OTAR3088/CeLLaTe_IOB_all-V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 311	tags listlengths 2 311
[ "Our", "previous", "studies", "have", "uncovered", "that", "miR-141", "was", "down-regulated", "in", "glioblastoma", "and", "was", "able", "to", "suppress", "cell", "proliferation", "by", "directly", "targeting", "MYT1L", ",", "implicating", "an", "oncogenic", "ro...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "MYT1L", "is", "predominantly", "expressed", "in", "human", "brains", ",", "in", "particular", "fetal", "brains", "[", "32", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Purification", "of", "the", "cembran", "pine", "raw", "bark", "extract", "resulted", "in", "the", "isolation", "of", "two", "stilbene", "glycosides", ",", "namely", "resveratroloside", "(", "1", ")", "and", "pinostilbenoside", "(", "2", ")", ",", "the", "st...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "Figure", " ", "S6", ",", "the", "∗p", "value", "was", "No", "statistical", "methods", "were", "used", "to", "pre-determine", "strategies", "for", "randomization", "and/or", "stratification", ",", "population", "size", ",", "inclusion", "and", "exclusion"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Most", "act", "as", "scaffolds", "that", "associate", "with", "other", "transcriptional", "activators", "or", "repressors", "to", "control", "HIV", "gene", "expression", "[", "35–39,58–60", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Previous", "studies", "have", "reported", "similar", "synergistic", "interactions", "in", "pine", "bark", "extracts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "HIF-1", "is", "induced", "by", "hypoxia", "in", "cancer", "cells,42", "and", "in", "normoxia", ",", "it", "is", "not", "usually", "observed", "or", "only", "basal", "expression", "can", "be", "observed.43,44", "In", "this", "study", ",", "experiments", "sho...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "c", "Luciferase", "activity", "was", "measured", "in", "NH1", "cells", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "each", "sgRNA", "and", "control", "sgRNA", "(", "sgGal4", ")", ",", "which", "expresses", "the", "Cas9", "in", "the", "presence", "of"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "Flow", "cytometry", "analysis", "revealed", "G0/G1", "cell", "cycle", "arrest", ",", "significantly", "hindering", "progression", "through", "the", "S", "and", "G2/M", "phases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "suggests", "that", "P-TEFb", "can", "be", "recruited", "to", "proviral", "integration", "sites", "in", "a", "Tat", "and", "SEC-independent", "manner", "upon", "PMA", "or", "JQ1", "treatment", ",", "potentially", "through", "a", "transcription", "factor"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Recruitment", "of", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", "is", "a", "highly", "regulated", "process", "mediated", "by", "several", "cellular", "complexes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Unlike", "NG", "MIO-M1cells", ",", "HG", "MIO-M1", "cells", "exposed", "to", "the", "same", "glucose", "treatments", "do", "not", "show", "variations", "in", "SOX2", "expression", "." ]	[ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Such", "extracts", "are", "Pycnogenol", "®", ",", "Flavangenol", "®", ",", "and", "Oligopin", "®", "derived", "from", "Pinus", "pinaster", "Ait", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Phosphatidylethanolamine", "(", "PE", ")", ",", "also", "known", "as", "cephalin", ",", "is", "the", "most", "abundant", "lipid", "in", "the", "cytoplasmic", "layer", "of", "cell", "membranes", "and", "is", "involved", "in", "cellular", "processes", "such", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "important", "strategy", "in", "cancer", "therapy", "is", "the", "induction", "of", "cell", "cycle", "arrest", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "present", "study", ",", "we", "noted", "that", "MYT1L", "was", "up-regulated", "in", "the", "SH-SY5Y", "cell", "line", "at", "both", "mRNA", "and", "protein", "levels", "(", "Figure", "3A", ",", "B", ")", ",", "while", "in", "its", "paren...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", ...
