Hugging Face's logo

Pathstudy
/
fourmodal-pathology-bind

Feature Extraction
PyTorch
pathology
multimodal
imagebind
spatial-transcriptomics
multiplex-immunofluorescence
contrastive-learning
Model card Files
xet
 Community
fourmodal-pathology-bind / models /ej_ad_mv /meta.json
Carpediem123's picture
Carpediem123
Migrate release files 241-270
e03b3d1 verified
Raw History Blame Contribute Delete
23.7 kB
{
"config": "EJ-ad+MV",
"stage2_rule": "ens-es",
"n_adapters": 3,
"mode": "release",
"created": "2026-10-28 07:05",
"dims": {
"mif": 512,
"rna:hvg": 2000,
"rna:tahoex1": 512,
"rna:se600m": 2048,
"rna:aidocell": 640,
"text:keep": 768,
"text:biomedclip": 512,
"text:qwen3-0.6b": 1024
},
"adapter": "cat",
"raw_encoders": [
"rna:hvg",
"text:biomedclip"
],
"hvg_genes": [
"A2M",
"AAMP",
"ABHD2",
"ABLIM1",
"ABR",
"ACAA1",
"ACAA2",
"ACADVL",
"ACAT1",
"ACLY",
"ACO2",
"ACOT7",
"ACSL1",
"ACSL3",
"ACSS1",
"ACTA2",
"ACTB",
"ACTC1",
"ACTG2",
"ACTN1",
"ACTN2",
"ACTN4",
"ACTR3",
"ADAM15",
"ADAM9",
"ADAMTS1",
"ADAR",
"ADD1",
"ADD3",
"ADGRG1",
"ADH5",
"ADI1",
"ADIRF",
"ADNP",
"ADRM1",
"AEBP1",
"AFDN",
"AFF1",
"AGAP3",
"AGPAT2",
"AGR2",
"AGRN",
"AGT",
"AHCYL1",
"AHNAK",
"AHSA1",
"AHSG",
"AIDA",
"AK1",
"AKAP1",
"AKAP12",
"AKAP13",
"AKAP9",
"AKR1A1",
"AKT1",
"AKT2",
"ALB",
"ALDH1A1",
"ALDH1L1",
"ALDH2",
"ALDH3A2",
"ALDOB",
"ALDOC",
"ALKBH5",
"ALKBH7",
"ANAPC11",
"ANAPC16",
"ANAPC5",
"ANG",
"ANGPTL4",
"ANK2",
"ANKH",
"ANKRD10",
"ANKRD11",
"ANKRD12",
"ANP32A",
"ANP32B",
"ANP32E",
"ANPEP",
"ANXA1",
"ANXA11",
"ANXA2",
"ANXA4",
"ANXA5",
"ANXA6",
"ANXA7",
"AP2A2",
"AP2M1",
"AP2S1",
"AP3D1",
"APBB1",
"APEX1",
"APH1A",
"APLP2",
"APMAP",
"APOA2",
"APOB",
"APOC1",
"APOC2",
"APOD",
"APOE",
"APOL1",
"APP",
"APRT",
"AQP1",
"AQP3",
"ARAP1",
"ARCN1",
"ARF1",
"ARF3",
"ARF4",
"ARGLU1",
"ARHGDIA",
"ARHGDIB",
"ARHGEF12",
"ARL2",
"ARL6IP4",
"ARL6IP5",
"ARPC1A",
"ARPC1B",
"ARPC2",
"ARPC3",
"ARPC4",
"ARPC5",
"ARPP19",
"ARRDC3",
"ASAH1",
"ASPH",
"ASS1",
"ATF4",
"ATN1",
"ATOX1",
"ATP1A1",
"ATP1A2",
"ATP1B1",
"ATP2A2",
"ATP2B4",
"ATP2C1",
"ATP5F1A",
"ATP5F1B",
"ATP5F1D",
"ATP5F1E",
"ATP5IF1",
"ATP5MC2",
"ATP5MC3",
"ATP5ME",
"ATP5MF",
"ATP5MG",
"ATP5MPL",
"ATP5PB",
"ATP5PD",
"ATP5PF",
"ATP6AP1",
"ATP6AP2",
"ATP6V0A1",
"ATP6V0B",
"ATP6V0D1",
"ATP6V0E1",
"ATP6V1A",
"ATP6V1B2",
"ATP6V1E1",
"ATP6V1F",
"ATP6V1G1",
"ATP9A",
"ATRAID",
"ATRX",
"ATXN10",
"ATXN7L3B",
"AUP1",
"AURKAIP1",
"AXIN2",
"AZGP1",
"AZIN1",
"B2M",
"B4GALT1",
"BACE2",
"BAD",
"BAG1",
"BAG6",
"BANF1",
"BCAM",
"BCAP31",
"BCL2L1",
"BCL6",
