OTAR3088/CellFinder_ner_all-V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 357	tags listlengths 0 357
[ "GO", "categories", "are", "ordered", "from", "top", "to", "bottom", "in", "order", "of", "decreasingly", "significant", "bias", "toward", "enriched", "genes.(A", ")", "GO", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "hESCs.(B", ")", "GO", "analysis", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "To", "summarize", ",", "firstly", "immunohistochemical", "and", "RT-PCR", "evidence", "validated", "that", "the", "cells", "exhibited", "expected", "characteristics", ";", "secondly", ",", "stage-specific", "marker", "gene", "differences", "by", "RT-PCR", "were", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Description", "of", "the", "Regression-Based", "Exon", "Array", "ProtocolConvinced", "that", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", "reflected", "expected", "molecular", "and", "biological", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "compared", "Cyt-ES", "to", "hCNS-SCns", "to", "illustrate", "our", "approach", "." ]	[ "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", "we", "normalized", "the", "data", "and", "generated", "signal", "estimates", "with", "Robust", "Multichip", "Analysis", "(", "RMA", ")", "and", "estimated", "the", "probability", "that", "each", "probeset", "was", "detected", "above", "background", "("...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "analyzed", "probesets", "that", "(", "i", ")", "comprised", "three", "or", "more", "individual", "probes", ";", "(", "ii", ")", "were", "localized", "within", "the", "exons", "of", "our", "gene", "models", "with", "evidence", "from", "at", "least", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "total", ",", "17,430", "gene", "models", "were", "represented", "by", "probesets", "that", "satisfied", "these", "criteria", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", "we", "asked", "whether", "the", "probeset", "expression", "within", "each", "gene", "model", "was", "positively", "correlated", "for", "any", "two", "cell", "lines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "do", "this", "we", "calculated", "the", "Pearson", "correlation", "coefficient", "between", "the", "vectors", "of", "median", "signal", "estimates", "across", "replicates", "in", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "The", "vast", "majority", "of", "genes", "(", ">", "80", "%", ")", "was", "found", "to", "have", "probeset-level", "Pearson", "correlation", "coefficients", "of", "greater", "than", "0.8", "(", "Figure", "3A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", "we", "randomly", "permuted", "the", "association", "between", "the", "median", "signal", "estimates", "and", "the", "probesets", "for", "each", "gene", "in", "hESCs", "(", "or", "hCNS-SCns", ")", "and", "observed", "that", "the", "distribution", "of",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "This", "indicated", "that", "the", "signal", "estimates", "for", "probesets", "between", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "were", "highly", "correlated", "and", "suggested", "that", "a", "scatter", "plot", "of", "probeset", "signal", "estimates", "between", "hESCs", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "hypothesized", "that", "a", "linear", "regression", "to", "determine", "if", "some", "probesets", "behaved", "unexpectedly", "in", "one", "cell", "type", "compared", "to", "the", "other", "might", "be", "a", "reasonable", "approach", "to", "identify", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Figure", "3Description", "of", "the", "REAP", "Algorithm", "Comparing", "Exon", "Array", "Signal", "Estimates", "from", "hCNS-SCns", "and", "Cyt-ES(A", ")", "Histogram", "of", "Pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "median", "signal", "estima...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Genes", "were", "required", "to", "have", "more", "than", "five", "probesets", "localized", "within", "the", "exons", "in", "the", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Red", "bars", "represented", "Pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "exons", "with", "shuffled", "signal", "estimates.(B", ")", "Each", "probeset", "contained", "probeset-level", "estimates", "from", "three", "replicates", "each", ",", "(", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType",...
[ "The", "five", "points", "summarizing", "the", "log2", "probeset-level", "estimates", "are", "indicated", "by", "black", "filled", "circles.(C", ")", "Each", "probeset", "was", "summarized", "by", "five", "points", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Scatter", "plots", "of", "signal", "estimates", "for", "probesets", "that", "were", "present", "in", "at", "least", "one", "cell", "type", "(", "Cyt-ES", "or", "hCNS-SCns", ")", "for", "the", "EHBP1", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Probesets", "were", "considered", "present", "if", "the", "DABG", "p-value", "was", "<", "0.05", "for", "all", "three", "replicates", "in", "the", "cell", "type", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "regression", "line", "derived", "from", "robust", "linear", "regression", "with", "MM", "estimation", "is", "indicated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Points", "above", "the", "line", "represent", "probesets", "within", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "Cyt-ES", "and", "points", "below", "represent", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Points", "close", "to", "the", "regression", "line", "are", "not", "significantly", "different", "in", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Boxed", "points", "represented", "the", "five-point", "summary", "of", "a", "probeset", "that", "was", "significantly", "enriched", "in", "Cyt-ES", "but", "was", "skipped", "in", "hCNS-SCns.