OTAR3088/CeLLaTe_AL_V1.0_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 5 562	tags listlengths 5 562
[ "a", "single", "-", "cell", "and", "spatial", "genomics", "atlas", "of", "human", "skin", "fibroblasts", "reveals", "shared", "disease-related", "fibroblast", "subtypes", "across", "tissues", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##79", "##36", "##2" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "fibroblasts", "sc", "##ul", "##pt", "the", "architecture", "and", "cellular", "microenvironment", "##s", "of", "various", "tissues", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", "we", "constructed", "a", "spatially", "resolved", "atlas", "of", "human", "skin", "fibroblasts", "from", "healthy", "skin", "and", "23", "skin", "diseases", ",", "with", "comparison", "to", "14", "cross", "-", "tissue", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "define", "six", "major", "skin", "fibroblast", "subtypes", "in", "health", "and", "three", "that", "are", "disease-specific", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "characterize", "two", "fibroblast", "subtypes", "further", "as", "they", "are", "conserved", "across", "tissues", "and", "are", "immune-related", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "first", ",", "f3", ":", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "-", "like", "fibroblast", "(", "ccl", "##19", "cd", "##74", "hla", "-", "dr", "##a", ")", ",", "is", "a", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "-", "like", "subtype", "th...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...
[ "the", "second", ",", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "(", "il1", "##1", "mmp", "##1", "cxcl", "##8", "il", "##7", "##r", ")", ",", "characterizes", "early", "human", "skin", "wounds", ",", "inflammatory", "diseases", "with", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "predicted", "to", "recruit", "neutrophils", ",", "monocytes", "and", "b", "cells", "across", "multiple", "human", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "study", "provides", "a", "harmon", "##ized", "nomenclature", "for", "skin", "fibroblasts", "in", "health", "and", "disease", ",", "contextual", "##ized", "with", "cross", "-", "tissue", "findings", "and", "clinical", "skin", "disease", "profiles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "fibroblasts", "are", "crucial", "cells", "for", "shaping", "tissue", "architecture", "and", "immune", "cell", "niches", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "studying", "the", "heterogeneity", "of", "fibroblast", "subtypes", "has", "been", "challenging", "due", "to", "the", "scarcity", "of", "unique", "surface", "markers", "and", "their", "tendency", "to", "adopt", "activated", "phenotypes", "during", "in", "vitro", ...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "technologies", "have", "overcome", "these", "challenges", ",", "enabling", "the", "dissection", "of", "fibroblast", "heterogeneity", "in"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "recent", "studies", "have", "described", "fibroblast", "states", "in", "human", "skin", ",", "they", "have", "not", "spatially", "resolved", "their", "tissue", "micro", "##anat", "##omical", "location", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "very", "few", ",", "if", "any", ",", "have", "interrogate", "d", "fibroblasts", "in", "diverse", "disease", "conditions", "in", "the", "skin", "and", "across", "human", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consequently", ",", "the", "fibroblast", "composition", "and", "function", "in", "human", "skin", ";", "how", "it", "changes", "across", "a", "range", "of", "diseases", "(", "inflammatory", ",", "cancer", "and", "fibrosis", "/", "scarring", ")", ";", "and",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "this", "study", ",", "we", "integrated", "published", "large", "-", "scale", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "healthy", "human", "skin", "and", "23", "skin", "diseases", "and", "generated", "spatial", "transcriptomic", "##s", "data", "fro...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "provide", "a", "consensus", "annotation", "of", "skin", "fibroblasts", "based", "on", "gene", "expression", "profiles", "and", "spatial", "locations", ",", "and", "contextual", "##ize", "these", "findings", "with", "fibroblast", "data", "from", "other", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "our", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "spatial", "datasets", "resources", "are", "freely", "available", "for", "download", "and", "interactive", "data", "exploration", "at", "https", ":", "/", "/", "cell", "##at", "##las", ".", "io", "/", "studies", "/"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "re", "-", "processed", "and", "integrated", "2", ".", "1", "million", "cells", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "adult", "human", "skin", ",", "comprising", "32", "datasets", "and", "251", "donors", "(", "fig", ".", "1a", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "after", "quality", "control", ",", "357", ",", "276", "high", "-", "quality", "fibroblasts", "were", "selected", "based", "on", "canonical", "marker", "gene", "expression", "(", "fig", ".", "1a", "and", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "healthy", "skin", ",", "we", "identified", "six", "major", "fibroblast", "subtypes", "based", "on", "differential", "gene", "expression", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1a", "and", "supplementary", "table", "2", ")", "and", "pathway", "enric...	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "six", "fibroblast", "subtypes", "were", "observed", "across", "different", "covariates", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1b", "–", "g", "and", "supplementary", "note", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "complementary", "spatial", "transcriptomic", "methods", "validated", "the", "presence", "of", "each", "of", "the", "six", "fibroblast", "subtypes", "and", "revealed", "their", "distinc", "t", "micro", "##anat", "##omical", "locations", "(", "fig", ".", "2a", "–...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "two", "of", "the", "six", "fibroblast", "populations", "(", "f1", ":", "superficial", "(", "papillary", ")", "and", "f2", ":", "universal", "(", "reticular", ")", ")", "were", "uniformly", "present", "throughout", "skin", "at", "different", "tissue", "depth...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", ...
[ "f1", ":", "superficial", "(", "papillary", ")", "fibroblasts", "localized", "adjacent", "to", "the", "skin", "epithelium", "in", "the", "papillary", "dermis", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", ")", "and", "expressed", "genes", "encoding", "superficial", "der...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "a", "wnt", "-", "mediated", "synergistic", "interplay", "between", "superficial", "dermal", "fibroblasts", "and", "basal", "epithelial", "cells", "has", "been", "reported", "to", "reciprocal", "##ly", "maintain", "cellular", "identity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f2", ":", "universal", "(", "reticular", ")", "fibroblasts", "were", "located", "deeper", "in", "the", "skin", ",", "interspersed", "between", "large", "collagen", "fibers", "in", "the", "reticular", "dermis", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "population", "was", "characterized", "by", "high", "expression", "of", "marker", "genes", "of", "universal", "pi", "##16", "fibroblasts", "(", "pi", "##16", ",", "cd34", "and", "mf", "##ap", "##5", ")", ",", "a", "fibroblast", "subtype", "found", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "transcription", "factor", "activity", "inference", "identified", "klf", "##5", "in", "f2", ":", "universal", "fibroblasts", "(", "extended", "data", "fig", ".", "2b", ")", ",", "which", "has", "been", "reported", "to", "drive", "the", "universal", "pi", "##...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "fascia", "##l", "fibroblasts", "(", "f", "_", "fascia", ")", "are", "proposed", "as", "a", "potential", "progenitor", "cell", "in", "mouse", "skin", ",", "we", "included", "these", "cells", "in", "an", "additional", "integration", ",", "identifying", ...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "the", "remaining", "fibroblast", "subsets", "were", "more", "focal", "in", "localization", ",", "being", "associated", "with", "vascular", "or", "ad", "##nex", "##al", "structures", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "thus", "used", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "h", "&", "e", ")", "staining", "to", "illustrate", "these", "microenvironment", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f3", ":", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "(", "fr", "##c", ")", "-", "like", "fibroblasts", "were", "located", "predominantly", "in", "the", "superficial", "perivascular", "region", "in", "proximity", "to", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "2...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType"...
[ "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "transcriptomic", "##ally", "resembled", "fr", "##cs", ",", "which", "are", "specialized", "fibroblasts", "found", "in", "lymphoid", "organs", "/", "structures", "that", "maintain", "immune", "niches", "(", "...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O",...
