Update app.py
Browse files
app.py
CHANGED
|
@@ -1,9 +1,14 @@
|
|
| 1 |
import streamlit as st
|
| 2 |
import numpy as np
|
| 3 |
import scipy.io
|
| 4 |
-
import matplotlib.pyplot as plt
|
| 5 |
import zipfile
|
| 6 |
import os
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 7 |
|
| 8 |
# --- 1. ตั้งค่า CSS เพื่อปรับขนาดตัวอักษรและจัดกลาง ---
|
| 9 |
st.set_page_config(layout="wide", page_title="K-Space to MRI")
|
|
@@ -20,8 +25,15 @@ st.markdown("""
|
|
| 20 |
color: #1E88E5;
|
| 21 |
margin-bottom: 30px;
|
| 22 |
}
|
| 23 |
-
|
| 24 |
color: #0D47A1;
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 25 |
}
|
| 26 |
</style>
|
| 27 |
""", unsafe_allow_html=True)
|
|
@@ -44,25 +56,100 @@ def load_kspace_data():
|
|
| 44 |
|
| 45 |
kspace_raw = load_kspace_data()
|
| 46 |
|
| 47 |
-
def get_mri_image(k_data):
|
| 48 |
-
img = np.fft.fftshift(np.fft.ifft2(np.fft.ifftshift(k_data)))
|
| 49 |
-
return np.abs(img)
|
| 50 |
-
|
| 51 |
def format_kspace_display(k_data):
|
| 52 |
k_mag = np.abs(k_data)
|
| 53 |
k_display = np.log(1 + k_mag)
|
| 54 |
k_min = np.min(k_display)
|
| 55 |
k_max = np.max(k_display)
|
| 56 |
if k_max == k_min:
|
| 57 |
-
return np.zeros_like(k_display
|
| 58 |
-
k_display = (k_display - k_min) / (k_max - k_min)
|
| 59 |
-
k_display = np.power(k_display
|
| 60 |
-
return k_display
|
| 61 |
|
| 62 |
-
# เตรียมภาพ
|
| 63 |
kspace_bg_image = format_kspace_display(kspace_raw)
|
| 64 |
|
| 65 |
-
# ---
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 66 |
|
| 67 |
st.markdown('<p class="main-title">K-space to MRI image</p>', unsafe_allow_html=True)
|
| 68 |
|
|
@@ -71,93 +158,22 @@ st.markdown("""
|
|
| 71 |
เมื่อเรานำผู้ป่วยเข้าเครื่อง MRI และส่งคลื่น RF เข้าไปกระตุ้น เกิดเป็นสัญญาณ MR Signal ที่ได้มานั้นจะยังไม่ได้ออกมาเป็นภาพอวัยวะ แต่จะถูกนำไปเก็บรวบรวมไว้ในพื้นที่ที่เรียกว่า "K-space" ซึ่งเป็นพื้นที่ที่จะเก็บข้อมูลดิบแบบสองมิติ ก่อนจะนำไปผ่านกระบวนการทางคณิตศาสตร์ที่เรียกว่า Fourier Transform ให้ได้มาซึ่งภาพ MRI ซึ่งข้อมูลใน K-Sapce ถูกเก็บในรูปแบบ ความถี่เชิงพื้นที่ (Spatial Frequency) พิกัดในตารางของ K-space ถูกสร้างขึ้นจากการทำงานของสนามแม่เหล็กเกรเดียนท์ 2 แกน ได้แก่ Gx (ทำหน้าที่เข้ารหัสในแนวความถี่ Frequency encoding) และ Gy (ทำหน้าที่เข้ารหัสในแนวเฟส Phase encoding) ซึ่งเกรเดียนท์ทั้งสองตัวนี้กำหนดว่า สัญญาณจากโปรตอนที่มีความถี่และเฟสจำเพาะเจาะจงที่ต่างกันนั้น จะต้องถูกนำไปจัดเก็บไว้ตรงจุดไหนในพิกัดของ K-space
|
| 72 |
""")
|
| 73 |
|
| 74 |
-
st.
