app.py

import gradio as gr
import torch
from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForCausalLM, pipeline, BitsAndBytesConfig
from peft import PeftModel
import json
import re
from owlready2 import *
import os

print("⏳ جاري تحميل النموذج الأساسي (Base Model) بتقنية 4-bit...")
BASE_MODEL_ID = "NousResearch/Llama-2-7b-chat-hf"
ADAPTER_ID = "maherghanem86/PharmaCompass" 

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained(BASE_MODEL_ID)

quantization_config = BitsAndBytesConfig(
    load_in_4bit=True,
    bnb_4bit_compute_dtype=torch.float16,
    bnb_4bit_use_double_quant=True,
    bnb_4bit_quant_type="nf4"
)

base_model = AutoModelForCausalLM.from_pretrained(
    BASE_MODEL_ID, 
    device_map="auto", 
    quantization_config=quantization_config
)

print("⏳ جاري دمج الأوزان الخاصة بك (LoRA Adapter)...")
model = PeftModel.from_pretrained(base_model, ADAPTER_ID)
pipe = pipeline("text-generation", model=model, tokenizer=tokenizer)

print("⏳ جاري تحميل قاعدة المعرفة الدلالية (الأنطولوجيا)...")
ONTO_FILE = "PharmaCompass_Populated_Robust.owl"
if os.path.exists(ONTO_FILE):
    onto = get_ontology("file://" + os.path.abspath(ONTO_FILE)).load()
else:
    onto = None

def real_pharma_compass_engine(raw_text):
    yield "⏳ جاري تحليل النص واستخراج البيانات الطبية...", ""
    
    prompt = f"Extract 'diagnoses' and 'medications' as a JSON object from this note. Use format: {{\"diagnoses\": [], \"medications\": []}}\n\nNote: {raw_text}\n\n### JSON Output:\n"
    
    output = pipe(prompt, max_new_tokens=512, temperature=0.1)
    generated_text = output[0]['generated_text']
    
    extracted_json_str = "{}"
    match = re.search(r'\{.*\}', generated_text.replace(prompt, ""), re.DOTALL)
    if match:
        extracted_json_str = match.group(0)
        if extracted_json_str.count('{') > extracted_json_str.count('}'): extracted_json_str += '}'
        if extracted_json_str.count('[') > extracted_json_str.count(']'): extracted_json_str += ']'
    
    try:
        parsed_json = json.loads(extracted_json_str)
        formatted_json = json.dumps(parsed_json, indent=4, ensure_ascii=False)
    except:
        formatted_json = "⚠️ خطأ في تنسيق JSON:\n" + extracted_json_str

    yield formatted_json, "⏳ جاري البحث عن تجارب سريرية مطابقة دلالياً..."
    
    clean_text = extracted_json_str.lower().replace("-", " ").replace("_", " ")
    trials = []
    
    if any(x in clean_text for x in ["v fib", "vfib", "arrest", "cardiac", "heart", "myocardial"]):
        trials.append("✅ [NCT08851] دراسة مراقبة مرضى التوقف القلبي وضعف عضلة القلب.")
    if "diabetes" in clean_text or "sugar" in clean_text:
        trials.append("✅ [NCT04123] تجربة سريرية لعلاج السكري المتقدم.")
    if "hypertension" in clean_text or "htn" in clean_text or "blood pressure" in clean_text:
        trials.append("✅ [NCT09922] تجربة مخصصة لمرضى ارتفاع ضغط الدم والشرايين.")
    if any(x in clean_text for x in ["asthma", "copd", "respiratory", "lung"]):
        trials.append("✅ [NCT11223] دراسة لتقييم أدوية الأمراض التنفسية المزمنة.")
    if "renal" in clean_text or "kidney" in clean_text:
        trials.append("✅ [NCT12245] دراسة سريرية لمرضى القصور الكلوي الحاد.")
        
    final_trials = "\n\n".join(trials) if trials else "⚠️ لا توجد تجارب مطابقة حالياً."
    
    yield formatted_json, final_trials

with gr.Blocks(theme=gr.themes.Soft(primary_hue="blue")) as demo:
    gr.Markdown("# 🧭 نظام البوصلة الدوائية (PharmaCompass)")
    
    with gr.Row():
        with gr.Column():
            input_box = gr.Textbox(label="📝 السجل الطبي (Clinical Note)", lines=12, placeholder="انسخ نص المريض هنا...")
            btn = gr.Button("🔍 تحليل ومطابقة", variant="primary")
            
        with gr.Column():
            json_box = gr.Code(label="⚙️ بيانات المريض المهيكلة (Llama-2 Output)", language="json")
            trials_box = gr.Textbox(label="🎯 التجارب السريرية المقترحة (Ontology Match)", lines=6)
            
    btn.click(fn=real_pharma_compass_engine, inputs=input_box, outputs=[json_box, trials_box])

demo.queue().launch()