[ "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "also", "localized", "with", "immune", "cells", "but", ",", "unlike", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", ",", "were", "additionally", "enriched", "in", "deep", "perivascular", "regions", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O",...
[ "a", "fraction", "of", "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "showed", "elevated", "expression", "of", "pparg", "(", "fig", ".", "1c", ")", "and", "pathway", "analysis", "suggested", "a", "role", "in", "adipocyte", "differentiation", "(", "exte...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "capability", "to", "differentiate", "into", "adipocytes", "is", "characteristic", "of", "the", "reticular", "fibroblast", "(", "equivalent", "to", "f2", ":", "universal", ")", "lineage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "shared", "select", "gene", "expression", "with", "both", "f2", ":", "universal", "and", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f4", ":", "hair", "follicle", "-", "associated", "fibroblasts", "(", "asp", "##n", "col", "##11a", "##1", ")", "encompassed", "three", "subcl", "##usters", "that", "were", "associated", "with", "specific", "regions", "of", "the", "hair", "follicle", "(", "f...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "first", "is", "a", "well", "-", "characterized", "dermal", "sheath", "(", "ds", ")", "population", "(", "f4", ":", "ds", "_", "dp", "##ep", "##1", ")", "that", "wr", "##aps", "around", "the", "lower", "/", "mid", "hair", "follicle", "(", "fig...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O"...
[ "the", "second", "is", "a", "novel", "f4", ":", "tn", "##n", "coch", "subtype", ",", "expressing", "tendon", "-", "associated", "genes", "(", "mk", "##x", "and", "tnm", "##d", ")", "and", "observed", "at", "the", "is", "##th", "##mus", "(", "mid", "-...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", ...
[ "the", "third", "f4", ":", "dp", "_", "hh", "##ip", "subtype", "uniquely", "expressed", "dermal", "papill", "##a", "marker", "genes", "(", "cor", "##in", ",", "hh", "##ip", ",", "rsp", "##o3", "and", "lef", "##1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f5", ":", "schwann", "-", "like", "fibroblasts", "(", "scn", "##7a", ",", "fm", "##o2", ",", "fgf", "##bp2", "and", "ol", "##fm", "##l2", "##a", ")", "contained", "two", "subcl", "##usters", "(", "f5", ":", "ngf", "##r", "and", "f5", ":", "ramp", ...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType...
[ "f5", ":", "ramp", "##1", "fibroblasts", "were", "enriched", "near", "innervated", "eccrine", "glands", "and", "expressed", "genes", "encoding", "the", "receptor", "complex", "for", "the", "neuropeptide", "cgrp", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", "and", "exte...	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "f5", ":", "ngf", "##r", "colocalized", "with", "schwann", "cells", ",", "suggesting", "that", "they", "are", "a", "nerve", "-", "associated", "population", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "fibroblasts", "have", "been", "described", "in", "the", "endone", "ur", "##ium", "and", "perine", "##urium", "of", "nerve", "fibers", "from", "imaging", "studies", ",", "and", "‘", "schwann", "-", "like", "fibroblasts", "’", "have", "recently", "been", "rep...	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "we", "confirmed", "that", "our", "six", "fibroblast", "subtypes", "were", "distinc", "t", "from", "schwann", "cells", "and", "pericytes", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1j", ",", "k", "and", "supplementary", "note", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "we", "harmon", "##ized", "our", "skin", "fibroblast", "annotation", "with", "a", "previous", "classification", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "overall", ",", "we", "provide", "a", "new", "framework", "for", "healthy", "human", "skin", "fibroblast", "annotation", "based", "on", "gene", "expression", "profiles", "(", "fig", ".", "1", ")", "and", "spatial", "location", "(", "fig", ".", "2", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "findings", "of", "transcriptionally", "defined", "fibroblast", "subtypes", "in", "distinc", "t", "micro", "##anat", "##omical", "locations", "suggest", "a", "role", "for", "regional", "fibroblasts", "in", "supporting", "distinc", "t", "niche", "functions", ...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "next", "sought", "to", "identify", "how", "fibroblast", "states", "change", "in", "diseased", "skin", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "used", "scp", "##oli", ",", "a", "deep", "-", "learning", "model", "for", "integration", "and", "identification", "of", "novel", "cell", "states", "in", "single", "-", "cell", "transcriptome", "data", "(", "methods", ")", "(", "fig", ".", "3a", ")...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "mapped", "fibroblasts", "from", "skin", "diseases", "to", "our", "healthy", "/", "non", "##les", "##ional", "f1", "–", "f5", "fibroblast", "reference", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "out", "of", "190", ",", "75", "##6", "fibroblasts", "from", "diseased", "states", ",", "121", ",", "167", "diseased", "cells", "were", "confident", "##ly", "assigned", "existing", "f1", "–", "f5", "cell", "labels", "(", "extended", "data", "fig", ".", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "remaining", "69", ",", "58", "##9", "fibroblasts", "from", "the", "disease", "data", "were", "classified", "as", "uncertain", "(", "unlabeled", ")", "by", "scp", "##oli", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "manual", "annotation", "based", "on", "differential", "gene", "expression", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1c", "and", "supplementary", "table", "3", ")", "and", "pathway", "analysis", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5c", ")", "revealed", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellTyp...
[ "‘", "disease", "-", "adapted", "’", "fibroblasts", "resembled", "a", "healthy", "fibroblast", "subtype", "counterpart", "(", "fig", ".", "3e", ")", "and", "were", "expanded", "in", "disease", "settings", "(", "fig", ".", "3d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "first", "disease", "-", "adapted", "fibroblast", "subtype", "resembled", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "in", "healthy", "skin", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "f1", "-", "like", "disease", "population", "upregulated", "genes", "suggestive", "of", "regenerative", "function", "(", "crab", "##p1", ",", "cyp2", "##6b", "##1", "and", "wnt5a", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "crab", "##p1", "and", "cyp2", "##6b", "##1", "are", "markers", "of", "superficial", "/", "upper", "wound", "fibroblasts", "in", "mice", ",", "which", "are", "thought", "to", "be", "the", "source", "of", "wound", "-", "induced", "hair", "follicle", "neo", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "crab", "##p1", "fibroblasts", "are", "also", "associated", "with", "regeneration", "in", "rein", "##de", "##er", "skin", "and", "early", "-", "gestational", "human", "skin", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "the", "second", "disease", "-", "adapted", "fibroblast", "subtype", "resembled", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "and", "upregulated", "cxcl", "##9", "and", "/", "or", "adam", "##de", "##c1", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cxcl", "##9", "is", "a", "chemoat", "tract", "##ant", "for", "cxcr3", "cells", "and", "has", "been", "reported", "as", "an", "activation", "marker", "for", "fr", "##cs", "in", "lymphoid", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "‘", "disease-specific", "’", "fibroblasts", "(", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", ",", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", ")", "did", "not",...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellT...
[ "this", "myof", "ibr", "##oblast", "signature", "included", "contractility", "(", "acta", "##2", ")", ",", "extracellular", "matrix", "(", "ecm", ")", "(", "col", "##3a", "##1", ",", "col", "##5a", "##1", ",", "col", "##8a", "##1", ",", "postn", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "additionally", "expressed", "immune-related", "genes", "such", "as", "interleukin", "##s", "(", "il1", "##1", "and", "il2", "##4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "cxcl", "##5", ",", "cxc...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "jak", "–", "stat", "and", "hypoxic", "signaling", "genes", "were", "also", "elevated", "(", "fig", ".", "3h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "a", "higher", "expression", "of", "ecm", "and", "tgfβ", "signaling", "genes", ",", "...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "expression", "of", "f", "_", "fascia", "-", "associated", "genes", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "overall", ",", "our", "results", "indicate", "that", "healthy", "fibroblasts", "can", "acquire", "a", "regenerative", "phenotype", "in", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "(", "crab", "##p1", "cyp2", "##7b", "##1", ")", ",", "a", "distinc", "t", "pol...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "...
[ "we", "next", "lever", "##aged", "the", "diverse", "clinical", "profiles", "of", "skin", "diseases", "to", "assess", "whether", "fibroblast", "subtypes", "provide", "molecular", "insights", "into", "disease", "endotypes", "with", "respect", "to", "scarring", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "assigned", "the", "23", "skin", "diseases", "into", "three", "clinically", "determined", "risk", "of", "scarring", "groups", ":", "low", "scarring", "risk", ",", "moderate", "scarring", "risk", ",", "and", "established", "scarring", "/", "fibrosis", "("...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "excluded", "neurofibrom", "##a", "from", "this", "analysis", "as", "it", "was", "the", "only", "case", "of", "benign", "neoplasia", ",", "consisting", "primarily", "of", "f5", ":", "schwann", "-", "like", "and", "f2", "/", "3", ":", "perivascular", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "we", "identified", "distinc", "t", "fibroblast", "compositions", "for", "each", "scarring", "risk", "category", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "low", "scarring", "risk", "diseases", "were", "characterized", "by", "a", "high", "prevalence", "of", "f1", ":", "superficial", "(", "crab", "##p", "cyp2", "##7b", "##1", ")", "and", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "(", "cxcl", "##9"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "this", "finding", "agrees", "with", "the", "regenerative", "-", "associated", "gene", "profile", "of", "disease-associated", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "and", "a", "role", "for", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "in", "maintai...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "diseases", "with", "scarring", "risk", "were", "characterized", "by", "a", "uniquely", "high", "prevalence", "of", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", ",", "which", "was", "not", "observed", "in", "low", "scarring", "risk", "or", "e...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "observed", "at", "a", "similar", "prevalence", "in", "diseases", "with", "scarring", "risk", "and", "established", "fibrosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "data", "point", "toward", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblast", "as", "a", "population", "influencing", "scarring", "risk", ",", "but", "which", "are", "largely", "absent", "in", "established", "fibrosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "also", "elevated", "in", "established", "fibrosis", "but", "were", "predominantly", "observed", "in", "dup", "##uy", "##tre", "##n", "contract", "##ure", ",", "a", "fibro", "##proli...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-...
[ "we", "used", "two", "further", "approaches", "to", "demonstrate", "the", "role", "for", "distinc", "t", "fibroblast", "subtypes", "predicting", "scarring", "risk", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "trained", "a", "random", "forest", "classifier", "and", "identified", "that", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "the", "most", "important", "fibroblas...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O",...
[ "second", ",", "we", "profiled", "a", "well", "-", "recognized", "myof", "ibr", "##oblast", "marker", "(", "lrr", "##c1", "##5", ")", "at", "the", "protein", "level", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lrr", "##c1", "##5", "was", "evident", "in", "inflammation", "with", "scarring", "risk", "(", "inflamed", "hid", "##rad", "##eni", "##tis", "supp", "##ura", "##tiv", "##a", "skin", ")", "but", "not", "in", "nonin", "##fl", "##amed", "skin", "or", "inflame...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissu...
[ "having", "established", "that", "disease-associated", "fibroblasts", "are", "enriched", "in", "distinc", "t", "scarring", "categories", ",", "we", "next", "used", "spatial", "transcriptomic", "##s", "to", "validate", "these", "fibroblast", "populations", "in", "dis...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "in", "keeping", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "(", "fig", ".", "4a", ")", ",", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "were", "expanded", "in", "inflamed", "atopic", "dermatitis", "skin", "(", "low", "risk", ")", ",", "with...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "we", "localized", "the", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "population", "to", "the", "superficial", "perivascular", "immune", "niche", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "which", "we", "further", "validated", "using", "10x", "vis", "##ium", "data", "(...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "in", "melanoma", "(", "scarring", "risk", ")", ",", "aside", "from", "f1", ",", "the", "entire", "stroma", "comprised", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "(", "fig", ".", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "showed", "a", "matrix", "-", "producing", "phenotype", "(", "col", "##1a1", ",", "col", "##3a", "##1", "and", "postn", ")", "that", "characterizes", "myof", "ibr", "##oblastic", "cancer", "-", "associated", "fi...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B...
[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "demonstrated", "high", "expression", "of", "inflammatory", "caf", "(", "ica", "##f", ")", "marker", "genes", "(", "mmp", "##1", ",", "mmp", "##3", ",", "cxcl", "##8", "and", "il2", "##4", ")",...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "finally", ",", "to", "complement", "our", "analysis", "of", "fibroblast", "proportions", "by", "disease", ",", "we", "assessed", "transcriptomic", "variability", "of", "disease-associated", "fibroblast", "subtypes", "by", "calculating", "gene", "module", "scores", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "the", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblast", "signature", "score", "was", "highest", "in", "hid", "##rad", "##eni", "##tis", "supp", "##ura", "##tiv", "##a", ",", "acne", "and", "keratin", "##ocytic", "skin", "cancers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "overall", ",", "our", "findings", "support", "distinc", "t", "stromal", "composition", "in", "skin", "diseases", "associated", "with", "differential", "scarring", "risk", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "observed", "in", "diseases", "with", "scarring", "risk", "but", "relatively", "infrequently", "observed", "in", "established", "fibrosis", ",", "raising", "the", "possibility", "that", "they", ...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Ce...
[ "the", "differentiation", "process", "of", "healthy", "fibroblasts", "into", "myof", "ibr", "##oblasts", "remains", "poorly", "understood", "in", "human", "tissues", "despite", "its", "clinical", "relevance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "fibroblasts", "are", "tissue", "resident", ",", "and", "thus", "intermediate", "states", "of", "myof", "ibr", "##oblast", "differentiation", "are", "likely", "to", "be", "captured", "in", "the", "molecular", "snapshot", "##s", "of", "skin", "diseases", "analyze...	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "therefore", "performed", "trajectory", "analysis", "of", "fibroblasts", "in", "diseased", "skin", "to", "gain", "further", "insights", "into", "myof", "ibr", "##oblast", "differentiation", ",", "before", "utilizing", "time", "-", "resolved", "human", "wound...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "first", "included", "all", "fibroblast", "subtypes", "in", "a", "partition", "-", "based", "graph", "abstraction", "(", "pag", "##a", ")", "analysis", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7a", ")", ",", "and", "then", "focused", "further", "analyse...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", ...
[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "a", "terminally", "differentiated", "myof", "ibr", "##oblast", "state", "(", "fig", ".", "5a", "–", "c", ")", ",", "consistent", "with", "their", "presence", "in", "established", "fibrosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "observed", "two", "potential", "sources", "for", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "in", "skin", "across", "analyses", "(", "fig", ".", "5b", ",", "c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "7b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "single", "-", "cell", "and", "spatial", "genomics", "atlas", "of", "human", "skin", "fibroblasts", "reveals", "shared", "disease-related", "fibroblast", "subtypes", "across", "tissues", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##79", "##36", "##2" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "fibroblasts", "sc", "##ul", "##pt", "the", "architecture", "and", "cellular", "microenvironment", "##s", "of", "various", "tissues", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", "we", "constructed", "a", "spatially", "resolved", "atlas", "of", "human", "skin", "fibroblasts", "from", "healthy", "skin", "and", "23", "skin", "diseases", ",", "with", "comparison", "to", "14", "cross", "-", "tissue", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "define", "six", "major", "skin", "fibroblast", "subtypes", "in", "health", "and", "three", "that", "are", "disease-specific", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "characterize", "two", "fibroblast", "subtypes", "further", "as", "they", "are", "conserved", "across", "tissues", "and", "are", "immune-related", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "first", ",", "f3", ":", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "-", "like", "fibroblast", "(", "ccl", "##19", "cd", "##74", "hla", "-", "dr", "##a", ")", ",", "is", "a", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "-", "like", "subtype", "th...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...