"BCL7C",
"BEX3",
"BEX4",
"BGN",
"BHLHE40",
"BIN1",
"BLCAP",
"BLOC1S1",
"BLVRB",
"BNIP3L",
"BPTF",
"BRD2",
"BRD4",
"BRI3",
"BRK1",
"BSG",
"BST2",
"BTBD2",
"BTF3",
"BTG2",
"BZW1",
"C11orf58",
"C11orf96",
"C12orf57",
"C19orf33",
"C19orf48",
"C19orf53",
"C1QA",
"C1QB",
"C1QC",
"C1QTNF1",
"C1R",
"C1S",
"C1orf122",
"C1orf198",
"C1orf43",
"C1orf61",
"C3",
"C4orf3",
"C4orf48",
"C6orf62",
"C7",
"C7orf50",
"CA12",
"CALCOCO2",
"CALD1",
"CALM3",
"CALR",
"CALU",
"CAMK2N1",
"CAMLG",
"CAMTA1",
"CANT1",
"CANX",
"CAP1",
"CAPG",
"CAPN1",
"CAPN2",
"CAPNS1",
"CAPRIN1",
"CAPS",
"CAPZA2",
"CAPZB",
"CASC3",
"CAST",
"CAT",
"CAV1",
"CAV2",
"CAVIN1",
"CAVIN3",
"CBR1",
"CBX3",
"CBX5",
"CBX6",
"CCDC12",
"CCDC124",
"CCDC47",
"CCDC6",
"CCDC80",
"CCDC85B",
"CCND1",
"CCND2",
"CCNI",
"CCNL1",
"CCNL2",
"CCT2",
"CCT3",
"CCT4",
"CCT8",
"CD14",
"CD151",
"CD163",
"CD164",
"CD24",
"CD36",
"CD44",
"CD46",
"CD47",
"CD55",
"CD63",
"CD68",
"CD74",
"CD81",
"CD9",
"CD99",
"CDC123",
"CDC34",
"CDC42BPB",
"CDC42EP1",
"CDC42EP5",
"CDC42SE1",
"CDC42SE2",
"CDH1",
"CDIPT",
"CDK4",
"CDK6",
"CDKN1A",
"CDV3",
"CEACAM5",
"CEBPD",
"CELF1",
"CENPX",
"CERCAM",
"CERS2",
"CES2",
"CFB",
"CFD",
"CFH",
"CFL2",
"CFLAR",
"CHCHD1",
"CHCHD10",
"CHCHD2",
"CHD4",
"CHGA",
"CHI3L1",
"CHID1",
"CHMP1B",
"CHMP2A",
"CHMP3",
"CHMP4B",
"CHMP5",
"CHN1",
"CHP1",
"CHPF",
"CHTOP",
"CHURC1",
"CIB1",
"CIRBP",
"CISD3",
"CKAP4",
"CKB",
"CKMT2",
"CLDN3",
"CLDN4",
"CLDN5",
"CLDN7",
"CLIC1",
"CLIC4",
"CLIP1",
"CLK1",
"CLPTM1",
"CLPTM1L",
"CLSTN1",
"CLTA",
"CLTB",
"CLTC",
"CLU",
"CLUH",
"CMBL",
"CMPK1",
"CMYA5",
"CNBP",
"CNDP2",
"CNN1",
"CNN2",
"CNN3",
"CNP",
"CNPY2",
"COA3",
"COA4",
"COL16A1",
"COL18A1",
"COL1A1",
"COL1A2",
"COL3A1",
"COL4A1",
"COL4A2",
"COL5A1",
"COL5A2",
"COL6A1",
"COL6A2",
"COL6A3",
"COLGALT1",
"COMMD6",
"COMT",
"COPA",
"COPB2",
"COPE",
"COPG1",
"COPS6",
"COPS9",
"COPZ1",
"COQ8A",
"CORO1C",
"COTL1",
"COX14",
"COX17",
"COX4I1",
"COX5B",
"COX6A1",
"COX6B1",
"COX6C",
"COX7A1",
"COX7A2",
"COX7A2L",
"COX7B",
"COX7C",
"COX8A",
"CP",
"CPE",
"CPNE1",
"CRABP2",
"CREB3L1",
"CREBZF",
"CREG1",
"CRELD2",
"CRIM1",
"CRIP1",
"CRIP2",
"CRISPLD2",
"CRP",
"CRTAP",
"CRYAB",
"CS",
"CSDE1",
"CSNK1D",
"CSNK1G2",
"CSNK2B",
"CSRP3",
"CST3",
"CSTA",
"CSTB",
"CTDNEP1",
"CTDSP1",
"CTDSP2",
"CTNNA1",
"CTNNB1",
"CTNNBIP1",
"CTNND1",
"CTSA",
"CTSB",
"CTSC",
"CTSD",
"CTSF",
"CTSH",
"CTSL",
"CTSS",
"CTSZ",
"CTTN",
"CTXN1",
"CUTA",
"CUX1",
"CXCL12",
"CXCL14",
"CXCR4",
"CYB5A",
"CYB5B",
"CYB5R3",
"CYBA",
"CYBRD1",
"CYC1",
"CYCS",
"CYHR1",
"CYP1B1",
