Hugging Face's logo

Datasets:
Milad96
/
km-survival-ner-dataset

Modalities:
Tabular
Text
Formats:
json
Size:
10K - 100K
Libraries:
Datasets
pandas
Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Dataset Viewer
Auto-converted to Parquet Duplicate
tokens
listlengths
4
113
labels
listlengths
4
113
source
stringclasses
6 values
source_id
stringlengths
5
14
entity_count
int64
1
17
entity_density
float64
0.15
0.33
[ "in", "contrast", ",", "fer", "##mentation", "in", "wooden", "boxes", "most", "probably", "and", "have", "been", "completed", "after", "day", "3", "(", "40", "±", "2", "h", ")", ",", "considering", "the", "temperature", "increase", "and", "ph", "decrease", "in", "co", "##ty", "##led", "##on", "would", "acidic", "beans", "in", "sensory", "prof", "##iling", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "B-PROTEIN", "O", "B-STRESS", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
10778537
7
0.159091
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "h", "that", "##sp", "##104", "is", "essential", "for", "thermal", "adaptation", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002112
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##16", "analysis", "revealed", "that", "v", "##ma", "##c", "is", "essential", "for", "stress", "response", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004343
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "##1", "b", "##ck", "that", "is", "essential", "for", "ethanol", "tolerance", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003337
3
0.1875
[ "ws", "##c", "##3", "del", "##eti", "##on", "mutant", "during", "exhibited", "reduced", "survival", "##s", "propionic", "acid" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000012
3
0.214286
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "is", "revealed", "that", "sn", "##f", "##4", "analysis", "essential", "for", "cell", "death", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001517
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "critical", "by", "ste", "##11", "plays", "a", "encoded", "role", "in", "form", "##ic", "acid", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002017
4
0.235294
[ "the", "h", "+", "##60", "at", "##pas", "##e", "encoded", "by", "h", "##sp", "-", "plays", "a", "critical", "role", "in", "free", "radical", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000353
3
0.15
[ "the", "h", "+", "-", "at", "##pas", "##e", "encoded", "by", "ss", "##a", "##2", "plays", "a", "critical", "role", "in", "condition", "response", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003181
3
0.15
[ "td", "##h", "##1", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "during", "survival", "reduced", "ph", "4" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004442
3
0.214286
[ "yeast", "which", "the", "log", "##arith", "##mic", "phase", "is", "followed", "by", "a", "stationary", "phase", "without", "growth", ",", "in", "eventually", "leads", "to", "cell", "death", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O" ]
pmc_aug
8618602
4
0.173913
[ "analysis", "##cript", "##omi", "##c", "trans", "revealed", "that", "ms", "##n", "##2", "is", "essential", "for", "glycerol", "accumulation", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003196
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "##1", "that", "td", "##h", "revealed", "is", "essential", "for", "stress", "tolerance", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003781
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "sh", "##o", "##1", "##c", "a", "critical", "role", "in", "42", "plays", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002618
3
0.176471
[ "trans", "##cript", "##omi", "pk", "analysis", "revealed", "that", "##c", "##a", "##2", "is", "essential", "for", "salt", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000294
3
0.1875
[ "b", "##cy", "##1", "mutant", "##eti", "##on", "del", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "thermal", "adaptation" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000319
3
0.214286
[ "the", "transcription", "factor", "encoded", "by", "##1", "##g", "##m", "p", "plays", "a", "critical", "role", "in", "temperature", "stress", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000750
3
0.176471
[ "f", "##ba", "##1", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "stress", "resistance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_004198
3
0.214286
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "essential", "cit", "##1", "is", "that", "for", "ph", "3", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003479
3
0.2
[ "ss", "##a", "##4", "del", "##eti", "mutant", "##on", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "survival" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002398
2
0.153846
[ ",", ",", "in", "turn", "this", "is", "thought", "to", "increase", "protection", "by", "preventing", "the", "damage", "caused", "by", "free", "radical", "##s", "to", "cells", "and", "tissues", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
12267570
4
0.166667
[ "trans", "##cript", "ss", "##c", "analysis", "revealed", "that", "##omi", "##e", "##2", "is", "essential", "for", "water", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001323
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "r", "##g", "##c", "##1", "plays", "a", "role", "critical", "in", "acid", "tolerance", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002401
5
0.277778
[ "in", "the", "case", "of", "esterase", "or", "thi", "##oes", "##tera", "##se", ",", "water", "(", "green", ")", "binds", "to", "the", "acyl", "enzyme", "complex", ",", "causing", "the", "release", "of", "the", "acidic", "and", "the", "restoration", "of", "the", "free", "enzyme", "state", "." ]