[ "No", "statistical", "methods", "were", "used", "to", "pre-determine", "strategies", "for", "randomization", "and/or", "stratification", ",", "population", "size", ",", "inclusion", "and", "exclusion", "of", "any", "data", "or", "subjects", ",", "or", "whether", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Whether", "the", "non-canonical", "NFKB", "pathway", "is", "more", "functional", "in", "certain", "memory", "CD4", "+", "T", " ", "cell", "subsets", "remains", "to", "be", "fully", "elucidated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "our", "study", ",", "the", "A.", "incana", "DCM", "fraction", "significantly", "upregulated", "Bax", "and", "p53", "while", "downregulating", "Bcl-2", ",", "resulting", "in", "an", "elevated", "Bax/Bcl-2", "ratio", ",", "a", "key", "indicator", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Moreover", ",", "the", "enforced", "expression", "of", "MYT1L", "resulted", "in", "the", "sustained", "activation", "of", "the", "AKT", "pathway", "in", "all", "three", "cell", "lines", "examined", "(", "Figure", "1", "K", "and", "Figure", "2I", ")", "." ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dCas9", "-", "3", " ", "×", " ", "Flag/sgRNAs", "complex", "was", "added", "to", "the", "sheared", "DNA", "and", "incubated", "at", "4", " ", "°", "C", "overnight", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "protective", "ACE2/angiotensin", "(1", "-", "7)/MAS1", "signaling", "cascade", "is", "upregulated", "during", "acute", "and", "chronic", "diseases", "of", "the", "heart", "or", "kidney", "to", "counteract", "detrimental", "processes", "(", "43,44", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "study", ",", "we", "investigated", "how", "IFN-γ-induced", "STAT1", "phosphorylation", "leads", "to", "PD-L1", "upregulation", "in", "A549", "cells", "and", "explored", "the", "potential", "of", "curcumin", ",", "a", "bioactive", "polyphenol", "wi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "The", "pro-apoptotic", "effects", "of", "conifer", "bark", "extracts", "were", "found", "to", "be", "mediated", "by", "activation", "of", "caspase-9", "and", "-3", ",", "up-regulation", "of", "the", "pro-apoptotic", "protein", "Bax", ",", "and", "down-regulatio...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "this", "remains", "unclear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", ")", "sgRNAs", "targeting", "the", "LTR", "were", "complex", "formation", "with", "dCas9", "-", "3", " ", "×", " ", "Flag", ";", "(", "2", ")", "Crosslinking", "of", "proteins", "bound", "to", "the", "LTR", ";", "(", "3", ")", "dCas9", "-", "3...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "\n", "Source", "paper", ":", "PMC11699618" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CYTOR", "directly", "binds", "the", "HIV", "promoter", "and", "recruits", "the", "elongation", "transcription", "machinery", "to", "enhance", "RNAPII", "CTD", "phosphorylation", "and", "deposition", "of", "active", "histone", "markers", "around", "the", "HIV", "p...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interestingly", ",", "CDK6", "was", "down-regulated", "in", "M059J", "cells", "in", "response", "to", "MYT1L", "(", "Figure", "2I", ")", ",", "which", "may", "play", "a", "role", "in", "a", "G1", "cell", "cycle", "arrest", "(", "Figure", "2", "G", ")"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "One-way", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "followed", "by", "Tukey", "’s", "post-hoc", "test", "was", "used", "to", "compare", "multiple", "groups", ",", "and", "an", "unpaired", "Student", "’s", "t-test", "was", "used", "for", "pairwise", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "NG", "MIO-M1", "cells", "have", "the", "capacity", "to", "modulate", "this", "gene", "when", "exposed", "to", "sustained", "high-glucose", "and", "GF", "treatments", ",", "exhibiting", "a", "consistent", "upregulation", "of", "SOX2", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "percentage", "of", "cells", "in", "each", "quadrant", "was", "calculated", "to", "assess", "the", "extent", "of", "apoptosis", "and", "necrosis", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "DNA-PK/MYT1L-CXCR1-ERK1/2", "proliferative", "signaling", "loop", "we", "proposed", "here", "was", "primarily", "based", "on", "data", "obtained", "from", "glioblastoma", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "both", "compounds", "(", "25", "μg/mL", ")", "induced", "cell", "cycle", "arrest", "at", "the", "S", "phase", ",", "indicating", "a", "blockage", "of", "DNA", "replication", "[", "60", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "the", "BET", "bromodomain", "inhibitor", "JQ1", "showed", "minimal", "reactivation", "activity", "in", "our", "patient", "PBMCs", ",", "even", "in", "the", "presence", "of", "KL-2", ",", "in", "contrast", "to", "our", "cell", "line", "data",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ]