"CYP2C8",
"CYP2E1",
"CYSTM1",
"CYTH2",
"DAB2",
"DAD1",
"DAG1",
"DAP",
"DAZAP1",
"DAZAP2",
"DBI",
"DBNL",
"DCAF7",
"DCAF8",
"DCN",
"DCTN1",
"DCTN2",
"DCTN3",
"DCXR",
"DDAH1",
"DDAH2",
"DDB1",
"DDIT4",
"DDR1",
"DDRGK1",
"DDT",
"DDX1",
"DDX17",
"DDX21",
"DDX23",
"DDX24",
"DDX39B",
"DDX3X",
"DDX5",
"DDX6",
"DECR1",
"DEFB1",
"DEGS1",
"DEK",
"DEPP1",
"DES",
"DHCR24",
"DHRS3",
"DHRS7",
"DHX15",
"DHX30",
"DIDO1",
"DKK3",
"DLGAP4",
"DMKN",
"DMPK",
"DNAJA1",
"DNAJB1",
"DNAJB2",
"DNAJB6",
"DNAJC15",
"DNAJC7",
"DNM1",
"DNM2",
"DNPEP",
"DNPH1",
"DPEP1",
"DPM3",
"DPP7",
"DPYSL2",
"DPYSL3",
"DRAP1",
"DSP",
"DST",
"DSTN",
"DUS1L",
"DUSP1",
"DUSP23",
"DUSP3",
"DUT",
"DYNC1H1",
"DYNC1I2",
"DYNC1LI2",
"DYNLL1",
"DYNLL2",
"DYNLT1",
"EBPL",
"ECE1",
"ECH1",
"ECHDC2",
"ECHS1",
"ECI1",
"EDF1",
"EEF1A2",
"EEF1B2",
"EEF1G",
"EEF2",
"EFEMP1",
"EFHD1",
"EFHD2",
"EFNA1",
"EGFL7",
"EGR1",
"EHBP1L1",
"EHD2",
"EI24",
"EID1",
"EIF1",
"EIF1AX",
"EIF1B",
"EIF2S2",
"EIF2S3",
"EIF3A",
"EIF3B",
"EIF3D",
"EIF3E",
"EIF3G",
"EIF3H",
"EIF3I",
"EIF3L",
"EIF3M",
"EIF4A1",
"EIF4A2",
"EIF4B",
"EIF4EBP2",
"EIF4G1",
"EIF4G2",
"EIF4H",
"EIF5",
"EIF5B",
"EIF6",
"ELAVL1",
"ELF3",
"ELL2",
"ELN",
"ELOVL5",
"EMC10",
"EMC4",
"EMILIN1",
"EMP1",
"EMP2",
"EMP3",
"ENAH",
"ENC1",
"ENG",
"ENO1",
"ENO2",
"ENTPD6",
"ENY2",
"EPAS1",
"EPCAM",
"EPHX1",
"EPN1",
"EPS8L2",
"ERBB2",
"ERBB3",
"ERGIC1",
"ERGIC3",
"ERH",
"ERO1A",
"ERP29",
"ERRFI1",
"ESD",
"ESYT2",
"ETFA",
"ETFB",
"ETHE1",
"ETS2",
"EVL",
"EZR",
"F2",
"F3",
"FABP1",
"FABP4",
"FABP5",
"FAM107A",
"FAM120A",
"FAM162A",
"FAM3C",
"FAM3D",
"FAM50A",
"FARP1",
"FASN",
"FAT1",
"FBLN1",
"FBLN2",
"FBN1",
"FBP1",
"FBXL5",
"FBXW5",
"FCER1G",
"FCGBP",
"FCGRT",
"FDFT1",
"FDPS",
"FGA",
"FGFRL1",
"FGG",
"FHL2",
"FIS1",
"FKBP10",
"FKBP3",
"FKBP5",
"FKBP8",
"FKBP9",
"FLII",
"FLNA",
"FLNB",
"FLNC",
"FLOT1",
"FLOT2",
"FMOD",
"FN1",
"FNDC3B",
"FOS",
"FOSB",
"FOXA1",
"FOXN3",
"FOXO3",
"FOXP1",
"FSTL1",
"FTH1",
"FTL",
"FUNDC2",
"FURIN",
"FUS",
"FXR1",
"FXYD1",
"FXYD2",
"FXYD3",
"FXYD5",
"FXYD6",
"G0S2",
"G3BP2",
"GAA",
"GABARAP",
"GABARAPL2",
"GADD45B",
"GADD45G",
"GADD45GIP1",
"GALNT2",
"GAMT",
"GANAB",
"GAS6",
"GATAD2A",
"GATD1",
"GATM",
"GDF15",
"GDI1",
"GDI2",
"GGT5",
"GHITM",
"GID8",
"GIPC1",
"GJA1",
"GLG1",
"GLO1",
"GLRX5",
"GLS",
"GLUD1",
"GLUL",
"GM2A",
"GNA11",
"GNAI2",
"GNAQ",
"GNB1",
"GNG11",
"GNG5",
"GNPTG",
"GNS",
"GOLGB1",
"GOLM1",
"GOLPH3",
"GOT1",
"GOT2",
"GPAA1",
"GPC1",
"GPI",
"GPM6A",
"GPNMB",
"GPRC5A",
"GPRC5B",
"GPS1",
"GPX2",
"GPX3",
"GPX4",
"GRHPR",
"GRINA",
