Datasets:
OTAR3088
/
CeLLaTe-V2-all

Dataset card Data Studio Files
xet
 Community
tokens
listlengths
2
311
tags
listlengths
2
311
[ "Statistical", "analysis", "All", "statistical", "analysis", "was", "performed", "using", "GraphPad", "Prism", "version", "10.2.0", "(", "392", ")", "for", "Windows", "64-bit", ",", "GraphPad", "Software", ",", "Boston", ",", "Massachusetts", ",", "USA", "(", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Source", "paper", ":", "PMC11419360" ]
[ "O", "O", "O", "O" ]
[ "Results", "Dcas9-targeted", "hiv-1", "ltr-interactome", "analysis", "identified", "prmt3", "as", "a", "ltr-binding", "factor", "Seeking", "host", "factors", "that", "specifically", "associate", "with", "the", "HIV-1", "LTR", ",", "we", "conducted", "an", "LTR-inter...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "screen", "used", "NH1", "cells", ",", "which", "is", "a", "modified", "HeLa", "cell", "line", "that", "harbors", "an", "integrated", "HIV-1", "LTR-driven", "luciferase", "reporter", "gene", "in", "the", "host", "genome35", "(", "Fig.", "Β ", "1b", "...
[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "get", "the", "most", "effective", "sgRNAs", "that", "target", "LTR", ",", "we", "used", "two", "methods", "for", "screening", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "individually", "inserted", "the", "sgRNAs", "into", "the", "Cas9", "plasmid", ",", "which", "was", "then", "co-transfected", "with", "a", "Tat-expression", "plasmid", "into", "NH1", "cells", "that", "harbors", "the", "LTR-driven", "luciferase", "reporter", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "If", "a", "sgRNA-Cas9", "combination", "can", "target", "and", "disrupt", "the", "LTR", "sequence", ",", "a", "reduction", "in", "luciferase", "activity", "is", "observed", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "designed", "seven", "sgRNAs", "targeting", "different", "regions", "of", "the", "HIV-1", "LTR", "(", "Fig.", "Β ", "1b", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "sgRNA", "targeting", "the", "yeast", "Gal4", "gene", "was", "used", "as", "the", "negative", "control", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Among", "the", "designed", "sgLTRs", ",", "the", "top", "three", "sgLTRs", "(", "#", "5", ",", "6", ",", "7", "in", "pink", ",", "Fig.", "Β ", "1b", ")", "exhibiting", "the", "capacity", "to", "attenuate", "the", "LTR", "driven-luciferase", "expression",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Then", ",", "we", "performed", "anti-Flag", "ChIP-qPCR", "in", "cells", "transfected", "with", "the", "sgLTRs-dCas9", "-", "3", "Β ", "Γ—", "Β ", "Flag", "plasmids", "to", "further", "verify", "the", "abilities", "of", "the", "sgLTRs", "to", "target", "dCas9",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Thus", ",", "sgLTR-5", ",", "-6", ",", "-7", "were", "selected", "for", "subsequent", "ChIP-qPCR", "analysis", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "By", "utilizing", "the", "combination", "of", "the", "three", "sgRNAs", ",", "we", "found", "that", "in", "comparison", "to", "sgGal4", ",", "these", "sgRNAs", "can", "guide", "dCas9", "to", "the", "LTR", "as", "revealed", "by", "ChIP-qPCR", "analysis", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", ",", "we", "performed", "in", "vitro", "transcription", "reactions", "to", "generate", "these", "sgRNAs", ",", "which", "were", "then", "used", "for", "dCas9/sgRNAs", "complex", "formation", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "complex", "was", "subsequently", "incubated", "with", "sheared", "chromatin", "that", "contained", "the", "LTR-bound", "proteins", "for", "dCas9", "-", "3", " ", "Γ—", " ", "Flag", "immunoprecipitation", ",", "following", "with", "mass", "spectrometry", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Fig.", "1***dCas9-targeted", "HIV-1", "LTR-interactome", "analysis", "identified", "PRMT3", "as", "a", "LTR-binding", "factor", ".", "*", "*", "*" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "Schematic", "of", "dCas9-targeted", "proteome", "analysis", "workflow", ".", "(" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", ")", "sgRNAs", "targeting", "the", "LTR", "were", "complex", "formation", "with", "dCas9", "-", "3", " ", "Γ—", " ", "Flag", ";", "(", "2", ")", "Crosslinking", "of", "proteins", "bound", "to", "the", "LTR", ";", "(", "3", ")", "dCas9", "-", "3...