H1 HOH A 630 -0.032 12.535 3.991 1.00 0.00 H \n+HETATM 3148 H2 HOH A 630 0.272 11.123 4.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 3149 DOH2 HOH A 630 0.646 12.036 4.520 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3150 OM HOH A 630 0.416 11.938 4.358 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3151 O HOH A 631 16.051 5.354 12.386 1.00 0.00 O \n+HETATM 3152 H1 HOH A 631 16.944 5.045 12.538 1.00 0.00 H \n+HETATM 3153 H2 HOH A 631 15.519 4.559 12.381 1.00 0.00 H \n+HETATM 3154 DOH2 HOH A 631 16.018 5.426 12.340 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3155 OM HOH A 631 16.125 5.128 12.416 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3156 O HOH A 632 25.477 2.240 14.283 1.00 0.00 O \n+HETATM 3157 H1 HOH A 632 26.411 2.055 14.182 1.00 0.00 H \n+HETATM 3158 H2 HOH A 632 25.225 2.659 13.461 1.00 0.00 H \n+HETATM 3159 DOH2 HOH A 632 25.419 2.209 14.352 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3160 OM HOH A 632 25.617 2.288 14.094 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3161 O HOH A 633 25.651 9.355 12.307 1.00 0.00 O \n+HETATM 3162 H1 HOH A 633 25.594 9.260 13.258 1.00 0.00 H \n+HETATM 3163 H2 HOH A 633 24.926 8.830 11.969 1.00 0.00 H \n+HETATM 3164 DOH2 HOH A 633 25.735 9.357 12.264 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3165 OM HOH A 633 25.491 9.228 12.433 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3166 O HOH A 634 22.794 9.393 3.793 1.00 0.00 O \n+HETATM 3167 H1 HOH A 634 23.241 10.084 3.304 1.00 0.00 H \n+HETATM 3168 H2 HOH A 634 22.951 8.598 3.282 1.00 0.00 H \n+HETATM 3169 DOH2 HOH A 634 22.728 9.405 3.843 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3170 OM HOH A 634 22.918 9.372 3.588 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3171 O HOH A 635 18.160 1.988 3.850 1.00 0.00 O \n+HETATM 3172 H1 HOH A 635 17.678 1.426 4.457 1.00 0.00 H \n+HETATM 3173 H2 HOH A 635 19.033 2.064 4.234 1.00 0.00 H \n+HETATM 3174 DOH2 HOH A 635 18.139 2.025 3.780 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3175 OM HOH A 635 18.240 1.888 4.053 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3176 O HOH A 636 28.333 9.595 24.964 1.00 0.00 O \n+HETATM 3177 H1 HOH A 636 28.858 9.022 25.524 1.00 0.00 H \n+HETATM 3178 H2 HOH A 636 28.484 10.474 25.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 3179 DOH2 HOH A 636 28.289 9.553 24.880 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3180 OM HOH A 636 28.472 9.658 25.150 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3181 O HOH A 637 29.511 21.028 11.331 1.00 0.00 O \n+HETATM 3182 H1 HOH A 637 28.633 20.725 11.562 1.00 0.00 H \n+HETATM 3183 H2 HOH A 637 29.486 21.135 10.380 1.00 0.00 H \n+HETATM 3184 DOH2 HOH A 637 29.583 21.027 11.397 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3185 OM HOH A 637 29.326 20.988 11.183 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3186 O HOH A 638 19.489 8.560 10.322 1.00 0.00 O \n+HETATM 3187 H1 HOH A 638 19.201 9.448 10.112 1.00 0.00 H \n+HETATM 3188 H2 HOH A 638 20.274 8.430 9.791 1.00 0.00 H \n+HETATM 3189 DOH2 HOH A 638 19.443 8.478 10.379 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3190 OM HOH A 638 19.591 8.715 10.170 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3191 O HOH A 639 22.748 11.049 25.839 1.00 0.00 O \n+HETATM 3192 H1 HOH A 639 23.155 10.265 25.469 1.00 0.00 H \n+HETATM 3193 H2 HOH A 639 23.479 11.646 25.999 1.00 0.00 H \n+HETATM 3194 DOH2 HOH A 639 22.671 11.092 25.860 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3195 OM HOH A 639 22.982 11.011 25.796 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3196 O HOH A 640 22.242 17.789 13.719 1.00 0.00 O \n+HETATM 3197 H1 HOH A 640 21.807 18.487 14.209 1.00 0.00 H \n+HETATM 3198 H2 HOH A 640 22.828 18.248 13.117 1.00 0.00 H \n+HETATM 3199 DOH2 HOH A 640 22.215 17.694 13.707 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3200 OM HOH A 640 22.273 18.027 13.696 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3201 O HOH A 641 18.567 18.926 24.916 1.00 0.00 O \n+HETATM 3202 H1 HOH A 641 18.946 18.261 25.491 1.00 0.00 H \n+HETATM 3203 H2 HOH A 641 19.298 19.507 24.707 1.00 0.00 H \n+HETATM 3204 DOH2 HOH A 641 18.466 18.912 24.864 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3205 OM HOH A 641 18.795 18.909 24.991 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3206 O HOH A 642 0.645 12.380 7.177 1.00 0.00 O \n+HETATM 3207 H1 HOH A 642 0.662 12.362 6.220 1.00 0.00 H \n+HETATM 3208 H2 HOH A 642 0.771 11.467 7.436 1.00 0.00 H \n+HETATM 3209 DOH2 HOH A 642 0.634 12.456 7.233 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3210 OM HOH A 642 0.674 12.189 7.034 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3211 O HOH A 643 18.334 6.345 9.081 1.00 0.00 O \n+HETATM 3212 H1 HOH A 643 18.523 6.548 8.165 1.00 0.00 H \n+HETATM 3213 H2 HOH A 643 18.672 7.097 9.567 1.00 0.00 H \n+HETATM 3214 DOH2 HOH A 643 18.260 6.249 9.105 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3215 OM HOH A 643 18.442 6.541 8.993 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3216 O HOH A 644 17.242 2.387 11.144 1.00 0.00 O \n+HETATM 3217 H1 HOH A 644 17.410 2.418 12.085 1.00 0.00 H \n+HETATM 3218 H2 HOH A 644 17.129 1.456 10.951 1.00 0.00 H \n+HETATM 3219 DOH2 HOH A 644 17.216 2.439 11.099 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3220 OM HOH A 644 17.253 2.202 11.297 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3221 O HOH A 645 22.064 6.877 2.463 1.00 0.00 O \n+HETATM 3222 H1 HOH A 645 21.214 7.309 2.544 1.00 0.00 H \n+HETATM 3223 H2 HOH A 645 22.050 6.482 1.592 1.00 0.00 H \n+HETATM 3224 DOH2 HOH A 645 22.087 6.861 2.508 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3225 OM HOH A 645 21.887 6.885 2.301 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3226 O HOH A 646 19.519 28.876 0.726 1.00 0.00 O \n+HETATM 3227 H1 HOH A 646 20.360 28.419 0.695 1.00 0.00 H \n+HETATM 3228 H2 HOH A 646 19.059 28.481 1.466 1.00 0.00 H \n+HETATM 3229 DOH2 HOH A 646 19.481 28.941 0.672 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3230 OM HOH A 646 19.597 28.701 0.871 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3231 O HOH A 647 23.066 4.031 26.420 1.00 0.00 O \n+HETATM 3232 H1 HOH A 647 23.875 3.739 25.999 1.00 0.00 H \n+HETATM 3233 H2 HOH A 647 22.478 4.236 25.693 1.00 0.00 H \n+HETATM 3234 DOH2 HOH A 647 23.051 4.016 26.526 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3235 OM HOH A 647 23.112 4.013 26.184 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3236 O HOH A 648 29.258 20.838 16.117 1.00 0.00 O \n+HETATM 3237 H1 HOH A 648 28.936 21.529 15.538 1.00 0.00 H \n+HETATM 3238 H2 HOH A 648 29.955 21.254 16.624 1.00 0.00 H \n+HETATM 3239 DOH2 HOH A 648 29.227 20.756 16.122 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3240 OM HOH A 648 29.335 21.065 16.102 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3241 O HOH A 649 30.530 3.824 9.054 1.00 0.00 O \n+HETATM 3242 H1 HOH A 649 29.699 3.371 9.200 1.00 0.00 H \n+HETATM 3243 H2 HOH A 649 30.283 4.649 8.637 1.00 0.00 H \n+HETATM 3244 DOH2 HOH A 649 30.604 3.780 9.021 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3245 OM HOH A 649 30.309 3.900 8.999 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3246 O HOH A 650 8.291 0.757 6.983 1.00 0.00 O \n+HETATM 3247 H1 HOH A 650 8.957 1.021 7.618 1.00 0.00 H \n+HETATM 3248 H2 HOH A 650 7.788 1.554 6.817 1.00 0.00 H \n+HETATM 3249 DOH2 HOH A 650 8.246 0.653 6.931 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3250 OM HOH A 650 8.324 0.975 7.079 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3251 O HOH A 651 26.690 6.037 2.168 1.00 0.00 O \n+HETATM 3252 H1 HOH A 651 27.625 6.144 2.342 1.00 0.00 H \n+HETATM 3253 H2 HOH A 651 26.646 5.760 1.253 1.00 0.00 H \n+HETATM 3254 DOH2 HOH A 651 26.641 6.052 2.239 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3255 OM HOH A 651 26.873 6.002 2.016 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3256 O HOH A 652 25.828 20.303 1.725 1.00 0.00 O \n+HETATM 3257 H1 HOH A 652 25.758 20.891 0.974 1.00 0.00 H \n+HETATM 3258 H2 HOH A 652 26.705 19.927 1.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 3259 DOH2 HOH A 652 25.746 20.252 1.802 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3260 OM HOH A 652 25.993 20.346 1.557 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3261 O HOH A 653 28.516 5.042 18.955 1.00 0.00 O \n+HETATM 3262 H1 HOH A 653 29.140 5.408 18.327 1.00 0.00 H \n+HETATM 3263 H2 HOH A 653 27.855 4.612 18.413 1.00 0.00 H \n+HETATM 3264 DOH2 HOH A 653 28.532 5.018 19.060 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3265 OM HOH A 653 28.509 5.029 18.715 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3266 O HOH A 654 13.059 1.469 29.237 1.00 0.00 O \n+HETATM 3267 H1 HOH A 654 12.167 1.758 29.040 1.00 0.00 H \n+HETATM 3268 H2 HOH A 654 13.049 1.282 30.175 1.00 0.00 H \n+HETATM 3269 DOH2 HOH A 654 13.138 1.469 29.174 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3270 OM HOH A 654 12.874 1.490 29.389 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3271 O HOH A 655 20.479 4.214 17.968 1.00 0.00 O \n+HETATM 3272 H1 HOH A 655 20.211 3.715 17.196 1.00 0.00 H \n+HETATM 3273 H2 HOH A 655 21.119 4.844 17.636 1.00 0.00 H \n+HETATM 3274 DOH2 HOH A 655 20.461 4.205 18.031 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3275 OM HOH A 655 20.555 4.241 17.741 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3276 O HOH A 656 19.619 13.392 29.060 1.00 0.00 O \n+HETATM 3277 H1 HOH A 656 19.630 13.020 29.942 1.00 0.00 H \n+HETATM 3278 H2 HOH A 656 19.995 12.708 28.506 1.00 0.00 H \n+HETATM 3279 DOH2 HOH A 656 19.570 13.509 29.035 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3280 OM HOH A 656 19.698 13.176 29.127 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3281 O HOH A 657 28.315 8.899 2.023 1.00 0.00 O \n+HETATM 3282 H1 HOH A 657 27.519 8.779 1.505 1.00 0.00 H \n+HETATM 3283 H2 HOH A 657 28.635 8.010 2.179 1.00 0.00 H \n+HETATM 3284 DOH2 HOH A 657 28.343 8.982 2.063 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3285 OM HOH A 657 28.217 8.692 1.949 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3286 O HOH A 658 23.965 16.708 29.529 1.00 0.00 O \n+HETATM 3287 H1 HOH A 658 24.004 17.276 30.299 1.00 0.00 H \n+HETATM 3288 H2 HOH A 658 24.750 16.929 29.027 1.00 0.00 H \n+HETATM 3289 DOH2 HOH A 658 23.938 16.606 29.545 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3290 OM HOH A 658 24.134 16.870 29.584 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3291 O HOH A 659 2.484 15.978 27.731 1.00 0.00 O \n+HETATM 3292 H1 HOH A 659 2.499 15.868 26.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 3293 H2 HOH A 659 3.403 15.929 27.994 1.00 0.00 H \n+HETATM 3294 DOH2 HOH A 659 2.404 15.988 27.804 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3295 OM HOH A 659 2.676 15.945 27.590 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3296 O HOH A 660 21.465 13.137 24.376 1.00 0.00 O \n+HETATM 3297 H1 HOH A 660 21.778 12.295 24.706 1.00 0.00 H \n+HETATM 3298 H2 HOH A 660 20.978 12.918 23.583 1.00 0.00 H \n+HETATM 3299 DOH2 HOH A 660 21.482 13.217 24.426 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3300 OM HOH A 660 21.430 12.920 24.281 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3301 O HOH A 661 24.289 16.401 26.335 1.00 0.00 O \n+HETATM 3302 H1 HOH A 661 23.891 17.258 26.180 1.00 0.00 H \n+HETATM 3303 H2 HOH A 661 24.977 16.569 26.978 1.00 0.00 H \n+HETATM 3304 DOH2 HOH A 661 24.270 16.309 26.290 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3305 OM HOH A 661 24.348 16.611 26.435 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3306 O HOH A 662 28.850 10.129 22.247 1.00 0.00 O \n+HETATM 3307 H1 HOH A 662 28.120 10.720 22.064 1.00 0.00 H \n+HETATM 3308 H2 HOH A 662 28.735 9.882 23.165 1.00 0.00 H \n+HETATM 3309 DOH2 HOH A 662 28.894 10.088 22.186 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3310 OM HOH A 662 28.677 10.199 22.398 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3311 O HOH A 663 26.978 11.788 19.244 1.00 0.00 O \n+HETATM 3312 H1 HOH A 663 27.241 10.888 19.050 1.00 0.00 H \n+HETATM 3313 H2 HOH A 663 26.893 11.814 20.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 3314 DOH2 HOH A 663 26.981 11.862 19.176 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3315 OM HOH A 663 27.015 11.609 19.400 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3316 O HOH A 664 27.822 13.362 24.114 1.00 0.00 O \n+HETATM 3317 H1 HOH A 664 28.242 12.818 24.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 3318 H2 HOH A 664 27.027 13.689 24.537 1.00 0.00 H \n+HETATM 3319 DOH2 HOH A 664 27.843 13.371 24.023 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3320 OM HOH A 664 27.745 13.318 24.338 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3321 O HOH A 665 1.462 13.093 26.464 1.00 0.00 O \n+HETATM 3322 H1 HOH A 665 1.561 13.234 27.406 1.00 0.00 H \n+HETATM 3323 H2 HOH A 665 2.354 12.954 26.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 3324 DOH2 HOH A 665 1.396 13.075 26.453 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3325 OM HOH A 665 1.665 13.094 26.592 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3326 O HOH A 666 24.763 1.800 28.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 3327 H1 HOH A 666 25.419 1.680 28.057 1.00 0.00 H \n+HETATM 3328 H2 HOH A 666 24.650 2.748 28.805 1.00 0.00 H \n+HETATM 3329 DOH2 HOH A 666 24.676 1.723 28.771 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3330 OM HOH A 666 24.875 1.970 28.616 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3331 O HOH A 667 21.920 13.641 2.207 1.00 0.00 O \n+HETATM 3332 H1 HOH A 667 22.087 14.011 1.340 1.00 0.00 H \n+HETATM 3333 H2 HOH A 667 21.076 13.198 2.120 1.00 0.00 H \n+HETATM 3334 DOH2 HOH A 667 22.005 13.618 2.286 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3335 OM HOH A 667 21.781 13.626 2.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3336 O HOH A 668 0.708 3.978 26.580 1.00 0.00 O \n+HETATM 3337 H1 HOH A 668 0.893 3.411 25.831 1.00 0.00 H \n+HETATM 3338 H2 HOH A 668 0.574 4.845 26.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 3339 DOH2 HOH A 668 0.731 3.956 26.696 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3340 OM HOH A 668 0.719 4.040 26.347 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3341 O HOH A 669 28.945 25.896 -0.134 1.00 0.00 O \n+HETATM 3342 H1 HOH A 669 28.476 26.670 -0.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 3343 H2 HOH A 669 29.870 26.122 -0.227 1.00 0.00 H \n+HETATM 3344 DOH2 HOH A 669 28.910 25.800 -0.119 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3345 OM HOH A 669 29.038 26.101 -0.217 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3346 O HOH A 670 2.393 10.261 22.837 1.00 0.00 O \n+HETATM 3347 H1 HOH A 670 1.963 10.994 22.396 1.00 0.00 H \n+HETATM 3348 H2 HOH A 670 3.296 10.287 22.521 1.00 0.00 H \n+HETATM 3349 DOH2 HOH A 670 2.372 10.192 22.912 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3350 OM HOH A 670 2.490 10.417 22.682 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3351 O HOH A 671 21.319 4.314 24.345 1.00 0.00 O \n+HETATM 3352 H1 HOH A 671 20.461 4.531 24.711 1.00 0.00 H \n+HETATM 3353 H2 HOH A 671 21.266 3.379 24.146 1.00 0.00 H \n+HETATM 3354 DOH2 HOH A 671 21.404 4.369 24.368 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3355 OM HOH A 671 21.132 4.167 24.379 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3356 O HOH A 672 26.740 5.536 24.892 1.00 0.00 O \n+HETATM 3357 H1 HOH A 672 26.161 4.786 25.029 1.00 0.00 H \n+HETATM 3358 H2 HOH A 672 27.516 5.166 24.471 1.00 0.00 H \n+HETATM 3359 DOH2 HOH A 672 26.748 5.626 24.914 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3360 OM HOH A 672 26.780 5.307 24.834 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3361 O HOH A 673 28.949 28.403 2.619 1.00 0.00 O \n+HETATM 3362 H1 HOH A 673 29.229 27.665 3.159 1.00 0.00 H \n+HETATM 3363 H2 HOH A 673 29.648 28.508 1.974 1.00 0.00 H \n+HETATM 3364 DOH2 HOH A 673 28.889 28.472 2.615 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3365 OM HOH A 673 29.150 28.273 2.598 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3366 O HOH A 674 2.600 7.486 23.540 1.00 0.00 O \n+HETATM 3367 H1 HOH A 674 2.445 8.397 23.288 1.00 0.00 H \n+HETATM 3368 H2 HOH A 674 2.898 7.062 22.735 1.00 0.00 H \n+HETATM 3369 DOH2 HOH A 674 2.591 7.444 23.620 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3370 OM HOH A 674 2.629 7.586 23.323 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3371 O HOH A 675 22.118 24.653 1.492 1.00 0.00 O \n+HETATM 3372 H1 HOH A 675 21.524 24.305 2.157 1.00 0.00 H \n+HETATM 3373 H2 HOH A 675 22.127 23.985 0.806 1.00 0.00 H \n+HETATM 3374 DOH2 HOH A 675 22.169 24.734 1.493 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3375 OM HOH A 675 21.998 24.445 1.488 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3376 O HOH A 676 25.947 8.402 20.941 1.00 0.00 O \n+HETATM 3377 H1 HOH A 676 26.127 8.341 21.879 1.00 0.00 H \n+HETATM 3378 H2 HOH A 676 25.736 7.506 20.679 1.00 0.00 H \n+HETATM 3379 DOH2 HOH A 676 25.931 8.456 20.875 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3380 OM HOH A 676 25.940 8.205 21.080 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3381 O HOH A 677 3.677 18.211 24.705 1.00 0.00 O \n+HETATM 3382 H1 HOH A 677 3.069 17.472 24.676 1.00 0.00 H \n+HETATM 3383 H2 HOH A 677 4.464 17.858 25.121 1.00 0.00 H \n+HETATM 3384 DOH2 HOH A 677 3.664 18.316 24.671 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3385 OM HOH A 677 3.714 17.987 24.785 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3386 O HOH A 678 5.168 15.743 28.683 1.00 0.00 O \n+HETATM 3387 H1 HOH A 678 5.371 15.229 27.901 1.00 0.00 H \n+HETATM 3388 H2 HOH A 678 5.960 15.689 29.217 1.00 0.00 H \n+HETATM 3389 DOH2 HOH A 678 5.095 15.788 28.709 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3390 OM HOH A 678 5.372 15.627 28.632 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3391 O HOH A 679 19.011 18.718 5.358 1.00 0.00 O \n+HETATM 3392 H1 HOH A 679 18.910 17.995 4.739 1.00 0.00 H \n+HETATM 3393 H2 HOH A 679 18.645 19.476 4.902 1.00 0.00 H \n+HETATM 3394 DOH2 HOH A 679 19.010 18.690 5.467 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3395 OM HOH A 679 18.915 18.725 5.138 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3396 O HOH A 680 27.601 10.218 6.418 1.00 0.00 O \n+HETATM 3397 H1 HOH A 680 27.496 11.168 6.364 1.00 0.00 H \n+HETATM 3398 H2 HOH A 680 28.215 10.004 5.716 1.00 0.00 H \n+HETATM 3399 DOH2 HOH A 680 27.557 10.143 6.465 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3400 OM HOH A 680 27.705 10.369 6.263 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3401 O HOH A 681 22.519 6.747 23.717 1.00 0.00 O \n+HETATM 3402 H1 HOH A 681 22.684 6.725 22.774 1.00 0.00 H \n+HETATM 3403 H2 HOH A 681 22.136 5.892 23.913 1.00 0.00 H \n+HETATM 3404 DOH2 HOH A 681 22.514 6.838 23.753 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3405 OM HOH A 681 22.474 6.567 23.564 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3406 O HOH A 682 22.946 26.754 16.232 1.00 0.00 O \n+HETATM 3407 H1 HOH A 682 22.042 27.041 16.361 1.00 0.00 H \n+HETATM 3408 H2 HOH A 682 22.868 25.899 15.809 1.00 0.00 H \n+HETATM 3409 DOH2 HOH A 682 23.032 26.812 16.244 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3410 OM HOH A 682 22.744 26.638 16.171 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3411 O HOH A 683 25.683 15.018 22.744 1.00 0.00 O \n+HETATM 3412 H1 HOH A 683 26.605 14.795 22.614 1.00 0.00 H \n+HETATM 3413 H2 HOH A 683 25.458 14.625 23.588 1.00 0.00 H \n+HETATM 3414 DOH2 HOH A 683 25.651 15.096 22.691 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3415 OM HOH A 683 25.826 14.892 22.891 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3416 O HOH A 684 0.755 4.905 4.450 1.00 0.00 O \n+HETATM 3417 H1 HOH A 684 0.861 4.380 3.656 1.00 0.00 H \n+HETATM 3418 H2 HOH A 684 0.637 4.261 5.149 1.00 0.00 H \n+HETATM 3419 DOH2 HOH A 684 0.734 5.017 4.446 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3420 OM HOH A 684 0.752 4.665 4.430 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3421 O HOH A 685 26.681 29.068 1.232 1.00 0.00 O \n+HETATM 3422 H1 HOH A 685 27.427 28.818 1.779 1.00 0.00 H \n+HETATM 3423 H2 HOH A 685 26.105 29.556 1.821 1.00 0.00 H \n+HETATM 3424 DOH2 HOH A 685 26.650 29.017 1.134 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3425 OM HOH A 685 26.716 29.117 1.465 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3426 O HOH A 686 23.817 22.854 17.201 1.00 0.00 O \n+HETATM 3427 H1 HOH A 686 24.009 22.270 17.935 1.00 0.00 H \n+HETATM 3428 H2 HOH A 686 24.675 23.069 16.836 1.00 0.00 H \n+HETATM 3429 DOH2 HOH A 686 23.728 22.870 17.155 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3430 OM HOH A 686 24.033 22.778 17.277 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3431 O HOH A 687 27.768 28.169 28.815 1.00 0.00 O \n+HETATM 3432 H1 HOH A 687 27.324 28.527 29.584 1.00 0.00 H \n+HETATM 3433 H2 HOH A 687 28.175 28.928 28.398 1.00 0.00 H \n+HETATM 3434 DOH2 HOH A 687 27.799 28.071 28.796 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3435 OM HOH A 687 27.761 28.398 28.887 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3436 O HOH A 688 6.538 21.384 25.717 1.00 0.00 O \n+HETATM 3437 H1 HOH A 688 7.031 22.141 25.400 1.00 0.00 H \n+HETATM 3438 H2 HOH A 688 7.102 20.634 25.526 1.00 0.00 H \n+HETATM 3439 DOH2 HOH A 688 6.462 21.378 25.775 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3440 OM HOH A 688 6.755 21.385 25.613 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3441 O HOH A 689 24.234 18.155 1.819 1.00 0.00 O \n+HETATM 3442 H1 HOH A 689 24.834 18.900 1.835 1.00 0.00 H \n+HETATM 3443 H2 HOH A 689 24.578 17.555 2.481 1.00 0.00 H \n+HETATM 3444 DOH2 HOH A 689 24.152 18.131 1.752 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3445 OM HOH A 689 24.427 18.185 1.958 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3446 O HOH A 690 25.552 15.338 19.944 1.00 0.00 O \n+HETATM 3447 H1 HOH A 690 25.381 15.310 20.885 1.00 0.00 H \n+HETATM 3448 H2 HOH A 690 24.969 16.022 19.614 1.00 0.00 H \n+HETATM 3449 DOH2 HOH A 690 25.602 15.292 19.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3450 OM HOH A 690 25.398 15.472 20.069 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3451 O HOH A 691 28.262 3.350 0.620 1.00 0.00 O \n+HETATM 3452 H1 HOH A 691 27.631 2.931 1.206 1.00 0.00 H \n+HETATM 3453 H2 HOH A 691 27.775 4.070 0.219 1.00 0.00 H \n+HETATM 3454 DOH2 HOH A 691 28.368 3.323 0.602 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3455 OM HOH A 691 28.032 3.412 0.658 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3456 O HOH A 692 17.716 5.861 22.437 1.00 0.00 O \n+HETATM 3457 H1 HOH A 692 17.960 4.944 22.568 1.00 0.00 H \n+HETATM 3458 H2 HOH A 692 18.473 6.251 22.002 1.00 0.00 H \n+HETATM 3459 DOH2 HOH A 692 17.632 5.901 22.487 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3460 OM HOH A 692 17.921 5.753 22.375 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3461 O HOH A 693 18.381 3.133 27.523 1.00 0.00 O \n+HETATM 3462 H1 HOH A 693 19.301 2.902 27.650 1.00 0.00 H \n+HETATM 3463 H2 HOH A 693 18.160 3.666 28.286 1.00 0.00 H \n+HETATM 3464 DOH2 HOH A 693 18.339 3.117 27.432 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3465 OM HOH A 693 18.524 3.195 27.706 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3466 O HOH A 694 28.998 11.976 26.142 1.00 0.00 O \n+HETATM 3467 H1 HOH A 694 28.702 12.144 27.036 1.00 0.00 H \n+HETATM 3468 H2 HOH A 694 29.910 12.265 26.133 1.00 0.00 H \n+HETATM 3469 DOH2 HOH A 694 28.931 11.947 26.049 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3470 OM HOH A 694 29.124 12.070 26.323 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3471 O HOH A 695 20.229 6.282 21.271 1.00 0.00 O \n+HETATM 3472 H1 HOH A 695 20.266 5.332 21.155 1.00 0.00 H \n+HETATM 3473 H2 HOH A 695 21.123 6.579 21.105 1.00 0.00 H \n+HETATM 3474 DOH2 HOH A 695 20.162 6.307 21.308 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3475 OM HOH A 695 20.420 6.148 21.213 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3476 O HOH A 696 28.624 2.407 16.568 1.00 0.00 O \n+HETATM 3477 H1 HOH A 696 28.930 1.795 17.237 1.00 0.00 H \n+HETATM 3478 H2 HOH A 696 27.919 2.895 16.993 1.00 0.00 H \n+HETATM 3479 DOH2 HOH A 696 28.622 2.404 16.466 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3480 OM HOH A 696 28.542 2.382 16.792 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3481 O HOH A 697 26.035 12.877 27.741 1.00 0.00 O \n+HETATM 3482 H1 HOH A 697 25.470 12.758 28.504 1.00 0.00 H \n+HETATM 3483 H2 HOH A 697 26.923 12.878 28.097 1.00 0.00 H \n+HETATM 3484 DOH2 HOH A 697 26.013 12.900 27.661 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3485 OM HOH A 697 26.101 12.853 27.971 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3486 O HOH A 698 16.486 8.161 23.323 1.00 0.00 O \n+HETATM 3487 H1 HOH A 698 16.855 7.294 23.150 1.00 0.00 H \n+HETATM 3488 H2 HOH A 698 15.913 8.031 24.078 1.00 0.00 H \n+HETATM 3489 DOH2 HOH A 698 16.533 8.235 23.283 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3490 OM HOH A 698 16.444 7.956 23.442 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3491 O HOH A 699 21.697 15.400 25.786 1.00 0.00 O \n+HETATM 3492 H1 HOH A 699 22.619 15.482 26.030 1.00 0.00 H \n+HETATM 3493 H2 HOH A 699 21.652 14.583 25.290 1.00 0.00 H \n+HETATM 3494 DOH2 HOH A 699 21.641 15.504 25.777 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3495 OM HOH A 699 21.877 15.249 25.734 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3496 O HOH A 700 30.081 2.380 28.784 1.00 0.00 O \n+HETATM 3497 H1 HOH A 700 29.458 2.771 29.397 1.00 0.00 H \n+HETATM 3498 H2 HOH A 700 30.156 3.021 28.077 1.00 0.00 H \n+HETATM 3499 DOH2 HOH A 700 30.116 2.278 28.769 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3500 OM HOH A 700 29.969 2.591 28.764 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3501 O HOH A 701 23.882 4.615 5.226 1.00 0.00 O \n+HETATM 3502 H1 HOH A 701 23.308 4.321 4.518 1.00 0.00 H \n+HETATM 3503 H2 HOH A 701 24.076 3.821 5.724 1.00 0.00 H \n+HETATM 3504 DOH2 HOH A 701 23.904 4.689 5.233 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3505 OM HOH A 701 23.804 4.392 5.183 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3506 O HOH A 702 29.075 4.504 23.745 1.00 0.00 O \n+HETATM 3507 H1 HOH A 702 29.532 5.224 24.178 1.00 0.00 H \n+HETATM 3508 H2 HOH A 702 29.677 3.762 23.814 1.00 0.00 H \n+HETATM 3509 DOH2 HOH A 702 28.985 4.518 23.706 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3510 OM HOH A 702 29.292 4.499 23.848 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3511 O HOH A 703 2.603 4.362 28.511 1.00 0.00 O \n+HETATM 3512 H1 HOH A 703 2.642 5.318 28.550 1.00 0.00 H \n+HETATM 3513 H2 HOH A 703 1.915 4.177 27.871 1.00 0.00 H \n+HETATM 3514 DOH2 HOH A 703 2.684 4.314 28.528 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3515 OM HOH A 703 2.470 4.520 28.388 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3516 O HOH A 704 9.828 12.058 16.520 1.00 0.00 O \n+HETATM 3517 H1 HOH A 704 10.115 11.520 17.258 1.00 0.00 H \n+HETATM 3518 H2 HOH A 704 10.067 11.549 15.745 1.00 0.00 H \n+HETATM 3519 DOH2 HOH A 704 9.813 12.141 16.553 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3520 OM HOH A 704 9.936 11.843 16.513 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3521 O HOH A 705 2.433 15.702 24.873 1.00 0.00 O \n+HETATM 3522 H1 HOH A 705 1.702 15.247 24.455 1.00 0.00 H \n+HETATM 3523 H2 HOH A 705 3.213 15.348 24.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 3524 DOH2 HOH A 705 2.456 15.769 24.929 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3525 OM HOH A 705 2.443 15.536 24.699 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3526 O HOH A 706 19.529 16.109 29.088 1.00 0.00 O \n+HETATM 3527 H1 HOH A 706 19.474 15.153 29.063 1.00 0.00 H \n+HETATM 3528 H2 HOH A 706 19.869 16.306 29.961 1.00 0.00 H \n+HETATM 3529 DOH2 HOH A 706 19.494 16.191 28.995 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3530 OM HOH A 706 19.588 15.953 29.262 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3531 O HOH A 707 20.456 8.533 23.241 1.00 0.00 O \n+HETATM 3532 H1 HOH A 707 21.137 7.939 23.557 1.00 0.00 H \n+HETATM 3533 H2 HOH A 707 20.113 8.108 22.455 1.00 0.00 H \n+HETATM 3534 DOH2 HOH A 707 20.446 8.617 23.247 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3535 OM HOH A 707 20.526 8.324 23.144 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3536 O HOH A 708 23.032 13.017 13.958 1.00 0.00 O \n+HETATM 3537 H1 HOH A 708 22.546 12.701 13.196 1.00 0.00 H \n+HETATM 3538 H2 HOH A 708 23.366 13.874 13.691 1.00 0.00 H \n+HETATM 3539 DOH2 HOH A 708 23.050 13.001 14.067 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3540 OM HOH A 708 23.001 13.128 13.747 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3541 O HOH A 709 20.943 19.516 27.448 1.00 0.00 O \n+HETATM 3542 H1 HOH A 709 20.573 19.752 28.299 1.00 0.00 H \n+HETATM 3543 H2 HOH A 709 20.445 18.745 27.176 1.00 0.00 H \n+HETATM 3544 DOH2 HOH A 709 21.010 19.519 27.407 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3545 OM HOH A 709 20.765 19.406 27.567 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3546 O HOH A 710 19.984 20.328 29.956 1.00 0.00 O \n+HETATM 3547 H1 HOH A 710 20.509 19.804 30.562 1.00 0.00 H \n+HETATM 3548 H2 HOH A 710 20.510 21.112 29.800 1.00 0.00 H \n+HETATM 3549 DOH2 HOH A 710 19.931 20.301 29.909 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3550 OM HOH A 710 20.200 20.382 30.048 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3551 O HOH A 711 22.917 6.902 20.936 1.00 0.00 O \n+HETATM 3552 H1 HOH A 711 23.021 7.791 20.595 1.00 0.00 H \n+HETATM 3553 H2 HOH A 711 23.704 6.441 20.648 1.00 0.00 H \n+HETATM 3554 DOH2 HOH A 711 22.844 6.879 21.000 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3555 OM HOH A 711 23.100 6.990 20.807 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3556 O HOH A 712 0.532 6.392 25.103 1.00 0.00 O \n+HETATM 3557 H1 HOH A 712 1.229 6.748 24.551 1.00 0.00 H \n+HETATM 3558 H2 HOH A 712 0.354 7.083 25.741 1.00 0.00 H \n+HETATM 3559 DOH2 HOH A 712 0.485 6.297 25.103 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3560 OM HOH A 712 0.639 6.606 25.121 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3561 O HOH A 713 20.922 4.101 10.976 1.00 0.00 O \n+HETATM 3562 H1 HOH A 713 21.667 4.582 11.338 1.00 0.00 H \n+HETATM 3563 H2 HOH A 713 20.890 4.365 10.057 1.00 0.00 H \n+HETATM 3564 DOH2 HOH A 713 20.875 4.038 11.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3565 OM HOH A 713 21.068 4.253 10.862 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3566 O HOH A 714 4.527 11.733 7.928 1.00 0.00 O \n+HETATM 3567 H1 HOH A 714 4.237 11.366 8.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 3568 H2 HOH A 714 5.043 12.502 8.170 1.00 0.00 H \n+HETATM 3569 DOH2 HOH A 714 4.518 11.705 7.832 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3570 OM HOH A 714 4.573 11.815 8.149 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3571 O HOH A 715 5.861 5.423 12.879 1.00 0.00 O \n+HETATM 3572 H1 HOH A 715 6.312 5.344 12.038 1.00 0.00 H \n+HETATM 3573 H2 HOH A 715 5.629 6.350 12.941 1.00 0.00 H \n+HETATM 3574 DOH2 HOH A 715 5.831 5.312 12.965 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3575 OM HOH A 715 5.906 5.597 12.719 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3576 O HOH A 716 25.479 14.132 25.365 1.00 0.00 O \n+HETATM 3577 H1 HOH A 716 25.675 13.657 26.173 1.00 0.00 H \n+HETATM 3578 H2 HOH A 716 25.041 14.931 25.657 1.00 0.00 H \n+HETATM 3579 DOH2 HOH A 716 25.527 14.127 25.260 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3580 OM HOH A 716 25.429 14.198 25.591 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3581 O HOH A 717 27.335 25.634 22.524 1.00 0.00 O \n+HETATM 3582 H1 HOH A 717 28.281 25.611 22.665 1.00 0.00 H \n+HETATM 3583 H2 HOH A 717 27.188 26.427 22.009 1.00 0.00 H \n+HETATM 3584 DOH2 HOH A 717 27.303 25.568 22.559 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3585 OM HOH A 717 27.499 25.792 22.447 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3586 O HOH A 718 -0.281 10.043 14.136 1.00 0.00 O \n+HETATM 3587 H1 HOH A 718 -0.898 9.672 14.767 1.00 0.00 H \n+HETATM 3588 H2 HOH A 718 -0.112 9.332 13.518 1.00 0.00 H \n+HETATM 3589 DOH2 HOH A 718 -0.225 10.108 14.131 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3590 OM HOH A 718 -0.373 9.821 14.138 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3591 O HOH A 719 21.837 14.276 16.108 1.00 0.00 O \n+HETATM 3592 H1 HOH A 719 22.237 13.786 15.388 1.00 0.00 H \n+HETATM 3593 H2 HOH A 719 22.570 14.499 16.682 1.00 0.00 H \n+HETATM 3594 DOH2 HOH A 719 21.739 14.288 16.137 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3595 OM HOH A 719 22.070 14.221 16.078 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3596 O HOH A 720 20.934 24.119 27.197 1.00 0.00 O \n+HETATM 3597 H1 HOH A 720 21.802 24.518 27.131 1.00 0.00 H \n+HETATM 3598 H2 HOH A 720 20.420 24.745 27.707 1.00 0.00 H \n+HETATM 3599 DOH2 HOH A 720 20.898 24.064 27.151 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3600 OM HOH A 720 21.007 24.330 27.288 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3601 O HOH A 721 3.412 16.101 17.848 1.00 0.00 O \n+HETATM 3602 H1 HOH A 721 3.577 16.996 18.144 1.00 0.00 H \n+HETATM 3603 H2 HOH A 721 2.617 16.166 17.320 1.00 0.00 H \n+HETATM 3604 DOH2 HOH A 721 3.460 16.032 17.854 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3605 OM HOH A 721 3.283 16.298 17.800 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3606 O HOH A 722 23.751 2.838 21.422 1.00 0.00 O \n+HETATM 3607 H1 HOH A 722 24.579 3.320 21.406 1.00 0.00 H \n+HETATM 3608 H2 HOH A 722 23.798 2.308 22.218 1.00 0.00 H \n+HETATM 3609 DOH2 HOH A 722 23.722 2.826 21.369 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3610 OM HOH A 722 23.931 2.828 21.582 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3611 O HOH A 723 0.032 8.355 26.950 1.00 0.00 O \n+HETATM 3612 H1 HOH A 723 0.598 8.976 26.491 1.00 0.00 H \n+HETATM 3613 H2 HOH A 723 0.534 8.098 27.723 1.00 0.00 H \n+HETATM 3614 DOH2 HOH A 723 -0.033 8.288 26.899 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3615 OM HOH A 723 0.251 8.430 27.014 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3616 O HOH A 724 13.784 6.723 15.575 1.00 0.00 O \n+HETATM 3617 H1 HOH A 724 14.173 7.128 14.800 1.00 0.00 H \n+HETATM 3618 H2 HOH A 724 13.559 7.460 16.144 1.00 0.00 H \n+HETATM 3619 DOH2 HOH A 724 13.771 6.621 15.586 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3620 OM HOH A 724 13.817 6.957 15.532 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3621 O HOH A 725 28.584 12.663 28.813 1.00 0.00 O \n+HETATM 3622 H1 HOH A 725 29.379 13.191 28.883 1.00 0.00 H \n+HETATM 3623 H2 HOH A 725 28.475 12.276 29.681 1.00 0.00 H \n+HETATM 3624 DOH2 HOH A 725 28.518 12.655 28.721 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3625 OM HOH A 725 28.724 12.692 29.005 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3626 O HOH A 726 3.214 14.598 20.347 1.00 0.00 O \n+HETATM 3627 H1 HOH A 726 3.337 15.390 20.872 1.00 0.00 H \n+HETATM 3628 H2 HOH A 726 3.254 14.903 19.441 1.00 0.00 H \n+HETATM 3629 DOH2 HOH A 726 3.188 14.543 20.376 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3630 OM HOH A 726 3.247 14.823 20.269 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3631 O HOH A 727 19.602 9.278 20.118 1.00 0.00 O \n+HETATM 3632 H1 HOH A 727 19.736 10.216 20.255 1.00 0.00 H \n+HETATM 3633 H2 HOH A 727 18.676 9.137 20.314 1.00 0.00 H \n+HETATM 3634 DOH2 HOH A 727 19.650 9.243 20.067 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3635 OM HOH A 727 19.439 9.441 20.186 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3636 O HOH A 728 16.695 2.370 14.484 1.00 0.00 O \n+HETATM 3637 H1 HOH A 728 16.876 1.906 15.301 1.00 0.00 H \n+HETATM 3638 H2 HOH A 728 16.348 3.218 14.761 1.00 0.00 H \n+HETATM 3639 DOH2 HOH A 728 16.689 2.311 14.405 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3640 OM HOH A 728 16.661 2.449 14.708 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3641 O HOH A 729 5.757 14.311 26.506 1.00 0.00 O \n+HETATM 3642 H1 HOH A 729 5.130 13.653 26.207 1.00 0.00 H \n+HETATM 3643 H2 HOH A 729 6.493 13.804 26.848 1.00 0.00 H \n+HETATM 3644 DOH2 HOH A 729 5.741 14.432 26.540 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3645 OM HOH A 729 5.779 14.072 26.515 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3646 O HOH A 730 6.069 3.608 24.502 1.00 0.00 O \n+HETATM 3647 H1 HOH A 730 6.811 3.026 24.665 1.00 0.00 H \n+HETATM 3648 H2 HOH A 730 5.561 3.582 25.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 3649 DOH2 HOH A 730 6.026 3.644 24.414 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3650 OM HOH A 730 6.117 3.483 24.702 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3651 O HOH A 731 0.428 14.330 23.384 1.00 0.00 O \n+HETATM 3652 H1 HOH A 731 -0.456 14.017 23.575 1.00 0.00 H \n+HETATM 3653 H2 HOH A 731 0.798 13.664 22.804 1.00 0.00 H \n+HETATM 3654 DOH2 HOH A 731 0.459 14.414 23.388 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3655 OM HOH A 731 0.322 14.129 23.304 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3656 O HOH A 732 1.529 12.647 21.455 1.00 0.00 O \n+HETATM 3657 H1 HOH A 732 2.168 13.262 21.095 1.00 0.00 H \n+HETATM 3658 H2 HOH A 732 0.754 12.756 20.904 1.00 0.00 H \n+HETATM 3659 DOH2 HOH A 732 1.525 12.617 21.539 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3660 OM HOH A 732 1.501 12.795 21.269 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3661 O HOH A 733 25.990 8.119 6.951 1.00 0.00 O \n+HETATM 3662 H1 HOH A 733 26.585 8.847 6.776 1.00 0.00 H \n+HETATM 3663 H2 HOH A 733 25.985 7.612 6.139 1.00 0.00 H \n+HETATM 3664 DOH2 HOH A 733 25.928 8.075 7.042 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3665 OM HOH A 733 26.111 8.164 6.749 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3666 O HOH A 734 4.850 7.837 0.141 1.00 0.00 O \n+HETATM 3667 H1 HOH A 734 4.862 8.747 0.436 1.00 0.00 H \n+HETATM 3668 H2 HOH A 734 5.770 7.621 -0.011 1.00 0.00 H \n+HETATM 3669 DOH2 HOH A 734 4.767 7.782 0.143 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3670 OM HOH A 734 5.041 7.979 0.170 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3671 O HOH A 735 3.985 4.547 14.831 1.00 0.00 O \n+HETATM 3672 H1 HOH A 735 4.648 4.824 14.198 1.00 0.00 H \n+HETATM 3673 H2 HOH A 735 3.246 5.135 14.677 1.00 0.00 H \n+HETATM 3674 DOH2 HOH A 735 3.965 4.477 14.855 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3675 OM HOH A 735 3.969 4.724 14.669 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3676 O HOH A 736 14.428 8.767 19.483 1.00 0.00 O \n+HETATM 3677 H1 HOH A 736 14.374 9.657 19.829 1.00 0.00 H \n+HETATM 3678 H2 HOH A 736 14.122 8.841 18.579 1.00 0.00 H \n+HETATM 3679 DOH2 HOH A 736 14.440 8.698 19.522 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3680 OM HOH A 736 14.354 8.965 19.369 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3681 O HOH A 737 2.158 28.728 21.768 1.00 0.00 O \n+HETATM 3682 H1 HOH A 737 1.247 28.456 21.885 1.00 0.00 H \n+HETATM 3683 H2 HOH A 737 2.191 29.078 20.878 1.00 0.00 H \n+HETATM 3684 DOH2 HOH A 737 2.208 28.747 21.848 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3685 OM HOH A 737 1.978 28.744 21.609 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3686 O HOH A 738 21.062 17.059 21.536 1.00 0.00 O \n+HETATM 3687 H1 HOH A 738 21.448 17.208 22.399 1.00 0.00 H \n+HETATM 3688 H2 HOH A 738 20.702 17.909 21.283 1.00 0.00 H \n+HETATM 3689 DOH2 HOH A 738 21.044 16.980 21.451 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3690 OM HOH A 738 21.067 17.264 21.661 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3691 O HOH A 739 26.759 11.938 21.954 1.00 0.00 O \n+HETATM 3692 H1 HOH A 739 25.941 11.610 22.328 1.00 0.00 H \n+HETATM 3693 H2 HOH A 739 27.163 12.439 22.663 1.00 0.00 H \n+HETATM 3694 DOH2 HOH A 739 26.814 11.908 21.864 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3695 OM HOH A 739 26.674 11.973 22.176 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3696 O HOH A 740 1.980 4.004 17.803 1.00 0.00 O \n+HETATM 3697 H1 HOH A 740 1.963 3.492 16.994 1.00 0.00 H \n+HETATM 3698 H2 HOH A 740 1.385 4.735 17.636 1.00 0.00 H \n+HETATM 3699 DOH2 HOH A 740 2.047 3.989 17.871 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3700 OM HOH A 740 1.855 4.049 17.603 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3701 O HOH A 741 3.124 2.755 5.530 1.00 0.00 O \n+HETATM 3702 H1 HOH A 741 3.644 3.274 6.143 1.00 0.00 H \n+HETATM 3703 H2 HOH A 741 2.223 2.846 5.843 1.00 0.00 H \n+HETATM 3704 DOH2 HOH A 741 3.145 2.684 5.483 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3705 OM HOH A 741 3.046 2.880 5.720 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3706 O HOH A 742 21.872 10.575 22.049 1.00 0.00 O \n+HETATM 3707 H1 HOH A 742 21.278 11.324 22.026 1.00 0.00 H \n+HETATM 3708 H2 HOH A 742 21.375 9.888 22.495 1.00 0.00 H \n+HETATM 3709 DOH2 HOH A 742 21.977 10.565 22.011 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3710 OM HOH A 742 21.648 10.588 22.136 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3711 O HOH A 743 29.655 20.578 20.685 1.00 0.00 O \n+HETATM 3712 H1 HOH A 743 30.175 20.938 21.404 1.00 0.00 H \n+HETATM 3713 H2 HOH A 743 29.320 21.346 20.223 1.00 0.00 H \n+HETATM 3714 DOH2 HOH A 743 29.658 20.480 20.675 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3715 OM HOH A 743 29.693 20.809 20.738 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3716 O HOH A 744 18.395 25.743 0.887 1.00 0.00 O \n+HETATM 3717 H1 HOH A 744 18.641 26.319 1.612 1.00 0.00 H \n+HETATM 3718 H2 HOH A 744 18.972 26.001 0.169 1.00 0.00 H \n+HETATM 3719 DOH2 HOH A 744 18.323 25.682 0.880 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3720 OM HOH A 744 18.564 25.914 0.889 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3721 O HOH A 745 23.955 15.524 13.452 1.00 0.00 O \n+HETATM 3722 H1 HOH A 745 23.290 16.208 13.523 1.00 0.00 H \n+HETATM 3723 H2 HOH A 745 24.431 15.564 14.281 1.00 0.00 H \n+HETATM 3724 DOH2 HOH A 745 23.960 15.435 13.405 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3725 OM HOH A 745 23.916 15.672 13.636 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3726 O HOH A 746 23.056 14.404 4.606 1.00 0.00 O \n+HETATM 3727 H1 HOH A 746 22.350 14.464 5.250 1.00 0.00 H \n+HETATM 3728 H2 HOH A 746 22.624 14.115 3.802 1.00 0.00 H \n+HETATM 3729 DOH2 HOH A 746 23.155 14.445 4.623 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3730 OM HOH A 746 22.822 14.357 4.573 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3731 O HOH A 747 19.538 0.141 16.930 1.00 0.00 O \n+HETATM 3732 H1 HOH A 747 19.882 0.442 16.089 1.00 0.00 H \n+HETATM 3733 H2 HOH A 747 18.649 0.495 16.966 1.00 0.00 H \n+HETATM 3734 DOH2 HOH A 747 19.601 0.067 16.986 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3735 OM HOH A 747 19.426 0.275 16.765 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3736 O HOH A 748 24.882 26.215 19.983 1.00 0.00 O \n+HETATM 3737 H1 HOH A 748 25.555 25.700 19.539 1.00 0.00 H \n+HETATM 3738 H2 HOH A 748 24.145 26.226 19.372 1.00 0.00 H \n+HETATM 3739 DOH2 HOH A 748 24.877 26.255 20.060 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3740 OM HOH A 748 24.869 26.112 19.767 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3741 O HOH A 749 22.458 30.474 4.195 1.00 0.00 O \n+HETATM 3742 H1 HOH A 749 21.771 31.138 4.250 1.00 0.00 H \n+HETATM 3743 H2 HOH A 749 22.720 30.324 5.104 1.00 0.00 H \n+HETATM 3744 DOH2 HOH A 749 22.494 30.410 4.131 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3745 OM HOH A 749 22.371 30.579 4.393 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3746 O HOH A 750 20.690 24.429 13.095 1.00 0.00 O \n+HETATM 3747 H1 HOH A 750 21.177 24.789 12.354 1.00 0.00 H \n+HETATM 3748 H2 HOH A 750 21.350 24.300 13.776 1.00 0.00 H \n+HETATM 3749 DOH2 HOH A 750 20.600 24.453 13.096 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3750 OM HOH A 750 20.925 24.476 13.083 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3751 O HOH A 751 16.004 2.636 7.020 1.00 0.00 O \n+HETATM 3752 H1 HOH A 751 16.317 1.987 6.389 1.00 0.00 H \n+HETATM 3753 H2 HOH A 751 16.787 2.897 7.504 1.00 0.00 H \n+HETATM 3754 DOH2 HOH A 751 15.936 2.639 7.051 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3755 OM HOH A 751 16.228 2.556 6.990 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3756 O HOH A 752 18.062 3.625 8.762 1.00 0.00 O \n+HETATM 3757 H1 HOH A 752 18.112 4.568 8.919 1.00 0.00 H \n+HETATM 3758 H2 HOH A 752 17.771 3.257 9.596 1.00 0.00 H \n+HETATM 3759 DOH2 HOH A 752 18.094 3.582 8.684 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3760 OM HOH A 752 18.013 3.743 8.965 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3761 O HOH A 753 20.444 23.424 3.302 1.00 0.00 O \n+HETATM 3762 H1 HOH A 753 19.645 23.066 2.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 3763 H2 HOH A 753 20.209 23.609 4.212 1.00 0.00 H \n+HETATM 3764 DOH2 HOH A 753 20.536 23.422 3.256 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3765 OM HOH A 753 20.232 23.389 3.410 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3766 O HOH A 754 21.182 -0.309 19.076 1.00 0.00 O \n+HETATM 3767 H1 HOH A 754 22.052 -0.296 18.677 1.00 0.00 H \n+HETATM 3768 H2 HOH A 754 20.582 -0.141 18.350 1.00 0.00 H \n+HETATM 3769 DOH2 HOH A 754 21.147 -0.339 19.190 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3770 OM HOH A 754 21.238 -0.272 18.845 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3771 O HOH A 755 26.650 22.101 7.950 1.00 0.00 O \n+HETATM 3772 H1 HOH A 755 26.385 22.595 8.725 1.00 0.00 H \n+HETATM 3773 H2 HOH A 755 26.230 21.247 8.055 1.00 0.00 H \n+HETATM 3774 DOH2 HOH A 755 26.697 22.126 7.905 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3775 OM HOH A 755 26.510 22.027 8.130 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3776 O HOH A 756 20.673 2.459 4.864 1.00 0.00 O \n+HETATM 3777 H1 HOH A 756 20.611 2.711 5.786 1.00 0.00 H \n+HETATM 3778 H2 HOH A 756 21.103 3.202 4.441 1.00 0.00 H \n+HETATM 3779 DOH2 HOH A 756 20.650 2.387 4.819 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3780 OM HOH A 756 20.749 2.664 4.966 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3781 O HOH A 757 21.299 10.372 16.321 1.00 0.00 O \n+HETATM 3782 H1 HOH A 757 21.315 10.363 15.364 1.00 0.00 H \n+HETATM 3783 H2 HOH A 757 22.216 10.270 16.577 1.00 0.00 H \n+HETATM 3784 DOH2 HOH A 757 21.233 10.381 16.388 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3785 OM HOH A 757 21.490 10.349 16.178 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3786 O HOH A 758 16.335 18.252 13.533 1.00 0.00 O \n+HETATM 3787 H1 HOH A 758 16.644 17.647 12.859 1.00 0.00 H \n+HETATM 3788 H2 HOH A 758 17.079 18.832 13.694 1.00 0.00 H \n+HETATM 3789 DOH2 HOH A 758 16.227 18.261 13.591 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3790 OM HOH A 758 16.551 18.247 13.428 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3791 O HOH A 759 28.235 18.585 8.782 1.00 0.00 O \n+HETATM 3792 H1 HOH A 759 28.282 18.445 9.728 1.00 0.00 H \n+HETATM 3793 H2 HOH A 759 28.817 19.327 8.620 1.00 0.00 H \n+HETATM 3794 DOH2 HOH A 759 28.177 18.551 8.751 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3795 OM HOH A 759 28.364 18.708 8.943 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3796 O HOH A 760 1.458 25.545 14.458 1.00 0.00 O \n+HETATM 3797 H1 HOH A 760 1.185 24.641 14.615 1.00 0.00 H \n+HETATM 3798 H2 HOH A 760 1.373 25.661 13.512 1.00 0.00 H \n+HETATM 3799 DOH2 HOH A 760 1.488 25.614 14.532 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3800 OM HOH A 760 1.385 25.383 14.296 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3801 O HOH A 761 2.328 29.520 19.087 1.00 0.00 O \n+HETATM 3802 H1 HOH A 761 2.893 28.765 18.925 1.00 0.00 H \n+HETATM 3803 H2 HOH A 761 1.827 29.623 18.278 1.00 0.00 H \n+HETATM 3804 DOH2 HOH A 761 2.327 29.560 19.163 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3805 OM HOH A 761 2.341 29.386 18.888 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3806 O HOH A 762 1.555 18.559 20.640 1.00 0.00 O \n+HETATM 3807 H1 HOH A 762 0.887 19.233 20.520 1.00 0.00 H \n+HETATM 3808 H2 HOH A 762 1.070 17.791 20.941 1.00 0.00 H \n+HETATM 3809 DOH2 HOH A 762 1.673 18.562 20.621 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3810 OM HOH A 762 1.319 18.540 20.677 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3811 O HOH A 763 2.226 28.349 3.260 1.00 0.00 O \n+HETATM 3812 H1 HOH A 763 1.824 28.645 2.444 1.00 0.00 H \n+HETATM 3813 H2 HOH A 763 2.691 29.118 3.591 1.00 0.00 H \n+HETATM 3814 DOH2 HOH A 763 2.214 28.249 3.273 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3815 OM HOH A 763 2.239 28.568 3.161 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3816 O HOH A 764 17.622 19.460 7.628 1.00 0.00 O \n+HETATM 3817 H1 HOH A 764 16.688 19.421 7.426 1.00 0.00 H \n+HETATM 3818 H2 HOH A 764 18.053 19.162 6.827 1.00 0.00 H \n+HETATM 3819 DOH2 HOH A 764 17.656 19.466 7.704 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3820 OM HOH A 764 17.519 19.391 7.422 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3821 O HOH A 765 25.070 25.310 29.246 1.00 0.00 O \n+HETATM 3822 H1 HOH A 765 25.826 24.819 28.926 1.00 0.00 H \n+HETATM 3823 H2 HOH A 765 24.459 25.318 28.509 1.00 0.00 H \n+HETATM 3824 DOH2 HOH A 765 25.062 25.378 29.333 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3825 OM HOH A 765 25.100 25.211 29.029 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3826 O HOH A 766 26.295 18.157 13.622 1.00 0.00 O \n+HETATM 3827 H1 HOH A 766 25.898 18.335 14.475 1.00 0.00 H \n+HETATM 3828 H2 HOH A 766 26.829 17.375 13.765 1.00 0.00 H \n+HETATM 3829 DOH2 HOH A 766 26.267 18.228 13.520 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3830 OM HOH A 766 26.323 18.033 13.826 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3831 O HOH A 767 20.194 24.003 6.045 1.00 0.00 O \n+HETATM 3832 H1 HOH A 767 19.863 23.283 6.581 1.00 0.00 H \n+HETATM 3833 H2 HOH A 767 21.139 24.001 6.199 1.00 0.00 H \n+HETATM 3834 DOH2 HOH A 767 20.147 24.046 5.977 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3835 OM HOH A 767 20.320 23.855 6.187 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3836 O HOH A 768 22.541 21.031 12.939 1.00 0.00 O \n+HETATM 3837 H1 HOH A 768 22.042 21.252 12.153 1.00 0.00 H \n+HETATM 3838 H2 HOH A 768 23.164 20.365 12.648 1.00 0.00 H \n+HETATM 3839 DOH2 HOH A 768 22.499 21.013 13.016 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3840 OM HOH A 768 22.566 20.940 12.718 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3841 O HOH A 769 21.624 27.926 3.589 1.00 0.00 O \n+HETATM 3842 H1 HOH A 769 21.792 27.723 2.668 1.00 0.00 H \n+HETATM 3843 H2 HOH A 769 21.927 28.828 3.695 1.00 0.00 H \n+HETATM 3844 DOH2 HOH A 769 21.562 27.889 3.651 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3845 OM HOH A 769 21.721 28.069 3.422 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3846 O HOH A 770 23.007 23.641 6.581 1.00 0.00 O \n+HETATM 3847 H1 HOH A 770 23.021 22.713 6.816 1.00 0.00 H \n+HETATM 3848 H2 HOH A 770 23.878 23.812 6.224 1.00 0.00 H \n+HETATM 3849 DOH2 HOH A 770 22.946 23.706 6.598 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3850 OM HOH A 770 23.189 23.486 6.556 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3851 O HOH A 771 2.870 23.644 22.072 1.00 0.00 O \n+HETATM 3852 H1 HOH A 771 2.935 24.085 21.225 1.00 0.00 H \n+HETATM 3853 H2 HOH A 771 2.775 24.355 22.707 1.00 0.00 H \n+HETATM 3854 DOH2 HOH A 771 2.850 23.558 22.091 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3855 OM HOH A 771 2.864 23.880 22.029 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3856 O HOH A 772 24.980 3.345 11.802 1.00 0.00 O \n+HETATM 3857 H1 HOH A 772 24.705 2.679 11.172 1.00 0.00 H \n+HETATM 3858 H2 HOH A 772 25.775 3.720 11.422 1.00 0.00 H \n+HETATM 3859 DOH2 HOH A 772 24.942 3.366 11.884 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3860 OM HOH A 772 25.086 3.285 11.595 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3861 O HOH A 773 3.529 26.733 15.861 1.00 0.00 O \n+HETATM 3862 H1 HOH A 773 2.821 26.273 15.411 1.00 0.00 H \n+HETATM 3863 H2 HOH A 773 3.582 27.582 15.423 1.00 0.00 H \n+HETATM 3864 DOH2 HOH A 773 3.602 26.715 15.934 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3865 OM HOH A 773 3.395 26.813 15.679 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3866 O HOH A 774 24.845 21.318 4.054 1.00 0.00 O \n+HETATM 3867 H1 HOH A 774 25.384 22.106 3.984 1.00 0.00 H \n+HETATM 3868 H2 HOH A 774 25.102 20.785 3.302 1.00 0.00 H \n+HETATM 3869 DOH2 HOH A 774 24.766 21.310 4.116 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3870 OM HOH A 774 25.009 21.370 3.885 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3871 O HOH A 775 24.988 15.964 3.408 1.00 0.00 O \n+HETATM 3872 H1 HOH A 775 25.151 15.510 2.581 1.00 0.00 H \n+HETATM 3873 H2 HOH A 775 24.262 15.484 3.807 1.00 0.00 H \n+HETATM 3874 DOH2 HOH A 775 25.039 16.033 3.435 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3875 OM HOH A 775 24.873 15.773 3.320 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3876 O HOH A 776 1.733 24.140 28.220 1.00 0.00 O \n+HETATM 3877 H1 HOH A 776 1.324 23.426 28.708 1.00 0.00 H \n+HETATM 3878 H2 HOH A 776 2.670 23.943 28.247 1.00 0.00 H \n+HETATM 3879 DOH2 HOH A 776 1.708 24.255 28.197 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3880 OM HOH A 776 1.841 23.953 28.326 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3881 O HOH A 777 25.691 21.569 23.318 1.00 0.00 O \n+HETATM 3882 H1 HOH A 777 26.397 22.030 22.865 1.00 0.00 H \n+HETATM 3883 H2 HOH A 777 25.306 21.004 22.649 1.00 0.00 H \n+HETATM 3884 DOH2 HOH A 777 25.685 21.552 23.434 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3885 OM HOH A 777 25.757 21.548 23.088 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3886 O HOH A 778 27.723 15.910 14.235 1.00 0.00 O \n+HETATM 3887 H1 HOH A 778 27.734 15.061 13.792 1.00 0.00 H \n+HETATM 3888 H2 HOH A 778 28.222 15.768 15.039 1.00 0.00 H \n+HETATM 3889 DOH2 HOH A 778 27.638 15.976 14.236 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3890 OM HOH A 778 27.828 15.707 14.309 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3891 O HOH A 779 21.409 17.837 8.808 1.00 0.00 O \n+HETATM 3892 H1 HOH A 779 20.589 17.967 9.285 1.00 0.00 H \n+HETATM 3893 H2 HOH A 779 21.171 17.275 8.070 1.00 0.00 H \n+HETATM 3894 DOH2 HOH A 779 21.497 17.899 8.815 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3895 OM HOH A 779 21.192 17.748 8.754 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3896 O HOH A 780 21.163 21.503 10.580 1.00 0.00 O \n+HETATM 3897 H1 HOH A 780 20.240 21.318 10.754 1.00 0.00 H \n+HETATM 3898 H2 HOH A 780 21.316 21.152 9.702 1.00 0.00 H \n+HETATM 3899 DOH2 HOH A 780 21.241 21.536 10.640 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3900 OM HOH A 780 21.005 21.393 10.435 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3901 O HOH A 781 19.657 26.332 28.402 1.00 0.00 O \n+HETATM 3902 H1 HOH A 781 18.796 26.507 28.022 1.00 0.00 H \n+HETATM 3903 H2 HOH A 781 20.232 26.986 28.004 1.00 0.00 H \n+HETATM 3904 DOH2 HOH A 781 19.667 26.278 28.439 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3905 OM HOH A 781 19.599 26.502 28.243 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3906 O HOH A 782 23.012 19.532 17.613 1.00 0.00 O \n+HETATM 3907 H1 HOH A 782 22.351 20.180 17.371 1.00 0.00 H \n+HETATM 3908 H2 HOH A 782 23.649 20.021 18.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 3909 DOH2 HOH A 782 23.025 19.422 17.595 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3910 OM HOH A 782 23.007 19.765 17.670 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3911 O HOH A 783 19.344 21.950 7.732 1.00 0.00 O \n+HETATM 3912 H1 HOH A 783 18.646 21.299 7.666 1.00 0.00 H \n+HETATM 3913 H2 HOH A 783 20.142 21.436 7.853 1.00 0.00 H \n+HETATM 3914 DOH2 HOH A 783 19.345 22.052 7.725 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3915 OM HOH A 783 19.365 21.711 7.743 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3916 O HOH A 784 24.006 17.847 9.579 1.00 0.00 O \n+HETATM 3917 H1 HOH A 784 24.241 16.932 9.422 1.00 0.00 H \n+HETATM 3918 H2 HOH A 784 23.086 17.905 9.319 1.00 0.00 H \n+HETATM 3919 DOH2 HOH A 784 24.066 17.933 9.619 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3920 OM HOH A 784 23.865 17.671 9.494 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3921 O HOH A 785 27.452 26.452 6.872 1.00 0.00 O \n+HETATM 3922 H1 HOH A 785 28.194 25.877 6.682 1.00 0.00 H \n+HETATM 3923 H2 HOH A 785 26.921 26.429 6.076 1.00 0.00 H \n+HETATM 3924 DOH2 HOH A 785 27.402 26.504 6.968 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3925 OM HOH A 785 27.495 26.329 6.670 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3926 O HOH A 786 26.929 24.823 18.660 1.00 0.00 O \n+HETATM 3927 H1 HOH A 786 26.757 24.319 17.865 1.00 0.00 H \n+HETATM 3928 H2 HOH A 786 27.684 25.369 18.439 1.00 0.00 H \n+HETATM 3929 DOH2 HOH A 786 26.905 24.810 18.727 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3930 OM HOH A 786 27.049 24.832 18.451 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3931 O HOH A 787 28.743 15.256 16.754 1.00 0.00 O \n+HETATM 3932 H1 HOH A 787 28.655 15.596 17.645 1.00 0.00 H \n+HETATM 3933 H2 HOH A 787 28.163 14.495 16.729 1.00 0.00 H \n+HETATM 3934 DOH2 HOH A 787 28.792 15.304 16.674 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3935 OM HOH A 787 28.606 15.170 16.932 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3936 O HOH A 788 17.260 23.146 17.636 1.00 0.00 O \n+HETATM 3937 H1 HOH A 788 17.106 22.444 17.003 1.00 0.00 H \n+HETATM 3938 H2 HOH A 788 17.091 23.951 17.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 3939 DOH2 HOH A 788 17.281 23.140 17.738 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3940 OM HOH A 788 17.194 23.167 17.406 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3941 O HOH A 789 26.188 2.556 2.295 1.00 0.00 O \n+HETATM 3942 H1 HOH A 789 25.493 3.215 2.284 1.00 0.00 H \n+HETATM 3943 H2 HOH A 789 25.745 1.745 2.546 1.00 0.00 H \n+HETATM 3944 DOH2 HOH A 789 26.275 2.591 2.299 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3945 OM HOH A 789 25.955 2.525 2.344 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3946 O HOH A 790 27.067 16.451 5.092 1.00 0.00 O \n+HETATM 3947 H1 HOH A 790 26.380 16.380 4.429 1.00 0.00 H \n+HETATM 3948 H2 HOH A 790 27.658 17.124 4.753 1.00 0.00 H \n+HETATM 3949 DOH2 HOH A 790 27.068 16.388 5.188 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3950 OM HOH A 790 27.047 16.574 4.886 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3951 O HOH A 791 17.582 11.366 17.926 1.00 0.00 O \n+HETATM 3952 H1 HOH A 791 17.533 11.488 18.875 1.00 0.00 H \n+HETATM 3953 H2 HOH A 791 18.367 11.846 17.663 1.00 0.00 H \n+HETATM 3954 DOH2 HOH A 791 17.531 11.322 17.875 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3955 OM HOH A 791 17.733 11.490 18.067 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3956 O HOH A 792 12.188 4.476 15.383 1.00 0.00 O \n+HETATM 3957 H1 HOH A 792 11.298 4.778 15.565 1.00 0.00 H \n+HETATM 3958 H2 HOH A 792 12.734 5.253 15.501 1.00 0.00 H \n+HETATM 3959 DOH2 HOH A 792 12.197 4.414 15.342 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3960 OM HOH A 792 12.117 4.697 15.445 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3961 O HOH A 793 24.997 30.244 3.084 1.00 0.00 O \n+HETATM 3962 H1 HOH A 793 24.061 30.341 3.259 1.00 0.00 H \n+HETATM 3963 H2 HOH A 793 25.349 29.838 3.876 1.00 0.00 H \n+HETATM 3964 DOH2 HOH A 793 25.066 30.288 2.995 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3965 OM HOH A 793 24.877 30.180 3.282 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3966 O HOH A 794 24.254 28.757 8.673 1.00 0.00 O \n+HETATM 3967 H1 HOH A 794 25.175 28.791 8.415 1.00 0.00 H \n+HETATM 3968 H2 HOH A 794 23.972 27.872 8.442 1.00 0.00 H \n+HETATM 3969 DOH2 HOH A 794 24.192 28.839 8.663 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3970 OM HOH A 794 24.385 28.583 8.572 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3971 O HOH A 795 26.885 28.939 7.923 1.00 0.00 O \n+HETATM 3972 H1 HOH A 795 27.269 28.098 7.673 1.00 0.00 H \n+HETATM 3973 H2 HOH A 795 27.448 29.261 8.626 1.00 0.00 H \n+HETATM 3974 DOH2 HOH A 795 26.794 28.953 7.893 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3975 OM HOH A 795 27.079 28.832 8.016 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3976 O HOH A 796 26.591 22.972 16.618 1.00 0.00 O \n+HETATM 3977 H1 HOH A 796 27.257 23.061 15.936 1.00 0.00 H \n+HETATM 3978 H2 HOH A 796 26.653 22.059 16.897 1.00 0.00 H \n+HETATM 3979 DOH2 HOH A 796 26.537 23.029 16.666 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3980 OM HOH A 796 26.740 22.803 16.535 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3981 O HOH A 797 29.252 23.703 1.646 1.00 0.00 O \n+HETATM 3982 H1 HOH A 797 30.078 23.898 2.089 1.00 0.00 H \n+HETATM 3983 H2 HOH A 797 29.095 24.464 1.086 1.00 0.00 H \n+HETATM 3984 DOH2 HOH A 797 29.233 23.653 1.631 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3985 OM HOH A 797 29.389 23.899 1.622 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3986 O HOH A 798 18.213 29.099 14.160 1.00 0.00 O \n+HETATM 3987 H1 HOH A 798 18.894 29.770 14.216 1.00 0.00 H \n+HETATM 3988 H2 HOH A 798 18.691 28.287 13.989 1.00 0.00 H \n+HETATM 3989 DOH2 HOH A 798 18.105 29.117 14.175 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3990 OM HOH A 798 18.451 29.070 14.136 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3991 O HOH A 799 0.257 16.379 21.515 1.00 0.00 O \n+HETATM 3992 H1 HOH A 799 0.333 15.691 22.177 1.00 0.00 H \n+HETATM 3993 H2 HOH A 799 -0.367 16.030 20.878 1.00 0.00 H \n+HETATM 3994 DOH2 HOH A 799 0.297 16.458 21.489 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3995 OM HOH A 799 0.144 16.166 21.520 1.00 0.00 EP \n+HETATM 3996 O HOH A 800 29.191 26.461 18.291 1.00 0.00 O \n+HETATM 3997 H1 HOH A 800 29.431 26.823 17.438 1.00 0.00 H \n+HETATM 3998 H2 HOH A 800 28.986 27.226 18.828 1.00 0.00 H \n+HETATM 3999 DOH2 HOH A 800 29.188 26.367 18.316 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4000 OM HOH A 800 29.198 26.692 18.226 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4001 O HOH A 801 6.200 23.113 16.917 1.00 0.00 O \n+HETATM 4002 H1 HOH A 801 6.277 24.007 16.584 1.00 0.00 H \n+HETATM 4003 H2 HOH A 801 6.804 22.602 16.377 1.00 0.00 H \n+HETATM 4004 DOH2 HOH A 801 6.131 23.093 16.968 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4005 OM HOH A 801 6.340 23.191 16.738 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4006 O HOH A 802 5.070 20.720 20.297 1.00 0.00 O \n+HETATM 4007 H1 HOH A 802 5.213 21.661 20.191 1.00 0.00 H \n+HETATM 4008 H2 HOH A 802 5.073 20.582 21.244 1.00 0.00 H \n+HETATM 4009 DOH2 HOH A 802 5.065 20.655 20.228 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4010 OM HOH A 802 5.100 20.885 20.469 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4011 O HOH A 803 24.881 26.513 11.540 1.00 0.00 O \n+HETATM 4012 H1 HOH A 803 25.203 26.446 10.642 1.00 0.00 H \n+HETATM 4013 H2 HOH A 803 24.834 27.454 11.709 1.00 0.00 H \n+HETATM 4014 DOH2 HOH A 803 24.896 26.452 11.597 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4015 OM HOH A 803 24.938 26.692 11.391 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4016 O HOH A 804 15.203 23.563 3.132 1.00 0.00 O \n+HETATM 4017 H1 HOH A 804 15.613 23.684 2.275 1.00 0.00 H \n+HETATM 4018 H2 HOH A 804 14.916 22.650 3.134 1.00 0.00 H \n+HETATM 4019 DOH2 HOH A 804 15.167 23.635 3.212 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4020 OM HOH A 804 15.228 23.401 2.956 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4021 O HOH A 805 13.569 27.799 15.069 1.00 0.00 O \n+HETATM 4022 H1 HOH A 805 14.508 27.891 15.227 1.00 0.00 H \n+HETATM 4023 H2 HOH A 805 13.437 26.860 14.943 1.00 0.00 H \n+HETATM 4024 DOH2 HOH A 805 13.491 27.872 15.095 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4025 OM HOH A 805 13.735 27.625 15.075 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4026 O HOH A 806 24.868 25.142 2.087 1.00 0.00 O \n+HETATM 4027 H1 HOH A 806 23.923 24.990 2.087 1.00 0.00 H \n+HETATM 4028 H2 HOH A 806 25.100 25.213 1.161 1.00 0.00 H \n+HETATM 4029 DOH2 HOH A 806 24.932 25.133 2.164 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4030 OM HOH A 806 24.722 25.125 1.897 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4031 O HOH A 807 21.493 27.653 6.378 1.00 0.00 O \n+HETATM 4032 H1 HOH A 807 21.459 27.581 5.424 1.00 0.00 H \n+HETATM 4033 H2 HOH A 807 21.791 28.549 6.540 1.00 0.00 H \n+HETATM 4034 DOH2 HOH A 807 21.516 27.590 6.462 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4035 OM HOH A 807 21.547 27.822 6.215 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4036 O HOH A 808 17.051 26.943 27.516 1.00 0.00 O \n+HETATM 4037 H1 HOH A 808 16.370 27.048 28.181 1.00 0.00 H \n+HETATM 4038 H2 HOH A 808 16.663 26.356 26.867 1.00 0.00 H \n+HETATM 4039 DOH2 HOH A 808 17.153 26.999 27.527 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4040 OM HOH A 808 16.831 26.844 27.519 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4041 O HOH A 809 15.874 4.784 15.553 1.00 0.00 O \n+HETATM 4042 H1 HOH A 809 16.535 5.144 16.146 1.00 0.00 H \n+HETATM 4043 H2 HOH A 809 15.140 5.396 15.612 1.00 0.00 H \n+HETATM 4044 DOH2 HOH A 809 15.887 4.719 15.514 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4045 OM HOH A 809 15.859 4.983 15.687 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4046 O HOH A 810 3.328 27.454 12.362 1.00 0.00 O \n+HETATM 4047 H1 HOH A 810 2.506 26.997 12.179 1.00 0.00 H \n+HETATM 4048 H2 HOH A 810 3.641 27.737 11.503 1.00 0.00 H \n+HETATM 4049 DOH2 HOH A 810 3.366 27.455 12.437 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4050 OM HOH A 810 3.223 27.418 12.148 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4051 O HOH A 811 28.775 18.297 4.099 1.00 0.00 O \n+HETATM 4052 H1 HOH A 811 29.664 17.962 3.974 1.00 0.00 H \n+HETATM 4053 H2 HOH A 811 28.548 18.694 3.259 1.00 0.00 H \n+HETATM 4054 DOH2 HOH A 811 28.720 18.253 4.147 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4055 OM HOH A 811 28.911 18.310 3.901 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4056 O HOH A 812 28.240 19.091 1.454 1.00 0.00 O \n+HETATM 4057 H1 HOH A 812 28.577 19.390 0.610 1.00 0.00 H \n+HETATM 4058 H2 HOH A 812 28.054 18.162 1.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 4059 DOH2 HOH A 812 28.196 19.131 1.518 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4060 OM HOH A 812 28.271 18.962 1.254 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4061 O HOH A 813 0.431 26.426 4.001 1.00 0.00 O \n+HETATM 4062 H1 HOH A 813 0.772 25.676 3.513 1.00 0.00 H \n+HETATM 4063 H2 HOH A 813 1.098 27.104 3.895 1.00 0.00 H \n+HETATM 4064 DOH2 HOH A 813 0.361 26.425 4.044 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4065 OM HOH A 813 0.638 26.412 3.879 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4066 O HOH A 814 21.612 20.484 8.092 1.00 0.00 O \n+HETATM 4067 H1 HOH A 814 21.591 19.544 8.267 1.00 0.00 H \n+HETATM 4068 H2 HOH A 814 22.376 20.606 7.529 1.00 0.00 H \n+HETATM 4069 DOH2 HOH A 814 21.534 20.560 8.150 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4070 OM HOH A 814 21.764 20.316 8.012 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4071 O HOH A 815 21.942 25.646 10.892 1.00 0.00 O \n+HETATM 4072 H1 HOH A 815 21.444 26.018 10.164 1.00 0.00 H \n+HETATM 4073 H2 HOH A 815 22.660 26.263 11.033 1.00 0.00 H \n+HETATM 4074 DOH2 HOH A 815 21.951 25.570 10.935 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4075 OM HOH A 815 21.987 25.849 10.772 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4076 O HOH A 816 27.254 1.875 6.724 1.00 0.00 O \n+HETATM 4077 H1 HOH A 816 27.418 2.385 5.931 1.00 0.00 H \n+HETATM 4078 H2 HOH A 816 27.899 1.168 6.692 1.00 0.00 H \n+HETATM 4079 DOH2 HOH A 816 27.203 1.897 6.794 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4080 OM HOH A 816 27.420 1.835 6.555 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4081 O HOH A 817 18.538 20.513 10.922 1.00 0.00 O \n+HETATM 4082 H1 HOH A 817 18.724 19.678 10.491 1.00 0.00 H \n+HETATM 4083 H2 HOH A 817 17.623 20.694 10.709 1.00 0.00 H \n+HETATM 4084 DOH2 HOH A 817 18.596 20.532 10.982 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4085 OM HOH A 817 18.388 20.379 10.790 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4086 O HOH A 818 28.502 29.652 10.099 1.00 0.00 O \n+HETATM 4087 H1 HOH A 818 28.123 29.611 10.977 1.00 0.00 H \n+HETATM 4088 H2 HOH A 818 28.850 28.774 9.947 1.00 0.00 H \n+HETATM 4089 DOH2 HOH A 818 28.503 29.732 10.020 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4090 OM HOH A 818 28.495 29.464 10.248 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4091 O HOH A 819 10.132 27.596 17.662 1.00 0.00 O \n+HETATM 4092 H1 HOH A 819 10.459 26.791 17.260 1.00 0.00 H \n+HETATM 4093 H2 HOH A 819 9.202 27.426 17.816 1.00 0.00 H \n+HETATM 4094 DOH2 HOH A 819 10.189 27.691 17.685 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4095 OM HOH A 819 10.008 27.396 17.611 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4096 O HOH A 820 0.885 24.330 18.879 1.00 0.00 O \n+HETATM 4097 H1 HOH A 820 1.736 24.621 19.205 1.00 0.00 H \n+HETATM 4098 H2 HOH A 820 0.403 25.140 18.710 1.00 0.00 H \n+HETATM 4099 DOH2 HOH A 820 0.838 24.227 18.863 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4100 OM HOH A 820 0.960 24.556 18.911 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4101 O HOH A 821 12.561 17.049 28.839 1.00 0.00 O \n+HETATM 4102 H1 HOH A 821 13.430 17.428 28.972 1.00 0.00 H \n+HETATM 4103 H2 HOH A 821 12.649 16.517 28.048 1.00 0.00 H \n+HETATM 4104 DOH2 HOH A 821 12.479 17.048 28.909 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4105 OM HOH A 821 12.757 17.018 28.704 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4106 O HOH A 822 29.419 9.469 4.491 1.00 0.00 O \n+HETATM 4107 H1 HOH A 822 29.023 9.270 3.642 1.00 0.00 H \n+HETATM 4108 H2 HOH A 822 29.963 8.706 4.687 1.00 0.00 H \n+HETATM 4109 DOH2 HOH A 822 29.403 9.540 4.547 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4110 OM HOH A 822 29.449 9.272 4.357 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4111 O HOH A 823 24.862 29.218 12.099 1.00 0.00 O \n+HETATM 4112 H1 HOH A 823 25.780 29.421 12.278 1.00 0.00 H \n+HETATM 4113 H2 HOH A 823 24.582 29.894 11.483 1.00 0.00 H \n+HETATM 4114 DOH2 HOH A 823 24.821 29.152 12.121 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4115 OM HOH A 823 24.993 29.398 12.010 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4116 O HOH A 824 26.835 20.261 17.331 1.00 0.00 O \n+HETATM 4117 H1 HOH A 824 26.394 19.575 16.831 1.00 0.00 H \n+HETATM 4118 H2 HOH A 824 27.725 20.281 16.979 1.00 0.00 H \n+HETATM 4119 DOH2 HOH A 824 26.776 20.334 17.378 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4120 OM HOH A 824 26.927 20.124 17.156 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4121 O HOH A 825 1.278 30.107 9.350 1.00 0.00 O \n+HETATM 4122 H1 HOH A 825 1.331 29.532 8.587 1.00 0.00 H \n+HETATM 4123 H2 HOH A 825 0.349 30.117 9.579 1.00 0.00 H \n+HETATM 4124 DOH2 HOH A 825 1.329 30.164 9.366 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4125 OM HOH A 825 1.099 29.991 9.240 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4126 O HOH A 826 -0.423 0.375 6.357 1.00 0.00 O \n+HETATM 4127 H1 HOH A 826 -0.354 0.439 5.404 1.00 0.00 H \n+HETATM 4128 H2 HOH A 826 0.196 -0.314 6.596 1.00 0.00 H \n+HETATM 4129 DOH2 HOH A 826 -0.462 0.454 6.388 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4130 OM HOH A 826 -0.282 0.247 6.211 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4131 O HOH A 827 20.341 26.623 8.780 1.00 0.00 O \n+HETATM 4132 H1 HOH A 827 20.712 26.844 7.925 1.00 0.00 H \n+HETATM 4133 H2 HOH A 827 19.780 27.368 8.998 1.00 0.00 H \n+HETATM 4134 DOH2 HOH A 827 20.357 26.549 8.834 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4135 OM HOH A 827 20.302 26.821 8.649 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4136 O HOH A 828 23.701 29.340 28.092 1.00 0.00 O \n+HETATM 4137 H1 HOH A 828 24.029 28.783 28.799 1.00 0.00 H \n+HETATM 4138 H2 HOH A 828 24.045 30.210 28.293 1.00 0.00 H \n+HETATM 4139 DOH2 HOH A 828 23.639 29.311 28.010 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4140 OM HOH A 828 23.839 29.404 28.278 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4141 O HOH A 829 18.438 1.536 1.121 1.00 0.00 O \n+HETATM 4142 H1 HOH A 829 18.307 1.624 2.065 1.00 0.00 H \n+HETATM 4143 H2 HOH A 829 18.821 0.666 1.011 1.00 0.00 H \n+HETATM 4144 DOH2 HOH A 829 18.457 1.586 1.093 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4145 OM HOH A 829 18.489 1.376 1.292 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4146 O HOH A 830 22.363 21.510 2.724 1.00 0.00 O \n+HETATM 4147 H1 HOH A 830 23.106 21.565 3.324 1.00 0.00 H \n+HETATM 4148 H2 HOH A 830 21.764 22.195 3.021 1.00 0.00 H \n+HETATM 4149 DOH2 HOH A 830 22.347 21.442 2.663 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4150 OM HOH A 830 22.392 21.662 2.908 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4151 O HOH A 831 25.119 18.357 16.098 1.00 0.00 O \n+HETATM 4152 H1 HOH A 831 25.088 17.419 16.290 1.00 0.00 H \n+HETATM 4153 H2 HOH A 831 24.312 18.706 16.475 1.00 0.00 H \n+HETATM 4154 DOH2 HOH A 831 25.185 18.395 16.052 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4155 OM HOH A 831 24.947 18.236 16.214 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4156 O HOH A 832 25.899 23.674 10.073 1.00 0.00 O \n+HETATM 4157 H1 HOH A 832 24.981 23.458 10.236 1.00 0.00 H \n+HETATM 4158 H2 HOH A 832 25.877 24.558 9.706 1.00 0.00 H \n+HETATM 4159 DOH2 HOH A 832 25.998 23.612 10.087 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4160 OM HOH A 832 25.706 23.811 10.031 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4161 O HOH A 833 8.495 4.110 29.443 1.00 0.00 O \n+HETATM 4162 H1 HOH A 833 8.506 4.470 30.330 1.00 0.00 H \n+HETATM 4163 H2 HOH A 833 7.740 3.522 29.432 1.00 0.00 H \n+HETATM 4164 DOH2 HOH A 833 8.541 4.117 29.364 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4165 OM HOH A 833 8.342 4.063 29.623 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4166 O HOH A 834 0.402 23.841 8.462 1.00 0.00 O \n+HETATM 4167 H1 HOH A 834 0.065 24.269 7.674 1.00 0.00 H \n+HETATM 4168 H2 HOH A 834 -0.150 24.172 9.170 1.00 0.00 H \n+HETATM 4169 DOH2 HOH A 834 0.462 23.768 8.458 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4170 OM HOH A 834 0.220 23.997 8.445 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4171 O HOH A 835 21.120 2.473 27.713 1.00 0.00 O \n+HETATM 4172 H1 HOH A 835 21.515 2.118 28.510 1.00 0.00 H \n+HETATM 4173 H2 HOH A 835 21.810 3.009 27.322 1.00 0.00 H \n+HETATM 4174 DOH2 HOH A 835 21.034 2.434 27.674 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4175 OM HOH A 835 21.343 2.510 27.797 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4176 O HOH A 836 18.956 25.760 18.012 1.00 0.00 O \n+HETATM 4177 H1 HOH A 836 18.476 26.108 18.763 1.00 0.00 H \n+HETATM 4178 H2 HOH A 836 18.281 25.576 17.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 4179 DOH2 HOH A 836 19.054 25.787 17.991 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4180 OM HOH A 836 18.719 25.794 18.032 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4181 O HOH A 837 24.302 26.547 24.652 1.00 0.00 O \n+HETATM 4182 H1 HOH A 837 25.151 26.157 24.861 1.00 0.00 H \n+HETATM 4183 H2 HOH A 837 24.028 26.107 23.847 1.00 0.00 H \n+HETATM 4184 DOH2 HOH A 837 24.274 26.602 24.721 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4185 OM HOH A 837 24.420 26.377 24.530 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4186 O HOH A 838 20.262 26.487 23.135 1.00 0.00 O \n+HETATM 4187 H1 HOH A 838 20.372 26.890 22.273 1.00 0.00 H \n+HETATM 4188 H2 HOH A 838 20.889 26.946 23.695 1.00 0.00 H \n+HETATM 4189 DOH2 HOH A 838 20.205 26.405 23.173 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4190 OM HOH A 838 20.413 26.664 23.073 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4191 O HOH A 839 25.742 28.985 5.341 1.00 0.00 O \n+HETATM 4192 H1 HOH A 839 26.145 29.042 6.207 1.00 0.00 H \n+HETATM 4193 H2 HOH A 839 25.681 28.045 5.167 1.00 0.00 H \n+HETATM 4194 DOH2 HOH A 839 25.720 29.038 5.279 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4195 OM HOH A 839 25.812 28.804 5.483 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4196 O HOH A 840 21.936 27.370 0.901 1.00 0.00 O \n+HETATM 4197 H1 HOH A 840 22.833 27.578 0.641 1.00 0.00 H \n+HETATM 4198 H2 HOH A 840 21.939 26.422 1.037 1.00 0.00 H \n+HETATM 4199 DOH2 HOH A 840 21.873 27.433 0.946 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4200 OM HOH A 840 22.121 27.218 0.876 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4201 O HOH A 841 17.673 20.703 4.080 1.00 0.00 O \n+HETATM 4202 H1 HOH A 841 16.919 20.186 3.798 1.00 0.00 H \n+HETATM 4203 H2 HOH A 841 17.885 21.250 3.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 4204 DOH2 HOH A 841 17.715 20.660 4.132 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4205 OM HOH A 841 17.562 20.710 3.867 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4206 O HOH A 842 28.708 22.859 19.527 1.00 0.00 O \n+HETATM 4207 H1 HOH A 842 29.517 23.325 19.314 1.00 0.00 H \n+HETATM 4208 H2 HOH A 842 28.010 23.426 19.198 1.00 0.00 H \n+HETATM 4209 DOH2 HOH A 842 28.696 22.782 19.624 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4210 OM HOH A 842 28.731 23.071 19.416 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4211 O HOH A 843 19.452 22.390 19.176 1.00 0.00 O \n+HETATM 4212 H1 HOH A 843 19.005 21.987 19.920 1.00 0.00 H \n+HETATM 4213 H2 HOH A 843 18.748 22.763 18.646 1.00 0.00 H \n+HETATM 4214 DOH2 HOH A 843 19.555 22.389 19.169 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4215 OM HOH A 843 19.216 22.384 19.220 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4216 O HOH A 844 29.233 19.869 28.931 1.00 0.00 O \n+HETATM 4217 H1 HOH A 844 28.636 19.626 28.223 1.00 0.00 H \n+HETATM 4218 H2 HOH A 844 29.876 19.161 28.957 1.00 0.00 H \n+HETATM 4219 DOH2 HOH A 844 29.238 19.933 28.995 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4220 OM HOH A 844 29.242 19.674 28.791 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4221 O HOH A 845 22.672 22.483 24.867 1.00 0.00 O \n+HETATM 4222 H1 HOH A 845 23.452 22.452 24.314 1.00 0.00 H \n+HETATM 4223 H2 HOH A 845 22.047 23.012 24.370 1.00 0.00 H \n+HETATM 4224 DOH2 HOH A 845 22.661 22.442 24.913 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4225 OM HOH A 845 22.704 22.585 24.651 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4226 O HOH A 846 29.253 21.313 8.615 1.00 0.00 O \n+HETATM 4227 H1 HOH A 846 29.807 22.079 8.461 1.00 0.00 H \n+HETATM 4228 H2 HOH A 846 28.387 21.577 8.304 1.00 0.00 H \n+HETATM 4229 DOH2 HOH A 846 29.259 21.252 8.684 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4230 OM HOH A 846 29.189 21.524 8.519 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4231 O HOH A 847 29.803 1.089 22.497 1.00 0.00 O \n+HETATM 4232 H1 HOH A 847 29.744 1.622 21.704 1.00 0.00 H \n+HETATM 4233 H2 HOH A 847 28.908 0.784 22.648 1.00 0.00 H \n+HETATM 4234 DOH2 HOH A 847 29.852 1.115 22.561 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4235 OM HOH A 847 29.607 1.135 22.366 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4236 O HOH A 848 15.215 24.348 28.224 1.00 0.00 O \n+HETATM 4237 H1 HOH A 848 14.375 24.740 28.463 1.00 0.00 H \n+HETATM 4238 H2 HOH A 848 15.410 24.707 27.359 1.00 0.00 H \n+HETATM 4239 DOH2 HOH A 848 15.283 24.300 28.277 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4240 OM HOH A 848 15.083 24.502 28.096 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4241 O HOH A 849 2.374 20.557 25.286 1.00 0.00 O \n+HETATM 4242 H1 HOH A 849 2.764 19.705 25.090 1.00 0.00 H \n+HETATM 4243 H2 HOH A 849 2.112 20.904 24.434 1.00 0.00 H \n+HETATM 4244 DOH2 HOH A 849 2.401 20.589 25.342 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4245 OM HOH A 849 2.400 20.454 25.071 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4246 O HOH A 850 26.414 10.000 29.936 1.00 0.00 O \n+HETATM 4247 H1 HOH A 850 26.949 10.676 30.351 1.00 0.00 H \n+HETATM 4248 H2 HOH A 850 26.352 10.271 29.020 1.00 0.00 H \n+HETATM 4249 DOH2 HOH A 850 26.371 9.946 29.964 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4250 OM HOH A 850 26.511 10.194 29.833 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4251 O HOH A 851 28.692 26.699 26.558 1.00 0.00 O \n+HETATM 4252 H1 HOH A 851 28.312 27.079 27.350 1.00 0.00 H \n+HETATM 4253 H2 HOH A 851 27.991 26.165 26.187 1.00 0.00 H \n+HETATM 4254 DOH2 HOH A 851 28.762 26.736 26.505 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4255 OM HOH A 851 28.470 26.668 26.645 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4256 O HOH A 852 26.697 25.273 25.220 1.00 0.00 O \n+HETATM 4257 H1 HOH A 852 26.891 25.272 24.283 1.00 0.00 H \n+HETATM 4258 H2 HOH A 852 26.425 24.375 25.410 1.00 0.00 H \n+HETATM 4259 DOH2 HOH A 852 26.695 25.335 25.252 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4260 OM HOH A 852 26.681 25.089 25.067 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4261 O HOH A 853 25.946 19.278 24.821 1.00 0.00 O \n+HETATM 4262 H1 HOH A 853 25.894 20.102 24.337 1.00 0.00 H \n+HETATM 4263 H2 HOH A 853 25.539 18.633 24.242 1.00 0.00 H \n+HETATM 4264 DOH2 HOH A 853 25.995 19.275 24.904 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4265 OM HOH A 853 25.852 19.314 24.603 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4266 O HOH A 854 26.602 5.272 29.537 1.00 0.00 O \n+HETATM 4267 H1 HOH A 854 25.724 4.998 29.271 1.00 0.00 H \n+HETATM 4268 H2 HOH A 854 26.942 5.751 28.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 4269 DOH2 HOH A 854 26.647 5.245 29.640 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4270 OM HOH A 854 26.492 5.314 29.327 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4271 O HOH A 855 2.546 25.795 23.784 1.00 0.00 O \n+HETATM 4272 H1 HOH A 855 2.851 26.644 23.465 1.00 0.00 H \n+HETATM 4273 H2 HOH A 855 2.230 25.971 24.670 1.00 0.00 H \n+HETATM 4274 DOH2 HOH A 855 2.501 25.726 23.722 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4275 OM HOH A 855 2.544 26.005 23.901 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4276 O HOH A 856 23.814 22.338 27.512 1.00 0.00 O \n+HETATM 4277 H1 HOH A 856 24.607 22.517 27.007 1.00 0.00 H \n+HETATM 4278 H2 HOH A 856 23.105 22.388 26.871 1.00 0.00 H \n+HETATM 4279 DOH2 HOH A 856 23.818 22.319 27.607 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4280 OM HOH A 856 23.832 22.385 27.277 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4281 O HOH A 857 28.217 15.886 19.456 1.00 0.00 O \n+HETATM 4282 H1 HOH A 857 28.185 16.827 19.629 1.00 0.00 H \n+HETATM 4283 H2 HOH A 857 27.315 15.589 19.576 1.00 0.00 H \n+HETATM 4284 DOH2 HOH A 857 28.292 15.820 19.433 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4285 OM HOH A 857 28.025 16.018 19.516 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4286 O HOH A 858 26.274 17.131 28.098 1.00 0.00 O \n+HETATM 4287 H1 HOH A 858 27.058 16.650 28.361 1.00 0.00 H \n+HETATM 4288 H2 HOH A 858 26.607 17.940 27.709 1.00 0.00 H \n+HETATM 4289 DOH2 HOH A 858 26.161 17.105 28.094 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4290 OM HOH A 858 26.503 17.198 28.072 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4291 O HOH A 859 29.631 27.713 22.306 1.00 0.00 O \n+HETATM 4292 H1 HOH A 859 29.310 28.110 23.116 1.00 0.00 H \n+HETATM 4293 H2 HOH A 859 29.799 26.800 22.537 1.00 0.00 H \n+HETATM 4294 DOH2 HOH A 859 29.649 27.753 22.223 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4295 OM HOH A 859 29.600 27.607 22.519 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4296 O HOH A 860 27.395 23.945 28.635 1.00 0.00 O \n+HETATM 4297 H1 HOH A 860 28.008 24.551 29.052 1.00 0.00 H \n+HETATM 4298 H2 HOH A 860 27.900 23.541 27.929 1.00 0.00 H \n+HETATM 4299 DOH2 HOH A 860 27.295 23.932 28.664 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4300 OM HOH A 860 27.624 23.987 28.575 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4301 O HOH A 861 27.814 19.061 26.729 1.00 0.00 O \n+HETATM 4302 H1 HOH A 861 27.148 19.174 26.051 1.00 0.00 H \n+HETATM 4303 H2 HOH A 861 28.374 18.358 26.400 1.00 0.00 H \n+HETATM 4304 DOH2 HOH A 861 27.832 19.066 26.820 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4305 OM HOH A 861 27.792 18.940 26.523 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4306 O HOH A 862 20.683 20.545 24.325 1.00 0.00 O \n+HETATM 4307 H1 HOH A 862 21.387 20.983 24.803 1.00 0.00 H \n+HETATM 4308 H2 HOH A 862 20.987 20.523 23.417 1.00 0.00 H \n+HETATM 4309 DOH2 HOH A 862 20.598 20.520 24.358 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4310 OM HOH A 862 20.890 20.630 24.237 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4311 O HOH A 863 26.447 1.039 26.670 1.00 0.00 O \n+HETATM 4312 H1 HOH A 863 26.022 0.333 26.183 1.00 0.00 H \n+HETATM 4313 H2 HOH A 863 27.316 0.697 26.878 1.00 0.00 H \n+HETATM 4314 DOH2 HOH A 863 26.388 1.120 26.692 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4315 OM HOH A 863 26.538 0.824 26.612 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4316 O HOH A 864 24.401 12.519 29.952 1.00 0.00 O \n+HETATM 4317 H1 HOH A 864 23.628 13.071 29.833 1.00 0.00 H \n+HETATM 4318 H2 HOH A 864 24.248 12.068 30.782 1.00 0.00 H \n+HETATM 4319 DOH2 HOH A 864 24.478 12.561 29.918 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4320 OM HOH A 864 24.211 12.540 30.098 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4321 O HOH A 865 4.147 3.506 0.727 1.00 0.00 O \n+HETATM 4322 H1 HOH A 865 3.655 3.833 -0.026 1.00 0.00 H \n+HETATM 4323 H2 HOH A 865 3.504 3.014 1.238 1.00 0.00 H \n+HETATM 4324 DOH2 HOH A 865 4.235 3.492 0.748 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4325 OM HOH A 865 3.914 3.472 0.677 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4326 O HOH A 866 28.719 22.561 26.608 1.00 0.00 O \n+HETATM 4327 H1 HOH A 866 29.126 21.790 27.003 1.00 0.00 H \n+HETATM 4328 H2 HOH A 866 29.090 22.604 25.727 1.00 0.00 H \n+HETATM 4329 DOH2 HOH A 866 28.636 22.593 26.647 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4330 OM HOH A 866 28.878 22.412 26.508 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4331 O HOH A 867 26.043 22.630 25.839 1.00 0.00 O \n+HETATM 4332 H1 HOH A 867 26.946 22.475 26.114 1.00 0.00 H \n+HETATM 4333 H2 HOH A 867 25.972 22.197 24.989 1.00 0.00 H \n+HETATM 4334 DOH2 HOH A 867 25.997 22.682 25.867 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4335 OM HOH A 867 26.214 22.510 25.721 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4336 O HOH A 868 24.573 29.213 25.451 1.00 0.00 O \n+HETATM 4337 H1 HOH A 868 24.185 29.206 26.327 1.00 0.00 H \n+HETATM 4338 H2 HOH A 868 24.476 28.313 25.139 1.00 0.00 H \n+HETATM 4339 DOH2 HOH A 868 24.600 29.292 25.422 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4340 OM HOH A 868 24.473 29.027 25.567 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4341 O HOH A 869 19.126 22.695 25.671 1.00 0.00 O \n+HETATM 4342 H1 HOH A 869 19.510 21.857 25.414 1.00 0.00 H \n+HETATM 4343 H2 HOH A 869 19.796 23.108 26.217 1.00 0.00 H \n+HETATM 4344 DOH2 HOH A 869 19.096 22.712 25.645 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4345 OM HOH A 869 19.342 22.608 25.730 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4346 O HOH A 870 20.720 3.478 20.715 1.00 0.00 O \n+HETATM 4347 H1 HOH A 870 20.622 3.663 19.