[ "the", "second", ",", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "(", "il1", "##1", "mmp", "##1", "cxcl", "##8", "il", "##7", "##r", ")", ",", "characterizes", "early", "human", "skin", "wounds", ",", "inflammatory", "diseases", "with", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "predicted", "to", "recruit", "neutrophils", ",", "monocytes", "and", "b", "cells", "across", "multiple", "human", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "study", "provides", "a", "harmon", "##ized", "nomenclature", "for", "skin", "fibroblasts", "in", "health", "and", "disease", ",", "contextual", "##ized", "with", "cross", "-", "tissue", "findings", "and", "clinical", "skin", "disease", "profiles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "fibroblasts", "are", "crucial", "cells", "for", "shaping", "tissue", "architecture", "and", "immune", "cell", "niches", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "studying", "the", "heterogeneity", "of", "fibroblast", "subtypes", "has", "been", "challenging", "due", "to", "the", "scarcity", "of", "unique", "surface", "markers", "and", "their", "tendency", "to", "adopt", "activated", "phenotypes", "during", "in", "vitro", ...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "single", "-", "cell", "rna", "sequencing", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "technologies", "have", "overcome", "these", "challenges", ",", "enabling", "the", "dissection", "of", "fibroblast", "heterogeneity", "in"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "recent", "studies", "have", "described", "fibroblast", "states", "in", "human", "skin", ",", "they", "have", "not", "spatially", "resolved", "their", "tissue", "micro", "##anat", "##omical", "location", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "very", "few", ",", "if", "any", ",", "have", "interrogate", "d", "fibroblasts", "in", "diverse", "disease", "conditions", "in", "the", "skin", "and", "across", "human", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consequently", ",", "the", "fibroblast", "composition", "and", "function", "in", "human", "skin", ";", "how", "it", "changes", "across", "a", "range", "of", "diseases", "(", "inflammatory", ",", "cancer", "and", "fibrosis", "/", "scarring", ")", ";", "and",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "this", "study", ",", "we", "integrated", "published", "large", "-", "scale", "scr", "##na", "-", "seq", "datasets", "of", "healthy", "human", "skin", "and", "23", "skin", "diseases", "and", "generated", "spatial", "transcriptomic", "##s", "data", "fro...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "provide", "a", "consensus", "annotation", "of", "skin", "fibroblasts", "based", "on", "gene", "expression", "profiles", "and", "spatial", "locations", ",", "and", "contextual", "##ize", "these", "findings", "with", "fibroblast", "data", "from", "other", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "our", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "spatial", "datasets", "resources", "are", "freely", "available", "for", "download", "and", "interactive", "data", "exploration", "at", "https", ":", "/", "/", "cell", "##at", "##las", ".", "io", "/", "studies", "/"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "re", "-", "processed", "and", "integrated", "2", ".", "1", "million", "cells", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "adult", "human", "skin", ",", "comprising", "32", "datasets", "and", "251", "donors", "(", "fig", ".", "1a", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "after", "quality", "control", ",", "357", ",", "276", "high", "-", "quality", "fibroblasts", "were", "selected", "based", "on", "canonical", "marker", "gene", "expression", "(", "fig", ".", "1a", "and", "extended", "data", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "healthy", "skin", ",", "we", "identified", "six", "major", "fibroblast", "subtypes", "based", "on", "differential", "gene", "expression", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1a", "and", "supplementary", "table", "2", ")", "and", "pathway", "enric...

