# mapt_annot ---- # library(rtemisbio) # mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json") # mapt_annot # dput(mapt_annot) MAPT_PTM <- structure( list( Sequence = c( "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S", "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K", "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K", "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P", "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P", "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S", "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L", "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V", "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S", "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K", "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K", "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K", "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S", "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V", "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T", "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P", "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D", "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D", "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I", "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A", "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P", "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N", "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P", "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L", "A", "K", "Q", "G", "L" ), Annotations = list( Site = list( Disease_associated_variant = c( 4L, 5L, 14L, 17L, 18L, 30L, 39L, 41L, 55L, 75L, 86L, 90L, 152L, 176L, 178L, 200L, 203L, 211L, 224L, 227L, 239L, 255L, 257L, 260L, 266L, 272L, 273L, 279L, 280L, 284L, 285L, 287L, 291L, 296L, 300L, 301L, 303L, 305L, 320L, 332L, 335L, 336L, 337L, 342L, 352L, 356L, 360L, 363L, 364L, 366L, 369L, 372L, 389L, 406L, 410L, 427L, 441L ), `N-terminal Repeat` = 45:86, `Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c( 244L, 245L, 246L, 247L, 248L, 249L, 250L, 251L, 252L, 253L, 254L, 255L, 256L, 257L, 258L, 259L, 260L, 261L, 262L, 263L, 264L, 265L, 266L, 267L, 268L, 269L, 270L, 271L, 272L, 273L, 274L, 306L, 307L, 308L, 309L, 310L, 311L, 312L, 313L, 314L, 315L, 316L, 317L, 318L, 319L, 320L, 321L, 322L, 323L, 324L, 325L, 326L, 327L, 328L, 329L, 330L, 331L, 332L, 333L, 334L, 335L, 336L, 337L, 338L, 339L, 340L, 341L, 342L, 343L, 344L, 345L, 346L, 347L, 348L, 349L, 350L, 351L, 352L, 353L, 354L, 355L, 356L, 357L, 358L, 359L, 360L, 361L, 362L, 363L, 364L, 365L, 366L, 367L, 368L ), `Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305 ), Region = list( KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356), `Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351), `Potential KFERQ` = list( 240:244, 280:284, 307:311, 343:347 ), Phosphodegron = list( 46:51, 149:154, 195:200, 208:213, 231:236, 400:405 ) ), PTM = list( Phosphorylation = c( 17L, 18L, 29L, 30L, 39L, 46L, 50L, 52L, 56L, 61L, 63L, 64L, 68L, 69L, 71L, 76L, 95L, 101L, 102L, 111L, 113L, 123L, 129L, 131L, 135L, 137L, 149L, 153L, 169L, 175L, 181L, 184L, 185L, 191L, 195L, 197L, 198L, 199L, 202L, 205L, 208L, 210L, 217L, 212L, 214L, 220L, 229L, 235L, 231L, 232L, 235L, 236L, 237L, 238L, 241L, 245L, 258L, 262L, 263L, 285L, 289L, 293L, 305L, 316L, 319L, 320L, 321L, 324L, 336L, 341L, 352L, 356L, 361L, 362L, 366L, 370L, 373L, 380L, 382L, 383L, 385L, 386L, 394L, 396L, 403L, 409L, 400L, 404L, 412L, 413L, 414L, 416L, 435L, 427L, 433L, 422L ), Acetylation = c( 148L, 150L, 163L, 174L, 180L, 224L, 225L, 234L, 240L, 254L, 257L, 259L, 267L, 274L, 280L, 281L, 290L, 294L, 298L, 311L, 317L, 321L, 331L, 343L, 347L, 353L, 369L, 370L, 375L, 383L, 385L, 395L ), Methylation = c( 24L, 44L, 67L, 87L, 126L, 148L, 150L, 155L, 163L, 174L, 180L, 190L, 234L, 240L, 254L, 259L, 267L, 281L, 290L, 311L, 317L, 331L, 349L, 353L, 369L, 370L, 375L, 385L, 395L ), Glycation = c( 67L, 87L, 132L, 148L, 150L, 163L, 174L, 180L, 190L, 225L, 234L, 259L, 267L, 274L, 280L, 281L, 290L, 298L, 311L, 321L, 331L, 340L, 343L, 347L, 353L, 369L, 370L, 375L, 383L, 385L, 395L ), Ubiquitination = c( 44L, 254L, 259L, 267L, 281L, 290L, 298L, 311L, 317L, 321L, 331L, 343L, 347L, 353L, 369L, 375L, 385L ), `O-Glycosilation` = c( 123L, 208L, 238L, 400L, 412L, 413L ), SUMOylation = 340L ), Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = "P10636", Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation", Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532" ), class = c( "a3", "list" ) ) # mapt_clv ---- # mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json") # mapt_clv # dput(mapt_clv) MAPT_Cathepsin_Cleavage <- structure( list( Sequence = c( "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", "E", "P", "E", "S", "G", "K", "V", "V", "Q", "E", "G", "F", "L", "R", "E", "P", "G", "P", "P", "G", "L", "S", "H", "Q", "L", "M", "S", "G", "M", "P", "G", "A", "P", "L", "L", "P", "E", "G", "P", "R", "E", "A", "T", "R", "Q", "P", "S", "G", "T", "G", "P", "E", "D", "T", "E", "G", "G", "R", "H", "A", "P", "E", "L", "L", "K", "H", "Q", "L", "L", "G", "D", "L", "H", "Q", "E", "G", "P", "P", "L", "K", "G", "A", "G", "G", "K", "E", "R", "P", "G", "S", "K", "E", "E", "V", "D", "E", "D", "R", "D", "V", "D", "E", "S", "S", "P", "Q", "D", "S", "P", "P", "S", "K", "A", "S", "P", "A", "Q", "D", "G", "R", "P", "P", "Q", "T", "A", "A", "R", "E", "A", "T", "S", "I", "P", "G", "F", "P", "A", "E", "G", "A", "I", "P", "L", "P", "V", "D", "F", "L", "S", "K", "V", "S", "T", "E", "I", "P", "A", "S", "E", "P", "D", "G", "P", "S", "V", "G", "A", "A", "K", "G", "Q", "D", "A", "P", "L", "E", "F", "T", "F", "H", "V", "E", "I", "T", "P", "N", "V", "Q", "K", "E", "Q", "A", "H", "S", "E", "E", "H", "A", "G", "R", "A", "A", "F", "P", "G", "A", "P", "G", "E", "G", "P", "E", "A", "R", "G", "P", "S", "L", "G", "E", "D", "T", "K", "E", "A", "D", "L", "P", "E", "P", "S", "E", "K", "Q", "P", "A", "A", "A", "P", "R", "G", "K", "P", "V", "S", "R", "V", "P", "Q", "L", "K", "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S", "D", "D", "K", "K", "A", "K", "T", "S", "T", "R", "S", "S", "A", "K", "T", "L", "K", "N", "R", "P", "C", "L", "S", "P", "K", "H", "P", "T", "P", "G", "S", "S", "D", "P", "L", "I", "Q", "P", "S", "S", "P", "A", "V", "C", "P", "E", "P", "P", "S", "S", "P", "K", "Y", "V", "S", "S", "V", "T", "S", "R", "T", "G", "S", "S", "G", "A", "K", "E", "M", "K", "L", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K", "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K", "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P", "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P", "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S", "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L", "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V", "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S", "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K", "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K", "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K", "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S", "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V", "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T", "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P", "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D", "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D", "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I", "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A", "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P", "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N", "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P", "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L", "A", "K", "Q", "G", "L" ), Annotations = list( Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( CTSL_pH_4_5 = c( 1L, 9L, 11L, 13L, 19L, 21L, 30L, 44L, 49L, 54L, 67L, 71L, 76L, 81L, 116L, 129L, 173L, 198L, 227L, 229L, 244L, 254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 281L, 283L, 300L, 307L, 310L, 314L, 316L, 319L, 326L, 340L, 340L, 341L, 351L, 355L, 377L, 379L, 379L, 394L, 395L, 402L, 405L, 417L, 419L, 421L, 426L, 427L, 429L, 433L, 437L, 438L ), CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L), CTSD_pH_3_4 = c( 340L, 391L, 426L ), CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L), CTSB_pH_4_5 = c( 7L, 12L, 15L, 17L, 30L, 53L, 82L, 130L, 186L, 209L, 225L, 237L, 238L, 257L, 259L, 262L, 264L, 282L, 284L, 321L, 349L, 353L, 407L, 438L ), CTSB_pH_5_5 = c( 14L, 17L, 27L, 81L, 173L, 186L, 209L, 225L, 238L, 253L, 256L, 257L, 259L, 262L, 264L, 284L, 290L, 338L, 349L, 353L, 400L, 407L, 419L, 419L, 424L, 425L ), CTSK_pH_4_5 = c( 1L, 21L, 30L, 44L, 109L, 184L, 184L, 214L, 244L, 254L, 261L, 319L, 326L, 343L, 355L, 377L, 399L, 421L ), CTSF_pH_4_5 = c( 300L, 402L ), CTSV_pH_3_4 = c( 248L, 254L, 276L, 285L, 307L, 314L, 316L, 340L, 351L, 361L, 395L, 433L ), CTSV_pH_4_5 = c( 1L, 11L, 21L, 30L, 30L, 44L, 244L, 254L, 256L, 257L, 276L, 283L, 285L, 288L, 307L, 310L, 316L, 326L, 340L, 340L, 351L, 361L, 379L, 381L, 394L, 395L, 407L, 425L, 426L, 429L, 433L ), CTSE_pH_3_4 = c( 8L, 9L, 11L, 21L, 30L, 44L, 73L, 81L, 109L, 129L, 244L, 254L, 257L, 261L, 283L, 288L, 307L, 310L, 319L, 326L, 340L, 351L, 355L, 395L, 418L, 419L, 419L, 425L, 426L, 433L ), CTSE_pH_4_5 = c( 8L, 111L, 307L, 322L, 419L, 425L ), CTSS_pH_4_5 = c( 1L, 5L, 7L, 9L, 12L, 30L, 44L, 49L, 67L, 72L, 76L, 80L, 95L, 105L, 109L, 115L, 116L, 129L, 212L, 243L, 244L, 254L, 257L, 267L, 276L, 283L, 288L, 307L, 308L, 309L, 310L, 316L, 339L, 345L, 351L, 355L, 361L, 391L, 394L, 395L, 400L, 407L, 411L, 412L, 420L, 425L, 426L, 427L, 429L, 433L ), CTSS_pH_5_5 = c( 1L, 11L, 12L, 30L, 30L, 44L, 49L, 67L, 72L, 76L, 80L, 92L, 95L, 109L, 115L, 129L, 243L, 244L, 254L, 256L, 257L, 261L, 267L, 283L, 288L, 307L, 308L, 310L, 316L, 319L, 326L, 339L, 351L, 355L, 355L, 361L, 379L, 379L, 391L, 394L, 395L, 400L, 407L, 