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 4348 H2 HOH A 870 21.666 3.417 20.849 1.00 0.00 H \n+HETATM 4349 DOH2 HOH A 870 20.658 3.456 20.784 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4350 OM HOH A 870 20.894 3.504 20.551 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4351 O HOH A 871 28.783 28.706 24.699 1.00 0.00 O \n+HETATM 4352 H1 HOH A 871 29.591 29.143 24.969 1.00 0.00 H \n+HETATM 4353 H2 HOH A 871 28.687 27.978 25.313 1.00 0.00 H \n+HETATM 4354 DOH2 HOH A 871 28.749 28.719 24.600 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4355 OM HOH A 871 28.929 28.646 24.880 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4356 O HOH A 872 16.690 1.022 26.765 1.00 0.00 O \n+HETATM 4357 H1 HOH A 872 17.226 0.393 27.247 1.00 0.00 H \n+HETATM 4358 H2 HOH A 872 17.126 1.863 26.900 1.00 0.00 H \n+HETATM 4359 DOH2 HOH A 872 16.588 0.987 26.741 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4360 OM HOH A 872 16.889 1.065 26.892 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4361 O HOH A 873 25.613 26.279 4.694 1.00 0.00 O \n+HETATM 4362 H1 HOH A 873 25.478 25.460 5.171 1.00 0.00 H \n+HETATM 4363 H2 HOH A 873 25.428 26.059 3.781 1.00 0.00 H \n+HETATM 4364 DOH2 HOH A 873 25.651 26.353 4.747 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4365 OM HOH A 873 25.547 26.066 4.605 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4366 O HOH A 874 17.003 28.420 24.108 1.00 0.00 O \n+HETATM 4367 H1 HOH A 874 17.037 28.526 25.059 1.00 0.00 H \n+HETATM 4368 H2 HOH A 874 17.198 27.494 23.963 1.00 0.00 H \n+HETATM 4369 DOH2 HOH A 874 16.965 28.484 24.062 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4370 OM HOH A 874 17.050 28.252 24.273 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4371 O HOH A 875 23.586 25.262 22.293 1.00 0.00 O \n+HETATM 4372 H1 HOH A 875 22.954 24.656 21.906 1.00 0.00 H \n+HETATM 4373 H2 HOH A 875 24.080 25.602 21.548 1.00 0.00 H \n+HETATM 4374 DOH2 HOH A 875 23.592 25.284 22.365 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4375 OM HOH A 875 23.558 25.207 22.061 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4376 O HOH A 876 21.442 23.322 20.911 1.00 0.00 O \n+HETATM 4377 H1 HOH A 876 20.759 23.000 20.323 1.00 0.00 H \n+HETATM 4378 H2 HOH A 876 21.000 23.438 21.752 1.00 0.00 H \n+HETATM 4379 DOH2 HOH A 876 21.500 23.330 20.900 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4380 OM HOH A 876 21.212 23.280 20.963 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4381 O HOH A 877 3.156 30.034 23.881 1.00 0.00 O \n+HETATM 4382 H1 HOH A 877 2.798 29.583 23.116 1.00 0.00 H \n+HETATM 4383 H2 HOH A 877 3.694 30.736 23.515 1.00 0.00 H \n+HETATM 4384 DOH2 HOH A 877 3.146 29.996 24.008 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4385 OM HOH A 877 3.193 30.085 23.649 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4386 O HOH A 878 23.526 9.528 20.126 1.00 0.00 O \n+HETATM 4387 H1 HOH A 878 24.362 9.334 20.549 1.00 0.00 H \n+HETATM 4388 H2 HOH A 878 23.000 9.940 20.812 1.00 0.00 H \n+HETATM 4389 DOH2 HOH A 878 23.514 9.494 20.046 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4390 OM HOH A 878 23.590 9.573 20.353 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4391 O HOH A 879 3.080 20.707 -0.226 1.00 0.00 O \n+HETATM 4392 H1 HOH A 879 2.317 21.286 -0.232 1.00 0.00 H \n+HETATM 4393 H2 HOH A 879 3.489 20.840 -1.081 1.00 0.00 H \n+HETATM 4394 DOH2 HOH A 879 3.102 20.638 -0.145 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4395 OM HOH A 879 3.007 20.853 -0.402 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4396 O HOH A 880 17.761 26.889 20.225 1.00 0.00 O \n+HETATM 4397 H1 HOH A 880 18.594 27.263 20.511 1.00 0.00 H \n+HETATM 4398 H2 HOH A 880 17.107 27.542 20.474 1.00 0.00 H \n+HETATM 4399 DOH2 HOH A 880 17.772 26.852 20.176 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4400 OM HOH A 880 17.798 27.100 20.335 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4401 O HOH A 881 23.821 1.335 23.779 1.00 0.00 O \n+HETATM 4402 H1 HOH A 881 22.875 1.381 23.916 1.00 0.00 H \n+HETATM 4403 H2 HOH A 881 24.101 0.577 24.291 1.00 0.00 H \n+HETATM 4404 DOH2 HOH A 881 23.862 1.414 23.745 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4405 OM HOH A 881 23.684 1.189 23.912 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4406 O HOH A 882 28.816 16.198 28.684 1.00 0.00 O \n+HETATM 4407 H1 HOH A 882 29.490 16.855 28.862 1.00 0.00 H \n+HETATM 4408 H2 HOH A 882 29.278 15.361 28.734 1.00 0.00 H \n+HETATM 4409 DOH2 HOH A 882 28.723 16.216 28.708 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4410 OM HOH A 882 29.049 16.161 28.731 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4411 O HOH A 883 23.805 20.862 6.582 1.00 0.00 O \n+HETATM 4412 H1 HOH A 883 24.509 20.420 7.056 1.00 0.00 H \n+HETATM 4413 H2 HOH A 883 24.143 20.965 5.692 1.00 0.00 H \n+HETATM 4414 DOH2 HOH A 883 23.712 20.889 6.638 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4415 OM HOH A 883 24.019 20.792 6.497 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4416 O HOH A 884 21.251 21.565 17.161 1.00 0.00 O \n+HETATM 4417 H1 HOH A 884 20.684 21.868 17.870 1.00 0.00 H \n+HETATM 4418 H2 HOH A 884 21.974 22.192 17.147 1.00 0.00 H \n+HETATM 4419 DOH2 HOH A 884 21.275 21.467 17.110 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4420 OM HOH A 884 21.283 21.756 17.303 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4421 O HOH A 885 29.463 6.053 21.344 1.00 0.00 O \n+HETATM 4422 H1 HOH A 885 29.115 5.618 20.566 1.00 0.00 H \n+HETATM 4423 H2 HOH A 885 29.273 5.449 22.062 1.00 0.00 H \n+HETATM 4424 DOH2 HOH A 885 29.483 6.123 21.331 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4425 OM HOH A 885 29.352 5.840 21.332 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4426 O HOH A 886 4.961 20.117 23.119 1.00 0.00 O \n+HETATM 4427 H1 HOH A 886 5.351 20.678 23.790 1.00 0.00 H \n+HETATM 4428 H2 HOH A 886 4.466 19.462 23.611 1.00 0.00 H \n+HETATM 4429 DOH2 HOH A 886 5.001 20.108 23.034 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4430 OM HOH A 886 4.940 20.098 23.358 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4431 O HOH A 887 24.545 27.806 30.134 1.00 0.00 O \n+HETATM 4432 H1 HOH A 887 24.822 26.941 29.832 1.00 0.00 H \n+HETATM 4433 H2 HOH A 887 25.328 28.183 30.535 1.00 0.00 H \n+HETATM 4434 DOH2 HOH A 887 24.446 27.852 30.099 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4435 OM HOH A 887 24.762 27.706 30.154 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4436 O HOH A 888 22.350 1.305 -0.059 1.00 0.00 O \n+HETATM 4437 H1 HOH A 888 22.205 0.370 -0.202 1.00 0.00 H \n+HETATM 4438 H2 HOH A 888 23.233 1.464 -0.393 1.00 0.00 H \n+HETATM 4439 DOH2 HOH A 888 22.278 1.368 -0.061 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4440 OM HOH A 888 22.501 1.146 -0.157 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4441 O HOH A 889 2.402 2.266 19.978 1.00 0.00 O \n+HETATM 4442 H1 HOH A 889 2.205 2.777 19.193 1.00 0.00 H \n+HETATM 4443 H2 HOH A 889 2.361 1.355 19.688 1.00 0.00 H \n+HETATM 4444 DOH2 HOH A 889 2.414 2.314 20.052 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4445 OM HOH A 889 2.353 2.184 19.758 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4446 O HOH A 890 15.257 29.387 18.169 1.00 0.00 O \n+HETATM 4447 H1 HOH A 890 14.338 29.232 17.950 1.00 0.00 H \n+HETATM 4448 H2 HOH A 890 15.365 29.002 19.038 1.00 0.00 H \n+HETATM 4449 DOH2 HOH A 890 15.335 29.419 18.099 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4450 OM HOH A 890 15.091 29.276 18.302 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4451 O HOH A 891 20.495 23.753 23.451 1.00 0.00 O \n+HETATM 4452 H1 HOH A 891 20.403 24.706 23.434 1.00 0.00 H \n+HETATM 4453 H2 HOH A 891 19.897 23.466 24.141 1.00 0.00 H \n+HETATM 4454 DOH2 HOH A 891 20.557 23.714 23.396 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4455 OM HOH A 891 20.353 23.890 23.589 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4456 O HOH A 892 1.446 6.103 0.933 1.00 0.00 O \n+HETATM 4457 H1 HOH A 892 1.674 6.465 0.077 1.00 0.00 H \n+HETATM 4458 H2 HOH A 892 2.230 6.234 1.466 1.00 0.00 H \n+HETATM 4459 DOH2 HOH A 892 1.358 6.059 0.978 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4460 OM HOH A 892 1.653 6.204 0.867 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4461 O HOH A 893 4.332 25.927 26.630 1.00 0.00 O \n+HETATM 4462 H1 HOH A 893 3.399 26.089 26.495 1.00 0.00 H \n+HETATM 4463 H2 HOH A 893 4.362 25.156 27.197 1.00 0.00 H \n+HETATM 4464 DOH2 HOH A 893 4.405 25.976 26.606 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4465 OM HOH A 893 4.147 25.802 26.719 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4466 O HOH A 894 9.858 26.208 22.047 1.00 0.00 O \n+HETATM 4467 H1 HOH A 894 10.574 25.573 22.037 1.00 0.00 H \n+HETATM 4468 H2 HOH A 894 10.290 27.055 22.166 1.00 0.00 H \n+HETATM 4469 DOH2 HOH A 894 9.762 26.188 22.056 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4470 OM HOH A 894 10.093 26.252 22.069 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4471 O HOH A 895 12.685 28.694 17.525 1.00 0.00 O \n+HETATM 4472 H1 HOH A 895 12.926 28.393 16.649 1.00 0.00 H \n+HETATM 4473 H2 HOH A 895 11.795 28.367 17.655 1.00 0.00 H \n+HETATM 4474 DOH2 HOH A 895 12.751 28.726 17.562 1.00 0.00 EP \n+HETATM 4475 OM HOH A 895 12.552 28.565 17.372 1.00 0.00 EP \n+TER 4476 HOH A 895\n+END\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\nindex 5c464be73c..2b70b2e06c 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n@@ -8,7 +8,7 @@\n \n Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n-Contributors:\n+Contributors: \n \n Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a\n copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"),\n@@ -404,11 +404,11 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n between periodic copies to be achieved with a smaller box. The most compact option is a rhombic dodecahedron,\n for which the box volume is 70.7% the volume of a cubic box with the same amount of padding.\n \n- There exist many different water models, many of which are very similar to each other. This method creates \n- preequilibrated water boxes for a limited set of water models. In most cases, they work equally well for other models \n- that involve the same number of particles. For example, to simulate a box of TIP3P-FB water, use this method to \n- create a box of TIP3P water, construct a System using TIP3P-FB parameters, and perform a local energy minimization \n- to correct for the small differences between the models. Likewise, a box of TIP4P-Ew water can be used for most \n+ There exist many different water models, many of which are very similar to each other. This method creates\n+ preequilibrated water boxes for a limited set of water models. In most cases, they work equally well for other models\n+ that involve the same number of particles. For example, to simulate a box of TIP3P-FB water, use this method to\n+ create a box of TIP3P water, construct a System using TIP3P-FB parameters, and perform a local energy minimization\n+ to correct for the small differences between the models. Likewise, a box of TIP4P-Ew water can be used for most\n four site water models.\n \n Parameters\n@@ -416,7 +416,7 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n forcefield : ForceField\n the ForceField to use for determining van der Waals radii and atomic charges\n model : str='tip3p'\n- the water model to use. Supported values are 'tip3p', 'spce', 'tip4pew', and 'tip5p'. \n+ the water model to use. Supported values are 'tip3p', 'spce', 'tip4pew', 'tip5p', and 'swm4ndp' (polarizable).\n boxSize : Vec3=None\n the size of the box to fill with water\n boxVectors : tuple of Vec3=None\n@@ -454,6 +454,8 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n waterRadius = 0.315365*vdwRadiusPerSigma\n elif model == 'tip5p':\n waterRadius = 0.312*vdwRadiusPerSigma\n+ elif model == 'swm4ndp':\n+ waterRadius = 0.318395*vdwRadiusPerSigma\n else:\n raise ValueError('Unknown water model: %s' % model)\n pdb = PDBFile(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'data', model+'.pdb'))\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestModeller.py b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\nindex 06906afe30..1f29bc9951 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n@@ -264,7 +264,7 @@ def test_addSolventWaterModels(self):\n \n topology_start = self.pdb.topology\n topology_start.setUnitCellDimensions(Vec3(3.5, 3.5, 3.5)*nanometers)\n- for model in ['tip3p', 'spce', 'tip4pew', 'tip5p']:\n+ for model in ['tip3p', 'spce', 'tip4pew', 'tip5p', 'swm4ndp']:\n forcefield = ForceField('amber10.xml', model + '.xml')\n modeller = Modeller(topology_start, self.positions)\n # delete water to get the \"before\" topology\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3769
|
multi_swe_bench
|
Clarified multiple forces with the same global parameter (openmm/openmm#3769)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3769,
"issue_title": "Clarified multiple forces with the same global parameter",
"issue_body": "Fixes #3768. I added documentation to clarify this case, and also made the Context throw an exception if two forces define global parameters with the same name but different default values.",
"base_commit": "87a70daf1753105594cc8996aabdc66daddfcd6f",
"resolved_issues": [
{
"number": 3768,
"title": "Implicit value substitution when two `CustomExternalForce` have global parameters with the same name",
"body": "# general description\r\nI found that if two custom external forces have global parameters with the same name, the value of the latter one would be substitue by the first one. Also, when I tried to get the parameter value through `getGlobalParameterDefualtValue` it will not print the 'substituted' value but the original value setted by me. (I know that naming two global parameter with the same name is probably not best practice, but this behaviour makes it difficult to debug). I recommand either emphasizing this behaviour in the documentation or throwing errors when two global parameters have the same name.\r\n\r\n# version info\r\n```python\r\nprint(openmm.__version__)\r\n```\r\n7.7\r\n\r\n# procedures to reproduce\r\n```python\r\nimport openmm as mm\r\nfrom openmm import app\r\nfrom openmm import unit\r\nmass = 40 * unit.amu\r\nsystem = mm.System()\r\nsystem.addParticle(mass)\r\n\r\nexternal1 = mm.CustomExternalForce(\"k*x\")\r\nexternal1.addGlobalParameter(\"k\", 1*unit.kilojoule_per_mole/unit.nanometer)\r\nexternal1.addParticle(0, [])\r\n\r\nexternal2 = mm.CustomExternalForce(\"k*y\")\r\nexternal2.addGlobalParameter(\"k\", 2*unit.kilojoule_per_mole/unit.nanometer)\r\nexternal2.addParticle(0, [])\r\nsystem.addForce(external1)\r\nsystem.addForce(external2)\r\n```\r\n\r\nWhen I query through the force object, the paramter values are correct\r\n```python\r\nfor i in range(system.getNumForces()):\r\n f = system.getForce(i)\r\n print(f\" name of the force: {f.getName()}\")\r\n print(f\" energy function of the force: {f.getEnergyFunction()}\")\r\n for j in range(f.getNumGlobalParameters()):\r\n print(f\"{f.getGlobalParameterName(j)}: {f.getGlobalParameterDefaultValue(j)}\")\r\n\r\nfor i, f in enumerate(system.getForces()):\r\n f.setForceGroup(i)\r\n```\r\nname of the force: CustomExternalForce\r\nenergy function of the force: k*x\r\nk: 1.0\r\nname of the force: CustomExternalForce\r\nenergy function of the force: k*y\r\nk: 2.0\r\n\r\nBut when i initialize and calculate the potential energy, it's wrong\r\n```python\r\ntopology = app.Topology()\r\nelement = app.Element.getBySymbol('Ar')\r\nchain = topology.addChain('A')\r\nresidue = topology.addResidue('OSC', chain)\r\ntopology.addAtom('Ar', element, residue)\r\nintegrator = mm.VerletIntegrator(2*unit.femtosecond)\r\nsimulation = app.Simulation(topology, system, integrator)\r\nsimulation.context.setPositions(np.array([[1, 2, 0]])*unit.nanometer)\r\nfor i, f in enumerate(system.getForces()):\r\n state = simulation.context.getState(getEnergy=True, groups={i})\r\n print(f.getName(), state.getPotentialEnergy())\r\n```\r\nCustomExternalForce 1.0 kJ/mol\r\nCustomExternalForce 2.0 kJ/mol\r\nWhere the second customexternalforce should have 2*2=4kJ/mol as potential energy\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3769",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/docs-source/usersguide/theory/03_custom_forces.rst b/docs-source/usersguide/theory/03_custom_forces.rst\nindex 17fbfdddc8..201bf9e5d9 100644\n--- a/docs-source/usersguide/theory/03_custom_forces.rst\n+++ b/docs-source/usersguide/theory/03_custom_forces.rst\n@@ -465,6 +465,13 @@ example, if a :class:`CustomNonbondedForce` uses a long range correction, changi\n a global parameter may require the correction coefficient to be recalculated,\n which is expensive.\n \n+It is possible for multiple forces to depend on the same global parameter. To do this,\n+simply have each force specify a parameter with the same name. This can be useful\n+in certain cases. For example, in an alchemical simulation, you might have a\n+parameter that interpolates between two endpoints corresponding to different molecules.\n+Changing the one parameter would simultaneously modify multiple bonded and nonbonded\n+forces.\n+\n The other type of parameter is ones that record many values, one for each element\n of the force, such as per-particle or per-bond parameters. These values are stored\n directly in the force object itself, and hence are part of the system definition.\ndiff --git a/openmmapi/src/ContextImpl.cpp b/openmmapi/src/ContextImpl.cpp\nindex e86b9241f6..77f3453706 100644\n--- a/openmmapi/src/ContextImpl.cpp\n+++ b/openmmapi/src/ContextImpl.cpp\n@@ -188,6 +188,9 @@ void ContextImpl::initialize() {\n for (size_t i = 0; i < forceImpls.size(); ++i) {\n forceImpls[i]->initialize(*this);\n map<string, double> forceParameters = forceImpls[i]->getDefaultParameters();\n+ for (auto param : forceParameters)\n+ if (parameters.find(param.first) != parameters.end() && parameters[param.first] != forceParameters[param.first])\n+ throw OpenMMException(\"Two Forces define different default values for the parameter '\"+param.first+\"'\");\n parameters.insert(forceParameters.begin(), forceParameters.end());\n }\n integrator.initialize(*this);\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/tests/TestCustomBondForce.h b/tests/TestCustomBondForce.h\nindex 16f83a3d59..e63e96f8a6 100644\n--- a/tests/TestCustomBondForce.h\n+++ b/tests/TestCustomBondForce.h\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2016 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2022 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -148,6 +148,28 @@ void testIllegalVariable() {\n ASSERT(threwException);\n }\n \n+void testInconsistentParameters() {\n+ // Specifying two inconsistent default values for a global parameter should throw an exception.\n+ \n+ System system;\n+ system.addParticle(1.0);\n+ CustomBondForce* bonds1 = new CustomBondForce(\"k*r\");\n+ CustomBondForce* bonds2 = new CustomBondForce(\"k*r\");\n+ bonds1->addGlobalParameter(\"k\", 1.0);\n+ bonds2->addGlobalParameter(\"k\", 2.0);\n+ system.addForce(bonds1);\n+ system.addForce(bonds2);\n+ VerletIntegrator integrator(0.001);\n+ bool threwException = false;\n+ try {\n+ Context context(system, integrator, platform);\n+ }\n+ catch (const exception& e) {\n+ threwException = true;\n+ }\n+ ASSERT(threwException);\n+}\n+\n void testPeriodic() {\n // Create a force that uses periodic boundary conditions.\n \n@@ -221,6 +243,7 @@ int main(int argc, char* argv[]) {\n testBonds();\n testManyParameters();\n testIllegalVariable();\n+ testInconsistentParameters();\n testPeriodic();\n testEnergyParameterDerivatives();\n runPlatformTests();\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3791
|
multi_swe_bench
|
Fix #3790: Collision rate for MTS BAOAB Langevin integrator now correctly accounts for number of substeps (openmm/openmm#3791)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3791,
"issue_title": "Fix #3790: Collision rate for MTS BAOAB Langevin integrator now correctly accounts for number of substeps",
"issue_body": "Previously, `openmm.MTSLangevinIntegrator` would use an effective collision rate that is too large when there were multiple steps, since every substep used the outer timestep instead of the inner substep timestep to apply the friction.\r\n\r\nThis PR corrects this, using a fix suggested by Charlie Matthews (@c-matthews) in #3790.",
"base_commit": "ffc3ee78863e3778558ba7b0bcfde55f8c3d8897",
"resolved_issues": [
{
"number": 3790,
"title": "MTSLangevinIntegrator friction bug",
"body": "Hi all, I think I found a bug in the [MTS Langevin Integrator](https://github.com/openmm/openmm/blob/be19e0222ddf66f612016a3c1f687161a53c2396/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py) code.\r\n\r\nCurrently the routine defines constants `a` and `b` as\r\n\r\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/be19e0222ddf66f612016a3c1f687161a53c2396/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py#L170-L171\r\n\r\nand then applies an Ornstein-Uhlenbeck update using these constants _at every substep_\r\n\r\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/be19e0222ddf66f612016a3c1f687161a53c2396/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py#L187-L192\r\n\r\nThe problem being that if I have $N$ substeps then I effectively am using $N\\times$ the friction in simulation, which can affect diffusion coefficients and the like.\r\n\r\nAn easy fix would be to redefine the `a` and `b` constants to divide the per-substep OU update by the number of total substeps, something like\r\n\r\n total_substeps = math.prod( [group_size for (group_id, group_size) in groups] )\r\n self.addGlobalVariable(\"a\", math.exp(-friction*dt / total_substeps))\r\n self.addGlobalVariable(\"b\", math.sqrt(1-math.exp(-2*friction*dt / total_substeps)))\r\n\r\nThat way the total damping should be correct. An alternative would be to give the user control of how the damping is allocated between the groups.\r\n\r\nCheers - CM\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3791",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py b/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py\nindex dcae295562..5014e31a36 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/mtsintegrator.py\n@@ -167,8 +167,9 @@ def __init__(self, temperature, friction, dt, groups):\n self.temperature = temperature\n self.friction = friction\n import math\n- self.addGlobalVariable(\"a\", math.exp(-friction*dt))\n- self.addGlobalVariable(\"b\", math.sqrt(1-math.exp(-2*friction*dt)))\n+ total_substeps = groups[-1][1]\n+ self.addGlobalVariable(\"a\", math.exp(-friction*dt / total_substeps))\n+ self.addGlobalVariable(\"b\", math.sqrt(1-math.exp(-2*friction*dt / total_substeps)))\n from openmm.unit import MOLAR_GAS_CONSTANT_R\n self.addGlobalVariable('kT', MOLAR_GAS_CONSTANT_R*temperature)\n self.addPerDofVariable(\"x1\", 0)\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestIntegrators.py b/wrappers/python/tests/TestIntegrators.py\nindex 03291e06ce..07a27bae43 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestIntegrators.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestIntegrators.py\n@@ -137,7 +137,7 @@ def testMTSLangevinIntegrator(self):\n force.setForceGroup(0)\n \n # Create an integrator\n- integrator = MTSLangevinIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 4*femtoseconds, [(2,1), (1,2), (0,4)])\n+ integrator = MTSLangevinIntegrator(300*kelvin, 5/picosecond, 4*femtoseconds, [(2,1), (1,2), (0,4)])\n \n # Run some equilibration.\n context = Context(system, integrator)\n@@ -156,13 +156,43 @@ def testMTSLangevinIntegrator(self):\n temperature = averageEnergy*2/(dofs*MOLAR_GAS_CONSTANT_R)\n self.assertTrue(290*kelvin < temperature < 310*kelvin)\n \n+ def testMTSLangevinIntegratorFriction(self):\n+ \"\"\"Test the MTSLangevinIntegrator on a force-free particle to ensure friction is properly accounted for (issue #3790)\"\"\"\n+ # Create a System with a single particle and no forces\n+ system = System()\n+ system.addParticle(12.0*amu)\n+ platform = Platform.getPlatformByName('Reference')\n+ initial_positions = [Vec3(0,0,0)]\n+ initial_velocities = [Vec3(1,0,0)]\n+ nsteps = 125 # number of steps to take\n+ collision_rate = 1/picosecond\n+ timestep = 4*femtoseconds\n+\n+ def get_final_velocities(nsubsteps):\n+ \"\"\"Get the final velocity vector after a fixed number of steps for the specified number of substeps\"\"\"\n+ integrator = MTSLangevinIntegrator(0*kelvin, collision_rate, timestep, [(0,nsubsteps)])\n+ context = Context(system, integrator, platform)\n+ context.setPositions(initial_positions)\n+ context.setVelocities(initial_velocities)\n+ integrator.step(nsteps)\n+ final_velocities = context.getState(getVelocities=True).getVelocities()\n+ del context, integrator\n+ return final_velocities\n+\n+ # Compare sub-stepped MTS with single-step MTS\n+ for nsubsteps in range(2,6):\n+ mts_velocities = get_final_velocities(nsubsteps)\n+ self.assertAlmostEqual(math.exp(-timestep*nsteps*collision_rate), mts_velocities[0].x)\n+ self.assertAlmostEqual(0, mts_velocities[0].y)\n+ self.assertAlmostEqual(0, mts_velocities[0].z)\n+\n def testNoseHooverIntegrator(self):\n \"\"\"Test partial thermostating in the NoseHooverIntegrator (only API)\"\"\"\n pdb = PDBFile('systems/alanine-dipeptide-explicit.pdb')\n ff = ForceField('amber99sbildn.xml', 'tip3p.xml')\n system = ff.createSystem(pdb.topology, nonbondedMethod=PME)\n \n- integrator = NoseHooverIntegrator(1.0*femtosecond) \n+ integrator = NoseHooverIntegrator(1.0*femtosecond)\n integrator.addSubsystemThermostat(list(range(5)), [], 200*kelvin, 1/picosecond, 200*kelvin, 1/picosecond, 3,3,3)\n con = Context(system, integrator)\n con.setPositions(pdb.positions)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3819
|
multi_swe_bench
|
Add OPC and OPC3 ion sets (openmm/openmm#3819)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3819,
"issue_title": "Add OPC and OPC3 ion sets",
"issue_body": "Make merged xml files from `opc*xml` and `ions/ionslm_126_opc*.xml` from https://github.com/openmm/openmmforcefields/commit/b12c2e871b60275a10b3f8f56dfc2f6d5447591f",
"base_commit": "c19b6d938a7a9e5f5909c27d92cf20db7a037e35",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Add OPC and OPC3 ion sets",
"body": "The current implementation of the force field library does not include support for the OPC and OPC3 water models along with their associated ion parameters. These water models are widely used in molecular simulations due to their improved accuracy in representing water properties and interactions. The absence of these models limits the flexibility and applicability of the software for users who require these specific water models for their simulations.\n\nThe expected behavior is that users should be able to access and utilize the OPC and OPC3 water models, including their ion parameters, directly within the force field library. This would allow for more accurate and diverse simulations, catering to a broader range of scientific use cases.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3819",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst b/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\nindex a06afc52d7..b984e53d56 100644\n--- a/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\n+++ b/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\n@@ -505,6 +505,8 @@ File Parameters\n :file:`amber14/tip4pew.xml` TIP4P-Ew water model\\ :cite:`Horn2004` and ions\n :file:`amber14/tip4pfb.xml` TIP4P-FB water model\\ :cite:`Wang2014` and ions\n :file:`amber14/spce.xml` SPC/E water model\\ :cite:`Berendsen1987` and ions\n+:code:`amber14/opc.xml` OPC water model\\ :cite:`Izadi2014` and ions\n+:code:`amber14/opc3.xml` OPC3 water model\\ :cite:`Izadi2016` and ions\n =================================== ============================================\n \n As a convenience, the file :file:`amber14-all.xml` can be used as a shortcut to include\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc.xml b/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc.xml\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..eb2a2104bf\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc.xml\n@@ -0,0 +1,341 @@\n+<ForceField>\n+ <Info>\n+ <Reference>Izadi S, Anandakrishnan R, Onufriev AV. Building Water Models: A Different Approach. The Journal of Physical Chemistry Letters. 2014 Nov 6;5(21):3863-71. DOI:10.1021/jz501780a</Reference>\n+ <!-- Li/Merz ion parameters of atomic ions for the OPC water model (12-6 set) -->\n+ <DateGenerated>2022-09-28T04:59:42.378081</DateGenerated>\n+ <Source Source=\"parm/frcmod.ionslm_126_opc\" md5hash=\"61ee47ec99a7ebf66cf09e899a8f0581\" sourcePackage=\"AmberTools\" sourcePackageVersion=\"22.0-py38h6177452_1\">parm/frcmod.ionslm_126_opc</Source>\n+ <Source Source=\"lib/atomic_ions.lib\" md5hash=\"e900cee0c71ec2795d25b3555de486e1\" sourcePackage=\"AmberTools\" sourcePackageVersion=\"22.0-py38h6177452_1\">lib/atomic_ions.lib</Source>\n+ </Info>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"opc-O\" class=\"OW\" element=\"O\" mass=\"16.00000\"/>\n+ <Type name=\"opc-H\" class=\"HW\" element=\"H\" mass=\"1.00800\"/>\n+ <Type name=\"opc-M\" class=\"MW\" mass=\"0\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Li+\" element=\"Li\" mass=\"6.94\" name=\"ionslm_126_opc-Li+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Na+\" element=\"Na\" mass=\"22.99\" name=\"ionslm_126_opc-Na+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-K+\" element=\"K\" mass=\"39.10\" name=\"ionslm_126_opc-K+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Rb+\" element=\"Rb\" mass=\"85.47\" name=\"ionslm_126_opc-Rb+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cs+\" element=\"Cs\" mass=\"132.91\" name=\"ionslm_126_opc-Cs+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Tl+\" element=\"Tl\" mass=\"204.38\" name=\"ionslm_126_opc-Tl+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cu+\" element=\"Cu\" mass=\"63.55\" name=\"ionslm_126_opc-Cu+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ag+\" element=\"Ag\" mass=\"107.87\" name=\"ionslm_126_opc-Ag+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-F-\" element=\"F\" mass=\"19.00\" name=\"ionslm_126_opc-F-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cl-\" element=\"Cl\" mass=\"35.45\" name=\"ionslm_126_opc-Cl-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Br-\" element=\"Br\" mass=\"79.90\" name=\"ionslm_126_opc-Br-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-I-\" element=\"I\" mass=\"126.9\" name=\"ionslm_126_opc-I-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Be2+\" element=\"Be\" mass=\"9.01\" name=\"ionslm_126_opc-Be2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cu2+\" element=\"Cu\" mass=\"63.55\" name=\"ionslm_126_opc-Cu2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ni2+\" element=\"Ni\" mass=\"58.69\" name=\"ionslm_126_opc-Ni2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Pt2+\" element=\"Pt\" mass=\"195.08\" name=\"ionslm_126_opc-Pt2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Zn2+\" element=\"Zn\" mass=\"65.4\" name=\"ionslm_126_opc-Zn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Co2+\" element=\"Co\" mass=\"58.93\" name=\"ionslm_126_opc-Co2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Pd2+\" element=\"Pd\" mass=\"106.42\" name=\"ionslm_126_opc-Pd2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ag2+\" element=\"Ag\" mass=\"107.87\" name=\"ionslm_126_opc-Ag2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cr2+\" element=\"Cr\" mass=\"52.00\" name=\"ionslm_126_opc-Cr2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Fe2+\" element=\"Fe\" mass=\"55.85\" name=\"ionslm_126_opc-Fe2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Mg2+\" element=\"Mg\" mass=\"24.305\" name=\"ionslm_126_opc-Mg2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-V2+\" element=\"V\" mass=\"50.94\" name=\"ionslm_126_opc-V2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Mn2+\" element=\"Mn\" mass=\"54.94\" name=\"ionslm_126_opc-Mn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Hg2+\" element=\"Hg\" mass=\"200.59\" name=\"ionslm_126_opc-Hg2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cd2+\" element=\"Cd\" mass=\"112.41\" name=\"ionslm_126_opc-Cd2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Yb2+\" element=\"Yb\" mass=\"173.05\" name=\"ionslm_126_opc-Yb2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ca2+\" element=\"Ca\" mass=\"40.08\" name=\"ionslm_126_opc-Ca2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Sn2+\" element=\"Sn\" mass=\"118.71\" name=\"ionslm_126_opc-Sn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Pb2+\" element=\"Pb\" mass=\"207.2\" name=\"ionslm_126_opc-Pb2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Eu2+\" element=\"Eu\" mass=\"151.96\" name=\"ionslm_126_opc-Eu2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Sr2+\" element=\"Sr\" mass=\"87.62\" name=\"ionslm_126_opc-Sr2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Sm2+\" element=\"Sm\" mass=\"150.36\" name=\"ionslm_126_opc-Sm2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ba2+\" element=\"Ba\" mass=\"137.33\" name=\"ionslm_126_opc-Ba2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ra2+\" element=\"Ra\" mass=\"226.03\" name=\"ionslm_126_opc-Ra2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Al3+\" element=\"Al\" mass=\"26.98\" name=\"ionslm_126_opc-Al3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Fe3+\" element=\"Fe\" mass=\"55.85\" name=\"ionslm_126_opc-Fe3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Cr3+\" element=\"Cr\" mass=\"52.00\" name=\"ionslm_126_opc-Cr3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-In3+\" element=\"In\" mass=\"114.82\" name=\"ionslm_126_opc-In3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Tl3+\" element=\"Tl\" mass=\"204.38\" name=\"ionslm_126_opc-Tl3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Y3+\" element=\"Y\" mass=\"88.91\" name=\"ionslm_126_opc-Y3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-La3+\" element=\"La\" mass=\"138.91\" name=\"ionslm_126_opc-La3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ce3+\" element=\"Ce\" mass=\"140.12\" name=\"ionslm_126_opc-Ce3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Pr3+\" element=\"Pr\" mass=\"140.91\" name=\"ionslm_126_opc-Pr3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Nd3+\" element=\"Nd\" mass=\"144.24\" name=\"ionslm_126_opc-Nd3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Sm3+\" element=\"Sm\" mass=\"150.36\" name=\"ionslm_126_opc-Sm3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Eu3+\" element=\"Eu\" mass=\"151.96\" name=\"ionslm_126_opc-Eu3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Gd3+\" element=\"Gd\" mass=\"157.25\" name=\"ionslm_126_opc-Gd3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Tb3+\" element=\"Tb\" mass=\"158.93\" name=\"ionslm_126_opc-Tb3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Dy3+\" element=\"Dy\" mass=\"162.5\" name=\"ionslm_126_opc-Dy3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Er3+\" element=\"Er\" mass=\"167.26\" name=\"ionslm_126_opc-Er3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Tm3+\" element=\"Tm\" mass=\"168.93\" name=\"ionslm_126_opc-Tm3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Lu3+\" element=\"Lu\" mass=\"174.97\" name=\"ionslm_126_opc-Lu3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Hf4+\" element=\"Hf\" mass=\"178.49\" name=\"ionslm_126_opc-Hf4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Zr4+\" element=\"Zr\" mass=\"91.22\" name=\"ionslm_126_opc-Zr4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Ce4+\" element=\"Ce\" mass=\"140.12\" name=\"ionslm_126_opc-Ce4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-U4+\" element=\"U\" mass=\"238.03\" name=\"ionslm_126_opc-U4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Pu4+\" element=\"Pu\" mass=\"244.06\" name=\"ionslm_126_opc-Pu4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc-Th4+\" element=\"Th\" mass=\"232.04\" name=\"ionslm_126_opc-Th4+\"/>\n+ </AtomTypes>\n+ <Residues>\n+ <Residue name=\"HOH\">\n+ <Atom name=\"O\" type=\"opc-O\" charge=\"0\"/>\n+ <Atom name=\"H1\" type=\"opc-H\" charge=\"0.679142\"/>\n+ <Atom name=\"H2\" type=\"opc-H\" charge=\"0.679142\"/>\n+ <Atom name=\"M\" type=\"opc-M\" charge=\"-1.358284\"/>\n+ <!-- weight2 = 0.15939833/(2*(cos(angle/2) * 0.87243313)) -->\n+ <VirtualSite type=\"average3\" index=\"3\" atom1=\"0\" atom2=\"1\" atom3=\"2\" weight1=\"0.7045587810585758\" weight2=\"0.1477206094707121\" weight3=\"0.1477206094707121\"/>\n+ <Bond from=\"0\" to=\"1\"/>\n+ <Bond from=\"0\" to=\"2\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"AG1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"AG1\" type=\"ionslm_126_opc-Ag+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ag\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Ag\" type=\"ionslm_126_opc-Ag2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"AL\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"AL\" type=\"ionslm_126_opc-Al3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"BA\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"BA\" type=\"ionslm_126_opc-Ba2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Be\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Be\" type=\"ionslm_126_opc-Be2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"BR\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"BR\" type=\"ionslm_126_opc-Br-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CA\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CA\" type=\"ionslm_126_opc-Ca2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CD\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CD\" type=\"ionslm_126_opc-Cd2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CE\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"CE\" type=\"ionslm_126_opc-Ce3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ce\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Ce\" type=\"ionslm_126_opc-Ce4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CL\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"CL\" type=\"ionslm_126_opc-Cl-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CO\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CO\" type=\"ionslm_126_opc-Co2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Cr\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Cr\" type=\"ionslm_126_opc-Cr2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CR\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"CR\" type=\"ionslm_126_opc-Cr3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CS\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"CS\" type=\"ionslm_126_opc-Cs+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CU1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"CU1\" type=\"ionslm_126_opc-Cu+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CU\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CU\" type=\"ionslm_126_opc-Cu2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Dy\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Dy\" type=\"ionslm_126_opc-Dy3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Er\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Er\" type=\"ionslm_126_opc-Er3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"EU\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"EU\" type=\"ionslm_126_opc-Eu2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"EU3\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"EU3\" type=\"ionslm_126_opc-Eu3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"F\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"F\" type=\"ionslm_126_opc-F-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"FE2\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"FE2\" type=\"ionslm_126_opc-Fe2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"FE\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"FE\" type=\"ionslm_126_opc-Fe3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"GD3\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"GD\" type=\"ionslm_126_opc-Gd3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Hf\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Hf\" type=\"ionslm_126_opc-Hf4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"HG\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"HG\" type=\"ionslm_126_opc-Hg2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"IOD\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"I\" type=\"ionslm_126_opc-I-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"IN\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"IN\" type=\"ionslm_126_opc-In3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"K\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"K\" type=\"ionslm_126_opc-K+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LA\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"LA\" type=\"ionslm_126_opc-La3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LI\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"LI\" type=\"ionslm_126_opc-Li+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LU\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"LU\" type=\"ionslm_126_opc-Lu3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"MG\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"MG\" type=\"ionslm_126_opc-Mg2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"MN\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"MN\" type=\"ionslm_126_opc-Mn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"NA\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"NA\" type=\"ionslm_126_opc-Na+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Nd\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Nd\" type=\"ionslm_126_opc-Nd3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"NI\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"NI\" type=\"ionslm_126_opc-Ni2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PB\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PB\" type=\"ionslm_126_opc-Pb2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PD\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PD\" type=\"ionslm_126_opc-Pd2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PR\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"PR\" type=\"ionslm_126_opc-Pr3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PT\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PT\" type=\"ionslm_126_opc-Pt2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Pu\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Pu\" type=\"ionslm_126_opc-Pu4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ra\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Ra\" type=\"ionslm_126_opc-Ra2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"RB\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"RB\" type=\"ionslm_126_opc-Rb+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Sm\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Sm\" type=\"ionslm_126_opc-Sm2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"SM\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"SM\" type=\"ionslm_126_opc-Sm3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Sn\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Sn\" type=\"ionslm_126_opc-Sn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"SR\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"SR\" type=\"ionslm_126_opc-Sr2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"TB\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"TB\" type=\"ionslm_126_opc-Tb3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Th\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Th\" type=\"ionslm_126_opc-Th4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"TL1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"TL1\" type=\"ionslm_126_opc-Tl+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Tl\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Tl\" type=\"ionslm_126_opc-Tl3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Tm\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Tm\" type=\"ionslm_126_opc-Tm3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"U4+\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"U\" type=\"ionslm_126_opc-U4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"V2+\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"V2+\" type=\"ionslm_126_opc-V2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Y\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Y\" type=\"ionslm_126_opc-Y3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"YB2\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"YB2\" type=\"ionslm_126_opc-Yb2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"ZN\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"ZN\" type=\"ionslm_126_opc-Zn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Zr\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Zr\" type=\"ionslm_126_opc-Zr4+\"/>\n+ </Residue>\n+ </Residues>\n+ <HarmonicBondForce>\n+ <Bond class1=\"OW\" class2=\"HW\" length=\"0.087243313\" k=\"502416.0\"/>\n+ </HarmonicBondForce>\n+ <HarmonicAngleForce>\n+ <!-- angle = arccos(1 - (1.37120510**2 / (2*0.87243313**2))) -->\n+ <Angle class1=\"HW\" class2=\"OW\" class3=\"HW\" angle=\"1.8081424254418306\" k=\"628.02\"/>\n+ </HarmonicAngleForce>\n+ <NonbondedForce coulomb14scale=\"0.833333\" lj14scale=\"0.5\">\n+ <UseAttributeFromResidue name=\"charge\"/>\n+ <!-- sigma = (1.777167268 * 2 / (2**(1/6)))*unit.angstrom/unit.nanometer -->\n+ <!-- epsilon = (0.2128008130*unit.kilocalorie)/(unit.kilojoule) -->\n+ <Atom type=\"opc-O\" sigma=\"0.3166552081964338\" epsilon=\"0.8903586015920001\"/>\n+ <Atom type=\"opc-H\" sigma=\"0.08908987181403394\" epsilon=\"0\"/>\n+ <Atom type=\"opc-M\" sigma=\"0.08908987181403394\" epsilon=\"0\"/>\n+ <Atom epsilon=\"0.009039866720000001\" sigma=\"0.2212992415860603\" type=\"ionslm_126_opc-Li+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.12386075112\" sigma=\"0.2613896839023756\" type=\"ionslm_126_opc-Na+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.58382766144\" sigma=\"0.3032619236549715\" type=\"ionslm_126_opc-K+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.9537620464000001\" sigma=\"0.3239307739158274\" type=\"ionslm_126_opc-Rb+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.47731805816\" sigma=\"0.349232297511013\" type=\"ionslm_126_opc-Cs+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.47070573208000005\" sigma=\"0.29577837442259264\" type=\"ionslm_126_opc-Tl+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0032724319200000004\" sigma=\"0.21025209748112006\" type=\"ionslm_126_opc-Cu+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.025210566480000002\" sigma=\"0.23448454261453733\" type=\"ionslm_126_opc-Ag+\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.0313754556\" sigma=\"0.3278507282756449\" type=\"ionslm_126_opc-F-\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"2.8400519208\" sigma=\"0.4205041949622401\" type=\"ionslm_126_opc-Cl-\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"3.17863094952\" sigma=\"0.4452711793265416\" type=\"ionslm_126_opc-Br-\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"3.77817463544\" sigma=\"0.5167212565213968\" type=\"ionslm_126_opc-I-\"/><!-- HFE set for the OPC water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"5.35552e-06\" sigma=\"0.16410354388145051\" type=\"ionslm_126_opc-Be2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0031585016\" sigma=\"0.20989573799386393\" type=\"ionslm_126_opc-Cu2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.00439211216\" sigma=\"0.21328115312279727\" type=\"ionslm_126_opc-Ni2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.00631378152\" sigma=\"0.21720110748261476\" type=\"ionslm_126_opc-Pt2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.00631378152\" sigma=\"0.21720110748261476\" type=\"ionslm_126_opc-Zn2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.012329536720000001\" sigma=\"0.2250410162022497\" type=\"ionslm_126_opc-Co2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.013433485120000001\" sigma=\"0.2261100946640181\" type=\"ionslm_126_opc-Pd2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0218984284\" sigma=\"0.23252456543462854\" type=\"ionslm_126_opc-Ag2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.025210566480000002\" sigma=\"0.23448454261453733\" type=\"ionslm_126_opc-Cr2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.027520218160000002\" sigma=\"0.23573180081993375\" type=\"ionslm_126_opc-Fe2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0299963512\" sigma=\"0.23697905902533029\" type=\"ionslm_126_opc-Mg2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.03148911872\" sigma=\"0.23769177799984254\" type=\"ionslm_126_opc-V2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.053825486400000004\" sigma=\"0.2460662259503617\" type=\"ionslm_126_opc-Mn2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.053825486400000004\" sigma=\"0.2460662259503617\" type=\"ionslm_126_opc-Hg2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.05861307024\" sigma=\"0.24749166389938626\" type=\"ionslm_126_opc-Cd2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.33615222504000003\" sigma=\"0.2854439492921647\" type=\"ionslm_126_opc-Yb2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.34886028824000004\" sigma=\"0.2865130277539331\" type=\"ionslm_126_opc-Ca2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.38639884336\" sigma=\"0.2895420833956103\" type=\"ionslm_126_opc-Sn2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.59811815528\" sigma=\"0.30415282237311186\" type=\"ionslm_126_opc-Pb2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.73715046696\" sigma=\"0.312349090580003\" type=\"ionslm_126_opc-Eu2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.77874118424\" sigma=\"0.31466542724716784\" type=\"ionslm_126_opc-Sr2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.77874118424\" sigma=\"0.31466542724716784\" type=\"ionslm_126_opc-Sm2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.47731805816\" sigma=\"0.349232297511013\" type=\"ionslm_126_opc-Ba2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.47731805816\" sigma=\"0.349232297511013\" type=\"ionslm_126_opc-Ra2+\"/><!-- CM set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.010193772080000002\" sigma=\"0.22272467953508485\" type=\"ionslm_126_opc-Al3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.06572013816000001\" sigma=\"0.249451641079295\" type=\"ionslm_126_opc-Fe3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.032257342960000004\" sigma=\"0.2380481374870987\" type=\"ionslm_126_opc-Cr3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.09715545064\" sigma=\"0.2565788308244177\" type=\"ionslm_126_opc-In3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.14196839183999999\" sigma=\"0.26424055980042466\" type=\"ionslm_126_opc-Tl3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.28247819944\" sigma=\"0.2806330962142069\" type=\"ionslm_126_opc-Y3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.5781589690400001\" sigma=\"0.30290556416771536\" type=\"ionslm_126_opc-La3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.65093680392\" sigma=\"0.30736005775841707\" type=\"ionslm_126_opc-Ce3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.62720034432\" sigma=\"0.30593461980939257\" type=\"ionslm_126_opc-Pr3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.47580293192\" sigma=\"0.29613473390984874\" type=\"ionslm_126_opc-Nd3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.41662062848000003\" sigma=\"0.2918584200627751\" type=\"ionslm_126_opc-Sm3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.43586389048\" sigma=\"0.2932838580117997\" type=\"ionslm_126_opc-Eu3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.33197918711999996\" sigma=\"0.2850875898049086\" type=\"ionslm_126_opc-Gd3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.34886028824000004\" sigma=\"0.2865130277539331\" type=\"ionslm_126_opc-Tb3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.29778189072\" sigma=\"0.2820585341632314\" type=\"ionslm_126_opc-Dy3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.28247819944\" sigma=\"0.2806330962142069\" type=\"ionslm_126_opc-Er3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.28247819944\" sigma=\"0.2806330962142069\" type=\"ionslm_126_opc-Tm3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.25163082264000003\" sigma=\"0.27760404057252974\" type=\"ionslm_126_opc-Lu3+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.11751709584\" sigma=\"0.26032060544060714\" type=\"ionslm_126_opc-Hf4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.14799067408\" sigma=\"0.265131458518565\" type=\"ionslm_126_opc-Zr4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.5310938643199999\" sigma=\"0.2998765085260382\" type=\"ionslm_126_opc-Ce4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.5310938643199999\" sigma=\"0.2998765085260382\" type=\"ionslm_126_opc-U4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.46563832232\" sigma=\"0.29542201493533654\" type=\"ionslm_126_opc-Pu4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.58952354984\" sigma=\"0.3036182831422276\" type=\"ionslm_126_opc-Th4+\"/><!-- IOD set for the OPC water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ </NonbondedForce>\n+</ForceField>\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc3.xml b/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc3.xml\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..a13af34ed4\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/amber14/opc3.xml\n@@ -0,0 +1,337 @@\n+<ForceField>\n+ <Info>\n+ <DateGenerated>2022-06-21</DateGenerated>\n+ <Reference>Izadi S, Onufriev AV. Accuracy limit of rigid 3-point water models. The Journal of Chemical Physics 145, 074501 (2016); DOI:10.1063/1.4960175</Reference>\n+ <!-- Li/Merz ion parameters of atomic ions for the OPC3 water model (12-6 set) -->\n+ <DateGenerated>2022-09-28T04:59:42.433215</DateGenerated>\n+ <Source Source=\"parm/frcmod.ionslm_126_opc3\" md5hash=\"5764d233aceb45e3c28df84ac16d1085\" sourcePackage=\"AmberTools\" sourcePackageVersion=\"22.0-py38h6177452_1\">parm/frcmod.ionslm_126_opc3</Source>\n+ <Source Source=\"lib/atomic_ions.lib\" md5hash=\"e900cee0c71ec2795d25b3555de486e1\" sourcePackage=\"AmberTools\" sourcePackageVersion=\"22.0-py38h6177452_1\">lib/atomic_ions.lib</Source>\n+ </Info>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"opc3-O\" class=\"OW\" element=\"O\" mass=\"16.00000\"/>\n+ <Type name=\"opc3-H\" class=\"HW\" element=\"H\" mass=\"1.00800\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Li+\" element=\"Li\" mass=\"6.94\" name=\"ionslm_126_opc3-Li+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Na+\" element=\"Na\" mass=\"22.99\" name=\"ionslm_126_opc3-Na+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-K+\" element=\"K\" mass=\"39.10\" name=\"ionslm_126_opc3-K+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Rb+\" element=\"Rb\" mass=\"85.47\" name=\"ionslm_126_opc3-Rb+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cs+\" element=\"Cs\" mass=\"132.91\" name=\"ionslm_126_opc3-Cs+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Tl+\" element=\"Tl\" mass=\"204.38\" name=\"ionslm_126_opc3-Tl+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cu+\" element=\"Cu\" mass=\"63.55\" name=\"ionslm_126_opc3-Cu+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ag+\" element=\"Ag\" mass=\"107.87\" name=\"ionslm_126_opc3-Ag+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-F-\" element=\"F\" mass=\"19.00\" name=\"ionslm_126_opc3-F-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cl-\" element=\"Cl\" mass=\"35.45\" name=\"ionslm_126_opc3-Cl-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Br-\" element=\"Br\" mass=\"79.90\" name=\"ionslm_126_opc3-Br-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-I-\" element=\"I\" mass=\"126.9\" name=\"ionslm_126_opc3-I-\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Be2+\" element=\"Be\" mass=\"9.01\" name=\"ionslm_126_opc3-Be2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cu2+\" element=\"Cu\" mass=\"63.55\" name=\"ionslm_126_opc3-Cu2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ni2+\" element=\"Ni\" mass=\"58.69\" name=\"ionslm_126_opc3-Ni2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Pt2+\" element=\"Pt\" mass=\"195.08\" name=\"ionslm_126_opc3-Pt2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Zn2+\" element=\"Zn\" mass=\"65.4\" name=\"ionslm_126_opc3-Zn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Co2+\" element=\"Co\" mass=\"58.93\" name=\"ionslm_126_opc3-Co2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Pd2+\" element=\"Pd\" mass=\"106.42\" name=\"ionslm_126_opc3-Pd2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ag2+\" element=\"Ag\" mass=\"107.87\" name=\"ionslm_126_opc3-Ag2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cr2+\" element=\"Cr\" mass=\"52.00\" name=\"ionslm_126_opc3-Cr2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Fe2+\" element=\"Fe\" mass=\"55.85\" name=\"ionslm_126_opc3-Fe2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Mg2+\" element=\"Mg\" mass=\"24.305\" name=\"ionslm_126_opc3-Mg2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-V2+\" element=\"V\" mass=\"50.94\" name=\"ionslm_126_opc3-V2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Mn2+\" element=\"Mn\" mass=\"54.94\" name=\"ionslm_126_opc3-Mn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Hg2+\" element=\"Hg\" mass=\"200.59\" name=\"ionslm_126_opc3-Hg2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cd2+\" element=\"Cd\" mass=\"112.41\" name=\"ionslm_126_opc3-Cd2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Yb2+\" element=\"Yb\" mass=\"173.05\" name=\"ionslm_126_opc3-Yb2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ca2+\" element=\"Ca\" mass=\"40.08\" name=\"ionslm_126_opc3-Ca2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Sn2+\" element=\"Sn\" mass=\"118.71\" name=\"ionslm_126_opc3-Sn2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Pb2+\" element=\"Pb\" mass=\"207.2\" name=\"ionslm_126_opc3-Pb2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Eu2+\" element=\"Eu\" mass=\"151.96\" name=\"ionslm_126_opc3-Eu2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Sr2+\" element=\"Sr\" mass=\"87.62\" name=\"ionslm_126_opc3-Sr2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Sm2+\" element=\"Sm\" mass=\"150.36\" name=\"ionslm_126_opc3-Sm2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ba2+\" element=\"Ba\" mass=\"137.33\" name=\"ionslm_126_opc3-Ba2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ra2+\" element=\"Ra\" mass=\"226.03\" name=\"ionslm_126_opc3-Ra2+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Al3+\" element=\"Al\" mass=\"26.98\" name=\"ionslm_126_opc3-Al3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Fe3+\" element=\"Fe\" mass=\"55.85\" name=\"ionslm_126_opc3-Fe3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Cr3+\" element=\"Cr\" mass=\"52.00\" name=\"ionslm_126_opc3-Cr3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-In3+\" element=\"In\" mass=\"114.82\" name=\"ionslm_126_opc3-In3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Tl3+\" element=\"Tl\" mass=\"204.38\" name=\"ionslm_126_opc3-Tl3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Y3+\" element=\"Y\" mass=\"88.91\" name=\"ionslm_126_opc3-Y3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-La3+\" element=\"La\" mass=\"138.91\" name=\"ionslm_126_opc3-La3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ce3+\" element=\"Ce\" mass=\"140.12\" name=\"ionslm_126_opc3-Ce3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Pr3+\" element=\"Pr\" mass=\"140.91\" name=\"ionslm_126_opc3-Pr3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Nd3+\" element=\"Nd\" mass=\"144.24\" name=\"ionslm_126_opc3-Nd3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Sm3+\" element=\"Sm\" mass=\"150.36\" name=\"ionslm_126_opc3-Sm3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Eu3+\" element=\"Eu\" mass=\"151.96\" name=\"ionslm_126_opc3-Eu3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Gd3+\" element=\"Gd\" mass=\"157.25\" name=\"ionslm_126_opc3-Gd3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Tb3+\" element=\"Tb\" mass=\"158.93\" name=\"ionslm_126_opc3-Tb3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Dy3+\" element=\"Dy\" mass=\"162.5\" name=\"ionslm_126_opc3-Dy3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Er3+\" element=\"Er\" mass=\"167.26\" name=\"ionslm_126_opc3-Er3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Tm3+\" element=\"Tm\" mass=\"168.93\" name=\"ionslm_126_opc3-Tm3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Lu3+\" element=\"Lu\" mass=\"174.97\" name=\"ionslm_126_opc3-Lu3+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Hf4+\" element=\"Hf\" mass=\"178.49\" name=\"ionslm_126_opc3-Hf4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Zr4+\" element=\"Zr\" mass=\"91.22\" name=\"ionslm_126_opc3-Zr4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Ce4+\" element=\"Ce\" mass=\"140.12\" name=\"ionslm_126_opc3-Ce4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-U4+\" element=\"U\" mass=\"238.03\" name=\"ionslm_126_opc3-U4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Pu4+\" element=\"Pu\" mass=\"244.06\" name=\"ionslm_126_opc3-Pu4+\"/>\n+ <Type class=\"ionslm_126_opc3-Th4+\" element=\"Th\" mass=\"232.04\" name=\"ionslm_126_opc3-Th4+\"/>\n+ </AtomTypes>\n+ <Residues>\n+ <Residue name=\"HOH\">\n+ <Atom name=\"O\" type=\"opc3-O\" charge=\"-0.895170\"/>\n+ <Atom name=\"H1\" type=\"opc3-H\" charge=\"0.447585\"/>\n+ <Atom name=\"H2\" type=\"opc3-H\" charge=\"0.447585\"/>\n+ <Bond atomName1=\"O\" atomName2=\"H1\"/>\n+ <Bond atomName1=\"O\" atomName2=\"H2\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"AG1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"AG1\" type=\"ionslm_126_opc3-Ag+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ag\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Ag\" type=\"ionslm_126_opc3-Ag2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"AL\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"AL\" type=\"ionslm_126_opc3-Al3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"BA\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"BA\" type=\"ionslm_126_opc3-Ba2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Be\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Be\" type=\"ionslm_126_opc3-Be2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"BR\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"BR\" type=\"ionslm_126_opc3-Br-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CA\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CA\" type=\"ionslm_126_opc3-Ca2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CD\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CD\" type=\"ionslm_126_opc3-Cd2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CE\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"CE\" type=\"ionslm_126_opc3-Ce3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ce\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Ce\" type=\"ionslm_126_opc3-Ce4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CL\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"CL\" type=\"ionslm_126_opc3-Cl-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CO\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CO\" type=\"ionslm_126_opc3-Co2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Cr\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Cr\" type=\"ionslm_126_opc3-Cr2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CR\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"CR\" type=\"ionslm_126_opc3-Cr3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CS\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"CS\" type=\"ionslm_126_opc3-Cs+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CU1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"CU1\" type=\"ionslm_126_opc3-Cu+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"CU\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"CU\" type=\"ionslm_126_opc3-Cu2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Dy\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Dy\" type=\"ionslm_126_opc3-Dy3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Er\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Er\" type=\"ionslm_126_opc3-Er3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"EU\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"EU\" type=\"ionslm_126_opc3-Eu2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"EU3\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"EU3\" type=\"ionslm_126_opc3-Eu3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"F\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"F\" type=\"ionslm_126_opc3-F-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"FE2\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"FE2\" type=\"ionslm_126_opc3-Fe2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"FE\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"FE\" type=\"ionslm_126_opc3-Fe3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"GD3\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"GD\" type=\"ionslm_126_opc3-Gd3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Hf\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Hf\" type=\"ionslm_126_opc3-Hf4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"HG\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"HG\" type=\"ionslm_126_opc3-Hg2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"IOD\">\n+ <Atom charge=\"-1.0\" name=\"I\" type=\"ionslm_126_opc3-I-\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"IN\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"IN\" type=\"ionslm_126_opc3-In3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"K\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"K\" type=\"ionslm_126_opc3-K+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LA\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"LA\" type=\"ionslm_126_opc3-La3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LI\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"LI\" type=\"ionslm_126_opc3-Li+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"LU\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"LU\" type=\"ionslm_126_opc3-Lu3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"MG\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"MG\" type=\"ionslm_126_opc3-Mg2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"MN\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"MN\" type=\"ionslm_126_opc3-Mn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"NA\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"NA\" type=\"ionslm_126_opc3-Na+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Nd\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Nd\" type=\"ionslm_126_opc3-Nd3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"NI\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"NI\" type=\"ionslm_126_opc3-Ni2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PB\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PB\" type=\"ionslm_126_opc3-Pb2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PD\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PD\" type=\"ionslm_126_opc3-Pd2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PR\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"PR\" type=\"ionslm_126_opc3-Pr3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"PT\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"PT\" type=\"ionslm_126_opc3-Pt2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Pu\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Pu\" type=\"ionslm_126_opc3-Pu4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Ra\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Ra\" type=\"ionslm_126_opc3-Ra2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"RB\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"RB\" type=\"ionslm_126_opc3-Rb+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Sm\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Sm\" type=\"ionslm_126_opc3-Sm2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"SM\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"SM\" type=\"ionslm_126_opc3-Sm3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Sn\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"Sn\" type=\"ionslm_126_opc3-Sn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"SR\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"SR\" type=\"ionslm_126_opc3-Sr2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"TB\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"TB\" type=\"ionslm_126_opc3-Tb3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Th\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Th\" type=\"ionslm_126_opc3-Th4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"TL1\">\n+ <Atom charge=\"1.0\" name=\"TL1\" type=\"ionslm_126_opc3-Tl+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Tl\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Tl\" type=\"ionslm_126_opc3-Tl3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Tm\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Tm\" type=\"ionslm_126_opc3-Tm3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"U4+\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"U\" type=\"ionslm_126_opc3-U4+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"V2+\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"V2+\" type=\"ionslm_126_opc3-V2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Y\">\n+ <Atom charge=\"3.0\" name=\"Y\" type=\"ionslm_126_opc3-Y3+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"YB2\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"YB2\" type=\"ionslm_126_opc3-Yb2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"ZN\">\n+ <Atom charge=\"2.0\" name=\"ZN\" type=\"ionslm_126_opc3-Zn2+\"/>\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Zr\">\n+ <Atom charge=\"4.0\" name=\"Zr\" type=\"ionslm_126_opc3-Zr4+\"/>\n+ </Residue>\n+ </Residues>\n+ <HarmonicBondForce>\n+ <Bond class1=\"OW\" class2=\"HW\" length=\"0.0978882\" k=\"502416.0\"/>\n+ </HarmonicBondForce>\n+ <HarmonicAngleForce>\n+ <!-- angle = arccos(1 - (1.598507**2 / (2*0.978882**2))) -->\n+ <Angle class1=\"HW\" class2=\"OW\" class3=\"HW\" angle=\"1.9106321528999624\" k=\"628.02\"/>\n+ </HarmonicAngleForce>\n+ <NonbondedForce coulomb14scale=\"0.833333\" lj14scale=\"0.5\">\n+ <UseAttributeFromResidue name=\"charge\"/>\n+ <!-- sigma = (1.7814990 * 2 / (2**(1/6)))*unit.angstrom/unit.nanometer -->\n+ <!-- epsilon = (0.163406*unit.kilocalorie)/(unit.kilojoule) -->\n+ <Atom type=\"opc3-O\" sigma=\"0.31742703509365927\" epsilon=\"0.683690704\"/>\n+ <Atom type=\"opc3-H\" sigma=\"1\" epsilon=\"0\"/>\n+ <Atom epsilon=\"0.013625196\" sigma=\"0.22628827440764618\" type=\"ionslm_126_opc3-Li+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.1260287744\" sigma=\"0.2617460433896317\" type=\"ionslm_126_opc3-Na+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.58667223752\" sigma=\"0.3034401033985996\" type=\"ionslm_126_opc3-K+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.89173069\" sigma=\"0.32072353853052216\" type=\"ionslm_126_opc3-Rb+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.4963237108\" sigma=\"0.35012319622915333\" type=\"ionslm_126_opc3-Cs+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.52838869912\" sigma=\"0.29969832878241015\" type=\"ionslm_126_opc3-Tl+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.004698632\" sigma=\"0.2139938720973095\" type=\"ionslm_126_opc3-Cu+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0318714108\" sigma=\"0.2378699577434706\" type=\"ionslm_126_opc3-Ag+\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.9537620464000001\" sigma=\"0.3239307739158274\" type=\"ionslm_126_opc3-F-\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"2.68724395648\" sigma=\"0.4108824888063245\" type=\"ionslm_126_opc3-Cl-\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"3.18294026032\" sigma=\"0.4456275388137977\" type=\"ionslm_126_opc3-Br-\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"3.64743605776\" sigma=\"0.4953396872860286\" type=\"ionslm_126_opc3-I-\"/><!-- HFE set for the OPC3 water model from Sengupta et al., JCIM, 2021, 61, 869 -->\n+ <Atom epsilon=\"2.598264e-05\" sigma=\"0.17301253106285389\" type=\"ionslm_126_opc3-Be2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.007283507200000001\" sigma=\"0.2188047251752673\" type=\"ionslm_126_opc3-Cu2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.01034627888\" sigma=\"0.2229028592787129\" type=\"ionslm_126_opc3-Ni2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.014015354\" sigma=\"0.22664463389490233\" type=\"ionslm_126_opc3-Pt2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.015669289200000002\" sigma=\"0.22807007184392686\" type=\"ionslm_126_opc3-Zn2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.022184153760000002\" sigma=\"0.23270274517825662\" type=\"ionslm_126_opc3-Co2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0230594884\" sigma=\"0.23323728440914082\" type=\"ionslm_126_opc3-Pd2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.033437523840000004\" sigma=\"0.23858267671798283\" type=\"ionslm_126_opc3-Ag2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.03762051968\" sigma=\"0.24036447415426354\" type=\"ionslm_126_opc3-Cr2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.04078617592000001\" sigma=\"0.24161173235966005\" type=\"ionslm_126_opc3-Fe2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.04415701552\" sigma=\"0.2428589905650565\" type=\"ionslm_126_opc3-Mg2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.045666519040000006\" sigma=\"0.2433935297959407\" type=\"ionslm_126_opc3-V2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0727321456\" sigma=\"0.25123343851557567\" type=\"ionslm_126_opc3-Mn2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.0727321456\" sigma=\"0.25123343851557567\" type=\"ionslm_126_opc3-Hg2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.07494179968\" sigma=\"0.25176797774645987\" type=\"ionslm_126_opc3-Cd2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.37961047072000004\" sigma=\"0.2890075441647261\" type=\"ionslm_126_opc3-Yb2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.39325717248000003\" sigma=\"0.2900766226264945\" type=\"ionslm_126_opc3-Ca2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.423779578\" sigma=\"0.2923929592936593\" type=\"ionslm_126_opc3-Sn2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.64496410208\" sigma=\"0.307003698271161\" type=\"ionslm_126_opc3-Pb2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.7982505068\" sigma=\"0.31573450570893624\" type=\"ionslm_126_opc3-Eu2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.8179506616000001\" sigma=\"0.31680358417070464\" type=\"ionslm_126_opc3-Sr2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.8378363768\" sigma=\"0.31787266263247305\" type=\"ionslm_126_opc3-Sm2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.5001257116000002\" sigma=\"0.35030137597278144\" type=\"ionslm_126_opc3-Ba2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"1.5001257116000002\" sigma=\"0.35030137597278144\" type=\"ionslm_126_opc3-Ra2+\"/><!-- CM set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2020, 16, 4429 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.01724489992\" sigma=\"0.22931733004932334\" type=\"ionslm_126_opc3-Al3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.07951189920000001\" sigma=\"0.2528370562082283\" type=\"ionslm_126_opc3-Fe3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.04465579016\" sigma=\"0.24303717030868457\" type=\"ionslm_126_opc3-Cr3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.10942737368000001\" sigma=\"0.25889516749158265\" type=\"ionslm_126_opc3-In3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.15799491096\" sigma=\"0.2665568964675895\" type=\"ionslm_126_opc3-Tl3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.33197918711999996\" sigma=\"0.2850875898049086\" type=\"ionslm_126_opc3-Y3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.67508049224\" sigma=\"0.3087854957074416\" type=\"ionslm_126_opc3-La3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.7530346464\" sigma=\"0.3132399892981433\" type=\"ionslm_126_opc3-Ce3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.7276888530400001\" sigma=\"0.3118145513491188\" type=\"ionslm_126_opc3-Pr3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.55575929744\" sigma=\"0.3014801262186908\" type=\"ionslm_126_opc3-Nd3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.48867542632000005\" sigma=\"0.29702563262798914\" type=\"ionslm_126_opc3-Sm3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.50965295632\" sigma=\"0.2984510705770137\" type=\"ionslm_126_opc3-Eu3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.38639884336\" sigma=\"0.2895420833956103\" type=\"ionslm_126_opc3-Gd3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.40484250112000003\" sigma=\"0.2909675213446348\" type=\"ionslm_126_opc3-Tb3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.34886028824000004\" sigma=\"0.2865130277539331\" type=\"ionslm_126_opc3-Dy3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.33197918711999996\" sigma=\"0.2850875898049086\" type=\"ionslm_126_opc3-Er3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.33197918711999996\" sigma=\"0.2850875898049086\" type=\"ionslm_126_opc3-Tm3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.29778189072\" sigma=\"0.2820585341632314\" type=\"ionslm_126_opc3-Lu3+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.14921629320000002\" sigma=\"0.26530963826219306\" type=\"ionslm_126_opc3-Hf4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.17386691496\" sigma=\"0.2686950533911263\" type=\"ionslm_126_opc3-Zr4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.6009964544\" sigma=\"0.3043310021167399\" type=\"ionslm_126_opc3-Ce4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.6009964544\" sigma=\"0.3043310021167399\" type=\"ionslm_126_opc3-U4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.52838869912\" sigma=\"0.29969832878241015\" type=\"ionslm_126_opc3-Pu4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ <Atom epsilon=\"0.63901700632\" sigma=\"0.3066473387839048\" type=\"ionslm_126_opc3-Th4+\"/><!-- IOD set for the OPC3 water model from Li et al., JCTC, 2021, 17, 2342 -->\n+ </NonbondedForce>\n+</ForceField>\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/data/opc3.xml b/wrappers/python/openmm/app/data/opc3.xml\nindex 6be0836997..f21f3e89c4 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/data/opc3.xml\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/data/opc3.xml\n@@ -17,7 +17,7 @@\n </Residue>\n </Residues>\n <HarmonicBondForce>\n- <Bond class1=\"OW\" class2=\"HW\" length=\"0.978882\" k=\"502416.0\"/>\n+ <Bond class1=\"OW\" class2=\"HW\" length=\"0.0978882\" k=\"502416.0\"/>\n </HarmonicBondForce>\n <HarmonicAngleForce>\n <!-- angle = arccos(1 - (1.598507**2 / (2*0.978882**2))) -->\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex 899f0393ea..767c7793d6 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -1325,6 +1325,13 @@ def test_Opc3Energy(self):\n # -2532.4862082354407\n self.assertTrue(abs(energy1 - energy_amber) < energy_tolerance)\n \n+ context.applyConstraints(1e-12)\n+ state = context.getState(getEnergy=True)\n+ energy2 = state.getPotentialEnergy().value_in_unit(kilocalorie_per_mole)\n+ self.assertTrue(abs(energy1 - energy_amber) < energy_tolerance)\n+ self.assertTrue(abs(energy1 - energy2) < energy_tolerance)\n+\n+\n class AmoebaTestForceField(unittest.TestCase):\n \"\"\"Test the ForceField.createSystem() method with the AMOEBA forcefield.\"\"\"\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr3886
|
multi_swe_bench
|
Minimizer does not move constrained massless particles (openmm/openmm#3886)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 3886,
"issue_title": "Minimizer does not move constrained massless particles",
"issue_body": "Fixes #3884. This addresses an obscure situation. Normally we don't allow a constraint to involve a massless particle. But if both particles connected by a constraint are massless we do allow it, since the constraint will just be ignored. That makes it easy to immobilize whole molecules without worrying about what constraints they contain. In that situation, the minimizer was incorrectly enforcing the constraint rather than ignoring it.",
"base_commit": "4068b9151cef813d83139a8b3d877ee40941c241",
"resolved_issues": [
{
"number": 3884,
"title": "Minimization with frozen particles",
"body": "Hi everyone,\r\n\r\nRecently I have been looking into how one can minimize systems containing frozen particles. In the past, I have attempted to set the mass to zero for the particles that are to be frozen, which works during the normal integration:\r\n```python\r\nfor atom in protein_atoms:\r\n system.setParticleMass(atom.index, 0.000*u.dalton)\r\nintegrator = mm.LangevinMiddleIntegrator(298.15*u.kelvin, 1.0/u.picoseconds, 2.0*u.femtoseconds)\r\nsim = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, platform, properties)\r\nsim.context.setPositions(pdb.positions)\r\nsim.minimizeEnergy()\r\n```\r\nHowever, it is my impression that all particles are still being minimized using this approach. Instead, I was thinking if I should use the [setIntegrationForceGroups](http://docs.openmm.org/latest/api-python/generated/openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.html#openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.setIntegrationForceGroups) method from the integrator. When calling [getIntegrationForceGroups](http://docs.openmm.org/latest/api-python/generated/openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.html#openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.getIntegrationForceGroups)(self) it returns -1, which I assume means that the integrator is acting on all particles? \r\n\r\nTo summarize my questions:\r\na. Should the ForceGroups not change for the integrator when the system contains particles with zero mass?\r\nb. Could you provide a minimal example of how to freeze a set of particles during minimization? If done by changing the ForceGroups please show one can use either set or int as explained in the [documentation](http://docs.openmm.org/latest/api-python/generated/openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.html#openmm.openmm.LangevinMiddleIntegrator.setIntegrationForceGroups).\r\n\r\n\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-3886",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/openmmapi/src/LocalEnergyMinimizer.cpp b/openmmapi/src/LocalEnergyMinimizer.cpp\nindex 503f45a3d0..4fba9540a9 100644\n--- a/openmmapi/src/LocalEnergyMinimizer.cpp\n+++ b/openmmapi/src/LocalEnergyMinimizer.cpp\n@@ -137,12 +137,16 @@ static lbfgsfloatval_t evaluate(void *instance, const lbfgsfloatval_t *x, lbfgsf\n double dr = r-distance;\n double kdr = k*dr;\n energy += 0.5*kdr*dr;\n- g[3*particle1] -= kdr*delta[0];\n- g[3*particle1+1] -= kdr*delta[1];\n- g[3*particle1+2] -= kdr*delta[2];\n- g[3*particle2] += kdr*delta[0];\n- g[3*particle2+1] += kdr*delta[1];\n- g[3*particle2+2] += kdr*delta[2];\n+ if (system.getParticleMass(particle1) != 0) {\n+ g[3*particle1] -= kdr*delta[0];\n+ g[3*particle1+1] -= kdr*delta[1];\n+ g[3*particle1+2] -= kdr*delta[2];\n+ }\n+ if (system.getParticleMass(particle2) != 0) {\n+ g[3*particle2] += kdr*delta[0];\n+ g[3*particle2+1] += kdr*delta[1];\n+ g[3*particle2+2] += kdr*delta[2];\n+ }\n }\n return energy;\n }\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/tests/TestLocalEnergyMinimizer.h b/tests/TestLocalEnergyMinimizer.h\nindex 8fb3bbba3e..f28fb57e0f 100644\n--- a/tests/TestLocalEnergyMinimizer.h\n+++ b/tests/TestLocalEnergyMinimizer.h\n@@ -259,6 +259,42 @@ void testForceGroups() {\n ASSERT_EQUAL_TOL(2.0, sqrt(delta.dot(delta)), 1e-4);\n }\n \n+void testMasslessParticles() {\n+ // Create a system with massless particles, some of which are involved in constraints.\n+ \n+ const int numParticles = 10;\n+ System system;\n+ HarmonicBondForce* force = new HarmonicBondForce();\n+ system.addForce(force);\n+ vector<Vec3> positions(numParticles);\n+ OpenMM_SFMT::SFMT sfmt;\n+ init_gen_rand(0, sfmt);\n+ for (int i = 0; i < numParticles; i++) {\n+ system.addParticle(i < 3 || i == 5 ? 0.0 : 1.0);\n+ positions[i] = Vec3(i, 0.1*genrand_real2(sfmt), 0.1*genrand_real2(sfmt));\n+ }\n+ for (int i = 0; i < numParticles-1; i++) {\n+ if (i < 2 || i == 6)\n+ system.addConstraint(i, i+1, 1.05);\n+ else\n+ force->addBond(i, i+1, 1.05, 100.0);\n+ }\n+ \n+ // Minimize it and check that massless particles have not moved, while other\n+ // constraints are satisfied.\n+\n+ VerletIntegrator integrator(0.01);\n+ Context context(system, integrator, platform);\n+ context.setPositions(positions);\n+ LocalEnergyMinimizer::minimize(context, 1e-5);\n+ State state = context.getState(State::Positions);\n+ for (int i = 0; i < numParticles; i++)\n+ if (system.getParticleMass(i) == 0)\n+ ASSERT_EQUAL_VEC(positions[i], state.getPositions()[i], 1e-6);\n+ Vec3 delta = state.getPositions()[6]-state.getPositions()[7];\n+ ASSERT_EQUAL_TOL(1.05, sqrt(delta.dot(delta)), 1e-4);\n+}\n+\n void runPlatformTests();\n \n int main(int argc, char* argv[]) {\n@@ -269,6 +305,7 @@ int main(int argc, char* argv[]) {\n testVirtualSites();\n testLargeForces();\n testForceGroups();\n+ testMasslessParticles();\n runPlatformTests();\n }\n catch(const exception& e) {\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4094