"GRK2",
"GRN",
"GRSF1",
"GSN",
"GSPT1",
"GSTK1",
"GSTM3",
"GSTO1",
"GSTP1",
"GTF2I",
"GTF3A",
"GTF3C1",
"GTF3C6",
"GUK1",
"GYPC",
"HADHA",
"HADHB",
"HAGH",
"HAMP",
"HBA2",
"HCFC1R1",
"HDAC1",
"HDGF",
"HDLBP",
"HEBP2",
"HERPUD1",
"HES4",
"HEXA",
"HEXB",
"HGS",
"HIF1A",
"HINT1",
"HIPK2",
"HIPK3",
"HK1",
"HM13",
"HMG20B",
"HMGA1",
"HMGCS2",
"HMGN3",
"HMOX1",
"HNRNPA0",
"HNRNPA2B1",
"HNRNPA3",
"HNRNPC",
"HNRNPD",
"HNRNPDL",
"HNRNPF",
"HNRNPH3",
"HNRNPK",
"HNRNPR",
"HNRNPU",
"HNRNPUL1",
"HNRNPUL2",
"HOPX",
"HP1BP3",
"HPCAL1",
"HPD",
"HPX",
"HRC",
"HSBP1",
"HSD11B2",
"HSD17B10",
"HSD17B4",
"HSF1",
"HSP90AA1",
"HSP90AB1",
"HSP90B1",
"HSPA1A",
"HSPA1B",
"HSPA5",
"HSPA8",
"HSPA9",
"HSPB1",
"HSPB6",
"HSPB7",
"HSPB8",
"HSPD1",
"HSPE1",
"HSPG2",
"HSPH1",
"HTRA1",
"HUWE1",
"ICAM1",
"ID1",
"ID2",
"ID3",
"ID4",
"IDH2",
"IDI1",
"IDS",
"IER2",
"IER3",
"IFI16",
"IFI27",
"IFI27L2",
"IFI30",
"IFI6",
"IFITM2",
"IFITM3",
"IFNAR1",
"IFNGR2",
"IGFBP2",
"IGFBP3",
"IGFBP4",
"IGFBP5",
"IGFBP6",
"IGFBP7",
"IGHG1",
"IGHG3",
"IGHM",
"IGKC",
"IGLC1",
"IL1R1",
"IL32",
"ILF2",
"ILF3",
"ILK",
"IMPDH2",
"INF2",
"INSIG1",
"INSR",
"INTS1",
"INTS11",
"IP6K2",
"IPO5",
"IQGAP1",
"IRAK1",
"IRF1",
"ISCU",
"ISG15",
"ISLR",
"ITFG1",
"ITGA3",
"ITGA5",
"ITGA6",
"ITGAV",
"ITGB1",
"ITGB4",
"ITGB5",
"ITM2B",
"ITM2C",
"ITPK1",
"IVNS1ABP",
"JCHAIN",
"JPT1",
"JTB",
"JUN",
"JUNB",
"JUP",
"KANK2",
"KCTD12",
"KDELR1",
"KDELR2",
"KHDRBS1",
"KHSRP",
"KIAA1522",
"KIF1B",
"KIF1C",
"KIF5B",
"KLC1",
"KLF5",
"KLF6",
"KLF9",
"KLHDC3",
"KLK2",
"KLK4",
"KPNA4",
"KPNB1",
"KRT1",
"KRT10",
"KRT14",
"KRT16",
"KRT6B",
"KRT7",
"KRT8",
"KRTCAP2",
"KTN1",
"KXD1",
"LAMA4",
"LAMA5",
"LAMB1",
"LAMB2",
"LAMC1",
"LAMP1",
"LAMP2",
"LAMTOR1",
"LAMTOR4",
"LAP3",
"LAPTM4A",
"LAPTM4B",
"LAPTM5",
"LARP1",
"LASP1",
"LBH",
"LCN2",
"LDB3",
"LENG8",
"LGALS1",
"LGALS3",
"LGALS3BP",
"LGALS4",
"LGMN",
"LIMS2",
"LITAF",
"LMAN1",
"LMAN2",
"LMNA",
"LMO4",
"LMO7",
"LPCAT1",
"LPP",
"LRP1",
"LRP10",
"LRPAP1",
"LRRC59",
"LRRFIP1",
"LSM14A",
"LSM3",
"LSM4",
"LSM7",
"LSP1",
"LSR",
"LTBP3",
"LTBP4",
"LTBR",
"LTF",
"LUC7L",
"LUC7L2",
"LUC7L3",
"LUM",
"LY6E",
"LYZ",
"MACF1",
"MAF",
"MAF1",
"MAGED1",
"MAGED2",
"MAL2",
"MANF",
"MAOA",
"MAP1B",
"MAP1LC3A",
"MAP2K2",
"MAP2K3",
"MAP3K20",
"MAP4",
"MAP7",
"MAP7D1",
"MAPK1",
"MAPK1IP1L",
"MAPK3",
"MAPKAPK2",
"MAPRE1",
"MARCKS",
"MARCKSL1",
"MAT2A",
"MAZ",
"MB",
"MBNL1",
"MBNL2",
"MBOAT7",
"MBP",
"MCAM",
"MCL1",
"MCM7",
"MCRIP1",
"MDH2",
"MDK",
"MDM4",
"MEA1",
"MEAF6",
"METAP2",
"METRN",
"METRNL",
"METTL26",
