Spaces:
Sleeping
Sleeping
fix models
Browse files- README.md +141 -160
- app.py +173 -322
- requirements.txt +2 -1
README.md
CHANGED
|
@@ -8,189 +8,170 @@ pinned: false
|
|
| 8 |
license: mit
|
| 9 |
---
|
| 10 |
|
| 11 |
-
# MedWin
|
| 12 |
-
|
| 13 |
-
Une API intelligente pour l'analyse de rapports médicaux utilisant 3 modèles de Machine Learning spécialisés.
|
| 14 |
-
|
| 15 |
-
## 🚀 Fonctionnalités
|
| 16 |
-
|
| 17 |
-
### 📊 **Modèle 1: HendSta/analyse_medicale**
|
| 18 |
-
- **Fonction**: Prédiction de paramètres médicaux
|
| 19 |
-
- **Endpoint**: `/predict`
|
| 20 |
-
- **Utilisation**: Analyse et classification des paramètres biologiques
|
| 21 |
-
|
| 22 |
-
### ⚠️ **Modèle 2: HendSta/analyse_row**
|
| 23 |
-
- **Fonction**: Analyse de risque
|
| 24 |
-
- **Endpoint**: `/analyze-risk`
|
| 25 |
-
- **Utilisation**: Évaluation du niveau de risque des anomalies biologiques
|
| 26 |
-
|
| 27 |
-
### 🧠 **Modèle 3: HendSta/biomistral-finetuned-fullv3**
|
| 28 |
-
- **Fonction**: Prédiction de maladies
|
| 29 |
-
- **Endpoint**: `/predict-disease`
|
| 30 |
-
- **Utilisation**: Diagnostic basé sur les paramètres anormaux
|
| 31 |
-
|
| 32 |
-
## 📋 Endpoints API
|
| 33 |
-
|
| 34 |
-
### 1. **GET /** - Informations générales
|
| 35 |
-
```bash
|
| 36 |
-
curl https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer
|
| 37 |
-
```
|
| 38 |
-
|
| 39 |
-
### 2. **POST /predict** - Prédiction de paramètres
|
| 40 |
-
```bash
|
| 41 |
-
curl -X POST "https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer/predict" \
|
| 42 |
-
-H "Content-Type: application/json" \
|
| 43 |
-
-d '{
|
| 44 |
-
"CodeParametre": "gly",
|
| 45 |
-
"ValeurActuelle": 6.2,
|
| 46 |
-
"Unite": "mmol/L",
|
| 47 |
-
"ValeursUsuelles": "3.9-6.1",
|
| 48 |
-
"ValeurUsuelleMin": 3.9,
|
| 49 |
-
"ValeurUsuelleMax": 6.1
|
| 50 |
-
}'
|
| 51 |
-
```
|
| 52 |
-
|
| 53 |
-
### 3. **POST /upload-pdf** - Analyse de fichiers PDF/XML
|
| 54 |
-
```bash
|
| 55 |
-
curl -X POST "https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer/upload-pdf" \
|
| 56 |
-
-F "file=@rapport_medical.pdf"
|
| 57 |
-
```
|
| 58 |
-
|
| 59 |
-
### 4. **POST /analyze-risk** - Analyse de risque
|
| 60 |
-
```bash
|
| 61 |
-
curl -X POST "https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer/analyze-risk" \
|
| 62 |
-
-H "Content-Type: application/json" \
|
| 63 |
-
-d '{
|
| 64 |
-
"CodeParametre": "gly",
|
| 65 |
-
"ValeurActuelle": 6.2,
|
| 66 |
-
"Unite": "mmol/L",
|
| 67 |
-
"ValeursUsuelles": "3.9-6.1",
|
| 68 |
-
"ValeurUsuelleMin": 3.9,
|
| 69 |
-
"ValeurUsuelleMax": 6.1,
|
| 70 |
-
"CodParametre": "GLY"
|
| 71 |
-
}'
|
| 72 |
-
```
|
| 73 |
-
|
| 74 |
-
### 5. **POST /predict-disease** - Prédiction de maladies
|
| 75 |
-
```bash
|
| 76 |
-
curl -X POST "https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer/predict-disease" \
|
| 77 |
-
-H "Content-Type: application/json" \
|
| 78 |
-
-d '{
|
| 79 |
-
"risk_results": [
|
| 80 |
-
{
|
| 81 |
-
"statut_risque": "ÉLEVÉ",
|
| 82 |
-
"degre_risque": "Modéré"
|
| 83 |
-
}
|
| 84 |
-
],
|
| 85 |
-
"analysis_result": [
|
| 86 |
-
{
|
| 87 |
-
"LibParametre": "Glycémie",
|
| 88 |
-
"ValeurActuelle": 6.2,
|
| 89 |
-
"Unite": "mmol/L",
|
| 90 |
-
"ValeursUsuelles": "3.9-6.1"
|
| 91 |
-
}
|
| 92 |
-
]
|
| 93 |
-
}'
|
| 94 |
-
```
|
| 95 |
-
|
| 96 |
-
## 🔧 Technologies utilisées
|
| 97 |
-
|
| 98 |
-
- **FastAPI**: Framework web moderne et rapide
|
| 99 |
-
- **Transformers**: Modèles de langage Hugging Face
|
| 100 |
-
- **PyTorch**: Deep Learning
|
| 101 |
-
- **Pandas**: Manipulation de données
|
| 102 |
-
- **Scikit-learn**: Machine Learning
|
| 103 |
-
- **PDFPlumber**: Extraction de texte PDF
|
| 104 |
-
- **Joblib**: Sauvegarde/chargement de modèles
|
| 105 |
-
|
| 106 |
-
## 📁 Structure du projet
|
| 107 |
|
| 108 |
-
|
| 109 |
-
MedWin-Analyzer/
|
| 110 |
-
├── app.py # Application FastAPI principale
|
| 111 |
-
├── requirements.txt # Dépendances Python
|
| 112 |
-
├── Dockerfile # Configuration Docker
|
| 113 |
-
└── README.md # Documentation
|
| 114 |
-
```
|
| 115 |
|
| 116 |
-
## 🚀
|
| 117 |
|
| 118 |
-
|
| 119 |
-
```bash
|
| 120 |
-
git clone https://huggingface.co/spaces/HendSta/MedWin-Analyzer
|
| 121 |
-
cd MedWin-Analyzer
|
| 122 |
-
```
|
| 123 |
|
| 124 |
-
|
| 125 |
-
|
| 126 |
-
|
| 127 |
-
|
|
|
|
| 128 |
|
| 129 |
-
|
| 130 |
-
```
|
| 131 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 132 |
```
|
| 133 |
|
| 134 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 135 |
|
| 136 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 137 |
|
| 138 |
-
|
| 139 |
-
```python
|
| 140 |
-
import requests
|
| 141 |
|
| 142 |
-
|
| 143 |
-
|
| 144 |
-
|
| 145 |
-
|
| 146 |
-
|
| 147 |
-
|
| 148 |
-
|
| 149 |
-
|
| 150 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 151 |
```
|
| 152 |
|
| 153 |
-
|
| 154 |
-
```
|
| 155 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 156 |
|
| 157 |
-
|
| 158 |
-
|
| 159 |
-
|
| 160 |
-
|
| 161 |
-
|
| 162 |
-
|
| 163 |
-
|
| 164 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 165 |
}
|
|
|
|
| 166 |
|
| 167 |
-
|
| 168 |
-
|
| 169 |
-
|
| 170 |
-
|
| 171 |
-
|
| 172 |
-
|
|
|
|
| 173 |
```
|
| 174 |
|
| 175 |
-
##
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 176 |
|
| 177 |
-
|
| 178 |
-
- Les résultats ne constituent pas un diagnostic médical
|
| 179 |
-
- Consultez toujours un professionnel de santé pour toute décision médicale
|
| 180 |
-
- Les modèles sont basés sur des données d'entraînement et peuvent avoir des limitations
|
| 181 |
|
| 182 |
-
|
| 183 |
|
| 184 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 185 |
|
| 186 |
-
##
|
| 187 |
|
| 188 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 189 |
|
| 190 |
-
##
|
| 191 |
|
| 192 |
-
|
| 193 |
|
| 194 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 195 |
|
| 196 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 8 |
license: mit
|
| 9 |
---
|
| 10 |
|
| 11 |
+
# MedWin-Analyzer - Hugging Face Space
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 12 |
|
| 13 |
+
Ce repository contient une application FastAPI déployée sur Hugging Face Spaces pour l'analyse de rapports médicaux.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 14 |
|
| 15 |
+
## 🚀 Modèles Utilisés
|
| 16 |
|
| 17 |
+
L'application utilise trois modèles hébergés sur Hugging Face :
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 18 |
|
| 19 |
+
1. **HendSta/analyse_medicale** - Modèle d'analyse médicale pour la classification des paramètres
|
| 20 |
+
2. **HendSta/analyse_row** - Modèle d'analyse de risque pour évaluer les niveaux de risque
|
| 21 |
+
3. **HendSta/biomistral-finetuned-fullv3** - Modèle LLM pour l'analyse textuelle avancée
|
| 22 |
+
|
| 23 |
+
## 📋 Endpoints Disponibles
|
| 24 |
|
| 25 |
+
### 1. Health Check
|
| 26 |
+
```
|
| 27 |
+
GET /health
|
| 28 |
+
```
|
| 29 |
+
Vérifie que tous les modèles sont chargés correctement.