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "six", "fibroblast", "subtypes", "were", "observed", "across", "different", "covariates", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1b", "–", "g", "and", "supplementary", "note", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "complementary", "spatial", "transcriptomic", "methods", "validated", "the", "presence", "of", "each", "of", "the", "six", "fibroblast", "subtypes", "and", "revealed", "their", "distinc", "t", "micro", "##anat", "##omical", "locations", "(", "fig", ".", "2a", "–...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "two", "of", "the", "six", "fibroblast", "populations", "(", "f1", ":", "superficial", "(", "papillary", ")", "and", "f2", ":", "universal", "(", "reticular", ")", ")", "were", "uniformly", "present", "throughout", "skin", "at", "different", "tissue", "depth...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", ...

[ "f1", ":", "superficial", "(", "papillary", ")", "fibroblasts", "localized", "adjacent", "to", "the", "skin", "epithelium", "in", "the", "papillary", "dermis", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", ")", "and", "expressed", "genes", "encoding", "superficial", "der...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "a", "wnt", "-", "mediated", "synergistic", "interplay", "between", "superficial", "dermal", "fibroblasts", "and", "basal", "epithelial", "cells", "has", "been", "reported", "to", "reciprocal", "##ly", "maintain", "cellular", "identity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f2", ":", "universal", "(", "reticular", ")", "fibroblasts", "were", "located", "deeper", "in", "the", "skin", ",", "interspersed", "between", "large", "collagen", "fibers", "in", "the", "reticular", "dermis", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "population", "was", "characterized", "by", "high", "expression", "of", "marker", "genes", "of", "universal", "pi", "##16", "fibroblasts", "(", "pi", "##16", ",", "cd34", "and", "mf", "##ap", "##5", ")", ",", "a", "fibroblast", "subtype", "found", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "transcription", "factor", "activity", "inference", "identified", "klf", "##5", "in", "f2", ":", "universal", "fibroblasts", "(", "extended", "data", "fig", ".", "2b", ")", ",", "which", "has", "been", "reported", "to", "drive", "the", "universal", "pi", "##...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "fascia", "##l", "fibroblasts", "(", "f", "_", "fascia", ")", "are", "proposed", "as", "a", "potential", "progenitor", "cell", "in", "mouse", "skin", ",", "we", "included", "these", "cells", "in", "an", "additional", "integration", ",", "identifying", ...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "the", "remaining", "fibroblast", "subsets", "were", "more", "focal", "in", "localization", ",", "being", "associated", "with", "vascular", "or", "ad", "##nex", "##al", "structures", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "thus", "used", "hematoxylin", "and", "eosin", "(", "h", "&", "e", ")", "staining", "to", "illustrate", "these", "microenvironment", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f3", ":", "fibroblast", "##ic", "reticular", "cell", "(", "fr", "##c", ")", "-", "like", "fibroblasts", "were", "located", "predominantly", "in", "the", "superficial", "perivascular", "region", "in", "proximity", "to", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "2...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType"...