|
| 75 |
-
|
| 76 |
-
col_ax1, col_ax2 = st.columns([1, 1])
|
| 77 |
-
with col_ax1:
|
| 78 |
-
# สร้างแกนสีเขียวด้วย Matplotlib การันตีว่าติด 100%
|
| 79 |
-
fig_axis, ax_axis = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 80 |
-
for i in range(-5, 6):
|
| 81 |
-
ax_axis.plot([-5, 5], [i, i], color='#8BC34A', lw=1)
|
| 82 |
-
ax_axis.plot([i, i], [-5, 5], color='#8BC34A', lw=1)
|
| 83 |
-
ax_axis.plot([-5.5, 5.5], [0, 0], color='#1565C0', lw=3)
|
| 84 |
-
ax_axis.plot([0, 0], [-5.5, 5.5], color='#1565C0', lw=3)
|
| 85 |
-
|
| 86 |
-
ax_axis.annotate('kx\n(Frequency)', xy=(5, 0), xytext=(3.5, 0.5), color='red', weight='bold', fontsize=12, arrowprops=dict(arrowstyle="->", color='red', lw=2))
|
| 87 |
-
ax_axis.annotate('ky\n(Phase)', xy=(0, 5), xytext=(0.5, 3.5), color='red', weight='bold', fontsize=12, arrowprops=dict(arrowstyle="->", color='red', lw=2))
|
| 88 |
-
|
| 89 |
-
ax_axis.set_xlim(-6, 6)
|
| 90 |
-
ax_axis.set_ylim(-6, 6)
|
| 91 |
-
ax_axis.axis('off')
|
| 92 |
-
st.pyplot(fig_axis)
|
| 93 |
-
|
| 94 |
-
with col_ax2:
|
| 95 |
-
st.markdown("""
|
| 96 |
ข้อมูลใน k-space มักจะถูกนำมาแสดงผลในรูปแบบตารางสี่เหลี่ยม (Grid) โดยมีแกนหลักคือ kx (แนวนอน - Frequency) และ ky (แนวตั้ง - Phase) แต่จุดสำคัญคือ แกน kx และ ky เหล่านี้ ไม่ได้บอกตำแหน่งพิกัด ในภาพ แต่มันคือแกนที่บอกถึง ลักษณะของ "ความถี่เชิงพื้นที่ (Spatial Frequencies)" ซึ่งเป็นคลื่นความถี่ Sinusoidal wave ด้วยเหตุนี้ จุดแต่ละจุดบนพิกัด (kx, ky) ใน k-space จึง ไม่ได้จับคู่แบบ 1 ต่อ 1 กับพิกเซล (x, y) บนภาพ MRI (ไม่ได้แปลว่าจุดมุมซ้ายบนใน k-space จะสร้างภาพมุมซ้ายบนของ ภาพอวัยวะ)
|
| 97 |
-
|
| 98 |
-
|
| 99 |
-
|
| 100 |
-
|
| 101 |
-
st.
|
| 102 |
-
|
| 103 |
-
|
| 104 |
-
if 'kx_val' not in st.session_state:
|
| 105 |
-
st.session_state.kx_val = 15
|
| 106 |
-
if 'ky_val' not in st.session_state:
|
| 107 |
-
st.session_state.ky_val = 20
|
| 108 |
-
|
| 109 |
-
def reset_point():
|
| 110 |
-
st.session_state.kx_val = 0
|
| 111 |
-
st.session_state.ky_val = 0
|
| 112 |
-
|
| 113 |
-
col_w1, col_w2, col_w3 = st.columns([1, 1, 1])
|
| 114 |
-
with col_w1:
|
| 115 |
-
st.markdown("**ปรับตำแหน่งพิกัด:**")
|
| 116 |
-
st.slider("ตำแหน่งแกน kx (แนวนอน)", -112, 111, key='kx_val')
|
| 117 |
-
st.slider("ตำแหน่งแกน ky (แนวตั้ง)", -112, 111, key='ky_val')
|
| 118 |
-
st.button("Reset จุด", on_click=reset_point)
|
| 119 |
-
|
| 120 |
-
with col_w2:
|
| 121 |
-
fig_pt, ax_pt = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 122 |
-
size = 224
|
| 123 |
-
# ใช้ภาพ K-space จริงเป็น Background
|
| 124 |
-
ax_pt.imshow(kspace_bg_image, cmap='gray', extent=[-size//2, size//2, -size//2, size//2])
|
| 125 |
-
|
| 126 |
-
kx = st.session_state.kx_val
|
| 127 |
-
ky = st.session_state.ky_val
|
| 128 |
-
|
| 129 |
-
# วาดจุดแดงและลูกศรสีเหลือง
|
| 130 |
-
ax_pt.plot(kx, ky, 'ro', markersize=8)
|
| 131 |
-
ax_pt.annotate('', xy=(kx, ky), xytext=(0, 0),
|
| 132 |
-
arrowprops=dict(arrowstyle='->', color='yellow', lw=2))
|
| 133 |
-
|
| 134 |
-
ax_pt.axhline(0, color='white', linewidth=0.5, linestyle='--')
|
| 135 |
-
ax_pt.axvline(0, color='white', linewidth=0.5, linestyle='--')
|
| 136 |
-
|
| 137 |
-
ax_pt.set_xlim(-size//2, size//2)
|
| 138 |
-
ax_pt.set_ylim(-size//2, size//2)