411L, 412L, 423L, 425L, 426L, 427L, 429L, 430L, 433L, 433L ), CTSO_pH_5_5 = c( 92L, 212L, 339L, 430L ), AEP_pH_4_5 = c( 40L, 49L, 54L, 54L, 67L, 116L, 209L, 212L, 252L, 255L, 265L, 279L, 286L, 327L, 339L, 345L, 361L, 368L, 368L, 381L, 402L, 418L, 423L, 430L, 430L ), AEP_pH_5_5 = c( 67L, 92L, 265L, 284L, 339L, 345L, 368L, 423L, 430L ), CTSX_pH_3_4 = c( 16L, 41L, 67L, 112L, 212L, 339L, 345L, 402L, 423L, 430L ), CTSX_pH_4_5 = c( 3L, 16L, 67L, 212L, 339L, 345L, 355L, 355L, 394L, 432L, 433L ), CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L) ), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = NULL, Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites", Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8" ), class = c( "a3", "list" ) ) # mapt_citrullination ---- MAPT_Citrullination <- structure( list( Sequence = c( "M", "A", "E", "P", "R", "Q", "E", "F", "E", "V", "M", "E", "D", "H", "A", "G", "T", "Y", "G", "L", "G", "D", "R", "K", "D", "Q", "G", "G", "Y", "T", "M", "H", "Q", "D", "Q", "E", "G", "D", "T", "D", "A", "G", "L", "K", "E", "S", "P", "L", "Q", "T", "P", "T", "E", "D", "G", "S", "E", "E", "P", "G", "S", "E", "T", "S", "D", "A", "K", "S", "T", "P", "T", "A", "E", "D", "V", "T", "A", "P", "L", "V", "D", "E", "G", "A", "P", "G", "K", "Q", "A", "A", "A", "Q", "P", "H", "T", "E", "I", "P", "E", "G", "T", "T", "A", "E", "E", "A", "G", "I", "G", "D", "T", "P", "S", "L", "E", "D", "E", "A", "A", "G", "H", "V", "T", "Q", "A", "R", "M", "V", "S", "K", "S", "K", "D", "G", "T", "G", "S", "D", "D", "K", "K", "A", "K", "G", "A", "D", "G", "K", "T", "K", "I", "A", "T", "P", "R", "G", "A", "A", "P", "P", "G", "Q", "K", "G", "Q", "A", "N", "A", "T", "R", "I", "P", "A", "K", "T", "P", "P", "A", "P", "K", "T", "P", "P", "S", "S", "G", "E", "P", "P", "K", "S", "G", "D", "R", "S", "G", "Y", "S", "S", "P", "G", "S", "P", "G", "T", "P", "G", "S", "R", "S", "R", "T", "P", "S", "L", "P", "T", "P", "P", "T", "R", "E", "P", "K", "K", "V", "A", "V", "V", "R", "T", "P", "P", "K", "S", "P", "S", "S", "A", "K", "S", "R", "L", "Q", "T", "A", "P", "V", "P", "M", "P", "D", "L", "K", "N", "V", "K", "S", "K", "I", "G", "S", "T", "E", "N", "L", "K", "H", "Q", "P", "G", "G", "G", "K", "V", "Q", "I", "I", "N", "K", "K", "L", "D", "L", "S", "N", "V", "Q", "S", "K", "C", "G", "S", "K", "D", "N", "I", "K", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "S", "V", "Q", "I", "V", "Y", "K", "P", "V", "D", "L", "S", "K", "V", "T", "S", "K", "C", "G", "S", "L", "G", "N", "I", "H", "H", "K", "P", "G", "G", "G", "Q", "V", "E", "V", "K", "S", "E", "K", "L", "D", "F", "K", "D", "R", "V", "Q", "S", "K", "I", "G", "S", "L", "D", "N", "I", "T", "H", "V", "P", "G", "G", "G", "N", "K", "K", "I", "E", "T", "H", "K", "L", "T", "F", "R", "E", "N", "A", "K", "A", "K", "T", "D", "H", "G", "A", "E", "I", "V", "Y", "K", "S", "P", "V", "V", "S", "G", "D", "T", "S", "P", "R", "H", "L", "S", "N", "V", "S", "S", "T", "G", "S", "I", "D", "M", "V", "D", "S", "P", "Q", "L", "A", "T", "L", "A", "D", "E", "V", "S", "A", "S", "L", "A", "K", "Q", "G", "L" ), Annotations = list( Site = NULL, Region = NULL, PTM = list( Citrullination = c( 5, 23, 126, 155, 170, 194, 209, 211, 221, 230, 242, 349, 379, 406 ) ), Cleavage_site = NULL, Variant = NULL ), UniprotID = NULL, Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy", Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full" ), class = c( "a3", "list" ) ) # APP Cleavage sites ---- MAPT_APP_Cleavage_3_4 <- structure( list( Sequence = c( "M", "L", "P", "G", "L", "A", "L", "L", "L", "L", "A", "A", "W", "T", "A", "R", "A", "L", "E", "V", "P", "T", "D", "G", "N", "A", "G", "L", "L", "A", "E", "P", "Q", "I", "A", "M", "F", "C", "G", "R", "L", "N", "M", "H", "M", "N", "V", "Q", "N", "G", "K", "W", "D", "S", "D", "P", "S", "G", "T", "K", "T", "C", "I", "D", "T", "K", "E", "G", "I", "L", "Q", "Y", "C", "Q", "E", "V", "Y", "P", "E", "L", "Q", "I", "T", "N", "V", "V", "E", "A", "N", "Q", "P", "V", "T", "I", "Q", "N", "W", "C", "K", "R", "G", "R", "K", "Q", "C", "K", "T", "H", "P", "H", "F", "V", "I", "P", "Y", "R", "C", "L", "V", "G", "E", "F", "V", "S", "D", "A", "L", "L", "V", "P", "D", "K", "C", "K", "F", "L", "H", "Q", "E", "R", "M", "D", "V", "C", "E", "T", "H", "L", "H", "W", "H", "T", "V", "A", "K", "E", "T", "C", "S", "E", "K", "S", "T", "N", "L", "H", "D", "Y", "G", "M", "L", "L", "P", "C", "G", "I", "D", "K", "F", "R", "G", "V", "E", "F", "V", "C", "C", "P", "L", "A", "E", "E", "S", "D", "N", "V", "D", "S", "A", "D", "A", "E", "E", "D", "D", "S", "D", "V", "W", "W", "G", "G", "A", "D", "T", "D", "Y", "A", "D", "G", "S", "E", "D", "K", "V", "V", "E", "V", "A", "E", "E", "E", "E", "V", "A", "E", "V", "E", "E", "E", "E", "A", "D", "D", "D", "E", "D", "D", "E", "D", "G", "D", "E", "V", "E", "E", "E", "A", "E", "E", "P", "Y", "E", "E", "A", "T", "E", "R", "T", "T", "S", "I", "A", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "E", "S", "V", "E", "E", "V", "V", "R", "E", "V", "C", "S", "E", "Q", "A", "E", "T", "G