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app.py CHANGED
@@ -370,9 +370,9 @@ def generate_bsv_attestation(variant_id: str, classification: str, confidence: f
370
  β•‘ β•‘
371
  β•‘ ───────────────────────────────────────────────────────── β•‘
372
  β•‘ β•‘
373
- β•‘ Variant: {variant_id:<40} β•‘
374
- β•‘ Classification: {classification:<40} β•‘
375
- β•‘ Confidence: {confidence:.1%:<40} β•‘
376
  β•‘ β•‘
377
  β•‘ ───────────────────────────────────────────────────────── β•‘
378
  β•‘ β•‘
@@ -584,7 +584,7 @@ def run_neoloop_analysis(example_key: str) -> str:
584
  ## Oncogene Activation
585
 
586
  ### Activated Oncogene
587
- # {example['oncogene']}
588
 
589
  ### Hijacked Enhancer
590
  **{example['hijacked_enhancer']}**
@@ -601,7 +601,7 @@ def run_neoloop_analysis(example_key: str) -> str:
601
  β”‚ NEO-LOOP FORMATION β”‚
602
  β”œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€
603
  β”‚ β”‚
604
- β”‚ BEFORE {example['sv_type']:<47} β”‚
605
  β”‚ β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”‚
606
  β”‚ β”‚ Enhancer │─ ─ X ─ ─│ Oncogene β”‚ β”‚
607
  β”‚ β”‚ Domain A β”‚ β”‚ Domain B β”‚ β”‚
@@ -609,15 +609,15 @@ def run_neoloop_analysis(example_key: str) -> str:
609
  β”‚ ↓ β”‚
610
  β”‚ Normal Target β”‚
611
  β”‚ β”‚
612
- β”‚ AFTER {example['sv_type']:<48} β”‚
613
  β”‚ β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”‚
614
  β”‚ β”‚ Enhancer ══════════ Oncogene β”‚ β”‚
615
  β”‚ β”‚ ↓ NEO-LOOP ↓ β”‚ β”‚
616
  β”‚ β”‚ ABERRANT ACTIVATION β”‚ β”‚
617
  β”‚ β””β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”˜ β”‚
618
  β”‚ β”‚
619
- β”‚ Loop Strength: {example['loop_strength']:.2f} β”‚
620
- β”‚ Priority: {example['clinical_priority']:<50} β”‚
621
  β”‚ β”‚
622
  β””β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”˜
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+ β•‘ Variant: {variant_id}
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+ β•‘ Confidence: {confidence:.1%}
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  ## Oncogene Activation
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  ### Activated Oncogene
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+ **{example['oncogene']}**
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  ### Hijacked Enhancer
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  **{example['hijacked_enhancer']}**
 
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  β”‚ NEO-LOOP FORMATION β”‚
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  β”œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€
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+ β”‚ BEFORE: {example['sv_type']}
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  β”‚ β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”‚
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  β”‚ β”‚ Enhancer │─ ─ X ─ ─│ Oncogene β”‚ β”‚
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  β”‚ β”‚ Domain A β”‚ β”‚ Domain B β”‚ β”‚
 
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  β”‚ ↓ β”‚
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  β”‚ Normal Target β”‚
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+ β”‚ AFTER: {example['sv_type']}
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  β”‚ β”Œβ”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β” β”‚
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  β”‚ β”‚ Enhancer ══════════ Oncogene β”‚ β”‚
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  β”‚ β”‚ ↓ NEO-LOOP ↓ β”‚ β”‚
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  β”‚ β”‚ ABERRANT ACTIVATION β”‚ β”‚
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  β”‚ β””β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”€β”˜ β”‚
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+ β”‚ Loop Strength: {example['loop_strength']:.2f}
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