"METTL9",
"MFAP4",
"MFGE8",
"MFN2",
"MFSD10",
"MGAT1",
"MGAT4B",
"MGLL",
"MGST1",
"MGST3",
"MICAL2",
"MIDN",
"MIEN1",
"MIF",
"MKNK2",
"MLEC",
"MLF2",
"MLLT1",
"MLLT6",
"MLPH",
"MMP14",
"MMP2",
"MMP24OS",
"MMP7",
"MOB1A",
"MORF4L1",
"MORF4L2",
"MPC1",
"MPC2",
"MPRIP",
"MPST",
"MRC2",
"MRFAP1L1",
"MSI2",
"MSN",
"MSRB2",
"MT1E",
"MT1F",
"MT1G",
"MT1X",
"MT2A",
"MT3",
"MTCH1",
"MTDH",
"MTPN",
"MTURN",
"MUC1",
"MUC2",
"MUC5B",
"MVP",
"MXD4",
"MXRA7",
"MXRA8",
"MYADM",
"MYBPC3",
"MYC",
"MYDGF",
"MYH14",
"MYH7",
"MYH9",
"MYL12A",
"MYL12B",
"MYL3",
"MYL9",
"MYLK",
"MYO15B",
"MYO1C",
"MYO6",
"MYOZ2",
"N4BP2L2",
"NAA38",
"NAMPT",
"NAP1L4",
"NAPA",
"NAXE",
"NBL1",
"NBR1",
"NCAM1",
"NCDN",
"NCKAP1",
"NCL",
"NCOA4",
"NCOA7",
"NCOR1",
"NCOR2",
"NDFIP1",
"NDRG1",
"NDRG2",
"NDRG4",
"NDUFA1",
"NDUFA10",
"NDUFA11",
"NDUFA12",
"NDUFA13",
"NDUFA2",
"NDUFA3",
"NDUFA4",
"NDUFA4L2",
"NDUFA6",
"NDUFA7",
"NDUFA8",
"NDUFAB1",
"NDUFAF3",
"NDUFAF8",
"NDUFB10",
"NDUFB11",
"NDUFB2",
"NDUFB5",
"NDUFB6",
"NDUFB7",
"NDUFB9",
"NDUFC1",
"NDUFC2",
"NDUFS1",
"NDUFS2",
"NDUFS3",
"NDUFS4",
"NDUFS5",
"NDUFS6",
"NDUFS7",
"NDUFS8",
"NDUFV1",
"NDUFV2",
"NDUFV3",
"NEBL",
"NECTIN2",
"NEDD8",
"NENF",
"NES",
"NET1",
"NEXN",
"NFE2L1",
"NFE2L2",
"NFIA",
"NFIB",
"NFIC",
"NFIX",
"NFKBIA",
"NHP2",
"NID1",
"NINJ1",
"NIPSNAP2",
"NISCH",
"NKTR",
"NME1",
"NME2",
"NME3",
"NME4",
"NNMT",
"NONO",
"NOP10",
"NOP53",
"NOTCH3",
"NPC2",
"NPDC1",
"NPTN",
"NQO1",
"NR2F2",
"NR2F6",
"NR4A1",
"NRGN",
"NRP1",
"NSA2",
"NSMF",
"NTRK2",
"NUCB1",
"NUCKS1",
"NUDC",
"NUDT3",
"NUMA1",
"NUPR1",
"NUTF2",
"OAF",
"OAZ1",
"OAZ2",
"OBSL1",
"OCIAD1",
"OCIAD2",
"ODC1",
"OGA",
"OGDH",
"OGT",
"OLFM1",
"OLFM4",
"OPTN",
"ORM2",
"ORMDL3",
"OS9",
"OST4",
"OTUB1",
"OXA1L",
"P4HB",
"PA2G4",
"PABPC4",
"PAFAH1B1",
"PAFAH1B2",
"PAIP2",
"PALLD",
"PAM",
"PAPOLA",
"PARVA",
"PATJ",
"PBX1",
"PBXIP1",
"PCBD1",
"PCBP1",
"PCBP2",
"PCK1",
"PCM1",
"PCMT1",
"PCOLCE",
"PCP4",
"PCSK1N",
"PDCD4",
"PDCD5",
"PDCD6",
"PDCD6IP",
"PDGFRB",
"PDHA1",
"PDHB",
"PDIA3",
"PDIA4",
"PDIA6",
"PDK4",
"PDLIM3",
"PDLIM5",
"PDLIM7",
"PDS5A",
"PDXK",
"PDZK1IP1",
"PEA15",
"PEBP1",
"PECAM1",
"PER1",
"PERP",
"PET100",
"PFDN2",
"PFDN5",
"PFKM",
"PFKP",
"PFN1",
"PFN2",
"PGAM1",
"PGAM2",
"PGD",
"PGGHG",
"PGK1",
"PGLS",
"PGRMC1",
"PGRMC2",
"PHB",
"PHB2",
"PHC2",
"PHGDH",
"PHGR1",
"PHLDA1",
"PHLDB1",
"PHPT1",
"PI3",
"PI4KA",
"PICALM",
"PIEZO1",
"PIGR",
"PIGT",
"PILRB",
"PIM3",
"PIN1",
"PINK1",
"PITPNA",
"PJA2",
"PKD1",
"PKIG",
"PLA2G2A",
"PLAC9",
"PLD3",
"PLEC",
"PLEKHB2",
"PLEKHO1",