|
multi_swe_bench
|
AmberPrmtopFile accepts box vectors as a constructor argument (openmm/openmm#4094)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4094,
"issue_title": "AmberPrmtopFile accepts box vectors as a constructor argument",
"issue_body": "See #4078 for a discussion of the problems this solves.",
"base_commit": "f08a1cf8ee42ff42dae1d2d72c2a207805cd2df8",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "AmberPrmtopFile accepts box vectors as a constructor argument",
"body": "The `AmberPrmtopFile` class does not currently allow users to specify periodic box vectors directly when creating an instance. This limitation requires users to set the periodic box vectors separately after creating the object, which can lead to redundant code and potential errors if the vectors are not set correctly.\n\nThe expected behavior is that users should be able to provide periodic box vectors as an optional argument when initializing an `AmberPrmtopFile` object. This would streamline the workflow, reduce the risk of errors, and improve code clarity by allowing the box vectors to be specified directly during object creation.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4094",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst b/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\nindex 080634d2b5..5605a1dedb 100644\n--- a/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\n+++ b/docs-source/usersguide/application/02_running_sims.rst\n@@ -190,7 +190,7 @@ Using AMBER Files\n OpenMM can build a system in several different ways. One option, as shown\n above, is to start with a PDB file and then select a force field with which to\n model it. Alternatively, you can use AmberTools_ to model your system. In that\n-case, you provide a :class:`prmtop` file and an :class:`inpcrd` file. OpenMM loads the files and\n+case, you provide a :file:`prmtop` file and an :file:`inpcrd` file. OpenMM loads the files and\n creates a :class:`System` from them. This is illustrated in the following script. It can be\n found in OpenMM’s :file:`examples` folder with the name :file:`simulateAmber.py`.\n \n@@ -202,15 +202,13 @@ found in OpenMM’s :file:`examples` folder with the name :file:`simulateAmber.p\n from openmm.unit import *\n from sys import stdout\n \n- prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop')\n inpcrd = AmberInpcrdFile('input.inpcrd')\n+ prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop', periodicBoxVectors=inpcrd.boxVectors)\n system = prmtop.createSystem(nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1*nanometer,\n constraints=HBonds)\n integrator = LangevinMiddleIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.004*picoseconds)\n simulation = Simulation(prmtop.topology, system, integrator)\n simulation.context.setPositions(inpcrd.positions)\n- if inpcrd.boxVectors is not None:\n- simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\n simulation.minimizeEnergy()\n simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))\n simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True,\n@@ -225,12 +223,12 @@ This script is very similar to the previous one. There are just a few\n significant differences:\n ::\n \n- prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop')\n inpcrd = AmberInpcrdFile('input.inpcrd')\n+ prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop', periodicBoxVectors=inpcrd.boxVectors)\n \n-In these lines, we load the prmtop file and inpcrd file. More precisely, we\n-create :class:`AmberPrmtopFile` and :class:`AmberInpcrdFile` objects and assign them to the\n-variables :code:`prmtop` and :code:`inpcrd`\\ , respectively. As before,\n+In these lines, we load the :file:`inpcrd` file and :file:`prmtop` file. More precisely, we\n+create :class:`AmberInpcrdFile` and :class:`AmberPrmtopFile` objects and assign them to the\n+variables :code:`inpcrd` and :code:`prmtop`\\ , respectively. As before,\n you can change these lines to specify any files you want. Be sure to include\n the single quotes around the file names.\n \n@@ -241,6 +239,19 @@ the single quotes around the file names.\n example files that are in the \"old-style\" :file:`prmtop` format. These \"old-style\" files will\n not run in OpenMM.\n \n+Notice that when we load the :file:`prmtop` file we include the argument :code:`periodicBoxVectors=inpcrd.boxVectors`\\ .\n+AMBER stores information about the periodic box in the :file:`inpcrd` file. To let\n+:class:`AmberPrmtopFile` create a :class:`Topology` object, we therefore need to\n+tell it the periodic box vectors that were loaded from the :file:`inpcrd` file. You\n+only need to do this if you are simulating a periodic system. For implicit\n+solvent simulations, it usually can be omitted.\n+\n+.. note::\n+\n+ For historical reasons, :file:`prmtop` files also have the ability to store\n+ periodic box information, but it is deprecated. It is always better to get\n+ the box vectors from the :file:`inpcrd` file instead.\n+\n Next, the :class:`System` object is created in a different way:\n ::\n \n@@ -259,22 +270,7 @@ directly.\n \n Notice that we now get the topology from the :file:`prmtop` file and the atom positions\n from the :file:`inpcrd` file. In the previous section, both of these came from a PDB\n-file, but AMBER puts the topology and positions in separate files. We also add the\n-following lines:\n-::\n-\n- if inpcrd.boxVectors is not None:\n- simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\n-\n-For periodic systems, the :file:`prmtop` file specifies the periodic box vectors, just\n-as a PDB file does. When we call :meth:`createSystem`, it sets those as the default\n-periodic box vectors, to be used automatically for all simulations. However, the\n-:file:`inpcrd` may *also* specify periodic box vectors,\n-and if so we want to use those ones instead. For example, if the system has been\n-equilibrated with a barostat, the box vectors may have changed during equilibration.\n-We therefore check to see if the :file:`inpcrd` file contained box vectors. If so,\n-we call :meth:`setPeriodicBoxVectors` to tell it to use those ones, overriding the\n-default ones provided by the :class:`System`.\n+file, but AMBER puts the topology and positions in separate files.\n \n .. _using_gromacs_files:\n \n@@ -315,16 +311,10 @@ with the name :file:`simulateGromacs.py`.\n \n This script is nearly identical to the previous one, just replacing\n :class:`AmberInpcrdFile` and :class:`AmberPrmtopFile` with :class:`GromacsGroFile` and :class:`GromacsTopFile`.\n-Note that when we create the :class:`GromacsTopFile`, we specify values for two extra\n-options. First, we specify\n-:code:`periodicBoxVectors=gro.getPeriodicBoxVectors()`\\ . Unlike OpenMM and\n-AMBER, which can store periodic unit cell information with the topology, Gromacs\n-only stores it with the coordinates. To let :class:`GromacsTopFile` create a :class:`Topology`\n-object, we therefore need to tell it the periodic box vectors that were loaded\n-from the :file:`gro` file. You only need to do this if you are simulating a periodic\n-system. For implicit solvent simulations, it usually can be omitted.\n-\n-Second, we specify :code:`includeDir='/usr/local/gromacs/share/gromacs/top'`\\ . Unlike AMBER,\n+As with AMBER files, when we create the :class:`GromacsTopFile` we specify\n+:code:`periodicBoxVectors=gro.getPeriodicBoxVectors()` to tell it the periodic\n+box vectors that were loaded from the :file:`gro` file. In addition, we specify\n+:code:`includeDir='/usr/local/gromacs/share/gromacs/top'`\\ . Unlike AMBER,\n which stores all the force field parameters directly in a :file:`prmtop` file, Gromacs just stores\n references to force field definition files that are installed with the Gromacs\n application. OpenMM needs to know where to find these files, so the\ndiff --git a/examples/simulateAmber.py b/examples/simulateAmber.py\nindex 060cb5372f..dd408d949b 100644\n--- a/examples/simulateAmber.py\n+++ b/examples/simulateAmber.py\n@@ -3,14 +3,12 @@\n from openmm.unit import *\n from sys import stdout\n \n-prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop')\n inpcrd = AmberInpcrdFile('input.inpcrd')\n+prmtop = AmberPrmtopFile('input.prmtop', periodicBoxVectors=inpcrd.boxVectors)\n system = prmtop.createSystem(nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)\n integrator = LangevinMiddleIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.004*picoseconds)\n simulation = Simulation(prmtop.topology, system, integrator)\n simulation.context.setPositions(inpcrd.positions)\n-if inpcrd.boxVectors is not None:\n- simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\n simulation.minimizeEnergy()\n simulation.reporters.append(PDBReporter('output.pdb', 1000))\n simulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True, potentialEnergy=True, temperature=True))\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\nindex 5d7166b49f..d01a590d9a 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n@@ -82,11 +82,26 @@ def _strip_optunit(thing, unit):\n class AmberPrmtopFile(object):\n \"\"\"AmberPrmtopFile parses an AMBER prmtop file and constructs a Topology and (optionally) an OpenMM System from it.\"\"\"\n \n- def __init__(self, file):\n- \"\"\"Load a prmtop file.\"\"\"\n+ def __init__(self, file, periodicBoxVectors=None, unitCellDimensions=None):\n+ \"\"\"Load a prmtop file.\n+\n+ file : str\n+ the name of the file to load\n+ periodicBoxVectors : tuple of Vec3=None\n+ the vectors defining the periodic box\n+ unitCellDimensions : Vec3=None\n+ the dimensions of the crystallographic unit cell. For\n+ non-rectangular unit cells, specify periodicBoxVectors instead.\n+ \"\"\"\n ## The Topology read from the prmtop file\n self.topology = top = Topology()\n self.elements = []\n+ if periodicBoxVectors is not None:\n+ if unitCellDimensions is not None:\n+ raise ValueError(\"Specify either periodicBoxVectors or unitCellDimensions, but not both\")\n+ top.setPeriodicBoxVectors(periodicBoxVectors)\n+ else:\n+ top.setUnitCellDimensions(unitCellDimensions)\n \n # Load the prmtop file\n \n@@ -151,7 +166,7 @@ def __init__(self, file):\n \n # Set the periodic box size.\n \n- if prmtop.getIfBox():\n+ if top.getPeriodicBoxVectors() is None and prmtop.getIfBox():\n box = prmtop.getBoxBetaAndDimensions()\n top.setPeriodicBoxVectors(computePeriodicBoxVectors(*(box[1:4] + box[0:1]*3)))\n \ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\nindex e36152a962..dbd6f4b42b 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/amber_file_parser.py\n@@ -12,7 +12,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2023 Stanford University and the Authors.\n Authors: Randall J. Radmer, John D. Chodera, Peter Eastman\n Contributors: Christoph Klein, Michael R. Shirts, Jason Swails, Kye Won Wang\n \n@@ -890,7 +890,7 @@ def readAmberSystem(topology, prmtop_filename=None, prmtop_loader=None, shake=No\n # Add nonbonded interactions.\n if verbose: print(\"Adding nonbonded interactions...\")\n force = mm.NonbondedForce()\n- if (prmtop.getIfBox() == 0):\n+ if topology.getPeriodicBoxVectors() is None and prmtop.getIfBox() == 0:\n # System is non-periodic.\n if nonbondedMethod == 'NoCutoff':\n force.setNonbondedMethod(mm.NonbondedForce.NoCutoff)\n@@ -904,9 +904,12 @@ def readAmberSystem(topology, prmtop_filename=None, prmtop_loader=None, shake=No\n else:\n # System is periodic.\n # Set periodic box vectors for periodic system\n- (boxBeta, boxX, boxY, boxZ) = prmtop.getBoxBetaAndDimensions()\n- xVec, yVec, zVec = computePeriodicBoxVectors(boxX, boxY, boxZ, boxBeta, boxBeta, boxBeta)\n- system.setDefaultPeriodicBoxVectors(xVec, yVec, zVec)\n+ if topology.getPeriodicBoxVectors() is None:\n+ (boxBeta, boxX, boxY, boxZ) = prmtop.getBoxBetaAndDimensions()\n+ xVec, yVec, zVec = computePeriodicBoxVectors(boxX, boxY, boxZ, boxBeta, boxBeta, boxBeta)\n+ system.setDefaultPeriodicBoxVectors(xVec, yVec, zVec)\n+ else:\n+ system.setDefaultPeriodicBoxVectors(*topology.getPeriodicBoxVectors())\n \n # Set cutoff.\n if nonbondedCutoff is None:\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\nindex b107e9dede..aa190d4b64 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n@@ -7,16 +7,16 @@\n from openmm.unit import *\n import openmm.app.element as elem\n \n+inpcrd3 = AmberInpcrdFile('systems/ff14ipq.rst7')\n+inpcrd4 = AmberInpcrdFile('systems/Mg_water.inpcrd')\n+inpcrd7 = AmberInpcrdFile('systems/18protein.rst7')\n prmtop1 = AmberPrmtopFile('systems/alanine-dipeptide-explicit.prmtop')\n prmtop2 = AmberPrmtopFile('systems/alanine-dipeptide-implicit.prmtop')\n-prmtop3 = AmberPrmtopFile('systems/ff14ipq.parm7')\n-prmtop4 = AmberPrmtopFile('systems/Mg_water.prmtop')\n+prmtop3 = AmberPrmtopFile('systems/ff14ipq.parm7', periodicBoxVectors=inpcrd3.boxVectors)\n+prmtop4 = AmberPrmtopFile('systems/Mg_water.prmtop', periodicBoxVectors=inpcrd4.boxVectors)\n prmtop5 = AmberPrmtopFile('systems/tz2.truncoct.parm7')\n prmtop6 = AmberPrmtopFile('systems/gaffwat.parm7')\n-prmtop7 = AmberPrmtopFile('systems/18protein.parm7')\n-inpcrd3 = AmberInpcrdFile('systems/ff14ipq.rst7')\n-inpcrd4 = AmberInpcrdFile('systems/Mg_water.inpcrd')\n-inpcrd7 = AmberInpcrdFile('systems/18protein.rst7')\n+prmtop7 = AmberPrmtopFile('systems/18protein.parm7', periodicBoxVectors=inpcrd7.boxVectors)\n \n class TestAmberPrmtopFile(unittest.TestCase):\n \n@@ -177,7 +177,6 @@ def test_NBFIX_LongRange(self):\n # 'working', and the system is plenty small so this won't be too slow\n sim = Simulation(prmtop3.topology, system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n # Check that the energy is about what we expect it to be\n- sim.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd3.boxVectors)\n sim.context.setPositions(inpcrd3.positions)\n ene = sim.context.getState(getEnergy=True, enforcePeriodicBox=True).getPotentialEnergy()\n ene = ene.value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n@@ -208,7 +207,6 @@ def test_NBFIX_noLongRange(self):\n # 'working', and the system is plenty small so this won't be too slow\n sim = Simulation(prmtop3.topology, system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n # Check that the energy is about what we expect it to be\n- sim.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd3.getBoxVectors())\n sim.context.setPositions(inpcrd3.getPositions())\n ene = sim.context.getState(getEnergy=True, enforcePeriodicBox=True).getPotentialEnergy()\n ene = ene.value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n@@ -254,12 +252,19 @@ def test_LJ1264(self):\n self.assertTrue(has_nonbond_force)\n self.assertTrue(has_custom_nonbond_force)\n self.assertEqual(nonbond_exceptions, custom_nonbond_exceptions)\n+ # Make sure the periodic box vectors match the ones in the inpcrd file, which are different from\n+ # the ones in the prmtop file.\n+ systemBox = system.getDefaultPeriodicBoxVectors()\n+ topologyBox = prmtop4.topology.getPeriodicBoxVectors()\n+ for i in range(3):\n+ for j in range(3):\n+ self.assertEqual(inpcrd4.boxVectors[i][j], systemBox[i][j])\n+ self.assertEqual(inpcrd4.boxVectors[i][j], topologyBox[i][j])\n integrator = VerletIntegrator(1.0*femtoseconds)\n # Use reference platform, since it should always be present and\n # 'working', and the system is plenty small so this won't be too slow\n sim = Simulation(prmtop4.topology, system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n # Check that the energy is about what we expect it to be\n- sim.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd4.boxVectors)\n sim.context.setPositions(inpcrd4.positions)\n ene = sim.context.getState(getEnergy=True, enforcePeriodicBox=True).getPotentialEnergy()\n ene = ene.value_in_unit(kilocalories_per_mole)\n@@ -358,7 +363,6 @@ def test_with_dcd_reporter(self):\n \n simulation = Simulation(prmtop.topology, system, integrator)\n simulation.context.setPositions(inpcrd.positions)\n- simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\n \n fname = tempfile.mktemp(suffix='.dcd')\n simulation.reporters.append(DCDReporter(fname, 1)) # This is an explicit test for the bugs in issue #850\n@@ -435,8 +439,7 @@ def testAmberCMAP(self):\n \n simulation = Simulation(prmtop.topology, system, integrator)\n simulation.context.setPositions(inpcrd.positions)\n- simulation.context.setPeriodicBoxVectors(*inpcrd.boxVectors)\n- \n+\n for i, force in enumerate(system.getForces()):\n force.setForceGroup(i)\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4168
|
multi_swe_bench
|
Fix "off by one" error in xtc time reporting. (openmm/openmm#4168)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4168,
"issue_title": "Fix \"off by one\" error in xtc time reporting.",
"issue_body": "Fixes #4163.\r\nBoth the reporter and the tests expected the first step to have index 1, causing the time of the first step to be assigned the time `dt` instead of 0.\r\n\r\nNow running this snippet:\r\n```python\r\nfrom openmm.app import *\r\nfrom openmm import *\r\nfrom openmm.unit import *\r\nfrom sys import stdout\r\n\r\npdb = PDBFile('villin.pdb')\r\n\r\nforcefield = ForceField('amber14-all.xml', 'amber14/tip3pfb.xml')\r\nsystem = forcefield.createSystem(pdb.topology, nonbondedMethod=PME,\r\n nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)\r\nintegrator = LangevinMiddleIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)\r\nsimulation = Simulation(pdb.topology, system, integrator)\r\nsimulation.context.setPositions(pdb.positions)\r\nsimulation.minimizeEnergy(maxIterations=100)\r\nsimulation.reporters.append(XTCReporter('traj.xtc', 1000, enforcePeriodicBox=False))\r\nsimulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True, time=True,\r\n potentialEnergy=True, temperature=True))\r\nsimulation.step(10000)\r\n```\r\n\r\nProduces a traj file such that:\r\n```shell\r\n$ gmx check -f traj.xtc\r\n :-) GROMACS - gmx check, 2023.1-conda_forge (-:\r\n\r\nExecutable: /home/raul/mambaforge/envs/openmm/bin.AVX2_256/gmx\r\nData prefix: /home/raul/mambaforge/envs/openmm\r\nWorking dir: /home/raul/openmm/tests\r\nCommand line:\r\n gmx check -f traj.xtc\r\n\r\nChecking file traj.xtc\r\nReading frame 0 time 2000.000 \r\n# Atoms 8867\r\nPrecision 0.001 (nm)\r\nLast frame 9 time 20000.000 \r\n\r\n\r\nItem #frames Timestep (ps)\r\nStep 10 2000\r\nTime 10 2000\r\nLambda 0\r\nCoords 10 2000\r\nVelocities 0\r\nForces 0\r\nBox 10 2000\r\n\r\nGROMACS reminds you: \"People are DNA's way of making more DNA.\" (Edward O. Wilson)\r\n```\r\n\r\n@sef43, in your report you mentioned an issue with just the frame time. In addition to shifting the time, this PR also reduces by one the step count, so that the first frame written has index \"0\" (whereas before it was 1). Is this also the desired behavior here?",
"base_commit": "c07c5bd76aab897c5216bed89cd3ce9cc9a1cf9b",
"resolved_issues": [
{
"number": 4163,
"title": "off by one error in XTCReporter time record",
"body": "The new XTC reporter has an off by one error in the time it records for each frame.\r\nIssue first noticed here: https://www.ovito.org/forum/topic/dcd-format-trajectory-reader/ (login required)\r\n\r\nIt can be seen with the following script using the villin.pdb file from the cookbook:\r\n```python\r\nfrom openmm.app import *\r\nfrom openmm import *\r\nfrom openmm.unit import *\r\nfrom sys import stdout\r\n\r\npdb = PDBFile('villin.pdb')\r\n\r\nforcefield = ForceField('amber14-all.xml', 'amber14/tip3pfb.xml')\r\nsystem = forcefield.createSystem(pdb.topology, nonbondedMethod=PME,\r\n nonbondedCutoff=1*nanometer, constraints=HBonds)\r\nintegrator = LangevinMiddleIntegrator(300*kelvin, 1/picosecond, 0.002*picoseconds)\r\nsimulation = Simulation(pdb.topology, system, integrator)\r\nsimulation.context.setPositions(pdb.positions)\r\nsimulation.minimizeEnergy(maxIterations=100)\r\nsimulation.reporters.append(XTCReporter('traj.xtc', 1000, enforcePeriodicBox=False))\r\nsimulation.reporters.append(StateDataReporter(stdout, 1000, step=True, time=True,\r\n potentialEnergy=True, temperature=True))\r\nsimulation.step(10000)\r\n```\r\n\r\nIf you run `gmx check -f traj.xtc` it outputs:\r\n```\r\n :-) GROMACS - gmx check, 2023.1-conda_forge (-:\r\n\r\nExecutable: /usr/local/bin.AVX2_256/gmx\r\nData prefix: /usr/local\r\nWorking dir: /content\r\nCommand line:\r\n gmx check -f traj.xtc\r\n\r\nChecking file traj.xtc\r\nReading frame 0 time 4000.000 \r\n# Atoms 8867\r\nPrecision 0.001 (nm)\r\nLast frame 9 time 22000.000 \r\n\r\n\r\nItem #frames Timestep (ps)\r\nStep 10 2000\r\nTime 10 2000\r\nLambda 0\r\nCoords 10 2000\r\nVelocities 0\r\nForces 0\r\nBox 10 2000\r\n```\r\nFrame 0 should have time 2,000 not 4,000\r\nand frame 9 should have time 20,000 not 22,000\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4168",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\nindex ab5ff5b93a..1cdd6d7e63 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n@@ -141,7 +141,7 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n )\n else:\n boxVectors = np.zeros((3, 3)).astype(np.float32)\n- step = self._modelCount * self._interval + self._firstStep\n+ step = (self._modelCount - 1) * self._interval + self._firstStep\n time = step * self._dt\n xtc_write_frame(\n self._filename.encode(\"utf-8\"),\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\nindex c33c65d047..1b84104205 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n@@ -49,9 +49,9 @@ def test_xtc_triclinic(self):\n box = np.array(box).transpose(1, 2, 0)\n self.assertTrue(np.allclose(box_read, box, atol=1e-3))\n self.assertTrue(\n- np.allclose(time, np.arange(1, nframes + 1) * 0.001, atol=1e-5)\n+ np.allclose(time, np.arange(0, nframes) * 0.001, atol=1e-5)\n )\n- self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(1, nframes + 1), atol=1e-5))\n+ self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(0, nframes), atol=1e-5))\n \n def test_xtc_cubic(self):\n \"\"\"Test the XTC file by writing a trajectory and reading it back. Using a cubic box\"\"\"\n@@ -87,9 +87,9 @@ def test_xtc_cubic(self):\n box = np.array(box).transpose(1, 2, 0)\n self.assertTrue(np.allclose(box_read, box, atol=1e-3))\n self.assertTrue(\n- np.allclose(time, np.arange(1, nframes + 1) * 0.001, atol=1e-5)\n+ np.allclose(time, np.arange(0, nframes) * 0.001, atol=1e-5)\n )\n- self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(1, nframes + 1), atol=1e-5))\n+ self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(0, nframes), atol=1e-5))\n \n def test_xtc_box_from_topology(self):\n \"\"\"Test the XTC file by writing a trajectory and reading it back. Letting the box be set from the topology\"\"\"\n@@ -131,9 +131,9 @@ def test_xtc_box_from_topology(self):\n box = np.array(np.tile(boxVectors, (nframes, 1, 1))).transpose(1, 2, 0)\n self.assertTrue(np.allclose(box_read, box, atol=1e-3))\n self.assertTrue(\n- np.allclose(time, np.arange(1, nframes + 1) * 0.001, atol=1e-5)\n+ np.allclose(time, np.arange(0, nframes) * 0.001, atol=1e-5)\n )\n- self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(1, nframes + 1), atol=1e-5))\n+ self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(0, nframes), atol=1e-5))\n \n def testLongTrajectory(self):\n \"\"\"Test writing a trajectory that has more than 2^31 steps.\"\"\"\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4219
|
multi_swe_bench
|
Don't add extra bond between water hydrogens (openmm/openmm#4219)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4219,
"issue_title": "Don't add extra bond between water hydrogens",
"issue_body": "Fixes #4212.\r\n\r\nAmber files list an extra \"bond\" between the hydrogens of a water molecule, which was incorrectly included in the Topology built from a prmtop file. A Topology should only include actual chemical bonds.",
"base_commit": "0a3a914f0fb139fb8732a4b3fe8590f13304ee7e",
"resolved_issues": [
{
"number": 4212,
"title": "TIP3P Residue Matching Issue w/ AMBER system",
"body": "I'm using OpenMM to run a system I prepared using LEaP.\r\n\r\nMy workflow looks something like this:\r\n-Use LEaP to prepare AMBER style PRMTOP/INPCRD files for a protein in explicit solvent with ff14SB/TIP3P\r\n-Use OpenMM to parse the AMBER style files and create a forcefield object/perform residue to template matching\r\n-This (functions in ```forcefield.py``` and the ```System``` object) is used by a custom simulation package to implement a forcefield and integration routine to do MD simulations\r\n\r\nThe issue I'm running into is happening when parsing the AMBER files into an OpenMM style system and doing residue to template matching. For this purpose, I'm using the ```amber14/protein.ff14SB.xml``` and ```amber14/tip3p.xml``` files located in the OpenMM directory. From previous experience, I understand that TIP3P in the AMBER convention includes an H-H bond to represent the rigid nature of the potential. When I load the files into OpenMM and check the residues:\r\n```\r\nprmtop = app.AmberPrmtopFile('../RAMP1_ion.prmtop')\r\ninpcrd = app.AmberInpcrdFile('../RAMP1_ion.inpcrd')\r\nresidues = list(prmtop.topology.residues())\r\nprint(list(residues[5000].atoms()))\r\nprint(list(residues[5000].bonds()))\r\n```\r\nI see this behavior, which results in the expected O, H1, and H2 atoms as well as the expected 3 bonds.\r\n```\r\n[<Atom 15966 (O) of chain 0 residue 5000 (HOH)>,\r\n<Atom 15967 (H1) of chain 0 residue 5000 (HOH)>,\r\n<Atom 15968 (H2) of chain 0 residue 5000 (HOH)>]\r\n\r\n[Bond(<Atom 15967 (H1) of chain 0 residue 5000 (HOH)>, <Atom 15966 (O) of chain 0 residue 5000 (HOH)>),\r\nBond(<Atom 15968 (H2) of chain 0 residue 5000 (HOH)>, <Atom 15966 (O) of chain 0 residue 5000 (HOH)>),\r\nBond(<Atom 15968 (H2) of chain 0 residue 5000 (HOH)>, <Atom 15967 (H1) of chain 0 residue 5000 (HOH)>)]\r\n```\r\n\r\nWhen looking at the ```amber14/tip3p.xml``` file, I notice that the only bonds defined are the two O-H bonds.\r\n\r\n```\r\n<Residue name=\"HOH\">\r\n <Atom name=\"O\" type=\"tip3p-O\" charge=\"-0.834\"/>\r\n <Atom name=\"H1\" type=\"tip3p-H\" charge=\"0.417\"/>\r\n <Atom name=\"H2\" type=\"tip3p-H\" charge=\"0.417\"/>\r\n <Bond atomName1=\"O\" atomName2=\"H1\"/>\r\n <Bond atomName1=\"O\" atomName2=\"H2\"/>\r\n</Residue>\r\n```\r\nWhen the simulation package or OpenMM tries to perform the template matching using the functions in ```forcefield.py```, this results in an error:\r\n```\r\n#OpenMM example that produces the matching error\r\nprmtop = AmberPrmtopFile('../RAMP1_ion.prmtop')\r\ninpcrd = AmberInpcrdFile('../RAMP1_ion.inpcrd')\r\nforcefield = ForceField('amber14/protein.ff14SB.xml', 'amber14/tip3p.xml')\r\nsystem = forcefield.createSystem(prmtop.topology, nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=8*angstrom, constraints=None)\r\n```\r\n```\r\nValueError: No template found for residue 122 (HOH). The set of atoms matches HOH, but the bonds are different.\r\n```\r\nI've used ParmED / the ```amberprmtopfile.py``` tool included in OpenMM that completely bypasses ```forcefield.py``` to setup AMBER systems for OpenMM before but the tool I'm using would require significant rewriting to avoid this. I'm trying to figure out if there's anything I can do to deal with this extra bond either in system setup, parsing into OpenMM objects, or an alternative XML file I can use to resolve this issue.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4219",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\nindex d01a590d9a..250d4438a1 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n@@ -160,7 +160,13 @@ def __init__(self, file, periodicBoxVectors=None, unitCellDimensions=None):\n \n atoms = list(top.atoms())\n for bond in prmtop.getBondsWithH():\n- top.addBond(atoms[bond[0]], atoms[bond[1]])\n+ a1 = atoms[bond[0]]\n+ a2 = atoms[bond[1]]\n+ if a1.residue.name == 'HOH' and a1.element == elem.hydrogen and a2.element == elem.hydrogen:\n+ # Don't add the \"bond\" Amber lists between the two hydrogens of a water molecule.\n+ pass\n+ else:\n+ top.addBond(a1, a2)\n for bond in prmtop.getBondsNoH():\n top.addBond(atoms[bond[0]], atoms[bond[1]])\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\nindex aa190d4b64..f25a1e6cfa 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n@@ -78,12 +78,14 @@ def test_RigidWaterAndConstraints(self):\n \"\"\"Test all eight options for the constraints and rigidWater parameters.\"\"\"\n \n topology = prmtop1.topology\n- for constraints_value in [None, HBonds, AllBonds, HAngles]:\n- for rigidWater_value in [True, False]:\n- system = prmtop1.createSystem(constraints=constraints_value,\n- rigidWater=rigidWater_value)\n- validateConstraints(self, topology, system,\n- constraints_value, rigidWater_value)\n+ for constraints in [None, HBonds, AllBonds, HAngles]:\n+ for rigidWater in [True, False]:\n+ system = prmtop1.createSystem(constraints=constraints, rigidWater=rigidWater)\n+ if constraints != None:\n+ # Amber adds an extra \"bond\" between water hydrogens, so any constraint\n+ # method except None is equivalent to rigidWater=True.\n+ rigidWater = True\n+ validateConstraints(self, topology, system, constraints, rigidWater)\n \n def test_ImplicitSolvent(self):\n \"\"\"Test the four types of implicit solvents using the implicitSolvent\n@@ -460,5 +462,16 @@ def testEPConstraints(self):\n # If a constraint was added to a massless particle, this will throw an exception.\n context = Context(system, integrator, Platform.getPlatformByName('Reference'))\n \n+ def testWaterBonds(self):\n+ \"\"\"Test that water molecules have the right set of bonds\"\"\"\n+ top = prmtop1.topology\n+ for residue in top.residues():\n+ if residue.name == 'HOH':\n+ bonds = list(residue.bonds())\n+ self.assertEqual(2, len(bonds))\n+ for a1, a2 in bonds:\n+ self.assertTrue(a1.element == elem.oxygen or a2.element == elem.oxygen)\n+ self.assertTrue(a1.element == elem.hydrogen or a2.element == elem.hydrogen)\n+\n if __name__ == '__main__':\n unittest.main()\ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex 767c7793d6..d9073b963a 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -439,7 +439,6 @@ def test_residueMatcher(self):\n <Atom name=\"H2\" type=\"tip3p-H\" charge=\"0.417\"/>\n <Bond from=\"0\" to=\"1\"/>\n <Bond from=\"0\" to=\"2\"/>\n- <Bond from=\"1\" to=\"2\"/>\n </Residue>\n <Residue name=\"HOH2\">\n <Atom name=\"O\" type=\"tip3p-O\" charge=\"0.834\"/>\n@@ -447,7 +446,6 @@ def test_residueMatcher(self):\n <Atom name=\"H2\" type=\"tip3p-H\" charge=\"-0.417\"/>\n <Bond from=\"0\" to=\"1\"/>\n <Bond from=\"0\" to=\"2\"/>\n- <Bond from=\"1\" to=\"2\"/>\n </Residue>\n </Residues>\n <NonbondedForce coulomb14scale=\"0.833333\" lj14scale=\"0.5\">\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4231
|
multi_swe_bench
|
CustomCPPForceImpl for writing forces in C++ (openmm/openmm#4231)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4231,
"issue_title": "CustomCPPForceImpl for writing forces in C++",
"issue_body": "This is a new piece of infrastructure. It allows you to implement a new force by writing a single implementation in platform-independent C++. This is mainly intended for plugins that interface to other codes. It should allow us to enormously simplify the PLUMED plugin. It also can be used for a plugin that interfaces to xtb, and possibly others in the future. Having most of the infrastructure built in will eliminate a lot of code duplication between different plugins.\r\n\r\nTo give a sense of how simple it can be to write a Force with it, here's the code from the test case. This is a complete, fully functional of implementation of a new Force class that works on all platforms.\r\n\r\n```c++\r\nclass TestForce : public Force {\r\nprotected:\r\n ForceImpl* createImpl() const;\r\n};\r\n\r\nclass TestForceImpl : public CustomCPPForceImpl {\r\npublic:\r\n const TestForce& owner;\r\n TestForceImpl(const TestForce& owner) : CustomCPPForceImpl(owner), owner(owner) {\r\n }\r\n double computeForce(ContextImpl& context, const vector<Vec3>& positions, vector<Vec3>& forces) {\r\n for (int i = 0; i < forces.size(); i++)\r\n forces[i] = Vec3(i, i+1, i+2);\r\n return 10.5;\r\n }\r\n const TestForce& getOwner() const {\r\n return owner;\r\n }\r\n};\r\n\r\nForceImpl* TestForce::createImpl() const {\r\n return new TestForceImpl(*this);\r\n}\r\n```",
"base_commit": "e2453f5ec1fc1fd7916e0b398033c3e9ed341877",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "CustomCPPForceImpl for writing forces in C++",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:** \nDevelopers creating plugins for OpenMM often need to implement custom forces that interface with external libraries or APIs. This process typically requires writing platform-specific code for each supported hardware platform, such as GPU or CPU, which introduces significant complexity and code duplication. Additionally, the need for platform-specific optimizations can be unnecessary when the heavy computations are handled by external libraries, leaving developers to focus solely on transferring data between OpenMM and the external library.\n\n**Expected Behavior:** \nDevelopers should be able to implement custom forces in a straightforward, platform-independent manner using a single C++ implementation. The infrastructure should automatically ensure compatibility across all supported platforms without requiring additional GPU-specific code, kernel factories, or dynamic plugin libraries. This approach should simplify the development process, reduce code duplication, and provide a consistent API for interfacing with external libraries.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4231",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/docs-source/developerguide/09_customcppforceimpl.rst b/docs-source/developerguide/09_customcppforceimpl.rst\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..9c6bccb48e\n--- /dev/null\n+++ b/docs-source/developerguide/09_customcppforceimpl.rst\n@@ -0,0 +1,52 @@\n+.. role:: code\n+.. raw:: html\n+\n+ <style> .code {font-family:monospace;} </style>\n+ <style> .caption {text-align:center;} </style>\n+\n+.. highlight:: c++\n+\n+\n+.. _customcppforceimpl:\n+\n+Platform-Independent Code with CustomCPPForceImpl\n+#################################################\n+\n+In most cases, Forces are written with platform-specific code that runs as\n+efficiently as possible on the available hardware. There are some situations\n+where that is unnecessarily complicated. For example, you might write a plugin\n+that interfaces to an external library through its own public API. Because all\n+expensive calculations are done by the external library, there is little\n+opportunity for any kind of platform-specific optimization. All you can do is\n+copy positions over to the external library and copy forces back, hopefully in\n+a way that is not too inefficient, and preferably with as little code as\n+possible. CustomCPPForceImpl is a tool for doing that.\n+\n+To use it, you write your Force subclass in the usual way, providing whatever\n+API is appropriate for it. Then for the corresponding ForceImpl, simply\n+subclass CustomCPPForceImpl and override :code:`computeForce()` to perform the\n+calculation using platform-independent C++ code. Nothing more is required. It\n+will automatically work on all platforms. You do not need to write any GPU\n+code, provide a Kernel or KernelFactory, define registration functions, or even\n+create plugin libraries to be loaded dynamically. The single library containing\n+the Force and ForceImpl is all you need.\n+\n+Here is an example of what the code to implement your ForceImpl might look like.\n+::\n+\n+ class ExampleForceImpl : public CustomCPPForceImpl {\n+ public:\n+ ExampleForceImpl(const ExampleForce& owner) : CustomCPPForceImpl(owner), owner(owner) {\n+ }\n+\n+ double computeForce(ContextImpl& context, const vector<Vec3>& positions, vector<Vec3>& forces) {\n+ // Compute the forces and energy here. Store the forces into the\n+ // vector and return the energy.\n+ }\n+\n+ const ExampleForce& getOwner() const {\n+ return owner;\n+ }\n+ private:\n+ const ExampleForce& owner;\n+ };\ndiff --git a/docs-source/developerguide/index.rst b/docs-source/developerguide/index.rst\nindex d35a7ddf32..85ae47ff7b 100644\n--- a/docs-source/developerguide/index.rst\n+++ b/docs-source/developerguide/index.rst\n@@ -18,6 +18,7 @@ OpenMM Developer's Guide\n 06_opencl_platform.rst\n 07_cuda_platform.rst\n 08_common_compute.rst\n+ 09_customcppforceimpl.rst\n \n .. only:: html\n \ndiff --git a/docs-source/developerguide/license.rst b/docs-source/developerguide/license.rst\nindex 1643bda88c..83e1f5c53b 100644\n--- a/docs-source/developerguide/license.rst\n+++ b/docs-source/developerguide/license.rst\n@@ -1,4 +1,4 @@\n-Portions copyright (c) 2011-2020 Stanford University and the Authors\n+Portions copyright (c) 2011-2023 Stanford University and the Authors\n \n Contributors: Peter Eastman\n \ndiff --git a/olla/include/openmm/kernels.h b/olla/include/openmm/kernels.h\nindex 5c6a994bba..a0ca3fb4be 100644\n--- a/olla/include/openmm/kernels.h\n+++ b/olla/include/openmm/kernels.h\n@@ -67,6 +67,7 @@\n #include \"openmm/NoseHooverIntegrator.h\"\n #include \"openmm/NoseHooverChain.h\"\n #include \"openmm/ATMForce.h\"\n+#include \"openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\"\n #include <iosfwd>\n #include <set>\n #include <string>\n@@ -1684,8 +1685,33 @@ class CalcATMForceKernel : public KernelImpl {\n virtual void copyState(ContextImpl& context, ContextImpl& innerContext0, ContextImpl& innerContext1) = 0;\n };\n \n- \n-\n+/**\n+ * This kernel is invoked by CustomCPPForce to calculate the forces acting on the system and the energy of the system.\n+ */\n+class CalcCustomCPPForceKernel : public KernelImpl {\n+public:\n+ static std::string Name() {\n+ return \"CalcCustomCPPForce\";\n+ }\n+ CalcCustomCPPForceKernel(std::string name, const Platform& platform) : KernelImpl(name, platform) {\n+ }\n+ /**\n+ * Initialize the kernel.\n+ *\n+ * @param system the System this kernel will be applied to\n+ * @param force the CustomCPPForceImpl this kernel will be used for\n+ */\n+ virtual void initialize(const System& system, CustomCPPForceImpl& force) = 0;\n+ /**\n+ * Execute the kernel to calculate the forces and/or energy.\n+ *\n+ * @param context the context in which to execute this kernel\n+ * @param includeForces true if forces should be calculated\n+ * @param includeEnergy true if the energy should be calculated\n+ * @return the potential energy due to the force\n+ */\n+ virtual double execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy) = 0;\n+};\n \n } // namespace OpenMM\n \ndiff --git a/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h b/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..41fafb40e9\n--- /dev/null\n+++ b/openmmapi/include/openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\n@@ -0,0 +1,120 @@\n+#ifndef OPENMM_CUSTOMCPPFORCEIMPL_H_\n+#define OPENMM_CUSTOMCPPFORCEIMPL_H_\n+\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"ForceImpl.h\"\n+#include \"openmm/Kernel.h\"\n+#include \"openmm/Vec3.h\"\n+#include <string>\n+#include <vector>\n+\n+namespace OpenMM {\n+\n+/**\n+ * This class provides an easy way of writing Forces that are implemented entirely\n+ * in C++, and do not involve any platform-specific code. To use it, have your\n+ * ForceImpl extend this class, implementing computeForce() to compute the forces\n+ * and energy in a platform-independent way. You can optionally override other\n+ * methods as well, such as if your Force defines global parameters or bonds\n+ * between atoms.\n+ * \n+ * Most Forces should not be implemented with this class. Writing platform-specific\n+ * code that can run on a GPU and interact directly with internal data structures\n+ * usually leads to much faster performance. This class is useful for special\n+ * situations, such as plugins that interact with external libraries through their\n+ * own public APIs. In that case, there is little opportunity for optimization.\n+ * This class allows you to write a single implementation that is automatically\n+ * used for all platforms.\n+ */\n+\n+class OPENMM_EXPORT CustomCPPForceImpl : public ForceImpl {\n+public:\n+ CustomCPPForceImpl(const Force& owner);\n+ /**\n+ * Subclasses may override this to do their own initialization, but they should\n+ * also call CustomCPPForceImpl::initialize(context) to let the parent class\n+ * initialize its kernel.\n+ * \n+ * @param context the context in which the system is being simulated\n+ */\n+ void initialize(ContextImpl& context);\n+ /**\n+ * Calculate the force on each particle generated by this ForceImpl and/or this ForceImpl's\n+ * contribution to the potential energy of the system.\n+ * \n+ * @param context the context in which the system is being simulated\n+ * @param positions the position of every particle\n+ * @param forces store the force on each particle into this array\n+ * @return this force's contribution to the potential energy of the system, or 0 if this\n+ * force does not contribute to potential energy\n+ */\n+ virtual double computeForce(ContextImpl& context, const std::vector<Vec3>& positions, std::vector<Vec3>& forces) = 0;\n+ /**\n+ * Override this if the force updates the context state directly. In general\n+ * it should only make changes by invoking public methods of the ContextImpl.\n+ * If you need to access platform-specific data structures, this class is\n+ * probably not appropriate.\n+ * \n+ * @param context the context in which the system is being simulated\n+ * @param forcesInvalid if the state was modified in any way that might cause previously\n+ * calculated forces to no longer be valid (such as modifying\n+ * positions or parameters), the method should set this to true.\n+ */\n+ void updateContextState(ContextImpl& context, bool& forcesInvalid) {\n+ }\n+ /**\n+ * Override this if the force defines global parameters.\n+ */\n+ std::map<std::string, double> getDefaultParameters() {\n+ return {};\n+ }\n+ /**\n+ * Override this if the force defines bonds between particles.\n+ */\n+ std::vector<std::pair<int, int> > getBondedParticles() const {\n+ return {};\n+ }\n+ /**\n+ * Override this if the force defines an updateParametersInContext() method.\n+ */\n+ void updateParametersInContext(ContextImpl& context) {\n+ }\n+ double calcForcesAndEnergy(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy, int groups);\n+ std::vector<std::string> getKernelNames();\n+private:\n+ Kernel kernel;\n+};\n+\n+} // namespace OpenMM\n+\n+#endif /*OPENMM_CUSTOMCPPFORCEIMPL_H_*/\ndiff --git a/openmmapi/src/CustomCPPForceImpl.cpp b/openmmapi/src/CustomCPPForceImpl.cpp\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..415662acb1\n--- /dev/null\n+++ b/openmmapi/src/CustomCPPForceImpl.cpp\n@@ -0,0 +1,58 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2021 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"openmm/internal/ContextImpl.h\"\n+#include \"openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\"\n+#include \"openmm/kernels.h\"\n+\n+using namespace OpenMM;\n+using namespace std;\n+\n+CustomCPPForceImpl::CustomCPPForceImpl(const Force& owner) {\n+ forceGroup = owner.getForceGroup();\n+}\n+\n+void CustomCPPForceImpl::initialize(ContextImpl& context) {\n+ kernel = context.getPlatform().createKernel(CalcCustomCPPForceKernel::Name(), context);\n+ kernel.getAs<CalcCustomCPPForceKernel>().initialize(context.getSystem(), *this);\n+}\n+\n+double CustomCPPForceImpl::calcForcesAndEnergy(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy, int groups) {\n+ if ((groups&(1<<forceGroup)) != 0)\n+ return kernel.getAs<CalcCustomCPPForceKernel>().execute(context, includeForces, includeEnergy);\n+ return 0.0;\n+}\n+\n+vector<string> CustomCPPForceImpl::getKernelNames() {\n+ vector<string> names;\n+ names.push_back(CalcCustomCPPForceKernel::Name());\n+ return names;\n+}\ndiff --git a/platforms/common/include/openmm/common/CommonKernels.h b/platforms/common/include/openmm/common/CommonKernels.h\nindex 3c4badb2f7..b60faf54c6 100644\n--- a/platforms/common/include/openmm/common/CommonKernels.h\n+++ b/platforms/common/include/openmm/common/CommonKernels.h\n@@ -1654,7 +1654,57 @@ class CommonCalcATMForceKernel : public CalcATMForceKernel {\n int numParticles;\n };\n \n- \n+/**\n+ * This kernel is invoked by CustomCPPForce to calculate the forces acting on the system and the energy of the system.\n+ */\n+class CommonCalcCustomCPPForceKernel : public CalcCustomCPPForceKernel {\n+public:\n+ CommonCalcCustomCPPForceKernel(std::string name, const Platform& platform, OpenMM::ContextImpl& contextImpl, ComputeContext& cc) :\n+ CalcCustomCPPForceKernel(name, platform), contextImpl(contextImpl), cc(cc), force(NULL) {\n+ }\n+ /**\n+ * Initialize the kernel.\n+ *\n+ * @param system the System this kernel will be applied to\n+ * @param force the CustomCPPForceImpl this kernel will be used for\n+ */\n+ void initialize(const System& system, CustomCPPForceImpl& force);\n+ /**\n+ * Execute the kernel to calculate the forces and/or energy.\n+ *\n+ * @param context the context in which to execute this kernel\n+ * @param includeForces true if forces should be calculated\n+ * @param includeEnergy true if the energy should be calculated\n+ * @return the potential energy due to the force\n+ */\n+ double execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy);\n+ /**\n+ * The is called by the pre-computation to start the calculation running.\n+ */\n+ void beginComputation(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups);\n+ /**\n+ * This is called by the worker thread to do the computation.\n+ */\n+ void executeOnWorkerThread(bool includeForces);\n+ /**\n+ * This is called by the post-computation to add the forces to the main array.\n+ */\n+ double addForces(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups);\n+private:\n+ class ExecuteTask;\n+ class StartCalculationPreComputation;\n+ class AddForcesPostComputation;\n+ OpenMM::ContextImpl& contextImpl;\n+ ComputeContext& cc;\n+ CustomCPPForceImpl* force;\n+ ComputeArray forcesArray;\n+ ComputeKernel addForcesKernel;\n+ std::vector<Vec3> positionsVec, forcesVec;\n+ std::vector<float> floatForces;\n+ int forceGroupFlag;\n+ double energy;\n+};\n+\n } // namespace OpenMM\n \n #endif /*OPENMM_COMMONKERNELS_H_*/\ndiff --git a/platforms/common/src/CommonKernels.cpp b/platforms/common/src/CommonKernels.cpp\nindex 0bacfdc31b..6474959527 100644\n--- a/platforms/common/src/CommonKernels.cpp\n+++ b/platforms/common/src/CommonKernels.cpp\n@@ -7974,3 +7974,111 @@ void CommonCalcATMForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context, con\n displ1.upload(displVectorContext1);\n displ0.upload(displVectorContext0);\n }\n+\n+class CommonCalcCustomCPPForceKernel::StartCalculationPreComputation : public ComputeContext::ForcePreComputation {\n+public:\n+ StartCalculationPreComputation(CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner) : owner(owner) {\n+ }\n+ void computeForceAndEnergy(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups) {\n+ owner.beginComputation(includeForces, includeEnergy, groups);\n+ }\n+ CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner;\n+};\n+\n+class CommonCalcCustomCPPForceKernel::ExecuteTask : public ComputeContext::WorkTask {\n+public:\n+ ExecuteTask(CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner, bool includeForces) : owner(owner), includeForces(includeForces) {\n+ }\n+ void execute() {\n+ owner.executeOnWorkerThread(includeForces);\n+ }\n+ CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner;\n+ bool includeForces;\n+};\n+\n+class CommonCalcCustomCPPForceKernel::AddForcesPostComputation : public ComputeContext::ForcePostComputation {\n+public:\n+ AddForcesPostComputation(CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner) : owner(owner) {\n+ }\n+ double computeForceAndEnergy(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups) {\n+ return owner.addForces(includeForces, includeEnergy, groups);\n+ }\n+ CommonCalcCustomCPPForceKernel& owner;\n+};\n+\n+void CommonCalcCustomCPPForceKernel::initialize(const System& system, CustomCPPForceImpl& force) {\n+ ContextSelector selector(cc);\n+ this->force = &force;\n+ int numParticles = system.getNumParticles();\n+ forcesVec.resize(numParticles);\n+ positionsVec.resize(numParticles);\n+ floatForces.resize(3*numParticles);\n+ int elementSize = (cc.getUseDoublePrecision() ? sizeof(double) : sizeof(float));\n+ forcesArray.initialize(cc, 3*numParticles, elementSize, \"forces\");\n+ map<string, string> defines;\n+ defines[\"NUM_ATOMS\"] = cc.intToString(numParticles);\n+ defines[\"PADDED_NUM_ATOMS\"] = cc.intToString(cc.getPaddedNumAtoms());\n+ ComputeProgram program = cc.compileProgram(CommonKernelSources::customCppForce, defines);\n+ addForcesKernel = program->createKernel(\"addForces\");\n+ addForcesKernel->addArg(forcesArray);\n+ addForcesKernel->addArg(cc.getLongForceBuffer());\n+ addForcesKernel->addArg(cc.getAtomIndexArray());\n+ forceGroupFlag = (1<<force.getOwner().getForceGroup());\n+ cc.addPreComputation(new StartCalculationPreComputation(*this));\n+ cc.addPostComputation(new AddForcesPostComputation(*this));\n+}\n+\n+double CommonCalcCustomCPPForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy) {\n+ // This method does nothing. The actual calculation is started by the pre-computation, continued on\n+ // the worker thread, and finished by the post-computation.\n+ \n+ return 0;\n+}\n+\n+void CommonCalcCustomCPPForceKernel::beginComputation(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups) {\n+ if ((groups&forceGroupFlag) == 0)\n+ return;\n+ contextImpl.getPositions(positionsVec);\n+ \n+ // The actual force computation will be done on a different thread.\n+ \n+ cc.getWorkThread().addTask(new ExecuteTask(*this, includeForces));\n+}\n+\n+void CommonCalcCustomCPPForceKernel::executeOnWorkerThread(bool includeForces) {\n+ energy = force->computeForce(contextImpl, positionsVec, forcesVec);\n+ if (includeForces) {\n+ ContextSelector selector(cc);\n+ int numParticles = cc.getNumAtoms();\n+ if (cc.getUseDoublePrecision())\n+ forcesArray.upload((double*) forcesVec.data());\n+ else {\n+ for (int i = 0; i < numParticles; i++) {\n+ floatForces[3*i] = (float) forcesVec[i][0];\n+ floatForces[3*i+1] = (float) forcesVec[i][1];\n+ floatForces[3*i+2] = (float) forcesVec[i][2];\n+ }\n+ forcesArray.upload(floatForces);\n+ }\n+ }\n+}\n+\n+double CommonCalcCustomCPPForceKernel::addForces(bool includeForces, bool includeEnergy, int groups) {\n+ if ((groups&forceGroupFlag) == 0)\n+ return 0;\n+\n+ // Wait until executeOnWorkerThread() is finished.\n+ \n+ cc.getWorkThread().flush();\n+\n+ // Add in the forces.\n+ \n+ if (includeForces) {\n+ ContextSelector selector(cc);\n+ addForcesKernel->execute(cc.getNumAtoms());\n+ }\n+ \n+ // Return the energy.\n+ \n+ return energy;\n+}\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/platforms/common/src/kernels/customCppForce.cc b/platforms/common/src/kernels/customCppForce.cc\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..49e34a7a3a\n--- /dev/null\n+++ b/platforms/common/src/kernels/customCppForce.cc\n@@ -0,0 +1,8 @@\n+KERNEL void addForces(GLOBAL const real* RESTRICT forces, GLOBAL mm_long* RESTRICT forceBuffers, GLOBAL int* RESTRICT atomIndex) {\n+ for (int atom = GLOBAL_ID; atom < NUM_ATOMS; atom += GLOBAL_SIZE) {\n+ int index = atomIndex[atom];\n+ forceBuffers[atom] += (mm_long) (forces[3*index]*0x100000000);\n+ forceBuffers[atom+PADDED_NUM_ATOMS] += (mm_long) (forces[3*index+1]*0x100000000);\n+ forceBuffers[atom+2*PADDED_NUM_ATOMS] += (mm_long) (forces[3*index+2]*0x100000000);\n+ }\n+}\ndiff --git a/platforms/cuda/src/CudaKernelFactory.cpp b/platforms/cuda/src/CudaKernelFactory.cpp\nindex 42b3fd943a..7298264b36 100644\n--- a/platforms/cuda/src/CudaKernelFactory.cpp\n+++ b/platforms/cuda/src/CudaKernelFactory.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2019 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2023 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -113,6 +113,8 @@ KernelImpl* CudaKernelFactory::createKernelImpl(std::string name, const Platform\n return new CudaCalcCustomCVForceKernel(name, platform, cu);\n if (name == CalcATMForceKernel::Name())\n return new CudaCalcATMForceKernel(name, platform, cu);\n+ if (name == CalcCustomCPPForceKernel::Name())\n+ return new CommonCalcCustomCPPForceKernel(name, platform, context, cu);\n if (name == CalcRMSDForceKernel::Name())\n return new CommonCalcRMSDForceKernel(name, platform, cu);\n if (name == CalcCustomManyParticleForceKernel::Name())\ndiff --git a/platforms/cuda/src/CudaPlatform.cpp b/platforms/cuda/src/CudaPlatform.cpp\nindex 465eb0c944..1ff097ac93 100644\n--- a/platforms/cuda/src/CudaPlatform.cpp\n+++ b/platforms/cuda/src/CudaPlatform.cpp\n@@ -91,6 +91,7 @@ CudaPlatform::CudaPlatform() {\n registerKernelFactory(CalcCustomHbondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCentroidBondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCompoundBondForceKernel::Name(), factory);\n+ registerKernelFactory(CalcCustomCPPForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCVForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcATMForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcRMSDForceKernel::Name(), factory);\ndiff --git a/platforms/opencl/src/OpenCLKernelFactory.cpp b/platforms/opencl/src/OpenCLKernelFactory.cpp\nindex bdd7c4457b..b55f1a07cd 100644\n--- a/platforms/opencl/src/OpenCLKernelFactory.cpp\n+++ b/platforms/opencl/src/OpenCLKernelFactory.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2019 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2023 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -110,7 +110,9 @@ KernelImpl* OpenCLKernelFactory::createKernelImpl(std::string name, const Platfo\n if (name == CalcCustomCVForceKernel::Name())\n return new OpenCLCalcCustomCVForceKernel(name, platform, cl);\n if (name == CalcATMForceKernel::Name())\n- return new OpenCLCalcATMForceKernel(name, platform, cl); \n+ return new OpenCLCalcATMForceKernel(name, platform, cl);\n+ if (name == CalcCustomCPPForceKernel::Name())\n+ return new CommonCalcCustomCPPForceKernel(name, platform, context, cl);\n if (name == CalcRMSDForceKernel::Name())\n return new CommonCalcRMSDForceKernel(name, platform, cl);\n if (name == CalcCustomManyParticleForceKernel::Name())\ndiff --git a/platforms/opencl/src/OpenCLPlatform.cpp b/platforms/opencl/src/OpenCLPlatform.cpp\nindex 8bfed33a3d..feaa15a25d 100644\n--- a/platforms/opencl/src/OpenCLPlatform.cpp\n+++ b/platforms/opencl/src/OpenCLPlatform.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2008-2018 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2008-2023 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -82,6 +82,7 @@ OpenCLPlatform::OpenCLPlatform() {\n registerKernelFactory(CalcCustomHbondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCentroidBondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCompoundBondForceKernel::Name(), factory);\n+ registerKernelFactory(CalcCustomCPPForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCVForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcATMForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcRMSDForceKernel::Name(), factory);\ndiff --git a/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h b/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\nindex 22ea8f71a0..962cc26c13 100644\n--- a/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\n+++ b/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\n@@ -34,6 +34,7 @@\n \n #include \"ReferencePlatform.h\"\n #include \"openmm/kernels.h\"\n+#include \"openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\"\n #include \"openmm/internal/CustomNonbondedForceImpl.h\"\n #include \"SimTKOpenMMRealType.h\"\n #include \"ReferenceNeighborList.h\"\n@@ -1680,6 +1681,34 @@ class ReferenceCalcATMForceKernel : public CalcATMForceKernel {\n std::vector<Vec3> displ0;\n };\n \n+/**\n+ * This kernel is invoked by CustomCPPForceImpl to calculate the forces acting on the system and the energy of the system.\n+ */\n+class ReferenceCalcCustomCPPForceKernel : public CalcCustomCPPForceKernel {\n+public:\n+ ReferenceCalcCustomCPPForceKernel(std::string name, const Platform& platform) : CalcCustomCPPForceKernel(name, platform), force(NULL) {\n+ }\n+ /**\n+ * Initialize the kernel.\n+ *\n+ * @param system the System this kernel will be applied to\n+ * @param force the CustomCPPForceImpl this kernel will be used for\n+ */\n+ void initialize(const System& system, CustomCPPForceImpl& force);\n+ /**\n+ * Execute the kernel to calculate the forces and/or energy.\n+ *\n+ * @param context the context in which to execute this kernel\n+ * @param includeForces true if forces should be calculated\n+ * @param includeEnergy true if the energy should be calculated\n+ * @return the potential energy due to the force\n+ */\n+ double execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy);\n+private:\n+ CustomCPPForceImpl* force;\n+ std::vector<Vec3> forces;\n+};\n+\n } // namespace OpenMM\n \n #endif /*OPENMM_REFERENCEKERNELS_H_*/\ndiff --git a/platforms/reference/src/ReferenceKernelFactory.cpp b/platforms/reference/src/ReferenceKernelFactory.cpp\nindex bba17d0439..35c72d049d 100644\n--- a/platforms/reference/src/ReferenceKernelFactory.cpp\n+++ b/platforms/reference/src/ReferenceKernelFactory.cpp\n@@ -82,6 +82,8 @@ KernelImpl* ReferenceKernelFactory::createKernelImpl(std::string name, const Pla\n return new ReferenceCalcCustomCVForceKernel(name, platform);\n if (name == CalcATMForceKernel::Name())\n return new ReferenceCalcATMForceKernel(name, platform);\n+ if (name == CalcCustomCPPForceKernel::Name())\n+ return new ReferenceCalcCustomCPPForceKernel(name, platform);\n if (name == CalcRMSDForceKernel::Name())\n return new ReferenceCalcRMSDForceKernel(name, platform);\n if (name == CalcCustomManyParticleForceKernel::Name())\ndiff --git a/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp b/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\nindex 0fc8eb177c..d9e94a4f11 100644\n--- a/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\n+++ b/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\n@@ -3032,3 +3032,18 @@ void ReferenceCalcATMForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context,\n displ0[i] = displacement0;\n }\n }\n+\n+void ReferenceCalcCustomCPPForceKernel::initialize(const System& system, CustomCPPForceImpl& force) {\n+ this->force = &force;\n+ forces.resize(system.getNumParticles());\n+}\n+\n+double ReferenceCalcCustomCPPForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy) {\n+ vector<Vec3>& posData = extractPositions(context);\n+ vector<Vec3>& forceData = extractForces(context);\n+ double energy = force->computeForce(context, posData, forces);\n+ if (includeForces)\n+ for (int i = 0; i < forces.size(); i++)\n+ forceData[i] += forces[i];\n+ return energy;\n+}\ndiff --git a/platforms/reference/src/ReferencePlatform.cpp b/platforms/reference/src/ReferencePlatform.cpp\nindex 09c7368058..8269f7cf7a 100644\n--- a/platforms/reference/src/ReferencePlatform.cpp\n+++ b/platforms/reference/src/ReferencePlatform.cpp\n@@ -61,6 +61,7 @@ ReferencePlatform::ReferencePlatform() {\n registerKernelFactory(CalcCustomHbondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCentroidBondForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCompoundBondForceKernel::Name(), factory);\n+ registerKernelFactory(CalcCustomCPPForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcCustomCVForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcATMForceKernel::Name(), factory);\n registerKernelFactory(CalcRMSDForceKernel::Name(), factory);\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/platforms/cpu/tests/TestCpuCustomCPPForce.cpp b/platforms/cpu/tests/TestCpuCustomCPPForce.cpp\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..aa4c42ea68\n--- /dev/null\n+++ b/platforms/cpu/tests/TestCpuCustomCPPForce.cpp\n@@ -0,0 +1,37 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"CpuTests.h\"\n+#include \"TestCustomCPPForce.h\"\n+\n+void runPlatformTests() {\n+}\n+\ndiff --git a/platforms/cuda/tests/TestCudaCustomCPPForce.cpp b/platforms/cuda/tests/TestCudaCustomCPPForce.cpp\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..f294405cf6\n--- /dev/null\n+++ b/platforms/cuda/tests/TestCudaCustomCPPForce.cpp\n@@ -0,0 +1,37 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"CudaTests.h\"\n+#include \"TestCustomCPPForce.h\"\n+\n+void runPlatformTests() {\n+}\n+\ndiff --git a/platforms/opencl/tests/TestOpenCLCustomCPPForce.cpp b/platforms/opencl/tests/TestOpenCLCustomCPPForce.cpp\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..da89dea302\n--- /dev/null\n+++ b/platforms/opencl/tests/TestOpenCLCustomCPPForce.cpp\n@@ -0,0 +1,37 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"OpenCLTests.h\"\n+#include \"TestCustomCPPForce.h\"\n+\n+void runPlatformTests() {\n+}\n+\ndiff --git a/platforms/reference/tests/TestReferenceCustomCPPForce.cpp b/platforms/reference/tests/TestReferenceCustomCPPForce.cpp\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..57d9e2f2d6\n--- /dev/null\n+++ b/platforms/reference/tests/TestReferenceCustomCPPForce.cpp\n@@ -0,0 +1,37 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+\n+#include \"ReferenceTests.h\"\n+#include \"TestCustomCPPForce.h\"\n+\n+void runPlatformTests() {\n+}\ndiff --git a/tests/TestCustomCPPForce.h b/tests/TestCustomCPPForce.h\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..e2832038f1\n--- /dev/null\n+++ b/tests/TestCustomCPPForce.h\n@@ -0,0 +1,111 @@\n+/* -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * OpenMM *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- *\n+ * This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from *\n+ * Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of *\n+ * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n+ * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n+ * *\n+ * Portions copyright (c) 2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Authors: Peter Eastman *\n+ * Contributors: *\n+ * *\n+ * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a *\n+ * copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"), *\n+ * to deal in the Software without restriction, including without limitation *\n+ * the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, *\n+ * and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the *\n+ * Software is furnished to do so, subject to the following conditions: *\n+ * *\n+ * The above copyright notice and this permission notice shall be included in *\n+ * all copies or substantial portions of the Software. *\n+ * *\n+ * THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR *\n+ * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY, *\n+ * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL *\n+ * THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, *\n+ * DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR *\n+ * OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE *\n+ * USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. *\n+ * -------------------------------------------------------------------------- */\n+\n+#include \"openmm/internal/AssertionUtilities.h\"\n+#include \"openmm/Context.h\"\n+#include \"openmm/NonbondedForce.h\"\n+#include \"openmm/internal/CustomCPPForceImpl.h\"\n+#include \"openmm/System.h\"\n+#include \"openmm/VerletIntegrator.h\"\n+#include <iostream>\n+#include <vector>\n+\n+using namespace OpenMM;\n+using namespace std;\n+\n+class TestForce : public Force {\n+protected:\n+ ForceImpl* createImpl() const;\n+};\n+\n+class TestForceImpl : public CustomCPPForceImpl {\n+public:\n+ const TestForce& owner;\n+ TestForceImpl(const TestForce& owner) : CustomCPPForceImpl(owner), owner(owner) {\n+ }\n+ double computeForce(ContextImpl& context, const vector<Vec3>& positions, vector<Vec3>& forces) {\n+ for (int i = 0; i < forces.size(); i++)\n+ forces[i] = Vec3(i, i+1, i+2);\n+ return 10.5;\n+ }\n+ const TestForce& getOwner() const {\n+ return owner;\n+ }\n+};\n+\n+ForceImpl* TestForce::createImpl() const {\n+ return new TestForceImpl(*this);\n+}\n+\n+void testForce() {\n+ int numParticles = 3;\n+ System system;\n+ NonbondedForce* nb = new NonbondedForce();\n+ TestForce* test = new TestForce();\n+ nb->setForceGroup(0);\n+ test->setForceGroup(1);\n+ system.addForce(test);\n+ system.addForce(nb);\n+ vector<Vec3> positions;\n+ for (int i = 0; i < numParticles; i++) {\n+ system.addParticle(1.0);\n+ nb->addParticle(0.0, 0.5, 1.0);\n+ positions.push_back(Vec3(0.6*i, 0, 0));\n+ }\n+ VerletIntegrator integrator(0.01);\n+ Context context(system, integrator, platform);\n+ context.setPositions(positions);\n+ State state1 = context.getState(State::Forces | State::Energy);\n+ State state2 = context.getState(State::Forces | State::Energy, false, 1<<0);\n+ State state3 = context.getState(State::Forces | State::Energy, false, 1<<1);\n+ ASSERT_EQUAL_TOL(10.5, state3.getPotentialEnergy(), 1e-6);\n+ ASSERT_EQUAL_TOL(state1.getPotentialEnergy(), state2.getPotentialEnergy()+state3.getPotentialEnergy(), 1e-6);\n+ for (int i = 0; i < numParticles; i++) {\n+ ASSERT_EQUAL_VEC(Vec3(i, i+1, i+2), state3.getForces()[i], 1e-6);\n+ ASSERT_EQUAL_VEC(state1.getForces()[i], state2.getForces()[i]+state3.getForces()[i], 1e-6);\n+ }\n+}\n+\n+void runPlatformTests();\n+\n+int main(int argc, char* argv[]) {\n+ try {\n+ initializeTests(argc, argv);\n+ testForce();\n+ runPlatformTests();\n+ }\n+ catch(const exception& e) {\n+ cout << \"exception: \" << e.what() << endl;\n+ return 1;\n+ }\n+ cout << \"Done\" << endl;\n+ return 0;\n+}\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4317
|
multi_swe_bench
|
Serialization proxy for ATMForce did not record the particles (openmm/openmm#4317)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4317,
"issue_title": "Serialization proxy for ATMForce did not record the particles",
"issue_body": "Fixes #4316.",
"base_commit": "31abb2f7a34e8ef5c17bc52207fb0d226bf5d703",
"resolved_issues": [
{
"number": 4316,
"title": "`ATMForce` SIGSEGV's after copying / serialization",
"body": "Copying (or serializing / deserializing) a system that contains an ATM force, and then using that system in a context yields a segfault:\r\n\r\n```\r\nimport openmm\r\n\r\nnb_force = openmm.NonbondedForce()\r\nnb_force.addParticle(0.0, 1.0, 1.0)\r\n\r\natm_force = openmm.ATMForce(0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 100.0, 50.0, 1.0 / 16.0, 1)\r\natm_force.addParticle(openmm.Vec3(0.0, 0.0, 0.0))\r\natm_force.addForce(nb_force)\r\n\r\nsystem = openmm.System()\r\nsystem.addParticle(1.0)\r\nsystem.addForce(atm_force)\r\n\r\nsystem = openmm.XmlSerializer.deserialize(openmm.XmlSerializer.serialize(system))\r\n\r\ncontext = openmm.Context(system, openmm.VerletIntegrator(1.0))\r\ncontext.setPositions([openmm.Vec3(0.0, 0.0, 0.0)] * openmm.unit.angstrom)\r\n\r\nprint(context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy(), flush=True)\r\n```\r\n\r\nremoving the `system = openmm.XmlSerializer.deserialize(openmm.XmlSerializer.serialize(system))` line yields an energy of 0.0 as exepcted without any segfaults.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4317",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/serialization/src/ATMForceProxy.cpp b/serialization/src/ATMForceProxy.cpp\nindex d86cbd4a50..75d70fb6f8 100644\n--- a/serialization/src/ATMForceProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/ATMForceProxy.cpp\n@@ -60,6 +60,13 @@ void ATMForceProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node) const\n SerializationNode& f = forces.createChildNode(\"Force\");\n f.createChildNode(\"Force\", &force.getForce(i));\n }\n+ SerializationNode& particles = node.createChildNode(\"Particles\");\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n+ Vec3 d1, d0;\n+ force.getParticleParameters(i, d1, d0);\n+ particles.createChildNode(\"Particle\").setDoubleProperty(\"d1x\", d1[0]).setDoubleProperty(\"d1y\", d1[1]).setDoubleProperty(\"d1z\", d1[2])\n+ .setDoubleProperty(\"d0x\", d0[0]).setDoubleProperty(\"d0y\", d0[1]).setDoubleProperty(\"d0z\", d0[2]);\n+ }\n }\n \n void* ATMForceProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n@@ -80,6 +87,10 @@ void* ATMForceProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n const SerializationNode& forces = node.getChildNode(\"Forces\");\n for (auto& f : forces.getChildren())\n force->addForce(f.getChildren()[0].decodeObject<Force>());\n+ const SerializationNode& particles = node.getChildNode(\"Particles\");\n+ for (auto& p : particles.getChildren())\n+ force->addParticle(Vec3(p.getDoubleProperty(\"d1x\"), p.getDoubleProperty(\"d1y\"), p.getDoubleProperty(\"d1z\")),\n+ Vec3(p.getDoubleProperty(\"d0x\"), p.getDoubleProperty(\"d0y\"), p.getDoubleProperty(\"d0z\")));\n return force;\n }\n catch (...) {\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/serialization/tests/TestSerializeATMForce.cpp b/serialization/tests/TestSerializeATMForce.cpp\nindex e55f2fe5f4..641ff0d46a 100644\n--- a/serialization/tests/TestSerializeATMForce.cpp\n+++ b/serialization/tests/TestSerializeATMForce.cpp\n@@ -55,6 +55,8 @@ void testSerialization() {\n HarmonicAngleForce* v2 = new HarmonicAngleForce();\n v2->addAngle(3, 11, 15, 0.4, 0.2);\n force.addForce(v2);\n+ force.addParticle(Vec3(1, 2, 3));\n+ force.addParticle(Vec3(0, 0, -1), Vec3(3, 2, 1));\n \n // Serialize and then deserialize it.\n \n@@ -83,6 +85,14 @@ void testSerialization() {\n XmlSerializer::serialize<Force>(&force2.getForce(i), \"Force\", buffer2);\n ASSERT_EQUAL(buffer1.str(), buffer2.str());\n }\n+ ASSERT_EQUAL(force.getNumParticles(), force2.getNumParticles());\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n+ Vec3 d1a, d1b, d0a, d0b;\n+ force.getParticleParameters(i, d1a, d0a);\n+ force2.getParticleParameters(i, d1b, d0b);\n+ ASSERT_EQUAL_VEC(d1a, d1b, 0.0);\n+ ASSERT_EQUAL_VEC(d0a, d0b, 0.0);\n+ }\n }\n \n int main() {\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4319
|
multi_swe_bench
|
Fixes to Python API for ATMForce (openmm/openmm#4319)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4319,
"issue_title": "Fixes to Python API for ATMForce",
"issue_body": "Fixes #4313.",
"base_commit": "2ab3b77d946cf5d9b705d3d3b4edd96314d62aa5",
"resolved_issues": [
{
"number": 4313,
"title": "`ATMForce.getParticleParameters` python wrapper requires displacement vectors",
"body": "The python wrapper around the `getParticleParameters` method on the new `ATMForce` seems to want you to pass in two `Vec3` pointers that presumably the C++ layer will then update with the displacements set for particle `i`.\r\n\r\nWas this the intention, or should the exposed python version of the method take only an index and instead return the `Vec3` displacements?\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4319",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\nindex 24b598ae98..4c110b7be8 100755\n--- a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n+++ b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n@@ -521,4 +521,5 @@\n (\"ATMForce\", \"getDefaultUmax\") : ('unit.kilojoule_per_mole', ()),\n (\"ATMForce\", \"getDefaultUbcore\") : ('unit.kilojoule_per_mole', ()),\n (\"ATMForce\", \"getDefaultAcore\") : (None, ()),\n+(\"ATMForce\", \"getParticleParameters\") : (None, (\"unit.nanometer\", \"unit.nanometer\")),\n }\ndiff --git a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swig_lib/python/typemaps.i b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swig_lib/python/typemaps.i\nindex fba646d820..f33f09cf2c 100644\n--- a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swig_lib/python/typemaps.i\n+++ b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swig_lib/python/typemaps.i\n@@ -537,16 +537,23 @@ int Py_SequenceToVecVecVecDouble(PyObject* obj, std::vector<std::vector<std::vec\n %typemap(argout) const std::vector<Vec3>& {\n }\n \n-\n+/* The following typemaps handle the ways a Vec3 can be returned from a function. */\n %typemap(out, fragment=\"Vec3_to_PyVec3\") Vec3 {\n $result = Vec3_to_PyVec3(*$1);\n }\n \n-\n %typemap(out, fragment=\"Vec3_to_PyVec3\") const Vec3& {\n $result = Vec3_to_PyVec3(*$1);\n }\n \n+%typemap(in, numinputs=0) Vec3& OUTPUT (Vec3 temp) {\n+ $1 = &temp;\n+}\n+\n+%typemap(argout, fragment=\"Vec3_to_PyVec3\") Vec3& OUTPUT {\n+ %append_output(Vec3_to_PyVec3(*$1));\n+}\n+\n /* Convert C++ (Vec3&, Vec3&, Vec3&) object to python tuple or tuples */\n %typemap(argout, fragment=\"Vec3_to_PyVec3\") (Vec3& a, Vec3& b, Vec3& c) {\n PyObject* pyVec1 = Vec3_to_PyVec3(*$1);\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\nindex f2d0deedff..d7e75f8bad 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n@@ -526,6 +526,23 @@ def testCustomManyParticleForce(self):\n self.assertEqual(force.getParticleParameters(1)[0][0], 20)\n self.assertEqual(force.getParticleParameters(2)[0][0], 30*4.184)\n \n+ def testATMForce(self):\n+ \"\"\"Tests the ATMForce API features\"\"\"\n+ force = ATMForce(0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.7, 0.6, 0.8, -1.0);\n+ force.addParticle(Vec3(1, 2, 3), Vec3(4, 5, 6))\n+ self.assertEqual(0.1, force.getGlobalParameterDefaultValue(0))\n+ self.assertEqual(0.2, force.getGlobalParameterDefaultValue(1))\n+ self.assertEqual(0.3, force.getGlobalParameterDefaultValue(2))\n+ self.assertEqual(0.4, force.getGlobalParameterDefaultValue(3))\n+ self.assertEqual(0.5, force.getGlobalParameterDefaultValue(4))\n+ self.assertEqual(0.7, force.getGlobalParameterDefaultValue(5))\n+ self.assertEqual(0.6, force.getGlobalParameterDefaultValue(6))\n+ self.assertEqual(0.8, force.getGlobalParameterDefaultValue(7))\n+ self.assertEqual(-1.0, force.getGlobalParameterDefaultValue(8))\n+ d1, d0 = force.getParticleParameters(0)\n+ self.assertEqual(Vec3(1, 2, 3)*nanometers, d1)\n+ self.assertEqual(Vec3(4, 5, 6)*nanometers, d0)\n+\n def testDrudeForce(self):\n \"\"\" Tests the DrudeForce API features \"\"\"\n force = DrudeForce()\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4323
|
multi_swe_bench
|
Preserve bond type and order in all `Modeller` operations (openmm/openmm#4323)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4323,
"issue_title": "Preserve bond type and order in all `Modeller` operations",
"issue_body": "This is not linked to an open issue (as far as I can tell), but it falls in the same category as #4112 (issue), #4113 (PR), completing the work of the latter. \r\n\r\n----\r\n\r\nWhen generating a new topology for a `Modeller` as a result of any operation, bonds that had `type` and `order` attributes in the original topology should retain them, instead of implicitly setting them to `None`.\r\n\r\nThis PR\r\n\r\n- ensures that `delete()` (therefore implicitly `deleteWater()`), `addSolvent()`, `addHydrogens()` and `addExtraParticles()` behave in the desirable way, while #4112 did it for `add()` (and implicitly for `addMembrane()`).\r\n\r\n- adds regression tests either as new tests method, or as assertions in existing test methods\r\n\r\n\r\n",
"base_commit": "43f571d90fc1c882848cbd9b55e097a1775a9075",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Preserve bond type and order in all `Modeller` operations",
"body": "### Issue Description\n\n#### Problem:\nWhen performing operations in the `Modeller` class, such as adding solvent, deleting water, adding hydrogens, or adding extra particles, bond attributes like `type` and `order` are not preserved in the resulting topology. This leads to the loss of critical bond information that may be essential for downstream processes, such as simulations or analyses that rely on accurate chemical representations.\n\n#### Expected Behavior:\nAll operations in the `Modeller` class should preserve bond attributes, including `type` and `order`, from the original topology. When a new topology is generated as a result of these operations, bonds should retain their original attributes to ensure consistent and accurate molecular representations.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4323",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\nindex 997e0f53b1..1cc5299fbe 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n@@ -178,7 +178,7 @@ def delete(self, toDelete):\n for bond in self.topology.bonds():\n if bond[0] in newAtoms and bond[1] in newAtoms:\n if bond not in deleteSet and (bond[1], bond[0]) not in deleteSet:\n- newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]])\n+ newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]], bond.type, bond.order)\n self.topology = newTopology\n self.positions = newPositions\n \n@@ -253,7 +253,7 @@ def convertWater(self, model='tip3p'):\n newPositions.append(deepcopy(self.positions[atom.index]))\n for bond in self.topology.bonds():\n if bond[0] in newAtoms and bond[1] in newAtoms:\n- newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]])\n+ newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]], bond.type, bond.order)\n self.topology = newTopology\n self.positions = newPositions\n \n@@ -549,7 +549,7 @@ def addSolvent(self, forcefield, model='tip3p', boxSize=None, boxVectors=None, p\n newAtoms[atom] = newAtom\n newPositions.append(deepcopy(self.positions[atom.index]))\n for bond in self.topology.bonds():\n- newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]])\n+ newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]], bond.type, bond.order)\n \n # Sort the solute atoms into cells for fast lookup.\n \n@@ -1000,7 +1000,7 @@ def isHbond(d, h, a):\n newPositions.append(deepcopy(self.positions[atom.index]))\n for bond in self.topology.bonds():\n if bond[0] in newAtoms and bond[1] in newAtoms:\n- newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]])\n+ newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]], bond.type, bond.order)\n \n # The hydrogens were added at random positions. Now perform an energy minimization to fix them up.\n \n@@ -1224,7 +1224,7 @@ def addExtraParticles(self, forcefield, ignoreExternalBonds=False, residueTempla\n \n for bond in self.topology.bonds():\n if bond[0] in newAtoms and bond[1] in newAtoms:\n- newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]])\n+ newTopology.addBond(newAtoms[bond[0]], newAtoms[bond[1]], bond.type, bond.order)\n \n if len(missingPositions) > 0:\n # There were particles whose position we couldn't identify before, since they were neither virtual sites nor Drude particles.\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestModeller.py b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\nindex 1f29bc9951..16e5837418 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n@@ -1200,6 +1200,75 @@ def test_addMembrane(self):\n for i in range(3):\n self.assertTrue(newSize[i] >= originalSize[i]+1.1*nanometers)\n \n+ def test_bondTypeAndOrderPreserved(self):\n+ \"\"\" Check that bond type and order are preserved across multiple operations. \n+\n+ Regression test for issue #4112 and similar behaviors.\n+ \"\"\"\n+\n+ # Given: an isolated molecule\n+ pdb = PDBFile(\"systems/alanine-dipeptide-implicit.pdb\")\n+ topology, positions = pdb.topology, pdb.positions\n+ topology.setUnitCellDimensions(Vec3(3.5, 3.5, 3.5) * nanometers)\n+ # with some bonds carrying type and order information\n+ for bond in topology.bonds():\n+ if ((bond.atom1.element, bond.atom2.element) in [\n+ (element.carbon, element.oxygen), (element.oxygen, element.carbon)\n+ ]):\n+ bond.type = Double\n+ bond.order = 2.0\n+ modeller = Modeller(topology, positions)\n+\n+ # When (1): add solvent\n+ forcefield = ForceField(\"amber10.xml\", \"tip3p.xml\")\n+ modeller.addSolvent(forcefield, \"tip3p\")\n+ # sanity check: water was added\n+ self.assertTrue(any(r.name == \"HOH\" for r in modeller.topology.residues()))\n+\n+ # When (2): convert water (no sites added)\n+ modeller.convertWater(\"spce\")\n+\n+ # When (3): convert water with addExtraParticles\n+ new_forcefield = ForceField('amber10.xml', 'tip4pew.xml')\n+ modeller.addExtraParticles(new_forcefield)\n+ # sanity check: extra sites were added\n+ self.assertEqual(\n+ set([len(list(res.atoms())) for res in modeller.topology.residues() if res.name == \"HOH\"]),\n+ {4}\n+ )\n+\n+ # When (4): delete water (with deleteWater) and hydrogens (with delete)\n+ modeller.deleteWater()\n+ hydrogens = [a for a in modeller.topology.atoms() if a.element == element.hydrogen]\n+ modeller.delete(hydrogens)\n+ # sanity check: all gone\n+ self.assertFalse(any(a.element == element.hydrogen for a in modeller.topology.atoms()))\n+ self.assertFalse(any(r.name == \"HOH\" for r in modeller.topology.residues()))\n+\n+ # When (5): add back hydrogens\n+ modeller.addHydrogens()\n+ # sanity check: hydrogens are back\n+ self.assertTrue(any(a.element == element.hydrogen for a in modeller.topology.atoms()))\n+\n+ # Then (intermediate): bond info have been retained throughout the workflow\n+ self.assertIn((Double, 2.0), [(b.type, b.order) for b in modeller.topology.bonds()])\n+\n+ # When (6): add a modeller (which also bears some bond info)\n+ to_add = PDBFile('systems/methanol-box.pdb')\n+ topology_to_add = to_add.topology\n+ positions_to_add = to_add.positions\n+ # add a dummy bond to the \"to_add\" system to check that it also is preserved\n+ atom0, atom1 = (atom for i, atom in enumerate(topology_to_add.atoms()) if i < 2)\n+ topology_to_add.addBond(atom0, atom1, Single, 1.0)\n+ modeller.add(topology_to_add, positions_to_add)\n+\n+ # Then: bond info are retained for both the old and the new system\n+ all_bond_extra_data = [(b.type, b.order) for b in modeller.topology.bonds()]\n+ self.assertEqual(\n+ set(all_bond_extra_data),\n+ # None and Double from topology; other Nones and Single from topology_to_add\n+ {(None, None), (Single, 1.0), (Double, 2.0)}\n+ )\n \n def assertVecAlmostEqual(self, p1, p2, tol=1e-7):\n scale = max(1.0, norm(p1),)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4523
|
multi_swe_bench
|
DrudeForce supports periodic boundary conditions (openmm/openmm#4523)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4523,
"issue_title": "DrudeForce supports periodic boundary conditions",
"issue_body": "Fixes #4521.",
"base_commit": "2d4372d7ba8de7e02b4af9cb57f4ef29cd146f34",
"resolved_issues": [
{
"number": 4521,
"title": "Periodic boundary conditions with DrudeForce ",
