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-FROM bioconductor/bioconductor_docker:RELEASE_3_19
-
-# Update apt-get and install necessary libraries
-RUN apt-get update \
-    && apt-get install -y \
-        libcurl4-openssl-dev \
-        libxml2-dev \
-        openjdk-11-jdk \
-        libcairo2-dev \
-        libxt-dev \
-        nginx \
-    && apt-get clean \
-    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
-
-# Install R packages
-RUN R -e "install.packages(c('shinyjqui','BiocManager','remotes', 'devtools', 'shiny','shinyscreenshot', 'readr', 'shinyAce', 'ggplot2', 'dplyr', 'shinythemes', 'openintro', 'plotly', 'DT', 'ggprism', 'ggbeeswarm', 'shinyFiles', 'stringr', 'shinyBS', 'shinydashboard', 'shinyWidgets', 'tidyr', 'pheatmap', 'grid', 'gridExtra', 'ggeasy', 'ggtext', 'colorspace', 'shinyjqui', 'tidyverse', 'gprofiler2', 'colourpicker', 'shinydashboardPlus', 'jsonlite', 'reshape2','shinyalert'))"
-
-RUN R -e 'BiocManager::install("graph")'
-RUN R -e "source('https://install-github.me/dreamRs/esquisse')"
-
-# Install plumber and cyjshiny
-RUN R -e "install.packages(c('plumber','cyjShiny','svglite'))"
-
-# アプリケーションのディレクトリ構造を作成
-RUN mkdir -p /srv/app/modules \
-    && mkdir -p /srv/app/pathwaymap \
-    && mkdir -p /srv/app/svg \
-    && mkdir -p /srv/app/www \
-    && mkdir -p /srv/app/data
-
-# Nginxの設定とディレクトリ作成
-RUN rm /etc/nginx/sites-enabled/default \
-    && mkdir -p /var/cache/nginx \
-    && mkdir -p /var/log/nginx \
-    && mkdir -p /var/lib/nginx \
-    && mkdir -p /var/lib/nginx/body \
-    #&& chown -R www-data:www-data /var/log/nginx \
-    #&& chown -R www-data:www-data /var/lib/nginx \
-    #&& chown -R www-data:www-data /var/cache/nginx \
-    && chmod -R 777 /var/log/nginx \
-    && chmod -R 777 /var/lib/nginx \
-    && chmod -R 777 /var/cache/nginx \
-    && touch /var/run/nginx.pid \
-    && chmod 777 /var/run/nginx.pid 
-    #&& chown -R www-data:www-data /var/run/nginx.pid
-
-COPY nginx.conf /etc/nginx/nginx.conf
-RUN chmod 666 /etc/nginx/nginx.conf
-
-# ファイルのコピー
-COPY ./app/ui.R /srv/app/
-COPY ./app/server.R /srv/app/
-COPY ./app/plumber.R /srv/app/
-COPY ./app/R /srv/app/modules/
-COPY ./app/data /srv/app/pathwaymap/
-COPY ./app/svg /srv/app/svg/
-COPY ./app/www /srv/app/www/
-COPY ./scripts/start.sh /usr/local/bin/start.sh
-
-# 実行権限の設定
-RUN chmod +x /usr/local/bin/start.sh
-
-# ディレクトリの権限設定
-RUN chmod -R 777 /srv/app \
-    && chmod -R 777 /srv/app/data
-
-# ポート設定
-EXPOSE 7860
-EXPOSE 8000
-EXPOSE 9000
-
-# 起動コマンド
+FROM bioconductor/bioconductor_docker:RELEASE_3_19
+
+# Update apt-get and install necessary libraries
+RUN apt-get update \
+    && apt-get install -y \
+        libcurl4-openssl-dev \
+        libxml2-dev \
+        openjdk-11-jdk \
+        libcairo2-dev \
+        libxt-dev \
+        nginx \
+    && apt-get clean \
+    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
+
+# Install R packages
+RUN R -e "install.packages(c('shinyjqui','BiocManager','remotes', 'devtools', 'shiny','shinyscreenshot', 'readr', 'shinyAce', 'ggplot2', 'dplyr', 'shinythemes', 'openintro', 'plotly', 'DT', 'ggprism', 'ggbeeswarm', 'shinyFiles', 'stringr', 'shinyBS', 'shinydashboard', 'shinyWidgets', 'tidyr', 'pheatmap', 'grid', 'gridExtra', 'ggeasy', 'ggtext', 'colorspace', 'shinyjqui', 'tidyverse', 'gprofiler2', 'colourpicker', 'shinydashboardPlus', 'jsonlite', 'reshape2','shinyalert'))"
+
+RUN R -e 'BiocManager::install("graph")'
+RUN R -e "source('https://install-github.me/dreamRs/esquisse')"
+
+# Install plumber and cyjshiny
+RUN R -e "install.packages(c('plumber','cyjShiny','svglite'))"
+
+# アプリケーションのディレクトリ構造を作成
+RUN mkdir -p /srv/app/modules \
+    && mkdir -p /srv/app/pathwaymap \
+    && mkdir -p /srv/app/svg \
+    && mkdir -p /srv/app/www \
+    && mkdir -p /srv/app/data
+
+# Nginxの設定とディレクトリ作成
+RUN rm /etc/nginx/sites-enabled/default \
+    && mkdir -p /var/cache/nginx \
+    && mkdir -p /var/log/nginx \
+    && mkdir -p /var/lib/nginx \
+    && mkdir -p /var/lib/nginx/body \
+    #&& chown -R www-data:www-data /var/log/nginx \
+    #&& chown -R www-data:www-data /var/lib/nginx \
+    #&& chown -R www-data:www-data /var/cache/nginx \
+    && chmod -R 777 /var/log/nginx \
+    && chmod -R 777 /var/lib/nginx \
+    && chmod -R 777 /var/cache/nginx \
+    && touch /var/run/nginx.pid \
+    && chmod 777 /var/run/nginx.pid 
+    #&& chown -R www-data:www-data /var/run/nginx.pid
+
+COPY nginx.conf /etc/nginx/nginx.conf
+RUN chmod 666 /etc/nginx/nginx.conf
+
+# ファイルのコピー
+COPY ./app/ui.R /srv/app/
+COPY ./app/server.R /srv/app/
+COPY ./app/plumber.R /srv/app/
+COPY ./app/R /srv/app/modules/
+COPY ./app/data /srv/app/pathwaymap/
+COPY ./app/svg /srv/app/svg/
+COPY ./app/www /srv/app/www/
+COPY ./scripts/start.sh /usr/local/bin/start.sh
+
+# 実行権限の設定
+RUN chmod +x /usr/local/bin/start.sh
+
+# ディレクトリの権限設定
+RUN chmod -R 777 /srv/app \
+    && chmod -R 777 /srv/app/data
+
+# ポート設定
+EXPOSE 7860
+EXPOSE 8000
+EXPOSE 9000
+
+# 起動コマンド
 CMD ["sh", "/usr/local/bin/start.sh"]