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "b", "Schematic", "of", "the", "position", "of", "7", "sgRNAs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c", "Luciferase", "activity", "was", "measured", "in", "NH1", "cells", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "each", "sgRNA", "and", "control", "sgRNA", "(", "sgGal4", ")", ",", "which", "expresses", "the", "Cas9", "in", "the", "presence", "of"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "d", "ChIP-qPCR", "analyses", "were", "conducted", "to", "assess", "the", "occupancy", "of", "3", "Γ—", "Flag-dCas9", "at", "the", "Promoter", "(", "Left", ")", "or", "Nascent", "region", "(", "Right", ")", "of", "LTR", "when", "cells", "were", "transfected...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "e", "Proteins", "showing", "over", "1.5-fold", "enrichment", "relative", "to", "the", "control", "sample", "identified", "from", "3", "Γ—", "Flag-dCas9", "immunoprecipitation", "following", "by", "mass", "spectrometry", "analysis", "were", "listed", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "ChIP-qPCR", "analyses", "were", "conducted", "to", "assess", "the", "occupancy", "of", "PRMT3", "at", "LTR-luciferase", "region", "(", "p", " ", "=", " ", "0.0001", ",", "p", " ", "=", " ", "0.0012", ",", "p", " ", "=", " ", "0.0005", ",", "p",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "schematic", "display", "of", "the", "four", "primers", "was", "shown", "on", "the", "top", "of", "the", "panel", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "g", "ChIP-qPCR", "analyses", "were", "conducted", "to", "assess", "the", "occupancy", "of", "PRMT3", "at", "LTR-luciferase", "regions", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "Tat", "(", "p", " ", "=", " ", "0.0022", ",", "p", " ", "=", " ", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "h", "CUT&Tag", "sequencing", "was", "performed", "in", "primary", "CD4", "+", "T", "cells", "isolated", "from", "virologically", "suppressed", "HIV-1-infected", "patient", "cells", "that", "were", "treated", "with", "PMA", ",", "by", "using", "IgG", "or", "PR...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "alignment", "results", "of", "sequencing", "with", "the", "HIV-1", "genome", "in", "three", "patients", "were", "displayed", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Error", "bars", " ", "=", " ", "mean", " ", "+", "/βˆ’", " ", "SD", "of", "three", "biological", "replicates", ".", "*" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "p", " ", "p", " ", "p", " ", "t", "test", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Source", "data", "are", "provided", "as", "a", "Source", "Data", "file", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mass", "spectrometry", "detected", "a", "total", "of", "28", "proteins", "with", "at", "least", "1.5-fold", "enrichment", "relative", "to", "the", "non-targeting", "negative", "control", "(", "Fig.", "Β ", "1e", "and", "Supplementary", "Data", "Β ", "1", ")", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "PRMT3", ",", "which", "has", "been", "shown", "to", "function", "in", "transcriptional", "regulation", "and", "antiviral", "innate", "immunity15,30,36", ",", "was", "among", "the", "hits", "with", "the", "highest", "fold", "enrichment", "of", "sgLTR/sgGal4", ",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "performed", "ChIP-qPCR", "analysis", "to", "examine", "the", "binding", "of", "PRMT3", "to", "the", "LTR", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "PRMT3", "was", "significantly", "enriched", "at", "LTR-luciferase", "reporter", "region", "(", "Fig.", "Β ", "1f", ")", ",", "which", "can", "be", "further", "increased", "in", "the", "presence", "of", "Tat", "(", "Fig.", "Β ", "1", "g", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "binding", "of", "PRMT3", "at", "the", "LTR", "was", "also", "verified", "in", "Jurkat", "2D10", "cells", "(", "Supplementary", "Fig.", "Β ", "2", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "we", "performed", "Cleavage", "Under", "Targets", "&", "Tagmentation", "(", "CUT&Tag", ")", "sequencing", "by", "using", "IgG", "or", "PRMT3", "antibody", "in", "CD4", "+", "T", "cells", "isolated", "from", "HIV-1", "infected", "patient", "c...