|
| 30 |
+
|
| 31 |
+
**Réponse :**
|
| 32 |
+
```json
|
| 33 |
+
{
|
| 34 |
+
"status": "healthy",
|
| 35 |
+
"models_loaded": {
|
| 36 |
+
"analyse_medicale_model": true,
|
| 37 |
+
"analyze_risk_model": true,
|
| 38 |
+
"llm_model": true,
|
| 39 |
+
"llm_tokenizer": true
|
| 40 |
+
},
|
| 41 |
+
"message": "Tous les modèles sont chargés"
|
| 42 |
+
}
|
| 43 |
```
|
| 44 |
|
| 45 |
+
### 2. Prédiction Simple
|
| 46 |
+
```
|
| 47 |
+
POST /predict
|
| 48 |
+
```
|
| 49 |
+
Effectue une prédiction sur un seul paramètre.
|
| 50 |
+
|
| 51 |
+
**Body :**
|
| 52 |
+
```json
|
| 53 |
+
{
|
| 54 |
+
"CodeParametre": "glucose",
|
| 55 |
+
"ValeurActuelle": 120.0,
|
| 56 |
+
"Unite": "mg/dL",
|
| 57 |
+
"ValeursUsuelles": "70-100",
|
| 58 |
+
"ValeurUsuelleMin": 70.0,
|
| 59 |
+
"ValeurUsuelleMax": 100.0,
|
| 60 |
+
"ValeurAnterieure": 110.0,
|
| 61 |
+
"DateAnterieure": "01/01/2024"
|
| 62 |
+
}
|
| 63 |
+
```
|
| 64 |
|
| 65 |
+
### 3. Upload PDF/XML
|
| 66 |
+
```
|
| 67 |
+
POST /upload-pdf
|
| 68 |
+
```
|
| 69 |
+
Traite un fichier PDF ou XML et retourne l'analyse de tous les paramètres.
|
| 70 |
|
| 71 |
+
**Body :** `multipart/form-data` avec le fichier
|
|
|
|
|
|
|
| 72 |
|
| 73 |
+
### 4. Analyse de Risque
|
| 74 |
+
```
|
| 75 |
+
POST /analyze-risk
|
| 76 |
+
```
|
| 77 |
+
Analyse le niveau de risque d'un paramètre médical.
|
| 78 |
+
|
| 79 |
+
**Body :**
|
| 80 |
+
```json
|
| 81 |
+
{
|
| 82 |
+
"CodeParametre": "glucose",
|
| 83 |
+
"ValeurActuelle": 120.0,
|
| 84 |
+
"Unite": "mg/dL",
|
| 85 |
+
"ValeursUsuelles": "70-100",
|
| 86 |
+
"ValeurUsuelleMin": 70.0,
|
| 87 |
+
"ValeurUsuelleMax": 100.0,
|
| 88 |
+
"ValeurAnterieure": 110.0,
|
| 89 |
+
"CodParametre": "GLU"
|
| 90 |
+
}
|
| 91 |
```
|
| 92 |
|
| 93 |
+
**Réponse :**
|
| 94 |
+
```json
|
| 95 |
+
{
|
| 96 |
+
"parametre": "glucose",
|
| 97 |
+
"valeur_actuelle": 120.0,
|
| 98 |
+
"unite": "mg/dL",
|
| 99 |
+
"valeur_anterieure": 110.0,
|
| 100 |
+
"valeurs_usuelles": "70-100",
|
| 101 |
+
"statut_risque": "ÉLEVÉ",
|
| 102 |
+
"degre_risque": "Modéré",
|
| 103 |
+
"tendance": "En hausse",
|
| 104 |
+
"conseil": "Surveillance recommandée. Le glucose est élevé avec un risque modéré."
|
| 105 |
+
}
|
| 106 |
+
```
|
| 107 |
|
| 108 |
+
### 5. Analyse LLM
|
| 109 |
+
```
|
| 110 |
+
POST /llm-analysis
|
| 111 |
+
```
|
| 112 |
+
Utilise le modèle LLM pour fournir une analyse textuelle détaillée.
|
| 113 |
+
|
| 114 |
+
**Body :**
|
| 115 |
+
```json
|
| 116 |
+
{
|
| 117 |
+
"CodeParametre": "glucose",
|
| 118 |
+
"ValeurActuelle": 120.0,
|
| 119 |
+
"Unite": "mg/dL",
|
| 120 |
+
"ValeursUsuelles": "70-100",
|
| 121 |
+
"ValeurAnterieure": 110.0
|
| 122 |
}
|
| 123 |
+
```
|
| 124 |
|
| 125 |
+
**Réponse :**
|
| 126 |
+
```json
|
| 127 |
+
{
|
| 128 |
+
"parametre": "glucose",
|
| 129 |
+
"analyse_llm": "Analyse détaillée générée par le LLM...",
|
| 130 |
+
"prompt_utilise": "Prompt utilisé pour la génération"
|
| 131 |
+
}
|
| 132 |
```
|
| 133 |
|
| 134 |
+
## 🔧 Configuration
|
| 135 |
+
|
| 136 |
+
### Variables d'Environnement
|
| 137 |
+
- `HF_TOKEN` : Token Hugging Face (optionnel pour les modèles publics)
|
| 138 |
+
|
| 139 |
+
### Dépendances
|
| 140 |
+
Voir `requirements.txt` pour la liste complète des dépendances.
|
| 141 |
|
| 142 |
+
## 🚀 Déploiement
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 143 |
|
| 144 |
+
Cette application est configurée pour être déployée automatiquement sur Hugging Face Spaces.