"PLIN2",
"PLN",
"PLP1",
"PLP2",
"PLPP1",
"PLPP3",
"PLSCR1",
"PLTP",
"PLXNB1",
"PLXNB2",
"PLXND1",
"PMEPA1",
"PMP22",
"PNISR",
"PNKD",
"PNN",
"PNPLA2",
"PNRC1",
"PNRC2",
"POLD2",
"POLD4",
"POLDIP2",
"POLR1D",
"POLR2A",
"POLR2F",
"POLR2G",
"POLR2I",
"POLR2K",
"POLR2L",
"POMP",
"PON2",
"POR",
"POSTN",
"PPDPF",
"PPFIBP1",
"PPIB",
"PPIF",
"PPM1G",
"PPP1CA",
"PPP1CB",
"PPP1CC",
"PPP1R12B",
"PPP1R12C",
"PPP1R14A",
"PPP1R1A",
"PPP1R1B",
"PPP1R9B",
"PPP2CB",
"PPP2R5C",
"PPP3CA",
"PPP3CB",
"PPP4C",
"PPP4R2",
"PPP6R2",
"PRAP1",
"PRB3",
"PRDX3",
"PRDX4",
"PRDX5",
"PRDX6",
"PRELID3B",
"PRELP",
"PREPL",
"PRKACA",
"PRKCSH",
"PRMT2",
"PRNP",
"PRPF6",
"PRPF8",
"PRRC2A",
"PRRC2B",
"PRRC2C",
"PRSS23",
"PRSS8",
"PSAP",
"PSENEN",
"PSMA1",
"PSMA2",
"PSMA4",
"PSMA5",
"PSMA7",
"PSMB1",
"PSMB2",
"PSMB3",
"PSMB4",
"PSMB5",
"PSMB6",
"PSMB7",
"PSMB8",
"PSMC3",
"PSMC5",
"PSMD11",
"PSMD13",
"PSMD2",
"PSMD3",
"PSMD4",
"PSMD7",
"PSME1",
"PSME2",
"PSMF1",
"PTBP3",
"PTEN",
"PTGDS",
"PTGES2",
"PTGES3",
"PTGR1",
"PTK2",
"PTMS",
"PTN",
"PTOV1",
"PTP4A3",
"PTPA",
"PTPN12",
"PTPRF",
"PTTG1IP",
"PUF60",
"PYGB",
"PYURF",
"QDPR",
"QKI",
"QSOX1",
"RAB10",
"RAB11A",
"RAB11B",
"RAB13",
"RAB14",
"RAB18",
"RAB1A",
"RAB1B",
"RAB21",
"RAB25",
"RAB2A",
"RAB5A",
"RAB5B",
"RAB5C",
"RAB5IF",
"RAB7A",
"RABAC1",
"RABL6",
"RAC1",
"RACK1",
"RAD21",
"RAD23A",
"RALY",
"RAMP1",
"RAP1A",
"RARRES2",
"RBCK1",
"RBM17",
"RBM25",
"RBM3",
"RBM39",
"RBM42",
"RBM47",
"RBM5",
"RBM6",
"RBM8A",
"RBP4",
"RBPMS",
"RBX1",
"RCC2",
"RCN1",
"RCN2",
"RDH11",
"REEP5",
"REG1A",
"RELA",
"REPIN1",
"RER1",
"RERE",
"RETREG2",
"REXO2",
"RGCC",
"RGS5",
"RHBDD2",
"RHOA",
"RHOB",
"RHOBTB3",
"RHOQ",
"RHOT2",
"RIC8A",
"RIDA",
"RING1",
"RMND5A",
"RNASE1",
"RNASEK",
"RNASET2",
"RNF10",
"RNF11",
"RNF114",
"RNF130",
"RNF145",
"RNF187",
"RNF213",
"RNH1",
"RNPS1",
"ROMO1",
"RPN1",
"RPN2",
"RRAD",
"RRAS",
"RSL1D1",
"RSRP1",
"RTF2",
"RTL8C",
"RTN1",
"RTN4",
"RTRAF",
"RUNX1",
"RUVBL2",
"RWDD1",
"RXRA",
"S100A1",
"S100A10",
"S100A11",
"S100A13",
"S100A14",
"S100A16",
"S100A2",
"S100A4",
"S100A6",
"S100A8",
"S100A9",
"S100B",
"S100P",
"SAFB",
"SAFB2",
"SAMHD1",
"SAP18",
"SAR1A",
"SAT1",
"SAT2",
"SBDS",
"SCAF11",
"SCAMP2",
"SCAND1",
"SCARB2",
"SCD",
"SCGB2A2",
"SCP2",
"SDC1",
"SDC2",
"SDC3",
"SDC4",
"SDCBP",
"SDF4",
"SDHA",
"SDHB",
"SEC11A",
"SEC11C",
"SEC13",
"SEC31A",
"SEC61A1",
"SEC61G",
"SEC62",
"SEL1L",
"SELENBP1",
"SELENOF",
"SELENOH",
"SELENOK",
"SELENOM",
"SELENON",
"SELENOP",
"SELENOW",
"SEM1",
"SEPHS2",
"SERBP1",
"SERF2",
"SERINC1",