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Thus", ",", "these", "results", "demonstrated", "that", "PRMT3", "is", "an", "HIV-1", "LTR", "binding", "factor", ",", "which", "is", "further", "enhanced", "in", "the", "presence", "of", "Tat", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Discussion", "The", "elusive", "nature", "of", "latent", "HIV-1", "reservoirs", "presents", "a", "formidable", "challenge", "to", "eradicating", "the", "virus", "from", "infected", "individuals49–51", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Despite", "the", "various", "strategies", "employing", "either", "the", "latency", "reversal", "agents", "(", "LRAs", ")", "or", "latency", "promoting", "agents", "(", "LPAs", ")", ",", "which", "are", "aimed", "at", "either", "purging", "or", "deeply", "si...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Furthermore", ",", "the", "premise", "of", "using", "the", "current", "and", "future", "versions", "of", "LRAs", "or", "LPAs", "for", "treating", "HIV-1", "hinges", "on", "the", "potential", "to", "epigenetically", "modulate", "the", "HIV-1", "promoter", "act...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "significance", "of", "targeting", "epigenetic", "control", "of", "viral", "transcription", "was", "highlighted", "recently", "in", "a", "human", "clinical", "trial", ",", "where", "the", "combination", "of", "panobinostat", ",", "a", "potent", "pan-histone...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "the", "current", "study", ",", "by", "performing", "the", "dCas9-targeted", "LTR", "interactome", "screening", ",", "we", "have", "identified", "PRMT3", "as", "a", "positive", "regulator", "to", "promote", "HIV-1", "latency", "reversal", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mechanistically", ",", "PRMT3", "activates", "HIV-1", "transcription", "by", "interaction", "with", "TEAD4", "and", "the", "two", "proteins", "co-localize", "at", "the", "LTR", "by", "using", "specific", "TEAD4-binding", "motifs", ",", "thereby", "regulating", "c...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "our", "findings", "propose", "a", "promising", "epigenetic", "strategy", "to", "combat", "latent", "HIV-1", "infection", ",", "underscoring", "PRMT3", "and", "its", "partners", "as", "promising", "therapeutic", "targets", "for", "anti-HIV-1", "drug",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "study", "demonstrates", "TEAD4", "as", "a", "positive", "regulator", "of", "HIV-1", "transcription", ",", "acting", "alongside", "PRMT3", "through", "a", "specific", "interaction", "with", "the", "LTR", "’s", "GGAAT", "motif", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "discovery", "expands", "our", "current", "understanding", "of", "TEAD4", "’s", "regulatory", "roles", "in", "host", "cells", "and", "suggests", "its", "potential", "regulation", "of", "HIV-1", "viral", "expression", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "specificity", "of", "TEAD4", "’s", "interaction", "with", "the", "motif", "containing", "the", "core", "GGAAT", "sequence", "within", "the", "HIV-1", "LTR", "and", "its", "synergy", "with", "PRMT3", "in", "promoting", "Tat-dependent", "HIV-1", "transcrip...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Specifically", ",", "we", "selected", "three", "host", "genes", ",", "PRDM1", ",", "SLITRK5", ",", "and", "TGFB2", ",", "for", "further", "validation", "of", "our", "proposed", "PRMT3-TEAD4", "regulation", "model", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "data", "demonstrate", "that", "in", "addition", "to", "the", "HIV-1", "LTR", ",", "PRMT3", "and", "TEAD4", "indeed", "associated", "with", "these", "cellular", "gene", "promoters", ",", "where", "the", "binding", "of", "TEAD4", "significantly", "decrea...