Update app.py

app.py

@@ -531,10 +531,10 @@ def a3_run(hgvs: str):
     today = datetime.date.today().isoformat()
     hgvs = hgvs.strip()
     if not hgvs:
-        return "Please enter an HGVS notation (e.g. NM_007294.4:c.5266dupC)"
+        return "❌ **Error:** Please enter an HGVS notation (e.g. NM_007294.4:c.5266dupC)"
+
+    result_parts = [f"## 🔍 Real Variant Lookup: `{hgvs}`"]
 
-    result_parts = []
-    
     # ClinVar
     clinvar_cached = cache_get("clinvar", hgvs)
     if clinvar_cached is None:
@@ -546,13 +546,13 @@ def a3_run(hgvs: str):
                 timeout=10
             )
             r.raise_for_status()
-            ids = r.json()["esearchresult"]["idlist"]
-            clinvar_cached = ids
-            cache_set("clinvar", hgvs, ids)
+            ids = r.json().get("esearchresult", {}).get("idlist", [])
+            clinvar_cached = ids if ids else []
+            cache_set("clinvar", hgvs, clinvar_cached)
         except Exception:
-            clinvar_cached = None
+            clinvar_cached = []
 
-    if clinvar_cached and len(clinvar_cached) > 0:
+    if clinvar_cached:
         try:
             time.sleep(0.34)
             r2 = requests.get(
@@ -588,25 +588,14 @@ def a3_run(hgvs: str):
             "> ⚠️ Not in database. Do not interpret."
         )
 
-    # ── gnomAD: спочатку спробуємо як variant_id, потім як HGVS ──
-    # Перевіряємо, чи вхідний рядок схожий на variant_id (наприклад, "17-43124023-G-A")
-    if re.match(r"^\d+-\d+-[ACGT]+-[ACGT]+$", hgvs):
-        # Якщо це variant_id, використовуємо його безпосередньо
-        variant_id = hgvs
-    else:
-        # Інакше намагаємося конвертувати HGVS у variant_id (спрощено)
-        # Наприклад, "NM_007294.4:c.5266dupC" → потрібно знайти координати
-        # Для демонстрації використаємо фіксований приклад
-        variant_id = None
-        # Тут можна додати логіку конвертації, але для простоти залишимо так
-
+    # gnomAD
     gnomad_cached = cache_get("gnomad", hgvs)
     if gnomad_cached is None:
         try:
-            # GraphQL запит до gnomad
-            gql = """
-            query VariantSearch($variantId: String!, $dataset: DatasetId!) {
-              variant(variantId: $variantId, dataset: $dataset) {
+            # Спочатку спробуємо variantSearch (шукає за HGVS)
+            gql_search = """
+            query VariantSearch($query: String!, $dataset: DatasetId!) {
+              variantSearch(query: $query, dataset: $dataset) {
                 variant_id
                 rsids
                 exome { af }
@@ -614,26 +603,9 @@ def a3_run(hgvs: str):
               }
             }
             """
-            # Якщо variant_id не вдалося визначити, пробуємо пошук за HGVS через пошук
-            if variant_id is None:
-                # Використовуємо variantSearch з HGVS як пошуковий запит
-                gql = """
-                query VariantSearch($query: String!, $dataset: DatasetId!) {
-                  variantSearch(query: $query, dataset: $dataset) {
-                    variant_id
-                    rsids
-                    exome { af }
-                    genome { af }
-                  }
-                }
-                """
-                variables = {"query": hgvs, "dataset": "gnomad_r4"}
-            else:
-                variables = {"variantId": variant_id, "dataset": "gnomad_r4"}
-
             r3 = requests.post(
                 GNOMAD_GQL,
-                json={"query": gql, "variables": variables},
+                json={"query": gql_search, "variables": {"query": hgvs, "dataset": "gnomad_r4"}},
                 timeout=15
             )
             r3.raise_for_status()
@@ -643,12 +615,7 @@ def a3_run(hgvs: str):
             gnomad_cached = None
 
     if gnomad_cached and "data" in gnomad_cached:
-        # Якщо використовували variantSearch, результати в data["variantSearch"]
-        if "variantSearch" in gnomad_cached["data"]:
-            variants = gnomad_cached["data"]["variantSearch"]
-        else:
-            variants = [gnomad_cached["data"]["variant"]] if gnomad_cached["data"]["variant"] else []
-
+        variants = gnomad_cached["data"].get("variantSearch", [])
         if variants:
             gn_rows = []
             for v in variants[:3]: