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2
+ "foreground_intensity_properties_per_channel": {
3
+ "0": {
4
+ "max": 3071.0,
5
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41
+ 76,
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+ 512,
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+ 512
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+ ],
45
+ [
46
+ 68,
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+ 512,
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+ 512
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50
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51
+ 81,
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61
+ 81,
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+ 512
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65
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75
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76
+ 82,
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+ 512,
78
+ 512
79
+ ],
80
+ [
81
+ 60,
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+ 512,
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+ 512
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+ 70,
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1929
+ 0.8515620231628418,
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+ 0.8515620231628418
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2567
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+ 2.5,
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+ ],
2572
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2792
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+ 1.0,
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+ 1.0,
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+ 0.78125
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2842
+ [
2843
+ 1.0,
2844
+ 0.9765625,
2845
+ 0.9765625
2846
+ ],
2847
+ [
2848
+ 1.0,
2849
+ 0.9765625,
2850
+ 0.9765625
2851
+ ],
2852
+ [
2853
+ 1.0,
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+ 0.859375,
2855
+ 0.859375
2856
+ ],
2857
+ [
2858
+ 1.0,
2859
+ 0.7820000052452087,
2860
+ 0.7820000052452087
2861
+ ],
2862
+ [
2863
+ 1.0,
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+ 0.703125,
2865
+ 0.703125
2866
+ ],
2867
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+ 1.0,
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2877
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+ 1.0,
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+ ],
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2897
+ ]
2898
+ }
data/nnUNet_preprocessed/Dataset200_Abdomen/nnUNetPlans.json ADDED
@@ -0,0 +1,454 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ {
2
+ "dataset_name": "Dataset200_Abdomen",
3
+ "plans_name": "nnUNetPlans",
4
+ "original_median_spacing_after_transp": [
5
+ 2.5,
6
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7
+ 0.8056644797325134
8
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9
+ "original_median_shape_after_transp": [
10
+ 84,
11
+ 512,
12
+ 512
13
+ ],
14
+ "image_reader_writer": "SimpleITKIO",
15
+ "transpose_forward": [
16
+ 0,
17
+ 1,
18
+ 2
19
+ ],
20
+ "transpose_backward": [
21
+ 0,
22
+ 1,
23
+ 2
24
+ ],
25
+ "configurations": {
26
+ "2d": {
27
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_2d",
28
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