|
| 145 |
|
| 146 |
+
### Structure des Fichiers
|
| 147 |
+
```
|
| 148 |
+
MedWin-Analyzer/
|
| 149 |
+
├── app.py # Application FastAPI principale
|
| 150 |
+
├── requirements.txt # Dépendances Python
|
| 151 |
+
├── Dockerfile # Configuration Docker
|
| 152 |
+
└── README.md # Documentation
|
| 153 |
+
```
|
| 154 |
|
| 155 |
+
## 📊 Utilisation
|
| 156 |
|
| 157 |
+
1. **Démarrage automatique** : Les modèles sont chargés automatiquement au démarrage
|
| 158 |
+
2. **Health check** : Utilisez `/health` pour vérifier l'état des modèles
|
| 159 |
+
3. **Upload de fichiers** : Supporte les formats PDF et XML
|
| 160 |
+
4. **Analyse en temps réel** : Tous les endpoints fournissent des réponses immédiates
|
| 161 |
|
| 162 |
+
## 🔍 Dépannage
|
| 163 |
|
| 164 |
+
### Erreurs Courantes
|
| 165 |
|
| 166 |
+
1. **Modèles non chargés** : Vérifiez la connexion internet et les permissions
|
| 167 |
+
2. **Erreur de format** : Assurez-vous que les fichiers PDF/XML sont valides
|
| 168 |
+
3. **Timeout** : Les modèles LLM peuvent prendre du temps pour la première génération
|
| 169 |
+
|
| 170 |
+
### Logs
|
| 171 |
+
Les logs de chargement des modèles sont affichés au démarrage de l'application.
|
| 172 |
+
|
| 173 |
+
## 📝 Notes
|
| 174 |
|
| 175 |
+
- Les modèles sont téléchargés automatiquement depuis Hugging Face au premier démarrage
|
| 176 |
+
- Le cache des modèles est conservé pour les démarrages suivants
|
| 177 |
+
- L'application gère automatiquement les erreurs de chargement des modèles
|
app.py
CHANGED
|
@@ -18,23 +18,15 @@ import xml.etree.ElementTree as ET
|
|
| 18 |
from fastapi.responses import JSONResponse
|
| 19 |
from sklearn.base import BaseEstimator, TransformerMixin
|
| 20 |
import sys
|
| 21 |
-
from dotenv import load_dotenv
|
| 22 |
from huggingface_hub import hf_hub_download
|
| 23 |
-
import torch
|
| 24 |
from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM
|
|
|
|
| 25 |
|
| 26 |
-
|
| 27 |
-
load_dotenv()
|
| 28 |
-
|
| 29 |
-
app = FastAPI(
|
| 30 |
-
title="MedWin Analyzer",
|
| 31 |
-
description="API pour l'analyse de rapports médicaux avec 3 modèles ML",
|
| 32 |
-
version="1.0.0"
|
| 33 |
-
)
|
| 34 |
|
| 35 |
app.add_middleware(
|
| 36 |
CORSMiddleware,
|
| 37 |
-
allow_origins=["
|
| 38 |
allow_credentials=True,
|
| 39 |
allow_methods=["*"],
|
| 40 |
allow_headers=["*"],
|
|
@@ -62,63 +54,54 @@ class NumericConverter(BaseEstimator, TransformerMixin):
|
|
| 62 |
|
| 63 |
sys.modules['__main__'].NumericConverter = NumericConverter
|
| 64 |
|
| 65 |
-
#
|
| 66 |
-
|
| 67 |
-
risk_model = None
|
| 68 |
-
llm_model = None
|
| 69 |
-
llm_tokenizer = None
|
| 70 |
-
models_loaded = False
|
| 71 |
-
|
| 72 |
-
def load_models():
|
| 73 |
"""Charge tous les modèles depuis Hugging Face"""
|
| 74 |
-
global pipeline,
|
| 75 |
|
| 76 |
-
|
| 77 |
-
return pipeline, risk_model, llm_model, llm_tokenizer
|
| 78 |
|
|
|
|
| 79 |
try:
|
| 80 |
-
|
| 81 |
-
|
| 82 |
-
# 1. Modèle d'analyse médicale (HendSta/analyse_medicale)
|
| 83 |
-
print("📊 Chargement du modèle d'analyse médicale...")
|
| 84 |
-
pipeline_path = hf_hub_download(
|
| 85 |
repo_id="HendSta/analyse_medicale",
|
| 86 |
filename="modele_analyse_medicale_final.joblib"
|
| 87 |
)
|
| 88 |
-
pipeline = joblib.load(
|
| 89 |
-
print("✅ Modèle d'analyse médicale
|
| 90 |
-
|
| 91 |
-
|
| 92 |
-
|
| 93 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 94 |
repo_id="HendSta/analyse_row",
|
| 95 |
filename="analyze_row_final.joblib"
|
| 96 |
)
|
| 97 |
-
|
| 98 |
-
print("✅ Modèle d'analyse de risque
|
| 99 |
-
|
| 100 |
-
|
| 101 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 102 |
llm_tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("HendSta/biomistral-finetuned-fullv3")
|
| 103 |
-
llm_model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(
|
| 104 |
-
|
| 105 |
-
device_map="auto" if torch.cuda.is_available() else "cpu",
|
| 106 |
-
torch_dtype=torch.float16 if torch.cuda.is_available() else torch.float32,
|
| 107 |
-
low_cpu_mem_usage=True
|
| 108 |
-
)
|
| 109 |
-
|
| 110 |
-
if llm_tokenizer.pad_token is None:
|
| 111 |
-
llm_tokenizer.pad_token = llm_tokenizer.eos_token
|
| 112 |
-
|
| 113 |
-
print("✅ Modèle LLM BioMistral chargé!")
|
| 114 |
-
|
| 115 |
-
models_loaded = True
|
| 116 |
-
print("🎉 Tous les modèles chargés avec succès!")