"body": "Hi, I have a question regarding periodic boundary conditions and the DrudeForce. From the documentation for `DrudeForce` I understand that `drudeforce.usesPeriodicBoundaryConditions()` will return `True` or `False` depending on if the `NonbondedForce` uses PBC. However in my case `drudeforce.usesPeriodicBoundaryConditions()` returns `False` although `nonbondedforce.usesPeriodicBoundaryConditions()` returns `True`. \r\n\r\nSince there is no `drudeforce.setUsesPeriodicBoundaryConditions(True)` how can I set `drudeforce.usesPeriodicBoundaryConditions()` to `True`?\r\n\r\nI attach my code:\r\n\r\n```\r\n# Import openmm\r\nfrom openmm.app import *\r\nfrom openmm import *\r\nfrom openmm.unit import *\r\nfrom sys import stdout\r\n\r\n\r\n# Read force field from XML file\r\n\r\nforcefield = ForceField(\"forcefield.xml\")\r\n\r\n\r\n# Read positions and topology from Gromacs files, create a modeller object and add extra particles\r\n\r\ngro = GromacsGroFile(\"slab.gro\")\r\n\r\ntop = GromacsTopFile(\"topol.top\", periodicBoxVectors=gro.getPeriodicBoxVectors(), includeDir='/usr/local/gromacs/share/gromacs/top') #gromacs top file\r\n\r\nmodeller = Modeller(top.topology,gro.positions)\r\n\r\nmodeller.addExtraParticles(forcefield)\r\n\r\n\r\n# Create a system\r\n\r\nsystem = forcefield.createSystem(modeller.topology, nonbondedMethod=PME, nonbondedCutoff=1.0*nanometer, constraints=HBonds)\r\n\r\n\r\n# Activate PBC for bonds and angles\r\n\r\nforces = system.getForces()\r\n\r\nfor force in forces:\r\n\r\n force_name = force.__class__.__name__\r\n\r\n if force_name == \"HarmonicBondForce\":\r\n\r\n force.setUsesPeriodicBoundaryConditions(True)\r\n\r\n elif force_name == \"HarmonicAngleForce\":\r\n\r\n force.setUsesPeriodicBoundaryConditions(True)\r\n\r\n\r\n# Check options for periodic boundary conditions\r\n\r\nfor force in forces:\r\n\r\n force_name = force.__class__.__name__\r\n\r\n if force.usesPeriodicBoundaryConditions():\r\n \r\n print(f\"{force_name} uses PBC\")\r\n\r\n else: \r\n print(f\"{force_name} does not use PBC\")\r\n```\r\nThe output is\r\n\r\n```\r\nHarmonicBondForce uses PBC\r\nNonbondedForce uses PBC\r\nDrudeForce does not use PBC\r\nCMMotionRemover does not use PBC\r\nHarmonicAngleForce uses PBC\r\n```\r\n\r\n\n\n### Minimal API referenced by tests (typed signatures)\n_Added only when tests call brand‑new symbols introduced by the fix; types reflect annotations present in the repo or `Unknown` if not annotated._\n\n- Function in `plugins/drude/openmmapi/src/DrudeForce.cpp`: `def void DrudeForce::setUsesPeriodicBoundaryConditions(periodic: bool) -> void: ...`\n **Inputs:** periodic: bool\n **Output:** void\n\n\n```python\ndef void DrudeForce::setUsesPeriodicBoundaryConditions(periodic) -> void: ...\n```\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4523",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeForce.h b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeForce.h\nindex 0ae8980b95..c4483c4331 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeForce.h\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/include/openmm/DrudeForce.h\n@@ -9,7 +9,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -134,7 +134,7 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeForce : public Force {\n */\n int addScreenedPair(int particle1, int particle2, double thole);\n /**\n- * Get the force field parameters for screened pair.\n+ * Get the force field parameters for a screened pair.\n *\n * @param index the index of the pair for which to get parameters\n * @param[out] particle1 the index within this Force of the first particle involved in the interaction\n@@ -143,7 +143,7 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeForce : public Force {\n */\n void getScreenedPairParameters(int index, int& particle1, int& particle2, double& thole) const;\n /**\n- * Set the force field parameters for screened pair.\n+ * Set the force field parameters for a screened pair.\n *\n * @param index the index of the pair for which to get parameters\n * @param particle1 the index within this Force of the first particle involved in the interaction\n@@ -162,15 +162,19 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeForce : public Force {\n * be used to add new particles or screenedPairs, only to change the parameters of existing ones.\n */\n void updateParametersInContext(Context& context);\n+ /**\n+ * Set whether this force should apply periodic boundary conditions when calculating displacements.\n+ * Usually this is not appropriate for bonded forces, but there are situations when it can be useful.\n+ * \n+ * Periodic boundary conditions are only applied to screened pairs. They are never used for the\n+ * force between a Drude particle and its parent particle, regardless of this setting.\n+ */\n+ void setUsesPeriodicBoundaryConditions(bool periodic);\n /**\n * Returns whether or not this force makes use of periodic boundary\n * conditions.\n- *\n- * @returns true if nonbondedMethod uses PBC and false otherwise\n */\n- bool usesPeriodicBoundaryConditions() const {\n- return false;\n- }\n+ bool usesPeriodicBoundaryConditions() const;\n protected:\n ForceImpl* createImpl() const;\n private:\n@@ -178,6 +182,7 @@ class OPENMM_EXPORT_DRUDE DrudeForce : public Force {\n class ScreenedPairInfo;\n std::vector<ParticleInfo> particles;\n std::vector<ScreenedPairInfo> screenedPairs;\n+ bool usePeriodic;\n };\n \n /**\ndiff --git a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeForce.cpp b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeForce.cpp\nindex b46b0a8f32..b07f23844a 100644\n--- a/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeForce.cpp\n+++ b/plugins/drude/openmmapi/src/DrudeForce.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013-2021 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -38,7 +38,7 @@\n using namespace OpenMM;\n using namespace std;\n \n-DrudeForce::DrudeForce() {\n+DrudeForce::DrudeForce() : usePeriodic(false) {\n }\n \n int DrudeForce::addParticle(int particle, int particle1, int particle2, int particle3, int particle4, double charge, double polarizability, double aniso12, double aniso34) {\n@@ -105,3 +105,11 @@ ForceImpl* DrudeForce::createImpl() const {\n void DrudeForce::updateParametersInContext(Context& context) {\n dynamic_cast<DrudeForceImpl&>(getImplInContext(context)).updateParametersInContext(getContextImpl(context));\n }\n+\n+void DrudeForce::setUsesPeriodicBoundaryConditions(bool periodic) {\n+ usePeriodic = periodic;\n+}\n+\n+bool DrudeForce::usesPeriodicBoundaryConditions() const {\n+ return usePeriodic;\n+}\ndiff --git a/plugins/drude/platforms/common/src/CommonDrudeKernels.cpp b/plugins/drude/platforms/common/src/CommonDrudeKernels.cpp\nindex 77c9aaa026..2da3aeba1e 100644\n--- a/plugins/drude/platforms/common/src/CommonDrudeKernels.cpp\n+++ b/plugins/drude/platforms/common/src/CommonDrudeKernels.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013-2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -158,6 +158,7 @@ void CommonCalcDrudeForceKernel::initialize(const System& system, const DrudeFor\n }\n pairParams.upload(paramVector);\n map<string, string> replacements;\n+ replacements[\"APPLY_PERIODIC\"] = (force.usesPeriodicBoundaryConditions() ? \"1\" : \"0\");\n replacements[\"PARAMS\"] = cc.getBondedUtilities().addArgument(pairParams, \"float2\");\n cc.getBondedUtilities().addInteraction(atoms, cc.replaceStrings(CommonDrudeKernelSources::drudePairForce, replacements), force.getForceGroup());\n }\ndiff --git a/plugins/drude/platforms/common/src/kernels/drudePairForce.cc b/plugins/drude/platforms/common/src/kernels/drudePairForce.cc\nindex 3cf79f07fa..ced2638ee1 100644\n--- a/plugins/drude/platforms/common/src/kernels/drudePairForce.cc\n+++ b/plugins/drude/platforms/common/src/kernels/drudePairForce.cc\n@@ -7,6 +7,9 @@ real3 force4 = make_real3(0);\n // First pair.\n \n real3 delta = make_real3(pos1.x-pos3.x, pos1.y-pos3.y, pos1.z-pos3.z);\n+#if APPLY_PERIODIC\n+APPLY_PERIODIC_TO_DELTA(delta)\n+#endif\n real rInv = RSQRT(dot(delta, delta));\n real r = RECIP(rInv);\n real u = drudeParams.x*r;\n@@ -20,6 +23,9 @@ force3 -= f;\n // Second pair.\n \n delta = make_real3(pos1.x-pos4.x, pos1.y-pos4.y, pos1.z-pos4.z);\n+#if APPLY_PERIODIC\n+APPLY_PERIODIC_TO_DELTA(delta)\n+#endif\n rInv = RSQRT(dot(delta, delta));\n r = RECIP(rInv);\n u = drudeParams.x*r;\n@@ -33,6 +39,9 @@ force4 -= f;\n // Third pair.\n \n delta = make_real3(pos2.x-pos3.x, pos2.y-pos3.y, pos2.z-pos3.z);\n+#if APPLY_PERIODIC\n+APPLY_PERIODIC_TO_DELTA(delta)\n+#endif\n rInv = RSQRT(dot(delta, delta));\n r = RECIP(rInv);\n u = drudeParams.x*r;\n@@ -46,6 +55,9 @@ force3 -= f;\n // Fourth pair.\n \n delta = make_real3(pos2.x-pos4.x, pos2.y-pos4.y, pos2.z-pos4.z);\n+#if APPLY_PERIODIC\n+APPLY_PERIODIC_TO_DELTA(delta)\n+#endif\n rInv = RSQRT(dot(delta, delta));\n r = RECIP(rInv);\n u = drudeParams.x*r;\ndiff --git a/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.cpp b/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.cpp\nindex b97e836d31..087719f145 100644\n--- a/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.cpp\n+++ b/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2011-2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2011-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -36,6 +36,7 @@\n #include \"SimTKOpenMMUtilities.h\"\n #include \"ReferenceConstraints.h\"\n #include \"ReferenceVirtualSites.h\"\n+#include \"ReferenceForce.h\"\n #include <set>\n \n using namespace OpenMM;\n@@ -56,6 +57,11 @@ static vector<Vec3>& extractForces(ContextImpl& context) {\n return *data->forces;\n }\n \n+static Vec3* extractBoxVectors(ContextImpl& context) {\n+ ReferencePlatform::PlatformData* data = reinterpret_cast<ReferencePlatform::PlatformData*>(context.getPlatformData());\n+ return data->periodicBoxVectors;\n+}\n+\n static ReferenceConstraints& extractConstraints(ContextImpl& context) {\n ReferencePlatform::PlatformData* data = reinterpret_cast<ReferencePlatform::PlatformData*>(context.getPlatformData());\n return *data->constraints;\n@@ -103,6 +109,7 @@ void ReferenceCalcDrudeForceKernel::initialize(const System& system, const Drude\n pairThole.resize(numPairs);\n for (int i = 0; i < numPairs; i++)\n force.getScreenedPairParameters(i, pair1[i], pair2[i], pairThole[i]);\n+ periodic = force.usesPeriodicBoundaryConditions();\n }\n \n double ReferenceCalcDrudeForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool includeForces, bool includeEnergy) {\n@@ -170,6 +177,7 @@ double ReferenceCalcDrudeForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool include\n // Compute the screened interaction between bonded dipoles.\n \n int numPairs = pair1.size();\n+ Vec3* boxVectors = extractBoxVectors(context);\n for (int i = 0; i < numPairs; i++) {\n int dipole1 = pair1[i];\n int dipole2 = pair2[i];\n@@ -181,8 +189,13 @@ double ReferenceCalcDrudeForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool include\n int p1 = dipole1Particles[j];\n int p2 = dipole2Particles[k];\n double chargeProduct = charge[dipole1]*charge[dipole2]*(j == k ? 1 : -1);\n- Vec3 delta = pos[p1]-pos[p2];\n- double r = sqrt(delta.dot(delta));\n+ double deltaR[ReferenceForce::LastDeltaRIndex];\n+ if (periodic)\n+ ReferenceForce::getDeltaRPeriodic(pos[p2], pos[p1], boxVectors, deltaR);\n+ else\n+ ReferenceForce::getDeltaR(pos[p2], pos[p1], deltaR);\n+ Vec3 delta(deltaR[ReferenceForce::XIndex], deltaR[ReferenceForce::YIndex], deltaR[ReferenceForce::ZIndex]);\n+ double r = deltaR[ReferenceForce::RIndex];\n double u = r*uscale;\n double screening = 1.0 - (1.0+0.5*u)*exp(-u);\n energy += ONE_4PI_EPS0*chargeProduct*screening/r;\ndiff --git a/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.h b/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.h\nindex 2f462c948c..05f0f22924 100644\n--- a/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.h\n+++ b/plugins/drude/platforms/reference/src/ReferenceDrudeKernels.h\n@@ -9,7 +9,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013-2023 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -77,6 +77,7 @@ class ReferenceCalcDrudeForceKernel : public CalcDrudeForceKernel {\n std::vector<double> charge, polarizability, aniso12, aniso34;\n std::vector<int> pair1, pair2;\n std::vector<double> pairThole;\n+ bool periodic;\n };\n \n /**\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/plugins/drude/tests/TestDrudeForce.h b/plugins/drude/tests/TestDrudeForce.h\nindex 67e47d06fc..67eef4ffa3 100644\n--- a/plugins/drude/tests/TestDrudeForce.h\n+++ b/plugins/drude/tests/TestDrudeForce.h\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -127,26 +127,29 @@ double computeScreening(double r, double thole, double alpha1, double alpha2) {\n return 1.0-(1.0+u/2)*exp(-u);\n }\n \n-void testThole() {\n+void testThole(bool periodic) {\n const double k = ONE_4PI_EPS0*1.5;\n const double charge = 0.1;\n const double alpha = ONE_4PI_EPS0*charge*charge/k;\n const double thole = 2.5;\n+ const double box = 2.0;\n System system;\n system.addParticle(1.0);\n system.addParticle(1.0);\n system.addParticle(1.0);\n system.addParticle(1.0);\n+ system.setDefaultPeriodicBoxVectors(Vec3(box, 0, 0), Vec3(0, box, 0), Vec3(0, 0, box));\n DrudeForce* drude = new DrudeForce();\n drude->addParticle(1, 0, -1, -1, -1, charge, alpha, 1, 1);\n drude->addParticle(3, 2, -1, -1, -1, charge, alpha, 1, 1);\n drude->addScreenedPair(0, 1, thole);\n+ drude->setUsesPeriodicBoundaryConditions(periodic);\n system.addForce(drude);\n vector<Vec3> positions(4);\n positions[0] = Vec3(0, 0, 0);\n positions[1] = Vec3(0, -0.5, 0);\n- positions[2] = Vec3(1, 0, 0);\n- positions[3] = Vec3(1, 0, 0.3);\n+ positions[2] = Vec3(1.1, 0, 0);\n+ positions[3] = Vec3(1.1, 0, 0.3);\n double energySpring1 = 0.5*k*0.5*0.5;\n double energySpring2 = 0.5*k*0.3*0.3;\n double energyDipole = 0.0;\n@@ -154,6 +157,11 @@ void testThole() {\n for (int i = 0; i < 2; i++)\n for (int j = 2; j < 4; j++) {\n Vec3 delta = positions[i]-positions[j];\n+ if (periodic) {\n+ delta[0] -= box*floor(delta[0]/box+0.5);\n+ delta[1] -= box*floor(delta[1]/box+0.5);\n+ delta[2] -= box*floor(delta[2]/box+0.5);\n+ }\n double r = sqrt(delta.dot(delta));\n energyDipole += ONE_4PI_EPS0*q[i]*q[j]*computeScreening(r, thole, alpha, alpha)/r;\n }\n@@ -204,7 +212,8 @@ int main(int argc, char* argv[]) {\n setupKernels(argc, argv);\n testSingleParticle();\n testAnisotropicParticle();\n- testThole();\n+ testThole(false);\n+ testThole(true);\n testChangingParameters();\n runPlatformTests();\n }\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4528
|
multi_swe_bench
|
Fixed errors with residueTemplates arguments to Modeller methods (openmm/openmm#4528)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4528,
"issue_title": "Fixed errors with residueTemplates arguments to Modeller methods",
"issue_body": "Fixes #4524.",
"base_commit": "3cb6f8d709d720fefbe4aa21f1e6fc2afd69590d",
"resolved_issues": [
{
"number": 4524,
"title": "modeller.addSolvent error with residue templates and non-standard residues",
"body": "I'm working on a system with a non-canonical residue that binds to a cystein residue. I computed a set of parameters for these residues (including the cystein, which has different partial charges compared to the standard CYX residue, but has the same atoms).\r\n\r\nThen, I tried to solvate my system. I provided the `Modeller.addSolvent` method a dictionary (where the keys are `Residue`s from my system's `Topology`, and the values are the residue names) using the `residueTemplates` keyword, but it throws an error, saying that there is an ambiguity between my cystein-like residue andthe standard cystein residue (despite the residue templates are provided). The trace points to the `Modeller._addIons` method.\r\n\r\nLooking at the code, the `Modeller.addSolvent` method replaces the system's initial `Topology` by a new one before adding ions, which breaks the references to the `Residue` objects stored in the residueTemplates dictionary (as they are pointing to `Residue`s of the `Topology` that were replaced). \r\n\r\nCreating a new residueTemplates dictionary while creating the new `Topology` solved the issue and allowed me to solvate and ionize the system. I may submit a PR with this fix if you wish.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4528",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\nindex fc30c0dbe5..0e9917bb26 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n@@ -6,7 +6,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012-2023 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2024 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n Contributors: \n \n@@ -856,12 +856,15 @@ def isHbond(d, h, a):\n newTopology.setPeriodicBoxVectors(self.topology.getPeriodicBoxVectors())\n newAtoms = {}\n newPositions = []*nanometer\n+ newResidueTemplates = {}\n newIndices = []\n acceptors = [atom for atom in self.topology.atoms() if atom.element in (elem.oxygen, elem.nitrogen)]\n for chain in self.topology.chains():\n newChain = newTopology.addChain(chain.id)\n for residue in chain.residues():\n newResidue = newTopology.addResidue(residue.name, newChain, residue.id, residue.insertionCode)\n+ if residue in residueTemplates:\n+ newResidueTemplates[newResidue] = residueTemplates[residue]\n isNTerminal = (residue == chain._residues[0])\n isCTerminal = (residue == chain._residues[-1])\n if residue.name in Modeller._residueHydrogens:\n@@ -1012,8 +1015,7 @@ def isHbond(d, h, a):\n if forcefield is not None:\n # Use the ForceField the user specified.\n \n- system = forcefield.createSystem(newTopology, rigidWater=False, nonbondedMethod=CutoffNonPeriodic, residueTemplates=residueTemplates)\n- atoms = list(newTopology.atoms())\n+ system = forcefield.createSystem(newTopology, rigidWater=False, nonbondedMethod=CutoffNonPeriodic, residueTemplates=newResidueTemplates)\n for i in range(system.getNumParticles()):\n if i not in addedH:\n # Existing atom, make it immobile.\n@@ -1128,11 +1130,14 @@ def addExtraParticles(self, forcefield, ignoreExternalBonds=False, residueTempla\n newTopology.setPeriodicBoxVectors(self.topology.getPeriodicBoxVectors())\n newAtoms = {}\n newPositions = []*nanometer\n+ newResidueTemplates = {}\n missingPositions = set()\n for chain in self.topology.chains():\n newChain = newTopology.addChain(chain.id)\n for residue in chain.residues():\n newResidue = newTopology.addResidue(residue.name, newChain, residue.id, residue.insertionCode)\n+ if residue in residueTemplates:\n+ newResidueTemplates[newResidue] = residueTemplates[residue]\n template = templates[residue.index]\n if len(template.atoms) == len(list(residue.atoms())):\n # Just copy the residue over.\n@@ -1233,7 +1238,7 @@ def addExtraParticles(self, forcefield, ignoreExternalBonds=False, residueTempla\n # There were particles whose position we couldn't identify before, since they were neither virtual sites nor Drude particles.\n # Try to figure them out based on bonds. First, use the ForceField to create a list of every bond involving one of them.\n \n- system = forcefield.createSystem(newTopology, constraints=AllBonds, residueTemplates=residueTemplates)\n+ system = forcefield.createSystem(newTopology, constraints=AllBonds, residueTemplates=newResidueTemplates)\n bonds = []\n for i in range(system.getNumConstraints()):\n bond = system.getConstraintParameters(i)\n@@ -1580,6 +1585,10 @@ def addMembrane(self, forcefield, lipidType='POPC', membraneCenterZ=0*nanometer,\n if len(toDelete) > 0:\n modeller.delete(toDelete)\n \n+ newResidueTemplates = {}\n+ for r1, r2 in zip(self.topology.residues(), modeller.topology.residues()):\n+ if r1 in residueTemplates:\n+ newResidueTemplates[r2] = residueTemplates[r1]\n self.topology = modeller.topology\n self.positions = modeller.positions\n \n@@ -1620,7 +1629,7 @@ def addMembrane(self, forcefield, lipidType='POPC', membraneCenterZ=0*nanometer,\n if lowerZBoundary < waterZ.value_in_unit(nanometer) < upperZBoundary:\n del waterPos[wRes]\n \n- self._addIons(forcefield, numTotalWaters, waterPos, positiveIon=positiveIon, negativeIon=negativeIon, ionicStrength=ionicStrength, neutralize=neutralize, residueTemplates=residueTemplates)\n+ self._addIons(forcefield, numTotalWaters, waterPos, positiveIon=positiveIon, negativeIon=negativeIon, ionicStrength=ionicStrength, neutralize=neutralize, residueTemplates=newResidueTemplates)\n \n \n class _CellList(object):\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestModeller.py b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\nindex 16e5837418..a695da8965 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n@@ -1270,6 +1270,49 @@ def test_bondTypeAndOrderPreserved(self):\n {(None, None), (Single, 1.0), (Double, 2.0)}\n )\n \n+ def test_residueTemplates(self):\n+ \"\"\"Test the residueTemplates argument to Modeller methods\"\"\"\n+\n+ # Create a Topology and ForceField involving residues that match multiple templates.\n+\n+ topology = Topology()\n+ chain = topology.addChain()\n+ residue1 = topology.addResidue('Fe', chain)\n+ topology.addAtom('Fe', element.iron, residue1)\n+ residue2 = topology.addResidue('Fe', chain)\n+ topology.addAtom('Fe', element.iron, residue2)\n+ positions = [Vec3(0, 0, 0), Vec3(1, 0, 0)]*nanometers\n+ ff = ForceField('amber14/tip3pfb.xml', 'amber14/lipid17.xml')\n+ residueTemplates = {residue1: 'FE2', residue2: 'FE'}\n+\n+ # Test addSolvent().\n+\n+ modeller = Modeller(topology, positions)\n+ with self.assertRaises(Exception):\n+ modeller.addSolvent(ff, padding=1*nanometer)\n+ modeller.addSolvent(ff, padding=1*nanometer, residueTemplates=residueTemplates)\n+\n+ # Test addHydrogens().\n+\n+ modeller = Modeller(topology, positions)\n+ with self.assertRaises(Exception):\n+ modeller.addHydrogens(ff)\n+ modeller.addHydrogens(ff, residueTemplates=residueTemplates)\n+\n+ # Test addExtraParticles().\n+\n+ modeller = Modeller(topology, positions)\n+ with self.assertRaises(Exception):\n+ modeller.addExtraParticles(ff)\n+ modeller.addExtraParticles(ff, residueTemplates=residueTemplates)\n+\n+ # Test addMembrane().\n+\n+ modeller = Modeller(topology, positions)\n+ with self.assertRaises(Exception):\n+ modeller.addMembrane(ff)\n+ modeller.addMembrane(ff, residueTemplates=residueTemplates)\n+\n def assertVecAlmostEqual(self, p1, p2, tol=1e-7):\n scale = max(1.0, norm(p1),)\n for i in range(3):\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4585
|
multi_swe_bench
|
addHydrogens() allows specifying exactly what hydrogens to add (openmm/openmm#4585)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4585,
"issue_title": "addHydrogens() allows specifying exactly what hydrogens to add",
"issue_body": "When calling `addHydrogens()`, there is a new option to specify exactly what hydrogens should be present for a residue. This is needed for some new features I'll be adding to PDBFixer.",
"base_commit": "51a112a336db6cc0aea1c32b90d9d0a1f262cbfd",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "addHydrogens() allows specifying exactly what hydrogens to add",
"body": "The current functionality for adding hydrogens to molecular models does not allow users to specify exactly which hydrogens should be added to a residue. This limitation can be problematic in scenarios where precise control over hydrogen placement is required, such as for specialized modeling tasks or when working with non-standard residues.\n\nThe expected behavior is that users should have the option to explicitly define the specific hydrogens to be added to each residue. This would provide greater flexibility and enable more accurate modeling of molecular structures, particularly in cases where default hydrogen placement rules are insufficient or inappropriate.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4585",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-M1-arm64.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-M1-arm64.yml\nindex 73cb8a381c..de06102613 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-M1-arm64.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-M1-arm64.yml\n@@ -10,7 +10,7 @@ dependencies:\n - python\n - cython\n - swig\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - doxygen 1.9.1\n # test\n - pytest\ndiff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-pypy.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-pypy.yml\nindex b1cbf43e40..5e699075ab 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-pypy.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-pypy.yml\n@@ -12,7 +12,7 @@ dependencies:\n - pypy\n - cython\n - swig\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - ocl-icd-system\n - doxygen 1.8.14\n # test\ndiff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/docs.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/docs.yml\nindex b36728fc6f..3541ed8e0e 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/docs.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/docs.yml\n@@ -8,7 +8,7 @@ dependencies:\n # host\n - python\n - pip\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - cython\n - swig\n - doxygen 1.8.14\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\nindex 0e9917bb26..7c491cd7c3 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/modeller.py\n@@ -736,6 +736,15 @@ def loadHydrogenDefinitions(file):\n terminal = hydrogen.attrib['terminal']\n data.hydrogens.append(Modeller._Hydrogen(hydrogen.attrib['name'], hydrogen.attrib['parent'], maxph, atomVariants, terminal))\n \n+ @staticmethod\n+ def _loadStandardHydrogenDefinitions():\n+ \"\"\"Load the definitions of hydrogens for standard residues. Normally there is no need to call this directly.\n+ It is automatically called by addHydrogens(). If the definitions have already been loaded, this returns without\n+ doing anything.\"\"\"\n+ if not Modeller._hasLoadedStandardHydrogens:\n+ Modeller.loadHydrogenDefinitions(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'data', 'hydrogens.xml'))\n+ Modeller._hasLoadedStandardHydrogens = True\n+\n def addHydrogens(self, forcefield=None, pH=7.0, variants=None, platform=None, residueTemplates=dict()):\n \"\"\"Add missing hydrogens to the model.\n \n@@ -798,7 +807,11 @@ def addHydrogens(self, forcefield=None, pH=7.0, variants=None, platform=None, re\n length must equal the number of residues in the model. variants[i]\n is the name of the variant to use for residue i (indexed starting at\n 0). If an element is None, the standard rules will be followed to\n- select a variant for that residue.\n+ select a variant for that residue. Alternatively, an element may specify\n+ exactly which hydrogens to add. In that case, variants[i] should be\n+ a list of tuples [(name1, parent1), (name2, parent2), ...]. Each\n+ tuple specifies the name of a hydrogen and the name of the parent atom\n+ it should be bonded to.\n platform : Platform=None\n the Platform to use when computing the hydrogen atom positions. If\n this is None, the default Platform will be used.\n@@ -827,8 +840,7 @@ def addHydrogens(self, forcefield=None, pH=7.0, variants=None, platform=None, re\n \n # Load the residue specifications.\n \n- if not Modeller._hasLoadedStandardHydrogens:\n- Modeller.loadHydrogenDefinitions(os.path.join(os.path.dirname(__file__), 'data', 'hydrogens.xml'))\n+ Modeller._loadStandardHydrogenDefinitions()\n \n # Make a list of atoms bonded to each atom.\n \n@@ -867,10 +879,9 @@ def isHbond(d, h, a):\n newResidueTemplates[newResidue] = residueTemplates[residue]\n isNTerminal = (residue == chain._residues[0])\n isCTerminal = (residue == chain._residues[-1])\n- if residue.name in Modeller._residueHydrogens:\n+ if residue.name in Modeller._residueHydrogens or isinstance(variants[residue.index], list):\n # Add hydrogens. First select which variant to use.\n \n- spec = Modeller._residueHydrogens[residue.name]\n variant = variants[residue.index]\n if variant is None:\n if residue.name == 'CYS':\n@@ -930,8 +941,14 @@ def isHbond(d, h, a):\n variant = 'HID'\n elif residue.name == 'HIS':\n variant = 'HIP'\n- if variant is not None and variant not in spec.variants:\n- raise ValueError('Illegal variant for %s residue: %s' % (residue.name, variant))\n+ if isinstance(variant, list):\n+ spec = Modeller._ResidueData(residue.name)\n+ infinity = float('Inf')\n+ spec.hydrogens = [Modeller._Hydrogen(name, parent, infinity, None, None) for name, parent in variant]\n+ else:\n+ spec = Modeller._residueHydrogens[residue.name]\n+ if variant is not None and variant not in spec.variants:\n+ raise ValueError('Illegal variant for %s residue: %s' % (residue.name, variant))\n actualVariants[residue.index] = variant\n removeExtraHydrogens = (variants[residue.index] is not None)\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-macos-latest.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-macos-latest.yml\nindex ce3ca8767b..b474f295a9 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-macos-latest.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-macos-latest.yml\n@@ -10,7 +10,7 @@ dependencies:\n - python\n - cython\n - swig\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - doxygen 1.8.14\n # test\n - pytest\ndiff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-latest.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-latest.yml\nindex 683875e577..ff7b3a053b 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-latest.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-ubuntu-latest.yml\n@@ -12,7 +12,7 @@ dependencies:\n - python\n - cython\n - swig\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - ocl-icd-system\n - doxygen 1.8.14\n # test\ndiff --git a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-windows-latest.yml b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-windows-latest.yml\nindex 2201dc3c6a..b3e477d45c 100644\n--- a/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-windows-latest.yml\n+++ b/devtools/ci/gh-actions/conda-envs/build-windows-latest.yml\n@@ -12,7 +12,7 @@ dependencies:\n - python\n - cython\n - swig\n-- numpy\n+- numpy <2.0\n - doxygen 1.8.14\n - khronos-opencl-icd-loader\n # test\ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestModeller.py b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\nindex a695da8965..33d085a715 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestModeller.py\n@@ -1,5 +1,6 @@\n from collections import defaultdict\n import unittest\n+import random\n \n from validateModeller import *\n from openmm.app import *\n@@ -980,6 +981,33 @@ def test_addHydrogensGlycam(self):\n names1 = sorted([a.name for a in res1.atoms()])\n names2 = sorted([a.name for a in res2.atoms()])\n self.assertEqual(names1, names2)\n+ # Reset the loaded definitions so we don't affect other tests.\n+ Modeller._residueHydrogens = {}\n+ Modeller._hasLoadedStandardHydrogens = False\n+\n+ def test_addSpecificHydrogens(self):\n+ \"\"\"Test specifying exactly which hydrogens to add.\"\"\"\n+ pdb = PDBFile('systems/glycopeptide.pdb')\n+ variants = [None]*pdb.topology.getNumResidues()\n+ for residue in pdb.topology.residues():\n+ if residue.name != 'ALA':\n+ var = []\n+ for atom1, atom2 in residue.bonds():\n+ if atom1.element == element.hydrogen:\n+ var.append((atom1.name, atom2.name))\n+ elif atom2.element == element.hydrogen:\n+ var.append((atom2.name, atom1.name))\n+ variants[residue.index] = var\n+ modeller = Modeller(pdb.topology, pdb.positions)\n+ hydrogens = [a for a in modeller.topology.atoms() if a.element == element.hydrogen and random.random() < 0.7]\n+ modeller.delete(hydrogens)\n+ self.assertTrue(modeller.topology.getNumAtoms() < pdb.topology.getNumAtoms())\n+ modeller.addHydrogens(variants=variants)\n+ self.assertEqual(modeller.topology.getNumAtoms(), pdb.topology.getNumAtoms())\n+ for res1, res2 in zip(pdb.topology.residues(), modeller.topology.residues()):\n+ names1 = sorted([a.name for a in res1.atoms()])\n+ names2 = sorted([a.name for a in res2.atoms()])\n+ self.assertEqual(names1, names2)\n \n def test_removeExtraHydrogens(self):\n \"\"\"Test that addHydrogens() can remove hydrogens that shouldn't be there. \"\"\"\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4630
|
multi_swe_bench
|
Fix formal charge reading from pdb files; store formal charges in topology (openmm/openmm#4630)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4630,
"issue_title": "Fix formal charge reading from pdb files; store formal charges in topology",
"issue_body": "This pull request fixes some bugs with formal charge handling in pdb files, and also stores the charges in the resulting topologies.\r\n\r\nHow charges are stored, from the PDB format spec https://www.wwpdb.org/documentation/file-format-content/format33/sect9.html#ATOM\r\n\r\n> Columns 79 - 80 indicate any charge on the atom, e.g., 2+, 1-. In most cases, these are blank\r\n\r\nThe charges are not stored as +1 or -1, rather the sign follows the number. I have confirmed this using some example files saved from popular software.\r\n\r\nThe existing code before this patch tries to parse this with `try: self.formal_charge = int(pdb_line[78:80])` which always fails, both for missing charges and for present, correctly formatted charges, because `int('1+')` fails. The correspnding catch statement sets the charge to None.\r\n\r\nThe current fix reverses the string before trying to parse it as int.\r\n\r\nThe second part of this pull request makes it possible to store formal charges in the topology, as follows:\r\n- add an optional formal_charge argument to the Atom constructor\r\n- add an optional formal_charge argument to topology.newAtom()\r\n- pass charges from the PdbStructure to the Topology\r\n\r\nTest case, using the attached file:\r\n\r\n```\r\npdb_file = 'formal_charge.pdb'\r\n# check that PdbStructure reads the charges correctly - this always prints None before this patch\r\nfrom openmm.app.internal.pdbstructure import PdbStructure\r\nfh = open(pdb_file, 'r')\r\npdb = PdbStructure(fh, load_all_models=True, extraParticleIdentifier='EP')\r\nfor chain in pdb.iter_chains():\r\n for residue in chain.iter_residues():\r\n for atom in residue.atoms_by_name.values():\r\n print(atom.get_name(), atom.formal_charge)\r\n\r\n# check that Topology gets the charges - this would raise an exception before this patch, because a.formal_charge doesn't exist\r\nimport openmm as mm\r\nimport openmm.app as app\r\npdb = app.PDBFile(pdb_file)\r\nfor a in topology.atoms():\r\n print(a, a.formal_charge)\r\n```",
"base_commit": "8defca2d65a672bcac199a1cab83807b9522bc19",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Fix formal charge reading from pdb files; store formal charges in topology",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:**\nFormal charges on atoms in PDB files are not being correctly parsed and stored in the topology. According to the PDB format specification, formal charges are represented in columns 79-80 as a number followed by a sign (e.g., \"2+\", \"1-\"). The current implementation fails to parse these charges correctly, resulting in formal charges being set to `None` even when they are present and correctly formatted. Additionally, the topology does not store formal charges, which prevents users from accessing this information when working with molecular structures.\n\n**Expected Behavior:**\n1. Formal charges in PDB files should be correctly parsed, regardless of their format (e.g., \"2+\", \"1-\", \"+2\", \"-1\").\n2. Parsed formal charges should be stored in the topology, allowing users to access and utilize this information when working with atoms in molecular simulations.\n3. The software should handle missing charges gracefully, setting them to `None` without causing errors.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4630",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\nindex 3711ee2bfb..aa81838fa4 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/pdbstructure.py\n@@ -785,8 +785,15 @@ def __init__(self, pdb_line, pdbstructure=None, extraParticleIdentifier='EP'):\n # segment id, element_symbol, and formal_charge are not always present\n self.segment_id = pdb_line[72:76].strip()\n self.element_symbol = pdb_line[76:78].strip()\n- try: self.formal_charge = int(pdb_line[78:80])\n- except ValueError: self.formal_charge = None\n+ try:\n+ # formal_charge should always be a one digit followed by a sign, eg \"2-\", \"3+\"\n+ # this is a bit more permissive, it will also read \"-2\", \"+3\", or \"3 \"\n+ formal_charge = pdb_line[78:80]\n+ if formal_charge.endswith('+') or formal_charge.endswith('-'):\n+ formal_charge = formal_charge[::-1]\n+ self.formal_charge = int(formal_charge)\n+ except ValueError:\n+ self.formal_charge = None\n # figure out atom element\n if self.element_symbol == extraParticleIdentifier:\n self.element = 'EP'\n@@ -904,7 +911,7 @@ def _pdb_string(self, serial_number=None, alternate_location_indicator=None):\n end = \"%-4s%2s\" % (\\\n self.segment_id, self.element_symbol)\n formal_charge = \" \"\n- if (self.formal_charge != None): formal_charge = \"%+2d\" % self.formal_charge\n+ if (self.formal_charge is not None): formal_charge = (\"%+2d\" % self.formal_charge)[::-1]\n return names+numbers+end+formal_charge\n \n def __str__(self):\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py b/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\nindex 626f0ac8dc..b909f52790 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/pdbfile.py\n@@ -152,7 +152,7 @@ def __init__(self, file, extraParticleIdentifier='EP'):\n element = elem.get_by_symbol(upper[0])\n except KeyError:\n pass\n- newAtom = top.addAtom(atomName, element, r, str(atom.serial_number))\n+ newAtom = top.addAtom(atomName, element, r, str(atom.serial_number), formalCharge=atom.formal_charge)\n atomByNumber[atom.serial_number] = newAtom\n self._positions = []\n for model in pdb.iter_models(True):\n@@ -389,9 +389,13 @@ def writeModel(topology, positions, file=sys.stdout, modelIndex=None, keepIds=Fa\n else:\n atomName = atom.name\n coords = positions[posIndex]\n- line = \"%s%5s %-4s %3s %s%4s%1s %s%s%s 1.00 0.00 %2s \" % (\n+ if atom.formalCharge is not None:\n+ formalCharge = (\"%+2d\" % atom.formalCharge)[::-1]\n+ else:\n+ formalCharge = ' '\n+ line = \"%s%5s %-4s %3s %s%4s%1s %s%s%s 1.00 0.00 %2s%2s\" % (\n recordName, _formatIndex(atomIndex, 5), atomName, resName, chainName, resId, resIC, _format_83(coords[0]),\n- _format_83(coords[1]), _format_83(coords[2]), symbol)\n+ _format_83(coords[1]), _format_83(coords[2]), symbol, formalCharge)\n if len(line) != 80:\n raise ValueError('Fixed width overflow detected')\n print(line, file=file)\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/topology.py b/wrappers/python/openmm/app/topology.py\nindex 46ff9f997f..63d8a2ecde 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/topology.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/topology.py\n@@ -166,7 +166,7 @@ def addResidue(self, name, chain, id=None, insertionCode=''):\n chain._residues.append(residue)\n return residue\n \n- def addAtom(self, name, element, residue, id=None):\n+ def addAtom(self, name, element, residue, id=None, formalCharge=None):\n \"\"\"Create a new Atom and add it to the Topology.\n \n Parameters\n@@ -180,7 +180,8 @@ def addAtom(self, name, element, residue, id=None):\n id : string=None\n An optional identifier for the atom. If this is omitted, an id is\n generated based on the atom index.\n-\n+ formalCharge : int=None\n+ An optional formal charge for the atom.\n Returns\n -------\n Atom\n@@ -190,7 +191,7 @@ def addAtom(self, name, element, residue, id=None):\n raise ValueError('All atoms within a residue must be contiguous')\n if id is None:\n id = str(self._numAtoms+1)\n- atom = Atom(name, element, self._numAtoms, residue, id)\n+ atom = Atom(name, element, self._numAtoms, residue, id, formalCharge=formalCharge)\n self._numAtoms += 1\n residue._atoms.append(atom)\n return atom\n@@ -452,7 +453,7 @@ def __repr__(self):\n class Atom(object):\n \"\"\"An Atom object represents an atom within a Topology.\"\"\"\n \n- def __init__(self, name, element, index, residue, id):\n+ def __init__(self, name, element, index, residue, id, formalCharge=None):\n \"\"\"Construct a new Atom. You should call addAtom() on the Topology instead of calling this directly.\"\"\"\n ## The name of the Atom\n self.name = name\n@@ -464,6 +465,8 @@ def __init__(self, name, element, index, residue, id):\n self.residue = residue\n ## A user defined identifier for this Atom\n self.id = id\n+ ## An optional formal charge for this Atom\n+ self.formalCharge = formalCharge\n \n def __repr__(self):\n return \"<Atom %d (%s) of chain %d residue %d (%s)>\" % (self.index, self.name, self.residue.chain.index, self.residue.index, self.residue.name)\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py b/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\nindex 69bdbd901f..430ce3b048 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestPdbFile.py\n@@ -105,6 +105,28 @@ def test_AltLocs(self):\n self.assertEqual(19, len(pdb.positions))\n self.assertEqual('ILE', list(pdb.topology.residues())[0].name)\n \n+ def test_FormalCharges(self):\n+ \"\"\"Test reading, and writing and re-reading of a file containing formal charges.\"\"\"\n+ pdb = PDBFile('systems/formal-charges.pdb')\n+ for atom in pdb.topology.atoms():\n+ if atom.index == 8:\n+ self.assertEqual(+1, atom.formalCharge)\n+ elif atom.index == 29:\n+ self.assertEqual(-1, atom.formalCharge)\n+ else:\n+ self.assertEqual(None, atom.formalCharge)\n+ output = StringIO()\n+ PDBFile.writeFile(pdb.topology, pdb.positions, output)\n+ input = StringIO(output.getvalue())\n+ pdb = PDBFile(input)\n+ for atom in pdb.topology.atoms():\n+ if atom.index == 8:\n+ self.assertEqual(+1, atom.formalCharge)\n+ elif atom.index == 29:\n+ self.assertEqual(-1, atom.formalCharge)\n+ else:\n+ self.assertEqual(None, atom.formalCharge)\n+\n def test_LargeFile(self):\n \"\"\"Write and read a file with more than 100,000 atoms\"\"\"\n topology = Topology()\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/formal-charges.pdb b/wrappers/python/tests/systems/formal-charges.pdb\nnew file mode 100644\nindex 0000000000..c78e78e8a8\n--- /dev/null\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/formal-charges.pdb\n@@ -0,0 +1,34 @@\n+ATOM 302 N LYS A 39 -21.317 5.001 -3.640 1.00 11.03 N \n+ATOM 303 CA LYS A 39 -22.118 5.903 -2.826 1.00 11.13 C \n+ATOM 304 C LYS A 39 -21.425 6.300 -1.528 1.00 11.27 C \n+ATOM 305 O LYS A 39 -21.979 7.114 -0.782 1.00 12.94 O \n+ATOM 306 CB LYS A 39 -23.466 5.249 -2.510 1.00 11.64 C \n+ATOM 307 CG LYS A 39 -24.271 4.857 -3.735 1.00 13.20 C \n+ATOM 308 CD LYS A 39 -25.586 4.211 -3.325 1.00 14.57 C \n+ATOM 309 CE LYS A 39 -26.389 3.755 -4.533 1.00 17.30 C \n+ATOM 310 NZ LYS A 39 -26.668 4.891 -5.456 1.00 19.28 N1+\n+ATOM 311 H LYS A 39 -21.485 4.006 -3.565 1.00 11.03 H \n+ATOM 312 HA LYS A 39 -22.322 6.821 -3.381 1.00 11.13 H \n+ATOM 313 HB3 LYS A 39 -24.066 5.953 -1.933 1.00 11.64 H \n+ATOM 314 HB2 LYS A 39 -23.325 4.382 -1.864 1.00 11.64 H \n+ATOM 315 HG3 LYS A 39 -23.706 4.154 -4.346 1.00 13.20 H \n+ATOM 316 HG2 LYS A 39 -24.439 5.744 -4.347 1.00 13.20 H \n+ATOM 317 HD3 LYS A 39 -26.177 4.910 -2.731 1.00 14.57 H \n+ATOM 318 HD2 LYS A 39 -25.393 3.350 -2.682 1.00 14.57 H \n+ATOM 319 HE3 LYS A 39 -27.335 3.320 -4.210 1.00 17.30 H \n+ATOM 320 HE2 LYS A 39 -25.852 2.977 -5.078 1.00 17.30 H \n+ATOM 321 HZ1 LYS A 39 -25.793 5.240 -5.824 1.00 19.28 H \n+ATOM 322 HZ2 LYS A 39 -27.244 4.571 -6.222 1.00 19.28 H \n+ATOM 323 HZ3 LYS A 39 -27.147 5.629 -4.959 1.00 19.28 H \n+ATOM 324 N ASP A 40 -20.235 5.756 -1.257 1.00 10.36 N \n+ATOM 325 CA ASP A 40 -19.478 5.992 -0.027 1.00 10.11 C \n+ATOM 326 C ASP A 40 -18.075 6.451 -0.422 1.00 10.88 C \n+ATOM 327 O ASP A 40 -17.085 5.743 -0.201 1.00 11.09 O \n+ATOM 328 CB ASP A 40 -19.441 4.709 0.809 1.00 9.45 C \n+ATOM 329 CG ASP A 40 -18.542 4.809 2.035 1.00 9.80 C \n+ATOM 330 OD1 ASP A 40 -18.434 5.917 2.620 1.00 10.02 O \n+ATOM 331 OD2 ASP A 40 -17.966 3.752 2.401 1.00 9.81 O1-\n+ATOM 332 H ASP A 40 -19.836 5.109 -1.925 1.00 10.36 H \n+ATOM 333 HA ASP A 40 -19.938 6.774 0.577 1.00 10.11 H \n+ATOM 334 HB3 ASP A 40 -19.104 3.871 0.196 1.00 9.45 H \n+ATOM 335 HB2 ASP A 40 -20.447 4.458 1.147 1.00 9.45 H \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4641
|
multi_swe_bench
|
Serializing CustomIntegrator preserves order of global variables (openmm/openmm#4641)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4641,
"issue_title": "Serializing CustomIntegrator preserves order of global variables",
"issue_body": "Fixes #4637.\r\n\r\nWhen serializing a CustomIntegrator, it recorded the global variables as attributes on a single XML tag. That doesn't preserve order, so when you reloaded it, the global variables would come out in alphabetical order. It now uses separate tags so the order is preserved.",
"base_commit": "fb50d37665b43dbb3df0c136931cd9b8d7ae6d92",
"resolved_issues": [
{
"number": 4637,
"title": "Deepcopying `AMDIntegrator` swaps values of global parameters",
"body": "Making a deepcopy of an `AMDIntegrator` swaps the values of the global parameters (alpha and E).\r\n```\r\nfrom openmm import AMDIntegrator\r\namd = AMDIntegrator(0.001, 0.0, 1.0)\r\namd.getAlpha()\r\namd.getE()\r\n```\r\nprints 0.0, 1.0.\r\n```\r\nfrom copy import deepcopy\r\namd2 = deepcopy(amd)\r\namd2.getAlpha()\r\namd2.getE()\r\n```\r\nprints 1.0, 0.0.\r\n\r\nI have tried reproducing the behavior with another `CustomIntegrator`, but with no luck. Could the issue be related to the names of the global parameters?\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4641",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\nindex b1ecf26fd2..86ab647835 100644\n--- a/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -36,23 +36,20 @@ using namespace std;\n using namespace OpenMM;\r\n \r\n CustomIntegratorProxy::CustomIntegratorProxy() : SerializationProxy(\"CustomIntegrator\") {\r\n-\r\n }\r\n \r\n void CustomIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node) const {\r\n- node.setIntProperty(\"version\", 2);\r\n+ node.setIntProperty(\"version\", 3);\r\n const CustomIntegrator& integrator = *reinterpret_cast<const CustomIntegrator*>(object);\r\n SerializationNode& globalVariablesNode = node.createChildNode(\"GlobalVariables\");\r\n- for (int i = 0; i < integrator.getNumGlobalVariables(); i++) {\r\n- globalVariablesNode.setDoubleProperty(integrator.getGlobalVariableName(i), integrator.getGlobalVariable(i));\r\n- }\r\n+ for (int i = 0; i < integrator.getNumGlobalVariables(); i++)\r\n+ globalVariablesNode.createChildNode(\"Variable\").setStringProperty(\"name\", integrator.getGlobalVariableName(i)).setDoubleProperty(\"value\", integrator.getGlobalVariable(i));\r\n SerializationNode& perDofVariablesNode = node.createChildNode(\"PerDofVariables\");\r\n for (int i = 0; i < integrator.getNumPerDofVariables(); i++) {\r\n SerializationNode& perDofValuesNode = perDofVariablesNode.createChildNode(integrator.getPerDofVariableName(i));\r\n vector<Vec3> perDofValues; integrator.getPerDofVariable(i, perDofValues);\r\n- for (int j = 0; j < perDofValues.size(); j++) {\r\n- perDofValuesNode.createChildNode(\"Value\").setDoubleProperty(\"x\",perDofValues[j][0]).setDoubleProperty(\"y\",perDofValues[j][1]).setDoubleProperty(\"z\",perDofValues[j][2]);\r\n- }\r\n+ for (int j = 0; j < perDofValues.size(); j++)\r\n+ perDofValuesNode.createChildNode(\"Value\").setDoubleProperty(\"x\", perDofValues[j][0]).setDoubleProperty(\"y\", perDofValues[j][1]).setDoubleProperty(\"z\", perDofValues[j][2]);\r\n }\r\n SerializationNode& computationsNode = node.createChildNode(\"Computations\");\r\n for (int i = 0; i < integrator.getNumComputations(); i++) {\r\n@@ -60,26 +57,30 @@ void CustomIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& nod\n string computationVariable;\r\n string computationExpression;\r\n integrator.getComputationStep(i, computationType, computationVariable, computationExpression);\r\n- computationsNode.createChildNode(\"Computation\").setIntProperty(\"computationType\",static_cast<int>(computationType))\r\n- .setStringProperty(\"computationVariable\",computationVariable).setStringProperty(\"computationExpression\",computationExpression);\r\n+ computationsNode.createChildNode(\"Computation\").setIntProperty(\"computationType\", static_cast<int>(computationType))\r\n+ .setStringProperty(\"computationVariable\", computationVariable).setStringProperty(\"computationExpression\", computationExpression);\r\n }\r\n SerializationNode& functions = node.createChildNode(\"Functions\");\r\n for (int i = 0; i < integrator.getNumTabulatedFunctions(); i++)\r\n functions.createChildNode(\"Function\", &integrator.getTabulatedFunction(i)).setStringProperty(\"name\", integrator.getTabulatedFunctionName(i));\r\n- node.setStringProperty(\"kineticEnergyExpression\",integrator.getKineticEnergyExpression());\r\n- node.setIntProperty(\"randomSeed\",integrator.getRandomNumberSeed());\r\n- node.setDoubleProperty(\"stepSize\",integrator.getStepSize());\r\n- node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\",integrator.getConstraintTolerance());\r\n+ node.setStringProperty(\"kineticEnergyExpression\", integrator.getKineticEnergyExpression());\r\n+ node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\r\n+ node.setDoubleProperty(\"stepSize\", integrator.getStepSize());\r\n+ node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\", integrator.getConstraintTolerance());\r\n }\r\n \r\n void* CustomIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n int version = node.getIntProperty(\"version\");\r\n- if (version < 1 || version > 2)\r\n+ if (version < 1 || version > 3)\r\n throw OpenMMException(\"Unsupported version number\");\r\n CustomIntegrator* integrator = new CustomIntegrator(node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n const SerializationNode& globalVariablesNode = node.getChildNode(\"GlobalVariables\");\r\n- for (auto& prop : globalVariablesNode.getProperties())\r\n- integrator->addGlobalVariable(prop.first, globalVariablesNode.getDoubleProperty(prop.first));\r\n+ if (version < 3)\r\n+ for (auto& prop : globalVariablesNode.getProperties())\r\n+ integrator->addGlobalVariable(prop.first, globalVariablesNode.getDoubleProperty(prop.first));\r\n+ else\r\n+ for (auto& var : globalVariablesNode.getChildren())\r\n+ integrator->addGlobalVariable(var.getStringProperty(\"name\"), var.getDoubleProperty(\"value\"));\r\n const SerializationNode& perDofVariablesNode = node.getChildNode(\"PerDofVariables\");\r\n int count = 0;\r\n for (auto& var : perDofVariablesNode.getChildren()) {\r\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp b/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\nindex d24fe4f74d..2663de097a 100644\n--- a/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\n+++ b/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2010-2019 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -154,8 +154,8 @@ void testSerializeCustomIntegrator() {\n intg->addGlobalVariable(\"oute\", 0);\n intg->addGlobalVariable(\"oute1\", 0);\n intg->addGlobalVariable(\"oute2\", 0);\n- intg->addGlobalVariable(\"oute3_conditional_v1\", 0);// HACK: need addGlobals to be alphabetical to work around bug\n intg->addGlobalVariable(\"oute3_conditional_v2\", 0);\n+ intg->addGlobalVariable(\"oute3_conditional_v1\", 0);\n intg->addComputePerDof(\"outf\", \"f\");\n intg->addComputePerDof(\"outf1\", \"f1\");\n intg->addComputePerDof(\"outf2\", \"f2\");\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4647
|
multi_swe_bench
|
Updates to AmoebaVdwForce, AmoebaGeneralizedKirkwoodForce and AmoebaWcaDispersionForce (openmm/openmm#4647)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4647,
"issue_title": "Updates to AmoebaVdwForce, AmoebaGeneralizedKirkwoodForce and AmoebaWcaDispersionForce",
"issue_body": "The updates to the AmoebaGeneralizedKirkwoodForce and AmoebaWcaDispersionForce will align OpenMM with recent updates to the corresponding forces in Tinker and FFX (further details are available here https://doi.org/10.1063/5.0158914).\r\n\r\nThe update to the AmoebaVdwForce adds a per-particle scale factor needed for continuous AMOEBA CpHMD (described here https://doi.org/10.1021/acs.jctc.3c01180) to support many hydrogen atoms being turned on / off.",
"base_commit": "78c1536838c63125b77e48b170f6a352ae07506c",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Updates to AmoebaVdwForce, AmoebaGeneralizedKirkwoodForce and AmoebaWcaDispersionForce",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:**\nThe current implementation of the `AmoebaGeneralizedKirkwoodForce`, `AmoebaWcaDispersionForce`, and `AmoebaVdwForce` in OpenMM is outdated and lacks compatibility with recent advancements in related force field models. Specifically:\n1. The `AmoebaGeneralizedKirkwoodForce` and `AmoebaWcaDispersionForce` do not reflect updates introduced in the latest versions of Tinker and FFX, which include improved parameterization and functionality for generalized Born and dispersion forces.\n2. The `AmoebaVdwForce` is missing a per-particle scale factor required to support continuous AMOEBA constant-pH molecular dynamics (CpHMD), which is necessary for simulations involving hydrogen atoms being turned on or off.\n\n**Expected Behavior:**\n1. The `AmoebaGeneralizedKirkwoodForce` and `AmoebaWcaDispersionForce` should be updated to align with the latest advancements in Tinker and FFX, ensuring consistency and improved accuracy in simulations.\n2. The `AmoebaVdwForce` should support a per-particle scale factor to enable continuous AMOEBA CpHMD simulations, allowing for proper handling of hydrogen atom transitions during simulations.\n\nThese updates are essential to maintain compatibility with modern force field developments and to support advanced simulation techniques.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4647",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\nindex b258f4eb05..af52935cac 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\n@@ -69,6 +69,10 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaGeneralizedKirkwoodForce : public Force {\n * Add the parameters for a particle. This should be called once for each particle\n * in the System. When it is called for the i'th time, it specifies the parameters for the i'th particle.\n *\n+ * This method is provided for backwards compatibility. Compared to the alternative five parameter addParticle\n+ * method, the descreenRadius parameter is set to base radius value and the neckFactor is set to zero\n+ * (no neck descreening).\n+ *\n * @param charge the charge of the particle, measured in units of the proton charge\n * @param radius the atomic radius of the particle, measured in nm\n * @param scalingFactor the scaling factor for the particle\n@@ -76,25 +80,55 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaGeneralizedKirkwoodForce : public Force {\n */\n int addParticle(double charge, double radius, double scalingFactor);\n \n+ /**\n+ * Add the parameters for a particle. This should be called once for each particle\n+ * in the System. When it is called for the i'th time, it specifies the parameters for the i'th particle.\n+ * <p>\n+ * For generalized Born / generalized Kirkwood methods, the radius of each atom has two roles. The first\n+ * is to define the base radius of the atom when computing its effective radius. This base radius is usually\n+ * parameterized against solvation free energy differences. The second role is to describe how much continuum\n+ * water is displaced when the atom descreens water for the calculation of the Born radii of other atoms.\n+ * Separation of the two roles into the \"radius\" and \"descreenRadius\" parameters gives model developers more\n+ * control over these separate roles.\n+ * <p>\n+ * For example, the fitting of base \"radius\" values will usually result in deviation from the force field's\n+ * van der Waals definition of Rmin (or sigma). The descreenRadius can be defined separately using force field\n+ * van der Waals Rmin values, which maintains consistency of atomic sizes during the HCT pairwise\n+ * descreening integral. The \"scalingFactor\" is applied to the descreenRadius during the HCT pairwise\n+ * descreening integral, while the neckFactor (if greater than zero) includes neck contributions to descreening.\n+ *\n+ * @param charge the charge of the particle, measured in units of the proton charge\n+ * @param radius the atomic radius of the particle, measured in nm\n+ * @param scalingFactor the scaling factor for the particle (unitless)\n+ * @param descreenRadius the atomic radius of the particle for descreening, measure in nm\n+ * @param neckFactor the scaling factor for interstitial neck descreening (unitless)\n+ * @return the index of the particle that was added\n+ */\n+ int addParticle(double charge, double radius, double scalingFactor, double descreenRadius, double neckFactor);\n+\n /**\n * Get the force field parameters for a particle.\n- * \n+ *\n * @param index the index of the particle for which to get parameters\n * @param[out] charge the charge of the particle, measured in units of the proton charge\n * @param[out] radius the atomic radius of the particle, measured in nm\n * @param[out] scalingFactor the scaling factor for the particle\n- */\n- void getParticleParameters(int index, double& charge, double& radius, double& scalingFactor) const;\n+ * @param[out] descreenRadius the atomic radius of the particle for descreening, measure in nm\n+ * @param[out] neckFactor the scaling factor for interstitial neck descreening (unitless)\n+ */\n+ void getParticleParameters(int index, double& charge, double& radius, double& scalingFactor, double& descreenRadius, double& neckFactor) const;\n \n /**\n * Set the force field parameters for a particle.\n- * \n- * @param index the index of the particle for which to set parameters\n- * @param charge the charge of the particle, measured in units of the proton charge\n- * @param radius the atomic radius of the particle, measured in nm\n- * @param scalingFactor the scaling factor for the particle\n- */\n- void setParticleParameters(int index, double charge, double radius, double scalingFactor);\n+ *\n+ * @param index the index of the particle for which to set parameters\n+ * @param charge the charge of the particle, measured in units of the proton charge\n+ * @param radius the atomic radius of the particle, measured in nm\n+ * @param scalingFactor the scaling factor for the particle\n+ * @param descreenRadius the atomic radius of the particle for descreening, measure in nm\n+ * @param neckFactor the scaling factor for interstitial neck descreening (unitless)\n+ */\n+ void setParticleParameters(int index, double charge, double radius, double scalingFactor, double descreenRadius, double neckFactor);\n \n /**\n * Get the dielectric constant for the solvent.\n@@ -119,38 +153,116 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaGeneralizedKirkwoodForce : public Force {\n \n /**\n * Set the dielectric constant for the solute.\n+ *\n+ * @param dielectric The solute dielectric constant.\n */\n void setSoluteDielectric(double dielectric) {\n soluteDielectric = dielectric;\n }\n \n+ /**\n+ * Get the flag signaling whether the solute descreening integral is rescaled by a Tanh function\n+ * to account for interstitial spaces. If True then tanh rescaling is used.\n+ */\n+ bool getTanhRescaling() const {\n+ return tanhRescaling;\n+ }\n+\n+ /**\n+ * Set the flag signaling whether the solute descreening integral is rescaled by a Tanh function\n+ * to account for interstitial spaces.\n+ *\n+ * @param tanhRescale False to turn off Tanh rescaling; true to turn on.\n+ */\n+ void setTanhRescaling(bool tanhRescale) {\n+ this->tanhRescaling = tanhRescale;\n+ }\n+\n+ /**\n+ * Get Tanh function parameters b0, b1 and b2.\n+ *\n+ * @param b0 The first tanh parameter.\n+ * @param b1 The second tanh parameter.\n+ * @param b2 The third tanh parameter.\n+ */\n+ void getTanhParameters(double& b0, double& b1, double& b2) const {\n+ b0 = this->beta0;\n+ b1 = this->beta1;\n+ b2 = this->beta2;\n+ }\n+\n+ /**\n+ * Set the the Tanh function parameters to account for interstitial spaces.\n+ *\n+ * @param b0 The first tanh parameter.\n+ * @param b1 The second tanh parameter.\n+ * @param b2 The third tanh parameter.\n+ */\n+ void setTanhParameters(double b0, double b1, double b2) {\n+ this->beta0 = b0;\n+ this->beta1 = b1;\n+ this->beta2 = b2;\n+ }\n+\n+ /**\n+ * Get the offset added to the atomic radius of each atom that sets the beginning of the\n+ * descreening integral when calculating effective Born radii.\n+ */\n+ double getDescreenOffset() const;\n+\n+ /**\n+ * Get the offset added to the atomic radius of each atom that sets the beginning of the\n+ * descreening integral when calculating effective Born radii.\n+ *\n+ * @param descreenOffet The descreening offset (nm).\n+ */\n+ void setDescreenOffset(double descreenOffet);\n+\n /**\n * Get the flag signaling whether the cavity term should be included\n */\n int getIncludeCavityTerm() const;\n \n /**\n- * Set the flag signaling whether the cavity term should be included\n+ * Set the flag signaling whether the cavity term should be included.\n+ *\n+ * @param includeCavityTerm Zero to turn off the cavity term; one to turn on.\n */\n void setIncludeCavityTerm(int includeCavityTerm);\n \n /**\n- * Get the probe radius (nm) used in SASA contribution\n+ * Get the probe radius (nm) used for the cavity contribution.\n */\n double getProbeRadius() const;\n \n /**\n- * Set the probe radius (nm) used in SASA contribution\n+ * Set the probe radius (nm) used for the cavity contribution.\n+ *\n+ * @param probeRadius The probeRadius for the cavity term.\n */\n void setProbeRadius(double probeRadius);\n \n+ /**\n+ * Get the dielectric offset (nm) used for cavity contribution.\n+ */\n+ double getDielectricOffset() const;\n+\n+ /**\n+ * Set the dielectric offset (nm) used for cavity contribution.\n+ *\n+ * @param dielectricOffset The dielectric offset (nm).\n+ */\n+ void setDielectricOffset(double dielectricOffset);\n+\n /**\n * Get the surface area factor kJ/(nm*nm) used in SASA contribution\n */\n double getSurfaceAreaFactor() const;\n \n /**\n- * Set the surface area factor kJ/(nm*nm) used in SASA contribution\n+ * Set the surface area factor kJ/(nm*nm) used in SASA contribution.\n+ *\n+ * @param surfaceAreaFactor The surface area factor in kJ/(nm*nm).\n */\n void setSurfaceAreaFactor(double surfaceAreaFactor);\n /**\n@@ -177,8 +289,10 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaGeneralizedKirkwoodForce : public Force {\n private:\n class ParticleInfo;\n int includeCavityTerm;\n+ bool tanhRescaling;\n double solventDielectric, soluteDielectric, dielectricOffset,\n probeRadius, surfaceAreaFactor;\n+ double beta0, beta1, beta2, descreenOffset;\n std::vector<ParticleInfo> particles;\n };\n \n@@ -188,12 +302,12 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaGeneralizedKirkwoodForce : public Force {\n */\n class AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::ParticleInfo {\n public:\n- double charge, radius, scalingFactor;\n+ double charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n ParticleInfo() {\n- charge = radius = scalingFactor = 0.0;\n+ charge = radius = scalingFactor = descreenRadius = neckFactor = 0.0;\n }\n- ParticleInfo(double charge, double radius, double scalingFactor) :\n- charge(charge), radius(radius), scalingFactor(scalingFactor) {\n+ ParticleInfo(double charge, double radius, double scalingFactor, double descreenRadius, double neckFactor) :\n+ charge(charge), radius(radius), scalingFactor(scalingFactor), descreenRadius(descreenRadius), neckFactor(neckFactor) {\n }\n };\n \ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaVdwForce.h b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaVdwForce.h\nindex 11af5f67bb..60373e8e74 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaVdwForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/AmoebaVdwForce.h\n@@ -173,10 +173,11 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaVdwForce : public Force {\n * @param reductionFactor the fraction of the distance along the line from the parent particle to this particle\n * at which the interaction site should be placed\n * @param isAlchemical if true, this vdW particle is undergoing an alchemical change.\n- * @param typeIndex the index of the particle type for this particle\n+ * @param typeIndex the index of the particle type for this particle.\n+ * @param scaleFactor a scale factor to apply to all interactions involving this particle (used for CpHMD).\n */\n void setParticleParameters(int particleIndex, int parentIndex, double sigma, double epsilon, \n- double reductionFactor, bool isAlchemical=false, int typeIndex=-1);\n+ double reductionFactor, bool isAlchemical=false, int typeIndex=-1, double scaleFactor = 1.0);\n \n /**\n * Get the force field parameters for a vdw particle.\n@@ -189,9 +190,10 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaVdwForce : public Force {\n * at which the interaction site should be placed\n * @param[out] isAlchemical if true, this vdW particle is undergoing an alchemical change.\n * @param[out] typeIndex the index of the particle type for this particle\n+ * @param[out] scaleFactor a scale factor to apply to all interactions involving this particle (used for CpHMD).\n */\n void getParticleParameters(int particleIndex, int& parentIndex, double& sigma, double& epsilon, \n- double& reductionFactor, bool& isAlchemical, int& typeIndex) const;\n+ double& reductionFactor, bool& isAlchemical, int& typeIndex, double& scaleFactor) const;\n \n /**\n * Add the force field parameters for a vdw particle. This version is used when parameters\n@@ -203,9 +205,10 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaVdwForce : public Force {\n * @param reductionFactor the fraction of the distance along the line from the parent particle to this particle\n * at which the interaction site should be placed\n * @param isAlchemical if true, this vdW particle is undergoing an alchemical change.\n+ * @param scaleFactor a scale factor to apply to all interactions involving this particle (used for CpHMD).\n * @return index of added particle\n */\n- int addParticle(int parentIndex, double sigma, double epsilon, double reductionFactor, bool isAlchemical = false);\n+ int addParticle(int parentIndex, double sigma, double epsilon, double reductionFactor, bool isAlchemical = false, double scaleFactor = 1.0);\n \n /**\n * Add the force field parameters for a vdw particle. This version is used when parameters\n@@ -216,9 +219,10 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaVdwForce : public Force {\n * @param reductionFactor the fraction of the distance along the line from the parent particle to this particle\n * at which the interaction site should be placed\n * @param isAlchemical if true, this vdW particle is undergoing an alchemical change.\n+ * @param scaleFactor a scale factor to apply to all interactions involving this particle (used for CpHMD).\n * @return index of added particle\n */\n- int addParticle(int parentIndex, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical = false);\n+ int addParticle(int parentIndex, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical = false, double scaleFactor = 1.0);\n \n /**\n * Add a particle type.\n@@ -489,17 +493,20 @@ class OPENMM_EXPORT_AMOEBA AmoebaVdwForce : public Force {\n class AmoebaVdwForce::VdwInfo {\n public:\n int parentIndex, typeIndex;\n- double reductionFactor, sigma, epsilon, cutoff;\n+ double reductionFactor, sigma, epsilon, scaleFactor;\n bool isAlchemical;\n VdwInfo() {\n parentIndex = -1;\n+ typeIndex = -1;\n reductionFactor = 0.0;\n sigma = 1.0;\n epsilon = 0.0;\n+ scaleFactor = 1.0;\n isAlchemical = false;\n }\n- VdwInfo(int parentIndex, double sigma, double epsilon, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical) :\n- parentIndex(parentIndex), reductionFactor(reductionFactor), sigma(sigma), epsilon(epsilon), typeIndex(typeIndex), isAlchemical(isAlchemical) {\n+ VdwInfo(int parentIndex, double sigma, double epsilon, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical, double scaleFactor) :\n+ parentIndex(parentIndex), reductionFactor(reductionFactor), sigma(sigma), epsilon(epsilon),\n+ typeIndex(typeIndex), isAlchemical(isAlchemical), scaleFactor(scaleFactor) {\n }\n };\n \ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h\nindex d82c0c19a9..3f46708af3 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/include/openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h\n@@ -62,6 +62,54 @@ class AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl : public ForceImpl {\n return kernel;\n }\n void updateParametersInContext(ContextImpl& context);\n+\n+ /**\n+ * Compute a \"neck\" descreening contribution.\n+ * <p>\n+ * Using the tabulated Aij and Bij values, compute the neck integral\n+ * using Equations 13 and 14 from Aguilar, Shadrach and Onufriev (10.1021/ct100392h).\n+ *\n+ * @param r separation distance.\n+ * @param radius Radius of the current atom.\n+ * @param radiusK Radius of the descreening atom.\n+ * @param sneck The neck scale factor.\n+ * @return The integral value.\n+ */\n+ static double neckDescreen(double r, double radius, double radiusK, double sneck);\n+\n+ /**\n+ * Get Neck Aij and Bij constants.\n+ *\n+ * Based on the radii of two input atoms (\"radius\" for the atom being descreened\n+ * and \"radiusK\" for the descreening atom), the neck parameters Aij and Bij are\n+ * interpolated from tabulated values. The definitions of Aij and Bij are defined by\n+ * Eq. 11 from Corrigan et al. (10.1063/5.0158914) while Figure 2 describes\n+ * a neck descreening region.\n+ *\n+ * @param radius Radius of the current atom.\n+ * @param radiusK Radius of the descreening atom.\n+ * @param aij The Aij neck constant.\n+ * @param bij the Bij neck constant.\n+ */\n+ static void getNeckConstants(double radius, double radiusK, double &aij, double &bij);\n+\n+ /**\n+ * The array of neck tabulated radii values.\n+ */\n+ static const std::vector<float>& getNeckRadii();\n+\n+ const static int NUM_NECK_RADII = 45;\n+\n+ /**\n+ * The tabulated Aij parameters.\n+ */\n+ const static float (&getAij())[NUM_NECK_RADII][NUM_NECK_RADII];\n+\n+ /**\n+ * The tabulated Bij parameters.\n+ */\n+ const static float (&getBij())[NUM_NECK_RADII][NUM_NECK_RADII];\n+\n private:\n const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& owner;\n Kernel kernel;\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\nindex afcd67eb7e..fd1dd68ea6 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n@@ -36,35 +36,45 @@\n \n using namespace OpenMM;\n \n-AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::AmoebaGeneralizedKirkwoodForce() : solventDielectric(78.3), soluteDielectric(1.0), dielectricOffset(0.009), includeCavityTerm(1), probeRadius(0.14) {\n-\n+AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::AmoebaGeneralizedKirkwoodForce() :\n+ solventDielectric(78.3), soluteDielectric(1.0), dielectricOffset(0.009), includeCavityTerm(1), probeRadius(0.14),\n+ tanhRescaling(false), beta0(0.9563), beta1(0.2578), beta2(0.0810), descreenOffset(0.0) {\n surfaceAreaFactor = -6.0* 3.1415926535*0.0216*1000.0*0.4184;\n }\n \n int AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::addParticle(double charge, double radius, double scalingFactor) {\n- particles.push_back(ParticleInfo(charge, radius, scalingFactor));\n+ particles.push_back(ParticleInfo(charge, radius, scalingFactor, radius, 0.0));\n return particles.size()-1;\n }\n \n-void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::getParticleParameters(int index, double& charge, double& radius, double& scalingFactor) const {\n+int AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::addParticle(double charge, double radius, double scalingFactor, double descreenRadius, double neckFactor) {\n+ particles.push_back(ParticleInfo(charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor));\n+ return particles.size()-1;\n+}\n+\n+void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::getParticleParameters(int index, double& charge, double& radius, double& scalingFactor, double& descreenRadius, double& neckFactor) const {\n charge = particles[index].charge;\n radius = particles[index].radius;\n scalingFactor = particles[index].scalingFactor;\n+ descreenRadius = particles[index].descreenRadius;\n+ neckFactor = particles[index].neckFactor;\n }\n \n-void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::setParticleParameters(int index, double charge, double radius, double scalingFactor) {\n+void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::setParticleParameters(int index, double charge, double radius, double scalingFactor, double descreenRadius, double neckFactor) {\n particles[index].charge = charge;\n particles[index].radius = radius;\n particles[index].scalingFactor = scalingFactor;\n+ particles[index].descreenRadius = descreenRadius;\n+ particles[index].neckFactor = neckFactor;\n }\n-/*\n+\n double AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::getDielectricOffset() const {\n return dielectricOffset;\n }\n \n void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::setDielectricOffset(double inputDielectricOffset) {\n dielectricOffset = inputDielectricOffset;\n-} */\n+}\n \n int AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::getIncludeCavityTerm() const {\n return includeCavityTerm;\n@@ -90,6 +100,14 @@ void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::setSurfaceAreaFactor(double inputSurfaceAre\n surfaceAreaFactor = inputSurfaceAreaFactor;\n }\n \n+double AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::getDescreenOffset() const {\n+ return descreenOffset;\n+}\n+\n+void AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::setDescreenOffset(double inputDescreenOffet) {\n+ descreenOffset = inputDescreenOffet;\n+}\n+\n ForceImpl* AmoebaGeneralizedKirkwoodForce::createImpl() const {\n return new AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl(*this);\n }\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.cpp\nindex 432700e74a..4328ed08a0 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.cpp\n@@ -34,7 +34,6 @@\n #include \"openmm/amoebaKernels.h\"\n \n using namespace OpenMM;\n-using std::vector;\n \n AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl(const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& owner) : owner(owner) {\n }\n@@ -68,3 +67,567 @@ void AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::updateParametersInContext(ContextImpl&\n kernel.getAs<CalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel>().copyParametersToContext(context, owner);\n context.systemChanged();\n }\n+\n+const static std::vector<float> NECK_RADII = {\n+ 0.80, 0.85, 0.90, 0.95, 1.00, 1.05, 1.10, 1.15, 1.20, 1.25,\n+ 1.30, 1.35, 1.40, 1.45, 1.50, 1.55, 1.60, 1.65, 1.70, 1.75,\n+ 1.80, 1.85, 1.90, 1.95, 2.00, 2.05, 2.10, 2.15, 2.20, 2.25,\n+ 2.30, 2.35, 2.40, 2.45, 2.50, 2.55, 2.60, 2.65, 2.70, 2.75,\n+ 2.80, 2.85, 2.90, 2.95, 3.00};\n+\n+const static double MINIMUM_RADIUS = 0.80;\n+const static double MAXIMUM_RADIUS = 3.00;\n+const static double SPACING = 0.05;\n+\n+const static float Aij[AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII][AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII] = {\n+ {0.0000577616, 0.0000584661, 0.0000363925, 0.0000395472, 0.0000443202, 0.0000485507, 0.0000430862,\n+ 0.0000485067, 0.0000244504, 0.0000278293, 0.0000329908, 0.0000292135, 0.0000343621, 0.0000393724,\n+ 0.0000352501, 0.0000303823, 0.0000360595, 0.0000418690, 0.0000365804, 0.0000248824, 0.0000375656,\n+ 0.0000428918, 0.0000377450, 0.0000447160, 0.0000395375, 0.0000345934, 0.0000536114, 0.0000470958,\n+ 0.0000542111, 0.0000360263, 0.0000553398, 0.0000483197, 0.0000555466, 0.0000374290, 0.0000327412,\n+ 0.0000386635, 0.0000578345, 0.0000513194, 0.0000581077, 0.0000394022, 0.0000599546, 0.0000392112,\n+ 0.0000597613, 0.0000403186, 0.0000615149},\n+ {0.0000446374, 0.0000460309, 0.0000475714, 0.0000225974, 0.0000318052, 0.0000275537, 0.0000296576,\n+ 0.0000339157, 0.0000295595, 0.0000344661, 0.0000395587, 0.0000197502, 0.0000300923, 0.0000272524,\n+ 0.0000187561, 0.0000272680, 0.0000247659, 0.0000214933, 0.0000252850, 0.0000223386, 0.0000261633,\n+ 0.0000398363, 0.0000363492, 0.0000412599, 0.0000363327, 0.0000422768, 0.0000367723, 0.0000425282,\n+ 0.0000374607, 0.0000325975, 0.0000383563, 0.0000253707, 0.0000301193, 0.0000200866, 0.0000299808,\n+ 0.0000263514, 0.0000304240, 0.0000349497, 0.0000408533, 0.0000268003, 0.0000407538, 0.0000357651,\n+ 0.0000418473, 0.0000278226, 0.0000419066},\n+ {0.0000360721, 0.0000365794, 0.0000372415, 0.0000303637, 0.0000319835, 0.0000267215, 0.0000171087,\n+ 0.0000252702, 0.0000221094, 0.0000187747, 0.0000212341, 0.0000251617, 0.0000215761, 0.0000191079,\n+ 0.0000291389, 0.0000199177, 0.0000288958, 0.0000260343, 0.0000179669, 0.0000210581, 0.0000178820,\n+ 0.0000215615, 0.0000243911, 0.0000220007, 0.0000249689, 0.0000295075, 0.0000260062, 0.0000297050,\n+ 0.0000203093, 0.0000305802, 0.0000202272, 0.0000308984, 0.0000207930, 0.0000316764, 0.0000277135,\n+ 0.0000316983, 0.0000219362, 0.0000326865, 0.0000286724, 0.0000332929, 0.0000220858, 0.0000332871,\n+ 0.0000294921, 0.0000348374, 0.0000230989},\n+ {0.0000398429, 0.0000223074, 0.0000298279, 0.0000315221, 0.0000187855, 0.0000264807, 0.0000169459,\n+ 0.0000180824, 0.0000162496, 0.0000233148, 0.0000157394, 0.0000174931, 0.0000152866, 0.0000230620,\n+ 0.0000205539, 0.0000234872, 0.0000213273, 0.0000181123, 0.0000210938, 0.0000186307, 0.0000216437,\n+ 0.0000146084, 0.0000222850, 0.0000149429, 0.0000170964, 0.0000153536, 0.0000177037, 0.0000208958,\n+ 0.0000237412, 0.0000164214, 0.0000239561, 0.0000166849, 0.0000188702, 0.0000167221, 0.0000188448,\n+ 0.0000172644, 0.0000194706, 0.0000174585, 0.0000259642, 0.0000177409, 0.0000199219, 0.0000235990,\n+ 0.0000202504, 0.0000234495, 0.0000156052},\n+ {0.0000435754, 0.0000245527, 0.0000318302, 0.0000188461, 0.0000192238, 0.0000208396, 0.0000169209,\n+ 0.0000183816, 0.0000204363, 0.0000131412, 0.0000193141, 0.0000097655, 0.0000110841, 0.0000129627,\n+ 0.0000112003, 0.0000130467, 0.0000113669, 0.0000168195, 0.0000117549, 0.0000134876, 0.0000118881,\n+ 0.0000180528, 0.0000159126, 0.0000181928, 0.0000125940, 0.0000183351, 0.0000125678, 0.0000145035,\n+ 0.0000131847, 0.0000144906, 0.0000129840, 0.0000150912, 0.0000176485, 0.0000153063, 0.0000178114,\n+ 0.0000157934, 0.0000180763, 0.0000157725, 0.0000186835, 0.0000121847, 0.0000185069, 0.0000161900,\n+ 0.0000191223, 0.0000126643, 0.0000192108},\n+ {0.0000505580, 0.0000264633, 0.0000205166, 0.0000195164, 0.0000204987, 0.0000160556, 0.0000127648,\n+ 0.0000137952, 0.0000155458, 0.0000176400, 0.0000146241, 0.0000124027, 0.0000103247, 0.0000120745,\n+ 0.0000105222, 0.0000124882, 0.0000140152, 0.0000095449, 0.0000141168, 0.0000074383, 0.0000142994,\n+ 0.0000098671, 0.0000112045, 0.0000132832, 0.0000113876, 0.0000135139, 0.0000116918, 0.0000137152,\n+ 0.0000118068, 0.0000140495, 0.0000093075, 0.0000144645, 0.0000126001, 0.0000142255, 0.0000128571,\n+ 0.0000148412, 0.0000128819, 0.0000152166, 0.0000099735, 0.0000151882, 0.0000133944, 0.0000154829,\n+ 0.0000135105, 0.0000154771, 0.0000106154},\n+ {0.0000449657, 0.0000230612, 0.0000221541, 0.0000166532, 0.0000171555, 0.0000227174, 0.0000182899,\n+ 0.0000193198, 0.0000118768, 0.0000130396, 0.0000113361, 0.0000093799, 0.0000108573, 0.0000120843,\n+ 0.0000106342, 0.0000117938, 0.0000080569, 0.0000091361, 0.0000107718, 0.0000123647, 0.0000106453,\n+ 0.0000123678, 0.0000109954, 0.0000126151, 0.0000145692, 0.0000128038, 0.0000146248, 0.0000099091,\n+ 0.0000114200, 0.0000059787, 0.0000117991, 0.0000136370, 0.0000119830, 0.0000080880, 0.0000120147,\n+ 0.0000108970, 0.0000161522, 0.0000083711, 0.0000094980, 0.0000112647, 0.0000096319, 0.0000113677,\n+ 0.0000127823, 0.0000114549, 0.0000100471},\n+ {0.0000280510, 0.0000266023, 0.0000144227, 0.0000188499, 0.0000184712, 0.0000146008, 0.0000195724,\n+ 0.0000161268, 0.0000073492, 0.0000137704, 0.0000111866, 0.0000072795, 0.0000081037, 0.0000092319,\n+ 0.0000078144, 0.0000089354, 0.0000102556, 0.0000090005, 0.0000059425, 0.0000090194, 0.0000080186,\n+ 0.0000069127, 0.0000082105, 0.0000093797, 0.0000082401, 0.0000093675, 0.0000082671, 0.0000071727,\n+ 0.0000064889, 0.0000097376, 0.0000087729, 0.0000098019, 0.0000088064, 0.0000059057, 0.0000089896,\n+ 0.0000077635, 0.0000070336, 0.0000047870, 0.0000094273, 0.0000080466, 0.0000093429, 0.0000083051,\n+ 0.0000096725, 0.0000109657, 0.0000097148},\n+ {0.0000325317, 0.0000295175, 0.0000213868, 0.0000208878, 0.0000153087, 0.0000116695, 0.0000091353,\n+ 0.0000128753, 0.0000102693, 0.0000107086, 0.0000088500, 0.0000098955, 0.0000081413, 0.0000052255,\n+ 0.0000078083, 0.0000067997, 0.0000098737, 0.0000066979, 0.0000098507, 0.0000051252, 0.0000074307,\n+ 0.0000067922, 0.0000057491, 0.0000068223, 0.0000058920, 0.0000070420, 0.0000060742, 0.0000069635,\n+ 0.0000062687, 0.0000054473, 0.0000061911, 0.0000073394, 0.0000037836, 0.0000074661, 0.0000084983,\n+ 0.0000073838, 0.0000087027, 0.0000076952, 0.0000088636, 0.0000102208, 0.0000090108, 0.0000104452,\n+ 0.0000090944, 0.0000104765, 0.0000070232},\n+ {0.0000289111, 0.0000198943, 0.0000241993, 0.0000238536, 0.0000182705, 0.0000129878, 0.0000076255,\n+ 0.0000102719, 0.0000112418, 0.0000067659, 0.0000071756, 0.0000100155, 0.0000065300, 0.0000071811,\n+ 0.0000060818, 0.0000066768, 0.0000059369, 0.0000065993, 0.0000076971, 0.0000063984, 0.0000057069,\n+ 0.0000086185, 0.0000076581, 0.0000051018, 0.0000057661, 0.0000051292, 0.0000058121, 0.0000050955,\n+ 0.0000079236, 0.0000069082, 0.0000060582, 0.0000041682, 0.0000080245, 0.0000042302, 0.0000082046,\n+ 0.0000056029, 0.0000048280, 0.0000057624, 0.0000065014, 0.0000058246, 0.0000049969, 0.0000058491,\n+ 0.0000066001, 0.0000059999, 0.0000088507},\n+ {0.0000265006, 0.0000302279, 0.0000215102, 0.0000203741, 0.0000195197, 0.0000114271, 0.0000110442,\n+ 0.0000113577, 0.0000067378, 0.0000072687, 0.0000074058, 0.0000047733, 0.0000067184, 0.0000076291,\n+ 0.0000062951, 0.0000051957, 0.0000044871, 0.0000050768, 0.0000044211, 0.0000049880, 0.0000043518,\n+ 0.0000048796, 0.0000057445, 0.0000049576, 0.0000057224, 0.0000037798, 0.0000043883, 0.0000066161,\n+ 0.0000044279, 0.0000050580, 0.0000045758, 0.0000051723, 0.0000046936, 0.0000052703, 0.0000047182,\n+ 0.0000041352, 0.0000063088, 0.0000041672, 0.0000063473, 0.0000055519, 0.0000049210, 0.0000033576,\n+ 0.0000049766, 0.0000033829, 0.0000051220},\n+ {0.0000393068, 0.0000205177, 0.0000254533, 0.0000229604, 0.0000129838, 0.0000126427, 0.0000096583,\n+ 0.0000123670, 0.0000100764, 0.0000100625, 0.0000047514, 0.0000049466, 0.0000041283, 0.0000059449,\n+ 0.0000065208, 0.0000072136, 0.0000045347, 0.0000039272, 0.0000033654, 0.0000038633, 0.0000032913,\n+ 0.0000038211, 0.0000041976, 0.0000037860, 0.0000042838, 0.0000037697, 0.0000043641, 0.0000038556,\n+ 0.0000033089, 0.0000039242, 0.0000043859, 0.0000051678, 0.0000034265, 0.0000040012, 0.0000035224,\n+ 0.0000053110, 0.0000046531, 0.0000053869, 0.0000036188, 0.0000054308, 0.0000048054, 0.0000055242,\n+ 0.0000048512, 0.0000056159, 0.0000037853},\n+ {0.0000340677, 0.0000307596, 0.0000223668, 0.0000152946, 0.0000146712, 0.0000106255, 0.0000106032,\n+ 0.0000081832, 0.0000086244, 0.0000049411, 0.0000067545, 0.0000040421, 0.0000044178, 0.0000036241,\n+ 0.0000052208, 0.0000032905, 0.0000048780, 0.0000053199, 0.0000046459, 0.0000039440, 0.0000026124,\n+ 0.0000050097, 0.0000026014, 0.0000029505, 0.0000032710, 0.0000037980, 0.0000043410, 0.0000037740,\n+ 0.0000033662, 0.0000050175, 0.0000033958, 0.0000051015, 0.0000034086, 0.0000030335, 0.0000034235,\n+ 0.0000039828, 0.0000045344, 0.0000031386, 0.0000046458, 0.0000041624, 0.0000036086, 0.0000041947,\n+ 0.0000028209, 0.0000033460, 0.0000028613},\n+ {0.0000305973, 0.0000272968, 0.0000142276, 0.0000179127, 0.0000097246, 0.0000127507, 0.0000070473,\n+ 0.0000090593, 0.0000092161, 0.0000074076, 0.0000074685, 0.0000058617, 0.0000047016, 0.0000051588,\n+ 0.0000056952, 0.0000035730, 0.0000038387, 0.0000042402, 0.0000035579, 0.0000018248, 0.0000046133,\n+ 0.0000039370, 0.0000045159, 0.0000029244, 0.0000019710, 0.0000022822, 0.0000025439, 0.0000028944,\n+ 0.0000025756, 0.0000029250, 0.0000034260, 0.0000050361, 0.0000034605, 0.0000038688, 0.0000026949,\n+ 0.0000014049, 0.0000027321, 0.0000023567, 0.0000027913, 0.0000031218, 0.0000027763, 0.0000031969,\n+ 0.0000037163, 0.0000032316, 0.0000037723},\n+ {0.0000363524, 0.0000185238, 0.0000223944, 0.0000156641, 0.0000146928, 0.0000107770, 0.0000105276,\n+ 0.0000102180, 0.0000079337, 0.0000078580, 0.0000062276, 0.0000066384, 0.0000039738, 0.0000055727,\n+ 0.0000060414, 0.0000037461, 0.0000023444, 0.0000033734, 0.0000028739, 0.0000032262, 0.0000026725,\n+ 0.0000030603, 0.0000025932, 0.0000030096, 0.0000019791, 0.0000029386, 0.0000033334, 0.0000029324,\n+ 0.0000025033, 0.0000017645, 0.0000014959, 0.0000022899, 0.0000025847, 0.0000030273, 0.0000026349,\n+ 0.0000039712, 0.0000026279, 0.0000040671, 0.0000020776, 0.0000023832, 0.0000020939, 0.0000024085,\n+ 0.0000021149, 0.0000041807, 0.0000016785},\n+ {0.0000531068, 0.0000206882, 0.0000259899, 0.0000178808, 0.0000168038, 0.0000128055, 0.0000119227,\n+ 0.0000069103, 0.0000090425, 0.0000068286, 0.0000069793, 0.0000031585, 0.0000042989, 0.0000027028,\n+ 0.0000036738, 0.0000031193, 0.0000043434, 0.0000035227, 0.0000030391, 0.0000024934, 0.0000027944,\n+ 0.0000024067, 0.0000027907, 0.0000023644, 0.0000026945, 0.0000022659, 0.0000020013, 0.0000029627,\n+ 0.0000026172, 0.0000017442, 0.0000025980, 0.0000017461, 0.0000020037, 0.0000017818, 0.0000026313,\n+ 0.0000023219, 0.0000026522, 0.0000023901, 0.0000026985, 0.0000014157, 0.0000027079, 0.0000018522,\n+ 0.0000016312, 0.0000019179, 0.0000016703},\n+ {0.0000471466, 0.0000321678, 0.0000221166, 0.0000210526, 0.0000114910, 0.0000108287, 0.0000080777,\n+ 0.0000104203, 0.0000101134, 0.0000058443, 0.0000045067, 0.0000045975, 0.0000027454, 0.0000037782,\n+ 0.0000039918, 0.0000043093, 0.0000046405, 0.0000029403, 0.0000023896, 0.0000020792, 0.0000029414,\n+ 0.0000014845, 0.0000016390, 0.0000018155, 0.0000020600, 0.0000018173, 0.0000020305, 0.0000018045,\n+ 0.0000020275, 0.0000023056, 0.0000026380, 0.0000022906, 0.0000015633, 0.0000022861, 0.0000015702,\n+ 0.0000022925, 0.0000015926, 0.0000017741, 0.0000015991, 0.0000017969, 0.0000021445, 0.0000018491,\n+ 0.0000021663, 0.0000018937, 0.0000021829},\n+ {0.0000415033, 0.0000375035, 0.0000257317, 0.0000181483, 0.0000170401, 0.0000165719, 0.0000091912,\n+ 0.0000089667, 0.0000066295, 0.0000051660, 0.0000051868, 0.0000051552, 0.0000041581, 0.0000041949,\n+ 0.0000044142, 0.0000035882, 0.0000029449, 0.0000031798, 0.0000020273, 0.0000021690, 0.0000024377,\n+ 0.0000026775, 0.0000029680, 0.0000014909, 0.0000021480, 0.0000018690, 0.0000027312, 0.0000014150,\n+ 0.0000020266, 0.0000013942, 0.0000015678, 0.0000014176, 0.0000015601, 0.0000018280, 0.0000020424,\n+ 0.0000023951, 0.0000015782, 0.0000024117, 0.0000016197, 0.0000014155, 0.0000012558, 0.0000018686,\n+ 0.0000016359, 0.0000018949, 0.0000010017},\n+ {0.0000468296, 0.0000330068, 0.0000237247, 0.0000165336, 0.0000150520, 0.0000109676, 0.0000103584,\n+ 0.0000059806, 0.0000075019, 0.0000075639, 0.0000075577, 0.0000044171, 0.0000035406, 0.0000027896,\n+ 0.0000038483, 0.0000030165, 0.0000024502, 0.0000020229, 0.0000037725, 0.0000023248, 0.0000025725,\n+ 0.0000016526, 0.0000018416, 0.0000020307, 0.0000023292, 0.0000019462, 0.0000022344, 0.0000014452,\n+ 0.0000016743, 0.0000024751, 0.0000021503, 0.0000010914, 0.0000016308, 0.0000018570, 0.0000021221,\n+ 0.0000010982, 0.0000016425, 0.0000011133, 0.0000021459, 0.0000018960, 0.0000021557, 0.0000011360,\n+ 0.0000012755, 0.0000011503, 0.0000012923},\n+ {0.0000326803, 0.0000295857, 0.0000154475, 0.0000195504, 0.0000133752, 0.0000130826, 0.0000093108,\n+ 0.0000090846, 0.0000051384, 0.0000065258, 0.0000049655, 0.0000050318, 0.0000039301, 0.0000031064,\n+ 0.0000018937, 0.0000033983, 0.0000027192, 0.0000021941, 0.0000023262, 0.0000011684, 0.0000015864,\n+ 0.0000017653, 0.0000019394, 0.0000021477, 0.0000018003, 0.0000015654, 0.0000017271, 0.0000019541,\n+ 0.0000012911, 0.0000008739, 0.0000016831, 0.0000011063, 0.0000016687, 0.0000014377, 0.0000016576,\n+ 0.0000010945, 0.0000012820, 0.0000010911, 0.0000007782, 0.0000014342, 0.0000013165, 0.0000018913,\n+ 0.0000013170, 0.0000008899, 0.0000013269},\n+ {0.0000381583, 0.0000264565, 0.0000136612, 0.0000212466, 0.0000153348, 0.0000145316, 0.0000138739,\n+ 0.0000060648, 0.0000076347, 0.0000074893, 0.0000043282, 0.0000057183, 0.0000033840, 0.0000045556,\n+ 0.0000035441, 0.0000028461, 0.0000022853, 0.0000031916, 0.0000026005, 0.0000021084, 0.0000013651,\n+ 0.0000024956, 0.0000016110, 0.0000017750, 0.0000014880, 0.0000016813, 0.0000010862, 0.0000016184,\n+ 0.0000013616, 0.0000015542, 0.0000017206, 0.0000015449, 0.0000013086, 0.0000015137, 0.0000012941,\n+ 0.0000011585, 0.0000012793, 0.0000008977, 0.0000009980, 0.0000011586, 0.0000010254, 0.0000011655,\n+ 0.0000010218, 0.0000011671, 0.0000010320},\n+ {0.0000435206, 0.0000394602, 0.0000280329, 0.0000143528, 0.0000103966, 0.0000099195, 0.0000123591,\n+ 0.0000070629, 0.0000087274, 0.0000066090, 0.0000048718, 0.0000038172, 0.0000050202, 0.0000029810,\n+ 0.0000040378, 0.0000024193, 0.0000024874, 0.0000015771, 0.0000016403, 0.0000017939, 0.0000019398,\n+ 0.0000012193, 0.0000017244, 0.0000008475, 0.0000009524, 0.0000008041, 0.0000011807, 0.0000009651,\n+ 0.0000011501, 0.0000012202, 0.0000010892, 0.0000011977, 0.0000010599, 0.0000015547, 0.0000010348,\n+ 0.0000011765, 0.0000010241, 0.0000009188, 0.0000007943, 0.0000009237, 0.0000010314, 0.0000009055,\n+ 0.0000010352, 0.0000009196, 0.0000013384},\n+ {0.0000379248, 0.0000353934, 0.0000241508, 0.0000168891, 0.0000210529, 0.0000086678, 0.0000083510,\n+ 0.0000106765, 0.0000058348, 0.0000057662, 0.0000074621, 0.0000043406, 0.0000033715, 0.0000044195,\n+ 0.0000020552, 0.0000027516, 0.0000016638, 0.0000022213, 0.0000023581, 0.0000019527, 0.0000016003,\n+ 0.0000017368, 0.0000008516, 0.0000009200, 0.0000016828, 0.0000008623, 0.0000009286, 0.0000006197,\n+ 0.0000011498, 0.0000007848, 0.0000006628, 0.0000009788, 0.0000010822, 0.0000012385, 0.0000008152,\n+ 0.0000009435, 0.0000010686, 