29
+ "batch_size": 12,
30
+ "patch_size": [
31
+ 512,
32
+ 512
33
+ ],
34
+ "median_image_size_in_voxels": [
35
+ 512.0,
36
+ 512.0
37
+ ],
38
+ "spacing": [
39
+ 0.8056644797325134,
40
+ 0.8056644797325134
41
+ ],
42
+ "normalization_schemes": [
43
+ "CTNormalization"
44
+ ],
45
+ "use_mask_for_norm": [
46
+ false
47
+ ],
48
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
49
+ "UNet_base_num_features": 32,
50
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
51
+ 2,
52
+ 2,
53
+ 2,
54
+ 2,
55
+ 2,
56
+ 2,
57
+ 2,
58
+ 2
59
+ ],
60
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
61
+ 2,
62
+ 2,
63
+ 2,
64
+ 2,
65
+ 2,
66
+ 2,
67
+ 2
68
+ ],
69
+ "num_pool_per_axis": [
70
+ 7,
71
+ 7
72
+ ],
73
+ "pool_op_kernel_sizes": [
74
+ [
75
+ 1,
76
+ 1
77
+ ],
78
+ [
79
+ 2,
80
+ 2
81
+ ],
82
+ [
83
+ 2,
84
+ 2
85
+ ],
86
+ [
87
+ 2,
88
+ 2
89
+ ],
90
+ [
91
+ 2,
92
+ 2
93
+ ],
94
+ [
95
+ 2,
96
+ 2
97
+ ],
98
+ [
99
+ 2,
100
+ 2
101
+ ],
102
+ [
103
+ 2,
104
+ 2
105
+ ]
106
+ ],
107
+ "conv_kernel_sizes": [
108
+ [
109
+ 3,
110
+ 3
111
+ ],
112
+ [
113
+ 3,
114
+ 3
115
+ ],
116
+ [
117
+ 3,
118
+ 3
119
+ ],
120
+ [
121
+ 3,
122
+ 3
123
+ ],
124
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+ 3,
126
+ 3
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+ ],
128
+ [
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+ ],
132
+ [
133
+ 3,
134
+ 3
135
+ ],
136
+ [
137
+ 3,
138
+ 3
139
+ ]
140
+ ],
141
+ "unet_max_num_features": 512,
142
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
143
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
144
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
145
+ "is_seg": false,
146
+ "order": 3,
147
+ "order_z": 0,
148
+ "force_separate_z": null
149
+ },
150
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
151
+ "is_seg": true,
152
+ "order": 1,
153
+ "order_z": 0,
154
+ "force_separate_z": null
155
+ },
156
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
157
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
158
+ "is_seg": false,
159
+ "order": 1,
160
+ "order_z": 0,
161
+ "force_separate_z": null
162
+ },
163
+ "batch_dice": true
164
+ },
165
+ "3d_lowres": {
166
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_3d_lowres",
167
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
168
+ "batch_size": 2,
169
+ "patch_size": [
170
+ 64,
171
+ 192,
172
+ 192
173
+ ],
174
+ "median_image_size_in_voxels": [
175
+ 114,
176
+ 283,
177
+ 283
178
+ ],
179
+ "spacing": [
180
+ 1.806111234669415,
181
+ 1.4551196682189818,
182
+ 1.4551196682189818
183
+ ],
184
+ "normalization_schemes": [
185
+ "CTNormalization"
186
+ ],
187
+ "use_mask_for_norm": [
188
+ false
189
+ ],
190
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
191
+ "UNet_base_num_features": 32,
192
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
193
+ 2,
194
+ 2,
195
+ 2,
196
+ 2,
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+ 2,
198
+ 2
199
+ ],
200
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
201
+ 2,
202
+ 2,
203
+ 2,
204
+ 2,
205
+ 2
206
+ ],
207
+ "num_pool_per_axis": [
208
+ 4,
209
+ 5,
210
+ 5
211
+ ],
212
+ "pool_op_kernel_sizes": [
213
+ [
214
+ 1,
215
+ 1,
216
+ 1
217
+ ],
218
+ [
219
+ 2,
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+ 2,
221
+ 2
222
+ ],
223
+ [
224
+ 2,
225
+ 2,
226
+ 2
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+ ],
228
+ [
229
+ 2,
230
+ 2,
231
+ 2
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+ ],
233
+ [
234
+ 2,
235
+ 2,
236
+ 2
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+ ],
238
+ [
239
+ 1,
240
+ 2,
241
+ 2
242
+ ]
243
+ ],
244
+ "conv_kernel_sizes": [
245
+ [
246
+ 3,
247
+ 3,
248
+ 3
249
+ ],
250
+ [
251
+ 3,
252
+ 3,
253
+ 3
254
+ ],
255
+ [
256
+ 3,
257
+ 3,
258
+ 3
259
+ ],
260
+ [
261
+ 3,
262
+ 3,
263
+ 3
264
+ ],
265
+ [
266
+ 3,
267
+ 3,
268
+ 3
269
+ ],
270
+ [
271
+ 3,
272
+ 3,
273
+ 3
274
+ ]
275
+ ],
276
+ "unet_max_num_features": 320,
277
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
278
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
279
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
280
+ "is_seg": false,
281
+ "order": 3,
282
+ "order_z": 0,
283
+ "force_separate_z": null
284
+ },
285
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
286
+ "is_seg": true,
287
+ "order": 1,
288
+ "order_z": 0,
289
+ "force_separate_z": null
290
+ },
291
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
292
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
293
+ "is_seg": false,
294
+ "order": 1,
295
+ "order_z": 0,
296
+ "force_separate_z": null
297
+ },
298
+ "batch_dice": false,
299
+ "next_stage": "3d_cascade_fullres"
300
+ },
301
+ "3d_fullres": {
302
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_3d_fullres",
303
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
304
+ "batch_size": 2,
305
+ "patch_size": [
306
+ 64,
307
+ 192,
308
+ 192
309
+ ],
310
+ "median_image_size_in_voxels": [
311
+ 205.0,
312
+ 512.0,
313
+ 512.0
314
+ ],
315
+ "spacing": [
316
+ 1.0,
317
+ 0.8056644797325134,
318
+ 0.8056644797325134
319
+ ],
320
+ "normalization_schemes": [
321
+ "CTNormalization"
322
+ ],
323
+ "use_mask_for_norm": [
324
+ false
325
+ ],
326
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
327
+ "UNet_base_num_features": 32,
328
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
329
+ 2,
330
+ 2,
331
+ 2,
332
+ 2,
333
+ 2,
334
+ 2
335
+ ],
336
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
337
+ 2,
338
+ 2,
339
+ 2,
340
+ 2,
341
+ 2
342
+ ],
343
+ "num_pool_per_axis": [
344
+ 4,
345
+ 5,
346
+ 5
347
+ ],
348
+ "pool_op_kernel_sizes": [
349
+ [
350
+ 1,
351
+ 1,
352
+ 1
353
+ ],
354
+ [
355
+ 2,
356
+ 2,
357
+ 2
358
+ ],
359
+ [
360
+ 2,
361
+ 2,
362
+ 2
363
+ ],
364
+ [
365
+ 2,
366
+ 2,
367
+ 2
368
+ ],
369
+ [
370
+ 2,
371
+ 2,
372
+ 2
373
+ ],
374
+ [
375
+ 1,
376
+ 2,
377
+ 2
378
+ ]
379
+ ],
380
+ "conv_kernel_sizes": [
381
+ [
382
+ 3,
383
+ 3,
384
+ 3
385
+ ],
386
+ [
387
+ 3,
388
+ 3,
389
+ 3
390
+ ],
391
+ [
392
+ 3,
393
+ 3,
394
+ 3
395
+ ],
396
+ [
397
+ 3,
398
+ 3,
399
+ 3
400
+ ],
401
+ [
402
+ 3,
403
+ 3,
404
+ 3
405
+ ],
406
+ [
407
+ 3,
408
+ 3,
409
+ 3
410
+ ]
411
+ ],
412
+ "unet_max_num_features": 320,
413
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
414
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
415
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
416
+ "is_seg": false,
417
+ "order": 3,
418
+ "order_z": 0,
419
+ "force_separate_z": null
420
+ },
421
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
422
+ "is_seg": true,
423
+ "order": 1,
424
+ "order_z": 0,
425
+ "force_separate_z": null
426
+ },
427
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
