auto: sync run_qwen_motif_protocol.py

scripts/run_qwen_motif_protocol.py

@@ -71,6 +71,19 @@ def parse_optional_split_kinds(text: str | None) -> tuple[str, ...] | None:
     return tuple(values)
 
 
+def parse_bool_flag(value: str | bool | None) -> bool:
+    if value is None:
+        return True
+    if isinstance(value, bool):
+        return value
+    normalized = str(value).strip().lower()
+    if normalized in {"1", "true", "yes", "y", "on"}:
+        return True
+    if normalized in {"0", "false", "no", "n", "off"}:
+        return False
+    raise argparse.ArgumentTypeError(f"invalid boolean flag value: {value}")
+
+
 def resolve_device(device_arg: str) -> str:
     if device_arg != "auto":
         return device_arg
@@ -769,7 +782,15 @@ def build_arg_parser() -> argparse.ArgumentParser:
     parser.add_argument("--seed_base", "--seed-base", dest="seed_base", type=int, default=0)
     parser.add_argument("--seeds", default=None)
     parser.add_argument("--split_kinds", "--split-kinds", dest="split_kinds", default=None)
-    parser.add_argument("--skip_dense_baseline", "--skip-dense-baseline", dest="skip_dense_baseline", action="store_true")
+    parser.add_argument(
+        "--skip_dense_baseline",
+        "--skip-dense-baseline",
+        dest="skip_dense_baseline",
+        nargs="?",
+        const=True,
+        default=False,
+        type=parse_bool_flag,
+    )
     parser.add_argument("--output_json", "--output-json", dest="output_json", type=Path, default=ROOT / "archive" / "qwen_motif_protocol.json")
     return parser