|
| 117 |
-
return pipeline, risk_model, llm_model, llm_tokenizer
|
| 118 |
-
|
| 119 |
except Exception as e:
|
| 120 |
-
print(f"❌ Erreur lors du chargement
|
| 121 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 122 |
|
| 123 |
# Créer un imputer pour gérer les valeurs NaN
|
| 124 |
imputer = SimpleImputer(strategy='constant', fill_value=0)
|
|
@@ -178,7 +161,7 @@ TYPE_ANALYSES = {
|
|
| 178 |
"dosage des vitamines": ["dosage des vitamines"]
|
| 179 |
}
|
| 180 |
|
| 181 |
-
# Regex patterns
|
| 182 |
REGEX_DATE = r"\b(\d{2}/\d{2}/\d{4})\b"
|
| 183 |
REGEX_PATIENT = r"(?i)nom\s*:\s*(.*)"
|
| 184 |
REGEX_MEDECIN = r"(?i)demandé par\s*:\s*(.*)"
|
|
@@ -194,7 +177,7 @@ UNIT_MAPPING = {
|
|
| 194 |
'g/dl': 'g/dL',
|
| 195 |
'mmol/l': 'mmol/L',
|
| 196 |
'pmol/l': 'pmol/L'
|
| 197 |
-
}
|
| 198 |
|
| 199 |
# ==== Helper Functions ====
|
| 200 |
def normaliser_type_analyse(texte):
|
|
@@ -230,6 +213,7 @@ def extract_min_max(valeur_usuelles):
|
|
| 230 |
valeur_usuelles = valeur_usuelles.strip()
|
| 231 |
|
| 232 |
# Nettoyer les espaces à l'intérieur des nombres dans la chaîne
|
|
|
|
| 233 |
valeur_usuelles = re.sub(r'(?<=\d)\s+(?=\d)', '', valeur_usuelles)
|
| 234 |
|
| 235 |
range_pattern = r'(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*-\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)'
|
|
@@ -309,7 +293,7 @@ def extract_patient_info(text: str) -> Dict[str, str]:
|
|
| 309 |
return patient_info
|
| 310 |
|
| 311 |
def extract_all_fields_from_text(text: str) -> list:
|
| 312 |
-
"""Extrait tous les paramètres et valeurs du texte nettoy
|
| 313 |
results = []
|
| 314 |
lines = text.splitlines()
|
| 315 |
for line in lines:
|
|
@@ -318,6 +302,7 @@ def extract_all_fields_from_text(text: str) -> list:
|
|
| 318 |
continue
|
| 319 |
|
| 320 |
# Nettoyer les motifs "X % Soit :"
|
|
|
|
| 321 |
soit_match = re.search(r'^([\w\s\.]+)\s+(\d+)\s*%\s*Soit\s*:\s*(.+)$', line, re.IGNORECASE)
|
| 322 |
if soit_match:
|
| 323 |
param_name = soit_match.group(1).strip()
|
|
@@ -433,164 +418,34 @@ def to_native(val):
|
|
| 433 |
return val.item()
|
| 434 |
return val
|
| 435 |
|
| 436 |
-
|
| 437 |
-
|
| 438 |
-
|
| 439 |
-
"""
|
| 440 |
-
diseases = []
|
| 441 |
-
|
| 442 |
-
# Dictionnaire des maladies associées aux paramètres
|
| 443 |
-
disease_patterns = {
|
| 444 |
-
'diabète': ['GLY', 'GLUCOSE', 'HBA1C', 'HBA2C', 'glycémie'],
|
| 445 |
-
'hypercholestérolémie': ['CHOLESTEROL', 'CT', 'LDL', 'HDL', 'TG', 'TRIGLYCERIDES'],
|
| 446 |
-
'insuffisance rénale': ['CREA', 'CREATININE', 'UREE', 'URI'],
|
| 447 |
-
'anémie': ['HEM1', 'NFS5', 'NFS6', 'HEMOGLOBINE'],
|
| 448 |
-
'hyperthyroïdie': ['TSH', 'T3', 'T4'],
|
| 449 |
-
'hypothyroïdie': ['TSH'],
|
| 450 |
-
'inflammation': ['CRP', 'VS', 'FIBRINOGENE'],
|
| 451 |
-
'problèmes hépatiques': ['AST', 'ALT', 'ALAT', 'ASAT', 'BILIRUBINE'],
|
| 452 |
-
'problèmes cardiaques': ['TROPONINE', 'CPK', 'BNP']
|
| 453 |
-
}
|
| 454 |
-
|
| 455 |
-
# Analyser chaque paramètre anormal
|
| 456 |
-
for param in abnormal_params:
|
| 457 |
-
param_name = param['name'].upper()
|
| 458 |
-
status = param['status']
|
| 459 |
-
value = param['value']
|
| 460 |
-
|
| 461 |
-
# Chercher des correspondances avec les patterns de maladies
|
| 462 |
-
for disease, patterns in disease_patterns.items():
|
| 463 |
-
for pattern in patterns:
|
| 464 |
-
if pattern.upper() in param_name:
|
| 465 |
-
if disease not in diseases:
|
| 466 |
-
diseases.append(disease)
|
| 467 |
-
break
|
| 468 |
-
|
| 469 |
-
# Ajouter des analyses spécifiques
|
| 470 |
-
if diseases:
|
| 471 |
-
return [f"Possibilité de {disease.replace('_', ' ')}" for disease in diseases]
|
| 472 |
-
else:
|
| 473 |
-
return ["Anomalies biologiques détectées nécessitant une évaluation médicale"]
|
| 474 |
-
|
| 475 |
-
def extract_valeurs_usuelles_xml(val):
|
| 476 |
-
"""Extrait les bornes min/max des valeurs usuelles depuis un format XML."""
|
| 477 |
-
if not isinstance(val, str) or val.strip() == "":
|
| 478 |
-
return None, None
|
| 479 |
-
val = val.lower().replace(',', '.').strip()
|
| 480 |
-
|
| 481 |
-
try:
|
| 482 |
-
if '-' in val:
|
| 483 |
-
parts = val.split('-')
|
| 484 |
-
return float(parts[0].strip()), float(parts[1].strip())
|
| 485 |
-
elif 'inf à' in val:
|
| 486 |
-
return None, float(re.sub(r"[^\d.]", "", val))
|
| 487 |
-
elif 'sup à' in val or '>' in val:
|
| 488 |
-
return float(re.sub(r"[^\d.]", "", val)), None
|
| 489 |
-
except:
|
| 490 |
-
return None, None
|
| 491 |
-
|
| 492 |
-
return None, None
|
| 493 |
-
|
| 494 |
-
def parse_xml_file(xml_bytes: bytes) -> list:
|
| 495 |
-
"""Parse un fichier XML et retourne les résultats au format attendu par l'API."""
|
| 496 |
try:
|
| 497 |
-
#
|
| 498 |
-
|
| 499 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 500 |
|
| 501 |
-
|
| 502 |
-
|
| 503 |
-
|
| 504 |
-
|
| 505 |
-
|
| 506 |
-
|
| 507 |
-
|
| 508 |
-
prenom_patient = demande.findtext("PrenomPatient", "").strip()
|
| 509 |
-
patient_name = f"{nom_patient} {prenom_patient}".strip()
|
| 510 |
-
patient_name = nettoyer_nom_patient(patient_name)
|
| 511 |
-
medecin = demande.findtext("MedecinPrescripteur", "").strip()
|
| 512 |
-
date_analyse = demande.findtext("DateSaisie", "").strip()
|
| 513 |
-
|
| 514 |
-
# Convertir la date si nécessaire
|
| 515 |
-
if re.match(r'^\d{4}-\d{2}-\d{2}$', date_analyse):
|
| 516 |
-
parts = date_analyse.split('-')
|
| 517 |
-
date_analyse = f"{parts[2]}/{parts[1]}/{parts[0]}"
|
| 518 |
-
|
| 519 |
-
for examen in demande.findall(".//Examen"):
|
| 520 |
-
famille = examen.findtext("Famille", "").strip()
|
| 521 |
-
code_analyse = examen.findtext("CodeAnalyse", "").strip()
|
| 522 |
-
lib_analyse = examen.findtext("LibAnalyse", "").strip()
|
| 523 |
-
|
| 524 |
-
for res in examen.findall("Resultat"):
|
| 525 |
-
cod_param = res.findtext("CodParametre", "").strip()
|
| 526 |
-
lib_param = res.findtext("LibParametre", "").strip()
|
| 527 |
-
valeur = res.findtext("Valeur", "").replace(",", ".").strip()
|
| 528 |
-
unite = res.findtext("Unite", "").strip()
|
| 529 |
-
val_usuelle = res.findtext("ValeurUsuelles", "").strip()
|
| 530 |
-
|
| 531 |
-
val_min, val_max = extract_valeurs_usuelles_xml(val_usuelle)
|
| 532 |
-
|
| 533 |
-
# Normalisation des valeurs
|
| 534 |
-
try:
|
| 535 |
-
valeur_actuelle = normalize_numeric_values(valeur)
|
| 536 |
-
except ValueError:
|
| 537 |
-
valeur_actuelle = ''
|
| 538 |
-
|
| 539 |
-
results.append({
|
| 540 |
-
"CodeParametre": cod_param.lower(),
|
| 541 |
-
"ValeurActuelle": valeur_actuelle,
|
| 542 |
-
"Unite": unite,
|
| 543 |
-
"ValeursUsuelles": val_usuelle,
|
| 544 |
-
"ValeurUsuelleMin": val_min,
|
| 545 |
-
"ValeurUsuelleMax": val_max,
|
| 546 |
-
"ValeurAnterieure": None,
|
| 547 |
-
"DateAnterieure": '',
|
| 548 |
-
"NomPatient": patient_name,
|
| 549 |
-
"Medecin": medecin,
|
| 550 |
-
"DateAnalyse": date_analyse,
|
| 551 |
-
"CodParametre": cod_param, # Champ prédit (copie du code paramètre)
|
| 552 |
-
"LIBMEDWINabrege": cod_param, # Pourrait être différent, dépend du modèle
|
| 553 |
-
"LibParametre": lib_param,
|
| 554 |
-
"FAMILLE": famille
|
| 555 |
-
})
|
| 556 |
-
|
| 557 |
-
if not results:
|
| 558 |
-
raise HTTPException(status_code=400, detail="Aucun paramètre reconnu dans le XML")
|
| 559 |
-
|
| 560 |
-
return results
|
| 561 |
except Exception as e:
|
| 562 |
-
|
| 563 |
-
|
| 564 |
-
|
| 565 |
-
@app.on_event("startup")
|
| 566 |
-
async def startup_event():
|
| 567 |
-
"""Événement de démarrage"""
|
| 568 |
-
print("🚀 Démarrage du serveur MedWin Analyzer...")