|
| 139 |
-
ax_pt.set_title(f"พิกัด K-Space (kx={kx}, ky={ky})")
|
| 140 |
-
ax_pt.axis('off')
|
| 141 |
-
st.pyplot(fig_pt)
|
| 142 |
-
|
| 143 |
-
with col_w3:
|
| 144 |
-
x = np.linspace(-size//2, size//2, size)
|
| 145 |
-
y = np.linspace(-size//2, size//2, size)
|
| 146 |
-
X, Y = np.meshgrid(x, y)
|
| 147 |
-
|
| 148 |
-
freq_x = kx / size
|
| 149 |
-
freq_y = ky / size
|
| 150 |
-
wave = np.cos(2 * np.pi * (freq_x * X + freq_y * Y))
|
| 151 |
-
|
| 152 |
-
fig_wave, ax_wave = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 153 |
-
ax_wave.imshow(wave, cmap='gray')
|
| 154 |
-
ax_wave.set_title("แผ่นลวดลายคลื่น (2D Sinusoidal Wave)")
|
| 155 |
-
ax_wave.axis('off')
|
| 156 |
-
st.pyplot(fig_wave)
|
| 157 |
|
|
|
|
| 158 |
|
| 159 |
st.markdown("""
|
| 160 |
**k-space 1 จุด = ข้อมูลของภาพทั้งภาพ และ ภาพ 1 พิกเซล = ผลรวมของ k-space ทุกจุด**
|
|
|
|
| 161 |
**1 จุดใน k-space = แผ่นลวดลายคลื่น 1 แผ่น (2D Sinusoidal Wave)**
|
| 162 |
|
| 163 |
1. **ตำแหน่งของจุด (พิกัด kx, ky) บอก "ความถี่" และ "ทิศทาง"**
|
|
@@ -169,17 +185,30 @@ st.markdown("""
|
|
| 169 |
- **จุดมืดหรือจาง:** แปลว่าภาพ MRI ภาพนี้ แทบจะไม่มีลวดลายชนิดนี้ประกอบอยู่เลย
|
| 170 |
""")
|
| 171 |
|
| 172 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 173 |
|
| 174 |
-
st.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 175 |
st.markdown("""
|
| 176 |
เมื่อเก็บข้อมูลจนเต็มพื้นที่ k-space เราจะใช้กระบวนการทางคณิตศาสตร์ 2D Inverse Fourier Transform (2D-iFT) ในการเปลี่ยนข้อมูลความถี่กลับไปเป็นข้อมูลในเชิงพื้นที่ (Spatial Domain) ภาพ MRI เกิดจากการนำ "คลื่นความถี่ (Sinusoidal spatial waves)" จากทุกจุดใน k-space มาซ้อนทับกัน คลื่นที่มีเฟสตรงกันจะรวมตัวกันแบบเสริมฤทธิ์ (Constructive interference) สร้างเป็นพิกัดที่สว่าง และคลื่นที่มีเฟสตรงข้ามจะหักล้างกัน (Destructive interference) กลายเป็นพื้นที่สีดำ
|
| 177 |
โดยต้องอาศัยข้อมูลจากหลายจุดมาซ้อนทับกัน และเกิดการแทรกสอดตามคุณสมบัติของคลื่น
|
| 178 |
-
|
| 179 |
-
|
| 180 |
""")
|
| 181 |
|
| 182 |
-
st.
|
| 183 |
st.markdown("""
|
| 184 |
ในทางสัญญาณภาพ (Spatial Frequency) ความถี่ไม่ได้หมายถึงความเร็วของเวลา แต่หมายถึง "อัตราการเปลี่ยนแปลงความเข้มของแสงในพื้นที่หนึ่งๆ"
|
| 185 |
|
|
@@ -191,60 +220,35 @@ st.markdown("""
|
|
| 191 |
|
| 192 |
2. **ความถี่เชิงพื้นที่สูง (High Spatial Frequency)**
|
| 193 |
- **คืออะไร:** พื้นที่ที่ความสว่าง เปลี่ยนแบบฉับพลันและรวดเร็ว ภายในระยะทางสั้นๆ เช่น จากขาว ตัดเป็นดำสนิททันที (เหมือนลายทางแคบๆ ที่สลับสีถี่ๆ)
|
| 194 |
-
- **ตัวอย่างในภาพ MRI:** ขอบของอวัยวะ (Edges),
|
| 195 |
- **ตำแหน่งใน k-space:** ข้อมูลเหล่านี้จะกระจายตัวอยู่บริเวณ "ขอบนอก"
|
| 196 |
- **หน้าที่หลัก:** สร้าง "ความคมชัด (Resolution) และรายละเอียดเล็กๆ" ทำให้ภาพไม่เบลอ
|
| 197 |
|
| 198 |
ซึ่งจะให้ผู้เรียนได้ลองปรับหน้าตาของภาพ K-Space แล้วเปรียบเทียบความแตกต่างด้วยการปรับ High-pass filter และ Low-pass filter เพื่อดูลักษณะและความสำคัญของข้อมูลบริเวณกลางและขอบนอกของ K-space
|
| 199 |
เมื่อเราจำแนกข้อมูลใน k-space ออกเป็นความถี่ต่ำ (ตรงกลาง) และความถี่สูง (ขอบนอก) ได้แล้ว เราสามารถเลือก "หยิบ" หรือ "ทิ้ง" ข้อมูลบางส่วนเพื่อดูผลลัพธ์ได้ เรียกว่าการใช้ตัวกรอง (Filter)
|
| 200 |
-
""")
|
| 201 |
|
| 202 |
-
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 203 |
|
| 204 |
-
# --- ส่วน
|
| 205 |
-
st.