428
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
429
+ "is_seg": false,
430
+ "order": 1,
431
+ "order_z": 0,
432
+ "force_separate_z": null
433
+ },
434
+ "batch_dice": true
435
+ },
436
+ "3d_cascade_fullres": {
437
+ "inherits_from": "3d_fullres",
438
+ "previous_stage": "3d_lowres"
439
+ }
440
+ },
441
+ "experiment_planner_used": "ExperimentPlanner",
442
+ "label_manager": "LabelManager",
443
+ "foreground_intensity_properties_per_channel": {
444
+ "0": {
445
+ "max": 3071.0,
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449
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+ }
453
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454
+ }
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4
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6
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2
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13
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14
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+ 1.0,
664
+ 0.703125,
665
+ 0.703125
666
+ ],
667
+ [
668
+ 1.0,
669
+ 0.859375,
670
+ 0.859375
671
+ ],
672
+ [
673
+ 1.0,
674
+ 0.8984375,
675
+ 0.8984375
676
+ ],
677
+ [
678
+ 1.0,
679
+ 0.91796875,
680
+ 0.91796875
681
+ ],
682
+ [
683
+ 1.0,
684
+ 0.9765625,
685
+ 0.9765625
686
+ ],
687
+ [
688
+ 1.0,
689
+ 0.9375,
690
+ 0.9375
691
+ ],
692
+ [
693
+ 1.0,
694
+ 0.9375,
695
+ 0.9375
696
+ ],
697
+ [
698
+ 1.0,
699
+ 0.78125,
700
+ 0.78125
701
+ ],
702
+ [
703
+ 1.0,
704
+ 0.859375,
705
+ 0.859375
706
+ ],
707
+ [
708
+ 1.0,
709
+ 0.9765625,
710
+ 0.9765625
711
+ ],
712
+ [
713
+ 1.0,
714
+ 0.9765625,
715
+ 0.9765625
716
+ ],
717
+ [
718
+ 0.699999988079071,
719
+ 0.78125,
720
+ 0.78125
721
+ ],
722
+ [
723
+ 1.0,
724
+ 0.8984375,
725
+ 0.8984375
726
+ ],
727
+ [
728
+ 1.0,
729
+ 0.890625,
730
+ 0.890625
731
+ ],
732
+ [
733
+ 1.0,
734
+ 0.8984375,
735
+ 0.8984375
736
+ ],
737
+ [
738
+ 1.0,
739
+ 0.9765625,
740
+ 0.9765625
741
+ ],
742
+ [
743
+ 1.0,
744
+ 0.9765625,
745
+ 0.9765625
746
+ ]
747
+ ]
748
+ }
data/nnUNet_preprocessed/Dataset201_Abdomen_test/nnUNetPlans.json ADDED
@@ -0,0 +1,454 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ {
2
+ "dataset_name": "Dataset201_Abdomen_test",
3
+ "plans_name": "nnUNetPlans",
4
+ "original_median_spacing_after_transp": [
5
+ 2.5,
6
+ 0.8496090173721313,
7
+ 0.8496090173721313
8
+ ],
9
+ "original_median_shape_after_transp": [
10
+ 88,
11
+ 512,
12
+ 512
13
+ ],
14
+ "image_reader_writer": "SimpleITKIO",
15
+ "transpose_forward": [
16
+ 0,
17
+ 1,
18
+ 2
19
+ ],
20
+ "transpose_backward": [
21
+ 0,
22
+ 1,
23
+ 2
24
+ ],
25
+ "configurations": {
26
+ "2d": {
27
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_2d",
28
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
29
+ "batch_size": 12,
30
+ "patch_size": [
31
+ 512,
32
+ 512
33
+ ],
34
+ "median_image_size_in_voxels": [
35
+ 512.0,
36
+ 512.0
37
+ ],
38
+ "spacing": [
39
+ 0.8496090173721313,
40
+ 0.8496090173721313
41
+ ],
42
+ "normalization_schemes": [
43
+ "CTNormalization"
44
+ ],
45
+ "use_mask_for_norm": [
46
+ false
47
+ ],
48
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
49
+ "UNet_base_num_features": 32,
50
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
51
+ 2,
52
+ 2,
53
+ 2,
54
+ 2,
55
+ 2,
56
+ 2,
57
+ 2,
58
+ 2
59
+ ],
60