", "P", "C", "R", "A", "M", "I", "S", "R", "W", "Y", "F", "D", "V", "T", "E", "G", "K", "C", "A", "P", "F", "F", "Y", "G", "G", "C", "G", "G", "N", "R", "N", "N", "F", "D", "T", "E", "E", "Y", "C", "M", "A", "V", "C", "G", "S", "A", "M", "S", "Q", "S", "L", "L", "K", "T", "T", "Q", "E", "P", "L", "A", "R", "D", "P", "V", "K", "L", "P", "T", "T", "A", "A", "S", "T", "P", "D", "A", "V", "D", "K", "Y", "L", "E", "T", "P", "G", "D", "E", "N", "E", "H", "A", "H", "F", "Q", "K", "A", "K", "E", "R", "L", "E", "A", "K", "H", "R", "E", "R", "M", "S", "Q", "V", "M", "R", "E", "W", "E", "E", "A", "E", "R", "Q", "A", "K", "N", "L", "P", "K", "A", "D", "K", "K", "A", "V", "I", "Q", "H", "F", "Q", "E", "K", "V", "E", "S", "L", "E", "Q", "E", "A", "A", "N", "E", "R", "Q", "Q", "L", "V", "E", "T", "H", "M", "A", "R", "V", "E", "A", "M", "L", "N", "D", "R", "R", "R", "L", "A", "L", "E", "N", "Y", "I", "T", "A", "L", "Q", "A", "V", "P", "P", "R", "P", "R", "H", "V", "F", "N", "M", "L", "K", "K", "Y", "V", "R", "A", "E", "Q", "K", "D", "R", "Q", "H", "T", "L", "K", "H", "F", "E", "H", "V", "R", "M", "V", "D", "P", "K", "K", "A", "A", "Q", "I", "R", "S", "Q", "V", "M", "T", "H", "L", "R", "V", "I", "Y", "E", "R", "M", "N", "Q", "S", "L", "S", "L", "L", "Y", "N", "V", "P", "A", "V", "A", "E", "E", "I", "Q", "D", "E", "V", "D", "E", "L", "L", "Q", "K", "E", "Q", "N", "Y", "S", "D", "D", "V", "L", "A", "N", "M", "I", "S", "E", "P", "R", "I", "S", "Y", "G", "N", "D", "A", "L", "M", "P", "S", "L", "T", "E", "T", "K", "T", "T", "V", "E", "L", "L", "P", "V", "N", "G", "E", "F", "S", "L", "D", "D", "L", "Q", "P", "W", "H", "S", "F", "G", "A", "D", "S", "V", "P", "A", "N", "T", "E", "N", "E", "V", "E", "P", "V", "D", "A", "R", "P", "A", "A", "D", "R", "G", "L", "T", "T", "R", "P", "G", "S", "G", "L", "T", "N", "I", "K", "T", "E", "E", "I", "S", "E", "V", "K", "M", "D", "A", "E", "F", "R", "H", "D", "S", "G", "Y", "E", "V", "H", "H", "Q", "K", "L", "V", "F", "F", "A", "E", "D", "V", "G", "S", "N", "K", "G", "A", "I", "I", "G", "L", "M", "V", "G", "G", "V", "V", "I", "A", "T", "V", "I", "V", "I", "T", "L", "V", "M", "L", "K", "K", "K", "Q", "Y", "T", "S", "I", "H", "H", "G", "V", "V", "E", "V", "D", "A", "A", "V", "T", "P", "E", "E", "R", "H", "L", "S", "K", "M", "Q", "Q", "N", "G", "Y", "E", "N", "P", "T", "Y", "K", "F", "F", "E", "Q", "M", "Q", "N" ), Annotations = list( Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( CTSD = c( 7L, 8L, 9L, 36L, 37L, 61L, 74L, 76L, 80L, 81L, 118L, 122L, 125L, 183L, 184L, 186L, 307L, 308L, 309L, 479L, 480L, 534L, 541L, 548L, 557L, 561L, 581L, 607L, 612L, 613L, 624L, 626L, 690L, 691L, 696L, 719L, 720L, 721L, 764L ), CTSE = c( 7L, 8L, 9L, 11L, 29L, 30L, 31L, 35L, 36L, 37L, 42L, 71L, 72L, 73L, 74L, 81L, 84L, 87L, 116L, 118L, 120L, 122L, 124L, 128L, 136L, 144L, 169L, 172L, 180L, 183L, 184L, 186L, 192L, 263L, 291L, 303L, 305L, 308L, 332L, 338L, 349L, 351L, 368L, 379L, 410L, 440L, 442L, 443L, 453L, 454L, 455L, 466L, 472L, 474L, 476L, 477L, 478L, 481L, 531L, 534L, 535L, 543L, 546L, 547L, 548L, 549L, 555L, 556L, 557L, 559L, 563L, 565L, 567L, 577L, 581L, 582L, 594L, 596L, 598L, 606L, 607L, 613L, 614L, 615L, 622L, 625L, 651L, 665L, 668L, 670L, 676L, 690L, 691L, 696L, 704L, 705L, 706L, 708L, 719L, 722L, 724L, 737L, 740L, 763L, 764L, 765L ), CTSV = c( 8L, 9L, 11L, 18L, 19L, 29L, 30L, 37L, 38L, 42L, 72L, 73L, 74L, 75L, 81L, 106L, 116L, 128L, 170L, 171L, 172L, 173L, 180L, 181L, 183L, 186L, 291L, 303L, 305L, 308L, 310L, 312L, 314L, 321L, 322L, 341L, 342L, 350L, 351L, 358L, 366L, 368L, 380L, 433L, 443L, 470L, 471L, 472L, 481L, 535L, 539L, 540L, 548L, 549L, 555L, 559L, 563L, 582L, 589L, 598L, 605L, 614L, 616L, 619L, 622L, 625L, 684L, 691L, 692L, 696L, 704L, 706L, 708L, 719L, 722L ), CTSX = c( 9L, 15L, 31L, 71L, 81L, 82L, 106L, 112L, 125L, 126L, 131L, 132L, 134L, 178L, 183L, 185L, 186L, 274L, 289L, 373L, 405L, 535L, 559L, 562L, 563L, 572L, 575L, 599L, 613L, 615L, 616L, 668L, 681L, 719L, 745L ) ), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = "P05067-1", Description = "APP cleavage data - pH 3.4", Reference = "Ackley et al preprint" ), class = c("a3", "list") ) MAPT_APP_Cleavage_4_5 <- structure( list( Sequence = c( "M", "L", "P", "G", "L", "A", "L", "L", "L", "L", "A", "A", "W", "T", "A", "R", "A", "L", "E", "V", "P", "T", "D", "G", "N", "A", "G", "L", "L", "A", "E", "P", "Q", "I", "A", "M", "F", "C", "G", "R", "L", "N", "M", "H", "M", "N", "V", "Q", "N", "G", "K", "W", "D", "S", "D", "P", "S", "G", "T", "K", "T", "C", "I", "D", "T", "K", "E", "G", "I", "L", "Q", "Y", "C", "Q", "E", "V", "Y", "P", "E", "L", "Q", "I", "T", "N", "V", "V", "E", "A", "N", "Q", "P", "V", "T", "I", "Q", "N", "W", "C", "K", "R", "G", "R", "K", "Q", "C", "K", "T", "H", "P", "H", "F", "V", "I", "P", "Y", "R", "C", "L", "V", "G", "E", "F", "V", "S", "D", "A", "L", "L", "V", "P", "D", "K", "C", "K", "F", "L", "H", "Q", "E", "R", "M", "D", "V", "C", "E", "T", "H", "L", "H", "W", "H", "T", "V", "A", "K", "E", "T", "C", "S", "E", "K", "S", "T", "N", "L", "H", "D", "Y", "G", "M", "L", "L", "P", "C", "G", "I", "D", "K", "F", "R", "G", "V", "E", "F", "V", "C", "C", "P", "L", "A", "E", "E", "S", "D", "N", "V", "D", "S", "A", "D", "A", "E", "E", "D", "D", "S", "D", "V", "W", "W", "G", "G", "A", "D", "T", "D", "Y", "A", "D", "G", "S", "E", "D", "K", "V", "V", "E", "V", "A", "E", "E", "E", "E", "V", "A", "E", "V", "E", "E", "E", "E", "A", "D", "D", "D", "E", "D", "D", "E", "D", "G", "D", "E", "V", "E", "E", "E", "A", "E", "E", "P", "Y", "E", "E", "A", "T", "E", "R", "T", "T", "S", "I", "A", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "E", "S", "V", "E", "E", "V", "V", "R", "E", "V", "C", "S", "E", "Q", "A", "E", "T", "G", "P", "C", "R", "A", "M", "I", "S", "R", "W", "Y", "F", "D", "V", "T", "E", "G", "K", "C", "A", "P", "F", "F", "Y", "G", "G", "C", "G", "G", "N", "R", "N", "N", "F", "D", "T", "E", "E", "Y", "C", "M", "A", "V", "C", "G", "S", "A", "M", "S", "Q", "S", "L", "L", "K", "T", "T", "Q", "E", "P", "L", "A", "R", "D", "P", "V", "K", "L", "P", "T", "T", "A", "A", "S", "T", "P", "D", "A", "V", "D", "K", "Y", "L", "E", "T", "P", "G", "D", "E", "N", "E", "H", "A", "H", "F", "Q", "K", "A", "K", "E", "R", "L", "E", "A", "K", "H", "R", "E", "R", "M", "S", "Q", "V", "M", "R", "E", "W", "E", "E", "A", "E", "R", "Q", "A", "K", "N", "L", "P", "K", "A", "D", "K", "K", "A", "V", "I", "Q", "H", "F", "Q", "E", "K", "V", "E", "S", "L", "E", "Q", "E", "A", "A", "N", "E", "R", "Q", "Q", "L", "V", "E", "T", "H", "M", "A", "R", "V", "E", "A", "M", "L", "N", "D", "R", "R", "R", "L", "A", "L", "E", "N", "Y", "I", "T", "A", "L", "Q", "A", "V", "P", "P", "R", "P", "R", "H", "V", "F", "N", "M", "L", "K", "K", "Y", "V", "R", "A", "E", "Q", "K", "D", "R", "Q", "H", "T", "L", "K", "H", "F", "E", "H", "V", "R", "M", "V", "D", "P", "K", "K", "A", "A", "Q", "I", "R", "S", "Q", "V", "M", "T", "H", "L", "R", "V", "I", "Y", "E", "R", "M", "N", "Q", "S", "L", "S", "L", "L", "Y", "N", "V", "P", "A", "V", "A", "E", "E", "I", "Q", "D", "E", "V", "D", "E", "L", "L", "Q", "K", "E", "Q", "N", "Y", "S", "D", "D", "V", "L", "A", "N", "M", "I", "S", "E", "P", "R", "I", "S", "Y", "G", "N", "D", "A", "L", "M", "P", "S", "L", "T", "E", "T", "K", "T", "T", "V", "E", "L", "L", "P", "V", "N", "G", "E", "F", "S", "L", "D", "D", "L", "Q", "P", "W", "H", "S", "F", "G", "A", "D", "S", "V", "P", "A", "N", "T", "E", "N", "E", "V", "E", "P", "V", "D", "A", "R", "P", "A", "A", "D", "R", "G", "L", "T", "T", "R", "P", "G", "S", "G", "L", "T", "N", "I", "K", "T", "E", "E", "I", "S", "E", "V", "K", "M", "D", "A", "E", "F", "R", "H", "D", "S", "G", "Y", "E", "V", "H", "H", "Q", "K", "L", "V", "F", "F", "A", "E", "D", "V", "G", "S", "N", "K", "G", "A", "I", "I", "G", "L", "M", "V", "G", "G", "V", "V", "I", "A", "T", "V", "I", "V", "I", "T", "L", "V", "M", "L", "K", "K", "K", "Q", "Y", "T", "S", "I", "H", "H", "G", "V", "V", "E", "V", "D", "A", "A", "V", "T", "P", "E", "E", "R", "H", "L", "S", "K", "M", "Q", "Q", "N", "G", "Y", "E", "N", "P", "T", "Y", "K", "F", "F", "E", "Q", "M", "Q", "N" ), Annotations = list( Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( AEP = c( 23L, 25L, 42L, 64L, 81L, 83L, 84L, 106L, 112L, 124L, 125L, 127L, 131L, 142L, 145L, 163L, 164L, 167L, 178L, 194L, 195L, 200L, 204L, 205L, 206L, 207L, 214L, 216L, 219L, 274L, 277L, 279L, 288L, 327L, 328L, 329L, 330L, 373L, 376L, 386L, 405L, 448L, 466L, 475L, 482L, 492L, 537L, 541L, 542L, 549L, 550L, 563L, 571L, 574L, 579L, 590L, 610L, 616L, 617L, 627L, 632L, 641L, 668L, 672L, 678L, 681L, 692L, 694L, 697L, 698L, 716L, 738L, 739L, 755L, 757L, 758L, 759L ), CTSA = c( 6L, 9L, 10L, 28L, 30L, 36L, 73L, 115L, 120L, 125L, 134L, 158L, 176L, 177L, 178L, 183L, 186L, 220L, 305L, 316L, 379L, 404L, 405L, 492L, 508L, 535L, 537L, 542L, 543L, 544L, 545L, 546L, 547L, 548L, 549L, 599L, 614L, 616L, 621L, 623L, 624L, 628L, 710L, 729L, 733L, 735L ), CTSB = c( 7L, 17L, 33L, 43L, 66L, 67L, 68L, 79L, 80L, 81L, 116L, 132L, 134L, 147L, 152L, 155L, 174L, 175L, 181L, 184L, 301L, 306L, 337L, 363L, 390L, 496L, 522L, 538L, 541L, 543L, 547L, 548L, 549L, 554L, 561L, 585L, 596L, 597L, 614L, 615L, 622L, 624L, 625L, 626L, 628L, 663L, 680L, 704L, 720L, 725L, 726L, 727L ), CTSD = c( 7L, 8L, 9L, 20L, 36L, 37L, 61L, 81L, 90L, 118L, 122L, 125L, 172L, 183L, 184L, 186L, 307L, 308L, 309L, 479L, 480L, 534L, 541L, 548L, 557L, 561L, 607L, 612L, 613L, 624L, 690L, 691L, 720L, 721L, 764L ), CTSE = c( 7L, 8L, 9L, 31L, 36L, 37L, 45L, 71L, 72L, 111L, 118L, 121L, 122L, 136L, 170L, 172L, 184L, 186L, 211L, 303L, 309L, 338L, 349L, 368L, 410L, 475L, 476L, 478L, 479L, 480L, 514L, 534L, 547L, 548L, 577L, 602L, 606L, 607L, 613L, 615L, 624L, 690L, 691L, 704L, 705L, 714L, 716L, 719L, 720L, 721L, 737L, 740L, 764L, 765L ), CTSF = c(90L, 131L, 194L, 547L, 722L), CTSG = c( 8L, 9L, 37L, 72L, 113L, 115L, 121L, 143L, 177L, 179L, 184L, 197L, 205L, 217L, 230L, 288L, 289L, 294L, 302L, 319L, 372L, 378L, 384L, 413L, 435L, 479L, 495L, 498L, 504L, 557L, 572L, 575L, 580L, 593L, 615L, 672L, 691L, 705L, 720L, 755L, 