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Promoter Sequences for Maize NAM lines
The data in this dataset has the promoter sequences for 26 Maize NAM lines and has been used for the finetuning step of Florabert. It has been created by processing the raw fasta files and the gff3 files from MaizeGDB for the 26 NAM lines.
samtools and bedtools have been used to extract the promoter sequences from these that are 1kb upstream of the sequence.
The data has been split into train and test data (70-30 split). In all, there are ~ 1 million sequences across the files. The steps followed to obtain this data are available in this Github Repository.
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