Update synonymous_logit_processor.py

synonymous_logit_processor.py

@@ -1,3 +1,14 @@
+aa_to_codon_human = {
+    'A': ['GCT', 'GCC', 'GCA', 'GCG'], 'C': ['TGT', 'TGC'], 'D': ['GAT', 'GAC'],
+    'E': ['GAA', 'GAG'], 'F': ['TTT', 'TTC'], 'G': ['GGT', 'GGC', 'GGA', 'GGG'],
+    'H': ['CAT', 'CAC'], 'I': ['ATT', 'ATC', 'ATA'], 'K': ['AAA', 'AAG'],
+    'L': ['TTA', 'TTG', 'CTT', 'CTC', 'CTA', 'CTG'], 'M': ['ATG'],
+    'N': ['AAT', 'AAC'], 'P': ['CCT', 'CCC', 'CCA', 'CCG'], 'Q': ['CAA', 'CAG'],
+    'R': ['CGT', 'CGC', 'CGA', 'CGG', 'AGA', 'AGG'], 'S': ['TCT', 'TCC', 'TCA', 'TCG', 'AGT', 'AGC'],
+    'T': ['ACT', 'ACC', 'ACA', 'ACG'], 'V': ['GTT', 'GTC', 'GTA', 'GTG'],
+    'W': ['TGG'], 'Y': ['TAT', 'TAC'], '*': ['TAA', 'TAG', 'TGA']
+}
+
 class SynonymMaskingLogitsProcessor(LogitsProcessor):
     def __init__(self, current_aa, tokenizer, aa_to_codon):
         self.current_aa = current_aa