(D", ")", "Histogram", "of", "studentized", "residuals", "for", "points",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Here", ",", "a", "possible", "representation", "of", "the", "data", "was", "explored", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "If", "we", "had", "N", "replicates", "in", "one", "condition", "and", "M", "replicates", "in", "the", "other", ",", "we", "could", "consider", "N*M", "points", "if", "we", "analyzed", "every", "possible", "pairing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "instance", ",", "three", "replicate", "signal", "estimates", "for", "every", "probeset", "per", "cell", "line", ",", "such", "as", "signal", "estimates", "a", ",", "b", ",", "and", "c", "in", "hESCs", "and", "d", ",", "e", ",", "and", "f", "i...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "Instead", ",", "pairing", "the", "signal", "estimates", "of", "all", "replicates", "in", "one", "condition", "to", "the", "median", "of", "the", "other", "would", "only", "require", "N", "+", "M", "−", "1", "points", "and", "would", "capture", "the", "v...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "we", "considered", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "a", ")", ",", "(", "e", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "c", ")", ",", "and", "(", "f", ",", "b", ")", "points", "where", "b", "and", "d", "were...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "A", "scatter", "plot", "of", "all", "probesets", "of", "the", "EHBP1", "(", "EH", "domain", "binding", "protein", ",", "RefSeq", "identifier", "NM_015252", ")", "is", "shown", "in", "Figure", "3C", "in", "the", "format", "described", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "probeset", "was", "represented", "by", "5", "points", "of", "log-transformed", "(", "base", "2", ")", "values", ";", "and", "each", "point", "on", "the", "scatter", "plot", "reflected", "the", "extent", "of", "inclusion", "of", "an", "exon", "in",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "However", ",", "classical", "linear", "regression", "by", "least-squares", "estimation", "is", "biased", "because", "the", "least", "squares", "predictions", "are", "strongly", "influenced", "by", "the", "outliers", ",", "leading", "to", "completely", "incorrect", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "we", "applied", "M-estimation", "robust", "regression", "to", "estimate", "the", "line", ",", "which", "is", "less", "sensitive", "to", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Fitting", "was", "performed", "using", "an", "iterated", ",", "re-weighted", "least", "squares", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "assumption", "was", "that", "most", "of", "the", "points", "were", "“", "correct", ",", "”", "i.e.", ",", "that", "most", "of", "the", "exons", "were", "constitutively", "spliced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "robust", "regression", "would", "find", "the", "line", "that", "was", "least", "dependent", "on", "outliers", ",", "which", "would", "be", "potential", "AS", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "assumption", "was", "substantiated", "by", "our", "observation", "that", ",", "using", "publicly", "available", "ESTs", "and", "mRNAs", ",", "a", "minority", "of", "human", "exons", "(", "7", "%", ")", "have", "evidence", "for", "exon-skipping", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Using", "robust", "regression", ",", "the", "regression", "line", "for", "Cyt-ESC", "versus", "hCNS-SCns", "in", "the", "EHBP1", "gene", "is", "illustrated", "in", "Figure", "3C", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "boxed", "points", "belonged", "to", "a", "probeset", "that", "was", "enriched", "in", "hESCs", "but", "depleted", "in", "hCNS-SCns", ",", "which", "was", "suspected", "to", "be", "due", "to", "AS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "difference", "between", "the", "actual", "and", "regression-based", "predicted", "value", ",", "normalized", "by", "the", "estimate", "of", "its", "standard", "deviation", ",", "is", "called", "the", "studentized", "residuals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Studentized", "residuals", "were", "computed", "for", "all", "probeset", "pairs", "in", "EHBP1", ",", "and", "the", "histogram", "depicting", "their", "distribution", "is", "illustrated", "in", "Figure", "3D", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "expected", ",", "the", "mean", "of", "the", "distribution", "was", "close", "to", "zero", ",", "and", "the", "distribution", "was", "approximated", "by", "a", "t-distribution", "with", "n-p-1", "degrees", "of", "freedom", ",", "where", "n", "was", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "boxed", "points", "had", "studentized", "residuals", "of", "1.829", ",", "3.104", ",", "2.634", ",", "3.012", ",", "and", "2.125", "with", "p-values", "of", "0.034", ",", "0.00119", ",", "0.00477", ",", "0.00158", ",", "and", "0.01780", ",", "res...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "a", "stringent", "p-value", "cutoff", "of", "0.01", ",", "four", "of", "the", "five", "studentized", "residuals", "were", "designated", "as", "significant", "“", "outliers", ",", "”", "indicating", "that", "the", "probeset", "was", "“", "unusual", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "RT-PCR", "confirmed", "that", "the", "exon", ",", "represented", "by", "the", "probeset", ",", "was", "indeed", "differentially", "included", "in", "hESCs", "and", "skipped", "in", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Applying", "this", "approach", "to", "all", "gene", "models", "revealed", "that", ",", "as", "expected", ",", "the", "majority", "of", "studentized", "residuals", "are", "centered", "at", "zero", "(", "Figure", "3E", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", "far", "in", "the", "example", ",", "our", "analysis", "was", "based", "on", "regression", "of", "hESCs", "(", "y-axis", ")", "versus", "hCNS-SCns", "(", "x-axis", ")", "(", "Figure", "3B–3D", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "robust", "regression", "as", "described", "was", "not", "symmetrical", ",", "i.e.", ",", "parameter", "estimation", "of", "y", "as", "a", "function", "of", "x", "was", "not", "the", "same", "as", "that", "of", "x", "as", "a", "function",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", ...
[ "As", "our", "method", "for", "predicting", "candidate", "alternative", "exons", "was", "based", "on", "identification", "of", "outliers", "using", "robust", "regression", ",", "we", "named", "the", "method", "REAP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Identification", "and", "Removal", "of", "False", "PositivesIn", "the", "process", "of", "experimentally", "validating", "our", "predictions", ",", "we", "encountered", "three", "main", "sources", "of", "false", "positives", "(", "FP", ")", "from", "robust", "r...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", ",", "we", "identified", "genes", "with", "probeset", "signal", "estimates", "that", "were", "poorly", "correlated", "and", "were", "not", "amenable", "to", "our", "method", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "an", "example", ",", "the", "median", "probeset", "signal", "estimates", "in", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "of", "the", "FIP1L1", "gene", "(", "gene", "identifiers", "BC011543", ",", "AL136910", ")", "had", "a", "Pearson", "correlation", "coefficient",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "To", "avoid", "inappropriate", "application", "of", "REAP", "and", "generating", "false", "predictions", ",", "we", "empirically", "determined", "that", "a", "gene", "had", "to", "have", "a", "Pearson", "correlation", "coefficient", "cutoff", "of", "0.6", "befo...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", ",", "we", "managed", "two", "additional", "sources", "of", "FPs", ",", "namely", "“", "high-leverage", "”", "and", "“", "high-influence", "”", "points", ",", "which", "we", "were", "able", "to", "identify", "by", "computing", "the", "following", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "every", "point", ",", "we", "computed", "(", "i", ")", "the", "studentized", "residual", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "influence", ",", "and", "(", "iii", ")", "the", "leverage", "(", "see", "Materials", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Leverage", "assessed", "how", "far", "away", "a", "value", "of", "the", "independent", "variable", "was", "from", "the", "mean", "value", ";", "the", "farther", "away", "the", "observation", "the", "more", "leverage", "it", "had", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "influence", "of", "a", "point", "was", "related", "to", "its", "covariance", "ratio", ":", "a", "covariance", "ratio", "larger", "(", "or", "smaller", ")", "than", "1", "implied", "that", "the", "point", "was", "closer", "(", "or", "farther", ")"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Influence", "was", "computed", "as", "the", "absolute", "difference", "between", "the", "covariance", "ratio", "and", "unity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "illustrate", "further", ",", "a", "point", "was", "classified", "as", "an", "“", "outlier", "”", "if", "it", "had", "a", "large", "studentized", "residual", "(", "p", "<", "0.01", ")", "and", "low", "leverage", "(", "boxed", "point", "“", "a", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Points", "that", "resembled", "boxed", "point", "“", "a", "”", "were", "designated", "as", "potential", "AS", "events", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "four", "of", "the", "five", "boxed", "points", "in", "Figure", "3C", "were", "“", "outliers", ",", "”", "and", "RT-PCR", "validation", "indicated", "that", "the", "exon", "represented", "by", "the", "probeset", "was", "indeed", "ski...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Points", "that", "were", "“", "high-leverage", ",", "”", "such", "as", "the", "five", "points", "in", "the", "CLCN2", "gene", ",", "were", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "FP", "(", "Figure", "4C", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Points", "that", "were", "“", "high-influence", ",", "”", "such", "as", "the", "four", "of", "five", "boxed", "points", "in", "the", "ABCA3", "gene", "were", "also", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "FP", "(", "Figure", "4D", ";", "unpubli...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "conclusion", ",", "in", "order", "to", "reduce", "the", "FP", "rate", ",", "all", "points", "were", "evaluated", "according", "to", "the", "metrics", "described", ",", "and", "points", "that", "were", "significant", "“", "outliers", "”", "were", "co...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Figure", "4Sources", "of", "False", "Positives(A", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "FIP1L1", "gene", "and", "the", "line", "representing", "the", "robust", "regression", "estimate.(B", ")", "Boxed", "point", "“", "a", "”", "represents", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Boxed", "point", "“", "b", "”", "represents", "a", "“", "high", "leverage", "”", "point", "(", "low", "studentized", "residual", "and", "a", "high", "leverage", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Boxed", "point", "“", "c", "”", "represents", "a", "“", "high", "influence", "”", "point", "(", "high", "studentized", "residual", ",", "high", "leverage", ",", "and", "high", "influence).(C", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "CLCN2",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Boxed", "points", "represent", "“", "high", "leverage", "”", "points.(D", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "ABCA3", "gene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Boxed", "points", "represent", "“", "high", "influence", "”", "points", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Global", "Identification", "and", "Characterization", "of", "REAP[+", "]", "ExonsREAP", "was", "applied", "to", "identify", "AS", "events", "in", "NPs", "compared", "to", "hESCs", ":", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", ";", "HUES6-NP", "versus", "HUES6-ES", ";", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellL...
[ "After", "removing", "potential", "FPs", ",", "11,348", "genes", "containing", "158,657", "probesets", "were", "scored", "by", "REAP.As", "described", "above", ",", "for", "each", "pair", "of", "cell", "lines", "compared", ",", "each", "probset", "was", "repre...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Points", "per", "probeset", "should", "be", "correlated", ";", "in", "other", "words", ",", "if", "one", "point", "was", "a", "significant", "outlier", ",", "the", "other", "points", "were", "expected", "to", "be", "outliers", "as", "well", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "ensure", "that", "this", "was", "the", "case", ",", "we", "counted", "the", "number", "of", "probesets", "with", "N", "significant", "outliers", ",", "where", "N", "was", "varied", "from", "0", "to", "5", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", ",", "the", "identity", "of", "the", "probesets", "and", "points", "derived", "from", "them", "were", "exchanged", "with", "other", "probesets", ",", "keeping", "constant", "the", "total", "number", "of", "points", "that", "were", "considered", "signif...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "N", "=", "0", ",", "we", "observed", "approximately", "equal", "numbers", "of", "probesets", "in", "the", "actual", "versus", "shuffled", "controls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "we", "observed", "that", "there", "were", "1.5", "times", "more", "probesets", "with", "N", "=", "2", "significant", "outliers", "relative", "to", "shuffled", "controls", ";", "12–31", "times", "more", "probesets", "with", "N", "=", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "example", ",", "in", "hCNS-SCns", "compared", "to", "Cyt-ES", ",", "approximately", "0.39", "%", "(", "490", "of", "124,604", ")", "of", "probesets", "had", "three", "significant", "outliers", "and", "0.25", "%", "(", "308", "probesets", ")", "had"...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "Figure", "5Correlation", "between", "“", "Outliers”(A", ")", "The", "number", "of", "probesets", "with", "N", "significant", "“", "outliers", "”", "was", "determined", "for", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-ES", ",", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NPs...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", ...
[ "For", "comparison", ",", "points", "to", "probeset", "relationships", "were", "randomly", "permuted", ",", "retaining", "the", "same", "number", "of", "“", "outliers", ".", "”" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Vertical", "bars", "represent", "the", "ratio", "between", "the", "number", "of", "actual", "points", "and", "the", "randomly", "permutated", "sets.(B", ")", "Similar", "to", "(", "A", ")", ",", "except", "points", "were", "counted", "as", "“", "outliers", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine",...
[ "Comparing", "the", "significant", "probesets", "between", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-ES", "and", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "revealed", "672", "significant", "probesets", "(", "N", "≥", "2", ")", ",", "whereas", "if", "we", "shuffled", "the", "associat...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "A", "total", "of", "236", "significant", "probesets", "overlapped", "when", "we", "compared", "the", "derived", "NPs", "to", "hESCs", "(", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", "and", "HUES6-NP", "versus", "HUES6-ES", ")", ",", "relative", "to", "seven", "significant...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Surprisingly", ",", "we", "observed", "that", "the", "majority", "of", "REAP[+", "]", "exons", "were", "specific", "to", "the", "pair", "of", "hESC", "and", "NP", "that", "was", "compared", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "genetic", "origi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "shared", "events", "between", "pairs", "of", "comparisons", "made", "up", "a", "minority", "of", "the", "total", "number", "identified", ":", "102", "REAP[+", "]", "events", "were", "found", "to", "be", "in", "common", "between", "hCNS-SCns", "versus...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", ...
[ "Comparison", "of", "REAP", "to", "EST-Based", "Method", "and", "ACEScanTraditionally", ",", "AS", "exons", "were", "discovered", "by", "using", "EST", "alignments", "to", "genomic", "loci", ",", "and", "also", "more", "recently", "by", "computational", "algorit...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "compared", "REAP", "predictions", "to", "both", "approaches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "first", "comparison", ",", "publicly", "available", "ESTs", "and", "mRNA", "transcripts", "were", "aligned", "to", "the", "human", "genome", "sequence", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "13,934", "exons", "with", "evidence", "for", "exon-skipping", "and/or", "inclusion", "(", "EST-SE", "for", "EST-verified", "skipped", "exons", ")", "were", "generated", ",", "comprising", "∼7", "%", "of", "all", "internal", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", "we", "analyzed", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "If", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probeset", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "6", "%", "(", "4,402", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "(", "after", "probeset", "mapping", ")", "had", "evidence", "for...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Shuffling", "the", "mapping", "between", "these", "probesets", "and", "exons", "resulted", "in", "8", "%", "(", "5,777", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "with", "evidence", "for", "EST-SE", "(", "Figure", "6A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "7", "%", "of", "exons", "with", "EST", "evidence", "for", "AS", "observed", "from", "using", "all", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "By", "raising", "the", "requirement", "that", "probesets", "had", "to", "contain", "at", "least", "one", "significant", "point", "to", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "EST-SE", "increased", "dramatically", "from", "11", "%", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "comparison", ",", "the", "shuffled", "probesets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼8", "%", ",", "rising", "slightly", "to", "11", "%", "at", "five", "points", ",", "due", "to", "small", "sample", "sizes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "trends", "were", "observed", "with", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "and", "the", "derived", "NPs", "versus", "hESCs", "(", "Figure", "6A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Therefore", ",", "we", "concluded", "that", "REAP[+", "]", "exons", "were", "enriched", "for", "AS", "events", "independently", "identified", "by", "a", "transcript-based", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Figure", "6Comparison", "of", "REAP", "Predictions", "for", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-hES", ",", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", ",", "and", "HUES6-NPs", "versus", "HUES6-ES", "with", "Alternative", "Exons", "Identified", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "White-filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "permuted", "probeset", "to", "exon", "mappings.(B", ")", "Black-filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probesets", "with", "N", "sig...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "White-filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "permuted", "probeset", "to", "exon", "mappings", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", ",", "we", "compared", "REAP", "predictions", "to", "a", "computational", "approach", "of", "identifying", "exons", "with", "AS", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", ",", "ACEScan", "[", "55", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ACEScan", "receives", "as", "input", "orthologous", "human", "–", "mouse", "exon", "pairs", "and", "flanking", "intronic", "regions", "and", "computes", "sequence", "features", "and", "integrates", "the", "features", "into", "a", "machine-learning", "algorithm", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GO", "categories", "are", "ordered", "from", "top", "to", "bottom", "in", "order", "of", "decreasingly", "significant", "bias", "toward", "enriched", "genes.(A", ")", "GO", "analysis", "of", "enriched", "genes", "in", "hESCs.(B", ")", "GO", "analysis", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "To", "summarize", ",", "firstly", "immunohistochemical", "and", "RT-PCR", "evidence", "validated", "that", "the", "cells", "exhibited", "expected", "characteristics", ";", "secondly", ",", "stage-specific", "marker", "gene", "differences", "by", "RT-PCR", "were", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Description", "of", "the", "Regression-Based", "Exon", "Array", "ProtocolConvinced", "that", "the", "signal", "estimates", "from", "the", "exon", "arrays", "reflected", "expected", "molecular", "and", "biological", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "compared", "Cyt-ES", "to", "hCNS-SCns", "to", "illustrate", "our", "approach", "." ]

[ "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", "we", "normalized", "the", "data", "and", "generated", "signal", "estimates", "with", "Robust", "Multichip", "Analysis", "(", "RMA", ")", "and", "estimated", "the", "probability", "that", "each", "probeset", "was", "detected", "above", "background", "("...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "analyzed", "probesets", "that", "(", "i", ")", "comprised", "three", "or", "more", "individual", "probes", ";", "(", "ii", ")", "were", "localized", "within", "the", "exons", "of", "our", "gene", "models", "with", "evidence", "from", "at", "least", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "total", ",", "17,430", "gene", "models", "were", "represented", "by", "probesets", "that", "satisfied", "these", "criteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", "we", "asked", "whether", "the", "probeset", "expression", "within", "each", "gene", "model", "was", "positively", "correlated", "for", "any", "two", "cell", "lines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "do", "this", "we", "calculated", "the", "Pearson", "correlation", "coefficient", "between", "the", "vectors", "of", "median", "signal", "estimates", "across", "replicates", "in", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "The", "vast", "majority", "of", "genes", "(", ">", "80", "%", ")", "was", "found", "to", "have", "probeset-level", "Pearson", "correlation", "coefficients", "of", "greater", "than", "0.8", "(", "Figure", "3A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", "we", "randomly", "permuted", "the", "association", "between", "the", "median", "signal", "estimates", "and", "the", "probesets", "for", "each", "gene", "in", "hESCs", "(", "or", "hCNS-SCns", ")", "and", "observed", "that", "the", "distribution", "of",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "This", "indicated", "that", "the", "signal", "estimates", "for", "probesets", "between", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "were", "highly", "correlated", "and", "suggested", "that", "a", "scatter", "plot", "of", "probeset", "signal", "estimates", "between", "hESCs", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "hypothesized", "that", "a", "linear", "regression", "to", "determine", "if", "some", "probesets", "behaved", "unexpectedly", "in", "one", "cell", "type", "compared", "to", "the", "other", "might", "be", "a", "reasonable", "approach", "to", "identify", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Figure", "3Description", "of", "the", "REAP", "Algorithm", "Comparing", "Exon", "Array", "Signal", "Estimates", "from", "hCNS-SCns", "and", "Cyt-ES(A", ")", "Histogram", "of", "Pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "median", "signal", "estima...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genes", "were", "required", "to", "have", "more", "than", "five", "probesets", "localized", "within", "the", "exons", "in", "the", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Red", "bars", "represented", "Pearson", "correlation", "coefficients", "computed", "from", "exons", "with", "shuffled", "signal", "estimates.(B", ")", "Each", "probeset", "contained", "probeset-level", "estimates", "from", "three", "replicates", "each", ",", "(", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType",...

[ "The", "five", "points", "summarizing", "the", "log2", "probeset-level", "estimates", "are", "indicated", "by", "black", "filled", "circles.(C", ")", "Each", "probeset", "was", "summarized", "by", "five", "points", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Scatter", "plots", "of", "signal", "estimates", "for", "probesets", "that", "were", "present", "in", "at", "least", "one", "cell", "type", "(", "Cyt-ES", "or", "hCNS-SCns", ")", "for", "the", "EHBP1", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Probesets", "were", "considered", "present", "if", "the", "DABG", "p-value", "was", "<", "0.05", "for", "all", "three", "replicates", "in", "the", "cell", "type", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "regression", "line", "derived", "from", "robust", "linear", "regression", "with", "MM", "estimation", "is", "indicated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Points", "above", "the", "line", "represent", "probesets", "within", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "Cyt-ES", "and", "points", "below", "represent", "exons", "that", "were", "enriched", "in", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Points", "close", "to", "the", "regression", "line", "are", "not", "significantly", "different", "in", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Boxed", "points", "represented", "the", "five-point", "summary", "of", "a", "probeset", "that", "was", "significantly", "enriched", "in", "Cyt-ES", "but", "was", "skipped", "in", "hCNS-SCns.