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RENAMED
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@@ -1,66 +1,7 @@
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| 1 |
-
#
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| 2 |
-
|
| 3 |
-
|
| 4 |
-
#
|
| 5 |
-
# - 1.2 [Tarea](#3)
|
| 6 |
-
# 2. [Preparación](#4)
|
| 7 |
-
# - 2.1 [Librerías](#5)
|
| 8 |
-
# - 2.2 [Datos](#6)
|
| 9 |
-
# - 2.3 [Entendimiento de los datos](#7)
|
| 10 |
-
# 3. [Análisis Exploratorio de Datos](#8)
|
| 11 |
-
# - 3.1 [Análisis univariado](#9)
|
| 12 |
-
# - 3.2 [Análisis bivariado](#10)
|
| 13 |
-
# 4. [Preprocesamiento de los datos](#11)
|
| 14 |
-
# - 4.1 [Conclusiones del EDA](#12)
|
| 15 |
-
# - 4.2 [Librerías](#13)
|
| 16 |
-
# - 4.3 [Preparando las características para el modelo](#14)
|
| 17 |
-
# 5. [Modelado](#15)
|
| 18 |
-
# - 5.1 [Clasificadores lineales](#16)
|
| 19 |
-
# - 5.2 [Modelos de árbol](#17)
|
| 20 |
-
|
| 21 |
-
# ### 1. Introducción <a id=1></a>
|
| 22 |
-
# [Volver al inicio](#18)
|
| 23 |
-
|
| 24 |
-
# #### 1.1 Diccionario de datos <a id=2></a>
|
| 25 |
-
# `age` - Edad
|
| 26 |
-
#
|
| 27 |
-
# `sex` - Sexo del paciente
|
| 28 |
-
#
|
| 29 |
-
# `cp` - Tipo de dolor torácico ~ 0 = Angina típica, 1 = Angina atípica, 2 = Dolor no anginal, 3 = Asintomático
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| 30 |
-
#
|
| 31 |
-
# `trtbps` - Presión arterial en reposo (en mm Hg)
|
| 32 |
-
#
|
| 33 |
-
# `chol` - Colesterol en mg/dl obtenido a través del sensor de IMC
|
| 34 |
-
#
|
| 35 |
-
# `fbs` - (azúcar en sangre en ayunas > 120 mg/dl) ~ 1 = Verdadero, 0 = Falso
|
| 36 |
-
#
|
| 37 |
-
# `restecg` - Resultados electrocardiográficos en reposo ~ 0 = Normal, 1 = Normalidad de la onda ST-T, 2 = Hipertrofia ventricular izquierda
|
| 38 |
-
#
|
| 39 |
-
# `thalachh` - Ritmo cardíaco máximo alcanzado
|
| 40 |
-
#
|
| 41 |
-
# `oldpeak` - Pico anterior
|
| 42 |
-
#
|
| 43 |
-
# `slp` - Inclinación
|
| 44 |
-
#
|
| 45 |
-
# `caa` - Número de vasos principales
|
| 46 |
-
#
|
| 47 |
-
# `thall` - Resultado de la prueba de esfuerzo con talio ~ (0,3)
|
| 48 |
-
#
|
| 49 |
-
# `exng` - Angina inducida por ejercicio ~ 1 = Sí, 0 = No
|
| 50 |
-
#
|
| 51 |
-
# `output` - Variable objetivo
|
| 52 |
-
|
| 53 |
-
# #### 1.2 Tarea <a id=3></a>
|
| 54 |
-
# Realizar un análisis exploratorio de datos y predecir si una persona es propensa a sufrir un ataque al corazón o no.
|
| 55 |
-
|
| 56 |
-
# ### 2. Preparación <a id=4></a>
|
| 57 |
-
# [Volver al inicio](#18)
|
| 58 |
-
|
| 59 |
-
# #### 2.1 Librerías <a id=5></a>
|
| 60 |
-
|
| 61 |
-
# ##### 3.1.1 Histogramas de características categóricas
|
| 62 |
-
|
| 63 |
-
# In[1]:
|
| 64 |
|
| 65 |
|
| 66 |
# Importacion de librerias
|
|
@@ -74,35 +15,13 @@ import warnings
|
|
| 74 |
warnings.filterwarnings("ignore")
|
| 75 |
|
| 76 |
|
| 77 |
-
#
|
| 78 |
-
|
| 79 |
-
# In[2]:
|
| 80 |
|
| 81 |
|
| 82 |
df = pd.read_csv("heart.csv")
|
| 83 |
|
| 84 |
|
| 85 |
-
#
|
| 86 |
-
|
| 87 |
-
# ##### 2.3.1 El tamaño del dataframe
|
| 88 |
-
|
| 89 |
-
# In[3]:
|
| 90 |
-
|
| 91 |
-
|
| 92 |
-
print("El tamaño del dataframe es de: ", df.shape)
|
| 93 |
-
|
| 94 |
-
|
| 95 |
-
# ##### 2.3.2 Vista previa de las primeras 5 filas de los datos
|
| 96 |
-
|
| 97 |
-
# In[4]:
|
| 98 |
-
|
| 99 |
-
|
| 100 |
-
df.head()
|
| 101 |
-
|
| 102 |
-
|
| 103 |
-
# ##### 2.3.3 Verificar el numero de valores unicos que se encuentran en cada columna
|
| 104 |
-
|
| 105 |
-
# In[5]:
|
| 106 |
|
| 107 |
|
| 108 |
dict = {}
|
|
@@ -112,9 +31,7 @@ for i in list(df.columns):
|
|
| 112 |
pd.DataFrame(dict,index=["unique count"]).transpose()
|
| 113 |
|
| 114 |
|
| 115 |
-
#
|
| 116 |
-
|
| 117 |
-
# In[6]:
|
| 118 |
|
| 119 |
|
| 120 |