[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
7658179
6
0.162162
[ "##eti", "##x", "##1", "del", "gp", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "ethanol", "adaptation" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000678
3
0.214286
[ "the", "temperature", "shock", "protein", "encoded", "by", "v", "##ma", "##22", "plays", "a", "critical", "role", "in", "oxidation", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002275
4
0.25
[ "the", "kinase", "encoded", "##a", "pm", "by", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "oxid", "##ative", "stress", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001890
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "essential", "analysis", "revealed", "that", "dot", "##5", "is", "##c", "for", "heat", "adaptation", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001741
3
0.2
[ "gene", "sil", "##1", "the", "showed", "2", "-", "fold", "up", "##regulation", "under", "acid", "adaptation", "conditions", "in", "k", ".", "mar", "##xia", "##nus" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004536
3
0.15
[ "the", "mobile", "phase", "was", "triple", "dis", "(", "##ed", "water", "##till", "3", "##d", "h", "##2", "##o", ")", "." ]
[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
12120852
3
0.176471
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "ts", "##a", "role", "plays", "a", "critical", "##1", "in", "water", "stress", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000618
4
0.266667
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "##sp", "that", "h", "revealed", "##60", "is", "essential", "for", "ethanol", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001576
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "##1", "encoded", "by", "id", "##h", "protein", "plays", "a", "critical", "role", "in", "via", "##bility", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004857
3
0.176471
[ "these", "traits", "include", "immune", "response", ",", "disease", "resistance", ",", "feather", "level", ",", "activity", "quality", ",", "and", "for", "##aging", "behavior", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-PROTEIN", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
11447413
3
0.15
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "pd", "##c", "##6", "is", "essential", "for", "thermal", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_003343
3
0.1875
[ "by", "polar", "the", "temperature", "and", "pressure", ",", "water", "obtain", "##s", "similar", "properties", "to", "ethanol", ";", "this", "causes", "an", "increase", "in", "the", "solub", "##ility", "of", "many", "medium", "-", "increasing", "compounds", "in", "water", "and", "ensures", "the", "extraction", "efficiency", "." ]
[ "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
8911415
6
0.162162
[ "the", "pk", "##ss", "##u", "4", ".", "0", "database", "served", "reference", "a", "as", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
11718826
2
0.153846
[ "the", "h", "+", "-", "by", "##pas", "##e", "encoded", "at", "ira", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "acid", "tolerance", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000791
3
0.157895
[ "a", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "mp", "##d", "##2", "plays", "the", "critical", "role", "in", "ph", "3", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004562
5
0.294118
[ "rim", "##101", "del", "##eti", "##on", "mutant", "reduced", "exhibited", "##s", "survival", "during", "stress", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003799
3
0.230769
[ "##1", "##a", "ct", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "ethanol", "toxicity" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004223
3
0.214286
[ "ts", "##a", "##2", "del", "##eti", "##on", "mutant", "during", "exhibited", "reduced", "survival", "##s", "temperature", "stress" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001506
3
0.214286
[ "the", "a", "##mut", "##ase", "encoded", "by", "gl", "##r", "##1", "plays", "dis", "critical", "role", "in", "stomach", "acid", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003366
3
0.176471
[ "the", "h", "role", "-", "at", "##pas", "##e", "encoded", "by", "v", "##ma", "##1", "plays", "a", "critical", "+", "in", "thermal", "stress", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001925
3
0.15
[ "exhibited", "##ks", "##1", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "f", "reduced", "survival", "during", "stress", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002268
3
0.214286
[ "the", "dis", "##mut", "ras", "encoded", "by", "##ase", "##2", "plays", "a", "critical", "role", "in", "stress", "tolerance", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002987
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "kar", "##2", "is", "essential", "for", "temperature", "shock", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004300
3
0.2
[ "the", "kinase", "encoded", "in", "sn", "##f", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "by", "acid", "adaptation", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002202
4
0.266667
[ "the", "h", "+", "-", "critical", "##pas", "##e", "encoded", "by", "v", "##ma", "##7", "plays", "a", "at", "role", "in", "lactic", "acid", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002058
3
0.15
[ "the", "temperature", "shock", "protein", "encoded", "by", "pd", "##c", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "gut", "survival", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002741
5
0.294118