757L ), CTSK = c( 9L, 29L, 30L, 31L, 33L, 71L, 74L, 79L, 81L, 90L, 119L, 120L, 124L, 137L, 171L, 174L, 188L, 231L, 300L, 301L, 304L, 305L, 314L, 341L, 351L, 366L, 367L, 433L, 472L, 474L, 478L, 481L, 488L, 495L, 510L, 527L, 535L, 548L, 585L, 596L, 605L, 651L, 659L, 691L, 719L, 724L ), CTSL = c( 7L, 8L, 9L, 11L, 19L, 29L, 30L, 35L, 37L, 38L, 42L, 54L, 58L, 62L, 71L, 73L, 74L, 81L, 87L, 93L, 95L, 99L, 106L, 112L, 116L, 118L, 119L, 124L, 128L, 136L, 137L, 151L, 155L, 166L, 169L, 171L, 174L, 180L, 181L, 182L, 183L, 186L, 187L, 188L, 194L, 231L, 263L, 273L, 274L, 275L, 276L, 280L, 281L, 287L, 288L, 291L, 303L, 305L, 306L, 308L, 321L, 322L, 331L, 332L, 333L, 337L, 341L, 342L, 350L, 351L, 352L, 353L, 358L, 359L, 360L, 379L, 392L, 399L, 407L, 410L, 414L, 433L, 436L, 440L, 443L, 455L, 466L, 472L, 473L, 478L, 481L, 491L, 492L, 513L, 516L, 527L, 531L, 535L, 537L, 538L, 539L, 540L, 548L, 549L, 550L, 555L, 559L, 566L, 567L, 572L, 573L, 578L, 582L, 587L, 589L, 590L, 596L, 598L, 602L, 603L, 605L, 606L, 610L, 613L, 614L, 616L, 622L, 625L, 651L, 652L, 659L, 662L, 676L, 690L, 691L, 692L, 694L, 696L, 704L, 706L, 719L, 720L, 722L, 724L, 725L, 728L, 729L, 737L, 739L, 751L, 763L, 765L, 766L ), CTSS = c( 18L, 19L, 29L, 30L, 35L, 37L, 42L, 58L, 69L, 71L, 73L, 74L, 75L, 81L, 83L, 87L, 93L, 106L, 111L, 112L, 116L, 120L, 124L, 127L, 128L, 133L, 137L, 142L, 144L, 155L, 166L, 171L, 172L, 180L, 183L, 184L, 185L, 186L, 187L, 188L, 191L, 192L, 263L, 274L, 280L, 288L, 291L, 303L, 304L, 306L, 312L, 315L, 333L, 339L, 341L, 342L, 346L, 350L, 351L, 353L, 358L, 359L, 367L, 368L, 369L, 379L, 380L, 399L, 407L, 410L, 411L, 436L, 440L, 443L, 444L, 455L, 461L, 462L, 463L, 470L, 472L, 473L, 479L, 480L, 481L, 482L, 495L, 516L, 532L, 535L, 538L, 540L, 541L, 542L, 546L, 547L, 548L, 549L, 555L, 556L, 562L, 563L, 566L, 567L, 568L, 577L, 578L, 582L, 587L, 598L, 602L, 603L, 604L, 605L, 606L, 607L, 610L, 612L, 614L, 615L, 616L, 622L, 628L, 641L, 651L, 657L, 670L, 672L, 687L, 690L, 691L, 692L, 693L, 696L, 704L, 706L, 707L, 708L, 719L, 722L, 724L, 739L, 753L, 757L, 758L, 763L, 765L, 769L ), CTSV = c( 8L, 9L, 11L, 16L, 19L, 29L, 30L, 35L, 37L, 38L, 42L, 71L, 72L, 73L, 74L, 81L, 87L, 90L, 93L, 95L, 106L, 116L, 120L, 124L, 128L, 137L, 144L, 169L, 170L, 171L, 172L, 180L, 181L, 183L, 186L, 237L, 291L, 303L, 305L, 309L, 310L, 312L, 314L, 321L, 322L, 341L, 350L, 351L, 358L, 379L, 407L, 410L, 433L, 440L, 443L, 454L, 455L, 466L, 474L, 477L, 478L, 479L, 481L, 510L, 513L, 531L, 532L, 535L, 546L, 548L, 549L, 550L, 555L, 559L, 563L, 567L, 578L, 582L, 585L, 586L, 587L, 598L, 602L, 605L, 606L, 612L, 614L, 616L, 622L, 625L, 659L, 662L, 667L, 670L, 672L, 676L, 684L, 691L, 692L, 696L, 706L, 708L, 719L, 722L, 723L, 724L, 729L, 758L, 762L, 765L, 766L ), CTSX = c( 9L, 14L, 15L, 17L, 28L, 29L, 30L, 64L, 71L, 79L, 81L, 82L, 106L, 125L, 131L, 133L, 134L, 172L, 178L, 183L, 184L, 185L, 186L, 274L, 350L, 404L, 405L, 471L, 472L, 481L, 508L, 518L, 559L, 563L, 572L, 576L, 612L, 613L, 614L, 641L, 681L, 692L, 705L, 706L, 716L, 719L, 741L, 757L ) ), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = "P05067-1", Description = "APP cleavage data - pH 4.5", Reference = "Ackley et al preprint" ), class = c("a3", "list") ) MAPT_APP_Cleavage_5_5 <- structure( list( Sequence = c( "M", "L", "P", "G", "L", "A", "L", "L", "L", "L", "A", "A", "W", "T", "A", "R", "A", "L", "E", "V", "P", "T", "D", "G", "N", "A", "G", "L", "L", "A", "E", "P", "Q", "I", "A", "M", "F", "C", "G", "R", "L", "N", "M", "H", "M", "N", "V", "Q", "N", "G", "K", "W", "D", "S", "D", "P", "S", "G", "T", "K", "T", "C", "I", "D", "T", "K", "E", "G", "I", "L", "Q", "Y", "C", "Q", "E", "V", "Y", "P", "E", "L", "Q", "I", "T", "N", "V", "V", "E", "A", "N", "Q", "P", "V", "T", "I", "Q", "N", "W", "C", "K", "R", "G", "R", "K", "Q", "C", "K", "T", "H", "P", "H", "F", "V", "I", "P", "Y", "R", "C", "L", "V", "G", "E", "F", "V", "S", "D", "A", "L", "L", "V", "P", "D", "K", "C", "K", "F", "L", "H", "Q", "E", "R", "M", "D", "V", "C", "E", "T", "H", "L", "H", "W", "H", "T", "V", "A", "K", "E", "T", "C", "S", "E", "K", "S", "T", "N", "L", "H", "D", "Y", "G", "M", "L", "L", "P", "C", "G", "I", "D", "K", "F", "R", "G", "V", "E", "F", "V", "C", "C", "P", "L", "A", "E", "E", "S", "D", "N", "V", "D", "S", "A", "D", "A", "E", "E", "D", "D", "S", "D", "V", "W", "W", "G", "G", "A", "D", "T", "D", "Y", "A", "D", "G", "S", "E", "D", "K", "V", "V", "E", "V", "A", "E", "E", "E", "E", "V", "A", "E", "V", "E", "E", "E", "E", "A", "D", "D", "D", "E", "D", "D", "E", "D", "G", "D", "E", "V", "E", "E", "E", "A", "E", "E", "P", "Y", "E", "E", "A", "T", "E", "R", "T", "T", "S", "I", "A", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "E", "S", "V", "E", "E", "V", "V", "R", "E", "V", "C", "S", "E", "Q", "A", "E", "T", "G", "P", "C", "R", "A", "M", "I", "S", "R", "W", "Y", "F", "D", "V", "T", "E", "G", "K", "C", "A", "P", "F", "F", "Y", "G", "G", "C", "G", "G", "N", "R", "N", "N", "F", "D", "T", "E", "E", "Y", "C", "M", "A", "V", "C", "G", "S", "A", "M", "S", "Q", "S", "L