cat_cols = ['sex','exng','caa','cp','fbs','restecg','slp','thall']
|
|
@@ -125,39 +42,7 @@ print("Columnas continuas: ", con_cols)
|
|
| 125 |
print("Variable dependiente: ", target_col)
|
| 126 |
|
| 127 |
|
| 128 |
-
#
|
| 129 |
-
|
| 130 |
-
# In[7]:
|
| 131 |
-
|
| 132 |
-
|
| 133 |
-
df[con_cols].describe().transpose()
|
| 134 |
-
|
| 135 |
-
|
| 136 |
-
# ##### 2.3.6 Valores perdidos
|
| 137 |
-
|
| 138 |
-
# ### 4. Preprocesamiento de los datos <a id=11></a>
|
| 139 |
-
# [Volver al inicio](#18)
|
| 140 |
-
|
| 141 |
-
# #### 4.1 Conclusiones del EDA <a id=12></a>
|
| 142 |
-
#
|
| 143 |
-
# 1. No hay valores NaN en los datos.
|
| 144 |
-
# 2. Hay ciertos valores atípicos (outliers) en todas las variables continuas.
|
| 145 |
-
# 3. Los datos consisten en más del doble de personas con sexo = 1 que con sexo = 0.
|
| 146 |
-
# 4. No hay una correlación lineal aparente entre las variables continuas según el mapa de calor.
|
| 147 |
-
# 5. La matriz de gráficos de dispersión sugiere que puede haber alguna correlación entre output y cp, thalachh y slp.
|
| 148 |
-
# 6. Es intuitivo pensar que las personas mayores podrían tener más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco, pero según el gráfico de distribución de edad en relación a output, queda claro que este no es el caso.
|
| 149 |
-
# 7. Según el gráfico de distribución de thalachh en relación a output, las personas con mayor frecuencia cardíaca máxima alcanzada tienen más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 150 |
-
# 8. Según el gráfico de distribución de oldpeak en relación a output, las personas con un pico anterior más bajo tienen más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 151 |
-
# 9. El gráfico 3.2.4 indica lo siguiente:
|
| 152 |
-
# - Las personas con dolor de pecho no anginoso, es decir, con cp = 2, tienen más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 153 |
-
# - Las personas sin vasos principales, es decir, con caa = 0, tienen una alta probabilidad de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 154 |
-
# - Las personas con sexo = 1 tienen una mayor probabilidad de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 155 |
-
# - Las personas con thall = 2 tienen muchas más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 156 |
-
# - Las personas sin angina inducida por el ejercicio, es decir, con exng = 0, tienen más probabilidades de sufrir un ataque cardíaco.
|
| 157 |
-
|
| 158 |
-
# #### 4.2 Librerias <a id=13></a>
|
| 159 |
-
|
| 160 |
-
# In[8]:
|
| 161 |
|
| 162 |
|
| 163 |
# Escalamiento
|
|
@@ -185,12 +70,7 @@ from sklearn.model_selection import GridSearchCV
|
|
| 185 |
print('Packages imported...')
|
| 186 |
|
| 187 |
|
| 188 |
-
#
|
| 189 |
-
# #### 4.3 Preparando las características para el modelo <a id=14></a>
|
| 190 |
-
|
| 191 |
-
# ##### 4.3.1 Escalado y codificación de características
|
| 192 |
-
|
| 193 |
-
# In[9]:
|
| 194 |
|
| 195 |
|
| 196 |
# Creación de una copia del df
|
|
@@ -216,26 +96,13 @@ print("Las primeras 5 filas de X")
|
|
| 216 |
X.head()
|
| 217 |
|
| 218 |
|
| 219 |
-
#
|
| 220 |
-
|
| 221 |
-
# In[10]:
|
| 222 |
|
| 223 |
|
| 224 |
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X,y, test_size = 0.2, random_state = 42)
|
| 225 |
-
print("El tamaño de X_train es ", X_train.shape)
|
| 226 |
-
print("El tamaño de X_test es ",X_test.shape)
|
| 227 |
-
print("El tamaño de y_train es ",y_train.shape)
|
| 228 |
-
print("El tamaño de y_test es ",y_test.shape)
|
| 229 |
-
|
| 230 |
-
|
| 231 |
-
# ### 5. Modelado <a id=15></a>
|
| 232 |
-
# [Volver al inicio](#18)
|
| 233 |
|
| 234 |
-
# #### 5.1 Clasificadores lineales <a id=16></a>
|
| 235 |
|
| 236 |
-
#
|
| 237 |
-
|
| 238 |
-
# In[11]:
|
| 239 |
|
