File size: 9,115 Bytes
c7c1523
67f1d34
 
c7c1523
67f1d34
 
 
 
69ae8a3
67f1d34
 
 
 
 
 
 
 
 
 
69ae8a3
67f1d34
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
69ae8a3
67f1d34
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
68471fc
69ae8a3
 
 
 
 
ad3a10a
 
 
 
 
 
 
 
 
69ae8a3
 
 
 
 
 
 
 
ad3a10a
 
69ae8a3
 
 
 
 
 
68471fc
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
67f1d34
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
69ae8a3
 
67f1d34
69ae8a3
ad3a10a
67f1d34
a9b515d
ad3a10a
a9b515d
 
67f1d34
ad3a10a
 
 
69ae8a3
67f1d34
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
import streamlit as st
from pathlib import Path
import os

import torch
from transformers import AutoModelForSequenceClassification, AutoTokenizer


def read_hf_token():
    HF_TOKEN = os.getenv("HF_TOKEN")
    return HF_TOKEN

@st.cache_resource(show_spinner="Loading tokenizer/model...")
def load_model(
    model_id,
    num_labels,
    checkpoint_path=None,
    ignore_mismatched_sizes=True,
):
    hf_token = read_hf_token()

    tok = AutoTokenizer.from_pretrained(model_id, token=hf_token)
    model = AutoModelForSequenceClassification.from_pretrained(model_id, token=hf_token, 
    num_labels=num_labels, problem_type="multi_label_classification", 
    ignore_mismatched_sizes=ignore_mismatched_sizes)

    if checkpoint_path:
        state = torch.load(str(checkpoint_path), map_location=torch.device("cpu"))
        model.load_state_dict(state, strict=False)
    model.eval()
    return tok, model


def predict(model, tok, title, summary, labels, threshold=0.5, max_length=512, device="cpu"):
    title = (title or "").strip()
    summary = (summary or "").strip()

    enc = tok(
        [title],
        [summary],
        padding=True,
        truncation=True,
        max_length=max_length,
        return_tensors="pt",
    )

    enc = {k: v.to(device) for k, v in enc.items()}

    with torch.no_grad():
        logits = model(**enc).logits
        if logits.ndim == 3:
            logits = logits[:, 0, :]
        probs = torch.sigmoid(logits[0]).cpu()

    pred = []
    for i, p in enumerate(probs.tolist()):
        if p >= threshold:
            pred.append((labels[i], float(p)))
    pred.sort(key=lambda x: x[1], reverse=True)
    return pred, probs.tolist()


st.set_page_config(page_title="arXiv taxonomy classifier", layout="centered")
st.title("arXiv taxonomy classifier")

with st.expander("О проекте", expanded=False):
    st.markdown(
        """
### Назначение
Приложение предсказывает **группы таксономии arXiv** для статьи по **заголовку** и **краткому описанию (abstract)**.

### Данные и разметка
- **Источник**: выгрузка arXiv из файла (поля `title`, `summary`, `tag`).
- **Как получали классы**: из `tag` брали `term` (arXiv category codes, например `cs.AI`, `stat.ML`), парсили и
  маппили в 8 верхнеуровневых групп.
- **Разметка**: multi-label — у статьи может быть несколько групп одновременно; целевой вектор `y` формировался как
  multi-hot по списку групп.
- Добавление в выборку статей из 2020-2025 годов, а также сбалансированность классов, так как статей по Биологии кратно меньше,
 чем статей по Компьтерным наукам, и это также надо учитывать при обучении, что я и передаю в параметре weights.

### Метки
В интерфейсе используются **8 верхнеуровневых групп**:
Computer Science, Economics, Electrical Engineering and Systems Science, Mathematics, Physics, Quantitative Biology, Quantitative Finance, Statistics.

### Модели и чекпоинты
- **HF model (`HF model id`)**: базовая архитектура и токенайзер скачиваются с Hugging Face.
- **Локальный `.pth` (по желанию)**: если включено, поверх весов HF подгружаются **дообученные веса**
  (`torch.load(..., map_location='cpu')` + `model.load_state_dict(..., strict=False)`).
- bert-paper-classifier-arxiv(предобученная модель на статьях arXiv) [link](https://huggingface.co/oracat/bert-paper-classifier-arxiv)
- distilbert-base-cased(базовая модель берта) [link](https://huggingface.co/distilbert-base-cased)