", "L", "K", "T", "T", "Q", "E", "P", "L", "A", "R", "D", "P", "V", "K", "L", "P", "T", "T", "A", "A", "S", "T", "P", "D", "A", "V", "D", "K", "Y", "L", "E", "T", "P", "G", "D", "E", "N", "E", "H", "A", "H", "F", "Q", "K", "A", "K", "E", "R", "L", "E", "A", "K", "H", "R", "E", "R", "M", "S", "Q", "V", "M", "R", "E", "W", "E", "E", "A", "E", "R", "Q", "A", "K", "N", "L", "P", "K", "A", "D", "K", "K", "A", "V", "I", "Q", "H", "F", "Q", "E", "K", "V", "E", "S", "L", "E", "Q", "E", "A", "A", "N", "E", "R", "Q", "Q", "L", "V", "E", "T", "H", "M", "A", "R", "V", "E", "A", "M", "L", "N", "D", "R", "R", "R", "L", "A", "L", "E", "N", "Y", "I", "T", "A", "L", "Q", "A", "V", "P", "P", "R", "P", "R", "H", "V", "F", "N", "M", "L", "K", "K", "Y", "V", "R", "A", "E", "Q", "K", "D", "R", "Q", "H", "T", "L", "K", "H", "F", "E", "H", "V", "R", "M", "V", "D", "P", "K", "K", "A", "A", "Q", "I", "R", "S", "Q", "V", "M", "T", "H", "L", "R", "V", "I", "Y", "E", "R", "M", "N", "Q", "S", "L", "S", "L", "L", "Y", "N", "V", "P", "A", "V", "A", "E", "E", "I", "Q", "D", "E", "V", "D", "E", "L", "L", "Q", "K", "E", "Q", "N", "Y", "S", "D", "D", "V", "L", "A", "N", "M", "I", "S", "E", "P", "R", "I", "S", "Y", "G", "N", "D", "A", "L", "M", "P", "S", "L", "T", "E", "T", "K", "T", "T", "V", "E", "L", "L", "P", "V", "N", "G", "E", "F", "S", "L", "D", "D", "L", "Q", "P", "W", "H", "S", "F", "G", "A", "D", "S", "V", "P", "A", "N", "T", "E", "N", "E", "V", "E", "P", "V", "D", "A", "R", "P", "A", "A", "D", "R", "G", "L", "T", "T", "R", "P", "G", "S", "G", "L", "T", "N", "I", "K", "T", "E", "E", "I", "S", "E", "V", "K", "M", "D", "A", "E", "F", "R", "H", "D", "S", "G", "Y", "E", "V", "H", "H", "Q", "K", "L", "V", "F", "F", "A", "E", "D", "V", "G", "S", "N", "K", "G", "A", "I", "I", "G", "L", "M", "V", "G", "G", "V", "V", "I", "A", "T", "V", "I", "V", "I", "T", "L", "V", "M", "L", "K", "K", "K", "Q", "Y", "T", "S", "I", "H", "H", "G", "V", "V", "E", "V", "D", "A", "A", "V", "T", "P", "E", "E", "R", "H", "L", "S", "K", "M", "Q", "Q", "N", "G", "Y", "E", "N", "P", "T", "Y", "K", "F", "F", "E", "Q", "M", "Q", "N" ), Annotations = list( Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( AEP = c( 42L, 71L, 81L, 84L, 112L, 118L, 125L, 131L, 133L, 164L, 192L, 193L, 205L, 274L, 288L, 304L, 329L, 347L, 386L, 404L, 466L, 475L, 509L, 511L, 542L, 562L, 572L, 575L, 579L, 590L, 594L, 610L, 613L, 616L, 641L, 668L, 681L, 698L, 716L, 717L, 755L ), CTSA = c( 30L, 32L, 35L, 49L, 78L, 115L, 120L, 126L, 183L, 186L, 194L, 223L, 294L, 301L, 302L, 305L, 321L, 328L, 383L, 496L, 508L, 516L, 520L, 523L, 535L, 537L, 544L, 545L, 546L, 550L, 628L, 688L, 691L, 704L, 718L, 720L, 724L, 735L ), CTSB = c( 16L, 20L, 33L, 34L, 66L, 67L, 71L, 74L, 79L, 80L, 81L, 99L, 101L, 103L, 104L, 115L, 116L, 132L, 134L, 150L, 174L, 175L, 180L, 181L, 184L, 194L, 209L, 211L, 220L, 235L, 269L, 301L, 303L, 306L, 337L, 341L, 342L, 352L, 363L, 366L, 389L, 390L, 392L, 394L, 414L, 418L, 446L, 455L, 457L, 470L, 473L, 475L, 479L, 522L, 539L, 541L, 543L, 548L, 550L, 585L, 596L, 614L, 615L, 622L, 625L, 626L, 628L, 663L, 680L, 704L, 720L, 725L, 727L, 733L, 737L, 763L ), CTSG = c( 8L, 9L, 10L, 34L, 37L, 49L, 55L, 72L, 73L, 77L, 87L, 115L, 120L, 125L, 179L, 184L, 186L, 189L, 205L, 206L, 209L, 214L, 217L, 302L, 304L, 308L, 372L, 378L, 384L, 435L, 479L, 480L, 484L, 498L, 500L, 504L, 509L, 541L, 548L, 549L, 550L, 559L, 572L, 576L, 601L, 615L, 621L, 622L, 628L, 647L, 653L, 668L, 690L, 691L, 702L, 705L, 720L, 740L, 764L ), CTSL = c( 9L, 29L, 30L, 38L, 71L, 75L, 112L, 120L, 122L, 305L, 433L, 472L, 492L, 510L, 531L, 535L, 547L, 548L, 549L, 550L, 690L, 691L, 722L, 725L, 729L ), CTSO = c(9L, 71L, 86L, 92L, 133L, 192L, 511L, 590L, 613L, 614L, 668L), CTSS = c( 9L, 18L, 19L, 21L, 27L, 29L, 30L, 31L, 33L, 35L, 36L, 37L, 42L, 69L, 71L, 73L, 74L, 75L, 81L, 83L, 86L, 87L, 93L, 95L, 106L, 111L, 112L, 116L, 118L, 119L, 120L, 121L, 123L, 124L, 126L, 127L, 128L, 133L, 137L, 142L, 144L, 154L, 155L, 166L, 171L, 172L, 173L, 175L, 178L, 180L, 181L, 183L, 185L, 186L, 187L, 188L, 263L, 274L, 278L, 279L, 280L, 288L, 291L, 303L, 304L, 305L, 306L, 312L, 315L, 339L, 341L, 342L, 346L, 350L, 351L, 353L, 358L, 359L, 363L, 366L, 367L, 368L, 369L, 379L, 380L, 399L, 407L, 408L, 410L, 411L, 433L, 436L, 440L, 443L, 455L, 461L, 462L, 463L, 470L, 472L, 478L, 479L, 480L, 481L, 482L, 492L, 495L, 499L, 511L, 516L, 531L, 532L, 535L, 540L, 541L, 542L, 544L, 546L, 547L, 548L, 549L, 550L, 555L, 556L, 562L, 566L, 567L, 568L, 572L, 575L, 577L, 578L, 582L, 587L, 598L, 603L, 604L, 605L, 606L, 610L, 612L, 614L, 616L, 618L, 622L, 640L, 641L, 651L, 653L, 670L, 681L, 687L, 690L, 691L, 692L, 696L, 704L, 706L, 716L, 717L, 719L, 722L, 724L, 729L, 739L, 753L, 758L, 765L, 766L, 769L ) ), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = "P05067-1", Description = "APP cleavage data - pH 5.5", Reference = "Ackley et al preprint" ), class = c("a3", "list") ) MAPT_APP_Cleavage_7_4 <- structure( list( Sequence = c( "M", "L", "P", "G", "L", "A", "L", "L", "L", "L", "A", "A", "W", "T", "A", "R", "A", "L", "E", "V", "P", "T", "D", "G", "N", "A", "G", "L", "L", "A", "E", "P", "Q", "I", "A", "M", "F", "C", "G", "R", "L", "N", "M", "H", "M", "N", "V", "Q", "N", "G", "K", "W", "D", "S", "D", "P", "S", "G", "T", "K", "T", "C", "I", "D", "T", "K", "E", "G", "I", "L", "Q", "Y", "C", "Q", "E", "V", "Y", "P", "E", "L", "Q", "I", "T", "N", "V", "V", "E", "A", "N", "Q", "P", "V", "T", "I", "Q", "N", "W", "C", "K", "R", "G", "R", "K", "Q", "C", "K", "T", "H", "P", "H", "F", "V", "I", "P", "Y", "R", "C", "L", "V", "G", "E", "F", "V", "S", "D", "A", "L", "L", "V", "P", "D", "K", "C", "K", "F", "L", "H", "Q", "E", "R", "M", "D", "V", "C", "E", "T", "H", "L", "H", "W", "H", "T", "V", "A", "K", "E", "T", "C", "S", "E", "K", "S", "T", "N", "L", "H", "D", "Y", "G", "M", "L", "L", "P", "C", "G", "I", "D", "K", "F", "R", "G", "V", "E", "F", "V", "C", "C", "P", "L", "A", "E", "E", "S", "D", "N", "V", "D", "S", "A", "D", "A", "E", "E", "D", "D", "S", "D", "V", "W", "W", "G", "G", "A", "D", "T", "D", "Y", "A", "D", "G", "S", "E", "D", "K", "V", "V", "E", "V", "A", "E", "E", "E", "E", "V", "A", "E", "V", "E", "E", "E", "E", "A", "D", "D", "D", "E", "D", "D", "E", "D", "G", "D", "E", "V", "E", "E", "E", "A", "E", "E", "P", "Y", "E", "E", "A", "T", "E", "R", "T", "T", "S", "I", "A", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "T", "E", "S", "V", "E", "E", "V", "V", "R", "E", "V", "C", "S", "E", "Q", "A", "E", "T", "G", "P", "C", "R", "A", "M", "I", "S", "R", "W", "Y", "F", "D", "V", "T", "E", "G", "K", "C", "A", "P", "F", "F", "Y", "G", "G", "C", "G", "G", "N", "R", "N", "N", "F", "D", "T", "E", "E", "Y", "C", "M", "A", "V", "C", "G", "S", "A", "M", "S", "Q", "S", "L", "L", "K", "T", "T", "Q", "E", "P", "L", "A", "R", "D", "P", "V", "K", "L", "P", "T", "T", "A", "A", "S", "T", "P", "D", "A", "V", "D", "K", "Y", "L", "E", "T", "P", "G", "D", "E", "N", "E", "H", "A", "H", "F", "Q", "K", "A", "K", "E", "R", "L", "E", "A", "K", "H", "R", "E", "R", "M", "S", "Q", "V", "M", "R", "E", "W", "E", "E", "A", "E", "R", "Q", "A", "K", "N", "L", "P", "K", "A", "D", "K", "K", "A", "V", "I", "Q", "H", "F", "Q", "E", "K", "V", "E", "S", "L", "E", "Q", "E", "A", "A", "N", "E", "R", "Q", "Q", "L", "V", "E", "T", "H", "M", "A", "R", "V", "E", "A", "M", "L", "N", "D", "R", "R", "R", "L", "A", "L", "E", "N", "Y", "I", "T", "A", "L", "Q", "A", "V", "P", "P", "R", "P", "R", "H", "V", "F", "N", "M", "L", "K", "K", "Y", "V", "R", "A", "E", "Q", "K", "D", "R", "Q", "H", "T", "L", "K", "H", "F", "E", "H", "V", "R", "M", "V", "D", "P", "K", "K", "A", "A", "Q", "I", "R", "S", "Q", "V", "M", "T", "H", "L", "R", "V", "I", "Y", "E", "R", "M", "N", "Q", "S", "L", "S", "L", "L", "Y", "N", "V", "P", "A", "V", "A", "E", "E", "I", "Q", "D", "E", "V", "D", "E", "L", "L", "Q", "K", "E", "Q", "N", "Y", "S", "D", "D", "V", "L", "A", "N", "M", "I", "S", "E", "P", "R", "I", "S", "Y", "G", "N", "D", "A", "L", "M", "P", "S", "L", "T", "E", "T", "K", "T", "T", "V", "E", "L", "L", "P", "V", "N", "G", "E", "F", "S", "L", "D", "D", "L", "Q", "P", "W", "H", "S", "F", "G", "A", "D", "S", "V", "P", "A", "N", "T", "E", "N", "E", "V", "E", "P", "V", "D", "A", "R", "P", "A", "A", "D", "R", "G", "L", "T", "T", "R", "P", "G", "S", "G", "L", "T", "N", "I", "K", "T", "E", "E", "I", "S", "E", "V", "K", "M", "D", "A", "E", "F", "R", "H", "D", "S", "G", "Y", "E", "V", "H", "H", "Q", "K", "L", "V", "F", "F", "A", "E", "D", "V", "G", "S", "N", "K", "G", "A", "I", "I", "G", "L", "M", "V", "G", "G", "V", "V", "I", "A", "T", "V", "I", "V", "I", "T", "L", "V", "M", "L", "K", "K", "K", "Q", "Y", "T", "S", "I", "H", "H", "G", "V", "V", "E", "V", "D", "A", "A", "V", "T", "P", "E", "E", "R", "H", "L", "S", "K", "M", "Q", "Q", "N", "G", "Y", "E", "N", "P", "T", "Y", "K", "F", "F", "E", "Q", "M", "Q", "N" ), Annotations = list( Site = structure(list(), names = character(0)), Region = structure(list(), names = character(0)), PTM = structure(list(), names = character(0)), Cleavage_site = list( CTSA = c(28L, 49L, 177L, 384L, 550L, 690L, 716L, 742L), CTSG = c( 8L, 9L, 10L, 28L, 36L, 37L, 38L, 39L, 42L, 49L, 51L, 66L, 70L, 72L, 73L, 76L, 77L, 111L, 115L, 117L, 120L, 122L, 133L, 134L, 135L, 140L, 141L, 150L, 161L, 165L, 168L, 170L, 177L, 179L, 184L, 189L, 192L, 205L, 216L, 217L, 262L, 289L, 301L, 302L, 307L, 308L, 315L, 321L, 332L, 336L, 343L, 345L, 350L, 351L, 355L, 357L, 370L, 378L, 381L, 405L, 410L, 413L, 425L, 435L, 438L, 460L, 464L, 465L, 469L, 472L, 479L, 480L, 491L, 495L, 502L, 504L, 507L, 509L, 510L, 513L, 524L, 527L, 531L, 533L, 534L, 545L, 547L, 548L, 549L, 550L, 557L, 562L, 565L, 572L, 577L, 580L, 588L, 599L, 601L, 602L, 615L, 621L, 624L, 628L, 638L, 641L, 649L, 662L, 670L, 673L, 676L, 679L, 687L, 688L, 690L, 691L, 702L, 705L, 706L, 720L, 724L, 728L, 729L, 731L, 744L, 763L, 764L, 765L ) ), Variant = structure(list(), names = character(0)) ), UniprotID = "P05067-1", Description = "APP cleavage data - pH 7.4", Reference = "Ackley et al preprint" ), class = c("a3", "list") )