[ "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "transcriptomic", "##ally", "resembled", "fr", "##cs", ",", "which", "are", "specialized", "fibroblasts", "found", "in", "lymphoid", "organs", "/", "structures", "that", "maintain", "immune", "niches", "(", "...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O",...

[ "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "also", "localized", "with", "immune", "cells", "but", ",", "unlike", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", ",", "were", "additionally", "enriched", "in", "deep", "perivascular", "regions", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O",...

[ "a", "fraction", "of", "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "showed", "elevated", "expression", "of", "pparg", "(", "fig", ".", "1c", ")", "and", "pathway", "analysis", "suggested", "a", "role", "in", "adipocyte", "differentiation", "(", "exte...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "capability", "to", "differentiate", "into", "adipocytes", "is", "characteristic", "of", "the", "reticular", "fibroblast", "(", "equivalent", "to", "f2", ":", "universal", ")", "lineage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "f2", "/", "3", ":", "perivascular", "fibroblasts", "shared", "select", "gene", "expression", "with", "both", "f2", ":", "universal", "and", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f4", ":", "hair", "follicle", "-", "associated", "fibroblasts", "(", "asp", "##n", "col", "##11a", "##1", ")", "encompassed", "three", "subcl", "##usters", "that", "were", "associated", "with", "specific", "regions", "of", "the", "hair", "follicle", "(", "f...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "first", "is", "a", "well", "-", "characterized", "dermal", "sheath", "(", "ds", ")", "population", "(", "f4", ":", "ds", "_", "dp", "##ep", "##1", ")", "that", "wr", "##aps", "around", "the", "lower", "/", "mid", "hair", "follicle", "(", "fig...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O"...

[ "the", "second", "is", "a", "novel", "f4", ":", "tn", "##n", "coch", "subtype", ",", "expressing", "tendon", "-", "associated", "genes", "(", "mk", "##x", "and", "tnm", "##d", ")", "and", "observed", "at", "the", "is", "##th", "##mus", "(", "mid", "-...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", ...

[ "the", "third", "f4", ":", "dp", "_", "hh", "##ip", "subtype", "uniquely", "expressed", "dermal", "papill", "##a", "marker", "genes", "(", "cor", "##in", ",", "hh", "##ip", ",", "rsp", "##o3", "and", "lef", "##1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f5", ":", "schwann", "-", "like", "fibroblasts", "(", "scn", "##7a", ",", "fm", "##o2", ",", "fgf", "##bp2", "and", "ol", "##fm", "##l2", "##a", ")", "contained", "two", "subcl", "##usters", "(", "f5", ":", "ngf", "##r", "and", "f5", ":", "ramp", ...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType...

[ "f5", ":", "ramp", "##1", "fibroblasts", "were", "enriched", "near", "innervated", "eccrine", "glands", "and", "expressed", "genes", "encoding", "the", "receptor", "complex", "for", "the", "neuropeptide", "cgrp", "(", "fig", ".", "2b", ",", "c", "and", "exte...

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "f5", ":", "ngf", "##r", "colocalized", "with", "schwann", "cells", ",", "suggesting", "that", "they", "are", "a", "nerve", "-", "associated", "population", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "fibroblasts", "have", "been", "described", "in", "the", "endone", "ur", "##ium", "and", "perine", "##urium", "of", "nerve", "fibers", "from", "imaging", "studies", ",", "and", "‘", "schwann", "-", "like", "fibroblasts", "’", "have", "recently", "been", "rep...