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "At", "the", "HIV-1", "LTR", ",", "the", "interaction", "of", "the", "PRMT3-TEAD4", "complex", "with", "Tat", "and", "the", "P-TEFb", "provides", "further", "regulation", "of", "HIV-1", "transcription", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "On", "cellular", "gene", "promoters", "such", "as", "the", "three", "genes", "mentioned", "above", ",", "it", "is", "conceivable", "that", "transcription", "can", "also", "be", "modulated", "through", "controlling", "the", "function", "and/or", "binding", "of",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "co-regulation", "of", "viral", "and", "host", "gene", "transcription", "by", "PRMT3-TEAD4", "underscores", "a", "finely", "tuned", "regulatory", "mechanism", "that", "integrates", "the", "cellular", "and", "viral", "transcriptional", "control", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "TEAD4", "has", "also", "been", "demonstrated", "to", "interact", "with", "P-TEFb", ",", "which", "is", "the", "core", "transcriptional", "component", "of", "the", "Super", "Elongation", "Complex", "(", "SEC", ")", "essential", "for", "Tat-...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Given", "the", "fact", "that", "TEAD4", "is", "a", "DNA", "sequence-specific", "transcription", "factor", ",", "it", "remains", "to", "be", "investigated", "whether", "it", "plays", "a", "key", "role", "in", "recruiting", "SEC", "to", "both", "host", "and",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "While", "previous", "studies", "have", "indicated", "PRMT3", "’s", "involvement", "as", "a", "key", "factor", "in", "mediating", "host", "responses", "to", "viral", "infection17,30", ",", "its", "specific", "role", "in", "HIV-1", "infection", "and", "latency", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "instance", ",", "in", "zebrafish", ",", "PRMT3", "has", "been", "shown", "to", "negatively", "regulate", "antiviral", "responses17", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similarly", ",", "recent", "studies", "utilizing", "the", "PRMT3", "inhibitor", ",", "SGC707", "treatment", ",", "or", "PRMT3", "knockout", "mice", "have", "revealed", "PRMT3", "’s", "facilitation", "of", "HSV-1", "infection30", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "conjunction", "with", "our", "current", "discovery", "demonstrating", "PRMT3", "’s", "promotion", "of", "HIV-1", "transcription", "to", "reverse", "latency", ",", "these", "findings", "suggest", "that", "PRMT3", "may", "serve", "as", "a", "potential", "ta...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "future", "comprehensive", "research", "is", "imperative", "to", "fully", "comprehend", "the", "extent", "of", "PRMT3", "’s", "involvement", "in", "mediating", "viral-host", "interactions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "noteworthy", "that", "besides", "PRMT3", ",", "other", "PRMTs", "have", "also", "been", "implicated", "in", "regulating", "anti-HIV", "activity", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "instance", ",", "PRMT6", "has", "been", "shown", "to", "inhibit", "HIV-1", "replication", "in", "vitro", "by", "directly", "methylating", "several", "HIV-1", "proteins", ",", "including", "Tat", ",", "Rev", ",", "and", "nucleocapsid", "protein", ",", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similarly", ",", "PRMT2", "was", "recently", "discovered", "to", "suppress", "HIV-1", "transcription", "by", "methylating", "Tat", "and", "promoting", "the", "phase", "separation", "of", "P-TEFb", "and", "Tat58", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "in", "addition", "to", "PRMT3", ",", "other", "members", "of", "the", "PRMT", "family", "should", "be", "explored", "as", "potential", "targets", "for", "developing", "effective", "antiviral", "drugs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", "to", "its", "effects", "on", "viral", "gene", "expression", ",", "PRMT3", "’s", "regulation", "of", "host", "gene", "transcription", "has", "been", "implicated", "in", "various", "cellular", "processes", ",", "including", "tumorigenesis", ",",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "precise", "mechanism(s", ")", "underlying", "these", "transcriptional", "effects", "of", "PRMT3", "remain", "unclear", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "study", ",", "the", "comparison", "of", "ATAC-Seq", "and", "RNA-Seq", "data", "between", "WT", "and", "PRMT3", "KO", "cells", "reveals", "that", "PRMT3", "selectively", "regulates", "chromatin", "accessibility", "and", "transcription", "of", "a", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "The", "selectivity", "of", "PRMT3", "’s", "action", "is", "apparently", "achieved", "through", "forming", "a", "complex", "with", "TEAD4", ",", "which", "then", "co-localizes", "at", "specific", "gene", "promoter", "regions", "via", "binding", "to", "the", "T...