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import SimpleITK as sitk
import numpy as np
import os
def create_new_nifti_mask(output_nii_path, size=(256, 256, 128), mask_type="sphere"):
"""
创建一个指定大小的新NIFTI掩码文件
参数:
output_nii_path: 输出的伪掩码路径
size: 掩码的尺寸，默认为(256, 256, 128)
mask_type: 掩码类型，可选"sphere"、"cube"或"random"
"""
print(f"创建尺寸为{size}的伪掩码")
# 创建一个指定尺寸的零数组
mask_array = np.zeros(size, dtype=np.uint8)
if mask_type == "sphere":
# 创建一个球形掩码
center = [s // 2 for s in size]
radius = min(size) // 4
# 创建坐标网格
z, y, x = np.ogrid[:size[0], :size[1], :size[2]]
# 计算到中心的距离
dist_from_center = np.sqrt(
(z - center[0])**2 +
(y - center[1])**2 +
(x - center[2])**2
)
# 创建掩码
mask_array = (dist_from_center <= radius).astype(np.uint8)
elif mask_type == "cube":
# 创建一个立方体掩码
center = [s // 2 for s in size]
half_width = min(size) // 6
mask_array[
center[0]-half_width:center[0]+half_width,
center[1]-half_width:center[1]+half_width,
center[2]-half_width:center[2]+half_width
] = 1
elif mask_type == "random":
# 创建一个具有随机形状的掩码
np.random.seed(42) # 设置随机数种子以便结果可复现
# 创建几个随机椭球
for _ in range(3):
center = [np.random.randint(s//4, 3*s//4) for s in size]
radii = [s//10 + np.random.randint(s//8) for s in size]
z, y, x = np.ogrid[:size[0], :size[1], :size[2]]
dist_from_center = np.sqrt(
((z - center[0])/radii[0])**2 +
((y - center[1])/radii[1])**2 +
((x - center[2])/radii[2])**2
)
mask_array = np.logical_or(mask_array, dist_from_center <= 1)
# 转换为SimpleITK图像
mask_image = sitk.GetImageFromArray(mask_array.astype(np.uint8))
# 设置默认的元数据
mask_image.SetSpacing((1.0, 1.0, 1.0)) # 1mm 各向同性间距
mask_image.SetOrigin((0.0, 0.0, 0.0)) # 默认原点
direction = tuple([1.0 if i == j else 0.0 for i in range(3) for j in range(3)]) # 默认方向
mask_image.SetDirection(direction)
# 确保输出目录存在
os.makedirs(os.path.dirname(output_nii_path), exist_ok=True)
# 保存掩码
sitk.WriteImage(mask_image, output_nii_path)
print(f"伪掩码已保存至: {output_nii_path}")
return mask_array
# 使用相对路径
input_path = "test_data/kidney_right/AMOS/imagesVal/test.nii.gz"
output_path = "test_data/kidney_right/AMOS/labelsVal/test.nii.gz"
# 确保父目录存在
os.makedirs(os.path.dirname(output_path), exist_ok=True)
# 创建新的掩码（尺寸可根据需要调整）
create_new_nifti_mask(output_path, size=(128, 128, 128), mask_type="sphere") |