0.0000012014, 0.0000006276, 0.0000007030, 0.0000010605, 0.0000012119,\n+ 0.0000006389, 0.0000007195, 0.0000006456},\n+ {0.0000457913, 0.0000308903, 0.0000282516, 0.0000197423, 0.0000139036, 0.0000076554, 0.0000101164,\n+ 0.0000092286, 0.0000068324, 0.0000052054, 0.0000050091, 0.0000049163, 0.0000039143, 0.0000029462,\n+ 0.0000039499, 0.0000031099, 0.0000024405, 0.0000014864, 0.0000012048, 0.0000021759, 0.0000013931,\n+ 0.0000014556, 0.0000009208, 0.0000017108, 0.0000011004, 0.0000011923, 0.0000007721, 0.0000006708,\n+ 0.0000005731, 0.0000008092, 0.0000009072, 0.0000007914, 0.0000008763, 0.0000007716, 0.0000006536,\n+ 0.0000007653, 0.0000008561, 0.0000009956, 0.0000008472, 0.0000007539, 0.0000008319, 0.0000005765,\n+ 0.0000008451, 0.0000009713, 0.0000008480},\n+ {0.0000514751, 0.0000274557, 0.0000241481, 0.0000174373, 0.0000161298, 0.0000116871, 0.0000084217,\n+ 0.0000081004, 0.0000058484, 0.0000056938, 0.0000057532, 0.0000043019, 0.0000032347, 0.0000025748,\n+ 0.0000034234, 0.0000026896, 0.0000016029, 0.0000016452, 0.0000023736, 0.0000013932, 0.0000011273,\n+ 0.0000009500, 0.0000013052, 0.0000010750, 0.0000012044, 0.0000010077, 0.0000011046, 0.0000007011,\n+ 0.0000010268, 0.0000008714, 0.0000012822, 0.0000010702, 0.0000007283, 0.0000010366, 0.0000005479,\n+ 0.0000007812, 0.0000005332, 0.0000007670, 0.0000006899, 0.0000007700, 0.0000006826, 0.0000007637,\n+ 0.0000008807, 0.0000004626, 0.0000006769},\n+ {0.0000347279, 0.0000326038, 0.0000222389, 0.0000203032, 0.0000186389, 0.0000135396, 0.0000074878,\n+ 0.0000093982, 0.0000069447, 0.0000051305, 0.0000038953, 0.0000049720, 0.0000038543, 0.0000038303,\n+ 0.0000017387, 0.0000013908, 0.0000018492, 0.0000018676, 0.0000011554, 0.0000016034, 0.0000009913,\n+ 0.0000010369, 0.0000011030, 0.0000015670, 0.0000013066, 0.0000011031, 0.0000009195, 0.0000007778,\n+ 0.0000010981, 0.0000009562, 0.0000010346, 0.0000011776, 0.0000007583, 0.0000005111, 0.0000005726,\n+ 0.0000011004, 0.0000009317, 0.0000004887, 0.0000005500, 0.0000008051, 0.0000005530, 0.0000004756,\n+ 0.0000005513, 0.0000006031, 0.0000005515},\n+ {0.0000404627, 0.0000279374, 0.0000254737, 0.0000173416, 0.0000166276, 0.0000090743, 0.0000084501,\n+ 0.0000108659, 0.0000080225, 0.0000045088, 0.0000044169, 0.0000057245, 0.0000033186, 0.0000043660,\n+ 0.0000034171, 0.0000015607, 0.0000020522, 0.0000012726, 0.0000016999, 0.0000013417, 0.0000018688,\n+ 0.0000015245, 0.0000009452, 0.0000007794, 0.0000008405, 0.0000011825, 0.0000007598, 0.0000008210,\n+ 0.0000007108, 0.0000007647, 0.0000006612, 0.0000007339, 0.0000008145, 0.0000007040, 0.0000006095,\n+ 0.0000008740, 0.0000003513, 0.0000006717, 0.0000005660, 0.0000004997, 0.0000009522, 0.0000005060,\n+ 0.0000005619, 0.0000005063, 0.0000004323},\n+ {0.0000472063, 0.0000323179, 0.0000294752, 0.0000207416, 0.0000113045, 0.0000136112, 0.0000129076,\n+ 0.0000071735, 0.0000091135, 0.0000052733, 0.0000039191, 0.0000038507, 0.0000022739, 0.0000029313,\n+ 0.0000017476, 0.0000029817, 0.0000017682, 0.0000014044, 0.0000018903, 0.0000011418, 0.0000015945,\n+ 0.0000009870, 0.0000010526, 0.0000011160, 0.0000011997, 0.0000013110, 0.0000010830, 0.0000006980,\n+ 0.0000009891, 0.0000006386, 0.0000005495, 0.0000006040, 0.0000006782, 0.0000004347, 0.0000004971,\n+ 0.0000004232, 0.0000004838, 0.0000006935, 0.0000003617, 0.0000004015, 0.0000003611, 0.0000003155,\n+ 0.0000005902, 0.0000003968, 0.0000004545},\n+ {0.0000534708, 0.0000373744, 0.0000196796, 0.0000137544, 0.0000129458, 0.0000119235, 0.0000088305,\n+ 0.0000111632, 0.0000062367, 0.0000059625, 0.0000034417, 0.0000044561, 0.0000033301, 0.0000025232,\n+ 0.0000019586, 0.0000027071, 0.0000015804, 0.0000012263, 0.0000016555, 0.0000017219, 0.0000010458,\n+ 0.0000008561, 0.0000006975, 0.0000009600, 0.0000013346, 0.0000008501, 0.0000004210, 0.0000005776,\n+ 0.0000008267, 0.0000009169, 0.0000004551, 0.0000005061, 0.0000007113, 0.0000006128, 0.0000006790,\n+ 0.0000004531, 0.0000005155, 0.0000005740, 0.0000006449, 0.0000002634, 0.0000004837, 0.0000005547,\n+ 0.0000004790, 0.0000004165, 0.0000004781},\n+ {0.0000471509, 0.0000331027, 0.0000226179, 0.0000161311, 0.0000144893, 0.0000107687, 0.0000104009,\n+ 0.0000128476, 0.0000071831, 0.0000053734, 0.0000030440, 0.0000051224, 0.0000039650, 0.0000022452,\n+ 0.0000017674, 0.0000017430, 0.0000017813, 0.0000014173, 0.0000018887, 0.0000008757, 0.0000012001,\n+ 0.0000016279, 0.0000012946, 0.0000004971, 0.0000008642, 0.0000005591, 0.0000006041, 0.0000006461,\n+ 0.0000005270, 0.0000007557, 0.0000004882, 0.0000007062, 0.0000005940, 0.0000008734, 0.0000005615,\n+ 0.0000004848, 0.0000004202, 0.0000004705, 0.0000004021, 0.0000004565, 0.0000003960, 0.0000004488,\n+ 0.0000004998, 0.0000005792, 0.0000003821},\n+ {0.0000408712, 0.0000290825, 0.0000201809, 0.0000184693, 0.0000127543, 0.0000122856, 0.0000089579,\n+ 0.0000087349, 0.0000048255, 0.0000062188, 0.0000059289, 0.0000044984, 0.0000019907, 0.0000033642,\n+ 0.0000034197, 0.0000026227, 0.0000012039, 0.0000015836, 0.0000009945, 0.0000013051, 0.0000017849,\n+ 0.0000010646, 0.0000005240, 0.0000007062, 0.0000005767, 0.0000006087, 0.0000008726, 0.0000005467,\n+ 0.0000007758, 0.0000006348, 0.0000007039, 0.0000003514, 0.0000006567, 0.0000002671, 0.0000006217,\n+ 0.0000006907, 0.0000005847, 0.0000001470, 0.0000004367, 0.0000003746, 0.0000003283, 0.0000003639,\n+ 0.0000004146, 0.0000003630, 0.0000004069},\n+ {0.0000365867, 0.0000334092, 0.0000233935, 0.0000211266, 0.0000148841, 0.0000145388, 0.0000102065,\n+ 0.0000099718, 0.0000095120, 0.0000041586, 0.0000052071, 0.0000030423, 0.0000030232, 0.0000022968,\n+ 0.0000023000, 0.0000030274, 0.0000022943, 0.0000010722, 0.0000011058, 0.0000014789, 0.0000009014,\n+ 0.0000009248, 0.0000009830, 0.0000010354, 0.0000014149, 0.0000011942, 0.0000005606, 0.0000006027,\n+ 0.0000005065, 0.0000004217, 0.0000005883, 0.0000005132, 0.0000003302, 0.0000004589, 0.0000006648,\n+ 0.0000003397, 0.0000004773, 0.0000003190, 0.0000004559, 0.0000003103, 0.0000005849, 0.0000003016,\n+ 0.0000005635, 0.0000003806, 0.0000002617},\n+ {0.0000424740, 0.0000299616, 0.0000274655, 0.0000188374, 0.0000175698, 0.0000126091, 0.0000089948,\n+ 0.0000068101, 0.0000083814, 0.0000048968, 0.0000060247, 0.0000059532, 0.0000020417, 0.0000044737,\n+ 0.0000025919, 0.0000020128, 0.0000020369, 0.0000012489, 0.0000016173, 0.0000012975, 0.0000013224,\n+ 0.0000010382, 0.0000008390, 0.0000008790, 0.0000009452, 0.0000009921, 0.0000006307, 0.0000006689,\n+ 0.0000003338, 0.0000007868, 0.0000005076, 0.0000004219, 0.0000003654, 0.0000008632, 0.0000004278,\n+ 0.0000003612, 0.0000002445, 0.0000005864, 0.0000002315, 0.0000004357, 0.0000002247, 0.0000004156,\n+ 0.0000002193, 0.0000003178, 0.0000002730},\n+ {0.0000503599, 0.0000451538, 0.0000316354, 0.0000217532, 0.0000202497, 0.0000144337, 0.0000104958,\n+ 0.0000100705, 0.0000074034, 0.0000054909, 0.0000041189, 0.0000040598, 0.0000030289, 0.0000030085,\n+ 0.0000029895, 0.0000023332, 0.0000018003, 0.0000013931, 0.0000018829, 0.0000014630, 0.0000006967,\n+ 0.0000009205, 0.0000012416, 0.0000007812, 0.0000010583, 0.0000006536, 0.0000009038, 0.0000004477,\n+ 0.0000010522, 0.0000006597, 0.0000005567, 0.0000004616, 0.0000006575, 0.0000003344, 0.0000002766,\n+ 0.0000003963, 0.0000005688, 0.0000001793, 0.0000004153, 0.0000004620, 0.0000003992, 0.0000004404,\n+ 0.0000002976, 0.0000004364, 0.0000003740},\n+ {0.0000430595, 0.0000397799, 0.0000271616, 0.0000143472, 0.0000176142, 0.0000168235, 0.0000093500,\n+ 0.0000067329, 0.0000066446, 0.0000082213, 0.0000061390, 0.0000046372, 0.0000034811, 0.0000034735,\n+ 0.0000026730, 0.0000026634, 0.0000015581, 0.0000021099, 0.0000012381, 0.0000016679, 0.0000010186,\n+ 0.0000010483, 0.0000008241, 0.0000011290, 0.0000005475, 0.0000005724, 0.0000004661, 0.0000006409,\n+ 0.0000004075, 0.0000005660, 0.0000004676, 0.0000006678, 0.0000005536, 0.0000004588, 0.0000003086,\n+ 0.0000002600, 0.0000002221, 0.0000004089, 0.0000005910, 0.0000002319, 0.0000003286, 0.0000002849,\n+ 0.0000003188, 0.0000001718, 0.0000003117},\n+ {0.0000503956, 0.0000262755, 0.0000184690, 0.0000169051, 0.0000157560, 0.0000113206, 0.0000108187,\n+ 0.0000079141, 0.0000075536, 0.0000055140, 0.0000054540, 0.0000040614, 0.0000039965, 0.0000023509,\n+ 0.0000030468, 0.0000018116, 0.0000023451, 0.0000013890, 0.0000014094, 0.0000011387, 0.0000011426,\n+ 0.0000007091, 0.0000009704, 0.0000007647, 0.0000008029, 0.0000011008, 0.0000003155, 0.0000004312,\n+ 0.0000004596, 0.0000004817, 0.0000005269, 0.0000005676, 0.0000003706, 0.0000004006, 0.0000004315,\n+ 0.0000004775, 0.0000003098, 0.0000003407, 0.0000004886, 0.0000004152, 0.0000001682, 0.0000003093,\n+ 0.0000002068, 0.0000002292, 0.0000002008},\n+ {0.0000334173, 0.0000309726, 0.0000218877, 0.0000196442, 0.0000138546, 0.0000130794, 0.0000094927,\n+ 0.0000068714, 0.0000086744, 0.0000063898, 0.0000037817, 0.0000048166, 0.0000046345, 0.0000026610,\n+ 0.0000015855, 0.0000020759, 0.0000027141, 0.0000020849, 0.0000016433, 0.0000012979, 0.0000007813,\n+ 0.0000010596, 0.0000004958, 0.0000008546, 0.0000008928, 0.0000005593, 0.0000009962, 0.0000006205,\n+ 0.0000006694, 0.0000004270, 0.0000004437, 0.0000003712, 0.0000005299, 0.0000003383, 0.0000004823,\n+ 0.0000002425, 0.0000004443, 0.0000004843, 0.0000004110, 0.0000001667, 0.0000001831, 0.0000001992,\n+ 0.0000002251, 0.0000003165, 0.0000001686},\n+ {0.0000389225, 0.0000356628, 0.0000246098, 0.0000234810, 0.0000158826, 0.0000154517, 0.0000109594,\n+ 0.0000061715, 0.0000077203, 0.0000057494, 0.0000072006, 0.0000031528, 0.0000032123, 0.0000024479,\n+ 0.0000023896, 0.0000023499, 0.0000018589, 0.0000010985, 0.0000014288, 0.0000011269, 0.0000015138,\n+ 0.0000011720, 0.0000009382, 0.0000009879, 0.0000006065, 0.0000008389, 0.0000005190, 0.0000007012,\n+ 0.0000005724, 0.0000004774, 0.0000003925, 0.0000005365, 0.0000002703, 0.0000004855, 0.0000004093,\n+ 0.0000003496, 0.0000003709, 0.0000002481, 0.0000002089, 0.0000001810, 0.0000001978, 0.0000001719,\n+ 0.0000003092, 0.0000001622, 0.0000002294},\n+ {0.0000337803, 0.0000404714, 0.0000284070, 0.0000198125, 0.0000183754, 0.0000174965, 0.0000126377,\n+ 0.0000121499, 0.0000086656, 0.0000051637, 0.0000063642, 0.0000036800, 0.0000027442, 0.0000046261,\n+ 0.0000027739, 0.0000020991, 0.0000027411, 0.0000015953, 0.0000016454, 0.0000010057, 0.0000013415,\n+ 0.0000010441, 0.0000008211, 0.0000011139, 0.0000004134, 0.0000004295, 0.0000005796, 0.0000003604,\n+ 0.0000004939, 0.0000003153, 0.0000004360, 0.0000004611, 0.0000003900, 0.0000005448, 0.0000003467,\n+ 0.0000004915, 0.0000002450, 0.0000002082, 0.0000002350, 0.0000002486, 0.0000002168, 0.0000002377,\n+ 0.0000001597, 0.0000002236, 0.0000001948},\n+ {0.0000513067, 0.0000471119, 0.0000328458, 0.0000132586, 0.0000211621, 0.0000154592, 0.0000085830,\n+ 0.0000106377, 0.0000060140, 0.0000058815, 0.0000073820, 0.0000042029, 0.0000054567, 0.0000041212,\n+ 0.0000018646, 0.0000023994, 0.0000014275, 0.0000018493, 0.0000011151, 0.0000011543, 0.0000009245,\n+ 0.0000012066, 0.0000007246, 0.0000007519, 0.0000004803, 0.0000008191, 0.0000005011, 0.0000004138,\n+ 0.0000004368, 0.0000003569, 0.0000006387, 0.0000005261, 0.0000004315, 0.0000002781, 0.0000003871,\n+ 0.0000001946, 0.0000003503, 0.0000002314, 0.0000002482, 0.0000002172, 0.0000003055, 0.0000001223,\n+ 0.0000002858, 0.0000001905, 0.0000002117},\n+ {0.0000450816, 0.0000408154, 0.0000282845, 0.0000155178, 0.0000138761, 0.0000175937, 0.0000098262,\n+ 0.0000121258, 0.0000069414, 0.0000066229, 0.0000029233, 0.0000048194, 0.0000037116, 0.0000036148,\n+ 0.0000027563, 0.0000016149, 0.0000009741, 0.0000012561, 0.0000012827, 0.0000016831, 0.0000010254,\n+ 0.0000010378, 0.0000014009, 0.0000008403, 0.0000008877, 0.0000009243, 0.0000009675, 0.0000003626,\n+ 0.0000004818, 0.0000003920, 0.0000003302, 0.0000004548, 0.0000002250, 0.0000003083, 0.0000003321,\n+ 0.0000003601, 0.0000001838, 0.0000002508, 0.0000001319, 0.0000003035, 0.0000000966, 0.0000001703,\n+ 0.0000002389, 0.0000002086, 0.0000000873},\n+ {0.0000516615, 0.0000359046, 0.0000250255, 0.0000176967, 0.0000162043, 0.0000117023, 0.0000111500,\n+ 0.0000083372, 0.0000080845, 0.0000057760, 0.0000057683, 0.0000042198, 0.0000042307, 0.0000031731,\n+ 0.0000018613, 0.0000018786, 0.0000018362, 0.0000018880, 0.0000011419, 0.0000019392, 0.0000015208,\n+ 0.0000005532, 0.0000005717, 0.0000005781, 0.0000007821, 0.0000004847, 0.0000005016, 0.0000004026,\n+ 0.0000005570, 0.0000007553, 0.0000003651, 0.0000002375, 0.0000004137, 0.0000004454, 0.0000003721,\n+ 0.0000003077, 0.0000002562, 0.0000001692, 0.0000001437, 0.0000003380, 0.0000001705, 0.0000002396,\n+ 0.0000001596, 0.0000002284, 0.0000001911},\n+ {0.0000345441, 0.0000316241, 0.0000286584, 0.0000206648, 0.0000186795, 0.0000136872, 0.0000097047,\n+ 0.0000096665, 0.0000091419, 0.0000067531, 0.0000038985, 0.0000048445, 0.0000028978, 0.0000037146,\n+ 0.0000021550, 0.0000021547, 0.0000016273, 0.0000009960, 0.0000012967, 0.0000013308, 0.0000008052,\n+ 0.0000010640, 0.0000008348, 0.0000008528, 0.0000008847, 0.0000003357, 0.0000004374, 0.0000005905,\n+ 0.0000002889, 0.0000005062, 0.0000005427, 0.0000003357, 0.0000003624, 0.0000002976, 0.0000004179,\n+ 0.0000002635, 0.0000003711, 0.0000001854, 0.0000003373, 0.0000001698, 0.0000002400, 0.0000001599,\n+ 0.0000001739, 0.0000001177, 0.0000002124},\n+ {0.0000408929, 0.0000365974, 0.0000338537, 0.0000239837, 0.0000219789, 0.0000159079, 0.0000148083,\n+ 0.0000064093, 0.0000047381, 0.0000060372, 0.0000058068, 0.0000056862, 0.0000032968, 0.0000024911,\n+ 0.0000024593, 0.0000019073, 0.0000019128, 0.0000019005, 0.0000014645, 0.0000009027, 0.0000008974,\n+ 0.0000012109, 0.0000007360, 0.0000005796, 0.0000007748, 0.0000003802, 0.0000005085, 0.0000004071,\n+ 0.0000004279, 0.0000004439, 0.0000003642, 0.0000002963, 0.0000003129, 0.0000003366, 0.0000003574,\n+ 0.0000001793, 0.0000001519, 0.0000002667, 0.0000001760, 0.0000002482, 0.0000001261, 0.0000002263,\n+ 0.0000001493, 0.0000002143, 0.0000000869},\n+ {0.0000460894, 0.0000423271, 0.0000297879, 0.0000205531, 0.0000193030, 0.0000178901, 0.0000130914,\n+ 0.0000096919, 0.0000091541, 0.0000052562, 0.0000039234, 0.0000038485, 0.0000029218, 0.0000028777,\n+ 0.0000021609, 0.0000021577, 0.0000022213, 0.0000012807, 0.0000010154, 0.0000007967, 0.0000006264,\n+ 0.0000008077, 0.0000006542, 0.0000006707, 0.0000006786, 0.0000005617, 0.0000004357, 0.0000005927,\n+ 0.0000004775, 0.0000003001, 0.0000003137, 0.0000002632, 0.0000002739, 0.0000002881, 0.0000003141,\n+ 0.0000002009, 0.0000002152, 0.0000003873, 0.0000001959, 0.0000001287, 0.0000002305, 0.0000001938,\n+ 0.0000002115, 0.0000003004, 0.0000001533}\n+};\n+\n+const static float Bij[AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII][AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII] = {\n+ {-1.20, -1.05, -1.30, -1.15, -1.00, -0.85, -0.90, -0.75, -1.20, -1.05, -0.90, -0.95, -0.80, -0.65, -0.70,\n+ -0.75, -0.60, -0.45, -0.50, -0.75, -0.40, -0.25, -0.30, -0.15, -0.20, -0.25, 0.10, 0.05, 0.20,-0.05,\n+ 0.30, 0.25, 0.40, 0.15, 0.10, 0.25, 0.60, 0.55, 0.70, 0.45, 0.80, 0.55, 0.90, 0.65, 1.00},\n+ {-1.25, -1.10, -0.95, -1.40, -1.05, -1.10, -0.95, -0.80, -0.85, -0.70, -0.55, -1.00, -0.65, -0.70, -0.95,\n+ -0.60, -0.65, -0.70, -0.55, -0.60, -0.45, -0.10, -0.15, 0.00, -0.05, 0.10, 0.05, 0.20, 0.15, 0.10,\n+ 0.25, 0.00, 0.15, -0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.50, 0.65, 0.40, 0.75, 0.70, 0.85, 0.60, 0.95},\n+ {-1.30, -1.15, -1.00, -1.05, -0.90, -0.95, -1.20, -0.85, -0.90, -0.95, -0.80, -0.65, -0.70, -0.75, -0.40,\n+ -0.65, -0.30, -0.35, -0.60, -0.45, -0.50, -0.35, -0.20, -0.25, -0.10, 0.05, 0.00, 0.15, -0.10,0.25,\n+ 0.00, 0.35, 0.10, 0.45, 0.40, 0.55, 0.30, 0.65, 0.60, 0.75, 0.50, 0.85, 0.80, 0.95, 0.70},\n+ {-1.15, -1.40, -1.05, -0.90, -1.15, -0.80, -1.05, -0.90, -0.95, -0.60, -0.85, -0.70, -0.75, -0.40, -0.45,\n+ -0.30, -0.35, -0.40, -0.25, -0.30, -0.15, -0.40, -0.05, -0.30, -0.15, -0.20, -0.05, 0.10, 0.25,0.00,\n+ 0.35, 0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.30, 0.45, 0.40, 0.75, 0.50, 0.65, 0.80, 0.75, 0.90, 0.65},\n+ {-1.00, -1.25, -0.90, -1.15, -1.00, -0.85, -0.90, -0.75, -0.60, -0.85, -0.50, -0.95, -0.80, -0.65, -0.70,\n+ -0.55, -0.60, -0.25, -0.50, -0.35, -0.40, -0.05, -0.10, 0.05, -0.20, 0.15, -0.10, 0.05, 0.00,0.15,\n+ 0.10, 0.25, 0.40, 0.35, 0.50, 0.45, 0.60, 0.55, 0.70, 0.45, 0.80, 0.75, 0.90, 0.65, 1.00},\n+ {-0.85, -1.10, -1.15, -1.00, -0.85, -0.90, -0.95, -0.80, -0.65, -0.50, -0.55, -0.60, -0.65, -0.50, -0.55,\n+ -0.40, -0.25, -0.50, -0.15, -0.60, -0.05, -0.30, -0.15, 0.00, -0.05, 0.10, 0.05, 0.20, 0.15, 0.30,\n+ 0.05, 0.40, 0.35, 0.50, 0.45, 0.60, 0.55, 0.70, 0.45, 0.80, 0.75, 0.90, 0.85, 1.00, 0.75},\n+ {-0.90, -1.15, -1.00, -1.05, -0.90, -0.55, -0.60, -0.45, -0.70, -0.55, -0.60, -0.65, -0.50, -0.35, -0.40,\n+ -0.25, -0.50, -0.35, -0.20, -0.05, -0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.30, 0.25, 0.40, 0.15, 0.30, -0.15,\n+ 0.40, 0.55, 0.50, 0.25, 0.60, 0.55, 0.90, 0.45, 0.60, 0.75, 0.70, 0.85, 1.00, 0.95, 0.90},\n+ {-1.15, -1.00, -1.25, -0.90, -0.75, -0.80, -0.45, -0.50, -0.95, -0.40, -0.45, -0.70, -0.55, -0.40, -0.45,\n+ -0.30, -0.15, -0.20, -0.45, -0.10, -0.15, -0.20, -0.05, 0.10, 0.05, 0.20, 0.15, 0.10, 0.05, 0.40,\n+ 0.35, 0.50, 0.45, 0.20, 0.55, 0.50, 0.45, 0.20, 0.75, 0.70, 0.85, 0.80, 0.95, 1.10, 1.05},\n+ {-1.00, -0.85, -0.90, -0.75, -0.80, -0.85, -0.90, -0.55, -0.60, -0.45, -0.50, -0.35, -0.40, -0.65, -0.30,\n+ -0.35, 0.00, -0.25, 0.10, -0.35, 0.00, -0.05, -0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.15,\n+ 0.30, 0.45, 0.00, 0.55, 0.70, 0.65, 0.80, 0.75, 0.90, 1.05, 1.00, 1.15, 1.10, 1.25, 1.00},\n+ {-1.05, -1.10, -0.75, -0.60, -0.65, -0.70, -0.95, -0.60, -0.45, -0.70, -0.55, -0.20, -0.45, -0.30, -0.35,\n+ -0.20, -0.25, -0.10, 0.05, 0.00, -0.05, 0.30, 0.25, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.55, 0.50,\n+ 0.45, 0.20, 0.75, 0.30, 0.85, 0.60, 0.55, 0.70, 0.85, 0.80, 0.75, 0.90, 1.05, 1.00, 1.35},\n+ {-1.10, -0.75, -0.80, -0.65, -0.50, -0.75, -0.60, -0.45, -0.70, -0.55, -0.40, -0.65, -0.30, -0.15, -0.20,\n+ -0.25, -0.30, -0.15, -0.20, -0.05, -0.10, 0.05, 0.20, 0.15, 0.30, 0.05, 0.20, 0.55, 0.30, 0.45,\n+ 0.40, 0.55, 0.50, 0.65, 0.60, 0.55, 0.90, 0.65, 1.00, 0.95, 0.90, 0.65, 1.00, 0.75, 1.10},\n+ {-0.75, -1.00, -0.65, -0.50, -0.75, -0.60, -0.65, -0.30, -0.35, -0.20, -0.65, -0.50, -0.55, -0.20, -0.05,\n+ 0.10, -0.15, -0.20, -0.25, -0.10, -0.15, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.30, 0.25, 0.40,\n+ 0.55, 0.70, 0.45, 0.60, 0.55, 0.90, 0.85, 1.00, 0.75, 1.10, 1.05, 1.20, 1.15, 1.30, 1.05},\n+ {-0.80, -0.65, -0.70, -0.75, -0.60, -0.65, -0.50, -0.55, -0.40, -0.65, -0.30, -0.55, -0.40, -0.45,-0.10,\n+ -0.35, 0.00, 0.15, 0.10, 0.05, -0.20, 0.35, -0.10, 0.05, 0.20, 0.35, 0.50, 0.45, 0.40,0.75,\n+ 0.50, 0.85, 0.60, 0.55, 0.70, 0.85, 1.00, 0.75, 1.10, 1.05, 1.00, 1.15, 0.90, 1.05, 1.00},\n+ {-0.85, -0.70, -0.95, -0.60, -0.85, -0.50, -0.75, -0.40, -0.25, -0.30, -0.15, -0.20, -0.25, -0.10, 0.05,\n+ -0.20, -0.05, 0.10, 0.05, -0.40, 0.35, 0.30, 0.45, 0.20, -0.05, 0.10, 0.25, 0.40, 0.35, 0.50,\n+ 0.65, 1.00, 0.75, 0.90, 0.65, 0.20, 0.75, 0.70, 0.85, 1.00, 0.95, 1.10, 1.25, 1.20, 1.35},\n+ {-0.70, -0.95, -0.60, -0.65, -0.50, -0.55, -0.40, -0.25, -0.30, -0.15, -0.20, -0.05, -0.30, 0.05, 0.20,\n+ -0.05, -0.30, 0.05, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.10, 0.45, 0.60, 0.55, 0.50, 0.25,\n+ 0.20,0.55, 0.70, 0.85, 0.80, 1.15, 0.90, 1.25, 0.80, 0.95, 0.90, 1.05, 1.00, 1.55, 0.90},\n+ {-0.35, -0.80, -0.45, -0.50, -0.35, -0.40, -0.25, -0.50, -0.15, -0.20, -0.05, -0.50, -0.15, -0.40, -0.05,\n+ -0.10, 0.25, 0.20, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.30, 0.45, 0.40, 0.35, 0.70, 0.65, 0.40,\n+ 0.75,0.50, 0.65, 0.60, 0.95, 0.90, 1.05, 1.00, 1.15, 0.70, 1.25, 1.00, 0.95, 1.10, 1.05},\n+ {-0.40, -0.45, -0.50, -0.35, -0.60, -0.45, -0.50, -0.15, 0.00, -0.25, -0.30, -0.15, -0.40, -0.05, 0.10,\n+ 0.25, 0.40, 0.15, 0.10, 0.05, 0.40, -0.05, 0.10, 0.25, 0.40, 0.35, 0.50, 0.45, 0.60, 0.75,\n+ 0.90,0.85, 0.60, 0.95, 0.70, 1.05, 0.80, 0.95, 0.90, 1.05, 1.20, 1.15, 1.30, 1.25, 1.40},\n+ {-0.45, -0.30, -0.35, -0.40, -0.25, -0.10, -0.35, -0.20, -0.25, -0.30, -0.15, 0.00, -0.05, 0.10, 0.25,\n+ 0.20, 0.15, 0.30, 0.05, 0.20, 0.35, 0.50, 0.65, 0.20, 0.55, 0.50, 0.85, 0.40, 0.75, 0.50,\n+ 0.65,0.60, 0.75, 0.90, 1.05, 1.20, 0.95, 1.30, 1.05, 1.00, 0.95, 1.30, 1.25, 1.40, 0.95},\n+ {-0.30, -0.35, -0.40, -0.45, -0.30, -0.35, -0.20, -0.45, -0.10, 0.05, 0.20, -0.05, -0.10, -0.15, 0.20,\n+ 0.15, 0.10, 0.05, 0.60, 0.35, 0.50, 0.25, 0.40, 0.55, 0.70, 0.65, 0.80, 0.55, 0.70, 1.05,\n+ 1.00,0.55, 0.90, 1.05, 1.20, 0.75, 1.10, 0.85, 1.40, 1.35, 1.50, 1.05, 1.20, 1.15, 1.30},\n+ {-0.55, -0.40, -0.65, -0.30, -0.35, -0.20, -0.25, -0.10, -0.35, 0.00, -0.05, 0.10, 0.05, 0.00, -0.25,\n+ 0.30,0.25, 0.20, 0.35, -0.10, 0.25, 0.40, 0.55, 0.70, 0.65, 0.60, 0.75, 0.90, 0.65, 0.40,\n+ 0.95,0.70, 1.05, 1.00, 1.15, 0.90, 1.05, 1.00, 0.75, 1.30, 1.25, 1.60, 1.35, 1.10, 1.45},\n+ {-0.40, -0.45, -0.70, -0.15, -0.20, -0.05, 0.10, -0.35, 0.00, 0.15, -0.10, 0.25, 0.00, 0.35, 0.30,\n+ 0.25,0.20, 0.55, 0.50, 0.45, 0.20, 0.75, 0.50, 0.65, 0.60, 0.75, 0.50, 0.85, 0.80, 0.95,\n+ 1.10, 1.05,1.00, 1.15, 1.10, 1.05, 1.20, 0.95, 1.10, 1.25, 1.20, 1.35, 1.30, 1.45, 1.40},\n+ {-0.25, -0.10, -0.15, -0.40, -0.45, -0.30, 0.05, -0.20, 0.15, 0.10, 0.05, 0.00, 0.35, 0.10, 0.45,\n+ 0.20,0.35,0.10, 0.25, 0.40, 0.55, 0.30, 0.65, 0.20, 0.35, 0.30, 0.65, 0.60, 0.75, 0.90,\n+ 0.85, 1.00,0.95, 1.30, 1.05, 1.20, 1.15, 1.10, 1.05, 1.20, 1.35, 1.30, 1.45, 1.40, 1.75},\n+ {-0.30, -0.15, -0.20, -0.25, 0.10, -0.35, -0.20, 0.15, -0.10, 0.05, 0.40, 0.15, 0.10, 0.45, 0.00,\n+ 0.35,0.10, 0.45, 0.60, 0.55, 0.50, 0.65, 0.20, 0.35, 0.90, 0.45, 0.60, 0.35, 0.90, 0.65,\n+ 0.60, 0.95,1.10, 1.25, 1.00, 1.15, 1.30, 1.45, 1.00, 1.15, 1.50, 1.65, 1.20, 1.35, 1.30},\n+ {-0.15, -0.20, -0.05, -0.10, -0.15, -0.40, -0.05, 0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.30, 0.25, 0.20, 0.55,\n+ 0.50,0.45, 0.20, 0.15, 0.70, 0.45, 0.60, 0.35, 0.90, 0.65, 0.80, 0.55, 0.50, 0.45, 0.80,\n+ 0.95, 0.90,1.05, 1.00, 0.95, 1.10, 1.25, 1.40, 1.35, 1.30, 1.45, 1.20, 1.55, 1.70, 1.65},\n+ {0.00, -0.25, -0.10, -0.15, 0.00, -0.05, -0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.30, 0.25, 0.20, 0.15, 0.50,\n+ 0.45,0.20, 0.35, 0.70, 0.45, 0.40, 0.35, 0.70, 0.65, 0.80, 0.75, 0.90, 0.65, 1.00, 0.95,\n+ 1.30, 1.25,1.00, 1.35, 0.90, 1.25, 1.00, 1.35, 1.30, 1.45, 1.40, 1.55, 1.70, 1.25, 1.60},\n+ {-0.25, -0.10, -0.15, 0.00, 0.15, 0.10, -0.15, 0.20, 0.15, 0.10, 0.05, 0.40, 0.35, 0.50, 0.05,\n+ 0.00,0.35, 0.50, 0.25, 0.60, 0.35, 0.50, 0.65, 1.00, 0.95, 0.90, 0.85, 0.80, 1.15, 1.10,\n+ 1.25, 1.40,1.15, 0.90, 1.05, 1.60, 1.55, 1.10, 1.25, 1.60, 1.35, 1.30, 1.45, 1.60, 1.55},\n+ {-0.10, -0.15, 0.00, -0.05, 0.10, -0.15, 0.00, 0.35, 0.30, 0.05, 0.20, 0.55, 0.30, 0.65, 0.60,\n+ 0.15, 0.50,0.25, 0.60, 0.55, 0.90, 0.85, 0.60, 0.55, 0.70, 1.05, 0.80, 0.95, 0.90, 1.05,\n+ 1.00, 1.15, 1.30,1.25, 1.20, 1.55, 0.90, 1.45, 1.40, 1.35, 1.90, 1.45, 1.60, 1.55, 1.50},\n+ {0.05, 0.00, 0.15, 0.10, -0.15, 0.20, 0.35, 0.10, 0.45, 0.20, 0.15, 0.30, 0.05, 0.40, 0.15,\n+ 0.70, 0.45,0.40, 0.75, 0.50, 0.85, 0.60, 0.75, 0.90, 1.05, 1.20, 1.15, 0.90, 1.25, 1.00,\n+ 0.95, 1.10, 1.25,1.00, 1.15, 1.10, 1.25, 1.60, 1.15, 1.30, 1.25, 1.20, 1.75, 1.50, 1.65},\n+ {0.20, 0.15, -0.10, -0.15, 0.00, 0.15, 0.10, 0.45, 0.20, 0.35, 0.10, 0.45, 0.40, 0.35, 0.30,\n+ 0.65, 0.40,0.35, 0.70, 0.85, 0.60, 0.55, 0.50, 0.85, 1.20, 0.95, 0.50, 0.85, 1.20, 1.35,\n+ 0.90, 1.05, 1.40,1.35, 1.50, 1.25, 1.40, 1.55, 1.70, 1.05, 1.60, 1.75, 1.70, 1.65, 1.80},\n+ {0.15, 0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.60, 0.35, 0.30, 0.05, 0.60, 0.55, 0.30, 0.25,\n+ 0.40, 0.55,0.50, 0.85, 0.40, 0.75, 1.10, 1.05, 0.40, 0.95, 0.70, 0.85, 1.00, 0.95, 1.30,\n+ 1.05, 1.40, 1.35,1.70, 1.45, 1.40, 1.35, 1.50, 1.45, 1.60, 1.55, 1.70, 1.85, 2.00, 1.75},\n+ {0.10, 0.05, 0.00, 0.15, 0.10, 0.25, 0.20, 0.35, 0.10, 0.45, 0.60, 0.55, 0.10, 0.65, 0.80,\n+ 0.75, 0.30,0.65, 0.40, 0.75, 1.10, 0.85, 0.40, 0.75, 0.70, 0.85, 1.20, 0.95, 1.30, 1.25,\n+ 1.40, 0.95, 1.50,0.85, 1.60, 1.75, 1.70, 0.65, 1.60, 1.55, 1.50, 1.65, 1.80, 1.75, 1.90},\n+ {0.05, 0.20, 0.15, 0.30, 0.25, 0.40, 0.35, 0.50, 0.65, 0.20, 0.55, 0.30, 0.45, 0.40, 0.55,\n+ 0.90, 0.85,0.40, 0.55, 0.90, 0.65, 0.80, 0.95, 1.10, 1.45, 1.40, 0.95, 1.10, 1.05, 1.00,\n+ 1.35, 1.30, 1.05,1.40, 1.75, 1.30, 1.65, 1.40, 1.75, 1.50, 2.05, 1.60, 2.15, 1.90, 1.65},\n+ {0.20, 0.15, 0.30, 0.25, 0.40, 0.35, 0.30, 0.25, 0.60, 0.35, 0.70, 0.85, 0.20, 0.95, 0.70,\n+ 0.65, 0.80,0.55, 0.90, 0.85, 1.00, 0.95, 0.90, 1.05, 1.20, 1.35, 1.10, 1.25, 0.80, 1.55,\n+ 1.30, 1.25, 1.20,1.95, 1.50, 1.45, 1.20, 1.95, 1.30, 1.85, 1.40, 1.95, 1.50, 1.85, 1.80},\n+ {0.35, 0.50, 0.45, 0.40, 0.55, 0.50, 0.45, 0.60, 0.55, 0.50, 0.45, 0.60, 0.55, 0.70, 0.85,\n+ 0.80, 0.75,0.70, 1.05, 1.00, 0.55, 0.90, 1.25, 1.00, 1.35, 1.10, 1.45, 1.00, 1.75, 1.50,\n+ 1.45, 1.40, 1.75,1.30, 1.25, 1.60, 1.95, 1.10, 1.85, 2.00, 1.95, 2.10, 1.85, 2.20, 2.15},\n+ {0.30, 0.45, 0.40, 0.15, 0.50, 0.65, 0.40, 0.35, 0.50, 0.85, 0.80, 0.75, 0.70, 0.85, 0.80,\n+ 0.95, 0.70,1.05, 0.80, 1.15, 0.90, 1.05, 1.00, 1.35, 0.90, 1.05, 1.00, 1.35, 1.10, 1.45,\n+ 1.40, 1.75, 1.70,1.65, 1.40, 1.35, 1.30, 1.85, 2.20, 1.55, 1.90, 1.85, 2.00, 1.55, 2.10},\n+ {0.45, 0.20, 0.15, 0.30, 0.45, 0.40, 0.55, 0.50, 0.65, 0.60, 0.75, 0.70, 0.85, 0.60, 0.95,\n+ 0.70, 1.05,0.80, 0.95, 0.90, 1.05, 0.80, 1.15, 1.10, 1.25, 1.60, 0.75, 1.10, 1.25, 1.40,\n+ 1.55, 1.70, 1.45,1.60, 1.75, 1.90, 1.65, 1.80, 2.15, 2.10, 1.45, 2.00, 1.75, 1.90, 1.85},\n+ {0.20, 0.35, 0.30, 0.45, 0.40, 0.55, 0.50, 0.45, 0.80, 0.75, 0.50, 0.85, 1.00, 0.75, 0.50,\n+ 0.85, 1.20,1.15, 1.10, 1.05, 0.80, 1.15, 0.70, 1.25, 1.40, 1.15, 1.70, 1.45, 1.60, 1.35,\n+ 1.50, 1.45, 1.80,1.55, 1.90, 1.45, 2.00, 2.15, 2.10, 1.45, 1.60, 1.75, 1.90, 2.25, 1.80},\n+ {0.35, 0.50, 0.45, 0.60, 0.55, 0.70, 0.65, 0.40, 0.75, 0.70, 1.05, 0.60, 0.75, 0.70, 0.85,\n+ 1.00, 0.95,0.70, 1.05, 1.00, 1.35, 1.30, 1.25, 1.40, 1.15, 1.50, 1.25, 1.60, 1.55, 1.50,\n+ 1.45, 1.80, 1.35,1.90, 1.85, 1.80, 1.95, 1.70, 1.65, 1.60, 1.75, 1.70, 2.25, 1.80, 2.15},\n+ {0.30, 0.65, 0.60, 0.55, 0.70, 0.85, 0.80, 0.95, 0.90, 0.65, 1.00, 0.75, 0.70, 1.25, 1.00,\n+ 0.95, 1.30,1.05, 1.20, 0.95, 1.30, 1.25, 1.20, 1.55, 0.90, 1.05, 1.40, 1.15, 1.50, 1.25,\n+ 1.60, 1.75, 1.70,2.05, 1.80, 2.15, 1.70, 1.65, 1.80, 1.95, 1.90, 2.05, 1.80, 2.15, 2.10},\n+ {0.65, 0.80, 0.75, 0.30, 0.85, 0.80, 0.55, 0.90, 0.65, 0.80, 1.15, 0.90, 1.25, 1.20, 0.75,\n+ 1.10, 0.85,1.20, 0.95, 1.10, 1.05, 1.40, 1.15, 1.30, 1.05, 1.60, 1.35, 1.30, 1.45, 1.40,\n+ 1.95, 1.90, 1.85,1.60, 1.95, 1.50, 2.05, 1.80, 1.95, 1.90, 2.25, 1.60, 2.35, 2.10, 2.25},\n+ {0.60, 0.75, 0.70, 0.45, 0.60, 0.95, 0.70, 1.05, 0.80, 0.95, 0.50, 1.05, 1.00, 1.15, 1.10,\n+ 0.85, 0.60,0.95, 1.10, 1.45, 1.20, 1.35, 1.70, 1.45, 1.60, 1.75, 1.90, 1.25, 1.60, 1.55,\n+ 1.50, 1.85, 1.40,1.75, 1.90, 2.05, 1.60, 1.95, 1.50, 2.25, 1.40, 1.95, 2.30, 2.25, 1.60},\n+ {0.75, 0.70, 0.65, 0.60, 0.75, 0.70, 0.85, 0.80, 0.95, 0.90, 1.05, 1.00, 1.15, 1.10, 0.85,\n+ 1.00, 1.15,1.30, 1.05, 1.60, 1.55, 0.90, 1.05, 1.20, 1.55, 1.30, 1.45, 1.40, 1.75, 2.10,\n+ 1.65, 1.40, 1.95,2.10, 2.05, 2.00, 1.95, 1.70, 1.65, 2.40, 1.95, 2.30, 2.05, 2.40, 2.35},\n+ {0.50, 0.65, 0.80, 0.75, 0.90, 0.85, 0.80, 0.95, 1.10, 1.05, 0.80, 1.15, 0.90, 1.25, 1.00,\n+ 1.15, 1.10,0.85, 1.20, 1.35, 1.10, 1.45, 1.40, 1.55, 1.70, 1.05, 1.40, 1.75, 1.30, 1.85,\n+ 2.00, 1.75, 1.90,1.85, 2.20, 1.95, 2.30, 1.85, 2.40, 1.95, 2.30, 2.05, 2.20, 1.95, 2.50},\n+ {0.65, 0.80, 0.95, 0.90, 1.05, 1.00, 1.15, 0.70, 0.65, 1.00, 1.15, 1.30, 1.05, 1.00, 1.15,\n+ 1.10, 1.25,1.40, 1.35, 1.10, 1.25, 1.60, 1.35, 1.30, 1.65, 1.20, 1.55, 1.50, 1.65, 1.80,\n+ 1.75, 1.70, 1.85,2.00, 2.15, 1.70, 1.65, 2.20, 1.95, 2.30, 1.85, 2.40, 2.15, 2.50, 1.85},\n+ {0.80, 0.95, 0.90, 0.85, 1.00, 1.15, 1.10, 1.05, 1.20, 0.95, 0.90, 1.05, 1.00, 1.15, 1.10,\n+ 1.25, 1.40,1.15, 1.10, 1.05, 1.00, 1.35, 1.30, 1.45, 1.60, 1.55, 1.50, 1.85, 1.80, 1.55,\n+ 1.70, 1.65, 1.80,1.95, 2.10, 1.85, 2.00, 2.55, 2.10, 1.85, 2.40, 2.35, 2.50, 2.85, 2.40}\n+};\n+\n+static void getBounds(double rho, int& below, int& above) {\n+ double calculateIndex = (rho - MINIMUM_RADIUS) / SPACING;\n+ below = (int) floor(calculateIndex);\n+ above = below + 1;\n+ if (above >= AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII) {\n+ // Extrapolate up from the top table values.\n+ below = AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII - 1;\n+ above = AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::NUM_NECK_RADII - 2;\n+ } else if (below < 0) {\n+ // If below is less than 0, extrapolate down from the bottom table values.\n+ below = 0;\n+ above = 1;\n+ }\n+}\n+\n+static double interpolate2D(double x1, double x2, double y1, double y2, double x, double y,\n+ double fx1y1, double fx2y1, double fx1y2, double fx2y2) {\n+ double fxy1 = (x2 - x) / (x2 - x1) * fx1y1 + (x - x1) / (x2 - x1) * fx2y1;\n+ double fxy2 = (x2 - x) / (x2 - x1) * fx1y2 + (x - x1) / (x2 - x1) * fx2y2;\n+\n+ return (y2 - y) / (y2 - y1) * fxy1 + (y - y1) / (y2 - y1) * fxy2;\n+}\n+\n+void AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getNeckConstants(double radius, double radiusK, double &aij, double &bij) {\n+ // Convert the radii values from nm to A.\n+ radius = radius * 10.0;\n+ radiusK = radiusK * 10.0;\n+\n+ // Determine low and high values for integration\n+ int lowI, highI, lowJ, highJ;\n+ getBounds(radius, lowI, highI);\n+ getBounds(radiusK, lowJ, highJ);\n+\n+ // Interpolate/Extrapolate Aij and Bij constant values\n+ aij = interpolate2D(NECK_RADII[lowI], NECK_RADII[highI], NECK_RADII[lowJ], NECK_RADII[highJ],\n+ radius, radiusK, Aij[lowI][lowJ], Aij[highI][lowJ], Aij[lowI][highJ], Aij[highI][highJ]);\n+\n+ bij = interpolate2D(NECK_RADII[lowI], NECK_RADII[highI], NECK_RADII[lowJ], NECK_RADII[highJ],\n+ radius, radiusK, Bij[lowI][lowJ], Bij[highI][lowJ], Bij[lowI][highJ], Bij[highI][highJ]);\n+\n+ // Never let Aij be negative.\n+ if (aij < 0.0) {\n+ aij = 0.0;\n+ }\n+\n+ // Convert aij from Ang(-11) to nm(-11)\n+ aij = aij * 1.0e11;\n+ // Convert bij from A to nm.\n+ bij = bij * 0.1;\n+}\n+\n+double AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::neckDescreen(double r, double radius, double radiusK, double sneck) {\n+\n+ // Radius of water in nm.\n+ double radiusWater = 0.14;\n+\n+ // If atoms are too widely separated there is no neck formed.\n+ if (r > radius + radiusK + 2.0 * radiusWater) {\n+ return 0.0;\n+ }\n+\n+ // Get Aij and Bij based on parameterization by Corrigan et al.\n+ double aij, bij;\n+ getNeckConstants(radius, radiusK, aij, bij);\n+ double rMinusBij = r - bij;\n+ double radiiMinusr = radius + radiusK + 2.0 * radiusWater - r;\n+ double power1 = rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij;\n+ double power2 = radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr;\n+\n+ // Use Aij and Bij to get neck integral using Equations 13 and 14 from Aguilar/Onufriev 2010 paper\n+ // Sneck may be based on the number of heavy atoms bound to the atom being descreened.\n+ double neckIntegral = 4.0 * M_PI / 3.0 * sneck * aij * power1 * power2;\n+\n+ return neckIntegral;\n+}\n+\n+/**\n+ * The array of neck tabulated radii values.\n+ */\n+const std::vector<float>& AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getNeckRadii() {\n+ return NECK_RADII;\n+}\n+\n+/**\n+ * The tabulated Aij parameters.\n+ */\n+const float (&AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getAij())[NUM_NECK_RADII][NUM_NECK_RADII] {\n+ return Aij;\n+}\n+\n+/**\n+ * The tabulated Bij parameters.\n+ */\n+const float (&AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getBij())[NUM_NECK_RADII][NUM_NECK_RADII] {\n+ return Bij;\n+}\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForce.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForce.cpp\nindex 70046d6b3f..6bc089b3d8 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForce.cpp\n@@ -44,23 +44,23 @@ AmoebaVdwForce::AmoebaVdwForce() : nonbondedMethod(NoCutoff), potentialFunction(\n useTypes(false), alchemicalMethod(None), n(5), alpha(0.7) {\r\n }\r\n \r\n-int AmoebaVdwForce::addParticle(int parentIndex, double sigma, double epsilon, double reductionFactor, bool isAlchemical) {\r\n+int AmoebaVdwForce::addParticle(int parentIndex, double sigma, double epsilon, double reductionFactor, bool isAlchemical, double scaleFactor) {\r\n if (useTypes)\r\n throw OpenMMException(\"AmoebaVdwForce: must use the same version of addParticle() for all particles\");\r\n- parameters.push_back(VdwInfo(parentIndex, sigma, epsilon, -1, reductionFactor, isAlchemical));\r\n+ parameters.push_back(VdwInfo(parentIndex, sigma, epsilon, -1, reductionFactor, isAlchemical, scaleFactor));\r\n return parameters.size()-1;\r\n }\r\n \r\n-int AmoebaVdwForce::addParticle(int parentIndex, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical) {\r\n+int AmoebaVdwForce::addParticle(int parentIndex, int typeIndex, double reductionFactor, bool isAlchemical, double scaleFactor) {\r\n if (parameters.size() > 0 && !useTypes)\r\n throw OpenMMException(\"AmoebaVdwForce: must use the same version of addParticle() for all particles\");\r\n useTypes = true;\r\n- parameters.push_back(VdwInfo(parentIndex, 1.0, 0.0, typeIndex, reductionFactor, isAlchemical));\r\n+ parameters.push_back(VdwInfo(parentIndex, 1.0, 0.0, typeIndex, reductionFactor, isAlchemical, scaleFactor));\r\n return parameters.size()-1;\r\n }\r\n \r\n-void AmoebaVdwForce::getParticleParameters(int particleIndex, int& parentIndex,\r\n- double& sigma, double& epsilon, double& reductionFactor, bool& isAlchemical, int& typeIndex) const {\r\n+void AmoebaVdwForce::getParticleParameters(int particleIndex, int& parentIndex,double& sigma, double& epsilon, double& reductionFactor,\r\n+ bool& isAlchemical, int& typeIndex, double& scaleFactor) const {\r\n ASSERT_VALID_INDEX(particleIndex, parameters);\r\n parentIndex = parameters[particleIndex].parentIndex;\r\n sigma = parameters[particleIndex].sigma;\r\n@@ -68,10 +68,11 @@ void AmoebaVdwForce::getParticleParameters(int particleIndex, int& parentIndex,\n reductionFactor = parameters[particleIndex].reductionFactor;\r\n isAlchemical = parameters[particleIndex].isAlchemical;\r\n typeIndex = parameters[particleIndex].typeIndex;\r\n+ scaleFactor = parameters[particleIndex].scaleFactor;\r\n }\r\n \r\n-void AmoebaVdwForce::setParticleParameters(int particleIndex, int parentIndex,\r\n- double sigma, double epsilon, double reductionFactor, bool isAlchemical, int typeIndex) {\r\n+void AmoebaVdwForce::setParticleParameters(int particleIndex, int parentIndex,double sigma, double epsilon, double reductionFactor,\r\n+ bool isAlchemical, int typeIndex, double scaleFactor) {\r\n ASSERT_VALID_INDEX(particleIndex, parameters);\r\n parameters[particleIndex].parentIndex = parentIndex;\r\n parameters[particleIndex].sigma = sigma;\r\n@@ -79,6 +80,7 @@ void AmoebaVdwForce::setParticleParameters(int particleIndex, int parentIndex,\n parameters[particleIndex].reductionFactor = reductionFactor;\r\n parameters[particleIndex].isAlchemical = isAlchemical;\r\n parameters[particleIndex].typeIndex = typeIndex;\r\n+ parameters[particleIndex].scaleFactor = scaleFactor;\r\n }\r\n \r\n int AmoebaVdwForce::addParticleType(double sigma, double epsilon) {\r\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForceImpl.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForceImpl.cpp\nindex 152abd5d70..cd8ddbe4de 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForceImpl.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaVdwForceImpl.cpp\n@@ -55,9 +55,9 @@ void AmoebaVdwForceImpl::initialize(ContextImpl& context) {\n throw OpenMMException(\"AmoebaVdwForce must have exactly as many particles as the System it belongs to.\");\r\n for (int i = 0; i < owner.getNumParticles(); i++) {\r\n int parentIndex, typeIndex;\r\n- double sigma, epsilon, reductionFactor;\r\n+ double sigma, epsilon, reductionFactor, scaleFactor;\r\n bool isAlchemical;\r\n- owner.getParticleParameters(i, parentIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, isAlchemical, typeIndex);\r\n+ owner.getParticleParameters(i, parentIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, isAlchemical, typeIndex, scaleFactor);\r\n if (sigma < 0)\r\n throw OpenMMException(\"AmoebaVdwForce: sigma for a particle cannot be negative\");\r\n if (owner.getPotentialFunction() == AmoebaVdwForce::Buffered147 && sigma == 0)\r\n@@ -101,11 +101,11 @@ void AmoebaVdwForceImpl::createParameterMatrix(const AmoebaVdwForce& force, vect\n if (force.getUseParticleTypes()) {\r\n // We get the types directly from the particles.\r\n \r\n- double sigma, epsilon, reduction;\r\n+ double sigma, epsilon, reduction, scaleFactor;\r\n int parent;\r\n bool isAlchemical;\r\n for (int i = 0; i < numParticles; i++)\r\n- force.getParticleParameters(i, parent, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type[i]);\r\n+ force.getParticleParameters(i, parent, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type[i], scaleFactor);\r\n numTypes = force.getNumParticleTypes();\r\n typeSigma.resize(numTypes);\r\n typeEpsilon.resize(numTypes);\r\n@@ -117,10 +117,10 @@ void AmoebaVdwForceImpl::createParameterMatrix(const AmoebaVdwForce& force, vect\n \r\n map<pair<double, double>, int> typeForParams;\r\n for (int i = 0; i < numParticles; i++) {\r\n- double sigma, epsilon, reduction;\r\n+ double sigma, epsilon, reduction, scaleFactor;\r\n int parent, typeIndex;\r\n bool isAlchemical;\r\n- force.getParticleParameters(i, parent, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, typeIndex);\r\n+ force.getParticleParameters(i, parent, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, typeIndex, scaleFactor);\r\n pair<double, double> params = make_pair(sigma, epsilon);\r\n map<pair<double, double>, int>::iterator entry = typeForParams.find(params);\r\n if (entry == typeForParams.end()) {\r\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForce.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForce.cpp\nindex bb316da575..1e8d7777d6 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForce.cpp\n@@ -38,14 +38,22 @@\n using namespace OpenMM;\n \n AmoebaWcaDispersionForce::AmoebaWcaDispersionForce() {\n- epso = 0.1100;\n- epsh = 0.0135;\n- rmino = 1.7025;\n- rminh = 1.3275;\n- awater = 0.033428;\n- slevy = 1.0;\n- shctd = 0.81;\n- dispoff = 0.26;\n+ // Amoeba Water '03 vdW parameters (Diameters in Angstroms; Well depth in kcal/mole)\n+ // vdw 1 3.4050 0.1100\n+ // vdw 2 2.6550 0.0135 0.910\n+\n+ // Convert kcal/mol to kJ/mol\n+ epso = 0.1100 * 4.184e0;\n+ epsh = 0.0135 * 4.184e0;\n+ // Convert A to nm.\n+ rmino = 1.7025e-01;\n+ rminh = 1.3275e-01;\n+ dispoff = 1.056e-01;\n+ // Convert water number density from water / A^3 to water / nm^3.\n+ awater = 0.033428e03;\n+ // No units.\n+ slevy = 1.0;\n+ shctd = 0.82;\n }\n \n int AmoebaWcaDispersionForce::addParticle(double radius, double epsilon) {\ndiff --git a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForceImpl.cpp b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForceImpl.cpp\nindex d8448d14e0..0f6549fc75 100644\n--- a/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForceImpl.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/openmmapi/src/AmoebaWcaDispersionForceImpl.cpp\n@@ -61,66 +61,66 @@ double AmoebaWcaDispersionForceImpl::calcForcesAndEnergy(ContextImpl& context, b\n return kernel.getAs<CalcAmoebaWcaDispersionForceKernel>().execute(context, includeForces, includeEnergy);\n return 0.0;\n }\n-void AmoebaWcaDispersionForceImpl::getMaximumDispersionEnergy(const AmoebaWcaDispersionForce& force, int particleIndex, double& maxDispersionEnergy) {\n \n- const double pi = 3.1415926535897;\n+static double tailCorrection(double ri, double eps, double rmin) {\n+ if (ri < rmin) {\n+ double r3 = ri * ri * ri;\n+ double rmin3 = rmin * rmin * rmin;\n+ return -eps * 4.0e0 * M_PI * (rmin3 - r3) / 3.0e0 - eps * M_PI * 18.0e0 * rmin3 / 11.0e0;\n+ } else {\n+ double ri2 = ri * ri;\n+ double ri4 = ri2 * ri2;\n+ double ri7 = ri * ri2 * ri4;\n+ double ri11 = ri7 * ri4;\n+ double rmin2 = rmin * rmin;\n+ double rmin4 = rmin2 * rmin2;\n+ double rmin7 = rmin * rmin2 * rmin4;\n+ return 2.0e0 * M_PI * eps * rmin7 * (2.0e0 * rmin7 - 11.0e0 * ri7) / (11.0e0 * ri11);\n+ }\n+}\n \n- // from last loop in subroutine knp in ksolv.f\n+void AmoebaWcaDispersionForceImpl::getMaximumDispersionEnergy(const AmoebaWcaDispersionForce &force, int particleIndex,\n+ double &maxDispersionEnergy) {\n \n- double rdisp, epsi;\n- force.getParticleParameters(particleIndex, rdisp, epsi);\n- if (epsi <= 0.0 || rdisp <= 0.0) {\n+ // Atom i parameters\n+ double rmini, epsi;\n+ force.getParticleParameters(particleIndex, rmini, epsi);\n+ if (epsi <= 0.0 || rmini <= 0.0) {\n maxDispersionEnergy = 0.0;\n return;\n }\n- double rmini = rdisp;\n- rdisp += force.getDispoff();\n- double epso = force.getEpso();\n- double emixo = std::sqrt(epso) + std::sqrt(epsi);\n- emixo = 4.0*epso*epsi/(emixo*emixo);\n-\n- double rmino = force.getRmino();\n- double rmino2 = rmino*rmino;\n- double rmini2 = rmini*rmini;\n- double rmixo = 2.0*(rmino2*rmino + rmini2*rmini) / (rmino2 + rmini2);\n-\n- double rmixo3 = rmixo*rmixo*rmixo;\n- double rmixo7 = rmixo*rmixo3*rmixo3;\n- double ao = emixo*rmixo7;\n-\n- double epsh = force.getEpsh();\n- double emixh = std::sqrt(epsh) + std::sqrt(epsi);\n- emixh = 4.0*epsh*epsi/(emixh*emixh);\n- double rminh = force.getRminh();\n- double rminh2 = rminh*rminh;\n- double rmixh = rminh*rminh + rmini2;\n- rmixh = 2.0 * (rminh2*rminh + rmini2*rmini) / (rminh2 + rmini2);\n- double rmixh3 = rmixh*rmixh*rmixh;\n- double rmixh7 = rmixh3*rmixh3*rmixh;\n- double ah = emixh*rmixh7;\n-\n- double rdisp3 = rdisp*rdisp*rdisp;\n- double rdisp7 = rdisp*rdisp3*rdisp3;\n- double rdisp11 = rdisp7*rdisp3*rdisp;\n-\n- double cdisp;\n- if (rdisp < rmixh) {\n- cdisp = -4.0*pi*emixh*(rmixh3-rdisp3)/3.0 - emixh*18.0/11.0*rmixh3*pi;\n- } else {\n- cdisp = 2.0*pi*(2.0*rmixh7-11.0*rdisp7)*ah/ (11.0*rdisp11);\n- }\n- cdisp *= 2.0;\n- if (rdisp < rmixo) {\n- cdisp -= 4.0*pi*emixo*(rmixo3-rdisp3)/3.0;\n- cdisp -= emixo*18.0/11.0*rmixo3*pi;\n- } else {\n- cdisp += 2.0*pi*(2.0*rmixo7-11.0*rdisp7) * ao/(11.0*rdisp11);\n- }\n- maxDispersionEnergy = force.getSlevy()*force.getAwater()*cdisp;\n+ double rmini2 = rmini * rmini;\n+ double sepsi = std::sqrt(epsi);\n+\n+ // Atom i with water oxygen.\n+ double epso = force.getEpso();\n+ double emixo = std::sqrt(epso) + sepsi;\n+ emixo = 4.0 * epso * epsi / (emixo * emixo);\n+\n+ double rmino = force.getRmino();\n+ double rmino2 = rmino * rmino;\n+ double rmixo = 2.0 * (rmino2 * rmino + rmini2 * rmini) / (rmino2 + rmini2);\n+\n+ // Atom i with water hydrogen.\n+ double epsh = force.getEpsh();\n+ double emixh = std::sqrt(epsh) + sepsi;\n+ emixh = 4.0 * epsh * epsi / (emixh * emixh);\n+\n+ double rminh = force.getRminh();\n+ double rminh2 = rminh * rminh;\n+ double rmixh = 2.0 * (rminh2 * rminh + rmini2 * rmini) / (rminh2 + rmini2);\n+\n+ // Compute the tail correction (i.e. the dispersion integral in the absence of any other solute atoms).\n+ double dispersionOffest = force.getDispoff();\n+ double riO = rmixo / 2.0e0 + dispersionOffest;\n+ double cdisp = tailCorrection(riO, emixo, rmixo);\n+ double riH = rmixh / 2.0e0 + dispersionOffest;\n+ cdisp += 2.0e0 * tailCorrection(riH, emixh, rmixh);\n+\n+ maxDispersionEnergy = force.getSlevy() * force.getAwater() * cdisp;\n }\n \n-double AmoebaWcaDispersionForceImpl::getTotalMaximumDispersionEnergy(const AmoebaWcaDispersionForce& force) {\n-\n+double AmoebaWcaDispersionForceImpl::getTotalMaximumDispersionEnergy(const AmoebaWcaDispersionForce &force) {\n double totalMaximumDispersionEnergy = 0.0;\n for (int ii = 0; ii < force.getNumParticles(); ii++) {\n double maximumDispersionEnergy;\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.cpp b/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.cpp\nindex 872200bdef..77b318d6df 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.cpp\n@@ -1722,10 +1722,10 @@ class CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::ForceInfo : public Compute\n ForceInfo(const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force) : force(force) {\n }\n bool areParticlesIdentical(int particle1, int particle2) {\n- double charge1, charge2, radius1, radius2, scale1, scale2;\n- force.getParticleParameters(particle1, charge1, radius1, scale1);\n- force.getParticleParameters(particle2, charge2, radius2, scale2);\n- return (charge1 == charge2 && radius1 == radius2 && scale1 == scale2);\n+ double charge1, charge2, radius1, radius2, scale1, scale2, descreen1, descreen2, neck1, neck2;\n+ force.getParticleParameters(particle1, charge1, radius1, scale1, descreen1, neck1);\n+ force.getParticleParameters(particle2, charge2, radius2, scale2, descreen2, neck2);\n+ return (charge1 == charge2 && radius1 == radius2 && scale1 == scale2 && descreen1 == descreen2 && neck1 == neck2);\n }\n private:\n const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force;\n@@ -1747,7 +1747,16 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System& sy\n NonbondedUtilities& nb = cc.getNonbondedUtilities();\n int paddedNumAtoms = cc.getPaddedNumAtoms();\n int elementSize = (cc.getUseDoublePrecision() ? sizeof(double) : sizeof(float));\n- params.initialize<mm_float2>(cc, paddedNumAtoms, \"amoebaGkParams\");\n+ params.initialize<mm_float4>(cc, paddedNumAtoms,\"amoebaGkParams\");\n+ vector<float> neckRadiiVector = AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getNeckRadii();\n+ unsigned long numNeckRadii = neckRadiiVector.size();\n+ unsigned long numNeckRadii2 = numNeckRadii * numNeckRadii;\n+ neckRadii.initialize<float>(cc, numNeckRadii, \"neckRadii\");\n+ neckRadii.upload(neckRadiiVector);\n+ neckA.initialize<float>( cc, numNeckRadii2, \"neckA\");\n+ neckA.upload(AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getAij());\n+ neckB.initialize<float>( cc, numNeckRadii2, \"neckB\");\n+ neckB.upload(AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getBij());\n bornRadii.initialize(cc, paddedNumAtoms, elementSize, \"bornRadii\");\n field.initialize(cc, 3*paddedNumAtoms, sizeof(long long), \"gkField\");\n bornSum.initialize<long long>(cc, paddedNumAtoms, \"bornSum\");\n@@ -1762,14 +1771,12 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System& sy\n cc.addAutoclearBuffer(field);\n cc.addAutoclearBuffer(bornSum);\n cc.addAutoclearBuffer(bornForce);\n- vector<mm_float2> paramsVector(paddedNumAtoms);\n+ vector<mm_float4> paramsVector(paddedNumAtoms);\n for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n- double charge, radius, scalingFactor;\n- force.getParticleParameters(i, charge, radius, scalingFactor);\n- paramsVector[i] = mm_float2((float) radius, (float) (scalingFactor*radius));\n- \n+ double charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n+ force.getParticleParameters(i, charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor);\n+ paramsVector[i] = mm_float4((float) radius,(float) scalingFactor, (float) descreenRadius, (float) neckFactor);\n // Make sure the charge matches the one specified by the AmoebaMultipoleForce.\n- \n double charge2, thole, damping, polarity;\n int axisType, atomX, atomY, atomZ;\n vector<double> dipole, quadrupole;\n@@ -1814,11 +1821,28 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System& sy\n defines[\"MUTUAL_POLARIZATION\"] = \"\";\n else if (polarizationType == AmoebaMultipoleForce::Extrapolated)\n defines[\"EXTRAPOLATED_POLARIZATION\"] = \"\";\n+ defines[\"DESCREEN_OFFSET\"] = cc.doubleToString(force.getDescreenOffset());\n+ tanhRescaling = force.getTanhRescaling();\n+ // Max Born radius is 3 nm (30 A).\n+ defines[\"BIG_RADIUS\"] = cc.doubleToString(3.0);\n+ if (tanhRescaling) {\n+ defines[\"TANH_RESCALING\"] = \"true\";\n+ double beta0, beta1, beta2;\n+ force.getTanhParameters(beta0, beta1, beta2);\n+ defines[\"BETA0\"] = cc.doubleToString(beta0);\n+ defines[\"BETA1\"] = cc.doubleToString(beta1);\n+ defines[\"BETA2\"] = cc.doubleToString(beta2);\n+ } else {\n+ defines[\"TANH_RESCALING\"] = \"false\";\n+ defines[\"BETA0\"] = cc.doubleToString(0.0);\n+ defines[\"BETA1\"] = cc.doubleToString(0.0);\n+ defines[\"BETA2\"] = cc.doubleToString(0.0);\n+ }\n includeSurfaceArea = force.getIncludeCavityTerm();\n if (includeSurfaceArea) {\n defines[\"SURFACE_AREA_FACTOR\"] = cc.doubleToString(force.getSurfaceAreaFactor());\n defines[\"PROBE_RADIUS\"] = cc.doubleToString(force.getProbeRadius());\n- defines[\"DIELECTRIC_OFFSET\"] = cc.doubleToString(0.009);\n+ defines[\"DIELECTRIC_OFFSET\"] = cc.doubleToString(force.getDielectricOffset());\n }\n cc.addForce(new ForceInfo(force));\n }\n@@ -1877,6 +1901,9 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::computeBornRadii(ComputeArr\n computeBornSumKernel->addArg(cc.getPosq());\n computeBornSumKernel->addArg(params);\n computeBornSumKernel->addArg();\n+ computeBornSumKernel->addArg(neckRadii);\n+ computeBornSumKernel->addArg(neckA);\n+ computeBornSumKernel->addArg(neckB);\n reduceBornSumKernel = program->createKernel(\"reduceBornSum\");\n reduceBornSumKernel->addArg(bornSum);\n reduceBornSumKernel->addArg(params);\n@@ -1900,6 +1927,10 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::computeBornRadii(ComputeArr\n chainRuleKernel->addArg();\n chainRuleKernel->addArg();\n chainRuleKernel->addArg(params);\n+ chainRuleKernel->addArg(neckRadii);\n+ chainRuleKernel->addArg(neckA);\n+ chainRuleKernel->addArg(neckB);\n+ chainRuleKernel->addArg(bornSum);\n chainRuleKernel->addArg(bornRadii);\n chainRuleKernel->addArg(bornForce);\n ediffKernel = program->createKernel(\"computeEDiffForce\");\n@@ -1968,12 +1999,11 @@ void CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::copyParametersToContext(Con\n throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particles has changed\");\n \n // Record the per-particle parameters.\n- \n- vector<mm_float2> paramsVector(cc.getPaddedNumAtoms());\n+ vector<mm_float4> paramsVector(cc.getPaddedNumAtoms());\n for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n- double charge, radius, scalingFactor;\n- force.getParticleParameters(i, charge, radius, scalingFactor);\n- paramsVector[i] = mm_float2((float) radius, (float) (scalingFactor*radius));\n+ double charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n+ force.getParticleParameters(i, charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor);\n+ paramsVector[i] = mm_float4((float) radius, (float) scalingFactor, (float) descreenRadius, (float) neckFactor);\n }\n params.upload(paramsVector);\n cc.invalidateMolecules();\n@@ -1989,11 +2019,11 @@ class CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::ForceInfo : public ComputeForceInfo {\n }\n bool areParticlesIdentical(int particle1, int particle2) {\n int iv1, iv2, type1, type2;\n- double sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2, reduction1, reduction2;\n+ double sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2, reduction1, reduction2, scaleFactor1, scaleFactor2;\n bool isAlchemical1, isAlchemical2;\n- force.getParticleParameters(particle1, iv1, sigma1, epsilon1, reduction1, isAlchemical1, type1);\n- force.getParticleParameters(particle2, iv2, sigma2, epsilon2, reduction2, isAlchemical2, type2);\n- return (sigma1 == sigma2 && epsilon1 == epsilon2 && reduction1 == reduction2 && isAlchemical1 == isAlchemical2 && type1 == type2);\n+ force.getParticleParameters(particle1, iv1, sigma1, epsilon1, reduction1, isAlchemical1, type1, scaleFactor1);\n+ force.getParticleParameters(particle2, iv2, sigma2, epsilon2, reduction2, isAlchemical2, type2, scaleFactor2);\n+ return (sigma1 == sigma2 && epsilon1 == epsilon2 && reduction1 == reduction2 && isAlchemical1 == isAlchemical2 && type1 == type2 && scaleFactor1 == scaleFactor2);\n }\n private:\n const AmoebaVdwForce& force;\n@@ -2014,6 +2044,7 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::initialize(const System& system, const Amoe\n int paddedNumAtoms = cc.getPaddedNumAtoms();\n bondReductionAtoms.initialize<int>(cc, paddedNumAtoms, \"bondReductionAtoms\");\n bondReductionFactors.initialize<float>(cc, paddedNumAtoms, \"bondReductionFactors\");\n+ scaleFactors.initialize<float>(cc, paddedNumAtoms, \"scaleFactors\");\n tempPosq.initialize(cc, paddedNumAtoms, cc.getUseDoublePrecision() ? sizeof(mm_double4) : sizeof(mm_float4), \"tempPosq\");\n tempForces.initialize<long long>(cc, 3*paddedNumAtoms, \"tempForces\");\n \n@@ -2035,6 +2066,7 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::initialize(const System& system, const Amoe\n vector<float> isAlchemicalVec(paddedNumAtoms, 0);\n vector<int> bondReductionAtomsVec(paddedNumAtoms, 0);\n vector<float> bondReductionFactorsVec(paddedNumAtoms, 0);\n+ vector<float> scaleFactorsVec(paddedNumAtoms, 0);\n vector<vector<int> > exclusions(cc.getNumAtoms());\n \n // Handle Alchemical parameters.\n@@ -2046,17 +2078,19 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::initialize(const System& system, const Amoe\n \n for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n int ivIndex, type;\n- double sigma, epsilon, reductionFactor;\n+ double sigma, epsilon, reductionFactor, scaleFactor;\n bool alchemical;\n- force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, alchemical, type);\n+ force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, alchemical, type, scaleFactor);\n isAlchemicalVec[i] = (alchemical) ? 1.0f : 0.0f;\n bondReductionAtomsVec[i] = ivIndex;\n bondReductionFactorsVec[i] = (float) reductionFactor;\n+ scaleFactorsVec[i] = (float) scaleFactor;\n force.getParticleExclusions(i, exclusions[i]);\n exclusions[i].push_back(i);\n }\n bondReductionAtoms.upload(bondReductionAtomsVec);\n bondReductionFactors.upload(bondReductionFactorsVec);\n+ scaleFactors.upload(scaleFactorsVec);\n if (force.getUseDispersionCorrection())\n dispersionCoefficient = AmoebaVdwForceImpl::calcDispersionCorrection(system, force);\n else\n@@ -2069,7 +2103,6 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::initialize(const System& system, const Amoe\n nonbonded = cc.createNonbondedUtilities();\n nonbonded->addParameter(ComputeParameterInfo(atomType, \"atomType\", \"int\", 1));\n nonbonded->addArgument(ComputeParameterInfo(sigmaEpsilon, \"sigmaEpsilon\", \"float\", 2));\n-\n if (hasAlchemical) {\n isAlchemical.upload(isAlchemicalVec);\n currentVdwLambda = 1.0f;\n@@ -2077,7 +2110,7 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::initialize(const System& system, const Amoe\n nonbonded->addParameter(ComputeParameterInfo(isAlchemical, \"isAlchemical\", \"float\", 1));\n nonbonded->addArgument(ComputeParameterInfo(vdwLambda, \"vdwLambda\", \"float\", 1));\n }\n- \n+ nonbonded->addParameter(ComputeParameterInfo(scaleFactors, \"scaleFactor\", \"float\", 1));\n // Create the interaction kernel.\n \n map<string, string> replacements;\n@@ -2170,18 +2203,21 @@ void CommonCalcAmoebaVdwForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& contex\n vector<float> isAlchemicalVec(cc.getPaddedNumAtoms(), 0);\n vector<int> bondReductionAtomsVec(cc.getPaddedNumAtoms(), 0);\n vector<float> bondReductionFactorsVec(cc.getPaddedNumAtoms(), 0);\n+ vector<float> scaleFactorsVec(cc.getPaddedNumAtoms(), 0);\n for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n int ivIndex, type;\n- double sigma, epsilon, reductionFactor;\n+ double sigma, epsilon, reductionFactor, scaleFactor;\n bool alchemical;\n- force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, alchemical, type);\n+ force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, alchemical, type, scaleFactor);\n isAlchemicalVec[i] = (alchemical) ? 1.0f : 0.0f;\n bondReductionAtomsVec[i] = ivIndex;\n bondReductionFactorsVec[i] = (float) reductionFactor;\n+ scaleFactorsVec[i] = (float) scaleFactor;\n }\n if (hasAlchemical) isAlchemical.upload(isAlchemicalVec);\n bondReductionAtoms.upload(bondReductionAtomsVec);\n bondReductionFactors.upload(bondReductionFactorsVec);\n+ scaleFactors.upload(scaleFactorsVec);\n if (force.getUseDispersionCorrection())\n dispersionCoefficient = AmoebaVdwForceImpl::calcDispersionCorrection(system, force);\n else\n@@ -2240,6 +2276,7 @@ void CommonCalcAmoebaWcaDispersionForceKernel::initialize(const System& system,\n defines[\"RMINO\"] = cc.doubleToString(force.getRmino());\n defines[\"RMINH\"] = cc.doubleToString(force.getRminh());\n defines[\"AWATER\"] = cc.doubleToString(force.getAwater());\n+ defines[\"DISPOFF\"] = cc.doubleToString(force.getDispoff());\n defines[\"SHCTD\"] = cc.doubleToString(force.getShctd());\n defines[\"M_PI\"] = cc.doubleToString(M_PI);\n ComputeProgram program = cc.compileProgram(CommonAmoebaKernelSources::amoebaWcaForce, defines);\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.h b/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.h\nindex e2d665617a..6a23bacffe 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/common/src/AmoebaCommonKernels.h\n@@ -298,15 +298,19 @@ class CommonCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel : public CalcAmoebaGenerali\n * @param force the AmoebaGeneralizedKirkwoodForce to copy the parameters from\n */\n void copyParametersToContext(ContextImpl& context, const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force);\n+\n private:\n class ForceInfo;\n ComputeContext& cc;\n const System& system;\n- bool includeSurfaceArea, hasInitializedKernels;\n+ bool includeSurfaceArea, tanhRescaling, hasInitializedKernels;\n int computeBornSumThreads, gkForceThreads, chainRuleThreads, ediffThreads;\n AmoebaMultipoleForce::PolarizationType polarizationType;\n std::map<std::string, std::string> defines;\n ComputeArray params;\n+ ComputeArray neckRadii;\n+ ComputeArray neckA;\n+ ComputeArray neckB;\n ComputeArray bornSum;\n ComputeArray bornRadii;\n ComputeArray bornForce;\n@@ -362,6 +366,8 @@ class CommonCalcAmoebaVdwForceKernel : public CalcAmoebaVdwForceKernel {\n float currentVdwLambda;\n // Per particle alchemical flag.\n ComputeArray isAlchemical;\n+ // Per particle scale factor.\n+ ComputeArray scaleFactors;\n \n double dispersionCoefficient;\n ComputeArray sigmaEpsilon, atomType;\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaGk.cc b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaGk.cc\nindex 65770343d5..7facdf16bd 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaGk.cc\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaGk.cc\n@@ -3,19 +3,49 @@\n /**\n * Reduce the Born sums to compute the Born radii.\n */\n-KERNEL void reduceBornSum(GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornSum, GLOBAL const float2* RESTRICT params, GLOBAL real* RESTRICT bornRadii) {\n+KERNEL void reduceBornSum(GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornSum, GLOBAL const float4* RESTRICT params, GLOBAL real* RESTRICT bornRadii) {\n+\n+ real RECIP_MAX_RADIUS3 = POW(BIG_RADIUS, (real) -3);\n+ real PI4_3 = 4 * M_PI / 3;\n+ real INVERSE_PI4_3 = 1 / PI4_3;\n+ real ONE_THIRD = 1 / (real) 3;\n+\n for (unsigned int index = GLOBAL_ID; index < NUM_ATOMS; index += GLOBAL_SIZE) {\n // Get summed Born data\n-\n real sum = RECIP((real) 0x100000000)*bornSum[index];\n+ sum = sum * PI4_3;\n+\n+ real radius = params[index].x;\n+ real radius3 = radius * radius * radius;\n+ real ir3 = RECIP(radius3);\n+\n+ // Scale up the solute integral in account for interstitial spaces.\n+ if (TANH_RESCALING) {\n+ // Set up tanh function components\n+ real rhoi3Psi = radius3 * sum;\n+ real rhoi6Psi2 = rhoi3Psi * rhoi3Psi;\n+ real rhoi9Psi3 = rhoi6Psi2 * rhoi3Psi;\n+ // If the output of the tanh function is 1.0, then the Born radius will be MaxBornRadius\n+ real tanh_constant = PI4_3 * (ir3 - RECIP_MAX_RADIUS3);\n+ sum = tanh_constant * tanh(BETA0 * rhoi3Psi - BETA1 * rhoi6Psi2 + BETA2 * rhoi9Psi3);\n+ }\n \n // Now calculate Born radius.\n+ sum = PI4_3 * ir3 - sum;\n \n- float radius = params[index].x;\n- radius = RECIP(radius*radius*radius);\n- sum = radius-sum;\n- sum = (sum <= 0 ? (real) 1000 : POW(sum, -1/(real) 3));\n+ // If the sum is less than zero, set the Born radius to 30.0 Angstroms.\n+ sum = (sum <= 0 ? BIG_RADIUS : POW(INVERSE_PI4_3 * sum, -ONE_THIRD));\n bornRadii[index] = sum;\n+\n+ // Born radius should be at least as large as its base radius.\n+ if (bornRadii[index] < radius) {\n+ bornRadii[index] = radius;\n+ }\n+\n+ // Check if we have exceeded the maximum Born radius.\n+ if (bornRadii[index] > BIG_RADIUS) {\n+ bornRadii[index] = BIG_RADIUS;\n+ }\n }\n }\n \n@@ -23,7 +53,7 @@ KERNEL void reduceBornSum(GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornSum, GLOBAL const f\n /**\n * Apply the surface area term to the force and energy.\n */\n-KERNEL void computeSurfaceAreaForce(GLOBAL mm_long* RESTRICT bornForce, GLOBAL mixed* RESTRICT energyBuffer, GLOBAL const float2* RESTRICT params, GLOBAL const real* RESTRICT bornRadii) {\n+KERNEL void computeSurfaceAreaForce(GLOBAL mm_long* RESTRICT bornForce, GLOBAL mixed* RESTRICT energyBuffer, GLOBAL const float4* RESTRICT params, GLOBAL const real* RESTRICT bornRadii) {\n mixed energy = 0;\n for (unsigned int index = GLOBAL_ID; index < NUM_ATOMS; index += GLOBAL_SIZE) {\n real bornRadius = bornRadii[index];\n@@ -46,51 +76,169 @@ KERNEL void computeSurfaceAreaForce(GLOBAL mm_long* RESTRICT bornForce, GLOBAL m\n typedef struct {\n real3 pos;\n real bornSum;\n- float radius, scaledRadius, padding;\n+ float radius, scaleFactor, descreenRadius, neckFactor, padding;\n } AtomData1;\n \n-DEVICE real computeBornSumOneInteraction(AtomData1 atom1, AtomData1 atom2) {\n+DEVICE real interpolate2D(real x1, real x2, real y1, real y2, real x, real y,\n+ real fx1y1, real fx2y1, real fx1y2, real fx2y2) {\n+ real fxy1 = (x2 - x) / (x2 - x1) * fx1y1 + (x - x1) / (x2 - x1) * fx2y1;\n+ real fxy2 = (x2 - x) / (x2 - x1) * fx1y2 + (x - x1) / (x2 - x1) * fx2y2;\n+\n+ return (y2 - y) / (y2 - y1) * fxy1 + (y - y1) / (y2 - y1) * fxy2;\n+}\n+\n+DEVICE void getBounds(real rho, int* below, int* above) {\n+ // Note this function is in Angstroms.\n+ real MINIMUM_RADIUS = 0.8f;\n+ real SPACING = 0.05f;\n+ real calculateIndex = (rho - MINIMUM_RADIUS) / SPACING;\n+ *below = (int) floor(calculateIndex);\n+ *above = *below + 1;\n+ int NUM_POINTS = 45;\n+\n+ if (*above >= NUM_POINTS) {\n+ // Extrapolate up from the top table values.\n+ *below = NUM_POINTS - 1;\n+ *above = NUM_POINTS - 2;\n+ } else if (*below < 0) {\n+ // If below is less than 0, extrapolate down from the bottom table values.\n+ *below = 0;\n+ *above = 1;\n+ }\n+}\n+\n+DEVICE void getNeckConstants(real rhoDescreened, real rhoDescreening, real* aij, real *bij,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n+\n+ // Convert the input radii from nm to A.\n+ rhoDescreened *= 10;\n+ rhoDescreening *= 10;\n+\n+ // Determine low and high values for integration\n+ int lowI, highI, lowJ, highJ;\n+ getBounds(rhoDescreened, &lowI, &highI);\n+ getBounds(rhoDescreening, &lowJ, &highJ);\n+ // Interpolate/Extrapolate Aij and Bij constant values\n+ int NUM_POINTS = 45;\n+ int lowOff = lowI * NUM_POINTS;\n+ int highOff = highI * NUM_POINTS;\n+ *aij = interpolate2D(neckRadii[lowI], neckRadii[highI], neckRadii[lowJ], neckRadii[highJ],\n+ rhoDescreened, rhoDescreening,\n+ neckA[lowOff + lowJ], neckA[highOff + lowJ],\n+ neckA[lowOff + highJ], neckA[highOff + highJ]);\n+\n+ *bij = interpolate2D(neckRadii[lowI], neckRadii[highI],neckRadii[lowJ], neckRadii[highJ],\n+ rhoDescreened, rhoDescreening,\n+ neckB[lowOff + lowJ], neckB[highOff + lowJ],\n+ neckB[lowOff + highJ], neckB[highOff + highJ]);\n+\n+ // Never let Aij be negative.\n+ if (*aij < 0.0f) {\n+ *aij = 0.0f;\n+ }\n+\n+ // Convert aij from A^(-11) to nm^(-11);\n+ *aij /= 10;\n+ // Convert bij from A to nm.\n+ *bij /= 10;\n+}\n+\n+DEVICE real neckDescreen(real r, real radius, real radiusK, real sneck,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n+\n+ real radiusWater = 0.14f;\n+\n+ // If atoms are too widely separated there is no neck formed.\n+ if (r > radius + radiusK + 2 * radiusWater) {\n+ return 0.0f;\n+ }\n+\n+ // Get Aij and Bij based on parameterization by Corrigan et al.\n+ real aij, bij;\n+ getNeckConstants(radius, radiusK, &aij, &bij, neckRadii, neckA, neckB);\n+ real rMinusBij = r - bij;\n+ real radiiMinusr = radius + radiusK + 2 * radiusWater - r;\n+ real power1 = rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij;\n+ real power2 = radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr;\n+\n+ // Use Aij and Bij to get neck integral using Equations 13 and 14 from Aguilar/Onufriev 2010 paper\n+ // Sneck may be based on the number of heavy atoms bound to the atom being descreened.\n+ real PI4_3 = 4 * M_PI / (real) 3;\n+ real neckIntegral = PI4_3 * sneck * aij * power1 * power2;\n+\n+ return neckIntegral;\n+}\n+\n+\n+DEVICE real computeBornSumOneInteraction(AtomData1 atom1, AtomData1 atom2,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n+\n if (atom1.radius <= 0)\n return 0; // Ignore this interaction\n+\n+ float sk = atom2.scaleFactor * atom2.descreenRadius;\n+ if (sk <= 0.0f)\n+ return 0; // No descreening.\n+\n real3 delta = atom2.pos - atom1.pos;\n real r2 = dot(delta, delta);\n real r = SQRT(r2);\n- float sk = atom2.scaledRadius;\n+ real baseRadius = max(atom1.radius, atom1.descreenRadius) + DESCREEN_OFFSET;\n \n- if (atom1.radius > r + sk)\n+ if (baseRadius > r + sk)\n return 0; // No descreening due to atom1 engulfing atom2.\n \n real sk2 = sk*sk;\n- if (atom1.radius+r < sk) {\n- real lik = atom1.radius;\n- real uik = sk - r; \n+ if (baseRadius + r < sk) {\n+ real lik = baseRadius;\n+ real uik = sk - r;\n atom1.bornSum -= RECIP(uik*uik*uik) - RECIP(lik*lik*lik);\n }\n real uik = r+sk;\n real lik;\n- if (atom1.radius+r < sk)\n+ if (baseRadius+r < sk)\n lik = sk-r;\n- else if (r < atom1.radius+sk)\n- lik = atom1.radius;\n+ else if (r < baseRadius+sk)\n+ lik = baseRadius;\n else\n lik = r-sk;\n- real l2 = lik*lik; \n+ real l2 = lik*lik;\n real l4 = l2*l2;\n real lr = lik*r;\n- real l4r = l4*r; \n+ real l4r = l4*r;\n real u2 = uik*uik;\n real u4 = u2*u2;\n- real ur = uik*r; \n+ real ur = uik*r;\n real u4r = u4*r;\n real term = (3*(r2-sk2)+6*u2-8*ur)/u4r - (3*(r2-sk2)+6*l2-8*lr)/l4r;\n- return term/16;\n+ term = term / (real) 16;\n+\n+ real neck1 = atom1.neckFactor;\n+ real neck2 = atom2.neckFactor;\n+ real mixedNeckScale = 0.5f * (neck1 + neck2);\n+ if (mixedNeckScale > 0 && atom2.scaleFactor > 0) {\n+ real ret = neckDescreen(r, baseRadius, atom2.descreenRadius, mixedNeckScale, neckRadii, neckA, neckB);\n+ real pi43 = 4 * M_PI / (real) 3;\n+ term += ret / pi43;\n+ }\n+\n+ return term;\n }\n \n /**\n * Compute the Born sum.\n */\n KERNEL void computeBornSum(GLOBAL mm_ulong* RESTRICT bornSum, GLOBAL const real4* RESTRICT posq,\n- GLOBAL const float2* RESTRICT params, unsigned int numTiles) {\n+ GLOBAL const float4* RESTRICT params, unsigned int numTiles,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n unsigned int totalWarps = (GLOBAL_SIZE)/TILE_SIZE;\n unsigned int warp = (GLOBAL_ID)/TILE_SIZE;\n unsigned int pos = (unsigned int) (warp*(mm_long)numTiles/totalWarps);\n@@ -113,22 +261,26 @@ KERNEL void computeBornSum(GLOBAL mm_ulong* RESTRICT bornSum, GLOBAL const real4\n }\n unsigned int atom1 = x*TILE_SIZE + tgx;\n data.pos = trimTo3(posq[atom1]);\n- float2 params1 = params[atom1];\n+ float4 params1 = params[atom1];\n data.radius = params1.x;\n- data.scaledRadius = params1.y;\n+ data.scaleFactor = params1.y;\n+ data.descreenRadius = params1.z;\n+ data.neckFactor = params1.w;\n if (pos >= end)\n ; // This warp is done.\n else if (x == y) {\n // This tile is on the diagonal.\n-\n localData[LOCAL_ID].pos = data.pos;\n localData[LOCAL_ID].radius = params1.x;\n- localData[LOCAL_ID].scaledRadius = params1.y;\n+ localData[LOCAL_ID].scaleFactor = params1.y;\n+ localData[LOCAL_ID].descreenRadius = params1.z;\n+ localData[LOCAL_ID].neckFactor = params1.w;\n+\n SYNC_WARPS;\n for (unsigned int j = 0; j < TILE_SIZE; j++) {\n int atom2 = y*TILE_SIZE+j;\n if (atom1 < NUM_ATOMS && atom2 < NUM_ATOMS && atom1 != atom2) {\n- real bornSum = computeBornSumOneInteraction(data, localData[tbx+j]);\n+ real bornSum = computeBornSumOneInteraction(data, localData[tbx+j], neckRadii, neckA, neckB);\n data.bornSum += bornSum;\n }\n }\n@@ -141,9 +293,11 @@ KERNEL void computeBornSum(GLOBAL mm_ulong* RESTRICT bornSum, GLOBAL const real4\n unsigned int j = y*TILE_SIZE + tgx;\n real4 tempPosq = posq[j];\n localData[LOCAL_ID].pos = trimTo3(tempPosq);\n- float2 tempParams = params[j];\n- localData[LOCAL_ID].radius = tempParams.x;\n- localData[LOCAL_ID].scaledRadius = tempParams.y;\n+ float4 paramsJ = params[j];\n+ localData[LOCAL_ID].radius = paramsJ.x;\n+ localData[LOCAL_ID].scaleFactor = paramsJ.y;\n+ localData[LOCAL_ID].descreenRadius = paramsJ.z;\n+ localData[LOCAL_ID].neckFactor = paramsJ.w;\n }\n localData[LOCAL_ID].bornSum = 0;\n SYNC_WARPS;\n@@ -154,9 +308,9 @@ KERNEL void computeBornSum(GLOBAL mm_ulong* RESTRICT bornSum, GLOBAL const real4\n for (unsigned int j = 0; j < TILE_SIZE; j++) {\n int atom2 = y*TILE_SIZE+tj;\n if (atom1 < NUM_ATOMS && atom2 < NUM_ATOMS) {\n- real bornSum = computeBornSumOneInteraction(data, localData[tbx+tj]);\n+ real bornSum = computeBornSumOneInteraction(data, localData[tbx+tj], neckRadii, neckA, neckB);\n data.bornSum += bornSum;\n- bornSum = computeBornSumOneInteraction(localData[tbx+tj], data);\n+ bornSum = computeBornSumOneInteraction(localData[tbx+tj], data, neckRadii, neckA, neckB);\n localData[tbx+tj].bornSum += bornSum;\n }\n tj = (tj + 1) & (TILE_SIZE - 1);\n@@ -432,65 +586,153 @@ KERNEL void computeGKForces(\n */\n typedef struct {\n real3 pos, force;\n- real radius, scaledRadius, bornRadius, bornForce;\n+ real radius, scaleFactor, descreenRadius, neckFactor, bornSum, bornRadius, bornForce;\n } AtomData3;\n \n-inline DEVICE AtomData3 loadAtomData3(int atom, GLOBAL const real4* RESTRICT posq, GLOBAL const float2* RESTRICT params,\n- GLOBAL const real* RESTRICT bornRadius, GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornForce) {\n+inline DEVICE AtomData3 loadAtomData3(int atom, GLOBAL const real4* RESTRICT posq, GLOBAL const float4* RESTRICT params,\n+ GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornSum,\n+ GLOBAL const real* RESTRICT bornRadius, GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornForce) {\n AtomData3 data;\n data.pos = trimTo3(posq[atom]);\n data.bornRadius = bornRadius[atom];\n- float2 params1 = params[atom];\n+ data.bornSum = bornSum[atom]/(real) 0x100000000;\n+ float4 params1 = params[atom];\n data.radius = params1.x;\n- data.scaledRadius = params1.y;\n+ data.scaleFactor = params1.y;\n+ data.descreenRadius = params1.z;\n+ data.neckFactor = params1.w;\n data.bornForce = bornForce[atom]/(real) 0x100000000;\n return data;\n }\n \n-DEVICE void computeBornChainRuleInteraction(AtomData3 atom1, AtomData3 atom2, real3* force) {\n- real third = 1/(real) 3;\n- real pi43 = 4*third*M_PI;\n- real factor = -POW(M_PI, third)*POW((real) 6, 2/(real) 3)/9;\n+/**\n+ * Use pairwise descreening to compute derivative of the integral of 1/r^6 with respect to r.\n+ *\n+ * @param r separation distance.\n+ * @param r2 separation distance squared.\n+ * @param radius base radius of descreened atom.\n+ * @param scaledRadius scaled radius descreening atom.\n+ * @return the derivative.\n+ */\n+DEVICE real pairIntegralDerivative(real r, real r2, real radius, real scaledRadius) {\n+\n+ real de = 0.0f;\n+ // Descreen only if the scaledRadius is greater than zero.\n+ // and atom I does not engulf atom K.\n+ if (scaledRadius > 0.0f && (radius < r + scaledRadius)) {\n+ // Atom i is engulfed by atom k.\n+ if (radius + r < scaledRadius) {\n+ real uik = scaledRadius - r;\n+ real uik2 = uik * uik;\n+ real uik4 = uik2 * uik2;\n+ de = -4.0f * M_PI / uik4;\n+ }\n+\n+ // Lower integration bound depends on atoms sizes and separation.\n+ real sk2 = scaledRadius * scaledRadius;\n+ if (radius + r < scaledRadius) {\n+ // Atom i is engulfed by atom k.\n+ real lik = scaledRadius - r;\n+ real lik2 = lik * lik;\n+ real lik4 = lik2 * lik2;\n+ de = de + 0.25f * M_PI * (sk2 - 4.0f * scaledRadius * r + 17.0f * r2) / (r2 * lik4);\n+ } else if (r < radius + scaledRadius) {\n+ // Atoms are overlapped, begin integration from ri.\n+ real lik = radius;\n+ real lik2 = lik * lik;\n+ real lik4 = lik2 * lik2;\n+ de = de + 0.25f * M_PI * (2.0f * radius * radius - sk2 - r2) / (r2 * lik4);\n+ } else {\n+ // No overlap between atoms.\n+ real lik = r - scaledRadius;\n+ real lik2 = lik * lik;\n+ real lik4 = lik2 * lik2;\n+ de = de + 0.25f * M_PI * (sk2 - 4.0f * scaledRadius * r + r2) / (r2 * lik4);\n+ }\n+\n+ // Upper integration bound is always the same.\n+ real uik = r + scaledRadius;\n+ real uik2 = uik * uik;\n+ real uik4 = uik2 * uik2;\n+ de = de - 0.25f * M_PI * (sk2 + 4.0f * scaledRadius * r + r2) / (r2 * uik4);\n+ }\n+ return de;\n+}\n+\n+DEVICE real neckDescreenDerivative(real r, real radius, real radiusK, real sneck,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n+\n+ real radiusWater = 0.14f;\n+\n+ if (r > radius + radiusK + 2 * radiusWater) {\n+ return 0;\n+ }\n+\n+ // Get Aij and Bij\n+ real Aij, Bij;\n+ getNeckConstants(radius, radiusK, &Aij, &Bij, neckRadii, neckA, neckB);\n+\n+ // Use Aij and Bij to get neck value using derivative of Equation 13 from Aguilar/Onufriev 2010 paper\n+ real rMinusBij = r - Bij;\n+ real rMinusBij3 = rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij;\n+ real rMinusBij4 = rMinusBij3 * rMinusBij;\n+ real radiiMinusr = radius + radiusK + 2 * radiusWater - r;\n+ real radiiMinusr3 = radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr;\n+ real radiiMinusr4 = radiiMinusr3 * radiiMinusr;\n+\n+ real PI4_3 = 4 * M_PI / (real) 3;\n+\n+ return 4 * PI4_3 * (sneck * Aij * rMinusBij3 * radiiMinusr4 - sneck * Aij * rMinusBij4 * radiiMinusr3);\n+}\n+\n+DEVICE void computeBornChainRuleInteraction(AtomData3 atom1, AtomData3 atom2, real3* force,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB) {\n+ real third = 1 / (real) 3;\n+ real pi43 = 4 * third * M_PI;\n+ real factor = -POW(M_PI, third)*POW((real) 6.0f, (real) 2 * third) / (real) 9;\n real term = pi43/(atom1.bornRadius*atom1.bornRadius*atom1.bornRadius);\n- term = factor/POW(term, 4/(real) 3);\n+ term = factor/POW(term, (real) 4 * third);\n+\n+ if (TANH_RESCALING) {\n+ real bornSum = atom1.bornSum * pi43;\n+ real rhoi = atom1.radius;\n+ real rhoi3 = rhoi * rhoi * rhoi;\n+ real rhoi3Psi = rhoi3 * bornSum;\n+ real rhoi6Psi2 = rhoi3Psi * rhoi3Psi;\n+ real rhoi9Psi3 = rhoi6Psi2 * rhoi3Psi;\n+ real rhoi6Psi = rhoi3 * rhoi3 * bornSum;\n+ real rhoi9Psi2 = rhoi6Psi2 * rhoi3;\n+ real tanhTerm = tanh(BETA0 * rhoi3Psi - BETA1 * rhoi6Psi2 + BETA2 * rhoi9Psi3);\n+ real tanh2 = tanhTerm * tanhTerm;\n+ real chainRuleTerm = BETA0 * rhoi3 - 2 * BETA1 * rhoi6Psi + 3 * BETA2 * rhoi9Psi2;\n+ real recipBigRad = 1 / (real) BIG_RADIUS;\n+ real recipBigRad3 = recipBigRad * recipBigRad * recipBigRad;\n+ real tanh_constant = pi43 * ((1 / (real) rhoi3) - recipBigRad3);\n+ term = term * tanh_constant * chainRuleTerm * (1.0f - tanh2);\n+ }\n \n+ real de = 0.0f;\n real3 delta = atom2.pos-atom1.pos;\n+ real sk = atom2.scaleFactor;\n+ if (sk <= 0 || atom1.bornRadius >= BIG_RADIUS || atom2.descreenRadius <= 0) {\n+ *force = delta * de;\n+ return;\n+ }\n \n- float sk = atom2.scaledRadius;\n- real sk2 = sk*sk;\n+ real baseRadius = max(atom1.radius, atom1.descreenRadius) + DESCREEN_OFFSET;\n real r2 = dot(delta, delta);\n real r = SQRT(r2);\n- real de = 0;\n-\n- if (atom1.radius > r + sk)\n- return; // No descreening due to atom1 engulfing atom2.\n-\n- if (atom1.radius+r < sk) {\n- real uik = sk-r;\n- real uik4 = uik*uik;\n- uik4 = uik4*uik4;\n- de = -4*M_PI/uik4;\n- real lik = sk - r;\n- real lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25f*M_PI*(sk2-4*sk*r+17*r2)/(r2*lik4);\n- }\n- else if (r < atom1.radius+sk) {\n- real lik = atom1.radius;\n- real lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25f*M_PI*(2*atom1.radius*atom1.radius-sk2-r2)/(r2*lik4);\n- }\n- else {\n- real lik = r-sk;\n- real lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25f*M_PI*(sk2-4*sk*r+r2)/(r2*lik4);\n+ de = pairIntegralDerivative(r, r2, baseRadius, sk * atom2.descreenRadius);\n+\n+ real mixedNeckScale = 0.5f * (atom1.neckFactor + atom2.neckFactor);\n+ if (mixedNeckScale > 0) {\n+ de += neckDescreenDerivative(r, baseRadius, atom2.descreenRadius, mixedNeckScale, neckRadii, neckA, neckB);\n }\n- real uik = r+sk;\n- real uik4 = uik*uik;\n- uik4 = uik4*uik4;\n- de -= 0.25f*M_PI*(sk2+4*sk*r+r2)/(r2*uik4);\n+\n real dbr = term*de/r;\n de = dbr*atom1.bornForce;\n *force = delta*de;\n@@ -501,7 +743,12 @@ DEVICE void computeBornChainRuleInteraction(AtomData3 atom1, AtomData3 atom2, re\n */\n KERNEL void computeChainRuleForce(\n GLOBAL mm_ulong* RESTRICT forceBuffers, GLOBAL const real4* RESTRICT posq, unsigned int startTileIndex, unsigned int numTileIndices,\n- GLOBAL const float2* RESTRICT params, GLOBAL const real* RESTRICT bornRadii, GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornForce) {\n+ GLOBAL const float4* RESTRICT params,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckRadii,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckA,\n+ GLOBAL const float* RESTRICT neckB,\n+ GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornSum,\n+ GLOBAL const real* RESTRICT bornRadii, GLOBAL const mm_long* RESTRICT bornForce) {\n unsigned int totalWarps = (GLOBAL_SIZE)/TILE_SIZE;\n unsigned int warp = (GLOBAL_ID)/TILE_SIZE;\n const unsigned int numTiles = numTileIndices;\n@@ -522,17 +769,19 @@ KERNEL void computeChainRuleForce(\n x = (pos-y*NUM_BLOCKS+y*(y+1)/2);\n }\n unsigned int atom1 = x*TILE_SIZE + tgx;\n- AtomData3 data = loadAtomData3(atom1, posq, params, bornRadii, bornForce);\n+ AtomData3 data = loadAtomData3(atom1, posq, params, bornSum, bornRadii, bornForce);\n data.force = make_real3(0);\n if (pos >= end)\n ; // This warp is done.\n else if (x == y) {\n // This tile is on the diagonal.\n-\n localData[LOCAL_ID].pos = data.pos;\n localData[LOCAL_ID].radius = data.radius;\n- localData[LOCAL_ID].scaledRadius = data.scaledRadius;\n+ localData[LOCAL_ID].scaleFactor = data.scaleFactor;\n+ localData[LOCAL_ID].descreenRadius = data.descreenRadius;\n+ localData[LOCAL_ID].neckFactor = data.neckFactor;\n localData[LOCAL_ID].bornRadius = data.bornRadius;\n+ localData[LOCAL_ID].bornSum = data.bornSum;\n localData[LOCAL_ID].bornForce = data.bornForce;\n localData[LOCAL_ID].force = make_real3(0);\n SYNC_WARPS;\n@@ -543,7 +792,7 @@ KERNEL void computeChainRuleForce(\n int atom2 = y*TILE_SIZE+j;\n if (atom1 != atom2 && atom1 < NUM_ATOMS && atom2 < NUM_ATOMS) {\n real3 tempForce;\n- computeBornChainRuleInteraction(data, localData[tbx+j], &tempForce);\n+ computeBornChainRuleInteraction(data, localData[tbx+j], &tempForce, neckRadii, neckA, neckB);\n data.force -= tempForce;\n localData[tbx+j].force += tempForce;\n }\n@@ -557,7 +806,7 @@ KERNEL void computeChainRuleForce(\n // This is an off-diagonal tile.\n \n unsigned int j = y*TILE_SIZE + tgx;\n- localData[LOCAL_ID] = loadAtomData3(j, posq, params, bornRadii, bornForce);\n+ localData[LOCAL_ID] = loadAtomData3(j, posq, params, bornSum, bornRadii, bornForce);\n localData[LOCAL_ID].force = make_real3(0);\n SYNC_WARPS;\n unsigned int tj = tgx;\n@@ -565,10 +814,10 @@ KERNEL void computeChainRuleForce(\n int atom2 = y*TILE_SIZE+tj;\n if (atom1 < NUM_ATOMS && atom2 < NUM_ATOMS) {\n real3 tempForce;\n- computeBornChainRuleInteraction(data, localData[tbx+tj], &tempForce);\n+ computeBornChainRuleInteraction(data, localData[tbx+tj], &tempForce, neckRadii, neckA, neckB);\n data.force -= tempForce;\n localData[tbx+tj].force += tempForce;\n- computeBornChainRuleInteraction(localData[tbx+tj], data, &tempForce);\n+ computeBornChainRuleInteraction(localData[tbx+tj], data, &tempForce, neckRadii, neckA, neckB);\n data.force += tempForce;\n localData[tbx+tj].force -= tempForce;\n }\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaVdwForce2.cc b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaVdwForce2.cc\nindex fa4bc34687..d01e50410b 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaVdwForce2.cc\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaVdwForce2.cc\n@@ -7,7 +7,7 @@\n real tempForce = 0.0f;\n float2 pairSigmaEpsilon = sigmaEpsilon[atomType1+atomType2*NUM_TYPES];\n real sigma = pairSigmaEpsilon.x;\n- real epsilon = pairSigmaEpsilon.y;\n+ real epsilon = pairSigmaEpsilon.y * scaleFactor1 * scaleFactor2;\n real softcore = 0.0f;\n #if VDW_ALCHEMICAL_METHOD == 1\n if (isAlchemical1 != isAlchemical2) { \ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaWcaForce.cc b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaWcaForce.cc\nindex 58ef0891d8..0126b77847 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaWcaForce.cc\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/common/src/kernels/amoebaWcaForce.cc\n@@ -29,10 +29,145 @@ DEVICE void initParticleParameters(float radius, float epsilon, real* rmixo, rea\n *rmixh = 2*(rminh2*RMINH + radius2*radius) / (rminh2+radius2);\n }\n \n+DEVICE real integralBeforeRMin(real eps, real r, real r2, real sk2,\n+ real lik2, real lik3, real lik4, real uik2, real uik3, real uik4) {\n+ return -eps * (4 * M_PI / (48 * r) * (3 * (lik4 - uik4) - 8 * r * (lik3 - uik3) + 6 * (r2 - sk2) * (lik2 - uik2)));\n+}\n+\n+DEVICE real integralBeforeRminDerivative(real ri, real eps, real rmin, real r, real r2,\n+ real r3, real sk, real sk2, real lik, real lik2,\n+ real lik3, real uik, real uik2, real uik3) {\n+ real dl;\n+ if (ri > r - sk) {\n+ dl = (-lik2 + 2 * r2 + 2 * sk2) * lik2;\n+ } else {\n+ dl = (-lik3 + 4 * lik2 * r - 6 * lik * r2 + 2 * lik * sk2 + 4 * r3 - 4 * r * sk2) * lik;\n+ }\n+ real du;\n+ if (r + sk > rmin) {\n+ du = -(-uik2 + 2 * r2 + 2 * sk2) * uik2;\n+ } else {\n+ du = -(-uik3 + 4 * uik2 * r - 6 * uik * r2 + 2 * uik * sk2 + 4 * r3 - 4 * r * sk2) * uik;\n+ }\n+ return -eps * M_PI * (dl + du) / (4 * r2);\n+}\n+\n+DEVICE real integralAfterRmin(real eps, real rmin7, real r, real r2, real sk2,\n+ real lik, real lik2, real lik3, real lik4, real lik5, real lik10,\n+ real lik11, real lik12, real uik, real uik2, real uik3, real uik4,\n+ real uik5, real uik10, real uik11, real uik12) {\n+ real er7 = eps * rmin7;\n+ real term = 4 * M_PI / (120 * r * lik5 * uik5)\n+ * (15 * uik * lik * r * (uik4 - lik4)\n+ - 10 * uik2 * lik2 * (uik3 - lik3)\n+ + 6 * (sk2 - r2) * (uik5 - lik5));\n+ real term2 = 4 * M_PI / (2640 * r * lik12 * uik12)\n+ * (120 * uik * lik * r * (uik11 - lik11)\n+ - 66 * uik2 * lik2 * (uik10 - lik10)\n+ + 55 * (sk2 - r2) * (uik12 - lik12));\n+ real idisp = -2 * er7 * term;\n+ real irep = er7 * rmin7 * term2;\n+ return irep + idisp;\n+}\n+\n+DEVICE real integralAfterRminDerivative(real ri, real eps, real rmin, real rmin7, real rmax,\n+ real r, real r2, real r3, real sk, real sk2, real lik,\n+ real lik2, real lik3, real lik5, real lik6, real lik12,\n+ real lik13, real uik, real uik2, real uik3, real uik6,\n+ real uik13) {\n+ real er7 = eps * rmin7;\n+ real lowerTerm = lik2 * r + r3 - r * sk2;\n+ real upperTerm = uik2 * r + r3 - r * sk2;\n+\n+ real dl;\n+ if (ri > r - sk || rmax < rmin) {\n+ dl = -(-5 * lik2 + 3 * r2 + 3 * sk2) / lik5;\n+ } else {\n+ dl = (5 * lik3 - 33 * lik * r2 - 3 * lik * sk2 + 15 * lowerTerm) / lik6;\n+ }\n+ real du = -(5 * uik3 - 33 * uik * r2 - 3 * uik * sk2 + 15 * upperTerm) / uik6;\n+ real de = -2 * M_PI * er7 * (dl + du) / (15 * r2);\n+\n+ if (ri > r - sk || rmax < rmin) {\n+ dl = -(-6 * lik2 + 5 * r2 + 5 * sk2) / lik12;\n+ } else {\n+ dl = (6 * lik3 - 125 * lik * r2 - 5 * lik * sk2 + 60 * lowerTerm) / lik13;\n+ }\n+ du = -(6 * uik3 - 125 * uik * r2 - 5 * uik * sk2 + 60 * upperTerm) / uik13;\n+ de += M_PI * er7 * rmin7 * (dl + du) / (60 * r2);\n+ return de;\n+}\n+\n+DEVICE real interact(real factor, real ri, real sk, real rmix, real emix,\n+ real r, real r2, real r3, real3 *force) {\n+ real sum = 0;\n+ // Nothing to do if the integral begins beyond r + sk (i.e. atom k does not exclude solvent)\n+ if (ri < r + sk) {\n+ // Zero out the derivative contribution of atom k.\n+ real de = 0;\n+ real sk2 = sk * sk;\n+ // Compute the maximum of 1) the beginning of the integral and 2) closest edge of atom K.\n+ real iStart = ri > r - sk ? ri : r - sk;\n+ // Use this as the lower limit for integrating the constant eps value below Rmin.\n+ real lik = iStart;\n+ // Interaction with water from lik to Rmin; nothing to do if the lower limit is greater than Rmin.\n+ if (lik < rmix) {\n+ real lik2 = lik * lik;\n+ real lik3 = lik2 * lik;\n+ real lik4 = lik3 * lik;\n+ // Upper limit is the minimum of Rmin and the farthest edge of atom K.\n+ real uik = r + sk < rmix ? r + sk : rmix;\n+ real uik2 = uik * uik;\n+ real uik3 = uik2 * uik;\n+ real uik4 = uik3 * uik;\n+ sum = integralBeforeRMin(emix, r, r2, sk2, lik2, lik3, lik4, uik2, uik3, uik4);\n+ de = integralBeforeRminDerivative(ri, emix, rmix, r, r2, r3, sk, sk2, lik, lik2, lik3, uik, uik2, uik3);\n+ }\n+ // Upper limit the variable part of Uwca always the farthest edge of atom K.\n+ real uik = r + sk;\n+ // Interaction with water beyond Rmin, from lik to uik = r + sk.\n+ if (uik > rmix) {\n+ // Start the integral at the max of 1) iStart and 2) Rmin.\n+ lik = iStart > rmix ? iStart : rmix;\n+ real lik2 = lik * lik;\n+ real lik3 = lik2 * lik;\n+ real lik4 = lik3 * lik;\n+ real lik5 = lik4 * lik;\n+ real lik6 = lik5 * lik;\n+ real lik10 = lik5 * lik5;\n+ real lik11 = lik10 * lik;\n+ real lik12 = lik11 * lik;\n+ real uik2 = uik * uik;\n+ real uik3 = uik2 * uik;\n+ real uik4 = uik3 * uik;\n+ real uik5 = uik4 * uik;\n+ real uik10 = uik5 * uik5;\n+ real uik11 = uik10 * uik;\n+ real uik12 = uik11 * uik;\n+ real rmix3 = rmix * rmix * rmix;\n+ real rmix7 = rmix3 * rmix3 * rmix;\n+ sum += integralAfterRmin(emix, rmix7, r, r2, sk2, lik, lik2, lik3, lik4, lik5, lik10, lik11, lik12, uik,\n+ uik2, uik3, uik4, uik5, uik10, uik11, uik12);\n+ real lik13 = lik12 * lik;\n+ real uik6 = uik5 * uik;\n+ real uik13 = uik12 * uik;\n+ de += integralAfterRminDerivative(ri, emix, rmix, rmix7, iStart, r, r2, r3, sk, sk2, lik, lik2, lik3,\n+ lik5, lik6, lik12, lik13, uik, uik2, uik3, uik6, uik13);\n+ }\n+ // Increment the individual dispersion gradient components.