|
| 569 |
-
print("📥 Chargement des modèles depuis Hugging Face...")
|
| 570 |
-
load_models()
|
| 571 |
-
print("✅ Serveur prêt!")
|
| 572 |
-
|
| 573 |
-
@app.get("/")
|
| 574 |
-
def greet_json():
|
| 575 |
-
"""Endpoint de base pour tester l'API"""
|
| 576 |
-
return {
|
| 577 |
-
"message": "MedWin Analyzer API",
|
| 578 |
-
"version": "1.0.0",
|
| 579 |
-
"description": "API pour l'analyse de rapports médicaux avec 3 modèles ML",
|
| 580 |
-
"endpoints": {
|
| 581 |
-
"/predict": "Prédiction de paramètres médicaux",
|
| 582 |
-
"/upload-pdf": "Analyse de fichiers PDF",
|
| 583 |
-
"/analyze-risk": "Analyse de risque",
|
| 584 |
-
"/predict-disease": "Prédiction de maladies"
|
| 585 |
}
|
| 586 |
-
}
|
| 587 |
|
| 588 |
@app.post("/predict", response_model=PredictionResult)
|
| 589 |
def predict(data: InputData):
|
| 590 |
-
"""Prédit les paramètres médicaux avec le modèle HendSta/analyse_medicale"""
|
| 591 |
-
if pipeline is None:
|
| 592 |
-
raise HTTPException(status_code=500, detail="Modèle non chargé")
|
| 593 |
-
|
| 594 |
df = pd.DataFrame([data.dict()])
|
| 595 |
preds = pipeline.predict(df)[0]
|
| 596 |
return PredictionResult(
|
|
@@ -603,10 +458,6 @@ def predict(data: InputData):
|
|
| 603 |
|
| 604 |
@app.post("/upload-pdf", response_model=List[PredictionResult])
|
| 605 |
async def upload_file(file: UploadFile = File(...)):
|
| 606 |
-
"""Analyse un fichier PDF ou XML et retourne les prédictions"""
|
| 607 |
-
if pipeline is None:
|
| 608 |
-
raise HTTPException(status_code=500, detail="Modèle non chargé")
|
| 609 |
-
|
| 610 |
content = await file.read()
|
| 611 |
file_extension = file.filename.split('.')[-1].lower()
|
| 612 |
|
|
@@ -615,7 +466,7 @@ async def upload_file(file: UploadFile = File(...)):
|
|
| 615 |
if file.content_type != "application/pdf":
|
| 616 |
raise HTTPException(status_code=400, detail="Le fichier doit être au format PDF")
|
| 617 |
|
| 618 |
-
# Traitement PDF
|
| 619 |
extracted_text = extract_text_from_pdf_bytes(content)
|
| 620 |
cleaned_text = nettoyer_text(extracted_text)
|
| 621 |
patient_info = extract_patient_info(cleaned_text)
|
|
@@ -678,14 +529,15 @@ async def upload_file(file: UploadFile = File(...)):
|
|
| 678 |
|
| 679 |
@app.post("/analyze-risk")
|
| 680 |
def analyze_risk(param: dict = Body(...)):
|
| 681 |
-
|
| 682 |
-
|
| 683 |
-
|
| 684 |
-
|
|
|
|
| 685 |
# Préparer le DataFrame à partir du paramètre reçu
|
| 686 |
df_test = pd.DataFrame([param])
|
| 687 |
|
| 688 |
-
# Préparation des features dérivées
|
| 689 |
df_result = df_test.copy()
|
| 690 |
try:
|
| 691 |
df_result['ValeurAnterieure'] = pd.to_numeric(df_result['ValeurAnterieure'], errors='coerce')
|
|
@@ -727,7 +579,7 @@ def analyze_risk(param: dict = Body(...)):
|
|
| 727 |
features_for_ml = df_result[['DeltaValeurPrecedente', 'RatioValeurPrecedente',
|
| 728 |
'PourcentageValeurMin', 'PourcentageValeurMax',
|
| 729 |
'EcartNormalise', 'ValeurActuelle', 'CodeParametre']]
|
| 730 |
-
predicted_risk_num =
|
| 731 |
risk_map = {0: 'Aucun', 1: 'Faible', 2: 'Modéré', 3: 'Élevé'}
|
| 732 |
degre_risque = risk_map.get(int(predicted_risk_num), 'Inconnu')
|
| 733 |
|
|
@@ -766,108 +618,107 @@ def analyze_risk(param: dict = Body(...)):
|
|
| 766 |
"conseil": to_native(conseil)
|
| 767 |
}
|
| 768 |
|
| 769 |
-
|
| 770 |
-
def
|
| 771 |
-
"""
|
| 772 |
-
|
| 773 |
-
|
| 774 |
-
print(f"Données reçues: {len(data.get('risk_results', []))} résultats de risque")
|
| 775 |
-
|
| 776 |
-
# Vérifier si tous les statuts sont NORMAL
|
| 777 |
-
risk_results = data.get('risk_results', [])
|
| 778 |
-
abnormal_count = 0
|
| 779 |
-
|
| 780 |
-
for i, risk_result in enumerate(risk_results):
|
| 781 |
-
if risk_result and risk_result.get('statut_risque') != 'NORMAL':
|
| 782 |
-
abnormal_count += 1
|
| 783 |
-
print(f"Paramètre anormal détecté: {risk_result.get('statut_risque')}")
|
| 784 |
-
|
| 785 |
-
print(f"Nombre de paramètres anormaux: {abnormal_count}")
|
| 786 |
-
|
| 787 |
-
if abnormal_count == 0:
|
| 788 |
-
return {
|
| 789 |
-
"disease_prediction": "Aucune maladie détectée",
|
| 790 |
-
"confidence": "Élevée",
|
| 791 |
-
"explanation": "Tous les paramètres biologiques sont dans les plages normales.",
|
| 792 |
-
"recommendations": "Continuez à maintenir un mode de vie sain."