### Обучение (в общих чертах, подробности в Readme.md)
Задача — **multi-label classification** с `BCEWithLogitsLoss`; на инференсе — `sigmoid(logits)` и настраиваемый **threshold**.
        """
    )

with st.expander("Документация", expanded=False):
    st.markdown(
        """
### Что можно делать в приложении

**В боковой панели (Settings)**  
- Указать **`HF model id`** — какую модель с Hugging Face загружать как основу (архитектура + токенайзер).  
- Настроить **`Threshold`** — порог вероятности: метки с `sigmoid(logits)` **не ниже** порога попадают в список предсказаний.  
- Задать **`Max length`** — максимальная длина токенизации для пары title + summary.  
- Выбрать **локальный чекпоинт** из папки `models/` или ввести **относительный путь** к файлу `.pth` внутри `models/` — чтобы подменить веса HF своим дообучением.  
- При смене других моделей с HF задать переменную окружения **`HF_TOKEN`**.

**В основной форме**  
- Ввести **заголовок** и/или **краткое описание (abstract)** статьи (достаточно хотя бы одного поля).  
- Нажать **`Predict`** — получить предсказание по **8 группам** таксономии.

**После предсказания**  
- Просмотреть таблицу **Predicted labels** — метки, прошедшие порог, с вероятностями.  
- Раскрыть **All probabilities** — полный JSON со всеми вероятностями по меткам (удобно подбирать `Threshold`).

**Подсказка**  
Строка **`Device`** показывает, на чём считается инференс: `cuda` или `cpu`.
        """
    )


if "model_id" not in st.session_state:
    st.session_state.model_id = "oracat/bert-paper-classifier-arxiv"
if "threshold" not in st.session_state:
    st.session_state.threshold = 0.5
if "use_local_ckpt" not in st.session_state:
    st.session_state.use_local_ckpt = False

with st.sidebar:
    st.subheader("Settings")
    st.session_state.model_id = st.text_input("HF model id", value=st.session_state.model_id)
    st.session_state.threshold = st.slider("Threshold", 0.0, 1.0, float(st.session_state.threshold), 0.01)
    max_length = st.slider("Max length", 64, 512, 512, 16)

    st.caption("Local finetuned weights (.pth) to override HF weights.")

    model_dir = Path(__file__).parent/"models"
    local_ckpts = sorted([p.name for p in model_dir.glob("*.pth")])
    default_choice = local_ckpts[0] if local_ckpts else ""
    ckpt_choice = st.selectbox("Checkpoint (from models dir)", options=[""] + local_ckpts, index=0)
    ckpt_path_text = st.text_input("Or explicit checkpoint path (relative to models dir)", value="")

    ckpt_path = str(model_dir/"bert_paper_classifier_arxiv.pth")
    
    if ckpt_choice:
        ckpt_path = str(model_dir/ckpt_choice)

    if ckpt_path_text:
        ckpt_path = str(model_dir/ckpt_path_text)

    st.caption("Set env var `HF_TOKEN` to your Hugging Face token if you want use other models.")


DEFAULT_LABELS = [
    "Computer Science",
    "Economics",
    "Electrical Engineering and Systems Science",
    "Mathematics",
    "Physics",
    "Quantitative Biology",
    "Quantitative Finance",
    "Statistics",
]

num_labels = len(DEFAULT_LABELS)
device = "cuda" if torch.cuda.is_available() else "cpu"

tok, model = load_model(
    st.session_state.model_id,
    num_labels=num_labels,
    checkpoint_path=ckpt_path,
    ignore_mismatched_sizes=True,
)
model.to(device)

st.write(f"Device: `{device}`")

with st.form("predict"):
    title = st.text_input("Title", value="")
    summary = st.text_area("Summary / abstract", value="", height=220)
    submitted = st.form_submit_button("Predict")

if submitted:
    if not (title.strip() or summary.strip()):
        st.warning("Provide at least a title or a summary.")
    else:
        preds, probs = predict(
            model,
            tok,
            title=title,
            summary=summary,
            labels=DEFAULT_LABELS,
            threshold=float(st.session_state.threshold),
            max_length=int(max_length),
            device=device,
        )

        if not preds:
            st.info("No labels above threshold.")
        else:
            st.subheader("Predicted labels")
            st.table([{"label": lab, "prob": round(p, 4)} for lab, p in preds])

        with st.expander("All probabilities"):
            st.json({lab: float(p) for lab, p in zip(DEFAULT_LABELS, probs)})