|
| 206 |
|
| 207 |
-
|
| 208 |
-
|
| 209 |
-
with col_filter_ctrl:
|
| 210 |
-
mode = st.radio("เลือกตัวกรอง", ["Low-pass Filter", "High-pass Filter"])
|
| 211 |
-
|
| 212 |
-
if mode == "Low-pass Filter":
|
| 213 |
-
radius = st.slider("ปรับระดับความถี่ที่ยอมให้ผ่าน", 1, 112, 112)
|
| 214 |
-
else:
|
| 215 |
-
radius = st.slider("ปรับระดับการตัดข้อมูลส่วนกลาง", 0, 112, 0)
|
| 216 |
-
|
| 217 |
-
Y_m, X_m = np.ogrid[:224, :224]
|
| 218 |
-
dist = np.sqrt((X_m - 112)**2 + (Y_m - 112)**2)
|
| 219 |
-
mask = np.ones((224, 224))
|
| 220 |
|
| 221 |
if mode == "Low-pass Filter":
|
| 222 |
-
|
| 223 |
else:
|
| 224 |
-
|
| 225 |
-
|
| 226 |
-
filtered_k = kspace_raw * mask
|
| 227 |
-
mri_result = get_mri_image(filtered_k)
|
| 228 |
|
| 229 |
-
|
| 230 |
-
c1, c2 = st.columns(2)
|
| 231 |
-
with c1:
|
| 232 |
-
st.image(format_kspace_display(filtered_k), caption="K-Space Map", use_container_width=True)
|
| 233 |
-
with c2:
|
| 234 |
-
mri_disp = mri_result / (mri_result.max() + 1e-8) # ป้องกันการหารด้วยศูนย์
|
| 235 |
-
st.image(mri_disp, caption="MRI Result", use_container_width=True, clamp=True)
|
| 236 |
|
| 237 |
-
|
| 238 |
-
|
| 239 |
-
|
| 240 |
-
|
| 241 |
-
|
| 242 |
-
- **ทำงานอย่างไร:** "อนุญาตให้เฉพาะข้อมูลตรงกลาง (ความถี่ต่ำ) ผ่านไปสร้างภาพได้ ส่วนข้อมูลขอบนอก (ความถี่สูง) ให้ทิ้งไป"
|
| 243 |
-
- **ผลลัพธ์ที่ได้:** เราจะได้ภาพที่มี "คอนทราสต์" ดูออกว่าเป็นอวัยวะอะไร แต่ภาพจะ "เบลอ" (Blurry) เพราะข้อมูลเส้นขอบถูกทิ้งไปแล้ว
|
| 244 |
-
""")
|
| 245 |
-
else:
|
| 246 |
-
st.markdown("""
|
| 247 |
-
**High-pass Filter (ตัวกรองปล่อยความถี่สูงผ่าน):**
|
| 248 |
-
- **ทำงานอย่างไร:** อนุญาตให้เฉพาะข้อมูลขอบนอก (ความถี่สูง) ผ่านไปได้ ส่วนข้อมูลตรงกลางทิ้ง
|
| 249 |
-
- **ผลลัพธ์ที่ได้:** ภาพจะสูญเสียคอนทราสต์ไปจนเกือบมืดสนิท แต่จะปรากฏ "เส้นขอบร่าง" (Outline) ของอวัยวะขึ้นมาอย่างคมชัด
|
| 250 |
-
""")
|
|
|
|
| 1 |
import streamlit as st
|
| 2 |
import numpy as np
|
| 3 |
import scipy.io
|
|
|
|
| 4 |
import zipfile
|
| 5 |
import os
|
| 6 |
+
import io
|
| 7 |
+
|
| 8 |
+
# สำคัญมาก! บังคับให้ Matplotlib ทำงานแบบ Background (Agg) เพื่อแก้ปัญหาภาพสั่นและลดบั๊กใน Streamlit
|
| 9 |
+
import matplotlib
|
| 10 |
+
matplotlib.use('Agg')
|
| 11 |
+
import matplotlib.pyplot as plt
|
| 12 |
|
| 13 |
# --- 1. ตั้งค่า CSS เพื่อปรับขนาดตัวอักษรและจัดกลาง ---
|
| 14 |
st.set_page_config(layout="wide", page_title="K-Space to MRI")
|
|
|
|
| 25 |
color: #1E88E5;
|
| 26 |
margin-bottom: 30px;
|
| 27 |
}
|
| 28 |
+
h2 {
|
| 29 |
color: #0D47A1;
|
| 30 |
+
border-bottom: 2px solid #1E88E5;
|
| 31 |
+
padding-bottom: 10px;
|
| 32 |
+
margin-top: 40px;
|
| 33 |
+
}
|
| 34 |
+
h3 {
|
| 35 |
+
color: #1565C0;
|
| 36 |
+
margin-top: 20px;
|
| 37 |
}
|
| 38 |
</style>
|
| 39 |