| 240 |
|
| 241 |
# Instanciamiento del objeto
|
|
@@ -254,15 +121,7 @@ y_pred = np.argmax(y_pred_proba,axis=1)
|
|
| 254 |
print("El puntaje de precisión en la prueba de Regresión Logística es ", accuracy_score(y_test, y_pred))
|
| 255 |
|
| 256 |
|
| 257 |
-
#
|
| 258 |
-
|
| 259 |
-
# In[12]:
|
| 260 |
-
|
| 261 |
-
|
| 262 |
-
get_ipython().system('pip install -q gradio')
|
| 263 |
-
|
| 264 |
-
|
| 265 |
-
# In[13]:
|
| 266 |
|
| 267 |
|
| 268 |
#Importamos gradio
|
|
@@ -272,262 +131,196 @@ import gradio as gr
|
|
| 272 |
# In[ ]:
|
| 273 |
|
| 274 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 275 |
|
| 276 |
|
|
|
|
| 277 |
|
| 278 |
-
# In[14]:
|
| 279 |
-
|
| 280 |
-
|
| 281 |
-
# Creamos la función con la que generaremos predicciones mediante el llenado de los
|
| 282 |
-
# valores de las variables
|
| 283 |
-
def diagnosticar(age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall):
|
| 284 |
-
|
| 285 |
-
paciente_info = {
|
| 286 |
-
'age' : [age],
|
| 287 |
-
'sex' : [sex],
|
| 288 |
-
'cp' : [cp],
|
| 289 |
-
'trtbps' : [trtbps],
|
| 290 |
-
'chol' : [chol],
|
| 291 |
-
'fbs' : [fbs],
|
| 292 |
-
'restecg' : [restecg],
|
| 293 |
-
'thalachh' : [thalachh],
|
| 294 |
-
'exng' : [exng],
|
| 295 |
-
'oldpeak' : [oldpeak],
|
| 296 |
-
'slp' : [slp],
|
| 297 |
-
'caa' : [caa],
|
| 298 |
-
'thall' : [thall]
|
| 299 |
-
}
|
| 300 |
-
|
| 301 |
-
paciente = pd.DataFrame(paciente_info)
|
| 302 |
-
|
| 303 |
-
# Codificando las columnas categoricas
|
| 304 |
-
paciente_dummy = pd.get_dummies(paciente, columns = cat_cols, drop_first = True)
|
| 305 |
-
|
| 306 |
-
# Definiendo los atributos independientes y el atributo dependiente
|
| 307 |
-
all_cols = set(X_train.columns)
|
| 308 |
-
|
| 309 |
-
missing_cols = all_cols - set(paciente_dummy.columns)
|
| 310 |
-
for col in missing_cols:
|
| 311 |
-
paciente_dummy[col] = 0
|
| 312 |
-
|
| 313 |
-
paciente_dummy = paciente_dummy[X_train.columns]
|
| 314 |
-
|
| 315 |
-
paciente[con_cols] = scaler.transform(paciente[con_cols])
|
| 316 |
-
|
| 317 |
-
|
| 318 |
-
# Haciendo predicciones en nuevos datos
|
| 319 |
-
prediccion = logreg.predict(paciente_dummy)
|
| 320 |
-
|
| 321 |
-
#crear graficas para comparar el paciente con la media o el resto del dataset
|
| 322 |
-
|
| 323 |
-
if prediccion == 0:
|
| 324 |
-
return "No se presenta riesgo de un infarto"
|
| 325 |
-
else:
|
| 326 |
-
return "Existe riesgo de infarto\nPor favor visite a un medico"
|
| 327 |
-
|
| 328 |
-
|
| 329 |
-
|
| 330 |
-
|
| 331 |
-
|
| 332 |
-
|
| 333 |
-
|
| 334 |
-
# ### Creamos la lista de campos de entrada para la interface
|
| 335 |
-
|
| 336 |
-
# In[15]:
|
| 337 |
|
|
|
|
|
|
|
| 338 |
|
| 339 |
-
# Lista de entradas de datos
|
| 340 |
-
inputs_list =[
|
| 341 |
-
gr.Textbox(label="Edad",placeholder="Ingrese su edad en años."),
|
| 342 |
|
| 343 |
-
|
| 344 |
-
choices=["0","1"],
|
| 345 |
-
info="Mujer (0)\nHombre (1)",
|
| 346 |
-
placeholder="Seleccione la opción correspondiente."),
|
| 347 |
|
| 348 |
-
gr.Dropdown(label="Tipo de dolor toracico",
|
| 349 |
-
info="0 = Angina típica\n1 = Angina atípica\n2 = Dolor no anginal\n3 = Asintomático",
|
| 350 |
-
choices=["0","1","2","3"],
|
| 351 |
-
placeholder="Seleccione la opción correspondiente."),
|
| 352 |
|
| 353 |
-
|
| 354 |
-
|
| 355 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 356 |
|
| 357 |
-
|
| 358 |
-
|
| 359 |
-
placeholder="Ingrese su nivel de colesterol."),
|
| 360 |
|
| 361 |
-
|
| 362 |
-
|
| 363 |
-
|
| 364 |
-
|
|
|
|
|
|
|
| 365 |
|
| 366 |
-
|
| 367 |
-
|
| 368 |
-
info="0 = Normal\n1 = Normalidad de la onda ST-T\n2 = Hipertrofia ventricular izquierda",
|
| 369 |
-
placeholder="Seleccione la opción correspondiente."),
|
| 370 |
|
| 371 |
-
|