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "role", "##p", "##k", "##3", "plays", "a", "critical", "t", "in", "water", "stress", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003689
5
0.277778
[ "increase", "mean", "residence", "##tro", "of", "tablet", "in", "gas", "time", "##intestinal", "tract", "." ]
[ "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O" ]
pmc_aug
9432385
2
0.166667
[ "ss", "##k", "reduced", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "##22", "survival", "during", "temperature", "stress" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000807
3
0.214286
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "rim", "##101", "a", "plays", "critical", "role", "in", "temperature", "stress", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000925
4
0.285714
[ "the", "h", "+", "-", "at", "##pas", "##e", "encoded", "ras", "by", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "acetic", "acid", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002914
3
0.157895
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "in", "##ma", "##12", "plays", "a", "critical", "role", "v", "stress", "tolerance", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003204
4
0.266667
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "ws", "##c", "essential", "is", "##4", "for", "low", "ph", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000296
3
0.1875
[ "although", "the", "genes", "induced", "in", "response", "to", "weak", "acid", "stress", "do", "not", "coincide", "much", "for", "different", "types", "of", "acids", ",", "the", "same", "biological", "functions", "are", "affected", ":", "protein", "folding", ",", "lipid", "metabolism", ",", "cell", "-", "wall", "function", "and", "multi", "##drug", "resistance", "[", "the", "stress", "response", "upon", "addition", "of", "hydroph", "##ili", "##c", "weak", "acids", "such", "as", "acetic", "acid", "and", "lactic", "acid", "is", "largely", "regulated", "by", "the", "ha", "##a", "##1", "-", "reg", "##ulon", "[", "in", "contrast", ",", "at", "ph", "5", ",", "where", "lact", "##ate", "is", "the", "predominant", "form", ",", "the", "main", "transcriptional", "response", "in", "intrac", "##ell", "##ular", "ph", "(", "ph", "##i", ")", "home", "##ost", "##asis", "is", "a", "critical", "element", "in", "cell", "survi", "##va", "##bility", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O" ]
pmc
8144909
17
0.150442
[ "the", "hot", "shock", "protein", "encoded", "by", "p", "##gi", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "ethanol", "stress", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004351
5
0.294118
[ "trans", "##cript", "##omi", "revealed", "analysis", "##c", "that", "v", "##ma", "##11", "is", "essential", "for", "alcohol", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000717
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "a", "p", "##gi", "##1", "plays", "by", "critical", "role", "in", "oxidation", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001150
4
0.25
[ "v", "##ma", "##3", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "thermal", "adaptation" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_004626
3
0.214286
[ "the", "transcription", "factor", "encoded", "by", "rim", "##101", "plays", "a", "critical", "role", "in", "cell", "death", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_003545
3
0.2
[ "the", "h", "+", "-", "at", "##pas", "##e", "encoded", "by", "role", "##a", "##2", "plays", "a", "critical", "ts", "in", "acid", "adaptation", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003273
3
0.15
[ "ws", "reduced", "##2", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "##c", "survival", "during", "ros" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002672
2
0.153846
[ "the", "heat", "shock", "##1", "encoded", "by", "p", "##gi", "protein", "plays", "a", "critical", "role", "in", "ethanol", "stress", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004351
5
0.294118
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "r", "##g", "##c", "##2", "is", "essential", "for", "stress", "response", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_004547
3
0.176471
[ "among", "these", "disease", "##al", "functions", ",", "organism", "and", "injury", "and", "abnormal", "##ities", ",", "cell", "death", "and", "survival", ",", "and", "cancer", "were", "prominently", "inhibit", "##ed", "." ]
[ "O", "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
7098127
4
0.16
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "id", "##h", "##2", "essential", "is", "for", "heat", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002770
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "##1", "revealed", "that", "st", "##l", "analysis", "is", "essential", "for", "water", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002965
3
0.1875
[ "v", "##ma", "##7", "del", "##s", "##on", "mutant", "##eti", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "stress", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004505
3
0.214286
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "ws", "##c", "##1", "plays", "a", "inhibit", "role", "in", "ethanol", "critical", "##ion", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003244
4
0.222222
[ "ho", "##g", "##eti", "del", "##1", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "free", "radical" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001221
3
0.214286
[ "ms", "exhibited", "##4", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "##n", "reduced", "survival", "during", "acid", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000495
3
0.214286