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "we", "confirmed", "that", "our", "six", "fibroblast", "subtypes", "were", "distinc", "t", "from", "schwann", "cells", "and", "pericytes", "(", "extended", "data", "fig", ".", "1j", ",", "k", "and", "supplementary", "note", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "we", "harmon", "##ized", "our", "skin", "fibroblast", "annotation", "with", "a", "previous", "classification", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "overall", ",", "we", "provide", "a", "new", "framework", "for", "healthy", "human", "skin", "fibroblast", "annotation", "based", "on", "gene", "expression", "profiles", "(", "fig", ".", "1", ")", "and", "spatial", "location", "(", "fig", ".", "2", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "findings", "of", "transcriptionally", "defined", "fibroblast", "subtypes", "in", "distinc", "t", "micro", "##anat", "##omical", "locations", "suggest", "a", "role", "for", "regional", "fibroblasts", "in", "supporting", "distinc", "t", "niche", "functions", ...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "next", "sought", "to", "identify", "how", "fibroblast", "states", "change", "in", "diseased", "skin", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "used", "scp", "##oli", ",", "a", "deep", "-", "learning", "model", "for", "integration", "and", "identification", "of", "novel", "cell", "states", "in", "single", "-", "cell", "transcriptome", "data", "(", "methods", ")", "(", "fig", ".", "3a", ")...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "mapped", "fibroblasts", "from", "skin", "diseases", "to", "our", "healthy", "/", "non", "##les", "##ional", "f1", "–", "f5", "fibroblast", "reference", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "out", "of", "190", ",", "75", "##6", "fibroblasts", "from", "diseased", "states", ",", "121", ",", "167", "diseased", "cells", "were", "confident", "##ly", "assigned", "existing", "f1", "–", "f5", "cell", "labels", "(", "extended", "data", "fig", ".", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "remaining", "69", ",", "58", "##9", "fibroblasts", "from", "the", "disease", "data", "were", "classified", "as", "uncertain", "(", "unlabeled", ")", "by", "scp", "##oli", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "manual", "annotation", "based", "on", "differential", "gene", "expression", "(", "supplementary", "data", "fig", ".", "1c", "and", "supplementary", "table", "3", ")", "and", "pathway", "analysis", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5c", ")", "revealed", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellTyp...

[ "‘", "disease", "-", "adapted", "’", "fibroblasts", "resembled", "a", "healthy", "fibroblast", "subtype", "counterpart", "(", "fig", ".", "3e", ")", "and", "were", "expanded", "in", "disease", "settings", "(", "fig", ".", "3d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "first", "disease", "-", "adapted", "fibroblast", "subtype", "resembled", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "in", "healthy", "skin", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "f1", "-", "like", "disease", "population", "upregulated", "genes", "suggestive", "of", "regenerative", "function", "(", "crab", "##p1", ",", "cyp2", "##6b", "##1", "and", "wnt5a", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "crab", "##p1", "and", "cyp2", "##6b", "##1", "are", "markers", "of", "superficial", "/", "upper", "wound", "fibroblasts", "in", "mice", ",", "which", "are", "thought", "to", "be", "the", "source", "of", "wound", "-", "induced", "hair", "follicle", "neo", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "crab", "##p1", "fibroblasts", "are", "also", "associated", "with", "regeneration", "in", "rein", "##de", "##er", "skin", "and", "early", "-", "gestational", "human", "skin", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "the", "second", "disease", "-", "adapted", "fibroblast", "subtype", "resembled", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "and", "upregulated", "cxcl", "##9", "and", "/", "or", "adam", "##de", "##c1", "(", "fig", ".", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cxcl", "##9", "is", "a", "chemoat", "tract", "##ant", "for", "cxcr3", "cells", "and", "has", "been", "reported", "as", "an", "activation", "marker", "for", "fr", "##cs", "in", "lymphoid", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "‘", "disease-specific", "’", "fibroblasts", "(", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", ",", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", ")", "did", "not",...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellT...

[ "this", "myof", "ibr", "##oblast", "signature", "included", "contractility", "(", "acta", "##2", ")", ",", "extracellular", "matrix", "(", "ecm", ")", "(", "col", "##3a", "##1", ",", "col", "##5a", "##1", ",", "col", "##8a", "##1", ",", "postn", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "additionally", "expressed", "immune-related", "genes", "such", "as", "interleukin", "##s", "(", "il1", "##1", "and", "il2", "##4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "cxcl", "##5", ",", "cxc...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "jak", "–", "stat", "and", "hypoxic", "signaling", "genes", "were", "also", "elevated", "(", "fig", ".", "3h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "a", "higher", "expression", "of", "ecm", "and", "tgfβ", "signaling", "genes", ",", "...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "expression", "of", "f", "_", "fascia", "-", "associated", "genes", "(", "fig", ".", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "overall", ",", "our", "results", "indicate", "that", "healthy", "fibroblasts", "can", "acquire", "a", "regenerative", "phenotype", "in", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "(", "crab", "##p1", "cyp2", "##7b", "##1", ")", ",", "a", "distinc", "t", "pol...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "...

[ "we", "next", "lever", "##aged", "the", "diverse", "clinical", "profiles", "of", "skin", "diseases", "to", "assess", "whether", "fibroblast", "subtypes", "provide", "molecular", "insights", "into", "disease", "endotypes", "with", "respect", "to", "scarring", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "assigned", "the", "23", "skin", "diseases", "into", "three", "clinically", "determined", "risk", "of", "scarring", "groups", ":", "low", "scarring", "risk", ",", "moderate", "scarring", "risk", ",", "and", "established", "scarring", "/", "fibrosis", "("...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "excluded", "neurofibrom", "##a", "from", "this", "analysis", "as", "it", "was", "the", "only", "case", "of", "benign", "neoplasia", ",", "consisting", "primarily", "of", "f5", ":", "schwann", "-", "like", "and", "f2", "/", "3", ":", "perivascular", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "we", "identified", "distinc", "t", "fibroblast", "compositions", "for", "each", "scarring", "risk", "category", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "low", "scarring", "risk", "diseases", "were", "characterized", "by", "a", "high", "prevalence", "of", "f1", ":", "superficial", "(", "crab", "##p", "cyp2", "##7b", "##1", ")", "and", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "(", "cxcl", "##9"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "this", "finding", "agrees", "with", "the", "regenerative", "-", "associated", "gene", "profile", "of", "disease-associated", "f1", ":", "superficial", "fibroblasts", "and", "a", "role", "for", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "in", "maintai...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "diseases", "with", "scarring", "risk", "were", "characterized", "by", "a", "uniquely", "high", "prevalence", "of", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", ",", "which", "was", "not", "observed", "in", "low", "scarring", "risk", "or", "e...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "observed", "at", "a", "similar", "prevalence", "in", "diseases", "with", "scarring", "risk", "and", "established", "fibrosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "data", "point", "toward", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblast", "as", "a", "population", "influencing", "scarring", "risk", ",", "but", "which", "are", "largely", "absent", "in", "established", "fibrosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f", "##8", ":", "fascia", "-", "like", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "also", "elevated", "in", "established", "fibrosis", "but", "were", "predominantly", "observed", "in", "dup", "##uy", "##tre", "##n", "contract", "##ure", ",", "a", "fibro", "##proli...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-...