[ "Source", "data", "are", "provided", "as", "a", "Source", "Data", "file", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Future", "studies", "will", "further", "identify", "the", "downstream", "targets", "of", "CYTOR", "that", "control", "actin", "dynamics", "upon", "T-cell", "activation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "As", "this", "is", "a", "limitation", "of", "the", "current", "study", ",", "we", "are", "trying", "to", "adopt", "a", "recently", "developed", "gene", "editing", "approach", "to", "lncRNAs", "to", "deplete", "CYTOR", "in", "this", "unique", "cell", "popu...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "PCYT2", "expression", "was", "significantly", "reduced", "in", "invasive", "human", "metastatic", "colon", "cancer", "cells", "compared", "to", "that", "in", "primary", "tumor", "cells", "[", "17", "]", ",", "and", "previous", "studies", "have", "shown", "tha...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "CYTOR", "is", "recruited", "to", "the", "HIV", "promoter", "and", "binds", "to", "P-TEFb", ",", "leading", "to", "the", "activation", "of", "viral", "gene", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "finding", "is", "particularly", "relevant", "in", "the", "context", "of", "NSCLC", ",", "where", "high", "PD-L1", "expression", "correlates", "with", "poor", "prognosis", "and", "resistance", "to", "immunotherapy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Within", "the", "infected", "T", "cells", ",", "gene", "transcription", "of", "the", "integrated", "provirus", "and", "the", "host", "genome", "are", "synchronized", "[", "20,21", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "Schematic", "of", "dCas9-targeted", "proteome", "analysis", "workflow", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "previous", "studies", "have", "uncovered", "that", "miR-141", "was", "down-regulated", "in", "glioblastoma", "and", "was", "able", "to", "suppress", "cell", "proliferation", "by", "directly", "targeting", "MYT1L", ",", "implicating", "an", "oncogenic", "ro...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "MYT1L", "is", "predominantly", "expressed", "in", "human", "brains", ",", "in", "particular", "fetal", "brains", "[", "32", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Purification", "of", "the", "cembran", "pine", "raw", "bark", "extract", "resulted", "in", "the", "isolation", "of", "two", "stilbene", "glycosides", ",", "namely", "resveratroloside", "(", "1", ")", "and", "pinostilbenoside", "(", "2", ")", ",", "the", "st...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "Figure", " ", "S6", ",", "the", "∗p", "value", "was", "No", "statistical", "methods", "were", "used", "to", "pre-determine", "strategies", "for", "randomization", "and/or", "stratification", ",", "population", "size", ",", "inclusion", "and", "exclusion"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Most", "act", "as", "scaffolds", "that", "associate", "with", "other", "transcriptional", "activators", "or", "repressors", "to", "control", "HIV", "gene", "expression", "[", "35–39,58–60", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Previous", "studies", "have", "reported", "similar", "synergistic", "interactions", "in", "pine", "bark", "extracts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "HIF-1", "is", "induced", "by", "hypoxia", "in", "cancer", "cells,42", "and", "in", "normoxia", ",", "it", "is", "not", "usually", "observed", "or", "only", "basal", "expression", "can", "be", "observed.43,44", "In", "this", "study", ",", "experiments", "sho...