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
61
+ 2,
62
+ 2,
63
+ 2,
64
+ 2,
65
+ 2,
66
+ 2,
67
+ 2
68
+ ],
69
+ "num_pool_per_axis": [
70
+ 7,
71
+ 7
72
+ ],
73
+ "pool_op_kernel_sizes": [
74
+ [
75
+ 1,
76
+ 1
77
+ ],
78
+ [
79
+ 2,
80
+ 2
81
+ ],
82
+ [
83
+ 2,
84
+ 2
85
+ ],
86
+ [
87
+ 2,
88
+ 2
89
+ ],
90
+ [
91
+ 2,
92
+ 2
93
+ ],
94
+ [
95
+ 2,
96
+ 2
97
+ ],
98
+ [
99
+ 2,
100
+ 2
101
+ ],
102
+ [
103
+ 2,
104
+ 2
105
+ ]
106
+ ],
107
+ "conv_kernel_sizes": [
108
+ [
109
+ 3,
110
+ 3
111
+ ],
112
+ [
113
+ 3,
114
+ 3
115
+ ],
116
+ [
117
+ 3,
118
+ 3
119
+ ],
120
+ [
121
+ 3,
122
+ 3
123
+ ],
124
+ [
125
+ 3,
126
+ 3
127
+ ],
128
+ [
129
+ 3,
130
+ 3
131
+ ],
132
+ [
133
+ 3,
134
+ 3
135
+ ],
136
+ [
137
+ 3,
138
+ 3
139
+ ]
140
+ ],
141
+ "unet_max_num_features": 512,
142
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
143
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
144
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
145
+ "is_seg": false,
146
+ "order": 3,
147
+ "order_z": 0,
148
+ "force_separate_z": null
149
+ },
150
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
151
+ "is_seg": true,
152
+ "order": 1,
153
+ "order_z": 0,
154
+ "force_separate_z": null
155
+ },
156
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
157
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
158
+ "is_seg": false,
159
+ "order": 1,
160
+ "order_z": 0,
161
+ "force_separate_z": null
162
+ },
163
+ "batch_dice": true
164
+ },
165
+ "3d_lowres": {
166
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_3d_lowres",
167
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
168
+ "batch_size": 2,
169
+ "patch_size": [
170
+ 56,
171
+ 224,
172
+ 192
173
+ ],
174
+ "median_image_size_in_voxels": [
175
+ 83,
176
+ 329,
177
+ 329
178
+ ],
179
+ "spacing": [
180
+ 2.575,
181
+ 1.323663165915974,
182
+ 1.323663165915974
183
+ ],
184
+ "normalization_schemes": [
185
+ "CTNormalization"
186
+ ],
187
+ "use_mask_for_norm": [
188
+ false
189
+ ],
190
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
191
+ "UNet_base_num_features": 32,
192
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
193
+ 2,
194
+ 2,
195
+ 2,
196
+ 2,
197
+ 2,
198
+ 2
199
+ ],
200
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
201
+ 2,
202
+ 2,
203
+ 2,
204
+ 2,
205
+ 2
206
+ ],
207
+ "num_pool_per_axis": [
208
+ 3,
209
+ 5,
210
+ 5
211
+ ],
212
+ "pool_op_kernel_sizes": [
213
+ [
214
+ 1,
215
+ 1,
216
+ 1
217
+ ],
218
+ [
219
+ 2,
220
+ 2,
221
+ 2
222
+ ],
223
+ [
224
+ 2,
225
+ 2,
226
+ 2
227
+ ],
228
+ [
229
+ 2,
230
+ 2,
231
+ 2
232
+ ],
233
+ [
234
+ 1,
235
+ 2,
236
+ 2
237
+ ],
238
+ [
239
+ 1,
240
+ 2,
241
+ 2
242
+ ]
243
+ ],
244
+ "conv_kernel_sizes": [
245
+ [
246
+ 3,
247
+ 3,
248
+ 3
249
+ ],
250
+ [
251
+ 3,
252
+ 3,
253
+ 3
254
+ ],
255
+ [
256
+ 3,
257
+ 3,
258
+ 3
259
+ ],
260
+ [
261
+ 3,
262
+ 3,
263
+ 3
264
+ ],
265
+ [
266
+ 3,
267
+ 3,
268
+ 3
269
+ ],
270
+ [
271
+ 3,
272
+ 3,
273
+ 3
274
+ ]
275
+ ],
276
+ "unet_max_num_features": 320,
277
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
278
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
279
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
280
+ "is_seg": false,
281
+ "order": 3,
282
+ "order_z": 0,
283
+ "force_separate_z": null
284
+ },
285
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
286
+ "is_seg": true,
287
