mutation_analysis.py

# mutation_analysis.py

STOP_CODONS = {"UAA", "UAG", "UGA"}

def classify_mutation(wt_protein: str, mutant_protein: str) -> str:
    """
    依照正確的分子生物學邏輯分類突變型態
    """

    # 1️⃣ Nonsense mutation：出現提前終止
    # （翻譯後蛋白中出現 STOP 或明顯提前終止）
    if len(mutant_protein) < len(wt_protein):
        # 若是「提前終止」但 reading frame 未被打亂 → nonsense
        return "nonsense mutation"

    # 2️⃣ Frameshift mutation：reading frame 改變
    # （長度變化且非單一替換）
    if len(mutant_protein) != len(wt_protein):
        return "frameshift mutation"

    # 3️⃣ Missense mutation：長度相同但胺基酸不同
    if wt_protein != mutant_protein:
        return "missense mutation"

    # 4️⃣ 沒有變化
    return "no mutation"