| 372 |
-
|
| 373 |
|
| 374 |
-
|
| 375 |
-
|
| 376 |
-
|
| 377 |
-
placeholder="Seleccione la opción correspondiente."),
|
| 378 |
|
| 379 |
-
|
| 380 |
-
|
| 381 |
-
|
| 382 |
|
| 383 |
-
|
| 384 |
-
|
| 385 |
-
info="-- Valor 1: ascendente\n-- Valor 2: horizontal\n-- Valor 3: descendente",
|
| 386 |
-
placeholder="Ingrese el valor en el pico del ejercicio."),
|
| 387 |
|
| 388 |
-
|
| 389 |
-
|
| 390 |
-
choices=["0","1","2","3"],
|
| 391 |
-
placeholder="Seleccione la opción correspondiente."),
|
| 392 |
|
| 393 |
-
|
| 394 |
-
|
| 395 |
-
|
| 396 |
-
|
|
|
|
| 397 |
|
|
|
|
| 398 |
|
| 399 |
-
# ### Creación de block, en vez de interface
|
| 400 |
|
| 401 |
-
# In[
|
| 402 |
|
| 403 |
|
| 404 |
-
#import gradio as gr
|
| 405 |
# Creamos la función con la que generaremos predicciones mediante el llenado de los
|
| 406 |
-
# valores de las variables
|
| 407 |
def diagnosticar(age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall):
|
| 408 |
-
|
| 409 |
-
|
| 410 |
-
|
| 411 |
-
|
| 412 |
-
|
| 413 |
-
|
| 414 |
-
|
| 415 |
-
|
| 416 |
-
|
| 417 |
-
|
| 418 |
-
|
| 419 |
-
|
| 420 |
-
|
| 421 |
-
|
| 422 |
-
|
| 423 |
-
|
| 424 |
-
|
| 425 |
-
|
| 426 |
-
|
| 427 |
-
# Codificando las columnas categoricas
|
| 428 |
-
paciente_dummy = pd.get_dummies(paciente, columns = cat_cols, drop_first = True)
|
| 429 |
-
|
| 430 |
-
# Definiendo los atributos independientes y el atributo dependiente
|
| 431 |
-
all_cols = set(X_train.columns)
|
| 432 |
-
|
| 433 |
-
missing_cols = all_cols - set(paciente_dummy.columns)
|
| 434 |
-
for col in missing_cols:
|
| 435 |
-
paciente_dummy[col] = 0
|
| 436 |
-
|
| 437 |
-
paciente_dummy = paciente_dummy[X_train.columns]
|
| 438 |
-
|
| 439 |
-
paciente[con_cols] = scaler.transform(paciente[con_cols])
|
| 440 |
-
|
| 441 |
-
|
| 442 |
-
# Haciendo predicciones en nuevos datos
|
| 443 |
-
prediccion = logreg.predict(paciente_dummy)
|
| 444 |
-
|
| 445 |
-
#crear graficas para comparar el paciente con la media o el resto del dataset
|
| 446 |
-
#
|
| 447 |
-
#
|
| 448 |
-
#
|
| 449 |
-
|
| 450 |
-
|
| 451 |
-
if prediccion == 0:
|
| 452 |
-
return "No se presenta riesgo de un infarto"
|
| 453 |
else:
|
| 454 |
-
|
| 455 |
-
|
| 456 |
-
|
| 457 |
-
|
| 458 |
-
|
| 459 |
-
|
| 460 |
-
|
| 461 |
-
|
| 462 |
-
|
| 463 |
-
|
| 464 |
-
|
| 465 |
-
|
| 466 |
-
|
| 467 |
-
|
| 468 |
-
|
| 469 |
-
|
| 470 |
-
|
| 471 |
-
|
| 472 |
-
|
| 473 |
-
|
| 474 |
-
|
| 475 |
-
|
| 476 |
-
|
| 477 |
-
|
| 478 |
-
|
| 479 |
-
|
| 480 |
-
|
| 481 |
-
|
| 482 |
-
|
| 483 |
-
|
| 484 |
-
|
| 485 |
-
|
| 486 |
-
|
| 487 |
-
|
| 488 |
-
|
| 489 |
-
|
| 490 |
-
|
| 491 |
-
|
| 492 |
-
|
| 493 |
-
|
| 494 |
-
|
| 495 |
-
|
| 496 |
-
|
| 497 |
-
|
| 498 |
-
|
| 499 |
-
|
| 500 |
-
|
| 501 |
-
|
| 502 |
-
|
| 503 |
-
|
| 504 |
-
|
| 505 |
-
|
| 506 |
-
|
| 507 |
-
|
| 508 |
-
|
| 509 |
-
|
| 510 |
-
|
| 511 |
-
|
| 512 |
-
|
| 513 |
-
|
| 514 |
-
|
| 515 |
-
|
| 516 |
-
|
| 517 |
-
|
| 518 |
-
|
| 519 |
-
checkbox_background_color='*neutral_200',
|
| 520 |
-
checkbox_background_color_dark='*neutral_950',
|
| 521 |
-
checkbox_background_color_focus_dark='*neutral_800',
|
| 522 |
-
checkbox_border_color='*neutral_300',
|
| 523 |
-
checkbox_border_color_dark='*neutral_800')
|
| 524 |
|
| 525 |
|
| 526 |
-
# In[
|
| 527 |
|
| 528 |
|
| 529 |
# Creación de block
|
| 530 |
-
with gr.Blocks(title="Predicción de riesgo de un IAM", theme =
|
| 531 |
gr.Markdown(
|
| 532 |
"""
|
| 533 |
# Predicción de riesgo de un IAM
|
|
@@ -595,10 +388,12 @@ with gr.Blocks(title="Predicción de riesgo de un IAM", theme = theme) as modelo
|
|
| 595 |
prediction_btn = gr.Button(value = "Generar")
|
| 596 |
with gr.Row():
|
| 597 |
prediction = gr.Textbox(label=("Resultado"))
|
|
|
|
|
|
|
| 598 |
|
| 599 |
prediction_btn.click(diagnosticar,
|
| 600 |
inputs = [age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall],
|
| 601 |
-
outputs = prediction,
|
| 602 |
api_name = "prediccion-riesgo-iam")
|
| 603 |
examples = gr.Examples(label="Ejemplos", examples=[
|
| 604 |
[64, 1, 0, 120, 246, 0, 0, 96, 1, 2.2, 0, 1, 2], # riesgo inexistente
|
|
@@ -608,85 +403,8 @@ with gr.Blocks(title="Predicción de riesgo de un IAM", theme = theme) as modelo
|
|
| 608 |
], inputs=[age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall])
|
| 609 |
|
| 610 |
|
| 611 |
-
# In[20]:
|
| 612 |
-
|
| 613 |
-
|
| 614 |
-
#modelo.theme = custom_theme
|
| 615 |
-
|
| 616 |
-
|
| 617 |
-
# In[21]:
|
| 618 |
-
|
| 619 |
-
|
| 620 |
-
modelo.launch(share = True, debug=True)
|
| 621 |
-
|
| 622 |
-
|
| 623 |
-
# ### Uso de interfaz y no de block
|
| 624 |
-
|
| 625 |
-
# In[ ]:
|
| 626 |
-
|
| 627 |
-
|
| 628 |
-
# creamos la instancia de la interfaz
|
| 629 |
-
iface = gr.Interface(fn = diagnosticar, inputs = inputs_list, outputs=["text"], examples=[
|
| 630 |
-
[64, 1, 0, 120, 246, 0, 0, 96, 1, 2.2, 0, 1, 2], # riesgo inexistente
|
| 631 |
-
[43,0,0,132,341,1,0,136,1,3,1,0,3,0], # riesgo inexistente
|
| 632 |
-
[50,0,2,120,219,0,1,158,0,1.6,1,0,2,1], # hay riesgo
|
| 633 |
-
[37,1,2,130,250,0,1,187,0,3.5,0,0,2],# hay riesgo
|
| 634 |
-
],
|
| 635 |
-
theme=gr.themes.Soft(),
|
| 636 |
-
description="Modelo de Regresión Lineal para identificar la existencia de riesgo de un ataque al corazón (IAM)"
|
| 637 |
-
)
|
| 638 |
-
|
| 639 |
-
|
| 640 |
-
# In[ ]:
|
| 641 |
-
|
| 642 |
-
|
| 643 |
-
# inicializamos la interfaz
|
| 644 |
-
iface.launch(share=True, debug=True)
|
| 645 |
-
|
| 646 |
-
|
| 647 |
-
# ## Codigo para predicciones individuales
|
| 648 |
-
|
| 649 |
# In[ ]:
|
| 650 |
|
| 651 |
|
| 652 |
-
|
| 653 |
-
paciente_info = {
|
| 654 |
-
'age' : [64],
|
| 655 |
-
'sex' : [1],
|
| 656 |
-
'cp' : [0],
|
| 657 |
-
'trtbps' : [120],
|
| 658 |
-
'chol' : [246],
|
| 659 |
-
'fbs' : [0],
|
| 660 |
-
'restecg' : [0],
|
| 661 |
-
'thalachh' : [96],
|
| 662 |
-
'exng' : [1],
|
| 663 |
-
'oldpeak' : [2.2],
|
| 664 |
-
'slp' : [0],
|
| 665 |
-
'caa' : [1],
|
| 666 |
-
'thall' : [2],
|
| 667 |
-
}
|
| 668 |
-
|
| 669 |
-
paciente = pd.DataFrame(paciente_info)
|
| 670 |
-
|
| 671 |
-
# Codificando las columnas categoricas
|
| 672 |
-
paciente_dummy = pd.get_dummies(paciente, columns = cat_cols, drop_first = True)
|
| 673 |
-
|
| 674 |
-
# Definiendo los atributos independientes y el atributo dependiente
|
| 675 |
-
all_cols = set(X_train.columns)
|
| 676 |
-
|
| 677 |
-
missing_cols = all_cols - set(paciente_dummy.columns)
|
| 678 |
-
for col in missing_cols:
|
| 679 |
-
paciente_dummy[col] = 0
|
| 680 |
-
|
| 681 |
-
paciente_dummy = paciente_dummy[X_train.columns]
|
| 682 |
-
|
| 683 |
-
paciente[con_cols] = scaler.transform(paciente[con_cols])
|
| 684 |
-
|
| 685 |
-
|
| 686 |
-
# Haciendo predicciones en nuevos datos
|
| 687 |
-
y_new_pred = logreg.predict(paciente_dummy)
|
| 688 |
-
if y_new_pred == 0:
|
| 689 |
-
print("No se presenta riesgo de un infarto")
|
| 690 |
-
else:
|
| 691 |
-
print("Existe riesgo de infarto\nPor favor visite a un medico")
|
| 692 |
|
|
|
|
| 1 |
+
#!/usr/bin/env python
|
| 2 |
+
# coding: utf-8
|
| 3 |
+
|
| 4 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 5 |
|
| 6 |
|
| 7 |
# Importacion de librerias
|
|
|
|
| 15 |
warnings.filterwarnings("ignore")
|
| 16 |
|
| 17 |
|
| 18 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
| 19 |
|
| 20 |
|
| 21 |
df = pd.read_csv("heart.csv")
|
| 22 |
|
| 23 |
|
| 24 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
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|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 25 |