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Together", ",", "these", "findings", "have", "revealed", "the", "mechanistic", "basis", "for", "PRMT3", "’s", "control", "of", "the", "transcription", "of", "HIV-1", "and", "a", "selected", "group", "of", "host", "genes", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "the", "PRMT3-created", "transcription", "hub", "containing", "TEAD4", "and", "P-TEFb", "is", "demonstrated", "in", "the", "current", "study", "as", "important", "for", "HIV-1", "to", "escape", "latency", ",", "it", "is", "presently", "unknown", "whe...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "conceivable", "that", "the", "loss", "of", "expression/function", "of", "any", "component", "of", "the", "hub", "could", "be", "responsible", "in", "this", "latter", "process", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "studies", "are", "thus", "necessary", "to", "test", "this", "hypothesis", "and", "explore", "the", "possibility", "of", "targeting", "the", "PRMT3", "transcription", "hub", "to", "cure", "HIV/AIDS", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Methods", "Dcas9-targeted", "ltr", "proteome", "analysis", "One", "million", "NH1", "cells", "with", "an", "integrated", "with", "HIV-1", "5", "’", "LTR-driven", "luciferase", "reporter", "construct", ",", "which", "contains", "424", " ", "bp", "of", "LTR", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cells", "were", "fixed", "with", "1", "%", "formaldehyde", "for", "15", " ", "min", "at", "room", "temperature", "and", "0.125", " ", "M", "Glycine", "for", "5", " ", "min", "to", "quench", "unreacted", "formaldehyde", "at", "room", "temperature", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Use", "20", " ", "ml", "of", "cold", "PBS", "to", "wash", "cells", "twice", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Scrape", "cells", "with", "2", " ", "ml", "cold", "PBS", "containing", "protease", "inhibitor", "and", "dithiothreitol", "(", "DTT", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Spin", "at", "700", " ", "Γ—", " ", "g", "at", "4", " ", "Β°", "C", "for", "3", " ", "min", "to", "pellet", "cells", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cells", "were", "lysed", "with", "lysis", "buffer", "[", "1", "%", "SDS", ",", "10", " ", "mM", "EDTA", ",", "50", " ", "mM", "Tris", ",", "pH", "8.1", "]", "and", "incubated", "on", "ice", "for", "20", " ", "min", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cells", "were", "sheared", "with", "a", "Covaris", "sonicator", "M220", "until", "genomic", "DNA", "was", "visualized", "to", "be", "at", "200–1000", " ", "bp", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "DNA", "was", "cleared", "with", "a", "high-speed", "spin", "(", "15,000", " ", "g", "for", "10", " ", "min", ")", "at", "4", " ", "Β°", "C", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "DNA", "was", "diluted", "by", "ChIP", "Dilution", "Buffer", "[", "0.01", "%", "SDS", ",", "1", "%", "Triton", "X-100", ",", "1.2", " ", "mM", "EDTA", ",", "16.7", " ", "mM", "Tris-HCl", ",", "pH", "8.1", ",", "167", " ", "mM", "NaCl", "]"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dCas9", "-", "3", " ", "Γ—", " ", "Flag/sgRNAs", "complex", "was", "added", "to", "the", "sheared", "DNA", "and", "incubated", "at", "4", " ", "Β°", "C", "overnight", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "anti-Flag", "M2", "agarose", "resin", "(", "Sigma", ")", "was", "added", ",", "followed", "by", "a", "3", " ", "h", "incubation", "at", "4", " ", "Β°", "C", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "resin", "was", "spun", "down", "at", "1500", " ", "Γ—", " ", "g", "at", "4", " ", "Β°", "C", "for", "1", " ", "min", "and", "washed", "with", "high", "salt", "wash", "buffer", "[", "0.1", "%", "SDS", ",", "1", "%", "Triton", "X-100", ",",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "products", "concentrated", "by", "beads", "were", "used", "for", "subsequent", "experiments", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mass", "spectrometry", "(", "ms", ")", "and", "analysis", "The", "sample", "of", "dCas9", "-", "3", " ", "Γ—", " ", "Flag-sgLTRs", "and", "dCas9", "-", "3", "Β ", "Γ—", "Β ", "Flag-sgGal4", "(", "control", ")", "immnuoprecipitated", "proteins", "were", "pre...