|
| 793 |
-
}
|
| 794 |
-
|
| 795 |
-
# Pour les cas anormaux, utiliser le modèle LLM BioMistral
|
| 796 |
-
print("🔍 Analyse des paramètres anormaux avec le modèle LLM...")
|
| 797 |
-
|
| 798 |
-
# Préparer le texte des paramètres anormaux
|
| 799 |
-
abnormal_params = []
|
| 800 |
-
analysis_result = data.get('analysis_result', [])
|
| 801 |
-
|
| 802 |
-
for i, risk_result in enumerate(risk_results):
|
| 803 |
-
if risk_result and risk_result.get('statut_risque') != 'NORMAL':
|
| 804 |
-
if i < len(analysis_result):
|
| 805 |
-
param_data = analysis_result[i]
|
| 806 |
-
param_name = param_data.get('LibParametre', param_data.get('CodParametre', 'Paramètre'))
|
| 807 |
-
current_value = param_data.get('ValeurActuelle', '')
|
| 808 |
-
unit = param_data.get('Unite', '')
|
| 809 |
-
status = risk_result.get('statut_risque', '')
|
| 810 |
-
normal_range = param_data.get('ValeursUsuelles', '')
|
| 811 |
-
|
| 812 |
-
abnormal_params.append(
|
| 813 |
-
f"- {param_name} : {current_value} {unit} ({status}) | Valeur usuelle : ({normal_range})"
|
| 814 |
-
)
|
| 815 |
-
|
| 816 |
-
print(f"Paramètres anormaux identifiés: {len(abnormal_params)}")
|
| 817 |
-
|
| 818 |
-
if not abnormal_params:
|
| 819 |
-
return {
|
| 820 |
-
"disease_prediction": "Aucune maladie détectée",
|
| 821 |
-
"confidence": "Élevée",
|
| 822 |
-
"explanation": "Aucun paramètre anormal significatif détecté.",
|
| 823 |
-
"recommendations": "Continuez à maintenir un mode de vie sain."
|
| 824 |
-
}
|
| 825 |
-
|
| 826 |
-
# Utiliser l'analyse basée sur des règles (mode fallback)
|
| 827 |
-
print("🧠 Analyse basée sur des règles médicales...")
|
| 828 |
-
|
| 829 |
-
diseases = analyze_abnormal_parameters([{
|
| 830 |
-
'name': param.split(' : ')[0].replace('- ', ''),
|
| 831 |
-
'value': param.split(' : ')[1].split(' ')[0] if ' : ' in param else '',
|
| 832 |
-
'unit': param.split(' ')[2] if len(param.split(' : ')) > 1 and len(param.split(' : ')[1].split(' ')) > 2 else '',
|
| 833 |
-
'status': param.split('(')[1].split(')')[0] if '(' in param and ')' in param else '',
|
| 834 |
-
'normal_range': param.split('(')[-1].split(')')[0] if '(' in param and ')' in param else ''
|
| 835 |
-
} for param in abnormal_params])
|
| 836 |
-
|
| 837 |
-
if diseases:
|
| 838 |
-
prediction_text = "\n".join(diseases)
|
| 839 |
-
confidence = "Modérée"
|
| 840 |
-
explanation = "Analyse basée sur les paramètres anormaux détectés."
|
| 841 |
-
recommendations = "Consultez un professionnel de santé pour confirmation et suivi."
|
| 842 |
-
else:
|
| 843 |
-
prediction_text = "Anomalies biologiques détectées nécessitant une évaluation médicale approfondie."
|
| 844 |
-
confidence = "Faible"
|
| 845 |
-
explanation = "Les paramètres anormaux nécessitent une interprétation médicale spécialisée."
|
| 846 |
-
recommendations = "Consultez immédiatement un professionnel de santé."
|
| 847 |
-
|
| 848 |
return {
|
| 849 |
-
"
|
| 850 |
-
"
|
| 851 |
-
"
|
| 852 |
-
"
|
|
|
|
|
|
|
| 853 |
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 854 |
|
| 855 |
-
|
| 856 |
-
|
| 857 |
-
|
| 858 |
-
|
| 859 |
-
|
| 860 |
-
|
| 861 |
-
|
| 862 |
-
|
| 863 |
-
|
| 864 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 865 |
|
| 866 |
-
|
| 867 |
-
|
| 868 |
-
|
| 869 |
-
|
| 870 |
-
|
| 871 |
-
|
| 872 |
-
|
| 873 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 18 |
from fastapi.responses import JSONResponse
|
| 19 |
from sklearn.base import BaseEstimator, TransformerMixin
|
| 20 |
import sys
|
|
|
|
| 21 |
from huggingface_hub import hf_hub_download
|
|
|
|
| 22 |
from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM
|
| 23 |
+
import torch
|
| 24 |
|
| 25 |
+
app = FastAPI()
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 26 |
|
| 27 |
app.add_middleware(
|
| 28 |
CORSMiddleware,
|
| 29 |
+
allow_origins=["http://localhost:4200"], # URL de votre frontend Angular
|
| 30 |
allow_credentials=True,
|
| 31 |
allow_methods=["*"],
|
| 32 |
allow_headers=["*"],
|
|
|
|
| 54 |
|
| 55 |
sys.modules['__main__'].NumericConverter = NumericConverter
|
| 56 |
|
| 57 |
+
# Charger les modèles ML depuis Hugging Face
|
| 58 |
+
def load_models_from_hf():
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 59 |
"""Charge tous les modèles depuis Hugging Face"""
|
| 60 |
+
global pipeline, analyze_risk_model, llm_tokenizer, llm_model
|
| 61 |
|
| 62 |
+
print("Loading models from Hugging Face...")
|
|
|
|
| 63 |
|
| 64 |
+
# Charger le modèle d'analyse médicale
|
| 65 |
try:
|
| 66 |
+
model_path = hf_hub_download(
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 67 |
repo_id="HendSta/analyse_medicale",
|
| 68 |
filename="modele_analyse_medicale_final.joblib"
|
| 69 |
)
|
| 70 |
+
pipeline = joblib.load(model_path)
|
| 71 |
+
print("✅ Modèle d'analyse médicale chargé avec succès")
|
| 72 |
+
except Exception as e:
|
| 73 |
+
print(f"❌ Erreur lors du chargement du modèle d'analyse médicale: {e}")
|
| 74 |
+
raise
|
| 75 |
+
|
| 76 |
+
# Charger le modèle d'analyse de risque
|
| 77 |
+
try:
|
| 78 |
+
analyze_risk_model_path = hf_hub_download(
|
| 79 |
repo_id="HendSta/analyse_row",
|
| 80 |
filename="analyze_row_final.joblib"
|
| 81 |
)
|
| 82 |
+
analyze_risk_model = joblib.load(analyze_risk_model_path)
|
| 83 |
+
print("✅ Modèle d'analyse de risque chargé avec succès")
|
| 84 |
+
except Exception as e:
|
| 85 |
+
print(f"❌ Erreur lors du chargement du modèle d'analyse de risque: {e}")
|
| 86 |
+
raise
|
| 87 |
+
|
| 88 |
+
# Charger le modèle LLM
|
| 89 |
+
try:
|
| 90 |
llm_tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("HendSta/biomistral-finetuned-fullv3")
|
| 91 |
+
llm_model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained("HendSta/biomistral-finetuned-fullv3")
|
| 92 |
+
print("✅ Modèle LLM chargé avec succès")
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 93 |
except Exception as e:
|
| 94 |
+
print(f"❌ Erreur lors du chargement du modèle LLM: {e}")
|
| 95 |
+
raise
|
| 96 |
+
|
| 97 |
+
# Initialiser les modèles avec gestion d'erreur
|
| 98 |
+
try:
|
| 99 |
+
load_models_from_hf()
|
| 100 |
+
print("🎉 Tous les modèles ont été chargés avec succès!")