""", unsafe_allow_html=True)
|
|
|
|
| 56 |
|
| 57 |
kspace_raw = load_kspace_data()
|
| 58 |
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 59 |
def format_kspace_display(k_data):
|
| 60 |
k_mag = np.abs(k_data)
|
| 61 |
k_display = np.log(1 + k_mag)
|
| 62 |
k_min = np.min(k_display)
|
| 63 |
k_max = np.max(k_display)
|
| 64 |
if k_max == k_min:
|
| 65 |
+
return np.zeros_like(k_display)
|
| 66 |
+
k_display = (k_display - k_min) / (k_max - k_min)
|
| 67 |
+
k_display = np.power(k_display, 0.6)
|
| 68 |
+
return k_display
|
| 69 |
|
| 70 |
+
# เตรียมภาพพื้นหลังตั้งต้นเพื่อลดเวลาคำนวณซ้ำ
|
| 71 |
kspace_bg_image = format_kspace_display(kspace_raw)
|
| 72 |
|
| 73 |
+
# --- ฟังก์ชันวาดกราฟเป็น Image Buffer (แก้ปัญหาภาพสั่นและภาษาไทย) ---
|
| 74 |
+
def draw_kspace_point(kx, ky, bg_image):
|
| 75 |
+
fig, ax = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 76 |
+
ax.imshow(bg_image, cmap='gray', extent=[-112, 112, -112, 112])
|
| 77 |
+
ax.plot(kx, ky, 'ro', markersize=8)
|
| 78 |
+
# วาดเส้นลูกศรชี้ทิศทาง
|
| 79 |
+
ax.annotate('', xy=(kx, ky), xytext=(0, 0),
|
| 80 |
+
arrowprops=dict(arrowstyle='->', color='yellow', lw=2))
|
| 81 |
+
ax.axhline(0, color='white', linewidth=0.5, linestyle='--')
|
| 82 |
+
ax.axvline(0, color='white', linewidth=0.5, linestyle='--')
|
| 83 |
+
ax.set_xlim(-112, 112)
|
| 84 |
+
ax.set_ylim(-112, 112)
|
| 85 |
+
ax.axis('off')
|
| 86 |
+
|
| 87 |
+
plt.tight_layout()
|
| 88 |
+
buf = io.BytesIO()
|
| 89 |
+
plt.savefig(buf, format='png', bbox_inches='tight', pad_inches=0, dpi=100)
|
| 90 |
+
plt.close(fig)
|
| 91 |
+
return buf.getvalue()
|
| 92 |
+
|
| 93 |
+
def draw_wave(kx, ky):
|
| 94 |
+
fig, ax = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 95 |
+
x = np.linspace(-112, 112, 224)
|
| 96 |
+
# สลับ Y ให้สอดคล้องกับพิกัดภาพเพื่อทิศทางลูกศรที่ถูกต้องเป๊ะๆ
|
| 97 |
+
y = np.linspace(112, -112, 224)
|
| 98 |
+
X, Y = np.meshgrid(x, y)
|
| 99 |
+
freq_x = kx / 224.0
|
| 100 |
+
freq_y = ky / 224.0
|
| 101 |
+
wave = np.cos(2 * np.pi * (freq_x * X + freq_y * Y))
|
| 102 |
+
|
| 103 |
+
ax.imshow(wave, cmap='gray', extent=[-112, 112, -112, 112])
|
| 104 |
+
ax.axis('off')
|
| 105 |
+
|
| 106 |
+
plt.tight_layout()
|
| 107 |
+
buf = io.BytesIO()
|
| 108 |
+
plt.savefig(buf, format='png', bbox_inches='tight', pad_inches=0, dpi=100)
|
| 109 |
+
plt.close(fig)
|
| 110 |
+
return buf.getvalue()
|
| 111 |
+
|
| 112 |
+
def apply_filter(k_data, mode, radius):
|
| 113 |
+
Y, X = np.ogrid[:224, :224]
|
| 114 |
+
dist = np.sqrt((X - 112)**2 + (Y - 112)**2)
|
| 115 |
+
mask = np.ones((224, 224))
|
| 116 |
+
if mode == "Low-pass Filter":
|
| 117 |
+
mask[dist > radius] = 0
|
| 118 |
+
else:
|
| 119 |
+
mask[dist < radius] = 0
|
| 120 |
+