\n+ de *= factor / r;\n+ (*force).x += de;\n+ (*force).y += de;\n+ (*force).z += de;\n+ }\n+ return factor * sum;\n+}\n+\n+\n DEVICE void computeOneInteraction(AtomData atom1, AtomData atom2, real rmixo, real rmixh, real emixo, real emixh, real3* force, real* energy) {\n // get deltaR and r between 2 atoms\n- \n- *force = atom2.pos - atom1.pos;\n+\n+ *force = atom1.pos - atom2.pos;\n real r2 = dot(*force, *force);\n if (r2 <= 0) {\n *force = make_real3(0);\n@@ -42,152 +177,28 @@ DEVICE void computeOneInteraction(AtomData atom1, AtomData atom2, real rmixo, re\n real rI = RSQRT(r2);\n real r = RECIP(rI);\n \n- real sk = atom2.radius*SHCTD;\n- real sk2 = sk*sk;\n- if (atom1.radius >= (r+sk)) {\n- *force = make_real3(0);\n- *energy = 0;\n- return;\n- }\n-\n- real rmax = atom1.radius > (r - sk) ? atom1.radius : (r - sk);\n- real lik = rmax;\n- real lik2 = lik*lik;\n- real lik3 = lik2*lik;\n- real lik4 = lik2*lik2;\n- \n- real uik = (r+sk) < rmixo ? (r+sk) : rmixo;\n- real uik2 = uik*uik;\n- real uik3 = uik2*uik;\n- real uik4 = uik2*uik2;\n-\n- real term = 4*M_PI/(48*r)*(3*(lik4-uik4) - 8*r*(lik3-uik3) + 6*(r2-sk2)*(lik2-uik2));\n+ real xr = (*force).x;\n+ real yr = (*force).y;\n+ real zr = (*force).z;\n+ real r3 = r2 * r;\n \n- real r3 = r2*r;\n- real dl1 = lik2*(-lik2 + 2*(r2 + sk2));\n- real dl2 = lik*(-lik3 + 4*lik2*r - 6*lik*r2 + 2*lik*sk2 + 4*r3 - 4*r*sk2);\n- real dl = atom1.radius > (r-sk)? dl1 : dl2;\n+ real sk = atom2.radius * SHCTD;\n \n- real du1 = uik2*(-uik2 + 2*(r2 + sk2));\n- real du2 = uik*(-uik3 + 4*uik2*r - 2*uik*(3*r2 - sk2) + 4*r*(r2 - sk2));\n- real du = (r+sk) > rmixo ? -du1 : -du2;\n+ // Start of integration of dispersion for atom i with water oxygen.\n+ real riO = rmixo * 0.5f + DISPOFF;\n+ real nO = 1.0f;\n \n- real mask2 = lik < rmixo ? 1 : 0;\n- real sum = -mask2*(emixo*term);\n- real de = -mask2*emixo*M_PI*(dl+du)/(4*r2);\n+ // Start of integration of dispersion for atom i with water hydrogen.\n+ real riH = rmixh * 0.5f + DISPOFF;\n+ real nH = 2.0f;\n \n- uik = (r+sk) < rmixh ? (r+sk) : rmixh;\n- uik2 = uik*uik;\n- uik3 = uik2*uik;\n- uik4 = uik2*uik2;\n+ *force = make_real3(0);\n+ *energy = interact(nO, riO, sk, rmixo, emixo, r, r2, r3, force) +\n+ interact(nH, riH, sk, rmixh, emixh, r, r2, r3, force);\n \n- term = (M_PI)/ (12*r) * (3*(lik4-uik4) - 8*r*(lik3-uik3) + 6*(r2-sk2)*(lik2-uik2));\n-\n- dl1 = lik2*(-lik2 + 2*r2 + 2*sk2);\n- dl2 = lik*(-lik3 + 4*lik2*r - 6*lik*r2 + 2*lik*sk2 + 4*r3 - 4*r*sk2);\n- dl = atom1.radius > (r-sk) ? dl1 : dl2;\n-\n- du1 = -uik2*(-uik2 + 2*r2 + 2*sk2);\n- du2 = -uik*(-uik3 + 4*uik2*r - 6*uik*r2 + 2*uik*sk2 + 4*r3 - 4*r*sk2);\n- du = (r+sk) > rmixh ? du1 : du2;\n-\n- mask2 = lik < rmixh ? 1 : 0;\n- sum -= mask2*(2*emixh*term);\n- de -= mask2*(2*emixh*M_PI*(dl+du)/(4*r2));\n-\n- uik = r + sk;\n- uik2 = uik*uik;\n- uik3 = uik2*uik;\n- uik4 = uik2*uik2;\n- real uik5 = uik4*uik;\n- real uik6 = uik3*uik3;\n- real uik10 = uik5*uik5;\n- real uik11 = uik10*uik;\n- real uik12 = uik6*uik6;\n- real uik13 = uik12*uik;\n-\n- lik = rmax > rmixo ? rmax : rmixo;\n- lik2 = lik*lik;\n- lik3 = lik2*lik;\n- lik4 = lik2*lik2;\n- real lik5 = lik4*lik;\n- real lik6 = lik3*lik3;\n- real lik10 = lik5*lik5;\n- real lik11 = lik10*lik;\n- real lik12 = lik6*lik6;\n- real lik13 = lik12*lik;\n-\n- term = 4*M_PI/(120*r*lik5*uik5)*(15*uik*lik*r*(uik4-lik4) - 10*uik2*lik2*(uik3-lik3) + 6*(sk2-r2)*(uik5-lik5));\n- dl1 = (-5*lik2 + 3*r2 + 3*sk2)/lik5;\n- dl2 = (5*lik3 - 33*lik*r2 - 3*lik*sk2 + 15*(lik2*r+r3-r*sk2))/lik6;\n- dl = (atom1.radius > (r-sk)) || (rmax < rmixo) ? -dl1 : dl2;\n-\n- du = (-5*uik3 + 33*uik*r2 + 3*uik*sk2 - 15*(uik2*r+r3-r*sk2))/uik6;\n-\n- real rmixo7 = rmixo*rmixo*rmixo;\n- rmixo7 = rmixo7*rmixo7*rmixo;\n- real ao = emixo*rmixo7;\n-\n- real idisp = -2*ao*term;\n- mask2 = uik > rmixo ? 1 : 0;\n-\n- de -= mask2*(2*ao*M_PI*(dl + du)/(15*r2));\n-\n- term = 4*M_PI/(2640*r*lik12*uik12) * (120*uik*lik*r*(uik11-lik11) - 66*uik2*lik2*(uik10-lik10) + 55*(sk2-r2)*(uik12-lik12));\n-\n- dl1 = (6*lik2 - 5*r2 - 5*sk2)/lik12;\n- dl2 = (6*lik3 - 125*lik*r2 - 5*lik*sk2 + 60*(lik2*r+r3-r*sk2))/lik13;\n- dl = (atom1.radius > (r-sk)) || (rmax < rmixo) ? dl1 : dl2;\n-\n- du = (-6*uik3 + 125*uik*r2 + 5*uik*sk2 - 60*(uik2*r+r3-r*sk2))/uik13;\n-\n- de += mask2*(ao*rmixo7*M_PI*(dl + du)/(60*r2));\n- real irep = ao*rmixo7*term;\n- sum += mask2*(irep + idisp);\n-\n- lik = rmax > rmixh ? rmax : rmixh;\n- lik2 = lik*lik;\n- lik3 = lik2*lik;\n- lik4 = lik2*lik2;\n- lik5 = lik4*lik;\n- lik6 = lik3*lik3;\n- lik10 = lik5*lik5;\n- lik11 = lik10*lik;\n- lik12 = lik6*lik6;\n- lik13 = lik12*lik;\n-\n- term = 4*M_PI / (120*r*lik5*uik5) * (15*uik*lik*r*(uik4-lik4) - 10*uik2*lik2*(uik3-lik3) + 6*(sk2-r2)*(uik5-lik5));\n-\n- dl1 = (-5*lik2 + 3*r2 + 3*sk2)/lik5;\n- dl2 = (5*lik3 - 33*lik*r2 - 3*lik*sk2+ 15*(lik2*r+r3-r*sk2))/lik6;\n- dl = (atom1.radius > (r-sk)) || (rmax < rmixh) ? -dl1 : dl2;\n-\n- du = -(5*uik3 - 33*uik*r2 - 3*uik*sk2 + 15*(uik2*r+r3-r*sk2))/uik6;\n-\n- real rmixh7 = rmixh*rmixh*rmixh;\n- rmixh7 = rmixh7*rmixh7*rmixh;\n- real ah = emixh*rmixh7;\n-\n- idisp = -4*ah*term;\n-\n- mask2 = uik > rmixh ? 1 : 0;\n- de -= mask2*(4*ah*M_PI*(dl + du)/(15*r2));\n-\n- term = 4*M_PI / (2640*r*lik12*uik12) * (120*uik*lik*r*(uik11-lik11) - 66*uik2*lik2*(uik10-lik10) + 55*(sk2-r2)*(uik12-lik12));\n-\n- dl1 = -(-6*lik2 + 5*r2 + 5*sk2)/lik12;\n- dl2 = (6*lik3 - 125*lik*r2 - 5*lik*sk2 + 60*(lik2*r+r3-r*sk2))/lik13;\n- dl = ((atom1.radius > (r-sk)) || (rmax < rmixh)) ? dl1 : dl2;\n-\n- du = -(6*uik3 - 125*uik*r2 -5*uik*sk2 + 60*(uik2*r+r3-r*sk2))/uik13;\n- irep = 2*ah*rmixh7*term;\n-\n- de += mask2*(ah*rmixh7*M_PI*(dl+du)/(30*r2));\n- sum += mask2*(irep+idisp);\n-\n- *energy = sum;\n- de *= -AWATER*rI;\n- *force *= de;\n+ (*force).x *= AWATER * xr;\n+ (*force).y *= AWATER * yr;\n+ (*force).z *= AWATER * zr;\n }\n \n /**\n@@ -263,4 +274,4 @@ KERNEL void computeWCAForce(GLOBAL mm_ulong* RESTRICT forceBuffers, GLOBAL mixed\n pos++;\n } while (pos < end);\n energyBuffer[GLOBAL_ID] -= AWATER*energy;\n-}\n\\ No newline at end of file\n+}\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.cpp b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.cpp\nindex f2ce6e8c41..af2c258705 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.cpp\n@@ -294,19 +294,18 @@ AmoebaReferenceMultipoleForce* ReferenceCalcAmoebaMultipoleForceKernel::setupAmo\n amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setSurfaceAreaFactor(gkKernel->getSurfaceAreaFactor());\n amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setIncludeCavityTerm(gkKernel->getIncludeCavityTerm());\n amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setDirectPolarization(gkKernel->getDirectPolarization());\n-\n- vector<double> parameters; \n- gkKernel->getAtomicRadii(parameters);\n- amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setAtomicRadii(parameters);\n-\n- gkKernel->getScaleFactors(parameters);\n- amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setScaleFactors(parameters);\n-\n- gkKernel->getCharges(parameters);\n- amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setCharges(parameters);\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setTanhRescaling(gkKernel->getTanhRescaling());\n+ double beta0, beta1, beta2;\n+ gkKernel->getTanhParameters(beta0, beta1, beta2);\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setTanhParameters(beta0, beta1, beta2);\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setDescreenOffset(gkKernel->getDescreenOffset());\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setAtomicRadii(gkKernel->getAtomicRadii());\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setScaleFactors(gkKernel->getScaleFactors());\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setCharges(gkKernel->getCharges());\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setDescreenRadii(gkKernel->getDescreenRadii());\n+ amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->setNeckFactors(gkKernel->getNeckFactors());\n \n // calculate Grycuk Born radii\n-\n vector<Vec3>& posData = extractPositions(context);\n amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->calculateGrycukBornRadii(posData);\n \n@@ -534,6 +533,20 @@ int ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getIncludeCavityTerm() co\n return includeCavityTerm;\n }\n \n+bool ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getTanhRescaling() const {\n+ return tanhRescaling;\n+}\n+\n+void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getTanhParameters(double &b0, double &b1, double &b2) const {\n+ b0 = beta0;\n+ b1 = beta1;\n+ b2 = beta2;\n+}\n+\n+double ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getDescreenOffset() const {\n+ return descreenOffset;\n+}\n+\n int ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getDirectPolarization() const {\n return directPolarization;\n }\n@@ -558,19 +571,24 @@ double ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getSurfaceAreaFactor()\n return surfaceAreaFactor;\n }\n \n-void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getAtomicRadii(vector<double>& outputAtomicRadii) const {\n- outputAtomicRadii.resize(atomicRadii.size());\n- copy(atomicRadii.begin(), atomicRadii.end(), outputAtomicRadii.begin());\n+const vector<double>& ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getAtomicRadii() const {\n+ return atomicRadii;\n+}\n+\n+const vector<double>& ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getCharges() const {\n+ return charges;\n+}\n+\n+const vector<double>& ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getScaleFactors() const {\n+ return scaleFactors;\n }\n \n-void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getScaleFactors(vector<double>& outputScaleFactors) const {\n- outputScaleFactors.resize(scaleFactors.size());\n- copy(scaleFactors.begin(), scaleFactors.end(), outputScaleFactors.begin());\n+const vector<double>& ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getDescreenRadii() const {\n+ return descreenRadii;\n }\n \n-void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getCharges(vector<double>& outputCharges) const {\n- outputCharges.resize(charges.size());\n- copy(charges.begin(), charges.end(), outputCharges.begin());\n+const vector<double>& ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::getNeckFactors() const {\n+ return neckFactors;\n }\n \n void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System& system, const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force) {\n@@ -593,13 +611,13 @@ void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System&\n numParticles = system.getNumParticles();\n \n for (int ii = 0; ii < numParticles; ii++) {\n-\n- double particleCharge, particleRadius, scalingFactor;\n- force.getParticleParameters(ii, particleCharge, particleRadius, scalingFactor);\n+ double particleCharge, particleRadius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n+ force.getParticleParameters(ii, particleCharge, particleRadius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor);\n atomicRadii.push_back(particleRadius);\n scaleFactors.push_back(scalingFactor);\n charges.push_back(particleCharge);\n-\n+ descreenRadii.push_back(descreenRadius);\n+ neckFactors.push_back(neckFactor);\n // Make sure the charge matches the one specified by the AmoebaMultipoleForce.\n \n double charge2, thole, damping, polarity;\n@@ -610,13 +628,20 @@ void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::initialize(const System&\n throw OpenMMException(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce and AmoebaMultipoleForce must specify the same charge for every atom.\");\n }\n \n- } \n+ }\n includeCavityTerm = force.getIncludeCavityTerm();\n+ tanhRescaling = force.getTanhRescaling();\n+ double b0, b1, b2;\n+ force.getTanhParameters(b0, b1, b2);\n+ beta0 = b0;\n+ beta1 = b1;\n+ beta2 = b2;\n+ descreenOffset = force.getDescreenOffset();\n soluteDielectric = force.getSoluteDielectric();\n solventDielectric = force.getSolventDielectric();\n- dielectricOffset = 0.009;\n- probeRadius = force.getProbeRadius(), \n- surfaceAreaFactor = force.getSurfaceAreaFactor(); \n+ dielectricOffset = force.getDielectricOffset();\n+ probeRadius = force.getProbeRadius();\n+ surfaceAreaFactor = force.getSurfaceAreaFactor();\n directPolarization = amoebaMultipoleForce->getPolarizationType() == AmoebaMultipoleForce::Direct ? 1 : 0;\n }\n \n@@ -632,11 +657,13 @@ void ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel::copyParametersToContext(\n // Record the values.\n \n for (int i = 0; i < numParticles; ++i) {\n- double particleCharge, particleRadius, scalingFactor;\n- force.getParticleParameters(i, particleCharge, particleRadius, scalingFactor);\n+ double particleCharge, particleRadius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n+ force.getParticleParameters(i, particleCharge, particleRadius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor);\n atomicRadii[i] = particleRadius;\n scaleFactors[i] = scalingFactor;\n charges[i] = particleCharge;\n+ descreenRadii[i] = descreenRadius;\n+ neckFactors[i] = neckFactor;\n }\n }\n \ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.h b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.h\nindex 4fb401eeba..5c0b9f6119 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/AmoebaReferenceKernels.h\n@@ -318,6 +318,25 @@ class ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel : public CalcAmoebaGener\n */\n int getIncludeCavityTerm() const;\n \n+ /**\n+ * Get the 'tanh rescaling' flag.\n+ *\n+ * @return tanhRescaling\n+ */\n+ bool getTanhRescaling() const;\n+\n+ /**\n+ * Get Tanh parameters beta0, beta1 and beta2.\n+ */\n+ void getTanhParameters(double& b0, double& b1, double& b2) const;\n+\n+ /**\n+ * Get the descreen offset for computing effective Born radii.\n+ *\n+ * @return descreenOffset\n+ */\n+ double getDescreenOffset() const;\n+\n /**\n * Get the number of particles.\n *\n@@ -350,10 +369,9 @@ class ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel : public CalcAmoebaGener\n double getSolventDielectric() const;\n \n /**\n- * Get the dielectric offset.\n+ * Get the dielectric offset for the cavity term.\n *\n * @return dielectricOffset\n- *\n */\n double getDielectricOffset() const;\n \n@@ -375,27 +393,28 @@ class ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel : public CalcAmoebaGener\n \n /**\n * Get the vector of particle radii.\n- *\n- * @param atomicRadii vector of atomic radii\n- *\n */\n- void getAtomicRadii(std::vector<double>& atomicRadii) const;\n+ const vector<double>& getAtomicRadii() const;\n \n /**\n * Get the vector of scale factors.\n- *\n- * @param scaleFactors vector of scale factors\n- *\n */\n- void getScaleFactors(std::vector<double>& scaleFactors) const;\n+ const vector<double>& getScaleFactors() const;\n \n /**\n * Get the vector of charges.\n- *\n- * @param charges vector of charges\n- *\n */\n- void getCharges(std::vector<double>& charges) const;\n+ const vector<double>& getCharges() const;\n+\n+ /**\n+ * Get the vector of descreening radii.\n+ */\n+ const vector<double>& getDescreenRadii() const;\n+\n+ /**\n+ * Get the vector of neck scaling factors.\n+ */\n+ const vector<double>& getNeckFactors() const;\n \n /**\n * Copy changed parameters over to a context.\n@@ -411,12 +430,19 @@ class ReferenceCalcAmoebaGeneralizedKirkwoodForceKernel : public CalcAmoebaGener\n std::vector<double> atomicRadii;\n std::vector<double> scaleFactors;\n std::vector<double> charges;\n+ std::vector<double> descreenRadii;\n+ std::vector<double> neckFactors;\n double soluteDielectric;\n double solventDielectric;\n double dielectricOffset;\n double probeRadius;\n double surfaceAreaFactor;\n int includeCavityTerm;\n+ bool tanhRescaling;\n+ double beta0;\n+ double beta1;\n+ double beta2;\n+ double descreenOffset;\n int directPolarization;\n const System& system;\n };\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.cpp b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.cpp\nindex 91ae280569..87dd1ab107 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n@@ -22,20 +22,25 @@\n */\n \n #include \"AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.h\"\n+#include \"openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h\"\n #include <cmath>\n \n using std::vector;\n using namespace OpenMM;\n \n AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce() : _numParticles(0),\n- _includeCavityTerm(1),\n- _directPolarization(0),\n- _soluteDielectric(1.0),\n- _solventDielectric(78.3),\n- _dielectricOffset(0.009),\n- _probeRadius(0.14),\n- _surfaceAreaFactor(0.0054) {\n-\n+ _includeCavityTerm(1),\n+ _directPolarization(0),\n+ _soluteDielectric(1.0),\n+ _solventDielectric(78.3),\n+ _dielectricOffset(0.009),\n+ _probeRadius(0.14),\n+ _surfaceAreaFactor(0.0054),\n+ _tanhRescaling(false),\n+ _beta0(0.9563),\n+ _beta1(0.2578),\n+ _beta2(0.0810),\n+ _descreenOffset(0.0) {\n }\n \n void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setNumParticles(int numParticles) {\n@@ -54,6 +59,41 @@ int AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getIncludeCavityTerm() const {\n return _includeCavityTerm;\n }\n \n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setTanhRescaling(bool tanhRescaling) {\n+ _tanhRescaling = tanhRescaling;\n+}\n+\n+bool AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getTanhRescaling() const {\n+ return _tanhRescaling;\n+}\n+\n+/**\n+ * Get Tanh parameters beta0, beta1 and beta2.\n+ */\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getTanhParameters(double& b0, double& b1, double& b2) const {\n+ b0 = _beta0;\n+ b1 = _beta1;\n+ b2 = _beta2;\n+}\n+\n+/**\n+ * Set the flag signaling whether the solute integral is rescaled by a Tanh function\n+ * to account for interstitial spaces.\n+*/\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setTanhParameters(double b0, double b1, double b2) {\n+ _beta0 = b0;\n+ _beta1 = b1;\n+ _beta2 = b2;\n+}\n+\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setDescreenOffset(double descreenOffset) {\n+ _descreenOffset = descreenOffset;\n+}\n+\n+double AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getDescreenOffset() const {\n+ return _descreenOffset;\n+}\n+\n void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setDirectPolarization(int directPolarization) {\n _directPolarization = directPolarization;\n }\n@@ -127,77 +167,145 @@ void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setCharges(const vector<double>& c\n copy(charges.begin(), charges.end(), _charges.begin());\n }\n \n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setDescreenRadii(const vector<double> &descreenRadii) {\n+ _descreenRadii.resize(descreenRadii.size());\n+ copy(descreenRadii.begin(), descreenRadii.end(), _descreenRadii.begin());\n+}\n+\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getDescreenRadii(vector<double> &descreenRadii) const {\n+ descreenRadii.resize(_atomicRadii.size());\n+ copy(_descreenRadii.begin(), _descreenRadii.end(), descreenRadii.begin());\n+}\n+\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::setNeckFactors(const vector<double> &neckFactors) {\n+ _neckFactors.resize(neckFactors.size());\n+ copy(neckFactors.begin(), neckFactors.end(), _neckFactors.begin());\n+}\n+\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getNeckFactors(vector<double> &neckFactors) const {\n+ neckFactors.resize(_neckFactors.size());\n+ copy(_neckFactors.begin(), _neckFactors.end(), neckFactors.begin());\n+}\n+\n void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getGrycukBornRadii(vector<double>& bornRadii) const {\n bornRadii.resize(_bornRadii.size());\n copy(_bornRadii.begin(), _bornRadii.end(), bornRadii.begin());\n }\n \n-void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::calculateGrycukBornRadii(const vector<Vec3>& particlePositions) {\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::getSoluteIntegral(vector<double> &soluteIntegral) const {\n+ soluteIntegral.resize(_soluteIntegral.size());\n+ copy(_soluteIntegral.begin(), _soluteIntegral.end(), soluteIntegral.begin());\n+}\n \n- const double bigRadius = 1000.0;\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce::calculateGrycukBornRadii(const vector<Vec3> &particlePositions) {\n+\n+ // Set the radius to 30 Angstroms (3 nm) if either the base radius is zero, or the\n+ // descreening integral is negative.\n+ const double MAX_RADIUS = 3.0;\n+ const double RECIP_MAX_RADIUS3 = pow(MAX_RADIUS, -3.0);\n+ const double PI4_3 = 4.0 / 3.0 * M_PI;\n+ const double INVERSE_PI4_3 = 1.0 / PI4_3;\n+ const double ONE_THIRD = 1.0 / 3.0;\n \n _bornRadii.resize(_numParticles);\n+ _soluteIntegral.resize(_numParticles);\n+\n for (unsigned int ii = 0; ii < _numParticles; ii++) {\n \n if (_atomicRadii[ii] <= 0.0) {\n- _bornRadii[ii] = bigRadius;\n+ _bornRadii[ii] = MAX_RADIUS;\n continue;\n }\n \n+ double integralStartI = max(_atomicRadii[ii], _descreenRadii[ii]) + _descreenOffset;\n+\n double bornSum = 0.0;\n+ double neckSum = 0.0;\n for (unsigned int jj = 0; jj < _numParticles; jj++) {\n \n- if (ii == jj || _atomicRadii[jj] < 0.0)continue;\n- \n- double xr = particlePositions[jj][0] - particlePositions[ii][0];\n- double yr = particlePositions[jj][1] - particlePositions[ii][1];\n- double zr = particlePositions[jj][2] - particlePositions[ii][2];\n+ double sk = _descreenRadii[jj] * _scaleFactors[jj];\n+\n+ if (ii == jj || integralStartI <= 0.0 || sk <= 0.0) continue;\n \n- double r2 = xr*xr + yr*yr + zr*zr;\n- double r = sqrt(r2);\n+ double xr = particlePositions[jj][0] - particlePositions[ii][0];\n+ double yr = particlePositions[jj][1] - particlePositions[ii][1];\n+ double zr = particlePositions[jj][2] - particlePositions[ii][2];\n \n- double sk = _atomicRadii[jj]*_scaleFactors[jj];\n+ double r2 = xr * xr + yr * yr + zr * zr;\n+ double r = sqrt(r2);\n \n // If atom ii engulfs the descreening atom, then continue.\n- if (_atomicRadii[ii] > r + sk) continue;\n-\n- double sk2 = sk*sk;\n-\n- if ((_atomicRadii[ii] + r) < sk) {\n- double lik = _atomicRadii[ii];\n- double uik = sk - r; \n- double lik3 = lik*lik*lik;\n- double uik3 = uik*uik*uik;\n- bornSum -= (1.0/uik3 - 1.0/lik3);\n- } \n- \n- double uik = r + sk; \n+ if (integralStartI > r + sk) continue;\n+\n+ double sk2 = sk * sk;\n+\n+ if ((integralStartI + r) < sk) {\n+ double lik = integralStartI;\n+ double uik = sk - r;\n+ double lik3 = lik * lik * lik;\n+ double uik3 = uik * uik * uik;\n+ bornSum -= (1.0 / uik3 - 1.0 / lik3);\n+ }\n+\n+ double uik = r + sk;\n double lik;\n- if ((_atomicRadii[ii] + r) < sk) {\n- lik = sk - r; \n- } else if (r < (_atomicRadii[ii] + sk)) {\n- lik = _atomicRadii[ii];\n+ if ((integralStartI + r) < sk) {\n+ lik = sk - r;\n+ } else if (r < (integralStartI + sk)) {\n+ lik = integralStartI;\n } else {\n- lik = r - sk; \n- } \n- \n- double l2 = lik*lik; \n- double l4 = l2*l2;\n- double lr = lik*r;\n- double l4r = l4*r;\n- \n- double u2 = uik*uik;\n- double u4 = u2*u2;\n- double ur = uik*r;\n- double u4r = u4*r;\n- \n- double term = (3.0*(r2-sk2) + 6.0*u2 - 8.0*ur)/u4r - (3.0*(r2-sk2) + 6.0*l2 - 8.0*lr)/l4r;\n- bornSum += term/16.0;\n- \n+ lik = r - sk;\n+ }\n+\n+ double l2 = lik * lik;\n+ double l4 = l2 * l2;\n+ double lr = lik * r;\n+ double l4r = l4 * r;\n+\n+ double u2 = uik * uik;\n+ double u4 = u2 * u2;\n+ double ur = uik * r;\n+ double u4r = u4 * r;\n+\n+ double term =\n+ (3.0 * (r2 - sk2) + 6.0 * u2 - 8.0 * ur) / u4r\n+ - (3.0 * (r2 - sk2) + 6.0 * l2 - 8.0 * lr) / l4r;\n+ bornSum += term / 16.0;\n+\n+ double mixedNeckScale = 0.5 * (_neckFactors[ii] + _neckFactors[jj]);\n+ if (mixedNeckScale > 0.0) {\n+ neckSum += AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::neckDescreen(r, integralStartI, _descreenRadii[jj], mixedNeckScale);\n+ }\n+ }\n+\n+ bornSum = bornSum * PI4_3 + neckSum;\n+ _soluteIntegral[ii] = bornSum;\n+\n+ double baseRadiusI3 = _atomicRadii[ii] * _atomicRadii[ii] * _atomicRadii[ii];\n+\n+ if (_tanhRescaling) {\n+ // Set up tanh function components\n+ double rhoi3Psi = baseRadiusI3 * _soluteIntegral[ii];\n+ double rhoi6Psi2 = rhoi3Psi * rhoi3Psi;\n+ double rhoi9Psi3 = rhoi6Psi2 * rhoi3Psi;\n+ // If the output of the tanh function is 1.0, then the Born radius will be MaxBornRadius\n+ double tanh_constant = PI4_3 * ((1.0 / baseRadiusI3) - RECIP_MAX_RADIUS3);\n+ bornSum = tanh_constant * tanh(_beta0 * rhoi3Psi - _beta1 * rhoi6Psi2 + _beta2 * rhoi9Psi3);\n+ }\n+\n+ bornSum = PI4_3 / baseRadiusI3 - bornSum;\n+\n+ _bornRadii[ii] = (bornSum <= 0.0) ? MAX_RADIUS : pow(INVERSE_PI4_3 * bornSum, -ONE_THIRD);\n+\n+ // Born radius must be at least as large as its base radius.\n+ if (_bornRadii[ii] < _atomicRadii[ii]) {\n+ _bornRadii[ii] = _atomicRadii[ii];\n+ }\n+\n+ // Maximum Born radius is 30.0 Angstroms.\n+ if (_bornRadii[ii] > MAX_RADIUS) {\n+ _bornRadii[ii] = MAX_RADIUS;\n }\n- bornSum = 1.0/(_atomicRadii[ii]*_atomicRadii[ii]*_atomicRadii[ii]) - bornSum;\n- _bornRadii[ii] = (bornSum <= 0.0) ? bigRadius : pow(bornSum, -1.0/3.0);\n }\n \n- return;\n }\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.h b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.h\nindex 8debaaf2b0..70a36ffff3 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce.h\n@@ -81,6 +81,53 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n */\n void setIncludeCavityTerm(int includeCavityTerm);\n \n+ /**\n+ * Get the tanhRescaling flag, which controls whether tanh rescaling of the solute integral is performed.\n+ *\n+ * @return tanhRescaling The value tanhRescaling flag.\n+ */\n+ bool getTanhRescaling() const;\n+\n+ /**\n+ * Set the tanhRescaling flag.\n+ *\n+ * @param tanhRescaling if true, tanh rescaling of the solute integral is performed.\n+ */\n+ void setTanhRescaling(bool tanhRescaling);\n+\n+ /**\n+ * Get Tanh parameters b0, b1 and b2.\n+ *\n+ * @param b0 The first tanh parameter.\n+ * @param b1 The second tanh parameter.\n+ * @param b2 The third tanh parameter.\n+ */\n+ void getTanhParameters(double& b0, double& b1, double& b2) const;\n+\n+ /**\n+ * Set the the Tanh function parameters that account for interstitial spaces.\n+ *\n+ * @param b0 The first tanh parameter.\n+ * @param b1 The second tanh parameter.\n+ * @param b2 The third tanh parameter.\n+ */\n+ void setTanhParameters(double b0, double b1, double b2);\n+\n+ /**\n+ * Get the descreen offset for calculating Born radii.\n+ *\n+ * @return descreenOffset\n+ */\n+ double getDescreenOffset() const;\n+\n+ /**\n+ * Set descreen offset for calculating Born radii.\n+ *\n+ * @param descreenOffset descreen offset\n+ *\n+ */\n+ void setDescreenOffset(double descreenOffset);\n+\n /**\n * Get directPolarization flag \n *\n@@ -128,7 +175,7 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n void setSolventDielectric(double solventDielectric);\n \n /**\n- * Get dielectric offset\n+ * Get dielectric offset for the cavity term.\n *\n * @return dielectricOffset\n *\n@@ -136,7 +183,7 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n double getDielectricOffset() const;\n \n /**\n- * Set dielectric offset\n+ * Set dielectric offset for the cavity term.\n *\n * @param dielectricOffset dielectric offset\n *\n@@ -215,6 +262,36 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n */\n void setCharges(const vector<double>& charges);\n \n+ /**\n+ * Set descreen radii\n+ *\n+ * @param descreenRadii input vector of descreen radii\n+ *\n+ */\n+ void setDescreenRadii(const vector<double>& descreenRadii);\n+\n+ /**\n+ * Get descreen radii\n+ *\n+ * @param descreenRadii output vector of descreen radii\n+ *\n+ */\n+ void getDescreenRadii(vector<double>& descreenRadii) const;\n+\n+ /**\n+ * Set neck scale factors\n+ *\n+ * @param neckFactors input vector of neck scale factors\n+ */\n+ void setNeckFactors(const vector<double>& neckFactors);\n+\n+ /**\n+ * Get neck scale factors\n+ *\n+ * @param neckFactors output vector of neck scale factors\n+ */\n+ void getNeckFactors(vector<double>& neckFactors) const;\n+\n /**\n * Calculate Grycuk Born radii\n *\n@@ -229,13 +306,23 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n * @param bornRadii vector of Born radii\n *\n */\n- void getGrycukBornRadii(vector<double>& bornRadii) const; \n+ void getGrycukBornRadii(vector<double>& bornRadii) const;\n+\n+ /**\n+ * Get Grycik Solute Integral (must have called calculateGrycukBornRadii())\n+ *\n+ * @param bornRadii vector of Born radii\n+ *\n+ */\n+ void getSoluteIntegral(vector<double>& soluteIntegral) const;\n \n private:\n \n int _numParticles;\n int _includeCavityTerm;\n int _directPolarization;\n+ bool _tanhRescaling;\n+ double _descreenOffset;\n \n double _soluteDielectric;\n double _solventDielectric;\n@@ -243,10 +330,17 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce {\n double _probeRadius;\n double _surfaceAreaFactor;\n \n+ double _beta0;\n+ double _beta1;\n+ double _beta2;\n+\n std::vector<double> _atomicRadii;\n std::vector<double> _scaleFactors;\n std::vector<double> _charges;\n+ std::vector<double> _descreenRadii;\n+ std::vector<double> _neckFactors;\n \n+ std::vector<double> _soluteIntegral;\n std::vector<double> _bornRadii;\n \n };\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.cpp b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.cpp\nindex a464d2b8e0..3e333b534a 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.cpp\n@@ -23,6 +23,7 @@\n */\n \n #include \"AmoebaReferenceMultipoleForce.h\"\n+#include \"openmm/internal/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl.h\"\n #include \"SimTKOpenMMRealType.h\"\n #include \"jama_svd.h\"\n #include <algorithm>\n@@ -35,6 +36,7 @@\n // make sure that erf() and erfc() are defined.\n #include \"openmm/internal/MSVC_erfc.h\"\n \n+\n using std::vector;\n using namespace OpenMM;\n \n@@ -2117,8 +2119,7 @@ AmoebaReferenceMultipoleForce::UpdateInducedDipoleFieldStruct::UpdateInducedDipo\n AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce(AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce* amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce) :\n AmoebaReferenceMultipoleForce(NoCutoff),\n _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce(amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce),\n- _gkc(2.455)\n-{\n+ _gkc(2.455), _beta0(0.9563), _beta1(0.2578), _beta2(0.0810) {\n \n double solventDielectric = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getSolventDielectric();\n \n@@ -2127,17 +2128,19 @@ AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::AmoebaReferenceGeneralizedKirk\n _fq = 3.0*(1.0 - solventDielectric)/(2.0 + 3.0*solventDielectric);\n \n _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getGrycukBornRadii(_bornRadii);\n+ _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getSoluteIntegral(_soluteIntegral);\n _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getAtomicRadii(_atomicRadii);\n- _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getScaleFactors(_scaledRadii);\n-\n- _includeCavityTerm = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getIncludeCavityTerm();\n- _probeRadius = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getProbeRadius();\n- _surfaceAreaFactor = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getSurfaceAreaFactor();\n- _dielectricOffset = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getDielectricOffset();\n-\n- for (unsigned int ii = 0; ii < _scaledRadii.size(); ii++) {\n- _scaledRadii[ii] *= _atomicRadii[ii];\n- }\n+ _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getScaleFactors(_scaleFactors);\n+ _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getDescreenRadii(_descreenRadii);\n+ _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getNeckFactors(_neckFactors);\n+\n+ _includeCavityTerm = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getIncludeCavityTerm();\n+ _probeRadius = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getProbeRadius();\n+ _surfaceAreaFactor = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getSurfaceAreaFactor();\n+ _dielectricOffset = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getDielectricOffset();\n+ _tanhRescaling = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getTanhRescaling();\n+ _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getTanhParameters(_beta0, _beta1, _beta2);\n+ _descreenOffset = _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce->getDescreenOffset();\n }\n \n AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::~AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce()\n@@ -2165,6 +2168,12 @@ double AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::getDielectricOffset() c\n return _dielectricOffset;\n };\n \n+double AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::getDescreenOffset() const\n+{\n+ return _descreenOffset;\n+};\n+\n+\n void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::zeroFixedMultipoleFields()\n {\n this->AmoebaReferenceMultipoleForce::zeroFixedMultipoleFields();\n@@ -4060,67 +4069,125 @@ double AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::calculateElectrostatic(\n return energy;\n }\n \n-void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::calculateGrycukChainRulePairIxn(const MultipoleParticleData& particleI, const MultipoleParticleData& particleJ,\n- const vector<double>& dBorn, vector<Vec3>& forces) const\n-{\n- unsigned int iIndex = particleI.particleIndex;\n- unsigned int jIndex = particleJ.particleIndex;\n+static double neckDescreenDerivative(double r, double radius, double radiusK, double sneck) {\n+ // Radius of water in nm.\n+ double radiusWater = 0.14;\n+\n+ if (r > radius + radiusK + 2 * radiusWater) {\n+ return 0.0;\n+ }\n \n- double pi43 = (4.0/3.0)*M_PI;\n+ // Get Aij and Bij\n+ double Aij, Bij;\n+ AmoebaGeneralizedKirkwoodForceImpl::getNeckConstants(radius, radiusK, Aij, Bij);\n+ // Use Aij and Bij to get neck value using derivative of Equation 13 from Aguilar/Onufriev 2010 paper\n+ double rMinusBij = r - Bij;\n+ double rMinusBij3 = rMinusBij * rMinusBij * rMinusBij;\n+ double rMinusBij4 = rMinusBij3 * rMinusBij;\n+ double radiiMinusr = radius + radiusK + 2.0 * radiusWater - r;\n+ double radiiMinusr3 = radiiMinusr * radiiMinusr * radiiMinusr;\n+ double radiiMinusr4 = radiiMinusr3 * radiiMinusr;\n+\n+ double PI4_3 = 4.0 * M_PI / 3.0;\n+ return 4.0 * PI4_3 * (sneck * Aij * rMinusBij3 * radiiMinusr4 - sneck * Aij * rMinusBij4 * radiiMinusr3);\n+}\n+\n+void AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::calculateGrycukChainRulePairIxn(\n+ const MultipoleParticleData &particleI, const MultipoleParticleData &particleJ,\n+ const vector<double> &dBorn, vector<Vec3> &forces) const {\n+ unsigned int iIndex = particleI.particleIndex;\n+ unsigned int jIndex = particleJ.particleIndex;\n+\n+ if (iIndex == jIndex) return;\n+\n+ double bornRadiusI = _bornRadii[iIndex];\n+\n+ const double bigRadius = 3.0;\n+ if (bornRadiusI >= bigRadius) return;\n+\n+ double third = 1.0 / 3.0;\n+ double pi43 = 4.0 * third * M_PI;\n \n double lik, uik;\n double lik4, uik4;\n- double factor = -pow(M_PI, (1.0/3.0))*pow(6.0,(2.0/3.0))/9.0;\n- double term = pi43/(_bornRadii[iIndex]*_bornRadii[iIndex]*_bornRadii[iIndex]);\n- term = factor/pow(term, (4.0/3.0));\n-\n- Vec3 deltaR = particleJ.position - particleI.position;\n+ double factor = -pow(M_PI, third) * pow(6.0, 2.0 * third) / 9.0;\n+ double term = pi43 / (_bornRadii[iIndex] * _bornRadii[iIndex] * _bornRadii[iIndex]);\n+ term = factor / pow(term, 4.0 * third);\n+ if (_tanhRescaling) {\n+ double rhoi = _atomicRadii[iIndex];\n+ double rhoi3 = rhoi * rhoi * rhoi;\n+ double rhoi3Psi = rhoi3 * _soluteIntegral[iIndex];\n+ double rhoi6Psi2 = rhoi3Psi * rhoi3Psi;\n+ double rhoi9Psi3 = rhoi6Psi2 * rhoi3Psi;\n+ double rhoi6Psi = rhoi3 * rhoi3 * _soluteIntegral[iIndex];\n+ double rhoi9Psi2 = rhoi6Psi2 * rhoi3;\n+ double tanhTerm = tanh(_beta0 * rhoi3Psi - _beta1 * rhoi6Psi2 + _beta2 * rhoi9Psi3);\n+ double tanh2 = tanhTerm * tanhTerm;\n+ double chainRuleTerm = _beta0 * rhoi3 - 2.0 * _beta1 * rhoi6Psi + 3.0 * _beta2 * rhoi9Psi2;\n+ double recipBigRad = 1.0 / bigRadius;\n+ double recipBigRad3 = recipBigRad * recipBigRad * recipBigRad;\n+ double tanh_constant = pi43 * ((1.0 / rhoi3) - recipBigRad3);\n+ term = term * tanh_constant * chainRuleTerm * (1.0 - tanh2);\n+ }\n \n- double sk = _scaledRadii[jIndex];\n- double sk2 = sk*sk;\n- double r2 = deltaR.dot(deltaR);\n- double r = sqrt(r2);\n- double de = 0.0;\n+ Vec3 deltaR = particleJ.position - particleI.position;\n+ double sk = _scaleFactors[jIndex] * _descreenRadii[jIndex];\n+ if (sk <= 0.0) return;\n+ double sk2 = sk * sk;\n+ double r2 = deltaR.dot(deltaR);\n+ double r = sqrt(r2);\n+ double de = 0.0;\n \n- // If atom index engulfs the descreening atom, then there is no descreening. \n- if (_atomicRadii[iIndex] > r + sk) return;\n+ double baseRadiusI = max(_atomicRadii[iIndex], _descreenRadii[iIndex]) + _descreenOffset;\n+ // If atom index engulfs the descreening atom, then there is no descreening.\n+ if (baseRadiusI > r + sk) return;\n \n- if ((_atomicRadii[iIndex] + r) < sk) {\n+ if ((baseRadiusI + r) < sk) {\n double uik4;\n- uik = sk - r;\n- uik4 = uik*uik;\n- uik4 = uik4*uik4;\n- de = -4.0*M_PI/uik4;\n+ uik = sk - r;\n+ uik4 = uik * uik;\n+ uik4 = uik4 * uik4;\n+ de = -4.0 * M_PI / uik4;\n }\n \n- if ((_atomicRadii[iIndex] + r) < sk) {\n- lik = sk - r;\n- lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25*M_PI*(sk2-4.0*sk*r+17.0*r2)/ (r2*lik4);\n- } else if (r < (_atomicRadii[iIndex] +sk)) {\n- lik = _atomicRadii[iIndex];\n- lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25*M_PI*(2.0*_atomicRadii[iIndex]*_atomicRadii[iIndex]-sk2-r2)/ (r2*lik4);\n+ if ((baseRadiusI + r) < sk) {\n+ lik = sk - r;\n+ lik4 = lik * lik;\n+ lik4 = lik4 * lik4;\n+ de += 0.25 * M_PI * (sk2 - 4.0 * sk * r + 17.0 * r2) / (r2 * lik4);\n+ } else if (r < (baseRadiusI + sk)) {\n+ lik = baseRadiusI;\n+ lik4 = lik * lik;\n+ lik4 = lik4 * lik4;\n+ de += 0.25 * M_PI * (2.0 * baseRadiusI * baseRadiusI - sk2 - r2) / (r2 * lik4);\n } else {\n- lik = r - sk;\n- lik4 = lik*lik;\n- lik4 = lik4*lik4;\n- de += 0.25*M_PI*(sk2-4.0*sk*r+r2)/ (r2*lik4);\n+ lik = r - sk;\n+ lik4 = lik * lik;\n+ lik4 = lik4 * lik4;\n+ de += 0.25 * M_PI * (sk2 - 4.0 * sk * r + r2) / (r2 * lik4);\n+ }\n+ uik = r + sk;\n+ uik4 = uik * uik;\n+ uik4 = uik4 * uik4;\n+\n+ de -= 0.25 * M_PI * (sk2 + 4.0 * sk * r + r2) / (r2 * uik4);\n+\n+ double mixedNeckScale = 0.5 * (_neckFactors[iIndex] + _neckFactors[jIndex]);\n+ if (mixedNeckScale > 0.0) {\n+ de += neckDescreenDerivative(r, baseRadiusI, _descreenRadii[jIndex], mixedNeckScale);\n }\n- uik = r + sk;\n- uik4 = uik*uik;\n- uik4 = uik4*uik4;\n \n- de -= 0.25*M_PI*(sk2+4.0*sk*r+r2)/ (r2*uik4);\n- double dbr = term*de/r;\n- de = dbr*dBorn[iIndex];\n+ double dbr = term * de / r;\n+ de = dbr * dBorn[iIndex];\n+\n+ forces[iIndex] -= deltaR * de;\n+ forces[jIndex] += deltaR * de;\n \n- forces[iIndex] -= deltaR*de;\n- forces[jIndex] += deltaR*de;\n }\n \n+\n+\n+\n double AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce::calculateCavityTermEnergyAndForces(vector<double>& dBorn) const\n {\n \ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.h b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.h\nindex 8ef6393282..1f1a92541d 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceMultipoleForce.h\n@@ -1239,10 +1239,16 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce : public AmoebaReferenceM\n * Get dielectric offset.\n *\n * @return dielectric offset\n- *\n */\n double getDielectricOffset() const;\n \n+ /**\n+ * Get the descreen offset.\n+ *\n+ * @return descreen offset.\n+ */\n+ double getDescreenOffset() const;\n+\n private:\n \n AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce* _amoebaReferenceGeneralizedKirkwoodForce;\n@@ -1252,10 +1258,17 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce : public AmoebaReferenceM\n double _fd;\n double _fq;\n \n+ double _beta0;\n+ double _beta1;\n+ double _beta2;\n+\n std::vector<double> _atomicRadii;\n- std::vector<double> _scaledRadii;\n+ std::vector<double> _scaleFactors;\n+ std::vector<double> _descreenRadii;\n+ std::vector<double> _neckFactors;\n+\n std::vector<double> _bornRadii;\n- std::vector<double> _bornForce;\n+ std::vector<double> _soluteIntegral;\n \n std::vector<Vec3> _gkField;\n std::vector<Vec3> _inducedDipoleS;\n@@ -1269,6 +1282,8 @@ class AmoebaReferenceGeneralizedKirkwoodMultipoleForce : public AmoebaReferenceM\n double _probeRadius;\n double _surfaceAreaFactor;\n double _dielectricOffset;\n+ double _tanhRescaling;\n+ double _descreenOffset;\n \n /**\n * Zero fixed multipole fields.\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.cpp b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.cpp\nindex 8e8d2b7308..4141a7fcff 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.cpp\n@@ -49,6 +49,7 @@ void AmoebaReferenceVdwForce::initialize(const AmoebaVdwForce& force) {\n int numParticles = force.getNumParticles();\n indexIVs.resize(numParticles);\n reductions.resize(numParticles);\n+ scaleFactors.resize(numParticles);\n isAlchemical.resize(numParticles);\n allExclusions.clear();\n allExclusions.resize(numParticles);\n@@ -57,7 +58,7 @@ void AmoebaReferenceVdwForce::initialize(const AmoebaVdwForce& force) {\n double sigma, epsilon;\n bool alchemical;\n vector<int> exclusions;\n- force.getParticleParameters(i, indexIVs[i], sigma, epsilon, reductions[i], alchemical, type);\n+ force.getParticleParameters(i, indexIVs[i], sigma, epsilon, reductions[i], alchemical, type, scaleFactors[i]);\n isAlchemical[i] = alchemical;\n force.getParticleExclusions(i, exclusions);\n for (unsigned int j = 0; j < exclusions.size(); j++)\n@@ -224,6 +225,9 @@ double AmoebaReferenceVdwForce::calculateForceAndEnergy(int numParticles, double\n double combinedEpsilon = epsilonMatrix[particleType[ii]][particleType[jj]];\n double softcore = 0.0;\n \n+ // Apply per particle scale factors (for CpHMD).\n+ combinedEpsilon *= scaleFactors[ii] * scaleFactors[jj];\n+\n if (this->_alchemicalMethod == AmoebaVdwForce::Decouple && (isAlchemicalI != isAlchemical[jj])) {\n combinedEpsilon *= pow(lambda, this->_n);\n softcore = this->_alpha * pow(1.0 - lambda, 2);\n@@ -287,6 +291,9 @@ double AmoebaReferenceVdwForce::calculateForceAndEnergy(int numParticles, double\n double combinedSigma = sigmaMatrix[particleType[siteI]][particleType[siteJ]];\n double combinedEpsilon = epsilonMatrix[particleType[siteI]][particleType[siteJ]];\n \n+ // Apply per particle scale factors (for CpHMD).\n+ combinedEpsilon *= scaleFactors[siteI] * scaleFactors[siteJ];\n+\n double softcore = 0.0;\n int isAlchemicalI = isAlchemical[siteI];\n int isAlchemicalJ = isAlchemical[siteJ];\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.h b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.h\nindex e51c799770..d14ee4aa42 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceVdwForce.h\n@@ -135,6 +135,7 @@ class AmoebaReferenceVdwForce {\n std::vector<std::vector<double> > epsilonMatrix;\n std::vector<int> indexIVs;\n std::vector<double> reductions;\n+ std::vector<double> scaleFactors;\n std::vector<bool> isAlchemical;\n std::vector<std::set<int> > allExclusions;\n Vec3 _periodicBoxVectors[3];\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.cpp b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.cpp\nindex a3fb8c33bb..1fcd099294 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.cpp\n@@ -23,8 +23,9 @@\n */\n \n #ifdef WIN32\n- #define _USE_MATH_DEFINES // Needed to get M_PI\n+#define _USE_MATH_DEFINES // Needed to get M_PI\n #endif\n+\n #include \"AmoebaReferenceForce.h\"\n #include \"AmoebaReferenceWcaDispersionForce.h\"\n #include <cmath>\n@@ -32,280 +33,240 @@\n using std::vector;\n using namespace OpenMM;\n \n-AmoebaReferenceWcaDispersionForce::AmoebaReferenceWcaDispersionForce(double epso, double epsh, double rmino, double rminh, \n- double awater, double shctd, double dispoff, double slevy) :\n- _epso(epso), _epsh(epsh), _rmino(rmino), _rminh(rminh), _awater(awater), _shctd(shctd), _dispoff(dispoff), _slevy(slevy) {\n-} \n-\n-\n-double AmoebaReferenceWcaDispersionForce::calculatePairIxn(double radiusI, double radiusK, \n- const Vec3& particleIPosition,\n- const Vec3& particleJPosition,\n- const double* const intermediateValues,\n- Vec3& force) const {\n-\n- static const double PI = M_PI;\n-\n- double xr = particleIPosition[0] - particleJPosition[0];\n- double yr = particleIPosition[1] - particleJPosition[1];\n- double zr = particleIPosition[2] - particleJPosition[2];\n-\n- double r2 = xr*xr + yr*yr + zr*zr;\n- double r = sqrt(r2);\n- double r3 = r2*r;\n-\n- double sK = radiusK*_shctd;\n- double sK2 = sK*sK;\n-\n- double rmixo = intermediateValues[RMIXO];\n- double rmixo7 = intermediateValues[RMIXO7];\n-\n- double emixo = intermediateValues[EMIXO];\n-\n- double rmixh = intermediateValues[RMIXH];\n- double rmixh7 = intermediateValues[RMIXH7];\n-\n- double emixh = intermediateValues[EMIXH];\n-\n- double ao = intermediateValues[AO];\n- double ah = intermediateValues[AH];\n-\n- double sum = 0.0;\n- double de = 0.0;\n-\n- if (radiusI < (r + sK)) {\n-\n- double rmax = (radiusI > (r - sK)) ? radiusI : (r - sK);\n-\n- double lik = rmax;\n- double lik2 = lik*lik;\n- double lik3 = lik2*lik;\n- double lik4 = lik2*lik2;\n+AmoebaReferenceWcaDispersionForce::AmoebaReferenceWcaDispersionForce(double epso, double epsh, double rmino,\n+ double rminh, double awater, double shctd,\n+ double dispoff, double slevy) :\n+ _epso(epso), _epsh(epsh), _rmino(rmino), _rminh(rminh), _awater(awater), _shctd(shctd), _dispoff(dispoff),\n+ _slevy(slevy) {\n+}\n \n- if (lik < rmixo) { \n+static double integralBeforeRMin(double eps, double r, double r2, double sk2,\n+ double lik2, double lik3, double lik4,\n+ double uik2, double uik3, double uik4) {\n+ return -eps * (4.0e0 * M_PI / (48.0e0 * r) *\n+ (3.0e0 * (lik4 - uik4) - 8.0e0 * r * (lik3 - uik3) + 6.0e0 * (r2 - sk2) * (lik2 - uik2)));\n+}\n \n- double uik = (r + sK) < rmixo ? (r + sK) : rmixo;\n- double uik2 = uik*uik;\n- double uik3 = uik2*uik;\n- double uik4 = uik2*uik2;\n+static double\n+integralBeforeRminDerivative(double ri, double eps, double rmin, double r, double r2, double r3, double sk, double sk2,\n+ double lik, double lik2, double lik3, double uik, double uik2, double uik3) {\n+ double dl;\n+ if (ri > r - sk) {\n+ dl = (-lik2 + 2.0 * r2 + 2.0 * sk2) * lik2;\n+ } else {\n+ dl = (-lik3 + 4.0 * lik2 * r - 6.0 * lik * r2 + 2.0 * lik * sk2 + 4.0 * r3 - 4.0 * r * sk2) * lik;\n+ }\n+ double du;\n+ if (r + sk > rmin) {\n+ du = -(-uik2 + 2.0 * r2 + 2.0 * sk2) * uik2;\n+ } else {\n+ du = -(-uik3 + 4.0 * uik2 * r - 6.0 * uik * r2 + 2.0 * uik * sk2 + 4.0 * r3 - 4.0 * r * sk2) * uik;\n+ }\n+ return -eps * M_PI * (dl + du) / (4.0 * r2);\n+}\n \n- double term = 4.0*PI/(48.0*r)* (3.0*(lik4-uik4) - 8.0*r*(lik3-uik3) + 6.0*(r2-sK2)*(lik2-uik2));\n+static double integralAfterRmin(double eps, double rmin7, double r, double r2, double sk2,\n+ double lik, double lik2, double lik3, double lik4, double lik5, double lik10,\n+ double lik11, double lik12, double uik, double uik2, double uik3, double uik4,\n+ double uik5, double uik10, double uik11, double uik12) {\n+ double er7 = eps * rmin7;\n+ double term = 4.0 * M_PI / (120.0 * r * lik5 * uik5)\n+ * (15.0 * uik * lik * r * (uik4 - lik4)\n+ - 10.0 * uik2 * lik2 * (uik3 - lik3)\n+ + 6.0 * (sk2 - r2) * (uik5 - lik5));\n+ double term2 = 4.0 * M_PI / (2640.0 * r * lik12 * uik12)\n+ * (120.0 * uik * lik * r * (uik11 - lik11)\n+ - 66.0 * uik2 * lik2 * (uik10 - lik10)\n+ + 55.0 * (sk2 - r2) * (uik12 - lik12));\n+ double idisp = -2.0 * er7 * term;\n+ double irep = er7 * rmin7 * term2;\n+ return irep + idisp;\n+}\n \n- double dl;\n- if (radiusI > (r - sK)) {\n- dl = -lik2 + 2.0*(r2 + sK2);\n- dl *= lik2;\n- } else {\n- dl = -lik3 + 4.0*lik2*r - 6.0*lik*r2 + 2.0*lik*sK2 + 4.0*r*(r2 - sK2);\n- dl *= lik;\n- }\n+static double integralAfterRminDerivative(double ri, double eps, double rmin, double rmin7, double rmax,\n+ double r, double r2, double r3, double sk, double sk2, double lik,\n+ double lik2, double lik3, double lik5, double lik6, double lik12,\n+ double lik13, double uik, double uik2, double uik3, double uik6,\n+ double uik13) {\n+ double er7 = eps * rmin7;\n+ double lowerTerm = lik2 * r + r3 - r * sk2;\n+ double upperTerm = uik2 * r + r3 - r * sk2;\n+\n+ double dl;\n+ if (ri > r - sk || rmax < rmin) {\n+ dl = -(-5.0 * lik2 + 3.0 * r2 + 3.0 * sk2) / lik5;\n+ } else {\n+ dl = (5.0 * lik3 - 33.0 * lik * r2 - 3.0 * lik * sk2 + 15.0 * lowerTerm) / lik6;\n+ }\n+ double du = -(5.0 * uik3 - 33.0 * uik * r2 - 3.0 * uik * sk2 + 15.0 * upperTerm) / uik6;\n+ double de = -2.0 * M_PI * er7 * (dl + du) / (15.0 * r2);\n \n- double du;\n- if ((r+sK) > rmixo) {\n- du = -uik2 + 2.0*(r2 + sK2);\n- du *= -uik2;\n- } else {\n- du = -uik3 + 4.0*uik2*r - 6.0*uik*r2 + 2.0*uik*sK2 + 4.0*r*(r2 - sK2);\n- du *= -uik;\n- }\n- de = -emixo*PI*(dl+du)/(4.0*r2);\n- sum += -emixo*term;\n- }\n+ if (ri > r - sk || rmax < rmin) {\n+ dl = -(-6.0 * lik2 + 5.0 * r2 + 5.0 * sk2) / lik12;\n+ } else {\n+ dl = (6.0 * lik3 - 125.0 * lik * r2 - 5.0 * lik * sk2 + 60.0 * lowerTerm) / lik13;\n+ }\n+ du = -(6.0 * uik3 - 125.0 * uik * r2 - 5.0 * uik * sk2 + 60.0 * upperTerm) / uik13;\n+ de += M_PI * er7 * rmin7 * (dl + du) / (60.0 * r2);\n \n- if (lik < rmixh) {\n-\n- double uik = (r + sK) < rmixh ? (r + sK) : rmixh;\n- double uik2 = uik*uik;\n- double uik3 = uik2*uik;\n- double uik4 = uik2*uik2;\n- double term = 4.0*PI / (48.0*r)*(3.0*(lik4-uik4) - 8.0*r*(lik3-uik3) + 6.0*(r2-sK2)*(lik2-uik2));\n- double dl;\n- if (radiusI > (r-sK)) {\n- dl = -lik2 + 2.0*(r2 + sK2);\n- dl *= lik2;\n- } else {\n- dl = -lik3 + 4.0*lik2*r - 6.0*lik*r2 + 2.0*lik*sK2 + 4.0*r*(r2 -sK2);\n- dl *= lik;\n- }\n- \n- double du;\n- if (r+sK > rmixh) {\n- du = -uik2 + 2.0*(r2 + sK2);\n- du *= -uik2;\n- } else {\n- du = -uik3 +4.0*uik2*r - 6.0*uik*r2 + 2.0*uik*sK2 +4.0*r*(r2 - sK2);\n- du *= -uik;\n- }\n- de -= 2.0*emixh*PI*(dl+du)/(4.0*r2);\n- sum -= 2.0*emixh*term;\n- }\n+ return de;\n+}\n \n- double uik = r + sK;\n- double uik2 = uik * uik;\n- double uik3 = uik2 * uik;\n- double uik4 = uik2 * uik2;\n- double uik5 = uik3 * uik2;\n- double uik6 = uik3 * uik3;\n- double uik10 = uik5 * uik5;\n- double uik11 = uik5 * uik6;\n- double uik12 = uik6 * uik6;\n- double uik13 = uik10 * uik3;\n-\n- if (uik > rmixo) {\n-\n- double lik = rmax > rmixo ? rmax : rmixo;\n- double lik2 = lik * lik;\n- double lik3 = lik2 * lik;\n- double lik4 = lik2 * lik2;\n- double lik5 = lik2 * lik3;\n- double lik6 = lik3 * lik3;\n- double lik10 = lik5 * lik5;\n- double lik11 = lik5 * lik6;\n- double lik12 = lik6 * lik6;\n- double lik13 = lik10 * lik3;\n-\n- double term = 4.0*PI/(120.0*r*lik5*uik5)*(15.0*uik*lik*r*(uik4-lik4) - 10.0*uik2*lik2*(uik3-lik3) + 6.0*(sK2-r2)*(uik5-lik5));\n- double dl;\n- if (radiusI > (r-sK) || rmax < rmixo) {\n- dl = -5.0*lik2 + 3.0*(r2 + sK2);\n- dl /= -lik5;\n- } else {\n- dl = 5.0*lik3 - 33.0*lik*r2 - 3.0*lik*sK2 + 15.0*(lik2*r+r3-r*sK2);\n- dl /= lik6;\n- }\n- double du = 5.0*uik3 - 33.0*uik*r2 - 3.0*uik*sK2 + 15.0*(uik2*r+r3-r*sK2);\n- du /= -uik6;\n- double idisp = -2.0*ao*term;\n- de -= 2.0*ao*PI*(dl + du)/(15.0*r2);\n- term = 4.0*PI/(2640.0*r*lik12*uik12) * (120.0*uik*lik*r*(uik11-lik11) - 66.0*uik2*lik2*(uik10-lik10) + 55.0*(sK2-r2)*(uik12-lik12));\n- if (radiusI > (r-sK) || rmax < rmixo) {\n- dl = -6.0*lik2 + 5.0*r2 + 5.0*sK2;\n- dl /= -lik12;\n- } else {\n- dl = 6.0*lik3 - 125.0*lik*r2 - 5.0*lik*sK2 + 60.0*(lik2*r+r3-r*sK2);\n- dl /= lik13;\n- }\n- du = 6.0*uik3 - 125.0*uik*r2 - 5.0*uik*sK2 + 60.0*(uik2*r+r3-r*sK2);\n- du /= -uik13;\n- de += ao*rmixo7*PI*(dl + du)/(60.0*r2);\n- sum += ao*rmixo7*term + idisp;\n+static double interact(double factor, double ri, double sk, double rmix, double emix,\n+ double r, double r2, double r3, Vec3 &force) {\n+ double sum = 0.0;\n+ // Nothing to do if the integral begins beyond r + sk (i.e. atom k does not exclude solvent)\n+ if (ri < r + sk) {\n+ // Zero out the derivative contribution of atom k.\n+ double de = 0.0;\n+ double sk2 = sk * sk;\n+ // Compute the maximum of 1) the beginning of the integral and 2) closest edge of atom K.\n+ double iStart = ri > r - sk ? ri : r - sk;\n+ // Use this as the lower limit for integrating the constant eps value below Rmin.\n+ double lik = iStart;\n+ // Interaction with water from lik to Rmin; nothing to do if the lower limit is greater than Rmin.\n+ if (lik < rmix) {\n+ double lik2 = lik * lik;\n+ double lik3 = lik2 * lik;\n+ double lik4 = lik3 * lik;\n+ // Upper limit is the minimum of Rmin and the farthest edge of atom K.\n+ double uik = r + sk < rmix ? r + sk : rmix;\n+ double uik2 = uik * uik;\n+ double uik3 = uik2 * uik;\n+ double uik4 = uik3 * uik;\n+ sum = integralBeforeRMin(emix, r, r2, sk2, lik2, lik3, lik4, uik2, uik3, uik4);\n+ de = integralBeforeRminDerivative(ri, emix, rmix, r, r2, r3, sk, sk2, lik, lik2, lik3, uik, uik2, uik3);\n }\n- if (uik > rmixh) {\n- lik = rmax > rmixh ? rmax : rmixh;\n- lik2 = lik * lik;\n- lik3 = lik2 * lik;\n- lik4 = lik2 * lik2;\n- double lik5 = lik2 * lik3;\n- double lik6 = lik3 * lik3;\n+ // Upper limit the variable part of Uwca always the farthest edge of atom K.\n+ double uik = r + sk;\n+ // Interaction with water beyond Rmin, from lik to uik = r + sk.\n+ if (uik > rmix) {\n+ // Start the integral at the max of 1) iStart and 2) Rmin.\n+ lik = iStart > rmix ? iStart : rmix;\n+ double lik2 = lik * lik;\n+ double lik3 = lik2 * lik;\n+ double lik4 = lik3 * lik;\n+ double lik5 = lik4 * lik;\n+ double lik6 = lik5 * lik;\n double lik10 = lik5 * lik5;\n- double lik11 = lik5 * lik6;\n- double lik12 = lik6 * lik6;\n- double lik13 = lik3 * lik10;\n-\n- double term = 4.0*PI / (120.0*r*lik5*uik5)*(15.0*uik*lik*r*(uik4-lik4) - 10.0*uik2*lik2*(uik3-lik3) + 6.0*(sK2-r2)*(uik5-lik5));\n- double dl;\n- if (radiusI > (r-sK) || rmax < rmixh) {\n- dl = -5.0*lik2 + 3.0*(r2 + sK2);\n- dl /= -lik5;\n- } else {\n- dl = 5.0*lik3 - 33.0*lik*r2 - 3.0*lik*sK2 + 15.0*(lik2*r+r3-r*sK2);\n- dl /= lik6;\n- }\n- double du = 5.0*uik3 - 33.0*uik*r2 - 3.0*uik*sK2 + 15.0*(uik2*r+r3-r*sK2);\n- du /= -uik6;\n- double idisp = -4.0*ah*term;\n- de = de - 4.0*ah*PI*(dl + du)/(15.0*r2);\n- term = 4.0*PI / (2640.0*r*lik12*uik12)* (120.0*uik*lik*r*(uik11-lik11)- 66.0*uik2*lik2*(uik10-lik10)+ 55.0*(sK2-r2)*(uik12-lik12));\n- if (radiusI > (r-sK) || rmax < rmixh) {\n- dl = -6.0*lik2 + 5.0*r2 + 5.0*sK2;\n- dl = -dl / lik12;\n- } else {;\n- dl = 6.0*lik3 - 125.0*lik*r2 - 5.0*lik*sK2 + 60.0*(lik2*r+r3-r*sK2);\n- dl = dl / lik13;\n- }\n- du = 6.0*uik3 - 125.0*uik*r2 - 5.0*uik*sK2 + 60.0*(uik2*r+r3-r*sK2);\n- du /= -uik13;\n- double irep = 2.0*ah*rmixh7*term;\n- de += ah*rmixh7*PI*(dl+du)/(30.0*r2);\n- sum += irep + idisp;\n+ double lik11 = lik10 * lik;\n+ double lik12 = lik11 * lik;\n+ double uik2 = uik * uik;\n+ double uik3 = uik2 * uik;\n+ double uik4 = uik3 * uik;\n+ double uik5 = uik4 * uik;\n+ double uik10 = uik5 * uik5;\n+ double uik11 = uik10 * uik;\n+ double uik12 = uik11 * uik;\n+ double rmix3 = rmix * rmix * rmix;\n+ double rmix7 = rmix3 * rmix3 * rmix;\n+ sum += integralAfterRmin(emix, rmix7, r, r2, sk2, lik, lik2, lik3, lik4, lik5, lik10, lik11, lik12, uik,\n+ uik2, uik3, uik4, uik5, uik10, uik11, uik12);\n+ double lik13 = lik12 * lik;\n+ double uik6 = uik5 * uik;\n+ double uik13 = uik12 * uik;\n+ de += integralAfterRminDerivative(ri, emix, rmix, rmix7, iStart, r, r2, r3, sk, sk2, lik, lik2, lik3,\n+ lik5, lik6, lik12, lik13, uik, uik2, uik3, uik6, uik13);\n }\n+ // Increment the individual dispersion gradient components.\n+ de *= factor / r;\n+ force[0] += de;\n+ force[1] += de;\n+ force[2] += de;\n }\n+ return factor * sum;\n+}\n \n- // increment the individual dispersion gradient components\n-\n- de *= (_slevy*_awater)/r;\n-\n- force[0] = de*xr;\n- force[1] = de*yr;\n- force[2] = de*zr;\n+double AmoebaReferenceWcaDispersionForce::calculatePairIxn(double radiusJ,\n+ const Vec3 &particleIPosition,\n+ const Vec3 &particleJPosition,\n+ const double *const intermediateValues,\n+ Vec3 &force) const {\n+ // Atomic separation\n+ double xr = particleIPosition[0] - particleJPosition[0];\n+ double yr = particleIPosition[1] - particleJPosition[1];\n+ double zr = particleIPosition[2] - particleJPosition[2];\n+ double r2 = xr * xr + yr * yr + zr * zr;\n+ double r = sqrt(r2);\n+ double r3 = r2 * r;\n+\n+ // Parameters for atom i with water oxygen.\n+ double rmixo = intermediateValues[RMIXO];\n+ double emixo = intermediateValues[EMIXO];\n+\n+ // Parameters for atom i with water hydrogen.\n+ double rmixh = intermediateValues[RMIXH];\n+ double emixh = intermediateValues[EMIXH];\n+\n+ // Start of integration of dispersion for atom i with water oxygen.\n+ double riO = rmixo / 2.0e0 + _dispoff;\n+ double nO = 1.0e0;\n+\n+ // Start of integration of dispersion for atom i with water hydrogen.\n+ double riH = rmixh / 2.0e0 + _dispoff;\n+ double nH = 2.0e0;\n+\n+ // Atom k blocks the interaction of atom i with solvent.\n+ double sJ = radiusJ * _shctd;\n+\n+ double sum = interact(nO, riO, sJ, rmixo, emixo, r, r2, r3, force) +\n+ interact(nH, riH, sJ, rmixh, emixh, r, r2, r3, force);\n+\n+ force[0] *= xr;\n+ force[1] *= yr;\n+ force[2] *= zr;\n \n return sum;\n-\n }\n \n double AmoebaReferenceWcaDispersionForce::calculateForceAndEnergy(int numParticles,\n- const vector<Vec3>& particlePositions,\n- const std::vector<double>& radii,\n- const std::vector<double>& epsilons,\n+ const vector<Vec3> &particlePositions,\n+ const std::vector<double> &radii,\n+ const std::vector<double> &epsilons,\n double totalMaximumDispersionEnergy,\n- vector<Vec3>& forces) const {\n-\n- // loop over all ixns\n-\n- double energy = 0.0;\n-\n- double rmino2 = _rmino*_rmino;\n- double rmino3 = rmino2*_rmino;\n-\n- double rminh2 = _rminh*_rminh;\n- double rminh3 = rminh2*_rminh;\n-\n+ vector<Vec3> &forces) const {\n+ double energy = 0.0;\n+ double rmino2 = _rmino * _rmino;\n+ double rmino3 = rmino2 * _rmino;\n+ double rminh2 = _rminh * _rminh;\n+ double rminh3 = rminh2 * _rminh;\n double intermediateValues[LastIntermediateValueIndex];\n \n+ // loop over all ixns\n for (unsigned int ii = 0; ii < static_cast<unsigned int>(numParticles); ii++) {\n- \n- double epsi = epsilons[ii];\n- double rmini = radii[ii];\n-\n- double denominator = sqrt(_epso) + sqrt(epsi);\n- double emixo = 4.0*_epso*epsi/(denominator*denominator);\n- intermediateValues[EMIXO] = emixo;\n-\n- double rminI2 = rmini*rmini;\n- double rminI3 = rminI2*rmini;\n- \n- double rmixo = 2.0*(rmino3 + rminI3) / (rmino2 + rminI2);\n- intermediateValues[RMIXO] = rmixo;\n \n- double rmixo7 = rmixo*rmixo*rmixo;\n- rmixo7 = rmixo7*rmixo7*rmixo;\n- intermediateValues[RMIXO7] = rmixo7;\n+ double epsi = epsilons[ii];\n+ double rmini = radii[ii];\n+ double rminI2 = rmini * rmini;\n+ double rminI3 = rminI2 * rmini;\n \n- intermediateValues[AO] = emixo*rmixo7;\n+ double denominator = sqrt(_epso) + sqrt(epsi);\n+ double emixo = 4.0 * _epso * epsi / (denominator * denominator);\n+ intermediateValues[EMIXO] = emixo;\n \n- denominator = sqrt(_epsh) + sqrt(epsi);\n+ double rmixo = 2.0 * (rmino3 + rminI3) / (rmino2 + rminI2);\n+ intermediateValues[RMIXO] = rmixo;\n \n- double emixh = 4.0*_epsh*epsi/ (denominator*denominator);\n+ denominator = sqrt(_epsh) + sqrt(epsi);\n+ double emixh = 4.0 * _epsh * epsi / (denominator * denominator);\n intermediateValues[EMIXH] = emixh;\n \n- double rmixh = 2.0 * (rminh3 + rminI3) / (rminh2 + rminI2);\n+ double rmixh = 2.0 * (rminh3 + rminI3) / (rminh2 + rminI2);\n intermediateValues[RMIXH] = rmixh;\n \n- double rmixh7 = rmixh*rmixh*rmixh;\n- rmixh7 = rmixh7*rmixh7*rmixh;\n- intermediateValues[RMIXH7] = rmixh7;\n-\n- intermediateValues[AH] = emixh*rmixh7;\n-\n+ // Remove dispersion for atom i by atom j.\n for (unsigned int jj = 0; jj < static_cast<unsigned int>(numParticles); jj++) {\n \n- if (ii == jj)continue;\n+ if (ii == jj) continue;\n \n- Vec3 force;\n- energy += calculatePairIxn(rmini, radii[jj],\n- particlePositions[ii], particlePositions[jj],\n+ Vec3 force = Vec3();\n+ energy += calculatePairIxn(radii[jj], particlePositions[ii], particlePositions[jj],\n intermediateValues, force);\n- \n+\n+ force[0] *= _slevy * _awater;\n+ force[1] *= _slevy * _awater;\n+ force[2] *= _slevy * _awater;\n+\n forces[ii][0] += force[0];\n forces[ii][1] += force[1];\n forces[ii][2] += force[2];\n@@ -313,11 +274,12 @@ double AmoebaReferenceWcaDispersionForce::calculateForceAndEnergy(int numParticl\n forces[jj][0] -= force[0];\n forces[jj][1] -= force[1];\n forces[jj][2] -= force[2];\n+\n }\n \n }\n \n- energy = totalMaximumDispersionEnergy - _slevy*_awater*energy;\n+ energy = totalMaximumDispersionEnergy - _slevy * _awater * energy;\n \n return energy;\n }\ndiff --git a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.h b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.h\nindex 5f2f3cd48e..4a8838d0ed 100644\n--- a/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/platforms/reference/src/SimTKReference/AmoebaReferenceWcaDispersionForce.h\n@@ -91,13 +91,12 @@ class AmoebaReferenceWcaDispersionForce {\n double _dispoff;\n double _slevy;\n \n- enum { EMIXO, RMIXO, RMIXO7, AO, EMIXH, RMIXH, RMIXH7, AH, LastIntermediateValueIndex }; \n+ enum { EMIXO, RMIXO, EMIXH, RMIXH, LastIntermediateValueIndex };\n \n /**---------------------------------------------------------------------------------------\n \n Calculate pair ixn\n- \n- @param radiusI radius of particle I\n+\n @param radiusJ radius of particle J\n @param particleIPosition particle I position \n @param particleJPosition particle J position \n@@ -108,7 +107,7 @@ class AmoebaReferenceWcaDispersionForce {\n \n --------------------------------------------------------------------------------------- */\n \n- double calculatePairIxn(double radiusI, double radiusJ,\n+ double calculatePairIxn(double radiusJ,\n const OpenMM::Vec3& particleIPosition, const OpenMM::Vec3& particleJPosition,\n const double* const intermediateValues,\n Vec3& force) const;\ndiff --git a/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy.cpp b/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy.cpp\nindex 13f7099c01..31395b3421 100644\n--- a/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy.cpp\n@@ -42,46 +42,70 @@ AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy::AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy() : Ser\n }\n \n void AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node) const {\n- node.setIntProperty(\"version\", 2);\n+ node.setIntProperty(\"version\", 3);\n const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force = *reinterpret_cast<const AmoebaGeneralizedKirkwoodForce*>(object);\n \n node.setIntProperty(\"forceGroup\", force.getForceGroup());\n node.setStringProperty(\"name\", force.getName());\n node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSolventDielectric\", force.getSolventDielectric());\n node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSoluteDielectric\", force.getSoluteDielectric());\n- //node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDielectricOffset\", force.getDielectricOffset());\n+ node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDielectricOffset\", force.getDielectricOffset());\n node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodProbeRadius\", force.getProbeRadius());\n node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSurfaceAreaFactor\", force.getSurfaceAreaFactor());\n node.setIntProperty( \"GeneralizedKirkwoodIncludeCavityTerm\", force.getIncludeCavityTerm());\n-\n+ node.setBoolProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhRescaling\", force.getTanhRescaling());\n+ double b0, b1, b2;\n+ force.getTanhParameters(b0, b1, b2);\n+ node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB0\", b0);\n+ node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB1\", b1);\n+ node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB2\", b2);\n+ node.setDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDescreenOffset\", force.getDescreenOffset());\n SerializationNode& particles = node.createChildNode(\"GeneralizedKirkwoodParticles\");\n for (unsigned int ii = 0; ii < static_cast<unsigned int>(force.getNumParticles()); ii++) {\n- double radius, charge, scalingFactor;\n- force.getParticleParameters(ii, charge, radius, scalingFactor);\n- particles.createChildNode(\"Particle\").setDoubleProperty(\"charge\", charge).setDoubleProperty(\"radius\", radius).setDoubleProperty(\"scaleFactor\", scalingFactor);\n+ double radius, charge, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor;\n+ force.getParticleParameters(ii, charge, radius, scalingFactor, descreenRadius, neckFactor);\n+ particles.createChildNode(\"Particle\").setDoubleProperty(\"charge\", charge).setDoubleProperty(\"radius\", radius).setDoubleProperty(\"scaleFactor\", scalingFactor).setDoubleProperty(\"descreenRadius\", descreenRadius).setDoubleProperty(\"neckFactor\", neckFactor);\n }\n \n }\n \n void* AmoebaGeneralizedKirkwoodForceProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n int version = node.getIntProperty(\"version\");\n- if (version < 1 || version > 2)\n+ if (version < 1 || version > 3)\n throw OpenMMException(\"Unsupported version number\");\n AmoebaGeneralizedKirkwoodForce* force = new AmoebaGeneralizedKirkwoodForce();\n try {\n force->setForceGroup(node.getIntProperty(\"forceGroup\", 0));\n force->setName(node.getStringProperty(\"name\", force->getName()));\n- force->setSolventDielectric( node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSolventDielectric\"));\n- force->setSoluteDielectric( node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSoluteDielectric\"));\n- //force->setDielectricOffset( node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDielectricOffset\"));\n- force->setProbeRadius( node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodProbeRadius\"));\n- force->setSurfaceAreaFactor( node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSurfaceAreaFactor\"));\n- force->setIncludeCavityTerm( node.getIntProperty( \"GeneralizedKirkwoodIncludeCavityTerm\"));\n+ force->setSolventDielectric(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSolventDielectric\"));\n+ force->setSoluteDielectric(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSoluteDielectric\"));\n+ force->setProbeRadius(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodProbeRadius\"));\n+ force->setSurfaceAreaFactor(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodSurfaceAreaFactor\"));\n+ force->setIncludeCavityTerm(node.getIntProperty(\"GeneralizedKirkwoodIncludeCavityTerm\"));\n+ if (version > 2) {\n+ force->setDielectricOffset(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDielectricOffset\"));\n+ force->setTanhRescaling(node.getBoolProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhRescaling\"));\n+ double b0 = node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB0\");\n+ double b1 = node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB1\");\n+ double b2 = node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodTanhB2\");\n+ force->setTanhParameters(b0, b1, b2);\n+ force->setDescreenOffset(node.getDoubleProperty(\"GeneralizedKirkwoodDescreenOffset\"));\n+\n+ }\n \n const SerializationNode& particles = node.getChildNode(\"GeneralizedKirkwoodParticles\");\n for (unsigned int ii = 0; ii < particles.getChildren().size(); ii++) {\n const SerializationNode& particle = particles.getChildren()[ii];\n- force->addParticle(particle.getDoubleProperty(\"charge\"), particle.getDoubleProperty(\"radius\"), particle.getDoubleProperty(\"scaleFactor\"));\n+ double charge = particle.getDoubleProperty(\"charge\");\n+ double radius = particle.getDoubleProperty(\"radius\");\n+ double scaleFactor = particle.getDoubleProperty(\"scaleFactor\");\n+ double descreenRadius = radius;\n+ double neckFactor = 0.0;\n+ if (version > 2) {\n+ descreenRadius = particle.getDoubleProperty(\"descreenRadius\");\n+ neckFactor = particle.getDoubleProperty(\"neckFactor\");\n+ }\n+ force->addParticle(charge, radius, scaleFactor, descreenRadius, neckFactor);\n }\n }\n catch (...) {\ndiff --git a/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaVdwForceProxy.cpp b/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaVdwForceProxy.cpp\nindex b52b6092eb..f51985f797 100644\n--- a/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaVdwForceProxy.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/serialization/src/AmoebaVdwForceProxy.cpp\n@@ -42,7 +42,7 @@ AmoebaVdwForceProxy::AmoebaVdwForceProxy() : SerializationProxy(\"AmoebaVdwForce\"\n }\n \n void AmoebaVdwForceProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node) const {\n- node.setIntProperty(\"version\", 4);\n+ node.setIntProperty(\"version\", 5);\n const AmoebaVdwForce& force = *reinterpret_cast<const AmoebaVdwForce*>(object);\n bool useTypes = force.getUseParticleTypes();\n \n@@ -62,14 +62,14 @@ void AmoebaVdwForceProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node)\n SerializationNode& particles = node.createChildNode(\"VdwParticles\");\n for (int i = 0; i < force.getNumParticles(); i++) {\n int ivIndex, typeIndex;\n- double sigma, epsilon, reductionFactor;\n+ double sigma, epsilon, reductionFactor, scaleFactor;\n bool isAlchemical;\n- force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, isAlchemical, typeIndex);\n+ force.getParticleParameters(i, ivIndex, sigma, epsilon, reductionFactor, isAlchemical, typeIndex, scaleFactor);\n SerializationNode& particle = particles.createChildNode(\"Particle\");\n if (useTypes)\n- particle.setIntProperty(\"ivIndex\", ivIndex).setIntProperty(\"type\", typeIndex).setDoubleProperty(\"reductionFactor\", reductionFactor).setBoolProperty(\"isAlchemical\", isAlchemical);\n+ particle.setIntProperty(\"ivIndex\", ivIndex).setIntProperty(\"type\", typeIndex).setDoubleProperty(\"reductionFactor\", reductionFactor).setBoolProperty(\"isAlchemical\", isAlchemical).setDoubleProperty(\"scaleFactor\", scaleFactor);\n else\n- particle.setIntProperty(\"ivIndex\", ivIndex).setDoubleProperty(\"sigma\", sigma).setDoubleProperty(\"epsilon\", epsilon).setDoubleProperty(\"reductionFactor\", reductionFactor).setBoolProperty(\"isAlchemical\", isAlchemical); \n+ particle.setIntProperty(\"ivIndex\", ivIndex).setDoubleProperty(\"sigma\", sigma).setDoubleProperty(\"epsilon\", epsilon).setDoubleProperty(\"reductionFactor\", reductionFactor).setBoolProperty(\"isAlchemical\", isAlchemical).setDoubleProperty(\"scaleFactor\", scaleFactor);\n \n std::vector< int > exclusions;\n force.getParticleExclusions(i, exclusions);\n@@ -98,7 +98,7 @@ void AmoebaVdwForceProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& node)\n \n void* AmoebaVdwForceProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n int version = node.getIntProperty(\"version\");\n- if (version < 1 || version > 4)\n+ if (version < 1 || version > 5)\n throw OpenMMException(\"Unsupported version number\");\n AmoebaVdwForce* force = new AmoebaVdwForce();\n try {\n@@ -128,16 +128,30 @@ void* AmoebaVdwForceProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n if (version < 3) \n force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getDoubleProperty(\"sigma\"), \n particle.getDoubleProperty(\"epsilon\"), particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"));\n- else if (useTypes)\n- force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getIntProperty(\"type\"), \n- particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"), particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"));\n- else\n- force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getDoubleProperty(\"sigma\"), \n- particle.getDoubleProperty(\"epsilon\"), particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"), \n- particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"));\n+ else if (version == 4) {\n+ if (useTypes)\n+ force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getIntProperty(\"type\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"),\n+ particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"));\n+ else\n+ force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getDoubleProperty(\"sigma\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"epsilon\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"),\n+ particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"));\n+ } else {\n+ // Version 5 includes per particle scale factor for CpHMD.\n+ if (useTypes)\n+ force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getIntProperty(\"type\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"),\n+ particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"), particle.getDoubleProperty(\"scaleFactor\"));\n+ else\n+ force->addParticle(particle.getIntProperty(\"ivIndex\"), particle.getDoubleProperty(\"sigma\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"epsilon\"),\n+ particle.getDoubleProperty(\"reductionFactor\"),\n+ particle.getBoolProperty(\"isAlchemical\"), particle.getDoubleProperty(\"scaleFactor\"));\n+ }\n \n // exclusions\n-\n const SerializationNode& particleExclusions = particle.getChildNode(\"ParticleExclusions\");\n std::vector<int> exclusions;\n for (int j = 0; j < particleExclusions.getChildren().size(); j++)\ndiff --git a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\nindex 4b0b80b53f..c8d2875ac2 100755\n--- a/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n+++ b/wrappers/python/src/swig_doxygen/swigInputConfig.py\n@@ -240,12 +240,18 @@\n (\"SerializationProxy\", \"getTypeName\") : (None, ()),\n \n # check getSurfaceAreaFactor\n-(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getParticleParameters\") : (None, ('unit.elementary_charge', 'unit.nanometer', None)),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getParticleParameters\") : (None, ('unit.elementary_charge', 'unit.nanometer', None, 'unit.nanometer', None)),\n (\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getDielectricOffset\") : ( 'unit.nanometer', ()),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getSolventDielectric\") : (None, ()),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getSoluteDielectric\") : (None, ()),\n (\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getIncludeCavityTerm\") : ( None,()),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getTanhRescaling\") : ( None,()),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getTanhParameters\") : ( None,(None, None, None)),\n+(\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getDescreenOffset\") : ( 'unit.nanometer', ()),\n (\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getProbeRadius\") : ( 'unit.nanometer', ()),\n (\"AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\", \"getSurfaceAreaFactor\") : ( 'unit.kilojoule_per_mole/(unit.nanometer*unit.nanometer)',()),\n \n+\n (\"AmoebaMultipoleForce\", \"getNumMultipoles\") : ( None,()),\n (\"AmoebaMultipoleForce\", \"getPolarizationType\") : ( None,()),\n (\"AmoebaMultipoleForce\", \"getCutoffDistance\") : ( 'unit.nanometer',()),\n@@ -297,7 +303,7 @@\n (\"AmoebaVdwForce\", \"getSoftcorePower\") : ( None, ()),\n (\"AmoebaVdwForce\", \"getSoftcoreAlpha\") : ( None, ()),\n (\"AmoebaVdwForce\", \"getCutoff\") : ( 'unit.nanometer', ()),\n-(\"AmoebaVdwForce\", \"getParticleParameters\") : ( None, (None, 'unit.nanometer', 'unit.kilojoule_per_mole', None, None, None)),\n+(\"AmoebaVdwForce\", \"getParticleParameters\") : ( None, (None, 'unit.nanometer', 'unit.kilojoule_per_mole', None, None, None, None)),\n (\"AmoebaVdwForce\", \"getParticleTypeParameters\") : ( None, ('unit.nanometer', 'unit.kilojoule_per_mole')),\n (\"AmoebaVdwForce\", \"getTypePairParameters\") : ( None, (None, None, 'unit.nanometer', 'unit.kilojoule_per_mole')),\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp b/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\nindex 4447c9fd5f..0a8a1a57f4 100644\n--- a/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.cpp\n@@ -47,46 +47,48 @@ void testSerialization() {\n AmoebaGeneralizedKirkwoodForce force1;\n force1.setForceGroup(3);\n force1.setName(\"custom name\");\n- force1.setSolventDielectric( 80.0);\n- force1.setSoluteDielectric( 1.0);\n- //force1.setDielectricOffset( 0.09);\n- force1.setProbeRadius( 1.40);\n- force1.setSurfaceAreaFactor( 0.888);\n- force1.setIncludeCavityTerm( 1);\n+ force1.setSolventDielectric(80.0);\n+ force1.setSoluteDielectric(1.0);\n+ force1.setDielectricOffset( 0.09);\n+ force1.setProbeRadius(1.40);\n+ force1.setSurfaceAreaFactor(0.888);\n+ force1.setIncludeCavityTerm(1);\n+ force1.setTanhRescaling(0);\n \n- force1.addParticle(1.0, 2.0, 0.9);\n- force1.addParticle(-1.1,2.1, 0.8);\n- force1.addParticle(0.1, 2.2, 0.7);\n+ force1.addParticle(1.0, 2.0, 0.9, 2.0, 0.0);\n+ force1.addParticle(-1.1, 2.1, 0.8, 2.1, 0.0);\n+ force1.addParticle(0.1, 2.2, 0.7, 2.2, 0.0);\n \n // Serialize and then deserialize it.\n \n stringstream buffer;\n XmlSerializer::serialize<AmoebaGeneralizedKirkwoodForce>(&force1, \"Force\", buffer);\n- AmoebaGeneralizedKirkwoodForce* copy = XmlSerializer::deserialize<AmoebaGeneralizedKirkwoodForce>(buffer);\n+ AmoebaGeneralizedKirkwoodForce *copy = XmlSerializer::deserialize<AmoebaGeneralizedKirkwoodForce>(buffer);\n \n // Compare the two forces to see if they are identical. \n- AmoebaGeneralizedKirkwoodForce& force2 = *copy;\n+ AmoebaGeneralizedKirkwoodForce &force2 = *copy;\n ASSERT_EQUAL(force1.getForceGroup(), force2.getForceGroup());\n ASSERT_EQUAL(force1.getName(), force2.getName());\n- ASSERT_EQUAL(force1.getSolventDielectric(), force2.getSolventDielectric());\n- ASSERT_EQUAL(force1.getSoluteDielectric(), force2.getSoluteDielectric());\n- //ASSERT_EQUAL(force1.getDielectricOffset(), force2.getDielectricOffset());\n- ASSERT_EQUAL(force1.getProbeRadius(), force2.getProbeRadius());\n- ASSERT_EQUAL(force1.getSurfaceAreaFactor(), force2.getSurfaceAreaFactor());\n- ASSERT_EQUAL(force1.getIncludeCavityTerm(), force2.getIncludeCavityTerm());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getSolventDielectric(), force2.getSolventDielectric());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getSoluteDielectric(), force2.getSoluteDielectric());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getDielectricOffset(), force2.getDielectricOffset());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getProbeRadius(), force2.getProbeRadius());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getSurfaceAreaFactor(), force2.getSurfaceAreaFactor());\n+ ASSERT_EQUAL(force1.getIncludeCavityTerm(), force2.getIncludeCavityTerm());\n \n ASSERT_EQUAL(force1.getNumParticles(), force2.getNumParticles());\n for (unsigned int ii = 0; ii < static_cast<unsigned int>(force1.getNumParticles()); ii++) {\n \n- double radius1, charge1, scaleFactor1;\n- double radius2, charge2, scaleFactor2;\n+ double radius1, charge1, scaleFactor1, descreen1, neckFactor1;\n+ double radius2, charge2, scaleFactor2, descreen2, neckFactor2;\n \n- force1.getParticleParameters(ii, charge1, radius1, scaleFactor1);\n- force2.getParticleParameters(ii, charge2, radius2, scaleFactor2);\n+ force1.getParticleParameters(ii, charge1, radius1, scaleFactor1, descreen1, neckFactor1);\n+ force2.getParticleParameters(ii, charge2, radius2, scaleFactor2, descreen2, neckFactor2);\n \n- ASSERT_EQUAL(charge1, charge2);\n- ASSERT_EQUAL(radius1, radius2);\n- ASSERT_EQUAL(scaleFactor1, scaleFactor2);\n+ ASSERT_EQUAL(charge1, charge2)\n+ ASSERT_EQUAL(radius1, radius2)\n+ ASSERT_EQUAL(scaleFactor1, scaleFactor2)\n+ ASSERT_EQUAL(descreen1, descreen2)\n }\n }\n \n@@ -95,7 +97,7 @@ int main() {\n registerAmoebaSerializationProxies();\n testSerialization();\n }\n- catch(const exception& e) {\n+ catch (const exception &e) {\n cout << \"exception: \" << e.what() << endl;\n return 1;\n }\ndiff --git a/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaVdwForce.cpp b/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaVdwForce.cpp\nindex 9a24a0187e..fa80fd5f66 100644\n--- a/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaVdwForce.cpp\n+++ b/plugins/amoeba/serialization/tests/TestSerializeAmoebaVdwForce.cpp\n@@ -54,9 +54,9 @@ void testSerialization() {\n force1.setAlchemicalMethod(AmoebaVdwForce::None);\n force1.setPotentialFunction(AmoebaVdwForce::Buffered147);\n \n- force1.addParticle(0, 1.0, 2.0, 0.9, false);\n- force1.addParticle(1, 1.1, 2.1, 0.9, true);\n- force1.addParticle(2, 1.3, 4.1, 0.9, false);\n+ force1.addParticle(0, 1.0, 2.0, 0.9, false, 1.0);\n+ force1.addParticle(1, 1.1, 2.1, 0.9, true, 0.9);\n+ force1.addParticle(2, 1.3, 4.1, 0.9, false, 1.0);\n for (int i = 0; i < 3; i++) {\n std::vector< int > exclusions;\n exclusions.push_back(i);\n@@ -90,14 +90,14 @@ void testSerialization() {\n int ivIndex1, type1;\n int ivIndex2, type2;\n \n- double sigma1, epsilon1, reductionFactor1;\n- double sigma2, epsilon2, reductionFactor2;\n+ double sigma1, epsilon1, reductionFactor1, scaleFactor1;\n+ double sigma2, epsilon2, reductionFactor2, scaleFactor2;\n \n bool isAlchemical1;\n bool isAlchemical2;\n \n- force1.getParticleParameters(i, ivIndex1, sigma1, epsilon1, reductionFactor1, isAlchemical1, type1);\n- force2.getParticleParameters(i, ivIndex2, sigma2, epsilon2, reductionFactor2, isAlchemical2, type2);\n+ force1.getParticleParameters(i, ivIndex1, sigma1, epsilon1, reductionFactor1, isAlchemical1, type1, scaleFactor1);\n+ force2.getParticleParameters(i, ivIndex2, sigma2, epsilon2, reductionFactor2, isAlchemical2, type2, scaleFactor2);\n \n ASSERT_EQUAL(ivIndex1, ivIndex2);\n ASSERT_EQUAL(sigma1, sigma2);\n@@ -105,6 +105,7 @@ void testSerialization() {\n ASSERT_EQUAL(reductionFactor1, reductionFactor2);\n ASSERT_EQUAL(isAlchemical1, isAlchemical2);\n ASSERT_EQUAL(type1, type2);\n+ ASSERT_EQUAL(scaleFactor1, scaleFactor2);\n }\n for (int i = 0; i < force1.getNumParticles(); i++) {\n \n@@ -131,10 +132,10 @@ void testSerializeTypes() {\n AmoebaVdwForce force1;\n force1.setPotentialFunction(AmoebaVdwForce::LennardJones);\n \n- force1.addParticle(0, 2, 1.0, false);\n- force1.addParticle(1, 2, 0.9, true);\n- force1.addParticle(2, 0, 1.0, false);\n- force1.addParticle(3, 1, 0.9, false);\n+ force1.addParticle(0, 2, 1.0, false, 1.0);\n+ force1.addParticle(1, 2, 0.9, true, 0.0);\n+ force1.addParticle(2, 0, 1.0, false, 0.5);\n+ force1.addParticle(3, 1, 0.9, false, 0.9);\n force1.addParticleType(1.1, 2.0);\n force1.addParticleType(1.2, 2.1);\n force1.addParticleType(1.3, 2.2);\n@@ -158,14 +159,14 @@ void testSerializeTypes() {\n int ivIndex1, type1;\n int ivIndex2, type2;\n \n- double sigma1, epsilon1, reductionFactor1;\n- double sigma2, epsilon2, reductionFactor2;\n+ double sigma1, epsilon1, reductionFactor1, scaleFactor1;\n+ double sigma2, epsilon2, reductionFactor2, scaleFactor2;\n \n bool isAlchemical1;\n bool isAlchemical2;\n \n- force1.getParticleParameters(i, ivIndex1, sigma1, epsilon1, reductionFactor1, isAlchemical1, type1);\n- force2.getParticleParameters(i, ivIndex2, sigma2, epsilon2, reductionFactor2, isAlchemical2, type2);\n+ force1.getParticleParameters(i, ivIndex1, sigma1, epsilon1, reductionFactor1, isAlchemical1, type1, scaleFactor1);\n+ force2.getParticleParameters(i, ivIndex2, sigma2, epsilon2, reductionFactor2, isAlchemical2, type2, scaleFactor2);\n \n ASSERT_EQUAL(ivIndex1, ivIndex2);\n ASSERT_EQUAL(sigma1, sigma2);\n@@ -173,6 +174,7 @@ void testSerializeTypes() {\n ASSERT_EQUAL(reductionFactor1, reductionFactor2);\n ASSERT_EQUAL(isAlchemical1, isAlchemical2);\n ASSERT_EQUAL(type1, type2);\n+ ASSERT_EQUAL(scaleFactor1, scaleFactor2);\n }\n for (int i = 0; i < force1.getNumParticleTypes(); i++) {\n double sigma1, epsilon1;\ndiff --git a/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h b/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\nindex da86f818b2..fcd477a429 100644\n--- a/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaGeneralizedKirkwoodForce.h\n@@ -289,10 +289,10 @@ static void setupMultipoleAmmonia(System& system, AmoebaGeneralizedKirkwoodForce\n // addParticle: charge, radius, scalingFactor\n \n for (unsigned int ii = 0; ii < 2; ii++) {\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( -5.7960000e-01, 1.5965000e-01, 6.9000000e-01);\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01);\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01);\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01);\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( -5.7960000e-01, 1.5965000e-01, 6.9000000e-01, 1.5965000e-01, 0.0f);\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01, 1.2360000e-01, 0.0f);\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01, 1.2360000e-01, 0.0f);\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->addParticle( 1.9320000e-01, 1.2360000e-01, 6.9000000e-01, 1.2360000e-01, 0.0f);\n }\n system.addForce(amoebaGeneralizedKirkwoodForce);\n }\n@@ -7167,9 +7167,9 @@ static void testGeneralizedKirkwoodAmmoniaMutualPolarizationWithCavityTerm() {\n // Try changing the particle parameters and make sure it's still correct.\n \n for (int i = 0; i < numberOfParticles; i++) {\n- double charge, radius, scale;\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->getParticleParameters(i, charge, radius, scale);\n- amoebaGeneralizedKirkwoodForce->setParticleParameters(i, charge, 0.9*radius, 1.1*scale);\n+ double charge, radius, scale, descreenRadius, neckscale;\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->getParticleParameters(i, charge, radius, scale, descreenRadius, neckscale);\n+ amoebaGeneralizedKirkwoodForce->setParticleParameters(i, charge, 0.9*radius, 1.1*scale, 1.2*descreenRadius, 1.3*neckscale);\n }\n LangevinIntegrator integrator2(0.0, 0.1, 0.01);\n Context context2(system, integrator2, context.getPlatform());\ndiff --git a/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaVdwForce.h b/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaVdwForce.h\nindex 3500eae8f4..d6f7090c0d 100644\n--- a/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaVdwForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/tests/TestAmoebaVdwForce.h\n@@ -133,12 +133,12 @@ void testVdw() {\n }\n for (int ii = 0; ii < amoebaVdwForce->getNumParticles(); ii++) {\n int indexIV, type;\n- double sigma, epsilon, reduction;\n+ double sigma, epsilon, reduction, scaleFactor;\n bool isAlchemical;\n- amoebaVdwForce->getParticleParameters(ii, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type);\n+ amoebaVdwForce->getParticleParameters(ii, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type, scaleFactor);\n sigma *= AngstromToNm;\n epsilon *= CalToJoule;\n- amoebaVdwForce->setParticleParameters(ii, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type);\n+ amoebaVdwForce->setParticleParameters(ii, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type, scaleFactor);\n }\n Context context(system, integrator, platform);\n \n@@ -163,10 +163,10 @@ void testVdw() {\n \n for (int i = 0; i < numberOfParticles; i++) {\n int indexIV, type;\n- double mass, sigma, epsilon, reduction;\n+ double mass, sigma, epsilon, reduction, scaleFactor;\n bool isAlchemical;\n- amoebaVdwForce->getParticleParameters(i, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type);\n- amoebaVdwForce->setParticleParameters(i, indexIV, 0.9*sigma, 2.0*epsilon, 0.95*reduction, isAlchemical, type);\n+ amoebaVdwForce->getParticleParameters(i, indexIV, sigma, epsilon, reduction, isAlchemical, type, scaleFactor);\n+ amoebaVdwForce->setParticleParameters(i, indexIV, 0.9*sigma, 2.0*epsilon, 0.95*reduction, isAlchemical, type, scaleFactor);\n }\n LangevinIntegrator integrator2(0.0, 0.1, 0.01);\n Context context2(system, integrator2, platform);\ndiff --git a/plugins/amoeba/tests/TestWcaDispersionForce.h b/plugins/amoeba/tests/TestWcaDispersionForce.h\nindex 899b247955..b82129b924 100644\n--- a/plugins/amoeba/tests/TestWcaDispersionForce.h\n+++ b/plugins/amoeba/tests/TestWcaDispersionForce.h\n@@ -42,103 +42,122 @@\n \n #define ASSERT_EQUAL_TOL_MOD(expected, found, tol, testname) {double _scale_ = std::abs(expected) > 1.0 ? std::abs(expected) : 1.0; if (!