|
| 101 |
+
except Exception as e:
|
| 102 |
+
print(f"💥 Erreur critique lors du chargement des modèles: {e}")
|
| 103 |
+
print("L'application ne peut pas démarrer sans les modèles.")
|
| 104 |
+
raise
|
| 105 |
|
| 106 |
# Créer un imputer pour gérer les valeurs NaN
|
| 107 |
imputer = SimpleImputer(strategy='constant', fill_value=0)
|
|
|
|
| 161 |
"dosage des vitamines": ["dosage des vitamines"]
|
| 162 |
}
|
| 163 |
|
| 164 |
+
# Regex patterns - Amélioré pour capturer les nombres avec beaucoup de séparateurs
|
| 165 |
REGEX_DATE = r"\b(\d{2}/\d{2}/\d{4})\b"
|
| 166 |
REGEX_PATIENT = r"(?i)nom\s*:\s*(.*)"
|
| 167 |
REGEX_MEDECIN = r"(?i)demandé par\s*:\s*(.*)"
|
|
|
|
| 177 |
'g/dl': 'g/dL',
|
| 178 |
'mmol/l': 'mmol/L',
|
| 179 |
'pmol/l': 'pmol/L'
|
| 180 |
+
}
|
| 181 |
|
| 182 |
# ==== Helper Functions ====
|
| 183 |
def normaliser_type_analyse(texte):
|
|
|
|
| 213 |
valeur_usuelles = valeur_usuelles.strip()
|
| 214 |
|
| 215 |
# Nettoyer les espaces à l'intérieur des nombres dans la chaîne
|
| 216 |
+
# avant de faire l'extraction
|
| 217 |
valeur_usuelles = re.sub(r'(?<=\d)\s+(?=\d)', '', valeur_usuelles)
|
| 218 |
|
| 219 |
range_pattern = r'(\d+(?:[.,]\d+)?)\s*-\s*(\d+(?:[.,]\d+)?)'
|
|
|
|
| 293 |
return patient_info
|
| 294 |
|
| 295 |
def extract_all_fields_from_text(text: str) -> list:
|
| 296 |
+
"""Extrait tous les paramètres et valeurs du texte nettoyé, y compris valeur antérieure et date antérieure si présentes sur la même ligne."""
|
| 297 |
results = []
|
| 298 |
lines = text.splitlines()
|
| 299 |
for line in lines:
|
|
|
|
| 302 |
continue
|
| 303 |
|
| 304 |
# Nettoyer les motifs "X % Soit :"
|
| 305 |
+
# On conserve uniquement le nom du paramètre au début et ce qui suit "Soit :" s'il est présent
|
| 306 |
soit_match = re.search(r'^([\w\s\.]+)\s+(\d+)\s*%\s*Soit\s*:\s*(.+)$', line, re.IGNORECASE)
|
| 307 |
if soit_match:
|
| 308 |
param_name = soit_match.group(1).strip()
|
|
|
|
| 418 |
return val.item()
|
| 419 |
return val
|
| 420 |
|
| 421 |
+
# ==== API Endpoints ====
|
| 422 |
+
@app.get("/health")
|
| 423 |
+
def health_check():
|
| 424 |
+
"""Vérifie que tous les modèles sont chargés correctement"""
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 425 |
try:
|
| 426 |
+
# Vérifier que tous les modèles sont disponibles
|
| 427 |
+
models_status = {
|
| 428 |
+
"analyse_medicale_model": pipeline is not None,
|
| 429 |
+
"analyze_risk_model": analyze_risk_model is not None,
|
| 430 |
+
"llm_model": llm_model is not None,
|
| 431 |
+
"llm_tokenizer": llm_tokenizer is not None
|
| 432 |
+
}
|
| 433 |
|
| 434 |
+
all_loaded = all(models_status.values())
|
| 435 |
+
|
| 436 |
+
return {
|
| 437 |
+
"status": "healthy" if all_loaded else "unhealthy",
|
| 438 |
+
"models_loaded": models_status,
|
| 439 |
+
"message": "Tous les modèles sont chargés" if all_loaded else "Certains modèles ne sont pas chargés"
|
| 440 |
+
}
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 441 |
except Exception as e:
|
| 442 |
+
return {
|
| 443 |
+
"status": "error",
|
| 444 |
+
"error": str(e)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
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| 445 |
}
|
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| 446 |
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| 447 |
@app.post("/predict", response_model=PredictionResult)
|
| 448 |
def predict(data: InputData):
|
|
|
|
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|
|
|
|
|
|
| 449 |
df = pd.DataFrame([data.dict()])
|
| 450 |
preds = pipeline.predict(df)[0]
|
| 451 |
return PredictionResult(
|
|
|
|
| 458 |
|
| 459 |
@app.post("/upload-pdf", response_model=List[PredictionResult])
|
| 460 |
async def upload_file(file: UploadFile = File(...)):
|
|
|
|
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|
|
|
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|
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| 461 |
content = await file.read()
|
| 462 |
file_extension = file.filename.split('.')[-1].lower()
|
| 463 |
|
|
|
|
| 466 |
if file.content_type != "application/pdf":
|
| 467 |
raise HTTPException(status_code=400, detail="Le fichier doit être au format PDF")
|
| 468 |
|
| 469 |
+
# Traitement PDF existant
|
| 470 |
extracted_text = extract_text_from_pdf_bytes(content)
|
| 471 |
cleaned_text = nettoyer_text(extracted_text)
|
| 472 |
patient_info = extract_patient_info(cleaned_text)
|
|
|
|
| 529 |
|
| 530 |
@app.post("/analyze-risk")
|
| 531 |
def analyze_risk(param: dict = Body(...)):
|
| 532 |
+
import pandas as pd
|
| 533 |
+
import numpy as np
|
| 534 |
+
# Utiliser le modèle globalement chargé
|
| 535 |
+
model = analyze_risk_model
|
| 536 |
+
|
| 537 |
# Préparer le DataFrame à partir du paramètre reçu
|
| 538 |
df_test = pd.DataFrame([param])
|
| 539 |
|
| 540 |
+
# Préparation des features dérivées (copie de preparer_features)
|
| 541 |
df_result = df_test.copy()
|
| 542 |
try:
|
| 543 |
df_result['ValeurAnterieure'] = pd.to_numeric(df_result['ValeurAnterieure'], errors='coerce')
|
|
|
|
| 579 |
features_for_ml = df_result[['DeltaValeurPrecedente', 'RatioValeurPrecedente',
|
| 580 |
'PourcentageValeurMin', 'PourcentageValeurMax',
|
| 581 |
'EcartNormalise', 'ValeurActuelle', 'CodeParametre']]
|
| 582 |
+
predicted_risk_num = model.predict(features_for_ml)[0]
|
| 583 |
risk_map = {0: 'Aucun', 1: 'Faible', 2: 'Modéré', 3: 'Élevé'}
|
| 584 |
degre_risque = risk_map.get(int(predicted_risk_num), 'Inconnu')
|
| 585 |
|
|
|
|
| 618 |
"conseil": to_native(conseil)
|
| 619 |
}
|
| 620 |
|
| 621 |
+
# Fonction de debug temporaire pour tester l'extraction
|
| 622 |
+
def debug_extraction(line):
|
| 623 |
+
"""Teste l'extraction d'une ligne et affiche les résultats"""
|
| 624 |
+
match = re.search(REGEX_PARAMETRE, line)
|
| 625 |
+
if match:
|
|
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|
|
|
|
|
|
|
| 626 |
return {
|
| 627 |
+
"param": match.group(1).strip(),
|
| 628 |
+
"valeur": match.group(2).strip(),
|
| 629 |
+
"unite": match.group(3).strip() if match.group(3) else "",
|
| 630 |
+
"valeur_ant": match.group(4).strip() if match.group(4) else None,
|
| 631 |
+
"date": match.group(5).strip() if match.group(5) else "",
|
| 632 |
+
"usuelles": match.group(6).strip() if match.group(6) else ""
|
| 633 |
}
|
| 634 |
+
return None
|
| 635 |
+
|
| 636 |
+
# Ajouter les fonctions de traitement XML
|
| 637 |
+
def extract_valeurs_usuelles_xml(val):
|
| 638 |
+
"""Extrait les bornes min/max des valeurs usuelles depuis un format XML."""