[ "we", "used", "two", "further", "approaches", "to", "demonstrate", "the", "role", "for", "distinc", "t", "fibroblast", "subtypes", "predicting", "scarring", "risk", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "trained", "a", "random", "forest", "classifier", "and", "identified", "that", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "the", "most", "important", "fibroblas...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O",...

[ "second", ",", "we", "profiled", "a", "well", "-", "recognized", "myof", "ibr", "##oblast", "marker", "(", "lrr", "##c1", "##5", ")", "at", "the", "protein", "level", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lrr", "##c1", "##5", "was", "evident", "in", "inflammation", "with", "scarring", "risk", "(", "inflamed", "hid", "##rad", "##eni", "##tis", "supp", "##ura", "##tiv", "##a", "skin", ")", "but", "not", "in", "nonin", "##fl", "##amed", "skin", "or", "inflame...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissu...

[ "having", "established", "that", "disease-associated", "fibroblasts", "are", "enriched", "in", "distinc", "t", "scarring", "categories", ",", "we", "next", "used", "spatial", "transcriptomic", "##s", "to", "validate", "these", "fibroblast", "populations", "in", "dis...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "in", "keeping", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "(", "fig", ".", "4a", ")", ",", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "fibroblasts", "were", "expanded", "in", "inflamed", "atopic", "dermatitis", "skin", "(", "low", "risk", ")", ",", "with...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "we", "localized", "the", "f3", ":", "fr", "##c", "-", "like", "population", "to", "the", "superficial", "perivascular", "immune", "niche", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "which", "we", "further", "validated", "using", "10x", "vis", "##ium", "data", "(...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "in", "melanoma", "(", "scarring", "risk", ")", ",", "aside", "from", "f1", ",", "the", "entire", "stroma", "comprised", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "and", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "(", "fig", ".", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "showed", "a", "matrix", "-", "producing", "phenotype", "(", "col", "##1a1", ",", "col", "##3a", "##1", "and", "postn", ")", "that", "characterizes", "myof", "ibr", "##oblastic", "cancer", "-", "associated", "fi...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B...

[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "demonstrated", "high", "expression", "of", "inflammatory", "caf", "(", "ica", "##f", ")", "marker", "genes", "(", "mmp", "##1", ",", "mmp", "##3", ",", "cxcl", "##8", "and", "il2", "##4", ")",...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "finally", ",", "to", "complement", "our", "analysis", "of", "fibroblast", "proportions", "by", "disease", ",", "we", "assessed", "transcriptomic", "variability", "of", "disease-associated", "fibroblast", "subtypes", "by", "calculating", "gene", "module", "scores", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "the", "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblast", "signature", "score", "was", "highest", "in", "hid", "##rad", "##eni", "##tis", "supp", "##ura", "##tiv", "##a", ",", "acne", "and", "keratin", "##ocytic", "skin", "cancers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "overall", ",", "our", "findings", "support", "distinc", "t", "stromal", "composition", "in", "skin", "diseases", "associated", "with", "differential", "scarring", "risk", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "f", "##6", ":", "inflammatory", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "observed", "in", "diseases", "with", "scarring", "risk", "but", "relatively", "infrequently", "observed", "in", "established", "fibrosis", ",", "raising", "the", "possibility", "that", "they", ...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-Ce...

[ "the", "differentiation", "process", "of", "healthy", "fibroblasts", "into", "myof", "ibr", "##oblasts", "remains", "poorly", "understood", "in", "human", "tissues", "despite", "its", "clinical", "relevance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "fibroblasts", "are", "tissue", "resident", ",", "and", "thus", "intermediate", "states", "of", "myof", "ibr", "##oblast", "differentiation", "are", "likely", "to", "be", "captured", "in", "the", "molecular", "snapshot", "##s", "of", "skin", "diseases", "analyze...

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "therefore", "performed", "trajectory", "analysis", "of", "fibroblasts", "in", "diseased", "skin", "to", "gain", "further", "insights", "into", "myof", "ibr", "##oblast", "differentiation", ",", "before", "utilizing", "time", "-", "resolved", "human", "wound...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "included", "all", "fibroblast", "subtypes", "in", "a", "partition", "-", "based", "graph", "abstraction", "(", "pag", "##a", ")", "analysis", "(", "extended", "data", "fig", ".", "7a", ")", ",", "and", "then", "focused", "further", "analyse...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", ...

[ "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "were", "a", "terminally", "differentiated", "myof", "ibr", "##oblast", "state", "(", "fig", ".", "5a", "–", "c", ")", ",", "consistent", "with", "their", "presence", "in", "established", "fibrosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "observed", "two", "potential", "sources", "for", "f", "##7", ":", "myof", "ibr", "##oblasts", "in", "skin", "across", "analyses", "(", "fig", ".", "5b", ",", "c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "7b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]