(std::abs((expected)-(found))/_scale_ <= (tol))) {std::stringstream details; details << testname << \" Expected \"<<(expected)<<\", found \"<<(found); throwException(__FILE__, __LINE__, details.str());}};\n \n-#define ASSERT_EQUAL_VEC_MOD(expected, found, tol,testname) {ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[0], (found)[0], (tol),(testname)); ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[1], (found)[1], (tol),(testname)); ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[2], (found)[2], (tol),(testname));};\n+#define ASSERT_EQUAL_VEC_MOD(expected, found, tol, testname) {ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[0], (found)[0], (tol),(testname)); ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[1], (found)[1], (tol),(testname)); ASSERT_EQUAL_TOL_MOD((expected)[2], (found)[2], (tol),(testname));};\n \n \n using namespace OpenMM;\n const double TOL = 1e-4;\n \n-void compareForcesEnergy(std::string& testName, double expectedEnergy, double energy,\n- const std::vector<Vec3>& expectedForces,\n- const std::vector<Vec3>& forces, double tolerance) {\n+void compareForcesEnergy(std::string &testName, double expectedEnergy, double energy,\n+ const std::vector<Vec3> &expectedForces,\n+ const std::vector<Vec3> &forces, double tolerance) {\n+\n for (unsigned int ii = 0; ii < forces.size(); ii++) {\n- ASSERT_EQUAL_VEC_MOD(expectedForces[ii], forces[ii], tolerance, testName);\n+ ASSERT_EQUAL_VEC_MOD(expectedForces[ii], forces[ii], tolerance, testName)\n }\n- ASSERT_EQUAL_TOL_MOD(expectedEnergy, energy, tolerance, testName);\n+ ASSERT_EQUAL_TOL_MOD(expectedEnergy, energy, tolerance, testName)\n }\n \n-// test Wca dispersion\n-\n+// Test Wca Dispersion\n void testWcaDispersionAmmonia() {\n \n- std::string testName = \"testWcaDispersionAmmonia\";\n-\n- int numberOfParticles = 8;\n+ std::string testName = \"testWcaDispersionAmmonia\";\n+ int numberOfParticles = 8;\n \n // Create the system.\n- \n+\n System system;\n- AmoebaWcaDispersionForce* amoebaWcaDispersionForce = new AmoebaWcaDispersionForce();;\n+ AmoebaWcaDispersionForce *amoebaWcaDispersionForce = new AmoebaWcaDispersionForce();\n+\n+ // Convert kcal/mol to kJ/mol\n+ double epso = 0.1100e0 * 4.184e0;\n+ double epsh = 0.0135e0 * 4.184e0;\n+ // Convert A to nm.\n+ double rmino = 1.7025e-01;\n+ double rminh = 1.3275e-01;\n+ double dispoff = 1.056e-01;\n+ // Convert water number density from water / A^3 to water / nm^3.\n+ double awater = 0.033428e03;\n+ // No units.\n+ double slevy = 1.0e0;\n+ double shctd = 0.75e0;\n+\n+ amoebaWcaDispersionForce->setEpso(epso);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setEpsh(epsh);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setRmino(rmino);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setRminh(rminh);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setDispoff(dispoff);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setAwater(awater);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setSlevy(slevy);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setShctd(shctd);\n+\n+ // Amoeba 2009\n+ // vdwtype BUFFERED-14-7\n+ // radiusrule CUBIC-MEAN\n+ // radiustype R-MIN\n+ // radiussize DIAMETER\n+ // epsilonrule HHG\n+ // vdw 45 3.710000000 0.105000000\n+ // vdw 46 2.700000000 0.020000000 0.910\n \n- amoebaWcaDispersionForce->setEpso( 4.6024000e-01);\n- amoebaWcaDispersionForce->setEpsh( 5.6484000e-02);\n- amoebaWcaDispersionForce->setRmino( 1.7025000e-01);\n- amoebaWcaDispersionForce->setRminh( 1.3275000e-01);\n- amoebaWcaDispersionForce->setDispoff(2.6000000e-02);\n- amoebaWcaDispersionForce->setAwater( 3.3428000e+01);\n- amoebaWcaDispersionForce->setSlevy( 1.0000000e+00);\n- amoebaWcaDispersionForce->setShctd( 8.1000000e-01);\n+ for (unsigned int ii = 0; ii < 2; ii++) {\n+ system.addParticle(1.4007000e+01);\n+ amoebaWcaDispersionForce->addParticle(3.71e-01 / 2.0e0, 0.105e0 * 4.184e0);\n \n- // addParticle: radius, epsilon\n+ system.addParticle(1.0080000e+00);\n+ amoebaWcaDispersionForce->addParticle(2.7e-01 / 2.0e0, 0.02e0 * 4.184e0);\n \n- for (unsigned int ii = 0; ii < 2; ii++) {\n- system.addParticle( 1.4007000e+01);\n- amoebaWcaDispersionForce->addParticle( 1.8550000e-01, 4.3932000e-01);\n- \n- system.addParticle( 1.0080000e+00);\n- amoebaWcaDispersionForce->addParticle( 1.3500000e-01, 8.3680000e-02);\n- \n- system.addParticle( 1.0080000e+00);\n- amoebaWcaDispersionForce->addParticle( 1.3500000e-01, 8.3680000e-02);\n- \n- system.addParticle( 1.0080000e+00);\n- amoebaWcaDispersionForce->addParticle( 1.3500000e-01, 8.3680000e-02);\n+ system.addParticle(1.0080000e+00);\n+ amoebaWcaDispersionForce->addParticle(2.7e-01 / 2.0e0, 0.02e0 * 4.184e0);\n+\n+ system.addParticle(1.0080000e+00);\n+ amoebaWcaDispersionForce->addParticle(2.7e-01 / 2.0e0, 0.02e0 * 4.184e0);\n }\n \n std::vector<Vec3> positions(numberOfParticles);\n \n- positions[0] = Vec3( 1.5927280e-01, 1.7000000e-06, 1.6491000e-03);\n- positions[1] = Vec3( 2.0805540e-01, -8.1258800e-02, 3.7282500e-02);\n- positions[2] = Vec3( 2.0843610e-01, 8.0953200e-02, 3.7462200e-02);\n- positions[3] = Vec3( 1.7280780e-01, 2.0730000e-04, -9.8741700e-02);\n- positions[4] = Vec3( -1.6743680e-01, 1.5900000e-05, -6.6149000e-03);\n- positions[5] = Vec3( -2.0428260e-01, 8.1071500e-02, 4.1343900e-02);\n- positions[6] = Vec3( -6.7308300e-02, 1.2800000e-05, 1.0623300e-02);\n- positions[7] = Vec3( -2.0426290e-01, -8.1231400e-02, 4.1033500e-02);\n+ positions[0] = Vec3(1.57493055e-01, 0.00085545e-01, 0.12707740e-01);\n+ positions[1] = Vec3(1.94285651e-01, -0.81095826e-01, 0.60622179e-01);\n+ positions[2] = Vec3(1.95030610e-01, 0.80808023e-01, 0.60809749e-01);\n+ positions[3] = Vec3(1.99309092e-01, -0.00015413e-01, -0.79434283e-01);\n+ positions[4] = Vec3(-1.65212994e-01, 0.02174061e-01, -0.04650966e-01);\n+ positions[5] = Vec3(-1.97210029e-01, 0.82501943e-01, 0.47898953e-01);\n+ positions[6] = Vec3(-0.64164714e-01, 0.01492667e-01, 0.03495515e-01);\n+ positions[7] = Vec3(-1.98070588e-01, -0.79434787e-01, 0.45336787e-01);\n \n system.addForce(amoebaWcaDispersionForce);\n+ ASSERT(!amoebaWcaDispersionForce->usesPeriodicBoundaryConditions());\n+ ASSERT(!system.usesPeriodicBoundaryConditions());\n \n LangevinIntegrator integrator(0.0, 0.1, 0.01);\n Context context(system, integrator, platform);\n \n context.setPositions(positions);\n State state = context.getState(State::Forces | State::Energy);\n- std::vector<Vec3> forces = state.getForces();\n+ const std::vector<Vec3> &forces = state.getForces();\n double energy = state.getPotentialEnergy();\n \n- // TINKER-computed values\n-\n+ // Force Field X / Tinker expected energy -5.55412658 * 4.184 and forces.\n+ double expectedEnergy = -5.55412658 * 4.184;\n std::vector<Vec3> expectedForces(numberOfParticles);\n- double expectedEnergy = -2.6981209e+01;\n-\n- expectedForces[0] = Vec3( 4.7839388e+00, -7.3510133e-04, -5.0382764e-01);\n- expectedForces[1] = Vec3( 1.4657758e+00, 1.2431003e+00, -6.7075886e-01);\n- expectedForces[2] = Vec3( 1.4563936e+00, -1.2399917e+00, -6.7443841e-01);\n- expectedForces[3] = Vec3( 2.1116744e+00, -2.7407512e-03, 1.3271245e+00);\n- expectedForces[4] = Vec3( -4.7528440e+00, -1.5148066e-03, 1.2653813e+00);\n- expectedForces[5] = Vec3( -1.1875619e+00, -1.2866678e+00, -3.9109060e-01);\n- expectedForces[6] = Vec3( -2.6885679e+00, -4.3038639e-04, 3.3763583e-02);\n- expectedForces[7] = Vec3( -1.1888087e+00, 1.2889802e+00, -3.8615387e-01);\n-\n- double tolerance = 1.0e-04;\n+\n+ expectedForces[0] = Vec3(-0.33370779, 0.00478895, -0.18780836);\n+ expectedForces[1] = Vec3(1.15078615, 0.07363123, -0.04881103);\n+ expectedForces[2] = Vec3(1.14509754, -0.08727205, -0.05086123);\n+ expectedForces[3] = Vec3(0.97122614, -0.00473535, 0.09417216);\n+ expectedForces[4] = Vec3(-1.64874538, 0.01074006, -0.08477238);\n+ expectedForces[5] = Vec3(-1.28585908, 0.00494013, 0.05864744);\n+ expectedForces[6] = Vec3(1.28677671, -0.00915430, 0.16081161);\n+ expectedForces[7] = Vec3(-1.28557430, 0.00706132, 0.05862179);\n+\n+ double tolerance = 1.0e-04;\n compareForcesEnergy(testName, expectedEnergy, energy, expectedForces, forces, tolerance);\n- \n+\n // Try changing the particle parameters and make sure it's still correct.\n- \n for (int i = 0; i < numberOfParticles; i++) {\n double radius, epsilon;\n amoebaWcaDispersionForce->getParticleParameters(i, radius, epsilon);\n- amoebaWcaDispersionForce->setParticleParameters(i, 0.9*radius, 2.0*epsilon);\n+ amoebaWcaDispersionForce->setParticleParameters(i, 0.9 * radius, 2.0 * epsilon);\n }\n LangevinIntegrator integrator2(0.0, 0.1, 0.01);\n Context context2(system, integrator2, platform);\n@@ -148,7 +167,8 @@ void testWcaDispersionAmmonia() {\n bool exceptionThrown = false;\n try {\n // This should throw an exception.\n- compareForcesEnergy(testName, state1.getPotentialEnergy(), state2.getPotentialEnergy(), state1.getForces(), state2.getForces(), tolerance);\n+ compareForcesEnergy(testName, state1.getPotentialEnergy(), state2.getPotentialEnergy(), state1.getForces(),\n+ state2.getForces(), tolerance);\n }\n catch (std::exception ex) {\n exceptionThrown = true;\n@@ -156,7 +176,8 @@ void testWcaDispersionAmmonia() {\n ASSERT(exceptionThrown);\n amoebaWcaDispersionForce->updateParametersInContext(context);\n state1 = context.getState(State::Forces | State::Energy);\n- compareForcesEnergy(testName, state1.getPotentialEnergy(), state2.getPotentialEnergy(), state1.getForces(), state2.getForces(), tolerance);\n+ compareForcesEnergy(testName, state1.getPotentialEnergy(), state2.getPotentialEnergy(), state1.getForces(),\n+ state2.getForces(), tolerance);\n }\n \n void setupKernels(int argc, char* argv[]);\ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\nindex 715c2bc64b..63c877bbbb 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAPIUnits.py\n@@ -639,14 +639,14 @@ def testGeneralizedKirkwood(self):\n \n self.assertEqual(force.getNumParticles(), 2)\n \n- q, r, s = force.getParticleParameters(0)\n+ q, r, s, d, k = force.getParticleParameters(0)\n self.assertAlmostEqualUnit(q, 1.0*coulomb)\n self.assertIs(q.unit, elementary_charge)\n self.assertEqual(r, 1.0*angstroms)\n self.assertIs(r.unit, nanometer)\n self.assertEqual(s, 0.5)\n \n- q, r, s = force.getParticleParameters(1)\n+ q, r, s, d, k = force.getParticleParameters(1)\n self.assertAlmostEqualUnit(q, 1.0*elementary_charge)\n self.assertIs(q.unit, elementary_charge)\n self.assertEqual(r, 1.0*nanometer)\n@@ -759,44 +759,47 @@ def testAmoebaVdwForce(self):\n \n self.assertEqual(force.getNumParticles(), 3)\n \n- p, sig, eps, scale, alchemical, type = force.getParticleParameters(0)\n+ p, sig, eps, reduction, alchemical, type, scale = force.getParticleParameters(0)\n self.assertEqual(p, 0)\n self.assertEqual(sig, 0.1*nanometers)\n self.assertIs(sig.unit, nanometers)\n self.assertEqual(eps, 1.0*kilojoules_per_mole)\n self.assertIs(eps.unit, kilojoules_per_mole)\n- self.assertEqual(scale, 1.0)\n+ self.assertEqual(reduction, 1.0)\n self.assertEqual(type, -1)\n+ self.assertEqual(scale, 1.0)\n \n- p, sig, eps, scale, alchemical, type = force.getParticleParameters(1)\n+ p, sig, eps, reduction, alchemical, type, scale = force.getParticleParameters(1)\n self.assertEqual(p, 1)\n self.assertEqual(sig, 1.0*angstroms)\n self.assertIs(sig.unit, nanometers)\n self.assertEqual(eps, 1.0*kilocalories_per_mole)\n self.assertIs(eps.unit, kilojoules_per_mole)\n- self.assertEqual(scale, 0.5)\n+ self.assertEqual(reduction, 0.5)\n self.assertEqual(type, -1)\n+ self.assertEqual(scale, 1.0)\n \n- p, sig, eps, scale, alchemical, type = force.getParticleParameters(2)\n+ p, sig, eps, reduction, alchemical, type, scale = force.getParticleParameters(2)\n self.assertEqual(p, 1)\n self.assertAlmostEqualUnit(sig, 0.8*angstroms)\n self.assertIs(sig.unit, nanometers)\n self.assertEqual(eps, 2.0*kilocalories_per_mole)\n self.assertIs(eps.unit, kilojoules_per_mole)\n- self.assertEqual(scale, 0.25)\n+ self.assertEqual(reduction, 0.25)\n self.assertEqual(type, -1)\n+ self.assertEqual(scale, 1.0)\n \n def testAmoebaWcaDispersionForce(self):\n \"\"\" Tests the AmoebaWcaDispersionForce API features \"\"\"\n force = AmoebaWcaDispersionForce()\n \n- self.assertEqual(force.getDispoff(), 0.26*nanometer)\n- self.assertEqual(force.getAwater(), 0.033428*nanometer**-3)\n- self.assertEqual(force.getEpsh(), 0.0135*kilojoule_per_mole)\n- self.assertEqual(force.getEpso(), 0.11*kilojoule_per_mole)\n- self.assertEqual(force.getRminh(), 1.3275*nanometer)\n- self.assertEqual(force.getRmino(), 1.7025*nanometer)\n- self.assertEqual(force.getShctd(), 0.81)\n+ self.assertEqual(force.getDispoff(), 0.1056*nanometer)\n+ self.assertEqual(force.getAwater(), 33.428*nanometer**-3)\n+ self.assertEqual(force.getEpsh(), 0.056484*kilojoule_per_mole)\n+ self.assertEqual(force.getEpso(), 0.46024000000000004*kilojoule_per_mole)\n+ self.assertEqual(force.getRminh(), 0.13275*nanometer)\n+ self.assertEqual(force.getRmino(), 0.17025*nanometer)\n+ self.assertEqual(force.getShctd(), 0.82)\n self.assertEqual(force.getSlevy(), 1.0)\n \n force.setDispoff(3*angstroms)\ndiff --git a/wrappers/python/tests/systems/alanine-dipeptide-amoeba-forces.xml b/wrappers/python/tests/systems/alanine-dipeptide-amoeba-forces.xml\nindex f2e436ed0c..e7e22ded05 100644\n--- a/wrappers/python/tests/systems/alanine-dipeptide-amoeba-forces.xml\n+++ b/wrappers/python/tests/systems/alanine-dipeptide-amoeba-forces.xml\n@@ -1,32 +1,32 @@\n <?xml version=\"1.0\" ?>\n-<State time=\"0\" type=\"State\" version=\"1\">\n+<State openmmVersion=\"8.1\" stepCount=\"0\" time=\"0\" type=\"State\" version=\"1\">\n \t<PeriodicBoxVectors>\n \t\t<A x=\"2\" y=\"0\" z=\"0\"/>\n \t\t<B x=\"0\" y=\"2\" z=\"0\"/>\n \t\t<C x=\"0\" y=\"0\" z=\"2\"/>\n \t</PeriodicBoxVectors>\n \t<Forces>\n-\t\t<Force x=\"-60.899006905648534\" y=\"-704.8991281062977\" z=\".0364180169671772\"/>\n-\t\t<Force x=\"1179.7263311404506\" y=\"629.2168542831286\" z=\"1.563821009034657\"/>\n-\t\t<Force x=\"-484.4401097634541\" y=\"135.94210610096957\" z=\"558.0155391926069\"/>\n-\t\t<Force x=\"-484.1625627429897\" y=\"136.02915381525668\" z=\"-557.7203977673528\"/>\n-\t\t<Force x=\"-804.8403408476064\" y=\"-857.579131840898\" z=\"118.43755474210333\"/>\n-\t\t<Force x=\"84.24441920455223\" y=\"-421.86322192608037\" z=\"120.734742628977\"/>\n-\t\t<Force x=\"666.4942549112259\" y=\"-479.03339298154526\" z=\"19.66166555862896\"/>\n-\t\t<Force x=\"-518.9062723002917\" y=\"686.3850843706331\" z=\".7311137123231983\"/>\n-\t\t<Force x=\"-105.62094199225953\" y=\"710.9845370176521\" z=\"-508.0677463920413\"/>\n-\t\t<Force x=\"285.6690654282444\" y=\"-111.35548608152155\" z=\"847.8096733172159\"/>\n-\t\t<Force x=\"-396.4822698774795\" y=\"24.462223992557014\" z=\"297.9581483103431\"/>\n-\t\t<Force x=\"-168.22340166944585\" y=\"110.99779797739818\" z=\"-824.0916382722021\"/>\n-\t\t<Force x=\"805.7023041833917\" y=\"15.738288953519556\" z=\"-340.2263402925698\"/>\n-\t\t<Force x=\"366.3025998383222\" y=\"-647.7535895818237\" z=\"-273.83047817845636\"/>\n-\t\t<Force x=\"-649.7310636705703\" y=\"-495.52797252280067\" z=\"317.36013856851315\"/>\n-\t\t<Force x=\"-480.120788018345\" y=\"172.44477988154952\" z=\"-16.235455767965004\"/>\n-\t\t<Force x=\"-486.20230228601736\" y=\"982.6376366390087\" z=\"127.20818643942287\"/>\n-\t\t<Force x=\"820.5730252078641\" y=\"-78.71234329038225\" z=\"109.31395566365498\"/>\n-\t\t<Force x=\"355.03388135028814\" y=\"-1391.2776654673507\" z=\".9942543092954484\"/>\n-\t\t<Force x=\"-511.3467906691061\" y=\"677.7717086552518\" z=\".008253291392112616\"/>\n-\t\t<Force x=\"293.66157422204157\" y=\"452.68343054060256\" z=\"502.83463917630775\"/>\n-\t\t<Force x=\"293.5683952568295\" y=\"452.70832957117113\" z=\"-502.49604726620026\"/>\n+\t\t<Force x=\"-60.48934767780512\" y=\"-704.2905908945154\" z=\".03641801581402149\"/>\n+\t\t<Force x=\"1180.5929374826017\" y=\"629.7947038764579\" z=\"1.563821030008981\"/>\n+\t\t<Force x=\"-483.76818418432686\" y=\"136.17122858237818\" z=\"557.445557397338\"/>\n+\t\t<Force x=\"-483.4906371562492\" y=\"136.2582762991838\" z=\"-557.1504159715371\"/>\n+\t\t<Force x=\"-804.7241107189593\" y=\"-856.9162372174255\" z=\"118.25073365873143\"/>\n+\t\t<Force x=\"83.81135991157873\" y=\"-420.22160214948235\" z=\"120.49617758444118\"/>\n+\t\t<Force x=\"667.2849511622113\" y=\"-479.3499008055406\" z=\"19.235509803262467\"/>\n+\t\t<Force x=\"-518.4733820988154\" y=\"686.0855400714895\" z=\".7330333001425071\"/>\n+\t\t<Force x=\"-105.72909078977926\" y=\"711.0668343181237\" z=\"-508.83224725862544\"/>\n+\t\t<Force x=\"285.3169350792583\" y=\"-111.3017080984095\" z=\"846.4662870215625\"/>\n+\t\t<Force x=\"-397.35954566696427\" y=\"24.822763038626682\" z=\"299.33941483017065\"/>\n+\t\t<Force x=\"-168.27998965108577\" y=\"111.03576033655848\" z=\"-823.1461667946043\"/>\n+\t\t<Force x=\"804.8766900716053\" y=\"16.1343934366816\" z=\"-339.5169767615949\"/>\n+\t\t<Force x=\"365.43779472611493\" y=\"-647.3449172328129\" z=\"-273.0689393022661\"/>\n+\t\t<Force x=\"-649.0369250626607\" y=\"-495.932522816643\" z=\"316.96471153570917\"/>\n+\t\t<Force x=\"-479.0134208353095\" y=\"171.79575146148863\" z=\"-16.236401291749388\"/>\n+\t\t<Force x=\"-486.9195278219171\" y=\"982.2625867919138\" z=\"126.98779152341059\"/>\n+\t\t<Force x=\"819.7259822269968\" y=\"-78.87846748631466\" z=\"109.09059215425442\"/>\n+\t\t<Force x=\"354.68327095554434\" y=\"-1392.2195705508666\" z=\".9942543256763656\"/>\n+\t\t<Force x=\"-511.1150957463999\" y=\"676.962020571201\" z=\".008253289146054499\"/>\n+\t\t<Force x=\"293.38125738064446\" y=\"452.02037971976495\" z=\"502.28873599651723\"/>\n+\t\t<Force x=\"293.2880784137142\" y=\"452.0452787481405\" z=\"-501.95014408580874\"/>\n \t</Forces>\n </State>\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4671
|
multi_swe_bench
|
Increase describeNextReport readability and allow requesting more values (openmm/openmm#4671)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4671,
"issue_title": "Increase describeNextReport readability and allow requesting more values",
"issue_body": "Fixes #4663 \r\nAlso harmonizes _generate_reports with #4437 \r\n\r\ndescribeNextReport can now return a dict instead of a tuple with the format\r\n`return {'steps':steps, 'periodic':False, 'include':['positions', 'forces']}`\r\n\r\nThe old tuple format is still supported.\r\n\r\nThis makes it mainly possible to also request parameterDerivatives for TI calculations without having to get the state for that reporter separately.\r\nIt also makes the output of describeNextReport much more readable than the previous tuple.\r\n\r\n---\r\n# Example\r\nFollowing is an example reporter utilizing the new format\r\n\r\n```python\r\nclass dUdLReporter(object):\r\n \"\"\"\r\n Reporter for printing out current dUdL values.\r\n\r\n Calculate derivative needs to be set for this to work.\r\n\r\n Based on openMM source code for StateDataReporter, and openMM user guide http://docs.openmm.org/latest/userguide/application/04_advanced_sim_examples.html#extracting-and-reporting-forces-and-other-data\r\n\r\n Args:\r\n object (_type_): _description_\r\n \"\"\"\r\n def __init__(self, file, reportInterval: int, derivativeNames: list, append: bool =False, timeUnit: unit = picosecond):\r\n \"\"\"\r\n Create reporter for writing out energies of individual force groups\r\n\r\n Args:\r\n file (str or stdout): where to print the values\r\n reportInterval (int): report every n steps\r\n derivativeNames (list, optional): List of str defining the names of derivatives to report.\r\n append (bool, optional): append to file. Defaults to False.\r\n timeUnit (mm.unit, optional): time unit to use. Defaults to unit.picosecond.\r\n \"\"\"\r\n\r\n self._append = append\r\n self._derivativeNames = derivativeNames\r\n self._reportInterval = reportInterval\r\n self._timeUnit = timeUnit\r\n\r\n # Open the file if it is a file, otherwise write directly to it (probably stdout)\r\n self._openedFile = isinstance(file, str)\r\n if self._openedFile:\r\n self._out = open(file, 'a' if append else 'w')\r\n else:\r\n self._out = file\r\n\r\n self._hasInitialized = False\r\n\r\n def __del__(self):\r\n # Close the file upon deletion\r\n if self._openedFile:\r\n self._out.close()\r\n\r\n def describeNextReport(self, simulation):\r\n # returns in how many steps the next report is due, and which kind of data it needs\r\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\r\n return {'steps': steps, 'periodic': None, 'include':['parameterDerivatives']}\r\n\r\n def report(self, simulation, state=None):\r\n # Generates the report. Simulation and state is passed through by the openMM engine.\r\n\r\n # print header if it is the first time this object has been called and is not set to append.\r\n if not self._hasInitialized:\r\n self._hasInitialized = True\r\n if not self._append:\r\n header = ','.join(self._derivativeNames)\r\n header = \"time,\" + header\r\n\r\n print(header, file=self._out)\r\n try:\r\n self._out.flush()\r\n except AttributeError:\r\n pass\r\n\r\n derivatives = []\r\n if state is None:\r\n state = simulation.context.getState(getParameterDerivatives=True)\r\n \r\n for derivativeName in self._derivativeNames:\r\n derivatives.append(f\"{state.getEnergyParameterDerivatives()[derivativeName]: .8f}\")\r\n\r\n values = ','.join(derivatives)\r\n values = f\"{state.getTime().value_in_unit(self._timeUnit): .2f},{values}\"\r\n\r\n print(values, file=self._out)\r\n try:\r\n self._out.flush()\r\n except AttributeError:\r\n pass\r\n```\r\n\r\n---\r\n# Todo\r\n\r\n- [x] write documentation\r\n\r\n---\r\n# Additional thoughts\r\n\r\nIt might also make sense to include a reporter similar as the one above.\r\n\r\nShould existing reporters be adjusted to match the proposed format?\r\n",
"base_commit": "bcc3442ee0a2594247c1bb305b327992db2c4779",
"resolved_issues": [
{
"number": 4663,
"title": "Allow to request all parameters context.getState hast to offer from a reporters describeNextReport() function",
"body": "At the moment, custom reporters are not able to request parameter derivatives or integrator parameters for their next report.\r\n\r\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/fed44c579e9ac3136fe38056968a9c6dc1b6931e/wrappers/python/openmm/app/simulation.py#L254-L272\r\n\r\nCurrently, to get parameter derivatives using a custom reporter, the state needs to be fetched separately.\r\n\r\nI can make the changes and create a pull request if desired.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4671",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/docs-source/usersguide/application/04_advanced_sim_examples.rst b/docs-source/usersguide/application/04_advanced_sim_examples.rst\nindex 88e550caf3..88f49959e3 100644\n--- a/docs-source/usersguide/application/04_advanced_sim_examples.rst\n+++ b/docs-source/usersguide/application/04_advanced_sim_examples.rst\n@@ -137,7 +137,7 @@ Here is the definition of the :class:`ForceReporter` class:\n \n def describeNextReport(self, simulation):\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n- return (steps, False, False, True, False, None)\n+ return = {'steps': steps, 'periodic': None, 'include':['forces']}\n \n def report(self, simulation, state):\n forces = state.getForces().value_in_unit(kilojoules/mole/nanometer)\n@@ -157,18 +157,14 @@ We then have two methods that every reporter must implement:\n :meth:`describeNextReport()` and :meth:`report()`. A Simulation object\n periodically calls :meth:`describeNextReport()` on each of its reporters to\n find out when that reporter will next generate a report, and what information\n-will be needed to generate it. The return value should be a six element tuple,\n-whose elements are as follows:\n+will be needed to generate it. The return value should be a dictionary with the following content:\n \n-* The number of time steps until the next report. We calculate this as\n+* :code:`steps` (int): The number of time steps until the next report. We calculate this as\n *(report interval)*\\ -\\ *(current step)*\\ %\\ *(report interval)*\\ . For\n example, if we want a report every 100 steps and the simulation is currently on\n step 530, we will return 100-(530%100) = 70.\n-* Whether the next report will need particle positions.\n-* Whether the next report will need particle velocities.\n-* Whether the next report will need forces.\n-* Whether the next report will need energies.\n-* Whether the positions should be wrapped to the periodic box. If None, it will\n+* :code:`include` (list of strings): The types of information that need to be included in the next report. The values in the list correspond to arguments to :meth:`Context.getState()`. Allowed values include :code:`'positions'`, :code:`'velocities'`, :code:`'forces'`, :code:`'energy'`, :code:`'parameters'`, :code:`'parameterDerivatives'`, and :code:`'integratorParameters'`.\n+* :code:`periodic` (bool, optional): Whether the positions should be wrapped to the periodic box. If None or not set, it will\n automatically decide whether to wrap positions based on whether the System uses\n periodic boundary conditions.\n \ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/checkpointreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/checkpointreporter.py\nindex 9177d2c17e..ebff7e8645 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/checkpointreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/checkpointreporter.py\n@@ -110,14 +110,11 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A five element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The remaining elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n- return (steps, False, False, False, False)\n+ return {'steps':steps, 'periodic':None, 'include':[]}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\nindex f9020a6a82..09b1d9439a 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n@@ -78,15 +78,11 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A six element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The next four elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively. The final element specifies whether\n- positions should be wrapped to lie in a single periodic box.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n- return (steps, True, False, False, False, self._enforcePeriodicBox)\n+ return {'steps':steps, 'periodic':self._enforcePeriodicBox, 'include':['positions']}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/debuggingreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/internal/debuggingreporter.py\nindex 2889b4dfd8..05eebf3a4c 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/debuggingreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/debuggingreporter.py\n@@ -67,14 +67,10 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A six element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The next four elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively. The final element specifies whether\n- positions should be wrapped to lie in a single periodic box.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n- return (1, True, True, True, False, False)\n+ return {'steps':1, 'periodic':False, 'include':['positions', 'velocities', 'forces']}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/pdbreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/pdbreporter.py\nindex d9b6c7593c..256ed36f17 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/pdbreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/pdbreporter.py\n@@ -77,15 +77,11 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A six element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The next four elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively. The final element specifies whether\n- positions should be wrapped to lie in a single periodic box.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n- return (steps, True, False, False, False, self._enforcePeriodicBox)\n+ return {'steps':steps, 'periodic':self._enforcePeriodicBox, 'include':['positions']}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py b/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\nindex 1451b69b91..b4a23fafa4 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/simulatedtempering.py\n@@ -176,7 +176,10 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n steps2 = st.reportInterval - simulation.currentStep%st.reportInterval\n steps = min(steps1, steps2)\n isUpdateAttempt = (steps1 == steps)\n- return (steps, False, isUpdateAttempt, False, isUpdateAttempt)\n+ if isUpdateAttempt:\n+ return {'steps': steps, 'periodic':None, 'include':['velocities', 'energy']}\n+ else:\n+ return {'steps': steps, 'periodic':None, 'include':[]}\n \n def report(self, simulation, state):\n st = self.st\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/simulation.py b/wrappers/python/openmm/app/simulation.py\nindex 3270f6f785..4e7b78f628 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/simulation.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/simulation.py\n@@ -206,9 +206,23 @@ def _simulate(self, endStep=None, endTime=None):\n \n anyReport = False\n for i, reporter in enumerate(self.reporters):\n- nextReport[i] = reporter.describeNextReport(self)\n- if nextReport[i][0] > 0 and nextReport[i][0] <= nextSteps:\n- nextSteps = nextReport[i][0]\n+ report = reporter.describeNextReport(self)\n+ # convert to new dict format if the report is in the old tuple format\n+ if isinstance(report, tuple):\n+ report_dict = {'steps': report[0]}\n+\n+ if len(report) > 5:\n+ report_dict['periodic'] = report[5]\n+\n+ includes = ['positions', 'velocities', 'forces', 'energy']\n+ report_dict['include'] = [includes[i] for i in range(4) if report[i+1]]\n+ report = report_dict\n+ nextReport[i] = report\n+ \n+ steps = nextReport[i]['steps']\n+\n+ if steps > 0 and steps <= nextSteps:\n+ nextSteps = steps\n anyReport = True\n stepsToGo = nextSteps\n while stepsToGo > 10:\n@@ -226,19 +240,16 @@ def _simulate(self, endStep=None, endTime=None):\n unwrapped = []\n either = []\n for reporter, report in zip(self.reporters, nextReport):\n- if report[0] == nextSteps:\n- if len(report) > 5:\n- wantWrap = report[5]\n- if wantWrap is None:\n- wantWrap = self._usesPBC\n- else:\n- wantWrap = self._usesPBC\n- if not report[1]:\n+ if report['steps'] == nextSteps:\n+ wantWrap = self._usesPBC if report.get('periodic') is None else report['periodic']\n+\n+ if not 'positions' in report['include']: # if no positions are requested, we don't care about pbc\n either.append((reporter, report))\n elif wantWrap:\n wrapped.append((reporter, report))\n else:\n unwrapped.append((reporter, report))\n+\n if len(wrapped) > len(unwrapped):\n wrapped += either\n else:\n@@ -252,23 +263,22 @@ def _simulate(self, endStep=None, endTime=None):\n self._generate_reports(unwrapped, False)\n \n def _generate_reports(self, reports, periodic):\n- getPositions = False\n- getVelocities = False\n- getForces = False\n- getEnergy = False\n- for reporter, next in reports:\n- if next[1]:\n- getPositions = True\n- if next[2]:\n- getVelocities = True\n- if next[3]:\n- getForces = True\n- if next[4]:\n- getEnergy = True\n- state = self.context.getState(positions=getPositions, velocities=getVelocities, forces=getForces,\n- energy=getEnergy, parameters=True, enforcePeriodicBox=periodic,\n- groups=self.context.getIntegrator().getIntegrationForceGroups())\n- for reporter, next in reports:\n+ '''Generate reports for all requested reporters\n+\n+ Parameters\n+ ----------\n+ reports : list of tuples\n+ each tuple in the list contains a reporter object and a description of the next report produced by reporter.describeNextReport().\n+ Note that the old format of returning a tuple from reporter.describeNextReport() is not supported in this function.\n+ periodic : bool\n+ Specifies whether particle positions should be translated so the center of every molecule lies in the same periodic box.\n+ '''\n+ \n+ includes = set.union(*[set(report[1]['include']) for report in reports])\n+ includeArgs = {property:True for property in includes}\n+\n+ state = self.context.getState(groups=self.context.getIntegrator().getIntegrationForceGroups(), enforcePeriodicBox=periodic, parameters=True, **includeArgs)\n+ for reporter, nextReport in reports:\n reporter.report(self, state)\n \n def saveCheckpoint(self, file):\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/statedatareporter.py b/wrappers/python/openmm/app/statedatareporter.py\nindex 64b3b14a79..9ea620bb23 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/statedatareporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/statedatareporter.py\n@@ -158,6 +158,7 @@ def __init__(self, file, reportInterval, step=False, time=False, potentialEnergy\n self._needsVelocities = False\n self._needsForces = False\n self._needEnergy = potentialEnergy or kineticEnergy or totalEnergy or temperature\n+ self._includes = ['energy'] if self._needEnergy else []\n \n def describeNextReport(self, simulation):\n \"\"\"Get information about the next report this object will generate.\n@@ -169,14 +170,11 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A five element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The remaining elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n- return (steps, self._needsPositions, self._needsVelocities, self._needsForces, self._needEnergy)\n+ return {'steps':steps, 'periodic':None, 'include':self._includes}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\nindex c37d15e08a..38ef3b4d2d 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n@@ -42,15 +42,11 @@ def describeNextReport(self, simulation):\n \n Returns\n -------\n- tuple\n- A six element tuple. The first element is the number of steps\n- until the next report. The next four elements specify whether\n- that report will require positions, velocities, forces, and\n- energies respectively. The final element specifies whether\n- positions should be wrapped to lie in a single periodic box.\n+ dict\n+ A dictionary describing the required information for the next report\n \"\"\"\n- steps = self._reportInterval - simulation.currentStep % self._reportInterval\n- return (steps, True, False, False, False, self._enforcePeriodicBox)\n+ steps = self._reportInterval - simulation.currentStep%self._reportInterval\n+ return {'steps':steps, 'periodic':self._enforcePeriodicBox, 'include':['positions']}\n \n def report(self, simulation, state):\n \"\"\"Generate a report.\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestSimulation.py b/wrappers/python/tests/TestSimulation.py\nindex aa26895634..68ba979670 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestSimulation.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestSimulation.py\n@@ -179,7 +179,7 @@ def __init__(self, periodic):\n \n def describeNextReport(self, simulation):\n steps = self.interval - simulation.currentStep%self.interval\n- return (steps, True, False, False, False, self.periodic)\n+ return {'steps':steps, 'periodic':self.periodic, 'include':['positions']}\n \n def report(self, simulation, state):\n state2 = simulation.context.getState(getPositions=True, enforcePeriodicBox=self.periodic)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4732
|
multi_swe_bench
|
updateParametersInContext() can modify parameter offsets (openmm/openmm#4732)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4732,
"issue_title": "updateParametersInContext() can modify parameter offsets",
"issue_body": "Fixes #4724.",
"base_commit": "027fed2a57a55b1e0c74dad3e8d565dd3d5be1e7",
"resolved_issues": [
{
"number": 4724,
"title": "Update offset parameters in context?",
"body": "Dear Devs, \r\n\r\nWas playing around with particle offsets and realised that you cannot update them in context without reinitializing.\r\n\r\nDoes it make sense that `updateParametersInContext` should also be suitable for updating offset parameters such as `chargeScale`?\r\n\r\nSmall example extended from #3054\r\n```\r\nimport openmm\r\nfrom openmm import unit\r\n\r\ndef generateSystem():\r\n system = openmm.System()\r\n system.addParticle(1)\r\n system.addParticle(1)\r\n return system\r\n\r\ndef generateContext(system):\r\n context = openmm.Context(system, openmm.LangevinIntegrator(298 * unit.kelvin, 1 / unit.picosecond, 2 * unit.femtosecond))\r\n context.setPeriodicBoxVectors(openmm.Vec3(1, 0, 0), openmm.Vec3(0, 1, 0), openmm.Vec3(0, 0, 1))\r\n context.setPositions([openmm.Vec3(0, 0, 0), openmm.Vec3(0.4, 0, 0)])\r\n return context\r\n\r\n# generate a simple system of two Lennard-Jones particles\r\nsystem = generateSystem()\r\nforce = openmm.NonbondedForce()\r\nsystem.addForce(force)\r\nforce.addParticle(5 * unit.elementary_charge, 1 * unit.nanometer, 0 * unit.kilocalories_per_mole)\r\nforce.addParticle(-5 * unit.elementary_charge, 1 * unit.nanometer, 0 * unit.kilocalories_per_mole)\r\nforce.addGlobalParameter(\"lambda\", 0)\r\nforce.setNonbondedMethod(openmm.NonbondedForce.CutoffPeriodic)\r\nforce.setCutoffDistance(0.5 * unit.nanometer)\r\ncontext = generateContext(system)\r\n\r\nprint(\"Unperturbed:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n\r\noffset_id = force.addParticleParameterOffset(\"lambda\", 1, 0, 0, 0) # Charge scale is 0 so will not impact the energy regardless lamba\r\ncontext = generateContext(system)\r\nprint(\"Should be the same:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n\r\ncontext.setParameter('lambda', 1)\r\nprint(\"Should still be the same:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n\r\nforce.setParticleParameterOffset(offset_id, \"lambda\", 1, 100, 0, 0) # Change charge scale to something a bit crazy\r\nforce.updateParametersInContext(context)\r\nprint(\"Should be different:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n\r\ncontext.setParameter('lambda', 0.5)\r\nprint(\"Should be different again:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n\r\ncontext.reinitialize(preserveState=True)\r\nprint(\"Does this work?:\", context.getState(getEnergy=True).getPotentialEnergy())\r\n```\r\n\r\nMany thanks as always!\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4732",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/openmmapi/include/openmm/NonbondedForce.h b/openmmapi/include/openmm/NonbondedForce.h\nindex f320b611ce..cec596e28d 100644\n--- a/openmmapi/include/openmm/NonbondedForce.h\n+++ b/openmmapi/include/openmm/NonbondedForce.h\n@@ -572,11 +572,13 @@ class OPENMM_EXPORT NonbondedForce : public Force {\n * Simply call setParticleParameters() and setExceptionParameters() to modify this object's parameters, then call\n * updateParametersInContext() to copy them over to the Context.\n *\n- * This method has several limitations. The only information it updates is the parameters of particles and exceptions.\n- * All other aspects of the Force (the nonbonded method, the cutoff distance, etc.) are unaffected and can only be\n- * changed by reinitializing the Context. Furthermore, only the chargeProd, sigma, and epsilon values of an exception\n- * can be changed; the pair of particles involved in the exception cannot change. Finally, this method cannot be used\n- * to add new particles or exceptions, only to change the parameters of existing ones.\n+ * This method has several limitations. The only information it updates is the parameters of particles and exceptions,\n+ * as well as parameter offsets for particles and exceptions. All other aspects of the Force (the nonbonded method,\n+ * the cutoff distance, etc.) are unaffected and can only be changed by reinitializing the Context. Furthermore,\n+ * only the chargeProd, sigma, and epsilon values of an exception can be changed; the pair of particles involved in the\n+ * exception cannot change. Likewise, it can update charge, sigma and epsilon for a parameter offset, but not the\n+ * identify of the particle or exception the offset is applied to, or which global parameter it is based on. Finally,\n+ * this method cannot be used to add new particles or exceptions, only to change the parameters of existing ones.\n */\n void updateParametersInContext(Context& context);\n /**\ndiff --git a/platforms/cpu/include/CpuKernels.h b/platforms/cpu/include/CpuKernels.h\nindex 80ed68cfdb..c51e7594d1 100644\n--- a/platforms/cpu/include/CpuKernels.h\n+++ b/platforms/cpu/include/CpuKernels.h\n@@ -278,6 +278,7 @@ class CpuCalcNonbondedForceKernel : public CalcNonbondedForceKernel {\n int numParticles, num14, chargePosqIndex, ljPosqIndex;\n std::vector<std::vector<int> > bonded14IndexArray;\n std::vector<std::vector<double> > bonded14ParamArray;\n+ std::map<int, int> nb14Index;\n double nonbondedCutoff, switchingDistance, rfDielectric, ewaldAlpha, ewaldDispersionAlpha, ewaldSelfEnergy, dispersionCoefficient;\n int kmax[3], gridSize[3], dispersionGridSize[3];\n bool useSwitchingFunction, exceptionsArePeriodic, useOptimizedPme, hasInitializedPme, hasInitializedDispersionPme, hasParticleOffsets, hasExceptionOffsets;\ndiff --git a/platforms/cpu/src/CpuKernels.cpp b/platforms/cpu/src/CpuKernels.cpp\nindex 0d642adba4..d4d2a78096 100644\n--- a/platforms/cpu/src/CpuKernels.cpp\n+++ b/platforms/cpu/src/CpuKernels.cpp\n@@ -506,7 +506,6 @@ void CpuCalcNonbondedForceKernel::initialize(const System& system, const Nonbond\n numParticles = force.getNumParticles();\n exclusions.resize(numParticles);\n vector<int> nb14s;\n- map<int, int> nb14Index;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n int particle1, particle2;\n double chargeProd, sigma, epsilon;\n@@ -753,6 +752,32 @@ void CpuCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context,\n bonded14IndexArray[i][0] = particle1;\n bonded14IndexArray[i][1] = particle2;\n }\n+ particleParamOffsets.clear();\n+ exceptionParamOffsets.clear();\n+ particleParamOffsets.resize(force.getNumParticles());\n+ exceptionParamOffsets.resize(force.getNumExceptions());\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of a particle parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ particleParamOffsets[particle].push_back(make_tuple(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int exception;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of an exception parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ exceptionParamOffsets[nb14Index[exception]].push_back(make_tuple(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n computeParameters(context, false);\n \n // Recompute the coefficient for the dispersion correction.\ndiff --git a/platforms/cuda/include/CudaKernels.h b/platforms/cuda/include/CudaKernels.h\nindex 4f4c8587ff..968bb38192 100644\n--- a/platforms/cuda/include/CudaKernels.h\n+++ b/platforms/cuda/include/CudaKernels.h\n@@ -211,6 +211,7 @@ class CudaCalcNonbondedForceKernel : public CalcNonbondedForceKernel {\n std::vector<std::pair<int, int> > exceptionAtoms;\n std::vector<std::string> paramNames;\n std::vector<double> paramValues;\n+ std::map<int, int> exceptionIndex;\n double ewaldSelfEnergy, dispersionCoefficient, alpha, dispersionAlpha;\n int interpolateForceThreads;\n int gridSizeX, gridSizeY, gridSizeZ;\ndiff --git a/platforms/cuda/src/CudaKernels.cpp b/platforms/cuda/src/CudaKernels.cpp\nindex 224e18c68a..a807716c29 100644\n--- a/platforms/cuda/src/CudaKernels.cpp\n+++ b/platforms/cuda/src/CudaKernels.cpp\n@@ -89,8 +89,35 @@ double CudaCalcForcesAndEnergyKernel::finishComputation(ContextImpl& context, bo\n class CudaCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public CudaForceInfo {\n public:\n ForceInfo(const NonbondedForce& force) : force(force) {\n+ particleOffset.resize(force.getNumParticles(), -1);\n+ exceptionOffset.resize(force.getNumExceptions(), -1);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int particleIndex;\n+ double chargeScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, parameter, particleIndex, chargeScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ particleOffset[particleIndex] = i;\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int exceptionIndex;\n+ double chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, parameter, exceptionIndex, chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ exceptionOffset[exceptionIndex] = i;\n+ }\n }\n bool areParticlesIdentical(int particle1, int particle2) {\n+ if (particleOffset[particle1] != -1 || particleOffset[particle2] != -1) {\n+ if (particleOffset[particle1] == -1 || particleOffset[particle2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int particleIndex1, particleIndex2;\n+ double chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle1], parameter1, particleIndex1, chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle2], parameter2, particleIndex2, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeScale1 != chargeScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n double charge1, charge2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getParticleParameters(particle1, charge1, sigma1, epsilon1);\n force.getParticleParameters(particle2, charge2, sigma2, epsilon2);\n@@ -108,6 +135,17 @@ class CudaCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public CudaForceInfo {\n particles[1] = particle2;\n }\n bool areGroupsIdentical(int group1, int group2) {\n+ if (exceptionOffset[group1] != -1 || exceptionOffset[group2] != -1) {\n+ if (exceptionOffset[group1] == -1 || exceptionOffset[group2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int exceptionIndex1, exceptionIndex2;\n+ double chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group1], parameter1, exceptionIndex1, chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group2], parameter2, exceptionIndex2, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeProdScale1 != chargeProdScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n int particle1, particle2;\n double chargeProd1, chargeProd2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getExceptionParameters(group1, particle1, particle2, chargeProd1, sigma1, epsilon1);\n@@ -116,6 +154,7 @@ class CudaCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public CudaForceInfo {\n }\n private:\n const NonbondedForce& force;\n+ vector<int> particleOffset, exceptionOffset;\n };\n \n class CudaCalcNonbondedForceKernel::PmeIO : public CalcPmeReciprocalForceKernel::IO {\n@@ -253,7 +292,6 @@ void CudaCalcNonbondedForceKernel::initialize(const System& system, const Nonbon\n }\n vector<pair<int, int> > exclusions;\n vector<int> exceptions;\n- map<int, int> exceptionIndex;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n int particle1, particle2;\n double chargeProd, sigma, epsilon;\n@@ -1126,12 +1164,58 @@ void CudaCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context,\n }\n baseExceptionParams.upload(baseExceptionParamsVec);\n }\n- \n+\n+ // Record parameter offsets.\n+\n+ vector<vector<mm_float4> > particleOffsetVec(force.getNumParticles());\n+ vector<vector<mm_float4> > exceptionOffsetVec(numExceptions);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of a particle parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ particleOffsetVec[particle].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int exception;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n+ int index = exceptionIndex[exception];\n+ if (index < startIndex || index >= endIndex)\n+ continue;\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of an exception parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ exceptionOffsetVec[index-startIndex].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ if (max(force.getNumParticleParameterOffsets(), 1) != particleParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particle parameter offsets has changed\");\n+ vector<mm_float4> p, e;\n+ for (int i = 0; i < particleOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < particleOffsetVec[i].size(); j++)\n+ p.push_back(particleOffsetVec[i][j]);\n+ for (int i = 0; i < exceptionOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < exceptionOffsetVec[i].size(); j++)\n+ e.push_back(exceptionOffsetVec[i][j]);\n+ if (force.getNumParticleParameterOffsets() > 0)\n+ particleParamOffsets.upload(p);\n+ if (max((int) e.size(), 1) != exceptionParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of exception parameter offsets has changed\");\n+ if (e.size() > 0)\n+ exceptionParamOffsets.upload(e);\n+\n // Compute other values.\n- \n+\n if (force.getUseDispersionCorrection() && cu.getContextIndex() == 0 && (nonbondedMethod == CutoffPeriodic || nonbondedMethod == Ewald || nonbondedMethod == PME))\n dispersionCoefficient = NonbondedForceImpl::calcDispersionCorrection(context.getSystem(), force);\n- cu.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle, firstException <= lastException);\n+ cu.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle || force.getNumParticleParameterOffsets() > 0,\n+ firstException <= lastException || force.getNumExceptionParameterOffsets() > 0);\n recomputeParams = true;\n }\n \ndiff --git a/platforms/hip/include/HipKernels.h b/platforms/hip/include/HipKernels.h\nindex 3931fad4f1..37b0ea040f 100644\n--- a/platforms/hip/include/HipKernels.h\n+++ b/platforms/hip/include/HipKernels.h\n@@ -207,6 +207,7 @@ class HipCalcNonbondedForceKernel : public CalcNonbondedForceKernel {\n std::vector<std::pair<int, int> > exceptionAtoms;\n std::vector<std::string> paramNames;\n std::vector<double> paramValues;\n+ std::map<int, int> exceptionIndex;\n double ewaldSelfEnergy, dispersionCoefficient, alpha, dispersionAlpha;\n int interpolateForceThreads;\n int gridSizeX, gridSizeY, gridSizeZ;\ndiff --git a/platforms/hip/src/HipKernels.cpp b/platforms/hip/src/HipKernels.cpp\nindex edb46c0ac8..ebaa672d62 100644\n--- a/platforms/hip/src/HipKernels.cpp\n+++ b/platforms/hip/src/HipKernels.cpp\n@@ -91,8 +91,35 @@ double HipCalcForcesAndEnergyKernel::finishComputation(ContextImpl& context, boo\n class HipCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public HipForceInfo {\n public:\n ForceInfo(const NonbondedForce& force) : force(force) {\n+ particleOffset.resize(force.getNumParticles(), -1);\n+ exceptionOffset.resize(force.getNumExceptions(), -1);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int particleIndex;\n+ double chargeScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, parameter, particleIndex, chargeScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ particleOffset[particleIndex] = i;\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int exceptionIndex;\n+ double chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, parameter, exceptionIndex, chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ exceptionOffset[exceptionIndex] = i;\n+ }\n }\n bool areParticlesIdentical(int particle1, int particle2) {\n+ if (particleOffset[particle1] != -1 || particleOffset[particle2] != -1) {\n+ if (particleOffset[particle1] == -1 || particleOffset[particle2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int particleIndex1, particleIndex2;\n+ double chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle1], parameter1, particleIndex1, chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle2], parameter2, particleIndex2, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeScale1 != chargeScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n double charge1, charge2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getParticleParameters(particle1, charge1, sigma1, epsilon1);\n force.getParticleParameters(particle2, charge2, sigma2, epsilon2);\n@@ -110,6 +137,17 @@ class HipCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public HipForceInfo {\n particles[1] = particle2;\n }\n bool areGroupsIdentical(int group1, int group2) {\n+ if (exceptionOffset[group1] != -1 || exceptionOffset[group2] != -1) {\n+ if (exceptionOffset[group1] == -1 || exceptionOffset[group2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int exceptionIndex1, exceptionIndex2;\n+ double chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group1], parameter1, exceptionIndex1, chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group2], parameter2, exceptionIndex2, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeProdScale1 != chargeProdScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n int particle1, particle2;\n double chargeProd1, chargeProd2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getExceptionParameters(group1, particle1, particle2, chargeProd1, sigma1, epsilon1);\n@@ -118,6 +156,7 @@ class HipCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public HipForceInfo {\n }\n private:\n const NonbondedForce& force;\n+ vector<int> particleOffset, exceptionOffset;\n };\n \n class HipCalcNonbondedForceKernel::PmeIO : public CalcPmeReciprocalForceKernel::IO {\n@@ -247,7 +286,6 @@ void HipCalcNonbondedForceKernel::initialize(const System& system, const Nonbond\n }\n vector<pair<int, int> > exclusions;\n vector<int> exceptions;\n- map<int, int> exceptionIndex;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n int particle1, particle2;\n double chargeProd, sigma, epsilon;\n@@ -1035,11 +1073,57 @@ void HipCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context,\n baseExceptionParams.upload(baseExceptionParamsVec);\n }\n \n+ // Record parameter offsets.\n+\n+ vector<vector<mm_float4> > particleOffsetVec(force.getNumParticles());\n+ vector<vector<mm_float4> > exceptionOffsetVec(numExceptions);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of a particle parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ particleOffsetVec[particle].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int exception;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n+ int index = exceptionIndex[exception];\n+ if (index < startIndex || index >= endIndex)\n+ continue;\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of an exception parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ exceptionOffsetVec[index-startIndex].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ if (max(force.getNumParticleParameterOffsets(), 1) != particleParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particle parameter offsets has changed\");\n+ vector<mm_float4> p, e;\n+ for (int i = 0; i < particleOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < particleOffsetVec[i].size(); j++)\n+ p.push_back(particleOffsetVec[i][j]);\n+ for (int i = 0; i < exceptionOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < exceptionOffsetVec[i].size(); j++)\n+ e.push_back(exceptionOffsetVec[i][j]);\n+ if (force.getNumParticleParameterOffsets() > 0)\n+ particleParamOffsets.upload(p);\n+ if (max((int) e.size(), 1) != exceptionParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of exception parameter offsets has changed\");\n+ if (e.size() > 0)\n+ exceptionParamOffsets.upload(e);\n+\n // Compute other values.\n \n if (force.getUseDispersionCorrection() && cu.getContextIndex() == 0 && (nonbondedMethod == CutoffPeriodic || nonbondedMethod == Ewald || nonbondedMethod == PME))\n dispersionCoefficient = NonbondedForceImpl::calcDispersionCorrection(context.getSystem(), force);\n- cu.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle, firstException <= lastException);\n+ cu.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle || force.getNumParticleParameterOffsets() > 0,\n+ firstException <= lastException || force.getNumExceptionParameterOffsets() > 0);\n recomputeParams = true;\n }\n \ndiff --git a/platforms/opencl/include/OpenCLKernels.h b/platforms/opencl/include/OpenCLKernels.h\nindex afd17f3a49..286089b9ef 100644\n--- a/platforms/opencl/include/OpenCLKernels.h\n+++ b/platforms/opencl/include/OpenCLKernels.h\n@@ -214,6 +214,7 @@ class OpenCLCalcNonbondedForceKernel : public CalcNonbondedForceKernel {\n std::vector<std::pair<int, int> > exceptionAtoms;\n std::vector<std::string> paramNames;\n std::vector<double> paramValues;\n+ std::map<int, int> exceptionIndex;\n double ewaldSelfEnergy, dispersionCoefficient, alpha, dispersionAlpha;\n int gridSizeX, gridSizeY, gridSizeZ;\n int dispersionGridSizeX, dispersionGridSizeY, dispersionGridSizeZ;\ndiff --git a/platforms/opencl/src/OpenCLKernels.cpp b/platforms/opencl/src/OpenCLKernels.cpp\nindex 38a9ceff87..00cdbaa570 100644\n--- a/platforms/opencl/src/OpenCLKernels.cpp\n+++ b/platforms/opencl/src/OpenCLKernels.cpp\n@@ -104,8 +104,35 @@ double OpenCLCalcForcesAndEnergyKernel::finishComputation(ContextImpl& context,\n class OpenCLCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public OpenCLForceInfo {\n public:\n ForceInfo(int requiredBuffers, const NonbondedForce& force) : OpenCLForceInfo(requiredBuffers), force(force) {\n+ particleOffset.resize(force.getNumParticles(), -1);\n+ exceptionOffset.resize(force.getNumExceptions(), -1);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int particleIndex;\n+ double chargeScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, parameter, particleIndex, chargeScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ particleOffset[particleIndex] = i;\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string parameter;\n+ int exceptionIndex;\n+ double chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, parameter, exceptionIndex, chargeProdScale, sigmaScale, epsilonScale);\n+ exceptionOffset[exceptionIndex] = i;\n+ }\n }\n bool areParticlesIdentical(int particle1, int particle2) {\n+ if (particleOffset[particle1] != -1 || particleOffset[particle2] != -1) {\n+ if (particleOffset[particle1] == -1 || particleOffset[particle2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int particleIndex1, particleIndex2;\n+ double chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle1], parameter1, particleIndex1, chargeScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getParticleParameterOffset(particleOffset[particle2], parameter2, particleIndex2, chargeScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeScale1 != chargeScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n double charge1, charge2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getParticleParameters(particle1, charge1, sigma1, epsilon1);\n force.getParticleParameters(particle2, charge2, sigma2, epsilon2);\n@@ -123,6 +150,17 @@ class OpenCLCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public OpenCLForceInfo {\n particles[1] = particle2;\n }\n bool areGroupsIdentical(int group1, int group2) {\n+ if (exceptionOffset[group1] != -1 || exceptionOffset[group2] != -1) {\n+ if (exceptionOffset[group1] == -1 || exceptionOffset[group2] == -1)\n+ return false;\n+ string parameter1, parameter2;\n+ int exceptionIndex1, exceptionIndex2;\n+ double chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2;\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group1], parameter1, exceptionIndex1, chargeProdScale1, sigmaScale1, epsilonScale1);\n+ force.getExceptionParameterOffset(exceptionOffset[group2], parameter2, exceptionIndex2, chargeProdScale2, sigmaScale2, epsilonScale2);\n+ if (parameter1 != parameter2 || chargeProdScale1 != chargeProdScale2 || sigmaScale1 != sigmaScale2 || epsilonScale1 != epsilonScale2)\n+ return false;\n+ }\n int particle1, particle2;\n double chargeProd1, chargeProd2, sigma1, sigma2, epsilon1, epsilon2;\n force.getExceptionParameters(group1, particle1, particle2, chargeProd1, sigma1, epsilon1);\n@@ -131,6 +169,7 @@ class OpenCLCalcNonbondedForceKernel::ForceInfo : public OpenCLForceInfo {\n }\n private:\n const NonbondedForce& force;\n+ vector<int> particleOffset, exceptionOffset;\n };\n \n class OpenCLCalcNonbondedForceKernel::PmeIO : public CalcPmeReciprocalForceKernel::IO {\n@@ -257,7 +296,6 @@ void OpenCLCalcNonbondedForceKernel::initialize(const System& system, const Nonb\n }\n vector<pair<int, int> > exclusions;\n vector<int> exceptions;\n- map<int, int> exceptionIndex;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n int particle1, particle2;\n double chargeProd, sigma, epsilon;\n@@ -1146,12 +1184,58 @@ void OpenCLCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& contex\n }\n baseExceptionParams.upload(baseExceptionParamsVec);\n }\n- \n+\n+ // Record parameter offsets.\n+\n+ vector<vector<mm_float4> > particleOffsetVec(force.getNumParticles());\n+ vector<vector<mm_float4> > exceptionOffsetVec(numExceptions);\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of a particle parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ particleOffsetVec[particle].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int exception;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n+ int index = exceptionIndex[exception];\n+ if (index < startIndex || index >= endIndex)\n+ continue;\n+ auto paramPos = find(paramNames.begin(), paramNames.end(), param);\n+ if (paramPos == paramNames.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter of an exception parameter offset has changed\");\n+ int paramIndex = paramPos-paramNames.begin();\n+ exceptionOffsetVec[index-startIndex].push_back(mm_float4(charge, sigma, epsilon, paramIndex));\n+ }\n+ if (max(force.getNumParticleParameterOffsets(), 1) != particleParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particle parameter offsets has changed\");\n+ vector<mm_float4> p, e;\n+ for (int i = 0; i < particleOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < particleOffsetVec[i].size(); j++)\n+ p.push_back(particleOffsetVec[i][j]);\n+ for (int i = 0; i < exceptionOffsetVec.size(); i++)\n+ for (int j = 0; j < exceptionOffsetVec[i].size(); j++)\n+ e.push_back(exceptionOffsetVec[i][j]);\n+ if (force.getNumParticleParameterOffsets() > 0)\n+ particleParamOffsets.upload(p);\n+ if (max((int) e.size(), 1) != exceptionParamOffsets.getSize())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of exception parameter offsets has changed\");\n+ if (e.size() > 0)\n+ exceptionParamOffsets.upload(e);\n+\n // Compute other values.\n- \n+\n if (force.getUseDispersionCorrection() && cl.getContextIndex() == 0 && (nonbondedMethod == CutoffPeriodic || nonbondedMethod == Ewald || nonbondedMethod == PME))\n dispersionCoefficient = NonbondedForceImpl::calcDispersionCorrection(context.getSystem(), force);\n- cl.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle, firstException <= lastException);\n+ cl.invalidateMolecules(info, firstParticle <= lastParticle || force.getNumParticleParameterOffsets() > 0,\n+ firstException <= lastException || force.getNumExceptionParameterOffsets() > 0);\n recomputeParams = true;\n }\n \ndiff --git a/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h b/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\nindex bb2289e3d0..2c73542c8a 100644\n--- a/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\n+++ b/platforms/reference/include/ReferenceKernels.h\n@@ -662,6 +662,7 @@ class ReferenceCalcNonbondedForceKernel : public CalcNonbondedForceKernel {\n std::vector<std::vector<double> > particleParamArray, bonded14ParamArray;\n std::vector<std::array<double, 3> > baseParticleParams, baseExceptionParams;\n std::map<std::pair<std::string, int>, std::array<double, 3> > particleParamOffsets, exceptionParamOffsets;\n+ std::map<int, int> nb14Index;\n double nonbondedCutoff, switchingDistance, rfDielectric, ewaldAlpha, ewaldDispersionAlpha, dispersionCoefficient;\n int kmax[3], gridSize[3], dispersionGridSize[3];\n bool useSwitchingFunction, exceptionsArePeriodic;\ndiff --git a/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp b/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\nindex c04ea01910..3b8dc89418 100644\n--- a/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\n+++ b/platforms/reference/src/ReferenceKernels.cpp\n@@ -903,7 +903,6 @@ void ReferenceCalcNonbondedForceKernel::initialize(const System& system, const N\n numParticles = force.getNumParticles();\n exclusions.resize(numParticles);\n vector<int> nb14s;\n- map<int, int> nb14Index;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n int particle1, particle2;\n double chargeProd, sigma, epsilon;\n@@ -1038,6 +1037,18 @@ double ReferenceCalcNonbondedForceKernel::execute(ContextImpl& context, bool inc\n void ReferenceCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& context, const NonbondedForce& force, int firstParticle, int lastParticle, int firstException, int lastException) {\n if (force.getNumParticles() != numParticles)\n throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particles has changed\");\n+ if (force.getNumParticleParameterOffsets() != particleParamOffsets.size())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of particle parameter offsets has changed\");\n+ if (force.getNumExceptionParameterOffsets() != exceptionParamOffsets.size())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The number of exception parameter offsets has changed\");\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ if (particleParamOffsets.find(make_pair(param, particle)) == particleParamOffsets.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter or particle index of a particle parameter offset has changed\");\n+ }\n \n // Identify which exceptions are 1-4 interactions.\n \n@@ -1048,6 +1059,8 @@ void ReferenceCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& con\n double charge, sigma, epsilon;\n force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n exceptionsWithOffsets.insert(exception);\n+ if (exceptionParamOffsets.find(make_pair(param, nb14Index[exception])) == exceptionParamOffsets.end())\n+ throw OpenMMException(\"updateParametersInContext: The parameter or exception index of an exception parameter offset has changed\");\n }\n vector<int> nb14s;\n for (int i = 0; i < force.getNumExceptions(); i++) {\n@@ -1070,6 +1083,22 @@ void ReferenceCalcNonbondedForceKernel::copyParametersToContext(ContextImpl& con\n bonded14IndexArray[i][0] = particle1;\n bonded14IndexArray[i][1] = particle2;\n }\n+ particleParamOffsets.clear();\n+ exceptionParamOffsets.clear();\n+ for (int i = 0; i < force.getNumParticleParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int particle;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getParticleParameterOffset(i, param, particle, charge, sigma, epsilon);\n+ particleParamOffsets[make_pair(param, particle)] = {charge, sigma, epsilon};\n+ }\n+ for (int i = 0; i < force.getNumExceptionParameterOffsets(); i++) {\n+ string param;\n+ int exception;\n+ double charge, sigma, epsilon;\n+ force.getExceptionParameterOffset(i, param, exception, charge, sigma, epsilon);\n+ exceptionParamOffsets[make_pair(param, nb14Index[exception])] = {charge, sigma, epsilon};\n+ }\n \n // Recompute the coefficient for the dispersion correction.\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/tests/TestNonbondedForce.h b/tests/TestNonbondedForce.h\nindex 1efaefdfde..e1d5aed87d 100644\n--- a/tests/TestNonbondedForce.h\n+++ b/tests/TestNonbondedForce.h\n@@ -901,6 +901,39 @@ void testParameterOffsets() {\n energy += ONE_4PI_EPS0*pairChargeProd[i][j]/dist + 4.0*pairEpsilon[i][j]*(pow(x, 12.0)-pow(x, 6.0));\n }\n ASSERT_EQUAL_TOL(energy, context.getState(State::Energy).getPotentialEnergy(), 1e-5);\n+\n+ // Update the offsets and see if the energy is still correct.\n+\n+ force->setParticleParameterOffset(0, \"p1\", 0, 2.0, 0.6, 0.6);\n+ force->setParticleParameterOffset(1, \"p2\", 1, 1.1, 1.1, 2.1);\n+ force->setExceptionParameterOffset(0, \"p1\", 1, 0.4, 0.4, 1.4);\n+ force->updateParametersInContext(context);\n+ particleCharge = {0.0+2.0*0.5, 1.0+1.1*1.5, -1.0, 0.5};\n+ particleSigma = {1.0+0.6*0.5, 0.5+1.1*1.5, 2.0, 2.0};\n+ particleEpsilon = {0.5+0.6*0.5, 0.6+2.1*1.5, 0.7, 0.8};\n+ for (int i = 0; i < 4; i++)\n+ for (int j = i+1; j < 4; j++) {\n+ pairChargeProd[i][j] = particleCharge[i]*particleCharge[j];\n+ pairSigma[i][j] = 0.5*(particleSigma[i]+particleSigma[j]);\n+ pairEpsilon[i][j] = sqrt(particleEpsilon[i]*particleEpsilon[j]);\n+ }\n+ pairChargeProd[0][3] = 0.0;\n+ pairSigma[0][3] = 1.0;\n+ pairEpsilon[0][3] = 0.0;\n+ pairChargeProd[2][3] = 0.5+0.4*0.5;\n+ pairSigma[2][3] = 1.0+0.4*0.5;\n+ pairEpsilon[2][3] = 1.5+1.4*0.5;\n+ pairChargeProd[0][1] = 1.0;\n+ pairSigma[0][1] = 1.5;\n+ pairEpsilon[0][1] = 1.0;\n+ energy = 0.0;\n+ for (int i = 0; i < 4; i++)\n+ for (int j = i+1; j < 4; j++) {\n+ double dist = j-i;\n+ double x = pairSigma[i][j]/dist;\n+ energy += ONE_4PI_EPS0*pairChargeProd[i][j]/dist + 4.0*pairEpsilon[i][j]*(pow(x, 12.0)-pow(x, 6.0));\n+ }\n+ ASSERT_EQUAL_TOL(energy, context.getState(State::Energy).getPotentialEnergy(), 1e-5);\n }\n \n void testEwaldExceptions() {\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4734
|
multi_swe_bench
|
Serialization records integration force groups (openmm/openmm#4734)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4734,
"issue_title": "Serialization records integration force groups",
"issue_body": "Fixes #4730.\r\n\r\nWhile fixing this, I realized our handling of force groups for CompoundIntegrator was inconsistent. The CompoundIntegrator stored a list of force groups, and so did each integrator it contained. They were set independently and used inconsistently. Performing integration would use the groups for the currently selected integrator. Energy minimization would use the groups for the CompoundIntegrator itself.\r\n\r\nI therefore changed the behavior so the CompoundIntegrator doesn't have its own independent set of force groups. `getIntegrationForceGroups()` returns the groups for the currently selected integrator. `setIntegrationForceGroups()` sets the groups for *all* contained integrators.",
"base_commit": "ecbe32b026547d841b4ddc472ef81fae36275f67",
"resolved_issues": [
{
"number": 4730,
"title": "Deepcopying integrators resets integration force groups",
"body": "It seems that serializing an integrator doesn't record the integration force group, which means any deepcopy of an integrator will have them reset to the default (all force groups).\r\n\r\n```\r\nimport openmm as mm\r\nfrom openmm import unit as u\r\nfrom copy import deepcopy\r\n\r\nintegrator = mm.LangevinMiddleIntegrator(300*u.kelvin, 1/u.picosecond, 0.002*u.picosecond)\r\nintegrator.setIntegrationForceGroups({0})\r\nintegrator_copy = deepcopy(integrator)\r\nprint(integrator.getIntegrationForceGroups())\r\nprint(integrator_copy.getIntegrationForceGroups())\r\n```\r\n1\r\n-1\r\n\r\nCould this be an oversight?\n\n### Minimal API referenced by tests (typed signatures)\n_Added only when tests call brand‑new symbols introduced by the fix; types reflect annotations present in the repo or `Unknown` if not annotated._\n\n- Function in `openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp`: `def int CompoundIntegrator::getIntegrationForceGroups() -> int: ...`\n **Output:** int\n\n- Function in `openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp`: `def void CompoundIntegrator::setIntegrationForceGroups(groups: int) -> void: ...`\n **Inputs:** groups: int\n **Output:** void\n\n\n```python\ndef int CompoundIntegrator::getIntegrationForceGroups() -> int: ...\ndef void CompoundIntegrator::setIntegrationForceGroups(groups) -> void: ...\n```\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4734",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/openmmapi/include/openmm/CompoundIntegrator.h b/openmmapi/include/openmm/CompoundIntegrator.h\nindex 3839648988..dea22f1fbc 100644\n--- a/openmmapi/include/openmm/CompoundIntegrator.h\n+++ b/openmmapi/include/openmm/CompoundIntegrator.h\n@@ -9,7 +9,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2015-2020 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2015-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -158,6 +158,23 @@ class OPENMM_EXPORT CompoundIntegrator : public Integrator {\n * @param steps the number of time steps to take\n */\n void step(int steps);\n+ /**\n+ * Get which force groups to use for integration. By default, all force groups\n+ * are included. This is interpreted as a set of bit flags: the forces from group i\n+ * will be included if (groups&(1<<i)) != 0.\n+ * \n+ * This method returns the integration force groups for the current Integator.\n+ */\n+ int getIntegrationForceGroups() const;\n+ /**\n+ * Set which force groups to use for integration. By default, all force groups\n+ * are included. This is interpreted as a set of bit flags: the forces from group i\n+ * will be included if (groups&(1<<i)) != 0.\n+ * \n+ * Calling this method sets the integration force groups for all Integrators\n+ * containined in this CompoundIntegrator.\n+ */\n+ void setIntegrationForceGroups(int groups);\n protected:\n /**\n * This will be called by the Context when it is created. It informs the Integrator\ndiff --git a/openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp b/openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp\nindex d75760276d..aa22a245ab 100644\n--- a/openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp\n+++ b/openmmapi/src/CompoundIntegrator.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2015-2020 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2015-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -99,6 +99,15 @@ void CompoundIntegrator::step(int steps) {\n integrators[currentIntegrator]->step(steps);\n }\n \n+int CompoundIntegrator::getIntegrationForceGroups() const {\n+ return integrators[currentIntegrator]->getIntegrationForceGroups();\n+}\n+\n+void CompoundIntegrator::setIntegrationForceGroups(int groups) {\n+ for (int i = 0; i < integrators.size(); i++)\n+ integrators[i]->setIntegrationForceGroups(groups);\n+}\n+\n void CompoundIntegrator::initialize(ContextImpl& context) {\n if (integrators.size() == 0)\n throw OpenMMException(\"CompoundIntegrator must contain at least one Integrator\");\ndiff --git a/plugins/drude/serialization/src/DrudeLangevinIntegratorProxy.cpp b/plugins/drude/serialization/src/DrudeLangevinIntegratorProxy.cpp\nindex 1952ab05b4..ddf3d3f49c 100644\n--- a/plugins/drude/serialization/src/DrudeLangevinIntegratorProxy.cpp\n+++ b/plugins/drude/serialization/src/DrudeLangevinIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -50,6 +50,7 @@ void DrudeLangevinIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNo\n node.setDoubleProperty(\"drudeTemperature\", integrator.getDrudeTemperature());\n node.setDoubleProperty(\"drudeFriction\", integrator.getDrudeFriction());\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\n }\n \n void* DrudeLangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n@@ -60,5 +61,6 @@ void* DrudeLangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) c\n node.getDoubleProperty(\"drudeFriction\"), node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\n return integrator;\n }\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/plugins/drude/serialization/src/DrudeNoseHooverIntegratorProxy.cpp b/plugins/drude/serialization/src/DrudeNoseHooverIntegratorProxy.cpp\nindex 452d16d136..62a745913f 100644\n--- a/plugins/drude/serialization/src/DrudeNoseHooverIntegratorProxy.cpp\n+++ b/plugins/drude/serialization/src/DrudeNoseHooverIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Andrew C. Simmonett, Andreas Krämer *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -57,6 +57,7 @@ void DrudeNoseHooverIntegratorProxy::serialize(const void* object, Serialization\n node.setIntProperty(\"chainLength\", integrator.getThermostat().getChainLength());\r\n node.setIntProperty(\"numMTS\", integrator.getThermostat().getNumMultiTimeSteps());\r\n node.setIntProperty(\"numYS\", integrator.getThermostat().getNumYoshidaSuzukiTimeSteps());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* DrudeNoseHooverIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -75,6 +76,7 @@ void* DrudeNoseHooverIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node)\n );\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n integrator->setMaximumPairDistance(node.getDoubleProperty(\"maximumPairDistance\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n \r\n return integrator;\r\n }\r\ndiff --git a/serialization/src/BrownianIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/BrownianIntegratorProxy.cpp\nindex 132d00e9f3..725305b13e 100644\n--- a/serialization/src/BrownianIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/BrownianIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -47,6 +47,7 @@ void BrownianIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& n\n node.setDoubleProperty(\"temperature\", integrator.getTemperature());\r\n node.setDoubleProperty(\"friction\", integrator.getFriction());\r\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* BrownianIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -57,5 +58,6 @@ void* BrownianIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const\n node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n return integrator;\r\n }\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\nindex 86ab647835..ca370fb5a5 100644\n--- a/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/CustomIntegratorProxy.cpp\n@@ -65,6 +65,7 @@ void CustomIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& nod\n functions.createChildNode(\"Function\", &integrator.getTabulatedFunction(i)).setStringProperty(\"name\", integrator.getTabulatedFunctionName(i));\r\n node.setStringProperty(\"kineticEnergyExpression\", integrator.getKineticEnergyExpression());\r\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n node.setDoubleProperty(\"stepSize\", integrator.getStepSize());\r\n node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\", integrator.getConstraintTolerance());\r\n }\r\n@@ -124,6 +125,7 @@ void* CustomIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n }\r\n integrator->setKineticEnergyExpression(node.getStringProperty(\"kineticEnergyExpression\"));\r\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n return integrator;\r\n }\r\ndiff --git a/serialization/src/LangevinIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/LangevinIntegratorProxy.cpp\nindex e978b6ea17..0773503eb9 100644\n--- a/serialization/src/LangevinIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/LangevinIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -47,6 +47,7 @@ void LangevinIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& n\n node.setDoubleProperty(\"temperature\", integrator.getTemperature());\r\n node.setDoubleProperty(\"friction\", integrator.getFriction());\r\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* LangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -57,5 +58,6 @@ void* LangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const\n node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n return integrator;\r\n }\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/serialization/src/LangevinMiddleIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/LangevinMiddleIntegratorProxy.cpp\nindex 4d6d664e20..7516df850f 100644\n--- a/serialization/src/LangevinMiddleIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/LangevinMiddleIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2010-2019 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -47,6 +47,7 @@ void LangevinMiddleIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationN\n node.setDoubleProperty(\"temperature\", integrator.getTemperature());\n node.setDoubleProperty(\"friction\", integrator.getFriction());\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\n }\n \n void* LangevinMiddleIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n@@ -56,5 +57,6 @@ void* LangevinMiddleIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node)\n node.getDoubleProperty(\"friction\"), node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\n return integrator;\n }\n\\ No newline at end of file\ndiff --git a/serialization/src/NoseHooverIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/NoseHooverIntegratorProxy.cpp\nindex a181d09bef..620281e02d 100644\n--- a/serialization/src/NoseHooverIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/NoseHooverIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Andrew C. Simmonett, Andreas Krämer *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -47,6 +47,7 @@ void NoseHooverIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode&\n node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\", integrator.getConstraintTolerance());\r\n node.setDoubleProperty(\"maximumPairDistance\", integrator.getMaximumPairDistance());\r\n node.setBoolProperty(\"hasSubsystemThermostats\", integrator.hasSubsystemThermostats());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n if (integrator.hasSubsystemThermostats()) {\r\n // Serialize all thermostats separately\r\n for (int i = 0; i < integrator.getNumThermostats(); i++){\r\n@@ -123,6 +124,7 @@ void* NoseHooverIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) cons\n }\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n integrator->setMaximumPairDistance(node.getDoubleProperty(\"maximumPairDistance\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n \r\n return integrator;\r\n }\r\ndiff --git a/serialization/src/VariableLangevinIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/VariableLangevinIntegratorProxy.cpp\nindex 079cd54636..6a7c8c3389 100644\n--- a/serialization/src/VariableLangevinIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/VariableLangevinIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010-2019 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -48,6 +48,7 @@ void VariableLangevinIntegratorProxy::serialize(const void* object, Serializatio\n node.setDoubleProperty(\"errorTol\", integrator.getErrorTolerance());\r\n node.setDoubleProperty(\"maxStepSize\", integrator.getMaximumStepSize());\r\n node.setIntProperty(\"randomSeed\", integrator.getRandomNumberSeed());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* VariableLangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -60,6 +61,7 @@ void* VariableLangevinIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node\n integrator->setStepSize(node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n integrator->setRandomNumberSeed(node.getIntProperty(\"randomSeed\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n if (version > 1)\r\n integrator->setMaximumStepSize(node.getDoubleProperty(\"maxStepSize\"));\r\n return integrator;\r\ndiff --git a/serialization/src/VariableVerletIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/VariableVerletIntegratorProxy.cpp\nindex 957db3eaad..a6162d1e1a 100644\n--- a/serialization/src/VariableVerletIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/VariableVerletIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010-2019 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -45,6 +45,7 @@ void VariableVerletIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationN\n node.setDoubleProperty(\"maxStepSize\", integrator.getMaximumStepSize());\r\n node.setDoubleProperty(\"stepSize\", integrator.getStepSize());\r\n node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\", integrator.getConstraintTolerance());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* VariableVerletIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -54,6 +55,7 @@ void* VariableVerletIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node)\n VariableVerletIntegrator *integrator = new VariableVerletIntegrator(node.getDoubleProperty(\"errorTol\"));\r\n integrator->setStepSize(node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n if (version > 1)\r\n integrator->setMaximumStepSize(node.getDoubleProperty(\"maxStepSize\"));\r\n return integrator;\r\ndiff --git a/serialization/src/VerletIntegratorProxy.cpp b/serialization/src/VerletIntegratorProxy.cpp\nindex 53f7f77fe8..c3e4a35e98 100644\n--- a/serialization/src/VerletIntegratorProxy.cpp\n+++ b/serialization/src/VerletIntegratorProxy.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\r\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\r\n * *\r\n- * Portions copyright (c) 2010 Stanford University and the Authors. *\r\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\r\n * Authors: Peter Eastman, Yutong Zhao *\r\n * Contributors: *\r\n * *\r\n@@ -44,6 +44,7 @@ void VerletIntegratorProxy::serialize(const void* object, SerializationNode& nod\n const VerletIntegrator& integrator = *reinterpret_cast<const VerletIntegrator*>(object);\r\n node.setDoubleProperty(\"stepSize\", integrator.getStepSize());\r\n node.setDoubleProperty(\"constraintTolerance\", integrator.getConstraintTolerance());\r\n+ node.setIntProperty(\"integrationForceGroups\", integrator.getIntegrationForceGroups());\r\n }\r\n \r\n void* VerletIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\r\n@@ -51,5 +52,6 @@ void* VerletIntegratorProxy::deserialize(const SerializationNode& node) const {\n throw OpenMMException(\"Unsupported version number\");\r\n VerletIntegrator *integrator = new VerletIntegrator(node.getDoubleProperty(\"stepSize\"));\r\n integrator->setConstraintTolerance(node.getDoubleProperty(\"constraintTolerance\"));\r\n+ integrator->setIntegrationForceGroups(node.getIntProperty(\"integrationForceGroups\", 0xFFFFFFFF));\r\n return integrator;\r\n }\n\\ No newline at end of file\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeLangevinIntegrator.cpp b/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeLangevinIntegrator.cpp\nindex d11e4f4fca..df366aabce 100644\n--- a/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeLangevinIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeLangevinIntegrator.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2013 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2013-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Peter Eastman *\n * Contributors: *\n * *\n@@ -46,6 +46,7 @@ void testSerialization() {\n \n DrudeLangevinIntegrator integ1(301.1, 0.95, 10.5, 1.2, 0.001);\n integ1.setRandomNumberSeed(18);\n+ integ1.setIntegrationForceGroups(3);\n \n // Serialize and then deserialize it.\n \n@@ -61,6 +62,7 @@ void testSerialization() {\n ASSERT_EQUAL(integ1.getDrudeTemperature(), integ2.getDrudeTemperature());\n ASSERT_EQUAL(integ1.getDrudeFriction(), integ2.getDrudeFriction());\n ASSERT_EQUAL(integ1.getRandomNumberSeed(), integ2.getRandomNumberSeed());\n+ ASSERT_EQUAL(integ1.getIntegrationForceGroups(), integ2.getIntegrationForceGroups());\n }\n \n int main() {\ndiff --git a/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeNoseHooverIntegrator.cpp b/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeNoseHooverIntegrator.cpp\nindex fd6859c35b..696f89a612 100644\n--- a/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n+++ b/plugins/drude/serialization/tests/TestSerializeDrudeNoseHooverIntegrator.cpp\n@@ -6,7 +6,7 @@\n * Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for *\n * Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org. *\n * *\n- * Portions copyright (c) 2010-2014 Stanford University and the Authors. *\n+ * Portions copyright (c) 2010-2024 Stanford University and the Authors. *\n * Authors: Andrew C. Simmonett and Andreas Kraemer\n * Contributors: *\n * *\n@@ -51,6 +51,7 @@ void assertIntegratorsEqual(const DrudeNoseHooverIntegrator& integrator1, const\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getConstraintTolerance(), integrator2.getConstraintTolerance());\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getMaximumPairDistance(), integrator2.getMaximumPairDistance());\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getNumThermostats(), integrator2.getNumThermostats());\n+ ASSERT_EQUAL(integrator1.getIntegrationForceGroups(), integrator2.getIntegrationForceGroups());\n for (int i = 0; i < integrator1.getNumThermostats(); i++) {\n const auto &thermostat1 = integrator1.getThermostat(i);\n const auto &thermostat2 = integrator2.getThermostat(i);\n@@ -84,6 +85,7 @@ void testSerialization() {\n system.addForce(new DrudeForce());\n for (int i=0; i<10; i++) system.addParticle(1.0);\n DrudeNoseHooverIntegrator integrator(331, 0.21, 1.1, 0.1, 0.004, 5, 5, 5);\n+ integrator.setIntegrationForceGroups(3);\n \n // Serialize and then deserialize it.\n stringstream buffer2;\ndiff --git a/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp b/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\nindex 2663de097a..4bafd0377f 100644\n--- a/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\n+++ b/serialization/tests/TestSerializeIntegrator.cpp\n@@ -52,17 +52,21 @@ using namespace std;\n \n void testSerializeVerletIntegrator() {\n VerletIntegrator *intg = new VerletIntegrator(0.00342);\n+ intg->setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(intg, \"VerletIntegrator\", ss);\n VerletIntegrator *intg2 = dynamic_cast<VerletIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n ASSERT_EQUAL(intg->getConstraintTolerance(), intg2->getConstraintTolerance());\n ASSERT_EQUAL(intg->getStepSize(), intg2->getStepSize());\n+ ASSERT_EQUAL(intg->getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg;\n delete intg2;\n }\n \n void testSerializeLangevinIntegrator() {\n LangevinIntegrator *intg = new LangevinIntegrator(372.4, 1.234, 0.0018);\n+ intg->setRandomNumberSeed(10);\n+ intg->setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(intg, \"LangevinIntegrator\", ss);\n LangevinIntegrator *intg2 = dynamic_cast<LangevinIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n@@ -71,12 +75,15 @@ void testSerializeLangevinIntegrator() {\n ASSERT_EQUAL(intg->getTemperature(), intg2->getTemperature());\n ASSERT_EQUAL(intg->getFriction(), intg2->getFriction());\n ASSERT_EQUAL(intg->getRandomNumberSeed(), intg2->getRandomNumberSeed());\n+ ASSERT_EQUAL(intg->getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg;\n delete intg2;\n }\n \n void testSerializeLangevinMiddleIntegrator() {\n LangevinMiddleIntegrator *intg = new LangevinMiddleIntegrator(372.4, 1.234, 0.0018);\n+ intg->setRandomNumberSeed(10);\n+ intg->setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(intg, \"LangevinMiddleIntegrator\", ss);\n LangevinMiddleIntegrator *intg2 = dynamic_cast<LangevinMiddleIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n@@ -85,12 +92,15 @@ void testSerializeLangevinMiddleIntegrator() {\n ASSERT_EQUAL(intg->getTemperature(), intg2->getTemperature());\n ASSERT_EQUAL(intg->getFriction(), intg2->getFriction());\n ASSERT_EQUAL(intg->getRandomNumberSeed(), intg2->getRandomNumberSeed());\n+ ASSERT_EQUAL(intg->getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg;\n delete intg2;\n }\n \n void testSerializeBrownianIntegrator() {\n BrownianIntegrator *intg = new BrownianIntegrator(243.1, 3.234, 0.0021);\n+ intg->setRandomNumberSeed(10);\n+ intg->setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(intg, \"BrownianIntegrator\", ss);\n BrownianIntegrator *intg2 = dynamic_cast<BrownianIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n@@ -99,6 +109,7 @@ void testSerializeBrownianIntegrator() {\n ASSERT_EQUAL(intg->getTemperature(), intg2->getTemperature());\n ASSERT_EQUAL(intg->getFriction(), intg2->getFriction());\n ASSERT_EQUAL(intg->getRandomNumberSeed(), intg2->getRandomNumberSeed());\n+ ASSERT_EQUAL(intg->getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg;\n delete intg2;\n }\n@@ -106,6 +117,7 @@ void testSerializeBrownianIntegrator() {\n void testSerializeVariableVerletIntegrator() {\n VariableVerletIntegrator intg(0.04234);\n intg.setMaximumStepSize(0.32);\n+ intg.setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(&intg, \"VariableVerletIntegrator\", ss);\n VariableVerletIntegrator *intg2 = dynamic_cast<VariableVerletIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n@@ -113,12 +125,15 @@ void testSerializeVariableVerletIntegrator() {\n ASSERT_EQUAL(intg.getStepSize(), intg2->getStepSize());\n ASSERT_EQUAL(intg.getErrorTolerance(), intg2->getErrorTolerance());\n ASSERT_EQUAL(intg.getMaximumStepSize(), intg2->getMaximumStepSize());\n+ ASSERT_EQUAL(intg.getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg2;\n }\n \n void testSerializeVariableLangevinIntegrator() {\n VariableLangevinIntegrator intg(243.1, 3.234, 0.0021);\n intg.setMaximumStepSize(0.32);\n+ intg.setRandomNumberSeed(10);\n+ intg.setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(&intg, \"VariableLangevinIntegrator\", ss);\n VariableLangevinIntegrator *intg2 = dynamic_cast<VariableLangevinIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n@@ -129,11 +144,14 @@ void testSerializeVariableLangevinIntegrator() {\n ASSERT_EQUAL(intg.getTemperature(), intg2->getTemperature());\n ASSERT_EQUAL(intg.getRandomNumberSeed(), intg2->getRandomNumberSeed());\n ASSERT_EQUAL(intg.getMaximumStepSize(), intg2->getMaximumStepSize());\n+ ASSERT_EQUAL(intg.getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n delete intg2;\n }\n \n void testSerializeCustomIntegrator() {\n CustomIntegrator *intg = new CustomIntegrator(0.002234);\n+ intg->setRandomNumberSeed(10);\n+ intg->setIntegrationForceGroups(3);\n intg->addPerDofVariable(\"temp\",0);\n vector<Vec3> initialValues(123);\n for(int i = 0; i < 123; i++)\n@@ -209,6 +227,7 @@ void testSerializeCustomIntegrator() {\n }\n ASSERT_EQUAL(intg->getKineticEnergyExpression(), intg2->getKineticEnergyExpression());\n ASSERT_EQUAL(intg->getRandomNumberSeed(), intg2->getRandomNumberSeed());\n+ ASSERT_EQUAL(intg->getIntegrationForceGroups(), intg2->getIntegrationForceGroups());\n ASSERT_EQUAL(intg->getStepSize(), intg2->getStepSize());\n ASSERT_EQUAL(intg->getConstraintTolerance(), intg2->getConstraintTolerance());\n ASSERT_EQUAL(intg->getNumTabulatedFunctions(), intg2->getNumTabulatedFunctions());\n@@ -233,10 +252,12 @@ void testSerializeCompoundIntegrator() {\n integ.addIntegrator(new LangevinIntegrator(372.4, 1.234, 0.0018));\n integ.addIntegrator(new VerletIntegrator(0.002));\n integ.setCurrentIntegrator(1);\n+ integ.setIntegrationForceGroups(3);\n stringstream ss;\n XmlSerializer::serialize<Integrator>(&integ, \"CompoundIntegrator\", ss);\n CompoundIntegrator *integ2 = dynamic_cast<CompoundIntegrator*>(XmlSerializer::deserialize<Integrator>(ss));\n ASSERT_EQUAL(integ.getCurrentIntegrator(), integ2->getCurrentIntegrator());\n+ ASSERT_EQUAL(integ.getIntegrationForceGroups(), integ2->getIntegrationForceGroups());\n LangevinIntegrator& langevin1 = dynamic_cast<LangevinIntegrator&>(integ.getIntegrator(0));\n LangevinIntegrator& langevin2 = dynamic_cast<LangevinIntegrator&>(integ2->getIntegrator(0));\n ASSERT_EQUAL(langevin1.getConstraintTolerance(), langevin2.getConstraintTolerance());\ndiff --git a/serialization/tests/TestSerializeNoseHooverIntegrator.cpp b/serialization/tests/TestSerializeNoseHooverIntegrator.cpp\nindex 4a244b5be0..ef23e036c3 100644\n--- a/serialization/tests/TestSerializeNoseHooverIntegrator.cpp\n+++ b/serialization/tests/TestSerializeNoseHooverIntegrator.cpp\n@@ -45,6 +45,7 @@ void assertIntegratorsEqual(const NoseHooverIntegrator& integrator1, const NoseH\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getConstraintTolerance(), integrator2.getConstraintTolerance());\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getMaximumPairDistance(), integrator2.getMaximumPairDistance());\n ASSERT_EQUAL(integrator1.getNumThermostats(), integrator2.getNumThermostats());\n+ ASSERT_EQUAL(integrator1.getIntegrationForceGroups(), integrator2.getIntegrationForceGroups());\n for (int i = 0; i < integrator1.getNumThermostats(); i++) {\n const auto &thermostat1 = integrator1.getThermostat(i);\n const auto &thermostat2 = integrator2.getThermostat(i);\n@@ -82,6 +83,7 @@ void testSerialization() {\n integrator_sub.addSubsystemThermostat(\n {0,1,2,3,4,7}, {{0,7}}, 301.1, 1.1, 1.2, 1.3, 9, 2, 5\n );\n+ integrator_sub.setIntegrationForceGroups(3);\n \n // Serialize and then deserialize it.\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4741
|
multi_swe_bench
|
Added atomSubset option to DCDReporter and XTCReporter (openmm/openmm#4741)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4741,
"issue_title": "Added atomSubset option to DCDReporter and XTCReporter",
"issue_body": "When saving a trajectory to a DCD or XTC file, you can specify a subset of atoms to write. Fixes #4564.",
"base_commit": "9fe1bae6efa18a55994522a8aac4f24338a2894e",
"resolved_issues": [
{
"number": 4564,
"title": "Recommended approach to writing out a subset of atoms with XTCReporter/DCDReporter?",
"body": "I was going through the docs about [XTCReporter](https://docs.openmm.org/latest/api-python/generated/openmm.app.xtcreporter.XTCReporter.html) and [DCDReporter](https://docs.openmm.org/latest/api-python/generated/openmm.app.dcdreporter.DCDReporter.html) and I realized there's not really a well-documented way to use these reporters to save out a subset of atoms (or maybe I'm missing it somewhere else?). \r\n\r\nIs there a general recommended way to achieve this \"writing out a subset of atoms\" if we're writing out into XTC or DCD files? I'm imagining a basic scenario where it is known which atom indicies are desired to be saved, but the rest do not need to be written out. I'm currently envisioning having to write some kind of `subsetXTCReporter` or the like - would this be the best way to go about this?Just looking for any guidance here!\r\n\r\nAddendum: You can do this subsetting of atoms using the [XTCReporter](https://github.com/mdtraj/mdtraj/blob/ccd0c874361e4e31127e3803d3670d08d57f7933/mdtraj/reporters/xtcreporter.py#L42-L68) and [DCDReporter](https://mdtraj.readthedocs.io/en/latest/api/generated/mdtraj.reporters.DCDReporter.html#mdtraj.reporters.DCDReporter) in MDTraj - I'm just wondering if there are alternative approaches now that OpenMM has it's own native XTCReporter\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4741",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\nindex 53aeaafec6..335cdc0b79 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n@@ -88,14 +88,14 @@ def __init__(self, file, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False):\n self._modelCount = struct.unpack('<i', file.read(4))[0]\n file.seek(268, os.SEEK_SET)\n numAtoms = struct.unpack('<i', file.read(4))[0]\n- if numAtoms != len(list(topology.atoms())):\n+ if numAtoms != topology.getNumAtoms():\n raise ValueError('Cannot append to a DCD file that contains a different number of atoms')\n else:\n header = struct.pack('<i4c9if', 84, b'C', b'O', b'R', b'D', 0, firstStep, interval, 0, 0, 0, 0, 0, 0, dt)\n header += struct.pack('<13i', boxFlag, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 24, 84, 164, 2)\n header += struct.pack('<80s', b'Created by OpenMM')\n header += struct.pack('<80s', b'Created '+time.asctime(time.localtime(time.time())).encode('ascii'))\n- header += struct.pack('<4i', 164, 4, len(list(topology.atoms())), 4)\n+ header += struct.pack('<4i', 164, 4, topology.getNumAtoms(), 4)\n file.write(header)\n \n def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None):\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\nindex 09b1d9439a..d09d5c149c 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n@@ -6,7 +6,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2024 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n Contributors:\n \n@@ -32,8 +32,7 @@\n __author__ = \"Peter Eastman\"\n __version__ = \"1.0\"\n \n-from openmm.app import DCDFile\n-from openmm.unit import nanometer\n+from openmm.app import DCDFile, Topology\n \n class DCDReporter(object):\n \"\"\"DCDReporter outputs a series of frames from a Simulation to a DCD file.\n@@ -41,7 +40,7 @@ class DCDReporter(object):\n To use it, create a DCDReporter, then add it to the Simulation's list of reporters.\n \"\"\"\n \n- def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None):\n+ def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None, atomSubset=None):\n \"\"\"Create a DCDReporter.\n \n Parameters\n@@ -57,10 +56,13 @@ def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None):\n lies in the same periodic box. If None (the default), it will automatically decide whether\n to translate molecules based on whether the system being simulated uses periodic boundary\n conditions.\n+ atomSubset: list\n+ Atom indices (zero indexed) of the particles to output. If None (the default), all particles will be output.\n \"\"\"\n self._reportInterval = reportInterval\n self._append = append\n self._enforcePeriodicBox = enforcePeriodicBox\n+ self._atomSubset = atomSubset\n if append:\n mode = 'r+b'\n else:\n@@ -96,11 +98,24 @@ def report(self, simulation, state):\n \"\"\"\n \n if self._dcd is None:\n+ if self._atomSubset is None:\n+ topology = simulation.topology\n+ else:\n+ topology = Topology()\n+ topology.setPeriodicBoxVectors(simulation.topology.getPeriodicBoxVectors())\n+ atoms = list(simulation.topology.atoms())\n+ chain = topology.addChain()\n+ residue = topology.addResidue('', chain)\n+ for i in self._atomSubset:\n+ topology.addAtom(atoms[i].name, atoms[i].element, residue)\n self._dcd = DCDFile(\n- self._out, simulation.topology, simulation.integrator.getStepSize(),\n+ self._out, topology, simulation.integrator.getStepSize(),\n simulation.currentStep, self._reportInterval, self._append\n )\n- self._dcd.writeModel(state.getPositions(asNumpy=True), periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors())\n+ positions = state.getPositions(asNumpy=True)\n+ if self._atomSubset is not None:\n+ positions = [positions[i] for i in self._atomSubset]\n+ self._dcd.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors())\n \n def __del__(self):\n self._out.close()\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\nindex 39fc5226eb..3fb821eb5f 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n@@ -56,9 +56,9 @@ def __init__(self, fileName, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False\n raise FileNotFoundError(f\"The file '{self._filename}' does not exist.\")\n self._modelCount = get_xtc_nframes(self._filename.encode(\"utf-8\"))\n natoms = get_xtc_natoms(self._filename.encode(\"utf-8\"))\n- if natoms != len(list(topology.atoms())):\n+ if natoms != topology.getNumAtoms():\n raise ValueError(\n- f\"The number of atoms in the topology ({len(list(topology.atoms()))}) does not match the number of atoms in the XTC file ({natoms})\"\n+ f\"The number of atoms in the topology ({topology.getNumAtoms()}) does not match the number of atoms in the XTC file ({natoms})\"\n )\n else:\n if os.path.isfile(self._filename) and os.path.getsize(self._filename) > 0:\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\nindex 38ef3b4d2d..0a05e59ad6 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n@@ -1,5 +1,35 @@\n+\"\"\"\n+xtcreporter.py: Outputs simulation trajectories in XTC format\n+\n+This is part of the OpenMM molecular simulation toolkit originating from\n+Simbios, the NIH National Center for Physics-Based Simulation of\n+Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n+Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n+\n+Portions copyright (c) 2024 Stanford University and the Authors.\n+Authors: Raul P. Pelaez\n+Contributors: Peter Eastman\n+\n+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a\n+copy of this software and associated documentation files (the \"Software\"),\n+to deal in the Software without restriction, including without limitation\n+the rights to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense,\n+and/or sell copies of the Software, and to permit persons to whom the\n+Software is furnished to do so, subject to the following conditions:\n+\n+The above copyright notice and this permission notice shall be included in\n+all copies or substantial portions of the Software.\n+\n+THE SOFTWARE IS PROVIDED \"AS IS\", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR\n+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,\n+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL\n+THE AUTHORS, CONTRIBUTORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM,\n+DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR\n+OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE\n+USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE.\n+\"\"\"\n __author__ = \"Raul P. Pelaez\"\n-from openmm.app import XTCFile\n+from openmm.app import Topology, XTCFile\n \n class XTCReporter(object):\n \"\"\"XTCReporter outputs a series of frames from a Simulation to a XTC file.\n@@ -7,7 +37,7 @@ class XTCReporter(object):\n To use it, create a XTCReporter, then add it to the Simulation's list of reporters.\n \"\"\"\n \n- def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None):\n+ def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None, atomSubset=None):\n \"\"\"Create a XTCReporter.\n \n Parameters\n@@ -23,10 +53,13 @@ def __init__(self, file, reportInterval, append=False, enforcePeriodicBox=None):\n lies in the same periodic box. If None (the default), it will automatically decide whether\n to translate molecules based on whether the system being simulated uses periodic boundary\n conditions.\n+ atomSubset: list\n+ Atom indices (zero indexed) of the particles to output. If None (the default), all particles will be output.\n \"\"\"\n self._reportInterval = reportInterval\n self._append = append\n self._enforcePeriodicBox = enforcePeriodicBox\n+ self._atomSubset = atomSubset\n self._fileName = file\n self._xtc = None\n if not append:\n@@ -60,14 +93,25 @@ def report(self, simulation, state):\n \"\"\"\n \n if self._xtc is None:\n+ if self._atomSubset is None:\n+ topology = simulation.topology\n+ else:\n+ topology = Topology()\n+ topology.setPeriodicBoxVectors(simulation.topology.getPeriodicBoxVectors())\n+ atoms = list(simulation.topology.atoms())\n+ chain = topology.addChain()\n+ residue = topology.addResidue('', chain)\n+ for i in self._atomSubset:\n+ topology.addAtom(atoms[i].name, atoms[i].element, residue)\n self._xtc = XTCFile(\n self._fileName,\n- simulation.topology,\n+ topology,\n simulation.integrator.getStepSize(),\n simulation.currentStep,\n self._reportInterval,\n self._append,\n )\n- self._xtc.writeModel(\n- state.getPositions(asNumpy=True), periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors()\n- )\n+ positions = state.getPositions(asNumpy=True)\n+ if self._atomSubset is not None:\n+ positions = [positions[i] for i in self._atomSubset]\n+ self._xtc.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors())\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\nindex 73af629eff..1ce1cbdeaf 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n@@ -66,6 +66,44 @@ def testAppend(self):\n del dcd\n os.remove(fname)\n \n+ def testAtomSubset(self):\n+ \"\"\"Test writing a DCD file containing a subset of atoms\"\"\"\n+ fname = tempfile.mktemp(suffix='.dcd')\n+ pdb = app.PDBFile('systems/alanine-dipeptide-explicit.pdb')\n+ ff = app.ForceField('amber99sb.xml', 'tip3p.xml')\n+ system = ff.createSystem(pdb.topology)\n+\n+ # Create a simulation and write some frames to a DCD file.\n+\n+ integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n+ simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ atomSubset = [atom.index for atom in next(pdb.topology.chains()).atoms()]\n+ dcd = app.DCDReporter(fname, 2, atomSubset=atomSubset)\n+ simulation.reporters.append(dcd)\n+ simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n+ simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n+ simulation.step(10)\n+ self.assertEqual(5, dcd._dcd._modelCount)\n+ del simulation\n+ del dcd\n+ len1 = os.stat(fname).st_size\n+\n+ # Create a new simulation and have it append some more frames.\n+\n+ integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n+ simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ dcd = app.DCDReporter(fname, 2, append=True, atomSubset=atomSubset)\n+ simulation.reporters.append(dcd)\n+ simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n+ simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n+ simulation.step(10)\n+ self.assertEqual(10, dcd._dcd._modelCount)\n+ len2 = os.stat(fname).st_size\n+ self.assertTrue(len2-len1 > 3*4*5*len(atomSubset))\n+ del simulation\n+ del dcd\n+ os.remove(fname)\n+\n \n if __name__ == '__main__':\n unittest.main()\ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\nindex e9eb954547..a66c6a2a3f 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n@@ -194,6 +194,43 @@ def testAppend(self):\n del simulation\n del xtc\n \n+ def testAtomSubset(self):\n+ \"\"\"Test writing an XTC file containing a subset of atoms\"\"\"\n+ with tempfile.TemporaryDirectory() as temp:\n+ fname = os.path.join(temp, 'traj.xtc')\n+ pdb = app.PDBFile(\"systems/alanine-dipeptide-explicit.pdb\")\n+ ff = app.ForceField(\"amber99sb.xml\", \"tip3p.xml\")\n+ system = ff.createSystem(pdb.topology)\n+\n+ # Create a simulation and write some frames to a XTC file.\n+\n+ integrator = mm.VerletIntegrator(1e-10 * unit.picoseconds)\n+ simulation = app.Simulation(\n+ pdb.topology,\n+ system,\n+ integrator,\n+ mm.Platform.getPlatform(\"Reference\"),\n+ )\n+ atomSubset = [atom.index for atom in next(pdb.topology.chains()).atoms()]\n+ xtc = app.XTCReporter(fname, 2, atomSubset=atomSubset)\n+ simulation.reporters.append(xtc)\n+ simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n+ simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300 * unit.kelvin)\n+ simulation.step(10)\n+ self.assertEqual(5, xtc._xtc._modelCount)\n+ self.assertEqual(5, xtc._xtc._getNumFrames())\n+\n+ # The XTCFile class does not provide a way to read the\n+ # trajectory back, but the underlying XTC library does\n+ coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n+ self.assertEqual(coords_read.shape, (22, 3, 5))\n+ self.assertEqual(box_read.shape, (3, 3, 5))\n+ self.assertEqual(len(time), 5)\n+ self.assertEqual(len(step), 5)\n+ coords = [pdb.positions[i].value_in_unit(unit.nanometers) for i in atomSubset]\n+ self.assertTrue(np.allclose(coords_read[:,:,0], coords, atol=1e-3))\n+ self.assertTrue(np.allclose(box_read[:,:,0], pdb.topology.getPeriodicBoxVectors().value_in_unit(unit.nanometers), atol=1e-3))\n+\n \n if __name__ == \"__main__\":\n unittest.main()\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4767
|
multi_swe_bench
|
Cleaner printing of units (openmm/openmm#4767)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4767,
"issue_title": "Cleaner printing of units",
"issue_body": "This changes the default string representation of Quantities to print values with units in a simpler form. With the current code:\r\n\r\n```python\r\n>>> 1.5*nanometers\r\nQuantity(value=1.5, unit=nanometer)\r\n```\r\n\r\nWith this PR:\r\n\r\n```python\r\n>>> 1.5*nanometers\r\n1.5 nm\r\n```",
"base_commit": "a3628b48bd68e93d2cd797cb11fa5c1eacce5261",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Cleaner printing of units",
"body": "The current string representation of quantities in the library is verbose and not user-friendly. When a quantity is printed, it displays the value and unit in a detailed format, such as `Quantity(value=1.5, unit=nanometer)`. This format is unnecessarily complex and can make the output harder to read, especially when working with a large number of quantities.\n\nThe expected behavior is for quantities to be displayed in a cleaner and more concise format, showing only the numeric value followed by the unit symbol. For example, `1.5*nanometers` should be represented as `1.5 nm`. This would improve readability and make the output more intuitive for users.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4767",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/unit/quantity.py b/wrappers/python/openmm/unit/quantity.py\nindex d93283c7f9..0559c145cd 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/unit/quantity.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/unit/quantity.py\n@@ -215,8 +215,7 @@ def __str__(self):\n def __repr__(self):\n \"\"\"\n \"\"\"\n- return (Quantity.__name__ + '(value=' + repr(self._value) + ', unit=' +\n- str(self.unit) + ')')\n+ return str(self)\n \n def format(self, format_spec):\n return format_spec % self._value + ' ' + str(self.unit.get_symbol())\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestUnits.py b/wrappers/python/tests/TestUnits.py\nindex 5bbda4fb66..9c7712db8d 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestUnits.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestUnits.py\n@@ -630,7 +630,7 @@ def testMisc(self):\n \"\"\" Miscellaneous tests for the unit package \"\"\"\n self.assertTrue(u.meter is not None)\n self.assertFalse(u.meter is None)\n- self.assertEqual(repr(1.2*u.meters), 'Quantity(value=1.2, unit=meter)')\n+ self.assertEqual(repr(1.2*u.meters), '1.2 m')\n class Foo(object):\n def bar(self):\n return 'bar'\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4794
|
multi_swe_bench
|
Fixes precision mismatch when appending to an XTC file with 9 atoms or less (openmm/openmm#4794)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4794,
"issue_title": "Fixes precision mismatch when appending to an XTC file with 9 atoms or less",
"issue_body": "Should fix #4793. Note that this issue in the reading code is triggered by attempting to append to an XTC because the XTC writer reads before appending to check that the number of atoms is consistent.",
"base_commit": "39808f12cb7dc0465748cc3884b50594ef568523",
"resolved_issues": [
{
"number": 4793,
"title": "\"xtc_read(): precision mismatch\" when creating a new reporter appending to an existing file",
"body": "Hi,\n\nI encountered an error of which I could find no information anywhere else. When running the following code with some dummy systems with the same atoms, I get an error as soon as I end up on the last step. I am running a Free Energy Perturbation, using a range of different systems forming one trajectory. This error seems to be caused by using a new xtc reporter on the same file. If I use the same xtc reporter, I get the correct results.\n\n```\nwith open('system1.xml') as f:\n str = f.read()\nsystem1 = mm.XmlSerializer.deserialize(str)\nwith open('system2.xml') as f:\n str = f.read()\nsystem2 = mm.XmlSerializer.deserialize(str)\npdb = mmapp.PDBFile('topology.pdb')\ntopology = pdb.topology\npositions = pdb.positions\n\nintegrator1 = mm.VerletIntegrator(1.0*mmunit.femtoseconds)\nsimulation1 = mmapp.Simulation(topology, system1, integrator1)\nsimulation1.context.setPositions(positions)\nxtcrep1 = mmapp.XTCReporter('traj.xtc',1)\nsimulation1.reporters.append(xtcrep1)\nsimulation1.step(10)\npositions1 = simulation1.context.getState(getPositions=True).getPositions()\n\nintegrator2 = mm.VerletIntegrator(1.0*mmunit.femtoseconds)\nsimulation2 = mmapp.Simulation(topology, system2, integrator2)\nsimulation2.context.setPositions(positions1)\nxtcrep2 = mmapp.XTCReporter('traj.xtc',1,append=True)\nsimulation2.reporters.append(xtcrep2)\nsimulation2.step(10)\n```\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4794",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/internal/xtc_utils/src/xtc.cpp b/wrappers/python/openmm/app/internal/xtc_utils/src/xtc.cpp\nindex 838e3709df..de65c83fef 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/internal/xtc_utils/src/xtc.cpp\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/internal/xtc_utils/src/xtc.cpp\n@@ -81,7 +81,9 @@ struct XTCFrame {\n \n // Read the next frame from the XTC file and store it in this object\n int readNextFrame(XDRFILE* xd) {\n- float in_prec;\n+ // Preinitialize in_prec for the precision check below since it may not\n+ // be modified by read_xtc if the coordinates to read are not compressed\n+ float in_prec = prec;\n auto* p_ptr = reinterpret_cast<rvec*>(positions.data());\n int status = read_xtc(xd, natoms, &step, &time, box, p_ptr, &in_prec);\n if (status == exdrOK && prec != in_prec) {\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\nindex a66c6a2a3f..dbbb93cc7a 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n@@ -135,6 +135,48 @@ def test_xtc_box_from_topology(self):\n )\n self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(0, nframes), atol=1e-5))\n \n+ def test_xtc_small(self):\n+ \"\"\"Test the XTC file by writing a trajectory and reading it back. Using a system size below the compression threshold\"\"\"\n+ with tempfile.TemporaryDirectory() as temp:\n+ fname = os.path.join(temp, 'traj.xtc')\n+ pdbfile = app.PDBFile(\"systems/ions.pdb\")\n+ # Set some arbitrary size for the unit cell so that a box is included in the trajectory\n+ pdbfile.topology.setUnitCellDimensions([10, 10, 10])\n+ natom = len(list(pdbfile.topology.atoms()))\n+ nframes = 20\n+ xtc = app.XTCFile(fname, pdbfile.topology, 0.001)\n+ coords = []\n+ box = []\n+ for i in range(nframes):\n+ coords.append(\n+ [mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]\n+ * unit.nanometers\n+ )\n+ box_i = (\n+ mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers,\n+ mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers,\n+ mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers,\n+ )\n+ box.append(np.array([[vec.x, vec.y, vec.z] for vec in box_i]))\n+ xtc.writeModel(coords[i], periodicBoxVectors=box_i)\n+ # The XTCFile class does not provide a way to read the\n+ # trajectory back, but the underlying XTC library does\n+ coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n+ self.assertEqual(coords_read.shape, (natom, 3, nframes))\n+ self.assertEqual(box_read.shape, (3, 3, nframes))\n+ self.assertEqual(len(time), nframes)\n+ self.assertEqual(len(step), nframes)\n+ coords = np.array(\n+ [c.value_in_unit(unit.nanometers) for c in coords]\n+ ).transpose(1, 2, 0)\n+ self.assertTrue(np.allclose(coords_read, coords, atol=1e-3))\n+ box = np.array(box).transpose(1, 2, 0)\n+ self.assertTrue(np.allclose(box_read, box, atol=1e-3))\n+ self.assertTrue(\n+ np.allclose(time, np.arange(0, nframes) * 0.001, atol=1e-5)\n+ )\n+ self.assertTrue(np.allclose(step, np.arange(0, nframes), atol=1e-5))\n+\n def testLongTrajectory(self):\n \"\"\"Test writing a trajectory that has more than 2^31 steps.\"\"\"\n with tempfile.TemporaryDirectory() as temp:\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4795
|
multi_swe_bench
|
Properly handle and test multiple registration of atom types without elements (openmm/openmm#4795)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4795,
"issue_title": "Properly handle and test multiple registration of atom types without elements",
"issue_body": "`ForceField` allows multiple atom type definitions with the same name if their parameters are identical and forbids them if they differ. `registerAtomType()` allows atom types' elements to be `None` (by not specifying an `element` attribute in the `<Type>`): https://github.com/openmm/openmm/blob/39808f12cb7dc0465748cc3884b50594ef568523/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py#L452-L456 but this is not handled correctly in the duplicate checking code, which assumes that the element is not `None` and that the attribute is always present:\r\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/39808f12cb7dc0465748cc3884b50594ef568523/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py#L447-L449 This came up in trying to split a Drude force field, which uses atom types without elements for the Drude particles, into multiple files.\r\n\r\nThe change here should fix this problem. It also adds several tests for the duplicate checking functionality, which was not previously covered by the test suite. Do the tests make sense (do they match the expected behavior)?",
"base_commit": "39808f12cb7dc0465748cc3884b50594ef568523",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Properly handle and test multiple registration of atom types without elements",
"body": "When using the `ForceField` functionality, multiple registrations of atom types with the same name are allowed only if their parameters are identical. However, the current implementation does not correctly handle cases where the `element` attribute is absent or set to `None`. This leads to incorrect duplicate checking behavior, particularly for atom types without elements, such as those used for Drude particles in specialized force fields. \n\nThe expected behavior is that the system should allow multiple registrations of atom types with identical definitions, even when the `element` attribute is not specified or is set to `None`. Duplicate registrations with differing parameters should still be disallowed. Additionally, the duplicate checking functionality should be robust and consistently enforce these rules.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4795",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/.github/workflows/CI.yml b/.github/workflows/CI.yml\nindex f5b240ee6b..decb51552c 100644\n--- a/.github/workflows/CI.yml\n+++ b/.github/workflows/CI.yml\n@@ -212,7 +212,7 @@ jobs:\n ccache -z\n \n - name: \"Restore ccache\"\n- uses: actions/cache@v3.3.2\n+ uses: actions/cache@v4\n with:\n path: .ccache\n key: ccache-${{ secrets.CACHE_VERSION }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.key }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.timestamp }}\n@@ -354,7 +354,7 @@ jobs:\n ccache -z\n \n - name: \"Restore ccache\"\n- uses: actions/cache@v3.3.2\n+ uses: actions/cache@v4\n with:\n path: .ccache\n key: ccache-${{ secrets.CACHE_VERSION }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.key }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.timestamp }}\n@@ -495,7 +495,7 @@ jobs:\n echo \"timestamp=$(date +%Y%m%d-%H%M%S)\" >> $GITHUB_OUTPUT\n \n - name: \"Restore ccache\"\n- uses: actions/cache@v3.3.2\n+ uses: actions/cache@v4\n with:\n path: .ccache\n key: ccache-${{ secrets.CACHE_VERSION }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.key }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.timestamp }}\n@@ -567,7 +567,7 @@ jobs:\n ccache -z\n \n - name: \"Restore ccache\"\n- uses: actions/cache@v3.3.2\n+ uses: actions/cache@v4\n with:\n path: .ccache\n key: ccache-${{ secrets.CACHE_VERSION }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.key }}-${{ steps.prepare-ccache.outputs.timestamp }}\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\nindex c33446d53f..40364aef07 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n@@ -444,7 +444,8 @@ def registerAtomType(self, parameters):\n if name in self._atomTypes:\n # allow multiple registrations of the same atom type provided the definitions are identical\n existing = self._atomTypes[name]\n- if existing.atomClass == parameters['class'] and existing.mass == float(parameters['mass']) and existing.element.symbol == parameters['element']:\n+ elementsMatch = ((existing.element is None and 'element' not in parameters) or (existing.element is not None and 'element' in parameters and existing.element.symbol == parameters['element']))\n+ if existing.atomClass == parameters['class'] and existing.mass == float(parameters['mass']) and elementsMatch:\n return\n raise ValueError('Found multiple definitions for atom type: '+name)\n atomClass = parameters['class']\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex 35707f05ec..e37ac7df08 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -379,6 +379,156 @@ def test_PeriodicBoxVectors(self):\n self.assertEqual(vectors[i], self.pdb1.topology.getPeriodicBoxVectors()[i])\n self.assertEqual(vectors[i], system.getDefaultPeriodicBoxVectors()[i])\n \n+ def test_duplicateAtomTypeAllowed(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type with identical definitions are allowed.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ self.assertTrue(\"test-name\" in ff._atomTypes)\n+ at = ff._atomTypes[\"test-name\"]\n+ self.assertEqual(at.atomClass, \"test\")\n+ self.assertEqual(at.element, elem.hydrogen)\n+ self.assertEqual(at.mass, 1.007947)\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeAllowedNoElement(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type with identical definitions and without elements are allowed.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" mass=\"0.0\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" mass=\"0.0\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ self.assertTrue(\"test-name\" in ff._atomTypes)\n+ at = ff._atomTypes[\"test-name\"]\n+ self.assertEqual(at.atomClass, \"test\")\n+ self.assertEqual(at.element, None)\n+ self.assertEqual(at.mass, 0.0)\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeForbiddenClass(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type with different classes are forbidden.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test-1\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test-2\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ with self.assertRaises(ValueError):\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeForbiddenElement(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type with different elements are forbidden.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"C\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ with self.assertRaises(ValueError):\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeForbiddenElementAdded(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type, the first without and the second with an element, are forbidden.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ with self.assertRaises(ValueError):\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeForbiddenElementRemoved(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type, the first with and the second without an element, are forbidden.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ with self.assertRaises(ValueError):\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n+ def test_duplicateAtomTypeForbiddenMass(self):\n+ \"\"\"Test that multiple registrations of the same atom type with different masses are forbidden.\"\"\"\n+\n+ xml1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"1.007947\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ xml2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"test-name\" class=\"test\" element=\"H\" mass=\"12.01078\"/>\n+ </AtomTypes>\n+</ForceField>\"\"\"\n+\n+ with self.assertRaises(ValueError):\n+ ff = ForceField(StringIO(xml1), StringIO(xml2))\n+\n def test_ResidueAttributes(self):\n \"\"\"Test a ForceField that gets per-particle parameters from residue attributes.\"\"\"\n \n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4830
|
multi_swe_bench
|
Check all wildcard combinations for dihedrals and impropers (openmm/openmm#4830)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4830,
"issue_title": "Check all wildcard combinations for dihedrals and impropers",
"issue_body": "Addresses #4828. Allows up to 3 wildcards in any positions for dihedrals and impropers. 4 out of 4 wildcards in a parameter file shouldn't happen so that isn't checked (it won't match and an error will be raised unless there were other matching entries). The maximum number of wildcards is just the `max_wc_count` argument to `_match_with_wildcards` though so it can be changed if we want.\r\n\r\nParmEd seems to go further in its handling of these wildcards for impropers and considers other permutations by sorting the atom types, but that doesn't seem consistent with what CHARMM actually does as far as I can tell.\r\n\r\nThe test generates some PSF files, and PRM files with wildcards, and makes sure that the dihedrals or impropers match (or don't).",
"base_commit": "bda67c677a30e66f433ea48ae69bbc377c25fa2e",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Check all wildcard combinations for dihedrals and impropers",
"body": "### Issue Description\n\n**Problem:** \nThe current implementation of dihedral and improper parameter matching does not fully support the use of wildcard atom types in all possible positions. This limitation can lead to cases where valid dihedral or improper parameters are not matched, resulting in errors when generating molecular systems. Additionally, the handling of wildcards for impropers is inconsistent with the expected behavior based on CHARMM conventions.\n\n**Expected Behavior:** \nThe parameter matching process should allow up to three wildcard atom types in any position for dihedrals and impropers. This ensures that valid parameters are matched correctly, reducing errors during system generation. For impropers, the handling of wildcards should align with CHARMM conventions, ensuring consistency in parameter matching.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4830",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py b/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\nindex ab57331c97..46f9a176ac 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py\n@@ -34,6 +34,7 @@\n from __future__ import division, absolute_import, print_function\n \n from functools import wraps\n+from itertools import combinations\n from math import pi, cos, sin, sqrt\n import os\n import re\n@@ -603,9 +604,9 @@ def loadParameters(self, parmset):\n - If any parameters that are necessary cannot be found, a\n MissingParameter exception is raised.\n - If any dihedral or improper parameters cannot be found, I will try\n- inserting wildcards (at either end for dihedrals and as the two\n- central atoms in impropers) and see if that matches. Wild-cards\n- will apply ONLY if specific parameters cannot be found.\n+ inserting wildcards (in up to three positions) and see if that\n+ matches. Wild-cards will apply ONLY if specific parameters cannot be\n+ found.\n - This method will expand the dihedral_parameter_list attribute by\n adding a separate Dihedral object for each term for types that\n have a multi-term expansion\n@@ -655,16 +656,11 @@ def loadParameters(self, parmset):\n for dih in self.dihedral_list:\n # Store the atoms\n a1, a2, a3, a4 = dih.atom1, dih.atom2, dih.atom3, dih.atom4\n- at1, at2, at3, at4 = a1.attype, a2.attype, a3.attype, a4.attype\n- # First see if the exact dihedral is specified\n- key = min((at1,at2,at3,at4), (at4,at3,at2,at1))\n- if not key in parmset.dihedral_types:\n- # Check for wild-cards\n- key = min(('X',at2,at3,'X'), ('X',at3,at2,'X'))\n- if not key in parmset.dihedral_types:\n- raise MissingParameter('No dihedral parameters found for '\n- '%r' % dih)\n- dtlist = parmset.dihedral_types[key]\n+ try:\n+ at_list = [a1.attype, a2.attype, a3.attype, a4.attype]\n+ dtlist = _match_with_wildcards(at_list, parmset.dihedral_types, 3)\n+ except KeyError:\n+ raise MissingParameter('No dihedral parameters found for %r' % dih)\n for i, dt in enumerate(dtlist):\n self.dihedral_parameter_list.append(Dihedral(a1,a2,a3,a4,dt))\n # See if we include the end-group interactions for this\n@@ -678,18 +674,11 @@ def loadParameters(self, parmset):\n for imp in self.improper_list:\n # Store the atoms\n a1, a2, a3, a4 = imp.atom1, imp.atom2, imp.atom3, imp.atom4\n- at1, at2, at3, at4 = a1.attype, a2.attype, a3.attype, a4.attype\n- key = min((at1,at2,at3,at4), (at4,at3,at2,at1))\n- if not key in parmset.improper_types:\n- key = min((at1,'X', 'X',at4),(at4,'X','X',at1))\n- if not key in parmset.improper_types:\n- raise MissingParameter('No improper dihedral parameters found for '\n- '%r' % imp)\n try:\n- imp.improper_type = parmset.improper_types[key]\n+ at_list = [a1.attype, a2.attype, a3.attype, a4.attype]\n+ imp.improper_type = _match_with_wildcards(at_list, parmset.improper_types, 3)\n except KeyError:\n- raise MissingParameter('No improper parameters found for %r' %\n- imp)\n+ raise MissingParameter('No improper parameters found for %r' % imp)\n # Now do the cmaps. These will not have wild-cards\n for cmap in self.cmap_list:\n # Store the atoms for easy reference\n@@ -1854,6 +1843,26 @@ def _mbondi3_radii(atom_list):\n \n # ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++\n \n+def _match_with_wildcards(at_list, type_dict, max_wc_count):\n+ \"\"\"\n+ Tries to find a match for at_list in type_dict. If one can't be found,\n+ tries to insert up to max_wc_count wildcards in different combinations.\n+ Assumes that for a given key, min(key, key[::-1]) is the one in type_dict.\n+ \"\"\"\n+\n+ for wc_count in range(max_wc_count + 1):\n+ for wc_indices in combinations(range(len(at_list)), wc_count):\n+ key = list(at_list)\n+ for wc_index in wc_indices:\n+ key[wc_index] = 'X'\n+ key = tuple(key)\n+ key = min(key, key[::-1])\n+ if key in type_dict:\n+ return type_dict[key]\n+ raise KeyError(key)\n+\n+# ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++\n+\n if __name__ == '__main__':\n import doctest\n doctest.testmod()\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py b/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\nindex ebf24874d9..7ac43e13a4 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestCharmmFiles.py\n@@ -4,6 +4,7 @@\n from openmm import *\n from openmm.unit import *\n import openmm.app.element as elem\n+import itertools\n import math\n import os\n import tempfile\n@@ -382,6 +383,122 @@ def test_Impropers(self):\n dtheta = math.pi-angle\n self.assertAlmostEqual(energy, dtheta**2, delta=1e-5)\n \n+ def test_TorsionWildcards(self):\n+ \"\"\"Test matching of dihedrals and impropers with wildcards.\"\"\"\n+ for test_improper, wild_1, wild_2, wild_3, wild_4, reverse, want_mismatch in itertools.product((False, True), repeat=7):\n+ # Test with up to 3 wildcards.\n+ if wild_1 and wild_2 and wild_3 and wild_4:\n+ continue\n+\n+ # Test both dihedrals and impropers. If want_mismatch is set, make\n+ # sure that the non-wildcard atoms ensure no match to the torsion.\n+ prm_header = 'IMPH' if test_improper else 'DIHE'\n+ type_1 = 'X' if wild_1 else ('C2' if want_mismatch else 'C1')\n+ type_2 = 'X' if wild_2 else ('C1' if want_mismatch else 'C2')\n+ type_3 = 'X' if wild_3 else ('C4' if want_mismatch else 'C3')\n+ type_4 = 'X' if wild_4 else ('C3' if want_mismatch else 'C4')\n+\n+ if reverse:\n+ type_1, type_2, type_3, type_4 = type_4, type_3, type_2, type_1\n+\n+ psf_dihedral = '' if test_improper else f'{1:10}{2:10}{3:10}{4:10}'\n+ psf_improper = f'{1:10}{2:10}{3:10}{4:10}' if test_improper else ''\n+\n+ with tempfile.TemporaryDirectory() as temp_path:\n+ prm_path = os.path.join(temp_path, 'test.prm')\n+ psf_path = os.path.join(temp_path, 'test.psf')\n+\n+ # Write a sample PRM file.\n+ with open(prm_path, 'w') as prm_file:\n+ print(f\"\"\"*TEST\n+*\n+\n+ATOMS\n+MASS -1 C1 12.0110\n+MASS -1 C2 12.0110\n+MASS -1 C3 12.0110\n+MASS -1 C4 12.0110\n+\n+BOND\n+C1 C2 1 1\n+C{1 if test_improper else 2} C3 1 1\n+C{1 if test_improper else 3} C4 1 1\n+\n+{prm_header}\n+{type_1} {type_2} {type_3} {type_4} 1 1 0\n+\n+NBON\n+C1 0 0 1\n+C2 0 0 1\n+C3 0 0 1\n+C4 0 0 1\n+\n+END\"\"\", file=prm_file)\n+\n+ # Write a sample PSF file.\n+ with open(psf_path, 'w') as psf_file:\n+ print(f\"\"\"PSF EXT CMAP CHEQ XPLOR\n+\n+ 1 !NTITLE\n+* TEST\n+\n+ 4 !NATOM\n+ 1 TEST 1 TEST1 C1 C1 0.000000 12.0110 0\n+ 2 TEST 1 TEST1 C2 C2 0.000000 12.0110 0\n+ 3 TEST 1 TEST1 C3 C3 0.000000 12.0110 0\n+ 4 TEST 1 TEST1 C4 C4 0.000000 12.0110 0\n+\n+ 3 !NBOND: bonds\n+{1:10}{2:10}{1 if test_improper else 2:10}{3:10}{1 if test_improper else 3:10}{4:10}\n+\n+ 0 !NTHETA: angles\n+\n+\n+{0 if test_improper else 1:10} !NPHI: dihedrals\n+{psf_dihedral}\n+\n+{1 if test_improper else 0:10} !NIMPHI: impropers\n+{psf_improper}\n+\n+ 0 !NDON: donors\n+\n+\n+ 0 !NACC: acceptors\n+\n+\n+ 0 !NNB\n+\n+ 0 0 0 0\n+\n+ 1 0 !NGRP NST2\n+ 0 0 0\n+\n+ 1 !MOLNT\n+ 1 1 1 1\n+\n+ 0 0 !NUMLP NUMLPH\n+\n+ 0 !NCRTERM\n+\n+\n+\"\"\", file=psf_file)\n+\n+ prm = CharmmParameterSet(prm_path)\n+ psf = CharmmPsfFile(psf_path)\n+\n+ if want_mismatch:\n+ # Make sure that the system doesn't get parameterized.\n+ with self.assertRaises(internal.charmm.exceptions.MissingParameter):\n+ system = psf.createSystem(prm)\n+\n+ else:\n+ # Make sure that one dihedral or improper gets added.\n+ system = psf.createSystem(prm)\n+ force_type = CustomTorsionForce if test_improper else PeriodicTorsionForce\n+ force, = (force for force in system.getForces() if isinstance(force, force_type))\n+ self.assertEqual(force.getNumTorsions(), 1)\n+ self.assertEqual(force.getTorsionParameters(0)[:4], [0, 1, 2, 3])\n+\n def test_Residues(self):\n \"\"\"Test that residues are read correctly, even if they have the same RESID while being in separate segments.\"\"\"\n m14 = ([\"C{}\".format(i) for i in range(1,14)]\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4832
|
multi_swe_bench
|
flexibleConstraints option for AmberPrmtopFile (openmm/openmm#4832)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4832,
"issue_title": "flexibleConstraints option for AmberPrmtopFile",
"issue_body": "Fixes #4827.",
"base_commit": "91966dc8eb976fadc206e8a345470a737c09fd8b",
"resolved_issues": [
{
"number": 4827,
"title": "Why no flexibleConstraints option in Amber createSystem?",
"body": "Not necessarily a bug report but I was wondering why there is no `flexibleConstraints` option in the `createSystem` method of the `AmberPrmtopFile` class https://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py#L179\n\nIt's explicitly set to False here: https://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py#L297\n\nThe option exists though in the `CharmmPsfFile` class https://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/charmmpsffile.py#L795 Also by default it's on in CHARMM and off in AMBER which is a bit weird.\n\nI need flexibleConstraints for my minimizer to work since I don't go through the same process of adding back in harmonic forces just for the minimization https://github.com/openmm/openmm/blob/master/openmmapi/src/LocalEnergyMinimizer.cpp#L127\nI practically just remove the bonded terms of the constrained atoms after the minimization.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4832",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\nindex 84dac43b55..5512a19918 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/amberprmtopfile.py\n@@ -6,7 +6,7 @@\n Biological Structures at Stanford, funded under the NIH Roadmap for\n Medical Research, grant U54 GM072970. See https://simtk.org.\n \n-Portions copyright (c) 2012-2022 Stanford University and the Authors.\n+Portions copyright (c) 2012-2025 Stanford University and the Authors.\n Authors: Peter Eastman\n Contributors:\n \n@@ -182,7 +182,7 @@ def createSystem(self, nonbondedMethod=ff.NoCutoff, nonbondedCutoff=1.0*u.nanome\n implicitSolventKappa=None, temperature=298.15*u.kelvin,\n soluteDielectric=1.0, solventDielectric=78.5,\n removeCMMotion=True, hydrogenMass=None, ewaldErrorTolerance=0.0005,\n- switchDistance=0.0*u.nanometer, gbsaModel='ACE'):\n+ switchDistance=0.0*u.nanometer, flexibleConstraints=False, gbsaModel='ACE'):\n \"\"\"Construct an OpenMM System representing the topology described by this\n prmtop file.\n \n@@ -230,6 +230,8 @@ def createSystem(self, nonbondedMethod=ff.NoCutoff, nonbondedCutoff=1.0*u.nanome\n turned on for Lennard-Jones interactions. If the switchDistance is 0\n or evaluates to boolean False, no switching function will be used.\n Values greater than nonbondedCutoff or less than 0 raise ValueError\n+ flexibleConstraints : boolean=False\n+ If True, parameters for constrained degrees of freedom will be added to the System\n gbsaModel : str='ACE'\n The SA model used to model the nonpolar solvation component of GB\n implicit solvent models. If GB is active, this must be 'ACE' or None\n@@ -294,7 +296,7 @@ def createSystem(self, nonbondedMethod=ff.NoCutoff, nonbondedCutoff=1.0*u.nanome\n \n sys = amber_file_parser.readAmberSystem(self.topology, prmtop_loader=self._prmtop, shake=constraintString,\n nonbondedCutoff=nonbondedCutoff, nonbondedMethod=methodMap[nonbondedMethod],\n- flexibleConstraints=False, gbmodel=implicitString, soluteDielectric=soluteDielectric,\n+ flexibleConstraints=flexibleConstraints, gbmodel=implicitString, soluteDielectric=soluteDielectric,\n solventDielectric=solventDielectric, implicitSolventKappa=implicitSolventKappa,\n rigidWater=rigidWater, elements=self.elements, gbsaModel=gbsaModel)\n \n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\nindex 0e7d7da3bf..5f8678542d 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestAmberPrmtopFile.py\n@@ -7,6 +7,7 @@\n from openmm.unit import *\n import openmm.app.element as elem\n \n+inpcrd1 = AmberInpcrdFile('systems/alanine-dipeptide-explicit.inpcrd')\n inpcrd3 = AmberInpcrdFile('systems/ff14ipq.rst7')\n inpcrd4 = AmberInpcrdFile('systems/Mg_water.inpcrd')\n inpcrd7 = AmberInpcrdFile('systems/18protein.rst7')\n@@ -473,5 +474,27 @@ def testWaterBonds(self):\n self.assertTrue(a1.element == elem.oxygen or a2.element == elem.oxygen)\n self.assertTrue(a1.element == elem.hydrogen or a2.element == elem.hydrogen)\n \n+ def testFlexibleConstraints(self):\n+ \"\"\"Test the flexibleConstraints option\"\"\"\n+ energies = {}\n+ forces = {}\n+ for flexibleConstraints in [False, True]:\n+ system = prmtop1.createSystem(nonbondedMethod=PME, constraints=HAngles, flexibleConstraints=flexibleConstraints)\n+ for i, f in enumerate(system.getForces()):\n+ f.setForceGroup(i)\n+ integrator = VerletIntegrator(1.0*femtoseconds)\n+ sim = Simulation(prmtop1.topology, system, integrator, Platform.getPlatform('Reference'))\n+ sim.context.setPositions(inpcrd1.positions)\n+ energies[flexibleConstraints] = {}\n+ for i, f in enumerate(system.getForces()):\n+ forces[i] = f\n+ energies[flexibleConstraints][i] = sim.context.getState(getEnergy=True, groups={i}).getPotentialEnergy().value_in_unit(kilojoules_per_mole)\n+ for i, f in forces.items():\n+ delta = 1e-5*abs(energies[True][i])\n+ if isinstance(f, HarmonicBondForce) or isinstance(f, HarmonicAngleForce):\n+ self.assertNotAlmostEqual(energies[True][i], energies[False][i], delta=delta)\n+ else:\n+ self.assertAlmostEqual(energies[True][i], energies[False][i], delta=delta)\n+\n if __name__ == '__main__':\n unittest.main()\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4852
|
multi_swe_bench
|
Correctly assign CMAPs to torsions across multiple CMAPTorsionForce sections (openmm/openmm#4852)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4852,
"issue_title": "Correctly assign CMAPs to torsions across multiple CMAPTorsionForce sections",
"issue_body": "Should fix #4850. Adds a test that would have caught the issue.",
"base_commit": "dde4228b337b7494e23ec913f4dc65f16fee6d08",
"resolved_issues": [
{
"number": 4850,
"title": "Multiple CMAPTorsionForce sections result in incorrect map assignment",
"body": "Currently, if two separate `<CMAPTorsionForce>` sections are present in a force field, as can happen if two force field files with CMAPs are being combined, OpenMM will create a single `CMAPTorsionForce` in resulting systems. However, the indices of `map` attributes of any `<Torsion>` tags in `<CMAPTorsionForce>` sections other than the first will point to `<Map>` entries starting from the first section instead of the section that they are a part of. For example, if\n```\n<CMAPTorsionForce>\n <Map>1 2 3 4</Map>\n <Torsion map=\"0\" class1=\"A\" class2=\"A\" class3=\"A\" class4=\"A\" class5=\"B\" />\n</CMAPTorsionForce>\n```\nis followed by\n```\n<CMAPTorsionForce>\n <Map>5 6 7 8</Map>\n <Torsion map=\"0\" class1=\"A\" class2=\"A\" class3=\"A\" class4=\"B\" class5=\"B\" />\n</CMAPTorsionForce>\n```\nthen the `<Torsion>` in the second section points to the `<Map>` in the first section. I would expect this `<Torsion>` to refer to the `<Map>` in *its own* section. If that is the desired behavior, I will submit a PR with a fix (just an offset of the map index to point to the start of a section's own maps) and a new test case. I wanted to check because CMAPs work differently from other bonded forces in that the parameters are defined \"out-of-band\" rather than with each entry, and I don't know if we want to provide any facility for a `<Torsion>` to refer to a `<Map>` in another section.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4852",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\nindex a222355f85..79f21f22ab 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/forcefield.py\n@@ -2392,6 +2392,7 @@ def parseElement(element, ff):\n ff.registerGenerator(generator)\n else:\n generator = existing[0]\n+ mapOffset = len(generator.maps)\n for map in element.findall('Map'):\n values = [float(x) for x in map.text.split()]\n size = sqrt(len(values))\n@@ -2401,7 +2402,7 @@ def parseElement(element, ff):\n for torsion in element.findall('Torsion'):\n types = ff._findAtomTypes(torsion.attrib, 5)\n if None not in types:\n- generator.torsions.append(CMAPTorsion(types, int(torsion.attrib['map'])))\n+ generator.torsions.append(CMAPTorsion(types, int(torsion.attrib['map']) + mapOffset))\n \n def createForce(self, sys, data, nonbondedMethod, nonbondedCutoff, args):\n existing = [f for f in sys.getForces() if type(f) == mm.CMAPTorsionForce]\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestForceField.py b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\nindex e37ac7df08..3b0376bf95 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestForceField.py\n@@ -1006,6 +1006,100 @@ def test_ResidueOverriding(self):\n self.assertEqual(ff._templates['FE2'].atoms[0].type, 'Fe2+_tip3p_standard')\n ff.createSystem(pdb.topology)\n \n+ def test_CMAPTorsionGeneratorMapAssignment(self):\n+ \"\"\"Tests assignment of the correct maps when multiple CMAPTorsionGenerators are present\"\"\"\n+\n+ ffxml_1 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <AtomTypes>\n+ <Type name=\"A\" class=\"A\" element=\"C\" mass=\"12\" />\n+ <Type name=\"B\" class=\"B\" element=\"N\" mass=\"14\" />\n+ </AtomTypes>\n+ <Residues>\n+ <Residue name=\"X\">\n+ <Atom name=\"X1\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"X2\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"X3\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"X4\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"X5\" type=\"B\" />\n+ <Bond atomName1=\"X1\" atomName2=\"X2\" />\n+ <Bond atomName1=\"X2\" atomName2=\"X3\" />\n+ <Bond atomName1=\"X3\" atomName2=\"X4\" />\n+ <Bond atomName1=\"X4\" atomName2=\"X5\" />\n+ </Residue>\n+ <Residue name=\"Y\">\n+ <Atom name=\"Y1\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"Y2\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"Y3\" type=\"A\" />\n+ <Atom name=\"Y4\" type=\"B\" />\n+ <Atom name=\"Y5\" type=\"B\" />\n+ <Bond atomName1=\"Y1\" atomName2=\"Y2\" />\n+ <Bond atomName1=\"Y2\" atomName2=\"Y3\" />\n+ <Bond atomName1=\"Y3\" atomName2=\"Y4\" />\n+ <Bond atomName1=\"Y4\" atomName2=\"Y5\" />\n+ </Residue>\n+ </Residues>\n+ <CMAPTorsionForce>\n+ <Map>10 11 12 13</Map>\n+ <Torsion map=\"0\" class1=\"A\" class2=\"A\" class3=\"A\" class4=\"A\" class5=\"B\" />\n+ </CMAPTorsionForce>\n+</ForceField>\n+\"\"\"\n+\n+ ffxml_2 = \"\"\"\n+<ForceField>\n+ <CMAPTorsionForce>\n+ <Map>14 15 16 17</Map>\n+ <Torsion map=\"0\" class1=\"A\" class2=\"A\" class3=\"A\" class4=\"B\" class5=\"B\" />\n+ </CMAPTorsionForce>\n+</ForceField>\n+\"\"\"\n+\n+ ff = ForceField(StringIO(ffxml_1), StringIO(ffxml_2))\n+\n+ topology = Topology()\n+\n+ x = topology.addResidue(\"X\", topology.addChain())\n+ x1 = topology.addAtom(\"X1\", elem.carbon, x)\n+ x2 = topology.addAtom(\"X2\", elem.carbon, x)\n+ x3 = topology.addAtom(\"X3\", elem.carbon, x)\n+ x4 = topology.addAtom(\"X4\", elem.carbon, x)\n+ x5 = topology.addAtom(\"X5\", elem.nitrogen, x)\n+ topology.addBond(x1, x2)\n+ topology.addBond(x2, x3)\n+ topology.addBond(x3, x4)\n+ topology.addBond(x4, x5)\n+\n+ y = topology.addResidue(\"Y\", topology.addChain())\n+ y1 = topology.addAtom(\"Y1\", elem.carbon, y)\n+ y2 = topology.addAtom(\"Y2\", elem.carbon, y)\n+ y3 = topology.addAtom(\"Y3\", elem.carbon, y)\n+ y4 = topology.addAtom(\"Y4\", elem.nitrogen, y)\n+ y5 = topology.addAtom(\"Y5\", elem.nitrogen, y)\n+ topology.addBond(y1, y2)\n+ topology.addBond(y2, y3)\n+ topology.addBond(y3, y4)\n+ topology.addBond(y4, y5)\n+\n+ system = ff.createSystem(topology)\n+ cmap, = (force for force in system.getForces() if isinstance(force, openmm.CMAPTorsionForce))\n+\n+ torsionCount = cmap.getNumTorsions()\n+ assert torsionCount == 2\n+\n+ for torsionIndex in range(torsionCount):\n+ mapIndex, *atomIndices = cmap.getTorsionParameters(torsionIndex)\n+ mapSize, energy = cmap.getMapParameters(mapIndex)\n+\n+ if atomIndices == [0, 1, 2, 3, 1, 2, 3, 4]:\n+ expectedEnergy = (10.0, 11.0, 12.0, 13.0) * kilojoule_per_mole\n+ elif atomIndices == [5, 6, 7, 8, 6, 7, 8, 9]:\n+ expectedEnergy = (14.0, 15.0, 16.0, 17.0) * kilojoule_per_mole\n+ else:\n+ raise ValueError(\"unexpected torsion\")\n+\n+ assert energy == expectedEnergy\n+\n def test_LennardJonesGenerator(self):\n \"\"\" Test the LennardJones generator\"\"\"\n warnings.filterwarnings('ignore', category=CharmmPSFWarning)\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4875
|
multi_swe_bench
|
Attempting to fix XTC/DCD restarting (openmm/openmm#4875)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4875,
"issue_title": "Attempting to fix XTC/DCD restarting",
"issue_body": "Fixes #4873 by writing directly the simulation.currentStep into the XTC and DCD files.\r\n\r\nI'm making here some assumptions that the first step written in a file will be at `step=interval` but I think this is a valid assumption?\r\n\r\nAlso assuming that you would only append to an XTC/DCD file if you were resuming a previous simulation (i.e. via a checkpoint) and not creating a new Simulation from scratch which would set the currentStep to 0",
"base_commit": "adf1843f8d2bdcc8bcb32ebefa337d03d471a0ac",
"resolved_issues": [
{
"number": 4873,
"title": "Wrong step in DCD/XTCreporter when restarting simulations",
"body": "Hi, I just noticed what I assume is a bug in the XTCreporter and DCDreporter class\n\nhttps://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py#L146\n\nIf you look at how the step is calculated\n\n```py\nstep = (self._modelCount - 1) * self._interval + self._firstStep\n```\n\nWhen appending, the `_modelCount` variable is overwritten here: https://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py#L57\n\nAnd the `_firstStep` value is passed here: https://github.com/openmm/openmm/blob/master/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py#L110 directly from the `simulation.currentStep`\n\nThis leads to the following behaviour if I add a `print(\"STEP\", step, \"TIME\", time, self._modelCount, self._interval, self._firstStep, self._dt)` right before writing the XTC frame\n```\nSTEP 50 TIME 0.2 1 50 50 0.004\nSTEP 100 TIME 0.4 2 50 50 0.004\nSTEP 150 TIME 0.6 3 50 50 0.004\nSTEP 200 TIME 0.8 4 50 50 0.004\nSTEP 250 TIME 1.0 5 50 50 0.004\nRESTART\nSTEP 550 TIME 2.2 6 50 300 0.004\nSTEP 600 TIME 2.4 7 50 300 0.004\nSTEP 650 TIME 2.6 8 50 300 0.004\nSTEP 700 TIME 2.8 9 50 300 0.004\nSTEP 750 TIME 3.0 10 50 300 0.004\n```\nAs you can see, after the restart, the `_firstStep` is 300 since that indeed is the currentStep of the simulation, but also the `_modelCount` is 6. This means that it calculates wrongly the step as 550 instead of 300 which it should.\n\nI took a look at the DCDreporter and it does nearly the same, but with an offset of +50 compared to XTCreporter, so after the restart it calculates the step as 600 instead of 300.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4875",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\nindex 335cdc0b79..c886527da9 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n@@ -75,7 +75,6 @@ def __init__(self, file, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False):\n self._topology = topology\n self._firstStep = firstStep\n self._interval = interval\n- self._modelCount = 0\n if is_quantity(dt):\n dt = dt.value_in_unit(picoseconds)\n dt /= 0.04888821\n@@ -84,8 +83,6 @@ def __init__(self, file, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False):\n if topology.getUnitCellDimensions() is not None:\n boxFlag = 1\n if append:\n- file.seek(8, os.SEEK_SET)\n- self._modelCount = struct.unpack('<i', file.read(4))[0]\n file.seek(268, os.SEEK_SET)\n numAtoms = struct.unpack('<i', file.read(4))[0]\n if numAtoms != topology.getNumAtoms():\n@@ -98,7 +95,7 @@ def __init__(self, file, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False):\n header += struct.pack('<4i', 164, 4, topology.getNumAtoms(), 4)\n file.write(header)\n \n- def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None):\n+ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None, currentStep=0):\n \"\"\"Write out a model to the DCD file.\n \n The periodic box can be specified either by the unit cell dimensions\n@@ -116,6 +113,8 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n The dimensions of the crystallographic unit cell.\n periodicBoxVectors : tuple of Vec3=None\n The vectors defining the periodic box.\n+ currentStep : int=0\n+ The current step of the simulation.\n \"\"\"\n if self._topology.getNumAtoms() != len(positions):\n raise ValueError('The number of positions must match the number of atoms')\n@@ -129,23 +128,21 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n raise ValueError('Particle position is infinite. For more information, see https://github.com/openmm/openmm/wiki/Frequently-Asked-Questions#nan')\n file = self._file\n \n- self._modelCount += 1\n- if self._interval > 1 and self._firstStep+self._modelCount*self._interval > 1<<31:\n+ if self._interval > 1 and currentStep + self._interval > 1<<31:\n # This will exceed the range of a 32 bit integer. To avoid crashing or producing a corrupt file,\n # update the header to say the trajectory consisted of a smaller number of larger steps (so the\n # total trajectory length remains correct).\n- self._firstStep //= self._interval\n self._dt *= self._interval\n self._interval = 1\n file.seek(0, os.SEEK_SET)\n- file.write(struct.pack('<i4c9if', 84, b'C', b'O', b'R', b'D', 0, self._firstStep, self._interval, 0, 0, 0, 0, 0, 0, self._dt))\n+ file.write(struct.pack('<i4c9if', 84, b'C', b'O', b'R', b'D', 0, 1, self._interval, 0, 0, 0, 0, 0, 0, self._dt))\n \n # Update the header.\n \n file.seek(8, os.SEEK_SET)\n- file.write(struct.pack('<i', self._modelCount))\n+ file.write(struct.pack('<i', currentStep // self._interval))\n file.seek(20, os.SEEK_SET)\n- file.write(struct.pack('<i', self._firstStep+self._modelCount*self._interval))\n+ file.write(struct.pack('<i', currentStep))\n \n # Write the data.\n \ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\nindex d09d5c149c..4626e1f225 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n@@ -115,7 +115,7 @@ def report(self, simulation, state):\n positions = state.getPositions(asNumpy=True)\n if self._atomSubset is not None:\n positions = [positions[i] for i in self._atomSubset]\n- self._dcd.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors())\n+ self._dcd.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors(), currentStep=simulation.currentStep)\n \n def __del__(self):\n self._out.close()\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\nindex 3fb821eb5f..1852c72265 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcfile.py\n@@ -22,7 +22,7 @@ class XTCFile(object):\n To use this class, create a XTCFile object, then call writeModel() once for each model in the file.\n \"\"\"\n \n- def __init__(self, fileName, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False):\n+ def __init__(self, fileName, topology, dt, interval=1, append=False):\n \"\"\"Create a XTC file, or open an existing file to append.\n \n Parameters\n@@ -33,8 +33,6 @@ def __init__(self, fileName, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False\n The Topology defining the molecular system being written\n dt : time\n The time step used in the trajectory\n- firstStep : int=0\n- The index of the first step in the trajectory\n interval : int=1\n The frequency (measured in time steps) at which states are written\n to the trajectory\n@@ -45,16 +43,13 @@ def __init__(self, fileName, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False\n raise TypeError(\"fileName must be a string\")\n self._filename = fileName\n self._topology = topology\n- self._firstStep = firstStep\n self._interval = interval\n- self._modelCount = 0\n if is_quantity(dt):\n dt = dt.value_in_unit(picoseconds)\n self._dt = dt\n if append:\n if not os.path.isfile(self._filename):\n raise FileNotFoundError(f\"The file '{self._filename}' does not exist.\")\n- self._modelCount = get_xtc_nframes(self._filename.encode(\"utf-8\"))\n natoms = get_xtc_natoms(self._filename.encode(\"utf-8\"))\n if natoms != topology.getNumAtoms():\n raise ValueError(\n@@ -67,7 +62,7 @@ def __init__(self, fileName, topology, dt, firstStep=0, interval=1, append=False\n def _getNumFrames(self):\n return get_xtc_nframes(self._filename.encode(\"utf-8\"))\n \n- def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None):\n+ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None, currentStep=0):\n \"\"\"Write out a model to the XTC file.\n \n The periodic box can be specified either by the unit cell dimensions\n@@ -85,6 +80,8 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n The dimensions of the crystallographic unit cell.\n periodicBoxVectors : tuple of Vec3=None\n The vectors defining the periodic box.\n+ currentStep : int=0\n+ The current step in the trajectory\n \"\"\"\n if self._topology.getNumAtoms() != len(positions):\n raise ValueError(\"The number of positions must match the number of atoms\")\n@@ -103,15 +100,14 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n if (np.abs(positions * 1000) > (2 ** 31 - 1)).any():\n raise ValueError(\"Particle position is too large for XTC format\")\n \n- self._modelCount += 1\n if (\n self._interval > 1\n- and self._firstStep + self._modelCount * self._interval > 1 << 31\n+ and currentStep + self._interval > 1 << 31\n ):\n # This will exceed the range of a 32 bit integer. To avoid crashing or producing a corrupt file,\n # update the file to say the trajectory consisted of a smaller number of larger steps (so the\n # total trajectory length remains correct).\n- self._firstStep //= self._interval\n+ currentStep //= self._interval\n self._dt *= self._interval\n self._interval = 1\n with tempfile.TemporaryDirectory() as temp:\n@@ -119,7 +115,7 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n xtc_rewrite_with_new_timestep(\n self._filename.encode(\"utf-8\"),\n fname.encode(\"utf-8\"),\n- self._firstStep,\n+ 1,\n self._interval,\n self._dt,\n )\n@@ -143,12 +139,12 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n )\n else:\n boxVectors = np.zeros((3, 3)).astype(np.float32)\n- step = (self._modelCount - 1) * self._interval + self._firstStep\n- time = step * self._dt\n+\n+ time = currentStep * self._dt\n xtc_write_frame(\n self._filename.encode(\"utf-8\"),\n np.array(positions, dtype=np.float32),\n boxVectors,\n np.float32(time),\n- np.int32(step),\n+ np.int32(currentStep),\n )\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\nindex 0a05e59ad6..9642e54666 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n@@ -107,11 +107,10 @@ def report(self, simulation, state):\n self._fileName,\n topology,\n simulation.integrator.getStepSize(),\n- simulation.currentStep,\n self._reportInterval,\n self._append,\n )\n positions = state.getPositions(asNumpy=True)\n if self._atomSubset is not None:\n positions = [positions[i] for i in self._atomSubset]\n- self._xtc.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors())\n+ self._xtc.writeModel(positions, periodicBoxVectors=state.getPeriodicBoxVectors(), currentStep=simulation.currentStep)\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\nindex 1ce1cbdeaf..a2bd280bce 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n@@ -6,6 +6,13 @@\n from random import random\n import os\n \n+def _readModelCount(file):\n+ import struct\n+\n+ with open(file, \"r+b\") as f:\n+ f.seek(8, os.SEEK_SET)\n+ return struct.unpack('<i', f.read(4))[0]\n+\n class TestDCDFile(unittest.TestCase):\n def test_dcd(self):\n \"\"\" Test the DCD file \"\"\"\n@@ -15,7 +22,7 @@ def test_dcd(self):\n with open(fname, 'wb') as f:\n dcd = app.DCDFile(f, pdbfile.topology, 0.001)\n for i in range(5):\n- dcd.writeModel([mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]*unit.angstroms)\n+ dcd.writeModel([mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]*unit.angstroms, currentStep=i)\n os.remove(fname)\n \n def testLongTrajectory(self):\n@@ -26,7 +33,7 @@ def testLongTrajectory(self):\n with open(fname, 'wb') as f:\n dcd = app.DCDFile(f, pdbfile.topology, 0.001, interval=1000000000)\n for i in range(5):\n- dcd.writeModel([mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]*unit.angstroms)\n+ dcd.writeModel([mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]*unit.angstroms, currentStep=i)\n os.remove(fname)\n \n def testAppend(self):\n@@ -45,7 +52,7 @@ def testAppend(self):\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(5, dcd._dcd._modelCount)\n+ self.assertEqual(5, _readModelCount(fname))\n del simulation\n del dcd\n len1 = os.stat(fname).st_size\n@@ -54,12 +61,13 @@ def testAppend(self):\n \n integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ simulation.currentStep = 10\n dcd = app.DCDReporter(fname, 2, append=True)\n simulation.reporters.append(dcd)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(10, dcd._dcd._modelCount)\n+ self.assertEqual(10, _readModelCount(fname))\n len2 = os.stat(fname).st_size\n self.assertTrue(len2-len1 > 3*4*5*system.getNumParticles())\n del simulation\n@@ -83,7 +91,7 @@ def testAtomSubset(self):\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(5, dcd._dcd._modelCount)\n+ self.assertEqual(5, _readModelCount(fname))\n del simulation\n del dcd\n len1 = os.stat(fname).st_size\n@@ -92,12 +100,13 @@ def testAtomSubset(self):\n \n integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ simulation.currentStep = 10\n dcd = app.DCDReporter(fname, 2, append=True, atomSubset=atomSubset)\n simulation.reporters.append(dcd)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300*unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(10, dcd._dcd._modelCount)\n+ self.assertEqual(10, _readModelCount(fname))\n len2 = os.stat(fname).st_size\n self.assertTrue(len2-len1 > 3*4*5*len(atomSubset))\n del simulation\ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\nindex dbbb93cc7a..aa59b446fb 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n@@ -34,7 +34,7 @@ def test_xtc_triclinic(self):\n mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers,\n )\n box.append(np.array([[vec.x, vec.y, vec.z] for vec in box_i]))\n- xtc.writeModel(coords[i], periodicBoxVectors=box_i)\n+ xtc.writeModel(coords[i], periodicBoxVectors=box_i, currentStep=i)\n # The XTCFile class does not provide a way to read the\n # trajectory back, but the underlying XTC library does\n coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n@@ -72,7 +72,7 @@ def test_xtc_cubic(self):\n )\n box_i = mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers\n box.append(np.diag(box_i[:3].value_in_unit(unit.nanometers)))\n- xtc.writeModel(coords[i], unitCellDimensions=box_i)\n+ xtc.writeModel(coords[i], unitCellDimensions=box_i, currentStep=i)\n #The XTCFile class does not provide a way to read the\n #trajectory back, but the underlying XTC library does\n coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n@@ -108,7 +108,7 @@ def test_xtc_box_from_topology(self):\n [mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]\n * unit.nanometers\n )\n- xtc.writeModel(coords[i])\n+ xtc.writeModel(coords[i], currentStep=i)\n # The XTCFile class does not provide a way to read the\n # trajectory back, but the underlying XTC library does\n coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n@@ -158,7 +158,7 @@ def test_xtc_small(self):\n mm.Vec3(random(), random(), random()) * unit.nanometers,\n )\n box.append(np.array([[vec.x, vec.y, vec.z] for vec in box_i]))\n- xtc.writeModel(coords[i], periodicBoxVectors=box_i)\n+ xtc.writeModel(coords[i], periodicBoxVectors=box_i, currentStep=i)\n # The XTCFile class does not provide a way to read the\n # trajectory back, but the underlying XTC library does\n coords_read, box_read, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n@@ -187,7 +187,8 @@ def testLongTrajectory(self):\n for i in range(5):\n xtc.writeModel(\n [mm.Vec3(random(), random(), random()) for j in range(natom)]\n- * unit.angstroms\n+ * unit.angstroms,\n+ currentStep=i\n )\n \n def testAppend(self):\n@@ -212,7 +213,6 @@ def testAppend(self):\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300 * unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(5, xtc._xtc._modelCount)\n self.assertEqual(5, xtc._xtc._getNumFrames())\n del simulation\n del xtc\n@@ -226,12 +226,12 @@ def testAppend(self):\n integrator,\n mm.Platform.getPlatform(\"Reference\"),\n )\n+ simulation.currentStep = 10\n xtc = app.XTCReporter(fname, 2, append=True)\n simulation.reporters.append(xtc)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300 * unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(10, xtc._xtc._modelCount)\n self.assertEqual(10, xtc._xtc._getNumFrames())\n del simulation\n del xtc\n@@ -259,7 +259,6 @@ def testAtomSubset(self):\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n simulation.context.setVelocitiesToTemperature(300 * unit.kelvin)\n simulation.step(10)\n- self.assertEqual(5, xtc._xtc._modelCount)\n self.assertEqual(5, xtc._xtc._getNumFrames())\n \n # The XTCFile class does not provide a way to read the\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
MSB_openmm_openmm_pr4879
|
multi_swe_bench
|
Fixing XTC/DCD time and step writing (openmm/openmm#4879)
|
{
"org": "openmm",
"repo": "openmm",
"pr_number": 4879,
"issue_title": "Fixing XTC/DCD time and step writing",
"issue_body": "Fixes https://github.com/openmm/openmm/issues/4873 ",
"base_commit": "adf1843f8d2bdcc8bcb32ebefa337d03d471a0ac",
"resolved_issues": [
{
"number": null,
"title": "Fixing XTC/DCD time and step writing",
"body": "The issue involves incorrect time step and frame indexing when writing simulation trajectories in XTC and DCD file formats. Specifically, the current implementation writes inaccurate values for the current simulation step and frame intervals, leading to inconsistencies in the trajectory metadata. This can result in downstream issues when analyzing or appending to these files, as the metadata does not accurately reflect the simulation state.\n\nExpected behavior: The time step and frame indexing in XTC and DCD trajectory files should correctly reflect the simulation's current step and reporting interval. This ensures that the trajectory metadata is accurate and consistent, enabling proper analysis and seamless appending of additional frames to existing files.\n\n## IMPORTANT INSTRUCTIONS\n\n1. If you edit a python file, you MUST run 'make PythonInstall' inside the build directory\n2. If you edit a c++ file, you MUST run 'make -j4 && make install\" inside the build directory"
}
],
"commits": [],
"diff_url": "",
"patch_url": "",
"html_url": "",
"created_at": "",
"merged_at": ""
}
|
{
"env_type": "docker",
"docker_image": "mswebench/openmm_m_openmm:pr-4879",
"working_directory": "/testbed",
"needs_build": true
}
|
{
"fix_patch": "diff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\nindex 335cdc0b79..af65894f62 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdfile.py\n@@ -145,8 +145,7 @@ def writeModel(self, positions, unitCellDimensions=None, periodicBoxVectors=None\n file.seek(8, os.SEEK_SET)\n file.write(struct.pack('<i', self._modelCount))\n file.seek(20, os.SEEK_SET)\n- file.write(struct.pack('<i', self._firstStep+self._modelCount*self._interval))\n-\n+ file.write(struct.pack('<i', self._firstStep+(self._modelCount-1)*self._interval))\n # Write the data.\n \n file.seek(0, os.SEEK_END)\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\nindex d09d5c149c..0e97bc9660 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/dcdreporter.py\n@@ -110,7 +110,7 @@ def report(self, simulation, state):\n topology.addAtom(atoms[i].name, atoms[i].element, residue)\n self._dcd = DCDFile(\n self._out, topology, simulation.integrator.getStepSize(),\n- simulation.currentStep, self._reportInterval, self._append\n+ self._reportInterval, self._reportInterval, self._append\n )\n positions = state.getPositions(asNumpy=True)\n if self._atomSubset is not None:\ndiff --git a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\nindex 0a05e59ad6..bace7d98cb 100644\n--- a/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n+++ b/wrappers/python/openmm/app/xtcreporter.py\n@@ -107,7 +107,7 @@ def report(self, simulation, state):\n self._fileName,\n topology,\n simulation.integrator.getStepSize(),\n- simulation.currentStep,\n+ self._reportInterval,\n self._reportInterval,\n self._append,\n )\n"
}
|
{
"test_patch": "diff --git a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\nindex 1ce1cbdeaf..048da3af73 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestDcdFile.py\n@@ -6,6 +6,17 @@\n from random import random\n import os\n \n+\n+def _read_dcd_header(file):\n+ import struct\n+ \n+ with open(file, \"r+b\") as f:\n+ f.seek(8, os.SEEK_SET)\n+ modelCount = struct.unpack(\"<i\", f.read(4))[0]\n+ f.seek(20, os.SEEK_SET)\n+ currStep = struct.unpack(\"<i\", f.read(4))[0]\n+ return modelCount, currStep\n+\n class TestDCDFile(unittest.TestCase):\n def test_dcd(self):\n \"\"\" Test the DCD file \"\"\"\n@@ -49,11 +60,15 @@ def testAppend(self):\n del simulation\n del dcd\n len1 = os.stat(fname).st_size\n+ modelCount, currStep = _read_dcd_header(fname)\n+ self.assertEqual(5, modelCount)\n+ self.assertEqual(10, currStep)\n \n # Create a new simulation and have it append some more frames.\n \n integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ simulation.currentStep = 10\n dcd = app.DCDReporter(fname, 2, append=True)\n simulation.reporters.append(dcd)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n@@ -64,6 +79,9 @@ def testAppend(self):\n self.assertTrue(len2-len1 > 3*4*5*system.getNumParticles())\n del simulation\n del dcd\n+ modelCount, currStep = _read_dcd_header(fname)\n+ self.assertEqual(10, modelCount)\n+ self.assertEqual(20, currStep)\n os.remove(fname)\n \n def testAtomSubset(self):\n@@ -87,11 +105,15 @@ def testAtomSubset(self):\n del simulation\n del dcd\n len1 = os.stat(fname).st_size\n+ modelCount, currStep = _read_dcd_header(fname)\n+ self.assertEqual(5, modelCount)\n+ self.assertEqual(10, currStep)\n \n # Create a new simulation and have it append some more frames.\n \n integrator = mm.VerletIntegrator(0.001*unit.picoseconds)\n simulation = app.Simulation(pdb.topology, system, integrator, mm.Platform.getPlatform('Reference'))\n+ simulation.currentStep = 10\n dcd = app.DCDReporter(fname, 2, append=True, atomSubset=atomSubset)\n simulation.reporters.append(dcd)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n@@ -102,6 +124,9 @@ def testAtomSubset(self):\n self.assertTrue(len2-len1 > 3*4*5*len(atomSubset))\n del simulation\n del dcd\n+ modelCount, currStep = _read_dcd_header(fname)\n+ self.assertEqual(10, modelCount)\n+ self.assertEqual(20, currStep)\n os.remove(fname)\n \n \ndiff --git a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\nindex dbbb93cc7a..2d905ccf14 100644\n--- a/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n+++ b/wrappers/python/tests/TestXtcFile.py\n@@ -191,6 +191,8 @@ def testLongTrajectory(self):\n )\n \n def testAppend(self):\n+ from openmm.app.internal.xtc_utils import read_xtc\n+\n \"\"\"Test appending to an existing trajectory.\"\"\"\n with tempfile.TemporaryDirectory() as temp:\n fname = os.path.join(temp, 'traj.xtc')\n@@ -214,6 +216,9 @@ def testAppend(self):\n simulation.step(10)\n self.assertEqual(5, xtc._xtc._modelCount)\n self.assertEqual(5, xtc._xtc._getNumFrames())\n+ _, _, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n+ self.assertTrue(np.allclose(np.arange(2, 11, 2) * 0.001, time))\n+ self.assertTrue(np.array_equal(np.arange(2, 11, 2), step))\n del simulation\n del xtc\n \n@@ -226,6 +231,7 @@ def testAppend(self):\n integrator,\n mm.Platform.getPlatform(\"Reference\"),\n )\n+ simulation.currentStep = 10\n xtc = app.XTCReporter(fname, 2, append=True)\n simulation.reporters.append(xtc)\n simulation.context.setPositions(pdb.positions)\n@@ -233,6 +239,9 @@ def testAppend(self):\n simulation.step(10)\n self.assertEqual(10, xtc._xtc._modelCount)\n self.assertEqual(10, xtc._xtc._getNumFrames())\n+ _, _, time, step = read_xtc(fname.encode(\"utf-8\"))\n+ self.assertTrue(np.allclose(np.arange(2, 21, 2) * 0.001, time))\n+ self.assertTrue(np.array_equal(np.arange(2, 21, 2), step))\n del simulation\n del xtc\n \n@@ -269,6 +278,8 @@ def testAtomSubset(self):\n self.assertEqual(box_read.shape, (3, 3, 5))\n self.assertEqual(len(time), 5)\n self.assertEqual(len(step), 5)\n+ self.assertTrue(np.allclose(np.arange(2, 11, 2) * 1e-10, time))\n+ self.assertTrue(np.array_equal(np.arange(2, 11, 2), step))\n coords = [pdb.positions[i].value_in_unit(unit.nanometers) for i in atomSubset]\n self.assertTrue(np.allclose(coords_read[:,:,0], coords, atol=1e-3))\n self.assertTrue(np.allclose(box_read[:,:,0], pdb.topology.getPeriodicBoxVectors().value_in_unit(unit.nanometers), atol=1e-3))\n",
"pass_criteria": "all_tests_pass"
}
|
{
"scoring_method": "binary",
"resolve_points": 100
}
|
Subsets and Splits
No community queries yet
The top public SQL queries from the community will appear here once available.