+ "order": 1,
288
+ "order_z": 0,
289
+ "force_separate_z": null
290
+ },
291
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
292
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
293
+ "is_seg": false,
294
+ "order": 1,
295
+ "order_z": 0,
296
+ "force_separate_z": null
297
+ },
298
+ "batch_dice": false,
299
+ "next_stage": "3d_cascade_fullres"
300
+ },
301
+ "3d_fullres": {
302
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_3d_fullres",
303
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
304
+ "batch_size": 2,
305
+ "patch_size": [
306
+ 40,
307
+ 224,
308
+ 224
309
+ ],
310
+ "median_image_size_in_voxels": [
311
+ 85.0,
312
+ 512.0,
313
+ 512.0
314
+ ],
315
+ "spacing": [
316
+ 2.5,
317
+ 0.8496090173721313,
318
+ 0.8496090173721313
319
+ ],
320
+ "normalization_schemes": [
321
+ "CTNormalization"
322
+ ],
323
+ "use_mask_for_norm": [
324
+ false
325
+ ],
326
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
327
+ "UNet_base_num_features": 32,
328
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
329
+ 2,
330
+ 2,
331
+ 2,
332
+ 2,
333
+ 2,
334
+ 2
335
+ ],
336
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
337
+ 2,
338
+ 2,
339
+ 2,
340
+ 2,
341
+ 2
342
+ ],
343
+ "num_pool_per_axis": [
344
+ 3,
345
+ 5,
346
+ 5
347
+ ],
348
+ "pool_op_kernel_sizes": [
349
+ [
350
+ 1,
351
+ 1,
352
+ 1
353
+ ],
354
+ [
355
+ 1,
356
+ 2,
357
+ 2
358
+ ],
359
+ [
360
+ 2,
361
+ 2,
362
+ 2
363
+ ],
364
+ [
365
+ 2,
366
+ 2,
367
+ 2
368
+ ],
369
+ [
370
+ 2,
371
+ 2,
372
+ 2
373
+ ],
374
+ [
375
+ 1,
376
+ 2,
377
+ 2
378
+ ]
379
+ ],
380
+ "conv_kernel_sizes": [
381
+ [
382
+ 1,
383
+ 3,
384
+ 3
385
+ ],
386
+ [
387
+ 3,
388
+ 3,
389
+ 3
390
+ ],
391
+ [
392
+ 3,
393
+ 3,
394
+ 3
395
+ ],
396
+ [
397
+ 3,
398
+ 3,
399
+ 3
400
+ ],
401
+ [
402
+ 3,
403
+ 3,
404
+ 3
405
+ ],
406
+ [
407
+ 3,
408
+ 3,
409
+ 3
410
+ ]
411
+ ],
412
+ "unet_max_num_features": 320,
413
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
414
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
415
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
416
+ "is_seg": false,
417
+ "order": 3,
418
+ "order_z": 0,
419
+ "force_separate_z": null
420
+ },
421
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
422
+ "is_seg": true,
423
+ "order": 1,
424
+ "order_z": 0,
425
+ "force_separate_z": null
426
+ },
427
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
428
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
429
+ "is_seg": false,
430
+ "order": 1,
431
+ "order_z": 0,
432
+ "force_separate_z": null
433
+ },
434
+ "batch_dice": true
435
+ },
436
+ "3d_cascade_fullres": {
437
+ "inherits_from": "3d_fullres",
438
+ "previous_stage": "3d_lowres"
439
+ }
440
+ },
441
+ "experiment_planner_used": "ExperimentPlanner",
442
+ "label_manager": "LabelManager",
443
+ "foreground_intensity_properties_per_channel": {
444
+ "0": {
445
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+ ],
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+ "spacing": [
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171
+ "UNet_base_num_features": 32,
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+ "n_conv_per_stage_encoder": [
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+ ],
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192
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+ ]
