Ethosoft/NeuroMed-Cardio-0.8B

Teknofest Dokümantasyonu

Ethosoft takımımızın modellerimizi valide edecek Teknofest yetkilileri için hazırladığı teknik dokümantasyondur.

Python Versiyonu

Kullanılacak cihazlarda Python 3.12 ortamı kurulmak zorundadır. Kütüphanelerin uyumlu çalışması için bu adım gereklidir.

Nvidia GPU Kurulumu

Eğer yetkililerin modelleri valide edeceği cihazlarda Nvidia GPU varsa ve model validasyonunda GPU hızlandırılması kullanılmak isteniyorsa bu adımları takip ediniz. Ancak CPU üzerinden çalıştırılacak testler için bu adım atlanabilir. Windows cihazlarda bu adım TensorFlow için çalışmayacaktır. PyTorch hızlandırması için kullanılabilir. Nvidia olmayan GPU’lar için hızlandırma desteği bulunmamaktadır.

1. Cihazınızın tipine göre kurulum adımlarını takip etmek için adresi ziyaret ediniz.
2. Oradaki kurulum adımlarını takip edip kurulumu yapınız.
3. Kurulum bittikten sonra cihazın terminalinde nvidia-smi çalıştırılarak kurulum kontrol edilebilir.

Kütüphane Kurulumu

Windows cihazlar için ayrı, Linux cihazlar için ayrı adımlar takip edilmelidir.

Windows Adımları

1. Kurulumu yapacağınız Python ortamını açınız. (Global ortama kurulacaksa atlanabilir)
2. Bahsi geçen ortam terminalde açıkken aşağıdaki komutu çalıştırınız.

pip install -r winrequirements.txt

Linux Adımları

1. Kurulumu yapacağınız Python ortamını açınız. (Global ortama kurulacaksa atlanabilir)
2. Bahsi geçen ortam terminalde açıkken aşağıdaki komutu çalıştırınız.

pip install -r requirements.txt

Pyradiomics Kurulumu

Kardiyomegali görevinde Pyradiomics isimli özel bir kütüphane kullanılmaktadır. Bu kütüphane direkt paket yöneticisi ile kurulamadığından özel adımlar kullanılmıştır.

1. Dokümantasyon klasöründe terminali açınız.
2. Terminalde aşağıdaki komutları çalıştırınız. (Git kurulu olmalı)

git clone https://github.com/AIM-Harvard/pyradiomics.git
pip install -e pyradiomics/[dev,docs,test]

3. Kurulum tamamlanacaktır.

Kardiyomegali / KTO Validasyonu

Dokümantasyon dosyalarının olduğu konumda kütüphanelerinizin bulunduğu Python ortamını kullanarak aşağıdaki komutu çalıştırınız:

python kardiyomegaliteknefes.py --base_path [GÖRÜNTÜ YOLLARI] --output_json [ÇIKTI JSON YOLU]

Köşeli parantez ile belirttiğimiz yerleri kendinize göre doldurunuz.