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "c", "Luciferase", "activity", "was", "measured", "in", "NH1", "cells", "transfected", "with", "a", "plasmid", "encoding", "each", "sgRNA", "and", "control", "sgRNA", "(", "sgGal4", ")", ",", "which", "expresses", "the", "Cas9", "in", "the", "presence", "of"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "Flow", "cytometry", "analysis", "revealed", "G0/G1", "cell", "cycle", "arrest", ",", "significantly", "hindering", "progression", "through", "the", "S", "and", "G2/M", "phases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "suggests", "that", "P-TEFb", "can", "be", "recruited", "to", "proviral", "integration", "sites", "in", "a", "Tat", "and", "SEC-independent", "manner", "upon", "PMA", "or", "JQ1", "treatment", ",", "potentially", "through", "a", "transcription", "factor"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Recruitment", "of", "P-TEFb", "to", "sites", "of", "nascent", "transcription", "is", "a", "highly", "regulated", "process", "mediated", "by", "several", "cellular", "complexes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Unlike", "NG", "MIO-M1cells", ",", "HG", "MIO-M1", "cells", "exposed", "to", "the", "same", "glucose", "treatments", "do", "not", "show", "variations", "in", "SOX2", "expression", "." ]

[ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Such", "extracts", "are", "Pycnogenol", "®", ",", "Flavangenol", "®", ",", "and", "Oligopin", "®", "derived", "from", "Pinus", "pinaster", "Ait", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Phosphatidylethanolamine", "(", "PE", ")", ",", "also", "known", "as", "cephalin", ",", "is", "the", "most", "abundant", "lipid", "in", "the", "cytoplasmic", "layer", "of", "cell", "membranes", "and", "is", "involved", "in", "cellular", "processes", "such", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "important", "strategy", "in", "cancer", "therapy", "is", "the", "induction", "of", "cell", "cycle", "arrest", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "present", "study", ",", "we", "noted", "that", "MYT1L", "was", "up-regulated", "in", "the", "SH-SY5Y", "cell", "line", "at", "both", "mRNA", "and", "protein", "levels", "(", "Figure", "3A", ",", "B", ")", ",", "while", "in", "its", "paren...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", ...

[ "No", "statistical", "methods", "were", "used", "to", "pre-determine", "strategies", "for", "randomization", "and/or", "stratification", ",", "population", "size", ",", "inclusion", "and", "exclusion", "of", "any", "data", "or", "subjects", ",", "or", "whether", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whether", "the", "non-canonical", "NFKB", "pathway", "is", "more", "functional", "in", "certain", "memory", "CD4", "+", "T", " ", "cell", "subsets", "remains", "to", "be", "fully", "elucidated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "our", "study", ",", "the", "A.", "incana", "DCM", "fraction", "significantly", "upregulated", "Bax", "and", "p53", "while", "downregulating", "Bcl-2", ",", "resulting", "in", "an", "elevated", "Bax/Bcl-2", "ratio", ",", "a", "key", "indicator", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Moreover", ",", "the", "enforced", "expression", "of", "MYT1L", "resulted", "in", "the", "sustained", "activation", "of", "the", "AKT", "pathway", "in", "all", "three", "cell", "lines", "examined", "(", "Figure", "1", "K", "and", "Figure", "2I", ")", "." ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dCas9", "-", "3", " ", "×", " ", "Flag/sgRNAs", "complex", "was", "added", "to", "the", "sheared", "DNA", "and", "incubated", "at", "4", " ", "°", "C", "overnight", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "protective", "ACE2/angiotensin", "(1", "-", "7)/MAS1", "signaling", "cascade", "is", "upregulated", "during", "acute", "and", "chronic", "diseases", "of", "the", "heart", "or", "kidney", "to", "counteract", "detrimental", "processes", "(", "43,44", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "we", "investigated", "how", "IFN-γ-induced", "STAT1", "phosphorylation", "leads", "to", "PD-L1", "upregulation", "in", "A549", "cells", "and", "explored", "the", "potential", "of", "curcumin", ",", "a", "bioactive", "polyphenol", "wi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "The", "pro-apoptotic", "effects", "of", "conifer", "bark", "extracts", "were", "found", "to", "be", "mediated", "by", "activation", "of", "caspase-9", "and", "-3", ",", "up-regulation", "of", "the", "pro-apoptotic", "protein", "Bax", ",", "and", "down-regulatio...