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| import gradio as gr | |
| import numpy as np | |
| import pandas as pd | |
| from sklearn.feature_extraction.text import CountVectorizer | |
| from sklearn.naive_bayes import MultinomialNB | |
| import pickle | |
| import sys | |
| # load the CountVectorizer from disk | |
| cv = pickle.load(open('countVectTrain.pkl', 'rb')) | |
| #working... | |
| # load the model from disk | |
| filename = 'corona_pred.pkl' | |
| model = pickle.load(open(filename, 'rb')) | |
| # function to convert sequence string into k-mer words, default size = 6 (hexamer words) | |
| kmer_size = 6 | |
| def getKmers(sequence, size=kmer_size): | |
| return [sequence[x:x+size].lower() for x in range(len(sequence) - size + 1)] | |
| # define the Gradio interface | |
| def classify_sequence(sequence): | |
| # convert the input sequence into k-mer words | |
| words = getKmers(sequence) | |
| # convert the k-mer words into a list of space-separated strings | |
| text = ' '.join(words) | |
| # vectorize the text using Count Vectorization | |
| X = cv.transform([text]) | |
| # make predictions using the pre-trained model | |
| pred_label = model.predict(X)[0] | |
| pred_prob_percentage = model.predict_proba(X).max()*100 | |
| # return the predicted class and probability | |
| return {'predicted_class': pred_label, 'probability': pred_prob_percentage} | |
| Examples=['ATCTCACTTCCCCTCGTTCTCTTGCAGAACTTTGATTTTAACGAACTTAAATAAAAGCCCTGTTGTTTAGCGTATTGTTGCACTTGTCTGGTGGGATTGTGGCACTAATCTGCCTGCTCATCTAGGCAGTGGACATATGCTCAACACTGGGTATAATTCTAATTGAATACTATTTTTCAGTTAGAGCGTCGTGTCTCTTGTACGTCTCGGTCACAATATACGGTTTCGTCCGGTGCGTGGCAATTCGGGGCACATCATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGATCGCGCAAGGTGCGCGCGGTACGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACATCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTCAGGAAACCTGGTTGAAAAACTTTCACCATGGTTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCCATGTTACTTAAAAAAGAGCCACTTCTCTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACTAGACACCTCCCAGGTCCTCGTGTGTACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTTGTGAAAATCCATTCATGGTTAACCAATTGGCTTATAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCCTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGCAAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCTTATGACATCGAACTTGTCACAGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTATGGCCGTGGTGGTTATCACTACACCCCAGTCCACTATGAGCGAGACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACTATTTTGAGGCGGATCCTAAAGGCAAATATGCCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAACTGGCTGATGTTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGATGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCTATATAGATTGGTTTGGCATGTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAATAGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAACACTCCTCCTCACTATTTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAACGCTCACCCCACGTAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTGACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTTCTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCCGCATTCATTGAGTGTGGAAGTTGTGGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGTTTGCCTGTGGATGTGGGGCATCATATACAGCTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTGCTACTTGCCCCTTTGCTAAGGGTGACAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAACGCTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTGGATGTGAGGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCATCTTTACAGGCTGTACTGGCTCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAGCATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGTTGTCAACGATGTTGTCCTCGCAATTCTCTCTGGAACCACAACTAATGTTGACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCATTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGACTATGACGTAGCAGTCACTGCCGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACAGGATTACAGTATGCCGCCATTACTGCACCTTATGTAGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCATACCGTACAAGGTTTGCAACTCTGTTAAGGATACTCTGACTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGTTTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTACTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCAGTAGCTTCTACCTATTTTTTAGTCCGCCTCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTATGTCTACAATTATTACTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGCTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTAACTTCTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTTCGCAATGCCTATGTGTACACTTCACAAGGGTTTGTGGTGGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAGGGTATGCAACTTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAACATCAGTGCTGTTATCTACAGCGGCAGGGAGTCTCTAATATTCCCATCGGGAACCTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAAGATCTTGACGTTATTTTGCCTGGTGAGTTTTCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAACTGTTAGTGTTACTGTATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTGGGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCACAGTCCTGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTATTAGTGAAAAATTGTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGATTCGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTAGACTTAAGGGAGGTGCACCTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTAAGAAGTGTTACTGTCGAGTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTTGTTGTAGATAAGTCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAATTACTGCGTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGAGGGTGATGCATCTTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTTCACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCTGAAGTAGAGGCTTCAGATTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTGCATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTGACGTTTCTCATGAGGTTTCTGACGACGAGTGGGCTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCCCTCGATGAAGCAGAAGATGTTACTGAATCTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGTACCTGTTGAAGATATTGTGCAGGTTGTCATAGTTGACACCTTACAGGAAACTCCTGTTGTGTCTGATACTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTGGTGAAACTTCCGTCTGAACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGATACCGAACAGACACAGAGTGTTACTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTGTCCAATTTTGAACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCAAGTGCTATGGGGAGTCTGTGTTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGGTGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGTCCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCGTTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTCTAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCCCAGATGCCCGCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGCTATAAGGCTATGAATGCATATCCTCTTGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAACAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTCTTTTGATTATCTTATTAGAGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTCGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCATAGTTGACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGATTATGGTTTTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAAGGGTGTTGATTATACTAAGAAGTTTCTTACAGTTGACGGTGTGCAATATTATTGCTACACGTCTAAGGACACTTTAGATGATATCTTACAACAGGCTAATAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATATGTGTCTCATGGTTTAGACTTAATTCAAGCAGGGAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACGTGTGTCTCCTAGCTAATAAAGAGCAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAACCCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCCGCACTAATGGTGGTTACAATTCTTGGCATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAAGCTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGGATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACAGCTTTTCCATTTGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAATCGAAGTCTTAGTGACTGTCGATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAGATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGTGCTGATATTTCTGATACCATTCCTGATGAGAAACAGAATGGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGAAACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCCCCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCCATAAGTGGAAGATGGTTGT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| |
| iface = gr.Interface(fn=classify_sequence, inputs="text", outputs=["text"], | |
| title="Coronavirus Sequence Classifier", | |
| description="Enter a coronavirus sequence to predict its class and probability.",examples=Examples) | |
| iface.launch() |