|
| 639 |
+
if not isinstance(val, str) or val.strip() == "":
|
| 640 |
+
return None, None
|
| 641 |
+
val = val.lower().replace(',', '.').strip()
|
| 642 |
+
|
| 643 |
+
try:
|
| 644 |
+
if '-' in val:
|
| 645 |
+
parts = val.split('-')
|
| 646 |
+
return float(parts[0].strip()), float(parts[1].strip())
|
| 647 |
+
elif 'inf à' in val:
|
| 648 |
+
return None, float(re.sub(r"[^\d.]", "", val))
|
| 649 |
+
elif 'sup à' in val or '>' in val:
|
| 650 |
+
return float(re.sub(r"[^\d.]", "", val)), None
|
| 651 |
+
except:
|
| 652 |
+
return None, None
|
| 653 |
+
|
| 654 |
+
return None, None
|
| 655 |
+
|
| 656 |
+
def parse_xml_file(xml_bytes: bytes) -> list:
|
| 657 |
+
"""Parse un fichier XML et retourne les résultats au format attendu par l'API."""
|
| 658 |
+
try:
|
| 659 |
+
# Utiliser BytesIO pour lire les bytes comme un fichier
|
| 660 |
+
tree = ET.parse(io.BytesIO(xml_bytes))
|
| 661 |
+
root = tree.getroot()
|
| 662 |
|
| 663 |
+
results = []
|
| 664 |
+
|
| 665 |
+
demande = root.find(".//Demande")
|
| 666 |
+
if demande is None:
|
| 667 |
+
raise HTTPException(status_code=400, detail="Format XML non reconnu: élément 'Demande' introuvable")
|
| 668 |
+
|
| 669 |
+
nom_patient = demande.findtext("NomPatient", "").strip()
|
| 670 |
+
prenom_patient = demande.findtext("PrenomPatient", "").strip()
|
| 671 |
+
patient_name = f"{nom_patient} {prenom_patient}".strip()
|
| 672 |
+
patient_name = nettoyer_nom_patient(patient_name)
|
| 673 |
+
medecin = demande.findtext("MedecinPrescripteur", "").strip()
|
| 674 |
+
date_analyse = demande.findtext("DateSaisie", "").strip()
|
| 675 |
+
|
| 676 |
+
# Convertir la date si nécessaire
|
| 677 |
+
if re.match(r'^\d{4}-\d{2}-\d{2}$', date_analyse):
|
| 678 |
+
parts = date_analyse.split('-')
|
| 679 |
+
date_analyse = f"{parts[2]}/{parts[1]}/{parts[0]}"
|
| 680 |
+
|
| 681 |
+
for examen in demande.findall(".//Examen"):
|
| 682 |
+
famille = examen.findtext("Famille", "").strip()
|
| 683 |
+
code_analyse = examen.findtext("CodeAnalyse", "").strip()
|
| 684 |
+
lib_analyse = examen.findtext("LibAnalyse", "").strip()
|
| 685 |
+
|
| 686 |
+
for res in examen.findall("Resultat"):
|
| 687 |
+
cod_param = res.findtext("CodParametre", "").strip()
|
| 688 |
+
lib_param = res.findtext("LibParametre", "").strip()
|
| 689 |
+
valeur = res.findtext("Valeur", "").replace(",", ".").strip()
|
| 690 |
+
unite = res.findtext("Unite", "").strip()
|
| 691 |
+
val_usuelle = res.findtext("ValeurUsuelles", "").strip()
|
| 692 |
+
|
| 693 |
+
val_min, val_max = extract_valeurs_usuelles_xml(val_usuelle)
|
| 694 |
+
|
| 695 |
+
# Normalisation des valeurs
|
| 696 |
+
try:
|
| 697 |
+
valeur_actuelle = normalize_numeric_values(valeur)
|
| 698 |
+
except ValueError:
|
| 699 |
+
valeur_actuelle = ''
|
| 700 |
|
| 701 |
+
results.append({
|
| 702 |
+
"CodeParametre": cod_param.lower(),
|
| 703 |
+
"ValeurActuelle": valeur_actuelle,
|
| 704 |
+
"Unite": unite,
|
| 705 |
+
"ValeursUsuelles": val_usuelle,
|
| 706 |
+
"ValeurUsuelleMin": val_min,
|
| 707 |
+
"ValeurUsuelleMax": val_max,
|
| 708 |
+
"ValeurAnterieure": None,
|
| 709 |
+
"DateAnterieure": '',
|
| 710 |
+
"NomPatient": patient_name,
|
| 711 |
+
"Medecin": medecin,
|
| 712 |
+
"DateAnalyse": date_analyse,
|
| 713 |
+
"CodParametre": cod_param, # Champ prédit (copie du code paramètre)
|
| 714 |
+
"LIBMEDWINabrege": cod_param, # Pourrait être différent, dépend du modèle
|
| 715 |
+
"LibParametre": lib_param,
|
| 716 |
+
"FAMILLE": famille
|
| 717 |
+
})
|
| 718 |
+
|
| 719 |
+
if not results:
|
| 720 |
+
raise HTTPException(status_code=400, detail="Aucun paramètre reconnu dans le XML")
|
| 721 |
+
|
| 722 |
+
return results
|
| 723 |
+
except Exception as e:
|
| 724 |
+
raise HTTPException(status_code=400, detail=f"Erreur lors du traitement du XML: {str(e)}")
|
requirements.txt
CHANGED
|
@@ -11,4 +11,5 @@ scikit-learn==1.3.2
|
|
| 11 |
transformers==4.36.2
|
| 12 |
torch==2.1.2
|
| 13 |
python-dotenv==1.0.0
|
| 14 |
-
huggingface-hub==0.20.3
|
|
|
|
|
|
| 11 |
transformers==4.36.2
|
| 12 |
torch==2.1.2
|
| 13 |
python-dotenv==1.0.0
|
| 14 |
+
huggingface-hub==0.20.3
|
| 15 |
+
requests==2.31.0
|