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+ ],
256
+ "unet_max_num_features": 320,
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+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
258
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
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+ "resampling_fn_data_kwargs": {
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+ "is_seg": false,
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266
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267
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+ 1.0,
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700
+ 1.0
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+ ],
702
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+ ],
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+ ],
712
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897
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901
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902
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903
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907
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912
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917
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932
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+ }
data/nnUNet_preprocessed/Dataset203_Brain_test/nnUNetPlans.json ADDED
@@ -0,0 +1,294 @@
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
+ {
2
+ "dataset_name": "Dataset203_Brain_test",
3
+ "plans_name": "nnUNetPlans",
4
+ "original_median_spacing_after_transp": [
5
+ 1.0,
6
+ 1.0,
7
+ 1.0
8
+ ],
9
+ "original_median_shape_after_transp": [
10
+ 138,
11
+ 170,
12
+ 138
13
+ ],
14
+ "image_reader_writer": "SimpleITKIO",
15
+ "transpose_forward": [
16
+ 0,
17
+ 1,
18
+ 2
19
+ ],
20
+ "transpose_backward": [
21
+ 0,
22
+ 1,
23
+ 2
24
+ ],
25
+ "configurations": {
26
+ "2d": {
27
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_2d",
28
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
29
+ "batch_size": 105,
30
+ "patch_size": [
31
+ 192,
32
+ 160
33
+ ],
34
+ "median_image_size_in_voxels": [
35
+ 170.0,
36
+ 138.0
37
+ ],
38
+ "spacing": [
39
+ 1.0,
40
+ 1.0
41
+ ],
42
+ "normalization_schemes": [
43
+ "ZScoreNormalization"
44
+ ],
45
+ "use_mask_for_norm": [
46
+ true
47
+ ],
48
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
49
+ "UNet_base_num_features": 32,
50
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
51
+ 2,
52
+ 2,
53
+ 2,
54
+ 2,
55
+ 2,
56
+ 2
57
+ ],
58
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
59
+ 2,
60
+ 2,
61
+ 2,
62
+ 2,
63
+ 2
64
+ ],
65
+ "num_pool_per_axis": [
66
+ 5,
67
+ 5
68
+ ],
69
+ "pool_op_kernel_sizes": [
70
+ [
71
+ 1,
72
+ 1
73
+ ],
74
+ [
75
+ 2,
76
+ 2
77
+ ],
78
+ [
79
+ 2,
80
+ 2
81
+ ],
82
+ [
83
+ 2,
84
+ 2
85
+ ],
86
+ [
87
+ 2,
88
+ 2
89
+ ],
90
+ [
91
+ 2,
92
+ 2
93
+ ]
94
+ ],
95
+ "conv_kernel_sizes": [
96
+ [
97
+ 3,
98
+ 3
99
+ ],
100
+ [
101
+ 3,
102
+ 3
103
+ ],
104
+ [
105
+ 3,
106
+ 3
107
+ ],
108
+ [
109
+ 3,
110
+ 3
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+ ],
112
+ [
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+ 3,
114
+ 3
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+ ],
116
+ [
117
+ 3,
118
+ 3
119
+ ]
120
+ ],
121
+ "unet_max_num_features": 512,
122