|
| 121 |
+
filtered_k = k_data * mask
|
| 122 |
+
img = np.fft.fftshift(np.fft.ifft2(np.fft.ifftshift(filtered_k)))
|
| 123 |
+
img_mag = np.abs(img)
|
| 124 |
+
return filtered_k, img_mag
|
| 125 |
+
|
| 126 |
+
def draw_filtered_kspace(filtered_k):
|
| 127 |
+
fig, ax = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 128 |
+
k_disp = format_kspace_display(filtered_k)
|
| 129 |
+
ax.imshow(k_disp, cmap='gray')
|
| 130 |
+
ax.axis('off')
|
| 131 |
+
|
| 132 |
+
plt.tight_layout()
|
| 133 |
+
buf = io.BytesIO()
|
| 134 |
+
plt.savefig(buf, format='png', bbox_inches='tight', pad_inches=0, dpi=100)
|
| 135 |
+
plt.close(fig)
|
| 136 |
+
return buf.getvalue()
|
| 137 |
+
|
| 138 |
+
def draw_mri(mri_result):
|
| 139 |
+
fig, ax = plt.subplots(figsize=(5, 5))
|
| 140 |
+
m_max = np.max(mri_result)
|
| 141 |
+
m_disp = mri_result / (m_max + 1e-8)
|
| 142 |
+
ax.imshow(m_disp, cmap='gray')
|
| 143 |
+
ax.axis('off')
|
| 144 |
+
|
| 145 |
+
plt.tight_layout()
|
| 146 |
+
buf = io.BytesIO()
|
| 147 |
+
plt.savefig(buf, format='png', bbox_inches='tight', pad_inches=0, dpi=100)
|
| 148 |
+
plt.close(fig)
|
| 149 |
+
return buf.getvalue()
|
| 150 |
+
|
| 151 |
+
|
| 152 |
+
# --- 3. ส่วนเนื้อหาเว็บ (เรียงเนื้อหามาก่อน Interactive เสมอ) ---
|
| 153 |
|
| 154 |
st.markdown('<p class="main-title">K-space to MRI image</p>', unsafe_allow_html=True)
|
| 155 |
|
|
|
|
| 158 |
เมื่อเรานำผู้ป่วยเข้าเครื่อง MRI และส่งคลื่น RF เข้าไปกระตุ้น เกิดเป็นสัญญาณ MR Signal ที่ได้มานั้นจะยังไม่ได้ออกมาเป็นภาพอวัยวะ แต่จะถูกนำไปเก็บรวบรวมไว้ในพื้นที่ที่เรียกว่า "K-space" ซึ่งเป็นพื้นที่ที่จะเก็บข้อมูลดิบแบบสองมิติ ก่อนจะนำไปผ่านกระบวนการทางคณิตศาสตร์ที่เรียกว่า Fourier Transform ให้ได้มาซึ่งภาพ MRI ซึ่งข้อมูลใน K-Sapce ถูกเก็บในรูปแบบ ความถี่เชิงพื้นที่ (Spatial Frequency) พิกัดในตารางของ K-space ถูกสร้างขึ้นจากการทำงานของสนามแม่เหล็กเกรเดียนท์ 2 แกน ได้แก่ Gx (ทำหน้าที่เข้ารหัสในแนวความถี่ Frequency encoding) และ Gy (ทำหน้าที่เข้ารหัสในแนวเฟส Phase encoding) ซึ่งเกรเดียนท์ทั้งสองตัวนี้กำหนดว่า สัญญาณจากโปรตอนที่มีความถี่และเฟสจำเพาะเจาะจงที่ต่างกันนั้น จะต้องถูกนำไปจัดเก็บไว้ตรงจุดไหนในพิกัดของ K-space
|
| 159 |
""")
|
| 160 |
|
| 161 |
+
st.markdown("## 🧩 องค์ประกอบของ K-Space")
|
| 162 |
+
st.markdown("""
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 163 |
ข้อมูลใน k-space มักจะถูกนำมาแสดงผลในรูปแบบตารางสี่เหลี่ยม (Grid) โดยมีแกนหลักคือ kx (แนวนอน - Frequency) และ ky (แนวตั้ง - Phase) แต่จุดสำคัญคือ แกน kx และ ky เหล่านี้ ไม่ได้บอกตำแหน่งพิกัด ในภาพ แต่มันคือแกนที่บอกถึง ลักษณะของ "ความถี่เชิงพื้นที่ (Spatial Frequencies)" ซึ่งเป็นคลื่นความถี่ Sinusoidal wave ด้วยเหตุนี้ จุดแต่ละจุดบนพิกัด (kx, ky) ใน k-space จึง ไม่ได้จับคู่แบบ 1 ต่อ 1 กับพิกเซล (x, y) บนภาพ MRI (ไม่ได้แปลว่าจุดมุมซ้ายบนใน k-space จะสร้างภาพมุมซ้ายบนของ ภาพอวัยวะ)