(D", ")", "Histogram", "of", "studentized", "residuals", "for", "points",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Here", ",", "a", "possible", "representation", "of", "the", "data", "was", "explored", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "If", "we", "had", "N", "replicates", "in", "one", "condition", "and", "M", "replicates", "in", "the", "other", ",", "we", "could", "consider", "N*M", "points", "if", "we", "analyzed", "every", "possible", "pairing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "instance", ",", "three", "replicate", "signal", "estimates", "for", "every", "probeset", "per", "cell", "line", ",", "such", "as", "signal", "estimates", "a", ",", "b", ",", "and", "c", "in", "hESCs", "and", "d", ",", "e", ",", "and", "f", "i...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "Instead", ",", "pairing", "the", "signal", "estimates", "of", "all", "replicates", "in", "one", "condition", "to", "the", "median", "of", "the", "other", "would", "only", "require", "N", "+", "M", "−", "1", "points", "and", "would", "capture", "the", "v...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "we", "considered", "(", "d", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "a", ")", ",", "(", "e", ",", "b", ")", ",", "(", "e", ",", "c", ")", ",", "and", "(", "f", ",", "b", ")", "points", "where", "b", "and", "d", "were...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "A", "scatter", "plot", "of", "all", "probesets", "of", "the", "EHBP1", "(", "EH", "domain", "binding", "protein", ",", "RefSeq", "identifier", "NM_015252", ")", "is", "shown", "in", "Figure", "3C", "in", "the", "format", "described", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "probeset", "was", "represented", "by", "5", "points", "of", "log-transformed", "(", "base", "2", ")", "values", ";", "and", "each", "point", "on", "the", "scatter", "plot", "reflected", "the", "extent", "of", "inclusion", "of", "an", "exon", "in",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "However", ",", "classical", "linear", "regression", "by", "least-squares", "estimation", "is", "biased", "because", "the", "least", "squares", "predictions", "are", "strongly", "influenced", "by", "the", "outliers", ",", "leading", "to", "completely", "incorrect", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "we", "applied", "M-estimation", "robust", "regression", "to", "estimate", "the", "line", ",", "which", "is", "less", "sensitive", "to", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fitting", "was", "performed", "using", "an", "iterated", ",", "re-weighted", "least", "squares", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "assumption", "was", "that", "most", "of", "the", "points", "were", "“", "correct", ",", "”", "i.e.", ",", "that", "most", "of", "the", "exons", "were", "constitutively", "spliced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "robust", "regression", "would", "find", "the", "line", "that", "was", "least", "dependent", "on", "outliers", ",", "which", "would", "be", "potential", "AS", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "assumption", "was", "substantiated", "by", "our", "observation", "that", ",", "using", "publicly", "available", "ESTs", "and", "mRNAs", ",", "a", "minority", "of", "human", "exons", "(", "7", "%", ")", "have", "evidence", "for", "exon-skipping", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "robust", "regression", ",", "the", "regression", "line", "for", "Cyt-ESC", "versus", "hCNS-SCns", "in", "the", "EHBP1", "gene", "is", "illustrated", "in", "Figure", "3C", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "boxed", "points", "belonged", "to", "a", "probeset", "that", "was", "enriched", "in", "hESCs", "but", "depleted", "in", "hCNS-SCns", ",", "which", "was", "suspected", "to", "be", "due", "to", "AS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "difference", "between", "the", "actual", "and", "regression-based", "predicted", "value", ",", "normalized", "by", "the", "estimate", "of", "its", "standard", "deviation", ",", "is", "called", "the", "studentized", "residuals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Studentized", "residuals", "were", "computed", "for", "all", "probeset", "pairs", "in", "EHBP1", ",", "and", "the", "histogram", "depicting", "their", "distribution", "is", "illustrated", "in", "Figure", "3D", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "expected", ",", "the", "mean", "of", "the", "distribution", "was", "close", "to", "zero", ",", "and", "the", "distribution", "was", "approximated", "by", "a", "t-distribution", "with", "n-p-1", "degrees", "of", "freedom", ",", "where", "n", "was", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "boxed", "points", "had", "studentized", "residuals", "of", "1.829", ",", "3.104", ",", "2.634", ",", "3.012", ",", "and", "2.125", "with", "p-values", "of", "0.034", ",", "0.00119", ",", "0.00477", ",", "0.00158", ",", "and", "0.01780", ",", "res...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "a", "stringent", "p-value", "cutoff", "of", "0.01", ",", "four", "of", "the", "five", "studentized", "residuals", "were", "designated", "as", "significant", "“", "outliers", ",", "”", "indicating", "that", "the", "probeset", "was", "“", "unusual", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "RT-PCR", "confirmed", "that", "the", "exon", ",", "represented", "by", "the", "probeset", ",", "was", "indeed", "differentially", "included", "in", "hESCs", "and", "skipped", "in", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Applying", "this", "approach", "to", "all", "gene", "models", "revealed", "that", ",", "as", "expected", ",", "the", "majority", "of", "studentized", "residuals", "are", "centered", "at", "zero", "(", "Figure", "3E", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", "far", "in", "the", "example", ",", "our", "analysis", "was", "based", "on", "regression", "of", "hESCs", "(", "y-axis", ")", "versus", "hCNS-SCns", "(", "x-axis", ")", "(", "Figure", "3B–3D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "robust", "regression", "as", "described", "was", "not", "symmetrical", ",", "i.e.", ",", "parameter", "estimation", "of", "y", "as", "a", "function", "of", "x", "was", "not", "the", "same", "as", "that", "of", "x", "as", "a", "function",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", ...