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "this", "remains", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", ")", "sgRNAs", "targeting", "the", "LTR", "were", "complex", "formation", "with", "dCas9", "-", "3", " ", "×", " ", "Flag", ";", "(", "2", ")", "Crosslinking", "of", "proteins", "bound", "to", "the", "LTR", ";", "(", "3", ")", "dCas9", "-", "3...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "\n", "Source", "paper", ":", "PMC11699618" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CYTOR", "directly", "binds", "the", "HIV", "promoter", "and", "recruits", "the", "elongation", "transcription", "machinery", "to", "enhance", "RNAPII", "CTD", "phosphorylation", "and", "deposition", "of", "active", "histone", "markers", "around", "the", "HIV", "p...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "CDK6", "was", "down-regulated", "in", "M059J", "cells", "in", "response", "to", "MYT1L", "(", "Figure", "2I", ")", ",", "which", "may", "play", "a", "role", "in", "a", "G1", "cell", "cycle", "arrest", "(", "Figure", "2", "G", ")"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "One-way", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "followed", "by", "Tukey", "’s", "post-hoc", "test", "was", "used", "to", "compare", "multiple", "groups", ",", "and", "an", "unpaired", "Student", "’s", "t-test", "was", "used", "for", "pairwise", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "NG", "MIO-M1", "cells", "have", "the", "capacity", "to", "modulate", "this", "gene", "when", "exposed", "to", "sustained", "high-glucose", "and", "GF", "treatments", ",", "exhibiting", "a", "consistent", "upregulation", "of", "SOX2", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "percentage", "of", "cells", "in", "each", "quadrant", "was", "calculated", "to", "assess", "the", "extent", "of", "apoptosis", "and", "necrosis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "DNA-PK/MYT1L-CXCR1-ERK1/2", "proliferative", "signaling", "loop", "we", "proposed", "here", "was", "primarily", "based", "on", "data", "obtained", "from", "glioblastoma", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "both", "compounds", "(", "25", "μg/mL", ")", "induced", "cell", "cycle", "arrest", "at", "the", "S", "phase", ",", "indicating", "a", "blockage", "of", "DNA", "replication", "[", "60", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "the", "BET", "bromodomain", "inhibitor", "JQ1", "showed", "minimal", "reactivation", "activity", "in", "our", "patient", "PBMCs", ",", "even", "in", "the", "presence", "of", "KL-2", ",", "in", "contrast", "to", "our", "cell", "line", "data",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ]

[ "Source", "data", "are", "provided", "as", "a", "Source", "Data", "file", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Future", "studies", "will", "further", "identify", "the", "downstream", "targets", "of", "CYTOR", "that", "control", "actin", "dynamics", "upon", "T-cell", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "As", "this", "is", "a", "limitation", "of", "the", "current", "study", ",", "we", "are", "trying", "to", "adopt", "a", "recently", "developed", "gene", "editing", "approach", "to", "lncRNAs", "to", "deplete", "CYTOR", "in", "this", "unique", "cell", "popu...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "PCYT2", "expression", "was", "significantly", "reduced", "in", "invasive", "human", "metastatic", "colon", "cancer", "cells", "compared", "to", "that", "in", "primary", "tumor", "cells", "[", "17", "]", ",", "and", "previous", "studies", "have", "shown", "tha...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "CYTOR", "is", "recruited", "to", "the", "HIV", "promoter", "and", "binds", "to", "P-TEFb", ",", "leading", "to", "the", "activation", "of", "viral", "gene", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "finding", "is", "particularly", "relevant", "in", "the", "context", "of", "NSCLC", ",", "where", "high", "PD-L1", "expression", "correlates", "with", "poor", "prognosis", "and", "resistance", "to", "immunotherapy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Within", "the", "infected", "T", "cells", ",", "gene", "transcription", "of", "the", "integrated", "provirus", "and", "the", "host", "genome", "are", "synchronized", "[", "20,21", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "Schematic", "of", "dCas9-targeted", "proteome", "analysis", "workflow", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]