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "f", "##ks", "in", "plays", "a", "critical", "role", "##2", "stress", "tolerance", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001662
4
0.266667
[ "tolerance", "to", "acid", "(", "ph", "2", ".", "0", ")", "(", "ad", "##hesion", "of", "bacterial", "iso", "##lates", "on", "ca", "##co", "-", "2", "epithelial", "cells", ",", "(", "ad", "##hesion", "activity", "of", ".", "iso", "##lates", "on", "ca", "##co", "-", "2", "epithelial", "cells", "bacterial" ]
[ "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O" ]
pmc_aug
8998100
6
0.15
[ "trans", "##cript", "analysis", "##c", "##omi", "revealed", "that", "gp", "##p", "##2", "is", "essential", "for", "thermal", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004851
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "##2", "by", "p", "##f", "##k", "encoded", "plays", "a", "critical", "role", "in", "pro", "##biotic", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002627
3
0.166667
[ "analysis", "##cript", "##omi", "##c", "trans", "revealed", "that", "m", "##tl", "##1", "is", "essential", "for", "water", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003253
3
0.1875
[ "f", "##ks", "##1", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "condition", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002268
3
0.214286
[ "the", "h", "+", "-", "at", "##1", "##e", "encoded", "by", "id", "##h", "##pas", "plays", "a", "critical", "role", "in", "ph", "3", "response" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003743
3
0.15
[ "del", "##h", "##1", "ad", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "stress", "resistance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003684
3
0.214286
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "mp", "##d", "##1", "plays", "a", "critical", "role", "in", "lipid", "per", "##oxidation", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv
biorxiv_004329
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "analysis", "revealed", "that", "ss", "##a", "##1", "is", "essential", "for", "low pH", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000619
3
0.1875
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "that", "revealed", "analysis", "sw", "##i", "##6", "is", "essential", "for", "glycerol", "accumulation", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004639
3
0.1875
[ "ira", "##2", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "temperature", "stress" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004468
3
0.230769
[ "trans", "##cript", "##omi", "##c", "v", "revealed", "that", "analysis", "##ma", "##9", "is", "essential", "for", "acid", "stress", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003133
3
0.1875
[ "f", "mutant", "##1", "del", "##eti", "##on", "##ps", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "heat", "shock" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002428
3
0.214286
[ "ste", "##11", "del", "##eti", "##on", "##s", "mutant", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "intestinal" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000537
2
0.166667
[ "ts", "##1", "##l", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "acid", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004323
3
0.214286
[ "trans", "##cript", "analysis", "##c", "##omi", "revealed", "that", "mn", "##n", "##1", "is", "essential", "for", "gastric", "acid", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003643
3
0.1875
[ "the", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "a", "##h", "##1", "plays", "id", "critical", "role", "in", "via", "##bility", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004857
3
0.176471
[ "c", "heat", "shock", "protein", "encoded", "by", "the", "##d", "##c", "##25", "plays", "a", "critical", "role", "in", "ph", "3", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000967
5
0.277778
[ "gp", "mutant", "##2", "del", "##eti", "##on", "##x", "##s", "exhibited", "reduced", "survival", "during", "water", "stress" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_003377
3
0.214286
[ "sw", "##i", "##1", "del", "##eti", "##on", "mutant", "##s", "during", "reduced", "survival", "exhibited", "thermal", "stress" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "B-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000624
3
0.214286
[ "the", "dot", "##5", "gene", "showed", "3", "-", "fold", "up", "##regulation", "under", "heat", "stress", "in", "conditions", "k", ".", "mar", "##xia", "##nus" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001744
3
0.15
[ "trans", "##c", "##omi", "##cript", "analysis", "revealed", "that", "ste", "##50", "is", "essential", "for", "ph", "2", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_002990
3
0.2
[ "the", "heat", "shock", "anti", "encoded", "by", "ms", "##n", "##4", "plays", "a", "critical", "role", "in", "protein", "##oxid", "##ant", "response" ]
[ "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_001753
3
0.166667
[ "the", "kinase", "encoded", "by", "##a", "##e", "##2", "plays", "a", "critical", "role", "in", "gut", "micro", "##biot", "ss", "response" ]
[ "O", "B-PROTEIN", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "O", "O", "O", "B-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_000953
3
0.176471
[ "trans", "##cript", "r", "##c", "analysis", "revealed", "that", "##omi", "##lm", "##1", "is", "essential", "for", "thermal", "adaptation", "tolerance" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-STRESS", "I-STRESS", "I-STRESS" ]
biorxiv_aug
biorxiv_004549
3
0.1875
End of preview. Expand in Data Studio
YAML Metadata Warning: empty or missing yaml metadata in repo card (https://huggingface.co/docs/hub/datasets-cards)