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "general", ",", "the", "eluted", "LTR", "binding", "proteins", "were", "reduced", "in", "20", " ", "mM", "DTT", "at", "95", " ", "Β°", "C", "for", "5", " ", "min", ",", "and", "subsequently", "alkylated", "in", "50", " ", "mM", "iodoacetamide", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "alkylation", ",", "the", "samples", "were", "transferred", "to", "a", "10", "kD", "centrifugal", "spin", "filter", "(", "Millipore", ")", "and", "sequentially", "washed", "with", "200", " ", "ΞΌl", "of", "8", " ", "M", "urea", "for", "three", "t...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Peptides", "were", "recovered", "by", "transferring", "the", "filter", "to", "a", "collection", "tube", "and", "spinning", "at", "14,000", " ", "Γ—", " ", "g.", "To", "increase", "the", "yield", "of", "peptides", ",", "the", "filter", "was", "washed", "twi...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Peptides", "were", "desalted", "by", "StageTips", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "MS", "experiments", "were", "performed", "on", "a", "nanoscale", "EASY-nLC", "1200", "UHPLC", "system", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "connected", "to", "an", "Orbitrap", "Fusion", "Lumos", "equipped", "with", "a", "nanoelectrospray", "source", "(...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mobile", "phase", "A", "contained", "0.1", "%", "formic", "acid", "(", "v/v", ")", "in", "water", ";", "mobile", "phase", "B", "contained", "0.1", "%", "formic", "acid", "in", "80", "%", "acetonitrile", "(", "ACN", ")", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "peptides", "were", "dissolved", "in", "0.1", "%", "formic", "acid", "(", "FA", ")", "with", "2", "%", "acetonitrile", "and", "separated", "on", "an", "RP-HPLC", "analytical", "column", "(", "75", " ", "ΞΌm", " ", "Γ—", " ", "25", " ", "cm", ")"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "Orbitrap", "Fusion", "Lumos", "acquired", "data", "in", "a", "data-dependent", "manner", ",", "alternating", "between", "full-scan", "MS", "and", "MS2", "scans", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "spray", "voltage", "was", "set", "at", "2.2", " ", "kV", ",", "and", "the", "temperature", "of", "the", "ion", "transfer", "capillary", "was", "300", " ", "Β°", "C", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "MS", "spectra", "(", "350–1500", " ", "m/z", ")", "were", "collected", "with", "120,000", "resolutions", ",", "AGC", "of", "4", "Γ—", "105", ",", "and", "50", " ", "ms", "maximal", "injection", "time", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Selected", "ions", "were", "sequentially", "fragmented", "by", "HCD", "with", "30", "%", "normalized", "collision", "energy", ",", "specified", "isolated", "windows", "1.6", " ", "m/z", ",", "and", "15,000", "resolutions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "AGC", "of", "5", " ", "Γ—", " ", "104", "and", "40", " ", "ms", "maximal", "injection", "time", "were", "used", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Dynamic", "exclusion", "was", "set", "to", "40", " ", "s.", "Unassigned", "ions", "or", "those", "with", "a", "charge", "of", "2", " ", "+", "and", ">", "7", " ", "+", "were", "rejected", "for", "MS/MS", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Raw", "data", "was", "processed", "using", "Proteome", "Discoverer", "(", "PD", ",", "version", "2.4", ")", ",", "and", "MS/MS", "spectra", "were", "searched", "against", "the", "reviewed", "SwissProt", "human", "proteome", "database", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "peptides", "with", "at", "least", "six", "amino", "acids", "in", "length", "were", "considered", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]