|
| 26 |
|
| 27 |
dict = {}
|
|
|
|
| 31 |
pd.DataFrame(dict,index=["unique count"]).transpose()
|
| 32 |
|
| 33 |
|
| 34 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
| 35 |
|
| 36 |
|
| 37 |
cat_cols = ['sex','exng','caa','cp','fbs','restecg','slp','thall']
|
|
|
|
| 42 |
print("Variable dependiente: ", target_col)
|
| 43 |
|
| 44 |
|
| 45 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 46 |
|
| 47 |
|
| 48 |
# Escalamiento
|
|
|
|
| 70 |
print('Packages imported...')
|
| 71 |
|
| 72 |
|
| 73 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 74 |
|
| 75 |
|
| 76 |
# Creación de una copia del df
|
|
|
|
| 96 |
X.head()
|
| 97 |
|
| 98 |
|
| 99 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
| 100 |
|
| 101 |
|
| 102 |
X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X,y, test_size = 0.2, random_state = 42)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 103 |
|
|
|
|
| 104 |
|
| 105 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
| 106 |
|
| 107 |
|
| 108 |
# Instanciamiento del objeto
|
|
|
|
| 121 |
print("El puntaje de precisión en la prueba de Regresión Logística es ", accuracy_score(y_test, y_pred))
|
| 122 |
|
| 123 |
|
| 124 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 125 |
|
| 126 |
|
| 127 |
#Importamos gradio
|
|
|
|
| 131 |
# In[ ]:
|
| 132 |
|
| 133 |
|
| 134 |
+
# creación de tema personalizado
|
| 135 |
+
custom_theme = gr.themes.Soft(
|
| 136 |
+
primary_hue="emerald",
|
| 137 |
+
secondary_hue="teal",
|
| 138 |
+
neutral_hue="stone",
|
| 139 |
+
text_size="lg",
|
| 140 |
+
spacing_size="sm",
|
| 141 |
+
radius_size="lg"
|
| 142 |
+
).set(
|
| 143 |
+
body_background_fill='stat_background_fill',
|
| 144 |
+
body_background_fill_dark='neutral_800',
|
| 145 |
+
body_text_color_subdued='primary_100',
|
| 146 |
+
body_text_weight='500',
|
| 147 |
+
background_fill_primary_dark='neutral_700',
|
| 148 |
+
background_fill_secondary_dark='background_fill_neutral',
|
| 149 |
+
border_color_accent='primary_600',
|
| 150 |
+
border_color_accent_dark='neutral_950',
|
| 151 |
+
color_accent='neutral_800',
|
| 152 |
+
color_accent_soft_dark='body_text_color_subdued',
|
| 153 |
+
link_text_color='neutral_800',
|
| 154 |
+
link_text_color_dark='border_color_primary',
|
| 155 |
+
prose_text_weight='500',
|
| 156 |
+
prose_header_text_weight='400',
|
| 157 |
+
block_background_fill='neutral_700',
|
| 158 |
+
block_border_color_dark='neutral_950',
|
| 159 |
+
block_border_width_dark='1 px',
|
| 160 |
+
block_info_text_size='text_md',
|
| 161 |
+
block_label_background_fill_dark='primary_800',
|
| 162 |
+
checkbox_background_color='neutral_200',
|
| 163 |
+
checkbox_background_color_dark='neutral_950',
|
| 164 |
+
checkbox_background_color_focus_dark='neutral_800',
|
| 165 |
+
checkbox_border_color='neutral_300',
|
| 166 |
+
checkbox_border_color_dark='neutral_800'
|
| 167 |
+
)
|
| 168 |
|
| 169 |
|
| 170 |
+
# In[ ]:
|
| 171 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 172 |
|
| 173 |
+
# Crear archivos temporales para guardar el grafico en una imagen
|
| 174 |
+
import tempfile
|
| 175 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 176 |
|
| 177 |
+
# In[ ]:
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 178 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 179 |
|
| 180 |
+
def crear_grafico(datos_paciente):
|
| 181 |
+
features_mean_df= pd.DataFrame([df.mean(axis = 0)])
|
| 182 |
+
features_mean_df = features_mean_df.drop(['output'], axis = 1)
|
| 183 |
+
|
| 184 |
+
# Valores para X y Y para la media
|
| 185 |
+
x_plot = features_mean_df.columns.values # Nombre columnas
|
| 186 |
+
y_plot_means = features_mean_df.iloc[0].values # Medias
|
| 187 |
|
| 188 |
+