[ "As", "our", "method", "for", "predicting", "candidate", "alternative", "exons", "was", "based", "on", "identification", "of", "outliers", "using", "robust", "regression", ",", "we", "named", "the", "method", "REAP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Identification", "and", "Removal", "of", "False", "PositivesIn", "the", "process", "of", "experimentally", "validating", "our", "predictions", ",", "we", "encountered", "three", "main", "sources", "of", "false", "positives", "(", "FP", ")", "from", "robust", "r...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", ",", "we", "identified", "genes", "with", "probeset", "signal", "estimates", "that", "were", "poorly", "correlated", "and", "were", "not", "amenable", "to", "our", "method", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "an", "example", ",", "the", "median", "probeset", "signal", "estimates", "in", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "of", "the", "FIP1L1", "gene", "(", "gene", "identifiers", "BC011543", ",", "AL136910", ")", "had", "a", "Pearson", "correlation", "coefficient",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "To", "avoid", "inappropriate", "application", "of", "REAP", "and", "generating", "false", "predictions", ",", "we", "empirically", "determined", "that", "a", "gene", "had", "to", "have", "a", "Pearson", "correlation", "coefficient", "cutoff", "of", "0.6", "befo...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", ",", "we", "managed", "two", "additional", "sources", "of", "FPs", ",", "namely", "“", "high-leverage", "”", "and", "“", "high-influence", "”", "points", ",", "which", "we", "were", "able", "to", "identify", "by", "computing", "the", "following", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "every", "point", ",", "we", "computed", "(", "i", ")", "the", "studentized", "residual", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "influence", ",", "and", "(", "iii", ")", "the", "leverage", "(", "see", "Materials", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Leverage", "assessed", "how", "far", "away", "a", "value", "of", "the", "independent", "variable", "was", "from", "the", "mean", "value", ";", "the", "farther", "away", "the", "observation", "the", "more", "leverage", "it", "had", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "influence", "of", "a", "point", "was", "related", "to", "its", "covariance", "ratio", ":", "a", "covariance", "ratio", "larger", "(", "or", "smaller", ")", "than", "1", "implied", "that", "the", "point", "was", "closer", "(", "or", "farther", ")"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Influence", "was", "computed", "as", "the", "absolute", "difference", "between", "the", "covariance", "ratio", "and", "unity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "illustrate", "further", ",", "a", "point", "was", "classified", "as", "an", "“", "outlier", "”", "if", "it", "had", "a", "large", "studentized", "residual", "(", "p", "<", "0.01", ")", "and", "low", "leverage", "(", "boxed", "point", "“", "a", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Points", "that", "resembled", "boxed", "point", "“", "a", "”", "were", "designated", "as", "potential", "AS", "events", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "four", "of", "the", "five", "boxed", "points", "in", "Figure", "3C", "were", "“", "outliers", ",", "”", "and", "RT-PCR", "validation", "indicated", "that", "the", "exon", "represented", "by", "the", "probeset", "was", "indeed", "ski...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Points", "that", "were", "“", "high-leverage", ",", "”", "such", "as", "the", "five", "points", "in", "the", "CLCN2", "gene", ",", "were", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "FP", "(", "Figure", "4C", ";", "unpublished", "data", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Points", "that", "were", "“", "high-influence", ",", "”", "such", "as", "the", "four", "of", "five", "boxed", "points", "in", "the", "ABCA3", "gene", "were", "also", "experimentally", "verified", "to", "be", "a", "FP", "(", "Figure", "4D", ";", "unpubli...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "conclusion", ",", "in", "order", "to", "reduce", "the", "FP", "rate", ",", "all", "points", "were", "evaluated", "according", "to", "the", "metrics", "described", ",", "and", "points", "that", "were", "significant", "“", "outliers", "”", "were", "co...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Figure", "4Sources", "of", "False", "Positives(A", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "FIP1L1", "gene", "and", "the", "line", "representing", "the", "robust", "regression", "estimate.(B", ")", "Boxed", "point", "“", "a", "”", "represents", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Boxed", "point", "“", "b", "”", "represents", "a", "“", "high", "leverage", "”", "point", "(", "low", "studentized", "residual", "and", "a", "high", "leverage", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Boxed", "point", "“", "c", "”", "represents", "a", "“", "high", "influence", "”", "point", "(", "high", "studentized", "residual", ",", "high", "leverage", ",", "and", "high", "influence).(C", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "CLCN2",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Boxed", "points", "represent", "“", "high", "leverage", "”", "points.(D", ")", "Scatter", "plot", "of", "points", "for", "the", "ABCA3", "gene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Boxed", "points", "represent", "“", "high", "influence", "”", "points", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Global", "Identification", "and", "Characterization", "of", "REAP[+", "]", "ExonsREAP", "was", "applied", "to", "identify", "AS", "events", "in", "NPs", "compared", "to", "hESCs", ":", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", ";", "HUES6-NP", "versus", "HUES6-ES", ";", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellL...

[ "After", "removing", "potential", "FPs", ",", "11,348", "genes", "containing", "158,657", "probesets", "were", "scored", "by", "REAP.As", "described", "above", ",", "for", "each", "pair", "of", "cell", "lines", "compared", ",", "each", "probset", "was", "repre...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Points", "per", "probeset", "should", "be", "correlated", ";", "in", "other", "words", ",", "if", "one", "point", "was", "a", "significant", "outlier", ",", "the", "other", "points", "were", "expected", "to", "be", "outliers", "as", "well", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "ensure", "that", "this", "was", "the", "case", ",", "we", "counted", "the", "number", "of", "probesets", "with", "N", "significant", "outliers", ",", "where", "N", "was", "varied", "from", "0", "to", "5", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", ",", "the", "identity", "of", "the", "probesets", "and", "points", "derived", "from", "them", "were", "exchanged", "with", "other", "probesets", ",", "keeping", "constant", "the", "total", "number", "of", "points", "that", "were", "considered", "signif...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "N", "=", "0", ",", "we", "observed", "approximately", "equal", "numbers", "of", "probesets", "in", "the", "actual", "versus", "shuffled", "controls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "we", "observed", "that", "there", "were", "1.5", "times", "more", "probesets", "with", "N", "=", "2", "significant", "outliers", "relative", "to", "shuffled", "controls", ";", "12–31", "times", "more", "probesets", "with", "N", "=", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "For", "example", ",", "in", "hCNS-SCns", "compared", "to", "Cyt-ES", ",", "approximately", "0.39", "%", "(", "490", "of", "124,604", ")", "of", "probesets", "had", "three", "significant", "outliers", "and", "0.25", "%", "(", "308", "probesets", ")", "had"...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "Figure", "5Correlation", "between", "“", "Outliers”(A", ")", "The", "number", "of", "probesets", "with", "N", "significant", "“", "outliers", "”", "was", "determined", "for", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-ES", ",", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NPs...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", ...

[ "For", "comparison", ",", "points", "to", "probeset", "relationships", "were", "randomly", "permuted", ",", "retaining", "the", "same", "number", "of", "“", "outliers", ".", "”" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Vertical", "bars", "represent", "the", "ratio", "between", "the", "number", "of", "actual", "points", "and", "the", "randomly", "permutated", "sets.(B", ")", "Similar", "to", "(", "A", ")", ",", "except", "points", "were", "counted", "as", "“", "outliers", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine",...

[ "Comparing", "the", "significant", "probesets", "between", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-ES", "and", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "revealed", "672", "significant", "probesets", "(", "N", "≥", "2", ")", ",", "whereas", "if", "we", "shuffled", "the", "associat...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "A", "total", "of", "236", "significant", "probesets", "overlapped", "when", "we", "compared", "the", "derived", "NPs", "to", "hESCs", "(", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", "and", "HUES6-NP", "versus", "HUES6-ES", ")", ",", "relative", "to", "seven", "significant...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Surprisingly", ",", "we", "observed", "that", "the", "majority", "of", "REAP[+", "]", "exons", "were", "specific", "to", "the", "pair", "of", "hESC", "and", "NP", "that", "was", "compared", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "genetic", "origi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "The", "shared", "events", "between", "pairs", "of", "comparisons", "made", "up", "a", "minority", "of", "the", "total", "number", "identified", ":", "102", "REAP[+", "]", "events", "were", "found", "to", "be", "in", "common", "between", "hCNS-SCns", "versus...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", ...

[ "Comparison", "of", "REAP", "to", "EST-Based", "Method", "and", "ACEScanTraditionally", ",", "AS", "exons", "were", "discovered", "by", "using", "EST", "alignments", "to", "genomic", "loci", ",", "and", "also", "more", "recently", "by", "computational", "algorit...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "compared", "REAP", "predictions", "to", "both", "approaches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "first", "comparison", ",", "publicly", "available", "ESTs", "and", "mRNA", "transcripts", "were", "aligned", "to", "the", "human", "genome", "sequence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "13,934", "exons", "with", "evidence", "for", "exon-skipping", "and/or", "inclusion", "(", "EST-SE", "for", "EST-verified", "skipped", "exons", ")", "were", "generated", ",", "comprising", "∼7", "%", "of", "all", "internal", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", "we", "analyzed", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "If", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probeset", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "6", "%", "(", "4,402", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "(", "after", "probeset", "mapping", ")", "had", "evidence", "for...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Shuffling", "the", "mapping", "between", "these", "probesets", "and", "exons", "resulted", "in", "8", "%", "(", "5,777", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "with", "evidence", "for", "EST-SE", "(", "Figure", "6A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "7", "%", "of", "exons", "with", "EST", "evidence", "for", "AS", "observed", "from", "using", "all", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "raising", "the", "requirement", "that", "probesets", "had", "to", "contain", "at", "least", "one", "significant", "point", "to", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "EST-SE", "increased", "dramatically", "from", "11", "%", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "comparison", ",", "the", "shuffled", "probesets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼8", "%", ",", "rising", "slightly", "to", "11", "%", "at", "five", "points", ",", "due", "to", "small", "sample", "sizes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "trends", "were", "observed", "with", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "and", "the", "derived", "NPs", "versus", "hESCs", "(", "Figure", "6A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Therefore", ",", "we", "concluded", "that", "REAP[+", "]", "exons", "were", "enriched", "for", "AS", "events", "independently", "identified", "by", "a", "transcript-based", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Figure", "6Comparison", "of", "REAP", "Predictions", "for", "hCNS-SCns", "versus", "Cyt-hES", ",", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", ",", "Cyt-NP", "versus", "Cyt-ES", ",", "and", "HUES6-NPs", "versus", "HUES6-ES", "with", "Alternative", "Exons", "Identified", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "White-filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "permuted", "probeset", "to", "exon", "mappings.(B", ")", "Black-filled", "squares", "represented", "the", "fraction", "of", "exons", "containing", "probesets", "with", "N", "sig...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "White-filled", "triangles", "represented", "similarly", "computed", "fractions", "with", "permuted", "probeset", "to", "exon", "mappings", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", ",", "we", "compared", "REAP", "predictions", "to", "a", "computational", "approach", "of", "identifying", "exons", "with", "AS", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", ",", "ACEScan", "[", "55", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ACEScan", "receives", "as", "input", "orthologous", "human", "–", "mouse", "exon", "pairs", "and", "flanking", "intronic", "regions", "and", "computes", "sequence", "features", "and", "integrates", "the", "features", "into", "a", "machine-learning", "algorithm", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]