K. marxianus Survival Gene NER Dataset

Dataset Description

High-quality Named Entity Recognition dataset for identifying survival genes in Kluyveromyces marxianus gut stress literature.

Dataset Summary

  • Total Samples: 120
  • Train: 100 samples (83.3%)
  • Validation: 20 samples (16.7%)
  • Language: English
  • License: MIT

Entity Types & Distribution

Supported Tasks

  • Named Entity Recognition (NER): Biological entity extraction
  • Gene Function Prediction: Identify survival genes
  • Stress Response Analysis: Map genes to stress conditions

Dataset Structure

Data Format 

{
  "tokens": ["The", "PMA1", "gene", "encodes", "H+-ATPase", ...],
  "labels": ["O", "B-GENE", "O", "O", "B-PROTEIN", ...],
  "source": "pubmed",
  "source_id": "12345678"
}

Labels (BIO Tagging)

  • O: Outside entity
  • B-GENE: Beginning of gene name
  • I-GENE: Inside gene name
  • B-PROTEIN: Beginning of protein
  • I-PROTEIN: Inside protein
  • B-STRESS: Beginning of stress condition
  • I-STRESS: Inside stress condition
  • And more...

Usage

Load with HuggingFace Datasets 

from datasets import load_dataset

dataset = load_dataset("Milad96/km-survival-ner-dataset")

train_data = dataset["train"]
val_data = dataset["validation"]

# Example
print(train_data[0])

Load with JSON 

import json

with open("train.json") as f:
    train_data = json.load(f)

with open("val.json") as f:
    val_data = json.load(f)

Fine-tune BioBERT 

from transformers import AutoTokenizer, AutoModelForTokenClassification, Trainer

tokenizer = AutoTokenizer.from_pretrained("dmis-lab/biobert-large-cased-v1.1")
model = AutoModelForTokenClassification.from_pretrained(
    "dmis-lab/biobert-large-cased-v1.1",
    num_labels=13  # Adjust based on your labels
)

# Prepare dataset and train...

Dataset Creation

Sources

  1. PubMed: Scientific abstracts on K. marxianus
  2. PMC: Full-text articles
  3. GEO: Transcriptomics dataset descriptions
  4. bioRxiv: Preprint manuscripts

Annotation Process

  • Automatic: BioBERT-guided entity detection
  • Quality Control: Multi-layer validation
  • Augmentation: Smart synonym replacement + context variation

Quality Metrics

  • Entity Density: 15-25%
  • Average Tokens/Sample: 15-20
  • Vocabulary Size: 1,000-5,000 unique tokens
  • Source Diversity: 4 sources

Citation 

@phdthesis{shaghaghi2025km,
  title={Functional Genomics of Kluyveromyces marxianus using BioBERT and Pangenome Methodology},
  author={Shaghaghi Ranjbar, Milad},
  year={2025},
  school={Islamic Azad University, Kish International Campus},
  url={https://huggingface.co/datasets/Milad96/km-survival-ner-dataset}
}

PhD Research

Author: Milad Shaghaghi Ranjbar (میلاد شقاقی رنجبر) Institution: Islamic Azad University, Kish International Campus Research Focus: Functional genomics of stress-tolerant yeasts for probiotic applications Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=fr&user=mWX7h4IAAAAJ

License

MIT License - Free for academic and commercial use.

Acknowledgments

  • NCBI for PubMed/PMC access
  • GEO for transcriptomics data
  • BioBERT team (Lee et al., 2020)
  • HuggingFace for infrastructure

Contact

For questions or collaboration:

Last updated: 2025-10-30

Downloads last month
8
Size of downloaded dataset files:
11.6 MB
Size of the auto-converted Parquet files:
712 kB
Number of rows:
18,341