added ARO for antimicrobiotical resistance AMR

app-demo-myMultiNER.py

@@ -1,10 +1,10 @@
 import os
 
-os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
+#os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "1,6" # to use the GPUs 3,4 only
 
-os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
-os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
-os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
+#os.environ["HF_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
+#os.environ["HUGGINGFACE_HUB_CACHE"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
+#os.environ["HF_HOME"] = "/eos/jeodpp/home/users/consose/cache/huggingface/hub"
 
 from transformers import file_utils
 print(file_utils.default_cache_path)
@@ -87,7 +87,7 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
              "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
              "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
              "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
+             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
 
 
 modelGliner=None

nerBio.py

@@ -89,9 +89,9 @@ POSSIBLE_KGchoices_List = ["AI", "AIO", "AEO", "BFO", "BIM", "BCGO", "CL", "CHIR
              "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
              "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
              "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
+             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
 
-ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS"]
+ONLY_Ontologies_OnBIOPORTAL = ["AI", "AIO", "AEO", "BCGO", "BFO", "BIM", "CHEBI", "CHIRO", "CL", "DCM", "DOID", "FMA", "FOODON", "GENO", "GML", "GO", "GEOSPARQL", "HL7", "HP", "HP_O", "IAO", "ICD10", "IDO", "LOINC", "MESH", "MONDO", "NCBITAXON", "NCIT", "NIFCELL", "NIFSTD", "OBCS", "OCHV", "OHPI", "OPB", "PLOSTHES", "RADLEX", "OBOREL", "SNOMEDCT", "SO", "STATO", "STY", "SYMP", "PTRANS", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "ARO"]
 
 
 

virtuosoQueryRest.py

@@ -153,7 +153,7 @@ if __name__ == '__main__':
              "GeoSPARQL", "HL7", "DOID", "HP", "HP_O", "IDO", "IAO", "ICD10", "LOINC", "MESH",
              "MONDO", "NCIT", "NCBITAXON", "NCBITaxon_", "NIFCELL", "NIFSTD", "GML", "OBCS", "OCHV", "OHPI",
              "OPB", "TRANS", "PLOSTHES", "RADLEX", "RO", "STY", "SO", "SNOMED", "STATO",
-             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc"]
+             "SYMP", "FoodOn", "UBERON", "ORDO", "HOOM", "VO", "OGMS", "EuroSciVoc", "ARO"]
 
     # Construct the FROM clauses
     from_clauses = ' '.join([f"FROM <{choice}>" for choice in choices])