|
| 164 |
+
""")
|
| 165 |
+
|
| 166 |
+
# แทรกรูปภาพไฟล์ที่คุณให้มาโดยตรง
|
| 167 |
+
if os.path.exists("Screenshot 2026-05-07 205051.jpg"):
|
| 168 |
+
st.image("Screenshot 2026-05-07 205051.jpg", width=500)
|
| 169 |
+
else:
|
| 170 |
+
st.info("กรุณาอัปโหลดรูปภาพ Screenshot 2026-05-07 205051.jpg เข้ามาในระบบ")
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 171 |
|
| 172 |
+
st.markdown("## 📍 1 จุดบน k-space")
|
| 173 |
|
| 174 |
st.markdown("""
|
| 175 |
**k-space 1 จุด = ข้อมูลของภาพทั้งภาพ และ ภาพ 1 พิกเซล = ผลรวมของ k-space ทุกจุด**
|
| 176 |
+
|
| 177 |
**1 จุดใน k-space = แผ่นลวดลายคลื่น 1 แผ่น (2D Sinusoidal Wave)**
|
| 178 |
|
| 179 |
1. **ตำแหน่งของจุด (พิกัด kx, ky) บอก "ความถี่" และ "ทิศทาง"**
|
|
|
|
| 185 |
- **จุดมืดหรือจาง:** แปลว่าภาพ MRI ภาพนี้ แทบจะไม่มีลวดลายชนิดนี้ประกอบอยู่เลย
|
| 186 |
""")
|
| 187 |
|
| 188 |
+
# --- ส่วน Interactive พิกัด K-space ---
|
| 189 |
+
st.markdown("### 🎛️ ลองปรับตำแหน่งของจุด K-Space เพื่อดูคลื่นความถี่")
|
| 190 |
+
|
| 191 |
+
col_slide1, col_slide2 = st.columns(2)
|
| 192 |
+
with col_slide1:
|
| 193 |
+
kx_val = st.slider("พิกัด kx (แนวนอน)", -112, 111, 15)
|
| 194 |
+
with col_slide2:
|
| 195 |
+
ky_val = st.slider("พิกัด ky (แนวตั้ง)", -112, 111, 20)
|
| 196 |
|
| 197 |
+
col_img1, col_img2 = st.columns(2)
|
| 198 |
+
with col_img1:
|
| 199 |
+
st.image(draw_kspace_point(kx_val, ky_val, kspace_bg_image), caption="พิกัด K-Space (มีเส้นบอกทิศทาง)", use_container_width=True)
|
| 200 |
+
with col_img2:
|
| 201 |
+
st.image(draw_wave(kx_val, ky_val), caption="แผ่นลวดลายคลื่น (2D Sinusoidal Wave)", use_container_width=True)
|
| 202 |
+
|
| 203 |
+
st.markdown("## 🔄 Inverse Fourier Transform")
|
| 204 |
st.markdown("""
|
| 205 |
เมื่อเก็บข้อมูลจนเต็มพื้นที่ k-space เราจะใช้กระบวนการทางคณิตศาสตร์ 2D Inverse Fourier Transform (2D-iFT) ในการเปลี่ยนข้อมูลความถี่กลับไปเป็นข้อมูลในเชิงพื้นที่ (Spatial Domain) ภาพ MRI เกิดจากการนำ "คลื่นความถี่ (Sinusoidal spatial waves)" จากทุกจุดใน k-space มาซ้อนทับกัน คลื่นที่มีเฟสตรงกันจะรวมตัวกันแบบเสริมฤทธิ์ (Constructive interference) สร้างเป็นพิกัดที่สว่าง และคลื่นที่มีเฟสตรงข้ามจะหักล้างกัน (Destructive interference) กลายเป็นพื้นที่สีดำ
|
| 206 |
โดยต้องอาศัยข้อมูลจากหลายจุดมาซ้อนทับกัน และเกิดการแทรกสอดตามคุณสมบัติของคลื่น
|
| 207 |
+
- บริเวณไหนที่เป็นเนื้อเยื่อจริง คลื่นจะเสริมกันทำให้เกิด จุดสว่าง
|
| 208 |
+
- บริเวณไหนที่เป็นช่องว่าง คลื่นจะหักล้างกันทำให้เกิด จุดมืด
|
| 209 |
""")
|
| 210 |
|
| 211 |
+
st.markdown("## 📊 ความถี่เชิงพื้นที่ (Spatial Frequency) คือ")
|
| 212 |
st.markdown("""
|
| 213 |
ในทางสัญญาณภาพ (Spatial Frequency) ความถี่ไม่ได้หมายถึงความเร็วของเวลา แต่หมายถึง "อัตราการเปลี่ยนแปลงความเข้มของแสงในพื้นที่หนึ่งๆ"