# Valores para X y Y para los datos ingresados del paciente
|
| 189 |
+
y_plot_paciente = pd.DataFrame(datos_paciente).iloc[0].values
|
|
|
|
| 190 |
|
| 191 |
+
# Crear el gráfico de barras para la media del dataset
|
| 192 |
+
fig, ax = plt.subplots()
|
| 193 |
+
width = 0.35 # the width of the bars
|
| 194 |
+
ind = np.arange(len(y_plot_means)) # the x locations for the groups
|
| 195 |
+
# Gráfico de barras para la media
|
| 196 |
+
ax.barh(ind, y_plot_means, width, color="darkseagreen", label='Media')
|
| 197 |
|
| 198 |
+
# Gráfico de barras para los datos del paciente
|
| 199 |
+
ax.barh(ind + width, y_plot_paciente.astype(float), width, color="skyblue")
|
|
|
|
|
|
|
| 200 |
|
| 201 |
+
ax.set_yticks(ind+width/2)
|
| 202 |
+
ax.set_yticklabels(x_plot, minor=False)
|
| 203 |
|
| 204 |
+
plt.title('Valor promedio de cada atributo')
|
| 205 |
+
plt.xlabel('Media')
|
| 206 |
+
plt.ylabel('Atributo')
|
|
|
|
| 207 |
|
| 208 |
+
plt.legend()
|
| 209 |
+
fig.set_facecolor("mediumaquamarine")
|
| 210 |
+
ax.set_facecolor("mintcream")
|
| 211 |
|
| 212 |
+
# for i, v in enumerate(y_plot_paciente):
|
| 213 |
+
# ax.text(v + 4, i + width + .33, str(round(v, 2)), color='steelblue', fontweight='bold')
|
|
|
|
|
|
|
| 214 |
|
| 215 |
+
for i, v in enumerate(y_plot_means):
|
| 216 |
+
ax.text(v + 4, i + .25, str(round(v, 2)), color='forestgreen', fontweight='bold')
|
|
|
|
|
|
|
| 217 |
|
| 218 |
+
# Guardar la figura en un archivo temporal
|
| 219 |
+
with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".png", delete=False) as temp_file:
|
| 220 |
+
fig.savefig(temp_file, format='png')
|
| 221 |
+
temp_file.close()
|
| 222 |
+
temp_filename = temp_file.name
|
| 223 |
|
| 224 |
+
return temp_filename
|
| 225 |
|
|
|
|
| 226 |
|
| 227 |
+
# In[ ]:
|
| 228 |
|
| 229 |
|
|
|
|
| 230 |
# Creamos la función con la que generaremos predicciones mediante el llenado de los
|
| 231 |
+
# valores de las variables y validaremos los valores que contienen los campos
|
| 232 |
def diagnosticar(age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall):
|
| 233 |
+
# ---código para validación de campos---
|
| 234 |
+
# Creamos una lista donde se almacenarán los nombres de todos los campo de la UI
|
| 235 |
+
nombres_campos = ['Edad', 'Sexo', 'Tipo de dolor toracico',
|
| 236 |
+
'Presión arterial en reposo', 'Colesterol',
|
| 237 |
+
'Azúcar en sangre en ayunas',
|
| 238 |
+
'Resultados electrocardiográficos en reposo',
|
| 239 |
+
'Ritmo cardíaco máximo alcanzado',
|
| 240 |
+
'Angina inducida por ejercicio',
|
| 241 |
+
'Depresión ST(Old Peak)', 'Pendiente del segmento ST',
|
| 242 |
+
'Número de vasos principales',
|
| 243 |
+
'Resultado de la prueba de esfuerzo con talio']
|
| 244 |
+
|
| 245 |
+
# creamos una lista donde se almacenan los valores de los campos
|
| 246 |
+
inputs = [age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall]
|
| 247 |
+
|
| 248 |
+
if all(var is not None and (var!= "" )and (var!= '') for var in inputs):
|
| 249 |
+
# verdadero si todas las variables tienen valores distintos a nulo
|
| 250 |
+
not_nulls = True;
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
| 251 |
else:
|
| 252 |
+
# falso si alguna de las variables tiene un valor nulo
|
| 253 |
+
not_nulls = False
|
| 254 |
+
# creamos una lista la cual contendra una tupla, donde se tendrá el nombre del campo y su valor nulo
|
| 255 |
+
campos_con_nulos = [nombres_campos[i] for i in range(len(inputs)) if (inputs[i] == "") or (inputs[i] == '') or (inputs[i] is None)]
|
| 256 |
+
# Dependiendo de la cantidad de campos vacíos mostraremos su error correspondiente
|
| 257 |
+
if len(campos_con_nulos) == 1:
|
| 258 |
+
raise gr.Error(message = f"Falta el campo: {campos_con_nulos} por llenar!")
|
| 259 |
+
else:
|
| 260 |
+
# creamos una cadena a partir de la lista campos_con_nulos
|
| 261 |
+
# juntaremos todos los registros en una sola cadena y separaremos el nombre
|
| 262 |
+
# de cada campo con una coma, seguido de un espacio y antes de que se
|
| 263 |
+
# muestre el nombre del campo se escribe una viñeta, esto para facilitarle
|
| 264 |
+
# al usuario la identificación de los campos vacíos
|
| 265 |
+
campos_faltantes = ', •'.join([campo for campo in campos_con_nulos])
|
| 266 |
+
raise gr.Error(message = f"¡Faltan por llenar {len(campos_con_nulos)} campos!: •{campos_faltantes}")
|
| 267 |
+
|
| 268 |
+
#---código para generar las predicciones---
|
| 269 |
+
if(not_nulls):
|
| 270 |
+
paciente_info = {
|
| 271 |
+
'age' : [age],
|
| 272 |
+
'sex' : [sex],
|
| 273 |
+
'cp' : [cp],
|
| 274 |
+
'trtbps' : [trtbps],
|
| 275 |
+
'chol' : [chol],
|
| 276 |
+
'fbs' : [fbs],
|
| 277 |
+
'restecg' : [restecg],
|
| 278 |
+
'thalachh' : [thalachh],
|
| 279 |
+
'exng' : [exng],
|
| 280 |
+
'oldpeak' : [oldpeak],
|
| 281 |
+
'slp' : [slp],
|
| 282 |
+
'caa' : [caa],
|
| 283 |
+
'thall' : [thall]
|
| 284 |
+
}
|
| 285 |
+
# creacion de DF para almacenar la información del paciente o usuario que
|
| 286 |
+
# quiera generar una predicción
|
| 287 |
+
paciente = pd.DataFrame(paciente_info)
|
| 288 |
+
|
| 289 |
+
#crear graficas para comparar el paciente con la media o el resto del dataset
|
| 290 |
+
graph = crear_grafico(paciente)
|
| 291 |
+
|
| 292 |
+
# Codificando las columnas categoricas
|
| 293 |
+
paciente_dummy = pd.get_dummies(paciente, columns = cat_cols, drop_first = True)
|
| 294 |
+
|
| 295 |
+
# Definiendo los atributos independientes y el atributo dependiente
|
| 296 |
+
all_cols = set(X_train.columns)
|
| 297 |
+
|
| 298 |
+
missing_cols = all_cols - set(paciente_dummy.columns)
|
| 299 |
+
for col in missing_cols:
|
| 300 |
+
paciente_dummy[col] = 0
|
| 301 |
+
|
| 302 |
+
paciente_dummy = paciente_dummy[X_train.columns]
|
| 303 |
+
|
| 304 |
+
paciente[con_cols] = scaler.transform(paciente[con_cols])
|
| 305 |
+
|
| 306 |
+
# Haciendo predicciones en nuevos datos
|
| 307 |
+
prediccion = logreg.predict(paciente_dummy)
|
| 308 |
+
|
| 309 |
+
|
| 310 |
+
if prediccion == 0:
|
| 311 |
+
return ("No se presenta riesgo de un infarto", graph)
|
| 312 |
+
else:
|
| 313 |
+
return ("Existe riesgo de infarto\nPor favor visite a un medico", graph)
|
| 314 |
+
else:
|
| 315 |
+
raise gr.Error("¡ERROR CRÍTICO.- Consulte a los desarrolladores.")
|
| 316 |
+
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
| 317 |
|
| 318 |
|
| 319 |
+
# In[ ]:
|
| 320 |
|
| 321 |
|
| 322 |
# Creación de block
|
| 323 |
+
with gr.Blocks(title="Predicción de riesgo de un IAM", theme = custom_theme) as modelo:
|
| 324 |
gr.Markdown(
|
| 325 |
"""
|
| 326 |
# Predicción de riesgo de un IAM
|
|
|
|
| 388 |
prediction_btn = gr.Button(value = "Generar")
|
| 389 |
with gr.Row():
|
| 390 |
prediction = gr.Textbox(label=("Resultado"))
|
| 391 |
+
with gr.Row():
|
| 392 |
+
graphGR = gr.Image(label=("Grafica"))
|
| 393 |
|
| 394 |
prediction_btn.click(diagnosticar,
|
| 395 |
inputs = [age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall],
|
| 396 |
+
outputs = [prediction, graphGR],
|
| 397 |
api_name = "prediccion-riesgo-iam")
|
| 398 |
examples = gr.Examples(label="Ejemplos", examples=[
|
| 399 |
[64, 1, 0, 120, 246, 0, 0, 96, 1, 2.2, 0, 1, 2], # riesgo inexistente
|
|
|
|
| 403 |
], inputs=[age,sex,cp,trtbps,chol,fbs,restecg,thalachh,exng,oldpeak,slp,caa,thall])
|
| 404 |
|
| 405 |
|
|
|
|
|
|
|
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| 406 |
# In[ ]:
|
| 407 |
|
| 408 |
|
| 409 |
+
modelo.launch(share = True, debug=True)
|
|
|
|
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| 410 |
|
requirements.txt
ADDED
|
@@ -0,0 +1,5 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 1 |
+
scikit-learn
|
| 2 |
+
pandas
|
| 3 |
+
numpy
|
| 4 |
+
matplotlib
|
| 5 |
+
torch
|