"SERINC2",
"SERINC3",
"SERP1",
"SERPINA1",
"SERPINA3",
"SERPINB1",
"SERPINB6",
"SERPINC1",
"SERPINE1",
"SERPINE2",
"SERPINF1",
"SERPINF2",
"SERPING1",
"SET",
"SF1",
"SF3B1",
"SF3B2",
"SF3B5",
"SF3B6",
"SFPQ",
"SFRP2",
"SFTPB",
"SGK1",
"SH3BGRL",
"SH3BGRL3",
"SH3GLB1",
"SH3GLB2",
"SHISA5",
"SIGIRR",
"SIVA1",
"SLC12A2",
"SLC1A2",
"SLC1A3",
"SLC22A17",
"SLC25A1",
"SLC25A11",
"SLC25A39",
"SLC25A4",
"SLC2A1",
"SLC2A4RG",
"SLC38A1",
"SLC38A10",
"SLC38A2",
"SLC39A1",
"SLC39A14",
"SLC39A6",
"SLC39A7",
"SLC3A2",
"SLC40A1",
"SLC44A1",
"SLC44A2",
"SLC44A4",
"SLC45A3",
"SLC9A3R1",
"SLC9A3R2",
"SLIRP",
"SLPI",
"SLTM",
"SMARCA5",
"SMARCC1",
"SMARCE1",
"SMCHD1",
"SMDT1",
"SMIM26",
"SMIM4",
"SMS",
"SMTN",
"SNAP25",
"SND1",
"SNRNP200",
"SNRNP70",
"SNRPB",
"SNRPC",
"SNRPD1",
"SNRPE",
"SNRPF",
"SNRPG",
"SNU13",
"SNX1",
"SNX17",
"SNX3",
"SOCS3",
"SOD1",
"SOD2",
"SOD3",
"SON",
"SORBS1",
"SORBS2",
"SORBS3",
"SORL1",
"SORT1",
"SOX4",
"SPAG9",
"SPARC",
"SPARCL1",
"SPATS2L",
"SPCS1",
"SPCS3",
"SPDEF",
"SPIN1",
"SPINK1",
"SPINK4",
"SPINT1",
"SPINT2",
"SPON2",
"SPP1",
"SPSB3",
"SPTAN1",
"SPTBN1",
"SQOR",
"SQSTM1",
"SREBF1",
"SREBF2",
"SRGN",
"SRI",
"SRM",
"SRP9",
"SRPRA",
"SRRM2",
"SRRT",
"SRSF1",
"SRSF11",
"SRSF2",
"SRSF3",
"SRSF5",
"SRSF7",
"SRSF9",
"SSBP1",
"SSBP3",
"SSR1",
"SSR2",
"SSR3",
"SSR4",
"SSU72",
"ST13",
"ST14",
"ST6GAL1",
"STAB1",
"STARD10",
"STARD7",
"STAT1",
"STAT2",
"STAT3",
"STAT6",
"STAU1",
"STEAP2",
"STK25",
"STMN1",
"STOM",
"STOML2",
"STRAP",
"STT3B",
"STUB1",
"STX16",
"SUCLG1",
"SULF1",
"SULF2",
"SUMF2",
"SUMO3",
"SUN2",
"SUPT5H",
"SURF4",
"SVIL",
"SYAP1",
"SYNE2",
"SYNGR2",
"SYNM",
"SYNPO",
"SYNPO2",
"SYPL1",
"SZRD1",
"TACC1",
"TACSTD2",
"TAF10",
"TAF15",
"TAF7",
"TAGLN",
"TAGLN2",
"TALDO1",
"TAP1",
"TAPBP",
"TAT",
"TAX1BP1",
"TAX1BP3",
"TBC1D9B",
"TBCB",
"TBL1XR1",
"TCAP",
"TCEA3",
"TCEAL4",
"TCF25",
"TCF4",
"TCP1",
"TERF2IP",
"TF",
"TFF1",
"TFF3",
"TFG",
"TFPI",
"TFRC",
"TGFBI",
"TGFBR2",
"TGM2",
"TGOLN2",
"THBS1",
"THBS2",
"THOC7",
"THRA",
"THRAP3",
"THY1",
"TIMM13",
"TIMM8B",
"TIMP1",
"TIMP2",
"TIMP3",
"TINAGL1",
"TJP1",
"TKT",
"TLN1",
"TM4SF1",
"TM9SF2",
"TM9SF3",
"TMBIM1",
"TMBIM4",
"TMBIM6",
"TMCO1",
"TMED10",
"TMED2",
"TMED4",
"TMED9",
"TMEM109",
"TMEM123",
"TMEM134",
"TMEM141",
"TMEM147",
"TMEM14C",
"TMEM160",
"TMEM165",
"TMEM176A",
"TMEM176B",
"TMEM205",
"TMEM219",
"TMEM230",
"TMEM248",
"TMEM256",
"TMEM258",
"TMEM259",
"TMEM30A",
"TMEM50A",
"TMEM54",
"TMEM59",
"TMEM63A",
"TMEM9",
"TMPRSS2",
"TMSB4X",
"TMX2",
"TMX4",
"TNC",
"TNFRSF12A",
"TNFRSF1A",