|
| 214 |
|
|
|
|
| 220 |
|
| 221 |
2. **ความถี่เชิงพื้นที่สูง (High Spatial Frequency)**
|
| 222 |
- **คืออะไร:** พื้นที่ที่ความสว่าง เปลี่ยนแบบฉับพลันและรวดเร็ว ภายในระยะทางสั้นๆ เช่น จากขาว ตัดเป็นดำสนิททันที (เหมือนลายทางแคบๆ ที่สลับสีถี่ๆ)
|
| 223 |
+
- **ตัวอย่างในภาพ MRI:** ขอบของอวัยวะ (Edges), หรือรายละเอียดเส้นเลือดเส้นเล็กๆ
|
| 224 |
- **ตำแหน่งใน k-space:** ข้อมูลเหล่านี้จะกระจายตัวอยู่บริเวณ "ขอบนอก"
|
| 225 |
- **หน้าที่หลัก:** สร้าง "ความคมชัด (Resolution) และรายละเอียดเล็กๆ" ทำให้ภาพไม่เบลอ
|
| 226 |
|
| 227 |
ซึ่งจะให้ผู้เรียนได้ลองปรับหน้าตาของภาพ K-Space แล้วเปรียบเทียบความแตกต่างด้วยการปรับ High-pass filter และ Low-pass filter เพื่อดูลักษณะและความสำคัญของข้อมูลบริเวณกลางและขอบนอกของ K-space
|
| 228 |
เมื่อเราจำแนกข้อมูลใน k-space ออกเป็นความถี่ต่ำ (ตรงกลาง) และความถี่สูง (ขอบนอก) ได้แล้ว เราสามารถเลือก "หยิบ" หรือ "ทิ้ง" ข้อมูลบางส่วนเพื่อดูผลลัพธ์ได้ เรียกว่าการใช้ตัวกรอง (Filter)
|
|
|
|
| 229 |
|
| 230 |
+
- **Low-pass Filter (ตัวกรองปล่อยความถี่ต่ำผ่าน):**
|
| 231 |
+
- **ทำงานอย่างไร:** "อนุญาตให้เฉพาะข้อมูลตรงกลาง (ความถี่ต่ำ) ผ่านไปสร้างภาพได้ ส่วนข้อมูลขอบนอก (ความถี่สูง) ให้ทิ้งไป"
|
| 232 |
+
- **ผลลัพธ์ที่ได้:** เราจะได้ภาพที่มี "คอนทราสต์" ดูออกว่าเป็นอวัยวะอะไร แต่ภาพจะ "เบลอ" (Blurry) เพราะข้อมูลเส้นขอบถูกทิ้งไปแล้ว
|
| 233 |
+
- **High-pass Filter (ตัวกรองปล่อยความถี่สูงผ่าน):**
|
| 234 |
+
- **ทำงานอย่างไร:** อนุญาตให้เฉพาะข้อมูลขอบนอก (ความถี่สูง) ผ่านไปได้ ส่วนข้อมูลตรงกลางทิ้ง
|
| 235 |
+
- **ผลลัพธ์ที่ได้:** ภาพจะสูญเสียคอนทราสต์ไปจนเกือบมืดสนิท แต่จะปรากฏ "เส้นขอบร่าง" (Outline) ของอวัยวะขึ้นมาอย่างคมชัด
|
| 236 |
+
""")
|
| 237 |
|
| 238 |
+
# --- ส่วน Interactive ตัวกรอง K-space ---
|
| 239 |
+
st.markdown("### 🎛️ ลองปรับตัวกรอง (Interactive Filter)")
|
| 240 |
|
| 241 |
+
mode = st.radio("เลือกตัวกรอง:", ["Low-pass Filter", "High-pass Filter"], horizontal=True)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 242 |
|
| 243 |
if mode == "Low-pass Filter":
|
| 244 |
+
radius = st.slider("ปรับระดับความถี่ที่ยอมให้ผ่าน (รัศมีจากตรงกลาง)", 1, 112, 112)
|
| 245 |
else:
|
| 246 |
+
radius = st.slider("ปรับระดับการตัดข้อมูลส่วนกลาง (รัศมีจากตรงกลาง)", 0, 112, 0)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 247 |
|
| 248 |
+
filtered_k, mri_result = apply_filter(kspace_raw, mode, radius)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
| 249 |
|
| 250 |
+
col_f1, col_f2 = st.columns(2)
|
| 251 |
+
with col_f1:
|
| 252 |
+
st.image(draw_filtered_kspace(filtered_k), caption="ภาพ K-Space ที่ถูกตัวกรอง", use_container_width=True)
|
| 253 |
+
with col_f2:
|
| 254 |
+
st.image(draw_mri(mri_result), caption="ภาพ MRI ผลลัพธ์", use_container_width=True)
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|