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
123
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
124
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
125
+ "is_seg": false,
126
+ "order": 3,
127
+ "order_z": 0,
128
+ "force_separate_z": null
129
+ },
130
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
131
+ "is_seg": true,
132
+ "order": 1,
133
+ "order_z": 0,
134
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135
+ },
136
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
137
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
138
+ "is_seg": false,
139
+ "order": 1,
140
+ "order_z": 0,
141
+ "force_separate_z": null
142
+ },
143
+ "batch_dice": true
144
+ },
145
+ "3d_fullres": {
146
+ "data_identifier": "nnUNetPlans_3d_fullres",
147
+ "preprocessor_name": "DefaultPreprocessor",
148
+ "batch_size": 2,
149
+ "patch_size": [
150
+ 128,
151
+ 128,
152
+ 128
153
+ ],
154
+ "median_image_size_in_voxels": [
155
+ 138.0,
156
+ 170.0,
157
+ 138.0
158
+ ],
159
+ "spacing": [
160
+ 1.0,
161
+ 1.0,
162
+ 1.0
163
+ ],
164
+ "normalization_schemes": [
165
+ "ZScoreNormalization"
166
+ ],
167
+ "use_mask_for_norm": [
168
+ true
169
+ ],
170
+ "UNet_class_name": "PlainConvUNet",
171
+ "UNet_base_num_features": 32,
172
+ "n_conv_per_stage_encoder": [
173
+ 2,
174
+ 2,
175
+ 2,
176
+ 2,
177
+ 2,
178
+ 2
179
+ ],
180
+ "n_conv_per_stage_decoder": [
181
+ 2,
182
+ 2,
183
+ 2,
184
+ 2,
185
+ 2
186
+ ],
187
+ "num_pool_per_axis": [
188
+ 5,
189
+ 5,
190
+ 5
191
+ ],
192
+ "pool_op_kernel_sizes": [
193
+ [
194
+ 1,
195
+ 1,
196
+ 1
197
+ ],
198
+ [
199
+ 2,
200
+ 2,
201
+ 2
202
+ ],
203
+ [
204
+ 2,
205
+ 2,
206
+ 2
207
+ ],
208
+ [
209
+ 2,
210
+ 2,
211
+ 2
212
+ ],
213
+ [
214
+ 2,
215
+ 2,
216
+ 2
217
+ ],
218
+ [
219
+ 2,
220
+ 2,
221
+ 2
222
+ ]
223
+ ],
224
+ "conv_kernel_sizes": [
225
+ [
226
+ 3,
227
+ 3,
228
+ 3
229
+ ],
230
+ [
231
+ 3,
232
+ 3,
233
+ 3
234
+ ],
235
+ [
236
+ 3,
237
+ 3,
238
+ 3
239
+ ],
240
+ [
241
+ 3,
242
+ 3,
243
+ 3
244
+ ],
245
+ [
246
+ 3,
247
+ 3,
248
+ 3
249
+ ],
250
+ [
251
+ 3,
252
+ 3,
253
+ 3
254
+ ]
255
+ ],
256
+ "unet_max_num_features": 320,
257
+ "resampling_fn_data": "resample_data_or_seg_to_shape",
258
+ "resampling_fn_seg": "resample_data_or_seg_to_shape",
259
+ "resampling_fn_data_kwargs": {
260
+ "is_seg": false,
261
+ "order": 3,
262
+ "order_z": 0,
263
+ "force_separate_z": null
264
+ },
265
+ "resampling_fn_seg_kwargs": {
266
+ "is_seg": true,
267
+ "order": 1,
268
+ "order_z": 0,
269
+ "force_separate_z": null
270
+ },
271
+ "resampling_fn_probabilities": "resample_data_or_seg_to_shape",
272
+ "resampling_fn_probabilities_kwargs": {
273
+ "is_seg": false,
274
+ "order": 1,
275
+ "order_z": 0,
276
+ "force_separate_z": null
277
+ },
278
+ "batch_dice": false
279
+ }
280
+ },
281
+ "experiment_planner_used": "ExperimentPlanner",
282
+ "label_manager": "LabelManager",
283
+ "foreground_intensity_properties_per_channel": {
284
+ "0": {
285
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286
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288
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289
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290
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291
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292
+ }
293
+ }
294
+ }
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