"TNFSF10",
"TNIP1",
"TNNC1",
"TNNI3",
"TNNT2",
"TNPO1",
"TNS1",
"TNXB",
"TOB1",
"TOLLIP",
"TOMM20",
"TOMM7",
"TOP1",
"TOP2B",
"TP53I11",
"TPD52",
"TPD52L2",
"TPM1",
"TPM2",
"TPP1",
"TPPP3",
"TRA2A",
"TRA2B",
"TRAM1",
"TRAP1",
"TRAPPC1",
"TRAPPC5",
"TRIM2",
"TRIM28",
"TRIM29",
"TRIM8",
"TRIOBP",
"TRIP12",
"TRIP6",
"TRIR",
"TRMT112",
"TRPM4",
"TSC22D1",
"TSC22D3",
"TSC22D4",
"TSPAN1",
"TSPAN13",
"TSPAN3",
"TSPAN4",
"TSPAN7",
"TSPAN8",
"TSPO",
"TSPYL1",
"TST",
"TSTA3",
"TSTD1",
"TTC3",
"TTN",
"TTR",
"TUBA1B",
"TUBA4A",
"TUBB2A",
"TUBB6",
"TUFM",
"TXN2",
"TXNDC17",
"TXNDC5",
"TXNIP",
"TXNL4A",
"TYMP",
"TYROBP",
"UBA1",
"UBA52",
"UBB",
"UBC",
"UBE2B",
"UBE2D2",
"UBE2E3",
"UBE2G2",
"UBE2H",
"UBE2I",
"UBE2L3",
"UBE2L6",
"UBE2Q1",
"UBE2R2",
"UBE2V1",
"UBL3",
"UBL5",
"UBQLN1",
"UBTF",
"UBXN1",
"UBXN4",
"UBXN6",
"UCHL1",
"UFC1",
"UGDH",
"UGP2",
"UQCC2",
"UQCC3",
"UQCR11",
"UQCRB",
"UQCRC1",
"UQCRC2",
"UQCRFS1",
"UQCRQ",
"USF2",
"USP22",
"USP7",
"UXT",
"VAMP2",
"VAMP5",
"VAMP8",
"VAPA",
"VASP",
"VAT1",
"VCAN",
"VCL",
"VCP",
"VDAC1",
"VDAC2",
"VDAC3",
"VEGFB",
"VIM",
"VKORC1",
"VMP1",
"VOPP1",
"VPS28",
"VPS29",
"VPS4A",
"VSNL1",
"VTN",
"VWA1",
"VWF",
"WAC",
"WASF2",
"WBP2",
"WDR1",
"WDR13",
"WDR26",
"WDR45B",
"WDR6",
"WDR82",
"WDR83OS",
"WFDC2",
"WFS1",
"WLS",
"WNK1",
"WSB1",
"WSB2",
"XBP1",
"XIRP1",
"XRCC5",
"XRCC6",
"YBX1",
"YIPF3",
"YIPF4",
"YME1L1",
"YPEL3",
"YPEL5",
"YWHAB",
"YWHAE",
"YWHAG",
"YWHAH",
"YWHAQ",
"YY1",
"ZBTB7A",
"ZEB2",
"ZFP36",
"ZFP36L1",
"ZFP36L2",
"ZKSCAN1",
"ZMAT2",
"ZMIZ1",
"ZMIZ2",
"ZNF106",
"ZNF207",
"ZNF358",
"ZNF706",
"ZRANB2",
"ZYX"
],
"c_mv": 0.24758127331733704,
"split": "fold0 of splits/patient_5fold (ORION), splits/final/hest_fold0, tcga_fold0; train = train + test, val = val (early stopping)",
"sizes": {
"orion": {
"train": 3000,
"val": 187
},
"hest": {
"train": 8938,
"val": 546
},
"tcga_text": {
"train": 5615,
"val": 500
}
},
"stage1_val_R@1": {
"mif": 0.5508021116256714,
"rna:hvg": 0.045787546783685684,
"rna:tahoex1": 0.05860805884003639,
"rna:se600m": 0.05219780281186104,
"rna:aidocell": 0.056776560842990875,
"text:keep": 0.0989583432674408,
"text:biomedclip": 0.08750000596046448,
"text:qwen3-0.6b": 0.09479167312383652
},
"es_steps": [
200,
200,
900
],
"seeds": [
0,
1000,
2000
],
"anchor": "UNI2-h CLS (1536-d), frozen",
"image_extra": "MedVTok feats (1152-d), frozen",
"mif_markers": "embed.MIF_MARKERS",
"rna_encoders": [
"hvg",
"tahoex1",
"se600m",
"aidocell"
],
"text_encoders": [
"keep",
"biomedclip",
"qwen3-0.6b"
]
}