Dockerfile

FROM python:3.10

# 安装系统依赖（包括编译 ephem 所需的依赖）
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    git \
    build-essential \
    python3-dev \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*

# 升级 pip
RUN python -m pip install --upgrade pip setuptools wheel

# 创建非 root 用户
RUN useradd -m -u 1000 user
USER user

# 设置环境变量
ENV PATH="/home/user/.local/bin:$PATH"
ENV PYTHONPATH=/app/scanpy/source:$PYTHONPATH
ENV MCP_TRANSPORT=http
ENV MCP_PORT=7860

# 设置工作目录
WORKDIR /app

# 复制代码（必须先复制才能编译本地 ephem）
COPY --chown=user:user . /app

# 在非 root 用户前安装 ephem 的编译依赖（必须用 root）
USER root
RUN apt-get update && apt-get install -y \
    python3-dev \
    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
USER user

# 复制并安装依赖
COPY --chown=user:user ./requirements.txt requirements.txt
RUN pip install --no-cache-dir --user --upgrade -r requirements.txt

# 编译本地的 ephem 源码
RUN cd /app/pyephem/source && python setup.py build_ext --inplace 2>&1 || echo "Trying pip install in-place build..."
RUN pip install --no-cache-dir --user -e /app/pyephem/source 2>&1 || true

# 复制代码（必须先复制才能编译本地 ephem）
COPY --chown=user:user . /app

# 端口暴露
EXPOSE 7860

# 启动命令
CMD ["python", "scanpy/mcp_output/start_mcp.py"]